#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
scalar_t__ WeightNt(char, char);
scalar_t__ tolower(char);
int Sop(char **aln_seq, int aln_len, int n_seq, int *col_cost) {
  int l, i, j;
  int col_score, sum;
  char nt[2];
  sum = 0;
  for (l = 0; l < aln_len; l++) {
    col_score = 0;
    for (i = 0; i < n_seq - 1; i++) {
      for (j = i + 1; j < n_seq; j++) {
        nt[0] = (char)tolower(aln_seq[i][l]);
        nt[1] = (char)tolower(aln_seq[j][l]);
        col_score += WeightNt(nt[0], nt[1]);
      }
    }
    col_cost[l] = col_score;
    sum += col_score;
  }
  return sum;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<Sop>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %edx,-0x10(%rbp)
mov    %rcx,-0x18(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    121e <Sop+0xfe>
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
mov    -0x10(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jge    11f9 <Sop+0xd9>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x10(%rbp),%eax
jge    11e6 <Sop+0xc6>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%edi
call   1040 <tolower@plt>
mov    %al,-0x2e(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%edi
call   1040 <tolower@plt>
mov    %al,-0x2d(%rbp)
mov    -0x2e(%rbp),%al
movsbl %al,%edi
movsbl -0x2d(%rbp),%esi
call   1030 <WeightNt@plt>
mov    %rax,%rcx
movslq -0x28(%rbp),%rax
add    %rcx,%rax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1178 <Sop+0x58>
jmp    11eb <Sop+0xcb>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    115e <Sop+0x3e>
mov    -0x28(%rbp),%edx
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    -0x2c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    1144 <Sop+0x24>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<Sop>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x58,%rsp
mov    %rcx,0x30(%rsp)
test   %esi,%esi
jle    124b <Sop+0x12b>
mov    %rdi,%rbx
lea    -0x1(%rdx),%eax
mov    %rax,0x40(%rsp)
movslq %edx,%rax
mov    %esi,%ecx
mov    %rcx,0x20(%rsp)
mov    %rax,0x38(%rsp)
mov    %eax,%eax
mov    %rax,0x18(%rsp)
xor    %ecx,%ecx
xor    %eax,%eax
mov    %rdx,0x28(%rsp)
jmp    1199 <Sop+0x79>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
mov    0x30(%rsp),%rax
mov    0x8(%rsp),%rcx
mov    %r12d,(%rax,%rcx,4)
mov    0x4(%rsp),%eax
add    %r12d,%eax
add    $0x1,%rcx
cmp    0x20(%rsp),%rcx
mov    0x28(%rsp),%rdx
je     124d <Sop+0x12d>
mov    %rcx,0x8(%rsp)
mov    %eax,0x4(%rsp)
mov    $0x0,%r12d
cmp    $0x2,%edx
jl     1170 <Sop+0x50>
xor    %r15d,%r15d
mov    0x18(%rsp),%rax
mov    %rbx,%rcx
xor    %r12d,%r12d
jmp    11d9 <Sop+0xb9>
nopl   (%rax)
mov    0x10(%rsp),%rcx
add    $0x8,%rcx
add    $0xffffffffffffffff,%rax
mov    0x48(%rsp),%r15
cmp    0x40(%rsp),%r15
je     1170 <Sop+0x50>
lea    0x1(%r15),%rdx
mov    %rdx,0x48(%rsp)
cmp    0x38(%rsp),%rdx
mov    %rcx,0x10(%rsp)
jge    11c0 <Sop+0xa0>
mov    $0x1,%r13d
mov    %rax,0x50(%rsp)
nopl   0x0(%rax)
mov    (%rbx,%r15,8),%rax
mov    0x8(%rsp),%r14
movsbl (%rax,%r14,1),%edi
call   1040 <tolower@plt>
mov    %rax,%rbp
mov    0x10(%rsp),%rax
mov    (%rax,%r13,8),%rax
movsbl (%rax,%r14,1),%edi
call   1040 <tolower@plt>
movsbl %bpl,%edi
movsbl %al,%esi
call   1030 <WeightNt@plt>
add    %eax,%r12d
mov    0x50(%rsp),%rax
add    $0x1,%r13
cmp    %r13,%rax
jne    1200 <Sop+0xe0>
jmp    11c0 <Sop+0xa0>
xor    %eax,%eax
add    $0x58,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @Sop(i8** %0, i32 %1, i32 %2, i32* %3) {
%5 = alloca i8**
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32*
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca [2 x i8]
store i8** %0, i8*** %5
store i32 %1, i32* %6
store i32 %2, i32* %7
store i32* %3, i32** %8
store i32 0, i32* %13
store i32 0, i32* %9
br label %15
15: ; preds = %82, %4
%16 = load i32, i32* %9
%17 = load i32, i32* %6
%18 = icmp slt i32 %16, %17
br i1 %18, label %19, label %85
19: ; preds = %15
store i32 0, i32* %12
store i32 0, i32* %10
br label %20
20: ; preds = %70, %19
%21 = load i32, i32* %10
%22 = load i32, i32* %7
%23 = sub nsw i32 %22, 1
%24 = icmp slt i32 %21, %23
br i1 %24, label %25, label %73
25: ; preds = %20
%26 = load i32, i32* %10
%27 = add nsw i32 %26, 1
store i32 %27, i32* %11
br label %28
28: ; preds = %66, %25
%29 = load i32, i32* %11
%30 = load i32, i32* %7
%31 = icmp slt i32 %29, %30
br i1 %31, label %32, label %69
32: ; preds = %28
%33 = load i8**, i8*** %5
%34 = load i32, i32* %10
%35 = sext i32 %34 to i64
%36 = getelementptr inbounds i8*, i8** %33, i64 %35
%37 = load i8*, i8** %36
%38 = load i32, i32* %9
%39 = sext i32 %38 to i64
%40 = getelementptr inbounds i8, i8* %37, i64 %39
%41 = load i8, i8* %40
%42 = call i64 @tolower(i8 signext %41)
%43 = trunc i64 %42 to i8
%44 = getelementptr inbounds [2 x i8], [2 x i8]* %14, i64 0, i64 0
store i8 %43, i8* %44
%45 = load i8**, i8*** %5
%46 = load i32, i32* %11
%47 = sext i32 %46 to i64
%48 = getelementptr inbounds i8*, i8** %45, i64 %47
%49 = load i8*, i8** %48
%50 = load i32, i32* %9
%51 = sext i32 %50 to i64
%52 = getelementptr inbounds i8, i8* %49, i64 %51
%53 = load i8, i8* %52
%54 = call i64 @tolower(i8 signext %53)
%55 = trunc i64 %54 to i8
%56 = getelementptr inbounds [2 x i8], [2 x i8]* %14, i64 0, i64 1
store i8 %55, i8* %56
%57 = getelementptr inbounds [2 x i8], [2 x i8]* %14, i64 0, i64 0
%58 = load i8, i8* %57
%59 = getelementptr inbounds [2 x i8], [2 x i8]* %14, i64 0, i64 1
%60 = load i8, i8* %59
%61 = call i64 @WeightNt(i8 signext %58, i8 signext %60)
%62 = load i32, i32* %12
%63 = sext i32 %62 to i64
%64 = add nsw i64 %63, %61
%65 = trunc i64 %64 to i32
store i32 %65, i32* %12
br label %66
66: ; preds = %32
%67 = load i32, i32* %11
%68 = add nsw i32 %67, 1
store i32 %68, i32* %11
br label %28
69: ; preds = %28
br label %70
70: ; preds = %69
%71 = load i32, i32* %10
%72 = add nsw i32 %71, 1
store i32 %72, i32* %10
br label %20
73: ; preds = %20
%74 = load i32, i32* %12
%75 = load i32*, i32** %8
%76 = load i32, i32* %9
%77 = sext i32 %76 to i64
%78 = getelementptr inbounds i32, i32* %75, i64 %77
store i32 %74, i32* %78
%79 = load i32, i32* %12
%80 = load i32, i32* %13
%81 = add nsw i32 %80, %79
store i32 %81, i32* %13
br label %82
82: ; preds = %73
%83 = load i32, i32* %9
%84 = add nsw i32 %83, 1
store i32 %84, i32* %9
br label %15
85: ; preds = %15
%86 = load i32, i32* %13
ret i32 %86
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @Sop(i8** nocapture %0, i32 %1, i32 %2, i32* nocapture writeonly %3) {
%5 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %5, label %6, label %53
6: ; preds = %4
%7 = add i32 %2, -1
%8 = icmp sgt i32 %2, 1
%9 = sext i32 %2 to i64
%10 = zext i32 %1 to i64
%11 = zext i32 %7 to i64
%12 = zext i32 %2 to i64
br label %13
13: ; preds = %6, %47
%14 = phi i64 [ 0, %6 ], [ %51, %47 ]
%15 = phi i32 [ 0, %6 ], [ %50, %47 ]
br i1 %8, label %20, label %47
16: ; preds = %28, %20
%17 = phi i32 [ %23, %20 ], [ %44, %28 ]
%18 = add nuw nsw i64 %22, 1
%19 = icmp eq i64 %24, %11
br i1 %19, label %47, label %20
20: ; preds = %13, %16
%21 = phi i64 [ %24, %16 ], [ 0, %13 ]
%22 = phi i64 [ %18, %16 ], [ 1, %13 ]
%23 = phi i32 [ %17, %16 ], [ 0, %13 ]
%24 = add nuw nsw i64 %21, 1
%25 = icmp slt i64 %24, %9
br i1 %25, label %26, label %16
26: ; preds = %20
%27 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %21
br label %28
28: ; preds = %26, %28
%29 = phi i64 [ %22, %26 ], [ %45, %28 ]
%30 = phi i32 [ %23, %26 ], [ %44, %28 ]
%31 = load i8*, i8** %27
%32 = getelementptr inbounds i8, i8* %31, i64 %14
%33 = load i8, i8* %32
%34 = tail call i64 @tolower(i8 signext %33)
%35 = trunc i64 %34 to i8
%36 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %29
%37 = load i8*, i8** %36
%38 = getelementptr inbounds i8, i8* %37, i64 %14
%39 = load i8, i8* %38
%40 = tail call i64 @tolower(i8 signext %39)
%41 = trunc i64 %40 to i8
%42 = tail call i64 @WeightNt(i8 signext %35, i8 signext %41)
%43 = trunc i64 %42 to i32
%44 = add i32 %30, %43
%45 = add nuw nsw i64 %29, 1
%46 = icmp eq i64 %45, %12
br i1 %46, label %16, label %28
47: ; preds = %16, %13
%48 = phi i32 [ 0, %13 ], [ %17, %16 ]
%49 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %14
store i32 %48, i32* %49
%50 = add nsw i32 %48, %15
%51 = add nuw nsw i64 %14, 1
%52 = icmp eq i64 %51, %10
br i1 %52, label %53, label %13
53: ; preds = %47, %4
%54 = phi i32 [ 0, %4 ], [ %50, %47 ]
ret i32 %54
}