#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int abs(int);
void c_molecule_ID(int *connected, int iwidth, int max_atoms_molecule,
                   int *moleculeID, int nmolecules) {
  int i, j, k;
  int natoms = iwidth;
  for (i = 0; i < natoms; i++) {
    if (moleculeID[i] == 0) {
      nmolecules += 1;
    }
    moleculeID[i] = nmolecules;
    for (j = (i - max_atoms_molecule); j < (i + 1 + max_atoms_molecule); j++) {
      if ((j >= 0) && (j < natoms)) {
        if ((abs(i - j) < max_atoms_molecule) &&
            (connected[j * iwidth + i] == 1)) {
          moleculeID[j] = nmolecules;
          for (k = (i - max_atoms_molecule); k < (i + 1 + max_atoms_molecule);
               k++) {
            if ((k >= 0) && (k < natoms)) {
              if (connected[k * iwidth + j] == 1) {
                moleculeID[k] = nmolecules;
              }
            }
          }
        }
      }
    }
  }
  return;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<c_molecule_ID>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %edx,-0x10(%rbp)
mov    %rcx,-0x18(%rbp)
mov    %r8d,-0x1c(%rbp)
mov    -0xc(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x2c(%rbp),%eax
jge    1280 <c_molecule_ID+0x170>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jne    115e <c_molecule_ID+0x4e>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%edx
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x20(%rbp),%eax
sub    -0x10(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
mov    -0x20(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
add    -0x10(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jge    126d <c_molecule_ID+0x15d>
cmpl   $0x0,-0x24(%rbp)
jl     125a <c_molecule_ID+0x14a>
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x2c(%rbp),%eax
jge    125a <c_molecule_ID+0x14a>
mov    -0x20(%rbp),%edi
sub    -0x24(%rbp),%edi
call   1030 <abs@plt>
cmp    -0x10(%rbp),%eax
jge    1255 <c_molecule_ID+0x145>
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x24(%rbp),%ecx
imul   -0xc(%rbp),%ecx
add    -0x20(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
cmpl   $0x1,(%rax,%rcx,4)
jne    1255 <c_molecule_ID+0x145>
mov    -0x1c(%rbp),%edx
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x20(%rbp),%eax
sub    -0x10(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
mov    -0x20(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
add    -0x10(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jge    1250 <c_molecule_ID+0x140>
cmpl   $0x0,-0x28(%rbp)
jl     123d <c_molecule_ID+0x12d>
mov    -0x28(%rbp),%eax
cmp    -0x2c(%rbp),%eax
jge    123d <c_molecule_ID+0x12d>
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x28(%rbp),%ecx
imul   -0xc(%rbp),%ecx
add    -0x24(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
cmpl   $0x1,(%rax,%rcx,4)
jne    1238 <c_molecule_ID+0x128>
mov    -0x1c(%rbp),%edx
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
jmp    123d <c_molecule_ID+0x12d>
jmp    1242 <c_molecule_ID+0x132>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    11e5 <c_molecule_ID+0xd5>
jmp    1255 <c_molecule_ID+0x145>
jmp    125a <c_molecule_ID+0x14a>
jmp    125f <c_molecule_ID+0x14f>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1175 <c_molecule_ID+0x65>
jmp    1272 <c_molecule_ID+0x162>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    1137 <c_molecule_ID+0x27>
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<c_molecule_ID>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
mov    %rdi,-0x38(%rsp)
test   %esi,%esi
jle    128d <c_molecule_ID+0x18d>
mov    %edx,%r10d
mov    %edx,%r9d
neg    %r9d
mov    %esi,%esi
movslq %edx,%rax
mov    %rax,-0x28(%rsp)
lea    0x0(,%rsi,8),%r11
xor    %r13d,%r13d
jmp    1152 <c_molecule_ID+0x52>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%r9d
mov    -0x10(%rsp),%r13
cmp    %rsi,%r13
je     128d <c_molecule_ID+0x18d>
add    $0x1,%edx
cmpl   $0x1,(%rcx,%r13,4)
adc    $0x0,%r8d
mov    %r8d,(%rcx,%r13,4)
mov    %r13,%rbp
mov    -0x28(%rsp),%rax
sub    %rax,%rbp
lea    0x1(%r13),%rdi
mov    %rdi,-0x10(%rsp)
lea    (%rax,%r13,1),%rbx
add    $0x1,%rbx
cmp    %rbx,%rbp
jge    1140 <c_molecule_ID+0x40>
movslq %r9d,%r15
lea    0x1(%r15),%rax
mov    %rsi,%rbx
mov    %rax,-0x18(%rsp)
imul   %rax,%rbx
add    %r15,%rbx
mov    -0x38(%rsp),%rax
lea    (%rax,%rbx,4),%rbx
lea    0x2(%r15),%rbp
imul   %rsi,%rbp
add    %r15,%rbp
lea    (%rax,%rbp,4),%rbp
mov    %r15,%rax
imul   %rsi,%rax
mov    %rax,-0x20(%rsp)
mov    %r9d,%eax
mov    %rax,-0x30(%rsp)
mov    %r15,-0x8(%rsp)
jmp    11e5 <c_molecule_ID+0xe5>
nopl   0x0(%rax)
add    $0x1,%r15
add    $0x4,%rbx
add    $0x4,%rbp
cmp    %r15d,%edx
je     1140 <c_molecule_ID+0x40>
cmp    %rsi,%r15
jae    11d0 <c_molecule_ID+0xd0>
mov    %r13d,%edi
sub    %r15d,%edi
mov    %edi,%eax
neg    %eax
cmovs  %edi,%eax
cmp    %r10d,%eax
jge    11d0 <c_molecule_ID+0xd0>
mov    %r15,%rax
imul   %rsi,%rax
add    %r13,%rax
mov    -0x38(%rsp),%rdi
cmpl   $0x1,(%rdi,%rax,4)
jne    11d0 <c_molecule_ID+0xd0>
mov    %r15d,%eax
mov    %r8d,(%rcx,%rax,4)
cmp    %rsi,-0x8(%rsp)
jae    123b <c_molecule_ID+0x13b>
mov    -0x20(%rsp),%rax
add    %r15,%rax
mov    -0x38(%rsp),%rdi
cmpl   $0x1,(%rdi,%rax,4)
jne    123b <c_molecule_ID+0x13b>
mov    -0x30(%rsp),%rax
mov    %r8d,(%rcx,%rax,4)
test   $0x7fffffff,%r10d
je     11d0 <c_molecule_ID+0xd0>
xor    %r14d,%r14d
mov    -0x18(%rsp),%r12
jmp    1260 <c_molecule_ID+0x160>
xchg   %ax,%ax
add    %r11,%r14
add    $0x1,%r12
cmp    %r12d,%edx
je     11d0 <c_molecule_ID+0xd0>
cmp    %rsi,%r12
jae    1273 <c_molecule_ID+0x173>
cmpl   $0x1,(%rbx,%r14,1)
jne    1273 <c_molecule_ID+0x173>
mov    %r12d,%eax
mov    %r8d,(%rcx,%rax,4)
add    $0x1,%r12
cmp    %rsi,%r12
jae    1250 <c_molecule_ID+0x150>
cmpl   $0x1,0x0(%rbp,%r14,1)
jne    1250 <c_molecule_ID+0x150>
mov    %r12d,%eax
mov    %r8d,(%rcx,%rax,4)
jmp    1250 <c_molecule_ID+0x150>
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @c_molecule_ID(i32* %0, i32 %1, i32 %2, i32* %3, i32 %4) {
%6 = alloca i32*
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32*
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
store i32* %0, i32** %6
store i32 %1, i32* %7
store i32 %2, i32* %8
store i32* %3, i32** %9
store i32 %4, i32* %10
%15 = load i32, i32* %7
store i32 %15, i32* %14
store i32 0, i32* %11
br label %16
16: ; preds = %123, %5
%17 = load i32, i32* %11
%18 = load i32, i32* %14
%19 = icmp slt i32 %17, %18
br i1 %19, label %20, label %126
20: ; preds = %16
%21 = load i32*, i32** %9
%22 = load i32, i32* %11
%23 = sext i32 %22 to i64
%24 = getelementptr inbounds i32, i32* %21, i64 %23
%25 = load i32, i32* %24
%26 = icmp eq i32 %25, 0
br i1 %26, label %27, label %30
27: ; preds = %20
%28 = load i32, i32* %10
%29 = add nsw i32 %28, 1
store i32 %29, i32* %10
br label %30
30: ; preds = %27, %20
%31 = load i32, i32* %10
%32 = load i32*, i32** %9
%33 = load i32, i32* %11
%34 = sext i32 %33 to i64
%35 = getelementptr inbounds i32, i32* %32, i64 %34
store i32 %31, i32* %35
%36 = load i32, i32* %11
%37 = load i32, i32* %8
%38 = sub nsw i32 %36, %37
store i32 %38, i32* %12
br label %39
39: ; preds = %119, %30
%40 = load i32, i32* %12
%41 = load i32, i32* %11
%42 = add nsw i32 %41, 1
%43 = load i32, i32* %8
%44 = add nsw i32 %42, %43
%45 = icmp slt i32 %40, %44
br i1 %45, label %46, label %122
46: ; preds = %39
%47 = load i32, i32* %12
%48 = icmp sge i32 %47, 0
br i1 %48, label %49, label %118
49: ; preds = %46
%50 = load i32, i32* %12
%51 = load i32, i32* %14
%52 = icmp slt i32 %50, %51
br i1 %52, label %53, label %118
53: ; preds = %49
%54 = load i32, i32* %11
%55 = load i32, i32* %12
%56 = sub nsw i32 %54, %55
%57 = call i32 @abs(i32 %56)
%58 = load i32, i32* %8
%59 = icmp slt i32 %57, %58
br i1 %59, label %60, label %117
60: ; preds = %53
%61 = load i32*, i32** %6
%62 = load i32, i32* %12
%63 = load i32, i32* %7
%64 = mul nsw i32 %62, %63
%65 = load i32, i32* %11
%66 = add nsw i32 %64, %65
%67 = sext i32 %66 to i64
%68 = getelementptr inbounds i32, i32* %61, i64 %67
%69 = load i32, i32* %68
%70 = icmp eq i32 %69, 1
br i1 %70, label %71, label %117
71: ; preds = %60
%72 = load i32, i32* %10
%73 = load i32*, i32** %9
%74 = load i32, i32* %12
%75 = sext i32 %74 to i64
%76 = getelementptr inbounds i32, i32* %73, i64 %75
store i32 %72, i32* %76
%77 = load i32, i32* %11
%78 = load i32, i32* %8
%79 = sub nsw i32 %77, %78
store i32 %79, i32* %13
br label %80
80: ; preds = %113, %71
%81 = load i32, i32* %13
%82 = load i32, i32* %11
%83 = add nsw i32 %82, 1
%84 = load i32, i32* %8
%85 = add nsw i32 %83, %84
%86 = icmp slt i32 %81, %85
br i1 %86, label %87, label %116
87: ; preds = %80
%88 = load i32, i32* %13
%89 = icmp sge i32 %88, 0
br i1 %89, label %90, label %112
90: ; preds = %87
%91 = load i32, i32* %13
%92 = load i32, i32* %14
%93 = icmp slt i32 %91, %92
br i1 %93, label %94, label %112
94: ; preds = %90
%95 = load i32*, i32** %6
%96 = load i32, i32* %13
%97 = load i32, i32* %7
%98 = mul nsw i32 %96, %97
%99 = load i32, i32* %12
%100 = add nsw i32 %98, %99
%101 = sext i32 %100 to i64
%102 = getelementptr inbounds i32, i32* %95, i64 %101
%103 = load i32, i32* %102
%104 = icmp eq i32 %103, 1
br i1 %104, label %105, label %111
105: ; preds = %94
%106 = load i32, i32* %10
%107 = load i32*, i32** %9
%108 = load i32, i32* %13
%109 = sext i32 %108 to i64
%110 = getelementptr inbounds i32, i32* %107, i64 %109
store i32 %106, i32* %110
br label %111
111: ; preds = %105, %94
br label %112
112: ; preds = %111, %90, %87
br label %113
113: ; preds = %112
%114 = load i32, i32* %13
%115 = add nsw i32 %114, 1
store i32 %115, i32* %13
br label %80
116: ; preds = %80
br label %117
117: ; preds = %116, %60, %53
br label %118
118: ; preds = %117, %49, %46
br label %119
119: ; preds = %118
%120 = load i32, i32* %12
%121 = add nsw i32 %120, 1
store i32 %121, i32* %12
br label %39
122: ; preds = %39
br label %123
123: ; preds = %122
%124 = load i32, i32* %11
%125 = add nsw i32 %124, 1
store i32 %125, i32* %11
br label %16
126: ; preds = %16
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @c_molecule_ID(i32* nocapture %0, i32 %1, i32 %2, i32* nocapture %3, i32 %4) {
%6 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %6, label %7, label %95
7: ; preds = %5
%8 = sub i32 0, %2
%9 = zext i32 %1 to i64
%10 = sext i32 %2 to i64
%11 = zext i32 %1 to i64
%12 = and i32 %2, 2147483647
%13 = icmp eq i32 %12, 0
br label %17
14: ; preds = %91, %17
%15 = add i32 %20, 1
%16 = icmp eq i64 %30, %11
br i1 %16, label %95, label %17
17: ; preds = %7, %14
%18 = phi i64 [ 0, %7 ], [ %30, %14 ]
%19 = phi i32 [ %2, %7 ], [ %22, %14 ]
%20 = phi i32 [ %8, %7 ], [ %15, %14 ]
%21 = phi i32 [ %4, %7 ], [ %28, %14 ]
%22 = add i32 %19, 1
%23 = sext i32 %20 to i64
%24 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %18
%25 = load i32, i32* %24
%26 = icmp eq i32 %25, 0
%27 = zext i1 %26 to i32
%28 = add nsw i32 %21, %27
store i32 %28, i32* %24
%29 = sub nsw i64 %18, %10
%30 = add nuw nsw i64 %18, 1
%31 = add nsw i64 %30, %10
%32 = icmp slt i64 %29, %31
br i1 %32, label %33, label %14
33: ; preds = %17
%34 = icmp ult i64 %23, %9
%35 = mul nsw i64 %23, %9
%36 = and i64 %23, 4294967295
%37 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %36
%38 = add nsw i64 %23, 1
br label %39
39: ; preds = %33, %91
%40 = phi i64 [ %92, %91 ], [ %23, %33 ]
%41 = icmp ult i64 %40, %9
br i1 %41, label %42, label %91
42: ; preds = %39
%43 = sub nsw i64 %18, %40
%44 = trunc i64 %43 to i32
%45 = tail call i32 @llvm.abs.i32(i32 %44, i1 true)
%46 = icmp slt i32 %45, %2
br i1 %46, label %47, label %91
47: ; preds = %42
%48 = mul nsw i64 %40, %9
%49 = add nsw i64 %48, %18
%50 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %49
%51 = load i32, i32* %50
%52 = icmp eq i32 %51, 1
br i1 %52, label %53, label %91
53: ; preds = %47
%54 = and i64 %40, 4294967295
%55 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %54
store i32 %28, i32* %55
br i1 %34, label %56, label %62
56: ; preds = %53
%57 = add nsw i64 %35, %40
%58 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %57
%59 = load i32, i32* %58
%60 = icmp eq i32 %59, 1
br i1 %60, label %61, label %62
61: ; preds = %56
store i32 %28, i32* %37
br label %62
62: ; preds = %53, %56, %61
br i1 %13, label %91, label %63
63: ; preds = %62, %87
%64 = phi i64 [ %88, %87 ], [ %38, %62 ]
%65 = icmp ult i64 %64, %9
br i1 %65, label %66, label %75
66: ; preds = %63
%67 = mul nsw i64 %64, %9
%68 = add nsw i64 %67, %40
%69 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %68
%70 = load i32, i32* %69
%71 = icmp eq i32 %70, 1
br i1 %71, label %72, label %75
72: ; preds = %66
%73 = and i64 %64, 4294967295
%74 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %73
store i32 %28, i32* %74
br label %75
75: ; preds = %63, %72, %66
%76 = add nsw i64 %64, 1
%77 = icmp ult i64 %76, %9
br i1 %77, label %78, label %87
78: ; preds = %75
%79 = mul nsw i64 %76, %9
%80 = add nsw i64 %79, %40
%81 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %80
%82 = load i32, i32* %81
%83 = icmp eq i32 %82, 1
br i1 %83, label %84, label %87
84: ; preds = %78
%85 = and i64 %76, 4294967295
%86 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %85
store i32 %28, i32* %86
br label %87
87: ; preds = %84, %78, %75
%88 = add nsw i64 %64, 2
%89 = trunc i64 %88 to i32
%90 = icmp eq i32 %22, %89
br i1 %90, label %91, label %63
91: ; preds = %62, %87, %39, %47, %42
%92 = add nsw i64 %40, 1
%93 = trunc i64 %92 to i32
%94 = icmp eq i32 %22, %93
br i1 %94, label %14, label %39
95: ; preds = %14, %5
ret void
}