#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ exit(int);
int /*<<< orphan*/ printf(char *, ...);
double nj_sum_of_branch_lengths(double **dist_table, int *current_list,
                                int node_ctr1, int node_ctr2, int tree_size,
                                double *avg1_ptr, double *avg2_ptr) {
  double sum, term;
  double avg[2];
  int current_pair[2] = {node_ctr1, node_ctr2};
  int ctr1, ctr2, n;
  sum = dist_table[node_ctr1][node_ctr2] / 2;
  for (ctr1 = 0; ctr1 < 2; ctr1++) {
    n = 0;
    avg[ctr1] = 0;
    for (ctr2 = 0; ctr2 < tree_size; ctr2++) {
      if (!current_list[ctr2])
        continue;
      if (ctr2 == node_ctr1 || ctr2 == node_ctr2)
        continue;
      avg[ctr1] += dist_table[current_pair[ctr1]][ctr2];
      n++;
    }
    if (!n) {
      printf("** %d %d \n", node_ctr1, node_ctr2);
      printf("available:  \n");
      for (ctr1 = 0; ctr1 < tree_size; ctr1++) {
        if (!current_list[ctr1])
          continue;
        printf("%4d", ctr1);
      }
      printf("\n");
      exit(1);
    }
    avg[ctr1] /= n;
  }
  sum += (avg[0] + avg[1]) / 2;
  *avg1_ptr = avg[0];
  *avg2_ptr = avg[1];
  term = 0;
  n = 0;
  for (ctr1 = 0; ctr1 < tree_size; ctr1++) {
    if (!current_list[ctr1])
      continue;
    if (ctr1 == node_ctr1 || ctr2 == node_ctr2)
      continue;
    for (ctr2 = ctr1 + 1; ctr2 < tree_size; ctr2++) {
      if (!current_list[ctr2])
        continue;
      if (ctr2 == node_ctr1 || ctr2 == node_ctr2)
        continue;
      term += dist_table[ctr1][ctr2];
      n++;
    }
  }
  sum += term / n;
  return sum;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<nj_sum_of_branch_lengths>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x70,%rsp
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %ecx,-0x18(%rbp)
mov    %r8d,-0x1c(%rbp)
mov    %r9,-0x28(%rbp)
mov    -0x14(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x58(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x54(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
movsd  0xe95(%rip),%xmm1
divsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x5c(%rbp)
cmpl   $0x2,-0x5c(%rbp)
jge    12d5 <nj_sum_of_branch_lengths+0x1b5>
movl   $0x0,-0x64(%rbp)
movslq -0x5c(%rbp),%rax
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x50(%rbp,%rax,8)
movl   $0x0,-0x60(%rbp)
mov    -0x60(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jge    1221 <nj_sum_of_branch_lengths+0x101>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x60(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jne    11c3 <nj_sum_of_branch_lengths+0xa3>
jmp    1213 <nj_sum_of_branch_lengths+0xf3>
mov    -0x60(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
je     11db <nj_sum_of_branch_lengths+0xbb>
mov    -0x60(%rbp),%eax
cmp    -0x18(%rbp),%eax
jne    11e0 <nj_sum_of_branch_lengths+0xc0>
jmp    1213 <nj_sum_of_branch_lengths+0xf3>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x5c(%rbp),%rcx
movslq -0x58(%rbp,%rcx,4),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x60(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
movslq -0x5c(%rbp),%rax
addsd  -0x50(%rbp,%rax,8),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x50(%rbp,%rax,8)
mov    -0x64(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x64(%rbp)
mov    -0x60(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x60(%rbp)
jmp    11a0 <nj_sum_of_branch_lengths+0x80>
cmpl   $0x0,-0x64(%rbp)
jne    12ae <nj_sum_of_branch_lengths+0x18e>
mov    -0x14(%rbp),%esi
mov    -0x18(%rbp),%edx
lea    0xdd0(%rip),%rdi
mov    $0x0,%al
call   1030 <printf@plt>
lea    0xdcd(%rip),%rdi
mov    $0x0,%al
call   1030 <printf@plt>
movl   $0x0,-0x5c(%rbp)
mov    -0x5c(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jge    1296 <nj_sum_of_branch_lengths+0x176>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x5c(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jne    1277 <nj_sum_of_branch_lengths+0x157>
jmp    1288 <nj_sum_of_branch_lengths+0x168>
mov    -0x5c(%rbp),%esi
lea    0xda0(%rip),%rdi
mov    $0x0,%al
call   1030 <printf@plt>
mov    -0x5c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x5c(%rbp)
jmp    1254 <nj_sum_of_branch_lengths+0x134>
lea    0xd82(%rip),%rdi
mov    $0x0,%al
call   1030 <printf@plt>
mov    $0x1,%edi
call   1040 <exit@plt>
cvtsi2sdl -0x64(%rbp),%xmm1
movslq -0x5c(%rbp),%rax
movsd  -0x50(%rbp,%rax,8),%xmm0
divsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x50(%rbp,%rax,8)
mov    -0x5c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x5c(%rbp)
jmp    117b <nj_sum_of_branch_lengths+0x5b>
movsd  -0x50(%rbp),%xmm0
addsd  -0x48(%rbp),%xmm0
movsd  0xd19(%rip),%xmm1
divsd  %xmm1,%xmm0
addsd  -0x30(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x30(%rbp)
movsd  -0x50(%rbp),%xmm0
mov    -0x28(%rbp),%rax
movsd  %xmm0,(%rax)
movsd  -0x48(%rbp),%xmm0
mov    0x10(%rbp),%rax
movsd  %xmm0,(%rax)
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x38(%rbp)
movl   $0x0,-0x64(%rbp)
movl   $0x0,-0x5c(%rbp)
mov    -0x5c(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jge    13f7 <nj_sum_of_branch_lengths+0x2d7>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x5c(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jne    1348 <nj_sum_of_branch_lengths+0x228>
jmp    13e9 <nj_sum_of_branch_lengths+0x2c9>
mov    -0x5c(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
je     1360 <nj_sum_of_branch_lengths+0x240>
mov    -0x60(%rbp),%eax
cmp    -0x18(%rbp),%eax
jne    1365 <nj_sum_of_branch_lengths+0x245>
jmp    13e9 <nj_sum_of_branch_lengths+0x2c9>
mov    -0x5c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x60(%rbp)
mov    -0x60(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jge    13e4 <nj_sum_of_branch_lengths+0x2c4>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x60(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jne    1391 <nj_sum_of_branch_lengths+0x271>
jmp    13d6 <nj_sum_of_branch_lengths+0x2b6>
mov    -0x60(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
je     13a9 <nj_sum_of_branch_lengths+0x289>
mov    -0x60(%rbp),%eax
cmp    -0x18(%rbp),%eax
jne    13ae <nj_sum_of_branch_lengths+0x28e>
jmp    13d6 <nj_sum_of_branch_lengths+0x2b6>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x5c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x60(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
addsd  -0x38(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x38(%rbp)
mov    -0x64(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x64(%rbp)
mov    -0x60(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x60(%rbp)
jmp    136e <nj_sum_of_branch_lengths+0x24e>
jmp    13e9 <nj_sum_of_branch_lengths+0x2c9>
mov    -0x5c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x5c(%rbp)
jmp    1325 <nj_sum_of_branch_lengths+0x205>
movsd  -0x38(%rbp),%xmm0
cvtsi2sdl -0x64(%rbp),%xmm1
divsd  %xmm1,%xmm0
addsd  -0x30(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x30(%rbp)
movsd  -0x30(%rbp),%xmm0
add    $0x70,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<nj_sum_of_branch_lengths>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x18,%rsp
mov    %edx,%ebx
test   %r8d,%r8d
jle    13f1 <nj_sum_of_branch_lengths+0x2b1>
mov    %rsi,%r15
movslq %ebx,%rax
mov    (%rdi,%rax,8),%rdx
mov    %ecx,0x8(%rsp)
mov    %ecx,%r14d
mov    %eax,%r13d
mov    %r8d,0xc(%rsp)
mov    %r8d,%eax
mov    %rax,%r11
add    $0xffffffffffffffff,%r11
mov    %rax,0x10(%rsp)
je     11f5 <nj_sum_of_branch_lengths+0xb5>
and    $0xfffffffe,%eax
xor    %esi,%esi
xorpd  %xmm1,%xmm1
xor    %r12d,%r12d
jmp    11a9 <nj_sum_of_branch_lengths+0x69>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%rsi
cmp    %rax,%rsi
je     11e8 <nj_sum_of_branch_lengths+0xa8>
mov    %rsi,%rbp
cmpl   $0x0,(%r15,%rsi,4)
je     11c6 <nj_sum_of_branch_lengths+0x86>
cmp    %rbp,%r13
je     11c6 <nj_sum_of_branch_lengths+0x86>
cmp    %r14,%rbp
je     11c6 <nj_sum_of_branch_lengths+0x86>
addsd  (%rdx,%rbp,8),%xmm1
add    $0x1,%r12d
lea    0x1(%rbp),%rsi
cmpl   $0x0,0x4(%r15,%rbp,4)
je     11a0 <nj_sum_of_branch_lengths+0x60>
cmp    %r13,%rsi
je     11a0 <nj_sum_of_branch_lengths+0x60>
cmp    %r14,%rsi
je     11a0 <nj_sum_of_branch_lengths+0x60>
addsd  0x8(%rdx,%rbp,8),%xmm1
add    $0x1,%r12d
jmp    11a0 <nj_sum_of_branch_lengths+0x60>
add    $0x2,%rbp
testb  $0x1,0x10(%rsp)
jne    1205 <nj_sum_of_branch_lengths+0xc5>
jmp    121f <nj_sum_of_branch_lengths+0xdf>
xor    %ebp,%ebp
xorpd  %xmm1,%xmm1
xor    %r12d,%r12d
testb  $0x1,0x10(%rsp)
je     121f <nj_sum_of_branch_lengths+0xdf>
cmpl   $0x0,(%r15,%rbp,4)
je     121f <nj_sum_of_branch_lengths+0xdf>
cmp    %r13,%rbp
je     121f <nj_sum_of_branch_lengths+0xdf>
cmp    %r14,%rbp
je     121f <nj_sum_of_branch_lengths+0xdf>
addsd  (%rdx,%rbp,8),%xmm1
add    $0x1,%r12d
test   %r12d,%r12d
je     1411 <nj_sum_of_branch_lengths+0x2d1>
cmpl   $0x0,0xc(%rsp)
mov    0x8(%rsp),%ecx
jle    13f1 <nj_sum_of_branch_lengths+0x2b1>
mov    %ebx,%r8d
movslq %ecx,%r10
test   %r11,%r11
je     12bb <nj_sum_of_branch_lengths+0x17b>
mov    0x10(%rsp),%r11
and    $0xfffffffe,%r11d
xor    %esi,%esi
xorpd  %xmm2,%xmm2
xor    %ebp,%ebp
jmp    1269 <nj_sum_of_branch_lengths+0x129>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
add    $0x1,%rsi
cmp    %r11,%rsi
je     12ae <nj_sum_of_branch_lengths+0x16e>
mov    %rsi,%rbx
cmpl   $0x0,(%r15,%rsi,4)
je     1289 <nj_sum_of_branch_lengths+0x149>
cmp    %rbx,%r13
je     1289 <nj_sum_of_branch_lengths+0x149>
cmp    %r14,%rbx
je     1289 <nj_sum_of_branch_lengths+0x149>
mov    (%rdi,%r10,8),%rsi
addsd  (%rsi,%rbx,8),%xmm2
add    $0x1,%ebp
lea    0x1(%rbx),%rsi
cmpl   $0x0,0x4(%r15,%rbx,4)
je     1260 <nj_sum_of_branch_lengths+0x120>
cmp    %r13,%rsi
je     1260 <nj_sum_of_branch_lengths+0x120>
cmp    %r14,%rsi
je     1260 <nj_sum_of_branch_lengths+0x120>
mov    (%rdi,%r10,8),%rax
addsd  0x8(%rax,%rbx,8),%xmm2
add    $0x1,%ebp
jmp    1260 <nj_sum_of_branch_lengths+0x120>
add    $0x2,%rbx
testb  $0x1,0x10(%rsp)
jne    12ca <nj_sum_of_branch_lengths+0x18a>
jmp    12e7 <nj_sum_of_branch_lengths+0x1a7>
xor    %ebx,%ebx
xorpd  %xmm2,%xmm2
xor    %ebp,%ebp
testb  $0x1,0x10(%rsp)
je     12e7 <nj_sum_of_branch_lengths+0x1a7>
cmpl   $0x0,(%r15,%rbx,4)
je     12e7 <nj_sum_of_branch_lengths+0x1a7>
cmp    %r13,%rbx
je     12e7 <nj_sum_of_branch_lengths+0x1a7>
cmp    %r14,%rbx
je     12e7 <nj_sum_of_branch_lengths+0x1a7>
mov    (%rdi,%r10,8),%rax
addsd  (%rax,%rbx,8),%xmm2
add    $0x1,%ebp
test   %ebp,%ebp
mov    %r8d,%ebx
je     1411 <nj_sum_of_branch_lengths+0x2d1>
cvtsi2sd %r12d,%xmm0
divsd  %xmm0,%xmm1
mov    0x50(%rsp),%rax
movsd  (%rdx,%r10,8),%xmm3
xorps  %xmm0,%xmm0
cvtsi2sd %ebp,%xmm0
divsd  %xmm0,%xmm2
movsd  %xmm1,(%r9)
movsd  %xmm2,(%rax)
mov    0xc(%rsp),%r12d
test   %r12d,%r12d
jle    13b5 <nj_sum_of_branch_lengths+0x275>
lea    -0x1(%r13),%r10
add    $0xffffffffffffffff,%r14
mov    0x10(%rsp),%r11
lea    -0x1(%r11),%rbp
xorpd  %xmm0,%xmm0
xor    %r9d,%r9d
xor    %edx,%edx
mov    %r12d,%r8d
mov    0x8(%rsp),%ecx
jmp    1358 <nj_sum_of_branch_lengths+0x218>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
mov    %r12d,%r8d
cmp    %r11,%r9
je     13bb <nj_sum_of_branch_lengths+0x27b>
mov    %r9,%rbx
add    $0x1,%r9
cmpl   $0x0,(%r15,%rbx,4)
je     1353 <nj_sum_of_branch_lengths+0x213>
cmp    %r13,%rbx
je     1353 <nj_sum_of_branch_lengths+0x213>
cmp    %ecx,%r8d
je     1353 <nj_sum_of_branch_lengths+0x213>
cmp    %r11,%r9
jae    13b0 <nj_sum_of_branch_lengths+0x270>
mov    %rbx,%rax
jmp    1389 <nj_sum_of_branch_lengths+0x249>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%rax
cmp    %rax,%rbp
je     1350 <nj_sum_of_branch_lengths+0x210>
cmpl   $0x0,0x4(%r15,%rax,4)
je     1380 <nj_sum_of_branch_lengths+0x240>
cmp    %rax,%r10
je     1380 <nj_sum_of_branch_lengths+0x240>
cmp    %rax,%r14
je     1380 <nj_sum_of_branch_lengths+0x240>
mov    (%rdi,%rbx,8),%rsi
addsd  0x8(%rsi,%rax,8),%xmm0
add    $0x1,%edx
jmp    1380 <nj_sum_of_branch_lengths+0x240>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
mov    %r9d,%r8d
jmp    1353 <nj_sum_of_branch_lengths+0x213>
xor    %edx,%edx
xorpd  %xmm0,%xmm0
movsd  0xc3d(%rip),%xmm4
mulsd  %xmm4,%xmm3
addsd  %xmm2,%xmm1
mulsd  %xmm4,%xmm1
addsd  %xmm3,%xmm1
xorps  %xmm2,%xmm2
cvtsi2sd %edx,%xmm2
divsd  %xmm2,%xmm0
addsd  %xmm1,%xmm0
add    $0x18,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret
lea    0xc10(%rip),%rdi
mov    %ebx,%esi
mov    %ecx,%edx
xor    %eax,%eax
call   1050 <printf@plt>
lea    0xc0d(%rip),%rdi
call   1040 <puts@plt>
jmp    146e <nj_sum_of_branch_lengths+0x32e>
lea    0xbf0(%rip),%rdi
mov    %ebx,%esi
mov    0x8(%rsp),%edx
xor    %eax,%eax
call   1050 <printf@plt>
lea    0xbeb(%rip),%rdi
call   1040 <puts@plt>
cmpl   $0x0,0xc(%rsp)
mov    0x10(%rsp),%rbx
jle    146e <nj_sum_of_branch_lengths+0x32e>
lea    0xbcf(%rip),%r14
xor    %ebp,%ebp
jmp    1459 <nj_sum_of_branch_lengths+0x319>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%rbp
cmp    %rbp,%rbx
je     146e <nj_sum_of_branch_lengths+0x32e>
cmpl   $0x0,(%r15,%rbp,4)
je     1450 <nj_sum_of_branch_lengths+0x310>
mov    %r14,%rdi
mov    %ebp,%esi
xor    %eax,%eax
call   1050 <printf@plt>
jmp    1450 <nj_sum_of_branch_lengths+0x310>
mov    $0xa,%edi
call   1030 <putchar@plt>
mov    $0x1,%edi
call   1060 <exit@plt>

LLVM IR (-O0):
@.str = [11 x i8] c"** %d %d \0A\00"
@.str.1 = [14 x i8] c"available: \0A\00"
@.str.2 = [4 x i8] c"%4d\00"
@.str.3 = [2 x i8] c"\0A\00"
define double @nj_sum_of_branch_lengths(double** %0, i32* %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4, double* %5, double* %6) {
%8 = alloca double**
%9 = alloca i32*
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca double*
%14 = alloca double*
%15 = alloca double
%16 = alloca double
%17 = alloca [2 x double]
%18 = alloca [2 x i32]
%19 = alloca i32
%20 = alloca i32
%21 = alloca i32
store double** %0, double*** %8
store i32* %1, i32** %9
store i32 %2, i32* %10
store i32 %3, i32* %11
store i32 %4, i32* %12
store double* %5, double** %13
store double* %6, double** %14
%22 = getelementptr inbounds [2 x i32], [2 x i32]* %18, i64 0, i64 0
%23 = load i32, i32* %10
store i32 %23, i32* %22
%24 = getelementptr inbounds i32, i32* %22, i64 1
%25 = load i32, i32* %11
store i32 %25, i32* %24
%26 = load double**, double*** %8
%27 = load i32, i32* %10
%28 = sext i32 %27 to i64
%29 = getelementptr inbounds double*, double** %26, i64 %28
%30 = load double*, double** %29
%31 = load i32, i32* %11
%32 = sext i32 %31 to i64
%33 = getelementptr inbounds double, double* %30, i64 %32
%34 = load double, double* %33
%35 = fdiv double %34, 2.000000e+00
store double %35, double* %15
store i32 0, i32* %19
br label %36
36: ; preds = %124, %7
%37 = load i32, i32* %19
%38 = icmp slt i32 %37, 2
br i1 %38, label %39, label %127
39: ; preds = %36
store i32 0, i32* %21
%40 = load i32, i32* %19
%41 = sext i32 %40 to i64
%42 = getelementptr inbounds [2 x double], [2 x double]* %17, i64 0, i64 %41
store double 0.000000e+00, double* %42
store i32 0, i32* %20
br label %43
43: ; preds = %84, %39
%44 = load i32, i32* %20
%45 = load i32, i32* %12
%46 = icmp slt i32 %44, %45
br i1 %46, label %47, label %87
47: ; preds = %43
%48 = load i32*, i32** %9
%49 = load i32, i32* %20
%50 = sext i32 %49 to i64
%51 = getelementptr inbounds i32, i32* %48, i64 %50
%52 = load i32, i32* %51
%53 = icmp ne i32 %52, 0
br i1 %53, label %55, label %54
54: ; preds = %47
br label %84
55: ; preds = %47
%56 = load i32, i32* %20
%57 = load i32, i32* %10
%58 = icmp eq i32 %56, %57
br i1 %58, label %63, label %59
59: ; preds = %55
%60 = load i32, i32* %20
%61 = load i32, i32* %11
%62 = icmp eq i32 %60, %61
br i1 %62, label %63, label %64
63: ; preds = %59, %55
br label %84
64: ; preds = %59
%65 = load double**, double*** %8
%66 = load i32, i32* %19
%67 = sext i32 %66 to i64
%68 = getelementptr inbounds [2 x i32], [2 x i32]* %18, i64 0, i64 %67
%69 = load i32, i32* %68
%70 = sext i32 %69 to i64
%71 = getelementptr inbounds double*, double** %65, i64 %70
%72 = load double*, double** %71
%73 = load i32, i32* %20
%74 = sext i32 %73 to i64
%75 = getelementptr inbounds double, double* %72, i64 %74
%76 = load double, double* %75
%77 = load i32, i32* %19
%78 = sext i32 %77 to i64
%79 = getelementptr inbounds [2 x double], [2 x double]* %17, i64 0, i64 %78
%80 = load double, double* %79
%81 = fadd double %80, %76
store double %81, double* %79
%82 = load i32, i32* %21
%83 = add nsw i32 %82, 1
store i32 %83, i32* %21
br label %84
84: ; preds = %64, %63, %54
%85 = load i32, i32* %20
%86 = add nsw i32 %85, 1
store i32 %86, i32* %20
br label %43
87: ; preds = %43
%88 = load i32, i32* %21
%89 = icmp ne i32 %88, 0
br i1 %89, label %116, label %90
90: ; preds = %87
%91 = load i32, i32* %10
%92 = load i32, i32* %11
%93 = call i32 (i8*, ...) @printf(i8* getelementptr inbounds ([11 x i8], [11 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 %91, i32 %92)
%94 = call i32 (i8*, ...) @printf(i8* getelementptr inbounds ([14 x i8], [14 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0))
store i32 0, i32* %19
br label %95
95: ; preds = %110, %90
%96 = load i32, i32* %19
%97 = load i32, i32* %12
%98 = icmp slt i32 %96, %97
br i1 %98, label %99, label %113
99: ; preds = %95
%100 = load i32*, i32** %9
%101 = load i32, i32* %19
%102 = sext i32 %101 to i64
%103 = getelementptr inbounds i32, i32* %100, i64 %102
%104 = load i32, i32* %103
%105 = icmp ne i32 %104, 0
br i1 %105, label %107, label %106
106: ; preds = %99
br label %110
107: ; preds = %99
%108 = load i32, i32* %19
%109 = call i32 (i8*, ...) @printf(i8* getelementptr inbounds ([4 x i8], [4 x i8]* @.str.2, i64 0, i64 0), i32 %108)
br label %110
110: ; preds = %107, %106
%111 = load i32, i32* %19
%112 = add nsw i32 %111, 1
store i32 %112, i32* %19
br label %95
113: ; preds = %95
%114 = call i32 (i8*, ...) @printf(i8* getelementptr inbounds ([2 x i8], [2 x i8]* @.str.3, i64 0, i64 0))
%115 = call i32 @exit(i32 1)
unreachable
116: ; preds = %87
%117 = load i32, i32* %21
%118 = sitofp i32 %117 to double
%119 = load i32, i32* %19
%120 = sext i32 %119 to i64
%121 = getelementptr inbounds [2 x double], [2 x double]* %17, i64 0, i64 %120
%122 = load double, double* %121
%123 = fdiv double %122, %118
store double %123, double* %121
br label %124
124: ; preds = %116
%125 = load i32, i32* %19
%126 = add nsw i32 %125, 1
store i32 %126, i32* %19
br label %36
127: ; preds = %36
%128 = getelementptr inbounds [2 x double], [2 x double]* %17, i64 0, i64 0
%129 = load double, double* %128
%130 = getelementptr inbounds [2 x double], [2 x double]* %17, i64 0, i64 1
%131 = load double, double* %130
%132 = fadd double %129, %131
%133 = fdiv double %132, 2.000000e+00
%134 = load double, double* %15
%135 = fadd double %134, %133
store double %135, double* %15
%136 = getelementptr inbounds [2 x double], [2 x double]* %17, i64 0, i64 0
%137 = load double, double* %136
%138 = load double*, double** %13
store double %137, double* %138
%139 = getelementptr inbounds [2 x double], [2 x double]* %17, i64 0, i64 1
%140 = load double, double* %139
%141 = load double*, double** %14
store double %140, double* %141
store double 0.000000e+00, double* %16
store i32 0, i32* %21
store i32 0, i32* %19
br label %142
142: ; preds = %205, %127
%143 = load i32, i32* %19
%144 = load i32, i32* %12
%145 = icmp slt i32 %143, %144
br i1 %145, label %146, label %208
146: ; preds = %142
%147 = load i32*, i32** %9
%148 = load i32, i32* %19
%149 = sext i32 %148 to i64
%150 = getelementptr inbounds i32, i32* %147, i64 %149
%151 = load i32, i32* %150
%152 = icmp ne i32 %151, 0
br i1 %152, label %154, label %153
153: ; preds = %146
br label %205
154: ; preds = %146
%155 = load i32, i32* %19
%156 = load i32, i32* %10
%157 = icmp eq i32 %155, %156
br i1 %157, label %162, label %158
158: ; preds = %154
%159 = load i32, i32* %20
%160 = load i32, i32* %11
%161 = icmp eq i32 %159, %160
br i1 %161, label %162, label %163
162: ; preds = %158, %154
br label %205
163: ; preds = %158
%164 = load i32, i32* %19
%165 = add nsw i32 %164, 1
store i32 %165, i32* %20
br label %166
166: ; preds = %201, %163
%167 = load i32, i32* %20
%168 = load i32, i32* %12
%169 = icmp slt i32 %167, %168
br i1 %169, label %170, label %204
170: ; preds = %166
%171 = load i32*, i32** %9
%172 = load i32, i32* %20
%173 = sext i32 %172 to i64
%174 = getelementptr inbounds i32, i32* %171, i64 %173
%175 = load i32, i32* %174
%176 = icmp ne i32 %175, 0
br i1 %176, label %178, label %177
177: ; preds = %170
br label %201
178: ; preds = %170
%179 = load i32, i32* %20
%180 = load i32, i32* %10
%181 = icmp eq i32 %179, %180
br i1 %181, label %186, label %182
182: ; preds = %178
%183 = load i32, i32* %20
%184 = load i32, i32* %11
%185 = icmp eq i32 %183, %184
br i1 %185, label %186, label %187
186: ; preds = %182, %178
br label %201
187: ; preds = %182
%188 = load double**, double*** %8
%189 = load i32, i32* %19
%190 = sext i32 %189 to i64
%191 = getelementptr inbounds double*, double** %188, i64 %190
%192 = load double*, double** %191
%193 = load i32, i32* %20
%194 = sext i32 %193 to i64
%195 = getelementptr inbounds double, double* %192, i64 %194
%196 = load double, double* %195
%197 = load double, double* %16
%198 = fadd double %197, %196
store double %198, double* %16
%199 = load i32, i32* %21
%200 = add nsw i32 %199, 1
store i32 %200, i32* %21
br label %201
201: ; preds = %187, %186, %177
%202 = load i32, i32* %20
%203 = add nsw i32 %202, 1
store i32 %203, i32* %20
br label %166
204: ; preds = %166
br label %205
205: ; preds = %204, %162, %153
%206 = load i32, i32* %19
%207 = add nsw i32 %206, 1
store i32 %207, i32* %19
br label %142
208: ; preds = %142
%209 = load double, double* %16
%210 = load i32, i32* %21
%211 = sitofp i32 %210 to double
%212 = fdiv double %209, %211
%213 = load double, double* %15
%214 = fadd double %213, %212
store double %214, double* %15
%215 = load double, double* %15
ret double %215
}

LLVM IR (-O2):
@.str = [11 x i8] c"** %d %d \0A\00"
@.str.2 = [4 x i8] c"%4d\00"
@str = [13 x i8] c"available: \00"
define double @nj_sum_of_branch_lengths(double** nocapture %0, i32* nocapture %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4, double* nocapture writeonly %5, double* nocapture writeonly %6) {
%8 = sext i32 %2 to i64
%9 = getelementptr inbounds double*, double** %0, i64 %8
%10 = load double*, double** %9
%11 = sext i32 %3 to i64
%12 = getelementptr inbounds double, double* %10, i64 %11
%13 = load double, double* %12
%14 = icmp sgt i32 %4, 0
%15 = zext i32 %3 to i64
%16 = zext i32 %2 to i64
br i1 %14, label %17, label %103
17: ; preds = %7
%18 = zext i32 %4 to i64
%19 = add nsw i64 %18, -1
%20 = and i64 %18, 1
%21 = icmp eq i64 %19, 0
br i1 %21, label %63, label %22
22: ; preds = %17
%23 = and i64 %18, 4294967294
br label %24
24: ; preds = %57, %22
%25 = phi double [ 0.000000e+00, %22 ], [ %58, %57 ]
%26 = phi i64 [ 0, %22 ], [ %60, %57 ]
%27 = phi i32 [ 0, %22 ], [ %59, %57 ]
%28 = phi i64 [ 0, %22 ], [ %61, %57 ]
%29 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %26
%30 = load i32, i32* %29
%31 = icmp eq i32 %30, 0
%32 = icmp eq i64 %26, %16
%33 = select i1 %31, i1 true, i1 %32
%34 = icmp eq i64 %26, %15
%35 = select i1 %33, i1 true, i1 %34
br i1 %35, label %41, label %36
36: ; preds = %24
%37 = getelementptr inbounds double, double* %10, i64 %26
%38 = load double, double* %37
%39 = fadd double %38, %25
%40 = add nsw i32 %27, 1
br label %41
41: ; preds = %24, %36
%42 = phi double [ %25, %24 ], [ %39, %36 ]
%43 = phi i32 [ %27, %24 ], [ %40, %36 ]
%44 = or i64 %26, 1
%45 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %44
%46 = load i32, i32* %45
%47 = icmp eq i32 %46, 0
%48 = icmp eq i64 %44, %16
%49 = select i1 %47, i1 true, i1 %48
%50 = icmp eq i64 %44, %15
%51 = select i1 %49, i1 true, i1 %50
br i1 %51, label %57, label %52
52: ; preds = %41
%53 = getelementptr inbounds double, double* %10, i64 %44
%54 = load double, double* %53
%55 = fadd double %54, %42
%56 = add nsw i32 %43, 1
br label %57
57: ; preds = %52, %41
%58 = phi double [ %42, %41 ], [ %55, %52 ]
%59 = phi i32 [ %43, %41 ], [ %56, %52 ]
%60 = add nuw nsw i64 %26, 2
%61 = add i64 %28, 2
%62 = icmp eq i64 %61, %23
br i1 %62, label %63, label %24
63: ; preds = %57, %17
%64 = phi double [ undef, %17 ], [ %58, %57 ]
%65 = phi i32 [ undef, %17 ], [ %59, %57 ]
%66 = phi double [ 0.000000e+00, %17 ], [ %58, %57 ]
%67 = phi i64 [ 0, %17 ], [ %60, %57 ]
%68 = phi i32 [ 0, %17 ], [ %59, %57 ]
%69 = icmp eq i64 %20, 0
br i1 %69, label %83, label %70
70: ; preds = %63
%71 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %67
%72 = load i32, i32* %71
%73 = icmp eq i32 %72, 0
%74 = icmp eq i64 %67, %16
%75 = select i1 %73, i1 true, i1 %74
%76 = icmp eq i64 %67, %15
%77 = select i1 %75, i1 true, i1 %76
br i1 %77, label %83, label %78
78: ; preds = %70
%79 = getelementptr inbounds double, double* %10, i64 %67
%80 = load double, double* %79
%81 = fadd double %80, %66
%82 = add nsw i32 %68, 1
br label %83
83: ; preds = %70, %78, %63
%84 = phi double [ %64, %63 ], [ %66, %70 ], [ %81, %78 ]
%85 = phi i32 [ %65, %63 ], [ %68, %70 ], [ %82, %78 ]
%86 = icmp eq i32 %85, 0
br i1 %86, label %87, label %109
87: ; preds = %180, %83
%88 = tail call i32 (i8*, ...) @printf(i8* dereferenceable(1) getelementptr inbounds ([11 x i8], [11 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 %2, i32 %3)
%89 = tail call i32 @puts(i8* dereferenceable(1) getelementptr inbounds ([13 x i8], [13 x i8]* @str, i64 0, i64 0))
br i1 %14, label %90, label %106
90: ; preds = %87
%91 = zext i32 %4 to i64
br label %92
92: ; preds = %90, %100
%93 = phi i64 [ 0, %90 ], [ %101, %100 ]
%94 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %93
%95 = load i32, i32* %94
%96 = icmp eq i32 %95, 0
br i1 %96, label %100, label %97
97: ; preds = %92
%98 = trunc i64 %93 to i32
%99 = tail call i32 (i8*, ...) @printf(i8* dereferenceable(1) getelementptr inbounds ([4 x i8], [4 x i8]* @.str.2, i64 0, i64 0), i32 %98)
br label %100
100: ; preds = %92, %97
%101 = add nuw nsw i64 %93, 1
%102 = icmp eq i64 %101, %91
br i1 %102, label %106, label %92
103: ; preds = %7, %109
%104 = tail call i32 (i8*, ...) @printf(i8* dereferenceable(1) getelementptr inbounds ([11 x i8], [11 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32 %2, i32 %3)
%105 = tail call i32 @puts(i8* dereferenceable(1) getelementptr inbounds ([13 x i8], [13 x i8]* @str, i64 0, i64 0))
br label %106
106: ; preds = %100, %103, %87
%107 = tail call i32 @putchar(i32 10)
%108 = tail call i32 @exit(i32 1)
unreachable
109: ; preds = %83
%110 = sitofp i32 %85 to double
%111 = fdiv double %84, %110
br i1 %14, label %112, label %103
112: ; preds = %109
%113 = getelementptr inbounds double*, double** %0, i64 %11
%114 = and i64 %18, 1
%115 = icmp eq i64 %19, 0
br i1 %115, label %159, label %116
116: ; preds = %112
%117 = and i64 %18, 4294967294
br label %118
118: ; preds = %153, %116
%119 = phi double [ 0.000000e+00, %116 ], [ %154, %153 ]
%120 = phi i64 [ 0, %116 ], [ %156, %153 ]
%121 = phi i32 [ 0, %116 ], [ %155, %153 ]
%122 = phi i64 [ 0, %116 ], [ %157, %153 ]
%123 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %120
%124 = load i32, i32* %123
%125 = icmp eq i32 %124, 0
%126 = icmp eq i64 %120, %16
%127 = select i1 %125, i1 true, i1 %126
%128 = icmp eq i64 %120, %15
%129 = select i1 %127, i1 true, i1 %128
br i1 %129, label %136, label %130
130: ; preds = %118
%131 = load double*, double** %113
%132 = getelementptr inbounds double, double* %131, i64 %120
%133 = load double, double* %132
%134 = fadd double %133, %119
%135 = add nsw i32 %121, 1
br label %136
136: ; preds = %130, %118
%137 = phi double [ %119, %118 ], [ %134, %130 ]
%138 = phi i32 [ %121, %118 ], [ %135, %130 ]
%139 = or i64 %120, 1
%140 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %139
%141 = load i32, i32* %140
%142 = icmp eq i32 %141, 0
%143 = icmp eq i64 %139, %16
%144 = select i1 %142, i1 true, i1 %143
%145 = icmp eq i64 %139, %15
%146 = select i1 %144, i1 true, i1 %145
br i1 %146, label %153, label %147
147: ; preds = %136
%148 = load double*, double** %113
%149 = getelementptr inbounds double, double* %148, i64 %139
%150 = load double, double* %149
%151 = fadd double %150, %137
%152 = add nsw i32 %138, 1
br label %153
153: ; preds = %147, %136
%154 = phi double [ %137, %136 ], [ %151, %147 ]
%155 = phi i32 [ %138, %136 ], [ %152, %147 ]
%156 = add nuw nsw i64 %120, 2
%157 = add i64 %122, 2
%158 = icmp eq i64 %157, %117
br i1 %158, label %159, label %118
159: ; preds = %153, %112
%160 = phi double [ undef, %112 ], [ %154, %153 ]
%161 = phi i32 [ undef, %112 ], [ %155, %153 ]
%162 = phi double [ 0.000000e+00, %112 ], [ %154, %153 ]
%163 = phi i64 [ 0, %112 ], [ %156, %153 ]
%164 = phi i32 [ 0, %112 ], [ %155, %153 ]
%165 = icmp eq i64 %114, 0
br i1 %165, label %180, label %166
166: ; preds = %159
%167 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %163
%168 = load i32, i32* %167
%169 = icmp eq i32 %168, 0
%170 = icmp eq i64 %163, %16
%171 = select i1 %169, i1 true, i1 %170
%172 = icmp eq i64 %163, %15
%173 = select i1 %171, i1 true, i1 %172
br i1 %173, label %180, label %174
174: ; preds = %166
%175 = load double*, double** %113
%176 = getelementptr inbounds double, double* %175, i64 %163
%177 = load double, double* %176
%178 = fadd double %177, %162
%179 = add nsw i32 %164, 1
br label %180
180: ; preds = %166, %174, %159
%181 = phi double [ %160, %159 ], [ %162, %166 ], [ %178, %174 ]
%182 = phi i32 [ %161, %159 ], [ %164, %166 ], [ %179, %174 ]
%183 = icmp eq i32 %182, 0
br i1 %183, label %87, label %184
184: ; preds = %180
%185 = sitofp i32 %182 to double
%186 = fdiv double %181, %185
store double %111, double* %5
store double %186, double* %6
br i1 %14, label %187, label %237
187: ; preds = %184
%188 = zext i32 %4 to i64
%189 = zext i32 %4 to i64
br label %190
190: ; preds = %187, %231
%191 = phi i64 [ 0, %187 ], [ %203, %231 ]
%192 = phi i64 [ 1, %187 ], [ %235, %231 ]
%193 = phi i32 [ 0, %187 ], [ %234, %231 ]
%194 = phi i32 [ %4, %187 ], [ %233, %231 ]
%195 = phi double [ 0.000000e+00, %187 ], [ %232, %231 ]
%196 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %191
%197 = load i32, i32* %196
%198 = icmp eq i32 %197, 0
%199 = icmp eq i64 %191, %16
%200 = select i1 %198, i1 true, i1 %199
%201 = icmp eq i32 %194, %3
%202 = select i1 %200, i1 true, i1 %201
%203 = add nuw nsw i64 %191, 1
br i1 %202, label %231, label %204
204: ; preds = %190
%205 = icmp ult i64 %203, %188
%206 = trunc i64 %203 to i32
br i1 %205, label %207, label %231
207: ; preds = %204
%208 = getelementptr inbounds double*, double** %0, i64 %191
br label %209
209: ; preds = %207, %226
%210 = phi i64 [ %192, %207 ], [ %229, %226 ]
%211 = phi i32 [ %193, %207 ], [ %228, %226 ]
%212 = phi double [ %195, %207 ], [ %227, %226 ]
%213 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %210
%214 = load i32, i32* %213
%215 = icmp eq i32 %214, 0
%216 = icmp eq i64 %210, %16
%217 = select i1 %215, i1 true, i1 %216
%218 = icmp eq i64 %210, %15
%219 = select i1 %217, i1 true, i1 %218
br i1 %219, label %226, label %220
220: ; preds = %209
%221 = load double*, double** %208
%222 = getelementptr inbounds double, double* %221, i64 %210
%223 = load double, double* %222
%224 = fadd double %212, %223
%225 = add nsw i32 %211, 1
br label %226
226: ; preds = %209, %220
%227 = phi double [ %224, %220 ], [ %212, %209 ]
%228 = phi i32 [ %225, %220 ], [ %211, %209 ]
%229 = add nuw nsw i64 %210, 1
%230 = icmp eq i64 %229, %189
br i1 %230, label %231, label %209
231: ; preds = %226, %190, %204
%232 = phi double [ %195, %204 ], [ %195, %190 ], [ %227, %226 ]
%233 = phi i32 [ %206, %204 ], [ %194, %190 ], [ %4, %226 ]
%234 = phi i32 [ %193, %204 ], [ %193, %190 ], [ %228, %226 ]
%235 = add nuw nsw i64 %192, 1
%236 = icmp eq i64 %203, %189
br i1 %236, label %237, label %190
237: ; preds = %231, %184
%238 = phi double [ 0.000000e+00, %184 ], [ %232, %231 ]
%239 = phi i32 [ 0, %184 ], [ %234, %231 ]
%240 = fmul double %13, 5.000000e-01
%241 = fadd double %111, %186
%242 = fmul double %241, 5.000000e-01
%243 = fadd double %240, %242
%244 = sitofp i32 %239 to double
%245 = fdiv double %238, %244
%246 = fadd double %243, %245
ret double %246
}