#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ compare(int *, int, int *, int *);
int get_binding_score(char *, int, int);
int *initialize_square_table(int);
scalar_t__ malloc(int);
int max(int /*<<< orphan*/, int);
int min(int, int);
void nussinov(char *sequence, int sequence_length, int **traceback_table,
              int **score_table) {
  int *traceback = initialize_square_table(sequence_length);
  int *score = initialize_square_table(sequence_length);
  int i, j, k;
  int cells_to_compare;
  int *comparison_list = (int *)malloc(sequence_length * sizeof(int));
  int *arg = (int *)malloc(sizeof(int));
  int *val = (int *)malloc(sizeof(int));
  for (j = 0; j < sequence_length; j++) {
    score[j * sequence_length + j] = 0;
    score[min(j + 1, sequence_length - 1) * sequence_length + j] = 0;
    for (i = 0; i < 0; i++) {
      score[max(0, j - 1 - i) * sequence_length + j] = 0;
      traceback[max(0, j - 1 - i) * sequence_length + j] = 0;
    }
    traceback[min(j + 1, sequence_length - 1) * sequence_length + j] = -3;
    traceback[j * sequence_length + j] = -2;
    for (i = j - 1 - 0; i >= 0; i--) {
      score[i * sequence_length + j] =
          get_binding_score(sequence, i, j) +
          score[(i + 1) * sequence_length + (j - 1)];
      cells_to_compare = (j - i);
      for (k = 1; k <= cells_to_compare; k++) {
        comparison_list[k] = score[i * sequence_length + (i + k - 1)] +
                             score[(i + k) * sequence_length + j];
      }
      comparison_list[0] = score[i * sequence_length + j];
      compare(comparison_list, cells_to_compare + 1, val, arg);
      score[i * sequence_length + j] = *val;
      traceback[i * sequence_length + j] = *arg;
      if (*arg == 0) {
        if (comparison_list[0] == 0)
          traceback[i * sequence_length + j] = 0;
        else
          traceback[i * sequence_length + j] = -1;
      }
    }
  }
  *score_table = score;
  *traceback_table = traceback;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<nussinov>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x80,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    -0xc(%rbp),%edi
call   1070 <initialize_square_table@plt>
mov    %rax,-0x28(%rbp)
mov    -0xc(%rbp),%edi
call   1070 <initialize_square_table@plt>
mov    %rax,-0x30(%rbp)
movslq -0xc(%rbp),%rax
shl    $0x2,%rax
mov    %eax,%edi
call   1050 <malloc@plt>
mov    %rax,-0x48(%rbp)
mov    $0x4,%edi
call   1050 <malloc@plt>
mov    %rax,-0x50(%rbp)
mov    $0x4,%edi
call   1050 <malloc@plt>
mov    %rax,-0x58(%rbp)
movl   $0x0,-0x38(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    147f <nussinov+0x31f>
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    -0x38(%rbp),%ecx
imul   -0xc(%rbp),%ecx
add    -0x38(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x60(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%edi
add    $0x1,%edi
mov    -0xc(%rbp),%esi
sub    $0x1,%esi
call   1030 <min@plt>
mov    %eax,%ecx
mov    -0x60(%rbp),%rax
imul   -0xc(%rbp),%ecx
add    -0x38(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
cmpl   $0x0,-0x34(%rbp)
jge    1299 <nussinov+0x139>
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x70(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%esi
sub    $0x1,%esi
sub    -0x34(%rbp),%esi
xor    %edi,%edi
call   1040 <max@plt>
mov    %eax,%ecx
mov    -0x70(%rbp),%rax
imul   -0xc(%rbp),%ecx
add    -0x38(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x68(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%esi
sub    $0x1,%esi
sub    -0x34(%rbp),%esi
xor    %edi,%edi
call   1040 <max@plt>
mov    %eax,%ecx
mov    -0x68(%rbp),%rax
imul   -0xc(%rbp),%ecx
add    -0x38(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    1223 <nussinov+0xc3>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x78(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%edi
add    $0x1,%edi
mov    -0xc(%rbp),%esi
sub    $0x1,%esi
call   1030 <min@plt>
mov    %eax,%ecx
mov    -0x78(%rbp),%rax
imul   -0xc(%rbp),%ecx
add    -0x38(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movl   $0xfffffffd,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    -0x38(%rbp),%ecx
imul   -0xc(%rbp),%ecx
add    -0x38(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movl   $0xfffffffe,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x38(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
sub    $0x0,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
cmpl   $0x0,-0x34(%rbp)
jl     146c <nussinov+0x30c>
mov    -0x8(%rbp),%rdi
mov    -0x34(%rbp),%esi
mov    -0x38(%rbp),%edx
call   1060 <get_binding_score@plt>
mov    %eax,%edx
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
imul   -0xc(%rbp),%ecx
mov    -0x38(%rbp),%esi
sub    $0x1,%esi
add    %esi,%ecx
movslq %ecx,%rcx
add    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
imul   -0xc(%rbp),%ecx
add    -0x38(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x38(%rbp),%eax
sub    -0x34(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x40(%rbp)
movl   $0x1,-0x3c(%rbp)
mov    -0x3c(%rbp),%eax
cmp    -0x40(%rbp),%eax
jg     13a0 <nussinov+0x240>
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
imul   -0xc(%rbp),%ecx
mov    -0x34(%rbp),%edx
add    -0x3c(%rbp),%edx
sub    $0x1,%edx
add    %edx,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
add    -0x3c(%rbp),%ecx
imul   -0xc(%rbp),%ecx
add    -0x38(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
add    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    -0x48(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x3c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
jmp    1348 <nussinov+0x1e8>
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
imul   -0xc(%rbp),%ecx
add    -0x38(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%ecx
mov    -0x48(%rbp),%rax
mov    %ecx,(%rax)
mov    -0x48(%rbp),%rdi
mov    -0x40(%rbp),%esi
add    $0x1,%esi
mov    -0x58(%rbp),%rdx
mov    -0x50(%rbp),%rcx
call   1080 <compare@plt>
mov    -0x58(%rbp),%rax
mov    (%rax),%edx
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
imul   -0xc(%rbp),%ecx
add    -0x38(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x50(%rbp),%rax
mov    (%rax),%edx
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
imul   -0xc(%rbp),%ecx
add    -0x38(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x50(%rbp),%rax
cmpl   $0x0,(%rax)
jne    1459 <nussinov+0x2f9>
mov    -0x48(%rbp),%rax
cmpl   $0x0,(%rax)
jne    143c <nussinov+0x2dc>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
imul   -0xc(%rbp),%ecx
add    -0x38(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jmp    1454 <nussinov+0x2f4>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
imul   -0xc(%rbp),%ecx
add    -0x38(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movl   $0xffffffff,(%rax,%rcx,4)
jmp    1459 <nussinov+0x2f9>
jmp    145e <nussinov+0x2fe>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0xffffffff,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    12ed <nussinov+0x18d>
jmp    1471 <nussinov+0x311>
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
jmp    11c8 <nussinov+0x68>
mov    -0x30(%rbp),%rcx
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
mov    -0x28(%rbp),%rcx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
add    $0x80,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<nussinov>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0xf8,%rsp
mov    %rcx,0x88(%rsp)
mov    %rdx,0x90(%rsp)
mov    %esi,%ebx
mov    %rdi,0xd8(%rsp)
mov    %esi,%edi
call   1060 <initialize_square_table@plt>
mov    %rax,0x20(%rsp)
mov    %ebx,%edi
call   1060 <initialize_square_table@plt>
mov    %rax,%r12
lea    0x0(,%rbx,4),%edi
call   1040 <malloc@plt>
mov    %rax,%r14
mov    $0x4,%edi
call   1040 <malloc@plt>
mov    %rax,0xd0(%rsp)
mov    $0x4,%edi
call   1040 <malloc@plt>
mov    %rax,0xc8(%rsp)
mov    %rbx,0x18(%rsp)
test   %ebx,%ebx
jle    1575 <nussinov+0x425>
mov    $0xffffffff,%edx
mov    0x18(%rsp),%rax
lea    -0x1(%rax),%ecx
mov    %ecx,0x14(%rsp)
mov    %eax,%esi
mov    %rsi,%rax
shl    $0x20,%rax
movabs $0xffffffff00000000,%rcx
ff ff ff
mov    %rcx,%rdi
sub    %rax,%rdi
add    %rdx,%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,0xa0(%rsp)
lea    0x0(,%rsi,4),%rax
mov    %rax,0xb8(%rsp)
lea    0x4(,%rsi,4),%rax
mov    %rax,0x98(%rsp)
lea    0x0(,%rsi,8),%r15
mov    %rsi,0x30(%rsp)
lea    (%r12,%rsi,4),%r13
mov    %rdi,%rax
sub    %rcx,%rax
mov    %rax,0x58(%rsp)
movq   $0xffffffffffffffff,0x50(%rsp)
ff ff
mov    $0x2,%eax
mov    %rax,0x60(%rsp)
xor    %eax,%eax
mov    %rax,0x28(%rsp)
mov    %rdi,0xc0(%rsp)
mov    %rdi,0x48(%rsp)
xor    %ebx,%ebx
mov    %r15,0xb0(%rsp)
jmp    12c3 <nussinov+0x173>
nopl   0x0(%rax)
addq   $0x1,0x50(%rsp)
addq   $0x1,0x60(%rsp)
mov    0xa0(%rsp),%rax
add    %rax,0x48(%rsp)
mov    0x28(%rsp),%rcx
add    0x98(%rsp),%rcx
mov    %rcx,0x28(%rsp)
add    %rax,0x58(%rsp)
mov    0xa8(%rsp),%rbx
cmp    0x30(%rsp),%rbx
je     1575 <nussinov+0x425>
mov    %ebx,%eax
imul   0x18(%rsp),%eax
cltq
add    %rbx,%rax
mov    %rax,0x8(%rsp)
movl   $0x0,(%r12,%rax,4)
lea    0x1(%rbx),%rbp
mov    %ebp,%edi
mov    0x14(%rsp),%esi
call   1030 <min@plt>
imul   0x18(%rsp),%eax
cltq
add    %rbx,%rax
movl   $0x0,(%r12,%rax,4)
mov    %rbp,0xa8(%rsp)
mov    %ebp,%edi
mov    0x14(%rsp),%esi
call   1030 <min@plt>
imul   0x18(%rsp),%eax
cltq
add    %rbx,%rax
mov    0x20(%rsp),%rcx
movl   $0xfffffffd,(%rcx,%rax,4)
mov    0x8(%rsp),%rax
movl   $0xfffffffe,(%rcx,%rax,4)
mov    %rbx,0x38(%rsp)
sub    $0x1,%rbx
mov    %rbx,0xe0(%rsp)
jb     1280 <nussinov+0x130>
mov    $0x2,%ecx
mov    $0x1,%eax
mov    %rax,0x78(%rsp)
mov    0x58(%rsp),%rax
mov    %rax,0x70(%rsp)
mov    0x28(%rsp),%rax
mov    %rax,0x40(%rsp)
mov    0x48(%rsp),%rax
mov    %rax,0x68(%rsp)
xor    %eax,%eax
mov    %rax,0x8(%rsp)
mov    0x50(%rsp),%rsi
jmp    1430 <nussinov+0x2e0>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
mov    0xe8(%rsp),%r15
mov    (%r12,%r15,4),%eax
mov    %eax,(%r14)
add    $0x1,%esi
mov    %r14,%rdi
mov    0xc8(%rsp),%rbp
mov    %rbp,%rdx
mov    0xd0(%rsp),%rbx
mov    %rbx,%rcx
call   1070 <compare@plt>
mov    0x0(%rbp),%eax
mov    %eax,(%r12,%r15,4)
mov    (%rbx),%eax
mov    0x20(%rsp),%rcx
mov    %eax,(%rcx,%r15,4)
cmpl   $0x0,(%rbx)
je     1560 <nussinov+0x410>
mov    0x80(%rsp),%rsi
add    $0xffffffffffffffff,%rsi
mov    0xf0(%rsp),%rcx
add    $0x1,%rcx
mov    0xc0(%rsp),%rax
add    %rax,0x68(%rsp)
mov    0x40(%rsp),%rdx
sub    0xb8(%rsp),%rdx
mov    %rdx,0x40(%rsp)
add    %rax,0x70(%rsp)
addq   $0x1,0x78(%rsp)
cmp    0x60(%rsp),%rcx
mov    0xb0(%rsp),%r15
je     1280 <nussinov+0x130>
mov    %rsi,0x80(%rsp)
mov    %rcx,0xf0(%rsp)
mov    0x8(%rsp),%rbx
lea    0x1(%rbx),%rax
mov    %rax,0x8(%rsp)
mov    0xd8(%rsp),%rdi
mov    0x38(%rsp),%rbp
mov    %ebp,%edx
call   1050 <get_binding_score@plt>
mov    0x80(%rsp),%r11
lea    0x1(%r11),%rcx
mov    0x30(%rsp),%rdx
imul   %rdx,%rcx
add    0xe0(%rsp),%rcx
add    (%r12,%rcx,4),%eax
mov    %r11,%r8
imul   %rdx,%r8
lea    (%r8,%rbp,1),%rcx
mov    %rcx,0xe8(%rsp)
mov    %eax,(%r12,%rcx,4)
mov    $0x1,%eax
test   %rbx,%rbx
movabs $0x200000000,%r10
je     1513 <nussinov+0x3c3>
mov    0x78(%rsp),%r9
and    $0xfffffffffffffffe,%r9
neg    %r9
mov    $0x1,%eax
mov    0x70(%rsp),%rdx
mov    0x40(%rsp),%rdi
mov    0x68(%rsp),%rcx
xchg   %ax,%ax
mov    %rcx,%rbx
sar    $0x1e,%rbx
mov    (%r12,%rdi,1),%ebp
add    (%r12,%rbx,1),%ebp
mov    %ebp,(%r14,%rax,4)
mov    %rdx,%rsi
sar    $0x1e,%rsi
mov    0x0(%r13,%rdi,1),%ebp
add    (%r12,%rsi,1),%ebp
mov    %ebp,0x4(%r14,%rax,4)
add    %r10,%rcx
add    %r15,%rdi
add    %r10,%rdx
lea    (%r9,%rax,1),%rsi
add    $0x2,%rsi
add    $0x2,%rax
cmp    $0x1,%rsi
jne    14d0 <nussinov+0x380>
mov    0x38(%rsp),%rsi
sub    %r11,%rsi
testb  $0x1,0x8(%rsp)
je     1390 <nussinov+0x240>
mov    $0xffffffff,%ecx
add    %rcx,%r8
lea    (%rax,%r11,1),%rcx
add    %ecx,%r8d
movslq %r8d,%rdx
imul   0x30(%rsp),%rcx
add    0x38(%rsp),%rcx
mov    (%r12,%rcx,4),%ecx
add    (%r12,%rdx,4),%ecx
mov    %ecx,(%r14,%rax,4)
jmp    1390 <nussinov+0x240>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
xor    %eax,%eax
cmp    (%r14),%eax
sbb    %eax,%eax
mov    0x20(%rsp),%rcx
mov    %eax,(%rcx,%r15,4)
jmp    13db <nussinov+0x28b>
mov    0x88(%rsp),%rax
mov    %r12,(%rax)
mov    0x90(%rsp),%rax
mov    0x20(%rsp),%rcx
mov    %rcx,(%rax)
add    $0xf8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @nussinov(i8* %0, i32 %1, i32** %2, i32** %3) {
%5 = alloca i8*
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32**
%8 = alloca i32**
%9 = alloca i32*
%10 = alloca i32*
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
%15 = alloca i32*
%16 = alloca i32*
%17 = alloca i32*
store i8* %0, i8** %5
store i32 %1, i32* %6
store i32** %2, i32*** %7
store i32** %3, i32*** %8
%18 = load i32, i32* %6
%19 = call i32* @initialize_square_table(i32 %18)
store i32* %19, i32** %9
%20 = load i32, i32* %6
%21 = call i32* @initialize_square_table(i32 %20)
store i32* %21, i32** %10
%22 = load i32, i32* %6
%23 = sext i32 %22 to i64
%24 = mul i64 %23, 4
%25 = trunc i64 %24 to i32
%26 = call i64 @malloc(i32 %25)
%27 = inttoptr i64 %26 to i32*
store i32* %27, i32** %15
%28 = call i64 @malloc(i32 4)
%29 = inttoptr i64 %28 to i32*
store i32* %29, i32** %16
%30 = call i64 @malloc(i32 4)
%31 = inttoptr i64 %30 to i32*
store i32* %31, i32** %17
store i32 0, i32* %12
br label %32
32: ; preds = %249, %4
%33 = load i32, i32* %12
%34 = load i32, i32* %6
%35 = icmp slt i32 %33, %34
br i1 %35, label %36, label %252
36: ; preds = %32
%37 = load i32*, i32** %10
%38 = load i32, i32* %12
%39 = load i32, i32* %6
%40 = mul nsw i32 %38, %39
%41 = load i32, i32* %12
%42 = add nsw i32 %40, %41
%43 = sext i32 %42 to i64
%44 = getelementptr inbounds i32, i32* %37, i64 %43
store i32 0, i32* %44
%45 = load i32*, i32** %10
%46 = load i32, i32* %12
%47 = add nsw i32 %46, 1
%48 = load i32, i32* %6
%49 = sub nsw i32 %48, 1
%50 = call i32 @min(i32 %47, i32 %49)
%51 = load i32, i32* %6
%52 = mul nsw i32 %50, %51
%53 = load i32, i32* %12
%54 = add nsw i32 %52, %53
%55 = sext i32 %54 to i64
%56 = getelementptr inbounds i32, i32* %45, i64 %55
store i32 0, i32* %56
store i32 0, i32* %11
br label %57
57: ; preds = %85, %36
%58 = load i32, i32* %11
%59 = icmp slt i32 %58, 0
br i1 %59, label %60, label %88
60: ; preds = %57
%61 = load i32*, i32** %10
%62 = load i32, i32* %12
%63 = sub nsw i32 %62, 1
%64 = load i32, i32* %11
%65 = sub nsw i32 %63, %64
%66 = call i32 @max(i32 0, i32 %65)
%67 = load i32, i32* %6
%68 = mul nsw i32 %66, %67
%69 = load i32, i32* %12
%70 = add nsw i32 %68, %69
%71 = sext i32 %70 to i64
%72 = getelementptr inbounds i32, i32* %61, i64 %71
store i32 0, i32* %72
%73 = load i32*, i32** %9
%74 = load i32, i32* %12
%75 = sub nsw i32 %74, 1
%76 = load i32, i32* %11
%77 = sub nsw i32 %75, %76
%78 = call i32 @max(i32 0, i32 %77)
%79 = load i32, i32* %6
%80 = mul nsw i32 %78, %79
%81 = load i32, i32* %12
%82 = add nsw i32 %80, %81
%83 = sext i32 %82 to i64
%84 = getelementptr inbounds i32, i32* %73, i64 %83
store i32 0, i32* %84
br label %85
85: ; preds = %60
%86 = load i32, i32* %11
%87 = add nsw i32 %86, 1
store i32 %87, i32* %11
br label %57
88: ; preds = %57
%89 = load i32*, i32** %9
%90 = load i32, i32* %12
%91 = add nsw i32 %90, 1
%92 = load i32, i32* %6
%93 = sub nsw i32 %92, 1
%94 = call i32 @min(i32 %91, i32 %93)
%95 = load i32, i32* %6
%96 = mul nsw i32 %94, %95
%97 = load i32, i32* %12
%98 = add nsw i32 %96, %97
%99 = sext i32 %98 to i64
%100 = getelementptr inbounds i32, i32* %89, i64 %99
store i32 -3, i32* %100
%101 = load i32*, i32** %9
%102 = load i32, i32* %12
%103 = load i32, i32* %6
%104 = mul nsw i32 %102, %103
%105 = load i32, i32* %12
%106 = add nsw i32 %104, %105
%107 = sext i32 %106 to i64
%108 = getelementptr inbounds i32, i32* %101, i64 %107
store i32 -2, i32* %108
%109 = load i32, i32* %12
%110 = sub nsw i32 %109, 1
%111 = sub nsw i32 %110, 0
store i32 %111, i32* %11
br label %112
112: ; preds = %245, %88
%113 = load i32, i32* %11
%114 = icmp sge i32 %113, 0
br i1 %114, label %115, label %248
115: ; preds = %112
%116 = load i8*, i8** %5
%117 = load i32, i32* %11
%118 = load i32, i32* %12
%119 = call i32 @get_binding_score(i8* %116, i32 %117, i32 %118)
%120 = load i32*, i32** %10
%121 = load i32, i32* %11
%122 = add nsw i32 %121, 1
%123 = load i32, i32* %6
%124 = mul nsw i32 %122, %123
%125 = load i32, i32* %12
%126 = sub nsw i32 %125, 1
%127 = add nsw i32 %124, %126
%128 = sext i32 %127 to i64
%129 = getelementptr inbounds i32, i32* %120, i64 %128
%130 = load i32, i32* %129
%131 = add nsw i32 %119, %130
%132 = load i32*, i32** %10
%133 = load i32, i32* %11
%134 = load i32, i32* %6
%135 = mul nsw i32 %133, %134
%136 = load i32, i32* %12
%137 = add nsw i32 %135, %136
%138 = sext i32 %137 to i64
%139 = getelementptr inbounds i32, i32* %132, i64 %138
store i32 %131, i32* %139
%140 = load i32, i32* %12
%141 = load i32, i32* %11
%142 = sub nsw i32 %140, %141
store i32 %142, i32* %14
store i32 1, i32* %13
br label %143
143: ; preds = %176, %115
%144 = load i32, i32* %13
%145 = load i32, i32* %14
%146 = icmp sle i32 %144, %145
br i1 %146, label %147, label %179
147: ; preds = %143
%148 = load i32*, i32** %10
%149 = load i32, i32* %11
%150 = load i32, i32* %6
%151 = mul nsw i32 %149, %150
%152 = load i32, i32* %11
%153 = load i32, i32* %13
%154 = add nsw i32 %152, %153
%155 = sub nsw i32 %154, 1
%156 = add nsw i32 %151, %155
%157 = sext i32 %156 to i64
%158 = getelementptr inbounds i32, i32* %148, i64 %157
%159 = load i32, i32* %158
%160 = load i32*, i32** %10
%161 = load i32, i32* %11
%162 = load i32, i32* %13
%163 = add nsw i32 %161, %162
%164 = load i32, i32* %6
%165 = mul nsw i32 %163, %164
%166 = load i32, i32* %12
%167 = add nsw i32 %165, %166
%168 = sext i32 %167 to i64
%169 = getelementptr inbounds i32, i32* %160, i64 %168
%170 = load i32, i32* %169
%171 = add nsw i32 %159, %170
%172 = load i32*, i32** %15
%173 = load i32, i32* %13
%174 = sext i32 %173 to i64
%175 = getelementptr inbounds i32, i32* %172, i64 %174
store i32 %171, i32* %175
br label %176
176: ; preds = %147
%177 = load i32, i32* %13
%178 = add nsw i32 %177, 1
store i32 %178, i32* %13
br label %143
179: ; preds = %143
%180 = load i32*, i32** %10
%181 = load i32, i32* %11
%182 = load i32, i32* %6
%183 = mul nsw i32 %181, %182
%184 = load i32, i32* %12
%185 = add nsw i32 %183, %184
%186 = sext i32 %185 to i64
%187 = getelementptr inbounds i32, i32* %180, i64 %186
%188 = load i32, i32* %187
%189 = load i32*, i32** %15
%190 = getelementptr inbounds i32, i32* %189, i64 0
store i32 %188, i32* %190
%191 = load i32*, i32** %15
%192 = load i32, i32* %14
%193 = add nsw i32 %192, 1
%194 = load i32*, i32** %17
%195 = load i32*, i32** %16
%196 = call i32 @compare(i32* %191, i32 %193, i32* %194, i32* %195)
%197 = load i32*, i32** %17
%198 = load i32, i32* %197
%199 = load i32*, i32** %10
%200 = load i32, i32* %11
%201 = load i32, i32* %6
%202 = mul nsw i32 %200, %201
%203 = load i32, i32* %12
%204 = add nsw i32 %202, %203
%205 = sext i32 %204 to i64
%206 = getelementptr inbounds i32, i32* %199, i64 %205
store i32 %198, i32* %206
%207 = load i32*, i32** %16
%208 = load i32, i32* %207
%209 = load i32*, i32** %9
%210 = load i32, i32* %11
%211 = load i32, i32* %6
%212 = mul nsw i32 %210, %211
%213 = load i32, i32* %12
%214 = add nsw i32 %212, %213
%215 = sext i32 %214 to i64
%216 = getelementptr inbounds i32, i32* %209, i64 %215
store i32 %208, i32* %216
%217 = load i32*, i32** %16
%218 = load i32, i32* %217
%219 = icmp eq i32 %218, 0
br i1 %219, label %220, label %244
220: ; preds = %179
%221 = load i32*, i32** %15
%222 = getelementptr inbounds i32, i32* %221, i64 0
%223 = load i32, i32* %222
%224 = icmp eq i32 %223, 0
br i1 %224, label %225, label %234
225: ; preds = %220
%226 = load i32*, i32** %9
%227 = load i32, i32* %11
%228 = load i32, i32* %6
%229 = mul nsw i32 %227, %228
%230 = load i32, i32* %12
%231 = add nsw i32 %229, %230
%232 = sext i32 %231 to i64
%233 = getelementptr inbounds i32, i32* %226, i64 %232
store i32 0, i32* %233
br label %243
234: ; preds = %220
%235 = load i32*, i32** %9
%236 = load i32, i32* %11
%237 = load i32, i32* %6
%238 = mul nsw i32 %236, %237
%239 = load i32, i32* %12
%240 = add nsw i32 %238, %239
%241 = sext i32 %240 to i64
%242 = getelementptr inbounds i32, i32* %235, i64 %241
store i32 -1, i32* %242
br label %243
243: ; preds = %234, %225
br label %244
244: ; preds = %243, %179
br label %245
245: ; preds = %244
%246 = load i32, i32* %11
%247 = add nsw i32 %246, -1
store i32 %247, i32* %11
br label %112
248: ; preds = %112
br label %249
249: ; preds = %248
%250 = load i32, i32* %12
%251 = add nsw i32 %250, 1
store i32 %251, i32* %12
br label %32
252: ; preds = %32
%253 = load i32*, i32** %10
%254 = load i32**, i32*** %8
store i32* %253, i32** %254
%255 = load i32*, i32** %9
%256 = load i32**, i32*** %7
store i32* %255, i32** %256
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @nussinov(i8* %0, i32 %1, i32** nocapture writeonly %2, i32** nocapture writeonly %3) {
%5 = tail call i32* @initialize_square_table(i32 %1)
%6 = tail call i32* @initialize_square_table(i32 %1)
%7 = shl i32 %1, 2
%8 = tail call i64 @malloc(i32 %7)
%9 = inttoptr i64 %8 to i32*
%10 = tail call i64 @malloc(i32 4)
%11 = inttoptr i64 %10 to i32*
%12 = tail call i64 @malloc(i32 4)
%13 = inttoptr i64 %12 to i32*
%14 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %14, label %15, label %135
15: ; preds = %4
%16 = add nsw i32 %1, -1
%17 = zext i32 %1 to i64
%18 = zext i32 %1 to i64
br label %23
19: ; preds = %130, %23
%20 = add nsw i64 %26, 1
%21 = add nuw nsw i64 %25, 1
%22 = icmp eq i64 %32, %18
br i1 %22, label %135, label %23
23: ; preds = %15, %19
%24 = phi i64 [ 0, %15 ], [ %32, %19 ]
%25 = phi i64 [ 2, %15 ], [ %21, %19 ]
%26 = phi i64 [ -1, %15 ], [ %20, %19 ]
%27 = trunc i64 %24 to i32
%28 = mul nsw i32 %27, %1
%29 = sext i32 %28 to i64
%30 = add nsw i64 %24, %29
%31 = getelementptr inbounds i32, i32* %6, i64 %30
store i32 0, i32* %31
%32 = add nuw nsw i64 %24, 1
%33 = trunc i64 %32 to i32
%34 = tail call i32 @min(i32 %33, i32 %16)
%35 = mul nsw i32 %34, %1
%36 = sext i32 %35 to i64
%37 = add nsw i64 %24, %36
%38 = getelementptr inbounds i32, i32* %6, i64 %37
store i32 0, i32* %38
%39 = tail call i32 @min(i32 %33, i32 %16)
%40 = mul nsw i32 %39, %1
%41 = sext i32 %40 to i64
%42 = add nsw i64 %24, %41
%43 = getelementptr inbounds i32, i32* %5, i64 %42
store i32 -3, i32* %43
%44 = getelementptr inbounds i32, i32* %5, i64 %30
store i32 -2, i32* %44
%45 = add nsw i64 %24, -1
%46 = icmp eq i64 %24, 0
br i1 %46, label %19, label %47
47: ; preds = %23, %130
%48 = phi i64 [ %134, %130 ], [ 0, %23 ]
%49 = phi i64 [ %131, %130 ], [ %26, %23 ]
%50 = phi i64 [ %132, %130 ], [ 2, %23 ]
%51 = add i64 %48, 1
%52 = trunc i64 %49 to i32
%53 = tail call i32 @get_binding_score(i8* %0, i32 %52, i32 %27)
%54 = add nuw nsw i64 %49, 1
%55 = mul nsw i64 %54, %17
%56 = add nsw i64 %55, %45
%57 = getelementptr inbounds i32, i32* %6, i64 %56
%58 = load i32, i32* %57
%59 = add nsw i32 %58, %53
%60 = mul nsw i64 %49, %17
%61 = add nsw i64 %60, %24
%62 = getelementptr inbounds i32, i32* %6, i64 %61
store i32 %59, i32* %62
%63 = sub nsw i64 %24, %49
%64 = add i64 %60, 4294967295
%65 = and i64 %51, 1
%66 = icmp eq i64 %48, 0
br i1 %66, label %100, label %67
67: ; preds = %47
%68 = and i64 %51, -2
br label %69
69: ; preds = %69, %67
%70 = phi i64 [ 1, %67 ], [ %97, %69 ]
%71 = phi i64 [ 0, %67 ], [ %98, %69 ]
%72 = add nsw i64 %70, %49
%73 = add i64 %64, %72
%74 = shl i64 %73, 32
%75 = ashr exact i64 %74, 32
%76 = getelementptr inbounds i32, i32* %6, i64 %75
%77 = load i32, i32* %76
%78 = mul nsw i64 %72, %17
%79 = add nsw i64 %78, %24
%80 = getelementptr inbounds i32, i32* %6, i64 %79
%81 = load i32, i32* %80
%82 = add nsw i32 %81, %77
%83 = getelementptr inbounds i32, i32* %9, i64 %70
store i32 %82, i32* %83
%84 = add nuw nsw i64 %70, 1
%85 = add nsw i64 %84, %49
%86 = add i64 %64, %85
%87 = shl i64 %86, 32
%88 = ashr exact i64 %87, 32
%89 = getelementptr inbounds i32, i32* %6, i64 %88
%90 = load i32, i32* %89
%91 = mul nsw i64 %85, %17
%92 = add nsw i64 %91, %24
%93 = getelementptr inbounds i32, i32* %6, i64 %92
%94 = load i32, i32* %93
%95 = add nsw i32 %94, %90
%96 = getelementptr inbounds i32, i32* %9, i64 %84
store i32 %95, i32* %96
%97 = add nuw nsw i64 %70, 2
%98 = add i64 %71, 2
%99 = icmp eq i64 %98, %68
br i1 %99, label %100, label %69
100: ; preds = %69, %47
%101 = phi i64 [ 1, %47 ], [ %97, %69 ]
%102 = icmp eq i64 %65, 0
br i1 %102, label %116, label %103
103: ; preds = %100
%104 = add nsw i64 %101, %49
%105 = add i64 %64, %104
%106 = shl i64 %105, 32
%107 = ashr exact i64 %106, 32
%108 = getelementptr inbounds i32, i32* %6, i64 %107
%109 = load i32, i32* %108
%110 = mul nsw i64 %104, %17
%111 = add nsw i64 %110, %24
%112 = getelementptr inbounds i32, i32* %6, i64 %111
%113 = load i32, i32* %112
%114 = add nsw i32 %113, %109
%115 = getelementptr inbounds i32, i32* %9, i64 %101
store i32 %114, i32* %115
br label %116
116: ; preds = %100, %103
%117 = load i32, i32* %62
store i32 %117, i32* %9
%118 = trunc i64 %63 to i32
%119 = add i32 %118, 1
%120 = tail call i32 @compare(i32* %9, i32 %119, i32* %13, i32* %11)
%121 = load i32, i32* %13
store i32 %121, i32* %62
%122 = load i32, i32* %11
%123 = getelementptr inbounds i32, i32* %5, i64 %61
store i32 %122, i32* %123
%124 = load i32, i32* %11
%125 = icmp eq i32 %124, 0
br i1 %125, label %126, label %130
126: ; preds = %116
%127 = load i32, i32* %9
%128 = icmp ne i32 %127, 0
%129 = sext i1 %128 to i32
store i32 %129, i32* %123
br label %130
130: ; preds = %126, %116
%131 = add nsw i64 %49, -1
%132 = add nuw nsw i64 %50, 1
%133 = icmp eq i64 %132, %25
%134 = add i64 %48, 1
br i1 %133, label %19, label %47
135: ; preds = %19, %4
store i32* %6, i32** %3
store i32* %5, i32** %2
ret void
}