#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ Die(char *);
scalar_t__ realloc(char *, int);
int strlen(char *);
void FlushAlignment(char **aseqs, int num, int *ret_alen) {
  int len, alen;
  int idx;
  int apos;
  alen = strlen(aseqs[0]);
  for (idx = 1; idx < num; idx++)
    if ((len = strlen(aseqs[idx])) > alen)
      alen = len;
  for (idx = 0; idx < num; idx++) {
    if ((aseqs[idx] = (char *)realloc(aseqs[idx], sizeof(char) * (alen + 1))) ==
        NULL)
      Die("realloc failed");
    for (apos = strlen(aseqs[idx]); apos < alen; apos++)
      aseqs[idx][apos] = '.';
    aseqs[idx][apos] = '\0';
  }
  *ret_alen = alen;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<FlushAlignment>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,-0x20(%rbp)
movl   $0x1,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    119b <FlushAlignment+0x6b>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
cmp    -0x20(%rbp),%eax
jle    1188 <FlushAlignment+0x58>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    118d <FlushAlignment+0x5d>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1159 <FlushAlignment+0x29>
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    1253 <FlushAlignment+0x123>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
cltq
shl    $0x0,%rax
mov    %eax,%esi
call   1050 <realloc@plt>
mov    -0x8(%rbp),%rcx
movslq -0x24(%rbp),%rdx
mov    %rax,(%rcx,%rdx,8)
cmp    $0x0,%rax
jne    11ef <FlushAlignment+0xbf>
lea    0xe16(%rip),%rdi
call   1040 <Die@plt>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
cmp    -0x20(%rbp),%eax
jge    1231 <FlushAlignment+0x101>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movb   $0x2e,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    1203 <FlushAlignment+0xd3>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
movb   $0x0,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    11a2 <FlushAlignment+0x72>
mov    -0x20(%rbp),%ecx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %ecx,(%rax)
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<FlushAlignment>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
push   %rax
mov    %rdx,(%rsp)
mov    %esi,%r12d
mov    %rdi,%rbx
mov    (%rdi),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,%r15d
mov    %r12d,%r13d
cmp    $0x2,%r12d
jl     1179 <FlushAlignment+0x49>
mov    $0x1,%ebp
xchg   %ax,%ax
mov    (%rbx,%rbp,8),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
cmp    %r15d,%eax
cmovg  %eax,%r15d
add    $0x1,%rbp
cmp    %rbp,%r13
jne    1160 <FlushAlignment+0x30>
test   %r12d,%r12d
jle    1244 <FlushAlignment+0x114>
lea    0x1(%r15),%ebp
movslq %r15d,%r14
xor    %r12d,%r12d
jmp    11a8 <FlushAlignment+0x78>
xchg   %ax,%ax
mov    %rcx,%rdx
mov    (%rbx,%r12,8),%rax
movb   $0x0,(%rax,%rdx,1)
add    $0x1,%r12
cmp    %r13,%r12
je     1244 <FlushAlignment+0x114>
mov    (%rbx,%r12,8),%rdi
mov    %ebp,%esi
call   1050 <realloc@plt>
mov    %rax,(%rbx,%r12,8)
test   %rax,%rax
jne    11cc <FlushAlignment+0x9c>
lea    0xe3d(%rip),%rdi
call   1040 <Die@plt>
mov    (%rbx,%r12,8),%rax
mov    %rax,%rdi
call   1030 <strlen@plt>
movslq %eax,%rcx
cmp    %r15d,%eax
jge    1190 <FlushAlignment+0x60>
mov    %r15d,%edx
sub    %ecx,%edx
mov    %rcx,%rax
not    %rax
add    %r14,%rax
and    $0x3,%rdx
je     1202 <FlushAlignment+0xd2>
mov    (%rbx,%r12,8),%rsi
movb   $0x2e,(%rsi,%rcx,1)
add    $0x1,%rcx
add    $0xffffffffffffffff,%rdx
jne    11f0 <FlushAlignment+0xc0>
mov    %r14,%rdx
cmp    $0x3,%rax
jb     1193 <FlushAlignment+0x63>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
mov    (%rbx,%r12,8),%rax
movb   $0x2e,(%rax,%rcx,1)
mov    (%rbx,%r12,8),%rax
movb   $0x2e,0x1(%rax,%rcx,1)
mov    (%rbx,%r12,8),%rax
movb   $0x2e,0x2(%rax,%rcx,1)
mov    (%rbx,%r12,8),%rax
movb   $0x2e,0x3(%rax,%rcx,1)
add    $0x4,%rcx
cmp    %rcx,%r14
jne    1210 <FlushAlignment+0xe0>
mov    %r14,%rdx
jmp    1193 <FlushAlignment+0x63>
mov    (%rsp),%rax
mov    %r15d,(%rax)
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
@.str = [15 x i8] c"realloc failed\00"
define void @FlushAlignment(i8** %0, i32 %1, i32* %2) {
%4 = alloca i8**
%5 = alloca i32
%6 = alloca i32*
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
store i8** %0, i8*** %4
store i32 %1, i32* %5
store i32* %2, i32** %6
%11 = load i8**, i8*** %4
%12 = getelementptr inbounds i8*, i8** %11, i64 0
%13 = load i8*, i8** %12
%14 = call i32 @strlen(i8* %13)
store i32 %14, i32* %8
store i32 1, i32* %9
br label %15
15: ; preds = %31, %3
%16 = load i32, i32* %9
%17 = load i32, i32* %5
%18 = icmp slt i32 %16, %17
br i1 %18, label %19, label %34
19: ; preds = %15
%20 = load i8**, i8*** %4
%21 = load i32, i32* %9
%22 = sext i32 %21 to i64
%23 = getelementptr inbounds i8*, i8** %20, i64 %22
%24 = load i8*, i8** %23
%25 = call i32 @strlen(i8* %24)
store i32 %25, i32* %7
%26 = load i32, i32* %8
%27 = icmp sgt i32 %25, %26
br i1 %27, label %28, label %30
28: ; preds = %19
%29 = load i32, i32* %7
store i32 %29, i32* %8
br label %30
30: ; preds = %28, %19
br label %31
31: ; preds = %30
%32 = load i32, i32* %9
%33 = add nsw i32 %32, 1
store i32 %33, i32* %9
br label %15
34: ; preds = %15
store i32 0, i32* %9
br label %35
35: ; preds = %91, %34
%36 = load i32, i32* %9
%37 = load i32, i32* %5
%38 = icmp slt i32 %36, %37
br i1 %38, label %39, label %94
39: ; preds = %35
%40 = load i8**, i8*** %4
%41 = load i32, i32* %9
%42 = sext i32 %41 to i64
%43 = getelementptr inbounds i8*, i8** %40, i64 %42
%44 = load i8*, i8** %43
%45 = load i32, i32* %8
%46 = add nsw i32 %45, 1
%47 = sext i32 %46 to i64
%48 = mul i64 1, %47
%49 = trunc i64 %48 to i32
%50 = call i64 @realloc(i8* %44, i32 %49)
%51 = inttoptr i64 %50 to i8*
%52 = load i8**, i8*** %4
%53 = load i32, i32* %9
%54 = sext i32 %53 to i64
%55 = getelementptr inbounds i8*, i8** %52, i64 %54
store i8* %51, i8** %55
%56 = icmp eq i8* %51, null
br i1 %56, label %57, label %59
57: ; preds = %39
%58 = call i32 @Die(i8* getelementptr inbounds ([15 x i8], [15 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
br label %59
59: ; preds = %57, %39
%60 = load i8**, i8*** %4
%61 = load i32, i32* %9
%62 = sext i32 %61 to i64
%63 = getelementptr inbounds i8*, i8** %60, i64 %62
%64 = load i8*, i8** %63
%65 = call i32 @strlen(i8* %64)
store i32 %65, i32* %10
br label %66
66: ; preds = %79, %59
%67 = load i32, i32* %10
%68 = load i32, i32* %8
%69 = icmp slt i32 %67, %68
br i1 %69, label %70, label %82
70: ; preds = %66
%71 = load i8**, i8*** %4
%72 = load i32, i32* %9
%73 = sext i32 %72 to i64
%74 = getelementptr inbounds i8*, i8** %71, i64 %73
%75 = load i8*, i8** %74
%76 = load i32, i32* %10
%77 = sext i32 %76 to i64
%78 = getelementptr inbounds i8, i8* %75, i64 %77
store i8 46, i8* %78
br label %79
79: ; preds = %70
%80 = load i32, i32* %10
%81 = add nsw i32 %80, 1
store i32 %81, i32* %10
br label %66
82: ; preds = %66
%83 = load i8**, i8*** %4
%84 = load i32, i32* %9
%85 = sext i32 %84 to i64
%86 = getelementptr inbounds i8*, i8** %83, i64 %85
%87 = load i8*, i8** %86
%88 = load i32, i32* %10
%89 = sext i32 %88 to i64
%90 = getelementptr inbounds i8, i8* %87, i64 %89
store i8 0, i8* %90
br label %91
91: ; preds = %82
%92 = load i32, i32* %9
%93 = add nsw i32 %92, 1
store i32 %93, i32* %9
br label %35
94: ; preds = %35
%95 = load i32, i32* %8
%96 = load i32*, i32** %6
store i32 %95, i32* %96
ret void
}

LLVM IR (-O2):
@.str = [15 x i8] c"realloc failed\00"
define void @FlushAlignment(i8** nocapture %0, i32 %1, i32* nocapture writeonly %2) {
%4 = load i8*, i8** %0
%5 = tail call i32 @strlen(i8* %4)
%6 = icmp sgt i32 %1, 1
br i1 %6, label %7, label %9
7: ; preds = %3
%8 = zext i32 %1 to i64
br label %16
9: ; preds = %16, %3
%10 = phi i32 [ %5, %3 ], [ %23, %16 ]
%11 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %11, label %12, label %79
12: ; preds = %9
%13 = add nsw i32 %10, 1
%14 = zext i32 %1 to i64
%15 = sext i32 %10 to i64
br label %26
16: ; preds = %7, %16
%17 = phi i64 [ 1, %7 ], [ %24, %16 ]
%18 = phi i32 [ %5, %7 ], [ %23, %16 ]
%19 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %17
%20 = load i8*, i8** %19
%21 = tail call i32 @strlen(i8* %20)
%22 = icmp sgt i32 %21, %18
%23 = select i1 %22, i32 %21, i32 %18
%24 = add nuw nsw i64 %17, 1
%25 = icmp eq i64 %24, %8
br i1 %25, label %9, label %16
26: ; preds = %12, %73
%27 = phi i64 [ 0, %12 ], [ %77, %73 ]
%28 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %27
%29 = load i8*, i8** %28
%30 = tail call i64 @realloc(i8* %29, i32 %13)
%31 = inttoptr i64 %30 to i8*
store i8* %31, i8** %28
%32 = icmp eq i64 %30, 0
br i1 %32, label %33, label %36
33: ; preds = %26
%34 = tail call i32 @Die(i8* getelementptr inbounds ([15 x i8], [15 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
%35 = load i8*, i8** %28
br label %36
36: ; preds = %33, %26
%37 = phi i8* [ %35, %33 ], [ %31, %26 ]
%38 = tail call i32 @strlen(i8* %37)
%39 = icmp slt i32 %38, %10
%40 = sext i32 %38 to i64
br i1 %39, label %41, label %73
41: ; preds = %36
%42 = sub nsw i64 %15, %40
%43 = xor i64 %40, -1
%44 = add nsw i64 %43, %15
%45 = and i64 %42, 3
%46 = icmp eq i64 %45, 0
br i1 %46, label %55, label %47
47: ; preds = %41, %47
%48 = phi i64 [ %52, %47 ], [ %40, %41 ]
%49 = phi i64 [ %53, %47 ], [ 0, %41 ]
%50 = load i8*, i8** %28
%51 = getelementptr inbounds i8, i8* %50, i64 %48
store i8 46, i8* %51
%52 = add nsw i64 %48, 1
%53 = add i64 %49, 1
%54 = icmp eq i64 %53, %45
br i1 %54, label %55, label %47
55: ; preds = %47, %41
%56 = phi i64 [ %40, %41 ], [ %52, %47 ]
%57 = icmp ult i64 %44, 3
br i1 %57, label %73, label %58
58: ; preds = %55, %58
%59 = phi i64 [ %71, %58 ], [ %56, %55 ]
%60 = load i8*, i8** %28
%61 = getelementptr inbounds i8, i8* %60, i64 %59
store i8 46, i8* %61
%62 = add nsw i64 %59, 1
%63 = load i8*, i8** %28
%64 = getelementptr inbounds i8, i8* %63, i64 %62
store i8 46, i8* %64
%65 = add nsw i64 %59, 2
%66 = load i8*, i8** %28
%67 = getelementptr inbounds i8, i8* %66, i64 %65
store i8 46, i8* %67
%68 = add nsw i64 %59, 3
%69 = load i8*, i8** %28
%70 = getelementptr inbounds i8, i8* %69, i64 %68
store i8 46, i8* %70
%71 = add nsw i64 %59, 4
%72 = icmp eq i64 %71, %15
br i1 %72, label %73, label %58
73: ; preds = %55, %58, %36
%74 = phi i64 [ %40, %36 ], [ %15, %58 ], [ %15, %55 ]
%75 = load i8*, i8** %28
%76 = getelementptr inbounds i8, i8* %75, i64 %74
store i8 0, i8* %76
%77 = add nuw nsw i64 %27, 1
%78 = icmp eq i64 %77, %14
br i1 %78, label %79, label %26
79: ; preds = %73, %9
store i32 %10, i32* %2
ret void
}