#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
scalar_t__ calloc(int, int);
int calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps(char *sequence,
                                                      int length_of_sequence,
                                                      int **block_coordinates,
                                                      int num_blocks) {
  int *bases_to_be_excluded;
  bases_to_be_excluded = (int *)calloc((length_of_sequence + 1), sizeof(int));
  int genome_length = length_of_sequence;
  int i = 0;
  for (i = 0; i < length_of_sequence; i++) {
    if (sequence[i] == 'N' || sequence[i] == '-') {
      bases_to_be_excluded[i] = 1;
      genome_length--;
    }
  }
  int j = 0;
  for (j = 0; j < num_blocks; j++) {
    if (block_coordinates[0][j] == -1) {
      continue;
    }
    int block_index = 0;
    for (block_index = block_coordinates[0][j];
         block_index <= block_coordinates[1][j]; block_index++) {
      if (bases_to_be_excluded[block_index - 1] == 0) {
        bases_to_be_excluded[block_index - 1] = 1;
        genome_length--;
      }
    }
  }
  return genome_length;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x40,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %ecx,-0x1c(%rbp)
mov    -0xc(%rbp),%edi
add    $0x1,%edi
mov    $0x4,%esi
call   1030 <calloc@plt>
mov    %rax,-0x28(%rbp)
mov    -0xc(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    11af <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x9f>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x4e,%eax
je     1184 <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x74>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
jne    119c <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x8c>
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movl   $0x1,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0xffffffff,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    11a1 <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x91>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    114e <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x3e>
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jge    126d <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x15d>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
cmpl   $0xffffffff,(%rax,%rcx,4)
jne    11e3 <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0xd3>
jmp    125f <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x14f>
movl   $0x0,-0x38(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
mov    0x8(%rcx),%rcx
movslq -0x34(%rbp),%rdx
cmp    (%rcx,%rdx,4),%eax
jg     125a <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x14a>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    -0x38(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jne    1247 <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x137>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    -0x38(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movl   $0x1,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0xffffffff,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    124c <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x13c>
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
jmp    11fb <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0xeb>
jmp    125f <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x14f>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    11bd <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0xad>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x40,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %rbx
push   %rax
mov    %ecx,%r15d
mov    %rdx,%r14
mov    %esi,%ebx
mov    %rdi,%rbp
lea    0x1(%rbx),%edi
mov    $0x4,%esi
call   1030 <calloc@plt>
test   %ebx,%ebx
jle    115e <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x4e>
mov    %ebx,%edi
cmp    $0x1,%ebx
jne    11cf <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0xbf>
xor    %ecx,%ecx
test   $0x1,%dil
je     115e <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x4e>
mov    0x0(%rbp,%rcx,1),%dl
cmp    $0x4e,%dl
je     1154 <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x44>
cmp    $0x2d,%dl
jne    115e <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x4e>
movl   $0x1,(%rax,%rcx,4)
add    $0xffffffff,%ebx
test   %r15d,%r15d
jle    11c2 <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0xb2>
mov    (%r14),%r8
mov    %r15d,%r9d
xor    %esi,%esi
jmp    1179 <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x69>
nopl   (%rax)
add    $0x1,%rsi
cmp    %r9,%rsi
je     11c2 <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0xb2>
movslq (%r8,%rsi,4),%rdi
cmp    $0xffffffffffffffff,%rdi
je     1170 <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x60>
mov    0x8(%r14),%rbp
mov    0x0(%rbp,%rsi,4),%ecx
cmp    %ecx,%edi
jg     1170 <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x60>
add    $0xffffffffffffffff,%rdi
jmp    11ac <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x9c>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
movslq %ecx,%rdx
add    $0x1,%rdi
cmp    %rdx,%rdi
jge    1170 <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x60>
cmpl   $0x0,(%rax,%rdi,4)
jne    11a0 <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x90>
movl   $0x1,(%rax,%rdi,4)
add    $0xffffffff,%ebx
mov    0x0(%rbp,%rsi,4),%ecx
jmp    11a0 <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x90>
mov    %ebx,%eax
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret
mov    %edi,%esi
and    $0xfffffffe,%esi
xor    %ecx,%ecx
jmp    11f8 <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0xe8>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
movl   $0x1,0x4(%rax,%rcx,4)
add    $0xffffffff,%ebx
add    $0x2,%rcx
cmp    %rcx,%rsi
je     1140 <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x30>
movzbl 0x0(%rbp,%rcx,1),%edx
cmp    $0x4e,%dl
je     1207 <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0xf7>
cmp    $0x2d,%dl
jne    1211 <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0x101>
movl   $0x1,(%rax,%rcx,4)
add    $0xffffffff,%ebx
movzbl 0x1(%rbp,%rcx,1),%edx
cmp    $0x4e,%dl
je     11e0 <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0xd0>
cmp    $0x2d,%dl
je     11e0 <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0xd0>
jmp    11eb <calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps+0xdb>

LLVM IR (-O0):
define i32 @calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps(i8* %0, i32 %1, i32** %2, i32 %3) {
%5 = alloca i8*
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32**
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32*
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
store i8* %0, i8** %5
store i32 %1, i32* %6
store i32** %2, i32*** %7
store i32 %3, i32* %8
%14 = load i32, i32* %6
%15 = add nsw i32 %14, 1
%16 = call i64 @calloc(i32 %15, i32 4)
%17 = inttoptr i64 %16 to i32*
store i32* %17, i32** %9
%18 = load i32, i32* %6
store i32 %18, i32* %10
store i32 0, i32* %11
store i32 0, i32* %11
br label %19
19: ; preds = %47, %4
%20 = load i32, i32* %11
%21 = load i32, i32* %6
%22 = icmp slt i32 %20, %21
br i1 %22, label %23, label %50
23: ; preds = %19
%24 = load i8*, i8** %5
%25 = load i32, i32* %11
%26 = sext i32 %25 to i64
%27 = getelementptr inbounds i8, i8* %24, i64 %26
%28 = load i8, i8* %27
%29 = sext i8 %28 to i32
%30 = icmp eq i32 %29, 78
br i1 %30, label %39, label %31
31: ; preds = %23
%32 = load i8*, i8** %5
%33 = load i32, i32* %11
%34 = sext i32 %33 to i64
%35 = getelementptr inbounds i8, i8* %32, i64 %34
%36 = load i8, i8* %35
%37 = sext i8 %36 to i32
%38 = icmp eq i32 %37, 45
br i1 %38, label %39, label %46
39: ; preds = %31, %23
%40 = load i32*, i32** %9
%41 = load i32, i32* %11
%42 = sext i32 %41 to i64
%43 = getelementptr inbounds i32, i32* %40, i64 %42
store i32 1, i32* %43
%44 = load i32, i32* %10
%45 = add nsw i32 %44, -1
store i32 %45, i32* %10
br label %46
46: ; preds = %39, %31
br label %47
47: ; preds = %46
%48 = load i32, i32* %11
%49 = add nsw i32 %48, 1
store i32 %49, i32* %11
br label %19
50: ; preds = %19
store i32 0, i32* %12
store i32 0, i32* %12
br label %51
51: ; preds = %104, %50
%52 = load i32, i32* %12
%53 = load i32, i32* %8
%54 = icmp slt i32 %52, %53
br i1 %54, label %55, label %107
55: ; preds = %51
%56 = load i32**, i32*** %7
%57 = getelementptr inbounds i32*, i32** %56, i64 0
%58 = load i32*, i32** %57
%59 = load i32, i32* %12
%60 = sext i32 %59 to i64
%61 = getelementptr inbounds i32, i32* %58, i64 %60
%62 = load i32, i32* %61
%63 = icmp eq i32 %62, -1
br i1 %63, label %64, label %65
64: ; preds = %55
br label %104
65: ; preds = %55
store i32 0, i32* %13
%66 = load i32**, i32*** %7
%67 = getelementptr inbounds i32*, i32** %66, i64 0
%68 = load i32*, i32** %67
%69 = load i32, i32* %12
%70 = sext i32 %69 to i64
%71 = getelementptr inbounds i32, i32* %68, i64 %70
%72 = load i32, i32* %71
store i32 %72, i32* %13
br label %73
73: ; preds = %100, %65
%74 = load i32, i32* %13
%75 = load i32**, i32*** %7
%76 = getelementptr inbounds i32*, i32** %75, i64 1
%77 = load i32*, i32** %76
%78 = load i32, i32* %12
%79 = sext i32 %78 to i64
%80 = getelementptr inbounds i32, i32* %77, i64 %79
%81 = load i32, i32* %80
%82 = icmp sle i32 %74, %81
br i1 %82, label %83, label %103
83: ; preds = %73
%84 = load i32*, i32** %9
%85 = load i32, i32* %13
%86 = sub nsw i32 %85, 1
%87 = sext i32 %86 to i64
%88 = getelementptr inbounds i32, i32* %84, i64 %87
%89 = load i32, i32* %88
%90 = icmp eq i32 %89, 0
br i1 %90, label %91, label %99
91: ; preds = %83
%92 = load i32*, i32** %9
%93 = load i32, i32* %13
%94 = sub nsw i32 %93, 1
%95 = sext i32 %94 to i64
%96 = getelementptr inbounds i32, i32* %92, i64 %95
store i32 1, i32* %96
%97 = load i32, i32* %10
%98 = add nsw i32 %97, -1
store i32 %98, i32* %10
br label %99
99: ; preds = %91, %83
br label %100
100: ; preds = %99
%101 = load i32, i32* %13
%102 = add nsw i32 %101, 1
store i32 %102, i32* %13
br label %73
103: ; preds = %73
br label %104
104: ; preds = %103, %64
%105 = load i32, i32* %12
%106 = add nsw i32 %105, 1
store i32 %106, i32* %12
br label %51
107: ; preds = %51
%108 = load i32, i32* %10
ret i32 %108
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @calculate_genome_length_excluding_blocks_and_gaps(i8* nocapture %0, i32 %1, i32** nocapture %2, i32 %3) {
%5 = add nsw i32 %1, 1
%6 = tail call i64 @calloc(i32 %5, i32 4)
%7 = inttoptr i64 %6 to i32*
%8 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %8, label %9, label %26
9: ; preds = %4
%10 = zext i32 %1 to i64
%11 = and i64 %10, 1
%12 = icmp eq i32 %1, 1
br i1 %12, label %15, label %13
13: ; preds = %9
%14 = and i64 %10, 4294967294
br label %33
15: ; preds = %50, %9
%16 = phi i32 [ undef, %9 ], [ %51, %50 ]
%17 = phi i64 [ 0, %9 ], [ %52, %50 ]
%18 = phi i32 [ %1, %9 ], [ %51, %50 ]
%19 = icmp eq i64 %11, 0
br i1 %19, label %26, label %20
20: ; preds = %15
%21 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %17
%22 = load i8, i8* %21
switch i8 %22, label %26 [
i8 78, label %23
i8 45, label %23
]
23: ; preds = %20, %20
%24 = getelementptr inbounds i32, i32* %7, i64 %17
store i32 1, i32* %24
%25 = add nsw i32 %18, -1
br label %26
26: ; preds = %15, %23, %20, %4
%27 = phi i32 [ %1, %4 ], [ %16, %15 ], [ %25, %23 ], [ %18, %20 ]
%28 = icmp sgt i32 %3, 0
br i1 %28, label %29, label %89
29: ; preds = %26
%30 = load i32*, i32** %2
%31 = getelementptr inbounds i32*, i32** %2, i64 1
%32 = zext i32 %3 to i64
br label %55
33: ; preds = %50, %13
%34 = phi i64 [ 0, %13 ], [ %52, %50 ]
%35 = phi i32 [ %1, %13 ], [ %51, %50 ]
%36 = phi i64 [ 0, %13 ], [ %53, %50 ]
%37 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %34
%38 = load i8, i8* %37
switch i8 %38, label %42 [
i8 78, label %39
i8 45, label %39
]
39: ; preds = %33, %33
%40 = getelementptr inbounds i32, i32* %7, i64 %34
store i32 1, i32* %40
%41 = add nsw i32 %35, -1
br label %42
42: ; preds = %33, %39
%43 = phi i32 [ %41, %39 ], [ %35, %33 ]
%44 = or i64 %34, 1
%45 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %44
%46 = load i8, i8* %45
switch i8 %46, label %50 [
i8 78, label %47
i8 45, label %47
]
47: ; preds = %42, %42
%48 = getelementptr inbounds i32, i32* %7, i64 %44
store i32 1, i32* %48
%49 = add nsw i32 %43, -1
br label %50
50: ; preds = %47, %42
%51 = phi i32 [ %49, %47 ], [ %43, %42 ]
%52 = add nuw nsw i64 %34, 2
%53 = add i64 %36, 2
%54 = icmp eq i64 %53, %14
br i1 %54, label %15, label %33
55: ; preds = %29, %85
%56 = phi i64 [ 0, %29 ], [ %87, %85 ]
%57 = phi i32 [ %27, %29 ], [ %86, %85 ]
%58 = getelementptr inbounds i32, i32* %30, i64 %56
%59 = load i32, i32* %58
%60 = icmp eq i32 %59, -1
br i1 %60, label %85, label %61
61: ; preds = %55
%62 = load i32*, i32** %31
%63 = getelementptr inbounds i32, i32* %62, i64 %56
%64 = load i32, i32* %63
%65 = icmp sgt i32 %59, %64
br i1 %65, label %85, label %66
66: ; preds = %61
%67 = sext i32 %59 to i64
br label %68
68: ; preds = %66, %79
%69 = phi i32 [ %64, %66 ], [ %80, %79 ]
%70 = phi i64 [ %67, %66 ], [ %82, %79 ]
%71 = phi i32 [ %57, %66 ], [ %81, %79 ]
%72 = add nsw i64 %70, -1
%73 = getelementptr inbounds i32, i32* %7, i64 %72
%74 = load i32, i32* %73
%75 = icmp eq i32 %74, 0
br i1 %75, label %76, label %79
76: ; preds = %68
store i32 1, i32* %73
%77 = add nsw i32 %71, -1
%78 = load i32, i32* %63
br label %79
79: ; preds = %68, %76
%80 = phi i32 [ %78, %76 ], [ %69, %68 ]
%81 = phi i32 [ %77, %76 ], [ %71, %68 ]
%82 = add nsw i64 %70, 1
%83 = sext i32 %80 to i64
%84 = icmp slt i64 %70, %83
br i1 %84, label %68, label %85
85: ; preds = %79, %61, %55
%86 = phi i32 [ %57, %55 ], [ %57, %61 ], [ %81, %79 ]
%87 = add nuw nsw i64 %56, 1
%88 = icmp eq i64 %87, %32
br i1 %88, label %89, label %55
89: ; preds = %85, %26
%90 = phi i32 [ %27, %26 ], [ %86, %85 ]
ret i32 %90
}