void encode(char **sequence, const unsigned char *map, int count, int len) {
  int i, j;
  char *p;
  for (i = 0; i < count; ++i) {
    p = sequence[i];
    j = len;
    while (j--) {
      *p = map[(int)(*p)];
      ++p;
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<encode>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %ecx,-0x18(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    118a <encode+0x8a>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    %rax,-0x28(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
mov    %eax,%ecx
add    $0xffffffff,%ecx
mov    %ecx,-0x20(%rbp)
cmp    $0x0,%eax
je     1177 <encode+0x77>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x28(%rbp),%rcx
movsbl (%rcx),%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%cl
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    %cl,(%rax)
mov    -0x28(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x28(%rbp)
jmp    113b <encode+0x3b>
jmp    117c <encode+0x7c>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    1119 <encode+0x19>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<encode>:
push   %r15
push   %r14
push   %rbx
test   %edx,%edx
jle    11d4 <encode+0xd4>
mov    %edx,%r10d
lea    -0x1(%rcx),%r9d
mov    %ecx,%r8d
mov    %ecx,%r14d
and    $0x3,%r14d
xor    %r11d,%r11d
jmp    113d <encode+0x3d>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
add    $0x1,%r11
cmp    %r10,%r11
je     11d4 <encode+0xd4>
test   %ecx,%ecx
je     1130 <encode+0x30>
mov    (%rdi,%r11,8),%rax
test   $0x3,%cl
je     1180 <encode+0x80>
xor    %edx,%edx
nopl   0x0(%rax)
movsbq (%rax,%rdx,1),%rbx
movzbl (%rsi,%rbx,1),%ebx
mov    %bl,(%rax,%rdx,1)
add    $0x1,%rdx
cmp    %edx,%r14d
jne    1150 <encode+0x50>
add    %rdx,%rax
mov    %r8d,%ebx
sub    %edx,%ebx
cmp    $0x3,%r9d
jb     1130 <encode+0x30>
jmp    1188 <encode+0x88>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
mov    %ecx,%ebx
cmp    $0x3,%r9d
jb     1130 <encode+0x30>
mov    %ebx,%r15d
xor    %edx,%edx
nopl   (%rax)
movsbq (%rax,%rdx,1),%rbx
movzbl (%rsi,%rbx,1),%ebx
mov    %bl,(%rax,%rdx,1)
movsbq 0x1(%rax,%rdx,1),%rbx
movzbl (%rsi,%rbx,1),%ebx
mov    %bl,0x1(%rax,%rdx,1)
movsbq 0x2(%rax,%rdx,1),%rbx
movzbl (%rsi,%rbx,1),%ebx
mov    %bl,0x2(%rax,%rdx,1)
movsbq 0x3(%rax,%rdx,1),%rbx
movzbl (%rsi,%rbx,1),%ebx
mov    %bl,0x3(%rax,%rdx,1)
add    $0x4,%rdx
cmp    %edx,%r15d
jne    1190 <encode+0x90>
jmp    1130 <encode+0x30>
pop    %rbx
pop    %r14
pop    %r15
ret

LLVM IR (-O0):
define void @encode(i8** %0, i8* %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = alloca i8**
%6 = alloca i8*
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i8*
store i8** %0, i8*** %5
store i8* %1, i8** %6
store i32 %2, i32* %7
store i32 %3, i32* %8
store i32 0, i32* %9
br label %12
12: ; preds = %39, %4
%13 = load i32, i32* %9
%14 = load i32, i32* %7
%15 = icmp slt i32 %13, %14
br i1 %15, label %16, label %42
16: ; preds = %12
%17 = load i8**, i8*** %5
%18 = load i32, i32* %9
%19 = sext i32 %18 to i64
%20 = getelementptr inbounds i8*, i8** %17, i64 %19
%21 = load i8*, i8** %20
store i8* %21, i8** %11
%22 = load i32, i32* %8
store i32 %22, i32* %10
br label %23
23: ; preds = %27, %16
%24 = load i32, i32* %10
%25 = add nsw i32 %24, -1
store i32 %25, i32* %10
%26 = icmp ne i32 %24, 0
br i1 %26, label %27, label %38
27: ; preds = %23
%28 = load i8*, i8** %6
%29 = load i8*, i8** %11
%30 = load i8, i8* %29
%31 = sext i8 %30 to i32
%32 = sext i32 %31 to i64
%33 = getelementptr inbounds i8, i8* %28, i64 %32
%34 = load i8, i8* %33
%35 = load i8*, i8** %11
store i8 %34, i8* %35
%36 = load i8*, i8** %11
%37 = getelementptr inbounds i8, i8* %36, i32 1
store i8* %37, i8** %11
br label %23
38: ; preds = %23
br label %39
39: ; preds = %38
%40 = load i32, i32* %9
%41 = add nsw i32 %40, 1
store i32 %41, i32* %9
br label %12
42: ; preds = %12
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @encode(i8** nocapture %0, i8* nocapture %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %5, label %6, label %61
6: ; preds = %4
%7 = icmp eq i32 %3, 0
%8 = zext i32 %2 to i64
%9 = add i32 %3, -1
%10 = and i32 %3, 3
%11 = icmp eq i32 %10, 0
%12 = icmp ult i32 %9, 3
br label %13
13: ; preds = %6, %58
%14 = phi i64 [ 0, %6 ], [ %59, %58 ]
br i1 %7, label %58, label %15
15: ; preds = %13
%16 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %14
%17 = load i8*, i8** %16
br i1 %11, label %30, label %18
18: ; preds = %15, %18
%19 = phi i8* [ %27, %18 ], [ %17, %15 ]
%20 = phi i32 [ %22, %18 ], [ %3, %15 ]
%21 = phi i32 [ %28, %18 ], [ 0, %15 ]
%22 = add nsw i32 %20, -1
%23 = load i8, i8* %19
%24 = sext i8 %23 to i64
%25 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %24
%26 = load i8, i8* %25
store i8 %26, i8* %19
%27 = getelementptr inbounds i8, i8* %19, i64 1
%28 = add i32 %21, 1
%29 = icmp eq i32 %28, %10
br i1 %29, label %30, label %18
30: ; preds = %18, %15
%31 = phi i8* [ %17, %15 ], [ %27, %18 ]
%32 = phi i32 [ %3, %15 ], [ %22, %18 ]
br i1 %12, label %58, label %33
33: ; preds = %30, %33
%34 = phi i8* [ %56, %33 ], [ %31, %30 ]
%35 = phi i32 [ %51, %33 ], [ %32, %30 ]
%36 = load i8, i8* %34
%37 = sext i8 %36 to i64
%38 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %37
%39 = load i8, i8* %38
store i8 %39, i8* %34
%40 = getelementptr inbounds i8, i8* %34, i64 1
%41 = load i8, i8* %40
%42 = sext i8 %41 to i64
%43 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %42
%44 = load i8, i8* %43
store i8 %44, i8* %40
%45 = getelementptr inbounds i8, i8* %34, i64 2
%46 = load i8, i8* %45
%47 = sext i8 %46 to i64
%48 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %47
%49 = load i8, i8* %48
store i8 %49, i8* %45
%50 = getelementptr inbounds i8, i8* %34, i64 3
%51 = add nsw i32 %35, -4
%52 = load i8, i8* %50
%53 = sext i8 %52 to i64
%54 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %53
%55 = load i8, i8* %54
store i8 %55, i8* %50
%56 = getelementptr inbounds i8, i8* %34, i64 4
%57 = icmp eq i32 %51, 0
br i1 %57, label %58, label %33
58: ; preds = %30, %33, %13
%59 = add nuw nsw i64 %14, 1
%60 = icmp eq i64 %59, %8
br i1 %60, label %61, label %13
61: ; preds = %58, %4
ret void
}