float get_distance_from_pairwise_alignment(int *path, int *seq1, int *seq2) {
  float dist = 0;
  int i, j, c;
  int pairs = 0;
  int identical = 0;
  i = 0;
  j = 0;
  c = 1;
  while (path[c] != 3) {
    if (!path[c]) {
      if (seq1[i] == seq2[j]) {
        identical++;
      }
      pairs++;
      i++;
      j++;
    }
    if (path[c] & 1) {
      j++;
    }
    if (path[c] & 2) {
      i++;
    }
    c++;
  }
  dist = (float)identical / (float)pairs * 100;
  return dist;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<get_distance_from_pairwise_alignment>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movss  %xmm0,-0x1c(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
movl   $0x1,-0x28(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
cmpl   $0x3,(%rax,%rcx,4)
je     11ed <get_distance_from_pairwise_alignment+0xed>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jne    119f <get_distance_from_pairwise_alignment+0x9f>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
movslq -0x24(%rbp),%rdx
cmp    (%rcx,%rdx,4),%eax
jne    1184 <get_distance_from_pairwise_alignment+0x84>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
and    $0x1,%eax
cmp    $0x0,%eax
je     11bf <get_distance_from_pairwise_alignment+0xbf>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
and    $0x2,%eax
cmp    $0x0,%eax
je     11df <get_distance_from_pairwise_alignment+0xdf>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    113b <get_distance_from_pairwise_alignment+0x3b>
cvtsi2ssl -0x30(%rbp),%xmm0
cvtsi2ssl -0x2c(%rbp),%xmm1
divss  %xmm1,%xmm0
movss  0xdfd(%rip),%xmm1
mulss  %xmm1,%xmm0
movss  %xmm0,-0x1c(%rbp)
movss  -0x1c(%rbp),%xmm0
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<get_distance_from_pairwise_alignment>:
add    $0x4,%rdi
xorps  %xmm0,%xmm0
xor    %r8d,%r8d
movaps 0xeef(%rip),%xmm1
xor    %r10d,%r10d
jmp    115e <get_distance_from_pairwise_alignment+0x5e>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
movslq %r8d,%r8
mov    (%rsi,%r8,4),%r9d
movslq %r10d,%r10
xor    %ecx,%ecx
cmp    (%rdx,%r10,4),%r9d
sete   %cl
movd   %ecx,%xmm2
movaps %xmm1,%xmm3
movss  %xmm2,%xmm3
paddd  %xmm3,%xmm0
add    $0x1,%r8d
add    $0x1,%r10d
mov    %eax,%ecx
and    $0x1,%ecx
add    %ecx,%r10d
shr    %eax
and    $0x1,%eax
add    %eax,%r8d
add    $0x4,%rdi
mov    (%rdi),%eax
test   %eax,%eax
je     1120 <get_distance_from_pairwise_alignment+0x20>
cmp    $0x3,%eax
jne    114a <get_distance_from_pairwise_alignment+0x4a>
cvtdq2ps %xmm0,%xmm0
movaps %xmm0,%xmm1
shufps $0x55,%xmm0,%xmm1
divss  %xmm1,%xmm0
mulss  0xe91(%rip),%xmm0
ret

LLVM IR (-O0):
define float @get_distance_from_pairwise_alignment(i32* %0, i32* %1, i32* %2) {
%4 = alloca i32*
%5 = alloca i32*
%6 = alloca i32*
%7 = alloca float
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
store i32* %0, i32** %4
store i32* %1, i32** %5
store i32* %2, i32** %6
store float 0.000000e+00, float* %7
store i32 0, i32* %11
store i32 0, i32* %12
store i32 0, i32* %8
store i32 0, i32* %9
store i32 1, i32* %10
br label %13
13: ; preds = %71, %3
%14 = load i32*, i32** %4
%15 = load i32, i32* %10
%16 = sext i32 %15 to i64
%17 = getelementptr inbounds i32, i32* %14, i64 %16
%18 = load i32, i32* %17
%19 = icmp ne i32 %18, 3
br i1 %19, label %20, label %74
20: ; preds = %13
%21 = load i32*, i32** %4
%22 = load i32, i32* %10
%23 = sext i32 %22 to i64
%24 = getelementptr inbounds i32, i32* %21, i64 %23
%25 = load i32, i32* %24
%26 = icmp ne i32 %25, 0
br i1 %26, label %49, label %27
27: ; preds = %20
%28 = load i32*, i32** %5
%29 = load i32, i32* %8
%30 = sext i32 %29 to i64
%31 = getelementptr inbounds i32, i32* %28, i64 %30
%32 = load i32, i32* %31
%33 = load i32*, i32** %6
%34 = load i32, i32* %9
%35 = sext i32 %34 to i64
%36 = getelementptr inbounds i32, i32* %33, i64 %35
%37 = load i32, i32* %36
%38 = icmp eq i32 %32, %37
br i1 %38, label %39, label %42
39: ; preds = %27
%40 = load i32, i32* %12
%41 = add nsw i32 %40, 1
store i32 %41, i32* %12
br label %42
42: ; preds = %39, %27
%43 = load i32, i32* %11
%44 = add nsw i32 %43, 1
store i32 %44, i32* %11
%45 = load i32, i32* %8
%46 = add nsw i32 %45, 1
store i32 %46, i32* %8
%47 = load i32, i32* %9
%48 = add nsw i32 %47, 1
store i32 %48, i32* %9
br label %49
49: ; preds = %42, %20
%50 = load i32*, i32** %4
%51 = load i32, i32* %10
%52 = sext i32 %51 to i64
%53 = getelementptr inbounds i32, i32* %50, i64 %52
%54 = load i32, i32* %53
%55 = and i32 %54, 1
%56 = icmp ne i32 %55, 0
br i1 %56, label %57, label %60
57: ; preds = %49
%58 = load i32, i32* %9
%59 = add nsw i32 %58, 1
store i32 %59, i32* %9
br label %60
60: ; preds = %57, %49
%61 = load i32*, i32** %4
%62 = load i32, i32* %10
%63 = sext i32 %62 to i64
%64 = getelementptr inbounds i32, i32* %61, i64 %63
%65 = load i32, i32* %64
%66 = and i32 %65, 2
%67 = icmp ne i32 %66, 0
br i1 %67, label %68, label %71
68: ; preds = %60
%69 = load i32, i32* %8
%70 = add nsw i32 %69, 1
store i32 %70, i32* %8
br label %71
71: ; preds = %68, %60
%72 = load i32, i32* %10
%73 = add nsw i32 %72, 1
store i32 %73, i32* %10
br label %13
74: ; preds = %13
%75 = load i32, i32* %12
%76 = sitofp i32 %75 to float
%77 = load i32, i32* %11
%78 = sitofp i32 %77 to float
%79 = fdiv float %76, %78
%80 = fmul float %79, 1.000000e+02
store float %80, float* %7
%81 = load float, float* %7
ret float %81
}

LLVM IR (-O2):
define float @get_distance_from_pairwise_alignment(i32* nocapture %0, i32* nocapture %1, i32* nocapture %2) {
br label %4
4: ; preds = %24, %3
%5 = phi i64 [ %33, %24 ], [ 1, %3 ]
%6 = phi i32 [ %32, %24 ], [ 0, %3 ]
%7 = phi i32 [ %29, %24 ], [ 0, %3 ]
%8 = phi <2 x i32> [ %27, %24 ], [ zeroinitializer, %3 ]
%9 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %5
%10 = load i32, i32* %9
switch i32 %10, label %24 [
i32 3, label %34
i32 0, label %11
]
11: ; preds = %4
%12 = sext i32 %6 to i64
%13 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %12
%14 = load i32, i32* %13
%15 = sext i32 %7 to i64
%16 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 %15
%17 = load i32, i32* %16
%18 = icmp eq i32 %14, %17
%19 = zext i1 %18 to i32
%20 = insertelement <2 x i32> <i32 poison, i32 1>, i32 %19, i64 0
%21 = add nsw <2 x i32> %8, %20
%22 = add nsw i32 %6, 1
%23 = add nsw i32 %7, 1
br label %24
24: ; preds = %4, %11
%25 = phi i32 [ %22, %11 ], [ %6, %4 ]
%26 = phi i32 [ %23, %11 ], [ %7, %4 ]
%27 = phi <2 x i32> [ %21, %11 ], [ %8, %4 ]
%28 = and i32 %10, 1
%29 = add nsw i32 %26, %28
%30 = lshr i32 %10, 1
%31 = and i32 %30, 1
%32 = add nsw i32 %25, %31
%33 = add nuw i64 %5, 1
br label %4
34: ; preds = %4
%35 = sitofp <2 x i32> %8 to <2 x float>
%36 = extractelement <2 x float> %35, i64 0
%37 = extractelement <2 x float> %35, i64 1
%38 = fdiv float %36, %37
%39 = fmul float %38, 1.000000e+02
ret float %39
}