#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
double calc_gz_average(double *, unsigned long);
double sqrt(double);
double calc_gz_sigma(double *phi, unsigned long nvox) {
  unsigned long m = 0, t = 0;
  double ave = 0.0, varsum = 0.0;
  ave = calc_gz_average(phi, nvox);
  for (m = 0; m < nvox; m++) {
    if (*(phi + m) > 0) {
      varsum += (*(phi + m) - ave) * (*(phi + m) - ave);
      ++t;
    }
  }
  if (t > 0)
    return sqrt((varsum) / ((double)t));
  else
    return 0.0;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<calc_gz_sigma>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x40,%rsp
mov    %rdi,-0x10(%rbp)
mov    %rsi,-0x18(%rbp)
movq   $0x0,-0x20(%rbp)
movq   $0x0,-0x28(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x30(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x38(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rdi
mov    -0x18(%rbp),%rsi
call   1030 <calc_gz_average@plt>
movsd  %xmm0,-0x30(%rbp)
movq   $0x0,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%rax
cmp    -0x18(%rbp),%rax
jae    11ea <calc_gz_sigma+0xca>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
xorps  %xmm1,%xmm1
ucomisd %xmm1,%xmm0
jbe    11d4 <calc_gz_sigma+0xb4>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
subsd  -0x30(%rbp),%xmm0
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm2
subsd  -0x30(%rbp),%xmm2
movsd  -0x38(%rbp),%xmm1
mulsd  %xmm2,%xmm0
addsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x38(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x28(%rbp)
jmp    11d9 <calc_gz_sigma+0xb9>
mov    -0x20(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x20(%rbp)
jmp    116a <calc_gz_sigma+0x4a>
cmpq   $0x0,-0x28(%rbp)
jbe    1234 <calc_gz_sigma+0x114>
movsd  -0x38(%rbp),%xmm0
movaps 0xdff(%rip),%xmm2
movq   -0x28(%rbp),%xmm1
punpckldq %xmm2,%xmm1
movapd 0xdfe(%rip),%xmm2
subpd  %xmm2,%xmm1
movaps %xmm1,%xmm2
unpckhpd %xmm1,%xmm1
addsd  %xmm2,%xmm1
divsd  %xmm1,%xmm0
call   1040 <sqrt@plt>
movsd  %xmm0,-0x8(%rbp)
jmp    123c <calc_gz_sigma+0x11c>
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x8(%rbp)
movsd  -0x8(%rbp),%xmm0
add    $0x40,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<calc_gz_sigma>:
push   %r14
push   %rbx
push   %rax
mov    %rsi,%r14
mov    %rdi,%rbx
call   1030 <calc_gz_average@plt>
test   %r14,%r14
je     11ad <calc_gz_sigma+0x8d>
movapd %xmm0,%xmm1
cmp    $0x1,%r14
jne    11b9 <calc_gz_sigma+0x99>
xorpd  %xmm0,%xmm0
xor    %eax,%eax
xor    %ecx,%ecx
test   $0x1,%r14b
je     116f <calc_gz_sigma+0x4f>
movsd  (%rbx,%rcx,8),%xmm2
xorpd  %xmm3,%xmm3
xor    %ecx,%ecx
ucomisd %xmm3,%xmm2
seta   %cl
jbe    116c <calc_gz_sigma+0x4c>
subsd  %xmm1,%xmm2
mulsd  %xmm2,%xmm2
addsd  %xmm2,%xmm0
add    %rcx,%rax
test   %rax,%rax
je     11ad <calc_gz_sigma+0x8d>
movq   %rax,%xmm1
punpckldq 0xe7f(%rip),%xmm1
subpd  0xe87(%rip),%xmm1
movapd %xmm1,%xmm2
unpckhpd %xmm1,%xmm2
addsd  %xmm1,%xmm2
divsd  %xmm2,%xmm0
xorpd  %xmm1,%xmm1
ucomisd %xmm1,%xmm0
jb     1224 <calc_gz_sigma+0x104>
sqrtsd %xmm0,%xmm0
jmp    11b1 <calc_gz_sigma+0x91>
xorpd  %xmm0,%xmm0
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r14
ret
mov    %r14,%rdi
and    $0xfffffffffffffffe,%rdi
xorpd  %xmm2,%xmm2
xor    %eax,%eax
xorpd  %xmm0,%xmm0
xor    %ecx,%ecx
jmp    11e3 <calc_gz_sigma+0xc3>
xchg   %ax,%ax
mov    %dl,%sil
add    %rsi,%rax
add    $0x2,%rcx
cmp    %rcx,%rdi
je     1146 <calc_gz_sigma+0x26>
movsd  (%rbx,%rcx,8),%xmm3
xor    %esi,%esi
ucomisd %xmm2,%xmm3
seta   %dl
jbe    11ff <calc_gz_sigma+0xdf>
subsd  %xmm1,%xmm3
mulsd  %xmm3,%xmm3
addsd  %xmm3,%xmm0
movsd  0x8(%rbx,%rcx,8),%xmm3
mov    %dl,%sil
add    %rsi,%rax
xor    %esi,%esi
ucomisd %xmm2,%xmm3
seta   %dl
jbe    11d0 <calc_gz_sigma+0xb0>
subsd  %xmm1,%xmm3
mulsd  %xmm3,%xmm3
addsd  %xmm3,%xmm0
jmp    11d0 <calc_gz_sigma+0xb0>
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r14
jmp    1040 <sqrt@plt>

LLVM IR (-O0):
define double @calc_gz_sigma(double* %0, i64 %1) {
%3 = alloca double
%4 = alloca double*
%5 = alloca i64
%6 = alloca i64
%7 = alloca i64
%8 = alloca double
%9 = alloca double
store double* %0, double** %4
store i64 %1, i64* %5
store i64 0, i64* %6
store i64 0, i64* %7
store double 0.000000e+00, double* %8
store double 0.000000e+00, double* %9
%10 = load double*, double** %4
%11 = load i64, i64* %5
%12 = call double @calc_gz_average(double* %10, i64 %11)
store double %12, double* %8
store i64 0, i64* %6
br label %13
13: ; preds = %41, %2
%14 = load i64, i64* %6
%15 = load i64, i64* %5
%16 = icmp ult i64 %14, %15
br i1 %16, label %17, label %44
17: ; preds = %13
%18 = load double*, double** %4
%19 = load i64, i64* %6
%20 = getelementptr inbounds double, double* %18, i64 %19
%21 = load double, double* %20
%22 = fcmp ogt double %21, 0.000000e+00
br i1 %22, label %23, label %40
23: ; preds = %17
%24 = load double*, double** %4
%25 = load i64, i64* %6
%26 = getelementptr inbounds double, double* %24, i64 %25
%27 = load double, double* %26
%28 = load double, double* %8
%29 = fsub double %27, %28
%30 = load double*, double** %4
%31 = load i64, i64* %6
%32 = getelementptr inbounds double, double* %30, i64 %31
%33 = load double, double* %32
%34 = load double, double* %8
%35 = fsub double %33, %34
%36 = load double, double* %9
%37 = call double @llvm.fmuladd.f64(double %29, double %35, double %36)
store double %37, double* %9
%38 = load i64, i64* %7
%39 = add i64 %38, 1
store i64 %39, i64* %7
br label %40
40: ; preds = %23, %17
br label %41
41: ; preds = %40
%42 = load i64, i64* %6
%43 = add i64 %42, 1
store i64 %43, i64* %6
br label %13
44: ; preds = %13
%45 = load i64, i64* %7
%46 = icmp ugt i64 %45, 0
br i1 %46, label %47, label %53
47: ; preds = %44
%48 = load double, double* %9
%49 = load i64, i64* %7
%50 = uitofp i64 %49 to double
%51 = fdiv double %48, %50
%52 = call double @sqrt(double %51)
store double %52, double* %3
br label %54
53: ; preds = %44
store double 0.000000e+00, double* %3
br label %54
54: ; preds = %53, %47
%55 = load double, double* %3
ret double %55
}

LLVM IR (-O2):
define double @calc_gz_sigma(double* %0, i64 %1) {
%3 = tail call double @calc_gz_average(double* %0, i64 %1)
%4 = icmp eq i64 %1, 0
br i1 %4, label %59, label %5
5: ; preds = %2
%6 = and i64 %1, 1
%7 = icmp eq i64 %1, 1
br i1 %7, label %35, label %8
8: ; preds = %5
%9 = and i64 %1, -2
br label %10
10: ; preds = %10, %8
%11 = phi double [ 0.000000e+00, %8 ], [ %31, %10 ]
%12 = phi i64 [ 0, %8 ], [ %30, %10 ]
%13 = phi i64 [ 0, %8 ], [ %32, %10 ]
%14 = phi i64 [ 0, %8 ], [ %33, %10 ]
%15 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %13
%16 = load double, double* %15
%17 = fcmp ogt double %16, 0.000000e+00
%18 = fsub double %16, %3
%19 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %18, double %18, double %11)
%20 = zext i1 %17 to i64
%21 = add i64 %12, %20
%22 = select i1 %17, double %19, double %11
%23 = or i64 %13, 1
%24 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %23
%25 = load double, double* %24
%26 = fcmp ogt double %25, 0.000000e+00
%27 = fsub double %25, %3
%28 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %27, double %27, double %22)
%29 = zext i1 %26 to i64
%30 = add i64 %21, %29
%31 = select i1 %26, double %28, double %22
%32 = add nuw i64 %13, 2
%33 = add i64 %14, 2
%34 = icmp eq i64 %33, %9
br i1 %34, label %35, label %10
35: ; preds = %10, %5
%36 = phi i64 [ undef, %5 ], [ %30, %10 ]
%37 = phi double [ undef, %5 ], [ %31, %10 ]
%38 = phi double [ 0.000000e+00, %5 ], [ %31, %10 ]
%39 = phi i64 [ 0, %5 ], [ %30, %10 ]
%40 = phi i64 [ 0, %5 ], [ %32, %10 ]
%41 = icmp eq i64 %6, 0
br i1 %41, label %51, label %42
42: ; preds = %35
%43 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %40
%44 = load double, double* %43
%45 = fcmp ogt double %44, 0.000000e+00
%46 = fsub double %44, %3
%47 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %46, double %46, double %38)
%48 = zext i1 %45 to i64
%49 = add i64 %39, %48
%50 = select i1 %45, double %47, double %38
br label %51
51: ; preds = %35, %42
%52 = phi i64 [ %36, %35 ], [ %49, %42 ]
%53 = phi double [ %37, %35 ], [ %50, %42 ]
%54 = icmp eq i64 %52, 0
br i1 %54, label %59, label %55
55: ; preds = %51
%56 = uitofp i64 %52 to double
%57 = fdiv double %53, %56
%58 = tail call double @sqrt(double %57)
br label %59
59: ; preds = %2, %51, %55
%60 = phi double [ %58, %55 ], [ 0.000000e+00, %51 ], [ 0.000000e+00, %2 ]
ret double %60
}