#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
char getBase(unsigned long long *, int);
int getHomopolymerLength(unsigned long long int *nucleotideSequence,
                         int sequenceLength, unsigned int nucleotidePosition) {
  char base = getBase(nucleotideSequence, nucleotidePosition);
  int count = 1;
  for (int i = nucleotidePosition - 1;
       i >= 0 && getBase(nucleotideSequence, i) == base; i--) {
    count++;
  }
  for (int i = nucleotidePosition + 1;
       i < sequenceLength && getBase(nucleotideSequence, i) == base; i++) {
    count++;
  }
  return count;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<getHomopolymerLength>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %edx,-0x10(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rdi
mov    -0x10(%rbp),%esi
call   1030 <getBase@plt>
mov    %al,-0x11(%rbp)
movl   $0x1,-0x18(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
xor    %eax,%eax
cmpl   $0x0,-0x1c(%rbp)
mov    %al,-0x21(%rbp)
jl     116b <getHomopolymerLength+0x5b>
mov    -0x8(%rbp),%rdi
mov    -0x1c(%rbp),%esi
call   1030 <getBase@plt>
movsbl %al,%eax
movsbl -0x11(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
sete   %al
mov    %al,-0x21(%rbp)
mov    -0x21(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    117b <getHomopolymerLength+0x6b>
jmp    1192 <getHomopolymerLength+0x82>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0xffffffff,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    1141 <getHomopolymerLength+0x31>
mov    -0x10(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%ecx
xor    %eax,%eax
cmp    -0xc(%rbp),%ecx
mov    %al,-0x22(%rbp)
jge    11c7 <getHomopolymerLength+0xb7>
mov    -0x8(%rbp),%rdi
mov    -0x20(%rbp),%esi
call   1030 <getBase@plt>
movsbl %al,%eax
movsbl -0x11(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
sete   %al
mov    %al,-0x22(%rbp)
mov    -0x22(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    11d7 <getHomopolymerLength+0xc7>
jmp    11ee <getHomopolymerLength+0xde>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    119b <getHomopolymerLength+0x8b>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<getHomopolymerLength>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
push   %rax
mov    %edx,%ebx
mov    %esi,%r15d
mov    %rdi,%r12
mov    %edx,%esi
call   1030 <getBase@plt>
mov    %eax,%r13d
lea    0x1(%rbx),%ebp
mov    %rbx,(%rsp)
mov    %ebx,%r14d
mov    $0x1,%ebx
add    $0xffffffff,%r14d
js     116b <getHomopolymerLength+0x5b>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
mov    %r12,%rdi
mov    %r14d,%esi
call   1030 <getBase@plt>
cmp    %r13b,%al
jne    116b <getHomopolymerLength+0x5b>
add    $0x1,%ebx
add    $0xffffffff,%r14d
jb     1150 <getHomopolymerLength+0x40>
mov    %ebp,%ebx
cmp    %r15d,%ebp
mov    (%rsp),%r14
jge    119d <getHomopolymerLength+0x8d>
not    %r14d
add    %ebx,%r14d
add    %r15d,%r14d
nopl   (%rax)
mov    %r12,%rdi
mov    %ebp,%esi
call   1030 <getBase@plt>
cmp    %r13b,%al
jne    119d <getHomopolymerLength+0x8d>
add    $0x1,%ebx
add    $0x1,%ebp
cmp    %ebp,%r15d
jne    1180 <getHomopolymerLength+0x70>
mov    %r14d,%ebx
mov    %ebx,%eax
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @getHomopolymerLength(i64* %0, i32 %1, i32 %2) {
%4 = alloca i64*
%5 = alloca i32
%6 = alloca i32
%7 = alloca i8
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
store i64* %0, i64** %4
store i32 %1, i32* %5
store i32 %2, i32* %6
%11 = load i64*, i64** %4
%12 = load i32, i32* %6
%13 = call signext i8 @getBase(i64* %11, i32 %12)
store i8 %13, i8* %7
store i32 1, i32* %8
%14 = load i32, i32* %6
%15 = sub i32 %14, 1
store i32 %15, i32* %9
br label %16
16: ; preds = %32, %3
%17 = load i32, i32* %9
%18 = icmp sge i32 %17, 0
br i1 %18, label %19, label %27
19: ; preds = %16
%20 = load i64*, i64** %4
%21 = load i32, i32* %9
%22 = call signext i8 @getBase(i64* %20, i32 %21)
%23 = sext i8 %22 to i32
%24 = load i8, i8* %7
%25 = sext i8 %24 to i32
%26 = icmp eq i32 %23, %25
br label %27
27: ; preds = %19, %16
%28 = phi i1 [ false, %16 ], [ %26, %19 ]
br i1 %28, label %29, label %35
29: ; preds = %27
%30 = load i32, i32* %8
%31 = add nsw i32 %30, 1
store i32 %31, i32* %8
br label %32
32: ; preds = %29
%33 = load i32, i32* %9
%34 = add nsw i32 %33, -1
store i32 %34, i32* %9
br label %16
35: ; preds = %27
%36 = load i32, i32* %6
%37 = add i32 %36, 1
store i32 %37, i32* %10
br label %38
38: ; preds = %55, %35
%39 = load i32, i32* %10
%40 = load i32, i32* %5
%41 = icmp slt i32 %39, %40
br i1 %41, label %42, label %50
42: ; preds = %38
%43 = load i64*, i64** %4
%44 = load i32, i32* %10
%45 = call signext i8 @getBase(i64* %43, i32 %44)
%46 = sext i8 %45 to i32
%47 = load i8, i8* %7
%48 = sext i8 %47 to i32
%49 = icmp eq i32 %46, %48
br label %50
50: ; preds = %42, %38
%51 = phi i1 [ false, %38 ], [ %49, %42 ]
br i1 %51, label %52, label %58
52: ; preds = %50
%53 = load i32, i32* %8
%54 = add nsw i32 %53, 1
store i32 %54, i32* %8
br label %55
55: ; preds = %52
%56 = load i32, i32* %10
%57 = add nsw i32 %56, 1
store i32 %57, i32* %10
br label %38
58: ; preds = %50
%59 = load i32, i32* %8
ret i32 %59
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @getHomopolymerLength(i64* %0, i32 %1, i32 %2) {
%4 = tail call signext i8 @getBase(i64* %0, i32 %2)
%5 = add i32 %2, -1
%6 = icmp sgt i32 %5, -1
%7 = add i32 %2, 1
br i1 %6, label %8, label %13
8: ; preds = %3, %20
%9 = phi i32 [ %22, %20 ], [ %5, %3 ]
%10 = phi i32 [ %21, %20 ], [ 1, %3 ]
%11 = tail call signext i8 @getBase(i64* %0, i32 %9)
%12 = icmp eq i8 %11, %4
br i1 %12, label %20, label %13
13: ; preds = %8, %20, %3
%14 = phi i32 [ 1, %3 ], [ %7, %20 ], [ %10, %8 ]
%15 = icmp slt i32 %7, %1
br i1 %15, label %16, label %29
16: ; preds = %13
%17 = add i32 %14, %1
%18 = xor i32 %2, -1
%19 = add i32 %17, %18
br label %24
20: ; preds = %8
%21 = add nuw i32 %10, 1
%22 = add i32 %9, -1
%23 = icmp eq i32 %10, %2
br i1 %23, label %13, label %8
24: ; preds = %16, %31
%25 = phi i32 [ %33, %31 ], [ %7, %16 ]
%26 = phi i32 [ %32, %31 ], [ %14, %16 ]
%27 = tail call signext i8 @getBase(i64* %0, i32 %25)
%28 = icmp eq i8 %27, %4
br i1 %28, label %31, label %29
29: ; preds = %24, %31, %13
%30 = phi i32 [ %14, %13 ], [ %19, %31 ], [ %26, %24 ]
ret i32 %30
31: ; preds = %24
%32 = add nuw nsw i32 %26, 1
%33 = add i32 %25, 1
%34 = icmp eq i32 %33, %1
br i1 %34, label %29, label %24
}