double calc_dist(char *aln1, char *aln2, int len) {
  double f = 0.0;
  int i;
  for (i = 0; i < len; i++) {
    if (aln1[i] == aln2[i]) {
      f += 1.0;
    }
  }
  f /= (double)(len);
  return f;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<calc_dist>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    116f <calc_dist+0x6f>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
movslq -0x24(%rbp),%rdx
movsbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jne    115c <calc_dist+0x5c>
movsd  0xeae(%rip),%xmm0
addsd  -0x20(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x20(%rbp)
jmp    1161 <calc_dist+0x61>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    111e <calc_dist+0x1e>
cvtsi2sdl -0x14(%rbp),%xmm1
movsd  -0x20(%rbp),%xmm0
divsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x20(%rbp)
movsd  -0x20(%rbp),%xmm0
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<calc_dist>:
test   %edx,%edx
jle    1160 <calc_dist+0x60>
mov    %edx,%r9d
lea    -0x1(%r9),%rcx
mov    %r9d,%r8d
and    $0x3,%r8d
cmp    $0x3,%rcx
jae    1170 <calc_dist+0x70>
xorpd  %xmm1,%xmm1
xor    %ecx,%ecx
movapd %xmm1,%xmm0
test   %r8,%r8
je     1164 <calc_dist+0x64>
add    %rcx,%rsi
add    %rcx,%rdi
xor    %eax,%eax
movsd  0xec9(%rip),%xmm2
movapd %xmm1,%xmm0
jmp    114d <calc_dist+0x4d>
nopl   (%rax)
add    $0x1,%rax
movapd %xmm0,%xmm1
cmp    %rax,%r8
je     1164 <calc_dist+0x64>
movzbl (%rdi,%rax,1),%ecx
addsd  %xmm2,%xmm0
cmp    (%rsi,%rax,1),%cl
je     1140 <calc_dist+0x40>
movapd %xmm1,%xmm0
jmp    1140 <calc_dist+0x40>
xorpd  %xmm0,%xmm0
xorps  %xmm1,%xmm1
cvtsi2sd %edx,%xmm1
divsd  %xmm1,%xmm0
ret
and    $0xfffffffc,%r9d
xorpd  %xmm1,%xmm1
xor    %ecx,%ecx
movsd  0xe7e(%rip),%xmm0
jmp    1199 <calc_dist+0x99>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
add    $0x4,%rcx
cmp    %rcx,%r9
je     111e <calc_dist+0x1e>
movzbl (%rdi,%rcx,1),%eax
cmp    (%rsi,%rcx,1),%al
jne    11a6 <calc_dist+0xa6>
addsd  %xmm0,%xmm1
movzbl 0x1(%rdi,%rcx,1),%eax
cmp    0x1(%rsi,%rcx,1),%al
jne    11b5 <calc_dist+0xb5>
addsd  %xmm0,%xmm1
movzbl 0x2(%rdi,%rcx,1),%eax
cmp    0x2(%rsi,%rcx,1),%al
jne    11c4 <calc_dist+0xc4>
addsd  %xmm0,%xmm1
movzbl 0x3(%rdi,%rcx,1),%eax
cmp    0x3(%rsi,%rcx,1),%al
jne    1190 <calc_dist+0x90>
addsd  %xmm0,%xmm1
jmp    1190 <calc_dist+0x90>

LLVM IR (-O0):
define double @calc_dist(i8* %0, i8* %1, i32 %2) {
%4 = alloca i8*
%5 = alloca i8*
%6 = alloca i32
%7 = alloca double
%8 = alloca i32
store i8* %0, i8** %4
store i8* %1, i8** %5
store i32 %2, i32* %6
store double 0.000000e+00, double* %7
store i32 0, i32* %8
br label %9
9: ; preds = %31, %3
%10 = load i32, i32* %8
%11 = load i32, i32* %6
%12 = icmp slt i32 %10, %11
br i1 %12, label %13, label %34
13: ; preds = %9
%14 = load i8*, i8** %4
%15 = load i32, i32* %8
%16 = sext i32 %15 to i64
%17 = getelementptr inbounds i8, i8* %14, i64 %16
%18 = load i8, i8* %17
%19 = sext i8 %18 to i32
%20 = load i8*, i8** %5
%21 = load i32, i32* %8
%22 = sext i32 %21 to i64
%23 = getelementptr inbounds i8, i8* %20, i64 %22
%24 = load i8, i8* %23
%25 = sext i8 %24 to i32
%26 = icmp eq i32 %19, %25
br i1 %26, label %27, label %30
27: ; preds = %13
%28 = load double, double* %7
%29 = fadd double %28, 1.000000e+00
store double %29, double* %7
br label %30
30: ; preds = %27, %13
br label %31
31: ; preds = %30
%32 = load i32, i32* %8
%33 = add nsw i32 %32, 1
store i32 %33, i32* %8
br label %9
34: ; preds = %9
%35 = load i32, i32* %6
%36 = sitofp i32 %35 to double
%37 = load double, double* %7
%38 = fdiv double %37, %36
store double %38, double* %7
%39 = load double, double* %7
ret double %39
}

LLVM IR (-O2):
define double @calc_dist(i8* nocapture %0, i8* nocapture %1, i32 %2) {
%4 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %4, label %5, label %69
5: ; preds = %3
%6 = zext i32 %2 to i64
%7 = add nsw i64 %6, -1
%8 = and i64 %6, 3
%9 = icmp ult i64 %7, 3
br i1 %9, label %50, label %10
10: ; preds = %5
%11 = and i64 %6, 4294967292
br label %12
12: ; preds = %12, %10
%13 = phi i64 [ 0, %10 ], [ %47, %12 ]
%14 = phi double [ 0.000000e+00, %10 ], [ %46, %12 ]
%15 = phi i64 [ 0, %10 ], [ %48, %12 ]
%16 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %13
%17 = load i8, i8* %16
%18 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %13
%19 = load i8, i8* %18
%20 = icmp eq i8 %17, %19
%21 = fadd double %14, 1.000000e+00
%22 = select i1 %20, double %21, double %14
%23 = or i64 %13, 1
%24 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %23
%25 = load i8, i8* %24
%26 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %23
%27 = load i8, i8* %26
%28 = icmp eq i8 %25, %27
%29 = fadd double %22, 1.000000e+00
%30 = select i1 %28, double %29, double %22
%31 = or i64 %13, 2
%32 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %31
%33 = load i8, i8* %32
%34 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %31
%35 = load i8, i8* %34
%36 = icmp eq i8 %33, %35
%37 = fadd double %30, 1.000000e+00
%38 = select i1 %36, double %37, double %30
%39 = or i64 %13, 3
%40 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %39
%41 = load i8, i8* %40
%42 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %39
%43 = load i8, i8* %42
%44 = icmp eq i8 %41, %43
%45 = fadd double %38, 1.000000e+00
%46 = select i1 %44, double %45, double %38
%47 = add nuw nsw i64 %13, 4
%48 = add i64 %15, 4
%49 = icmp eq i64 %48, %11
br i1 %49, label %50, label %12
50: ; preds = %12, %5
%51 = phi double [ undef, %5 ], [ %46, %12 ]
%52 = phi i64 [ 0, %5 ], [ %47, %12 ]
%53 = phi double [ 0.000000e+00, %5 ], [ %46, %12 ]
%54 = icmp eq i64 %8, 0
br i1 %54, label %69, label %55
55: ; preds = %50, %55
%56 = phi i64 [ %66, %55 ], [ %52, %50 ]
%57 = phi double [ %65, %55 ], [ %53, %50 ]
%58 = phi i64 [ %67, %55 ], [ 0, %50 ]
%59 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %56
%60 = load i8, i8* %59
%61 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %56
%62 = load i8, i8* %61
%63 = icmp eq i8 %60, %62
%64 = fadd double %57, 1.000000e+00
%65 = select i1 %63, double %64, double %57
%66 = add nuw nsw i64 %56, 1
%67 = add i64 %58, 1
%68 = icmp eq i64 %67, %8
br i1 %68, label %69, label %55
69: ; preds = %50, %55, %3
%70 = phi double [ 0.000000e+00, %3 ], [ %51, %50 ], [ %65, %55 ]
%71 = sitofp i32 %2 to double
%72 = fdiv double %70, %71
ret double %72
}