void getcoms(double *pos, double *coms, double *masslist, int beads, int mols) {
  int i, j;
  double x, y, z, X, Y, Z, M;
  for (i = 0; i < mols; i++) {
    X = 0;
    Y = 0;
    Z = 0;
    M = 0;
    for (j = 0; j < beads; j++) {
      x = masslist[j] * pos[mols * i + 3 * j];
      y = masslist[j] * pos[mols * i + 3 * j + 1];
      z = masslist[j] * pos[mols * i + 3 * j + 2];
      X += x;
      Y += y;
      Z += z;
      M += masslist[j];
    }
    X /= M;
    Y /= M;
    Z /= M;
    coms[3 * i] = X;
    coms[3 * i + 1] = Y;
    coms[3 * i + 2] = Z;
  }
  return;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<getcoms>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %ecx,-0x1c(%rbp)
mov    %r8d,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x20(%rbp),%eax
jge    12c2 <getcoms+0x1c2>
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x48(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x50(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x58(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x60(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jge    1236 <getcoms+0x136>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%ecx
imul   -0x24(%rbp),%ecx
imul   $0x3,-0x28(%rbp),%edx
add    %edx,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mulsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x30(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%ecx
imul   -0x24(%rbp),%ecx
imul   $0x3,-0x28(%rbp),%edx
add    %edx,%ecx
add    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mulsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x38(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%ecx
imul   -0x24(%rbp),%ecx
imul   $0x3,-0x28(%rbp),%edx
add    %edx,%ecx
add    $0x2,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mulsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x40(%rbp)
movsd  -0x30(%rbp),%xmm0
addsd  -0x48(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x48(%rbp)
movsd  -0x38(%rbp),%xmm0
addsd  -0x50(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x50(%rbp)
movsd  -0x40(%rbp),%xmm0
addsd  -0x58(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x58(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
addsd  -0x60(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x60(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    1151 <getcoms+0x51>
movsd  -0x60(%rbp),%xmm1
movsd  -0x48(%rbp),%xmm0
divsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x48(%rbp)
movsd  -0x60(%rbp),%xmm1
movsd  -0x50(%rbp),%xmm0
divsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x50(%rbp)
movsd  -0x60(%rbp),%xmm1
movsd  -0x58(%rbp),%xmm0
divsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x58(%rbp)
movsd  -0x48(%rbp),%xmm0
mov    -0x10(%rbp),%rax
imul   $0x3,-0x24(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
movsd  -0x50(%rbp),%xmm0
mov    -0x10(%rbp),%rax
imul   $0x3,-0x24(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
movsd  -0x58(%rbp),%xmm0
mov    -0x10(%rbp),%rax
imul   $0x3,-0x24(%rbp),%ecx
add    $0x2,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    111e <getcoms+0x1e>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<getcoms>:
push   %rbx
test   %r8d,%r8d
jle    11cf <getcoms+0xcf>
mov    %r8d,%r8d
mov    %ecx,%eax
add    $0x10,%rdi
lea    0x0(,%r8,8),%r9
lea    (%rax,%rax,2),%r11
xor    %r10d,%r10d
jmp    1173 <getcoms+0x73>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
xorpd  %xmm2,%xmm2
xorpd  %xmm1,%xmm1
xorpd  %xmm0,%xmm0
xorpd  %xmm3,%xmm3
divsd  %xmm3,%xmm2
divsd  %xmm3,%xmm1
divsd  %xmm3,%xmm0
lea    (%r10,%r10,2),%rax
mov    %eax,%ebx
movsd  %xmm2,(%rsi,%rbx,8)
lea    0x1(%rax),%ebx
movsd  %xmm1,(%rsi,%rbx,8)
add    $0x2,%eax
movsd  %xmm0,(%rsi,%rax,8)
add    $0x1,%r10
add    %r9,%rdi
cmp    %r8,%r10
je     11cf <getcoms+0xcf>
test   %ecx,%ecx
jle    1130 <getcoms+0x30>
xorpd  %xmm3,%xmm3
mov    %rdx,%rax
xor    %ebx,%ebx
xorpd  %xmm0,%xmm0
xorpd  %xmm1,%xmm1
xorpd  %xmm2,%xmm2
nopl   0x0(%rax)
movsd  (%rax),%xmm4
movsd  -0x10(%rdi,%rbx,8),%xmm5
mulsd  %xmm4,%xmm5
addsd  %xmm5,%xmm2
movsd  -0x8(%rdi,%rbx,8),%xmm5
mulsd  %xmm4,%xmm5
addsd  %xmm5,%xmm1
addsd  %xmm4,%xmm3
mulsd  (%rdi,%rbx,8),%xmm4
addsd  %xmm4,%xmm0
add    $0x3,%rbx
add    $0x8,%rax
cmp    %rbx,%r11
jne    1190 <getcoms+0x90>
jmp    1140 <getcoms+0x40>
pop    %rbx
ret

LLVM IR (-O0):
define void @getcoms(double* %0, double* %1, double* %2, i32 %3, i32 %4) {
%6 = alloca double*
%7 = alloca double*
%8 = alloca double*
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca double
%14 = alloca double
%15 = alloca double
%16 = alloca double
%17 = alloca double
%18 = alloca double
%19 = alloca double
store double* %0, double** %6
store double* %1, double** %7
store double* %2, double** %8
store i32 %3, i32* %9
store i32 %4, i32* %10
store i32 0, i32* %11
br label %20
20: ; preds = %129, %5
%21 = load i32, i32* %11
%22 = load i32, i32* %10
%23 = icmp slt i32 %21, %22
br i1 %23, label %24, label %132
24: ; preds = %20
store double 0.000000e+00, double* %16
store double 0.000000e+00, double* %17
store double 0.000000e+00, double* %18
store double 0.000000e+00, double* %19
store i32 0, i32* %12
br label %25
25: ; preds = %96, %24
%26 = load i32, i32* %12
%27 = load i32, i32* %9
%28 = icmp slt i32 %26, %27
br i1 %28, label %29, label %99
29: ; preds = %25
%30 = load double*, double** %8
%31 = load i32, i32* %12
%32 = sext i32 %31 to i64
%33 = getelementptr inbounds double, double* %30, i64 %32
%34 = load double, double* %33
%35 = load double*, double** %6
%36 = load i32, i32* %10
%37 = load i32, i32* %11
%38 = mul nsw i32 %36, %37
%39 = load i32, i32* %12
%40 = mul nsw i32 3, %39
%41 = add nsw i32 %38, %40
%42 = sext i32 %41 to i64
%43 = getelementptr inbounds double, double* %35, i64 %42
%44 = load double, double* %43
%45 = fmul double %34, %44
store double %45, double* %13
%46 = load double*, double** %8
%47 = load i32, i32* %12
%48 = sext i32 %47 to i64
%49 = getelementptr inbounds double, double* %46, i64 %48
%50 = load double, double* %49
%51 = load double*, double** %6
%52 = load i32, i32* %10
%53 = load i32, i32* %11
%54 = mul nsw i32 %52, %53
%55 = load i32, i32* %12
%56 = mul nsw i32 3, %55
%57 = add nsw i32 %54, %56
%58 = add nsw i32 %57, 1
%59 = sext i32 %58 to i64
%60 = getelementptr inbounds double, double* %51, i64 %59
%61 = load double, double* %60
%62 = fmul double %50, %61
store double %62, double* %14
%63 = load double*, double** %8
%64 = load i32, i32* %12
%65 = sext i32 %64 to i64
%66 = getelementptr inbounds double, double* %63, i64 %65
%67 = load double, double* %66
%68 = load double*, double** %6
%69 = load i32, i32* %10
%70 = load i32, i32* %11
%71 = mul nsw i32 %69, %70
%72 = load i32, i32* %12
%73 = mul nsw i32 3, %72
%74 = add nsw i32 %71, %73
%75 = add nsw i32 %74, 2
%76 = sext i32 %75 to i64
%77 = getelementptr inbounds double, double* %68, i64 %76
%78 = load double, double* %77
%79 = fmul double %67, %78
store double %79, double* %15
%80 = load double, double* %13
%81 = load double, double* %16
%82 = fadd double %81, %80
store double %82, double* %16
%83 = load double, double* %14
%84 = load double, double* %17
%85 = fadd double %84, %83
store double %85, double* %17
%86 = load double, double* %15
%87 = load double, double* %18
%88 = fadd double %87, %86
store double %88, double* %18
%89 = load double*, double** %8
%90 = load i32, i32* %12
%91 = sext i32 %90 to i64
%92 = getelementptr inbounds double, double* %89, i64 %91
%93 = load double, double* %92
%94 = load double, double* %19
%95 = fadd double %94, %93
store double %95, double* %19
br label %96
96: ; preds = %29
%97 = load i32, i32* %12
%98 = add nsw i32 %97, 1
store i32 %98, i32* %12
br label %25
99: ; preds = %25
%100 = load double, double* %19
%101 = load double, double* %16
%102 = fdiv double %101, %100
store double %102, double* %16
%103 = load double, double* %19
%104 = load double, double* %17
%105 = fdiv double %104, %103
store double %105, double* %17
%106 = load double, double* %19
%107 = load double, double* %18
%108 = fdiv double %107, %106
store double %108, double* %18
%109 = load double, double* %16
%110 = load double*, double** %7
%111 = load i32, i32* %11
%112 = mul nsw i32 3, %111
%113 = sext i32 %112 to i64
%114 = getelementptr inbounds double, double* %110, i64 %113
store double %109, double* %114
%115 = load double, double* %17
%116 = load double*, double** %7
%117 = load i32, i32* %11
%118 = mul nsw i32 3, %117
%119 = add nsw i32 %118, 1
%120 = sext i32 %119 to i64
%121 = getelementptr inbounds double, double* %116, i64 %120
store double %115, double* %121
%122 = load double, double* %18
%123 = load double*, double** %7
%124 = load i32, i32* %11
%125 = mul nsw i32 3, %124
%126 = add nsw i32 %125, 2
%127 = sext i32 %126 to i64
%128 = getelementptr inbounds double, double* %123, i64 %127
store double %122, double* %128
br label %129
129: ; preds = %99
%130 = load i32, i32* %11
%131 = add nsw i32 %130, 1
store i32 %131, i32* %11
br label %20
132: ; preds = %20
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @getcoms(double* nocapture %0, double* nocapture writeonly %1, double* nocapture %2, i32 %3, i32 %4) {
%6 = icmp sgt i32 %4, 0
br i1 %6, label %7, label %62
7: ; preds = %5
%8 = icmp sgt i32 %3, 0
%9 = zext i32 %4 to i64
%10 = zext i32 %4 to i64
%11 = zext i32 %3 to i64
br label %12
12: ; preds = %7, %43
%13 = phi i64 [ 0, %7 ], [ %60, %43 ]
br i1 %8, label %14, label %43
14: ; preds = %12
%15 = mul nsw i64 %13, %9
br label %16
16: ; preds = %14, %16
%17 = phi i64 [ 0, %14 ], [ %41, %16 ]
%18 = phi double [ 0.000000e+00, %14 ], [ %40, %16 ]
%19 = phi double [ 0.000000e+00, %14 ], [ %39, %16 ]
%20 = phi double [ 0.000000e+00, %14 ], [ %38, %16 ]
%21 = phi double [ 0.000000e+00, %14 ], [ %37, %16 ]
%22 = getelementptr inbounds double, double* %2, i64 %17
%23 = load double, double* %22
%24 = mul nuw nsw i64 %17, 3
%25 = add nuw nsw i64 %24, %15
%26 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %25
%27 = load double, double* %26
%28 = fmul double %23, %27
%29 = add nuw nsw i64 %25, 1
%30 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %29
%31 = load double, double* %30
%32 = fmul double %23, %31
%33 = add nuw nsw i64 %25, 2
%34 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %33
%35 = load double, double* %34
%36 = fmul double %23, %35
%37 = fadd double %21, %28
%38 = fadd double %20, %32
%39 = fadd double %19, %36
%40 = fadd double %18, %23
%41 = add nuw nsw i64 %17, 1
%42 = icmp eq i64 %41, %11
br i1 %42, label %43, label %16
43: ; preds = %16, %12
%44 = phi double [ 0.000000e+00, %12 ], [ %37, %16 ]
%45 = phi double [ 0.000000e+00, %12 ], [ %38, %16 ]
%46 = phi double [ 0.000000e+00, %12 ], [ %39, %16 ]
%47 = phi double [ 0.000000e+00, %12 ], [ %40, %16 ]
%48 = fdiv double %44, %47
%49 = fdiv double %45, %47
%50 = fdiv double %46, %47
%51 = mul nuw nsw i64 %13, 3
%52 = and i64 %51, 4294967295
%53 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %52
store double %48, double* %53
%54 = add nuw i64 %51, 1
%55 = and i64 %54, 4294967295
%56 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %55
store double %49, double* %56
%57 = add nuw i64 %51, 2
%58 = and i64 %57, 4294967295
%59 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %58
store double %50, double* %59
%60 = add nuw nsw i64 %13, 1
%61 = icmp eq i64 %60, %10
br i1 %61, label %62, label %12
62: ; preds = %43, %5
ret void
}