#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
scalar_t__ check_if_char_in_string(char *, char, int);
void alternative_bases(char reference_base, char *bases_for_snp,
                       char alt_bases[], int number_of_samples) {
  int i;
  int num_alt_bases = 0;
  for (i = 0; i < number_of_samples; i++) {
    if ((bases_for_snp[i] != reference_base)) {
      if (check_if_char_in_string(alt_bases, bases_for_snp[i], num_alt_bases) ==
          0) {
        alt_bases[num_alt_bases] = bases_for_snp[i];
        num_alt_bases++;
        alt_bases[num_alt_bases] = ',';
        num_alt_bases++;
      }
    }
  }
  if (num_alt_bases > 0 && alt_bases[num_alt_bases - 1] == ',') {
    alt_bases[num_alt_bases - 1] = '\0';
  } else {
    alt_bases[num_alt_bases] = '\0';
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<alternative_bases>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %dil,%al
mov    %al,-0x1(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %ecx,-0x1c(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jge    11cb <alternative_bases+0xbb>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
movsbl -0x1(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
je     11b8 <alternative_bases+0xa8>
mov    -0x18(%rbp),%rdi
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%al
mov    -0x24(%rbp),%edx
movsbl %al,%esi
call   1030 <check_if_char_in_string@plt>
cmp    $0x0,%rax
jne    11b3 <alternative_bases+0xa3>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%dl
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
movb   $0x2c,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    11b8 <alternative_bases+0xa8>
jmp    11bd <alternative_bases+0xad>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    1137 <alternative_bases+0x27>
cmpl   $0x0,-0x24(%rbp)
jle    1205 <alternative_bases+0xf5>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x24(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2c,%eax
jne    1205 <alternative_bases+0xf5>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x24(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movb   $0x0,(%rax,%rcx,1)
jmp    1211 <alternative_bases+0x101>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
movb   $0x0,(%rax,%rcx,1)
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<alternative_bases>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
push   %rax
mov    %rdx,%r14
test   %ecx,%ecx
jle    118e <alternative_bases+0x7e>
mov    %rsi,%rbx
mov    %edi,%r12d
mov    %ecx,%r13d
xor    %ebp,%ebp
xor    %r15d,%r15d
jmp    1149 <alternative_bases+0x39>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
add    $0x1,%rbp
cmp    %rbp,%r13
je     117c <alternative_bases+0x6c>
movzbl (%rbx,%rbp,1),%eax
cmp    %r12b,%al
je     1140 <alternative_bases+0x30>
movsbl %al,%esi
mov    %r14,%rdi
mov    %r15d,%edx
call   1030 <check_if_char_in_string@plt>
test   %rax,%rax
jne    1140 <alternative_bases+0x30>
movzbl (%rbx,%rbp,1),%eax
movslq %r15d,%rcx
mov    %al,(%r14,%rcx,1)
movb   $0x2c,0x1(%r14,%rcx,1)
add    $0x2,%r15d
jmp    1140 <alternative_bases+0x30>
test   %r15d,%r15d
jle    1191 <alternative_bases+0x81>
lea    -0x1(%r15),%eax
cmpb   $0x2c,(%r14,%rax,1)
jne    1191 <alternative_bases+0x81>
jmp    1194 <alternative_bases+0x84>
xor    %r15d,%r15d
movslq %r15d,%rax
add    %rax,%r14
movb   $0x0,(%r14)
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @alternative_bases(i8 signext %0, i8* %1, i8* %2, i32 %3) {
%5 = alloca i8
%6 = alloca i8*
%7 = alloca i8*
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
store i8 %0, i8* %5
store i8* %1, i8** %6
store i8* %2, i8** %7
store i32 %3, i32* %8
store i32 0, i32* %10
store i32 0, i32* %9
br label %11
11: ; preds = %55, %4
%12 = load i32, i32* %9
%13 = load i32, i32* %8
%14 = icmp slt i32 %12, %13
br i1 %14, label %15, label %58
15: ; preds = %11
%16 = load i8*, i8** %6
%17 = load i32, i32* %9
%18 = sext i32 %17 to i64
%19 = getelementptr inbounds i8, i8* %16, i64 %18
%20 = load i8, i8* %19
%21 = sext i8 %20 to i32
%22 = load i8, i8* %5
%23 = sext i8 %22 to i32
%24 = icmp ne i32 %21, %23
br i1 %24, label %25, label %54
25: ; preds = %15
%26 = load i8*, i8** %7
%27 = load i8*, i8** %6
%28 = load i32, i32* %9
%29 = sext i32 %28 to i64
%30 = getelementptr inbounds i8, i8* %27, i64 %29
%31 = load i8, i8* %30
%32 = load i32, i32* %10
%33 = call i64 @check_if_char_in_string(i8* %26, i8 signext %31, i32 %32)
%34 = icmp eq i64 %33, 0
br i1 %34, label %35, label %53
35: ; preds = %25
%36 = load i8*, i8** %6
%37 = load i32, i32* %9
%38 = sext i32 %37 to i64
%39 = getelementptr inbounds i8, i8* %36, i64 %38
%40 = load i8, i8* %39
%41 = load i8*, i8** %7
%42 = load i32, i32* %10
%43 = sext i32 %42 to i64
%44 = getelementptr inbounds i8, i8* %41, i64 %43
store i8 %40, i8* %44
%45 = load i32, i32* %10
%46 = add nsw i32 %45, 1
store i32 %46, i32* %10
%47 = load i8*, i8** %7
%48 = load i32, i32* %10
%49 = sext i32 %48 to i64
%50 = getelementptr inbounds i8, i8* %47, i64 %49
store i8 44, i8* %50
%51 = load i32, i32* %10
%52 = add nsw i32 %51, 1
store i32 %52, i32* %10
br label %53
53: ; preds = %35, %25
br label %54
54: ; preds = %53, %15
br label %55
55: ; preds = %54
%56 = load i32, i32* %9
%57 = add nsw i32 %56, 1
store i32 %57, i32* %9
br label %11
58: ; preds = %11
%59 = load i32, i32* %10
%60 = icmp sgt i32 %59, 0
br i1 %60, label %61, label %76
61: ; preds = %58
%62 = load i8*, i8** %7
%63 = load i32, i32* %10
%64 = sub nsw i32 %63, 1
%65 = sext i32 %64 to i64
%66 = getelementptr inbounds i8, i8* %62, i64 %65
%67 = load i8, i8* %66
%68 = sext i8 %67 to i32
%69 = icmp eq i32 %68, 44
br i1 %69, label %70, label %76
70: ; preds = %61
%71 = load i8*, i8** %7
%72 = load i32, i32* %10
%73 = sub nsw i32 %72, 1
%74 = sext i32 %73 to i64
%75 = getelementptr inbounds i8, i8* %71, i64 %74
store i8 0, i8* %75
br label %81
76: ; preds = %61, %58
%77 = load i8*, i8** %7
%78 = load i32, i32* %10
%79 = sext i32 %78 to i64
%80 = getelementptr inbounds i8, i8* %77, i64 %79
store i8 0, i8* %80
br label %81
81: ; preds = %76, %70
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @alternative_bases(i8 signext %0, i8* nocapture %1, i8* %2, i32 %3) {
%5 = icmp sgt i32 %3, 0
br i1 %5, label %6, label %37
6: ; preds = %4
%7 = zext i32 %3 to i64
br label %8
8: ; preds = %6, %25
%9 = phi i64 [ 0, %6 ], [ %27, %25 ]
%10 = phi i32 [ 0, %6 ], [ %26, %25 ]
%11 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %9
%12 = load i8, i8* %11
%13 = icmp eq i8 %12, %0
br i1 %13, label %25, label %14
14: ; preds = %8
%15 = tail call i64 @check_if_char_in_string(i8* %2, i8 signext %12, i32 %10)
%16 = icmp eq i64 %15, 0
br i1 %16, label %17, label %25
17: ; preds = %14
%18 = load i8, i8* %11
%19 = sext i32 %10 to i64
%20 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %19
store i8 %18, i8* %20
%21 = add nsw i32 %10, 1
%22 = sext i32 %21 to i64
%23 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %22
store i8 44, i8* %23
%24 = add nsw i32 %10, 2
br label %25
25: ; preds = %8, %17, %14
%26 = phi i32 [ %24, %17 ], [ %10, %14 ], [ %10, %8 ]
%27 = add nuw nsw i64 %9, 1
%28 = icmp eq i64 %27, %7
br i1 %28, label %29, label %8
29: ; preds = %25
%30 = icmp sgt i32 %26, 0
br i1 %30, label %31, label %37
31: ; preds = %29
%32 = add nsw i32 %26, -1
%33 = zext i32 %32 to i64
%34 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %33
%35 = load i8, i8* %34
%36 = icmp eq i8 %35, 44
br i1 %36, label %41, label %37
37: ; preds = %4, %31, %29
%38 = phi i32 [ %26, %31 ], [ %26, %29 ], [ 0, %4 ]
%39 = sext i32 %38 to i64
%40 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %39
br label %41
41: ; preds = %31, %37
%42 = phi i8* [ %40, %37 ], [ %34, %31 ]
store i8 0, i8* %42
ret void
}