#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ free_ivector(int *, int /*<<< orphan*/, int);
int *ivector(int /*<<< orphan*/, int);
int /*<<< orphan*/ resample_shuffle(int *, int, int, long *);
void permut_genes_among_indiv_within_pop(int n, int m, int ploidy, int *ploidyi,
                                         int *popi, int Npop, int ***gilc,
                                         int ***gilcmix, long *seed) {
  int i, l, c, Nvalidgene, p;
  int *gene;
  gene = ivector(0, n * ploidy);
  for (l = 1; l <= m; l++) {
    for (p = 1; p <= Npop; p++) {
      Nvalidgene = 0;
      for (i = 1; i <= n; i++)
        if (popi[i] == p) {
          for (c = 0; c < ploidy; c++)
            if (gilc[i][l][c]) {
              Nvalidgene++;
              gene[Nvalidgene] = gilc[i][l][c];
            }
        }
      resample_shuffle(gene, 1, Nvalidgene, seed);
      Nvalidgene = 0;
      for (i = 1; i <= n; i++)
        if (popi[i] == p) {
          for (c = 0; c < ploidy; c++) {
            if (gilc[i][l][c]) {
              Nvalidgene++;
              gilcmix[i][l][c] = gene[Nvalidgene];
            } else
              gilcmix[i][l][c] = 0;
          }
        }
    }
  }
  free_ivector(gene, 0, n * ploidy);
}


x86 assembly (clang, -O0):
<permut_genes_among_indiv_within_pop>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x40,%rsp
mov    0x20(%rbp),%rax
mov    0x18(%rbp),%rax
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %esi,-0x8(%rbp)
mov    %edx,-0xc(%rbp)
mov    %rcx,-0x18(%rbp)
mov    %r8,-0x20(%rbp)
mov    %r9d,-0x24(%rbp)
mov    -0x4(%rbp),%esi
imul   -0xc(%rbp),%esi
xor    %edi,%edi
call   1040 <ivector@plt>
mov    %rax,-0x40(%rbp)
movl   $0x1,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x8(%rbp),%eax
jg     136a <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x23a>
movl   $0x1,-0x38(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jg     1357 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x227>
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
movl   $0x1,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
cmp    -0x4(%rbp),%eax
jg     124e <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x11e>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
cmp    -0x38(%rbp),%eax
jne    123b <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x10b>
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    1236 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x106>
mov    0x10(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
je     1223 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0xf3>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
mov    0x10(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    -0x40(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
jmp    1228 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0xf8>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    11c6 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x96>
jmp    123b <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x10b>
jmp    1240 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x110>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    119f <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x6f>
mov    -0x40(%rbp),%rdi
mov    -0x34(%rbp),%edx
mov    0x20(%rbp),%rcx
mov    $0x1,%esi
call   1050 <resample_shuffle@plt>
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
movl   $0x1,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
cmp    -0x4(%rbp),%eax
jg     1344 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x214>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
cmp    -0x38(%rbp),%eax
jne    1331 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x201>
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    132c <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x1fc>
mov    0x10(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
je     12fa <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x1ca>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
mov    -0x40(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    0x18(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
jmp    1319 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x1e9>
mov    0x18(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jmp    131e <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x1ee>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    1298 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x168>
jmp    1331 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x201>
jmp    1336 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x206>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    1271 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x141>
jmp    1349 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x219>
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
jmp    1185 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x55>
jmp    135c <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x22c>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    1172 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x42>
mov    -0x40(%rbp),%rdi
mov    -0x4(%rbp),%edx
imul   -0xc(%rbp),%edx
xor    %esi,%esi
call   1030 <free_ivector@plt>
add    $0x40,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<permut_genes_among_indiv_within_pop>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x58,%rsp
mov    %r9d,0xc(%rsp)
mov    %r8,%r14
mov    %edx,%ebp
mov    %esi,%ebx
mov    0xa0(%rsp),%rax
mov    %rax,0x38(%rsp)
mov    0x98(%rsp),%r15
mov    0x90(%rsp),%r12
mov    %edx,%esi
mov    %rdi,0x18(%rsp)
imul   %edi,%esi
xor    %edi,%edi
mov    %esi,0x24(%rsp)
call   1040 <ivector@plt>
mov    %r15,%rcx
mov    %rax,%r15
mov    %rbx,0x10(%rsp)
test   %ebx,%ebx
jle    13da <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x2aa>
mov    %r12,%r11
mov    %ebp,%r9d
mov    %r14,%r8
mov    0x18(%rsp),%rax
lea    0x1(%rax),%r13d
mov    0x10(%rsp),%rax
add    $0x1,%eax
mov    %rax,0x10(%rsp)
mov    %ebp,%ebx
lea    -0x1(%rbx),%r10
mov    %ebx,%r12d
and    $0xfffffffe,%r12d
mov    $0x1,%eax
mov    %rax,(%rsp)
mov    %r14,0x30(%rsp)
mov    %ebp,0x8(%rsp)
mov    %rcx,0x48(%rsp)
mov    %r11,0x28(%rsp)
mov    %rbx,0x50(%rsp)
mov    %r10,0x40(%rsp)
jmp    120a <permut_genes_among_indiv_within_pop+0xda>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
mov    (%rsp),%rcx
add    $0x1,%rcx
mov    %rcx,%rax
mov    %rcx,(%rsp)
cmp    0x10(%rsp),%rcx
je     13da <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x2aa>
cmpl   $0x0,0xc(%rsp)
jle    11f0 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0xc0>
mov    $0x1,%r14d
jmp    1256 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x126>
nopl   0x0(%rax)
mov    %r15,%rdi
mov    $0x1,%esi
xor    %edx,%edx
mov    0x38(%rsp),%rcx
call   1050 <resample_shuffle@plt>
mov    0x28(%rsp),%r11
mov    0x8(%rsp),%r9d
mov    0x30(%rsp),%r8
lea    0x1(%r14),%eax
cmp    0xc(%rsp),%r14d
mov    %eax,%r14d
mov    0x40(%rsp),%r10
je     11f0 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0xc0>
cmpl   $0x0,0x18(%rsp)
jle    1220 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0xf0>
xor    %edx,%edx
mov    $0x1,%eax
jmp    1279 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x149>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%rax
cmp    %r13,%rax
je     12e0 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x1b0>
cmp    %r14d,(%r8,%rax,4)
jne    1270 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x140>
test   %r9d,%r9d
jle    1270 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x140>
mov    (%r11,%rax,8),%rcx
mov    (%rsp),%rsi
mov    (%rcx,%rsi,8),%rcx
xor    %esi,%esi
test   %r10,%r10
jne    12b9 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x189>
test   $0x1,%bl
je     1270 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x140>
mov    (%rcx,%rsi,4),%ecx
test   %ecx,%ecx
je     1270 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x140>
movslq %edx,%rsi
add    $0x1,%edx
mov    %ecx,0x4(%r15,%rsi,4)
jmp    1270 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x140>
add    $0x2,%rsi
cmp    %rsi,%r12
je     1297 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x167>
mov    (%rcx,%rsi,4),%edi
test   %edi,%edi
je     12cb <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x19b>
movslq %edx,%rbp
add    $0x1,%edx
mov    %edi,0x4(%r15,%rbp,4)
mov    0x4(%rcx,%rsi,4),%edi
test   %edi,%edi
je     12b0 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x180>
movslq %edx,%rbp
add    $0x1,%edx
mov    %edi,0x4(%r15,%rbp,4)
jmp    12b0 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x180>
mov    %r15,%rdi
mov    $0x1,%esi
mov    0x38(%rsp),%rcx
call   1050 <resample_shuffle@plt>
mov    0x28(%rsp),%r11
mov    0x8(%rsp),%r9d
mov    0x30(%rsp),%r8
cmpl   $0x0,0x18(%rsp)
mov    0x48(%rsp),%r10
jle    1243 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x113>
xor    %eax,%eax
mov    $0x1,%ecx
jmp    1341 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x211>
movslq %eax,%rsi
add    $0x1,%eax
mov    0x4(%r15,%rsi,4),%esi
mov    (%r10,%rcx,8),%rdi
mov    (%rsp),%rbp
mov    (%rdi,%rbp,8),%rdi
mov    %esi,(%rdi,%rdx,4)
add    $0x1,%rcx
cmp    %r13,%rcx
je     1243 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x113>
cmp    %r14d,(%r8,%rcx,4)
jne    1334 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x204>
test   %r9d,%r9d
jle    1334 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x204>
mov    (%r11,%rcx,8),%rdx
mov    (%rsp),%rdi
mov    (%rdx,%rdi,8),%rsi
cmpq   $0x0,0x40(%rsp)
je     13b9 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x289>
mov    (%r10,%rcx,8),%rdx
mov    (%rdx,%rdi,8),%rdi
xor    %edx,%edx
jmp    137d <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x24d>
nopl   0x0(%rax)
mov    %ebx,0x4(%rdi,%rdx,4)
add    $0x2,%rdx
cmp    %rdx,%r12
je     13bb <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x28b>
xor    %ebx,%ebx
cmpl   $0x0,(%rsi,%rdx,4)
je     13a0 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x270>
movslq %eax,%rbp
add    $0x1,%eax
mov    0x4(%r15,%rbp,4),%ebp
jmp    13a2 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x272>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
xor    %ebp,%ebp
mov    %ebp,(%rdi,%rdx,4)
cmpl   $0x0,0x4(%rsi,%rdx,4)
je     1370 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x240>
movslq %eax,%rbp
add    $0x1,%eax
mov    0x4(%r15,%rbp,4),%ebx
jmp    1370 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x240>
xor    %edx,%edx
mov    0x50(%rsp),%rbx
test   $0x1,%bl
je     1334 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x204>
cmpl   $0x0,(%rsi,%rdx,4)
jne    131a <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x1ea>
xor    %esi,%esi
jmp    1325 <permut_genes_among_indiv_within_pop+0x1f5>
mov    %r15,%rdi
xor    %esi,%esi
mov    0x24(%rsp),%edx
add    $0x58,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
jmp    1030 <free_ivector@plt>

LLVM IR (-O0):
define void @permut_genes_among_indiv_within_pop(i32 %0, i32 %1, i32 %2, i32* %3, i32* %4, i32 %5, i32*** %6, i32*** %7, i64* %8) {
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32*
%14 = alloca i32*
%15 = alloca i32
%16 = alloca i32***
%17 = alloca i32***
%18 = alloca i64*
%19 = alloca i32
%20 = alloca i32
%21 = alloca i32
%22 = alloca i32
%23 = alloca i32
%24 = alloca i32*
store i32 %0, i32* %10
store i32 %1, i32* %11
store i32 %2, i32* %12
store i32* %3, i32** %13
store i32* %4, i32** %14
store i32 %5, i32* %15
store i32*** %6, i32**** %16
store i32*** %7, i32**** %17
store i64* %8, i64** %18
%25 = load i32, i32* %10
%26 = load i32, i32* %12
%27 = mul nsw i32 %25, %26
%28 = call i32* @ivector(i32 0, i32 %27)
store i32* %28, i32** %24
store i32 1, i32* %20
br label %29
29: ; preds = %184, %9
%30 = load i32, i32* %20
%31 = load i32, i32* %11
%32 = icmp sle i32 %30, %31
br i1 %32, label %33, label %187
33: ; preds = %29
store i32 1, i32* %23
br label %34
34: ; preds = %180, %33
%35 = load i32, i32* %23
%36 = load i32, i32* %15
%37 = icmp sle i32 %35, %36
br i1 %37, label %38, label %183
38: ; preds = %34
store i32 0, i32* %22
store i32 1, i32* %19
br label %39
39: ; preds = %97, %38
%40 = load i32, i32* %19
%41 = load i32, i32* %10
%42 = icmp sle i32 %40, %41
br i1 %42, label %43, label %100
43: ; preds = %39
%44 = load i32*, i32** %14
%45 = load i32, i32* %19
%46 = sext i32 %45 to i64
%47 = getelementptr inbounds i32, i32* %44, i64 %46
%48 = load i32, i32* %47
%49 = load i32, i32* %23
%50 = icmp eq i32 %48, %49
br i1 %50, label %51, label %96
51: ; preds = %43
store i32 0, i32* %21
br label %52
52: ; preds = %92, %51
%53 = load i32, i32* %21
%54 = load i32, i32* %12
%55 = icmp slt i32 %53, %54
br i1 %55, label %56, label %95
56: ; preds = %52
%57 = load i32***, i32**** %16
%58 = load i32, i32* %19
%59 = sext i32 %58 to i64
%60 = getelementptr inbounds i32**, i32*** %57, i64 %59
%61 = load i32**, i32*** %60
%62 = load i32, i32* %20
%63 = sext i32 %62 to i64
%64 = getelementptr inbounds i32*, i32** %61, i64 %63
%65 = load i32*, i32** %64
%66 = load i32, i32* %21
%67 = sext i32 %66 to i64
%68 = getelementptr inbounds i32, i32* %65, i64 %67
%69 = load i32, i32* %68
%70 = icmp ne i32 %69, 0
br i1 %70, label %71, label %91
71: ; preds = %56
%72 = load i32, i32* %22
%73 = add nsw i32 %72, 1
store i32 %73, i32* %22
%74 = load i32***, i32**** %16
%75 = load i32, i32* %19
%76 = sext i32 %75 to i64
%77 = getelementptr inbounds i32**, i32*** %74, i64 %76
%78 = load i32**, i32*** %77
%79 = load i32, i32* %20
%80 = sext i32 %79 to i64
%81 = getelementptr inbounds i32*, i32** %78, i64 %80
%82 = load i32*, i32** %81
%83 = load i32, i32* %21
%84 = sext i32 %83 to i64
%85 = getelementptr inbounds i32, i32* %82, i64 %84
%86 = load i32, i32* %85
%87 = load i32*, i32** %24
%88 = load i32, i32* %22
%89 = sext i32 %88 to i64
%90 = getelementptr inbounds i32, i32* %87, i64 %89
store i32 %86, i32* %90
br label %91
91: ; preds = %71, %56
br label %92
92: ; preds = %91
%93 = load i32, i32* %21
%94 = add nsw i32 %93, 1
store i32 %94, i32* %21
br label %52
95: ; preds = %52
br label %96
96: ; preds = %95, %43
br label %97
97: ; preds = %96
%98 = load i32, i32* %19
%99 = add nsw i32 %98, 1
store i32 %99, i32* %19
br label %39
100: ; preds = %39
%101 = load i32*, i32** %24
%102 = load i32, i32* %22
%103 = load i64*, i64** %18
%104 = call i32 @resample_shuffle(i32* %101, i32 1, i32 %102, i64* %103)
store i32 0, i32* %22
store i32 1, i32* %19
br label %105
105: ; preds = %176, %100
%106 = load i32, i32* %19
%107 = load i32, i32* %10
%108 = icmp sle i32 %106, %107
br i1 %108, label %109, label %179
109: ; preds = %105
%110 = load i32*, i32** %14
%111 = load i32, i32* %19
%112 = sext i32 %111 to i64
%113 = getelementptr inbounds i32, i32* %110, i64 %112
%114 = load i32, i32* %113
%115 = load i32, i32* %23
%116 = icmp eq i32 %114, %115
br i1 %116, label %117, label %175
117: ; preds = %109
store i32 0, i32* %21
br label %118
118: ; preds = %171, %117
%119 = load i32, i32* %21
%120 = load i32, i32* %12
%121 = icmp slt i32 %119, %120
br i1 %121, label %122, label %174
122: ; preds = %118
%123 = load i32***, i32**** %16
%124 = load i32, i32* %19
%125 = sext i32 %124 to i64
%126 = getelementptr inbounds i32**, i32*** %123, i64 %125
%127 = load i32**, i32*** %126
%128 = load i32, i32* %20
%129 = sext i32 %128 to i64
%130 = getelementptr inbounds i32*, i32** %127, i64 %129
%131 = load i32*, i32** %130
%132 = load i32, i32* %21
%133 = sext i32 %132 to i64
%134 = getelementptr inbounds i32, i32* %131, i64 %133
%135 = load i32, i32* %134
%136 = icmp ne i32 %135, 0
br i1 %136, label %137, label %157
137: ; preds = %122
%138 = load i32, i32* %22
%139 = add nsw i32 %138, 1
store i32 %139, i32* %22
%140 = load i32*, i32** %24
%141 = load i32, i32* %22
%142 = sext i32 %141 to i64
%143 = getelementptr inbounds i32, i32* %140, i64 %142
%144 = load i32, i32* %143
%145 = load i32***, i32**** %17
%146 = load i32, i32* %19
%147 = sext i32 %146 to i64
%148 = getelementptr inbounds i32**, i32*** %145, i64 %147
%149 = load i32**, i32*** %148
%150 = load i32, i32* %20
%151 = sext i32 %150 to i64
%152 = getelementptr inbounds i32*, i32** %149, i64 %151
%153 = load i32*, i32** %152
%154 = load i32, i32* %21
%155 = sext i32 %154 to i64
%156 = getelementptr inbounds i32, i32* %153, i64 %155
store i32 %144, i32* %156
br label %170
157: ; preds = %122
%158 = load i32***, i32**** %17
%159 = load i32, i32* %19
%160 = sext i32 %159 to i64
%161 = getelementptr inbounds i32**, i32*** %158, i64 %160
%162 = load i32**, i32*** %161
%163 = load i32, i32* %20
%164 = sext i32 %163 to i64
%165 = getelementptr inbounds i32*, i32** %162, i64 %164
%166 = load i32*, i32** %165
%167 = load i32, i32* %21
%168 = sext i32 %167 to i64
%169 = getelementptr inbounds i32, i32* %166, i64 %168
store i32 0, i32* %169
br label %170
170: ; preds = %157, %137
br label %171
171: ; preds = %170
%172 = load i32, i32* %21
%173 = add nsw i32 %172, 1
store i32 %173, i32* %21
br label %118
174: ; preds = %118
br label %175
175: ; preds = %174, %109
br label %176
176: ; preds = %175
%177 = load i32, i32* %19
%178 = add nsw i32 %177, 1
store i32 %178, i32* %19
br label %105
179: ; preds = %105
br label %180
180: ; preds = %179
%181 = load i32, i32* %23
%182 = add nsw i32 %181, 1
store i32 %182, i32* %23
br label %34
183: ; preds = %34
br label %184
184: ; preds = %183
%185 = load i32, i32* %20
%186 = add nsw i32 %185, 1
store i32 %186, i32* %20
br label %29
187: ; preds = %29
%188 = load i32*, i32** %24
%189 = load i32, i32* %10
%190 = load i32, i32* %12
%191 = mul nsw i32 %189, %190
%192 = call i32 @free_ivector(i32* %188, i32 0, i32 %191)
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @permut_genes_among_indiv_within_pop(i32 %0, i32 %1, i32 %2, i32* nocapture readnone %3, i32* nocapture %4, i32 %5, i32*** nocapture %6, i32*** nocapture %7, i64* %8) {
%10 = mul nsw i32 %2, %0
%11 = tail call i32* @ivector(i32 0, i32 %10)
%12 = icmp slt i32 %1, 1
br i1 %12, label %176, label %13
13: ; preds = %9
%14 = icmp slt i32 %5, 1
%15 = icmp slt i32 %0, 1
%16 = icmp slt i32 %2, 1
%17 = add i32 %0, 1
%18 = add nuw i32 %1, 1
%19 = zext i32 %18 to i64
%20 = zext i32 %17 to i64
%21 = zext i32 %2 to i64
%22 = zext i32 %17 to i64
%23 = add nsw i64 %21, -1
%24 = and i64 %21, 1
%25 = icmp eq i64 %23, 0
%26 = and i64 %21, 4294967294
%27 = icmp eq i64 %24, 0
%28 = and i64 %21, 1
%29 = icmp eq i64 %23, 0
%30 = and i64 %21, 4294967294
%31 = icmp eq i64 %28, 0
br label %32
32: ; preds = %13, %173
%33 = phi i64 [ 1, %13 ], [ %174, %173 ]
br i1 %14, label %173, label %34
34: ; preds = %32, %170
%35 = phi i32 [ %171, %170 ], [ 1, %32 ]
br i1 %15, label %36, label %38
36: ; preds = %34
%37 = tail call i32 @resample_shuffle(i32* %11, i32 1, i32 0, i64* %8)
br label %170
38: ; preds = %34, %88
%39 = phi i64 [ %90, %88 ], [ 1, %34 ]
%40 = phi i32 [ %89, %88 ], [ 0, %34 ]
%41 = getelementptr inbounds i32, i32* %4, i64 %39
%42 = load i32, i32* %41
%43 = icmp ne i32 %42, %35
%44 = or i1 %43, %16
br i1 %44, label %88, label %45
45: ; preds = %38
%46 = getelementptr inbounds i32**, i32*** %6, i64 %39
%47 = load i32**, i32*** %46
%48 = getelementptr inbounds i32*, i32** %47, i64 %33
%49 = load i32*, i32** %48
br i1 %25, label %76, label %50
50: ; preds = %45, %71
%51 = phi i64 [ %73, %71 ], [ 0, %45 ]
%52 = phi i32 [ %72, %71 ], [ %40, %45 ]
%53 = phi i64 [ %74, %71 ], [ 0, %45 ]
%54 = getelementptr inbounds i32, i32* %49, i64 %51
%55 = load i32, i32* %54
%56 = icmp eq i32 %55, 0
br i1 %56, label %61, label %57
57: ; preds = %50
%58 = add nsw i32 %52, 1
%59 = sext i32 %58 to i64
%60 = getelementptr inbounds i32, i32* %11, i64 %59
store i32 %55, i32* %60
br label %61
61: ; preds = %50, %57
%62 = phi i32 [ %58, %57 ], [ %52, %50 ]
%63 = or i64 %51, 1
%64 = getelementptr inbounds i32, i32* %49, i64 %63
%65 = load i32, i32* %64
%66 = icmp eq i32 %65, 0
br i1 %66, label %71, label %67
67: ; preds = %61
%68 = add nsw i32 %62, 1
%69 = sext i32 %68 to i64
%70 = getelementptr inbounds i32, i32* %11, i64 %69
store i32 %65, i32* %70
br label %71
71: ; preds = %67, %61
%72 = phi i32 [ %68, %67 ], [ %62, %61 ]
%73 = add nuw nsw i64 %51, 2
%74 = add i64 %53, 2
%75 = icmp eq i64 %74, %26
br i1 %75, label %76, label %50
76: ; preds = %71, %45
%77 = phi i32 [ undef, %45 ], [ %72, %71 ]
%78 = phi i64 [ 0, %45 ], [ %73, %71 ]
%79 = phi i32 [ %40, %45 ], [ %72, %71 ]
br i1 %27, label %88, label %80
80: ; preds = %76
%81 = getelementptr inbounds i32, i32* %49, i64 %78
%82 = load i32, i32* %81
%83 = icmp eq i32 %82, 0
br i1 %83, label %88, label %84
84: ; preds = %80
%85 = add nsw i32 %79, 1
%86 = sext i32 %85 to i64
%87 = getelementptr inbounds i32, i32* %11, i64 %86
store i32 %82, i32* %87
br label %88
88: ; preds = %76, %84, %80, %38
%89 = phi i32 [ %40, %38 ], [ %77, %76 ], [ %85, %84 ], [ %79, %80 ]
%90 = add nuw nsw i64 %39, 1
%91 = icmp eq i64 %90, %20
br i1 %91, label %92, label %38
92: ; preds = %88
%93 = tail call i32 @resample_shuffle(i32* %11, i32 1, i32 %89, i64* %8)
br i1 %15, label %170, label %94
94: ; preds = %92, %166
%95 = phi i64 [ %168, %166 ], [ 1, %92 ]
%96 = phi i32 [ %167, %166 ], [ 0, %92 ]
%97 = getelementptr inbounds i32, i32* %4, i64 %95
%98 = load i32, i32* %97
%99 = icmp ne i32 %98, %35
%100 = or i1 %99, %16
br i1 %100, label %166, label %101
101: ; preds = %94
%102 = getelementptr inbounds i32**, i32*** %6, i64 %95
%103 = load i32**, i32*** %102
%104 = getelementptr inbounds i32*, i32** %103, i64 %33
%105 = load i32*, i32** %104
%106 = getelementptr inbounds i32**, i32*** %7, i64 %95
br i1 %29, label %146, label %107
107: ; preds = %101
%108 = load i32**, i32*** %106
%109 = getelementptr inbounds i32*, i32** %108, i64 %33
%110 = load i32*, i32** %109
%111 = load i32**, i32*** %106
%112 = getelementptr inbounds i32*, i32** %111, i64 %33
%113 = load i32*, i32** %112
br label %114
114: ; preds = %139, %107
%115 = phi i64 [ 0, %107 ], [ %143, %139 ]
%116 = phi i32 [ %96, %107 ], [ %141, %139 ]
%117 = phi i64 [ 0, %107 ], [ %144, %139 ]
%118 = getelementptr inbounds i32, i32* %105, i64 %115
%119 = load i32, i32* %118
%120 = icmp eq i32 %119, 0
br i1 %120, label %126, label %121
121: ; preds = %114
%122 = add nsw i32 %116, 1
%123 = sext i32 %122 to i64
%124 = getelementptr inbounds i32, i32* %11, i64 %123
%125 = load i32, i32* %124
br label %126
126: ; preds = %114, %121
%127 = phi i32 [ %125, %121 ], [ 0, %114 ]
%128 = phi i32 [ %122, %121 ], [ %116, %114 ]
%129 = getelementptr inbounds i32, i32* %110, i64 %115
store i32 %127, i32* %129
%130 = or i64 %115, 1
%131 = getelementptr inbounds i32, i32* %105, i64 %130
%132 = load i32, i32* %131
%133 = icmp eq i32 %132, 0
br i1 %133, label %139, label %134
134: ; preds = %126
%135 = add nsw i32 %128, 1
%136 = sext i32 %135 to i64
%137 = getelementptr inbounds i32, i32* %11, i64 %136
%138 = load i32, i32* %137
br label %139
139: ; preds = %134, %126
%140 = phi i32 [ %138, %134 ], [ 0, %126 ]
%141 = phi i32 [ %135, %134 ], [ %128, %126 ]
%142 = getelementptr inbounds i32, i32* %113, i64 %130
store i32 %140, i32* %142
%143 = add nuw nsw i64 %115, 2
%144 = add i64 %117, 2
%145 = icmp eq i64 %144, %30
br i1 %145, label %146, label %114
146: ; preds = %139, %101
%147 = phi i32 [ undef, %101 ], [ %141, %139 ]
%148 = phi i64 [ 0, %101 ], [ %143, %139 ]
%149 = phi i32 [ %96, %101 ], [ %141, %139 ]
br i1 %31, label %166, label %150
150: ; preds = %146
%151 = getelementptr inbounds i32, i32* %105, i64 %148
%152 = load i32, i32* %151
%153 = icmp eq i32 %152, 0
br i1 %153, label %159, label %154
154: ; preds = %150
%155 = add nsw i32 %149, 1
%156 = sext i32 %155 to i64
%157 = getelementptr inbounds i32, i32* %11, i64 %156
%158 = load i32, i32* %157
br label %159
159: ; preds = %154, %150
%160 = phi i32 [ %158, %154 ], [ 0, %150 ]
%161 = phi i32 [ %155, %154 ], [ %149, %150 ]
%162 = load i32**, i32*** %106
%163 = getelementptr inbounds i32*, i32** %162, i64 %33
%164 = load i32*, i32** %163
%165 = getelementptr inbounds i32, i32* %164, i64 %148
store i32 %160, i32* %165
br label %166
166: ; preds = %159, %146, %94
%167 = phi i32 [ %96, %94 ], [ %147, %146 ], [ %161, %159 ]
%168 = add nuw nsw i64 %95, 1
%169 = icmp eq i64 %168, %22
br i1 %169, label %170, label %94
170: ; preds = %166, %36, %92
%171 = add nuw i32 %35, 1
%172 = icmp eq i32 %35, %5
br i1 %172, label %173, label %34
173: ; preds = %170, %32
%174 = add nuw nsw i64 %33, 1
%175 = icmp eq i64 %174, %19
br i1 %175, label %176, label %32
176: ; preds = %173, %9
%177 = tail call i32 @free_ivector(i32* %11, i32 0, i32 %10)
ret void
}