void getPhases(int col1, int col2, char cn1, char cn2, char **polyArray,
               int numSeq, short *coupl1, short *coupl2, short *repul1,
               short *repul2) {
  int i;
  *coupl1 = 0;
  *coupl2 = 0;
  *repul1 = 0;
  *repul2 = 0;
  for (i = 0; i < numSeq; i++) {
    if (polyArray[col1][i] == cn1) {
      if (polyArray[col2][i] == cn2) {
        (*coupl1)++;
      } else {
        (*repul1)++;
      }
    } else {
      if (polyArray[col2][i] == cn2) {
        (*repul2)++;
      } else {
        (*coupl2)++;
      }
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<getPhases>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %cl,%al
mov    %dl,%cl
mov    0x28(%rbp),%rdx
mov    0x20(%rbp),%rdx
mov    0x18(%rbp),%rdx
mov    0x10(%rbp),%rdx
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %esi,-0x8(%rbp)
mov    %cl,-0x9(%rbp)
mov    %al,-0xa(%rbp)
mov    %r8,-0x18(%rbp)
mov    %r9d,-0x1c(%rbp)
mov    0x10(%rbp),%rax
movw   $0x0,(%rax)
mov    0x18(%rbp),%rax
movw   $0x0,(%rax)
mov    0x20(%rbp),%rax
movw   $0x0,(%rax)
mov    0x28(%rbp),%rax
movw   $0x0,(%rax)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jge    1222 <getPhases+0x122>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x4(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
movsbl -0x9(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jne    11c9 <getPhases+0xc9>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x8(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
movsbl -0xa(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jne    11b6 <getPhases+0xb6>
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    (%rax),%cx
add    $0x1,%cx
mov    %cx,(%rax)
jmp    11c4 <getPhases+0xc4>
mov    0x20(%rbp),%rax
mov    (%rax),%cx
add    $0x1,%cx
mov    %cx,(%rax)
jmp    120f <getPhases+0x10f>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x8(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
movsbl -0xa(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jne    11fc <getPhases+0xfc>
mov    0x28(%rbp),%rax
mov    (%rax),%cx
add    $0x1,%cx
mov    %cx,(%rax)
jmp    120a <getPhases+0x10a>
mov    0x18(%rbp),%rax
mov    (%rax),%cx
add    $0x1,%cx
mov    %cx,(%rax)
jmp    120f <getPhases+0x10f>
jmp    1214 <getPhases+0x114>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    1157 <getPhases+0x57>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<getPhases>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
mov    0x50(%rsp),%r11
mov    0x48(%rsp),%r10
mov    0x40(%rsp),%r13
mov    0x38(%rsp),%r12
movw   $0x0,(%r12)
movw   $0x0,0x0(%r13)
movw   $0x0,(%r10)
movw   $0x0,(%r11)
test   %r9d,%r9d
jle    1174 <getPhases+0x74>
movslq %edi,%rax
mov    (%r8,%rax,8),%rdi
movslq %esi,%r14
mov    %r9d,%r15d
cmp    $0x1,%r9d
jne    117f <getPhases+0x7f>
xor    %esi,%esi
test   $0x1,%r15b
je     1174 <getPhases+0x74>
mov    (%r8,%r14,8),%rax
cmp    %cl,(%rax,%rsi,1)
cmove  %r12,%r10
cmove  %r11,%r13
cmp    %dl,(%rdi,%rsi,1)
cmove  %r10,%r13
addw   $0x1,0x0(%r13)
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret
mov    %r15d,%r9d
and    $0xfffffffe,%r9d
mov    (%r8,%r14,8),%rax
xor    %esi,%esi
jmp    11a5 <getPhases+0xa5>
xchg   %ax,%ax
cmp    %dl,0x1(%rdi,%rsi,1)
cmovne %rbp,%rbx
addw   $0x1,(%rbx)
add    $0x2,%rsi
cmp    %rsi,%r9
je     1152 <getPhases+0x52>
mov    %r12,%rbx
mov    %r11,%rbp
cmp    %cl,(%rax,%rsi,1)
je     11b6 <getPhases+0xb6>
mov    %r10,%rbx
mov    %r13,%rbp
cmp    %dl,(%rdi,%rsi,1)
cmovne %rbp,%rbx
addw   $0x1,(%rbx)
mov    %r12,%rbx
mov    %r11,%rbp
cmp    %cl,0x1(%rax,%rsi,1)
je     1190 <getPhases+0x90>
mov    %r10,%rbx
mov    %r13,%rbp
jmp    1190 <getPhases+0x90>

LLVM IR (-O0):
define void @getPhases(i32 %0, i32 %1, i8 signext %2, i8 signext %3, i8** %4, i32 %5, i16* %6, i16* %7, i16* %8, i16* %9) {
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i8
%14 = alloca i8
%15 = alloca i8**
%16 = alloca i32
%17 = alloca i16*
%18 = alloca i16*
%19 = alloca i16*
%20 = alloca i16*
%21 = alloca i32
store i32 %0, i32* %11
store i32 %1, i32* %12
store i8 %2, i8* %13
store i8 %3, i8* %14
store i8** %4, i8*** %15
store i32 %5, i32* %16
store i16* %6, i16** %17
store i16* %7, i16** %18
store i16* %8, i16** %19
store i16* %9, i16** %20
%22 = load i16*, i16** %17
store i16 0, i16* %22
%23 = load i16*, i16** %18
store i16 0, i16* %23
%24 = load i16*, i16** %19
store i16 0, i16* %24
%25 = load i16*, i16** %20
store i16 0, i16* %25
store i32 0, i32* %21
br label %26
26: ; preds = %91, %10
%27 = load i32, i32* %21
%28 = load i32, i32* %16
%29 = icmp slt i32 %27, %28
br i1 %29, label %30, label %94
30: ; preds = %26
%31 = load i8**, i8*** %15
%32 = load i32, i32* %11
%33 = sext i32 %32 to i64
%34 = getelementptr inbounds i8*, i8** %31, i64 %33
%35 = load i8*, i8** %34
%36 = load i32, i32* %21
%37 = sext i32 %36 to i64
%38 = getelementptr inbounds i8, i8* %35, i64 %37
%39 = load i8, i8* %38
%40 = sext i8 %39 to i32
%41 = load i8, i8* %13
%42 = sext i8 %41 to i32
%43 = icmp eq i32 %40, %42
br i1 %43, label %44, label %67
44: ; preds = %30
%45 = load i8**, i8*** %15
%46 = load i32, i32* %12
%47 = sext i32 %46 to i64
%48 = getelementptr inbounds i8*, i8** %45, i64 %47
%49 = load i8*, i8** %48
%50 = load i32, i32* %21
%51 = sext i32 %50 to i64
%52 = getelementptr inbounds i8, i8* %49, i64 %51
%53 = load i8, i8* %52
%54 = sext i8 %53 to i32
%55 = load i8, i8* %14
%56 = sext i8 %55 to i32
%57 = icmp eq i32 %54, %56
br i1 %57, label %58, label %62
58: ; preds = %44
%59 = load i16*, i16** %17
%60 = load i16, i16* %59
%61 = add i16 %60, 1
store i16 %61, i16* %59
br label %66
62: ; preds = %44
%63 = load i16*, i16** %19
%64 = load i16, i16* %63
%65 = add i16 %64, 1
store i16 %65, i16* %63
br label %66
66: ; preds = %62, %58
br label %90
67: ; preds = %30
%68 = load i8**, i8*** %15
%69 = load i32, i32* %12
%70 = sext i32 %69 to i64
%71 = getelementptr inbounds i8*, i8** %68, i64 %70
%72 = load i8*, i8** %71
%73 = load i32, i32* %21
%74 = sext i32 %73 to i64
%75 = getelementptr inbounds i8, i8* %72, i64 %74
%76 = load i8, i8* %75
%77 = sext i8 %76 to i32
%78 = load i8, i8* %14
%79 = sext i8 %78 to i32
%80 = icmp eq i32 %77, %79
br i1 %80, label %81, label %85
81: ; preds = %67
%82 = load i16*, i16** %20
%83 = load i16, i16* %82
%84 = add i16 %83, 1
store i16 %84, i16* %82
br label %89
85: ; preds = %67
%86 = load i16*, i16** %18
%87 = load i16, i16* %86
%88 = add i16 %87, 1
store i16 %88, i16* %86
br label %89
89: ; preds = %85, %81
br label %90
90: ; preds = %89, %66
br label %91
91: ; preds = %90
%92 = load i32, i32* %21
%93 = add nsw i32 %92, 1
store i32 %93, i32* %21
br label %26
94: ; preds = %26
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @getPhases(i32 %0, i32 %1, i8 signext %2, i8 signext %3, i8** nocapture %4, i32 %5, i16* nocapture %6, i16* nocapture %7, i16* nocapture %8, i16* nocapture %9) {
store i16 0, i16* %6
store i16 0, i16* %7
store i16 0, i16* %8
store i16 0, i16* %9
%11 = icmp sgt i32 %5, 0
br i1 %11, label %12, label %70
12: ; preds = %10
%13 = sext i32 %0 to i64
%14 = getelementptr inbounds i8*, i8** %4, i64 %13
%15 = load i8*, i8** %14
%16 = sext i32 %1 to i64
%17 = getelementptr inbounds i8*, i8** %4, i64 %16
%18 = zext i32 %5 to i64
%19 = and i64 %18, 1
%20 = icmp eq i32 %5, 1
br i1 %20, label %54, label %21
21: ; preds = %12
%22 = and i64 %18, 4294967294
%23 = load i8*, i8** %17
%24 = load i8*, i8** %17
br label %25
25: ; preds = %25, %21
%26 = phi i64 [ 0, %21 ], [ %51, %25 ]
%27 = phi i64 [ 0, %21 ], [ %52, %25 ]
%28 = getelementptr inbounds i8, i8* %15, i64 %26
%29 = load i8, i8* %28
%30 = icmp eq i8 %29, %2
%31 = getelementptr inbounds i8, i8* %23, i64 %26
%32 = load i8, i8* %31
%33 = icmp eq i8 %32, %3
%34 = select i1 %33, i16* %6, i16* %8
%35 = select i1 %33, i16* %9, i16* %7
%36 = select i1 %30, i16* %34, i16* %35
%37 = load i16, i16* %36
%38 = add i16 %37, 1
store i16 %38, i16* %36
%39 = or i64 %26, 1
%40 = getelementptr inbounds i8, i8* %15, i64 %39
%41 = load i8, i8* %40
%42 = icmp eq i8 %41, %2
%43 = getelementptr inbounds i8, i8* %24, i64 %39
%44 = load i8, i8* %43
%45 = icmp eq i8 %44, %3
%46 = select i1 %45, i16* %6, i16* %8
%47 = select i1 %45, i16* %9, i16* %7
%48 = select i1 %42, i16* %46, i16* %47
%49 = load i16, i16* %48
%50 = add i16 %49, 1
store i16 %50, i16* %48
%51 = add nuw nsw i64 %26, 2
%52 = add i64 %27, 2
%53 = icmp eq i64 %52, %22
br i1 %53, label %54, label %25
54: ; preds = %25, %12
%55 = phi i64 [ 0, %12 ], [ %51, %25 ]
%56 = icmp eq i64 %19, 0
br i1 %56, label %70, label %57
57: ; preds = %54
%58 = getelementptr inbounds i8, i8* %15, i64 %55
%59 = load i8, i8* %58
%60 = icmp eq i8 %59, %2
%61 = load i8*, i8** %17
%62 = getelementptr inbounds i8, i8* %61, i64 %55
%63 = load i8, i8* %62
%64 = icmp eq i8 %63, %3
%65 = select i1 %64, i16* %6, i16* %8
%66 = select i1 %64, i16* %9, i16* %7
%67 = select i1 %60, i16* %65, i16* %66
%68 = load i16, i16* %67
%69 = add i16 %68, 1
store i16 %69, i16* %67
br label %70
70: ; preds = %57, %54, %10
ret void
}