int seq2id(char *seq, int slen) {
  int seqid = 0;
  int imin = slen > 16 ? slen - 16 : 0;
  for (int i = imin; i < slen; i++) {
    if (seq[i] == 'A' || seq[i] == 'a' || seq[i] == ' ') {
    } else if (seq[i] == 'C' || seq[i] == 'c')
      seqid += 1;
    else if (seq[i] == 'G' || seq[i] == 'g')
      seqid += 2;
    else if (seq[i] == 'T' || seq[i] == 't')
      seqid += 3;
    else
      return seq[i] == '\0' ? -2 : -1;
    if (i < slen - 1)
      seqid <<= 2;
  }
  return seqid;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<seq2id>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x10(%rbp)
mov    %esi,-0x14(%rbp)
movl   $0x0,-0x18(%rbp)
cmpl   $0x10,-0x14(%rbp)
jle    112a <seq2id+0x2a>
mov    -0x14(%rbp),%eax
sub    $0x10,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1134 <seq2id+0x34>
xor    %eax,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1134 <seq2id+0x34>
mov    -0x24(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    1298 <seq2id+0x198>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x41,%eax
je     118b <seq2id+0x8b>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x61,%eax
je     118b <seq2id+0x8b>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x20,%eax
jne    1190 <seq2id+0x90>
jmp    126b <seq2id+0x16b>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x43,%eax
je     11ba <seq2id+0xba>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x63,%eax
jne    11c8 <seq2id+0xc8>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    1266 <seq2id+0x166>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x47,%eax
je     11f2 <seq2id+0xf2>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x67,%eax
jne    1200 <seq2id+0x100>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x2,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    1261 <seq2id+0x161>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x54,%eax
je     122a <seq2id+0x12a>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x74,%eax
jne    1238 <seq2id+0x138>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x3,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    125c <seq2id+0x15c>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%edx
mov    $0xffffffff,%eax
mov    $0xfffffffe,%ecx
cmp    $0x0,%edx
cmove  %ecx,%eax
mov    %eax,-0x4(%rbp)
jmp    129e <seq2id+0x19e>
jmp    1261 <seq2id+0x161>
jmp    1266 <seq2id+0x166>
jmp    126b <seq2id+0x16b>
mov    -0x20(%rbp),%eax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jge    1285 <seq2id+0x185>
mov    -0x18(%rbp),%eax
shl    $0x2,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    128a <seq2id+0x18a>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    1140 <seq2id+0x40>
mov    -0x18(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x4(%rbp)
mov    -0x4(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<seq2id>:
lea    -0x10(%rsi),%edx
xor    %eax,%eax
cmp    $0x11,%esi
cmovl  %eax,%edx
cmp    %esi,%edx
jge    1176 <seq2id+0x76>
lea    -0x1(%rsi),%eax
mov    %edx,%ecx
movslq %eax,%r8
sub    %edx,%esi
xor    %r10d,%r10d
lea    0xedd(%rip),%r9
jmp    114f <seq2id+0x4f>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
add    $0x1,%r10d
lea    0x0(,%r10,4),%eax
cmp    %r8,%rcx
cmovge %r10d,%eax
add    $0x1,%rcx
mov    %eax,%r10d
add    $0xffffffff,%esi
je     1176 <seq2id+0x76>
movzbl (%rdi,%rcx,1),%edx
lea    -0x20(%rdx),%eax
cmp    $0x54,%al
ja     1177 <seq2id+0x77>
movzbl %al,%eax
movslq (%r9,%rax,4),%rax
add    %r9,%rax
jmp    *%rax
add    $0x2,%r10d
jmp    1134 <seq2id+0x34>
nopl   0x0(%rax)
add    $0x3,%r10d
jmp    1134 <seq2id+0x34>
ret
xor    %eax,%eax
test   %dl,%dl
sete   %al
not    %eax
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @seq2id(i8* %0, i32 %1) {
%3 = alloca i32
%4 = alloca i8*
%5 = alloca i32
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
store i8* %0, i8** %4
store i32 %1, i32* %5
store i32 0, i32* %6
%9 = load i32, i32* %5
%10 = icmp sgt i32 %9, 16
br i1 %10, label %11, label %14
11: ; preds = %2
%12 = load i32, i32* %5
%13 = sub nsw i32 %12, 16
br label %15
14: ; preds = %2
br label %15
15: ; preds = %14, %11
%16 = phi i32 [ %13, %11 ], [ 0, %14 ]
store i32 %16, i32* %7
%17 = load i32, i32* %7
store i32 %17, i32* %8
br label %18
18: ; preds = %126, %15
%19 = load i32, i32* %8
%20 = load i32, i32* %5
%21 = icmp slt i32 %19, %20
br i1 %21, label %22, label %129
22: ; preds = %18
%23 = load i8*, i8** %4
%24 = load i32, i32* %8
%25 = sext i32 %24 to i64
%26 = getelementptr inbounds i8, i8* %23, i64 %25
%27 = load i8, i8* %26
%28 = sext i8 %27 to i32
%29 = icmp eq i32 %28, 65
br i1 %29, label %46, label %30
30: ; preds = %22
%31 = load i8*, i8** %4
%32 = load i32, i32* %8
%33 = sext i32 %32 to i64
%34 = getelementptr inbounds i8, i8* %31, i64 %33
%35 = load i8, i8* %34
%36 = sext i8 %35 to i32
%37 = icmp eq i32 %36, 97
br i1 %37, label %46, label %38
38: ; preds = %30
%39 = load i8*, i8** %4
%40 = load i32, i32* %8
%41 = sext i32 %40 to i64
%42 = getelementptr inbounds i8, i8* %39, i64 %41
%43 = load i8, i8* %42
%44 = sext i8 %43 to i32
%45 = icmp eq i32 %44, 32
br i1 %45, label %46, label %47
46: ; preds = %38, %30, %22
br label %117
47: ; preds = %38
%48 = load i8*, i8** %4
%49 = load i32, i32* %8
%50 = sext i32 %49 to i64
%51 = getelementptr inbounds i8, i8* %48, i64 %50
%52 = load i8, i8* %51
%53 = sext i8 %52 to i32
%54 = icmp eq i32 %53, 67
br i1 %54, label %63, label %55
55: ; preds = %47
%56 = load i8*, i8** %4
%57 = load i32, i32* %8
%58 = sext i32 %57 to i64
%59 = getelementptr inbounds i8, i8* %56, i64 %58
%60 = load i8, i8* %59
%61 = sext i8 %60 to i32
%62 = icmp eq i32 %61, 99
br i1 %62, label %63, label %66
63: ; preds = %55, %47
%64 = load i32, i32* %6
%65 = add nsw i32 %64, 1
store i32 %65, i32* %6
br label %116
66: ; preds = %55
%67 = load i8*, i8** %4
%68 = load i32, i32* %8
%69 = sext i32 %68 to i64
%70 = getelementptr inbounds i8, i8* %67, i64 %69
%71 = load i8, i8* %70
%72 = sext i8 %71 to i32
%73 = icmp eq i32 %72, 71
br i1 %73, label %82, label %74
74: ; preds = %66
%75 = load i8*, i8** %4
%76 = load i32, i32* %8
%77 = sext i32 %76 to i64
%78 = getelementptr inbounds i8, i8* %75, i64 %77
%79 = load i8, i8* %78
%80 = sext i8 %79 to i32
%81 = icmp eq i32 %80, 103
br i1 %81, label %82, label %85
82: ; preds = %74, %66
%83 = load i32, i32* %6
%84 = add nsw i32 %83, 2
store i32 %84, i32* %6
br label %115
85: ; preds = %74
%86 = load i8*, i8** %4
%87 = load i32, i32* %8
%88 = sext i32 %87 to i64
%89 = getelementptr inbounds i8, i8* %86, i64 %88
%90 = load i8, i8* %89
%91 = sext i8 %90 to i32
%92 = icmp eq i32 %91, 84
br i1 %92, label %101, label %93
93: ; preds = %85
%94 = load i8*, i8** %4
%95 = load i32, i32* %8
%96 = sext i32 %95 to i64
%97 = getelementptr inbounds i8, i8* %94, i64 %96
%98 = load i8, i8* %97
%99 = sext i8 %98 to i32
%100 = icmp eq i32 %99, 116
br i1 %100, label %101, label %104
101: ; preds = %93, %85
%102 = load i32, i32* %6
%103 = add nsw i32 %102, 3
store i32 %103, i32* %6
br label %114
104: ; preds = %93
%105 = load i8*, i8** %4
%106 = load i32, i32* %8
%107 = sext i32 %106 to i64
%108 = getelementptr inbounds i8, i8* %105, i64 %107
%109 = load i8, i8* %108
%110 = sext i8 %109 to i32
%111 = icmp eq i32 %110, 0
%112 = zext i1 %111 to i64
%113 = select i1 %111, i32 -2, i32 -1
store i32 %113, i32* %3
br label %131
114: ; preds = %101
br label %115
115: ; preds = %114, %82
br label %116
116: ; preds = %115, %63
br label %117
117: ; preds = %116, %46
%118 = load i32, i32* %8
%119 = load i32, i32* %5
%120 = sub nsw i32 %119, 1
%121 = icmp slt i32 %118, %120
br i1 %121, label %122, label %125
122: ; preds = %117
%123 = load i32, i32* %6
%124 = shl i32 %123, 2
store i32 %124, i32* %6
br label %125
125: ; preds = %122, %117
br label %126
126: ; preds = %125
%127 = load i32, i32* %8
%128 = add nsw i32 %127, 1
store i32 %128, i32* %8
br label %18
129: ; preds = %18
%130 = load i32, i32* %6
store i32 %130, i32* %3
br label %131
131: ; preds = %129, %104
%132 = load i32, i32* %3
ret i32 %132
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @seq2id(i8* nocapture %0, i32 %1) {
%3 = icmp sgt i32 %1, 16
%4 = add nsw i32 %1, -16
%5 = select i1 %3, i32 %4, i32 0
%6 = icmp slt i32 %5, %1
br i1 %6, label %7, label %33
7: ; preds = %2
%8 = add nsw i32 %1, -1
%9 = zext i32 %5 to i64
%10 = sext i32 %8 to i64
br label %11
11: ; preds = %7, %25
%12 = phi i64 [ %9, %7 ], [ %30, %25 ]
%13 = phi i32 [ 0, %7 ], [ %29, %25 ]
%14 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %12
%15 = load i8, i8* %14
switch i8 %15, label %22 [
i8 65, label %25
i8 97, label %25
i8 32, label %25
i8 67, label %16
i8 99, label %16
i8 71, label %18
i8 103, label %18
i8 84, label %20
i8 116, label %20
]
16: ; preds = %11, %11
%17 = add nsw i32 %13, 1
br label %25
18: ; preds = %11, %11
%19 = add nsw i32 %13, 2
br label %25
20: ; preds = %11, %11
%21 = add nsw i32 %13, 3
br label %25
22: ; preds = %11
%23 = icmp eq i8 %15, 0
%24 = select i1 %23, i32 -2, i32 -1
br label %33
25: ; preds = %11, %11, %11, %16, %20, %18
%26 = phi i32 [ %13, %11 ], [ %17, %16 ], [ %19, %18 ], [ %21, %20 ], [ %13, %11 ], [ %13, %11 ]
%27 = icmp slt i64 %12, %10
%28 = shl i32 %26, 2
%29 = select i1 %27, i32 %28, i32 %26
%30 = add nuw nsw i64 %12, 1
%31 = trunc i64 %30 to i32
%32 = icmp eq i32 %31, %1
br i1 %32, label %33, label %11
33: ; preds = %25, %2, %22
%34 = phi i32 [ %24, %22 ], [ 0, %2 ], [ %29, %25 ]
ret i32 %34
}