void get_ij(long m, long *swapped, long **base_pairs, long *n1, long *n2) {
  if (swapped[m]) {
    *n1 = base_pairs[m][2];
    *n2 = base_pairs[m][1];
  } else {
    *n1 = base_pairs[m][1];
    *n2 = base_pairs[m][2];
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<get_ij>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8,-0x28(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
cmpq   $0x0,(%rax,%rcx,8)
je     115e <get_ij+0x5e>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    0x10(%rax),%rcx
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    0x8(%rax),%rcx
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
jmp    118c <get_ij+0x8c>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    0x8(%rax),%rcx
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    0x10(%rax),%rcx
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<get_ij>:
xor    %r9d,%r9d
xor    %eax,%eax
cmpq   $0x0,(%rsi,%rdi,8)
sete   %r9b
setne  %al
mov    (%rdx,%rdi,8),%rdx
mov    0x8(%rdx,%rax,8),%rax
mov    %rax,(%rcx)
mov    0x8(%rdx,%r9,8),%rax
mov    %rax,(%r8)
ret

LLVM IR (-O0):
define void @get_ij(i64 %0, i64* %1, i64** %2, i64* %3, i64* %4) {
%6 = alloca i64
%7 = alloca i64*
%8 = alloca i64**
%9 = alloca i64*
%10 = alloca i64*
store i64 %0, i64* %6
store i64* %1, i64** %7
store i64** %2, i64*** %8
store i64* %3, i64** %9
store i64* %4, i64** %10
%11 = load i64*, i64** %7
%12 = load i64, i64* %6
%13 = getelementptr inbounds i64, i64* %11, i64 %12
%14 = load i64, i64* %13
%15 = icmp ne i64 %14, 0
br i1 %15, label %16, label %31
16: ; preds = %5
%17 = load i64**, i64*** %8
%18 = load i64, i64* %6
%19 = getelementptr inbounds i64*, i64** %17, i64 %18
%20 = load i64*, i64** %19
%21 = getelementptr inbounds i64, i64* %20, i64 2
%22 = load i64, i64* %21
%23 = load i64*, i64** %9
store i64 %22, i64* %23
%24 = load i64**, i64*** %8
%25 = load i64, i64* %6
%26 = getelementptr inbounds i64*, i64** %24, i64 %25
%27 = load i64*, i64** %26
%28 = getelementptr inbounds i64, i64* %27, i64 1
%29 = load i64, i64* %28
%30 = load i64*, i64** %10
store i64 %29, i64* %30
br label %46
31: ; preds = %5
%32 = load i64**, i64*** %8
%33 = load i64, i64* %6
%34 = getelementptr inbounds i64*, i64** %32, i64 %33
%35 = load i64*, i64** %34
%36 = getelementptr inbounds i64, i64* %35, i64 1
%37 = load i64, i64* %36
%38 = load i64*, i64** %9
store i64 %37, i64* %38
%39 = load i64**, i64*** %8
%40 = load i64, i64* %6
%41 = getelementptr inbounds i64*, i64** %39, i64 %40
%42 = load i64*, i64** %41
%43 = getelementptr inbounds i64, i64* %42, i64 2
%44 = load i64, i64* %43
%45 = load i64*, i64** %10
store i64 %44, i64* %45
br label %46
46: ; preds = %31, %16
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @get_ij(i64 %0, i64* nocapture %1, i64** nocapture %2, i64* nocapture writeonly %3, i64* nocapture writeonly %4) {
%6 = getelementptr inbounds i64, i64* %1, i64 %0
%7 = load i64, i64* %6
%8 = icmp eq i64 %7, 0
%9 = getelementptr inbounds i64*, i64** %2, i64 %0
%10 = load i64*, i64** %9
%11 = select i1 %8, i64 1, i64 2
%12 = select i1 %8, i64 2, i64 1
%13 = getelementptr inbounds i64, i64* %10, i64 %11
%14 = load i64, i64* %13
store i64 %14, i64* %3
%15 = getelementptr inbounds i64, i64* %10, i64 %12
%16 = load i64, i64* %15
store i64 %16, i64* %4
ret void
}