int get_alphabet_index_msa_query(char *c, char *alphabet, int a_size) {
  int a_index;
  int found_index;
  int i;
  for (a_index = 0; a_index < a_size; a_index++) {
    found_index = -1;
    for (i = 0; c[i] != '\0'; i++) {
      if (*alphabet == ';') {
        found_index = -1;
        break;
      } else if (c[i] == *alphabet) {
        found_index = 0;
      } else {
        found_index = -1;
        break;
      }
      alphabet++;
    }
    if (found_index == 0) {
      break;
    }
    while (*alphabet != ';') {
      alphabet++;
    }
    alphabet++;
  }
  if (a_index >= a_size) {
    return -1;
  }
  return a_index;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<get_alphabet_index_msa_query>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x10(%rbp)
mov    %rsi,-0x18(%rbp)
mov    %edx,-0x1c(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jge    1202 <get_alphabet_index_msa_query+0x102>
movl   $0xffffffff,-0x24(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x0,%eax
je     11b3 <get_alphabet_index_msa_query+0xb3>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0x3b,%eax
jne    1161 <get_alphabet_index_msa_query+0x61>
movl   $0xffffffff,-0x24(%rbp)
jmp    11b3 <get_alphabet_index_msa_query+0xb3>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
movsbl (%rcx),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jne    1188 <get_alphabet_index_msa_query+0x88>
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
jmp    1194 <get_alphabet_index_msa_query+0x94>
movl   $0xffffffff,-0x24(%rbp)
jmp    11b3 <get_alphabet_index_msa_query+0xb3>
jmp    1199 <get_alphabet_index_msa_query+0x99>
mov    -0x18(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x18(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    1130 <get_alphabet_index_msa_query+0x30>
cmpl   $0x0,-0x24(%rbp)
jne    11c2 <get_alphabet_index_msa_query+0xc2>
jmp    1202 <get_alphabet_index_msa_query+0x102>
jmp    11c7 <get_alphabet_index_msa_query+0xc7>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0x3b,%eax
je     11e8 <get_alphabet_index_msa_query+0xe8>
mov    -0x18(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x18(%rbp)
jmp    11c7 <get_alphabet_index_msa_query+0xc7>
mov    -0x18(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x18(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    1116 <get_alphabet_index_msa_query+0x16>
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jl     121a <get_alphabet_index_msa_query+0x11a>
movl   $0xffffffff,-0x4(%rbp)
jmp    1220 <get_alphabet_index_msa_query+0x120>
mov    -0x20(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x4(%rbp)
mov    -0x4(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<get_alphabet_index_msa_query>:
mov    $0xffffffff,%eax
test   %edx,%edx
jle    1152 <get_alphabet_index_msa_query+0x52>
mov    (%rdi),%r8b
add    $0x1,%rdi
xor    %r9d,%r9d
mov    %rdi,%r11
mov    %r8d,%r10d
test   %r8b,%r8b
je     1140 <get_alphabet_index_msa_query+0x40>
xchg   %ax,%ax
movzbl (%rsi),%ecx
cmp    $0x3b,%cl
je     1140 <get_alphabet_index_msa_query+0x40>
cmp    %cl,%r10b
jne    1140 <get_alphabet_index_msa_query+0x40>
add    $0x1,%rsi
movzbl (%r11),%r10d
add    $0x1,%r11
test   %r10b,%r10b
jne    1120 <get_alphabet_index_msa_query+0x20>
jmp    1153 <get_alphabet_index_msa_query+0x53>
cmpb   $0x3b,(%rsi)
lea    0x1(%rsi),%rsi
jne    1140 <get_alphabet_index_msa_query+0x40>
add    $0x1,%r9d
cmp    %edx,%r9d
jne    1113 <get_alphabet_index_msa_query+0x13>
ret
mov    %r9d,%eax
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @get_alphabet_index_msa_query(i8* %0, i8* %1, i32 %2) {
%4 = alloca i32
%5 = alloca i8*
%6 = alloca i8*
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
store i8* %0, i8** %5
store i8* %1, i8** %6
store i32 %2, i32* %7
store i32 0, i32* %8
br label %11
11: ; preds = %66, %3
%12 = load i32, i32* %8
%13 = load i32, i32* %7
%14 = icmp slt i32 %12, %13
br i1 %14, label %15, label %69
15: ; preds = %11
store i32 -1, i32* %9
store i32 0, i32* %10
br label %16
16: ; preds = %47, %15
%17 = load i8*, i8** %5
%18 = load i32, i32* %10
%19 = sext i32 %18 to i64
%20 = getelementptr inbounds i8, i8* %17, i64 %19
%21 = load i8, i8* %20
%22 = sext i8 %21 to i32
%23 = icmp ne i32 %22, 0
br i1 %23, label %24, label %50
24: ; preds = %16
%25 = load i8*, i8** %6
%26 = load i8, i8* %25
%27 = sext i8 %26 to i32
%28 = icmp eq i32 %27, 59
br i1 %28, label %29, label %30
29: ; preds = %24
store i32 -1, i32* %9
br label %50
30: ; preds = %24
%31 = load i8*, i8** %5
%32 = load i32, i32* %10
%33 = sext i32 %32 to i64
%34 = getelementptr inbounds i8, i8* %31, i64 %33
%35 = load i8, i8* %34
%36 = sext i8 %35 to i32
%37 = load i8*, i8** %6
%38 = load i8, i8* %37
%39 = sext i8 %38 to i32
%40 = icmp eq i32 %36, %39
br i1 %40, label %41, label %42
41: ; preds = %30
store i32 0, i32* %9
br label %43
42: ; preds = %30
store i32 -1, i32* %9
br label %50
43: ; preds = %41
br label %44
44: ; preds = %43
%45 = load i8*, i8** %6
%46 = getelementptr inbounds i8, i8* %45, i32 1
store i8* %46, i8** %6
br label %47
47: ; preds = %44
%48 = load i32, i32* %10
%49 = add nsw i32 %48, 1
store i32 %49, i32* %10
br label %16
50: ; preds = %42, %29, %16
%51 = load i32, i32* %9
%52 = icmp eq i32 %51, 0
br i1 %52, label %53, label %54
53: ; preds = %50
br label %69
54: ; preds = %50
br label %55
55: ; preds = %60, %54
%56 = load i8*, i8** %6
%57 = load i8, i8* %56
%58 = sext i8 %57 to i32
%59 = icmp ne i32 %58, 59
br i1 %59, label %60, label %63
60: ; preds = %55
%61 = load i8*, i8** %6
%62 = getelementptr inbounds i8, i8* %61, i32 1
store i8* %62, i8** %6
br label %55
63: ; preds = %55
%64 = load i8*, i8** %6
%65 = getelementptr inbounds i8, i8* %64, i32 1
store i8* %65, i8** %6
br label %66
66: ; preds = %63
%67 = load i32, i32* %8
%68 = add nsw i32 %67, 1
store i32 %68, i32* %8
br label %11
69: ; preds = %53, %11
%70 = load i32, i32* %8
%71 = load i32, i32* %7
%72 = icmp sge i32 %70, %71
br i1 %72, label %73, label %74
73: ; preds = %69
store i32 -1, i32* %4
br label %76
74: ; preds = %69
%75 = load i32, i32* %8
store i32 %75, i32* %4
br label %76
76: ; preds = %74, %73
%77 = load i32, i32* %4
ret i32 %77
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @get_alphabet_index_msa_query(i8* nocapture %0, i8* nocapture %1, i32 %2) {
%4 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %4, label %5, label %35
5: ; preds = %3
%6 = load i8, i8* %0
%7 = icmp eq i8 %6, 0
br label %8
8: ; preds = %5, %32
%9 = phi i32 [ 0, %5 ], [ %33, %32 ]
%10 = phi i8* [ %1, %5 ], [ %31, %32 ]
br i1 %7, label %11, label %13
11: ; preds = %13, %8
%12 = phi i8* [ %10, %8 ], [ %16, %13 ]
br label %27
13: ; preds = %8, %21
%14 = phi i64 [ %23, %21 ], [ 0, %8 ]
%15 = phi i8 [ %25, %21 ], [ %6, %8 ]
%16 = phi i8* [ %22, %21 ], [ %10, %8 ]
%17 = load i8, i8* %16
%18 = icmp ne i8 %17, 59
%19 = icmp eq i8 %15, %17
%20 = select i1 %18, i1 %19, i1 false
br i1 %20, label %21, label %11
21: ; preds = %13
%22 = getelementptr inbounds i8, i8* %16, i64 1
%23 = add nuw i64 %14, 1
%24 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %23
%25 = load i8, i8* %24
%26 = icmp eq i8 %25, 0
br i1 %26, label %35, label %13
27: ; preds = %11, %27
%28 = phi i8* [ %31, %27 ], [ %12, %11 ]
%29 = load i8, i8* %28
%30 = icmp eq i8 %29, 59
%31 = getelementptr inbounds i8, i8* %28, i64 1
br i1 %30, label %32, label %27
32: ; preds = %27
%33 = add nuw nsw i32 %9, 1
%34 = icmp eq i32 %33, %2
br i1 %34, label %35, label %8
35: ; preds = %32, %21, %3
%36 = phi i32 [ -1, %3 ], [ %9, %21 ], [ -1, %32 ]
ret i32 %36
}