unsigned int encode_basepairs(char *ss, int n) {
  unsigned int k;
  int i;
  k = 0;
  for (i = 0; i < n; i++) {
    k = k << 2;
    if (ss[i] == 'A')
      ;
    else if (ss[i] == 'C')
      k++;
    else if (ss[i] == 'G')
      k += 2;
    else
      k += 3;
  }
  return k;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<encode_basepairs>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
movl   $0x0,-0x10(%rbp)
movl   $0x0,-0x14(%rbp)
mov    -0x14(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    11b4 <encode_basepairs+0xb4>
mov    -0x10(%rbp),%eax
shl    $0x2,%eax
mov    %eax,-0x10(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x41,%eax
jne    1148 <encode_basepairs+0x48>
jmp    11a1 <encode_basepairs+0xa1>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x43,%eax
jne    116b <encode_basepairs+0x6b>
mov    -0x10(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x10(%rbp)
jmp    119c <encode_basepairs+0x9c>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x47,%eax
jne    118e <encode_basepairs+0x8e>
mov    -0x10(%rbp),%eax
add    $0x2,%eax
mov    %eax,-0x10(%rbp)
jmp    1197 <encode_basepairs+0x97>
mov    -0x10(%rbp),%eax
add    $0x3,%eax
mov    %eax,-0x10(%rbp)
jmp    119c <encode_basepairs+0x9c>
jmp    11a1 <encode_basepairs+0xa1>
jmp    11a6 <encode_basepairs+0xa6>
mov    -0x14(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x14(%rbp)
jmp    1119 <encode_basepairs+0x19>
mov    -0x10(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<encode_basepairs>:
test   %esi,%esi
jle    113f <encode_basepairs+0x3f>
mov    %esi,%r8d
cmp    $0x1,%esi
jne    1142 <encode_basepairs+0x42>
xor    %edx,%edx
xor    %eax,%eax
test   $0x1,%r8b
je     11bc <encode_basepairs+0xbc>
shl    $0x2,%eax
mov    (%rdi,%rdx,1),%cl
cmp    $0x41,%cl
je     11bc <encode_basepairs+0xbc>
cmp    $0x43,%cl
je     11b5 <encode_basepairs+0xb5>
cmp    $0x47,%cl
jne    11b9 <encode_basepairs+0xb9>
or     $0x2,%eax
ret
xor    %eax,%eax
ret
mov    %r8d,%esi
and    $0xfffffffe,%esi
xor    %edx,%edx
xor    %eax,%eax
jmp    115c <encode_basepairs+0x5c>
xchg   %ax,%ax
or     $0x1,%eax
add    $0x2,%rdx
cmp    %rdx,%rsi
je     1110 <encode_basepairs+0x10>
shl    $0x2,%eax
movzbl (%rdi,%rdx,1),%ecx
cmp    $0x41,%cl
je     1193 <encode_basepairs+0x93>
cmp    $0x47,%cl
je     1180 <encode_basepairs+0x80>
cmp    $0x43,%cl
jne    1190 <encode_basepairs+0x90>
or     $0x1,%eax
jmp    1193 <encode_basepairs+0x93>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
or     $0x2,%eax
jmp    1193 <encode_basepairs+0x93>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
or     $0x3,%eax
shl    $0x2,%eax
movzbl 0x1(%rdi,%rdx,1),%ecx
cmp    $0x41,%cl
je     1153 <encode_basepairs+0x53>
cmp    $0x43,%cl
je     1150 <encode_basepairs+0x50>
cmp    $0x47,%cl
jne    11b0 <encode_basepairs+0xb0>
or     $0x2,%eax
jmp    1153 <encode_basepairs+0x53>
nop
or     $0x3,%eax
jmp    1153 <encode_basepairs+0x53>
or     $0x1,%eax
ret
or     $0x3,%eax
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @encode_basepairs(i8* %0, i32 %1) {
%3 = alloca i8*
%4 = alloca i32
%5 = alloca i32
%6 = alloca i32
store i8* %0, i8** %3
store i32 %1, i32* %4
store i32 0, i32* %5
store i32 0, i32* %6
br label %7
7: ; preds = %50, %2
%8 = load i32, i32* %6
%9 = load i32, i32* %4
%10 = icmp slt i32 %8, %9
br i1 %10, label %11, label %53
11: ; preds = %7
%12 = load i32, i32* %5
%13 = shl i32 %12, 2
store i32 %13, i32* %5
%14 = load i8*, i8** %3
%15 = load i32, i32* %6
%16 = sext i32 %15 to i64
%17 = getelementptr inbounds i8, i8* %14, i64 %16
%18 = load i8, i8* %17
%19 = sext i8 %18 to i32
%20 = icmp eq i32 %19, 65
br i1 %20, label %21, label %22
21: ; preds = %11
br label %49
22: ; preds = %11
%23 = load i8*, i8** %3
%24 = load i32, i32* %6
%25 = sext i32 %24 to i64
%26 = getelementptr inbounds i8, i8* %23, i64 %25
%27 = load i8, i8* %26
%28 = sext i8 %27 to i32
%29 = icmp eq i32 %28, 67
br i1 %29, label %30, label %33
30: ; preds = %22
%31 = load i32, i32* %5
%32 = add i32 %31, 1
store i32 %32, i32* %5
br label %48
33: ; preds = %22
%34 = load i8*, i8** %3
%35 = load i32, i32* %6
%36 = sext i32 %35 to i64
%37 = getelementptr inbounds i8, i8* %34, i64 %36
%38 = load i8, i8* %37
%39 = sext i8 %38 to i32
%40 = icmp eq i32 %39, 71
br i1 %40, label %41, label %44
41: ; preds = %33
%42 = load i32, i32* %5
%43 = add i32 %42, 2
store i32 %43, i32* %5
br label %47
44: ; preds = %33
%45 = load i32, i32* %5
%46 = add i32 %45, 3
store i32 %46, i32* %5
br label %47
47: ; preds = %44, %41
br label %48
48: ; preds = %47, %30
br label %49
49: ; preds = %48, %21
br label %50
50: ; preds = %49
%51 = load i32, i32* %6
%52 = add nsw i32 %51, 1
store i32 %52, i32* %6
br label %7
53: ; preds = %7
%54 = load i32, i32* %5
ret i32 %54
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @encode_basepairs(i8* nocapture %0, i32 %1) {
%3 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %3, label %4, label %55
4: ; preds = %2
%5 = zext i32 %1 to i64
%6 = and i64 %5, 1
%7 = icmp eq i32 %1, 1
br i1 %7, label %40, label %8
8: ; preds = %4
%9 = and i64 %5, 4294967294
br label %10
10: ; preds = %35, %8
%11 = phi i64 [ 0, %8 ], [ %37, %35 ]
%12 = phi i32 [ 0, %8 ], [ %36, %35 ]
%13 = phi i64 [ 0, %8 ], [ %38, %35 ]
%14 = shl i32 %12, 2
%15 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %11
%16 = load i8, i8* %15
switch i8 %16, label %21 [
i8 65, label %23
i8 67, label %17
i8 71, label %19
]
17: ; preds = %10
%18 = or i32 %14, 1
br label %23
19: ; preds = %10
%20 = or i32 %14, 2
br label %23
21: ; preds = %10
%22 = or i32 %14, 3
br label %23
23: ; preds = %10, %19, %21, %17
%24 = phi i32 [ %14, %10 ], [ %18, %17 ], [ %20, %19 ], [ %22, %21 ]
%25 = or i64 %11, 1
%26 = shl i32 %24, 2
%27 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %25
%28 = load i8, i8* %27
switch i8 %28, label %33 [
i8 65, label %35
i8 67, label %31
i8 71, label %29
]
29: ; preds = %23
%30 = or i32 %26, 2
br label %35
31: ; preds = %23
%32 = or i32 %26, 1
br label %35
33: ; preds = %23
%34 = or i32 %26, 3
br label %35
35: ; preds = %33, %31, %29, %23
%36 = phi i32 [ %26, %23 ], [ %32, %31 ], [ %30, %29 ], [ %34, %33 ]
%37 = add nuw nsw i64 %11, 2
%38 = add i64 %13, 2
%39 = icmp eq i64 %38, %9
br i1 %39, label %40, label %10
40: ; preds = %35, %4
%41 = phi i32 [ undef, %4 ], [ %36, %35 ]
%42 = phi i64 [ 0, %4 ], [ %37, %35 ]
%43 = phi i32 [ 0, %4 ], [ %36, %35 ]
%44 = icmp eq i64 %6, 0
br i1 %44, label %55, label %45
45: ; preds = %40
%46 = shl i32 %43, 2
%47 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %42
%48 = load i8, i8* %47
switch i8 %48, label %53 [
i8 65, label %55
i8 67, label %51
i8 71, label %49
]
49: ; preds = %45
%50 = or i32 %46, 2
br label %55
51: ; preds = %45
%52 = or i32 %46, 1
br label %55
53: ; preds = %45
%54 = or i32 %46, 3
br label %55
55: ; preds = %40, %53, %51, %49, %45, %2
%56 = phi i32 [ 0, %2 ], [ %41, %40 ], [ %46, %45 ], [ %52, %51 ], [ %50, %49 ], [ %54, %53 ]
ret i32 %56
}