void count_gt(unsigned char *a, unsigned char *b, int *snp_count,
              int *sample_count, int *output, int *output_signed) {
  for (int j = 0; j < *snp_count; j++) {
    for (int i = 0; i < *sample_count; i++) {
      if ((*a) != (*b)) {
        (*output)++;
        if ((*b) != 0x00) {
          (*output_signed)++;
        }
        if ((*a) != 0x00) {
          (*output_signed)--;
        }
      }
      a++;
      b++;
    }
    output++;
    output_signed++;
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<count_gt>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8,-0x28(%rbp)
mov    %r9,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
cmp    (%rcx),%eax
jge    11f0 <count_gt+0xf0>
movl   $0x0,-0x38(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%eax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
cmp    (%rcx),%eax
jge    11ca <count_gt+0xca>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movzbl (%rax),%eax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
movzbl (%rcx),%ecx
cmp    %ecx,%eax
je     11a4 <count_gt+0xa4>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    (%rax),%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    %ecx,(%rax)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movzbl (%rax),%eax
cmp    $0x0,%eax
je     1184 <count_gt+0x84>
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    (%rax),%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    %ecx,(%rax)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movzbl (%rax),%eax
cmp    $0x0,%eax
je     119f <count_gt+0x9f>
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    (%rax),%ecx
add    $0xffffffff,%ecx
mov    %ecx,(%rax)
jmp    11a4 <count_gt+0xa4>
mov    -0x8(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x8(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x10(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
jmp    1139 <count_gt+0x39>
mov    -0x28(%rbp),%rax
add    $0x4,%rax
mov    %rax,-0x28(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%rax
add    $0x4,%rax
mov    %rax,-0x30(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    1123 <count_gt+0x23>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<count_gt>:
push   %rbx
mov    (%rdx),%r11d
test   %r11d,%r11d
jle    116d <count_gt+0x6d>
mov    (%rcx),%eax
xor    %r10d,%r10d
jmp    112a <count_gt+0x2a>
mov    (%rdx),%r11d
add    %rbx,%rdi
add    %rbx,%rsi
add    $0x4,%r8
add    $0x4,%r9
add    $0x1,%r10d
cmp    %r11d,%r10d
jge    116d <count_gt+0x6d>
test   %eax,%eax
jle    1119 <count_gt+0x19>
xor    %ebx,%ebx
jmp    114a <count_gt+0x4a>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
mov    (%rcx),%eax
add    $0x1,%rbx
cmp    %eax,%ebx
jge    1110 <count_gt+0x10>
movzbl (%rdi,%rbx,1),%eax
cmp    (%rsi,%rbx,1),%al
je     1140 <count_gt+0x40>
addl   $0x1,(%r8)
cmpb   $0x0,(%rsi,%rbx,1)
je     1161 <count_gt+0x61>
addl   $0x1,(%r9)
cmpb   $0x0,(%rdi,%rbx,1)
je     1140 <count_gt+0x40>
addl   $0xffffffff,(%r9)
jmp    1140 <count_gt+0x40>
pop    %rbx
ret

LLVM IR (-O0):
define void @count_gt(i8* %0, i8* %1, i32* %2, i32* %3, i32* %4, i32* %5) {
%7 = alloca i8*
%8 = alloca i8*
%9 = alloca i32*
%10 = alloca i32*
%11 = alloca i32*
%12 = alloca i32*
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
store i8* %0, i8** %7
store i8* %1, i8** %8
store i32* %2, i32** %9
store i32* %3, i32** %10
store i32* %4, i32** %11
store i32* %5, i32** %12
store i32 0, i32* %13
br label %15
15: ; preds = %69, %6
%16 = load i32, i32* %13
%17 = load i32*, i32** %9
%18 = load i32, i32* %17
%19 = icmp slt i32 %16, %18
br i1 %19, label %20, label %72
20: ; preds = %15
store i32 0, i32* %14
br label %21
21: ; preds = %61, %20
%22 = load i32, i32* %14
%23 = load i32*, i32** %10
%24 = load i32, i32* %23
%25 = icmp slt i32 %22, %24
br i1 %25, label %26, label %64
26: ; preds = %21
%27 = load i8*, i8** %7
%28 = load i8, i8* %27
%29 = zext i8 %28 to i32
%30 = load i8*, i8** %8
%31 = load i8, i8* %30
%32 = zext i8 %31 to i32
%33 = icmp ne i32 %29, %32
br i1 %33, label %34, label %56
34: ; preds = %26
%35 = load i32*, i32** %11
%36 = load i32, i32* %35
%37 = add nsw i32 %36, 1
store i32 %37, i32* %35
%38 = load i8*, i8** %8
%39 = load i8, i8* %38
%40 = zext i8 %39 to i32
%41 = icmp ne i32 %40, 0
br i1 %41, label %42, label %46
42: ; preds = %34
%43 = load i32*, i32** %12
%44 = load i32, i32* %43
%45 = add nsw i32 %44, 1
store i32 %45, i32* %43
br label %46
46: ; preds = %42, %34
%47 = load i8*, i8** %7
%48 = load i8, i8* %47
%49 = zext i8 %48 to i32
%50 = icmp ne i32 %49, 0
br i1 %50, label %51, label %55
51: ; preds = %46
%52 = load i32*, i32** %12
%53 = load i32, i32* %52
%54 = add nsw i32 %53, -1
store i32 %54, i32* %52
br label %55
55: ; preds = %51, %46
br label %56
56: ; preds = %55, %26
%57 = load i8*, i8** %7
%58 = getelementptr inbounds i8, i8* %57, i32 1
store i8* %58, i8** %7
%59 = load i8*, i8** %8
%60 = getelementptr inbounds i8, i8* %59, i32 1
store i8* %60, i8** %8
br label %61
61: ; preds = %56
%62 = load i32, i32* %14
%63 = add nsw i32 %62, 1
store i32 %63, i32* %14
br label %21
64: ; preds = %21
%65 = load i32*, i32** %11
%66 = getelementptr inbounds i32, i32* %65, i32 1
store i32* %66, i32** %11
%67 = load i32*, i32** %12
%68 = getelementptr inbounds i32, i32* %67, i32 1
store i32* %68, i32** %12
br label %69
69: ; preds = %64
%70 = load i32, i32* %13
%71 = add nsw i32 %70, 1
store i32 %71, i32* %13
br label %15
72: ; preds = %15
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @count_gt(i8* nocapture %0, i8* nocapture %1, i32* nocapture %2, i32* nocapture %3, i32* nocapture %4, i32* nocapture %5) {
%7 = load i32, i32* %2
%8 = icmp sgt i32 %7, 0
br i1 %8, label %9, label %20
9: ; preds = %6
%10 = load i32, i32* %3
br label %11
11: ; preds = %9, %23
%12 = phi i32 [ %24, %23 ], [ %7, %9 ]
%13 = phi i32 [ %25, %23 ], [ %10, %9 ]
%14 = phi i32 [ %30, %23 ], [ 0, %9 ]
%15 = phi i32* [ %29, %23 ], [ %5, %9 ]
%16 = phi i32* [ %28, %23 ], [ %4, %9 ]
%17 = phi i8* [ %27, %23 ], [ %0, %9 ]
%18 = phi i8* [ %26, %23 ], [ %1, %9 ]
%19 = icmp sgt i32 %13, 0
br i1 %19, label %32, label %23
20: ; preds = %23, %6
ret void
21: ; preds = %53
%22 = load i32, i32* %2
br label %23
23: ; preds = %21, %11
%24 = phi i32 [ %12, %11 ], [ %22, %21 ]
%25 = phi i32 [ %13, %11 ], [ %57, %21 ]
%26 = phi i8* [ %18, %11 ], [ %55, %21 ]
%27 = phi i8* [ %17, %11 ], [ %54, %21 ]
%28 = getelementptr inbounds i32, i32* %16, i64 1
%29 = getelementptr inbounds i32, i32* %15, i64 1
%30 = add nuw nsw i32 %14, 1
%31 = icmp slt i32 %30, %24
br i1 %31, label %11, label %20
32: ; preds = %11, %53
%33 = phi i32 [ %56, %53 ], [ 0, %11 ]
%34 = phi i8* [ %54, %53 ], [ %17, %11 ]
%35 = phi i8* [ %55, %53 ], [ %18, %11 ]
%36 = load i8, i8* %34
%37 = load i8, i8* %35
%38 = icmp eq i8 %36, %37
br i1 %38, label %53, label %39
39: ; preds = %32
%40 = load i32, i32* %16
%41 = add nsw i32 %40, 1
store i32 %41, i32* %16
%42 = load i8, i8* %35
%43 = icmp eq i8 %42, 0
br i1 %43, label %47, label %44
44: ; preds = %39
%45 = load i32, i32* %15
%46 = add nsw i32 %45, 1
store i32 %46, i32* %15
br label %47
47: ; preds = %44, %39
%48 = load i8, i8* %34
%49 = icmp eq i8 %48, 0
br i1 %49, label %53, label %50
50: ; preds = %47
%51 = load i32, i32* %15
%52 = add nsw i32 %51, -1
store i32 %52, i32* %15
br label %53
53: ; preds = %47, %50, %32
%54 = getelementptr inbounds i8, i8* %34, i64 1
%55 = getelementptr inbounds i8, i8* %35, i64 1
%56 = add nuw nsw i32 %33, 1
%57 = load i32, i32* %3
%58 = icmp slt i32 %56, %57
br i1 %58, label %32, label %21
}