#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ ArraySort_String(int, char **, int *);
scalar_t__ calloc(int, int);
char **cmatrix(int /*<<< orphan*/, int, int /*<<< orphan*/, int);
int /*<<< orphan*/ exit(int);
int /*<<< orphan*/ fprintf(int /*<<< orphan*/, char *);
int /*<<< orphan*/ free(int *);
int /*<<< orphan*/ free_cmatrix(char **, int /*<<< orphan*/, int,
                                int /*<<< orphan*/, int);
int /*<<< orphan*/ stderr;
scalar_t__ strcmp(char *, char *);
int /*<<< orphan*/ strcpy(char *, char *);
void Indel_Process(char **S_Name, char **R_Name, int *hit_mask,
                   int *superlength, int nSeq) {
  int i, j, k, m, n;
  int num_hits;
  int stopflag, *readIndex, *readIndex2;
  int offset, *dex;
  char **DBname, **ray;
  if ((readIndex = (int *)calloc(nSeq, sizeof(int))) == NULL) {
    fprintf(stderr, "ERROR Memory_Allocate: calloc - readIndex\n");
    exit(1);
  }
  if ((readIndex2 = (int *)calloc(nSeq, sizeof(int))) == NULL) {
    fprintf(stderr, "ERROR Memory_Allocate: calloc - readIndex\n");
    exit(1);
  }
  DBname = cmatrix(0, nSeq, 0, 100);
  for (i = 0; i < nSeq; i++) {
    strcpy(DBname[i], S_Name[i]);
    readIndex[i] = i;
  }
  num_hits = 0;
  k = 0;
  offset = 0;
  for (i = 0; i < (nSeq - 1); i++) {
    stopflag = 0;
    j = i + 1;
    while ((j < nSeq) && (stopflag == 0)) {
      if (strcmp(R_Name[i], R_Name[j]) == 0) {
        j++;
      } else
        stopflag = 1;
    }
    if ((j - i) >= 2) {
      int kk, stopflag2 = 0;
      kk = j - i;
      ray = DBname;
      dex = readIndex;
      ArraySort_String(kk, ray + offset, dex + offset);
      for (n = i; n < j; n++) {
        m = n + 1;
        stopflag2 = 0;
        while ((m < j) && (stopflag2 == 0)) {
          if ((strcmp(DBname[n], DBname[m]) == 0) && (m < (j))) {
            m++;
          } else
            stopflag2 = 1;
        }
        if ((m - n) <= 3) {
          for (k = n; k < m; k++) {
            int idk = readIndex[k];
            if (superlength[idk] > 5000)
              hit_mask[idk] = 1;
          }
        }
        n = m - 1;
      }
    }
    num_hits = j - i;
    offset = offset + num_hits;
    i = j - 1;
  }
  free(readIndex);
  free(readIndex2);
  free_cmatrix(DBname, 0, nSeq, 0, 100);
}


x86 assembly (clang, -O0):
<Indel_Process>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x80,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8d,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%edi
mov    $0x4,%esi
call   1060 <calloc@plt>
mov    %rax,-0x48(%rbp)
cmp    $0x0,%rax
jne    11e9 <Indel_Process+0x59>
mov    0x2e0f(%rip),%rax
mov    (%rax),%edi
lea    0xe26(%rip),%rsi
call   1080 <fprintf@plt>
mov    $0x1,%edi
call   10b0 <exit@plt>
mov    -0x24(%rbp),%edi
mov    $0x4,%esi
call   1060 <calloc@plt>
mov    %rax,-0x50(%rbp)
cmp    $0x0,%rax
jne    1223 <Indel_Process+0x93>
mov    0x2dd5(%rip),%rax
mov    (%rax),%edi
lea    0xdec(%rip),%rsi
call   1080 <fprintf@plt>
mov    $0x1,%edi
call   10b0 <exit@plt>
mov    -0x24(%rbp),%esi
xor    %edx,%edx
mov    $0x64,%ecx
mov    %edx,%edi
call   1050 <cmatrix@plt>
mov    %rax,-0x68(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jge    1284 <Indel_Process+0xf4>
mov    -0x68(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rsi
call   1040 <strcpy@plt>
mov    -0x28(%rbp),%edx
mov    -0x48(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    123f <Indel_Process+0xaf>
movl   $0x0,-0x3c(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x54(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
mov    -0x24(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jge    14cc <Indel_Process+0x33c>
movl   $0x0,-0x40(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%ecx
xor    %eax,%eax
cmp    -0x24(%rbp),%ecx
mov    %al,-0x7d(%rbp)
jge    12dc <Indel_Process+0x14c>
cmpl   $0x0,-0x40(%rbp)
sete   %al
mov    %al,-0x7d(%rbp)
mov    -0x7d(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    12ec <Indel_Process+0x15c>
jmp    132d <Indel_Process+0x19d>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rsi
call   1070 <strcmp@plt>
cmp    $0x0,%rax
jne    1321 <Indel_Process+0x191>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    1328 <Indel_Process+0x198>
movl   $0x1,-0x40(%rbp)
jmp    12c1 <Indel_Process+0x131>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
sub    -0x28(%rbp),%eax
cmp    $0x2,%eax
jl     14a3 <Indel_Process+0x313>
movl   $0x0,-0x78(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
sub    -0x28(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x74(%rbp)
mov    -0x68(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x70(%rbp)
mov    -0x48(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x60(%rbp)
mov    -0x74(%rbp),%edi
mov    -0x70(%rbp),%rsi
movslq -0x54(%rbp),%rax
shl    $0x3,%rax
add    %rax,%rsi
mov    -0x60(%rbp),%rdx
movslq -0x54(%rbp),%rax
shl    $0x2,%rax
add    %rax,%rdx
call   10a0 <ArraySort_String@plt>
mov    -0x28(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%eax
cmp    -0x2c(%rbp),%eax
jge    149e <Indel_Process+0x30e>
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
movl   $0x0,-0x78(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%ecx
xor    %eax,%eax
cmp    -0x2c(%rbp),%ecx
mov    %al,-0x7e(%rbp)
jge    13bf <Indel_Process+0x22f>
cmpl   $0x0,-0x78(%rbp)
sete   %al
mov    %al,-0x7e(%rbp)
mov    -0x7e(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    13cf <Indel_Process+0x23f>
jmp    141c <Indel_Process+0x28c>
mov    -0x68(%rbp),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
mov    -0x68(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rsi
call   1070 <strcmp@plt>
cmp    $0x0,%rax
jne    1410 <Indel_Process+0x280>
mov    -0x34(%rbp),%eax
cmp    -0x2c(%rbp),%eax
jge    1410 <Indel_Process+0x280>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    1417 <Indel_Process+0x287>
movl   $0x1,-0x78(%rbp)
jmp    13a4 <Indel_Process+0x214>
mov    -0x34(%rbp),%eax
sub    -0x38(%rbp),%eax
cmp    $0x3,%eax
jg     1487 <Indel_Process+0x2f7>
mov    -0x38(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0x34(%rbp),%eax
jge    1482 <Indel_Process+0x2f2>
mov    -0x48(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x7c(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x7c(%rbp),%rcx
cmpl   $0x1388,(%rax,%rcx,4)
jle    146f <Indel_Process+0x2df>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x7c(%rbp),%rcx
movl   $0x1,(%rax,%rcx,4)
jmp    1474 <Indel_Process+0x2e4>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    1431 <Indel_Process+0x2a1>
jmp    1487 <Indel_Process+0x2f7>
mov    -0x34(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
jmp    1388 <Indel_Process+0x1f8>
jmp    14a3 <Indel_Process+0x313>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
sub    -0x28(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
mov    -0x54(%rbp),%eax
add    -0x3c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x54(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    12a0 <Indel_Process+0x110>
mov    -0x48(%rbp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    -0x50(%rbp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    -0x68(%rbp),%rdi
mov    -0x24(%rbp),%edx
xor    %ecx,%ecx
mov    $0x64,%r8d
mov    %ecx,%esi
call   1090 <free_cmatrix@plt>
add    $0x80,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<Indel_Process>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x38,%rsp
mov    %r8d,%r13d
mov    %rcx,0x28(%rsp)
mov    %rdx,0x20(%rsp)
mov    %rsi,0x30(%rsp)
mov    %rdi,%r12
mov    %r8d,%edi
mov    $0x4,%esi
call   1060 <calloc@plt>
test   %rax,%rax
je     13ed <Indel_Process+0x25d>
mov    %rax,%rbx
mov    %r13d,%edi
mov    $0x4,%esi
call   1060 <calloc@plt>
mov    %rax,0x10(%rsp)
test   %rax,%rax
je     13ed <Indel_Process+0x25d>
xor    %edi,%edi
mov    %r13d,%esi
xor    %edx,%edx
mov    $0x64,%ecx
call   1050 <cmatrix@plt>
mov    %rax,%rbp
test   %r13d,%r13d
jle    13b8 <Indel_Process+0x228>
mov    %r13d,%r14d
xor    %r15d,%r15d
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
mov    0x0(%rbp,%r15,8),%rdi
mov    (%r12,%r15,8),%rsi
call   1040 <strcpy@plt>
mov    %r15d,(%rbx,%r15,4)
add    $0x1,%r15
cmp    %r15,%r14
jne    1210 <Indel_Process+0x80>
cmp    $0x2,%r14d
jl     13b8 <Indel_Process+0x228>
lea    -0x1(%r13),%eax
mov    %eax,0xc(%rsp)
xor    %r12d,%r12d
movl   $0x0,0x4(%rsp)
mov    %r13,0x18(%rsp)
jmp    1263 <Indel_Process+0xd3>
nop
mov    0x8(%rsp),%eax
add    %eax,0x4(%rsp)
cmp    0xc(%rsp),%r12d
jge    13b8 <Indel_Process+0x228>
mov    %r12d,%r14d
lea    0x1(%r14),%r12d
cmp    %r13d,%r12d
jge    12aa <Indel_Process+0x11a>
movslq %r14d,%r15
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
mov    0x30(%rsp),%rax
mov    (%rax,%r15,8),%rdi
movslq %r12d,%r12
mov    (%rax,%r12,8),%rsi
call   1070 <strcmp@plt>
xor    %ecx,%ecx
test   %rax,%rax
sete   %cl
add    %ecx,%r12d
test   %rax,%rax
jne    12aa <Indel_Process+0x11a>
cmp    %r13d,%r12d
jl     1280 <Indel_Process+0xf0>
mov    %r12d,%eax
sub    %r14d,%eax
mov    %eax,0x8(%rsp)
cmp    $0x2,%eax
jl     1250 <Indel_Process+0xc0>
movslq 0x4(%rsp),%rax
lea    0x0(,%rax,8),%rsi
add    %rbp,%rsi
lea    (%rbx,%rax,4),%rdx
mov    0x8(%rsp),%edi
call   10a0 <ArraySort_String@plt>
cmp    %r14d,%r12d
jg     12e9 <Indel_Process+0x159>
jmp    1250 <Indel_Process+0xc0>
cmp    %r12d,%r14d
jge    1250 <Indel_Process+0xc0>
mov    %r14d,%r15d
lea    0x1(%r15),%r14d
cmp    %r12d,%r14d
jge    1324 <Indel_Process+0x194>
movslq %r15d,%r13
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
mov    0x0(%rbp,%r13,8),%rdi
movslq %r14d,%r14
mov    0x0(%rbp,%r14,8),%rsi
call   1070 <strcmp@plt>
cmp    $0x1,%rax
adc    $0x0,%r14d
cmp    %r12d,%r14d
jge    1324 <Indel_Process+0x194>
test   %rax,%rax
je     1300 <Indel_Process+0x170>
mov    %r14d,%eax
sub    %r15d,%eax
cmp    $0x3,%eax
mov    0x18(%rsp),%r13
mov    0x28(%rsp),%rsi
mov    0x20(%rsp),%rdi
jg     12e0 <Indel_Process+0x150>
mov    %r14d,%ecx
sub    %r15d,%ecx
jle    12e0 <Indel_Process+0x150>
movslq %r15d,%rdx
mov    %rdx,%rax
test   $0x1,%cl
je     1369 <Indel_Process+0x1d9>
movslq (%rbx,%rdx,4),%rax
cmpl   $0x1389,(%rsi,%rax,4)
jl     1365 <Indel_Process+0x1d5>
movl   $0x1,(%rdi,%rax,4)
lea    0x1(%rdx),%rax
movslq %r14d,%rcx
not    %rdx
add    %rcx,%rdx
jne    138d <Indel_Process+0x1fd>
jmp    12e0 <Indel_Process+0x150>
nopl   0x0(%rax)
add    $0x2,%rax
cmp    %rax,%rcx
je     12e0 <Indel_Process+0x150>
movslq (%rbx,%rax,4),%rdx
cmpl   $0x1389,(%rsi,%rdx,4)
jl     13a1 <Indel_Process+0x211>
movl   $0x1,(%rdi,%rdx,4)
movslq 0x4(%rbx,%rax,4),%rdx
cmpl   $0x1389,(%rsi,%rdx,4)
jl     1380 <Indel_Process+0x1f0>
movl   $0x1,(%rdi,%rdx,4)
jmp    1380 <Indel_Process+0x1f0>
mov    %rbx,%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    0x10(%rsp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    %rbp,%rdi
xor    %esi,%esi
mov    %r13d,%edx
xor    %ecx,%ecx
mov    $0x64,%r8d
add    $0x38,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
jmp    1090 <free_cmatrix@plt>
mov    0x2bec(%rip),%rax
mov    (%rax),%edi
lea    0xc03(%rip),%rsi
call   1080 <fprintf@plt>
mov    $0x1,%edi
call   10b0 <exit@plt>

LLVM IR (-O0):
@stderr = global i32 0
@.str = [43 x i8] c"ERROR Memory_Allocate: calloc - readIndex\0A\00"
define void @Indel_Process(i8** %0, i8** %1, i32* %2, i32* %3, i32 %4) {
%6 = alloca i8**
%7 = alloca i8**
%8 = alloca i32*
%9 = alloca i32*
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
%15 = alloca i32
%16 = alloca i32
%17 = alloca i32
%18 = alloca i32*
%19 = alloca i32*
%20 = alloca i32
%21 = alloca i32*
%22 = alloca i8**
%23 = alloca i8**
%24 = alloca i32
%25 = alloca i32
%26 = alloca i32
store i8** %0, i8*** %6
store i8** %1, i8*** %7
store i32* %2, i32** %8
store i32* %3, i32** %9
store i32 %4, i32* %10
%27 = load i32, i32* %10
%28 = call i64 @calloc(i32 %27, i32 4)
%29 = inttoptr i64 %28 to i32*
store i32* %29, i32** %18
%30 = icmp eq i32* %29, null
br i1 %30, label %31, label %35
31: ; preds = %5
%32 = load i32, i32* @stderr
%33 = call i32 @fprintf(i32 %32, i8* getelementptr inbounds ([43 x i8], [43 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
%34 = call i32 @exit(i32 1)
unreachable
35: ; preds = %5
%36 = load i32, i32* %10
%37 = call i64 @calloc(i32 %36, i32 4)
%38 = inttoptr i64 %37 to i32*
store i32* %38, i32** %19
%39 = icmp eq i32* %38, null
br i1 %39, label %40, label %44
40: ; preds = %35
%41 = load i32, i32* @stderr
%42 = call i32 @fprintf(i32 %41, i8* getelementptr inbounds ([43 x i8], [43 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
%43 = call i32 @exit(i32 1)
unreachable
44: ; preds = %35
%45 = load i32, i32* %10
%46 = call i8** @cmatrix(i32 0, i32 %45, i32 0, i32 100)
store i8** %46, i8*** %22
store i32 0, i32* %11
br label %47
47: ; preds = %68, %44
%48 = load i32, i32* %11
%49 = load i32, i32* %10
%50 = icmp slt i32 %48, %49
br i1 %50, label %51, label %71
51: ; preds = %47
%52 = load i8**, i8*** %22
%53 = load i32, i32* %11
%54 = sext i32 %53 to i64
%55 = getelementptr inbounds i8*, i8** %52, i64 %54
%56 = load i8*, i8** %55
%57 = load i8**, i8*** %6
%58 = load i32, i32* %11
%59 = sext i32 %58 to i64
%60 = getelementptr inbounds i8*, i8** %57, i64 %59
%61 = load i8*, i8** %60
%62 = call i32 @strcpy(i8* %56, i8* %61)
%63 = load i32, i32* %11
%64 = load i32*, i32** %18
%65 = load i32, i32* %11
%66 = sext i32 %65 to i64
%67 = getelementptr inbounds i32, i32* %64, i64 %66
store i32 %63, i32* %67
br label %68
68: ; preds = %51
%69 = load i32, i32* %11
%70 = add nsw i32 %69, 1
store i32 %70, i32* %11
br label %47
71: ; preds = %47
store i32 0, i32* %16
store i32 0, i32* %13
store i32 0, i32* %20
store i32 0, i32* %11
br label %72
72: ; preds = %216, %71
%73 = load i32, i32* %11
%74 = load i32, i32* %10
%75 = sub nsw i32 %74, 1
%76 = icmp slt i32 %73, %75
br i1 %76, label %77, label %219
77: ; preds = %72
store i32 0, i32* %17
%78 = load i32, i32* %11
%79 = add nsw i32 %78, 1
store i32 %79, i32* %12
br label %80
80: ; preds = %106, %77
%81 = load i32, i32* %12
%82 = load i32, i32* %10
%83 = icmp slt i32 %81, %82
br i1 %83, label %84, label %87
84: ; preds = %80
%85 = load i32, i32* %17
%86 = icmp eq i32 %85, 0
br label %87
87: ; preds = %84, %80
%88 = phi i1 [ false, %80 ], [ %86, %84 ]
br i1 %88, label %89, label %107
89: ; preds = %87
%90 = load i8**, i8*** %7
%91 = load i32, i32* %11
%92 = sext i32 %91 to i64
%93 = getelementptr inbounds i8*, i8** %90, i64 %92
%94 = load i8*, i8** %93
%95 = load i8**, i8*** %7
%96 = load i32, i32* %12
%97 = sext i32 %96 to i64
%98 = getelementptr inbounds i8*, i8** %95, i64 %97
%99 = load i8*, i8** %98
%100 = call i64 @strcmp(i8* %94, i8* %99)
%101 = icmp eq i64 %100, 0
br i1 %101, label %102, label %105
102: ; preds = %89
%103 = load i32, i32* %12
%104 = add nsw i32 %103, 1
store i32 %104, i32* %12
br label %106
105: ; preds = %89
store i32 1, i32* %17
br label %106
106: ; preds = %105, %102
br label %80
107: ; preds = %87
%108 = load i32, i32* %12
%109 = load i32, i32* %11
%110 = sub nsw i32 %108, %109
%111 = icmp sge i32 %110, 2
br i1 %111, label %112, label %207
112: ; preds = %107
store i32 0, i32* %25
%113 = load i32, i32* %12
%114 = load i32, i32* %11
%115 = sub nsw i32 %113, %114
store i32 %115, i32* %24
%116 = load i8**, i8*** %22
store i8** %116, i8*** %23
%117 = load i32*, i32** %18
store i32* %117, i32** %21
%118 = load i32, i32* %24
%119 = load i8**, i8*** %23
%120 = load i32, i32* %20
%121 = sext i32 %120 to i64
%122 = getelementptr inbounds i8*, i8** %119, i64 %121
%123 = load i32*, i32** %21
%124 = load i32, i32* %20
%125 = sext i32 %124 to i64
%126 = getelementptr inbounds i32, i32* %123, i64 %125
%127 = call i32 @ArraySort_String(i32 %118, i8** %122, i32* %126)
%128 = load i32, i32* %11
store i32 %128, i32* %15
br label %129
129: ; preds = %203, %112
%130 = load i32, i32* %15
%131 = load i32, i32* %12
%132 = icmp slt i32 %130, %131
br i1 %132, label %133, label %206
133: ; preds = %129
%134 = load i32, i32* %15
%135 = add nsw i32 %134, 1
store i32 %135, i32* %14
store i32 0, i32* %25
br label %136
136: ; preds = %166, %133
%137 = load i32, i32* %14
%138 = load i32, i32* %12
%139 = icmp slt i32 %137, %138
br i1 %139, label %140, label %143
140: ; preds = %136
%141 = load i32, i32* %25
%142 = icmp eq i32 %141, 0
br label %143
143: ; preds = %140, %136
%144 = phi i1 [ false, %136 ], [ %142, %140 ]
br i1 %144, label %145, label %167
145: ; preds = %143
%146 = load i8**, i8*** %22
%147 = load i32, i32* %15
%148 = sext i32 %147 to i64
%149 = getelementptr inbounds i8*, i8** %146, i64 %148
%150 = load i8*, i8** %149
%151 = load i8**, i8*** %22
%152 = load i32, i32* %14
%153 = sext i32 %152 to i64
%154 = getelementptr inbounds i8*, i8** %151, i64 %153
%155 = load i8*, i8** %154
%156 = call i64 @strcmp(i8* %150, i8* %155)
%157 = icmp eq i64 %156, 0
br i1 %157, label %158, label %165
158: ; preds = %145
%159 = load i32, i32* %14
%160 = load i32, i32* %12
%161 = icmp slt i32 %159, %160
br i1 %161, label %162, label %165
162: ; preds = %158
%163 = load i32, i32* %14
%164 = add nsw i32 %163, 1
store i32 %164, i32* %14
br label %166
165: ; preds = %158, %145
store i32 1, i32* %25
br label %166
166: ; preds = %165, %162
br label %136
167: ; preds = %143
%168 = load i32, i32* %14
%169 = load i32, i32* %15
%170 = sub nsw i32 %168, %169
%171 = icmp sle i32 %170, 3
br i1 %171, label %172, label %200
172: ; preds = %167
%173 = load i32, i32* %15
store i32 %173, i32* %13
br label %174
174: ; preds = %196, %172
%175 = load i32, i32* %13
%176 = load i32, i32* %14
%177 = icmp slt i32 %175, %176
br i1 %177, label %178, label %199
178: ; preds = %174
%179 = load i32*, i32** %18
%180 = load i32, i32* %13
%181 = sext i32 %180 to i64
%182 = getelementptr inbounds i32, i32* %179, i64 %181
%183 = load i32, i32* %182
store i32 %183, i32* %26
%184 = load i32*, i32** %9
%185 = load i32, i32* %26
%186 = sext i32 %185 to i64
%187 = getelementptr inbounds i32, i32* %184, i64 %186
%188 = load i32, i32* %187
%189 = icmp sgt i32 %188, 5000
br i1 %189, label %190, label %195
190: ; preds = %178
%191 = load i32*, i32** %8
%192 = load i32, i32* %26
%193 = sext i32 %192 to i64
%194 = getelementptr inbounds i32, i32* %191, i64 %193
store i32 1, i32* %194
br label %195
195: ; preds = %190, %178
br label %196
196: ; preds = %195
%197 = load i32, i32* %13
%198 = add nsw i32 %197, 1
store i32 %198, i32* %13
br label %174
199: ; preds = %174
br label %200
200: ; preds = %199, %167
%201 = load i32, i32* %14
%202 = sub nsw i32 %201, 1
store i32 %202, i32* %15
br label %203
203: ; preds = %200
%204 = load i32, i32* %15
%205 = add nsw i32 %204, 1
store i32 %205, i32* %15
br label %129
206: ; preds = %129
br label %207
207: ; preds = %206, %107
%208 = load i32, i32* %12
%209 = load i32, i32* %11
%210 = sub nsw i32 %208, %209
store i32 %210, i32* %16
%211 = load i32, i32* %20
%212 = load i32, i32* %16
%213 = add nsw i32 %211, %212
store i32 %213, i32* %20
%214 = load i32, i32* %12
%215 = sub nsw i32 %214, 1
store i32 %215, i32* %11
br label %216
216: ; preds = %207
%217 = load i32, i32* %11
%218 = add nsw i32 %217, 1
store i32 %218, i32* %11
br label %72
219: ; preds = %72
%220 = load i32*, i32** %18
%221 = call i32 @free(i32* %220)
%222 = load i32*, i32** %19
%223 = call i32 @free(i32* %222)
%224 = load i8**, i8*** %22
%225 = load i32, i32* %10
%226 = call i32 @free_cmatrix(i8** %224, i32 0, i32 %225, i32 0, i32 100)
ret void
}

LLVM IR (-O2):
@stderr = global i32 0
@.str = [43 x i8] c"ERROR Memory_Allocate: calloc - readIndex\0A\00"
define void @Indel_Process(i8** nocapture %0, i8** nocapture %1, i32* nocapture writeonly %2, i32* nocapture %3, i32 %4) {
%6 = tail call i64 @calloc(i32 %4, i32 4)
%7 = inttoptr i64 %6 to i32*
%8 = icmp eq i64 %6, 0
br i1 %8, label %9, label %13
9: ; preds = %5
%10 = load i32, i32* @stderr
%11 = tail call i32 @fprintf(i32 %10, i8* getelementptr inbounds ([43 x i8], [43 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
%12 = tail call i32 @exit(i32 1)
unreachable
13: ; preds = %5
%14 = tail call i64 @calloc(i32 %4, i32 4)
%15 = icmp eq i64 %14, 0
br i1 %15, label %16, label %20
16: ; preds = %13
%17 = load i32, i32* @stderr
%18 = tail call i32 @fprintf(i32 %17, i8* getelementptr inbounds ([43 x i8], [43 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
%19 = tail call i32 @exit(i32 1)
unreachable
20: ; preds = %13
%21 = tail call i8** @cmatrix(i32 0, i32 %4, i32 0, i32 100)
%22 = icmp sgt i32 %4, 0
br i1 %22, label %23, label %144
23: ; preds = %20
%24 = zext i32 %4 to i64
br label %28
25: ; preds = %28
%26 = add nsw i32 %4, -1
%27 = icmp sgt i32 %4, 1
br i1 %27, label %39, label %144
28: ; preds = %23, %28
%29 = phi i64 [ 0, %23 ], [ %37, %28 ]
%30 = getelementptr inbounds i8*, i8** %21, i64 %29
%31 = load i8*, i8** %30
%32 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %29
%33 = load i8*, i8** %32
%34 = tail call i32 @strcpy(i8* %31, i8* %33)
%35 = getelementptr inbounds i32, i32* %7, i64 %29
%36 = trunc i64 %29 to i32
store i32 %36, i32* %35
%37 = add nuw nsw i64 %29, 1
%38 = icmp eq i64 %37, %24
br i1 %38, label %25, label %28
39: ; preds = %25, %141
%40 = phi i32 [ %60, %141 ], [ 0, %25 ]
%41 = phi i32 [ %142, %141 ], [ 0, %25 ]
%42 = add nsw i32 %40, 1
%43 = icmp slt i32 %42, %4
br i1 %43, label %44, label %59
44: ; preds = %39
%45 = sext i32 %40 to i64
%46 = getelementptr inbounds i8*, i8** %1, i64 %45
br label %47
47: ; preds = %44, %47
%48 = phi i32 [ %42, %44 ], [ %56, %47 ]
%49 = load i8*, i8** %46
%50 = sext i32 %48 to i64
%51 = getelementptr inbounds i8*, i8** %1, i64 %50
%52 = load i8*, i8** %51
%53 = tail call i64 @strcmp(i8* %49, i8* %52)
%54 = icmp eq i64 %53, 0
%55 = zext i1 %54 to i32
%56 = add nsw i32 %48, %55
%57 = icmp slt i32 %56, %4
%58 = and i1 %54, %57
br i1 %58, label %47, label %59
59: ; preds = %47, %39
%60 = phi i32 [ %42, %39 ], [ %56, %47 ]
%61 = sub nsw i32 %60, %40
%62 = icmp sgt i32 %61, 1
br i1 %62, label %63, label %141
63: ; preds = %59
%64 = sext i32 %41 to i64
%65 = getelementptr inbounds i8*, i8** %21, i64 %64
%66 = getelementptr inbounds i32, i32* %7, i64 %64
%67 = tail call i32 @ArraySort_String(i32 %61, i8** %65, i32* %66)
%68 = icmp sgt i32 %60, %40
br i1 %68, label %69, label %141
69: ; preds = %63, %139
%70 = phi i32 [ %89, %139 ], [ %40, %63 ]
%71 = add nsw i32 %70, 1
%72 = icmp slt i32 %71, %60
br i1 %72, label %73, label %88
73: ; preds = %69
%74 = sext i32 %70 to i64
%75 = getelementptr inbounds i8*, i8** %21, i64 %74
br label %76
76: ; preds = %73, %76
%77 = phi i32 [ %71, %73 ], [ %85, %76 ]
%78 = load i8*, i8** %75
%79 = sext i32 %77 to i64
%80 = getelementptr inbounds i8*, i8** %21, i64 %79
%81 = load i8*, i8** %80
%82 = tail call i64 @strcmp(i8* %78, i8* %81)
%83 = icmp eq i64 %82, 0
%84 = zext i1 %83 to i32
%85 = add nsw i32 %77, %84
%86 = icmp slt i32 %85, %60
%87 = and i1 %86, %83
br i1 %87, label %76, label %88
88: ; preds = %76, %69
%89 = phi i32 [ %71, %69 ], [ %85, %76 ]
%90 = sub nsw i32 %89, %70
%91 = icmp slt i32 %90, 4
%92 = icmp sgt i32 %89, %70
%93 = and i1 %91, %92
br i1 %93, label %94, label %139
94: ; preds = %88
%95 = sext i32 %70 to i64
%96 = sext i32 %89 to i64
%97 = sub nsw i64 %96, %95
%98 = xor i64 %95, -1
%99 = and i64 %97, 1
%100 = icmp eq i64 %99, 0
br i1 %100, label %112, label %101
101: ; preds = %94
%102 = getelementptr inbounds i32, i32* %7, i64 %95
%103 = load i32, i32* %102
%104 = sext i32 %103 to i64
%105 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %104
%106 = load i32, i32* %105
%107 = icmp sgt i32 %106, 5000
br i1 %107, label %108, label %110
108: ; preds = %101
%109 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 %104
store i32 1, i32* %109
br label %110
110: ; preds = %108, %101
%111 = add nsw i64 %95, 1
br label %112
112: ; preds = %110, %94
%113 = phi i64 [ %95, %94 ], [ %111, %110 ]
%114 = sub nsw i64 0, %96
%115 = icmp eq i64 %98, %114
br i1 %115, label %139, label %116
116: ; preds = %112, %136
%117 = phi i64 [ %137, %136 ], [ %113, %112 ]
%118 = getelementptr inbounds i32, i32* %7, i64 %117
%119 = load i32, i32* %118
%120 = sext i32 %119 to i64
%121 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %120
%122 = load i32, i32* %121
%123 = icmp sgt i32 %122, 5000
br i1 %123, label %124, label %126
124: ; preds = %116
%125 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 %120
store i32 1, i32* %125
br label %126
126: ; preds = %124, %116
%127 = add nsw i64 %117, 1
%128 = getelementptr inbounds i32, i32* %7, i64 %127
%129 = load i32, i32* %128
%130 = sext i32 %129 to i64
%131 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %130
%132 = load i32, i32* %131
%133 = icmp sgt i32 %132, 5000
br i1 %133, label %134, label %136
134: ; preds = %126
%135 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 %130
store i32 1, i32* %135
br label %136
136: ; preds = %134, %126
%137 = add nsw i64 %117, 2
%138 = icmp eq i64 %137, %96
br i1 %138, label %139, label %116
139: ; preds = %112, %136, %88
%140 = icmp slt i32 %89, %60
br i1 %140, label %69, label %141
141: ; preds = %139, %63, %59
%142 = add nsw i32 %61, %41
%143 = icmp slt i32 %60, %26
br i1 %143, label %39, label %144
144: ; preds = %141, %20, %25
%145 = inttoptr i64 %14 to i32*
%146 = tail call i32 @free(i32* %7)
%147 = tail call i32 @free(i32* %145)
%148 = tail call i32 @free_cmatrix(i8** %21, i32 0, i32 %4, i32 0, i32 100)
ret void
}