int numdiff(int nsites, char *hap1, char *hap2) {
  int csite, sum;
  sum = 0;
  for (csite = 0; csite < nsites; ++csite)
    if (hap1[csite] != hap2[csite])
      ++sum;
  return sum;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<numdiff>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0x4(%rbp),%eax
jge    1165 <numdiff+0x65>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
movslq -0x1c(%rbp),%rdx
movsbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
cmp    %ecx,%eax
je     1152 <numdiff+0x52>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    1157 <numdiff+0x57>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    111d <numdiff+0x1d>
mov    -0x20(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<numdiff>:
test   %edi,%edi
jle    1116 <numdiff+0x16>
mov    %edi,%r9d
cmp    $0x8,%edi
jae    1119 <numdiff+0x19>
xor    %r10d,%r10d
xor    %eax,%eax
jmp    1280 <numdiff+0x180>
xor    %eax,%eax
ret
mov    %r9d,%r10d
and    $0xfffffff8,%r10d
lea    -0x8(%r10),%rax
mov    %rax,%r8
shr    $0x3,%r8
add    $0x1,%r8
test   %rax,%rax
je     129b <numdiff+0x19b>
mov    %r8,%rcx
and    $0xfffffffffffffffe,%rcx
pxor   %xmm0,%xmm0
xor    %eax,%eax
pcmpeqd %xmm2,%xmm2
movdqa 0xeaf(%rip),%xmm3
pxor   %xmm1,%xmm1
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
movd   (%rsi,%rax,1),%xmm4
movd   0x4(%rsi,%rax,1),%xmm6
movd   (%rdx,%rax,1),%xmm5
pcmpeqb %xmm4,%xmm5
movd   0x4(%rdx,%rax,1),%xmm4
pcmpeqb %xmm6,%xmm4
pxor   %xmm2,%xmm5
punpcklbw %xmm5,%xmm5
punpcklwd %xmm5,%xmm5
pand   %xmm3,%xmm5
paddd  %xmm0,%xmm5
pxor   %xmm2,%xmm4
punpcklbw %xmm4,%xmm4
punpcklwd %xmm4,%xmm4
pand   %xmm3,%xmm4
paddd  %xmm1,%xmm4
movd   0x8(%rsi,%rax,1),%xmm1
movd   0xc(%rsi,%rax,1),%xmm6
movd   0x8(%rdx,%rax,1),%xmm0
pcmpeqb %xmm1,%xmm0
movd   0xc(%rdx,%rax,1),%xmm1
pcmpeqb %xmm6,%xmm1
pxor   %xmm2,%xmm0
punpcklbw %xmm0,%xmm0
punpcklwd %xmm0,%xmm0
pand   %xmm3,%xmm0
paddd  %xmm5,%xmm0
pxor   %xmm2,%xmm1
punpcklbw %xmm1,%xmm1
punpcklwd %xmm1,%xmm1
pand   %xmm3,%xmm1
paddd  %xmm4,%xmm1
add    $0x10,%rax
add    $0xfffffffffffffffe,%rcx
jne    1160 <numdiff+0x60>
test   $0x1,%r8b
je     1254 <numdiff+0x154>
movd   (%rsi,%rax,1),%xmm2
movd   0x4(%rsi,%rax,1),%xmm3
movd   (%rdx,%rax,1),%xmm4
pcmpeqb %xmm2,%xmm4
movd   0x4(%rdx,%rax,1),%xmm2
pcmpeqb %xmm3,%xmm2
pcmpeqd %xmm3,%xmm3
pxor   %xmm3,%xmm4
punpcklbw %xmm4,%xmm4
punpcklwd %xmm4,%xmm4
movdqa 0xdc8(%rip),%xmm5
pand   %xmm5,%xmm4
paddd  %xmm4,%xmm0
pxor   %xmm3,%xmm2
punpcklbw %xmm2,%xmm2
punpcklwd %xmm2,%xmm2
pand   %xmm5,%xmm2
paddd  %xmm2,%xmm1
paddd  %xmm1,%xmm0
pshufd $0xee,%xmm0,%xmm1
paddd  %xmm0,%xmm1
pshufd $0x55,%xmm1,%xmm0
paddd  %xmm1,%xmm0
movd   %xmm0,%eax
cmp    %r9,%r10
je     129a <numdiff+0x19a>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
movzbl (%rsi,%r10,1),%ecx
xor    %edi,%edi
cmp    (%rdx,%r10,1),%cl
setne  %dil
add    %edi,%eax
add    $0x1,%r10
cmp    %r10,%r9
jne    1280 <numdiff+0x180>
ret
pxor   %xmm0,%xmm0
xor    %eax,%eax
pxor   %xmm1,%xmm1
test   $0x1,%r8b
jne    1202 <numdiff+0x102>
jmp    1254 <numdiff+0x154>

LLVM IR (-O0):
define i32 @numdiff(i32 %0, i8* %1, i8* %2) {
%4 = alloca i32
%5 = alloca i8*
%6 = alloca i8*
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
store i32 %0, i32* %4
store i8* %1, i8** %5
store i8* %2, i8** %6
store i32 0, i32* %8
store i32 0, i32* %7
br label %9
9: ; preds = %31, %3
%10 = load i32, i32* %7
%11 = load i32, i32* %4
%12 = icmp slt i32 %10, %11
br i1 %12, label %13, label %34
13: ; preds = %9
%14 = load i8*, i8** %5
%15 = load i32, i32* %7
%16 = sext i32 %15 to i64
%17 = getelementptr inbounds i8, i8* %14, i64 %16
%18 = load i8, i8* %17
%19 = sext i8 %18 to i32
%20 = load i8*, i8** %6
%21 = load i32, i32* %7
%22 = sext i32 %21 to i64
%23 = getelementptr inbounds i8, i8* %20, i64 %22
%24 = load i8, i8* %23
%25 = sext i8 %24 to i32
%26 = icmp ne i32 %19, %25
br i1 %26, label %27, label %30
27: ; preds = %13
%28 = load i32, i32* %8
%29 = add nsw i32 %28, 1
store i32 %29, i32* %8
br label %30
30: ; preds = %27, %13
br label %31
31: ; preds = %30
%32 = load i32, i32* %7
%33 = add nsw i32 %32, 1
store i32 %33, i32* %7
br label %9
34: ; preds = %9
%35 = load i32, i32* %8
ret i32 %35
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @numdiff(i32 %0, i8* nocapture %1, i8* nocapture %2) {
%4 = icmp sgt i32 %0, 0
br i1 %4, label %5, label %109
5: ; preds = %3
%6 = zext i32 %0 to i64
%7 = icmp ult i32 %0, 8
br i1 %7, label %94, label %8
8: ; preds = %5
%9 = and i64 %6, 4294967288
%10 = add nsw i64 %9, -8
%11 = lshr exact i64 %10, 3
%12 = add nuw nsw i64 %11, 1
%13 = and i64 %12, 1
%14 = icmp eq i64 %10, 0
br i1 %14, label %62, label %15
15: ; preds = %8
%16 = and i64 %12, 4611686018427387902
br label %17
17: ; preds = %17, %15
%18 = phi i64 [ 0, %15 ], [ %59, %17 ]
%19 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %15 ], [ %57, %17 ]
%20 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %15 ], [ %58, %17 ]
%21 = phi i64 [ 0, %15 ], [ %60, %17 ]
%22 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %18
%23 = bitcast i8* %22 to <4 x i8>*
%24 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %23
%25 = getelementptr inbounds i8, i8* %22, i64 4
%26 = bitcast i8* %25 to <4 x i8>*
%27 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %26
%28 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %18
%29 = bitcast i8* %28 to <4 x i8>*
%30 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %29
%31 = getelementptr inbounds i8, i8* %28, i64 4
%32 = bitcast i8* %31 to <4 x i8>*
%33 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %32
%34 = icmp ne <4 x i8> %24, %30
%35 = icmp ne <4 x i8> %27, %33
%36 = zext <4 x i1> %34 to <4 x i32>
%37 = zext <4 x i1> %35 to <4 x i32>
%38 = add <4 x i32> %19, %36
%39 = add <4 x i32> %20, %37
%40 = or i64 %18, 8
%41 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %40
%42 = bitcast i8* %41 to <4 x i8>*
%43 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %42
%44 = getelementptr inbounds i8, i8* %41, i64 4
%45 = bitcast i8* %44 to <4 x i8>*
%46 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %45
%47 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %40
%48 = bitcast i8* %47 to <4 x i8>*
%49 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %48
%50 = getelementptr inbounds i8, i8* %47, i64 4
%51 = bitcast i8* %50 to <4 x i8>*
%52 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %51
%53 = icmp ne <4 x i8> %43, %49
%54 = icmp ne <4 x i8> %46, %52
%55 = zext <4 x i1> %53 to <4 x i32>
%56 = zext <4 x i1> %54 to <4 x i32>
%57 = add <4 x i32> %38, %55
%58 = add <4 x i32> %39, %56
%59 = add nuw i64 %18, 16
%60 = add i64 %21, 2
%61 = icmp eq i64 %60, %16
br i1 %61, label %62, label %17
62: ; preds = %17, %8
%63 = phi <4 x i32> [ undef, %8 ], [ %57, %17 ]
%64 = phi <4 x i32> [ undef, %8 ], [ %58, %17 ]
%65 = phi i64 [ 0, %8 ], [ %59, %17 ]
%66 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %8 ], [ %57, %17 ]
%67 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %8 ], [ %58, %17 ]
%68 = icmp eq i64 %13, 0
br i1 %68, label %88, label %69
69: ; preds = %62
%70 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %65
%71 = bitcast i8* %70 to <4 x i8>*
%72 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %71
%73 = getelementptr inbounds i8, i8* %70, i64 4
%74 = bitcast i8* %73 to <4 x i8>*
%75 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %74
%76 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %65
%77 = bitcast i8* %76 to <4 x i8>*
%78 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %77
%79 = getelementptr inbounds i8, i8* %76, i64 4
%80 = bitcast i8* %79 to <4 x i8>*
%81 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %80
%82 = icmp ne <4 x i8> %72, %78
%83 = icmp ne <4 x i8> %75, %81
%84 = zext <4 x i1> %82 to <4 x i32>
%85 = zext <4 x i1> %83 to <4 x i32>
%86 = add <4 x i32> %66, %84
%87 = add <4 x i32> %67, %85
br label %88
88: ; preds = %62, %69
%89 = phi <4 x i32> [ %63, %62 ], [ %86, %69 ]
%90 = phi <4 x i32> [ %64, %62 ], [ %87, %69 ]
%91 = add <4 x i32> %90, %89
%92 = call i32 @llvm.vector.reduce.add.v4i32(<4 x i32> %91)
%93 = icmp eq i64 %9, %6
br i1 %93, label %109, label %94
94: ; preds = %5, %88
%95 = phi i64 [ 0, %5 ], [ %9, %88 ]
%96 = phi i32 [ 0, %5 ], [ %92, %88 ]
br label %97
97: ; preds = %94, %97
%98 = phi i64 [ %107, %97 ], [ %95, %94 ]
%99 = phi i32 [ %106, %97 ], [ %96, %94 ]
%100 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %98
%101 = load i8, i8* %100
%102 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %98
%103 = load i8, i8* %102
%104 = icmp ne i8 %101, %103
%105 = zext i1 %104 to i32
%106 = add nuw nsw i32 %99, %105
%107 = add nuw nsw i64 %98, 1
%108 = icmp eq i64 %107, %6
br i1 %108, label %109, label %97
109: ; preds = %97, %88, %3
%110 = phi i32 [ 0, %3 ], [ %92, %88 ], [ %106, %97 ]
ret i32 %110
}