int BEwTandMinLen(double *Wext, int *Iext, int *pK, double sigma2, double T,
                  int MinSegLen) {
  int i, K, imin, M;
  double vmin;
  double *tscore;
  int *L;
  int smallinside;
  K = *pK;
  M = Iext[K + 1];
  T = T * sqrt(sigma2);
  if (MinSegLen > 0)
    smallinside = 1;
  else
    smallinside = 0;
  L = calloc(K + 1, sizeof(int));
  tscore = calloc(K + 1, sizeof(double));
  for (i = 0; i < K + 1; i++)
    tscore[i] = 0;
  ComputeTScores(Wext, Iext, tscore, K, 1, K);
  BEwTscore(Wext, Iext, tscore, &K, T);
  while (smallinside) {
    for (i = 1; i < K + 1; i++)
      L[i] = Iext[i] - Iext[i - 1] < Iext[i + 1] - Iext[i]
                 ? Iext[i] - Iext[i - 1]
                 : Iext[i + 1] - Iext[i];
    imin = -1;
    vmin = 1E100;
    for (i = 1; i < K + 1; i++)
      if ((tscore[i] < vmin) && (L[i] < MinSegLen)) {
        vmin = tscore[i];
        imin = i;
      }
    if (imin < 0)
      smallinside = 0;
    else {
      tscore[imin] = -1;
      BEwTscore(Wext, Iext, tscore, &K, T);
    }
    if (K < 1)
      smallinside = 0;
  }
  free(tscore);
  free(L);
  *pK = K;
  return K;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<BEwTandMinLen>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x70,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
movsd  %xmm0,-0x20(%rbp)
movsd  %xmm1,-0x28(%rbp)
mov    %ecx,-0x2c(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    (%rax),%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
movsd  -0x28(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x68(%rbp)
movsd  -0x20(%rbp),%xmm0
call   1070 <sqrt@plt>
movaps %xmm0,%xmm1
movsd  -0x68(%rbp),%xmm0
mulsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x28(%rbp)
cmpl   $0x0,-0x2c(%rbp)
jle    11c8 <BEwTandMinLen+0x78>
movl   $0x1,-0x5c(%rbp)
jmp    11cf <BEwTandMinLen+0x7f>
movl   $0x0,-0x5c(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
movslq %eax,%rdi
mov    $0x4,%esi
call   1050 <calloc@plt>
mov    %rax,-0x58(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
movslq %eax,%rdi
mov    $0x8,%esi
call   1050 <calloc@plt>
mov    %rax,-0x50(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jge    1233 <BEwTandMinLen+0xe3>
mov    -0x50(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    1204 <BEwTandMinLen+0xb4>
mov    -0x8(%rbp),%rdi
mov    -0x10(%rbp),%rsi
mov    -0x50(%rbp),%rdx
mov    -0x34(%rbp),%ecx
mov    -0x34(%rbp),%r9d
mov    $0x1,%r8d
mov    $0x0,%al
call   1060 <ComputeTScores@plt>
mov    -0x8(%rbp),%rdi
mov    -0x10(%rbp),%rsi
mov    -0x50(%rbp),%rdx
movsd  -0x28(%rbp),%xmm0
lea    -0x34(%rbp),%rcx
mov    $0x1,%al
call   1040 <BEwTscore@plt>
cmpl   $0x0,-0x5c(%rbp)
je     1410 <BEwTandMinLen+0x2c0>
movl   $0x1,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jge    132c <BEwTandMinLen+0x1dc>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
mov    -0x30(%rbp),%edx
sub    $0x1,%edx
movslq %edx,%rdx
sub    (%rcx,%rdx,4),%eax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
mov    -0x30(%rbp),%edx
add    $0x1,%edx
movslq %edx,%rdx
mov    (%rcx,%rdx,4),%ecx
mov    -0x10(%rbp),%rdx
movslq -0x30(%rbp),%rsi
sub    (%rdx,%rsi,4),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jge    12f2 <BEwTandMinLen+0x1a2>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
mov    -0x30(%rbp),%edx
sub    $0x1,%edx
movslq %edx,%rdx
sub    (%rcx,%rdx,4),%eax
mov    %eax,-0x6c(%rbp)
jmp    1310 <BEwTandMinLen+0x1c0>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x30(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
movslq -0x30(%rbp),%rdx
sub    (%rcx,%rdx,4),%eax
mov    %eax,-0x6c(%rbp)
mov    -0x6c(%rbp),%edx
mov    -0x58(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    1280 <BEwTandMinLen+0x130>
movl   $0xffffffff,-0x38(%rbp)
movsd  0xcc5(%rip),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x48(%rbp)
movl   $0x1,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jge    13b3 <BEwTandMinLen+0x263>
mov    -0x50(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm1
movsd  -0x48(%rbp),%xmm0
ucomisd %xmm1,%xmm0
jbe    13a0 <BEwTandMinLen+0x250>
mov    -0x58(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
cmp    -0x2c(%rbp),%eax
jge    13a0 <BEwTandMinLen+0x250>
mov    -0x50(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x48(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
jmp    13a5 <BEwTandMinLen+0x255>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    1347 <BEwTandMinLen+0x1f7>
cmpl   $0x0,-0x38(%rbp)
jge    13c9 <BEwTandMinLen+0x279>
movl   $0x0,-0x5c(%rbp)
jmp    13fa <BEwTandMinLen+0x2aa>
mov    -0x50(%rbp),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
movsd  0xc2f(%rip),%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x8(%rbp),%rdi
mov    -0x10(%rbp),%rsi
mov    -0x50(%rbp),%rdx
movsd  -0x28(%rbp),%xmm0
lea    -0x34(%rbp),%rcx
mov    $0x1,%al
call   1040 <BEwTscore@plt>
cmpl   $0x1,-0x34(%rbp)
jge    140b <BEwTandMinLen+0x2bb>
movl   $0x0,-0x5c(%rbp)
jmp    126f <BEwTandMinLen+0x11f>
mov    -0x50(%rbp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    -0x58(%rbp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    -0x34(%rbp),%ecx
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    %ecx,(%rax)
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x70,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<BEwTandMinLen>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x28,%rsp
mov    %ecx,%r12d
mov    %rsi,%rbx
mov    %rdi,0x18(%rsp)
movslq (%rdx),%r14
mov    %r14d,0xc(%rsp)
xorpd  %xmm2,%xmm2
ucomisd %xmm2,%xmm0
mov    %rdx,0x20(%rsp)
jb     1196 <BEwTandMinLen+0x36>
sqrtsd %xmm0,%xmm0
jmp    11a7 <BEwTandMinLen+0x47>
movsd  %xmm1,0x10(%rsp)
call   1080 <sqrt@plt>
movsd  0x10(%rsp),%xmm1
mulsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,0x10(%rsp)
lea    0x1(%r14),%r13
mov    $0x4,%esi
mov    %r13,%rdi
call   1060 <calloc@plt>
mov    %rax,%rbp
mov    $0x8,%esi
mov    %r13,%rdi
call   1060 <calloc@plt>
mov    %rax,%r13
test   %r14d,%r14d
js     11ef <BEwTandMinLen+0x8f>
mov    %r14d,%eax
lea    0x8(,%rax,8),%rdx
mov    %r13,%rdi
xor    %esi,%esi
call   1040 <memset@plt>
mov    0x18(%rsp),%r15
mov    %r15,%rdi
mov    %rbx,%rsi
mov    %r13,%rdx
mov    %r14d,%ecx
mov    $0x1,%r8d
mov    %r14d,%r9d
xor    %eax,%eax
call   1070 <ComputeTScores@plt>
lea    0xc(%rsp),%rcx
mov    %r15,%rdi
mov    %rbx,%rsi
mov    %r13,%rdx
movq   0x10(%rsp),%xmm0
mov    $0x1,%al
call   1050 <BEwTscore@plt>
mov    0xc(%rsp),%r14d
test   %r12d,%r12d
jle    143b <BEwTandMinLen+0x2db>
nopl   0x0(%rax)
test   %r14d,%r14d
jle    143b <BEwTandMinLen+0x2db>
mov    %r14d,%r8d
lea    0x1(%r8),%r9
mov    0x4(%rbx),%ecx
mov    $0x1,%edx
cmp    $0x8,%r14d
jb     1310 <BEwTandMinLen+0x1b0>
mov    %r8d,%esi
and    $0xfffffff8,%esi
lea    0x1(%rsi),%rdx
movd   %ecx,%xmm0
pshufd $0x0,%xmm0,%xmm0
xor    %edi,%edi
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
movdqu (%rbx,%rdi,4),%xmm1
movups 0x8(%rbx,%rdi,4),%xmm2
movdqu 0x10(%rbx,%rdi,4),%xmm3
shufps $0x3,%xmm2,%xmm0
shufps $0x98,%xmm2,%xmm0
movaps %xmm2,%xmm4
psubd  %xmm0,%xmm2
psubd  %xmm1,%xmm0
movdqa %xmm2,%xmm1
pcmpgtd %xmm0,%xmm1
pand   %xmm1,%xmm0
pandn  %xmm2,%xmm1
por    %xmm0,%xmm1
movups 0x18(%rbx,%rdi,4),%xmm0
shufps $0x3,%xmm0,%xmm4
shufps $0x98,%xmm0,%xmm4
movaps %xmm0,%xmm2
psubd  %xmm4,%xmm2
psubd  %xmm3,%xmm4
movdqa %xmm2,%xmm3
pcmpgtd %xmm4,%xmm3
pand   %xmm3,%xmm4
pandn  %xmm2,%xmm3
por    %xmm4,%xmm3
movdqu %xmm1,0x4(%rbp,%rdi,4)
movdqu %xmm3,0x14(%rbp,%rdi,4)
add    $0x8,%rdi
cmp    %rdi,%rsi
jne    1280 <BEwTandMinLen+0x120>
cmp    %rsi,%r8
je     1335 <BEwTandMinLen+0x1d5>
pshufd $0xff,%xmm0,%xmm0
movd   %xmm0,%ecx
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
mov    %ecx,%esi
sub    -0x4(%rbx,%rdx,4),%esi
mov    0x4(%rbx,%rdx,4),%eax
mov    %eax,%edi
sub    %ecx,%edi
cmp    %edi,%esi
cmovl  %esi,%edi
mov    %edi,0x0(%rbp,%rdx,4)
lea    0x1(%rdx),%rsi
mov    %eax,%ecx
mov    %rsi,%rdx
cmp    %rsi,%r9
jne    1310 <BEwTandMinLen+0x1b0>
test   %r14d,%r14d
jle    143b <BEwTandMinLen+0x2db>
cmp    $0x2,%r9d
jne    13c0 <BEwTandMinLen+0x260>
mov    $0xffffffff,%r15d
mov    $0x1,%ecx
movsd  0xca9(%rip),%xmm0
test   $0x1,%r8b
je     136f <BEwTandMinLen+0x20f>
ucomisd 0x0(%r13,%rcx,8),%xmm0
jbe    136f <BEwTandMinLen+0x20f>
cmp    %r12d,0x0(%rbp,%rcx,4)
cmovl  %ecx,%r15d
test   %r15d,%r15d
js     143b <BEwTandMinLen+0x2db>
mov    %r15d,%eax
movabs $0xbff0000000000000,%rcx
mov    %rcx,0x0(%r13,%rax,8)
mov    0x18(%rsp),%rdi
mov    %rbx,%rsi
mov    %r13,%rdx
lea    0xc(%rsp),%rcx
movq   0x10(%rsp),%xmm0
mov    $0x1,%al
call   1050 <BEwTscore@plt>
mov    0xc(%rsp),%r14d
test   %r14d,%r14d
jle    143b <BEwTandMinLen+0x2db>
test   %r15d,%r15d
jns    1240 <BEwTandMinLen+0xe0>
jmp    143b <BEwTandMinLen+0x2db>
mov    %r8d,%edx
and    $0xfffffffe,%edx
neg    %rdx
mov    $0xffffffff,%r15d
mov    $0x1,%ecx
movsd  0xc24(%rip),%xmm0
jmp    13fa <BEwTandMinLen+0x29a>
xchg   %ax,%ax
movapd %xmm1,%xmm0
lea    (%rdx,%rcx,1),%rax
add    $0x2,%rax
add    $0x2,%rcx
cmp    $0x1,%rax
je     1357 <BEwTandMinLen+0x1f7>
movsd  0x0(%r13,%rcx,8),%xmm1
ucomisd %xmm1,%xmm0
jbe    141a <BEwTandMinLen+0x2ba>
cmp    %r12d,0x0(%rbp,%rcx,4)
cmovl  %ecx,%r15d
jl     1416 <BEwTandMinLen+0x2b6>
movapd %xmm0,%xmm1
movapd %xmm1,%xmm0
movsd  0x8(%r13,%rcx,8),%xmm1
ucomisd %xmm1,%xmm0
jbe    13e4 <BEwTandMinLen+0x284>
lea    0x1(%rcx),%eax
cmp    %r12d,0x4(%rbp,%rcx,4)
cmovl  %eax,%r15d
jl     13e0 <BEwTandMinLen+0x280>
movapd %xmm0,%xmm1
jmp    13e0 <BEwTandMinLen+0x280>
mov    %r13,%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    %rbp,%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    0x20(%rsp),%rax
mov    %r14d,(%rax)
mov    %r14d,%eax
add    $0x28,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @BEwTandMinLen(double* %0, i32* %1, i32* %2, double %3, double %4, i32 %5) {
%7 = alloca double*
%8 = alloca i32*
%9 = alloca i32*
%10 = alloca double
%11 = alloca double
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
%15 = alloca i32
%16 = alloca i32
%17 = alloca double
%18 = alloca double*
%19 = alloca i32*
%20 = alloca i32
store double* %0, double** %7
store i32* %1, i32** %8
store i32* %2, i32** %9
store double %3, double* %10
store double %4, double* %11
store i32 %5, i32* %12
%21 = load i32*, i32** %9
%22 = load i32, i32* %21
store i32 %22, i32* %14
%23 = load i32*, i32** %8
%24 = load i32, i32* %14
%25 = add nsw i32 %24, 1
%26 = sext i32 %25 to i64
%27 = getelementptr inbounds i32, i32* %23, i64 %26
%28 = load i32, i32* %27
store i32 %28, i32* %16
%29 = load double, double* %11
%30 = load double, double* %10
%31 = call double @sqrt(double %30)
%32 = fmul double %29, %31
store double %32, double* %11
%33 = load i32, i32* %12
%34 = icmp sgt i32 %33, 0
br i1 %34, label %35, label %36
35: ; preds = %6
store i32 1, i32* %20
br label %37
36: ; preds = %6
store i32 0, i32* %20
br label %37
37: ; preds = %36, %35
%38 = load i32, i32* %14
%39 = add nsw i32 %38, 1
%40 = sext i32 %39 to i64
%41 = call i8* @calloc(i64 %40, i64 4)
%42 = bitcast i8* %41 to i32*
store i32* %42, i32** %19
%43 = load i32, i32* %14
%44 = add nsw i32 %43, 1
%45 = sext i32 %44 to i64
%46 = call i8* @calloc(i64 %45, i64 8)
%47 = bitcast i8* %46 to double*
store double* %47, double** %18
store i32 0, i32* %13
br label %48
48: ; preds = %58, %37
%49 = load i32, i32* %13
%50 = load i32, i32* %14
%51 = add nsw i32 %50, 1
%52 = icmp slt i32 %49, %51
br i1 %52, label %53, label %61
53: ; preds = %48
%54 = load double*, double** %18
%55 = load i32, i32* %13
%56 = sext i32 %55 to i64
%57 = getelementptr inbounds double, double* %54, i64 %56
store double 0.000000e+00, double* %57
br label %58
58: ; preds = %53
%59 = load i32, i32* %13
%60 = add nsw i32 %59, 1
store i32 %60, i32* %13
br label %48
61: ; preds = %48
%62 = load double*, double** %7
%63 = load i32*, i32** %8
%64 = load double*, double** %18
%65 = load i32, i32* %14
%66 = load i32, i32* %14
%67 = call i32 (double*, i32*, double*, i32, i32, i32, ...) bitcast (i32 (...)* @ComputeTScores to i32 (double*, i32*, double*, i32, i32, i32, ...)*)(double* %62, i32* %63, double* %64, i32 %65, i32 1, i32 %66)
%68 = load double*, double** %7
%69 = load i32*, i32** %8
%70 = load double*, double** %18
%71 = load double, double* %11
%72 = call i32 (double*, i32*, double*, i32*, double, ...) bitcast (i32 (...)* @BEwTscore to i32 (double*, i32*, double*, i32*, double, ...)*)(double* %68, i32* %69, double* %70, i32* %14, double %71)
br label %73
73: ; preds = %194, %61
%74 = load i32, i32* %20
%75 = icmp ne i32 %74, 0
br i1 %75, label %76, label %195
76: ; preds = %73
store i32 1, i32* %13
br label %77
77: ; preds = %140, %76
%78 = load i32, i32* %13
%79 = load i32, i32* %14
%80 = add nsw i32 %79, 1
%81 = icmp slt i32 %78, %80
br i1 %81, label %82, label %143
82: ; preds = %77
%83 = load i32*, i32** %8
%84 = load i32, i32* %13
%85 = sext i32 %84 to i64
%86 = getelementptr inbounds i32, i32* %83, i64 %85
%87 = load i32, i32* %86
%88 = load i32*, i32** %8
%89 = load i32, i32* %13
%90 = sub nsw i32 %89, 1
%91 = sext i32 %90 to i64
%92 = getelementptr inbounds i32, i32* %88, i64 %91
%93 = load i32, i32* %92
%94 = sub nsw i32 %87, %93
%95 = load i32*, i32** %8
%96 = load i32, i32* %13
%97 = add nsw i32 %96, 1
%98 = sext i32 %97 to i64
%99 = getelementptr inbounds i32, i32* %95, i64 %98
%100 = load i32, i32* %99
%101 = load i32*, i32** %8
%102 = load i32, i32* %13
%103 = sext i32 %102 to i64
%104 = getelementptr inbounds i32, i32* %101, i64 %103
%105 = load i32, i32* %104
%106 = sub nsw i32 %100, %105
%107 = icmp slt i32 %94, %106
br i1 %107, label %108, label %121
108: ; preds = %82
%109 = load i32*, i32** %8
%110 = load i32, i32* %13
%111 = sext i32 %110 to i64
%112 = getelementptr inbounds i32, i32* %109, i64 %111
%113 = load i32, i32* %112
%114 = load i32*, i32** %8
%115 = load i32, i32* %13
%116 = sub nsw i32 %115, 1
%117 = sext i32 %116 to i64
%118 = getelementptr inbounds i32, i32* %114, i64 %117
%119 = load i32, i32* %118
%120 = sub nsw i32 %113, %119
br label %134
121: ; preds = %82
%122 = load i32*, i32** %8
%123 = load i32, i32* %13
%124 = add nsw i32 %123, 1
%125 = sext i32 %124 to i64
%126 = getelementptr inbounds i32, i32* %122, i64 %125
%127 = load i32, i32* %126
%128 = load i32*, i32** %8
%129 = load i32, i32* %13
%130 = sext i32 %129 to i64
%131 = getelementptr inbounds i32, i32* %128, i64 %130
%132 = load i32, i32* %131
%133 = sub nsw i32 %127, %132
br label %134
134: ; preds = %121, %108
%135 = phi i32 [ %120, %108 ], [ %133, %121 ]
%136 = load i32*, i32** %19
%137 = load i32, i32* %13
%138 = sext i32 %137 to i64
%139 = getelementptr inbounds i32, i32* %136, i64 %138
store i32 %135, i32* %139
br label %140
140: ; preds = %134
%141 = load i32, i32* %13
%142 = add nsw i32 %141, 1
store i32 %142, i32* %13
br label %77
143: ; preds = %77
store i32 -1, i32* %15
store double 1.000000e+100, double* %17
store i32 1, i32* %13
br label %144
144: ; preds = %173, %143
%145 = load i32, i32* %13
%146 = load i32, i32* %14
%147 = add nsw i32 %146, 1
%148 = icmp slt i32 %145, %147
br i1 %148, label %149, label %176
149: ; preds = %144
%150 = load double*, double** %18
%151 = load i32, i32* %13
%152 = sext i32 %151 to i64
%153 = getelementptr inbounds double, double* %150, i64 %152
%154 = load double, double* %153
%155 = load double, double* %17
%156 = fcmp olt double %154, %155
br i1 %156, label %157, label %172
157: ; preds = %149
%158 = load i32*, i32** %19
%159 = load i32, i32* %13
%160 = sext i32 %159 to i64
%161 = getelementptr inbounds i32, i32* %158, i64 %160
%162 = load i32, i32* %161
%163 = load i32, i32* %12
%164 = icmp slt i32 %162, %163
br i1 %164, label %165, label %172
165: ; preds = %157
%166 = load double*, double** %18
%167 = load i32, i32* %13
%168 = sext i32 %167 to i64
%169 = getelementptr inbounds double, double* %166, i64 %168
%170 = load double, double* %169
store double %170, double* %17
%171 = load i32, i32* %13
store i32 %171, i32* %15
br label %172
172: ; preds = %165, %157, %149
br label %173
173: ; preds = %172
%174 = load i32, i32* %13
%175 = add nsw i32 %174, 1
store i32 %175, i32* %13
br label %144
176: ; preds = %144
%177 = load i32, i32* %15
%178 = icmp slt i32 %177, 0
br i1 %178, label %179, label %180
179: ; preds = %176
store i32 0, i32* %20
br label %190
180: ; preds = %176
%181 = load double*, double** %18
%182 = load i32, i32* %15
%183 = sext i32 %182 to i64
%184 = getelementptr inbounds double, double* %181, i64 %183
store double -1.000000e+00, double* %184
%185 = load double*, double** %7
%186 = load i32*, i32** %8
%187 = load double*, double** %18
%188 = load double, double* %11
%189 = call i32 (double*, i32*, double*, i32*, double, ...) bitcast (i32 (...)* @BEwTscore to i32 (double*, i32*, double*, i32*, double, ...)*)(double* %185, i32* %186, double* %187, i32* %14, double %188)
br label %190
190: ; preds = %180, %179
%191 = load i32, i32* %14
%192 = icmp slt i32 %191, 1
br i1 %192, label %193, label %194
193: ; preds = %190
store i32 0, i32* %20
br label %194
194: ; preds = %193, %190
br label %73
195: ; preds = %73
%196 = load double*, double** %18
%197 = bitcast double* %196 to i8*
%198 = load i32*, i32** %19
%199 = bitcast i32* %198 to i8*
%200 = load i32, i32* %14
%201 = load i32*, i32** %9
store i32 %200, i32* %201
%202 = load i32, i32* %14
ret i32 %202
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @BEwTandMinLen(double* %0, i32* %1, i32* nocapture %2, double %3, double %4, i32 %5) {
%7 = alloca i32
%8 = bitcast i32* %7 to i8*
%9 = load i32, i32* %2
store i32 %9, i32* %7
%10 = tail call double @sqrt(double %3)
%11 = fmul double %10, %4
%12 = icmp slt i32 %5, 1
%13 = add nsw i32 %9, 1
%14 = sext i32 %13 to i64
%15 = tail call i8* @calloc(i64 %14, i64 4)
%16 = bitcast i8* %15 to i32*
%17 = tail call i8* @calloc(i64 %14, i64 8)
%18 = bitcast i8* %17 to double*
%19 = icmp slt i32 %9, 0
br i1 %19, label %24, label %20
20: ; preds = %6
%21 = zext i32 %9 to i64
%22 = shl nuw nsw i64 %21, 3
%23 = add nuw nsw i64 %22, 8
br label %24
24: ; preds = %20, %6
%25 = tail call i32 (double*, i32*, double*, i32, i32, i32, ...) bitcast (i32 (...)* @ComputeTScores to i32 (double*, i32*, double*, i32, i32, i32, ...)*)(double* %0, i32* %1, double* %18, i32 %9, i32 1, i32 %9)
%26 = call i32 (double*, i32*, double*, i32*, double, ...) bitcast (i32 (...)* @BEwTscore to i32 (double*, i32*, double*, i32*, double, ...)*)(double* %0, i32* %1, double* %18, i32* %7, double %11)
%27 = load i32, i32* %7
br i1 %12, label %164, label %28
28: ; preds = %24
%29 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 1
br label %30
30: ; preds = %28, %157
%31 = phi i32 [ %27, %28 ], [ %161, %157 ]
%32 = icmp slt i32 %31, 1
br i1 %32, label %164, label %33
33: ; preds = %30
%34 = add nuw i32 %31, 1
%35 = zext i32 %34 to i64
%36 = load i32, i32* %29
%37 = add nsw i64 %35, -1
%38 = icmp ult i64 %37, 8
br i1 %38, label %79, label %39
39: ; preds = %33
%40 = and i64 %37, -8
%41 = or i64 %40, 1
%42 = insertelement <4 x i32> poison, i32 %36, i64 3
br label %43
43: ; preds = %43, %39
%44 = phi i64 [ 0, %39 ], [ %74, %43 ]
%45 = phi <4 x i32> [ %42, %39 ], [ %59, %43 ]
%46 = or i64 %44, 1
%47 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %44
%48 = bitcast i32* %47 to <4 x i32>*
%49 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %48
%50 = getelementptr inbounds i32, i32* %47, i64 4
%51 = bitcast i32* %50 to <4 x i32>*
%52 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %51
%53 = or i64 %44, 2
%54 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %53
%55 = bitcast i32* %54 to <4 x i32>*
%56 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %55
%57 = getelementptr inbounds i32, i32* %54, i64 4
%58 = bitcast i32* %57 to <4 x i32>*
%59 = load <4 x i32>, <4 x i32>* %58
%60 = shufflevector <4 x i32> %45, <4 x i32> %56, <4 x i32> <i32 3, i32 4, i32 5, i32 6>
%61 = shufflevector <4 x i32> %56, <4 x i32> %59, <4 x i32> <i32 3, i32 4, i32 5, i32 6>
%62 = sub nsw <4 x i32> %60, %49
%63 = sub nsw <4 x i32> %61, %52
%64 = sub nsw <4 x i32> %56, %60
%65 = sub nsw <4 x i32> %59, %61
%66 = icmp slt <4 x i32> %62, %64
%67 = icmp slt <4 x i32> %63, %65
%68 = select <4 x i1> %66, <4 x i32> %62, <4 x i32> %64
%69 = select <4 x i1> %67, <4 x i32> %63, <4 x i32> %65
%70 = getelementptr inbounds i32, i32* %16, i64 %46
%71 = bitcast i32* %70 to <4 x i32>*
store <4 x i32> %68, <4 x i32>* %71
%72 = getelementptr inbounds i32, i32* %70, i64 4
%73 = bitcast i32* %72 to <4 x i32>*
store <4 x i32> %69, <4 x i32>* %73
%74 = add nuw i64 %44, 8
%75 = icmp eq i64 %74, %40
br i1 %75, label %76, label %43
76: ; preds = %43
%77 = icmp eq i64 %37, %40
%78 = extractelement <4 x i32> %59, i64 3
br i1 %77, label %82, label %79
79: ; preds = %33, %76
%80 = phi i32 [ %78, %76 ], [ %36, %33 ]
%81 = phi i64 [ %41, %76 ], [ 1, %33 ]
br label %88
82: ; preds = %88, %76
br i1 %32, label %164, label %83
83: ; preds = %82
%84 = and i64 %37, 1
%85 = icmp eq i32 %34, 2
br i1 %85, label %138, label %86
86: ; preds = %83
%87 = and i64 %37, -2
br label %103
88: ; preds = %79, %88
%89 = phi i32 [ %97, %88 ], [ %80, %79 ]
%90 = phi i64 [ %95, %88 ], [ %81, %79 ]
%91 = add nsw i64 %90, -1
%92 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %91
%93 = load i32, i32* %92
%94 = sub nsw i32 %89, %93
%95 = add nuw nsw i64 %90, 1
%96 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %95
%97 = load i32, i32* %96
%98 = sub nsw i32 %97, %89
%99 = icmp slt i32 %94, %98
%100 = select i1 %99, i32 %94, i32 %98
%101 = getelementptr inbounds i32, i32* %16, i64 %90
store i32 %100, i32* %101
%102 = icmp eq i64 %95, %35
br i1 %102, label %82, label %88
103: ; preds = %132, %86
%104 = phi i64 [ 1, %86 ], [ %135, %132 ]
%105 = phi double [ 1.000000e+100, %86 ], [ %134, %132 ]
%106 = phi i32 [ -1, %86 ], [ %133, %132 ]
%107 = phi i64 [ 0, %86 ], [ %136, %132 ]
%108 = getelementptr inbounds double, double* %18, i64 %104
%109 = load double, double* %108
%110 = fcmp olt double %109, %105
br i1 %110, label %111, label %118
111: ; preds = %103
%112 = getelementptr inbounds i32, i32* %16, i64 %104
%113 = load i32, i32* %112
%114 = icmp slt i32 %113, %5
%115 = trunc i64 %104 to i32
%116 = select i1 %114, i32 %115, i32 %106
%117 = select i1 %114, double %109, double %105
br label %118
118: ; preds = %111, %103
%119 = phi i32 [ %106, %103 ], [ %116, %111 ]
%120 = phi double [ %105, %103 ], [ %117, %111 ]
%121 = add nuw nsw i64 %104, 1
%122 = getelementptr inbounds double, double* %18, i64 %121
%123 = load double, double* %122
%124 = fcmp olt double %123, %120
br i1 %124, label %125, label %132
125: ; preds = %118
%126 = getelementptr inbounds i32, i32* %16, i64 %121
%127 = load i32, i32* %126
%128 = icmp slt i32 %127, %5
%129 = trunc i64 %121 to i32
%130 = select i1 %128, i32 %129, i32 %119
%131 = select i1 %128, double %123, double %120
br label %132
132: ; preds = %125, %118
%133 = phi i32 [ %119, %118 ], [ %130, %125 ]
%134 = phi double [ %120, %118 ], [ %131, %125 ]
%135 = add nuw nsw i64 %104, 2
%136 = add i64 %107, 2
%137 = icmp eq i64 %136, %87
br i1 %137, label %138, label %103
138: ; preds = %132, %83
%139 = phi i32 [ undef, %83 ], [ %133, %132 ]
%140 = phi i64 [ 1, %83 ], [ %135, %132 ]
%141 = phi double [ 1.000000e+100, %83 ], [ %134, %132 ]
%142 = phi i32 [ -1, %83 ], [ %133, %132 ]
%143 = icmp eq i64 %84, 0
br i1 %143, label %154, label %144
144: ; preds = %138
%145 = getelementptr inbounds double, double* %18, i64 %140
%146 = load double, double* %145
%147 = fcmp olt double %146, %141
br i1 %147, label %148, label %154
148: ; preds = %144
%149 = getelementptr inbounds i32, i32* %16, i64 %140
%150 = load i32, i32* %149
%151 = icmp slt i32 %150, %5
%152 = trunc i64 %140 to i32
%153 = select i1 %151, i32 %152, i32 %142
br label %154
154: ; preds = %144, %148, %138
%155 = phi i32 [ %139, %138 ], [ %142, %144 ], [ %153, %148 ]
%156 = icmp slt i32 %155, 0
br i1 %156, label %164, label %157
157: ; preds = %154
%158 = zext i32 %155 to i64
%159 = getelementptr inbounds double, double* %18, i64 %158
store double -1.000000e+00, double* %159
%160 = call i32 (double*, i32*, double*, i32*, double, ...) bitcast (i32 (...)* @BEwTscore to i32 (double*, i32*, double*, i32*, double, ...)*)(double* %0, i32* %1, double* %18, i32* %7, double %11)
%161 = load i32, i32* %7
%162 = icmp slt i32 %161, 1
%163 = select i1 %162, i1 true, i1 %156
br i1 %163, label %164, label %30
164: ; preds = %30, %82, %154, %157, %24
%165 = phi i32 [ %27, %24 ], [ %31, %30 ], [ %31, %82 ], [ %31, %154 ], [ %161, %157 ]
store i32 %165, i32* %2
ret i32 %165
}