int shscore(unsigned char *aa0, int n0, int **pam2) {
  int i, sum;
  for (i = 0, sum = 0; i < n0; i++)
    sum += pam2[aa0[i]][aa0[i]];
  return sum;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<shscore>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    1160 <shscore+0x60>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
movslq -0x1c(%rbp),%rdx
movzbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
movslq -0x1c(%rbp),%rdx
movzbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
add    -0x20(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    111d <shscore+0x1d>
mov    -0x20(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<shscore>:
test   %esi,%esi
jle    111e <shscore+0x1e>
mov    %esi,%r9d
lea    -0x1(%r9),%rax
mov    %r9d,%r8d
and    $0x3,%r8d
cmp    $0x3,%rax
jae    1121 <shscore+0x21>
xor    %esi,%esi
xor    %eax,%eax
jmp    1170 <shscore+0x70>
xor    %eax,%eax
ret
and    $0xfffffffc,%r9d
xor    %esi,%esi
xor    %eax,%eax
nopl   0x0(%rax)
movzbl (%rdi,%rsi,1),%r10d
mov    (%rdx,%r10,8),%rcx
add    (%rcx,%r10,4),%eax
movzbl 0x1(%rdi,%rsi,1),%r10d
mov    (%rdx,%r10,8),%rcx
add    (%rcx,%r10,4),%eax
movzbl 0x2(%rdi,%rsi,1),%r10d
mov    (%rdx,%r10,8),%rcx
add    (%rcx,%r10,4),%eax
movzbl 0x3(%rdi,%rsi,1),%r10d
mov    (%rdx,%r10,8),%rcx
add    (%rcx,%r10,4),%eax
add    $0x4,%rsi
cmp    %rsi,%r9
jne    1130 <shscore+0x30>
test   %r8,%r8
je     1196 <shscore+0x96>
add    %rsi,%rdi
xor    %ecx,%ecx
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
movzbl (%rdi,%rcx,1),%r9d
mov    (%rdx,%r9,8),%rsi
add    (%rsi,%r9,4),%eax
add    $0x1,%rcx
cmp    %rcx,%r8
jne    1180 <shscore+0x80>
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @shscore(i8* %0, i32 %1, i32** %2) {
%4 = alloca i8*
%5 = alloca i32
%6 = alloca i32**
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
store i8* %0, i8** %4
store i32 %1, i32* %5
store i32** %2, i32*** %6
store i32 0, i32* %7
store i32 0, i32* %8
br label %9
9: ; preds = %33, %3
%10 = load i32, i32* %7
%11 = load i32, i32* %5
%12 = icmp slt i32 %10, %11
br i1 %12, label %13, label %36
13: ; preds = %9
%14 = load i32**, i32*** %6
%15 = load i8*, i8** %4
%16 = load i32, i32* %7
%17 = sext i32 %16 to i64
%18 = getelementptr inbounds i8, i8* %15, i64 %17
%19 = load i8, i8* %18
%20 = zext i8 %19 to i64
%21 = getelementptr inbounds i32*, i32** %14, i64 %20
%22 = load i32*, i32** %21
%23 = load i8*, i8** %4
%24 = load i32, i32* %7
%25 = sext i32 %24 to i64
%26 = getelementptr inbounds i8, i8* %23, i64 %25
%27 = load i8, i8* %26
%28 = zext i8 %27 to i64
%29 = getelementptr inbounds i32, i32* %22, i64 %28
%30 = load i32, i32* %29
%31 = load i32, i32* %8
%32 = add nsw i32 %31, %30
store i32 %32, i32* %8
br label %33
33: ; preds = %13
%34 = load i32, i32* %7
%35 = add nsw i32 %34, 1
store i32 %35, i32* %7
br label %9
36: ; preds = %9
%37 = load i32, i32* %8
ret i32 %37
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @shscore(i8* nocapture %0, i32 %1, i32** nocapture %2) {
%4 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %4, label %5, label %74
5: ; preds = %3
%6 = zext i32 %1 to i64
%7 = add nsw i64 %6, -1
%8 = and i64 %6, 3
%9 = icmp ult i64 %7, 3
br i1 %9, label %54, label %10
10: ; preds = %5
%11 = and i64 %6, 4294967292
br label %12
12: ; preds = %12, %10
%13 = phi i64 [ 0, %10 ], [ %51, %12 ]
%14 = phi i32 [ 0, %10 ], [ %50, %12 ]
%15 = phi i64 [ 0, %10 ], [ %52, %12 ]
%16 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %13
%17 = load i8, i8* %16
%18 = zext i8 %17 to i64
%19 = getelementptr inbounds i32*, i32** %2, i64 %18
%20 = load i32*, i32** %19
%21 = getelementptr inbounds i32, i32* %20, i64 %18
%22 = load i32, i32* %21
%23 = add nsw i32 %22, %14
%24 = or i64 %13, 1
%25 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %24
%26 = load i8, i8* %25
%27 = zext i8 %26 to i64
%28 = getelementptr inbounds i32*, i32** %2, i64 %27
%29 = load i32*, i32** %28
%30 = getelementptr inbounds i32, i32* %29, i64 %27
%31 = load i32, i32* %30
%32 = add nsw i32 %31, %23
%33 = or i64 %13, 2
%34 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %33
%35 = load i8, i8* %34
%36 = zext i8 %35 to i64
%37 = getelementptr inbounds i32*, i32** %2, i64 %36
%38 = load i32*, i32** %37
%39 = getelementptr inbounds i32, i32* %38, i64 %36
%40 = load i32, i32* %39
%41 = add nsw i32 %40, %32
%42 = or i64 %13, 3
%43 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %42
%44 = load i8, i8* %43
%45 = zext i8 %44 to i64
%46 = getelementptr inbounds i32*, i32** %2, i64 %45
%47 = load i32*, i32** %46
%48 = getelementptr inbounds i32, i32* %47, i64 %45
%49 = load i32, i32* %48
%50 = add nsw i32 %49, %41
%51 = add nuw nsw i64 %13, 4
%52 = add i64 %15, 4
%53 = icmp eq i64 %52, %11
br i1 %53, label %54, label %12
54: ; preds = %12, %5
%55 = phi i32 [ undef, %5 ], [ %50, %12 ]
%56 = phi i64 [ 0, %5 ], [ %51, %12 ]
%57 = phi i32 [ 0, %5 ], [ %50, %12 ]
%58 = icmp eq i64 %8, 0
br i1 %58, label %74, label %59
59: ; preds = %54, %59
%60 = phi i64 [ %71, %59 ], [ %56, %54 ]
%61 = phi i32 [ %70, %59 ], [ %57, %54 ]
%62 = phi i64 [ %72, %59 ], [ 0, %54 ]
%63 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %60
%64 = load i8, i8* %63
%65 = zext i8 %64 to i64
%66 = getelementptr inbounds i32*, i32** %2, i64 %65
%67 = load i32*, i32** %66
%68 = getelementptr inbounds i32, i32* %67, i64 %65
%69 = load i32, i32* %68
%70 = add nsw i32 %69, %61
%71 = add nuw nsw i64 %60, 1
%72 = add i64 %62, 1
%73 = icmp eq i64 %72, %8
br i1 %73, label %74, label %59
74: ; preds = %54, %59, %3
%75 = phi i32 [ 0, %3 ], [ %55, %54 ], [ %70, %59 ]
ret i32 %75
}