#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */
typedef int uint8_t;
typedef int uint32_t;

/* Variables and functions */
int encode_base(int /*<<< orphan*/);
int encode_allele(uint32_t *h, uint8_t *bitpos, const char *str, size_t size) {
  uint32_t v;
  while (size--) {
    v = encode_base(*str++);
    if (v > 3) {
      return -1;
    }
    *bitpos -= 2;
    *h |= (v << *bitpos);
  }
  return 0;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<encode_allele>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x10(%rbp)
mov    %rsi,-0x18(%rbp)
mov    %rdx,-0x20(%rbp)
mov    %rcx,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    %rax,%rcx
add    $0xffffffffffffffff,%rcx
mov    %rcx,-0x28(%rbp)
cmp    $0x0,%rax
je     1196 <encode_allele+0x86>
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    %rax,%rcx
add    $0x1,%rcx
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
movsbl (%rax),%edi
call   1030 <encode_base@plt>
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
cmpl   $0x3,-0x2c(%rbp)
jle    1171 <encode_allele+0x61>
movl   $0xffffffff,-0x4(%rbp)
jmp    119d <encode_allele+0x8d>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    (%rax),%ecx
sub    $0x2,%ecx
mov    %ecx,(%rax)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
mov    (%rcx),%ecx
shl    %cl,%eax
mov    %eax,%ecx
mov    -0x10(%rbp),%rax
or     (%rax),%ecx
mov    %ecx,(%rax)
jmp    1128 <encode_allele+0x18>
movl   $0x0,-0x4(%rbp)
mov    -0x4(%rbp),%eax
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<encode_allele>:
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
test   %rcx,%rcx
je     1159 <encode_allele+0x49>
mov    %rcx,%r15
mov    %rdx,%r14
mov    %rsi,%r13
mov    %rdi,%r12
xor    %ebx,%ebx
nopl   0x0(%rax)
movsbl (%r14,%rbx,1),%edi
call   1030 <encode_base@plt>
cmp    $0x3,%eax
jg     115d <encode_allele+0x4d>
mov    0x0(%r13),%ecx
add    $0xfffffffe,%ecx
shl    %cl,%eax
mov    %ecx,0x0(%r13)
or     %eax,(%r12)
add    $0x1,%rbx
cmp    %rbx,%r15
jne    1130 <encode_allele+0x20>
xor    %eax,%eax
jmp    1162 <encode_allele+0x52>
mov    $0xffffffff,%eax
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @encode_allele(i32* %0, i32* %1, i8* %2, i64 %3) {
%5 = alloca i32
%6 = alloca i32*
%7 = alloca i32*
%8 = alloca i8*
%9 = alloca i64
%10 = alloca i32
store i32* %0, i32** %6
store i32* %1, i32** %7
store i8* %2, i8** %8
store i64 %3, i64* %9
br label %11
11: ; preds = %24, %4
%12 = load i64, i64* %9
%13 = add i64 %12, -1
store i64 %13, i64* %9
%14 = icmp ne i64 %12, 0
br i1 %14, label %15, label %35
15: ; preds = %11
%16 = load i8*, i8** %8
%17 = getelementptr inbounds i8, i8* %16, i32 1
store i8* %17, i8** %8
%18 = load i8, i8* %16
%19 = sext i8 %18 to i32
%20 = call i32 @encode_base(i32 %19)
store i32 %20, i32* %10
%21 = load i32, i32* %10
%22 = icmp sgt i32 %21, 3
br i1 %22, label %23, label %24
23: ; preds = %15
store i32 -1, i32* %5
br label %36
24: ; preds = %15
%25 = load i32*, i32** %7
%26 = load i32, i32* %25
%27 = sub nsw i32 %26, 2
store i32 %27, i32* %25
%28 = load i32, i32* %10
%29 = load i32*, i32** %7
%30 = load i32, i32* %29
%31 = shl i32 %28, %30
%32 = load i32*, i32** %6
%33 = load i32, i32* %32
%34 = or i32 %33, %31
store i32 %34, i32* %32
br label %11
35: ; preds = %11
store i32 0, i32* %5
br label %36
36: ; preds = %35, %23
%37 = load i32, i32* %5
ret i32 %37
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @encode_allele(i32* nocapture %0, i32* nocapture %1, i8* nocapture %2, i64 %3) {
%5 = icmp eq i64 %3, 0
br i1 %5, label %22, label %6
6: ; preds = %4, %14
%7 = phi i64 [ %9, %14 ], [ %3, %4 ]
%8 = phi i8* [ %15, %14 ], [ %2, %4 ]
%9 = add i64 %7, -1
%10 = load i8, i8* %8
%11 = sext i8 %10 to i32
%12 = tail call i32 @encode_base(i32 %11)
%13 = icmp sgt i32 %12, 3
br i1 %13, label %22, label %14
14: ; preds = %6
%15 = getelementptr inbounds i8, i8* %8, i64 1
%16 = load i32, i32* %1
%17 = add nsw i32 %16, -2
store i32 %17, i32* %1
%18 = shl i32 %12, %17
%19 = load i32, i32* %0
%20 = or i32 %19, %18
store i32 %20, i32* %0
%21 = icmp eq i64 %9, 0
br i1 %21, label %22, label %6
22: ; preds = %6, %14, %4
%23 = phi i32 [ 0, %4 ], [ 0, %14 ], [ -1, %6 ]
ret i32 %23
}