int splatAliScore(char *ali) {
  int score = 0;
  char c;
  while ((c = *ali++)) {
    switch (c) {
    case 'a':
    case 'c':
    case 'g':
    case 't':
      score -= 2;
      break;
    case 'A':
    case 'C':
    case 'G':
    case 'T':
      score += 2;
      break;
    case 'n':
    case 'N':
      break;
    case '^':
      score -= 3;
      ali += 1;
      break;
    case '-':
      score -= 3;
      break;
    }
  }
  return score;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<splatAliScore>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
movl   $0x0,-0xc(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    %rax,%rcx
add    $0x1,%rcx
mov    %rcx,-0x8(%rbp)
mov    (%rax),%al
mov    %al,-0xd(%rbp)
cmp    $0x0,%al
je     119e <splatAliScore+0x9e>
movsbl -0xd(%rbp),%eax
add    $0xffffffd3,%eax
mov    %eax,%ecx
mov    %rcx,-0x18(%rbp)
sub    $0x47,%eax
ja     1199 <splatAliScore+0x99>
mov    -0x18(%rbp),%rax
lea    0xeb4(%rip),%rcx
movslq (%rcx,%rax,4),%rax
add    %rcx,%rax
jmp    *%rax
mov    -0xc(%rbp),%eax
sub    $0x2,%eax
mov    %eax,-0xc(%rbp)
jmp    1199 <splatAliScore+0x99>
mov    -0xc(%rbp),%eax
add    $0x2,%eax
mov    %eax,-0xc(%rbp)
jmp    1199 <splatAliScore+0x99>
jmp    1199 <splatAliScore+0x99>
mov    -0xc(%rbp),%eax
sub    $0x3,%eax
mov    %eax,-0xc(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x8(%rbp)
jmp    1199 <splatAliScore+0x99>
mov    -0xc(%rbp),%eax
sub    $0x3,%eax
mov    %eax,-0xc(%rbp)
jmp    110f <splatAliScore+0xf>
mov    -0xc(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<splatAliScore>:
mov    (%rdi),%cl
xor    %eax,%eax
test   %cl,%cl
je     115b <splatAliScore+0x5b>
lea    0xef1(%rip),%rsi
jmp    112d <splatAliScore+0x2d>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x2,%eax
movzbl (%rdx),%ecx
mov    %rdx,%rdi
test   %cl,%cl
je     115b <splatAliScore+0x5b>
lea    0x1(%rdi),%rdx
movsbl %cl,%ecx
add    $0xffffffd3,%ecx
cmp    $0x47,%ecx
ja     1123 <splatAliScore+0x23>
movslq (%rsi,%rcx,4),%rcx
add    %rsi,%rcx
jmp    *%rcx
add    $0xfffffffe,%eax
jmp    1123 <splatAliScore+0x23>
add    $0xfffffffd,%eax
jmp    1123 <splatAliScore+0x23>
add    $0xfffffffd,%eax
add    $0x2,%rdi
mov    %rdi,%rdx
jmp    1123 <splatAliScore+0x23>
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @splatAliScore(i8* %0) {
%2 = alloca i8*
%3 = alloca i32
%4 = alloca i8
store i8* %0, i8** %2
store i32 0, i32* %3
br label %5
5: ; preds = %28, %1
%6 = load i8*, i8** %2
%7 = getelementptr inbounds i8, i8* %6, i32 1
store i8* %7, i8** %2
%8 = load i8, i8* %6
store i8 %8, i8* %4
%9 = icmp ne i8 %8, 0
br i1 %9, label %10, label %29
10: ; preds = %5
%11 = load i8, i8* %4
%12 = sext i8 %11 to i32
switch i32 %12, label %28 [
i32 97, label %13
i32 99, label %13
i32 103, label %13
i32 116, label %13
i32 65, label %16
i32 67, label %16
i32 71, label %16
i32 84, label %16
i32 110, label %19
i32 78, label %19
i32 94, label %20
i32 45, label %25
]
13: ; preds = %10, %10, %10, %10
%14 = load i32, i32* %3
%15 = sub nsw i32 %14, 2
store i32 %15, i32* %3
br label %28
16: ; preds = %10, %10, %10, %10
%17 = load i32, i32* %3
%18 = add nsw i32 %17, 2
store i32 %18, i32* %3
br label %28
19: ; preds = %10, %10
br label %28
20: ; preds = %10
%21 = load i32, i32* %3
%22 = sub nsw i32 %21, 3
store i32 %22, i32* %3
%23 = load i8*, i8** %2
%24 = getelementptr inbounds i8, i8* %23, i64 1
store i8* %24, i8** %2
br label %28
25: ; preds = %10
%26 = load i32, i32* %3
%27 = sub nsw i32 %26, 3
store i32 %27, i32* %3
br label %28
28: ; preds = %10, %25, %20, %19, %16, %13
br label %5
29: ; preds = %5
%30 = load i32, i32* %3
ret i32 %30
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @splatAliScore(i8* nocapture %0) {
%2 = load i8, i8* %0
%3 = icmp eq i8 %2, 0
br i1 %3, label %24, label %4
4: ; preds = %1, %19
%5 = phi i8 [ %22, %19 ], [ %2, %1 ]
%6 = phi i8* [ %21, %19 ], [ %0, %1 ]
%7 = phi i32 [ %20, %19 ], [ 0, %1 ]
%8 = getelementptr inbounds i8, i8* %6, i64 1
%9 = sext i8 %5 to i32
switch i32 %9, label %19 [
i32 97, label %10
i32 99, label %10
i32 103, label %10
i32 116, label %10
i32 65, label %12
i32 67, label %12
i32 71, label %12
i32 84, label %12
i32 45, label %17
i32 94, label %14
]
10: ; preds = %4, %4, %4, %4
%11 = add nsw i32 %7, -2
br label %19
12: ; preds = %4, %4, %4, %4
%13 = add nsw i32 %7, 2
br label %19
14: ; preds = %4
%15 = add nsw i32 %7, -3
%16 = getelementptr inbounds i8, i8* %6, i64 2
br label %19
17: ; preds = %4
%18 = add nsw i32 %7, -3
br label %19
19: ; preds = %4, %17, %14, %12, %10
%20 = phi i32 [ %7, %4 ], [ %15, %14 ], [ %18, %17 ], [ %13, %12 ], [ %11, %10 ]
%21 = phi i8* [ %8, %4 ], [ %16, %14 ], [ %8, %17 ], [ %8, %12 ], [ %8, %10 ]
%22 = load i8, i8* %21
%23 = icmp eq i8 %22, 0
br i1 %23, label %24, label %4
24: ; preds = %19, %1
%25 = phi i32 [ 0, %1 ], [ %20, %19 ]
ret i32 %25
}