void sm_maxRuns(char *seq, int seq_length, int *ret_arr) {
  int Arun = 0, Trun = 0, Grun = 0, Crun = 0, ATrun = 0, GCrun = 0;
  int i = 0;
  char *seq_ptr = seq;
  for (i = 0; i < seq_length; i++, seq_ptr++) {
    if (*seq_ptr == 'A') {
      Arun++;
      ATrun++;
      if (Arun > ret_arr[0]) {
        ret_arr[0] = Arun;
      }
      if (ATrun > ret_arr[4]) {
        ret_arr[4] = ATrun;
      }
      Trun = Grun = Crun = GCrun = 0;
    } else if (*seq_ptr == 'T') {
      Trun++;
      ATrun++;
      if (Trun > ret_arr[3]) {
        ret_arr[3] = Trun;
      }
      if (ATrun > ret_arr[4]) {
        ret_arr[4] = ATrun;
      }
      Arun = Grun = Crun = GCrun = 0;
    } else if (*seq_ptr == 'G') {
      Grun++;
      GCrun++;
      if (Grun > ret_arr[2]) {
        ret_arr[2] = Grun;
      }
      if (GCrun > ret_arr[5]) {
        ret_arr[5] = GCrun;
      }
      Crun = Arun = Trun = ATrun = 0;
    } else if (*seq_ptr == 'C') {
      Crun++;
      GCrun++;
      if (Crun > ret_arr[1]) {
        ret_arr[1] = Crun;
      }
      if (GCrun > ret_arr[5]) {
        ret_arr[5] = GCrun;
      }
      Grun = Arun = Trun = ATrun = 0;
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<sm_maxRuns>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x40(%rbp)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    135e <sm_maxRuns+0x25e>
mov    -0x40(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0x41,%eax
jne    11d0 <sm_maxRuns+0xd0>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
cmp    (%rcx),%eax
jle    1195 <sm_maxRuns+0x95>
mov    -0x1c(%rbp),%ecx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %ecx,(%rax)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
cmp    0x10(%rcx),%eax
jle    11af <sm_maxRuns+0xaf>
mov    -0x2c(%rbp),%ecx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %ecx,0x10(%rax)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
jmp    133f <sm_maxRuns+0x23f>
mov    -0x40(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0x54,%eax
jne    1247 <sm_maxRuns+0x147>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
cmp    0xc(%rcx),%eax
jle    120c <sm_maxRuns+0x10c>
mov    -0x20(%rbp),%ecx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %ecx,0xc(%rax)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
cmp    0x10(%rcx),%eax
jle    1226 <sm_maxRuns+0x126>
mov    -0x2c(%rbp),%ecx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %ecx,0x10(%rax)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
jmp    133a <sm_maxRuns+0x23a>
mov    -0x40(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0x47,%eax
jne    12be <sm_maxRuns+0x1be>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
cmp    0x8(%rcx),%eax
jle    1283 <sm_maxRuns+0x183>
mov    -0x24(%rbp),%ecx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %ecx,0x8(%rax)
mov    -0x30(%rbp),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
cmp    0x14(%rcx),%eax
jle    129d <sm_maxRuns+0x19d>
mov    -0x30(%rbp),%ecx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %ecx,0x14(%rax)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
jmp    1335 <sm_maxRuns+0x235>
mov    -0x40(%rbp),%rax
movsbl (%rax),%eax
cmp    $0x43,%eax
jne    1330 <sm_maxRuns+0x230>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
cmp    0x4(%rcx),%eax
jle    12fa <sm_maxRuns+0x1fa>
mov    -0x28(%rbp),%ecx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %ecx,0x4(%rax)
mov    -0x30(%rbp),%eax
mov    -0x18(%rbp),%rcx
cmp    0x14(%rcx),%eax
jle    1314 <sm_maxRuns+0x214>
mov    -0x30(%rbp),%ecx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %ecx,0x14(%rax)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
jmp    1335 <sm_maxRuns+0x235>
jmp    133a <sm_maxRuns+0x23a>
jmp    133f <sm_maxRuns+0x23f>
jmp    1344 <sm_maxRuns+0x244>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
mov    -0x40(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x40(%rbp)
jmp    114f <sm_maxRuns+0x4f>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<sm_maxRuns>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %rbx
test   %esi,%esi
jle    120d <sm_maxRuns+0x10d>
mov    %esi,%r9d
xor    %ecx,%ecx
lea    0xee6(%rip),%r8
xor    %eax,%eax
xor    %esi,%esi
xor    %r15d,%r15d
xor    %r14d,%r14d
xor    %r11d,%r11d
xor    %r10d,%r10d
jmp    114a <sm_maxRuns+0x4a>
nopl   0x0(%rax)
xor    %r11d,%r11d
mov    %esi,%r14d
xor    %r15d,%r15d
xor    %esi,%esi
mov    %ebp,%eax
add    $0x1,%rcx
cmp    %ecx,%r9d
je     120d <sm_maxRuns+0x10d>
movzbl (%rdi,%rcx,1),%ebx
add    $0xbf,%bl
cmp    $0x13,%bl
ja     113d <sm_maxRuns+0x3d>
movzbl %bl,%ebx
movslq (%r8,%rbx,4),%rbx
add    %r8,%rbx
jmp    *%rbx
lea    0x1(%r10),%eax
cmp    (%rdx),%r10d
jl     116d <sm_maxRuns+0x6d>
mov    %eax,(%rdx)
lea    0x1(%rsi),%ebp
xor    %r11d,%r11d
cmp    0x10(%rdx),%esi
jl     117b <sm_maxRuns+0x7b>
mov    %ebp,0x10(%rdx)
mov    %eax,%r10d
jmp    11fe <sm_maxRuns+0xfe>
lea    0x1(%r15),%esi
cmp    0x4(%rdx),%r15d
jl     118d <sm_maxRuns+0x8d>
mov    %esi,0x4(%rdx)
lea    0x1(%rax),%ebp
xor    %r10d,%r10d
cmp    0x14(%rdx),%eax
jl     119b <sm_maxRuns+0x9b>
mov    %ebp,0x14(%rdx)
xor    %r11d,%r11d
xor    %r14d,%r14d
mov    %esi,%r15d
jmp    1139 <sm_maxRuns+0x39>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
lea    0x1(%r14),%esi
cmp    0x8(%rdx),%r14d
jl     11bd <sm_maxRuns+0xbd>
mov    %esi,0x8(%rdx)
lea    0x1(%rax),%ebp
xor    %r10d,%r10d
cmp    0x14(%rdx),%eax
jl     1130 <sm_maxRuns+0x30>
mov    %ebp,0x14(%rdx)
jmp    1130 <sm_maxRuns+0x30>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
lea    0x1(%r11),%eax
cmp    0xc(%rdx),%r11d
jl     11ed <sm_maxRuns+0xed>
mov    %eax,0xc(%rdx)
lea    0x1(%rsi),%ebp
xor    %r10d,%r10d
cmp    0x10(%rdx),%esi
jl     11fb <sm_maxRuns+0xfb>
mov    %ebp,0x10(%rdx)
mov    %eax,%r11d
xor    %r14d,%r14d
xor    %r15d,%r15d
mov    %ebp,%esi
xor    %eax,%eax
jmp    113d <sm_maxRuns+0x3d>
pop    %rbx
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @sm_maxRuns(i8* %0, i32 %1, i32* %2) {
%4 = alloca i8*
%5 = alloca i32
%6 = alloca i32*
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i8*
store i8* %0, i8** %4
store i32 %1, i32* %5
store i32* %2, i32** %6
store i32 0, i32* %7
store i32 0, i32* %8
store i32 0, i32* %9
store i32 0, i32* %10
store i32 0, i32* %11
store i32 0, i32* %12
store i32 0, i32* %13
%15 = load i8*, i8** %4
store i8* %15, i8** %14
store i32 0, i32* %13
br label %16
16: ; preds = %144, %3
%17 = load i32, i32* %13
%18 = load i32, i32* %5
%19 = icmp slt i32 %17, %18
br i1 %19, label %20, label %149
20: ; preds = %16
%21 = load i8*, i8** %14
%22 = load i8, i8* %21
%23 = sext i8 %22 to i32
%24 = icmp eq i32 %23, 65
br i1 %24, label %25, label %50
25: ; preds = %20
%26 = load i32, i32* %7
%27 = add nsw i32 %26, 1
store i32 %27, i32* %7
%28 = load i32, i32* %11
%29 = add nsw i32 %28, 1
store i32 %29, i32* %11
%30 = load i32, i32* %7
%31 = load i32*, i32** %6
%32 = getelementptr inbounds i32, i32* %31, i64 0
%33 = load i32, i32* %32
%34 = icmp sgt i32 %30, %33
br i1 %34, label %35, label %39
35: ; preds = %25
%36 = load i32, i32* %7
%37 = load i32*, i32** %6
%38 = getelementptr inbounds i32, i32* %37, i64 0
store i32 %36, i32* %38
br label %39
39: ; preds = %35, %25
%40 = load i32, i32* %11
%41 = load i32*, i32** %6
%42 = getelementptr inbounds i32, i32* %41, i64 4
%43 = load i32, i32* %42
%44 = icmp sgt i32 %40, %43
br i1 %44, label %45, label %49
45: ; preds = %39
%46 = load i32, i32* %11
%47 = load i32*, i32** %6
%48 = getelementptr inbounds i32, i32* %47, i64 4
store i32 %46, i32* %48
br label %49
49: ; preds = %45, %39
store i32 0, i32* %12
store i32 0, i32* %10
store i32 0, i32* %9
store i32 0, i32* %8
br label %143
50: ; preds = %20
%51 = load i8*, i8** %14
%52 = load i8, i8* %51
%53 = sext i8 %52 to i32
%54 = icmp eq i32 %53, 84
br i1 %54, label %55, label %80
55: ; preds = %50
%56 = load i32, i32* %8
%57 = add nsw i32 %56, 1
store i32 %57, i32* %8
%58 = load i32, i32* %11
%59 = add nsw i32 %58, 1
store i32 %59, i32* %11
%60 = load i32, i32* %8
%61 = load i32*, i32** %6
%62 = getelementptr inbounds i32, i32* %61, i64 3
%63 = load i32, i32* %62
%64 = icmp sgt i32 %60, %63
br i1 %64, label %65, label %69
65: ; preds = %55
%66 = load i32, i32* %8
%67 = load i32*, i32** %6
%68 = getelementptr inbounds i32, i32* %67, i64 3
store i32 %66, i32* %68
br label %69
69: ; preds = %65, %55
%70 = load i32, i32* %11
%71 = load i32*, i32** %6
%72 = getelementptr inbounds i32, i32* %71, i64 4
%73 = load i32, i32* %72
%74 = icmp sgt i32 %70, %73
br i1 %74, label %75, label %79
75: ; preds = %69
%76 = load i32, i32* %11
%77 = load i32*, i32** %6
%78 = getelementptr inbounds i32, i32* %77, i64 4
store i32 %76, i32* %78
br label %79
79: ; preds = %75, %69
store i32 0, i32* %12
store i32 0, i32* %10
store i32 0, i32* %9
store i32 0, i32* %7
br label %142
80: ; preds = %50
%81 = load i8*, i8** %14
%82 = load i8, i8* %81
%83 = sext i8 %82 to i32
%84 = icmp eq i32 %83, 71
br i1 %84, label %85, label %110
85: ; preds = %80
%86 = load i32, i32* %9
%87 = add nsw i32 %86, 1
store i32 %87, i32* %9
%88 = load i32, i32* %12
%89 = add nsw i32 %88, 1
store i32 %89, i32* %12
%90 = load i32, i32* %9
%91 = load i32*, i32** %6
%92 = getelementptr inbounds i32, i32* %91, i64 2
%93 = load i32, i32* %92
%94 = icmp sgt i32 %90, %93
br i1 %94, label %95, label %99
95: ; preds = %85
%96 = load i32, i32* %9
%97 = load i32*, i32** %6
%98 = getelementptr inbounds i32, i32* %97, i64 2
store i32 %96, i32* %98
br label %99
99: ; preds = %95, %85
%100 = load i32, i32* %12
%101 = load i32*, i32** %6
%102 = getelementptr inbounds i32, i32* %101, i64 5
%103 = load i32, i32* %102
%104 = icmp sgt i32 %100, %103
br i1 %104, label %105, label %109
105: ; preds = %99
%106 = load i32, i32* %12
%107 = load i32*, i32** %6
%108 = getelementptr inbounds i32, i32* %107, i64 5
store i32 %106, i32* %108
br label %109
109: ; preds = %105, %99
store i32 0, i32* %11
store i32 0, i32* %8
store i32 0, i32* %7
store i32 0, i32* %10
br label %141
110: ; preds = %80
%111 = load i8*, i8** %14
%112 = load i8, i8* %111
%113 = sext i8 %112 to i32
%114 = icmp eq i32 %113, 67
br i1 %114, label %115, label %140
115: ; preds = %110
%116 = load i32, i32* %10
%117 = add nsw i32 %116, 1
store i32 %117, i32* %10
%118 = load i32, i32* %12
%119 = add nsw i32 %118, 1
store i32 %119, i32* %12
%120 = load i32, i32* %10
%121 = load i32*, i32** %6
%122 = getelementptr inbounds i32, i32* %121, i64 1
%123 = load i32, i32* %122
%124 = icmp sgt i32 %120, %123
br i1 %124, label %125, label %129
125: ; preds = %115
%126 = load i32, i32* %10
%127 = load i32*, i32** %6
%128 = getelementptr inbounds i32, i32* %127, i64 1
store i32 %126, i32* %128
br label %129
129: ; preds = %125, %115
%130 = load i32, i32* %12
%131 = load i32*, i32** %6
%132 = getelementptr inbounds i32, i32* %131, i64 5
%133 = load i32, i32* %132
%134 = icmp sgt i32 %130, %133
br i1 %134, label %135, label %139
135: ; preds = %129
%136 = load i32, i32* %12
%137 = load i32*, i32** %6
%138 = getelementptr inbounds i32, i32* %137, i64 5
store i32 %136, i32* %138
br label %139
139: ; preds = %135, %129
store i32 0, i32* %11
store i32 0, i32* %8
store i32 0, i32* %7
store i32 0, i32* %9
br label %140
140: ; preds = %139, %110
br label %141
141: ; preds = %140, %109
br label %142
142: ; preds = %141, %79
br label %143
143: ; preds = %142, %49
br label %144
144: ; preds = %143
%145 = load i32, i32* %13
%146 = add nsw i32 %145, 1
store i32 %146, i32* %13
%147 = load i8*, i8** %14
%148 = getelementptr inbounds i8, i8* %147, i32 1
store i8* %148, i8** %14
br label %16
149: ; preds = %16
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @sm_maxRuns(i8* nocapture %0, i32 %1, i32* nocapture %2) {
%4 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %4, label %5, label %71
5: ; preds = %3
%6 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 1
%7 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 5
%8 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 2
%9 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 3
%10 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 4
br label %11
11: ; preds = %5, %61
%12 = phi i8* [ %0, %5 ], [ %69, %61 ]
%13 = phi i32 [ 0, %5 ], [ %68, %61 ]
%14 = phi i32 [ 0, %5 ], [ %67, %61 ]
%15 = phi i32 [ 0, %5 ], [ %66, %61 ]
%16 = phi i32 [ 0, %5 ], [ %65, %61 ]
%17 = phi i32 [ 0, %5 ], [ %64, %61 ]
%18 = phi i32 [ 0, %5 ], [ %63, %61 ]
%19 = phi i32 [ 0, %5 ], [ %62, %61 ]
%20 = load i8, i8* %12
switch i8 %20, label %61 [
i8 65, label %21
i8 84, label %31
i8 71, label %41
i8 67, label %51
]
21: ; preds = %11
%22 = add nsw i32 %19, 1
%23 = add nsw i32 %15, 1
%24 = load i32, i32* %2
%25 = icmp slt i32 %19, %24
br i1 %25, label %27, label %26
26: ; preds = %21
store i32 %22, i32* %2
br label %27
27: ; preds = %26, %21
%28 = load i32, i32* %10
%29 = icmp slt i32 %15, %28
br i1 %29, label %61, label %30
30: ; preds = %27
store i32 %23, i32* %10
br label %61
31: ; preds = %11
%32 = add nsw i32 %18, 1
%33 = add nsw i32 %15, 1
%34 = load i32, i32* %9
%35 = icmp slt i32 %18, %34
br i1 %35, label %37, label %36
36: ; preds = %31
store i32 %32, i32* %9
br label %37
37: ; preds = %36, %31
%38 = load i32, i32* %10
%39 = icmp slt i32 %15, %38
br i1 %39, label %61, label %40
40: ; preds = %37
store i32 %33, i32* %10
br label %61
41: ; preds = %11
%42 = add nsw i32 %17, 1
%43 = add nsw i32 %14, 1
%44 = load i32, i32* %8
%45 = icmp slt i32 %17, %44
br i1 %45, label %47, label %46
46: ; preds = %41
store i32 %42, i32* %8
br label %47
47: ; preds = %46, %41
%48 = load i32, i32* %7
%49 = icmp slt i32 %14, %48
br i1 %49, label %61, label %50
50: ; preds = %47
store i32 %43, i32* %7
br label %61
51: ; preds = %11
%52 = add nsw i32 %16, 1
%53 = add nsw i32 %14, 1
%54 = load i32, i32* %6
%55 = icmp slt i32 %16, %54
br i1 %55, label %57, label %56
56: ; preds = %51
store i32 %52, i32* %6
br label %57
57: ; preds = %56, %51
%58 = load i32, i32* %7
%59 = icmp slt i32 %14, %58
br i1 %59, label %61, label %60
60: ; preds = %57
store i32 %53, i32* %7
br label %61
61: ; preds = %57, %60, %11, %47, %50, %37, %40, %27, %30
%62 = phi i32 [ %22, %30 ], [ %22, %27 ], [ 0, %40 ], [ 0, %37 ], [ 0, %50 ], [ 0, %47 ], [ %19, %11 ], [ 0, %60 ], [ 0, %57 ]
%63 = phi i32 [ 0, %30 ], [ 0, %27 ], [ %32, %40 ], [ %32, %37 ], [ 0, %50 ], [ 0, %47 ], [ %18, %11 ], [ 0, %60 ], [ 0, %57 ]
%64 = phi i32 [ 0, %30 ], [ 0, %27 ], [ 0, %40 ], [ 0, %37 ], [ %42, %50 ], [ %42, %47 ], [ %17, %11 ], [ 0, %60 ], [ 0, %57 ]
%65 = phi i32 [ 0, %30 ], [ 0, %27 ], [ 0, %40 ], [ 0, %37 ], [ 0, %50 ], [ 0, %47 ], [ %16, %11 ], [ %52, %60 ], [ %52, %57 ]
%66 = phi i32 [ %23, %30 ], [ %23, %27 ], [ %33, %40 ], [ %33, %37 ], [ 0, %50 ], [ 0, %47 ], [ %15, %11 ], [ 0, %60 ], [ 0, %57 ]
%67 = phi i32 [ 0, %30 ], [ 0, %27 ], [ 0, %40 ], [ 0, %37 ], [ %43, %50 ], [ %43, %47 ], [ %14, %11 ], [ %53, %60 ], [ %53, %57 ]
%68 = add nuw nsw i32 %13, 1
%69 = getelementptr inbounds i8, i8* %12, i64 1
%70 = icmp eq i32 %68, %1
br i1 %70, label %71, label %11
71: ; preds = %61, %3
ret void
}