#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ sscanf(char *, char *, int *);
int strlen(char *);
int get_changedRxns_by_gens(char **rules, int numRxns, int *is_expr,
                            int *changedRxn) {
  int i, j, n, k, r, stat, stata, geneid, ctrlBrackets;
  char opera;
  i = 0;
  r = 0;
  for (k = 0; k < numRxns; k++) {
    n = strlen(rules[k]);
    if (n > 16) {
      stat = 1;
      opera = '&';
      for (j = 15; j < n; j++) {
        if (rules[k][j] == '(') {
          ctrlBrackets = 1;
          sscanf(rules[k] + j + 1, "%d", &geneid);
          stata = is_expr[geneid - 1];
          continue;
        }
        if (rules[k][j] == '&' && ctrlBrackets == 1) {
          sscanf(rules[k] + j + 2, "%d", &geneid);
          stata = (stata > is_expr[geneid - 1] ? is_expr[geneid - 1] : stata);
          continue;
        }
        if (rules[k][j] == '|' && ctrlBrackets == 1) {
          sscanf(rules[k] + j + 2, "%d", &geneid);
          stata = (stata > is_expr[geneid - 1] ? stata : is_expr[geneid - 1]);
          continue;
        }
        if (rules[k][j] == '|' && ctrlBrackets == 1) {
          sscanf(rules[k] + j + 2, "%d", &geneid);
          stata = (stata > is_expr[geneid - 1] ? stata : is_expr[geneid - 1]);
          continue;
        }
        if (rules[k][j] == ')') {
          if (opera == '&')
            stat = (stat > stata ? stata : stat);
          if (opera == '|')
            stat = (stat > stata ? stat : stata);
          ctrlBrackets = 0;
          continue;
        }
        if (rules[k][j] == '|' && ctrlBrackets == 0)
          opera = '|';
        if (rules[k][j] == '&' && ctrlBrackets == 0)
          opera = '&';
      }
      if (stat == 0) {
        changedRxn[r] = i;
        r = r + 1;
      }
    }
    i = i + 1;
  }
  return r;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<get_changedRxns_by_gens>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x60,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    14d6 <get_changedRxns_by_gens+0x3b6>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
cmpl   $0x10,-0x2c(%rbp)
jle    14bf <get_changedRxns_by_gens+0x39f>
movl   $0x1,-0x38(%rbp)
movb   $0x26,-0x45(%rbp)
movl   $0xf,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
cmp    -0x2c(%rbp),%eax
jge    1499 <get_changedRxns_by_gens+0x379>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x28,%eax
jne    11f7 <get_changedRxns_by_gens+0xd7>
movl   $0x1,-0x44(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
movslq -0x28(%rbp),%rax
add    %rax,%rdi
add    $0x1,%rdi
lea    0xe2a(%rip),%rsi
lea    -0x40(%rbp),%rdx
call   1040 <sscanf@plt>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x40(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
jmp    148b <get_changedRxns_by_gens+0x36b>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x26,%eax
jne    1287 <get_changedRxns_by_gens+0x167>
cmpl   $0x1,-0x44(%rbp)
jne    1287 <get_changedRxns_by_gens+0x167>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
movslq -0x28(%rbp),%rax
add    %rax,%rdi
add    $0x2,%rdi
lea    0xdc4(%rip),%rsi
lea    -0x40(%rbp),%rdx
call   1040 <sscanf@plt>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
mov    -0x40(%rbp),%edx
sub    $0x1,%edx
movslq %edx,%rdx
cmp    (%rcx,%rdx,4),%eax
jle    1276 <get_changedRxns_by_gens+0x156>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x40(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x4c(%rbp)
jmp    127c <get_changedRxns_by_gens+0x15c>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x4c(%rbp)
mov    -0x4c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
jmp    148b <get_changedRxns_by_gens+0x36b>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x7c,%eax
jne    1317 <get_changedRxns_by_gens+0x1f7>
cmpl   $0x1,-0x44(%rbp)
jne    1317 <get_changedRxns_by_gens+0x1f7>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
movslq -0x28(%rbp),%rax
add    %rax,%rdi
add    $0x2,%rdi
lea    0xd34(%rip),%rsi
lea    -0x40(%rbp),%rdx
call   1040 <sscanf@plt>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
mov    -0x40(%rbp),%edx
sub    $0x1,%edx
movslq %edx,%rdx
cmp    (%rcx,%rdx,4),%eax
jle    12f9 <get_changedRxns_by_gens+0x1d9>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x50(%rbp)
jmp    130c <get_changedRxns_by_gens+0x1ec>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x40(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x50(%rbp)
mov    -0x50(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
jmp    148b <get_changedRxns_by_gens+0x36b>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x7c,%eax
jne    13a7 <get_changedRxns_by_gens+0x287>
cmpl   $0x1,-0x44(%rbp)
jne    13a7 <get_changedRxns_by_gens+0x287>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
movslq -0x28(%rbp),%rax
add    %rax,%rdi
add    $0x2,%rdi
lea    0xca4(%rip),%rsi
lea    -0x40(%rbp),%rdx
call   1040 <sscanf@plt>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
mov    -0x40(%rbp),%edx
sub    $0x1,%edx
movslq %edx,%rdx
cmp    (%rcx,%rdx,4),%eax
jle    1389 <get_changedRxns_by_gens+0x269>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x54(%rbp)
jmp    139c <get_changedRxns_by_gens+0x27c>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x40(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x54(%rbp)
mov    -0x54(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
jmp    148b <get_changedRxns_by_gens+0x36b>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x29,%eax
jne    1430 <get_changedRxns_by_gens+0x310>
movsbl -0x45(%rbp),%eax
cmp    $0x26,%eax
jne    13f4 <get_changedRxns_by_gens+0x2d4>
mov    -0x38(%rbp),%eax
cmp    -0x3c(%rbp),%eax
jle    13e8 <get_changedRxns_by_gens+0x2c8>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x58(%rbp)
jmp    13ee <get_changedRxns_by_gens+0x2ce>
mov    -0x38(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x58(%rbp)
mov    -0x58(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
movsbl -0x45(%rbp),%eax
cmp    $0x7c,%eax
jne    1424 <get_changedRxns_by_gens+0x304>
mov    -0x38(%rbp),%eax
cmp    -0x3c(%rbp),%eax
jle    1418 <get_changedRxns_by_gens+0x2f8>
mov    -0x38(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x5c(%rbp)
jmp    141e <get_changedRxns_by_gens+0x2fe>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x5c(%rbp)
mov    -0x5c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
movl   $0x0,-0x44(%rbp)
jmp    148b <get_changedRxns_by_gens+0x36b>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x7c,%eax
jne    145b <get_changedRxns_by_gens+0x33b>
cmpl   $0x0,-0x44(%rbp)
jne    145b <get_changedRxns_by_gens+0x33b>
movb   $0x7c,-0x45(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x26,%eax
jne    1486 <get_changedRxns_by_gens+0x366>
cmpl   $0x0,-0x44(%rbp)
jne    1486 <get_changedRxns_by_gens+0x366>
movb   $0x26,-0x45(%rbp)
jmp    148b <get_changedRxns_by_gens+0x36b>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    1188 <get_changedRxns_by_gens+0x68>
cmpl   $0x0,-0x38(%rbp)
jne    14ba <get_changedRxns_by_gens+0x39a>
mov    -0x24(%rbp),%edx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    14bf <get_changedRxns_by_gens+0x39f>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    114c <get_changedRxns_by_gens+0x2c>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x60,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<get_changedRxns_by_gens>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x38,%rsp
mov    %rcx,0x28(%rsp)
mov    %rdx,0x20(%rsp)
test   %esi,%esi
jle    1303 <get_changedRxns_by_gens+0x1e3>
mov    %rdi,%rbx
mov    %esi,%r15d
xor    %r14d,%r14d
xor    %eax,%eax
mov    %rax,0x18(%rsp)
mov    %r15,0x30(%rsp)
jmp    117d <get_changedRxns_by_gens+0x5d>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
cmpl   $0x0,0x10(%rsp)
mov    0x30(%rsp),%r15
je     12e5 <get_changedRxns_by_gens+0x1c5>
add    $0x1,%r14
cmp    %r15,%r14
je     130a <get_changedRxns_by_gens+0x1ea>
mov    (%rbx,%r14,8),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
cmp    $0x11,%eax
jl     1170 <get_changedRxns_by_gens+0x50>
mov    %eax,%eax
mov    $0xf,%r13d
sub    %rax,%r13
movl   $0x1,0x10(%rsp)
mov    $0x26,%al
mov    %eax,0x14(%rsp)
mov    $0x11,%r15d
jmp    11f2 <get_changedRxns_by_gens+0xd2>
nopl   0x0(%rax)
add    %r15,%rdi
add    $0xffffffffffffffff,%rdi
lea    0xe42(%rip),%rsi
lea    0xc(%rsp),%rdx
call   1040 <sscanf@plt>
movslq 0xc(%rsp),%rax
mov    0x20(%rsp),%rcx
mov    -0x4(%rcx,%rax,4),%ebp
mov    $0x1,%r12d
lea    (%r15,%r13,1),%rax
add    $0x1,%rax
add    $0x1,%r15
cmp    $0x11,%rax
je     1160 <get_changedRxns_by_gens+0x40>
mov    (%rbx,%r14,8),%rdi
movzbl -0x2(%rdi,%r15,1),%eax
cmp    $0x28,%al
je     11b0 <get_changedRxns_by_gens+0x90>
cmp    $0x26,%al
jne    1240 <get_changedRxns_by_gens+0x120>
cmp    $0x1,%r12d
jne    1240 <get_changedRxns_by_gens+0x120>
add    %r15,%rdi
lea    0xdec(%rip),%rsi
lea    0xc(%rsp),%rdx
call   1040 <sscanf@plt>
movslq 0xc(%rsp),%rax
mov    0x20(%rsp),%rcx
mov    -0x4(%rcx,%rax,4),%eax
cmp    %eax,%ebp
cmovg  %eax,%ebp
jmp    11d6 <get_changedRxns_by_gens+0xb6>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
cmp    $0x7c,%al
jne    1276 <get_changedRxns_by_gens+0x156>
cmp    $0x1,%r12d
jne    1276 <get_changedRxns_by_gens+0x156>
add    %r15,%rdi
lea    0xdac(%rip),%rsi
lea    0xc(%rsp),%rdx
call   1040 <sscanf@plt>
movslq 0xc(%rsp),%rax
mov    0x20(%rsp),%rcx
mov    -0x4(%rcx,%rax,4),%eax
cmp    %eax,%ebp
cmovle %eax,%ebp
jmp    11d6 <get_changedRxns_by_gens+0xb6>
cmp    $0x29,%al
jne    12a8 <get_changedRxns_by_gens+0x188>
mov    0x10(%rsp),%ecx
cmp    %ebp,%ecx
mov    %ecx,%eax
cmovg  %ebp,%eax
mov    0x14(%rsp),%edx
cmp    $0x26,%dl
cmovne %ecx,%eax
cmp    %ebp,%eax
mov    %ebp,%ecx
cmovg  %eax,%ecx
cmp    $0x7c,%dl
cmovne %eax,%ecx
mov    %ecx,0x10(%rsp)
xor    %r12d,%r12d
jmp    11dc <get_changedRxns_by_gens+0xbc>
cmp    $0x26,%al
sete   %r8b
test   %r12d,%r12d
sete   %dl
movzbl 0x14(%rsp),%esi
mov    %esi,%ecx
mov    $0x7c,%edi
cmove  %edi,%ecx
cmp    $0x7c,%al
cmovne %esi,%ecx
test   %dl,%r8b
mov    $0x0,%eax
cmovne %eax,%r12d
mov    $0x26,%eax
cmovne %eax,%ecx
mov    %ecx,0x14(%rsp)
jmp    11dc <get_changedRxns_by_gens+0xbc>
mov    0x18(%rsp),%rcx
movslq %ecx,%rcx
mov    0x28(%rsp),%rax
mov    %r14d,(%rax,%rcx,4)
add    $0x1,%ecx
mov    %rcx,0x18(%rsp)
jmp    1170 <get_changedRxns_by_gens+0x50>
xor    %eax,%eax
mov    %rax,0x18(%rsp)
mov    0x18(%rsp),%rax
add    $0x38,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
@.str = [3 x i8] c"%d\00"
define i32 @get_changedRxns_by_gens(i8** %0, i32 %1, i32* %2, i32* %3) {
%5 = alloca i8**
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32*
%8 = alloca i32*
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
%15 = alloca i32
%16 = alloca i32
%17 = alloca i32
%18 = alloca i8
store i8** %0, i8*** %5
store i32 %1, i32* %6
store i32* %2, i32** %7
store i32* %3, i32** %8
store i32 0, i32* %9
store i32 0, i32* %13
store i32 0, i32* %12
br label %19
19: ; preds = %293, %4
%20 = load i32, i32* %12
%21 = load i32, i32* %6
%22 = icmp slt i32 %20, %21
br i1 %22, label %23, label %296
23: ; preds = %19
%24 = load i8**, i8*** %5
%25 = load i32, i32* %12
%26 = sext i32 %25 to i64
%27 = getelementptr inbounds i8*, i8** %24, i64 %26
%28 = load i8*, i8** %27
%29 = call i32 @strlen(i8* %28)
store i32 %29, i32* %11
%30 = load i32, i32* %11
%31 = icmp sgt i32 %30, 16
br i1 %31, label %32, label %290
32: ; preds = %23
store i32 1, i32* %14
store i8 38, i8* %18
store i32 15, i32* %10
br label %33
33: ; preds = %275, %32
%34 = load i32, i32* %10
%35 = load i32, i32* %11
%36 = icmp slt i32 %34, %35
br i1 %36, label %37, label %278
37: ; preds = %33
%38 = load i8**, i8*** %5
%39 = load i32, i32* %12
%40 = sext i32 %39 to i64
%41 = getelementptr inbounds i8*, i8** %38, i64 %40
%42 = load i8*, i8** %41
%43 = load i32, i32* %10
%44 = sext i32 %43 to i64
%45 = getelementptr inbounds i8, i8* %42, i64 %44
%46 = load i8, i8* %45
%47 = sext i8 %46 to i32
%48 = icmp eq i32 %47, 40
br i1 %48, label %49, label %66
49: ; preds = %37
store i32 1, i32* %17
%50 = load i8**, i8*** %5
%51 = load i32, i32* %12
%52 = sext i32 %51 to i64
%53 = getelementptr inbounds i8*, i8** %50, i64 %52
%54 = load i8*, i8** %53
%55 = load i32, i32* %10
%56 = sext i32 %55 to i64
%57 = getelementptr inbounds i8, i8* %54, i64 %56
%58 = getelementptr inbounds i8, i8* %57, i64 1
%59 = call i32 @sscanf(i8* %58, i8* getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32* %16)
%60 = load i32*, i32** %7
%61 = load i32, i32* %16
%62 = sub nsw i32 %61, 1
%63 = sext i32 %62 to i64
%64 = getelementptr inbounds i32, i32* %60, i64 %63
%65 = load i32, i32* %64
store i32 %65, i32* %15
br label %275
66: ; preds = %37
%67 = load i8**, i8*** %5
%68 = load i32, i32* %12
%69 = sext i32 %68 to i64
%70 = getelementptr inbounds i8*, i8** %67, i64 %69
%71 = load i8*, i8** %70
%72 = load i32, i32* %10
%73 = sext i32 %72 to i64
%74 = getelementptr inbounds i8, i8* %71, i64 %73
%75 = load i8, i8* %74
%76 = sext i8 %75 to i32
%77 = icmp eq i32 %76, 38
br i1 %77, label %78, label %111
78: ; preds = %66
%79 = load i32, i32* %17
%80 = icmp eq i32 %79, 1
br i1 %80, label %81, label %111
81: ; preds = %78
%82 = load i8**, i8*** %5
%83 = load i32, i32* %12
%84 = sext i32 %83 to i64
%85 = getelementptr inbounds i8*, i8** %82, i64 %84
%86 = load i8*, i8** %85
%87 = load i32, i32* %10
%88 = sext i32 %87 to i64
%89 = getelementptr inbounds i8, i8* %86, i64 %88
%90 = getelementptr inbounds i8, i8* %89, i64 2
%91 = call i32 @sscanf(i8* %90, i8* getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32* %16)
%92 = load i32, i32* %15
%93 = load i32*, i32** %7
%94 = load i32, i32* %16
%95 = sub nsw i32 %94, 1
%96 = sext i32 %95 to i64
%97 = getelementptr inbounds i32, i32* %93, i64 %96
%98 = load i32, i32* %97
%99 = icmp sgt i32 %92, %98
br i1 %99, label %100, label %107
100: ; preds = %81
%101 = load i32*, i32** %7
%102 = load i32, i32* %16
%103 = sub nsw i32 %102, 1
%104 = sext i32 %103 to i64
%105 = getelementptr inbounds i32, i32* %101, i64 %104
%106 = load i32, i32* %105
br label %109
107: ; preds = %81
%108 = load i32, i32* %15
br label %109
109: ; preds = %107, %100
%110 = phi i32 [ %106, %100 ], [ %108, %107 ]
store i32 %110, i32* %15
br label %275
111: ; preds = %78, %66
%112 = load i8**, i8*** %5
%113 = load i32, i32* %12
%114 = sext i32 %113 to i64
%115 = getelementptr inbounds i8*, i8** %112, i64 %114
%116 = load i8*, i8** %115
%117 = load i32, i32* %10
%118 = sext i32 %117 to i64
%119 = getelementptr inbounds i8, i8* %116, i64 %118
%120 = load i8, i8* %119
%121 = sext i8 %120 to i32
%122 = icmp eq i32 %121, 124
br i1 %122, label %123, label %156
123: ; preds = %111
%124 = load i32, i32* %17
%125 = icmp eq i32 %124, 1
br i1 %125, label %126, label %156
126: ; preds = %123
%127 = load i8**, i8*** %5
%128 = load i32, i32* %12
%129 = sext i32 %128 to i64
%130 = getelementptr inbounds i8*, i8** %127, i64 %129
%131 = load i8*, i8** %130
%132 = load i32, i32* %10
%133 = sext i32 %132 to i64
%134 = getelementptr inbounds i8, i8* %131, i64 %133
%135 = getelementptr inbounds i8, i8* %134, i64 2
%136 = call i32 @sscanf(i8* %135, i8* getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32* %16)
%137 = load i32, i32* %15
%138 = load i32*, i32** %7
%139 = load i32, i32* %16
%140 = sub nsw i32 %139, 1
%141 = sext i32 %140 to i64
%142 = getelementptr inbounds i32, i32* %138, i64 %141
%143 = load i32, i32* %142
%144 = icmp sgt i32 %137, %143
br i1 %144, label %145, label %147
145: ; preds = %126
%146 = load i32, i32* %15
br label %154
147: ; preds = %126
%148 = load i32*, i32** %7
%149 = load i32, i32* %16
%150 = sub nsw i32 %149, 1
%151 = sext i32 %150 to i64
%152 = getelementptr inbounds i32, i32* %148, i64 %151
%153 = load i32, i32* %152
br label %154
154: ; preds = %147, %145
%155 = phi i32 [ %146, %145 ], [ %153, %147 ]
store i32 %155, i32* %15
br label %275
156: ; preds = %123, %111
%157 = load i8**, i8*** %5
%158 = load i32, i32* %12
%159 = sext i32 %158 to i64
%160 = getelementptr inbounds i8*, i8** %157, i64 %159
%161 = load i8*, i8** %160
%162 = load i32, i32* %10
%163 = sext i32 %162 to i64
%164 = getelementptr inbounds i8, i8* %161, i64 %163
%165 = load i8, i8* %164
%166 = sext i8 %165 to i32
%167 = icmp eq i32 %166, 124
br i1 %167, label %168, label %201
168: ; preds = %156
%169 = load i32, i32* %17
%170 = icmp eq i32 %169, 1
br i1 %170, label %171, label %201
171: ; preds = %168
%172 = load i8**, i8*** %5
%173 = load i32, i32* %12
%174 = sext i32 %173 to i64
%175 = getelementptr inbounds i8*, i8** %172, i64 %174
%176 = load i8*, i8** %175
%177 = load i32, i32* %10
%178 = sext i32 %177 to i64
%179 = getelementptr inbounds i8, i8* %176, i64 %178
%180 = getelementptr inbounds i8, i8* %179, i64 2
%181 = call i32 @sscanf(i8* %180, i8* getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32* %16)
%182 = load i32, i32* %15
%183 = load i32*, i32** %7
%184 = load i32, i32* %16
%185 = sub nsw i32 %184, 1
%186 = sext i32 %185 to i64
%187 = getelementptr inbounds i32, i32* %183, i64 %186
%188 = load i32, i32* %187
%189 = icmp sgt i32 %182, %188
br i1 %189, label %190, label %192
190: ; preds = %171
%191 = load i32, i32* %15
br label %199
192: ; preds = %171
%193 = load i32*, i32** %7
%194 = load i32, i32* %16
%195 = sub nsw i32 %194, 1
%196 = sext i32 %195 to i64
%197 = getelementptr inbounds i32, i32* %193, i64 %196
%198 = load i32, i32* %197
br label %199
199: ; preds = %192, %190
%200 = phi i32 [ %191, %190 ], [ %198, %192 ]
store i32 %200, i32* %15
br label %275
201: ; preds = %168, %156
%202 = load i8**, i8*** %5
%203 = load i32, i32* %12
%204 = sext i32 %203 to i64
%205 = getelementptr inbounds i8*, i8** %202, i64 %204
%206 = load i8*, i8** %205
%207 = load i32, i32* %10
%208 = sext i32 %207 to i64
%209 = getelementptr inbounds i8, i8* %206, i64 %208
%210 = load i8, i8* %209
%211 = sext i8 %210 to i32
%212 = icmp eq i32 %211, 41
br i1 %212, label %213, label %242
213: ; preds = %201
%214 = load i8, i8* %18
%215 = sext i8 %214 to i32
%216 = icmp eq i32 %215, 38
br i1 %216, label %217, label %227
217: ; preds = %213
%218 = load i32, i32* %14
%219 = load i32, i32* %15
%220 = icmp sgt i32 %218, %219
br i1 %220, label %221, label %223
221: ; preds = %217
%222 = load i32, i32* %15
br label %225
223: ; preds = %217
%224 = load i32, i32* %14
br label %225
225: ; preds = %223, %221
%226 = phi i32 [ %222, %221 ], [ %224, %223 ]
store i32 %226, i32* %14
br label %227
227: ; preds = %225, %213
%228 = load i8, i8* %18
%229 = sext i8 %228 to i32
%230 = icmp eq i32 %229, 124
br i1 %230, label %231, label %241
231: ; preds = %227
%232 = load i32, i32* %14
%233 = load i32, i32* %15
%234 = icmp sgt i32 %232, %233
br i1 %234, label %235, label %237
235: ; preds = %231
%236 = load i32, i32* %14
br label %239
237: ; preds = %231
%238 = load i32, i32* %15
br label %239
239: ; preds = %237, %235
%240 = phi i32 [ %236, %235 ], [ %238, %237 ]
store i32 %240, i32* %14
br label %241
241: ; preds = %239, %227
store i32 0, i32* %17
br label %275
242: ; preds = %201
%243 = load i8**, i8*** %5
%244 = load i32, i32* %12
%245 = sext i32 %244 to i64
%246 = getelementptr inbounds i8*, i8** %243, i64 %245
%247 = load i8*, i8** %246
%248 = load i32, i32* %10
%249 = sext i32 %248 to i64
%250 = getelementptr inbounds i8, i8* %247, i64 %249
%251 = load i8, i8* %250
%252 = sext i8 %251 to i32
%253 = icmp eq i32 %252, 124
br i1 %253, label %254, label %258
254: ; preds = %242
%255 = load i32, i32* %17
%256 = icmp eq i32 %255, 0
br i1 %256, label %257, label %258
257: ; preds = %254
store i8 124, i8* %18
br label %258
258: ; preds = %257, %254, %242
%259 = load i8**, i8*** %5
%260 = load i32, i32* %12
%261 = sext i32 %260 to i64
%262 = getelementptr inbounds i8*, i8** %259, i64 %261
%263 = load i8*, i8** %262
%264 = load i32, i32* %10
%265 = sext i32 %264 to i64
%266 = getelementptr inbounds i8, i8* %263, i64 %265
%267 = load i8, i8* %266
%268 = sext i8 %267 to i32
%269 = icmp eq i32 %268, 38
br i1 %269, label %270, label %274
270: ; preds = %258
%271 = load i32, i32* %17
%272 = icmp eq i32 %271, 0
br i1 %272, label %273, label %274
273: ; preds = %270
store i8 38, i8* %18
br label %274
274: ; preds = %273, %270, %258
br label %275
275: ; preds = %274, %241, %199, %154, %109, %49
%276 = load i32, i32* %10
%277 = add nsw i32 %276, 1
store i32 %277, i32* %10
br label %33
278: ; preds = %33
%279 = load i32, i32* %14
%280 = icmp eq i32 %279, 0
br i1 %280, label %281, label %289
281: ; preds = %278
%282 = load i32, i32* %9
%283 = load i32*, i32** %8
%284 = load i32, i32* %13
%285 = sext i32 %284 to i64
%286 = getelementptr inbounds i32, i32* %283, i64 %285
store i32 %282, i32* %286
%287 = load i32, i32* %13
%288 = add nsw i32 %287, 1
store i32 %288, i32* %13
br label %289
289: ; preds = %281, %278
br label %290
290: ; preds = %289, %23
%291 = load i32, i32* %9
%292 = add nsw i32 %291, 1
store i32 %292, i32* %9
br label %293
293: ; preds = %290
%294 = load i32, i32* %12
%295 = add nsw i32 %294, 1
store i32 %295, i32* %12
br label %19
296: ; preds = %19
%297 = load i32, i32* %13
ret i32 %297
}

LLVM IR (-O2):
@.str = [3 x i8] c"%d\00"
define i32 @get_changedRxns_by_gens(i8** nocapture %0, i32 %1, i32* nocapture %2, i32* nocapture writeonly %3) {
%5 = alloca i32
%6 = bitcast i32* %5 to i8*
%7 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %7, label %8, label %104
8: ; preds = %4
%9 = zext i32 %1 to i64
br label %10
10: ; preds = %8, %98
%11 = phi i64 [ 0, %8 ], [ %102, %98 ]
%12 = phi i32 [ undef, %8 ], [ %101, %98 ]
%13 = phi i32 [ undef, %8 ], [ %100, %98 ]
%14 = phi i32 [ 0, %8 ], [ %99, %98 ]
%15 = trunc i64 %11 to i32
%16 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %11
%17 = load i8*, i8** %16
%18 = call i32 @strlen(i8* %17)
%19 = icmp sgt i32 %18, 16
br i1 %19, label %20, label %98
20: ; preds = %10
%21 = zext i32 %18 to i64
br label %22
22: ; preds = %20, %85
%23 = phi i64 [ 15, %20 ], [ %90, %85 ]
%24 = phi i8 [ 38, %20 ], [ %89, %85 ]
%25 = phi i32 [ %12, %20 ], [ %88, %85 ]
%26 = phi i32 [ %13, %20 ], [ %87, %85 ]
%27 = phi i32 [ 1, %20 ], [ %86, %85 ]
%28 = load i8*, i8** %16
%29 = getelementptr inbounds i8, i8* %28, i64 %23
%30 = load i8, i8* %29
%31 = icmp eq i8 %30, 40
br i1 %31, label %32, label %40
32: ; preds = %22
%33 = getelementptr inbounds i8, i8* %29, i64 1
%34 = call i32 @sscanf(i8* %33, i8* getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32* %5)
%35 = load i32, i32* %5
%36 = add nsw i32 %35, -1
%37 = sext i32 %36 to i64
%38 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 %37
%39 = load i32, i32* %38
br label %85
40: ; preds = %22
%41 = icmp eq i8 %30, 38
%42 = icmp eq i32 %25, 1
%43 = select i1 %41, i1 %42, i1 false
br i1 %43, label %44, label %54
44: ; preds = %40
%45 = getelementptr inbounds i8, i8* %29, i64 2
%46 = call i32 @sscanf(i8* %45, i8* getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32* %5)
%47 = load i32, i32* %5
%48 = add nsw i32 %47, -1
%49 = sext i32 %48 to i64
%50 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 %49
%51 = load i32, i32* %50
%52 = icmp sgt i32 %26, %51
%53 = select i1 %52, i32 %51, i32 %26
br label %85
54: ; preds = %40
%55 = icmp eq i8 %30, 124
%56 = select i1 %55, i1 %42, i1 false
br i1 %56, label %57, label %67
57: ; preds = %54
%58 = getelementptr inbounds i8, i8* %29, i64 2
%59 = call i32 @sscanf(i8* %58, i8* getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32* %5)
%60 = load i32, i32* %5
%61 = add nsw i32 %60, -1
%62 = sext i32 %61 to i64
%63 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 %62
%64 = load i32, i32* %63
%65 = icmp sgt i32 %26, %64
%66 = select i1 %65, i32 %26, i32 %64
br label %85
67: ; preds = %54
%68 = icmp eq i8 %30, 41
br i1 %68, label %69, label %78
69: ; preds = %67
%70 = icmp eq i8 %24, 38
%71 = icmp sgt i32 %27, %26
%72 = select i1 %70, i1 %71, i1 false
%73 = select i1 %72, i32 %26, i32 %27
%74 = icmp eq i8 %24, 124
%75 = icmp sgt i32 %73, %26
%76 = select i1 %75, i32 %73, i32 %26
%77 = select i1 %74, i32 %76, i32 %73
br label %85
78: ; preds = %67
%79 = icmp eq i32 %25, 0
%80 = select i1 %55, i1 %79, i1 false
%81 = select i1 %80, i8 124, i8 %24
%82 = select i1 %41, i1 %79, i1 false
%83 = select i1 %82, i32 0, i32 %25
%84 = select i1 %82, i8 38, i8 %81
br label %85
85: ; preds = %78, %69, %57, %44, %32
%86 = phi i32 [ %27, %32 ], [ %27, %44 ], [ %27, %57 ], [ %77, %69 ], [ %27, %78 ]
%87 = phi i32 [ %39, %32 ], [ %53, %44 ], [ %66, %57 ], [ %26, %69 ], [ %26, %78 ]
%88 = phi i32 [ 1, %32 ], [ 1, %44 ], [ 1, %57 ], [ 0, %69 ], [ %83, %78 ]
%89 = phi i8 [ %24, %32 ], [ %24, %44 ], [ %24, %57 ], [ %24, %69 ], [ %84, %78 ]
%90 = add nuw nsw i64 %23, 1
%91 = icmp eq i64 %90, %21
br i1 %91, label %92, label %22
92: ; preds = %85
%93 = icmp eq i32 %86, 0
br i1 %93, label %94, label %98
94: ; preds = %92
%95 = sext i32 %14 to i64
%96 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %95
store i32 %15, i32* %96
%97 = add nsw i32 %14, 1
br label %98
98: ; preds = %92, %94, %10
%99 = phi i32 [ %97, %94 ], [ %14, %92 ], [ %14, %10 ]
%100 = phi i32 [ %87, %94 ], [ %87, %92 ], [ %13, %10 ]
%101 = phi i32 [ %88, %94 ], [ %88, %92 ], [ %12, %10 ]
%102 = add nuw nsw i64 %11, 1
%103 = icmp eq i64 %102, %9
br i1 %103, label %104, label %10
104: ; preds = %98, %4
%105 = phi i32 [ 0, %4 ], [ %99, %98 ]
ret i32 %105
}