void computeParentIonMass2(int *n_, char **seq_, double *pim_, double *M_,
                           double *N_term_) {
  int i;
  int j;
  int letter;
  double C_term, Electron, Hydrogen;
  C_term = 17.002740;
  Electron = 0.000549;
  Hydrogen = 1.007825;
  for (i = 0; i < n_[0]; i++) {
    pim_[i] = C_term + N_term_[0] + Hydrogen - Electron;
    for (j = 0; seq_[i][j] != '\0'; j++) {
      letter = seq_[i][j];
      if (64 < letter && letter < 92) {
        pim_[i] += M_[letter - 65];
      }
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<computeParentIonMass2>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8,-0x28(%rbp)
movsd  0xef0(%rip),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x40(%rbp)
movsd  0xedb(%rip),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x48(%rbp)
movsd  0xec6(%rip),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x50(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
cmp    (%rcx),%eax
jge    1216 <computeParentIonMass2+0x116>
movsd  -0x40(%rbp),%xmm0
mov    -0x28(%rbp),%rax
addsd  (%rax),%xmm0
addsd  -0x50(%rbp),%xmm0
subsd  -0x48(%rbp),%xmm0
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x0,%eax
je     1203 <computeParentIonMass2+0x103>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
mov    $0x40,%eax
cmp    -0x34(%rbp),%eax
jge    11f0 <computeParentIonMass2+0xf0>
cmpl   $0x5c,-0x34(%rbp)
jge    11f0 <computeParentIonMass2+0xf0>
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
sub    $0x41,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
addsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
jmp    11f5 <computeParentIonMass2+0xf5>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    1180 <computeParentIonMass2+0x80>
jmp    1208 <computeParentIonMass2+0x108>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    1146 <computeParentIonMass2+0x46>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<computeParentIonMass2>:
mov    (%rdi),%r9d
test   %r9d,%r9d
jle    119b <computeParentIonMass2+0x9b>
xor    %r10d,%r10d
movsd  0xee9(%rip),%xmm0
movsd  0xee9(%rip),%xmm1
movsd  0xee9(%rip),%xmm2
jmp    1139 <computeParentIonMass2+0x39>
nopl   0x0(%rax)
add    $0x1,%r10
cmp    %r9,%r10
je     119b <computeParentIonMass2+0x9b>
movsd  (%r8),%xmm3
addsd  %xmm0,%xmm3
addsd  %xmm1,%xmm3
addsd  %xmm2,%xmm3
movsd  %xmm3,(%rdx,%r10,8)
mov    (%rsi,%r10,8),%rax
mov    (%rax),%r11b
test   %r11b,%r11b
je     1130 <computeParentIonMass2+0x30>
add    $0x1,%rax
jmp    117d <computeParentIonMass2+0x7d>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
movzbl (%rax),%r11d
add    $0x1,%rax
test   %r11b,%r11b
je     1130 <computeParentIonMass2+0x30>
lea    -0x41(%r11),%edi
cmp    $0x1a,%dil
ja     1170 <computeParentIonMass2+0x70>
movzbl %r11b,%edi
add    $0xffffffbf,%edi
addsd  (%rcx,%rdi,8),%xmm3
movsd  %xmm3,(%rdx,%r10,8)
jmp    1170 <computeParentIonMass2+0x70>
ret

LLVM IR (-O0):
define void @computeParentIonMass2(i32* %0, i8** %1, double* %2, double* %3, double* %4) {
%6 = alloca i32*
%7 = alloca i8**
%8 = alloca double*
%9 = alloca double*
%10 = alloca double*
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca double
%15 = alloca double
%16 = alloca double
store i32* %0, i32** %6
store i8** %1, i8*** %7
store double* %2, double** %8
store double* %3, double** %9
store double* %4, double** %10
store double 0x403100B39192641B, double* %14
store double 5.490000e-04, double* %15
store double 0x3FF0200D1B71758E, double* %16
store i32 0, i32* %11
br label %17
17: ; preds = %83, %5
%18 = load i32, i32* %11
%19 = load i32*, i32** %6
%20 = getelementptr inbounds i32, i32* %19, i64 0
%21 = load i32, i32* %20
%22 = icmp slt i32 %18, %21
br i1 %22, label %23, label %86
23: ; preds = %17
%24 = load double, double* %14
%25 = load double*, double** %10
%26 = getelementptr inbounds double, double* %25, i64 0
%27 = load double, double* %26
%28 = fadd double %24, %27
%29 = load double, double* %16
%30 = fadd double %28, %29
%31 = load double, double* %15
%32 = fsub double %30, %31
%33 = load double*, double** %8
%34 = load i32, i32* %11
%35 = sext i32 %34 to i64
%36 = getelementptr inbounds double, double* %33, i64 %35
store double %32, double* %36
store i32 0, i32* %12
br label %37
37: ; preds = %79, %23
%38 = load i8**, i8*** %7
%39 = load i32, i32* %11
%40 = sext i32 %39 to i64
%41 = getelementptr inbounds i8*, i8** %38, i64 %40
%42 = load i8*, i8** %41
%43 = load i32, i32* %12
%44 = sext i32 %43 to i64
%45 = getelementptr inbounds i8, i8* %42, i64 %44
%46 = load i8, i8* %45
%47 = sext i8 %46 to i32
%48 = icmp ne i32 %47, 0
br i1 %48, label %49, label %82
49: ; preds = %37
%50 = load i8**, i8*** %7
%51 = load i32, i32* %11
%52 = sext i32 %51 to i64
%53 = getelementptr inbounds i8*, i8** %50, i64 %52
%54 = load i8*, i8** %53
%55 = load i32, i32* %12
%56 = sext i32 %55 to i64
%57 = getelementptr inbounds i8, i8* %54, i64 %56
%58 = load i8, i8* %57
%59 = sext i8 %58 to i32
store i32 %59, i32* %13
%60 = load i32, i32* %13
%61 = icmp slt i32 64, %60
br i1 %61, label %62, label %78
62: ; preds = %49
%63 = load i32, i32* %13
%64 = icmp slt i32 %63, 92
br i1 %64, label %65, label %78
65: ; preds = %62
%66 = load double*, double** %9
%67 = load i32, i32* %13
%68 = sub nsw i32 %67, 65
%69 = sext i32 %68 to i64
%70 = getelementptr inbounds double, double* %66, i64 %69
%71 = load double, double* %70
%72 = load double*, double** %8
%73 = load i32, i32* %11
%74 = sext i32 %73 to i64
%75 = getelementptr inbounds double, double* %72, i64 %74
%76 = load double, double* %75
%77 = fadd double %76, %71
store double %77, double* %75
br label %78
78: ; preds = %65, %62, %49
br label %79
79: ; preds = %78
%80 = load i32, i32* %12
%81 = add nsw i32 %80, 1
store i32 %81, i32* %12
br label %37
82: ; preds = %37
br label %83
83: ; preds = %82
%84 = load i32, i32* %11
%85 = add nsw i32 %84, 1
store i32 %85, i32* %11
br label %17
86: ; preds = %17
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @computeParentIonMass2(i32* nocapture %0, i8** nocapture %1, double* nocapture %2, double* nocapture %3, double* nocapture %4) {
%6 = load i32, i32* %0
%7 = icmp sgt i32 %6, 0
br i1 %7, label %8, label %43
8: ; preds = %5
%9 = zext i32 %6 to i64
br label %10
10: ; preds = %8, %40
%11 = phi i64 [ 0, %8 ], [ %41, %40 ]
%12 = load double, double* %4
%13 = fadd double %12, 0x403100B39192641B
%14 = fadd double %13, 0x3FF0200D1B71758E
%15 = fadd double %14, -5.490000e-04
%16 = getelementptr inbounds double, double* %2, i64 %11
store double %15, double* %16
%17 = getelementptr inbounds i8*, i8** %1, i64 %11
%18 = load i8*, i8** %17
%19 = load i8, i8* %18
%20 = icmp eq i8 %19, 0
br i1 %20, label %40, label %21
21: ; preds = %10, %34
%22 = phi double [ %35, %34 ], [ %15, %10 ]
%23 = phi i64 [ %36, %34 ], [ 0, %10 ]
%24 = phi i8 [ %38, %34 ], [ %19, %10 ]
%25 = add i8 %24, -65
%26 = icmp ult i8 %25, 27
br i1 %26, label %27, label %34
27: ; preds = %21
%28 = zext i8 %24 to i64
%29 = add nuw nsw i64 %28, 4294967231
%30 = and i64 %29, 4294967295
%31 = getelementptr inbounds double, double* %3, i64 %30
%32 = load double, double* %31
%33 = fadd double %32, %22
store double %33, double* %16
br label %34
34: ; preds = %21, %27
%35 = phi double [ %22, %21 ], [ %33, %27 ]
%36 = add nuw i64 %23, 1
%37 = getelementptr inbounds i8, i8* %18, i64 %36
%38 = load i8, i8* %37
%39 = icmp eq i8 %38, 0
br i1 %39, label %40, label %21
40: ; preds = %34, %10
%41 = add nuw nsw i64 %11, 1
%42 = icmp eq i64 %41, %9
br i1 %42, label %43, label %10
43: ; preds = %40, %5
ret void
}