void bases_to_digits(char *bases, char *digits) {
  int i, j;
  for (i = j = 0; i < 32; ++i) {
    switch (bases[i]) {
    default:
    case 'A':
      digits[j++] = '0';
      digits[j++] = '0';
      break;
    case 'C':
      digits[j++] = '0';
      digits[j++] = '1';
      break;
    case 'U':
    case 'T':
      digits[j++] = '1';
      digits[j++] = '0';
      break;
    case 'G':
      digits[j++] = '1';
      digits[j++] = '1';
      break;
    }
  }
  digits[j] = '\0';
}


x86 assembly (clang, -O0):
<bases_to_digits>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
movl   $0x0,-0x18(%rbp)
movl   $0x0,-0x14(%rbp)
cmpl   $0x20,-0x14(%rbp)
jge    122d <bases_to_digits+0x12d>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
add    $0xffffffbf,%eax
mov    %eax,%ecx
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
sub    $0x14,%eax
ja     1156 <bases_to_digits+0x56>
mov    -0x20(%rbp),%rax
lea    0xeb3(%rip),%rcx
movslq (%rcx,%rax,4),%rax
add    %rcx,%rax
jmp    *%rax
jmp    115b <bases_to_digits+0x5b>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x18(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,-0x18(%rbp)
movslq %ecx,%rcx
movb   $0x30,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x18(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,-0x18(%rbp)
movslq %ecx,%rcx
movb   $0x30,(%rax,%rcx,1)
jmp    121a <bases_to_digits+0x11a>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x18(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,-0x18(%rbp)
movslq %ecx,%rcx
movb   $0x30,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x18(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,-0x18(%rbp)
movslq %ecx,%rcx
movb   $0x31,(%rax,%rcx,1)
jmp    121a <bases_to_digits+0x11a>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x18(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,-0x18(%rbp)
movslq %ecx,%rcx
movb   $0x31,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x18(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,-0x18(%rbp)
movslq %ecx,%rcx
movb   $0x30,(%rax,%rcx,1)
jmp    121a <bases_to_digits+0x11a>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x18(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,-0x18(%rbp)
movslq %ecx,%rcx
movb   $0x31,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x18(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,-0x18(%rbp)
movslq %ecx,%rcx
movb   $0x31,(%rax,%rcx,1)
jmp    121f <bases_to_digits+0x11f>
mov    -0x14(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x14(%rbp)
jmp    111a <bases_to_digits+0x1a>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movb   $0x0,(%rax,%rcx,1)
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<bases_to_digits>:
mov    $0x1,%eax
jmp    1128 <bases_to_digits+0x28>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
mov    $0x31,%dl
mov    %dl,(%rsi,%rax,2)
mov    %r8b,0x1(%rsi,%rax,2)
add    $0x2,%rax
cmp    $0x21,%rax
je     11ba <bases_to_digits+0xba>
movsbl -0x1(%rdi,%rax,1),%edx
mov    $0x30,%r8b
lea    -0x54(%rdx),%ecx
cmp    $0x2,%ecx
jb     1150 <bases_to_digits+0x50>
cmp    $0x47,%edx
je     1160 <bases_to_digits+0x60>
cmp    $0x43,%edx
jne    1145 <bases_to_digits+0x45>
mov    $0x31,%r8b
mov    $0x30,%dl
jmp    1170 <bases_to_digits+0x70>
nopl   0x0(%rax)
mov    $0x31,%dl
jmp    1170 <bases_to_digits+0x70>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
mov    $0x31,%dl
mov    $0x31,%r8b
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
mov    %dl,-0x2(%rsi,%rax,2)
mov    %r8b,-0x1(%rsi,%rax,2)
movsbl (%rdi,%rax,1),%ecx
mov    $0x30,%r8b
lea    -0x54(%rcx),%edx
cmp    $0x2,%edx
jb     1110 <bases_to_digits+0x10>
cmp    $0x43,%ecx
je     11b0 <bases_to_digits+0xb0>
mov    $0x30,%dl
cmp    $0x47,%ecx
jne    1112 <bases_to_digits+0x12>
mov    $0x31,%dl
mov    $0x31,%r8b
jmp    1112 <bases_to_digits+0x12>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
mov    $0x31,%r8b
mov    $0x30,%dl
jmp    1112 <bases_to_digits+0x12>
movb   $0x0,0x40(%rsi)
ret

LLVM IR (-O0):
define void @bases_to_digits(i8* %0, i8* %1) {
%3 = alloca i8*
%4 = alloca i8*
%5 = alloca i32
%6 = alloca i32
store i8* %0, i8** %3
store i8* %1, i8** %4
store i32 0, i32* %6
store i32 0, i32* %5
br label %7
7: ; preds = %63, %2
%8 = load i32, i32* %5
%9 = icmp slt i32 %8, 32
br i1 %9, label %10, label %66
10: ; preds = %7
%11 = load i8*, i8** %3
%12 = load i32, i32* %5
%13 = sext i32 %12 to i64
%14 = getelementptr inbounds i8, i8* %11, i64 %13
%15 = load i8, i8* %14
%16 = sext i8 %15 to i32
switch i32 %16, label %17 [
i32 65, label %18
i32 67, label %29
i32 85, label %40
i32 84, label %40
i32 71, label %51
]
17: ; preds = %10
br label %18
18: ; preds = %10, %17
%19 = load i8*, i8** %4
%20 = load i32, i32* %6
%21 = add nsw i32 %20, 1
store i32 %21, i32* %6
%22 = sext i32 %20 to i64
%23 = getelementptr inbounds i8, i8* %19, i64 %22
store i8 48, i8* %23
%24 = load i8*, i8** %4
%25 = load i32, i32* %6
%26 = add nsw i32 %25, 1
store i32 %26, i32* %6
%27 = sext i32 %25 to i64
%28 = getelementptr inbounds i8, i8* %24, i64 %27
store i8 48, i8* %28
br label %62
29: ; preds = %10
%30 = load i8*, i8** %4
%31 = load i32, i32* %6
%32 = add nsw i32 %31, 1
store i32 %32, i32* %6
%33 = sext i32 %31 to i64
%34 = getelementptr inbounds i8, i8* %30, i64 %33
store i8 48, i8* %34
%35 = load i8*, i8** %4
%36 = load i32, i32* %6
%37 = add nsw i32 %36, 1
store i32 %37, i32* %6
%38 = sext i32 %36 to i64
%39 = getelementptr inbounds i8, i8* %35, i64 %38
store i8 49, i8* %39
br label %62
40: ; preds = %10, %10
%41 = load i8*, i8** %4
%42 = load i32, i32* %6
%43 = add nsw i32 %42, 1
store i32 %43, i32* %6
%44 = sext i32 %42 to i64
%45 = getelementptr inbounds i8, i8* %41, i64 %44
store i8 49, i8* %45
%46 = load i8*, i8** %4
%47 = load i32, i32* %6
%48 = add nsw i32 %47, 1
store i32 %48, i32* %6
%49 = sext i32 %47 to i64
%50 = getelementptr inbounds i8, i8* %46, i64 %49
store i8 48, i8* %50
br label %62
51: ; preds = %10
%52 = load i8*, i8** %4
%53 = load i32, i32* %6
%54 = add nsw i32 %53, 1
store i32 %54, i32* %6
%55 = sext i32 %53 to i64
%56 = getelementptr inbounds i8, i8* %52, i64 %55
store i8 49, i8* %56
%57 = load i8*, i8** %4
%58 = load i32, i32* %6
%59 = add nsw i32 %58, 1
store i32 %59, i32* %6
%60 = sext i32 %58 to i64
%61 = getelementptr inbounds i8, i8* %57, i64 %60
store i8 49, i8* %61
br label %62
62: ; preds = %51, %40, %29, %18
br label %63
63: ; preds = %62
%64 = load i32, i32* %5
%65 = add nsw i32 %64, 1
store i32 %65, i32* %5
br label %7
66: ; preds = %7
%67 = load i8*, i8** %4
%68 = load i32, i32* %6
%69 = sext i32 %68 to i64
%70 = getelementptr inbounds i8, i8* %67, i64 %69
store i8 0, i8* %70
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @bases_to_digits(i8* nocapture %0, i8* nocapture writeonly %1) {
br label %3
3: ; preds = %26, %2
%4 = phi i64 [ 0, %2 ], [ %33, %26 ]
%5 = phi i64 [ 0, %2 ], [ %32, %26 ]
%6 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %4
%7 = load i8, i8* %6
%8 = sext i8 %7 to i32
switch i32 %8, label %12 [
i32 71, label %11
i32 67, label %9
i32 85, label %10
i32 84, label %10
]
9: ; preds = %3
br label %12
10: ; preds = %3, %3
br label %12
11: ; preds = %3
br label %12
12: ; preds = %3, %9, %10, %11
%13 = phi i8 [ 48, %9 ], [ 49, %10 ], [ 49, %11 ], [ 48, %3 ]
%14 = phi i8 [ 49, %9 ], [ 48, %10 ], [ 49, %11 ], [ 48, %3 ]
%15 = or i64 %5, 1
%16 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %5
store i8 %13, i8* %16
%17 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %15
store i8 %14, i8* %17
%18 = or i64 %5, 2
%19 = or i64 %4, 1
%20 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %19
%21 = load i8, i8* %20
%22 = sext i8 %21 to i32
switch i32 %22, label %26 [
i32 71, label %25
i32 67, label %24
i32 85, label %23
i32 84, label %23
]
23: ; preds = %12, %12
br label %26
24: ; preds = %12
br label %26
25: ; preds = %12
br label %26
26: ; preds = %25, %24, %23, %12
%27 = phi i8 [ 48, %24 ], [ 49, %23 ], [ 49, %25 ], [ 48, %12 ]
%28 = phi i8 [ 49, %24 ], [ 48, %23 ], [ 49, %25 ], [ 48, %12 ]
%29 = or i64 %5, 3
%30 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %18
store i8 %27, i8* %30
%31 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %29
store i8 %28, i8* %31
%32 = add nuw nsw i64 %5, 4
%33 = add nuw nsw i64 %4, 2
%34 = icmp eq i64 %33, 32
br i1 %34, label %35, label %3
35: ; preds = %26
%36 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 64
store i8 0, i8* %36
ret void
}