#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */
typedef int /*<<< orphan*/ FILE;

/* Variables and functions */
char EOF;
int /*<<< orphan*/ printf(char *, ...);
int /*<<< orphan*/ test_column(char *, int /*<<< orphan*/ *, int, int, int,
                               char *);
void fill_line_geno(int *data, int M, int N, int j, char *file_data,
                    FILE *m_File, char *szbuff, int *warning) {
  int i = 0;
  char token;
  token = szbuff[i];
  while (token != EOF && token != 10 && token != 13 && i < N) {
    data[i * M + j] = (int)(token - 48);
    if (!(*warning) && token != '9' && token != '1' && token != '2' &&
        token != '0') {
      printf("Warning: some genotypes are not 0, 1, 2 or 9.\n");
      printf("\t First warning at ligne %d, column %d.\n\n", j + 1, i + 1);
      *warning = 1;
    }
    i++;
    token = szbuff[i];
  }
  test_column(file_data, m_File, i, j + 1, N, &token);
}


x86 assembly (clang, -O0):
<fill_line_geno>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    0x18(%rbp),%rax
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %edx,-0x10(%rbp)
mov    %ecx,-0x14(%rbp)
mov    %r8,-0x20(%rbp)
mov    %r9,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%al
mov    %al,-0x2d(%rbp)
movsbl -0x2d(%rbp),%ecx
mov    0x2e83(%rip),%rax
movsbl (%rax),%edx
xor    %eax,%eax
cmp    %edx,%ecx
mov    %al,-0x2e(%rbp)
je     11a5 <fill_line_geno+0x85>
movsbl -0x2d(%rbp),%ecx
xor    %eax,%eax
cmp    $0xa,%ecx
mov    %al,-0x2e(%rbp)
je     11a5 <fill_line_geno+0x85>
movsbl -0x2d(%rbp),%ecx
xor    %eax,%eax
cmp    $0xd,%ecx
mov    %al,-0x2e(%rbp)
je     11a5 <fill_line_geno+0x85>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x10(%rbp),%eax
setl   %al
mov    %al,-0x2e(%rbp)
mov    -0x2e(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    11b5 <fill_line_geno+0x95>
jmp    125f <fill_line_geno+0x13f>
movsbl -0x2d(%rbp),%edx
sub    $0x30,%edx
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x2c(%rbp),%ecx
imul   -0xc(%rbp),%ecx
add    -0x14(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    0x18(%rbp),%rax
cmpl   $0x0,(%rax)
jne    1243 <fill_line_geno+0x123>
movsbl -0x2d(%rbp),%eax
cmp    $0x39,%eax
je     1243 <fill_line_geno+0x123>
movsbl -0x2d(%rbp),%eax
cmp    $0x31,%eax
je     1243 <fill_line_geno+0x123>
movsbl -0x2d(%rbp),%eax
cmp    $0x32,%eax
je     1243 <fill_line_geno+0x123>
movsbl -0x2d(%rbp),%eax
cmp    $0x30,%eax
je     1243 <fill_line_geno+0x123>
lea    0xde8(%rip),%rdi
mov    $0x0,%al
call   1030 <printf@plt>
mov    -0x14(%rbp),%esi
add    $0x1,%esi
mov    -0x2c(%rbp),%edx
add    $0x1,%edx
lea    0xdfd(%rip),%rdi
mov    $0x0,%al
call   1030 <printf@plt>
mov    0x18(%rbp),%rax
movl   $0x1,(%rax)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%al
mov    %al,-0x2d(%rbp)
jmp    115a <fill_line_geno+0x3a>
mov    -0x20(%rbp),%rdi
mov    -0x28(%rbp),%rsi
mov    -0x2c(%rbp),%edx
mov    -0x14(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    -0x10(%rbp),%r8d
lea    -0x2d(%rbp),%r9
call   1040 <test_column@plt>
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<fill_line_geno>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x28,%rsp
mov    %r9,%r10
mov    %r8,%r11
mov    %edx,%r8d
mov    0x60(%rsp),%r13
mov    0x0(%r13),%al
mov    0x2e91(%rip),%rdx
mov    (%rdx),%dl
lea    0x1(%rcx),%ebp
xor    %ebx,%ebx
cmp    %dl,%al
je     124a <fill_line_geno+0x11a>
mov    %ebp,0x10(%rsp)
mov    0x68(%rsp),%r9
movslq %esi,%r15
movslq %ecx,%rcx
test   %r8d,%r8d
mov    $0x0,%ebx
cmovg  %r8d,%ebx
lea    (%rdi,%rcx,4),%r12
shl    $0x2,%r15
lea    0xe9a(%rip),%r14
movabs $0x207000000000000,%rsi
xor    %ebp,%ebp
jmp    1211 <fill_line_geno+0xe1>
mov    %r14,%rdi
mov    %r8d,0x14(%rsp)
mov    %r10,0x20(%rsp)
mov    %r11,0x18(%rsp)
call   1030 <puts@plt>
lea    0x1(%rbp),%edx
lea    0xe41(%rip),%rdi
mov    0x10(%rsp),%esi
xor    %eax,%eax
call   1040 <printf@plt>
movabs $0x207000000000000,%rsi
mov    0x68(%rsp),%r9
mov    0x2e08(%rip),%rax
mov    0x18(%rsp),%r11
mov    0x20(%rsp),%r10
mov    0x14(%rsp),%r8d
movl   $0x1,(%r9)
movzbl (%rax),%edx
nopl   0x0(%rax)
movzbl 0x1(%r13,%rbp,1),%eax
add    $0x1,%rbp
add    %r15,%r12
cmp    %dl,%al
je     1244 <fill_line_geno+0x114>
cmp    $0xa,%al
je     1244 <fill_line_geno+0x114>
cmp    $0xd,%al
je     1244 <fill_line_geno+0x114>
cmp    %rbp,%rbx
je     1246 <fill_line_geno+0x116>
movsbl %al,%ecx
add    $0xffffffd0,%ecx
mov    %ecx,(%r12)
cmpl   $0x0,(%r9)
jne    1200 <fill_line_geno+0xd0>
cmp    $0x39,%al
ja     119e <fill_line_geno+0x6e>
movzbl %al,%eax
bt     %rax,%rsi
jb     1200 <fill_line_geno+0xd0>
jmp    119e <fill_line_geno+0x6e>
mov    %ebp,%ebx
mov    0x10(%rsp),%ebp
mov    %al,0xf(%rsp)
lea    0xf(%rsp),%r9
mov    %r11,%rdi
mov    %r10,%rsi
mov    %ebx,%edx
mov    %ebp,%ecx
call   1050 <test_column@plt>
add    $0x28,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
@EOF = global i8 0
@.str = [47 x i8] c"Warning: some genotypes are not 0, 1, 2 or 9.\0A\00"
@.str.1 = [42 x i8] c"\09 First warning at ligne %d, column %d.\0A\0A\00"
define void @fill_line_geno(i32* %0, i32 %1, i32 %2, i32 %3, i8* %4, i32* %5, i8* %6, i32* %7) {
%9 = alloca i32*
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i8*
%14 = alloca i32*
%15 = alloca i8*
%16 = alloca i32*
%17 = alloca i32
%18 = alloca i8
store i32* %0, i32** %9
store i32 %1, i32* %10
store i32 %2, i32* %11
store i32 %3, i32* %12
store i8* %4, i8** %13
store i32* %5, i32** %14
store i8* %6, i8** %15
store i32* %7, i32** %16
store i32 0, i32* %17
%19 = load i8*, i8** %15
%20 = load i32, i32* %17
%21 = sext i32 %20 to i64
%22 = getelementptr inbounds i8, i8* %19, i64 %21
%23 = load i8, i8* %22
store i8 %23, i8* %18
br label %24
24: ; preds = %83, %8
%25 = load i8, i8* %18
%26 = sext i8 %25 to i32
%27 = load i8, i8* @EOF
%28 = sext i8 %27 to i32
%29 = icmp ne i32 %26, %28
br i1 %29, label %30, label %42
30: ; preds = %24
%31 = load i8, i8* %18
%32 = sext i8 %31 to i32
%33 = icmp ne i32 %32, 10
br i1 %33, label %34, label %42
34: ; preds = %30
%35 = load i8, i8* %18
%36 = sext i8 %35 to i32
%37 = icmp ne i32 %36, 13
br i1 %37, label %38, label %42
38: ; preds = %34
%39 = load i32, i32* %17
%40 = load i32, i32* %11
%41 = icmp slt i32 %39, %40
br label %42
42: ; preds = %38, %34, %30, %24
%43 = phi i1 [ false, %34 ], [ false, %30 ], [ false, %24 ], [ %41, %38 ]
br i1 %43, label %44, label %91
44: ; preds = %42
%45 = load i8, i8* %18
%46 = sext i8 %45 to i32
%47 = sub nsw i32 %46, 48
%48 = load i32*, i32** %9
%49 = load i32, i32* %17
%50 = load i32, i32* %10
%51 = mul nsw i32 %49, %50
%52 = load i32, i32* %12
%53 = add nsw i32 %51, %52
%54 = sext i32 %53 to i64
%55 = getelementptr inbounds i32, i32* %48, i64 %54
store i32 %47, i32* %55
%56 = load i32*, i32** %16
%57 = load i32, i32* %56
%58 = icmp ne i32 %57, 0
br i1 %58, label %83, label %59
59: ; preds = %44
%60 = load i8, i8* %18
%61 = sext i8 %60 to i32
%62 = icmp ne i32 %61, 57
br i1 %62, label %63, label %83
63: ; preds = %59
%64 = load i8, i8* %18
%65 = sext i8 %64 to i32
%66 = icmp ne i32 %65, 49
br i1 %66, label %67, label %83
67: ; preds = %63
%68 = load i8, i8* %18
%69 = sext i8 %68 to i32
%70 = icmp ne i32 %69, 50
br i1 %70, label %71, label %83
71: ; preds = %67
%72 = load i8, i8* %18
%73 = sext i8 %72 to i32
%74 = icmp ne i32 %73, 48
br i1 %74, label %75, label %83
75: ; preds = %71
%76 = call i32 (i8*, ...) @printf(i8* getelementptr inbounds ([47 x i8], [47 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
%77 = load i32, i32* %12
%78 = add nsw i32 %77, 1
%79 = load i32, i32* %17
%80 = add nsw i32 %79, 1
%81 = call i32 (i8*, ...) @printf(i8* getelementptr inbounds ([42 x i8], [42 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0), i32 %78, i32 %80)
%82 = load i32*, i32** %16
store i32 1, i32* %82
br label %83
83: ; preds = %75, %71, %67, %63, %59, %44
%84 = load i32, i32* %17
%85 = add nsw i32 %84, 1
store i32 %85, i32* %17
%86 = load i8*, i8** %15
%87 = load i32, i32* %17
%88 = sext i32 %87 to i64
%89 = getelementptr inbounds i8, i8* %86, i64 %88
%90 = load i8, i8* %89
store i8 %90, i8* %18
br label %24
91: ; preds = %42
%92 = load i8*, i8** %13
%93 = load i32*, i32** %14
%94 = load i32, i32* %17
%95 = load i32, i32* %12
%96 = add nsw i32 %95, 1
%97 = load i32, i32* %11
%98 = call i32 @test_column(i8* %92, i32* %93, i32 %94, i32 %96, i32 %97, i8* %18)
ret void
}

LLVM IR (-O2):
@EOF = global i8 0
@.str.1 = [42 x i8] c"\09 First warning at ligne %d, column %d.\0A\0A\00"
@str = [46 x i8] c"Warning: some genotypes are not 0, 1, 2 or 9.\00"
define void @fill_line_geno(i32* nocapture writeonly %0, i32 %1, i32 %2, i32 %3, i8* %4, i32* %5, i8* nocapture %6, i32* nocapture %7) {
%9 = alloca i8
%10 = load i8, i8* %6
%11 = load i8, i8* @EOF
%12 = icmp ne i8 %10, %11
%13 = freeze i1 %12
%14 = add nsw i32 %3, 1
br i1 %13, label %15, label %54
15: ; preds = %8
%16 = sext i32 %1 to i64
%17 = sext i32 %3 to i64
%18 = call i32 @llvm.smax.i32(i32 %2, i32 0)
%19 = zext i32 %18 to i64
br label %20
20: ; preds = %15, %43
%21 = phi i8 [ %11, %15 ], [ %44, %43 ]
%22 = phi i64 [ 0, %15 ], [ %45, %43 ]
%23 = phi i8 [ %10, %15 ], [ %49, %43 ]
%24 = phi i32 [ 0, %15 ], [ %46, %43 ]
%25 = sext i8 %23 to i32
switch i8 %23, label %26 [
i8 13, label %52
i8 10, label %52
]
26: ; preds = %20
%27 = icmp eq i64 %22, %19
br i1 %27, label %54, label %28
28: ; preds = %26
%29 = add nsw i32 %25, -48
%30 = mul nsw i64 %22, %16
%31 = add nsw i64 %30, %17
%32 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %31
store i32 %29, i32* %32
%33 = load i32, i32* %7
%34 = freeze i32 %33
%35 = icmp eq i32 %34, 0
br i1 %35, label %36, label %43
36: ; preds = %28
switch i8 %23, label %37 [
i8 57, label %43
i8 50, label %43
i8 49, label %43
i8 48, label %43
]
37: ; preds = %36
%38 = tail call i32 @puts(i8* dereferenceable(1) getelementptr inbounds ([46 x i8], [46 x i8]* @str, i64 0, i64 0))
%39 = trunc i64 %22 to i32
%40 = add i32 %39, 1
%41 = tail call i32 (i8*, ...) @printf(i8* dereferenceable(1) getelementptr inbounds ([42 x i8], [42 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0), i32 %14, i32 %40)
store i32 1, i32* %7
%42 = load i8, i8* @EOF
br label %43
43: ; preds = %36, %36, %36, %36, %28, %37
%44 = phi i8 [ %21, %36 ], [ %21, %36 ], [ %21, %36 ], [ %21, %36 ], [ %21, %28 ], [ %42, %37 ]
%45 = add nuw nsw i64 %22, 1
%46 = add nuw nsw i32 %24, 1
%47 = and i64 %45, 4294967295
%48 = getelementptr inbounds i8, i8* %6, i64 %47
%49 = load i8, i8* %48
%50 = icmp ne i8 %49, %44
%51 = freeze i1 %50
br i1 %51, label %20, label %54
52: ; preds = %20, %20
%53 = trunc i64 %22 to i32
br label %54
54: ; preds = %43, %26, %52, %8
%55 = phi i8 [ %10, %8 ], [ %23, %52 ], [ %49, %43 ], [ %23, %26 ]
%56 = phi i32 [ 0, %8 ], [ %53, %52 ], [ %46, %43 ], [ %18, %26 ]
store i8 %55, i8* %9
%57 = call i32 @test_column(i8* %4, i32* %5, i32 %56, i32 %14, i32 %2, i8* %9)
ret void
}