#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */
typedef scalar_t__ uint8_t;
typedef int /*<<< orphan*/ bits;

/* Variables and functions */
void c_convert2bit(char *str, int length, uint8_t *bits) {
  int i;
  int j;
  int k;
  for (j = 0; j < length * 2 / (8 * sizeof(bits[0])) + 1; j++)
    bits[j] = 0;
  for (i = 0; i < length; i++) {
    j = i * 2 / (sizeof(bits[0]) * 8);
    k = i * 2 % (sizeof(bits[0]) * 8);
    switch (str[i]) {
    case 'C':
      bits[j] += (1ULL << (sizeof(bits[0]) * 8 - 2)) >> k;
      break;
    case 'G':
      bits[j] += (2ULL << (sizeof(bits[0]) * 8 - 2)) >> k;
      break;
    case 'T':
      bits[j] += (3ULL << (sizeof(bits[0]) * 8 - 2)) >> k;
      break;
    default:
      break;
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<c_convert2bit>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
movslq -0x20(%rbp),%rax
mov    -0xc(%rbp),%ecx
shl    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
shr    $0x6,%rcx
add    $0x1,%rcx
cmp    %rcx,%rax
jae    1152 <c_convert2bit+0x52>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movq   $0x0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    1116 <c_convert2bit+0x16>
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    124a <c_convert2bit+0x14a>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    %eax,%eax
cltq
shr    $0x6,%rax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    %eax,%eax
and    $0x3e,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
sub    $0x43,%eax
je     11bd <c_convert2bit+0xbd>
jmp    119b <c_convert2bit+0x9b>
mov    -0x28(%rbp),%eax
sub    $0x47,%eax
je     11e4 <c_convert2bit+0xe4>
jmp    11ac <c_convert2bit+0xac>
mov    -0x28(%rbp),%eax
sub    $0x54,%eax
je     120b <c_convert2bit+0x10b>
jmp    1232 <c_convert2bit+0x132>
mov    -0x24(%rbp),%eax
mov    %eax,%ecx
movabs $0x4000000000000000,%rdx
shr    %cl,%rdx
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
add    (%rax,%rcx,8),%rdx
mov    %rdx,(%rax,%rcx,8)
jmp    1237 <c_convert2bit+0x137>
mov    -0x24(%rbp),%eax
mov    %eax,%ecx
movabs $0x8000000000000000,%rdx
shr    %cl,%rdx
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
add    (%rax,%rcx,8),%rdx
mov    %rdx,(%rax,%rcx,8)
jmp    1237 <c_convert2bit+0x137>
mov    -0x24(%rbp),%eax
mov    %eax,%ecx
movabs $0xc000000000000000,%rdx
shr    %cl,%rdx
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
add    (%rax,%rcx,8),%rdx
mov    %rdx,(%rax,%rcx,8)
jmp    1237 <c_convert2bit+0x137>
jmp    1237 <c_convert2bit+0x137>
jmp    123c <c_convert2bit+0x13c>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    1159 <c_convert2bit+0x59>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<c_convert2bit>:
push   %r15
push   %r14
push   %rbx
mov    %rdx,%r14
mov    %esi,%r15d
mov    %rdi,%rbx
lea    (%r15,%r15,1),%eax
movslq %eax,%rdx
shr    $0x3,%rdx
and    $0xfffffffffffffff8,%rdx
add    $0x8,%rdx
mov    %r14,%rdi
xor    %esi,%esi
call   1030 <memset@plt>
test   %r15d,%r15d
jle    11b1 <c_convert2bit+0xa1>
mov    %r15d,%eax
xor    %edx,%edx
movabs $0x4000000000000000,%r10
movabs $0xc000000000000000,%r9
movabs $0x8000000000000000,%r8
jmp    1196 <c_convert2bit+0x86>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
mov    %r9,%rsi
mov    %rdx,%rdi
shr    $0x5,%rdi
lea    (%rdx,%rdx,1),%ecx
and    $0x3e,%ecx
shr    %cl,%rsi
and    $0x7ffffff,%edi
add    %rsi,(%r14,%rdi,8)
add    $0x1,%rdx
cmp    %rax,%rdx
je     11b1 <c_convert2bit+0xa1>
movsbl (%rbx,%rdx,1),%ecx
mov    %r10,%rsi
cmp    $0x43,%ecx
je     1173 <c_convert2bit+0x63>
cmp    $0x54,%ecx
je     1170 <c_convert2bit+0x60>
cmp    $0x47,%ecx
jne    118d <c_convert2bit+0x7d>
mov    %r8,%rsi
jmp    1173 <c_convert2bit+0x63>
pop    %rbx
pop    %r14
pop    %r15
ret

LLVM IR (-O0):
define void @c_convert2bit(i8* %0, i32 %1, i64* %2) {
%4 = alloca i8*
%5 = alloca i32
%6 = alloca i64*
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
store i8* %0, i8** %4
store i32 %1, i32* %5
store i64* %2, i64** %6
store i32 0, i32* %8
br label %10
10: ; preds = %24, %3
%11 = load i32, i32* %8
%12 = sext i32 %11 to i64
%13 = load i32, i32* %5
%14 = mul nsw i32 %13, 2
%15 = sext i32 %14 to i64
%16 = udiv i64 %15, 64
%17 = add i64 %16, 1
%18 = icmp ult i64 %12, %17
br i1 %18, label %19, label %27
19: ; preds = %10
%20 = load i64*, i64** %6
%21 = load i32, i32* %8
%22 = sext i32 %21 to i64
%23 = getelementptr inbounds i64, i64* %20, i64 %22
store i64 0, i64* %23
br label %24
24: ; preds = %19
%25 = load i32, i32* %8
%26 = add nsw i32 %25, 1
store i32 %26, i32* %8
br label %10
27: ; preds = %10
store i32 0, i32* %7
br label %28
28: ; preds = %81, %27
%29 = load i32, i32* %7
%30 = load i32, i32* %5
%31 = icmp slt i32 %29, %30
br i1 %31, label %32, label %84
32: ; preds = %28
%33 = load i32, i32* %7
%34 = mul nsw i32 %33, 2
%35 = sext i32 %34 to i64
%36 = udiv i64 %35, 64
%37 = trunc i64 %36 to i32
store i32 %37, i32* %8
%38 = load i32, i32* %7
%39 = mul nsw i32 %38, 2
%40 = sext i32 %39 to i64
%41 = urem i64 %40, 64
%42 = trunc i64 %41 to i32
store i32 %42, i32* %9
%43 = load i8*, i8** %4
%44 = load i32, i32* %7
%45 = sext i32 %44 to i64
%46 = getelementptr inbounds i8, i8* %43, i64 %45
%47 = load i8, i8* %46
%48 = sext i8 %47 to i32
switch i32 %48, label %79 [
i32 67, label %49
i32 71, label %59
i32 84, label %69
]
49: ; preds = %32
%50 = load i32, i32* %9
%51 = zext i32 %50 to i64
%52 = lshr i64 4611686018427387904, %51
%53 = load i64*, i64** %6
%54 = load i32, i32* %8
%55 = sext i32 %54 to i64
%56 = getelementptr inbounds i64, i64* %53, i64 %55
%57 = load i64, i64* %56
%58 = add i64 %57, %52
store i64 %58, i64* %56
br label %80
59: ; preds = %32
%60 = load i32, i32* %9
%61 = zext i32 %60 to i64
%62 = lshr i64 -9223372036854775808, %61
%63 = load i64*, i64** %6
%64 = load i32, i32* %8
%65 = sext i32 %64 to i64
%66 = getelementptr inbounds i64, i64* %63, i64 %65
%67 = load i64, i64* %66
%68 = add i64 %67, %62
store i64 %68, i64* %66
br label %80
69: ; preds = %32
%70 = load i32, i32* %9
%71 = zext i32 %70 to i64
%72 = lshr i64 -4611686018427387904, %71
%73 = load i64*, i64** %6
%74 = load i32, i32* %8
%75 = sext i32 %74 to i64
%76 = getelementptr inbounds i64, i64* %73, i64 %75
%77 = load i64, i64* %76
%78 = add i64 %77, %72
store i64 %78, i64* %76
br label %80
79: ; preds = %32
br label %80
80: ; preds = %79, %69, %59, %49
br label %81
81: ; preds = %80
%82 = load i32, i32* %7
%83 = add nsw i32 %82, 1
store i32 %83, i32* %7
br label %28
84: ; preds = %28
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @c_convert2bit(i8* nocapture %0, i32 %1, i64* nocapture %2) {
%4 = bitcast i64* %2 to i8*
%5 = shl nsw i32 %1, 1
%6 = sext i32 %5 to i64
%7 = lshr i64 %6, 3
%8 = and i64 %7, 2305843009213693944
%9 = add nuw nsw i64 %8, 8
%10 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %10, label %11, label %33
11: ; preds = %3
%12 = zext i32 %1 to i64
br label %13
13: ; preds = %11, %30
%14 = phi i64 [ 0, %11 ], [ %31, %30 ]
%15 = lshr i64 %14, 5
%16 = shl nuw i64 %14, 1
%17 = and i64 %16, 62
%18 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %14
%19 = load i8, i8* %18
%20 = sext i8 %19 to i32
switch i32 %20, label %30 [
i32 67, label %23
i32 71, label %21
i32 84, label %22
]
21: ; preds = %13
br label %23
22: ; preds = %13
br label %23
23: ; preds = %13, %22, %21
%24 = phi i64 [ -4611686018427387904, %22 ], [ -9223372036854775808, %21 ], [ 4611686018427387904, %13 ]
%25 = lshr i64 %24, %17
%26 = and i64 %15, 134217727
%27 = getelementptr inbounds i64, i64* %2, i64 %26
%28 = load i64, i64* %27
%29 = add i64 %28, %25
store i64 %29, i64* %27
br label %30
30: ; preds = %23, %13
%31 = add nuw nsw i64 %14, 1
%32 = icmp eq i64 %31, %12
br i1 %32, label %33, label %13
33: ; preds = %30, %3
ret void
}