#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ fprintf(int /*<<< orphan*/, char *, char);
int /*<<< orphan*/ stderr;
int strlen(char *);
int smoothsec(char *sec, int minhelixlen, int minstrandlen) {
  int i, j, k, l;
  int len, add;
  len = strlen(sec);
  for (j = 0; j < len; ++j) {
    if (sec[j] == 'H') {
      add = 0;
      for (k = j; k < len; ++k) {
        if (sec[k] == 'H')
          add++;
        else
          break;
      }
      if (add < minhelixlen) {
        for (l = j; l < k; ++l)
          sec[l] = 'c';
      }
      j = k - 1;
    } else if (sec[j] == 'B') {
      add = 0;
      for (k = j; k < len; ++k) {
        if (sec[k] == 'B')
          add++;
        else
          break;
      }
      if (add < minstrandlen) {
        for (l = j; l < k; ++l)
          sec[l] = 'c';
      }
      j = k - 1;
    } else if (sec[j] != 'c' && sec[j] != ' ') {
      fprintf(stderr,
              "error: unrecognised secondary structure character found: %c\n",
              sec[j]);
      return -1;
    }
  }
  return 0;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<smoothsec>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x10(%rbp)
mov    %esi,-0x14(%rbp)
mov    %edx,-0x18(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x2c(%rbp),%eax
jge    132d <smoothsec+0x20d>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x48,%eax
jne    1205 <smoothsec+0xe5>
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x2c(%rbp),%eax
jge    11ba <smoothsec+0x9a>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x48,%eax
jne    11a2 <smoothsec+0x82>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    11a7 <smoothsec+0x87>
jmp    11ba <smoothsec+0x9a>
jmp    11ac <smoothsec+0x8c>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1173 <smoothsec+0x53>
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    11f7 <smoothsec+0xd7>
mov    -0x20(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jge    11f2 <smoothsec+0xd2>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movb   $0x63,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    11cc <smoothsec+0xac>
jmp    11f7 <smoothsec+0xd7>
mov    -0x24(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    131a <smoothsec+0x1fa>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x42,%eax
jne    12b9 <smoothsec+0x199>
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x2c(%rbp),%eax
jge    126e <smoothsec+0x14e>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x42,%eax
jne    1256 <smoothsec+0x136>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    125b <smoothsec+0x13b>
jmp    126e <smoothsec+0x14e>
jmp    1260 <smoothsec+0x140>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1227 <smoothsec+0x107>
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0x18(%rbp),%eax
jge    12ab <smoothsec+0x18b>
mov    -0x20(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jge    12a6 <smoothsec+0x186>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movb   $0x63,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    1280 <smoothsec+0x160>
jmp    12ab <smoothsec+0x18b>
mov    -0x24(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    1315 <smoothsec+0x1f5>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x63,%eax
je     1310 <smoothsec+0x1f0>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x20,%eax
je     1310 <smoothsec+0x1f0>
mov    0x2cf6(%rip),%rax
mov    (%rax),%edi
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
lea    0xd05(%rip),%rsi
movsbl (%rax,%rcx,1),%edx
call   1040 <fprintf@plt>
movl   $0xffffffff,-0x4(%rbp)
jmp    1334 <smoothsec+0x214>
jmp    1315 <smoothsec+0x1f5>
jmp    131a <smoothsec+0x1fa>
jmp    131f <smoothsec+0x1ff>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    1145 <smoothsec+0x25>
movl   $0x0,-0x4(%rbp)
mov    -0x4(%rbp),%eax
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<smoothsec>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x18,%rsp
mov    %edx,0xc(%rsp)
mov    %esi,0x8(%rsp)
mov    %rdi,%r14
call   1030 <strlen@plt>
test   %eax,%eax
jle    1281 <smoothsec+0x151>
mov    %eax,%r15d
mov    %eax,%r12d
lea    0x1(%r14),%rax
mov    %rax,0x10(%rsp)
add    $0xffffffffffffffff,%r12
xor    %eax,%eax
jmp    1183 <smoothsec+0x53>
nopl   (%rax)
mov    %eax,%r13d
add    $0x1,%r13d
mov    %r13d,%eax
cmp    %r15d,%r13d
jge    1281 <smoothsec+0x151>
movslq %eax,%rdi
mov    (%r14,%rdi,1),%cl
cmp    $0x47,%cl
jg     11e0 <smoothsec+0xb0>
cmp    $0x20,%cl
je     1170 <smoothsec+0x40>
cmp    $0x42,%cl
jne    1292 <smoothsec+0x162>
xor    %ebp,%ebp
mov    %r15d,%edx
mov    %eax,%esi
sub    %eax,%edx
jle    123c <smoothsec+0x10c>
mov    0x10(%rsp),%rcx
lea    (%rcx,%rdi,1),%rsi
mov    %r12,%rbx
sub    %rdi,%rbx
xor    %ecx,%ecx
nopl   (%rax)
cmp    %rcx,%rbx
je     1237 <smoothsec+0x107>
lea    0x1(%rcx),%rbp
cmpb   $0x42,(%rsi,%rcx,1)
mov    %rbp,%rcx
je     11c0 <smoothsec+0x90>
lea    (%rax,%rbp,1),%esi
jmp    123c <smoothsec+0x10c>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
cmp    $0x48,%cl
je     1200 <smoothsec+0xd0>
mov    %eax,%r13d
cmp    $0x63,%cl
je     1173 <smoothsec+0x43>
jmp    1292 <smoothsec+0x162>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
xor    %ebp,%ebp
mov    %r15d,%edx
mov    %eax,%esi
sub    %eax,%edx
jle    1250 <smoothsec+0x120>
mov    0x10(%rsp),%rcx
lea    (%rcx,%rdi,1),%rsi
mov    %r12,%rbx
sub    %rdi,%rbx
xor    %ecx,%ecx
nopl   0x0(%rax)
cmp    %rcx,%rbx
je     124b <smoothsec+0x11b>
lea    0x1(%rcx),%rbp
cmpb   $0x48,(%rsi,%rcx,1)
mov    %rbp,%rcx
je     1220 <smoothsec+0xf0>
lea    (%rax,%rbp,1),%esi
jmp    1250 <smoothsec+0x120>
mov    %r15d,%esi
mov    %edx,%ebp
lea    -0x1(%rsi),%r13d
cmp    0xc(%rsp),%ebp
jl     125e <smoothsec+0x12e>
jmp    1173 <smoothsec+0x43>
mov    %r15d,%esi
mov    %edx,%ebp
lea    -0x1(%rsi),%r13d
cmp    0x8(%rsp),%ebp
jge    1173 <smoothsec+0x43>
cmp    %esi,%eax
jge    1173 <smoothsec+0x43>
add    %r14,%rdi
mov    %r13d,%edx
sub    %eax,%edx
add    $0x1,%rdx
mov    $0x63,%esi
call   1040 <memset@plt>
jmp    1173 <smoothsec+0x43>
xor    %eax,%eax
add    $0x18,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret
mov    0x2d47(%rip),%rax
mov    (%rax),%edi
movsbl %cl,%edx
lea    0xd5b(%rip),%rsi
call   1050 <fprintf@plt>
mov    $0xffffffff,%eax
jmp    1283 <smoothsec+0x153>

LLVM IR (-O0):
@stderr = global i32 0
@.str = [61 x i8] c"error: unrecognised secondary structure character found: %c\0A\00"
define i32 @smoothsec(i8* %0, i32 %1, i32 %2) {
%4 = alloca i32
%5 = alloca i8*
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
store i8* %0, i8** %5
store i32 %1, i32* %6
store i32 %2, i32* %7
%14 = load i8*, i8** %5
%15 = call i32 @strlen(i8* %14)
store i32 %15, i32* %12
store i32 0, i32* %9
br label %16
16: ; preds = %151, %3
%17 = load i32, i32* %9
%18 = load i32, i32* %12
%19 = icmp slt i32 %17, %18
br i1 %19, label %20, label %154
20: ; preds = %16
%21 = load i8*, i8** %5
%22 = load i32, i32* %9
%23 = sext i32 %22 to i64
%24 = getelementptr inbounds i8, i8* %21, i64 %23
%25 = load i8, i8* %24
%26 = sext i8 %25 to i32
%27 = icmp eq i32 %26, 72
br i1 %27, label %28, label %72
28: ; preds = %20
store i32 0, i32* %13
%29 = load i32, i32* %9
store i32 %29, i32* %10
br label %30
30: ; preds = %47, %28
%31 = load i32, i32* %10
%32 = load i32, i32* %12
%33 = icmp slt i32 %31, %32
br i1 %33, label %34, label %50
34: ; preds = %30
%35 = load i8*, i8** %5
%36 = load i32, i32* %10
%37 = sext i32 %36 to i64
%38 = getelementptr inbounds i8, i8* %35, i64 %37
%39 = load i8, i8* %38
%40 = sext i8 %39 to i32
%41 = icmp eq i32 %40, 72
br i1 %41, label %42, label %45
42: ; preds = %34
%43 = load i32, i32* %13
%44 = add nsw i32 %43, 1
store i32 %44, i32* %13
br label %46
45: ; preds = %34
br label %50
46: ; preds = %42
br label %47
47: ; preds = %46
%48 = load i32, i32* %10
%49 = add nsw i32 %48, 1
store i32 %49, i32* %10
br label %30
50: ; preds = %45, %30
%51 = load i32, i32* %13
%52 = load i32, i32* %6
%53 = icmp slt i32 %51, %52
br i1 %53, label %54, label %69
54: ; preds = %50
%55 = load i32, i32* %9
store i32 %55, i32* %11
br label %56
56: ; preds = %65, %54
%57 = load i32, i32* %11
%58 = load i32, i32* %10
%59 = icmp slt i32 %57, %58
br i1 %59, label %60, label %68
60: ; preds = %56
%61 = load i8*, i8** %5
%62 = load i32, i32* %11
%63 = sext i32 %62 to i64
%64 = getelementptr inbounds i8, i8* %61, i64 %63
store i8 99, i8* %64
br label %65
65: ; preds = %60
%66 = load i32, i32* %11
%67 = add nsw i32 %66, 1
store i32 %67, i32* %11
br label %56
68: ; preds = %56
br label %69
69: ; preds = %68, %50
%70 = load i32, i32* %10
%71 = sub nsw i32 %70, 1
store i32 %71, i32* %9
br label %150
72: ; preds = %20
%73 = load i8*, i8** %5
%74 = load i32, i32* %9
%75 = sext i32 %74 to i64
%76 = getelementptr inbounds i8, i8* %73, i64 %75
%77 = load i8, i8* %76
%78 = sext i8 %77 to i32
%79 = icmp eq i32 %78, 66
br i1 %79, label %80, label %124
80: ; preds = %72
store i32 0, i32* %13
%81 = load i32, i32* %9
store i32 %81, i32* %10
br label %82
82: ; preds = %99, %80
%83 = load i32, i32* %10
%84 = load i32, i32* %12
%85 = icmp slt i32 %83, %84
br i1 %85, label %86, label %102
86: ; preds = %82
%87 = load i8*, i8** %5
%88 = load i32, i32* %10
%89 = sext i32 %88 to i64
%90 = getelementptr inbounds i8, i8* %87, i64 %89
%91 = load i8, i8* %90
%92 = sext i8 %91 to i32
%93 = icmp eq i32 %92, 66
br i1 %93, label %94, label %97
94: ; preds = %86
%95 = load i32, i32* %13
%96 = add nsw i32 %95, 1
store i32 %96, i32* %13
br label %98
97: ; preds = %86
br label %102
98: ; preds = %94
br label %99
99: ; preds = %98
%100 = load i32, i32* %10
%101 = add nsw i32 %100, 1
store i32 %101, i32* %10
br label %82
102: ; preds = %97, %82
%103 = load i32, i32* %13
%104 = load i32, i32* %7
%105 = icmp slt i32 %103, %104
br i1 %105, label %106, label %121
106: ; preds = %102
%107 = load i32, i32* %9
store i32 %107, i32* %11
br label %108
108: ; preds = %117, %106
%109 = load i32, i32* %11
%110 = load i32, i32* %10
%111 = icmp slt i32 %109, %110
br i1 %111, label %112, label %120
112: ; preds = %108
%113 = load i8*, i8** %5
%114 = load i32, i32* %11
%115 = sext i32 %114 to i64
%116 = getelementptr inbounds i8, i8* %113, i64 %115
store i8 99, i8* %116
br label %117
117: ; preds = %112
%118 = load i32, i32* %11
%119 = add nsw i32 %118, 1
store i32 %119, i32* %11
br label %108
120: ; preds = %108
br label %121
121: ; preds = %120, %102
%122 = load i32, i32* %10
%123 = sub nsw i32 %122, 1
store i32 %123, i32* %9
br label %149
124: ; preds = %72
%125 = load i8*, i8** %5
%126 = load i32, i32* %9
%127 = sext i32 %126 to i64
%128 = getelementptr inbounds i8, i8* %125, i64 %127
%129 = load i8, i8* %128
%130 = sext i8 %129 to i32
%131 = icmp ne i32 %130, 99
br i1 %131, label %132, label %148
132: ; preds = %124
%133 = load i8*, i8** %5
%134 = load i32, i32* %9
%135 = sext i32 %134 to i64
%136 = getelementptr inbounds i8, i8* %133, i64 %135
%137 = load i8, i8* %136
%138 = sext i8 %137 to i32
%139 = icmp ne i32 %138, 32
br i1 %139, label %140, label %148
140: ; preds = %132
%141 = load i32, i32* @stderr
%142 = load i8*, i8** %5
%143 = load i32, i32* %9
%144 = sext i32 %143 to i64
%145 = getelementptr inbounds i8, i8* %142, i64 %144
%146 = load i8, i8* %145
%147 = call i32 @fprintf(i32 %141, i8* getelementptr inbounds ([61 x i8], [61 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i8 signext %146)
store i32 -1, i32* %4
br label %155
148: ; preds = %132, %124
br label %149
149: ; preds = %148, %121
br label %150
150: ; preds = %149, %69
br label %151
151: ; preds = %150
%152 = load i32, i32* %9
%153 = add nsw i32 %152, 1
store i32 %153, i32* %9
br label %16
154: ; preds = %16
store i32 0, i32* %4
br label %155
155: ; preds = %154, %140
%156 = load i32, i32* %4
ret i32 %156
}

LLVM IR (-O2):
@stderr = global i32 0
@.str = [61 x i8] c"error: unrecognised secondary structure character found: %c\0A\00"
define i32 @smoothsec(i8* %0, i32 %1, i32 %2) {
%4 = tail call i32 @strlen(i8* %0)
%5 = icmp sgt i32 %4, 0
br i1 %5, label %6, label %71
6: ; preds = %3
%7 = zext i32 %4 to i64
br label %8
8: ; preds = %6, %67
%9 = phi i32 [ %69, %67 ], [ 0, %6 ]
%10 = sext i32 %9 to i64
%11 = getelementptr i8, i8* %0, i64 %10
%12 = load i8, i8* %11
switch i8 %12, label %59 [
i8 72, label %17
i8 66, label %13
i8 99, label %67
i8 32, label %67
]
13: ; preds = %8
%14 = icmp sgt i32 %4, %9
br i1 %14, label %15, label %52
15: ; preds = %13
%16 = sub i32 %4, %9
br label %40
17: ; preds = %8
%18 = icmp sgt i32 %4, %9
br i1 %18, label %19, label %33
19: ; preds = %17
%20 = sub i32 %4, %9
br label %21
21: ; preds = %19, %26
%22 = phi i32 [ 0, %19 ], [ %27, %26 ]
%23 = phi i64 [ %10, %19 ], [ %24, %26 ]
%24 = add nsw i64 %23, 1
%25 = icmp eq i64 %24, %7
br i1 %25, label %33, label %26
26: ; preds = %21
%27 = add nuw nsw i32 %22, 1
%28 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %24
%29 = load i8, i8* %28
%30 = icmp eq i8 %29, 72
br i1 %30, label %21, label %31
31: ; preds = %26
%32 = trunc i64 %24 to i32
br label %33
33: ; preds = %21, %31, %17
%34 = phi i32 [ %9, %17 ], [ %32, %31 ], [ %4, %21 ]
%35 = phi i32 [ 0, %17 ], [ %27, %31 ], [ %20, %21 ]
%36 = icmp slt i32 %35, %1
%37 = icmp slt i32 %9, %34
%38 = select i1 %36, i1 %37, i1 false
%39 = add nsw i32 %34, -1
br i1 %38, label %62, label %67
40: ; preds = %15, %45
%41 = phi i32 [ 0, %15 ], [ %46, %45 ]
%42 = phi i64 [ %10, %15 ], [ %43, %45 ]
%43 = add nsw i64 %42, 1
%44 = icmp eq i64 %43, %7
br i1 %44, label %52, label %45
45: ; preds = %40
%46 = add nuw nsw i32 %41, 1
%47 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %43
%48 = load i8, i8* %47
%49 = icmp eq i8 %48, 66
br i1 %49, label %40, label %50
50: ; preds = %45
%51 = trunc i64 %43 to i32
br label %52
52: ; preds = %40, %50, %13
%53 = phi i32 [ %9, %13 ], [ %51, %50 ], [ %4, %40 ]
%54 = phi i32 [ 0, %13 ], [ %46, %50 ], [ %16, %40 ]
%55 = icmp slt i32 %54, %2
%56 = icmp slt i32 %9, %53
%57 = select i1 %55, i1 %56, i1 false
%58 = add nsw i32 %53, -1
br i1 %57, label %62, label %67
59: ; preds = %8
%60 = load i32, i32* @stderr
%61 = tail call i32 @fprintf(i32 %60, i8* getelementptr inbounds ([61 x i8], [61 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i8 signext %12)
br label %71
62: ; preds = %52, %33
%63 = phi i32 [ %39, %33 ], [ %58, %52 ]
%64 = sub i32 %63, %9
%65 = zext i32 %64 to i64
%66 = add nuw nsw i64 %65, 1
br label %67
67: ; preds = %62, %52, %33, %8, %8
%68 = phi i32 [ %9, %8 ], [ %9, %8 ], [ %39, %33 ], [ %58, %52 ], [ %63, %62 ]
%69 = add nsw i32 %68, 1
%70 = icmp slt i32 %69, %4
br i1 %70, label %8, label %71
71: ; preds = %67, %3, %59
%72 = phi i32 [ -1, %59 ], [ 0, %3 ], [ 0, %67 ]
ret i32 %72
}