#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */
typedef int /*<<< orphan*/ FILE;

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ fprintf(int /*<<< orphan*/, char *, int, int);
int /*<<< orphan*/ stderr;
int strlen(char *);
float seq_identity(char *seq1, char *seq2, int *nid, int *align_len,
                   FILE *OUTPUT) {
  int i, len;
  len = strlen(seq1);
  (*nid) = 0;
  (*align_len) = len;
  if (len != strlen(seq2)) {
    fprintf(stderr, "error: sequences are of different lengths (%d and %d)\n",
            len, strlen(seq2));
    return -1.0;
  }
  for (i = 0; i < len; ++i) {
    if (seq1[i] != ' ' && seq2[i] != ' ' && seq1[i] == seq2[i])
      (*nid)++;
  }
  for (i = 0; i < len; ++i) {
    if (seq1[i] != ' ' && seq2[i] != ' ')
      break;
    (*align_len)--;
  }
  for (i = len - 1; i >= 0; --i) {
    if (seq1[i] != ' ' && seq2[i] != ' ')
      break;
    (*align_len)--;
  }
  return (float)(100 * (float)(*nid) / (float)(*align_len));
}


x86 assembly (clang, -O0):
<seq_identity>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x50,%rsp
mov    %rdi,-0x10(%rbp)
mov    %rsi,-0x18(%rbp)
mov    %rdx,-0x20(%rbp)
mov    %rcx,-0x28(%rbp)
mov    %r8,-0x30(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,-0x38(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%rax
movl   $0x0,(%rax)
mov    -0x38(%rbp),%ecx
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    %ecx,(%rax)
mov    -0x38(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,%ecx
mov    -0x3c(%rbp),%eax
cmp    %ecx,%eax
je     11b8 <seq_identity+0x98>
mov    0x2e62(%rip),%rax
mov    (%rax),%eax
mov    %eax,-0x44(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x40(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
mov    -0x44(%rbp),%edi
mov    -0x40(%rbp),%edx
mov    %eax,%ecx
lea    0xe67(%rip),%rsi
call   1040 <fprintf@plt>
movss  0xe56(%rip),%xmm0
movss  %xmm0,-0x4(%rbp)
jmp    130e <seq_identity+0x1ee>
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
cmp    -0x38(%rbp),%eax
jge    1233 <seq_identity+0x113>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x20,%eax
je     1220 <seq_identity+0x100>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x20,%eax
je     1220 <seq_identity+0x100>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
movslq -0x34(%rbp),%rdx
movsbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jne    1220 <seq_identity+0x100>
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    (%rax),%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    %ecx,(%rax)
jmp    1225 <seq_identity+0x105>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    11bf <seq_identity+0x9f>
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
cmp    -0x38(%rbp),%eax
jge    128e <seq_identity+0x16e>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x20,%eax
je     1275 <seq_identity+0x155>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x20,%eax
je     1275 <seq_identity+0x155>
jmp    128e <seq_identity+0x16e>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    (%rax),%ecx
add    $0xffffffff,%ecx
mov    %ecx,(%rax)
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    123a <seq_identity+0x11a>
mov    -0x38(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
cmpl   $0x0,-0x34(%rbp)
jl     12e9 <seq_identity+0x1c9>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x20,%eax
je     12d0 <seq_identity+0x1b0>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x20,%eax
je     12d0 <seq_identity+0x1b0>
jmp    12e9 <seq_identity+0x1c9>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    (%rax),%ecx
add    $0xffffffff,%ecx
mov    %ecx,(%rax)
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0xffffffff,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    1297 <seq_identity+0x177>
mov    -0x20(%rbp),%rax
cvtsi2ssl (%rax),%xmm1
movss  0xd07(%rip),%xmm0
mulss  %xmm1,%xmm0
mov    -0x28(%rbp),%rax
cvtsi2ssl (%rax),%xmm1
divss  %xmm1,%xmm0
movss  %xmm0,-0x4(%rbp)
movss  -0x4(%rbp),%xmm0
add    $0x50,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<seq_identity>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
push   %rax
mov    %rcx,%r14
mov    %rdx,%r15
mov    %rsi,%r12
mov    %rdi,%rbp
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,%r13d
movl   $0x0,(%r15)
mov    %eax,(%r14)
mov    %r12,%rdi
call   1030 <strlen@plt>
cmp    %eax,%r13d
jne    1207 <seq_identity+0xe7>
test   %r13d,%r13d
jle    11ef <seq_identity+0xcf>
mov    %r13d,%eax
cmp    $0x1,%r13d
jne    1242 <seq_identity+0x122>
xor    %ecx,%ecx
test   $0x1,%al
je     1190 <seq_identity+0x70>
mov    0x0(%rbp,%rcx,1),%dl
cmp    $0x20,%dl
je     1190 <seq_identity+0x70>
mov    (%r12,%rcx,1),%cl
cmp    $0x20,%cl
je     1190 <seq_identity+0x70>
cmp    %cl,%dl
jne    1190 <seq_identity+0x70>
addl   $0x1,(%r15)
test   %r13d,%r13d
jle    11ef <seq_identity+0xcf>
xor    %ecx,%ecx
jmp    11ad <seq_identity+0x8d>
nopl   0x0(%rax)
addl   $0xffffffff,(%r14)
add    $0x1,%rcx
cmp    %rcx,%rax
je     11bb <seq_identity+0x9b>
cmpb   $0x20,0x0(%rbp,%rcx,1)
je     11a0 <seq_identity+0x80>
cmpb   $0x20,(%r12,%rcx,1)
je     11a0 <seq_identity+0x80>
test   %r13d,%r13d
jle    11ef <seq_identity+0xcf>
add    $0x1,%rax
jmp    11de <seq_identity+0xbe>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
addl   $0xffffffff,(%r14)
add    $0xffffffffffffffff,%rax
cmp    $0x1,%rax
jbe    11ef <seq_identity+0xcf>
lea    -0x2(%rax),%ecx
cmpb   $0x20,0x0(%rbp,%rcx,1)
je     11d0 <seq_identity+0xb0>
cmpb   $0x20,(%r12,%rcx,1)
je     11d0 <seq_identity+0xb0>
cvtsi2ssl (%r15),%xmm0
mulss  0xe08(%rip),%xmm0
cvtsi2ssl (%r14),%xmm1
divss  %xmm1,%xmm0
jmp    1233 <seq_identity+0x113>
mov    0x2dd2(%rip),%rax
mov    (%rax),%ebx
mov    %r12,%rdi
call   1030 <strlen@plt>
lea    0xde9(%rip),%rsi
mov    %ebx,%edi
mov    %r13d,%edx
mov    %eax,%ecx
call   1040 <fprintf@plt>
movss  0xdcd(%rip),%xmm0
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret
mov    %eax,%esi
and    $0xfffffffe,%esi
xor    %ecx,%ecx
jmp    125d <seq_identity+0x13d>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x2,%rcx
cmp    %rcx,%rsi
je     1172 <seq_identity+0x52>
movzbl 0x0(%rbp,%rcx,1),%edx
cmp    $0x20,%dl
je     1279 <seq_identity+0x159>
movzbl (%r12,%rcx,1),%ebx
cmp    $0x20,%bl
je     1279 <seq_identity+0x159>
cmp    %bl,%dl
jne    1279 <seq_identity+0x159>
addl   $0x1,(%r15)
movzbl 0x1(%rbp,%rcx,1),%edx
cmp    $0x20,%dl
je     1250 <seq_identity+0x130>
movzbl 0x1(%r12,%rcx,1),%ebx
cmp    $0x20,%bl
je     1250 <seq_identity+0x130>
cmp    %bl,%dl
jne    1250 <seq_identity+0x130>
addl   $0x1,(%r15)
jmp    1250 <seq_identity+0x130>

LLVM IR (-O0):
@stderr = global i32 0
@.str = [55 x i8] c"error: sequences are of different lengths (%d and %d)\0A\00"
define float @seq_identity(i8* %0, i8* %1, i32* %2, i32* %3, i32* %4) {
%6 = alloca float
%7 = alloca i8*
%8 = alloca i8*
%9 = alloca i32*
%10 = alloca i32*
%11 = alloca i32*
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
store i8* %0, i8** %7
store i8* %1, i8** %8
store i32* %2, i32** %9
store i32* %3, i32** %10
store i32* %4, i32** %11
%14 = load i8*, i8** %7
%15 = call i32 @strlen(i8* %14)
store i32 %15, i32* %13
%16 = load i32*, i32** %9
store i32 0, i32* %16
%17 = load i32, i32* %13
%18 = load i32*, i32** %10
store i32 %17, i32* %18
%19 = load i32, i32* %13
%20 = load i8*, i8** %8
%21 = call i32 @strlen(i8* %20)
%22 = icmp ne i32 %19, %21
br i1 %22, label %23, label %29
23: ; preds = %5
%24 = load i32, i32* @stderr
%25 = load i32, i32* %13
%26 = load i8*, i8** %8
%27 = call i32 @strlen(i8* %26)
%28 = call i32 @fprintf(i32 %24, i8* getelementptr inbounds ([55 x i8], [55 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 %25, i32 %27)
store float -1.000000e+00, float* %6
br label %140
29: ; preds = %5
store i32 0, i32* %12
br label %30
30: ; preds = %69, %29
%31 = load i32, i32* %12
%32 = load i32, i32* %13
%33 = icmp slt i32 %31, %32
br i1 %33, label %34, label %72
34: ; preds = %30
%35 = load i8*, i8** %7
%36 = load i32, i32* %12
%37 = sext i32 %36 to i64
%38 = getelementptr inbounds i8, i8* %35, i64 %37
%39 = load i8, i8* %38
%40 = sext i8 %39 to i32
%41 = icmp ne i32 %40, 32
br i1 %41, label %42, label %68
42: ; preds = %34
%43 = load i8*, i8** %8
%44 = load i32, i32* %12
%45 = sext i32 %44 to i64
%46 = getelementptr inbounds i8, i8* %43, i64 %45
%47 = load i8, i8* %46
%48 = sext i8 %47 to i32
%49 = icmp ne i32 %48, 32
br i1 %49, label %50, label %68
50: ; preds = %42
%51 = load i8*, i8** %7
%52 = load i32, i32* %12
%53 = sext i32 %52 to i64
%54 = getelementptr inbounds i8, i8* %51, i64 %53
%55 = load i8, i8* %54
%56 = sext i8 %55 to i32
%57 = load i8*, i8** %8
%58 = load i32, i32* %12
%59 = sext i32 %58 to i64
%60 = getelementptr inbounds i8, i8* %57, i64 %59
%61 = load i8, i8* %60
%62 = sext i8 %61 to i32
%63 = icmp eq i32 %56, %62
br i1 %63, label %64, label %68
64: ; preds = %50
%65 = load i32*, i32** %9
%66 = load i32, i32* %65
%67 = add nsw i32 %66, 1
store i32 %67, i32* %65
br label %68
68: ; preds = %64, %50, %42, %34
br label %69
69: ; preds = %68
%70 = load i32, i32* %12
%71 = add nsw i32 %70, 1
store i32 %71, i32* %12
br label %30
72: ; preds = %30
store i32 0, i32* %12
br label %73
73: ; preds = %98, %72
%74 = load i32, i32* %12
%75 = load i32, i32* %13
%76 = icmp slt i32 %74, %75
br i1 %76, label %77, label %101
77: ; preds = %73
%78 = load i8*, i8** %7
%79 = load i32, i32* %12
%80 = sext i32 %79 to i64
%81 = getelementptr inbounds i8, i8* %78, i64 %80
%82 = load i8, i8* %81
%83 = sext i8 %82 to i32
%84 = icmp ne i32 %83, 32
br i1 %84, label %85, label %94
85: ; preds = %77
%86 = load i8*, i8** %8
%87 = load i32, i32* %12
%88 = sext i32 %87 to i64
%89 = getelementptr inbounds i8, i8* %86, i64 %88
%90 = load i8, i8* %89
%91 = sext i8 %90 to i32
%92 = icmp ne i32 %91, 32
br i1 %92, label %93, label %94
93: ; preds = %85
br label %101
94: ; preds = %85, %77
%95 = load i32*, i32** %10
%96 = load i32, i32* %95
%97 = add nsw i32 %96, -1
store i32 %97, i32* %95
br label %98
98: ; preds = %94
%99 = load i32, i32* %12
%100 = add nsw i32 %99, 1
store i32 %100, i32* %12
br label %73
101: ; preds = %93, %73
%102 = load i32, i32* %13
%103 = sub nsw i32 %102, 1
store i32 %103, i32* %12
br label %104
104: ; preds = %128, %101
%105 = load i32, i32* %12
%106 = icmp sge i32 %105, 0
br i1 %106, label %107, label %131
107: ; preds = %104
%108 = load i8*, i8** %7
%109 = load i32, i32* %12
%110 = sext i32 %109 to i64
%111 = getelementptr inbounds i8, i8* %108, i64 %110
%112 = load i8, i8* %111
%113 = sext i8 %112 to i32
%114 = icmp ne i32 %113, 32
br i1 %114, label %115, label %124
115: ; preds = %107
%116 = load i8*, i8** %8
%117 = load i32, i32* %12
%118 = sext i32 %117 to i64
%119 = getelementptr inbounds i8, i8* %116, i64 %118
%120 = load i8, i8* %119
%121 = sext i8 %120 to i32
%122 = icmp ne i32 %121, 32
br i1 %122, label %123, label %124
123: ; preds = %115
br label %131
124: ; preds = %115, %107
%125 = load i32*, i32** %10
%126 = load i32, i32* %125
%127 = add nsw i32 %126, -1
store i32 %127, i32* %125
br label %128
128: ; preds = %124
%129 = load i32, i32* %12
%130 = add nsw i32 %129, -1
store i32 %130, i32* %12
br label %104
131: ; preds = %123, %104
%132 = load i32*, i32** %9
%133 = load i32, i32* %132
%134 = sitofp i32 %133 to float
%135 = fmul float 1.000000e+02, %134
%136 = load i32*, i32** %10
%137 = load i32, i32* %136
%138 = sitofp i32 %137 to float
%139 = fdiv float %135, %138
store float %139, float* %6
br label %140
140: ; preds = %131, %23
%141 = load float, float* %6
ret float %141
}

LLVM IR (-O2):
@stderr = global i32 0
@.str = [55 x i8] c"error: sequences are of different lengths (%d and %d)\0A\00"
define float @seq_identity(i8* %0, i8* %1, i32* nocapture %2, i32* nocapture %3, i32* nocapture readnone %4) {
%6 = tail call i32 @strlen(i8* %0)
store i32 0, i32* %2
store i32 %6, i32* %3
%7 = tail call i32 @strlen(i8* %1)
%8 = icmp eq i32 %6, %7
br i1 %8, label %9, label %17
9: ; preds = %5
%10 = icmp sgt i32 %6, 0
br i1 %10, label %11, label %105
11: ; preds = %9
%12 = zext i32 %6 to i64
%13 = and i64 %12, 1
%14 = icmp eq i32 %6, 1
br i1 %14, label %21, label %15
15: ; preds = %11
%16 = and i64 %12, 4294967294
br label %40
17: ; preds = %5
%18 = load i32, i32* @stderr
%19 = tail call i32 @strlen(i8* %1)
%20 = tail call i32 @fprintf(i32 %18, i8* getelementptr inbounds ([55 x i8], [55 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 %6, i32 %19)
br label %112
21: ; preds = %69, %11
%22 = phi i64 [ 0, %11 ], [ %70, %69 ]
%23 = icmp eq i64 %13, 0
br i1 %23, label %37, label %24
24: ; preds = %21
%25 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %22
%26 = load i8, i8* %25
%27 = icmp eq i8 %26, 32
br i1 %27, label %37, label %28
28: ; preds = %24
%29 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %22
%30 = load i8, i8* %29
%31 = icmp ne i8 %30, 32
%32 = icmp eq i8 %26, %30
%33 = select i1 %31, i1 %32, i1 false
br i1 %33, label %34, label %37
34: ; preds = %28
%35 = load i32, i32* %2
%36 = add nsw i32 %35, 1
store i32 %36, i32* %2
br label %37
37: ; preds = %24, %28, %34, %21
br i1 %10, label %38, label %105
38: ; preds = %37
%39 = zext i32 %6 to i64
br label %73
40: ; preds = %69, %15
%41 = phi i64 [ 0, %15 ], [ %70, %69 ]
%42 = phi i64 [ 0, %15 ], [ %71, %69 ]
%43 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %41
%44 = load i8, i8* %43
%45 = icmp eq i8 %44, 32
br i1 %45, label %55, label %46
46: ; preds = %40
%47 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %41
%48 = load i8, i8* %47
%49 = icmp ne i8 %48, 32
%50 = icmp eq i8 %44, %48
%51 = select i1 %49, i1 %50, i1 false
br i1 %51, label %52, label %55
52: ; preds = %46
%53 = load i32, i32* %2
%54 = add nsw i32 %53, 1
store i32 %54, i32* %2
br label %55
55: ; preds = %40, %46, %52
%56 = or i64 %41, 1
%57 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %56
%58 = load i8, i8* %57
%59 = icmp eq i8 %58, 32
br i1 %59, label %69, label %60
60: ; preds = %55
%61 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %56
%62 = load i8, i8* %61
%63 = icmp ne i8 %62, 32
%64 = icmp eq i8 %58, %62
%65 = select i1 %63, i1 %64, i1 false
br i1 %65, label %66, label %69
66: ; preds = %60
%67 = load i32, i32* %2
%68 = add nsw i32 %67, 1
store i32 %68, i32* %2
br label %69
69: ; preds = %66, %60, %55
%70 = add nuw nsw i64 %41, 2
%71 = add i64 %42, 2
%72 = icmp eq i64 %71, %16
br i1 %72, label %21, label %40
73: ; preds = %38, %82
%74 = phi i64 [ 0, %38 ], [ %85, %82 ]
%75 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %74
%76 = load i8, i8* %75
%77 = icmp eq i8 %76, 32
br i1 %77, label %82, label %78
78: ; preds = %73
%79 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %74
%80 = load i8, i8* %79
%81 = icmp eq i8 %80, 32
br i1 %81, label %82, label %87
82: ; preds = %78, %73
%83 = load i32, i32* %3
%84 = add nsw i32 %83, -1
store i32 %84, i32* %3
%85 = add nuw nsw i64 %74, 1
%86 = icmp eq i64 %85, %39
br i1 %86, label %87, label %73
87: ; preds = %82, %78
br i1 %10, label %88, label %105
88: ; preds = %87
%89 = zext i32 %6 to i64
br label %90
90: ; preds = %88, %101
%91 = phi i64 [ %89, %88 ], [ %92, %101 ]
%92 = add nsw i64 %91, -1
%93 = and i64 %92, 4294967295
%94 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %93
%95 = load i8, i8* %94
%96 = icmp eq i8 %95, 32
br i1 %96, label %101, label %97
97: ; preds = %90
%98 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %93
%99 = load i8, i8* %98
%100 = icmp eq i8 %99, 32
br i1 %100, label %101, label %105
101: ; preds = %97, %90
%102 = load i32, i32* %3
%103 = add nsw i32 %102, -1
store i32 %103, i32* %3
%104 = icmp ugt i64 %91, 1
br i1 %104, label %90, label %105
105: ; preds = %101, %97, %9, %37, %87
%106 = load i32, i32* %2
%107 = sitofp i32 %106 to float
%108 = fmul float %107, 1.000000e+02
%109 = load i32, i32* %3
%110 = sitofp i32 %109 to float
%111 = fdiv float %108, %110
br label %112
112: ; preds = %105, %17
%113 = phi float [ -1.000000e+00, %17 ], [ %111, %105 ]
ret float %113
}