#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */
typedef long long uint64_t;

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ setBit64(long long *, int);
int getSuffixLengthWithEncoding(int suffixStart, unsigned char *sequence,
                                int seqLen, uint64_t *bitArray) {
  int suffixLength = 0;
  int endOfLine = 0;
  int i;
  int currentLongID = 0;
  int currentBit = 0;
  bitArray[currentLongID] = 0LL;
  for (i = suffixStart; i < seqLen && !endOfLine; i++) {
    unsigned char currentChar = sequence[i];
    suffixLength++;
    switch (currentChar) {
    case 'A':
      break;
    case 'C':
      setBit64(&(bitArray[currentLongID]), currentBit + 1);
      break;
    case 'G':
      setBit64(&(bitArray[currentLongID]), currentBit);
      break;
    case 'T':
      setBit64(&(bitArray[currentLongID]), currentBit);
      setBit64(&(bitArray[currentLongID]), currentBit + 1);
      break;
    default:
      endOfLine = 1;
      break;
    }
    if (currentBit + 2 >= 64) {
      currentBit = 0;
      currentLongID++;
      bitArray[currentLongID] = 0LL;
    } else {
      currentBit += 2;
    }
  }
  return suffixLength;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<getSuffixLengthWithEncoding>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x40,%rsp
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movq   $0x0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x4(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%ecx
xor    %eax,%eax
cmp    -0x14(%rbp),%ecx
mov    %al,-0x36(%rbp)
jge    1175 <getSuffixLengthWithEncoding+0x65>
cmpl   $0x0,-0x28(%rbp)
setne  %al
xor    $0xff,%al
mov    %al,-0x36(%rbp)
mov    -0x36(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    1185 <getSuffixLengthWithEncoding+0x75>
jmp    1293 <getSuffixLengthWithEncoding+0x183>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%al
mov    %al,-0x35(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
movzbl -0x35(%rbp),%eax
add    $0xffffffbf,%eax
mov    %eax,%ecx
mov    %rcx,-0x40(%rbp)
sub    $0x13,%eax
ja     123c <getSuffixLengthWithEncoding+0x12c>
mov    -0x40(%rbp),%rax
lea    0xe43(%rip),%rcx
movslq (%rcx,%rax,4),%rax
add    %rcx,%rax
jmp    *%rax
jmp    1243 <getSuffixLengthWithEncoding+0x133>
mov    -0x20(%rbp),%rdi
movslq -0x30(%rbp),%rax
shl    $0x3,%rax
add    %rax,%rdi
mov    -0x34(%rbp),%esi
add    $0x1,%esi
call   1030 <setBit64@plt>
jmp    1243 <getSuffixLengthWithEncoding+0x133>
mov    -0x20(%rbp),%rdi
movslq -0x30(%rbp),%rax
shl    $0x3,%rax
add    %rax,%rdi
mov    -0x34(%rbp),%esi
call   1030 <setBit64@plt>
jmp    1243 <getSuffixLengthWithEncoding+0x133>
mov    -0x20(%rbp),%rdi
movslq -0x30(%rbp),%rax
shl    $0x3,%rax
add    %rax,%rdi
mov    -0x34(%rbp),%esi
call   1030 <setBit64@plt>
mov    -0x20(%rbp),%rdi
movslq -0x30(%rbp),%rax
shl    $0x3,%rax
add    %rax,%rdi
mov    -0x34(%rbp),%esi
add    $0x1,%esi
call   1030 <setBit64@plt>
jmp    1243 <getSuffixLengthWithEncoding+0x133>
movl   $0x1,-0x28(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x2,%eax
cmp    $0x40,%eax
jl     1277 <getSuffixLengthWithEncoding+0x167>
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movq   $0x0,(%rax,%rcx,8)
jmp    1280 <getSuffixLengthWithEncoding+0x170>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x2,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    1285 <getSuffixLengthWithEncoding+0x175>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    1158 <getSuffixLengthWithEncoding+0x48>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x40,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<getSuffixLengthWithEncoding>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x18,%rsp
movq   $0x0,(%rcx)
xor    %ebx,%ebx
cmp    %edx,%edi
jge    124d <getSuffixLengthWithEncoding+0x13d>
mov    %rcx,%rbp
mov    %rsi,%r13
movslq %edi,%rax
movslq %edx,%rcx
mov    %rcx,0x8(%rsp)
add    %rax,%r13
add    $0x1,%rax
mov    %rax,0x10(%rsp)
xor    %ebx,%ebx
xor    %r12d,%r12d
xor    %r14d,%r14d
mov    %r13,(%rsp)
jmp    1190 <getSuffixLengthWithEncoding+0x80>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
movslq %r14d,%rax
add    $0x1,%r14d
movq   $0x0,0x8(%rbp,%rax,8)
xor    %r12d,%r12d
mov    0x10(%rsp),%rax
add    %rbx,%rax
cmp    0x8(%rsp),%rax
setl   %al
add    $0x1,%rbx
test   %al,%r15b
je     124d <getSuffixLengthWithEncoding+0x13d>
movzbl 0x0(%r13,%rbx,1),%eax
add    $0xbf,%al
cmp    $0x13,%al
ja     11d0 <getSuffixLengthWithEncoding+0xc0>
mov    $0x1,%r15b
movzbl %al,%eax
lea    0xe57(%rip),%rcx
movslq (%rcx,%rax,4),%rax
add    %rcx,%rax
jmp    *%rax
movslq %r14d,%rax
lea    0x0(,%rax,8),%rdi
add    %rbp,%rdi
lea    0x1(%r12),%esi
jmp    1235 <getSuffixLengthWithEncoding+0x125>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
xor    %r15d,%r15d
cmp    $0x3e,%r12d
jl     1244 <getSuffixLengthWithEncoding+0x134>
jmp    1160 <getSuffixLengthWithEncoding+0x50>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
movslq %r14d,%rax
lea    0x0(,%rax,8),%rdi
add    %rbp,%rdi
mov    %r12d,%esi
call   1030 <setBit64@plt>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
cmp    $0x3e,%r12d
jl     1244 <getSuffixLengthWithEncoding+0x134>
jmp    1160 <getSuffixLengthWithEncoding+0x50>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
movslq %r14d,%rax
lea    0x0(,%rax,8),%r13
add    %rbp,%r13
mov    %r13,%rdi
mov    %r12d,%esi
call   1030 <setBit64@plt>
lea    0x1(%r12),%esi
mov    %r13,%rdi
mov    (%rsp),%r13
call   1030 <setBit64@plt>
cmp    $0x3e,%r12d
jge    1160 <getSuffixLengthWithEncoding+0x50>
add    $0x2,%r12d
jmp    1173 <getSuffixLengthWithEncoding+0x63>
mov    %ebx,%eax
add    $0x18,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @getSuffixLengthWithEncoding(i32 %0, i8* %1, i32 %2, i64* %3) {
%5 = alloca i32
%6 = alloca i8*
%7 = alloca i32
%8 = alloca i64*
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i8
store i32 %0, i32* %5
store i8* %1, i8** %6
store i32 %2, i32* %7
store i64* %3, i64** %8
store i32 0, i32* %9
store i32 0, i32* %10
store i32 0, i32* %12
store i32 0, i32* %13
%15 = load i64*, i64** %8
%16 = load i32, i32* %12
%17 = sext i32 %16 to i64
%18 = getelementptr inbounds i64, i64* %15, i64 %17
store i64 0, i64* %18
%19 = load i32, i32* %5
store i32 %19, i32* %11
br label %20
20: ; preds = %86, %4
%21 = load i32, i32* %11
%22 = load i32, i32* %7
%23 = icmp slt i32 %21, %22
br i1 %23, label %24, label %28
24: ; preds = %20
%25 = load i32, i32* %10
%26 = icmp ne i32 %25, 0
%27 = xor i1 %26, true
br label %28
28: ; preds = %24, %20
%29 = phi i1 [ false, %20 ], [ %27, %24 ]
br i1 %29, label %30, label %89
30: ; preds = %28
%31 = load i8*, i8** %6
%32 = load i32, i32* %11
%33 = sext i32 %32 to i64
%34 = getelementptr inbounds i8, i8* %31, i64 %33
%35 = load i8, i8* %34
store i8 %35, i8* %14
%36 = load i32, i32* %9
%37 = add nsw i32 %36, 1
store i32 %37, i32* %9
%38 = load i8, i8* %14
%39 = zext i8 %38 to i32
switch i32 %39, label %70 [
i32 65, label %40
i32 67, label %41
i32 71, label %49
i32 84, label %56
]
40: ; preds = %30
br label %71
41: ; preds = %30
%42 = load i64*, i64** %8
%43 = load i32, i32* %12
%44 = sext i32 %43 to i64
%45 = getelementptr inbounds i64, i64* %42, i64 %44
%46 = load i32, i32* %13
%47 = add nsw i32 %46, 1
%48 = call i32 @setBit64(i64* %45, i32 %47)
br label %71
49: ; preds = %30
%50 = load i64*, i64** %8
%51 = load i32, i32* %12
%52 = sext i32 %51 to i64
%53 = getelementptr inbounds i64, i64* %50, i64 %52
%54 = load i32, i32* %13
%55 = call i32 @setBit64(i64* %53, i32 %54)
br label %71
56: ; preds = %30
%57 = load i64*, i64** %8
%58 = load i32, i32* %12
%59 = sext i32 %58 to i64
%60 = getelementptr inbounds i64, i64* %57, i64 %59
%61 = load i32, i32* %13
%62 = call i32 @setBit64(i64* %60, i32 %61)
%63 = load i64*, i64** %8
%64 = load i32, i32* %12
%65 = sext i32 %64 to i64
%66 = getelementptr inbounds i64, i64* %63, i64 %65
%67 = load i32, i32* %13
%68 = add nsw i32 %67, 1
%69 = call i32 @setBit64(i64* %66, i32 %68)
br label %71
70: ; preds = %30
store i32 1, i32* %10
br label %71
71: ; preds = %70, %56, %49, %41, %40
%72 = load i32, i32* %13
%73 = add nsw i32 %72, 2
%74 = icmp sge i32 %73, 64
br i1 %74, label %75, label %82
75: ; preds = %71
store i32 0, i32* %13
%76 = load i32, i32* %12
%77 = add nsw i32 %76, 1
store i32 %77, i32* %12
%78 = load i64*, i64** %8
%79 = load i32, i32* %12
%80 = sext i32 %79 to i64
%81 = getelementptr inbounds i64, i64* %78, i64 %80
store i64 0, i64* %81
br label %85
82: ; preds = %71
%83 = load i32, i32* %13
%84 = add nsw i32 %83, 2
store i32 %84, i32* %13
br label %85
85: ; preds = %82, %75
br label %86
86: ; preds = %85
%87 = load i32, i32* %11
%88 = add nsw i32 %87, 1
store i32 %88, i32* %11
br label %20
89: ; preds = %28
%90 = load i32, i32* %9
ret i32 %90
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @getSuffixLengthWithEncoding(i32 %0, i8* nocapture %1, i32 %2, i64* %3) {
store i64 0, i64* %3
%5 = icmp slt i32 %0, %2
br i1 %5, label %6, label %48
6: ; preds = %4
%7 = sext i32 %0 to i64
%8 = sext i32 %2 to i64
br label %9
9: ; preds = %6, %42
%10 = phi i64 [ %7, %6 ], [ %45, %42 ]
%11 = phi i32 [ 0, %6 ], [ %16, %42 ]
%12 = phi i32 [ 0, %6 ], [ %44, %42 ]
%13 = phi i32 [ 0, %6 ], [ %43, %42 ]
%14 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %10
%15 = load i8, i8* %14
%16 = add nuw nsw i32 %11, 1
switch i8 %15, label %32 [
i8 65, label %33
i8 67, label %17
i8 71, label %22
i8 84, label %26
]
17: ; preds = %9
%18 = sext i32 %13 to i64
%19 = getelementptr inbounds i64, i64* %3, i64 %18
%20 = add nsw i32 %12, 1
%21 = tail call i32 @setBit64(i64* %19, i32 %20)
br label %33
22: ; preds = %9
%23 = sext i32 %13 to i64
%24 = getelementptr inbounds i64, i64* %3, i64 %23
%25 = tail call i32 @setBit64(i64* %24, i32 %12)
br label %33
26: ; preds = %9
%27 = sext i32 %13 to i64
%28 = getelementptr inbounds i64, i64* %3, i64 %27
%29 = tail call i32 @setBit64(i64* %28, i32 %12)
%30 = add nsw i32 %12, 1
%31 = tail call i32 @setBit64(i64* %28, i32 %30)
br label %33
32: ; preds = %9
br label %33
33: ; preds = %32, %26, %22, %17, %9
%34 = phi i1 [ false, %32 ], [ true, %26 ], [ true, %22 ], [ true, %17 ], [ true, %9 ]
%35 = icmp sgt i32 %12, 61
br i1 %35, label %36, label %40
36: ; preds = %33
%37 = add nsw i32 %13, 1
%38 = sext i32 %37 to i64
%39 = getelementptr inbounds i64, i64* %3, i64 %38
store i64 0, i64* %39
br label %42
40: ; preds = %33
%41 = add nsw i32 %12, 2
br label %42
42: ; preds = %40, %36
%43 = phi i32 [ %37, %36 ], [ %13, %40 ]
%44 = phi i32 [ 0, %36 ], [ %41, %40 ]
%45 = add nsw i64 %10, 1
%46 = icmp slt i64 %45, %8
%47 = and i1 %34, %46
br i1 %47, label %9, label %48
48: ; preds = %42, %4
%49 = phi i32 [ 0, %4 ], [ %16, %42 ]
ret i32 %49
}