#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
unsigned int encode_basepairs(char *, int);
void simple_count_copys(int *flat, char *s, int n, int *reps, int forward) {
  int i, j;
  unsigned int offset, k;
  offset = 0;
  for (i = 1; i <= n; i++) {
    if (s[i - 1] == 'N') {
      for (j = 1; j <= n; j++)
        reps[j] += 1e8;
      return;
    }
    if (forward)
      k = encode_basepairs(s, i);
    else
      k = encode_basepairs(s + n - i, i);
    reps[i] += flat[k + offset];
    offset++;
    offset = offset << 2;
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<simple_count_copys>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x40,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8d,-0x24(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
movl   $0x1,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jg     1222 <simple_count_copys+0x112>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x28(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x4e,%eax
jne    11a5 <simple_count_copys+0x95>
movl   $0x1,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jg     11a0 <simple_count_copys+0x90>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
cvtsi2sdl (%rax,%rcx,4),%xmm0
movsd  0xe79(%rip),%xmm1
addsd  %xmm1,%xmm0
cvttsd2si %xmm0,%edx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    1166 <simple_count_copys+0x56>
jmp    1222 <simple_count_copys+0x112>
cmpl   $0x0,-0x24(%rbp)
je     11c3 <simple_count_copys+0xb3>
mov    -0x10(%rbp),%rdi
mov    -0x28(%rbp),%esi
call   1030 <encode_basepairs@plt>
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    11e5 <simple_count_copys+0xd5>
mov    -0x10(%rbp),%rdi
movslq -0x14(%rbp),%rax
add    %rax,%rdi
movslq -0x28(%rbp),%rcx
xor    %eax,%eax
sub    %rcx,%rax
add    %rax,%rdi
mov    -0x28(%rbp),%esi
call   1030 <encode_basepairs@plt>
mov    %eax,-0x34(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
add    -0x30(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%ecx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
add    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
shl    $0x2,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    1139 <simple_count_copys+0x29>
add    $0x40,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<simple_count_copys>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x18,%rsp
mov    %r8d,0xc(%rsp)
mov    %rdi,0x10(%rsp)
test   %edx,%edx
jle    1282 <simple_count_copys+0x172>
mov    %rcx,%r13
mov    %edx,%r12d
mov    %rsi,%rbp
mov    %edx,%r14d
add    $0x1,%r12d
add    $0xffffffffffffffff,%r14
xor    %r15d,%r15d
mov    $0x1,%ebx
nopl   0x0(%rax)
cmpb   $0x4e,-0x1(%rbp,%rbx,1)
je     1195 <simple_count_copys+0x85>
lea    (%r14,%rbp,1),%rdi
cmpl   $0x0,0xc(%rsp)
cmovne %rbp,%rdi
mov    %ebx,%esi
call   1030 <encode_basepairs@plt>
add    %r15d,%eax
mov    0x10(%rsp),%rcx
mov    (%rcx,%rax,4),%eax
add    %eax,0x0(%r13,%rbx,4)
shl    $0x2,%r15d
or     $0x4,%r15d
add    $0x1,%rbx
add    $0xffffffffffffffff,%r14
cmp    %rbx,%r12
jne    1150 <simple_count_copys+0x40>
jmp    1282 <simple_count_copys+0x172>
lea    -0x1(%r12),%rcx
mov    $0x1,%eax
cmp    $0x8,%rcx
jb     1270 <simple_count_copys+0x160>
mov    %rcx,%rax
and    $0xfffffffffffffff8,%rax
lea    -0x8(%rax),%rdi
mov    %rdi,%rsi
shr    $0x3,%rsi
add    $0x1,%rsi
test   %rdi,%rdi
je     1291 <simple_count_copys+0x181>
mov    %rsi,%rdi
and    $0xfffffffffffffffe,%rdi
mov    $0x1,%ebp
movdqa 0xe24(%rip),%xmm0
nopl   0x0(%rax)
movdqu 0x0(%r13,%rbp,4),%xmm1
movdqu 0x10(%r13,%rbp,4),%xmm2
movdqu 0x20(%r13,%rbp,4),%xmm3
movdqu 0x30(%r13,%rbp,4),%xmm4
paddd  %xmm0,%xmm1
paddd  %xmm0,%xmm2
movdqu %xmm1,0x0(%r13,%rbp,4)
movdqu %xmm2,0x10(%r13,%rbp,4)
paddd  %xmm0,%xmm3
paddd  %xmm0,%xmm4
movdqu %xmm3,0x20(%r13,%rbp,4)
movdqu %xmm4,0x30(%r13,%rbp,4)
add    $0x10,%rbp
add    $0xfffffffffffffffe,%rdi
jne    11e0 <simple_count_copys+0xd0>
test   $0x1,%sil
je     1264 <simple_count_copys+0x154>
movdqu 0x0(%r13,%rbp,4),%xmm0
movdqu 0x10(%r13,%rbp,4),%xmm1
movdqa 0xdb2(%rip),%xmm2
paddd  %xmm2,%xmm0
paddd  %xmm2,%xmm1
movdqu %xmm0,0x0(%r13,%rbp,4)
movdqu %xmm1,0x10(%r13,%rbp,4)
cmp    %rax,%rcx
je     1282 <simple_count_copys+0x172>
or     $0x1,%rax
nopl   (%rax)
addl   $0x5f5e100,0x0(%r13,%rax,4)
f5 05
add    $0x1,%rax
cmp    %rax,%r12
jne    1270 <simple_count_copys+0x160>
add    $0x18,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret
mov    $0x1,%ebp
test   $0x1,%sil
jne    1238 <simple_count_copys+0x128>
jmp    1264 <simple_count_copys+0x154>

LLVM IR (-O0):
define void @simple_count_copys(i32* %0, i8* %1, i32 %2, i32* %3, i32 %4) {
%6 = alloca i32*
%7 = alloca i8*
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32*
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
store i32* %0, i32** %6
store i8* %1, i8** %7
store i32 %2, i32* %8
store i32* %3, i32** %9
store i32 %4, i32* %10
store i32 0, i32* %13
store i32 1, i32* %11
br label %15
15: ; preds = %82, %5
%16 = load i32, i32* %11
%17 = load i32, i32* %8
%18 = icmp sle i32 %16, %17
br i1 %18, label %19, label %85
19: ; preds = %15
%20 = load i8*, i8** %7
%21 = load i32, i32* %11
%22 = sub nsw i32 %21, 1
%23 = sext i32 %22 to i64
%24 = getelementptr inbounds i8, i8* %20, i64 %23
%25 = load i8, i8* %24
%26 = sext i8 %25 to i32
%27 = icmp eq i32 %26, 78
br i1 %27, label %28, label %46
28: ; preds = %19
store i32 1, i32* %12
br label %29
29: ; preds = %42, %28
%30 = load i32, i32* %12
%31 = load i32, i32* %8
%32 = icmp sle i32 %30, %31
br i1 %32, label %33, label %45
33: ; preds = %29
%34 = load i32*, i32** %9
%35 = load i32, i32* %12
%36 = sext i32 %35 to i64
%37 = getelementptr inbounds i32, i32* %34, i64 %36
%38 = load i32, i32* %37
%39 = sitofp i32 %38 to double
%40 = fadd double %39, 1.000000e+08
%41 = fptosi double %40 to i32
store i32 %41, i32* %37
br label %42
42: ; preds = %33
%43 = load i32, i32* %12
%44 = add nsw i32 %43, 1
store i32 %44, i32* %12
br label %29
45: ; preds = %29
br label %85
46: ; preds = %19
%47 = load i32, i32* %10
%48 = icmp ne i32 %47, 0
br i1 %48, label %49, label %53
49: ; preds = %46
%50 = load i8*, i8** %7
%51 = load i32, i32* %11
%52 = call i32 @encode_basepairs(i8* %50, i32 %51)
store i32 %52, i32* %14
br label %64
53: ; preds = %46
%54 = load i8*, i8** %7
%55 = load i32, i32* %8
%56 = sext i32 %55 to i64
%57 = getelementptr inbounds i8, i8* %54, i64 %56
%58 = load i32, i32* %11
%59 = sext i32 %58 to i64
%60 = sub i64 0, %59
%61 = getelementptr inbounds i8, i8* %57, i64 %60
%62 = load i32, i32* %11
%63 = call i32 @encode_basepairs(i8* %61, i32 %62)
store i32 %63, i32* %14
br label %64
64: ; preds = %53, %49
%65 = load i32*, i32** %6
%66 = load i32, i32* %14
%67 = load i32, i32* %13
%68 = add i32 %66, %67
%69 = zext i32 %68 to i64
%70 = getelementptr inbounds i32, i32* %65, i64 %69
%71 = load i32, i32* %70
%72 = load i32*, i32** %9
%73 = load i32, i32* %11
%74 = sext i32 %73 to i64
%75 = getelementptr inbounds i32, i32* %72, i64 %74
%76 = load i32, i32* %75
%77 = add nsw i32 %76, %71
store i32 %77, i32* %75
%78 = load i32, i32* %13
%79 = add i32 %78, 1
store i32 %79, i32* %13
%80 = load i32, i32* %13
%81 = shl i32 %80, 2
store i32 %81, i32* %13
br label %82
82: ; preds = %64
%83 = load i32, i32* %11
%84 = add nsw i32 %83, 1
store i32 %84, i32* %11
br label %15
85: ; preds = %45, %15
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @simple_count_copys(i32* nocapture %0, i8* %1, i32 %2, i32* nocapture %3, i32 %4) {
%6 = icmp slt i32 %2, 1
br i1 %6, label %105, label %7
7: ; preds = %5
%8 = icmp eq i32 %4, 0
%9 = zext i32 %2 to i64
%10 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %9
%11 = add nuw i32 %2, 1
%12 = zext i32 %11 to i64
br label %13
13: ; preds = %7, %88
%14 = phi i64 [ 1, %7 ], [ %103, %88 ]
%15 = phi i32 [ 0, %7 ], [ %102, %88 ]
%16 = add nsw i64 %14, -1
%17 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %16
%18 = load i8, i8* %17
%19 = icmp eq i8 %18, 78
br i1 %19, label %20, label %88
20: ; preds = %13
%21 = add nsw i64 %12, -1
%22 = icmp ult i64 %21, 8
br i1 %22, label %79, label %23
23: ; preds = %20
%24 = and i64 %21, -8
%25 = or i64 %24, 1
%26 = add nsw i64 %24, -8
%27 = lshr exact i64 %26, 3
%28 = add nuw nsw i64 %27, 1
%29 = and i64 %28, 1
%30 = icmp eq i64 %26, 0
br i1 %30, label %63, label %31
31: ; preds = %23
%32 = and i64 %28, 4611686018427387902
br label %33
33: ; preds = %33, %31
%34 = phi i64 [ 0, %31 ], [ %58, %33 ]
%35 = phi i64 [ 0, %31 ], [ %59, %33 ]
%36 = or i64 %34, 1
%37 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %36
%38 = bitcast i32* %37 to <4 x i32>*
%39 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %38
%40 = getelementptr inbounds i32, i32* %37, i64 4
%41 = bitcast i32* %40 to <4 x i32>*
%42 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %41
%43 = add <4 x i32> %39, <i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000>
%44 = add <4 x i32> %42, <i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000>
%45 = bitcast i32* %37 to <4 x i32>*
store <4 x i32> %43, <4 x i32>* %45
%46 = bitcast i32* %40 to <4 x i32>*
store <4 x i32> %44, <4 x i32>* %46
%47 = or i64 %34, 9
%48 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %47
%49 = bitcast i32* %48 to <4 x i32>*
%50 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %49
%51 = getelementptr inbounds i32, i32* %48, i64 4
%52 = bitcast i32* %51 to <4 x i32>*
%53 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %52
%54 = add <4 x i32> %50, <i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000>
%55 = add <4 x i32> %53, <i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000>
%56 = bitcast i32* %48 to <4 x i32>*
store <4 x i32> %54, <4 x i32>* %56
%57 = bitcast i32* %51 to <4 x i32>*
store <4 x i32> %55, <4 x i32>* %57
%58 = add nuw i64 %34, 16
%59 = add i64 %35, 2
%60 = icmp eq i64 %59, %32
br i1 %60, label %61, label %33
61: ; preds = %33
%62 = or i64 %58, 1
br label %63
63: ; preds = %61, %23
%64 = phi i64 [ 1, %23 ], [ %62, %61 ]
%65 = icmp eq i64 %29, 0
br i1 %65, label %77, label %66
66: ; preds = %63
%67 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %64
%68 = bitcast i32* %67 to <4 x i32>*
%69 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %68
%70 = getelementptr inbounds i32, i32* %67, i64 4
%71 = bitcast i32* %70 to <4 x i32>*
%72 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %71
%73 = add <4 x i32> %69, <i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000>
%74 = add <4 x i32> %72, <i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000, i32 100000000>
%75 = bitcast i32* %67 to <4 x i32>*
store <4 x i32> %73, <4 x i32>* %75
%76 = bitcast i32* %70 to <4 x i32>*
store <4 x i32> %74, <4 x i32>* %76
br label %77
77: ; preds = %63, %66
%78 = icmp eq i64 %21, %24
br i1 %78, label %105, label %79
79: ; preds = %20, %77
%80 = phi i64 [ 1, %20 ], [ %25, %77 ]
br label %81
81: ; preds = %79, %81
%82 = phi i64 [ %86, %81 ], [ %80, %79 ]
%83 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %82
%84 = load i32, i32* %83
%85 = add i32 %84, 100000000
store i32 %85, i32* %83
%86 = add nuw nsw i64 %82, 1
%87 = icmp eq i64 %86, %12
br i1 %87, label %105, label %81
88: ; preds = %13
%89 = sub nsw i64 0, %14
%90 = getelementptr inbounds i8, i8* %10, i64 %89
%91 = select i1 %8, i8* %90, i8* %1
%92 = trunc i64 %14 to i32
%93 = tail call i32 @encode_basepairs(i8* %91, i32 %92)
%94 = add i32 %93, %15
%95 = zext i32 %94 to i64
%96 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %95
%97 = load i32, i32* %96
%98 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %14
%99 = load i32, i32* %98
%100 = add nsw i32 %99, %97
store i32 %100, i32* %98
%101 = shl i32 %15, 2
%102 = or i32 %101, 4
%103 = add nuw nsw i64 %14, 1
%104 = icmp eq i64 %103, %12
br i1 %104, label %105, label %13
105: ; preds = %88, %81, %77, %5
ret void
}