void transcribe(char *contig, char *s, int n) {
  int i;
  char c;
  for (i = 0; i < n; i++) {
    if (*(contig + i) == 'A')
      c = 'T';
    else if (*(contig + i) == 'C')
      c = 'G';
    else if (*(contig + i) == 'G')
      c = 'C';
    else if (*(contig + i) == 'T')
      c = 'A';
    else
      c = 'N';
    s[i] = c;
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<transcribe>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
movl   $0x0,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    11c9 <transcribe+0xc9>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x41,%eax
jne    1140 <transcribe+0x40>
movb   $0x54,-0x19(%rbp)
jmp    11ad <transcribe+0xad>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x43,%eax
jne    115e <transcribe+0x5e>
movb   $0x47,-0x19(%rbp)
jmp    11a8 <transcribe+0xa8>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x47,%eax
jne    117c <transcribe+0x7c>
movb   $0x43,-0x19(%rbp)
jmp    11a3 <transcribe+0xa3>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x54,%eax
jne    119a <transcribe+0x9a>
movb   $0x41,-0x19(%rbp)
jmp    119e <transcribe+0x9e>
movb   $0x4e,-0x19(%rbp)
jmp    11a3 <transcribe+0xa3>
jmp    11a8 <transcribe+0xa8>
jmp    11ad <transcribe+0xad>
mov    -0x19(%rbp),%dl
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    1116 <transcribe+0x16>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<transcribe>:
test   %edx,%edx
jle    120b <transcribe+0x10b>
mov    %edx,%r8d
cmp    $0x1,%edx
jne    1147 <transcribe+0x47>
xor    %eax,%eax
test   $0x1,%r8b
je     120b <transcribe+0x10b>
mov    (%rdi,%rax,1),%dl
add    $0xbf,%dl
cmp    $0x13,%dl
ja     11fe <transcribe+0xfe>
mov    $0x54,%cl
movzbl %dl,%edx
lea    0xf69(%rip),%rdi
movslq (%rdi,%rdx,4),%rdx
add    %rdi,%rdx
jmp    *%rdx
mov    $0x47,%cl
jmp    1208 <transcribe+0x108>
mov    %r8d,%r11d
and    $0xfffffffe,%r11d
xor    %eax,%eax
lea    0xef9(%rip),%r9
lea    0xea2(%rip),%r10
jmp    117d <transcribe+0x7d>
mov    $0x41,%cl
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
mov    %cl,0x1(%rsi,%rax,1)
add    $0x2,%rax
cmp    %rax,%r11
je     1112 <transcribe+0x12>
movzbl (%rdi,%rax,1),%edx
add    $0xbf,%dl
cmp    $0x13,%dl
ja     11b4 <transcribe+0xb4>
mov    $0x54,%cl
movzbl %dl,%edx
movslq (%r10,%rdx,4),%rdx
add    %r10,%rdx
jmp    *%rdx
mov    $0x47,%cl
jmp    11c0 <transcribe+0xc0>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
mov    $0x43,%cl
jmp    11c0 <transcribe+0xc0>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
mov    $0x41,%cl
jmp    11c0 <transcribe+0xc0>
mov    $0x4e,%cl
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
mov    %cl,(%rsi,%rax,1)
movzbl 0x1(%rdi,%rax,1),%edx
add    $0xbf,%dl
cmp    $0x13,%dl
ja     11f7 <transcribe+0xf7>
mov    $0x54,%cl
movzbl %dl,%edx
movslq (%r9,%rdx,4),%rdx
add    %r9,%rdx
jmp    *%rdx
mov    $0x47,%cl
jmp    1170 <transcribe+0x70>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
mov    $0x43,%cl
jmp    1170 <transcribe+0x70>
mov    $0x4e,%cl
jmp    1170 <transcribe+0x70>
mov    $0x4e,%cl
jmp    1208 <transcribe+0x108>
mov    $0x43,%cl
jmp    1208 <transcribe+0x108>
mov    $0x41,%cl
mov    %cl,(%rsi,%rax,1)
ret

LLVM IR (-O0):
define void @transcribe(i8* %0, i8* %1, i32 %2) {
%4 = alloca i8*
%5 = alloca i8*
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca i8
store i8* %0, i8** %4
store i8* %1, i8** %5
store i32 %2, i32* %6
store i32 0, i32* %7
br label %9
9: ; preds = %59, %3
%10 = load i32, i32* %7
%11 = load i32, i32* %6
%12 = icmp slt i32 %10, %11
br i1 %12, label %13, label %62
13: ; preds = %9
%14 = load i8*, i8** %4
%15 = load i32, i32* %7
%16 = sext i32 %15 to i64
%17 = getelementptr inbounds i8, i8* %14, i64 %16
%18 = load i8, i8* %17
%19 = sext i8 %18 to i32
%20 = icmp eq i32 %19, 65
br i1 %20, label %21, label %22
21: ; preds = %13
store i8 84, i8* %8
br label %53
22: ; preds = %13
%23 = load i8*, i8** %4
%24 = load i32, i32* %7
%25 = sext i32 %24 to i64
%26 = getelementptr inbounds i8, i8* %23, i64 %25
%27 = load i8, i8* %26
%28 = sext i8 %27 to i32
%29 = icmp eq i32 %28, 67
br i1 %29, label %30, label %31
30: ; preds = %22
store i8 71, i8* %8
br label %52
31: ; preds = %22
%32 = load i8*, i8** %4
%33 = load i32, i32* %7
%34 = sext i32 %33 to i64
%35 = getelementptr inbounds i8, i8* %32, i64 %34
%36 = load i8, i8* %35
%37 = sext i8 %36 to i32
%38 = icmp eq i32 %37, 71
br i1 %38, label %39, label %40
39: ; preds = %31
store i8 67, i8* %8
br label %51
40: ; preds = %31
%41 = load i8*, i8** %4
%42 = load i32, i32* %7
%43 = sext i32 %42 to i64
%44 = getelementptr inbounds i8, i8* %41, i64 %43
%45 = load i8, i8* %44
%46 = sext i8 %45 to i32
%47 = icmp eq i32 %46, 84
br i1 %47, label %48, label %49
48: ; preds = %40
store i8 65, i8* %8
br label %50
49: ; preds = %40
store i8 78, i8* %8
br label %50
50: ; preds = %49, %48
br label %51
51: ; preds = %50, %39
br label %52
52: ; preds = %51, %30
br label %53
53: ; preds = %52, %21
%54 = load i8, i8* %8
%55 = load i8*, i8** %5
%56 = load i32, i32* %7
%57 = sext i32 %56 to i64
%58 = getelementptr inbounds i8, i8* %55, i64 %57
store i8 %54, i8* %58
br label %59
59: ; preds = %53
%60 = load i32, i32* %7
%61 = add nsw i32 %60, 1
store i32 %61, i32* %7
br label %9
62: ; preds = %9
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @transcribe(i8* nocapture %0, i8* nocapture writeonly %1, i32 %2) {
%4 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %4, label %5, label %49
5: ; preds = %3
%6 = zext i32 %2 to i64
%7 = and i64 %6, 1
%8 = icmp eq i32 %2, 1
br i1 %8, label %36, label %9
9: ; preds = %5
%10 = and i64 %6, 4294967294
br label %11
11: ; preds = %30, %9
%12 = phi i64 [ 0, %9 ], [ %33, %30 ]
%13 = phi i64 [ 0, %9 ], [ %34, %30 ]
%14 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %12
%15 = load i8, i8* %14
switch i8 %15, label %19 [
i8 65, label %20
i8 67, label %16
i8 71, label %17
i8 84, label %18
]
16: ; preds = %11
br label %20
17: ; preds = %11
br label %20
18: ; preds = %11
br label %20
19: ; preds = %11
br label %20
20: ; preds = %11, %16, %18, %19, %17
%21 = phi i8 [ 71, %16 ], [ 67, %17 ], [ 65, %18 ], [ 78, %19 ], [ 84, %11 ]
%22 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %12
store i8 %21, i8* %22
%23 = or i64 %12, 1
%24 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %23
%25 = load i8, i8* %24
switch i8 %25, label %29 [
i8 65, label %30
i8 67, label %28
i8 71, label %27
i8 84, label %26
]
26: ; preds = %20
br label %30
27: ; preds = %20
br label %30
28: ; preds = %20
br label %30
29: ; preds = %20
br label %30
30: ; preds = %29, %28, %27, %26, %20
%31 = phi i8 [ 71, %28 ], [ 67, %27 ], [ 65, %26 ], [ 78, %29 ], [ 84, %20 ]
%32 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %23
store i8 %31, i8* %32
%33 = add nuw nsw i64 %12, 2
%34 = add i64 %13, 2
%35 = icmp eq i64 %34, %10
br i1 %35, label %36, label %11
36: ; preds = %30, %5
%37 = phi i64 [ 0, %5 ], [ %33, %30 ]
%38 = icmp eq i64 %7, 0
br i1 %38, label %49, label %39
39: ; preds = %36
%40 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %37
%41 = load i8, i8* %40
switch i8 %41, label %45 [
i8 65, label %46
i8 67, label %44
i8 71, label %43
i8 84, label %42
]
42: ; preds = %39
br label %46
43: ; preds = %39
br label %46
44: ; preds = %39
br label %46
45: ; preds = %39
br label %46
46: ; preds = %45, %44, %43, %42, %39
%47 = phi i8 [ 71, %44 ], [ 67, %43 ], [ 65, %42 ], [ 78, %45 ], [ 84, %39 ]
%48 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %37
store i8 %47, i8* %48
br label %49
49: ; preds = %46, %36, %3
ret void
}