int shscore(unsigned char *aa0, int n0, int **pam2, int nsq) {
  int i, sum;
  for (i = 0, sum = 0; i < n0; i++)
    if (aa0[i] != 0 && aa0[i] <= nsq)
      sum += pam2[aa0[i]][aa0[i]];
  return sum;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<shscore>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %ecx,-0x1c(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    1192 <shscore+0x92>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movzbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x0,%eax
je     117f <shscore+0x7f>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movzbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jg     117f <shscore+0x7f>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
movslq -0x20(%rbp),%rdx
movzbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
movslq -0x20(%rbp),%rdx
movzbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
add    -0x24(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1184 <shscore+0x84>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    1120 <shscore+0x20>
mov    -0x24(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<shscore>:
test   %esi,%esi
jle    112c <shscore+0x2c>
mov    %esi,%r8d
cmp    $0x1,%esi
jne    112f <shscore+0x2f>
xor    %r10d,%r10d
xor    %eax,%eax
test   $0x1,%r8b
je     112b <shscore+0x2b>
movzbl (%rdi,%r10,1),%esi
test   %esi,%esi
je     112b <shscore+0x2b>
cmp    %ecx,%esi
jg     112b <shscore+0x2b>
mov    (%rdx,%rsi,8),%rcx
add    (%rcx,%rsi,4),%eax
ret
xor    %eax,%eax
ret
mov    %r8d,%r9d
and    $0xfffffffe,%r9d
xor    %r10d,%r10d
xor    %eax,%eax
jmp    1149 <shscore+0x49>
nopl   (%rax)
add    $0x2,%r10
cmp    %r10,%r9
je     1111 <shscore+0x11>
movzbl (%rdi,%r10,1),%r11d
test   %r11d,%r11d
je     1160 <shscore+0x60>
cmp    %ecx,%r11d
jg     1160 <shscore+0x60>
mov    (%rdx,%r11,8),%rsi
add    (%rsi,%r11,4),%eax
movzbl 0x1(%rdi,%r10,1),%r11d
test   %r11d,%r11d
je     1140 <shscore+0x40>
cmp    %ecx,%r11d
jg     1140 <shscore+0x40>
mov    (%rdx,%r11,8),%rsi
add    (%rsi,%r11,4),%eax
jmp    1140 <shscore+0x40>

LLVM IR (-O0):
define i32 @shscore(i8* %0, i32 %1, i32** %2, i32 %3) {
%5 = alloca i8*
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32**
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
store i8* %0, i8** %5
store i32 %1, i32* %6
store i32** %2, i32*** %7
store i32 %3, i32* %8
store i32 0, i32* %9
store i32 0, i32* %10
br label %11
11: ; preds = %53, %4
%12 = load i32, i32* %9
%13 = load i32, i32* %6
%14 = icmp slt i32 %12, %13
br i1 %14, label %15, label %56
15: ; preds = %11
%16 = load i8*, i8** %5
%17 = load i32, i32* %9
%18 = sext i32 %17 to i64
%19 = getelementptr inbounds i8, i8* %16, i64 %18
%20 = load i8, i8* %19
%21 = zext i8 %20 to i32
%22 = icmp ne i32 %21, 0
br i1 %22, label %23, label %52
23: ; preds = %15
%24 = load i8*, i8** %5
%25 = load i32, i32* %9
%26 = sext i32 %25 to i64
%27 = getelementptr inbounds i8, i8* %24, i64 %26
%28 = load i8, i8* %27
%29 = zext i8 %28 to i32
%30 = load i32, i32* %8
%31 = icmp sle i32 %29, %30
br i1 %31, label %32, label %52
32: ; preds = %23
%33 = load i32**, i32*** %7
%34 = load i8*, i8** %5
%35 = load i32, i32* %9
%36 = sext i32 %35 to i64
%37 = getelementptr inbounds i8, i8* %34, i64 %36
%38 = load i8, i8* %37
%39 = zext i8 %38 to i64
%40 = getelementptr inbounds i32*, i32** %33, i64 %39
%41 = load i32*, i32** %40
%42 = load i8*, i8** %5
%43 = load i32, i32* %9
%44 = sext i32 %43 to i64
%45 = getelementptr inbounds i8, i8* %42, i64 %44
%46 = load i8, i8* %45
%47 = zext i8 %46 to i64
%48 = getelementptr inbounds i32, i32* %41, i64 %47
%49 = load i32, i32* %48
%50 = load i32, i32* %10
%51 = add nsw i32 %50, %49
store i32 %51, i32* %10
br label %52
52: ; preds = %32, %23, %15
br label %53
53: ; preds = %52
%54 = load i32, i32* %9
%55 = add nsw i32 %54, 1
store i32 %55, i32* %9
br label %11
56: ; preds = %11
%57 = load i32, i32* %10
ret i32 %57
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @shscore(i8* nocapture %0, i32 %1, i32** nocapture %2, i32 %3) {
%5 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %5, label %6, label %69
6: ; preds = %4
%7 = zext i32 %1 to i64
%8 = and i64 %7, 1
%9 = icmp eq i32 %1, 1
br i1 %9, label %50, label %10
10: ; preds = %6
%11 = and i64 %7, 4294967294
br label %12
12: ; preds = %45, %10
%13 = phi i64 [ 0, %10 ], [ %47, %45 ]
%14 = phi i32 [ 0, %10 ], [ %46, %45 ]
%15 = phi i64 [ 0, %10 ], [ %48, %45 ]
%16 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %13
%17 = load i8, i8* %16
%18 = icmp eq i8 %17, 0
%19 = zext i8 %17 to i32
%20 = icmp sgt i32 %19, %3
%21 = or i1 %18, %20
br i1 %21, label %29, label %22
22: ; preds = %12
%23 = zext i8 %17 to i64
%24 = getelementptr inbounds i32*, i32** %2, i64 %23
%25 = load i32*, i32** %24
%26 = getelementptr inbounds i32, i32* %25, i64 %23
%27 = load i32, i32* %26
%28 = add nsw i32 %27, %14
br label %29
29: ; preds = %12, %22
%30 = phi i32 [ %28, %22 ], [ %14, %12 ]
%31 = or i64 %13, 1
%32 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %31
%33 = load i8, i8* %32
%34 = icmp eq i8 %33, 0
%35 = zext i8 %33 to i32
%36 = icmp sgt i32 %35, %3
%37 = or i1 %34, %36
br i1 %37, label %45, label %38
38: ; preds = %29
%39 = zext i8 %33 to i64
%40 = getelementptr inbounds i32*, i32** %2, i64 %39
%41 = load i32*, i32** %40
%42 = getelementptr inbounds i32, i32* %41, i64 %39
%43 = load i32, i32* %42
%44 = add nsw i32 %43, %30
br label %45
45: ; preds = %38, %29
%46 = phi i32 [ %44, %38 ], [ %30, %29 ]
%47 = add nuw nsw i64 %13, 2
%48 = add i64 %15, 2
%49 = icmp eq i64 %48, %11
br i1 %49, label %50, label %12
50: ; preds = %45, %6
%51 = phi i32 [ undef, %6 ], [ %46, %45 ]
%52 = phi i64 [ 0, %6 ], [ %47, %45 ]
%53 = phi i32 [ 0, %6 ], [ %46, %45 ]
%54 = icmp eq i64 %8, 0
br i1 %54, label %69, label %55
55: ; preds = %50
%56 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %52
%57 = load i8, i8* %56
%58 = icmp eq i8 %57, 0
%59 = zext i8 %57 to i32
%60 = icmp sgt i32 %59, %3
%61 = or i1 %58, %60
br i1 %61, label %69, label %62
62: ; preds = %55
%63 = zext i8 %57 to i64
%64 = getelementptr inbounds i32*, i32** %2, i64 %63
%65 = load i32*, i32** %64
%66 = getelementptr inbounds i32, i32* %65, i64 %63
%67 = load i32, i32* %66
%68 = add nsw i32 %67, %53
br label %69
69: ; preds = %50, %62, %55, %4
%70 = phi i32 [ 0, %4 ], [ %51, %50 ], [ %68, %62 ], [ %53, %55 ]
ret i32 %70
}