#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
scalar_t__ malloc(int);
int *posToOrd(double *dna, double *lmut, int len, int nsites) {
  int cmut, pos, *out;
  out = (int *)malloc(len * sizeof(int));
  for (pos = 0; pos < len; pos++) {
    for (cmut = 0; cmut < nsites; cmut++) {
      if (dna[pos] == lmut[cmut]) {
        out[pos] = cmut;
        break;
      }
    }
  }
  return out;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<posToOrd>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %ecx,-0x18(%rbp)
movslq -0x14(%rbp),%rax
shl    $0x2,%rax
mov    %eax,%edi
call   1030 <malloc@plt>
mov    %rax,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    11be <posToOrd+0xae>
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0x18(%rbp),%eax
jge    11ab <posToOrd+0x9b>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
ucomisd (%rax,%rcx,8),%xmm0
jne    1198 <posToOrd+0x88>
jp     1198 <posToOrd+0x88>
mov    -0x1c(%rbp),%edx
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
jmp    11ab <posToOrd+0x9b>
jmp    119d <posToOrd+0x8d>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    1153 <posToOrd+0x43>
jmp    11b0 <posToOrd+0xa0>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    1140 <posToOrd+0x30>
mov    -0x28(%rbp),%rax
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<posToOrd>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %rbx
push   %rax
mov    %ecx,%ebp
mov    %edx,%r15d
mov    %rsi,%rbx
mov    %rdi,%r14
lea    0x0(,%r15,4),%edi
call   1030 <malloc@plt>
test   %r15d,%r15d
jle    1174 <posToOrd+0x64>
mov    %r15d,%ecx
mov    %ebp,%edx
xor    %esi,%esi
jmp    114c <posToOrd+0x3c>
nopl   (%rax)
mov    %edi,(%rax,%rsi,4)
add    $0x1,%rsi
cmp    %rcx,%rsi
je     1174 <posToOrd+0x64>
test   %ebp,%ebp
jle    1143 <posToOrd+0x33>
movsd  (%r14,%rsi,8),%xmm0
xor    %edi,%edi
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
ucomisd (%rbx,%rdi,8),%xmm0
jne    1169 <posToOrd+0x59>
jnp    1140 <posToOrd+0x30>
add    $0x1,%rdi
cmp    %rdi,%rdx
jne    1160 <posToOrd+0x50>
jmp    1143 <posToOrd+0x33>
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32* @posToOrd(double* %0, double* %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = alloca double*
%6 = alloca double*
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32*
store double* %0, double** %5
store double* %1, double** %6
store i32 %2, i32* %7
store i32 %3, i32* %8
%12 = load i32, i32* %7
%13 = sext i32 %12 to i64
%14 = mul i64 %13, 4
%15 = trunc i64 %14 to i32
%16 = call i64 @malloc(i32 %15)
%17 = inttoptr i64 %16 to i32*
store i32* %17, i32** %11
store i32 0, i32* %10
br label %18
18: ; preds = %50, %4
%19 = load i32, i32* %10
%20 = load i32, i32* %7
%21 = icmp slt i32 %19, %20
br i1 %21, label %22, label %53
22: ; preds = %18
store i32 0, i32* %9
br label %23
23: ; preds = %46, %22
%24 = load i32, i32* %9
%25 = load i32, i32* %8
%26 = icmp slt i32 %24, %25
br i1 %26, label %27, label %49
27: ; preds = %23
%28 = load double*, double** %5
%29 = load i32, i32* %10
%30 = sext i32 %29 to i64
%31 = getelementptr inbounds double, double* %28, i64 %30
%32 = load double, double* %31
%33 = load double*, double** %6
%34 = load i32, i32* %9
%35 = sext i32 %34 to i64
%36 = getelementptr inbounds double, double* %33, i64 %35
%37 = load double, double* %36
%38 = fcmp oeq double %32, %37
br i1 %38, label %39, label %45
39: ; preds = %27
%40 = load i32, i32* %9
%41 = load i32*, i32** %11
%42 = load i32, i32* %10
%43 = sext i32 %42 to i64
%44 = getelementptr inbounds i32, i32* %41, i64 %43
store i32 %40, i32* %44
br label %49
45: ; preds = %27
br label %46
46: ; preds = %45
%47 = load i32, i32* %9
%48 = add nsw i32 %47, 1
store i32 %48, i32* %9
br label %23
49: ; preds = %39, %23
br label %50
50: ; preds = %49
%51 = load i32, i32* %10
%52 = add nsw i32 %51, 1
store i32 %52, i32* %10
br label %18
53: ; preds = %18
%54 = load i32*, i32** %11
ret i32* %54
}

LLVM IR (-O2):
define i32* @posToOrd(double* nocapture %0, double* nocapture %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = shl i32 %2, 2
%6 = tail call i64 @malloc(i32 %5)
%7 = inttoptr i64 %6 to i32*
%8 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %8, label %9, label %32
9: ; preds = %4
%10 = icmp sgt i32 %3, 0
%11 = zext i32 %2 to i64
%12 = zext i32 %3 to i64
br label %13
13: ; preds = %9, %29
%14 = phi i64 [ 0, %9 ], [ %30, %29 ]
br i1 %10, label %15, label %29
15: ; preds = %13
%16 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %14
%17 = load double, double* %16
br label %18
18: ; preds = %15, %26
%19 = phi i64 [ 0, %15 ], [ %27, %26 ]
%20 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %19
%21 = load double, double* %20
%22 = fcmp oeq double %17, %21
br i1 %22, label %23, label %26
23: ; preds = %18
%24 = trunc i64 %19 to i32
%25 = getelementptr inbounds i32, i32* %7, i64 %14
store i32 %24, i32* %25
br label %29
26: ; preds = %18
%27 = add nuw nsw i64 %19, 1
%28 = icmp eq i64 %27, %12
br i1 %28, label %29, label %18
29: ; preds = %26, %13, %23
%30 = add nuw nsw i64 %14, 1
%31 = icmp eq i64 %30, %11
br i1 %31, label %32, label %13
32: ; preds = %29, %4
ret i32* %7
}