#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
float **FMX2Alloc(int, int);
double PairwiseIdentity(char *, char *);
void MakeDiffMx(char **aseqs, int num, float ***ret_dmx) {
  float **dmx;
  int i, j;
  dmx = FMX2Alloc(num, num);
  for (i = 0; i < num; i++)
    for (j = i; j < num; j++)
      dmx[i][j] = dmx[j][i] = 1.0 - PairwiseIdentity(aseqs[i], aseqs[j]);
  *ret_dmx = dmx;
  return;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<MakeDiffMx>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    -0xc(%rbp),%edi
mov    -0xc(%rbp),%esi
call   1030 <FMX2Alloc@plt>
mov    %rax,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    11e2 <MakeDiffMx+0xc2>
mov    -0x24(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    11cf <MakeDiffMx+0xaf>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rsi
call   1040 <PairwiseIdentity@plt>
movaps %xmm0,%xmm1
movsd  0xe71(%rip),%xmm0
subsd  %xmm1,%xmm0
cvtsd2ss %xmm0,%xmm0
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
movss  %xmm0,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movss  %xmm0,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    115b <MakeDiffMx+0x3b>
jmp    11d4 <MakeDiffMx+0xb4>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1149 <MakeDiffMx+0x29>
mov    -0x20(%rbp),%rcx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<MakeDiffMx>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
push   %rax
mov    %rdx,%r14
mov    %esi,%ebp
mov    %rdi,%r15
mov    %esi,%edi
call   1030 <FMX2Alloc@plt>
mov    %rax,%r13
test   %ebp,%ebp
jle    11a6 <MakeDiffMx+0x86>
mov    %ebp,%r12d
xor    %ebx,%ebx
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
mov    %rbx,%rbp
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
mov    (%r15,%rbx,8),%rdi
mov    (%r15,%rbp,8),%rsi
call   1040 <PairwiseIdentity@plt>
movsd  0xe8b(%rip),%xmm1
subsd  %xmm0,%xmm1
xorps  %xmm0,%xmm0
cvtsd2ss %xmm1,%xmm0
mov    0x0(%r13,%rbp,8),%rax
movss  %xmm0,(%rax,%rbx,4)
mov    0x0(%r13,%rbx,8),%rax
movss  %xmm0,(%rax,%rbp,4)
add    $0x1,%rbp
cmp    %rbp,%r12
jne    1160 <MakeDiffMx+0x40>
add    $0x1,%rbx
cmp    %r12,%rbx
jne    1150 <MakeDiffMx+0x30>
mov    %r13,(%r14)
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @MakeDiffMx(i8** %0, i32 %1, float*** %2) {
%4 = alloca i8**
%5 = alloca i32
%6 = alloca float***
%7 = alloca float**
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
store i8** %0, i8*** %4
store i32 %1, i32* %5
store float*** %2, float**** %6
%10 = load i32, i32* %5
%11 = load i32, i32* %5
%12 = call float** @FMX2Alloc(i32 %10, i32 %11)
store float** %12, float*** %7
store i32 0, i32* %8
br label %13
13: ; preds = %57, %3
%14 = load i32, i32* %8
%15 = load i32, i32* %5
%16 = icmp slt i32 %14, %15
br i1 %16, label %17, label %60
17: ; preds = %13
%18 = load i32, i32* %8
store i32 %18, i32* %9
br label %19
19: ; preds = %53, %17
%20 = load i32, i32* %9
%21 = load i32, i32* %5
%22 = icmp slt i32 %20, %21
br i1 %22, label %23, label %56
23: ; preds = %19
%24 = load i8**, i8*** %4
%25 = load i32, i32* %8
%26 = sext i32 %25 to i64
%27 = getelementptr inbounds i8*, i8** %24, i64 %26
%28 = load i8*, i8** %27
%29 = load i8**, i8*** %4
%30 = load i32, i32* %9
%31 = sext i32 %30 to i64
%32 = getelementptr inbounds i8*, i8** %29, i64 %31
%33 = load i8*, i8** %32
%34 = call double @PairwiseIdentity(i8* %28, i8* %33)
%35 = fsub double 1.000000e+00, %34
%36 = fptrunc double %35 to float
%37 = load float**, float*** %7
%38 = load i32, i32* %9
%39 = sext i32 %38 to i64
%40 = getelementptr inbounds float*, float** %37, i64 %39
%41 = load float*, float** %40
%42 = load i32, i32* %8
%43 = sext i32 %42 to i64
%44 = getelementptr inbounds float, float* %41, i64 %43
store float %36, float* %44
%45 = load float**, float*** %7
%46 = load i32, i32* %8
%47 = sext i32 %46 to i64
%48 = getelementptr inbounds float*, float** %45, i64 %47
%49 = load float*, float** %48
%50 = load i32, i32* %9
%51 = sext i32 %50 to i64
%52 = getelementptr inbounds float, float* %49, i64 %51
store float %36, float* %52
br label %53
53: ; preds = %23
%54 = load i32, i32* %9
%55 = add nsw i32 %54, 1
store i32 %55, i32* %9
br label %19
56: ; preds = %19
br label %57
57: ; preds = %56
%58 = load i32, i32* %8
%59 = add nsw i32 %58, 1
store i32 %59, i32* %8
br label %13
60: ; preds = %13
%61 = load float**, float*** %7
%62 = load float***, float**** %6
store float** %61, float*** %62
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @MakeDiffMx(i8** nocapture %0, i32 %1, float*** nocapture writeonly %2) {
%4 = tail call float** @FMX2Alloc(i32 %1, i32 %1)
%5 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %5, label %6, label %30
6: ; preds = %3
%7 = zext i32 %1 to i64
br label %8
8: ; preds = %27, %6
%9 = phi i64 [ 0, %6 ], [ %28, %27 ]
%10 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %9
%11 = getelementptr inbounds float*, float** %4, i64 %9
br label %12
12: ; preds = %8, %12
%13 = phi i64 [ %9, %8 ], [ %25, %12 ]
%14 = load i8*, i8** %10
%15 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %13
%16 = load i8*, i8** %15
%17 = tail call double @PairwiseIdentity(i8* %14, i8* %16)
%18 = fsub double 1.000000e+00, %17
%19 = fptrunc double %18 to float
%20 = getelementptr inbounds float*, float** %4, i64 %13
%21 = load float*, float** %20
%22 = getelementptr inbounds float, float* %21, i64 %9
store float %19, float* %22
%23 = load float*, float** %11
%24 = getelementptr inbounds float, float* %23, i64 %13
store float %19, float* %24
%25 = add nuw nsw i64 %13, 1
%26 = icmp eq i64 %25, %7
br i1 %26, label %27, label %12
27: ; preds = %12
%28 = add nuw nsw i64 %9, 1
%29 = icmp eq i64 %28, %7
br i1 %29, label %30, label %8
30: ; preds = %27, %3
store float** %4, float*** %2
ret void
}