#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
double pow(double, double);
double calc_stdevMFS(int nsites, int *mfs, int snp, int *lsnp, double mMFS) {
  int csite;
  double stdev;
  if (snp > 1) {
    stdev = 0;
    for (csite = 0; csite < nsites; csite++) {
      if (lsnp[csite])
        stdev += pow(mfs[csite] - mMFS, 2);
    }
    stdev = stdev / ((double)snp - 1);
    return pow(stdev, 0.5);
  } else
    return 0;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<calc_stdevMFS>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x40,%rsp
mov    %edi,-0xc(%rbp)
mov    %rsi,-0x18(%rbp)
mov    %edx,-0x1c(%rbp)
mov    %rcx,-0x28(%rbp)
movsd  %xmm0,-0x30(%rbp)
cmpl   $0x1,-0x1c(%rbp)
jle    11d9 <calc_stdevMFS+0xc9>
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x40(%rbp)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    119e <calc_stdevMFS+0x8e>
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
je     118b <calc_stdevMFS+0x7b>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
cvtsi2sdl (%rax,%rcx,4),%xmm0
subsd  -0x30(%rbp),%xmm0
movsd  0xe94(%rip),%xmm1
call   1030 <pow@plt>
addsd  -0x40(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x40(%rbp)
jmp    1190 <calc_stdevMFS+0x80>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    1144 <calc_stdevMFS+0x34>
movsd  -0x40(%rbp),%xmm0
cvtsi2sdl -0x1c(%rbp),%xmm1
movsd  0xe58(%rip),%xmm2
subsd  %xmm2,%xmm1
divsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x40(%rbp)
movsd  -0x40(%rbp),%xmm0
movsd  0xe36(%rip),%xmm1
call   1030 <pow@plt>
movsd  %xmm0,-0x8(%rbp)
jmp    11e1 <calc_stdevMFS+0xd1>
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x8(%rbp)
movsd  -0x8(%rbp),%xmm0
add    $0x40,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<calc_stdevMFS>:
cmp    $0x2,%edx
jl     1149 <calc_stdevMFS+0x39>
test   %edi,%edi
jle    114d <calc_stdevMFS+0x3d>
mov    %edi,%r8d
cmp    $0x1,%edi
jne    1175 <calc_stdevMFS+0x65>
xorpd  %xmm2,%xmm2
xor    %edi,%edi
test   $0x1,%r8b
je     1151 <calc_stdevMFS+0x41>
cmpl   $0x0,(%rcx,%rdi,4)
je     1151 <calc_stdevMFS+0x41>
xorps  %xmm1,%xmm1
cvtsi2sdl (%rsi,%rdi,4),%xmm1
subsd  %xmm0,%xmm1
mulsd  %xmm1,%xmm1
addsd  %xmm1,%xmm2
jmp    1151 <calc_stdevMFS+0x41>
xorps  %xmm0,%xmm0
ret
xorpd  %xmm2,%xmm2
xorps  %xmm0,%xmm0
cvtsi2sd %edx,%xmm0
addsd  0xea0(%rip),%xmm0
divsd  %xmm0,%xmm2
movsd  0xe9c(%rip),%xmm1
movapd %xmm2,%xmm0
jmp    1030 <pow@plt>
mov    %r8d,%eax
and    $0xfffffffe,%eax
xorpd  %xmm2,%xmm2
xor    %edi,%edi
jmp    1199 <calc_stdevMFS+0x89>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
add    $0x2,%rdi
cmp    %rdi,%rax
je     1127 <calc_stdevMFS+0x17>
cmpl   $0x0,(%rcx,%rdi,4)
je     11b3 <calc_stdevMFS+0xa3>
xorps  %xmm1,%xmm1
cvtsi2sdl (%rsi,%rdi,4),%xmm1
subsd  %xmm0,%xmm1
mulsd  %xmm1,%xmm1
addsd  %xmm1,%xmm2
cmpl   $0x0,0x4(%rcx,%rdi,4)
je     1190 <calc_stdevMFS+0x80>
xorps  %xmm1,%xmm1
cvtsi2sdl 0x4(%rsi,%rdi,4),%xmm1
subsd  %xmm0,%xmm1
mulsd  %xmm1,%xmm1
addsd  %xmm1,%xmm2
jmp    1190 <calc_stdevMFS+0x80>

LLVM IR (-O0):
define double @calc_stdevMFS(i32 %0, i32* %1, i32 %2, i32* %3, double %4) {
%6 = alloca double
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32*
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32*
%11 = alloca double
%12 = alloca i32
%13 = alloca double
store i32 %0, i32* %7
store i32* %1, i32** %8
store i32 %2, i32* %9
store i32* %3, i32** %10
store double %4, double* %11
%14 = load i32, i32* %9
%15 = icmp sgt i32 %14, 1
br i1 %15, label %16, label %52
16: ; preds = %5
store double 0.000000e+00, double* %13
store i32 0, i32* %12
br label %17
17: ; preds = %41, %16
%18 = load i32, i32* %12
%19 = load i32, i32* %7
%20 = icmp slt i32 %18, %19
br i1 %20, label %21, label %44
21: ; preds = %17
%22 = load i32*, i32** %10
%23 = load i32, i32* %12
%24 = sext i32 %23 to i64
%25 = getelementptr inbounds i32, i32* %22, i64 %24
%26 = load i32, i32* %25
%27 = icmp ne i32 %26, 0
br i1 %27, label %28, label %40
28: ; preds = %21
%29 = load i32*, i32** %8
%30 = load i32, i32* %12
%31 = sext i32 %30 to i64
%32 = getelementptr inbounds i32, i32* %29, i64 %31
%33 = load i32, i32* %32
%34 = sitofp i32 %33 to double
%35 = load double, double* %11
%36 = fsub double %34, %35
%37 = call double @pow(double %36, double 2.000000e+00)
%38 = load double, double* %13
%39 = fadd double %38, %37
store double %39, double* %13
br label %40
40: ; preds = %28, %21
br label %41
41: ; preds = %40
%42 = load i32, i32* %12
%43 = add nsw i32 %42, 1
store i32 %43, i32* %12
br label %17
44: ; preds = %17
%45 = load double, double* %13
%46 = load i32, i32* %9
%47 = sitofp i32 %46 to double
%48 = fsub double %47, 1.000000e+00
%49 = fdiv double %45, %48
store double %49, double* %13
%50 = load double, double* %13
%51 = call double @pow(double %50, double 5.000000e-01)
store double %51, double* %6
br label %53
52: ; preds = %5
store double 0.000000e+00, double* %6
br label %53
53: ; preds = %52, %44
%54 = load double, double* %6
ret double %54
}

LLVM IR (-O2):
define double @calc_stdevMFS(i32 %0, i32* nocapture %1, i32 %2, i32* nocapture %3, double %4) {
%6 = icmp sgt i32 %2, 1
br i1 %6, label %7, label %69
7: ; preds = %5
%8 = icmp sgt i32 %0, 0
br i1 %8, label %9, label %63
9: ; preds = %7
%10 = zext i32 %0 to i64
%11 = and i64 %10, 1
%12 = icmp eq i32 %0, 1
br i1 %12, label %47, label %13
13: ; preds = %9
%14 = and i64 %10, 4294967294
br label %15
15: ; preds = %42, %13
%16 = phi i64 [ 0, %13 ], [ %44, %42 ]
%17 = phi double [ 0.000000e+00, %13 ], [ %43, %42 ]
%18 = phi i64 [ 0, %13 ], [ %45, %42 ]
%19 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %16
%20 = load i32, i32* %19
%21 = icmp eq i32 %20, 0
br i1 %21, label %29, label %22
22: ; preds = %15
%23 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %16
%24 = load i32, i32* %23
%25 = sitofp i32 %24 to double
%26 = fsub double %25, %4
%27 = fmul double %26, %26
%28 = fadd double %17, %27
br label %29
29: ; preds = %15, %22
%30 = phi double [ %28, %22 ], [ %17, %15 ]
%31 = or i64 %16, 1
%32 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %31
%33 = load i32, i32* %32
%34 = icmp eq i32 %33, 0
br i1 %34, label %42, label %35
35: ; preds = %29
%36 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %31
%37 = load i32, i32* %36
%38 = sitofp i32 %37 to double
%39 = fsub double %38, %4
%40 = fmul double %39, %39
%41 = fadd double %30, %40
br label %42
42: ; preds = %35, %29
%43 = phi double [ %41, %35 ], [ %30, %29 ]
%44 = add nuw nsw i64 %16, 2
%45 = add i64 %18, 2
%46 = icmp eq i64 %45, %14
br i1 %46, label %47, label %15
47: ; preds = %42, %9
%48 = phi double [ undef, %9 ], [ %43, %42 ]
%49 = phi i64 [ 0, %9 ], [ %44, %42 ]
%50 = phi double [ 0.000000e+00, %9 ], [ %43, %42 ]
%51 = icmp eq i64 %11, 0
br i1 %51, label %63, label %52
52: ; preds = %47
%53 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %49
%54 = load i32, i32* %53
%55 = icmp eq i32 %54, 0
br i1 %55, label %63, label %56
56: ; preds = %52
%57 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %49
%58 = load i32, i32* %57
%59 = sitofp i32 %58 to double
%60 = fsub double %59, %4
%61 = fmul double %60, %60
%62 = fadd double %50, %61
br label %63
63: ; preds = %47, %56, %52, %7
%64 = phi double [ 0.000000e+00, %7 ], [ %48, %47 ], [ %62, %56 ], [ %50, %52 ]
%65 = sitofp i32 %2 to double
%66 = fadd double %65, -1.000000e+00
%67 = fdiv double %64, %66
%68 = tail call double @pow(double %67, double 5.000000e-01)
br label %69
69: ; preds = %5, %63
%70 = phi double [ %68, %63 ], [ 0.000000e+00, %5 ]
ret double %70
}