#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
char *strdup(char const *);
scalar_t__ vrna_realloc(char *, int);
char *get_ungapped_sequence(const char *seq) {
  char *tmp_sequence, *b;
  int i;
  tmp_sequence = strdup(seq);
  b = tmp_sequence;
  i = 0;
  do {
    if ((*b == '-') || (*b == '_') || (*b == '~') || (*b == '.'))
      continue;
    tmp_sequence[i] = *b;
    i++;
  } while (*(++b));
  tmp_sequence = (char *)vrna_realloc(tmp_sequence, (i + 1) * sizeof(char));
  tmp_sequence[i] = '\0';
  return tmp_sequence;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<get_ungapped_sequence>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x20,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rdi
call   1040 <strdup@plt>
mov    %rax,-0x10(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x18(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     1188 <get_ungapped_sequence+0x68>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0x5f,%eax
je     1188 <get_ungapped_sequence+0x68>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0x7e,%eax
je     1188 <get_ungapped_sequence+0x68>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0x2e,%eax
jne    118d <get_ungapped_sequence+0x6d>
jmp    11a7 <get_ungapped_sequence+0x87>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    (%rax),%dl
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %rax,%rcx
add    $0x1,%rcx
mov    %rcx,-0x18(%rbp)
cmpb   $0x0,0x1(%rax)
jne    1148 <get_ungapped_sequence+0x28>
mov    -0x10(%rbp),%rdi
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
cltq
shl    $0x0,%rax
mov    %eax,%esi
call   1030 <vrna_realloc@plt>
mov    %rax,-0x10(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movb   $0x0,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x10(%rbp),%rax
add    $0x20,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<get_ungapped_sequence>:
push   %rbx
call   1040 <strdup@plt>
mov    (%rax),%dl
mov    %rax,%rcx
add    $0x1,%rcx
xor    %ebx,%ebx
jmp    114b <get_ungapped_sequence+0x2b>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
movzbl (%rcx),%edx
add    $0x1,%rcx
test   %dl,%dl
je     1169 <get_ungapped_sequence+0x49>
lea    -0x2d(%rdx),%esi
cmp    $0x2,%sil
jb     1140 <get_ungapped_sequence+0x20>
cmp    $0x5f,%dl
je     1140 <get_ungapped_sequence+0x20>
cmp    $0x7e,%dl
je     1140 <get_ungapped_sequence+0x20>
movslq %ebx,%rbx
mov    %dl,(%rax,%rbx,1)
add    $0x1,%ebx
jmp    1140 <get_ungapped_sequence+0x20>
lea    0x1(%rbx),%esi
mov    %rax,%rdi
call   1030 <vrna_realloc@plt>
movslq %ebx,%rcx
movb   $0x0,(%rax,%rcx,1)
pop    %rbx
ret

LLVM IR (-O0):
define i8* @get_ungapped_sequence(i8* %0) {
%2 = alloca i8*
%3 = alloca i8*
%4 = alloca i8*
%5 = alloca i32
store i8* %0, i8** %2
%6 = load i8*, i8** %2
%7 = call i8* @strdup(i8* %6)
store i8* %7, i8** %3
%8 = load i8*, i8** %3
store i8* %8, i8** %4
store i32 0, i32* %5
br label %9
9: ; preds = %39, %1
%10 = load i8*, i8** %4
%11 = load i8, i8* %10
%12 = sext i8 %11 to i32
%13 = icmp eq i32 %12, 45
br i1 %13, label %29, label %14
14: ; preds = %9
%15 = load i8*, i8** %4
%16 = load i8, i8* %15
%17 = sext i8 %16 to i32
%18 = icmp eq i32 %17, 95
br i1 %18, label %29, label %19
19: ; preds = %14
%20 = load i8*, i8** %4
%21 = load i8, i8* %20
%22 = sext i8 %21 to i32
%23 = icmp eq i32 %22, 126
br i1 %23, label %29, label %24
24: ; preds = %19
%25 = load i8*, i8** %4
%26 = load i8, i8* %25
%27 = sext i8 %26 to i32
%28 = icmp eq i32 %27, 46
br i1 %28, label %29, label %30
29: ; preds = %24, %19, %14, %9
br label %39
30: ; preds = %24
%31 = load i8*, i8** %4
%32 = load i8, i8* %31
%33 = load i8*, i8** %3
%34 = load i32, i32* %5
%35 = sext i32 %34 to i64
%36 = getelementptr inbounds i8, i8* %33, i64 %35
store i8 %32, i8* %36
%37 = load i32, i32* %5
%38 = add nsw i32 %37, 1
store i32 %38, i32* %5
br label %39
39: ; preds = %30, %29
%40 = load i8*, i8** %4
%41 = getelementptr inbounds i8, i8* %40, i32 1
store i8* %41, i8** %4
%42 = load i8, i8* %41
%43 = icmp ne i8 %42, 0
br i1 %43, label %9, label %44
44: ; preds = %39
%45 = load i8*, i8** %3
%46 = load i32, i32* %5
%47 = add nsw i32 %46, 1
%48 = sext i32 %47 to i64
%49 = mul i64 %48, 1
%50 = trunc i64 %49 to i32
%51 = call i64 @vrna_realloc(i8* %45, i32 %50)
%52 = inttoptr i64 %51 to i8*
store i8* %52, i8** %3
%53 = load i8*, i8** %3
%54 = load i32, i32* %5
%55 = sext i32 %54 to i64
%56 = getelementptr inbounds i8, i8* %53, i64 %55
store i8 0, i8* %56
%57 = load i8*, i8** %3
ret i8* %57
}

LLVM IR (-O2):
define i8* @get_ungapped_sequence(i8* nocapture %0) {
%2 = tail call i8* @strdup(i8* %0)
%3 = load i8, i8* %2
br label %4
4: ; preds = %12, %1
%5 = phi i8 [ %15, %12 ], [ %3, %1 ]
%6 = phi i8* [ %14, %12 ], [ %2, %1 ]
%7 = phi i32 [ %13, %12 ], [ 0, %1 ]
switch i8 %5, label %8 [
i8 45, label %12
i8 95, label %12
i8 126, label %12
i8 46, label %12
]
8: ; preds = %4
%9 = sext i32 %7 to i64
%10 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %9
store i8 %5, i8* %10
%11 = add nsw i32 %7, 1
br label %12
12: ; preds = %4, %4, %4, %4, %8
%13 = phi i32 [ %7, %4 ], [ %11, %8 ], [ %7, %4 ], [ %7, %4 ], [ %7, %4 ]
%14 = getelementptr inbounds i8, i8* %6, i64 1
%15 = load i8, i8* %14
%16 = icmp eq i8 %15, 0
br i1 %16, label %17, label %4
17: ; preds = %12
%18 = add nsw i32 %13, 1
%19 = tail call i64 @vrna_realloc(i8* %2, i32 %18)
%20 = inttoptr i64 %19 to i8*
%21 = sext i32 %13 to i64
%22 = getelementptr inbounds i8, i8* %20, i64 %21
store i8 0, i8* %22
ret i8* %20
}