#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ assert(int *);
scalar_t__ calloc(int, int);
int /*<<< orphan*/ floodfill(int *, int *, int *, int, int, int /*<<< orphan*/);
int /*<<< orphan*/ free(int *);
int *getLabels(int **score, int numContigs, int numHits) {
  int *labels, *first, *last, i, j;
  labels = (int *)calloc(numContigs, sizeof(int));
  assert(labels);
  first = (int *)calloc(numContigs, sizeof(int));
  assert(first);
  last = (int *)calloc(numContigs, sizeof(int));
  assert(last);
  for (j = 0; j < numContigs; j++) {
    first[j] = -1;
    for (i = 0; i < numHits; i++) {
      if (score[i][j] > 0) {
        if (first[j] == -1)
          first[j] = i;
        last[j] = i;
      }
    }
  }
  j = 0;
  for (i = 0; i < numContigs; i++)
    labels[i] = -1;
  for (i = 0; i < numContigs; i++) {
    if (labels[i] == -1 && first[i] != -1) {
      floodfill(labels, first, last, numContigs, i, j++);
    }
  }
  free(first);
  free(last);
  return labels;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<getLabels>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %edx,-0x10(%rbp)
mov    -0xc(%rbp),%edi
mov    $0x4,%esi
call   1050 <calloc@plt>
mov    %rax,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rdi
call   1060 <assert@plt>
mov    -0xc(%rbp),%edi
mov    $0x4,%esi
call   1050 <calloc@plt>
mov    %rax,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%rdi
call   1060 <assert@plt>
mov    -0xc(%rbp),%edi
mov    $0x4,%esi
call   1050 <calloc@plt>
mov    %rax,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%rdi
call   1060 <assert@plt>
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    1243 <getLabels+0x103>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
movl   $0xffffffff,(%rax,%rcx,4)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x10(%rbp),%eax
jge    1230 <getLabels+0xf0>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jle    121d <getLabels+0xdd>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
cmpl   $0xffffffff,(%rax,%rcx,4)
jne    120f <getLabels+0xcf>
mov    -0x2c(%rbp),%edx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x2c(%rbp),%edx
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
jmp    1222 <getLabels+0xe2>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    11c9 <getLabels+0x89>
jmp    1235 <getLabels+0xf5>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    11a7 <getLabels+0x67>
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    127a <getLabels+0x13a>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movl   $0xffffffff,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    1251 <getLabels+0x111>
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    12e9 <getLabels+0x1a9>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
cmpl   $0xffffffff,(%rax,%rcx,4)
jne    12d6 <getLabels+0x196>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
cmpl   $0xffffffff,(%rax,%rcx,4)
je     12d6 <getLabels+0x196>
mov    -0x18(%rbp),%rdi
mov    -0x20(%rbp),%rsi
mov    -0x28(%rbp),%rdx
mov    -0xc(%rbp),%ecx
mov    -0x2c(%rbp),%r8d
mov    -0x30(%rbp),%r9d
mov    %r9d,%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
call   1040 <floodfill@plt>
jmp    12db <getLabels+0x19b>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    1281 <getLabels+0x141>
mov    -0x20(%rbp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    -0x28(%rbp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    -0x18(%rbp),%rax
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<getLabels>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
push   %rax
mov    %edx,%ebp
mov    %esi,%r12d
mov    %rdi,%r13
mov    %esi,%edi
mov    $0x4,%esi
call   1060 <calloc@plt>
mov    %rax,%r14
mov    %rax,%rdi
call   1070 <assert@plt>
mov    %r12d,%edi
mov    $0x4,%esi
call   1060 <calloc@plt>
mov    %rax,%rbx
mov    %rax,%rdi
call   1070 <assert@plt>
mov    %r12d,%edi
mov    $0x4,%esi
call   1060 <calloc@plt>
mov    %rax,%r15
mov    %rax,%rdi
call   1070 <assert@plt>
test   %r12d,%r12d
jle    1263 <getLabels+0x113>
mov    %r12d,%edi
mov    %r12d,%r12d
mov    %ebp,%eax
xor    %ecx,%ecx
jmp    11c9 <getLabels+0x79>
nop
add    $0x1,%rcx
cmp    %r12,%rcx
je     1203 <getLabels+0xb3>
movl   $0xffffffff,(%rbx,%rcx,4)
test   %ebp,%ebp
jle    11c0 <getLabels+0x70>
xor    %edx,%edx
jmp    11ed <getLabels+0x9d>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
mov    %edx,(%r15,%rcx,4)
add    $0x1,%rdx
cmp    %rdx,%rax
je     11c0 <getLabels+0x70>
mov    0x0(%r13,%rdx,8),%rsi
cmpl   $0x0,(%rsi,%rcx,4)
jle    11e4 <getLabels+0x94>
cmpl   $0xffffffff,(%rbx,%rcx,4)
jne    11e0 <getLabels+0x90>
mov    %edx,(%rbx,%rcx,4)
jmp    11e0 <getLabels+0x90>
test   %edi,%edi
jle    1263 <getLabels+0x113>
lea    0x0(,%r12,4),%rdx
mov    %r14,%rdi
mov    $0xff,%esi
call   1050 <memset@plt>
xor    %ebp,%ebp
xor    %r9d,%r9d
jmp    1239 <getLabels+0xe9>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
add    $0x1,%rbp
cmp    %rbp,%r12
je     1263 <getLabels+0x113>
cmpl   $0xffffffff,(%r14,%rbp,4)
jne    1230 <getLabels+0xe0>
cmpl   $0xffffffff,(%rbx,%rbp,4)
je     1230 <getLabels+0xe0>
lea    0x1(%r9),%r13d
mov    %r14,%rdi
mov    %rbx,%rsi
mov    %r15,%rdx
mov    %r12d,%ecx
mov    %ebp,%r8d
call   1040 <floodfill@plt>
mov    %r13d,%r9d
jmp    1230 <getLabels+0xe0>
mov    %rbx,%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    %r15,%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    %r14,%rax
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32* @getLabels(i32** %0, i32 %1, i32 %2) {
%4 = alloca i32**
%5 = alloca i32
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32*
%8 = alloca i32*
%9 = alloca i32*
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
store i32** %0, i32*** %4
store i32 %1, i32* %5
store i32 %2, i32* %6
%12 = load i32, i32* %5
%13 = call i64 @calloc(i32 %12, i32 4)
%14 = inttoptr i64 %13 to i32*
store i32* %14, i32** %7
%15 = load i32*, i32** %7
%16 = call i32 @assert(i32* %15)
%17 = load i32, i32* %5
%18 = call i64 @calloc(i32 %17, i32 4)
%19 = inttoptr i64 %18 to i32*
store i32* %19, i32** %8
%20 = load i32*, i32** %8
%21 = call i32 @assert(i32* %20)
%22 = load i32, i32* %5
%23 = call i64 @calloc(i32 %22, i32 4)
%24 = inttoptr i64 %23 to i32*
store i32* %24, i32** %9
%25 = load i32*, i32** %9
%26 = call i32 @assert(i32* %25)
store i32 0, i32* %11
br label %27
27: ; preds = %75, %3
%28 = load i32, i32* %11
%29 = load i32, i32* %5
%30 = icmp slt i32 %28, %29
br i1 %30, label %31, label %78
31: ; preds = %27
%32 = load i32*, i32** %8
%33 = load i32, i32* %11
%34 = sext i32 %33 to i64
%35 = getelementptr inbounds i32, i32* %32, i64 %34
store i32 -1, i32* %35
store i32 0, i32* %10
br label %36
36: ; preds = %71, %31
%37 = load i32, i32* %10
%38 = load i32, i32* %6
%39 = icmp slt i32 %37, %38
br i1 %39, label %40, label %74
40: ; preds = %36
%41 = load i32**, i32*** %4
%42 = load i32, i32* %10
%43 = sext i32 %42 to i64
%44 = getelementptr inbounds i32*, i32** %41, i64 %43
%45 = load i32*, i32** %44
%46 = load i32, i32* %11
%47 = sext i32 %46 to i64
%48 = getelementptr inbounds i32, i32* %45, i64 %47
%49 = load i32, i32* %48
%50 = icmp sgt i32 %49, 0
br i1 %50, label %51, label %70
51: ; preds = %40
%52 = load i32*, i32** %8
%53 = load i32, i32* %11
%54 = sext i32 %53 to i64
%55 = getelementptr inbounds i32, i32* %52, i64 %54
%56 = load i32, i32* %55
%57 = icmp eq i32 %56, -1
br i1 %57, label %58, label %64
58: ; preds = %51
%59 = load i32, i32* %10
%60 = load i32*, i32** %8
%61 = load i32, i32* %11
%62 = sext i32 %61 to i64
%63 = getelementptr inbounds i32, i32* %60, i64 %62
store i32 %59, i32* %63
br label %64
64: ; preds = %58, %51
%65 = load i32, i32* %10
%66 = load i32*, i32** %9
%67 = load i32, i32* %11
%68 = sext i32 %67 to i64
%69 = getelementptr inbounds i32, i32* %66, i64 %68
store i32 %65, i32* %69
br label %70
70: ; preds = %64, %40
br label %71
71: ; preds = %70
%72 = load i32, i32* %10
%73 = add nsw i32 %72, 1
store i32 %73, i32* %10
br label %36
74: ; preds = %36
br label %75
75: ; preds = %74
%76 = load i32, i32* %11
%77 = add nsw i32 %76, 1
store i32 %77, i32* %11
br label %27
78: ; preds = %27
store i32 0, i32* %11
store i32 0, i32* %10
br label %79
79: ; preds = %88, %78
%80 = load i32, i32* %10
%81 = load i32, i32* %5
%82 = icmp slt i32 %80, %81
br i1 %82, label %83, label %91
83: ; preds = %79
%84 = load i32*, i32** %7
%85 = load i32, i32* %10
%86 = sext i32 %85 to i64
%87 = getelementptr inbounds i32, i32* %84, i64 %86
store i32 -1, i32* %87
br label %88
88: ; preds = %83
%89 = load i32, i32* %10
%90 = add nsw i32 %89, 1
store i32 %90, i32* %10
br label %79
91: ; preds = %79
store i32 0, i32* %10
br label %92
92: ; preds = %120, %91
%93 = load i32, i32* %10
%94 = load i32, i32* %5
%95 = icmp slt i32 %93, %94
br i1 %95, label %96, label %123
96: ; preds = %92
%97 = load i32*, i32** %7
%98 = load i32, i32* %10
%99 = sext i32 %98 to i64
%100 = getelementptr inbounds i32, i32* %97, i64 %99
%101 = load i32, i32* %100
%102 = icmp eq i32 %101, -1
br i1 %102, label %103, label %119
103: ; preds = %96
%104 = load i32*, i32** %8
%105 = load i32, i32* %10
%106 = sext i32 %105 to i64
%107 = getelementptr inbounds i32, i32* %104, i64 %106
%108 = load i32, i32* %107
%109 = icmp ne i32 %108, -1
br i1 %109, label %110, label %119
110: ; preds = %103
%111 = load i32*, i32** %7
%112 = load i32*, i32** %8
%113 = load i32*, i32** %9
%114 = load i32, i32* %5
%115 = load i32, i32* %10
%116 = load i32, i32* %11
%117 = add nsw i32 %116, 1
store i32 %117, i32* %11
%118 = call i32 @floodfill(i32* %111, i32* %112, i32* %113, i32 %114, i32 %115, i32 %116)
br label %119
119: ; preds = %110, %103, %96
br label %120
120: ; preds = %119
%121 = load i32, i32* %10
%122 = add nsw i32 %121, 1
store i32 %122, i32* %10
br label %92
123: ; preds = %92
%124 = load i32*, i32** %8
%125 = call i32 @free(i32* %124)
%126 = load i32*, i32** %9
%127 = call i32 @free(i32* %126)
%128 = load i32*, i32** %7
ret i32* %128
}

LLVM IR (-O2):
define i32* @getLabels(i32** nocapture %0, i32 %1, i32 %2) {
%4 = tail call i64 @calloc(i32 %1, i32 4)
%5 = inttoptr i64 %4 to i32*
%6 = inttoptr i64 %4 to i8*
%7 = tail call i32 @assert(i32* %5)
%8 = tail call i64 @calloc(i32 %1, i32 4)
%9 = inttoptr i64 %8 to i32*
%10 = tail call i32 @assert(i32* %9)
%11 = tail call i64 @calloc(i32 %1, i32 4)
%12 = inttoptr i64 %11 to i32*
%13 = tail call i32 @assert(i32* %12)
%14 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %14, label %15, label %66
15: ; preds = %3
%16 = icmp sgt i32 %2, 0
%17 = zext i32 %1 to i64
%18 = zext i32 %2 to i64
br label %20
19: ; preds = %41
br i1 %14, label %44, label %66
20: ; preds = %15, %41
%21 = phi i64 [ 0, %15 ], [ %42, %41 ]
%22 = getelementptr inbounds i32, i32* %9, i64 %21
store i32 -1, i32* %22
br i1 %16, label %23, label %41
23: ; preds = %20
%24 = getelementptr inbounds i32, i32* %12, i64 %21
br label %25
25: ; preds = %23, %38
%26 = phi i64 [ 0, %23 ], [ %39, %38 ]
%27 = getelementptr inbounds i32*, i32** %0, i64 %26
%28 = load i32*, i32** %27
%29 = getelementptr inbounds i32, i32* %28, i64 %21
%30 = load i32, i32* %29
%31 = icmp sgt i32 %30, 0
br i1 %31, label %32, label %38
32: ; preds = %25
%33 = load i32, i32* %22
%34 = icmp eq i32 %33, -1
%35 = trunc i64 %26 to i32
br i1 %34, label %36, label %37
36: ; preds = %32
store i32 %35, i32* %22
br label %37
37: ; preds = %32, %36
store i32 %35, i32* %24
br label %38
38: ; preds = %25, %37
%39 = add nuw nsw i64 %26, 1
%40 = icmp eq i64 %39, %18
br i1 %40, label %41, label %25
41: ; preds = %38, %20
%42 = add nuw nsw i64 %21, 1
%43 = icmp eq i64 %42, %17
br i1 %43, label %19, label %20
44: ; preds = %19
%45 = zext i32 %1 to i64
%46 = shl nuw nsw i64 %45, 2
%47 = zext i32 %1 to i64
br label %48
48: ; preds = %44, %62
%49 = phi i64 [ 0, %44 ], [ %64, %62 ]
%50 = phi i32 [ 0, %44 ], [ %63, %62 ]
%51 = getelementptr inbounds i32, i32* %5, i64 %49
%52 = load i32, i32* %51
%53 = icmp eq i32 %52, -1
br i1 %53, label %54, label %62
54: ; preds = %48
%55 = getelementptr inbounds i32, i32* %9, i64 %49
%56 = load i32, i32* %55
%57 = icmp eq i32 %56, -1
br i1 %57, label %62, label %58
58: ; preds = %54
%59 = add nsw i32 %50, 1
%60 = trunc i64 %49 to i32
%61 = tail call i32 @floodfill(i32* %5, i32* %9, i32* %12, i32 %1, i32 %60, i32 %50)
br label %62
62: ; preds = %48, %54, %58
%63 = phi i32 [ %59, %58 ], [ %50, %54 ], [ %50, %48 ]
%64 = add nuw nsw i64 %49, 1
%65 = icmp eq i64 %64, %47
br i1 %65, label %66, label %48
66: ; preds = %62, %3, %19
%67 = tail call i32 @free(i32* %9)
%68 = tail call i32 @free(i32* %12)
ret i32* %5
}