#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
scalar_t__ strchr(char *, char);
double veclen(double *);
void check_base_base(long i, long j, double hlimit, long **seidx,
                     char **AtomName, double **xyz, long *yes) {
  long k, m, n;
  double dtmp[4], dd;
  *yes = 0;
  for (m = seidx[i][1]; m <= seidx[i][2]; m++) {
    if (strchr(AtomName[m], 'P'))
      continue;
    for (n = seidx[j][1]; n <= seidx[j][2]; n++) {
      if (strchr(AtomName[n], 'P'))
        continue;
      for (k = 1; k <= 3; k++) {
        dtmp[k] = xyz[m][k] - xyz[n][k];
      }
      dd = veclen(dtmp);
      if (dd <= hlimit && !strchr(AtomName[m], '\'') &&
          !strchr(AtomName[n], '\'')) {
        *yes = 1;
        return;
      }
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<check_base_base>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x80,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
movsd  %xmm0,-0x18(%rbp)
mov    %rdx,-0x20(%rbp)
mov    %rcx,-0x28(%rbp)
mov    %r8,-0x30(%rbp)
mov    %r9,-0x38(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%rax
movq   $0x0,(%rax)
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    0x8(%rax),%rax
mov    %rax,-0x48(%rbp)
mov    -0x48(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
mov    -0x8(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rcx
cmp    0x10(%rcx),%rax
jg     12ef <check_base_base+0x1cf>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    -0x48(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
mov    $0x50,%esi
call   1030 <strchr@plt>
cmp    $0x0,%rax
je     11a6 <check_base_base+0x86>
jmp    12de <check_base_base+0x1be>
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    0x8(%rax),%rax
mov    %rax,-0x50(%rbp)
mov    -0x50(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
mov    -0x10(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rcx
cmp    0x10(%rcx),%rax
jg     12d9 <check_base_base+0x1b9>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    -0x50(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
mov    $0x50,%esi
call   1030 <strchr@plt>
cmp    $0x0,%rax
je     11f9 <check_base_base+0xd9>
jmp    12c8 <check_base_base+0x1a8>
movq   $0x1,-0x40(%rbp)
cmpq   $0x3,-0x40(%rbp)
jg     1251 <check_base_base+0x131>
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    -0x48(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x40(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    -0x50(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x40(%rbp),%rcx
subsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mov    -0x40(%rbp),%rax
movsd  %xmm0,-0x70(%rbp,%rax,8)
mov    -0x40(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x40(%rbp)
jmp    1201 <check_base_base+0xe1>
lea    -0x70(%rbp),%rdi
call   1040 <veclen@plt>
movsd  %xmm0,-0x78(%rbp)
movsd  -0x78(%rbp),%xmm1
movsd  -0x18(%rbp),%xmm0
ucomisd %xmm1,%xmm0
jb     12c3 <check_base_base+0x1a3>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    -0x48(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
mov    $0x27,%esi
call   1030 <strchr@plt>
cmp    $0x0,%rax
jne    12c3 <check_base_base+0x1a3>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    -0x50(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
mov    $0x27,%esi
call   1030 <strchr@plt>
cmp    $0x0,%rax
jne    12c3 <check_base_base+0x1a3>
mov    -0x38(%rbp),%rax
movq   $0x1,(%rax)
jmp    12ef <check_base_base+0x1cf>
jmp    12c8 <check_base_base+0x1a8>
mov    -0x50(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x50(%rbp)
jmp    11ba <check_base_base+0x9a>
jmp    12de <check_base_base+0x1be>
mov    -0x48(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x48(%rbp)
jmp    1167 <check_base_base+0x47>
add    $0x80,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<check_base_base>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x48,%rsp
movsd  %xmm0,0x18(%rsp)
mov    %r9,0x8(%rsp)
movq   $0x0,(%r9)
mov    %rdi,0x10(%rsp)
mov    (%rdx,%rdi,8),%rax
mov    0x8(%rax),%r14
cmp    0x10(%rax),%r14
jg     125c <check_base_base+0x13c>
mov    %r8,%r15
mov    %rcx,%rbx
mov    %rdx,%r12
mov    %rsi,%r13
jmp    118a <check_base_base+0x6a>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
lea    0x1(%r14),%rax
mov    0x10(%rsp),%rcx
mov    (%r12,%rcx,8),%rcx
cmp    0x10(%rcx),%r14
mov    %rax,%r14
jge    125c <check_base_base+0x13c>
mov    (%rbx,%r14,8),%rdi
mov    $0x50,%esi
call   1030 <strchr@plt>
test   %rax,%rax
jne    1170 <check_base_base+0x50>
mov    (%r12,%r13,8),%rax
mov    0x8(%rax),%rbp
cmp    0x10(%rax),%rbp
jg     1170 <check_base_base+0x50>
add    $0xffffffffffffffff,%rbp
jmp    11ce <check_base_base+0xae>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
mov    (%r12,%r13,8),%rax
add    $0x1,%rbp
cmp    0x10(%rax),%rbp
jge    1170 <check_base_base+0x50>
mov    0x8(%rbx,%rbp,8),%rdi
mov    $0x50,%esi
call   1030 <strchr@plt>
test   %rax,%rax
jne    11c0 <check_base_base+0xa0>
mov    (%r15,%r14,8),%rax
mov    0x8(%r15,%rbp,8),%rcx
movupd 0x8(%rax),%xmm0
movupd 0x8(%rcx),%xmm1
subpd  %xmm1,%xmm0
movupd %xmm0,0x28(%rsp)
movsd  0x18(%rax),%xmm0
subsd  0x18(%rcx),%xmm0
movsd  %xmm0,0x38(%rsp)
lea    0x20(%rsp),%rdi
call   1040 <veclen@plt>
movsd  0x18(%rsp),%xmm1
ucomisd %xmm0,%xmm1
jb     11c0 <check_base_base+0xa0>
mov    (%rbx,%r14,8),%rdi
mov    $0x27,%esi
call   1030 <strchr@plt>
test   %rax,%rax
jne    11c0 <check_base_base+0xa0>
mov    0x8(%rbx,%rbp,8),%rdi
mov    $0x27,%esi
call   1030 <strchr@plt>
test   %rax,%rax
jne    11c0 <check_base_base+0xa0>
mov    0x8(%rsp),%rax
movq   $0x1,(%rax)
add    $0x48,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @check_base_base(i64 %0, i64 %1, double %2, i64** %3, i8** %4, double** %5, i64* %6) {
%8 = alloca i64
%9 = alloca i64
%10 = alloca double
%11 = alloca i64**
%12 = alloca i8**
%13 = alloca double**
%14 = alloca i64*
%15 = alloca i64
%16 = alloca i64
%17 = alloca i64
%18 = alloca [4 x double]
%19 = alloca double
store i64 %0, i64* %8
store i64 %1, i64* %9
store double %2, double* %10
store i64** %3, i64*** %11
store i8** %4, i8*** %12
store double** %5, double*** %13
store i64* %6, i64** %14
%20 = load i64*, i64** %14
store i64 0, i64* %20
%21 = load i64**, i64*** %11
%22 = load i64, i64* %8
%23 = getelementptr inbounds i64*, i64** %21, i64 %22
%24 = load i64*, i64** %23
%25 = getelementptr inbounds i64, i64* %24, i64 1
%26 = load i64, i64* %25
store i64 %26, i64* %16
br label %27
27: ; preds = %120, %7
%28 = load i64, i64* %16
%29 = load i64**, i64*** %11
%30 = load i64, i64* %8
%31 = getelementptr inbounds i64*, i64** %29, i64 %30
%32 = load i64*, i64** %31
%33 = getelementptr inbounds i64, i64* %32, i64 2
%34 = load i64, i64* %33
%35 = icmp sle i64 %28, %34
br i1 %35, label %36, label %123
36: ; preds = %27
%37 = load i8**, i8*** %12
%38 = load i64, i64* %16
%39 = getelementptr inbounds i8*, i8** %37, i64 %38
%40 = load i8*, i8** %39
%41 = call i64 @strchr(i8* %40, i8 signext 80)
%42 = icmp ne i64 %41, 0
br i1 %42, label %43, label %44
43: ; preds = %36
br label %120
44: ; preds = %36
%45 = load i64**, i64*** %11
%46 = load i64, i64* %9
%47 = getelementptr inbounds i64*, i64** %45, i64 %46
%48 = load i64*, i64** %47
%49 = getelementptr inbounds i64, i64* %48, i64 1
%50 = load i64, i64* %49
store i64 %50, i64* %17
br label %51
51: ; preds = %116, %44
%52 = load i64, i64* %17
%53 = load i64**, i64*** %11
%54 = load i64, i64* %9
%55 = getelementptr inbounds i64*, i64** %53, i64 %54
%56 = load i64*, i64** %55
%57 = getelementptr inbounds i64, i64* %56, i64 2
%58 = load i64, i64* %57
%59 = icmp sle i64 %52, %58
br i1 %59, label %60, label %119
60: ; preds = %51
%61 = load i8**, i8*** %12
%62 = load i64, i64* %17
%63 = getelementptr inbounds i8*, i8** %61, i64 %62
%64 = load i8*, i8** %63
%65 = call i64 @strchr(i8* %64, i8 signext 80)
%66 = icmp ne i64 %65, 0
br i1 %66, label %67, label %68
67: ; preds = %60
br label %116
68: ; preds = %60
store i64 1, i64* %15
br label %69
69: ; preds = %90, %68
%70 = load i64, i64* %15
%71 = icmp sle i64 %70, 3
br i1 %71, label %72, label %93
72: ; preds = %69
%73 = load double**, double*** %13
%74 = load i64, i64* %16
%75 = getelementptr inbounds double*, double** %73, i64 %74
%76 = load double*, double** %75
%77 = load i64, i64* %15
%78 = getelementptr inbounds double, double* %76, i64 %77
%79 = load double, double* %78
%80 = load double**, double*** %13
%81 = load i64, i64* %17
%82 = getelementptr inbounds double*, double** %80, i64 %81
%83 = load double*, double** %82
%84 = load i64, i64* %15
%85 = getelementptr inbounds double, double* %83, i64 %84
%86 = load double, double* %85
%87 = fsub double %79, %86
%88 = load i64, i64* %15
%89 = getelementptr inbounds [4 x double], [4 x double]* %18, i64 0, i64 %88
store double %87, double* %89
br label %90
90: ; preds = %72
%91 = load i64, i64* %15
%92 = add nsw i64 %91, 1
store i64 %92, i64* %15
br label %69
93: ; preds = %69
%94 = getelementptr inbounds [4 x double], [4 x double]* %18, i64 0, i64 0
%95 = call double @veclen(double* %94)
store double %95, double* %19
%96 = load double, double* %19
%97 = load double, double* %10
%98 = fcmp ole double %96, %97
br i1 %98, label %99, label %115
99: ; preds = %93
%100 = load i8**, i8*** %12
%101 = load i64, i64* %16
%102 = getelementptr inbounds i8*, i8** %100, i64 %101
%103 = load i8*, i8** %102
%104 = call i64 @strchr(i8* %103, i8 signext 39)
%105 = icmp ne i64 %104, 0
br i1 %105, label %115, label %106
106: ; preds = %99
%107 = load i8**, i8*** %12
%108 = load i64, i64* %17
%109 = getelementptr inbounds i8*, i8** %107, i64 %108
%110 = load i8*, i8** %109
%111 = call i64 @strchr(i8* %110, i8 signext 39)
%112 = icmp ne i64 %111, 0
br i1 %112, label %115, label %113
113: ; preds = %106
%114 = load i64*, i64** %14
store i64 1, i64* %114
br label %123
115: ; preds = %106, %99, %93
br label %116
116: ; preds = %115, %67
%117 = load i64, i64* %17
%118 = add nsw i64 %117, 1
store i64 %118, i64* %17
br label %51
119: ; preds = %51
br label %120
120: ; preds = %119, %43
%121 = load i64, i64* %16
%122 = add nsw i64 %121, 1
store i64 %122, i64* %16
br label %27
123: ; preds = %113, %27
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @check_base_base(i64 %0, i64 %1, double %2, i64** nocapture %3, i8** nocapture %4, double** nocapture %5, i64* nocapture writeonly %6) {
%8 = alloca [4 x double]
%9 = bitcast [4 x double]* %8 to i8*
store i64 0, i64* %6
%10 = getelementptr inbounds i64*, i64** %3, i64 %0
%11 = load i64*, i64** %10
%12 = getelementptr inbounds i64, i64* %11, i64 1
%13 = load i64, i64* %12
%14 = getelementptr inbounds i64, i64* %11, i64 2
%15 = load i64, i64* %14
%16 = icmp sgt i64 %13, %15
br i1 %16, label %83, label %17
17: ; preds = %7
%18 = getelementptr inbounds i64*, i64** %3, i64 %1
%19 = getelementptr inbounds [4 x double], [4 x double]* %8, i64 0, i64 0
%20 = getelementptr inbounds [4 x double], [4 x double]* %8, i64 0, i64 1
%21 = getelementptr inbounds [4 x double], [4 x double]* %8, i64 0, i64 3
%22 = bitcast double* %20 to <2 x double>*
br label %23
23: ; preds = %17, %77
%24 = phi i64 [ %13, %17 ], [ %78, %77 ]
%25 = getelementptr inbounds i8*, i8** %4, i64 %24
%26 = load i8*, i8** %25
%27 = call i64 @strchr(i8* %26, i8 signext 80)
%28 = icmp eq i64 %27, 0
br i1 %28, label %29, label %77
29: ; preds = %23
%30 = load i64*, i64** %18
%31 = getelementptr inbounds i64, i64* %30, i64 1
%32 = load i64, i64* %31
%33 = getelementptr inbounds i64, i64* %30, i64 2
%34 = load i64, i64* %33
%35 = icmp sgt i64 %32, %34
br i1 %35, label %77, label %36
36: ; preds = %29
%37 = getelementptr inbounds double*, double** %5, i64 %24
br label %38
38: ; preds = %36, %71
%39 = phi i64 [ %32, %36 ], [ %72, %71 ]
%40 = getelementptr inbounds i8*, i8** %4, i64 %39
%41 = load i8*, i8** %40
%42 = call i64 @strchr(i8* %41, i8 signext 80)
%43 = icmp eq i64 %42, 0
br i1 %43, label %44, label %71
44: ; preds = %38
%45 = load double*, double** %37
%46 = getelementptr inbounds double*, double** %5, i64 %39
%47 = load double*, double** %46
%48 = getelementptr inbounds double, double* %45, i64 1
%49 = getelementptr inbounds double, double* %47, i64 1
%50 = bitcast double* %48 to <2 x double>*
%51 = load <2 x double>, <2 x double>* %50
%52 = bitcast double* %49 to <2 x double>*
%53 = load <2 x double>, <2 x double>* %52
%54 = fsub <2 x double> %51, %53
store <2 x double> %54, <2 x double>* %22
%55 = getelementptr inbounds double, double* %45, i64 3
%56 = load double, double* %55
%57 = getelementptr inbounds double, double* %47, i64 3
%58 = load double, double* %57
%59 = fsub double %56, %58
store double %59, double* %21
%60 = call double @veclen(double* %19)
%61 = fcmp ugt double %60, %2
br i1 %61, label %71, label %62
62: ; preds = %44
%63 = load i8*, i8** %25
%64 = call i64 @strchr(i8* %63, i8 signext 39)
%65 = icmp eq i64 %64, 0
br i1 %65, label %66, label %71
66: ; preds = %62
%67 = load i8*, i8** %40
%68 = call i64 @strchr(i8* %67, i8 signext 39)
%69 = icmp eq i64 %68, 0
br i1 %69, label %70, label %71
70: ; preds = %66
store i64 1, i64* %6
br label %83
71: ; preds = %44, %62, %66, %38
%72 = add nsw i64 %39, 1
%73 = load i64*, i64** %18
%74 = getelementptr inbounds i64, i64* %73, i64 2
%75 = load i64, i64* %74
%76 = icmp slt i64 %39, %75
br i1 %76, label %38, label %77
77: ; preds = %71, %29, %23
%78 = add nsw i64 %24, 1
%79 = load i64*, i64** %10
%80 = getelementptr inbounds i64, i64* %79, i64 2
%81 = load i64, i64* %80
%82 = icmp slt i64 %24, %81
br i1 %82, label %23, label %83
83: ; preds = %77, %7, %70
ret void
}