#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ DoDiagonalOfQ(double *, int const);
int /*<<< orphan*/ EXIT_FAILURE;
int QcoordToCodon(int, int const);
int /*<<< orphan*/ assert(int);
int /*<<< orphan*/ err(int /*<<< orphan*/, char *, char *, int);
void MakeQ_From_S_MGfreq(double *mat, const double *pi, const int n,
                         const int gencode) {
  int i, j;
  int cdn1, cdn2, diff, nuc, pos;
  assert(NULL != mat);
  assert(NULL != pi);
  assert(n > 0);
  for (i = 0; i < n; i++) {
    cdn1 = QcoordToCodon(i, gencode);
    for (j = 0; j < n; j++) {
      if (i == j) {
        continue;
      }
      cdn2 = QcoordToCodon(j, gencode);
      diff = cdn1 ^ cdn2;
      if ((diff & 3) != 0) {
        pos = 2;
        nuc = cdn2 & 3;
      } else if (((diff >> 2) & 3) != 0) {
        pos = 1;
        nuc = (cdn2 >> 2) & 3;
      } else if (((diff >> 4) & 3) != 0) {
        pos = 0;
        nuc = (cdn2 >> 4) & 3;
      } else {
        err(EXIT_FAILURE, "Impossible condition in MakeQ_From_S_MGfreq %s:%d\n",
            "/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/"
            "2022-01-22/02-19-57/repos/timmassingham/SLR/refs/heads/master/src/"
            "model.c",
            158);
      }
      mat[i * n + j] *= pi[pos * 4 + nuc];
    }
  }
  DoDiagonalOfQ(mat, n);
}


x86 assembly (clang, -O0):
<MakeQ_From_S_MGfreq>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x40,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %ecx,-0x18(%rbp)
xor    %eax,%eax
cmp    -0x8(%rbp),%rax
setne  %al
and    $0x1,%al
movzbl %al,%edi
call   1040 <assert@plt>
xor    %eax,%eax
cmp    -0x10(%rbp),%rax
setne  %al
and    $0x1,%al
movzbl %al,%edi
call   1040 <assert@plt>
cmpl   $0x0,-0x14(%rbp)
setg   %al
and    $0x1,%al
movzbl %al,%edi
call   1040 <assert@plt>
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    12dd <MakeQ_From_S_MGfreq+0x19d>
mov    -0x1c(%rbp),%edi
mov    -0x18(%rbp),%esi
call   1030 <QcoordToCodon@plt>
mov    %eax,-0x24(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    12ca <MakeQ_From_S_MGfreq+0x18a>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0x20(%rbp),%eax
jne    11d2 <MakeQ_From_S_MGfreq+0x92>
jmp    12bc <MakeQ_From_S_MGfreq+0x17c>
mov    -0x20(%rbp),%edi
mov    -0x18(%rbp),%esi
call   1030 <QcoordToCodon@plt>
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
xor    -0x28(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
and    $0x3,%eax
cmp    $0x0,%eax
je     120d <MakeQ_From_S_MGfreq+0xcd>
movl   $0x2,-0x34(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
and    $0x3,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    128c <MakeQ_From_S_MGfreq+0x14c>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
sar    $0x2,%eax
and    $0x3,%eax
cmp    $0x0,%eax
je     1237 <MakeQ_From_S_MGfreq+0xf7>
movl   $0x1,-0x34(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
sar    $0x2,%eax
and    $0x3,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    1287 <MakeQ_From_S_MGfreq+0x147>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
sar    $0x4,%eax
and    $0x3,%eax
cmp    $0x0,%eax
je     1261 <MakeQ_From_S_MGfreq+0x121>
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
sar    $0x4,%eax
and    $0x3,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    1282 <MakeQ_From_S_MGfreq+0x142>
mov    0x2d78(%rip),%rax
mov    (%rax),%edi
lea    0xd8f(%rip),%rsi
lea    0xdbb(%rip),%rdx
mov    $0x9e,%ecx
call   1050 <err@plt>
jmp    1287 <MakeQ_From_S_MGfreq+0x147>
jmp    128c <MakeQ_From_S_MGfreq+0x14c>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
shl    $0x2,%ecx
add    -0x30(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x1c(%rbp),%ecx
imul   -0x14(%rbp),%ecx
add    -0x20(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
mulsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    11b5 <MakeQ_From_S_MGfreq+0x75>
jmp    12cf <MakeQ_From_S_MGfreq+0x18f>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    1194 <MakeQ_From_S_MGfreq+0x54>
mov    -0x8(%rbp),%rdi
mov    -0x14(%rbp),%esi
call   1060 <DoDiagonalOfQ@plt>
add    $0x40,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<MakeQ_From_S_MGfreq>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x28,%rsp
mov    %ecx,0x8(%rsp)
mov    %edx,%ebx
mov    %rsi,%rbp
mov    %rdi,%rax
xor    %edi,%edi
mov    %rax,0x10(%rsp)
test   %rax,%rax
setne  %dil
call   1040 <assert@plt>
xor    %edi,%edi
mov    %rbp,0x20(%rsp)
test   %rbp,%rbp
setne  %dil
call   1040 <assert@plt>
xor    %edi,%edi
test   %ebx,%ebx
setg   %dil
call   1040 <assert@plt>
mov    %ebx,0x4(%rsp)
test   %ebx,%ebx
jle    1281 <MakeQ_From_S_MGfreq+0x141>
mov    0x4(%rsp),%r14d
lea    0x0(,%r14,8),%rax
mov    %rax,0x18(%rsp)
xor    %ebx,%ebx
mov    0x10(%rsp),%r12
jmp    11d2 <MakeQ_From_S_MGfreq+0x92>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
add    $0x1,%rbx
add    0x18(%rsp),%r12
cmp    %r14,%rbx
je     1281 <MakeQ_From_S_MGfreq+0x141>
mov    %ebx,%edi
mov    0x8(%rsp),%esi
call   1030 <QcoordToCodon@plt>
mov    %eax,0xc(%rsp)
xor    %r13d,%r13d
jmp    121e <MakeQ_From_S_MGfreq+0xde>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
and    $0x3,%eax
mov    $0x2,%ebp
mov    %eax,%r15d
lea    (%r15,%rbp,4),%eax
mov    0x20(%rsp),%rcx
movsd  (%rcx,%rax,8),%xmm0
mulsd  (%r12,%r13,8),%xmm0
movsd  %xmm0,(%r12,%r13,8)
add    $0x1,%r13
cmp    %r13,%r14
je     11c0 <MakeQ_From_S_MGfreq+0x80>
cmp    %r13,%rbx
je     1215 <MakeQ_From_S_MGfreq+0xd5>
mov    %r13d,%edi
mov    0x8(%rsp),%esi
call   1030 <QcoordToCodon@plt>
mov    %eax,%ecx
xor    0xc(%rsp),%ecx
test   $0x3,%cl
jne    11f0 <MakeQ_From_S_MGfreq+0xb0>
test   $0xc,%cl
je     124c <MakeQ_From_S_MGfreq+0x10c>
shr    $0x2,%eax
and    $0x3,%eax
mov    $0x1,%ebp
jmp    11f8 <MakeQ_From_S_MGfreq+0xb8>
test   $0x30,%cl
je     125b <MakeQ_From_S_MGfreq+0x11b>
shr    $0x4,%eax
and    $0x3,%eax
xor    %ebp,%ebp
jmp    11f8 <MakeQ_From_S_MGfreq+0xb8>
mov    0x2d7e(%rip),%rax
mov    (%rax),%edi
lea    0xd95(%rip),%rsi
lea    0xdc1(%rip),%rdx
mov    $0x9e,%ecx
call   1050 <err@plt>
jmp    11fb <MakeQ_From_S_MGfreq+0xbb>
mov    0x10(%rsp),%rdi
mov    0x4(%rsp),%esi
add    $0x28,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
jmp    1060 <DoDiagonalOfQ@plt>

LLVM IR (-O0):
@EXIT_FAILURE = global i32 0
@.str = [51 x i8] c"Impossible condition in MakeQ_From_S_MGfreq %s:%d\0A\00"
@.str.1 = [138 x i8] c"/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/2022-01-22/02-19-57/repos/timmassingham/SLR/refs/heads/master/src/model.c\00"
define void @MakeQ_From_S_MGfreq(double* %0, double* %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = alloca double*
%6 = alloca double*
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
%15 = alloca i32
store double* %0, double** %5
store double* %1, double** %6
store i32 %2, i32* %7
store i32 %3, i32* %8
%16 = load double*, double** %5
%17 = icmp ne double* null, %16
%18 = zext i1 %17 to i32
%19 = call i32 @assert(i32 %18)
%20 = load double*, double** %6
%21 = icmp ne double* null, %20
%22 = zext i1 %21 to i32
%23 = call i32 @assert(i32 %22)
%24 = load i32, i32* %7
%25 = icmp sgt i32 %24, 0
%26 = zext i1 %25 to i32
%27 = call i32 @assert(i32 %26)
store i32 0, i32* %9
br label %28
28: ; preds = %104, %4
%29 = load i32, i32* %9
%30 = load i32, i32* %7
%31 = icmp slt i32 %29, %30
br i1 %31, label %32, label %107
32: ; preds = %28
%33 = load i32, i32* %9
%34 = load i32, i32* %8
%35 = call i32 @QcoordToCodon(i32 %33, i32 %34)
store i32 %35, i32* %11
store i32 0, i32* %10
br label %36
36: ; preds = %100, %32
%37 = load i32, i32* %10
%38 = load i32, i32* %7
%39 = icmp slt i32 %37, %38
br i1 %39, label %40, label %103
40: ; preds = %36
%41 = load i32, i32* %9
%42 = load i32, i32* %10
%43 = icmp eq i32 %41, %42
br i1 %43, label %44, label %45
44: ; preds = %40
br label %100
45: ; preds = %40
%46 = load i32, i32* %10
%47 = load i32, i32* %8
%48 = call i32 @QcoordToCodon(i32 %46, i32 %47)
store i32 %48, i32* %12
%49 = load i32, i32* %11
%50 = load i32, i32* %12
%51 = xor i32 %49, %50
store i32 %51, i32* %13
%52 = load i32, i32* %13
%53 = and i32 %52, 3
%54 = icmp ne i32 %53, 0
br i1 %54, label %55, label %58
55: ; preds = %45
store i32 2, i32* %15
%56 = load i32, i32* %12
%57 = and i32 %56, 3
store i32 %57, i32* %14
br label %81
58: ; preds = %45
%59 = load i32, i32* %13
%60 = ashr i32 %59, 2
%61 = and i32 %60, 3
%62 = icmp ne i32 %61, 0
br i1 %62, label %63, label %67
63: ; preds = %58
store i32 1, i32* %15
%64 = load i32, i32* %12
%65 = ashr i32 %64, 2
%66 = and i32 %65, 3
store i32 %66, i32* %14
br label %80
67: ; preds = %58
%68 = load i32, i32* %13
%69 = ashr i32 %68, 4
%70 = and i32 %69, 3
%71 = icmp ne i32 %70, 0
br i1 %71, label %72, label %76
72: ; preds = %67
store i32 0, i32* %15
%73 = load i32, i32* %12
%74 = ashr i32 %73, 4
%75 = and i32 %74, 3
store i32 %75, i32* %14
br label %79
76: ; preds = %67
%77 = load i32, i32* @EXIT_FAILURE
%78 = call i32 @err(i32 %77, i8* getelementptr inbounds ([51 x i8], [51 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i8* getelementptr inbounds ([138 x i8], [138 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0), i32 158)
br label %79
79: ; preds = %76, %72
br label %80
80: ; preds = %79, %63
br label %81
81: ; preds = %80, %55
%82 = load double*, double** %6
%83 = load i32, i32* %15
%84 = mul nsw i32 %83, 4
%85 = load i32, i32* %14
%86 = add nsw i32 %84, %85
%87 = sext i32 %86 to i64
%88 = getelementptr inbounds double, double* %82, i64 %87
%89 = load double, double* %88
%90 = load double*, double** %5
%91 = load i32, i32* %9
%92 = load i32, i32* %7
%93 = mul nsw i32 %91, %92
%94 = load i32, i32* %10
%95 = add nsw i32 %93, %94
%96 = sext i32 %95 to i64
%97 = getelementptr inbounds double, double* %90, i64 %96
%98 = load double, double* %97
%99 = fmul double %98, %89
store double %99, double* %97
br label %100
100: ; preds = %81, %44
%101 = load i32, i32* %10
%102 = add nsw i32 %101, 1
store i32 %102, i32* %10
br label %36
103: ; preds = %36
br label %104
104: ; preds = %103
%105 = load i32, i32* %9
%106 = add nsw i32 %105, 1
store i32 %106, i32* %9
br label %28
107: ; preds = %28
%108 = load double*, double** %5
%109 = load i32, i32* %7
%110 = call i32 @DoDiagonalOfQ(double* %108, i32 %109)
ret void
}

LLVM IR (-O2):
@EXIT_FAILURE = global i32 0
@.str = [51 x i8] c"Impossible condition in MakeQ_From_S_MGfreq %s:%d\0A\00"
@.str.1 = [138 x i8] c"/scratch/repos/new/home/jordi_armengol_estape/c-scraper/outputs/2022-01-22/02-19-57/repos/timmassingham/SLR/refs/heads/master/src/model.c\00"
define void @MakeQ_From_S_MGfreq(double* %0, double* %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = icmp ne double* %0, null
%6 = zext i1 %5 to i32
%7 = tail call i32 @assert(i32 %6)
%8 = icmp ne double* %1, null
%9 = zext i1 %8 to i32
%10 = tail call i32 @assert(i32 %9)
%11 = icmp sgt i32 %2, 0
%12 = zext i1 %11 to i32
%13 = tail call i32 @assert(i32 %12)
br i1 %11, label %14, label %72
14: ; preds = %4
%15 = zext i32 %2 to i64
%16 = zext i32 %2 to i64
br label %17
17: ; preds = %69, %14
%18 = phi i64 [ 0, %14 ], [ %70, %69 ]
%19 = phi i32 [ undef, %14 ], [ %66, %69 ]
%20 = phi i32 [ undef, %14 ], [ %65, %69 ]
%21 = trunc i64 %18 to i32
%22 = tail call i32 @QcoordToCodon(i32 %21, i32 %3)
%23 = mul nsw i64 %18, %15
br label %24
24: ; preds = %17, %64
%25 = phi i64 [ 0, %17 ], [ %67, %64 ]
%26 = phi i32 [ %19, %17 ], [ %66, %64 ]
%27 = phi i32 [ %20, %17 ], [ %65, %64 ]
%28 = icmp eq i64 %18, %25
br i1 %28, label %64, label %29
29: ; preds = %24
%30 = trunc i64 %25 to i32
%31 = tail call i32 @QcoordToCodon(i32 %30, i32 %3)
%32 = xor i32 %31, %22
%33 = and i32 %32, 3
%34 = icmp eq i32 %33, 0
br i1 %34, label %37, label %35
35: ; preds = %29
%36 = and i32 %31, 3
br label %52
37: ; preds = %29
%38 = and i32 %32, 12
%39 = icmp eq i32 %38, 0
br i1 %39, label %43, label %40
40: ; preds = %37
%41 = lshr i32 %31, 2
%42 = and i32 %41, 3
br label %52
43: ; preds = %37
%44 = and i32 %32, 48
%45 = icmp eq i32 %44, 0
br i1 %45, label %49, label %46
46: ; preds = %43
%47 = lshr i32 %31, 4
%48 = and i32 %47, 3
br label %52
49: ; preds = %43
%50 = load i32, i32* @EXIT_FAILURE
%51 = tail call i32 @err(i32 %50, i8* getelementptr inbounds ([51 x i8], [51 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i8* getelementptr inbounds ([138 x i8], [138 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0), i32 158)
br label %52
52: ; preds = %40, %49, %46, %35
%53 = phi i32 [ %36, %35 ], [ %42, %40 ], [ %48, %46 ], [ %27, %49 ]
%54 = phi i32 [ 2, %35 ], [ 1, %40 ], [ 0, %46 ], [ %26, %49 ]
%55 = shl nsw i32 %54, 2
%56 = add nsw i32 %55, %53
%57 = zext i32 %56 to i64
%58 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %57
%59 = load double, double* %58
%60 = add nuw nsw i64 %25, %23
%61 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %60
%62 = load double, double* %61
%63 = fmul double %59, %62
store double %63, double* %61
br label %64
64: ; preds = %24, %52
%65 = phi i32 [ %27, %24 ], [ %53, %52 ]
%66 = phi i32 [ %26, %24 ], [ %54, %52 ]
%67 = add nuw nsw i64 %25, 1
%68 = icmp eq i64 %67, %16
br i1 %68, label %69, label %24
69: ; preds = %64
%70 = add nuw nsw i64 %18, 1
%71 = icmp eq i64 %70, %16
br i1 %71, label %72, label %17
72: ; preds = %69, %4
%73 = tail call i32 @DoDiagonalOfQ(double* %0, i32 %2)
ret void
}