void create_CCt(double *cov, double *C, int D, int N) {
  int d1, d2, i;
  for (d1 = 0; d1 < D; d1++) {
    for (d2 = 0; d2 < d1; d2++) {
      for (i = 0; i < N; i++)
        cov[d1 * D + d2] += C[d1 * N + i] * C[d2 * N + i];
      cov[d2 * D + d1] = cov[d1 * D + d2];
    }
    for (i = 0; i < N; i++)
      cov[d1 * (D + 1)] += C[d1 * N + i] * C[d1 * N + i];
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<create_CCt>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %ecx,-0x18(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    1267 <create_CCt+0x167>
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jge    11e2 <create_CCt+0xe2>
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x18(%rbp),%eax
jge    11a8 <create_CCt+0xa8>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x1c(%rbp),%ecx
imul   -0x18(%rbp),%ecx
add    -0x24(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%ecx
imul   -0x18(%rbp),%ecx
add    -0x24(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm2
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x1c(%rbp),%ecx
imul   -0x14(%rbp),%ecx
add    -0x20(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm1
mulsd  %xmm2,%xmm0
addsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    113f <create_CCt+0x3f>
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x1c(%rbp),%ecx
imul   -0x14(%rbp),%ecx
add    -0x20(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%ecx
imul   -0x14(%rbp),%ecx
add    -0x1c(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    112c <create_CCt+0x2c>
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x18(%rbp),%eax
jge    1254 <create_CCt+0x154>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x1c(%rbp),%ecx
imul   -0x18(%rbp),%ecx
add    -0x24(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x1c(%rbp),%ecx
imul   -0x18(%rbp),%ecx
add    -0x24(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm2
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x1c(%rbp),%ecx
mov    -0x14(%rbp),%edx
add    $0x1,%edx
imul   %edx,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm1
mulsd  %xmm2,%xmm0
addsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    11e9 <create_CCt+0xe9>
jmp    1259 <create_CCt+0x159>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    1119 <create_CCt+0x19>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<create_CCt>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
mov    %rsi,-0x40(%rsp)
test   %edx,%edx
jle    1300 <create_CCt+0x200>
mov    %rdx,%rax
movslq %ecx,%rsi
mov    %eax,%r11d
add    $0x1,%eax
mov    %rax,-0x20(%rsp)
mov    %esi,%r9d
lea    -0x1(%r9),%r12
mov    %r9d,%eax
and    $0xfffffffe,%eax
mov    -0x40(%rsp),%rdx
lea    0x8(%rdx),%rbx
mov    %rsi,-0x38(%rsp)
lea    0x0(,%rsi,8),%rdx
mov    %rdx,-0x30(%rsp)
xor    %r13d,%r13d
mov    %rbx,-0x28(%rsp)
jmp    1172 <create_CCt+0x72>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%r13
add    -0x30(%rsp),%rbx
cmp    %r11,%r13
je     1300 <create_CCt+0x200>
test   %r13,%r13
je     1280 <create_CCt+0x180>
mov    %r13,%rdx
imul   -0x38(%rsp),%rdx
mov    %rdx,-0x10(%rsp)
mov    %r13,%rsi
imul   %r11,%rsi
mov    -0x28(%rsp),%r14
xor    %r8d,%r8d
mov    %r13,-0x8(%rsp)
mov    %rsi,-0x18(%rsp)
jmp    11d6 <create_CCt+0xd6>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
movsd  (%rdi,%rdx,8),%xmm0
mov    %r8,%rdx
imul   %r11,%rdx
add    %r13,%rdx
movsd  %xmm0,(%rdi,%rdx,8)
add    $0x1,%r8
add    -0x30(%rsp),%r14
cmp    %r13,%r8
je     1280 <create_CCt+0x180>
lea    (%r8,%rsi,1),%rdx
test   %ecx,%ecx
jle    11b0 <create_CCt+0xb0>
movsd  (%rdi,%rdx,8),%xmm0
xor    %r10d,%r10d
test   %r12,%r12
je     1225 <create_CCt+0x125>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
movsd  -0x8(%rbx,%r10,8),%xmm1
mulsd  -0x8(%r14,%r10,8),%xmm1
addsd  %xmm0,%xmm1
movsd  %xmm1,(%rdi,%rdx,8)
movsd  (%rbx,%r10,8),%xmm0
mulsd  (%r14,%r10,8),%xmm0
addsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,(%rdi,%rdx,8)
add    $0x2,%r10
cmp    %r10,%rax
jne    11f0 <create_CCt+0xf0>
test   $0x1,%r9b
je     11b0 <create_CCt+0xb0>
mov    %r8,%rsi
imul   -0x38(%rsp),%rsi
mov    %r11,%r15
mov    %r9,%r11
mov    -0x10(%rsp),%rbp
lea    (%r10,%rbp,1),%r9
mov    -0x40(%rsp),%r13
movsd  0x0(%r13,%r9,8),%xmm1
mov    %r11,%r9
mov    %r15,%r11
add    %r10,%rsi
mulsd  0x0(%r13,%rsi,8),%xmm1
mov    -0x18(%rsp),%rsi
mov    -0x8(%rsp),%r13
addsd  %xmm0,%xmm1
movsd  %xmm1,(%rdi,%rdx,8)
jmp    11b0 <create_CCt+0xb0>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
test   %ecx,%ecx
jle    1160 <create_CCt+0x60>
mov    %r13,%rdx
imul   -0x20(%rsp),%rdx
movsd  (%rdi,%rdx,8),%xmm0
xor    %ebp,%ebp
test   %r12,%r12
je     12ce <create_CCt+0x1ce>
nopl   (%rax)
movsd  -0x8(%rbx,%rbp,8),%xmm1
mulsd  %xmm1,%xmm1
addsd  %xmm0,%xmm1
movsd  %xmm1,(%rdi,%rdx,8)
movsd  (%rbx,%rbp,8),%xmm0
mulsd  %xmm0,%xmm0
addsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,(%rdi,%rdx,8)
add    $0x2,%rbp
cmp    %rbp,%rax
jne    12a0 <create_CCt+0x1a0>
test   $0x1,%r9b
je     1160 <create_CCt+0x60>
mov    %r13,%rsi
imul   -0x38(%rsp),%rsi
add    %rsi,%rbp
mov    -0x40(%rsp),%rsi
movsd  (%rsi,%rbp,8),%xmm1
mulsd  %xmm1,%xmm1
addsd  %xmm0,%xmm1
movsd  %xmm1,(%rdi,%rdx,8)
jmp    1160 <create_CCt+0x60>
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @create_CCt(double* %0, double* %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = alloca double*
%6 = alloca double*
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
store double* %0, double** %5
store double* %1, double** %6
store i32 %2, i32* %7
store i32 %3, i32* %8
store i32 0, i32* %9
br label %12
12: ; preds = %116, %4
%13 = load i32, i32* %9
%14 = load i32, i32* %7
%15 = icmp slt i32 %13, %14
br i1 %15, label %16, label %119
16: ; preds = %12
store i32 0, i32* %10
br label %17
17: ; preds = %76, %16
%18 = load i32, i32* %10
%19 = load i32, i32* %9
%20 = icmp slt i32 %18, %19
br i1 %20, label %21, label %79
21: ; preds = %17
store i32 0, i32* %11
br label %22
22: ; preds = %55, %21
%23 = load i32, i32* %11
%24 = load i32, i32* %8
%25 = icmp slt i32 %23, %24
br i1 %25, label %26, label %58
26: ; preds = %22
%27 = load double*, double** %6
%28 = load i32, i32* %9
%29 = load i32, i32* %8
%30 = mul nsw i32 %28, %29
%31 = load i32, i32* %11
%32 = add nsw i32 %30, %31
%33 = sext i32 %32 to i64
%34 = getelementptr inbounds double, double* %27, i64 %33
%35 = load double, double* %34
%36 = load double*, double** %6
%37 = load i32, i32* %10
%38 = load i32, i32* %8
%39 = mul nsw i32 %37, %38
%40 = load i32, i32* %11
%41 = add nsw i32 %39, %40
%42 = sext i32 %41 to i64
%43 = getelementptr inbounds double, double* %36, i64 %42
%44 = load double, double* %43
%45 = load double*, double** %5
%46 = load i32, i32* %9
%47 = load i32, i32* %7
%48 = mul nsw i32 %46, %47
%49 = load i32, i32* %10
%50 = add nsw i32 %48, %49
%51 = sext i32 %50 to i64
%52 = getelementptr inbounds double, double* %45, i64 %51
%53 = load double, double* %52
%54 = call double @llvm.fmuladd.f64(double %35, double %44, double %53)
store double %54, double* %52
br label %55
55: ; preds = %26
%56 = load i32, i32* %11
%57 = add nsw i32 %56, 1
store i32 %57, i32* %11
br label %22
58: ; preds = %22
%59 = load double*, double** %5
%60 = load i32, i32* %9
%61 = load i32, i32* %7
%62 = mul nsw i32 %60, %61
%63 = load i32, i32* %10
%64 = add nsw i32 %62, %63
%65 = sext i32 %64 to i64
%66 = getelementptr inbounds double, double* %59, i64 %65
%67 = load double, double* %66
%68 = load double*, double** %5
%69 = load i32, i32* %10
%70 = load i32, i32* %7
%71 = mul nsw i32 %69, %70
%72 = load i32, i32* %9
%73 = add nsw i32 %71, %72
%74 = sext i32 %73 to i64
%75 = getelementptr inbounds double, double* %68, i64 %74
store double %67, double* %75
br label %76
76: ; preds = %58
%77 = load i32, i32* %10
%78 = add nsw i32 %77, 1
store i32 %78, i32* %10
br label %17
79: ; preds = %17
store i32 0, i32* %11
br label %80
80: ; preds = %112, %79
%81 = load i32, i32* %11
%82 = load i32, i32* %8
%83 = icmp slt i32 %81, %82
br i1 %83, label %84, label %115
84: ; preds = %80
%85 = load double*, double** %6
%86 = load i32, i32* %9
%87 = load i32, i32* %8
%88 = mul nsw i32 %86, %87
%89 = load i32, i32* %11
%90 = add nsw i32 %88, %89
%91 = sext i32 %90 to i64
%92 = getelementptr inbounds double, double* %85, i64 %91
%93 = load double, double* %92
%94 = load double*, double** %6
%95 = load i32, i32* %9
%96 = load i32, i32* %8
%97 = mul nsw i32 %95, %96
%98 = load i32, i32* %11
%99 = add nsw i32 %97, %98
%100 = sext i32 %99 to i64
%101 = getelementptr inbounds double, double* %94, i64 %100
%102 = load double, double* %101
%103 = load double*, double** %5
%104 = load i32, i32* %9
%105 = load i32, i32* %7
%106 = add nsw i32 %105, 1
%107 = mul nsw i32 %104, %106
%108 = sext i32 %107 to i64
%109 = getelementptr inbounds double, double* %103, i64 %108
%110 = load double, double* %109
%111 = call double @llvm.fmuladd.f64(double %93, double %102, double %110)
store double %111, double* %109
br label %112
112: ; preds = %84
%113 = load i32, i32* %11
%114 = add nsw i32 %113, 1
store i32 %114, i32* %11
br label %80
115: ; preds = %80
br label %116
116: ; preds = %115
%117 = load i32, i32* %9
%118 = add nsw i32 %117, 1
store i32 %118, i32* %9
br label %12
119: ; preds = %12
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @create_CCt(double* nocapture %0, double* nocapture %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %5, label %6, label %113
6: ; preds = %4
%7 = icmp sgt i32 %3, 0
%8 = add nuw nsw i32 %2, 1
%9 = sext i32 %3 to i64
%10 = zext i32 %2 to i64
%11 = zext i32 %8 to i64
%12 = zext i32 %2 to i64
%13 = zext i32 %3 to i64
%14 = add nsw i64 %13, -1
%15 = and i64 %13, 1
%16 = icmp eq i64 %14, 0
%17 = and i64 %13, 4294967294
%18 = icmp eq i64 %15, 0
%19 = and i64 %13, 1
%20 = icmp eq i64 %14, 0
%21 = and i64 %13, 4294967294
%22 = icmp eq i64 %19, 0
br label %23
23: ; preds = %6, %110
%24 = phi i64 [ 0, %6 ], [ %111, %110 ]
%25 = icmp eq i64 %24, 0
br i1 %25, label %29, label %26
26: ; preds = %23
%27 = mul nsw i64 %24, %9
%28 = mul nsw i64 %24, %10
br label %35
29: ; preds = %77, %23
br i1 %7, label %30, label %110
30: ; preds = %29
%31 = mul nsw i64 %24, %9
%32 = mul nsw i64 %24, %11
%33 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %32
%34 = load double, double* %33
br i1 %20, label %102, label %86
35: ; preds = %26, %77
%36 = phi i64 [ 0, %26 ], [ %84, %77 ]
br i1 %7, label %39, label %37
37: ; preds = %35
%38 = add nuw nsw i64 %36, %28
br label %77
39: ; preds = %35
%40 = mul nsw i64 %36, %9
%41 = add nuw nsw i64 %36, %28
%42 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %41
%43 = load double, double* %42
br i1 %16, label %66, label %44
44: ; preds = %39, %44
%45 = phi double [ %62, %44 ], [ %43, %39 ]
%46 = phi i64 [ %63, %44 ], [ 0, %39 ]
%47 = phi i64 [ %64, %44 ], [ 0, %39 ]
%48 = add nsw i64 %46, %27
%49 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %48
%50 = load double, double* %49
%51 = add nsw i64 %46, %40
%52 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %51
%53 = load double, double* %52
%54 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %50, double %53, double %45)
store double %54, double* %42
%55 = or i64 %46, 1
%56 = add nsw i64 %55, %27
%57 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %56
%58 = load double, double* %57
%59 = add nsw i64 %55, %40
%60 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %59
%61 = load double, double* %60
%62 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %58, double %61, double %54)
store double %62, double* %42
%63 = add nuw nsw i64 %46, 2
%64 = add i64 %47, 2
%65 = icmp eq i64 %64, %17
br i1 %65, label %66, label %44
66: ; preds = %44, %39
%67 = phi double [ %43, %39 ], [ %62, %44 ]
%68 = phi i64 [ 0, %39 ], [ %63, %44 ]
br i1 %18, label %77, label %69
69: ; preds = %66
%70 = add nsw i64 %68, %27
%71 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %70
%72 = load double, double* %71
%73 = add nsw i64 %68, %40
%74 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %73
%75 = load double, double* %74
%76 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %72, double %75, double %67)
store double %76, double* %42
br label %77
77: ; preds = %69, %66, %37
%78 = phi i64 [ %38, %37 ], [ %41, %66 ], [ %41, %69 ]
%79 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %78
%80 = load double, double* %79
%81 = mul nsw i64 %36, %10
%82 = add nuw nsw i64 %81, %24
%83 = getelementptr inbounds double, double* %0, i64 %82
store double %80, double* %83
%84 = add nuw nsw i64 %36, 1
%85 = icmp eq i64 %84, %24
br i1 %85, label %29, label %35
86: ; preds = %30, %86
%87 = phi double [ %98, %86 ], [ %34, %30 ]
%88 = phi i64 [ %99, %86 ], [ 0, %30 ]
%89 = phi i64 [ %100, %86 ], [ 0, %30 ]
%90 = add nsw i64 %88, %31
%91 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %90
%92 = load double, double* %91
%93 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %92, double %92, double %87)
store double %93, double* %33
%94 = or i64 %88, 1
%95 = add nsw i64 %94, %31
%96 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %95
%97 = load double, double* %96
%98 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %97, double %97, double %93)
store double %98, double* %33
%99 = add nuw nsw i64 %88, 2
%100 = add i64 %89, 2
%101 = icmp eq i64 %100, %21
br i1 %101, label %102, label %86
102: ; preds = %86, %30
%103 = phi double [ %34, %30 ], [ %98, %86 ]
%104 = phi i64 [ 0, %30 ], [ %99, %86 ]
br i1 %22, label %110, label %105
105: ; preds = %102
%106 = add nsw i64 %104, %31
%107 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %106
%108 = load double, double* %107
%109 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %108, double %108, double %103)
store double %109, double* %33
br label %110
110: ; preds = %105, %102, %29
%111 = add nuw nsw i64 %24, 1
%112 = icmp eq i64 %111, %12
br i1 %112, label %113, label %23
113: ; preds = %110, %4
ret void
}