#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
scalar_t__ k_match(char *, char *, int, char *, char *, size_t, unsigned short,
                   unsigned short, char);
int compute_ol(char subjectSeq[], char subjectQual[], size_t subjectLen,
               char querySeq[], char queryQual[], size_t queryLen,
               size_t min_olap, unsigned short min_match[(256) + 1],
               unsigned short max_mismatch[(256) + 1], bool check_unique,
               char adj_q_cut) {
  size_t pos;
  int best_hit = (-1);
  int subject_len = subjectLen;
  for (pos = 0; pos < subjectLen - min_olap + 1; pos++) {
    subject_len = subjectLen - pos;
    if (k_match(&(subjectSeq[pos]), &(subjectQual[pos]), subject_len, querySeq,
                queryQual, queryLen,
                min_match[subject_len > queryLen ? queryLen : subject_len],
                max_mismatch[subject_len > queryLen ? queryLen : subject_len],
                adj_q_cut)) {
      if (check_unique && best_hit != (-1)) {
        return (-2);
      }
      if (best_hit == (-1)) {
        if (!check_unique)
          return pos;
        best_hit = pos;
      }
    }
  }
  return best_hit;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<compute_ol>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0xc0,%rsp
mov    0x30(%rbp),%al
mov    0x28(%rbp),%eax
mov    0x20(%rbp),%rax
mov    0x18(%rbp),%rax
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    %rdi,-0x10(%rbp)
mov    %rsi,-0x18(%rbp)
mov    %rdx,-0x20(%rbp)
mov    %rcx,-0x28(%rbp)
mov    %r8,-0x30(%rbp)
mov    %r9,-0x38(%rbp)
movl   $0xffffffff,-0x44(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    %eax,-0x48(%rbp)
movq   $0x0,-0x40(%rbp)
mov    -0x40(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
sub    0x10(%rbp),%rcx
add    $0x1,%rcx
cmp    %rcx,%rax
jae    12ea <compute_ol+0x1da>
mov    -0x20(%rbp),%rax
sub    -0x40(%rbp),%rax
mov    %eax,-0x48(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
add    -0x40(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x80(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rax
add    -0x40(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x78(%rbp)
mov    -0x48(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x6c(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x68(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x60(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x58(%rbp)
mov    0x18(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x50(%rbp)
movslq -0x48(%rbp),%rax
cmp    -0x38(%rbp),%rax
jbe    11db <compute_ol+0xcb>
mov    -0x38(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x88(%rbp)
jmp    11e6 <compute_ol+0xd6>
movslq -0x48(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x88(%rbp)
mov    -0x50(%rbp),%rax
mov    -0x88(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,2),%ax
mov    %ax,-0x92(%rbp)
mov    0x20(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x90(%rbp)
movslq -0x48(%rbp),%rax
cmp    -0x38(%rbp),%rax
jbe    1225 <compute_ol+0x115>
mov    -0x38(%rbp),%rax
mov    %rax,-0xa0(%rbp)
jmp    1230 <compute_ol+0x120>
movslq -0x48(%rbp),%rax
mov    %rax,-0xa0(%rbp)
mov    -0x92(%rbp),%r10w
ff
mov    -0x58(%rbp),%r9
mov    -0x60(%rbp),%r8
mov    -0x68(%rbp),%rcx
mov    -0x6c(%rbp),%edx
mov    -0x78(%rbp),%rsi
mov    -0x80(%rbp),%rdi
mov    -0x90(%rbp),%rax
mov    -0xa0(%rbp),%r11
mov    (%rax,%r11,2),%ax
movzwl %r10w,%r10d
mov    %r10d,(%rsp)
movzwl %ax,%eax
mov    %eax,0x8(%rsp)
movsbl 0x30(%rbp),%eax
mov    %eax,0x10(%rsp)
call   1030 <k_match@plt>
cmp    $0x0,%rax
je     12d4 <compute_ol+0x1c4>
cmpl   $0x0,0x28(%rbp)
je     12a8 <compute_ol+0x198>
cmpl   $0xffffffff,-0x44(%rbp)
je     12a8 <compute_ol+0x198>
movl   $0xfffffffe,-0x4(%rbp)
jmp    12f0 <compute_ol+0x1e0>
cmpl   $0xffffffff,-0x44(%rbp)
jne    12cf <compute_ol+0x1bf>
cmpl   $0x0,0x28(%rbp)
jne    12c8 <compute_ol+0x1b8>
mov    -0x40(%rbp),%rax
mov    %eax,-0x4(%rbp)
jmp    12f0 <compute_ol+0x1e0>
mov    -0x40(%rbp),%rax
mov    %eax,-0x44(%rbp)
jmp    12d4 <compute_ol+0x1c4>
jmp    12d9 <compute_ol+0x1c9>
mov    -0x40(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x40(%rbp)
jmp    115b <compute_ol+0x4b>
mov    -0x44(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x4(%rbp)
mov    -0x4(%rbp),%eax
add    $0xc0,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<compute_ol>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x28,%rsp
mov    %r8,0x20(%rsp)
mov    %rcx,0x18(%rsp)
mov    %rsi,0x10(%rsp)
mov    %rdi,0x8(%rsp)
mov    %rdx,%r13
sub    0x60(%rsp),%r13
inc    %r13
je     121f <compute_ol+0x10f>
mov    %r9,%r12
mov    %rdx,%r15
mov    %rdx,%rbx
shl    $0x20,%rbx
mov    $0xffffffff,%r14d
xor    %ebp,%ebp
movsbl 0x80(%rsp),%eax
mov    %rax,(%rsp)
jmp    1198 <compute_ol+0x88>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
cmp    $0xffffffff,%r14d
je     1210 <compute_ol+0x100>
add    $0x1,%rbp
movabs $0xffffffff00000000,%rax
ff ff ff
add    %rax,%rbx
add    $0xffffffff,%r15d
cmp    %rbp,%r13
je     1232 <compute_ol+0x122>
mov    %rbx,%rax
sar    $0x20,%rax
cmp    %r12,%rax
cmova  %r12,%rax
mov    0x8(%rsp),%rcx
lea    (%rcx,%rbp,1),%rdi
mov    0x10(%rsp),%rcx
lea    (%rcx,%rbp,1),%rsi
mov    0x68(%rsp),%rcx
movzwl (%rcx,%rax,2),%r10d
mov    0x70(%rsp),%rcx
movzwl (%rcx,%rax,2),%eax
sub    $0x8,%rsp
mov    %r15d,%edx
mov    0x20(%rsp),%rcx
mov    0x28(%rsp),%r8
mov    %r12,%r9
push   0x8(%rsp)
push   %rax
push   %r10
call   1030 <k_match@plt>
add    $0x20,%rsp
test   %rax,%rax
je     117a <compute_ol+0x6a>
cmpl   $0x0,0x78(%rsp)
je     1170 <compute_ol+0x60>
cmp    $0xffffffff,%r14d
je     1170 <compute_ol+0x60>
jmp    1227 <compute_ol+0x117>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
cmpl   $0x0,0x78(%rsp)
je     122f <compute_ol+0x11f>
mov    %ebp,%r14d
jmp    117a <compute_ol+0x6a>
mov    $0xffffffff,%r14d
jmp    1232 <compute_ol+0x122>
mov    $0xfffffffe,%r14d
jmp    1232 <compute_ol+0x122>
mov    %ebp,%r14d
mov    %r14d,%eax
add    $0x28,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @compute_ol(i8* %0, i8* %1, i64 %2, i8* %3, i8* %4, i64 %5, i64 %6, i16* %7, i16* %8, i32 %9, i8 signext %10) {
%12 = alloca i32
%13 = alloca i8*
%14 = alloca i8*
%15 = alloca i64
%16 = alloca i8*
%17 = alloca i8*
%18 = alloca i64
%19 = alloca i64
%20 = alloca i16*
%21 = alloca i16*
%22 = alloca i32
%23 = alloca i8
%24 = alloca i64
%25 = alloca i32
%26 = alloca i32
store i8* %0, i8** %13
store i8* %1, i8** %14
store i64 %2, i64* %15
store i8* %3, i8** %16
store i8* %4, i8** %17
store i64 %5, i64* %18
store i64 %6, i64* %19
store i16* %7, i16** %20
store i16* %8, i16** %21
store i32 %9, i32* %22
store i8 %10, i8* %23
store i32 -1, i32* %25
%27 = load i64, i64* %15
%28 = trunc i64 %27 to i32
store i32 %28, i32* %26
store i64 0, i64* %24
br label %29
29: ; preds = %103, %11
%30 = load i64, i64* %24
%31 = load i64, i64* %15
%32 = load i64, i64* %19
%33 = sub i64 %31, %32
%34 = add i64 %33, 1
%35 = icmp ult i64 %30, %34
br i1 %35, label %36, label %106
36: ; preds = %29
%37 = load i64, i64* %15
%38 = load i64, i64* %24
%39 = sub i64 %37, %38
%40 = trunc i64 %39 to i32
store i32 %40, i32* %26
%41 = load i8*, i8** %13
%42 = load i64, i64* %24
%43 = getelementptr inbounds i8, i8* %41, i64 %42
%44 = load i8*, i8** %14
%45 = load i64, i64* %24
%46 = getelementptr inbounds i8, i8* %44, i64 %45
%47 = load i32, i32* %26
%48 = load i8*, i8** %16
%49 = load i8*, i8** %17
%50 = load i64, i64* %18
%51 = load i16*, i16** %20
%52 = load i32, i32* %26
%53 = sext i32 %52 to i64
%54 = load i64, i64* %18
%55 = icmp ugt i64 %53, %54
br i1 %55, label %56, label %58
56: ; preds = %36
%57 = load i64, i64* %18
br label %61
58: ; preds = %36
%59 = load i32, i32* %26
%60 = sext i32 %59 to i64
br label %61
61: ; preds = %58, %56
%62 = phi i64 [ %57, %56 ], [ %60, %58 ]
%63 = getelementptr inbounds i16, i16* %51, i64 %62
%64 = load i16, i16* %63
%65 = load i16*, i16** %21
%66 = load i32, i32* %26
%67 = sext i32 %66 to i64
%68 = load i64, i64* %18
%69 = icmp ugt i64 %67, %68
br i1 %69, label %70, label %72
70: ; preds = %61
%71 = load i64, i64* %18
br label %75
72: ; preds = %61
%73 = load i32, i32* %26
%74 = sext i32 %73 to i64
br label %75
75: ; preds = %72, %70
%76 = phi i64 [ %71, %70 ], [ %74, %72 ]
%77 = getelementptr inbounds i16, i16* %65, i64 %76
%78 = load i16, i16* %77
%79 = load i8, i8* %23
%80 = call i64 @k_match(i8* %43, i8* %46, i32 %47, i8* %48, i8* %49, i64 %50, i16 zeroext %64, i16 zeroext %78, i8 signext %79)
%81 = icmp ne i64 %80, 0
br i1 %81, label %82, label %102
82: ; preds = %75
%83 = load i32, i32* %22
%84 = icmp ne i32 %83, 0
br i1 %84, label %85, label %89
85: ; preds = %82
%86 = load i32, i32* %25
%87 = icmp ne i32 %86, -1
br i1 %87, label %88, label %89
88: ; preds = %85
store i32 -2, i32* %12
br label %108
89: ; preds = %85, %82
%90 = load i32, i32* %25
%91 = icmp eq i32 %90, -1
br i1 %91, label %92, label %101
92: ; preds = %89
%93 = load i32, i32* %22
%94 = icmp ne i32 %93, 0
br i1 %94, label %98, label %95
95: ; preds = %92
%96 = load i64, i64* %24
%97 = trunc i64 %96 to i32
store i32 %97, i32* %12
br label %108
98: ; preds = %92
%99 = load i64, i64* %24
%100 = trunc i64 %99 to i32
store i32 %100, i32* %25
br label %101
101: ; preds = %98, %89
br label %102
102: ; preds = %101, %75
br label %103
103: ; preds = %102
%104 = load i64, i64* %24
%105 = add i64 %104, 1
store i64 %105, i64* %24
br label %29
106: ; preds = %29
%107 = load i32, i32* %25
store i32 %107, i32* %12
br label %108
108: ; preds = %106, %95, %88
%109 = load i32, i32* %12
ret i32 %109
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @compute_ol(i8* %0, i8* %1, i64 %2, i8* %3, i8* %4, i64 %5, i64 %6, i16* nocapture %7, i16* nocapture %8, i32 %9, i8 signext %10) {
%12 = add i64 %2, 1
%13 = sub i64 %12, %6
%14 = icmp eq i64 %13, 0
br i1 %14, label %47, label %15
15: ; preds = %11
%16 = icmp ne i32 %9, 0
br label %17
17: ; preds = %15, %41
%18 = phi i32 [ -1, %15 ], [ %42, %41 ]
%19 = phi i64 [ 0, %15 ], [ %43, %41 ]
%20 = sub i64 %2, %19
%21 = trunc i64 %20 to i32
%22 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %19
%23 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %19
%24 = shl i64 %20, 32
%25 = ashr exact i64 %24, 32
%26 = icmp ugt i64 %25, %5
%27 = select i1 %26, i64 %5, i64 %25
%28 = getelementptr inbounds i16, i16* %7, i64 %27
%29 = load i16, i16* %28
%30 = getelementptr inbounds i16, i16* %8, i64 %27
%31 = load i16, i16* %30
%32 = tail call i64 @k_match(i8* %22, i8* %23, i32 %21, i8* %3, i8* %4, i64 %5, i16 zeroext %29, i16 zeroext %31, i8 signext %10)
%33 = icmp eq i64 %32, 0
br i1 %33, label %41, label %34
34: ; preds = %17
%35 = icmp ne i32 %18, -1
%36 = select i1 %16, i1 %35, i1 false
br i1 %36, label %47, label %37
37: ; preds = %34
%38 = icmp eq i32 %18, -1
br i1 %38, label %39, label %41
39: ; preds = %37
%40 = trunc i64 %19 to i32
br i1 %16, label %41, label %45
41: ; preds = %39, %17, %37
%42 = phi i32 [ %18, %37 ], [ %18, %17 ], [ %40, %39 ]
%43 = add nuw i64 %19, 1
%44 = icmp eq i64 %43, %13
br i1 %44, label %47, label %17
45: ; preds = %39
%46 = trunc i64 %19 to i32
br label %47
47: ; preds = %45, %41, %34, %11
%48 = phi i32 [ -1, %11 ], [ %46, %45 ], [ %42, %41 ], [ -2, %34 ]
ret i32 %48
}