#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */
typedef int /*<<< orphan*/ FILE;

/* Variables and functions */
scalar_t__ fgets(char *, int, int /*<<< orphan*/ *);
scalar_t__ malloc(int);
int /*<<< orphan*/ memcpy(char *, char *, int);
int /*<<< orphan*/ memset(char *, int /*<<< orphan*/, int);
int /*<<< orphan*/ rewind(int /*<<< orphan*/ *);
int strlen(char *);
void read_obs_seq_from_file(FILE *fp, int *num_seqs_ptr, char ***obs_seqs_ptr) {
  int i = 0;
  int j = 0;
  int bp_count;
  char mystring[1000];
  while (fgets(mystring, sizeof mystring, fp)) {
    if (mystring[0] == '>') {
    } else {
      bp_count = strlen(mystring) - 1;
      while (mystring[bp_count - 1] == 10 || mystring[bp_count - 1] == 13) {
        bp_count--;
      }
      i += bp_count;
    }
  }
  rewind(fp);
  *num_seqs_ptr = 1;
  *obs_seqs_ptr = (char **)malloc(*num_seqs_ptr * sizeof(char *));
  char **obs_seqs = *obs_seqs_ptr;
  obs_seqs[0] = (char *)malloc(i * sizeof(char) + 1);
  memset(obs_seqs[0], 0, i * sizeof(char) + 1);
  while (fgets(mystring, sizeof mystring, fp)) {
    if (mystring[0] == '>') {
    } else {
      bp_count = strlen(mystring) - 1;
      while (mystring[bp_count - 1] == 10 || mystring[bp_count - 1] == 13) {
        bp_count--;
      }
      memcpy(obs_seqs[0] + j, mystring, bp_count);
      j += bp_count;
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<read_obs_seq_from_file>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x420,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
lea    -0x410(%rbp),%rdi
mov    -0x8(%rbp),%rdx
mov    $0x3e8,%esi
call   1060 <fgets@plt>
cmp    $0x0,%rax
je     1237 <read_obs_seq_from_file+0xd7>
movsbl -0x410(%rbp),%eax
cmp    $0x3e,%eax
jne    11b9 <read_obs_seq_from_file+0x59>
jmp    1232 <read_obs_seq_from_file+0xd2>
lea    -0x410(%rbp),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
sub    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
cltq
movsbl -0x410(%rbp,%rax,1),%ecx
ff
mov    $0x1,%al
cmp    $0xa,%ecx
mov    %al,-0x419(%rbp)
je     1208 <read_obs_seq_from_file+0xa8>
mov    -0x24(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
cltq
movsbl -0x410(%rbp,%rax,1),%eax
ff
cmp    $0xd,%eax
sete   %al
mov    %al,-0x419(%rbp)
mov    -0x419(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    121b <read_obs_seq_from_file+0xbb>
jmp    1229 <read_obs_seq_from_file+0xc9>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0xffffffff,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    11cb <read_obs_seq_from_file+0x6b>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    -0x1c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    1185 <read_obs_seq_from_file+0x25>
mov    -0x8(%rbp),%rdi
call   1040 <rewind@plt>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movl   $0x1,(%rax)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq (%rax),%rax
shl    $0x3,%rax
mov    %eax,%edi
call   1080 <malloc@plt>
mov    %rax,%rcx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    %rax,-0x418(%rbp)
movslq -0x1c(%rbp),%rax
shl    $0x0,%rax
add    $0x1,%rax
mov    %eax,%edi
call   1080 <malloc@plt>
mov    %rax,%rcx
mov    -0x418(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
mov    -0x418(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rdi
movslq -0x1c(%rbp),%rax
shl    $0x0,%rax
add    $0x1,%rax
mov    %eax,%edx
xor    %esi,%esi
call   1050 <memset@plt>
lea    -0x410(%rbp),%rdi
mov    -0x8(%rbp),%rdx
mov    $0x3e8,%esi
call   1060 <fgets@plt>
cmp    $0x0,%rax
je     1385 <read_obs_seq_from_file+0x225>
movsbl -0x410(%rbp),%eax
cmp    $0x3e,%eax
jne    12e7 <read_obs_seq_from_file+0x187>
jmp    1380 <read_obs_seq_from_file+0x220>
lea    -0x410(%rbp),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
sub    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
cltq
movsbl -0x410(%rbp,%rax,1),%ecx
ff
mov    $0x1,%al
cmp    $0xa,%ecx
mov    %al,-0x41a(%rbp)
je     1336 <read_obs_seq_from_file+0x1d6>
mov    -0x24(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
cltq
movsbl -0x410(%rbp,%rax,1),%eax
ff
cmp    $0xd,%eax
sete   %al
mov    %al,-0x41a(%rbp)
mov    -0x41a(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    1349 <read_obs_seq_from_file+0x1e9>
jmp    1357 <read_obs_seq_from_file+0x1f7>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0xffffffff,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    12f9 <read_obs_seq_from_file+0x199>
mov    -0x418(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rdi
movslq -0x20(%rbp),%rax
add    %rax,%rdi
lea    -0x410(%rbp),%rsi
mov    -0x24(%rbp),%edx
call   1070 <memcpy@plt>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    -0x20(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    12b3 <read_obs_seq_from_file+0x153>
add    $0x420,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<read_obs_seq_from_file>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x3e8,%rsp
mov    %rdx,%r15
mov    %rsi,%r14
mov    %rdi,%r12
mov    %rsp,%rdi
mov    $0x3e8,%esi
mov    %r12,%rdx
call   1060 <fgets@plt>
xor    %ebx,%ebx
test   %rax,%rax
je     11f6 <read_obs_seq_from_file+0x96>
lea    -0x2(%rsp),%rbp
mov    %rsp,%r13
jmp    11b5 <read_obs_seq_from_file+0x55>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
mov    %r13,%rdi
mov    $0x3e8,%esi
mov    %r12,%rdx
call   1060 <fgets@plt>
test   %rax,%rax
je     11f6 <read_obs_seq_from_file+0x96>
cmpb   $0x3e,(%rsp)
je     11a0 <read_obs_seq_from_file+0x40>
mov    %r13,%rdi
call   1030 <strlen@plt>
movslq %eax,%rcx
lea    (%rcx,%rbp,1),%rax
add    %ecx,%ebx
add    $0xffffffff,%ebx
jmp    11e7 <read_obs_seq_from_file+0x87>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0xffffffffffffffff,%rax
add    $0xffffffff,%ebx
movzbl (%rax),%ecx
cmp    $0xd,%cl
je     11e0 <read_obs_seq_from_file+0x80>
cmp    $0xa,%cl
je     11e0 <read_obs_seq_from_file+0x80>
jmp    11a0 <read_obs_seq_from_file+0x40>
mov    %r12,%rdi
call   1040 <rewind@plt>
movl   $0x1,(%r14)
mov    $0x8,%edi
call   1080 <malloc@plt>
mov    %rax,%r14
mov    %rax,(%r15)
add    $0x1,%ebx
mov    %ebx,%edi
call   1080 <malloc@plt>
mov    %rax,(%r14)
xor    %r13d,%r13d
mov    %rax,%rdi
xor    %esi,%esi
mov    %ebx,%edx
call   1050 <memset@plt>
mov    %rsp,%rdi
mov    $0x3e8,%esi
mov    %r12,%rdx
call   1060 <fgets@plt>
test   %rax,%rax
je     12ac <read_obs_seq_from_file+0x14c>
lea    -0x2(%rsp),%rbp
mov    %rsp,%r15
jmp    1265 <read_obs_seq_from_file+0x105>
mov    %r15,%rdi
mov    $0x3e8,%esi
mov    %r12,%rdx
call   1060 <fgets@plt>
test   %rax,%rax
je     12ac <read_obs_seq_from_file+0x14c>
cmpb   $0x3e,(%rsp)
je     1250 <read_obs_seq_from_file+0xf0>
mov    %r15,%rdi
call   1030 <strlen@plt>
movslq %eax,%rbx
lea    (%rbx,%rbp,1),%rax
jmp    1284 <read_obs_seq_from_file+0x124>
nopl   0x0(%rax)
add    $0xffffffffffffffff,%rax
add    $0xffffffff,%ebx
movzbl (%rax),%ecx
cmp    $0xd,%cl
je     1280 <read_obs_seq_from_file+0x120>
cmp    $0xa,%cl
je     1280 <read_obs_seq_from_file+0x120>
movslq %r13d,%r13
mov    (%r14),%rdi
add    %r13,%rdi
mov    %r15,%rsi
mov    %ebx,%edx
call   1070 <memcpy@plt>
add    %ebx,%r13d
jmp    1250 <read_obs_seq_from_file+0xf0>
add    $0x3e8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @read_obs_seq_from_file(i32* %0, i32* %1, i8*** %2) {
%4 = alloca i32*
%5 = alloca i32*
%6 = alloca i8***
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca [1000 x i8]
%11 = alloca i8**
store i32* %0, i32** %4
store i32* %1, i32** %5
store i8*** %2, i8**** %6
store i32 0, i32* %7
store i32 0, i32* %8
br label %12
12: ; preds = %52, %3
%13 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %10, i64 0, i64 0
%14 = load i32*, i32** %4
%15 = call i64 @fgets(i8* %13, i32 1000, i32* %14)
%16 = icmp ne i64 %15, 0
br i1 %16, label %17, label %53
17: ; preds = %12
%18 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %10, i64 0, i64 0
%19 = load i8, i8* %18
%20 = sext i8 %19 to i32
%21 = icmp eq i32 %20, 62
br i1 %21, label %22, label %23
22: ; preds = %17
br label %52
23: ; preds = %17
%24 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %10, i64 0, i64 0
%25 = call i32 @strlen(i8* %24)
%26 = sub nsw i32 %25, 1
store i32 %26, i32* %9
br label %27
27: ; preds = %45, %23
%28 = load i32, i32* %9
%29 = sub nsw i32 %28, 1
%30 = sext i32 %29 to i64
%31 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %10, i64 0, i64 %30
%32 = load i8, i8* %31
%33 = sext i8 %32 to i32
%34 = icmp eq i32 %33, 10
br i1 %34, label %43, label %35
35: ; preds = %27
%36 = load i32, i32* %9
%37 = sub nsw i32 %36, 1
%38 = sext i32 %37 to i64
%39 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %10, i64 0, i64 %38
%40 = load i8, i8* %39
%41 = sext i8 %40 to i32
%42 = icmp eq i32 %41, 13
br label %43
43: ; preds = %35, %27
%44 = phi i1 [ true, %27 ], [ %42, %35 ]
br i1 %44, label %45, label %48
45: ; preds = %43
%46 = load i32, i32* %9
%47 = add nsw i32 %46, -1
store i32 %47, i32* %9
br label %27
48: ; preds = %43
%49 = load i32, i32* %9
%50 = load i32, i32* %7
%51 = add nsw i32 %50, %49
store i32 %51, i32* %7
br label %52
52: ; preds = %48, %22
br label %12
53: ; preds = %12
%54 = load i32*, i32** %4
%55 = call i32 @rewind(i32* %54)
%56 = load i32*, i32** %5
store i32 1, i32* %56
%57 = load i32*, i32** %5
%58 = load i32, i32* %57
%59 = sext i32 %58 to i64
%60 = mul i64 %59, 8
%61 = trunc i64 %60 to i32
%62 = call i64 @malloc(i32 %61)
%63 = inttoptr i64 %62 to i8**
%64 = load i8***, i8**** %6
store i8** %63, i8*** %64
%65 = load i8***, i8**** %6
%66 = load i8**, i8*** %65
store i8** %66, i8*** %11
%67 = load i32, i32* %7
%68 = sext i32 %67 to i64
%69 = mul i64 %68, 1
%70 = add i64 %69, 1
%71 = trunc i64 %70 to i32
%72 = call i64 @malloc(i32 %71)
%73 = inttoptr i64 %72 to i8*
%74 = load i8**, i8*** %11
%75 = getelementptr inbounds i8*, i8** %74, i64 0
store i8* %73, i8** %75
%76 = load i8**, i8*** %11
%77 = getelementptr inbounds i8*, i8** %76, i64 0
%78 = load i8*, i8** %77
%79 = load i32, i32* %7
%80 = sext i32 %79 to i64
%81 = mul i64 %80, 1
%82 = add i64 %81, 1
%83 = trunc i64 %82 to i32
%84 = call i32 @memset(i8* %78, i32 0, i32 %83)
br label %85
85: ; preds = %134, %53
%86 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %10, i64 0, i64 0
%87 = load i32*, i32** %4
%88 = call i64 @fgets(i8* %86, i32 1000, i32* %87)
%89 = icmp ne i64 %88, 0
br i1 %89, label %90, label %135
90: ; preds = %85
%91 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %10, i64 0, i64 0
%92 = load i8, i8* %91
%93 = sext i8 %92 to i32
%94 = icmp eq i32 %93, 62
br i1 %94, label %95, label %96
95: ; preds = %90
br label %134
96: ; preds = %90
%97 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %10, i64 0, i64 0
%98 = call i32 @strlen(i8* %97)
%99 = sub nsw i32 %98, 1
store i32 %99, i32* %9
br label %100
100: ; preds = %118, %96
%101 = load i32, i32* %9
%102 = sub nsw i32 %101, 1
%103 = sext i32 %102 to i64
%104 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %10, i64 0, i64 %103
%105 = load i8, i8* %104
%106 = sext i8 %105 to i32
%107 = icmp eq i32 %106, 10
br i1 %107, label %116, label %108
108: ; preds = %100
%109 = load i32, i32* %9
%110 = sub nsw i32 %109, 1
%111 = sext i32 %110 to i64
%112 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %10, i64 0, i64 %111
%113 = load i8, i8* %112
%114 = sext i8 %113 to i32
%115 = icmp eq i32 %114, 13
br label %116
116: ; preds = %108, %100
%117 = phi i1 [ true, %100 ], [ %115, %108 ]
br i1 %117, label %118, label %121
118: ; preds = %116
%119 = load i32, i32* %9
%120 = add nsw i32 %119, -1
store i32 %120, i32* %9
br label %100
121: ; preds = %116
%122 = load i8**, i8*** %11
%123 = getelementptr inbounds i8*, i8** %122, i64 0
%124 = load i8*, i8** %123
%125 = load i32, i32* %8
%126 = sext i32 %125 to i64
%127 = getelementptr inbounds i8, i8* %124, i64 %126
%128 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %10, i64 0, i64 0
%129 = load i32, i32* %9
%130 = call i32 @memcpy(i8* %127, i8* %128, i32 %129)
%131 = load i32, i32* %9
%132 = load i32, i32* %8
%133 = add nsw i32 %132, %131
store i32 %133, i32* %8
br label %134
134: ; preds = %121, %95
br label %85
135: ; preds = %85
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @read_obs_seq_from_file(i32* nocapture %0, i32* nocapture writeonly %1, i8*** nocapture writeonly %2) {
%4 = alloca [1000 x i8]
%5 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %4, i64 0, i64 0
%6 = call i64 @fgets(i8* %5, i32 1000, i32* %0)
%7 = icmp eq i64 %6, 0
br i1 %7, label %29, label %8
8: ; preds = %3, %25
%9 = phi i32 [ %26, %25 ], [ 0, %3 ]
%10 = load i8, i8* %5
%11 = icmp eq i8 %10, 62
br i1 %11, label %25, label %12
12: ; preds = %8
%13 = call i32 @strlen(i8* %5)
%14 = sext i32 %13 to i64
br label %15
15: ; preds = %21, %12
%16 = phi i64 [ %14, %12 ], [ %17, %21 ]
%17 = add i64 %16, -1
%18 = add nsw i64 %16, -2
%19 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %4, i64 0, i64 %18
%20 = load i8, i8* %19
switch i8 %20, label %22 [
i8 10, label %21
i8 13, label %21
]
21: ; preds = %15, %15
br label %15
22: ; preds = %15
%23 = trunc i64 %17 to i32
%24 = add nsw i32 %9, %23
br label %25
25: ; preds = %8, %22
%26 = phi i32 [ %9, %8 ], [ %24, %22 ]
%27 = call i64 @fgets(i8* %5, i32 1000, i32* %0)
%28 = icmp eq i64 %27, 0
br i1 %28, label %29, label %8
29: ; preds = %25, %3
%30 = phi i32 [ 0, %3 ], [ %26, %25 ]
%31 = call i32 @rewind(i32* %0)
store i32 1, i32* %1
%32 = call i64 @malloc(i32 8)
%33 = inttoptr i64 %32 to i8**
store i8** %33, i8*** %2
%34 = add i32 %30, 1
%35 = call i64 @malloc(i32 %34)
%36 = inttoptr i64 %35 to i8*
store i8* %36, i8** %33
%37 = call i32 @memset(i8* %36, i32 0, i32 %34)
%38 = call i64 @fgets(i8* %5, i32 1000, i32* %0)
%39 = icmp eq i64 %38, 0
br i1 %39, label %65, label %40
40: ; preds = %29, %61
%41 = phi i32 [ %62, %61 ], [ 0, %29 ]
%42 = load i8, i8* %5
%43 = icmp eq i8 %42, 62
br i1 %43, label %61, label %44
44: ; preds = %40
%45 = call i32 @strlen(i8* %5)
%46 = sext i32 %45 to i64
br label %47
47: ; preds = %53, %44
%48 = phi i64 [ %46, %44 ], [ %49, %53 ]
%49 = add i64 %48, -1
%50 = add nsw i64 %48, -2
%51 = getelementptr inbounds [1000 x i8], [1000 x i8]* %4, i64 0, i64 %50
%52 = load i8, i8* %51
switch i8 %52, label %54 [
i8 10, label %53
i8 13, label %53
]
53: ; preds = %47, %47
br label %47
54: ; preds = %47
%55 = trunc i64 %49 to i32
%56 = load i8*, i8** %33
%57 = sext i32 %41 to i64
%58 = getelementptr inbounds i8, i8* %56, i64 %57
%59 = call i32 @memcpy(i8* %58, i8* %5, i32 %55)
%60 = add nsw i32 %41, %55
br label %61
61: ; preds = %40, %54
%62 = phi i32 [ %41, %40 ], [ %60, %54 ]
%63 = call i64 @fgets(i8* %5, i32 1000, i32* %0)
%64 = icmp eq i64 %63, 0
br i1 %64, label %65, label %40
65: ; preds = %61, %29
ret void
}