#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ abort();
int strlen(char *);
int oligo2bin(char *oligo) {
  int i;
  int bin;
  if (strlen(oligo) > 15) {
    abort();
  }
  bin = 0;
  for (i = 0; oligo[i]; i++) {
    bin <<= 2;
    switch (oligo[i]) {
    case 'A':
    case 'a':
      bin |= 0;
      break;
    case 'N':
    case 'n':
      bin |= 0;
      break;
    case 'T':
    case 't':
      bin |= 1;
      break;
    case 'U':
    case 'u':
      bin |= 1;
      break;
    case 'C':
    case 'c':
      bin |= 2;
      break;
    case 'G':
    case 'g':
      bin |= 3;
      break;
    default:
      abort();
    }
  }
  return bin;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<oligo2bin>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x20,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rdi
call   1040 <strlen@plt>
cmp    $0xf,%eax
jle    1145 <oligo2bin+0x25>
mov    $0x0,%al
call   1030 <abort@plt>
movl   $0x0,-0x10(%rbp)
movl   $0x0,-0xc(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0xc(%rbp),%rcx
cmpb   $0x0,(%rax,%rcx,1)
je     120e <oligo2bin+0xee>
mov    -0x10(%rbp),%eax
shl    $0x2,%eax
mov    %eax,-0x10(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0xc(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
add    $0xffffffbf,%eax
mov    %eax,%ecx
mov    %rcx,-0x18(%rbp)
sub    $0x34,%eax
ja     11f4 <oligo2bin+0xd4>
mov    -0x18(%rbp),%rax
lea    0xe69(%rip),%rcx
movslq (%rcx,%rax,4),%rax
add    %rcx,%rax
jmp    *%rax
mov    -0x10(%rbp),%eax
or     $0x0,%eax
mov    %eax,-0x10(%rbp)
jmp    11fb <oligo2bin+0xdb>
mov    -0x10(%rbp),%eax
or     $0x0,%eax
mov    %eax,-0x10(%rbp)
jmp    11fb <oligo2bin+0xdb>
mov    -0x10(%rbp),%eax
or     $0x1,%eax
mov    %eax,-0x10(%rbp)
jmp    11fb <oligo2bin+0xdb>
mov    -0x10(%rbp),%eax
or     $0x1,%eax
mov    %eax,-0x10(%rbp)
jmp    11fb <oligo2bin+0xdb>
mov    -0x10(%rbp),%eax
or     $0x2,%eax
mov    %eax,-0x10(%rbp)
jmp    11fb <oligo2bin+0xdb>
mov    -0x10(%rbp),%eax
or     $0x3,%eax
mov    %eax,-0x10(%rbp)
jmp    11fb <oligo2bin+0xdb>
mov    $0x0,%al
call   1030 <abort@plt>
jmp    1200 <oligo2bin+0xe0>
mov    -0xc(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0xc(%rbp)
jmp    1153 <oligo2bin+0x33>
mov    -0x10(%rbp),%eax
add    $0x20,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<oligo2bin>:
push   %rbx
mov    %rdi,%rbx
call   1040 <strlen@plt>
cmp    $0xf,%eax
jg     1185 <oligo2bin+0x65>
mov    (%rbx),%dl
test   %dl,%dl
je     1181 <oligo2bin+0x61>
add    $0x1,%rbx
xor    %eax,%eax
lea    0xebf(%rip),%rcx
jmp    115e <oligo2bin+0x3e>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
or     $0x1,%eax
movzbl (%rbx),%edx
add    $0x1,%rbx
test   %dl,%dl
je     117f <oligo2bin+0x5f>
movsbl %dl,%edx
add    $0xffffffbf,%edx
cmp    $0x34,%edx
ja     1185 <oligo2bin+0x65>
shl    $0x2,%eax
movslq (%rcx,%rdx,4),%rdx
add    %rcx,%rdx
jmp    *%rdx
or     $0x2,%eax
jmp    1153 <oligo2bin+0x33>
or     $0x3,%eax
jmp    1153 <oligo2bin+0x33>
pop    %rbx
ret
xor    %eax,%eax
pop    %rbx
ret
xor    %eax,%eax
call   1030 <abort@plt>

LLVM IR (-O0):
define i32 @oligo2bin(i8* %0) {
%2 = alloca i8*
%3 = alloca i32
%4 = alloca i32
store i8* %0, i8** %2
%5 = load i8*, i8** %2
%6 = call i32 @strlen(i8* %5)
%7 = icmp sgt i32 %6, 15
br i1 %7, label %8, label %10
8: ; preds = %1
%9 = call i32 (...) @abort()
unreachable
10: ; preds = %1
store i32 0, i32* %4
store i32 0, i32* %3
br label %11
11: ; preds = %48, %10
%12 = load i8*, i8** %2
%13 = load i32, i32* %3
%14 = sext i32 %13 to i64
%15 = getelementptr inbounds i8, i8* %12, i64 %14
%16 = load i8, i8* %15
%17 = icmp ne i8 %16, 0
br i1 %17, label %18, label %51
18: ; preds = %11
%19 = load i32, i32* %4
%20 = shl i32 %19, 2
store i32 %20, i32* %4
%21 = load i8*, i8** %2
%22 = load i32, i32* %3
%23 = sext i32 %22 to i64
%24 = getelementptr inbounds i8, i8* %21, i64 %23
%25 = load i8, i8* %24
%26 = sext i8 %25 to i32
switch i32 %26, label %45 [
i32 65, label %27
i32 97, label %27
i32 78, label %30
i32 110, label %30
i32 84, label %33
i32 116, label %33
i32 85, label %36
i32 117, label %36
i32 67, label %39
i32 99, label %39
i32 71, label %42
i32 103, label %42
]
27: ; preds = %18, %18
%28 = load i32, i32* %4
%29 = or i32 %28, 0
store i32 %29, i32* %4
br label %47
30: ; preds = %18, %18
%31 = load i32, i32* %4
%32 = or i32 %31, 0
store i32 %32, i32* %4
br label %47
33: ; preds = %18, %18
%34 = load i32, i32* %4
%35 = or i32 %34, 1
store i32 %35, i32* %4
br label %47
36: ; preds = %18, %18
%37 = load i32, i32* %4
%38 = or i32 %37, 1
store i32 %38, i32* %4
br label %47
39: ; preds = %18, %18
%40 = load i32, i32* %4
%41 = or i32 %40, 2
store i32 %41, i32* %4
br label %47
42: ; preds = %18, %18
%43 = load i32, i32* %4
%44 = or i32 %43, 3
store i32 %44, i32* %4
br label %47
45: ; preds = %18
%46 = call i32 (...) @abort()
unreachable
47: ; preds = %42, %39, %36, %33, %30, %27
br label %48
48: ; preds = %47
%49 = load i32, i32* %3
%50 = add nsw i32 %49, 1
store i32 %50, i32* %3
br label %11
51: ; preds = %11
%52 = load i32, i32* %4
ret i32 %52
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @oligo2bin(i8* %0) {
%2 = tail call i32 @strlen(i8* %0)
%3 = icmp sgt i32 %2, 15
br i1 %3, label %7, label %4
4: ; preds = %1
%5 = load i8, i8* %0
%6 = icmp eq i8 %5, 0
br i1 %6, label %31, label %9
7: ; preds = %1
%8 = tail call i32 (...) @abort()
unreachable
9: ; preds = %4, %25
%10 = phi i64 [ %27, %25 ], [ 0, %4 ]
%11 = phi i8 [ %29, %25 ], [ %5, %4 ]
%12 = phi i32 [ %26, %25 ], [ 0, %4 ]
%13 = shl i32 %12, 2
%14 = sext i8 %11 to i32
switch i32 %14, label %23 [
i32 65, label %25
i32 97, label %25
i32 78, label %25
i32 110, label %25
i32 84, label %15
i32 116, label %15
i32 85, label %17
i32 117, label %17
i32 67, label %19
i32 99, label %19
i32 71, label %21
i32 103, label %21
]
15: ; preds = %9, %9
%16 = or i32 %13, 1
br label %25
17: ; preds = %9, %9
%18 = or i32 %13, 1
br label %25
19: ; preds = %9, %9
%20 = or i32 %13, 2
br label %25
21: ; preds = %9, %9
%22 = or i32 %13, 3
br label %25
23: ; preds = %9
%24 = tail call i32 (...) @abort()
unreachable
25: ; preds = %9, %9, %9, %9, %15, %17, %19, %21
%26 = phi i32 [ %22, %21 ], [ %20, %19 ], [ %18, %17 ], [ %16, %15 ], [ %13, %9 ], [ %13, %9 ], [ %13, %9 ], [ %13, %9 ]
%27 = add nuw i64 %10, 1
%28 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %27
%29 = load i8, i8* %28
%30 = icmp eq i8 %29, 0
br i1 %30, label %31, label %9
31: ; preds = %25, %4
%32 = phi i32 [ 0, %4 ], [ %26, %25 ]
ret i32 %32
}