double calc_privS(int nsites, int npop, int pop, int loc, int ***lsnp) {
  int cpop, csite, priv, nS;
  nS = 0;
  for (csite = 0; csite < nsites; ++csite) {
    if (lsnp[pop][loc][csite] == 1) {
      priv = 1;
      for (cpop = 0; cpop < npop; cpop++) {
        if (cpop == pop)
          continue;
        if (lsnp[cpop][loc][csite] == 1) {
          priv = 0;
          break;
        }
      }
      if (priv) {
        ++nS;
      }
    }
  }
  return nS;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<calc_privS>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %esi,-0x8(%rbp)
mov    %edx,-0xc(%rbp)
mov    %ecx,-0x10(%rbp)
mov    %r8,-0x18(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x4(%rbp),%eax
jge    11e7 <calc_privS+0xe7>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0xc(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x10(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
cmpl   $0x1,(%rax,%rcx,4)
jne    11d4 <calc_privS+0xd4>
movl   $0x1,-0x24(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0x8(%rbp),%eax
jge    11bc <calc_privS+0xbc>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jne    117b <calc_privS+0x7b>
jmp    11ae <calc_privS+0xae>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x10(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
cmpl   $0x1,(%rax,%rcx,4)
jne    11a9 <calc_privS+0xa9>
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
jmp    11bc <calc_privS+0xbc>
jmp    11ae <calc_privS+0xae>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    115e <calc_privS+0x5e>
cmpl   $0x0,-0x24(%rbp)
je     11cf <calc_privS+0xcf>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    11d4 <calc_privS+0xd4>
jmp    11d9 <calc_privS+0xd9>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    1122 <calc_privS+0x22>
cvtsi2sdl -0x28(%rbp),%xmm0
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<calc_privS>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %rbx
test   %edi,%edi
jle    11a4 <calc_privS+0xa4>
movslq %edx,%rax
mov    (%r8,%rax,8),%rdx
movslq %ecx,%r14
mov    (%rdx,%r14,8),%r9
mov    %eax,%edx
movslq %esi,%r15
mov    %edi,%r10d
mov    %r15d,%edi
neg    %rdx
neg    %rdi
xor    %ebx,%ebx
xor    %r11d,%r11d
jmp    114c <calc_privS+0x4c>
xor    %ebp,%ebp
not    %bpl
movzbl %bpl,%eax
and    $0x1,%eax
add    %eax,%r11d
add    $0x1,%rbx
cmp    %r10,%rbx
je     11a7 <calc_privS+0xa7>
cmpl   $0x1,(%r9,%rbx,4)
jne    1143 <calc_privS+0x43>
test   %esi,%esi
jle    1134 <calc_privS+0x34>
mov    $0x1,%bpl
mov    $0x1,%eax
jmp    1189 <calc_privS+0x89>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
cmp    %r15,%rax
setl   %bpl
lea    (%rdi,%rax,1),%rcx
add    $0x1,%rcx
add    $0x1,%rax
cmp    $0x1,%rcx
je     1136 <calc_privS+0x36>
lea    (%rdx,%rax,1),%rcx
cmp    $0x1,%rcx
je     1170 <calc_privS+0x70>
mov    -0x8(%r8,%rax,8),%rcx
mov    (%rcx,%r14,8),%rcx
cmpl   $0x1,(%rcx,%rbx,4)
jne    1170 <calc_privS+0x70>
jmp    1136 <calc_privS+0x36>
xor    %r11d,%r11d
cvtsi2sd %r11d,%xmm0
pop    %rbx
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define double @calc_privS(i32 %0, i32 %1, i32 %2, i32 %3, i32*** %4) {
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32***
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
store i32 %0, i32* %6
store i32 %1, i32* %7
store i32 %2, i32* %8
store i32 %3, i32* %9
store i32*** %4, i32**** %10
store i32 0, i32* %14
store i32 0, i32* %12
br label %15
15: ; preds = %72, %5
%16 = load i32, i32* %12
%17 = load i32, i32* %6
%18 = icmp slt i32 %16, %17
br i1 %18, label %19, label %75
19: ; preds = %15
%20 = load i32***, i32**** %10
%21 = load i32, i32* %8
%22 = sext i32 %21 to i64
%23 = getelementptr inbounds i32**, i32*** %20, i64 %22
%24 = load i32**, i32*** %23
%25 = load i32, i32* %9
%26 = sext i32 %25 to i64
%27 = getelementptr inbounds i32*, i32** %24, i64 %26
%28 = load i32*, i32** %27
%29 = load i32, i32* %12
%30 = sext i32 %29 to i64
%31 = getelementptr inbounds i32, i32* %28, i64 %30
%32 = load i32, i32* %31
%33 = icmp eq i32 %32, 1
br i1 %33, label %34, label %71
34: ; preds = %19
store i32 1, i32* %13
store i32 0, i32* %11
br label %35
35: ; preds = %61, %34
%36 = load i32, i32* %11
%37 = load i32, i32* %7
%38 = icmp slt i32 %36, %37
br i1 %38, label %39, label %64
39: ; preds = %35
%40 = load i32, i32* %11
%41 = load i32, i32* %8
%42 = icmp eq i32 %40, %41
br i1 %42, label %43, label %44
43: ; preds = %39
br label %61
44: ; preds = %39
%45 = load i32***, i32**** %10
%46 = load i32, i32* %11
%47 = sext i32 %46 to i64
%48 = getelementptr inbounds i32**, i32*** %45, i64 %47
%49 = load i32**, i32*** %48
%50 = load i32, i32* %9
%51 = sext i32 %50 to i64
%52 = getelementptr inbounds i32*, i32** %49, i64 %51
%53 = load i32*, i32** %52
%54 = load i32, i32* %12
%55 = sext i32 %54 to i64
%56 = getelementptr inbounds i32, i32* %53, i64 %55
%57 = load i32, i32* %56
%58 = icmp eq i32 %57, 1
br i1 %58, label %59, label %60
59: ; preds = %44
store i32 0, i32* %13
br label %64
60: ; preds = %44
br label %61
61: ; preds = %60, %43
%62 = load i32, i32* %11
%63 = add nsw i32 %62, 1
store i32 %63, i32* %11
br label %35
64: ; preds = %59, %35
%65 = load i32, i32* %13
%66 = icmp ne i32 %65, 0
br i1 %66, label %67, label %70
67: ; preds = %64
%68 = load i32, i32* %14
%69 = add nsw i32 %68, 1
store i32 %69, i32* %14
br label %70
70: ; preds = %67, %64
br label %71
71: ; preds = %70, %19
br label %72
72: ; preds = %71
%73 = load i32, i32* %12
%74 = add nsw i32 %73, 1
store i32 %74, i32* %12
br label %15
75: ; preds = %15
%76 = load i32, i32* %14
%77 = sitofp i32 %76 to double
ret double %77
}

LLVM IR (-O2):
define double @calc_privS(i32 %0, i32 %1, i32 %2, i32 %3, i32*** nocapture %4) {
%6 = icmp sgt i32 %0, 0
br i1 %6, label %7, label %51
7: ; preds = %5
%8 = sext i32 %2 to i64
%9 = getelementptr inbounds i32**, i32*** %4, i64 %8
%10 = load i32**, i32*** %9
%11 = sext i32 %3 to i64
%12 = getelementptr inbounds i32*, i32** %10, i64 %11
%13 = load i32*, i32** %12
%14 = icmp sgt i32 %1, 0
%15 = zext i32 %2 to i64
%16 = sext i32 %1 to i64
%17 = zext i32 %0 to i64
%18 = zext i32 %1 to i64
br label %19
19: ; preds = %7, %47
%20 = phi i64 [ 0, %7 ], [ %49, %47 ]
%21 = phi i32 [ 0, %7 ], [ %48, %47 ]
%22 = getelementptr inbounds i32, i32* %13, i64 %20
%23 = load i32, i32* %22
%24 = icmp eq i32 %23, 1
br i1 %24, label %25, label %47
25: ; preds = %19
br i1 %14, label %26, label %42
26: ; preds = %25, %38
%27 = phi i64 [ %39, %38 ], [ 0, %25 ]
%28 = phi i1 [ %40, %38 ], [ true, %25 ]
%29 = icmp eq i64 %27, %15
br i1 %29, label %38, label %30
30: ; preds = %26
%31 = getelementptr inbounds i32**, i32*** %4, i64 %27
%32 = load i32**, i32*** %31
%33 = getelementptr inbounds i32*, i32** %32, i64 %11
%34 = load i32*, i32** %33
%35 = getelementptr inbounds i32, i32* %34, i64 %20
%36 = load i32, i32* %35
%37 = icmp eq i32 %36, 1
br i1 %37, label %42, label %38
38: ; preds = %30, %26
%39 = add nuw nsw i64 %27, 1
%40 = icmp slt i64 %39, %16
%41 = icmp eq i64 %39, %18
br i1 %41, label %42, label %26
42: ; preds = %38, %30, %25
%43 = phi i1 [ false, %25 ], [ %28, %30 ], [ %40, %38 ]
%44 = xor i1 %43, true
%45 = zext i1 %44 to i32
%46 = add nsw i32 %21, %45
br label %47
47: ; preds = %42, %19
%48 = phi i32 [ %21, %19 ], [ %46, %42 ]
%49 = add nuw nsw i64 %20, 1
%50 = icmp eq i64 %49, %17
br i1 %50, label %51, label %19
51: ; preds = %47, %5
%52 = phi i32 [ 0, %5 ], [ %48, %47 ]
%53 = sitofp i32 %52 to double
ret double %53
}