#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ free_lvector(long *, int, long);
long *lvector(int, long);
void locate_helix1(long num_bp, long **helix_idx, long num_ends,
                   long *num_helix, long **end_list, long **bp_order,
                   long *bp_idx, long *helix_marker) {
  long i, ip = 0, j, k, k0, k2, k3, m;
  long *matched_idx;
  helix_idx[*num_helix][1] = 1;
  matched_idx = lvector(1, num_bp);
  for (i = 1; i <= num_ends && ip < num_bp; i++) {
    k = 0;
    k0 = 0;
    for (j = 1; j <= 3; j++)
      if (end_list[i][j]) {
        k += matched_idx[end_list[i][j]];
        k0++;
      }
    if (k == k0)
      continue;
    for (j = 1; j <= 3 && ip < num_bp; j++) {
      k = end_list[i][j];
      if (k && !matched_idx[k]) {
        bp_idx[++ip] = k;
        matched_idx[k] = 1;
      }
    }
    for (j = 1; j <= num_bp; j++) {
      k = bp_idx[ip];
      k2 = bp_order[k][2];
      k3 = bp_order[k][3];
      if (!bp_order[k][1]) {
        if (k2 && !matched_idx[k2] && !k3) {
          bp_idx[++ip] = k2;
          matched_idx[k2] = 1;
        }
        break;
      }
      m = matched_idx[k2] + matched_idx[k3];
      if (m == 2 || m == 0)
        break;
      if (k2 == bp_idx[ip - 1]) {
        bp_idx[++ip] = k3;
        matched_idx[k3] = 1;
      } else if (k3 == bp_idx[ip - 1]) {
        bp_idx[++ip] = k2;
        matched_idx[k2] = 1;
      } else
        break;
    }
    helix_idx[*num_helix][2] = ip;
    helix_marker[ip] = 1;
    if (ip < num_bp)
      helix_idx[++*num_helix][1] = ip + 1;
  }
  if (ip < num_bp) {
    helix_idx[*num_helix][7] = 1;
    helix_idx[*num_helix][2] = num_bp;
    helix_marker[num_bp] = 1;
    for (j = 1; j <= num_bp; j++)
      if (!matched_idx[j])
        bp_idx[++ip] = j;
  }
  free_lvector(matched_idx, 1, num_bp);
}


x86 assembly (clang, -O0):
<locate_helix1>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x80,%rsp
mov    0x18(%rbp),%rax
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8,-0x28(%rbp)
mov    %r9,-0x30(%rbp)
movq   $0x0,-0x40(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
mov    (%rcx),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movq   $0x1,0x8(%rax)
mov    -0x8(%rbp),%rsi
mov    $0x1,%edi
call   1040 <lvector@plt>
mov    %rax,-0x78(%rbp)
movq   $0x1,-0x38(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%rcx
xor    %eax,%eax
cmp    -0x18(%rbp),%rcx
mov    %al,-0x79(%rbp)
jg     11a5 <locate_helix1+0x85>
mov    -0x40(%rbp),%rax
cmp    -0x8(%rbp),%rax
setl   %al
mov    %al,-0x79(%rbp)
mov    -0x79(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    11b5 <locate_helix1+0x95>
jmp    1517 <locate_helix1+0x3f7>
movq   $0x0,-0x50(%rbp)
movq   $0x0,-0x58(%rbp)
movq   $0x1,-0x48(%rbp)
cmpq   $0x3,-0x48(%rbp)
jg     1239 <locate_helix1+0x119>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    -0x38(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x48(%rbp),%rcx
cmpq   $0x0,(%rax,%rcx,8)
je     1223 <locate_helix1+0x103>
mov    -0x78(%rbp),%rax
mov    -0x28(%rbp),%rcx
mov    -0x38(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rcx
mov    -0x48(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
add    -0x50(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x50(%rbp)
mov    -0x58(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x58(%rbp)
jmp    1228 <locate_helix1+0x108>
mov    -0x48(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x48(%rbp)
jmp    11cd <locate_helix1+0xad>
mov    -0x50(%rbp),%rax
cmp    -0x58(%rbp),%rax
jne    124c <locate_helix1+0x12c>
jmp    1506 <locate_helix1+0x3e6>
movq   $0x1,-0x48(%rbp)
xor    %eax,%eax
cmpq   $0x3,-0x48(%rbp)
mov    %al,-0x7a(%rbp)
jg     1272 <locate_helix1+0x152>
mov    -0x40(%rbp),%rax
cmp    -0x8(%rbp),%rax
setl   %al
mov    %al,-0x7a(%rbp)
mov    -0x7a(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    1282 <locate_helix1+0x162>
jmp    12fa <locate_helix1+0x1da>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    -0x38(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x48(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    %rax,-0x50(%rbp)
cmpq   $0x0,-0x50(%rbp)
je     12e4 <locate_helix1+0x1c4>
mov    -0x78(%rbp),%rax
mov    -0x50(%rbp),%rcx
cmpq   $0x0,(%rax,%rcx,8)
jne    12e4 <locate_helix1+0x1c4>
mov    -0x50(%rbp),%rdx
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    -0x40(%rbp),%rcx
mov    %rcx,%rsi
add    $0x1,%rsi
mov    %rsi,-0x40(%rbp)
mov    %rdx,0x8(%rax,%rcx,8)
mov    -0x78(%rbp),%rax
mov    -0x50(%rbp),%rcx
movq   $0x1,(%rax,%rcx,8)
jmp    12e9 <locate_helix1+0x1c9>
mov    -0x48(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x48(%rbp)
jmp    1254 <locate_helix1+0x134>
movq   $0x1,-0x48(%rbp)
mov    -0x48(%rbp),%rax
cmp    -0x8(%rbp),%rax
jg     14a6 <locate_helix1+0x386>
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    -0x40(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    %rax,-0x50(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    -0x50(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    0x10(%rax),%rax
mov    %rax,-0x60(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    -0x50(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    0x18(%rax),%rax
mov    %rax,-0x68(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    -0x50(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
cmpq   $0x0,0x8(%rax)
jne    13b9 <locate_helix1+0x299>
cmpq   $0x0,-0x60(%rbp)
je     13b4 <locate_helix1+0x294>
mov    -0x78(%rbp),%rax
mov    -0x60(%rbp),%rcx
cmpq   $0x0,(%rax,%rcx,8)
jne    13b4 <locate_helix1+0x294>
cmpq   $0x0,-0x68(%rbp)
jne    13b4 <locate_helix1+0x294>
mov    -0x60(%rbp),%rdx
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    -0x40(%rbp),%rcx
mov    %rcx,%rsi
add    $0x1,%rsi
mov    %rsi,-0x40(%rbp)
mov    %rdx,0x8(%rax,%rcx,8)
mov    -0x78(%rbp),%rax
mov    -0x60(%rbp),%rcx
movq   $0x1,(%rax,%rcx,8)
jmp    14a6 <locate_helix1+0x386>
mov    -0x78(%rbp),%rax
mov    -0x60(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x78(%rbp),%rcx
mov    -0x68(%rbp),%rdx
add    (%rcx,%rdx,8),%rax
mov    %rax,-0x70(%rbp)
cmpq   $0x2,-0x70(%rbp)
je     13eb <locate_helix1+0x2cb>
cmpq   $0x0,-0x70(%rbp)
jne    13f0 <locate_helix1+0x2d0>
jmp    14a6 <locate_helix1+0x386>
mov    -0x60(%rbp),%rax
mov    0x10(%rbp),%rcx
mov    -0x40(%rbp),%rdx
sub    $0x1,%rdx
cmp    (%rcx,%rdx,8),%rax
jne    143b <locate_helix1+0x31b>
mov    -0x68(%rbp),%rdx
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    -0x40(%rbp),%rcx
mov    %rcx,%rsi
add    $0x1,%rsi
mov    %rsi,-0x40(%rbp)
mov    %rdx,0x8(%rax,%rcx,8)
mov    -0x78(%rbp),%rax
mov    -0x68(%rbp),%rcx
movq   $0x1,(%rax,%rcx,8)
jmp    1490 <locate_helix1+0x370>
mov    -0x68(%rbp),%rax
mov    0x10(%rbp),%rcx
mov    -0x40(%rbp),%rdx
sub    $0x1,%rdx
cmp    (%rcx,%rdx,8),%rax
jne    1486 <locate_helix1+0x366>
mov    -0x60(%rbp),%rdx
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    -0x40(%rbp),%rcx
mov    %rcx,%rsi
add    $0x1,%rsi
mov    %rsi,-0x40(%rbp)
mov    %rdx,0x8(%rax,%rcx,8)
mov    -0x78(%rbp),%rax
mov    -0x60(%rbp),%rcx
movq   $0x1,(%rax,%rcx,8)
jmp    148b <locate_helix1+0x36b>
jmp    14a6 <locate_helix1+0x386>
jmp    1490 <locate_helix1+0x370>
jmp    1495 <locate_helix1+0x375>
mov    -0x48(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x48(%rbp)
jmp    1302 <locate_helix1+0x1e2>
mov    -0x40(%rbp),%rcx
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%rdx
mov    (%rdx),%rdx
mov    (%rax,%rdx,8),%rax
mov    %rcx,0x10(%rax)
mov    0x18(%rbp),%rax
mov    -0x40(%rbp),%rcx
movq   $0x1,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x40(%rbp),%rax
cmp    -0x8(%rbp),%rax
jge    1501 <locate_helix1+0x3e1>
mov    -0x40(%rbp),%rcx
add    $0x1,%rcx
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%rsi
mov    (%rsi),%rdx
mov    %rdx,%rdi
add    $0x1,%rdi
mov    %rdi,(%rsi)
mov    0x8(%rax,%rdx,8),%rax
mov    %rcx,0x8(%rax)
jmp    1506 <locate_helix1+0x3e6>
mov    -0x38(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x38(%rbp)
jmp    1184 <locate_helix1+0x64>
mov    -0x40(%rbp),%rax
cmp    -0x8(%rbp),%rax
jge    15c3 <locate_helix1+0x4a3>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
mov    (%rcx),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movq   $0x1,0x38(%rax)
mov    -0x8(%rbp),%rcx
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%rdx
mov    (%rdx),%rdx
mov    (%rax,%rdx,8),%rax
mov    %rcx,0x10(%rax)
mov    0x18(%rbp),%rax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
movq   $0x1,(%rax,%rcx,8)
movq   $0x1,-0x48(%rbp)
mov    -0x48(%rbp),%rax
cmp    -0x8(%rbp),%rax
jg     15be <locate_helix1+0x49e>
mov    -0x78(%rbp),%rax
mov    -0x48(%rbp),%rcx
cmpq   $0x0,(%rax,%rcx,8)
jne    15a8 <locate_helix1+0x488>
mov    -0x48(%rbp),%rdx
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    -0x40(%rbp),%rcx
mov    %rcx,%rsi
add    $0x1,%rsi
mov    %rsi,-0x40(%rbp)
mov    %rdx,0x8(%rax,%rcx,8)
jmp    15ad <locate_helix1+0x48d>
mov    -0x48(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x48(%rbp)
jmp    156b <locate_helix1+0x44b>
jmp    15c3 <locate_helix1+0x4a3>
mov    -0x78(%rbp),%rdi
mov    -0x8(%rbp),%rdx
mov    $0x1,%esi
call   1030 <free_lvector@plt>
add    $0x80,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<locate_helix1>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x18,%rsp
mov    %r9,%r14
mov    %r8,0x10(%rsp)
mov    %rdx,%r13
mov    %rdi,%r12
mov    0x58(%rsp),%rax
mov    %rax,(%rsp)
mov    0x50(%rsp),%r15
mov    %rcx,0x8(%rsp)
mov    (%rcx),%rax
mov    %rsi,%rbp
mov    (%rsi,%rax,8),%rax
movq   $0x1,0x8(%rax)
mov    $0x1,%edi
mov    %r12,%rsi
call   1040 <lvector@plt>
test   %r12,%r12
setg   %bl
xor    %ecx,%ecx
test   %r13,%r13
jle    134d <locate_helix1+0x22d>
test   %r12,%r12
mov    0x8(%rsp),%r9
mov    %rbp,%r10
mov    (%rsp),%r11
jle    1347 <locate_helix1+0x227>
mov    $0x1,%r8d
xor    %ecx,%ecx
nopl   0x0(%rax)
mov    0x10(%rsp),%rdx
mov    (%rdx,%r8,8),%rsi
mov    0x8(%rsi),%rdi
test   %rdi,%rdi
je     11c0 <locate_helix1+0xa0>
mov    (%rax,%rdi,8),%rbx
mov    $0x1,%ebp
jmp    11c4 <locate_helix1+0xa4>
nopl   (%rax)
xor    %ebp,%ebp
xor    %ebx,%ebx
mov    0x10(%rsi),%rdx
test   %rdx,%rdx
je     11d5 <locate_helix1+0xb5>
add    (%rax,%rdx,8),%rbx
add    $0x1,%rbp
mov    0x18(%rsi),%rdx
test   %rdx,%rdx
je     11e6 <locate_helix1+0xc6>
add    (%rax,%rdx,8),%rbx
add    $0x1,%rbp
cmp    %rbp,%rbx
je     132f <locate_helix1+0x20f>
cmp    %r12,%rcx
jge    1270 <locate_helix1+0x150>
test   %rdi,%rdi
je     1204 <locate_helix1+0xe4>
cmpq   $0x0,(%rax,%rdi,8)
je     1241 <locate_helix1+0x121>
cmp    %r12,%rcx
jge    1270 <locate_helix1+0x150>
mov    0x10(%rsi),%rdi
test   %rdi,%rdi
je     1219 <locate_helix1+0xf9>
cmpq   $0x0,(%rax,%rdi,8)
je     1259 <locate_helix1+0x139>
cmp    %r12,%rcx
jge    1270 <locate_helix1+0x150>
mov    0x18(%rsi),%rsi
test   %rsi,%rsi
je     1270 <locate_helix1+0x150>
cmpq   $0x0,(%rax,%rsi,8)
jne    1270 <locate_helix1+0x150>
mov    %rsi,0x8(%r15,%rcx,8)
add    $0x1,%rcx
movq   $0x1,(%rax,%rsi,8)
jmp    1270 <locate_helix1+0x150>
mov    %rdi,0x8(%r15,%rcx,8)
add    $0x1,%rcx
movq   $0x1,(%rax,%rdi,8)
cmp    %r12,%rcx
jl     1209 <locate_helix1+0xe9>
jmp    1270 <locate_helix1+0x150>
mov    %rdi,0x8(%r15,%rcx,8)
add    $0x1,%rcx
movq   $0x1,(%rax,%rdi,8)
cmp    %r12,%rcx
jl     121e <locate_helix1+0xfe>
nop
mov    %r12,%rsi
jmp    129a <locate_helix1+0x17a>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
lea    (%rax,%rdi,8),%rbx
mov    %rdi,0x8(%r15,%rcx,8)
add    $0x1,%rcx
movq   $0x1,(%rbx)
add    $0xffffffffffffffff,%rsi
je     1300 <locate_helix1+0x1e0>
mov    (%r15,%rcx,8),%rdx
mov    (%r14,%rdx,8),%rdx
mov    0x10(%rdx),%rbp
mov    0x18(%rdx),%rdi
cmpq   $0x0,0x8(%rdx)
je     12da <locate_helix1+0x1ba>
mov    (%rax,%rdi,8),%rdx
add    (%rax,%rbp,8),%rdx
test   $0xfffffffffffffffd,%rdx
je     1300 <locate_helix1+0x1e0>
mov    -0x8(%r15,%rcx,8),%rdx
cmp    %rdx,%rbp
je     1280 <locate_helix1+0x160>
cmp    %rdx,%rdi
jne    1300 <locate_helix1+0x1e0>
lea    (%rax,%rbp,8),%rbx
mov    %rbp,%rdi
jmp    1284 <locate_helix1+0x164>
test   %rbp,%rbp
je     1300 <locate_helix1+0x1e0>
or     (%rax,%rbp,8),%rdi
jne    1300 <locate_helix1+0x1e0>
mov    %rbp,0x8(%r15,%rcx,8)
add    $0x1,%rcx
movq   $0x1,(%rax,%rbp,8)
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
mov    (%r9),%rdx
mov    (%r10,%rdx,8),%rdx
mov    %rcx,0x10(%rdx)
movq   $0x1,(%r11,%rcx,8)
cmp    %r12,%rcx
jge    132f <locate_helix1+0x20f>
lea    0x1(%rcx),%rdx
mov    (%r9),%rsi
lea    0x1(%rsi),%rdi
mov    %rdi,(%r9)
mov    0x8(%r10,%rsi,8),%rsi
mov    %rdx,0x8(%rsi)
cmp    %r12,%rcx
setl   %bl
cmp    %r13,%r8
jge    1347 <locate_helix1+0x227>
add    $0x1,%r8
cmp    %r12,%rcx
jl     11a0 <locate_helix1+0x80>
test   %bl,%bl
jne    135d <locate_helix1+0x23d>
jmp    13a1 <locate_helix1+0x281>
mov    0x8(%rsp),%r9
mov    %rbp,%r10
mov    (%rsp),%r11
test   %bl,%bl
je     13a1 <locate_helix1+0x281>
mov    (%r9),%rdx
mov    (%r10,%rdx,8),%rdx
movq   $0x1,0x38(%rdx)
mov    (%r9),%rdx
mov    (%r10,%rdx,8),%rdx
mov    %r12,0x10(%rdx)
movq   $0x1,(%r11,%r12,8)
test   %r12,%r12
jle    13a1 <locate_helix1+0x281>
mov    $0x1,%edx
cmp    $0x1,%r12
jne    13bf <locate_helix1+0x29f>
test   $0x1,%r12b
je     13a1 <locate_helix1+0x281>
cmpq   $0x0,(%rax,%rdx,8)
jne    13a1 <locate_helix1+0x281>
mov    %rdx,0x8(%r15,%rcx,8)
mov    %rax,%rdi
mov    $0x1,%esi
mov    %r12,%rdx
add    $0x18,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
jmp    1030 <free_lvector@plt>
mov    %r12,%rsi
and    $0xfffffffffffffffe,%rsi
neg    %rsi
mov    $0x1,%edx
jmp    13e2 <locate_helix1+0x2c2>
lea    (%rsi,%rdx,1),%rdi
add    $0x2,%rdi
add    $0x2,%rdx
cmp    $0x1,%rdi
je     138f <locate_helix1+0x26f>
cmpq   $0x0,(%rax,%rdx,8)
je     1400 <locate_helix1+0x2e0>
cmpq   $0x0,0x8(%rax,%rdx,8)
jne    13d0 <locate_helix1+0x2b0>
jmp    1411 <locate_helix1+0x2f1>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
mov    %rdx,0x8(%r15,%rcx,8)
add    $0x1,%rcx
cmpq   $0x0,0x8(%rax,%rdx,8)
jne    13d0 <locate_helix1+0x2b0>
lea    0x1(%rdx),%rdi
mov    %rdi,0x8(%r15,%rcx,8)
add    $0x1,%rcx
jmp    13d0 <locate_helix1+0x2b0>

LLVM IR (-O0):
define void @locate_helix1(i64 %0, i64** %1, i64 %2, i64* %3, i64** %4, i64** %5, i64* %6, i64* %7) {
%9 = alloca i64
%10 = alloca i64**
%11 = alloca i64
%12 = alloca i64*
%13 = alloca i64**
%14 = alloca i64**
%15 = alloca i64*
%16 = alloca i64*
%17 = alloca i64
%18 = alloca i64
%19 = alloca i64
%20 = alloca i64
%21 = alloca i64
%22 = alloca i64
%23 = alloca i64
%24 = alloca i64
%25 = alloca i64*
store i64 %0, i64* %9
store i64** %1, i64*** %10
store i64 %2, i64* %11
store i64* %3, i64** %12
store i64** %4, i64*** %13
store i64** %5, i64*** %14
store i64* %6, i64** %15
store i64* %7, i64** %16
store i64 0, i64* %18
%26 = load i64**, i64*** %10
%27 = load i64*, i64** %12
%28 = load i64, i64* %27
%29 = getelementptr inbounds i64*, i64** %26, i64 %28
%30 = load i64*, i64** %29
%31 = getelementptr inbounds i64, i64* %30, i64 1
store i64 1, i64* %31
%32 = load i64, i64* %9
%33 = call i64* @lvector(i32 1, i64 %32)
store i64* %33, i64** %25
store i64 1, i64* %17
br label %34
34: ; preds = %252, %8
%35 = load i64, i64* %17
%36 = load i64, i64* %11
%37 = icmp sle i64 %35, %36
br i1 %37, label %38, label %42
38: ; preds = %34
%39 = load i64, i64* %18
%40 = load i64, i64* %9
%41 = icmp slt i64 %39, %40
br label %42
42: ; preds = %38, %34
%43 = phi i1 [ false, %34 ], [ %41, %38 ]
br i1 %43, label %44, label %255
44: ; preds = %42
store i64 0, i64* %20
store i64 0, i64* %21
store i64 1, i64* %19
br label %45
45: ; preds = %73, %44
%46 = load i64, i64* %19
%47 = icmp sle i64 %46, 3
br i1 %47, label %48, label %76
48: ; preds = %45
%49 = load i64**, i64*** %13
%50 = load i64, i64* %17
%51 = getelementptr inbounds i64*, i64** %49, i64 %50
%52 = load i64*, i64** %51
%53 = load i64, i64* %19
%54 = getelementptr inbounds i64, i64* %52, i64 %53
%55 = load i64, i64* %54
%56 = icmp ne i64 %55, 0
br i1 %56, label %57, label %72
57: ; preds = %48
%58 = load i64*, i64** %25
%59 = load i64**, i64*** %13
%60 = load i64, i64* %17
%61 = getelementptr inbounds i64*, i64** %59, i64 %60
%62 = load i64*, i64** %61
%63 = load i64, i64* %19
%64 = getelementptr inbounds i64, i64* %62, i64 %63
%65 = load i64, i64* %64
%66 = getelementptr inbounds i64, i64* %58, i64 %65
%67 = load i64, i64* %66
%68 = load i64, i64* %20
%69 = add nsw i64 %68, %67
store i64 %69, i64* %20
%70 = load i64, i64* %21
%71 = add nsw i64 %70, 1
store i64 %71, i64* %21
br label %72
72: ; preds = %57, %48
br label %73
73: ; preds = %72
%74 = load i64, i64* %19
%75 = add nsw i64 %74, 1
store i64 %75, i64* %19
br label %45
76: ; preds = %45
%77 = load i64, i64* %20
%78 = load i64, i64* %21
%79 = icmp eq i64 %77, %78
br i1 %79, label %80, label %81
80: ; preds = %76
br label %252
81: ; preds = %76
store i64 1, i64* %19
br label %82
82: ; preds = %117, %81
%83 = load i64, i64* %19
%84 = icmp sle i64 %83, 3
br i1 %84, label %85, label %89
85: ; preds = %82
%86 = load i64, i64* %18
%87 = load i64, i64* %9
%88 = icmp slt i64 %86, %87
br label %89
89: ; preds = %85, %82
%90 = phi i1 [ false, %82 ], [ %88, %85 ]
br i1 %90, label %91, label %120
91: ; preds = %89
%92 = load i64**, i64*** %13
%93 = load i64, i64* %17
%94 = getelementptr inbounds i64*, i64** %92, i64 %93
%95 = load i64*, i64** %94
%96 = load i64, i64* %19
%97 = getelementptr inbounds i64, i64* %95, i64 %96
%98 = load i64, i64* %97
store i64 %98, i64* %20
%99 = load i64, i64* %20
%100 = icmp ne i64 %99, 0
br i1 %100, label %101, label %116
101: ; preds = %91
%102 = load i64*, i64** %25
%103 = load i64, i64* %20
%104 = getelementptr inbounds i64, i64* %102, i64 %103
%105 = load i64, i64* %104
%106 = icmp ne i64 %105, 0
br i1 %106, label %116, label %107
107: ; preds = %101
%108 = load i64, i64* %20
%109 = load i64*, i64** %15
%110 = load i64, i64* %18
%111 = add nsw i64 %110, 1
store i64 %111, i64* %18
%112 = getelementptr inbounds i64, i64* %109, i64 %111
store i64 %108, i64* %112
%113 = load i64*, i64** %25
%114 = load i64, i64* %20
%115 = getelementptr inbounds i64, i64* %113, i64 %114
store i64 1, i64* %115
br label %116
116: ; preds = %107, %101, %91
br label %117
117: ; preds = %116
%118 = load i64, i64* %19
%119 = add nsw i64 %118, 1
store i64 %119, i64* %19
br label %82
120: ; preds = %89
store i64 1, i64* %19
br label %121
121: ; preds = %224, %120
%122 = load i64, i64* %19
%123 = load i64, i64* %9
%124 = icmp sle i64 %122, %123
br i1 %124, label %125, label %227
125: ; preds = %121
%126 = load i64*, i64** %15
%127 = load i64, i64* %18
%128 = getelementptr inbounds i64, i64* %126, i64 %127
%129 = load i64, i64* %128
store i64 %129, i64* %20
%130 = load i64**, i64*** %14
%131 = load i64, i64* %20
%132 = getelementptr inbounds i64*, i64** %130, i64 %131
%133 = load i64*, i64** %132
%134 = getelementptr inbounds i64, i64* %133, i64 2
%135 = load i64, i64* %134
store i64 %135, i64* %22
%136 = load i64**, i64*** %14
%137 = load i64, i64* %20
%138 = getelementptr inbounds i64*, i64** %136, i64 %137
%139 = load i64*, i64** %138
%140 = getelementptr inbounds i64, i64* %139, i64 3
%141 = load i64, i64* %140
store i64 %141, i64* %23
%142 = load i64**, i64*** %14
%143 = load i64, i64* %20
%144 = getelementptr inbounds i64*, i64** %142, i64 %143
%145 = load i64*, i64** %144
%146 = getelementptr inbounds i64, i64* %145, i64 1
%147 = load i64, i64* %146
%148 = icmp ne i64 %147, 0
br i1 %148, label %171, label %149
149: ; preds = %125
%150 = load i64, i64* %22
%151 = icmp ne i64 %150, 0
br i1 %151, label %152, label %170
152: ; preds = %149
%153 = load i64*, i64** %25
%154 = load i64, i64* %22
%155 = getelementptr inbounds i64, i64* %153, i64 %154
%156 = load i64, i64* %155
%157 = icmp ne i64 %156, 0
br i1 %157, label %170, label %158
158: ; preds = %152
%159 = load i64, i64* %23
%160 = icmp ne i64 %159, 0
br i1 %160, label %170, label %161
161: ; preds = %158
%162 = load i64, i64* %22
%163 = load i64*, i64** %15
%164 = load i64, i64* %18
%165 = add nsw i64 %164, 1
store i64 %165, i64* %18
%166 = getelementptr inbounds i64, i64* %163, i64 %165
store i64 %162, i64* %166
%167 = load i64*, i64** %25
%168 = load i64, i64* %22
%169 = getelementptr inbounds i64, i64* %167, i64 %168
store i64 1, i64* %169
br label %170
170: ; preds = %161, %158, %152, %149
br label %227
171: ; preds = %125
%172 = load i64*, i64** %25
%173 = load i64, i64* %22
%174 = getelementptr inbounds i64, i64* %172, i64 %173
%175 = load i64, i64* %174
%176 = load i64*, i64** %25
%177 = load i64, i64* %23
%178 = getelementptr inbounds i64, i64* %176, i64 %177
%179 = load i64, i64* %178
%180 = add nsw i64 %175, %179
store i64 %180, i64* %24
%181 = load i64, i64* %24
%182 = icmp eq i64 %181, 2
br i1 %182, label %186, label %183
183: ; preds = %171
%184 = load i64, i64* %24
%185 = icmp eq i64 %184, 0
br i1 %185, label %186, label %187
186: ; preds = %183, %171
br label %227
187: ; preds = %183
%188 = load i64, i64* %22
%189 = load i64*, i64** %15
%190 = load i64, i64* %18
%191 = sub nsw i64 %190, 1
%192 = getelementptr inbounds i64, i64* %189, i64 %191
%193 = load i64, i64* %192
%194 = icmp eq i64 %188, %193
br i1 %194, label %195, label %204
195: ; preds = %187
%196 = load i64, i64* %23
%197 = load i64*, i64** %15
%198 = load i64, i64* %18
%199 = add nsw i64 %198, 1
store i64 %199, i64* %18
%200 = getelementptr inbounds i64, i64* %197, i64 %199
store i64 %196, i64* %200
%201 = load i64*, i64** %25
%202 = load i64, i64* %23
%203 = getelementptr inbounds i64, i64* %201, i64 %202
store i64 1, i64* %203
br label %223
204: ; preds = %187
%205 = load i64, i64* %23
%206 = load i64*, i64** %15
%207 = load i64, i64* %18
%208 = sub nsw i64 %207, 1
%209 = getelementptr inbounds i64, i64* %206, i64 %208
%210 = load i64, i64* %209
%211 = icmp eq i64 %205, %210
br i1 %211, label %212, label %221
212: ; preds = %204
%213 = load i64, i64* %22
%214 = load i64*, i64** %15
%215 = load i64, i64* %18
%216 = add nsw i64 %215, 1
store i64 %216, i64* %18
%217 = getelementptr inbounds i64, i64* %214, i64 %216
store i64 %213, i64* %217
%218 = load i64*, i64** %25
%219 = load i64, i64* %22
%220 = getelementptr inbounds i64, i64* %218, i64 %219
store i64 1, i64* %220
br label %222
221: ; preds = %204
br label %227
222: ; preds = %212
br label %223
223: ; preds = %222, %195
br label %224
224: ; preds = %223
%225 = load i64, i64* %19
%226 = add nsw i64 %225, 1
store i64 %226, i64* %19
br label %121
227: ; preds = %221, %186, %170, %121
%228 = load i64, i64* %18
%229 = load i64**, i64*** %10
%230 = load i64*, i64** %12
%231 = load i64, i64* %230
%232 = getelementptr inbounds i64*, i64** %229, i64 %231
%233 = load i64*, i64** %232
%234 = getelementptr inbounds i64, i64* %233, i64 2
store i64 %228, i64* %234
%235 = load i64*, i64** %16
%236 = load i64, i64* %18
%237 = getelementptr inbounds i64, i64* %235, i64 %236
store i64 1, i64* %237
%238 = load i64, i64* %18
%239 = load i64, i64* %9
%240 = icmp slt i64 %238, %239
br i1 %240, label %241, label %251
241: ; preds = %227
%242 = load i64, i64* %18
%243 = add nsw i64 %242, 1
%244 = load i64**, i64*** %10
%245 = load i64*, i64** %12
%246 = load i64, i64* %245
%247 = add nsw i64 %246, 1
store i64 %247, i64* %245
%248 = getelementptr inbounds i64*, i64** %244, i64 %247
%249 = load i64*, i64** %248
%250 = getelementptr inbounds i64, i64* %249, i64 1
store i64 %243, i64* %250
br label %251
251: ; preds = %241, %227
br label %252
252: ; preds = %251, %80
%253 = load i64, i64* %17
%254 = add nsw i64 %253, 1
store i64 %254, i64* %17
br label %34
255: ; preds = %42
%256 = load i64, i64* %18
%257 = load i64, i64* %9
%258 = icmp slt i64 %256, %257
br i1 %258, label %259, label %297
259: ; preds = %255
%260 = load i64**, i64*** %10
%261 = load i64*, i64** %12
%262 = load i64, i64* %261
%263 = getelementptr inbounds i64*, i64** %260, i64 %262
%264 = load i64*, i64** %263
%265 = getelementptr inbounds i64, i64* %264, i64 7
store i64 1, i64* %265
%266 = load i64, i64* %9
%267 = load i64**, i64*** %10
%268 = load i64*, i64** %12
%269 = load i64, i64* %268
%270 = getelementptr inbounds i64*, i64** %267, i64 %269
%271 = load i64*, i64** %270
%272 = getelementptr inbounds i64, i64* %271, i64 2
store i64 %266, i64* %272
%273 = load i64*, i64** %16
%274 = load i64, i64* %9
%275 = getelementptr inbounds i64, i64* %273, i64 %274
store i64 1, i64* %275
store i64 1, i64* %19
br label %276
276: ; preds = %293, %259
%277 = load i64, i64* %19
%278 = load i64, i64* %9
%279 = icmp sle i64 %277, %278
br i1 %279, label %280, label %296
280: ; preds = %276
%281 = load i64*, i64** %25
%282 = load i64, i64* %19
%283 = getelementptr inbounds i64, i64* %281, i64 %282
%284 = load i64, i64* %283
%285 = icmp ne i64 %284, 0
br i1 %285, label %292, label %286
286: ; preds = %280
%287 = load i64, i64* %19
%288 = load i64*, i64** %15
%289 = load i64, i64* %18
%290 = add nsw i64 %289, 1
store i64 %290, i64* %18
%291 = getelementptr inbounds i64, i64* %288, i64 %290
store i64 %287, i64* %291
br label %292
292: ; preds = %286, %280
br label %293
293: ; preds = %292
%294 = load i64, i64* %19
%295 = add nsw i64 %294, 1
store i64 %295, i64* %19
br label %276
296: ; preds = %276
br label %297
297: ; preds = %296, %255
%298 = load i64*, i64** %25
%299 = load i64, i64* %9
%300 = call i32 @free_lvector(i64* %298, i32 1, i64 %299)
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @locate_helix1(i64 %0, i64** nocapture %1, i64 %2, i64* nocapture %3, i64** nocapture %4, i64** nocapture %5, i64* nocapture %6, i64* nocapture writeonly %7) {
%9 = load i64, i64* %3
%10 = getelementptr inbounds i64*, i64** %1, i64 %9
%11 = load i64*, i64** %10
%12 = getelementptr inbounds i64, i64* %11, i64 1
store i64 1, i64* %12
%13 = tail call i64* @lvector(i32 1, i64 %0)
%14 = icmp sgt i64 %2, 0
%15 = icmp sgt i64 %0, 0
%16 = and i1 %14, %15
br i1 %16, label %17, label %163
17: ; preds = %8, %157
%18 = phi i64 [ %159, %157 ], [ 1, %8 ]
%19 = phi i64 [ %158, %157 ], [ 0, %8 ]
%20 = getelementptr inbounds i64*, i64** %4, i64 %18
%21 = load i64*, i64** %20
%22 = getelementptr inbounds i64, i64* %21, i64 1
%23 = load i64, i64* %22
%24 = icmp eq i64 %23, 0
br i1 %24, label %28, label %25
25: ; preds = %17
%26 = getelementptr inbounds i64, i64* %13, i64 %23
%27 = load i64, i64* %26
br label %28
28: ; preds = %17, %25
%29 = phi i64 [ 1, %25 ], [ 0, %17 ]
%30 = phi i64 [ %27, %25 ], [ 0, %17 ]
%31 = getelementptr inbounds i64, i64* %21, i64 2
%32 = load i64, i64* %31
%33 = icmp eq i64 %32, 0
br i1 %33, label %39, label %34
34: ; preds = %28
%35 = getelementptr inbounds i64, i64* %13, i64 %32
%36 = load i64, i64* %35
%37 = add nsw i64 %36, %30
%38 = add nuw nsw i64 %29, 1
br label %39
39: ; preds = %34, %28
%40 = phi i64 [ %38, %34 ], [ %29, %28 ]
%41 = phi i64 [ %37, %34 ], [ %30, %28 ]
%42 = getelementptr inbounds i64, i64* %21, i64 3
%43 = load i64, i64* %42
%44 = icmp eq i64 %43, 0
br i1 %44, label %50, label %45
45: ; preds = %39
%46 = getelementptr inbounds i64, i64* %13, i64 %43
%47 = load i64, i64* %46
%48 = add nsw i64 %47, %41
%49 = add nuw nsw i64 %40, 1
br label %50
50: ; preds = %45, %39
%51 = phi i64 [ %49, %45 ], [ %40, %39 ]
%52 = phi i64 [ %48, %45 ], [ %41, %39 ]
%53 = icmp eq i64 %52, %51
br i1 %53, label %157, label %54
54: ; preds = %50
%55 = icmp slt i64 %19, %0
br i1 %55, label %58, label %56
56: ; preds = %84, %88, %92, %67, %81, %54
%57 = phi i64 [ %19, %54 ], [ %68, %67 ], [ %82, %81 ], [ %82, %88 ], [ %93, %92 ], [ %82, %84 ]
br label %95
58: ; preds = %54
%59 = icmp eq i64 %23, 0
br i1 %59, label %67, label %60
60: ; preds = %58
%61 = getelementptr inbounds i64, i64* %13, i64 %23
%62 = load i64, i64* %61
%63 = icmp eq i64 %62, 0
br i1 %63, label %64, label %67
64: ; preds = %60
%65 = add nsw i64 %19, 1
%66 = getelementptr inbounds i64, i64* %6, i64 %65
store i64 %23, i64* %66
store i64 1, i64* %61
br label %67
67: ; preds = %58, %60, %64
%68 = phi i64 [ %19, %60 ], [ %65, %64 ], [ %19, %58 ]
%69 = icmp slt i64 %68, %0
br i1 %69, label %70, label %56
70: ; preds = %67
%71 = getelementptr inbounds i64, i64* %21, i64 2
%72 = load i64, i64* %71
%73 = icmp eq i64 %72, 0
br i1 %73, label %81, label %74
74: ; preds = %70
%75 = getelementptr inbounds i64, i64* %13, i64 %72
%76 = load i64, i64* %75
%77 = icmp eq i64 %76, 0
br i1 %77, label %78, label %81
78: ; preds = %74
%79 = add nsw i64 %68, 1
%80 = getelementptr inbounds i64, i64* %6, i64 %79
store i64 %72, i64* %80
store i64 1, i64* %75
br label %81
81: ; preds = %78, %74, %70
%82 = phi i64 [ %68, %74 ], [ %79, %78 ], [ %68, %70 ]
%83 = icmp slt i64 %82, %0
br i1 %83, label %84, label %56
84: ; preds = %81
%85 = getelementptr inbounds i64, i64* %21, i64 3
%86 = load i64, i64* %85
%87 = icmp eq i64 %86, 0
br i1 %87, label %56, label %88
88: ; preds = %84
%89 = getelementptr inbounds i64, i64* %13, i64 %86
%90 = load i64, i64* %89
%91 = icmp eq i64 %90, 0
br i1 %91, label %92, label %56
92: ; preds = %88
%93 = add nsw i64 %82, 1
%94 = getelementptr inbounds i64, i64* %6, i64 %93
store i64 %86, i64* %94
store i64 1, i64* %89
br label %56
95: ; preds = %56, %135
%96 = phi i64 [ %138, %135 ], [ %57, %56 ]
%97 = phi i64 [ %140, %135 ], [ 1, %56 ]
%98 = getelementptr inbounds i64, i64* %6, i64 %96
%99 = load i64, i64* %98
%100 = getelementptr inbounds i64*, i64** %5, i64 %99
%101 = load i64*, i64** %100
%102 = getelementptr inbounds i64, i64* %101, i64 2
%103 = load i64, i64* %102
%104 = getelementptr inbounds i64, i64* %101, i64 3
%105 = load i64, i64* %104
%106 = getelementptr inbounds i64, i64* %101, i64 1
%107 = load i64, i64* %106
%108 = icmp eq i64 %107, 0
br i1 %108, label %109, label %120
109: ; preds = %95
%110 = icmp eq i64 %103, 0
br i1 %110, label %142, label %111
111: ; preds = %109
%112 = getelementptr inbounds i64, i64* %13, i64 %103
%113 = load i64, i64* %112
%114 = icmp ne i64 %113, 0
%115 = icmp ne i64 %105, 0
%116 = select i1 %114, i1 true, i1 %115
br i1 %116, label %142, label %117
117: ; preds = %111
%118 = add nsw i64 %96, 1
%119 = getelementptr inbounds i64, i64* %6, i64 %118
store i64 %103, i64* %119
store i64 1, i64* %112
br label %142
120: ; preds = %95
%121 = getelementptr inbounds i64, i64* %13, i64 %103
%122 = load i64, i64* %121
%123 = getelementptr inbounds i64, i64* %13, i64 %105
%124 = load i64, i64* %123
%125 = add nsw i64 %124, %122
%126 = and i64 %125, -3
%127 = icmp eq i64 %126, 0
br i1 %127, label %142, label %128
128: ; preds = %120
%129 = add nsw i64 %96, -1
%130 = getelementptr inbounds i64, i64* %6, i64 %129
%131 = load i64, i64* %130
%132 = icmp eq i64 %103, %131
br i1 %132, label %135, label %133
133: ; preds = %128
%134 = icmp eq i64 %105, %131
br i1 %134, label %135, label %142
135: ; preds = %133, %128
%136 = phi i64 [ %105, %128 ], [ %103, %133 ]
%137 = phi i64* [ %123, %128 ], [ %121, %133 ]
%138 = add nsw i64 %96, 1
%139 = getelementptr inbounds i64, i64* %6, i64 %138
store i64 %136, i64* %139
store i64 1, i64* %137
%140 = add nuw i64 %97, 1
%141 = icmp eq i64 %97, %0
br i1 %141, label %142, label %95
142: ; preds = %135, %120, %133, %109, %111, %117
%143 = phi i64 [ %96, %111 ], [ %118, %117 ], [ %96, %109 ], [ %138, %135 ], [ %96, %120 ], [ %96, %133 ]
%144 = load i64, i64* %3
%145 = getelementptr inbounds i64*, i64** %1, i64 %144
%146 = load i64*, i64** %145
%147 = getelementptr inbounds i64, i64* %146, i64 2
store i64 %143, i64* %147
%148 = getelementptr inbounds i64, i64* %7, i64 %143
store i64 1, i64* %148
%149 = icmp slt i64 %143, %0
br i1 %149, label %150, label %157
150: ; preds = %142
%151 = add nsw i64 %143, 1
%152 = load i64, i64* %3
%153 = add nsw i64 %152, 1
store i64 %153, i64* %3
%154 = getelementptr inbounds i64*, i64** %1, i64 %153
%155 = load i64*, i64** %154
%156 = getelementptr inbounds i64, i64* %155, i64 1
store i64 %151, i64* %156
br label %157
157: ; preds = %142, %150, %50
%158 = phi i64 [ %19, %50 ], [ %143, %150 ], [ %143, %142 ]
%159 = add nuw nsw i64 %18, 1
%160 = icmp slt i64 %18, %2
%161 = icmp slt i64 %158, %0
%162 = select i1 %160, i1 %161, i1 false
br i1 %162, label %17, label %163
163: ; preds = %157, %8
%164 = phi i64 [ 0, %8 ], [ %158, %157 ]
%165 = phi i1 [ %15, %8 ], [ %161, %157 ]
br i1 %165, label %166, label %217
166: ; preds = %163
%167 = load i64, i64* %3
%168 = getelementptr inbounds i64*, i64** %1, i64 %167
%169 = load i64*, i64** %168
%170 = getelementptr inbounds i64, i64* %169, i64 7
store i64 1, i64* %170
%171 = load i64, i64* %3
%172 = getelementptr inbounds i64*, i64** %1, i64 %171
%173 = load i64*, i64** %172
%174 = getelementptr inbounds i64, i64* %173, i64 2
store i64 %0, i64* %174
%175 = getelementptr inbounds i64, i64* %7, i64 %0
store i64 1, i64* %175
%176 = icmp slt i64 %0, 1
br i1 %176, label %217, label %177
177: ; preds = %166
%178 = and i64 %0, 1
%179 = icmp eq i64 %0, 1
br i1 %179, label %206, label %180
180: ; preds = %177
%181 = and i64 %0, -2
br label %182
182: ; preds = %201, %180
%183 = phi i64 [ %164, %180 ], [ %202, %201 ]
%184 = phi i64 [ 1, %180 ], [ %203, %201 ]
%185 = phi i64 [ 0, %180 ], [ %204, %201 ]
%186 = getelementptr inbounds i64, i64* %13, i64 %184
%187 = load i64, i64* %186
%188 = icmp eq i64 %187, 0
br i1 %188, label %189, label %192
189: ; preds = %182
%190 = add nsw i64 %183, 1
%191 = getelementptr inbounds i64, i64* %6, i64 %190
store i64 %184, i64* %191
br label %192
192: ; preds = %182, %189
%193 = phi i64 [ %183, %182 ], [ %190, %189 ]
%194 = add nuw i64 %184, 1
%195 = getelementptr inbounds i64, i64* %13, i64 %194
%196 = load i64, i64* %195
%197 = icmp eq i64 %196, 0
br i1 %197, label %198, label %201
198: ; preds = %192
%199 = add nsw i64 %193, 1
%200 = getelementptr inbounds i64, i64* %6, i64 %199
store i64 %194, i64* %200
br label %201
201: ; preds = %198, %192
%202 = phi i64 [ %193, %192 ], [ %199, %198 ]
%203 = add nuw i64 %184, 2
%204 = add i64 %185, 2
%205 = icmp eq i64 %204, %181
br i1 %205, label %206, label %182
206: ; preds = %201, %177
%207 = phi i64 [ %164, %177 ], [ %202, %201 ]
%208 = phi i64 [ 1, %177 ], [ %203, %201 ]
%209 = icmp eq i64 %178, 0
br i1 %209, label %217, label %210
210: ; preds = %206
%211 = getelementptr inbounds i64, i64* %13, i64 %208
%212 = load i64, i64* %211
%213 = icmp eq i64 %212, 0
br i1 %213, label %214, label %217
214: ; preds = %210
%215 = add nsw i64 %207, 1
%216 = getelementptr inbounds i64, i64* %6, i64 %215
store i64 %208, i64* %216
br label %217
217: ; preds = %206, %214, %210, %166, %163
%218 = tail call i32 @free_lvector(i64* %13, i32 1, i64 %0)
ret void
}