void fastq_sw_conv_seq(unsigned char *seq, int n) {
  while (*seq && n) {
    switch (*seq) {
    case 'A':
    case 'a':
    case 'U':
    case 'u':
      *seq = 0;
      break;
    case 'C':
    case 'c':
      *seq = 1;
      break;
    case 'G':
    case 'g':
      *seq = 2;
      break;
    case 'T':
    case 't':
      *seq = 3;
      break;
    case 'N':
    case 'n':
    default:
      *seq = 4;
    }
    seq++;
    n--;
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<fastq_sw_conv_seq>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movzbl (%rax),%ecx
xor    %eax,%eax
cmp    $0x0,%ecx
mov    %al,-0xd(%rbp)
je     112a <fastq_sw_conv_seq+0x2a>
cmpl   $0x0,-0xc(%rbp)
setne  %al
mov    %al,-0xd(%rbp)
mov    -0xd(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    113a <fastq_sw_conv_seq+0x3a>
jmp    11bd <fastq_sw_conv_seq+0xbd>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movzbl (%rax),%eax
add    $0xffffffbf,%eax
mov    %eax,%ecx
mov    %rcx,-0x18(%rbp)
sub    $0x34,%eax
ja     119c <fastq_sw_conv_seq+0x9c>
mov    -0x18(%rbp),%rax
lea    0xea2(%rip),%rcx
movslq (%rcx,%rax,4),%rax
add    %rcx,%rax
jmp    *%rax
mov    -0x8(%rbp),%rax
movb   $0x0,(%rax)
jmp    11a3 <fastq_sw_conv_seq+0xa3>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movb   $0x1,(%rax)
jmp    11a3 <fastq_sw_conv_seq+0xa3>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movb   $0x2,(%rax)
jmp    11a3 <fastq_sw_conv_seq+0xa3>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movb   $0x3,(%rax)
jmp    11a3 <fastq_sw_conv_seq+0xa3>
jmp    119c <fastq_sw_conv_seq+0x9c>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movb   $0x4,(%rax)
mov    -0x8(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x8(%rbp)
mov    -0xc(%rbp),%eax
add    $0xffffffff,%eax
mov    %eax,-0xc(%rbp)
jmp    110b <fastq_sw_conv_seq+0xb>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<fastq_sw_conv_seq>:
mov    (%rdi),%al
test   %al,%al
je     1169 <fastq_sw_conv_seq+0x69>
test   %esi,%esi
je     1169 <fastq_sw_conv_seq+0x69>
mov    %esi,%r8d
mov    $0x1,%ecx
lea    0xee7(%rip),%rdx
nopl   0x0(%rax)
add    $0xbf,%al
cmp    $0x34,%al
ja     1143 <fastq_sw_conv_seq+0x43>
xor    %esi,%esi
movzbl %al,%eax
movslq (%rdx,%rax,4),%rax
add    %rdx,%rax
jmp    *%rax
mov    $0x1,%sil
jmp    1150 <fastq_sw_conv_seq+0x50>
mov    $0x2,%sil
jmp    1150 <fastq_sw_conv_seq+0x50>
mov    $0x3,%sil
jmp    1150 <fastq_sw_conv_seq+0x50>
mov    $0x4,%sil
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
mov    %sil,-0x1(%rdi,%rcx,1)
movzbl (%rdi,%rcx,1),%eax
test   %al,%al
je     1169 <fastq_sw_conv_seq+0x69>
lea    0x1(%rcx),%rsi
cmp    %ecx,%r8d
mov    %rsi,%rcx
jne    1120 <fastq_sw_conv_seq+0x20>
ret

LLVM IR (-O0):
define void @fastq_sw_conv_seq(i8* %0, i32 %1) {
%3 = alloca i8*
%4 = alloca i32
store i8* %0, i8** %3
store i32 %1, i32* %4
br label %5
5: ; preds = %30, %2
%6 = load i8*, i8** %3
%7 = load i8, i8* %6
%8 = zext i8 %7 to i32
%9 = icmp ne i32 %8, 0
br i1 %9, label %10, label %13
10: ; preds = %5
%11 = load i32, i32* %4
%12 = icmp ne i32 %11, 0
br label %13
13: ; preds = %10, %5
%14 = phi i1 [ false, %5 ], [ %12, %10 ]
br i1 %14, label %15, label %35
15: ; preds = %13
%16 = load i8*, i8** %3
%17 = load i8, i8* %16
%18 = zext i8 %17 to i32
switch i32 %18, label %28 [
i32 65, label %19
i32 97, label %19
i32 85, label %19
i32 117, label %19
i32 67, label %21
i32 99, label %21
i32 71, label %23
i32 103, label %23
i32 84, label %25
i32 116, label %25
i32 78, label %27
i32 110, label %27
]
19: ; preds = %15, %15, %15, %15
%20 = load i8*, i8** %3
store i8 0, i8* %20
br label %30
21: ; preds = %15, %15
%22 = load i8*, i8** %3
store i8 1, i8* %22
br label %30
23: ; preds = %15, %15
%24 = load i8*, i8** %3
store i8 2, i8* %24
br label %30
25: ; preds = %15, %15
%26 = load i8*, i8** %3
store i8 3, i8* %26
br label %30
27: ; preds = %15, %15
br label %28
28: ; preds = %15, %27
%29 = load i8*, i8** %3
store i8 4, i8* %29
br label %30
30: ; preds = %28, %25, %23, %21, %19
%31 = load i8*, i8** %3
%32 = getelementptr inbounds i8, i8* %31, i32 1
store i8* %32, i8** %3
%33 = load i32, i32* %4
%34 = add nsw i32 %33, -1
store i32 %34, i32* %4
br label %5
35: ; preds = %13
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @fastq_sw_conv_seq(i8* nocapture %0, i32 %1) {
%3 = load i8, i8* %0
%4 = icmp ne i8 %3, 0
%5 = icmp ne i32 %1, 0
%6 = and i1 %4, %5
br i1 %6, label %7, label %23
7: ; preds = %2, %15
%8 = phi i8 [ %19, %15 ], [ %3, %2 ]
%9 = phi i32 [ %18, %15 ], [ %1, %2 ]
%10 = phi i8* [ %17, %15 ], [ %0, %2 ]
switch i8 %8, label %14 [
i8 65, label %15
i8 97, label %15
i8 85, label %15
i8 117, label %15
i8 67, label %11
i8 99, label %11
i8 71, label %12
i8 103, label %12
i8 84, label %13
i8 116, label %13
]
11: ; preds = %7, %7
br label %15
12: ; preds = %7, %7
br label %15
13: ; preds = %7, %7
br label %15
14: ; preds = %7
br label %15
15: ; preds = %7, %7, %7, %7, %14, %13, %12, %11
%16 = phi i8 [ 4, %14 ], [ 3, %13 ], [ 2, %12 ], [ 1, %11 ], [ 0, %7 ], [ 0, %7 ], [ 0, %7 ], [ 0, %7 ]
store i8 %16, i8* %10
%17 = getelementptr inbounds i8, i8* %10, i64 1
%18 = add nsw i32 %9, -1
%19 = load i8, i8* %17
%20 = icmp ne i8 %19, 0
%21 = icmp ne i32 %18, 0
%22 = select i1 %20, i1 %21, i1 false
br i1 %22, label %7, label %23
23: ; preds = %15, %2
ret void
}