#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
scalar_t__ sre_malloc(char *, int, int);
int strlen(char *);
int make_alilist(char *s1, char *s2, int **ret_s1_list, int *ret_listlen) {
  int *s1_list;
  int col;
  int r1, r2;
  s1_list = (int *)sre_malloc(
      "/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/"
      "2022-01-22/02-19-57/repos/vinuesa/get_phylomarkers/refs/heads/master/"
      "bin/clustal-omega-1.2.4/src/squid/aligneval.c",
      177, (sizeof(int) * strlen(s1)));
  r1 = r2 = 0;
  for (col = 0; s1[col] != '\0'; col++) {
    if (!((s1[col]) == ' ' || (s1[col]) == '.' || (s1[col]) == '_' ||
          (s1[col]) == '-' || (s1[col]) == '~')) {
      s1_list[r1] = ((s2[col]) == ' ' || (s2[col]) == '.' || (s2[col]) == '_' ||
                     (s2[col]) == '-' || (s2[col]) == '~')
                        ? -1
                        : r2;
      r1++;
    }
    if (!((s2[col]) == ' ' || (s2[col]) == '.' || (s2[col]) == '_' ||
          (s2[col]) == '-' || (s2[col]) == '~'))
      r2++;
  }
  *ret_listlen = r1;
  *ret_s1_list = s1_list;
  return 1;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<make_alilist>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x40,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
cltq
shl    $0x2,%rax
mov    %eax,%edx
lea    0xeb0(%rip),%rdi
mov    $0xb1,%esi
call   1040 <sre_malloc@plt>
mov    %rax,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x0,%eax
je     1309 <make_alilist+0x1e9>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x20,%eax
je     1284 <make_alilist+0x164>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2e,%eax
je     1284 <make_alilist+0x164>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x5f,%eax
je     1284 <make_alilist+0x164>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     1284 <make_alilist+0x164>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x7e,%eax
je     1284 <make_alilist+0x164>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x20,%eax
je     125a <make_alilist+0x13a>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2e,%eax
je     125a <make_alilist+0x13a>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x5f,%eax
je     125a <make_alilist+0x13a>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     125a <make_alilist+0x13a>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x7e,%eax
jne    1267 <make_alilist+0x147>
mov    $0xffffffff,%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
jmp    126d <make_alilist+0x14d>
mov    -0x34(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%edx
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x20,%eax
je     12f6 <make_alilist+0x1d6>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2e,%eax
je     12f6 <make_alilist+0x1d6>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x5f,%eax
je     12f6 <make_alilist+0x1d6>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     12f6 <make_alilist+0x1d6>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x7e,%eax
je     12f6 <make_alilist+0x1d6>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    12fb <make_alilist+0x1db>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    1173 <make_alilist+0x53>
mov    -0x30(%rbp),%ecx
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    %ecx,(%rax)
mov    -0x28(%rbp),%rcx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
mov    $0x1,%eax
add    $0x40,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<make_alilist>:
push   %r15
push   %r14
push   %r12
push   %rbx
push   %rax
mov    %rcx,%r14
mov    %rdx,%r15
mov    %rsi,%rbx
mov    %rdi,%r12
call   1030 <strlen@plt>
lea    0x0(,%rax,4),%edx
lea    0xeb9(%rip),%rdi
mov    $0xb1,%esi
call   1040 <sre_malloc@plt>
xor    %ecx,%ecx
movabs $0x8000000000006001,%r10
mov    $0xffffffff,%r8d
xor    %r11d,%r11d
xor    %r9d,%r9d
jmp    1199 <make_alilist+0x79>
cmp    $0x7e,%sil
mov    %r9d,%edx
cmove  %r8d,%edx
movslq %r11d,%rsi
mov    %edx,(%rax,%rsi,4)
add    $0x1,%r11d
movzbl (%rbx,%rcx,1),%esi
lea    -0x20(%rsi),%edx
cmp    $0x3f,%dl
ja     11f0 <make_alilist+0xd0>
movzbl %dl,%edx
bt     %rdx,%r10
jae    11f0 <make_alilist+0xd0>
add    $0x1,%rcx
movzbl (%r12,%rcx,1),%esi
cmp    $0x5e,%sil
jg     11c0 <make_alilist+0xa0>
lea    -0x2d(%rsi),%edx
cmp    $0x2,%dl
jb     1180 <make_alilist+0x60>
cmp    $0x20,%sil
je     1180 <make_alilist+0x60>
test   %sil,%sil
jne    11cc <make_alilist+0xac>
jmp    1200 <make_alilist+0xe0>
nopl   0x0(%rax)
cmp    $0x5f,%sil
je     1180 <make_alilist+0x60>
cmp    $0x7e,%sil
je     1180 <make_alilist+0x60>
movzbl (%rbx,%rcx,1),%esi
lea    -0x20(%rsi),%edi
cmp    $0x3f,%dil
ja     116b <make_alilist+0x4b>
mov    $0xffffffff,%edx
movzbl %dil,%edi
bt     %rdi,%r10
jb     1176 <make_alilist+0x56>
jmp    116b <make_alilist+0x4b>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
cmp    $0x7e,%sil
je     1195 <make_alilist+0x75>
add    $0x1,%r9d
add    $0x1,%rcx
jmp    1199 <make_alilist+0x79>
mov    %r11d,(%r14)
mov    %rax,(%r15)
mov    $0x1,%eax
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r14
pop    %r15
ret

LLVM IR (-O0):
@.str = [179 x i8] c"/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/2022-01-22/02-19-57/repos/vinuesa/get_phylomarkers/refs/heads/master/bin/clustal-omega-1.2.4/src/squid/aligneval.c\00"
define i32 @make_alilist(i8* %0, i8* %1, i32** %2, i32* %3) {
%5 = alloca i8*
%6 = alloca i8*
%7 = alloca i32**
%8 = alloca i32*
%9 = alloca i32*
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
store i8* %0, i8** %5
store i8* %1, i8** %6
store i32** %2, i32*** %7
store i32* %3, i32** %8
%13 = load i8*, i8** %5
%14 = call i32 @strlen(i8* %13)
%15 = sext i32 %14 to i64
%16 = mul i64 4, %15
%17 = trunc i64 %16 to i32
%18 = call i64 @sre_malloc(i8* getelementptr inbounds ([179 x i8], [179 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 177, i32 %17)
%19 = inttoptr i64 %18 to i32*
store i32* %19, i32** %9
store i32 0, i32* %12
store i32 0, i32* %11
store i32 0, i32* %10
br label %20
20: ; preds = %163, %4
%21 = load i8*, i8** %5
%22 = load i32, i32* %10
%23 = sext i32 %22 to i64
%24 = getelementptr inbounds i8, i8* %21, i64 %23
%25 = load i8, i8* %24
%26 = sext i8 %25 to i32
%27 = icmp ne i32 %26, 0
br i1 %27, label %28, label %166
28: ; preds = %20
%29 = load i8*, i8** %5
%30 = load i32, i32* %10
%31 = sext i32 %30 to i64
%32 = getelementptr inbounds i8, i8* %29, i64 %31
%33 = load i8, i8* %32
%34 = sext i8 %33 to i32
%35 = icmp eq i32 %34, 32
br i1 %35, label %119, label %36
36: ; preds = %28
%37 = load i8*, i8** %5
%38 = load i32, i32* %10
%39 = sext i32 %38 to i64
%40 = getelementptr inbounds i8, i8* %37, i64 %39
%41 = load i8, i8* %40
%42 = sext i8 %41 to i32
%43 = icmp eq i32 %42, 46
br i1 %43, label %119, label %44
44: ; preds = %36
%45 = load i8*, i8** %5
%46 = load i32, i32* %10
%47 = sext i32 %46 to i64
%48 = getelementptr inbounds i8, i8* %45, i64 %47
%49 = load i8, i8* %48
%50 = sext i8 %49 to i32
%51 = icmp eq i32 %50, 95
br i1 %51, label %119, label %52
52: ; preds = %44
%53 = load i8*, i8** %5
%54 = load i32, i32* %10
%55 = sext i32 %54 to i64
%56 = getelementptr inbounds i8, i8* %53, i64 %55
%57 = load i8, i8* %56
%58 = sext i8 %57 to i32
%59 = icmp eq i32 %58, 45
br i1 %59, label %119, label %60
60: ; preds = %52
%61 = load i8*, i8** %5
%62 = load i32, i32* %10
%63 = sext i32 %62 to i64
%64 = getelementptr inbounds i8, i8* %61, i64 %63
%65 = load i8, i8* %64
%66 = sext i8 %65 to i32
%67 = icmp eq i32 %66, 126
br i1 %67, label %119, label %68
68: ; preds = %60
%69 = load i8*, i8** %6
%70 = load i32, i32* %10
%71 = sext i32 %70 to i64
%72 = getelementptr inbounds i8, i8* %69, i64 %71
%73 = load i8, i8* %72
%74 = sext i8 %73 to i32
%75 = icmp eq i32 %74, 32
br i1 %75, label %108, label %76
76: ; preds = %68
%77 = load i8*, i8** %6
%78 = load i32, i32* %10
%79 = sext i32 %78 to i64
%80 = getelementptr inbounds i8, i8* %77, i64 %79
%81 = load i8, i8* %80
%82 = sext i8 %81 to i32
%83 = icmp eq i32 %82, 46
br i1 %83, label %108, label %84
84: ; preds = %76
%85 = load i8*, i8** %6
%86 = load i32, i32* %10
%87 = sext i32 %86 to i64
%88 = getelementptr inbounds i8, i8* %85, i64 %87
%89 = load i8, i8* %88
%90 = sext i8 %89 to i32
%91 = icmp eq i32 %90, 95
br i1 %91, label %108, label %92
92: ; preds = %84
%93 = load i8*, i8** %6
%94 = load i32, i32* %10
%95 = sext i32 %94 to i64
%96 = getelementptr inbounds i8, i8* %93, i64 %95
%97 = load i8, i8* %96
%98 = sext i8 %97 to i32
%99 = icmp eq i32 %98, 45
br i1 %99, label %108, label %100
100: ; preds = %92
%101 = load i8*, i8** %6
%102 = load i32, i32* %10
%103 = sext i32 %102 to i64
%104 = getelementptr inbounds i8, i8* %101, i64 %103
%105 = load i8, i8* %104
%106 = sext i8 %105 to i32
%107 = icmp eq i32 %106, 126
br i1 %107, label %108, label %109
108: ; preds = %100, %92, %84, %76, %68
br label %111
109: ; preds = %100
%110 = load i32, i32* %12
br label %111
111: ; preds = %109, %108
%112 = phi i32 [ -1, %108 ], [ %110, %109 ]
%113 = load i32*, i32** %9
%114 = load i32, i32* %11
%115 = sext i32 %114 to i64
%116 = getelementptr inbounds i32, i32* %113, i64 %115
store i32 %112, i32* %116
%117 = load i32, i32* %11
%118 = add nsw i32 %117, 1
store i32 %118, i32* %11
br label %119
119: ; preds = %111, %60, %52, %44, %36, %28
%120 = load i8*, i8** %6
%121 = load i32, i32* %10
%122 = sext i32 %121 to i64
%123 = getelementptr inbounds i8, i8* %120, i64 %122
%124 = load i8, i8* %123
%125 = sext i8 %124 to i32
%126 = icmp eq i32 %125, 32
br i1 %126, label %162, label %127
127: ; preds = %119
%128 = load i8*, i8** %6
%129 = load i32, i32* %10
%130 = sext i32 %129 to i64
%131 = getelementptr inbounds i8, i8* %128, i64 %130
%132 = load i8, i8* %131
%133 = sext i8 %132 to i32
%134 = icmp eq i32 %133, 46
br i1 %134, label %162, label %135
135: ; preds = %127
%136 = load i8*, i8** %6
%137 = load i32, i32* %10
%138 = sext i32 %137 to i64
%139 = getelementptr inbounds i8, i8* %136, i64 %138
%140 = load i8, i8* %139
%141 = sext i8 %140 to i32
%142 = icmp eq i32 %141, 95
br i1 %142, label %162, label %143
143: ; preds = %135
%144 = load i8*, i8** %6
%145 = load i32, i32* %10
%146 = sext i32 %145 to i64
%147 = getelementptr inbounds i8, i8* %144, i64 %146
%148 = load i8, i8* %147
%149 = sext i8 %148 to i32
%150 = icmp eq i32 %149, 45
br i1 %150, label %162, label %151
151: ; preds = %143
%152 = load i8*, i8** %6
%153 = load i32, i32* %10
%154 = sext i32 %153 to i64
%155 = getelementptr inbounds i8, i8* %152, i64 %154
%156 = load i8, i8* %155
%157 = sext i8 %156 to i32
%158 = icmp eq i32 %157, 126
br i1 %158, label %162, label %159
159: ; preds = %151
%160 = load i32, i32* %12
%161 = add nsw i32 %160, 1
store i32 %161, i32* %12
br label %162
162: ; preds = %159, %151, %143, %135, %127, %119
br label %163
163: ; preds = %162
%164 = load i32, i32* %10
%165 = add nsw i32 %164, 1
store i32 %165, i32* %10
br label %20
166: ; preds = %20
%167 = load i32, i32* %11
%168 = load i32*, i32** %8
store i32 %167, i32* %168
%169 = load i32*, i32** %9
%170 = load i32**, i32*** %7
store i32* %169, i32** %170
ret i32 1
}

LLVM IR (-O2):
@.str = [179 x i8] c"/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/2022-01-22/02-19-57/repos/vinuesa/get_phylomarkers/refs/heads/master/bin/clustal-omega-1.2.4/src/squid/aligneval.c\00"
define i32 @make_alilist(i8* %0, i8* nocapture %1, i32** nocapture writeonly %2, i32* nocapture writeonly %3) {
%5 = tail call i32 @strlen(i8* %0)
%6 = shl i32 %5, 2
%7 = tail call i64 @sre_malloc(i8* getelementptr inbounds ([179 x i8], [179 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 177, i32 %6)
%8 = inttoptr i64 %7 to i32*
br label %9
9: ; preds = %32, %4
%10 = phi i64 [ %34, %32 ], [ 0, %4 ]
%11 = phi i32 [ %27, %32 ], [ 0, %4 ]
%12 = phi i32 [ %33, %32 ], [ 0, %4 ]
%13 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %10
%14 = load i8, i8* %13
switch i8 %14, label %15 [
i8 0, label %35
i8 32, label %26
i8 46, label %26
i8 95, label %26
i8 45, label %26
i8 126, label %26
]
15: ; preds = %9
%16 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %10
%17 = load i8, i8* %16
switch i8 %17, label %18 [
i8 32, label %21
i8 46, label %21
i8 95, label %21
i8 45, label %21
]
18: ; preds = %15
%19 = icmp eq i8 %17, 126
%20 = select i1 %19, i32 -1, i32 %12
br label %21
21: ; preds = %15, %15, %15, %15, %18
%22 = phi i32 [ -1, %15 ], [ %20, %18 ], [ -1, %15 ], [ -1, %15 ], [ -1, %15 ]
%23 = sext i32 %11 to i64
%24 = getelementptr inbounds i32, i32* %8, i64 %23
store i32 %22, i32* %24
%25 = add nsw i32 %11, 1
br label %26
26: ; preds = %9, %9, %9, %9, %9, %21
%27 = phi i32 [ %25, %21 ], [ %11, %9 ], [ %11, %9 ], [ %11, %9 ], [ %11, %9 ], [ %11, %9 ]
%28 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %10
%29 = load i8, i8* %28
switch i8 %29, label %30 [
i8 32, label %32
i8 46, label %32
i8 95, label %32
i8 45, label %32
i8 126, label %32
]
30: ; preds = %26
%31 = add nsw i32 %12, 1
br label %32
32: ; preds = %26, %26, %26, %26, %26, %30
%33 = phi i32 [ %12, %26 ], [ %31, %30 ], [ %12, %26 ], [ %12, %26 ], [ %12, %26 ], [ %12, %26 ]
%34 = add nuw i64 %10, 1
br label %9
35: ; preds = %9
store i32 %11, i32* %3
store i32* %8, i32** %2
ret i32 1
}