void update_gaps(int old_len, int *gis, int new_len, int *newgaps) {
  unsigned int i, j;
  int add = 0;
  int rel_pos = 0;
  for (i = 0; i <= old_len; i++) {
    add = 0;
    for (j = rel_pos; j <= rel_pos + gis[i]; j++) {
      if (newgaps[j] != 0) {
        add += newgaps[j];
      }
    }
    rel_pos += gis[i] + 1;
    gis[i] += add;
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<update_gaps>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x4(%rbp),%eax
ja     11bd <update_gaps+0xbd>
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
mov    -0x30(%rbp),%ecx
mov    -0x10(%rbp),%rdx
mov    -0x24(%rbp),%esi
add    (%rdx,%rsi,4),%ecx
cmp    %ecx,%eax
ja     118c <update_gaps+0x8c>
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    -0x28(%rbp),%ecx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
je     1179 <update_gaps+0x79>
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    -0x28(%rbp),%ecx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
add    -0x2c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    117e <update_gaps+0x7e>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    1140 <update_gaps+0x40>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x24(%rbp),%ecx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
add    $0x1,%eax
add    -0x30(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%edx
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x24(%rbp),%ecx
add    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1127 <update_gaps+0x27>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<update_gaps>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r12
push   %rbx
add    $0x1,%edi
xor    %r9d,%r9d
xor    %eax,%eax
jmp    113b <update_gaps+0x3b>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
add    $0x1,%r14d
add    %edx,%r8d
mov    %r8d,(%rsi,%r9,4)
add    $0x1,%r9
mov    %r14d,%eax
cmp    %rdi,%r9
je     12a2 <update_gaps+0x1a2>
mov    (%rsi,%r9,4),%r8d
mov    %r8d,%r14d
mov    $0x0,%edx
add    %eax,%r14d
jb     1120 <update_gaps+0x20>
lea    0x1(%rax),%ebp
lea    (%rax,%r8,1),%r10d
add    $0x1,%r10d
cmp    %ebp,%r10d
cmovbe %ebp,%r10d
sub    %eax,%r10d
xor    %edx,%edx
cmp    $0x8,%r10d
jb     1290 <update_gaps+0x190>
lea    (%rax,%r8,1),%ebx
add    $0x1,%ebx
cmp    %ebp,%ebx
cmova  %ebx,%ebp
add    $0xffffffff,%ebp
cmp    %eax,%ebp
jb     1290 <update_gaps+0x190>
mov    %r10d,%r11d
and    $0xfffffff8,%r11d
lea    -0x8(%r11),%edx
mov    %edx,%r12d
shr    $0x3,%r12d
add    $0x1,%r12d
mov    %r12d,%r15d
and    $0x3,%r15d
cmp    $0x18,%edx
jae    11b5 <update_gaps+0xb5>
pxor   %xmm0,%xmm0
xor    %ebp,%ebp
pxor   %xmm1,%xmm1
jmp    1233 <update_gaps+0x133>
and    $0xfffffffc,%r12d
pxor   %xmm0,%xmm0
xor    %ebp,%ebp
mov    %eax,%edx
pxor   %xmm1,%xmm1
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
mov    %edx,%ebx
movdqu (%rcx,%rbx,4),%xmm2
paddd  %xmm0,%xmm2
movdqu 0x10(%rcx,%rbx,4),%xmm0
paddd  %xmm1,%xmm0
lea    0x8(%rdx),%ebx
movdqu (%rcx,%rbx,4),%xmm1
movdqu 0x10(%rcx,%rbx,4),%xmm3
lea    0x10(%rdx),%ebx
movdqu (%rcx,%rbx,4),%xmm4
paddd  %xmm1,%xmm4
paddd  %xmm2,%xmm4
movdqu 0x10(%rcx,%rbx,4),%xmm2
paddd  %xmm3,%xmm2
paddd  %xmm0,%xmm2
lea    0x18(%rdx),%ebx
movdqu (%rcx,%rbx,4),%xmm0
paddd  %xmm4,%xmm0
movdqu 0x10(%rcx,%rbx,4),%xmm1
paddd  %xmm2,%xmm1
add    $0x20,%ebp
add    $0x20,%edx
add    $0xfffffffc,%r12d
jne    11d0 <update_gaps+0xd0>
test   %r15d,%r15d
je     125e <update_gaps+0x15e>
add    %eax,%ebp
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
mov    %ebp,%edx
movdqu (%rcx,%rdx,4),%xmm2
paddd  %xmm2,%xmm0
movdqu 0x10(%rcx,%rdx,4),%xmm2
paddd  %xmm2,%xmm1
add    $0x8,%ebp
add    $0xffffffff,%r15d
jne    1240 <update_gaps+0x140>
paddd  %xmm1,%xmm0
pshufd $0xee,%xmm0,%xmm1
paddd  %xmm0,%xmm1
pshufd $0x55,%xmm1,%xmm0
paddd  %xmm1,%xmm0
movd   %xmm0,%edx
cmp    %r11d,%r10d
je     1120 <update_gaps+0x20>
add    %r11d,%eax
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
mov    %eax,%ebp
add    (%rcx,%rbp,4),%edx
add    $0x1,%eax
cmp    %r14d,%eax
jbe    1290 <update_gaps+0x190>
jmp    1120 <update_gaps+0x20>
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @update_gaps(i32 %0, i32* %1, i32 %2, i32* %3) {
%5 = alloca i32
%6 = alloca i32*
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32*
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
store i32 %0, i32* %5
store i32* %1, i32** %6
store i32 %2, i32* %7
store i32* %3, i32** %8
store i32 0, i32* %11
store i32 0, i32* %12
store i32 0, i32* %9
br label %13
13: ; preds = %64, %4
%14 = load i32, i32* %9
%15 = load i32, i32* %5
%16 = icmp ule i32 %14, %15
br i1 %16, label %17, label %67
17: ; preds = %13
store i32 0, i32* %11
%18 = load i32, i32* %12
store i32 %18, i32* %10
br label %19
19: ; preds = %45, %17
%20 = load i32, i32* %10
%21 = load i32, i32* %12
%22 = load i32*, i32** %6
%23 = load i32, i32* %9
%24 = zext i32 %23 to i64
%25 = getelementptr inbounds i32, i32* %22, i64 %24
%26 = load i32, i32* %25
%27 = add nsw i32 %21, %26
%28 = icmp ule i32 %20, %27
br i1 %28, label %29, label %48
29: ; preds = %19
%30 = load i32*, i32** %8
%31 = load i32, i32* %10
%32 = zext i32 %31 to i64
%33 = getelementptr inbounds i32, i32* %30, i64 %32
%34 = load i32, i32* %33
%35 = icmp ne i32 %34, 0
br i1 %35, label %36, label %44
36: ; preds = %29
%37 = load i32*, i32** %8
%38 = load i32, i32* %10
%39 = zext i32 %38 to i64
%40 = getelementptr inbounds i32, i32* %37, i64 %39
%41 = load i32, i32* %40
%42 = load i32, i32* %11
%43 = add nsw i32 %42, %41
store i32 %43, i32* %11
br label %44
44: ; preds = %36, %29
br label %45
45: ; preds = %44
%46 = load i32, i32* %10
%47 = add i32 %46, 1
store i32 %47, i32* %10
br label %19
48: ; preds = %19
%49 = load i32*, i32** %6
%50 = load i32, i32* %9
%51 = zext i32 %50 to i64
%52 = getelementptr inbounds i32, i32* %49, i64 %51
%53 = load i32, i32* %52
%54 = add nsw i32 %53, 1
%55 = load i32, i32* %12
%56 = add nsw i32 %55, %54
store i32 %56, i32* %12
%57 = load i32, i32* %11
%58 = load i32*, i32** %6
%59 = load i32, i32* %9
%60 = zext i32 %59 to i64
%61 = getelementptr inbounds i32, i32* %58, i64 %60
%62 = load i32, i32* %61
%63 = add nsw i32 %62, %57
store i32 %63, i32* %61
br label %64
64: ; preds = %48
%65 = load i32, i32* %9
%66 = add i32 %65, 1
store i32 %66, i32* %9
br label %13
67: ; preds = %13
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @update_gaps(i32 %0, i32* nocapture %1, i32 %2, i32* nocapture %3) {
%5 = add nuw i32 %0, 1
%6 = zext i32 %5 to i64
br label %7
7: ; preds = %4, %130
%8 = phi i64 [ 0, %4 ], [ %134, %130 ]
%9 = phi i32 [ 0, %4 ], [ %132, %130 ]
%10 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %8
%11 = load i32, i32* %10
%12 = add i32 %11, %9
%13 = icmp ugt i32 %9, %12
br i1 %13, label %130, label %14
14: ; preds = %7
%15 = add i32 %9, 1
%16 = add i32 %15, %11
%17 = call i32 @llvm.umax.i32(i32 %16, i32 %15)
%18 = sub i32 %17, %9
%19 = icmp ult i32 %18, 8
br i1 %19, label %118, label %20
20: ; preds = %14
%21 = add i32 %9, 1
%22 = add i32 %21, %11
%23 = call i32 @llvm.umax.i32(i32 %22, i32 %21)
%24 = add i32 %23, -1
%25 = icmp ult i32 %24, %9
br i1 %25, label %118, label %26
26: ; preds = %20
%27 = and i32 %18, -8
%28 = add i32 %9, %27
%29 = add i32 %27, -8
%30 = lshr exact i32 %29, 3
%31 = add nuw nsw i32 %30, 1
%32 = and i32 %31, 3
%33 = icmp ult i32 %29, 24
br i1 %33, label %87, label %34
34: ; preds = %26
%35 = and i32 %31, 1073741820
br label %36
36: ; preds = %36, %34
%37 = phi i32 [ 0, %34 ], [ %84, %36 ]
%38 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %34 ], [ %82, %36 ]
%39 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %34 ], [ %83, %36 ]
%40 = phi i32 [ 0, %34 ], [ %85, %36 ]
%41 = add i32 %9, %37
%42 = zext i32 %41 to i64
%43 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %42
%44 = bitcast i32* %43 to <4 x i32>*
%45 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %44
%46 = getelementptr inbounds i32, i32* %43, i64 4
%47 = bitcast i32* %46 to <4 x i32>*
%48 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %47
%49 = add <4 x i32> %45, %38
%50 = add <4 x i32> %48, %39
%51 = or i32 %37, 8
%52 = add i32 %9, %51
%53 = zext i32 %52 to i64
%54 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %53
%55 = bitcast i32* %54 to <4 x i32>*
%56 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %55
%57 = getelementptr inbounds i32, i32* %54, i64 4
%58 = bitcast i32* %57 to <4 x i32>*
%59 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %58
%60 = add <4 x i32> %56, %49
%61 = add <4 x i32> %59, %50
%62 = or i32 %37, 16
%63 = add i32 %9, %62
%64 = zext i32 %63 to i64
%65 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %64
%66 = bitcast i32* %65 to <4 x i32>*
%67 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %66
%68 = getelementptr inbounds i32, i32* %65, i64 4
%69 = bitcast i32* %68 to <4 x i32>*
%70 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %69
%71 = add <4 x i32> %67, %60
%72 = add <4 x i32> %70, %61
%73 = or i32 %37, 24
%74 = add i32 %9, %73
%75 = zext i32 %74 to i64
%76 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %75
%77 = bitcast i32* %76 to <4 x i32>*
%78 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %77
%79 = getelementptr inbounds i32, i32* %76, i64 4
%80 = bitcast i32* %79 to <4 x i32>*
%81 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %80
%82 = add <4 x i32> %78, %71
%83 = add <4 x i32> %81, %72
%84 = add nuw i32 %37, 32
%85 = add i32 %40, 4
%86 = icmp eq i32 %85, %35
br i1 %86, label %87, label %36
87: ; preds = %36, %26
%88 = phi <4 x i32> [ undef, %26 ], [ %82, %36 ]
%89 = phi <4 x i32> [ undef, %26 ], [ %83, %36 ]
%90 = phi i32 [ 0, %26 ], [ %84, %36 ]
%91 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %26 ], [ %82, %36 ]
%92 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %26 ], [ %83, %36 ]
%93 = icmp eq i32 %32, 0
br i1 %93, label %112, label %94
94: ; preds = %87, %94
%95 = phi i32 [ %109, %94 ], [ %90, %87 ]
%96 = phi <4 x i32> [ %107, %94 ], [ %91, %87 ]
%97 = phi <4 x i32> [ %108, %94 ], [ %92, %87 ]
%98 = phi i32 [ %110, %94 ], [ 0, %87 ]
%99 = add i32 %9, %95
%100 = zext i32 %99 to i64
%101 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %100
%102 = bitcast i32* %101 to <4 x i32>*
%103 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %102
%104 = getelementptr inbounds i32, i32* %101, i64 4
%105 = bitcast i32* %104 to <4 x i32>*
%106 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %105
%107 = add <4 x i32> %103, %96
%108 = add <4 x i32> %106, %97
%109 = add nuw i32 %95, 8
%110 = add i32 %98, 1
%111 = icmp eq i32 %110, %32
br i1 %111, label %112, label %94
112: ; preds = %94, %87
%113 = phi <4 x i32> [ %88, %87 ], [ %107, %94 ]
%114 = phi <4 x i32> [ %89, %87 ], [ %108, %94 ]
%115 = add <4 x i32> %114, %113
%116 = call i32 @llvm.vector.reduce.add.v4i32(<4 x i32> %115)
%117 = icmp eq i32 %18, %27
br i1 %117, label %130, label %118
118: ; preds = %20, %14, %112
%119 = phi i32 [ 0, %20 ], [ 0, %14 ], [ %116, %112 ]
%120 = phi i32 [ %9, %20 ], [ %9, %14 ], [ %28, %112 ]
br label %121
121: ; preds = %118, %121
%122 = phi i32 [ %127, %121 ], [ %119, %118 ]
%123 = phi i32 [ %128, %121 ], [ %120, %118 ]
%124 = zext i32 %123 to i64
%125 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %124
%126 = load i32, i32* %125
%127 = add nsw i32 %126, %122
%128 = add i32 %123, 1
%129 = icmp ugt i32 %128, %12
br i1 %129, label %130, label %121
130: ; preds = %121, %112, %7
%131 = phi i32 [ 0, %7 ], [ %116, %112 ], [ %127, %121 ]
%132 = add nuw i32 %12, 1
%133 = add nsw i32 %11, %131
store i32 %133, i32* %10
%134 = add nuw nsw i64 %8, 1
%135 = icmp eq i64 %134, %6
br i1 %135, label %136, label %7
136: ; preds = %130
ret void
}