#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int CodonToQcoord(int, int const);
int DBL_EPSILON;
int IsValidGencode(int const);
int NumberPossibleBases(int, int const);
int /*<<< orphan*/ assert(int);
double *calloc(int, int);
int fabs(int);
double *ConvertCodonFreqsToQcoord(const double *freqs, const int gencode) {
  double *qfreqs;
  int max_codon, max_qcodon, codon, qcodon;
  assert(NULL != freqs);
  assert(IsValidGencode(gencode));
  max_codon = NumberPossibleBases(2, gencode);
  max_qcodon = NumberPossibleBases(3, gencode);
  {
    double sum = 0.;
    for (codon = 0; codon < max_codon; codon++) {
      assert(freqs[codon] >= 0. && freqs[codon] <= 1.);
      sum += freqs[codon];
    }
    assert(fabs(1. - sum) < DBL_EPSILON * max_codon);
  }
  qfreqs = calloc(max_qcodon, sizeof(double));
  if (NULL == qfreqs)
    return NULL;
  for (codon = 0; codon < max_codon; codon++) {
    qcodon = CodonToQcoord(codon, gencode);
    if (-1 != qcodon) {
      qfreqs[qcodon] = freqs[codon];
    }
  }
  {
    double sum = 0.;
    for (qcodon = 0; qcodon < max_qcodon; qcodon++) {
      assert(qfreqs[qcodon] >= 0. && qfreqs[qcodon] <= 1.);
      sum += qfreqs[qcodon];
    }
    assert(fabs(1. - sum) < DBL_EPSILON * max_qcodon);
  }
  return qfreqs;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<ConvertCodonFreqsToQcoord>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x50,%rsp
mov    %rdi,-0x10(%rbp)
mov    %esi,-0x14(%rbp)
xor    %eax,%eax
cmp    -0x10(%rbp),%rax
setne  %al
and    $0x1,%al
movzbl %al,%edi
call   1050 <assert@plt>
mov    -0x14(%rbp),%edi
call   1060 <IsValidGencode@plt>
mov    %eax,%edi
call   1050 <assert@plt>
mov    -0x14(%rbp),%esi
mov    $0x2,%edi
call   1070 <NumberPossibleBases@plt>
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x14(%rbp),%esi
mov    $0x3,%edi
call   1070 <NumberPossibleBases@plt>
mov    %eax,-0x28(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x38(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jge    1238 <ConvertCodonFreqsToQcoord+0xd8>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
xor    %eax,%eax
xorps  %xmm1,%xmm1
ucomisd %xmm1,%xmm0
mov    %al,-0x41(%rbp)
jb     1206 <ConvertCodonFreqsToQcoord+0xa6>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsd  0xe05(%rip),%xmm0
ucomisd (%rax,%rcx,8),%xmm0
setae  %al
mov    %al,-0x41(%rbp)
mov    -0x41(%rbp),%al
and    $0x1,%al
movzbl %al,%edi
call   1050 <assert@plt>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
addsd  -0x38(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x38(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    11c0 <ConvertCodonFreqsToQcoord+0x60>
movsd  0xdc0(%rip),%xmm0
subsd  -0x38(%rbp),%xmm0
cvttsd2si %xmm0,%edi
call   1040 <fabs@plt>
mov    0x2d93(%rip),%rcx
mov    (%rcx),%ecx
imul   -0x24(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
setl   %al
and    $0x1,%al
movzbl %al,%edi
call   1050 <assert@plt>
mov    -0x28(%rbp),%edi
mov    $0x8,%esi
call   1030 <calloc@plt>
mov    %rax,-0x20(%rbp)
xor    %eax,%eax
cmp    -0x20(%rbp),%rax
jne    1294 <ConvertCodonFreqsToQcoord+0x134>
movq   $0x0,-0x8(%rbp)
jmp    13b1 <ConvertCodonFreqsToQcoord+0x251>
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jge    12f0 <ConvertCodonFreqsToQcoord+0x190>
mov    -0x2c(%rbp),%edi
mov    -0x14(%rbp),%esi
call   1080 <CodonToQcoord@plt>
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    $0xffffffff,%eax
cmp    -0x30(%rbp),%eax
je     12dd <ConvertCodonFreqsToQcoord+0x17d>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
jmp    12e2 <ConvertCodonFreqsToQcoord+0x182>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    129b <ConvertCodonFreqsToQcoord+0x13b>
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x40(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0x28(%rbp),%eax
jge    1377 <ConvertCodonFreqsToQcoord+0x217>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
xor    %eax,%eax
xorps  %xmm1,%xmm1
ucomisd %xmm1,%xmm0
mov    %al,-0x42(%rbp)
jb     1345 <ConvertCodonFreqsToQcoord+0x1e5>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movsd  0xcc6(%rip),%xmm0
ucomisd (%rax,%rcx,8),%xmm0
setae  %al
mov    %al,-0x42(%rbp)
mov    -0x42(%rbp),%al
and    $0x1,%al
movzbl %al,%edi
call   1050 <assert@plt>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
addsd  -0x40(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x40(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    12ff <ConvertCodonFreqsToQcoord+0x19f>
movsd  0xc81(%rip),%xmm0
subsd  -0x40(%rbp),%xmm0
cvttsd2si %xmm0,%edi
call   1040 <fabs@plt>
mov    0x2c54(%rip),%rcx
mov    (%rcx),%ecx
imul   -0x28(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
setl   %al
and    $0x1,%al
movzbl %al,%edi
call   1050 <assert@plt>
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x8(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
add    $0x50,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<ConvertCodonFreqsToQcoord>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x18,%rsp
mov    %esi,%r15d
mov    %rdi,%rbx
xor    %edi,%edi
test   %rbx,%rbx
setne  %dil
call   1050 <assert@plt>
mov    %r15d,%edi
call   1060 <IsValidGencode@plt>
mov    %eax,%edi
call   1050 <assert@plt>
mov    $0x2,%edi
mov    %r15d,%esi
call   1070 <NumberPossibleBases@plt>
mov    %eax,%r12d
mov    $0x3,%edi
mov    %r15d,%esi
call   1070 <NumberPossibleBases@plt>
mov    %eax,0x4(%rsp)
mov    %r12d,%r14d
test   %r12d,%r12d
jle    1205 <ConvertCodonFreqsToQcoord+0xa5>
xor    %ebp,%ebp
xorpd  %xmm1,%xmm1
movsd  %xmm1,0x8(%rsp)
movsd  (%rbx,%rbp,8),%xmm0
ucomisd 0xe35(%rip),%xmm0
setae  %al
movsd  0xe22(%rip),%xmm1
ucomisd %xmm0,%xmm1
setae  %cl
and    %al,%cl
movzbl %cl,%edi
call   1050 <assert@plt>
movsd  0x8(%rsp),%xmm1
addsd  (%rbx,%rbp,8),%xmm1
add    $0x1,%rbp
cmp    %rbp,%r14
jne    11c0 <ConvertCodonFreqsToQcoord+0x60>
jmp    1209 <ConvertCodonFreqsToQcoord+0xa9>
xorpd  %xmm1,%xmm1
movsd  0xdef(%rip),%xmm0
subsd  %xmm1,%xmm0
cvttsd2si %xmm0,%edi
call   1040 <fabs@plt>
mov    0x2dc3(%rip),%rcx
mov    (%rcx),%ecx
imul   %r12d,%ecx
xor    %edi,%edi
cmp    %ecx,%eax
setl   %dil
call   1050 <assert@plt>
mov    0x4(%rsp),%edi
mov    $0x8,%esi
call   1030 <calloc@plt>
mov    %rax,%r13
test   %rax,%rax
je     1331 <ConvertCodonFreqsToQcoord+0x1d1>
test   %r12d,%r12d
jle    1288 <ConvertCodonFreqsToQcoord+0x128>
xor    %ebp,%ebp
jmp    1269 <ConvertCodonFreqsToQcoord+0x109>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%rbp
cmp    %rbp,%r14
je     1288 <ConvertCodonFreqsToQcoord+0x128>
mov    %ebp,%edi
mov    %r15d,%esi
call   1080 <CodonToQcoord@plt>
cmp    $0xffffffff,%eax
je     1260 <ConvertCodonFreqsToQcoord+0x100>
movsd  (%rbx,%rbp,8),%xmm0
cltq
movsd  %xmm0,0x0(%r13,%rax,8)
jmp    1260 <ConvertCodonFreqsToQcoord+0x100>
mov    0x4(%rsp),%r14d
test   %r14d,%r14d
jle    12fe <ConvertCodonFreqsToQcoord+0x19e>
mov    %r14d,%ebx
xor    %ebp,%ebp
xorpd  %xmm1,%xmm1
movsd  0xd5d(%rip),%xmm0
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
movsd  %xmm1,0x8(%rsp)
movsd  0x0(%r13,%rbp,8),%xmm1
movsd  %xmm1,0x10(%rsp)
ucomisd 0xd3d(%rip),%xmm1
setae  %al
ucomisd %xmm1,%xmm0
setae  %cl
and    %al,%cl
movzbl %cl,%edi
call   1050 <assert@plt>
movsd  0x8(%rsp),%xmm1
movsd  0xd13(%rip),%xmm0
addsd  0x10(%rsp),%xmm1
add    $0x1,%rbp
cmp    %rbp,%rbx
jne    12b0 <ConvertCodonFreqsToQcoord+0x150>
jmp    130a <ConvertCodonFreqsToQcoord+0x1aa>
xorpd  %xmm1,%xmm1
movsd  0xcf6(%rip),%xmm0
subsd  %xmm1,%xmm0
cvttsd2si %xmm0,%edi
call   1040 <fabs@plt>
mov    0x2cca(%rip),%rcx
mov    (%rcx),%ecx
imul   %r14d,%ecx
xor    %edi,%edi
cmp    %ecx,%eax
setl   %dil
call   1050 <assert@plt>
mov    %r13,%rax
add    $0x18,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
@DBL_EPSILON = global i32 0
define double* @ConvertCodonFreqsToQcoord(double* %0, i32 %1) {
%3 = alloca double*
%4 = alloca double*
%5 = alloca i32
%6 = alloca double*
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca double
%12 = alloca double
store double* %0, double** %4
store i32 %1, i32* %5
%13 = load double*, double** %4
%14 = icmp ne double* null, %13
%15 = zext i1 %14 to i32
%16 = call i32 @assert(i32 %15)
%17 = load i32, i32* %5
%18 = call i32 @IsValidGencode(i32 %17)
%19 = call i32 @assert(i32 %18)
%20 = load i32, i32* %5
%21 = call i32 @NumberPossibleBases(i32 2, i32 %20)
store i32 %21, i32* %7
%22 = load i32, i32* %5
%23 = call i32 @NumberPossibleBases(i32 3, i32 %22)
store i32 %23, i32* %8
store double 0.000000e+00, double* %11
store i32 0, i32* %9
br label %24
24: ; preds = %53, %2
%25 = load i32, i32* %9
%26 = load i32, i32* %7
%27 = icmp slt i32 %25, %26
br i1 %27, label %28, label %56
28: ; preds = %24
%29 = load double*, double** %4
%30 = load i32, i32* %9
%31 = sext i32 %30 to i64
%32 = getelementptr inbounds double, double* %29, i64 %31
%33 = load double, double* %32
%34 = fcmp oge double %33, 0.000000e+00
br i1 %34, label %35, label %42
35: ; preds = %28
%36 = load double*, double** %4
%37 = load i32, i32* %9
%38 = sext i32 %37 to i64
%39 = getelementptr inbounds double, double* %36, i64 %38
%40 = load double, double* %39
%41 = fcmp ole double %40, 1.000000e+00
br label %42
42: ; preds = %35, %28
%43 = phi i1 [ false, %28 ], [ %41, %35 ]
%44 = zext i1 %43 to i32
%45 = call i32 @assert(i32 %44)
%46 = load double*, double** %4
%47 = load i32, i32* %9
%48 = sext i32 %47 to i64
%49 = getelementptr inbounds double, double* %46, i64 %48
%50 = load double, double* %49
%51 = load double, double* %11
%52 = fadd double %51, %50
store double %52, double* %11
br label %53
53: ; preds = %42
%54 = load i32, i32* %9
%55 = add nsw i32 %54, 1
store i32 %55, i32* %9
br label %24
56: ; preds = %24
%57 = load double, double* %11
%58 = fsub double 1.000000e+00, %57
%59 = fptosi double %58 to i32
%60 = call i32 @fabs(i32 %59)
%61 = load i32, i32* @DBL_EPSILON
%62 = load i32, i32* %7
%63 = mul nsw i32 %61, %62
%64 = icmp slt i32 %60, %63
%65 = zext i1 %64 to i32
%66 = call i32 @assert(i32 %65)
%67 = load i32, i32* %8
%68 = call double* @calloc(i32 %67, i32 8)
store double* %68, double** %6
%69 = load double*, double** %6
%70 = icmp eq double* null, %69
br i1 %70, label %71, label %72
71: ; preds = %56
store double* null, double** %3
br label %142
72: ; preds = %56
store i32 0, i32* %9
br label %73
73: ; preds = %94, %72
%74 = load i32, i32* %9
%75 = load i32, i32* %7
%76 = icmp slt i32 %74, %75
br i1 %76, label %77, label %97
77: ; preds = %73
%78 = load i32, i32* %9
%79 = load i32, i32* %5
%80 = call i32 @CodonToQcoord(i32 %78, i32 %79)
store i32 %80, i32* %10
%81 = load i32, i32* %10
%82 = icmp ne i32 -1, %81
br i1 %82, label %83, label %93
83: ; preds = %77
%84 = load double*, double** %4
%85 = load i32, i32* %9
%86 = sext i32 %85 to i64
%87 = getelementptr inbounds double, double* %84, i64 %86
%88 = load double, double* %87
%89 = load double*, double** %6
%90 = load i32, i32* %10
%91 = sext i32 %90 to i64
%92 = getelementptr inbounds double, double* %89, i64 %91
store double %88, double* %92
br label %93
93: ; preds = %83, %77
br label %94
94: ; preds = %93
%95 = load i32, i32* %9
%96 = add nsw i32 %95, 1
store i32 %96, i32* %9
br label %73
97: ; preds = %73
store double 0.000000e+00, double* %12
store i32 0, i32* %10
br label %98
98: ; preds = %127, %97
%99 = load i32, i32* %10
%100 = load i32, i32* %8
%101 = icmp slt i32 %99, %100
br i1 %101, label %102, label %130
102: ; preds = %98
%103 = load double*, double** %6
%104 = load i32, i32* %10
%105 = sext i32 %104 to i64
%106 = getelementptr inbounds double, double* %103, i64 %105
%107 = load double, double* %106
%108 = fcmp oge double %107, 0.000000e+00
br i1 %108, label %109, label %116
109: ; preds = %102
%110 = load double*, double** %6
%111 = load i32, i32* %10
%112 = sext i32 %111 to i64
%113 = getelementptr inbounds double, double* %110, i64 %112
%114 = load double, double* %113
%115 = fcmp ole double %114, 1.000000e+00
br label %116
116: ; preds = %109, %102
%117 = phi i1 [ false, %102 ], [ %115, %109 ]
%118 = zext i1 %117 to i32
%119 = call i32 @assert(i32 %118)
%120 = load double*, double** %6
%121 = load i32, i32* %10
%122 = sext i32 %121 to i64
%123 = getelementptr inbounds double, double* %120, i64 %122
%124 = load double, double* %123
%125 = load double, double* %12
%126 = fadd double %125, %124
store double %126, double* %12
br label %127
127: ; preds = %116
%128 = load i32, i32* %10
%129 = add nsw i32 %128, 1
store i32 %129, i32* %10
br label %98
130: ; preds = %98
%131 = load double, double* %12
%132 = fsub double 1.000000e+00, %131
%133 = fptosi double %132 to i32
%134 = call i32 @fabs(i32 %133)
%135 = load i32, i32* @DBL_EPSILON
%136 = load i32, i32* %8
%137 = mul nsw i32 %135, %136
%138 = icmp slt i32 %134, %137
%139 = zext i1 %138 to i32
%140 = call i32 @assert(i32 %139)
%141 = load double*, double** %6
store double* %141, double** %3
br label %142
142: ; preds = %130, %71
%143 = load double*, double** %3
ret double* %143
}

LLVM IR (-O2):
@DBL_EPSILON = global i32 0
define noalias double* @ConvertCodonFreqsToQcoord(double* %0, i32 %1) {
%3 = icmp ne double* %0, null
%4 = zext i1 %3 to i32
%5 = tail call i32 @assert(i32 %4)
%6 = tail call i32 @IsValidGencode(i32 %1)
%7 = tail call i32 @assert(i32 %6)
%8 = tail call i32 @NumberPossibleBases(i32 2, i32 %1)
%9 = tail call i32 @NumberPossibleBases(i32 3, i32 %1)
%10 = icmp sgt i32 %8, 0
br i1 %10, label %11, label %27
11: ; preds = %2
%12 = zext i32 %8 to i64
br label %13
13: ; preds = %11, %13
%14 = phi i64 [ 0, %11 ], [ %25, %13 ]
%15 = phi double [ 0.000000e+00, %11 ], [ %24, %13 ]
%16 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %14
%17 = load double, double* %16
%18 = fcmp oge double %17, 0.000000e+00
%19 = fcmp ole double %17, 1.000000e+00
%20 = and i1 %18, %19
%21 = zext i1 %20 to i32
%22 = tail call i32 @assert(i32 %21)
%23 = load double, double* %16
%24 = fadd double %15, %23
%25 = add nuw nsw i64 %14, 1
%26 = icmp eq i64 %25, %12
br i1 %26, label %27, label %13
27: ; preds = %13, %2
%28 = phi double [ 0.000000e+00, %2 ], [ %24, %13 ]
%29 = fsub double 1.000000e+00, %28
%30 = fptosi double %29 to i32
%31 = tail call i32 @fabs(i32 %30)
%32 = load i32, i32* @DBL_EPSILON
%33 = mul nsw i32 %32, %8
%34 = icmp slt i32 %31, %33
%35 = zext i1 %34 to i32
%36 = tail call i32 @assert(i32 %35)
%37 = tail call double* @calloc(i32 %9, i32 8)
%38 = icmp eq double* %37, null
br i1 %38, label %82, label %39
39: ; preds = %27
br i1 %10, label %40, label %42
40: ; preds = %39
%41 = zext i32 %8 to i64
br label %46
42: ; preds = %56, %39
%43 = icmp sgt i32 %9, 0
br i1 %43, label %44, label %72
44: ; preds = %42
%45 = zext i32 %9 to i64
br label %59
46: ; preds = %40, %56
%47 = phi i64 [ 0, %40 ], [ %57, %56 ]
%48 = trunc i64 %47 to i32
%49 = tail call i32 @CodonToQcoord(i32 %48, i32 %1)
%50 = icmp eq i32 %49, -1
br i1 %50, label %56, label %51
51: ; preds = %46
%52 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %47
%53 = load double, double* %52
%54 = sext i32 %49 to i64
%55 = getelementptr inbounds double, double* %37, i64 %54
store double %53, double* %55
br label %56
56: ; preds = %46, %51
%57 = add nuw nsw i64 %47, 1
%58 = icmp eq i64 %57, %41
br i1 %58, label %42, label %46
59: ; preds = %44, %59
%60 = phi i64 [ 0, %44 ], [ %70, %59 ]
%61 = phi double [ 0.000000e+00, %44 ], [ %69, %59 ]
%62 = getelementptr inbounds double, double* %37, i64 %60
%63 = load double, double* %62
%64 = fcmp oge double %63, 0.000000e+00
%65 = fcmp ole double %63, 1.000000e+00
%66 = and i1 %64, %65
%67 = zext i1 %66 to i32
%68 = tail call i32 @assert(i32 %67)
%69 = fadd double %61, %63
%70 = add nuw nsw i64 %60, 1
%71 = icmp eq i64 %70, %45
br i1 %71, label %72, label %59
72: ; preds = %59, %42
%73 = phi double [ 0.000000e+00, %42 ], [ %69, %59 ]
%74 = fsub double 1.000000e+00, %73
%75 = fptosi double %74 to i32
%76 = tail call i32 @fabs(i32 %75)
%77 = load i32, i32* @DBL_EPSILON
%78 = mul nsw i32 %77, %9
%79 = icmp slt i32 %76, %78
%80 = zext i1 %79 to i32
%81 = tail call i32 @assert(i32 %80)
br label %82
82: ; preds = %27, %72
ret double* %37
}