#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
double drand();
void seqatoi(char *line, int *seqint, int len, int forward) {
  int i;
  double random;
  for (i = 0; i < len; i++) {
    switch (line[i]) {
    case 'a':;
    case 'A':
      if (forward < 2)
        seqint[i] = 0;
      else
        seqint[len - i - 1] = 3;
      break;
    case 't':;
    case 'T':
      if (forward < 2)
        seqint[i] = 3;
      else
        seqint[len - i - 1] = 0;
      break;
    case 'g':;
    case 'G':
      if (forward < 2)
        seqint[i] = 2;
      else
        seqint[len - i - 1] = 1;
      break;
    case 'c':;
    case 'C':
      if (forward < 2)
        seqint[i] = 1;
      else
        seqint[len - i - 1] = 2;
      break;
    default:
      random = drand();
      if (random < 0.25) {
        seqint[i] = 0;
        line[i] = 'A';
      } else if (random < 0.5) {
        seqint[i] = 3;
        line[i] = 'T';
      } else if (random < 0.75) {
        seqint[i] = 2;
        line[i] = 'G';
      } else {
        seqint[i] = 1;
        line[i] = 'C';
      }
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<seqatoi>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %ecx,-0x18(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    1349 <seqatoi+0x239>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
add    $0xffffffbf,%eax
mov    %eax,%ecx
mov    %rcx,-0x30(%rbp)
sub    $0x33,%eax
ja     1267 <seqatoi+0x157>
mov    -0x30(%rbp),%rax
lea    0xeb6(%rip),%rcx
movslq (%rcx,%rax,4),%rax
add    %rcx,%rax
jmp    *%rax
jmp    1170 <seqatoi+0x60>
cmpl   $0x2,-0x18(%rbp)
jge    118e <seqatoi+0x7e>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jmp    11a5 <seqatoi+0x95>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
sub    -0x1c(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movl   $0x3,(%rax,%rcx,4)
jmp    1336 <seqatoi+0x226>
jmp    11af <seqatoi+0x9f>
cmpl   $0x2,-0x18(%rbp)
jge    11cd <seqatoi+0xbd>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movl   $0x3,(%rax,%rcx,4)
jmp    11e4 <seqatoi+0xd4>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
sub    -0x1c(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jmp    1336 <seqatoi+0x226>
jmp    11ee <seqatoi+0xde>
cmpl   $0x2,-0x18(%rbp)
jge    120c <seqatoi+0xfc>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movl   $0x2,(%rax,%rcx,4)
jmp    1223 <seqatoi+0x113>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
sub    -0x1c(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movl   $0x1,(%rax,%rcx,4)
jmp    1336 <seqatoi+0x226>
jmp    122d <seqatoi+0x11d>
cmpl   $0x2,-0x18(%rbp)
jge    124b <seqatoi+0x13b>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movl   $0x1,(%rax,%rcx,4)
jmp    1262 <seqatoi+0x152>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
sub    -0x1c(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movl   $0x2,(%rax,%rcx,4)
jmp    1336 <seqatoi+0x226>
mov    $0x0,%al
call   1030 <drand@plt>
movsd  %xmm0,-0x28(%rbp)
movsd  0xd85(%rip),%xmm0
ucomisd -0x28(%rbp),%xmm0
jbe    12a6 <seqatoi+0x196>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movb   $0x41,(%rax,%rcx,1)
jmp    1331 <seqatoi+0x221>
movsd  0xd5a(%rip),%xmm0
ucomisd -0x28(%rbp),%xmm0
jbe    12d9 <seqatoi+0x1c9>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movl   $0x3,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movb   $0x54,(%rax,%rcx,1)
jmp    132c <seqatoi+0x21c>
movsd  0xd2f(%rip),%xmm0
ucomisd -0x28(%rbp),%xmm0
jbe    130c <seqatoi+0x1fc>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movl   $0x2,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movb   $0x47,(%rax,%rcx,1)
jmp    1327 <seqatoi+0x217>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movl   $0x1,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movb   $0x43,(%rax,%rcx,1)
jmp    132c <seqatoi+0x21c>
jmp    1331 <seqatoi+0x221>
jmp    1336 <seqatoi+0x226>
jmp    133b <seqatoi+0x22b>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    112d <seqatoi+0x1d>
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<seqatoi>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
push   %rax
test   %edx,%edx
jle    1274 <seqatoi+0x164>
mov    %edx,%ebp
mov    %rsi,%r15
mov    %rdi,%rbx
mov    %edx,%r12d
add    $0xffffffff,%ebp
lea    0xee0(%rip),%r13
xor    %r14d,%r14d
mov    %ecx,0x4(%rsp)
jmp    1160 <seqatoi+0x50>
movslq %ebp,%rax
movl   $0x2,(%r15,%rax,4)
nopl   0x0(%rax)
add    $0x1,%r14
add    $0xffffffff,%ebp
cmp    %r14,%r12
je     1274 <seqatoi+0x164>
movsbl (%rbx,%r14,1),%eax
add    $0xffffffbf,%eax
cmp    $0x33,%eax
ja     11bf <seqatoi+0xaf>
movslq 0x0(%r13,%rax,4),%rax
add    %r13,%rax
jmp    *%rax
cmp    $0x1,%ecx
jg     11ea <seqatoi+0xda>
movl   $0x0,(%r15,%r14,4)
jmp    1150 <seqatoi+0x40>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
cmp    $0x1,%ecx
jg     1141 <seqatoi+0x31>
movl   $0x1,(%r15,%r14,4)
jmp    1150 <seqatoi+0x40>
nop
cmp    $0x1,%ecx
jg     11fa <seqatoi+0xea>
movl   $0x2,(%r15,%r14,4)
jmp    1150 <seqatoi+0x40>
nop
cmp    $0x1,%ecx
jg     120a <seqatoi+0xfa>
movl   $0x3,(%r15,%r14,4)
jmp    1150 <seqatoi+0x40>
xor    %eax,%eax
call   1030 <drand@plt>
movsd  0xe32(%rip),%xmm1
ucomisd %xmm0,%xmm1
jbe    121a <seqatoi+0x10a>
movl   $0x0,(%r15,%r14,4)
movb   $0x41,(%rbx,%r14,1)
mov    0x4(%rsp),%ecx
jmp    1150 <seqatoi+0x40>
movslq %ebp,%rax
movl   $0x3,(%r15,%rax,4)
jmp    1150 <seqatoi+0x40>
movslq %ebp,%rax
movl   $0x1,(%r15,%rax,4)
jmp    1150 <seqatoi+0x40>
movslq %ebp,%rax
movl   $0x0,(%r15,%rax,4)
jmp    1150 <seqatoi+0x40>
movsd  0xde6(%rip),%xmm1
ucomisd %xmm0,%xmm1
jbe    123e <seqatoi+0x12e>
movl   $0x3,(%r15,%r14,4)
movb   $0x54,(%rbx,%r14,1)
mov    0x4(%rsp),%ecx
jmp    1150 <seqatoi+0x40>
movsd  0xdca(%rip),%xmm1
ucomisd %xmm0,%xmm1
mov    0x4(%rsp),%ecx
jbe    1262 <seqatoi+0x152>
movl   $0x2,(%r15,%r14,4)
movb   $0x47,(%rbx,%r14,1)
jmp    1150 <seqatoi+0x40>
movl   $0x1,(%r15,%r14,4)
movb   $0x43,(%rbx,%r14,1)
jmp    1150 <seqatoi+0x40>
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @seqatoi(i8* %0, i32* %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = alloca i8*
%6 = alloca i32*
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca double
store i8* %0, i8** %5
store i32* %1, i32** %6
store i32 %2, i32* %7
store i32 %3, i32* %8
store i32 0, i32* %9
br label %11
11: ; preds = %144, %4
%12 = load i32, i32* %9
%13 = load i32, i32* %7
%14 = icmp slt i32 %12, %13
br i1 %14, label %15, label %147
15: ; preds = %11
%16 = load i8*, i8** %5
%17 = load i32, i32* %9
%18 = sext i32 %17 to i64
%19 = getelementptr inbounds i8, i8* %16, i64 %18
%20 = load i8, i8* %19
%21 = sext i8 %20 to i32
switch i32 %21, label %94 [
i32 97, label %22
i32 65, label %23
i32 116, label %40
i32 84, label %41
i32 103, label %58
i32 71, label %59
i32 99, label %76
i32 67, label %77
]
22: ; preds = %15
br label %23
23: ; preds = %15, %22
%24 = load i32, i32* %8
%25 = icmp slt i32 %24, 2
br i1 %25, label %26, label %31
26: ; preds = %23
%27 = load i32*, i32** %6
%28 = load i32, i32* %9
%29 = sext i32 %28 to i64
%30 = getelementptr inbounds i32, i32* %27, i64 %29
store i32 0, i32* %30
br label %39
31: ; preds = %23
%32 = load i32*, i32** %6
%33 = load i32, i32* %7
%34 = load i32, i32* %9
%35 = sub nsw i32 %33, %34
%36 = sub nsw i32 %35, 1
%37 = sext i32 %36 to i64
%38 = getelementptr inbounds i32, i32* %32, i64 %37
store i32 3, i32* %38
br label %39
39: ; preds = %31, %26
br label %143
40: ; preds = %15
br label %41
41: ; preds = %15, %40
%42 = load i32, i32* %8
%43 = icmp slt i32 %42, 2
br i1 %43, label %44, label %49
44: ; preds = %41
%45 = load i32*, i32** %6
%46 = load i32, i32* %9
%47 = sext i32 %46 to i64
%48 = getelementptr inbounds i32, i32* %45, i64 %47
store i32 3, i32* %48
br label %57
49: ; preds = %41
%50 = load i32*, i32** %6
%51 = load i32, i32* %7
%52 = load i32, i32* %9
%53 = sub nsw i32 %51, %52
%54 = sub nsw i32 %53, 1
%55 = sext i32 %54 to i64
%56 = getelementptr inbounds i32, i32* %50, i64 %55
store i32 0, i32* %56
br label %57
57: ; preds = %49, %44
br label %143
58: ; preds = %15
br label %59
59: ; preds = %15, %58
%60 = load i32, i32* %8
%61 = icmp slt i32 %60, 2
br i1 %61, label %62, label %67
62: ; preds = %59
%63 = load i32*, i32** %6
%64 = load i32, i32* %9
%65 = sext i32 %64 to i64
%66 = getelementptr inbounds i32, i32* %63, i64 %65
store i32 2, i32* %66
br label %75
67: ; preds = %59
%68 = load i32*, i32** %6
%69 = load i32, i32* %7
%70 = load i32, i32* %9
%71 = sub nsw i32 %69, %70
%72 = sub nsw i32 %71, 1
%73 = sext i32 %72 to i64
%74 = getelementptr inbounds i32, i32* %68, i64 %73
store i32 1, i32* %74
br label %75
75: ; preds = %67, %62
br label %143
76: ; preds = %15
br label %77
77: ; preds = %15, %76
%78 = load i32, i32* %8
%79 = icmp slt i32 %78, 2
br i1 %79, label %80, label %85
80: ; preds = %77
%81 = load i32*, i32** %6
%82 = load i32, i32* %9
%83 = sext i32 %82 to i64
%84 = getelementptr inbounds i32, i32* %81, i64 %83
store i32 1, i32* %84
br label %93
85: ; preds = %77
%86 = load i32*, i32** %6
%87 = load i32, i32* %7
%88 = load i32, i32* %9
%89 = sub nsw i32 %87, %88
%90 = sub nsw i32 %89, 1
%91 = sext i32 %90 to i64
%92 = getelementptr inbounds i32, i32* %86, i64 %91
store i32 2, i32* %92
br label %93
93: ; preds = %85, %80
br label %143
94: ; preds = %15
%95 = call double (...) @drand()
store double %95, double* %10
%96 = load double, double* %10
%97 = fcmp olt double %96, 2.500000e-01
br i1 %97, label %98, label %107
98: ; preds = %94
%99 = load i32*, i32** %6
%100 = load i32, i32* %9
%101 = sext i32 %100 to i64
%102 = getelementptr inbounds i32, i32* %99, i64 %101
store i32 0, i32* %102
%103 = load i8*, i8** %5
%104 = load i32, i32* %9
%105 = sext i32 %104 to i64
%106 = getelementptr inbounds i8, i8* %103, i64 %105
store i8 65, i8* %106
br label %142
107: ; preds = %94
%108 = load double, double* %10
%109 = fcmp olt double %108, 5.000000e-01
br i1 %109, label %110, label %119
110: ; preds = %107
%111 = load i32*, i32** %6
%112 = load i32, i32* %9
%113 = sext i32 %112 to i64
%114 = getelementptr inbounds i32, i32* %111, i64 %113
store i32 3, i32* %114
%115 = load i8*, i8** %5
%116 = load i32, i32* %9
%117 = sext i32 %116 to i64
%118 = getelementptr inbounds i8, i8* %115, i64 %117
store i8 84, i8* %118
br label %141
119: ; preds = %107
%120 = load double, double* %10
%121 = fcmp olt double %120, 7.500000e-01
br i1 %121, label %122, label %131
122: ; preds = %119
%123 = load i32*, i32** %6
%124 = load i32, i32* %9
%125 = sext i32 %124 to i64
%126 = getelementptr inbounds i32, i32* %123, i64 %125
store i32 2, i32* %126
%127 = load i8*, i8** %5
%128 = load i32, i32* %9
%129 = sext i32 %128 to i64
%130 = getelementptr inbounds i8, i8* %127, i64 %129
store i8 71, i8* %130
br label %140
131: ; preds = %119
%132 = load i32*, i32** %6
%133 = load i32, i32* %9
%134 = sext i32 %133 to i64
%135 = getelementptr inbounds i32, i32* %132, i64 %134
store i32 1, i32* %135
%136 = load i8*, i8** %5
%137 = load i32, i32* %9
%138 = sext i32 %137 to i64
%139 = getelementptr inbounds i8, i8* %136, i64 %138
store i8 67, i8* %139
br label %140
140: ; preds = %131, %122
br label %141
141: ; preds = %140, %110
br label %142
142: ; preds = %141, %98
br label %143
143: ; preds = %142, %93, %75, %57, %39
br label %144
144: ; preds = %143
%145 = load i32, i32* %9
%146 = add nsw i32 %145, 1
store i32 %146, i32* %9
br label %11
147: ; preds = %11
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @seqatoi(i8* nocapture %0, i32* nocapture writeonly %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %5, label %6, label %67
6: ; preds = %4
%7 = icmp slt i32 %3, 2
%8 = zext i32 %2 to i64
br label %9
9: ; preds = %6, %64
%10 = phi i64 [ 0, %6 ], [ %65, %64 ]
%11 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %10
%12 = load i8, i8* %11
%13 = sext i8 %12 to i32
switch i32 %13, label %50 [
i32 97, label %14
i32 65, label %14
i32 116, label %23
i32 84, label %23
i32 103, label %32
i32 71, label %32
i32 99, label %41
i32 67, label %41
]
14: ; preds = %9, %9
br i1 %7, label %15, label %17
15: ; preds = %14
%16 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %10
store i32 0, i32* %16
br label %64
17: ; preds = %14
%18 = trunc i64 %10 to i32
%19 = xor i32 %18, -1
%20 = add i32 %19, %2
%21 = sext i32 %20 to i64
%22 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %21
store i32 3, i32* %22
br label %64
23: ; preds = %9, %9
br i1 %7, label %24, label %26
24: ; preds = %23
%25 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %10
store i32 3, i32* %25
br label %64
26: ; preds = %23
%27 = trunc i64 %10 to i32
%28 = xor i32 %27, -1
%29 = add i32 %28, %2
%30 = sext i32 %29 to i64
%31 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %30
store i32 0, i32* %31
br label %64
32: ; preds = %9, %9
br i1 %7, label %33, label %35
33: ; preds = %32
%34 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %10
store i32 2, i32* %34
br label %64
35: ; preds = %32
%36 = trunc i64 %10 to i32
%37 = xor i32 %36, -1
%38 = add i32 %37, %2
%39 = sext i32 %38 to i64
%40 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %39
store i32 1, i32* %40
br label %64
41: ; preds = %9, %9
br i1 %7, label %42, label %44
42: ; preds = %41
%43 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %10
store i32 1, i32* %43
br label %64
44: ; preds = %41
%45 = trunc i64 %10 to i32
%46 = xor i32 %45, -1
%47 = add i32 %46, %2
%48 = sext i32 %47 to i64
%49 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %48
store i32 2, i32* %49
br label %64
50: ; preds = %9
%51 = tail call double (...) @drand()
%52 = fcmp olt double %51, 2.500000e-01
br i1 %52, label %53, label %55
53: ; preds = %50
%54 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %10
store i32 0, i32* %54
store i8 65, i8* %11
br label %64
55: ; preds = %50
%56 = fcmp olt double %51, 5.000000e-01
br i1 %56, label %57, label %59
57: ; preds = %55
%58 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %10
store i32 3, i32* %58
store i8 84, i8* %11
br label %64
59: ; preds = %55
%60 = fcmp olt double %51, 7.500000e-01
%61 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %10
br i1 %60, label %62, label %63
62: ; preds = %59
store i32 2, i32* %61
store i8 71, i8* %11
br label %64
63: ; preds = %59
store i32 1, i32* %61
store i8 67, i8* %11
br label %64
64: ; preds = %17, %15, %26, %24, %35, %33, %44, %42, %57, %63, %62, %53
%65 = add nuw nsw i64 %10, 1
%66 = icmp eq i64 %65, %8
br i1 %66, label %67, label %9
67: ; preds = %64, %4
ret void
}