double multiclass_cis_overlap(int *cis1, int cis1_size, int *cis2,
                              int cis2_size) {
  int cisi1, cisi2;
  double overlap = 0;
  for (cisi1 = cisi2 = 0; cisi2 < cis2_size; cisi2++) {
    while (cisi1 < cis1_size && cis1[cisi1] < cis2[cisi2])
      cisi1++;
    if (cis1[cisi1] == cis2[cisi2])
      overlap++;
  }
  return 2 * overlap / (cis1_size + cis2_size);
}


x86 assembly (clang, -O0):
<multiclass_cis_overlap>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %ecx,-0x1c(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jge    11c5 <multiclass_cis_overlap+0xc5>
jmp    1139 <multiclass_cis_overlap+0x39>
mov    -0x20(%rbp),%ecx
xor    %eax,%eax
cmp    -0xc(%rbp),%ecx
mov    %al,-0x31(%rbp)
jge    1166 <multiclass_cis_overlap+0x66>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
movslq -0x24(%rbp),%rdx
cmp    (%rcx,%rdx,4),%eax
setl   %al
mov    %al,-0x31(%rbp)
mov    -0x31(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    1176 <multiclass_cis_overlap+0x76>
jmp    1184 <multiclass_cis_overlap+0x84>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    1139 <multiclass_cis_overlap+0x39>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
movslq -0x24(%rbp),%rdx
cmp    (%rcx,%rdx,4),%eax
jne    11b2 <multiclass_cis_overlap+0xb2>
movsd  0xe60(%rip),%xmm0
addsd  -0x30(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x30(%rbp)
jmp    11b7 <multiclass_cis_overlap+0xb7>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1128 <multiclass_cis_overlap+0x28>
movsd  0xe33(%rip),%xmm0
mulsd  -0x30(%rbp),%xmm0
mov    -0xc(%rbp),%eax
add    -0x1c(%rbp),%eax
cvtsi2sd %eax,%xmm1
divsd  %xmm1,%xmm0
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<multiclass_cis_overlap>:
test   %ecx,%ecx
jle    11a4 <multiclass_cis_overlap+0xa4>
push   %rbp
push   %r14
push   %rbx
movslq %esi,%r8
mov    %ecx,%r9d
xor    %r11d,%r11d
xorpd  %xmm2,%xmm2
movsd  0xedf(%rip),%xmm1
xor    %r10d,%r10d
jmp    113d <multiclass_cis_overlap+0x3d>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%r11
movapd %xmm0,%xmm2
cmp    %r9,%r11
je     119a <multiclass_cis_overlap+0x9a>
mov    (%rdx,%r11,4),%r14d
cmp    %esi,%r10d
jge    1183 <multiclass_cis_overlap+0x83>
movslq %r10d,%rax
lea    (%rdi,%rax,4),%rbx
mov    %r8,%rbp
sub    %rax,%rbp
xor    %eax,%eax
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
cmp    %r14d,(%rbx,%rax,4)
jge    1180 <multiclass_cis_overlap+0x80>
add    $0x1,%rax
cmp    %rax,%rbp
jne    1160 <multiclass_cis_overlap+0x60>
mov    %esi,%r10d
jmp    1183 <multiclass_cis_overlap+0x83>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
add    %eax,%r10d
movslq %r10d,%rax
movapd %xmm2,%xmm0
addsd  %xmm1,%xmm0
cmp    %r14d,(%rdi,%rax,4)
je     1130 <multiclass_cis_overlap+0x30>
movapd %xmm2,%xmm0
jmp    1130 <multiclass_cis_overlap+0x30>
addsd  %xmm0,%xmm0
pop    %rbx
pop    %r14
pop    %rbp
jmp    11a8 <multiclass_cis_overlap+0xa8>
xorpd  %xmm0,%xmm0
add    %esi,%ecx
xorps  %xmm1,%xmm1
cvtsi2sd %ecx,%xmm1
divsd  %xmm1,%xmm0
ret

LLVM IR (-O0):
define double @multiclass_cis_overlap(i32* %0, i32 %1, i32* %2, i32 %3) {
%5 = alloca i32*
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32*
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca double
store i32* %0, i32** %5
store i32 %1, i32* %6
store i32* %2, i32** %7
store i32 %3, i32* %8
store double 0.000000e+00, double* %11
store i32 0, i32* %10
store i32 0, i32* %9
br label %12
12: ; preds = %54, %4
%13 = load i32, i32* %10
%14 = load i32, i32* %8
%15 = icmp slt i32 %13, %14
br i1 %15, label %16, label %57
16: ; preds = %12
br label %17
17: ; preds = %35, %16
%18 = load i32, i32* %9
%19 = load i32, i32* %6
%20 = icmp slt i32 %18, %19
br i1 %20, label %21, label %33
21: ; preds = %17
%22 = load i32*, i32** %5
%23 = load i32, i32* %9
%24 = sext i32 %23 to i64
%25 = getelementptr inbounds i32, i32* %22, i64 %24
%26 = load i32, i32* %25
%27 = load i32*, i32** %7
%28 = load i32, i32* %10
%29 = sext i32 %28 to i64
%30 = getelementptr inbounds i32, i32* %27, i64 %29
%31 = load i32, i32* %30
%32 = icmp slt i32 %26, %31
br label %33
33: ; preds = %21, %17
%34 = phi i1 [ false, %17 ], [ %32, %21 ]
br i1 %34, label %35, label %38
35: ; preds = %33
%36 = load i32, i32* %9
%37 = add nsw i32 %36, 1
store i32 %37, i32* %9
br label %17
38: ; preds = %33
%39 = load i32*, i32** %5
%40 = load i32, i32* %9
%41 = sext i32 %40 to i64
%42 = getelementptr inbounds i32, i32* %39, i64 %41
%43 = load i32, i32* %42
%44 = load i32*, i32** %7
%45 = load i32, i32* %10
%46 = sext i32 %45 to i64
%47 = getelementptr inbounds i32, i32* %44, i64 %46
%48 = load i32, i32* %47
%49 = icmp eq i32 %43, %48
br i1 %49, label %50, label %53
50: ; preds = %38
%51 = load double, double* %11
%52 = fadd double %51, 1.000000e+00
store double %52, double* %11
br label %53
53: ; preds = %50, %38
br label %54
54: ; preds = %53
%55 = load i32, i32* %10
%56 = add nsw i32 %55, 1
store i32 %56, i32* %10
br label %12
57: ; preds = %12
%58 = load double, double* %11
%59 = fmul double 2.000000e+00, %58
%60 = load i32, i32* %6
%61 = load i32, i32* %8
%62 = add nsw i32 %60, %61
%63 = sitofp i32 %62 to double
%64 = fdiv double %59, %63
ret double %64
}

LLVM IR (-O2):
define double @multiclass_cis_overlap(i32* nocapture %0, i32 %1, i32* nocapture %2, i32 %3) {
%5 = icmp sgt i32 %3, 0
br i1 %5, label %6, label %40
6: ; preds = %4
%7 = sext i32 %1 to i64
%8 = zext i32 %3 to i64
br label %9
9: ; preds = %6, %28
%10 = phi i64 [ 0, %6 ], [ %36, %28 ]
%11 = phi double [ 0.000000e+00, %6 ], [ %35, %28 ]
%12 = phi i32 [ 0, %6 ], [ %29, %28 ]
%13 = icmp slt i32 %12, %1
%14 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 %10
%15 = load i32, i32* %14
br i1 %13, label %16, label %28
16: ; preds = %9
%17 = sext i32 %12 to i64
br label %18
18: ; preds = %16, %23
%19 = phi i64 [ %17, %16 ], [ %24, %23 ]
%20 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %19
%21 = load i32, i32* %20
%22 = icmp slt i32 %21, %15
br i1 %22, label %23, label %26
23: ; preds = %18
%24 = add nsw i64 %19, 1
%25 = icmp eq i64 %24, %7
br i1 %25, label %28, label %18
26: ; preds = %18
%27 = trunc i64 %19 to i32
br label %28
28: ; preds = %23, %26, %9
%29 = phi i32 [ %12, %9 ], [ %27, %26 ], [ %1, %23 ]
%30 = sext i32 %29 to i64
%31 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %30
%32 = load i32, i32* %31
%33 = icmp eq i32 %32, %15
%34 = fadd double %11, 1.000000e+00
%35 = select i1 %33, double %34, double %11
%36 = add nuw nsw i64 %10, 1
%37 = icmp eq i64 %36, %8
br i1 %37, label %38, label %9
38: ; preds = %28
%39 = fmul double %35, 2.000000e+00
br label %40
40: ; preds = %38, %4
%41 = phi double [ 0.000000e+00, %4 ], [ %39, %38 ]
%42 = add nsw i32 %3, %1
%43 = sitofp i32 %42 to double
%44 = fdiv double %41, %43
ret double %44
}