#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */
typedef int /*<<< orphan*/ FILE;

/* Variables and functions */
scalar_t__ fgets(char *, int, int /*<<< orphan*/ *);
int /*<<< orphan*/ free(int *);
scalar_t__ malloc(int);
int /*<<< orphan*/ memcpy(char *, char *, int);
int /*<<< orphan*/ memset(char *, int /*<<< orphan*/, int);
int /*<<< orphan*/ rewind(int /*<<< orphan*/ *);
int strlen(char *);
void read_obs_seq_from_file(FILE *fp, int *num_seqs_ptr, char ***obs_seqs_ptr) {
  int j = 0, bp_count;
  int i = 0;
  int count = 0;
  char mystring[1000] = "";
  int *obs_seq_len;
  *num_seqs_ptr = 1;
  obs_seq_len = (int *)malloc(*num_seqs_ptr * sizeof(int));
  while (fgets(mystring, sizeof mystring, fp)) {
    if (mystring[0] == '>') {
      if (i > 0) {
        obs_seq_len[count] = i;
        count++;
      }
      i = 0;
    } else {
      bp_count = strlen(mystring) - 1;
      while (mystring[bp_count - 1] == 10 || mystring[bp_count - 1] == 13) {
        bp_count--;
      }
      i += bp_count;
    }
  }
  obs_seq_len[count] = i;
  *obs_seqs_ptr = (char **)malloc(*num_seqs_ptr * sizeof(char *));
  char **obs_seqs = *obs_seqs_ptr;
  count = -1;
  rewind(fp);
  while (fgets(mystring, sizeof mystring, fp)) {
    if (mystring[0] == '>') {
      if (count >= 0 && j > 0) {
      }
      if (count == -1 || (count >= 0 && j > 0)) {
        count++;
        if (count == 1)
          break;
        obs_seqs[count] = (char *)malloc(obs_seq_len[count] * sizeof(char) + 1);
        memset(obs_seqs[count], 0, obs_seq_len[count] * sizeof(char) + 1);
      }
      j = 0;
    } else {
      bp_count = strlen(mystring) - 1;
      while (mystring[bp_count - 1] == 10 || mystring[bp_count - 1] == 13) {
        bp_count--;
      }
      memcpy(obs_seqs[count] + j, mystring, bp_count);
      j += bp_count;
    }
  }
  free(obs_seq_len);
}


x86 assembly (clang, -O0):
<read_obs_seq_from_file>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x430,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
lea    -0x410(%rbp),%rdi
xor    %esi,%esi
mov    $0x3e8,%edx
call   1060 <memset@plt>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movl   $0x1,(%rax)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq (%rax),%rax
shl    $0x2,%rax
mov    %eax,%edi
call   1090 <malloc@plt>
mov    %rax,-0x418(%rbp)
lea    -0x410(%rbp),%rdi
mov    -0x8(%rbp),%rdx
mov    $0x3e8,%esi
call   1070 <fgets@plt>
cmp    $0x0,%rax
je     12af <read_obs_seq_from_file+0x13f>
movsbl -0x410(%rbp),%eax
cmp    $0x3e,%eax
jne    1231 <read_obs_seq_from_file+0xc1>
cmpl   $0x0,-0x24(%rbp)
jle    1225 <read_obs_seq_from_file+0xb5>
mov    -0x24(%rbp),%edx
mov    -0x418(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
jmp    12aa <read_obs_seq_from_file+0x13a>
lea    -0x410(%rbp),%rdi
call   1040 <strlen@plt>
sub    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
cltq
movsbl -0x410(%rbp,%rax,1),%ecx
ff
mov    $0x1,%al
cmp    $0xa,%ecx
mov    %al,-0x421(%rbp)
je     1280 <read_obs_seq_from_file+0x110>
mov    -0x20(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
cltq
movsbl -0x410(%rbp,%rax,1),%eax
ff
cmp    $0xd,%eax
sete   %al
mov    %al,-0x421(%rbp)
mov    -0x421(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    1293 <read_obs_seq_from_file+0x123>
jmp    12a1 <read_obs_seq_from_file+0x131>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0xffffffff,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    1243 <read_obs_seq_from_file+0xd3>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    -0x24(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    11d2 <read_obs_seq_from_file+0x62>
mov    -0x24(%rbp),%edx
mov    -0x418(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq (%rax),%rax
shl    $0x3,%rax
mov    %eax,%edi
call   1090 <malloc@plt>
mov    %rax,%rcx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    %rax,-0x420(%rbp)
movl   $0xffffffff,-0x28(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rdi
call   1050 <rewind@plt>
lea    -0x410(%rbp),%rdi
mov    -0x8(%rbp),%rdx
mov    $0x3e8,%esi
call   1070 <fgets@plt>
cmp    $0x0,%rax
je     1486 <read_obs_seq_from_file+0x316>
movsbl -0x410(%rbp),%eax
cmp    $0x3e,%eax
jne    13e3 <read_obs_seq_from_file+0x273>
cmpl   $0x0,-0x28(%rbp)
jl     1342 <read_obs_seq_from_file+0x1d2>
cmpl   $0x0,-0x1c(%rbp)
jle    1342 <read_obs_seq_from_file+0x1d2>
jmp    1342 <read_obs_seq_from_file+0x1d2>
cmpl   $0xffffffff,-0x28(%rbp)
je     1360 <read_obs_seq_from_file+0x1f0>
cmpl   $0x0,-0x28(%rbp)
jl     13d7 <read_obs_seq_from_file+0x267>
cmpl   $0x0,-0x1c(%rbp)
jle    13d7 <read_obs_seq_from_file+0x267>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
cmpl   $0x1,-0x28(%rbp)
jne    1378 <read_obs_seq_from_file+0x208>
jmp    1486 <read_obs_seq_from_file+0x316>
mov    -0x418(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movslq (%rax,%rcx,4),%rax
shl    $0x0,%rax
add    $0x1,%rax
mov    %eax,%edi
call   1090 <malloc@plt>
mov    %rax,%rdx
mov    -0x420(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    %rdx,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x420(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
mov    -0x418(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movslq (%rax,%rcx,4),%rax
shl    $0x0,%rax
add    $0x1,%rax
mov    %eax,%edx
xor    %esi,%esi
call   1060 <memset@plt>
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
jmp    1481 <read_obs_seq_from_file+0x311>
lea    -0x410(%rbp),%rdi
call   1040 <strlen@plt>
sub    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
cltq
movsbl -0x410(%rbp,%rax,1),%ecx
ff
mov    $0x1,%al
cmp    $0xa,%ecx
mov    %al,-0x422(%rbp)
je     1432 <read_obs_seq_from_file+0x2c2>
mov    -0x20(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
cltq
movsbl -0x410(%rbp,%rax,1),%eax
ff
cmp    $0xd,%eax
sete   %al
mov    %al,-0x422(%rbp)
mov    -0x422(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    1445 <read_obs_seq_from_file+0x2d5>
jmp    1453 <read_obs_seq_from_file+0x2e3>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0xffffffff,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    13f5 <read_obs_seq_from_file+0x285>
mov    -0x420(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
movslq -0x1c(%rbp),%rax
add    %rax,%rdi
lea    -0x410(%rbp),%rsi
mov    -0x20(%rbp),%edx
call   1080 <memcpy@plt>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    -0x1c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    12fa <read_obs_seq_from_file+0x18a>
mov    -0x418(%rbp),%rdi
call   1030 <free@plt>
add    $0x430,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<read_obs_seq_from_file>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x408,%rsp
mov    %rdx,0x18(%rsp)
mov    %rsi,%rbx
mov    %rdi,%r13
lea    0x20(%rsp),%r14
xor    %ebp,%ebp
mov    $0x3e8,%edx
mov    %r14,%rdi
xor    %esi,%esi
call   1060 <memset@plt>
mov    %rbx,0x10(%rsp)
movl   $0x1,(%rbx)
mov    $0x4,%edi
call   1090 <malloc@plt>
mov    %rax,0x8(%rsp)
mov    %r14,%rdi
mov    $0x3e8,%esi
mov    %r13,%rdx
call   1070 <fgets@plt>
mov    $0x0,%r12d
test   %rax,%rax
je     1258 <read_obs_seq_from_file+0xe8>
xor    %r12d,%r12d
lea    0x1e(%rsp),%r15
lea    0x20(%rsp),%r14
xor    %ebx,%ebx
jmp    120d <read_obs_seq_from_file+0x9d>
nopl   0x0(%rax)
xor    %ebp,%ebp
test   %ebx,%ebx
jg     1246 <read_obs_seq_from_file+0xd6>
mov    %r14,%rdi
mov    $0x3e8,%esi
mov    %r13,%rdx
call   1070 <fgets@plt>
mov    %ebp,%ebx
test   %rax,%rax
je     1258 <read_obs_seq_from_file+0xe8>
cmpb   $0x3e,0x20(%rsp)
je     11f0 <read_obs_seq_from_file+0x80>
mov    %r14,%rdi
call   1040 <strlen@plt>
movslq %eax,%rcx
lea    (%r15,%rcx,1),%rax
lea    (%rcx,%rbx,1),%ebp
add    $0xffffffff,%ebp
jmp    1237 <read_obs_seq_from_file+0xc7>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0xffffffffffffffff,%rax
add    $0xffffffff,%ebp
movzbl (%rax),%ecx
cmp    $0xd,%cl
je     1230 <read_obs_seq_from_file+0xc0>
cmp    $0xa,%cl
je     1230 <read_obs_seq_from_file+0xc0>
jmp    11f6 <read_obs_seq_from_file+0x86>
movslq %r12d,%r12
mov    0x8(%rsp),%rax
mov    %ebx,(%rax,%r12,4)
add    $0x1,%r12d
jmp    11f6 <read_obs_seq_from_file+0x86>
movslq %r12d,%rax
mov    0x8(%rsp),%rcx
mov    %ebp,(%rcx,%rax,4)
mov    0x10(%rsp),%rax
mov    (%rax),%edi
shl    $0x3,%edi
call   1090 <malloc@plt>
mov    %rax,%r15
mov    0x18(%rsp),%rax
mov    %r15,(%rax)
mov    %r13,%rdi
call   1050 <rewind@plt>
lea    0x20(%rsp),%rdi
mov    $0x3e8,%esi
mov    %r13,%rdx
call   1070 <fgets@plt>
test   %rax,%rax
je     1372 <read_obs_seq_from_file+0x202>
mov    $0xffffffff,%r14d
xor    %ebp,%ebp
lea    0x20(%rsp),%r12
jmp    12f1 <read_obs_seq_from_file+0x181>
nop
mov    0x8(%rsp),%rbx
mov    (%rbx),%edi
add    $0x1,%edi
call   1090 <malloc@plt>
mov    %rax,(%r15)
mov    (%rbx),%edx
add    $0x1,%edx
xor    %ebx,%ebx
mov    %rax,%rdi
xor    %esi,%esi
call   1060 <memset@plt>
xor    %ebp,%ebp
mov    %r12,%rdi
mov    $0x3e8,%esi
mov    %r13,%rdx
call   1070 <fgets@plt>
mov    %ebx,%r14d
test   %rax,%rax
je     1372 <read_obs_seq_from_file+0x202>
cmpb   $0x3e,0x20(%rsp)
jne    1320 <read_obs_seq_from_file+0x1b0>
cmp    $0xffffffff,%r14d
je     12b0 <read_obs_seq_from_file+0x140>
xor    %ebx,%ebx
test   %r14d,%r14d
js     12d3 <read_obs_seq_from_file+0x163>
test   %ebp,%ebp
mov    $0x0,%ebp
jle    12d5 <read_obs_seq_from_file+0x165>
test   %r14d,%r14d
jne    12b0 <read_obs_seq_from_file+0x140>
jmp    1372 <read_obs_seq_from_file+0x202>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
mov    %r12,%rdi
call   1040 <strlen@plt>
movslq %eax,%rbx
lea    0x1e(%rsp),%rax
add    %rbx,%rax
jmp    1344 <read_obs_seq_from_file+0x1d4>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
add    $0xffffffffffffffff,%rax
add    $0xffffffff,%ebx
movzbl (%rax),%ecx
cmp    $0xd,%cl
je     1340 <read_obs_seq_from_file+0x1d0>
cmp    $0xa,%cl
je     1340 <read_obs_seq_from_file+0x1d0>
movslq %r14d,%rax
movslq %ebp,%rdi
add    (%r15,%rax,8),%rdi
mov    %r12,%rsi
mov    %ebx,%edx
call   1080 <memcpy@plt>
add    %ebx,%ebp
mov    %r14d,%ebx
jmp    12d5 <read_obs_seq_from_file+0x165>
mov    0x8(%rsp),%rdi
call   1030 <free@plt>
add    $0x408,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @read_obs_seq_from_file(i32* %0, i32* %1, i8*** %2) {
%4 = alloca i32*
%5 = alloca i32*
%6 = alloca i8***
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca [1000 x i8]
%12 = alloca i32*
%13 = alloca i8**
store i32* %0, i32** %4
store i32* %1, i32** %5
store i8*** %2, i8**** %6
store i32 0, i32* %7
store i32 0, i32* %9
store i32 0, i32* %10
%14 = bitcast [1000 x i8]* %11 to i8*
%15 = load i32*, i32** %5
store i32 1, i32* %15
%16 = load i32*, i32** %5
%17 = load i32, i32* %16
%18 = sext i32 %17 to i64
%19 = mul i64 %18, 4
%20 = trunc i64 %19 to i32
%21 = call i64 @malloc(i32 %20)
%22 = inttoptr i64 %21 to i32*
store i32* %22, i32** %12
br label %23
23: ; preds = %74, %3
%24 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %11, i64 0, i64 0
%25 = load i32*, i32** %4
%26 = call i64 @fgets(i8* %24, i32 1000, i32* %25)
%27 = icmp ne i64 %26, 0
br i1 %27, label %28, label %75
28: ; preds = %23
%29 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %11, i64 0, i64 0
%30 = load i8, i8* %29
%31 = sext i8 %30 to i32
%32 = icmp eq i32 %31, 62
br i1 %32, label %33, label %45
33: ; preds = %28
%34 = load i32, i32* %9
%35 = icmp sgt i32 %34, 0
br i1 %35, label %36, label %44
36: ; preds = %33
%37 = load i32, i32* %9
%38 = load i32*, i32** %12
%39 = load i32, i32* %10
%40 = sext i32 %39 to i64
%41 = getelementptr inbounds i32, i32* %38, i64 %40
store i32 %37, i32* %41
%42 = load i32, i32* %10
%43 = add nsw i32 %42, 1
store i32 %43, i32* %10
br label %44
44: ; preds = %36, %33
store i32 0, i32* %9
br label %74
45: ; preds = %28
%46 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %11, i64 0, i64 0
%47 = call i32 @strlen(i8* %46)
%48 = sub nsw i32 %47, 1
store i32 %48, i32* %8
br label %49
49: ; preds = %67, %45
%50 = load i32, i32* %8
%51 = sub nsw i32 %50, 1
%52 = sext i32 %51 to i64
%53 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %11, i64 0, i64 %52
%54 = load i8, i8* %53
%55 = sext i8 %54 to i32
%56 = icmp eq i32 %55, 10
br i1 %56, label %65, label %57
57: ; preds = %49
%58 = load i32, i32* %8
%59 = sub nsw i32 %58, 1
%60 = sext i32 %59 to i64
%61 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %11, i64 0, i64 %60
%62 = load i8, i8* %61
%63 = sext i8 %62 to i32
%64 = icmp eq i32 %63, 13
br label %65
65: ; preds = %57, %49
%66 = phi i1 [ true, %49 ], [ %64, %57 ]
br i1 %66, label %67, label %70
67: ; preds = %65
%68 = load i32, i32* %8
%69 = add nsw i32 %68, -1
store i32 %69, i32* %8
br label %49
70: ; preds = %65
%71 = load i32, i32* %8
%72 = load i32, i32* %9
%73 = add nsw i32 %72, %71
store i32 %73, i32* %9
br label %74
74: ; preds = %70, %44
br label %23
75: ; preds = %23
%76 = load i32, i32* %9
%77 = load i32*, i32** %12
%78 = load i32, i32* %10
%79 = sext i32 %78 to i64
%80 = getelementptr inbounds i32, i32* %77, i64 %79
store i32 %76, i32* %80
%81 = load i32*, i32** %5
%82 = load i32, i32* %81
%83 = sext i32 %82 to i64
%84 = mul i64 %83, 8
%85 = trunc i64 %84 to i32
%86 = call i64 @malloc(i32 %85)
%87 = inttoptr i64 %86 to i8**
%88 = load i8***, i8**** %6
store i8** %87, i8*** %88
%89 = load i8***, i8**** %6
%90 = load i8**, i8*** %89
store i8** %90, i8*** %13
store i32 -1, i32* %10
%91 = load i32*, i32** %4
%92 = call i32 @rewind(i32* %91)
br label %93
93: ; preds = %197, %75
%94 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %11, i64 0, i64 0
%95 = load i32*, i32** %4
%96 = call i64 @fgets(i8* %94, i32 1000, i32* %95)
%97 = icmp ne i64 %96, 0
br i1 %97, label %98, label %198
98: ; preds = %93
%99 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %11, i64 0, i64 0
%100 = load i8, i8* %99
%101 = sext i8 %100 to i32
%102 = icmp eq i32 %101, 62
br i1 %102, label %103, label %157
103: ; preds = %98
%104 = load i32, i32* %10
%105 = icmp sge i32 %104, 0
br i1 %105, label %106, label %110
106: ; preds = %103
%107 = load i32, i32* %7
%108 = icmp sgt i32 %107, 0
br i1 %108, label %109, label %110
109: ; preds = %106
br label %110
110: ; preds = %109, %106, %103
%111 = load i32, i32* %10
%112 = icmp eq i32 %111, -1
br i1 %112, label %119, label %113
113: ; preds = %110
%114 = load i32, i32* %10
%115 = icmp sge i32 %114, 0
br i1 %115, label %116, label %156
116: ; preds = %113
%117 = load i32, i32* %7
%118 = icmp sgt i32 %117, 0
br i1 %118, label %119, label %156
119: ; preds = %116, %110
%120 = load i32, i32* %10
%121 = add nsw i32 %120, 1
store i32 %121, i32* %10
%122 = load i32, i32* %10
%123 = icmp eq i32 %122, 1
br i1 %123, label %124, label %125
124: ; preds = %119
br label %198
125: ; preds = %119
%126 = load i32*, i32** %12
%127 = load i32, i32* %10
%128 = sext i32 %127 to i64
%129 = getelementptr inbounds i32, i32* %126, i64 %128
%130 = load i32, i32* %129
%131 = sext i32 %130 to i64
%132 = mul i64 %131, 1
%133 = add i64 %132, 1
%134 = trunc i64 %133 to i32
%135 = call i64 @malloc(i32 %134)
%136 = inttoptr i64 %135 to i8*
%137 = load i8**, i8*** %13
%138 = load i32, i32* %10
%139 = sext i32 %138 to i64
%140 = getelementptr inbounds i8*, i8** %137, i64 %139
store i8* %136, i8** %140
%141 = load i8**, i8*** %13
%142 = load i32, i32* %10
%143 = sext i32 %142 to i64
%144 = getelementptr inbounds i8*, i8** %141, i64 %143
%145 = load i8*, i8** %144
%146 = load i32*, i32** %12
%147 = load i32, i32* %10
%148 = sext i32 %147 to i64
%149 = getelementptr inbounds i32, i32* %146, i64 %148
%150 = load i32, i32* %149
%151 = sext i32 %150 to i64
%152 = mul i64 %151, 1
%153 = add i64 %152, 1
%154 = trunc i64 %153 to i32
%155 = call i32 @memset(i8* %145, i32 0, i32 %154)
br label %156
156: ; preds = %125, %116, %113
store i32 0, i32* %7
br label %197
157: ; preds = %98
%158 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %11, i64 0, i64 0
%159 = call i32 @strlen(i8* %158)
%160 = sub nsw i32 %159, 1
store i32 %160, i32* %8
br label %161
161: ; preds = %179, %157
%162 = load i32, i32* %8
%163 = sub nsw i32 %162, 1
%164 = sext i32 %163 to i64
%165 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %11, i64 0, i64 %164
%166 = load i8, i8* %165
%167 = sext i8 %166 to i32
%168 = icmp eq i32 %167, 10
br i1 %168, label %177, label %169
169: ; preds = %161
%170 = load i32, i32* %8
%171 = sub nsw i32 %170, 1
%172 = sext i32 %171 to i64
%173 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %11, i64 0, i64 %172
%174 = load i8, i8* %173
%175 = sext i8 %174 to i32
%176 = icmp eq i32 %175, 13
br label %177
177: ; preds = %169, %161
%178 = phi i1 [ true, %161 ], [ %176, %169 ]
br i1 %178, label %179, label %182
179: ; preds = %177
%180 = load i32, i32* %8
%181 = add nsw i32 %180, -1
store i32 %181, i32* %8
br label %161
182: ; preds = %177
%183 = load i8**, i8*** %13
%184 = load i32, i32* %10
%185 = sext i32 %184 to i64
%186 = getelementptr inbounds i8*, i8** %183, i64 %185
%187 = load i8*, i8** %186
%188 = load i32, i32* %7
%189 = sext i32 %188 to i64
%190 = getelementptr inbounds i8, i8* %187, i64 %189
%191 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %11, i64 0, i64 0
%192 = load i32, i32* %8
%193 = call i32 @memcpy(i8* %190, i8* %191, i32 %192)
%194 = load i32, i32* %8
%195 = load i32, i32* %7
%196 = add nsw i32 %195, %194
store i32 %196, i32* %7
br label %197
197: ; preds = %182, %156
br label %93
198: ; preds = %124, %93
%199 = load i32*, i32** %12
%200 = call i32 @free(i32* %199)
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @read_obs_seq_from_file(i32* nocapture %0, i32* nocapture %1, i8*** nocapture writeonly %2) {
%4 = alloca [1000 x i8]
%5 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %4, i64 0, i64 0
store i32 1, i32* %1
%6 = tail call i64 @malloc(i32 4)
%7 = inttoptr i64 %6 to i32*
%8 = call i64 @fgets(i8* %5, i32 1000, i32* %0)
%9 = icmp eq i64 %8, 0
br i1 %9, label %39, label %10
10: ; preds = %3, %34
%11 = phi i32 [ %36, %34 ], [ 0, %3 ]
%12 = phi i32 [ %35, %34 ], [ 0, %3 ]
%13 = load i8, i8* %5
%14 = icmp eq i8 %13, 62
br i1 %14, label %15, label %21
15: ; preds = %10
%16 = icmp sgt i32 %12, 0
br i1 %16, label %17, label %34
17: ; preds = %15
%18 = sext i32 %11 to i64
%19 = getelementptr inbounds i32, i32* %7, i64 %18
store i32 %12, i32* %19
%20 = add nsw i32 %11, 1
br label %34
21: ; preds = %10
%22 = call i32 @strlen(i8* %5)
%23 = sext i32 %22 to i64
br label %24
24: ; preds = %30, %21
%25 = phi i64 [ %23, %21 ], [ %26, %30 ]
%26 = add i64 %25, -1
%27 = add nsw i64 %25, -2
%28 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %4, i64 0, i64 %27
%29 = load i8, i8* %28
switch i8 %29, label %31 [
i8 10, label %30
i8 13, label %30
]
30: ; preds = %24, %24
br label %24
31: ; preds = %24
%32 = trunc i64 %26 to i32
%33 = add nsw i32 %12, %32
br label %34
34: ; preds = %15, %17, %31
%35 = phi i32 [ %33, %31 ], [ 0, %17 ], [ 0, %15 ]
%36 = phi i32 [ %11, %31 ], [ %20, %17 ], [ %11, %15 ]
%37 = call i64 @fgets(i8* %5, i32 1000, i32* %0)
%38 = icmp eq i64 %37, 0
br i1 %38, label %39, label %10
39: ; preds = %34, %3
%40 = phi i32 [ 0, %3 ], [ %35, %34 ]
%41 = phi i32 [ 0, %3 ], [ %36, %34 ]
%42 = sext i32 %41 to i64
%43 = getelementptr inbounds i32, i32* %7, i64 %42
store i32 %40, i32* %43
%44 = load i32, i32* %1
%45 = shl i32 %44, 3
%46 = call i64 @malloc(i32 %45)
%47 = inttoptr i64 %46 to i8**
store i8** %47, i8*** %2
%48 = call i32 @rewind(i32* %0)
%49 = call i64 @fgets(i8* %5, i32 1000, i32* %0)
%50 = icmp eq i64 %49, 0
br i1 %50, label %96, label %51
51: ; preds = %39, %91
%52 = phi i32 [ %93, %91 ], [ 0, %39 ]
%53 = phi i32 [ %92, %91 ], [ -1, %39 ]
%54 = load i8, i8* %5
%55 = icmp eq i8 %54, 62
br i1 %55, label %56, label %72
56: ; preds = %51
%57 = icmp eq i32 %53, -1
br i1 %57, label %64, label %58
58: ; preds = %56
%59 = icmp sgt i32 %52, 0
%60 = icmp sgt i32 %53, -1
%61 = select i1 %60, i1 %59, i1 false
br i1 %61, label %62, label %91
62: ; preds = %58
%63 = icmp eq i32 %53, 0
br i1 %63, label %96, label %64
64: ; preds = %56, %62
%65 = load i32, i32* %7
%66 = add i32 %65, 1
%67 = call i64 @malloc(i32 %66)
%68 = inttoptr i64 %67 to i8*
store i8* %68, i8** %47
%69 = load i32, i32* %7
%70 = add i32 %69, 1
%71 = call i32 @memset(i8* %68, i32 0, i32 %70)
br label %91
72: ; preds = %51
%73 = call i32 @strlen(i8* %5)
%74 = sext i32 %73 to i64
br label %75
75: ; preds = %81, %72
%76 = phi i64 [ %74, %72 ], [ %77, %81 ]
%77 = add i64 %76, -1
%78 = add nsw i64 %76, -2
%79 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %4, i64 0, i64 %78
%80 = load i8, i8* %79
switch i8 %80, label %82 [
i8 10, label %81
i8 13, label %81
]
81: ; preds = %75, %75
br label %75
82: ; preds = %75
%83 = trunc i64 %77 to i32
%84 = sext i32 %53 to i64
%85 = getelementptr inbounds i8*, i8** %47, i64 %84
%86 = load i8*, i8** %85
%87 = sext i32 %52 to i64
%88 = getelementptr inbounds i8, i8* %86, i64 %87
%89 = call i32 @memcpy(i8* %88, i8* %5, i32 %83)
%90 = add nsw i32 %52, %83
br label %91
91: ; preds = %58, %64, %82
%92 = phi i32 [ %53, %82 ], [ 0, %64 ], [ 0, %58 ]
%93 = phi i32 [ %90, %82 ], [ 0, %64 ], [ 0, %58 ]
%94 = call i64 @fgets(i8* %5, i32 1000, i32* %0)
%95 = icmp eq i64 %94, 0
br i1 %95, label %96, label %51
96: ; preds = %91, %62, %39
%97 = call i32 @free(i32* %7)
ret void
}