void decode3(int *outgenes, int *ingenes, int *succ, int *decode,
             int num_cond) {
  int i, index, gene;
  index = 0;
  for (i = 0; i < num_cond; i++) {
    gene = decode[ingenes[i]];
    outgenes[index] = gene;
    index++;
    while (succ[gene] != 2000 + 1) {
      gene = succ[gene];
      outgenes[index] = gene;
      index++;
    }
  }
  return;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<decode3>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8d,-0x24(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jge    11b1 <decode3+0xb1>
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
movslq -0x28(%rbp),%rdx
movslq (%rcx,%rdx,4),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%edx
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
cmpl   $0x7d1,(%rax,%rcx,4)
je     119e <decode3+0x9e>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%edx
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    115f <decode3+0x5f>
jmp    11a3 <decode3+0xa3>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    1126 <decode3+0x26>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<decode3>:
push   %rbx
test   %r8d,%r8d
jle    116d <decode3+0x6d>
mov    %r8d,%r8d
xor    %r9d,%r9d
xor    %r10d,%r10d
jmp    1129 <decode3+0x29>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%r9
cmp    %r8,%r9
je     116d <decode3+0x6d>
movslq (%rsi,%r9,4),%rax
movslq (%rcx,%rax,4),%rax
movslq %r10d,%r10
mov    %eax,(%rdi,%r10,4)
add    $0x1,%r10d
mov    (%rdx,%rax,4),%r11d
cmp    $0x7d1,%r11d
je     1120 <decode3+0x20>
movslq %r10d,%rax
lea    (%rdi,%rax,4),%rbx
mov    %r11d,(%rbx)
movslq %r11d,%rax
mov    (%rdx,%rax,4),%r11d
add    $0x4,%rbx
add    $0x1,%r10d
cmp    $0x7d1,%r11d
jne    1150 <decode3+0x50>
jmp    1120 <decode3+0x20>
pop    %rbx
ret

LLVM IR (-O0):
define void @decode3(i32* %0, i32* %1, i32* %2, i32* %3, i32 %4) {
%6 = alloca i32*
%7 = alloca i32*
%8 = alloca i32*
%9 = alloca i32*
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
store i32* %0, i32** %6
store i32* %1, i32** %7
store i32* %2, i32** %8
store i32* %3, i32** %9
store i32 %4, i32* %10
store i32 0, i32* %12
store i32 0, i32* %11
br label %14
14: ; preds = %56, %5
%15 = load i32, i32* %11
%16 = load i32, i32* %10
%17 = icmp slt i32 %15, %16
br i1 %17, label %18, label %59
18: ; preds = %14
%19 = load i32*, i32** %9
%20 = load i32*, i32** %7
%21 = load i32, i32* %11
%22 = sext i32 %21 to i64
%23 = getelementptr inbounds i32, i32* %20, i64 %22
%24 = load i32, i32* %23
%25 = sext i32 %24 to i64
%26 = getelementptr inbounds i32, i32* %19, i64 %25
%27 = load i32, i32* %26
store i32 %27, i32* %13
%28 = load i32, i32* %13
%29 = load i32*, i32** %6
%30 = load i32, i32* %12
%31 = sext i32 %30 to i64
%32 = getelementptr inbounds i32, i32* %29, i64 %31
store i32 %28, i32* %32
%33 = load i32, i32* %12
%34 = add nsw i32 %33, 1
store i32 %34, i32* %12
br label %35
35: ; preds = %42, %18
%36 = load i32*, i32** %8
%37 = load i32, i32* %13
%38 = sext i32 %37 to i64
%39 = getelementptr inbounds i32, i32* %36, i64 %38
%40 = load i32, i32* %39
%41 = icmp ne i32 %40, 2001
br i1 %41, label %42, label %55
42: ; preds = %35
%43 = load i32*, i32** %8
%44 = load i32, i32* %13
%45 = sext i32 %44 to i64
%46 = getelementptr inbounds i32, i32* %43, i64 %45
%47 = load i32, i32* %46
store i32 %47, i32* %13
%48 = load i32, i32* %13
%49 = load i32*, i32** %6
%50 = load i32, i32* %12
%51 = sext i32 %50 to i64
%52 = getelementptr inbounds i32, i32* %49, i64 %51
store i32 %48, i32* %52
%53 = load i32, i32* %12
%54 = add nsw i32 %53, 1
store i32 %54, i32* %12
br label %35
55: ; preds = %35
br label %56
56: ; preds = %55
%57 = load i32, i32* %11
%58 = add nsw i32 %57, 1
store i32 %58, i32* %11
br label %14
59: ; preds = %14
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @decode3(i32* nocapture writeonly %0, i32* nocapture %1, i32* nocapture %2, i32* nocapture %3, i32 %4) {
%6 = icmp sgt i32 %4, 0
br i1 %6, label %7, label %41
7: ; preds = %5
%8 = zext i32 %4 to i64
br label %9
9: ; preds = %7, %37
%10 = phi i64 [ 0, %7 ], [ %39, %37 ]
%11 = phi i32 [ 0, %7 ], [ %38, %37 ]
%12 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %10
%13 = load i32, i32* %12
%14 = sext i32 %13 to i64
%15 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %14
%16 = load i32, i32* %15
%17 = sext i32 %11 to i64
%18 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %17
store i32 %16, i32* %18
%19 = add i32 %11, 1
%20 = sext i32 %16 to i64
%21 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 %20
%22 = load i32, i32* %21
%23 = icmp eq i32 %22, 2001
br i1 %23, label %37, label %24
24: ; preds = %9
%25 = sext i32 %19 to i64
br label %26
26: ; preds = %24, %26
%27 = phi i64 [ %25, %24 ], [ %30, %26 ]
%28 = phi i32 [ %22, %24 ], [ %33, %26 ]
%29 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %27
store i32 %28, i32* %29
%30 = add i64 %27, 1
%31 = sext i32 %28 to i64
%32 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 %31
%33 = load i32, i32* %32
%34 = icmp eq i32 %33, 2001
br i1 %34, label %35, label %26
35: ; preds = %26
%36 = trunc i64 %30 to i32
br label %37
37: ; preds = %35, %9
%38 = phi i32 [ %19, %9 ], [ %36, %35 ]
%39 = add nuw nsw i64 %10, 1
%40 = icmp eq i64 %39, %8
br i1 %40, label %41, label %9
41: ; preds = %37, %5
ret void
}