void get_chain_idx(long num_residue, long **seidx, char *ChainID, long *nchain,
                   long **chain_idx) {
  long n, j, k1, k2;
  chain_idx[1][1] = 1;
  n = 1;
  for (j = 2; j <= num_residue; j++) {
    k1 = seidx[j - 1][1];
    k2 = seidx[j][1];
    chain_idx[n][2] = j - 1;
    if (ChainID[k1] != ChainID[k2]) {
      n++;
      chain_idx[n][1] = j;
    }
  }
  chain_idx[n][2] = num_residue;
  *nchain = n;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<get_chain_idx>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    0x8(%rax),%rax
movq   $0x1,0x8(%rax)
movq   $0x1,-0x30(%rbp)
movq   $0x2,-0x38(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%rax
cmp    -0x8(%rbp),%rax
jg     11e0 <get_chain_idx+0xe0>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x38(%rbp),%rcx
sub    $0x1,%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    0x8(%rax),%rax
mov    %rax,-0x40(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x38(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    0x8(%rax),%rax
mov    %rax,-0x48(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%rcx
sub    $0x1,%rcx
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    -0x30(%rbp),%rdx
mov    (%rax,%rdx,8),%rax
mov    %rcx,0x10(%rax)
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x40(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
mov    -0x48(%rbp),%rdx
movsbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
cmp    %ecx,%eax
je     11ca <get_chain_idx+0xca>
mov    -0x30(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x30(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%rcx
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    -0x30(%rbp),%rdx
mov    (%rax,%rdx,8),%rax
mov    %rcx,0x8(%rax)
jmp    11cf <get_chain_idx+0xcf>
mov    -0x38(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x38(%rbp)
jmp    1138 <get_chain_idx+0x38>
mov    -0x8(%rbp),%rcx
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    -0x30(%rbp),%rdx
mov    (%rax,%rdx,8),%rax
mov    %rcx,0x10(%rax)
mov    -0x30(%rbp),%rcx
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<get_chain_idx>:
push   %r15
push   %r14
push   %rbx
mov    0x8(%r8),%r10
movq   $0x1,0x8(%r10)
mov    $0x1,%r9d
cmp    $0x2,%rdi
jge    112a <get_chain_idx+0x2a>
mov    %rdi,0x10(%r10)
mov    %r9,(%rcx)
pop    %rbx
pop    %r14
pop    %r15
ret
mov    0x8(%rsi),%r11
mov    $0x1,%eax
mov    $0x1,%r9d
jmp    1145 <get_chain_idx+0x45>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
cmp    %rax,%rdi
je     111d <get_chain_idx+0x1d>
mov    0x8(%r11),%r14
mov    0x8(%rsi,%rax,8),%r11
mov    0x8(%r11),%r15
mov    %rax,0x10(%r10)
add    $0x1,%rax
movzbl (%rdx,%r14,1),%ebx
cmp    (%rdx,%r15,1),%bl
je     1140 <get_chain_idx+0x40>
mov    0x8(%r8,%r9,8),%r10
add    $0x1,%r9
mov    %rax,0x8(%r10)
jmp    1140 <get_chain_idx+0x40>

LLVM IR (-O0):
define void @get_chain_idx(i64 %0, i64** %1, i8* %2, i64* %3, i64** %4) {
%6 = alloca i64
%7 = alloca i64**
%8 = alloca i8*
%9 = alloca i64*
%10 = alloca i64**
%11 = alloca i64
%12 = alloca i64
%13 = alloca i64
%14 = alloca i64
store i64 %0, i64* %6
store i64** %1, i64*** %7
store i8* %2, i8** %8
store i64* %3, i64** %9
store i64** %4, i64*** %10
%15 = load i64**, i64*** %10
%16 = getelementptr inbounds i64*, i64** %15, i64 1
%17 = load i64*, i64** %16
%18 = getelementptr inbounds i64, i64* %17, i64 1
store i64 1, i64* %18
store i64 1, i64* %11
store i64 2, i64* %12
br label %19
19: ; preds = %65, %5
%20 = load i64, i64* %12
%21 = load i64, i64* %6
%22 = icmp sle i64 %20, %21
br i1 %22, label %23, label %68
23: ; preds = %19
%24 = load i64**, i64*** %7
%25 = load i64, i64* %12
%26 = sub nsw i64 %25, 1
%27 = getelementptr inbounds i64*, i64** %24, i64 %26
%28 = load i64*, i64** %27
%29 = getelementptr inbounds i64, i64* %28, i64 1
%30 = load i64, i64* %29
store i64 %30, i64* %13
%31 = load i64**, i64*** %7
%32 = load i64, i64* %12
%33 = getelementptr inbounds i64*, i64** %31, i64 %32
%34 = load i64*, i64** %33
%35 = getelementptr inbounds i64, i64* %34, i64 1
%36 = load i64, i64* %35
store i64 %36, i64* %14
%37 = load i64, i64* %12
%38 = sub nsw i64 %37, 1
%39 = load i64**, i64*** %10
%40 = load i64, i64* %11
%41 = getelementptr inbounds i64*, i64** %39, i64 %40
%42 = load i64*, i64** %41
%43 = getelementptr inbounds i64, i64* %42, i64 2
store i64 %38, i64* %43
%44 = load i8*, i8** %8
%45 = load i64, i64* %13
%46 = getelementptr inbounds i8, i8* %44, i64 %45
%47 = load i8, i8* %46
%48 = sext i8 %47 to i32
%49 = load i8*, i8** %8
%50 = load i64, i64* %14
%51 = getelementptr inbounds i8, i8* %49, i64 %50
%52 = load i8, i8* %51
%53 = sext i8 %52 to i32
%54 = icmp ne i32 %48, %53
br i1 %54, label %55, label %64
55: ; preds = %23
%56 = load i64, i64* %11
%57 = add nsw i64 %56, 1
store i64 %57, i64* %11
%58 = load i64, i64* %12
%59 = load i64**, i64*** %10
%60 = load i64, i64* %11
%61 = getelementptr inbounds i64*, i64** %59, i64 %60
%62 = load i64*, i64** %61
%63 = getelementptr inbounds i64, i64* %62, i64 1
store i64 %58, i64* %63
br label %64
64: ; preds = %55, %23
br label %65
65: ; preds = %64
%66 = load i64, i64* %12
%67 = add nsw i64 %66, 1
store i64 %67, i64* %12
br label %19
68: ; preds = %19
%69 = load i64, i64* %6
%70 = load i64**, i64*** %10
%71 = load i64, i64* %11
%72 = getelementptr inbounds i64*, i64** %70, i64 %71
%73 = load i64*, i64** %72
%74 = getelementptr inbounds i64, i64* %73, i64 2
store i64 %69, i64* %74
%75 = load i64, i64* %11
%76 = load i64*, i64** %9
store i64 %75, i64* %76
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @get_chain_idx(i64 %0, i64** nocapture %1, i8* nocapture %2, i64* nocapture writeonly %3, i64** nocapture %4) {
%6 = getelementptr inbounds i64*, i64** %4, i64 1
%7 = load i64*, i64** %6
%8 = getelementptr inbounds i64, i64* %7, i64 1
store i64 1, i64* %8
%9 = icmp slt i64 %0, 2
br i1 %9, label %41, label %10
10: ; preds = %5
%11 = getelementptr inbounds i64*, i64** %1, i64 1
%12 = load i64*, i64** %11
br label %13
13: ; preds = %36, %10
%14 = phi i64* [ %37, %36 ], [ %7, %10 ]
%15 = phi i64* [ %22, %36 ], [ %12, %10 ]
%16 = phi i64 [ %38, %36 ], [ 1, %10 ]
%17 = phi i64 [ %40, %36 ], [ 2, %10 ]
%18 = add nsw i64 %17, -1
%19 = getelementptr inbounds i64, i64* %15, i64 1
%20 = load i64, i64* %19
%21 = getelementptr inbounds i64*, i64** %1, i64 %17
%22 = load i64*, i64** %21
%23 = getelementptr inbounds i64, i64* %22, i64 1
%24 = load i64, i64* %23
%25 = getelementptr inbounds i64, i64* %14, i64 2
store i64 %18, i64* %25
%26 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %20
%27 = load i8, i8* %26
%28 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %24
%29 = load i8, i8* %28
%30 = icmp eq i8 %27, %29
br i1 %30, label %36, label %31
31: ; preds = %13
%32 = add nsw i64 %16, 1
%33 = getelementptr inbounds i64*, i64** %4, i64 %32
%34 = load i64*, i64** %33
%35 = getelementptr inbounds i64, i64* %34, i64 1
store i64 %17, i64* %35
br label %36
36: ; preds = %13, %31
%37 = phi i64* [ %34, %31 ], [ %14, %13 ]
%38 = phi i64 [ %32, %31 ], [ %16, %13 ]
%39 = icmp eq i64 %17, %0
%40 = add nuw i64 %17, 1
br i1 %39, label %41, label %13
41: ; preds = %36, %5
%42 = phi i64* [ %7, %5 ], [ %37, %36 ]
%43 = phi i64 [ 1, %5 ], [ %38, %36 ]
%44 = getelementptr inbounds i64, i64* %42, i64 2
store i64 %0, i64* %44
store i64 %43, i64* %3
ret void
}