void AlignmentHomogenousGapsym(char **aseq, int nseq, int alen, char gapsym) {
  int i, apos;
  for (i = 0; i < nseq; i++)
    for (apos = 0; apos < alen; apos++)
      if (((aseq[i][apos]) == ' ' || (aseq[i][apos]) == '.' ||
           (aseq[i][apos]) == '_' || (aseq[i][apos]) == '-' ||
           (aseq[i][apos]) == '~'))
        aseq[i][apos] = gapsym;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<AlignmentHomogenousGapsym>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %cl,%al
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %edx,-0x10(%rbp)
mov    %al,-0x11(%rbp)
movl   $0x0,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    1206 <AlignmentHomogenousGapsym+0x106>
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0x10(%rbp),%eax
jge    11f3 <AlignmentHomogenousGapsym+0xf3>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x20,%eax
je     11ca <AlignmentHomogenousGapsym+0xca>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2e,%eax
je     11ca <AlignmentHomogenousGapsym+0xca>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x5f,%eax
je     11ca <AlignmentHomogenousGapsym+0xca>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     11ca <AlignmentHomogenousGapsym+0xca>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x7e,%eax
jne    11e0 <AlignmentHomogenousGapsym+0xe0>
mov    -0x11(%rbp),%dl
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
jmp    11e5 <AlignmentHomogenousGapsym+0xe5>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    112d <AlignmentHomogenousGapsym+0x2d>
jmp    11f8 <AlignmentHomogenousGapsym+0xf8>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    111a <AlignmentHomogenousGapsym+0x1a>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<AlignmentHomogenousGapsym>:
push   %rbp
push   %r14
push   %rbx
test   %esi,%esi
jle    11d6 <AlignmentHomogenousGapsym+0xd6>
mov    %esi,%r9d
mov    %edx,%r8d
mov    %r8d,%r11d
and    $0xfffffffe,%r11d
xor    %r14d,%r14d
movabs $0x8000000000006001,%r10
jmp    114a <AlignmentHomogenousGapsym+0x4a>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
movzbl %bpl,%ebp
bt     %rbp,%r10
jae    116b <AlignmentHomogenousGapsym+0x6b>
mov    %cl,(%rbx,%rsi,1)
add    $0x1,%r14
cmp    %r9,%r14
je     11d6 <AlignmentHomogenousGapsym+0xd6>
test   %edx,%edx
jle    113d <AlignmentHomogenousGapsym+0x3d>
xor    %esi,%esi
cmp    $0x1,%edx
jne    1197 <AlignmentHomogenousGapsym+0x97>
test   $0x1,%r8b
je     113d <AlignmentHomogenousGapsym+0x3d>
mov    (%rdi,%r14,8),%rbx
mov    (%rbx,%rsi,1),%al
lea    -0x20(%rax),%ebp
cmp    $0x3f,%bpl
jbe    1130 <AlignmentHomogenousGapsym+0x30>
cmp    $0x7e,%al
je     113a <AlignmentHomogenousGapsym+0x3a>
jmp    113d <AlignmentHomogenousGapsym+0x3d>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
movzbl %bpl,%ebp
bt     %rbp,%r10
jae    11c7 <AlignmentHomogenousGapsym+0xc7>
mov    %cl,0x1(%rbx,%rsi,1)
add    $0x2,%rsi
cmp    %rsi,%r11
je     1155 <AlignmentHomogenousGapsym+0x55>
mov    (%rdi,%r14,8),%rbx
movzbl (%rbx,%rsi,1),%eax
lea    -0x20(%rax),%ebp
cmp    $0x3f,%bpl
ja     11d0 <AlignmentHomogenousGapsym+0xd0>
movzbl %bpl,%ebp
bt     %rbp,%r10
jae    11d0 <AlignmentHomogenousGapsym+0xd0>
mov    %cl,(%rbx,%rsi,1)
mov    (%rdi,%r14,8),%rbx
movzbl 0x1(%rbx,%rsi,1),%eax
lea    -0x20(%rax),%ebp
cmp    $0x3f,%bpl
jbe    1180 <AlignmentHomogenousGapsym+0x80>
cmp    $0x7e,%al
je     118a <AlignmentHomogenousGapsym+0x8a>
jmp    118e <AlignmentHomogenousGapsym+0x8e>
nopl   (%rax)
cmp    $0x7e,%al
je     11b2 <AlignmentHomogenousGapsym+0xb2>
jmp    11b5 <AlignmentHomogenousGapsym+0xb5>
pop    %rbx
pop    %r14
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @AlignmentHomogenousGapsym(i8** %0, i32 %1, i32 %2, i8 signext %3) {
%5 = alloca i8**
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca i8
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
store i8** %0, i8*** %5
store i32 %1, i32* %6
store i32 %2, i32* %7
store i8 %3, i8* %8
store i32 0, i32* %9
br label %11
11: ; preds = %95, %4
%12 = load i32, i32* %9
%13 = load i32, i32* %6
%14 = icmp slt i32 %12, %13
br i1 %14, label %15, label %98
15: ; preds = %11
store i32 0, i32* %10
br label %16
16: ; preds = %91, %15
%17 = load i32, i32* %10
%18 = load i32, i32* %7
%19 = icmp slt i32 %17, %18
br i1 %19, label %20, label %94
20: ; preds = %16
%21 = load i8**, i8*** %5
%22 = load i32, i32* %9
%23 = sext i32 %22 to i64
%24 = getelementptr inbounds i8*, i8** %21, i64 %23
%25 = load i8*, i8** %24
%26 = load i32, i32* %10
%27 = sext i32 %26 to i64
%28 = getelementptr inbounds i8, i8* %25, i64 %27
%29 = load i8, i8* %28
%30 = sext i8 %29 to i32
%31 = icmp eq i32 %30, 32
br i1 %31, label %80, label %32
32: ; preds = %20
%33 = load i8**, i8*** %5
%34 = load i32, i32* %9
%35 = sext i32 %34 to i64
%36 = getelementptr inbounds i8*, i8** %33, i64 %35
%37 = load i8*, i8** %36
%38 = load i32, i32* %10
%39 = sext i32 %38 to i64
%40 = getelementptr inbounds i8, i8* %37, i64 %39
%41 = load i8, i8* %40
%42 = sext i8 %41 to i32
%43 = icmp eq i32 %42, 46
br i1 %43, label %80, label %44
44: ; preds = %32
%45 = load i8**, i8*** %5
%46 = load i32, i32* %9
%47 = sext i32 %46 to i64
%48 = getelementptr inbounds i8*, i8** %45, i64 %47
%49 = load i8*, i8** %48
%50 = load i32, i32* %10
%51 = sext i32 %50 to i64
%52 = getelementptr inbounds i8, i8* %49, i64 %51
%53 = load i8, i8* %52
%54 = sext i8 %53 to i32
%55 = icmp eq i32 %54, 95
br i1 %55, label %80, label %56
56: ; preds = %44
%57 = load i8**, i8*** %5
%58 = load i32, i32* %9
%59 = sext i32 %58 to i64
%60 = getelementptr inbounds i8*, i8** %57, i64 %59
%61 = load i8*, i8** %60
%62 = load i32, i32* %10
%63 = sext i32 %62 to i64
%64 = getelementptr inbounds i8, i8* %61, i64 %63
%65 = load i8, i8* %64
%66 = sext i8 %65 to i32
%67 = icmp eq i32 %66, 45
br i1 %67, label %80, label %68
68: ; preds = %56
%69 = load i8**, i8*** %5
%70 = load i32, i32* %9
%71 = sext i32 %70 to i64
%72 = getelementptr inbounds i8*, i8** %69, i64 %71
%73 = load i8*, i8** %72
%74 = load i32, i32* %10
%75 = sext i32 %74 to i64
%76 = getelementptr inbounds i8, i8* %73, i64 %75
%77 = load i8, i8* %76
%78 = sext i8 %77 to i32
%79 = icmp eq i32 %78, 126
br i1 %79, label %80, label %90
80: ; preds = %68, %56, %44, %32, %20
%81 = load i8, i8* %8
%82 = load i8**, i8*** %5
%83 = load i32, i32* %9
%84 = sext i32 %83 to i64
%85 = getelementptr inbounds i8*, i8** %82, i64 %84
%86 = load i8*, i8** %85
%87 = load i32, i32* %10
%88 = sext i32 %87 to i64
%89 = getelementptr inbounds i8, i8* %86, i64 %88
store i8 %81, i8* %89
br label %90
90: ; preds = %80, %68
br label %91
91: ; preds = %90
%92 = load i32, i32* %10
%93 = add nsw i32 %92, 1
store i32 %93, i32* %10
br label %16
94: ; preds = %16
br label %95
95: ; preds = %94
%96 = load i32, i32* %9
%97 = add nsw i32 %96, 1
store i32 %97, i32* %9
br label %11
98: ; preds = %11
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @AlignmentHomogenousGapsym(i8** nocapture %0, i32 %1, i32 %2, i8 signext %3) {
%5 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %5, label %6, label %45
6: ; preds = %4
%7 = icmp sgt i32 %2, 0
%8 = zext i32 %1 to i64
%9 = zext i32 %2 to i64
%10 = and i64 %9, 1
%11 = icmp eq i32 %2, 1
%12 = and i64 %9, 4294967294
%13 = icmp eq i64 %10, 0
br label %14
14: ; preds = %6, %42
%15 = phi i64 [ 0, %6 ], [ %43, %42 ]
br i1 %7, label %16, label %42
16: ; preds = %14
%17 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %15
br i1 %11, label %35, label %18
18: ; preds = %16, %31
%19 = phi i64 [ %32, %31 ], [ 0, %16 ]
%20 = phi i64 [ %33, %31 ], [ 0, %16 ]
%21 = load i8*, i8** %17
%22 = getelementptr inbounds i8, i8* %21, i64 %19
%23 = load i8, i8* %22
switch i8 %23, label %25 [
i8 32, label %24
i8 46, label %24
i8 95, label %24
i8 45, label %24
i8 126, label %24
]
24: ; preds = %18, %18, %18, %18, %18
store i8 %3, i8* %22
br label %25
25: ; preds = %18, %24
%26 = or i64 %19, 1
%27 = load i8*, i8** %17
%28 = getelementptr inbounds i8, i8* %27, i64 %26
%29 = load i8, i8* %28
switch i8 %29, label %31 [
i8 32, label %30
i8 46, label %30
i8 95, label %30
i8 45, label %30
i8 126, label %30
]
30: ; preds = %25, %25, %25, %25, %25
store i8 %3, i8* %28
br label %31
31: ; preds = %30, %25
%32 = add nuw nsw i64 %19, 2
%33 = add i64 %20, 2
%34 = icmp eq i64 %33, %12
br i1 %34, label %35, label %18
35: ; preds = %31, %16
%36 = phi i64 [ 0, %16 ], [ %32, %31 ]
br i1 %13, label %42, label %37
37: ; preds = %35
%38 = load i8*, i8** %17
%39 = getelementptr inbounds i8, i8* %38, i64 %36
%40 = load i8, i8* %39
switch i8 %40, label %42 [
i8 32, label %41
i8 46, label %41
i8 95, label %41
i8 45, label %41
i8 126, label %41
]
41: ; preds = %37, %37, %37, %37, %37
store i8 %3, i8* %39
br label %42
42: ; preds = %35, %41, %37, %14
%43 = add nuw nsw i64 %15, 1
%44 = icmp eq i64 %43, %8
br i1 %44, label %45, label %14
45: ; preds = %42, %4
ret void
}