long double MinHairpin(int i, int j, int seq[], int seqlength, int **etaN) {
  int index;
  int nNicks = 0;
  index = (((int)(j - 0.5)) == ((int)(i + 0.5)) - 1
               ? (seqlength) * ((seqlength) + 1) / 2 + ((int)(i + 0.5))
               : (((int)(i + 0.5)) * (seqlength) + ((int)(j - 0.5)) -
                  ((int)(i + 0.5)) * (1 + ((int)(i + 0.5))) / 2));
  nNicks = etaN[index][0];
  if (nNicks >= 1)
    return 100000;
  if (nNicks == 0 && j - i <= 3) {
    return 100000;
  }
  return HairpinEnergy(i, j, seq);
}


x86 assembly (clang, -O0):
<MinHairpin>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x50,%rsp
mov    %edi,-0x14(%rbp)
mov    %esi,-0x18(%rbp)
mov    %rdx,-0x20(%rbp)
mov    %ecx,-0x24(%rbp)
mov    %r8,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x38(%rbp)
cvtsi2sdl -0x18(%rbp),%xmm0
movsd  0xec3(%rip),%xmm1
subsd  %xmm1,%xmm0
cvttsd2si %xmm0,%eax
cvtsi2sdl -0x14(%rbp),%xmm0
movsd  0xeae(%rip),%xmm1
addsd  %xmm1,%xmm0
cvttsd2si %xmm0,%ecx
sub    $0x1,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jne    1198 <MinHairpin+0x88>
mov    -0x24(%rbp),%eax
mov    -0x24(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
imul   %ecx,%eax
mov    $0x2,%ecx
cltd
idiv   %ecx
cvtsi2sdl -0x14(%rbp),%xmm0
movsd  0xe7a(%rip),%xmm1
addsd  %xmm1,%xmm0
cvttsd2si %xmm0,%ecx
add    %ecx,%eax
mov    %eax,-0x40(%rbp)
jmp    120d <MinHairpin+0xfd>
cvtsi2sdl -0x14(%rbp),%xmm0
movsd  0xe5b(%rip),%xmm1
addsd  %xmm1,%xmm0
cvttsd2si %xmm0,%eax
imul   -0x24(%rbp),%eax
cvtsi2sdl -0x18(%rbp),%xmm0
movsd  0xe42(%rip),%xmm1
subsd  %xmm1,%xmm0
cvttsd2si %xmm0,%ecx
add    %ecx,%eax
mov    %eax,-0x44(%rbp)
cvtsi2sdl -0x14(%rbp),%xmm0
movsd  0xe28(%rip),%xmm1
addsd  %xmm1,%xmm0
cvttsd2si %xmm0,%eax
cvtsi2sdl -0x14(%rbp),%xmm0
movsd  0xe13(%rip),%xmm1
addsd  %xmm1,%xmm0
cvttsd2si %xmm0,%ecx
add    $0x1,%ecx
imul   %ecx,%eax
mov    $0x2,%ecx
cltd
idiv   %ecx
mov    %eax,%ecx
mov    -0x44(%rbp),%eax
sub    %ecx,%eax
mov    %eax,-0x40(%rbp)
mov    -0x40(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    (%rax),%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
cmpl   $0x1,-0x38(%rbp)
jl     123c <MinHairpin+0x12c>
flds   0xdd4(%rip)
fstpt  -0x10(%rbp)
jmp    127d <MinHairpin+0x16d>
cmpl   $0x0,-0x38(%rbp)
jne    1263 <MinHairpin+0x153>
mov    -0x18(%rbp),%eax
sub    -0x14(%rbp),%eax
cmp    $0x3,%eax
jg     1263 <MinHairpin+0x153>
flds   0xdad(%rip)
fstpt  -0x10(%rbp)
jmp    127d <MinHairpin+0x16d>
mov    -0x14(%rbp),%edi
mov    -0x18(%rbp),%esi
mov    -0x20(%rbp),%rdx
xor    %eax,%eax
call   1030 <HairpinEnergy@plt>
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
fildl  -0x3c(%rbp)
fstpt  -0x10(%rbp)
fldt   -0x10(%rbp)
add    $0x50,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<MinHairpin>:
push   %rax
cvtsi2sd %esi,%xmm0
addsd  0xee3(%rip),%xmm0
cvttsd2si %xmm0,%r9d
xorps  %xmm0,%xmm0
cvtsi2sd %edi,%xmm0
addsd  0xed7(%rip),%xmm0
cvttsd2si %xmm0,%r10d
lea    -0x1(%r10),%eax
cmp    %r9d,%eax
jne    1150 <MinHairpin+0x40>
lea    0x1(%rcx),%eax
imul   %ecx,%eax
mov    %eax,%ecx
shr    $0x1f,%ecx
add    %eax,%ecx
sar    %ecx
jmp    116f <MinHairpin+0x5f>
imul   %r10d,%ecx
add    %r9d,%ecx
lea    0x1(%r10),%eax
imul   %r10d,%eax
mov    %eax,%r10d
shr    $0x1f,%r10d
add    %eax,%r10d
sar    %r10d
neg    %r10d
add    %ecx,%r10d
movslq %r10d,%rax
mov    (%r8,%rax,8),%rax
mov    (%rax),%eax
flds   0xe8f(%rip)
test   %eax,%eax
jle    1187 <MinHairpin+0x77>
pop    %rax
ret
jne    1192 <MinHairpin+0x82>
mov    %esi,%eax
sub    %edi,%eax
cmp    $0x4,%eax
jl     1185 <MinHairpin+0x75>
fstp   %st(0)
xor    %eax,%eax
call   1030 <HairpinEnergy@plt>
mov    %eax,0x4(%rsp)
fildl  0x4(%rsp)
pop    %rax
ret

LLVM IR (-O0):
define x86_fp80 @MinHairpin(i32 %0, i32 %1, i32* %2, i32 %3, i32** %4) {
%6 = alloca x86_fp80
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32*
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32**
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
store i32 %0, i32* %7
store i32 %1, i32* %8
store i32* %2, i32** %9
store i32 %3, i32* %10
store i32** %4, i32*** %11
store i32 0, i32* %13
%14 = load i32, i32* %8
%15 = sitofp i32 %14 to double
%16 = fsub double %15, 5.000000e-01
%17 = fptosi double %16 to i32
%18 = load i32, i32* %7
%19 = sitofp i32 %18 to double
%20 = fadd double %19, 5.000000e-01
%21 = fptosi double %20 to i32
%22 = sub nsw i32 %21, 1
%23 = icmp eq i32 %17, %22
br i1 %23, label %24, label %35
24: ; preds = %5
%25 = load i32, i32* %10
%26 = load i32, i32* %10
%27 = add nsw i32 %26, 1
%28 = mul nsw i32 %25, %27
%29 = sdiv i32 %28, 2
%30 = load i32, i32* %7
%31 = sitofp i32 %30 to double
%32 = fadd double %31, 5.000000e-01
%33 = fptosi double %32 to i32
%34 = add nsw i32 %29, %33
br label %59
35: ; preds = %5
%36 = load i32, i32* %7
%37 = sitofp i32 %36 to double
%38 = fadd double %37, 5.000000e-01
%39 = fptosi double %38 to i32
%40 = load i32, i32* %10
%41 = mul nsw i32 %39, %40
%42 = load i32, i32* %8
%43 = sitofp i32 %42 to double
%44 = fsub double %43, 5.000000e-01
%45 = fptosi double %44 to i32
%46 = add nsw i32 %41, %45
%47 = load i32, i32* %7
%48 = sitofp i32 %47 to double
%49 = fadd double %48, 5.000000e-01
%50 = fptosi double %49 to i32
%51 = load i32, i32* %7
%52 = sitofp i32 %51 to double
%53 = fadd double %52, 5.000000e-01
%54 = fptosi double %53 to i32
%55 = add nsw i32 1, %54
%56 = mul nsw i32 %50, %55
%57 = sdiv i32 %56, 2
%58 = sub nsw i32 %46, %57
br label %59
59: ; preds = %35, %24
%60 = phi i32 [ %34, %24 ], [ %58, %35 ]
store i32 %60, i32* %12
%61 = load i32**, i32*** %11
%62 = load i32, i32* %12
%63 = sext i32 %62 to i64
%64 = getelementptr inbounds i32*, i32** %61, i64 %63
%65 = load i32*, i32** %64
%66 = getelementptr inbounds i32, i32* %65, i64 0
%67 = load i32, i32* %66
store i32 %67, i32* %13
%68 = load i32, i32* %13
%69 = icmp sge i32 %68, 1
br i1 %69, label %70, label %71
70: ; preds = %59
store x86_fp80 0xK400FC350000000000000, x86_fp80* %6
br label %86
71: ; preds = %59
%72 = load i32, i32* %13
%73 = icmp eq i32 %72, 0
br i1 %73, label %74, label %80
74: ; preds = %71
%75 = load i32, i32* %8
%76 = load i32, i32* %7
%77 = sub nsw i32 %75, %76
%78 = icmp sle i32 %77, 3
br i1 %78, label %79, label %80
79: ; preds = %74
store x86_fp80 0xK400FC350000000000000, x86_fp80* %6
br label %86
80: ; preds = %74, %71
%81 = load i32, i32* %7
%82 = load i32, i32* %8
%83 = load i32*, i32** %9
%84 = call i32 (i32, i32, i32*, ...) bitcast (i32 (...)* @HairpinEnergy to i32 (i32, i32, i32*, ...)*)(i32 %81, i32 %82, i32* %83)
%85 = sitofp i32 %84 to x86_fp80
store x86_fp80 %85, x86_fp80* %6
br label %86
86: ; preds = %80, %79, %70
%87 = load x86_fp80, x86_fp80* %6
ret x86_fp80 %87
}

LLVM IR (-O2):
define x86_fp80 @MinHairpin(i32 %0, i32 %1, i32* %2, i32 %3, i32** nocapture %4) {
%6 = sitofp i32 %1 to double
%7 = fadd double %6, -5.000000e-01
%8 = fptosi double %7 to i32
%9 = sitofp i32 %0 to double
%10 = fadd double %9, 5.000000e-01
%11 = fptosi double %10 to i32
%12 = add nsw i32 %11, -1
%13 = icmp eq i32 %12, %8
br i1 %13, label %14, label %18
14: ; preds = %5
%15 = add nsw i32 %3, 1
%16 = mul nsw i32 %15, %3
%17 = sdiv i32 %16, 2
br label %24
18: ; preds = %5
%19 = mul nsw i32 %11, %3
%20 = add nsw i32 %19, %8
%21 = add nsw i32 %11, 1
%22 = mul nsw i32 %21, %11
%23 = sdiv i32 %22, -2
br label %24
24: ; preds = %18, %14
%25 = phi i32 [ %23, %18 ], [ %11, %14 ]
%26 = phi i32 [ %20, %18 ], [ %17, %14 ]
%27 = add i32 %26, %25
%28 = sext i32 %27 to i64
%29 = getelementptr inbounds i32*, i32** %4, i64 %28
%30 = load i32*, i32** %29
%31 = load i32, i32* %30
%32 = icmp sgt i32 %31, 0
br i1 %32, label %41, label %33
33: ; preds = %24
%34 = icmp eq i32 %31, 0
%35 = sub nsw i32 %1, %0
%36 = icmp slt i32 %35, 4
%37 = select i1 %34, i1 %36, i1 false
br i1 %37, label %41, label %38
38: ; preds = %33
%39 = tail call i32 (i32, i32, i32*, ...) bitcast (i32 (...)* @HairpinEnergy to i32 (i32, i32, i32*, ...)*)(i32 %0, i32 %1, i32* %2)
%40 = sitofp i32 %39 to x86_fp80
br label %41
41: ; preds = %33, %24, %38
%42 = phi x86_fp80 [ %40, %38 ], [ 0xK400FC350000000000000, %24 ], [ 0xK400FC350000000000000, %33 ]
ret x86_fp80 %42
}