#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
scalar_t__ calloc(int, int);
char **cmatrix(int /*<<< orphan*/, int, int /*<<< orphan*/, int);
int /*<<< orphan*/ exit(int);
int /*<<< orphan*/ fprintf(int /*<<< orphan*/, char *);
int /*<<< orphan*/ free(int *);
int /*<<< orphan*/ free_cmatrix(char **, int /*<<< orphan*/, int,
                                int /*<<< orphan*/, int);
int /*<<< orphan*/ printf(char *, char *, int, int);
int /*<<< orphan*/ stderr;
scalar_t__ strcmp(char *, char *);
int /*<<< orphan*/ strcpy(char *, char *);
void Indel_Process(char **S_Name, char **R_Name, int *hit_mask,
                   int *superlength, int *hit_read2, int nSeq) {
  int i, j, k, m, n;
  int num_hits;
  int stopflag, *readIndex, *readIndex2;
  int offset;
  char **DBname;
  if ((readIndex = (int *)calloc(nSeq, sizeof(int))) == NULL) {
    fprintf(stderr, "ERROR Memory_Allocate: calloc - readIndex\n");
    exit(1);
  }
  if ((readIndex2 = (int *)calloc(nSeq, sizeof(int))) == NULL) {
    fprintf(stderr, "ERROR Memory_Allocate: calloc - readIndex\n");
    exit(1);
  }
  DBname = cmatrix(0, nSeq, 0, 100);
  for (i = 0; i < nSeq; i++) {
    strcpy(DBname[i], S_Name[i]);
    readIndex[i] = i;
  }
  num_hits = 0;
  k = 0;
  offset = 0;
  for (i = 0; i < nSeq; i++) {
    stopflag = 0;
    j = i + 1;
    while ((j < nSeq) && (stopflag == 0)) {
      if (strcmp(R_Name[i], R_Name[j]) == 0) {
        j++;
      } else {
        stopflag = 1;
      }
    }
    if ((j - i) >= 2) {
      int stopflag2 = 0;
      for (n = i; n < j; n++) {
        m = n + 1;
        stopflag2 = 0;
        while ((m < j) && (stopflag2 == 0)) {
          if ((strcmp(S_Name[n], S_Name[m]) == 0) && (m < (j))) {
            m++;
          } else {
            stopflag2 = 1;
          }
        }
        if ((m - n) == 1) {
          hit_mask[n] = 1;
        }
        n = m - 1;
      }
    } else {
      printf("www: %s %d %d\n", R_Name[i], hit_read2[i], superlength[i]);
    }
    i = j - 1;
  }
  free(readIndex);
  free(readIndex2);
  free_cmatrix(DBname, 0, nSeq, 0, 100);
}


x86 assembly (clang, -O0):
<Indel_Process>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x70,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8,-0x28(%rbp)
mov    %r9d,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%edi
mov    $0x4,%esi
call   1070 <calloc@plt>
mov    %rax,-0x50(%rbp)
cmp    $0x0,%rax
jne    11ea <Indel_Process+0x5a>
mov    0x2e0e(%rip),%rax
mov    (%rax),%edi
lea    0xe25(%rip),%rsi
call   1090 <fprintf@plt>
mov    $0x1,%edi
call   10b0 <exit@plt>
mov    -0x2c(%rbp),%edi
mov    $0x4,%esi
call   1070 <calloc@plt>
mov    %rax,-0x58(%rbp)
cmp    $0x0,%rax
jne    1224 <Indel_Process+0x94>
mov    0x2dd4(%rip),%rax
mov    (%rax),%edi
lea    0xdeb(%rip),%rsi
call   1090 <fprintf@plt>
mov    $0x1,%edi
call   10b0 <exit@plt>
mov    -0x2c(%rbp),%esi
xor    %edx,%edx
mov    $0x64,%ecx
mov    %edx,%edi
call   1050 <cmatrix@plt>
mov    %rax,-0x68(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0x2c(%rbp),%eax
jge    1285 <Indel_Process+0xf5>
mov    -0x68(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rsi
call   1040 <strcpy@plt>
mov    -0x30(%rbp),%edx
mov    -0x50(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    1240 <Indel_Process+0xb0>
movl   $0x0,-0x44(%rbp)
movl   $0x0,-0x38(%rbp)
movl   $0x0,-0x5c(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0x2c(%rbp),%eax
jge    1458 <Indel_Process+0x2c8>
movl   $0x0,-0x48(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%ecx
xor    %eax,%eax
cmp    -0x2c(%rbp),%ecx
mov    %al,-0x6d(%rbp)
jge    12d8 <Indel_Process+0x148>
cmpl   $0x0,-0x48(%rbp)
sete   %al
mov    %al,-0x6d(%rbp)
mov    -0x6d(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    12e8 <Indel_Process+0x158>
jmp    1329 <Indel_Process+0x199>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rsi
call   1080 <strcmp@plt>
cmp    $0x0,%rax
jne    131d <Indel_Process+0x18d>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    1324 <Indel_Process+0x194>
movl   $0x1,-0x48(%rbp)
jmp    12bd <Indel_Process+0x12d>
mov    -0x34(%rbp),%eax
sub    -0x30(%rbp),%eax
cmp    $0x2,%eax
jl     1413 <Indel_Process+0x283>
movl   $0x0,-0x6c(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x40(%rbp)
mov    -0x40(%rbp),%eax
cmp    -0x34(%rbp),%eax
jge    140e <Indel_Process+0x27e>
mov    -0x40(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
movl   $0x0,-0x6c(%rbp)
mov    -0x3c(%rbp),%ecx
xor    %eax,%eax
cmp    -0x34(%rbp),%ecx
mov    %al,-0x6e(%rbp)
jge    137c <Indel_Process+0x1ec>
cmpl   $0x0,-0x6c(%rbp)
sete   %al
mov    %al,-0x6e(%rbp)
mov    -0x6e(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    138c <Indel_Process+0x1fc>
jmp    13d9 <Indel_Process+0x249>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x3c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rsi
call   1080 <strcmp@plt>
cmp    $0x0,%rax
jne    13cd <Indel_Process+0x23d>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
cmp    -0x34(%rbp),%eax
jge    13cd <Indel_Process+0x23d>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
jmp    13d4 <Indel_Process+0x244>
movl   $0x1,-0x6c(%rbp)
jmp    1361 <Indel_Process+0x1d1>
mov    -0x3c(%rbp),%eax
sub    -0x40(%rbp),%eax
cmp    $0x1,%eax
jne    13f7 <Indel_Process+0x267>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x40(%rbp),%rcx
movl   $0x1,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x3c(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x40(%rbp)
mov    -0x40(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x40(%rbp)
jmp    1345 <Indel_Process+0x1b5>
jmp    1441 <Indel_Process+0x2b1>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rsi
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%ecx
lea    0xbef(%rip),%rdi
call   1060 <printf@plt>
mov    -0x34(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    12a1 <Indel_Process+0x111>
mov    -0x50(%rbp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    -0x58(%rbp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    -0x68(%rbp),%rdi
mov    -0x2c(%rbp),%edx
xor    %ecx,%ecx
mov    $0x64,%r8d
mov    %ecx,%esi
call   10a0 <free_cmatrix@plt>
add    $0x70,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<Indel_Process>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x48,%rsp
mov    %r9d,%r14d
mov    %r8,0x38(%rsp)
mov    %rcx,0x30(%rsp)
mov    %rdx,0x40(%rsp)
mov    %rsi,%r13
mov    %rdi,%rbp
mov    %r9d,%edi
mov    $0x4,%esi
call   1070 <calloc@plt>
test   %rax,%rax
je     1389 <Indel_Process+0x1f9>
mov    %rax,0x18(%rsp)
mov    %r14d,%edi
mov    $0x4,%esi
call   1070 <calloc@plt>
mov    %rax,0x28(%rsp)
test   %rax,%rax
je     1389 <Indel_Process+0x1f9>
xor    %edi,%edi
mov    %r14d,%esi
xor    %edx,%edx
mov    $0x64,%ecx
call   1050 <cmatrix@plt>
mov    %rax,0x10(%rsp)
test   %r14d,%r14d
jle    1350 <Indel_Process+0x1c0>
mov    %r14d,%eax
xor    %ebx,%ebx
mov    0x18(%rsp),%r15
mov    0x10(%rsp),%r12
mov    %rax,0x20(%rsp)
nop
mov    (%r12,%rbx,8),%rdi
mov    0x0(%rbp,%rbx,8),%rsi
call   1040 <strcpy@plt>
mov    0x20(%rsp),%rax
mov    %ebx,(%r15,%rbx,4)
add    $0x1,%rbx
cmp    %rbx,%rax
jne    1220 <Indel_Process+0x90>
test   %r14d,%r14d
jle    1350 <Indel_Process+0x1c0>
xor    %r15d,%r15d
mov    %r14d,0xc(%rsp)
jmp    1297 <Indel_Process+0x107>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
movslq %r12d,%rax
mov    0x0(%r13,%rax,8),%rsi
mov    0x38(%rsp),%rcx
mov    (%rcx,%rax,4),%edx
mov    0x30(%rsp),%rcx
mov    (%rcx,%rax,4),%ecx
lea    0xdac(%rip),%rdi
call   1060 <printf@plt>
mov    0xc(%rsp),%r14d
cmp    %r14d,%r15d
mov    0x20(%rsp),%rax
jge    1350 <Indel_Process+0x1c0>
mov    %r15d,%r12d
lea    0x1(%r12),%r15d
cmp    %eax,%r15d
jge    12d7 <Indel_Process+0x147>
movslq %r12d,%rbx
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
mov    0x0(%r13,%rbx,8),%rdi
movslq %r15d,%r15
mov    0x0(%r13,%r15,8),%rsi
call   1080 <strcmp@plt>
xor    %ecx,%ecx
test   %rax,%rax
sete   %cl
add    %ecx,%r15d
test   %rax,%rax
jne    12d7 <Indel_Process+0x147>
cmp    %r14d,%r15d
jl     12b0 <Indel_Process+0x120>
mov    %r15d,%eax
sub    %r12d,%eax
cmp    $0x2,%eax
jl     1260 <Indel_Process+0xd0>
cmp    %r12d,%r15d
jg     12f8 <Indel_Process+0x168>
jmp    1284 <Indel_Process+0xf4>
nopl   (%rax)
mov    %r14d,%r12d
cmp    %r15d,%r14d
jge    1284 <Indel_Process+0xf4>
lea    0x1(%r12),%r14d
cmp    %r15d,%r14d
jge    1334 <Indel_Process+0x1a4>
movslq %r12d,%rbx
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
mov    0x0(%rbp,%rbx,8),%rdi
movslq %r14d,%r14
mov    0x0(%rbp,%r14,8),%rsi
call   1080 <strcmp@plt>
cmp    $0x1,%rax
adc    $0x0,%r14d
cmp    %r15d,%r14d
jge    1334 <Indel_Process+0x1a4>
test   %rax,%rax
je     1310 <Indel_Process+0x180>
mov    %r14d,%eax
sub    %r12d,%eax
cmp    $0x1,%eax
jne    12f0 <Indel_Process+0x160>
movslq %r12d,%rax
mov    0x40(%rsp),%rcx
movl   $0x1,(%rcx,%rax,4)
jmp    12f0 <Indel_Process+0x160>
mov    0x18(%rsp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    0x28(%rsp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    0x10(%rsp),%rdi
xor    %esi,%esi
mov    %r14d,%edx
xor    %ecx,%ecx
mov    $0x64,%r8d
add    $0x48,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
jmp    10a0 <free_cmatrix@plt>
mov    0x2c50(%rip),%rax
mov    (%rax),%edi
lea    0xc67(%rip),%rsi
call   1090 <fprintf@plt>
mov    $0x1,%edi
call   10b0 <exit@plt>

LLVM IR (-O0):
@stderr = global i32 0
@.str = [43 x i8] c"ERROR Memory_Allocate: calloc - readIndex\0A\00"
@.str.1 = [15 x i8] c"www: %s %d %d\0A\00"
define void @Indel_Process(i8** %0, i8** %1, i32* %2, i32* %3, i32* %4, i32 %5) {
%7 = alloca i8**
%8 = alloca i8**
%9 = alloca i32*
%10 = alloca i32*
%11 = alloca i32*
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
%15 = alloca i32
%16 = alloca i32
%17 = alloca i32
%18 = alloca i32
%19 = alloca i32
%20 = alloca i32*
%21 = alloca i32*
%22 = alloca i32
%23 = alloca i8**
%24 = alloca i32
store i8** %0, i8*** %7
store i8** %1, i8*** %8
store i32* %2, i32** %9
store i32* %3, i32** %10
store i32* %4, i32** %11
store i32 %5, i32* %12
%25 = load i32, i32* %12
%26 = call i64 @calloc(i32 %25, i32 4)
%27 = inttoptr i64 %26 to i32*
store i32* %27, i32** %20
%28 = icmp eq i32* %27, null
br i1 %28, label %29, label %33
29: ; preds = %6
%30 = load i32, i32* @stderr
%31 = call i32 @fprintf(i32 %30, i8* getelementptr inbounds ([43 x i8], [43 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
%32 = call i32 @exit(i32 1)
unreachable
33: ; preds = %6
%34 = load i32, i32* %12
%35 = call i64 @calloc(i32 %34, i32 4)
%36 = inttoptr i64 %35 to i32*
store i32* %36, i32** %21
%37 = icmp eq i32* %36, null
br i1 %37, label %38, label %42
38: ; preds = %33
%39 = load i32, i32* @stderr
%40 = call i32 @fprintf(i32 %39, i8* getelementptr inbounds ([43 x i8], [43 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
%41 = call i32 @exit(i32 1)
unreachable
42: ; preds = %33
%43 = load i32, i32* %12
%44 = call i8** @cmatrix(i32 0, i32 %43, i32 0, i32 100)
store i8** %44, i8*** %23
store i32 0, i32* %13
br label %45
45: ; preds = %66, %42
%46 = load i32, i32* %13
%47 = load i32, i32* %12
%48 = icmp slt i32 %46, %47
br i1 %48, label %49, label %69
49: ; preds = %45
%50 = load i8**, i8*** %23
%51 = load i32, i32* %13
%52 = sext i32 %51 to i64
%53 = getelementptr inbounds i8*, i8** %50, i64 %52
%54 = load i8*, i8** %53
%55 = load i8**, i8*** %7
%56 = load i32, i32* %13
%57 = sext i32 %56 to i64
%58 = getelementptr inbounds i8*, i8** %55, i64 %57
%59 = load i8*, i8** %58
%60 = call i32 @strcpy(i8* %54, i8* %59)
%61 = load i32, i32* %13
%62 = load i32*, i32** %20
%63 = load i32, i32* %13
%64 = sext i32 %63 to i64
%65 = getelementptr inbounds i32, i32* %62, i64 %64
store i32 %61, i32* %65
br label %66
66: ; preds = %49
%67 = load i32, i32* %13
%68 = add nsw i32 %67, 1
store i32 %68, i32* %13
br label %45
69: ; preds = %45
store i32 0, i32* %18
store i32 0, i32* %15
store i32 0, i32* %22
store i32 0, i32* %13
br label %70
70: ; preds = %186, %69
%71 = load i32, i32* %13
%72 = load i32, i32* %12
%73 = icmp slt i32 %71, %72
br i1 %73, label %74, label %189
74: ; preds = %70
store i32 0, i32* %19
%75 = load i32, i32* %13
%76 = add nsw i32 %75, 1
store i32 %76, i32* %14
br label %77
77: ; preds = %103, %74
%78 = load i32, i32* %14
%79 = load i32, i32* %12
%80 = icmp slt i32 %78, %79
br i1 %80, label %81, label %84
81: ; preds = %77
%82 = load i32, i32* %19
%83 = icmp eq i32 %82, 0
br label %84
84: ; preds = %81, %77
%85 = phi i1 [ false, %77 ], [ %83, %81 ]
br i1 %85, label %86, label %104
86: ; preds = %84
%87 = load i8**, i8*** %8
%88 = load i32, i32* %13
%89 = sext i32 %88 to i64
%90 = getelementptr inbounds i8*, i8** %87, i64 %89
%91 = load i8*, i8** %90
%92 = load i8**, i8*** %8
%93 = load i32, i32* %14
%94 = sext i32 %93 to i64
%95 = getelementptr inbounds i8*, i8** %92, i64 %94
%96 = load i8*, i8** %95
%97 = call i64 @strcmp(i8* %91, i8* %96)
%98 = icmp eq i64 %97, 0
br i1 %98, label %99, label %102
99: ; preds = %86
%100 = load i32, i32* %14
%101 = add nsw i32 %100, 1
store i32 %101, i32* %14
br label %103
102: ; preds = %86
store i32 1, i32* %19
br label %103
103: ; preds = %102, %99
br label %77
104: ; preds = %84
%105 = load i32, i32* %14
%106 = load i32, i32* %13
%107 = sub nsw i32 %105, %106
%108 = icmp sge i32 %107, 2
br i1 %108, label %109, label %166
109: ; preds = %104
store i32 0, i32* %24
%110 = load i32, i32* %13
store i32 %110, i32* %17
br label %111
111: ; preds = %162, %109
%112 = load i32, i32* %17
%113 = load i32, i32* %14
%114 = icmp slt i32 %112, %113
br i1 %114, label %115, label %165
115: ; preds = %111
%116 = load i32, i32* %17
%117 = add nsw i32 %116, 1
store i32 %117, i32* %16
store i32 0, i32* %24
br label %118
118: ; preds = %148, %115
%119 = load i32, i32* %16
%120 = load i32, i32* %14
%121 = icmp slt i32 %119, %120
br i1 %121, label %122, label %125
122: ; preds = %118
%123 = load i32, i32* %24
%124 = icmp eq i32 %123, 0
br label %125
125: ; preds = %122, %118
%126 = phi i1 [ false, %118 ], [ %124, %122 ]
br i1 %126, label %127, label %149
127: ; preds = %125
%128 = load i8**, i8*** %7
%129 = load i32, i32* %17
%130 = sext i32 %129 to i64
%131 = getelementptr inbounds i8*, i8** %128, i64 %130
%132 = load i8*, i8** %131
%133 = load i8**, i8*** %7
%134 = load i32, i32* %16
%135 = sext i32 %134 to i64
%136 = getelementptr inbounds i8*, i8** %133, i64 %135
%137 = load i8*, i8** %136
%138 = call i64 @strcmp(i8* %132, i8* %137)
%139 = icmp eq i64 %138, 0
br i1 %139, label %140, label %147
140: ; preds = %127
%141 = load i32, i32* %16
%142 = load i32, i32* %14
%143 = icmp slt i32 %141, %142
br i1 %143, label %144, label %147
144: ; preds = %140
%145 = load i32, i32* %16
%146 = add nsw i32 %145, 1
store i32 %146, i32* %16
br label %148
147: ; preds = %140, %127
store i32 1, i32* %24
br label %148
148: ; preds = %147, %144
br label %118
149: ; preds = %125
%150 = load i32, i32* %16
%151 = load i32, i32* %17
%152 = sub nsw i32 %150, %151
%153 = icmp eq i32 %152, 1
br i1 %153, label %154, label %159
154: ; preds = %149
%155 = load i32*, i32** %9
%156 = load i32, i32* %17
%157 = sext i32 %156 to i64
%158 = getelementptr inbounds i32, i32* %155, i64 %157
store i32 1, i32* %158
br label %159
159: ; preds = %154, %149
%160 = load i32, i32* %16
%161 = sub nsw i32 %160, 1
store i32 %161, i32* %17
br label %162
162: ; preds = %159
%163 = load i32, i32* %17
%164 = add nsw i32 %163, 1
store i32 %164, i32* %17
br label %111
165: ; preds = %111
br label %183
166: ; preds = %104
%167 = load i8**, i8*** %8
%168 = load i32, i32* %13
%169 = sext i32 %168 to i64
%170 = getelementptr inbounds i8*, i8** %167, i64 %169
%171 = load i8*, i8** %170
%172 = load i32*, i32** %11
%173 = load i32, i32* %13
%174 = sext i32 %173 to i64
%175 = getelementptr inbounds i32, i32* %172, i64 %174
%176 = load i32, i32* %175
%177 = load i32*, i32** %10
%178 = load i32, i32* %13
%179 = sext i32 %178 to i64
%180 = getelementptr inbounds i32, i32* %177, i64 %179
%181 = load i32, i32* %180
%182 = call i32 @printf(i8* getelementptr inbounds ([15 x i8], [15 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0), i8* %171, i32 %176, i32 %181)
br label %183
183: ; preds = %166, %165
%184 = load i32, i32* %14
%185 = sub nsw i32 %184, 1
store i32 %185, i32* %13
br label %186
186: ; preds = %183
%187 = load i32, i32* %13
%188 = add nsw i32 %187, 1
store i32 %188, i32* %13
br label %70
189: ; preds = %70
%190 = load i32*, i32** %20
%191 = call i32 @free(i32* %190)
%192 = load i32*, i32** %21
%193 = call i32 @free(i32* %192)
%194 = load i8**, i8*** %23
%195 = load i32, i32* %12
%196 = call i32 @free_cmatrix(i8** %194, i32 0, i32 %195, i32 0, i32 100)
ret void
}

LLVM IR (-O2):
@stderr = global i32 0
@.str = [43 x i8] c"ERROR Memory_Allocate: calloc - readIndex\0A\00"
@.str.1 = [15 x i8] c"www: %s %d %d\0A\00"
define void @Indel_Process(i8** nocapture %0, i8** nocapture %1, i32* nocapture writeonly %2, i32* nocapture %3, i32* nocapture %4, i32 %5) {
%7 = tail call i64 @calloc(i32 %5, i32 4)
%8 = inttoptr i64 %7 to i32*
%9 = icmp eq i64 %7, 0
br i1 %9, label %10, label %14
10: ; preds = %6
%11 = load i32, i32* @stderr
%12 = tail call i32 @fprintf(i32 %11, i8* getelementptr inbounds ([43 x i8], [43 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
%13 = tail call i32 @exit(i32 1)
unreachable
14: ; preds = %6
%15 = tail call i64 @calloc(i32 %5, i32 4)
%16 = icmp eq i64 %15, 0
br i1 %16, label %17, label %21
17: ; preds = %14
%18 = load i32, i32* @stderr
%19 = tail call i32 @fprintf(i32 %18, i8* getelementptr inbounds ([43 x i8], [43 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
%20 = tail call i32 @exit(i32 1)
unreachable
21: ; preds = %14
%22 = tail call i8** @cmatrix(i32 0, i32 %5, i32 0, i32 100)
%23 = icmp sgt i32 %5, 0
br i1 %23, label %24, label %102
24: ; preds = %21
%25 = zext i32 %5 to i64
br label %27
26: ; preds = %27
br i1 %23, label %38, label %102
27: ; preds = %24, %27
%28 = phi i64 [ 0, %24 ], [ %36, %27 ]
%29 = getelementptr inbounds i8*, i8** %22, i64 %28
%30 = load i8*, i8** %29
%31 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %28
%32 = load i8*, i8** %31
%33 = tail call i32 @strcpy(i8* %30, i8* %32)
%34 = getelementptr inbounds i32, i32* %8, i64 %28
%35 = trunc i64 %28 to i32
store i32 %35, i32* %34
%36 = add nuw nsw i64 %28, 1
%37 = icmp eq i64 %36, %25
br i1 %37, label %26, label %27
38: ; preds = %26, %100
%39 = phi i32 [ %58, %100 ], [ 0, %26 ]
%40 = add nsw i32 %39, 1
%41 = icmp slt i32 %40, %5
br i1 %41, label %42, label %57
42: ; preds = %38
%43 = sext i32 %39 to i64
%44 = getelementptr inbounds i8*, i8** %1, i64 %43
br label %45
45: ; preds = %42, %45
%46 = phi i32 [ %40, %42 ], [ %54, %45 ]
%47 = load i8*, i8** %44
%48 = sext i32 %46 to i64
%49 = getelementptr inbounds i8*, i8** %1, i64 %48
%50 = load i8*, i8** %49
%51 = tail call i64 @strcmp(i8* %47, i8* %50)
%52 = icmp eq i64 %51, 0
%53 = zext i1 %52 to i32
%54 = add nsw i32 %46, %53
%55 = icmp slt i32 %54, %5
%56 = and i1 %52, %55
br i1 %56, label %45, label %57
57: ; preds = %45, %38
%58 = phi i32 [ %40, %38 ], [ %54, %45 ]
%59 = sub nsw i32 %58, %39
%60 = icmp sgt i32 %59, 1
br i1 %60, label %61, label %91
61: ; preds = %57
%62 = icmp sgt i32 %58, %39
br i1 %62, label %63, label %100
63: ; preds = %61, %89
%64 = phi i32 [ %83, %89 ], [ %39, %61 ]
%65 = add nsw i32 %64, 1
%66 = icmp slt i32 %65, %58
br i1 %66, label %67, label %82
67: ; preds = %63
%68 = sext i32 %64 to i64
%69 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %68
br label %70
70: ; preds = %67, %70
%71 = phi i32 [ %65, %67 ], [ %79, %70 ]
%72 = load i8*, i8** %69
%73 = sext i32 %71 to i64
%74 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %73
%75 = load i8*, i8** %74
%76 = tail call i64 @strcmp(i8* %72, i8* %75)
%77 = icmp eq i64 %76, 0
%78 = zext i1 %77 to i32
%79 = add nsw i32 %71, %78
%80 = icmp slt i32 %79, %58
%81 = and i1 %80, %77
br i1 %81, label %70, label %82
82: ; preds = %70, %63
%83 = phi i32 [ %65, %63 ], [ %79, %70 ]
%84 = sub nsw i32 %83, %64
%85 = icmp eq i32 %84, 1
br i1 %85, label %86, label %89
86: ; preds = %82
%87 = sext i32 %64 to i64
%88 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 %87
store i32 1, i32* %88
br label %89
89: ; preds = %86, %82
%90 = icmp slt i32 %83, %58
br i1 %90, label %63, label %100
91: ; preds = %57
%92 = sext i32 %39 to i64
%93 = getelementptr inbounds i8*, i8** %1, i64 %92
%94 = load i8*, i8** %93
%95 = getelementptr inbounds i32, i32* %4, i64 %92
%96 = load i32, i32* %95
%97 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %92
%98 = load i32, i32* %97
%99 = tail call i32 @printf(i8* getelementptr inbounds ([15 x i8], [15 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0), i8* %94, i32 %96, i32 %98)
br label %100
100: ; preds = %89, %61, %91
%101 = icmp slt i32 %58, %5
br i1 %101, label %38, label %102
102: ; preds = %100, %21, %26
%103 = inttoptr i64 %15 to i32*
%104 = tail call i32 @free(i32* %8)
%105 = tail call i32 @free(i32* %103)
%106 = tail call i32 @free_cmatrix(i8** %22, i32 0, i32 %5, i32 0, i32 100)
ret void
}