#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int assign_cell(int, int, int, int);
void frommatr_transtable(int **aseqsT, float *weights, int nseq, int i, int j,
                         int j2, int *accum_insr, double trans[6][6]) {
  int fy, ty;
  int idx;
  for (fy = 0; fy < 6; fy++)
    for (ty = 0; ty < 6; ty++)
      trans[fy][ty] = 0.0;
  for (idx = 0; idx < nseq; idx++) {
    fy = (aseqsT[j][idx] == -1) ? 0 : 3;
    ty = assign_cell(i, j2, aseqsT[i][idx], aseqsT[j2][idx]);
    if (accum_insr[idx] == 0) {
      trans[fy][ty] += weights[idx];
    } else {
      trans[fy][5] += weights[idx];
      trans[5][5] += (accum_insr[idx] - 1) * weights[idx];
      trans[5][ty] += weights[idx];
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<frommatr_transtable>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    0x18(%rbp),%rax
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %ecx,-0x18(%rbp)
mov    %r8d,-0x1c(%rbp)
mov    %r9d,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
cmpl   $0x6,-0x24(%rbp)
jge    1194 <frommatr_transtable+0x84>
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
cmpl   $0x6,-0x28(%rbp)
jge    1181 <frommatr_transtable+0x71>
mov    0x18(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
imul   $0x30,%rcx,%rcx
add    %rcx,%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    114e <frommatr_transtable+0x3e>
jmp    1186 <frommatr_transtable+0x76>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    113d <frommatr_transtable+0x2d>
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    12e2 <frommatr_transtable+0x1d2>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    $0x3,%eax
xor    %ecx,%ecx
cmp    $0xffffffff,%edx
cmove  %ecx,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%edi
mov    -0x20(%rbp),%esi
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%ecx
call   1030 <assign_cell@plt>
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jne    1243 <frommatr_transtable+0x133>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm0
mov    0x18(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
imul   $0x30,%rcx,%rcx
add    %rcx,%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
addsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
jmp    12cf <frommatr_transtable+0x1bf>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm0
mov    0x18(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
imul   $0x30,%rcx,%rcx
add    %rcx,%rax
addsd  0x28(%rax),%xmm0
movsd  %xmm0,0x28(%rax)
mov    0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
sub    $0x1,%eax
cvtsi2ss %eax,%xmm0
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mulss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm0
mov    0x18(%rbp),%rax
addsd  0x118(%rax),%xmm0
movsd  %xmm0,0x118(%rax)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm0
mov    0x18(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
addsd  0xf0(%rax,%rcx,8),%xmm0
movsd  %xmm0,0xf0(%rax,%rcx,8)
jmp    12d4 <frommatr_transtable+0x1c4>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    119b <frommatr_transtable+0x8b>
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<frommatr_transtable>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x18,%rsp
mov    %r9d,%r14d
mov    %r8d,%r13d
mov    %ecx,%r12d
mov    %edx,%ebp
mov    %rsi,0x10(%rsp)
mov    %rdi,%rbx
mov    0x58(%rsp),%r15
mov    $0x120,%edx
mov    %r15,%rdi
xor    %esi,%esi
call   1030 <memset@plt>
test   %ebp,%ebp
jle    123a <frommatr_transtable+0x11a>
movslq %r13d,%rax
mov    %rax,0x8(%rsp)
movslq %r12d,%r12
movslq %r14d,%r13
mov    %ebp,%eax
mov    %rax,(%rsp)
xor    %ebp,%ebp
jmp    11a5 <frommatr_transtable+0x85>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
cltq
lea    (%r14,%r14,2),%rcx
shl    $0x4,%rcx
add    %r15,%rcx
addsd  (%rcx,%rax,8),%xmm0
movsd  %xmm0,(%rcx,%rax,8)
add    $0x1,%rbp
cmp    %rbp,(%rsp)
je     123a <frommatr_transtable+0x11a>
mov    0x8(%rsp),%rax
mov    (%rbx,%rax,8),%rax
xor    %ecx,%ecx
cmpl   $0xffffffff,(%rax,%rbp,4)
setne  %cl
lea    (%rcx,%rcx,2),%r14
mov    (%rbx,%r12,8),%rax
mov    (%rax,%rbp,4),%edx
mov    (%rbx,%r13,8),%rax
mov    (%rax,%rbp,4),%ecx
mov    %r12d,%edi
mov    %r13d,%esi
call   1040 <assign_cell@plt>
mov    0x50(%rsp),%rcx
mov    (%rcx,%rbp,4),%ecx
mov    0x10(%rsp),%rdx
movss  (%rdx,%rbp,4),%xmm1
xorps  %xmm0,%xmm0
cvtss2sd %xmm1,%xmm0
test   %ecx,%ecx
je     1180 <frommatr_transtable+0x60>
lea    (%r14,%r14,2),%rdx
shl    $0x4,%rdx
movsd  0x28(%r15,%rdx,1),%xmm2
add    $0xffffffff,%ecx
xorps  %xmm3,%xmm3
cvtsi2ss %ecx,%xmm3
addsd  %xmm0,%xmm2
movsd  %xmm2,0x28(%r15,%rdx,1)
mulss  %xmm3,%xmm1
cvtss2sd %xmm1,%xmm1
addsd  0x118(%r15),%xmm1
movsd  %xmm1,0x118(%r15)
mov    $0x5,%r14d
jmp    1180 <frommatr_transtable+0x60>
add    $0x18,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @frommatr_transtable(i32** %0, float* %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4, i32 %5, i32* %6, [6 x double]* %7) {
%9 = alloca i32**
%10 = alloca float*
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
%15 = alloca i32*
%16 = alloca [6 x double]*
%17 = alloca i32
%18 = alloca i32
%19 = alloca i32
store i32** %0, i32*** %9
store float* %1, float** %10
store i32 %2, i32* %11
store i32 %3, i32* %12
store i32 %4, i32* %13
store i32 %5, i32* %14
store i32* %6, i32** %15
store [6 x double]* %7, [6 x double]** %16
store i32 0, i32* %17
br label %20
20: ; preds = %39, %8
%21 = load i32, i32* %17
%22 = icmp slt i32 %21, 6
br i1 %22, label %23, label %42
23: ; preds = %20
store i32 0, i32* %18
br label %24
24: ; preds = %35, %23
%25 = load i32, i32* %18
%26 = icmp slt i32 %25, 6
br i1 %26, label %27, label %38
27: ; preds = %24
%28 = load [6 x double]*, [6 x double]** %16
%29 = load i32, i32* %17
%30 = sext i32 %29 to i64
%31 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %28, i64 %30
%32 = load i32, i32* %18
%33 = sext i32 %32 to i64
%34 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %31, i64 0, i64 %33
store double 0.000000e+00, double* %34
br label %35
35: ; preds = %27
%36 = load i32, i32* %18
%37 = add nsw i32 %36, 1
store i32 %37, i32* %18
br label %24
38: ; preds = %24
br label %39
39: ; preds = %38
%40 = load i32, i32* %17
%41 = add nsw i32 %40, 1
store i32 %41, i32* %17
br label %20
42: ; preds = %20
store i32 0, i32* %19
br label %43
43: ; preds = %150, %42
%44 = load i32, i32* %19
%45 = load i32, i32* %11
%46 = icmp slt i32 %44, %45
br i1 %46, label %47, label %153
47: ; preds = %43
%48 = load i32**, i32*** %9
%49 = load i32, i32* %13
%50 = sext i32 %49 to i64
%51 = getelementptr inbounds i32*, i32** %48, i64 %50
%52 = load i32*, i32** %51
%53 = load i32, i32* %19
%54 = sext i32 %53 to i64
%55 = getelementptr inbounds i32, i32* %52, i64 %54
%56 = load i32, i32* %55
%57 = icmp eq i32 %56, -1
%58 = zext i1 %57 to i64
%59 = select i1 %57, i32 0, i32 3
store i32 %59, i32* %17
%60 = load i32, i32* %12
%61 = load i32, i32* %14
%62 = load i32**, i32*** %9
%63 = load i32, i32* %12
%64 = sext i32 %63 to i64
%65 = getelementptr inbounds i32*, i32** %62, i64 %64
%66 = load i32*, i32** %65
%67 = load i32, i32* %19
%68 = sext i32 %67 to i64
%69 = getelementptr inbounds i32, i32* %66, i64 %68
%70 = load i32, i32* %69
%71 = load i32**, i32*** %9
%72 = load i32, i32* %14
%73 = sext i32 %72 to i64
%74 = getelementptr inbounds i32*, i32** %71, i64 %73
%75 = load i32*, i32** %74
%76 = load i32, i32* %19
%77 = sext i32 %76 to i64
%78 = getelementptr inbounds i32, i32* %75, i64 %77
%79 = load i32, i32* %78
%80 = call i32 @assign_cell(i32 %60, i32 %61, i32 %70, i32 %79)
store i32 %80, i32* %18
%81 = load i32*, i32** %15
%82 = load i32, i32* %19
%83 = sext i32 %82 to i64
%84 = getelementptr inbounds i32, i32* %81, i64 %83
%85 = load i32, i32* %84
%86 = icmp eq i32 %85, 0
br i1 %86, label %87, label %103
87: ; preds = %47
%88 = load float*, float** %10
%89 = load i32, i32* %19
%90 = sext i32 %89 to i64
%91 = getelementptr inbounds float, float* %88, i64 %90
%92 = load float, float* %91
%93 = fpext float %92 to double
%94 = load [6 x double]*, [6 x double]** %16
%95 = load i32, i32* %17
%96 = sext i32 %95 to i64
%97 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %94, i64 %96
%98 = load i32, i32* %18
%99 = sext i32 %98 to i64
%100 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %97, i64 0, i64 %99
%101 = load double, double* %100
%102 = fadd double %101, %93
store double %102, double* %100
br label %149
103: ; preds = %47
%104 = load float*, float** %10
%105 = load i32, i32* %19
%106 = sext i32 %105 to i64
%107 = getelementptr inbounds float, float* %104, i64 %106
%108 = load float, float* %107
%109 = fpext float %108 to double
%110 = load [6 x double]*, [6 x double]** %16
%111 = load i32, i32* %17
%112 = sext i32 %111 to i64
%113 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %110, i64 %112
%114 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %113, i64 0, i64 5
%115 = load double, double* %114
%116 = fadd double %115, %109
store double %116, double* %114
%117 = load i32*, i32** %15
%118 = load i32, i32* %19
%119 = sext i32 %118 to i64
%120 = getelementptr inbounds i32, i32* %117, i64 %119
%121 = load i32, i32* %120
%122 = sub nsw i32 %121, 1
%123 = sitofp i32 %122 to float
%124 = load float*, float** %10
%125 = load i32, i32* %19
%126 = sext i32 %125 to i64
%127 = getelementptr inbounds float, float* %124, i64 %126
%128 = load float, float* %127
%129 = fmul float %123, %128
%130 = fpext float %129 to double
%131 = load [6 x double]*, [6 x double]** %16
%132 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %131, i64 5
%133 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %132, i64 0, i64 5
%134 = load double, double* %133
%135 = fadd double %134, %130
store double %135, double* %133
%136 = load float*, float** %10
%137 = load i32, i32* %19
%138 = sext i32 %137 to i64
%139 = getelementptr inbounds float, float* %136, i64 %138
%140 = load float, float* %139
%141 = fpext float %140 to double
%142 = load [6 x double]*, [6 x double]** %16
%143 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %142, i64 5
%144 = load i32, i32* %18
%145 = sext i32 %144 to i64
%146 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %143, i64 0, i64 %145
%147 = load double, double* %146
%148 = fadd double %147, %141
store double %148, double* %146
br label %149
149: ; preds = %103, %87
br label %150
150: ; preds = %149
%151 = load i32, i32* %19
%152 = add nsw i32 %151, 1
store i32 %152, i32* %19
br label %43
153: ; preds = %43
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @frommatr_transtable(i32** nocapture %0, float* nocapture %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4, i32 %5, i32* nocapture %6, [6 x double]* nocapture %7) {
%9 = bitcast [6 x double]* %7 to i8*
%10 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %10, label %11, label %58
11: ; preds = %8
%12 = sext i32 %4 to i64
%13 = getelementptr inbounds i32*, i32** %0, i64 %12
%14 = sext i32 %3 to i64
%15 = getelementptr inbounds i32*, i32** %0, i64 %14
%16 = sext i32 %5 to i64
%17 = getelementptr inbounds i32*, i32** %0, i64 %16
%18 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %7, i64 5, i64 5
%19 = zext i32 %2 to i64
br label %20
20: ; preds = %11, %50
%21 = phi i64 [ 0, %11 ], [ %56, %50 ]
%22 = load i32*, i32** %13
%23 = getelementptr inbounds i32, i32* %22, i64 %21
%24 = load i32, i32* %23
%25 = icmp eq i32 %24, -1
%26 = select i1 %25, i64 0, i64 3
%27 = load i32*, i32** %15
%28 = getelementptr inbounds i32, i32* %27, i64 %21
%29 = load i32, i32* %28
%30 = load i32*, i32** %17
%31 = getelementptr inbounds i32, i32* %30, i64 %21
%32 = load i32, i32* %31
%33 = tail call i32 @assign_cell(i32 %3, i32 %5, i32 %29, i32 %32)
%34 = getelementptr inbounds i32, i32* %6, i64 %21
%35 = load i32, i32* %34
%36 = icmp eq i32 %35, 0
%37 = getelementptr inbounds float, float* %1, i64 %21
%38 = load float, float* %37
%39 = fpext float %38 to double
br i1 %36, label %50, label %40
40: ; preds = %20
%41 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %7, i64 %26, i64 5
%42 = load double, double* %41
%43 = fadd double %42, %39
store double %43, double* %41
%44 = add nsw i32 %35, -1
%45 = sitofp i32 %44 to float
%46 = fmul float %38, %45
%47 = fpext float %46 to double
%48 = load double, double* %18
%49 = fadd double %48, %47
store double %49, double* %18
br label %50
50: ; preds = %20, %40
%51 = phi i64 [ 5, %40 ], [ %26, %20 ]
%52 = sext i32 %33 to i64
%53 = getelementptr inbounds [6 x double], [6 x double]* %7, i64 %51, i64 %52
%54 = load double, double* %53
%55 = fadd double %54, %39
store double %55, double* %53
%56 = add nuw nsw i64 %21, 1
%57 = icmp eq i64 %56, %19
br i1 %57, label %58, label %20
58: ; preds = %50, %8
ret void
}