#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */
struct timeb {
  int dummy;
};

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ ftime(struct timeb *);
int max3(int, int, int);
int min3(int, int, int);
int /*<<< orphan*/ printf(char *, long);
long time_difference(struct timeb, struct timeb);
void crm_faster_3motifs_allt(char ***motif_counts, int **init_bin_boundary,
                             int **finit_bin_boundary, int **crm_positions,
                             int max_crm_positions, int m1, int m2, int m3,
                             int N, int window_bins, int n_transcripts,
                             int max_n_transcripts,
                             int **occurrences_per_transcript, int report_all,
                             int *crm_output) {
  int errorcode = 0;
  int transcript;
  int n_tr = 0;
  int n_crm_init;
  int bin_init1, bin_init2, bin_init3, bin_init;
  int bin_finit1, bin_finit2, bin_finit3, bin_finit;
  int bin;
  int n_crm = 0;
  int n1, n2, n3;
  int n_cooc;
  int total_n1, total_n2, total_n3;
  int function_verbose = 0;
  struct timeb ti, tf;
  long tdif;
  if (function_verbose == 1)
    ftime(&ti);
  if (max_n_transcripts < 0)
    max_n_transcripts = n_transcripts;
  transcript = 0;
  while ((transcript < n_transcripts) & (n_tr <= max_n_transcripts)) {
    transcript++;
    total_n1 = occurrences_per_transcript[m1][transcript];
    total_n2 = occurrences_per_transcript[m2][transcript];
    total_n3 = occurrences_per_transcript[m3][transcript];
    if ((total_n1 + total_n2 + total_n3) >= N) {
      bin_init1 = init_bin_boundary[m1][transcript];
      bin_init2 = init_bin_boundary[m2][transcript];
      bin_init3 = init_bin_boundary[m3][transcript];
      bin_init = min3(bin_init1, bin_init2, bin_init3);
      bin_finit1 = finit_bin_boundary[m1][transcript];
      bin_finit2 = finit_bin_boundary[m2][transcript];
      bin_finit3 = finit_bin_boundary[m3][transcript];
      bin_finit = max3(bin_finit1, bin_finit2, bin_finit3);
      bin = bin_init;
      n_crm_init = n_crm;
      if (report_all == 1) {
        while (bin <= bin_finit) {
          n_cooc = motif_counts[m1][bin][transcript] +
                   motif_counts[m2][bin][transcript] +
                   motif_counts[m3][bin][transcript];
          if (n_cooc >= N) {
            n_crm++;
            if (n_crm > max_crm_positions) {
              errorcode++;
            } else {
              crm_positions[n_crm][1] = transcript;
              crm_positions[n_crm][2] = bin;
              crm_positions[n_crm][3] = n_cooc;
            }
            bin += window_bins;
          } else {
            bin++;
          }
        }
      } else {
        while (bin <= bin_finit) {
          n_cooc = motif_counts[m1][bin][transcript] +
                   motif_counts[m2][bin][transcript] +
                   motif_counts[m3][bin][transcript];
          if (n_cooc >= N) {
            n_crm++;
            bin += window_bins;
          } else {
            bin++;
          }
        }
      }
      if (n_crm > n_crm_init)
        n_tr++;
    }
  }
  crm_output[0] = n_crm;
  crm_output[1] = n_tr;
  crm_output[2] = errorcode;
  if (function_verbose == 1) {
    ftime(&tf);
    tdif = time_difference(ti, tf);
    printf("crm_faster_3motifs_allt\t%ld msec cpu time\n", tdif);
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<crm_faster_3motifs_allt>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0xa0,%rsp
mov    0x50(%rbp),%rax
mov    0x48(%rbp),%eax
mov    0x40(%rbp),%rax
mov    0x38(%rbp),%eax
mov    0x30(%rbp),%eax
mov    0x28(%rbp),%eax
mov    0x20(%rbp),%eax
mov    0x18(%rbp),%eax
mov    0x10(%rbp),%eax
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8d,-0x24(%rbp)
mov    %r9d,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
movl   $0x0,-0x60(%rbp)
movl   $0x0,-0x80(%rbp)
cmpl   $0x1,-0x80(%rbp)
jne    11c2 <crm_faster_3motifs_allt+0x72>
lea    -0x88(%rbp),%rdi
call   1070 <ftime@plt>
cmpl   $0x0,0x38(%rbp)
jge    11d2 <crm_faster_3motifs_allt+0x82>
mov    0x30(%rbp),%eax
mov    %eax,0x38(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    0x30(%rbp),%eax
setl   %al
and    $0x1,%al
movzbl %al,%eax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
cmp    0x38(%rbp),%ecx
setle  %cl
and    $0x1,%cl
movzbl %cl,%ecx
and    %ecx,%eax
cmp    $0x0,%eax
je     14cd <crm_faster_3motifs_allt+0x37d>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    0x40(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x74(%rbp)
mov    0x40(%rbp),%rax
movslq 0x10(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x78(%rbp)
mov    0x40(%rbp),%rax
movslq 0x18(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x7c(%rbp)
mov    -0x74(%rbp),%eax
add    -0x78(%rbp),%eax
add    -0x7c(%rbp),%eax
cmp    0x20(%rbp),%eax
jl     14c8 <crm_faster_3motifs_allt+0x378>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq 0x10(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x40(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq 0x18(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x44(%rbp)
mov    -0x3c(%rbp),%edi
mov    -0x40(%rbp),%esi
mov    -0x44(%rbp),%edx
call   1030 <min3@plt>
mov    %eax,-0x48(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x4c(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq 0x10(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x50(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq 0x18(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x54(%rbp)
mov    -0x4c(%rbp),%edi
mov    -0x50(%rbp),%esi
mov    -0x54(%rbp),%edx
call   1050 <max3@plt>
mov    %eax,-0x58(%rbp)
mov    -0x48(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x5c(%rbp)
mov    -0x60(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
cmpl   $0x1,0x48(%rbp)
jne    140c <crm_faster_3motifs_allt+0x2bc>
jmp    131f <crm_faster_3motifs_allt+0x1cf>
mov    -0x5c(%rbp),%eax
cmp    -0x58(%rbp),%eax
jg     1407 <crm_faster_3motifs_allt+0x2b7>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x5c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
movslq 0x10(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rcx
movslq -0x5c(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rcx
movslq -0x30(%rbp),%rdx
movsbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
add    %ecx,%eax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
movslq 0x18(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rcx
movslq -0x5c(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rcx
movslq -0x30(%rbp),%rdx
movsbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
add    %ecx,%eax
mov    %eax,-0x70(%rbp)
mov    -0x70(%rbp),%eax
cmp    0x20(%rbp),%eax
jl     13f9 <crm_faster_3motifs_allt+0x2a9>
mov    -0x60(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x60(%rbp)
mov    -0x60(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jle    13b5 <crm_faster_3motifs_allt+0x265>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    13eb <crm_faster_3motifs_allt+0x29b>
mov    -0x30(%rbp),%ecx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x60(%rbp),%rdx
mov    (%rax,%rdx,8),%rax
mov    %ecx,0x4(%rax)
mov    -0x5c(%rbp),%ecx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x60(%rbp),%rdx
mov    (%rax,%rdx,8),%rax
mov    %ecx,0x8(%rax)
mov    -0x70(%rbp),%ecx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x60(%rbp),%rdx
mov    (%rax,%rdx,8),%rax
mov    %ecx,0xc(%rax)
mov    0x28(%rbp),%eax
add    -0x5c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x5c(%rbp)
jmp    1402 <crm_faster_3motifs_allt+0x2b2>
mov    -0x5c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x5c(%rbp)
jmp    131f <crm_faster_3motifs_allt+0x1cf>
jmp    14ae <crm_faster_3motifs_allt+0x35e>
jmp    1411 <crm_faster_3motifs_allt+0x2c1>
mov    -0x5c(%rbp),%eax
cmp    -0x58(%rbp),%eax
jg     14a9 <crm_faster_3motifs_allt+0x359>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x5c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
movslq 0x10(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rcx
movslq -0x5c(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rcx
movslq -0x30(%rbp),%rdx
movsbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
add    %ecx,%eax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
movslq 0x18(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rcx
movslq -0x5c(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rcx
movslq -0x30(%rbp),%rdx
movsbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
add    %ecx,%eax
mov    %eax,-0x70(%rbp)
mov    -0x70(%rbp),%eax
cmp    0x20(%rbp),%eax
jl     149b <crm_faster_3motifs_allt+0x34b>
mov    -0x60(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x60(%rbp)
mov    0x28(%rbp),%eax
add    -0x5c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x5c(%rbp)
jmp    14a4 <crm_faster_3motifs_allt+0x354>
mov    -0x5c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x5c(%rbp)
jmp    1411 <crm_faster_3motifs_allt+0x2c1>
jmp    14ae <crm_faster_3motifs_allt+0x35e>
mov    -0x60(%rbp),%eax
cmp    -0x38(%rbp),%eax
jle    14c3 <crm_faster_3motifs_allt+0x373>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    14c8 <crm_faster_3motifs_allt+0x378>
jmp    11d9 <crm_faster_3motifs_allt+0x89>
mov    -0x60(%rbp),%ecx
mov    0x50(%rbp),%rax
mov    %ecx,(%rax)
mov    -0x34(%rbp),%ecx
mov    0x50(%rbp),%rax
mov    %ecx,0x4(%rax)
mov    -0x2c(%rbp),%ecx
mov    0x50(%rbp),%rax
mov    %ecx,0x8(%rax)
cmpl   $0x1,-0x80(%rbp)
jne    152b <crm_faster_3motifs_allt+0x3db>
lea    -0x90(%rbp),%rdi
call   1070 <ftime@plt>
mov    -0x88(%rbp),%edi
mov    -0x90(%rbp),%esi
call   1060 <time_difference@plt>
mov    %rax,-0x98(%rbp)
mov    -0x98(%rbp),%rsi
lea    0xada(%rip),%rdi
call   1040 <printf@plt>
add    $0xa0,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<crm_faster_3motifs_allt>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x58,%rsp
mov    %rdx,0x50(%rsp)
mov    %rsi,0x48(%rsp)
mov    %rdi,0x30(%rsp)
mov    0xb0(%rsp),%eax
mov    0xb8(%rsp),%r12d
test   %r12d,%r12d
cmovs  %eax,%r12d
xor    %r15d,%r15d
test   %r12d,%r12d
js     13d7 <crm_faster_3motifs_allt+0x2b7>
mov    $0x0,%ebp
movl   $0x0,0x4(%rsp)
test   %eax,%eax
jle    13e1 <crm_faster_3motifs_allt+0x2c1>
mov    0xc0(%rsp),%rbx
mov    0xa0(%rsp),%r14d
movslq %r9d,%r9
movslq 0x90(%rsp),%r10
movslq 0x98(%rsp),%r11
mov    %eax,%edi
xor    %r13d,%r13d
movl   $0x0,0x4(%rsp)
xor    %ebp,%ebp
xor    %r15d,%r15d
mov    %rcx,0x38(%rsp)
mov    %r12d,0x24(%rsp)
mov    %r9,0x18(%rsp)
mov    %r10,0x10(%rsp)
mov    %r8d,0x20(%rsp)
mov    %r11,0x8(%rsp)
mov    %rdi,0x40(%rsp)
nopl   0x0(%rax)
mov    (%rbx,%r9,8),%rax
mov    (%rbx,%r10,8),%rdx
mov    0x4(%rdx,%r13,4),%esi
mov    (%rbx,%r11,8),%rdx
add    0x4(%rax,%r13,4),%esi
add    0x4(%rdx,%r13,4),%esi
add    $0x1,%r13
cmp    %r14d,%esi
jl     134d <crm_faster_3motifs_allt+0x22d>
mov    %ebp,0x28(%rsp)
mov    0x48(%rsp),%rcx
mov    (%rcx,%r9,8),%rax
mov    (%rax,%r13,4),%edi
mov    (%rcx,%r10,8),%rax
mov    (%rax,%r13,4),%esi
mov    (%rcx,%r11,8),%rax
mov    (%rax,%r13,4),%edx
mov    %r9,%rbx
mov    %r10,%r12
mov    %r11,%r14
call   1030 <min3@plt>
mov    %eax,%ebp
mov    0x50(%rsp),%rcx
mov    (%rcx,%rbx,8),%rax
mov    (%rax,%r13,4),%edi
mov    (%rcx,%r12,8),%rax
mov    (%rax,%r13,4),%esi
mov    (%rcx,%r14,8),%rax
mov    (%rax,%r13,4),%edx
call   1040 <max3@plt>
cmpl   $0x1,0xc8(%rsp)
01
mov    %r15d,0x2c(%rsp)
jne    1310 <crm_faster_3motifs_allt+0x1f0>
cmp    %eax,%ebp
mov    0x20(%rsp),%r8d
jg     1314 <crm_faster_3motifs_allt+0x1f4>
mov    0x30(%rsp),%rcx
mov    0x18(%rsp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%r11
mov    0x10(%rsp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%r9
mov    0x8(%rsp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%r10
mov    %r15d,%r12d
mov    0x38(%rsp),%rcx
mov    0xa0(%rsp),%r14d
jmp    12ac <crm_faster_3motifs_allt+0x18c>
nopl   (%rax)
mov    %r12d,%r15d
add    %edx,%ebp
mov    %r15d,%r12d
cmp    %eax,%ebp
jg     131c <crm_faster_3motifs_allt+0x1fc>
movslq %ebp,%rbx
mov    (%r11,%rbx,8),%rdx
movsbl (%rdx,%r13,1),%edx
mov    (%r9,%rbx,8),%rsi
movsbl (%rsi,%r13,1),%edi
add    %edx,%edi
mov    (%r10,%rbx,8),%rdx
movsbl (%rdx,%r13,1),%esi
add    %edi,%esi
mov    $0x1,%edx
cmp    %r14d,%esi
jl     12a0 <crm_faster_3motifs_allt+0x180>
lea    0x1(%r12),%r15d
cmp    %r8d,%r12d
jge    1300 <crm_faster_3motifs_allt+0x1e0>
movslq %r15d,%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rdx
mov    %r13d,0x4(%rdx)
mov    %ebp,0x8(%rdx)
mov    %esi,0xc(%rdx)
jmp    1305 <crm_faster_3motifs_allt+0x1e5>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
addl   $0x1,0x4(%rsp)
mov    0xa8(%rsp),%edx
jmp    12a3 <crm_faster_3motifs_allt+0x183>
xchg   %ax,%ax
cmp    %eax,%ebp
jle    1364 <crm_faster_3motifs_allt+0x244>
mov    0xa0(%rsp),%r14d
xor    %eax,%eax
cmp    0x2c(%rsp),%r15d
setg   %al
mov    0x28(%rsp),%ebp
add    %eax,%ebp
mov    0x24(%rsp),%r12d
mov    0xc0(%rsp),%rbx
mov    0x18(%rsp),%r9
mov    0x10(%rsp),%r10
mov    0x8(%rsp),%r11
mov    0x40(%rsp),%rdi
cmp    %r12d,%ebp
jg     13e1 <crm_faster_3motifs_allt+0x2c1>
cmp    %rdi,%r13
jb     11d0 <crm_faster_3motifs_allt+0xb0>
jmp    13e1 <crm_faster_3motifs_allt+0x2c1>
mov    0x30(%rsp),%rcx
mov    0x18(%rsp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%r8
mov    0x10(%rsp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%r10
mov    0x8(%rsp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%r11
mov    0xa0(%rsp),%r14d
jmp    139c <crm_faster_3motifs_allt+0x27c>
xchg   %ax,%ax
mov    %r9b,%bl
add    %ebx,%r15d
add    %edx,%ebp
cmp    %eax,%ebp
jg     131c <crm_faster_3motifs_allt+0x1fc>
movslq %ebp,%rdx
mov    (%r8,%rdx,8),%rbx
movsbl (%rbx,%r13,1),%ebx
mov    (%r10,%rdx,8),%rsi
movsbl (%rsi,%r13,1),%esi
add    %ebx,%esi
mov    (%r11,%rdx,8),%rdx
movsbl (%rdx,%r13,1),%edi
add    %esi,%edi
xor    %ebx,%ebx
mov    $0x1,%edx
cmp    %r14d,%edi
setge  %r9b
jl     1390 <crm_faster_3motifs_allt+0x270>
mov    0xa8(%rsp),%edx
jmp    1390 <crm_faster_3motifs_allt+0x270>
xor    %ebp,%ebp
movl   $0x0,0x4(%rsp)
mov    0xd0(%rsp),%rax
mov    %r15d,(%rax)
mov    %ebp,0x4(%rax)
mov    0x4(%rsp),%ecx
mov    %ecx,0x8(%rax)
add    $0x58,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
%struct.timeb = type { i32 }
@.str = [43 x i8] c"crm_faster_3motifs_allt\09%ld msec cpu time\0A\00"
define void @crm_faster_3motifs_allt(i8*** %0, i32** %1, i32** %2, i32** %3, i32 %4, i32 %5, i32 %6, i32 %7, i32 %8, i32 %9, i32 %10, i32 %11, i32** %12, i32 %13, i32* %14) {
%16 = alloca i8***
%17 = alloca i32**
%18 = alloca i32**
%19 = alloca i32**
%20 = alloca i32
%21 = alloca i32
%22 = alloca i32
%23 = alloca i32
%24 = alloca i32
%25 = alloca i32
%26 = alloca i32
%27 = alloca i32
%28 = alloca i32**
%29 = alloca i32
%30 = alloca i32*
%31 = alloca i32
%32 = alloca i32
%33 = alloca i32
%34 = alloca i32
%35 = alloca i32
%36 = alloca i32
%37 = alloca i32
%38 = alloca i32
%39 = alloca i32
%40 = alloca i32
%41 = alloca i32
%42 = alloca i32
%43 = alloca i32
%44 = alloca i32
%45 = alloca i32
%46 = alloca i32
%47 = alloca i32
%48 = alloca i32
%49 = alloca i32
%50 = alloca i32
%51 = alloca i32
%52 = alloca i32
%53 = alloca %struct.timeb
%54 = alloca %struct.timeb
%55 = alloca i64
store i8*** %0, i8**** %16
store i32** %1, i32*** %17
store i32** %2, i32*** %18
store i32** %3, i32*** %19
store i32 %4, i32* %20
store i32 %5, i32* %21
store i32 %6, i32* %22
store i32 %7, i32* %23
store i32 %8, i32* %24
store i32 %9, i32* %25
store i32 %10, i32* %26
store i32 %11, i32* %27
store i32** %12, i32*** %28
store i32 %13, i32* %29
store i32* %14, i32** %30
store i32 0, i32* %31
store i32 0, i32* %33
store i32 0, i32* %44
store i32 0, i32* %52
%56 = load i32, i32* %52
%57 = icmp eq i32 %56, 1
br i1 %57, label %58, label %60
58: ; preds = %15
%59 = call i32 @ftime(%struct.timeb* %53)
br label %60
60: ; preds = %58, %15
%61 = load i32, i32* %27
%62 = icmp slt i32 %61, 0
br i1 %62, label %63, label %65
63: ; preds = %60
%64 = load i32, i32* %26
store i32 %64, i32* %27
br label %65
65: ; preds = %63, %60
store i32 0, i32* %32
br label %66
66: ; preds = %346, %65
%67 = load i32, i32* %32
%68 = load i32, i32* %26
%69 = icmp slt i32 %67, %68
%70 = zext i1 %69 to i32
%71 = load i32, i32* %33
%72 = load i32, i32* %27
%73 = icmp sle i32 %71, %72
%74 = zext i1 %73 to i32
%75 = and i32 %70, %74
%76 = icmp ne i32 %75, 0
br i1 %76, label %77, label %347
77: ; preds = %66
%78 = load i32, i32* %32
%79 = add nsw i32 %78, 1
store i32 %79, i32* %32
%80 = load i32**, i32*** %28
%81 = load i32, i32* %21
%82 = sext i32 %81 to i64
%83 = getelementptr inbounds i32*, i32** %80, i64 %82
%84 = load i32*, i32** %83
%85 = load i32, i32* %32
%86 = sext i32 %85 to i64
%87 = getelementptr inbounds i32, i32* %84, i64 %86
%88 = load i32, i32* %87
store i32 %88, i32* %49
%89 = load i32**, i32*** %28
%90 = load i32, i32* %22
%91 = sext i32 %90 to i64
%92 = getelementptr inbounds i32*, i32** %89, i64 %91
%93 = load i32*, i32** %92
%94 = load i32, i32* %32
%95 = sext i32 %94 to i64
%96 = getelementptr inbounds i32, i32* %93, i64 %95
%97 = load i32, i32* %96
store i32 %97, i32* %50
%98 = load i32**, i32*** %28
%99 = load i32, i32* %23
%100 = sext i32 %99 to i64
%101 = getelementptr inbounds i32*, i32** %98, i64 %100
%102 = load i32*, i32** %101
%103 = load i32, i32* %32
%104 = sext i32 %103 to i64
%105 = getelementptr inbounds i32, i32* %102, i64 %104
%106 = load i32, i32* %105
store i32 %106, i32* %51
%107 = load i32, i32* %49
%108 = load i32, i32* %50
%109 = add nsw i32 %107, %108
%110 = load i32, i32* %51
%111 = add nsw i32 %109, %110
%112 = load i32, i32* %24
%113 = icmp sge i32 %111, %112
br i1 %113, label %114, label %346
114: ; preds = %77
%115 = load i32**, i32*** %17
%116 = load i32, i32* %21
%117 = sext i32 %116 to i64
%118 = getelementptr inbounds i32*, i32** %115, i64 %117
%119 = load i32*, i32** %118
%120 = load i32, i32* %32
%121 = sext i32 %120 to i64
%122 = getelementptr inbounds i32, i32* %119, i64 %121
%123 = load i32, i32* %122
store i32 %123, i32* %35
%124 = load i32**, i32*** %17
%125 = load i32, i32* %22
%126 = sext i32 %125 to i64
%127 = getelementptr inbounds i32*, i32** %124, i64 %126
%128 = load i32*, i32** %127
%129 = load i32, i32* %32
%130 = sext i32 %129 to i64
%131 = getelementptr inbounds i32, i32* %128, i64 %130
%132 = load i32, i32* %131
store i32 %132, i32* %36
%133 = load i32**, i32*** %17
%134 = load i32, i32* %23
%135 = sext i32 %134 to i64
%136 = getelementptr inbounds i32*, i32** %133, i64 %135
%137 = load i32*, i32** %136
%138 = load i32, i32* %32
%139 = sext i32 %138 to i64
%140 = getelementptr inbounds i32, i32* %137, i64 %139
%141 = load i32, i32* %140
store i32 %141, i32* %37
%142 = load i32, i32* %35
%143 = load i32, i32* %36
%144 = load i32, i32* %37
%145 = call i32 @min3(i32 %142, i32 %143, i32 %144)
store i32 %145, i32* %38
%146 = load i32**, i32*** %18
%147 = load i32, i32* %21
%148 = sext i32 %147 to i64
%149 = getelementptr inbounds i32*, i32** %146, i64 %148
%150 = load i32*, i32** %149
%151 = load i32, i32* %32
%152 = sext i32 %151 to i64
%153 = getelementptr inbounds i32, i32* %150, i64 %152
%154 = load i32, i32* %153
store i32 %154, i32* %39
%155 = load i32**, i32*** %18
%156 = load i32, i32* %22
%157 = sext i32 %156 to i64
%158 = getelementptr inbounds i32*, i32** %155, i64 %157
%159 = load i32*, i32** %158
%160 = load i32, i32* %32
%161 = sext i32 %160 to i64
%162 = getelementptr inbounds i32, i32* %159, i64 %161
%163 = load i32, i32* %162
store i32 %163, i32* %40
%164 = load i32**, i32*** %18
%165 = load i32, i32* %23
%166 = sext i32 %165 to i64
%167 = getelementptr inbounds i32*, i32** %164, i64 %166
%168 = load i32*, i32** %167
%169 = load i32, i32* %32
%170 = sext i32 %169 to i64
%171 = getelementptr inbounds i32, i32* %168, i64 %170
%172 = load i32, i32* %171
store i32 %172, i32* %41
%173 = load i32, i32* %39
%174 = load i32, i32* %40
%175 = load i32, i32* %41
%176 = call i32 @max3(i32 %173, i32 %174, i32 %175)
store i32 %176, i32* %42
%177 = load i32, i32* %38
store i32 %177, i32* %43
%178 = load i32, i32* %44
store i32 %178, i32* %34
%179 = load i32, i32* %29
%180 = icmp eq i32 %179, 1
br i1 %180, label %181, label %274
181: ; preds = %114
br label %182
182: ; preds = %272, %181
%183 = load i32, i32* %43
%184 = load i32, i32* %42
%185 = icmp sle i32 %183, %184
br i1 %185, label %186, label %273
186: ; preds = %182
%187 = load i8***, i8**** %16
%188 = load i32, i32* %21
%189 = sext i32 %188 to i64
%190 = getelementptr inbounds i8**, i8*** %187, i64 %189
%191 = load i8**, i8*** %190
%192 = load i32, i32* %43
%193 = sext i32 %192 to i64
%194 = getelementptr inbounds i8*, i8** %191, i64 %193
%195 = load i8*, i8** %194
%196 = load i32, i32* %32
%197 = sext i32 %196 to i64
%198 = getelementptr inbounds i8, i8* %195, i64 %197
%199 = load i8, i8* %198
%200 = sext i8 %199 to i32
%201 = load i8***, i8**** %16
%202 = load i32, i32* %22
%203 = sext i32 %202 to i64
%204 = getelementptr inbounds i8**, i8*** %201, i64 %203
%205 = load i8**, i8*** %204
%206 = load i32, i32* %43
%207 = sext i32 %206 to i64
%208 = getelementptr inbounds i8*, i8** %205, i64 %207
%209 = load i8*, i8** %208
%210 = load i32, i32* %32
%211 = sext i32 %210 to i64
%212 = getelementptr inbounds i8, i8* %209, i64 %211
%213 = load i8, i8* %212
%214 = sext i8 %213 to i32
%215 = add nsw i32 %200, %214
%216 = load i8***, i8**** %16
%217 = load i32, i32* %23
%218 = sext i32 %217 to i64
%219 = getelementptr inbounds i8**, i8*** %216, i64 %218
%220 = load i8**, i8*** %219
%221 = load i32, i32* %43
%222 = sext i32 %221 to i64
%223 = getelementptr inbounds i8*, i8** %220, i64 %222
%224 = load i8*, i8** %223
%225 = load i32, i32* %32
%226 = sext i32 %225 to i64
%227 = getelementptr inbounds i8, i8* %224, i64 %226
%228 = load i8, i8* %227
%229 = sext i8 %228 to i32
%230 = add nsw i32 %215, %229
store i32 %230, i32* %48
%231 = load i32, i32* %48
%232 = load i32, i32* %24
%233 = icmp sge i32 %231, %232
br i1 %233, label %234, label %269
234: ; preds = %186
%235 = load i32, i32* %44
%236 = add nsw i32 %235, 1
store i32 %236, i32* %44
%237 = load i32, i32* %44
%238 = load i32, i32* %20
%239 = icmp sgt i32 %237, %238
br i1 %239, label %240, label %243
240: ; preds = %234
%241 = load i32, i32* %31
%242 = add nsw i32 %241, 1
store i32 %242, i32* %31
br label %265
243: ; preds = %234
%244 = load i32, i32* %32
%245 = load i32**, i32*** %19
%246 = load i32, i32* %44
%247 = sext i32 %246 to i64
%248 = getelementptr inbounds i32*, i32** %245, i64 %247
%249 = load i32*, i32** %248
%250 = getelementptr inbounds i32, i32* %249, i64 1
store i32 %244, i32* %250
%251 = load i32, i32* %43
%252 = load i32**, i32*** %19
%253 = load i32, i32* %44
%254 = sext i32 %253 to i64
%255 = getelementptr inbounds i32*, i32** %252, i64 %254
%256 = load i32*, i32** %255
%257 = getelementptr inbounds i32, i32* %256, i64 2
store i32 %251, i32* %257
%258 = load i32, i32* %48
%259 = load i32**, i32*** %19
%260 = load i32, i32* %44
%261 = sext i32 %260 to i64
%262 = getelementptr inbounds i32*, i32** %259, i64 %261
%263 = load i32*, i32** %262
%264 = getelementptr inbounds i32, i32* %263, i64 3
store i32 %258, i32* %264
br label %265
265: ; preds = %243, %240
%266 = load i32, i32* %25
%267 = load i32, i32* %43
%268 = add nsw i32 %267, %266
store i32 %268, i32* %43
br label %272
269: ; preds = %186
%270 = load i32, i32* %43
%271 = add nsw i32 %270, 1
store i32 %271, i32* %43
br label %272
272: ; preds = %269, %265
br label %182
273: ; preds = %182
br label %338
274: ; preds = %114
br label %275
275: ; preds = %336, %274
%276 = load i32, i32* %43
%277 = load i32, i32* %42
%278 = icmp sle i32 %276, %277
br i1 %278, label %279, label %337
279: ; preds = %275
%280 = load i8***, i8**** %16
%281 = load i32, i32* %21
%282 = sext i32 %281 to i64
%283 = getelementptr inbounds i8**, i8*** %280, i64 %282
%284 = load i8**, i8*** %283
%285 = load i32, i32* %43
%286 = sext i32 %285 to i64
%287 = getelementptr inbounds i8*, i8** %284, i64 %286
%288 = load i8*, i8** %287
%289 = load i32, i32* %32
%290 = sext i32 %289 to i64
%291 = getelementptr inbounds i8, i8* %288, i64 %290
%292 = load i8, i8* %291
%293 = sext i8 %292 to i32
%294 = load i8***, i8**** %16
%295 = load i32, i32* %22
%296 = sext i32 %295 to i64
%297 = getelementptr inbounds i8**, i8*** %294, i64 %296
%298 = load i8**, i8*** %297
%299 = load i32, i32* %43
%300 = sext i32 %299 to i64
%301 = getelementptr inbounds i8*, i8** %298, i64 %300
%302 = load i8*, i8** %301
%303 = load i32, i32* %32
%304 = sext i32 %303 to i64
%305 = getelementptr inbounds i8, i8* %302, i64 %304
%306 = load i8, i8* %305
%307 = sext i8 %306 to i32
%308 = add nsw i32 %293, %307
%309 = load i8***, i8**** %16
%310 = load i32, i32* %23
%311 = sext i32 %310 to i64
%312 = getelementptr inbounds i8**, i8*** %309, i64 %311
%313 = load i8**, i8*** %312
%314 = load i32, i32* %43
%315 = sext i32 %314 to i64
%316 = getelementptr inbounds i8*, i8** %313, i64 %315
%317 = load i8*, i8** %316
%318 = load i32, i32* %32
%319 = sext i32 %318 to i64
%320 = getelementptr inbounds i8, i8* %317, i64 %319
%321 = load i8, i8* %320
%322 = sext i8 %321 to i32
%323 = add nsw i32 %308, %322
store i32 %323, i32* %48
%324 = load i32, i32* %48
%325 = load i32, i32* %24
%326 = icmp sge i32 %324, %325
br i1 %326, label %327, label %333
327: ; preds = %279
%328 = load i32, i32* %44
%329 = add nsw i32 %328, 1
store i32 %329, i32* %44
%330 = load i32, i32* %25
%331 = load i32, i32* %43
%332 = add nsw i32 %331, %330
store i32 %332, i32* %43
br label %336
333: ; preds = %279
%334 = load i32, i32* %43
%335 = add nsw i32 %334, 1
store i32 %335, i32* %43
br label %336
336: ; preds = %333, %327
br label %275
337: ; preds = %275
br label %338
338: ; preds = %337, %273
%339 = load i32, i32* %44
%340 = load i32, i32* %34
%341 = icmp sgt i32 %339, %340
br i1 %341, label %342, label %345
342: ; preds = %338
%343 = load i32, i32* %33
%344 = add nsw i32 %343, 1
store i32 %344, i32* %33
br label %345
345: ; preds = %342, %338
br label %346
346: ; preds = %345, %77
br label %66
347: ; preds = %66
%348 = load i32, i32* %44
%349 = load i32*, i32** %30
%350 = getelementptr inbounds i32, i32* %349, i64 0
store i32 %348, i32* %350
%351 = load i32, i32* %33
%352 = load i32*, i32** %30
%353 = getelementptr inbounds i32, i32* %352, i64 1
store i32 %351, i32* %353
%354 = load i32, i32* %31
%355 = load i32*, i32** %30
%356 = getelementptr inbounds i32, i32* %355, i64 2
store i32 %354, i32* %356
%357 = load i32, i32* %52
%358 = icmp eq i32 %357, 1
br i1 %358, label %359, label %368
359: ; preds = %347
%360 = call i32 @ftime(%struct.timeb* %54)
%361 = getelementptr inbounds %struct.timeb, %struct.timeb* %53, i32 0, i32 0
%362 = load i32, i32* %361
%363 = getelementptr inbounds %struct.timeb, %struct.timeb* %54, i32 0, i32 0
%364 = load i32, i32* %363
%365 = call i64 @time_difference(i32 %362, i32 %364)
store i64 %365, i64* %55
%366 = load i64, i64* %55
%367 = call i32 @printf(i8* getelementptr inbounds ([43 x i8], [43 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i64 %366)
br label %368
368: ; preds = %359, %347
ret void
}

LLVM IR (-O2):
%struct.timeb = type { i32 }
define void @crm_faster_3motifs_allt(i8*** nocapture %0, i32** nocapture %1, i32** nocapture %2, i32** nocapture %3, i32 %4, i32 %5, i32 %6, i32 %7, i32 %8, i32 %9, i32 %10, i32 %11, i32** nocapture %12, i32 %13, i32* nocapture writeonly %14) {
%16 = icmp slt i32 %11, 0
%17 = select i1 %16, i32 %10, i32 %11
%18 = icmp sgt i32 %10, 0
%19 = icmp sgt i32 %17, -1
%20 = and i1 %19, %18
br i1 %20, label %21, label %172
21: ; preds = %15
%22 = sext i32 %5 to i64
%23 = getelementptr inbounds i32*, i32** %12, i64 %22
%24 = sext i32 %6 to i64
%25 = getelementptr inbounds i32*, i32** %12, i64 %24
%26 = sext i32 %7 to i64
%27 = getelementptr inbounds i32*, i32** %12, i64 %26
%28 = getelementptr inbounds i32*, i32** %1, i64 %22
%29 = getelementptr inbounds i32*, i32** %1, i64 %24
%30 = getelementptr inbounds i32*, i32** %1, i64 %26
%31 = getelementptr inbounds i32*, i32** %2, i64 %22
%32 = getelementptr inbounds i32*, i32** %2, i64 %24
%33 = getelementptr inbounds i32*, i32** %2, i64 %26
%34 = icmp eq i32 %13, 1
%35 = getelementptr inbounds i8**, i8*** %0, i64 %22
%36 = getelementptr inbounds i8**, i8*** %0, i64 %24
%37 = getelementptr inbounds i8**, i8*** %0, i64 %26
%38 = zext i32 %10 to i64
br label %39
39: ; preds = %21, %165
%40 = phi i64 [ 0, %21 ], [ %44, %165 ]
%41 = phi i32 [ 0, %21 ], [ %168, %165 ]
%42 = phi i32 [ 0, %21 ], [ %167, %165 ]
%43 = phi i32 [ 0, %21 ], [ %166, %165 ]
%44 = add nuw nsw i64 %40, 1
%45 = load i32*, i32** %23
%46 = getelementptr inbounds i32, i32* %45, i64 %44
%47 = load i32, i32* %46
%48 = load i32*, i32** %25
%49 = getelementptr inbounds i32, i32* %48, i64 %44
%50 = load i32, i32* %49
%51 = load i32*, i32** %27
%52 = getelementptr inbounds i32, i32* %51, i64 %44
%53 = load i32, i32* %52
%54 = add nsw i32 %50, %47
%55 = add nsw i32 %54, %53
%56 = icmp slt i32 %55, %8
br i1 %56, label %165, label %57
57: ; preds = %39
%58 = load i32*, i32** %28
%59 = getelementptr inbounds i32, i32* %58, i64 %44
%60 = load i32, i32* %59
%61 = load i32*, i32** %29
%62 = getelementptr inbounds i32, i32* %61, i64 %44
%63 = load i32, i32* %62
%64 = load i32*, i32** %30
%65 = getelementptr inbounds i32, i32* %64, i64 %44
%66 = load i32, i32* %65
%67 = tail call i32 @min3(i32 %60, i32 %63, i32 %66)
%68 = load i32*, i32** %31
%69 = getelementptr inbounds i32, i32* %68, i64 %44
%70 = load i32, i32* %69
%71 = load i32*, i32** %32
%72 = getelementptr inbounds i32, i32* %71, i64 %44
%73 = load i32, i32* %72
%74 = load i32*, i32** %33
%75 = getelementptr inbounds i32, i32* %74, i64 %44
%76 = load i32, i32* %75
%77 = tail call i32 @max3(i32 %70, i32 %73, i32 %76)
%78 = icmp sgt i32 %67, %77
br i1 %34, label %84, label %79
79: ; preds = %57
br i1 %78, label %159, label %80
80: ; preds = %79
%81 = load i8**, i8*** %35
%82 = load i8**, i8*** %36
%83 = load i8**, i8*** %37
br label %131
84: ; preds = %57
br i1 %78, label %159, label %85
85: ; preds = %84
%86 = load i8**, i8*** %35
%87 = load i8**, i8*** %36
%88 = load i8**, i8*** %37
%89 = trunc i64 %44 to i32
br label %90
90: ; preds = %85, %125
%91 = phi i32 [ %41, %85 ], [ %128, %125 ]
%92 = phi i32 [ %67, %85 ], [ %129, %125 ]
%93 = phi i32 [ %43, %85 ], [ %126, %125 ]
%94 = sext i32 %92 to i64
%95 = getelementptr inbounds i8*, i8** %86, i64 %94
%96 = load i8*, i8** %95
%97 = getelementptr inbounds i8, i8* %96, i64 %44
%98 = load i8, i8* %97
%99 = sext i8 %98 to i32
%100 = getelementptr inbounds i8*, i8** %87, i64 %94
%101 = load i8*, i8** %100
%102 = getelementptr inbounds i8, i8* %101, i64 %44
%103 = load i8, i8* %102
%104 = sext i8 %103 to i32
%105 = add nsw i32 %104, %99
%106 = getelementptr inbounds i8*, i8** %88, i64 %94
%107 = load i8*, i8** %106
%108 = getelementptr inbounds i8, i8* %107, i64 %44
%109 = load i8, i8* %108
%110 = sext i8 %109 to i32
%111 = add nsw i32 %105, %110
%112 = icmp slt i32 %111, %8
br i1 %112, label %125, label %113
113: ; preds = %90
%114 = add nsw i32 %93, 1
%115 = icmp slt i32 %93, %4
br i1 %115, label %118, label %116
116: ; preds = %113
%117 = add nsw i32 %91, 1
br label %125
118: ; preds = %113
%119 = sext i32 %114 to i64
%120 = getelementptr inbounds i32*, i32** %3, i64 %119
%121 = load i32*, i32** %120
%122 = getelementptr inbounds i32, i32* %121, i64 1
store i32 %89, i32* %122
%123 = getelementptr inbounds i32, i32* %121, i64 2
store i32 %92, i32* %123
%124 = getelementptr inbounds i32, i32* %121, i64 3
store i32 %111, i32* %124
br label %125
125: ; preds = %90, %116, %118
%126 = phi i32 [ %114, %118 ], [ %114, %116 ], [ %93, %90 ]
%127 = phi i32 [ %9, %118 ], [ %9, %116 ], [ 1, %90 ]
%128 = phi i32 [ %91, %118 ], [ %117, %116 ], [ %91, %90 ]
%129 = add nsw i32 %127, %92
%130 = icmp sgt i32 %129, %77
br i1 %130, label %159, label %90
131: ; preds = %80, %131
%132 = phi i32 [ %67, %80 ], [ %157, %131 ]
%133 = phi i32 [ %43, %80 ], [ %155, %131 ]
%134 = sext i32 %132 to i64
%135 = getelementptr inbounds i8*, i8** %81, i64 %134
%136 = load i8*, i8** %135
%137 = getelementptr inbounds i8, i8* %136, i64 %44
%138 = load i8, i8* %137
%139 = sext i8 %138 to i32
%140 = getelementptr inbounds i8*, i8** %82, i64 %134
%141 = load i8*, i8** %140
%142 = getelementptr inbounds i8, i8* %141, i64 %44
%143 = load i8, i8* %142
%144 = sext i8 %143 to i32
%145 = add nsw i32 %144, %139
%146 = getelementptr inbounds i8*, i8** %83, i64 %134
%147 = load i8*, i8** %146
%148 = getelementptr inbounds i8, i8* %147, i64 %44
%149 = load i8, i8* %148
%150 = sext i8 %149 to i32
%151 = add nsw i32 %145, %150
%152 = icmp slt i32 %151, %8
%153 = xor i1 %152, true
%154 = zext i1 %153 to i32
%155 = add nsw i32 %133, %154
%156 = select i1 %152, i32 1, i32 %9
%157 = add nsw i32 %156, %132
%158 = icmp sgt i32 %157, %77
br i1 %158, label %159, label %131
159: ; preds = %131, %125, %79, %84
%160 = phi i32 [ %43, %84 ], [ %43, %79 ], [ %126, %125 ], [ %155, %131 ]
%161 = phi i32 [ %41, %84 ], [ %41, %79 ], [ %128, %125 ], [ %41, %131 ]
%162 = icmp sgt i32 %160, %43
%163 = zext i1 %162 to i32
%164 = add nsw i32 %42, %163
br label %165
165: ; preds = %159, %39
%166 = phi i32 [ %43, %39 ], [ %160, %159 ]
%167 = phi i32 [ %42, %39 ], [ %164, %159 ]
%168 = phi i32 [ %41, %39 ], [ %161, %159 ]
%169 = icmp ult i64 %44, %38
%170 = icmp sle i32 %167, %17
%171 = and i1 %170, %169
br i1 %171, label %39, label %172
172: ; preds = %165, %15
%173 = phi i32 [ 0, %15 ], [ %166, %165 ]
%174 = phi i32 [ 0, %15 ], [ %167, %165 ]
%175 = phi i32 [ 0, %15 ], [ %168, %165 ]
store i32 %173, i32* %14
%176 = getelementptr inbounds i32, i32* %14, i64 1
store i32 %174, i32* %176
%177 = getelementptr inbounds i32, i32* %14, i64 2
store i32 %175, i32* %177
ret void
}