#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ getGTdata(char *, char *, int, char *);
int getGTfield(char *, int);
char *realloc(char *, int);
void processSampleVCF(char *string, int GTpos, char **sampleData,
                      int *sampleDataMemSize, char *stateVector,
                      int statesTotal) {
  int i, dataSize = getGTfield(string, GTpos);
  if (dataSize + 1 > *sampleDataMemSize) {
    *sampleDataMemSize = dataSize + 1;
    *sampleData = realloc((*sampleData), (*sampleDataMemSize) * sizeof(char));
  }
  for (i = 0; i < (*sampleDataMemSize); i++)
    (*sampleData)[i] = 0;
  getGTdata(string, stateVector, statesTotal, *sampleData);
  (*sampleData)[dataSize] = 0;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<processSampleVCF>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x40,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8,-0x28(%rbp)
mov    %r9d,-0x2c(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rdi
mov    -0xc(%rbp),%esi
call   1040 <getGTfield@plt>
mov    %eax,-0x34(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
cmp    (%rcx),%eax
jle    119f <processSampleVCF+0x6f>
mov    -0x34(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    %ecx,(%rax)
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rdi
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq (%rax),%rax
shl    $0x0,%rax
mov    %eax,%esi
call   1030 <realloc@plt>
mov    %rax,%rcx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
cmp    (%rcx),%eax
jge    11d2 <processSampleVCF+0xa2>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movb   $0x0,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    11a6 <processSampleVCF+0x76>
mov    -0x8(%rbp),%rdi
mov    -0x28(%rbp),%rsi
mov    -0x2c(%rbp),%edx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rcx
call   1050 <getGTdata@plt>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
movb   $0x0,(%rax,%rcx,1)
add    $0x40,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<processSampleVCF>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
push   %rax
mov    %r9d,%r14d
mov    %r8,%r15
mov    %rcx,%rbp
mov    %rdx,%rbx
mov    %rdi,%r12
call   1040 <getGTfield@plt>
mov    %eax,%r13d
mov    0x0(%rbp),%eax
cmp    %eax,%r13d
jl     116f <processSampleVCF+0x3f>
lea    0x1(%r13),%esi
mov    %esi,0x0(%rbp)
mov    (%rbx),%rdi
call   1030 <realloc@plt>
mov    %rax,(%rbx)
mov    0x0(%rbp),%eax
test   %eax,%eax
jle    1194 <processSampleVCF+0x64>
xor    %eax,%eax
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
mov    (%rbx),%rcx
movb   $0x0,(%rcx,%rax,1)
add    $0x1,%rax
movslq 0x0(%rbp),%rcx
cmp    %rcx,%rax
jl     1180 <processSampleVCF+0x50>
mov    (%rbx),%rcx
mov    %r12,%rdi
mov    %r15,%rsi
mov    %r14d,%edx
call   1050 <getGTdata@plt>
mov    (%rbx),%rax
movslq %r13d,%rcx
movb   $0x0,(%rax,%rcx,1)
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @processSampleVCF(i8* %0, i32 %1, i8** %2, i32* %3, i8* %4, i32 %5) {
%7 = alloca i8*
%8 = alloca i32
%9 = alloca i8**
%10 = alloca i32*
%11 = alloca i8*
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
store i8* %0, i8** %7
store i32 %1, i32* %8
store i8** %2, i8*** %9
store i32* %3, i32** %10
store i8* %4, i8** %11
store i32 %5, i32* %12
%15 = load i8*, i8** %7
%16 = load i32, i32* %8
%17 = call i32 @getGTfield(i8* %15, i32 %16)
store i32 %17, i32* %14
%18 = load i32, i32* %14
%19 = add nsw i32 %18, 1
%20 = load i32*, i32** %10
%21 = load i32, i32* %20
%22 = icmp sgt i32 %19, %21
br i1 %22, label %23, label %36
23: ; preds = %6
%24 = load i32, i32* %14
%25 = add nsw i32 %24, 1
%26 = load i32*, i32** %10
store i32 %25, i32* %26
%27 = load i8**, i8*** %9
%28 = load i8*, i8** %27
%29 = load i32*, i32** %10
%30 = load i32, i32* %29
%31 = sext i32 %30 to i64
%32 = mul i64 %31, 1
%33 = trunc i64 %32 to i32
%34 = call i8* @realloc(i8* %28, i32 %33)
%35 = load i8**, i8*** %9
store i8* %34, i8** %35
br label %36
36: ; preds = %23, %6
store i32 0, i32* %13
br label %37
37: ; preds = %48, %36
%38 = load i32, i32* %13
%39 = load i32*, i32** %10
%40 = load i32, i32* %39
%41 = icmp slt i32 %38, %40
br i1 %41, label %42, label %51
42: ; preds = %37
%43 = load i8**, i8*** %9
%44 = load i8*, i8** %43
%45 = load i32, i32* %13
%46 = sext i32 %45 to i64
%47 = getelementptr inbounds i8, i8* %44, i64 %46
store i8 0, i8* %47
br label %48
48: ; preds = %42
%49 = load i32, i32* %13
%50 = add nsw i32 %49, 1
store i32 %50, i32* %13
br label %37
51: ; preds = %37
%52 = load i8*, i8** %7
%53 = load i8*, i8** %11
%54 = load i32, i32* %12
%55 = load i8**, i8*** %9
%56 = load i8*, i8** %55
%57 = call i32 @getGTdata(i8* %52, i8* %53, i32 %54, i8* %56)
%58 = load i8**, i8*** %9
%59 = load i8*, i8** %58
%60 = load i32, i32* %14
%61 = sext i32 %60 to i64
%62 = getelementptr inbounds i8, i8* %59, i64 %61
store i8 0, i8* %62
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @processSampleVCF(i8* %0, i32 %1, i8** nocapture %2, i32* nocapture %3, i8* %4, i32 %5) {
%7 = tail call i32 @getGTfield(i8* %0, i32 %1)
%8 = add nsw i32 %7, 1
%9 = load i32, i32* %3
%10 = icmp slt i32 %7, %9
br i1 %10, label %15, label %11
11: ; preds = %6
store i32 %8, i32* %3
%12 = load i8*, i8** %2
%13 = tail call i8* @realloc(i8* %12, i32 %8)
store i8* %13, i8** %2
%14 = load i32, i32* %3
br label %15
15: ; preds = %11, %6
%16 = phi i32 [ %14, %11 ], [ %9, %6 ]
%17 = icmp sgt i32 %16, 0
br i1 %17, label %18, label %26
18: ; preds = %15, %18
%19 = phi i64 [ %22, %18 ], [ 0, %15 ]
%20 = load i8*, i8** %2
%21 = getelementptr inbounds i8, i8* %20, i64 %19
store i8 0, i8* %21
%22 = add nuw nsw i64 %19, 1
%23 = load i32, i32* %3
%24 = sext i32 %23 to i64
%25 = icmp slt i64 %22, %24
br i1 %25, label %18, label %26
26: ; preds = %18, %15
%27 = load i8*, i8** %2
%28 = tail call i32 @getGTdata(i8* %0, i8* %4, i32 %5, i8* %27)
%29 = load i8*, i8** %2
%30 = sext i32 %7 to i64
%31 = getelementptr inbounds i8, i8* %29, i64 %30
store i8 0, i8* %31
ret void
}