void MakeQgr(int i, int j, int seq[], int seqlength, long double *Qgr,
             long double *Qgl, long double *Qz) {
  int d, e, f;
  int gap_idej;
  for (d = i + 1; d <= j - 3; d++) {
    for (e = d + 2; e <= j - 1; e++) {
      gap_idej = gap_index(i, d, e, j, seqlength);
      for (f = e; f <= j - 1; f++) {
        Qgr[gap_idej] +=
            Qgl[gap_index(i, d, f, j, seqlength)] *
            Qz[((f - 1) == (e)-1
                    ? (seqlength) * ((seqlength) + 1) / 2 + (e)
                    : ((e) * (seqlength) + (f - 1) - (e) * (1 + (e)) / 2))];
      }
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<MakeQgr>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x60,%rsp
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %esi,-0x8(%rbp)
mov    %rdx,-0x10(%rbp)
mov    %ecx,-0x14(%rbp)
mov    %r8,-0x20(%rbp)
mov    %r9,-0x28(%rbp)
mov    -0x4(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
mov    -0x8(%rbp),%ecx
sub    $0x3,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jg     1293 <MakeQgr+0x183>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x2,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
mov    -0x8(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jg     1280 <MakeQgr+0x170>
mov    -0x4(%rbp),%edi
mov    -0x2c(%rbp),%esi
mov    -0x30(%rbp),%edx
mov    -0x8(%rbp),%ecx
mov    -0x14(%rbp),%r8d
mov    $0x0,%al
call   1030 <gap_index@plt>
mov    %eax,-0x38(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
mov    -0x8(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jg     126d <MakeQgr+0x15d>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x58(%rbp)
mov    -0x4(%rbp),%edi
mov    -0x2c(%rbp),%esi
mov    -0x34(%rbp),%edx
mov    -0x8(%rbp),%ecx
mov    -0x14(%rbp),%r8d
xor    %eax,%eax
call   1030 <gap_index@plt>
mov    %eax,%ecx
mov    -0x58(%rbp),%rax
movslq %ecx,%rcx
shl    $0x4,%rcx
fldt   (%rax,%rcx,1)
fstpt  -0x4c(%rbp)
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x40(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
mov    -0x30(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jne    1203 <MakeQgr+0xf3>
mov    -0x14(%rbp),%eax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
imul   %ecx,%eax
mov    $0x2,%ecx
cltd
idiv   %ecx
add    -0x30(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x5c(%rbp)
jmp    1233 <MakeQgr+0x123>
mov    -0x30(%rbp),%eax
imul   -0x14(%rbp),%eax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
add    %ecx,%eax
mov    %eax,-0x60(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
mov    -0x30(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
imul   %ecx,%eax
mov    $0x2,%ecx
cltd
idiv   %ecx
mov    %eax,%ecx
mov    -0x60(%rbp),%eax
sub    %ecx,%eax
mov    %eax,-0x5c(%rbp)
fldt   -0x4c(%rbp)
mov    -0x40(%rbp),%rax
mov    -0x5c(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
shl    $0x4,%rcx
fldt   (%rax,%rcx,1)
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
shl    $0x4,%rcx
fldt   (%rax,%rcx,1)
fxch   %st(2)
fmulp  %st,%st(1)
faddp  %st,%st(1)
fstpt  (%rax,%rcx,1)
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    1185 <MakeQgr+0x75>
jmp    1272 <MakeQgr+0x162>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    1154 <MakeQgr+0x44>
jmp    1285 <MakeQgr+0x175>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    113a <MakeQgr+0x2a>
add    $0x60,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<MakeQgr>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x48,%rsp
mov    %r9,0x40(%rsp)
mov    %r8,0x38(%rsp)
mov    %ecx,%ebp
mov    %esi,%ecx
lea    -0x3(%rcx),%eax
mov    %eax,0x10(%rsp)
cmp    %edi,%eax
jle    127f <MakeQgr+0x16f>
lea    0x1(%rbp),%eax
mov    %eax,0x8(%rsp)
imul   %ebp,%eax
mov    %eax,%edx
shr    $0x1f,%edx
add    %eax,%edx
sar    %edx
mov    %rdx,0x30(%rsp)
lea    0x3(%rdi),%eax
imul   %ebp,%eax
add    %edi,%eax
add    $0x2,%eax
mov    %eax,0x4(%rsp)
mov    %edi,%edx
mov    %rdi,0x28(%rsp)
mov    %rbp,0x20(%rsp)
jmp    1186 <MakeQgr+0x76>
mov    0x4(%rsp),%eax
add    0x8(%rsp),%eax
mov    %eax,0x4(%rsp)
cmp    0x10(%rsp),%edx
je     127f <MakeQgr+0x16f>
mov    %edx,%r14d
lea    0x1(%r14),%edx
add    $0x3,%r14d
cmp    %ecx,%r14d
jge    1170 <MakeQgr+0x60>
mov    0x4(%rsp),%ebx
mov    %edx,0xc(%rsp)
xchg   %ax,%ax
xor    %r15d,%r15d
mov    %edx,%esi
mov    %r14d,%edx
mov    %rcx,%r12
mov    %ebp,%r8d
xor    %eax,%eax
call   1030 <gap_index@plt>
lea    0x1(%r14),%ecx
mov    %ecx,0x14(%rsp)
imul   %r14d,%ecx
mov    %ecx,%edx
shr    $0x1f,%edx
add    %ecx,%edx
sar    %edx
mov    0x30(%rsp),%rcx
add    %r14d,%ecx
mov    %ecx,0x1c(%rsp)
movslq %eax,%r13
shl    $0x4,%r13
add    0x38(%rsp),%r13
mov    %ebx,0x18(%rsp)
mov    %ebx,%ebp
sub    %edx,%ebp
mov    0x40(%rsp),%rbx
nop
lea    (%r14,%r15,1),%edx
mov    0x28(%rsp),%rdi
mov    0xc(%rsp),%esi
mov    %r12d,%ecx
mov    0x20(%rsp),%r8
xor    %eax,%eax
call   1030 <gap_index@plt>
cltq
shl    $0x4,%rax
fldt   (%rbx,%rax,1)
lea    (%r15,%rbp,1),%eax
test   %r15d,%r15d
cmove  0x1c(%rsp),%eax
cltq
shl    $0x4,%rax
mov    0x80(%rsp),%rcx
fldt   (%rcx,%rax,1)
fmulp  %st,%st(1)
fldt   0x0(%r13)
faddp  %st,%st(1)
fstpt  0x0(%r13)
lea    (%r14,%r15,1),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %r15d,%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    %ecx,%r15d
mov    %r12,%rcx
cmp    %ecx,%eax
jl     11f0 <MakeQgr+0xe0>
mov    0x18(%rsp),%ebx
add    0x8(%rsp),%ebx
mov    0x14(%rsp),%eax
mov    %eax,%r14d
cmp    %ecx,%eax
mov    0x20(%rsp),%rbp
mov    0x28(%rsp),%rdi
mov    0xc(%rsp),%edx
jl     11a0 <MakeQgr+0x90>
jmp    1170 <MakeQgr+0x60>
add    $0x48,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @MakeQgr(i32 %0, i32 %1, i32* %2, i32 %3, x86_fp80* %4, x86_fp80* %5, x86_fp80* %6) {
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32*
%11 = alloca i32
%12 = alloca x86_fp80*
%13 = alloca x86_fp80*
%14 = alloca x86_fp80*
%15 = alloca i32
%16 = alloca i32
%17 = alloca i32
%18 = alloca i32
store i32 %0, i32* %8
store i32 %1, i32* %9
store i32* %2, i32** %10
store i32 %3, i32* %11
store x86_fp80* %4, x86_fp80** %12
store x86_fp80* %5, x86_fp80** %13
store x86_fp80* %6, x86_fp80** %14
%19 = load i32, i32* %8
%20 = add nsw i32 %19, 1
store i32 %20, i32* %15
br label %21
21: ; preds = %104, %7
%22 = load i32, i32* %15
%23 = load i32, i32* %9
%24 = sub nsw i32 %23, 3
%25 = icmp sle i32 %22, %24
br i1 %25, label %26, label %107
26: ; preds = %21
%27 = load i32, i32* %15
%28 = add nsw i32 %27, 2
store i32 %28, i32* %16
br label %29
29: ; preds = %100, %26
%30 = load i32, i32* %16
%31 = load i32, i32* %9
%32 = sub nsw i32 %31, 1
%33 = icmp sle i32 %30, %32
br i1 %33, label %34, label %103
34: ; preds = %29
%35 = load i32, i32* %8
%36 = load i32, i32* %15
%37 = load i32, i32* %16
%38 = load i32, i32* %9
%39 = load i32, i32* %11
%40 = call i32 (i32, i32, i32, i32, i32, ...) bitcast (i32 (...)* @gap_index to i32 (i32, i32, i32, i32, i32, ...)*)(i32 %35, i32 %36, i32 %37, i32 %38, i32 %39)
store i32 %40, i32* %18
%41 = load i32, i32* %16
store i32 %41, i32* %17
br label %42
42: ; preds = %96, %34
%43 = load i32, i32* %17
%44 = load i32, i32* %9
%45 = sub nsw i32 %44, 1
%46 = icmp sle i32 %43, %45
br i1 %46, label %47, label %99
47: ; preds = %42
%48 = load x86_fp80*, x86_fp80** %13
%49 = load i32, i32* %8
%50 = load i32, i32* %15
%51 = load i32, i32* %17
%52 = load i32, i32* %9
%53 = load i32, i32* %11
%54 = call i32 (i32, i32, i32, i32, i32, ...) bitcast (i32 (...)* @gap_index to i32 (i32, i32, i32, i32, i32, ...)*)(i32 %49, i32 %50, i32 %51, i32 %52, i32 %53)
%55 = sext i32 %54 to i64
%56 = getelementptr inbounds x86_fp80, x86_fp80* %48, i64 %55
%57 = load x86_fp80, x86_fp80* %56
%58 = load x86_fp80*, x86_fp80** %14
%59 = load i32, i32* %17
%60 = sub nsw i32 %59, 1
%61 = load i32, i32* %16
%62 = sub nsw i32 %61, 1
%63 = icmp eq i32 %60, %62
br i1 %63, label %64, label %72
64: ; preds = %47
%65 = load i32, i32* %11
%66 = load i32, i32* %11
%67 = add nsw i32 %66, 1
%68 = mul nsw i32 %65, %67
%69 = sdiv i32 %68, 2
%70 = load i32, i32* %16
%71 = add nsw i32 %69, %70
br label %85
72: ; preds = %47
%73 = load i32, i32* %16
%74 = load i32, i32* %11
%75 = mul nsw i32 %73, %74
%76 = load i32, i32* %17
%77 = sub nsw i32 %76, 1
%78 = add nsw i32 %75, %77
%79 = load i32, i32* %16
%80 = load i32, i32* %16
%81 = add nsw i32 1, %80
%82 = mul nsw i32 %79, %81
%83 = sdiv i32 %82, 2
%84 = sub nsw i32 %78, %83
br label %85
85: ; preds = %72, %64
%86 = phi i32 [ %71, %64 ], [ %84, %72 ]
%87 = sext i32 %86 to i64
%88 = getelementptr inbounds x86_fp80, x86_fp80* %58, i64 %87
%89 = load x86_fp80, x86_fp80* %88
%90 = load x86_fp80*, x86_fp80** %12
%91 = load i32, i32* %18
%92 = sext i32 %91 to i64
%93 = getelementptr inbounds x86_fp80, x86_fp80* %90, i64 %92
%94 = load x86_fp80, x86_fp80* %93
%95 = call x86_fp80 @llvm.fmuladd.f80(x86_fp80 %57, x86_fp80 %89, x86_fp80 %94)
store x86_fp80 %95, x86_fp80* %93
br label %96
96: ; preds = %85
%97 = load i32, i32* %17
%98 = add nsw i32 %97, 1
store i32 %98, i32* %17
br label %42
99: ; preds = %42
br label %100
100: ; preds = %99
%101 = load i32, i32* %16
%102 = add nsw i32 %101, 1
store i32 %102, i32* %16
br label %29
103: ; preds = %29
br label %104
104: ; preds = %103
%105 = load i32, i32* %15
%106 = add nsw i32 %105, 1
store i32 %106, i32* %15
br label %21
107: ; preds = %21
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @MakeQgr(i32 %0, i32 %1, i32* nocapture readnone %2, i32 %3, x86_fp80* nocapture %4, x86_fp80* nocapture %5, x86_fp80* nocapture %6) {
%8 = add i32 %1, -3
%9 = icmp sgt i32 %8, %0
br i1 %9, label %10, label %51
10: ; preds = %7
%11 = add nsw i32 %3, 1
%12 = mul nsw i32 %11, %3
%13 = sdiv i32 %12, 2
br label %16
14: ; preds = %49, %16
%15 = icmp eq i32 %18, %8
br i1 %15, label %51, label %16
16: ; preds = %10, %14
%17 = phi i32 [ %0, %10 ], [ %18, %14 ]
%18 = add i32 %17, 1
%19 = add nsw i32 %17, 3
%20 = icmp slt i32 %19, %1
br i1 %20, label %21, label %14
21: ; preds = %16, %49
%22 = phi i32 [ %25, %49 ], [ %19, %16 ]
%23 = tail call i32 (i32, i32, i32, i32, i32, ...) bitcast (i32 (...)* @gap_index to i32 (i32, i32, i32, i32, i32, ...)*)(i32 %0, i32 %18, i32 %22, i32 %1, i32 %3)
%24 = mul nsw i32 %22, %3
%25 = add nsw i32 %22, 1
%26 = mul nsw i32 %25, %22
%27 = sdiv i32 %26, -2
%28 = add i32 %24, -1
%29 = add i32 %28, %27
%30 = add nsw i32 %22, %13
%31 = sext i32 %23 to i64
%32 = getelementptr inbounds x86_fp80, x86_fp80* %4, i64 %31
br label %33
33: ; preds = %21, %33
%34 = phi i32 [ %22, %21 ], [ %47, %33 ]
%35 = tail call i32 (i32, i32, i32, i32, i32, ...) bitcast (i32 (...)* @gap_index to i32 (i32, i32, i32, i32, i32, ...)*)(i32 %0, i32 %18, i32 %34, i32 %1, i32 %3)
%36 = sext i32 %35 to i64
%37 = getelementptr inbounds x86_fp80, x86_fp80* %5, i64 %36
%38 = load x86_fp80, x86_fp80* %37
%39 = icmp eq i32 %34, %22
%40 = add i32 %29, %34
%41 = select i1 %39, i32 %30, i32 %40
%42 = sext i32 %41 to i64
%43 = getelementptr inbounds x86_fp80, x86_fp80* %6, i64 %42
%44 = load x86_fp80, x86_fp80* %43
%45 = load x86_fp80, x86_fp80* %32
%46 = tail call x86_fp80 @llvm.fmuladd.f80(x86_fp80 %38, x86_fp80 %44, x86_fp80 %45)
store x86_fp80 %46, x86_fp80* %32
%47 = add nsw i32 %34, 1
%48 = icmp slt i32 %47, %1
br i1 %48, label %33, label %49
49: ; preds = %33
%50 = icmp slt i32 %25, %1
br i1 %50, label %21, label %14
51: ; preds = %14, %7
ret void
}