#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ Die(char *, ...);
int /*<<< orphan*/ Free2DArray(void **, int);
int /*<<< orphan*/ free(int *);
int /*<<< orphan*/ isalpha(char);
void *sre_malloc(char *, int, int);
int sre_random();
int strlen(char *);
char toupper(char);
int StrDPShuffle(char *s1, char *s2) {
  int len;
  int pos;
  int x, y;
  char **E;
  int *nE;
  int *iE;
  int n;
  char sf;
  char Z[26];
  int keep_connecting;
  int is_eulerian;
  len = strlen(s2);
  for (pos = 0; pos < len; pos++)
    if (!isalpha(s2[pos]))
      return 0;
  E = sre_malloc(
      "/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/"
      "2022-01-22/02-19-57/repos/vinuesa/get_phylomarkers/refs/heads/master/"
      "bin/clustal-omega-1.2.4/src/squid/shuffle.c",
      124, (sizeof(char *) * 26));
  nE = sre_malloc(
      "/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/"
      "2022-01-22/02-19-57/repos/vinuesa/get_phylomarkers/refs/heads/master/"
      "bin/clustal-omega-1.2.4/src/squid/shuffle.c",
      125, (sizeof(int) * 26));
  for (x = 0; x < 26; x++) {
    E[x] = sre_malloc(
        "/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/"
        "2022-01-22/02-19-57/repos/vinuesa/get_phylomarkers/refs/heads/master/"
        "bin/clustal-omega-1.2.4/src/squid/shuffle.c",
        128, (sizeof(char) * (len - 1)));
    nE[x] = 0;
  }
  x = toupper(s2[0]) - 'A';
  for (pos = 1; pos < len; pos++) {
    y = toupper(s2[pos]) - 'A';
    E[x][nE[x]] = y;
    nE[x]++;
    x = y;
  }
  sf = toupper(s2[len - 1]) - 'A';
  is_eulerian = 0;
  while (!is_eulerian) {
    for (x = 0; x < 26; x++) {
      if (nE[x] == 0 || x == sf)
        continue;
      pos = ((int)(sre_random() * (nE[x])));
      y = E[x][pos];
      E[x][pos] = E[x][nE[x] - 1];
      E[x][nE[x] - 1] = y;
    }
    for (x = 0; x < 26; x++)
      Z[x] = 0;
    Z[(int)sf] = keep_connecting = 1;
    while (keep_connecting) {
      keep_connecting = 0;
      for (x = 0; x < 26; x++) {
        y = E[x][nE[x] - 1];
        if (Z[x] == 0 && Z[y] == 1) {
          Z[x] = 1;
          keep_connecting = 1;
        }
      }
    }
    is_eulerian = 1;
    for (x = 0; x < 26; x++) {
      if (nE[x] == 0 || x == sf)
        continue;
      if (Z[x] == 0) {
        is_eulerian = 0;
        break;
      }
    }
  }
  for (x = 0; x < 26; x++)
    for (n = nE[x] - 1; n > 1; n--) {
      pos = ((int)(sre_random() * (n)));
      y = E[x][pos];
      E[x][pos] = E[x][n - 1];
      E[x][n - 1] = y;
    }
  iE = sre_malloc(
      "/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/"
      "2022-01-22/02-19-57/repos/vinuesa/get_phylomarkers/refs/heads/master/"
      "bin/clustal-omega-1.2.4/src/squid/shuffle.c",
      237, (sizeof(int) * 26));
  for (x = 0; x < 26; x++)
    iE[x] = 0;
  pos = 0;
  x = toupper(s2[0]) - 'A';
  while (1) {
    s1[pos++] = 'A' + x;
    y = E[x][iE[x]];
    iE[x]++;
    x = y;
    if (iE[x] == nE[x])
      break;
  }
  s1[pos++] = 'A' + sf;
  s1[pos] = '\0';
  if (x != sf)
    Die("hey, you didn't end on s_f.");
  if (pos != len)
    Die("hey, pos (%d) != len (%d).", pos, len);
  Free2DArray((void **)E, 26);
  free(nE);
  free(iE);
  return 1;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<StrDPShuffle>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x70,%rsp
mov    %rdi,-0x10(%rbp)
mov    %rsi,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rdi
call   1050 <strlen@plt>
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jge    11e8 <StrDPShuffle+0x68>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%edi
call   1080 <isalpha@plt>
cmp    $0x0,%eax
jne    11d5 <StrDPShuffle+0x55>
movl   $0x0,-0x4(%rbp)
jmp    176a <StrDPShuffle+0x5ea>
jmp    11da <StrDPShuffle+0x5a>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    11a3 <StrDPShuffle+0x23>
lea    0xe11(%rip),%rdi
mov    $0x7c,%esi
mov    $0xd0,%edx
call   10a0 <sre_malloc@plt>
mov    %rax,-0x30(%rbp)
lea    0xdf7(%rip),%rdi
mov    $0x7d,%esi
mov    $0x68,%edx
call   10a0 <sre_malloc@plt>
mov    %rax,-0x38(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
cmpl   $0x1a,-0x24(%rbp)
jge    1278 <StrDPShuffle+0xf8>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
cltq
shl    $0x0,%rax
mov    %eax,%edx
lea    0xdbe(%rip),%rdi
mov    $0x80,%esi
call   10a0 <sre_malloc@plt>
mov    %rax,%rdx
mov    -0x30(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    %rdx,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x38(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
movl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1223 <StrDPShuffle+0xa3>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%edi
call   1040 <toupper@plt>
movsbl %al,%eax
sub    $0x41,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
movl   $0x1,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jge    12ff <StrDPShuffle+0x17f>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%edi
call   1040 <toupper@plt>
movsbl %al,%eax
sub    $0x41,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
mov    %al,%dl
mov    -0x30(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x38(%rbp),%rcx
movslq -0x24(%rbp),%rsi
movslq (%rcx,%rsi,4),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x38(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x28(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    1294 <StrDPShuffle+0x114>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x1c(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%edi
call   1040 <toupper@plt>
movsbl %al,%eax
sub    $0x41,%eax
mov    %al,-0x45(%rbp)
movl   $0x0,-0x68(%rbp)
cmpl   $0x0,-0x68(%rbp)
setne  %al
xor    $0xff,%al
test   $0x1,%al
jne    133b <StrDPShuffle+0x1bb>
jmp    1545 <StrDPShuffle+0x3c5>
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
cmpl   $0x1a,-0x24(%rbp)
jge    1405 <StrDPShuffle+0x285>
mov    -0x38(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
je     136d <StrDPShuffle+0x1ed>
mov    -0x24(%rbp),%eax
movsbl -0x45(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jne    1372 <StrDPShuffle+0x1f2>
jmp    13f7 <StrDPShuffle+0x277>
mov    $0x0,%al
call   1090 <sre_random@plt>
mov    -0x38(%rbp),%rcx
movslq -0x24(%rbp),%rdx
imul   (%rcx,%rdx,4),%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x38(%rbp),%rcx
movslq -0x24(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,4),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%dl
mov    -0x30(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x28(%rbp),%eax
mov    %al,%dl
mov    -0x30(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x38(%rbp),%rcx
movslq -0x24(%rbp),%rsi
mov    (%rcx,%rsi,4),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1342 <StrDPShuffle+0x1c2>
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
cmpl   $0x1a,-0x24(%rbp)
jge    142d <StrDPShuffle+0x2ad>
movslq -0x24(%rbp),%rax
movb   $0x0,-0x60(%rbp,%rax,1)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    140c <StrDPShuffle+0x28c>
movl   $0x1,-0x64(%rbp)
movsbl -0x45(%rbp),%eax
cltq
movb   $0x1,-0x60(%rbp,%rax,1)
cmpl   $0x0,-0x64(%rbp)
je     14d1 <StrDPShuffle+0x351>
movl   $0x0,-0x64(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
cmpl   $0x1a,-0x24(%rbp)
jge    14cc <StrDPShuffle+0x34c>
mov    -0x30(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x38(%rbp),%rcx
movslq -0x24(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,4),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
movslq -0x24(%rbp),%rax
movsbl -0x60(%rbp,%rax,1),%eax
cmp    $0x0,%eax
jne    14b9 <StrDPShuffle+0x339>
movslq -0x28(%rbp),%rax
movsbl -0x60(%rbp,%rax,1),%eax
cmp    $0x1,%eax
jne    14b9 <StrDPShuffle+0x339>
movslq -0x24(%rbp),%rax
movb   $0x1,-0x60(%rbp,%rax,1)
movl   $0x1,-0x64(%rbp)
jmp    14be <StrDPShuffle+0x33e>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1457 <StrDPShuffle+0x2d7>
jmp    143f <StrDPShuffle+0x2bf>
movl   $0x1,-0x68(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
cmpl   $0x1a,-0x24(%rbp)
jge    1540 <StrDPShuffle+0x3c0>
mov    -0x38(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
je     150a <StrDPShuffle+0x38a>
mov    -0x24(%rbp),%eax
movsbl -0x45(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jne    150f <StrDPShuffle+0x38f>
jmp    1532 <StrDPShuffle+0x3b2>
movslq -0x24(%rbp),%rax
movsbl -0x60(%rbp,%rax,1),%eax
cmp    $0x0,%eax
jne    152d <StrDPShuffle+0x3ad>
movl   $0x0,-0x68(%rbp)
jmp    1540 <StrDPShuffle+0x3c0>
jmp    1532 <StrDPShuffle+0x3b2>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    14df <StrDPShuffle+0x35f>
jmp    1325 <StrDPShuffle+0x1a5>
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
cmpl   $0x1a,-0x24(%rbp)
jge    15ff <StrDPShuffle+0x47f>
mov    -0x38(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
sub    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x44(%rbp)
cmpl   $0x1,-0x44(%rbp)
jle    15ec <StrDPShuffle+0x46c>
mov    $0x0,%al
call   1090 <sre_random@plt>
imul   -0x44(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x44(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%dl
mov    -0x30(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x28(%rbp),%eax
mov    %al,%dl
mov    -0x30(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x44(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x44(%rbp),%eax
add    $0xffffffff,%eax
mov    %eax,-0x44(%rbp)
jmp    1567 <StrDPShuffle+0x3e7>
jmp    15f1 <StrDPShuffle+0x471>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    154c <StrDPShuffle+0x3cc>
lea    0x9fa(%rip),%rdi
mov    $0xed,%esi
mov    $0x68,%edx
call   10a0 <sre_malloc@plt>
mov    %rax,-0x40(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
cmpl   $0x1a,-0x24(%rbp)
jge    1647 <StrDPShuffle+0x4c7>
mov    -0x40(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
movl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1620 <StrDPShuffle+0x4a0>
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%edi
call   1040 <toupper@plt>
movsbl %al,%eax
sub    $0x41,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x41,%eax
mov    %al,%dl
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%esi
add    $0x1,%esi
mov    %esi,-0x20(%rbp)
movslq %ecx,%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x30(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x40(%rbp),%rcx
movslq -0x24(%rbp),%rdx
movslq (%rcx,%rdx,4),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x40(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x28(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x40(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    -0x38(%rbp),%rcx
movslq -0x24(%rbp),%rdx
cmp    (%rcx,%rdx,4),%eax
jne    16d7 <StrDPShuffle+0x557>
jmp    16dc <StrDPShuffle+0x55c>
jmp    1663 <StrDPShuffle+0x4e3>
movsbl -0x45(%rbp),%eax
add    $0x41,%eax
mov    %al,%dl
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%esi
add    $0x1,%esi
mov    %esi,-0x20(%rbp)
movslq %ecx,%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movb   $0x0,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x24(%rbp),%eax
movsbl -0x45(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
je     1723 <StrDPShuffle+0x5a3>
lea    0x995(%rip),%rdi
mov    $0x0,%al
call   1070 <Die@plt>
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
je     1743 <StrDPShuffle+0x5c3>
mov    -0x20(%rbp),%esi
mov    -0x1c(%rbp),%edx
lea    0x991(%rip),%rdi
mov    $0x0,%al
call   1070 <Die@plt>
mov    -0x30(%rbp),%rdi
mov    $0x1a,%esi
call   1060 <Free2DArray@plt>
mov    -0x38(%rbp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    -0x40(%rbp),%rdi
call   1030 <free@plt>
movl   $0x1,-0x4(%rbp)
mov    -0x4(%rbp),%eax
add    $0x70,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<StrDPShuffle>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x38,%rsp
mov    %rsi,%r15
mov    %rdi,0x30(%rsp)
mov    %rsi,%rdi
call   1050 <strlen@plt>
mov    %eax,0x4(%rsp)
test   %eax,%eax
jle    11cb <StrDPShuffle+0x4b>
mov    0x4(%rsp),%ebp
xor    %r14d,%r14d
xor    %ebx,%ebx
nop
movsbl (%r15,%rbx,1),%edi
call   1080 <isalpha@plt>
test   %eax,%eax
je     150b <StrDPShuffle+0x38b>
add    $0x1,%rbx
cmp    %rbx,%rbp
jne    11b0 <StrDPShuffle+0x30>
mov    %r15,0x8(%rsp)
lea    0xe29(%rip),%r14
mov    %r14,%rdi
mov    $0x7c,%esi
mov    $0xd0,%edx
call   10a0 <sre_malloc@plt>
mov    %rax,%r12
mov    %r14,%rdi
mov    $0x7d,%esi
mov    $0x68,%edx
call   10a0 <sre_malloc@plt>
mov    %rax,%r15
movslq 0x4(%rsp),%r13
add    $0xffffffffffffffff,%r13
xor    %ebx,%ebx
nopl   0x0(%rax)
mov    %r14,%rdi
mov    $0x80,%esi
mov    %r13d,%edx
call   10a0 <sre_malloc@plt>
mov    %rax,(%r12,%rbx,8)
movl   $0x0,(%r15,%rbx,4)
add    $0x1,%rbx
cmp    $0x1a,%rbx
jne    1210 <StrDPShuffle+0x90>
mov    0x8(%rsp),%rax
movsbl (%rax),%edi
call   1040 <toupper@plt>
cmpl   $0x2,0x4(%rsp)
jl     1290 <StrDPShuffle+0x110>
movsbl %al,%ebx
add    $0xffffffbf,%ebx
mov    0x4(%rsp),%r14d
mov    $0x1,%ebp
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
mov    0x8(%rsp),%rax
movsbl (%rax,%rbp,1),%edi
call   1040 <toupper@plt>
movslq %ebx,%rcx
movsbl %al,%ebx
add    $0xffffffbf,%ebx
mov    (%r12,%rcx,8),%rax
movslq (%r15,%rcx,4),%rdx
mov    %bl,(%rax,%rdx,1)
addl   $0x1,(%r15,%rcx,4)
add    $0x1,%rbp
cmp    %rbp,%r14
jne    1260 <StrDPShuffle+0xe0>
mov    0x8(%rsp),%rax
movsbl (%rax,%r13,1),%edi
call   1040 <toupper@plt>
mov    %al,0x2(%rsp)
add    $0xbf,%al
mov    %al,0x3(%rsp)
movsbq %al,%r14
mov    %r14d,%r13d
xor    %ebx,%ebx
cmpl   $0x0,(%r15,%rbx,4)
je     12ec <StrDPShuffle+0x16c>
cmp    %r13,%rbx
je     12ec <StrDPShuffle+0x16c>
xor    %eax,%eax
call   1090 <sre_random@plt>
movslq (%r15,%rbx,4),%rcx
cltq
imul   %rcx,%rax
mov    (%r12,%rbx,8),%rdx
movzbl (%rdx,%rax,1),%esi
movzbl -0x1(%rcx,%rdx,1),%ecx
mov    %cl,(%rdx,%rax,1)
mov    (%r12,%rbx,8),%rax
movslq (%r15,%rbx,4),%rcx
mov    %sil,-0x1(%rcx,%rax,1)
add    $0x1,%rbx
cmp    $0x1a,%rbx
jne    12b2 <StrDPShuffle+0x132>
xorps  %xmm0,%xmm0
movups %xmm0,0x1a(%rsp)
movaps %xmm0,0x10(%rsp)
movb   $0x1,0x10(%rsp,%r14,1)
xor    %eax,%eax
xor    %ecx,%ecx
jmp    131a <StrDPShuffle+0x19a>
nop
add    $0x1,%rax
cmp    $0x1a,%rax
je     1350 <StrDPShuffle+0x1d0>
cmpb   $0x0,0x10(%rsp,%rax,1)
jne    1310 <StrDPShuffle+0x190>
mov    (%r12,%rax,8),%rdx
movslq (%r15,%rax,4),%rsi
movsbq -0x1(%rsi,%rdx,1),%rdx
cmpb   $0x1,0x10(%rsp,%rdx,1)
jne    1310 <StrDPShuffle+0x190>
movb   $0x1,0x10(%rsp,%rax,1)
mov    $0x1,%ecx
jmp    1310 <StrDPShuffle+0x190>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
xor    %eax,%eax
test   %ecx,%ecx
mov    $0x0,%ecx
jne    131a <StrDPShuffle+0x19a>
xor    %eax,%eax
jmp    136d <StrDPShuffle+0x1ed>
nop
add    $0x1,%rcx
mov    %rcx,%rax
cmp    $0x1a,%rcx
je     13a1 <StrDPShuffle+0x221>
cmpl   $0x0,(%r15,%rax,4)
je     1384 <StrDPShuffle+0x204>
cmp    %rax,%r13
je     1384 <StrDPShuffle+0x204>
cmpb   $0x0,0x10(%rsp,%rax,1)
je     12b0 <StrDPShuffle+0x130>
lea    0x1(%rax),%rcx
cmpl   $0x0,0x4(%r15,%rax,4)
je     1360 <StrDPShuffle+0x1e0>
cmp    %r13,%rcx
je     1360 <StrDPShuffle+0x1e0>
cmpb   $0x0,0x11(%rsp,%rax,1)
jne    1360 <StrDPShuffle+0x1e0>
jmp    12b0 <StrDPShuffle+0x130>
xor    %r13d,%r13d
jmp    13ba <StrDPShuffle+0x23a>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%r13
cmp    $0x1a,%r13
je     141a <StrDPShuffle+0x29a>
mov    (%r15,%r13,4),%eax
cmp    $0x3,%eax
jl     13b0 <StrDPShuffle+0x230>
mov    $0xfffffffe,%ecx
lea    (%rax,%rcx,1),%rbp
mov    %rax,%rbx
add    $0x1,%rbx
lea    -0x1(%rax),%r14d
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
xor    %eax,%eax
call   1090 <sre_random@plt>
imul   %r14d,%eax
mov    (%r12,%r13,8),%rcx
cltq
movzbl (%rcx,%rax,1),%edi
mov    %ebp,%esi
movzbl (%rcx,%rsi,1),%edx
mov    %dl,(%rcx,%rax,1)
mov    (%r12,%r13,8),%rax
mov    %dil,(%rax,%rsi,1)
add    $0xffffffffffffffff,%rbp
add    $0xffffffffffffffff,%rbx
add    $0xffffffff,%r14d
cmp    $0x3,%rbx
ja     13e0 <StrDPShuffle+0x260>
jmp    13b0 <StrDPShuffle+0x230>
lea    0xbdf(%rip),%rdi
mov    $0xed,%esi
mov    $0x68,%edx
call   10a0 <sre_malloc@plt>
mov    %rax,%r13
xorps  %xmm0,%xmm0
movups %xmm0,(%rax)
movups %xmm0,0x10(%rax)
movups %xmm0,0x20(%rax)
movups %xmm0,0x30(%rax)
movups %xmm0,0x40(%rax)
movups %xmm0,0x50(%rax)
movq   $0x0,0x60(%rax)
mov    0x8(%rsp),%rax
movsbl (%rax),%edi
call   1040 <toupper@plt>
movsbl %al,%eax
add    $0xffffffbf,%eax
xor    %ebx,%ebx
mov    0x30(%rsp),%rsi
nop
lea    0x41(%rax),%ecx
mov    %cl,(%rsi,%rbx,1)
add    $0x1,%rbx
movslq %eax,%rcx
mov    (%r12,%rcx,8),%rax
movslq 0x0(%r13,%rcx,4),%rdx
movsbq (%rax,%rdx,1),%rax
add    $0x1,%edx
mov    %edx,0x0(%r13,%rcx,4)
mov    0x0(%r13,%rax,4),%ecx
cmp    (%r15,%rax,4),%ecx
jne    1470 <StrDPShuffle+0x2f0>
mov    0x4(%rsp),%ecx
mov    %ecx,%ebp
add    $0xffffffff,%ebp
lea    0x1(%rbx),%r14
mov    %ebx,%ecx
mov    0x2(%rsp),%dl
mov    %dl,(%rsi,%rcx,1)
mov    %r14d,%ecx
movb   $0x0,(%rsi,%rcx,1)
cmp    0x3(%rsp),%al
je     14cf <StrDPShuffle+0x34f>
lea    0xbe9(%rip),%rdi
xor    %eax,%eax
call   1070 <Die@plt>
cmp    %ebx,%ebp
je     14e8 <StrDPShuffle+0x368>
lea    0xbf3(%rip),%rdi
mov    %r14d,%esi
mov    0x4(%rsp),%edx
xor    %eax,%eax
call   1070 <Die@plt>
mov    %r12,%rdi
mov    $0x1a,%esi
call   1060 <Free2DArray@plt>
mov    %r15,%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    %r13,%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    $0x1,%r14d
mov    %r14d,%eax
add    $0x38,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
@.str = [177 x i8] c"/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/2022-01-22/02-19-57/repos/vinuesa/get_phylomarkers/refs/heads/master/bin/clustal-omega-1.2.4/src/squid/shuffle.c\00"
@.str.1 = [28 x i8] c"hey, you didn't end on s_f.\00"
@.str.2 = [27 x i8] c"hey, pos (%d) != len (%d).\00"
define i32 @StrDPShuffle(i8* %0, i8* %1) {
%3 = alloca i32
%4 = alloca i8*
%5 = alloca i8*
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i8**
%11 = alloca i32*
%12 = alloca i32*
%13 = alloca i32
%14 = alloca i8
%15 = alloca [26 x i8]
%16 = alloca i32
%17 = alloca i32
store i8* %0, i8** %4
store i8* %1, i8** %5
%18 = load i8*, i8** %5
%19 = call i32 @strlen(i8* %18)
store i32 %19, i32* %6
store i32 0, i32* %7
br label %20
20: ; preds = %34, %2
%21 = load i32, i32* %7
%22 = load i32, i32* %6
%23 = icmp slt i32 %21, %22
br i1 %23, label %24, label %37
24: ; preds = %20
%25 = load i8*, i8** %5
%26 = load i32, i32* %7
%27 = sext i32 %26 to i64
%28 = getelementptr inbounds i8, i8* %25, i64 %27
%29 = load i8, i8* %28
%30 = call i32 @isalpha(i8 signext %29)
%31 = icmp ne i32 %30, 0
br i1 %31, label %33, label %32
32: ; preds = %24
store i32 0, i32* %3
br label %451
33: ; preds = %24
br label %34
34: ; preds = %33
%35 = load i32, i32* %7
%36 = add nsw i32 %35, 1
store i32 %36, i32* %7
br label %20
37: ; preds = %20
%38 = call i8* @sre_malloc(i8* getelementptr inbounds ([177 x i8], [177 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 124, i32 208)
%39 = bitcast i8* %38 to i8**
store i8** %39, i8*** %10
%40 = call i8* @sre_malloc(i8* getelementptr inbounds ([177 x i8], [177 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 125, i32 104)
%41 = bitcast i8* %40 to i32*
store i32* %41, i32** %11
store i32 0, i32* %8
br label %42
42: ; preds = %60, %37
%43 = load i32, i32* %8
%44 = icmp slt i32 %43, 26
br i1 %44, label %45, label %63
45: ; preds = %42
%46 = load i32, i32* %6
%47 = sub nsw i32 %46, 1
%48 = sext i32 %47 to i64
%49 = mul i64 1, %48
%50 = trunc i64 %49 to i32
%51 = call i8* @sre_malloc(i8* getelementptr inbounds ([177 x i8], [177 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 128, i32 %50)
%52 = load i8**, i8*** %10
%53 = load i32, i32* %8
%54 = sext i32 %53 to i64
%55 = getelementptr inbounds i8*, i8** %52, i64 %54
store i8* %51, i8** %55
%56 = load i32*, i32** %11
%57 = load i32, i32* %8
%58 = sext i32 %57 to i64
%59 = getelementptr inbounds i32, i32* %56, i64 %58
store i32 0, i32* %59
br label %60
60: ; preds = %45
%61 = load i32, i32* %8
%62 = add nsw i32 %61, 1
store i32 %62, i32* %8
br label %42
63: ; preds = %42
%64 = load i8*, i8** %5
%65 = getelementptr inbounds i8, i8* %64, i64 0
%66 = load i8, i8* %65
%67 = call signext i8 @toupper(i8 signext %66)
%68 = sext i8 %67 to i32
%69 = sub nsw i32 %68, 65
store i32 %69, i32* %8
store i32 1, i32* %7
br label %70
70: ; preds = %104, %63
%71 = load i32, i32* %7
%72 = load i32, i32* %6
%73 = icmp slt i32 %71, %72
br i1 %73, label %74, label %107
74: ; preds = %70
%75 = load i8*, i8** %5
%76 = load i32, i32* %7
%77 = sext i32 %76 to i64
%78 = getelementptr inbounds i8, i8* %75, i64 %77
%79 = load i8, i8* %78
%80 = call signext i8 @toupper(i8 signext %79)
%81 = sext i8 %80 to i32
%82 = sub nsw i32 %81, 65
store i32 %82, i32* %9
%83 = load i32, i32* %9
%84 = trunc i32 %83 to i8
%85 = load i8**, i8*** %10
%86 = load i32, i32* %8
%87 = sext i32 %86 to i64
%88 = getelementptr inbounds i8*, i8** %85, i64 %87
%89 = load i8*, i8** %88
%90 = load i32*, i32** %11
%91 = load i32, i32* %8
%92 = sext i32 %91 to i64
%93 = getelementptr inbounds i32, i32* %90, i64 %92
%94 = load i32, i32* %93
%95 = sext i32 %94 to i64
%96 = getelementptr inbounds i8, i8* %89, i64 %95
store i8 %84, i8* %96
%97 = load i32*, i32** %11
%98 = load i32, i32* %8
%99 = sext i32 %98 to i64
%100 = getelementptr inbounds i32, i32* %97, i64 %99
%101 = load i32, i32* %100
%102 = add nsw i32 %101, 1
store i32 %102, i32* %100
%103 = load i32, i32* %9
store i32 %103, i32* %8
br label %104
104: ; preds = %74
%105 = load i32, i32* %7
%106 = add nsw i32 %105, 1
store i32 %106, i32* %7
br label %70
107: ; preds = %70
%108 = load i8*, i8** %5
%109 = load i32, i32* %6
%110 = sub nsw i32 %109, 1
%111 = sext i32 %110 to i64
%112 = getelementptr inbounds i8, i8* %108, i64 %111
%113 = load i8, i8* %112
%114 = call signext i8 @toupper(i8 signext %113)
%115 = sext i8 %114 to i32
%116 = sub nsw i32 %115, 65
%117 = trunc i32 %116 to i8
store i8 %117, i8* %14
store i32 0, i32* %17
br label %118
118: ; preds = %287, %107
%119 = load i32, i32* %17
%120 = icmp ne i32 %119, 0
%121 = xor i1 %120, true
br i1 %121, label %122, label %288
122: ; preds = %118
store i32 0, i32* %8
br label %123
123: ; preds = %194, %122
%124 = load i32, i32* %8
%125 = icmp slt i32 %124, 26
br i1 %125, label %126, label %197
126: ; preds = %123
%127 = load i32*, i32** %11
%128 = load i32, i32* %8
%129 = sext i32 %128 to i64
%130 = getelementptr inbounds i32, i32* %127, i64 %129
%131 = load i32, i32* %130
%132 = icmp eq i32 %131, 0
br i1 %132, label %138, label %133
133: ; preds = %126
%134 = load i32, i32* %8
%135 = load i8, i8* %14
%136 = sext i8 %135 to i32
%137 = icmp eq i32 %134, %136
br i1 %137, label %138, label %139
138: ; preds = %133, %126
br label %194
139: ; preds = %133
%140 = call i32 (...) @sre_random()
%141 = load i32*, i32** %11
%142 = load i32, i32* %8
%143 = sext i32 %142 to i64
%144 = getelementptr inbounds i32, i32* %141, i64 %143
%145 = load i32, i32* %144
%146 = mul nsw i32 %140, %145
store i32 %146, i32* %7
%147 = load i8**, i8*** %10
%148 = load i32, i32* %8
%149 = sext i32 %148 to i64
%150 = getelementptr inbounds i8*, i8** %147, i64 %149
%151 = load i8*, i8** %150
%152 = load i32, i32* %7
%153 = sext i32 %152 to i64
%154 = getelementptr inbounds i8, i8* %151, i64 %153
%155 = load i8, i8* %154
%156 = sext i8 %155 to i32
store i32 %156, i32* %9
%157 = load i8**, i8*** %10
%158 = load i32, i32* %8
%159 = sext i32 %158 to i64
%160 = getelementptr inbounds i8*, i8** %157, i64 %159
%161 = load i8*, i8** %160
%162 = load i32*, i32** %11
%163 = load i32, i32* %8
%164 = sext i32 %163 to i64
%165 = getelementptr inbounds i32, i32* %162, i64 %164
%166 = load i32, i32* %165
%167 = sub nsw i32 %166, 1
%168 = sext i32 %167 to i64
%169 = getelementptr inbounds i8, i8* %161, i64 %168
%170 = load i8, i8* %169
%171 = load i8**, i8*** %10
%172 = load i32, i32* %8
%173 = sext i32 %172 to i64
%174 = getelementptr inbounds i8*, i8** %171, i64 %173
%175 = load i8*, i8** %174
%176 = load i32, i32* %7
%177 = sext i32 %176 to i64
%178 = getelementptr inbounds i8, i8* %175, i64 %177
store i8 %170, i8* %178
%179 = load i32, i32* %9
%180 = trunc i32 %179 to i8
%181 = load i8**, i8*** %10
%182 = load i32, i32* %8
%183 = sext i32 %182 to i64
%184 = getelementptr inbounds i8*, i8** %181, i64 %183
%185 = load i8*, i8** %184
%186 = load i32*, i32** %11
%187 = load i32, i32* %8
%188 = sext i32 %187 to i64
%189 = getelementptr inbounds i32, i32* %186, i64 %188
%190 = load i32, i32* %189
%191 = sub nsw i32 %190, 1
%192 = sext i32 %191 to i64
%193 = getelementptr inbounds i8, i8* %185, i64 %192
store i8 %180, i8* %193
br label %194
194: ; preds = %139, %138
%195 = load i32, i32* %8
%196 = add nsw i32 %195, 1
store i32 %196, i32* %8
br label %123
197: ; preds = %123
store i32 0, i32* %8
br label %198
198: ; preds = %205, %197
%199 = load i32, i32* %8
%200 = icmp slt i32 %199, 26
br i1 %200, label %201, label %208
201: ; preds = %198
%202 = load i32, i32* %8
%203 = sext i32 %202 to i64
%204 = getelementptr inbounds [26 x i8], [26 x i8]* %15, i64 0, i64 %203
store i8 0, i8* %204
br label %205
205: ; preds = %201
%206 = load i32, i32* %8
%207 = add nsw i32 %206, 1
store i32 %207, i32* %8
br label %198
208: ; preds = %198
store i32 1, i32* %16
%209 = load i8, i8* %14
%210 = sext i8 %209 to i32
%211 = sext i32 %210 to i64
%212 = getelementptr inbounds [26 x i8], [26 x i8]* %15, i64 0, i64 %211
store i8 1, i8* %212
br label %213
213: ; preds = %257, %208
%214 = load i32, i32* %16
%215 = icmp ne i32 %214, 0
br i1 %215, label %216, label %258
216: ; preds = %213
store i32 0, i32* %16
store i32 0, i32* %8
br label %217
217: ; preds = %254, %216
%218 = load i32, i32* %8
%219 = icmp slt i32 %218, 26
br i1 %219, label %220, label %257
220: ; preds = %217
%221 = load i8**, i8*** %10
%222 = load i32, i32* %8
%223 = sext i32 %222 to i64
%224 = getelementptr inbounds i8*, i8** %221, i64 %223
%225 = load i8*, i8** %224
%226 = load i32*, i32** %11
%227 = load i32, i32* %8
%228 = sext i32 %227 to i64
%229 = getelementptr inbounds i32, i32* %226, i64 %228
%230 = load i32, i32* %229
%231 = sub nsw i32 %230, 1
%232 = sext i32 %231 to i64
%233 = getelementptr inbounds i8, i8* %225, i64 %232
%234 = load i8, i8* %233
%235 = sext i8 %234 to i32
store i32 %235, i32* %9
%236 = load i32, i32* %8
%237 = sext i32 %236 to i64
%238 = getelementptr inbounds [26 x i8], [26 x i8]* %15, i64 0, i64 %237
%239 = load i8, i8* %238
%240 = sext i8 %239 to i32
%241 = icmp eq i32 %240, 0
br i1 %241, label %242, label %253
242: ; preds = %220
%243 = load i32, i32* %9
%244 = sext i32 %243 to i64
%245 = getelementptr inbounds [26 x i8], [26 x i8]* %15, i64 0, i64 %244
%246 = load i8, i8* %245
%247 = sext i8 %246 to i32
%248 = icmp eq i32 %247, 1
br i1 %248, label %249, label %253
249: ; preds = %242
%250 = load i32, i32* %8
%251 = sext i32 %250 to i64
%252 = getelementptr inbounds [26 x i8], [26 x i8]* %15, i64 0, i64 %251
store i8 1, i8* %252
store i32 1, i32* %16
br label %253
253: ; preds = %249, %242, %220
br label %254
254: ; preds = %253
%255 = load i32, i32* %8
%256 = add nsw i32 %255, 1
store i32 %256, i32* %8
br label %217
257: ; preds = %217
br label %213
258: ; preds = %213
store i32 1, i32* %17
store i32 0, i32* %8
br label %259
259: ; preds = %284, %258
%260 = load i32, i32* %8
%261 = icmp slt i32 %260, 26
br i1 %261, label %262, label %287
262: ; preds = %259
%263 = load i32*, i32** %11
%264 = load i32, i32* %8
%265 = sext i32 %264 to i64
%266 = getelementptr inbounds i32, i32* %263, i64 %265
%267 = load i32, i32* %266
%268 = icmp eq i32 %267, 0
br i1 %268, label %274, label %269
269: ; preds = %262
%270 = load i32, i32* %8
%271 = load i8, i8* %14
%272 = sext i8 %271 to i32
%273 = icmp eq i32 %270, %272
br i1 %273, label %274, label %275
274: ; preds = %269, %262
br label %284
275: ; preds = %269
%276 = load i32, i32* %8
%277 = sext i32 %276 to i64
%278 = getelementptr inbounds [26 x i8], [26 x i8]* %15, i64 0, i64 %277
%279 = load i8, i8* %278
%280 = sext i8 %279 to i32
%281 = icmp eq i32 %280, 0
br i1 %281, label %282, label %283
282: ; preds = %275
store i32 0, i32* %17
br label %287
283: ; preds = %275
br label %284
284: ; preds = %283, %274
%285 = load i32, i32* %8
%286 = add nsw i32 %285, 1
store i32 %286, i32* %8
br label %259
287: ; preds = %282, %259
br label %118
288: ; preds = %118
store i32 0, i32* %8
br label %289
289: ; preds = %349, %288
%290 = load i32, i32* %8
%291 = icmp slt i32 %290, 26
br i1 %291, label %292, label %352
292: ; preds = %289
%293 = load i32*, i32** %11
%294 = load i32, i32* %8
%295 = sext i32 %294 to i64
%296 = getelementptr inbounds i32, i32* %293, i64 %295
%297 = load i32, i32* %296
%298 = sub nsw i32 %297, 1
store i32 %298, i32* %13
br label %299
299: ; preds = %345, %292
%300 = load i32, i32* %13
%301 = icmp sgt i32 %300, 1
br i1 %301, label %302, label %348
302: ; preds = %299
%303 = call i32 (...) @sre_random()
%304 = load i32, i32* %13
%305 = mul nsw i32 %303, %304
store i32 %305, i32* %7
%306 = load i8**, i8*** %10
%307 = load i32, i32* %8
%308 = sext i32 %307 to i64
%309 = getelementptr inbounds i8*, i8** %306, i64 %308
%310 = load i8*, i8** %309
%311 = load i32, i32* %7
%312 = sext i32 %311 to i64
%313 = getelementptr inbounds i8, i8* %310, i64 %312
%314 = load i8, i8* %313
%315 = sext i8 %314 to i32
store i32 %315, i32* %9
%316 = load i8**, i8*** %10
%317 = load i32, i32* %8
%318 = sext i32 %317 to i64
%319 = getelementptr inbounds i8*, i8** %316, i64 %318
%320 = load i8*, i8** %319
%321 = load i32, i32* %13
%322 = sub nsw i32 %321, 1
%323 = sext i32 %322 to i64
%324 = getelementptr inbounds i8, i8* %320, i64 %323
%325 = load i8, i8* %324
%326 = load i8**, i8*** %10
%327 = load i32, i32* %8
%328 = sext i32 %327 to i64
%329 = getelementptr inbounds i8*, i8** %326, i64 %328
%330 = load i8*, i8** %329
%331 = load i32, i32* %7
%332 = sext i32 %331 to i64
%333 = getelementptr inbounds i8, i8* %330, i64 %332
store i8 %325, i8* %333
%334 = load i32, i32* %9
%335 = trunc i32 %334 to i8
%336 = load i8**, i8*** %10
%337 = load i32, i32* %8
%338 = sext i32 %337 to i64
%339 = getelementptr inbounds i8*, i8** %336, i64 %338
%340 = load i8*, i8** %339
%341 = load i32, i32* %13
%342 = sub nsw i32 %341, 1
%343 = sext i32 %342 to i64
%344 = getelementptr inbounds i8, i8* %340, i64 %343
store i8 %335, i8* %344
br label %345
345: ; preds = %302
%346 = load i32, i32* %13
%347 = add nsw i32 %346, -1
store i32 %347, i32* %13
br label %299
348: ; preds = %299
br label %349
349: ; preds = %348
%350 = load i32, i32* %8
%351 = add nsw i32 %350, 1
store i32 %351, i32* %8
br label %289
352: ; preds = %289
%353 = call i8* @sre_malloc(i8* getelementptr inbounds ([177 x i8], [177 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 237, i32 104)
%354 = bitcast i8* %353 to i32*
store i32* %354, i32** %12
store i32 0, i32* %8
br label %355
355: ; preds = %363, %352
%356 = load i32, i32* %8
%357 = icmp slt i32 %356, 26
br i1 %357, label %358, label %366
358: ; preds = %355
%359 = load i32*, i32** %12
%360 = load i32, i32* %8
%361 = sext i32 %360 to i64
%362 = getelementptr inbounds i32, i32* %359, i64 %361
store i32 0, i32* %362
br label %363
363: ; preds = %358
%364 = load i32, i32* %8
%365 = add nsw i32 %364, 1
store i32 %365, i32* %8
br label %355
366: ; preds = %355
store i32 0, i32* %7
%367 = load i8*, i8** %5
%368 = getelementptr inbounds i8, i8* %367, i64 0
%369 = load i8, i8* %368
%370 = call signext i8 @toupper(i8 signext %369)
%371 = sext i8 %370 to i32
%372 = sub nsw i32 %371, 65
store i32 %372, i32* %8
br label %373
373: ; preds = %366, %415
%374 = load i32, i32* %8
%375 = add nsw i32 65, %374
%376 = trunc i32 %375 to i8
%377 = load i8*, i8** %4
%378 = load i32, i32* %7
%379 = add nsw i32 %378, 1
store i32 %379, i32* %7
%380 = sext i32 %378 to i64
%381 = getelementptr inbounds i8, i8* %377, i64 %380
store i8 %376, i8* %381
%382 = load i8**, i8*** %10
%383 = load i32, i32* %8
%384 = sext i32 %383 to i64
%385 = getelementptr inbounds i8*, i8** %382, i64 %384
%386 = load i8*, i8** %385
%387 = load i32*, i32** %12
%388 = load i32, i32* %8
%389 = sext i32 %388 to i64
%390 = getelementptr inbounds i32, i32* %387, i64 %389
%391 = load i32, i32* %390
%392 = sext i32 %391 to i64
%393 = getelementptr inbounds i8, i8* %386, i64 %392
%394 = load i8, i8* %393
%395 = sext i8 %394 to i32
store i32 %395, i32* %9
%396 = load i32*, i32** %12
%397 = load i32, i32* %8
%398 = sext i32 %397 to i64
%399 = getelementptr inbounds i32, i32* %396, i64 %398
%400 = load i32, i32* %399
%401 = add nsw i32 %400, 1
store i32 %401, i32* %399
%402 = load i32, i32* %9
store i32 %402, i32* %8
%403 = load i32*, i32** %12
%404 = load i32, i32* %8
%405 = sext i32 %404 to i64
%406 = getelementptr inbounds i32, i32* %403, i64 %405
%407 = load i32, i32* %406
%408 = load i32*, i32** %11
%409 = load i32, i32* %8
%410 = sext i32 %409 to i64
%411 = getelementptr inbounds i32, i32* %408, i64 %410
%412 = load i32, i32* %411
%413 = icmp eq i32 %407, %412
br i1 %413, label %414, label %415
414: ; preds = %373
br label %416
415: ; preds = %373
br label %373
416: ; preds = %414
%417 = load i8, i8* %14
%418 = sext i8 %417 to i32
%419 = add nsw i32 65, %418
%420 = trunc i32 %419 to i8
%421 = load i8*, i8** %4
%422 = load i32, i32* %7
%423 = add nsw i32 %422, 1
store i32 %423, i32* %7
%424 = sext i32 %422 to i64
%425 = getelementptr inbounds i8, i8* %421, i64 %424
store i8 %420, i8* %425
%426 = load i8*, i8** %4
%427 = load i32, i32* %7
%428 = sext i32 %427 to i64
%429 = getelementptr inbounds i8, i8* %426, i64 %428
store i8 0, i8* %429
%430 = load i32, i32* %8
%431 = load i8, i8* %14
%432 = sext i8 %431 to i32
%433 = icmp ne i32 %430, %432
br i1 %433, label %434, label %436
434: ; preds = %416
%435 = call i32 (i8*, ...) @Die(i8* getelementptr inbounds ([28 x i8], [28 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0))
br label %436
436: ; preds = %434, %416
%437 = load i32, i32* %7
%438 = load i32, i32* %6
%439 = icmp ne i32 %437, %438
br i1 %439, label %440, label %444
440: ; preds = %436
%441 = load i32, i32* %7
%442 = load i32, i32* %6
%443 = call i32 (i8*, ...) @Die(i8* getelementptr inbounds ([27 x i8], [27 x i8]* @.str.2, i64 0, i64 0), i32 %441, i32 %442)
br label %444
444: ; preds = %440, %436
%445 = load i8**, i8*** %10
%446 = call i32 @Free2DArray(i8** %445, i32 26)
%447 = load i32*, i32** %11
%448 = call i32 @free(i32* %447)
%449 = load i32*, i32** %12
%450 = call i32 @free(i32* %449)
store i32 1, i32* %3
br label %451
451: ; preds = %444, %32
%452 = load i32, i32* %3
ret i32 %452
}

LLVM IR (-O2):
@.str = [177 x i8] c"/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/2022-01-22/02-19-57/repos/vinuesa/get_phylomarkers/refs/heads/master/bin/clustal-omega-1.2.4/src/squid/shuffle.c\00"
@.str.1 = [28 x i8] c"hey, you didn't end on s_f.\00"
@.str.2 = [27 x i8] c"hey, pos (%d) != len (%d).\00"
define i32 @StrDPShuffle(i8* nocapture writeonly %0, i8* %1) {
%3 = alloca [26 x i8]
%4 = getelementptr inbounds [26 x i8], [26 x i8]* %3, i64 0, i64 0
%5 = getelementptr inbounds [26 x i8], [26 x i8]* %3, i64 0, i64 0
%6 = tail call i32 @strlen(i8* %1)
%7 = icmp sgt i32 %6, 0
br i1 %7, label %8, label %19
8: ; preds = %2
%9 = zext i32 %6 to i64
br label %12
10: ; preds = %12
%11 = icmp eq i64 %18, %9
br i1 %11, label %19, label %12
12: ; preds = %8, %10
%13 = phi i64 [ 0, %8 ], [ %18, %10 ]
%14 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %13
%15 = load i8, i8* %14
%16 = tail call i32 @isalpha(i8 signext %15)
%17 = icmp eq i32 %16, 0
%18 = add nuw nsw i64 %13, 1
br i1 %17, label %231, label %10
19: ; preds = %10, %2
%20 = tail call i8* @sre_malloc(i8* getelementptr inbounds ([177 x i8], [177 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 124, i32 208)
%21 = bitcast i8* %20 to i8**
%22 = tail call i8* @sre_malloc(i8* getelementptr inbounds ([177 x i8], [177 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 125, i32 104)
%23 = bitcast i8* %22 to i32*
%24 = add nsw i32 %6, -1
br label %25
25: ; preds = %19, %25
%26 = phi i64 [ 0, %19 ], [ %30, %25 ]
%27 = tail call i8* @sre_malloc(i8* getelementptr inbounds ([177 x i8], [177 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 128, i32 %24)
%28 = getelementptr inbounds i8*, i8** %21, i64 %26
store i8* %27, i8** %28
%29 = getelementptr inbounds i32, i32* %23, i64 %26
store i32 0, i32* %29
%30 = add nuw nsw i64 %26, 1
%31 = icmp eq i64 %30, 26
br i1 %31, label %32, label %25
32: ; preds = %25
%33 = load i8, i8* %1
%34 = tail call signext i8 @toupper(i8 signext %33)
%35 = icmp sgt i32 %6, 1
br i1 %35, label %36, label %60
36: ; preds = %32
%37 = sext i8 %34 to i32
%38 = add nsw i32 %37, -65
%39 = zext i32 %6 to i64
br label %40
40: ; preds = %36, %40
%41 = phi i64 [ 1, %36 ], [ %58, %40 ]
%42 = phi i32 [ %38, %36 ], [ %47, %40 ]
%43 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %41
%44 = load i8, i8* %43
%45 = tail call signext i8 @toupper(i8 signext %44)
%46 = sext i8 %45 to i32
%47 = add nsw i32 %46, -65
%48 = trunc i32 %47 to i8
%49 = sext i32 %42 to i64
%50 = getelementptr inbounds i8*, i8** %21, i64 %49
%51 = load i8*, i8** %50
%52 = getelementptr inbounds i32, i32* %23, i64 %49
%53 = load i32, i32* %52
%54 = sext i32 %53 to i64
%55 = getelementptr inbounds i8, i8* %51, i64 %54
store i8 %48, i8* %55
%56 = load i32, i32* %52
%57 = add nsw i32 %56, 1
store i32 %57, i32* %52
%58 = add nuw nsw i64 %41, 1
%59 = icmp eq i64 %58, %39
br i1 %59, label %60, label %40
60: ; preds = %40, %32
%61 = sext i32 %24 to i64
%62 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %61
%63 = load i8, i8* %62
%64 = tail call signext i8 @toupper(i8 signext %63)
%65 = add i8 %64, -65
%66 = sext i8 %65 to i64
%67 = sext i8 %65 to i64
%68 = getelementptr inbounds [26 x i8], [26 x i8]* %3, i64 0, i64 %67
%69 = and i64 %66, 4294967295
br label %70
70: ; preds = %98, %60
%71 = phi i64 [ 0, %60 ], [ %99, %98 ]
%72 = getelementptr inbounds i32, i32* %23, i64 %71
%73 = load i32, i32* %72
%74 = icmp eq i32 %73, 0
%75 = icmp eq i64 %71, %69
%76 = select i1 %74, i1 true, i1 %75
br i1 %76, label %95, label %77
77: ; preds = %70
%78 = tail call i32 (...) @sre_random()
%79 = load i32, i32* %72
%80 = mul nsw i32 %79, %78
%81 = getelementptr inbounds i8*, i8** %21, i64 %71
%82 = load i8*, i8** %81
%83 = sext i32 %80 to i64
%84 = getelementptr inbounds i8, i8* %82, i64 %83
%85 = load i8, i8* %84
%86 = add nsw i32 %79, -1
%87 = sext i32 %86 to i64
%88 = getelementptr inbounds i8, i8* %82, i64 %87
%89 = load i8, i8* %88
store i8 %89, i8* %84
%90 = load i8*, i8** %81
%91 = load i32, i32* %72
%92 = add nsw i32 %91, -1
%93 = sext i32 %92 to i64
%94 = getelementptr inbounds i8, i8* %90, i64 %93
store i8 %85, i8* %94
br label %95
95: ; preds = %70, %77
%96 = add nuw nsw i64 %71, 1
%97 = icmp eq i64 %96, 26
br i1 %97, label %100, label %98
98: ; preds = %137, %148, %95
%99 = phi i64 [ %96, %95 ], [ 0, %148 ], [ 0, %137 ]
br label %70
100: ; preds = %95
store i8 1, i8* %68
br label %103
101: ; preds = %123
%102 = icmp eq i32 %124, 0
br i1 %102, label %130, label %127
103: ; preds = %127, %100
%104 = phi i64 [ 0, %100 ], [ %128, %127 ]
%105 = phi i32 [ 0, %100 ], [ %129, %127 ]
%106 = getelementptr inbounds [26 x i8], [26 x i8]* %3, i64 0, i64 %104
%107 = load i8, i8* %106
%108 = icmp eq i8 %107, 0
br i1 %108, label %109, label %123
109: ; preds = %103
%110 = getelementptr inbounds i8*, i8** %21, i64 %104
%111 = load i8*, i8** %110
%112 = getelementptr inbounds i32, i32* %23, i64 %104
%113 = load i32, i32* %112
%114 = add nsw i32 %113, -1
%115 = sext i32 %114 to i64
%116 = getelementptr inbounds i8, i8* %111, i64 %115
%117 = load i8, i8* %116
%118 = sext i8 %117 to i64
%119 = getelementptr inbounds [26 x i8], [26 x i8]* %3, i64 0, i64 %118
%120 = load i8, i8* %119
%121 = icmp eq i8 %120, 1
br i1 %121, label %122, label %123
122: ; preds = %109
store i8 1, i8* %106
br label %123
123: ; preds = %103, %109, %122
%124 = phi i32 [ 1, %122 ], [ %105, %109 ], [ %105, %103 ]
%125 = add nuw nsw i64 %104, 1
%126 = icmp eq i64 %125, 26
br i1 %126, label %101, label %127
127: ; preds = %123, %101
%128 = phi i64 [ %125, %123 ], [ 0, %101 ]
%129 = phi i32 [ %124, %123 ], [ 0, %101 ]
br label %103
130: ; preds = %101, %152
%131 = phi i64 [ %153, %152 ], [ 0, %101 ]
%132 = getelementptr inbounds i32, i32* %23, i64 %131
%133 = load i32, i32* %132
%134 = icmp eq i32 %133, 0
%135 = icmp eq i64 %131, %69
%136 = select i1 %134, i1 true, i1 %135
br i1 %136, label %141, label %137
137: ; preds = %130
%138 = getelementptr inbounds [26 x i8], [26 x i8]* %3, i64 0, i64 %131
%139 = load i8, i8* %138
%140 = icmp eq i8 %139, 0
br i1 %140, label %98, label %141
141: ; preds = %137, %130
%142 = or i64 %131, 1
%143 = getelementptr inbounds i32, i32* %23, i64 %142
%144 = load i32, i32* %143
%145 = icmp eq i32 %144, 0
%146 = icmp eq i64 %142, %69
%147 = select i1 %145, i1 true, i1 %146
br i1 %147, label %152, label %148
148: ; preds = %141
%149 = getelementptr inbounds [26 x i8], [26 x i8]* %3, i64 0, i64 %142
%150 = load i8, i8* %149
%151 = icmp eq i8 %150, 0
br i1 %151, label %98, label %152
152: ; preds = %148, %141
%153 = add nuw nsw i64 %131, 2
%154 = icmp eq i64 %153, 26
br i1 %154, label %155, label %130
155: ; preds = %152, %180
%156 = phi i64 [ %181, %180 ], [ 0, %152 ]
%157 = getelementptr inbounds i32, i32* %23, i64 %156
%158 = load i32, i32* %157
%159 = icmp sgt i32 %158, 2
br i1 %159, label %160, label %180
160: ; preds = %155
%161 = getelementptr inbounds i8*, i8** %21, i64 %156
%162 = zext i32 %158 to i64
br label %163
163: ; preds = %160, %163
%164 = phi i64 [ %162, %160 ], [ %165, %163 ]
%165 = add nsw i64 %164, -1
%166 = trunc i64 %165 to i32
%167 = tail call i32 (...) @sre_random()
%168 = mul nsw i32 %167, %166
%169 = load i8*, i8** %161
%170 = sext i32 %168 to i64
%171 = getelementptr inbounds i8, i8* %169, i64 %170
%172 = load i8, i8* %171
%173 = add nuw i64 %164, 4294967294
%174 = and i64 %173, 4294967295
%175 = getelementptr inbounds i8, i8* %169, i64 %174
%176 = load i8, i8* %175
store i8 %176, i8* %171
%177 = load i8*, i8** %161
%178 = getelementptr inbounds i8, i8* %177, i64 %174
store i8 %172, i8* %178
%179 = icmp ugt i64 %164, 3
br i1 %179, label %163, label %180
180: ; preds = %163, %155
%181 = add nuw nsw i64 %156, 1
%182 = icmp eq i64 %181, 26
br i1 %182, label %183, label %155
183: ; preds = %180
%184 = tail call i8* @sre_malloc(i8* getelementptr inbounds ([177 x i8], [177 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 237, i32 104)
%185 = bitcast i8* %184 to i32*
%186 = load i8, i8* %1
%187 = tail call signext i8 @toupper(i8 signext %186)
%188 = sext i8 %187 to i32
%189 = add nsw i32 %188, -65
br label %190
190: ; preds = %190, %183
%191 = phi i64 [ %195, %190 ], [ 0, %183 ]
%192 = phi i32 [ %205, %190 ], [ %189, %183 ]
%193 = trunc i32 %192 to i8
%194 = add i8 %193, 65
%195 = add nuw i64 %191, 1
%196 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %191
store i8 %194, i8* %196
%197 = sext i32 %192 to i64
%198 = getelementptr inbounds i8*, i8** %21, i64 %197
%199 = load i8*, i8** %198
%200 = getelementptr inbounds i32, i32* %185, i64 %197
%201 = load i32, i32* %200
%202 = sext i32 %201 to i64
%203 = getelementptr inbounds i8, i8* %199, i64 %202
%204 = load i8, i8* %203
%205 = sext i8 %204 to i32
%206 = add nsw i32 %201, 1
store i32 %206, i32* %200
%207 = sext i8 %204 to i64
%208 = getelementptr inbounds i32, i32* %185, i64 %207
%209 = load i32, i32* %208
%210 = getelementptr inbounds i32, i32* %23, i64 %207
%211 = load i32, i32* %210
%212 = icmp eq i32 %209, %211
br i1 %212, label %213, label %190
213: ; preds = %190
%214 = trunc i64 %191 to i32
%215 = add nuw nsw i32 %214, 2
%216 = and i64 %195, 4294967295
%217 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %216
store i8 %64, i8* %217
%218 = zext i32 %215 to i64
%219 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %218
store i8 0, i8* %219
%220 = icmp eq i8 %204, %65
br i1 %220, label %223, label %221
221: ; preds = %213
%222 = tail call i32 (i8*, ...) @Die(i8* getelementptr inbounds ([28 x i8], [28 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0))
br label %223
223: ; preds = %221, %213
%224 = icmp eq i32 %215, %6
br i1 %224, label %227, label %225
225: ; preds = %223
%226 = tail call i32 (i8*, ...) @Die(i8* getelementptr inbounds ([27 x i8], [27 x i8]* @.str.2, i64 0, i64 0), i32 %215, i32 %6)
br label %227
227: ; preds = %225, %223
%228 = tail call i32 @Free2DArray(i8** %21, i32 26)
%229 = tail call i32 @free(i32* %23)
%230 = tail call i32 @free(i32* %185)
br label %231
231: ; preds = %12, %227
%232 = phi i32 [ 1, %227 ], [ 0, %12 ]
ret i32 %232
}