#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int *malloc(int);
char toupper(char);
int *get_diffs_simple(char *cons, char *seqs[], int n_seqs) {
  int *diffs = malloc(sizeof(int) * n_seqs);
  int i = 0;
  while (cons[i] != 0) {
    cons[i] = toupper(cons[i]);
    i++;
  }
  for (i = 0; i < n_seqs; i++) {
    int in_gap;
    diffs[i] = 0;
    int j = 0;
    while (seqs[i][j] != 0 && cons[j] != 0) {
      if (cons[j] != '-' && seqs[i][j] != '-') {
        in_gap = 0;
      }
      if (toupper(seqs[i][j]) != cons[j]) {
        if (!in_gap) {
          diffs[i]++;
        }
      }
      if (cons[j] == '-' || seqs[i][j] == '-') {
        in_gap = 1;
      }
      j++;
    }
  }
  return diffs;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<get_diffs_simple>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
movslq -0x14(%rbp),%rax
shl    $0x2,%rax
mov    %eax,%edi
call   1040 <malloc@plt>
mov    %rax,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x0,%eax
je     118e <get_diffs_simple+0x6e>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%edi
call   1030 <toupper@plt>
mov    %al,%dl
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    114d <get_diffs_simple+0x2d>
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    12e1 <get_diffs_simple+0x1c1>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
movl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%ecx
xor    %eax,%eax
cmp    $0x0,%ecx
mov    %al,-0x2d(%rbp)
je     11ee <get_diffs_simple+0xce>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x0,%eax
setne  %al
mov    %al,-0x2d(%rbp)
mov    -0x2d(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    11fe <get_diffs_simple+0xde>
jmp    12ce <get_diffs_simple+0x1ae>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     1237 <get_diffs_simple+0x117>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     1237 <get_diffs_simple+0x117>
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%edi
call   1030 <toupper@plt>
movsbl %al,%eax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
movslq -0x2c(%rbp),%rdx
movsbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
cmp    %ecx,%eax
je     1287 <get_diffs_simple+0x167>
cmpl   $0x0,-0x28(%rbp)
jne    1282 <get_diffs_simple+0x162>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
jmp    1287 <get_diffs_simple+0x167>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     12b9 <get_diffs_simple+0x199>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
jne    12c0 <get_diffs_simple+0x1a0>
movl   $0x1,-0x28(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    11b7 <get_diffs_simple+0x97>
jmp    12d3 <get_diffs_simple+0x1b3>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1195 <get_diffs_simple+0x75>
mov    -0x20(%rbp),%rax
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<get_diffs_simple>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x18,%rsp
mov    %edx,%r12d
mov    %rsi,%r14
mov    %rdi,%rbx
lea    0x0(,%r12,4),%edi
call   1040 <malloc@plt>
mov    %rax,0x8(%rsp)
mov    (%rbx),%al
test   %al,%al
je     1177 <get_diffs_simple+0x57>
lea    0x1(%rbx),%rbp
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
movsbl %al,%edi
call   1030 <toupper@plt>
mov    %al,-0x1(%rbp)
movzbl 0x0(%rbp),%eax
add    $0x1,%rbp
test   %al,%al
jne    1160 <get_diffs_simple+0x40>
test   %r12d,%r12d
jle    1222 <get_diffs_simple+0x102>
mov    %r12d,%eax
mov    %rax,0x10(%rsp)
xor    %ebp,%ebp
jmp    119f <get_diffs_simple+0x7f>
nopl   0x0(%rax)
add    $0x1,%rbp
cmp    0x10(%rsp),%rbp
je     1222 <get_diffs_simple+0x102>
mov    0x8(%rsp),%rax
movl   $0x0,(%rax,%rbp,4)
mov    (%r14,%rbp,8),%rax
mov    (%rax),%al
test   %al,%al
je     1190 <get_diffs_simple+0x70>
xor    %r13d,%r13d
xor    %r15d,%r15d
jmp    11d4 <get_diffs_simple+0xb4>
nopl   (%rax)
mov    $0x1,%r12d
movzbl 0x1(%rax,%r15,1),%eax
add    $0x1,%r15
test   %al,%al
je     1190 <get_diffs_simple+0x70>
movzbl (%rbx,%r15,1),%ecx
cmp    $0x2d,%cl
je     11ed <get_diffs_simple+0xcd>
test   %cl,%cl
je     1190 <get_diffs_simple+0x70>
cmp    $0x2d,%al
mov    $0x0,%ecx
cmovne %ecx,%r12d
movsbl %al,%edi
call   1030 <toupper@plt>
movzbl (%rbx,%r15,1),%ecx
cmp    %cl,%al
je     1210 <get_diffs_simple+0xf0>
test   %r12d,%r12d
jne    1210 <get_diffs_simple+0xf0>
add    $0x1,%r13d
mov    0x8(%rsp),%rax
mov    %r13d,(%rax,%rbp,4)
mov    (%r14,%rbp,8),%rax
cmp    $0x2d,%cl
je     11c0 <get_diffs_simple+0xa0>
cmpb   $0x2d,(%rax,%r15,1)
je     11c0 <get_diffs_simple+0xa0>
jmp    11c6 <get_diffs_simple+0xa6>
mov    0x8(%rsp),%rax
add    $0x18,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32* @get_diffs_simple(i8* %0, i8** %1, i32 %2) {
%4 = alloca i8*
%5 = alloca i8**
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32*
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
store i8* %0, i8** %4
store i8** %1, i8*** %5
store i32 %2, i32* %6
%11 = load i32, i32* %6
%12 = sext i32 %11 to i64
%13 = mul i64 4, %12
%14 = trunc i64 %13 to i32
%15 = call i32* @malloc(i32 %14)
store i32* %15, i32** %7
store i32 0, i32* %8
br label %16
16: ; preds = %24, %3
%17 = load i8*, i8** %4
%18 = load i32, i32* %8
%19 = sext i32 %18 to i64
%20 = getelementptr inbounds i8, i8* %17, i64 %19
%21 = load i8, i8* %20
%22 = sext i8 %21 to i32
%23 = icmp ne i32 %22, 0
br i1 %23, label %24, label %37
24: ; preds = %16
%25 = load i8*, i8** %4
%26 = load i32, i32* %8
%27 = sext i32 %26 to i64
%28 = getelementptr inbounds i8, i8* %25, i64 %27
%29 = load i8, i8* %28
%30 = call signext i8 @toupper(i8 signext %29)
%31 = load i8*, i8** %4
%32 = load i32, i32* %8
%33 = sext i32 %32 to i64
%34 = getelementptr inbounds i8, i8* %31, i64 %33
store i8 %30, i8* %34
%35 = load i32, i32* %8
%36 = add nsw i32 %35, 1
store i32 %36, i32* %8
br label %16
37: ; preds = %16
store i32 0, i32* %8
br label %38
38: ; preds = %145, %37
%39 = load i32, i32* %8
%40 = load i32, i32* %6
%41 = icmp slt i32 %39, %40
br i1 %41, label %42, label %148
42: ; preds = %38
%43 = load i32*, i32** %7
%44 = load i32, i32* %8
%45 = sext i32 %44 to i64
%46 = getelementptr inbounds i32, i32* %43, i64 %45
store i32 0, i32* %46
store i32 0, i32* %10
br label %47
47: ; preds = %141, %42
%48 = load i8**, i8*** %5
%49 = load i32, i32* %8
%50 = sext i32 %49 to i64
%51 = getelementptr inbounds i8*, i8** %48, i64 %50
%52 = load i8*, i8** %51
%53 = load i32, i32* %10
%54 = sext i32 %53 to i64
%55 = getelementptr inbounds i8, i8* %52, i64 %54
%56 = load i8, i8* %55
%57 = sext i8 %56 to i32
%58 = icmp ne i32 %57, 0
br i1 %58, label %59, label %67
59: ; preds = %47
%60 = load i8*, i8** %4
%61 = load i32, i32* %10
%62 = sext i32 %61 to i64
%63 = getelementptr inbounds i8, i8* %60, i64 %62
%64 = load i8, i8* %63
%65 = sext i8 %64 to i32
%66 = icmp ne i32 %65, 0
br label %67
67: ; preds = %59, %47
%68 = phi i1 [ false, %47 ], [ %66, %59 ]
br i1 %68, label %69, label %144
69: ; preds = %67
%70 = load i8*, i8** %4
%71 = load i32, i32* %10
%72 = sext i32 %71 to i64
%73 = getelementptr inbounds i8, i8* %70, i64 %72
%74 = load i8, i8* %73
%75 = sext i8 %74 to i32
%76 = icmp ne i32 %75, 45
br i1 %76, label %77, label %90
77: ; preds = %69
%78 = load i8**, i8*** %5
%79 = load i32, i32* %8
%80 = sext i32 %79 to i64
%81 = getelementptr inbounds i8*, i8** %78, i64 %80
%82 = load i8*, i8** %81
%83 = load i32, i32* %10
%84 = sext i32 %83 to i64
%85 = getelementptr inbounds i8, i8* %82, i64 %84
%86 = load i8, i8* %85
%87 = sext i8 %86 to i32
%88 = icmp ne i32 %87, 45
br i1 %88, label %89, label %90
89: ; preds = %77
store i32 0, i32* %9
br label %90
90: ; preds = %89, %77, %69
%91 = load i8**, i8*** %5
%92 = load i32, i32* %8
%93 = sext i32 %92 to i64
%94 = getelementptr inbounds i8*, i8** %91, i64 %93
%95 = load i8*, i8** %94
%96 = load i32, i32* %10
%97 = sext i32 %96 to i64
%98 = getelementptr inbounds i8, i8* %95, i64 %97
%99 = load i8, i8* %98
%100 = call signext i8 @toupper(i8 signext %99)
%101 = sext i8 %100 to i32
%102 = load i8*, i8** %4
%103 = load i32, i32* %10
%104 = sext i32 %103 to i64
%105 = getelementptr inbounds i8, i8* %102, i64 %104
%106 = load i8, i8* %105
%107 = sext i8 %106 to i32
%108 = icmp ne i32 %101, %107
br i1 %108, label %109, label %120
109: ; preds = %90
%110 = load i32, i32* %9
%111 = icmp ne i32 %110, 0
br i1 %111, label %119, label %112
112: ; preds = %109
%113 = load i32*, i32** %7
%114 = load i32, i32* %8
%115 = sext i32 %114 to i64
%116 = getelementptr inbounds i32, i32* %113, i64 %115
%117 = load i32, i32* %116
%118 = add nsw i32 %117, 1
store i32 %118, i32* %116
br label %119
119: ; preds = %112, %109
br label %120
120: ; preds = %119, %90
%121 = load i8*, i8** %4
%122 = load i32, i32* %10
%123 = sext i32 %122 to i64
%124 = getelementptr inbounds i8, i8* %121, i64 %123
%125 = load i8, i8* %124
%126 = sext i8 %125 to i32
%127 = icmp eq i32 %126, 45
br i1 %127, label %140, label %128
128: ; preds = %120
%129 = load i8**, i8*** %5
%130 = load i32, i32* %8
%131 = sext i32 %130 to i64
%132 = getelementptr inbounds i8*, i8** %129, i64 %131
%133 = load i8*, i8** %132
%134 = load i32, i32* %10
%135 = sext i32 %134 to i64
%136 = getelementptr inbounds i8, i8* %133, i64 %135
%137 = load i8, i8* %136
%138 = sext i8 %137 to i32
%139 = icmp eq i32 %138, 45
br i1 %139, label %140, label %141
140: ; preds = %128, %120
store i32 1, i32* %9
br label %141
141: ; preds = %140, %128
%142 = load i32, i32* %10
%143 = add nsw i32 %142, 1
store i32 %143, i32* %10
br label %47
144: ; preds = %67
br label %145
145: ; preds = %144
%146 = load i32, i32* %8
%147 = add nsw i32 %146, 1
store i32 %147, i32* %8
br label %38
148: ; preds = %38
%149 = load i32*, i32** %7
ret i32* %149
}

LLVM IR (-O2):
define noalias i32* @get_diffs_simple(i8* nocapture %0, i8** nocapture %1, i32 %2) {
%4 = shl i32 %2, 2
%5 = tail call i32* @malloc(i32 %4)
%6 = load i8, i8* %0
%7 = icmp eq i8 %6, 0
br i1 %7, label %8, label %12
8: ; preds = %12, %3
%9 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %9, label %10, label %67
10: ; preds = %8
%11 = zext i32 %2 to i64
br label %21
12: ; preds = %3, %12
%13 = phi i64 [ %17, %12 ], [ 0, %3 ]
%14 = phi i8 [ %19, %12 ], [ %6, %3 ]
%15 = phi i8* [ %18, %12 ], [ %0, %3 ]
%16 = tail call signext i8 @toupper(i8 signext %14)
store i8 %16, i8* %15
%17 = add nuw i64 %13, 1
%18 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %17
%19 = load i8, i8* %18
%20 = icmp eq i8 %19, 0
br i1 %20, label %8, label %12
21: ; preds = %10, %63
%22 = phi i64 [ 0, %10 ], [ %65, %63 ]
%23 = phi i32 [ undef, %10 ], [ %64, %63 ]
%24 = getelementptr inbounds i32, i32* %5, i64 %22
store i32 0, i32* %24
%25 = getelementptr inbounds i8*, i8** %1, i64 %22
%26 = load i8*, i8** %25
%27 = load i8, i8* %26
%28 = icmp eq i8 %27, 0
br i1 %28, label %63, label %29
29: ; preds = %21, %57
%30 = phi i32 [ %49, %57 ], [ 0, %21 ]
%31 = phi i64 [ %59, %57 ], [ 0, %21 ]
%32 = phi i8 [ %61, %57 ], [ %27, %21 ]
%33 = phi i32 [ %58, %57 ], [ %23, %21 ]
%34 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %31
%35 = load i8, i8* %34
switch i8 %35, label %36 [
i8 0, label %63
i8 45, label %39
]
36: ; preds = %29
%37 = icmp eq i8 %32, 45
%38 = select i1 %37, i32 %33, i32 0
br label %39
39: ; preds = %36, %29
%40 = phi i32 [ %33, %29 ], [ %38, %36 ]
%41 = tail call signext i8 @toupper(i8 signext %32)
%42 = load i8, i8* %34
%43 = icmp eq i8 %41, %42
%44 = icmp ne i32 %40, 0
%45 = select i1 %43, i1 true, i1 %44
br i1 %45, label %48, label %46
46: ; preds = %39
%47 = add nsw i32 %30, 1
store i32 %47, i32* %24
br label %48
48: ; preds = %46, %39
%49 = phi i32 [ %47, %46 ], [ %30, %39 ]
%50 = icmp eq i8 %42, 45
%51 = load i8*, i8** %25
br i1 %50, label %56, label %52
52: ; preds = %48
%53 = getelementptr inbounds i8, i8* %51, i64 %31
%54 = load i8, i8* %53
%55 = icmp eq i8 %54, 45
br i1 %55, label %56, label %57
56: ; preds = %48, %52
br label %57
57: ; preds = %56, %52
%58 = phi i32 [ 1, %56 ], [ %40, %52 ]
%59 = add nuw i64 %31, 1
%60 = getelementptr inbounds i8, i8* %51, i64 %59
%61 = load i8, i8* %60
%62 = icmp eq i8 %61, 0
br i1 %62, label %63, label %29
63: ; preds = %57, %29, %21
%64 = phi i32 [ %23, %21 ], [ %33, %29 ], [ %58, %57 ]
%65 = add nuw nsw i64 %22, 1
%66 = icmp eq i64 %65, %11
br i1 %66, label %67, label %21
67: ; preds = %63, %8
ret i32* %5
}