void c_new_molecule_ID(int *connections, int natoms, int iwidth,
                       int *moleculeID, int nmolecules) {
  int i, j, k, tmpndx;
  for (i = 0; i < natoms; i++) {
    if (moleculeID[i] == 0) {
      nmolecules += 1;
    }
    moleculeID[i] = nmolecules;
    for (j = 0; j < iwidth; j++) {
      if (connections[i * iwidth + j] != 0) {
        moleculeID[connections[i * iwidth + j] - 1] = nmolecules;
        for (k = 0; k < iwidth; k++) {
          tmpndx = connections[i * iwidth + j] - 1;
          if (connections[tmpndx * iwidth + k] != 0) {
            moleculeID[connections[tmpndx * iwidth + k] - 1] = nmolecules;
          }
        }
      }
    }
  }
  return;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<c_new_molecule_ID>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %edx,-0x10(%rbp)
mov    %rcx,-0x18(%rbp)
mov    %r8d,-0x1c(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    124e <c_new_molecule_ID+0x14e>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jne    1144 <c_new_molecule_ID+0x44>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%edx
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x10(%rbp),%eax
jge    123b <c_new_molecule_ID+0x13b>
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%ecx
imul   -0x10(%rbp),%ecx
add    -0x24(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
je     1228 <c_new_molecule_ID+0x128>
mov    -0x1c(%rbp),%edx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
mov    -0x20(%rbp),%esi
imul   -0x10(%rbp),%esi
add    -0x24(%rbp),%esi
movslq %esi,%rsi
mov    (%rcx,%rsi,4),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
cmp    -0x10(%rbp),%eax
jge    1223 <c_new_molecule_ID+0x123>
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%ecx
imul   -0x10(%rbp),%ecx
add    -0x24(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
sub    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x2c(%rbp),%ecx
imul   -0x10(%rbp),%ecx
add    -0x28(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
je     1210 <c_new_molecule_ID+0x110>
mov    -0x1c(%rbp),%edx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
mov    -0x2c(%rbp),%esi
imul   -0x10(%rbp),%esi
add    -0x28(%rbp),%esi
movslq %esi,%rsi
mov    (%rcx,%rsi,4),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
jmp    1215 <c_new_molecule_ID+0x115>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    11ab <c_new_molecule_ID+0xab>
jmp    1228 <c_new_molecule_ID+0x128>
jmp    122d <c_new_molecule_ID+0x12d>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1159 <c_new_molecule_ID+0x59>
jmp    1240 <c_new_molecule_ID+0x140>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    111d <c_new_molecule_ID+0x1d>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<c_new_molecule_ID>:
push   %r15
push   %r14
push   %r12
push   %rbx
test   %esi,%esi
jle    1198 <c_new_molecule_ID+0x98>
movslq %edx,%r15
mov    %esi,%r9d
mov    %r15d,%r12d
xor    %r10d,%r10d
jmp    1129 <c_new_molecule_ID+0x29>
nopl   (%rax)
add    $0x1,%r10
cmp    %r9,%r10
je     1198 <c_new_molecule_ID+0x98>
cmpl   $0x1,(%rcx,%r10,4)
adc    $0x0,%r8d
mov    %r8d,(%rcx,%r10,4)
test   %edx,%edx
jle    1120 <c_new_molecule_ID+0x20>
mov    %r10,%r11
imul   %r15,%r11
xor    %r14d,%r14d
jmp    1159 <c_new_molecule_ID+0x59>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%r14
cmp    %r12,%r14
je     1120 <c_new_molecule_ID+0x20>
lea    (%r14,%r11,1),%rbx
movslq (%rdi,%rbx,4),%rax
test   %rax,%rax
je     1150 <c_new_molecule_ID+0x50>
mov    %r8d,-0x4(%rcx,%rax,4)
xor    %eax,%eax
jmp    1179 <c_new_molecule_ID+0x79>
nop
add    $0x1,%rax
cmp    %eax,%r12d
je     1150 <c_new_molecule_ID+0x50>
movslq (%rdi,%rbx,4),%rsi
add    $0xffffffffffffffff,%rsi
imul   %r15,%rsi
add    %rax,%rsi
movslq (%rdi,%rsi,4),%rsi
test   %rsi,%rsi
je     1170 <c_new_molecule_ID+0x70>
mov    %r8d,-0x4(%rcx,%rsi,4)
jmp    1170 <c_new_molecule_ID+0x70>
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r14
pop    %r15
ret

LLVM IR (-O0):
define void @c_new_molecule_ID(i32* %0, i32 %1, i32 %2, i32* %3, i32 %4) {
%6 = alloca i32*
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32*
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
store i32* %0, i32** %6
store i32 %1, i32* %7
store i32 %2, i32* %8
store i32* %3, i32** %9
store i32 %4, i32* %10
store i32 0, i32* %11
br label %15
15: ; preds = %115, %5
%16 = load i32, i32* %11
%17 = load i32, i32* %7
%18 = icmp slt i32 %16, %17
br i1 %18, label %19, label %118
19: ; preds = %15
%20 = load i32*, i32** %9
%21 = load i32, i32* %11
%22 = sext i32 %21 to i64
%23 = getelementptr inbounds i32, i32* %20, i64 %22
%24 = load i32, i32* %23
%25 = icmp eq i32 %24, 0
br i1 %25, label %26, label %29
26: ; preds = %19
%27 = load i32, i32* %10
%28 = add nsw i32 %27, 1
store i32 %28, i32* %10
br label %29
29: ; preds = %26, %19
%30 = load i32, i32* %10
%31 = load i32*, i32** %9
%32 = load i32, i32* %11
%33 = sext i32 %32 to i64
%34 = getelementptr inbounds i32, i32* %31, i64 %33
store i32 %30, i32* %34
store i32 0, i32* %12
br label %35
35: ; preds = %111, %29
%36 = load i32, i32* %12
%37 = load i32, i32* %8
%38 = icmp slt i32 %36, %37
br i1 %38, label %39, label %114
39: ; preds = %35
%40 = load i32*, i32** %6
%41 = load i32, i32* %11
%42 = load i32, i32* %8
%43 = mul nsw i32 %41, %42
%44 = load i32, i32* %12
%45 = add nsw i32 %43, %44
%46 = sext i32 %45 to i64
%47 = getelementptr inbounds i32, i32* %40, i64 %46
%48 = load i32, i32* %47
%49 = icmp ne i32 %48, 0
br i1 %49, label %50, label %110
50: ; preds = %39
%51 = load i32, i32* %10
%52 = load i32*, i32** %9
%53 = load i32*, i32** %6
%54 = load i32, i32* %11
%55 = load i32, i32* %8
%56 = mul nsw i32 %54, %55
%57 = load i32, i32* %12
%58 = add nsw i32 %56, %57
%59 = sext i32 %58 to i64
%60 = getelementptr inbounds i32, i32* %53, i64 %59
%61 = load i32, i32* %60
%62 = sub nsw i32 %61, 1
%63 = sext i32 %62 to i64
%64 = getelementptr inbounds i32, i32* %52, i64 %63
store i32 %51, i32* %64
store i32 0, i32* %13
br label %65
65: ; preds = %106, %50
%66 = load i32, i32* %13
%67 = load i32, i32* %8
%68 = icmp slt i32 %66, %67
br i1 %68, label %69, label %109
69: ; preds = %65
%70 = load i32*, i32** %6
%71 = load i32, i32* %11
%72 = load i32, i32* %8
%73 = mul nsw i32 %71, %72
%74 = load i32, i32* %12
%75 = add nsw i32 %73, %74
%76 = sext i32 %75 to i64
%77 = getelementptr inbounds i32, i32* %70, i64 %76
%78 = load i32, i32* %77
%79 = sub nsw i32 %78, 1
store i32 %79, i32* %14
%80 = load i32*, i32** %6
%81 = load i32, i32* %14
%82 = load i32, i32* %8
%83 = mul nsw i32 %81, %82
%84 = load i32, i32* %13
%85 = add nsw i32 %83, %84
%86 = sext i32 %85 to i64
%87 = getelementptr inbounds i32, i32* %80, i64 %86
%88 = load i32, i32* %87
%89 = icmp ne i32 %88, 0
br i1 %89, label %90, label %105
90: ; preds = %69
%91 = load i32, i32* %10
%92 = load i32*, i32** %9
%93 = load i32*, i32** %6
%94 = load i32, i32* %14
%95 = load i32, i32* %8
%96 = mul nsw i32 %94, %95
%97 = load i32, i32* %13
%98 = add nsw i32 %96, %97
%99 = sext i32 %98 to i64
%100 = getelementptr inbounds i32, i32* %93, i64 %99
%101 = load i32, i32* %100
%102 = sub nsw i32 %101, 1
%103 = sext i32 %102 to i64
%104 = getelementptr inbounds i32, i32* %92, i64 %103
store i32 %91, i32* %104
br label %105
105: ; preds = %90, %69
br label %106
106: ; preds = %105
%107 = load i32, i32* %13
%108 = add nsw i32 %107, 1
store i32 %108, i32* %13
br label %65
109: ; preds = %65
br label %110
110: ; preds = %109, %39
br label %111
111: ; preds = %110
%112 = load i32, i32* %12
%113 = add nsw i32 %112, 1
store i32 %113, i32* %12
br label %35
114: ; preds = %35
br label %115
115: ; preds = %114
%116 = load i32, i32* %11
%117 = add nsw i32 %116, 1
store i32 %117, i32* %11
br label %15
118: ; preds = %15
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @c_new_molecule_ID(i32* nocapture %0, i32 %1, i32 %2, i32* nocapture %3, i32 %4) {
%6 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %6, label %7, label %55
7: ; preds = %5
%8 = icmp sgt i32 %2, 0
%9 = sext i32 %2 to i64
%10 = zext i32 %1 to i64
%11 = zext i32 %2 to i64
br label %12
12: ; preds = %7, %52
%13 = phi i64 [ 0, %7 ], [ %53, %52 ]
%14 = phi i32 [ %4, %7 ], [ %19, %52 ]
%15 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %13
%16 = load i32, i32* %15
%17 = icmp eq i32 %16, 0
%18 = zext i1 %17 to i32
%19 = add nsw i32 %14, %18
store i32 %19, i32* %15
br i1 %8, label %20, label %52
20: ; preds = %12
%21 = mul nsw i64 %13, %9
br label %22
22: ; preds = %20, %49
%23 = phi i64 [ 0, %20 ], [ %50, %49 ]
%24 = add nsw i64 %23, %21
%25 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %24
%26 = load i32, i32* %25
%27 = icmp eq i32 %26, 0
br i1 %27, label %49, label %28
28: ; preds = %22
%29 = add nsw i32 %26, -1
%30 = sext i32 %29 to i64
%31 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %30
store i32 %19, i32* %31
br label %32
32: ; preds = %28, %46
%33 = phi i32 [ %47, %46 ], [ 0, %28 ]
%34 = load i32, i32* %25
%35 = add nsw i32 %34, -1
%36 = mul nsw i32 %35, %2
%37 = add nsw i32 %36, %33
%38 = sext i32 %37 to i64
%39 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %38
%40 = load i32, i32* %39
%41 = icmp eq i32 %40, 0
br i1 %41, label %46, label %42
42: ; preds = %32
%43 = add nsw i32 %40, -1
%44 = sext i32 %43 to i64
%45 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %44
store i32 %19, i32* %45
br label %46
46: ; preds = %32, %42
%47 = add nuw nsw i32 %33, 1
%48 = icmp eq i32 %47, %2
br i1 %48, label %49, label %32
49: ; preds = %46, %22
%50 = add nuw nsw i64 %23, 1
%51 = icmp eq i64 %50, %11
br i1 %51, label %52, label %22
52: ; preds = %49, %12
%53 = add nuw nsw i64 %13, 1
%54 = icmp eq i64 %53, %10
br i1 %54, label %55, label %12
55: ; preds = %52, %5
ret void
}