#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ resample_shuffle(int *, int, int, long *);
void permut_genetic_distances_among_2pop_alleles(int m, int *Nallelel,
                                                 float ***Ppla, int pop1,
                                                 int pop2, float ***Mgdlaa,
                                                 float ***Mgdlaamix,
                                                 long *seed) {
  int a, a1, a2, l, twopopa, twopopa1, twopopa2, loca[999];
  for (l = 1; l <= m; l++) {
    twopopa = 0;
    for (a = 1; a <= Nallelel[l]; a++)
      if (Ppla[pop1][l][a] || Ppla[pop2][l][a]) {
        twopopa++;
        loca[twopopa] = a;
      }
    resample_shuffle(loca, 1, twopopa, seed);
    twopopa1 = 0;
    for (a1 = 1; a1 <= Nallelel[l]; a1++)
      if (Ppla[pop1][l][a1] || Ppla[pop2][l][a1]) {
        twopopa1++;
        twopopa2 = 0;
        for (a2 = 1; a2 <= Nallelel[l]; a2++)
          if (Ppla[pop1][l][a2] || Ppla[pop2][l][a2]) {
            twopopa2++;
            Mgdlaamix[l][a1][a2] = Mgdlaa[l][loca[twopopa1]][loca[twopopa2]];
          }
      }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<permut_genetic_distances_among_2pop_alleles>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0xfe0,%rsp
mov    0x18(%rbp),%rax
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %ecx,-0x1c(%rbp)
mov    %r8d,-0x20(%rbp)
mov    %r9,-0x28(%rbp)
movl   $0x1,-0x38(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%eax
cmp    -0x4(%rbp),%eax
jg     13b7 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x2a7>
movl   $0x0,-0x3c(%rbp)
movl   $0x1,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
movslq -0x38(%rbp),%rdx
cmp    (%rcx,%rdx,4),%eax
jg     11fb <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0xeb>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
xorps  %xmm1,%xmm1
ucomiss %xmm1,%xmm0
jne    11d1 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0xc1>
jp     11d1 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0xc1>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
xorps  %xmm1,%xmm1
ucomiss %xmm1,%xmm0
jne    11d1 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0xc1>
jp     11d1 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0xc1>
jmp    11e8 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0xd8>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%ecx
movslq -0x3c(%rbp),%rax
mov    %ecx,-0xfe0(%rbp,%rax,4)
jmp    11ed <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0xdd>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    115a <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x4a>
lea    -0xfe0(%rbp),%rdi
mov    -0x3c(%rbp),%edx
mov    0x18(%rbp),%rcx
mov    $0x1,%esi
call   1030 <resample_shuffle@plt>
movl   $0x0,-0x40(%rbp)
movl   $0x1,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
movslq -0x38(%rbp),%rdx
cmp    (%rcx,%rdx,4),%eax
jg     13a4 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x294>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
xorps  %xmm1,%xmm1
ucomiss %xmm1,%xmm0
jne    1298 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x188>
jp     1298 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x188>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
xorps  %xmm1,%xmm1
ucomiss %xmm1,%xmm0
jne    1298 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x188>
jp     1298 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x188>
jmp    1391 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x281>
mov    -0x40(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x40(%rbp)
movl   $0x0,-0x44(%rbp)
movl   $0x1,-0x34(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
movslq -0x38(%rbp),%rdx
cmp    (%rcx,%rdx,4),%eax
jg     138c <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x27c>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
xorps  %xmm1,%xmm1
ucomiss %xmm1,%xmm0
jne    1326 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x216>
jp     1326 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x216>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
xorps  %xmm1,%xmm1
ucomiss %xmm1,%xmm0
jne    1326 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x216>
jp     1326 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x216>
jmp    1379 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x269>
mov    -0x44(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x44(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
movslq -0xfe0(%rbp,%rcx,4),%rcx
ff
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x44(%rbp),%rcx
movslq -0xfe0(%rbp,%rcx,4),%rcx
ff
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
mov    0x10(%rbp),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
movss  %xmm0,(%rax,%rcx,4)
jmp    137e <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x26e>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    12af <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x19f>
jmp    1391 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x281>
jmp    1396 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x286>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    1221 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x111>
jmp    13a9 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x299>
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
jmp    1140 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x30>
add    $0xfe0,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<permut_genetic_distances_among_2pop_alleles>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0xfc8,%rsp
mov    %rdi,0x8(%rsp)
test   %edi,%edi
jle    12d7 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x1c7>
mov    %r9,%r15
mov    %rdx,%r11
mov    0x1000(%rsp),%r13
movslq %ecx,%rax
mov    %rax,0x10(%rsp)
movslq %r8d,%r12
mov    0x8(%rsp),%rax
add    $0x1,%eax
mov    %rax,0x8(%rsp)
mov    $0x1,%r14d
xorps  %xmm1,%xmm1
mov    %rsi,0x18(%rsp)
jmp    117f <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x6f>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
add    $0x1,%r14
cmp    0x8(%rsp),%r14
je     12d7 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x1c7>
mov    (%rsi,%r14,4),%eax
test   %eax,%eax
jle    11f0 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0xe0>
mov    0x10(%rsp),%rcx
mov    (%r11,%rcx,8),%rcx
mov    (%rcx,%r14,8),%rcx
add    $0x1,%rax
xor    %edx,%edx
mov    $0x1,%esi
jmp    11c3 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0xb3>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
movslq %edx,%rdi
add    $0x1,%edx
mov    %esi,0x24(%rsp,%rdi,4)
add    $0x1,%rsi
cmp    %rsi,%rax
je     11f2 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0xe2>
movss  (%rcx,%rsi,4),%xmm0
ucomiss %xmm1,%xmm0
jne    11b0 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0xa0>
jp     11b0 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0xa0>
mov    (%r11,%r12,8),%rdi
mov    (%rdi,%r14,8),%rdi
movss  (%rdi,%rsi,4),%xmm0
ucomiss %xmm1,%xmm0
jne    11b0 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0xa0>
jp     11b0 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0xa0>
jmp    11ba <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0xaa>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
xor    %edx,%edx
lea    0x20(%rsp),%rdi
mov    $0x1,%esi
mov    0x1008(%rsp),%rcx
mov    %r11,%rbx
call   1030 <resample_shuffle@plt>
xorps  %xmm1,%xmm1
mov    %rbx,%r11
mov    0x18(%rsp),%rsi
mov    (%rsi,%r14,4),%r9d
test   %r9d,%r9d
jle    1170 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x60>
mov    0x10(%rsp),%rax
mov    (%r11,%rax,8),%rcx
mov    (%rcx,%r14,8),%r10
add    $0x1,%r9
xor    %r8d,%r8d
mov    $0x1,%ebp
jmp    124d <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x13d>
nop
add    $0x1,%rbp
cmp    %r9,%rbp
je     1170 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x60>
movss  (%r10,%rbp,4),%xmm0
ucomiss %xmm1,%xmm0
jne    126e <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x15e>
jp     126e <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x15e>
mov    (%r11,%r12,8),%rdx
mov    (%rdx,%r14,8),%rdx
movss  (%rdx,%rbp,4),%xmm0
ucomiss %xmm1,%xmm0
jne    126e <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x15e>
jnp    1240 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x130>
add    $0x1,%r8d
movslq %r8d,%rdi
xor    %edx,%edx
mov    $0x1,%ebx
jmp    12b4 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x1a4>
xchg   %ax,%ax
mov    (%r15,%r14,8),%rax
movslq 0x20(%rsp,%rdi,4),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq %edx,%rcx
add    $0x1,%edx
movslq 0x24(%rsp,%rcx,4),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
mov    0x0(%r13,%r14,8),%rax
mov    (%rax,%rbp,8),%rax
movss  %xmm0,(%rax,%rbx,4)
add    $0x1,%rbx
cmp    %rbx,%r9
je     1240 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x130>
movss  (%r10,%rbx,4),%xmm0
ucomiss %xmm1,%xmm0
jne    1280 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x170>
jp     1280 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x170>
mov    (%r11,%r12,8),%rax
mov    (%rax,%r14,8),%rax
movss  (%rax,%rbx,4),%xmm0
ucomiss %xmm1,%xmm0
jne    1280 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x170>
jp     1280 <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x170>
jmp    12ab <permut_genetic_distances_among_2pop_alleles+0x19b>
add    $0xfc8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @permut_genetic_distances_among_2pop_alleles(i32 %0, i32* %1, float*** %2, i32 %3, i32 %4, float*** %5, float*** %6, i64* %7) {
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32*
%11 = alloca float***
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca float***
%15 = alloca float***
%16 = alloca i64*
%17 = alloca i32
%18 = alloca i32
%19 = alloca i32
%20 = alloca i32
%21 = alloca i32
%22 = alloca i32
%23 = alloca i32
%24 = alloca [999 x i32]
store i32 %0, i32* %9
store i32* %1, i32** %10
store float*** %2, float**** %11
store i32 %3, i32* %12
store i32 %4, i32* %13
store float*** %5, float**** %14
store float*** %6, float**** %15
store i64* %7, i64** %16
store i32 1, i32* %20
br label %25
25: ; preds = %207, %8
%26 = load i32, i32* %20
%27 = load i32, i32* %9
%28 = icmp sle i32 %26, %27
br i1 %28, label %29, label %210
29: ; preds = %25
store i32 0, i32* %21
store i32 1, i32* %17
br label %30
30: ; preds = %76, %29
%31 = load i32, i32* %17
%32 = load i32*, i32** %10
%33 = load i32, i32* %20
%34 = sext i32 %33 to i64
%35 = getelementptr inbounds i32, i32* %32, i64 %34
%36 = load i32, i32* %35
%37 = icmp sle i32 %31, %36
br i1 %37, label %38, label %79
38: ; preds = %30
%39 = load float***, float**** %11
%40 = load i32, i32* %12
%41 = sext i32 %40 to i64
%42 = getelementptr inbounds float**, float*** %39, i64 %41
%43 = load float**, float*** %42
%44 = load i32, i32* %20
%45 = sext i32 %44 to i64
%46 = getelementptr inbounds float*, float** %43, i64 %45
%47 = load float*, float** %46
%48 = load i32, i32* %17
%49 = sext i32 %48 to i64
%50 = getelementptr inbounds float, float* %47, i64 %49
%51 = load float, float* %50
%52 = fcmp une float %51, 0.000000e+00
br i1 %52, label %68, label %53
53: ; preds = %38
%54 = load float***, float**** %11
%55 = load i32, i32* %13
%56 = sext i32 %55 to i64
%57 = getelementptr inbounds float**, float*** %54, i64 %56
%58 = load float**, float*** %57
%59 = load i32, i32* %20
%60 = sext i32 %59 to i64
%61 = getelementptr inbounds float*, float** %58, i64 %60
%62 = load float*, float** %61
%63 = load i32, i32* %17
%64 = sext i32 %63 to i64
%65 = getelementptr inbounds float, float* %62, i64 %64
%66 = load float, float* %65
%67 = fcmp une float %66, 0.000000e+00
br i1 %67, label %68, label %75
68: ; preds = %53, %38
%69 = load i32, i32* %21
%70 = add nsw i32 %69, 1
store i32 %70, i32* %21
%71 = load i32, i32* %17
%72 = load i32, i32* %21
%73 = sext i32 %72 to i64
%74 = getelementptr inbounds [999 x i32], [999 x i32]* %24, i64 0, i64 %73
store i32 %71, i32* %74
br label %75
75: ; preds = %68, %53
br label %76
76: ; preds = %75
%77 = load i32, i32* %17
%78 = add nsw i32 %77, 1
store i32 %78, i32* %17
br label %30
79: ; preds = %30
%80 = getelementptr inbounds [999 x i32], [999 x i32]* %24, i64 0, i64 0
%81 = load i32, i32* %21
%82 = load i64*, i64** %16
%83 = call i32 @resample_shuffle(i32* %80, i32 1, i32 %81, i64* %82)
store i32 0, i32* %22
store i32 1, i32* %18
br label %84
84: ; preds = %203, %79
%85 = load i32, i32* %18
%86 = load i32*, i32** %10
%87 = load i32, i32* %20
%88 = sext i32 %87 to i64
%89 = getelementptr inbounds i32, i32* %86, i64 %88
%90 = load i32, i32* %89
%91 = icmp sle i32 %85, %90
br i1 %91, label %92, label %206
92: ; preds = %84
%93 = load float***, float**** %11
%94 = load i32, i32* %12
%95 = sext i32 %94 to i64
%96 = getelementptr inbounds float**, float*** %93, i64 %95
%97 = load float**, float*** %96
%98 = load i32, i32* %20
%99 = sext i32 %98 to i64
%100 = getelementptr inbounds float*, float** %97, i64 %99
%101 = load float*, float** %100
%102 = load i32, i32* %18
%103 = sext i32 %102 to i64
%104 = getelementptr inbounds float, float* %101, i64 %103
%105 = load float, float* %104
%106 = fcmp une float %105, 0.000000e+00
br i1 %106, label %122, label %107
107: ; preds = %92
%108 = load float***, float**** %11
%109 = load i32, i32* %13
%110 = sext i32 %109 to i64
%111 = getelementptr inbounds float**, float*** %108, i64 %110
%112 = load float**, float*** %111
%113 = load i32, i32* %20
%114 = sext i32 %113 to i64
%115 = getelementptr inbounds float*, float** %112, i64 %114
%116 = load float*, float** %115
%117 = load i32, i32* %18
%118 = sext i32 %117 to i64
%119 = getelementptr inbounds float, float* %116, i64 %118
%120 = load float, float* %119
%121 = fcmp une float %120, 0.000000e+00
br i1 %121, label %122, label %202
122: ; preds = %107, %92
%123 = load i32, i32* %22
%124 = add nsw i32 %123, 1
store i32 %124, i32* %22
store i32 0, i32* %23
store i32 1, i32* %19
br label %125
125: ; preds = %198, %122
%126 = load i32, i32* %19
%127 = load i32*, i32** %10
%128 = load i32, i32* %20
%129 = sext i32 %128 to i64
%130 = getelementptr inbounds i32, i32* %127, i64 %129
%131 = load i32, i32* %130
%132 = icmp sle i32 %126, %131
br i1 %132, label %133, label %201
133: ; preds = %125
%134 = load float***, float**** %11
%135 = load i32, i32* %12
%136 = sext i32 %135 to i64
%137 = getelementptr inbounds float**, float*** %134, i64 %136
%138 = load float**, float*** %137
%139 = load i32, i32* %20
%140 = sext i32 %139 to i64
%141 = getelementptr inbounds float*, float** %138, i64 %140
%142 = load float*, float** %141
%143 = load i32, i32* %19
%144 = sext i32 %143 to i64
%145 = getelementptr inbounds float, float* %142, i64 %144
%146 = load float, float* %145
%147 = fcmp une float %146, 0.000000e+00
br i1 %147, label %163, label %148
148: ; preds = %133
%149 = load float***, float**** %11
%150 = load i32, i32* %13
%151 = sext i32 %150 to i64
%152 = getelementptr inbounds float**, float*** %149, i64 %151
%153 = load float**, float*** %152
%154 = load i32, i32* %20
%155 = sext i32 %154 to i64
%156 = getelementptr inbounds float*, float** %153, i64 %155
%157 = load float*, float** %156
%158 = load i32, i32* %19
%159 = sext i32 %158 to i64
%160 = getelementptr inbounds float, float* %157, i64 %159
%161 = load float, float* %160
%162 = fcmp une float %161, 0.000000e+00
br i1 %162, label %163, label %197
163: ; preds = %148, %133
%164 = load i32, i32* %23
%165 = add nsw i32 %164, 1
store i32 %165, i32* %23
%166 = load float***, float**** %14
%167 = load i32, i32* %20
%168 = sext i32 %167 to i64
%169 = getelementptr inbounds float**, float*** %166, i64 %168
%170 = load float**, float*** %169
%171 = load i32, i32* %22
%172 = sext i32 %171 to i64
%173 = getelementptr inbounds [999 x i32], [999 x i32]* %24, i64 0, i64 %172
%174 = load i32, i32* %173
%175 = sext i32 %174 to i64
%176 = getelementptr inbounds float*, float** %170, i64 %175
%177 = load float*, float** %176
%178 = load i32, i32* %23
%179 = sext i32 %178 to i64
%180 = getelementptr inbounds [999 x i32], [999 x i32]* %24, i64 0, i64 %179
%181 = load i32, i32* %180
%182 = sext i32 %181 to i64
%183 = getelementptr inbounds float, float* %177, i64 %182
%184 = load float, float* %183
%185 = load float***, float**** %15
%186 = load i32, i32* %20
%187 = sext i32 %186 to i64
%188 = getelementptr inbounds float**, float*** %185, i64 %187
%189 = load float**, float*** %188
%190 = load i32, i32* %18
%191 = sext i32 %190 to i64
%192 = getelementptr inbounds float*, float** %189, i64 %191
%193 = load float*, float** %192
%194 = load i32, i32* %19
%195 = sext i32 %194 to i64
%196 = getelementptr inbounds float, float* %193, i64 %195
store float %184, float* %196
br label %197
197: ; preds = %163, %148
br label %198
198: ; preds = %197
%199 = load i32, i32* %19
%200 = add nsw i32 %199, 1
store i32 %200, i32* %19
br label %125
201: ; preds = %125
br label %202
202: ; preds = %201, %107
br label %203
203: ; preds = %202
%204 = load i32, i32* %18
%205 = add nsw i32 %204, 1
store i32 %205, i32* %18
br label %84
206: ; preds = %84
br label %207
207: ; preds = %206
%208 = load i32, i32* %20
%209 = add nsw i32 %208, 1
store i32 %209, i32* %20
br label %25
210: ; preds = %25
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @permut_genetic_distances_among_2pop_alleles(i32 %0, i32* nocapture %1, float*** nocapture %2, i32 %3, i32 %4, float*** nocapture %5, float*** nocapture %6, i64* %7) {
%9 = alloca [999 x i32]
%10 = bitcast [999 x i32]* %9 to i8*
%11 = icmp slt i32 %0, 1
br i1 %11, label %124, label %12
12: ; preds = %8
%13 = sext i32 %3 to i64
%14 = getelementptr inbounds float**, float*** %2, i64 %13
%15 = sext i32 %4 to i64
%16 = getelementptr inbounds float**, float*** %2, i64 %15
%17 = getelementptr inbounds [999 x i32], [999 x i32]* %9, i64 0, i64 0
%18 = add nuw i32 %0, 1
%19 = zext i32 %18 to i64
br label %20
20: ; preds = %12, %121
%21 = phi i64 [ 1, %12 ], [ %122, %121 ]
%22 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %21
%23 = load i32, i32* %22
%24 = icmp slt i32 %23, 1
br i1 %24, label %53, label %25
25: ; preds = %20
%26 = load float**, float*** %14
%27 = getelementptr inbounds float*, float** %26, i64 %21
%28 = load float*, float** %27
%29 = add nuw i32 %23, 1
%30 = zext i32 %29 to i64
br label %31
31: ; preds = %25, %49
%32 = phi i64 [ 1, %25 ], [ %51, %49 ]
%33 = phi i32 [ 0, %25 ], [ %50, %49 ]
%34 = getelementptr inbounds float, float* %28, i64 %32
%35 = load float, float* %34
%36 = fcmp une float %35, 0.000000e+00
br i1 %36, label %44, label %37
37: ; preds = %31
%38 = load float**, float*** %16
%39 = getelementptr inbounds float*, float** %38, i64 %21
%40 = load float*, float** %39
%41 = getelementptr inbounds float, float* %40, i64 %32
%42 = load float, float* %41
%43 = fcmp une float %42, 0.000000e+00
br i1 %43, label %44, label %49
44: ; preds = %37, %31
%45 = add nsw i32 %33, 1
%46 = sext i32 %45 to i64
%47 = getelementptr inbounds [999 x i32], [999 x i32]* %9, i64 0, i64 %46
%48 = trunc i64 %32 to i32
store i32 %48, i32* %47
br label %49
49: ; preds = %37, %44
%50 = phi i32 [ %45, %44 ], [ %33, %37 ]
%51 = add nuw nsw i64 %32, 1
%52 = icmp eq i64 %51, %30
br i1 %52, label %53, label %31
53: ; preds = %49, %20
%54 = phi i32 [ 0, %20 ], [ %50, %49 ]
%55 = call i32 @resample_shuffle(i32* %17, i32 1, i32 %54, i64* %7)
%56 = load i32, i32* %22
%57 = icmp slt i32 %56, 1
br i1 %57, label %121, label %58
58: ; preds = %53
%59 = load float**, float*** %14
%60 = getelementptr inbounds float*, float** %59, i64 %21
%61 = load float*, float** %60
%62 = getelementptr inbounds float**, float*** %5, i64 %21
%63 = getelementptr inbounds float**, float*** %6, i64 %21
%64 = add nuw i32 %56, 1
%65 = zext i32 %64 to i64
br label %66
66: ; preds = %58, %117
%67 = phi i64 [ 1, %58 ], [ %119, %117 ]
%68 = phi i32 [ 0, %58 ], [ %118, %117 ]
%69 = getelementptr inbounds float, float* %61, i64 %67
%70 = load float, float* %69
%71 = fcmp une float %70, 0.000000e+00
br i1 %71, label %79, label %72
72: ; preds = %66
%73 = load float**, float*** %16
%74 = getelementptr inbounds float*, float** %73, i64 %21
%75 = load float*, float** %74
%76 = getelementptr inbounds float, float* %75, i64 %67
%77 = load float, float* %76
%78 = fcmp une float %77, 0.000000e+00
br i1 %78, label %79, label %117
79: ; preds = %66, %72
%80 = add nsw i32 %68, 1
%81 = sext i32 %80 to i64
%82 = getelementptr inbounds [999 x i32], [999 x i32]* %9, i64 0, i64 %81
br label %83
83: ; preds = %79, %113
%84 = phi i64 [ 1, %79 ], [ %115, %113 ]
%85 = phi i32 [ 0, %79 ], [ %114, %113 ]
%86 = getelementptr inbounds float, float* %61, i64 %84
%87 = load float, float* %86
%88 = fcmp une float %87, 0.000000e+00
br i1 %88, label %96, label %89
89: ; preds = %83
%90 = load float**, float*** %16
%91 = getelementptr inbounds float*, float** %90, i64 %21
%92 = load float*, float** %91
%93 = getelementptr inbounds float, float* %92, i64 %84
%94 = load float, float* %93
%95 = fcmp une float %94, 0.000000e+00
br i1 %95, label %96, label %113
96: ; preds = %89, %83
%97 = add nsw i32 %85, 1
%98 = load float**, float*** %62
%99 = load i32, i32* %82
%100 = sext i32 %99 to i64
%101 = getelementptr inbounds float*, float** %98, i64 %100
%102 = load float*, float** %101
%103 = sext i32 %97 to i64
%104 = getelementptr inbounds [999 x i32], [999 x i32]* %9, i64 0, i64 %103
%105 = load i32, i32* %104
%106 = sext i32 %105 to i64
%107 = getelementptr inbounds float, float* %102, i64 %106
%108 = load float, float* %107
%109 = load float**, float*** %63
%110 = getelementptr inbounds float*, float** %109, i64 %67
%111 = load float*, float** %110
%112 = getelementptr inbounds float, float* %111, i64 %84
store float %108, float* %112
br label %113
113: ; preds = %89, %96
%114 = phi i32 [ %97, %96 ], [ %85, %89 ]
%115 = add nuw nsw i64 %84, 1
%116 = icmp eq i64 %115, %65
br i1 %116, label %117, label %83
117: ; preds = %113, %72
%118 = phi i32 [ %68, %72 ], [ %80, %113 ]
%119 = add nuw nsw i64 %67, 1
%120 = icmp eq i64 %119, %65
br i1 %120, label %121, label %66
121: ; preds = %117, %53
%122 = add nuw nsw i64 %21, 1
%123 = icmp eq i64 %122, %19
br i1 %123, label %124, label %20
124: ; preds = %121, %8
ret void
}