#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
scalar_t__ sre_malloc(char *, int, int);
int strlen(char *);
int DealignAseqs(char **aseqs, int num, char ***ret_rseqs) {
  char **rseqs;
  int idx;
  int depos;
  int apos;
  int seqlen;
  rseqs = (char **)sre_malloc(
      "/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/"
      "2022-01-22/02-19-57/repos/vinuesa/get_phylomarkers/refs/heads/master/"
      "bin/clustal-omega-1.2.4/src/squid/selex.c",
      743, (num * sizeof(char *)));
  for (idx = 0; idx < num; idx++) {
    seqlen = strlen(aseqs[idx]);
    rseqs[idx] = (char *)sre_malloc(
        "/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/"
        "2022-01-22/02-19-57/repos/vinuesa/get_phylomarkers/refs/heads/master/"
        "bin/clustal-omega-1.2.4/src/squid/selex.c",
        749, ((seqlen + 1) * sizeof(char)));
    depos = 0;
    for (apos = 0; aseqs[idx][apos] != '\0'; apos++)
      if (!((aseqs[idx][apos]) == ' ' || (aseqs[idx][apos]) == '.' ||
            (aseqs[idx][apos]) == '_' || (aseqs[idx][apos]) == '-' ||
            (aseqs[idx][apos]) == '~')) {
        rseqs[idx][depos] = aseqs[idx][apos];
        depos++;
      }
    rseqs[idx][depos] = '\0';
  }
  *ret_rseqs = rseqs;
  return 1;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<DealignAseqs>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
movslq -0xc(%rbp),%rax
shl    $0x3,%rax
mov    %eax,%edx
lea    0xebc(%rip),%rdi
mov    $0x2e7,%esi
call   1040 <sre_malloc@plt>
mov    %rax,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    12c7 <DealignAseqs+0x1a7>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
cltq
shl    $0x0,%rax
mov    %eax,%edx
lea    0xe72(%rip),%rdi
mov    $0x2ed,%esi
call   1040 <sre_malloc@plt>
mov    %rax,%rdx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    %rdx,(%rax,%rcx,8)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x0,%eax
je     12a5 <DealignAseqs+0x185>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x20,%eax
je     1292 <DealignAseqs+0x172>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2e,%eax
je     1292 <DealignAseqs+0x172>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x5f,%eax
je     1292 <DealignAseqs+0x172>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     1292 <DealignAseqs+0x172>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x7e,%eax
je     1292 <DealignAseqs+0x172>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%dl
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    1297 <DealignAseqs+0x177>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    11b5 <DealignAseqs+0x95>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movb   $0x0,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1159 <DealignAseqs+0x39>
mov    -0x20(%rbp),%rcx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
mov    $0x1,%eax
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<DealignAseqs>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
push   %rax
mov    %rdx,%r14
mov    %esi,%r12d
mov    %rdi,%rbx
lea    0x0(,%r12,8),%edx
lea    0xebd(%rip),%rdi
mov    $0x2e7,%esi
call   1040 <sre_malloc@plt>
mov    %rax,%r15
test   %r12d,%r12d
jle    11fc <DealignAseqs+0xdc>
mov    %r12d,%r13d
xor    %ebp,%ebp
lea    0xe9b(%rip),%r12
jmp    1183 <DealignAseqs+0x63>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
mov    (%r15,%rbp,8),%rcx
cltq
movb   $0x0,(%rcx,%rax,1)
add    $0x1,%rbp
cmp    %r13,%rbp
je     11fc <DealignAseqs+0xdc>
mov    (%rbx,%rbp,8),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
lea    0x1(%rax),%edx
mov    %r12,%rdi
mov    $0x2ed,%esi
call   1040 <sre_malloc@plt>
mov    %rax,(%r15,%rbp,8)
xor    %ecx,%ecx
xor    %eax,%eax
jmp    11c4 <DealignAseqs+0xa4>
mov    (%r15,%rbp,8),%rsi
movslq %eax,%rdi
mov    %dl,(%rsi,%rdi,1)
add    $0x1,%eax
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
add    $0x1,%rcx
mov    (%rbx,%rbp,8),%rdx
movzbl (%rdx,%rcx,1),%edx
cmp    $0x5e,%dl
jg     11f0 <DealignAseqs+0xd0>
lea    -0x2d(%rdx),%esi
cmp    $0x2,%sil
jb     11c0 <DealignAseqs+0xa0>
cmp    $0x20,%dl
je     11c0 <DealignAseqs+0xa0>
test   %dl,%dl
jne    11a6 <DealignAseqs+0x86>
jmp    1170 <DealignAseqs+0x50>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
cmp    $0x5f,%dl
je     11c0 <DealignAseqs+0xa0>
cmp    $0x7e,%dl
je     11c0 <DealignAseqs+0xa0>
jmp    11a6 <DealignAseqs+0x86>
mov    %r15,(%r14)
mov    $0x1,%eax
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
@.str = [175 x i8] c"/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/2022-01-22/02-19-57/repos/vinuesa/get_phylomarkers/refs/heads/master/bin/clustal-omega-1.2.4/src/squid/selex.c\00"
define i32 @DealignAseqs(i8** %0, i32 %1, i8*** %2) {
%4 = alloca i8**
%5 = alloca i32
%6 = alloca i8***
%7 = alloca i8**
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
store i8** %0, i8*** %4
store i32 %1, i32* %5
store i8*** %2, i8**** %6
%12 = load i32, i32* %5
%13 = sext i32 %12 to i64
%14 = mul i64 %13, 8
%15 = trunc i64 %14 to i32
%16 = call i64 @sre_malloc(i8* getelementptr inbounds ([175 x i8], [175 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 743, i32 %15)
%17 = inttoptr i64 %16 to i8**
store i8** %17, i8*** %7
store i32 0, i32* %8
br label %18
18: ; preds = %145, %3
%19 = load i32, i32* %8
%20 = load i32, i32* %5
%21 = icmp slt i32 %19, %20
br i1 %21, label %22, label %148
22: ; preds = %18
%23 = load i8**, i8*** %4
%24 = load i32, i32* %8
%25 = sext i32 %24 to i64
%26 = getelementptr inbounds i8*, i8** %23, i64 %25
%27 = load i8*, i8** %26
%28 = call i32 @strlen(i8* %27)
store i32 %28, i32* %11
%29 = load i32, i32* %11
%30 = add nsw i32 %29, 1
%31 = sext i32 %30 to i64
%32 = mul i64 %31, 1
%33 = trunc i64 %32 to i32
%34 = call i64 @sre_malloc(i8* getelementptr inbounds ([175 x i8], [175 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 749, i32 %33)
%35 = inttoptr i64 %34 to i8*
%36 = load i8**, i8*** %7
%37 = load i32, i32* %8
%38 = sext i32 %37 to i64
%39 = getelementptr inbounds i8*, i8** %36, i64 %38
store i8* %35, i8** %39
store i32 0, i32* %9
store i32 0, i32* %10
br label %40
40: ; preds = %133, %22
%41 = load i8**, i8*** %4
%42 = load i32, i32* %8
%43 = sext i32 %42 to i64
%44 = getelementptr inbounds i8*, i8** %41, i64 %43
%45 = load i8*, i8** %44
%46 = load i32, i32* %10
%47 = sext i32 %46 to i64
%48 = getelementptr inbounds i8, i8* %45, i64 %47
%49 = load i8, i8* %48
%50 = sext i8 %49 to i32
%51 = icmp ne i32 %50, 0
br i1 %51, label %52, label %136
52: ; preds = %40
%53 = load i8**, i8*** %4
%54 = load i32, i32* %8
%55 = sext i32 %54 to i64
%56 = getelementptr inbounds i8*, i8** %53, i64 %55
%57 = load i8*, i8** %56
%58 = load i32, i32* %10
%59 = sext i32 %58 to i64
%60 = getelementptr inbounds i8, i8* %57, i64 %59
%61 = load i8, i8* %60
%62 = sext i8 %61 to i32
%63 = icmp eq i32 %62, 32
br i1 %63, label %132, label %64
64: ; preds = %52
%65 = load i8**, i8*** %4
%66 = load i32, i32* %8
%67 = sext i32 %66 to i64
%68 = getelementptr inbounds i8*, i8** %65, i64 %67
%69 = load i8*, i8** %68
%70 = load i32, i32* %10
%71 = sext i32 %70 to i64
%72 = getelementptr inbounds i8, i8* %69, i64 %71
%73 = load i8, i8* %72
%74 = sext i8 %73 to i32
%75 = icmp eq i32 %74, 46
br i1 %75, label %132, label %76
76: ; preds = %64
%77 = load i8**, i8*** %4
%78 = load i32, i32* %8
%79 = sext i32 %78 to i64
%80 = getelementptr inbounds i8*, i8** %77, i64 %79
%81 = load i8*, i8** %80
%82 = load i32, i32* %10
%83 = sext i32 %82 to i64
%84 = getelementptr inbounds i8, i8* %81, i64 %83
%85 = load i8, i8* %84
%86 = sext i8 %85 to i32
%87 = icmp eq i32 %86, 95
br i1 %87, label %132, label %88
88: ; preds = %76
%89 = load i8**, i8*** %4
%90 = load i32, i32* %8
%91 = sext i32 %90 to i64
%92 = getelementptr inbounds i8*, i8** %89, i64 %91
%93 = load i8*, i8** %92
%94 = load i32, i32* %10
%95 = sext i32 %94 to i64
%96 = getelementptr inbounds i8, i8* %93, i64 %95
%97 = load i8, i8* %96
%98 = sext i8 %97 to i32
%99 = icmp eq i32 %98, 45
br i1 %99, label %132, label %100
100: ; preds = %88
%101 = load i8**, i8*** %4
%102 = load i32, i32* %8
%103 = sext i32 %102 to i64
%104 = getelementptr inbounds i8*, i8** %101, i64 %103
%105 = load i8*, i8** %104
%106 = load i32, i32* %10
%107 = sext i32 %106 to i64
%108 = getelementptr inbounds i8, i8* %105, i64 %107
%109 = load i8, i8* %108
%110 = sext i8 %109 to i32
%111 = icmp eq i32 %110, 126
br i1 %111, label %132, label %112
112: ; preds = %100
%113 = load i8**, i8*** %4
%114 = load i32, i32* %8
%115 = sext i32 %114 to i64
%116 = getelementptr inbounds i8*, i8** %113, i64 %115
%117 = load i8*, i8** %116
%118 = load i32, i32* %10
%119 = sext i32 %118 to i64
%120 = getelementptr inbounds i8, i8* %117, i64 %119
%121 = load i8, i8* %120
%122 = load i8**, i8*** %7
%123 = load i32, i32* %8
%124 = sext i32 %123 to i64
%125 = getelementptr inbounds i8*, i8** %122, i64 %124
%126 = load i8*, i8** %125
%127 = load i32, i32* %9
%128 = sext i32 %127 to i64
%129 = getelementptr inbounds i8, i8* %126, i64 %128
store i8 %121, i8* %129
%130 = load i32, i32* %9
%131 = add nsw i32 %130, 1
store i32 %131, i32* %9
br label %132
132: ; preds = %112, %100, %88, %76, %64, %52
br label %133
133: ; preds = %132
%134 = load i32, i32* %10
%135 = add nsw i32 %134, 1
store i32 %135, i32* %10
br label %40
136: ; preds = %40
%137 = load i8**, i8*** %7
%138 = load i32, i32* %8
%139 = sext i32 %138 to i64
%140 = getelementptr inbounds i8*, i8** %137, i64 %139
%141 = load i8*, i8** %140
%142 = load i32, i32* %9
%143 = sext i32 %142 to i64
%144 = getelementptr inbounds i8, i8* %141, i64 %143
store i8 0, i8* %144
br label %145
145: ; preds = %136
%146 = load i32, i32* %8
%147 = add nsw i32 %146, 1
store i32 %147, i32* %8
br label %18
148: ; preds = %18
%149 = load i8**, i8*** %7
%150 = load i8***, i8**** %6
store i8** %149, i8*** %150
ret i32 1
}

LLVM IR (-O2):
@.str = [175 x i8] c"/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/2022-01-22/02-19-57/repos/vinuesa/get_phylomarkers/refs/heads/master/bin/clustal-omega-1.2.4/src/squid/selex.c\00"
define i32 @DealignAseqs(i8** nocapture %0, i32 %1, i8*** nocapture writeonly %2) {
%4 = shl i32 %1, 3
%5 = tail call i64 @sre_malloc(i8* getelementptr inbounds ([175 x i8], [175 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 743, i32 %4)
%6 = inttoptr i64 %5 to i8**
%7 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %7, label %8, label %39
8: ; preds = %3
%9 = zext i32 %1 to i64
br label %10
10: ; preds = %8, %33
%11 = phi i64 [ 0, %8 ], [ %37, %33 ]
%12 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %11
%13 = load i8*, i8** %12
%14 = tail call i32 @strlen(i8* %13)
%15 = add nsw i32 %14, 1
%16 = tail call i64 @sre_malloc(i8* getelementptr inbounds ([175 x i8], [175 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 749, i32 %15)
%17 = inttoptr i64 %16 to i8*
%18 = getelementptr inbounds i8*, i8** %6, i64 %11
store i8* %17, i8** %18
br label %19
19: ; preds = %30, %10
%20 = phi i64 [ %32, %30 ], [ 0, %10 ]
%21 = phi i32 [ %31, %30 ], [ 0, %10 ]
%22 = load i8*, i8** %12
%23 = getelementptr inbounds i8, i8* %22, i64 %20
%24 = load i8, i8* %23
switch i8 %24, label %25 [
i8 0, label %33
i8 32, label %30
i8 46, label %30
i8 95, label %30
i8 45, label %30
i8 126, label %30
]
25: ; preds = %19
%26 = load i8*, i8** %18
%27 = sext i32 %21 to i64
%28 = getelementptr inbounds i8, i8* %26, i64 %27
store i8 %24, i8* %28
%29 = add nsw i32 %21, 1
br label %30
30: ; preds = %19, %19, %19, %19, %19, %25
%31 = phi i32 [ %29, %25 ], [ %21, %19 ], [ %21, %19 ], [ %21, %19 ], [ %21, %19 ], [ %21, %19 ]
%32 = add nuw i64 %20, 1
br label %19
33: ; preds = %19
%34 = load i8*, i8** %18
%35 = sext i32 %21 to i64
%36 = getelementptr inbounds i8, i8* %34, i64 %35
store i8 0, i8* %36
%37 = add nuw nsw i64 %11, 1
%38 = icmp eq i64 %37, %9
br i1 %38, label %39, label %10
39: ; preds = %33, %3
store i8** %6, i8*** %2
ret i32 1
}