void pq_dna_upper(char *codon) {
  int bp;
  for (bp = 0; bp < 3; bp++) {
    switch (codon[bp]) {
    case 'A':
      codon[bp] = 'A';
      break;
    case 'T':
      codon[bp] = 'T';
      break;
    case 'G':
      codon[bp] = 'G';
      break;
    case 'C':
      codon[bp] = 'C';
      break;
    case 'a':
      codon[bp] = 'A';
      break;
    case 't':
      codon[bp] = 'T';
      break;
    case 'g':
      codon[bp] = 'G';
      break;
    case 'c':
      codon[bp] = 'C';
      break;
    default:
      codon[bp] = codon[bp];
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<pq_dna_upper>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
movl   $0x0,-0xc(%rbp)
cmpl   $0x3,-0xc(%rbp)
jge    11fc <pq_dna_upper+0xfc>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0xc(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
add    $0xffffffbf,%eax
mov    %eax,%ecx
mov    %rcx,-0x18(%rbp)
sub    $0x33,%eax
ja     11d3 <pq_dna_upper+0xd3>
mov    -0x18(%rbp),%rax
lea    0xebe(%rip),%rcx
movslq (%rcx,%rax,4),%rax
add    %rcx,%rax
jmp    *%rax
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0xc(%rbp),%rcx
movb   $0x41,(%rax,%rcx,1)
jmp    11e9 <pq_dna_upper+0xe9>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0xc(%rbp),%rcx
movb   $0x54,(%rax,%rcx,1)
jmp    11e9 <pq_dna_upper+0xe9>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0xc(%rbp),%rcx
movb   $0x47,(%rax,%rcx,1)
jmp    11e9 <pq_dna_upper+0xe9>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0xc(%rbp),%rcx
movb   $0x43,(%rax,%rcx,1)
jmp    11e9 <pq_dna_upper+0xe9>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0xc(%rbp),%rcx
movb   $0x41,(%rax,%rcx,1)
jmp    11e9 <pq_dna_upper+0xe9>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0xc(%rbp),%rcx
movb   $0x54,(%rax,%rcx,1)
jmp    11e9 <pq_dna_upper+0xe9>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0xc(%rbp),%rcx
movb   $0x47,(%rax,%rcx,1)
jmp    11e9 <pq_dna_upper+0xe9>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0xc(%rbp),%rcx
movb   $0x43,(%rax,%rcx,1)
jmp    11e9 <pq_dna_upper+0xe9>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0xc(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%dl
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0xc(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
jmp    11ee <pq_dna_upper+0xee>
mov    -0xc(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0xc(%rbp)
jmp    110f <pq_dna_upper+0xf>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<pq_dna_upper>:
movsbl (%rdi),%ecx
add    $0xffffffbf,%ecx
cmp    $0x33,%ecx
ja     1129 <pq_dna_upper+0x29>
mov    $0x41,%al
lea    0xeec(%rip),%rdx
movslq (%rdx,%rcx,4),%rcx
add    %rdx,%rcx
jmp    *%rcx
mov    $0x47,%al
jmp    1127 <pq_dna_upper+0x27>
mov    $0x43,%al
jmp    1127 <pq_dna_upper+0x27>
mov    $0x54,%al
mov    %al,(%rdi)
movsbl 0x1(%rdi),%ecx
add    $0xffffffbf,%ecx
cmp    $0x33,%ecx
ja     1154 <pq_dna_upper+0x54>
mov    $0x43,%al
lea    0xf92(%rip),%rdx
movslq (%rdx,%rcx,4),%rcx
add    %rdx,%rcx
jmp    *%rcx
mov    $0x41,%al
jmp    1151 <pq_dna_upper+0x51>
mov    $0x47,%al
jmp    1151 <pq_dna_upper+0x51>
mov    $0x54,%al
mov    %al,0x1(%rdi)
movsbl 0x2(%rdi),%ecx
add    $0xffffffbf,%ecx
cmp    $0x33,%ecx
ja     117f <pq_dna_upper+0x7f>
mov    $0x43,%al
lea    0x1037(%rip),%rdx
movslq (%rdx,%rcx,4),%rcx
add    %rdx,%rcx
jmp    *%rcx
mov    $0x41,%al
jmp    117c <pq_dna_upper+0x7c>
mov    $0x47,%al
jmp    117c <pq_dna_upper+0x7c>
mov    $0x54,%al
mov    %al,0x2(%rdi)
ret

LLVM IR (-O0):
define void @pq_dna_upper(i8* %0) {
%2 = alloca i8*
%3 = alloca i32
store i8* %0, i8** %2
store i32 0, i32* %3
br label %4
4: ; preds = %65, %1
%5 = load i32, i32* %3
%6 = icmp slt i32 %5, 3
br i1 %6, label %7, label %68
7: ; preds = %4
%8 = load i8*, i8** %2
%9 = load i32, i32* %3
%10 = sext i32 %9 to i64
%11 = getelementptr inbounds i8, i8* %8, i64 %10
%12 = load i8, i8* %11
%13 = sext i8 %12 to i32
switch i32 %13, label %54 [
i32 65, label %14
i32 84, label %19
i32 71, label %24
i32 67, label %29
i32 97, label %34
i32 116, label %39
i32 103, label %44
i32 99, label %49
]
14: ; preds = %7
%15 = load i8*, i8** %2
%16 = load i32, i32* %3
%17 = sext i32 %16 to i64
%18 = getelementptr inbounds i8, i8* %15, i64 %17
store i8 65, i8* %18
br label %64
19: ; preds = %7
%20 = load i8*, i8** %2
%21 = load i32, i32* %3
%22 = sext i32 %21 to i64
%23 = getelementptr inbounds i8, i8* %20, i64 %22
store i8 84, i8* %23
br label %64
24: ; preds = %7
%25 = load i8*, i8** %2
%26 = load i32, i32* %3
%27 = sext i32 %26 to i64
%28 = getelementptr inbounds i8, i8* %25, i64 %27
store i8 71, i8* %28
br label %64
29: ; preds = %7
%30 = load i8*, i8** %2
%31 = load i32, i32* %3
%32 = sext i32 %31 to i64
%33 = getelementptr inbounds i8, i8* %30, i64 %32
store i8 67, i8* %33
br label %64
34: ; preds = %7
%35 = load i8*, i8** %2
%36 = load i32, i32* %3
%37 = sext i32 %36 to i64
%38 = getelementptr inbounds i8, i8* %35, i64 %37
store i8 65, i8* %38
br label %64
39: ; preds = %7
%40 = load i8*, i8** %2
%41 = load i32, i32* %3
%42 = sext i32 %41 to i64
%43 = getelementptr inbounds i8, i8* %40, i64 %42
store i8 84, i8* %43
br label %64
44: ; preds = %7
%45 = load i8*, i8** %2
%46 = load i32, i32* %3
%47 = sext i32 %46 to i64
%48 = getelementptr inbounds i8, i8* %45, i64 %47
store i8 71, i8* %48
br label %64
49: ; preds = %7
%50 = load i8*, i8** %2
%51 = load i32, i32* %3
%52 = sext i32 %51 to i64
%53 = getelementptr inbounds i8, i8* %50, i64 %52
store i8 67, i8* %53
br label %64
54: ; preds = %7
%55 = load i8*, i8** %2
%56 = load i32, i32* %3
%57 = sext i32 %56 to i64
%58 = getelementptr inbounds i8, i8* %55, i64 %57
%59 = load i8, i8* %58
%60 = load i8*, i8** %2
%61 = load i32, i32* %3
%62 = sext i32 %61 to i64
%63 = getelementptr inbounds i8, i8* %60, i64 %62
store i8 %59, i8* %63
br label %64
64: ; preds = %54, %49, %44, %39, %34, %29, %24, %19, %14
br label %65
65: ; preds = %64
%66 = load i32, i32* %3
%67 = add nsw i32 %66, 1
store i32 %67, i32* %3
br label %4
68: ; preds = %4
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @pq_dna_upper(i8* nocapture %0) {
%2 = load i8, i8* %0
%3 = sext i8 %2 to i32
switch i32 %3, label %12 [
i32 65, label %10
i32 84, label %4
i32 71, label %5
i32 67, label %6
i32 97, label %10
i32 116, label %7
i32 103, label %8
i32 99, label %9
]
4: ; preds = %1
br label %10
5: ; preds = %1
br label %10
6: ; preds = %1
br label %10
7: ; preds = %1
br label %10
8: ; preds = %1
br label %10
9: ; preds = %1
br label %10
10: ; preds = %1, %1, %9, %8, %7, %6, %5, %4
%11 = phi i8 [ 84, %4 ], [ 71, %5 ], [ 67, %6 ], [ 84, %7 ], [ 71, %8 ], [ 67, %9 ], [ 65, %1 ], [ 65, %1 ]
store i8 %11, i8* %0
br label %12
12: ; preds = %10, %1
%13 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 1
%14 = load i8, i8* %13
%15 = sext i8 %14 to i32
switch i32 %15, label %24 [
i32 65, label %21
i32 84, label %20
i32 71, label %19
i32 67, label %22
i32 97, label %18
i32 116, label %17
i32 103, label %16
i32 99, label %22
]
16: ; preds = %12
br label %22
17: ; preds = %12
br label %22
18: ; preds = %12
br label %22
19: ; preds = %12
br label %22
20: ; preds = %12
br label %22
21: ; preds = %12
br label %22
22: ; preds = %12, %12, %16, %17, %18, %19, %20, %21
%23 = phi i8 [ 65, %21 ], [ 84, %20 ], [ 71, %19 ], [ 65, %18 ], [ 84, %17 ], [ 71, %16 ], [ 67, %12 ], [ 67, %12 ]
store i8 %23, i8* %13
br label %24
24: ; preds = %22, %12
%25 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 2
%26 = load i8, i8* %25
%27 = sext i8 %26 to i32
switch i32 %27, label %36 [
i32 65, label %33
i32 84, label %32
i32 71, label %31
i32 67, label %34
i32 97, label %30
i32 116, label %29
i32 103, label %28
i32 99, label %34
]
28: ; preds = %24
br label %34
29: ; preds = %24
br label %34
30: ; preds = %24
br label %34
31: ; preds = %24
br label %34
32: ; preds = %24
br label %34
33: ; preds = %24
br label %34
34: ; preds = %24, %24, %28, %29, %30, %31, %32, %33
%35 = phi i8 [ 65, %33 ], [ 84, %32 ], [ 71, %31 ], [ 65, %30 ], [ 84, %29 ], [ 71, %28 ], [ 67, %24 ], [ 67, %24 ]
store i8 %35, i8* %25
br label %36
36: ; preds = %34, %24
ret void
}