double pairwise_id(char *sequence1, char *sequence2, int seq_len) {
  int pos_ctr;
  int effective_length;
  double similarity;
  effective_length = 0;
  similarity = 0.0;
  for (pos_ctr = 0; pos_ctr < seq_len; pos_ctr++) {
    if (sequence1[pos_ctr] != '.' && sequence2[pos_ctr] != '.') {
      effective_length++;
      if (sequence1[pos_ctr] == sequence2[pos_ctr]) {
        similarity++;
      }
    }
  }
  similarity /= effective_length;
  return similarity;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<pairwise_id>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    11ae <pairwise_id+0xae>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2e,%eax
je     119b <pairwise_id+0x9b>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2e,%eax
je     119b <pairwise_id+0x9b>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
movslq -0x18(%rbp),%rdx
movsbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jne    1196 <pairwise_id+0x96>
movsd  0xe74(%rip),%xmm0
addsd  -0x28(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x28(%rbp)
jmp    119b <pairwise_id+0x9b>
jmp    11a0 <pairwise_id+0xa0>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    1125 <pairwise_id+0x25>
cvtsi2sdl -0x1c(%rbp),%xmm1
movsd  -0x28(%rbp),%xmm0
divsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x28(%rbp)
movsd  -0x28(%rbp),%xmm0
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<pairwise_id>:
test   %edx,%edx
jle    113c <pairwise_id+0x3c>
mov    %edx,%r8d
cmp    $0x1,%edx
jne    1150 <pairwise_id+0x50>
xor    %edx,%edx
xorpd  %xmm0,%xmm0
xor    %r9d,%r9d
test   $0x1,%r8b
je     1143 <pairwise_id+0x43>
mov    (%rdi,%rdx,1),%al
cmp    $0x2e,%al
je     1143 <pairwise_id+0x43>
mov    (%rsi,%rdx,1),%cl
cmp    $0x2e,%cl
je     1143 <pairwise_id+0x43>
cmp    %cl,%al
jne    1136 <pairwise_id+0x36>
addsd  0xeca(%rip),%xmm0
add    $0x1,%r9d
jmp    1143 <pairwise_id+0x43>
xorpd  %xmm0,%xmm0
xor    %r9d,%r9d
xorps  %xmm1,%xmm1
cvtsi2sd %r9d,%xmm1
divsd  %xmm1,%xmm0
ret
mov    %r8d,%r10d
and    $0xfffffffe,%r10d
xor    %edx,%edx
xorpd  %xmm0,%xmm0
movsd  0xe9b(%rip),%xmm1
xor    %r9d,%r9d
jmp    1181 <pairwise_id+0x81>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%r9d
movapd %xmm2,%xmm0
add    $0x2,%rdx
cmp    %rdx,%r10
je     1115 <pairwise_id+0x15>
movzbl (%rdi,%rdx,1),%eax
cmp    $0x2e,%al
je     11aa <pairwise_id+0xaa>
movzbl (%rsi,%rdx,1),%ecx
cmp    $0x2e,%cl
je     11aa <pairwise_id+0xaa>
movapd %xmm0,%xmm2
addsd  %xmm1,%xmm2
cmp    %cl,%al
je     11a2 <pairwise_id+0xa2>
movapd %xmm0,%xmm2
add    $0x1,%r9d
movapd %xmm2,%xmm0
movzbl 0x1(%rdi,%rdx,1),%eax
cmp    $0x2e,%al
je     1178 <pairwise_id+0x78>
movzbl 0x1(%rsi,%rdx,1),%ecx
cmp    $0x2e,%cl
je     1178 <pairwise_id+0x78>
movapd %xmm0,%xmm2
addsd  %xmm1,%xmm2
cmp    %cl,%al
je     1170 <pairwise_id+0x70>
movapd %xmm0,%xmm2
jmp    1170 <pairwise_id+0x70>

LLVM IR (-O0):
define double @pairwise_id(i8* %0, i8* %1, i32 %2) {
%4 = alloca i8*
%5 = alloca i8*
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca double
store i8* %0, i8** %4
store i8* %1, i8** %5
store i32 %2, i32* %6
store i32 0, i32* %8
store double 0.000000e+00, double* %9
store i32 0, i32* %7
br label %10
10: ; preds = %51, %3
%11 = load i32, i32* %7
%12 = load i32, i32* %6
%13 = icmp slt i32 %11, %12
br i1 %13, label %14, label %54
14: ; preds = %10
%15 = load i8*, i8** %4
%16 = load i32, i32* %7
%17 = sext i32 %16 to i64
%18 = getelementptr inbounds i8, i8* %15, i64 %17
%19 = load i8, i8* %18
%20 = sext i8 %19 to i32
%21 = icmp ne i32 %20, 46
br i1 %21, label %22, label %50
22: ; preds = %14
%23 = load i8*, i8** %5
%24 = load i32, i32* %7
%25 = sext i32 %24 to i64
%26 = getelementptr inbounds i8, i8* %23, i64 %25
%27 = load i8, i8* %26
%28 = sext i8 %27 to i32
%29 = icmp ne i32 %28, 46
br i1 %29, label %30, label %50
30: ; preds = %22
%31 = load i32, i32* %8
%32 = add nsw i32 %31, 1
store i32 %32, i32* %8
%33 = load i8*, i8** %4
%34 = load i32, i32* %7
%35 = sext i32 %34 to i64
%36 = getelementptr inbounds i8, i8* %33, i64 %35
%37 = load i8, i8* %36
%38 = sext i8 %37 to i32
%39 = load i8*, i8** %5
%40 = load i32, i32* %7
%41 = sext i32 %40 to i64
%42 = getelementptr inbounds i8, i8* %39, i64 %41
%43 = load i8, i8* %42
%44 = sext i8 %43 to i32
%45 = icmp eq i32 %38, %44
br i1 %45, label %46, label %49
46: ; preds = %30
%47 = load double, double* %9
%48 = fadd double %47, 1.000000e+00
store double %48, double* %9
br label %49
49: ; preds = %46, %30
br label %50
50: ; preds = %49, %22, %14
br label %51
51: ; preds = %50
%52 = load i32, i32* %7
%53 = add nsw i32 %52, 1
store i32 %53, i32* %7
br label %10
54: ; preds = %10
%55 = load i32, i32* %8
%56 = sitofp i32 %55 to double
%57 = load double, double* %9
%58 = fdiv double %57, %56
store double %58, double* %9
%59 = load double, double* %9
ret double %59
}

LLVM IR (-O2):
define double @pairwise_id(i8* nocapture %0, i8* nocapture %1, i32 %2) {
%4 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %4, label %5, label %70
5: ; preds = %3
%6 = zext i32 %2 to i64
%7 = and i64 %6, 1
%8 = icmp eq i32 %2, 1
br i1 %8, label %50, label %9
9: ; preds = %5
%10 = and i64 %6, 4294967294
br label %11
11: ; preds = %44, %9
%12 = phi i64 [ 0, %9 ], [ %47, %44 ]
%13 = phi double [ 0.000000e+00, %9 ], [ %46, %44 ]
%14 = phi i32 [ 0, %9 ], [ %45, %44 ]
%15 = phi i64 [ 0, %9 ], [ %48, %44 ]
%16 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %12
%17 = load i8, i8* %16
%18 = icmp eq i8 %17, 46
br i1 %18, label %28, label %19
19: ; preds = %11
%20 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %12
%21 = load i8, i8* %20
%22 = icmp eq i8 %21, 46
br i1 %22, label %28, label %23
23: ; preds = %19
%24 = add nsw i32 %14, 1
%25 = icmp eq i8 %17, %21
%26 = fadd double %13, 1.000000e+00
%27 = select i1 %25, double %26, double %13
br label %28
28: ; preds = %23, %11, %19
%29 = phi i32 [ %14, %19 ], [ %14, %11 ], [ %24, %23 ]
%30 = phi double [ %13, %19 ], [ %13, %11 ], [ %27, %23 ]
%31 = or i64 %12, 1
%32 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %31
%33 = load i8, i8* %32
%34 = icmp eq i8 %33, 46
br i1 %34, label %44, label %35
35: ; preds = %28
%36 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %31
%37 = load i8, i8* %36
%38 = icmp eq i8 %37, 46
br i1 %38, label %44, label %39
39: ; preds = %35
%40 = add nsw i32 %29, 1
%41 = icmp eq i8 %33, %37
%42 = fadd double %30, 1.000000e+00
%43 = select i1 %41, double %42, double %30
br label %44
44: ; preds = %39, %35, %28
%45 = phi i32 [ %29, %35 ], [ %29, %28 ], [ %40, %39 ]
%46 = phi double [ %30, %35 ], [ %30, %28 ], [ %43, %39 ]
%47 = add nuw nsw i64 %12, 2
%48 = add i64 %15, 2
%49 = icmp eq i64 %48, %10
br i1 %49, label %50, label %11
50: ; preds = %44, %5
%51 = phi i32 [ undef, %5 ], [ %45, %44 ]
%52 = phi double [ undef, %5 ], [ %46, %44 ]
%53 = phi i64 [ 0, %5 ], [ %47, %44 ]
%54 = phi double [ 0.000000e+00, %5 ], [ %46, %44 ]
%55 = phi i32 [ 0, %5 ], [ %45, %44 ]
%56 = icmp eq i64 %7, 0
br i1 %56, label %70, label %57
57: ; preds = %50
%58 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %53
%59 = load i8, i8* %58
%60 = icmp eq i8 %59, 46
br i1 %60, label %70, label %61
61: ; preds = %57
%62 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %53
%63 = load i8, i8* %62
%64 = icmp eq i8 %63, 46
br i1 %64, label %70, label %65
65: ; preds = %61
%66 = add nsw i32 %55, 1
%67 = icmp eq i8 %59, %63
%68 = fadd double %54, 1.000000e+00
%69 = select i1 %67, double %68, double %54
br label %70
70: ; preds = %50, %65, %61, %57, %3
%71 = phi i32 [ 0, %3 ], [ %51, %50 ], [ %55, %61 ], [ %55, %57 ], [ %66, %65 ]
%72 = phi double [ 0.000000e+00, %3 ], [ %52, %50 ], [ %54, %61 ], [ %54, %57 ], [ %69, %65 ]
%73 = sitofp i32 %71 to double
%74 = fdiv double %72, %73
ret double %74
}