#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ SortInt(int *, int);
int abs(int);
scalar_t__ calloc(int, int);
int /*<<< orphan*/ pushInt(int **, int *, int, int *, int *);
int *neighbor_SNPs(int SNP[], int num_SNP, int nrange, int srange, int *asize,
                   int *allocsz) {
  int i, j;
  int examined_SNPs = 0;
  int neighbor_SNP_tmp[1024];
  int nindex = 0;
  int *all_neighbor_SNP = (int *)calloc(sizeof(int), 1024);
  *asize = 0;
  *allocsz = 1024;
  for (i = 0; i < num_SNP; i++) {
    int SNP1 = SNP[i];
    nindex = 0;
    neighbor_SNP_tmp[nindex] = SNP1;
    nindex++;
    for (j = examined_SNPs; j < num_SNP; j++) {
      int SNP2 = SNP[j];
      if ((SNP2 - SNP1) < (nrange * -1)) {
        examined_SNPs++;
        continue;
      }
      if (abs(SNP2 - SNP1) <= nrange && abs(SNP2 - SNP1) != 0) {
        neighbor_SNP_tmp[nindex] = SNP2;
        nindex++;
      } else if ((SNP2 - SNP1) > nrange) {
        break;
      } else {
        ;
      }
    }
    if (nindex >= srange) {
      pushInt(&all_neighbor_SNP, neighbor_SNP_tmp, nindex, asize, allocsz);
    }
  }
  SortInt(all_neighbor_SNP, *asize);
  return all_neighbor_SNP;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<neighbor_SNPs>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x1060,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %edx,-0x10(%rbp)
mov    %ecx,-0x14(%rbp)
mov    %r8,-0x20(%rbp)
mov    %r9,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
movl   $0x0,-0x1044(%rbp)
mov    $0x4,%edi
mov    $0x400,%esi
call   1050 <calloc@plt>
mov    %rax,-0x1050(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%rax
movl   $0x0,(%rax)
mov    -0x28(%rbp),%rax
movl   $0x400,(%rax)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    130b <neighbor_SNPs+0x1cb>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x1054(%rbp)
movl   $0x0,-0x1044(%rbp)
mov    -0x1054(%rbp),%ecx
movslq -0x1044(%rbp),%rax
mov    %ecx,-0x1040(%rbp,%rax,4)
mov    -0x1044(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1044(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    12c8 <neighbor_SNPs+0x188>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x1058(%rbp)
mov    -0x1058(%rbp),%eax
sub    -0x1054(%rbp),%eax
imul   $0xffffffff,-0x10(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jge    1235 <neighbor_SNPs+0xf5>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    12ba <neighbor_SNPs+0x17a>
mov    -0x1058(%rbp),%edi
sub    -0x1054(%rbp),%edi
call   1040 <abs@plt>
cmp    -0x10(%rbp),%eax
jg     1291 <neighbor_SNPs+0x151>
mov    -0x1058(%rbp),%edi
sub    -0x1054(%rbp),%edi
call   1040 <abs@plt>
cmp    $0x0,%eax
je     1291 <neighbor_SNPs+0x151>
mov    -0x1058(%rbp),%ecx
movslq -0x1044(%rbp),%rax
mov    %ecx,-0x1040(%rbp,%rax,4)
mov    -0x1044(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1044(%rbp)
jmp    12b5 <neighbor_SNPs+0x175>
mov    -0x1058(%rbp),%eax
sub    -0x1054(%rbp),%eax
cmp    -0x10(%rbp),%eax
jle    12ab <neighbor_SNPs+0x16b>
jmp    12c8 <neighbor_SNPs+0x188>
jmp    12b0 <neighbor_SNPs+0x170>
jmp    12b5 <neighbor_SNPs+0x175>
jmp    12ba <neighbor_SNPs+0x17a>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    11f2 <neighbor_SNPs+0xb2>
mov    -0x1044(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jl     12f8 <neighbor_SNPs+0x1b8>
lea    -0x1040(%rbp),%rsi
mov    -0x1044(%rbp),%edx
mov    -0x20(%rbp),%rcx
mov    -0x28(%rbp),%r8
lea    -0x1050(%rbp),%rdi
call   1030 <pushInt@plt>
jmp    12fd <neighbor_SNPs+0x1bd>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    11a2 <neighbor_SNPs+0x62>
mov    -0x1050(%rbp),%rdi
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    (%rax),%esi
call   1060 <SortInt@plt>
mov    -0x1050(%rbp),%rax
add    $0x1060,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<neighbor_SNPs>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x1038,%rsp
mov    %r9,%rbp
mov    %r8,%rbx
mov    %ecx,0x14(%rsp)
mov    %edx,%r13d
mov    %esi,%r14d
mov    %rdi,0x18(%rsp)
mov    $0x4,%edi
mov    $0x400,%esi
call   1040 <calloc@plt>
mov    %rax,0x8(%rsp)
mov    %rbx,0x20(%rsp)
movl   $0x0,(%rbx)
mov    %rbp,0x28(%rsp)
movl   $0x400,0x0(%rbp)
test   %r14d,%r14d
jle    127e <neighbor_SNPs+0x14e>
mov    %r14d,%r9d
mov    %r13d,%r14d
neg    %r14d
mov    %r9d,%r11d
xor    %r12d,%r12d
xor    %r15d,%r15d
mov    0x18(%rsp),%r10
jmp    11bd <neighbor_SNPs+0x8d>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
add    $0x1,%r12
cmp    %r11,%r12
je     1279 <neighbor_SNPs+0x149>
mov    (%r10,%r12,4),%eax
mov    %eax,0x30(%rsp)
mov    $0x1,%edx
cmp    %r9d,%r15d
jge    1240 <neighbor_SNPs+0x110>
movslq %r15d,%rcx
lea    (%r10,%rcx,4),%r8
mov    %r9d,%esi
sub    %r15d,%esi
mov    $0x1,%edx
xor    %edi,%edi
jmp    11fc <neighbor_SNPs+0xcc>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
add    $0x1,%r15d
add    $0x1,%rdi
cmp    %edi,%esi
je     1240 <neighbor_SNPs+0x110>
mov    (%r8,%rdi,4),%ecx
mov    %ecx,%ebx
sub    %eax,%ebx
cmp    %r14d,%ebx
jl     11f0 <neighbor_SNPs+0xc0>
mov    %ebx,%ebp
neg    %ebp
cmovs  %ebx,%ebp
cmp    %r13d,%ebp
jg     1230 <neighbor_SNPs+0x100>
test   %ebx,%ebx
je     1230 <neighbor_SNPs+0x100>
movslq %edx,%rdx
mov    %ecx,0x30(%rsp,%rdx,4)
add    $0x1,%edx
jmp    11f4 <neighbor_SNPs+0xc4>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
cmp    %r13d,%ebx
jle    11f4 <neighbor_SNPs+0xc4>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
cmp    0x14(%rsp),%edx
jl     11b0 <neighbor_SNPs+0x80>
lea    0x8(%rsp),%rdi
lea    0x30(%rsp),%rsi
mov    0x20(%rsp),%rcx
mov    0x28(%rsp),%r8
mov    %r9d,%ebx
mov    %r11,%rbp
call   1030 <pushInt@plt>
mov    %rbp,%r11
mov    0x18(%rsp),%r10
mov    %ebx,%r9d
jmp    11b0 <neighbor_SNPs+0x80>
mov    0x8(%rsp),%rax
mov    0x20(%rsp),%rcx
mov    (%rcx),%esi
mov    %rax,%rdi
call   1050 <SortInt@plt>
mov    0x8(%rsp),%rax
add    $0x1038,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32* @neighbor_SNPs(i32* %0, i32 %1, i32 %2, i32 %3, i32* %4, i32* %5) {
%7 = alloca i32*
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32*
%12 = alloca i32*
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
%15 = alloca i32
%16 = alloca [1024 x i32]
%17 = alloca i32
%18 = alloca i32*
%19 = alloca i32
%20 = alloca i32
store i32* %0, i32** %7
store i32 %1, i32* %8
store i32 %2, i32* %9
store i32 %3, i32* %10
store i32* %4, i32** %11
store i32* %5, i32** %12
store i32 0, i32* %15
store i32 0, i32* %17
%21 = call i64 @calloc(i32 4, i32 1024)
%22 = inttoptr i64 %21 to i32*
store i32* %22, i32** %18
%23 = load i32*, i32** %11
store i32 0, i32* %23
%24 = load i32*, i32** %12
store i32 1024, i32* %24
store i32 0, i32* %13
br label %25
25: ; preds = %105, %6
%26 = load i32, i32* %13
%27 = load i32, i32* %8
%28 = icmp slt i32 %26, %27
br i1 %28, label %29, label %108
29: ; preds = %25
%30 = load i32*, i32** %7
%31 = load i32, i32* %13
%32 = sext i32 %31 to i64
%33 = getelementptr inbounds i32, i32* %30, i64 %32
%34 = load i32, i32* %33
store i32 %34, i32* %19
store i32 0, i32* %17
%35 = load i32, i32* %19
%36 = load i32, i32* %17
%37 = sext i32 %36 to i64
%38 = getelementptr inbounds [1024 x i32], [1024 x i32]* %16, i64 0, i64 %37
store i32 %35, i32* %38
%39 = load i32, i32* %17
%40 = add nsw i32 %39, 1
store i32 %40, i32* %17
%41 = load i32, i32* %15
store i32 %41, i32* %14
br label %42
42: ; preds = %91, %29
%43 = load i32, i32* %14
%44 = load i32, i32* %8
%45 = icmp slt i32 %43, %44
br i1 %45, label %46, label %94
46: ; preds = %42
%47 = load i32*, i32** %7
%48 = load i32, i32* %14
%49 = sext i32 %48 to i64
%50 = getelementptr inbounds i32, i32* %47, i64 %49
%51 = load i32, i32* %50
store i32 %51, i32* %20
%52 = load i32, i32* %20
%53 = load i32, i32* %19
%54 = sub nsw i32 %52, %53
%55 = load i32, i32* %9
%56 = mul nsw i32 %55, -1
%57 = icmp slt i32 %54, %56
br i1 %57, label %58, label %61
58: ; preds = %46
%59 = load i32, i32* %15
%60 = add nsw i32 %59, 1
store i32 %60, i32* %15
br label %91
61: ; preds = %46
%62 = load i32, i32* %20
%63 = load i32, i32* %19
%64 = sub nsw i32 %62, %63
%65 = call i32 @abs(i32 %64)
%66 = load i32, i32* %9
%67 = icmp sle i32 %65, %66
br i1 %67, label %68, label %81
68: ; preds = %61
%69 = load i32, i32* %20
%70 = load i32, i32* %19
%71 = sub nsw i32 %69, %70
%72 = call i32 @abs(i32 %71)
%73 = icmp ne i32 %72, 0
br i1 %73, label %74, label %81
74: ; preds = %68
%75 = load i32, i32* %20
%76 = load i32, i32* %17
%77 = sext i32 %76 to i64
%78 = getelementptr inbounds [1024 x i32], [1024 x i32]* %16, i64 0, i64 %77
store i32 %75, i32* %78
%79 = load i32, i32* %17
%80 = add nsw i32 %79, 1
store i32 %80, i32* %17
br label %90
81: ; preds = %68, %61
%82 = load i32, i32* %20
%83 = load i32, i32* %19
%84 = sub nsw i32 %82, %83
%85 = load i32, i32* %9
%86 = icmp sgt i32 %84, %85
br i1 %86, label %87, label %88
87: ; preds = %81
br label %94
88: ; preds = %81
br label %89
89: ; preds = %88
br label %90
90: ; preds = %89, %74
br label %91
91: ; preds = %90, %58
%92 = load i32, i32* %14
%93 = add nsw i32 %92, 1
store i32 %93, i32* %14
br label %42
94: ; preds = %87, %42
%95 = load i32, i32* %17
%96 = load i32, i32* %10
%97 = icmp sge i32 %95, %96
br i1 %97, label %98, label %104
98: ; preds = %94
%99 = getelementptr inbounds [1024 x i32], [1024 x i32]* %16, i64 0, i64 0
%100 = load i32, i32* %17
%101 = load i32*, i32** %11
%102 = load i32*, i32** %12
%103 = call i32 @pushInt(i32** %18, i32* %99, i32 %100, i32* %101, i32* %102)
br label %104
104: ; preds = %98, %94
br label %105
105: ; preds = %104
%106 = load i32, i32* %13
%107 = add nsw i32 %106, 1
store i32 %107, i32* %13
br label %25
108: ; preds = %25
%109 = load i32*, i32** %18
%110 = load i32*, i32** %11
%111 = load i32, i32* %110
%112 = call i32 @SortInt(i32* %109, i32 %111)
%113 = load i32*, i32** %18
ret i32* %113
}

LLVM IR (-O2):
define i32* @neighbor_SNPs(i32* nocapture %0, i32 %1, i32 %2, i32 %3, i32* %4, i32* %5) {
%7 = alloca [1024 x i32]
%8 = alloca i32*
%9 = bitcast [1024 x i32]* %7 to i8*
%10 = bitcast i32** %8 to i8*
%11 = tail call i64 @calloc(i32 4, i32 1024)
%12 = inttoptr i64 %11 to i32*
store i32* %12, i32** %8
store i32 0, i32* %4
store i32 1024, i32* %5
%13 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %13, label %14, label %64
14: ; preds = %6
%15 = getelementptr inbounds [1024 x i32], [1024 x i32]* %7, i64 0, i64 0
%16 = sub nsw i32 0, %2
%17 = zext i32 %1 to i64
br label %18
18: ; preds = %14, %59
%19 = phi i64 [ 0, %14 ], [ %60, %59 ]
%20 = phi i32 [ 0, %14 ], [ %54, %59 ]
%21 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %19
%22 = load i32, i32* %21
store i32 %22, i32* %15
%23 = icmp slt i32 %20, %1
br i1 %23, label %24, label %53
24: ; preds = %18
%25 = sext i32 %20 to i64
br label %26
26: ; preds = %24, %47
%27 = phi i64 [ %25, %24 ], [ %50, %47 ]
%28 = phi i32 [ 1, %24 ], [ %49, %47 ]
%29 = phi i32 [ %20, %24 ], [ %48, %47 ]
%30 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %27
%31 = load i32, i32* %30
%32 = sub nsw i32 %31, %22
%33 = icmp slt i32 %32, %16
br i1 %33, label %34, label %36
34: ; preds = %26
%35 = add nsw i32 %29, 1
br label %47
36: ; preds = %26
%37 = call i32 @llvm.abs.i32(i32 %32, i1 true)
%38 = icmp sgt i32 %37, %2
%39 = icmp eq i32 %32, 0
%40 = select i1 %38, i1 true, i1 %39
br i1 %40, label %45, label %41
41: ; preds = %36
%42 = sext i32 %28 to i64
%43 = getelementptr inbounds [1024 x i32], [1024 x i32]* %7, i64 0, i64 %42
store i32 %31, i32* %43
%44 = add nsw i32 %28, 1
br label %47
45: ; preds = %36
%46 = icmp sgt i32 %32, %2
br i1 %46, label %53, label %47
47: ; preds = %41, %45, %34
%48 = phi i32 [ %35, %34 ], [ %29, %45 ], [ %29, %41 ]
%49 = phi i32 [ %28, %34 ], [ %28, %45 ], [ %44, %41 ]
%50 = add nsw i64 %27, 1
%51 = trunc i64 %50 to i32
%52 = icmp eq i32 %51, %1
br i1 %52, label %53, label %26
53: ; preds = %47, %45, %18
%54 = phi i32 [ %20, %18 ], [ %29, %45 ], [ %48, %47 ]
%55 = phi i32 [ 1, %18 ], [ %28, %45 ], [ %49, %47 ]
%56 = icmp slt i32 %55, %3
br i1 %56, label %59, label %57
57: ; preds = %53
%58 = call i32 @pushInt(i32** %8, i32* %15, i32 %55, i32* %4, i32* %5)
br label %59
59: ; preds = %57, %53
%60 = add nuw nsw i64 %19, 1
%61 = icmp eq i64 %60, %17
br i1 %61, label %62, label %18
62: ; preds = %59
%63 = load i32*, i32** %8
br label %64
64: ; preds = %62, %6
%65 = phi i32* [ %63, %62 ], [ %12, %6 ]
%66 = load i32, i32* %4
%67 = call i32 @SortInt(i32* %65, i32 %66)
%68 = load i32*, i32** %8
ret i32* %68
}