int sf_containsRun(char *seq, int seq_length, int maxA, int maxT, int maxG,
                   int maxC, int maxAT, int maxGC) {
  int Arun = 0, Trun = 0, Grun = 0, Crun = 0, ATrun = 0, GCrun = 0;
  int i = 0;
  char *seq_ptr = seq;
  for (i = 0; i < seq_length; i++, seq_ptr++) {
    if (*seq_ptr == 'A') {
      Arun++;
      ATrun++;
      Trun = Grun = Crun = GCrun = 0;
    } else if (*seq_ptr == 'T') {
      Trun++;
      ATrun++;
      Arun = Grun = Crun = GCrun = 0;
    } else if (*seq_ptr == 'G') {
      Grun++;
      GCrun++;
      Crun = Arun = Trun = ATrun = 0;
    } else if (*seq_ptr == 'C') {
      Crun++;
      GCrun++;
      Grun = Arun = Trun = ATrun = 0;
    }
    if ((GCrun > maxGC) || (ATrun > maxAT) || (Grun > maxG) || (Crun > maxC) ||
        (Trun > maxT) || (Arun > maxA))
      return 0;
  }
  return 1;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<sf_containsRun>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    0x18(%rbp),%eax
mov    0x10(%rbp),%eax
mov    %rdi,-0x10(%rbp)
mov    %esi,-0x14(%rbp)
mov    %edx,-0x18(%rbp)
mov    %ecx,-0x1c(%rbp)
mov    %r8d,-0x20(%rbp)
mov    %r9d,-0x24(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
movl   $0x0,-0x38(%rbp)
movl   $0x0,-0x3c(%rbp)
movl   $0x0,-0x40(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x48(%rbp)
movl   $0x0,-0x40(%rbp)
mov    -0x40(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    12f4 <sf_containsRun+0x1f4>
mov    -0x48(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0x41,%eax
jne    11ae <sf_containsRun+0xae>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
movl   $0x0,-0x3c(%rbp)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
jmp    1281 <sf_containsRun+0x181>
mov    -0x48(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0x54,%eax
jne    11f1 <sf_containsRun+0xf1>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
movl   $0x0,-0x3c(%rbp)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
jmp    127c <sf_containsRun+0x17c>
mov    -0x48(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0x47,%eax
jne    1234 <sf_containsRun+0x134>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x3c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
movl   $0x0,-0x38(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
jmp    1277 <sf_containsRun+0x177>
mov    -0x48(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0x43,%eax
jne    1272 <sf_containsRun+0x172>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
mov    -0x3c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
movl   $0x0,-0x38(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
jmp    1277 <sf_containsRun+0x177>
jmp    127c <sf_containsRun+0x17c>
jmp    1281 <sf_containsRun+0x181>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
cmp    0x18(%rbp),%eax
jg     12c9 <sf_containsRun+0x1c9>
mov    -0x38(%rbp),%eax
cmp    0x10(%rbp),%eax
jg     12c9 <sf_containsRun+0x1c9>
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0x20(%rbp),%eax
jg     12c9 <sf_containsRun+0x1c9>
mov    -0x34(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jg     12c9 <sf_containsRun+0x1c9>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jg     12c9 <sf_containsRun+0x1c9>
mov    -0x28(%rbp),%eax
cmp    -0x18(%rbp),%eax
jle    12d5 <sf_containsRun+0x1d5>
movl   $0x0,-0x4(%rbp)
jmp    12fb <sf_containsRun+0x1fb>
jmp    12da <sf_containsRun+0x1da>
mov    -0x40(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x40(%rbp)
mov    -0x48(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x48(%rbp)
jmp    115f <sf_containsRun+0x5f>
movl   $0x1,-0x4(%rbp)
mov    -0x4(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<sf_containsRun>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
test   %esi,%esi
jle    11e1 <sf_containsRun+0xe1>
mov    %esi,%r15d
xor    %ebx,%ebx
lea    0xee2(%rip),%r14
xor    %ebp,%ebp
xor    %esi,%esi
xor    %r11d,%r11d
xor    %r10d,%r10d
xor    %r13d,%r13d
xor    %r12d,%r12d
xchg   %ax,%ax
movzbl (%rdi,%rbx,1),%eax
add    $0xbf,%al
cmp    $0x13,%al
ja     11b2 <sf_containsRun+0xb2>
movzbl %al,%eax
movslq (%r14,%rax,4),%rax
add    %r14,%rax
jmp    *%rax
add    $0x1,%r12d
add    $0x1,%esi
xor    %r13d,%r13d
jmp    11aa <sf_containsRun+0xaa>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
add    $0x1,%r11d
add    $0x1,%ebp
xor    %r12d,%r12d
xor    %r13d,%r13d
xor    %r10d,%r10d
jmp    1190 <sf_containsRun+0x90>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
add    $0x1,%r10d
add    $0x1,%ebp
xor    %r12d,%r12d
xor    %r13d,%r13d
xor    %r11d,%r11d
xor    %esi,%esi
jmp    11b2 <sf_containsRun+0xb2>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
add    $0x1,%r13d
add    $0x1,%esi
xor    %r12d,%r12d
xor    %r10d,%r10d
xor    %r11d,%r11d
xor    %ebp,%ebp
xor    %eax,%eax
cmp    0x40(%rsp),%ebp
jg     11e6 <sf_containsRun+0xe6>
cmp    0x38(%rsp),%esi
jg     11e6 <sf_containsRun+0xe6>
cmp    %r8d,%r10d
jg     11e6 <sf_containsRun+0xe6>
cmp    %r9d,%r11d
jg     11e6 <sf_containsRun+0xe6>
cmp    %ecx,%r13d
jg     11e6 <sf_containsRun+0xe6>
cmp    %edx,%r12d
jg     11e6 <sf_containsRun+0xe6>
add    $0x1,%rbx
cmp    %ebx,%r15d
jne    1130 <sf_containsRun+0x30>
mov    $0x1,%eax
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @sf_containsRun(i8* %0, i32 %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4, i32 %5, i32 %6, i32 %7) {
%9 = alloca i32
%10 = alloca i8*
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
%15 = alloca i32
%16 = alloca i32
%17 = alloca i32
%18 = alloca i32
%19 = alloca i32
%20 = alloca i32
%21 = alloca i32
%22 = alloca i32
%23 = alloca i32
%24 = alloca i32
%25 = alloca i8*
store i8* %0, i8** %10
store i32 %1, i32* %11
store i32 %2, i32* %12
store i32 %3, i32* %13
store i32 %4, i32* %14
store i32 %5, i32* %15
store i32 %6, i32* %16
store i32 %7, i32* %17
store i32 0, i32* %18
store i32 0, i32* %19
store i32 0, i32* %20
store i32 0, i32* %21
store i32 0, i32* %22
store i32 0, i32* %23
store i32 0, i32* %24
%26 = load i8*, i8** %10
store i8* %26, i8** %25
store i32 0, i32* %24
br label %27
27: ; preds = %100, %8
%28 = load i32, i32* %24
%29 = load i32, i32* %11
%30 = icmp slt i32 %28, %29
br i1 %30, label %31, label %105
31: ; preds = %27
%32 = load i8*, i8** %25
%33 = load i8, i8* %32
%34 = sext i8 %33 to i32
%35 = icmp eq i32 %34, 65
br i1 %35, label %36, label %41
36: ; preds = %31
%37 = load i32, i32* %18
%38 = add nsw i32 %37, 1
store i32 %38, i32* %18
%39 = load i32, i32* %22
%40 = add nsw i32 %39, 1
store i32 %40, i32* %22
store i32 0, i32* %23
store i32 0, i32* %21
store i32 0, i32* %20
store i32 0, i32* %19
br label %74
41: ; preds = %31
%42 = load i8*, i8** %25
%43 = load i8, i8* %42
%44 = sext i8 %43 to i32
%45 = icmp eq i32 %44, 84
br i1 %45, label %46, label %51
46: ; preds = %41
%47 = load i32, i32* %19
%48 = add nsw i32 %47, 1
store i32 %48, i32* %19
%49 = load i32, i32* %22
%50 = add nsw i32 %49, 1
store i32 %50, i32* %22
store i32 0, i32* %23
store i32 0, i32* %21
store i32 0, i32* %20
store i32 0, i32* %18
br label %73
51: ; preds = %41
%52 = load i8*, i8** %25
%53 = load i8, i8* %52
%54 = sext i8 %53 to i32
%55 = icmp eq i32 %54, 71
br i1 %55, label %56, label %61
56: ; preds = %51
%57 = load i32, i32* %20
%58 = add nsw i32 %57, 1
store i32 %58, i32* %20
%59 = load i32, i32* %23
%60 = add nsw i32 %59, 1
store i32 %60, i32* %23
store i32 0, i32* %22
store i32 0, i32* %19
store i32 0, i32* %18
store i32 0, i32* %21
br label %72
61: ; preds = %51
%62 = load i8*, i8** %25
%63 = load i8, i8* %62
%64 = sext i8 %63 to i32
%65 = icmp eq i32 %64, 67
br i1 %65, label %66, label %71
66: ; preds = %61
%67 = load i32, i32* %21
%68 = add nsw i32 %67, 1
store i32 %68, i32* %21
%69 = load i32, i32* %23
%70 = add nsw i32 %69, 1
store i32 %70, i32* %23
store i32 0, i32* %22
store i32 0, i32* %19
store i32 0, i32* %18
store i32 0, i32* %20
br label %71
71: ; preds = %66, %61
br label %72
72: ; preds = %71, %56
br label %73
73: ; preds = %72, %46
br label %74
74: ; preds = %73, %36
%75 = load i32, i32* %23
%76 = load i32, i32* %17
%77 = icmp sgt i32 %75, %76
br i1 %77, label %98, label %78
78: ; preds = %74
%79 = load i32, i32* %22
%80 = load i32, i32* %16
%81 = icmp sgt i32 %79, %80
br i1 %81, label %98, label %82
82: ; preds = %78
%83 = load i32, i32* %20
%84 = load i32, i32* %14
%85 = icmp sgt i32 %83, %84
br i1 %85, label %98, label %86
86: ; preds = %82
%87 = load i32, i32* %21
%88 = load i32, i32* %15
%89 = icmp sgt i32 %87, %88
br i1 %89, label %98, label %90
90: ; preds = %86
%91 = load i32, i32* %19
%92 = load i32, i32* %13
%93 = icmp sgt i32 %91, %92
br i1 %93, label %98, label %94
94: ; preds = %90
%95 = load i32, i32* %18
%96 = load i32, i32* %12
%97 = icmp sgt i32 %95, %96
br i1 %97, label %98, label %99
98: ; preds = %94, %90, %86, %82, %78, %74
store i32 0, i32* %9
br label %106
99: ; preds = %94
br label %100
100: ; preds = %99
%101 = load i32, i32* %24
%102 = add nsw i32 %101, 1
store i32 %102, i32* %24
%103 = load i8*, i8** %25
%104 = getelementptr inbounds i8, i8* %103, i32 1
store i8* %104, i8** %25
br label %27
105: ; preds = %27
store i32 1, i32* %9
br label %106
106: ; preds = %105, %98
%107 = load i32, i32* %9
ret i32 %107
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @sf_containsRun(i8* nocapture %0, i32 %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4, i32 %5, i32 %6, i32 %7) {
%9 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %9, label %10, label %54
10: ; preds = %8, %50
%11 = phi i8* [ %52, %50 ], [ %0, %8 ]
%12 = phi i32 [ %51, %50 ], [ 0, %8 ]
%13 = phi i32 [ %38, %50 ], [ 0, %8 ]
%14 = phi i32 [ %37, %50 ], [ 0, %8 ]
%15 = phi i32 [ %36, %50 ], [ 0, %8 ]
%16 = phi i32 [ %35, %50 ], [ 0, %8 ]
%17 = phi i32 [ %34, %50 ], [ 0, %8 ]
%18 = phi i32 [ %33, %50 ], [ 0, %8 ]
%19 = load i8, i8* %11
switch i8 %19, label %32 [
i8 65, label %20
i8 84, label %23
i8 71, label %26
i8 67, label %29
]
20: ; preds = %10
%21 = add nsw i32 %18, 1
%22 = add nsw i32 %14, 1
br label %32
23: ; preds = %10
%24 = add nsw i32 %17, 1
%25 = add nsw i32 %14, 1
br label %32
26: ; preds = %10
%27 = add nsw i32 %16, 1
%28 = add nsw i32 %13, 1
br label %32
29: ; preds = %10
%30 = add nsw i32 %15, 1
%31 = add nsw i32 %13, 1
br label %32
32: ; preds = %10, %23, %29, %26, %20
%33 = phi i32 [ %21, %20 ], [ 0, %23 ], [ 0, %26 ], [ 0, %29 ], [ %18, %10 ]
%34 = phi i32 [ 0, %20 ], [ %24, %23 ], [ 0, %26 ], [ 0, %29 ], [ %17, %10 ]
%35 = phi i32 [ 0, %20 ], [ 0, %23 ], [ %27, %26 ], [ 0, %29 ], [ %16, %10 ]
%36 = phi i32 [ 0, %20 ], [ 0, %23 ], [ 0, %26 ], [ %30, %29 ], [ %15, %10 ]
%37 = phi i32 [ %22, %20 ], [ %25, %23 ], [ 0, %26 ], [ 0, %29 ], [ %14, %10 ]
%38 = phi i32 [ 0, %20 ], [ 0, %23 ], [ %28, %26 ], [ %31, %29 ], [ %13, %10 ]
%39 = icmp sgt i32 %38, %7
%40 = icmp sgt i32 %37, %6
%41 = select i1 %39, i1 true, i1 %40
%42 = icmp sgt i32 %35, %4
%43 = select i1 %41, i1 true, i1 %42
%44 = icmp sgt i32 %36, %5
%45 = select i1 %43, i1 true, i1 %44
%46 = icmp sgt i32 %34, %3
%47 = select i1 %45, i1 true, i1 %46
%48 = icmp sgt i32 %33, %2
%49 = select i1 %47, i1 true, i1 %48
br i1 %49, label %54, label %50
50: ; preds = %32
%51 = add nuw nsw i32 %12, 1
%52 = getelementptr inbounds i8, i8* %11, i64 1
%53 = icmp eq i32 %51, %1
br i1 %53, label %54, label %10
54: ; preds = %32, %50, %8
%55 = phi i32 [ 1, %8 ], [ 1, %50 ], [ 0, %32 ]
ret i32 %55
}