int filter_positions_v4(int *pos, char *strand, int n, int max_ul, int max_el,
                        int max_il, int ul, int el, int il, int *filtered_pos,
                        char *filtered_strand) {
  int i;
  int in;
  int nout = 0;
  int current_pos;
  for (i = 1; i <= n; i++) {
    current_pos = pos[i];
    if (current_pos > 0) {
      if (current_pos <= max_ul) {
        nout++;
        if (max_il == 0) {
          if (max_el == 0) {
            filtered_pos[nout] = current_pos;
          } else {
            filtered_pos[nout] = current_pos + el;
          }
        } else {
          filtered_pos[nout] = el + il + current_pos;
        }
        filtered_strand[nout] = strand[i];
      }
    } else {
      current_pos = -current_pos;
      if (current_pos <= el) {
        if (current_pos <= max_el) {
          current_pos = el - current_pos;
          nout++;
          filtered_pos[nout] = current_pos + il;
          filtered_strand[nout] = strand[i];
        }
      } else {
        current_pos = current_pos - el;
        if (current_pos <= max_il) {
          nout++;
          filtered_pos[nout] = il - current_pos;
          filtered_strand[nout] = strand[i];
        }
      }
    }
  }
  return nout;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<filter_positions_v4>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    0x30(%rbp),%rax
mov    0x28(%rbp),%rax
mov    0x20(%rbp),%eax
mov    0x18(%rbp),%eax
mov    0x10(%rbp),%eax
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %ecx,-0x18(%rbp)
mov    %r8d,-0x1c(%rbp)
mov    %r9d,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
movl   $0x1,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jg     129e <filter_positions_v4+0x19e>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
cmpl   $0x0,-0x30(%rbp)
jle    11de <filter_positions_v4+0xde>
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0x18(%rbp),%eax
jg     11d9 <filter_positions_v4+0xd9>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
cmpl   $0x0,-0x20(%rbp)
jne    11af <filter_positions_v4+0xaf>
cmpl   $0x0,-0x1c(%rbp)
jne    1199 <filter_positions_v4+0x99>
mov    -0x30(%rbp),%edx
mov    0x28(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
jmp    11aa <filter_positions_v4+0xaa>
mov    -0x30(%rbp),%edx
add    0x18(%rbp),%edx
mov    0x28(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
jmp    11c3 <filter_positions_v4+0xc3>
mov    0x18(%rbp),%edx
add    0x20(%rbp),%edx
add    -0x30(%rbp),%edx
mov    0x28(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%dl
mov    0x30(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
jmp    128b <filter_positions_v4+0x18b>
xor    %eax,%eax
sub    -0x30(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    0x18(%rbp),%eax
jg     123c <filter_positions_v4+0x13c>
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jg     1237 <filter_positions_v4+0x137>
mov    0x18(%rbp),%eax
sub    -0x30(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%edx
add    0x20(%rbp),%edx
mov    0x28(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%dl
mov    0x30(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
jmp    1286 <filter_positions_v4+0x186>
mov    -0x30(%rbp),%eax
sub    0x18(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0x20(%rbp),%eax
jg     1281 <filter_positions_v4+0x181>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    0x20(%rbp),%edx
sub    -0x30(%rbp),%edx
mov    0x28(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%dl
mov    0x30(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
jmp    1286 <filter_positions_v4+0x186>
jmp    128b <filter_positions_v4+0x18b>
jmp    1290 <filter_positions_v4+0x190>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1139 <filter_positions_v4+0x39>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<filter_positions_v4>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
test   %edx,%edx
jle    119b <filter_positions_v4+0x9b>
mov    0x58(%rsp),%r10
mov    0x50(%rsp),%r11
mov    0x48(%rsp),%r14d
mov    0x40(%rsp),%r15d
add    $0x1,%edx
xor    %eax,%eax
mov    $0x1,%ebp
jmp    1153 <filter_positions_v4+0x53>
add    %r14d,%r12d
movslq %eax,%r13
lea    0x1(%r13),%rax
mov    %r12d,0x4(%r11,%r13,4)
movzbl (%rsi,%rbp,1),%ebx
mov    %bl,0x1(%r10,%r13,1)
add    $0x1,%rbp
cmp    %rbp,%rdx
je     119d <filter_positions_v4+0x9d>
mov    (%rdi,%rbp,4),%ebx
test   %ebx,%ebx
jle    1170 <filter_positions_v4+0x70>
cmp    %ecx,%ebx
jg     114a <filter_positions_v4+0x4a>
lea    (%rbx,%r15,1),%r12d
test   %r9d,%r9d
jne    1132 <filter_positions_v4+0x32>
test   %r8d,%r8d
cmove  %ebx,%r12d
jmp    1135 <filter_positions_v4+0x35>
mov    %ebx,%r12d
neg    %r12d
mov    %r12d,%r13d
sub    %r15d,%r13d
jle    118b <filter_positions_v4+0x8b>
cmp    %r9d,%r13d
jg     114a <filter_positions_v4+0x4a>
mov    %r14d,%r12d
sub    %r13d,%r12d
jmp    1135 <filter_positions_v4+0x35>
cmp    %r8d,%r12d
jg     114a <filter_positions_v4+0x4a>
add    %r15d,%ebx
add    %r14d,%ebx
mov    %ebx,%r12d
jmp    1135 <filter_positions_v4+0x35>
xor    %eax,%eax
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @filter_positions_v4(i32* %0, i8* %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4, i32 %5, i32 %6, i32 %7, i32 %8, i32* %9, i8* %10) {
%12 = alloca i32*
%13 = alloca i8*
%14 = alloca i32
%15 = alloca i32
%16 = alloca i32
%17 = alloca i32
%18 = alloca i32
%19 = alloca i32
%20 = alloca i32
%21 = alloca i32*
%22 = alloca i8*
%23 = alloca i32
%24 = alloca i32
%25 = alloca i32
%26 = alloca i32
store i32* %0, i32** %12
store i8* %1, i8** %13
store i32 %2, i32* %14
store i32 %3, i32* %15
store i32 %4, i32* %16
store i32 %5, i32* %17
store i32 %6, i32* %18
store i32 %7, i32* %19
store i32 %8, i32* %20
store i32* %9, i32** %21
store i8* %10, i8** %22
store i32 0, i32* %25
store i32 1, i32* %23
br label %27
27: ; preds = %149, %11
%28 = load i32, i32* %23
%29 = load i32, i32* %14
%30 = icmp sle i32 %28, %29
br i1 %30, label %31, label %152
31: ; preds = %27
%32 = load i32*, i32** %12
%33 = load i32, i32* %23
%34 = sext i32 %33 to i64
%35 = getelementptr inbounds i32, i32* %32, i64 %34
%36 = load i32, i32* %35
store i32 %36, i32* %26
%37 = load i32, i32* %26
%38 = icmp sgt i32 %37, 0
br i1 %38, label %39, label %87
39: ; preds = %31
%40 = load i32, i32* %26
%41 = load i32, i32* %15
%42 = icmp sle i32 %40, %41
br i1 %42, label %43, label %86
43: ; preds = %39
%44 = load i32, i32* %25
%45 = add nsw i32 %44, 1
store i32 %45, i32* %25
%46 = load i32, i32* %17
%47 = icmp eq i32 %46, 0
br i1 %47, label %48, label %66
48: ; preds = %43
%49 = load i32, i32* %16
%50 = icmp eq i32 %49, 0
br i1 %50, label %51, label %57
51: ; preds = %48
%52 = load i32, i32* %26
%53 = load i32*, i32** %21
%54 = load i32, i32* %25
%55 = sext i32 %54 to i64
%56 = getelementptr inbounds i32, i32* %53, i64 %55
store i32 %52, i32* %56
br label %65
57: ; preds = %48
%58 = load i32, i32* %26
%59 = load i32, i32* %19
%60 = add nsw i32 %58, %59
%61 = load i32*, i32** %21
%62 = load i32, i32* %25
%63 = sext i32 %62 to i64
%64 = getelementptr inbounds i32, i32* %61, i64 %63
store i32 %60, i32* %64
br label %65
65: ; preds = %57, %51
br label %76
66: ; preds = %43
%67 = load i32, i32* %19
%68 = load i32, i32* %20
%69 = add nsw i32 %67, %68
%70 = load i32, i32* %26
%71 = add nsw i32 %69, %70
%72 = load i32*, i32** %21
%73 = load i32, i32* %25
%74 = sext i32 %73 to i64
%75 = getelementptr inbounds i32, i32* %72, i64 %74
store i32 %71, i32* %75
br label %76
76: ; preds = %66, %65
%77 = load i8*, i8** %13
%78 = load i32, i32* %23
%79 = sext i32 %78 to i64
%80 = getelementptr inbounds i8, i8* %77, i64 %79
%81 = load i8, i8* %80
%82 = load i8*, i8** %22
%83 = load i32, i32* %25
%84 = sext i32 %83 to i64
%85 = getelementptr inbounds i8, i8* %82, i64 %84
store i8 %81, i8* %85
br label %86
86: ; preds = %76, %39
br label %148
87: ; preds = %31
%88 = load i32, i32* %26
%89 = sub nsw i32 0, %88
store i32 %89, i32* %26
%90 = load i32, i32* %26
%91 = load i32, i32* %19
%92 = icmp sle i32 %90, %91
br i1 %92, label %93, label %120
93: ; preds = %87
%94 = load i32, i32* %26
%95 = load i32, i32* %16
%96 = icmp sle i32 %94, %95
br i1 %96, label %97, label %119
97: ; preds = %93
%98 = load i32, i32* %19
%99 = load i32, i32* %26
%100 = sub nsw i32 %98, %99
store i32 %100, i32* %26
%101 = load i32, i32* %25
%102 = add nsw i32 %101, 1
store i32 %102, i32* %25
%103 = load i32, i32* %26
%104 = load i32, i32* %20
%105 = add nsw i32 %103, %104
%106 = load i32*, i32** %21
%107 = load i32, i32* %25
%108 = sext i32 %107 to i64
%109 = getelementptr inbounds i32, i32* %106, i64 %108
store i32 %105, i32* %109
%110 = load i8*, i8** %13
%111 = load i32, i32* %23
%112 = sext i32 %111 to i64
%113 = getelementptr inbounds i8, i8* %110, i64 %112
%114 = load i8, i8* %113
%115 = load i8*, i8** %22
%116 = load i32, i32* %25
%117 = sext i32 %116 to i64
%118 = getelementptr inbounds i8, i8* %115, i64 %117
store i8 %114, i8* %118
br label %119
119: ; preds = %97, %93
br label %147
120: ; preds = %87
%121 = load i32, i32* %26
%122 = load i32, i32* %19
%123 = sub nsw i32 %121, %122
store i32 %123, i32* %26
%124 = load i32, i32* %26
%125 = load i32, i32* %17
%126 = icmp sle i32 %124, %125
br i1 %126, label %127, label %146
127: ; preds = %120
%128 = load i32, i32* %25
%129 = add nsw i32 %128, 1
store i32 %129, i32* %25
%130 = load i32, i32* %20
%131 = load i32, i32* %26
%132 = sub nsw i32 %130, %131
%133 = load i32*, i32** %21
%134 = load i32, i32* %25
%135 = sext i32 %134 to i64
%136 = getelementptr inbounds i32, i32* %133, i64 %135
store i32 %132, i32* %136
%137 = load i8*, i8** %13
%138 = load i32, i32* %23
%139 = sext i32 %138 to i64
%140 = getelementptr inbounds i8, i8* %137, i64 %139
%141 = load i8, i8* %140
%142 = load i8*, i8** %22
%143 = load i32, i32* %25
%144 = sext i32 %143 to i64
%145 = getelementptr inbounds i8, i8* %142, i64 %144
store i8 %141, i8* %145
br label %146
146: ; preds = %127, %120
br label %147
147: ; preds = %146, %119
br label %148
148: ; preds = %147, %86
br label %149
149: ; preds = %148
%150 = load i32, i32* %23
%151 = add nsw i32 %150, 1
store i32 %151, i32* %23
br label %27
152: ; preds = %27
%153 = load i32, i32* %25
ret i32 %153
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @filter_positions_v4(i32* nocapture %0, i8* nocapture %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4, i32 %5, i32 %6, i32 %7, i32 %8, i32* nocapture writeonly %9, i8* nocapture writeonly %10) {
%12 = icmp slt i32 %2, 1
br i1 %12, label %57, label %13
13: ; preds = %11
%14 = icmp eq i32 %5, 0
%15 = icmp eq i32 %4, 0
%16 = add nuw i32 %2, 1
%17 = zext i32 %16 to i64
br label %18
18: ; preds = %13, %53
%19 = phi i64 [ 1, %13 ], [ %55, %53 ]
%20 = phi i32 [ 0, %13 ], [ %54, %53 ]
%21 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %19
%22 = load i32, i32* %21
%23 = icmp sgt i32 %22, 0
br i1 %23, label %24, label %32
24: ; preds = %18
%25 = icmp sgt i32 %22, %3
br i1 %25, label %53, label %26
26: ; preds = %24
%27 = add i32 %22, %7
br i1 %14, label %28, label %30
28: ; preds = %26
%29 = select i1 %15, i32 %22, i32 %27
br label %45
30: ; preds = %26
%31 = add i32 %27, %8
br label %45
32: ; preds = %18
%33 = sub nsw i32 0, %22
%34 = icmp sgt i32 %33, %7
br i1 %34, label %40, label %35
35: ; preds = %32
%36 = icmp sgt i32 %33, %4
br i1 %36, label %53, label %37
37: ; preds = %35
%38 = add nsw i32 %22, %7
%39 = add nsw i32 %38, %8
br label %45
40: ; preds = %32
%41 = sub nsw i32 %33, %7
%42 = icmp sgt i32 %41, %5
br i1 %42, label %53, label %43
43: ; preds = %40
%44 = sub nsw i32 %8, %41
br label %45
45: ; preds = %28, %30, %37, %43
%46 = phi i32 [ %39, %37 ], [ %44, %43 ], [ %31, %30 ], [ %29, %28 ]
%47 = add nsw i32 %20, 1
%48 = sext i32 %47 to i64
%49 = getelementptr inbounds i32, i32* %9, i64 %48
store i32 %46, i32* %49
%50 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %19
%51 = load i8, i8* %50
%52 = getelementptr inbounds i8, i8* %10, i64 %48
store i8 %51, i8* %52
br label %53
53: ; preds = %45, %24, %40, %35
%54 = phi i32 [ %20, %24 ], [ %20, %35 ], [ %20, %40 ], [ %47, %45 ]
%55 = add nuw nsw i64 %19, 1
%56 = icmp eq i64 %55, %17
br i1 %56, label %57, label %18
57: ; preds = %53, %11
%58 = phi i32 [ 0, %11 ], [ %54, %53 ]
ret i32 %58
}