int rotate_the_rest(double **current_bb, int bb_length, double *pivot,
                    double R[3][3], double **trial_bb) {
  int bb_atom_ctr, i, j;
  for (bb_atom_ctr = 0; bb_atom_ctr < bb_length; bb_atom_ctr++) {
    for (i = 0; i < 3; i++) {
      trial_bb[bb_atom_ctr][i] = 0;
      for (j = 0; j < 3; j++) {
        trial_bb[bb_atom_ctr][i] +=
            R[i][j] * (current_bb[bb_atom_ctr][j] - pivot[j]);
      }
      trial_bb[bb_atom_ctr][i] += pivot[i];
    }
  }
  return 0;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<rotate_the_rest>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    1216 <rotate_the_rest+0x116>
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
cmpl   $0x3,-0x30(%rbp)
jge    1203 <rotate_the_rest+0x103>
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
cmpl   $0x3,-0x34(%rbp)
jge    11ce <rotate_the_rest+0xce>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
imul   $0x18,%rcx,%rcx
add    %rcx,%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm2
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
subsd  (%rax,%rcx,8),%xmm2
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm1
mulsd  %xmm2,%xmm0
addsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    115a <rotate_the_rest+0x5a>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
addsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    1131 <rotate_the_rest+0x31>
jmp    1208 <rotate_the_rest+0x108>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    111e <rotate_the_rest+0x1e>
xor    %eax,%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<rotate_the_rest>:
test   %esi,%esi
jle    1236 <rotate_the_rest+0x136>
mov    %esi,%r9d
xor    %r10d,%r10d
xorpd  %xmm0,%xmm0
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
mov    (%r8,%r10,8),%rax
mov    (%rdi,%r10,8),%rsi
movq   $0x0,(%rax)
movsd  (%rsi),%xmm1
subsd  (%rdx),%xmm1
mulsd  (%rcx),%xmm1
addsd  %xmm0,%xmm1
movsd  %xmm1,(%rax)
movsd  0x8(%rsi),%xmm2
subsd  0x8(%rdx),%xmm2
mulsd  0x8(%rcx),%xmm2
addsd  %xmm1,%xmm2
movsd  %xmm2,(%rax)
movsd  0x10(%rsi),%xmm1
subsd  0x10(%rdx),%xmm1
mulsd  0x10(%rcx),%xmm1
addsd  %xmm2,%xmm1
movsd  %xmm1,(%rax)
addsd  (%rdx),%xmm1
movsd  %xmm1,(%rax)
movq   $0x0,0x8(%rax)
movsd  (%rsi),%xmm1
subsd  (%rdx),%xmm1
mulsd  0x18(%rcx),%xmm1
addsd  %xmm0,%xmm1
movsd  %xmm1,0x8(%rax)
movsd  0x8(%rsi),%xmm2
subsd  0x8(%rdx),%xmm2
mulsd  0x20(%rcx),%xmm2
addsd  %xmm1,%xmm2
movsd  %xmm2,0x8(%rax)
movsd  0x10(%rsi),%xmm1
subsd  0x10(%rdx),%xmm1
mulsd  0x28(%rcx),%xmm1
addsd  %xmm2,%xmm1
movsd  %xmm1,0x8(%rax)
addsd  0x8(%rdx),%xmm1
movsd  %xmm1,0x8(%rax)
movq   $0x0,0x10(%rax)
movsd  (%rsi),%xmm1
subsd  (%rdx),%xmm1
mulsd  0x30(%rcx),%xmm1
addsd  %xmm0,%xmm1
movsd  %xmm1,0x10(%rax)
movsd  0x8(%rsi),%xmm2
subsd  0x8(%rdx),%xmm2
mulsd  0x38(%rcx),%xmm2
addsd  %xmm1,%xmm2
movsd  %xmm2,0x10(%rax)
movsd  0x10(%rsi),%xmm1
subsd  0x10(%rdx),%xmm1
mulsd  0x40(%rcx),%xmm1
addsd  %xmm2,%xmm1
movsd  %xmm1,0x10(%rax)
addsd  0x10(%rdx),%xmm1
movsd  %xmm1,0x10(%rax)
add    $0x1,%r10
cmp    %r10,%r9
jne    1120 <rotate_the_rest+0x20>
xor    %eax,%eax
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @rotate_the_rest(double** %0, i32 %1, double* %2, [3 x double]* %3, double** %4) {
%6 = alloca double**
%7 = alloca i32
%8 = alloca double*
%9 = alloca [3 x double]*
%10 = alloca double**
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
store double** %0, double*** %6
store i32 %1, i32* %7
store double* %2, double** %8
store [3 x double]* %3, [3 x double]** %9
store double** %4, double*** %10
store i32 0, i32* %11
br label %14
14: ; preds = %91, %5
%15 = load i32, i32* %11
%16 = load i32, i32* %7
%17 = icmp slt i32 %15, %16
br i1 %17, label %18, label %94
18: ; preds = %14
store i32 0, i32* %12
br label %19
19: ; preds = %87, %18
%20 = load i32, i32* %12
%21 = icmp slt i32 %20, 3
br i1 %21, label %22, label %90
22: ; preds = %19
%23 = load double**, double*** %10
%24 = load i32, i32* %11
%25 = sext i32 %24 to i64
%26 = getelementptr inbounds double*, double** %23, i64 %25
%27 = load double*, double** %26
%28 = load i32, i32* %12
%29 = sext i32 %28 to i64
%30 = getelementptr inbounds double, double* %27, i64 %29
store double 0.000000e+00, double* %30
store i32 0, i32* %13
br label %31
31: ; preds = %68, %22
%32 = load i32, i32* %13
%33 = icmp slt i32 %32, 3
br i1 %33, label %34, label %71
34: ; preds = %31
%35 = load [3 x double]*, [3 x double]** %9
%36 = load i32, i32* %12
%37 = sext i32 %36 to i64
%38 = getelementptr inbounds [3 x double], [3 x double]* %35, i64 %37
%39 = load i32, i32* %13
%40 = sext i32 %39 to i64
%41 = getelementptr inbounds [3 x double], [3 x double]* %38, i64 0, i64 %40
%42 = load double, double* %41
%43 = load double**, double*** %6
%44 = load i32, i32* %11
%45 = sext i32 %44 to i64
%46 = getelementptr inbounds double*, double** %43, i64 %45
%47 = load double*, double** %46
%48 = load i32, i32* %13
%49 = sext i32 %48 to i64
%50 = getelementptr inbounds double, double* %47, i64 %49
%51 = load double, double* %50
%52 = load double*, double** %8
%53 = load i32, i32* %13
%54 = sext i32 %53 to i64
%55 = getelementptr inbounds double, double* %52, i64 %54
%56 = load double, double* %55
%57 = fsub double %51, %56
%58 = load double**, double*** %10
%59 = load i32, i32* %11
%60 = sext i32 %59 to i64
%61 = getelementptr inbounds double*, double** %58, i64 %60
%62 = load double*, double** %61
%63 = load i32, i32* %12
%64 = sext i32 %63 to i64
%65 = getelementptr inbounds double, double* %62, i64 %64
%66 = load double, double* %65
%67 = call double @llvm.fmuladd.f64(double %42, double %57, double %66)
store double %67, double* %65
br label %68
68: ; preds = %34
%69 = load i32, i32* %13
%70 = add nsw i32 %69, 1
store i32 %70, i32* %13
br label %31
71: ; preds = %31
%72 = load double*, double** %8
%73 = load i32, i32* %12
%74 = sext i32 %73 to i64
%75 = getelementptr inbounds double, double* %72, i64 %74
%76 = load double, double* %75
%77 = load double**, double*** %10
%78 = load i32, i32* %11
%79 = sext i32 %78 to i64
%80 = getelementptr inbounds double*, double** %77, i64 %79
%81 = load double*, double** %80
%82 = load i32, i32* %12
%83 = sext i32 %82 to i64
%84 = getelementptr inbounds double, double* %81, i64 %83
%85 = load double, double* %84
%86 = fadd double %85, %76
store double %86, double* %84
br label %87
87: ; preds = %71
%88 = load i32, i32* %12
%89 = add nsw i32 %88, 1
store i32 %89, i32* %12
br label %19
90: ; preds = %19
br label %91
91: ; preds = %90
%92 = load i32, i32* %11
%93 = add nsw i32 %92, 1
store i32 %93, i32* %11
br label %14
94: ; preds = %14
ret i32 0
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @rotate_the_rest(double** nocapture %0, i32 %1, double* nocapture %2, [3 x double]* nocapture %3, double** nocapture %4) {
%6 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %6, label %7, label %83
7: ; preds = %5
%8 = getelementptr inbounds [3 x double], [3 x double]* %3, i64 2, i64 0
%9 = zext i32 %1 to i64
%10 = getelementptr inbounds [3 x double], [3 x double]* %3, i64 0, i64 0
%11 = getelementptr inbounds [3 x double], [3 x double]* %3, i64 0, i64 1
%12 = getelementptr inbounds double, double* %2, i64 1
%13 = getelementptr inbounds [3 x double], [3 x double]* %3, i64 0, i64 2
%14 = getelementptr inbounds double, double* %2, i64 2
%15 = getelementptr inbounds [3 x double], [3 x double]* %3, i64 1, i64 0
%16 = getelementptr inbounds [3 x double], [3 x double]* %3, i64 1, i64 1
%17 = getelementptr inbounds [3 x double], [3 x double]* %3, i64 1, i64 2
%18 = getelementptr inbounds [3 x double], [3 x double]* %3, i64 2, i64 1
%19 = getelementptr inbounds [3 x double], [3 x double]* %3, i64 2, i64 2
br label %20
20: ; preds = %7, %20
%21 = phi i64 [ 0, %7 ], [ %81, %20 ]
%22 = getelementptr inbounds double*, double** %4, i64 %21
%23 = load double*, double** %22
%24 = getelementptr inbounds double*, double** %0, i64 %21
%25 = load double*, double** %24
store double 0.000000e+00, double* %23
%26 = load double, double* %10
%27 = load double, double* %25
%28 = load double, double* %2
%29 = fsub double %27, %28
%30 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %26, double %29, double 0.000000e+00)
store double %30, double* %23
%31 = load double, double* %11
%32 = getelementptr inbounds double, double* %25, i64 1
%33 = load double, double* %32
%34 = load double, double* %12
%35 = fsub double %33, %34
%36 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %31, double %35, double %30)
store double %36, double* %23
%37 = load double, double* %13
%38 = getelementptr inbounds double, double* %25, i64 2
%39 = load double, double* %38
%40 = load double, double* %14
%41 = fsub double %39, %40
%42 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %37, double %41, double %36)
store double %42, double* %23
%43 = load double, double* %2
%44 = fadd double %43, %42
store double %44, double* %23
%45 = getelementptr inbounds double, double* %23, i64 1
store double 0.000000e+00, double* %45
%46 = load double, double* %15
%47 = load double, double* %25
%48 = load double, double* %2
%49 = fsub double %47, %48
%50 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %46, double %49, double 0.000000e+00)
store double %50, double* %45
%51 = load double, double* %16
%52 = load double, double* %32
%53 = load double, double* %12
%54 = fsub double %52, %53
%55 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %51, double %54, double %50)
store double %55, double* %45
%56 = load double, double* %17
%57 = load double, double* %38
%58 = load double, double* %14
%59 = fsub double %57, %58
%60 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %56, double %59, double %55)
store double %60, double* %45
%61 = load double, double* %12
%62 = fadd double %61, %60
store double %62, double* %45
%63 = getelementptr inbounds double, double* %23, i64 2
store double 0.000000e+00, double* %63
%64 = load double, double* %8
%65 = load double, double* %25
%66 = load double, double* %2
%67 = fsub double %65, %66
%68 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %64, double %67, double 0.000000e+00)
store double %68, double* %63
%69 = load double, double* %18
%70 = load double, double* %32
%71 = load double, double* %12
%72 = fsub double %70, %71
%73 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %69, double %72, double %68)
store double %73, double* %63
%74 = load double, double* %19
%75 = load double, double* %38
%76 = load double, double* %14
%77 = fsub double %75, %76
%78 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %74, double %77, double %73)
store double %78, double* %63
%79 = load double, double* %14
%80 = fadd double %79, %78
store double %80, double* %63
%81 = add nuw nsw i64 %21, 1
%82 = icmp eq i64 %81, %9
br i1 %82, label %83, label %20
83: ; preds = %20, %5
ret i32 0
}