#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */
typedef int /*<<< orphan*/ FILE;

/* Variables and functions */
char *fgetln(int /*<<< orphan*/ *, size_t *);
int /*<<< orphan*/ memcpy(char *, char const *, size_t);
size_t gn_fasta_read_sequence(FILE *restrict _stream, char *restrict _buffer,
                              const size_t _limit) {
  size_t size;
  const char *line;
  do {
    line = fgetln(_stream, &size);
  } while ((line != NULL) && (size > 0) && (line[0] == '>'));
  size_t new_limit = _limit;
  while ((line != NULL) && (size > 0) && (line[0] != '>')) {
    if ((size > new_limit) || (size == new_limit && line[size - 1] != '\n'))
      return 0;
    if (line[size - 1] == '\n')
      --size;
    memcpy(_buffer, line, size);
    new_limit -= size;
    _buffer += size;
    line = fgetln(_stream, &size);
  }
  *_buffer = 0;
  return _limit - new_limit;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<gn_fasta_read_sequence>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x40,%rsp
mov    %rdi,-0x10(%rbp)
mov    %rsi,-0x18(%rbp)
mov    %rdx,-0x20(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rdi
lea    -0x28(%rbp),%rsi
call   1040 <fgetln@plt>
mov    %rax,-0x30(%rbp)
xor    %eax,%eax
cmpq   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    %al,-0x39(%rbp)
je     1175 <gn_fasta_read_sequence+0x55>
xor    %eax,%eax
cmpq   $0x0,-0x28(%rbp)
mov    %al,-0x39(%rbp)
jbe    1175 <gn_fasta_read_sequence+0x55>
mov    -0x30(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0x3e,%eax
sete   %al
mov    %al,-0x39(%rbp)
mov    -0x39(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    1134 <gn_fasta_read_sequence+0x14>
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x38(%rbp)
xor    %eax,%eax
cmpq   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    %al,-0x3a(%rbp)
je     11b8 <gn_fasta_read_sequence+0x98>
xor    %eax,%eax
cmpq   $0x0,-0x28(%rbp)
mov    %al,-0x3a(%rbp)
jbe    11b8 <gn_fasta_read_sequence+0x98>
mov    -0x30(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0x3e,%eax
setne  %al
mov    %al,-0x3a(%rbp)
mov    -0x3a(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    11c8 <gn_fasta_read_sequence+0xa8>
jmp    1271 <gn_fasta_read_sequence+0x151>
mov    -0x28(%rbp),%rax
cmp    -0x38(%rbp),%rax
ja     11fd <gn_fasta_read_sequence+0xdd>
mov    -0x28(%rbp),%rax
cmp    -0x38(%rbp),%rax
jne    120a <gn_fasta_read_sequence+0xea>
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    -0x28(%rbp),%rcx
sub    $0x1,%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0xa,%eax
je     120a <gn_fasta_read_sequence+0xea>
movq   $0x0,-0x8(%rbp)
jmp    1284 <gn_fasta_read_sequence+0x164>
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    -0x28(%rbp),%rcx
sub    $0x1,%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0xa,%eax
jne    122f <gn_fasta_read_sequence+0x10f>
mov    -0x28(%rbp),%rax
add    $0xffffffffffffffff,%rax
mov    %rax,-0x28(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rdi
mov    -0x30(%rbp),%rsi
mov    -0x28(%rbp),%rdx
call   1030 <memcpy@plt>
mov    -0x28(%rbp),%rcx
mov    -0x38(%rbp),%rax
sub    %rcx,%rax
mov    %rax,-0x38(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%rax
add    -0x18(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x18(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rdi
lea    -0x28(%rbp),%rsi
call   1040 <fgetln@plt>
mov    %rax,-0x30(%rbp)
jmp    1188 <gn_fasta_read_sequence+0x68>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movb   $0x0,(%rax)
mov    -0x20(%rbp),%rax
sub    -0x38(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x8(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
add    $0x40,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<gn_fasta_read_sequence>:
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x10,%rsp
mov    %rdx,%r14
mov    %rsi,%r13
mov    %rdi,%r15
lea    0x8(%rsp),%r12
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
mov    %r15,%rdi
mov    %r12,%rsi
call   1040 <fgetln@plt>
test   %rax,%rax
je     11d5 <gn_fasta_read_sequence+0xb5>
mov    0x8(%rsp),%rdx
test   %rdx,%rdx
je     11d5 <gn_fasta_read_sequence+0xb5>
cmpb   $0x3e,(%rax)
je     1140 <gn_fasta_read_sequence+0x20>
lea    0x8(%rsp),%r12
mov    %r14,%rbx
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
cmp    %rbx,%rdx
ja     11e2 <gn_fasta_read_sequence+0xc2>
movzbl -0x1(%rax,%rdx,1),%ecx
jne    1190 <gn_fasta_read_sequence+0x70>
cmp    $0xa,%cl
je     1195 <gn_fasta_read_sequence+0x75>
jmp    11e2 <gn_fasta_read_sequence+0xc2>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
cmp    $0xa,%cl
jne    119e <gn_fasta_read_sequence+0x7e>
add    $0xffffffffffffffff,%rdx
mov    %rdx,0x8(%rsp)
mov    %r13,%rdi
mov    %rax,%rsi
call   1030 <memcpy@plt>
mov    0x8(%rsp),%rax
sub    %rax,%rbx
add    %rax,%r13
mov    %r15,%rdi
mov    %r12,%rsi
call   1040 <fgetln@plt>
test   %rax,%rax
je     11d8 <gn_fasta_read_sequence+0xb8>
mov    0x8(%rsp),%rdx
test   %rdx,%rdx
je     11d8 <gn_fasta_read_sequence+0xb8>
cmpb   $0x3e,(%rax)
jne    1170 <gn_fasta_read_sequence+0x50>
jmp    11d8 <gn_fasta_read_sequence+0xb8>
mov    %r14,%rbx
movb   $0x0,0x0(%r13)
sub    %rbx,%r14
jmp    11e5 <gn_fasta_read_sequence+0xc5>
xor    %r14d,%r14d
mov    %r14,%rax
add    $0x10,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
ret

LLVM IR (-O0):
define i64 @gn_fasta_read_sequence(i32* noalias %0, i8* noalias %1, i64 %2) {
%4 = alloca i64
%5 = alloca i32*
%6 = alloca i8*
%7 = alloca i64
%8 = alloca i64
%9 = alloca i8*
%10 = alloca i64
store i32* %0, i32** %5
store i8* %1, i8** %6
store i64 %2, i64* %7
br label %11
11: ; preds = %26, %3
%12 = load i32*, i32** %5
%13 = call i8* @fgetln(i32* %12, i64* %8)
store i8* %13, i8** %9
br label %14
14: ; preds = %11
%15 = load i8*, i8** %9
%16 = icmp ne i8* %15, null
br i1 %16, label %17, label %26
17: ; preds = %14
%18 = load i64, i64* %8
%19 = icmp ugt i64 %18, 0
br i1 %19, label %20, label %26
20: ; preds = %17
%21 = load i8*, i8** %9
%22 = getelementptr inbounds i8, i8* %21, i64 0
%23 = load i8, i8* %22
%24 = sext i8 %23 to i32
%25 = icmp eq i32 %24, 62
br label %26
26: ; preds = %20, %17, %14
%27 = phi i1 [ false, %17 ], [ false, %14 ], [ %25, %20 ]
br i1 %27, label %11, label %28
28: ; preds = %26
%29 = load i64, i64* %7
store i64 %29, i64* %10
br label %30
30: ; preds = %72, %28
%31 = load i8*, i8** %9
%32 = icmp ne i8* %31, null
br i1 %32, label %33, label %42
33: ; preds = %30
%34 = load i64, i64* %8
%35 = icmp ugt i64 %34, 0
br i1 %35, label %36, label %42
36: ; preds = %33
%37 = load i8*, i8** %9
%38 = getelementptr inbounds i8, i8* %37, i64 0
%39 = load i8, i8* %38
%40 = sext i8 %39 to i32
%41 = icmp ne i32 %40, 62
br label %42
42: ; preds = %36, %33, %30
%43 = phi i1 [ false, %33 ], [ false, %30 ], [ %41, %36 ]
br i1 %43, label %44, label %85
44: ; preds = %42
%45 = load i64, i64* %8
%46 = load i64, i64* %10
%47 = icmp ugt i64 %45, %46
br i1 %47, label %60, label %48
48: ; preds = %44
%49 = load i64, i64* %8
%50 = load i64, i64* %10
%51 = icmp eq i64 %49, %50
br i1 %51, label %52, label %61
52: ; preds = %48
%53 = load i8*, i8** %9
%54 = load i64, i64* %8
%55 = sub i64 %54, 1
%56 = getelementptr inbounds i8, i8* %53, i64 %55
%57 = load i8, i8* %56
%58 = sext i8 %57 to i32
%59 = icmp ne i32 %58, 10
br i1 %59, label %60, label %61
60: ; preds = %52, %44
store i64 0, i64* %4
br label %90
61: ; preds = %52, %48
%62 = load i8*, i8** %9
%63 = load i64, i64* %8
%64 = sub i64 %63, 1
%65 = getelementptr inbounds i8, i8* %62, i64 %64
%66 = load i8, i8* %65
%67 = sext i8 %66 to i32
%68 = icmp eq i32 %67, 10
br i1 %68, label %69, label %72
69: ; preds = %61
%70 = load i64, i64* %8
%71 = add i64 %70, -1
store i64 %71, i64* %8
br label %72
72: ; preds = %69, %61
%73 = load i8*, i8** %6
%74 = load i8*, i8** %9
%75 = load i64, i64* %8
%76 = call i32 @memcpy(i8* %73, i8* %74, i64 %75)
%77 = load i64, i64* %8
%78 = load i64, i64* %10
%79 = sub i64 %78, %77
store i64 %79, i64* %10
%80 = load i64, i64* %8
%81 = load i8*, i8** %6
%82 = getelementptr inbounds i8, i8* %81, i64 %80
store i8* %82, i8** %6
%83 = load i32*, i32** %5
%84 = call i8* @fgetln(i32* %83, i64* %8)
store i8* %84, i8** %9
br label %30
85: ; preds = %42
%86 = load i8*, i8** %6
store i8 0, i8* %86
%87 = load i64, i64* %7
%88 = load i64, i64* %10
%89 = sub i64 %87, %88
store i64 %89, i64* %4
br label %90
90: ; preds = %85, %60
%91 = load i64, i64* %4
ret i64 %91
}

LLVM IR (-O2):
define i64 @gn_fasta_read_sequence(i32* noalias %0, i8* noalias %1, i64 %2) {
%4 = alloca i64
%5 = bitcast i64* %4 to i8*
br label %6
6: ; preds = %12, %3
%7 = call i8* @fgetln(i32* %0, i64* %4)
%8 = icmp ne i8* %7, null
%9 = load i64, i64* %4
%10 = icmp ne i64 %9, 0
%11 = select i1 %8, i1 %10, i1 false
br i1 %11, label %12, label %44
12: ; preds = %6
%13 = load i8, i8* %7
%14 = icmp eq i8 %13, 62
br i1 %14, label %6, label %18
15: ; preds = %33
%16 = load i8, i8* %39
%17 = icmp eq i8 %16, 62
br i1 %17, label %44, label %18
18: ; preds = %12, %15
%19 = phi i8* [ %38, %15 ], [ %1, %12 ]
%20 = phi i8* [ %39, %15 ], [ %7, %12 ]
%21 = phi i64 [ %37, %15 ], [ %2, %12 ]
%22 = phi i64 [ %41, %15 ], [ %9, %12 ]
%23 = icmp ugt i64 %22, %21
br i1 %23, label %48, label %24
24: ; preds = %18
%25 = icmp eq i64 %22, %21
%26 = add i64 %22, -1
%27 = getelementptr inbounds i8, i8* %20, i64 %26
%28 = load i8, i8* %27
%29 = icmp eq i8 %28, 10
br i1 %25, label %30, label %31
30: ; preds = %24
br i1 %29, label %32, label %48
31: ; preds = %24
br i1 %29, label %32, label %33
32: ; preds = %30, %31
store i64 %26, i64* %4
br label %33
33: ; preds = %32, %31
%34 = phi i64 [ %26, %32 ], [ %22, %31 ]
%35 = call i32 @memcpy(i8* %19, i8* %20, i64 %34)
%36 = load i64, i64* %4
%37 = sub i64 %21, %36
%38 = getelementptr inbounds i8, i8* %19, i64 %36
%39 = call i8* @fgetln(i32* %0, i64* %4)
%40 = icmp ne i8* %39, null
%41 = load i64, i64* %4
%42 = icmp ne i64 %41, 0
%43 = select i1 %40, i1 %42, i1 false
br i1 %43, label %15, label %44
44: ; preds = %6, %33, %15
%45 = phi i8* [ %38, %15 ], [ %38, %33 ], [ %1, %6 ]
%46 = phi i64 [ %37, %15 ], [ %37, %33 ], [ %2, %6 ]
store i8 0, i8* %45
%47 = sub i64 %2, %46
br label %48
48: ; preds = %18, %30, %44
%49 = phi i64 [ %47, %44 ], [ 0, %30 ], [ 0, %18 ]
ret i64 %49
}