#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
unsigned int encode_basepairs(char *, int);
int /*<<< orphan*/ reverse_transcribe(char *, char *, int);
char toupper(char);
void count_copys(int *flat, char *s, int n, int *reps) {
  int i, j;
  unsigned int offset, k;
  char ss[256];
  offset = 0;
  for (i = 1; i <= n; i++) {
    if ((toupper(s[i - 1]) == 'N') || (toupper(ss[i - 1]) == 'N')) {
      for (j = 1; j <= n; j++)
        reps[j] += 100000000;
      return;
    }
    k = encode_basepairs(s, i);
    reps[i] += flat[k + offset];
    reverse_transcribe(s, ss, i);
    k = encode_basepairs(ss, i);
    reps[i] += flat[k + offset];
    offset++;
    offset = offset << 2;
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<count_copys>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x130,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
movl   $0x1,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jg     126f <count_copys+0x13f>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x24(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%edi
call   1030 <toupper@plt>
movsbl %al,%eax
cmp    $0x4e,%eax
je     11a7 <count_copys+0x77>
mov    -0x24(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
cltq
movsbl -0x130(%rbp,%rax,1),%edi
ff
call   1030 <toupper@plt>
movsbl %al,%eax
cmp    $0x4e,%eax
jne    11e1 <count_copys+0xb1>
movl   $0x1,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jg     11dc <count_copys+0xac>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
add    $0x5f5e100,%edx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    11ae <count_copys+0x7e>
jmp    126f <count_copys+0x13f>
mov    -0x10(%rbp),%rdi
mov    -0x24(%rbp),%esi
call   1040 <encode_basepairs@plt>
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x30(%rbp),%ecx
add    -0x2c(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%ecx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
add    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x10(%rbp),%rdi
lea    -0x130(%rbp),%rsi
mov    -0x24(%rbp),%edx
call   1050 <reverse_transcribe@plt>
lea    -0x130(%rbp),%rdi
mov    -0x24(%rbp),%esi
call   1040 <encode_basepairs@plt>
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x30(%rbp),%ecx
add    -0x2c(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%ecx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
add    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
shl    $0x2,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1158 <count_copys+0x28>
add    $0x130,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<count_copys>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x118,%rsp
mov    %rdi,0x8(%rsp)
test   %edx,%edx
jle    12e2 <count_copys+0x1b2>
mov    %rcx,%r13
mov    %edx,%r14d
mov    %rsi,%r12
add    $0x1,%r14d
xor    %ebp,%ebp
mov    $0x1,%ebx
mov    %rcx,(%rsp)
mov    0x8(%rsp),%r15
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
movsbl -0x1(%r12,%rbx,1),%edi
call   1030 <toupper@plt>
cmp    $0x4e,%al
je     11ed <count_copys+0xbd>
movsbl 0xf(%rsp,%rbx,1),%edi
call   1030 <toupper@plt>
cmp    $0x4e,%al
je     11ed <count_copys+0xbd>
mov    %r12,%rdi
mov    %ebx,%esi
call   1040 <encode_basepairs@plt>
add    %ebp,%eax
mov    (%r15,%rax,4),%eax
add    %eax,0x0(%r13,%rbx,4)
mov    %r12,%rdi
mov    %r12,%r13
mov    %r14,%r12
lea    0x10(%rsp),%r14
mov    %r14,%rsi
mov    %ebx,%edx
call   1050 <reverse_transcribe@plt>
mov    %r14,%rdi
mov    %r12,%r14
mov    %r13,%r12
mov    (%rsp),%r13
mov    %ebx,%esi
call   1040 <encode_basepairs@plt>
add    %ebp,%eax
mov    (%r15,%rax,4),%eax
add    %eax,0x0(%r13,%rbx,4)
shl    $0x2,%ebp
or     $0x4,%ebp
add    $0x1,%rbx
cmp    %rbx,%r14
jne    1170 <count_copys+0x40>
jmp    12e2 <count_copys+0x1b2>
lea    -0x1(%r14),%rcx
mov    $0x1,%eax
cmp    $0x8,%rcx
jb     12d0 <count_copys+0x1a0>
mov    %rcx,%rax
and    $0xfffffffffffffff8,%rax
lea    -0x8(%rax),%rdx
mov    %rdx,%rsi
shr    $0x3,%rsi
add    $0x1,%rsi
test   %rdx,%rdx
je     12f4 <count_copys+0x1c4>
mov    %rsi,%rdi
and    $0xfffffffffffffffe,%rdi
mov    $0x1,%edx
movdqa 0xdcd(%rip),%xmm0
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
movdqu 0x0(%r13,%rdx,4),%xmm1
movdqu 0x10(%r13,%rdx,4),%xmm2
movdqu 0x20(%r13,%rdx,4),%xmm3
movdqu 0x30(%r13,%rdx,4),%xmm4
paddd  %xmm0,%xmm1
paddd  %xmm0,%xmm2
movdqu %xmm1,0x0(%r13,%rdx,4)
movdqu %xmm2,0x10(%r13,%rdx,4)
paddd  %xmm0,%xmm3
paddd  %xmm0,%xmm4
movdqu %xmm3,0x20(%r13,%rdx,4)
movdqu %xmm4,0x30(%r13,%rdx,4)
add    $0x10,%rdx
add    $0xfffffffffffffffe,%rdi
jne    1240 <count_copys+0x110>
test   $0x1,%sil
je     12c4 <count_copys+0x194>
movdqu 0x0(%r13,%rdx,4),%xmm0
movdqu 0x10(%r13,%rdx,4),%xmm1
movdqa 0xd52(%rip),%xmm2
paddd  %xmm2,%xmm0
paddd  %xmm2,%xmm1
movdqu %xmm0,0x0(%r13,%rdx,4)
movdqu %xmm1,0x10(%r13,%rdx,4)
cmp    %rax,%rcx
je     12e2 <count_copys+0x1b2>
or     $0x1,%rax
nopl   (%rax)
addl   $0x5f5e100,0x0(%r13,%rax,4)
f5 05
add    $0x1,%rax
cmp    %rax,%r14
jne    12d0 <count_copys+0x1a0>
add    $0x118,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret
mov    $0x1,%edx
test   $0x1,%sil
jne    1298 <count_copys+0x168>
jmp    12c4 <count_copys+0x194>

LLVM IR (-O0):
define void @count_copys(i32* %0, i8* %1, i32 %2, i32* %3) {
%5 = alloca i32*
%6 = alloca i8*
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32*
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca [256 x i8]
store i32* %0, i32** %5
store i8* %1, i8** %6
store i32 %2, i32* %7
store i32* %3, i32** %8
store i32 0, i32* %11
store i32 1, i32* %9
br label %14
14: ; preds = %94, %4
%15 = load i32, i32* %9
%16 = load i32, i32* %7
%17 = icmp sle i32 %15, %16
br i1 %17, label %18, label %97
18: ; preds = %14
%19 = load i8*, i8** %6
%20 = load i32, i32* %9
%21 = sub nsw i32 %20, 1
%22 = sext i32 %21 to i64
%23 = getelementptr inbounds i8, i8* %19, i64 %22
%24 = load i8, i8* %23
%25 = call signext i8 @toupper(i8 signext %24)
%26 = sext i8 %25 to i32
%27 = icmp eq i32 %26, 78
br i1 %27, label %37, label %28
28: ; preds = %18
%29 = load i32, i32* %9
%30 = sub nsw i32 %29, 1
%31 = sext i32 %30 to i64
%32 = getelementptr inbounds [256 x i8], [256 x i8]* %13, i64 0, i64 %31
%33 = load i8, i8* %32
%34 = call signext i8 @toupper(i8 signext %33)
%35 = sext i8 %34 to i32
%36 = icmp eq i32 %35, 78
br i1 %36, label %37, label %53
37: ; preds = %28, %18
store i32 1, i32* %10
br label %38
38: ; preds = %49, %37
%39 = load i32, i32* %10
%40 = load i32, i32* %7
%41 = icmp sle i32 %39, %40
br i1 %41, label %42, label %52
42: ; preds = %38
%43 = load i32*, i32** %8
%44 = load i32, i32* %10
%45 = sext i32 %44 to i64
%46 = getelementptr inbounds i32, i32* %43, i64 %45
%47 = load i32, i32* %46
%48 = add nsw i32 %47, 100000000
store i32 %48, i32* %46
br label %49
49: ; preds = %42
%50 = load i32, i32* %10
%51 = add nsw i32 %50, 1
store i32 %51, i32* %10
br label %38
52: ; preds = %38
br label %97
53: ; preds = %28
%54 = load i8*, i8** %6
%55 = load i32, i32* %9
%56 = call i32 @encode_basepairs(i8* %54, i32 %55)
store i32 %56, i32* %12
%57 = load i32*, i32** %5
%58 = load i32, i32* %12
%59 = load i32, i32* %11
%60 = add i32 %58, %59
%61 = zext i32 %60 to i64
%62 = getelementptr inbounds i32, i32* %57, i64 %61
%63 = load i32, i32* %62
%64 = load i32*, i32** %8
%65 = load i32, i32* %9
%66 = sext i32 %65 to i64
%67 = getelementptr inbounds i32, i32* %64, i64 %66
%68 = load i32, i32* %67
%69 = add nsw i32 %68, %63
store i32 %69, i32* %67
%70 = load i8*, i8** %6
%71 = getelementptr inbounds [256 x i8], [256 x i8]* %13, i64 0, i64 0
%72 = load i32, i32* %9
%73 = call i32 @reverse_transcribe(i8* %70, i8* %71, i32 %72)
%74 = getelementptr inbounds [256 x i8], [256 x i8]* %13, i64 0, i64 0
%75 = load i32, i32* %9
%76 = call i32 @encode_basepairs(i8* %74, i32 %75)
store i32 %76, i32* %12
%77 = load i32*, i32** %5
%78 = load i32, i32* %12
%79 = load i32, i32* %11
%80 = add i32 %78, %79
%81 = zext i32 %80 to i64
%82 = getelementptr inbounds i32, i32* %77, i64 %81
%83 = load i32, i32* %82
%84 = load i32*, i32** %8
%85 = load i32, i32* %9
%86 = sext i32 %85 to i64
%87 = getelementptr inbounds i32, i32* %84, i64 %86
%88 = load i32, i32* %87
%89 = add nsw i32 %88, %83
store i32 %89, i32* %87
%90 = load i32, i32* %11
%91 = add i32 %90, 1
store i32 %91, i32* %11
%92 = load i32, i32* %11
%93 = shl i32 %92, 2
store i32 %93, i32* %11
br label %94
94: ; preds = %53
%95 = load i32, i32* %9
%96 = add nsw i32 %95, 1
store i32 %96, i32* %9
br label %14
97: ; preds = %52, %14
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @count_copys(i32* nocapture %0, i8* %1, i32 %2, i32* nocapture %3) {
%5 = alloca [256 x i8]
%6 = getelementptr inbounds [256 x i8], [256 x i8]* %5, i64 0, i64 0
%7 = icmp slt i32 %2, 1
br i1 %7, label %114, label %8
8: ; preds = %4
%9 = add nuw i32 %2, 1
%10 = zext i32 %9 to i64
br label %11
11: ; preds = %8, %92
%12 = phi i64 [ 1, %8 ], [ %112, %92 ]
%13 = phi i32 [ 0, %8 ], [ %111, %92 ]
%14 = add nsw i64 %12, -1
%15 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %14
%16 = load i8, i8* %15
%17 = call signext i8 @toupper(i8 signext %16)
%18 = icmp eq i8 %17, 78
br i1 %18, label %24, label %19
19: ; preds = %11
%20 = getelementptr inbounds [256 x i8], [256 x i8]* %5, i64 0, i64 %14
%21 = load i8, i8* %20
%22 = call signext i8 @toupper(i8 signext %21)
%23 = icmp eq i8 %22, 78
br i1 %23, label %24, label %92
24: ; preds = %11, %19
%25 = add nsw i64 %10, -1
%26 = icmp ult i64 %25, 8
br i1 %26, label %83, label %27
27: ; preds = %24
%28 = and i64 %25, -8
%29 = or i64 %28, 1
%30 = add nsw i64 %28, -8
%31 = lshr exact i64 %30, 3
%32 = add nuw nsw i64 %31, 1
%33 = and i64 %32, 1
%34 = icmp eq i64 %30, 0
br i1 %34, label %67, label %35
35: ; preds = %27
%36 = and i64 %32, 4611686018427387902
br label %37
37: ; preds = %37, %35
%38 = phi i64 [ 0, %35 ], [ %62, %37 ]
%39 = phi i64 [ 0, %35 ], [ %63, %37 ]
%40 = or i64 %38, 1
%41 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %40
%42 = bitcast i32* %41 to <4 x i32>*
%43 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %42
%44 = getelementptr inbounds i32, i32* %41, i64 4
%45 = bitcast i32* %44 to <4 x i32>*
%46 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %45
%47 = add nsw <4 x i32> %43, <i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000>
%48 = add nsw <4 x i32> %46, <i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000>
%49 = bitcast i32* %41 to <4 x i32>*
store <4 x i32> %47, <4 x i32>* %49
%50 = bitcast i32* %44 to <4 x i32>*
store <4 x i32> %48, <4 x i32>* %50
%51 = or i64 %38, 9
%52 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %51
%53 = bitcast i32* %52 to <4 x i32>*
%54 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %53
%55 = getelementptr inbounds i32, i32* %52, i64 4
%56 = bitcast i32* %55 to <4 x i32>*
%57 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %56
%58 = add nsw <4 x i32> %54, <i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000>
%59 = add nsw <4 x i32> %57, <i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000>
%60 = bitcast i32* %52 to <4 x i32>*
store <4 x i32> %58, <4 x i32>* %60
%61 = bitcast i32* %55 to <4 x i32>*
store <4 x i32> %59, <4 x i32>* %61
%62 = add nuw i64 %38, 16
%63 = add i64 %39, 2
%64 = icmp eq i64 %63, %36
br i1 %64, label %65, label %37
65: ; preds = %37
%66 = or i64 %62, 1
br label %67
67: ; preds = %65, %27
%68 = phi i64 [ 1, %27 ], [ %66, %65 ]
%69 = icmp eq i64 %33, 0
br i1 %69, label %81, label %70
70: ; preds = %67
%71 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %68
%72 = bitcast i32* %71 to <4 x i32>*
%73 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %72
%74 = getelementptr inbounds i32, i32* %71, i64 4
%75 = bitcast i32* %74 to <4 x i32>*
%76 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %75
%77 = add nsw <4 x i32> %73, <i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000>
%78 = add nsw <4 x i32> %76, <i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000>
%79 = bitcast i32* %71 to <4 x i32>*
store <4 x i32> %77, <4 x i32>* %79
%80 = bitcast i32* %74 to <4 x i32>*
store <4 x i32> %78, <4 x i32>* %80
br label %81
81: ; preds = %67, %70
%82 = icmp eq i64 %25, %28
br i1 %82, label %114, label %83
83: ; preds = %24, %81
%84 = phi i64 [ 1, %24 ], [ %29, %81 ]
br label %85
85: ; preds = %83, %85
%86 = phi i64 [ %90, %85 ], [ %84, %83 ]
%87 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %86
%88 = load i32, i32* %87
%89 = add nsw i32 %88, 100000000
store i32 %89, i32* %87
%90 = add nuw nsw i64 %86, 1
%91 = icmp eq i64 %90, %10
br i1 %91, label %114, label %85
92: ; preds = %19
%93 = trunc i64 %12 to i32
%94 = call i32 @encode_basepairs(i8* %1, i32 %93)
%95 = add i32 %94, %13
%96 = zext i32 %95 to i64
%97 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %96
%98 = load i32, i32* %97
%99 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %12
%100 = load i32, i32* %99
%101 = add nsw i32 %100, %98
store i32 %101, i32* %99
%102 = call i32 @reverse_transcribe(i8* %1, i8* %6, i32 %93)
%103 = call i32 @encode_basepairs(i8* %6, i32 %93)
%104 = add i32 %103, %13
%105 = zext i32 %104 to i64
%106 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %105
%107 = load i32, i32* %106
%108 = load i32, i32* %99
%109 = add nsw i32 %108, %107
store i32 %109, i32* %99
%110 = shl i32 %13, 2
%111 = or i32 %110, 4
%112 = add nuw nsw i64 %12, 1
%113 = icmp eq i64 %112, %10
br i1 %113, label %114, label %11
114: ; preds = %92, %85, %81, %4
ret void
}