#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ free(int *);
char get_gap_qual(int *);
int init_gap_qual_window(int *, char *, int);
int **init_votes(int);
int *malloc(int);
int push_qual(int *, int, char *, int);
int toupper(char);
int **get_votes_qual(char *align[], char *quals[], int n_seqs, int seq_len,
                     char thres) {
  int **votes = init_votes(seq_len);
  int *window = malloc(sizeof(int) * 4 * 2);
  int win_edge;
  char qual;
  int i, j;
  for (i = 0; i < n_seqs; i++) {
    win_edge = init_gap_qual_window(window, quals[i], seq_len);
    for (j = 0; j < seq_len; j++) {
      if (align[i][j] == '-') {
        qual = get_gap_qual(window);
      } else {
        win_edge = push_qual(window, win_edge, quals[i], seq_len);
        qual = quals[i][j];
      }
      if (qual < thres) {
        continue;
      }
      switch (toupper(align[i][j])) {
      case 'A':
        votes[j][0]++;
        break;
      case 'C':
        votes[j][1]++;
        break;
      case 'G':
        votes[j][2]++;
        break;
      case 'T':
        votes[j][3]++;
        break;
      case 'N':
        votes[j][4]++;
        break;
      case '-':
        votes[j][5]++;
        break;
      }
    }
  }
  free(window);
  return votes;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<get_votes_qual>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x50,%rsp
mov    %r8b,%al
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %ecx,-0x18(%rbp)
mov    %al,-0x19(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%edi
call   1060 <init_votes@plt>
mov    %rax,-0x28(%rbp)
mov    $0x20,%edi
call   1070 <malloc@plt>
mov    %rax,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x3c(%rbp)
mov    -0x3c(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    1358 <get_votes_qual+0x1e8>
mov    -0x30(%rbp),%rdi
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rsi
mov    -0x18(%rbp),%edx
call   1050 <init_gap_qual_window@plt>
mov    %eax,-0x34(%rbp)
movl   $0x0,-0x40(%rbp)
mov    -0x40(%rbp),%eax
cmp    -0x18(%rbp),%eax
jge    1345 <get_votes_qual+0x1d5>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
jne    1215 <get_votes_qual+0xa5>
mov    -0x30(%rbp),%rdi
call   1090 <get_gap_qual@plt>
mov    %al,-0x35(%rbp)
jmp    1249 <get_votes_qual+0xd9>
mov    -0x30(%rbp),%rdi
mov    -0x34(%rbp),%esi
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdx
mov    -0x18(%rbp),%ecx
call   1080 <push_qual@plt>
mov    %eax,-0x34(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%al
mov    %al,-0x35(%rbp)
movsbl -0x35(%rbp),%eax
movsbl -0x19(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jge    125e <get_votes_qual+0xee>
jmp    1337 <get_votes_qual+0x1c7>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%edi
call   1040 <toupper@plt>
add    $0xffffffd3,%eax
mov    %eax,%ecx
mov    %rcx,-0x48(%rbp)
sub    $0x27,%eax
ja     1332 <get_votes_qual+0x1c2>
mov    -0x48(%rbp),%rax
lea    0xd6c(%rip),%rcx
movslq (%rcx,%rax,4),%rax
add    %rcx,%rax
jmp    *%rax
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    (%rax),%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    %ecx,(%rax)
jmp    1332 <get_votes_qual+0x1c2>
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    0x4(%rax),%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    %ecx,0x4(%rax)
jmp    1332 <get_votes_qual+0x1c2>
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    0x8(%rax),%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    %ecx,0x8(%rax)
jmp    1332 <get_votes_qual+0x1c2>
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    0xc(%rax),%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    %ecx,0xc(%rax)
jmp    1332 <get_votes_qual+0x1c2>
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    0x10(%rax),%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    %ecx,0x10(%rax)
jmp    1332 <get_votes_qual+0x1c2>
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    0x14(%rax),%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    %ecx,0x14(%rax)
jmp    1337 <get_votes_qual+0x1c7>
mov    -0x40(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x40(%rbp)
jmp    11db <get_votes_qual+0x6b>
jmp    134a <get_votes_qual+0x1da>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
jmp    11ad <get_votes_qual+0x3d>
mov    -0x30(%rbp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    -0x28(%rbp),%rax
add    $0x50,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<get_votes_qual>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x38,%rsp
mov    %r8d,0x24(%rsp)
mov    %edx,%r15d
mov    %rsi,0x28(%rsp)
mov    %rdi,%rbx
mov    %ecx,0x14(%rsp)
mov    %ecx,%edi
call   1060 <init_votes@plt>
mov    %rax,0x8(%rsp)
mov    $0x20,%edi
call   1070 <malloc@plt>
mov    %rax,0x18(%rsp)
test   %r15d,%r15d
jle    12f5 <get_votes_qual+0x185>
mov    %r15d,%eax
mov    %rax,0x30(%rsp)
mov    0x14(%rsp),%r14d
xor    %r12d,%r12d
mov    0x28(%rsp),%rbp
jmp    11df <get_votes_qual+0x6f>
nopl   (%rax)
add    $0x1,%r12
cmp    0x30(%rsp),%r12
je     12f5 <get_votes_qual+0x185>
mov    0x28(%rsp),%rax
mov    (%rax,%r12,8),%rsi
mov    0x18(%rsp),%rdi
mov    0x14(%rsp),%r13d
mov    %r13d,%edx
call   1050 <init_gap_qual_window@plt>
test   %r13d,%r13d
jle    11d0 <get_votes_qual+0x60>
mov    %eax,%r15d
xor    %r13d,%r13d
jmp    122c <get_votes_qual+0xbc>
mov    0x8(%rsp),%rax
mov    (%rax,%r13,8),%rax
add    $0x14,%rax
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
addl   $0x1,(%rax)
add    $0x1,%r13
cmp    %r13,%r14
je     11d0 <get_votes_qual+0x60>
mov    (%rbx,%r12,8),%rax
cmpb   $0x2d,(%rax,%r13,1)
jne    1250 <get_votes_qual+0xe0>
mov    0x18(%rsp),%rdi
call   1090 <get_gap_qual@plt>
cmp    0x24(%rsp),%al
jl     1223 <get_votes_qual+0xb3>
jmp    1279 <get_votes_qual+0x109>
nopl   0x0(%rax)
mov    0x0(%rbp,%r12,8),%rdx
mov    0x18(%rsp),%rdi
mov    %r15d,%esi
mov    0x14(%rsp),%ecx
call   1080 <push_qual@plt>
mov    %eax,%r15d
mov    0x0(%rbp,%r12,8),%rax
movzbl (%rax,%r13,1),%eax
cmp    0x24(%rsp),%al
jl     1223 <get_votes_qual+0xb3>
mov    (%rbx,%r12,8),%rax
movsbl (%rax,%r13,1),%edi
call   1040 <toupper@plt>
add    $0xffffffd3,%eax
cmp    $0x27,%eax
ja     1223 <get_votes_qual+0xb3>
lea    0xd6a(%rip),%rcx
movslq (%rcx,%rax,4),%rax
add    %rcx,%rax
jmp    *%rax
mov    0x8(%rsp),%rax
mov    (%rax,%r13,8),%rax
jmp    1220 <get_votes_qual+0xb0>
mov    0x8(%rsp),%rax
mov    (%rax,%r13,8),%rax
add    $0x4,%rax
jmp    1220 <get_votes_qual+0xb0>
mov    0x8(%rsp),%rax
mov    (%rax,%r13,8),%rax
add    $0x8,%rax
jmp    1220 <get_votes_qual+0xb0>
mov    0x8(%rsp),%rax
mov    (%rax,%r13,8),%rax
add    $0x10,%rax
jmp    1220 <get_votes_qual+0xb0>
mov    0x8(%rsp),%rax
mov    (%rax,%r13,8),%rax
add    $0xc,%rax
jmp    1220 <get_votes_qual+0xb0>
mov    0x18(%rsp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    0x8(%rsp),%rax
add    $0x38,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32** @get_votes_qual(i8** %0, i8** %1, i32 %2, i32 %3, i8 signext %4) {
%6 = alloca i8**
%7 = alloca i8**
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i8
%11 = alloca i32**
%12 = alloca i32*
%13 = alloca i32
%14 = alloca i8
%15 = alloca i32
%16 = alloca i32
store i8** %0, i8*** %6
store i8** %1, i8*** %7
store i32 %2, i32* %8
store i32 %3, i32* %9
store i8 %4, i8* %10
%17 = load i32, i32* %9
%18 = call i32** @init_votes(i32 %17)
store i32** %18, i32*** %11
%19 = call i32* @malloc(i32 32)
store i32* %19, i32** %12
store i32 0, i32* %15
br label %20
20: ; preds = %148, %5
%21 = load i32, i32* %15
%22 = load i32, i32* %8
%23 = icmp slt i32 %21, %22
br i1 %23, label %24, label %151
24: ; preds = %20
%25 = load i32*, i32** %12
%26 = load i8**, i8*** %7
%27 = load i32, i32* %15
%28 = sext i32 %27 to i64
%29 = getelementptr inbounds i8*, i8** %26, i64 %28
%30 = load i8*, i8** %29
%31 = load i32, i32* %9
%32 = call i32 @init_gap_qual_window(i32* %25, i8* %30, i32 %31)
store i32 %32, i32* %13
store i32 0, i32* %16
br label %33
33: ; preds = %144, %24
%34 = load i32, i32* %16
%35 = load i32, i32* %9
%36 = icmp slt i32 %34, %35
br i1 %36, label %37, label %147
37: ; preds = %33
%38 = load i8**, i8*** %6
%39 = load i32, i32* %15
%40 = sext i32 %39 to i64
%41 = getelementptr inbounds i8*, i8** %38, i64 %40
%42 = load i8*, i8** %41
%43 = load i32, i32* %16
%44 = sext i32 %43 to i64
%45 = getelementptr inbounds i8, i8* %42, i64 %44
%46 = load i8, i8* %45
%47 = sext i8 %46 to i32
%48 = icmp eq i32 %47, 45
br i1 %48, label %49, label %52
49: ; preds = %37
%50 = load i32*, i32** %12
%51 = call signext i8 @get_gap_qual(i32* %50)
store i8 %51, i8* %14
br label %71
52: ; preds = %37
%53 = load i32*, i32** %12
%54 = load i32, i32* %13
%55 = load i8**, i8*** %7
%56 = load i32, i32* %15
%57 = sext i32 %56 to i64
%58 = getelementptr inbounds i8*, i8** %55, i64 %57
%59 = load i8*, i8** %58
%60 = load i32, i32* %9
%61 = call i32 @push_qual(i32* %53, i32 %54, i8* %59, i32 %60)
store i32 %61, i32* %13
%62 = load i8**, i8*** %7
%63 = load i32, i32* %15
%64 = sext i32 %63 to i64
%65 = getelementptr inbounds i8*, i8** %62, i64 %64
%66 = load i8*, i8** %65
%67 = load i32, i32* %16
%68 = sext i32 %67 to i64
%69 = getelementptr inbounds i8, i8* %66, i64 %68
%70 = load i8, i8* %69
store i8 %70, i8* %14
br label %71
71: ; preds = %52, %49
%72 = load i8, i8* %14
%73 = sext i8 %72 to i32
%74 = load i8, i8* %10
%75 = sext i8 %74 to i32
%76 = icmp slt i32 %73, %75
br i1 %76, label %77, label %78
77: ; preds = %71
br label %144
78: ; preds = %71
%79 = load i8**, i8*** %6
%80 = load i32, i32* %15
%81 = sext i32 %80 to i64
%82 = getelementptr inbounds i8*, i8** %79, i64 %81
%83 = load i8*, i8** %82
%84 = load i32, i32* %16
%85 = sext i32 %84 to i64
%86 = getelementptr inbounds i8, i8* %83, i64 %85
%87 = load i8, i8* %86
%88 = call i32 @toupper(i8 signext %87)
switch i32 %88, label %143 [
i32 65, label %89
i32 67, label %98
i32 71, label %107
i32 84, label %116
i32 78, label %125
i32 45, label %134
]
89: ; preds = %78
%90 = load i32**, i32*** %11
%91 = load i32, i32* %16
%92 = sext i32 %91 to i64
%93 = getelementptr inbounds i32*, i32** %90, i64 %92
%94 = load i32*, i32** %93
%95 = getelementptr inbounds i32, i32* %94, i64 0
%96 = load i32, i32* %95
%97 = add nsw i32 %96, 1
store i32 %97, i32* %95
br label %143
98: ; preds = %78
%99 = load i32**, i32*** %11
%100 = load i32, i32* %16
%101 = sext i32 %100 to i64
%102 = getelementptr inbounds i32*, i32** %99, i64 %101
%103 = load i32*, i32** %102
%104 = getelementptr inbounds i32, i32* %103, i64 1
%105 = load i32, i32* %104
%106 = add nsw i32 %105, 1
store i32 %106, i32* %104
br label %143
107: ; preds = %78
%108 = load i32**, i32*** %11
%109 = load i32, i32* %16
%110 = sext i32 %109 to i64
%111 = getelementptr inbounds i32*, i32** %108, i64 %110
%112 = load i32*, i32** %111
%113 = getelementptr inbounds i32, i32* %112, i64 2
%114 = load i32, i32* %113
%115 = add nsw i32 %114, 1
store i32 %115, i32* %113
br label %143
116: ; preds = %78
%117 = load i32**, i32*** %11
%118 = load i32, i32* %16
%119 = sext i32 %118 to i64
%120 = getelementptr inbounds i32*, i32** %117, i64 %119
%121 = load i32*, i32** %120
%122 = getelementptr inbounds i32, i32* %121, i64 3
%123 = load i32, i32* %122
%124 = add nsw i32 %123, 1
store i32 %124, i32* %122
br label %143
125: ; preds = %78
%126 = load i32**, i32*** %11
%127 = load i32, i32* %16
%128 = sext i32 %127 to i64
%129 = getelementptr inbounds i32*, i32** %126, i64 %128
%130 = load i32*, i32** %129
%131 = getelementptr inbounds i32, i32* %130, i64 4
%132 = load i32, i32* %131
%133 = add nsw i32 %132, 1
store i32 %133, i32* %131
br label %143
134: ; preds = %78
%135 = load i32**, i32*** %11
%136 = load i32, i32* %16
%137 = sext i32 %136 to i64
%138 = getelementptr inbounds i32*, i32** %135, i64 %137
%139 = load i32*, i32** %138
%140 = getelementptr inbounds i32, i32* %139, i64 5
%141 = load i32, i32* %140
%142 = add nsw i32 %141, 1
store i32 %142, i32* %140
br label %143
143: ; preds = %78, %134, %125, %116, %107, %98, %89
br label %144
144: ; preds = %143, %77
%145 = load i32, i32* %16
%146 = add nsw i32 %145, 1
store i32 %146, i32* %16
br label %33
147: ; preds = %33
br label %148
148: ; preds = %147
%149 = load i32, i32* %15
%150 = add nsw i32 %149, 1
store i32 %150, i32* %15
br label %20
151: ; preds = %20
%152 = load i32*, i32** %12
%153 = call i32 @free(i32* %152)
%154 = load i32**, i32*** %11
ret i32** %154
}

LLVM IR (-O2):
define i32** @get_votes_qual(i8** nocapture %0, i8** nocapture %1, i32 %2, i32 %3, i8 signext %4) {
%6 = tail call i32** @init_votes(i32 %3)
%7 = tail call i32* @malloc(i32 32)
%8 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %8, label %9, label %77
9: ; preds = %5
%10 = icmp sgt i32 %3, 0
%11 = zext i32 %2 to i64
%12 = zext i32 %3 to i64
br label %13
13: ; preds = %9, %74
%14 = phi i64 [ 0, %9 ], [ %75, %74 ]
%15 = getelementptr inbounds i8*, i8** %1, i64 %14
%16 = load i8*, i8** %15
%17 = tail call i32 @init_gap_qual_window(i32* %7, i8* %16, i32 %3)
br i1 %10, label %18, label %74
18: ; preds = %13
%19 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %14
br label %20
20: ; preds = %18, %71
%21 = phi i64 [ 0, %18 ], [ %72, %71 ]
%22 = phi i32 [ %17, %18 ], [ %36, %71 ]
%23 = load i8*, i8** %19
%24 = getelementptr inbounds i8, i8* %23, i64 %21
%25 = load i8, i8* %24
%26 = icmp eq i8 %25, 45
br i1 %26, label %27, label %29
27: ; preds = %20
%28 = tail call signext i8 @get_gap_qual(i32* %7)
br label %35
29: ; preds = %20
%30 = load i8*, i8** %15
%31 = tail call i32 @push_qual(i32* %7, i32 %22, i8* %30, i32 %3)
%32 = load i8*, i8** %15
%33 = getelementptr inbounds i8, i8* %32, i64 %21
%34 = load i8, i8* %33
br label %35
35: ; preds = %29, %27
%36 = phi i32 [ %22, %27 ], [ %31, %29 ]
%37 = phi i8 [ %28, %27 ], [ %34, %29 ]
%38 = icmp slt i8 %37, %4
br i1 %38, label %71, label %39
39: ; preds = %35
%40 = load i8*, i8** %19
%41 = getelementptr inbounds i8, i8* %40, i64 %21
%42 = load i8, i8* %41
%43 = tail call i32 @toupper(i8 signext %42)
switch i32 %43, label %71 [
i32 65, label %44
i32 67, label %47
i32 71, label %51
i32 84, label %55
i32 78, label %59
i32 45, label %63
]
44: ; preds = %39
%45 = getelementptr inbounds i32*, i32** %6, i64 %21
%46 = load i32*, i32** %45
br label %67
47: ; preds = %39
%48 = getelementptr inbounds i32*, i32** %6, i64 %21
%49 = load i32*, i32** %48
%50 = getelementptr inbounds i32, i32* %49, i64 1
br label %67
51: ; preds = %39
%52 = getelementptr inbounds i32*, i32** %6, i64 %21
%53 = load i32*, i32** %52
%54 = getelementptr inbounds i32, i32* %53, i64 2
br label %67
55: ; preds = %39
%56 = getelementptr inbounds i32*, i32** %6, i64 %21
%57 = load i32*, i32** %56
%58 = getelementptr inbounds i32, i32* %57, i64 3
br label %67
59: ; preds = %39
%60 = getelementptr inbounds i32*, i32** %6, i64 %21
%61 = load i32*, i32** %60
%62 = getelementptr inbounds i32, i32* %61, i64 4
br label %67
63: ; preds = %39
%64 = getelementptr inbounds i32*, i32** %6, i64 %21
%65 = load i32*, i32** %64
%66 = getelementptr inbounds i32, i32* %65, i64 5
br label %67
67: ; preds = %63, %59, %55, %51, %47, %44
%68 = phi i32* [ %46, %44 ], [ %50, %47 ], [ %54, %51 ], [ %58, %55 ], [ %62, %59 ], [ %66, %63 ]
%69 = load i32, i32* %68
%70 = add nsw i32 %69, 1
store i32 %70, i32* %68
br label %71
71: ; preds = %67, %39, %35
%72 = add nuw nsw i64 %21, 1
%73 = icmp eq i64 %72, %12
br i1 %73, label %74, label %20
74: ; preds = %71, %13
%75 = add nuw nsw i64 %14, 1
%76 = icmp eq i64 %75, %11
br i1 %76, label %77, label %13
77: ; preds = %74, %5
%78 = tail call i32 @free(i32* %7)
ret i32** %6
}