void create_CCt(double *cov, double *C, int D, int N) {
  int d1, d2, i;
  for (d1 = 0; d1 < D; d1++) {
    for (d2 = 0; d2 < D; d2++) {
      for (i = 0; i < N; i++)
        cov[d1 * D + d2] += C[i * D + d1] * C[i * D + d2];
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<create_CCt>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %ecx,-0x18(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    11ce <create_CCt+0xce>
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    11bb <create_CCt+0xbb>
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x18(%rbp),%eax
jge    11a8 <create_CCt+0xa8>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x24(%rbp),%ecx
imul   -0x14(%rbp),%ecx
add    -0x1c(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x24(%rbp),%ecx
imul   -0x14(%rbp),%ecx
add    -0x20(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm2
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x1c(%rbp),%ecx
imul   -0x14(%rbp),%ecx
add    -0x20(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm1
mulsd  %xmm2,%xmm0
addsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    113f <create_CCt+0x3f>
jmp    11ad <create_CCt+0xad>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    112c <create_CCt+0x2c>
jmp    11c0 <create_CCt+0xc0>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    1119 <create_CCt+0x19>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<create_CCt>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
mov    %rsi,-0x20(%rsp)
test   %edx,%edx
jle    1248 <create_CCt+0x148>
mov    %edx,%esi
mov    %ecx,%r15d
mov    %r15d,%r14d
and    $0xfffffffe,%r14d
mov    -0x20(%rsp),%r13
lea    0x0(,%rsi,8),%rdx
add    %r13,%rdx
mov    %rsi,%r12
shl    $0x4,%r12
xor    %r10d,%r10d
mov    %rdx,-0x8(%rsp)
mov    %ecx,-0x14(%rsp)
jmp    116a <create_CCt+0x6a>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
mov    -0x10(%rsp),%r10
add    $0x1,%r10
add    $0x8,%rdx
add    $0x8,%r13
cmp    %rsi,%r10
je     1248 <create_CCt+0x148>
mov    %r10,%rax
mov    %r10,-0x10(%rsp)
imul   %rsi,%r10
mov    -0x20(%rsp),%rax
mov    -0x8(%rsp),%rbx
xor    %ebp,%ebp
jmp    11a1 <create_CCt+0xa1>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
add    $0x1,%rbp
add    $0x8,%rbx
add    $0x8,%rax
cmp    %rsi,%rbp
je     1150 <create_CCt+0x50>
test   %ecx,%ecx
jle    1190 <create_CCt+0x90>
lea    (%r10,%rbp,1),%r9
movsd  (%rdi,%r9,8),%xmm0
cmp    $0x1,%ecx
jne    11c0 <create_CCt+0xc0>
xor    %r11d,%r11d
jmp    1209 <create_CCt+0x109>
nopl   0x0(%rax)
xor    %r8d,%r8d
xor    %r11d,%r11d
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
movsd  0x0(%r13,%r8,1),%xmm1
mulsd  (%rax,%r8,1),%xmm1
addsd  %xmm0,%xmm1
movsd  %xmm1,(%rdi,%r9,8)
movsd  (%rdx,%r8,1),%xmm0
mulsd  (%rbx,%r8,1),%xmm0
addsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,(%rdi,%r9,8)
add    $0x2,%r11
add    %r12,%r8
cmp    %r11,%r14
jne    11d0 <create_CCt+0xd0>
test   $0x1,%r15b
je     1190 <create_CCt+0x90>
imul   %rsi,%r11
mov    %rsi,%rcx
mov    -0x10(%rsp),%rsi
add    %r11,%rsi
mov    -0x20(%rsp),%r8
movsd  (%r8,%rsi,8),%xmm1
mov    %rcx,%rsi
mov    -0x14(%rsp),%ecx
add    %rbp,%r11
mulsd  (%r8,%r11,8),%xmm1
addsd  %xmm0,%xmm1
movsd  %xmm1,(%rdi,%r9,8)
jmp    1190 <create_CCt+0x90>
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @create_CCt(double* %0, double* %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = alloca double*
%6 = alloca double*
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
store double* %0, double** %5
store double* %1, double** %6
store i32 %2, i32* %7
store i32 %3, i32* %8
store i32 0, i32* %9
br label %12
12: ; preds = %63, %4
%13 = load i32, i32* %9
%14 = load i32, i32* %7
%15 = icmp slt i32 %13, %14
br i1 %15, label %16, label %66
16: ; preds = %12
store i32 0, i32* %10
br label %17
17: ; preds = %59, %16
%18 = load i32, i32* %10
%19 = load i32, i32* %7
%20 = icmp slt i32 %18, %19
br i1 %20, label %21, label %62
21: ; preds = %17
store i32 0, i32* %11
br label %22
22: ; preds = %55, %21
%23 = load i32, i32* %11
%24 = load i32, i32* %8
%25 = icmp slt i32 %23, %24
br i1 %25, label %26, label %58
26: ; preds = %22
%27 = load double*, double** %6
%28 = load i32, i32* %11
%29 = load i32, i32* %7
%30 = mul nsw i32 %28, %29
%31 = load i32, i32* %9
%32 = add nsw i32 %30, %31
%33 = sext i32 %32 to i64
%34 = getelementptr inbounds double, double* %27, i64 %33
%35 = load double, double* %34
%36 = load double*, double** %6
%37 = load i32, i32* %11
%38 = load i32, i32* %7
%39 = mul nsw i32 %37, %38
%40 = load i32, i32* %10
%41 = add nsw i32 %39, %40
%42 = sext i32 %41 to i64
%43 = getelementptr inbounds double, double* %36, i64 %42
%44 = load double, double* %43
%45 = load double*, double** %5
%46 = load i32, i32* %9
%47 = load i32, i32* %7
%48 = mul nsw i32 %46, %47
%49 = load i32, i32* %10
%50 = add nsw i32 %48, %49
%51 = sext i32 %50 to i64
%52 = getelementptr inbounds double, double* %45, i64 %51
%53 = load double, double* %52
%54 = call double @llvm.fmuladd.f64(double %35, double %44, double %53)
store double %54, double* %52
br label %55
55: ; preds = %26
%56 = load i32, i32* %11
%57 = add nsw i32 %56, 1
store i32 %57, i32* %11
br label %22
58: ; preds = %22
br label %59
59: ; preds = %58
%60 = load i32, i32* %10
%61 = add nsw i32 %60, 1
store i32 %61, i32* %10
br label %17
62: ; preds = %17
br label %63
63: ; preds = %62
%64 = load i32, i32* %9
%65 = add nsw i32 %64, 1
store i32 %65, i32* %9
br label %12
66: ; preds = %12
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @create_CCt(double* nocapture %0, double* nocapture %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %5, label %6, label %66
6: ; preds = %4
%7 = icmp sgt i32 %3, 0
%8 = zext i32 %2 to i64
%9 = zext i32 %2 to i64
%10 = zext i32 %3 to i64
%11 = and i64 %10, 1
%12 = icmp eq i32 %3, 1
%13 = and i64 %10, 4294967294
%14 = icmp eq i64 %11, 0
br label %15
15: ; preds = %63, %6
%16 = phi i64 [ 0, %6 ], [ %64, %63 ]
%17 = mul nsw i64 %16, %8
br label %18
18: ; preds = %15, %60
%19 = phi i64 [ 0, %15 ], [ %61, %60 ]
br i1 %7, label %20, label %60
20: ; preds = %18
%21 = add nuw nsw i64 %19, %17
%22 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %21
%23 = load double, double* %22
br i1 %12, label %48, label %24
24: ; preds = %20, %24
%25 = phi double [ %44, %24 ], [ %23, %20 ]
%26 = phi i64 [ %45, %24 ], [ 0, %20 ]
%27 = phi i64 [ %46, %24 ], [ 0, %20 ]
%28 = mul nsw i64 %26, %8
%29 = add nuw nsw i64 %28, %16
%30 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %29
%31 = load double, double* %30
%32 = add nuw nsw i64 %28, %19
%33 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %32
%34 = load double, double* %33
%35 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %31, double %34, double %25)
store double %35, double* %22
%36 = or i64 %26, 1
%37 = mul nsw i64 %36, %8
%38 = add nuw nsw i64 %37, %16
%39 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %38
%40 = load double, double* %39
%41 = add nuw nsw i64 %37, %19
%42 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %41
%43 = load double, double* %42
%44 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %40, double %43, double %35)
store double %44, double* %22
%45 = add nuw nsw i64 %26, 2
%46 = add i64 %27, 2
%47 = icmp eq i64 %46, %13
br i1 %47, label %48, label %24
48: ; preds = %24, %20
%49 = phi double [ %23, %20 ], [ %44, %24 ]
%50 = phi i64 [ 0, %20 ], [ %45, %24 ]
br i1 %14, label %60, label %51
51: ; preds = %48
%52 = mul nsw i64 %50, %8
%53 = add nuw nsw i64 %52, %16
%54 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %53
%55 = load double, double* %54
%56 = add nuw nsw i64 %52, %19
%57 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %56
%58 = load double, double* %57
%59 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %55, double %58, double %49)
store double %59, double* %22
br label %60
60: ; preds = %51, %48, %18
%61 = add nuw nsw i64 %19, 1
%62 = icmp eq i64 %61, %9
br i1 %62, label %63, label %18
63: ; preds = %60
%64 = add nuw nsw i64 %16, 1
%65 = icmp eq i64 %64, %9
br i1 %65, label %66, label %15
66: ; preds = %63, %4
ret void
}