void BWTIncBuildPackedBwt(const unsigned int *relativeRank,
                          unsigned int *__restrict bwt,
                          const unsigned int numChar,
                          const unsigned int *cumulativeCount,
                          const unsigned int *packedShift) {
  unsigned int i, c, r;
  unsigned int previousRank, currentRank;
  unsigned int wordIndex, charIndex;
  unsigned int inverseSa0;
  inverseSa0 = previousRank = relativeRank[0];
  for (i = 1; i <= numChar; i++) {
    currentRank = relativeRank[i];
    c = (previousRank > cumulativeCount[1]) +
        (previousRank > cumulativeCount[2]) +
        (previousRank > cumulativeCount[3]);
    if (c > 0) {
      r = currentRank;
      if (r > inverseSa0) {
        r--;
      }
      wordIndex = r / 16;
      charIndex = r - wordIndex * 16;
      bwt[wordIndex] |= c << packedShift[charIndex];
    }
    previousRank = currentRank;
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<BWTIncBuildPackedBwt>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8,-0x28(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    (%rax),%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
mov    %eax,-0x48(%rbp)
movl   $0x1,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
ja     11ee <BWTIncBuildPackedBwt+0xee>
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x2c(%rbp),%ecx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%eax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
cmp    0x4(%rcx),%eax
seta   %al
and    $0x1,%al
movzbl %al,%eax
mov    -0x38(%rbp),%ecx
mov    -0x20(%rbp),%rdx
cmp    0x8(%rdx),%ecx
seta   %cl
and    $0x1,%cl
movzbl %cl,%ecx
add    %ecx,%eax
mov    -0x38(%rbp),%ecx
mov    -0x20(%rbp),%rdx
cmp    0xc(%rdx),%ecx
seta   %cl
and    $0x1,%cl
movzbl %cl,%ecx
add    %ecx,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
cmpl   $0x0,-0x30(%rbp)
jbe    11da <BWTIncBuildPackedBwt+0xda>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
cmp    -0x48(%rbp),%eax
jbe    11a7 <BWTIncBuildPackedBwt+0xa7>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0xffffffff,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
shr    $0x4,%eax
mov    %eax,-0x40(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
mov    -0x40(%rbp),%ecx
shl    $0x4,%ecx
sub    %ecx,%eax
mov    %eax,-0x44(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%edx
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    -0x44(%rbp),%ecx
mov    (%rax,%rcx,4),%ecx
shl    %cl,%edx
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x40(%rbp),%ecx
or     (%rax,%rcx,4),%edx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x3c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    112a <BWTIncBuildPackedBwt+0x2a>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<BWTIncBuildPackedBwt>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %rbx
test   %edx,%edx
je     1175 <BWTIncBuildPackedBwt+0x75>
mov    (%rdi),%r9d
mov    0x4(%rcx),%r10d
mov    0x8(%rcx),%r11d
mov    0xc(%rcx),%r14d
add    $0x1,%edx
mov    $0x1,%ebx
mov    %r9d,%ebp
jmp    1139 <BWTIncBuildPackedBwt+0x39>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%rbx
cmp    %rbx,%rdx
je     1175 <BWTIncBuildPackedBwt+0x75>
xor    %ecx,%ecx
cmp    %r11d,%ebp
seta   %cl
cmp    %ebp,%r10d
adc    $0x0,%ecx
xor    %eax,%eax
cmp    %r14d,%ebp
mov    (%rdi,%rbx,4),%ebp
seta   %al
add    %ecx,%eax
je     1130 <BWTIncBuildPackedBwt+0x30>
cmp    %ebp,%r9d
mov    %ebp,%ecx
sbb    $0x0,%ecx
mov    %ecx,%r15d
and    $0xf,%ecx
movzbl (%r8,%rcx,4),%ecx
shl    %cl,%eax
shr    $0x4,%r15d
or     %eax,(%rsi,%r15,4)
jmp    1130 <BWTIncBuildPackedBwt+0x30>
pop    %rbx
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @BWTIncBuildPackedBwt(i32* %0, i32* noalias %1, i32 %2, i32* %3, i32* %4) {
%6 = alloca i32*
%7 = alloca i32*
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32*
%10 = alloca i32*
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
%15 = alloca i32
%16 = alloca i32
%17 = alloca i32
%18 = alloca i32
store i32* %0, i32** %6
store i32* %1, i32** %7
store i32 %2, i32* %8
store i32* %3, i32** %9
store i32* %4, i32** %10
%19 = load i32*, i32** %6
%20 = getelementptr inbounds i32, i32* %19, i64 0
%21 = load i32, i32* %20
store i32 %21, i32* %14
store i32 %21, i32* %18
store i32 1, i32* %11
br label %22
22: ; preds = %84, %5
%23 = load i32, i32* %11
%24 = load i32, i32* %8
%25 = icmp ule i32 %23, %24
br i1 %25, label %26, label %87
26: ; preds = %22
%27 = load i32*, i32** %6
%28 = load i32, i32* %11
%29 = zext i32 %28 to i64
%30 = getelementptr inbounds i32, i32* %27, i64 %29
%31 = load i32, i32* %30
store i32 %31, i32* %15
%32 = load i32, i32* %14
%33 = load i32*, i32** %9
%34 = getelementptr inbounds i32, i32* %33, i64 1
%35 = load i32, i32* %34
%36 = icmp ugt i32 %32, %35
%37 = zext i1 %36 to i32
%38 = load i32, i32* %14
%39 = load i32*, i32** %9
%40 = getelementptr inbounds i32, i32* %39, i64 2
%41 = load i32, i32* %40
%42 = icmp ugt i32 %38, %41
%43 = zext i1 %42 to i32
%44 = add nsw i32 %37, %43
%45 = load i32, i32* %14
%46 = load i32*, i32** %9
%47 = getelementptr inbounds i32, i32* %46, i64 3
%48 = load i32, i32* %47
%49 = icmp ugt i32 %45, %48
%50 = zext i1 %49 to i32
%51 = add nsw i32 %44, %50
store i32 %51, i32* %12
%52 = load i32, i32* %12
%53 = icmp ugt i32 %52, 0
br i1 %53, label %54, label %82
54: ; preds = %26
%55 = load i32, i32* %15
store i32 %55, i32* %13
%56 = load i32, i32* %13
%57 = load i32, i32* %18
%58 = icmp ugt i32 %56, %57
br i1 %58, label %59, label %62
59: ; preds = %54
%60 = load i32, i32* %13
%61 = add i32 %60, -1
store i32 %61, i32* %13
br label %62
62: ; preds = %59, %54
%63 = load i32, i32* %13
%64 = udiv i32 %63, 16
store i32 %64, i32* %16
%65 = load i32, i32* %13
%66 = load i32, i32* %16
%67 = mul i32 %66, 16
%68 = sub i32 %65, %67
store i32 %68, i32* %17
%69 = load i32, i32* %12
%70 = load i32*, i32** %10
%71 = load i32, i32* %17
%72 = zext i32 %71 to i64
%73 = getelementptr inbounds i32, i32* %70, i64 %72
%74 = load i32, i32* %73
%75 = shl i32 %69, %74
%76 = load i32*, i32** %7
%77 = load i32, i32* %16
%78 = zext i32 %77 to i64
%79 = getelementptr inbounds i32, i32* %76, i64 %78
%80 = load i32, i32* %79
%81 = or i32 %80, %75
store i32 %81, i32* %79
br label %82
82: ; preds = %62, %26
%83 = load i32, i32* %15
store i32 %83, i32* %14
br label %84
84: ; preds = %82
%85 = load i32, i32* %11
%86 = add i32 %85, 1
store i32 %86, i32* %11
br label %22
87: ; preds = %22
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @BWTIncBuildPackedBwt(i32* nocapture %0, i32* noalias nocapture %1, i32 %2, i32* nocapture %3, i32* nocapture %4) {
%6 = load i32, i32* %0
%7 = icmp eq i32 %2, 0
br i1 %7, label %48, label %8
8: ; preds = %5
%9 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 1
%10 = load i32, i32* %9
%11 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 2
%12 = load i32, i32* %11
%13 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 3
%14 = load i32, i32* %13
%15 = add nuw i32 %2, 1
%16 = zext i32 %15 to i64
br label %17
17: ; preds = %8, %45
%18 = phi i64 [ 1, %8 ], [ %46, %45 ]
%19 = phi i32 [ %6, %8 ], [ %21, %45 ]
%20 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %18
%21 = load i32, i32* %20
%22 = icmp ugt i32 %19, %10
%23 = zext i1 %22 to i32
%24 = icmp ugt i32 %19, %12
%25 = zext i1 %24 to i32
%26 = add nuw nsw i32 %25, %23
%27 = icmp ugt i32 %19, %14
%28 = zext i1 %27 to i32
%29 = add nuw nsw i32 %26, %28
%30 = icmp eq i32 %29, 0
br i1 %30, label %45, label %31
31: ; preds = %17
%32 = icmp ugt i32 %21, %6
%33 = sext i1 %32 to i32
%34 = add i32 %21, %33
%35 = lshr i32 %34, 4
%36 = and i32 %34, 15
%37 = zext i32 %36 to i64
%38 = getelementptr inbounds i32, i32* %4, i64 %37
%39 = load i32, i32* %38
%40 = shl i32 %29, %39
%41 = zext i32 %35 to i64
%42 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %41
%43 = load i32, i32* %42
%44 = or i32 %43, %40
store i32 %44, i32* %42
br label %45
45: ; preds = %31, %17
%46 = add nuw nsw i64 %18, 1
%47 = icmp eq i64 %46, %16
br i1 %47, label %48, label %17
48: ; preds = %45, %5
ret void
}