void gen_aln(int len, char *aln1, char *aln2, char *matches, int *gaps) {
  *gaps = 0;
  for (int i = 0; i < len; i++) {
    matches[i] = (aln1[i] != '-' && aln2[i] != '-')
                     ? (aln1[i] == aln2[i] ? '|' : '.')
                     : ' ';
    if (aln1[i] == '-')
      (*gaps)++;
    if (aln2[i] == '-')
      (*gaps)++;
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<gen_aln>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%rax
movl   $0x0,(%rax)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x4(%rbp),%eax
jge    11fd <gen_aln+0xfd>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     118d <gen_aln+0x8d>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     118d <gen_aln+0x8d>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%edx
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%esi
mov    $0x2e,%eax
mov    $0x7c,%ecx
cmp    %esi,%edx
cmove  %ecx,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    119a <gen_aln+0x9a>
mov    $0x20,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    119a <gen_aln+0x9a>
mov    -0x30(%rbp),%eax
mov    %al,%dl
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
jne    11ca <gen_aln+0xca>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    (%rax),%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    %ecx,(%rax)
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
jne    11ea <gen_aln+0xea>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    (%rax),%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    %ecx,(%rax)
jmp    11ef <gen_aln+0xef>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    1128 <gen_aln+0x28>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<gen_aln>:
push   %rbx
movl   $0x0,(%r8)
test   %edi,%edi
jle    1164 <gen_aln+0x64>
mov    %edi,%r10d
xor    %edi,%edi
mov    $0x7c,%r9d
jmp    1129 <gen_aln+0x29>
nopl   0x0(%rax)
add    $0x1,%rdi
cmp    %rdi,%r10
je     1164 <gen_aln+0x64>
movzbl (%rsi,%rdi,1),%r11d
mov    $0x20,%al
cmp    $0x2d,%r11b
je     114b <gen_aln+0x4b>
movzbl (%rdx,%rdi,1),%ebx
cmp    $0x2d,%bl
je     114b <gen_aln+0x4b>
cmp    %bl,%r11b
mov    $0x2e,%eax
cmove  %r9d,%eax
mov    %al,(%rcx,%rdi,1)
cmpb   $0x2d,(%rsi,%rdi,1)
jne    1158 <gen_aln+0x58>
addl   $0x1,(%r8)
cmpb   $0x2d,(%rdx,%rdi,1)
jne    1120 <gen_aln+0x20>
addl   $0x1,(%r8)
jmp    1120 <gen_aln+0x20>
pop    %rbx
ret

LLVM IR (-O0):
define void @gen_aln(i32 %0, i8* %1, i8* %2, i8* %3, i32* %4) {
%6 = alloca i32
%7 = alloca i8*
%8 = alloca i8*
%9 = alloca i8*
%10 = alloca i32*
%11 = alloca i32
store i32 %0, i32* %6
store i8* %1, i8** %7
store i8* %2, i8** %8
store i8* %3, i8** %9
store i32* %4, i32** %10
%12 = load i32*, i32** %10
store i32 0, i32* %12
store i32 0, i32* %11
br label %13
13: ; preds = %81, %5
%14 = load i32, i32* %11
%15 = load i32, i32* %6
%16 = icmp slt i32 %14, %15
br i1 %16, label %17, label %84
17: ; preds = %13
%18 = load i8*, i8** %7
%19 = load i32, i32* %11
%20 = sext i32 %19 to i64
%21 = getelementptr inbounds i8, i8* %18, i64 %20
%22 = load i8, i8* %21
%23 = sext i8 %22 to i32
%24 = icmp ne i32 %23, 45
br i1 %24, label %25, label %49
25: ; preds = %17
%26 = load i8*, i8** %8
%27 = load i32, i32* %11
%28 = sext i32 %27 to i64
%29 = getelementptr inbounds i8, i8* %26, i64 %28
%30 = load i8, i8* %29
%31 = sext i8 %30 to i32
%32 = icmp ne i32 %31, 45
br i1 %32, label %33, label %49
33: ; preds = %25
%34 = load i8*, i8** %7
%35 = load i32, i32* %11
%36 = sext i32 %35 to i64
%37 = getelementptr inbounds i8, i8* %34, i64 %36
%38 = load i8, i8* %37
%39 = sext i8 %38 to i32
%40 = load i8*, i8** %8
%41 = load i32, i32* %11
%42 = sext i32 %41 to i64
%43 = getelementptr inbounds i8, i8* %40, i64 %42
%44 = load i8, i8* %43
%45 = sext i8 %44 to i32
%46 = icmp eq i32 %39, %45
%47 = zext i1 %46 to i64
%48 = select i1 %46, i32 124, i32 46
br label %50
49: ; preds = %25, %17
br label %50
50: ; preds = %49, %33
%51 = phi i32 [ %48, %33 ], [ 32, %49 ]
%52 = trunc i32 %51 to i8
%53 = load i8*, i8** %9
%54 = load i32, i32* %11
%55 = sext i32 %54 to i64
%56 = getelementptr inbounds i8, i8* %53, i64 %55
store i8 %52, i8* %56
%57 = load i8*, i8** %7
%58 = load i32, i32* %11
%59 = sext i32 %58 to i64
%60 = getelementptr inbounds i8, i8* %57, i64 %59
%61 = load i8, i8* %60
%62 = sext i8 %61 to i32
%63 = icmp eq i32 %62, 45
br i1 %63, label %64, label %68
64: ; preds = %50
%65 = load i32*, i32** %10
%66 = load i32, i32* %65
%67 = add nsw i32 %66, 1
store i32 %67, i32* %65
br label %68
68: ; preds = %64, %50
%69 = load i8*, i8** %8
%70 = load i32, i32* %11
%71 = sext i32 %70 to i64
%72 = getelementptr inbounds i8, i8* %69, i64 %71
%73 = load i8, i8* %72
%74 = sext i8 %73 to i32
%75 = icmp eq i32 %74, 45
br i1 %75, label %76, label %80
76: ; preds = %68
%77 = load i32*, i32** %10
%78 = load i32, i32* %77
%79 = add nsw i32 %78, 1
store i32 %79, i32* %77
br label %80
80: ; preds = %76, %68
br label %81
81: ; preds = %80
%82 = load i32, i32* %11
%83 = add nsw i32 %82, 1
store i32 %83, i32* %11
br label %13
84: ; preds = %13
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @gen_aln(i32 %0, i8* nocapture %1, i8* nocapture %2, i8* nocapture writeonly %3, i32* nocapture %4) {
store i32 0, i32* %4
%6 = icmp sgt i32 %0, 0
br i1 %6, label %7, label %9
7: ; preds = %5
%8 = zext i32 %0 to i64
br label %10
9: ; preds = %37, %5
ret void
10: ; preds = %7, %37
%11 = phi i64 [ 0, %7 ], [ %38, %37 ]
%12 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %11
%13 = load i8, i8* %12
%14 = icmp eq i8 %13, 45
br i1 %14, label %22, label %15
15: ; preds = %10
%16 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %11
%17 = load i8, i8* %16
%18 = icmp eq i8 %17, 45
br i1 %18, label %22, label %19
19: ; preds = %15
%20 = icmp eq i8 %13, %17
%21 = select i1 %20, i8 124, i8 46
br label %22
22: ; preds = %10, %15, %19
%23 = phi i8 [ %21, %19 ], [ 32, %15 ], [ 32, %10 ]
%24 = getelementptr inbounds i8, i8* %3, i64 %11
store i8 %23, i8* %24
%25 = load i8, i8* %12
%26 = icmp eq i8 %25, 45
br i1 %26, label %27, label %30
27: ; preds = %22
%28 = load i32, i32* %4
%29 = add nsw i32 %28, 1
store i32 %29, i32* %4
br label %30
30: ; preds = %27, %22
%31 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %11
%32 = load i8, i8* %31
%33 = icmp eq i8 %32, 45
br i1 %33, label %34, label %37
34: ; preds = %30
%35 = load i32, i32* %4
%36 = add nsw i32 %35, 1
store i32 %36, i32* %4
br label %37
37: ; preds = %30, %34
%38 = add nuw nsw i64 %11, 1
%39 = icmp eq i64 %38, %8
br i1 %39, label %9, label %10
}