void BWT(const char input[], int SA[], char B[], int lengthOfInput) {
  int i;
  for (i = 0; i < lengthOfInput; i++) {
    if (SA[i] != 0)
      B[i] = input[SA[i] - 1];
    else
      B[i] = '$';
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<BWT>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %ecx,-0x1c(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jge    117f <BWT+0x7f>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
je     1160 <BWT+0x60>
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
movslq -0x20(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,4),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%dl
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
jmp    116c <BWT+0x6c>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
movb   $0x24,(%rax,%rcx,1)
jmp    1171 <BWT+0x71>
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    111a <BWT+0x1a>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<BWT>:
test   %ecx,%ecx
jle    116c <BWT+0x6c>
mov    %ecx,%r8d
cmp    $0x1,%ecx
jne    1123 <BWT+0x23>
xor    %eax,%eax
test   $0x1,%r8b
je     116c <BWT+0x6c>
movslq (%rsi,%rax,4),%rcx
test   %rcx,%rcx
je     1167 <BWT+0x67>
mov    -0x1(%rcx,%rdi,1),%cl
jmp    1169 <BWT+0x69>
mov    %r8d,%r9d
and    $0xfffffffe,%r9d
xor    %eax,%eax
jmp    113e <BWT+0x3e>
xchg   %ax,%ax
mov    %r10b,0x1(%rdx,%rax,1)
add    $0x2,%rax
cmp    %rax,%r9
je     110e <BWT+0xe>
movslq (%rsi,%rax,4),%r11
mov    $0x24,%r10b
mov    $0x24,%cl
test   %r11,%r11
je     1152 <BWT+0x52>
movzbl -0x1(%r11,%rdi,1),%ecx
mov    %cl,(%rdx,%rax,1)
movslq 0x4(%rsi,%rax,4),%rcx
test   %rcx,%rcx
je     1130 <BWT+0x30>
movzbl -0x1(%rcx,%rdi,1),%r10d
jmp    1130 <BWT+0x30>
mov    $0x24,%cl
mov    %cl,(%rdx,%rax,1)
ret

LLVM IR (-O0):
define void @BWT(i8* %0, i32* %1, i8* %2, i32 %3) {
%5 = alloca i8*
%6 = alloca i32*
%7 = alloca i8*
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
store i8* %0, i8** %5
store i32* %1, i32** %6
store i8* %2, i8** %7
store i32 %3, i32* %8
store i32 0, i32* %9
br label %10
10: ; preds = %42, %4
%11 = load i32, i32* %9
%12 = load i32, i32* %8
%13 = icmp slt i32 %11, %12
br i1 %13, label %14, label %45
14: ; preds = %10
%15 = load i32*, i32** %6
%16 = load i32, i32* %9
%17 = sext i32 %16 to i64
%18 = getelementptr inbounds i32, i32* %15, i64 %17
%19 = load i32, i32* %18
%20 = icmp ne i32 %19, 0
br i1 %20, label %21, label %36
21: ; preds = %14
%22 = load i8*, i8** %5
%23 = load i32*, i32** %6
%24 = load i32, i32* %9
%25 = sext i32 %24 to i64
%26 = getelementptr inbounds i32, i32* %23, i64 %25
%27 = load i32, i32* %26
%28 = sub nsw i32 %27, 1
%29 = sext i32 %28 to i64
%30 = getelementptr inbounds i8, i8* %22, i64 %29
%31 = load i8, i8* %30
%32 = load i8*, i8** %7
%33 = load i32, i32* %9
%34 = sext i32 %33 to i64
%35 = getelementptr inbounds i8, i8* %32, i64 %34
store i8 %31, i8* %35
br label %41
36: ; preds = %14
%37 = load i8*, i8** %7
%38 = load i32, i32* %9
%39 = sext i32 %38 to i64
%40 = getelementptr inbounds i8, i8* %37, i64 %39
store i8 36, i8* %40
br label %41
41: ; preds = %36, %21
br label %42
42: ; preds = %41
%43 = load i32, i32* %9
%44 = add nsw i32 %43, 1
store i32 %44, i32* %9
br label %10
45: ; preds = %10
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @BWT(i8* nocapture %0, i32* nocapture %1, i8* nocapture writeonly %2, i32 %3) {
%5 = icmp sgt i32 %3, 0
br i1 %5, label %6, label %56
6: ; preds = %4
%7 = zext i32 %3 to i64
%8 = and i64 %7, 1
%9 = icmp eq i32 %3, 1
br i1 %9, label %41, label %10
10: ; preds = %6
%11 = and i64 %7, 4294967294
br label %12
12: ; preds = %35, %10
%13 = phi i64 [ 0, %10 ], [ %38, %35 ]
%14 = phi i64 [ 0, %10 ], [ %39, %35 ]
%15 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %13
%16 = load i32, i32* %15
%17 = icmp eq i32 %16, 0
br i1 %17, label %23, label %18
18: ; preds = %12
%19 = add nsw i32 %16, -1
%20 = sext i32 %19 to i64
%21 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %20
%22 = load i8, i8* %21
br label %23
23: ; preds = %12, %18
%24 = phi i8 [ %22, %18 ], [ 36, %12 ]
%25 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %13
store i8 %24, i8* %25
%26 = or i64 %13, 1
%27 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %26
%28 = load i32, i32* %27
%29 = icmp eq i32 %28, 0
br i1 %29, label %35, label %30
30: ; preds = %23
%31 = add nsw i32 %28, -1
%32 = sext i32 %31 to i64
%33 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %32
%34 = load i8, i8* %33
br label %35
35: ; preds = %30, %23
%36 = phi i8 [ %34, %30 ], [ 36, %23 ]
%37 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %26
store i8 %36, i8* %37
%38 = add nuw nsw i64 %13, 2
%39 = add i64 %14, 2
%40 = icmp eq i64 %39, %11
br i1 %40, label %41, label %12
41: ; preds = %35, %6
%42 = phi i64 [ 0, %6 ], [ %38, %35 ]
%43 = icmp eq i64 %8, 0
br i1 %43, label %56, label %44
44: ; preds = %41
%45 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %42
%46 = load i32, i32* %45
%47 = icmp eq i32 %46, 0
br i1 %47, label %53, label %48
48: ; preds = %44
%49 = add nsw i32 %46, -1
%50 = sext i32 %49 to i64
%51 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %50
%52 = load i8, i8* %51
br label %53
53: ; preds = %48, %44
%54 = phi i8 [ %52, %48 ], [ 36, %44 ]
%55 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %42
store i8 %54, i8* %55
br label %56
56: ; preds = %53, %41, %4
ret void
}