void remove_filtered_snp_locations(int *filtered_snp_locations,
                                   int *snp_locations, int number_of_snps) {
  int i;
  int filtered_counter = 0;
  for (i = 0; i < number_of_snps; i++) {
    if (snp_locations[i] != -1) {
      filtered_snp_locations[filtered_counter] = snp_locations[i];
      filtered_counter++;
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<remove_filtered_snp_locations>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
movl   $0x0,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    116d <remove_filtered_snp_locations+0x6d>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
cmpl   $0xffffffff,(%rax,%rcx,4)
je     115a <remove_filtered_snp_locations+0x5a>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    115f <remove_filtered_snp_locations+0x5f>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    111d <remove_filtered_snp_locations+0x1d>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<remove_filtered_snp_locations>:
test   %edx,%edx
jle    1124 <remove_filtered_snp_locations+0x24>
mov    %edx,%r8d
cmp    $0x1,%edx
jne    1125 <remove_filtered_snp_locations+0x25>
xor    %ecx,%ecx
xor    %edx,%edx
test   $0x1,%r8b
je     1124 <remove_filtered_snp_locations+0x24>
mov    (%rsi,%rcx,4),%eax
cmp    $0xffffffff,%eax
je     1124 <remove_filtered_snp_locations+0x24>
movslq %edx,%rcx
mov    %eax,(%rdi,%rcx,4)
ret
mov    %r8d,%r9d
and    $0xfffffffe,%r9d
xor    %ecx,%ecx
xor    %edx,%edx
jmp    1149 <remove_filtered_snp_locations+0x49>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
add    $0x2,%rcx
cmp    %rcx,%r9
je     1110 <remove_filtered_snp_locations+0x10>
mov    (%rsi,%rcx,4),%eax
cmp    $0xffffffff,%eax
je     115a <remove_filtered_snp_locations+0x5a>
movslq %edx,%rdx
mov    %eax,(%rdi,%rdx,4)
add    $0x1,%edx
mov    0x4(%rsi,%rcx,4),%eax
cmp    $0xffffffff,%eax
je     1140 <remove_filtered_snp_locations+0x40>
movslq %edx,%rdx
mov    %eax,(%rdi,%rdx,4)
add    $0x1,%edx
jmp    1140 <remove_filtered_snp_locations+0x40>

LLVM IR (-O0):
define void @remove_filtered_snp_locations(i32* %0, i32* %1, i32 %2) {
%4 = alloca i32*
%5 = alloca i32*
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
store i32* %0, i32** %4
store i32* %1, i32** %5
store i32 %2, i32* %6
store i32 0, i32* %8
store i32 0, i32* %7
br label %9
9: ; preds = %33, %3
%10 = load i32, i32* %7
%11 = load i32, i32* %6
%12 = icmp slt i32 %10, %11
br i1 %12, label %13, label %36
13: ; preds = %9
%14 = load i32*, i32** %5
%15 = load i32, i32* %7
%16 = sext i32 %15 to i64
%17 = getelementptr inbounds i32, i32* %14, i64 %16
%18 = load i32, i32* %17
%19 = icmp ne i32 %18, -1
br i1 %19, label %20, label %32
20: ; preds = %13
%21 = load i32*, i32** %5
%22 = load i32, i32* %7
%23 = sext i32 %22 to i64
%24 = getelementptr inbounds i32, i32* %21, i64 %23
%25 = load i32, i32* %24
%26 = load i32*, i32** %4
%27 = load i32, i32* %8
%28 = sext i32 %27 to i64
%29 = getelementptr inbounds i32, i32* %26, i64 %28
store i32 %25, i32* %29
%30 = load i32, i32* %8
%31 = add nsw i32 %30, 1
store i32 %31, i32* %8
br label %32
32: ; preds = %20, %13
br label %33
33: ; preds = %32
%34 = load i32, i32* %7
%35 = add nsw i32 %34, 1
store i32 %35, i32* %7
br label %9
36: ; preds = %9
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @remove_filtered_snp_locations(i32* nocapture writeonly %0, i32* nocapture %1, i32 %2) {
%4 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %4, label %5, label %48
5: ; preds = %3
%6 = zext i32 %2 to i64
%7 = and i64 %6, 1
%8 = icmp eq i32 %2, 1
br i1 %8, label %37, label %9
9: ; preds = %5
%10 = and i64 %6, 4294967294
br label %11
11: ; preds = %32, %9
%12 = phi i64 [ 0, %9 ], [ %34, %32 ]
%13 = phi i32 [ 0, %9 ], [ %33, %32 ]
%14 = phi i64 [ 0, %9 ], [ %35, %32 ]
%15 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %12
%16 = load i32, i32* %15
%17 = icmp eq i32 %16, -1
br i1 %17, label %22, label %18
18: ; preds = %11
%19 = sext i32 %13 to i64
%20 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %19
store i32 %16, i32* %20
%21 = add nsw i32 %13, 1
br label %22
22: ; preds = %11, %18
%23 = phi i32 [ %21, %18 ], [ %13, %11 ]
%24 = or i64 %12, 1
%25 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %24
%26 = load i32, i32* %25
%27 = icmp eq i32 %26, -1
br i1 %27, label %32, label %28
28: ; preds = %22
%29 = sext i32 %23 to i64
%30 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %29
store i32 %26, i32* %30
%31 = add nsw i32 %23, 1
br label %32
32: ; preds = %28, %22
%33 = phi i32 [ %31, %28 ], [ %23, %22 ]
%34 = add nuw nsw i64 %12, 2
%35 = add i64 %14, 2
%36 = icmp eq i64 %35, %10
br i1 %36, label %37, label %11
37: ; preds = %32, %5
%38 = phi i64 [ 0, %5 ], [ %34, %32 ]
%39 = phi i32 [ 0, %5 ], [ %33, %32 ]
%40 = icmp eq i64 %7, 0
br i1 %40, label %48, label %41
41: ; preds = %37
%42 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %38
%43 = load i32, i32* %42
%44 = icmp eq i32 %43, -1
br i1 %44, label %48, label %45
45: ; preds = %41
%46 = sext i32 %39 to i64
%47 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %46
store i32 %43, i32* %47
br label %48
48: ; preds = %37, %45, %41, %3
ret void
}