int extend_upper_part_of_window(int starting_coord, int initial_max_coord,
                                int genome_size,
                                int *gaps_in_original_genome_space) {
  int max_snp_sliding_window_counter = initial_max_coord;
  int upper_offset = 0;
  int j = 0;
  for (j = starting_coord;
       (j < initial_max_coord + upper_offset) && (j < genome_size); j++) {
    if (gaps_in_original_genome_space[j] == 1) {
      upper_offset++;
    }
  }
  max_snp_sliding_window_counter = initial_max_coord + upper_offset;
  return max_snp_sliding_window_counter;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<extend_upper_part_of_window>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %esi,-0x8(%rbp)
mov    %edx,-0xc(%rbp)
mov    %rcx,-0x18(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x4(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%ecx
mov    -0x8(%rbp),%edx
add    -0x20(%rbp),%edx
xor    %eax,%eax
cmp    %edx,%ecx
mov    %al,-0x25(%rbp)
jge    114d <extend_upper_part_of_window+0x4d>
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
setl   %al
mov    %al,-0x25(%rbp)
mov    -0x25(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    115d <extend_upper_part_of_window+0x5d>
jmp    118b <extend_upper_part_of_window+0x8b>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
cmpl   $0x1,(%rax,%rcx,4)
jne    1178 <extend_upper_part_of_window+0x78>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    117d <extend_upper_part_of_window+0x7d>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    112b <extend_upper_part_of_window+0x2b>
mov    -0x8(%rbp),%eax
add    -0x20(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<extend_upper_part_of_window>:
cmp    %esi,%edi
jge    1147 <extend_upper_part_of_window+0x47>
cmp    %edx,%edi
jge    1147 <extend_upper_part_of_window+0x47>
movslq %edi,%r9
movslq %edx,%r8
add    $0x1,%r9
xor    %edx,%edx
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
mov    %edx,%eax
xor    %edx,%edx
cmpl   $0x1,-0x4(%rcx,%r9,4)
sete   %dl
add    %eax,%edx
lea    (%rdx,%rsi,1),%eax
movslq %eax,%rdi
cmp    %rdi,%r9
jge    1146 <extend_upper_part_of_window+0x46>
lea    0x1(%r9),%rdi
cmp    %r8,%r9
mov    %rdi,%r9
jl     1120 <extend_upper_part_of_window+0x20>
ret
mov    %esi,%eax
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @extend_upper_part_of_window(i32 %0, i32 %1, i32 %2, i32* %3) {
%5 = alloca i32
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32*
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
store i32 %0, i32* %5
store i32 %1, i32* %6
store i32 %2, i32* %7
store i32* %3, i32** %8
%12 = load i32, i32* %6
store i32 %12, i32* %9
store i32 0, i32* %10
store i32 0, i32* %11
%13 = load i32, i32* %5
store i32 %13, i32* %11
br label %14
14: ; preds = %37, %4
%15 = load i32, i32* %11
%16 = load i32, i32* %6
%17 = load i32, i32* %10
%18 = add nsw i32 %16, %17
%19 = icmp slt i32 %15, %18
br i1 %19, label %20, label %24
20: ; preds = %14
%21 = load i32, i32* %11
%22 = load i32, i32* %7
%23 = icmp slt i32 %21, %22
br label %24
24: ; preds = %20, %14
%25 = phi i1 [ false, %14 ], [ %23, %20 ]
br i1 %25, label %26, label %40
26: ; preds = %24
%27 = load i32*, i32** %8
%28 = load i32, i32* %11
%29 = sext i32 %28 to i64
%30 = getelementptr inbounds i32, i32* %27, i64 %29
%31 = load i32, i32* %30
%32 = icmp eq i32 %31, 1
br i1 %32, label %33, label %36
33: ; preds = %26
%34 = load i32, i32* %10
%35 = add nsw i32 %34, 1
store i32 %35, i32* %10
br label %36
36: ; preds = %33, %26
br label %37
37: ; preds = %36
%38 = load i32, i32* %11
%39 = add nsw i32 %38, 1
store i32 %39, i32* %11
br label %14
40: ; preds = %24
%41 = load i32, i32* %6
%42 = load i32, i32* %10
%43 = add nsw i32 %41, %42
store i32 %43, i32* %9
%44 = load i32, i32* %9
ret i32 %44
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @extend_upper_part_of_window(i32 %0, i32 %1, i32 %2, i32* nocapture %3) {
%5 = icmp slt i32 %0, %1
%6 = icmp slt i32 %0, %2
%7 = and i1 %5, %6
br i1 %7, label %8, label %25
8: ; preds = %4
%9 = sext i32 %0 to i64
%10 = sext i32 %2 to i64
br label %11
11: ; preds = %8, %11
%12 = phi i64 [ %9, %8 ], [ %19, %11 ]
%13 = phi i32 [ 0, %8 ], [ %18, %11 ]
%14 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %12
%15 = load i32, i32* %14
%16 = icmp eq i32 %15, 1
%17 = zext i1 %16 to i32
%18 = add nuw nsw i32 %13, %17
%19 = add nsw i64 %12, 1
%20 = add nsw i32 %18, %1
%21 = sext i32 %20 to i64
%22 = icmp slt i64 %19, %21
%23 = icmp slt i64 %19, %10
%24 = and i1 %22, %23
br i1 %24, label %11, label %25
25: ; preds = %11, %4
%26 = phi i32 [ %1, %4 ], [ %20, %11 ]
ret i32 %26
}