void scan_motif_dist(float **weight_matrix, char *sequence, int motif_length,
                     int seq_length, float *scores) {
  int i, j;
  int i_stop;
  char c;
  float p;
  float temp_s;
  int n;
  i_stop = seq_length - motif_length;
  for (i = 1; i <= i_stop; i++) {
    temp_s = 0;
    for (j = 1; j <= motif_length; j++) {
      c = sequence[i + j - 1];
      if ((c > -1) | (c < 5)) {
        p = weight_matrix[c][j];
        temp_s += p;
      } else {
        temp_s += -7.6;
      }
    }
    scores[i] = temp_s;
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<scan_motif_dist>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %ecx,-0x18(%rbp)
mov    %r8,-0x20(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
sub    -0x14(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
movl   $0x1,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x2c(%rbp),%eax
jg     120d <scan_motif_dist+0x10d>
xorps  %xmm0,%xmm0
movss  %xmm0,-0x38(%rbp)
movl   $0x1,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jg     11ed <scan_motif_dist+0xed>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x24(%rbp),%ecx
add    -0x28(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%al
mov    %al,-0x2d(%rbp)
movsbl -0x2d(%rbp),%eax
cmp    $0xffffffff,%eax
setg   %al
and    $0x1,%al
movzbl %al,%eax
movsbl -0x2d(%rbp),%ecx
cmp    $0x5,%ecx
setl   %cl
and    $0x1,%cl
movzbl %cl,%ecx
or     %ecx,%eax
cmp    $0x0,%eax
je     11bc <scan_motif_dist+0xbc>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movsbq -0x2d(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
movss  %xmm0,-0x34(%rbp)
movss  -0x34(%rbp),%xmm0
addss  -0x38(%rbp),%xmm0
movss  %xmm0,-0x38(%rbp)
jmp    11da <scan_motif_dist+0xda>
movss  -0x38(%rbp),%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm0
movsd  0xe33(%rip),%xmm1
addsd  %xmm1,%xmm0
cvtsd2ss %xmm0,%xmm0
movss  %xmm0,-0x38(%rbp)
jmp    11df <scan_motif_dist+0xdf>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    1141 <scan_motif_dist+0x41>
movss  -0x38(%rbp),%xmm0
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
movss  %xmm0,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1126 <scan_motif_dist+0x26>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<scan_motif_dist>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
mov    %r8,-0x8(%rsp)
sub    %edx,%ecx
jle    121f <scan_motif_dist+0x11f>
movabs $0x200000000,%r13
movabs $0x100000000,%r8
lea    0x1(%rdx),%eax
add    $0x1,%ecx
mov    %rax,-0x10(%rsp)
lea    -0x1(%rax),%r11
mov    %r11,%rax
mov    %r11,-0x18(%rsp)
and    $0xfffffffffffffffe,%r11
neg    %r11
mov    $0x1,%r14d
mov    %r13,%r15
mov    %r8,%r10
jmp    1181 <scan_motif_dist+0x81>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
xorps  %xmm0,%xmm0
mov    -0x8(%rsp),%rax
movss  %xmm0,(%rax,%r14,4)
add    $0x1,%r14
add    %r8,%r10
add    %r8,%r15
cmp    %rcx,%r14
je     121f <scan_motif_dist+0x11f>
test   %edx,%edx
jle    1160 <scan_motif_dist+0x60>
cmpl   $0x2,-0x10(%rsp)
jne    11a0 <scan_motif_dist+0xa0>
xorps  %xmm0,%xmm0
mov    $0x1,%eax
jmp    11f3 <scan_motif_dist+0xf3>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xorps  %xmm0,%xmm0
mov    $0x1,%eax
mov    %r15,%rbp
mov    %r10,%r9
xchg   %ax,%ax
mov    %r9,%r12
sar    $0x20,%r12
movsbq (%rsi,%r12,1),%rbx
mov    (%rdi,%rbx,8),%rbx
addss  (%rbx,%rax,4),%xmm0
mov    %rbp,%rbx
sar    $0x20,%rbx
movsbq (%rsi,%rbx,1),%rbx
mov    (%rdi,%rbx,8),%rbx
addss  0x4(%rbx,%rax,4),%xmm0
add    %r13,%r9
add    %r13,%rbp
lea    (%r11,%rax,1),%rbx
add    $0x2,%rbx
add    $0x2,%rax
cmp    $0x1,%rbx
jne    11b0 <scan_motif_dist+0xb0>
testb  $0x1,-0x18(%rsp)
je     1163 <scan_motif_dist+0x63>
lea    (%r8,%r14,1),%rbp
add    $0xffffffffffffffff,%rbp
add    %eax,%ebp
movslq %ebp,%rbp
movsbq (%rsi,%rbp,1),%rbp
mov    (%rdi,%rbp,8),%rbp
addss  0x0(%rbp,%rax,4),%xmm0
jmp    1163 <scan_motif_dist+0x63>
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @scan_motif_dist(float** %0, i8* %1, i32 %2, i32 %3, float* %4) {
%6 = alloca float**
%7 = alloca i8*
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca float*
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i8
%15 = alloca float
%16 = alloca float
%17 = alloca i32
store float** %0, float*** %6
store i8* %1, i8** %7
store i32 %2, i32* %8
store i32 %3, i32* %9
store float* %4, float** %10
%18 = load i32, i32* %9
%19 = load i32, i32* %8
%20 = sub nsw i32 %18, %19
store i32 %20, i32* %13
store i32 1, i32* %11
br label %21
21: ; preds = %77, %5
%22 = load i32, i32* %11
%23 = load i32, i32* %13
%24 = icmp sle i32 %22, %23
br i1 %24, label %25, label %80
25: ; preds = %21
store float 0.000000e+00, float* %16
store i32 1, i32* %12
br label %26
26: ; preds = %68, %25
%27 = load i32, i32* %12
%28 = load i32, i32* %8
%29 = icmp sle i32 %27, %28
br i1 %29, label %30, label %71
30: ; preds = %26
%31 = load i8*, i8** %7
%32 = load i32, i32* %11
%33 = load i32, i32* %12
%34 = add nsw i32 %32, %33
%35 = sub nsw i32 %34, 1
%36 = sext i32 %35 to i64
%37 = getelementptr inbounds i8, i8* %31, i64 %36
%38 = load i8, i8* %37
store i8 %38, i8* %14
%39 = load i8, i8* %14
%40 = sext i8 %39 to i32
%41 = icmp sgt i32 %40, -1
%42 = zext i1 %41 to i32
%43 = load i8, i8* %14
%44 = sext i8 %43 to i32
%45 = icmp slt i32 %44, 5
%46 = zext i1 %45 to i32
%47 = or i32 %42, %46
%48 = icmp ne i32 %47, 0
br i1 %48, label %49, label %62
49: ; preds = %30
%50 = load float**, float*** %6
%51 = load i8, i8* %14
%52 = sext i8 %51 to i64
%53 = getelementptr inbounds float*, float** %50, i64 %52
%54 = load float*, float** %53
%55 = load i32, i32* %12
%56 = sext i32 %55 to i64
%57 = getelementptr inbounds float, float* %54, i64 %56
%58 = load float, float* %57
store float %58, float* %15
%59 = load float, float* %15
%60 = load float, float* %16
%61 = fadd float %60, %59
store float %61, float* %16
br label %67
62: ; preds = %30
%63 = load float, float* %16
%64 = fpext float %63 to double
%65 = fadd double %64, -7.600000e+00
%66 = fptrunc double %65 to float
store float %66, float* %16
br label %67
67: ; preds = %62, %49
br label %68
68: ; preds = %67
%69 = load i32, i32* %12
%70 = add nsw i32 %69, 1
store i32 %70, i32* %12
br label %26
71: ; preds = %26
%72 = load float, float* %16
%73 = load float*, float** %10
%74 = load i32, i32* %11
%75 = sext i32 %74 to i64
%76 = getelementptr inbounds float, float* %73, i64 %75
store float %72, float* %76
br label %77
77: ; preds = %71
%78 = load i32, i32* %11
%79 = add nsw i32 %78, 1
store i32 %79, i32* %11
br label %21
80: ; preds = %21
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @scan_motif_dist(float** nocapture %0, i8* nocapture %1, i32 %2, i32 %3, float* nocapture writeonly %4) {
%6 = icmp sgt i32 %3, %2
br i1 %6, label %7, label %74
7: ; preds = %5
%8 = icmp slt i32 %2, 1
%9 = add nsw i32 %2, 1
%10 = add i32 %3, 1
%11 = sub i32 %10, %2
%12 = zext i32 %11 to i64
%13 = zext i32 %9 to i64
%14 = add nsw i64 %13, -1
%15 = and i64 %14, 1
%16 = icmp eq i32 %9, 2
%17 = and i64 %14, -2
%18 = icmp eq i64 %15, 0
br label %19
19: ; preds = %7, %69
%20 = phi i64 [ 1, %7 ], [ %72, %69 ]
br i1 %8, label %69, label %21
21: ; preds = %19
%22 = add nuw i64 %20, 4294967295
br i1 %16, label %53, label %23
23: ; preds = %21, %23
%24 = phi i64 [ %50, %23 ], [ 1, %21 ]
%25 = phi float [ %49, %23 ], [ 0.000000e+00, %21 ]
%26 = phi i64 [ %51, %23 ], [ 0, %21 ]
%27 = add i64 %22, %24
%28 = shl i64 %27, 32
%29 = ashr exact i64 %28, 32
%30 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %29
%31 = load i8, i8* %30
%32 = sext i8 %31 to i64
%33 = getelementptr inbounds float*, float** %0, i64 %32
%34 = load float*, float** %33
%35 = getelementptr inbounds float, float* %34, i64 %24
%36 = load float, float* %35
%37 = fadd float %25, %36
%38 = add nuw nsw i64 %24, 1
%39 = add i64 %22, %38
%40 = shl i64 %39, 32
%41 = ashr exact i64 %40, 32
%42 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %41
%43 = load i8, i8* %42
%44 = sext i8 %43 to i64
%45 = getelementptr inbounds float*, float** %0, i64 %44
%46 = load float*, float** %45
%47 = getelementptr inbounds float, float* %46, i64 %38
%48 = load float, float* %47
%49 = fadd float %37, %48
%50 = add nuw nsw i64 %24, 2
%51 = add i64 %26, 2
%52 = icmp eq i64 %51, %17
br i1 %52, label %53, label %23
53: ; preds = %23, %21
%54 = phi float [ undef, %21 ], [ %49, %23 ]
%55 = phi i64 [ 1, %21 ], [ %50, %23 ]
%56 = phi float [ 0.000000e+00, %21 ], [ %49, %23 ]
br i1 %18, label %69, label %57
57: ; preds = %53
%58 = add i64 %22, %55
%59 = shl i64 %58, 32
%60 = ashr exact i64 %59, 32
%61 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %60
%62 = load i8, i8* %61
%63 = sext i8 %62 to i64
%64 = getelementptr inbounds float*, float** %0, i64 %63
%65 = load float*, float** %64
%66 = getelementptr inbounds float, float* %65, i64 %55
%67 = load float, float* %66
%68 = fadd float %56, %67
br label %69
69: ; preds = %57, %53, %19
%70 = phi float [ 0.000000e+00, %19 ], [ %54, %53 ], [ %68, %57 ]
%71 = getelementptr inbounds float, float* %4, i64 %20
store float %70, float* %71
%72 = add nuw nsw i64 %20, 1
%73 = icmp eq i64 %72, %12
br i1 %73, label %74, label %19
74: ; preds = %69, %5
ret void
}