#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
double dot(double *, double *);
void check_zdna(long *num_helix, long **helix_idx, long *bp_idx,
                double **bp_xyz) {
  double txyz[4];
  long i, j, k, m, n, nwired = 0, nrev, mixed_rl = 0;
  for (i = 1; i <= *num_helix; i++) {
    if (helix_idx[i][5] || helix_idx[i][6] || helix_idx[i][7] ||
        helix_idx[i][3] <= 1) {
      nwired++;
      continue;
    }
    nrev = 0;
    for (j = helix_idx[i][1]; j <= helix_idx[i][2]; j++) {
      m = bp_idx[j];
      if (helix_idx[i][3] == 1)
        continue;
      if (j < helix_idx[i][2]) {
        n = bp_idx[j + 1];
        for (k = 1; k <= 3; k++)
          txyz[k] = bp_xyz[n][k] - bp_xyz[m][k];
      }
      if (dot(txyz, &bp_xyz[m][3]) < 0.0)
        nrev++;
      else
        break;
    }
    if (nrev == helix_idx[i][3]) {
      helix_idx[i][4] = 1;
      mixed_rl++;
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<check_zdna>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x80,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
movq   $0x0,-0x70(%rbp)
movq   $0x0,-0x80(%rbp)
movq   $0x1,-0x48(%rbp)
mov    -0x48(%rbp),%rax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
cmp    (%rcx),%rax
jg     1350 <check_zdna+0x240>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x48(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
cmpq   $0x0,0x28(%rax)
jne    11b0 <check_zdna+0xa0>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x48(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
cmpq   $0x0,0x30(%rax)
jne    11b0 <check_zdna+0xa0>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x48(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
cmpq   $0x0,0x38(%rax)
jne    11b0 <check_zdna+0xa0>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x48(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
cmpq   $0x1,0x18(%rax)
jg     11c1 <check_zdna+0xb1>
mov    -0x70(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x70(%rbp)
jmp    133f <check_zdna+0x22f>
movq   $0x0,-0x78(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x48(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    0x8(%rax),%rax
mov    %rax,-0x50(%rbp)
mov    -0x50(%rbp),%rax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
mov    -0x48(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rcx
cmp    0x10(%rcx),%rax
jg     1300 <check_zdna+0x1f0>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x50(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    %rax,-0x60(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x48(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
cmpq   $0x1,0x18(%rax)
jne    1223 <check_zdna+0x113>
jmp    12ef <check_zdna+0x1df>
mov    -0x50(%rbp),%rax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
mov    -0x48(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rcx
cmp    0x10(%rcx),%rax
jge    12ab <check_zdna+0x19b>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x50(%rbp),%rcx
mov    0x8(%rax,%rcx,8),%rax
mov    %rax,-0x68(%rbp)
movq   $0x1,-0x58(%rbp)
cmpq   $0x3,-0x58(%rbp)
jg     12a6 <check_zdna+0x196>
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    -0x68(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x58(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    -0x60(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x58(%rbp),%rcx
subsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mov    -0x58(%rbp),%rax
movsd  %xmm0,-0x40(%rbp,%rax,8)
mov    -0x58(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x58(%rbp)
jmp    1256 <check_zdna+0x146>
jmp    12ab <check_zdna+0x19b>
lea    -0x40(%rbp),%rdi
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    -0x60(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rsi
add    $0x18,%rsi
call   1030 <dot@plt>
movaps %xmm0,%xmm1
xorps  %xmm0,%xmm0
ucomisd %xmm1,%xmm0
jbe    12e5 <check_zdna+0x1d5>
mov    -0x78(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x78(%rbp)
jmp    12ea <check_zdna+0x1da>
jmp    1300 <check_zdna+0x1f0>
jmp    12ef <check_zdna+0x1df>
mov    -0x50(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x50(%rbp)
jmp    11dd <check_zdna+0xcd>
mov    -0x78(%rbp),%rax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
mov    -0x48(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rcx
cmp    0x18(%rcx),%rax
jne    133a <check_zdna+0x22a>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x48(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movq   $0x1,0x20(%rax)
mov    -0x80(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x80(%rbp)
jmp    133f <check_zdna+0x22f>
mov    -0x48(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x48(%rbp)
jmp    1143 <check_zdna+0x33>
add    $0x80,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<check_zdna>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x38,%rsp
mov    %rcx,0x8(%rsp)
cmpq   $0x0,(%rdi)
jle    1244 <check_zdna+0x134>
mov    %rdx,%r15
mov    %rsi,%rbx
mov    %rdi,%r12
mov    $0x1,%ebp
jmp    1151 <check_zdna+0x41>
nopl   (%rax)
lea    0x1(%rbp),%rax
cmp    (%r12),%rbp
mov    %rax,%rbp
jge    1244 <check_zdna+0x134>
mov    (%rbx,%rbp,8),%rax
cmpq   $0x0,0x28(%rax)
jne    1140 <check_zdna+0x30>
cmpq   $0x0,0x30(%rax)
jne    1140 <check_zdna+0x30>
cmpq   $0x0,0x38(%rax)
jne    1140 <check_zdna+0x30>
mov    0x18(%rax),%rcx
cmp    $0x2,%rcx
jl     1140 <check_zdna+0x30>
mov    0x8(%rax),%r14
mov    0x10(%rax),%rdx
xor    %r13d,%r13d
cmp    %rdx,%r14
jg     122e <check_zdna+0x11e>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
cmp    $0x1,%rcx
je     1209 <check_zdna+0xf9>
mov    (%r15,%r14,8),%rax
cmp    %rdx,%r14
jge    11e0 <check_zdna+0xd0>
mov    0x8(%r15,%r14,8),%rcx
mov    0x8(%rsp),%rdx
mov    (%rdx,%rcx,8),%rcx
mov    (%rdx,%rax,8),%rsi
movupd 0x8(%rcx),%xmm0
movupd 0x8(%rsi),%xmm1
subpd  %xmm1,%xmm0
movupd %xmm0,0x18(%rsp)
movsd  0x18(%rcx),%xmm0
subsd  0x18(%rsi),%xmm0
movsd  %xmm0,0x28(%rsp)
jmp    11e9 <check_zdna+0xd9>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
mov    0x8(%rsp),%rcx
mov    (%rcx,%rax,8),%rsi
add    $0x18,%rsi
lea    0x10(%rsp),%rdi
call   1030 <dot@plt>
xorpd  %xmm1,%xmm1
ucomisd %xmm0,%xmm1
jbe    1226 <check_zdna+0x116>
add    $0x1,%r13
mov    (%rbx,%rbp,8),%rax
mov    0x10(%rax),%rdx
cmp    %rdx,%r14
jge    122a <check_zdna+0x11a>
add    $0x1,%r14
mov    0x18(%rax),%rcx
cmp    $0x1,%rcx
jne    1196 <check_zdna+0x86>
jmp    1209 <check_zdna+0xf9>
mov    (%rbx,%rbp,8),%rax
mov    0x18(%rax),%rcx
cmp    %rcx,%r13
jne    1140 <check_zdna+0x30>
movq   $0x1,0x20(%rax)
jmp    1140 <check_zdna+0x30>
add    $0x38,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @check_zdna(i64* %0, i64** %1, i64* %2, double** %3) {
%5 = alloca i64*
%6 = alloca i64**
%7 = alloca i64*
%8 = alloca double**
%9 = alloca [4 x double]
%10 = alloca i64
%11 = alloca i64
%12 = alloca i64
%13 = alloca i64
%14 = alloca i64
%15 = alloca i64
%16 = alloca i64
%17 = alloca i64
store i64* %0, i64** %5
store i64** %1, i64*** %6
store i64* %2, i64** %7
store double** %3, double*** %8
store i64 0, i64* %15
store i64 0, i64* %17
store i64 1, i64* %10
br label %18
18: ; preds = %162, %4
%19 = load i64, i64* %10
%20 = load i64*, i64** %5
%21 = load i64, i64* %20
%22 = icmp sle i64 %19, %21
br i1 %22, label %23, label %165
23: ; preds = %18
%24 = load i64**, i64*** %6
%25 = load i64, i64* %10
%26 = getelementptr inbounds i64*, i64** %24, i64 %25
%27 = load i64*, i64** %26
%28 = getelementptr inbounds i64, i64* %27, i64 5
%29 = load i64, i64* %28
%30 = icmp ne i64 %29, 0
br i1 %30, label %55, label %31
31: ; preds = %23
%32 = load i64**, i64*** %6
%33 = load i64, i64* %10
%34 = getelementptr inbounds i64*, i64** %32, i64 %33
%35 = load i64*, i64** %34
%36 = getelementptr inbounds i64, i64* %35, i64 6
%37 = load i64, i64* %36
%38 = icmp ne i64 %37, 0
br i1 %38, label %55, label %39
39: ; preds = %31
%40 = load i64**, i64*** %6
%41 = load i64, i64* %10
%42 = getelementptr inbounds i64*, i64** %40, i64 %41
%43 = load i64*, i64** %42
%44 = getelementptr inbounds i64, i64* %43, i64 7
%45 = load i64, i64* %44
%46 = icmp ne i64 %45, 0
br i1 %46, label %55, label %47
47: ; preds = %39
%48 = load i64**, i64*** %6
%49 = load i64, i64* %10
%50 = getelementptr inbounds i64*, i64** %48, i64 %49
%51 = load i64*, i64** %50
%52 = getelementptr inbounds i64, i64* %51, i64 3
%53 = load i64, i64* %52
%54 = icmp sle i64 %53, 1
br i1 %54, label %55, label %58
55: ; preds = %47, %39, %31, %23
%56 = load i64, i64* %15
%57 = add nsw i64 %56, 1
store i64 %57, i64* %15
br label %162
58: ; preds = %47
store i64 0, i64* %16
%59 = load i64**, i64*** %6
%60 = load i64, i64* %10
%61 = getelementptr inbounds i64*, i64** %59, i64 %60
%62 = load i64*, i64** %61
%63 = getelementptr inbounds i64, i64* %62, i64 1
%64 = load i64, i64* %63
store i64 %64, i64* %11
br label %65
65: ; preds = %141, %58
%66 = load i64, i64* %11
%67 = load i64**, i64*** %6
%68 = load i64, i64* %10
%69 = getelementptr inbounds i64*, i64** %67, i64 %68
%70 = load i64*, i64** %69
%71 = getelementptr inbounds i64, i64* %70, i64 2
%72 = load i64, i64* %71
%73 = icmp sle i64 %66, %72
br i1 %73, label %74, label %144
74: ; preds = %65
%75 = load i64*, i64** %7
%76 = load i64, i64* %11
%77 = getelementptr inbounds i64, i64* %75, i64 %76
%78 = load i64, i64* %77
store i64 %78, i64* %13
%79 = load i64**, i64*** %6
%80 = load i64, i64* %10
%81 = getelementptr inbounds i64*, i64** %79, i64 %80
%82 = load i64*, i64** %81
%83 = getelementptr inbounds i64, i64* %82, i64 3
%84 = load i64, i64* %83
%85 = icmp eq i64 %84, 1
br i1 %85, label %86, label %87
86: ; preds = %74
br label %141
87: ; preds = %74
%88 = load i64, i64* %11
%89 = load i64**, i64*** %6
%90 = load i64, i64* %10
%91 = getelementptr inbounds i64*, i64** %89, i64 %90
%92 = load i64*, i64** %91
%93 = getelementptr inbounds i64, i64* %92, i64 2
%94 = load i64, i64* %93
%95 = icmp slt i64 %88, %94
br i1 %95, label %96, label %127
96: ; preds = %87
%97 = load i64*, i64** %7
%98 = load i64, i64* %11
%99 = add nsw i64 %98, 1
%100 = getelementptr inbounds i64, i64* %97, i64 %99
%101 = load i64, i64* %100
store i64 %101, i64* %14
store i64 1, i64* %12
br label %102
102: ; preds = %123, %96
%103 = load i64, i64* %12
%104 = icmp sle i64 %103, 3
br i1 %104, label %105, label %126
105: ; preds = %102
%106 = load double**, double*** %8
%107 = load i64, i64* %14
%108 = getelementptr inbounds double*, double** %106, i64 %107
%109 = load double*, double** %108
%110 = load i64, i64* %12
%111 = getelementptr inbounds double, double* %109, i64 %110
%112 = load double, double* %111
%113 = load double**, double*** %8
%114 = load i64, i64* %13
%115 = getelementptr inbounds double*, double** %113, i64 %114
%116 = load double*, double** %115
%117 = load i64, i64* %12
%118 = getelementptr inbounds double, double* %116, i64 %117
%119 = load double, double* %118
%120 = fsub double %112, %119
%121 = load i64, i64* %12
%122 = getelementptr inbounds [4 x double], [4 x double]* %9, i64 0, i64 %121
store double %120, double* %122
br label %123
123: ; preds = %105
%124 = load i64, i64* %12
%125 = add nsw i64 %124, 1
store i64 %125, i64* %12
br label %102
126: ; preds = %102
br label %127
127: ; preds = %126, %87
%128 = getelementptr inbounds [4 x double], [4 x double]* %9, i64 0, i64 0
%129 = load double**, double*** %8
%130 = load i64, i64* %13
%131 = getelementptr inbounds double*, double** %129, i64 %130
%132 = load double*, double** %131
%133 = getelementptr inbounds double, double* %132, i64 3
%134 = call double @dot(double* %128, double* %133)
%135 = fcmp olt double %134, 0.000000e+00
br i1 %135, label %136, label %139
136: ; preds = %127
%137 = load i64, i64* %16
%138 = add nsw i64 %137, 1
store i64 %138, i64* %16
br label %140
139: ; preds = %127
br label %144
140: ; preds = %136
br label %141
141: ; preds = %140, %86
%142 = load i64, i64* %11
%143 = add nsw i64 %142, 1
store i64 %143, i64* %11
br label %65
144: ; preds = %139, %65
%145 = load i64, i64* %16
%146 = load i64**, i64*** %6
%147 = load i64, i64* %10
%148 = getelementptr inbounds i64*, i64** %146, i64 %147
%149 = load i64*, i64** %148
%150 = getelementptr inbounds i64, i64* %149, i64 3
%151 = load i64, i64* %150
%152 = icmp eq i64 %145, %151
br i1 %152, label %153, label %161
153: ; preds = %144
%154 = load i64**, i64*** %6
%155 = load i64, i64* %10
%156 = getelementptr inbounds i64*, i64** %154, i64 %155
%157 = load i64*, i64** %156
%158 = getelementptr inbounds i64, i64* %157, i64 4
store i64 1, i64* %158
%159 = load i64, i64* %17
%160 = add nsw i64 %159, 1
store i64 %160, i64* %17
br label %161
161: ; preds = %153, %144
br label %162
162: ; preds = %161, %55
%163 = load i64, i64* %10
%164 = add nsw i64 %163, 1
store i64 %164, i64* %10
br label %18
165: ; preds = %18
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @check_zdna(i64* nocapture %0, i64** nocapture %1, i64* nocapture %2, double** nocapture %3) {
%5 = alloca [4 x double]
%6 = bitcast [4 x double]* %5 to i8*
%7 = load i64, i64* %0
%8 = icmp slt i64 %7, 1
br i1 %8, label %109, label %9
9: ; preds = %4
%10 = getelementptr inbounds [4 x double], [4 x double]* %5, i64 0, i64 0
%11 = getelementptr inbounds [4 x double], [4 x double]* %5, i64 0, i64 1
%12 = getelementptr inbounds [4 x double], [4 x double]* %5, i64 0, i64 3
%13 = bitcast double* %11 to <2 x double>*
br label %14
14: ; preds = %9, %105
%15 = phi i64 [ 1, %9 ], [ %106, %105 ]
%16 = getelementptr inbounds i64*, i64** %1, i64 %15
%17 = load i64*, i64** %16
%18 = getelementptr inbounds i64, i64* %17, i64 5
%19 = load i64, i64* %18
%20 = icmp eq i64 %19, 0
br i1 %20, label %21, label %105
21: ; preds = %14
%22 = getelementptr inbounds i64, i64* %17, i64 6
%23 = load i64, i64* %22
%24 = icmp eq i64 %23, 0
br i1 %24, label %25, label %105
25: ; preds = %21
%26 = getelementptr inbounds i64, i64* %17, i64 7
%27 = load i64, i64* %26
%28 = icmp eq i64 %27, 0
br i1 %28, label %29, label %105
29: ; preds = %25
%30 = getelementptr inbounds i64, i64* %17, i64 3
%31 = load i64, i64* %30
%32 = icmp slt i64 %31, 2
br i1 %32, label %105, label %33
33: ; preds = %29
%34 = getelementptr inbounds i64, i64* %17, i64 1
%35 = load i64, i64* %34
%36 = getelementptr inbounds i64, i64* %17, i64 2
%37 = load i64, i64* %36
%38 = icmp sgt i64 %35, %37
br i1 %38, label %98, label %39
39: ; preds = %33, %89
%40 = phi i64* [ %84, %89 ], [ %17, %33 ]
%41 = phi i64 [ %92, %89 ], [ %31, %33 ]
%42 = phi i64 [ %87, %89 ], [ %37, %33 ]
%43 = phi i64 [ %85, %89 ], [ 0, %33 ]
%44 = phi i64 [ %90, %89 ], [ %35, %33 ]
%45 = getelementptr inbounds i64, i64* %2, i64 %44
%46 = load i64, i64* %45
%47 = icmp eq i64 %41, 1
br i1 %47, label %83, label %48
48: ; preds = %39
%49 = icmp slt i64 %44, %42
br i1 %49, label %53, label %50
50: ; preds = %48
%51 = getelementptr inbounds double*, double** %3, i64 %46
%52 = load double*, double** %51
br label %73
53: ; preds = %48
%54 = add nsw i64 %44, 1
%55 = getelementptr inbounds i64, i64* %2, i64 %54
%56 = load i64, i64* %55
%57 = getelementptr inbounds double*, double** %3, i64 %56
%58 = load double*, double** %57
%59 = getelementptr inbounds double*, double** %3, i64 %46
%60 = load double*, double** %59
%61 = getelementptr inbounds double, double* %58, i64 1
%62 = getelementptr inbounds double, double* %60, i64 1
%63 = bitcast double* %61 to <2 x double>*
%64 = load <2 x double>, <2 x double>* %63
%65 = bitcast double* %62 to <2 x double>*
%66 = load <2 x double>, <2 x double>* %65
%67 = fsub <2 x double> %64, %66
store <2 x double> %67, <2 x double>* %13
%68 = getelementptr inbounds double, double* %58, i64 3
%69 = load double, double* %68
%70 = getelementptr inbounds double, double* %60, i64 3
%71 = load double, double* %70
%72 = fsub double %69, %71
store double %72, double* %12
br label %73
73: ; preds = %50, %53
%74 = phi double* [ %52, %50 ], [ %60, %53 ]
%75 = getelementptr inbounds double, double* %74, i64 3
%76 = call double @dot(double* %10, double* %75)
%77 = fcmp olt double %76, 0.000000e+00
br i1 %77, label %80, label %78
78: ; preds = %73
%79 = load i64*, i64** %16
br label %93
80: ; preds = %73
%81 = add nsw i64 %43, 1
%82 = load i64*, i64** %16
br label %83
83: ; preds = %39, %80
%84 = phi i64* [ %40, %39 ], [ %82, %80 ]
%85 = phi i64 [ %43, %39 ], [ %81, %80 ]
%86 = getelementptr inbounds i64, i64* %84, i64 2
%87 = load i64, i64* %86
%88 = icmp slt i64 %44, %87
br i1 %88, label %89, label %93
89: ; preds = %83
%90 = add nsw i64 %44, 1
%91 = getelementptr inbounds i64, i64* %84, i64 3
%92 = load i64, i64* %91
br label %39
93: ; preds = %83, %78
%94 = phi i64* [ %79, %78 ], [ %84, %83 ]
%95 = phi i64 [ %43, %78 ], [ %85, %83 ]
%96 = getelementptr inbounds i64, i64* %94, i64 3
%97 = load i64, i64* %96
br label %98
98: ; preds = %93, %33
%99 = phi i64 [ %31, %33 ], [ %97, %93 ]
%100 = phi i64* [ %17, %33 ], [ %94, %93 ]
%101 = phi i64 [ 0, %33 ], [ %95, %93 ]
%102 = icmp eq i64 %101, %99
br i1 %102, label %103, label %105
103: ; preds = %98
%104 = getelementptr inbounds i64, i64* %100, i64 4
store i64 1, i64* %104
br label %105
105: ; preds = %14, %21, %25, %29, %98, %103
%106 = add nuw nsw i64 %15, 1
%107 = load i64, i64* %0
%108 = icmp slt i64 %15, %107
br i1 %108, label %14, label %109
109: ; preds = %105, %4
ret void
}