#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ FSet(float *, int, double);
int /*<<< orphan*/ SingleLinkCluster(char **, int, int, float, int **, int *);
int /*<<< orphan*/ free(int *);
int *sre_malloc(char *, int, int);
void BlosumWeights(char **aseqs, int nseq, int alen, float maxid, float *wgt) {
  int *c, nc;
  int *nmem;
  int i;
  SingleLinkCluster(aseqs, nseq, alen, maxid, &c, &nc);
  FSet(wgt, nseq, 1.0);
  nmem =
      sre_malloc("/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/"
                 "outputs/2022-01-22/02-19-57/repos/vinuesa/get_phylomarkers/"
                 "refs/heads/master/bin/clustal-omega-1.2.4/src/squid/weight.c",
                 400, (sizeof(int) * nc));
  for (i = 0; i < nc; i++)
    nmem[i] = 0;
  for (i = 0; i < nseq; i++)
    nmem[c[i]]++;
  for (i = 0; i < nseq; i++)
    wgt[i] = 1. / (float)nmem[c[i]];
  free(nmem);
  free(c);
  return;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<BlosumWeights>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x40,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %edx,-0x10(%rbp)
movss  %xmm0,-0x14(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rdi
mov    -0xc(%rbp),%esi
mov    -0x10(%rbp),%edx
movss  -0x14(%rbp),%xmm0
lea    -0x28(%rbp),%rcx
lea    -0x2c(%rbp),%r8
call   1040 <SingleLinkCluster@plt>
mov    -0x20(%rbp),%rdi
mov    -0xc(%rbp),%esi
movsd  0xe7a(%rip),%xmm0
call   1050 <FSet@plt>
movslq -0x2c(%rbp),%rax
shl    $0x2,%rax
mov    %eax,%edx
lea    0xe6c(%rip),%rdi
mov    $0x190,%esi
call   1060 <sre_malloc@plt>
mov    %rax,-0x38(%rbp)
movl   $0x0,-0x3c(%rbp)
mov    -0x3c(%rbp),%eax
cmp    -0x2c(%rbp),%eax
jge    11da <BlosumWeights+0x9a>
mov    -0x38(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x3c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
jmp    11b1 <BlosumWeights+0x71>
movl   $0x0,-0x3c(%rbp)
mov    -0x3c(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    1214 <BlosumWeights+0xd4>
mov    -0x38(%rbp),%rax
mov    -0x28(%rbp),%rcx
movslq -0x3c(%rbp),%rdx
movslq (%rcx,%rdx,4),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x3c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
jmp    11e1 <BlosumWeights+0xa1>
movl   $0x0,-0x3c(%rbp)
mov    -0x3c(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    126b <BlosumWeights+0x12b>
mov    -0x38(%rbp),%rax
mov    -0x28(%rbp),%rcx
movslq -0x3c(%rbp),%rdx
movslq (%rcx,%rdx,4),%rcx
cvtsi2ssl (%rax,%rcx,4),%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm1
movsd  0xdb8(%rip),%xmm0
divsd  %xmm1,%xmm0
cvtsd2ss %xmm0,%xmm0
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movss  %xmm0,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x3c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
jmp    121b <BlosumWeights+0xdb>
mov    -0x38(%rbp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    -0x28(%rbp),%rdi
call   1030 <free@plt>
add    $0x40,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<BlosumWeights>:
push   %rbp
push   %r14
push   %rbx
sub    $0x10,%rsp
mov    %rcx,%r14
mov    %esi,%ebp
lea    0x8(%rsp),%rcx
lea    0x4(%rsp),%r8
call   1040 <SingleLinkCluster@plt>
movsd  0xe9c(%rip),%xmm0
mov    %r14,%rdi
mov    %ebp,%esi
call   1050 <FSet@plt>
mov    0x4(%rsp),%edx
shl    $0x2,%edx
lea    0xea8(%rip),%rdi
mov    $0x190,%esi
call   1060 <sre_malloc@plt>
cmpl   $0x0,0x4(%rsp)
jle    11a5 <BlosumWeights+0x65>
xor    %ecx,%ecx
nop
movl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
add    $0x1,%rcx
movslq 0x4(%rsp),%rdx
cmp    %rdx,%rcx
jl     1190 <BlosumWeights+0x50>
test   %ebp,%ebp
jle    12f2 <BlosumWeights+0x1b2>
mov    0x8(%rsp),%rsi
mov    %ebp,%r8d
lea    -0x1(%r8),%rcx
mov    %r8d,%edx
and    $0x3,%edx
cmp    $0x3,%rcx
jae    11c9 <BlosumWeights+0x89>
xor    %edi,%edi
jmp    120c <BlosumWeights+0xcc>
mov    %r8d,%ecx
and    $0xfffffffc,%ecx
xor    %edi,%edi
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
movslq (%rsi,%rdi,4),%rbx
addl   $0x1,(%rax,%rbx,4)
movslq 0x4(%rsi,%rdi,4),%rbx
addl   $0x1,(%rax,%rbx,4)
movslq 0x8(%rsi,%rdi,4),%rbx
addl   $0x1,(%rax,%rbx,4)
movslq 0xc(%rsi,%rdi,4),%rbx
addl   $0x1,(%rax,%rbx,4)
add    $0x4,%rdi
cmp    %rdi,%rcx
jne    11e0 <BlosumWeights+0xa0>
test   %rdx,%rdx
je     1231 <BlosumWeights+0xf1>
lea    (%rsi,%rdi,4),%rcx
xor    %esi,%esi
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
movslq (%rcx,%rsi,4),%rdi
addl   $0x1,(%rax,%rdi,4)
add    $0x1,%rsi
cmp    %rsi,%rdx
jne    1220 <BlosumWeights+0xe0>
test   %ebp,%ebp
jle    12f2 <BlosumWeights+0x1b2>
mov    0x8(%rsp),%rdx
cmp    $0x4,%ebp
jae    1247 <BlosumWeights+0x107>
xor    %esi,%esi
jmp    12bd <BlosumWeights+0x17d>
mov    %r8d,%esi
and    $0xfffffffc,%esi
lea    0x0(,%r8,4),%r9
and    $0xfffffffffffffff0,%r9
xor    %ebp,%ebp
movaps 0xdae(%rip),%xmm0
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
movslq (%rdx,%rbp,1),%r10
movslq 0x4(%rdx,%rbp,1),%rbx
movslq 0x8(%rdx,%rbp,1),%rdi
movslq 0xc(%rdx,%rbp,1),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm1
movss  (%rax,%rdi,4),%xmm2
unpcklps %xmm1,%xmm2
movss  (%rax,%rbx,4),%xmm1
movss  (%rax,%r10,4),%xmm3
unpcklps %xmm1,%xmm3
movlhps %xmm2,%xmm3
cvtdq2ps %xmm3,%xmm1
movaps %xmm0,%xmm2
divps  %xmm1,%xmm2
movups %xmm2,(%r14,%rbp,1)
add    $0x10,%rbp
cmp    %rbp,%r9
jne    1270 <BlosumWeights+0x130>
cmp    %r8,%rsi
je     12f2 <BlosumWeights+0x1b2>
movss  0xd5b(%rip),%xmm0
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
movslq (%rdx,%rsi,4),%rcx
xorps  %xmm1,%xmm1
cvtsi2ssl (%rax,%rcx,4),%xmm1
movaps %xmm0,%xmm2
divss  %xmm1,%xmm2
movss  %xmm2,(%r14,%rsi,4)
add    $0x1,%rsi
cmp    %rsi,%r8
jne    12d0 <BlosumWeights+0x190>
mov    %rax,%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    0x8(%rsp),%rdi
call   1030 <free@plt>
add    $0x10,%rsp
pop    %rbx
pop    %r14
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
@.str = [176 x i8] c"/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/2022-01-22/02-19-57/repos/vinuesa/get_phylomarkers/refs/heads/master/bin/clustal-omega-1.2.4/src/squid/weight.c\00"
define void @BlosumWeights(i8** %0, i32 %1, i32 %2, float %3, float* %4) {
%6 = alloca i8**
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca float
%10 = alloca float*
%11 = alloca i32*
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32*
%14 = alloca i32
store i8** %0, i8*** %6
store i32 %1, i32* %7
store i32 %2, i32* %8
store float %3, float* %9
store float* %4, float** %10
%15 = load i8**, i8*** %6
%16 = load i32, i32* %7
%17 = load i32, i32* %8
%18 = load float, float* %9
%19 = call i32 @SingleLinkCluster(i8** %15, i32 %16, i32 %17, float %18, i32** %11, i32* %12)
%20 = load float*, float** %10
%21 = load i32, i32* %7
%22 = call i32 @FSet(float* %20, i32 %21, double 1.000000e+00)
%23 = load i32, i32* %12
%24 = sext i32 %23 to i64
%25 = mul i64 4, %24
%26 = trunc i64 %25 to i32
%27 = call i32* @sre_malloc(i8* getelementptr inbounds ([176 x i8], [176 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 400, i32 %26)
store i32* %27, i32** %13
store i32 0, i32* %14
br label %28
28: ; preds = %37, %5
%29 = load i32, i32* %14
%30 = load i32, i32* %12
%31 = icmp slt i32 %29, %30
br i1 %31, label %32, label %40
32: ; preds = %28
%33 = load i32*, i32** %13
%34 = load i32, i32* %14
%35 = sext i32 %34 to i64
%36 = getelementptr inbounds i32, i32* %33, i64 %35
store i32 0, i32* %36
br label %37
37: ; preds = %32
%38 = load i32, i32* %14
%39 = add nsw i32 %38, 1
store i32 %39, i32* %14
br label %28
40: ; preds = %28
store i32 0, i32* %14
br label %41
41: ; preds = %56, %40
%42 = load i32, i32* %14
%43 = load i32, i32* %7
%44 = icmp slt i32 %42, %43
br i1 %44, label %45, label %59
45: ; preds = %41
%46 = load i32*, i32** %13
%47 = load i32*, i32** %11
%48 = load i32, i32* %14
%49 = sext i32 %48 to i64
%50 = getelementptr inbounds i32, i32* %47, i64 %49
%51 = load i32, i32* %50
%52 = sext i32 %51 to i64
%53 = getelementptr inbounds i32, i32* %46, i64 %52
%54 = load i32, i32* %53
%55 = add nsw i32 %54, 1
store i32 %55, i32* %53
br label %56
56: ; preds = %45
%57 = load i32, i32* %14
%58 = add nsw i32 %57, 1
store i32 %58, i32* %14
br label %41
59: ; preds = %41
store i32 0, i32* %14
br label %60
60: ; preds = %82, %59
%61 = load i32, i32* %14
%62 = load i32, i32* %7
%63 = icmp slt i32 %61, %62
br i1 %63, label %64, label %85
64: ; preds = %60
%65 = load i32*, i32** %13
%66 = load i32*, i32** %11
%67 = load i32, i32* %14
%68 = sext i32 %67 to i64
%69 = getelementptr inbounds i32, i32* %66, i64 %68
%70 = load i32, i32* %69
%71 = sext i32 %70 to i64
%72 = getelementptr inbounds i32, i32* %65, i64 %71
%73 = load i32, i32* %72
%74 = sitofp i32 %73 to float
%75 = fpext float %74 to double
%76 = fdiv double 1.000000e+00, %75
%77 = fptrunc double %76 to float
%78 = load float*, float** %10
%79 = load i32, i32* %14
%80 = sext i32 %79 to i64
%81 = getelementptr inbounds float, float* %78, i64 %80
store float %77, float* %81
br label %82
82: ; preds = %64
%83 = load i32, i32* %14
%84 = add nsw i32 %83, 1
store i32 %84, i32* %14
br label %60
85: ; preds = %60
%86 = load i32*, i32** %13
%87 = call i32 @free(i32* %86)
%88 = load i32*, i32** %11
%89 = call i32 @free(i32* %88)
ret void
}

LLVM IR (-O2):
@.str = [176 x i8] c"/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/2022-01-22/02-19-57/repos/vinuesa/get_phylomarkers/refs/heads/master/bin/clustal-omega-1.2.4/src/squid/weight.c\00"
define void @BlosumWeights(i8** %0, i32 %1, i32 %2, float %3, float* %4) {
%6 = alloca i32*
%7 = alloca i32
%8 = bitcast i32** %6 to i8*
%9 = bitcast i32* %7 to i8*
%10 = call i32 @SingleLinkCluster(i8** %0, i32 %1, i32 %2, float %3, i32** %6, i32* %7)
%11 = call i32 @FSet(float* %4, i32 %1, double 1.000000e+00)
%12 = load i32, i32* %7
%13 = shl i32 %12, 2
%14 = call i32* @sre_malloc(i8* getelementptr inbounds ([176 x i8], [176 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 400, i32 %13)
%15 = load i32, i32* %7
%16 = icmp sgt i32 %15, 0
br i1 %16, label %27, label %17
17: ; preds = %27, %5
%18 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %18, label %19, label %140
19: ; preds = %17
%20 = load i32*, i32** %6
%21 = zext i32 %1 to i64
%22 = add nsw i64 %21, -1
%23 = and i64 %21, 3
%24 = icmp ult i64 %22, 3
br i1 %24, label %34, label %25
25: ; preds = %19
%26 = and i64 %21, 4294967292
br label %95
27: ; preds = %5, %27
%28 = phi i64 [ %30, %27 ], [ 0, %5 ]
%29 = getelementptr inbounds i32, i32* %14, i64 %28
store i32 0, i32* %29
%30 = add nuw nsw i64 %28, 1
%31 = load i32, i32* %7
%32 = sext i32 %31 to i64
%33 = icmp slt i64 %30, %32
br i1 %33, label %27, label %17
34: ; preds = %95, %19
%35 = phi i64 [ 0, %19 ], [ %125, %95 ]
%36 = icmp eq i64 %23, 0
br i1 %36, label %49, label %37
37: ; preds = %34, %37
%38 = phi i64 [ %46, %37 ], [ %35, %34 ]
%39 = phi i64 [ %47, %37 ], [ 0, %34 ]
%40 = getelementptr inbounds i32, i32* %20, i64 %38
%41 = load i32, i32* %40
%42 = sext i32 %41 to i64
%43 = getelementptr inbounds i32, i32* %14, i64 %42
%44 = load i32, i32* %43
%45 = add nsw i32 %44, 1
store i32 %45, i32* %43
%46 = add nuw nsw i64 %38, 1
%47 = add i64 %39, 1
%48 = icmp eq i64 %47, %23
br i1 %48, label %49, label %37
49: ; preds = %37, %34
br i1 %18, label %50, label %140
50: ; preds = %49
%51 = load i32*, i32** %6
%52 = zext i32 %1 to i64
%53 = icmp ult i32 %1, 4
br i1 %53, label %93, label %54
54: ; preds = %50
%55 = and i64 %21, 4294967292
br label %56
56: ; preds = %56, %54
%57 = phi i64 [ 0, %54 ], [ %89, %56 ]
%58 = or i64 %57, 1
%59 = or i64 %57, 2
%60 = or i64 %57, 3
%61 = getelementptr inbounds i32, i32* %51, i64 %57
%62 = getelementptr inbounds i32, i32* %51, i64 %58
%63 = getelementptr inbounds i32, i32* %51, i64 %59
%64 = getelementptr inbounds i32, i32* %51, i64 %60
%65 = load i32, i32* %61
%66 = load i32, i32* %62
%67 = load i32, i32* %63
%68 = load i32, i32* %64
%69 = sext i32 %65 to i64
%70 = sext i32 %66 to i64
%71 = sext i32 %67 to i64
%72 = sext i32 %68 to i64
%73 = getelementptr inbounds i32, i32* %14, i64 %69
%74 = getelementptr inbounds i32, i32* %14, i64 %70
%75 = getelementptr inbounds i32, i32* %14, i64 %71
%76 = getelementptr inbounds i32, i32* %14, i64 %72
%77 = load i32, i32* %73
%78 = load i32, i32* %74
%79 = load i32, i32* %75
%80 = load i32, i32* %76
%81 = insertelement <4 x i32> poison, i32 %77, i64 0
%82 = insertelement <4 x i32> %81, i32 %78, i64 1
%83 = insertelement <4 x i32> %82, i32 %79, i64 2
%84 = insertelement <4 x i32> %83, i32 %80, i64 3
%85 = sitofp <4 x i32> %84 to <4 x float>
%86 = fdiv <4 x float> <float 1.000000e+00, float 1.000000e+00, float 1.000000e+00, float 1.000000e+00>, %85
%87 = getelementptr inbounds float, float* %4, i64 %57
%88 = bitcast float* %87 to <4 x float>*
store <4 x float> %86, <4 x float>* %88
%89 = add nuw i64 %57, 4
%90 = icmp eq i64 %89, %55
br i1 %90, label %91, label %56
91: ; preds = %56
%92 = icmp eq i64 %55, %21
br i1 %92, label %140, label %93
93: ; preds = %50, %91
%94 = phi i64 [ 0, %50 ], [ %55, %91 ]
br label %128
95: ; preds = %95, %25
%96 = phi i64 [ 0, %25 ], [ %125, %95 ]
%97 = phi i64 [ 0, %25 ], [ %126, %95 ]
%98 = getelementptr inbounds i32, i32* %20, i64 %96
%99 = load i32, i32* %98
%100 = sext i32 %99 to i64
%101 = getelementptr inbounds i32, i32* %14, i64 %100
%102 = load i32, i32* %101
%103 = add nsw i32 %102, 1
store i32 %103, i32* %101
%104 = or i64 %96, 1
%105 = getelementptr inbounds i32, i32* %20, i64 %104
%106 = load i32, i32* %105
%107 = sext i32 %106 to i64
%108 = getelementptr inbounds i32, i32* %14, i64 %107
%109 = load i32, i32* %108
%110 = add nsw i32 %109, 1
store i32 %110, i32* %108
%111 = or i64 %96, 2
%112 = getelementptr inbounds i32, i32* %20, i64 %111
%113 = load i32, i32* %112
%114 = sext i32 %113 to i64
%115 = getelementptr inbounds i32, i32* %14, i64 %114
%116 = load i32, i32* %115
%117 = add nsw i32 %116, 1
store i32 %117, i32* %115
%118 = or i64 %96, 3
%119 = getelementptr inbounds i32, i32* %20, i64 %118
%120 = load i32, i32* %119
%121 = sext i32 %120 to i64
%122 = getelementptr inbounds i32, i32* %14, i64 %121
%123 = load i32, i32* %122
%124 = add nsw i32 %123, 1
store i32 %124, i32* %122
%125 = add nuw nsw i64 %96, 4
%126 = add i64 %97, 4
%127 = icmp eq i64 %126, %26
br i1 %127, label %34, label %95
128: ; preds = %93, %128
%129 = phi i64 [ %138, %128 ], [ %94, %93 ]
%130 = getelementptr inbounds i32, i32* %51, i64 %129
%131 = load i32, i32* %130
%132 = sext i32 %131 to i64
%133 = getelementptr inbounds i32, i32* %14, i64 %132
%134 = load i32, i32* %133
%135 = sitofp i32 %134 to float
%136 = fdiv float 1.000000e+00, %135
%137 = getelementptr inbounds float, float* %4, i64 %129
store float %136, float* %137
%138 = add nuw nsw i64 %129, 1
%139 = icmp eq i64 %138, %52
br i1 %139, label %140, label %128
140: ; preds = %128, %91, %17, %49
%141 = call i32 @free(i32* %14)
%142 = load i32*, i32** %6
%143 = call i32 @free(i32* %142)
ret void
}