int filter_positions_v3(int *pos, char *strand, int n, int max_ul, int max_el,
                        int max_il, int ul, int el, int il, int *filtered_pos,
                        char *filtered_strand) {
  int i;
  int in;
  int nout = 0;
  int current_pos;
  for (i = 1; i <= n; i++) {
    current_pos = pos[i];
    if (current_pos > il) {
      current_pos = current_pos - il;
      if (current_pos > el) {
        current_pos = current_pos - el;
        if (current_pos <= max_ul) {
          nout++;
          filtered_pos[nout] = pos[i];
          filtered_strand[nout] = strand[i];
        }
      } else {
        current_pos = el - current_pos;
        if (current_pos <= max_el) {
          nout++;
          filtered_pos[nout] = pos[i];
          filtered_strand[nout] = strand[i];
        }
      }
    } else {
      current_pos = il - current_pos;
      if (current_pos <= max_il) {
        nout++;
        filtered_pos[nout] = pos[i];
        filtered_strand[nout] = strand[i];
      }
    }
  }
  return nout;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<filter_positions_v3>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    0x30(%rbp),%rax
mov    0x28(%rbp),%rax
mov    0x20(%rbp),%eax
mov    0x18(%rbp),%eax
mov    0x10(%rbp),%eax
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %ecx,-0x18(%rbp)
mov    %r8d,-0x1c(%rbp)
mov    %r9d,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
movl   $0x1,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jg     1279 <filter_positions_v3+0x179>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    0x20(%rbp),%eax
jle    1217 <filter_positions_v3+0x117>
mov    -0x30(%rbp),%eax
sub    0x20(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    0x18(%rbp),%eax
jle    11c3 <filter_positions_v3+0xc3>
mov    -0x30(%rbp),%eax
sub    0x18(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0x18(%rbp),%eax
jg     11be <filter_positions_v3+0xbe>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    0x28(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%dl
mov    0x30(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
jmp    1212 <filter_positions_v3+0x112>
mov    0x18(%rbp),%eax
sub    -0x30(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jg     120d <filter_positions_v3+0x10d>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    0x28(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%dl
mov    0x30(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
jmp    1212 <filter_positions_v3+0x112>
jmp    1266 <filter_positions_v3+0x166>
mov    0x20(%rbp),%eax
sub    -0x30(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0x20(%rbp),%eax
jg     1261 <filter_positions_v3+0x161>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    0x28(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%dl
mov    0x30(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
jmp    1266 <filter_positions_v3+0x166>
jmp    126b <filter_positions_v3+0x16b>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1139 <filter_positions_v3+0x39>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<filter_positions_v3>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
test   %edx,%edx
jle    119d <filter_positions_v3+0x9d>
mov    0x48(%rsp),%r15d
mov    0x40(%rsp),%r14d
add    $0x1,%edx
xor    %eax,%eax
mov    $0x1,%r11d
jmp    115a <filter_positions_v3+0x5a>
nopl   0x0(%rax)
movslq %eax,%r12
lea    0x1(%r12),%rax
mov    0x50(%rsp),%rbx
mov    %r10d,0x4(%rbx,%r12,4)
movzbl (%rsi,%r11,1),%ebx
mov    0x58(%rsp),%rbp
mov    %bl,0x1(%rbp,%r12,1)
add    $0x1,%r11
cmp    %r11,%rdx
je     119f <filter_positions_v3+0x9f>
mov    (%rdi,%r11,4),%r10d
mov    %r10d,%r12d
sub    %r15d,%r12d
jle    1180 <filter_positions_v3+0x80>
mov    %r12d,%r13d
sub    %r14d,%r13d
jle    1190 <filter_positions_v3+0x90>
cmp    %ecx,%r13d
jle    1130 <filter_positions_v3+0x30>
jmp    1151 <filter_positions_v3+0x51>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
mov    %r15d,%ebx
sub    %r10d,%ebx
cmp    %r9d,%ebx
jle    1130 <filter_positions_v3+0x30>
jmp    1151 <filter_positions_v3+0x51>
nopl   (%rax)
mov    %r14d,%ebx
sub    %r12d,%ebx
cmp    %r8d,%ebx
jle    1130 <filter_positions_v3+0x30>
jmp    1151 <filter_positions_v3+0x51>
xor    %eax,%eax
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @filter_positions_v3(i32* %0, i8* %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4, i32 %5, i32 %6, i32 %7, i32 %8, i32* %9, i8* %10) {
%12 = alloca i32*
%13 = alloca i8*
%14 = alloca i32
%15 = alloca i32
%16 = alloca i32
%17 = alloca i32
%18 = alloca i32
%19 = alloca i32
%20 = alloca i32
%21 = alloca i32*
%22 = alloca i8*
%23 = alloca i32
%24 = alloca i32
%25 = alloca i32
%26 = alloca i32
store i32* %0, i32** %12
store i8* %1, i8** %13
store i32 %2, i32* %14
store i32 %3, i32* %15
store i32 %4, i32* %16
store i32 %5, i32* %17
store i32 %6, i32* %18
store i32 %7, i32* %19
store i32 %8, i32* %20
store i32* %9, i32** %21
store i8* %10, i8** %22
store i32 0, i32* %25
store i32 1, i32* %23
br label %27
27: ; preds = %136, %11
%28 = load i32, i32* %23
%29 = load i32, i32* %14
%30 = icmp sle i32 %28, %29
br i1 %30, label %31, label %139
31: ; preds = %27
%32 = load i32*, i32** %12
%33 = load i32, i32* %23
%34 = sext i32 %33 to i64
%35 = getelementptr inbounds i32, i32* %32, i64 %34
%36 = load i32, i32* %35
store i32 %36, i32* %26
%37 = load i32, i32* %26
%38 = load i32, i32* %20
%39 = icmp sgt i32 %37, %38
br i1 %39, label %40, label %106
40: ; preds = %31
%41 = load i32, i32* %26
%42 = load i32, i32* %20
%43 = sub nsw i32 %41, %42
store i32 %43, i32* %26
%44 = load i32, i32* %26
%45 = load i32, i32* %19
%46 = icmp sgt i32 %44, %45
br i1 %46, label %47, label %76
47: ; preds = %40
%48 = load i32, i32* %26
%49 = load i32, i32* %19
%50 = sub nsw i32 %48, %49
store i32 %50, i32* %26
%51 = load i32, i32* %26
%52 = load i32, i32* %15
%53 = icmp sle i32 %51, %52
br i1 %53, label %54, label %75
54: ; preds = %47
%55 = load i32, i32* %25
%56 = add nsw i32 %55, 1
store i32 %56, i32* %25
%57 = load i32*, i32** %12
%58 = load i32, i32* %23
%59 = sext i32 %58 to i64
%60 = getelementptr inbounds i32, i32* %57, i64 %59
%61 = load i32, i32* %60
%62 = load i32*, i32** %21
%63 = load i32, i32* %25
%64 = sext i32 %63 to i64
%65 = getelementptr inbounds i32, i32* %62, i64 %64
store i32 %61, i32* %65
%66 = load i8*, i8** %13
%67 = load i32, i32* %23
%68 = sext i32 %67 to i64
%69 = getelementptr inbounds i8, i8* %66, i64 %68
%70 = load i8, i8* %69
%71 = load i8*, i8** %22
%72 = load i32, i32* %25
%73 = sext i32 %72 to i64
%74 = getelementptr inbounds i8, i8* %71, i64 %73
store i8 %70, i8* %74
br label %75
75: ; preds = %54, %47
br label %105
76: ; preds = %40
%77 = load i32, i32* %19
%78 = load i32, i32* %26
%79 = sub nsw i32 %77, %78
store i32 %79, i32* %26
%80 = load i32, i32* %26
%81 = load i32, i32* %16
%82 = icmp sle i32 %80, %81
br i1 %82, label %83, label %104
83: ; preds = %76
%84 = load i32, i32* %25
%85 = add nsw i32 %84, 1
store i32 %85, i32* %25
%86 = load i32*, i32** %12
%87 = load i32, i32* %23
%88 = sext i32 %87 to i64
%89 = getelementptr inbounds i32, i32* %86, i64 %88
%90 = load i32, i32* %89
%91 = load i32*, i32** %21
%92 = load i32, i32* %25
%93 = sext i32 %92 to i64
%94 = getelementptr inbounds i32, i32* %91, i64 %93
store i32 %90, i32* %94
%95 = load i8*, i8** %13
%96 = load i32, i32* %23
%97 = sext i32 %96 to i64
%98 = getelementptr inbounds i8, i8* %95, i64 %97
%99 = load i8, i8* %98
%100 = load i8*, i8** %22
%101 = load i32, i32* %25
%102 = sext i32 %101 to i64
%103 = getelementptr inbounds i8, i8* %100, i64 %102
store i8 %99, i8* %103
br label %104
104: ; preds = %83, %76
br label %105
105: ; preds = %104, %75
br label %135
106: ; preds = %31
%107 = load i32, i32* %20
%108 = load i32, i32* %26
%109 = sub nsw i32 %107, %108
store i32 %109, i32* %26
%110 = load i32, i32* %26
%111 = load i32, i32* %17
%112 = icmp sle i32 %110, %111
br i1 %112, label %113, label %134
113: ; preds = %106
%114 = load i32, i32* %25
%115 = add nsw i32 %114, 1
store i32 %115, i32* %25
%116 = load i32*, i32** %12
%117 = load i32, i32* %23
%118 = sext i32 %117 to i64
%119 = getelementptr inbounds i32, i32* %116, i64 %118
%120 = load i32, i32* %119
%121 = load i32*, i32** %21
%122 = load i32, i32* %25
%123 = sext i32 %122 to i64
%124 = getelementptr inbounds i32, i32* %121, i64 %123
store i32 %120, i32* %124
%125 = load i8*, i8** %13
%126 = load i32, i32* %23
%127 = sext i32 %126 to i64
%128 = getelementptr inbounds i8, i8* %125, i64 %127
%129 = load i8, i8* %128
%130 = load i8*, i8** %22
%131 = load i32, i32* %25
%132 = sext i32 %131 to i64
%133 = getelementptr inbounds i8, i8* %130, i64 %132
store i8 %129, i8* %133
br label %134
134: ; preds = %113, %106
br label %135
135: ; preds = %134, %105
br label %136
136: ; preds = %135
%137 = load i32, i32* %23
%138 = add nsw i32 %137, 1
store i32 %138, i32* %23
br label %27
139: ; preds = %27
%140 = load i32, i32* %25
ret i32 %140
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @filter_positions_v3(i32* nocapture %0, i8* nocapture %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4, i32 %5, i32 %6, i32 %7, i32 %8, i32* nocapture writeonly %9, i8* nocapture writeonly %10) {
%12 = icmp slt i32 %2, 1
br i1 %12, label %45, label %13
13: ; preds = %11
%14 = add nuw i32 %2, 1
%15 = zext i32 %14 to i64
br label %16
16: ; preds = %13, %41
%17 = phi i64 [ 1, %13 ], [ %43, %41 ]
%18 = phi i32 [ 0, %13 ], [ %42, %41 ]
%19 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %17
%20 = load i32, i32* %19
%21 = icmp sgt i32 %20, %8
br i1 %21, label %22, label %31
22: ; preds = %16
%23 = sub nsw i32 %20, %8
%24 = icmp sgt i32 %23, %7
br i1 %24, label %25, label %28
25: ; preds = %22
%26 = sub nsw i32 %23, %7
%27 = icmp sgt i32 %26, %3
br i1 %27, label %41, label %34
28: ; preds = %22
%29 = sub nsw i32 %7, %23
%30 = icmp sgt i32 %29, %4
br i1 %30, label %41, label %34
31: ; preds = %16
%32 = sub nsw i32 %8, %20
%33 = icmp sgt i32 %32, %5
br i1 %33, label %41, label %34
34: ; preds = %31, %28, %25
%35 = add nsw i32 %18, 1
%36 = sext i32 %35 to i64
%37 = getelementptr inbounds i32, i32* %9, i64 %36
store i32 %20, i32* %37
%38 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %17
%39 = load i8, i8* %38
%40 = getelementptr inbounds i8, i8* %10, i64 %36
store i8 %39, i8* %40
br label %41
41: ; preds = %34, %28, %25, %31
%42 = phi i32 [ %18, %25 ], [ %18, %28 ], [ %18, %31 ], [ %35, %34 ]
%43 = add nuw nsw i64 %17, 1
%44 = icmp eq i64 %43, %15
br i1 %44, label %45, label %16
45: ; preds = %41, %11
%46 = phi i32 [ 0, %11 ], [ %42, %41 ]
ret i32 %46
}