#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
scalar_t__ log(float);
float score_motif(float **weight_matrix, char *sequence, int motif_length) {
  int i, j;
  int i_stop;
  char c;
  float p;
  float score = 0;
  float penalty = -7.6;
  for (j = 1; j <= motif_length; j++) {
    c = sequence[j];
    if ((c > 0) & (c < 5)) {
      p = weight_matrix[c][j];
      score += log(p);
    } else {
      score += penalty;
    }
  }
  return score;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<score_motif>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movss  %xmm0,-0x2c(%rbp)
movss  0xecd(%rip),%xmm0
movss  %xmm0,-0x30(%rbp)
movl   $0x1,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jg     11de <score_motif+0xce>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%al
mov    %al,-0x21(%rbp)
movsbl -0x21(%rbp),%eax
cmp    $0x0,%eax
setg   %al
and    $0x1,%al
movzbl %al,%eax
movsbl -0x21(%rbp),%ecx
cmp    $0x5,%ecx
setl   %cl
and    $0x1,%cl
movzbl %cl,%ecx
and    %ecx,%eax
cmp    $0x0,%eax
je     11bc <score_motif+0xac>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movsbq -0x21(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
movss  %xmm0,-0x28(%rbp)
movss  -0x28(%rbp),%xmm0
call   1030 <log@plt>
cvtsi2ss %rax,%xmm0
addss  -0x2c(%rbp),%xmm0
movss  %xmm0,-0x2c(%rbp)
jmp    11cb <score_motif+0xbb>
movss  -0x30(%rbp),%xmm0
addss  -0x2c(%rbp),%xmm0
movss  %xmm0,-0x2c(%rbp)
jmp    11d0 <score_motif+0xc0>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    113f <score_motif+0x2f>
movss  -0x2c(%rbp),%xmm0
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<score_motif>:
push   %r15
push   %r14
push   %r12
push   %rbx
push   %rax
test   %edx,%edx
jle    1189 <score_motif+0x79>
mov    %edx,%r12d
mov    %rsi,%r14
mov    %rdi,%r15
add    $0x1,%r12d
xorps  %xmm1,%xmm1
mov    $0x1,%ebx
movss  0xec7(%rip),%xmm2
jmp    114d <score_motif+0x3d>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
addss  %xmm0,%xmm1
add    $0x1,%rbx
cmp    %rbx,%r12
je     118c <score_motif+0x7c>
movzbl (%r14,%rbx,1),%eax
lea    -0x1(%rax),%ecx
movaps %xmm2,%xmm0
cmp    $0x3,%cl
ja     1140 <score_motif+0x30>
mov    (%r15,%rax,8),%rax
movss  (%rax,%rbx,4),%xmm0
movss  %xmm1,0x4(%rsp)
call   1030 <log@plt>
movss  0xe87(%rip),%xmm2
movss  0x4(%rsp),%xmm1
xorps  %xmm0,%xmm0
cvtsi2ss %rax,%xmm0
jmp    1140 <score_motif+0x30>
xorps  %xmm1,%xmm1
movaps %xmm1,%xmm0
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r14
pop    %r15
ret

LLVM IR (-O0):
define float @score_motif(float** %0, i8* %1, i32 %2) {
%4 = alloca float**
%5 = alloca i8*
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i8
%11 = alloca float
%12 = alloca float
%13 = alloca float
store float** %0, float*** %4
store i8* %1, i8** %5
store i32 %2, i32* %6
store float 0.000000e+00, float* %12
store float 0xC01E666660000000, float* %13
store i32 1, i32* %8
br label %14
14: ; preds = %54, %3
%15 = load i32, i32* %8
%16 = load i32, i32* %6
%17 = icmp sle i32 %15, %16
br i1 %17, label %18, label %57
18: ; preds = %14
%19 = load i8*, i8** %5
%20 = load i32, i32* %8
%21 = sext i32 %20 to i64
%22 = getelementptr inbounds i8, i8* %19, i64 %21
%23 = load i8, i8* %22
store i8 %23, i8* %10
%24 = load i8, i8* %10
%25 = sext i8 %24 to i32
%26 = icmp sgt i32 %25, 0
%27 = zext i1 %26 to i32
%28 = load i8, i8* %10
%29 = sext i8 %28 to i32
%30 = icmp slt i32 %29, 5
%31 = zext i1 %30 to i32
%32 = and i32 %27, %31
%33 = icmp ne i32 %32, 0
br i1 %33, label %34, label %49
34: ; preds = %18
%35 = load float**, float*** %4
%36 = load i8, i8* %10
%37 = sext i8 %36 to i64
%38 = getelementptr inbounds float*, float** %35, i64 %37
%39 = load float*, float** %38
%40 = load i32, i32* %8
%41 = sext i32 %40 to i64
%42 = getelementptr inbounds float, float* %39, i64 %41
%43 = load float, float* %42
store float %43, float* %11
%44 = load float, float* %11
%45 = call i64 @log(float %44)
%46 = sitofp i64 %45 to float
%47 = load float, float* %12
%48 = fadd float %47, %46
store float %48, float* %12
br label %53
49: ; preds = %18
%50 = load float, float* %13
%51 = load float, float* %12
%52 = fadd float %51, %50
store float %52, float* %12
br label %53
53: ; preds = %49, %34
br label %54
54: ; preds = %53
%55 = load i32, i32* %8
%56 = add nsw i32 %55, 1
store i32 %56, i32* %8
br label %14
57: ; preds = %14
%58 = load float, float* %12
ret float %58
}

LLVM IR (-O2):
define float @score_motif(float** nocapture %0, i8* nocapture %1, i32 %2) {
%4 = icmp slt i32 %2, 1
br i1 %4, label %28, label %5
5: ; preds = %3
%6 = add nuw i32 %2, 1
%7 = zext i32 %6 to i64
br label %8
8: ; preds = %5, %23
%9 = phi i64 [ 1, %5 ], [ %26, %23 ]
%10 = phi float [ 0.000000e+00, %5 ], [ %25, %23 ]
%11 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %9
%12 = load i8, i8* %11
%13 = add i8 %12, -1
%14 = icmp ult i8 %13, 4
br i1 %14, label %15, label %23
15: ; preds = %8
%16 = zext i8 %12 to i64
%17 = getelementptr inbounds float*, float** %0, i64 %16
%18 = load float*, float** %17
%19 = getelementptr inbounds float, float* %18, i64 %9
%20 = load float, float* %19
%21 = tail call i64 @log(float %20)
%22 = sitofp i64 %21 to float
br label %23
23: ; preds = %8, %15
%24 = phi float [ %22, %15 ], [ 0xC01E666660000000, %8 ]
%25 = fadd float %10, %24
%26 = add nuw nsw i64 %9, 1
%27 = icmp eq i64 %26, %7
br i1 %27, label %28, label %8
28: ; preds = %23, %3
%29 = phi float [ 0.000000e+00, %3 ], [ %25, %23 ]
ret float %29
}