void aln_init_score_array(unsigned char *seq, int len, int row,
                          int *score_matrix, int **s_array) {
  int *tmp, *tmp2, i, k;
  for (i = 0; i != row; ++i) {
    tmp = score_matrix + i * row;
    tmp2 = s_array[i];
    for (k = 0; k != len; ++k)
      tmp2[k] = tmp[seq[k]];
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<aln_init_score_array>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %edx,-0x10(%rbp)
mov    %rcx,-0x18(%rbp)
mov    %r8,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
cmp    -0x10(%rbp),%eax
je     11a4 <aln_init_score_array+0xa4>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
imul   -0x10(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
shl    $0x2,%rcx
add    %rcx,%rax
mov    %rax,-0x28(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    %rax,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x38(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
je     1191 <aln_init_score_array+0x91>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
movslq -0x38(%rbp),%rdx
movzbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    -0x30(%rbp),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
jmp    1159 <aln_init_score_array+0x59>
jmp    1196 <aln_init_score_array+0x96>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    111d <aln_init_score_array+0x1d>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<aln_init_score_array>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
test   %edx,%edx
je     11ca <aln_init_score_array+0xca>
mov    %esi,%r11d
movslq %edx,%r9
mov    %edx,%r14d
lea    -0x1(%r11),%r10
mov    %r11d,%r12d
and    $0x3,%r12d
and    $0xfffffffc,%r11d
xor    %r15d,%r15d
jmp    113d <aln_init_score_array+0x3d>
nop
add    $0x1,%r15
cmp    %r14,%r15
je     11ca <aln_init_score_array+0xca>
test   %esi,%esi
je     1130 <aln_init_score_array+0x30>
mov    %r15,%rax
imul   %r9,%rax
lea    (%rcx,%rax,4),%rdx
mov    (%r8,%r15,8),%r13
xor    %ebx,%ebx
cmp    $0x3,%r10
jb     119c <aln_init_score_array+0x9c>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
movzbl (%rdi,%rbx,1),%eax
mov    (%rdx,%rax,4),%eax
mov    %eax,0x0(%r13,%rbx,4)
movzbl 0x1(%rdi,%rbx,1),%eax
mov    (%rdx,%rax,4),%eax
mov    %eax,0x4(%r13,%rbx,4)
movzbl 0x2(%rdi,%rbx,1),%eax
mov    (%rdx,%rax,4),%eax
mov    %eax,0x8(%r13,%rbx,4)
movzbl 0x3(%rdi,%rbx,1),%eax
mov    (%rdx,%rax,4),%eax
mov    %eax,0xc(%r13,%rbx,4)
add    $0x4,%rbx
cmp    %rbx,%r11
jne    1160 <aln_init_score_array+0x60>
test   %r12,%r12
je     1130 <aln_init_score_array+0x30>
lea    0x0(%r13,%rbx,4),%r13
add    %rdi,%rbx
xor    %eax,%eax
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
movzbl (%rbx,%rax,1),%ebp
mov    (%rdx,%rbp,4),%ebp
mov    %ebp,0x0(%r13,%rax,4)
add    $0x1,%rax
cmp    %rax,%r12
jne    11b0 <aln_init_score_array+0xb0>
jmp    1130 <aln_init_score_array+0x30>
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @aln_init_score_array(i8* %0, i32 %1, i32 %2, i32* %3, i32** %4) {
%6 = alloca i8*
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32*
%10 = alloca i32**
%11 = alloca i32*
%12 = alloca i32*
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
store i8* %0, i8** %6
store i32 %1, i32* %7
store i32 %2, i32* %8
store i32* %3, i32** %9
store i32** %4, i32*** %10
store i32 0, i32* %13
br label %15
15: ; preds = %53, %5
%16 = load i32, i32* %13
%17 = load i32, i32* %8
%18 = icmp ne i32 %16, %17
br i1 %18, label %19, label %56
19: ; preds = %15
%20 = load i32*, i32** %9
%21 = load i32, i32* %13
%22 = load i32, i32* %8
%23 = mul nsw i32 %21, %22
%24 = sext i32 %23 to i64
%25 = getelementptr inbounds i32, i32* %20, i64 %24
store i32* %25, i32** %11
%26 = load i32**, i32*** %10
%27 = load i32, i32* %13
%28 = sext i32 %27 to i64
%29 = getelementptr inbounds i32*, i32** %26, i64 %28
%30 = load i32*, i32** %29
store i32* %30, i32** %12
store i32 0, i32* %14
br label %31
31: ; preds = %49, %19
%32 = load i32, i32* %14
%33 = load i32, i32* %7
%34 = icmp ne i32 %32, %33
br i1 %34, label %35, label %52
35: ; preds = %31
%36 = load i32*, i32** %11
%37 = load i8*, i8** %6
%38 = load i32, i32* %14
%39 = sext i32 %38 to i64
%40 = getelementptr inbounds i8, i8* %37, i64 %39
%41 = load i8, i8* %40
%42 = zext i8 %41 to i64
%43 = getelementptr inbounds i32, i32* %36, i64 %42
%44 = load i32, i32* %43
%45 = load i32*, i32** %12
%46 = load i32, i32* %14
%47 = sext i32 %46 to i64
%48 = getelementptr inbounds i32, i32* %45, i64 %47
store i32 %44, i32* %48
br label %49
49: ; preds = %35
%50 = load i32, i32* %14
%51 = add nsw i32 %50, 1
store i32 %51, i32* %14
br label %31
52: ; preds = %31
br label %53
53: ; preds = %52
%54 = load i32, i32* %13
%55 = add nsw i32 %54, 1
store i32 %55, i32* %13
br label %15
56: ; preds = %15
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @aln_init_score_array(i8* nocapture %0, i32 %1, i32 %2, i32* nocapture %3, i32** nocapture %4) {
%6 = icmp eq i32 %2, 0
br i1 %6, label %74, label %7
7: ; preds = %5
%8 = icmp eq i32 %1, 0
%9 = zext i32 %1 to i64
%10 = sext i32 %2 to i64
%11 = zext i32 %2 to i64
%12 = add nsw i64 %9, -1
%13 = and i64 %9, 3
%14 = icmp ult i64 %12, 3
%15 = and i64 %9, 4294967292
%16 = icmp eq i64 %13, 0
br label %17
17: ; preds = %7, %71
%18 = phi i64 [ 0, %7 ], [ %72, %71 ]
%19 = mul nsw i64 %18, %10
%20 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %19
%21 = getelementptr inbounds i32*, i32** %4, i64 %18
%22 = load i32*, i32** %21
br i1 %8, label %71, label %23
23: ; preds = %17
br i1 %14, label %57, label %24
24: ; preds = %23, %24
%25 = phi i64 [ %54, %24 ], [ 0, %23 ]
%26 = phi i64 [ %55, %24 ], [ 0, %23 ]
%27 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %25
%28 = load i8, i8* %27
%29 = zext i8 %28 to i64
%30 = getelementptr inbounds i32, i32* %20, i64 %29
%31 = load i32, i32* %30
%32 = getelementptr inbounds i32, i32* %22, i64 %25
store i32 %31, i32* %32
%33 = or i64 %25, 1
%34 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %33
%35 = load i8, i8* %34
%36 = zext i8 %35 to i64
%37 = getelementptr inbounds i32, i32* %20, i64 %36
%38 = load i32, i32* %37
%39 = getelementptr inbounds i32, i32* %22, i64 %33
store i32 %38, i32* %39
%40 = or i64 %25, 2
%41 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %40
%42 = load i8, i8* %41
%43 = zext i8 %42 to i64
%44 = getelementptr inbounds i32, i32* %20, i64 %43
%45 = load i32, i32* %44
%46 = getelementptr inbounds i32, i32* %22, i64 %40
store i32 %45, i32* %46
%47 = or i64 %25, 3
%48 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %47
%49 = load i8, i8* %48
%50 = zext i8 %49 to i64
%51 = getelementptr inbounds i32, i32* %20, i64 %50
%52 = load i32, i32* %51
%53 = getelementptr inbounds i32, i32* %22, i64 %47
store i32 %52, i32* %53
%54 = add nuw nsw i64 %25, 4
%55 = add i64 %26, 4
%56 = icmp eq i64 %55, %15
br i1 %56, label %57, label %24
57: ; preds = %24, %23
%58 = phi i64 [ 0, %23 ], [ %54, %24 ]
br i1 %16, label %71, label %59
59: ; preds = %57, %59
%60 = phi i64 [ %68, %59 ], [ %58, %57 ]
%61 = phi i64 [ %69, %59 ], [ 0, %57 ]
%62 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %60
%63 = load i8, i8* %62
%64 = zext i8 %63 to i64
%65 = getelementptr inbounds i32, i32* %20, i64 %64
%66 = load i32, i32* %65
%67 = getelementptr inbounds i32, i32* %22, i64 %60
store i32 %66, i32* %67
%68 = add nuw nsw i64 %60, 1
%69 = add i64 %61, 1
%70 = icmp eq i64 %69, %13
br i1 %70, label %71, label %59
71: ; preds = %57, %59, %17
%72 = add nuw nsw i64 %18, 1
%73 = icmp eq i64 %72, %11
br i1 %73, label %74, label %17
74: ; preds = %71, %5
ret void
}