#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
char **declare_char(int, int);
int /*<<< orphan*/ free_char(char **, int);
char **make_group_aa_mafft(int *, char *);
int read_array_size(int *, int);
int /*<<< orphan*/ sprintf(char *, char *);
int strlen(char *);
int *vcalloc(int, int);
int /*<<< orphan*/ vfree(int *);
scalar_t__ vstrcmp(char *, char *);
int *code_seq(char *seq, char *type) {
  static int *code;
  static int *aa, ng;
  int a, b, l;
  if (!aa) {
    char **gl;
    if ((vstrcmp((type), ("DNA")) == 0) || (vstrcmp((type), ("RNA")) == 0)) {
      gl = declare_char(4, 5);
      sprintf(gl[ng++], "Aa");
      sprintf(gl[ng++], "Gg");
      sprintf(gl[ng++], "TtUu");
      sprintf(gl[ng++], "Cc");
    } else {
      gl = make_group_aa_mafft(&ng, "mafft");
    }
    aa = vcalloc(256, sizeof(int));
    for (a = 0; a < ng; a++) {
      for (b = 0; b < strlen(gl[a]); b++) {
        aa[(int)gl[a][b]] = a;
      }
    }
    free_char(gl, -1);
  }
  l = strlen(seq);
  if (code)
    code--;
  if (!code || read_array_size(code, sizeof(int)) < (l + 2)) {
    vfree(code);
    code = vcalloc(l + 2, sizeof(int));
  }
  code[0] = ng;
  code++;
  for (a = 0; a < l; a++) {
    code[a] = aa[(int)seq[a]];
  }
  code[a] = -99999990;
  return code;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<code_seq>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
cmpq   $0x0,0x2ed0(%rip)
jne    135b <code_seq+0x1cb>
mov    -0x10(%rbp),%rdi
lea    0xe47(%rip),%rsi
call   1050 <vstrcmp@plt>
cmp    $0x0,%rax
je     11e2 <code_seq+0x52>
mov    -0x10(%rbp),%rdi
lea    0xe31(%rip),%rsi
call   1050 <vstrcmp@plt>
cmp    $0x0,%rax
jne    129a <code_seq+0x10a>
mov    $0x4,%edi
mov    $0x5,%esi
call   1030 <declare_char@plt>
mov    %rax,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    0x2e81(%rip),%ecx
mov    %ecx,%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,0x2e76(%rip)
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
lea    0xdf0(%rip),%rsi
call   10a0 <sprintf@plt>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    0x2e59(%rip),%ecx
mov    %ecx,%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,0x2e4e(%rip)
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
lea    0xdcb(%rip),%rsi
call   10a0 <sprintf@plt>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    0x2e31(%rip),%ecx
mov    %ecx,%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,0x2e26(%rip)
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
lea    0xda6(%rip),%rsi
call   10a0 <sprintf@plt>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    0x2e09(%rip),%ecx
mov    %ecx,%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,0x2dfe(%rip)
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
lea    0xd83(%rip),%rsi
call   10a0 <sprintf@plt>
jmp    12b1 <code_seq+0x121>
lea    0x2ddf(%rip),%rdi
lea    0xd6e(%rip),%rsi
call   1070 <make_group_aa_mafft@plt>
mov    %rax,-0x28(%rbp)
mov    $0x100,%edi
mov    $0x4,%esi
call   10b0 <vcalloc@plt>
mov    %rax,0x2db1(%rip)
movl   $0x0,-0x14(%rbp)
mov    -0x14(%rbp),%eax
cmp    0x2da9(%rip),%eax
jge    134d <code_seq+0x1bd>
movl   $0x0,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
call   1060 <strlen@plt>
mov    %eax,%ecx
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    %ecx,%eax
jge    133a <code_seq+0x1aa>
mov    -0x14(%rbp),%edx
mov    0x2d66(%rip),%rax
mov    -0x28(%rbp),%rcx
movslq -0x14(%rbp),%rsi
mov    (%rcx,%rsi,8),%rcx
movslq -0x18(%rbp),%rsi
movsbl (%rcx,%rsi,1),%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    12e4 <code_seq+0x154>
jmp    133f <code_seq+0x1af>
mov    -0x14(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x14(%rbp)
jmp    12ce <code_seq+0x13e>
mov    -0x28(%rbp),%rdi
mov    $0xffffffff,%esi
call   1040 <free_char@plt>
mov    -0x8(%rbp),%rdi
call   1060 <strlen@plt>
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
cmpq   $0x0,0x2d01(%rip)
je     1387 <code_seq+0x1f7>
mov    0x2cf4(%rip),%rax
add    $0xfffffffffffffffc,%rax
mov    %rax,0x2ce9(%rip)
cmpq   $0x0,0x2ce1(%rip)
je     13b4 <code_seq+0x224>
mov    0x2cd4(%rip),%rdi
mov    $0x4,%esi
call   1080 <read_array_size@plt>
mov    -0x1c(%rbp),%ecx
add    $0x2,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jge    13d7 <code_seq+0x247>
mov    0x2cb5(%rip),%rdi
call   1090 <vfree@plt>
mov    -0x1c(%rbp),%edi
add    $0x2,%edi
mov    $0x4,%esi
call   10b0 <vcalloc@plt>
mov    %rax,0x2c99(%rip)
mov    0x2ca3(%rip),%ecx
mov    0x2c8c(%rip),%rax
mov    %ecx,(%rax)
mov    0x2c83(%rip),%rax
add    $0x4,%rax
mov    %rax,0x2c78(%rip)
movl   $0x0,-0x14(%rbp)
mov    -0x14(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jge    1440 <code_seq+0x2b0>
mov    0x2c66(%rip),%rax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
movslq -0x14(%rbp),%rdx
movsbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    0x2c45(%rip),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x14(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x14(%rbp)
jmp    13ff <code_seq+0x26f>
mov    0x2c29(%rip),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
movl   $0xfa0a1f0a,(%rax,%rcx,4)
mov    0x2c17(%rip),%rax
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<code_seq>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %rbx
push   %rax
mov    %rdi,%r14
cmpq   $0x0,0x2ede(%rip)
jne    12d2 <code_seq+0x152>
mov    %rsi,%rbx
lea    0xe5e(%rip),%rsi
mov    %rbx,%rdi
call   1050 <vstrcmp@plt>
test   %rax,%rax
je     11db <code_seq+0x5b>
lea    0xe4e(%rip),%rsi
mov    %rbx,%rdi
call   1050 <vstrcmp@plt>
test   %rax,%rax
je     11db <code_seq+0x5b>
lea    0x2eae(%rip),%rdi
lea    0xe45(%rip),%rsi
call   1070 <make_group_aa_mafft@plt>
mov    %rax,%r15
jmp    1253 <code_seq+0xd3>
mov    $0x4,%edi
mov    $0x5,%esi
call   1030 <declare_char@plt>
mov    %rax,%r15
movslq 0x2e84(%rip),%rax
lea    0x1(%rax),%ecx
mov    %ecx,0x2e7b(%rip)
mov    (%r15,%rax,8),%rax
movw   $0x6141,(%rax)
movb   $0x0,0x2(%rax)
movslq 0x2e67(%rip),%rax
lea    0x1(%rax),%ecx
mov    %ecx,0x2e5e(%rip)
mov    (%r15,%rax,8),%rax
movw   $0x6747,(%rax)
movb   $0x0,0x2(%rax)
movslq 0x2e4a(%rip),%rax
mov    (%r15,%rax,8),%rcx
movb   $0x0,0x4(%rcx)
movl   $0x75557454,(%rcx)
lea    0x2(%rax),%ecx
mov    %ecx,0x2e33(%rip)
mov    0x8(%r15,%rax,8),%rax
movw   $0x6343,(%rax)
movb   $0x0,0x2(%rax)
mov    $0x100,%edi
mov    $0x4,%esi
call   10a0 <vcalloc@plt>
mov    %rax,0x2e07(%rip)
cmpl   $0x0,0x2e08(%rip)
jle    12c5 <code_seq+0x145>
xor    %ebp,%ebp
jmp    1290 <code_seq+0x110>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%rbp
movslq 0x2ded(%rip),%rax
cmp    %rax,%rbp
jge    12c5 <code_seq+0x145>
mov    (%r15,%rbp,8),%rdi
call   1060 <strlen@plt>
test   %eax,%eax
jle    1280 <code_seq+0x100>
xor    %ebx,%ebx
nop
mov    0x2dc9(%rip),%rax
mov    (%r15,%rbp,8),%rdi
movsbq (%rdi,%rbx,1),%rcx
mov    %ebp,(%rax,%rcx,4)
add    $0x1,%rbx
call   1060 <strlen@plt>
cltq
cmp    %rax,%rbx
jl     12a0 <code_seq+0x120>
jmp    1280 <code_seq+0x100>
mov    %r15,%rdi
mov    $0xffffffff,%esi
call   1040 <free_char@plt>
mov    %r14,%rdi
call   1060 <strlen@plt>
mov    %eax,%ebx
mov    0x2d85(%rip),%rdi
test   %rdi,%rdi
je     130d <code_seq+0x18d>
add    $0xfffffffffffffffc,%rdi
mov    %rdi,0x2d75(%rip)
mov    $0x4,%esi
call   1080 <read_array_size@plt>
lea    0x2(%rbx),%ebp
mov    0x2d61(%rip),%rdi
cmp    %ebp,%eax
jl     1312 <code_seq+0x192>
jmp    1326 <code_seq+0x1a6>
lea    0x2(%rbx),%ebp
xor    %edi,%edi
call   1090 <vfree@plt>
mov    %ebp,%edi
mov    $0x4,%esi
call   10a0 <vcalloc@plt>
mov    %rax,%rdi
mov    0x2d4c(%rip),%eax
mov    %eax,(%rdi)
lea    0x4(%rdi),%rax
mov    %rax,0x2d2f(%rip)
test   %ebx,%ebx
jle    135b <code_seq+0x1db>
mov    0x2d2c(%rip),%rdx
mov    %ebx,%r8d
lea    -0x1(%r8),%rcx
mov    %r8d,%esi
and    $0x3,%esi
cmp    $0x3,%rcx
jae    1360 <code_seq+0x1e0>
xor    %ebp,%ebp
jmp    13ac <code_seq+0x22c>
xor    %r8d,%r8d
jmp    13d4 <code_seq+0x254>
mov    %r8d,%ecx
and    $0xfffffffc,%ecx
xor    %ebp,%ebp
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
movsbq (%r14,%rbp,1),%rbx
mov    (%rdx,%rbx,4),%ebx
mov    %ebx,0x4(%rdi,%rbp,4)
movsbq 0x1(%r14,%rbp,1),%rbx
mov    (%rdx,%rbx,4),%ebx
mov    %ebx,0x8(%rdi,%rbp,4)
movsbq 0x2(%r14,%rbp,1),%rbx
mov    (%rdx,%rbx,4),%ebx
mov    %ebx,0xc(%rdi,%rbp,4)
movsbq 0x3(%r14,%rbp,1),%rbx
mov    (%rdx,%rbx,4),%ebx
mov    %ebx,0x10(%rdi,%rbp,4)
add    $0x4,%rbp
cmp    %rbp,%rcx
jne    1370 <code_seq+0x1f0>
test   %rsi,%rsi
je     13d4 <code_seq+0x254>
lea    (%rdi,%rbp,4),%rcx
add    $0x4,%rcx
add    %rbp,%r14
xor    %edi,%edi
xchg   %ax,%ax
movsbq (%r14,%rdi,1),%rbp
mov    (%rdx,%rbp,4),%ebp
mov    %ebp,(%rcx,%rdi,4)
add    $0x1,%rdi
cmp    %rdi,%rsi
jne    13c0 <code_seq+0x240>
movl   $0xfa0a1f0a,(%rax,%r8,4)
fa
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
@code_seq.code = internal global i32* null
@code_seq.aa = internal global i32* null
@code_seq.ng = internal global i32 0
@.str = [4 x i8] c"DNA\00"
@.str.1 = [4 x i8] c"RNA\00"
@.str.2 = [3 x i8] c"Aa\00"
@.str.3 = [3 x i8] c"Gg\00"
@.str.4 = [5 x i8] c"TtUu\00"
@.str.5 = [3 x i8] c"Cc\00"
@.str.6 = [6 x i8] c"mafft\00"
define i32* @code_seq(i8* %0, i8* %1) {
%3 = alloca i8*
%4 = alloca i8*
%5 = alloca i32
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca i8**
store i8* %0, i8** %3
store i8* %1, i8** %4
%9 = load i32*, i32** @code_seq.aa
%10 = icmp ne i32* %9, null
br i1 %10, label %92, label %11
11: ; preds = %2
%12 = load i8*, i8** %4
%13 = call i64 @vstrcmp(i8* %12, i8* getelementptr inbounds ([4 x i8], [4 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
%14 = icmp eq i64 %13, 0
br i1 %14, label %19, label %15
15: ; preds = %11
%16 = load i8*, i8** %4
%17 = call i64 @vstrcmp(i8* %16, i8* getelementptr inbounds ([4 x i8], [4 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0))
%18 = icmp eq i64 %17, 0
br i1 %18, label %19, label %49
19: ; preds = %15, %11
%20 = call i8** @declare_char(i32 4, i32 5)
store i8** %20, i8*** %8
%21 = load i8**, i8*** %8
%22 = load i32, i32* @code_seq.ng
%23 = add nsw i32 %22, 1
store i32 %23, i32* @code_seq.ng
%24 = sext i32 %22 to i64
%25 = getelementptr inbounds i8*, i8** %21, i64 %24
%26 = load i8*, i8** %25
%27 = call i32 @sprintf(i8* %26, i8* getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str.2, i64 0, i64 0))
%28 = load i8**, i8*** %8
%29 = load i32, i32* @code_seq.ng
%30 = add nsw i32 %29, 1
store i32 %30, i32* @code_seq.ng
%31 = sext i32 %29 to i64
%32 = getelementptr inbounds i8*, i8** %28, i64 %31
%33 = load i8*, i8** %32
%34 = call i32 @sprintf(i8* %33, i8* getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str.3, i64 0, i64 0))
%35 = load i8**, i8*** %8
%36 = load i32, i32* @code_seq.ng
%37 = add nsw i32 %36, 1
store i32 %37, i32* @code_seq.ng
%38 = sext i32 %36 to i64
%39 = getelementptr inbounds i8*, i8** %35, i64 %38
%40 = load i8*, i8** %39
%41 = call i32 @sprintf(i8* %40, i8* getelementptr inbounds ([5 x i8], [5 x i8]* @.str.4, i64 0, i64 0))
%42 = load i8**, i8*** %8
%43 = load i32, i32* @code_seq.ng
%44 = add nsw i32 %43, 1
store i32 %44, i32* @code_seq.ng
%45 = sext i32 %43 to i64
%46 = getelementptr inbounds i8*, i8** %42, i64 %45
%47 = load i8*, i8** %46
%48 = call i32 @sprintf(i8* %47, i8* getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str.5, i64 0, i64 0))
br label %51
49: ; preds = %15
%50 = call i8** @make_group_aa_mafft(i32* @code_seq.ng, i8* getelementptr inbounds ([6 x i8], [6 x i8]* @.str.6, i64 0, i64 0))
store i8** %50, i8*** %8
br label %51
51: ; preds = %49, %19
%52 = call i32* @vcalloc(i32 256, i32 4)
store i32* %52, i32** @code_seq.aa
store i32 0, i32* %5
br label %53
53: ; preds = %86, %51
%54 = load i32, i32* %5
%55 = load i32, i32* @code_seq.ng
%56 = icmp slt i32 %54, %55
br i1 %56, label %57, label %89
57: ; preds = %53
store i32 0, i32* %6
br label %58
58: ; preds = %82, %57
%59 = load i32, i32* %6
%60 = load i8**, i8*** %8
%61 = load i32, i32* %5
%62 = sext i32 %61 to i64
%63 = getelementptr inbounds i8*, i8** %60, i64 %62
%64 = load i8*, i8** %63
%65 = call i32 @strlen(i8* %64)
%66 = icmp slt i32 %59, %65
br i1 %66, label %67, label %85
67: ; preds = %58
%68 = load i32, i32* %5
%69 = load i32*, i32** @code_seq.aa
%70 = load i8**, i8*** %8
%71 = load i32, i32* %5
%72 = sext i32 %71 to i64
%73 = getelementptr inbounds i8*, i8** %70, i64 %72
%74 = load i8*, i8** %73
%75 = load i32, i32* %6
%76 = sext i32 %75 to i64
%77 = getelementptr inbounds i8, i8* %74, i64 %76
%78 = load i8, i8* %77
%79 = sext i8 %78 to i32
%80 = sext i32 %79 to i64
%81 = getelementptr inbounds i32, i32* %69, i64 %80
store i32 %68, i32* %81
br label %82
82: ; preds = %67
%83 = load i32, i32* %6
%84 = add nsw i32 %83, 1
store i32 %84, i32* %6
br label %58
85: ; preds = %58
br label %86
86: ; preds = %85
%87 = load i32, i32* %5
%88 = add nsw i32 %87, 1
store i32 %88, i32* %5
br label %53
89: ; preds = %53
%90 = load i8**, i8*** %8
%91 = call i32 @free_char(i8** %90, i32 -1)
br label %92
92: ; preds = %89, %2
%93 = load i8*, i8** %3
%94 = call i32 @strlen(i8* %93)
store i32 %94, i32* %7
%95 = load i32*, i32** @code_seq.code
%96 = icmp ne i32* %95, null
br i1 %96, label %97, label %100
97: ; preds = %92
%98 = load i32*, i32** @code_seq.code
%99 = getelementptr inbounds i32, i32* %98, i32 -1
store i32* %99, i32** @code_seq.code
br label %100
100: ; preds = %97, %92
%101 = load i32*, i32** @code_seq.code
%102 = icmp ne i32* %101, null
br i1 %102, label %103, label %109
103: ; preds = %100
%104 = load i32*, i32** @code_seq.code
%105 = call i32 @read_array_size(i32* %104, i32 4)
%106 = load i32, i32* %7
%107 = add nsw i32 %106, 2
%108 = icmp slt i32 %105, %107
br i1 %108, label %109, label %115
109: ; preds = %103, %100
%110 = load i32*, i32** @code_seq.code
%111 = call i32 @vfree(i32* %110)
%112 = load i32, i32* %7
%113 = add nsw i32 %112, 2
%114 = call i32* @vcalloc(i32 %113, i32 4)
store i32* %114, i32** @code_seq.code
br label %115
115: ; preds = %109, %103
%116 = load i32, i32* @code_seq.ng
%117 = load i32*, i32** @code_seq.code
%118 = getelementptr inbounds i32, i32* %117, i64 0
store i32 %116, i32* %118
%119 = load i32*, i32** @code_seq.code
%120 = getelementptr inbounds i32, i32* %119, i32 1
store i32* %120, i32** @code_seq.code
store i32 0, i32* %5
br label %121
121: ; preds = %140, %115
%122 = load i32, i32* %5
%123 = load i32, i32* %7
%124 = icmp slt i32 %122, %123
br i1 %124, label %125, label %143
125: ; preds = %121
%126 = load i32*, i32** @code_seq.aa
%127 = load i8*, i8** %3
%128 = load i32, i32* %5
%129 = sext i32 %128 to i64
%130 = getelementptr inbounds i8, i8* %127, i64 %129
%131 = load i8, i8* %130
%132 = sext i8 %131 to i32
%133 = sext i32 %132 to i64
%134 = getelementptr inbounds i32, i32* %126, i64 %133
%135 = load i32, i32* %134
%136 = load i32*, i32** @code_seq.code
%137 = load i32, i32* %5
%138 = sext i32 %137 to i64
%139 = getelementptr inbounds i32, i32* %136, i64 %138
store i32 %135, i32* %139
br label %140
140: ; preds = %125
%141 = load i32, i32* %5
%142 = add nsw i32 %141, 1
store i32 %142, i32* %5
br label %121
143: ; preds = %121
%144 = load i32*, i32** @code_seq.code
%145 = load i32, i32* %5
%146 = sext i32 %145 to i64
%147 = getelementptr inbounds i32, i32* %144, i64 %146
store i32 -99999990, i32* %147
%148 = load i32*, i32** @code_seq.code
ret i32* %148
}

LLVM IR (-O2):
@code_seq.code = internal unnamed_addr global i32* null
@code_seq.aa = internal unnamed_addr global i32* null
@code_seq.ng = internal global i32 0
@.str = [4 x i8] c"DNA\00"
@.str.1 = [4 x i8] c"RNA\00"
@.str.2 = [3 x i8] c"Aa\00"
@.str.3 = [3 x i8] c"Gg\00"
@.str.4 = [5 x i8] c"TtUu\00"
@.str.5 = [3 x i8] c"Cc\00"
@.str.6 = [6 x i8] c"mafft\00"
define i32* @code_seq(i8* %0, i8* %1) {
%3 = load i32*, i32** @code_seq.aa
%4 = icmp eq i32* %3, null
br i1 %4, label %5, label %66
5: ; preds = %2
%6 = tail call i64 @vstrcmp(i8* %1, i8* getelementptr inbounds ([4 x i8], [4 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
%7 = icmp eq i64 %6, 0
br i1 %7, label %11, label %8
8: ; preds = %5
%9 = tail call i64 @vstrcmp(i8* %1, i8* getelementptr inbounds ([4 x i8], [4 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0))
%10 = icmp eq i64 %9, 0
br i1 %10, label %11, label %32
11: ; preds = %8, %5
%12 = tail call i8** @declare_char(i32 4, i32 5)
%13 = load i32, i32* @code_seq.ng
%14 = add nsw i32 %13, 1
store i32 %14, i32* @code_seq.ng
%15 = sext i32 %13 to i64
%16 = getelementptr inbounds i8*, i8** %12, i64 %15
%17 = load i8*, i8** %16
tail call void @llvm.memcpy.p0i8.p0i8.i64(i8* align 1 dereferenceable(3) %17, i8* align 1 dereferenceable(3) getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str.2, i64 0, i64 0), i64 3, i1 false)
%18 = load i32, i32* @code_seq.ng
%19 = add nsw i32 %18, 1
store i32 %19, i32* @code_seq.ng
%20 = sext i32 %18 to i64
%21 = getelementptr inbounds i8*, i8** %12, i64 %20
%22 = load i8*, i8** %21
tail call void @llvm.memcpy.p0i8.p0i8.i64(i8* align 1 dereferenceable(3) %22, i8* align 1 dereferenceable(3) getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str.3, i64 0, i64 0), i64 3, i1 false)
%23 = load i32, i32* @code_seq.ng
%24 = add nsw i32 %23, 1
%25 = sext i32 %23 to i64
%26 = getelementptr inbounds i8*, i8** %12, i64 %25
%27 = load i8*, i8** %26
tail call void @llvm.memcpy.p0i8.p0i8.i64(i8* align 1 dereferenceable(5) %27, i8* align 1 dereferenceable(5) getelementptr inbounds ([5 x i8], [5 x i8]* @.str.4, i64 0, i64 0), i64 5, i1 false)
%28 = add nsw i32 %23, 2
store i32 %28, i32* @code_seq.ng
%29 = sext i32 %24 to i64
%30 = getelementptr inbounds i8*, i8** %12, i64 %29
%31 = load i8*, i8** %30
tail call void @llvm.memcpy.p0i8.p0i8.i64(i8* align 1 dereferenceable(3) %31, i8* align 1 dereferenceable(3) getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str.5, i64 0, i64 0), i64 3, i1 false)
br label %34
32: ; preds = %8
%33 = tail call i8** @make_group_aa_mafft(i32* @code_seq.ng, i8* getelementptr inbounds ([6 x i8], [6 x i8]* @.str.6, i64 0, i64 0))
br label %34
34: ; preds = %32, %11
%35 = phi i8** [ %12, %11 ], [ %33, %32 ]
%36 = tail call i32* @vcalloc(i32 256, i32 4)
store i32* %36, i32** @code_seq.aa
%37 = load i32, i32* @code_seq.ng
%38 = icmp sgt i32 %37, 0
br i1 %38, label %39, label %64
39: ; preds = %34, %59
%40 = phi i64 [ %60, %59 ], [ 0, %34 ]
%41 = getelementptr inbounds i8*, i8** %35, i64 %40
%42 = load i8*, i8** %41
%43 = tail call i32 @strlen(i8* %42)
%44 = icmp sgt i32 %43, 0
br i1 %44, label %45, label %59
45: ; preds = %39
%46 = trunc i64 %40 to i32
br label %47
47: ; preds = %45, %47
%48 = phi i64 [ 0, %45 ], [ %55, %47 ]
%49 = load i32*, i32** @code_seq.aa
%50 = load i8*, i8** %41
%51 = getelementptr inbounds i8, i8* %50, i64 %48
%52 = load i8, i8* %51
%53 = sext i8 %52 to i64
%54 = getelementptr inbounds i32, i32* %49, i64 %53
store i32 %46, i32* %54
%55 = add nuw nsw i64 %48, 1
%56 = tail call i32 @strlen(i8* %50)
%57 = sext i32 %56 to i64
%58 = icmp slt i64 %55, %57
br i1 %58, label %47, label %59
59: ; preds = %47, %39
%60 = add nuw nsw i64 %40, 1
%61 = load i32, i32* @code_seq.ng
%62 = sext i32 %61 to i64
%63 = icmp slt i64 %60, %62
br i1 %63, label %39, label %64
64: ; preds = %59, %34
%65 = tail call i32 @free_char(i8** %35, i32 -1)
br label %66
66: ; preds = %64, %2
%67 = tail call i32 @strlen(i8* %0)
%68 = load i32*, i32** @code_seq.code
%69 = icmp eq i32* %68, null
br i1 %69, label %70, label %72
70: ; preds = %66
%71 = add nsw i32 %67, 2
br label %78
72: ; preds = %66
%73 = getelementptr inbounds i32, i32* %68, i64 -1
store i32* %73, i32** @code_seq.code
%74 = tail call i32 @read_array_size(i32* %73, i32 4)
%75 = add nsw i32 %67, 2
%76 = icmp slt i32 %74, %75
%77 = load i32*, i32** @code_seq.code
br i1 %76, label %78, label %83
78: ; preds = %72, %70
%79 = phi i32 [ %71, %70 ], [ %75, %72 ]
%80 = phi i32* [ null, %70 ], [ %77, %72 ]
%81 = tail call i32 @vfree(i32* %80)
%82 = tail call i32* @vcalloc(i32 %79, i32 4)
br label %83
83: ; preds = %72, %78
%84 = phi i32* [ %82, %78 ], [ %77, %72 ]
%85 = load i32, i32* @code_seq.ng
store i32 %85, i32* %84
%86 = getelementptr inbounds i32, i32* %84, i64 1
store i32* %86, i32** @code_seq.code
%87 = icmp sgt i32 %67, 0
br i1 %87, label %88, label %146
88: ; preds = %83
%89 = load i32*, i32** @code_seq.aa
%90 = zext i32 %67 to i64
%91 = add nsw i64 %90, -1
%92 = and i64 %90, 3
%93 = icmp ult i64 %91, 3
br i1 %93, label %129, label %94
94: ; preds = %88
%95 = and i64 %90, 4294967292
br label %96
96: ; preds = %96, %94
%97 = phi i64 [ 0, %94 ], [ %126, %96 ]
%98 = phi i64 [ 0, %94 ], [ %127, %96 ]
%99 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %97
%100 = load i8, i8* %99
%101 = sext i8 %100 to i64
%102 = getelementptr inbounds i32, i32* %89, i64 %101
%103 = load i32, i32* %102
%104 = getelementptr inbounds i32, i32* %86, i64 %97
store i32 %103, i32* %104
%105 = or i64 %97, 1
%106 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %105
%107 = load i8, i8* %106
%108 = sext i8 %107 to i64
%109 = getelementptr inbounds i32, i32* %89, i64 %108
%110 = load i32, i32* %109
%111 = getelementptr inbounds i32, i32* %86, i64 %105
store i32 %110, i32* %111
%112 = or i64 %97, 2
%113 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %112
%114 = load i8, i8* %113
%115 = sext i8 %114 to i64
%116 = getelementptr inbounds i32, i32* %89, i64 %115
%117 = load i32, i32* %116
%118 = getelementptr inbounds i32, i32* %86, i64 %112
store i32 %117, i32* %118
%119 = or i64 %97, 3
%120 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %119
%121 = load i8, i8* %120
%122 = sext i8 %121 to i64
%123 = getelementptr inbounds i32, i32* %89, i64 %122
%124 = load i32, i32* %123
%125 = getelementptr inbounds i32, i32* %86, i64 %119
store i32 %124, i32* %125
%126 = add nuw nsw i64 %97, 4
%127 = add i64 %98, 4
%128 = icmp eq i64 %127, %95
br i1 %128, label %129, label %96
129: ; preds = %96, %88
%130 = phi i64 [ 0, %88 ], [ %126, %96 ]
%131 = icmp eq i64 %92, 0
br i1 %131, label %144, label %132
132: ; preds = %129, %132
%133 = phi i64 [ %141, %132 ], [ %130, %129 ]
%134 = phi i64 [ %142, %132 ], [ 0, %129 ]
%135 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %133
%136 = load i8, i8* %135
%137 = sext i8 %136 to i64
%138 = getelementptr inbounds i32, i32* %89, i64 %137
%139 = load i32, i32* %138
%140 = getelementptr inbounds i32, i32* %86, i64 %133
store i32 %139, i32* %140
%141 = add nuw nsw i64 %133, 1
%142 = add i64 %134, 1
%143 = icmp eq i64 %142, %92
br i1 %143, label %144, label %132
144: ; preds = %132, %129
%145 = zext i32 %67 to i64
br label %146
146: ; preds = %83, %144
%147 = phi i64 [ %145, %144 ], [ 0, %83 ]
%148 = getelementptr inbounds i32, i32* %86, i64 %147
store i32 -99999990, i32* %148
ret i32* %86
}