#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
float CompareRefPairAlignments(int *, char *, char *, char *, char *);
float CompareRefMultAlignments(int *ref, char **kseqs, char **tseqs, int N) {
  int i, j;
  float score;
  float tot_score = 0.0;
  for (i = 0; i < N; i++)
    for (j = i + 1; j < N; j++) {
      score =
          CompareRefPairAlignments(ref, kseqs[i], kseqs[j], tseqs[i], tseqs[j]);
      if (score < 0.0)
        return -1.0;
      tot_score += score;
    }
  return ((tot_score * 2.0) / ((float)N * ((float)N - 1.0)));
}


x86 assembly (clang, -O0):
<CompareRefMultAlignments>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x40,%rsp
mov    %rdi,-0x10(%rbp)
mov    %rsi,-0x18(%rbp)
mov    %rdx,-0x20(%rbp)
mov    %ecx,-0x24(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movss  %xmm0,-0x34(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jge    11ed <CompareRefMultAlignments+0xdd>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jge    11da <CompareRefMultAlignments+0xca>
mov    -0x10(%rbp),%rdi
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rsi
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rcx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%r8
mov    (%rax,%r8,8),%r8
call   1030 <CompareRefPairAlignments@plt>
movss  %xmm0,-0x30(%rbp)
movss  -0x30(%rbp),%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm1
xorps  %xmm0,%xmm0
ucomisd %xmm1,%xmm0
jbe    11bd <CompareRefMultAlignments+0xad>
movss  0xe5d(%rip),%xmm0
movss  %xmm0,-0x4(%rbp)
jmp    1231 <CompareRefMultAlignments+0x121>
movss  -0x30(%rbp),%xmm0
addss  -0x34(%rbp),%xmm0
movss  %xmm0,-0x34(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    114b <CompareRefMultAlignments+0x3b>
jmp    11df <CompareRefMultAlignments+0xcf>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    1136 <CompareRefMultAlignments+0x26>
movss  -0x34(%rbp),%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm0
movsd  0xe0a(%rip),%xmm1
mulsd  %xmm1,%xmm0
cvtsi2ssl -0x24(%rbp),%xmm1
cvtss2sd %xmm1,%xmm1
cvtsi2ssl -0x24(%rbp),%xmm2
cvtss2sd %xmm2,%xmm2
movsd  0xde4(%rip),%xmm3
subsd  %xmm3,%xmm2
mulsd  %xmm2,%xmm1
divsd  %xmm1,%xmm0
cvtsd2ss %xmm0,%xmm0
movss  %xmm0,-0x4(%rbp)
movss  -0x4(%rbp),%xmm0
add    $0x40,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<CompareRefMultAlignments>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x28,%rsp
mov    %rdi,0x20(%rsp)
test   %ecx,%ecx
mov    %ecx,(%rsp)
jle    11ed <CompareRefMultAlignments+0xdd>
mov    %rdx,%rax
mov    %ecx,%ecx
xor    %r15d,%r15d
mov    %rcx,0x8(%rsp)
mov    %rsi,%rbp
mov    %rdx,%r13
xorps  %xmm0,%xmm0
mov    %rcx,0x10(%rsp)
jmp    1171 <CompareRefMultAlignments+0x61>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x8,%r13
add    $0x8,%rbp
addq   $0xffffffffffffffff,0x8(%rsp)
mov    0x10(%rsp),%rcx
mov    0x18(%rsp),%r15
cmp    %rcx,%r15
je     11f0 <CompareRefMultAlignments+0xe0>
lea    0x1(%r15),%rdx
mov    %rdx,0x18(%rsp)
cmp    %rcx,%rdx
jae    1150 <CompareRefMultAlignments+0x40>
mov    $0x1,%r12d
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
movss  %xmm0,0x4(%rsp)
mov    %rsi,%rbx
mov    (%rsi,%r15,8),%rsi
mov    0x0(%rbp,%r12,8),%rdx
mov    %rax,%r14
mov    (%rax,%r15,8),%rcx
mov    0x0(%r13,%r12,8),%r8
mov    0x20(%rsp),%rdi
call   1030 <CompareRefPairAlignments@plt>
xorps  %xmm1,%xmm1
ucomiss %xmm0,%xmm1
ja     11e3 <CompareRefMultAlignments+0xd3>
movss  0x4(%rsp),%xmm1
addss  %xmm0,%xmm1
movaps %xmm1,%xmm0
add    $0x1,%r12
cmp    %r12,0x8(%rsp)
mov    %r14,%rax
mov    %rbx,%rsi
jne    1190 <CompareRefMultAlignments+0x80>
jmp    1150 <CompareRefMultAlignments+0x40>
movss  0xe15(%rip),%xmm0
jmp    121c <CompareRefMultAlignments+0x10c>
xorps  %xmm0,%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm0
xorps  %xmm1,%xmm1
cvtsi2ssl (%rsp),%xmm1
addsd  %xmm0,%xmm0
cvtss2sd %xmm1,%xmm1
movsd  0xdfc(%rip),%xmm2
addsd  %xmm1,%xmm2
mulsd  %xmm1,%xmm2
divsd  %xmm2,%xmm0
cvtsd2ss %xmm0,%xmm0
add    $0x28,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define float @CompareRefMultAlignments(i32* %0, i8** %1, i8** %2, i32 %3) {
%5 = alloca float
%6 = alloca i32*
%7 = alloca i8**
%8 = alloca i8**
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca float
%13 = alloca float
store i32* %0, i32** %6
store i8** %1, i8*** %7
store i8** %2, i8*** %8
store i32 %3, i32* %9
store float 0.000000e+00, float* %13
store i32 0, i32* %10
br label %14
14: ; preds = %60, %4
%15 = load i32, i32* %10
%16 = load i32, i32* %9
%17 = icmp slt i32 %15, %16
br i1 %17, label %18, label %63
18: ; preds = %14
%19 = load i32, i32* %10
%20 = add nsw i32 %19, 1
store i32 %20, i32* %11
br label %21
21: ; preds = %56, %18
%22 = load i32, i32* %11
%23 = load i32, i32* %9
%24 = icmp slt i32 %22, %23
br i1 %24, label %25, label %59
25: ; preds = %21
%26 = load i32*, i32** %6
%27 = load i8**, i8*** %7
%28 = load i32, i32* %10
%29 = sext i32 %28 to i64
%30 = getelementptr inbounds i8*, i8** %27, i64 %29
%31 = load i8*, i8** %30
%32 = load i8**, i8*** %7
%33 = load i32, i32* %11
%34 = sext i32 %33 to i64
%35 = getelementptr inbounds i8*, i8** %32, i64 %34
%36 = load i8*, i8** %35
%37 = load i8**, i8*** %8
%38 = load i32, i32* %10
%39 = sext i32 %38 to i64
%40 = getelementptr inbounds i8*, i8** %37, i64 %39
%41 = load i8*, i8** %40
%42 = load i8**, i8*** %8
%43 = load i32, i32* %11
%44 = sext i32 %43 to i64
%45 = getelementptr inbounds i8*, i8** %42, i64 %44
%46 = load i8*, i8** %45
%47 = call float @CompareRefPairAlignments(i32* %26, i8* %31, i8* %36, i8* %41, i8* %46)
store float %47, float* %12
%48 = load float, float* %12
%49 = fpext float %48 to double
%50 = fcmp olt double %49, 0.000000e+00
br i1 %50, label %51, label %52
51: ; preds = %25
store float -1.000000e+00, float* %5
br label %77
52: ; preds = %25
%53 = load float, float* %12
%54 = load float, float* %13
%55 = fadd float %54, %53
store float %55, float* %13
br label %56
56: ; preds = %52
%57 = load i32, i32* %11
%58 = add nsw i32 %57, 1
store i32 %58, i32* %11
br label %21
59: ; preds = %21
br label %60
60: ; preds = %59
%61 = load i32, i32* %10
%62 = add nsw i32 %61, 1
store i32 %62, i32* %10
br label %14
63: ; preds = %14
%64 = load float, float* %13
%65 = fpext float %64 to double
%66 = fmul double %65, 2.000000e+00
%67 = load i32, i32* %9
%68 = sitofp i32 %67 to float
%69 = fpext float %68 to double
%70 = load i32, i32* %9
%71 = sitofp i32 %70 to float
%72 = fpext float %71 to double
%73 = fsub double %72, 1.000000e+00
%74 = fmul double %69, %73
%75 = fdiv double %66, %74
%76 = fptrunc double %75 to float
store float %76, float* %5
br label %77
77: ; preds = %63, %51
%78 = load float, float* %5
ret float %78
}

LLVM IR (-O2):
define float @CompareRefMultAlignments(i32* %0, i8** nocapture %1, i8** nocapture %2, i32 %3) {
%5 = icmp sgt i32 %3, 0
br i1 %5, label %6, label %37
6: ; preds = %4
%7 = zext i32 %3 to i64
%8 = zext i32 %3 to i64
br label %13
9: ; preds = %33, %13
%10 = phi float [ %16, %13 ], [ %34, %33 ]
%11 = add nuw nsw i64 %15, 1
%12 = icmp eq i64 %17, %8
br i1 %12, label %37, label %13
13: ; preds = %6, %9
%14 = phi i64 [ 0, %6 ], [ %17, %9 ]
%15 = phi i64 [ 1, %6 ], [ %11, %9 ]
%16 = phi float [ 0.000000e+00, %6 ], [ %10, %9 ]
%17 = add nuw nsw i64 %14, 1
%18 = icmp ult i64 %17, %7
br i1 %18, label %19, label %9
19: ; preds = %13
%20 = getelementptr inbounds i8*, i8** %1, i64 %14
%21 = getelementptr inbounds i8*, i8** %2, i64 %14
br label %22
22: ; preds = %19, %33
%23 = phi i64 [ %15, %19 ], [ %35, %33 ]
%24 = phi float [ %16, %19 ], [ %34, %33 ]
%25 = load i8*, i8** %20
%26 = getelementptr inbounds i8*, i8** %1, i64 %23
%27 = load i8*, i8** %26
%28 = load i8*, i8** %21
%29 = getelementptr inbounds i8*, i8** %2, i64 %23
%30 = load i8*, i8** %29
%31 = tail call float @CompareRefPairAlignments(i32* %0, i8* %25, i8* %27, i8* %28, i8* %30)
%32 = fcmp olt float %31, 0.000000e+00
br i1 %32, label %47, label %33
33: ; preds = %22
%34 = fadd float %24, %31
%35 = add nuw nsw i64 %23, 1
%36 = icmp eq i64 %35, %8
br i1 %36, label %9, label %22
37: ; preds = %9, %4
%38 = phi float [ 0.000000e+00, %4 ], [ %10, %9 ]
%39 = fpext float %38 to double
%40 = fmul double %39, 2.000000e+00
%41 = sitofp i32 %3 to float
%42 = fpext float %41 to double
%43 = fadd double %42, -1.000000e+00
%44 = fmul double %43, %42
%45 = fdiv double %40, %44
%46 = fptrunc double %45 to float
br label %47
47: ; preds = %22, %37
%48 = phi float [ %46, %37 ], [ -1.000000e+00, %22 ]
ret float %48
}