int extend_lower_part_of_window(int starting_coord, int initial_min_coord,
                                int genome_size,
                                int *gaps_in_original_genome_space) {
  int lower_offset = 0;
  int snp_sliding_window_counter = initial_min_coord;
  int j = 0;
  for (j = starting_coord; (j >= 0) && j > (initial_min_coord - lower_offset) &&
                           (initial_min_coord - lower_offset >= 0);
       j--) {
    if (gaps_in_original_genome_space[j] == 1) {
      lower_offset++;
    }
  }
  snp_sliding_window_counter = snp_sliding_window_counter - lower_offset;
  return snp_sliding_window_counter;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<extend_lower_part_of_window>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %esi,-0x8(%rbp)
mov    %edx,-0xc(%rbp)
mov    %rcx,-0x18(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x4(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
xor    %eax,%eax
cmpl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    %al,-0x25(%rbp)
jl     115f <extend_lower_part_of_window+0x5f>
mov    -0x24(%rbp),%ecx
mov    -0x8(%rbp),%edx
sub    -0x1c(%rbp),%edx
xor    %eax,%eax
cmp    %edx,%ecx
mov    %al,-0x25(%rbp)
jle    115f <extend_lower_part_of_window+0x5f>
mov    -0x8(%rbp),%eax
sub    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    $0x0,%eax
setge  %al
mov    %al,-0x25(%rbp)
mov    -0x25(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    116f <extend_lower_part_of_window+0x6f>
jmp    119d <extend_lower_part_of_window+0x9d>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
cmpl   $0x1,(%rax,%rcx,4)
jne    118a <extend_lower_part_of_window+0x8a>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    118f <extend_lower_part_of_window+0x8f>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0xffffffff,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    112b <extend_lower_part_of_window+0x2b>
mov    -0x20(%rbp),%eax
sub    -0x1c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<extend_lower_part_of_window>:
mov    %esi,%eax
test   %edi,%edi
js     113d <extend_lower_part_of_window+0x3d>
mov    %edi,%esi
xor    %r8d,%r8d
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
mov    %eax,%edi
sub    %r8d,%edi
movslq %edi,%rdx
cmp    %rdx,%rsi
jle    1139 <extend_lower_part_of_window+0x39>
test   %edi,%edi
js     1139 <extend_lower_part_of_window+0x39>
xor    %edx,%edx
cmpl   $0x1,(%rcx,%rsi,4)
sete   %dl
add    %edx,%r8d
lea    -0x1(%rsi),%rdx
test   %rsi,%rsi
mov    %rdx,%rsi
jg     1110 <extend_lower_part_of_window+0x10>
sub    %r8d,%eax
ret
xor    %r8d,%r8d
sub    %r8d,%eax
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @extend_lower_part_of_window(i32 %0, i32 %1, i32 %2, i32* %3) {
%5 = alloca i32
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32*
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
store i32 %0, i32* %5
store i32 %1, i32* %6
store i32 %2, i32* %7
store i32* %3, i32** %8
store i32 0, i32* %9
%12 = load i32, i32* %6
store i32 %12, i32* %10
store i32 0, i32* %11
%13 = load i32, i32* %5
store i32 %13, i32* %11
br label %14
14: ; preds = %41, %4
%15 = load i32, i32* %11
%16 = icmp sge i32 %15, 0
br i1 %16, label %17, label %28
17: ; preds = %14
%18 = load i32, i32* %11
%19 = load i32, i32* %6
%20 = load i32, i32* %9
%21 = sub nsw i32 %19, %20
%22 = icmp sgt i32 %18, %21
br i1 %22, label %23, label %28
23: ; preds = %17
%24 = load i32, i32* %6
%25 = load i32, i32* %9
%26 = sub nsw i32 %24, %25
%27 = icmp sge i32 %26, 0
br label %28
28: ; preds = %23, %17, %14
%29 = phi i1 [ false, %17 ], [ false, %14 ], [ %27, %23 ]
br i1 %29, label %30, label %44
30: ; preds = %28
%31 = load i32*, i32** %8
%32 = load i32, i32* %11
%33 = sext i32 %32 to i64
%34 = getelementptr inbounds i32, i32* %31, i64 %33
%35 = load i32, i32* %34
%36 = icmp eq i32 %35, 1
br i1 %36, label %37, label %40
37: ; preds = %30
%38 = load i32, i32* %9
%39 = add nsw i32 %38, 1
store i32 %39, i32* %9
br label %40
40: ; preds = %37, %30
br label %41
41: ; preds = %40
%42 = load i32, i32* %11
%43 = add nsw i32 %42, -1
store i32 %43, i32* %11
br label %14
44: ; preds = %28
%45 = load i32, i32* %10
%46 = load i32, i32* %9
%47 = sub nsw i32 %45, %46
store i32 %47, i32* %10
%48 = load i32, i32* %10
ret i32 %48
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @extend_lower_part_of_window(i32 %0, i32 %1, i32 %2, i32* nocapture %3) {
%5 = icmp sgt i32 %0, -1
br i1 %5, label %6, label %24
6: ; preds = %4
%7 = zext i32 %0 to i64
br label %8
8: ; preds = %6, %16
%9 = phi i64 [ %7, %6 ], [ %22, %16 ]
%10 = phi i32 [ 0, %6 ], [ %21, %16 ]
%11 = sub nsw i32 %1, %10
%12 = sext i32 %11 to i64
%13 = icmp sgt i64 %9, %12
%14 = icmp sgt i32 %11, -1
%15 = and i1 %13, %14
br i1 %15, label %16, label %24
16: ; preds = %8
%17 = getelementptr inbounds i32, i32* %3, i64 %9
%18 = load i32, i32* %17
%19 = icmp eq i32 %18, 1
%20 = zext i1 %19 to i32
%21 = add nuw nsw i32 %10, %20
%22 = add nsw i64 %9, -1
%23 = icmp sgt i64 %9, 0
br i1 %23, label %8, label %24
24: ; preds = %8, %16, %4
%25 = phi i32 [ 0, %4 ], [ %21, %16 ], [ %10, %8 ]
%26 = sub nsw i32 %1, %25
ret i32 %26
}