char find_first_real_base(int base_position, int number_of_child_sequences,
                          char **child_sequences) {
  int i = 0;
  for (i = 0; i < number_of_child_sequences; i++) {
    if (child_sequences[i][base_position] != 'N' &&
        child_sequences[i][base_position] != '-' &&
        child_sequences[i][base_position] != '.') {
      return child_sequences[i][base_position];
    }
  }
  return child_sequences[0][base_position];
}


x86 assembly (clang, -O0):
<find_first_real_base>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %edi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    11ad <find_first_real_base+0xad>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x8(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x4e,%eax
je     119a <find_first_real_base+0x9a>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x8(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     119a <find_first_real_base+0x9a>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x8(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2e,%eax
je     119a <find_first_real_base+0x9a>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x8(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%al
mov    %al,-0x1(%rbp)
jmp    11be <find_first_real_base+0xbe>
jmp    119f <find_first_real_base+0x9f>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    111c <find_first_real_base+0x1c>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
movslq -0x8(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%al
mov    %al,-0x1(%rbp)
movsbl -0x1(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<find_first_real_base>:
movslq %edi,%r9
test   %esi,%esi
jle    1143 <find_first_real_base+0x43>
mov    %esi,%esi
xor    %edi,%edi
movabs $0x200000003,%r8
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
mov    (%rdx,%rdi,8),%rax
movzbl (%rax,%r9,1),%eax
lea    -0x2d(%rax),%ecx
cmp    $0x21,%cl
ja     114a <find_first_real_base+0x4a>
movzbl %cl,%ecx
bt     %rcx,%r8
jae    114a <find_first_real_base+0x4a>
add    $0x1,%rdi
cmp    %rdi,%rsi
jne    1120 <find_first_real_base+0x20>
mov    (%rdx),%rax
mov    (%rax,%r9,1),%al
ret

LLVM IR (-O0):
define signext i8 @find_first_real_base(i32 %0, i32 %1, i8** %2) {
%4 = alloca i8
%5 = alloca i32
%6 = alloca i32
%7 = alloca i8**
%8 = alloca i32
store i32 %0, i32* %5
store i32 %1, i32* %6
store i8** %2, i8*** %7
store i32 0, i32* %8
store i32 0, i32* %8
br label %9
9: ; preds = %60, %3
%10 = load i32, i32* %8
%11 = load i32, i32* %6
%12 = icmp slt i32 %10, %11
br i1 %12, label %13, label %63
13: ; preds = %9
%14 = load i8**, i8*** %7
%15 = load i32, i32* %8
%16 = sext i32 %15 to i64
%17 = getelementptr inbounds i8*, i8** %14, i64 %16
%18 = load i8*, i8** %17
%19 = load i32, i32* %5
%20 = sext i32 %19 to i64
%21 = getelementptr inbounds i8, i8* %18, i64 %20
%22 = load i8, i8* %21
%23 = sext i8 %22 to i32
%24 = icmp ne i32 %23, 78
br i1 %24, label %25, label %59
25: ; preds = %13
%26 = load i8**, i8*** %7
%27 = load i32, i32* %8
%28 = sext i32 %27 to i64
%29 = getelementptr inbounds i8*, i8** %26, i64 %28
%30 = load i8*, i8** %29
%31 = load i32, i32* %5
%32 = sext i32 %31 to i64
%33 = getelementptr inbounds i8, i8* %30, i64 %32
%34 = load i8, i8* %33
%35 = sext i8 %34 to i32
%36 = icmp ne i32 %35, 45
br i1 %36, label %37, label %59
37: ; preds = %25
%38 = load i8**, i8*** %7
%39 = load i32, i32* %8
%40 = sext i32 %39 to i64
%41 = getelementptr inbounds i8*, i8** %38, i64 %40
%42 = load i8*, i8** %41
%43 = load i32, i32* %5
%44 = sext i32 %43 to i64
%45 = getelementptr inbounds i8, i8* %42, i64 %44
%46 = load i8, i8* %45
%47 = sext i8 %46 to i32
%48 = icmp ne i32 %47, 46
br i1 %48, label %49, label %59
49: ; preds = %37
%50 = load i8**, i8*** %7
%51 = load i32, i32* %8
%52 = sext i32 %51 to i64
%53 = getelementptr inbounds i8*, i8** %50, i64 %52
%54 = load i8*, i8** %53
%55 = load i32, i32* %5
%56 = sext i32 %55 to i64
%57 = getelementptr inbounds i8, i8* %54, i64 %56
%58 = load i8, i8* %57
store i8 %58, i8* %4
br label %71
59: ; preds = %37, %25, %13
br label %60
60: ; preds = %59
%61 = load i32, i32* %8
%62 = add nsw i32 %61, 1
store i32 %62, i32* %8
br label %9
63: ; preds = %9
%64 = load i8**, i8*** %7
%65 = getelementptr inbounds i8*, i8** %64, i64 0
%66 = load i8*, i8** %65
%67 = load i32, i32* %5
%68 = sext i32 %67 to i64
%69 = getelementptr inbounds i8, i8* %66, i64 %68
%70 = load i8, i8* %69
store i8 %70, i8* %4
br label %71
71: ; preds = %63, %49
%72 = load i8, i8* %4
ret i8 %72
}

LLVM IR (-O2):
define signext i8 @find_first_real_base(i32 %0, i32 %1, i8** nocapture %2) {
%4 = icmp sgt i32 %1, 0
%5 = sext i32 %0 to i64
br i1 %4, label %6, label %17
6: ; preds = %3
%7 = zext i32 %1 to i64
br label %8
8: ; preds = %6, %14
%9 = phi i64 [ 0, %6 ], [ %15, %14 ]
%10 = getelementptr inbounds i8*, i8** %2, i64 %9
%11 = load i8*, i8** %10
%12 = getelementptr inbounds i8, i8* %11, i64 %5
%13 = load i8, i8* %12
switch i8 %13, label %21 [
i8 78, label %14
i8 45, label %14
i8 46, label %14
]
14: ; preds = %8, %8, %8
%15 = add nuw nsw i64 %9, 1
%16 = icmp eq i64 %15, %7
br i1 %16, label %17, label %8
17: ; preds = %14, %3
%18 = load i8*, i8** %2
%19 = getelementptr inbounds i8, i8* %18, i64 %5
%20 = load i8, i8* %19
br label %21
21: ; preds = %8, %17
%22 = phi i8 [ %20, %17 ], [ %13, %8 ]
ret i8 %22
}