int IntEncodeSeq(char *intseq, char *seq, int seqlen) {
  int i;
  for (i = 0; i < seqlen; i++) {
    switch (seq[i]) {
    case 'A':
      intseq[i] = 0;
      break;
    case 'C':
      intseq[i] = 1;
      break;
    case 'G':
      intseq[i] = 2;
      break;
    case 'T':
      intseq[i] = 3;
      break;
    default:
      intseq[i] = 5;
    }
  }
  return 0;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<IntEncodeSeq>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
movl   $0x0,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    11b7 <IntEncodeSeq+0xb7>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
add    $0xffffffbf,%eax
mov    %eax,%ecx
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
sub    $0x13,%eax
ja     1198 <IntEncodeSeq+0x98>
mov    -0x20(%rbp),%rax
lea    0xeb5(%rip),%rcx
movslq (%rcx,%rax,4),%rax
add    %rcx,%rax
jmp    *%rax
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movb   $0x0,(%rax,%rcx,1)
jmp    11a4 <IntEncodeSeq+0xa4>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movb   $0x1,(%rax,%rcx,1)
jmp    11a4 <IntEncodeSeq+0xa4>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movb   $0x2,(%rax,%rcx,1)
jmp    11a4 <IntEncodeSeq+0xa4>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movb   $0x3,(%rax,%rcx,1)
jmp    11a4 <IntEncodeSeq+0xa4>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movb   $0x5,(%rax,%rcx,1)
jmp    11a9 <IntEncodeSeq+0xa9>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    1116 <IntEncodeSeq+0x16>
xor    %eax,%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<IntEncodeSeq>:
test   %edx,%edx
jle    11f5 <IntEncodeSeq+0xf5>
mov    %edx,%r8d
cmp    $0x1,%edx
jne    1145 <IntEncodeSeq+0x45>
xor    %eax,%eax
test   $0x1,%r8b
je     11f5 <IntEncodeSeq+0xf5>
movsbl (%rsi,%rax,1),%edx
add    $0xffffffbf,%edx
cmp    $0x13,%edx
ja     11e8 <IntEncodeSeq+0xe8>
xor    %ecx,%ecx
lea    0xf6b(%rip),%rsi
movslq (%rsi,%rdx,4),%rdx
add    %rsi,%rdx
jmp    *%rdx
mov    $0x1,%cl
jmp    11f2 <IntEncodeSeq+0xf2>
mov    %r8d,%r11d
and    $0xfffffffe,%r11d
xor    %eax,%eax
lea    0xefb(%rip),%r9
lea    0xea4(%rip),%r10
jmp    117d <IntEncodeSeq+0x7d>
xchg   %ax,%ax
mov    $0x3,%cl
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
mov    %cl,0x1(%rdi,%rax,1)
add    $0x2,%rax
cmp    %rax,%r11
je     1112 <IntEncodeSeq+0x12>
movsbl (%rsi,%rax,1),%edx
add    $0xffffffbf,%edx
cmp    $0x13,%edx
ja     11b4 <IntEncodeSeq+0xb4>
xor    %ecx,%ecx
movslq (%r10,%rdx,4),%rdx
add    %r10,%rdx
jmp    *%rdx
mov    $0x1,%cl
jmp    11c0 <IntEncodeSeq+0xc0>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
mov    $0x2,%cl
jmp    11c0 <IntEncodeSeq+0xc0>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
mov    $0x3,%cl
jmp    11c0 <IntEncodeSeq+0xc0>
mov    $0x5,%cl
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
mov    %cl,(%rdi,%rax,1)
movsbl 0x1(%rsi,%rax,1),%edx
add    $0xffffffbf,%edx
cmp    $0x13,%edx
ja     11e4 <IntEncodeSeq+0xe4>
xor    %ecx,%ecx
movslq (%r9,%rdx,4),%rdx
add    %r9,%rdx
jmp    *%rdx
mov    $0x1,%cl
jmp    1170 <IntEncodeSeq+0x70>
nop
mov    $0x2,%cl
jmp    1170 <IntEncodeSeq+0x70>
mov    $0x5,%cl
jmp    1170 <IntEncodeSeq+0x70>
mov    $0x5,%cl
jmp    11f2 <IntEncodeSeq+0xf2>
mov    $0x2,%cl
jmp    11f2 <IntEncodeSeq+0xf2>
mov    $0x3,%cl
mov    %cl,(%rdi,%rax,1)
xor    %eax,%eax
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @IntEncodeSeq(i8* %0, i8* %1, i32 %2) {
%4 = alloca i8*
%5 = alloca i8*
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
store i8* %0, i8** %4
store i8* %1, i8** %5
store i32 %2, i32* %6
store i32 0, i32* %7
br label %8
8: ; preds = %45, %3
%9 = load i32, i32* %7
%10 = load i32, i32* %6
%11 = icmp slt i32 %9, %10
br i1 %11, label %12, label %48
12: ; preds = %8
%13 = load i8*, i8** %5
%14 = load i32, i32* %7
%15 = sext i32 %14 to i64
%16 = getelementptr inbounds i8, i8* %13, i64 %15
%17 = load i8, i8* %16
%18 = sext i8 %17 to i32
switch i32 %18, label %39 [
i32 65, label %19
i32 67, label %24
i32 71, label %29
i32 84, label %34
]
19: ; preds = %12
%20 = load i8*, i8** %4
%21 = load i32, i32* %7
%22 = sext i32 %21 to i64
%23 = getelementptr inbounds i8, i8* %20, i64 %22
store i8 0, i8* %23
br label %44
24: ; preds = %12
%25 = load i8*, i8** %4
%26 = load i32, i32* %7
%27 = sext i32 %26 to i64
%28 = getelementptr inbounds i8, i8* %25, i64 %27
store i8 1, i8* %28
br label %44
29: ; preds = %12
%30 = load i8*, i8** %4
%31 = load i32, i32* %7
%32 = sext i32 %31 to i64
%33 = getelementptr inbounds i8, i8* %30, i64 %32
store i8 2, i8* %33
br label %44
34: ; preds = %12
%35 = load i8*, i8** %4
%36 = load i32, i32* %7
%37 = sext i32 %36 to i64
%38 = getelementptr inbounds i8, i8* %35, i64 %37
store i8 3, i8* %38
br label %44
39: ; preds = %12
%40 = load i8*, i8** %4
%41 = load i32, i32* %7
%42 = sext i32 %41 to i64
%43 = getelementptr inbounds i8, i8* %40, i64 %42
store i8 5, i8* %43
br label %44
44: ; preds = %39, %34, %29, %24, %19
br label %45
45: ; preds = %44
%46 = load i32, i32* %7
%47 = add nsw i32 %46, 1
store i32 %47, i32* %7
br label %8
48: ; preds = %8
ret i32 0
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @IntEncodeSeq(i8* nocapture writeonly %0, i8* nocapture %1, i32 %2) {
%4 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %4, label %5, label %52
5: ; preds = %3
%6 = zext i32 %2 to i64
%7 = and i64 %6, 1
%8 = icmp eq i32 %2, 1
br i1 %8, label %38, label %9
9: ; preds = %5
%10 = and i64 %6, 4294967294
br label %11
11: ; preds = %32, %9
%12 = phi i64 [ 0, %9 ], [ %35, %32 ]
%13 = phi i64 [ 0, %9 ], [ %36, %32 ]
%14 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %12
%15 = load i8, i8* %14
%16 = sext i8 %15 to i32
switch i32 %16, label %20 [
i32 65, label %21
i32 67, label %17
i32 71, label %18
i32 84, label %19
]
17: ; preds = %11
br label %21
18: ; preds = %11
br label %21
19: ; preds = %11
br label %21
20: ; preds = %11
br label %21
21: ; preds = %11, %17, %18, %19, %20
%22 = phi i8 [ 1, %17 ], [ 2, %18 ], [ 3, %19 ], [ 5, %20 ], [ 0, %11 ]
%23 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %12
store i8 %22, i8* %23
%24 = or i64 %12, 1
%25 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %24
%26 = load i8, i8* %25
%27 = sext i8 %26 to i32
switch i32 %27, label %31 [
i32 65, label %32
i32 67, label %30
i32 71, label %29
i32 84, label %28
]
28: ; preds = %21
br label %32
29: ; preds = %21
br label %32
30: ; preds = %21
br label %32
31: ; preds = %21
br label %32
32: ; preds = %31, %30, %29, %28, %21
%33 = phi i8 [ 1, %30 ], [ 2, %29 ], [ 3, %28 ], [ 5, %31 ], [ 0, %21 ]
%34 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %24
store i8 %33, i8* %34
%35 = add nuw nsw i64 %12, 2
%36 = add i64 %13, 2
%37 = icmp eq i64 %36, %10
br i1 %37, label %38, label %11
38: ; preds = %32, %5
%39 = phi i64 [ 0, %5 ], [ %35, %32 ]
%40 = icmp eq i64 %7, 0
br i1 %40, label %52, label %41
41: ; preds = %38
%42 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %39
%43 = load i8, i8* %42
%44 = sext i8 %43 to i32
switch i32 %44, label %48 [
i32 65, label %49
i32 67, label %47
i32 71, label %46
i32 84, label %45
]
45: ; preds = %41
br label %49
46: ; preds = %41
br label %49
47: ; preds = %41
br label %49
48: ; preds = %41
br label %49
49: ; preds = %48, %47, %46, %45, %41
%50 = phi i8 [ 1, %47 ], [ 2, %46 ], [ 3, %45 ], [ 5, %48 ], [ 0, %41 ]
%51 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %39
store i8 %50, i8* %51
br label %52
52: ; preds = %49, %38, %3
ret i32 0
}