#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ strcmp(char const *, char const *);
scalar_t__ strlen(char const *);
int /*<<< orphan*/ vrna_message_warning(char *);
int check_alignment(const char **names, const char **aln, int seq_num) {
  int i, j, l, pass = 1;
  for (i = 0; i < seq_num; i++) {
    for (j = i + 1; j < seq_num; j++) {
      if (!strcmp(names[i], names[j])) {
        vrna_message_warning("Sequence IDs in input alignment are not unique!");
        pass = 0;
      }
    }
  }
  l = (int)strlen(aln[0]);
  for (i = 1; i < seq_num; i++)
    if ((int)strlen(aln[i]) != l) {
      vrna_message_warning("Sequence lengths in input alignment do not match!");
      pass = 0;
    }
  return pass;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<check_alignment>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
movl   $0x1,-0x24(%rbp)
movl   $0x0,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    11d1 <check_alignment+0xa1>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    11be <check_alignment+0x8e>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rsi
call   1040 <strcmp@plt>
cmp    $0x0,%eax
jne    11ab <check_alignment+0x7b>
lea    0xe61(%rip),%rdi
call   1050 <vrna_message_warning@plt>
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
jmp    11b0 <check_alignment+0x80>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    1166 <check_alignment+0x36>
jmp    11c3 <check_alignment+0x93>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    1151 <check_alignment+0x21>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,-0x20(%rbp)
movl   $0x1,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    1233 <check_alignment+0x103>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
cmp    -0x20(%rbp),%eax
je     1220 <check_alignment+0xf0>
lea    0xe1c(%rip),%rdi
call   1050 <vrna_message_warning@plt>
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
jmp    1225 <check_alignment+0xf5>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    11e7 <check_alignment+0xb7>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<check_alignment>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x28,%rsp
test   %edx,%edx
jle    1215 <check_alignment+0xe5>
mov    %rdi,%r14
mov    %rsi,0x18(%rsp)
mov    %edx,0xc(%rsp)
mov    %edx,%eax
mov    $0x1,%ebp
xor    %r15d,%r15d
mov    %rax,%r13
mov    %rdi,%rbx
mov    %rax,0x10(%rsp)
jmp    1187 <check_alignment+0x57>
nopl   0x0(%rax)
add    $0x8,%rbx
add    $0xffffffffffffffff,%r13
mov    0x10(%rsp),%rax
mov    0x20(%rsp),%r15
cmp    %rax,%r15
je     11ca <check_alignment+0x9a>
lea    0x1(%r15),%rcx
cmp    %rax,%rcx
mov    %rcx,0x20(%rsp)
jae    1170 <check_alignment+0x40>
mov    $0x1,%r12d
jmp    11a9 <check_alignment+0x79>
nopl   (%rax)
add    $0x1,%r12
cmp    %r12,%r13
je     1170 <check_alignment+0x40>
mov    (%r14,%r15,8),%rdi
mov    (%rbx,%r12,8),%rsi
call   1040 <strcmp@plt>
test   %eax,%eax
jne    11a0 <check_alignment+0x70>
lea    0xe3f(%rip),%rdi
call   1050 <vrna_message_warning@plt>
xor    %ebp,%ebp
jmp    11a0 <check_alignment+0x70>
mov    0x18(%rsp),%r15
mov    (%r15),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
cmpl   $0x2,0xc(%rsp)
jl     121a <check_alignment+0xea>
mov    %rax,%r14
mov    $0x1,%ebx
lea    0xe43(%rip),%r12
jmp    11fb <check_alignment+0xcb>
nop
add    $0x1,%rbx
cmp    %rbx,0x10(%rsp)
je     121a <check_alignment+0xea>
mov    (%r15,%rbx,8),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
cmp    %r14d,%eax
je     11f0 <check_alignment+0xc0>
mov    %r12,%rdi
call   1050 <vrna_message_warning@plt>
xor    %ebp,%ebp
jmp    11f0 <check_alignment+0xc0>
mov    $0x1,%ebp
mov    %ebp,%eax
add    $0x28,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
@.str = [48 x i8] c"Sequence IDs in input alignment are not unique!\00"
@.str.1 = [50 x i8] c"Sequence lengths in input alignment do not match!\00"
define i32 @check_alignment(i8** %0, i8** %1, i32 %2) {
%4 = alloca i8**
%5 = alloca i8**
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
store i8** %0, i8*** %4
store i8** %1, i8*** %5
store i32 %2, i32* %6
store i32 1, i32* %10
store i32 0, i32* %7
br label %11
11: ; preds = %42, %3
%12 = load i32, i32* %7
%13 = load i32, i32* %6
%14 = icmp slt i32 %12, %13
br i1 %14, label %15, label %45
15: ; preds = %11
%16 = load i32, i32* %7
%17 = add nsw i32 %16, 1
store i32 %17, i32* %8
br label %18
18: ; preds = %38, %15
%19 = load i32, i32* %8
%20 = load i32, i32* %6
%21 = icmp slt i32 %19, %20
br i1 %21, label %22, label %41
22: ; preds = %18
%23 = load i8**, i8*** %4
%24 = load i32, i32* %7
%25 = sext i32 %24 to i64
%26 = getelementptr inbounds i8*, i8** %23, i64 %25
%27 = load i8*, i8** %26
%28 = load i8**, i8*** %4
%29 = load i32, i32* %8
%30 = sext i32 %29 to i64
%31 = getelementptr inbounds i8*, i8** %28, i64 %30
%32 = load i8*, i8** %31
%33 = call i32 @strcmp(i8* %27, i8* %32)
%34 = icmp ne i32 %33, 0
br i1 %34, label %37, label %35
35: ; preds = %22
%36 = call i32 @vrna_message_warning(i8* getelementptr inbounds ([48 x i8], [48 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
store i32 0, i32* %10
br label %37
37: ; preds = %35, %22
br label %38
38: ; preds = %37
%39 = load i32, i32* %8
%40 = add nsw i32 %39, 1
store i32 %40, i32* %8
br label %18
41: ; preds = %18
br label %42
42: ; preds = %41
%43 = load i32, i32* %7
%44 = add nsw i32 %43, 1
store i32 %44, i32* %7
br label %11
45: ; preds = %11
%46 = load i8**, i8*** %5
%47 = getelementptr inbounds i8*, i8** %46, i64 0
%48 = load i8*, i8** %47
%49 = call i64 @strlen(i8* %48)
%50 = trunc i64 %49 to i32
store i32 %50, i32* %9
store i32 1, i32* %7
br label %51
51: ; preds = %68, %45
%52 = load i32, i32* %7
%53 = load i32, i32* %6
%54 = icmp slt i32 %52, %53
br i1 %54, label %55, label %71
55: ; preds = %51
%56 = load i8**, i8*** %5
%57 = load i32, i32* %7
%58 = sext i32 %57 to i64
%59 = getelementptr inbounds i8*, i8** %56, i64 %58
%60 = load i8*, i8** %59
%61 = call i64 @strlen(i8* %60)
%62 = trunc i64 %61 to i32
%63 = load i32, i32* %9
%64 = icmp ne i32 %62, %63
br i1 %64, label %65, label %67
65: ; preds = %55
%66 = call i32 @vrna_message_warning(i8* getelementptr inbounds ([50 x i8], [50 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0))
store i32 0, i32* %10
br label %67
67: ; preds = %65, %55
br label %68
68: ; preds = %67
%69 = load i32, i32* %7
%70 = add nsw i32 %69, 1
store i32 %70, i32* %7
br label %51
71: ; preds = %51
%72 = load i32, i32* %10
ret i32 %72
}

LLVM IR (-O2):
@.str = [48 x i8] c"Sequence IDs in input alignment are not unique!\00"
@.str.1 = [50 x i8] c"Sequence lengths in input alignment do not match!\00"
define i32 @check_alignment(i8** nocapture %0, i8** nocapture %1, i32 %2) {
%4 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %4, label %5, label %55
5: ; preds = %3
%6 = zext i32 %2 to i64
%7 = zext i32 %2 to i64
br label %12
8: ; preds = %30, %12
%9 = phi i32 [ %15, %12 ], [ %31, %30 ]
%10 = add nuw nsw i64 %14, 1
%11 = icmp eq i64 %16, %7
br i1 %11, label %34, label %12
12: ; preds = %5, %8
%13 = phi i64 [ 0, %5 ], [ %16, %8 ]
%14 = phi i64 [ 1, %5 ], [ %10, %8 ]
%15 = phi i32 [ 1, %5 ], [ %9, %8 ]
%16 = add nuw nsw i64 %13, 1
%17 = icmp ult i64 %16, %6
br i1 %17, label %18, label %8
18: ; preds = %12
%19 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %13
br label %20
20: ; preds = %18, %30
%21 = phi i64 [ %14, %18 ], [ %32, %30 ]
%22 = phi i32 [ %15, %18 ], [ %31, %30 ]
%23 = load i8*, i8** %19
%24 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %21
%25 = load i8*, i8** %24
%26 = tail call i32 @strcmp(i8* dereferenceable(1) %23, i8* dereferenceable(1) %25)
%27 = icmp eq i32 %26, 0
br i1 %27, label %28, label %30
28: ; preds = %20
%29 = tail call i32 @vrna_message_warning(i8* getelementptr inbounds ([48 x i8], [48 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
br label %30
30: ; preds = %20, %28
%31 = phi i32 [ %22, %20 ], [ 0, %28 ]
%32 = add nuw nsw i64 %21, 1
%33 = icmp eq i64 %32, %7
br i1 %33, label %8, label %20
34: ; preds = %8
%35 = load i8*, i8** %1
%36 = tail call i64 @strlen(i8* dereferenceable(1) %35)
%37 = trunc i64 %36 to i32
%38 = icmp sgt i32 %2, 1
br i1 %38, label %39, label %55
39: ; preds = %34
%40 = zext i32 %2 to i64
br label %41
41: ; preds = %39, %51
%42 = phi i64 [ 1, %39 ], [ %53, %51 ]
%43 = phi i32 [ %9, %39 ], [ %52, %51 ]
%44 = getelementptr inbounds i8*, i8** %1, i64 %42
%45 = load i8*, i8** %44
%46 = tail call i64 @strlen(i8* dereferenceable(1) %45)
%47 = trunc i64 %46 to i32
%48 = icmp eq i32 %47, %37
br i1 %48, label %51, label %49
49: ; preds = %41
%50 = tail call i32 @vrna_message_warning(i8* getelementptr inbounds ([50 x i8], [50 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0))
br label %51
51: ; preds = %41, %49
%52 = phi i32 [ 0, %49 ], [ %43, %41 ]
%53 = add nuw nsw i64 %42, 1
%54 = icmp eq i64 %53, %40
br i1 %54, label %55, label %41
55: ; preds = %51, %3, %34
%56 = phi i32 [ %9, %34 ], [ 1, %3 ], [ %52, %51 ]
ret i32 %56
}