int ss_minHamming(const char *s1, const char *s2, int len1, int len2) {
  const int num_positions = len2 - len1 + 1;
  char *s1_ptr;
  char *s2_ptr;
  char *s2_start_ptr = (char *)s2;
  int min_hd = 100000;
  int current_hd;
  int i = 0;
  while (i++ < num_positions) {
    s1_ptr = (char *)s1;
    s2_ptr = s2_start_ptr++;
    current_hd = 0;
    const char *s2_ptr_lim = s2_ptr + len1;
    while (s2_ptr < s2_ptr_lim) {
      if (*s1_ptr++ != *s2_ptr++) {
        current_hd++;
      }
    }
    if (current_hd < min_hd) {
      min_hd = current_hd;
    }
  }
  return min_hd;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<ss_minHamming>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %ecx,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
sub    -0x14(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x38(%rbp)
movl   $0x186a0,-0x3c(%rbp)
movl   $0x0,-0x44(%rbp)
mov    -0x44(%rbp),%eax
mov    %eax,%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    %ecx,-0x44(%rbp)
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jge    11d8 <ss_minHamming+0xd8>
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x28(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%rax
mov    %rax,%rcx
add    $0x1,%rcx
mov    %rcx,-0x38(%rbp)
mov    %rax,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x40(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
add    %rcx,%rax
mov    %rax,-0x50(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%rax
cmp    -0x50(%rbp),%rax
jae    11c1 <ss_minHamming+0xc1>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    %rax,%rcx
add    $0x1,%rcx
mov    %rcx,-0x28(%rbp)
movsbl (%rax),%eax
mov    -0x30(%rbp),%rcx
mov    %rcx,%rdx
add    $0x1,%rdx
mov    %rdx,-0x30(%rbp)
movsbl (%rcx),%ecx
cmp    %ecx,%eax
je     11bc <ss_minHamming+0xbc>
mov    -0x40(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x40(%rbp)
jmp    1179 <ss_minHamming+0x79>
mov    -0x40(%rbp),%eax
cmp    -0x3c(%rbp),%eax
jge    11d3 <ss_minHamming+0xd3>
mov    -0x40(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
jmp    1134 <ss_minHamming+0x34>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<ss_minHamming>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    %edx,%ecx
mov    %ecx,-0x24(%rsp)
js     1383 <ss_minHamming+0x283>
movslq %edx,%rax
mov    %rax,-0x20(%rsp)
lea    (%rsi,%rax,1),%r12
lea    0x1(%rsi),%r10
mov    $0xfffffffffffffff8,%r11
sub    %rsi,%r11
mov    $0x186a0,%eax
mov    $0x1,%ecx
xor    %r13d,%r13d
pcmpeqd %xmm0,%xmm0
movdqa 0xeb7(%rip),%xmm1
mov    %r10,-0x10(%rsp)
mov    %r12,-0x8(%rsp)
mov    %rsi,-0x18(%rsp)
mov    %rsi,%r14
mov    %edx,-0x28(%rsp)
jmp    119c <ss_minHamming+0x9c>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%r14
cmp    %eax,%esi
cmovl  %esi,%eax
lea    0x1(%rcx),%edx
add    $0x1,%r13
add    $0x1,%r12
add    $0x1,%r10
add    $0xffffffffffffffff,%r11
cmp    -0x24(%rsp),%ecx
mov    %edx,%ecx
mov    -0x28(%rsp),%edx
jg     1388 <ss_minHamming+0x288>
cmp    %r10,%r12
mov    %r10,%r15
cmova  %r12,%r15
mov    -0x8(%rsp),%rsi
add    %r13,%rsi
mov    -0x10(%rsp),%rbp
mov    %rbp,%r9
add    %r13,%r9
cmp    %r9,%rsi
cmova  %rsi,%r9
mov    $0x0,%esi
test   %edx,%edx
jle    1170 <ss_minHamming+0x70>
mov    -0x18(%rsp),%rdx
sub    %r13,%r9
sub    %rdx,%r9
xor    %esi,%esi
mov    %rdi,%rbp
mov    %r14,%r8
cmp    $0x8,%r9
jb     134f <ss_minHamming+0x24f>
lea    -0x8(%r9),%rsi
mov    %rsi,%rbp
shr    $0x3,%rbp
add    $0x1,%rbp
cmp    $0x8,%rsi
jae    120a <ss_minHamming+0x10a>
pxor   %xmm2,%xmm2
xor    %esi,%esi
pxor   %xmm3,%xmm3
jmp    12d0 <ss_minHamming+0x1d0>
add    %r11,%r15
shr    $0x3,%r15
add    $0x1,%r15
and    $0xfffffffffffffffe,%r15
pxor   %xmm2,%xmm2
xor    %esi,%esi
pxor   %xmm3,%xmm3
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
movd   (%rdi,%rsi,1),%xmm4
movd   0x4(%rdi,%rsi,1),%xmm6
movd   (%r14,%rsi,1),%xmm5
pcmpeqb %xmm4,%xmm5
movd   0x4(%r14,%rsi,1),%xmm4
pcmpeqb %xmm6,%xmm4
pxor   %xmm0,%xmm5
punpcklbw %xmm5,%xmm5
punpcklwd %xmm5,%xmm5
pand   %xmm1,%xmm5
paddd  %xmm2,%xmm5
pxor   %xmm0,%xmm4
punpcklbw %xmm4,%xmm4
punpcklwd %xmm4,%xmm4
pand   %xmm1,%xmm4
paddd  %xmm3,%xmm4
movd   0x8(%rdi,%rsi,1),%xmm3
movd   0xc(%rdi,%rsi,1),%xmm6
movd   0x8(%r14,%rsi,1),%xmm2
pcmpeqb %xmm3,%xmm2
movd   0xc(%r14,%rsi,1),%xmm3
pcmpeqb %xmm6,%xmm3
pxor   %xmm0,%xmm2
punpcklbw %xmm2,%xmm2
punpcklwd %xmm2,%xmm2
pand   %xmm1,%xmm2
paddd  %xmm5,%xmm2
pxor   %xmm0,%xmm3
punpcklbw %xmm3,%xmm3
punpcklwd %xmm3,%xmm3
pand   %xmm1,%xmm3
paddd  %xmm4,%xmm3
add    $0x10,%rsi
add    $0xfffffffffffffffe,%r15
jne    1230 <ss_minHamming+0x130>
mov    %r9,%r8
and    $0xfffffffffffffff8,%r8
test   $0x1,%bpl
je     1325 <ss_minHamming+0x225>
movd   (%rdi,%rsi,1),%xmm4
movd   0x4(%rdi,%rsi,1),%xmm5
movd   (%r14,%rsi,1),%xmm6
pcmpeqb %xmm4,%xmm6
movd   0x4(%r14,%rsi,1),%xmm4
pcmpeqb %xmm5,%xmm4
pxor   %xmm0,%xmm6
punpcklbw %xmm6,%xmm6
punpcklwd %xmm6,%xmm6
pand   %xmm1,%xmm6
paddd  %xmm6,%xmm2
pxor   %xmm0,%xmm4
punpcklbw %xmm4,%xmm4
punpcklwd %xmm4,%xmm4
pand   %xmm1,%xmm4
paddd  %xmm4,%xmm3
paddd  %xmm3,%xmm2
pshufd $0xee,%xmm2,%xmm3
paddd  %xmm2,%xmm3
pshufd $0x55,%xmm3,%xmm2
paddd  %xmm3,%xmm2
movd   %xmm2,%esi
cmp    %r8,%r9
je     1170 <ss_minHamming+0x70>
lea    (%rdi,%r8,1),%rbp
add    %r14,%r8
mov    -0x20(%rsp),%rdx
lea    (%r14,%rdx,1),%r9
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
movzbl 0x0(%rbp),%ebx
add    $0x1,%rbp
xor    %edx,%edx
cmp    (%r8),%bl
lea    0x1(%r8),%rbx
setne  %dl
add    %edx,%esi
mov    %rbx,%r8
cmp    %r9,%rbx
jb     1360 <ss_minHamming+0x260>
jmp    1170 <ss_minHamming+0x70>
mov    $0x186a0,%eax
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @ss_minHamming(i8* %0, i8* %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = alloca i8*
%6 = alloca i8*
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i8*
%11 = alloca i8*
%12 = alloca i8*
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
%15 = alloca i32
%16 = alloca i8*
store i8* %0, i8** %5
store i8* %1, i8** %6
store i32 %2, i32* %7
store i32 %3, i32* %8
%17 = load i32, i32* %8
%18 = load i32, i32* %7
%19 = sub nsw i32 %17, %18
%20 = add nsw i32 %19, 1
store i32 %20, i32* %9
%21 = load i8*, i8** %6
store i8* %21, i8** %12
store i32 100000, i32* %13
store i32 0, i32* %15
br label %22
22: ; preds = %59, %4
%23 = load i32, i32* %15
%24 = add nsw i32 %23, 1
store i32 %24, i32* %15
%25 = load i32, i32* %9
%26 = icmp slt i32 %23, %25
br i1 %26, label %27, label %60
27: ; preds = %22
%28 = load i8*, i8** %5
store i8* %28, i8** %10
%29 = load i8*, i8** %12
%30 = getelementptr inbounds i8, i8* %29, i32 1
store i8* %30, i8** %12
store i8* %29, i8** %11
store i32 0, i32* %14
%31 = load i8*, i8** %11
%32 = load i32, i32* %7
%33 = sext i32 %32 to i64
%34 = getelementptr inbounds i8, i8* %31, i64 %33
store i8* %34, i8** %16
br label %35
35: ; preds = %52, %27
%36 = load i8*, i8** %11
%37 = load i8*, i8** %16
%38 = icmp ult i8* %36, %37
br i1 %38, label %39, label %53
39: ; preds = %35
%40 = load i8*, i8** %10
%41 = getelementptr inbounds i8, i8* %40, i32 1
store i8* %41, i8** %10
%42 = load i8, i8* %40
%43 = sext i8 %42 to i32
%44 = load i8*, i8** %11
%45 = getelementptr inbounds i8, i8* %44, i32 1
store i8* %45, i8** %11
%46 = load i8, i8* %44
%47 = sext i8 %46 to i32
%48 = icmp ne i32 %43, %47
br i1 %48, label %49, label %52
49: ; preds = %39
%50 = load i32, i32* %14
%51 = add nsw i32 %50, 1
store i32 %51, i32* %14
br label %52
52: ; preds = %49, %39
br label %35
53: ; preds = %35
%54 = load i32, i32* %14
%55 = load i32, i32* %13
%56 = icmp slt i32 %54, %55
br i1 %56, label %57, label %59
57: ; preds = %53
%58 = load i32, i32* %14
store i32 %58, i32* %13
br label %59
59: ; preds = %57, %53
br label %22
60: ; preds = %22
%61 = load i32, i32* %13
ret i32 %61
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @ss_minHamming(i8* nocapture %0, i8* %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = ptrtoint i8* %1 to i64
%6 = sub nsw i32 %3, %2
%7 = icmp slt i32 %6, 0
br i1 %7, label %143, label %8
8: ; preds = %4
%9 = sext i32 %2 to i64
%10 = icmp sgt i32 %2, 0
%11 = add i64 %5, %9
%12 = add i64 %5, 1
br label %13
13: ; preds = %8, %136
%14 = phi i64 [ 0, %8 ], [ %142, %136 ]
%15 = phi i32 [ 1, %8 ], [ %140, %136 ]
%16 = phi i32 [ 100000, %8 ], [ %139, %136 ]
%17 = phi i8* [ %1, %8 ], [ %31, %136 ]
%18 = add i64 %11, %14
%19 = add i64 %12, %14
%20 = call i64 @llvm.umax.i64(i64 %18, i64 %19)
%21 = add i64 %14, %5
%22 = sub i64 %20, %21
%23 = add i64 %22, -8
%24 = lshr i64 %23, 3
%25 = add nuw nsw i64 %24, 1
%26 = add i64 %11, %14
%27 = add i64 %12, %14
%28 = call i64 @llvm.umax.i64(i64 %26, i64 %27)
%29 = add i64 %14, %5
%30 = sub i64 %28, %29
%31 = getelementptr inbounds i8, i8* %17, i64 1
%32 = getelementptr inbounds i8, i8* %17, i64 %9
br i1 %10, label %33, label %136
33: ; preds = %13
%34 = icmp ult i64 %30, 8
br i1 %34, label %120, label %35
35: ; preds = %33
%36 = and i64 %30, -8
%37 = getelementptr i8, i8* %0, i64 %36
%38 = getelementptr i8, i8* %17, i64 %36
%39 = and i64 %25, 1
%40 = icmp ult i64 %23, 8
br i1 %40, label %88, label %41
41: ; preds = %35
%42 = and i64 %25, 4611686018427387902
br label %43
43: ; preds = %43, %41
%44 = phi i64 [ 0, %41 ], [ %85, %43 ]
%45 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %41 ], [ %83, %43 ]
%46 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %41 ], [ %84, %43 ]
%47 = phi i64 [ 0, %41 ], [ %86, %43 ]
%48 = getelementptr i8, i8* %0, i64 %44
%49 = getelementptr i8, i8* %17, i64 %44
%50 = bitcast i8* %48 to <4 x i8>*
%51 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %50
%52 = getelementptr i8, i8* %48, i64 4
%53 = bitcast i8* %52 to <4 x i8>*
%54 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %53
%55 = bitcast i8* %49 to <4 x i8>*
%56 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %55
%57 = getelementptr i8, i8* %49, i64 4
%58 = bitcast i8* %57 to <4 x i8>*
%59 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %58
%60 = icmp ne <4 x i8> %51, %56
%61 = icmp ne <4 x i8> %54, %59
%62 = zext <4 x i1> %60 to <4 x i32>
%63 = zext <4 x i1> %61 to <4 x i32>
%64 = add <4 x i32> %45, %62
%65 = add <4 x i32> %46, %63
%66 = or i64 %44, 8
%67 = getelementptr i8, i8* %0, i64 %66
%68 = getelementptr i8, i8* %17, i64 %66
%69 = bitcast i8* %67 to <4 x i8>*
%70 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %69
%71 = getelementptr i8, i8* %67, i64 4
%72 = bitcast i8* %71 to <4 x i8>*
%73 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %72
%74 = bitcast i8* %68 to <4 x i8>*
%75 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %74
%76 = getelementptr i8, i8* %68, i64 4
%77 = bitcast i8* %76 to <4 x i8>*
%78 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %77
%79 = icmp ne <4 x i8> %70, %75
%80 = icmp ne <4 x i8> %73, %78
%81 = zext <4 x i1> %79 to <4 x i32>
%82 = zext <4 x i1> %80 to <4 x i32>
%83 = add <4 x i32> %64, %81
%84 = add <4 x i32> %65, %82
%85 = add nuw i64 %44, 16
%86 = add i64 %47, 2
%87 = icmp eq i64 %86, %42
br i1 %87, label %88, label %43
88: ; preds = %43, %35
%89 = phi <4 x i32> [ undef, %35 ], [ %83, %43 ]
%90 = phi <4 x i32> [ undef, %35 ], [ %84, %43 ]
%91 = phi i64 [ 0, %35 ], [ %85, %43 ]
%92 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %35 ], [ %83, %43 ]
%93 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %35 ], [ %84, %43 ]
%94 = icmp eq i64 %39, 0
br i1 %94, label %114, label %95
95: ; preds = %88
%96 = getelementptr i8, i8* %0, i64 %91
%97 = getelementptr i8, i8* %17, i64 %91
%98 = bitcast i8* %96 to <4 x i8>*
%99 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %98
%100 = getelementptr i8, i8* %96, i64 4
%101 = bitcast i8* %100 to <4 x i8>*
%102 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %101
%103 = bitcast i8* %97 to <4 x i8>*
%104 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %103
%105 = getelementptr i8, i8* %97, i64 4
%106 = bitcast i8* %105 to <4 x i8>*
%107 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %106
%108 = icmp ne <4 x i8> %99, %104
%109 = icmp ne <4 x i8> %102, %107
%110 = zext <4 x i1> %108 to <4 x i32>
%111 = zext <4 x i1> %109 to <4 x i32>
%112 = add <4 x i32> %92, %110
%113 = add <4 x i32> %93, %111
br label %114
114: ; preds = %88, %95
%115 = phi <4 x i32> [ %89, %88 ], [ %112, %95 ]
%116 = phi <4 x i32> [ %90, %88 ], [ %113, %95 ]
%117 = add <4 x i32> %116, %115
%118 = call i32 @llvm.vector.reduce.add.v4i32(<4 x i32> %117)
%119 = icmp eq i64 %30, %36
br i1 %119, label %136, label %120
120: ; preds = %33, %114
%121 = phi i8* [ %0, %33 ], [ %37, %114 ]
%122 = phi i32 [ 0, %33 ], [ %118, %114 ]
%123 = phi i8* [ %17, %33 ], [ %38, %114 ]
br label %124
124: ; preds = %120, %124
%125 = phi i8* [ %128, %124 ], [ %121, %120 ]
%126 = phi i32 [ %134, %124 ], [ %122, %120 ]
%127 = phi i8* [ %130, %124 ], [ %123, %120 ]
%128 = getelementptr inbounds i8, i8* %125, i64 1
%129 = load i8, i8* %125
%130 = getelementptr inbounds i8, i8* %127, i64 1
%131 = load i8, i8* %127
%132 = icmp ne i8 %129, %131
%133 = zext i1 %132 to i32
%134 = add nuw nsw i32 %126, %133
%135 = icmp ult i8* %130, %32
br i1 %135, label %124, label %136
136: ; preds = %124, %114, %13
%137 = phi i32 [ 0, %13 ], [ %118, %114 ], [ %134, %124 ]
%138 = icmp slt i32 %137, %16
%139 = select i1 %138, i32 %137, i32 %16
%140 = add nuw nsw i32 %15, 1
%141 = icmp sgt i32 %15, %6
%142 = add i64 %14, 1
br i1 %141, label %143, label %13
143: ; preds = %136, %4
%144 = phi i32 [ 100000, %4 ], [ %139, %136 ]
ret i32 %144
}