double PairwiseIdentity(char *s1, char *s2) {
  int idents;
  int len1, len2;
  int x;
  idents = len1 = len2 = 0;
  for (x = 0; s1[x] != '\0' && s2[x] != '\0'; x++) {
    if (!((s1[x]) == '-' || (s1[x]) == '.')) {
      len1++;
      if (s1[x] == s2[x])
        idents++;
    }
    if (!((s2[x]) == '-' || (s2[x]) == '.'))
      len2++;
  }
  if (len2 < len1)
    len1 = len2;
  return (len1 == 0 ? 0.0 : (double)idents / (double)len1);
}


x86 assembly (clang, -O0):
<PairwiseIdentity>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
movl   $0x0,-0x18(%rbp)
movl   $0x0,-0x14(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%ecx
xor    %eax,%eax
cmp    $0x0,%ecx
mov    %al,-0x21(%rbp)
je     1157 <PairwiseIdentity+0x57>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x0,%eax
setne  %al
mov    %al,-0x21(%rbp)
mov    -0x21(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    1167 <PairwiseIdentity+0x67>
jmp    120e <PairwiseIdentity+0x10e>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     11c8 <PairwiseIdentity+0xc8>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2e,%eax
je     11c8 <PairwiseIdentity+0xc8>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
movslq -0x20(%rbp),%rdx
movsbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jne    11c3 <PairwiseIdentity+0xc3>
mov    -0x14(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x14(%rbp)
jmp    11c8 <PairwiseIdentity+0xc8>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     11fb <PairwiseIdentity+0xfb>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2e,%eax
je     11fb <PairwiseIdentity+0xfb>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    1200 <PairwiseIdentity+0x100>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    1128 <PairwiseIdentity+0x28>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0x18(%rbp),%eax
jge    1220 <PairwiseIdentity+0x120>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
cmpl   $0x0,-0x18(%rbp)
jne    1237 <PairwiseIdentity+0x137>
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x30(%rbp)
jmp    124a <PairwiseIdentity+0x14a>
cvtsi2sdl -0x14(%rbp),%xmm0
cvtsi2sdl -0x18(%rbp),%xmm1
divsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x30(%rbp)
movsd  -0x30(%rbp),%xmm0
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<PairwiseIdentity>:
push   %rbx
mov    (%rdi),%cl
test   %cl,%cl
je     115e <PairwiseIdentity+0x5e>
xor    %eax,%eax
xor    %r10d,%r10d
xor    %r9d,%r9d
xor    %r8d,%r8d
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
movzbl (%rsi,%rax,1),%edx
test   %dl,%dl
je     1167 <PairwiseIdentity+0x67>
lea    -0x2f(%rcx),%r11d
xor    %ebx,%ebx
cmp    $0xfe,%r11b
setb   %bl
cmp    %dl,%cl
sete   %cl
and    %bl,%cl
movzbl %cl,%ecx
add    %ecx,%r8d
add    %ebx,%r9d
add    $0xd1,%dl
cmp    $0xfe,%dl
adc    $0x0,%r10d
movzbl 0x1(%rdi,%rax,1),%ecx
add    $0x1,%rax
test   %cl,%cl
jne    1120 <PairwiseIdentity+0x20>
jmp    1167 <PairwiseIdentity+0x67>
xor    %r8d,%r8d
xor    %r9d,%r9d
xor    %r10d,%r10d
cmp    %r9d,%r10d
cmovb  %r10d,%r9d
test   %r9d,%r9d
je     1183 <PairwiseIdentity+0x83>
cvtsi2sd %r8d,%xmm0
cvtsi2sd %r9d,%xmm1
divsd  %xmm1,%xmm0
pop    %rbx
ret
xorps  %xmm0,%xmm0
pop    %rbx
ret

LLVM IR (-O0):
define double @PairwiseIdentity(i8* %0, i8* %1) {
%3 = alloca i8*
%4 = alloca i8*
%5 = alloca i32
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
store i8* %0, i8** %3
store i8* %1, i8** %4
store i32 0, i32* %7
store i32 0, i32* %6
store i32 0, i32* %5
store i32 0, i32* %8
br label %9
9: ; preds = %83, %2
%10 = load i8*, i8** %3
%11 = load i32, i32* %8
%12 = sext i32 %11 to i64
%13 = getelementptr inbounds i8, i8* %10, i64 %12
%14 = load i8, i8* %13
%15 = sext i8 %14 to i32
%16 = icmp ne i32 %15, 0
br i1 %16, label %17, label %25
17: ; preds = %9
%18 = load i8*, i8** %4
%19 = load i32, i32* %8
%20 = sext i32 %19 to i64
%21 = getelementptr inbounds i8, i8* %18, i64 %20
%22 = load i8, i8* %21
%23 = sext i8 %22 to i32
%24 = icmp ne i32 %23, 0
br label %25
25: ; preds = %17, %9
%26 = phi i1 [ false, %9 ], [ %24, %17 ]
br i1 %26, label %27, label %86
27: ; preds = %25
%28 = load i8*, i8** %3
%29 = load i32, i32* %8
%30 = sext i32 %29 to i64
%31 = getelementptr inbounds i8, i8* %28, i64 %30
%32 = load i8, i8* %31
%33 = sext i8 %32 to i32
%34 = icmp eq i32 %33, 45
br i1 %34, label %63, label %35
35: ; preds = %27
%36 = load i8*, i8** %3
%37 = load i32, i32* %8
%38 = sext i32 %37 to i64
%39 = getelementptr inbounds i8, i8* %36, i64 %38
%40 = load i8, i8* %39
%41 = sext i8 %40 to i32
%42 = icmp eq i32 %41, 46
br i1 %42, label %63, label %43
43: ; preds = %35
%44 = load i32, i32* %6
%45 = add nsw i32 %44, 1
store i32 %45, i32* %6
%46 = load i8*, i8** %3
%47 = load i32, i32* %8
%48 = sext i32 %47 to i64
%49 = getelementptr inbounds i8, i8* %46, i64 %48
%50 = load i8, i8* %49
%51 = sext i8 %50 to i32
%52 = load i8*, i8** %4
%53 = load i32, i32* %8
%54 = sext i32 %53 to i64
%55 = getelementptr inbounds i8, i8* %52, i64 %54
%56 = load i8, i8* %55
%57 = sext i8 %56 to i32
%58 = icmp eq i32 %51, %57
br i1 %58, label %59, label %62
59: ; preds = %43
%60 = load i32, i32* %5
%61 = add nsw i32 %60, 1
store i32 %61, i32* %5
br label %62
62: ; preds = %59, %43
br label %63
63: ; preds = %62, %35, %27
%64 = load i8*, i8** %4
%65 = load i32, i32* %8
%66 = sext i32 %65 to i64
%67 = getelementptr inbounds i8, i8* %64, i64 %66
%68 = load i8, i8* %67
%69 = sext i8 %68 to i32
%70 = icmp eq i32 %69, 45
br i1 %70, label %82, label %71
71: ; preds = %63
%72 = load i8*, i8** %4
%73 = load i32, i32* %8
%74 = sext i32 %73 to i64
%75 = getelementptr inbounds i8, i8* %72, i64 %74
%76 = load i8, i8* %75
%77 = sext i8 %76 to i32
%78 = icmp eq i32 %77, 46
br i1 %78, label %82, label %79
79: ; preds = %71
%80 = load i32, i32* %7
%81 = add nsw i32 %80, 1
store i32 %81, i32* %7
br label %82
82: ; preds = %79, %71, %63
br label %83
83: ; preds = %82
%84 = load i32, i32* %8
%85 = add nsw i32 %84, 1
store i32 %85, i32* %8
br label %9
86: ; preds = %25
%87 = load i32, i32* %7
%88 = load i32, i32* %6
%89 = icmp slt i32 %87, %88
br i1 %89, label %90, label %92
90: ; preds = %86
%91 = load i32, i32* %7
store i32 %91, i32* %6
br label %92
92: ; preds = %90, %86
%93 = load i32, i32* %6
%94 = icmp eq i32 %93, 0
br i1 %94, label %95, label %96
95: ; preds = %92
br label %102
96: ; preds = %92
%97 = load i32, i32* %5
%98 = sitofp i32 %97 to double
%99 = load i32, i32* %6
%100 = sitofp i32 %99 to double
%101 = fdiv double %98, %100
br label %102
102: ; preds = %96, %95
%103 = phi double [ 0.000000e+00, %95 ], [ %101, %96 ]
ret double %103
}

LLVM IR (-O2):
define double @PairwiseIdentity(i8* nocapture %0, i8* nocapture %1) {
%3 = load i8, i8* %0
%4 = icmp eq i8 %3, 0
br i1 %4, label %31, label %5
5: ; preds = %2, %14
%6 = phi i64 [ %27, %14 ], [ 0, %2 ]
%7 = phi i8 [ %29, %14 ], [ %3, %2 ]
%8 = phi i32 [ %26, %14 ], [ 0, %2 ]
%9 = phi i32 [ %22, %14 ], [ 0, %2 ]
%10 = phi i32 [ %20, %14 ], [ 0, %2 ]
%11 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %6
%12 = load i8, i8* %11
%13 = icmp eq i8 %12, 0
br i1 %13, label %31, label %14
14: ; preds = %5
%15 = add i8 %7, -47
%16 = icmp ult i8 %15, -2
%17 = icmp eq i8 %7, %12
%18 = select i1 %16, i1 %17, i1 false
%19 = zext i1 %18 to i32
%20 = add nuw nsw i32 %10, %19
%21 = zext i1 %16 to i32
%22 = add nuw nsw i32 %9, %21
%23 = add i8 %12, -47
%24 = icmp ult i8 %23, -2
%25 = zext i1 %24 to i32
%26 = add nuw nsw i32 %8, %25
%27 = add nuw i64 %6, 1
%28 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %27
%29 = load i8, i8* %28
%30 = icmp eq i8 %29, 0
br i1 %30, label %31, label %5
31: ; preds = %5, %14, %2
%32 = phi i32 [ 0, %2 ], [ %20, %14 ], [ %10, %5 ]
%33 = phi i32 [ 0, %2 ], [ %22, %14 ], [ %9, %5 ]
%34 = phi i32 [ 0, %2 ], [ %26, %14 ], [ %8, %5 ]
%35 = icmp ult i32 %34, %33
%36 = select i1 %35, i32 %34, i32 %33
%37 = icmp eq i32 %36, 0
br i1 %37, label %42, label %38
38: ; preds = %31
%39 = sitofp i32 %32 to double
%40 = sitofp i32 %36 to double
%41 = fdiv double %39, %40
br label %42
42: ; preds = %31, %38
%43 = phi double [ %41, %38 ], [ 0.000000e+00, %31 ]
ret double %43
}