int filter_positions_v5(int *pos, char *strand, int n, int max_ul, int max_el,
                        int max_il, int el, int *filtered_pos,
                        char *filtered_strand) {
  int i;
  int nout = 0;
  int current_pos;
  int current_strand;
  for (i = 1; i <= n; i++) {
    current_pos = pos[i];
    current_strand = strand[i];
    if (current_pos < 0) {
      current_pos = -current_pos;
      if (current_pos <= max_ul) {
        nout++;
        filtered_pos[nout] = -current_pos;
        filtered_strand[nout] = current_strand;
      }
    } else {
      if (current_pos <= el) {
        if (current_pos <= max_el) {
          nout++;
          filtered_pos[nout] = current_pos;
          filtered_strand[nout] = current_strand;
        }
      } else {
        current_pos = current_pos - el;
        if (current_pos <= max_il) {
          nout++;
          filtered_pos[nout] = current_pos + el;
          filtered_strand[nout] = current_strand;
        }
      }
    }
  }
  return nout;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<filter_positions_v5>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    0x20(%rbp),%rax
mov    0x18(%rbp),%rax
mov    0x10(%rbp),%eax
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %ecx,-0x18(%rbp)
mov    %r8d,-0x1c(%rbp)
mov    %r9d,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
movl   $0x1,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jg     1248 <filter_positions_v5+0x148>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
cmpl   $0x0,-0x2c(%rbp)
jge    11a8 <filter_positions_v5+0xa8>
xor    %eax,%eax
sub    -0x2c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x18(%rbp),%eax
jg     11a3 <filter_positions_v5+0xa3>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
xor    %edx,%edx
sub    -0x2c(%rbp),%edx
mov    0x18(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x30(%rbp),%eax
mov    %al,%dl
mov    0x20(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
jmp    1235 <filter_positions_v5+0x135>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    0x10(%rbp),%eax
jg     11ec <filter_positions_v5+0xec>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jg     11e7 <filter_positions_v5+0xe7>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%edx
mov    0x18(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x30(%rbp),%eax
mov    %al,%dl
mov    0x20(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
jmp    1230 <filter_positions_v5+0x130>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
sub    0x10(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x20(%rbp),%eax
jg     122b <filter_positions_v5+0x12b>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%edx
add    0x10(%rbp),%edx
mov    0x18(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x30(%rbp),%eax
mov    %al,%dl
mov    0x20(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
jmp    1230 <filter_positions_v5+0x130>
jmp    1235 <filter_positions_v5+0x135>
jmp    123a <filter_positions_v5+0x13a>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1133 <filter_positions_v5+0x33>
mov    -0x28(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<filter_positions_v5>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
test   %edx,%edx
jle    1187 <filter_positions_v5+0x87>
mov    0x48(%rsp),%r10
mov    0x40(%rsp),%r11
mov    0x38(%rsp),%r14d
add    $0x1,%edx
xor    %eax,%eax
mov    $0x1,%ebx
jmp    114a <filter_positions_v5+0x4a>
nopl   0x0(%rax)
movslq %eax,%rbp
lea    0x1(%rbp),%rax
mov    %r13d,0x4(%r11,%rbp,4)
mov    %r15b,0x1(%r10,%rbp,1)
add    $0x1,%rbx
cmp    %rbx,%rdx
je     1189 <filter_positions_v5+0x89>
mov    (%rdi,%rbx,4),%r13d
movzbl (%rsi,%rbx,1),%r15d
test   %r13d,%r13d
js     1170 <filter_positions_v5+0x70>
mov    %r13d,%r12d
sub    %r14d,%r12d
jle    1180 <filter_positions_v5+0x80>
cmp    %r9d,%r12d
jle    1130 <filter_positions_v5+0x30>
jmp    1141 <filter_positions_v5+0x41>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
mov    %r13d,%ebp
neg    %ebp
cmp    %ecx,%ebp
jle    1130 <filter_positions_v5+0x30>
jmp    1141 <filter_positions_v5+0x41>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
cmp    %r8d,%r13d
jle    1130 <filter_positions_v5+0x30>
jmp    1141 <filter_positions_v5+0x41>
xor    %eax,%eax
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @filter_positions_v5(i32* %0, i8* %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4, i32 %5, i32 %6, i32* %7, i8* %8) {
%10 = alloca i32*
%11 = alloca i8*
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
%15 = alloca i32
%16 = alloca i32
%17 = alloca i32*
%18 = alloca i8*
%19 = alloca i32
%20 = alloca i32
%21 = alloca i32
%22 = alloca i32
store i32* %0, i32** %10
store i8* %1, i8** %11
store i32 %2, i32* %12
store i32 %3, i32* %13
store i32 %4, i32* %14
store i32 %5, i32* %15
store i32 %6, i32* %16
store i32* %7, i32** %17
store i8* %8, i8** %18
store i32 0, i32* %20
store i32 1, i32* %19
br label %23
23: ; preds = %112, %9
%24 = load i32, i32* %19
%25 = load i32, i32* %12
%26 = icmp sle i32 %24, %25
br i1 %26, label %27, label %115
27: ; preds = %23
%28 = load i32*, i32** %10
%29 = load i32, i32* %19
%30 = sext i32 %29 to i64
%31 = getelementptr inbounds i32, i32* %28, i64 %30
%32 = load i32, i32* %31
store i32 %32, i32* %21
%33 = load i8*, i8** %11
%34 = load i32, i32* %19
%35 = sext i32 %34 to i64
%36 = getelementptr inbounds i8, i8* %33, i64 %35
%37 = load i8, i8* %36
%38 = sext i8 %37 to i32
store i32 %38, i32* %22
%39 = load i32, i32* %21
%40 = icmp slt i32 %39, 0
br i1 %40, label %41, label %63
41: ; preds = %27
%42 = load i32, i32* %21
%43 = sub nsw i32 0, %42
store i32 %43, i32* %21
%44 = load i32, i32* %21
%45 = load i32, i32* %13
%46 = icmp sle i32 %44, %45
br i1 %46, label %47, label %62
47: ; preds = %41
%48 = load i32, i32* %20
%49 = add nsw i32 %48, 1
store i32 %49, i32* %20
%50 = load i32, i32* %21
%51 = sub nsw i32 0, %50
%52 = load i32*, i32** %17
%53 = load i32, i32* %20
%54 = sext i32 %53 to i64
%55 = getelementptr inbounds i32, i32* %52, i64 %54
store i32 %51, i32* %55
%56 = load i32, i32* %22
%57 = trunc i32 %56 to i8
%58 = load i8*, i8** %18
%59 = load i32, i32* %20
%60 = sext i32 %59 to i64
%61 = getelementptr inbounds i8, i8* %58, i64 %60
store i8 %57, i8* %61
br label %62
62: ; preds = %47, %41
br label %111
63: ; preds = %27
%64 = load i32, i32* %21
%65 = load i32, i32* %16
%66 = icmp sle i32 %64, %65
br i1 %66, label %67, label %86
67: ; preds = %63
%68 = load i32, i32* %21
%69 = load i32, i32* %14
%70 = icmp sle i32 %68, %69
br i1 %70, label %71, label %85
71: ; preds = %67
%72 = load i32, i32* %20
%73 = add nsw i32 %72, 1
store i32 %73, i32* %20
%74 = load i32, i32* %21
%75 = load i32*, i32** %17
%76 = load i32, i32* %20
%77 = sext i32 %76 to i64
%78 = getelementptr inbounds i32, i32* %75, i64 %77
store i32 %74, i32* %78
%79 = load i32, i32* %22
%80 = trunc i32 %79 to i8
%81 = load i8*, i8** %18
%82 = load i32, i32* %20
%83 = sext i32 %82 to i64
%84 = getelementptr inbounds i8, i8* %81, i64 %83
store i8 %80, i8* %84
br label %85
85: ; preds = %71, %67
br label %110
86: ; preds = %63
%87 = load i32, i32* %21
%88 = load i32, i32* %16
%89 = sub nsw i32 %87, %88
store i32 %89, i32* %21
%90 = load i32, i32* %21
%91 = load i32, i32* %15
%92 = icmp sle i32 %90, %91
br i1 %92, label %93, label %109
93: ; preds = %86
%94 = load i32, i32* %20
%95 = add nsw i32 %94, 1
store i32 %95, i32* %20
%96 = load i32, i32* %21
%97 = load i32, i32* %16
%98 = add nsw i32 %96, %97
%99 = load i32*, i32** %17
%100 = load i32, i32* %20
%101 = sext i32 %100 to i64
%102 = getelementptr inbounds i32, i32* %99, i64 %101
store i32 %98, i32* %102
%103 = load i32, i32* %22
%104 = trunc i32 %103 to i8
%105 = load i8*, i8** %18
%106 = load i32, i32* %20
%107 = sext i32 %106 to i64
%108 = getelementptr inbounds i8, i8* %105, i64 %107
store i8 %104, i8* %108
br label %109
109: ; preds = %93, %86
br label %110
110: ; preds = %109, %85
br label %111
111: ; preds = %110, %62
br label %112
112: ; preds = %111
%113 = load i32, i32* %19
%114 = add nsw i32 %113, 1
store i32 %114, i32* %19
br label %23
115: ; preds = %23
%116 = load i32, i32* %20
ret i32 %116
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @filter_positions_v5(i32* nocapture %0, i8* nocapture %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4, i32 %5, i32 %6, i32* nocapture writeonly %7, i8* nocapture writeonly %8) {
%10 = icmp slt i32 %2, 1
br i1 %10, label %41, label %11
11: ; preds = %9
%12 = add nuw i32 %2, 1
%13 = zext i32 %12 to i64
br label %14
14: ; preds = %11, %37
%15 = phi i64 [ 1, %11 ], [ %39, %37 ]
%16 = phi i32 [ 0, %11 ], [ %38, %37 ]
%17 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %15
%18 = load i32, i32* %17
%19 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %15
%20 = load i8, i8* %19
%21 = icmp slt i32 %18, 0
br i1 %21, label %22, label %25
22: ; preds = %14
%23 = sub nsw i32 0, %18
%24 = icmp sgt i32 %23, %3
br i1 %24, label %37, label %32
25: ; preds = %14
%26 = icmp sgt i32 %18, %6
br i1 %26, label %29, label %27
27: ; preds = %25
%28 = icmp sgt i32 %18, %4
br i1 %28, label %37, label %32
29: ; preds = %25
%30 = sub nsw i32 %18, %6
%31 = icmp sgt i32 %30, %5
br i1 %31, label %37, label %32
32: ; preds = %29, %27, %22
%33 = add nsw i32 %16, 1
%34 = sext i32 %33 to i64
%35 = getelementptr inbounds i32, i32* %7, i64 %34
store i32 %18, i32* %35
%36 = getelementptr inbounds i8, i8* %8, i64 %34
store i8 %20, i8* %36
br label %37
37: ; preds = %32, %22, %29, %27
%38 = phi i32 [ %16, %22 ], [ %16, %27 ], [ %16, %29 ], [ %33, %32 ]
%39 = add nuw nsw i64 %15, 1
%40 = icmp eq i64 %39, %13
br i1 %40, label %41, label %14
41: ; preds = %37, %9
%42 = phi i32 [ 0, %9 ], [ %38, %37 ]
ret i32 %42
}