void comparePairwise(int col, int numSeq, char **polyArray, short *matrix,
                     int *zerocount) {
  int i, j;
  int matrix_pos = 0;
  for (i = 0; i < numSeq; i++) {
    for (j = i + 1; j < numSeq; j++) {
      if (matrix[matrix_pos] == 0) {
        if (polyArray[col][i] != polyArray[col][j]) {
          matrix[matrix_pos] = 1;
          *zerocount--;
        }
      }
      matrix_pos++;
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<comparePairwise>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %esi,-0x8(%rbp)
mov    %rdx,-0x10(%rbp)
mov    %rcx,-0x18(%rbp)
mov    %r8,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x8(%rbp),%eax
jge    11d3 <comparePairwise+0xd3>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
cmp    -0x8(%rbp),%eax
jge    11c0 <comparePairwise+0xc0>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movswl (%rax,%rcx,2),%eax
cmp    $0x0,%eax
jne    11a9 <comparePairwise+0xa9>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x4(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
movslq -0x4(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rcx
movslq -0x28(%rbp),%rdx
movsbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
cmp    %ecx,%eax
je     11a4 <comparePairwise+0xa4>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movw   $0x1,(%rax,%rcx,2)
mov    -0x20(%rbp),%rax
add    $0xfffffffffffffffc,%rax
mov    %rax,-0x20(%rbp)
jmp    11a9 <comparePairwise+0xa9>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    1139 <comparePairwise+0x39>
jmp    11c5 <comparePairwise+0xc5>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1124 <comparePairwise+0x24>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<comparePairwise>:
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
test   %esi,%esi
jle    118c <comparePairwise+0x8c>
movslq %edi,%r14
mov    %esi,%r9d
mov    %r9,%r8
neg    %r8
xor    %r11d,%r11d
mov    $0x1,%r12d
xor    %r10d,%r10d
jmp    113c <comparePairwise+0x3c>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
add    %ebx,%r10d
add    $0x1,%r12
cmp    %r9,%r11
je     118c <comparePairwise+0x8c>
mov    %r11,%r15
add    $0x1,%r11
cmp    %r9,%r11
jae    1133 <comparePairwise+0x33>
movslq %r10d,%rdi
lea    (%r8,%r12,1),%r13
lea    (%rcx,%rdi,2),%rdi
xor    %ebx,%ebx
jmp    116c <comparePairwise+0x6c>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%rbx
mov    %r13,%rax
add    %rbx,%rax
je     1130 <comparePairwise+0x30>
cmpw   $0x0,(%rdi,%rbx,2)
jne    1160 <comparePairwise+0x60>
mov    (%rdx,%r14,8),%rsi
movzbl (%rsi,%r15,1),%eax
add    %r12,%rsi
cmp    (%rbx,%rsi,1),%al
je     1160 <comparePairwise+0x60>
movw   $0x1,(%rdi,%rbx,2)
jmp    1160 <comparePairwise+0x60>
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
ret

LLVM IR (-O0):
define void @comparePairwise(i32 %0, i32 %1, i8** %2, i16* %3, i32* %4) {
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca i8**
%9 = alloca i16*
%10 = alloca i32*
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
store i32 %0, i32* %6
store i32 %1, i32* %7
store i8** %2, i8*** %8
store i16* %3, i16** %9
store i32* %4, i32** %10
store i32 0, i32* %13
store i32 0, i32* %11
br label %14
14: ; preds = %71, %5
%15 = load i32, i32* %11
%16 = load i32, i32* %7
%17 = icmp slt i32 %15, %16
br i1 %17, label %18, label %74
18: ; preds = %14
%19 = load i32, i32* %11
%20 = add nsw i32 %19, 1
store i32 %20, i32* %12
br label %21
21: ; preds = %67, %18
%22 = load i32, i32* %12
%23 = load i32, i32* %7
%24 = icmp slt i32 %22, %23
br i1 %24, label %25, label %70
25: ; preds = %21
%26 = load i16*, i16** %9
%27 = load i32, i32* %13
%28 = sext i32 %27 to i64
%29 = getelementptr inbounds i16, i16* %26, i64 %28
%30 = load i16, i16* %29
%31 = sext i16 %30 to i32
%32 = icmp eq i32 %31, 0
br i1 %32, label %33, label %64
33: ; preds = %25
%34 = load i8**, i8*** %8
%35 = load i32, i32* %6
%36 = sext i32 %35 to i64
%37 = getelementptr inbounds i8*, i8** %34, i64 %36
%38 = load i8*, i8** %37
%39 = load i32, i32* %11
%40 = sext i32 %39 to i64
%41 = getelementptr inbounds i8, i8* %38, i64 %40
%42 = load i8, i8* %41
%43 = sext i8 %42 to i32
%44 = load i8**, i8*** %8
%45 = load i32, i32* %6
%46 = sext i32 %45 to i64
%47 = getelementptr inbounds i8*, i8** %44, i64 %46
%48 = load i8*, i8** %47
%49 = load i32, i32* %12
%50 = sext i32 %49 to i64
%51 = getelementptr inbounds i8, i8* %48, i64 %50
%52 = load i8, i8* %51
%53 = sext i8 %52 to i32
%54 = icmp ne i32 %43, %53
br i1 %54, label %55, label %63
55: ; preds = %33
%56 = load i16*, i16** %9
%57 = load i32, i32* %13
%58 = sext i32 %57 to i64
%59 = getelementptr inbounds i16, i16* %56, i64 %58
store i16 1, i16* %59
%60 = load i32*, i32** %10
%61 = getelementptr inbounds i32, i32* %60, i32 -1
store i32* %61, i32** %10
%62 = load i32, i32* %60
br label %63
63: ; preds = %55, %33
br label %64
64: ; preds = %63, %25
%65 = load i32, i32* %13
%66 = add nsw i32 %65, 1
store i32 %66, i32* %13
br label %67
67: ; preds = %64
%68 = load i32, i32* %12
%69 = add nsw i32 %68, 1
store i32 %69, i32* %12
br label %21
70: ; preds = %21
br label %71
71: ; preds = %70
%72 = load i32, i32* %11
%73 = add nsw i32 %72, 1
store i32 %73, i32* %11
br label %14
74: ; preds = %14
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @comparePairwise(i32 %0, i32 %1, i8** nocapture %2, i16* nocapture %3, i32* nocapture readnone %4) {
%6 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %6, label %7, label %44
7: ; preds = %5
%8 = sext i32 %0 to i64
%9 = getelementptr inbounds i8*, i8** %2, i64 %8
%10 = zext i32 %1 to i64
%11 = zext i32 %1 to i64
br label %18
12: ; preds = %40
%13 = trunc i64 %41 to i32
br label %14
14: ; preds = %12, %18
%15 = phi i32 [ %21, %18 ], [ %13, %12 ]
%16 = add nuw nsw i64 %20, 1
%17 = icmp eq i64 %22, %11
br i1 %17, label %44, label %18
18: ; preds = %7, %14
%19 = phi i64 [ 0, %7 ], [ %22, %14 ]
%20 = phi i64 [ 1, %7 ], [ %16, %14 ]
%21 = phi i32 [ 0, %7 ], [ %15, %14 ]
%22 = add nuw nsw i64 %19, 1
%23 = icmp ult i64 %22, %10
br i1 %23, label %24, label %14
24: ; preds = %18
%25 = sext i32 %21 to i64
br label %26
26: ; preds = %24, %40
%27 = phi i64 [ %20, %24 ], [ %42, %40 ]
%28 = phi i64 [ %25, %24 ], [ %41, %40 ]
%29 = getelementptr inbounds i16, i16* %3, i64 %28
%30 = load i16, i16* %29
%31 = icmp eq i16 %30, 0
br i1 %31, label %32, label %40
32: ; preds = %26
%33 = load i8*, i8** %9
%34 = getelementptr inbounds i8, i8* %33, i64 %19
%35 = load i8, i8* %34
%36 = getelementptr inbounds i8, i8* %33, i64 %27
%37 = load i8, i8* %36
%38 = icmp eq i8 %35, %37
br i1 %38, label %40, label %39
39: ; preds = %32
store i16 1, i16* %29
br label %40
40: ; preds = %32, %39, %26
%41 = add nsw i64 %28, 1
%42 = add nuw nsw i64 %27, 1
%43 = icmp eq i64 %42, %11
br i1 %43, label %12, label %26
44: ; preds = %14, %5
ret void
}