double calc_segsites2(int sum, int freq[], int nsites, char **val, int nhap) {
  int csite, chap, ip;
  double x;
  x = 0;
  for (chap = 0; chap < nhap; ++chap)
    if (freq[chap] > 0)
      break;
  ip = chap;
  for (csite = 0; csite < nsites; ++csite) {
    for (chap = 1; chap < nhap; ++chap) {
      if (freq[chap] == 0)
        continue;
      if (val[chap][csite] != val[ip][csite]) {
        ++x;
        break;
      }
    }
  }
  return x;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<calc_segsites2>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8d,-0x24(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x38(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jge    115b <calc_segsites2+0x5b>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jle    1148 <calc_segsites2+0x48>
jmp    115b <calc_segsites2+0x5b>
jmp    114d <calc_segsites2+0x4d>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    1125 <calc_segsites2+0x25>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    120b <calc_segsites2+0x10b>
movl   $0x1,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jge    11f8 <calc_segsites2+0xf8>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jne    119e <calc_segsites2+0x9e>
jmp    11ea <calc_segsites2+0xea>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
movslq -0x30(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rcx
movslq -0x28(%rbp),%rdx
movsbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
cmp    %ecx,%eax
je     11e5 <calc_segsites2+0xe5>
movsd  0xe2a(%rip),%xmm0
addsd  -0x38(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x38(%rbp)
jmp    11f8 <calc_segsites2+0xf8>
jmp    11ea <calc_segsites2+0xea>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    117b <calc_segsites2+0x7b>
jmp    11fd <calc_segsites2+0xfd>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    1168 <calc_segsites2+0x68>
movsd  -0x38(%rbp),%xmm0
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<calc_segsites2>:
push   %rbx
mov    %r8d,%r11d
xor    %edi,%edi
test   %r8d,%r8d
jle    1122 <calc_segsites2+0x22>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
cmpl   $0x0,(%rsi,%rdi,4)
jg     1122 <calc_segsites2+0x22>
add    $0x1,%rdi
cmp    %rdi,%r11
jne    1110 <calc_segsites2+0x10>
mov    %r11d,%edi
test   %edx,%edx
jle    1188 <calc_segsites2+0x88>
mov    %edi,%r10d
mov    %edx,%r9d
xorpd  %xmm0,%xmm0
xor    %edx,%edx
movsd  0xec6(%rip),%xmm1
jmp    1149 <calc_segsites2+0x49>
nopl   0x0(%rax)
add    $0x1,%rdx
cmp    %r9,%rdx
je     1186 <calc_segsites2+0x86>
cmp    $0x2,%r8d
jl     1140 <calc_segsites2+0x40>
mov    $0x1,%edi
jmp    1169 <calc_segsites2+0x69>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%rdi
cmp    %rdi,%r11
je     1140 <calc_segsites2+0x40>
cmpl   $0x0,(%rsi,%rdi,4)
je     1160 <calc_segsites2+0x60>
mov    (%rcx,%rdi,8),%rax
movzbl (%rax,%rdx,1),%eax
mov    (%rcx,%r10,8),%rbx
cmp    (%rbx,%rdx,1),%al
je     1160 <calc_segsites2+0x60>
addsd  %xmm1,%xmm0
jmp    1140 <calc_segsites2+0x40>
pop    %rbx
ret
xorps  %xmm0,%xmm0
pop    %rbx
ret

LLVM IR (-O0):
define double @calc_segsites2(i32 %0, i32* %1, i32 %2, i8** %3, i32 %4) {
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32*
%8 = alloca i32
%9 = alloca i8**
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca double
store i32 %0, i32* %6
store i32* %1, i32** %7
store i32 %2, i32* %8
store i8** %3, i8*** %9
store i32 %4, i32* %10
store double 0.000000e+00, double* %14
store i32 0, i32* %12
br label %15
15: ; preds = %28, %5
%16 = load i32, i32* %12
%17 = load i32, i32* %10
%18 = icmp slt i32 %16, %17
br i1 %18, label %19, label %31
19: ; preds = %15
%20 = load i32*, i32** %7
%21 = load i32, i32* %12
%22 = sext i32 %21 to i64
%23 = getelementptr inbounds i32, i32* %20, i64 %22
%24 = load i32, i32* %23
%25 = icmp sgt i32 %24, 0
br i1 %25, label %26, label %27
26: ; preds = %19
br label %31
27: ; preds = %19
br label %28
28: ; preds = %27
%29 = load i32, i32* %12
%30 = add nsw i32 %29, 1
store i32 %30, i32* %12
br label %15
31: ; preds = %26, %15
%32 = load i32, i32* %12
store i32 %32, i32* %13
store i32 0, i32* %11
br label %33
33: ; preds = %80, %31
%34 = load i32, i32* %11
%35 = load i32, i32* %8
%36 = icmp slt i32 %34, %35
br i1 %36, label %37, label %83
37: ; preds = %33
store i32 1, i32* %12
br label %38
38: ; preds = %76, %37
%39 = load i32, i32* %12
%40 = load i32, i32* %10
%41 = icmp slt i32 %39, %40
br i1 %41, label %42, label %79
42: ; preds = %38
%43 = load i32*, i32** %7
%44 = load i32, i32* %12
%45 = sext i32 %44 to i64
%46 = getelementptr inbounds i32, i32* %43, i64 %45
%47 = load i32, i32* %46
%48 = icmp eq i32 %47, 0
br i1 %48, label %49, label %50
49: ; preds = %42
br label %76
50: ; preds = %42
%51 = load i8**, i8*** %9
%52 = load i32, i32* %12
%53 = sext i32 %52 to i64
%54 = getelementptr inbounds i8*, i8** %51, i64 %53
%55 = load i8*, i8** %54
%56 = load i32, i32* %11
%57 = sext i32 %56 to i64
%58 = getelementptr inbounds i8, i8* %55, i64 %57
%59 = load i8, i8* %58
%60 = sext i8 %59 to i32
%61 = load i8**, i8*** %9
%62 = load i32, i32* %13
%63 = sext i32 %62 to i64
%64 = getelementptr inbounds i8*, i8** %61, i64 %63
%65 = load i8*, i8** %64
%66 = load i32, i32* %11
%67 = sext i32 %66 to i64
%68 = getelementptr inbounds i8, i8* %65, i64 %67
%69 = load i8, i8* %68
%70 = sext i8 %69 to i32
%71 = icmp ne i32 %60, %70
br i1 %71, label %72, label %75
72: ; preds = %50
%73 = load double, double* %14
%74 = fadd double %73, 1.000000e+00
store double %74, double* %14
br label %79
75: ; preds = %50
br label %76
76: ; preds = %75, %49
%77 = load i32, i32* %12
%78 = add nsw i32 %77, 1
store i32 %78, i32* %12
br label %38
79: ; preds = %72, %38
br label %80
80: ; preds = %79
%81 = load i32, i32* %11
%82 = add nsw i32 %81, 1
store i32 %82, i32* %11
br label %33
83: ; preds = %33
%84 = load double, double* %14
ret double %84
}

LLVM IR (-O2):
define double @calc_segsites2(i32 %0, i32* nocapture %1, i32 %2, i8** nocapture %3, i32 %4) {
%6 = icmp sgt i32 %4, 0
br i1 %6, label %7, label %19
7: ; preds = %5
%8 = zext i32 %4 to i64
br label %9
9: ; preds = %7, %14
%10 = phi i64 [ 0, %7 ], [ %15, %14 ]
%11 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %10
%12 = load i32, i32* %11
%13 = icmp sgt i32 %12, 0
br i1 %13, label %17, label %14
14: ; preds = %9
%15 = add nuw nsw i64 %10, 1
%16 = icmp eq i64 %15, %8
br i1 %16, label %19, label %9
17: ; preds = %9
%18 = trunc i64 %10 to i32
br label %19
19: ; preds = %14, %17, %5
%20 = phi i32 [ 0, %5 ], [ %18, %17 ], [ %4, %14 ]
%21 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %21, label %22, label %54
22: ; preds = %19
%23 = icmp sgt i32 %4, 1
%24 = zext i32 %20 to i64
%25 = getelementptr inbounds i8*, i8** %3, i64 %24
%26 = zext i32 %2 to i64
%27 = zext i32 %4 to i64
br label %28
28: ; preds = %22, %50
%29 = phi i64 [ 0, %22 ], [ %52, %50 ]
%30 = phi double [ 0.000000e+00, %22 ], [ %51, %50 ]
br i1 %23, label %31, label %50
31: ; preds = %28, %47
%32 = phi i64 [ %48, %47 ], [ 1, %28 ]
%33 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %32
%34 = load i32, i32* %33
%35 = icmp eq i32 %34, 0
br i1 %35, label %47, label %36
36: ; preds = %31
%37 = getelementptr inbounds i8*, i8** %3, i64 %32
%38 = load i8*, i8** %37
%39 = getelementptr inbounds i8, i8* %38, i64 %29
%40 = load i8, i8* %39
%41 = load i8*, i8** %25
%42 = getelementptr inbounds i8, i8* %41, i64 %29
%43 = load i8, i8* %42
%44 = icmp eq i8 %40, %43
br i1 %44, label %47, label %45
45: ; preds = %36
%46 = fadd double %30, 1.000000e+00
br label %50
47: ; preds = %36, %31
%48 = add nuw nsw i64 %32, 1
%49 = icmp eq i64 %48, %27
br i1 %49, label %50, label %31
50: ; preds = %47, %28, %45
%51 = phi double [ %46, %45 ], [ %30, %28 ], [ %30, %47 ]
%52 = add nuw nsw i64 %29, 1
%53 = icmp eq i64 %52, %26
br i1 %53, label %54, label %28
54: ; preds = %50, %19
%55 = phi double [ 0.000000e+00, %19 ], [ %51, %50 ]
ret double %55
}