#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ free(int *);
scalar_t__ sre_malloc(char *, int, int);
int strlen(char *);
int make_ref_alilist(int *ref, char *k1, char *k2, char *s1, char *s2,
                     int **ret_s1_list, int *ret_listlen) {
  int *s1_list;
  int col;
  int r1, r2;
  int *canons1;
  int lpos;
  s1_list = (int *)sre_malloc(
      "/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/"
      "2022-01-22/02-19-57/repos/vinuesa/get_phylomarkers/refs/heads/master/"
      "bin/clustal-omega-1.2.4/src/squid/aligneval.c",
      234, (sizeof(int) * strlen(s1)));
  canons1 = (int *)sre_malloc(
      "/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/"
      "2022-01-22/02-19-57/repos/vinuesa/get_phylomarkers/refs/heads/master/"
      "bin/clustal-omega-1.2.4/src/squid/aligneval.c",
      235, (sizeof(int) * strlen(s1)));
  r1 = 0;
  for (col = 0; k1[col] != '\0'; col++) {
    if (!((k1[col]) == ' ' || (k1[col]) == '.' || (k1[col]) == '_' ||
          (k1[col]) == '-' || (k1[col]) == '~')) {
      canons1[r1] = ref[col] ? 1 : 0;
      r1++;
    }
  }
  r1 = r2 = lpos = 0;
  for (col = 0; s1[col] != '\0'; col++) {
    if (!((s1[col]) == ' ' || (s1[col]) == '.' || (s1[col]) == '_' ||
          (s1[col]) == '-' || (s1[col]) == '~') &&
        canons1[r1]) {
      s1_list[lpos] = ((s2[col]) == ' ' || (s2[col]) == '.' ||
                       (s2[col]) == '_' || (s2[col]) == '-' || (s2[col]) == '~')
                          ? -1
                          : r2;
      lpos++;
    }
    if (!((s1[col]) == ' ' || (s1[col]) == '.' || (s1[col]) == '_' ||
          (s1[col]) == '-' || (s1[col]) == '~'))
      r1++;
    if (!((s2[col]) == ' ' || (s2[col]) == '.' || (s2[col]) == '_' ||
          (s2[col]) == '-' || (s2[col]) == '~'))
      r2++;
  }
  free(canons1);
  *ret_listlen = lpos;
  *ret_s1_list = s1_list;
  return 1;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<make_ref_alilist>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x60,%rsp
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8,-0x28(%rbp)
mov    %r9,-0x30(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%rdi
call   1040 <strlen@plt>
cltq
shl    $0x2,%rax
mov    %eax,%edx
lea    0xe94(%rip),%rdi
mov    $0xea,%esi
call   1050 <sre_malloc@plt>
mov    %rax,-0x38(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%rdi
call   1040 <strlen@plt>
cltq
shl    $0x2,%rax
mov    %eax,%edx
lea    0xe6e(%rip),%rdi
mov    $0xeb,%esi
call   1050 <sre_malloc@plt>
mov    %rax,-0x50(%rbp)
movl   $0x0,-0x40(%rbp)
movl   $0x0,-0x3c(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x0,%eax
je     126b <make_ref_alilist+0x13b>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x20,%eax
je     1258 <make_ref_alilist+0x128>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2e,%eax
je     1258 <make_ref_alilist+0x128>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x5f,%eax
je     1258 <make_ref_alilist+0x128>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     1258 <make_ref_alilist+0x128>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x7e,%eax
je     1258 <make_ref_alilist+0x128>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%ecx
xor    %edx,%edx
mov    $0x1,%eax
cmp    $0x0,%ecx
cmovne %eax,%edx
mov    -0x50(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x40(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x40(%rbp)
jmp    125d <make_ref_alilist+0x12d>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
jmp    11ae <make_ref_alilist+0x7e>
movl   $0x0,-0x54(%rbp)
movl   $0x0,-0x44(%rbp)
movl   $0x0,-0x40(%rbp)
movl   $0x0,-0x3c(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x0,%eax
je     14a1 <make_ref_alilist+0x371>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x20,%eax
je     13aa <make_ref_alilist+0x27a>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2e,%eax
je     13aa <make_ref_alilist+0x27a>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x5f,%eax
je     13aa <make_ref_alilist+0x27a>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     13aa <make_ref_alilist+0x27a>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x7e,%eax
je     13aa <make_ref_alilist+0x27a>
mov    -0x50(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
je     13aa <make_ref_alilist+0x27a>
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x20,%eax
je     1380 <make_ref_alilist+0x250>
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2e,%eax
je     1380 <make_ref_alilist+0x250>
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x5f,%eax
je     1380 <make_ref_alilist+0x250>
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     1380 <make_ref_alilist+0x250>
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x7e,%eax
jne    138d <make_ref_alilist+0x25d>
mov    $0xffffffff,%eax
mov    %eax,-0x58(%rbp)
jmp    1393 <make_ref_alilist+0x263>
mov    -0x44(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x58(%rbp)
mov    -0x58(%rbp),%edx
mov    -0x38(%rbp),%rax
movslq -0x54(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x54(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x54(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x20,%eax
je     141c <make_ref_alilist+0x2ec>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2e,%eax
je     141c <make_ref_alilist+0x2ec>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x5f,%eax
je     141c <make_ref_alilist+0x2ec>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     141c <make_ref_alilist+0x2ec>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x7e,%eax
je     141c <make_ref_alilist+0x2ec>
mov    -0x40(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x40(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x20,%eax
je     148e <make_ref_alilist+0x35e>
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2e,%eax
je     148e <make_ref_alilist+0x35e>
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x5f,%eax
je     148e <make_ref_alilist+0x35e>
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     148e <make_ref_alilist+0x35e>
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x7e,%eax
je     148e <make_ref_alilist+0x35e>
mov    -0x44(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x44(%rbp)
jmp    1493 <make_ref_alilist+0x363>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
jmp    1287 <make_ref_alilist+0x157>
mov    -0x50(%rbp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    -0x54(%rbp),%ecx
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    %ecx,(%rax)
mov    -0x38(%rbp),%rcx
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
mov    $0x1,%eax
add    $0x60,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<make_ref_alilist>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
push   %rax
mov    %r9,(%rsp)
mov    %r8,%r15
mov    %rcx,%r13
mov    %rsi,%rbx
mov    %rdi,%rbp
mov    %rcx,%rdi
call   1040 <strlen@plt>
lea    0x0(,%rax,4),%edx
lea    0xe9f(%rip),%r14
mov    %r14,%rdi
mov    $0xea,%esi
call   1050 <sre_malloc@plt>
mov    %rax,%r12
mov    %r13,%rdi
call   1040 <strlen@plt>
lea    0x0(,%rax,4),%edx
mov    %r14,%rdi
mov    $0xeb,%esi
call   1050 <sre_malloc@plt>
xor    %ecx,%ecx
xor    %edx,%edx
jmp    11b4 <make_ref_alilist+0x84>
xor    %esi,%esi
cmpl   $0x0,0x0(%rbp,%rcx,4)
setne  %sil
movslq %edx,%rdx
mov    %esi,(%rax,%rdx,4)
add    $0x1,%edx
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%rcx
movzbl (%rbx,%rcx,1),%esi
cmp    $0x5e,%sil
jg     11e0 <make_ref_alilist+0xb0>
lea    -0x2d(%rsi),%edi
cmp    $0x2,%dil
jb     11b0 <make_ref_alilist+0x80>
cmp    $0x20,%sil
je     11b0 <make_ref_alilist+0x80>
test   %sil,%sil
jne    1193 <make_ref_alilist+0x63>
jmp    11ee <make_ref_alilist+0xbe>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
cmp    $0x5f,%sil
je     11b0 <make_ref_alilist+0x80>
cmp    $0x7e,%sil
je     11b0 <make_ref_alilist+0x80>
jmp    1193 <make_ref_alilist+0x63>
xor    %ecx,%ecx
movabs $0x8000000000006001,%rdx
mov    $0xffffffff,%r8d
xor    %edi,%edi
xor    %r9d,%r9d
xor    %r14d,%r14d
jmp    1222 <make_ref_alilist+0xf2>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
movzbl %bpl,%ebp
bt     %rbp,%rdx
jae    12c5 <make_ref_alilist+0x195>
add    $0x1,%rcx
movzbl 0x0(%r13,%rcx,1),%esi
cmp    $0x5e,%sil
jg     1250 <make_ref_alilist+0x120>
lea    -0x2d(%rsi),%ebp
cmp    $0x2,%bpl
jb     12a0 <make_ref_alilist+0x170>
cmp    $0x20,%sil
je     12a0 <make_ref_alilist+0x170>
test   %sil,%sil
jne    125c <make_ref_alilist+0x12c>
jmp    12f8 <make_ref_alilist+0x1c8>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
cmp    $0x5f,%sil
je     12a0 <make_ref_alilist+0x170>
cmp    $0x7e,%sil
je     12a0 <make_ref_alilist+0x170>
movslq %edi,%rbp
cmpl   $0x0,(%rax,%rbp,4)
je     12a0 <make_ref_alilist+0x170>
movzbl (%r15,%rcx,1),%esi
lea    -0x20(%rsi),%ebx
cmp    $0x3f,%bl
ja     12eb <make_ref_alilist+0x1bb>
mov    $0xffffffff,%ebp
movzbl %bl,%ebx
bt     %rbx,%rdx
jae    12eb <make_ref_alilist+0x1bb>
movslq %r14d,%rsi
mov    %ebp,(%r12,%rsi,4)
add    $0x1,%r14d
movzbl 0x0(%r13,%rcx,1),%esi
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
lea    -0x20(%rsi),%ebp
cmp    $0x3f,%bpl
ja     12e0 <make_ref_alilist+0x1b0>
movzbl %bpl,%ebp
bt     %rbp,%rdx
jae    12e0 <make_ref_alilist+0x1b0>
movzbl (%r15,%rcx,1),%esi
lea    -0x20(%rsi),%ebp
cmp    $0x3f,%bpl
jbe    1210 <make_ref_alilist+0xe0>
cmp    $0x7e,%sil
je     121e <make_ref_alilist+0xee>
add    $0x1,%r9d
add    $0x1,%rcx
jmp    1222 <make_ref_alilist+0xf2>
nopl   0x0(%rax)
cmp    $0x7e,%sil
je     12b3 <make_ref_alilist+0x183>
add    $0x1,%edi
jmp    12b3 <make_ref_alilist+0x183>
cmp    $0x7e,%sil
mov    %r9d,%ebp
cmove  %r8d,%ebp
jmp    1280 <make_ref_alilist+0x150>
mov    %rax,%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    0x40(%rsp),%rax
mov    %r14d,(%rax)
mov    (%rsp),%rax
mov    %r12,(%rax)
mov    $0x1,%eax
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
@.str = [179 x i8] c"/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/2022-01-22/02-19-57/repos/vinuesa/get_phylomarkers/refs/heads/master/bin/clustal-omega-1.2.4/src/squid/aligneval.c\00"
define i32 @make_ref_alilist(i32* %0, i8* %1, i8* %2, i8* %3, i8* %4, i32** %5, i32* %6) {
%8 = alloca i32*
%9 = alloca i8*
%10 = alloca i8*
%11 = alloca i8*
%12 = alloca i8*
%13 = alloca i32**
%14 = alloca i32*
%15 = alloca i32*
%16 = alloca i32
%17 = alloca i32
%18 = alloca i32
%19 = alloca i32*
%20 = alloca i32
store i32* %0, i32** %8
store i8* %1, i8** %9
store i8* %2, i8** %10
store i8* %3, i8** %11
store i8* %4, i8** %12
store i32** %5, i32*** %13
store i32* %6, i32** %14
%21 = load i8*, i8** %11
%22 = call i32 @strlen(i8* %21)
%23 = sext i32 %22 to i64
%24 = mul i64 4, %23
%25 = trunc i64 %24 to i32
%26 = call i64 @sre_malloc(i8* getelementptr inbounds ([179 x i8], [179 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 234, i32 %25)
%27 = inttoptr i64 %26 to i32*
store i32* %27, i32** %15
%28 = load i8*, i8** %11
%29 = call i32 @strlen(i8* %28)
%30 = sext i32 %29 to i64
%31 = mul i64 4, %30
%32 = trunc i64 %31 to i32
%33 = call i64 @sre_malloc(i8* getelementptr inbounds ([179 x i8], [179 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 235, i32 %32)
%34 = inttoptr i64 %33 to i32*
store i32* %34, i32** %19
store i32 0, i32* %17
store i32 0, i32* %16
br label %35
35: ; preds = %99, %7
%36 = load i8*, i8** %9
%37 = load i32, i32* %16
%38 = sext i32 %37 to i64
%39 = getelementptr inbounds i8, i8* %36, i64 %38
%40 = load i8, i8* %39
%41 = sext i8 %40 to i32
%42 = icmp ne i32 %41, 0
br i1 %42, label %43, label %102
43: ; preds = %35
%44 = load i8*, i8** %9
%45 = load i32, i32* %16
%46 = sext i32 %45 to i64
%47 = getelementptr inbounds i8, i8* %44, i64 %46
%48 = load i8, i8* %47
%49 = sext i8 %48 to i32
%50 = icmp eq i32 %49, 32
br i1 %50, label %98, label %51
51: ; preds = %43
%52 = load i8*, i8** %9
%53 = load i32, i32* %16
%54 = sext i32 %53 to i64
%55 = getelementptr inbounds i8, i8* %52, i64 %54
%56 = load i8, i8* %55
%57 = sext i8 %56 to i32
%58 = icmp eq i32 %57, 46
br i1 %58, label %98, label %59
59: ; preds = %51
%60 = load i8*, i8** %9
%61 = load i32, i32* %16
%62 = sext i32 %61 to i64
%63 = getelementptr inbounds i8, i8* %60, i64 %62
%64 = load i8, i8* %63
%65 = sext i8 %64 to i32
%66 = icmp eq i32 %65, 95
br i1 %66, label %98, label %67
67: ; preds = %59
%68 = load i8*, i8** %9
%69 = load i32, i32* %16
%70 = sext i32 %69 to i64
%71 = getelementptr inbounds i8, i8* %68, i64 %70
%72 = load i8, i8* %71
%73 = sext i8 %72 to i32
%74 = icmp eq i32 %73, 45
br i1 %74, label %98, label %75
75: ; preds = %67
%76 = load i8*, i8** %9
%77 = load i32, i32* %16
%78 = sext i32 %77 to i64
%79 = getelementptr inbounds i8, i8* %76, i64 %78
%80 = load i8, i8* %79
%81 = sext i8 %80 to i32
%82 = icmp eq i32 %81, 126
br i1 %82, label %98, label %83
83: ; preds = %75
%84 = load i32*, i32** %8
%85 = load i32, i32* %16
%86 = sext i32 %85 to i64
%87 = getelementptr inbounds i32, i32* %84, i64 %86
%88 = load i32, i32* %87
%89 = icmp ne i32 %88, 0
%90 = zext i1 %89 to i64
%91 = select i1 %89, i32 1, i32 0
%92 = load i32*, i32** %19
%93 = load i32, i32* %17
%94 = sext i32 %93 to i64
%95 = getelementptr inbounds i32, i32* %92, i64 %94
store i32 %91, i32* %95
%96 = load i32, i32* %17
%97 = add nsw i32 %96, 1
store i32 %97, i32* %17
br label %98
98: ; preds = %83, %75, %67, %59, %51, %43
br label %99
99: ; preds = %98
%100 = load i32, i32* %16
%101 = add nsw i32 %100, 1
store i32 %101, i32* %16
br label %35
102: ; preds = %35
store i32 0, i32* %20
store i32 0, i32* %18
store i32 0, i32* %17
store i32 0, i32* %16
br label %103
103: ; preds = %296, %102
%104 = load i8*, i8** %11
%105 = load i32, i32* %16
%106 = sext i32 %105 to i64
%107 = getelementptr inbounds i8, i8* %104, i64 %106
%108 = load i8, i8* %107
%109 = sext i8 %108 to i32
%110 = icmp ne i32 %109, 0
br i1 %110, label %111, label %299
111: ; preds = %103
%112 = load i8*, i8** %11
%113 = load i32, i32* %16
%114 = sext i32 %113 to i64
%115 = getelementptr inbounds i8, i8* %112, i64 %114
%116 = load i8, i8* %115
%117 = sext i8 %116 to i32
%118 = icmp eq i32 %117, 32
br i1 %118, label %209, label %119
119: ; preds = %111
%120 = load i8*, i8** %11
%121 = load i32, i32* %16
%122 = sext i32 %121 to i64
%123 = getelementptr inbounds i8, i8* %120, i64 %122
%124 = load i8, i8* %123
%125 = sext i8 %124 to i32
%126 = icmp eq i32 %125, 46
br i1 %126, label %209, label %127
127: ; preds = %119
%128 = load i8*, i8** %11
%129 = load i32, i32* %16
%130 = sext i32 %129 to i64
%131 = getelementptr inbounds i8, i8* %128, i64 %130
%132 = load i8, i8* %131
%133 = sext i8 %132 to i32
%134 = icmp eq i32 %133, 95
br i1 %134, label %209, label %135
135: ; preds = %127
%136 = load i8*, i8** %11
%137 = load i32, i32* %16
%138 = sext i32 %137 to i64
%139 = getelementptr inbounds i8, i8* %136, i64 %138
%140 = load i8, i8* %139
%141 = sext i8 %140 to i32
%142 = icmp eq i32 %141, 45
br i1 %142, label %209, label %143
143: ; preds = %135
%144 = load i8*, i8** %11
%145 = load i32, i32* %16
%146 = sext i32 %145 to i64
%147 = getelementptr inbounds i8, i8* %144, i64 %146
%148 = load i8, i8* %147
%149 = sext i8 %148 to i32
%150 = icmp eq i32 %149, 126
br i1 %150, label %209, label %151
151: ; preds = %143
%152 = load i32*, i32** %19
%153 = load i32, i32* %17
%154 = sext i32 %153 to i64
%155 = getelementptr inbounds i32, i32* %152, i64 %154
%156 = load i32, i32* %155
%157 = icmp ne i32 %156, 0
br i1 %157, label %158, label %209
158: ; preds = %151
%159 = load i8*, i8** %12
%160 = load i32, i32* %16
%161 = sext i32 %160 to i64
%162 = getelementptr inbounds i8, i8* %159, i64 %161
%163 = load i8, i8* %162
%164 = sext i8 %163 to i32
%165 = icmp eq i32 %164, 32
br i1 %165, label %198, label %166
166: ; preds = %158
%167 = load i8*, i8** %12
%168 = load i32, i32* %16
%169 = sext i32 %168 to i64
%170 = getelementptr inbounds i8, i8* %167, i64 %169
%171 = load i8, i8* %170
%172 = sext i8 %171 to i32
%173 = icmp eq i32 %172, 46
br i1 %173, label %198, label %174
174: ; preds = %166
%175 = load i8*, i8** %12
%176 = load i32, i32* %16
%177 = sext i32 %176 to i64
%178 = getelementptr inbounds i8, i8* %175, i64 %177
%179 = load i8, i8* %178
%180 = sext i8 %179 to i32
%181 = icmp eq i32 %180, 95
br i1 %181, label %198, label %182
182: ; preds = %174
%183 = load i8*, i8** %12
%184 = load i32, i32* %16
%185 = sext i32 %184 to i64
%186 = getelementptr inbounds i8, i8* %183, i64 %185
%187 = load i8, i8* %186
%188 = sext i8 %187 to i32
%189 = icmp eq i32 %188, 45
br i1 %189, label %198, label %190
190: ; preds = %182
%191 = load i8*, i8** %12
%192 = load i32, i32* %16
%193 = sext i32 %192 to i64
%194 = getelementptr inbounds i8, i8* %191, i64 %193
%195 = load i8, i8* %194
%196 = sext i8 %195 to i32
%197 = icmp eq i32 %196, 126
br i1 %197, label %198, label %199
198: ; preds = %190, %182, %174, %166, %158
br label %201
199: ; preds = %190
%200 = load i32, i32* %18
br label %201
201: ; preds = %199, %198
%202 = phi i32 [ -1, %198 ], [ %200, %199 ]
%203 = load i32*, i32** %15
%204 = load i32, i32* %20
%205 = sext i32 %204 to i64
%206 = getelementptr inbounds i32, i32* %203, i64 %205
store i32 %202, i32* %206
%207 = load i32, i32* %20
%208 = add nsw i32 %207, 1
store i32 %208, i32* %20
br label %209
209: ; preds = %201, %151, %143, %135, %127, %119, %111
%210 = load i8*, i8** %11
%211 = load i32, i32* %16
%212 = sext i32 %211 to i64
%213 = getelementptr inbounds i8, i8* %210, i64 %212
%214 = load i8, i8* %213
%215 = sext i8 %214 to i32
%216 = icmp eq i32 %215, 32
br i1 %216, label %252, label %217
217: ; preds = %209
%218 = load i8*, i8** %11
%219 = load i32, i32* %16
%220 = sext i32 %219 to i64
%221 = getelementptr inbounds i8, i8* %218, i64 %220
%222 = load i8, i8* %221
%223 = sext i8 %222 to i32
%224 = icmp eq i32 %223, 46
br i1 %224, label %252, label %225
225: ; preds = %217
%226 = load i8*, i8** %11
%227 = load i32, i32* %16
%228 = sext i32 %227 to i64
%229 = getelementptr inbounds i8, i8* %226, i64 %228
%230 = load i8, i8* %229
%231 = sext i8 %230 to i32
%232 = icmp eq i32 %231, 95
br i1 %232, label %252, label %233
233: ; preds = %225
%234 = load i8*, i8** %11
%235 = load i32, i32* %16
%236 = sext i32 %235 to i64
%237 = getelementptr inbounds i8, i8* %234, i64 %236
%238 = load i8, i8* %237
%239 = sext i8 %238 to i32
%240 = icmp eq i32 %239, 45
br i1 %240, label %252, label %241
241: ; preds = %233
%242 = load i8*, i8** %11
%243 = load i32, i32* %16
%244 = sext i32 %243 to i64
%245 = getelementptr inbounds i8, i8* %242, i64 %244
%246 = load i8, i8* %245
%247 = sext i8 %246 to i32
%248 = icmp eq i32 %247, 126
br i1 %248, label %252, label %249
249: ; preds = %241
%250 = load i32, i32* %17
%251 = add nsw i32 %250, 1
store i32 %251, i32* %17
br label %252
252: ; preds = %249, %241, %233, %225, %217, %209
%253 = load i8*, i8** %12
%254 = load i32, i32* %16
%255 = sext i32 %254 to i64
%256 = getelementptr inbounds i8, i8* %253, i64 %255
%257 = load i8, i8* %256
%258 = sext i8 %257 to i32
%259 = icmp eq i32 %258, 32
br i1 %259, label %295, label %260
260: ; preds = %252
%261 = load i8*, i8** %12
%262 = load i32, i32* %16
%263 = sext i32 %262 to i64
%264 = getelementptr inbounds i8, i8* %261, i64 %263
%265 = load i8, i8* %264
%266 = sext i8 %265 to i32
%267 = icmp eq i32 %266, 46
br i1 %267, label %295, label %268
268: ; preds = %260
%269 = load i8*, i8** %12
%270 = load i32, i32* %16
%271 = sext i32 %270 to i64
%272 = getelementptr inbounds i8, i8* %269, i64 %271
%273 = load i8, i8* %272
%274 = sext i8 %273 to i32
%275 = icmp eq i32 %274, 95
br i1 %275, label %295, label %276
276: ; preds = %268
%277 = load i8*, i8** %12
%278 = load i32, i32* %16
%279 = sext i32 %278 to i64
%280 = getelementptr inbounds i8, i8* %277, i64 %279
%281 = load i8, i8* %280
%282 = sext i8 %281 to i32
%283 = icmp eq i32 %282, 45
br i1 %283, label %295, label %284
284: ; preds = %276
%285 = load i8*, i8** %12
%286 = load i32, i32* %16
%287 = sext i32 %286 to i64
%288 = getelementptr inbounds i8, i8* %285, i64 %287
%289 = load i8, i8* %288
%290 = sext i8 %289 to i32
%291 = icmp eq i32 %290, 126
br i1 %291, label %295, label %292
292: ; preds = %284
%293 = load i32, i32* %18
%294 = add nsw i32 %293, 1
store i32 %294, i32* %18
br label %295
295: ; preds = %292, %284, %276, %268, %260, %252
br label %296
296: ; preds = %295
%297 = load i32, i32* %16
%298 = add nsw i32 %297, 1
store i32 %298, i32* %16
br label %103
299: ; preds = %103
%300 = load i32*, i32** %19
%301 = call i32 @free(i32* %300)
%302 = load i32, i32* %20
%303 = load i32*, i32** %14
store i32 %302, i32* %303
%304 = load i32*, i32** %15
%305 = load i32**, i32*** %13
store i32* %304, i32** %305
ret i32 1
}

LLVM IR (-O2):
@.str = [179 x i8] c"/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/2022-01-22/02-19-57/repos/vinuesa/get_phylomarkers/refs/heads/master/bin/clustal-omega-1.2.4/src/squid/aligneval.c\00"
define i32 @make_ref_alilist(i32* nocapture %0, i8* nocapture %1, i8* nocapture readnone %2, i8* %3, i8* nocapture %4, i32** nocapture writeonly %5, i32* nocapture writeonly %6) {
%8 = tail call i32 @strlen(i8* %3)
%9 = shl i32 %8, 2
%10 = tail call i64 @sre_malloc(i8* getelementptr inbounds ([179 x i8], [179 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 234, i32 %9)
%11 = tail call i32 @strlen(i8* %3)
%12 = shl i32 %11, 2
%13 = tail call i64 @sre_malloc(i8* getelementptr inbounds ([179 x i8], [179 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 235, i32 %12)
%14 = inttoptr i64 %13 to i32*
br label %15
15: ; preds = %30, %7
%16 = phi i64 [ %32, %30 ], [ 0, %7 ]
%17 = phi i32 [ %31, %30 ], [ 0, %7 ]
%18 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %16
%19 = load i8, i8* %18
switch i8 %19, label %22 [
i8 0, label %20
i8 32, label %30
i8 46, label %30
i8 95, label %30
i8 45, label %30
i8 126, label %30
]
20: ; preds = %15
%21 = inttoptr i64 %10 to i32*
br label %33
22: ; preds = %15
%23 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %16
%24 = load i32, i32* %23
%25 = icmp ne i32 %24, 0
%26 = zext i1 %25 to i32
%27 = sext i32 %17 to i64
%28 = getelementptr inbounds i32, i32* %14, i64 %27
store i32 %26, i32* %28
%29 = add nsw i32 %17, 1
br label %30
30: ; preds = %15, %15, %15, %15, %15, %22
%31 = phi i32 [ %29, %22 ], [ %17, %15 ], [ %17, %15 ], [ %17, %15 ], [ %17, %15 ], [ %17, %15 ]
%32 = add nuw i64 %16, 1
br label %15
33: ; preds = %20, %68
%34 = phi i64 [ 0, %20 ], [ %70, %68 ]
%35 = phi i32 [ 0, %20 ], [ %63, %68 ]
%36 = phi i32 [ 0, %20 ], [ %69, %68 ]
%37 = phi i32 [ 0, %20 ], [ %59, %68 ]
%38 = getelementptr inbounds i8, i8* %3, i64 %34
%39 = load i8, i8* %38
switch i8 %39, label %40 [
i8 0, label %71
i8 32, label %57
i8 46, label %57
i8 95, label %57
i8 45, label %57
i8 126, label %57
]
40: ; preds = %33
%41 = sext i32 %35 to i64
%42 = getelementptr inbounds i32, i32* %14, i64 %41
%43 = load i32, i32* %42
%44 = icmp eq i32 %43, 0
br i1 %44, label %57, label %45
45: ; preds = %40
%46 = getelementptr inbounds i8, i8* %4, i64 %34
%47 = load i8, i8* %46
switch i8 %47, label %48 [
i8 32, label %51
i8 46, label %51
i8 95, label %51
i8 45, label %51
]
48: ; preds = %45
%49 = icmp eq i8 %47, 126
%50 = select i1 %49, i32 -1, i32 %36
br label %51
51: ; preds = %45, %45, %45, %45, %48
%52 = phi i32 [ -1, %45 ], [ %50, %48 ], [ -1, %45 ], [ -1, %45 ], [ -1, %45 ]
%53 = sext i32 %37 to i64
%54 = getelementptr inbounds i32, i32* %21, i64 %53
store i32 %52, i32* %54
%55 = add nsw i32 %37, 1
%56 = load i8, i8* %38
br label %57
57: ; preds = %51, %40, %33, %33, %33, %33, %33
%58 = phi i8 [ %39, %33 ], [ %39, %33 ], [ %39, %33 ], [ %39, %33 ], [ %39, %33 ], [ %39, %40 ], [ %56, %51 ]
%59 = phi i32 [ %37, %33 ], [ %37, %33 ], [ %37, %33 ], [ %37, %33 ], [ %37, %33 ], [ %37, %40 ], [ %55, %51 ]
switch i8 %58, label %60 [
i8 32, label %62
i8 46, label %62
i8 95, label %62
i8 45, label %62
i8 126, label %62
]
60: ; preds = %57
%61 = add nsw i32 %35, 1
br label %62
62: ; preds = %57, %57, %57, %57, %57, %60
%63 = phi i32 [ %35, %57 ], [ %61, %60 ], [ %35, %57 ], [ %35, %57 ], [ %35, %57 ], [ %35, %57 ]
%64 = getelementptr inbounds i8, i8* %4, i64 %34
%65 = load i8, i8* %64
switch i8 %65, label %66 [
i8 32, label %68
i8 46, label %68
i8 95, label %68
i8 45, label %68
i8 126, label %68
]
66: ; preds = %62
%67 = add nsw i32 %36, 1
br label %68
68: ; preds = %62, %62, %62, %62, %62, %66
%69 = phi i32 [ %36, %62 ], [ %67, %66 ], [ %36, %62 ], [ %36, %62 ], [ %36, %62 ], [ %36, %62 ]
%70 = add nuw i64 %34, 1
br label %33
71: ; preds = %33
%72 = tail call i32 @free(i32* %14)
store i32 %37, i32* %6
store i32* %21, i32** %5
ret i32 1
}