void distArray(int i, const int sites, const float nDouble, int n, float *ref,
               int *omitted, char **y) {
  int k, l;
  char *tipI = &(y[i + 1][1]);
  for (l = 0; l < n; l++) {
    if ((!omitted[l]) && (l != i)) {
      char *tipJ = &(y[l + 1][1]);
      int count = 0;
      for (k = 0, count = 0; k < sites; k++)
        if (tipI[k] == tipJ[k])
          count++;
      ref[l] = (((float)count) * nDouble);
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<distArray>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %esi,-0x8(%rbp)
movss  %xmm0,-0xc(%rbp)
mov    %edx,-0x10(%rbp)
mov    %rcx,-0x18(%rbp)
mov    %r8,-0x20(%rbp)
mov    %r9,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    -0x4(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x38(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0x10(%rbp),%eax
jge    1208 <distArray+0x108>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jne    11f5 <distArray+0xf5>
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0x4(%rbp),%eax
je     11f5 <distArray+0xf5>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    -0x30(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x40(%rbp)
movl   $0x0,-0x44(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
movl   $0x0,-0x44(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x8(%rbp),%eax
jge    11de <distArray+0xde>
mov    -0x38(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    -0x40(%rbp),%rcx
movslq -0x2c(%rbp),%rdx
movsbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jne    11cb <distArray+0xcb>
mov    -0x44(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x44(%rbp)
jmp    11d0 <distArray+0xd0>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    1196 <distArray+0x96>
cvtsi2ssl -0x44(%rbp),%xmm0
mulss  -0xc(%rbp),%xmm0
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movss  %xmm0,(%rax,%rcx,4)
jmp    11fa <distArray+0xfa>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    113e <distArray+0x3e>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<distArray>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
test   %edx,%edx
jle    134b <distArray+0x24b>
movslq %edi,%rdi
mov    0x8(%r9,%rdi,8),%r13
mov    %edi,%r14d
mov    %edx,%r15d
mov    %esi,%r10d
mov    %r10d,%eax
and    $0xfffffff8,%eax
mov    %rax,-0x30(%rsp)
add    $0xfffffffffffffff8,%rax
mov    %rax,-0x38(%rsp)
mov    %rax,%rdx
shr    $0x3,%rdx
add    $0x1,%rdx
mov    %rdx,%rax
mov    %rdx,-0x40(%rsp)
and    $0xfffffffffffffffe,%rdx
mov    %rdx,-0x48(%rsp)
xor    %r11d,%r11d
movdqa 0xea2(%rip),%xmm1
mov    %r9,-0x8(%rsp)
mov    %rcx,-0x10(%rsp)
mov    %esi,-0x4c(%rsp)
mov    %r8,-0x18(%rsp)
mov    %r14,-0x20(%rsp)
mov    %r15,-0x28(%rsp)
jmp    1199 <distArray+0x99>
xor    %edx,%edx
xorps  %xmm2,%xmm2
cvtsi2ss %edx,%xmm2
mulss  %xmm0,%xmm2
movss  %xmm2,(%rcx,%r12,4)
cmp    %r15,%r11
je     134b <distArray+0x24b>
mov    %r11,%r12
add    $0x1,%r11
cmpl   $0x0,(%r8,%r12,4)
jne    1190 <distArray+0x90>
cmp    %r14,%r12
je     1190 <distArray+0x90>
test   %esi,%esi
jle    117d <distArray+0x7d>
mov    (%r9,%r11,8),%rbp
cmp    $0x8,%esi
jae    11c2 <distArray+0xc2>
xor    %ebx,%ebx
xor    %edx,%edx
jmp    1310 <distArray+0x210>
cmpq   $0x0,-0x38(%rsp)
je     1330 <distArray+0x230>
pxor   %xmm2,%xmm2
mov    -0x48(%rsp),%r14
xor    %r15d,%r15d
pxor   %xmm3,%xmm3
xchg   %ax,%ax
movd   0x1(%r13,%r15,1),%xmm5
movd   0x5(%r13,%r15,1),%xmm6
movd   0x1(%rbp,%r15,1),%xmm4
pcmpeqb %xmm5,%xmm4
punpcklbw %xmm4,%xmm4
punpcklwd %xmm4,%xmm4
movd   0x5(%rbp,%r15,1),%xmm5
pcmpeqb %xmm6,%xmm5
punpcklbw %xmm5,%xmm5
punpcklwd %xmm5,%xmm5
pand   %xmm1,%xmm4
paddd  %xmm2,%xmm4
pand   %xmm1,%xmm5
paddd  %xmm3,%xmm5
movd   0x9(%r13,%r15,1),%xmm3
movd   0xd(%r13,%r15,1),%xmm6
movd   0x9(%rbp,%r15,1),%xmm2
pcmpeqb %xmm3,%xmm2
punpcklbw %xmm2,%xmm2
punpcklwd %xmm2,%xmm2
movd   0xd(%rbp,%r15,1),%xmm3
pcmpeqb %xmm6,%xmm3
punpcklbw %xmm3,%xmm3
punpcklwd %xmm3,%xmm3
pand   %xmm1,%xmm2
paddd  %xmm4,%xmm2
pand   %xmm1,%xmm3
paddd  %xmm5,%xmm3
add    $0x10,%r15
add    $0xfffffffffffffffe,%r14
jne    11e0 <distArray+0xe0>
testb  $0x1,-0x40(%rsp)
je     12c1 <distArray+0x1c1>
movd   0x1(%r13,%r15,1),%xmm4
movd   0x5(%r13,%r15,1),%xmm5
movd   0x1(%rbp,%r15,1),%xmm6
pcmpeqb %xmm4,%xmm6
punpcklbw %xmm6,%xmm6
punpcklwd %xmm6,%xmm6
movd   0x5(%rbp,%r15,1),%xmm4
pcmpeqb %xmm5,%xmm4
punpcklbw %xmm4,%xmm4
punpcklwd %xmm4,%xmm4
pand   %xmm1,%xmm6
paddd  %xmm6,%xmm2
pand   %xmm1,%xmm4
paddd  %xmm4,%xmm3
paddd  %xmm3,%xmm2
pshufd $0xee,%xmm2,%xmm3
paddd  %xmm2,%xmm3
pshufd $0x55,%xmm3,%xmm2
paddd  %xmm3,%xmm2
movd   %xmm2,%edx
mov    -0x30(%rsp),%rax
mov    %rax,%rbx
cmp    %r10,%rax
mov    -0x8(%rsp),%r9
mov    -0x10(%rsp),%rcx
mov    -0x4c(%rsp),%esi
mov    -0x18(%rsp),%r8
mov    -0x20(%rsp),%r14
mov    -0x28(%rsp),%r15
je     117f <distArray+0x7f>
nopl   0x0(%rax)
movzbl 0x1(%r13,%rbx,1),%eax
xor    %edi,%edi
cmp    0x1(%rbp,%rbx,1),%al
sete   %dil
add    %edi,%edx
add    $0x1,%rbx
cmp    %rbx,%r10
jne    1310 <distArray+0x210>
jmp    117f <distArray+0x7f>
pxor   %xmm2,%xmm2
xor    %r15d,%r15d
pxor   %xmm3,%xmm3
testb  $0x1,-0x40(%rsp)
jne    127d <distArray+0x17d>
jmp    12c1 <distArray+0x1c1>
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @distArray(i32 %0, i32 %1, float %2, i32 %3, float* %4, i32* %5, i8** %6) {
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca float
%11 = alloca i32
%12 = alloca float*
%13 = alloca i32*
%14 = alloca i8**
%15 = alloca i32
%16 = alloca i32
%17 = alloca i8*
%18 = alloca i8*
%19 = alloca i32
store i32 %0, i32* %8
store i32 %1, i32* %9
store float %2, float* %10
store i32 %3, i32* %11
store float* %4, float** %12
store i32* %5, i32** %13
store i8** %6, i8*** %14
%20 = load i8**, i8*** %14
%21 = load i32, i32* %8
%22 = add nsw i32 %21, 1
%23 = sext i32 %22 to i64
%24 = getelementptr inbounds i8*, i8** %20, i64 %23
%25 = load i8*, i8** %24
%26 = getelementptr inbounds i8, i8* %25, i64 1
store i8* %26, i8** %17
store i32 0, i32* %16
br label %27
27: ; preds = %85, %7
%28 = load i32, i32* %16
%29 = load i32, i32* %11
%30 = icmp slt i32 %28, %29
br i1 %30, label %31, label %88
31: ; preds = %27
%32 = load i32*, i32** %13
%33 = load i32, i32* %16
%34 = sext i32 %33 to i64
%35 = getelementptr inbounds i32, i32* %32, i64 %34
%36 = load i32, i32* %35
%37 = icmp ne i32 %36, 0
br i1 %37, label %84, label %38
38: ; preds = %31
%39 = load i32, i32* %16
%40 = load i32, i32* %8
%41 = icmp ne i32 %39, %40
br i1 %41, label %42, label %84
42: ; preds = %38
%43 = load i8**, i8*** %14
%44 = load i32, i32* %16
%45 = add nsw i32 %44, 1
%46 = sext i32 %45 to i64
%47 = getelementptr inbounds i8*, i8** %43, i64 %46
%48 = load i8*, i8** %47
%49 = getelementptr inbounds i8, i8* %48, i64 1
store i8* %49, i8** %18
store i32 0, i32* %19
store i32 0, i32* %15
store i32 0, i32* %19
br label %50
50: ; preds = %72, %42
%51 = load i32, i32* %15
%52 = load i32, i32* %9
%53 = icmp slt i32 %51, %52
br i1 %53, label %54, label %75
54: ; preds = %50
%55 = load i8*, i8** %17
%56 = load i32, i32* %15
%57 = sext i32 %56 to i64
%58 = getelementptr inbounds i8, i8* %55, i64 %57
%59 = load i8, i8* %58
%60 = sext i8 %59 to i32
%61 = load i8*, i8** %18
%62 = load i32, i32* %15
%63 = sext i32 %62 to i64
%64 = getelementptr inbounds i8, i8* %61, i64 %63
%65 = load i8, i8* %64
%66 = sext i8 %65 to i32
%67 = icmp eq i32 %60, %66
br i1 %67, label %68, label %71
68: ; preds = %54
%69 = load i32, i32* %19
%70 = add nsw i32 %69, 1
store i32 %70, i32* %19
br label %71
71: ; preds = %68, %54
br label %72
72: ; preds = %71
%73 = load i32, i32* %15
%74 = add nsw i32 %73, 1
store i32 %74, i32* %15
br label %50
75: ; preds = %50
%76 = load i32, i32* %19
%77 = sitofp i32 %76 to float
%78 = load float, float* %10
%79 = fmul float %77, %78
%80 = load float*, float** %12
%81 = load i32, i32* %16
%82 = sext i32 %81 to i64
%83 = getelementptr inbounds float, float* %80, i64 %82
store float %79, float* %83
br label %84
84: ; preds = %75, %38, %31
br label %85
85: ; preds = %84
%86 = load i32, i32* %16
%87 = add nsw i32 %86, 1
store i32 %87, i32* %16
br label %27
88: ; preds = %27
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @distArray(i32 %0, i32 %1, float %2, i32 %3, float* nocapture writeonly %4, i32* nocapture %5, i8** nocapture %6) {
%8 = add nsw i32 %0, 1
%9 = sext i32 %8 to i64
%10 = getelementptr inbounds i8*, i8** %6, i64 %9
%11 = load i8*, i8** %10
%12 = getelementptr inbounds i8, i8* %11, i64 1
%13 = icmp sgt i32 %3, 0
br i1 %13, label %14, label %141
14: ; preds = %7
%15 = icmp sgt i32 %1, 0
%16 = zext i32 %0 to i64
%17 = zext i32 %3 to i64
%18 = zext i32 %1 to i64
%19 = and i64 %18, 4294967288
%20 = add nsw i64 %19, -8
%21 = lshr exact i64 %20, 3
%22 = add nuw nsw i64 %21, 1
%23 = icmp ult i32 %1, 8
%24 = and i64 %18, 4294967288
%25 = and i64 %22, 1
%26 = icmp eq i64 %20, 0
%27 = and i64 %22, 4611686018427387902
%28 = icmp eq i64 %25, 0
%29 = icmp eq i64 %24, %18
br label %30
30: ; preds = %14, %139
%31 = phi i64 [ 0, %14 ], [ %37, %139 ]
%32 = getelementptr inbounds i32, i32* %5, i64 %31
%33 = load i32, i32* %32
%34 = icmp ne i32 %33, 0
%35 = icmp eq i64 %31, %16
%36 = select i1 %34, i1 true, i1 %35
%37 = add nuw nsw i64 %31, 1
br i1 %36, label %139, label %38
38: ; preds = %30
%39 = getelementptr inbounds i8*, i8** %6, i64 %37
%40 = load i8*, i8** %39
%41 = getelementptr inbounds i8, i8* %40, i64 1
br i1 %15, label %42, label %134
42: ; preds = %38
br i1 %23, label %119, label %43
43: ; preds = %42
br i1 %26, label %89, label %44
44: ; preds = %43, %44
%45 = phi i64 [ %86, %44 ], [ 0, %43 ]
%46 = phi <4 x i32> [ %84, %44 ], [ zeroinitializer, %43 ]
%47 = phi <4 x i32> [ %85, %44 ], [ zeroinitializer, %43 ]
%48 = phi i64 [ %87, %44 ], [ 0, %43 ]
%49 = getelementptr inbounds i8, i8* %12, i64 %45
%50 = bitcast i8* %49 to <4 x i8>*
%51 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %50
%52 = getelementptr inbounds i8, i8* %49, i64 4
%53 = bitcast i8* %52 to <4 x i8>*
%54 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %53
%55 = getelementptr inbounds i8, i8* %41, i64 %45
%56 = bitcast i8* %55 to <4 x i8>*
%57 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %56
%58 = getelementptr inbounds i8, i8* %55, i64 4
%59 = bitcast i8* %58 to <4 x i8>*
%60 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %59
%61 = icmp eq <4 x i8> %51, %57
%62 = icmp eq <4 x i8> %54, %60
%63 = zext <4 x i1> %61 to <4 x i32>
%64 = zext <4 x i1> %62 to <4 x i32>
%65 = add <4 x i32> %46, %63
%66 = add <4 x i32> %47, %64
%67 = or i64 %45, 8
%68 = getelementptr inbounds i8, i8* %12, i64 %67
%69 = bitcast i8* %68 to <4 x i8>*
%70 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %69
%71 = getelementptr inbounds i8, i8* %68, i64 4
%72 = bitcast i8* %71 to <4 x i8>*
%73 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %72
%74 = getelementptr inbounds i8, i8* %41, i64 %67
%75 = bitcast i8* %74 to <4 x i8>*
%76 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %75
%77 = getelementptr inbounds i8, i8* %74, i64 4
%78 = bitcast i8* %77 to <4 x i8>*
%79 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %78
%80 = icmp eq <4 x i8> %70, %76
%81 = icmp eq <4 x i8> %73, %79
%82 = zext <4 x i1> %80 to <4 x i32>
%83 = zext <4 x i1> %81 to <4 x i32>
%84 = add <4 x i32> %65, %82
%85 = add <4 x i32> %66, %83
%86 = add nuw i64 %45, 16
%87 = add i64 %48, 2
%88 = icmp eq i64 %87, %27
br i1 %88, label %89, label %44
89: ; preds = %44, %43
%90 = phi <4 x i32> [ undef, %43 ], [ %84, %44 ]
%91 = phi <4 x i32> [ undef, %43 ], [ %85, %44 ]
%92 = phi i64 [ 0, %43 ], [ %86, %44 ]
%93 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %43 ], [ %84, %44 ]
%94 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %43 ], [ %85, %44 ]
br i1 %28, label %114, label %95
95: ; preds = %89
%96 = getelementptr inbounds i8, i8* %12, i64 %92
%97 = bitcast i8* %96 to <4 x i8>*
%98 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %97
%99 = getelementptr inbounds i8, i8* %96, i64 4
%100 = bitcast i8* %99 to <4 x i8>*
%101 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %100
%102 = getelementptr inbounds i8, i8* %41, i64 %92
%103 = bitcast i8* %102 to <4 x i8>*
%104 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %103
%105 = getelementptr inbounds i8, i8* %102, i64 4
%106 = bitcast i8* %105 to <4 x i8>*
%107 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %106
%108 = icmp eq <4 x i8> %98, %104
%109 = icmp eq <4 x i8> %101, %107
%110 = zext <4 x i1> %108 to <4 x i32>
%111 = zext <4 x i1> %109 to <4 x i32>
%112 = add <4 x i32> %93, %110
%113 = add <4 x i32> %94, %111
br label %114
114: ; preds = %89, %95
%115 = phi <4 x i32> [ %90, %89 ], [ %112, %95 ]
%116 = phi <4 x i32> [ %91, %89 ], [ %113, %95 ]
%117 = add <4 x i32> %116, %115
%118 = call i32 @llvm.vector.reduce.add.v4i32(<4 x i32> %117)
br i1 %29, label %134, label %119
119: ; preds = %42, %114
%120 = phi i64 [ 0, %42 ], [ %24, %114 ]
%121 = phi i32 [ 0, %42 ], [ %118, %114 ]
br label %122
122: ; preds = %119, %122
%123 = phi i64 [ %132, %122 ], [ %120, %119 ]
%124 = phi i32 [ %131, %122 ], [ %121, %119 ]
%125 = getelementptr inbounds i8, i8* %12, i64 %123
%126 = load i8, i8* %125
%127 = getelementptr inbounds i8, i8* %41, i64 %123
%128 = load i8, i8* %127
%129 = icmp eq i8 %126, %128
%130 = zext i1 %129 to i32
%131 = add nuw nsw i32 %124, %130
%132 = add nuw nsw i64 %123, 1
%133 = icmp eq i64 %132, %18
br i1 %133, label %134, label %122
134: ; preds = %122, %114, %38
%135 = phi i32 [ 0, %38 ], [ %118, %114 ], [ %131, %122 ]
%136 = sitofp i32 %135 to float
%137 = fmul float %136, %2
%138 = getelementptr inbounds float, float* %4, i64 %31
store float %137, float* %138
br label %139
139: ; preds = %30, %134
%140 = icmp eq i64 %37, %17
br i1 %140, label %141, label %30
141: ; preds = %139, %7
ret void
}