#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
float ComparePairAlignments(char *, char *, char *, char *);
float CompareMultAlignments(char **kseqs, char **tseqs, int N) {
  int i, j;
  float score;
  float tot_score = 0.0;
  for (i = 0; i < N; i++)
    for (j = i + 1; j < N; j++) {
      score = ComparePairAlignments(kseqs[i], kseqs[j], tseqs[i], tseqs[j]);
      if (score < 0.0)
        return -1.0;
      tot_score += score;
    }
  return ((tot_score * 2.0) / ((float)N * ((float)N - 1.0)));
}


x86 assembly (clang, -O0):
<CompareMultAlignments>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x10(%rbp)
mov    %rsi,-0x18(%rbp)
mov    %edx,-0x1c(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movss  %xmm0,-0x2c(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jge    11e5 <CompareMultAlignments+0xd5>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jge    11d2 <CompareMultAlignments+0xc2>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rsi
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdx
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rcx
call   1030 <ComparePairAlignments@plt>
movss  %xmm0,-0x28(%rbp)
movss  -0x28(%rbp),%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm1
xorps  %xmm0,%xmm0
ucomisd %xmm1,%xmm0
jbe    11b5 <CompareMultAlignments+0xa5>
movss  0xe65(%rip),%xmm0
movss  %xmm0,-0x4(%rbp)
jmp    1229 <CompareMultAlignments+0x119>
movss  -0x28(%rbp),%xmm0
addss  -0x2c(%rbp),%xmm0
movss  %xmm0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1147 <CompareMultAlignments+0x37>
jmp    11d7 <CompareMultAlignments+0xc7>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    1132 <CompareMultAlignments+0x22>
movss  -0x2c(%rbp),%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm0
movsd  0xe12(%rip),%xmm1
mulsd  %xmm1,%xmm0
cvtsi2ssl -0x1c(%rbp),%xmm1
cvtss2sd %xmm1,%xmm1
cvtsi2ssl -0x1c(%rbp),%xmm2
cvtss2sd %xmm2,%xmm2
movsd  0xdec(%rip),%xmm3
subsd  %xmm3,%xmm2
mulsd  %xmm2,%xmm1
divsd  %xmm1,%xmm0
cvtsd2ss %xmm0,%xmm0
movss  %xmm0,-0x4(%rbp)
movss  -0x4(%rbp),%xmm0
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<CompareMultAlignments>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x28,%rsp
test   %edx,%edx
mov    %edx,0x8(%rsp)
jle    11e7 <CompareMultAlignments+0xd7>
mov    %rsi,%rax
mov    %edx,%ecx
xor    %r14d,%r14d
mov    %rcx,0x10(%rsp)
mov    %rdi,%rbp
mov    %rsi,%r12
xorps  %xmm0,%xmm0
mov    %rcx,0x18(%rsp)
jmp    116d <CompareMultAlignments+0x5d>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x8,%r12
add    $0x8,%rbp
addq   $0xffffffffffffffff,0x10(%rsp)
mov    0x18(%rsp),%rcx
mov    0x20(%rsp),%r14
cmp    %rcx,%r14
je     11ea <CompareMultAlignments+0xda>
lea    0x1(%r14),%rdx
mov    %rdx,0x20(%rsp)
cmp    %rcx,%rdx
jae    1150 <CompareMultAlignments+0x40>
mov    $0x1,%r15d
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
movss  %xmm0,0xc(%rsp)
mov    %rdi,%rbx
mov    (%rdi,%r14,8),%rdi
mov    0x0(%rbp,%r15,8),%rsi
mov    %rax,%r13
mov    (%rax,%r14,8),%rdx
mov    (%r12,%r15,8),%rcx
call   1030 <ComparePairAlignments@plt>
xorps  %xmm1,%xmm1
ucomiss %xmm0,%xmm1
ja     11dd <CompareMultAlignments+0xcd>
movss  0xc(%rsp),%xmm1
addss  %xmm0,%xmm1
movaps %xmm1,%xmm0
add    $0x1,%r15
cmp    %r15,0x10(%rsp)
mov    %r13,%rax
mov    %rbx,%rdi
jne    1190 <CompareMultAlignments+0x80>
jmp    1150 <CompareMultAlignments+0x40>
movss  0xe1b(%rip),%xmm0
jmp    1217 <CompareMultAlignments+0x107>
xorps  %xmm0,%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm0
xorps  %xmm1,%xmm1
cvtsi2ssl 0x8(%rsp),%xmm1
addsd  %xmm0,%xmm0
cvtss2sd %xmm1,%xmm1
movsd  0xe01(%rip),%xmm2
addsd  %xmm1,%xmm2
mulsd  %xmm1,%xmm2
divsd  %xmm2,%xmm0
cvtsd2ss %xmm0,%xmm0
add    $0x28,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define float @CompareMultAlignments(i8** %0, i8** %1, i32 %2) {
%4 = alloca float
%5 = alloca i8**
%6 = alloca i8**
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca float
%11 = alloca float
store i8** %0, i8*** %5
store i8** %1, i8*** %6
store i32 %2, i32* %7
store float 0.000000e+00, float* %11
store i32 0, i32* %8
br label %12
12: ; preds = %57, %3
%13 = load i32, i32* %8
%14 = load i32, i32* %7
%15 = icmp slt i32 %13, %14
br i1 %15, label %16, label %60
16: ; preds = %12
%17 = load i32, i32* %8
%18 = add nsw i32 %17, 1
store i32 %18, i32* %9
br label %19
19: ; preds = %53, %16
%20 = load i32, i32* %9
%21 = load i32, i32* %7
%22 = icmp slt i32 %20, %21
br i1 %22, label %23, label %56
23: ; preds = %19
%24 = load i8**, i8*** %5
%25 = load i32, i32* %8
%26 = sext i32 %25 to i64
%27 = getelementptr inbounds i8*, i8** %24, i64 %26
%28 = load i8*, i8** %27
%29 = load i8**, i8*** %5
%30 = load i32, i32* %9
%31 = sext i32 %30 to i64
%32 = getelementptr inbounds i8*, i8** %29, i64 %31
%33 = load i8*, i8** %32
%34 = load i8**, i8*** %6
%35 = load i32, i32* %8
%36 = sext i32 %35 to i64
%37 = getelementptr inbounds i8*, i8** %34, i64 %36
%38 = load i8*, i8** %37
%39 = load i8**, i8*** %6
%40 = load i32, i32* %9
%41 = sext i32 %40 to i64
%42 = getelementptr inbounds i8*, i8** %39, i64 %41
%43 = load i8*, i8** %42
%44 = call float @ComparePairAlignments(i8* %28, i8* %33, i8* %38, i8* %43)
store float %44, float* %10
%45 = load float, float* %10
%46 = fpext float %45 to double
%47 = fcmp olt double %46, 0.000000e+00
br i1 %47, label %48, label %49
48: ; preds = %23
store float -1.000000e+00, float* %4
br label %74
49: ; preds = %23
%50 = load float, float* %10
%51 = load float, float* %11
%52 = fadd float %51, %50
store float %52, float* %11
br label %53
53: ; preds = %49
%54 = load i32, i32* %9
%55 = add nsw i32 %54, 1
store i32 %55, i32* %9
br label %19
56: ; preds = %19
br label %57
57: ; preds = %56
%58 = load i32, i32* %8
%59 = add nsw i32 %58, 1
store i32 %59, i32* %8
br label %12
60: ; preds = %12
%61 = load float, float* %11
%62 = fpext float %61 to double
%63 = fmul double %62, 2.000000e+00
%64 = load i32, i32* %7
%65 = sitofp i32 %64 to float
%66 = fpext float %65 to double
%67 = load i32, i32* %7
%68 = sitofp i32 %67 to float
%69 = fpext float %68 to double
%70 = fsub double %69, 1.000000e+00
%71 = fmul double %66, %70
%72 = fdiv double %63, %71
%73 = fptrunc double %72 to float
store float %73, float* %4
br label %74
74: ; preds = %60, %48
%75 = load float, float* %4
ret float %75
}

LLVM IR (-O2):
define float @CompareMultAlignments(i8** nocapture %0, i8** nocapture %1, i32 %2) {
%4 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %4, label %5, label %36
5: ; preds = %3
%6 = zext i32 %2 to i64
%7 = zext i32 %2 to i64
br label %12
8: ; preds = %32, %12
%9 = phi float [ %15, %12 ], [ %33, %32 ]
%10 = add nuw nsw i64 %14, 1
%11 = icmp eq i64 %16, %7
br i1 %11, label %36, label %12
12: ; preds = %5, %8
%13 = phi i64 [ 0, %5 ], [ %16, %8 ]
%14 = phi i64 [ 1, %5 ], [ %10, %8 ]
%15 = phi float [ 0.000000e+00, %5 ], [ %9, %8 ]
%16 = add nuw nsw i64 %13, 1
%17 = icmp ult i64 %16, %6
br i1 %17, label %18, label %8
18: ; preds = %12
%19 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %13
%20 = getelementptr inbounds i8*, i8** %1, i64 %13
br label %21
21: ; preds = %18, %32
%22 = phi i64 [ %14, %18 ], [ %34, %32 ]
%23 = phi float [ %15, %18 ], [ %33, %32 ]
%24 = load i8*, i8** %19
%25 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %22
%26 = load i8*, i8** %25
%27 = load i8*, i8** %20
%28 = getelementptr inbounds i8*, i8** %1, i64 %22
%29 = load i8*, i8** %28
%30 = tail call float @ComparePairAlignments(i8* %24, i8* %26, i8* %27, i8* %29)
%31 = fcmp olt float %30, 0.000000e+00
br i1 %31, label %46, label %32
32: ; preds = %21
%33 = fadd float %23, %30
%34 = add nuw nsw i64 %22, 1
%35 = icmp eq i64 %34, %7
br i1 %35, label %8, label %21
36: ; preds = %8, %3
%37 = phi float [ 0.000000e+00, %3 ], [ %9, %8 ]
%38 = fpext float %37 to double
%39 = fmul double %38, 2.000000e+00
%40 = sitofp i32 %2 to float
%41 = fpext float %40 to double
%42 = fadd double %41, -1.000000e+00
%43 = fmul double %42, %41
%44 = fdiv double %39, %43
%45 = fptrunc double %44 to float
br label %46
46: ; preds = %21, %36
%47 = phi float [ %45, %36 ], [ -1.000000e+00, %21 ]
ret float %47
}