double euclid(int n, double **data1, double **data2, int **mask1, int **mask2,
              const double weight[], int index1, int index2, int transpose) {
  double result = 0.;
  double tweight = 0;
  int i;
  if (transpose == 0) {
    for (i = 0; i < n; i++) {
      if (mask1[index1][i] && mask2[index2][i]) {
        double term = data1[index1][i] - data2[index2][i];
        result += weight[i] * term * term;
        tweight += weight[i];
      }
    }
  } else {
    for (i = 0; i < n; i++) {
      if (mask1[i][index1] && mask2[i][index2]) {
        double term = data1[i][index1] - data2[i][index2];
        result += weight[i] * term * term;
        tweight += weight[i];
      }
    }
  }
  if (!tweight)
    return 0;
  result /= tweight;
  return result;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<euclid>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    0x20(%rbp),%eax
mov    0x18(%rbp),%eax
mov    0x10(%rbp),%eax
mov    %edi,-0xc(%rbp)
mov    %rsi,-0x18(%rbp)
mov    %rdx,-0x20(%rbp)
mov    %rcx,-0x28(%rbp)
mov    %r8,-0x30(%rbp)
mov    %r9,-0x38(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x40(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x48(%rbp)
cmpl   $0x0,0x20(%rbp)
jne    120c <euclid+0x10c>
movl   $0x0,-0x4c(%rbp)
mov    -0x4c(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    1207 <euclid+0x107>
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq 0x10(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
je     11f4 <euclid+0xf4>
mov    -0x30(%rbp),%rax
movslq 0x18(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
je     11f4 <euclid+0xf4>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq 0x10(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq 0x18(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
subsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x58(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mulsd  -0x58(%rbp),%xmm0
movsd  -0x58(%rbp),%xmm2
movsd  -0x40(%rbp),%xmm1
mulsd  %xmm2,%xmm0
addsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x40(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
addsd  -0x48(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x48(%rbp)
jmp    11f9 <euclid+0xf9>
mov    -0x4c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x4c(%rbp)
jmp    1145 <euclid+0x45>
jmp    12da <euclid+0x1da>
movl   $0x0,-0x4c(%rbp)
mov    -0x4c(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    12d5 <euclid+0x1d5>
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq 0x10(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
je     12c2 <euclid+0x1c2>
mov    -0x30(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq 0x18(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
je     12c2 <euclid+0x1c2>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq 0x10(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq 0x18(%rbp),%rcx
subsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x60(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mulsd  -0x60(%rbp),%xmm0
movsd  -0x60(%rbp),%xmm2
movsd  -0x40(%rbp),%xmm1
mulsd  %xmm2,%xmm0
addsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x40(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
addsd  -0x48(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x48(%rbp)
jmp    12c7 <euclid+0x1c7>
mov    -0x4c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x4c(%rbp)
jmp    1213 <euclid+0x113>
jmp    12da <euclid+0x1da>
movsd  -0x48(%rbp),%xmm0
xorps  %xmm1,%xmm1
ucomisd %xmm1,%xmm0
jne    12ff <euclid+0x1ff>
jp     12ff <euclid+0x1ff>
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x8(%rbp)
jmp    131c <euclid+0x21c>
movsd  -0x48(%rbp),%xmm1
movsd  -0x40(%rbp),%xmm0
divsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x40(%rbp)
movsd  -0x40(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x8(%rbp)
movsd  -0x8(%rbp),%xmm0
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<euclid>:
push   %rbx
mov    0x18(%rsp),%ebx
mov    0x10(%rsp),%eax
cmpl   $0x0,0x20(%rsp)
je     117d <euclid+0x7d>
test   %edi,%edi
jle    11e4 <euclid+0xe4>
cltq
movslq %ebx,%r10
mov    %edi,%r11d
xorpd  %xmm1,%xmm1
xor    %edi,%edi
xorpd  %xmm2,%xmm2
jmp    113d <euclid+0x3d>
nopl   0x0(%rax)
add    $0x1,%rdi
cmp    %rdi,%r11
je     11ec <euclid+0xec>
mov    (%rcx,%rdi,8),%rbx
cmpl   $0x0,(%rbx,%rax,4)
je     1130 <euclid+0x30>
mov    (%r8,%rdi,8),%rbx
cmpl   $0x0,(%rbx,%r10,4)
je     1130 <euclid+0x30>
mov    (%rsi,%rdi,8),%rbx
movsd  (%rbx,%rax,8),%xmm0
mov    (%rdx,%rdi,8),%rbx
subsd  (%rbx,%r10,8),%xmm0
movsd  (%r9,%rdi,8),%xmm3
addsd  %xmm3,%xmm2
mulsd  %xmm0,%xmm3
mulsd  %xmm0,%xmm3
addsd  %xmm3,%xmm1
jmp    1130 <euclid+0x30>
test   %edi,%edi
jle    11e4 <euclid+0xe4>
movslq %eax,%r10
mov    (%rcx,%r10,8),%r11
movslq %ebx,%rax
mov    %edi,%edi
xorpd  %xmm1,%xmm1
xor    %ecx,%ecx
xorpd  %xmm2,%xmm2
jmp    11a9 <euclid+0xa9>
nopl   0x0(%rax)
add    $0x1,%rcx
cmp    %rcx,%rdi
je     11ec <euclid+0xec>
cmpl   $0x0,(%r11,%rcx,4)
je     11a0 <euclid+0xa0>
mov    (%r8,%rax,8),%rbx
cmpl   $0x0,(%rbx,%rcx,4)
je     11a0 <euclid+0xa0>
mov    (%rsi,%r10,8),%rbx
movsd  (%rbx,%rcx,8),%xmm0
mov    (%rdx,%rax,8),%rbx
subsd  (%rbx,%rcx,8),%xmm0
movsd  (%r9,%rcx,8),%xmm3
addsd  %xmm3,%xmm2
mulsd  %xmm0,%xmm3
mulsd  %xmm0,%xmm3
addsd  %xmm3,%xmm1
jmp    11a0 <euclid+0xa0>
xorpd  %xmm2,%xmm2
xorpd  %xmm1,%xmm1
xorpd  %xmm0,%xmm0
ucomisd %xmm0,%xmm2
jne    11f8 <euclid+0xf8>
jnp    1200 <euclid+0x100>
divsd  %xmm2,%xmm1
movapd %xmm1,%xmm0
pop    %rbx
ret

LLVM IR (-O0):
define double @euclid(i32 %0, double** %1, double** %2, i32** %3, i32** %4, double* %5, i32 %6, i32 %7, i32 %8) {
%10 = alloca double
%11 = alloca i32
%12 = alloca double**
%13 = alloca double**
%14 = alloca i32**
%15 = alloca i32**
%16 = alloca double*
%17 = alloca i32
%18 = alloca i32
%19 = alloca i32
%20 = alloca double
%21 = alloca double
%22 = alloca i32
%23 = alloca double
%24 = alloca double
store i32 %0, i32* %11
store double** %1, double*** %12
store double** %2, double*** %13
store i32** %3, i32*** %14
store i32** %4, i32*** %15
store double* %5, double** %16
store i32 %6, i32* %17
store i32 %7, i32* %18
store i32 %8, i32* %19
store double 0.000000e+00, double* %20
store double 0.000000e+00, double* %21
%25 = load i32, i32* %19
%26 = icmp eq i32 %25, 0
br i1 %26, label %27, label %96
27: ; preds = %9
store i32 0, i32* %22
br label %28
28: ; preds = %92, %27
%29 = load i32, i32* %22
%30 = load i32, i32* %11
%31 = icmp slt i32 %29, %30
br i1 %31, label %32, label %95
32: ; preds = %28
%33 = load i32**, i32*** %14
%34 = load i32, i32* %17
%35 = sext i32 %34 to i64
%36 = getelementptr inbounds i32*, i32** %33, i64 %35
%37 = load i32*, i32** %36
%38 = load i32, i32* %22
%39 = sext i32 %38 to i64
%40 = getelementptr inbounds i32, i32* %37, i64 %39
%41 = load i32, i32* %40
%42 = icmp ne i32 %41, 0
br i1 %42, label %43, label %91
43: ; preds = %32
%44 = load i32**, i32*** %15
%45 = load i32, i32* %18
%46 = sext i32 %45 to i64
%47 = getelementptr inbounds i32*, i32** %44, i64 %46
%48 = load i32*, i32** %47
%49 = load i32, i32* %22
%50 = sext i32 %49 to i64
%51 = getelementptr inbounds i32, i32* %48, i64 %50
%52 = load i32, i32* %51
%53 = icmp ne i32 %52, 0
br i1 %53, label %54, label %91
54: ; preds = %43
%55 = load double**, double*** %12
%56 = load i32, i32* %17
%57 = sext i32 %56 to i64
%58 = getelementptr inbounds double*, double** %55, i64 %57
%59 = load double*, double** %58
%60 = load i32, i32* %22
%61 = sext i32 %60 to i64
%62 = getelementptr inbounds double, double* %59, i64 %61
%63 = load double, double* %62
%64 = load double**, double*** %13
%65 = load i32, i32* %18
%66 = sext i32 %65 to i64
%67 = getelementptr inbounds double*, double** %64, i64 %66
%68 = load double*, double** %67
%69 = load i32, i32* %22
%70 = sext i32 %69 to i64
%71 = getelementptr inbounds double, double* %68, i64 %70
%72 = load double, double* %71
%73 = fsub double %63, %72
store double %73, double* %23
%74 = load double*, double** %16
%75 = load i32, i32* %22
%76 = sext i32 %75 to i64
%77 = getelementptr inbounds double, double* %74, i64 %76
%78 = load double, double* %77
%79 = load double, double* %23
%80 = fmul double %78, %79
%81 = load double, double* %23
%82 = load double, double* %20
%83 = call double @llvm.fmuladd.f64(double %80, double %81, double %82)
store double %83, double* %20
%84 = load double*, double** %16
%85 = load i32, i32* %22
%86 = sext i32 %85 to i64
%87 = getelementptr inbounds double, double* %84, i64 %86
%88 = load double, double* %87
%89 = load double, double* %21
%90 = fadd double %89, %88
store double %90, double* %21
br label %91
91: ; preds = %54, %43, %32
br label %92
92: ; preds = %91
%93 = load i32, i32* %22
%94 = add nsw i32 %93, 1
store i32 %94, i32* %22
br label %28
95: ; preds = %28
br label %165
96: ; preds = %9
store i32 0, i32* %22
br label %97
97: ; preds = %161, %96
%98 = load i32, i32* %22
%99 = load i32, i32* %11
%100 = icmp slt i32 %98, %99
br i1 %100, label %101, label %164
101: ; preds = %97
%102 = load i32**, i32*** %14
%103 = load i32, i32* %22
%104 = sext i32 %103 to i64
%105 = getelementptr inbounds i32*, i32** %102, i64 %104
%106 = load i32*, i32** %105
%107 = load i32, i32* %17
%108 = sext i32 %107 to i64
%109 = getelementptr inbounds i32, i32* %106, i64 %108
%110 = load i32, i32* %109
%111 = icmp ne i32 %110, 0
br i1 %111, label %112, label %160
112: ; preds = %101
%113 = load i32**, i32*** %15
%114 = load i32, i32* %22
%115 = sext i32 %114 to i64
%116 = getelementptr inbounds i32*, i32** %113, i64 %115
%117 = load i32*, i32** %116
%118 = load i32, i32* %18
%119 = sext i32 %118 to i64
%120 = getelementptr inbounds i32, i32* %117, i64 %119
%121 = load i32, i32* %120
%122 = icmp ne i32 %121, 0
br i1 %122, label %123, label %160
123: ; preds = %112
%124 = load double**, double*** %12
%125 = load i32, i32* %22
%126 = sext i32 %125 to i64
%127 = getelementptr inbounds double*, double** %124, i64 %126
%128 = load double*, double** %127
%129 = load i32, i32* %17
%130 = sext i32 %129 to i64
%131 = getelementptr inbounds double, double* %128, i64 %130
%132 = load double, double* %131
%133 = load double**, double*** %13
%134 = load i32, i32* %22
%135 = sext i32 %134 to i64
%136 = getelementptr inbounds double*, double** %133, i64 %135
%137 = load double*, double** %136
%138 = load i32, i32* %18
%139 = sext i32 %138 to i64
%140 = getelementptr inbounds double, double* %137, i64 %139
%141 = load double, double* %140
%142 = fsub double %132, %141
store double %142, double* %24
%143 = load double*, double** %16
%144 = load i32, i32* %22
%145 = sext i32 %144 to i64
%146 = getelementptr inbounds double, double* %143, i64 %145
%147 = load double, double* %146
%148 = load double, double* %24
%149 = fmul double %147, %148
%150 = load double, double* %24
%151 = load double, double* %20
%152 = call double @llvm.fmuladd.f64(double %149, double %150, double %151)
store double %152, double* %20
%153 = load double*, double** %16
%154 = load i32, i32* %22
%155 = sext i32 %154 to i64
%156 = getelementptr inbounds double, double* %153, i64 %155
%157 = load double, double* %156
%158 = load double, double* %21
%159 = fadd double %158, %157
store double %159, double* %21
br label %160
160: ; preds = %123, %112, %101
br label %161
161: ; preds = %160
%162 = load i32, i32* %22
%163 = add nsw i32 %162, 1
store i32 %163, i32* %22
br label %97
164: ; preds = %97
br label %165
165: ; preds = %164, %95
%166 = load double, double* %21
%167 = fcmp une double %166, 0.000000e+00
br i1 %167, label %169, label %168
168: ; preds = %165
store double 0.000000e+00, double* %10
br label %174
169: ; preds = %165
%170 = load double, double* %21
%171 = load double, double* %20
%172 = fdiv double %171, %170
store double %172, double* %20
%173 = load double, double* %20
store double %173, double* %10
br label %174
174: ; preds = %169, %168
%175 = load double, double* %10
ret double %175
}

LLVM IR (-O2):
define double @euclid(i32 %0, double** nocapture %1, double** nocapture %2, i32** nocapture %3, i32** nocapture %4, double* nocapture %5, i32 %6, i32 %7, i32 %8) {
%10 = icmp eq i32 %8, 0
%11 = icmp sgt i32 %0, 0
br i1 %10, label %17, label %12
12: ; preds = %9
br i1 %11, label %13, label %92
13: ; preds = %12
%14 = sext i32 %6 to i64
%15 = sext i32 %7 to i64
%16 = zext i32 %0 to i64
br label %57
17: ; preds = %9
br i1 %11, label %18, label %92
18: ; preds = %17
%19 = sext i32 %6 to i64
%20 = getelementptr inbounds i32*, i32** %3, i64 %19
%21 = load i32*, i32** %20
%22 = sext i32 %7 to i64
%23 = getelementptr inbounds i32*, i32** %4, i64 %22
%24 = getelementptr inbounds double*, double** %1, i64 %19
%25 = getelementptr inbounds double*, double** %2, i64 %22
%26 = zext i32 %0 to i64
br label %27
27: ; preds = %18, %52
%28 = phi i64 [ 0, %18 ], [ %55, %52 ]
%29 = phi double [ 0.000000e+00, %18 ], [ %54, %52 ]
%30 = phi double [ 0.000000e+00, %18 ], [ %53, %52 ]
%31 = getelementptr inbounds i32, i32* %21, i64 %28
%32 = load i32, i32* %31
%33 = icmp eq i32 %32, 0
br i1 %33, label %52, label %34
34: ; preds = %27
%35 = load i32*, i32** %23
%36 = getelementptr inbounds i32, i32* %35, i64 %28
%37 = load i32, i32* %36
%38 = icmp eq i32 %37, 0
br i1 %38, label %52, label %39
39: ; preds = %34
%40 = load double*, double** %24
%41 = getelementptr inbounds double, double* %40, i64 %28
%42 = load double, double* %41
%43 = load double*, double** %25
%44 = getelementptr inbounds double, double* %43, i64 %28
%45 = load double, double* %44
%46 = fsub double %42, %45
%47 = getelementptr inbounds double, double* %5, i64 %28
%48 = load double, double* %47
%49 = fmul double %48, %46
%50 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %49, double %46, double %29)
%51 = fadd double %30, %48
br label %52
52: ; preds = %27, %34, %39
%53 = phi double [ %51, %39 ], [ %30, %34 ], [ %30, %27 ]
%54 = phi double [ %50, %39 ], [ %29, %34 ], [ %29, %27 ]
%55 = add nuw nsw i64 %28, 1
%56 = icmp eq i64 %55, %26
br i1 %56, label %92, label %27
57: ; preds = %13, %87
%58 = phi i64 [ 0, %13 ], [ %90, %87 ]
%59 = phi double [ 0.000000e+00, %13 ], [ %89, %87 ]
%60 = phi double [ 0.000000e+00, %13 ], [ %88, %87 ]
%61 = getelementptr inbounds i32*, i32** %3, i64 %58
%62 = load i32*, i32** %61
%63 = getelementptr inbounds i32, i32* %62, i64 %14
%64 = load i32, i32* %63
%65 = icmp eq i32 %64, 0
br i1 %65, label %87, label %66
66: ; preds = %57
%67 = getelementptr inbounds i32*, i32** %4, i64 %58
%68 = load i32*, i32** %67
%69 = getelementptr inbounds i32, i32* %68, i64 %15
%70 = load i32, i32* %69
%71 = icmp eq i32 %70, 0
br i1 %71, label %87, label %72
72: ; preds = %66
%73 = getelementptr inbounds double*, double** %1, i64 %58
%74 = load double*, double** %73
%75 = getelementptr inbounds double, double* %74, i64 %14
%76 = load double, double* %75
%77 = getelementptr inbounds double*, double** %2, i64 %58
%78 = load double*, double** %77
%79 = getelementptr inbounds double, double* %78, i64 %15
%80 = load double, double* %79
%81 = fsub double %76, %80
%82 = getelementptr inbounds double, double* %5, i64 %58
%83 = load double, double* %82
%84 = fmul double %83, %81
%85 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %84, double %81, double %59)
%86 = fadd double %60, %83
br label %87
87: ; preds = %57, %66, %72
%88 = phi double [ %86, %72 ], [ %60, %66 ], [ %60, %57 ]
%89 = phi double [ %85, %72 ], [ %59, %66 ], [ %59, %57 ]
%90 = add nuw nsw i64 %58, 1
%91 = icmp eq i64 %90, %16
br i1 %91, label %92, label %57
92: ; preds = %87, %52, %12, %17
%93 = phi double [ 0.000000e+00, %17 ], [ 0.000000e+00, %12 ], [ %53, %52 ], [ %88, %87 ]
%94 = phi double [ 0.000000e+00, %17 ], [ 0.000000e+00, %12 ], [ %54, %52 ], [ %89, %87 ]
%95 = fcmp une double %93, 0.000000e+00
%96 = fdiv double %94, %93
%97 = select i1 %95, double %96, double 0.000000e+00
ret double %97
}