#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ memcpy(char *, char const *, int const);
int /*<<< orphan*/ printf(char *);
scalar_t__ realloc(int *, int);
scalar_t__ sscanf(char *, char *, int *);
int strlen(char const *);
void get_pdb_conect(const char *record, int natoms, int *idxmap, int *maxbnum,
                    int *nbonds, int **from, int **to) {
  int bondto[11], numbonds, i;
  int reclen = strlen(record);
  for (numbonds = 0, i = 0; i < 11; i++) {
    char bondstr[6];
    const int fieldwidth = 5;
    int start = 6 + i * fieldwidth;
    int end = start + fieldwidth;
    if (end >= reclen)
      break;
    memcpy(bondstr, record + start, fieldwidth);
    bondstr[5] = '\0';
    if (sscanf(bondstr, "%d", &bondto[numbonds]) < 0)
      break;
    numbonds++;
  }
  for (i = 0; i < numbonds; i++) {
    if (bondto[i] > bondto[0]) {
      int newnbonds = *nbonds + 1;
      if (newnbonds >= *maxbnum) {
        int newmax;
        int *newfromlist, *newtolist;
        newmax = (newnbonds + 11) * 1.25;
        newfromlist = (int *)realloc(*from, newmax * sizeof(int));
        newtolist = (int *)realloc(*to, newmax * sizeof(int));
        if (newfromlist != NULL || newtolist != NULL) {
          *maxbnum = newmax;
          *from = newfromlist;
          *to = newtolist;
        } else {
          printf("readpdb) failed to allocate memory for bondlists\n");
          return;
        }
      }
      *nbonds = newnbonds;
      (*from)[newnbonds - 1] = idxmap[bondto[0]] + 1;
      (*to)[newnbonds - 1] = idxmap[bondto[i]] + 1;
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<get_pdb_conect>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0xa0,%rsp
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8,-0x28(%rbp)
mov    %r9,-0x30(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,-0x6c(%rbp)
movl   $0x0,-0x64(%rbp)
movl   $0x0,-0x68(%rbp)
cmpl   $0xb,-0x68(%rbp)
jge    1227 <get_pdb_conect+0xd7>
movl   $0x5,-0x78(%rbp)
imul   $0x5,-0x68(%rbp),%eax
add    $0x6,%eax
mov    %eax,-0x7c(%rbp)
mov    -0x7c(%rbp),%eax
add    $0x5,%eax
mov    %eax,-0x80(%rbp)
mov    -0x80(%rbp),%eax
cmp    -0x6c(%rbp),%eax
jl     11c5 <get_pdb_conect+0x75>
jmp    1227 <get_pdb_conect+0xd7>
lea    -0x72(%rbp),%rdi
mov    -0x8(%rbp),%rsi
movslq -0x7c(%rbp),%rax
add    %rax,%rsi
mov    $0x5,%edx
call   1050 <memcpy@plt>
movb   $0x0,-0x6d(%rbp)
lea    -0x72(%rbp),%rdi
movslq -0x64(%rbp),%rax
lea    -0x60(%rbp),%rdx
shl    $0x2,%rax
add    %rax,%rdx
lea    0xe0c(%rip),%rsi
call   1060 <sscanf@plt>
cmp    $0x0,%rax
jge    1210 <get_pdb_conect+0xc0>
jmp    1227 <get_pdb_conect+0xd7>
mov    -0x64(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x64(%rbp)
mov    -0x68(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x68(%rbp)
jmp    1190 <get_pdb_conect+0x40>
movl   $0x0,-0x68(%rbp)
mov    -0x68(%rbp),%eax
cmp    -0x64(%rbp),%eax
jge    139a <get_pdb_conect+0x24a>
movslq -0x68(%rbp),%rax
mov    -0x60(%rbp,%rax,4),%eax
cmp    -0x60(%rbp),%eax
jle    1387 <get_pdb_conect+0x237>
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    (%rax),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x84(%rbp)
mov    -0x84(%rbp),%eax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
cmp    (%rcx),%eax
jl     132e <get_pdb_conect+0x1de>
mov    -0x84(%rbp),%eax
add    $0xb,%eax
cvtsi2sd %eax,%xmm0
movsd  0xd7f(%rip),%xmm1
mulsd  %xmm1,%xmm0
cvttsd2si %xmm0,%eax
mov    %eax,-0x88(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rdi
movslq -0x88(%rbp),%rax
shl    $0x2,%rax
mov    %eax,%esi
call   1070 <realloc@plt>
mov    %rax,-0x90(%rbp)
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rdi
movslq -0x88(%rbp),%rax
shl    $0x2,%rax
mov    %eax,%esi
call   1070 <realloc@plt>
mov    %rax,-0x98(%rbp)
cmpq   $0x0,-0x90(%rbp)
jne    12eb <get_pdb_conect+0x19b>
cmpq   $0x0,-0x98(%rbp)
je     1318 <get_pdb_conect+0x1c8>
mov    -0x88(%rbp),%ecx
mov    -0x20(%rbp),%rax
mov    %ecx,(%rax)
mov    -0x90(%rbp),%rcx
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
mov    -0x98(%rbp),%rcx
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
jmp    1329 <get_pdb_conect+0x1d9>
lea    0xcec(%rip),%rdi
call   1040 <printf@plt>
jmp    139a <get_pdb_conect+0x24a>
jmp    132e <get_pdb_conect+0x1de>
mov    -0x84(%rbp),%ecx
mov    -0x28(%rbp),%rax
mov    %ecx,(%rax)
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x60(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
add    $0x1,%edx
mov    -0x30(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    -0x84(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x68(%rbp),%rcx
movslq -0x60(%rbp,%rcx,4),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
add    $0x1,%edx
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    -0x84(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
jmp    138c <get_pdb_conect+0x23c>
mov    -0x68(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x68(%rbp)
jmp    122e <get_pdb_conect+0xde>
add    $0xa0,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<get_pdb_conect>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x78,%rsp
mov    %r9,0x8(%rsp)
mov    %r8,0x18(%rsp)
mov    %rcx,0x10(%rsp)
mov    %rdx,0x38(%rsp)
mov    %rdi,%r12
call   1040 <strlen@plt>
movslq %eax,%r13
mov    $0xb,%ebx
lea    0x40(%rsp),%rbp
xor    %r14d,%r14d
lea    0x2a(%rsp),%r15
nop
cmp    %r13,%rbx
jge    11f7 <get_pdb_conect+0xa7>
lea    (%r12,%rbx,1),%rsi
add    $0xfffffffffffffffb,%rsi
mov    %r15,%rdi
mov    $0x5,%edx
call   1050 <memcpy@plt>
movb   $0x0,0x2f(%rsp)
mov    %r15,%rdi
lea    0xe4f(%rip),%rsi
mov    %rbp,%rdx
call   1060 <sscanf@plt>
test   %rax,%rax
js     11f7 <get_pdb_conect+0xa7>
add    $0x1,%r14
add    $0x5,%rbx
add    $0x4,%rbp
cmp    $0xb,%r14
jne    1190 <get_pdb_conect+0x40>
mov    $0xb,%r14d
mov    0x8(%rsp),%r15
mov    0x18(%rsp),%rsi
mov    0x10(%rsp),%rdi
mov    0xb0(%rsp),%r13
jmp    1217 <get_pdb_conect+0xc7>
test   %r14d,%r14d
mov    0x8(%rsp),%r15
mov    0x18(%rsp),%rsi
mov    0x10(%rsp),%rdi
mov    0xb0(%rsp),%r13
je     12ea <get_pdb_conect+0x19a>
xor    %ebp,%ebp
jmp    1257 <get_pdb_conect+0x107>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
mov    0x0(%r13),%rax
mov    %edx,(%rsi)
movslq %ecx,%rcx
mov    0x38(%rsp),%rbx
mov    (%rbx,%rcx,4),%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    (%r15),%rdx
mov    %ecx,(%rdx,%r12,4)
movslq 0x40(%rsp,%rbp,4),%rcx
mov    (%rbx,%rcx,4),%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    %ecx,(%rax,%r12,4)
add    $0x1,%rbp
cmp    %rbp,%r14
je     12ea <get_pdb_conect+0x19a>
mov    0x40(%rsp),%ecx
cmp    %ecx,0x40(%rsp,%rbp,4)
jle    124a <get_pdb_conect+0xfa>
movslq (%rsi),%r12
lea    0x1(%r12),%edx
cmp    (%rdi),%edx
jl     1220 <get_pdb_conect+0xd0>
mov    %edx,0x24(%rsp)
lea    0xc(%r12),%eax
xorps  %xmm0,%xmm0
cvtsi2sd %eax,%xmm0
mulsd  0xd7b(%rip),%xmm0
cvttsd2si %xmm0,%eax
mov    (%r15),%rdi
mov    %rax,0x30(%rsp)
lea    0x0(,%rax,4),%esi
mov    %esi,0x8(%rsp)
call   1070 <realloc@plt>
mov    %rax,%rbx
mov    0x0(%r13),%rdi
mov    0x8(%rsp),%esi
call   1070 <realloc@plt>
mov    %rbx,%rcx
or     %rax,%rcx
je     12de <get_pdb_conect+0x18e>
mov    0x10(%rsp),%rdi
mov    0x30(%rsp),%rcx
mov    %ecx,(%rdi)
mov    %rbx,(%r15)
mov    %rax,0x0(%r13)
mov    0x40(%rsp),%ecx
mov    0x18(%rsp),%rsi
mov    0x24(%rsp),%edx
jmp    1224 <get_pdb_conect+0xd4>
lea    0xd26(%rip),%rdi
call   1030 <puts@plt>
add    $0x78,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
@.str = [3 x i8] c"%d\00"
@.str.1 = [50 x i8] c"readpdb) failed to allocate memory for bondlists\0A\00"
define void @get_pdb_conect(i8* %0, i32 %1, i32* %2, i32* %3, i32* %4, i32** %5, i32** %6) {
%8 = alloca i8*
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32*
%11 = alloca i32*
%12 = alloca i32*
%13 = alloca i32**
%14 = alloca i32**
%15 = alloca [11 x i32]
%16 = alloca i32
%17 = alloca i32
%18 = alloca i32
%19 = alloca [6 x i8]
%20 = alloca i32
%21 = alloca i32
%22 = alloca i32
%23 = alloca i32
%24 = alloca i32
%25 = alloca i32*
%26 = alloca i32*
store i8* %0, i8** %8
store i32 %1, i32* %9
store i32* %2, i32** %10
store i32* %3, i32** %11
store i32* %4, i32** %12
store i32** %5, i32*** %13
store i32** %6, i32*** %14
%27 = load i8*, i8** %8
%28 = call i32 @strlen(i8* %27)
store i32 %28, i32* %18
store i32 0, i32* %16
store i32 0, i32* %17
br label %29
29: ; preds = %60, %7
%30 = load i32, i32* %17
%31 = icmp slt i32 %30, 11
br i1 %31, label %32, label %63
32: ; preds = %29
store i32 5, i32* %20
%33 = load i32, i32* %17
%34 = mul nsw i32 %33, 5
%35 = add nsw i32 6, %34
store i32 %35, i32* %21
%36 = load i32, i32* %21
%37 = add nsw i32 %36, 5
store i32 %37, i32* %22
%38 = load i32, i32* %22
%39 = load i32, i32* %18
%40 = icmp sge i32 %38, %39
br i1 %40, label %41, label %42
41: ; preds = %32
br label %63
42: ; preds = %32
%43 = getelementptr inbounds [6 x i8], [6 x i8]* %19, i64 0, i64 0
%44 = load i8*, i8** %8
%45 = load i32, i32* %21
%46 = sext i32 %45 to i64
%47 = getelementptr inbounds i8, i8* %44, i64 %46
%48 = call i32 @memcpy(i8* %43, i8* %47, i32 5)
%49 = getelementptr inbounds [6 x i8], [6 x i8]* %19, i64 0, i64 5
store i8 0, i8* %49
%50 = getelementptr inbounds [6 x i8], [6 x i8]* %19, i64 0, i64 0
%51 = load i32, i32* %16
%52 = sext i32 %51 to i64
%53 = getelementptr inbounds [11 x i32], [11 x i32]* %15, i64 0, i64 %52
%54 = call i64 @sscanf(i8* %50, i8* getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32* %53)
%55 = icmp slt i64 %54, 0
br i1 %55, label %56, label %57
56: ; preds = %42
br label %63
57: ; preds = %42
%58 = load i32, i32* %16
%59 = add nsw i32 %58, 1
store i32 %59, i32* %16
br label %60
60: ; preds = %57
%61 = load i32, i32* %17
%62 = add nsw i32 %61, 1
store i32 %62, i32* %17
br label %29
63: ; preds = %56, %41, %29
store i32 0, i32* %17
br label %64
64: ; preds = %153, %63
%65 = load i32, i32* %17
%66 = load i32, i32* %16
%67 = icmp slt i32 %65, %66
br i1 %67, label %68, label %156
68: ; preds = %64
%69 = load i32, i32* %17
%70 = sext i32 %69 to i64
%71 = getelementptr inbounds [11 x i32], [11 x i32]* %15, i64 0, i64 %70
%72 = load i32, i32* %71
%73 = getelementptr inbounds [11 x i32], [11 x i32]* %15, i64 0, i64 0
%74 = load i32, i32* %73
%75 = icmp sgt i32 %72, %74
br i1 %75, label %76, label %152
76: ; preds = %68
%77 = load i32*, i32** %12
%78 = load i32, i32* %77
%79 = add nsw i32 %78, 1
store i32 %79, i32* %23
%80 = load i32, i32* %23
%81 = load i32*, i32** %11
%82 = load i32, i32* %81
%83 = icmp sge i32 %80, %82
br i1 %83, label %84, label %121
84: ; preds = %76
%85 = load i32, i32* %23
%86 = add nsw i32 %85, 11
%87 = sitofp i32 %86 to double
%88 = fmul double %87, 1.250000e+00
%89 = fptosi double %88 to i32
store i32 %89, i32* %24
%90 = load i32**, i32*** %13
%91 = load i32*, i32** %90
%92 = load i32, i32* %24
%93 = sext i32 %92 to i64
%94 = mul i64 %93, 4
%95 = trunc i64 %94 to i32
%96 = call i64 @realloc(i32* %91, i32 %95)
%97 = inttoptr i64 %96 to i32*
store i32* %97, i32** %25
%98 = load i32**, i32*** %14
%99 = load i32*, i32** %98
%100 = load i32, i32* %24
%101 = sext i32 %100 to i64
%102 = mul i64 %101, 4
%103 = trunc i64 %102 to i32
%104 = call i64 @realloc(i32* %99, i32 %103)
%105 = inttoptr i64 %104 to i32*
store i32* %105, i32** %26
%106 = load i32*, i32** %25
%107 = icmp ne i32* %106, null
br i1 %107, label %111, label %108
108: ; preds = %84
%109 = load i32*, i32** %26
%110 = icmp ne i32* %109, null
br i1 %110, label %111, label %118
111: ; preds = %108, %84
%112 = load i32, i32* %24
%113 = load i32*, i32** %11
store i32 %112, i32* %113
%114 = load i32*, i32** %25
%115 = load i32**, i32*** %13
store i32* %114, i32** %115
%116 = load i32*, i32** %26
%117 = load i32**, i32*** %14
store i32* %116, i32** %117
br label %120
118: ; preds = %108
%119 = call i32 @printf(i8* getelementptr inbounds ([50 x i8], [50 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0))
br label %156
120: ; preds = %111
br label %121
121: ; preds = %120, %76
%122 = load i32, i32* %23
%123 = load i32*, i32** %12
store i32 %122, i32* %123
%124 = load i32*, i32** %10
%125 = getelementptr inbounds [11 x i32], [11 x i32]* %15, i64 0, i64 0
%126 = load i32, i32* %125
%127 = sext i32 %126 to i64
%128 = getelementptr inbounds i32, i32* %124, i64 %127
%129 = load i32, i32* %128
%130 = add nsw i32 %129, 1
%131 = load i32**, i32*** %13
%132 = load i32*, i32** %131
%133 = load i32, i32* %23
%134 = sub nsw i32 %133, 1
%135 = sext i32 %134 to i64
%136 = getelementptr inbounds i32, i32* %132, i64 %135
store i32 %130, i32* %136
%137 = load i32*, i32** %10
%138 = load i32, i32* %17
%139 = sext i32 %138 to i64
%140 = getelementptr inbounds [11 x i32], [11 x i32]* %15, i64 0, i64 %139
%141 = load i32, i32* %140
%142 = sext i32 %141 to i64
%143 = getelementptr inbounds i32, i32* %137, i64 %142
%144 = load i32, i32* %143
%145 = add nsw i32 %144, 1
%146 = load i32**, i32*** %14
%147 = load i32*, i32** %146
%148 = load i32, i32* %23
%149 = sub nsw i32 %148, 1
%150 = sext i32 %149 to i64
%151 = getelementptr inbounds i32, i32* %147, i64 %150
store i32 %145, i32* %151
br label %152
152: ; preds = %121, %68
br label %153
153: ; preds = %152
%154 = load i32, i32* %17
%155 = add nsw i32 %154, 1
store i32 %155, i32* %17
br label %64
156: ; preds = %118, %64
ret void
}

LLVM IR (-O2):
@.str = [3 x i8] c"%d\00"
@str = [49 x i8] c"readpdb) failed to allocate memory for bondlists\00"
define void @get_pdb_conect(i8* %0, i32 %1, i32* nocapture %2, i32* nocapture %3, i32* nocapture %4, i32** nocapture %5, i32** nocapture %6) {
%8 = alloca [11 x i32]
%9 = alloca [6 x i8]
%10 = bitcast [11 x i32]* %8 to i8*
%11 = tail call i32 @strlen(i8* %0)
%12 = getelementptr inbounds [6 x i8], [6 x i8]* %9, i64 0, i64 0
%13 = getelementptr inbounds [6 x i8], [6 x i8]* %9, i64 0, i64 5
%14 = sext i32 %11 to i64
br label %15
15: ; preds = %7, %27
%16 = phi i64 [ 0, %7 ], [ %28, %27 ]
%17 = mul nuw nsw i64 %16, 5
%18 = add nuw nsw i64 %17, 11
%19 = icmp slt i64 %18, %14
br i1 %19, label %20, label %30
20: ; preds = %15
%21 = add nuw nsw i64 %17, 6
%22 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %21
%23 = call i32 @memcpy(i8* %12, i8* %22, i32 5)
store i8 0, i8* %13
%24 = getelementptr inbounds [11 x i32], [11 x i32]* %8, i64 0, i64 %16
%25 = call i64 @sscanf(i8* %12, i8* getelementptr inbounds ([3 x i8], [3 x i8]* @.str, i64 0, i64 0), i32* %24)
%26 = icmp slt i64 %25, 0
br i1 %26, label %30, label %27
27: ; preds = %20
%28 = add nuw nsw i64 %16, 1
%29 = icmp eq i64 %28, 11
br i1 %29, label %33, label %15
30: ; preds = %20, %15
%31 = trunc i64 %16 to i32
%32 = icmp eq i32 %31, 0
br i1 %32, label %88, label %33
33: ; preds = %27, %30
%34 = phi i64 [ %16, %30 ], [ 11, %27 ]
%35 = getelementptr inbounds [11 x i32], [11 x i32]* %8, i64 0, i64 0
%36 = and i64 %34, 4294967295
br label %37
37: ; preds = %33, %85
%38 = phi i64 [ 0, %33 ], [ %86, %85 ]
%39 = getelementptr inbounds [11 x i32], [11 x i32]* %8, i64 0, i64 %38
%40 = load i32, i32* %39
%41 = load i32, i32* %35
%42 = icmp sgt i32 %40, %41
br i1 %42, label %43, label %85
43: ; preds = %37
%44 = load i32, i32* %4
%45 = add nsw i32 %44, 1
%46 = load i32, i32* %3
%47 = icmp slt i32 %45, %46
br i1 %47, label %48, label %50
48: ; preds = %43
%49 = load i32*, i32** %6
br label %69
50: ; preds = %43
%51 = add nsw i32 %44, 12
%52 = sitofp i32 %51 to double
%53 = fmul double %52, 1.250000e+00
%54 = fptosi double %53 to i32
%55 = load i32*, i32** %5
%56 = shl i32 %54, 2
%57 = call i64 @realloc(i32* %55, i32 %56)
%58 = load i32*, i32** %6
%59 = call i64 @realloc(i32* %58, i32 %56)
%60 = icmp ne i64 %57, 0
%61 = icmp ne i64 %59, 0
%62 = select i1 %60, i1 true, i1 %61
br i1 %62, label %63, label %67
63: ; preds = %50
%64 = inttoptr i64 %59 to i32*
%65 = inttoptr i64 %57 to i32*
store i32 %54, i32* %3
store i32* %65, i32** %5
store i32* %64, i32** %6
%66 = load i32, i32* %35
br label %69
67: ; preds = %50
%68 = call i32 @puts(i8* dereferenceable(1) getelementptr inbounds ([49 x i8], [49 x i8]* @str, i64 0, i64 0))
br label %88
69: ; preds = %48, %63
%70 = phi i32* [ %64, %63 ], [ %49, %48 ]
%71 = phi i32 [ %66, %63 ], [ %41, %48 ]
store i32 %45, i32* %4
%72 = sext i32 %71 to i64
%73 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 %72
%74 = load i32, i32* %73
%75 = add nsw i32 %74, 1
%76 = load i32*, i32** %5
%77 = sext i32 %44 to i64
%78 = getelementptr inbounds i32, i32* %76, i64 %77
store i32 %75, i32* %78
%79 = load i32, i32* %39
%80 = sext i32 %79 to i64
%81 = getelementptr inbounds i32, i32* %2, i64 %80
%82 = load i32, i32* %81
%83 = add nsw i32 %82, 1
%84 = getelementptr inbounds i32, i32* %70, i64 %77
store i32 %83, i32* %84
br label %85
85: ; preds = %69, %37
%86 = add nuw nsw i64 %38, 1
%87 = icmp eq i64 %86, %36
br i1 %87, label %88, label %37
88: ; preds = %85, %30, %67
ret void
}