void hmmtop_onenorm(double *x, int h) {
  int i;
  double q;
  for (i = 0; i < h; i++)
    if (x[i] < 1e-20)
      x[i] = 0;
  for (i = 0, q = 0; i < h; i++)
    q += x[i];
  if (q > 0)
    for (i = 0; i < h; i++)
      x[i] /= q;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<hmmtop_onenorm>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
movl   $0x0,-0x10(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    115c <hmmtop_onenorm+0x5c>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x10(%rbp),%rcx
movsd  0xed2(%rip),%xmm0
ucomisd (%rax,%rcx,8),%xmm0
jbe    1149 <hmmtop_onenorm+0x49>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x10(%rbp),%rcx
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
jmp    114e <hmmtop_onenorm+0x4e>
mov    -0x10(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x10(%rbp)
jmp    1112 <hmmtop_onenorm+0x12>
movl   $0x0,-0x10(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x18(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    119c <hmmtop_onenorm+0x9c>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x10(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
addsd  -0x18(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x18(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x10(%rbp)
jmp    116b <hmmtop_onenorm+0x6b>
movsd  -0x18(%rbp),%xmm0
xorps  %xmm1,%xmm1
ucomisd %xmm1,%xmm0
jbe    11ef <hmmtop_onenorm+0xef>
movl   $0x0,-0x10(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    11ea <hmmtop_onenorm+0xea>
movsd  -0x18(%rbp),%xmm1
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x10(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
divsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x10(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x10(%rbp)
jmp    11b5 <hmmtop_onenorm+0xb5>
jmp    11ef <hmmtop_onenorm+0xef>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<hmmtop_onenorm>:
test   %esi,%esi
jle    12b7 <hmmtop_onenorm+0x1b7>
mov    %esi,%r8d
mov    %r8,%rdx
add    $0xffffffffffffffff,%rdx
je     115b <hmmtop_onenorm+0x5b>
mov    %r8d,%eax
and    $0xfffffffe,%eax
xor    %ecx,%ecx
movsd  0xedc(%rip),%xmm0
jmp    1139 <hmmtop_onenorm+0x39>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x2,%rcx
cmp    %rcx,%rax
je     115d <hmmtop_onenorm+0x5d>
ucomisd (%rdi,%rcx,8),%xmm0
jbe    1148 <hmmtop_onenorm+0x48>
movq   $0x0,(%rdi,%rcx,8)
ucomisd 0x8(%rdi,%rcx,8),%xmm0
jbe    1130 <hmmtop_onenorm+0x30>
movq   $0x0,0x8(%rdi,%rcx,8)
jmp    1130 <hmmtop_onenorm+0x30>
xor    %ecx,%ecx
test   $0x1,%r8b
je     117a <hmmtop_onenorm+0x7a>
movsd  0xe95(%rip),%xmm0
ucomisd (%rdi,%rcx,8),%xmm0
jbe    117a <hmmtop_onenorm+0x7a>
movq   $0x0,(%rdi,%rcx,8)
test   %esi,%esi
jle    12b7 <hmmtop_onenorm+0x1b7>
mov    %r8d,%ecx
and    $0x7,%ecx
cmp    $0x7,%rdx
jae    1196 <hmmtop_onenorm+0x96>
xorpd  %xmm0,%xmm0
xor    %edx,%edx
jmp    11e8 <hmmtop_onenorm+0xe8>
mov    %r8d,%eax
and    $0xfffffff8,%eax
xorpd  %xmm0,%xmm0
xor    %edx,%edx
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
addsd  (%rdi,%rdx,8),%xmm0
addsd  0x8(%rdi,%rdx,8),%xmm0
addsd  0x10(%rdi,%rdx,8),%xmm0
addsd  0x18(%rdi,%rdx,8),%xmm0
addsd  0x20(%rdi,%rdx,8),%xmm0
addsd  0x28(%rdi,%rdx,8),%xmm0
addsd  0x30(%rdi,%rdx,8),%xmm0
addsd  0x38(%rdi,%rdx,8),%xmm0
add    $0x8,%rdx
cmp    %rdx,%rax
jne    11b0 <hmmtop_onenorm+0xb0>
test   %rcx,%rcx
je     120e <hmmtop_onenorm+0x10e>
lea    (%rdi,%rdx,8),%rax
xor    %edx,%edx
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
addsd  (%rax,%rdx,8),%xmm0
add    $0x1,%rdx
cmp    %rdx,%rcx
jne    1200 <hmmtop_onenorm+0x100>
xorpd  %xmm1,%xmm1
ucomisd %xmm1,%xmm0
jbe    12b7 <hmmtop_onenorm+0x1b7>
test   %esi,%esi
jle    12b7 <hmmtop_onenorm+0x1b7>
cmp    $0x2,%esi
jae    122d <hmmtop_onenorm+0x12d>
xor    %ecx,%ecx
jmp    12a0 <hmmtop_onenorm+0x1a0>
mov    %r8d,%ecx
and    $0xfffffffe,%ecx
movapd %xmm0,%xmm1
unpcklpd %xmm0,%xmm1
lea    -0x2(%rcx),%rax
mov    %rax,%rdx
shr    %rdx
add    $0x1,%rdx
test   %rax,%rax
je     12b8 <hmmtop_onenorm+0x1b8>
mov    %rdx,%rsi
and    $0xfffffffffffffffe,%rsi
xor    %eax,%eax
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
movupd (%rdi,%rax,8),%xmm2
movupd 0x10(%rdi,%rax,8),%xmm3
divpd  %xmm1,%xmm2
movupd %xmm2,(%rdi,%rax,8)
divpd  %xmm1,%xmm3
movupd %xmm3,0x10(%rdi,%rax,8)
add    $0x4,%rax
add    $0xfffffffffffffffe,%rsi
jne    1260 <hmmtop_onenorm+0x160>
test   $0x1,%dl
je     129b <hmmtop_onenorm+0x19b>
movupd (%rdi,%rax,8),%xmm2
divpd  %xmm1,%xmm2
movupd %xmm2,(%rdi,%rax,8)
cmp    %r8,%rcx
je     12b7 <hmmtop_onenorm+0x1b7>
movsd  (%rdi,%rcx,8),%xmm1
divsd  %xmm0,%xmm1
movsd  %xmm1,(%rdi,%rcx,8)
add    $0x1,%rcx
cmp    %rcx,%r8
jne    12a0 <hmmtop_onenorm+0x1a0>
ret
xor    %eax,%eax
test   $0x1,%dl
jne    128d <hmmtop_onenorm+0x18d>
jmp    129b <hmmtop_onenorm+0x19b>

LLVM IR (-O0):
define void @hmmtop_onenorm(double* %0, i32 %1) {
%3 = alloca double*
%4 = alloca i32
%5 = alloca i32
%6 = alloca double
store double* %0, double** %3
store i32 %1, i32* %4
store i32 0, i32* %5
br label %7
7: ; preds = %24, %2
%8 = load i32, i32* %5
%9 = load i32, i32* %4
%10 = icmp slt i32 %8, %9
br i1 %10, label %11, label %27
11: ; preds = %7
%12 = load double*, double** %3
%13 = load i32, i32* %5
%14 = sext i32 %13 to i64
%15 = getelementptr inbounds double, double* %12, i64 %14
%16 = load double, double* %15
%17 = fcmp olt double %16, 0x3BC79CA10C924223
br i1 %17, label %18, label %23
18: ; preds = %11
%19 = load double*, double** %3
%20 = load i32, i32* %5
%21 = sext i32 %20 to i64
%22 = getelementptr inbounds double, double* %19, i64 %21
store double 0.000000e+00, double* %22
br label %23
23: ; preds = %18, %11
br label %24
24: ; preds = %23
%25 = load i32, i32* %5
%26 = add nsw i32 %25, 1
store i32 %26, i32* %5
br label %7
27: ; preds = %7
store i32 0, i32* %5
store double 0.000000e+00, double* %6
br label %28
28: ; preds = %40, %27
%29 = load i32, i32* %5
%30 = load i32, i32* %4
%31 = icmp slt i32 %29, %30
br i1 %31, label %32, label %43
32: ; preds = %28
%33 = load double*, double** %3
%34 = load i32, i32* %5
%35 = sext i32 %34 to i64
%36 = getelementptr inbounds double, double* %33, i64 %35
%37 = load double, double* %36
%38 = load double, double* %6
%39 = fadd double %38, %37
store double %39, double* %6
br label %40
40: ; preds = %32
%41 = load i32, i32* %5
%42 = add nsw i32 %41, 1
store i32 %42, i32* %5
br label %28
43: ; preds = %28
%44 = load double, double* %6
%45 = fcmp ogt double %44, 0.000000e+00
br i1 %45, label %46, label %63
46: ; preds = %43
store i32 0, i32* %5
br label %47
47: ; preds = %59, %46
%48 = load i32, i32* %5
%49 = load i32, i32* %4
%50 = icmp slt i32 %48, %49
br i1 %50, label %51, label %62
51: ; preds = %47
%52 = load double, double* %6
%53 = load double*, double** %3
%54 = load i32, i32* %5
%55 = sext i32 %54 to i64
%56 = getelementptr inbounds double, double* %53, i64 %55
%57 = load double, double* %56
%58 = fdiv double %57, %52
store double %58, double* %56
br label %59
59: ; preds = %51
%60 = load i32, i32* %5
%61 = add nsw i32 %60, 1
store i32 %61, i32* %5
br label %47
62: ; preds = %47
br label %63
63: ; preds = %62, %43
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @hmmtop_onenorm(double* nocapture %0, i32 %1) {
%3 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %3, label %4, label %150
4: ; preds = %2
%5 = zext i32 %1 to i64
%6 = add nsw i64 %5, -1
%7 = and i64 %5, 1
%8 = icmp eq i64 %6, 0
br i1 %8, label %11, label %9
9: ; preds = %4
%10 = and i64 %5, 4294967294
br label %25
11: ; preds = %38, %4
%12 = phi i64 [ 0, %4 ], [ %39, %38 ]
%13 = icmp eq i64 %7, 0
br i1 %13, label %19, label %14
14: ; preds = %11
%15 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %12
%16 = load double, double* %15
%17 = fcmp olt double %16, 0x3BC79CA10C924223
br i1 %17, label %18, label %19
18: ; preds = %14
store double 0.000000e+00, double* %15
br label %19
19: ; preds = %14, %18, %11
br i1 %3, label %20, label %150
20: ; preds = %19
%21 = and i64 %5, 7
%22 = icmp ult i64 %6, 7
br i1 %22, label %80, label %23
23: ; preds = %20
%24 = and i64 %5, 4294967288
br label %42
25: ; preds = %38, %9
%26 = phi i64 [ 0, %9 ], [ %39, %38 ]
%27 = phi i64 [ 0, %9 ], [ %40, %38 ]
%28 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %26
%29 = load double, double* %28
%30 = fcmp olt double %29, 0x3BC79CA10C924223
br i1 %30, label %31, label %32
31: ; preds = %25
store double 0.000000e+00, double* %28
br label %32
32: ; preds = %25, %31
%33 = or i64 %26, 1
%34 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %33
%35 = load double, double* %34
%36 = fcmp olt double %35, 0x3BC79CA10C924223
br i1 %36, label %37, label %38
37: ; preds = %32
store double 0.000000e+00, double* %34
br label %38
38: ; preds = %37, %32
%39 = add nuw nsw i64 %26, 2
%40 = add i64 %27, 2
%41 = icmp eq i64 %40, %10
br i1 %41, label %11, label %25
42: ; preds = %42, %23
%43 = phi i64 [ 0, %23 ], [ %77, %42 ]
%44 = phi double [ 0.000000e+00, %23 ], [ %76, %42 ]
%45 = phi i64 [ 0, %23 ], [ %78, %42 ]
%46 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %43
%47 = load double, double* %46
%48 = fadd double %44, %47
%49 = or i64 %43, 1
%50 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %49
%51 = load double, double* %50
%52 = fadd double %48, %51
%53 = or i64 %43, 2
%54 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %53
%55 = load double, double* %54
%56 = fadd double %52, %55
%57 = or i64 %43, 3
%58 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %57
%59 = load double, double* %58
%60 = fadd double %56, %59
%61 = or i64 %43, 4
%62 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %61
%63 = load double, double* %62
%64 = fadd double %60, %63
%65 = or i64 %43, 5
%66 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %65
%67 = load double, double* %66
%68 = fadd double %64, %67
%69 = or i64 %43, 6
%70 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %69
%71 = load double, double* %70
%72 = fadd double %68, %71
%73 = or i64 %43, 7
%74 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %73
%75 = load double, double* %74
%76 = fadd double %72, %75
%77 = add nuw nsw i64 %43, 8
%78 = add i64 %45, 8
%79 = icmp eq i64 %78, %24
br i1 %79, label %80, label %42
80: ; preds = %42, %20
%81 = phi double [ undef, %20 ], [ %76, %42 ]
%82 = phi i64 [ 0, %20 ], [ %77, %42 ]
%83 = phi double [ 0.000000e+00, %20 ], [ %76, %42 ]
%84 = icmp eq i64 %21, 0
br i1 %84, label %95, label %85
85: ; preds = %80, %85
%86 = phi i64 [ %92, %85 ], [ %82, %80 ]
%87 = phi double [ %91, %85 ], [ %83, %80 ]
%88 = phi i64 [ %93, %85 ], [ 0, %80 ]
%89 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %86
%90 = load double, double* %89
%91 = fadd double %87, %90
%92 = add nuw nsw i64 %86, 1
%93 = add i64 %88, 1
%94 = icmp eq i64 %93, %21
br i1 %94, label %95, label %85
95: ; preds = %85, %80
%96 = phi double [ %81, %80 ], [ %91, %85 ]
%97 = fcmp ogt double %96, 0.000000e+00
%98 = and i1 %97, %3
br i1 %98, label %99, label %150
99: ; preds = %95
%100 = zext i32 %1 to i64
%101 = icmp ult i32 %1, 2
br i1 %101, label %141, label %102
102: ; preds = %99
%103 = and i64 %5, 4294967294
%104 = insertelement <2 x double> poison, double %96, i64 0
%105 = shufflevector <2 x double> %104, <2 x double> poison, <2 x i32> zeroinitializer
%106 = add nsw i64 %103, -2
%107 = lshr exact i64 %106, 1
%108 = add nuw i64 %107, 1
%109 = and i64 %108, 1
%110 = icmp eq i64 %106, 0
br i1 %110, label %130, label %111
111: ; preds = %102
%112 = and i64 %108, -2
br label %113
113: ; preds = %113, %111
%114 = phi i64 [ 0, %111 ], [ %127, %113 ]
%115 = phi i64 [ 0, %111 ], [ %128, %113 ]
%116 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %114
%117 = bitcast double* %116 to <2 x double>*
%118 = load <2 x double>, <2 x double>* %117
%119 = fdiv <2 x double> %118, %105
%120 = bitcast double* %116 to <2 x double>*
store <2 x double> %119, <2 x double>* %120
%121 = or i64 %114, 2
%122 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %121
%123 = bitcast double* %122 to <2 x double>*
%124 = load <2 x double>, <2 x double>* %123
%125 = fdiv <2 x double> %124, %105
%126 = bitcast double* %122 to <2 x double>*
store <2 x double> %125, <2 x double>* %126
%127 = add nuw i64 %114, 4
%128 = add nuw i64 %115, 2
%129 = icmp eq i64 %128, %112
br i1 %129, label %130, label %113
130: ; preds = %113, %102
%131 = phi i64 [ 0, %102 ], [ %127, %113 ]
%132 = icmp eq i64 %109, 0
br i1 %132, label %139, label %133
133: ; preds = %130
%134 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %131
%135 = bitcast double* %134 to <2 x double>*
%136 = load <2 x double>, <2 x double>* %135
%137 = fdiv <2 x double> %136, %105
%138 = bitcast double* %134 to <2 x double>*
store <2 x double> %137, <2 x double>* %138
br label %139
139: ; preds = %130, %133
%140 = icmp eq i64 %103, %5
br i1 %140, label %150, label %141
141: ; preds = %99, %139
%142 = phi i64 [ 0, %99 ], [ %103, %139 ]
br label %143
143: ; preds = %141, %143
%144 = phi i64 [ %148, %143 ], [ %142, %141 ]
%145 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %144
%146 = load double, double* %145
%147 = fdiv double %146, %96
store double %147, double* %145
%148 = add nuw nsw i64 %144, 1
%149 = icmp eq i64 %148, %100
br i1 %149, label %150, label %143
150: ; preds = %143, %139, %2, %19, %95
ret void
}