#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int sre_random();
int AlignmentBootstrap(char **ali1, char **ali2, int nseq, int alen) {
  int pos;
  int col;
  int i;
  for (pos = 0; pos < alen; pos++) {
    col = ((int)(sre_random() * (alen)));
    for (i = 0; i < nseq; i++)
      ali1[i][pos] = ali2[i][col];
  }
  for (i = 0; i < nseq; i++)
    ali1[i][alen] = '\0';
  return 1;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<AlignmentBootstrap>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %ecx,-0x18(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0x18(%rbp),%eax
jge    11a1 <AlignmentBootstrap+0x91>
mov    $0x0,%al
call   1030 <sre_random@plt>
imul   -0x18(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    118e <AlignmentBootstrap+0x7e>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%dl
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    114e <AlignmentBootstrap+0x3e>
jmp    1193 <AlignmentBootstrap+0x83>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    112d <AlignmentBootstrap+0x1d>
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    11d6 <AlignmentBootstrap+0xc6>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movb   $0x0,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    11a8 <AlignmentBootstrap+0x98>
mov    $0x1,%eax
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<AlignmentBootstrap>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x28,%rsp
mov    %rdi,%r15
mov    %edx,0xc(%rsp)
mov    %edx,%eax
mov    %rax,0x10(%rsp)
mov    %ecx,0x8(%rsp)
test   %ecx,%ecx
jle    123e <AlignmentBootstrap+0x12e>
mov    %rsi,%rbp
mov    0x8(%rsp),%eax
mov    %rax,0x20(%rsp)
mov    0x10(%rsp),%r14
lea    -0x1(%r14),%rax
mov    %rax,0x18(%rsp)
mov    %r14d,%r12d
and    $0x3,%r12d
and    $0xfffffffc,%r14d
xor    %r13d,%r13d
jmp    117f <AlignmentBootstrap+0x6f>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
add    $0x1,%r13
cmp    0x20(%rsp),%r13
je     123e <AlignmentBootstrap+0x12e>
xor    %eax,%eax
call   1030 <sre_random@plt>
cmpl   $0x0,0xc(%rsp)
jle    1170 <AlignmentBootstrap+0x60>
imul   0x8(%rsp),%eax
cltq
cmpq   $0x3,0x18(%rsp)
jae    11a0 <AlignmentBootstrap+0x90>
xor    %ecx,%ecx
jmp    1200 <AlignmentBootstrap+0xf0>
xor    %ecx,%ecx
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
mov    0x0(%rbp,%rcx,8),%rdx
movzbl (%rdx,%rax,1),%edx
mov    (%r15,%rcx,8),%rsi
mov    %dl,(%rsi,%r13,1)
mov    0x8(%rbp,%rcx,8),%rdx
movzbl (%rdx,%rax,1),%edx
mov    0x8(%r15,%rcx,8),%rsi
mov    %dl,(%rsi,%r13,1)
mov    0x10(%rbp,%rcx,8),%rdx
movzbl (%rdx,%rax,1),%edx
mov    0x10(%r15,%rcx,8),%rsi
mov    %dl,(%rsi,%r13,1)
mov    0x18(%rbp,%rcx,8),%rdx
movzbl (%rdx,%rax,1),%edx
mov    0x18(%r15,%rcx,8),%rsi
mov    %dl,(%rsi,%r13,1)
add    $0x4,%rcx
cmp    %rcx,%r14
jne    11b0 <AlignmentBootstrap+0xa0>
test   %r12,%r12
je     1170 <AlignmentBootstrap+0x60>
lea    (%r15,%rcx,8),%rdx
lea    0x0(,%rcx,8),%rcx
add    %rbp,%rcx
xor    %esi,%esi
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
mov    (%rcx,%rsi,8),%rdi
movzbl (%rdi,%rax,1),%ebx
mov    (%rdx,%rsi,8),%rdi
mov    %bl,(%rdi,%r13,1)
add    $0x1,%rsi
cmp    %rsi,%r12
jne    1220 <AlignmentBootstrap+0x110>
jmp    1170 <AlignmentBootstrap+0x60>
cmpl   $0x0,0xc(%rsp)
jle    12c1 <AlignmentBootstrap+0x1b1>
movslq 0x8(%rsp),%rax
mov    0x10(%rsp),%rdi
lea    -0x1(%rdi),%rdx
mov    %edi,%ecx
and    $0x3,%ecx
cmp    $0x3,%rdx
jae    1262 <AlignmentBootstrap+0x152>
xor    %edx,%edx
jmp    129c <AlignmentBootstrap+0x18c>
and    $0xfffffffc,%edi
xor    %edx,%edx
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
mov    (%r15,%rdx,8),%rsi
movb   $0x0,(%rsi,%rax,1)
mov    0x8(%r15,%rdx,8),%rsi
movb   $0x0,(%rsi,%rax,1)
mov    0x10(%r15,%rdx,8),%rsi
movb   $0x0,(%rsi,%rax,1)
mov    0x18(%r15,%rdx,8),%rsi
movb   $0x0,(%rsi,%rax,1)
add    $0x4,%rdx
cmp    %rdx,%rdi
jne    1270 <AlignmentBootstrap+0x160>
test   %rcx,%rcx
je     12c1 <AlignmentBootstrap+0x1b1>
lea    (%r15,%rdx,8),%rdx
xor    %esi,%esi
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
mov    (%rdx,%rsi,8),%rdi
movb   $0x0,(%rdi,%rax,1)
add    $0x1,%rsi
cmp    %rsi,%rcx
jne    12b0 <AlignmentBootstrap+0x1a0>
mov    $0x1,%eax
add    $0x28,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @AlignmentBootstrap(i8** %0, i8** %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = alloca i8**
%6 = alloca i8**
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
store i8** %0, i8*** %5
store i8** %1, i8*** %6
store i32 %2, i32* %7
store i32 %3, i32* %8
store i32 0, i32* %9
br label %12
12: ; preds = %46, %4
%13 = load i32, i32* %9
%14 = load i32, i32* %8
%15 = icmp slt i32 %13, %14
br i1 %15, label %16, label %49
16: ; preds = %12
%17 = call i32 (...) @sre_random()
%18 = load i32, i32* %8
%19 = mul nsw i32 %17, %18
store i32 %19, i32* %10
store i32 0, i32* %11
br label %20
20: ; preds = %42, %16
%21 = load i32, i32* %11
%22 = load i32, i32* %7
%23 = icmp slt i32 %21, %22
br i1 %23, label %24, label %45
24: ; preds = %20
%25 = load i8**, i8*** %6
%26 = load i32, i32* %11
%27 = sext i32 %26 to i64
%28 = getelementptr inbounds i8*, i8** %25, i64 %27
%29 = load i8*, i8** %28
%30 = load i32, i32* %10
%31 = sext i32 %30 to i64
%32 = getelementptr inbounds i8, i8* %29, i64 %31
%33 = load i8, i8* %32
%34 = load i8**, i8*** %5
%35 = load i32, i32* %11
%36 = sext i32 %35 to i64
%37 = getelementptr inbounds i8*, i8** %34, i64 %36
%38 = load i8*, i8** %37
%39 = load i32, i32* %9
%40 = sext i32 %39 to i64
%41 = getelementptr inbounds i8, i8* %38, i64 %40
store i8 %33, i8* %41
br label %42
42: ; preds = %24
%43 = load i32, i32* %11
%44 = add nsw i32 %43, 1
store i32 %44, i32* %11
br label %20
45: ; preds = %20
br label %46
46: ; preds = %45
%47 = load i32, i32* %9
%48 = add nsw i32 %47, 1
store i32 %48, i32* %9
br label %12
49: ; preds = %12
store i32 0, i32* %11
br label %50
50: ; preds = %63, %49
%51 = load i32, i32* %11
%52 = load i32, i32* %7
%53 = icmp slt i32 %51, %52
br i1 %53, label %54, label %66
54: ; preds = %50
%55 = load i8**, i8*** %5
%56 = load i32, i32* %11
%57 = sext i32 %56 to i64
%58 = getelementptr inbounds i8*, i8** %55, i64 %57
%59 = load i8*, i8** %58
%60 = load i32, i32* %8
%61 = sext i32 %60 to i64
%62 = getelementptr inbounds i8, i8* %59, i64 %61
store i8 0, i8* %62
br label %63
63: ; preds = %54
%64 = load i32, i32* %11
%65 = add nsw i32 %64, 1
store i32 %65, i32* %11
br label %50
66: ; preds = %50
ret i32 1
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @AlignmentBootstrap(i8** nocapture %0, i8** nocapture %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = icmp sgt i32 %3, 0
br i1 %5, label %6, label %15
6: ; preds = %4
%7 = icmp sgt i32 %2, 0
%8 = zext i32 %3 to i64
%9 = zext i32 %2 to i64
%10 = add nsw i64 %9, -1
%11 = and i64 %9, 3
%12 = icmp ult i64 %10, 3
%13 = and i64 %9, 4294967292
%14 = icmp eq i64 %11, 0
br label %25
15: ; preds = %83, %4
%16 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %16, label %17, label %119
17: ; preds = %15
%18 = sext i32 %3 to i64
%19 = zext i32 %2 to i64
%20 = add nsw i64 %19, -1
%21 = and i64 %19, 3
%22 = icmp ult i64 %20, 3
br i1 %22, label %107, label %23
23: ; preds = %17
%24 = and i64 %19, 4294967292
br label %86
25: ; preds = %6, %83
%26 = phi i64 [ 0, %6 ], [ %84, %83 ]
%27 = tail call i32 (...) @sre_random()
br i1 %7, label %28, label %83
28: ; preds = %25
%29 = mul nsw i32 %27, %3
%30 = sext i32 %29 to i64
br i1 %12, label %68, label %31
31: ; preds = %28, %31
%32 = phi i64 [ %65, %31 ], [ 0, %28 ]
%33 = phi i64 [ %66, %31 ], [ 0, %28 ]
%34 = getelementptr inbounds i8*, i8** %1, i64 %32
%35 = load i8*, i8** %34
%36 = getelementptr inbounds i8, i8* %35, i64 %30
%37 = load i8, i8* %36
%38 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %32
%39 = load i8*, i8** %38
%40 = getelementptr inbounds i8, i8* %39, i64 %26
store i8 %37, i8* %40
%41 = or i64 %32, 1
%42 = getelementptr inbounds i8*, i8** %1, i64 %41
%43 = load i8*, i8** %42
%44 = getelementptr inbounds i8, i8* %43, i64 %30
%45 = load i8, i8* %44
%46 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %41
%47 = load i8*, i8** %46
%48 = getelementptr inbounds i8, i8* %47, i64 %26
store i8 %45, i8* %48
%49 = or i64 %32, 2
%50 = getelementptr inbounds i8*, i8** %1, i64 %49
%51 = load i8*, i8** %50
%52 = getelementptr inbounds i8, i8* %51, i64 %30
%53 = load i8, i8* %52
%54 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %49
%55 = load i8*, i8** %54
%56 = getelementptr inbounds i8, i8* %55, i64 %26
store i8 %53, i8* %56
%57 = or i64 %32, 3
%58 = getelementptr inbounds i8*, i8** %1, i64 %57
%59 = load i8*, i8** %58
%60 = getelementptr inbounds i8, i8* %59, i64 %30
%61 = load i8, i8* %60
%62 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %57
%63 = load i8*, i8** %62
%64 = getelementptr inbounds i8, i8* %63, i64 %26
store i8 %61, i8* %64
%65 = add nuw nsw i64 %32, 4
%66 = add i64 %33, 4
%67 = icmp eq i64 %66, %13
br i1 %67, label %68, label %31
68: ; preds = %31, %28
%69 = phi i64 [ 0, %28 ], [ %65, %31 ]
br i1 %14, label %83, label %70
70: ; preds = %68, %70
%71 = phi i64 [ %80, %70 ], [ %69, %68 ]
%72 = phi i64 [ %81, %70 ], [ 0, %68 ]
%73 = getelementptr inbounds i8*, i8** %1, i64 %71
%74 = load i8*, i8** %73
%75 = getelementptr inbounds i8, i8* %74, i64 %30
%76 = load i8, i8* %75
%77 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %71
%78 = load i8*, i8** %77
%79 = getelementptr inbounds i8, i8* %78, i64 %26
store i8 %76, i8* %79
%80 = add nuw nsw i64 %71, 1
%81 = add i64 %72, 1
%82 = icmp eq i64 %81, %11
br i1 %82, label %83, label %70
83: ; preds = %68, %70, %25
%84 = add nuw nsw i64 %26, 1
%85 = icmp eq i64 %84, %8
br i1 %85, label %15, label %25
86: ; preds = %86, %23
%87 = phi i64 [ 0, %23 ], [ %104, %86 ]
%88 = phi i64 [ 0, %23 ], [ %105, %86 ]
%89 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %87
%90 = load i8*, i8** %89
%91 = getelementptr inbounds i8, i8* %90, i64 %18
store i8 0, i8* %91
%92 = or i64 %87, 1
%93 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %92
%94 = load i8*, i8** %93
%95 = getelementptr inbounds i8, i8* %94, i64 %18
store i8 0, i8* %95
%96 = or i64 %87, 2
%97 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %96
%98 = load i8*, i8** %97
%99 = getelementptr inbounds i8, i8* %98, i64 %18
store i8 0, i8* %99
%100 = or i64 %87, 3
%101 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %100
%102 = load i8*, i8** %101
%103 = getelementptr inbounds i8, i8* %102, i64 %18
store i8 0, i8* %103
%104 = add nuw nsw i64 %87, 4
%105 = add i64 %88, 4
%106 = icmp eq i64 %105, %24
br i1 %106, label %107, label %86
107: ; preds = %86, %17
%108 = phi i64 [ 0, %17 ], [ %104, %86 ]
%109 = icmp eq i64 %21, 0
br i1 %109, label %119, label %110
110: ; preds = %107, %110
%111 = phi i64 [ %116, %110 ], [ %108, %107 ]
%112 = phi i64 [ %117, %110 ], [ 0, %107 ]
%113 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %111
%114 = load i8*, i8** %113
%115 = getelementptr inbounds i8, i8* %114, i64 %18
store i8 0, i8* %115
%116 = add nuw nsw i64 %111, 1
%117 = add i64 %112, 1
%118 = icmp eq i64 %117, %21
br i1 %118, label %119, label %110
119: ; preds = %107, %110, %15
ret i32 1
}