int computeSigma(a, badpix, npix, mean, sigma)
float *a;
char *badpix;
int npix;
double *mean, *sigma;
{
  float pixval;
  int i, ngoodpix = 0;
  double sum = 0.0, sumsq = 0.0, temp;
  for (i = 0; i < npix; i++)
    if (badpix[i] == 0) {
      pixval = a[i];
      ngoodpix = ngoodpix + 1;
      sum = sum + pixval;
      sumsq = sumsq + pixval * pixval;
    }
  switch (ngoodpix) {
  case 0:
    *mean = -999;
    *sigma = -999;
    break;
  case 1:
    *mean = sum;
    *sigma = -999;
    break;
  default:
    *mean = sum / (double)ngoodpix;
    temp = sumsq / (double)(ngoodpix - 1) -
           (sum * sum) / (double)(ngoodpix * (ngoodpix - 1));
    if (temp < 0)
      *sigma = 0.0;
    else
      *sigma = sqrt(temp);
  }
  return (ngoodpix);
}


x86 assembly (clang, -O0):
<computeSigma>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x60,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x40(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x48(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    11cb <computeSigma+0xbb>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x0,%eax
jne    11b8 <computeSigma+0xa8>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
movss  %xmm0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
movsd  -0x40(%rbp),%xmm0
movss  -0x2c(%rbp),%xmm1
cvtss2sd %xmm1,%xmm1
addsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x40(%rbp)
movsd  -0x48(%rbp),%xmm0
movss  -0x2c(%rbp),%xmm1
mulss  -0x2c(%rbp),%xmm1
cvtss2sd %xmm1,%xmm1
addsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x48(%rbp)
jmp    11bd <computeSigma+0xad>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    1149 <computeSigma+0x39>
mov    -0x34(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x54(%rbp)
test   %eax,%eax
je     11ef <computeSigma+0xdf>
jmp    11de <computeSigma+0xce>
mov    -0x54(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
je     1214 <computeSigma+0x104>
jmp    1236 <computeSigma+0x126>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movsd  0xe05(%rip),%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax)
mov    -0x28(%rbp),%rax
movsd  0xdf5(%rip),%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax)
jmp    12bb <computeSigma+0x1ab>
movsd  -0x40(%rbp),%xmm0
mov    -0x20(%rbp),%rax
movsd  %xmm0,(%rax)
mov    -0x28(%rbp),%rax
movsd  0xdd3(%rip),%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax)
jmp    12bb <computeSigma+0x1ab>
movsd  -0x40(%rbp),%xmm0
cvtsi2sdl -0x34(%rbp),%xmm1
divsd  %xmm1,%xmm0
mov    -0x20(%rbp),%rax
movsd  %xmm0,(%rax)
movsd  -0x48(%rbp),%xmm0
mov    -0x34(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
cvtsi2sd %eax,%xmm1
divsd  %xmm1,%xmm0
movsd  -0x40(%rbp),%xmm1
mulsd  -0x40(%rbp),%xmm1
mov    -0x34(%rbp),%eax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
imul   %ecx,%eax
cvtsi2sd %eax,%xmm2
divsd  %xmm2,%xmm1
subsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x50(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
ucomisd -0x50(%rbp),%xmm0
jbe    12a4 <computeSigma+0x194>
mov    -0x28(%rbp),%rax
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax)
jmp    12b6 <computeSigma+0x1a6>
movsd  -0x50(%rbp),%xmm0
call   1030 <sqrt@plt>
mov    -0x28(%rbp),%rax
movsd  %xmm0,(%rax)
jmp    12bb <computeSigma+0x1ab>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x60,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<computeSigma>:
push   %r14
push   %rbx
push   %rax
mov    %r8,%r14
test   %edx,%edx
jle    114c <computeSigma+0x3c>
mov    %edx,%r8d
cmp    $0x1,%edx
jne    1168 <computeSigma+0x58>
xorpd  %xmm0,%xmm0
xor    %edx,%edx
xor    %ebx,%ebx
test   $0x1,%r8b
je     113b <computeSigma+0x2b>
cmpb   $0x0,(%rsi,%rdx,1)
je     123f <computeSigma+0x12f>
cmp    $0x1,%ebx
je     1261 <computeSigma+0x151>
test   %ebx,%ebx
jne    11dc <computeSigma+0xcc>
movabs $0xc08f380000000000,%rax
38 8f c0
mov    %rax,(%rcx)
xor    %ebx,%ebx
movsd  0xe9d(%rip),%xmm1
jmp    127d <computeSigma+0x16d>
mov    %r8d,%eax
and    $0xfffffffe,%eax
xorpd  %xmm0,%xmm0
xor    %edx,%edx
xor    %ebx,%ebx
jmp    1189 <computeSigma+0x79>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x2,%rdx
cmp    %rdx,%rax
je     112b <computeSigma+0x1b>
cmpb   $0x0,(%rsi,%rdx,1)
je     11a0 <computeSigma+0x90>
cmpb   $0x0,0x1(%rsi,%rdx,1)
jne    1180 <computeSigma+0x70>
jmp    11c0 <computeSigma+0xb0>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
movss  (%rdi,%rdx,4),%xmm1
add    $0x1,%ebx
movaps %xmm1,%xmm2
mulss  %xmm1,%xmm2
unpcklps %xmm2,%xmm1
cvtps2pd %xmm1,%xmm1
addpd  %xmm1,%xmm0
cmpb   $0x0,0x1(%rsi,%rdx,1)
jne    1180 <computeSigma+0x70>
movss  0x4(%rdi,%rdx,4),%xmm1
add    $0x1,%ebx
movaps %xmm1,%xmm2
mulss  %xmm1,%xmm2
unpcklps %xmm2,%xmm1
cvtps2pd %xmm1,%xmm1
addpd  %xmm1,%xmm0
jmp    1180 <computeSigma+0x70>
xorps  %xmm1,%xmm1
cvtsi2sd %ebx,%xmm1
movapd %xmm0,%xmm2
divsd  %xmm1,%xmm2
movsd  %xmm2,(%rcx)
lea    -0x1(%rbx),%eax
movapd %xmm0,%xmm1
movd   %eax,%xmm2
imul   %ebx,%eax
movd   %eax,%xmm3
punpckldq %xmm3,%xmm2
cvtdq2pd %xmm2,%xmm2
mulpd  %xmm0,%xmm1
shufpd $0x1,%xmm1,%xmm0
divpd  %xmm2,%xmm0
movapd %xmm0,%xmm1
unpckhpd %xmm0,%xmm1
subsd  %xmm1,%xmm0
xorpd  %xmm1,%xmm1
ucomisd %xmm0,%xmm1
ja     127d <computeSigma+0x16d>
xorpd  %xmm1,%xmm1
ucomisd %xmm1,%xmm0
jb     1274 <computeSigma+0x164>
xorps  %xmm1,%xmm1
sqrtsd %xmm0,%xmm1
jmp    127d <computeSigma+0x16d>
movss  (%rdi,%rdx,4),%xmm1
add    $0x1,%ebx
movaps %xmm1,%xmm2
mulss  %xmm1,%xmm2
unpcklps %xmm2,%xmm1
cvtps2pd %xmm1,%xmm1
addpd  %xmm1,%xmm0
cmp    $0x1,%ebx
jne    1144 <computeSigma+0x34>
movlpd %xmm0,(%rcx)
mov    $0x1,%ebx
movsd  0xd8e(%rip),%xmm1
jmp    127d <computeSigma+0x16d>
call   1030 <sqrt@plt>
movapd %xmm0,%xmm1
movsd  %xmm1,(%r14)
mov    %ebx,%eax
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r14
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @computeSigma(float* %0, i8* %1, i32 %2, double* %3, double* %4) {
%6 = alloca float*
%7 = alloca i8*
%8 = alloca i32
%9 = alloca double*
%10 = alloca double*
%11 = alloca float
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca double
%15 = alloca double
%16 = alloca double
store float* %0, float** %6
store i8* %1, i8** %7
store i32 %2, i32* %8
store double* %3, double** %9
store double* %4, double** %10
store i32 0, i32* %13
store double 0.000000e+00, double* %14
store double 0.000000e+00, double* %15
store i32 0, i32* %12
br label %17
17: ; preds = %48, %5
%18 = load i32, i32* %12
%19 = load i32, i32* %8
%20 = icmp slt i32 %18, %19
br i1 %20, label %21, label %51
21: ; preds = %17
%22 = load i8*, i8** %7
%23 = load i32, i32* %12
%24 = sext i32 %23 to i64
%25 = getelementptr inbounds i8, i8* %22, i64 %24
%26 = load i8, i8* %25
%27 = sext i8 %26 to i32
%28 = icmp eq i32 %27, 0
br i1 %28, label %29, label %47
29: ; preds = %21
%30 = load float*, float** %6
%31 = load i32, i32* %12
%32 = sext i32 %31 to i64
%33 = getelementptr inbounds float, float* %30, i64 %32
%34 = load float, float* %33
store float %34, float* %11
%35 = load i32, i32* %13
%36 = add nsw i32 %35, 1
store i32 %36, i32* %13
%37 = load double, double* %14
%38 = load float, float* %11
%39 = fpext float %38 to double
%40 = fadd double %37, %39
store double %40, double* %14
%41 = load double, double* %15
%42 = load float, float* %11
%43 = load float, float* %11
%44 = fmul float %42, %43
%45 = fpext float %44 to double
%46 = fadd double %41, %45
store double %46, double* %15
br label %47
47: ; preds = %29, %21
br label %48
48: ; preds = %47
%49 = load i32, i32* %12
%50 = add nsw i32 %49, 1
store i32 %50, i32* %12
br label %17
51: ; preds = %17
%52 = load i32, i32* %13
switch i32 %52, label %60 [
i32 0, label %53
i32 1, label %56
]
53: ; preds = %51
%54 = load double*, double** %9
store double -9.990000e+02, double* %54
%55 = load double*, double** %10
store double -9.990000e+02, double* %55
br label %90
56: ; preds = %51
%57 = load double, double* %14
%58 = load double*, double** %9
store double %57, double* %58
%59 = load double*, double** %10
store double -9.990000e+02, double* %59
br label %90
60: ; preds = %51
%61 = load double, double* %14
%62 = load i32, i32* %13
%63 = sitofp i32 %62 to double
%64 = fdiv double %61, %63
%65 = load double*, double** %9
store double %64, double* %65
%66 = load double, double* %15
%67 = load i32, i32* %13
%68 = sub nsw i32 %67, 1
%69 = sitofp i32 %68 to double
%70 = fdiv double %66, %69
%71 = load double, double* %14
%72 = load double, double* %14
%73 = fmul double %71, %72
%74 = load i32, i32* %13
%75 = load i32, i32* %13
%76 = sub nsw i32 %75, 1
%77 = mul nsw i32 %74, %76
%78 = sitofp i32 %77 to double
%79 = fdiv double %73, %78
%80 = fsub double %70, %79
store double %80, double* %16
%81 = load double, double* %16
%82 = fcmp olt double %81, 0.000000e+00
br i1 %82, label %83, label %85
83: ; preds = %60
%84 = load double*, double** %10
store double 0.000000e+00, double* %84
br label %89
85: ; preds = %60
%86 = load double, double* %16
%87 = call double @sqrt(double %86)
%88 = load double*, double** %10
store double %87, double* %88
br label %89
89: ; preds = %85, %83
br label %90
90: ; preds = %89, %56, %53
%91 = load i32, i32* %13
ret i32 %91
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @computeSigma(float* nocapture %0, i8* nocapture %1, i32 %2, double* nocapture writeonly %3, double* nocapture writeonly %4) {
%6 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %6, label %7, label %75
7: ; preds = %5
%8 = zext i32 %2 to i64
%9 = and i64 %8, 1
%10 = icmp eq i32 %2, 1
br i1 %10, label %52, label %11
11: ; preds = %7
%12 = and i64 %8, 4294967294
br label %13
13: ; preds = %46, %11
%14 = phi i64 [ 0, %11 ], [ %49, %46 ]
%15 = phi i32 [ 0, %11 ], [ %47, %46 ]
%16 = phi <2 x double> [ zeroinitializer, %11 ], [ %48, %46 ]
%17 = phi i64 [ 0, %11 ], [ %50, %46 ]
%18 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %14
%19 = load i8, i8* %18
%20 = icmp eq i8 %19, 0
br i1 %20, label %21, label %30
21: ; preds = %13
%22 = getelementptr inbounds float, float* %0, i64 %14
%23 = load float, float* %22
%24 = add nsw i32 %15, 1
%25 = fmul float %23, %23
%26 = insertelement <2 x float> poison, float %23, i64 0
%27 = insertelement <2 x float> %26, float %25, i64 1
%28 = fpext <2 x float> %27 to <2 x double>
%29 = fadd <2 x double> %16, %28
br label %30
30: ; preds = %13, %21
%31 = phi i32 [ %24, %21 ], [ %15, %13 ]
%32 = phi <2 x double> [ %29, %21 ], [ %16, %13 ]
%33 = or i64 %14, 1
%34 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %33
%35 = load i8, i8* %34
%36 = icmp eq i8 %35, 0
br i1 %36, label %37, label %46
37: ; preds = %30
%38 = getelementptr inbounds float, float* %0, i64 %33
%39 = load float, float* %38
%40 = add nsw i32 %31, 1
%41 = fmul float %39, %39
%42 = insertelement <2 x float> poison, float %39, i64 0
%43 = insertelement <2 x float> %42, float %41, i64 1
%44 = fpext <2 x float> %43 to <2 x double>
%45 = fadd <2 x double> %32, %44
br label %46
46: ; preds = %37, %30
%47 = phi i32 [ %40, %37 ], [ %31, %30 ]
%48 = phi <2 x double> [ %45, %37 ], [ %32, %30 ]
%49 = add nuw nsw i64 %14, 2
%50 = add i64 %17, 2
%51 = icmp eq i64 %50, %12
br i1 %51, label %52, label %13
52: ; preds = %46, %7
%53 = phi i32 [ undef, %7 ], [ %47, %46 ]
%54 = phi <2 x double> [ undef, %7 ], [ %48, %46 ]
%55 = phi i64 [ 0, %7 ], [ %49, %46 ]
%56 = phi i32 [ 0, %7 ], [ %47, %46 ]
%57 = phi <2 x double> [ zeroinitializer, %7 ], [ %48, %46 ]
%58 = icmp eq i64 %9, 0
br i1 %58, label %72, label %59
59: ; preds = %52
%60 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %55
%61 = load i8, i8* %60
%62 = icmp eq i8 %61, 0
br i1 %62, label %63, label %72
63: ; preds = %59
%64 = getelementptr inbounds float, float* %0, i64 %55
%65 = load float, float* %64
%66 = add nsw i32 %56, 1
%67 = fmul float %65, %65
%68 = insertelement <2 x float> poison, float %65, i64 0
%69 = insertelement <2 x float> %68, float %67, i64 1
%70 = fpext <2 x float> %69 to <2 x double>
%71 = fadd <2 x double> %57, %70
br label %72
72: ; preds = %59, %63, %52
%73 = phi i32 [ %53, %52 ], [ %66, %63 ], [ %56, %59 ]
%74 = phi <2 x double> [ %54, %52 ], [ %71, %63 ], [ %57, %59 ]
switch i32 %73, label %78 [
i32 0, label %75
i32 1, label %76
]
75: ; preds = %5, %72
store double -9.990000e+02, double* %3
br label %96
76: ; preds = %72
%77 = extractelement <2 x double> %74, i64 0
store double %77, double* %3
br label %96
78: ; preds = %72
%79 = sitofp i32 %73 to double
%80 = extractelement <2 x double> %74, i64 0
%81 = fdiv double %80, %79
store double %81, double* %3
%82 = add nsw i32 %73, -1
%83 = fmul <2 x double> %74, %74
%84 = mul nsw i32 %82, %73
%85 = insertelement <2 x i32> poison, i32 %82, i64 0
%86 = insertelement <2 x i32> %85, i32 %84, i64 1
%87 = sitofp <2 x i32> %86 to <2 x double>
%88 = shufflevector <2 x double> %74, <2 x double> %83, <2 x i32> <i32 1, i32 2>
%89 = fdiv <2 x double> %88, %87
%90 = shufflevector <2 x double> %89, <2 x double> poison, <2 x i32> <i32 1, i32 undef>
%91 = fsub <2 x double> %89, %90
%92 = extractelement <2 x double> %91, i64 0
%93 = fcmp olt double %92, 0.000000e+00
br i1 %93, label %96, label %94
94: ; preds = %78
%95 = tail call double @sqrt(double %92)
br label %96
96: ; preds = %78, %94, %76, %75
%97 = phi double [ %95, %94 ], [ -9.990000e+02, %76 ], [ -9.990000e+02, %75 ], [ 0.000000e+00, %78 ]
%98 = phi i32 [ %73, %94 ], [ 1, %76 ], [ 0, %75 ], [ %73, %78 ]
store double %97, double* %4
ret i32 %98
}