int calculate_size_of_genome_without_gaps(char *child_sequence, int start_index,
                                          int length_of_sequence,
                                          int length_of_original_genome) {
  int i;
  int total_length_of_genome = length_of_original_genome;
  for (i = start_index; i < (start_index + length_of_sequence) &&
                        (i - start_index) < (total_length_of_genome);
       i++) {
    if (child_sequence[i] == '\0') {
      break;
    }
    if (child_sequence[i] == '-' || child_sequence[i] == 'N') {
      length_of_original_genome--;
    }
  }
  return length_of_original_genome;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<calculate_size_of_genome_without_gaps>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %edx,-0x10(%rbp)
mov    %ecx,-0x14(%rbp)
mov    -0x14(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
mov    -0xc(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%ecx
mov    -0xc(%rbp),%edx
add    -0x10(%rbp),%edx
xor    %eax,%eax
cmp    %edx,%ecx
mov    %al,-0x1d(%rbp)
jge    1142 <calculate_size_of_genome_without_gaps+0x42>
mov    -0x18(%rbp),%eax
sub    -0xc(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
setl   %al
mov    %al,-0x1d(%rbp)
mov    -0x1d(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    1152 <calculate_size_of_genome_without_gaps+0x52>
jmp    11b2 <calculate_size_of_genome_without_gaps+0xb2>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x0,%eax
jne    116c <calculate_size_of_genome_without_gaps+0x6c>
jmp    11b2 <calculate_size_of_genome_without_gaps+0xb2>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     1196 <calculate_size_of_genome_without_gaps+0x96>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x4e,%eax
jne    119f <calculate_size_of_genome_without_gaps+0x9f>
mov    -0x14(%rbp),%eax
add    $0xffffffff,%eax
mov    %eax,-0x14(%rbp)
jmp    11a4 <calculate_size_of_genome_without_gaps+0xa4>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    111d <calculate_size_of_genome_without_gaps+0x1d>
mov    -0x14(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<calculate_size_of_genome_without_gaps>:
mov    %ecx,%eax
test   %edx,%edx
jle    1158 <calculate_size_of_genome_without_gaps+0x58>
test   %eax,%eax
jle    1158 <calculate_size_of_genome_without_gaps+0x58>
add    %esi,%edx
movslq %esi,%rcx
mov    %eax,%r8d
movslq %edx,%r9
add    $0x1,%rcx
mov    $0x1,%esi
xchg   %ax,%ax
movzbl -0x1(%rdi,%rcx,1),%edx
cmp    $0x2d,%dl
je     1140 <calculate_size_of_genome_without_gaps+0x40>
cmp    $0x4e,%dl
je     1140 <calculate_size_of_genome_without_gaps+0x40>
test   %dl,%dl
jne    1143 <calculate_size_of_genome_without_gaps+0x43>
jmp    1158 <calculate_size_of_genome_without_gaps+0x58>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
add    $0xffffffff,%eax
cmp    %r9,%rcx
jge    1158 <calculate_size_of_genome_without_gaps+0x58>
add    $0x1,%rcx
lea    0x1(%rsi),%rdx
cmp    %r8,%rsi
mov    %rdx,%rsi
jl     1120 <calculate_size_of_genome_without_gaps+0x20>
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @calculate_size_of_genome_without_gaps(i8* %0, i32 %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = alloca i8*
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
store i8* %0, i8** %5
store i32 %1, i32* %6
store i32 %2, i32* %7
store i32 %3, i32* %8
%11 = load i32, i32* %8
store i32 %11, i32* %10
%12 = load i32, i32* %6
store i32 %12, i32* %9
br label %13
13: ; preds = %56, %4
%14 = load i32, i32* %9
%15 = load i32, i32* %6
%16 = load i32, i32* %7
%17 = add nsw i32 %15, %16
%18 = icmp slt i32 %14, %17
br i1 %18, label %19, label %25
19: ; preds = %13
%20 = load i32, i32* %9
%21 = load i32, i32* %6
%22 = sub nsw i32 %20, %21
%23 = load i32, i32* %10
%24 = icmp slt i32 %22, %23
br label %25
25: ; preds = %19, %13
%26 = phi i1 [ false, %13 ], [ %24, %19 ]
br i1 %26, label %27, label %59
27: ; preds = %25
%28 = load i8*, i8** %5
%29 = load i32, i32* %9
%30 = sext i32 %29 to i64
%31 = getelementptr inbounds i8, i8* %28, i64 %30
%32 = load i8, i8* %31
%33 = sext i8 %32 to i32
%34 = icmp eq i32 %33, 0
br i1 %34, label %35, label %36
35: ; preds = %27
br label %59
36: ; preds = %27
%37 = load i8*, i8** %5
%38 = load i32, i32* %9
%39 = sext i32 %38 to i64
%40 = getelementptr inbounds i8, i8* %37, i64 %39
%41 = load i8, i8* %40
%42 = sext i8 %41 to i32
%43 = icmp eq i32 %42, 45
br i1 %43, label %52, label %44
44: ; preds = %36
%45 = load i8*, i8** %5
%46 = load i32, i32* %9
%47 = sext i32 %46 to i64
%48 = getelementptr inbounds i8, i8* %45, i64 %47
%49 = load i8, i8* %48
%50 = sext i8 %49 to i32
%51 = icmp eq i32 %50, 78
br i1 %51, label %52, label %55
52: ; preds = %44, %36
%53 = load i32, i32* %8
%54 = add nsw i32 %53, -1
store i32 %54, i32* %8
br label %55
55: ; preds = %52, %44
br label %56
56: ; preds = %55
%57 = load i32, i32* %9
%58 = add nsw i32 %57, 1
store i32 %58, i32* %9
br label %13
59: ; preds = %35, %25
%60 = load i32, i32* %8
ret i32 %60
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @calculate_size_of_genome_without_gaps(i8* nocapture %0, i32 %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = icmp sgt i32 %2, 0
%6 = icmp sgt i32 %3, 0
%7 = and i1 %5, %6
br i1 %7, label %8, label %27
8: ; preds = %4
%9 = add nsw i32 %2, %1
%10 = sext i32 %1 to i64
%11 = zext i32 %3 to i64
%12 = sext i32 %9 to i64
br label %13
13: ; preds = %8, %20
%14 = phi i64 [ %10, %8 ], [ %22, %20 ]
%15 = phi i32 [ %3, %8 ], [ %21, %20 ]
%16 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %14
%17 = load i8, i8* %16
switch i8 %17, label %20 [
i8 0, label %27
i8 45, label %18
i8 78, label %18
]
18: ; preds = %13, %13
%19 = add nsw i32 %15, -1
br label %20
20: ; preds = %13, %18
%21 = phi i32 [ %19, %18 ], [ %15, %13 ]
%22 = add nsw i64 %14, 1
%23 = icmp slt i64 %22, %12
%24 = sub nsw i64 %22, %10
%25 = icmp slt i64 %24, %11
%26 = select i1 %23, i1 %25, i1 false
br i1 %26, label %13, label %27
27: ; preds = %20, %13, %4
%28 = phi i32 [ %3, %4 ], [ %15, %13 ], [ %21, %20 ]
ret i32 %28
}