double stddev(double *readMeans, double *readHeights, int size) {
  double sum = 0;
  int counter = 0;
  int i;
  for (i = 0; i < size; i++) {
    if (readMeans[i] != -1) {
      int j;
      for (j = 0; j < readHeights[i]; j++) {
        sum += readMeans[i];
        counter++;
      }
    }
  }
  if (counter == 0)
    return 0;
  double mean = sum / (double)counter;
  sum = 0;
  for (i = 0; i < size; i++) {
    if (readMeans[i] != -1) {
      int j;
      for (j = 0; j < readHeights[i]; j++) {
        sum += pow(((readMeans[i]) - mean), 2);
      }
    }
  }
  return sqrt(sum / counter);
}


x86 assembly (clang, -O0):
<stddev>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x50,%rsp
mov    %rdi,-0x10(%rbp)
mov    %rsi,-0x18(%rbp)
mov    %edx,-0x1c(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jge    11e8 <stddev+0xc8>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
movsd  0xe96(%rip),%xmm1
ucomisd %xmm1,%xmm0
jne    117f <stddev+0x5f>
jp     117f <stddev+0x5f>
jmp    11d5 <stddev+0xb5>
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
cvtsi2sdl -0x34(%rbp),%xmm1
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
ucomisd %xmm1,%xmm0
jbe    11d0 <stddev+0xb0>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
addsd  -0x28(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x28(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    1186 <stddev+0x66>
jmp    11d5 <stddev+0xb5>
jmp    11da <stddev+0xba>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    1149 <stddev+0x29>
cmpl   $0x0,-0x2c(%rbp)
jne    11ff <stddev+0xdf>
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x8(%rbp)
jmp    12e1 <stddev+0x1c1>
movsd  -0x28(%rbp),%xmm0
cvtsi2sdl -0x2c(%rbp),%xmm1
divsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x40(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jge    12c9 <stddev+0x1a9>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
movsd  0xdbe(%rip),%xmm1
ucomisd %xmm1,%xmm0
jne    1257 <stddev+0x137>
jp     1257 <stddev+0x137>
jmp    12b6 <stddev+0x196>
movl   $0x0,-0x44(%rbp)
cvtsi2sdl -0x44(%rbp),%xmm1
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
ucomisd %xmm1,%xmm0
jbe    12b1 <stddev+0x191>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
subsd  -0x40(%rbp),%xmm0
movsd  0xd74(%rip),%xmm1
call   1030 <pow@plt>
addsd  -0x28(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x28(%rbp)
mov    -0x44(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x44(%rbp)
jmp    125e <stddev+0x13e>
jmp    12b6 <stddev+0x196>
jmp    12bb <stddev+0x19b>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    1221 <stddev+0x101>
movsd  -0x28(%rbp),%xmm0
cvtsi2sdl -0x2c(%rbp),%xmm1
divsd  %xmm1,%xmm0
call   1040 <sqrt@plt>
movsd  %xmm0,-0x8(%rbp)
movsd  -0x8(%rbp),%xmm0
add    $0x50,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<stddev>:
test   %edx,%edx
jle    1206 <stddev+0xf6>
mov    %edx,%r9d
xorpd  %xmm0,%xmm0
xor    %ecx,%ecx
movsd  0xed7(%rip),%xmm1
xor    %r8d,%r8d
xorpd  %xmm2,%xmm2
jmp    1149 <stddev+0x39>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
add    $0x1,%rcx
cmp    %r9,%rcx
je     118d <stddev+0x7d>
movsd  (%rdi,%rcx,8),%xmm3
ucomisd %xmm1,%xmm3
jne    1156 <stddev+0x46>
jnp    1140 <stddev+0x30>
movsd  (%rsi,%rcx,8),%xmm4
ucomisd %xmm0,%xmm4
jbe    1140 <stddev+0x30>
mov    $0x1,%eax
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xorps  %xmm5,%xmm5
cvtsi2sd %eax,%xmm5
addsd  %xmm3,%xmm2
add    $0x1,%eax
ucomisd %xmm5,%xmm4
ja     1170 <stddev+0x60>
add    %eax,%r8d
add    $0xffffffff,%r8d
jmp    1140 <stddev+0x30>
test   %r8d,%r8d
je     1206 <stddev+0xf6>
xorps  %xmm3,%xmm3
cvtsi2sd %r8d,%xmm3
xorpd  %xmm8,%xmm8
xorpd  %xmm0,%xmm0
test   %edx,%edx
jle    120b <stddev+0xfb>
divsd  %xmm3,%xmm2
xorpd  %xmm5,%xmm5
xor    %ecx,%ecx
xorpd  %xmm0,%xmm0
jmp    11c9 <stddev+0xb9>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%rcx
cmp    %r9,%rcx
je     120b <stddev+0xfb>
movsd  (%rdi,%rcx,8),%xmm6
ucomisd %xmm1,%xmm6
jne    11d6 <stddev+0xc6>
jnp    11c0 <stddev+0xb0>
movsd  (%rsi,%rcx,8),%xmm7
ucomisd %xmm5,%xmm7
jbe    11c0 <stddev+0xb0>
subsd  %xmm2,%xmm6
mulsd  %xmm6,%xmm6
mov    $0x1,%eax
xchg   %ax,%ax
xorps  %xmm4,%xmm4
cvtsi2sd %eax,%xmm4
addsd  %xmm6,%xmm0
add    $0x1,%eax
ucomisd %xmm4,%xmm7
ja     11f0 <stddev+0xe0>
jmp    11c0 <stddev+0xb0>
xorpd  %xmm0,%xmm0
ret
divsd  %xmm3,%xmm0
ucomisd %xmm8,%xmm0
jb     121b <stddev+0x10b>
sqrtsd %xmm0,%xmm0
ret
jmp    1030 <sqrt@plt>

LLVM IR (-O0):
define double @stddev(double* %0, double* %1, i32 %2) {
%4 = alloca double
%5 = alloca double*
%6 = alloca double*
%7 = alloca i32
%8 = alloca double
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca double
%13 = alloca i32
store double* %0, double** %5
store double* %1, double** %6
store i32 %2, i32* %7
store double 0.000000e+00, double* %8
store i32 0, i32* %9
store i32 0, i32* %10
br label %14
14: ; preds = %50, %3
%15 = load i32, i32* %10
%16 = load i32, i32* %7
%17 = icmp slt i32 %15, %16
br i1 %17, label %18, label %53
18: ; preds = %14
%19 = load double*, double** %5
%20 = load i32, i32* %10
%21 = sext i32 %20 to i64
%22 = getelementptr inbounds double, double* %19, i64 %21
%23 = load double, double* %22
%24 = fcmp une double %23, -1.000000e+00
br i1 %24, label %25, label %49
25: ; preds = %18
store i32 0, i32* %11
br label %26
26: ; preds = %45, %25
%27 = load i32, i32* %11
%28 = sitofp i32 %27 to double
%29 = load double*, double** %6
%30 = load i32, i32* %10
%31 = sext i32 %30 to i64
%32 = getelementptr inbounds double, double* %29, i64 %31
%33 = load double, double* %32
%34 = fcmp olt double %28, %33
br i1 %34, label %35, label %48
35: ; preds = %26
%36 = load double*, double** %5
%37 = load i32, i32* %10
%38 = sext i32 %37 to i64
%39 = getelementptr inbounds double, double* %36, i64 %38
%40 = load double, double* %39
%41 = load double, double* %8
%42 = fadd double %41, %40
store double %42, double* %8
%43 = load i32, i32* %9
%44 = add nsw i32 %43, 1
store i32 %44, i32* %9
br label %45
45: ; preds = %35
%46 = load i32, i32* %11
%47 = add nsw i32 %46, 1
store i32 %47, i32* %11
br label %26
48: ; preds = %26
br label %49
49: ; preds = %48, %18
br label %50
50: ; preds = %49
%51 = load i32, i32* %10
%52 = add nsw i32 %51, 1
store i32 %52, i32* %10
br label %14
53: ; preds = %14
%54 = load i32, i32* %9
%55 = icmp eq i32 %54, 0
br i1 %55, label %56, label %57
56: ; preds = %53
store double 0.000000e+00, double* %4
br label %108
57: ; preds = %53
%58 = load double, double* %8
%59 = load i32, i32* %9
%60 = sitofp i32 %59 to double
%61 = fdiv double %58, %60
store double %61, double* %12
store double 0.000000e+00, double* %8
store i32 0, i32* %10
br label %62
62: ; preds = %99, %57
%63 = load i32, i32* %10
%64 = load i32, i32* %7
%65 = icmp slt i32 %63, %64
br i1 %65, label %66, label %102
66: ; preds = %62
%67 = load double*, double** %5
%68 = load i32, i32* %10
%69 = sext i32 %68 to i64
%70 = getelementptr inbounds double, double* %67, i64 %69
%71 = load double, double* %70
%72 = fcmp une double %71, -1.000000e+00
br i1 %72, label %73, label %98
73: ; preds = %66
store i32 0, i32* %13
br label %74
74: ; preds = %94, %73
%75 = load i32, i32* %13
%76 = sitofp i32 %75 to double
%77 = load double*, double** %6
%78 = load i32, i32* %10
%79 = sext i32 %78 to i64
%80 = getelementptr inbounds double, double* %77, i64 %79
%81 = load double, double* %80
%82 = fcmp olt double %76, %81
br i1 %82, label %83, label %97
83: ; preds = %74
%84 = load double*, double** %5
%85 = load i32, i32* %10
%86 = sext i32 %85 to i64
%87 = getelementptr inbounds double, double* %84, i64 %86
%88 = load double, double* %87
%89 = load double, double* %12
%90 = fsub double %88, %89
%91 = call double @pow(double %90, double 2.000000e+00)
%92 = load double, double* %8
%93 = fadd double %92, %91
store double %93, double* %8
br label %94
94: ; preds = %83
%95 = load i32, i32* %13
%96 = add nsw i32 %95, 1
store i32 %96, i32* %13
br label %74
97: ; preds = %74
br label %98
98: ; preds = %97, %66
br label %99
99: ; preds = %98
%100 = load i32, i32* %10
%101 = add nsw i32 %100, 1
store i32 %101, i32* %10
br label %62
102: ; preds = %62
%103 = load double, double* %8
%104 = load i32, i32* %9
%105 = sitofp i32 %104 to double
%106 = fdiv double %103, %105
%107 = call double @sqrt(double %106)
store double %107, double* %4
br label %108
108: ; preds = %102, %56
%109 = load double, double* %4
ret double %109
}

LLVM IR (-O2):
define double @stddev(double* nocapture %0, double* nocapture %1, i32 %2) {
%4 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %4, label %5, label %67
5: ; preds = %3
%6 = zext i32 %2 to i64
br label %7
7: ; preds = %5, %27
%8 = phi i64 [ 0, %5 ], [ %30, %27 ]
%9 = phi i32 [ 0, %5 ], [ %29, %27 ]
%10 = phi double [ 0.000000e+00, %5 ], [ %28, %27 ]
%11 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %8
%12 = load double, double* %11
%13 = fcmp une double %12, -1.000000e+00
br i1 %13, label %14, label %27
14: ; preds = %7
%15 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %8
%16 = load double, double* %15
%17 = fcmp ogt double %16, 0.000000e+00
br i1 %17, label %18, label %27
18: ; preds = %14, %18
%19 = phi i32 [ %24, %18 ], [ 0, %14 ]
%20 = phi i32 [ %23, %18 ], [ %9, %14 ]
%21 = phi double [ %22, %18 ], [ %10, %14 ]
%22 = fadd double %12, %21
%23 = add nsw i32 %20, 1
%24 = add nuw nsw i32 %19, 1
%25 = sitofp i32 %24 to double
%26 = fcmp ogt double %16, %25
br i1 %26, label %18, label %27
27: ; preds = %18, %14, %7
%28 = phi double [ %10, %7 ], [ %10, %14 ], [ %22, %18 ]
%29 = phi i32 [ %9, %7 ], [ %9, %14 ], [ %23, %18 ]
%30 = add nuw nsw i64 %8, 1
%31 = icmp eq i64 %30, %6
br i1 %31, label %32, label %7
32: ; preds = %27
%33 = icmp eq i32 %29, 0
br i1 %33, label %67, label %34
34: ; preds = %32
%35 = sitofp i32 %29 to double
%36 = fdiv double %28, %35
br i1 %4, label %37, label %63
37: ; preds = %34
%38 = zext i32 %2 to i64
br label %39
39: ; preds = %37, %59
%40 = phi i64 [ 0, %37 ], [ %61, %59 ]
%41 = phi double [ 0.000000e+00, %37 ], [ %60, %59 ]
%42 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %40
%43 = load double, double* %42
%44 = fcmp une double %43, -1.000000e+00
br i1 %44, label %45, label %59
45: ; preds = %39
%46 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %40
%47 = load double, double* %46
%48 = fcmp ogt double %47, 0.000000e+00
br i1 %48, label %49, label %59
49: ; preds = %45
%50 = fsub double %43, %36
%51 = fmul double %50, %50
br label %52
52: ; preds = %49, %52
%53 = phi i32 [ 0, %49 ], [ %56, %52 ]
%54 = phi double [ %41, %49 ], [ %55, %52 ]
%55 = fadd double %51, %54
%56 = add nuw nsw i32 %53, 1
%57 = sitofp i32 %56 to double
%58 = fcmp ogt double %47, %57
br i1 %58, label %52, label %59
59: ; preds = %52, %45, %39
%60 = phi double [ %41, %39 ], [ %41, %45 ], [ %55, %52 ]
%61 = add nuw nsw i64 %40, 1
%62 = icmp eq i64 %61, %38
br i1 %62, label %63, label %39
63: ; preds = %59, %34
%64 = phi double [ 0.000000e+00, %34 ], [ %60, %59 ]
%65 = fdiv double %64, %35
%66 = tail call double @sqrt(double %65)
br label %67
67: ; preds = %3, %32, %63
%68 = phi double [ %66, %63 ], [ 0.000000e+00, %32 ], [ 0.000000e+00, %3 ]
ret double %68
}