#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ free(int *);
scalar_t__ vrna_alloc(int);
int *vrna_idx_row_wise(unsigned int);
unsigned int *vrna_refBPdist_matrix(const short *pt1, const short *pt2,
                                    unsigned int turn) {
  unsigned int *array;
  unsigned int n, size, i, j, ij, d;
  n = (unsigned int)pt1[0];
  size = ((n + 1) * (n + 2)) / 2;
  array = (unsigned int *)vrna_alloc(sizeof(unsigned int) * size);
  int *iindx = vrna_idx_row_wise(n);
  for (i = n - turn - 1; i >= 1; i--) {
    d = 0;
    for (j = i + turn + 1; j <= n; j++) {
      ij = iindx[i] - j;
      d = array[ij + 1];
      if (pt1[j] != pt2[j]) {
        if (i <= (unsigned int)pt1[j] && (unsigned int)pt1[j] < j) {
          d++;
        }
        if (i <= (unsigned int)pt2[j] && (unsigned int)pt2[j] < j) {
          d++;
        }
      }
      array[ij] = d;
    }
  }
  free(iindx);
  return array;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<vrna_refBPdist_matrix>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x40,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movswl (%rax),%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    -0x24(%rbp),%ecx
add    $0x2,%ecx
imul   %ecx,%eax
shr    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
shl    $0x2,%rax
mov    %eax,%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    %rax,-0x20(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%edi
call   1040 <vrna_idx_row_wise@plt>
mov    %rax,-0x40(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
sub    -0x14(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
cmpl   $0x1,-0x2c(%rbp)
jb     128e <vrna_refBPdist_matrix+0x15e>
movl   $0x0,-0x38(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    -0x14(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
ja     127b <vrna_refBPdist_matrix+0x14b>
mov    -0x40(%rbp),%rax
mov    -0x2c(%rbp),%ecx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
sub    -0x30(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    %ecx,%ecx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x30(%rbp),%ecx
movswl (%rax,%rcx,2),%eax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
mov    -0x30(%rbp),%edx
movswl (%rcx,%rdx,2),%ecx
cmp    %ecx,%eax
je     1260 <vrna_refBPdist_matrix+0x130>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
mov    -0x30(%rbp),%edx
movswl (%rcx,%rdx,2),%ecx
cmp    %ecx,%eax
ja     1228 <vrna_refBPdist_matrix+0xf8>
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x30(%rbp),%ecx
movswl (%rax,%rcx,2),%eax
cmp    -0x30(%rbp),%eax
jae    1228 <vrna_refBPdist_matrix+0xf8>
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
mov    -0x30(%rbp),%edx
movswl (%rcx,%rdx,2),%ecx
cmp    %ecx,%eax
ja     125b <vrna_refBPdist_matrix+0x12b>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x30(%rbp),%ecx
movswl (%rax,%rcx,2),%eax
cmp    -0x30(%rbp),%eax
jae    125b <vrna_refBPdist_matrix+0x12b>
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
jmp    1260 <vrna_refBPdist_matrix+0x130>
mov    -0x38(%rbp),%edx
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    11a9 <vrna_refBPdist_matrix+0x79>
jmp    1280 <vrna_refBPdist_matrix+0x150>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0xffffffff,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    118c <vrna_refBPdist_matrix+0x5c>
mov    -0x40(%rbp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    -0x20(%rbp),%rax
add    $0x40,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<vrna_refBPdist_matrix>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x18,%rsp
mov    %edx,%ebx
mov    %rsi,%r15
mov    %rdi,%r12
movswl (%rdi),%r13d
lea    0x1(%r13),%eax
lea    0x4(%r13,%r13,1),%edi
imul   %eax,%edi
and    $0xfffffffc,%edi
call   1050 <vrna_alloc@plt>
mov    %rax,%r14
mov    %r13d,%edi
call   1040 <vrna_idx_row_wise@plt>
mov    %rbx,%rcx
mov    %rbx,0x10(%rsp)
not    %ecx
add    %r13d,%ecx
je     1245 <vrna_refBPdist_matrix+0x115>
mov    %ecx,%r10d
mov    %r13d,%ecx
neg    %ecx
mov    %ecx,0xc(%rsp)
movl   $0x0,0x8(%rsp)
jmp    11b7 <vrna_refBPdist_matrix+0x87>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
add    $0xffffffffffffffff,%r10
addl   $0xffffffff,0x8(%rsp)
addl   $0x1,0xc(%rsp)
test   %r10d,%r10d
je     1245 <vrna_refBPdist_matrix+0x115>
mov    0x10(%rsp),%rcx
add    %r10d,%ecx
add    $0x1,%ecx
cmp    %r13d,%ecx
ja     11a0 <vrna_refBPdist_matrix+0x70>
mov    0xc(%rsp),%ecx
mov    %ecx,%edi
mov    0x8(%rsp),%ecx
mov    %ecx,%edx
jmp    11f2 <vrna_refBPdist_matrix+0xc2>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
mov    %r11d,%ecx
mov    %r9d,(%r14,%rcx,4)
add    $0x1,%edx
add    $0xffffffff,%edi
cmp    $0x1,%edx
je     11a0 <vrna_refBPdist_matrix+0x70>
lea    (%rdx,%r13,1),%ebp
mov    (%rax,%r10,4),%ecx
lea    (%rdi,%rcx,1),%r11d
add    %edi,%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    (%r14,%rcx,4),%r9d
movswl (%r12,%rbp,2),%esi
movswl (%r15,%rbp,2),%ecx
cmp    %cx,%si
je     11e0 <vrna_refBPdist_matrix+0xb0>
mov    %esi,%r8d
cmp    %r8,%r10
setbe  %r8b
cmp    %esi,%ebp
seta   %bl
and    %r8b,%bl
movzbl %bl,%esi
add    %esi,%r9d
mov    %ecx,%esi
cmp    %rsi,%r10
setbe  %bl
cmp    %ecx,%ebp
seta   %cl
and    %bl,%cl
movzbl %cl,%ecx
add    %ecx,%r9d
jmp    11e0 <vrna_refBPdist_matrix+0xb0>
mov    %rax,%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    %r14,%rax
add    $0x18,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32* @vrna_refBPdist_matrix(i16* %0, i16* %1, i32 %2) {
%4 = alloca i16*
%5 = alloca i16*
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32*
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32*
store i16* %0, i16** %4
store i16* %1, i16** %5
store i32 %2, i32* %6
%15 = load i16*, i16** %4
%16 = getelementptr inbounds i16, i16* %15, i64 0
%17 = load i16, i16* %16
%18 = sext i16 %17 to i32
store i32 %18, i32* %8
%19 = load i32, i32* %8
%20 = add i32 %19, 1
%21 = load i32, i32* %8
%22 = add i32 %21, 2
%23 = mul i32 %20, %22
%24 = udiv i32 %23, 2
store i32 %24, i32* %9
%25 = load i32, i32* %9
%26 = zext i32 %25 to i64
%27 = mul i64 4, %26
%28 = trunc i64 %27 to i32
%29 = call i64 @vrna_alloc(i32 %28)
%30 = inttoptr i64 %29 to i32*
store i32* %30, i32** %7
%31 = load i32, i32* %8
%32 = call i32* @vrna_idx_row_wise(i32 %31)
store i32* %32, i32** %14
%33 = load i32, i32* %8
%34 = load i32, i32* %6
%35 = sub i32 %33, %34
%36 = sub i32 %35, 1
store i32 %36, i32* %10
br label %37
37: ; preds = %129, %3
%38 = load i32, i32* %10
%39 = icmp uge i32 %38, 1
br i1 %39, label %40, label %132
40: ; preds = %37
store i32 0, i32* %13
%41 = load i32, i32* %10
%42 = load i32, i32* %6
%43 = add i32 %41, %42
%44 = add i32 %43, 1
store i32 %44, i32* %11
br label %45
45: ; preds = %125, %40
%46 = load i32, i32* %11
%47 = load i32, i32* %8
%48 = icmp ule i32 %46, %47
br i1 %48, label %49, label %128
49: ; preds = %45
%50 = load i32*, i32** %14
%51 = load i32, i32* %10
%52 = zext i32 %51 to i64
%53 = getelementptr inbounds i32, i32* %50, i64 %52
%54 = load i32, i32* %53
%55 = load i32, i32* %11
%56 = sub i32 %54, %55
store i32 %56, i32* %12
%57 = load i32*, i32** %7
%58 = load i32, i32* %12
%59 = add i32 %58, 1
%60 = zext i32 %59 to i64
%61 = getelementptr inbounds i32, i32* %57, i64 %60
%62 = load i32, i32* %61
store i32 %62, i32* %13
%63 = load i16*, i16** %4
%64 = load i32, i32* %11
%65 = zext i32 %64 to i64
%66 = getelementptr inbounds i16, i16* %63, i64 %65
%67 = load i16, i16* %66
%68 = sext i16 %67 to i32
%69 = load i16*, i16** %5
%70 = load i32, i32* %11
%71 = zext i32 %70 to i64
%72 = getelementptr inbounds i16, i16* %69, i64 %71
%73 = load i16, i16* %72
%74 = sext i16 %73 to i32
%75 = icmp ne i32 %68, %74
br i1 %75, label %76, label %119
76: ; preds = %49
%77 = load i32, i32* %10
%78 = load i16*, i16** %4
%79 = load i32, i32* %11
%80 = zext i32 %79 to i64
%81 = getelementptr inbounds i16, i16* %78, i64 %80
%82 = load i16, i16* %81
%83 = sext i16 %82 to i32
%84 = icmp ule i32 %77, %83
br i1 %84, label %85, label %97
85: ; preds = %76
%86 = load i16*, i16** %4
%87 = load i32, i32* %11
%88 = zext i32 %87 to i64
%89 = getelementptr inbounds i16, i16* %86, i64 %88
%90 = load i16, i16* %89
%91 = sext i16 %90 to i32
%92 = load i32, i32* %11
%93 = icmp ult i32 %91, %92
br i1 %93, label %94, label %97
94: ; preds = %85
%95 = load i32, i32* %13
%96 = add i32 %95, 1
store i32 %96, i32* %13
br label %97
97: ; preds = %94, %85, %76
%98 = load i32, i32* %10
%99 = load i16*, i16** %5
%100 = load i32, i32* %11
%101 = zext i32 %100 to i64
%102 = getelementptr inbounds i16, i16* %99, i64 %101
%103 = load i16, i16* %102
%104 = sext i16 %103 to i32
%105 = icmp ule i32 %98, %104
br i1 %105, label %106, label %118
106: ; preds = %97
%107 = load i16*, i16** %5
%108 = load i32, i32* %11
%109 = zext i32 %108 to i64
%110 = getelementptr inbounds i16, i16* %107, i64 %109
%111 = load i16, i16* %110
%112 = sext i16 %111 to i32
%113 = load i32, i32* %11
%114 = icmp ult i32 %112, %113
br i1 %114, label %115, label %118
115: ; preds = %106
%116 = load i32, i32* %13
%117 = add i32 %116, 1
store i32 %117, i32* %13
br label %118
118: ; preds = %115, %106, %97
br label %119
119: ; preds = %118, %49
%120 = load i32, i32* %13
%121 = load i32*, i32** %7
%122 = load i32, i32* %12
%123 = zext i32 %122 to i64
%124 = getelementptr inbounds i32, i32* %121, i64 %123
store i32 %120, i32* %124
br label %125
125: ; preds = %119
%126 = load i32, i32* %11
%127 = add i32 %126, 1
store i32 %127, i32* %11
br label %45
128: ; preds = %45
br label %129
129: ; preds = %128
%130 = load i32, i32* %10
%131 = add i32 %130, -1
store i32 %131, i32* %10
br label %37
132: ; preds = %37
%133 = load i32*, i32** %14
%134 = call i32 @free(i32* %133)
%135 = load i32*, i32** %7
ret i32* %135
}

LLVM IR (-O2):
define i32* @vrna_refBPdist_matrix(i16* nocapture %0, i16* nocapture %1, i32 %2) {
%4 = load i16, i16* %0
%5 = sext i16 %4 to i32
%6 = add nsw i32 %5, 1
%7 = shl nsw i32 %5, 1
%8 = add nsw i32 %7, 4
%9 = mul i32 %8, %6
%10 = and i32 %9, -4
%11 = tail call i64 @vrna_alloc(i32 %10)
%12 = inttoptr i64 %11 to i32*
%13 = tail call i32* @vrna_idx_row_wise(i32 %5)
%14 = xor i32 %2, -1
%15 = add i32 %5, %14
%16 = icmp eq i32 %15, 0
br i1 %16, label %66, label %17
17: ; preds = %3
%18 = zext i32 %15 to i64
br label %19
19: ; preds = %17, %62
%20 = phi i64 [ %18, %17 ], [ %63, %62 ]
%21 = trunc i64 %20 to i32
%22 = add i32 %21, %2
%23 = add i32 %22, 1
%24 = icmp ugt i32 %23, %5
br i1 %24, label %62, label %25
25: ; preds = %19
%26 = getelementptr inbounds i32, i32* %13, i64 %20
br label %27
27: ; preds = %25, %56
%28 = phi i32 [ %23, %25 ], [ %60, %56 ]
%29 = load i32, i32* %26
%30 = sub i32 %29, %28
%31 = add i32 %30, 1
%32 = zext i32 %31 to i64
%33 = getelementptr inbounds i32, i32* %12, i64 %32
%34 = load i32, i32* %33
%35 = zext i32 %28 to i64
%36 = getelementptr inbounds i16, i16* %0, i64 %35
%37 = load i16, i16* %36
%38 = sext i16 %37 to i32
%39 = getelementptr inbounds i16, i16* %1, i64 %35
%40 = load i16, i16* %39
%41 = icmp eq i16 %37, %40
br i1 %41, label %56, label %42
42: ; preds = %27
%43 = zext i32 %38 to i64
%44 = icmp ule i64 %20, %43
%45 = icmp ugt i32 %28, %38
%46 = select i1 %44, i1 %45, i1 false
%47 = zext i1 %46 to i32
%48 = add i32 %34, %47
%49 = sext i16 %40 to i32
%50 = zext i32 %49 to i64
%51 = icmp ule i64 %20, %50
%52 = icmp ugt i32 %28, %49
%53 = select i1 %51, i1 %52, i1 false
%54 = zext i1 %53 to i32
%55 = add i32 %48, %54
br label %56
56: ; preds = %42, %27
%57 = phi i32 [ %34, %27 ], [ %55, %42 ]
%58 = zext i32 %30 to i64
%59 = getelementptr inbounds i32, i32* %12, i64 %58
store i32 %57, i32* %59
%60 = add i32 %28, 1
%61 = icmp eq i32 %28, %5
br i1 %61, label %62, label %27
62: ; preds = %56, %19
%63 = add nsw i64 %20, -1
%64 = trunc i64 %63 to i32
%65 = icmp eq i32 %64, 0
br i1 %65, label %66, label %19
66: ; preds = %62, %3
%67 = tail call i32 @free(i32* %13)
ret i32* %12
}