#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */
typedef int int32_t;

/* Variables and functions */
int strlen(char *);
int32_t cb_align_length_nogaps(char *residues) {
  int len = 0, rlen = strlen(residues);
  for (int i = 0; i < rlen; i++)
    if (residues[i] != '-')
      len++;
  return len;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<cb_align_length_nogaps>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x20,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
movl   $0x0,-0xc(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,-0x10(%rbp)
movl   $0x0,-0x14(%rbp)
mov    -0x14(%rbp),%eax
cmp    -0x10(%rbp),%eax
jge    1173 <cb_align_length_nogaps+0x63>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
je     1160 <cb_align_length_nogaps+0x50>
mov    -0xc(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0xc(%rbp)
jmp    1165 <cb_align_length_nogaps+0x55>
mov    -0x14(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x14(%rbp)
jmp    1136 <cb_align_length_nogaps+0x26>
mov    -0xc(%rbp),%eax
add    $0x20,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<cb_align_length_nogaps>:
push   %rbx
mov    %rdi,%rbx
call   1030 <strlen@plt>
test   %eax,%eax
jle    112d <cb_align_length_nogaps+0x1d>
mov    %eax,%ecx
cmp    $0x8,%eax
jae    1131 <cb_align_length_nogaps+0x21>
xor    %edx,%edx
xor    %eax,%eax
jmp    1280 <cb_align_length_nogaps+0x170>
xor    %eax,%eax
pop    %rbx
ret
mov    %ecx,%edx
and    $0xfffffff8,%edx
lea    -0x8(%rdx),%rsi
mov    %rsi,%rax
shr    $0x3,%rax
add    $0x1,%rax
test   %rsi,%rsi
je     1297 <cb_align_length_nogaps+0x187>
mov    %rax,%rdi
and    $0xfffffffffffffffe,%rdi
pxor   %xmm0,%xmm0
xor    %esi,%esi
movdqa 0xe9d(%rip),%xmm2
pcmpeqd %xmm3,%xmm3
movdqa 0xea1(%rip),%xmm4
pxor   %xmm1,%xmm1
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
movd   (%rbx,%rsi,1),%xmm6
movd   0x4(%rbx,%rsi,1),%xmm5
pcmpeqb %xmm2,%xmm6
pxor   %xmm3,%xmm6
punpcklbw %xmm6,%xmm6
punpcklwd %xmm6,%xmm6
pand   %xmm4,%xmm6
paddd  %xmm0,%xmm6
pcmpeqb %xmm2,%xmm5
pxor   %xmm3,%xmm5
punpcklbw %xmm5,%xmm5
punpcklwd %xmm5,%xmm5
pand   %xmm4,%xmm5
paddd  %xmm1,%xmm5
movd   0x8(%rbx,%rsi,1),%xmm0
movd   0xc(%rbx,%rsi,1),%xmm1
pcmpeqb %xmm2,%xmm0
pxor   %xmm3,%xmm0
punpcklbw %xmm0,%xmm0
punpcklwd %xmm0,%xmm0
pand   %xmm4,%xmm0
paddd  %xmm6,%xmm0
pcmpeqb %xmm2,%xmm1
pxor   %xmm3,%xmm1
punpcklbw %xmm1,%xmm1
punpcklwd %xmm1,%xmm1
pand   %xmm4,%xmm1
paddd  %xmm5,%xmm1
add    $0x10,%rsi
add    $0xfffffffffffffffe,%rdi
jne    1180 <cb_align_length_nogaps+0x70>
test   $0x1,%al
je     1258 <cb_align_length_nogaps+0x148>
movd   (%rbx,%rsi,1),%xmm2
movd   0x4(%rbx,%rsi,1),%xmm3
movdqa 0xde4(%rip),%xmm4
pcmpeqb %xmm4,%xmm2
pcmpeqd %xmm5,%xmm5
pxor   %xmm5,%xmm2
punpcklbw %xmm2,%xmm2
punpcklwd %xmm2,%xmm2
movdqa 0xdd8(%rip),%xmm6
pand   %xmm6,%xmm2
paddd  %xmm2,%xmm0
pcmpeqb %xmm4,%xmm3
pxor   %xmm5,%xmm3
punpcklbw %xmm3,%xmm3
punpcklwd %xmm3,%xmm3
pand   %xmm6,%xmm3
paddd  %xmm3,%xmm1
paddd  %xmm1,%xmm0
pshufd $0xee,%xmm0,%xmm1
paddd  %xmm0,%xmm1
pshufd $0x55,%xmm1,%xmm0
paddd  %xmm1,%xmm0
movd   %xmm0,%eax
cmp    %rcx,%rdx
je     1295 <cb_align_length_nogaps+0x185>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
xor    %esi,%esi
cmpb   $0x2d,(%rbx,%rdx,1)
setne  %sil
add    %esi,%eax
add    $0x1,%rdx
cmp    %rdx,%rcx
jne    1280 <cb_align_length_nogaps+0x170>
pop    %rbx
ret
pxor   %xmm0,%xmm0
xor    %esi,%esi
pxor   %xmm1,%xmm1
test   $0x1,%al
jne    1209 <cb_align_length_nogaps+0xf9>
jmp    1258 <cb_align_length_nogaps+0x148>

LLVM IR (-O0):
define i32 @cb_align_length_nogaps(i8* %0) {
%2 = alloca i8*
%3 = alloca i32
%4 = alloca i32
%5 = alloca i32
store i8* %0, i8** %2
store i32 0, i32* %3
%6 = load i8*, i8** %2
%7 = call i32 @strlen(i8* %6)
store i32 %7, i32* %4
store i32 0, i32* %5
br label %8
8: ; preds = %24, %1
%9 = load i32, i32* %5
%10 = load i32, i32* %4
%11 = icmp slt i32 %9, %10
br i1 %11, label %12, label %27
12: ; preds = %8
%13 = load i8*, i8** %2
%14 = load i32, i32* %5
%15 = sext i32 %14 to i64
%16 = getelementptr inbounds i8, i8* %13, i64 %15
%17 = load i8, i8* %16
%18 = sext i8 %17 to i32
%19 = icmp ne i32 %18, 45
br i1 %19, label %20, label %23
20: ; preds = %12
%21 = load i32, i32* %3
%22 = add nsw i32 %21, 1
store i32 %22, i32* %3
br label %23
23: ; preds = %20, %12
br label %24
24: ; preds = %23
%25 = load i32, i32* %5
%26 = add nsw i32 %25, 1
store i32 %26, i32* %5
br label %8
27: ; preds = %8
%28 = load i32, i32* %3
ret i32 %28
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @cb_align_length_nogaps(i8* %0) {
%2 = tail call i32 @strlen(i8* %0)
%3 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %3, label %4, label %78
4: ; preds = %1
%5 = zext i32 %2 to i64
%6 = icmp ult i32 %2, 8
br i1 %6, label %75, label %7
7: ; preds = %4
%8 = and i64 %5, 4294967288
%9 = add nsw i64 %8, -8
%10 = lshr exact i64 %9, 3
%11 = add nuw nsw i64 %10, 1
%12 = and i64 %11, 1
%13 = icmp eq i64 %9, 0
br i1 %13, label %49, label %14
14: ; preds = %7
%15 = and i64 %11, 4611686018427387902
br label %16
16: ; preds = %16, %14
%17 = phi i64 [ 0, %14 ], [ %46, %16 ]
%18 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %14 ], [ %44, %16 ]
%19 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %14 ], [ %45, %16 ]
%20 = phi i64 [ 0, %14 ], [ %47, %16 ]
%21 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %17
%22 = bitcast i8* %21 to <4 x i8>*
%23 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %22
%24 = getelementptr inbounds i8, i8* %21, i64 4
%25 = bitcast i8* %24 to <4 x i8>*
%26 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %25
%27 = icmp ne <4 x i8> %23, <i8 45, i8 45, i8 45, i8 45>
%28 = icmp ne <4 x i8> %26, <i8 45, i8 45, i8 45, i8 45>
%29 = zext <4 x i1> %27 to <4 x i32>
%30 = zext <4 x i1> %28 to <4 x i32>
%31 = add <4 x i32> %18, %29
%32 = add <4 x i32> %19, %30
%33 = or i64 %17, 8
%34 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %33
%35 = bitcast i8* %34 to <4 x i8>*
%36 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %35
%37 = getelementptr inbounds i8, i8* %34, i64 4
%38 = bitcast i8* %37 to <4 x i8>*
%39 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %38
%40 = icmp ne <4 x i8> %36, <i8 45, i8 45, i8 45, i8 45>
%41 = icmp ne <4 x i8> %39, <i8 45, i8 45, i8 45, i8 45>
%42 = zext <4 x i1> %40 to <4 x i32>
%43 = zext <4 x i1> %41 to <4 x i32>
%44 = add <4 x i32> %31, %42
%45 = add <4 x i32> %32, %43
%46 = add nuw i64 %17, 16
%47 = add i64 %20, 2
%48 = icmp eq i64 %47, %15
br i1 %48, label %49, label %16
49: ; preds = %16, %7
%50 = phi <4 x i32> [ undef, %7 ], [ %44, %16 ]
%51 = phi <4 x i32> [ undef, %7 ], [ %45, %16 ]
%52 = phi i64 [ 0, %7 ], [ %46, %16 ]
%53 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %7 ], [ %44, %16 ]
%54 = phi <4 x i32> [ zeroinitializer, %7 ], [ %45, %16 ]
%55 = icmp eq i64 %12, 0
br i1 %55, label %69, label %56
56: ; preds = %49
%57 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %52
%58 = bitcast i8* %57 to <4 x i8>*
%59 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %58
%60 = getelementptr inbounds i8, i8* %57, i64 4
%61 = bitcast i8* %60 to <4 x i8>*
%62 = load <4 x i8>, <4 x i8>* %61
%63 = icmp ne <4 x i8> %59, <i8 45, i8 45, i8 45, i8 45>
%64 = icmp ne <4 x i8> %62, <i8 45, i8 45, i8 45, i8 45>
%65 = zext <4 x i1> %63 to <4 x i32>
%66 = zext <4 x i1> %64 to <4 x i32>
%67 = add <4 x i32> %53, %65
%68 = add <4 x i32> %54, %66
br label %69
69: ; preds = %49, %56
%70 = phi <4 x i32> [ %50, %49 ], [ %67, %56 ]
%71 = phi <4 x i32> [ %51, %49 ], [ %68, %56 ]
%72 = add <4 x i32> %71, %70
%73 = call i32 @llvm.vector.reduce.add.v4i32(<4 x i32> %72)
%74 = icmp eq i64 %8, %5
br i1 %74, label %78, label %75
75: ; preds = %4, %69
%76 = phi i64 [ 0, %4 ], [ %8, %69 ]
%77 = phi i32 [ 0, %4 ], [ %73, %69 ]
br label %80
78: ; preds = %80, %69, %1
%79 = phi i32 [ 0, %1 ], [ %73, %69 ], [ %87, %80 ]
ret i32 %79
80: ; preds = %75, %80
%81 = phi i64 [ %88, %80 ], [ %76, %75 ]
%82 = phi i32 [ %87, %80 ], [ %77, %75 ]
%83 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %81
%84 = load i8, i8* %83
%85 = icmp ne i8 %84, 45
%86 = zext i1 %85 to i32
%87 = add nuw nsw i32 %82, %86
%88 = add nuw nsw i64 %81, 1
%89 = icmp eq i64 %88, %5
br i1 %89, label %78, label %80
}