void MakeFgr(int i, int j, int seq[], int seqlength, long double *Fgr,
             long double *Fgl, long double *Fz) {
  int d, e, f;
  int gap_idej;
  long double tempMin;
  for (d = i + 1; d <= j - 3; d++) {
    for (e = d + 2; e <= j - 1; e++) {
      gap_idej = gap_index(i, d, e, j, seqlength);
      for (f = e; f <= j - 1; f++) {
        tempMin =
            Fgl[gap_index(i, d, f, j, seqlength)] +
            Fz[((f - 1) == (e)-1
                    ? (seqlength) * ((seqlength) + 1) / 2 + (e)
                    : ((e) * (seqlength) + (f - 1) - (e) * (1 + (e)) / 2))];
        Fgr[gap_idej] =
            (((tempMin) < (Fgr[gap_idej])) ? (tempMin) : (Fgr[gap_idej]));
      }
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<MakeFgr>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x90,%rsp
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %esi,-0x8(%rbp)
mov    %rdx,-0x10(%rbp)
mov    %ecx,-0x14(%rbp)
mov    %r8,-0x20(%rbp)
mov    %r9,-0x28(%rbp)
mov    -0x4(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
mov    -0x8(%rbp),%ecx
sub    $0x3,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jg     12dc <MakeFgr+0x1cc>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x2,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
mov    -0x8(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jg     12c9 <MakeFgr+0x1b9>
mov    -0x4(%rbp),%edi
mov    -0x2c(%rbp),%esi
mov    -0x30(%rbp),%edx
mov    -0x8(%rbp),%ecx
mov    -0x14(%rbp),%r8d
mov    $0x0,%al
call   1030 <gap_index@plt>
mov    %eax,-0x38(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
mov    -0x8(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jg     12b6 <MakeFgr+0x1a6>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x70(%rbp)
mov    -0x4(%rbp),%edi
mov    -0x2c(%rbp),%esi
mov    -0x34(%rbp),%edx
mov    -0x8(%rbp),%ecx
mov    -0x14(%rbp),%r8d
xor    %eax,%eax
call   1030 <gap_index@plt>
mov    %eax,%ecx
mov    -0x70(%rbp),%rax
movslq %ecx,%rcx
shl    $0x4,%rcx
fldt   (%rax,%rcx,1)
fstpt  -0x64(%rbp)
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x58(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
mov    -0x30(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jne    1206 <MakeFgr+0xf6>
mov    -0x14(%rbp),%eax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
imul   %ecx,%eax
mov    $0x2,%ecx
cltd
idiv   %ecx
add    -0x30(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x74(%rbp)
jmp    1236 <MakeFgr+0x126>
mov    -0x30(%rbp),%eax
imul   -0x14(%rbp),%eax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
add    %ecx,%eax
mov    %eax,-0x78(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
mov    -0x30(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
imul   %ecx,%eax
mov    $0x2,%ecx
cltd
idiv   %ecx
mov    %eax,%ecx
mov    -0x78(%rbp),%eax
sub    %ecx,%eax
mov    %eax,-0x74(%rbp)
fldt   -0x64(%rbp)
mov    -0x58(%rbp),%rax
mov    -0x74(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
shl    $0x4,%rcx
fldt   (%rax,%rcx,1)
faddp  %st,%st(1)
fstpt  -0x50(%rbp)
fldt   -0x50(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
shl    $0x4,%rcx
fldt   (%rax,%rcx,1)
fucomip %st(1),%st
fstp   %st(0)
jbe    127e <MakeFgr+0x16e>
jmp    1270 <MakeFgr+0x160>
fldt   -0x50(%rbp)
fstpt  -0x84(%rbp)
jmp    1293 <MakeFgr+0x183>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
shl    $0x4,%rcx
fldt   (%rax,%rcx,1)
fstpt  -0x84(%rbp)
fldt   -0x84(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
shl    $0x4,%rcx
fstpt  (%rax,%rcx,1)
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    1188 <MakeFgr+0x78>
jmp    12bb <MakeFgr+0x1ab>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    1157 <MakeFgr+0x47>
jmp    12ce <MakeFgr+0x1be>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    113d <MakeFgr+0x2d>
add    $0x90,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<MakeFgr>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x48,%rsp
mov    %r9,0x40(%rsp)
mov    %r8,0x38(%rsp)
mov    %ecx,%ebp
mov    %esi,%ecx
lea    -0x3(%rcx),%eax
mov    %eax,0x10(%rsp)
cmp    %edi,%eax
jle    1283 <MakeFgr+0x173>
lea    0x1(%rbp),%eax
mov    %eax,0x8(%rsp)
imul   %ebp,%eax
mov    %eax,%edx
shr    $0x1f,%edx
add    %eax,%edx
sar    %edx
mov    %rdx,0x30(%rsp)
lea    0x3(%rdi),%eax
imul   %ebp,%eax
add    %edi,%eax
add    $0x2,%eax
mov    %eax,0x4(%rsp)
mov    %edi,%edx
mov    %rdi,0x28(%rsp)
mov    %rbp,0x20(%rsp)
jmp    1186 <MakeFgr+0x76>
mov    0x4(%rsp),%eax
add    0x8(%rsp),%eax
mov    %eax,0x4(%rsp)
cmp    0x10(%rsp),%edx
je     1283 <MakeFgr+0x173>
mov    %edx,%r14d
lea    0x1(%r14),%edx
add    $0x3,%r14d
cmp    %ecx,%r14d
jge    1170 <MakeFgr+0x60>
mov    0x4(%rsp),%ebx
mov    %edx,0xc(%rsp)
xchg   %ax,%ax
xor    %r15d,%r15d
mov    %edx,%esi
mov    %r14d,%edx
mov    %rcx,%r12
mov    %ebp,%r8d
xor    %eax,%eax
call   1030 <gap_index@plt>
lea    0x1(%r14),%ecx
mov    %ecx,0x14(%rsp)
imul   %r14d,%ecx
mov    %ecx,%edx
shr    $0x1f,%edx
add    %ecx,%edx
sar    %edx
mov    0x30(%rsp),%rcx
add    %r14d,%ecx
mov    %ecx,0x1c(%rsp)
movslq %eax,%r13
shl    $0x4,%r13
add    0x38(%rsp),%r13
mov    %ebx,0x18(%rsp)
mov    %ebx,%ebp
sub    %edx,%ebp
mov    0x40(%rsp),%rbx
nop
lea    (%r14,%r15,1),%edx
mov    0x28(%rsp),%rdi
mov    0xc(%rsp),%esi
mov    %r12d,%ecx
mov    0x20(%rsp),%r8
xor    %eax,%eax
call   1030 <gap_index@plt>
cltq
shl    $0x4,%rax
fldt   (%rbx,%rax,1)
lea    (%r15,%rbp,1),%eax
test   %r15d,%r15d
cmove  0x1c(%rsp),%eax
cltq
shl    $0x4,%rax
mov    0x80(%rsp),%rcx
fldt   (%rcx,%rax,1)
faddp  %st,%st(1)
fldt   0x0(%r13)
fucomi %st(1),%st
fcmovnbe %st(1),%st
fstp   %st(1)
fstpt  0x0(%r13)
lea    (%r14,%r15,1),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %r15d,%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    %ecx,%r15d
mov    %r12,%rcx
cmp    %ecx,%eax
jl     11f0 <MakeFgr+0xe0>
mov    0x18(%rsp),%ebx
add    0x8(%rsp),%ebx
mov    0x14(%rsp),%eax
mov    %eax,%r14d
cmp    %ecx,%eax
mov    0x20(%rsp),%rbp
mov    0x28(%rsp),%rdi
mov    0xc(%rsp),%edx
jl     11a0 <MakeFgr+0x90>
jmp    1170 <MakeFgr+0x60>
add    $0x48,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @MakeFgr(i32 %0, i32 %1, i32* %2, i32 %3, x86_fp80* %4, x86_fp80* %5, x86_fp80* %6) {
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32*
%11 = alloca i32
%12 = alloca x86_fp80*
%13 = alloca x86_fp80*
%14 = alloca x86_fp80*
%15 = alloca i32
%16 = alloca i32
%17 = alloca i32
%18 = alloca i32
%19 = alloca x86_fp80
store i32 %0, i32* %8
store i32 %1, i32* %9
store i32* %2, i32** %10
store i32 %3, i32* %11
store x86_fp80* %4, x86_fp80** %12
store x86_fp80* %5, x86_fp80** %13
store x86_fp80* %6, x86_fp80** %14
%20 = load i32, i32* %8
%21 = add nsw i32 %20, 1
store i32 %21, i32* %15
br label %22
22: ; preds = %121, %7
%23 = load i32, i32* %15
%24 = load i32, i32* %9
%25 = sub nsw i32 %24, 3
%26 = icmp sle i32 %23, %25
br i1 %26, label %27, label %124
27: ; preds = %22
%28 = load i32, i32* %15
%29 = add nsw i32 %28, 2
store i32 %29, i32* %16
br label %30
30: ; preds = %117, %27
%31 = load i32, i32* %16
%32 = load i32, i32* %9
%33 = sub nsw i32 %32, 1
%34 = icmp sle i32 %31, %33
br i1 %34, label %35, label %120
35: ; preds = %30
%36 = load i32, i32* %8
%37 = load i32, i32* %15
%38 = load i32, i32* %16
%39 = load i32, i32* %9
%40 = load i32, i32* %11
%41 = call i32 (i32, i32, i32, i32, i32, ...) bitcast (i32 (...)* @gap_index to i32 (i32, i32, i32, i32, i32, ...)*)(i32 %36, i32 %37, i32 %38, i32 %39, i32 %40)
store i32 %41, i32* %18
%42 = load i32, i32* %16
store i32 %42, i32* %17
br label %43
43: ; preds = %113, %35
%44 = load i32, i32* %17
%45 = load i32, i32* %9
%46 = sub nsw i32 %45, 1
%47 = icmp sle i32 %44, %46
br i1 %47, label %48, label %116
48: ; preds = %43
%49 = load x86_fp80*, x86_fp80** %13
%50 = load i32, i32* %8
%51 = load i32, i32* %15
%52 = load i32, i32* %17
%53 = load i32, i32* %9
%54 = load i32, i32* %11
%55 = call i32 (i32, i32, i32, i32, i32, ...) bitcast (i32 (...)* @gap_index to i32 (i32, i32, i32, i32, i32, ...)*)(i32 %50, i32 %51, i32 %52, i32 %53, i32 %54)
%56 = sext i32 %55 to i64
%57 = getelementptr inbounds x86_fp80, x86_fp80* %49, i64 %56
%58 = load x86_fp80, x86_fp80* %57
%59 = load x86_fp80*, x86_fp80** %14
%60 = load i32, i32* %17
%61 = sub nsw i32 %60, 1
%62 = load i32, i32* %16
%63 = sub nsw i32 %62, 1
%64 = icmp eq i32 %61, %63
br i1 %64, label %65, label %73
65: ; preds = %48
%66 = load i32, i32* %11
%67 = load i32, i32* %11
%68 = add nsw i32 %67, 1
%69 = mul nsw i32 %66, %68
%70 = sdiv i32 %69, 2
%71 = load i32, i32* %16
%72 = add nsw i32 %70, %71
br label %86
73: ; preds = %48
%74 = load i32, i32* %16
%75 = load i32, i32* %11
%76 = mul nsw i32 %74, %75
%77 = load i32, i32* %17
%78 = sub nsw i32 %77, 1
%79 = add nsw i32 %76, %78
%80 = load i32, i32* %16
%81 = load i32, i32* %16
%82 = add nsw i32 1, %81
%83 = mul nsw i32 %80, %82
%84 = sdiv i32 %83, 2
%85 = sub nsw i32 %79, %84
br label %86
86: ; preds = %73, %65
%87 = phi i32 [ %72, %65 ], [ %85, %73 ]
%88 = sext i32 %87 to i64
%89 = getelementptr inbounds x86_fp80, x86_fp80* %59, i64 %88
%90 = load x86_fp80, x86_fp80* %89
%91 = fadd x86_fp80 %58, %90
store x86_fp80 %91, x86_fp80* %19
%92 = load x86_fp80, x86_fp80* %19
%93 = load x86_fp80*, x86_fp80** %12
%94 = load i32, i32* %18
%95 = sext i32 %94 to i64
%96 = getelementptr inbounds x86_fp80, x86_fp80* %93, i64 %95
%97 = load x86_fp80, x86_fp80* %96
%98 = fcmp olt x86_fp80 %92, %97
br i1 %98, label %99, label %101
99: ; preds = %86
%100 = load x86_fp80, x86_fp80* %19
br label %107
101: ; preds = %86
%102 = load x86_fp80*, x86_fp80** %12
%103 = load i32, i32* %18
%104 = sext i32 %103 to i64
%105 = getelementptr inbounds x86_fp80, x86_fp80* %102, i64 %104
%106 = load x86_fp80, x86_fp80* %105
br label %107
107: ; preds = %101, %99
%108 = phi x86_fp80 [ %100, %99 ], [ %106, %101 ]
%109 = load x86_fp80*, x86_fp80** %12
%110 = load i32, i32* %18
%111 = sext i32 %110 to i64
%112 = getelementptr inbounds x86_fp80, x86_fp80* %109, i64 %111
store x86_fp80 %108, x86_fp80* %112
br label %113
113: ; preds = %107
%114 = load i32, i32* %17
%115 = add nsw i32 %114, 1
store i32 %115, i32* %17
br label %43
116: ; preds = %43
br label %117
117: ; preds = %116
%118 = load i32, i32* %16
%119 = add nsw i32 %118, 1
store i32 %119, i32* %16
br label %30
120: ; preds = %30
br label %121
121: ; preds = %120
%122 = load i32, i32* %15
%123 = add nsw i32 %122, 1
store i32 %123, i32* %15
br label %22
124: ; preds = %22
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @MakeFgr(i32 %0, i32 %1, i32* nocapture readnone %2, i32 %3, x86_fp80* nocapture %4, x86_fp80* nocapture %5, x86_fp80* nocapture %6) {
%8 = add i32 %1, -3
%9 = icmp sgt i32 %8, %0
br i1 %9, label %10, label %53
10: ; preds = %7
%11 = add nsw i32 %3, 1
%12 = mul nsw i32 %11, %3
%13 = sdiv i32 %12, 2
br label %16
14: ; preds = %51, %16
%15 = icmp eq i32 %18, %8
br i1 %15, label %53, label %16
16: ; preds = %10, %14
%17 = phi i32 [ %0, %10 ], [ %18, %14 ]
%18 = add i32 %17, 1
%19 = add nsw i32 %17, 3
%20 = icmp slt i32 %19, %1
br i1 %20, label %21, label %14
21: ; preds = %16, %51
%22 = phi i32 [ %25, %51 ], [ %19, %16 ]
%23 = tail call i32 (i32, i32, i32, i32, i32, ...) bitcast (i32 (...)* @gap_index to i32 (i32, i32, i32, i32, i32, ...)*)(i32 %0, i32 %18, i32 %22, i32 %1, i32 %3)
%24 = mul nsw i32 %22, %3
%25 = add nsw i32 %22, 1
%26 = mul nsw i32 %25, %22
%27 = sdiv i32 %26, -2
%28 = add i32 %24, -1
%29 = add i32 %28, %27
%30 = add nsw i32 %22, %13
%31 = sext i32 %23 to i64
%32 = getelementptr inbounds x86_fp80, x86_fp80* %4, i64 %31
br label %33
33: ; preds = %21, %33
%34 = phi i32 [ %22, %21 ], [ %49, %33 ]
%35 = tail call i32 (i32, i32, i32, i32, i32, ...) bitcast (i32 (...)* @gap_index to i32 (i32, i32, i32, i32, i32, ...)*)(i32 %0, i32 %18, i32 %34, i32 %1, i32 %3)
%36 = sext i32 %35 to i64
%37 = getelementptr inbounds x86_fp80, x86_fp80* %5, i64 %36
%38 = load x86_fp80, x86_fp80* %37
%39 = icmp eq i32 %34, %22
%40 = add i32 %29, %34
%41 = select i1 %39, i32 %30, i32 %40
%42 = sext i32 %41 to i64
%43 = getelementptr inbounds x86_fp80, x86_fp80* %6, i64 %42
%44 = load x86_fp80, x86_fp80* %43
%45 = fadd x86_fp80 %38, %44
%46 = load x86_fp80, x86_fp80* %32
%47 = fcmp olt x86_fp80 %45, %46
%48 = select i1 %47, x86_fp80 %45, x86_fp80 %46
store x86_fp80 %48, x86_fp80* %32
%49 = add nsw i32 %34, 1
%50 = icmp slt i32 %49, %1
br i1 %50, label %33, label %51
51: ; preds = %33
%52 = icmp slt i32 %25, %1
br i1 %52, label %21, label %14
53: ; preds = %14, %7
ret void
}