void to_raw(const char *in_seq, unsigned char *out_seq, int seq_len,
            const unsigned char *map) {
  int i;
  for (i = 0; i < seq_len; i++)
    out_seq[i] = (unsigned char)map[(unsigned)in_seq[i]];
}


x86 assembly (clang, -O0):
<to_raw>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    1154 <to_raw+0x54>
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    -0x8(%rbp),%rcx
movslq -0x24(%rbp),%rdx
movsbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
mov    %ecx,%ecx
mov    (%rax,%rcx,1),%dl
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    111a <to_raw+0x1a>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<to_raw>:
test   %edx,%edx
jle    11a7 <to_raw+0xa7>
mov    %edx,%r9d
lea    -0x1(%r9),%rax
mov    %r9d,%r8d
and    $0x3,%r8d
cmp    $0x3,%rax
jae    1120 <to_raw+0x20>
xor    %eax,%eax
jmp    1177 <to_raw+0x77>
and    $0xfffffffc,%r9d
xor    %eax,%eax
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
movsbq (%rdi,%rax,1),%rdx
mov    %edx,%edx
movzbl (%rcx,%rdx,1),%edx
mov    %dl,(%rsi,%rax,1)
movsbq 0x1(%rdi,%rax,1),%rdx
mov    %edx,%edx
movzbl (%rcx,%rdx,1),%edx
mov    %dl,0x1(%rsi,%rax,1)
movsbq 0x2(%rdi,%rax,1),%rdx
mov    %edx,%edx
movzbl (%rcx,%rdx,1),%edx
mov    %dl,0x2(%rsi,%rax,1)
movsbq 0x3(%rdi,%rax,1),%rdx
mov    %edx,%edx
movzbl (%rcx,%rdx,1),%edx
mov    %dl,0x3(%rsi,%rax,1)
add    $0x4,%rax
cmp    %rax,%r9
jne    1130 <to_raw+0x30>
test   %r8,%r8
je     11a7 <to_raw+0xa7>
add    %rax,%rsi
add    %rax,%rdi
xor    %eax,%eax
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
movsbq (%rdi,%rax,1),%rdx
mov    %edx,%edx
movzbl (%rcx,%rdx,1),%edx
mov    %dl,(%rsi,%rax,1)
add    $0x1,%rax
cmp    %rax,%r8
jne    1190 <to_raw+0x90>
ret

LLVM IR (-O0):
define void @to_raw(i8* %0, i8* %1, i32 %2, i8* %3) {
%5 = alloca i8*
%6 = alloca i8*
%7 = alloca i32
%8 = alloca i8*
%9 = alloca i32
store i8* %0, i8** %5
store i8* %1, i8** %6
store i32 %2, i32* %7
store i8* %3, i8** %8
store i32 0, i32* %9
br label %10
10: ; preds = %29, %4
%11 = load i32, i32* %9
%12 = load i32, i32* %7
%13 = icmp slt i32 %11, %12
br i1 %13, label %14, label %32
14: ; preds = %10
%15 = load i8*, i8** %8
%16 = load i8*, i8** %5
%17 = load i32, i32* %9
%18 = sext i32 %17 to i64
%19 = getelementptr inbounds i8, i8* %16, i64 %18
%20 = load i8, i8* %19
%21 = sext i8 %20 to i32
%22 = zext i32 %21 to i64
%23 = getelementptr inbounds i8, i8* %15, i64 %22
%24 = load i8, i8* %23
%25 = load i8*, i8** %6
%26 = load i32, i32* %9
%27 = sext i32 %26 to i64
%28 = getelementptr inbounds i8, i8* %25, i64 %27
store i8 %24, i8* %28
br label %29
29: ; preds = %14
%30 = load i32, i32* %9
%31 = add nsw i32 %30, 1
store i32 %31, i32* %9
br label %10
32: ; preds = %10
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @to_raw(i8* nocapture %0, i8* nocapture writeonly %1, i32 %2, i8* nocapture %3) {
%5 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %5, label %6, label %66
6: ; preds = %4
%7 = zext i32 %2 to i64
%8 = add nsw i64 %7, -1
%9 = and i64 %7, 3
%10 = icmp ult i64 %8, 3
br i1 %10, label %50, label %11
11: ; preds = %6
%12 = and i64 %7, 4294967292
br label %13
13: ; preds = %13, %11
%14 = phi i64 [ 0, %11 ], [ %47, %13 ]
%15 = phi i64 [ 0, %11 ], [ %48, %13 ]
%16 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %14
%17 = load i8, i8* %16
%18 = sext i8 %17 to i64
%19 = and i64 %18, 4294967295
%20 = getelementptr inbounds i8, i8* %3, i64 %19
%21 = load i8, i8* %20
%22 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %14
store i8 %21, i8* %22
%23 = or i64 %14, 1
%24 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %23
%25 = load i8, i8* %24
%26 = sext i8 %25 to i64
%27 = and i64 %26, 4294967295
%28 = getelementptr inbounds i8, i8* %3, i64 %27
%29 = load i8, i8* %28
%30 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %23
store i8 %29, i8* %30
%31 = or i64 %14, 2
%32 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %31
%33 = load i8, i8* %32
%34 = sext i8 %33 to i64
%35 = and i64 %34, 4294967295
%36 = getelementptr inbounds i8, i8* %3, i64 %35
%37 = load i8, i8* %36
%38 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %31
store i8 %37, i8* %38
%39 = or i64 %14, 3
%40 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %39
%41 = load i8, i8* %40
%42 = sext i8 %41 to i64
%43 = and i64 %42, 4294967295
%44 = getelementptr inbounds i8, i8* %3, i64 %43
%45 = load i8, i8* %44
%46 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %39
store i8 %45, i8* %46
%47 = add nuw nsw i64 %14, 4
%48 = add i64 %15, 4
%49 = icmp eq i64 %48, %12
br i1 %49, label %50, label %13
50: ; preds = %13, %6
%51 = phi i64 [ 0, %6 ], [ %47, %13 ]
%52 = icmp eq i64 %9, 0
br i1 %52, label %66, label %53
53: ; preds = %50, %53
%54 = phi i64 [ %63, %53 ], [ %51, %50 ]
%55 = phi i64 [ %64, %53 ], [ 0, %50 ]
%56 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %54
%57 = load i8, i8* %56
%58 = sext i8 %57 to i64
%59 = and i64 %58, 4294967295
%60 = getelementptr inbounds i8, i8* %3, i64 %59
%61 = load i8, i8* %60
%62 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %54
store i8 %61, i8* %62
%63 = add nuw nsw i64 %54, 1
%64 = add i64 %55, 1
%65 = icmp eq i64 %64, %9
br i1 %65, label %66, label %53
66: ; preds = %50, %53, %4
ret void
}