#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ assert(int);
char *calloc(int, int);
int strlen(char *);
char *format_alternative_bases(char *alt_bases) {
  int number_of_alt_bases = strlen(alt_bases);
  assert(number_of_alt_bases < 30);
  if (number_of_alt_bases == 0) {
    char *formatted_alt_bases = calloc(2 + 1, sizeof(char));
    formatted_alt_bases[0] = '.';
    return formatted_alt_bases;
  }
  char *formatted_alt_bases = calloc(number_of_alt_bases * 2 + 1, sizeof(char));
  int i;
  formatted_alt_bases[0] = alt_bases[0];
  for (i = 1; i < number_of_alt_bases; i++) {
    formatted_alt_bases[i * 2 - 1] = ',';
    formatted_alt_bases[i * 2] = alt_bases[i];
  }
  return formatted_alt_bases;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<format_alternative_bases>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x10(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,-0x14(%rbp)
cmpl   $0x1e,-0x14(%rbp)
setl   %al
and    $0x1,%al
movzbl %al,%edi
call   1050 <assert@plt>
cmpl   $0x0,-0x14(%rbp)
jne    118a <format_alternative_bases+0x5a>
mov    $0x3,%edi
mov    $0x1,%esi
call   1040 <calloc@plt>
mov    %rax,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%rax
movb   $0x2e,(%rax)
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x8(%rbp)
jmp    1205 <format_alternative_bases+0xd5>
mov    -0x14(%rbp),%edi
shl    $0x1,%edi
add    $0x1,%edi
mov    $0x1,%esi
call   1040 <calloc@plt>
mov    %rax,-0x28(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    (%rax),%cl
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    %cl,(%rax)
movl   $0x1,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    11fd <format_alternative_bases+0xcd>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    -0x2c(%rbp),%ecx
shl    $0x1,%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movb   $0x2c,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%dl
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    -0x2c(%rbp),%ecx
shl    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    11b4 <format_alternative_bases+0x84>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x8(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<format_alternative_bases>:
push   %r14
push   %rbx
push   %rax
mov    %rdi,%rbx
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,%r14d
xor    %edi,%edi
cmp    $0x1e,%eax
setl   %dil
call   1050 <assert@plt>
test   %r14d,%r14d
je     1287 <format_alternative_bases+0x157>
lea    (%r14,%r14,1),%edi
add    $0x1,%edi
mov    $0x1,%esi
call   1040 <calloc@plt>
mov    (%rbx),%cl
mov    %cl,(%rax)
cmp    $0x2,%r14d
jl     1299 <format_alternative_bases+0x169>
mov    %r14d,%r10d
lea    -0x1(%r10),%r8
mov    $0x1,%edx
cmp    $0x10,%r8
jb     1270 <format_alternative_bases+0x140>
mov    %r8,%rdx
and    $0xfffffffffffffff0,%rdx
lea    -0x10(%rdx),%rsi
mov    %rsi,%r9
shr    $0x4,%r9
add    $0x1,%r9
test   %rsi,%rsi
je     12a1 <format_alternative_bases+0x171>
mov    %r9,%rsi
and    $0xfffffffffffffffe,%rsi
xor    %edi,%edi
movdqa 0xe45(%rip),%xmm0
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
movq   0x1(%rbx,%rdi,1),%xmm1
movq   0x9(%rbx,%rdi,1),%xmm2
movdqa %xmm0,%xmm3
punpcklbw %xmm1,%xmm3
movdqu %xmm3,0x1(%rax,%rdi,2)
movdqa %xmm0,%xmm1
punpcklbw %xmm2,%xmm1
movdqu %xmm1,0x11(%rax,%rdi,2)
movq   0x11(%rbx,%rdi,1),%xmm1
movq   0x19(%rbx,%rdi,1),%xmm2
movdqa %xmm0,%xmm3
punpcklbw %xmm1,%xmm3
movdqu %xmm3,0x21(%rax,%rdi,2)
movdqa %xmm0,%xmm1
punpcklbw %xmm2,%xmm1
movdqu %xmm1,0x31(%rax,%rdi,2)
add    $0x20,%rdi
add    $0xfffffffffffffffe,%rsi
jne    11c0 <format_alternative_bases+0x90>
test   $0x1,%r9b
je     1259 <format_alternative_bases+0x129>
mov    %rdi,%rsi
or     $0x1,%rsi
add    %rdi,%rdi
or     $0x12,%rdi
movq   (%rbx,%rsi,1),%xmm0
movq   0x8(%rbx,%rsi,1),%xmm1
movdqa 0xdbf(%rip),%xmm2
movdqa %xmm2,%xmm3
punpcklbw %xmm0,%xmm3
movdqu %xmm3,-0x1(%rax,%rsi,2)
punpcklbw %xmm1,%xmm2
movdqu %xmm2,-0x1(%rax,%rdi,1)
cmp    %rdx,%r8
je     1299 <format_alternative_bases+0x169>
or     $0x1,%rdx
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
movb   $0x2c,-0x1(%rax,%rdx,2)
movzbl (%rbx,%rdx,1),%ecx
mov    %cl,(%rax,%rdx,2)
add    $0x1,%rdx
cmp    %rdx,%r10
jne    1270 <format_alternative_bases+0x140>
jmp    1299 <format_alternative_bases+0x169>
mov    $0x3,%edi
mov    $0x1,%esi
call   1040 <calloc@plt>
movb   $0x2e,(%rax)
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r14
ret
xor    %edi,%edi
test   $0x1,%r9b
jne    1220 <format_alternative_bases+0xf0>
jmp    1259 <format_alternative_bases+0x129>

LLVM IR (-O0):
define i8* @format_alternative_bases(i8* %0) {
%2 = alloca i8*
%3 = alloca i8*
%4 = alloca i32
%5 = alloca i8*
%6 = alloca i8*
%7 = alloca i32
store i8* %0, i8** %3
%8 = load i8*, i8** %3
%9 = call i32 @strlen(i8* %8)
store i32 %9, i32* %4
%10 = load i32, i32* %4
%11 = icmp slt i32 %10, 30
%12 = zext i1 %11 to i32
%13 = call i32 @assert(i32 %12)
%14 = load i32, i32* %4
%15 = icmp eq i32 %14, 0
br i1 %15, label %16, label %21
16: ; preds = %1
%17 = call i8* @calloc(i32 3, i32 1)
store i8* %17, i8** %5
%18 = load i8*, i8** %5
%19 = getelementptr inbounds i8, i8* %18, i64 0
store i8 46, i8* %19
%20 = load i8*, i8** %5
store i8* %20, i8** %2
br label %57
21: ; preds = %1
%22 = load i32, i32* %4
%23 = mul nsw i32 %22, 2
%24 = add nsw i32 %23, 1
%25 = call i8* @calloc(i32 %24, i32 1)
store i8* %25, i8** %6
%26 = load i8*, i8** %3
%27 = getelementptr inbounds i8, i8* %26, i64 0
%28 = load i8, i8* %27
%29 = load i8*, i8** %6
%30 = getelementptr inbounds i8, i8* %29, i64 0
store i8 %28, i8* %30
store i32 1, i32* %7
br label %31
31: ; preds = %52, %21
%32 = load i32, i32* %7
%33 = load i32, i32* %4
%34 = icmp slt i32 %32, %33
br i1 %34, label %35, label %55
35: ; preds = %31
%36 = load i8*, i8** %6
%37 = load i32, i32* %7
%38 = mul nsw i32 %37, 2
%39 = sub nsw i32 %38, 1
%40 = sext i32 %39 to i64
%41 = getelementptr inbounds i8, i8* %36, i64 %40
store i8 44, i8* %41
%42 = load i8*, i8** %3
%43 = load i32, i32* %7
%44 = sext i32 %43 to i64
%45 = getelementptr inbounds i8, i8* %42, i64 %44
%46 = load i8, i8* %45
%47 = load i8*, i8** %6
%48 = load i32, i32* %7
%49 = mul nsw i32 %48, 2
%50 = sext i32 %49 to i64
%51 = getelementptr inbounds i8, i8* %47, i64 %50
store i8 %46, i8* %51
br label %52
52: ; preds = %35
%53 = load i32, i32* %7
%54 = add nsw i32 %53, 1
store i32 %54, i32* %7
br label %31
55: ; preds = %31
%56 = load i8*, i8** %6
store i8* %56, i8** %2
br label %57
57: ; preds = %55, %16
%58 = load i8*, i8** %2
ret i8* %58
}

LLVM IR (-O2):
define noalias i8* @format_alternative_bases(i8* %0) {
%2 = tail call i32 @strlen(i8* %0)
%3 = icmp slt i32 %2, 30
%4 = zext i1 %3 to i32
%5 = tail call i32 @assert(i32 %4)
%6 = icmp eq i32 %2, 0
br i1 %6, label %7, label %9
7: ; preds = %1
%8 = tail call dereferenceable_or_null(3) i8* @calloc(i32 3, i32 1)
store i8 46, i8* %8
br label %107
9: ; preds = %1
%10 = shl nsw i32 %2, 1
%11 = or i32 %10, 1
%12 = tail call i8* @calloc(i32 %11, i32 1)
%13 = load i8, i8* %0
store i8 %13, i8* %12
%14 = icmp sgt i32 %2, 1
br i1 %14, label %15, label %107
15: ; preds = %9
%16 = zext i32 %2 to i64
%17 = add nsw i64 %16, -1
%18 = icmp ult i64 %17, 16
br i1 %18, label %95, label %19
19: ; preds = %15
%20 = and i64 %17, -16
%21 = or i64 %20, 1
%22 = add nsw i64 %20, -16
%23 = lshr exact i64 %22, 4
%24 = add nuw nsw i64 %23, 1
%25 = and i64 %24, 1
%26 = icmp eq i64 %22, 0
br i1 %26, label %71, label %27
27: ; preds = %19
%28 = and i64 %24, 2305843009213693950
%29 = getelementptr inbounds i8, i8* %12, i64 -1
%30 = getelementptr inbounds i8, i8* %12, i64 -1
%31 = getelementptr inbounds i8, i8* %12, i64 -1
%32 = getelementptr inbounds i8, i8* %12, i64 -1
br label %33
33: ; preds = %33, %27
%34 = phi i64 [ 0, %27 ], [ %68, %33 ]
%35 = phi i64 [ 0, %27 ], [ %69, %33 ]
%36 = or i64 %34, 1
%37 = shl nuw nsw i64 %36, 1
%38 = shl i64 %34, 1
%39 = or i64 %38, 18
%40 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %36
%41 = bitcast i8* %40 to <8 x i8>*
%42 = load <8 x i8>, <8 x i8>* %41
%43 = getelementptr inbounds i8, i8* %40, i64 8
%44 = bitcast i8* %43 to <8 x i8>*
%45 = load <8 x i8>, <8 x i8>* %44
%46 = getelementptr inbounds i8, i8* %29, i64 %37
%47 = bitcast i8* %46 to <16 x i8>*
%48 = getelementptr inbounds i8, i8* %30, i64 %39
%49 = bitcast i8* %48 to <16 x i8>*
%50 = shufflevector <8 x i8> <i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44>, <8 x i8> %42, <16 x i32> <i32 0, i32 8, i32 1, i32 9, i32 2, i32 10, i32 3, i32 11, i32 4, i32 12, i32 5, i32 13, i32 6, i32 14, i32 7, i32 15>
store <16 x i8> %50, <16 x i8>* %47
%51 = shufflevector <8 x i8> <i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44>, <8 x i8> %45, <16 x i32> <i32 0, i32 8, i32 1, i32 9, i32 2, i32 10, i32 3, i32 11, i32 4, i32 12, i32 5, i32 13, i32 6, i32 14, i32 7, i32 15>
store <16 x i8> %51, <16 x i8>* %49
%52 = or i64 %34, 17
%53 = shl nuw nsw i64 %52, 1
%54 = shl i64 %34, 1
%55 = or i64 %54, 50
%56 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %52
%57 = bitcast i8* %56 to <8 x i8>*
%58 = load <8 x i8>, <8 x i8>* %57
%59 = getelementptr inbounds i8, i8* %56, i64 8
%60 = bitcast i8* %59 to <8 x i8>*
%61 = load <8 x i8>, <8 x i8>* %60
%62 = getelementptr inbounds i8, i8* %31, i64 %53
%63 = bitcast i8* %62 to <16 x i8>*
%64 = getelementptr inbounds i8, i8* %32, i64 %55
%65 = bitcast i8* %64 to <16 x i8>*
%66 = shufflevector <8 x i8> <i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44>, <8 x i8> %58, <16 x i32> <i32 0, i32 8, i32 1, i32 9, i32 2, i32 10, i32 3, i32 11, i32 4, i32 12, i32 5, i32 13, i32 6, i32 14, i32 7, i32 15>
store <16 x i8> %66, <16 x i8>* %63
%67 = shufflevector <8 x i8> <i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44>, <8 x i8> %61, <16 x i32> <i32 0, i32 8, i32 1, i32 9, i32 2, i32 10, i32 3, i32 11, i32 4, i32 12, i32 5, i32 13, i32 6, i32 14, i32 7, i32 15>
store <16 x i8> %67, <16 x i8>* %65
%68 = add nuw i64 %34, 32
%69 = add i64 %35, 2
%70 = icmp eq i64 %69, %28
br i1 %70, label %71, label %33
71: ; preds = %33, %19
%72 = phi i64 [ 0, %19 ], [ %68, %33 ]
%73 = icmp eq i64 %25, 0
br i1 %73, label %93, label %74
74: ; preds = %71
%75 = or i64 %72, 1
%76 = shl nuw nsw i64 %75, 1
%77 = shl i64 %72, 1
%78 = or i64 %77, 18
%79 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %75
%80 = bitcast i8* %79 to <8 x i8>*
%81 = load <8 x i8>, <8 x i8>* %80
%82 = getelementptr inbounds i8, i8* %79, i64 8
%83 = bitcast i8* %82 to <8 x i8>*
%84 = load <8 x i8>, <8 x i8>* %83
%85 = getelementptr inbounds i8, i8* %12, i64 -1
%86 = getelementptr inbounds i8, i8* %12, i64 -1
%87 = getelementptr inbounds i8, i8* %85, i64 %76
%88 = bitcast i8* %87 to <16 x i8>*
%89 = getelementptr inbounds i8, i8* %86, i64 %78
%90 = bitcast i8* %89 to <16 x i8>*
%91 = shufflevector <8 x i8> <i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44>, <8 x i8> %81, <16 x i32> <i32 0, i32 8, i32 1, i32 9, i32 2, i32 10, i32 3, i32 11, i32 4, i32 12, i32 5, i32 13, i32 6, i32 14, i32 7, i32 15>
store <16 x i8> %91, <16 x i8>* %88
%92 = shufflevector <8 x i8> <i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44, i8 44>, <8 x i8> %84, <16 x i32> <i32 0, i32 8, i32 1, i32 9, i32 2, i32 10, i32 3, i32 11, i32 4, i32 12, i32 5, i32 13, i32 6, i32 14, i32 7, i32 15>
store <16 x i8> %92, <16 x i8>* %90
br label %93
93: ; preds = %71, %74
%94 = icmp eq i64 %17, %20
br i1 %94, label %107, label %95
95: ; preds = %15, %93
%96 = phi i64 [ 1, %15 ], [ %21, %93 ]
br label %97
97: ; preds = %95, %97
%98 = phi i64 [ %105, %97 ], [ %96, %95 ]
%99 = shl nuw nsw i64 %98, 1
%100 = add nsw i64 %99, -1
%101 = getelementptr inbounds i8, i8* %12, i64 %100
store i8 44, i8* %101
%102 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %98
%103 = load i8, i8* %102
%104 = getelementptr inbounds i8, i8* %12, i64 %99
store i8 %103, i8* %104
%105 = add nuw nsw i64 %98, 1
%106 = icmp eq i64 %105, %16
br i1 %106, label %107, label %97
107: ; preds = %97, %93, %9, %7
%108 = phi i8* [ %8, %7 ], [ %12, %9 ], [ %12, %93 ], [ %12, %97 ]
ret i8* %108
}