#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int assign_cell(int, int, int, int);
void frombeginr_transtable(int **aseqsT, float *weights, int nseq, int j,
                           int i2, int *accum_insl, double trans[6][6]) {
  int fy, ty;
  int idx;
  for (fy = 0; fy < 6; fy++)
    for (ty = 0; ty < 6; ty++)
      trans[fy][ty] = 0.0;
  fy = 0;
  for (idx = 0; idx < nseq; idx++) {
    ty = assign_cell(i2, j, aseqsT[i2][idx], aseqsT[j][idx]);
    if (accum_insl[idx] == 0) {
      trans[fy][ty] += weights[idx];
    } else {
      trans[fy][4] += weights[idx];
      trans[4][4] += (accum_insl[idx] - 1) * weights[idx];
      trans[4][ty] += weights[idx];
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<frombeginr_transtable>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x40,%rsp
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %ecx,-0x18(%rbp)
mov    %r8d,-0x1c(%rbp)
mov    %r9,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
cmpl   $0x6,-0x2c(%rbp)
jge    1190 <frombeginr_transtable+0x80>
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
cmpl   $0x6,-0x30(%rbp)
jge    117d <frombeginr_transtable+0x6d>
mov    0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
imul   $0x30,%rcx,%rcx
add    %rcx,%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    114a <frombeginr_transtable+0x3a>
jmp    1182 <frombeginr_transtable+0x72>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    1139 <frombeginr_transtable+0x29>
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    12c2 <frombeginr_transtable+0x1b2>
mov    -0x1c(%rbp),%edi
mov    -0x18(%rbp),%esi
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%ecx
call   1030 <assign_cell@plt>
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jne    1223 <frombeginr_transtable+0x113>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm0
mov    0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
imul   $0x30,%rcx,%rcx
add    %rcx,%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
addsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
jmp    12af <frombeginr_transtable+0x19f>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm0
mov    0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
imul   $0x30,%rcx,%rcx
add    %rcx,%rax
addsd  0x20(%rax),%xmm0
movsd  %xmm0,0x20(%rax)
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
sub    $0x1,%eax
cvtsi2ss %eax,%xmm0
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
mulss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm0
mov    0x10(%rbp),%rax
addsd  0xe0(%rax),%xmm0
movsd  %xmm0,0xe0(%rax)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm0
mov    0x10(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
addsd  0xc0(%rax,%rcx,8),%xmm0
movsd  %xmm0,0xc0(%rax,%rcx,8)
jmp    12b4 <frombeginr_transtable+0x1a4>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    119e <frombeginr_transtable+0x8e>
add    $0x40,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<frombeginr_transtable>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x18,%rsp
mov    %r9,0x10(%rsp)
mov    %r8d,%ebx
mov    %ecx,%ebp
mov    %edx,%r14d
mov    %rsi,0x8(%rsp)
mov    %rdi,%r13
mov    0x50(%rsp),%r12
mov    $0x120,%edx
mov    %r12,%rdi
xor    %esi,%esi
call   1030 <memset@plt>
test   %r14d,%r14d
jle    120f <frombeginr_transtable+0xef>
movslq %ebx,%rbx
movslq %ebp,%rbp
mov    %r14d,%r14d
xor    %r15d,%r15d
jmp    11cd <frombeginr_transtable+0xad>
xchg   %ax,%ax
movsd  0x20(%r12),%xmm2
add    $0xffffffff,%ecx
xorps  %xmm3,%xmm3
cvtsi2ss %ecx,%xmm3
addsd  %xmm0,%xmm2
movsd  %xmm2,0x20(%r12)
mulss  %xmm3,%xmm1
cvtss2sd %xmm1,%xmm1
addsd  0xe0(%r12),%xmm1
movsd  %xmm1,0xe0(%r12)
mov    $0x4,%ecx
cltq
lea    (%rcx,%rcx,2),%rcx
shl    $0x4,%rcx
add    %r12,%rcx
addsd  (%rcx,%rax,8),%xmm0
movsd  %xmm0,(%rcx,%rax,8)
add    $0x1,%r15
cmp    %r15,%r14
je     120f <frombeginr_transtable+0xef>
mov    0x0(%r13,%rbx,8),%rax
mov    (%rax,%r15,4),%edx
mov    0x0(%r13,%rbp,8),%rax
mov    (%rax,%r15,4),%ecx
mov    %ebx,%edi
mov    %ebp,%esi
call   1040 <assign_cell@plt>
mov    0x10(%rsp),%rcx
mov    (%rcx,%r15,4),%ecx
mov    0x8(%rsp),%rdx
movss  (%rdx,%r15,4),%xmm1
xorps  %xmm0,%xmm0
cvtss2sd %xmm1,%xmm0
test   %ecx,%ecx
jne    1170 <frombeginr_transtable+0x50>
xor    %ecx,%ecx
jmp    11ad <frombeginr_transtable+0x8d>
add    $0x18,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @frombeginr_transtable(i32** %0, float* %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4, i32* %5, [6 x double]* %6) {
%8 = alloca i32**
%9 = alloca float*
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32*
%14 = alloca [6 x double]*
%15 = alloca i32
%16 = alloca i32
%17 = alloca i32
store i32** %0, i32*** %8
store float* %1, float** %9
store i32 %2, i32* %10
store i32 %3, i32* %11
store i32 %4, i32* %12
store i32* %5, i32** %13
store [6 x double]* %6, [6 x double]** %14
store i32 0, i32* %15
br label %18
18: ; preds = %37, %7
%19 = load i32, i32* %15
%20 = icmp slt i32 %19, 6
br i1 %20, label %21, label %40
21: ; preds = %18
store i32 0, i32* %16
br label %22
22: ; preds = %33, %21
%23 = load i32, i32* %16
%24 = icmp slt i32 %23, 6
br i1 %24, label %25, label %36
25: ; preds = %22
%26 = load [6 x double]*, [6 x double]** %14
%27 = load i32, i32* %15
%28 = sext i32 %27 to i64
%29 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %26, i64 %28
%30 = load i32, i32* %16
%31 = sext i32 %30 to i64
%32 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %29, i64 0, i64 %31
store double 0.000000e+00, double* %32
br label %33
33: ; preds = %25
%34 = load i32, i32* %16
%35 = add nsw i32 %34, 1
store i32 %35, i32* %16
br label %22
36: ; preds = %22
br label %37
37: ; preds = %36
%38 = load i32, i32* %15
%39 = add nsw i32 %38, 1
store i32 %39, i32* %15
br label %18
40: ; preds = %18
store i32 0, i32* %15
store i32 0, i32* %17
br label %41
41: ; preds = %136, %40
%42 = load i32, i32* %17
%43 = load i32, i32* %10
%44 = icmp slt i32 %42, %43
br i1 %44, label %45, label %139
45: ; preds = %41
%46 = load i32, i32* %12
%47 = load i32, i32* %11
%48 = load i32**, i32*** %8
%49 = load i32, i32* %12
%50 = sext i32 %49 to i64
%51 = getelementptr inbounds i32*, i32** %48, i64 %50
%52 = load i32*, i32** %51
%53 = load i32, i32* %17
%54 = sext i32 %53 to i64
%55 = getelementptr inbounds i32, i32* %52, i64 %54
%56 = load i32, i32* %55
%57 = load i32**, i32*** %8
%58 = load i32, i32* %11
%59 = sext i32 %58 to i64
%60 = getelementptr inbounds i32*, i32** %57, i64 %59
%61 = load i32*, i32** %60
%62 = load i32, i32* %17
%63 = sext i32 %62 to i64
%64 = getelementptr inbounds i32, i32* %61, i64 %63
%65 = load i32, i32* %64
%66 = call i32 @assign_cell(i32 %46, i32 %47, i32 %56, i32 %65)
store i32 %66, i32* %16
%67 = load i32*, i32** %13
%68 = load i32, i32* %17
%69 = sext i32 %68 to i64
%70 = getelementptr inbounds i32, i32* %67, i64 %69
%71 = load i32, i32* %70
%72 = icmp eq i32 %71, 0
br i1 %72, label %73, label %89
73: ; preds = %45
%74 = load float*, float** %9
%75 = load i32, i32* %17
%76 = sext i32 %75 to i64
%77 = getelementptr inbounds float, float* %74, i64 %76
%78 = load float, float* %77
%79 = fpext float %78 to double
%80 = load [6 x double]*, [6 x double]** %14
%81 = load i32, i32* %15
%82 = sext i32 %81 to i64
%83 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %80, i64 %82
%84 = load i32, i32* %16
%85 = sext i32 %84 to i64
%86 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %83, i64 0, i64 %85
%87 = load double, double* %86
%88 = fadd double %87, %79
store double %88, double* %86
br label %135
89: ; preds = %45
%90 = load float*, float** %9
%91 = load i32, i32* %17
%92 = sext i32 %91 to i64
%93 = getelementptr inbounds float, float* %90, i64 %92
%94 = load float, float* %93
%95 = fpext float %94 to double
%96 = load [6 x double]*, [6 x double]** %14
%97 = load i32, i32* %15
%98 = sext i32 %97 to i64
%99 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %96, i64 %98
%100 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %99, i64 0, i64 4
%101 = load double, double* %100
%102 = fadd double %101, %95
store double %102, double* %100
%103 = load i32*, i32** %13
%104 = load i32, i32* %17
%105 = sext i32 %104 to i64
%106 = getelementptr inbounds i32, i32* %103, i64 %105
%107 = load i32, i32* %106
%108 = sub nsw i32 %107, 1
%109 = sitofp i32 %108 to float
%110 = load float*, float** %9
%111 = load i32, i32* %17
%112 = sext i32 %111 to i64
%113 = getelementptr inbounds float, float* %110, i64 %112
%114 = load float, float* %113
%115 = fmul float %109, %114
%116 = fpext float %115 to double
%117 = load [6 x double]*, [6 x double]** %14
%118 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %117, i64 4
%119 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %118, i64 0, i64 4
%120 = load double, double* %119
%121 = fadd double %120, %116
store double %121, double* %119
%122 = load float*, float** %9
%123 = load i32, i32* %17
%124 = sext i32 %123 to i64
%125 = getelementptr inbounds float, float* %122, i64 %124
%126 = load float, float* %125
%127 = fpext float %126 to double
%128 = load [6 x double]*, [6 x double]** %14
%129 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %128, i64 4
%130 = load i32, i32* %16
%131 = sext i32 %130 to i64
%132 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %129, i64 0, i64 %131
%133 = load double, double* %132
%134 = fadd double %133, %127
store double %134, double* %132
br label %135
135: ; preds = %89, %73
br label %136
136: ; preds = %135
%137 = load i32, i32* %17
%138 = add nsw i32 %137, 1
store i32 %138, i32* %17
br label %41
139: ; preds = %41
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @frombeginr_transtable(i32** nocapture %0, float* nocapture %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4, i32* nocapture %5, [6 x double]* nocapture %6) {
%8 = bitcast [6 x double]* %6 to i8*
%9 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %9, label %10, label %50
10: ; preds = %7
%11 = sext i32 %4 to i64
%12 = getelementptr inbounds i32*, i32** %0, i64 %11
%13 = sext i32 %3 to i64
%14 = getelementptr inbounds i32*, i32** %0, i64 %13
%15 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %6, i64 0, i64 4
%16 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %6, i64 4, i64 4
%17 = zext i32 %2 to i64
br label %18
18: ; preds = %10, %42
%19 = phi i64 [ 0, %10 ], [ %48, %42 ]
%20 = load i32*, i32** %12
%21 = getelementptr inbounds i32, i32* %20, i64 %19
%22 = load i32, i32* %21
%23 = load i32*, i32** %14
%24 = getelementptr inbounds i32, i32* %23, i64 %19
%25 = load i32, i32* %24
%26 = tail call i32 @assign_cell(i32 %4, i32 %3, i32 %22, i32 %25)
%27 = getelementptr inbounds i32, i32* %5, i64 %19
%28 = load i32, i32* %27
%29 = icmp eq i32 %28, 0
%30 = getelementptr inbounds float, float* %1, i64 %19
%31 = load float, float* %30
%32 = fpext float %31 to double
br i1 %29, label %42, label %33
33: ; preds = %18
%34 = load double, double* %15
%35 = fadd double %34, %32
store double %35, double* %15
%36 = add nsw i32 %28, -1
%37 = sitofp i32 %36 to float
%38 = fmul float %31, %37
%39 = fpext float %38 to double
%40 = load double, double* %16
%41 = fadd double %40, %39
store double %41, double* %16
br label %42
42: ; preds = %18, %33
%43 = phi i64 [ 4, %33 ], [ 0, %18 ]
%44 = sext i32 %26 to i64
%45 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %6, i64 %43, i64 %44
%46 = load double, double* %45
%47 = fadd double %46, %32
store double %47, double* %45
%48 = add nuw nsw i64 %19, 1
%49 = icmp eq i64 %48, %17
br i1 %49, label %50, label %18
50: ; preds = %42, %7
ret void
}