#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ Warning(char *);
int copy_alignment_line(char *aseq, int apos, int name_rcol, char *buffer,
                        int lcol, int rcol, char gapsym) {
  char *s1, *s2;
  int i;
  s1 = aseq + apos;
  s2 = buffer;
  for (i = 0; i < lcol; i++)
    if (*s2)
      s2++;
  for (i = lcol; i <= rcol; i++) {
    if (*s2 == '\t') {
      Warning("TAB characters will corrupt a SELEX alignment! Please remove "
              "them first.");
      return 0;
    }
    if (name_rcol >= i)
      *s1 = gapsym;
    else if (*s2 == '\0' || *s2 == '\n')
      *s1 = gapsym;
    else if (*s2 == ' ')
      *s1 = gapsym;
    else
      *s1 = *s2;
    s1++;
    if (*s2)
      s2++;
  }
  return 1;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<copy_alignment_line>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x40,%rsp
mov    0x10(%rbp),%al
mov    %rdi,-0x10(%rbp)
mov    %esi,-0x14(%rbp)
mov    %edx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8d,-0x24(%rbp)
mov    %r9d,-0x28(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
add    %rcx,%rax
mov    %rax,-0x30(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x38(%rbp)
movl   $0x0,-0x3c(%rbp)
mov    -0x3c(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jge    1187 <copy_alignment_line+0x77>
mov    -0x38(%rbp),%rax
cmpb   $0x0,(%rax)
je     1174 <copy_alignment_line+0x64>
mov    -0x38(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x38(%rbp)
jmp    1179 <copy_alignment_line+0x69>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
jmp    114f <copy_alignment_line+0x3f>
mov    -0x24(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
mov    -0x3c(%rbp),%eax
cmp    -0x28(%rbp),%eax
jg     1275 <copy_alignment_line+0x165>
mov    -0x38(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0x9,%eax
jne    11c1 <copy_alignment_line+0xb1>
lea    0xe50(%rip),%rdi
call   1030 <Warning@plt>
movl   $0x0,-0x4(%rbp)
jmp    127c <copy_alignment_line+0x16c>
mov    -0x18(%rbp),%eax
cmp    -0x3c(%rbp),%eax
jl     11db <copy_alignment_line+0xcb>
mov    0x10(%rbp),%cl
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    %cl,(%rax)
jmp    123d <copy_alignment_line+0x12d>
mov    -0x38(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0x0,%eax
je     11fb <copy_alignment_line+0xeb>
mov    -0x38(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0xa,%eax
jne    1209 <copy_alignment_line+0xf9>
mov    0x10(%rbp),%cl
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    %cl,(%rax)
jmp    1238 <copy_alignment_line+0x128>
mov    -0x38(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0x20,%eax
jne    1227 <copy_alignment_line+0x117>
mov    0x10(%rbp),%cl
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    %cl,(%rax)
jmp    1233 <copy_alignment_line+0x123>
mov    -0x38(%rbp),%rax
mov    (%rax),%cl
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    %cl,(%rax)
jmp    1238 <copy_alignment_line+0x128>
jmp    123d <copy_alignment_line+0x12d>
mov    -0x30(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x30(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%rax
cmpb   $0x0,(%rax)
je     1262 <copy_alignment_line+0x152>
mov    -0x38(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x38(%rbp)
jmp    1267 <copy_alignment_line+0x157>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
jmp    118d <copy_alignment_line+0x7d>
movl   $0x1,-0x4(%rbp)
mov    -0x4(%rbp),%eax
add    $0x40,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<copy_alignment_line>:
push   %rbx
test   %r8d,%r8d
jle    116d <copy_alignment_line+0x5d>
lea    -0x1(%r8),%eax
mov    %r8d,%r10d
and    $0x3,%r10d
cmp    $0x3,%eax
jb     1151 <copy_alignment_line+0x41>
mov    %r8d,%eax
and    $0xfffffffc,%eax
nopl   0x0(%rax)
cmpb   $0x1,(%rcx)
sbb    $0xffffffffffffffff,%rcx
cmpb   $0x1,(%rcx)
sbb    $0xffffffffffffffff,%rcx
cmpb   $0x1,(%rcx)
sbb    $0xffffffffffffffff,%rcx
cmpb   $0x1,(%rcx)
sbb    $0xffffffffffffffff,%rcx
add    $0xfffffffc,%eax
jne    1130 <copy_alignment_line+0x20>
test   %r10d,%r10d
je     116d <copy_alignment_line+0x5d>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
cmpb   $0x1,(%rcx)
sbb    $0xffffffffffffffff,%rcx
add    $0xffffffff,%r10d
jne    1160 <copy_alignment_line+0x50>
mov    $0x1,%eax
cmp    %r9d,%r8d
jle    1179 <copy_alignment_line+0x69>
pop    %rbx
ret
movslq %esi,%rbx
mov    0x10(%rsp),%sil
add    %rbx,%rdi
add    $0x1,%r9d
movabs $0x100000401,%r10
jmp    11b6 <copy_alignment_line+0xa6>
mov    %r11d,%ebx
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
mov    %bl,(%rdi)
add    $0x1,%rdi
cmpb   $0x1,(%rcx)
sbb    $0xffffffffffffffff,%rcx
add    $0x1,%r8d
cmp    %r8d,%r9d
je     1177 <copy_alignment_line+0x67>
movzbl (%rcx),%r11d
cmp    $0x9,%r11b
je     11db <copy_alignment_line+0xcb>
mov    %esi,%ebx
cmp    %edx,%r8d
jle    11a0 <copy_alignment_line+0x90>
cmp    $0x20,%r11b
ja     1194 <copy_alignment_line+0x84>
movzbl %r11b,%ebx
bt     %rbx,%r10
mov    %esi,%ebx
jb     11a0 <copy_alignment_line+0x90>
jmp    1194 <copy_alignment_line+0x84>
lea    0xe1e(%rip),%rdi
call   1030 <Warning@plt>
xor    %eax,%eax
pop    %rbx
ret

LLVM IR (-O0):
@.str = [73 x i8] c"TAB characters will corrupt a SELEX alignment! Please remove them first.\00"
define i32 @copy_alignment_line(i8* %0, i32 %1, i32 %2, i8* %3, i32 %4, i32 %5, i8 signext %6) {
%8 = alloca i32
%9 = alloca i8*
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i8*
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
%15 = alloca i8
%16 = alloca i8*
%17 = alloca i8*
%18 = alloca i32
store i8* %0, i8** %9
store i32 %1, i32* %10
store i32 %2, i32* %11
store i8* %3, i8** %12
store i32 %4, i32* %13
store i32 %5, i32* %14
store i8 %6, i8* %15
%19 = load i8*, i8** %9
%20 = load i32, i32* %10
%21 = sext i32 %20 to i64
%22 = getelementptr inbounds i8, i8* %19, i64 %21
store i8* %22, i8** %16
%23 = load i8*, i8** %12
store i8* %23, i8** %17
store i32 0, i32* %18
br label %24
24: ; preds = %36, %7
%25 = load i32, i32* %18
%26 = load i32, i32* %13
%27 = icmp slt i32 %25, %26
br i1 %27, label %28, label %39
28: ; preds = %24
%29 = load i8*, i8** %17
%30 = load i8, i8* %29
%31 = icmp ne i8 %30, 0
br i1 %31, label %32, label %35
32: ; preds = %28
%33 = load i8*, i8** %17
%34 = getelementptr inbounds i8, i8* %33, i32 1
store i8* %34, i8** %17
br label %35
35: ; preds = %32, %28
br label %36
36: ; preds = %35
%37 = load i32, i32* %18
%38 = add nsw i32 %37, 1
store i32 %38, i32* %18
br label %24
39: ; preds = %24
%40 = load i32, i32* %13
store i32 %40, i32* %18
br label %41
41: ; preds = %96, %39
%42 = load i32, i32* %18
%43 = load i32, i32* %14
%44 = icmp sle i32 %42, %43
br i1 %44, label %45, label %99
45: ; preds = %41
%46 = load i8*, i8** %17
%47 = load i8, i8* %46
%48 = sext i8 %47 to i32
%49 = icmp eq i32 %48, 9
br i1 %49, label %50, label %52
50: ; preds = %45
%51 = call i32 @Warning(i8* getelementptr inbounds ([73 x i8], [73 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
store i32 0, i32* %8
br label %100
52: ; preds = %45
%53 = load i32, i32* %11
%54 = load i32, i32* %18
%55 = icmp sge i32 %53, %54
br i1 %55, label %56, label %59
56: ; preds = %52
%57 = load i8, i8* %15
%58 = load i8*, i8** %16
store i8 %57, i8* %58
br label %86
59: ; preds = %52
%60 = load i8*, i8** %17
%61 = load i8, i8* %60
%62 = sext i8 %61 to i32
%63 = icmp eq i32 %62, 0
br i1 %63, label %69, label %64
64: ; preds = %59
%65 = load i8*, i8** %17
%66 = load i8, i8* %65
%67 = sext i8 %66 to i32
%68 = icmp eq i32 %67, 10
br i1 %68, label %69, label %72
69: ; preds = %64, %59
%70 = load i8, i8* %15
%71 = load i8*, i8** %16
store i8 %70, i8* %71
br label %85
72: ; preds = %64
%73 = load i8*, i8** %17
%74 = load i8, i8* %73
%75 = sext i8 %74 to i32
%76 = icmp eq i32 %75, 32
br i1 %76, label %77, label %80
77: ; preds = %72
%78 = load i8, i8* %15
%79 = load i8*, i8** %16
store i8 %78, i8* %79
br label %84
80: ; preds = %72
%81 = load i8*, i8** %17
%82 = load i8, i8* %81
%83 = load i8*, i8** %16
store i8 %82, i8* %83
br label %84
84: ; preds = %80, %77
br label %85
85: ; preds = %84, %69
br label %86
86: ; preds = %85, %56
%87 = load i8*, i8** %16
%88 = getelementptr inbounds i8, i8* %87, i32 1
store i8* %88, i8** %16
%89 = load i8*, i8** %17
%90 = load i8, i8* %89
%91 = icmp ne i8 %90, 0
br i1 %91, label %92, label %95
92: ; preds = %86
%93 = load i8*, i8** %17
%94 = getelementptr inbounds i8, i8* %93, i32 1
store i8* %94, i8** %17
br label %95
95: ; preds = %92, %86
br label %96
96: ; preds = %95
%97 = load i32, i32* %18
%98 = add nsw i32 %97, 1
store i32 %98, i32* %18
br label %41
99: ; preds = %41
store i32 1, i32* %8
br label %100
100: ; preds = %99, %50
%101 = load i32, i32* %8
ret i32 %101
}

LLVM IR (-O2):
@.str = [73 x i8] c"TAB characters will corrupt a SELEX alignment! Please remove them first.\00"
define i32 @copy_alignment_line(i8* nocapture writeonly %0, i32 %1, i32 %2, i8* nocapture %3, i32 %4, i32 %5, i8 signext %6) {
%8 = sext i32 %1 to i64
%9 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %8
%10 = icmp sgt i32 %4, 0
br i1 %10, label %11, label %30
11: ; preds = %7
%12 = add i32 %4, -1
%13 = and i32 %4, 3
%14 = icmp ult i32 %12, 3
br i1 %14, label %17, label %15
15: ; preds = %11
%16 = and i32 %4, -4
br label %33
17: ; preds = %33, %11
%18 = phi i8* [ undef, %11 ], [ %51, %33 ]
%19 = phi i8* [ %3, %11 ], [ %51, %33 ]
%20 = icmp eq i32 %13, 0
br i1 %20, label %30, label %21
21: ; preds = %17, %21
%22 = phi i8* [ %27, %21 ], [ %19, %17 ]
%23 = phi i32 [ %28, %21 ], [ 0, %17 ]
%24 = load i8, i8* %22
%25 = icmp ne i8 %24, 0
%26 = zext i1 %25 to i64
%27 = getelementptr i8, i8* %22, i64 %26
%28 = add i32 %23, 1
%29 = icmp eq i32 %28, %13
br i1 %29, label %30, label %21
30: ; preds = %17, %21, %7
%31 = phi i8* [ %3, %7 ], [ %18, %17 ], [ %27, %21 ]
%32 = icmp sgt i32 %4, %5
br i1 %32, label %75, label %54
33: ; preds = %33, %15
%34 = phi i8* [ %3, %15 ], [ %51, %33 ]
%35 = phi i32 [ 0, %15 ], [ %52, %33 ]
%36 = load i8, i8* %34
%37 = icmp ne i8 %36, 0
%38 = zext i1 %37 to i64
%39 = getelementptr i8, i8* %34, i64 %38
%40 = load i8, i8* %39
%41 = icmp ne i8 %40, 0
%42 = zext i1 %41 to i64
%43 = getelementptr i8, i8* %39, i64 %42
%44 = load i8, i8* %43
%45 = icmp ne i8 %44, 0
%46 = zext i1 %45 to i64
%47 = getelementptr i8, i8* %43, i64 %46
%48 = load i8, i8* %47
%49 = icmp ne i8 %48, 0
%50 = zext i1 %49 to i64
%51 = getelementptr i8, i8* %47, i64 %50
%52 = add i32 %35, 4
%53 = icmp eq i32 %52, %16
br i1 %53, label %17, label %33
54: ; preds = %30, %66
%55 = phi i32 [ %73, %66 ], [ %4, %30 ]
%56 = phi i8* [ %72, %66 ], [ %31, %30 ]
%57 = phi i8* [ %68, %66 ], [ %9, %30 ]
%58 = load i8, i8* %56
%59 = icmp eq i8 %58, 9
br i1 %59, label %60, label %62
60: ; preds = %54
%61 = tail call i32 @Warning(i8* getelementptr inbounds ([73 x i8], [73 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
br label %75
62: ; preds = %54
%63 = icmp sgt i32 %55, %2
br i1 %63, label %64, label %66
64: ; preds = %62
switch i8 %58, label %65 [
i8 0, label %66
i8 10, label %66
i8 32, label %66
]
65: ; preds = %64
br label %66
66: ; preds = %64, %64, %64, %62, %65
%67 = phi i8 [ %58, %65 ], [ %6, %62 ], [ %6, %64 ], [ %6, %64 ], [ %6, %64 ]
store i8 %67, i8* %57
%68 = getelementptr inbounds i8, i8* %57, i64 1
%69 = load i8, i8* %56
%70 = icmp ne i8 %69, 0
%71 = zext i1 %70 to i64
%72 = getelementptr i8, i8* %56, i64 %71
%73 = add i32 %55, 1
%74 = icmp eq i32 %55, %5
br i1 %74, label %75, label %54
75: ; preds = %66, %30, %60
%76 = phi i32 [ 0, %60 ], [ 1, %30 ], [ 1, %66 ]
ret i32 %76
}