int dnaOrAaScoreMatch(char *a, char *b, int size, int matchScore,
                      int mismatchScore, char ignore) {
  int i;
  int score = 0;
  for (i = 0; i < size; ++i) {
    char aa = a[i];
    char bb = b[i];
    if (aa == ignore || bb == ignore)
      continue;
    if (aa == bb)
      score += matchScore;
    else
      score += mismatchScore;
  }
  return score;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<dnaOrAaScoreMatch>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %r9b,%al
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %ecx,-0x18(%rbp)
mov    %r8d,-0x1c(%rbp)
mov    %al,-0x1d(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    11b1 <dnaOrAaScoreMatch+0xb1>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%al
mov    %al,-0x29(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%al
mov    %al,-0x2a(%rbp)
movsbl -0x29(%rbp),%eax
movsbl -0x1d(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
je     1172 <dnaOrAaScoreMatch+0x72>
movsbl -0x2a(%rbp),%eax
movsbl -0x1d(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jne    1177 <dnaOrAaScoreMatch+0x77>
jmp    11a3 <dnaOrAaScoreMatch+0xa3>
movsbl -0x29(%rbp),%eax
movsbl -0x2a(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jne    1195 <dnaOrAaScoreMatch+0x95>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    -0x28(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    119e <dnaOrAaScoreMatch+0x9e>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    -0x28(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    11a3 <dnaOrAaScoreMatch+0xa3>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    112a <dnaOrAaScoreMatch+0x2a>
mov    -0x28(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<dnaOrAaScoreMatch>:
push   %rbp
push   %r14
push   %rbx
test   %edx,%edx
jle    1135 <dnaOrAaScoreMatch+0x35>
mov    %edx,%r10d
cmp    $0x1,%edx
jne    113c <dnaOrAaScoreMatch+0x3c>
xor    %edx,%edx
xor    %eax,%eax
test   $0x1,%r10b
je     1137 <dnaOrAaScoreMatch+0x37>
mov    (%rdi,%rdx,1),%bl
cmp    %r9b,%bl
je     1137 <dnaOrAaScoreMatch+0x37>
mov    (%rsi,%rdx,1),%dl
cmp    %r9b,%dl
je     1137 <dnaOrAaScoreMatch+0x37>
cmp    %dl,%bl
cmove  %ecx,%r8d
add    %r8d,%eax
jmp    1137 <dnaOrAaScoreMatch+0x37>
xor    %eax,%eax
pop    %rbx
pop    %r14
pop    %rbp
ret
mov    %r10d,%r11d
and    $0xfffffffe,%r11d
xor    %edx,%edx
xor    %eax,%eax
jmp    115b <dnaOrAaScoreMatch+0x5b>
nopl   0x0(%rax)
add    %ebp,%eax
add    $0x2,%rdx
cmp    %rdx,%r11
je     1114 <dnaOrAaScoreMatch+0x14>
movzbl (%rdi,%rdx,1),%ebx
cmp    %r9b,%bl
je     117a <dnaOrAaScoreMatch+0x7a>
movzbl (%rsi,%rdx,1),%r14d
cmp    %r9b,%r14b
je     117a <dnaOrAaScoreMatch+0x7a>
mov    %ecx,%ebp
cmp    %r14b,%bl
je     1178 <dnaOrAaScoreMatch+0x78>
mov    %r8d,%ebp
add    %ebp,%eax
movzbl 0x1(%rdi,%rdx,1),%ebx
cmp    %r9b,%bl
je     1152 <dnaOrAaScoreMatch+0x52>
movzbl 0x1(%rsi,%rdx,1),%r14d
cmp    %r9b,%r14b
je     1152 <dnaOrAaScoreMatch+0x52>
mov    %ecx,%ebp
cmp    %r14b,%bl
je     1150 <dnaOrAaScoreMatch+0x50>
mov    %r8d,%ebp
jmp    1150 <dnaOrAaScoreMatch+0x50>

LLVM IR (-O0):
define i32 @dnaOrAaScoreMatch(i8* %0, i8* %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4, i8 signext %5) {
%7 = alloca i8*
%8 = alloca i8*
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i8
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
%15 = alloca i8
%16 = alloca i8
store i8* %0, i8** %7
store i8* %1, i8** %8
store i32 %2, i32* %9
store i32 %3, i32* %10
store i32 %4, i32* %11
store i8 %5, i8* %12
store i32 0, i32* %14
store i32 0, i32* %13
br label %17
17: ; preds = %59, %6
%18 = load i32, i32* %13
%19 = load i32, i32* %9
%20 = icmp slt i32 %18, %19
br i1 %20, label %21, label %62
21: ; preds = %17
%22 = load i8*, i8** %7
%23 = load i32, i32* %13
%24 = sext i32 %23 to i64
%25 = getelementptr inbounds i8, i8* %22, i64 %24
%26 = load i8, i8* %25
store i8 %26, i8* %15
%27 = load i8*, i8** %8
%28 = load i32, i32* %13
%29 = sext i32 %28 to i64
%30 = getelementptr inbounds i8, i8* %27, i64 %29
%31 = load i8, i8* %30
store i8 %31, i8* %16
%32 = load i8, i8* %15
%33 = sext i8 %32 to i32
%34 = load i8, i8* %12
%35 = sext i8 %34 to i32
%36 = icmp eq i32 %33, %35
br i1 %36, label %43, label %37
37: ; preds = %21
%38 = load i8, i8* %16
%39 = sext i8 %38 to i32
%40 = load i8, i8* %12
%41 = sext i8 %40 to i32
%42 = icmp eq i32 %39, %41
br i1 %42, label %43, label %44
43: ; preds = %37, %21
br label %59
44: ; preds = %37
%45 = load i8, i8* %15
%46 = sext i8 %45 to i32
%47 = load i8, i8* %16
%48 = sext i8 %47 to i32
%49 = icmp eq i32 %46, %48
br i1 %49, label %50, label %54
50: ; preds = %44
%51 = load i32, i32* %10
%52 = load i32, i32* %14
%53 = add nsw i32 %52, %51
store i32 %53, i32* %14
br label %58
54: ; preds = %44
%55 = load i32, i32* %11
%56 = load i32, i32* %14
%57 = add nsw i32 %56, %55
store i32 %57, i32* %14
br label %58
58: ; preds = %54, %50
br label %59
59: ; preds = %58, %43
%60 = load i32, i32* %13
%61 = add nsw i32 %60, 1
store i32 %61, i32* %13
br label %17
62: ; preds = %17
%63 = load i32, i32* %14
ret i32 %63
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @dnaOrAaScoreMatch(i8* nocapture %0, i8* nocapture %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4, i8 signext %5) {
%7 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %7, label %8, label %65
8: ; preds = %6
%9 = zext i32 %2 to i64
%10 = and i64 %9, 1
%11 = icmp eq i32 %2, 1
br i1 %11, label %48, label %12
12: ; preds = %8
%13 = and i64 %9, 4294967294
br label %14
14: ; preds = %43, %12
%15 = phi i64 [ 0, %12 ], [ %45, %43 ]
%16 = phi i32 [ 0, %12 ], [ %44, %43 ]
%17 = phi i64 [ 0, %12 ], [ %46, %43 ]
%18 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %15
%19 = load i8, i8* %18
%20 = icmp eq i8 %19, %5
br i1 %20, label %29, label %21
21: ; preds = %14
%22 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %15
%23 = load i8, i8* %22
%24 = icmp eq i8 %23, %5
br i1 %24, label %29, label %25
25: ; preds = %21
%26 = icmp eq i8 %19, %23
%27 = select i1 %26, i32 %3, i32 %4
%28 = add nsw i32 %27, %16
br label %29
29: ; preds = %14, %21, %25
%30 = phi i32 [ %28, %25 ], [ %16, %21 ], [ %16, %14 ]
%31 = or i64 %15, 1
%32 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %31
%33 = load i8, i8* %32
%34 = icmp eq i8 %33, %5
br i1 %34, label %43, label %35
35: ; preds = %29
%36 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %31
%37 = load i8, i8* %36
%38 = icmp eq i8 %37, %5
br i1 %38, label %43, label %39
39: ; preds = %35
%40 = icmp eq i8 %33, %37
%41 = select i1 %40, i32 %3, i32 %4
%42 = add nsw i32 %41, %30
br label %43
43: ; preds = %39, %35, %29
%44 = phi i32 [ %42, %39 ], [ %30, %35 ], [ %30, %29 ]
%45 = add nuw nsw i64 %15, 2
%46 = add i64 %17, 2
%47 = icmp eq i64 %46, %13
br i1 %47, label %48, label %14
48: ; preds = %43, %8
%49 = phi i32 [ undef, %8 ], [ %44, %43 ]
%50 = phi i64 [ 0, %8 ], [ %45, %43 ]
%51 = phi i32 [ 0, %8 ], [ %44, %43 ]
%52 = icmp eq i64 %10, 0
br i1 %52, label %65, label %53
53: ; preds = %48
%54 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %50
%55 = load i8, i8* %54
%56 = icmp eq i8 %55, %5
br i1 %56, label %65, label %57
57: ; preds = %53
%58 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %50
%59 = load i8, i8* %58
%60 = icmp eq i8 %59, %5
br i1 %60, label %65, label %61
61: ; preds = %57
%62 = icmp eq i8 %55, %59
%63 = select i1 %62, i32 %3, i32 %4
%64 = add nsw i32 %63, %51
br label %65
65: ; preds = %48, %61, %57, %53, %6
%66 = phi i32 [ 0, %6 ], [ %49, %48 ], [ %64, %61 ], [ %51, %57 ], [ %51, %53 ]
ret i32 %66
}