int exclude_snp_sites_in_block(int window_start_coordinate,
                               int window_end_coordinate, int *snp_site_coords,
                               int number_of_branch_snps) {
  int i;
  int updated_snp_site_coords[number_of_branch_snps];
  int number_of_branch_snps_excluding_block = 0;
  for (i = 0; i < number_of_branch_snps; i++) {
    if (snp_site_coords[i] >= window_start_coordinate &&
        snp_site_coords[i] <= window_end_coordinate) {
    } else {
      updated_snp_site_coords[number_of_branch_snps_excluding_block] =
          snp_site_coords[i];
      number_of_branch_snps_excluding_block++;
    }
  }
  for (i = 0; i < number_of_branch_snps_excluding_block; i++) {
    snp_site_coords[i] = updated_snp_site_coords[i];
  }
  for (i = number_of_branch_snps_excluding_block; i < number_of_branch_snps;
       i++) {
    snp_site_coords[i] = 0;
  }
  return number_of_branch_snps_excluding_block;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<exclude_snp_sites_in_block>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x40,%rsp
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %esi,-0x8(%rbp)
mov    %rdx,-0x10(%rbp)
mov    %ecx,-0x14(%rbp)
mov    -0x14(%rbp),%eax
mov    %rsp,%rcx
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
lea    0xf(,%rax,4),%rdx
and    $0xfffffffffffffff0,%rdx
mov    %rsp,%rcx
sub    %rdx,%rcx
mov    %rcx,-0x38(%rbp)
mov    %rcx,%rsp
mov    %rax,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
movl   $0x0,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    11b5 <exclude_snp_sites_in_block+0xb5>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
cmp    -0x4(%rbp),%eax
jl     1183 <exclude_snp_sites_in_block+0x83>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
cmp    -0x8(%rbp),%eax
jg     1183 <exclude_snp_sites_in_block+0x83>
jmp    11a2 <exclude_snp_sites_in_block+0xa2>
mov    -0x38(%rbp),%rax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
movslq -0x18(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,4),%edx
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    11a7 <exclude_snp_sites_in_block+0xa7>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    114a <exclude_snp_sites_in_block+0x4a>
movl   $0x0,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
cmp    -0x2c(%rbp),%eax
jge    11ec <exclude_snp_sites_in_block+0xec>
mov    -0x38(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    11bc <exclude_snp_sites_in_block+0xbc>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    121b <exclude_snp_sites_in_block+0x11b>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    11f2 <exclude_snp_sites_in_block+0xf2>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
mov    %rcx,%rsp
mov    %rbp,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<exclude_snp_sites_in_block>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
push   %r15
push   %r14
push   %rbx
push   %rax
mov    %ecx,%r14d
mov    %rdx,%r15
mov    %esi,%r9d
mov    %ecx,%r8d
mov    %rsp,%rsi
lea    0xf(,%r8,4),%rax
and    $0xfffffffffffffff0,%rax
sub    %rax,%rsi
mov    %rsi,%rsp
test   %ecx,%ecx
jle    11b6 <exclude_snp_sites_in_block+0x96>
cmp    $0x1,%r14d
jne    11bf <exclude_snp_sites_in_block+0x9f>
xor    %edx,%edx
xor    %ebx,%ebx
test   $0x1,%r8b
je     1175 <exclude_snp_sites_in_block+0x55>
mov    (%r15,%rdx,4),%ecx
cmp    %edi,%ecx
jl     116c <exclude_snp_sites_in_block+0x4c>
cmp    %r9d,%ecx
jle    1175 <exclude_snp_sites_in_block+0x55>
movslq %ebx,%rbx
mov    %ecx,(%rsi,%rbx,4)
add    $0x1,%ebx
test   %ebx,%ebx
jle    1187 <exclude_snp_sites_in_block+0x67>
mov    %ebx,%edx
shl    $0x2,%rdx
mov    %r15,%rdi
call   1040 <memcpy@plt>
cmp    %r14d,%ebx
jge    11a9 <exclude_snp_sites_in_block+0x89>
movslq %ebx,%rax
lea    (%r15,%rax,4),%rdi
mov    %ebx,%eax
not    %eax
add    %r14d,%eax
lea    0x4(,%rax,4),%rdx
xor    %esi,%esi
call   1030 <memset@plt>
mov    %ebx,%eax
lea    -0x18(%rbp),%rsp
pop    %rbx
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret
xor    %ebx,%ebx
cmp    %r14d,%ebx
jl     118c <exclude_snp_sites_in_block+0x6c>
jmp    11a9 <exclude_snp_sites_in_block+0x89>
mov    %r8d,%ecx
and    $0xfffffffe,%ecx
xor    %edx,%edx
xor    %ebx,%ebx
jmp    11e6 <exclude_snp_sites_in_block+0xc6>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
movslq %ebx,%rbx
mov    %eax,(%rsi,%rbx,4)
add    $0x1,%ebx
add    $0x2,%rdx
cmp    %rdx,%rcx
je     1159 <exclude_snp_sites_in_block+0x39>
mov    (%r15,%rdx,4),%eax
cmp    %edi,%eax
jl     11f3 <exclude_snp_sites_in_block+0xd3>
cmp    %r9d,%eax
jle    11fc <exclude_snp_sites_in_block+0xdc>
movslq %ebx,%rbx
mov    %eax,(%rsi,%rbx,4)
add    $0x1,%ebx
mov    0x4(%r15,%rdx,4),%eax
cmp    %edi,%eax
jl     11d0 <exclude_snp_sites_in_block+0xb0>
cmp    %r9d,%eax
jle    11d9 <exclude_snp_sites_in_block+0xb9>
jmp    11d0 <exclude_snp_sites_in_block+0xb0>

LLVM IR (-O0):
define i32 @exclude_snp_sites_in_block(i32 %0, i32 %1, i32* %2, i32 %3) {
%5 = alloca i32
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32*
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i8*
%11 = alloca i64
%12 = alloca i32
store i32 %0, i32* %5
store i32 %1, i32* %6
store i32* %2, i32** %7
store i32 %3, i32* %8
%13 = load i32, i32* %8
%14 = zext i32 %13 to i64
%15 = call i8* @llvm.stacksave()
store i8* %15, i8** %10
%16 = alloca i32, i64 %14
store i64 %14, i64* %11
store i32 0, i32* %12
store i32 0, i32* %9
br label %17
17: ; preds = %50, %4
%18 = load i32, i32* %9
%19 = load i32, i32* %8
%20 = icmp slt i32 %18, %19
br i1 %20, label %21, label %53
21: ; preds = %17
%22 = load i32*, i32** %7
%23 = load i32, i32* %9
%24 = sext i32 %23 to i64
%25 = getelementptr inbounds i32, i32* %22, i64 %24
%26 = load i32, i32* %25
%27 = load i32, i32* %5
%28 = icmp sge i32 %26, %27
br i1 %28, label %29, label %38
29: ; preds = %21
%30 = load i32*, i32** %7
%31 = load i32, i32* %9
%32 = sext i32 %31 to i64
%33 = getelementptr inbounds i32, i32* %30, i64 %32
%34 = load i32, i32* %33
%35 = load i32, i32* %6
%36 = icmp sle i32 %34, %35
br i1 %36, label %37, label %38
37: ; preds = %29
br label %49
38: ; preds = %29, %21
%39 = load i32*, i32** %7
%40 = load i32, i32* %9
%41 = sext i32 %40 to i64
%42 = getelementptr inbounds i32, i32* %39, i64 %41
%43 = load i32, i32* %42
%44 = load i32, i32* %12
%45 = sext i32 %44 to i64
%46 = getelementptr inbounds i32, i32* %16, i64 %45
store i32 %43, i32* %46
%47 = load i32, i32* %12
%48 = add nsw i32 %47, 1
store i32 %48, i32* %12
br label %49
49: ; preds = %38, %37
br label %50
50: ; preds = %49
%51 = load i32, i32* %9
%52 = add nsw i32 %51, 1
store i32 %52, i32* %9
br label %17
53: ; preds = %17
store i32 0, i32* %9
br label %54
54: ; preds = %67, %53
%55 = load i32, i32* %9
%56 = load i32, i32* %12
%57 = icmp slt i32 %55, %56
br i1 %57, label %58, label %70
58: ; preds = %54
%59 = load i32, i32* %9
%60 = sext i32 %59 to i64
%61 = getelementptr inbounds i32, i32* %16, i64 %60
%62 = load i32, i32* %61
%63 = load i32*, i32** %7
%64 = load i32, i32* %9
%65 = sext i32 %64 to i64
%66 = getelementptr inbounds i32, i32* %63, i64 %65
store i32 %62, i32* %66
br label %67
67: ; preds = %58
%68 = load i32, i32* %9
%69 = add nsw i32 %68, 1
store i32 %69, i32* %9
br label %54
70: ; preds = %54
%71 = load i32, i32* %12
store i32 %71, i32* %9
br label %72
72: ; preds = %81, %70
%73 = load i32, i32* %9
%74 = load i32, i32* %8
%75 = icmp slt i32 %73, %74
br i1 %75, label %76, label %84
76: ; preds = %72
%77 = load i32*, i32** %7
%78 = load i32, i32* %9
%79 = sext i32 %78 to i64
%80 = getelementptr inbounds i32, i32* %77, i64 %79
store i32 0, i32* %80
br label %81
81: ; preds = %76
%82 = load i32, i32* %9
%83 = add nsw i32 %82, 1
store i32 %83, i32* %9
br label %72
84: ; preds = %72
%85 = load i32, i32* %12
%86 = load i8*, i8** %10
ret i32 %85
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @exclude_snp_sites_in_block(i32 %0, i32 %1, i32* nocapture %2, i32 %3) {
%5 = bitcast i32* %2 to i8*
%6 = zext i32 %3 to i64
%7 = alloca i32, i64 %6
%8 = bitcast i32* %7 to i8*
%9 = icmp sgt i32 %3, 0
br i1 %9, label %10, label %66
10: ; preds = %4
%11 = and i64 %6, 1
%12 = icmp eq i32 %3, 1
br i1 %12, label %15, label %13
13: ; preds = %10
%14 = and i64 %6, 4294967294
br label %36
15: ; preds = %61, %10
%16 = phi i32 [ undef, %10 ], [ %62, %61 ]
%17 = phi i64 [ 0, %10 ], [ %63, %61 ]
%18 = phi i32 [ 0, %10 ], [ %62, %61 ]
%19 = icmp eq i64 %11, 0
br i1 %19, label %30, label %20
20: ; preds = %15
%21 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 %17
%22 = load i32, i32* %21
%23 = icmp slt i32 %22, %0
%24 = icmp sgt i32 %22, %1
%25 = or i1 %23, %24
br i1 %25, label %26, label %30
26: ; preds = %20
%27 = sext i32 %18 to i64
%28 = getelementptr inbounds i32, i32* %7, i64 %27
store i32 %22, i32* %28
%29 = add nsw i32 %18, 1
br label %30
30: ; preds = %20, %26, %15
%31 = phi i32 [ %16, %15 ], [ %29, %26 ], [ %18, %20 ]
%32 = icmp sgt i32 %31, 0
br i1 %32, label %33, label %66
33: ; preds = %30
%34 = zext i32 %31 to i64
%35 = shl nuw nsw i64 %34, 2
br label %66
36: ; preds = %61, %13
%37 = phi i64 [ 0, %13 ], [ %63, %61 ]
%38 = phi i32 [ 0, %13 ], [ %62, %61 ]
%39 = phi i64 [ 0, %13 ], [ %64, %61 ]
%40 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 %37
%41 = load i32, i32* %40
%42 = icmp slt i32 %41, %0
%43 = icmp sgt i32 %41, %1
%44 = or i1 %42, %43
br i1 %44, label %45, label %49
45: ; preds = %36
%46 = sext i32 %38 to i64
%47 = getelementptr inbounds i32, i32* %7, i64 %46
store i32 %41, i32* %47
%48 = add nsw i32 %38, 1
br label %49
49: ; preds = %36, %45
%50 = phi i32 [ %48, %45 ], [ %38, %36 ]
%51 = or i64 %37, 1
%52 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 %51
%53 = load i32, i32* %52
%54 = icmp slt i32 %53, %0
%55 = icmp sgt i32 %53, %1
%56 = or i1 %54, %55
br i1 %56, label %57, label %61
57: ; preds = %49
%58 = sext i32 %50 to i64
%59 = getelementptr inbounds i32, i32* %7, i64 %58
store i32 %53, i32* %59
%60 = add nsw i32 %50, 1
br label %61
61: ; preds = %57, %49
%62 = phi i32 [ %60, %57 ], [ %50, %49 ]
%63 = add nuw nsw i64 %37, 2
%64 = add i64 %39, 2
%65 = icmp eq i64 %64, %14
br i1 %65, label %15, label %36
66: ; preds = %4, %33, %30
%67 = phi i32 [ %31, %33 ], [ %31, %30 ], [ 0, %4 ]
%68 = icmp slt i32 %67, %3
br i1 %68, label %69, label %78
69: ; preds = %66
%70 = sext i32 %67 to i64
%71 = getelementptr i32, i32* %2, i64 %70
%72 = bitcast i32* %71 to i8*
%73 = xor i32 %67, -1
%74 = add i32 %73, %3
%75 = zext i32 %74 to i64
%76 = shl nuw nsw i64 %75, 2
%77 = add nuw nsw i64 %76, 4
br label %78
78: ; preds = %69, %66
ret i32 %67
}