#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */
typedef int /*<<< orphan*/ FILE;

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ fail(char *);
int /*<<< orphan*/ fclose(int /*<<< orphan*/ *);
int /*<<< orphan*/ fgets(char *, int, int /*<<< orphan*/ *);
int /*<<< orphan*/ *fopen(char *, char *);
scalar_t__ isalpha(char);
int /*<<< orphan*/ memcpy(char *, char *, int);
int /*<<< orphan*/ putchar(char);
int main(int argc, char **argv) {
  int i, j, ngap, naa, seqlen = 0, seqcount = 0, nid;
  char desc[1000000], refseq[1000000], seq[1000000], buf[1000000], *p;
  FILE *ifp;
  if (argc < 2)
    fail("Usage: fasta2aln fasta-file");
  ifp = fopen(argv[1], "r");
  if (!ifp)
    fail("Unable to open fasta file!");
  for (;;) {
    if (!fgets(buf, 1000000, ifp))
      break;
    if (buf[0] == '>') {
      if (seqlen) {
        if (!seqcount)
          memcpy(refseq, seq, seqlen);
        seqcount++;
        for (nid = naa = ngap = i = 0; i < seqlen; i++) {
          if (isalpha(refseq[i])) {
            if (seq[i] == refseq[i])
              nid++;
            naa++;
            if (!isalpha(seq[i]))
              ngap++;
          }
        }
        if (ngap < 0.9 * naa) {
          for (i = 0; i < seqlen; i++)
            if (isalpha(refseq[i]))
              putchar(seq[i]);
          putchar('\n');
        }
        seqlen = 0;
      }
    } else {
      p = buf - 1;
      while (*++p)
        if (isalpha(*p) || *p == '-' || *p == '.')
          seq[seqlen++] = *p;
    }
  }
  fclose(ifp);
  if (seqlen) {
    for (nid = naa = ngap = i = 0; i < seqlen; i++) {
      if (isalpha(refseq[i])) {
        if (seq[i] == refseq[i])
          nid++;
        naa++;
        if (!isalpha(seq[i]))
          ngap++;
      }
    }
    if (ngap < 0.9 * naa) {
      for (i = 0; i < seqlen; i++)
        if (isalpha(refseq[i]))
          putchar(seq[i]);
      putchar('\n');
    }
  }
  return 0;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<main>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x3d0940,%rsp
movl   $0x0,-0x4(%rbp)
mov    %edi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
cmpl   $0x2,-0x8(%rbp)
jge    11ad <main+0x3d>
lea    0xe60(%rip),%rdi
call   1040 <fail@plt>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    0x8(%rax),%rdi
lea    0xe68(%rip),%rsi
call   1090 <fopen@plt>
mov    %rax,-0x3d0940(%rbp)
cmpq   $0x0,-0x3d0940(%rbp)
jne    11e2 <main+0x72>
lea    0xe49(%rip),%rdi
call   1040 <fail@plt>
jmp    11e7 <main+0x77>
lea    -0x3d0930(%rbp),%rdi
mov    -0x3d0940(%rbp),%rdx
mov    $0xf4240,%esi
call   1060 <fgets@plt>
cmp    $0x0,%eax
jne    120d <main+0x9d>
jmp    1425 <main+0x2b5>
movsbl -0x3d0930(%rbp),%eax
cmp    $0x3e,%eax
jne    1389 <main+0x219>
cmpl   $0x0,-0x24(%rbp)
je     1384 <main+0x214>
cmpl   $0x0,-0x28(%rbp)
jne    1247 <main+0xd7>
lea    -0x1e84b0(%rbp),%rdi
lea    -0x2dc6f0(%rbp),%rsi
mov    -0x24(%rbp),%edx
call   1070 <memcpy@plt>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x14(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x14(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jge    1301 <main+0x191>
movslq -0x14(%rbp),%rax
movsbl -0x1e84b0(%rbp,%rax,1),%edi
ff
call   1080 <isalpha@plt>
cmp    $0x0,%rax
je     12ee <main+0x17e>
movslq -0x14(%rbp),%rax
movsbl -0x2dc6f0(%rbp,%rax,1),%eax
ff
movslq -0x14(%rbp),%rcx
movsbl -0x1e84b0(%rbp,%rcx,1),%ecx
ff
cmp    %ecx,%eax
jne    12bc <main+0x14c>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
movslq -0x14(%rbp),%rax
movsbl -0x2dc6f0(%rbp,%rax,1),%edi
ff
call   1080 <isalpha@plt>
cmp    $0x0,%rax
jne    12e9 <main+0x179>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    12ee <main+0x17e>
jmp    12f3 <main+0x183>
mov    -0x14(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x14(%rbp)
jmp    126c <main+0xfc>
cvtsi2sdl -0x1c(%rbp),%xmm1
cvtsi2sdl -0x20(%rbp),%xmm2
movsd  0xced(%rip),%xmm0
mulsd  %xmm2,%xmm0
ucomisd %xmm1,%xmm0
jbe    137d <main+0x20d>
movl   $0x0,-0x14(%rbp)
mov    -0x14(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jge    1373 <main+0x203>
movslq -0x14(%rbp),%rax
movsbl -0x1e84b0(%rbp,%rax,1),%edi
ff
call   1080 <isalpha@plt>
cmp    $0x0,%rax
je     1360 <main+0x1f0>
movslq -0x14(%rbp),%rax
movsbl -0x2dc6f0(%rbp,%rax,1),%edi
ff
call   1030 <putchar@plt>
jmp    1365 <main+0x1f5>
mov    -0x14(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x14(%rbp)
jmp    1328 <main+0x1b8>
mov    $0xa,%edi
call   1030 <putchar@plt>
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
jmp    1420 <main+0x2b0>
lea    -0x3d0930(%rbp),%rax
add    $0xffffffffffffffff,%rax
mov    %rax,-0x3d0938(%rbp)
mov    -0x3d0938(%rbp),%rax
mov    %rax,%rcx
add    $0x1,%rcx
mov    %rcx,-0x3d0938(%rbp)
cmpb   $0x0,0x1(%rax)
je     141b <main+0x2ab>
mov    -0x3d0938(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%edi
call   1080 <isalpha@plt>
cmp    $0x0,%rax
jne    13f9 <main+0x289>
mov    -0x3d0938(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     13f9 <main+0x289>
mov    -0x3d0938(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0x2e,%eax
jne    1416 <main+0x2a6>
mov    -0x3d0938(%rbp),%rax
mov    (%rax),%cl
mov    -0x24(%rbp),%eax
mov    %eax,%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,-0x24(%rbp)
cltq
mov    %cl,-0x2dc6f0(%rbp,%rax,1)
jmp    139b <main+0x22b>
jmp    1420 <main+0x2b0>
jmp    11e7 <main+0x77>
mov    -0x3d0940(%rbp),%rdi
call   1050 <fclose@plt>
cmpl   $0x0,-0x24(%rbp)
je     156d <main+0x3fd>
movl   $0x0,-0x14(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x14(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jge    14ec <main+0x37c>
movslq -0x14(%rbp),%rax
movsbl -0x1e84b0(%rbp,%rax,1),%edi
ff
call   1080 <isalpha@plt>
cmp    $0x0,%rax
je     14d9 <main+0x369>
movslq -0x14(%rbp),%rax
movsbl -0x2dc6f0(%rbp,%rax,1),%eax
ff
movslq -0x14(%rbp),%rcx
movsbl -0x1e84b0(%rbp,%rcx,1),%ecx
ff
cmp    %ecx,%eax
jne    14a7 <main+0x337>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
movslq -0x14(%rbp),%rax
movsbl -0x2dc6f0(%rbp,%rax,1),%edi
ff
call   1080 <isalpha@plt>
cmp    $0x0,%rax
jne    14d4 <main+0x364>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    14d9 <main+0x369>
jmp    14de <main+0x36e>
mov    -0x14(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x14(%rbp)
jmp    1457 <main+0x2e7>
cvtsi2sdl -0x1c(%rbp),%xmm1
cvtsi2sdl -0x20(%rbp),%xmm2
movsd  0xb02(%rip),%xmm0
mulsd  %xmm2,%xmm0
ucomisd %xmm1,%xmm0
jbe    1568 <main+0x3f8>
movl   $0x0,-0x14(%rbp)
mov    -0x14(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jge    155e <main+0x3ee>
movslq -0x14(%rbp),%rax
movsbl -0x1e84b0(%rbp,%rax,1),%edi
ff
call   1080 <isalpha@plt>
cmp    $0x0,%rax
je     154b <main+0x3db>
movslq -0x14(%rbp),%rax
movsbl -0x2dc6f0(%rbp,%rax,1),%edi
ff
call   1030 <putchar@plt>
jmp    1550 <main+0x3e0>
mov    -0x14(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x14(%rbp)
jmp    1513 <main+0x3a3>
mov    $0xa,%edi
call   1030 <putchar@plt>
jmp    156d <main+0x3fd>
xor    %eax,%eax
add    $0x3d0940,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<main>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x2dc6d8,%rsp
mov    %rsi,%rbx
cmp    $0x1,%edi
jg     1195 <main+0x25>
lea    0xe78(%rip),%rdi
call   1040 <fail@plt>
mov    0x8(%rbx),%rdi
lea    0xe84(%rip),%rsi
call   1090 <fopen@plt>
mov    %rax,%r14
test   %rax,%rax
jne    11b9 <main+0x49>
lea    0xe72(%rip),%rdi
call   1040 <fail@plt>
lea    0x10(%rsp),%rdi
mov    $0xf4240,%esi
mov    %r14,%rdx
call   1060 <fgets@plt>
test   %eax,%eax
je     13e6 <main+0x276>
xor    %r15d,%r15d
lea    0x11(%rsp),%r12
lea    0x10(%rsp),%r13
xor    %ebp,%ebp
mov    %r14,(%rsp)
jmp    1208 <main+0x98>
xor    %ebp,%ebp
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
mov    %r13,%rdi
mov    $0xf4240,%esi
mov    %r14,%rdx
call   1060 <fgets@plt>
test   %eax,%eax
je     1386 <main+0x216>
mov    0x10(%rsp),%al
test   %al,%al
je     11f0 <main+0x80>
cmp    $0x3e,%al
jne    12a0 <main+0x130>
test   %ebp,%ebp
je     11e8 <main+0x78>
mov    %r13,%rbx
test   %r15d,%r15d
jne    123b <main+0xcb>
lea    0x1e8490(%rsp),%rdi
lea    0xf4250(%rsp),%rsi
mov    %ebp,%edx
call   1070 <memcpy@plt>
add    $0x1,%r15d
test   %ebp,%ebp
jle    134a <main+0x1da>
mov    %r15,0x8(%rsp)
mov    %ebp,%r12d
xor    %r15d,%r15d
xor    %r14d,%r14d
xor    %r13d,%r13d
jmp    1269 <main+0xf9>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%r15
cmp    %r15,%r12
je     12e6 <main+0x176>
movsbl 0x1e8490(%rsp,%r15,1),%edi
call   1080 <isalpha@plt>
test   %rax,%rax
je     1260 <main+0xf0>
movsbl 0xf4250(%rsp,%r15,1),%edi
add    $0x1,%r13d
call   1080 <isalpha@plt>
cmp    $0x1,%rax
adc    $0x0,%r14d
jmp    1260 <main+0xf0>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
mov    %r12,%rbx
jmp    12cc <main+0x15c>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
movslq %ebp,%rax
add    $0x1,%ebp
mov    %cl,0xf4250(%rsp,%rax,1)
movzbl (%rbx),%eax
add    $0x1,%rbx
test   %al,%al
je     11f0 <main+0x80>
movsbl %al,%edi
call   1080 <isalpha@plt>
movzbl -0x1(%rbx),%ecx
test   %rax,%rax
jne    12b0 <main+0x140>
lea    -0x2d(%rcx),%eax
cmp    $0x1,%al
ja     12bd <main+0x14d>
jmp    12b0 <main+0x140>
xorps  %xmm0,%xmm0
cvtsi2sd %r14d,%xmm0
xorps  %xmm1,%xmm1
cvtsi2sd %r13d,%xmm1
mulsd  0xd02(%rip),%xmm1
ucomisd %xmm0,%xmm1
jbe    1354 <main+0x1e4>
test   %ebp,%ebp
mov    0x8(%rsp),%r15
mov    %rbx,%r13
jle    136c <main+0x1fc>
xor    %ebx,%ebx
jmp    1329 <main+0x1b9>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
add    $0x1,%rbx
cmp    %rbx,%r12
je     136c <main+0x1fc>
movsbl 0x1e8490(%rsp,%rbx,1),%edi
call   1080 <isalpha@plt>
test   %rax,%rax
je     1320 <main+0x1b0>
movsbl 0xf4250(%rsp,%rbx,1),%edi
call   1030 <putchar@plt>
jmp    1320 <main+0x1b0>
xor    %ebp,%ebp
mov    %rbx,%r13
jmp    11f0 <main+0x80>
xor    %ebp,%ebp
mov    (%rsp),%r14
mov    0x8(%rsp),%r15
lea    0x11(%rsp),%r12
mov    %rbx,%r13
jmp    11f0 <main+0x80>
mov    $0xa,%edi
call   1030 <putchar@plt>
xor    %ebp,%ebp
mov    (%rsp),%r14
lea    0x11(%rsp),%r12
jmp    11f0 <main+0x80>
mov    %r14,%rdi
call   1050 <fclose@plt>
test   %ebp,%ebp
je     1454 <main+0x2e4>
jle    1454 <main+0x2e4>
mov    %ebp,%r14d
xor    %ebx,%ebx
xor    %r15d,%r15d
xor    %r12d,%r12d
jmp    13b9 <main+0x249>
nopl   0x0(%rax)
add    $0x1,%rbx
cmp    %rbx,%r14
je     13f0 <main+0x280>
movsbl 0x1e8490(%rsp,%rbx,1),%edi
call   1080 <isalpha@plt>
test   %rax,%rax
je     13b0 <main+0x240>
movsbl 0xf4250(%rsp,%rbx,1),%edi
add    $0x1,%r12d
call   1080 <isalpha@plt>
cmp    $0x1,%rax
adc    $0x0,%r15d
jmp    13b0 <main+0x240>
mov    %r14,%rdi
call   1050 <fclose@plt>
jmp    1454 <main+0x2e4>
xorps  %xmm0,%xmm0
cvtsi2sd %r15d,%xmm0
xorps  %xmm1,%xmm1
cvtsi2sd %r12d,%xmm1
mulsd  0xbf8(%rip),%xmm1
ucomisd %xmm0,%xmm1
jbe    1454 <main+0x2e4>
test   %ebp,%ebp
jle    144a <main+0x2da>
xor    %ebx,%ebx
jmp    1429 <main+0x2b9>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%rbx
cmp    %rbx,%r14
je     144a <main+0x2da>
movsbl 0x1e8490(%rsp,%rbx,1),%edi
call   1080 <isalpha@plt>
test   %rax,%rax
je     1420 <main+0x2b0>
movsbl 0xf4250(%rsp,%rbx,1),%edi
call   1030 <putchar@plt>
jmp    1420 <main+0x2b0>
mov    $0xa,%edi
call   1030 <putchar@plt>
xor    %eax,%eax
add    $0x2dc6d8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
@.str = [28 x i8] c"Usage: fasta2aln fasta-file\00"
@.str.1 = [2 x i8] c"r\00"
@.str.2 = [27 x i8] c"Unable to open fasta file!\00"
define i32 @main(i32 %0, i8** %1) {
%3 = alloca i32
%4 = alloca i32
%5 = alloca i8**
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca [1000000 x i8]
%14 = alloca [1000000 x i8]
%15 = alloca [1000000 x i8]
%16 = alloca [1000000 x i8]
%17 = alloca i8*
%18 = alloca i32*
store i32 0, i32* %3
store i32 %0, i32* %4
store i8** %1, i8*** %5
store i32 0, i32* %10
store i32 0, i32* %11
%19 = load i32, i32* %4
%20 = icmp slt i32 %19, 2
br i1 %20, label %21, label %23
21: ; preds = %2
%22 = call i32 @fail(i8* getelementptr inbounds ([28 x i8], [28 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
br label %23
23: ; preds = %21, %2
%24 = load i8**, i8*** %5
%25 = getelementptr inbounds i8*, i8** %24, i64 1
%26 = load i8*, i8** %25
%27 = call i32* @fopen(i8* %26, i8* getelementptr inbounds ([2 x i8], [2 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0))
store i32* %27, i32** %18
%28 = load i32*, i32** %18
%29 = icmp ne i32* %28, null
br i1 %29, label %32, label %30
30: ; preds = %23
%31 = call i32 @fail(i8* getelementptr inbounds ([27 x i8], [27 x i8]* @.str.2, i64 0, i64 0))
br label %32
32: ; preds = %30, %23
br label %33
33: ; preds = %166, %32
%34 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %16, i64 0, i64 0
%35 = load i32*, i32** %18
%36 = call i32 @fgets(i8* %34, i32 1000000, i32* %35)
%37 = icmp ne i32 %36, 0
br i1 %37, label %39, label %38
38: ; preds = %33
br label %167
39: ; preds = %33
%40 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %16, i64 0, i64 0
%41 = load i8, i8* %40
%42 = sext i8 %41 to i32
%43 = icmp eq i32 %42, 62
br i1 %43, label %44, label %134
44: ; preds = %39
%45 = load i32, i32* %10
%46 = icmp ne i32 %45, 0
br i1 %46, label %47, label %133
47: ; preds = %44
%48 = load i32, i32* %11
%49 = icmp ne i32 %48, 0
br i1 %49, label %55, label %50
50: ; preds = %47
%51 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %14, i64 0, i64 0
%52 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %15, i64 0, i64 0
%53 = load i32, i32* %10
%54 = call i32 @memcpy(i8* %51, i8* %52, i32 %53)
br label %55
55: ; preds = %50, %47
%56 = load i32, i32* %11
%57 = add nsw i32 %56, 1
store i32 %57, i32* %11
store i32 0, i32* %6
store i32 0, i32* %8
store i32 0, i32* %9
store i32 0, i32* %12
br label %58
58: ; preds = %98, %55
%59 = load i32, i32* %6
%60 = load i32, i32* %10
%61 = icmp slt i32 %59, %60
br i1 %61, label %62, label %101
62: ; preds = %58
%63 = load i32, i32* %6
%64 = sext i32 %63 to i64
%65 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %14, i64 0, i64 %64
%66 = load i8, i8* %65
%67 = call i64 @isalpha(i8 signext %66)
%68 = icmp ne i64 %67, 0
br i1 %68, label %69, label %97
69: ; preds = %62
%70 = load i32, i32* %6
%71 = sext i32 %70 to i64
%72 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %15, i64 0, i64 %71
%73 = load i8, i8* %72
%74 = sext i8 %73 to i32
%75 = load i32, i32* %6
%76 = sext i32 %75 to i64
%77 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %14, i64 0, i64 %76
%78 = load i8, i8* %77
%79 = sext i8 %78 to i32
%80 = icmp eq i32 %74, %79
br i1 %80, label %81, label %84
81: ; preds = %69
%82 = load i32, i32* %12
%83 = add nsw i32 %82, 1
store i32 %83, i32* %12
br label %84
84: ; preds = %81, %69
%85 = load i32, i32* %9
%86 = add nsw i32 %85, 1
store i32 %86, i32* %9
%87 = load i32, i32* %6
%88 = sext i32 %87 to i64
%89 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %15, i64 0, i64 %88
%90 = load i8, i8* %89
%91 = call i64 @isalpha(i8 signext %90)
%92 = icmp ne i64 %91, 0
br i1 %92, label %96, label %93
93: ; preds = %84
%94 = load i32, i32* %8
%95 = add nsw i32 %94, 1
store i32 %95, i32* %8
br label %96
96: ; preds = %93, %84
br label %97
97: ; preds = %96, %62
br label %98
98: ; preds = %97
%99 = load i32, i32* %6
%100 = add nsw i32 %99, 1
store i32 %100, i32* %6
br label %58
101: ; preds = %58
%102 = load i32, i32* %8
%103 = sitofp i32 %102 to double
%104 = load i32, i32* %9
%105 = sitofp i32 %104 to double
%106 = fmul double 9.000000e-01, %105
%107 = fcmp olt double %103, %106
br i1 %107, label %108, label %132
108: ; preds = %101
store i32 0, i32* %6
br label %109
109: ; preds = %127, %108
%110 = load i32, i32* %6
%111 = load i32, i32* %10
%112 = icmp slt i32 %110, %111
br i1 %112, label %113, label %130
113: ; preds = %109
%114 = load i32, i32* %6
%115 = sext i32 %114 to i64
%116 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %14, i64 0, i64 %115
%117 = load i8, i8* %116
%118 = call i64 @isalpha(i8 signext %117)
%119 = icmp ne i64 %118, 0
br i1 %119, label %120, label %126
120: ; preds = %113
%121 = load i32, i32* %6
%122 = sext i32 %121 to i64
%123 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %15, i64 0, i64 %122
%124 = load i8, i8* %123
%125 = call i32 @putchar(i8 signext %124)
br label %126
126: ; preds = %120, %113
br label %127
127: ; preds = %126
%128 = load i32, i32* %6
%129 = add nsw i32 %128, 1
store i32 %129, i32* %6
br label %109
130: ; preds = %109
%131 = call i32 @putchar(i8 signext 10)
br label %132
132: ; preds = %130, %101
store i32 0, i32* %10
br label %133
133: ; preds = %132, %44
br label %166
134: ; preds = %39
%135 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %16, i64 0, i64 0
%136 = getelementptr inbounds i8, i8* %135, i64 -1
store i8* %136, i8** %17
br label %137
137: ; preds = %164, %134
%138 = load i8*, i8** %17
%139 = getelementptr inbounds i8, i8* %138, i32 1
store i8* %139, i8** %17
%140 = load i8, i8* %139
%141 = icmp ne i8 %140, 0
br i1 %141, label %142, label %165
142: ; preds = %137
%143 = load i8*, i8** %17
%144 = load i8, i8* %143
%145 = call i64 @isalpha(i8 signext %144)
%146 = icmp ne i64 %145, 0
br i1 %146, label %157, label %147
147: ; preds = %142
%148 = load i8*, i8** %17
%149 = load i8, i8* %148
%150 = sext i8 %149 to i32
%151 = icmp eq i32 %150, 45
br i1 %151, label %157, label %152
152: ; preds = %147
%153 = load i8*, i8** %17
%154 = load i8, i8* %153
%155 = sext i8 %154 to i32
%156 = icmp eq i32 %155, 46
br i1 %156, label %157, label %164
157: ; preds = %152, %147, %142
%158 = load i8*, i8** %17
%159 = load i8, i8* %158
%160 = load i32, i32* %10
%161 = add nsw i32 %160, 1
store i32 %161, i32* %10
%162 = sext i32 %160 to i64
%163 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %15, i64 0, i64 %162
store i8 %159, i8* %163
br label %164
164: ; preds = %157, %152
br label %137
165: ; preds = %137
br label %166
166: ; preds = %165, %133
br label %33
167: ; preds = %38
%168 = load i32*, i32** %18
%169 = call i32 @fclose(i32* %168)
%170 = load i32, i32* %10
%171 = icmp ne i32 %170, 0
br i1 %171, label %172, label %248
172: ; preds = %167
store i32 0, i32* %6
store i32 0, i32* %8
store i32 0, i32* %9
store i32 0, i32* %12
br label %173
173: ; preds = %213, %172
%174 = load i32, i32* %6
%175 = load i32, i32* %10
%176 = icmp slt i32 %174, %175
br i1 %176, label %177, label %216
177: ; preds = %173
%178 = load i32, i32* %6
%179 = sext i32 %178 to i64
%180 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %14, i64 0, i64 %179
%181 = load i8, i8* %180
%182 = call i64 @isalpha(i8 signext %181)
%183 = icmp ne i64 %182, 0
br i1 %183, label %184, label %212
184: ; preds = %177
%185 = load i32, i32* %6
%186 = sext i32 %185 to i64
%187 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %15, i64 0, i64 %186
%188 = load i8, i8* %187
%189 = sext i8 %188 to i32
%190 = load i32, i32* %6
%191 = sext i32 %190 to i64
%192 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %14, i64 0, i64 %191
%193 = load i8, i8* %192
%194 = sext i8 %193 to i32
%195 = icmp eq i32 %189, %194
br i1 %195, label %196, label %199
196: ; preds = %184
%197 = load i32, i32* %12
%198 = add nsw i32 %197, 1
store i32 %198, i32* %12
br label %199
199: ; preds = %196, %184
%200 = load i32, i32* %9
%201 = add nsw i32 %200, 1
store i32 %201, i32* %9
%202 = load i32, i32* %6
%203 = sext i32 %202 to i64
%204 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %15, i64 0, i64 %203
%205 = load i8, i8* %204
%206 = call i64 @isalpha(i8 signext %205)
%207 = icmp ne i64 %206, 0
br i1 %207, label %211, label %208
208: ; preds = %199
%209 = load i32, i32* %8
%210 = add nsw i32 %209, 1
store i32 %210, i32* %8
br label %211
211: ; preds = %208, %199
br label %212
212: ; preds = %211, %177
br label %213
213: ; preds = %212
%214 = load i32, i32* %6
%215 = add nsw i32 %214, 1
store i32 %215, i32* %6
br label %173
216: ; preds = %173
%217 = load i32, i32* %8
%218 = sitofp i32 %217 to double
%219 = load i32, i32* %9
%220 = sitofp i32 %219 to double
%221 = fmul double 9.000000e-01, %220
%222 = fcmp olt double %218, %221
br i1 %222, label %223, label %247
223: ; preds = %216
store i32 0, i32* %6
br label %224
224: ; preds = %242, %223
%225 = load i32, i32* %6
%226 = load i32, i32* %10
%227 = icmp slt i32 %225, %226
br i1 %227, label %228, label %245
228: ; preds = %224
%229 = load i32, i32* %6
%230 = sext i32 %229 to i64
%231 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %14, i64 0, i64 %230
%232 = load i8, i8* %231
%233 = call i64 @isalpha(i8 signext %232)
%234 = icmp ne i64 %233, 0
br i1 %234, label %235, label %241
235: ; preds = %228
%236 = load i32, i32* %6
%237 = sext i32 %236 to i64
%238 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %15, i64 0, i64 %237
%239 = load i8, i8* %238
%240 = call i32 @putchar(i8 signext %239)
br label %241
241: ; preds = %235, %228
br label %242
242: ; preds = %241
%243 = load i32, i32* %6
%244 = add nsw i32 %243, 1
store i32 %244, i32* %6
br label %224
245: ; preds = %224
%246 = call i32 @putchar(i8 signext 10)
br label %247
247: ; preds = %245, %216
br label %248
248: ; preds = %247, %167
ret i32 0
}

LLVM IR (-O2):
@.str = [28 x i8] c"Usage: fasta2aln fasta-file\00"
@.str.1 = [2 x i8] c"r\00"
@.str.2 = [27 x i8] c"Unable to open fasta file!\00"
define i32 @main(i32 %0, i8** nocapture %1) {
%3 = alloca [1000000 x i8]
%4 = alloca [1000000 x i8]
%5 = alloca [1000000 x i8]
%6 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %3, i64 0, i64 0
%7 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %4, i64 0, i64 0
%8 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %5, i64 0, i64 0
%9 = icmp slt i32 %0, 2
br i1 %9, label %10, label %12
10: ; preds = %2
%11 = tail call i32 @fail(i8* getelementptr inbounds ([28 x i8], [28 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
br label %12
12: ; preds = %10, %2
%13 = getelementptr inbounds i8*, i8** %1, i64 1
%14 = load i8*, i8** %13
%15 = tail call i32* @fopen(i8* %14, i8* getelementptr inbounds ([2 x i8], [2 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0))
%16 = icmp eq i32* %15, null
br i1 %16, label %17, label %19
17: ; preds = %12
%18 = tail call i32 @fail(i8* getelementptr inbounds ([27 x i8], [27 x i8]* @.str.2, i64 0, i64 0))
br label %19
19: ; preds = %17, %12
%20 = call i32 @fgets(i8* %8, i32 1000000, i32* %15)
%21 = icmp eq i32 %20, 0
br i1 %21, label %22, label %24
22: ; preds = %19
%23 = call i32 @fclose(i32* %15)
br label %158
24: ; preds = %19, %102
%25 = phi i32 [ %104, %102 ], [ 0, %19 ]
%26 = phi i32 [ %103, %102 ], [ 0, %19 ]
%27 = load i8, i8* %8
switch i8 %27, label %83 [
i8 62, label %28
i8 0, label %102
]
28: ; preds = %24
%29 = icmp eq i32 %26, 0
br i1 %29, label %102, label %30
30: ; preds = %28
%31 = icmp eq i32 %25, 0
br i1 %31, label %32, label %34
32: ; preds = %30
%33 = call i32 @memcpy(i8* %6, i8* %7, i32 %26)
br label %34
34: ; preds = %32, %30
%35 = add nsw i32 %25, 1
%36 = icmp sgt i32 %26, 0
br i1 %36, label %37, label %102
37: ; preds = %34
%38 = zext i32 %26 to i64
br label %39
39: ; preds = %37, %55
%40 = phi i64 [ 0, %37 ], [ %58, %55 ]
%41 = phi i32 [ 0, %37 ], [ %57, %55 ]
%42 = phi i32 [ 0, %37 ], [ %56, %55 ]
%43 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %3, i64 0, i64 %40
%44 = load i8, i8* %43
%45 = call i64 @isalpha(i8 signext %44)
%46 = icmp eq i64 %45, 0
br i1 %46, label %55, label %47
47: ; preds = %39
%48 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %4, i64 0, i64 %40
%49 = load i8, i8* %48
%50 = add nsw i32 %42, 1
%51 = call i64 @isalpha(i8 signext %49)
%52 = icmp eq i64 %51, 0
%53 = zext i1 %52 to i32
%54 = add nsw i32 %41, %53
br label %55
55: ; preds = %47, %39
%56 = phi i32 [ %42, %39 ], [ %50, %47 ]
%57 = phi i32 [ %41, %39 ], [ %54, %47 ]
%58 = add nuw nsw i64 %40, 1
%59 = icmp eq i64 %58, %38
br i1 %59, label %60, label %39
60: ; preds = %55
%61 = sitofp i32 %57 to double
%62 = sitofp i32 %56 to double
%63 = fmul double %62, 9.000000e-01
%64 = fcmp ogt double %63, %61
br i1 %64, label %65, label %102
65: ; preds = %60
br i1 %36, label %66, label %81
66: ; preds = %65
%67 = zext i32 %26 to i64
br label %68
68: ; preds = %66, %78
%69 = phi i64 [ 0, %66 ], [ %79, %78 ]
%70 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %3, i64 0, i64 %69
%71 = load i8, i8* %70
%72 = call i64 @isalpha(i8 signext %71)
%73 = icmp eq i64 %72, 0
br i1 %73, label %78, label %74
74: ; preds = %68
%75 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %4, i64 0, i64 %69
%76 = load i8, i8* %75
%77 = call i32 @putchar(i8 signext %76)
br label %78
78: ; preds = %68, %74
%79 = add nuw nsw i64 %69, 1
%80 = icmp eq i64 %79, %67
br i1 %80, label %81, label %68
81: ; preds = %78, %65
%82 = call i32 @putchar(i8 signext 10)
br label %102
83: ; preds = %24, %97
%84 = phi i8 [ %100, %97 ], [ %27, %24 ]
%85 = phi i8* [ %99, %97 ], [ %8, %24 ]
%86 = phi i32 [ %98, %97 ], [ %26, %24 ]
%87 = call i64 @isalpha(i8 signext %84)
%88 = icmp ne i64 %87, 0
%89 = load i8, i8* %85
%90 = add i8 %89, -45
%91 = icmp ult i8 %90, 2
%92 = select i1 %88, i1 true, i1 %91
br i1 %92, label %93, label %97
93: ; preds = %83
%94 = add nsw i32 %86, 1
%95 = sext i32 %86 to i64
%96 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %4, i64 0, i64 %95
store i8 %89, i8* %96
br label %97
97: ; preds = %83, %93
%98 = phi i32 [ %94, %93 ], [ %86, %83 ]
%99 = getelementptr inbounds i8, i8* %85, i64 1
%100 = load i8, i8* %99
%101 = icmp eq i8 %100, 0
br i1 %101, label %102, label %83
102: ; preds = %97, %24, %34, %60, %81, %28
%103 = phi i32 [ 0, %28 ], [ 0, %81 ], [ 0, %60 ], [ 0, %34 ], [ %26, %24 ], [ %98, %97 ]
%104 = phi i32 [ %25, %28 ], [ %35, %81 ], [ %35, %60 ], [ %35, %34 ], [ %25, %24 ], [ %25, %97 ]
%105 = call i32 @fgets(i8* %8, i32 1000000, i32* %15)
%106 = icmp eq i32 %105, 0
br i1 %106, label %107, label %24
107: ; preds = %102
%108 = call i32 @fclose(i32* %15)
%109 = icmp eq i32 %103, 0
br i1 %109, label %158, label %110
110: ; preds = %107
%111 = icmp sgt i32 %103, 0
br i1 %111, label %112, label %158
112: ; preds = %110
%113 = zext i32 %103 to i64
br label %114
114: ; preds = %112, %130
%115 = phi i64 [ 0, %112 ], [ %133, %130 ]
%116 = phi i32 [ 0, %112 ], [ %132, %130 ]
%117 = phi i32 [ 0, %112 ], [ %131, %130 ]
%118 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %3, i64 0, i64 %115
%119 = load i8, i8* %118
%120 = call i64 @isalpha(i8 signext %119)
%121 = icmp eq i64 %120, 0
br i1 %121, label %130, label %122
122: ; preds = %114
%123 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %4, i64 0, i64 %115
%124 = load i8, i8* %123
%125 = add nsw i32 %117, 1
%126 = call i64 @isalpha(i8 signext %124)
%127 = icmp eq i64 %126, 0
%128 = zext i1 %127 to i32
%129 = add nsw i32 %116, %128
br label %130
130: ; preds = %122, %114
%131 = phi i32 [ %117, %114 ], [ %125, %122 ]
%132 = phi i32 [ %116, %114 ], [ %129, %122 ]
%133 = add nuw nsw i64 %115, 1
%134 = icmp eq i64 %133, %113
br i1 %134, label %135, label %114
135: ; preds = %130
%136 = sitofp i32 %132 to double
%137 = sitofp i32 %131 to double
%138 = fmul double %137, 9.000000e-01
%139 = fcmp ogt double %138, %136
br i1 %139, label %140, label %158
140: ; preds = %135
br i1 %111, label %141, label %156
141: ; preds = %140
%142 = zext i32 %103 to i64
br label %143
143: ; preds = %141, %153
%144 = phi i64 [ 0, %141 ], [ %154, %153 ]
%145 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %3, i64 0, i64 %144
%146 = load i8, i8* %145
%147 = call i64 @isalpha(i8 signext %146)
%148 = icmp eq i64 %147, 0
br i1 %148, label %153, label %149
149: ; preds = %143
%150 = getelementptr inbounds [1000000 x i8], [1000000 x i8]* %4, i64 0, i64 %144
%151 = load i8, i8* %150
%152 = call i32 @putchar(i8 signext %151)
br label %153
153: ; preds = %143, %149
%154 = add nuw nsw i64 %144, 1
%155 = icmp eq i64 %154, %142
br i1 %155, label %156, label %143
156: ; preds = %153, %140
%157 = call i32 @putchar(i8 signext 10)
br label %158
158: ; preds = %110, %22, %135, %156, %107
ret i32 0
}