int ss_minHammingThreshold(const char *s1, const char *s2, int len1, int len2,
                           int threshold) {
  const int num_positions = len2 - len1 + 1;
  char *s1_ptr;
  char *s2_ptr;
  char *s2_start_ptr = (char *)s2;
  int min_hd = 100000;
  int current_hd;
  int i = 0;
  while (i++ < num_positions) {
    s1_ptr = (char *)s1;
    s2_ptr = s2_start_ptr++;
    current_hd = 0;
    const char *s2_ptr_lim = s2_ptr + len1;
    while (s2_ptr < s2_ptr_lim) {
      if (*s1_ptr++ != *s2_ptr++) {
        current_hd++;
      }
    }
    if (current_hd < min_hd) {
      min_hd = current_hd;
      if (threshold > min_hd) {
        goto mht_finish;
      }
    }
  }
mht_finish:
  return min_hd;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<ss_minHammingThreshold>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %ecx,-0x18(%rbp)
mov    %r8d,-0x1c(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
sub    -0x14(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x38(%rbp)
movl   $0x186a0,-0x3c(%rbp)
movl   $0x0,-0x44(%rbp)
mov    -0x44(%rbp),%eax
mov    %eax,%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    %ecx,-0x44(%rbp)
cmp    -0x20(%rbp),%eax
jge    11f2 <ss_minHammingThreshold+0xf2>
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x28(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%rax
mov    %rax,%rcx
add    $0x1,%rcx
mov    %rcx,-0x38(%rbp)
mov    %rax,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x40(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
add    %rcx,%rax
mov    %rax,-0x50(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%rax
cmp    -0x50(%rbp),%rax
jae    11c5 <ss_minHammingThreshold+0xc5>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    %rax,%rcx
add    $0x1,%rcx
mov    %rcx,-0x28(%rbp)
movsbl (%rax),%eax
mov    -0x30(%rbp),%rcx
mov    %rcx,%rdx
add    $0x1,%rdx
mov    %rdx,-0x30(%rbp)
movsbl (%rcx),%ecx
cmp    %ecx,%eax
je     11c0 <ss_minHammingThreshold+0xc0>
mov    -0x40(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x40(%rbp)
jmp    117d <ss_minHammingThreshold+0x7d>
mov    -0x40(%rbp),%eax
cmp    -0x3c(%rbp),%eax
jge    11ed <ss_minHammingThreshold+0xed>
mov    -0x40(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0x3c(%rbp),%eax
jle    11e8 <ss_minHammingThreshold+0xe8>
jmp    11f7 <ss_minHammingThreshold+0xf7>
jmp    11ed <ss_minHammingThreshold+0xed>
jmp    1138 <ss_minHammingThreshold+0x38>
jmp    11f7 <ss_minHammingThreshold+0xf7>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<ss_minHammingThreshold>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
mov    %r8d,-0x2c(%rsp)
mov    %ecx,%r10d
mov    %rsi,-0x20(%rsp)
mov    $0x186a0,%eax
sub    %edx,%r10d
jl     13ba <ss_minHammingThreshold+0x2ba>
mov    %rdi,%r11
movslq %edx,%rax
add    $0x2,%r10d
mov    %rax,-0x18(%rsp)
mov    -0x20(%rsp),%r15
lea    (%r15,%rax,1),%r14
lea    0x1(%r15),%rcx
mov    $0xfffffffffffffff8,%rsi
sub    %r15,%rsi
mov    $0x186a0,%ebp
mov    $0x1,%edi
xor    %r12d,%r12d
pcmpeqd %xmm0,%xmm0
movdqa 0xe9c(%rip),%xmm1
mov    %rcx,-0x10(%rsp)
mov    %r14,-0x8(%rsp)
mov    %r10d,-0x30(%rsp)
mov    %edx,-0x34(%rsp)
jmp    11a2 <ss_minHammingThreshold+0xa2>
nopl   0x0(%rax)
add    $0x1,%r15
add    $0x1,%edi
add    $0x1,%r12
add    $0x1,%r14
add    $0x1,%rcx
add    $0xffffffffffffffff,%rsi
mov    %ebp,%eax
cmp    %r10d,%edi
je     13ba <ss_minHammingThreshold+0x2ba>
mov    %ebp,-0x28(%rsp)
mov    %edi,-0x24(%rsp)
cmp    %rcx,%r14
mov    %rcx,%r13
cmova  %r14,%r13
mov    -0x8(%rsp),%rax
add    %r12,%rax
mov    -0x10(%rsp),%rdi
lea    (%rdi,%r12,1),%r9
cmp    %r9,%rax
cmova  %rax,%r9
mov    $0x0,%eax
test   %edx,%edx
jle    139e <ss_minHammingThreshold+0x29e>
mov    -0x20(%rsp),%rax
add    %r12,%rax
sub    %rax,%r9
xor    %eax,%eax
mov    %r15,%rdi
mov    %r11,%r8
cmp    $0x8,%r9
jb     1373 <ss_minHammingThreshold+0x273>
lea    -0x8(%r9),%rdx
mov    %rdx,%rax
shr    $0x3,%rax
add    $0x1,%rax
cmp    $0x8,%rdx
jae    121b <ss_minHammingThreshold+0x11b>
pxor   %xmm2,%xmm2
xor    %r10d,%r10d
pxor   %xmm3,%xmm3
jmp    12e4 <ss_minHammingThreshold+0x1e4>
add    %rsi,%r13
shr    $0x3,%r13
add    $0x1,%r13
and    $0xfffffffffffffffe,%r13
pxor   %xmm2,%xmm2
xor    %r10d,%r10d
pxor   %xmm3,%xmm3
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
movd   (%r11,%r10,1),%xmm4
movd   0x4(%r11,%r10,1),%xmm6
movd   (%r15,%r10,1),%xmm5
pcmpeqb %xmm4,%xmm5
movd   0x4(%r15,%r10,1),%xmm4
pcmpeqb %xmm6,%xmm4
pxor   %xmm0,%xmm5
punpcklbw %xmm5,%xmm5
punpcklwd %xmm5,%xmm5
pand   %xmm1,%xmm5
paddd  %xmm2,%xmm5
pxor   %xmm0,%xmm4
punpcklbw %xmm4,%xmm4
punpcklwd %xmm4,%xmm4
pand   %xmm1,%xmm4
paddd  %xmm3,%xmm4
movd   0x8(%r11,%r10,1),%xmm3
movd   0xc(%r11,%r10,1),%xmm6
movd   0x8(%r15,%r10,1),%xmm2
pcmpeqb %xmm3,%xmm2
movd   0xc(%r15,%r10,1),%xmm3
pcmpeqb %xmm6,%xmm3
pxor   %xmm0,%xmm2
punpcklbw %xmm2,%xmm2
punpcklwd %xmm2,%xmm2
pand   %xmm1,%xmm2
paddd  %xmm5,%xmm2
pxor   %xmm0,%xmm3
punpcklbw %xmm3,%xmm3
punpcklwd %xmm3,%xmm3
pand   %xmm1,%xmm3
paddd  %xmm4,%xmm3
add    $0x10,%r10
add    $0xfffffffffffffffe,%r13
jne    1240 <ss_minHammingThreshold+0x140>
mov    %r9,%r8
and    $0xfffffffffffffff8,%r8
test   $0x1,%al
je     1339 <ss_minHammingThreshold+0x239>
movd   (%r11,%r10,1),%xmm4
movd   0x4(%r11,%r10,1),%xmm5
movd   (%r15,%r10,1),%xmm6
pcmpeqb %xmm4,%xmm6
movd   0x4(%r15,%r10,1),%xmm4
pcmpeqb %xmm5,%xmm4
pxor   %xmm0,%xmm6
punpcklbw %xmm6,%xmm6
punpcklwd %xmm6,%xmm6
pand   %xmm1,%xmm6
paddd  %xmm6,%xmm2
pxor   %xmm0,%xmm4
punpcklbw %xmm4,%xmm4
punpcklwd %xmm4,%xmm4
pand   %xmm1,%xmm4
paddd  %xmm4,%xmm3
paddd  %xmm3,%xmm2
pshufd $0xee,%xmm2,%xmm3
paddd  %xmm2,%xmm3
pshufd $0x55,%xmm3,%xmm2
paddd  %xmm3,%xmm2
movd   %xmm2,%eax
cmp    %r8,%r9
jne    1363 <ss_minHammingThreshold+0x263>
mov    -0x30(%rsp),%r10d
mov    -0x34(%rsp),%edx
jmp    139e <ss_minHammingThreshold+0x29e>
lea    (%r15,%r8,1),%rdi
add    %r11,%r8
mov    -0x30(%rsp),%r10d
mov    -0x34(%rsp),%edx
mov    -0x18(%rsp),%rbp
lea    (%r15,%rbp,1),%r9
nopl   0x0(%rax)
movzbl (%r8),%ebx
add    $0x1,%r8
xor    %ebp,%ebp
cmp    (%rdi),%bl
lea    0x1(%rdi),%rbx
setne  %bpl
add    %ebp,%eax
mov    %rbx,%rdi
cmp    %r9,%rbx
jb     1380 <ss_minHammingThreshold+0x280>
mov    -0x28(%rsp),%ebp
cmp    %ebp,%eax
mov    -0x24(%rsp),%edi
jge    1180 <ss_minHammingThreshold+0x80>
mov    %eax,%ebp
cmp    -0x2c(%rsp),%eax
jge    1180 <ss_minHammingThreshold+0x80>
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @ss_minHammingThreshold(i8* %0, i8* %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4) {
%6 = alloca i8*
%7 = alloca i8*
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i8*
%13 = alloca i8*
%14 = alloca i8*
%15 = alloca i32
%16 = alloca i32
%17 = alloca i32
%18 = alloca i8*
store i8* %0, i8** %6
store i8* %1, i8** %7
store i32 %2, i32* %8
store i32 %3, i32* %9
store i32 %4, i32* %10
%19 = load i32, i32* %9
%20 = load i32, i32* %8
%21 = sub nsw i32 %19, %20
%22 = add nsw i32 %21, 1
store i32 %22, i32* %11
%23 = load i8*, i8** %7
store i8* %23, i8** %14
store i32 100000, i32* %15
store i32 0, i32* %17
br label %24
24: ; preds = %66, %5
%25 = load i32, i32* %17
%26 = add nsw i32 %25, 1
store i32 %26, i32* %17
%27 = load i32, i32* %11
%28 = icmp slt i32 %25, %27
br i1 %28, label %29, label %67
29: ; preds = %24
%30 = load i8*, i8** %6
store i8* %30, i8** %12
%31 = load i8*, i8** %14
%32 = getelementptr inbounds i8, i8* %31, i32 1
store i8* %32, i8** %14
store i8* %31, i8** %13
store i32 0, i32* %16
%33 = load i8*, i8** %13
%34 = load i32, i32* %8
%35 = sext i32 %34 to i64
%36 = getelementptr inbounds i8, i8* %33, i64 %35
store i8* %36, i8** %18
br label %37
37: ; preds = %54, %29
%38 = load i8*, i8** %13
%39 = load i8*, i8** %18
%40 = icmp ult i8* %38, %39
br i1 %40, label %41, label %55
41: ; preds = %37
%42 = load i8*, i8** %12
%43 = getelementptr inbounds i8, i8* %42, i32 1
store i8* %43, i8** %12
%44 = load i8, i8* %42
%45 = sext i8 %44 to i32
%46 = load i8*, i8** %13
%47 = getelementptr inbounds i8, i8* %46, i32 1
store i8* %47, i8** %13
%48 = load i8, i8* %46
%49 = sext i8 %48 to i32
%50 = icmp ne i32 %45, %49
br i1 %50, label %51, label %54
51: ; preds = %41
%52 = load i32, i32* %16
%53 = add nsw i32 %52, 1
store i32 %53, i32* %16
br label %54
54: ; preds = %51, %41
br label %37
55: ; preds = %37
%56 = load i32, i32* %16
%57 = load i32, i32* %15
%58 = icmp slt i32 %56, %57
br i1 %58, label %59, label %66
59: ; preds = %55
%60 = load i32, i32* %16
store i32 %60, i32* %15
%61 = load i32, i32* %10
%62 = load i32, i32* %15
%63 = icmp sgt i32 %61, %62
br i1 %63, label %64, label %65
64: ; preds = %59
br label %68
65: ; preds = %59
br label %66
66: ; preds = %65, %55
br label %24
67: ; preds = %24
br label %68
68: ; preds = %67, %64
%69 = load i32, i32* %15
ret i32 %69
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @ss_minHammingThreshold(i8* nocapture %0, i8* %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4) {
%6 = ptrtoint i8* %1 to i64
%7 = icmp slt i32 %3, %2
br i1 %7, label %148, label %8
8: ; preds = %5
%9 = sext i32 %2 to i64
%10 = add i32 %3, 2
%11 = sub i32 %10, %2
%12 = icmp sgt i32 %2, 0
%13 = add i64 %6, %9
%14 = add i64 %6, 1
br label %15
15: ; preds = %8, %143
%16 = phi i64 [ 0, %8 ], [ %147, %143 ]
%17 = phi i32 [ 1, %8 ], [ %145, %143 ]
%18 = phi i32 [ 100000, %8 ], [ %144, %143 ]
%19 = phi i8* [ %1, %8 ], [ %33, %143 ]
%20 = add i64 %13, %16
%21 = add i64 %14, %16
%22 = call i64 @llvm.umax.i64(i64 %20, i64 %21)
%23 = add i64 %16, %6
%24 = sub i64 %22, %23
%25 = add i64 %24, -8
%26 = lshr i64 %25, 3
%27 = add nuw nsw i64 %26, 1
%28 = add i64 %13, %16
%29 = add i64 %14, %16
%30 = call i64 @llvm.umax.i64(i64 %28, i64 %29)
%31 = add i64 %16, %6
%32 = sub i64 %30, %31
%33 = getelementptr inbounds i8, i8* %19, i64 1
%34 = getelementptr inbounds i8, i8* %19, i64 %9
br i1 %12, label %35, label %138
35: ; preds = %15
%36 = icmp ult i64 %32, 8
br i1 %36, label %122, label %37
37: ; preds = %35
%38 = and i64 %32, -8
%39 = getelementptr i8, i8* %19, i64 %38
%40 = getelementptr i8, i8* %0, i64 %38
%41 = and i64 %27, 1
%42 = icmp ult i64 %25, 8
br i1 %42, label %90, label %43
43: ; preds = %37
%44 = and i64 %27, 4611686018427387902
br label %45
45: ; preds = %45, %43
%46 = phi i64 [ 0, %43 ], [ %87, %45 ]
%47 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %43 ], [ %85, %45 ]
%48 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %43 ], [ %86, %45 ]
%49 = phi i64 [ 0, %43 ], [ %88, %45 ]
%50 = getelementptr i8, i8* %19, i64 %46
%51 = getelementptr i8, i8* %0, i64 %46
%52 = bitcast i8* %51 to <4 x i8>*
%53 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %52
%54 = getelementptr i8, i8* %51, i64 4
%55 = bitcast i8* %54 to <4 x i8>*
%56 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %55
%57 = bitcast i8* %50 to <4 x i8>*
%58 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %57
%59 = getelementptr i8, i8* %50, i64 4
%60 = bitcast i8* %59 to <4 x i8>*
%61 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %60
%62 = icmp ne <4 x i8> %53, %58
%63 = icmp ne <4 x i8> %56, %61
%64 = zext <4 x i1> %62 to <4 x i32>
%65 = zext <4 x i1> %63 to <4 x i32>
%66 = add <4 x i32> %47, %64
%67 = add <4 x i32> %48, %65
%68 = or i64 %46, 8
%69 = getelementptr i8, i8* %19, i64 %68
%70 = getelementptr i8, i8* %0, i64 %68
%71 = bitcast i8* %70 to <4 x i8>*
%72 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %71
%73 = getelementptr i8, i8* %70, i64 4
%74 = bitcast i8* %73 to <4 x i8>*
%75 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %74
%76 = bitcast i8* %69 to <4 x i8>*
%77 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %76
%78 = getelementptr i8, i8* %69, i64 4
%79 = bitcast i8* %78 to <4 x i8>*
%80 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %79
%81 = icmp ne <4 x i8> %72, %77
%82 = icmp ne <4 x i8> %75, %80
%83 = zext <4 x i1> %81 to <4 x i32>
%84 = zext <4 x i1> %82 to <4 x i32>
%85 = add <4 x i32> %66, %83
%86 = add <4 x i32> %67, %84
%87 = add nuw i64 %46, 16
%88 = add i64 %49, 2
%89 = icmp eq i64 %88, %44
br i1 %89, label %90, label %45
90: ; preds = %45, %37
%91 = phi <4 x i32> [ undef, %37 ], [ %85, %45 ]
%92 = phi <4 x i32> [ undef, %37 ], [ %86, %45 ]
%93 = phi i64 [ 0, %37 ], [ %87, %45 ]
%94 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %37 ], [ %85, %45 ]
%95 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %37 ], [ %86, %45 ]
%96 = icmp eq i64 %41, 0
br i1 %96, label %116, label %97
97: ; preds = %90
%98 = getelementptr i8, i8* %19, i64 %93
%99 = getelementptr i8, i8* %0, i64 %93
%100 = bitcast i8* %99 to <4 x i8>*
%101 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %100
%102 = getelementptr i8, i8* %99, i64 4
%103 = bitcast i8* %102 to <4 x i8>*
%104 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %103
%105 = bitcast i8* %98 to <4 x i8>*
%106 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %105
%107 = getelementptr i8, i8* %98, i64 4
%108 = bitcast i8* %107 to <4 x i8>*
%109 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %108
%110 = icmp ne <4 x i8> %101, %106
%111 = icmp ne <4 x i8> %104, %109
%112 = zext <4 x i1> %110 to <4 x i32>
%113 = zext <4 x i1> %111 to <4 x i32>
%114 = add <4 x i32> %94, %112
%115 = add <4 x i32> %95, %113
br label %116
116: ; preds = %90, %97
%117 = phi <4 x i32> [ %91, %90 ], [ %114, %97 ]
%118 = phi <4 x i32> [ %92, %90 ], [ %115, %97 ]
%119 = add <4 x i32> %118, %117
%120 = call i32 @llvm.vector.reduce.add.v4i32(<4 x i32> %119)
%121 = icmp eq i64 %32, %38
br i1 %121, label %138, label %122
122: ; preds = %35, %116
%123 = phi i32 [ 0, %35 ], [ %120, %116 ]
%124 = phi i8* [ %19, %35 ], [ %39, %116 ]
%125 = phi i8* [ %0, %35 ], [ %40, %116 ]
br label %126
126: ; preds = %122, %126
%127 = phi i32 [ %136, %126 ], [ %123, %122 ]
%128 = phi i8* [ %132, %126 ], [ %124, %122 ]
%129 = phi i8* [ %130, %126 ], [ %125, %122 ]
%130 = getelementptr inbounds i8, i8* %129, i64 1
%131 = load i8, i8* %129
%132 = getelementptr inbounds i8, i8* %128, i64 1
%133 = load i8, i8* %128
%134 = icmp ne i8 %131, %133
%135 = zext i1 %134 to i32
%136 = add nuw nsw i32 %127, %135
%137 = icmp ult i8* %132, %34
br i1 %137, label %126, label %138
138: ; preds = %126, %116, %15
%139 = phi i32 [ 0, %15 ], [ %120, %116 ], [ %136, %126 ]
%140 = icmp slt i32 %139, %18
br i1 %140, label %141, label %143
141: ; preds = %138
%142 = icmp slt i32 %139, %4
br i1 %142, label %148, label %143
143: ; preds = %138, %141
%144 = phi i32 [ %139, %141 ], [ %18, %138 ]
%145 = add nuw i32 %17, 1
%146 = icmp eq i32 %145, %11
%147 = add i64 %16, 1
br i1 %146, label %148, label %15
148: ; preds = %143, %141, %5
%149 = phi i32 [ 100000, %5 ], [ %139, %141 ], [ %144, %143 ]
ret i32 %149
}