#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
scalar_t__ malloc(int);
int *CreateSubstitutionMatrix(int match, int mismatch) {
  int *sm, *currint;
  int i, j;
  sm = (int *)malloc(26 * 26 * sizeof(int));
  if (sm == NULL)
    return NULL;
  for (i = 1, currint = sm; i <= 26; i++) {
    for (j = 1; j <= 26; j++, currint++) {
      *currint = mismatch;
      if (i == j && (i == ('A' - 'A' + 1) || i == ('C' - 'A' + 1) ||
                     i == ('G' - 'A' + 1) || i == ('T' - 'A' + 1))) {
        *currint = match;
      }
    }
  }
  return sm;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<CreateSubstitutionMatrix>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %edi,-0xc(%rbp)
mov    %esi,-0x10(%rbp)
mov    $0xa90,%edi
call   1030 <malloc@plt>
mov    %rax,-0x18(%rbp)
cmpq   $0x0,-0x18(%rbp)
jne    1144 <CreateSubstitutionMatrix+0x34>
movq   $0x0,-0x8(%rbp)
jmp    11ee <CreateSubstitutionMatrix+0xde>
movl   $0x1,-0x24(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x20(%rbp)
cmpl   $0x1a,-0x24(%rbp)
jg     11e6 <CreateSubstitutionMatrix+0xd6>
movl   $0x1,-0x28(%rbp)
cmpl   $0x1a,-0x28(%rbp)
jg     11d3 <CreateSubstitutionMatrix+0xc3>
mov    -0x10(%rbp),%ecx
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    %ecx,(%rax)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x28(%rbp),%eax
jne    11b4 <CreateSubstitutionMatrix+0xa4>
cmpl   $0x1,-0x24(%rbp)
je     11ab <CreateSubstitutionMatrix+0x9b>
cmpl   $0x3,-0x24(%rbp)
je     11ab <CreateSubstitutionMatrix+0x9b>
cmpl   $0x7,-0x24(%rbp)
je     11ab <CreateSubstitutionMatrix+0x9b>
cmpl   $0x14,-0x24(%rbp)
jne    11b4 <CreateSubstitutionMatrix+0xa4>
mov    -0xc(%rbp),%ecx
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    %ecx,(%rax)
jmp    11b9 <CreateSubstitutionMatrix+0xa9>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%rax
add    $0x4,%rax
mov    %rax,-0x20(%rbp)
jmp    1164 <CreateSubstitutionMatrix+0x54>
jmp    11d8 <CreateSubstitutionMatrix+0xc8>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1153 <CreateSubstitutionMatrix+0x43>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x8(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<CreateSubstitutionMatrix>:
push   %rbp
push   %rbx
push   %rax
mov    %esi,%ebx
mov    %edi,%ebp
mov    $0xa90,%edi
call   1030 <malloc@plt>
test   %rax,%rax
je     119d <CreateSubstitutionMatrix+0x8d>
mov    $0x1,%ecx
mov    %rax,%rdx
jmp    113a <CreateSubstitutionMatrix+0x2a>
lea    0x1(%rcx),%esi
cmp    $0x1a,%ecx
mov    %esi,%ecx
jae    119f <CreateSubstitutionMatrix+0x8f>
mov    %ecx,%esi
and    $0x7ffffffd,%esi
mov    $0x1,%edi
jmp    115f <CreateSubstitutionMatrix+0x4f>
nopl   0x0(%rax)
mov    %ebp,0x4(%rdx)
add    $0x8,%rdx
add    $0x1,%edi
cmp    $0x1b,%edi
je     1130 <CreateSubstitutionMatrix+0x20>
mov    %ebx,(%rdx)
cmp    %edi,%ecx
jne    1182 <CreateSubstitutionMatrix+0x72>
cmp    $0x1,%esi
je     1180 <CreateSubstitutionMatrix+0x70>
cmp    $0x14,%ecx
je     1180 <CreateSubstitutionMatrix+0x70>
cmp    $0x7,%ecx
jne    1182 <CreateSubstitutionMatrix+0x72>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
mov    %ebp,(%rdx)
mov    %ebx,0x4(%rdx)
add    $0x1,%edi
cmp    %edi,%ecx
jne    1153 <CreateSubstitutionMatrix+0x43>
cmp    $0x1,%esi
je     1150 <CreateSubstitutionMatrix+0x40>
cmp    $0x14,%ecx
je     1150 <CreateSubstitutionMatrix+0x40>
cmp    $0x7,%ecx
je     1150 <CreateSubstitutionMatrix+0x40>
jmp    1153 <CreateSubstitutionMatrix+0x43>
xor    %eax,%eax
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32* @CreateSubstitutionMatrix(i32 %0, i32 %1) {
%3 = alloca i32*
%4 = alloca i32
%5 = alloca i32
%6 = alloca i32*
%7 = alloca i32*
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
store i32 %0, i32* %4
store i32 %1, i32* %5
%10 = call i64 @malloc(i32 2704)
%11 = inttoptr i64 %10 to i32*
store i32* %11, i32** %6
%12 = load i32*, i32** %6
%13 = icmp eq i32* %12, null
br i1 %13, label %14, label %15
14: ; preds = %2
store i32* null, i32** %3
br label %57
15: ; preds = %2
store i32 1, i32* %8
%16 = load i32*, i32** %6
store i32* %16, i32** %7
br label %17
17: ; preds = %52, %15
%18 = load i32, i32* %8
%19 = icmp sle i32 %18, 26
br i1 %19, label %20, label %55
20: ; preds = %17
store i32 1, i32* %9
br label %21
21: ; preds = %46, %20
%22 = load i32, i32* %9
%23 = icmp sle i32 %22, 26
br i1 %23, label %24, label %51
24: ; preds = %21
%25 = load i32, i32* %5
%26 = load i32*, i32** %7
store i32 %25, i32* %26
%27 = load i32, i32* %8
%28 = load i32, i32* %9
%29 = icmp eq i32 %27, %28
br i1 %29, label %30, label %45
30: ; preds = %24
%31 = load i32, i32* %8
%32 = icmp eq i32 %31, 1
br i1 %32, label %42, label %33
33: ; preds = %30
%34 = load i32, i32* %8
%35 = icmp eq i32 %34, 3
br i1 %35, label %42, label %36
36: ; preds = %33
%37 = load i32, i32* %8
%38 = icmp eq i32 %37, 7
br i1 %38, label %42, label %39
39: ; preds = %36
%40 = load i32, i32* %8
%41 = icmp eq i32 %40, 20
br i1 %41, label %42, label %45
42: ; preds = %39, %36, %33, %30
%43 = load i32, i32* %4
%44 = load i32*, i32** %7
store i32 %43, i32* %44
br label %45
45: ; preds = %42, %39, %24
br label %46
46: ; preds = %45
%47 = load i32, i32* %9
%48 = add nsw i32 %47, 1
store i32 %48, i32* %9
%49 = load i32*, i32** %7
%50 = getelementptr inbounds i32, i32* %49, i32 1
store i32* %50, i32** %7
br label %21
51: ; preds = %21
br label %52
52: ; preds = %51
%53 = load i32, i32* %8
%54 = add nsw i32 %53, 1
store i32 %54, i32* %8
br label %17
55: ; preds = %17
%56 = load i32*, i32** %6
store i32* %56, i32** %3
br label %57
57: ; preds = %55, %14
%58 = load i32*, i32** %3
ret i32* %58
}

LLVM IR (-O2):
define i32* @CreateSubstitutionMatrix(i32 %0, i32 %1) {
%3 = tail call i64 @malloc(i32 2704)
%4 = inttoptr i64 %3 to i32*
%5 = icmp eq i64 %3, 0
br i1 %5, label %33, label %6
6: ; preds = %2, %30
%7 = phi i32 [ %31, %30 ], [ 1, %2 ]
%8 = phi i32* [ %28, %30 ], [ %4, %2 ]
%9 = freeze i32 %7
%10 = and i32 %9, 2147483645
%11 = icmp eq i32 %10, 1
br label %12
12: ; preds = %26, %6
%13 = phi i32 [ 1, %6 ], [ %27, %26 ]
%14 = phi i32* [ %8, %6 ], [ %28, %26 ]
store i32 %1, i32* %14
%15 = icmp eq i32 %9, %13
br i1 %15, label %16, label %19
16: ; preds = %12
br i1 %11, label %18, label %17
17: ; preds = %16
switch i32 %9, label %19 [
i32 20, label %18
i32 7, label %18
]
18: ; preds = %17, %17, %16
store i32 %0, i32* %14
br label %19
19: ; preds = %17, %12, %18
%20 = add nuw nsw i32 %13, 1
%21 = getelementptr inbounds i32, i32* %14, i64 1
store i32 %1, i32* %21
%22 = icmp eq i32 %9, %20
br i1 %22, label %23, label %26
23: ; preds = %19
br i1 %11, label %25, label %24
24: ; preds = %23
switch i32 %9, label %26 [
i32 20, label %25
i32 7, label %25
]
25: ; preds = %24, %24, %23
store i32 %0, i32* %21
br label %26
26: ; preds = %25, %24, %19
%27 = add nuw nsw i32 %13, 2
%28 = getelementptr inbounds i32, i32* %14, i64 2
%29 = icmp eq i32 %27, 27
br i1 %29, label %30, label %12
30: ; preds = %26
%31 = add nuw nsw i32 %9, 1
%32 = icmp ult i32 %9, 26
br i1 %32, label %6, label %33
33: ; preds = %30, %2
%34 = phi i32* [ null, %2 ], [ %4, %30 ]
ret i32* %34
}