int vector_overlap_v3(int *original_pos, char *original_strand, int *output_pos,
                      char *output_strand, int n, int max_overlap) {
  int i;
  int d;
  int n_kept = 1;
  int in;
  output_pos[1] = original_pos[1];
  output_strand[1] = original_strand[1];
  for (i = 2; i <= n; i++) {
    in = 0;
    if ((original_pos[i] - original_pos[i - 1]) > max_overlap)
      in = 1;
    if (original_strand[i] != original_strand[i - 1])
      in = 1;
    if (in == 1) {
      n_kept++;
      output_pos[n_kept] = original_pos[i];
      output_strand[n_kept] = original_strand[i];
    }
  }
  return n_kept;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<vector_overlap_v3>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8d,-0x24(%rbp)
mov    %r9d,-0x28(%rbp)
movl   $0x1,-0x34(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    0x4(%rax),%ecx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %ecx,0x4(%rax)
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    0x1(%rax),%cl
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    %cl,0x1(%rax)
movl   $0x2,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jg     1202 <vector_overlap_v3+0x102>
movl   $0x0,-0x38(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
mov    -0x2c(%rbp),%edx
sub    $0x1,%edx
movslq %edx,%rdx
sub    (%rcx,%rdx,4),%eax
cmp    -0x28(%rbp),%eax
jle    1184 <vector_overlap_v3+0x84>
movl   $0x1,-0x38(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
mov    -0x2c(%rbp),%edx
sub    $0x1,%edx
movslq %edx,%rdx
movsbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
cmp    %ecx,%eax
je     11b0 <vector_overlap_v3+0xb0>
movl   $0x1,-0x38(%rbp)
cmpl   $0x1,-0x38(%rbp)
jne    11ef <vector_overlap_v3+0xef>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%dl
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
jmp    11f4 <vector_overlap_v3+0xf4>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    1146 <vector_overlap_v3+0x46>
mov    -0x34(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<vector_overlap_v3>:
push   %r14
push   %rbx
mov    0x4(%rdi),%eax
mov    %eax,0x4(%rdx)
mov    0x1(%rsi),%al
mov    %al,0x1(%rcx)
mov    $0x1,%eax
cmp    $0x2,%r8d
jge    111e <vector_overlap_v3+0x1e>
pop    %rbx
pop    %r14
ret
add    $0x1,%r8d
mov    $0x1,%eax
mov    $0x2,%r10d
jmp    114f <vector_overlap_v3+0x4f>
nop
movslq %eax,%r14
lea    0x1(%r14),%rax
mov    %r11d,0x4(%rdx,%r14,4)
movzbl (%rsi,%r10,1),%ebx
mov    %bl,0x1(%rcx,%r14,1)
add    $0x1,%r10
cmp    %r10,%r8
je     111a <vector_overlap_v3+0x1a>
mov    (%rdi,%r10,4),%r11d
movzbl (%rsi,%r10,1),%ebx
cmp    -0x1(%rsi,%r10,1),%bl
jne    1130 <vector_overlap_v3+0x30>
mov    %r11d,%ebx
sub    -0x4(%rdi,%r10,4),%ebx
cmp    %r9d,%ebx
jle    1146 <vector_overlap_v3+0x46>
jmp    1130 <vector_overlap_v3+0x30>

LLVM IR (-O0):
define i32 @vector_overlap_v3(i32* %0, i8* %1, i32* %2, i8* %3, i32 %4, i32 %5) {
%7 = alloca i32*
%8 = alloca i8*
%9 = alloca i32*
%10 = alloca i8*
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
%15 = alloca i32
%16 = alloca i32
store i32* %0, i32** %7
store i8* %1, i8** %8
store i32* %2, i32** %9
store i8* %3, i8** %10
store i32 %4, i32* %11
store i32 %5, i32* %12
store i32 1, i32* %15
%17 = load i32*, i32** %7
%18 = getelementptr inbounds i32, i32* %17, i64 1
%19 = load i32, i32* %18
%20 = load i32*, i32** %9
%21 = getelementptr inbounds i32, i32* %20, i64 1
store i32 %19, i32* %21
%22 = load i8*, i8** %8
%23 = getelementptr inbounds i8, i8* %22, i64 1
%24 = load i8, i8* %23
%25 = load i8*, i8** %10
%26 = getelementptr inbounds i8, i8* %25, i64 1
store i8 %24, i8* %26
store i32 2, i32* %13
br label %27
27: ; preds = %88, %6
%28 = load i32, i32* %13
%29 = load i32, i32* %11
%30 = icmp sle i32 %28, %29
br i1 %30, label %31, label %91
31: ; preds = %27
store i32 0, i32* %16
%32 = load i32*, i32** %7
%33 = load i32, i32* %13
%34 = sext i32 %33 to i64
%35 = getelementptr inbounds i32, i32* %32, i64 %34
%36 = load i32, i32* %35
%37 = load i32*, i32** %7
%38 = load i32, i32* %13
%39 = sub nsw i32 %38, 1
%40 = sext i32 %39 to i64
%41 = getelementptr inbounds i32, i32* %37, i64 %40
%42 = load i32, i32* %41
%43 = sub nsw i32 %36, %42
%44 = load i32, i32* %12
%45 = icmp sgt i32 %43, %44
br i1 %45, label %46, label %47
46: ; preds = %31
store i32 1, i32* %16
br label %47
47: ; preds = %46, %31
%48 = load i8*, i8** %8
%49 = load i32, i32* %13
%50 = sext i32 %49 to i64
%51 = getelementptr inbounds i8, i8* %48, i64 %50
%52 = load i8, i8* %51
%53 = sext i8 %52 to i32
%54 = load i8*, i8** %8
%55 = load i32, i32* %13
%56 = sub nsw i32 %55, 1
%57 = sext i32 %56 to i64
%58 = getelementptr inbounds i8, i8* %54, i64 %57
%59 = load i8, i8* %58
%60 = sext i8 %59 to i32
%61 = icmp ne i32 %53, %60
br i1 %61, label %62, label %63
62: ; preds = %47
store i32 1, i32* %16
br label %63
63: ; preds = %62, %47
%64 = load i32, i32* %16
%65 = icmp eq i32 %64, 1
br i1 %65, label %66, label %87
66: ; preds = %63
%67 = load i32, i32* %15
%68 = add nsw i32 %67, 1
store i32 %68, i32* %15
%69 = load i32*, i32** %7
%70 = load i32, i32* %13
%71 = sext i32 %70 to i64
%72 = getelementptr inbounds i32, i32* %69, i64 %71
%73 = load i32, i32* %72
%74 = load i32*, i32** %9
%75 = load i32, i32* %15
%76 = sext i32 %75 to i64
%77 = getelementptr inbounds i32, i32* %74, i64 %76
store i32 %73, i32* %77
%78 = load i8*, i8** %8
%79 = load i32, i32* %13
%80 = sext i32 %79 to i64
%81 = getelementptr inbounds i8, i8* %78, i64 %80
%82 = load i8, i8* %81
%83 = load i8*, i8** %10
%84 = load i32, i32* %15
%85 = sext i32 %84 to i64
%86 = getelementptr inbounds i8, i8* %83, i64 %85
store i8 %82, i8* %86
br label %87
87: ; preds = %66, %63
br label %88
88: ; preds = %87
%89 = load i32, i32* %13
%90 = add nsw i32 %89, 1
store i32 %90, i32* %13
br label %27
91: ; preds = %27
%92 = load i32, i32* %15
ret i32 %92
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @vector_overlap_v3(i32* nocapture %0, i8* nocapture %1, i32* nocapture writeonly %2, i8* nocapture writeonly %3, i32 %4, i32 %5) {
%7 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 1
%8 = load i32, i32* %7
%9 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 1
store i32 %8, i32* %9
%10 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 1
%11 = load i8, i8* %10
%12 = getelementptr inbounds i8, i8* %3, i64 1
store i8 %11, i8* %12
%13 = icmp slt i32 %4, 2
br i1 %13, label %43, label %14
14: ; preds = %6
%15 = add nuw i32 %4, 1
%16 = zext i32 %15 to i64
br label %17
17: ; preds = %14, %39
%18 = phi i64 [ 2, %14 ], [ %41, %39 ]
%19 = phi i32 [ 1, %14 ], [ %40, %39 ]
%20 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %18
%21 = load i32, i32* %20
%22 = add nsw i64 %18, -1
%23 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %22
%24 = load i32, i32* %23
%25 = sub nsw i32 %21, %24
%26 = icmp sgt i32 %25, %5
%27 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %18
%28 = load i8, i8* %27
%29 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %22
%30 = load i8, i8* %29
%31 = icmp ne i8 %28, %30
%32 = select i1 %31, i1 true, i1 %26
br i1 %32, label %33, label %39
33: ; preds = %17
%34 = add nsw i32 %19, 1
%35 = sext i32 %34 to i64
%36 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 %35
store i32 %21, i32* %36
%37 = load i8, i8* %27
%38 = getelementptr inbounds i8, i8* %3, i64 %35
store i8 %37, i8* %38
br label %39
39: ; preds = %17, %33
%40 = phi i32 [ %34, %33 ], [ %19, %17 ]
%41 = add nuw nsw i64 %18, 1
%42 = icmp eq i64 %41, %16
br i1 %42, label %43, label %17
43: ; preds = %39, %6
%44 = phi i32 [ 1, %6 ], [ %40, %39 ]
ret i32 %44
}