void hc_intramolecular_only(unsigned int i, char c_option, char *hc,
                            unsigned int length, unsigned int min_loop_size,
                            int cut, int *index) {
  unsigned int l;
  if (cut > 1) {
    if (i < cut)
      for (l = ((i + min_loop_size) > (cut) ? (i + min_loop_size) : (cut));
           l <= length; l++)
        hc[index[l] + i] &= ~c_option;
    else
      for (l = 1;
           l < ((cut) < (i - min_loop_size) ? (cut) : (i - min_loop_size)); l++)
        hc[index[i] + l] &= ~c_option;
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<hc_intramolecular_only>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %sil,%al
mov    0x10(%rbp),%rsi
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %al,-0x5(%rbp)
mov    %rdx,-0x10(%rbp)
mov    %ecx,-0x14(%rbp)
mov    %r8d,-0x18(%rbp)
mov    %r9d,-0x1c(%rbp)
cmpl   $0x1,-0x1c(%rbp)
jle    121c <hc_intramolecular_only+0x11c>
mov    -0x4(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jae    11a1 <hc_intramolecular_only+0xa1>
mov    -0x4(%rbp),%eax
add    -0x18(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jbe    1153 <hc_intramolecular_only+0x53>
mov    -0x4(%rbp),%eax
add    -0x18(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1159 <hc_intramolecular_only+0x59>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
ja     119c <hc_intramolecular_only+0x9c>
movsbl -0x5(%rbp),%esi
xor    $0xffffffff,%esi
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    0x10(%rbp),%rcx
mov    -0x20(%rbp),%edx
mov    (%rcx,%rdx,4),%ecx
add    -0x4(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%ecx
movsbl (%rax,%rcx,1),%edx
and    %esi,%edx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    115f <hc_intramolecular_only+0x5f>
jmp    1217 <hc_intramolecular_only+0x117>
movl   $0x1,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
mov    -0x4(%rbp),%ecx
sub    -0x18(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jae    11ca <hc_intramolecular_only+0xca>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    11d3 <hc_intramolecular_only+0xd3>
mov    -0x4(%rbp),%eax
sub    -0x18(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
mov    -0x2c(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jae    1212 <hc_intramolecular_only+0x112>
movsbl -0x5(%rbp),%esi
xor    $0xffffffff,%esi
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    0x10(%rbp),%rcx
mov    -0x4(%rbp),%edx
mov    (%rcx,%rdx,4),%ecx
add    -0x20(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%ecx
movsbl (%rax,%rcx,1),%edx
and    %esi,%edx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    11a8 <hc_intramolecular_only+0xa8>
jmp    1217 <hc_intramolecular_only+0x117>
jmp    121c <hc_intramolecular_only+0x11c>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<hc_intramolecular_only>:
push   %rbx
cmp    $0x2,%r9d
jl     11b0 <hc_intramolecular_only+0xb0>
mov    0x10(%rsp),%r10
cmp    %r9d,%edi
jae    1148 <hc_intramolecular_only+0x48>
add    %edi,%r8d
cmp    %r9d,%r8d
cmovbe %r9d,%r8d
cmp    %ecx,%r8d
ja     11b0 <hc_intramolecular_only+0xb0>
not    %sil
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
mov    %r8d,%eax
mov    (%r10,%rax,4),%eax
add    %edi,%eax
and    %sil,(%rdx,%rax,1)
add    $0x1,%r8d
cmp    %ecx,%r8d
jbe    1130 <hc_intramolecular_only+0x30>
jmp    11b0 <hc_intramolecular_only+0xb0>
mov    %edi,%r11d
sub    %r8d,%r11d
cmp    %r9d,%r11d
cmova  %r9d,%r11d
cmp    $0x2,%r11d
jb     11b0 <hc_intramolecular_only+0xb0>
not    %sil
mov    %edi,%ebx
lea    -0x1(%r11),%r8d
mov    $0x1,%eax
cmp    $0x2,%r11d
je     11aa <hc_intramolecular_only+0xaa>
mov    %r8d,%r9d
and    $0xfffffffe,%r9d
neg    %r9d
mov    $0x1,%edi
xchg   %ax,%ax
mov    (%r10,%rbx,4),%eax
add    %edi,%eax
and    %sil,(%rdx,%rax,1)
mov    (%r10,%rbx,4),%eax
add    %edi,%eax
add    $0x1,%eax
and    %sil,(%rdx,%rax,1)
mov    %edi,%eax
add    $0x2,%eax
lea    (%r9,%rdi,1),%ecx
add    $0x2,%ecx
mov    %eax,%edi
cmp    $0x1,%ecx
jne    1180 <hc_intramolecular_only+0x80>
test   $0x1,%r8b
jne    11b2 <hc_intramolecular_only+0xb2>
pop    %rbx
ret
add    (%r10,%rbx,4),%eax
and    %sil,(%rdx,%rax,1)
pop    %rbx
ret

LLVM IR (-O0):
define void @hc_intramolecular_only(i32 %0, i8 signext %1, i8* %2, i32 %3, i32 %4, i32 %5, i32* %6) {
%8 = alloca i32
%9 = alloca i8
%10 = alloca i8*
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32*
%15 = alloca i32
store i32 %0, i32* %8
store i8 %1, i8* %9
store i8* %2, i8** %10
store i32 %3, i32* %11
store i32 %4, i32* %12
store i32 %5, i32* %13
store i32* %6, i32** %14
%16 = load i32, i32* %13
%17 = icmp sgt i32 %16, 1
br i1 %17, label %18, label %102
18: ; preds = %7
%19 = load i32, i32* %8
%20 = load i32, i32* %13
%21 = icmp ult i32 %19, %20
br i1 %21, label %22, label %62
22: ; preds = %18
%23 = load i32, i32* %8
%24 = load i32, i32* %12
%25 = add i32 %23, %24
%26 = load i32, i32* %13
%27 = icmp ugt i32 %25, %26
br i1 %27, label %28, label %32
28: ; preds = %22
%29 = load i32, i32* %8
%30 = load i32, i32* %12
%31 = add i32 %29, %30
br label %34
32: ; preds = %22
%33 = load i32, i32* %13
br label %34
34: ; preds = %32, %28
%35 = phi i32 [ %31, %28 ], [ %33, %32 ]
store i32 %35, i32* %15
br label %36
36: ; preds = %58, %34
%37 = load i32, i32* %15
%38 = load i32, i32* %11
%39 = icmp ule i32 %37, %38
br i1 %39, label %40, label %61
40: ; preds = %36
%41 = load i8, i8* %9
%42 = sext i8 %41 to i32
%43 = xor i32 %42, -1
%44 = load i8*, i8** %10
%45 = load i32*, i32** %14
%46 = load i32, i32* %15
%47 = zext i32 %46 to i64
%48 = getelementptr inbounds i32, i32* %45, i64 %47
%49 = load i32, i32* %48
%50 = load i32, i32* %8
%51 = add i32 %49, %50
%52 = zext i32 %51 to i64
%53 = getelementptr inbounds i8, i8* %44, i64 %52
%54 = load i8, i8* %53
%55 = sext i8 %54 to i32
%56 = and i32 %55, %43
%57 = trunc i32 %56 to i8
store i8 %57, i8* %53
br label %58
58: ; preds = %40
%59 = load i32, i32* %15
%60 = add i32 %59, 1
store i32 %60, i32* %15
br label %36
61: ; preds = %36
br label %101
62: ; preds = %18
store i32 1, i32* %15
br label %63
63: ; preds = %97, %62
%64 = load i32, i32* %15
%65 = load i32, i32* %13
%66 = load i32, i32* %8
%67 = load i32, i32* %12
%68 = sub i32 %66, %67
%69 = icmp ult i32 %65, %68
br i1 %69, label %70, label %72
70: ; preds = %63
%71 = load i32, i32* %13
br label %76
72: ; preds = %63
%73 = load i32, i32* %8
%74 = load i32, i32* %12
%75 = sub i32 %73, %74
br label %76
76: ; preds = %72, %70
%77 = phi i32 [ %71, %70 ], [ %75, %72 ]
%78 = icmp ult i32 %64, %77
br i1 %78, label %79, label %100
79: ; preds = %76
%80 = load i8, i8* %9
%81 = sext i8 %80 to i32
%82 = xor i32 %81, -1
%83 = load i8*, i8** %10
%84 = load i32*, i32** %14
%85 = load i32, i32* %8
%86 = zext i32 %85 to i64
%87 = getelementptr inbounds i32, i32* %84, i64 %86
%88 = load i32, i32* %87
%89 = load i32, i32* %15
%90 = add i32 %88, %89
%91 = zext i32 %90 to i64
%92 = getelementptr inbounds i8, i8* %83, i64 %91
%93 = load i8, i8* %92
%94 = sext i8 %93 to i32
%95 = and i32 %94, %82
%96 = trunc i32 %95 to i8
store i8 %96, i8* %92
br label %97
97: ; preds = %79
%98 = load i32, i32* %15
%99 = add i32 %98, 1
store i32 %99, i32* %15
br label %63
100: ; preds = %76
br label %101
101: ; preds = %100, %61
br label %102
102: ; preds = %101, %7
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @hc_intramolecular_only(i32 %0, i8 signext %1, i8* nocapture %2, i32 %3, i32 %4, i32 %5, i32* nocapture %6) {
%8 = icmp sgt i32 %5, 1
br i1 %8, label %9, label %73
9: ; preds = %7
%10 = icmp ult i32 %0, %5
br i1 %10, label %25, label %11
11: ; preds = %9
%12 = sub i32 %0, %4
%13 = icmp ugt i32 %12, %5
%14 = select i1 %13, i32 %5, i32 %12
%15 = icmp ugt i32 %14, 1
br i1 %15, label %16, label %73
16: ; preds = %11
%17 = xor i8 %1, -1
%18 = zext i32 %0 to i64
%19 = getelementptr inbounds i32, i32* %6, i64 %18
%20 = add i32 %14, -1
%21 = and i32 %20, 1
%22 = icmp eq i32 %14, 2
br i1 %22, label %63, label %23
23: ; preds = %16
%24 = and i32 %20, -2
br label %44
25: ; preds = %9
%26 = add i32 %4, %0
%27 = icmp ugt i32 %26, %5
%28 = select i1 %27, i32 %26, i32 %5
%29 = icmp ugt i32 %28, %3
br i1 %29, label %73, label %30
30: ; preds = %25
%31 = xor i8 %1, -1
br label %32
32: ; preds = %30, %32
%33 = phi i32 [ %28, %30 ], [ %42, %32 ]
%34 = zext i32 %33 to i64
%35 = getelementptr inbounds i32, i32* %6, i64 %34
%36 = load i32, i32* %35
%37 = add i32 %36, %0
%38 = zext i32 %37 to i64
%39 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %38
%40 = load i8, i8* %39
%41 = and i8 %40, %31
store i8 %41, i8* %39
%42 = add i32 %33, 1
%43 = icmp ugt i32 %42, %3
br i1 %43, label %73, label %32
44: ; preds = %44, %23
%45 = phi i32 [ 1, %23 ], [ %60, %44 ]
%46 = phi i32 [ 0, %23 ], [ %61, %44 ]
%47 = load i32, i32* %19
%48 = add i32 %47, %45
%49 = zext i32 %48 to i64
%50 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %49
%51 = load i8, i8* %50
%52 = and i8 %51, %17
store i8 %52, i8* %50
%53 = add nuw i32 %45, 1
%54 = load i32, i32* %19
%55 = add i32 %54, %53
%56 = zext i32 %55 to i64
%57 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %56
%58 = load i8, i8* %57
%59 = and i8 %58, %17
store i8 %59, i8* %57
%60 = add nuw i32 %45, 2
%61 = add nuw i32 %46, 2
%62 = icmp eq i32 %61, %24
br i1 %62, label %63, label %44
63: ; preds = %44, %16
%64 = phi i32 [ 1, %16 ], [ %60, %44 ]
%65 = icmp eq i32 %21, 0
br i1 %65, label %73, label %66
66: ; preds = %63
%67 = load i32, i32* %19
%68 = add i32 %67, %64
%69 = zext i32 %68 to i64
%70 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %69
%71 = load i8, i8* %70
%72 = and i8 %71, %17
store i8 %72, i8* %70
br label %73
73: ; preds = %66, %63, %32, %11, %25, %7
ret void
}