int vrna_aln_mpi(char *Alseq[], int n_seq, int length, int *mini) {
  int i, j, k, pairnum = 0, sumident = 0;
  float ident = 0, minimum = 1.;
  for (j = 0; j < n_seq - 1; j++)
    for (k = j + 1; k < n_seq; k++) {
      ident = 0;
      for (i = 1; i <= length; i++) {
        if (Alseq[k][i] == Alseq[j][i])
          ident++;
        pairnum++;
      }
      if ((ident / length) < minimum)
        minimum = ident / (float)length;
      sumident += ident;
    }
  mini[0] = (int)(minimum * 100.);
  if (pairnum > 0)
    return (int)(sumident * 100 / pairnum);
  else
    return 0;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<vrna_aln_mpi>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x10(%rbp)
mov    %esi,-0x14(%rbp)
mov    %edx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movss  %xmm0,-0x38(%rbp)
movss  0xed0(%rip),%xmm0
movss  %xmm0,-0x3c(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jge    123b <vrna_aln_mpi+0x13b>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    1228 <vrna_aln_mpi+0x128>
xorps  %xmm0,%xmm0
movss  %xmm0,-0x38(%rbp)
movl   $0x1,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x18(%rbp),%eax
jg     11d6 <vrna_aln_mpi+0xd6>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
movslq -0x28(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rcx
movslq -0x24(%rbp),%rdx
movsbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jne    11bf <vrna_aln_mpi+0xbf>
movss  0xe4b(%rip),%xmm0
addss  -0x38(%rbp),%xmm0
movss  %xmm0,-0x38(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1171 <vrna_aln_mpi+0x71>
movss  -0x38(%rbp),%xmm1
cvtsi2ssl -0x18(%rbp),%xmm0
divss  %xmm0,%xmm1
movss  -0x3c(%rbp),%xmm0
ucomiss %xmm1,%xmm0
jbe    1205 <vrna_aln_mpi+0x105>
movss  -0x38(%rbp),%xmm0
cvtsi2ssl -0x18(%rbp),%xmm1
divss  %xmm1,%xmm0
movss  %xmm0,-0x3c(%rbp)
movss  -0x38(%rbp),%xmm1
cvtsi2ssl -0x34(%rbp),%xmm0
addss  %xmm1,%xmm0
cvttss2si %xmm0,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    1156 <vrna_aln_mpi+0x56>
jmp    122d <vrna_aln_mpi+0x12d>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    113c <vrna_aln_mpi+0x3c>
movss  -0x3c(%rbp),%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm0
movsd  0xdbc(%rip),%xmm1
mulsd  %xmm1,%xmm0
cvttsd2si %xmm0,%ecx
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    %ecx,(%rax)
cmpl   $0x0,-0x30(%rbp)
jle    1274 <vrna_aln_mpi+0x174>
imul   $0x64,-0x34(%rbp),%eax
cltd
idivl  -0x30(%rbp)
mov    %eax,-0x4(%rbp)
jmp    127b <vrna_aln_mpi+0x17b>
movl   $0x0,-0x4(%rbp)
mov    -0x4(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<vrna_aln_mpi>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
cmp    $0x1,%esi
jle    12a4 <vrna_aln_mpi+0x1a4>
mov    %rcx,-0x20(%rsp)
cvtsi2ss %edx,%xmm0
lea    0x1(%rdx),%r8d
mov    %esi,%r9d
add    $0xffffffff,%esi
lea    -0x1(%r8),%r10
add    $0xfffffffffffffffe,%r8
mov    %r10d,%eax
and    $0x3,%eax
and    $0xfffffffffffffffc,%r10
xor    %r12d,%r12d
movss  0xebd(%rip),%xmm1
mov    $0x1,%r15d
movaps %xmm1,%xmm3
xor    %r13d,%r13d
xor    %r11d,%r11d
mov    %rsi,-0x18(%rsp)
jmp    117c <vrna_aln_mpi+0x7c>
nopl   0x0(%rax)
mov    -0x10(%rsp),%r15
add    $0x1,%r15
mov    -0x18(%rsp),%rsi
mov    -0x8(%rsp),%r12
cmp    %rsi,%r12
je     12ac <vrna_aln_mpi+0x1ac>
lea    0x1(%r12),%rcx
mov    %rcx,-0x8(%rsp)
cmp    %r9,%rcx
mov    %r15,-0x10(%rsp)
jae    1160 <vrna_aln_mpi+0x60>
movaps %xmm3,%xmm2
jmp    11cb <vrna_aln_mpi+0xcb>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
add    %edx,%r11d
movaps %xmm4,%xmm3
divss  %xmm0,%xmm3
minss  %xmm2,%xmm3
xorps  %xmm2,%xmm2
cvtsi2ss %r13d,%xmm2
addss  %xmm4,%xmm2
cvttss2si %xmm2,%r13d
add    $0x1,%r15
movaps %xmm3,%xmm2
cmp    %r9,%r15
je     1160 <vrna_aln_mpi+0x60>
test   %edx,%edx
jle    11f0 <vrna_aln_mpi+0xf0>
mov    (%rdi,%r15,8),%rbp
mov    (%rdi,%r12,8),%r14
xorps  %xmm3,%xmm3
cmp    $0x3,%r8
jae    1200 <vrna_aln_mpi+0x100>
mov    $0x1,%ecx
jmp    1264 <vrna_aln_mpi+0x164>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
xorps  %xmm4,%xmm4
jmp    11a3 <vrna_aln_mpi+0xa3>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
xor    %ecx,%ecx
jmp    1219 <vrna_aln_mpi+0x119>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
add    $0x4,%rcx
cmp    %rcx,%r10
je     1260 <vrna_aln_mpi+0x160>
movzbl 0x1(%rbp,%rcx,1),%esi
cmp    0x1(%r14,%rcx,1),%sil
jne    1229 <vrna_aln_mpi+0x129>
addss  %xmm1,%xmm3
movzbl 0x2(%rbp,%rcx,1),%ebx
cmp    0x2(%r14,%rcx,1),%bl
jne    1239 <vrna_aln_mpi+0x139>
addss  %xmm1,%xmm3
movzbl 0x3(%rbp,%rcx,1),%ebx
cmp    0x3(%r14,%rcx,1),%bl
jne    1249 <vrna_aln_mpi+0x149>
addss  %xmm1,%xmm3
movzbl 0x4(%rbp,%rcx,1),%ebx
cmp    0x4(%r14,%rcx,1),%bl
jne    1210 <vrna_aln_mpi+0x110>
addss  %xmm1,%xmm3
jmp    1210 <vrna_aln_mpi+0x110>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%rcx
movaps %xmm3,%xmm4
test   %rax,%rax
je     11a0 <vrna_aln_mpi+0xa0>
add    %rcx,%r14
add    %rcx,%rbp
xor    %ecx,%ecx
movaps %xmm3,%xmm4
jmp    1290 <vrna_aln_mpi+0x190>
nopl   (%rax)
add    $0x1,%rcx
movaps %xmm4,%xmm3
cmp    %rcx,%rax
je     11a0 <vrna_aln_mpi+0xa0>
movzbl 0x0(%rbp,%rcx,1),%ebx
addss  %xmm1,%xmm4
cmp    (%r14,%rcx,1),%bl
je     1280 <vrna_aln_mpi+0x180>
movaps %xmm3,%xmm4
jmp    1280 <vrna_aln_mpi+0x180>
movl   $0x64,(%rcx)
jmp    12d5 <vrna_aln_mpi+0x1d5>
xorps  %xmm0,%xmm0
cvtss2sd %xmm3,%xmm0
mulsd  0xd4d(%rip),%xmm0
cvttsd2si %xmm0,%eax
mov    -0x20(%rsp),%rcx
mov    %eax,(%rcx)
test   %r11d,%r11d
jle    12d5 <vrna_aln_mpi+0x1d5>
imul   $0x64,%r13d,%eax
cltd
idiv   %r11d
jmp    12d7 <vrna_aln_mpi+0x1d7>
xor    %eax,%eax
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @vrna_aln_mpi(i8** %0, i32 %1, i32 %2, i32* %3) {
%5 = alloca i32
%6 = alloca i8**
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32*
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
%15 = alloca float
%16 = alloca float
store i8** %0, i8*** %6
store i32 %1, i32* %7
store i32 %2, i32* %8
store i32* %3, i32** %9
store i32 0, i32* %13
store i32 0, i32* %14
store float 0.000000e+00, float* %15
store float 1.000000e+00, float* %16
store i32 0, i32* %11
br label %17
17: ; preds = %87, %4
%18 = load i32, i32* %11
%19 = load i32, i32* %7
%20 = sub nsw i32 %19, 1
%21 = icmp slt i32 %18, %20
br i1 %21, label %22, label %90
22: ; preds = %17
%23 = load i32, i32* %11
%24 = add nsw i32 %23, 1
store i32 %24, i32* %12
br label %25
25: ; preds = %83, %22
%26 = load i32, i32* %12
%27 = load i32, i32* %7
%28 = icmp slt i32 %26, %27
br i1 %28, label %29, label %86
29: ; preds = %25
store float 0.000000e+00, float* %15
store i32 1, i32* %10
br label %30
30: ; preds = %62, %29
%31 = load i32, i32* %10
%32 = load i32, i32* %8
%33 = icmp sle i32 %31, %32
br i1 %33, label %34, label %65
34: ; preds = %30
%35 = load i8**, i8*** %6
%36 = load i32, i32* %12
%37 = sext i32 %36 to i64
%38 = getelementptr inbounds i8*, i8** %35, i64 %37
%39 = load i8*, i8** %38
%40 = load i32, i32* %10
%41 = sext i32 %40 to i64
%42 = getelementptr inbounds i8, i8* %39, i64 %41
%43 = load i8, i8* %42
%44 = sext i8 %43 to i32
%45 = load i8**, i8*** %6
%46 = load i32, i32* %11
%47 = sext i32 %46 to i64
%48 = getelementptr inbounds i8*, i8** %45, i64 %47
%49 = load i8*, i8** %48
%50 = load i32, i32* %10
%51 = sext i32 %50 to i64
%52 = getelementptr inbounds i8, i8* %49, i64 %51
%53 = load i8, i8* %52
%54 = sext i8 %53 to i32
%55 = icmp eq i32 %44, %54
br i1 %55, label %56, label %59
56: ; preds = %34
%57 = load float, float* %15
%58 = fadd float %57, 1.000000e+00
store float %58, float* %15
br label %59
59: ; preds = %56, %34
%60 = load i32, i32* %13
%61 = add nsw i32 %60, 1
store i32 %61, i32* %13
br label %62
62: ; preds = %59
%63 = load i32, i32* %10
%64 = add nsw i32 %63, 1
store i32 %64, i32* %10
br label %30
65: ; preds = %30
%66 = load float, float* %15
%67 = load i32, i32* %8
%68 = sitofp i32 %67 to float
%69 = fdiv float %66, %68
%70 = load float, float* %16
%71 = fcmp olt float %69, %70
br i1 %71, label %72, label %77
72: ; preds = %65
%73 = load float, float* %15
%74 = load i32, i32* %8
%75 = sitofp i32 %74 to float
%76 = fdiv float %73, %75
store float %76, float* %16
br label %77
77: ; preds = %72, %65
%78 = load float, float* %15
%79 = load i32, i32* %14
%80 = sitofp i32 %79 to float
%81 = fadd float %80, %78
%82 = fptosi float %81 to i32
store i32 %82, i32* %14
br label %83
83: ; preds = %77
%84 = load i32, i32* %12
%85 = add nsw i32 %84, 1
store i32 %85, i32* %12
br label %25
86: ; preds = %25
br label %87
87: ; preds = %86
%88 = load i32, i32* %11
%89 = add nsw i32 %88, 1
store i32 %89, i32* %11
br label %17
90: ; preds = %17
%91 = load float, float* %16
%92 = fpext float %91 to double
%93 = fmul double %92, 1.000000e+02
%94 = fptosi double %93 to i32
%95 = load i32*, i32** %9
%96 = getelementptr inbounds i32, i32* %95, i64 0
store i32 %94, i32* %96
%97 = load i32, i32* %13
%98 = icmp sgt i32 %97, 0
br i1 %98, label %99, label %104
99: ; preds = %90
%100 = load i32, i32* %14
%101 = mul nsw i32 %100, 100
%102 = load i32, i32* %13
%103 = sdiv i32 %101, %102
store i32 %103, i32* %5
br label %105
104: ; preds = %90
store i32 0, i32* %5
br label %105
105: ; preds = %104, %99
%106 = load i32, i32* %5
ret i32 %106
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @vrna_aln_mpi(i8** nocapture %0, i32 %1, i32 %2, i32* nocapture writeonly %3) {
%5 = icmp sgt i32 %1, 1
br i1 %5, label %7, label %6
6: ; preds = %4
store i32 100, i32* %3
br label %125
7: ; preds = %4
%8 = add nsw i32 %1, -1
%9 = icmp slt i32 %2, 1
%10 = sitofp i32 %2 to float
%11 = add i32 %2, 1
%12 = zext i32 %1 to i64
%13 = zext i32 %8 to i64
%14 = zext i32 %1 to i64
%15 = zext i32 %11 to i64
%16 = add nsw i64 %15, -1
%17 = add nsw i64 %15, -2
%18 = and i64 %16, 3
%19 = icmp ult i64 %17, 3
%20 = and i64 %16, -4
%21 = icmp eq i64 %18, 0
br label %28
22: ; preds = %106, %28
%23 = phi i32 [ %33, %28 ], [ %107, %106 ]
%24 = phi i32 [ %32, %28 ], [ %114, %106 ]
%25 = phi float [ %31, %28 ], [ %111, %106 ]
%26 = add nuw nsw i64 %30, 1
%27 = icmp eq i64 %34, %13
br i1 %27, label %117, label %28
28: ; preds = %7, %22
%29 = phi i64 [ 0, %7 ], [ %34, %22 ]
%30 = phi i64 [ 1, %7 ], [ %26, %22 ]
%31 = phi float [ 1.000000e+00, %7 ], [ %25, %22 ]
%32 = phi i32 [ 0, %7 ], [ %24, %22 ]
%33 = phi i32 [ 0, %7 ], [ %23, %22 ]
%34 = add nuw nsw i64 %29, 1
%35 = icmp ult i64 %34, %12
br i1 %35, label %36, label %22
36: ; preds = %28
%37 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %29
br label %38
38: ; preds = %36, %106
%39 = phi i64 [ %30, %36 ], [ %115, %106 ]
%40 = phi float [ %31, %36 ], [ %111, %106 ]
%41 = phi i32 [ %32, %36 ], [ %114, %106 ]
%42 = phi i32 [ %33, %36 ], [ %107, %106 ]
br i1 %9, label %106, label %43
43: ; preds = %38
%44 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %39
%45 = load i8*, i8** %44
%46 = load i8*, i8** %37
br i1 %19, label %85, label %47
47: ; preds = %43, %47
%48 = phi i64 [ %82, %47 ], [ 1, %43 ]
%49 = phi float [ %81, %47 ], [ 0.000000e+00, %43 ]
%50 = phi i64 [ %83, %47 ], [ 0, %43 ]
%51 = getelementptr inbounds i8, i8* %45, i64 %48
%52 = load i8, i8* %51
%53 = getelementptr inbounds i8, i8* %46, i64 %48
%54 = load i8, i8* %53
%55 = icmp eq i8 %52, %54
%56 = fadd float %49, 1.000000e+00
%57 = select i1 %55, float %56, float %49
%58 = add nuw nsw i64 %48, 1
%59 = getelementptr inbounds i8, i8* %45, i64 %58
%60 = load i8, i8* %59
%61 = getelementptr inbounds i8, i8* %46, i64 %58
%62 = load i8, i8* %61
%63 = icmp eq i8 %60, %62
%64 = fadd float %57, 1.000000e+00
%65 = select i1 %63, float %64, float %57
%66 = add nuw nsw i64 %48, 2
%67 = getelementptr inbounds i8, i8* %45, i64 %66
%68 = load i8, i8* %67
%69 = getelementptr inbounds i8, i8* %46, i64 %66
%70 = load i8, i8* %69
%71 = icmp eq i8 %68, %70
%72 = fadd float %65, 1.000000e+00
%73 = select i1 %71, float %72, float %65
%74 = add nuw nsw i64 %48, 3
%75 = getelementptr inbounds i8, i8* %45, i64 %74
%76 = load i8, i8* %75
%77 = getelementptr inbounds i8, i8* %46, i64 %74
%78 = load i8, i8* %77
%79 = icmp eq i8 %76, %78
%80 = fadd float %73, 1.000000e+00
%81 = select i1 %79, float %80, float %73
%82 = add nuw nsw i64 %48, 4
%83 = add i64 %50, 4
%84 = icmp eq i64 %83, %20
br i1 %84, label %85, label %47
85: ; preds = %47, %43
%86 = phi float [ undef, %43 ], [ %81, %47 ]
%87 = phi i64 [ 1, %43 ], [ %82, %47 ]
%88 = phi float [ 0.000000e+00, %43 ], [ %81, %47 ]
br i1 %21, label %103, label %89
89: ; preds = %85, %89
%90 = phi i64 [ %100, %89 ], [ %87, %85 ]
%91 = phi float [ %99, %89 ], [ %88, %85 ]
%92 = phi i64 [ %101, %89 ], [ 0, %85 ]
%93 = getelementptr inbounds i8, i8* %45, i64 %90
%94 = load i8, i8* %93
%95 = getelementptr inbounds i8, i8* %46, i64 %90
%96 = load i8, i8* %95
%97 = icmp eq i8 %94, %96
%98 = fadd float %91, 1.000000e+00
%99 = select i1 %97, float %98, float %91
%100 = add nuw nsw i64 %90, 1
%101 = add i64 %92, 1
%102 = icmp eq i64 %101, %18
br i1 %102, label %103, label %89
103: ; preds = %89, %85
%104 = phi float [ %86, %85 ], [ %99, %89 ]
%105 = add i32 %42, %2
br label %106
106: ; preds = %103, %38
%107 = phi i32 [ %42, %38 ], [ %105, %103 ]
%108 = phi float [ 0.000000e+00, %38 ], [ %104, %103 ]
%109 = fdiv float %108, %10
%110 = fcmp olt float %109, %40
%111 = select i1 %110, float %109, float %40
%112 = sitofp i32 %41 to float
%113 = fadd float %108, %112
%114 = fptosi float %113 to i32
%115 = add nuw nsw i64 %39, 1
%116 = icmp eq i64 %115, %14
br i1 %116, label %22, label %38
117: ; preds = %22
%118 = fpext float %25 to double
%119 = fmul double %118, 1.000000e+02
%120 = fptosi double %119 to i32
store i32 %120, i32* %3
%121 = icmp sgt i32 %23, 0
br i1 %121, label %122, label %125
122: ; preds = %117
%123 = mul nsw i32 %24, 100
%124 = sdiv i32 %123, %23
br label %125
125: ; preds = %6, %117, %122
%126 = phi i32 [ %124, %122 ], [ 0, %117 ], [ 0, %6 ]
ret i32 %126
}