#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
scalar_t__ StrEditCost(int, int, char *, char *);
int /*<<< orphan*/ nrerror(char *);
scalar_t__ space(int);
int strlen(char *);
float **Hamming_Distance_Matrix(char **seqs, int n_of_seqs) {
  int i, j, k;
  float **D;
  D = (float **)space((n_of_seqs + 1) * sizeof(float *));
  for (i = 0; i <= n_of_seqs; i++)
    D[i] = (float *)space((n_of_seqs + 1) * sizeof(float));
  D[0][0] = (float)n_of_seqs;
  for (i = 1; i < n_of_seqs; i++) {
    D[i][i] = 0.;
    for (j = 0; j < i; j++) {
      if (strlen(seqs[i]) != strlen(seqs[j]))
        nrerror("Unequal Seqence Length for Hamming Distance.");
      D[i + 1][j + 1] = 0.0;
      for (k = 0; k < strlen(seqs[i]); k++)
        D[i + 1][j + 1] += StrEditCost(k + 1, k + 1, seqs[i], seqs[j]);
      D[j + 1][i + 1] = D[i + 1][j + 1];
    }
    D[n_of_seqs][n_of_seqs] = 0.;
  }
  return D;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<Hamming_Distance_Matrix>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    -0xc(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
cltq
shl    $0x3,%rax
mov    %eax,%edi
call   1030 <space@plt>
mov    %rax,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x10(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jg     11a9 <Hamming_Distance_Matrix+0x69>
mov    -0xc(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
cltq
shl    $0x2,%rax
mov    %eax,%edi
call   1030 <space@plt>
mov    %rax,%rdx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x10(%rbp),%rcx
mov    %rdx,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x10(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x10(%rbp)
jmp    116d <Hamming_Distance_Matrix+0x2d>
cvtsi2ssl -0xc(%rbp),%xmm0
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
movss  %xmm0,(%rax)
movl   $0x1,-0x10(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    1354 <Hamming_Distance_Matrix+0x214>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x10(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x10(%rbp),%rcx
xorps  %xmm0,%xmm0
movss  %xmm0,(%rax,%rcx,4)
movl   $0x0,-0x14(%rbp)
mov    -0x14(%rbp),%eax
cmp    -0x10(%rbp),%eax
jge    132e <Hamming_Distance_Matrix+0x1ee>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x10(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
call   1060 <strlen@plt>
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
call   1060 <strlen@plt>
mov    %eax,%ecx
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    %ecx,%eax
je     1235 <Hamming_Distance_Matrix+0xf5>
lea    0xdd0(%rip),%rdi
call   1050 <nrerror@plt>
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    -0x10(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
xorps  %xmm0,%xmm0
movss  %xmm0,(%rax,%rcx,4)
movl   $0x0,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x10(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
call   1060 <strlen@plt>
mov    %eax,%ecx
mov    -0x28(%rbp),%eax
cmp    %ecx,%eax
jge    12e2 <Hamming_Distance_Matrix+0x1a2>
mov    -0x18(%rbp),%edi
add    $0x1,%edi
mov    -0x18(%rbp),%esi
add    $0x1,%esi
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x10(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdx
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rcx
call   1040 <StrEditCost@plt>
cvtsi2ss %rax,%xmm0
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    -0x10(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
addss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
movss  %xmm0,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    125e <Hamming_Distance_Matrix+0x11e>
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    -0x10(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x10(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movss  %xmm0,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x14(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x14(%rbp)
jmp    11eb <Hamming_Distance_Matrix+0xab>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0xc(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0xc(%rbp),%rcx
xorps  %xmm0,%xmm0
movss  %xmm0,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x10(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x10(%rbp)
jmp    11c0 <Hamming_Distance_Matrix+0x80>
mov    -0x20(%rbp),%rax
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<Hamming_Distance_Matrix>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x18,%rsp
mov    %esi,%r15d
mov    %rdi,%rbx
lea    0x8(,%r15,8),%edi
call   1030 <space@plt>
mov    %rax,%r13
test   %r15d,%r15d
mov    %rax,(%rsp)
js     12d3 <Hamming_Distance_Matrix+0x193>
lea    0x1(%r15),%r12d
mov    %r12d,%r14d
shl    $0x2,%r12d
xor    %ebp,%ebp
xchg   %ax,%ax
mov    %r12d,%edi
call   1030 <space@plt>
mov    %rax,0x0(%r13,%rbp,8)
add    $0x1,%rbp
cmp    %rbp,%r14
jne    1180 <Hamming_Distance_Matrix+0x40>
cvtsi2ss %r15d,%xmm0
mov    0x0(%r13),%rax
movss  %xmm0,(%rax)
cmp    $0x2,%r15d
jl     12e0 <Hamming_Distance_Matrix+0x1a0>
mov    %r15d,%eax
mov    %rax,0x10(%rsp)
mov    (%rsp),%rax
mov    0x8(%rax),%rax
mov    $0x1,%r13d
jmp    11f0 <Hamming_Distance_Matrix+0xb0>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
mov    (%rsp),%rcx
mov    0x10(%rsp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rcx
movl   $0x0,(%rcx,%rdx,4)
mov    %r14,%r13
cmp    %rdx,%r14
je     12e0 <Hamming_Distance_Matrix+0x1a0>
movl   $0x0,(%rax,%r13,4)
lea    0x1(%r13),%r14
xor    %ebp,%ebp
mov    %r14,0x8(%rsp)
jmp    1233 <Hamming_Distance_Matrix+0xf3>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
mov    0x8(%rsp),%rdx
mov    (%r14,%rdx,8),%rax
movss  (%rax,%r15,4),%xmm0
mov    (%r14,%r15,8),%rcx
movss  %xmm0,(%rcx,%rdx,4)
mov    %r15,%rbp
cmp    %r13,%r15
mov    %rdx,%r14
je     11d0 <Hamming_Distance_Matrix+0x90>
mov    %r14,%r12
mov    (%rbx,%r13,8),%rdi
call   1060 <strlen@plt>
mov    %eax,%r15d
mov    (%rbx,%rbp,8),%rdi
call   1060 <strlen@plt>
cmp    %eax,%r15d
je     125c <Hamming_Distance_Matrix+0x11c>
lea    0xda9(%rip),%rdi
call   1050 <nrerror@plt>
mov    (%rsp),%r14
mov    (%r14,%r12,8),%rax
lea    0x1(%rbp),%r15
movl   $0x0,0x4(%rax,%rbp,4)
mov    (%rbx,%r13,8),%rdi
call   1060 <strlen@plt>
test   %eax,%eax
jle    1210 <Hamming_Distance_Matrix+0xd0>
mov    %rbp,%r12
xor    %ebp,%ebp
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
add    $0x1,%ebp
mov    (%rbx,%r13,8),%rdx
mov    (%rbx,%r12,8),%rcx
mov    %ebp,%edi
mov    %ebp,%esi
call   1040 <StrEditCost@plt>
xorps  %xmm0,%xmm0
cvtsi2ss %rax,%xmm0
mov    0x8(%rsp),%rax
mov    (%r14,%rax,8),%rax
addss  (%rax,%r15,4),%xmm0
movss  %xmm0,(%rax,%r15,4)
mov    (%rbx,%r13,8),%rdi
call   1060 <strlen@plt>
cmp    %eax,%ebp
jl     1290 <Hamming_Distance_Matrix+0x150>
jmp    1210 <Hamming_Distance_Matrix+0xd0>
cvtsi2ss %r15d,%xmm0
mov    0x0(%r13),%rax
movss  %xmm0,(%rax)
mov    (%rsp),%rax
add    $0x18,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
@.str = [45 x i8] c"Unequal Seqence Length for Hamming Distance.\00"
define float** @Hamming_Distance_Matrix(i8** %0, i32 %1) {
%3 = alloca i8**
%4 = alloca i32
%5 = alloca i32
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca float**
store i8** %0, i8*** %3
store i32 %1, i32* %4
%9 = load i32, i32* %4
%10 = add nsw i32 %9, 1
%11 = sext i32 %10 to i64
%12 = mul i64 %11, 8
%13 = trunc i64 %12 to i32
%14 = call i64 @space(i32 %13)
%15 = inttoptr i64 %14 to float**
store float** %15, float*** %8
store i32 0, i32* %5
br label %16
16: ; preds = %32, %2
%17 = load i32, i32* %5
%18 = load i32, i32* %4
%19 = icmp sle i32 %17, %18
br i1 %19, label %20, label %35
20: ; preds = %16
%21 = load i32, i32* %4
%22 = add nsw i32 %21, 1
%23 = sext i32 %22 to i64
%24 = mul i64 %23, 4
%25 = trunc i64 %24 to i32
%26 = call i64 @space(i32 %25)
%27 = inttoptr i64 %26 to float*
%28 = load float**, float*** %8
%29 = load i32, i32* %5
%30 = sext i32 %29 to i64
%31 = getelementptr inbounds float*, float** %28, i64 %30
store float* %27, float** %31
br label %32
32: ; preds = %20
%33 = load i32, i32* %5
%34 = add nsw i32 %33, 1
store i32 %34, i32* %5
br label %16
35: ; preds = %16
%36 = load i32, i32* %4
%37 = sitofp i32 %36 to float
%38 = load float**, float*** %8
%39 = getelementptr inbounds float*, float** %38, i64 0
%40 = load float*, float** %39
%41 = getelementptr inbounds float, float* %40, i64 0
store float %37, float* %41
store i32 1, i32* %5
br label %42
42: ; preds = %161, %35
%43 = load i32, i32* %5
%44 = load i32, i32* %4
%45 = icmp slt i32 %43, %44
br i1 %45, label %46, label %164
46: ; preds = %42
%47 = load float**, float*** %8
%48 = load i32, i32* %5
%49 = sext i32 %48 to i64
%50 = getelementptr inbounds float*, float** %47, i64 %49
%51 = load float*, float** %50
%52 = load i32, i32* %5
%53 = sext i32 %52 to i64
%54 = getelementptr inbounds float, float* %51, i64 %53
store float 0.000000e+00, float* %54
store i32 0, i32* %6
br label %55
55: ; preds = %149, %46
%56 = load i32, i32* %6
%57 = load i32, i32* %5
%58 = icmp slt i32 %56, %57
br i1 %58, label %59, label %152
59: ; preds = %55
%60 = load i8**, i8*** %3
%61 = load i32, i32* %5
%62 = sext i32 %61 to i64
%63 = getelementptr inbounds i8*, i8** %60, i64 %62
%64 = load i8*, i8** %63
%65 = call i32 @strlen(i8* %64)
%66 = load i8**, i8*** %3
%67 = load i32, i32* %6
%68 = sext i32 %67 to i64
%69 = getelementptr inbounds i8*, i8** %66, i64 %68
%70 = load i8*, i8** %69
%71 = call i32 @strlen(i8* %70)
%72 = icmp ne i32 %65, %71
br i1 %72, label %73, label %75
73: ; preds = %59
%74 = call i32 @nrerror(i8* getelementptr inbounds ([45 x i8], [45 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
br label %75
75: ; preds = %73, %59
%76 = load float**, float*** %8
%77 = load i32, i32* %5
%78 = add nsw i32 %77, 1
%79 = sext i32 %78 to i64
%80 = getelementptr inbounds float*, float** %76, i64 %79
%81 = load float*, float** %80
%82 = load i32, i32* %6
%83 = add nsw i32 %82, 1
%84 = sext i32 %83 to i64
%85 = getelementptr inbounds float, float* %81, i64 %84
store float 0.000000e+00, float* %85
store i32 0, i32* %7
br label %86
86: ; preds = %124, %75
%87 = load i32, i32* %7
%88 = load i8**, i8*** %3
%89 = load i32, i32* %5
%90 = sext i32 %89 to i64
%91 = getelementptr inbounds i8*, i8** %88, i64 %90
%92 = load i8*, i8** %91
%93 = call i32 @strlen(i8* %92)
%94 = icmp slt i32 %87, %93
br i1 %94, label %95, label %127
95: ; preds = %86
%96 = load i32, i32* %7
%97 = add nsw i32 %96, 1
%98 = load i32, i32* %7
%99 = add nsw i32 %98, 1
%100 = load i8**, i8*** %3
%101 = load i32, i32* %5
%102 = sext i32 %101 to i64
%103 = getelementptr inbounds i8*, i8** %100, i64 %102
%104 = load i8*, i8** %103
%105 = load i8**, i8*** %3
%106 = load i32, i32* %6
%107 = sext i32 %106 to i64
%108 = getelementptr inbounds i8*, i8** %105, i64 %107
%109 = load i8*, i8** %108
%110 = call i64 @StrEditCost(i32 %97, i32 %99, i8* %104, i8* %109)
%111 = sitofp i64 %110 to float
%112 = load float**, float*** %8
%113 = load i32, i32* %5
%114 = add nsw i32 %113, 1
%115 = sext i32 %114 to i64
%116 = getelementptr inbounds float*, float** %112, i64 %115
%117 = load float*, float** %116
%118 = load i32, i32* %6
%119 = add nsw i32 %118, 1
%120 = sext i32 %119 to i64
%121 = getelementptr inbounds float, float* %117, i64 %120
%122 = load float, float* %121
%123 = fadd float %122, %111
store float %123, float* %121
br label %124
124: ; preds = %95
%125 = load i32, i32* %7
%126 = add nsw i32 %125, 1
store i32 %126, i32* %7
br label %86
127: ; preds = %86
%128 = load float**, float*** %8
%129 = load i32, i32* %5
%130 = add nsw i32 %129, 1
%131 = sext i32 %130 to i64
%132 = getelementptr inbounds float*, float** %128, i64 %131
%133 = load float*, float** %132
%134 = load i32, i32* %6
%135 = add nsw i32 %134, 1
%136 = sext i32 %135 to i64
%137 = getelementptr inbounds float, float* %133, i64 %136
%138 = load float, float* %137
%139 = load float**, float*** %8
%140 = load i32, i32* %6
%141 = add nsw i32 %140, 1
%142 = sext i32 %141 to i64
%143 = getelementptr inbounds float*, float** %139, i64 %142
%144 = load float*, float** %143
%145 = load i32, i32* %5
%146 = add nsw i32 %145, 1
%147 = sext i32 %146 to i64
%148 = getelementptr inbounds float, float* %144, i64 %147
store float %138, float* %148
br label %149
149: ; preds = %127
%150 = load i32, i32* %6
%151 = add nsw i32 %150, 1
store i32 %151, i32* %6
br label %55
152: ; preds = %55
%153 = load float**, float*** %8
%154 = load i32, i32* %4
%155 = sext i32 %154 to i64
%156 = getelementptr inbounds float*, float** %153, i64 %155
%157 = load float*, float** %156
%158 = load i32, i32* %4
%159 = sext i32 %158 to i64
%160 = getelementptr inbounds float, float* %157, i64 %159
store float 0.000000e+00, float* %160
br label %161
161: ; preds = %152
%162 = load i32, i32* %5
%163 = add nsw i32 %162, 1
store i32 %163, i32* %5
br label %42
164: ; preds = %42
%165 = load float**, float*** %8
ret float** %165
}

LLVM IR (-O2):
@.str = [45 x i8] c"Unequal Seqence Length for Hamming Distance.\00"
define float** @Hamming_Distance_Matrix(i8** nocapture %0, i32 %1) {
%3 = add i32 %1, 1
%4 = shl i32 %3, 3
%5 = tail call i64 @space(i32 %4)
%6 = inttoptr i64 %5 to float**
%7 = icmp slt i32 %1, 0
br i1 %7, label %8, label %11
8: ; preds = %2
%9 = sitofp i32 %1 to float
%10 = load float*, float** %6
store float %9, float* %10
br label %81
11: ; preds = %2
%12 = shl i32 %3, 2
%13 = zext i32 %3 to i64
br label %14
14: ; preds = %11, %14
%15 = phi i64 [ 0, %11 ], [ %19, %14 ]
%16 = tail call i64 @space(i32 %12)
%17 = inttoptr i64 %16 to float*
%18 = getelementptr inbounds float*, float** %6, i64 %15
store float* %17, float** %18
%19 = add nuw nsw i64 %15, 1
%20 = icmp eq i64 %19, %13
br i1 %20, label %21, label %14
21: ; preds = %14
%22 = sitofp i32 %1 to float
%23 = load float*, float** %6
store float %22, float* %23
%24 = icmp sgt i32 %1, 1
br i1 %24, label %25, label %81
25: ; preds = %21
%26 = zext i32 %1 to i64
%27 = getelementptr inbounds float*, float** %6, i64 %26
%28 = zext i32 %1 to i64
%29 = getelementptr inbounds float*, float** %6, i64 1
%30 = load float*, float** %29
br label %31
31: ; preds = %25, %77
%32 = phi float* [ %30, %25 ], [ %70, %77 ]
%33 = phi i64 [ 1, %25 ], [ %36, %77 ]
%34 = getelementptr inbounds float, float* %32, i64 %33
store float 0.000000e+00, float* %34
%35 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %33
%36 = add nuw nsw i64 %33, 1
%37 = getelementptr inbounds float*, float** %6, i64 %36
br label %38
38: ; preds = %31, %69
%39 = phi i64 [ 0, %31 ], [ %50, %69 ]
%40 = load i8*, i8** %35
%41 = tail call i32 @strlen(i8* %40)
%42 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %39
%43 = load i8*, i8** %42
%44 = tail call i32 @strlen(i8* %43)
%45 = icmp eq i32 %41, %44
br i1 %45, label %48, label %46
46: ; preds = %38
%47 = tail call i32 @nrerror(i8* getelementptr inbounds ([45 x i8], [45 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
br label %48
48: ; preds = %46, %38
%49 = load float*, float** %37
%50 = add nuw nsw i64 %39, 1
%51 = getelementptr inbounds float, float* %49, i64 %50
store float 0.000000e+00, float* %51
%52 = load i8*, i8** %35
%53 = tail call i32 @strlen(i8* %52)
%54 = icmp sgt i32 %53, 0
br i1 %54, label %55, label %69
55: ; preds = %48, %55
%56 = phi i32 [ %57, %55 ], [ 0, %48 ]
%57 = add nuw nsw i32 %56, 1
%58 = load i8*, i8** %35
%59 = load i8*, i8** %42
%60 = tail call i64 @StrEditCost(i32 %57, i32 %57, i8* %58, i8* %59)
%61 = sitofp i64 %60 to float
%62 = load float*, float** %37
%63 = getelementptr inbounds float, float* %62, i64 %50
%64 = load float, float* %63
%65 = fadd float %64, %61
store float %65, float* %63
%66 = load i8*, i8** %35
%67 = tail call i32 @strlen(i8* %66)
%68 = icmp slt i32 %57, %67
br i1 %68, label %55, label %69
69: ; preds = %55, %48
%70 = load float*, float** %37
%71 = getelementptr inbounds float, float* %70, i64 %50
%72 = load float, float* %71
%73 = getelementptr inbounds float*, float** %6, i64 %50
%74 = load float*, float** %73
%75 = getelementptr inbounds float, float* %74, i64 %36
store float %72, float* %75
%76 = icmp eq i64 %50, %33
br i1 %76, label %77, label %38
77: ; preds = %69
%78 = load float*, float** %27
%79 = getelementptr inbounds float, float* %78, i64 %26
store float 0.000000e+00, float* %79
%80 = icmp eq i64 %36, %28
br i1 %80, label %81, label %31
81: ; preds = %77, %8, %21
ret float** %6
}