#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ free(int *);
char get_gap_qual(int *);
int init_gap_qual_window(int *, char *, int);
int **init_votes(int);
int *malloc(int);
int push_qual(int *, int, char *, int);
int toupper(char);
int **get_votes_weighted(char *align[], char *quals[], int n_seqs,
                         int seq_len) {
  int **votes = init_votes(seq_len);
  int *window = malloc(sizeof(int) * 4 * 2);
  int win_edge;
  char qual;
  int i, j;
  for (i = 0; i < n_seqs; i++) {
    win_edge = init_gap_qual_window(window, quals[i], seq_len);
    for (j = 0; j < seq_len; j++) {
      if (align[i][j] == '-') {
        qual = get_gap_qual(window);
      } else {
        win_edge = push_qual(window, win_edge, quals[i], seq_len);
        qual = quals[i][j];
      }
      switch (toupper(align[i][j])) {
      case 'A':
        votes[j][0] += qual;
        break;
      case 'C':
        votes[j][1] += qual;
        break;
      case 'G':
        votes[j][2] += qual;
        break;
      case 'T':
        votes[j][3] += qual;
        break;
      case 'N':
        votes[j][4] += qual;
        break;
      case '-':
        votes[j][5] += qual;
        break;
      }
    }
  }
  free(window);
  return votes;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<get_votes_weighted>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x40,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %ecx,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%edi
call   1060 <init_votes@plt>
mov    %rax,-0x20(%rbp)
mov    $0x20,%edi
call   1070 <malloc@plt>
mov    %rax,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    1343 <get_votes_weighted+0x1d3>
mov    -0x28(%rbp),%rdi
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rsi
mov    -0x18(%rbp),%edx
call   1050 <init_gap_qual_window@plt>
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
movl   $0x0,-0x38(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%eax
cmp    -0x18(%rbp),%eax
jge    1330 <get_votes_weighted+0x1c0>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
jne    120f <get_votes_weighted+0x9f>
mov    -0x28(%rbp),%rdi
call   1090 <get_gap_qual@plt>
mov    %al,-0x2d(%rbp)
jmp    1243 <get_votes_weighted+0xd3>
mov    -0x28(%rbp),%rdi
mov    -0x2c(%rbp),%esi
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdx
mov    -0x18(%rbp),%ecx
call   1080 <push_qual@plt>
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%al
mov    %al,-0x2d(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%edi
call   1040 <toupper@plt>
add    $0xffffffd3,%eax
mov    %eax,%ecx
mov    %rcx,-0x40(%rbp)
sub    $0x27,%eax
ja     131d <get_votes_weighted+0x1ad>
mov    -0x40(%rbp),%rax
lea    0xd87(%rip),%rcx
movslq (%rcx,%rax,4),%rax
add    %rcx,%rax
jmp    *%rax
movsbl -0x2d(%rbp),%ecx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rdx
mov    (%rax,%rdx,8),%rax
add    (%rax),%ecx
mov    %ecx,(%rax)
jmp    131d <get_votes_weighted+0x1ad>
movsbl -0x2d(%rbp),%ecx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rdx
mov    (%rax,%rdx,8),%rax
add    0x4(%rax),%ecx
mov    %ecx,0x4(%rax)
jmp    131d <get_votes_weighted+0x1ad>
movsbl -0x2d(%rbp),%ecx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rdx
mov    (%rax,%rdx,8),%rax
add    0x8(%rax),%ecx
mov    %ecx,0x8(%rax)
jmp    131d <get_votes_weighted+0x1ad>
movsbl -0x2d(%rbp),%ecx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rdx
mov    (%rax,%rdx,8),%rax
add    0xc(%rax),%ecx
mov    %ecx,0xc(%rax)
jmp    131d <get_votes_weighted+0x1ad>
movsbl -0x2d(%rbp),%ecx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rdx
mov    (%rax,%rdx,8),%rax
add    0x10(%rax),%ecx
mov    %ecx,0x10(%rax)
jmp    131d <get_votes_weighted+0x1ad>
movsbl -0x2d(%rbp),%ecx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rdx
mov    (%rax,%rdx,8),%rax
add    0x14(%rax),%ecx
mov    %ecx,0x14(%rax)
jmp    1322 <get_votes_weighted+0x1b2>
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
jmp    11d5 <get_votes_weighted+0x65>
jmp    1335 <get_votes_weighted+0x1c5>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    11a7 <get_votes_weighted+0x37>
mov    -0x28(%rbp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    -0x20(%rbp),%rax
add    $0x40,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<get_votes_weighted>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x28,%rsp
mov    %edx,%ebx
mov    %rsi,0x18(%rsp)
mov    %rdi,%r15
mov    %ecx,0x8(%rsp)
mov    %ecx,%edi
call   1060 <init_votes@plt>
mov    %rax,(%rsp)
mov    $0x20,%edi
call   1070 <malloc@plt>
mov    %rax,0x10(%rsp)
test   %ebx,%ebx
jle    12e5 <get_votes_weighted+0x175>
mov    %ebx,%eax
mov    %rax,0x20(%rsp)
mov    0x8(%rsp),%ebx
xor    %r12d,%r12d
jmp    11cf <get_votes_weighted+0x5f>
xchg   %ax,%ax
add    $0x1,%r12
cmp    0x20(%rsp),%r12
je     12e5 <get_votes_weighted+0x175>
mov    0x18(%rsp),%rax
mov    (%rax,%r12,8),%rsi
mov    0x10(%rsp),%rdi
mov    0x8(%rsp),%r14d
mov    %r14d,%edx
call   1050 <init_gap_qual_window@plt>
mov    %eax,0xc(%rsp)
test   %r14d,%r14d
jle    11c0 <get_votes_weighted+0x50>
xor    %r13d,%r13d
jmp    121f <get_votes_weighted+0xaf>
mov    (%rsp),%rax
mov    (%rax,%r13,8),%rax
add    $0x14,%rax
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
movsbl %r14b,%ecx
add    %ecx,(%rax)
add    $0x1,%r13
cmp    %r13,%rbx
je     11c0 <get_votes_weighted+0x50>
mov    (%r15,%r12,8),%rax
cmpb   $0x2d,(%rax,%r13,1)
jne    1240 <get_votes_weighted+0xd0>
mov    0x10(%rsp),%rdi
call   1090 <get_gap_qual@plt>
mov    %eax,%r14d
jmp    126e <get_votes_weighted+0xfe>
nopl   0x0(%rax)
mov    %rbx,%rbp
mov    0x18(%rsp),%rbx
mov    (%rbx,%r12,8),%rdx
mov    0x10(%rsp),%rdi
mov    0xc(%rsp),%esi
mov    0x8(%rsp),%ecx
call   1080 <push_qual@plt>
mov    %eax,0xc(%rsp)
mov    (%rbx,%r12,8),%rax
mov    %rbp,%rbx
movzbl (%rax,%r13,1),%r14d
mov    (%r15,%r12,8),%rax
movsbl (%rax,%r13,1),%edi
call   1040 <toupper@plt>
add    $0xffffffd3,%eax
cmp    $0x27,%eax
ja     1216 <get_votes_weighted+0xa6>
lea    0xd75(%rip),%rcx
movslq (%rcx,%rax,4),%rax
add    %rcx,%rax
jmp    *%rax
mov    (%rsp),%rax
mov    (%rax,%r13,8),%rax
jmp    1210 <get_votes_weighted+0xa0>
mov    (%rsp),%rax
mov    (%rax,%r13,8),%rax
add    $0x4,%rax
jmp    1210 <get_votes_weighted+0xa0>
mov    (%rsp),%rax
mov    (%rax,%r13,8),%rax
add    $0x8,%rax
jmp    1210 <get_votes_weighted+0xa0>
mov    (%rsp),%rax
mov    (%rax,%r13,8),%rax
add    $0x10,%rax
jmp    1210 <get_votes_weighted+0xa0>
mov    (%rsp),%rax
mov    (%rax,%r13,8),%rax
add    $0xc,%rax
jmp    1210 <get_votes_weighted+0xa0>
mov    0x10(%rsp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    (%rsp),%rax
add    $0x28,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32** @get_votes_weighted(i8** %0, i8** %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = alloca i8**
%6 = alloca i8**
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32**
%10 = alloca i32*
%11 = alloca i32
%12 = alloca i8
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
store i8** %0, i8*** %5
store i8** %1, i8*** %6
store i32 %2, i32* %7
store i32 %3, i32* %8
%15 = load i32, i32* %8
%16 = call i32** @init_votes(i32 %15)
store i32** %16, i32*** %9
%17 = call i32* @malloc(i32 32)
store i32* %17, i32** %10
store i32 0, i32* %13
br label %18
18: ; preds = %151, %4
%19 = load i32, i32* %13
%20 = load i32, i32* %7
%21 = icmp slt i32 %19, %20
br i1 %21, label %22, label %154
22: ; preds = %18
%23 = load i32*, i32** %10
%24 = load i8**, i8*** %6
%25 = load i32, i32* %13
%26 = sext i32 %25 to i64
%27 = getelementptr inbounds i8*, i8** %24, i64 %26
%28 = load i8*, i8** %27
%29 = load i32, i32* %8
%30 = call i32 @init_gap_qual_window(i32* %23, i8* %28, i32 %29)
store i32 %30, i32* %11
store i32 0, i32* %14
br label %31
31: ; preds = %147, %22
%32 = load i32, i32* %14
%33 = load i32, i32* %8
%34 = icmp slt i32 %32, %33
br i1 %34, label %35, label %150
35: ; preds = %31
%36 = load i8**, i8*** %5
%37 = load i32, i32* %13
%38 = sext i32 %37 to i64
%39 = getelementptr inbounds i8*, i8** %36, i64 %38
%40 = load i8*, i8** %39
%41 = load i32, i32* %14
%42 = sext i32 %41 to i64
%43 = getelementptr inbounds i8, i8* %40, i64 %42
%44 = load i8, i8* %43
%45 = sext i8 %44 to i32
%46 = icmp eq i32 %45, 45
br i1 %46, label %47, label %50
47: ; preds = %35
%48 = load i32*, i32** %10
%49 = call signext i8 @get_gap_qual(i32* %48)
store i8 %49, i8* %12
br label %69
50: ; preds = %35
%51 = load i32*, i32** %10
%52 = load i32, i32* %11
%53 = load i8**, i8*** %6
%54 = load i32, i32* %13
%55 = sext i32 %54 to i64
%56 = getelementptr inbounds i8*, i8** %53, i64 %55
%57 = load i8*, i8** %56
%58 = load i32, i32* %8
%59 = call i32 @push_qual(i32* %51, i32 %52, i8* %57, i32 %58)
store i32 %59, i32* %11
%60 = load i8**, i8*** %6
%61 = load i32, i32* %13
%62 = sext i32 %61 to i64
%63 = getelementptr inbounds i8*, i8** %60, i64 %62
%64 = load i8*, i8** %63
%65 = load i32, i32* %14
%66 = sext i32 %65 to i64
%67 = getelementptr inbounds i8, i8* %64, i64 %66
%68 = load i8, i8* %67
store i8 %68, i8* %12
br label %69
69: ; preds = %50, %47
%70 = load i8**, i8*** %5
%71 = load i32, i32* %13
%72 = sext i32 %71 to i64
%73 = getelementptr inbounds i8*, i8** %70, i64 %72
%74 = load i8*, i8** %73
%75 = load i32, i32* %14
%76 = sext i32 %75 to i64
%77 = getelementptr inbounds i8, i8* %74, i64 %76
%78 = load i8, i8* %77
%79 = call i32 @toupper(i8 signext %78)
switch i32 %79, label %146 [
i32 65, label %80
i32 67, label %91
i32 71, label %102
i32 84, label %113
i32 78, label %124
i32 45, label %135
]
80: ; preds = %69
%81 = load i8, i8* %12
%82 = sext i8 %81 to i32
%83 = load i32**, i32*** %9
%84 = load i32, i32* %14
%85 = sext i32 %84 to i64
%86 = getelementptr inbounds i32*, i32** %83, i64 %85
%87 = load i32*, i32** %86
%88 = getelementptr inbounds i32, i32* %87, i64 0
%89 = load i32, i32* %88
%90 = add nsw i32 %89, %82
store i32 %90, i32* %88
br label %146
91: ; preds = %69
%92 = load i8, i8* %12
%93 = sext i8 %92 to i32
%94 = load i32**, i32*** %9
%95 = load i32, i32* %14
%96 = sext i32 %95 to i64
%97 = getelementptr inbounds i32*, i32** %94, i64 %96
%98 = load i32*, i32** %97
%99 = getelementptr inbounds i32, i32* %98, i64 1
%100 = load i32, i32* %99
%101 = add nsw i32 %100, %93
store i32 %101, i32* %99
br label %146
102: ; preds = %69
%103 = load i8, i8* %12
%104 = sext i8 %103 to i32
%105 = load i32**, i32*** %9
%106 = load i32, i32* %14
%107 = sext i32 %106 to i64
%108 = getelementptr inbounds i32*, i32** %105, i64 %107
%109 = load i32*, i32** %108
%110 = getelementptr inbounds i32, i32* %109, i64 2
%111 = load i32, i32* %110
%112 = add nsw i32 %111, %104
store i32 %112, i32* %110
br label %146
113: ; preds = %69
%114 = load i8, i8* %12
%115 = sext i8 %114 to i32
%116 = load i32**, i32*** %9
%117 = load i32, i32* %14
%118 = sext i32 %117 to i64
%119 = getelementptr inbounds i32*, i32** %116, i64 %118
%120 = load i32*, i32** %119
%121 = getelementptr inbounds i32, i32* %120, i64 3
%122 = load i32, i32* %121
%123 = add nsw i32 %122, %115
store i32 %123, i32* %121
br label %146
124: ; preds = %69
%125 = load i8, i8* %12
%126 = sext i8 %125 to i32
%127 = load i32**, i32*** %9
%128 = load i32, i32* %14
%129 = sext i32 %128 to i64
%130 = getelementptr inbounds i32*, i32** %127, i64 %129
%131 = load i32*, i32** %130
%132 = getelementptr inbounds i32, i32* %131, i64 4
%133 = load i32, i32* %132
%134 = add nsw i32 %133, %126
store i32 %134, i32* %132
br label %146
135: ; preds = %69
%136 = load i8, i8* %12
%137 = sext i8 %136 to i32
%138 = load i32**, i32*** %9
%139 = load i32, i32* %14
%140 = sext i32 %139 to i64
%141 = getelementptr inbounds i32*, i32** %138, i64 %140
%142 = load i32*, i32** %141
%143 = getelementptr inbounds i32, i32* %142, i64 5
%144 = load i32, i32* %143
%145 = add nsw i32 %144, %137
store i32 %145, i32* %143
br label %146
146: ; preds = %69, %135, %124, %113, %102, %91, %80
br label %147
147: ; preds = %146
%148 = load i32, i32* %14
%149 = add nsw i32 %148, 1
store i32 %149, i32* %14
br label %31
150: ; preds = %31
br label %151
151: ; preds = %150
%152 = load i32, i32* %13
%153 = add nsw i32 %152, 1
store i32 %153, i32* %13
br label %18
154: ; preds = %18
%155 = load i32*, i32** %10
%156 = call i32 @free(i32* %155)
%157 = load i32**, i32*** %9
ret i32** %157
}

LLVM IR (-O2):
define i32** @get_votes_weighted(i8** nocapture %0, i8** nocapture %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = tail call i32** @init_votes(i32 %3)
%6 = tail call i32* @malloc(i32 32)
%7 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %7, label %8, label %75
8: ; preds = %4
%9 = icmp sgt i32 %3, 0
%10 = zext i32 %2 to i64
%11 = zext i32 %3 to i64
br label %12
12: ; preds = %8, %72
%13 = phi i64 [ 0, %8 ], [ %73, %72 ]
%14 = getelementptr inbounds i8*, i8** %1, i64 %13
%15 = load i8*, i8** %14
%16 = tail call i32 @init_gap_qual_window(i32* %6, i8* %15, i32 %3)
br i1 %9, label %17, label %72
17: ; preds = %12
%18 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %13
br label %19
19: ; preds = %17, %69
%20 = phi i64 [ 0, %17 ], [ %70, %69 ]
%21 = phi i32 [ %16, %17 ], [ %35, %69 ]
%22 = load i8*, i8** %18
%23 = getelementptr inbounds i8, i8* %22, i64 %20
%24 = load i8, i8* %23
%25 = icmp eq i8 %24, 45
br i1 %25, label %26, label %28
26: ; preds = %19
%27 = tail call signext i8 @get_gap_qual(i32* %6)
br label %34
28: ; preds = %19
%29 = load i8*, i8** %14
%30 = tail call i32 @push_qual(i32* %6, i32 %21, i8* %29, i32 %3)
%31 = load i8*, i8** %14
%32 = getelementptr inbounds i8, i8* %31, i64 %20
%33 = load i8, i8* %32
br label %34
34: ; preds = %28, %26
%35 = phi i32 [ %21, %26 ], [ %30, %28 ]
%36 = phi i8 [ %27, %26 ], [ %33, %28 ]
%37 = load i8*, i8** %18
%38 = getelementptr inbounds i8, i8* %37, i64 %20
%39 = load i8, i8* %38
%40 = tail call i32 @toupper(i8 signext %39)
switch i32 %40, label %69 [
i32 65, label %41
i32 67, label %44
i32 71, label %48
i32 84, label %52
i32 78, label %56
i32 45, label %60
]
41: ; preds = %34
%42 = getelementptr inbounds i32*, i32** %5, i64 %20
%43 = load i32*, i32** %42
br label %64
44: ; preds = %34
%45 = getelementptr inbounds i32*, i32** %5, i64 %20
%46 = load i32*, i32** %45
%47 = getelementptr inbounds i32, i32* %46, i64 1
br label %64
48: ; preds = %34
%49 = getelementptr inbounds i32*, i32** %5, i64 %20
%50 = load i32*, i32** %49
%51 = getelementptr inbounds i32, i32* %50, i64 2
br label %64
52: ; preds = %34
%53 = getelementptr inbounds i32*, i32** %5, i64 %20
%54 = load i32*, i32** %53
%55 = getelementptr inbounds i32, i32* %54, i64 3
br label %64
56: ; preds = %34
%57 = getelementptr inbounds i32*, i32** %5, i64 %20
%58 = load i32*, i32** %57
%59 = getelementptr inbounds i32, i32* %58, i64 4
br label %64
60: ; preds = %34
%61 = getelementptr inbounds i32*, i32** %5, i64 %20
%62 = load i32*, i32** %61
%63 = getelementptr inbounds i32, i32* %62, i64 5
br label %64
64: ; preds = %60, %56, %52, %48, %44, %41
%65 = phi i32* [ %43, %41 ], [ %47, %44 ], [ %51, %48 ], [ %55, %52 ], [ %59, %56 ], [ %63, %60 ]
%66 = sext i8 %36 to i32
%67 = load i32, i32* %65
%68 = add nsw i32 %67, %66
store i32 %68, i32* %65
br label %69
69: ; preds = %64, %34
%70 = add nuw nsw i64 %20, 1
%71 = icmp eq i64 %70, %11
br i1 %71, label %72, label %19
72: ; preds = %69, %12
%73 = add nuw nsw i64 %13, 1
%74 = icmp eq i64 %73, %10
br i1 %74, label %75, label %12
75: ; preds = %72, %4
%76 = tail call i32 @free(i32* %6)
ret i32** %5
}