#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ encode_ali_sequence(char const *, short *, short *, short *,
                                       char *, unsigned short *, int);
unsigned int strlen(char const *);
scalar_t__ vrna_alloc(unsigned int);
int /*<<< orphan*/ vrna_message_error(char *);
void alloc_sequence_arrays(const char **sequences, short ***S, short ***S5,
                           short ***S3, unsigned short ***a2s, char ***Ss,
                           int circ) {
  unsigned int s, n_seq, length;
  if (sequences[0] != NULL) {
    length = strlen(sequences[0]);
    for (s = 0; sequences[s] != NULL; s++)
      ;
    n_seq = s;
    *S = (short **)vrna_alloc((n_seq + 1) * sizeof(short *));
    *S5 = (short **)vrna_alloc((n_seq + 1) * sizeof(short *));
    *S3 = (short **)vrna_alloc((n_seq + 1) * sizeof(short *));
    *a2s =
        (unsigned short **)vrna_alloc((n_seq + 1) * sizeof(unsigned short *));
    *Ss = (char **)vrna_alloc((n_seq + 1) * sizeof(char *));
    for (s = 0; s < n_seq; s++) {
      if (strlen(sequences[s]) != length)
        vrna_message_error("uneqal seqence lengths");
      (*S5)[s] = (short *)vrna_alloc((length + 2) * sizeof(short));
      (*S3)[s] = (short *)vrna_alloc((length + 2) * sizeof(short));
      (*a2s)[s] =
          (unsigned short *)vrna_alloc((length + 2) * sizeof(unsigned short));
      (*Ss)[s] = (char *)vrna_alloc((length + 2) * sizeof(char));
      (*S)[s] = (short *)vrna_alloc((length + 2) * sizeof(short));
      encode_ali_sequence(sequences[s], (*S)[s], (*S5)[s], (*S3)[s], (*Ss)[s],
                          (*a2s)[s], circ);
    }
    (*S5)[n_seq] = NULL;
    (*S3)[n_seq] = NULL;
    (*a2s)[n_seq] = NULL;
    (*Ss)[n_seq] = NULL;
    (*S)[n_seq] = NULL;
  } else
    vrna_message_error("alloc_sequence_arrays: no sequences in the alignment!");
}


x86 assembly (clang, -O0):
<alloc_sequence_arrays>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x50,%rsp
mov    0x10(%rbp),%eax
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8,-0x28(%rbp)
mov    %r9,-0x30(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
cmpq   $0x0,(%rax)
je     13fa <alloc_sequence_arrays+0x2ba>
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
cmpq   $0x0,(%rax,%rcx,8)
je     11ac <alloc_sequence_arrays+0x6c>
jmp    119e <alloc_sequence_arrays+0x5e>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    1187 <alloc_sequence_arrays+0x47>
mov    -0x34(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,%eax
shl    $0x3,%rax
mov    %eax,%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    %rax,%rcx
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,%eax
shl    $0x3,%rax
mov    %eax,%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    %rax,%rcx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,%eax
shl    $0x3,%rax
mov    %eax,%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    %rax,%rcx
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,%eax
shl    $0x3,%rax
mov    %eax,%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    %rax,%rcx
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,%eax
shl    $0x3,%rax
mov    %eax,%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    %rax,%rcx
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
cmp    -0x38(%rbp),%eax
jae    139b <alloc_sequence_arrays+0x25b>
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
cmp    -0x3c(%rbp),%eax
je     127b <alloc_sequence_arrays+0x13b>
lea    0xd8a(%rip),%rdi
call   1040 <vrna_message_error@plt>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
add    $0x2,%eax
mov    %eax,%eax
shl    $0x1,%rax
mov    %eax,%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    %rax,%rdx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
mov    %rdx,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x3c(%rbp),%eax
add    $0x2,%eax
mov    %eax,%eax
shl    $0x1,%rax
mov    %eax,%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    %rax,%rdx
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
mov    %rdx,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x3c(%rbp),%eax
add    $0x2,%eax
mov    %eax,%eax
shl    $0x1,%rax
mov    %eax,%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    %rax,%rdx
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
mov    %rdx,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x3c(%rbp),%eax
add    $0x2,%eax
mov    %eax,%eax
shl    $0x0,%rax
mov    %eax,%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    %rax,%rdx
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
mov    %rdx,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x3c(%rbp),%eax
add    $0x2,%eax
mov    %eax,%eax
shl    $0x1,%rax
mov    %eax,%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    %rax,%rdx
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
mov    %rdx,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
mov    (%rax,%rcx,8),%rsi
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdx
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
mov    (%rax,%rcx,8),%rcx
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    -0x34(%rbp),%r8d
mov    (%rax,%r8,8),%r8
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    -0x34(%rbp),%r9d
mov    (%rax,%r9,8),%r9
mov    0x10(%rbp),%eax
mov    %eax,(%rsp)
call   1060 <encode_ali_sequence@plt>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    124a <alloc_sequence_arrays+0x10a>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    -0x38(%rbp),%ecx
movq   $0x0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    -0x38(%rbp),%ecx
movq   $0x0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    -0x38(%rbp),%ecx
movq   $0x0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    -0x38(%rbp),%ecx
movq   $0x0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    -0x38(%rbp),%ecx
movq   $0x0,(%rax,%rcx,8)
jmp    1406 <alloc_sequence_arrays+0x2c6>
lea    0xc16(%rip),%rdi
call   1040 <vrna_message_error@plt>
add    $0x50,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<alloc_sequence_arrays>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x58,%rsp
mov    %r8,0x20(%rsp)
mov    %rcx,0x18(%rsp)
mov    %rdx,0x10(%rsp)
mov    %rsi,0x28(%rsp)
mov    %rdi,%r15
mov    (%rdi),%rdi
test   %rdi,%rdi
je     135a <alloc_sequence_arrays+0x21a>
mov    %r9,%r14
mov    0x90(%rsp),%eax
mov    %eax,0x34(%rsp)
call   1030 <strlen@plt>
mov    %rax,0x38(%rsp)
mov    $0xffffffff,%ebp
xor    %ebx,%ebx
add    $0x1,%ebp
add    $0x8,%ebx
cmpq   $0x0,(%r15,%rbp,8)
jne    1190 <alloc_sequence_arrays+0x50>
mov    %ebp,%eax
mov    %rax,0x48(%rsp)
mov    %ebx,%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    0x28(%rsp),%rcx
mov    %rax,(%rcx)
mov    %ebx,%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    0x10(%rsp),%rcx
mov    %rax,(%rcx)
mov    %ebx,%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    0x18(%rsp),%rcx
mov    %rax,(%rcx)
mov    %ebx,%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    0x20(%rsp),%rcx
mov    %rax,(%rcx)
mov    %ebx,%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    %r14,0x40(%rsp)
mov    %rax,(%r14)
test   %ebp,%ebp
je     12f6 <alloc_sequence_arrays+0x1b6>
mov    0x38(%rsp),%rax
lea    0x2(%rax),%ecx
mov    %ecx,0x30(%rsp)
lea    (%rax,%rax,1),%r14d
add    $0x4,%r14d
xor    %ebx,%ebx
mov    %r15,0x50(%rsp)
mov    0x10(%rsp),%rbp
mov    0x20(%rsp),%r13
mov    0x40(%rsp),%r12
jmp    12d2 <alloc_sequence_arrays+0x192>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
mov    %r14d,%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    0x0(%rbp),%rcx
mov    %rax,(%rcx,%rbx,8)
mov    %r14d,%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    0x18(%rsp),%r15
mov    (%r15),%rcx
mov    %rax,(%rcx,%rbx,8)
mov    %r14d,%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    0x0(%r13),%rcx
mov    %rax,(%rcx,%rbx,8)
mov    0x30(%rsp),%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    (%r12),%rcx
mov    %rax,(%rcx,%rbx,8)
mov    %r14d,%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    0x28(%rsp),%rdx
mov    (%rdx),%rcx
mov    %rax,(%rcx,%rbx,8)
mov    0x50(%rsp),%rcx
mov    (%rcx,%rbx,8),%rdi
mov    (%rdx),%rax
mov    (%rax,%rbx,8),%rsi
mov    0x0(%rbp),%rax
mov    (%rax,%rbx,8),%rdx
mov    (%r15),%rax
mov    %rcx,%r15
mov    (%rax,%rbx,8),%rcx
mov    (%r12),%rax
mov    (%rax,%rbx,8),%r8
mov    0x0(%r13),%rax
mov    (%rax,%rbx,8),%r9
mov    0x34(%rsp),%eax
mov    %eax,(%rsp)
call   1060 <encode_ali_sequence@plt>
add    $0x1,%rbx
cmp    %rbx,0x48(%rsp)
je     12f6 <alloc_sequence_arrays+0x1b6>
mov    (%r15,%rbx,8),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
cmp    0x38(%rsp),%eax
je     1230 <alloc_sequence_arrays+0xf0>
lea    0xd14(%rip),%rdi
call   1040 <vrna_message_error@plt>
jmp    1230 <alloc_sequence_arrays+0xf0>
mov    0x10(%rsp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    0x48(%rsp),%rcx
movq   $0x0,(%rax,%rcx,8)
mov    0x18(%rsp),%rax
mov    (%rax),%rax
movq   $0x0,(%rax,%rcx,8)
mov    0x20(%rsp),%rax
mov    (%rax),%rax
movq   $0x0,(%rax,%rcx,8)
mov    0x40(%rsp),%rax
mov    (%rax),%rax
movq   $0x0,(%rax,%rcx,8)
mov    0x28(%rsp),%rax
mov    (%rax),%rax
movq   $0x0,(%rax,%rcx,8)
add    $0x58,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret
lea    0xcb6(%rip),%rdi
add    $0x58,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
jmp    1040 <vrna_message_error@plt>

LLVM IR (-O0):
@.str = [23 x i8] c"uneqal seqence lengths\00"
@.str.1 = [54 x i8] c"alloc_sequence_arrays: no sequences in the alignment!\00"
define void @alloc_sequence_arrays(i8** %0, i16*** %1, i16*** %2, i16*** %3, i16*** %4, i8*** %5, i32 %6) {
%8 = alloca i8**
%9 = alloca i16***
%10 = alloca i16***
%11 = alloca i16***
%12 = alloca i16***
%13 = alloca i8***
%14 = alloca i32
%15 = alloca i32
%16 = alloca i32
%17 = alloca i32
store i8** %0, i8*** %8
store i16*** %1, i16**** %9
store i16*** %2, i16**** %10
store i16*** %3, i16**** %11
store i16*** %4, i16**** %12
store i8*** %5, i8**** %13
store i32 %6, i32* %14
%18 = load i8**, i8*** %8
%19 = getelementptr inbounds i8*, i8** %18, i64 0
%20 = load i8*, i8** %19
%21 = icmp ne i8* %20, null
br i1 %21, label %22, label %222
22: ; preds = %7
%23 = load i8**, i8*** %8
%24 = getelementptr inbounds i8*, i8** %23, i64 0
%25 = load i8*, i8** %24
%26 = call i32 @strlen(i8* %25)
store i32 %26, i32* %17
store i32 0, i32* %15
br label %27
27: ; preds = %35, %22
%28 = load i8**, i8*** %8
%29 = load i32, i32* %15
%30 = zext i32 %29 to i64
%31 = getelementptr inbounds i8*, i8** %28, i64 %30
%32 = load i8*, i8** %31
%33 = icmp ne i8* %32, null
br i1 %33, label %34, label %38
34: ; preds = %27
br label %35
35: ; preds = %34
%36 = load i32, i32* %15
%37 = add i32 %36, 1
store i32 %37, i32* %15
br label %27
38: ; preds = %27
%39 = load i32, i32* %15
store i32 %39, i32* %16
%40 = load i32, i32* %16
%41 = add i32 %40, 1
%42 = zext i32 %41 to i64
%43 = mul i64 %42, 8
%44 = trunc i64 %43 to i32
%45 = call i64 @vrna_alloc(i32 %44)
%46 = inttoptr i64 %45 to i16**
%47 = load i16***, i16**** %9
store i16** %46, i16*** %47
%48 = load i32, i32* %16
%49 = add i32 %48, 1
%50 = zext i32 %49 to i64
%51 = mul i64 %50, 8
%52 = trunc i64 %51 to i32
%53 = call i64 @vrna_alloc(i32 %52)
%54 = inttoptr i64 %53 to i16**
%55 = load i16***, i16**** %10
store i16** %54, i16*** %55
%56 = load i32, i32* %16
%57 = add i32 %56, 1
%58 = zext i32 %57 to i64
%59 = mul i64 %58, 8
%60 = trunc i64 %59 to i32
%61 = call i64 @vrna_alloc(i32 %60)
%62 = inttoptr i64 %61 to i16**
%63 = load i16***, i16**** %11
store i16** %62, i16*** %63
%64 = load i32, i32* %16
%65 = add i32 %64, 1
%66 = zext i32 %65 to i64
%67 = mul i64 %66, 8
%68 = trunc i64 %67 to i32
%69 = call i64 @vrna_alloc(i32 %68)
%70 = inttoptr i64 %69 to i16**
%71 = load i16***, i16**** %12
store i16** %70, i16*** %71
%72 = load i32, i32* %16
%73 = add i32 %72, 1
%74 = zext i32 %73 to i64
%75 = mul i64 %74, 8
%76 = trunc i64 %75 to i32
%77 = call i64 @vrna_alloc(i32 %76)
%78 = inttoptr i64 %77 to i8**
%79 = load i8***, i8**** %13
store i8** %78, i8*** %79
store i32 0, i32* %15
br label %80
80: ; preds = %193, %38
%81 = load i32, i32* %15
%82 = load i32, i32* %16
%83 = icmp ult i32 %81, %82
br i1 %83, label %84, label %196
84: ; preds = %80
%85 = load i8**, i8*** %8
%86 = load i32, i32* %15
%87 = zext i32 %86 to i64
%88 = getelementptr inbounds i8*, i8** %85, i64 %87
%89 = load i8*, i8** %88
%90 = call i32 @strlen(i8* %89)
%91 = load i32, i32* %17
%92 = icmp ne i32 %90, %91
br i1 %92, label %93, label %95
93: ; preds = %84
%94 = call i32 @vrna_message_error(i8* getelementptr inbounds ([23 x i8], [23 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
br label %95
95: ; preds = %93, %84
%96 = load i32, i32* %17
%97 = add i32 %96, 2
%98 = zext i32 %97 to i64
%99 = mul i64 %98, 2
%100 = trunc i64 %99 to i32
%101 = call i64 @vrna_alloc(i32 %100)
%102 = inttoptr i64 %101 to i16*
%103 = load i16***, i16**** %10
%104 = load i16**, i16*** %103
%105 = load i32, i32* %15
%106 = zext i32 %105 to i64
%107 = getelementptr inbounds i16*, i16** %104, i64 %106
store i16* %102, i16** %107
%108 = load i32, i32* %17
%109 = add i32 %108, 2
%110 = zext i32 %109 to i64
%111 = mul i64 %110, 2
%112 = trunc i64 %111 to i32
%113 = call i64 @vrna_alloc(i32 %112)
%114 = inttoptr i64 %113 to i16*
%115 = load i16***, i16**** %11
%116 = load i16**, i16*** %115
%117 = load i32, i32* %15
%118 = zext i32 %117 to i64
%119 = getelementptr inbounds i16*, i16** %116, i64 %118
store i16* %114, i16** %119
%120 = load i32, i32* %17
%121 = add i32 %120, 2
%122 = zext i32 %121 to i64
%123 = mul i64 %122, 2
%124 = trunc i64 %123 to i32
%125 = call i64 @vrna_alloc(i32 %124)
%126 = inttoptr i64 %125 to i16*
%127 = load i16***, i16**** %12
%128 = load i16**, i16*** %127
%129 = load i32, i32* %15
%130 = zext i32 %129 to i64
%131 = getelementptr inbounds i16*, i16** %128, i64 %130
store i16* %126, i16** %131
%132 = load i32, i32* %17
%133 = add i32 %132, 2
%134 = zext i32 %133 to i64
%135 = mul i64 %134, 1
%136 = trunc i64 %135 to i32
%137 = call i64 @vrna_alloc(i32 %136)
%138 = inttoptr i64 %137 to i8*
%139 = load i8***, i8**** %13
%140 = load i8**, i8*** %139
%141 = load i32, i32* %15
%142 = zext i32 %141 to i64
%143 = getelementptr inbounds i8*, i8** %140, i64 %142
store i8* %138, i8** %143
%144 = load i32, i32* %17
%145 = add i32 %144, 2
%146 = zext i32 %145 to i64
%147 = mul i64 %146, 2
%148 = trunc i64 %147 to i32
%149 = call i64 @vrna_alloc(i32 %148)
%150 = inttoptr i64 %149 to i16*
%151 = load i16***, i16**** %9
%152 = load i16**, i16*** %151
%153 = load i32, i32* %15
%154 = zext i32 %153 to i64
%155 = getelementptr inbounds i16*, i16** %152, i64 %154
store i16* %150, i16** %155
%156 = load i8**, i8*** %8
%157 = load i32, i32* %15
%158 = zext i32 %157 to i64
%159 = getelementptr inbounds i8*, i8** %156, i64 %158
%160 = load i8*, i8** %159
%161 = load i16***, i16**** %9
%162 = load i16**, i16*** %161
%163 = load i32, i32* %15
%164 = zext i32 %163 to i64
%165 = getelementptr inbounds i16*, i16** %162, i64 %164
%166 = load i16*, i16** %165
%167 = load i16***, i16**** %10
%168 = load i16**, i16*** %167
%169 = load i32, i32* %15
%170 = zext i32 %169 to i64
%171 = getelementptr inbounds i16*, i16** %168, i64 %170
%172 = load i16*, i16** %171
%173 = load i16***, i16**** %11
%174 = load i16**, i16*** %173
%175 = load i32, i32* %15
%176 = zext i32 %175 to i64
%177 = getelementptr inbounds i16*, i16** %174, i64 %176
%178 = load i16*, i16** %177
%179 = load i8***, i8**** %13
%180 = load i8**, i8*** %179
%181 = load i32, i32* %15
%182 = zext i32 %181 to i64
%183 = getelementptr inbounds i8*, i8** %180, i64 %182
%184 = load i8*, i8** %183
%185 = load i16***, i16**** %12
%186 = load i16**, i16*** %185
%187 = load i32, i32* %15
%188 = zext i32 %187 to i64
%189 = getelementptr inbounds i16*, i16** %186, i64 %188
%190 = load i16*, i16** %189
%191 = load i32, i32* %14
%192 = call i32 @encode_ali_sequence(i8* %160, i16* %166, i16* %172, i16* %178, i8* %184, i16* %190, i32 %191)
br label %193
193: ; preds = %95
%194 = load i32, i32* %15
%195 = add i32 %194, 1
store i32 %195, i32* %15
br label %80
196: ; preds = %80
%197 = load i16***, i16**** %10
%198 = load i16**, i16*** %197
%199 = load i32, i32* %16
%200 = zext i32 %199 to i64
%201 = getelementptr inbounds i16*, i16** %198, i64 %200
store i16* null, i16** %201
%202 = load i16***, i16**** %11
%203 = load i16**, i16*** %202
%204 = load i32, i32* %16
%205 = zext i32 %204 to i64
%206 = getelementptr inbounds i16*, i16** %203, i64 %205
store i16* null, i16** %206
%207 = load i16***, i16**** %12
%208 = load i16**, i16*** %207
%209 = load i32, i32* %16
%210 = zext i32 %209 to i64
%211 = getelementptr inbounds i16*, i16** %208, i64 %210
store i16* null, i16** %211
%212 = load i8***, i8**** %13
%213 = load i8**, i8*** %212
%214 = load i32, i32* %16
%215 = zext i32 %214 to i64
%216 = getelementptr inbounds i8*, i8** %213, i64 %215
store i8* null, i8** %216
%217 = load i16***, i16**** %9
%218 = load i16**, i16*** %217
%219 = load i32, i32* %16
%220 = zext i32 %219 to i64
%221 = getelementptr inbounds i16*, i16** %218, i64 %220
store i16* null, i16** %221
br label %224
222: ; preds = %7
%223 = call i32 @vrna_message_error(i8* getelementptr inbounds ([54 x i8], [54 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0))
br label %224
224: ; preds = %222, %196
ret void
}

LLVM IR (-O2):
@.str = [23 x i8] c"uneqal seqence lengths\00"
@.str.1 = [54 x i8] c"alloc_sequence_arrays: no sequences in the alignment!\00"
define void @alloc_sequence_arrays(i8** nocapture %0, i16*** nocapture %1, i16*** nocapture %2, i16*** nocapture %3, i16*** nocapture %4, i8*** nocapture %5, i32 %6) {
%8 = load i8*, i8** %0
%9 = icmp eq i8* %8, null
br i1 %9, label %96, label %10
10: ; preds = %7
%11 = tail call i32 @strlen(i8* %8)
br label %12
12: ; preds = %12, %10
%13 = phi i32 [ 0, %10 ], [ %18, %12 ]
%14 = zext i32 %13 to i64
%15 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %14
%16 = load i8*, i8** %15
%17 = icmp eq i8* %16, null
%18 = add i32 %13, 1
br i1 %17, label %19, label %12
19: ; preds = %12
%20 = zext i32 %13 to i64
%21 = shl i32 %13, 3
%22 = add i32 %21, 8
%23 = tail call i64 @vrna_alloc(i32 %22)
%24 = inttoptr i64 %23 to i16**
store i16** %24, i16*** %1
%25 = tail call i64 @vrna_alloc(i32 %22)
%26 = inttoptr i64 %25 to i16**
store i16** %26, i16*** %2
%27 = tail call i64 @vrna_alloc(i32 %22)
%28 = inttoptr i64 %27 to i16**
store i16** %28, i16*** %3
%29 = tail call i64 @vrna_alloc(i32 %22)
%30 = inttoptr i64 %29 to i16**
store i16** %30, i16*** %4
%31 = tail call i64 @vrna_alloc(i32 %22)
%32 = inttoptr i64 %31 to i8**
store i8** %32, i8*** %5
%33 = icmp eq i32 %13, 0
br i1 %33, label %85, label %34
34: ; preds = %19
%35 = add i32 %11, 2
%36 = shl i32 %35, 1
br label %37
37: ; preds = %34, %45
%38 = phi i64 [ 0, %34 ], [ %83, %45 ]
%39 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %38
%40 = load i8*, i8** %39
%41 = tail call i32 @strlen(i8* %40)
%42 = icmp eq i32 %41, %11
br i1 %42, label %45, label %43
43: ; preds = %37
%44 = tail call i32 @vrna_message_error(i8* getelementptr inbounds ([23 x i8], [23 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
br label %45
45: ; preds = %43, %37
%46 = tail call i64 @vrna_alloc(i32 %36)
%47 = inttoptr i64 %46 to i16*
%48 = load i16**, i16*** %2
%49 = getelementptr inbounds i16*, i16** %48, i64 %38
store i16* %47, i16** %49
%50 = tail call i64 @vrna_alloc(i32 %36)
%51 = inttoptr i64 %50 to i16*
%52 = load i16**, i16*** %3
%53 = getelementptr inbounds i16*, i16** %52, i64 %38
store i16* %51, i16** %53
%54 = tail call i64 @vrna_alloc(i32 %36)
%55 = inttoptr i64 %54 to i16*
%56 = load i16**, i16*** %4
%57 = getelementptr inbounds i16*, i16** %56, i64 %38
store i16* %55, i16** %57
%58 = tail call i64 @vrna_alloc(i32 %35)
%59 = inttoptr i64 %58 to i8*
%60 = load i8**, i8*** %5
%61 = getelementptr inbounds i8*, i8** %60, i64 %38
store i8* %59, i8** %61
%62 = tail call i64 @vrna_alloc(i32 %36)
%63 = inttoptr i64 %62 to i16*
%64 = load i16**, i16*** %1
%65 = getelementptr inbounds i16*, i16** %64, i64 %38
store i16* %63, i16** %65
%66 = load i8*, i8** %39
%67 = load i16**, i16*** %1
%68 = getelementptr inbounds i16*, i16** %67, i64 %38
%69 = load i16*, i16** %68
%70 = load i16**, i16*** %2
%71 = getelementptr inbounds i16*, i16** %70, i64 %38
%72 = load i16*, i16** %71
%73 = load i16**, i16*** %3
%74 = getelementptr inbounds i16*, i16** %73, i64 %38
%75 = load i16*, i16** %74
%76 = load i8**, i8*** %5
%77 = getelementptr inbounds i8*, i8** %76, i64 %38
%78 = load i8*, i8** %77
%79 = load i16**, i16*** %4
%80 = getelementptr inbounds i16*, i16** %79, i64 %38
%81 = load i16*, i16** %80
%82 = tail call i32 @encode_ali_sequence(i8* %66, i16* %69, i16* %72, i16* %75, i8* %78, i16* %81, i32 %6)
%83 = add nuw nsw i64 %38, 1
%84 = icmp eq i64 %83, %20
br i1 %84, label %85, label %37
85: ; preds = %45, %19
%86 = load i16**, i16*** %2
%87 = getelementptr inbounds i16*, i16** %86, i64 %20
store i16* null, i16** %87
%88 = load i16**, i16*** %3
%89 = getelementptr inbounds i16*, i16** %88, i64 %20
store i16* null, i16** %89
%90 = load i16**, i16*** %4
%91 = getelementptr inbounds i16*, i16** %90, i64 %20
store i16* null, i16** %91
%92 = load i8**, i8*** %5
%93 = getelementptr inbounds i8*, i8** %92, i64 %20
store i8* null, i8** %93
%94 = load i16**, i16*** %1
%95 = getelementptr inbounds i16*, i16** %94, i64 %20
store i16* null, i16** %95
br label %98
96: ; preds = %7
%97 = tail call i32 @vrna_message_error(i8* getelementptr inbounds ([54 x i8], [54 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0))
br label %98
98: ; preds = %96, %85
ret void
}