#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
char *malloc(int);
int strlen(char *);
char *transfer_gaps(char *gapped_seq, char *inseq, char gap_char1,
                    char gap_char2) {
  if (gap_char1 == 0) {
    gap_char1 = '-';
  }
  if (gap_char2 == 0) {
    gap_char2 = '-';
  }
  int gapped_len = strlen(gapped_seq);
  char *outseq = malloc(sizeof(char) * gapped_len + 1);
  int g, o, i;
  for (g = 0, o = 0, i = 0; g < gapped_len; g++, o++) {
    if (gapped_seq[g] == gap_char1) {
      outseq[o] = gap_char2;
    } else {
      outseq[o] = inseq[i];
      i++;
    }
  }
  outseq[gapped_len] = '\0';
  return outseq;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<transfer_gaps>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %cl,%al
mov    %dl,%cl
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %cl,-0x11(%rbp)
mov    %al,-0x12(%rbp)
movsbl -0x11(%rbp),%eax
cmp    $0x0,%eax
jne    114b <transfer_gaps+0x2b>
movb   $0x2d,-0x11(%rbp)
movsbl -0x12(%rbp),%eax
cmp    $0x0,%eax
jne    115c <transfer_gaps+0x3c>
movb   $0x2d,-0x12(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,-0x18(%rbp)
movslq -0x18(%rbp),%rax
shl    $0x0,%rax
add    $0x1,%rax
mov    %eax,%edi
call   1040 <malloc@plt>
mov    %rax,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x18(%rbp),%eax
jge    1206 <transfer_gaps+0xe6>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
movsbl -0x11(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jne    11cb <transfer_gaps+0xab>
mov    -0x12(%rbp),%dl
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
jmp    11ea <transfer_gaps+0xca>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%dl
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    11ef <transfer_gaps+0xcf>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    1194 <transfer_gaps+0x74>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movb   $0x0,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x20(%rbp),%rax
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<transfer_gaps>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r12
push   %rbx
mov    %edx,%ebx
test   %bl,%bl
mov    $0x2d,%eax
cmove  %eax,%ebx
mov    %ecx,%r12d
mov    %rsi,%r14
mov    %rdi,%rbp
test   %r12b,%r12b
cmove  %eax,%r12d
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,%r15d
lea    0x1(%r15),%edi
call   1040 <malloc@plt>
test   %r15d,%r15d
jle    117e <transfer_gaps+0x5e>
mov    %r15d,%r8d
cmp    $0x1,%r15d
jne    118e <transfer_gaps+0x6e>
xor    %ecx,%ecx
xor    %esi,%esi
test   $0x1,%r8b
je     117e <transfer_gaps+0x5e>
cmp    %bl,0x0(%rbp,%rcx,1)
je     117a <transfer_gaps+0x5a>
movslq %esi,%rdx
mov    (%r14,%rdx,1),%r12b
mov    %r12b,(%rax,%rcx,1)
movslq %r15d,%rcx
movb   $0x0,(%rax,%rcx,1)
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret
mov    %r8d,%edi
and    $0xfffffffe,%edi
xor    %ecx,%ecx
xor    %esi,%esi
jmp    11b8 <transfer_gaps+0x98>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
movslq %esi,%rsi
movzbl (%r14,%rsi,1),%edx
add    $0x1,%esi
mov    %dl,0x1(%rax,%rcx,1)
add    $0x2,%rcx
cmp    %rcx,%rdi
je     1167 <transfer_gaps+0x47>
cmp    %bl,0x0(%rbp,%rcx,1)
jne    11d0 <transfer_gaps+0xb0>
mov    %r12d,%edx
jmp    11db <transfer_gaps+0xbb>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
movslq %esi,%rsi
movzbl (%r14,%rsi,1),%edx
add    $0x1,%esi
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
cmp    %bl,0x1(%rbp,%rcx,1)
jne    11a0 <transfer_gaps+0x80>
mov    %r12d,%edx
jmp    11ab <transfer_gaps+0x8b>

LLVM IR (-O0):
define i8* @transfer_gaps(i8* %0, i8* %1, i8 signext %2, i8 signext %3) {
%5 = alloca i8*
%6 = alloca i8*
%7 = alloca i8
%8 = alloca i8
%9 = alloca i32
%10 = alloca i8*
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
store i8* %0, i8** %5
store i8* %1, i8** %6
store i8 %2, i8* %7
store i8 %3, i8* %8
%14 = load i8, i8* %7
%15 = sext i8 %14 to i32
%16 = icmp eq i32 %15, 0
br i1 %16, label %17, label %18
17: ; preds = %4
store i8 45, i8* %7
br label %18
18: ; preds = %17, %4
%19 = load i8, i8* %8
%20 = sext i8 %19 to i32
%21 = icmp eq i32 %20, 0
br i1 %21, label %22, label %23
22: ; preds = %18
store i8 45, i8* %8
br label %23
23: ; preds = %22, %18
%24 = load i8*, i8** %5
%25 = call i32 @strlen(i8* %24)
store i32 %25, i32* %9
%26 = load i32, i32* %9
%27 = sext i32 %26 to i64
%28 = mul i64 1, %27
%29 = add i64 %28, 1
%30 = trunc i64 %29 to i32
%31 = call i8* @malloc(i32 %30)
store i8* %31, i8** %10
store i32 0, i32* %11
store i32 0, i32* %12
store i32 0, i32* %13
br label %32
32: ; preds = %65, %23
%33 = load i32, i32* %11
%34 = load i32, i32* %9
%35 = icmp slt i32 %33, %34
br i1 %35, label %36, label %70
36: ; preds = %32
%37 = load i8*, i8** %5
%38 = load i32, i32* %11
%39 = sext i32 %38 to i64
%40 = getelementptr inbounds i8, i8* %37, i64 %39
%41 = load i8, i8* %40
%42 = sext i8 %41 to i32
%43 = load i8, i8* %7
%44 = sext i8 %43 to i32
%45 = icmp eq i32 %42, %44
br i1 %45, label %46, label %52
46: ; preds = %36
%47 = load i8, i8* %8
%48 = load i8*, i8** %10
%49 = load i32, i32* %12
%50 = sext i32 %49 to i64
%51 = getelementptr inbounds i8, i8* %48, i64 %50
store i8 %47, i8* %51
br label %64
52: ; preds = %36
%53 = load i8*, i8** %6
%54 = load i32, i32* %13
%55 = sext i32 %54 to i64
%56 = getelementptr inbounds i8, i8* %53, i64 %55
%57 = load i8, i8* %56
%58 = load i8*, i8** %10
%59 = load i32, i32* %12
%60 = sext i32 %59 to i64
%61 = getelementptr inbounds i8, i8* %58, i64 %60
store i8 %57, i8* %61
%62 = load i32, i32* %13
%63 = add nsw i32 %62, 1
store i32 %63, i32* %13
br label %64
64: ; preds = %52, %46
br label %65
65: ; preds = %64
%66 = load i32, i32* %11
%67 = add nsw i32 %66, 1
store i32 %67, i32* %11
%68 = load i32, i32* %12
%69 = add nsw i32 %68, 1
store i32 %69, i32* %12
br label %32
70: ; preds = %32
%71 = load i8*, i8** %10
%72 = load i32, i32* %9
%73 = sext i32 %72 to i64
%74 = getelementptr inbounds i8, i8* %71, i64 %73
store i8 0, i8* %74
%75 = load i8*, i8** %10
ret i8* %75
}

LLVM IR (-O2):
define noalias i8* @transfer_gaps(i8* %0, i8* nocapture %1, i8 signext %2, i8 signext %3) {
%5 = icmp eq i8 %2, 0
%6 = select i1 %5, i8 45, i8 %2
%7 = icmp eq i8 %3, 0
%8 = select i1 %7, i8 45, i8 %3
%9 = tail call i32 @strlen(i8* %0)
%10 = add i32 %9, 1
%11 = tail call i8* @malloc(i32 %10)
%12 = icmp sgt i32 %9, 0
br i1 %12, label %13, label %66
13: ; preds = %4
%14 = zext i32 %9 to i64
%15 = and i64 %14, 1
%16 = icmp eq i32 %9, 1
br i1 %16, label %51, label %17
17: ; preds = %13
%18 = and i64 %14, 4294967294
br label %19
19: ; preds = %44, %17
%20 = phi i64 [ 0, %17 ], [ %48, %44 ]
%21 = phi i32 [ 0, %17 ], [ %46, %44 ]
%22 = phi i64 [ 0, %17 ], [ %49, %44 ]
%23 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %20
%24 = load i8, i8* %23
%25 = icmp eq i8 %24, %6
br i1 %25, label %31, label %26
26: ; preds = %19
%27 = sext i32 %21 to i64
%28 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %27
%29 = load i8, i8* %28
%30 = add nsw i32 %21, 1
br label %31
31: ; preds = %19, %26
%32 = phi i8 [ %29, %26 ], [ %8, %19 ]
%33 = phi i32 [ %30, %26 ], [ %21, %19 ]
%34 = getelementptr inbounds i8, i8* %11, i64 %20
store i8 %32, i8* %34
%35 = or i64 %20, 1
%36 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %35
%37 = load i8, i8* %36
%38 = icmp eq i8 %37, %6
br i1 %38, label %44, label %39
39: ; preds = %31
%40 = sext i32 %33 to i64
%41 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %40
%42 = load i8, i8* %41
%43 = add nsw i32 %33, 1
br label %44
44: ; preds = %39, %31
%45 = phi i8 [ %42, %39 ], [ %8, %31 ]
%46 = phi i32 [ %43, %39 ], [ %33, %31 ]
%47 = getelementptr inbounds i8, i8* %11, i64 %35
store i8 %45, i8* %47
%48 = add nuw nsw i64 %20, 2
%49 = add i64 %22, 2
%50 = icmp eq i64 %49, %18
br i1 %50, label %51, label %19
51: ; preds = %44, %13
%52 = phi i64 [ 0, %13 ], [ %48, %44 ]
%53 = phi i32 [ 0, %13 ], [ %46, %44 ]
%54 = icmp eq i64 %15, 0
br i1 %54, label %66, label %55
55: ; preds = %51
%56 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %52
%57 = load i8, i8* %56
%58 = icmp eq i8 %57, %6
br i1 %58, label %63, label %59
59: ; preds = %55
%60 = sext i32 %53 to i64
%61 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %60
%62 = load i8, i8* %61
br label %63
63: ; preds = %59, %55
%64 = phi i8 [ %62, %59 ], [ %8, %55 ]
%65 = getelementptr inbounds i8, i8* %11, i64 %52
store i8 %64, i8* %65
br label %66
66: ; preds = %63, %51, %4
%67 = sext i32 %9 to i64
%68 = getelementptr inbounds i8, i8* %11, i64 %67
store i8 0, i8* %68
ret i8* %11
}