#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ CompareSeqs(char *, char *, int, int, float *);
int /*<<< orphan*/ Die(char *);
scalar_t__ malloc(int);
int MakeDiffMx(char **aseqs, int num, int alen, int allow_ragged,
               float ***ret_dmx) {
  float **dmx;
  int i, j;
  float diff;
  if ((dmx = (float **)malloc(sizeof(float *) * num)) == NULL)
    Die("malloc failed");
  for (i = 0; i < num; i++)
    if ((dmx[i] = (float *)malloc(sizeof(float) * num)) == NULL)
      Die("malloc failed");
  for (i = 0; i < num; i++)
    for (j = i; j < num; j++) {
      if (!CompareSeqs(aseqs[i], aseqs[j], alen, allow_ragged, &diff))
        Die("CompareSeqs failed");
      dmx[i][j] = dmx[j][i] = diff;
    }
  *ret_dmx = dmx;
  return 1;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<MakeDiffMx>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x40,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %edx,-0x10(%rbp)
mov    %ecx,-0x14(%rbp)
mov    %r8,-0x20(%rbp)
movslq -0xc(%rbp),%rax
shl    $0x3,%rax
mov    %eax,%edi
call   1030 <malloc@plt>
mov    %rax,-0x28(%rbp)
cmp    $0x0,%rax
jne    1172 <MakeDiffMx+0x42>
lea    0xe93(%rip),%rdi
call   1040 <Die@plt>
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    11c9 <MakeDiffMx+0x99>
movslq -0xc(%rbp),%rax
shl    $0x2,%rax
mov    %eax,%edi
call   1030 <malloc@plt>
mov    -0x28(%rbp),%rcx
movslq -0x2c(%rbp),%rdx
mov    %rax,(%rcx,%rdx,8)
cmp    $0x0,%rax
jne    11b6 <MakeDiffMx+0x86>
lea    0xe4f(%rip),%rdi
call   1040 <Die@plt>
jmp    11bb <MakeDiffMx+0x8b>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    1179 <MakeDiffMx+0x49>
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    127a <MakeDiffMx+0x14a>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    1267 <MakeDiffMx+0x137>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rsi
mov    -0x10(%rbp),%edx
mov    -0x14(%rbp),%ecx
lea    -0x34(%rbp),%r8
call   1050 <CompareSeqs@plt>
cmp    $0x0,%eax
jne    122a <MakeDiffMx+0xfa>
lea    0xde9(%rip),%rdi
call   1040 <Die@plt>
movss  -0x34(%rbp),%xmm0
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movss  %xmm0,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movss  %xmm0,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    11e2 <MakeDiffMx+0xb2>
jmp    126c <MakeDiffMx+0x13c>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    11d0 <MakeDiffMx+0xa0>
mov    -0x28(%rbp),%rcx
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
mov    $0x1,%eax
add    $0x40,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<MakeDiffMx>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x18,%rsp
mov    %r8,0x10(%rsp)
mov    %ecx,(%rsp)
mov    %edx,%r12d
mov    %esi,%r14d
mov    %rdi,%rbp
lea    0x0(,%r14,8),%edi
call   1030 <malloc@plt>
mov    %rax,%rbx
test   %rax,%rax
je     116e <MakeDiffMx+0x3e>
test   %r14d,%r14d
jg     1183 <MakeDiffMx+0x53>
jmp    123f <MakeDiffMx+0x10f>
lea    0xe8b(%rip),%rdi
call   1040 <Die@plt>
test   %r14d,%r14d
jle    123f <MakeDiffMx+0x10f>
lea    0x0(,%r14,4),%r13d
mov    %r14,0x8(%rsp)
mov    %r14d,%r14d
xor    %r15d,%r15d
jmp    11a9 <MakeDiffMx+0x79>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%r15
cmp    %r15,%r14
je     11c8 <MakeDiffMx+0x98>
mov    %r13d,%edi
call   1030 <malloc@plt>
mov    %rax,(%rbx,%r15,8)
test   %rax,%rax
jne    11a0 <MakeDiffMx+0x70>
lea    0xe3f(%rip),%rdi
call   1040 <Die@plt>
jmp    11a0 <MakeDiffMx+0x70>
cmpl   $0x0,0x8(%rsp)
jle    123f <MakeDiffMx+0x10f>
xor    %r15d,%r15d
jmp    11e9 <MakeDiffMx+0xb9>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
add    $0x1,%r15
cmp    %r14,%r15
je     123f <MakeDiffMx+0x10f>
mov    %r15,%r13
jmp    1213 <MakeDiffMx+0xe3>
xchg   %ax,%ax
movss  0x4(%rsp),%xmm0
mov    (%rbx,%r13,8),%rax
movss  %xmm0,(%rax,%r15,4)
mov    (%rbx,%r15,8),%rax
movss  %xmm0,(%rax,%r13,4)
add    $0x1,%r13
cmp    %r13,%r14
je     11e0 <MakeDiffMx+0xb0>
mov    0x0(%rbp,%r15,8),%rdi
mov    0x0(%rbp,%r13,8),%rsi
mov    %r12d,%edx
mov    (%rsp),%ecx
lea    0x4(%rsp),%r8
call   1050 <CompareSeqs@plt>
test   %eax,%eax
jne    11f0 <MakeDiffMx+0xc0>
lea    0xdd6(%rip),%rdi
call   1040 <Die@plt>
jmp    11f0 <MakeDiffMx+0xc0>
mov    0x10(%rsp),%rax
mov    %rbx,(%rax)
mov    $0x1,%eax
add    $0x18,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
@.str = [14 x i8] c"malloc failed\00"
@.str.1 = [19 x i8] c"CompareSeqs failed\00"
define i32 @MakeDiffMx(i8** %0, i32 %1, i32 %2, i32 %3, float*** %4) {
%6 = alloca i8**
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca float***
%11 = alloca float**
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca float
store i8** %0, i8*** %6
store i32 %1, i32* %7
store i32 %2, i32* %8
store i32 %3, i32* %9
store float*** %4, float**** %10
%15 = load i32, i32* %7
%16 = sext i32 %15 to i64
%17 = mul i64 8, %16
%18 = trunc i64 %17 to i32
%19 = call i64 @malloc(i32 %18)
%20 = inttoptr i64 %19 to float**
store float** %20, float*** %11
%21 = icmp eq float** %20, null
br i1 %21, label %22, label %24
22: ; preds = %5
%23 = call i32 @Die(i8* getelementptr inbounds ([14 x i8], [14 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
br label %24
24: ; preds = %22, %5
store i32 0, i32* %12
br label %25
25: ; preds = %44, %24
%26 = load i32, i32* %12
%27 = load i32, i32* %7
%28 = icmp slt i32 %26, %27
br i1 %28, label %29, label %47
29: ; preds = %25
%30 = load i32, i32* %7
%31 = sext i32 %30 to i64
%32 = mul i64 4, %31
%33 = trunc i64 %32 to i32
%34 = call i64 @malloc(i32 %33)
%35 = inttoptr i64 %34 to float*
%36 = load float**, float*** %11
%37 = load i32, i32* %12
%38 = sext i32 %37 to i64
%39 = getelementptr inbounds float*, float** %36, i64 %38
store float* %35, float** %39
%40 = icmp eq float* %35, null
br i1 %40, label %41, label %43
41: ; preds = %29
%42 = call i32 @Die(i8* getelementptr inbounds ([14 x i8], [14 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
br label %43
43: ; preds = %41, %29
br label %44
44: ; preds = %43
%45 = load i32, i32* %12
%46 = add nsw i32 %45, 1
store i32 %46, i32* %12
br label %25
47: ; preds = %25
store i32 0, i32* %12
br label %48
48: ; preds = %97, %47
%49 = load i32, i32* %12
%50 = load i32, i32* %7
%51 = icmp slt i32 %49, %50
br i1 %51, label %52, label %100
52: ; preds = %48
%53 = load i32, i32* %12
store i32 %53, i32* %13
br label %54
54: ; preds = %93, %52
%55 = load i32, i32* %13
%56 = load i32, i32* %7
%57 = icmp slt i32 %55, %56
br i1 %57, label %58, label %96
58: ; preds = %54
%59 = load i8**, i8*** %6
%60 = load i32, i32* %12
%61 = sext i32 %60 to i64
%62 = getelementptr inbounds i8*, i8** %59, i64 %61
%63 = load i8*, i8** %62
%64 = load i8**, i8*** %6
%65 = load i32, i32* %13
%66 = sext i32 %65 to i64
%67 = getelementptr inbounds i8*, i8** %64, i64 %66
%68 = load i8*, i8** %67
%69 = load i32, i32* %8
%70 = load i32, i32* %9
%71 = call i32 @CompareSeqs(i8* %63, i8* %68, i32 %69, i32 %70, float* %14)
%72 = icmp ne i32 %71, 0
br i1 %72, label %75, label %73
73: ; preds = %58
%74 = call i32 @Die(i8* getelementptr inbounds ([19 x i8], [19 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0))
br label %75
75: ; preds = %73, %58
%76 = load float, float* %14
%77 = load float**, float*** %11
%78 = load i32, i32* %13
%79 = sext i32 %78 to i64
%80 = getelementptr inbounds float*, float** %77, i64 %79
%81 = load float*, float** %80
%82 = load i32, i32* %12
%83 = sext i32 %82 to i64
%84 = getelementptr inbounds float, float* %81, i64 %83
store float %76, float* %84
%85 = load float**, float*** %11
%86 = load i32, i32* %12
%87 = sext i32 %86 to i64
%88 = getelementptr inbounds float*, float** %85, i64 %87
%89 = load float*, float** %88
%90 = load i32, i32* %13
%91 = sext i32 %90 to i64
%92 = getelementptr inbounds float, float* %89, i64 %91
store float %76, float* %92
br label %93
93: ; preds = %75
%94 = load i32, i32* %13
%95 = add nsw i32 %94, 1
store i32 %95, i32* %13
br label %54
96: ; preds = %54
br label %97
97: ; preds = %96
%98 = load i32, i32* %12
%99 = add nsw i32 %98, 1
store i32 %99, i32* %12
br label %48
100: ; preds = %48
%101 = load float**, float*** %11
%102 = load float***, float**** %10
store float** %101, float*** %102
ret i32 1
}

LLVM IR (-O2):
@.str = [14 x i8] c"malloc failed\00"
@.str.1 = [19 x i8] c"CompareSeqs failed\00"
define i32 @MakeDiffMx(i8** nocapture %0, i32 %1, i32 %2, i32 %3, float*** nocapture writeonly %4) {
%6 = alloca float
%7 = bitcast float* %6 to i8*
%8 = shl i32 %1, 3
%9 = tail call i64 @malloc(i32 %8)
%10 = inttoptr i64 %9 to float**
%11 = icmp eq i64 %9, 0
br i1 %11, label %12, label %14
12: ; preds = %5
%13 = tail call i32 @Die(i8* getelementptr inbounds ([14 x i8], [14 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
br label %14
14: ; preds = %12, %5
%15 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %15, label %16, label %58
16: ; preds = %14
%17 = shl i32 %1, 2
%18 = zext i32 %1 to i64
br label %22
19: ; preds = %30
br i1 %15, label %20, label %58
20: ; preds = %19
%21 = zext i32 %1 to i64
br label %33
22: ; preds = %16, %30
%23 = phi i64 [ 0, %16 ], [ %31, %30 ]
%24 = tail call i64 @malloc(i32 %17)
%25 = inttoptr i64 %24 to float*
%26 = getelementptr inbounds float*, float** %10, i64 %23
store float* %25, float** %26
%27 = icmp eq i64 %24, 0
br i1 %27, label %28, label %30
28: ; preds = %22
%29 = tail call i32 @Die(i8* getelementptr inbounds ([14 x i8], [14 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
br label %30
30: ; preds = %22, %28
%31 = add nuw nsw i64 %23, 1
%32 = icmp eq i64 %31, %18
br i1 %32, label %19, label %22
33: ; preds = %55, %20
%34 = phi i64 [ 0, %20 ], [ %56, %55 ]
%35 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %34
%36 = getelementptr inbounds float*, float** %10, i64 %34
br label %37
37: ; preds = %33, %46
%38 = phi i64 [ %34, %33 ], [ %53, %46 ]
%39 = load i8*, i8** %35
%40 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %38
%41 = load i8*, i8** %40
%42 = call i32 @CompareSeqs(i8* %39, i8* %41, i32 %2, i32 %3, float* %6)
%43 = icmp eq i32 %42, 0
br i1 %43, label %44, label %46
44: ; preds = %37
%45 = call i32 @Die(i8* getelementptr inbounds ([19 x i8], [19 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0))
br label %46
46: ; preds = %44, %37
%47 = load float, float* %6
%48 = getelementptr inbounds float*, float** %10, i64 %38
%49 = load float*, float** %48
%50 = getelementptr inbounds float, float* %49, i64 %34
store float %47, float* %50
%51 = load float*, float** %36
%52 = getelementptr inbounds float, float* %51, i64 %38
store float %47, float* %52
%53 = add nuw nsw i64 %38, 1
%54 = icmp eq i64 %53, %21
br i1 %54, label %55, label %37
55: ; preds = %46
%56 = add nuw nsw i64 %34, 1
%57 = icmp eq i64 %56, %21
br i1 %57, label %58, label %33
58: ; preds = %55, %14, %19
store float** %10, float*** %4
ret i32 1
}