#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ sscanf(char *, char *, int *);
int strlen(char *);
int get_changed_effectiveRxns_by_gens(char **rules, int numRxns, int *is_expr,
                                      int *changedRxn, int *iseffetiveRxns,
                                      int *stat_effective) {
  int i, j, n, k, r, stat, stata, geneid, ctrlBrackets;
  char opera;
  stat_effective[0] = 0;
  i = 0;
  r = 0;
  for (k = 0; k < numRxns; k++) {
    n = strlen(rules[k]);
    if (n > 16) {
      stat = 1;
      opera = '&';
      for (j = 15; j < n; j++) {
        if (rules[k][j] == '(') {
          ctrlBrackets = 1;
          sscanf(rules[k] + j + 1, "%d", &geneid);
          stata = is_expr[geneid - 1];
          continue;
        }
        if (rules[k][j] == '&' && ctrlBrackets == 1) {
          sscanf(rules[k] + j + 2, "%d", &geneid);
          stata = (stata > is_expr[geneid - 1] ? is_expr[geneid - 1] : stata);
          continue;
        }
        if (rules[k][j] == '|' && ctrlBrackets == 1) {
          sscanf(rules[k] + j + 2, "%d", &geneid);
          stata = (stata > is_expr[geneid - 1] ? stata : is_expr[geneid - 1]);
          continue;
        }
        if (rules[k][j] == '|' && ctrlBrackets == 1) {
          sscanf(rules[k] + j + 2, "%d", &geneid);
          stata = (stata > is_expr[geneid - 1] ? stata : is_expr[geneid - 1]);
          continue;
        }
        if (rules[k][j] == ')') {
          if (opera == '&')
            stat = (stat > stata ? stata : stat);
          if (opera == '|')
            stat = (stat > stata ? stat : stata);
          ctrlBrackets = 0;
          continue;
        }
        if (rules[k][j] == '|' && ctrlBrackets == 0)
          opera = '|';
        if (rules[k][j] == '&' && ctrlBrackets == 0)
          opera = '&';
      }
      if (stat == 0) {
        changedRxn[r] = i;
        if (iseffetiveRxns[i] == 1) {
          stat_effective[0] = stat_effective[0] + 1;
        }
        r = r + 1;
      }
    }
    i = i + 1;
  }
  return r;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<get_changed_effectiveRxns_by_gens>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x70,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8,-0x28(%rbp)
mov    %r9,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%rax
movl   $0x0,(%rax)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
movl   $0x0,-0x44(%rbp)
movl   $0x0,-0x40(%rbp)
mov    -0x40(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    1509 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x3e9>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
cmpl   $0x10,-0x3c(%rbp)
jle    14f2 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x3d2>
movl   $0x1,-0x48(%rbp)
movb   $0x26,-0x55(%rbp)
movl   $0xf,-0x38(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%eax
cmp    -0x3c(%rbp),%eax
jge    14ab <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x38b>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x28,%eax
jne    1209 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0xe9>
movl   $0x1,-0x54(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
movslq -0x38(%rbp),%rax
add    %rax,%rdi
add    $0x1,%rdi
lea    0xe18(%rip),%rsi
lea    -0x50(%rbp),%rdx
call   1040 <sscanf@plt>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x50(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x4c(%rbp)
jmp    149d <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x37d>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x26,%eax
jne    1299 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x179>
cmpl   $0x1,-0x54(%rbp)
jne    1299 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x179>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
movslq -0x38(%rbp),%rax
add    %rax,%rdi
add    $0x2,%rdi
lea    0xdb2(%rip),%rsi
lea    -0x50(%rbp),%rdx
call   1040 <sscanf@plt>
mov    -0x4c(%rbp),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
mov    -0x50(%rbp),%edx
sub    $0x1,%edx
movslq %edx,%rdx
cmp    (%rcx,%rdx,4),%eax
jle    1288 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x168>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x50(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x5c(%rbp)
jmp    128e <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x16e>
mov    -0x4c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x5c(%rbp)
mov    -0x5c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x4c(%rbp)
jmp    149d <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x37d>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x7c,%eax
jne    1329 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x209>
cmpl   $0x1,-0x54(%rbp)
jne    1329 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x209>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
movslq -0x38(%rbp),%rax
add    %rax,%rdi
add    $0x2,%rdi
lea    0xd22(%rip),%rsi
lea    -0x50(%rbp),%rdx
call   1040 <sscanf@plt>
mov    -0x4c(%rbp),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
mov    -0x50(%rbp),%edx
sub    $0x1,%edx
movslq %edx,%rdx
cmp    (%rcx,%rdx,4),%eax
jle    130b <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x1eb>
mov    -0x4c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x60(%rbp)
jmp    131e <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x1fe>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x50(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x60(%rbp)
mov    -0x60(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x4c(%rbp)
jmp    149d <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x37d>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x7c,%eax
jne    13b9 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x299>
cmpl   $0x1,-0x54(%rbp)
jne    13b9 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x299>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
movslq -0x38(%rbp),%rax
add    %rax,%rdi
add    $0x2,%rdi
lea    0xc92(%rip),%rsi
lea    -0x50(%rbp),%rdx
call   1040 <sscanf@plt>
mov    -0x4c(%rbp),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
mov    -0x50(%rbp),%edx
sub    $0x1,%edx
movslq %edx,%rdx
cmp    (%rcx,%rdx,4),%eax
jle    139b <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x27b>
mov    -0x4c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x64(%rbp)
jmp    13ae <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x28e>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x50(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x64(%rbp)
mov    -0x64(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x4c(%rbp)
jmp    149d <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x37d>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x29,%eax
jne    1442 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x322>
movsbl -0x55(%rbp),%eax
cmp    $0x26,%eax
jne    1406 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x2e6>
mov    -0x48(%rbp),%eax
cmp    -0x4c(%rbp),%eax
jle    13fa <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x2da>
mov    -0x4c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x68(%rbp)
jmp    1400 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x2e0>
mov    -0x48(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x68(%rbp)
mov    -0x68(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x48(%rbp)
movsbl -0x55(%rbp),%eax
cmp    $0x7c,%eax
jne    1436 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x316>
mov    -0x48(%rbp),%eax
cmp    -0x4c(%rbp),%eax
jle    142a <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x30a>
mov    -0x48(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x6c(%rbp)
jmp    1430 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x310>
mov    -0x4c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x6c(%rbp)
mov    -0x6c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x48(%rbp)
movl   $0x0,-0x54(%rbp)
jmp    149d <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x37d>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x7c,%eax
jne    146d <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x34d>
cmpl   $0x0,-0x54(%rbp)
jne    146d <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x34d>
movb   $0x7c,-0x55(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x26,%eax
jne    1498 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x378>
cmpl   $0x0,-0x54(%rbp)
jne    1498 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x378>
movb   $0x26,-0x55(%rbp)
jmp    149d <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x37d>
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
jmp    119a <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x7a>
cmpl   $0x0,-0x48(%rbp)
jne    14ed <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x3cd>
mov    -0x34(%rbp),%edx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x44(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
cmpl   $0x1,(%rax,%rcx,4)
jne    14e4 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x3c4>
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    (%rax),%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    %ecx,(%rax)
mov    -0x44(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x44(%rbp)
jmp    14f2 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x3d2>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
mov    -0x40(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x40(%rbp)
jmp    115e <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x3e>
mov    -0x44(%rbp),%eax
add    $0x70,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<get_changed_effectiveRxns_by_gens>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x38,%rsp
mov    %r8,0x28(%rsp)
mov    %rcx,0x20(%rsp)
mov    %rdx,0x10(%rsp)
mov    %r9,0x18(%rsp)
movl   $0x0,(%r9)
test   %esi,%esi
jle    1334 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x214>
mov    %rdi,%rbx
mov    %esi,%r14d
xor    %r15d,%r15d
xor    %r13d,%r13d
mov    %r14,0x30(%rsp)
jmp    117d <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x5d>
add    $0x1,%r13d
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%r15
cmp    %r14,%r15
je     1337 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x217>
mov    (%rbx,%r15,8),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
cmp    $0x11,%eax
jl     1170 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x50>
mov    %r13d,0xc(%rsp)
mov    %eax,%eax
mov    $0xf,%r14d
sub    %rax,%r14
movl   $0x1,0x4(%rsp)
mov    $0x26,%al
mov    %eax,0x8(%rsp)
mov    $0x11,%r13d
jmp    11ff <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0xdf>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
add    %r13,%rdi
add    $0xffffffffffffffff,%rdi
lea    0xe32(%rip),%rsi
mov    %rsp,%rdx
call   1040 <sscanf@plt>
movslq (%rsp),%rax
mov    0x10(%rsp),%rcx
mov    -0x4(%rcx,%rax,4),%r12d
mov    $0x1,%ebp
lea    (%r14,%r13,1),%rax
add    $0x1,%rax
add    $0x1,%r13
cmp    $0x11,%rax
je     12f0 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x1d0>
mov    (%rbx,%r15,8),%rdi
movzbl -0x2(%rdi,%r13,1),%eax
cmp    $0x28,%al
je     11c0 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0xa0>
cmp    $0x26,%al
jne    1240 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x120>
cmp    $0x1,%ebp
jne    1240 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x120>
add    %r13,%rdi
lea    0xde0(%rip),%rsi
mov    %rsp,%rdx
call   1040 <sscanf@plt>
movslq (%rsp),%rax
mov    0x10(%rsp),%rcx
mov    -0x4(%rcx,%rax,4),%eax
cmp    %eax,%r12d
cmovg  %eax,%r12d
jmp    11e4 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0xc4>
xchg   %ax,%ax
cmp    $0x7c,%al
jne    1274 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x154>
cmp    $0x1,%ebp
jne    1274 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x154>
add    %r13,%rdi
lea    0xdad(%rip),%rsi
mov    %rsp,%rdx
call   1040 <sscanf@plt>
movslq (%rsp),%rax
mov    0x10(%rsp),%rcx
mov    -0x4(%rcx,%rax,4),%eax
cmp    %eax,%r12d
cmovle %eax,%r12d
jmp    11e4 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0xc4>
cmp    $0x29,%al
jne    12a9 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x189>
mov    0x4(%rsp),%ecx
cmp    %r12d,%ecx
mov    %ecx,%eax
cmovg  %r12d,%eax
mov    0x8(%rsp),%edx
cmp    $0x26,%dl
cmovne %ecx,%eax
cmp    %r12d,%eax
mov    %r12d,%ecx
cmovg  %eax,%ecx
cmp    $0x7c,%dl
cmovne %eax,%ecx
mov    %ecx,0x4(%rsp)
xor    %ebp,%ebp
jmp    11e9 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0xc9>
cmp    $0x26,%al
sete   %r8b
test   %ebp,%ebp
sete   %dl
movzbl 0x8(%rsp),%esi
mov    %esi,%ecx
mov    $0x7c,%edi
cmove  %edi,%ecx
cmp    $0x7c,%al
cmovne %esi,%ecx
test   %dl,%r8b
mov    $0x0,%eax
cmovne %eax,%ebp
mov    $0x26,%eax
cmovne %eax,%ecx
mov    %ecx,0x8(%rsp)
jmp    11e9 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0xc9>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
cmpl   $0x0,0x4(%rsp)
mov    0x30(%rsp),%r14
je     1306 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x1e6>
mov    0xc(%rsp),%r13d
jmp    1170 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x50>
mov    0xc(%rsp),%r13d
movslq %r13d,%rax
mov    0x20(%rsp),%rcx
mov    %r15d,(%rcx,%rax,4)
mov    0x28(%rsp),%rax
cmpl   $0x1,(%rax,%r15,4)
jne    1164 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x44>
mov    0x18(%rsp),%rax
addl   $0x1,(%rax)
jmp    1164 <get_changed_effectiveRxns_by_gens+0x44>
xor    %r13d,%r13d
mov    %r13d,%eax
add    $0x38,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
@.str = [3 x i8] c"%d\00"
define i32 @get_changed_effectiveRxns_by_gens(i8** %0, i32 %1, i32* %2, i32* %3, i32* %4, i32* %5) {
%7 = alloca i8**
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32*
%10 = alloca i32*
%11 = alloca i32*
%12 = alloca i32*
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
%15 = alloca i32
%16 = alloca i32
%17 = alloca i32
%18 = alloca i32
%19 = alloca i32
%20 = alloca i32
%21 = alloca i32
%22 = alloca i8
store i8** %0, i8*** %7
store i32 %1, i32* %8
store i32* %2, i32** %9
store i32* %3, i32** %10
store i32* %4, i32** %11
store i32* %5, i32** %12
%23 = load i32*, i32** %12
%24 = getelementptr inbounds i32, i32* %23, i64 0
store i32 0, i32* %24
store i32 0, i32* %13
store i32 0, i32* %17
store i32 0, i32* %16
br label %25
25: ; preds = %313, %6
%26 = load i32, i32* %16
%27 = load i32, i32* %8
%28 = icmp slt i32 %26, %27
br i1 %28, label %29, label %316
29: ; preds = %25
%30 = load i8**, i8*** %7
%31 = load i32, i32* %16
%32 = sext i32 %31 to i64
%33 = getelementptr inbounds i8*, i8** %30, i64 %32
%34 = load i8*, i8** %33
%35 = call i32 @strlen(i8* %34)
store i32 %35, i32* %15
%36 = load i32, i32* %15
%37 = icmp sgt i32 %36, 16
br i1 %37, label %38, label %310
38: ; preds = %29
store i32 1, i32* %18
store i8 38, i8* %22
store i32 15, i32* %14
br label %39
39: ; preds = %281, %38
%40 = load i32, i32* %14
%41 = load i32, i32* %15
%42 = icmp slt i32 %40, %41
br i1 %42, label %43, label %284
43: ; preds = %39
%44 = load i8**, i8*** %7
%45 = load i32, i32* %16
%46 = sext i32 %45 to i64
%47 = getelementptr inbounds i8*, i8** %44, i64 %46
%48 = load i8*, i8** %47
%49 = load i32, i32* %14
%50 = sext i32 %49 to i64
%51 = getelementptr inbounds i8, i8* %48, i64 %50
%52 = load i8, i8* %51
%53 = sext i8 %52 to i32
%54 = icmp eq i32 %53, 40
br i1 %54, label %55, label %72
55: ; preds = %43
store i32 1, i32* %21
%56 = load i8**, i8*** %7
%57 = load i32, i32* %16
%58 = sext i32 %57 to i64
%59 = getelementptr inbounds i8*, i8** %56, i64 %58
%60 = load i8*, i8** %59
%61 = load i32, i32* %14
%62 = sext i32 %61 to i64
%63 = getelementptr inbounds i8, i8* %60, i64 %62
%64 = getelementptr inbounds i8, i8* %63, i64 1
%65 = call i32 @sscanf(i8* %64, i8* getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32* %20)
%66 = load i32*, i32** %9
%67 = load i32, i32* %20
%68 = sub nsw i32 %67, 1
%69 = sext i32 %68 to i64
%70 = getelementptr inbounds i32, i32* %66, i64 %69
%71 = load i32, i32* %70
store i32 %71, i32* %19
br label %281
72: ; preds = %43
%73 = load i8**, i8*** %7
%74 = load i32, i32* %16
%75 = sext i32 %74 to i64
%76 = getelementptr inbounds i8*, i8** %73, i64 %75
%77 = load i8*, i8** %76
%78 = load i32, i32* %14
%79 = sext i32 %78 to i64
%80 = getelementptr inbounds i8, i8* %77, i64 %79
%81 = load i8, i8* %80
%82 = sext i8 %81 to i32
%83 = icmp eq i32 %82, 38
br i1 %83, label %84, label %117
84: ; preds = %72
%85 = load i32, i32* %21
%86 = icmp eq i32 %85, 1
br i1 %86, label %87, label %117
87: ; preds = %84
%88 = load i8**, i8*** %7
%89 = load i32, i32* %16
%90 = sext i32 %89 to i64
%91 = getelementptr inbounds i8*, i8** %88, i64 %90
%92 = load i8*, i8** %91
%93 = load i32, i32* %14
%94 = sext i32 %93 to i64
%95 = getelementptr inbounds i8, i8* %92, i64 %94
%96 = getelementptr inbounds i8, i8* %95, i64 2
%97 = call i32 @sscanf(i8* %96, i8* getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32* %20)
%98 = load i32, i32* %19
%99 = load i32*, i32** %9
%100 = load i32, i32* %20
%101 = sub nsw i32 %100, 1
%102 = sext i32 %101 to i64
%103 = getelementptr inbounds i32, i32* %99, i64 %102
%104 = load i32, i32* %103
%105 = icmp sgt i32 %98, %104
br i1 %105, label %106, label %113
106: ; preds = %87
%107 = load i32*, i32** %9
%108 = load i32, i32* %20
%109 = sub nsw i32 %108, 1
%110 = sext i32 %109 to i64
%111 = getelementptr inbounds i32, i32* %107, i64 %110
%112 = load i32, i32* %111
br label %115
113: ; preds = %87
%114 = load i32, i32* %19
br label %115
115: ; preds = %113, %106
%116 = phi i32 [ %112, %106 ], [ %114, %113 ]
store i32 %116, i32* %19
br label %281
117: ; preds = %84, %72
%118 = load i8**, i8*** %7
%119 = load i32, i32* %16
%120 = sext i32 %119 to i64
%121 = getelementptr inbounds i8*, i8** %118, i64 %120
%122 = load i8*, i8** %121
%123 = load i32, i32* %14
%124 = sext i32 %123 to i64
%125 = getelementptr inbounds i8, i8* %122, i64 %124
%126 = load i8, i8* %125
%127 = sext i8 %126 to i32
%128 = icmp eq i32 %127, 124
br i1 %128, label %129, label %162
129: ; preds = %117
%130 = load i32, i32* %21
%131 = icmp eq i32 %130, 1
br i1 %131, label %132, label %162
132: ; preds = %129
%133 = load i8**, i8*** %7
%134 = load i32, i32* %16
%135 = sext i32 %134 to i64
%136 = getelementptr inbounds i8*, i8** %133, i64 %135
%137 = load i8*, i8** %136
%138 = load i32, i32* %14
%139 = sext i32 %138 to i64
%140 = getelementptr inbounds i8, i8* %137, i64 %139
%141 = getelementptr inbounds i8, i8* %140, i64 2
%142 = call i32 @sscanf(i8* %141, i8* getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32* %20)
%143 = load i32, i32* %19
%144 = load i32*, i32** %9
%145 = load i32, i32* %20
%146 = sub nsw i32 %145, 1
%147 = sext i32 %146 to i64
%148 = getelementptr inbounds i32, i32* %144, i64 %147
%149 = load i32, i32* %148
%150 = icmp sgt i32 %143, %149
br i1 %150, label %151, label %153
151: ; preds = %132
%152 = load i32, i32* %19
br label %160
153: ; preds = %132
%154 = load i32*, i32** %9
%155 = load i32, i32* %20
%156 = sub nsw i32 %155, 1
%157 = sext i32 %156 to i64
%158 = getelementptr inbounds i32, i32* %154, i64 %157
%159 = load i32, i32* %158
br label %160
160: ; preds = %153, %151
%161 = phi i32 [ %152, %151 ], [ %159, %153 ]
store i32 %161, i32* %19
br label %281
162: ; preds = %129, %117
%163 = load i8**, i8*** %7
%164 = load i32, i32* %16
%165 = sext i32 %164 to i64
%166 = getelementptr inbounds i8*, i8** %163, i64 %165
%167 = load i8*, i8** %166
%168 = load i32, i32* %14
%169 = sext i32 %168 to i64
%170 = getelementptr inbounds i8, i8* %167, i64 %169
%171 = load i8, i8* %170
%172 = sext i8 %171 to i32
%173 = icmp eq i32 %172, 124
br i1 %173, label %174, label %207
174: ; preds = %162
%175 = load i32, i32* %21
%176 = icmp eq i32 %175, 1
br i1 %176, label %177, label %207
177: ; preds = %174
%178 = load i8**, i8*** %7
%179 = load i32, i32* %16
%180 = sext i32 %179 to i64
%181 = getelementptr inbounds i8*, i8** %178, i64 %180
%182 = load i8*, i8** %181
%183 = load i32, i32* %14
%184 = sext i32 %183 to i64
%185 = getelementptr inbounds i8, i8* %182, i64 %184
%186 = getelementptr inbounds i8, i8* %185, i64 2
%187 = call i32 @sscanf(i8* %186, i8* getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32* %20)
%188 = load i32, i32* %19
%189 = load i32*, i32** %9
%190 = load i32, i32* %20
%191 = sub nsw i32 %190, 1
%192 = sext i32 %191 to i64
%193 = getelementptr inbounds i32, i32* %189, i64 %192
%194 = load i32, i32* %193
%195 = icmp sgt i32 %188, %194
br i1 %195, label %196, label %198
196: ; preds = %177
%197 = load i32, i32* %19
br label %205
198: ; preds = %177
%199 = load i32*, i32** %9
%200 = load i32, i32* %20
%201 = sub nsw i32 %200, 1
%202 = sext i32 %201 to i64
%203 = getelementptr inbounds i32, i32* %199, i64 %202
%204 = load i32, i32* %203
br label %205
205: ; preds = %198, %196
%206 = phi i32 [ %197, %196 ], [ %204, %198 ]
store i32 %206, i32* %19
br label %281
207: ; preds = %174, %162
%208 = load i8**, i8*** %7
%209 = load i32, i32* %16
%210 = sext i32 %209 to i64
%211 = getelementptr inbounds i8*, i8** %208, i64 %210
%212 = load i8*, i8** %211
%213 = load i32, i32* %14
%214 = sext i32 %213 to i64
%215 = getelementptr inbounds i8, i8* %212, i64 %214
%216 = load i8, i8* %215
%217 = sext i8 %216 to i32
%218 = icmp eq i32 %217, 41
br i1 %218, label %219, label %248
219: ; preds = %207
%220 = load i8, i8* %22
%221 = sext i8 %220 to i32
%222 = icmp eq i32 %221, 38
br i1 %222, label %223, label %233
223: ; preds = %219
%224 = load i32, i32* %18
%225 = load i32, i32* %19
%226 = icmp sgt i32 %224, %225
br i1 %226, label %227, label %229
227: ; preds = %223
%228 = load i32, i32* %19
br label %231
229: ; preds = %223
%230 = load i32, i32* %18
br label %231
231: ; preds = %229, %227
%232 = phi i32 [ %228, %227 ], [ %230, %229 ]
store i32 %232, i32* %18
br label %233
233: ; preds = %231, %219
%234 = load i8, i8* %22
%235 = sext i8 %234 to i32
%236 = icmp eq i32 %235, 124
br i1 %236, label %237, label %247
237: ; preds = %233
%238 = load i32, i32* %18
%239 = load i32, i32* %19
%240 = icmp sgt i32 %238, %239
br i1 %240, label %241, label %243
241: ; preds = %237
%242 = load i32, i32* %18
br label %245
243: ; preds = %237
%244 = load i32, i32* %19
br label %245
245: ; preds = %243, %241
%246 = phi i32 [ %242, %241 ], [ %244, %243 ]
store i32 %246, i32* %18
br label %247
247: ; preds = %245, %233
store i32 0, i32* %21
br label %281
248: ; preds = %207
%249 = load i8**, i8*** %7
%250 = load i32, i32* %16
%251 = sext i32 %250 to i64
%252 = getelementptr inbounds i8*, i8** %249, i64 %251
%253 = load i8*, i8** %252
%254 = load i32, i32* %14
%255 = sext i32 %254 to i64
%256 = getelementptr inbounds i8, i8* %253, i64 %255
%257 = load i8, i8* %256
%258 = sext i8 %257 to i32
%259 = icmp eq i32 %258, 124
br i1 %259, label %260, label %264
260: ; preds = %248
%261 = load i32, i32* %21
%262 = icmp eq i32 %261, 0
br i1 %262, label %263, label %264
263: ; preds = %260
store i8 124, i8* %22
br label %264
264: ; preds = %263, %260, %248
%265 = load i8**, i8*** %7
%266 = load i32, i32* %16
%267 = sext i32 %266 to i64
%268 = getelementptr inbounds i8*, i8** %265, i64 %267
%269 = load i8*, i8** %268
%270 = load i32, i32* %14
%271 = sext i32 %270 to i64
%272 = getelementptr inbounds i8, i8* %269, i64 %271
%273 = load i8, i8* %272
%274 = sext i8 %273 to i32
%275 = icmp eq i32 %274, 38
br i1 %275, label %276, label %280
276: ; preds = %264
%277 = load i32, i32* %21
%278 = icmp eq i32 %277, 0
br i1 %278, label %279, label %280
279: ; preds = %276
store i8 38, i8* %22
br label %280
280: ; preds = %279, %276, %264
br label %281
281: ; preds = %280, %247, %205, %160, %115, %55
%282 = load i32, i32* %14
%283 = add nsw i32 %282, 1
store i32 %283, i32* %14
br label %39
284: ; preds = %39
%285 = load i32, i32* %18
%286 = icmp eq i32 %285, 0
br i1 %286, label %287, label %309
287: ; preds = %284
%288 = load i32, i32* %13
%289 = load i32*, i32** %10
%290 = load i32, i32* %17
%291 = sext i32 %290 to i64
%292 = getelementptr inbounds i32, i32* %289, i64 %291
store i32 %288, i32* %292
%293 = load i32*, i32** %11
%294 = load i32, i32* %13
%295 = sext i32 %294 to i64
%296 = getelementptr inbounds i32, i32* %293, i64 %295
%297 = load i32, i32* %296
%298 = icmp eq i32 %297, 1
br i1 %298, label %299, label %306
299: ; preds = %287
%300 = load i32*, i32** %12
%301 = getelementptr inbounds i32, i32* %300, i64 0
%302 = load i32, i32* %301
%303 = add nsw i32 %302, 1
%304 = load i32*, i32** %12
%305 = getelementptr inbounds i32, i32* %304, i64 0
store i32 %303, i32* %305
br label %306
306: ; preds = %299, %287
%307 = load i32, i32* %17
%308 = add nsw i32 %307, 1
store i32 %308, i32* %17
br label %309
309: ; preds = %306, %284
br label %310
310: ; preds = %309, %29
%311 = load i32, i32* %13
%312 = add nsw i32 %311, 1
store i32 %312, i32* %13
br label %313
313: ; preds = %310
%314 = load i32, i32* %16
%315 = add nsw i32 %314, 1
store i32 %315, i32* %16
br label %25
316: ; preds = %25
%317 = load i32, i32* %17
ret i32 %317
}

LLVM IR (-O2):
@.str = [3 x i8] c"%d\00"
define i32 @get_changed_effectiveRxns_by_gens(i8** nocapture %0, i32 %1, i32* nocapture %2, i32* nocapture writeonly %3, i32* nocapture %4, i32* nocapture %5) {
%7 = alloca i32
%8 = bitcast i32* %7 to i8*
store i32 0, i32* %5
%9 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %9, label %10, label %113
10: ; preds = %6
%11 = zext i32 %1 to i64
br label %12
12: ; preds = %10, %107
%13 = phi i64 [ 0, %10 ], [ %111, %107 ]
%14 = phi i32 [ undef, %10 ], [ %110, %107 ]
%15 = phi i32 [ undef, %10 ], [ %109, %107 ]
%16 = phi i32 [ 0, %10 ], [ %108, %107 ]
%17 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %13
%18 = load i8*, i8** %17
%19 = call i32 @strlen(i8* %18)
%20 = icmp sgt i32 %19, 16
br i1 %20, label %21, label %107
21: ; preds = %12
%22 = zext i32 %19 to i64
br label %23
23: ; preds = %21, %86
%24 = phi i64 [ 15, %21 ], [ %91, %86 ]
%25 = phi i8 [ 38, %21 ], [ %90, %86 ]
%26 = phi i32 [ %14, %21 ], [ %89, %86 ]
%27 = phi i32 [ %15, %21 ], [ %88, %86 ]
%28 = phi i32 [ 1, %21 ], [ %87, %86 ]
%29 = load i8*, i8** %17
%30 = getelementptr inbounds i8, i8* %29, i64 %24
%31 = load i8, i8* %30
%32 = icmp eq i8 %31, 40
br i1 %32, label %33, label %41
33: ; preds = %23
%34 = getelementptr inbounds i8, i8* %30, i64 1
%35 = call i32 @sscanf(i8* %34, i8* getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32* %7)
%36 = load i32, i32* %7
%37 = add nsw i32 %36, -1
%38 = sext i32 %37 to i64
%39 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 %38
%40 = load i32, i32* %39
br label %86
41: ; preds = %23
%42 = icmp eq i8 %31, 38
%43 = icmp eq i32 %26, 1
%44 = select i1 %42, i1 %43, i1 false
br i1 %44, label %45, label %55
45: ; preds = %41
%46 = getelementptr inbounds i8, i8* %30, i64 2
%47 = call i32 @sscanf(i8* %46, i8* getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32* %7)
%48 = load i32, i32* %7
%49 = add nsw i32 %48, -1
%50 = sext i32 %49 to i64
%51 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 %50
%52 = load i32, i32* %51
%53 = icmp sgt i32 %27, %52
%54 = select i1 %53, i32 %52, i32 %27
br label %86
55: ; preds = %41
%56 = icmp eq i8 %31, 124
%57 = select i1 %56, i1 %43, i1 false
br i1 %57, label %58, label %68
58: ; preds = %55
%59 = getelementptr inbounds i8, i8* %30, i64 2
%60 = call i32 @sscanf(i8* %59, i8* getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32* %7)
%61 = load i32, i32* %7
%62 = add nsw i32 %61, -1
%63 = sext i32 %62 to i64
%64 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 %63
%65 = load i32, i32* %64
%66 = icmp sgt i32 %27, %65
%67 = select i1 %66, i32 %27, i32 %65
br label %86
68: ; preds = %55
%69 = icmp eq i8 %31, 41
br i1 %69, label %70, label %79
70: ; preds = %68
%71 = icmp eq i8 %25, 38
%72 = icmp sgt i32 %28, %27
%73 = select i1 %71, i1 %72, i1 false
%74 = select i1 %73, i32 %27, i32 %28
%75 = icmp eq i8 %25, 124
%76 = icmp sgt i32 %74, %27
%77 = select i1 %76, i32 %74, i32 %27
%78 = select i1 %75, i32 %77, i32 %74
br label %86
79: ; preds = %68
%80 = icmp eq i32 %26, 0
%81 = select i1 %56, i1 %80, i1 false
%82 = select i1 %81, i8 124, i8 %25
%83 = select i1 %42, i1 %80, i1 false
%84 = select i1 %83, i32 0, i32 %26
%85 = select i1 %83, i8 38, i8 %82
br label %86
86: ; preds = %79, %70, %58, %45, %33
%87 = phi i32 [ %28, %33 ], [ %28, %45 ], [ %28, %58 ], [ %78, %70 ], [ %28, %79 ]
%88 = phi i32 [ %40, %33 ], [ %54, %45 ], [ %67, %58 ], [ %27, %70 ], [ %27, %79 ]
%89 = phi i32 [ 1, %33 ], [ 1, %45 ], [ 1, %58 ], [ 0, %70 ], [ %84, %79 ]
%90 = phi i8 [ %25, %33 ], [ %25, %45 ], [ %25, %58 ], [ %25, %70 ], [ %85, %79 ]
%91 = add nuw nsw i64 %24, 1
%92 = icmp eq i64 %91, %22
br i1 %92, label %93, label %23
93: ; preds = %86
%94 = icmp eq i32 %87, 0
br i1 %94, label %95, label %107
95: ; preds = %93
%96 = sext i32 %16 to i64
%97 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %96
%98 = trunc i64 %13 to i32
store i32 %98, i32* %97
%99 = getelementptr inbounds i32, i32* %4, i64 %13
%100 = load i32, i32* %99
%101 = icmp eq i32 %100, 1
br i1 %101, label %102, label %105
102: ; preds = %95
%103 = load i32, i32* %5
%104 = add nsw i32 %103, 1
store i32 %104, i32* %5
br label %105
105: ; preds = %102, %95
%106 = add nsw i32 %16, 1
br label %107
107: ; preds = %93, %105, %12
%108 = phi i32 [ %106, %105 ], [ %16, %93 ], [ %16, %12 ]
%109 = phi i32 [ %88, %105 ], [ %88, %93 ], [ %15, %12 ]
%110 = phi i32 [ %89, %105 ], [ %89, %93 ], [ %14, %12 ]
%111 = add nuw nsw i64 %13, 1
%112 = icmp eq i64 %111, %11
br i1 %112, label %113, label %12
113: ; preds = %107, %6
%114 = phi i32 [ 0, %6 ], [ %108, %107 ]
ret i32 %114
}