#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */
typedef int /*<<< orphan*/ FILE;

/* Variables and functions */
char EOF;
int /*<<< orphan*/ printf(char *, ...);
int /*<<< orphan*/ test_column(char *, int /*<<< orphan*/ *, int, int, int,
                               char *);
void fill_line_geno(int *data, int M, int N, int j, char *file_data,
                    FILE *m_File, char *szbuff, int *warning) {
  int i = 0;
  char token;
  token = szbuff[i];
  while (token != EOF && token != 10 && i < N) {
    data[i * M + j] = (int)(token - 48);
    if (!(*warning) && token != '9' && token != '1' && token != '2' &&
        token != '0') {
      printf("Warning: some genotypes are not 0, 1, 2 or 9.\n");
      printf("\t First warning at ligne %d, column %d.\n\n", j + 1, i + 1);
      *warning = 1;
    }
    i++;
    token = szbuff[i];
  }
  test_column(file_data, m_File, i, j + 1, N, &token);
}


x86 assembly (clang, -O0):
<fill_line_geno>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    0x18(%rbp),%rax
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %edx,-0x10(%rbp)
mov    %ecx,-0x14(%rbp)
mov    %r8,-0x20(%rbp)
mov    %r9,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%al
mov    %al,-0x2d(%rbp)
movsbl -0x2d(%rbp),%ecx
mov    0x2e83(%rip),%rax
movsbl (%rax),%edx
xor    %eax,%eax
cmp    %edx,%ecx
mov    %al,-0x2e(%rbp)
je     1193 <fill_line_geno+0x73>
movsbl -0x2d(%rbp),%ecx
xor    %eax,%eax
cmp    $0xa,%ecx
mov    %al,-0x2e(%rbp)
je     1193 <fill_line_geno+0x73>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x10(%rbp),%eax
setl   %al
mov    %al,-0x2e(%rbp)
mov    -0x2e(%rbp),%al
test   $0x1,%al
jne    11a3 <fill_line_geno+0x83>
jmp    124d <fill_line_geno+0x12d>
movsbl -0x2d(%rbp),%edx
sub    $0x30,%edx
mov    -0x8(%rbp),%rax
mov    -0x2c(%rbp),%ecx
imul   -0xc(%rbp),%ecx
add    -0x14(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    0x18(%rbp),%rax
cmpl   $0x0,(%rax)
jne    1231 <fill_line_geno+0x111>
movsbl -0x2d(%rbp),%eax
cmp    $0x39,%eax
je     1231 <fill_line_geno+0x111>
movsbl -0x2d(%rbp),%eax
cmp    $0x31,%eax
je     1231 <fill_line_geno+0x111>
movsbl -0x2d(%rbp),%eax
cmp    $0x32,%eax
je     1231 <fill_line_geno+0x111>
movsbl -0x2d(%rbp),%eax
cmp    $0x30,%eax
je     1231 <fill_line_geno+0x111>
lea    0xdfa(%rip),%rdi
mov    $0x0,%al
call   1030 <printf@plt>
mov    -0x14(%rbp),%esi
add    $0x1,%esi
mov    -0x2c(%rbp),%edx
add    $0x1,%edx
lea    0xe0f(%rip),%rdi
mov    $0x0,%al
call   1030 <printf@plt>
mov    0x18(%rbp),%rax
movl   $0x1,(%rax)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    0x10(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%al
mov    %al,-0x2d(%rbp)
jmp    115a <fill_line_geno+0x3a>
mov    -0x20(%rbp),%rdi
mov    -0x28(%rbp),%rsi
mov    -0x2c(%rbp),%edx
mov    -0x14(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    -0x10(%rbp),%r8d
lea    -0x2d(%rbp),%r9
call   1040 <test_column@plt>
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<fill_line_geno>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x28,%rsp
mov    %r9,%r10
mov    %r8,%rbp
mov    %edx,%r8d
mov    0x60(%rsp),%r13
mov    0x0(%r13),%al
lea    0x1(%rcx),%edx
mov    %edx,0x10(%rsp)
xor    %ebx,%ebx
cmp    $0xa,%al
je     1239 <fill_line_geno+0x109>
mov    0x2e80(%rip),%rdx
mov    (%rdx),%dl
cmp    %dl,%al
je     1239 <fill_line_geno+0x109>
test   %r8d,%r8d
jle    1239 <fill_line_geno+0x109>
mov    %rbp,0x18(%rsp)
mov    %r10,0x20(%rsp)
mov    0x68(%rsp),%r14
movslq %esi,%r15
movslq %ecx,%rcx
mov    %r8d,0x14(%rsp)
mov    %r8d,%r12d
lea    (%rdi,%rcx,4),%rbp
shl    $0x2,%r15
movabs $0x207000000000000,%rsi
xor    %ebx,%ebx
nopl   0x0(%rax)
movsbl %al,%ecx
add    $0xffffffd0,%ecx
mov    %ecx,0x0(%rbp)
cmpl   $0x0,(%r14)
jne    1210 <fill_line_geno+0xe0>
cmp    $0x39,%al
ja     11cc <fill_line_geno+0x9c>
movzbl %al,%eax
bt     %rax,%rsi
jb     1210 <fill_line_geno+0xe0>
lea    0xe57(%rip),%rdi
call   1030 <puts@plt>
lea    0x1(%rbx),%edx
lea    0xe1e(%rip),%rdi
mov    0x10(%rsp),%esi
xor    %eax,%eax
call   1040 <printf@plt>
movabs $0x207000000000000,%rsi
movl   $0x1,(%r14)
mov    0x2de3(%rip),%rax
movzbl (%rax),%edx
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
movzbl 0x1(%r13,%rbx,1),%eax
add    $0x1,%rbx
cmp    $0xa,%al
je     122a <fill_line_geno+0xfa>
cmp    %dl,%al
je     122a <fill_line_geno+0xfa>
add    %r15,%rbp
cmp    %r12,%rbx
jb     11b0 <fill_line_geno+0x80>
mov    0x14(%rsp),%r8d
mov    0x20(%rsp),%r10
mov    0x18(%rsp),%rbp
mov    %al,0xf(%rsp)
lea    0xf(%rsp),%r9
mov    %rbp,%rdi
mov    %r10,%rsi
mov    %ebx,%edx
mov    0x10(%rsp),%ecx
call   1050 <test_column@plt>
add    $0x28,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
@EOF = global i8 0
@.str = [47 x i8] c"Warning: some genotypes are not 0, 1, 2 or 9.\0A\00"
@.str.1 = [42 x i8] c"\09 First warning at ligne %d, column %d.\0A\0A\00"
define void @fill_line_geno(i32* %0, i32 %1, i32 %2, i32 %3, i8* %4, i32* %5, i8* %6, i32* %7) {
%9 = alloca i32*
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i8*
%14 = alloca i32*
%15 = alloca i8*
%16 = alloca i32*
%17 = alloca i32
%18 = alloca i8
store i32* %0, i32** %9
store i32 %1, i32* %10
store i32 %2, i32* %11
store i32 %3, i32* %12
store i8* %4, i8** %13
store i32* %5, i32** %14
store i8* %6, i8** %15
store i32* %7, i32** %16
store i32 0, i32* %17
%19 = load i8*, i8** %15
%20 = load i32, i32* %17
%21 = sext i32 %20 to i64
%22 = getelementptr inbounds i8, i8* %19, i64 %21
%23 = load i8, i8* %22
store i8 %23, i8* %18
br label %24
24: ; preds = %79, %8
%25 = load i8, i8* %18
%26 = sext i8 %25 to i32
%27 = load i8, i8* @EOF
%28 = sext i8 %27 to i32
%29 = icmp ne i32 %26, %28
br i1 %29, label %30, label %38
30: ; preds = %24
%31 = load i8, i8* %18
%32 = sext i8 %31 to i32
%33 = icmp ne i32 %32, 10
br i1 %33, label %34, label %38
34: ; preds = %30
%35 = load i32, i32* %17
%36 = load i32, i32* %11
%37 = icmp slt i32 %35, %36
br label %38
38: ; preds = %34, %30, %24
%39 = phi i1 [ false, %30 ], [ false, %24 ], [ %37, %34 ]
br i1 %39, label %40, label %87
40: ; preds = %38
%41 = load i8, i8* %18
%42 = sext i8 %41 to i32
%43 = sub nsw i32 %42, 48
%44 = load i32*, i32** %9
%45 = load i32, i32* %17
%46 = load i32, i32* %10
%47 = mul nsw i32 %45, %46
%48 = load i32, i32* %12
%49 = add nsw i32 %47, %48
%50 = sext i32 %49 to i64
%51 = getelementptr inbounds i32, i32* %44, i64 %50
store i32 %43, i32* %51
%52 = load i32*, i32** %16
%53 = load i32, i32* %52
%54 = icmp ne i32 %53, 0
br i1 %54, label %79, label %55
55: ; preds = %40
%56 = load i8, i8* %18
%57 = sext i8 %56 to i32
%58 = icmp ne i32 %57, 57
br i1 %58, label %59, label %79
59: ; preds = %55
%60 = load i8, i8* %18
%61 = sext i8 %60 to i32
%62 = icmp ne i32 %61, 49
br i1 %62, label %63, label %79
63: ; preds = %59
%64 = load i8, i8* %18
%65 = sext i8 %64 to i32
%66 = icmp ne i32 %65, 50
br i1 %66, label %67, label %79
67: ; preds = %63
%68 = load i8, i8* %18
%69 = sext i8 %68 to i32
%70 = icmp ne i32 %69, 48
br i1 %70, label %71, label %79
71: ; preds = %67
%72 = call i32 (i8*, ...) @printf(i8* getelementptr inbounds ([47 x i8], [47 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
%73 = load i32, i32* %12
%74 = add nsw i32 %73, 1
%75 = load i32, i32* %17
%76 = add nsw i32 %75, 1
%77 = call i32 (i8*, ...) @printf(i8* getelementptr inbounds ([42 x i8], [42 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0), i32 %74, i32 %76)
%78 = load i32*, i32** %16
store i32 1, i32* %78
br label %79
79: ; preds = %71, %67, %63, %59, %55, %40
%80 = load i32, i32* %17
%81 = add nsw i32 %80, 1
store i32 %81, i32* %17
%82 = load i8*, i8** %15
%83 = load i32, i32* %17
%84 = sext i32 %83 to i64
%85 = getelementptr inbounds i8, i8* %82, i64 %84
%86 = load i8, i8* %85
store i8 %86, i8* %18
br label %24
87: ; preds = %38
%88 = load i8*, i8** %13
%89 = load i32*, i32** %14
%90 = load i32, i32* %17
%91 = load i32, i32* %12
%92 = add nsw i32 %91, 1
%93 = load i32, i32* %11
%94 = call i32 @test_column(i8* %88, i32* %89, i32 %90, i32 %92, i32 %93, i8* %18)
ret void
}

LLVM IR (-O2):
@EOF = global i8 0
@.str.1 = [42 x i8] c"\09 First warning at ligne %d, column %d.\0A\0A\00"
@str = [46 x i8] c"Warning: some genotypes are not 0, 1, 2 or 9.\00"
define void @fill_line_geno(i32* nocapture writeonly %0, i32 %1, i32 %2, i32 %3, i8* %4, i32* %5, i8* nocapture %6, i32* nocapture %7) {
%9 = alloca i8
%10 = load i8, i8* %6
%11 = load i8, i8* @EOF
%12 = icmp ne i8 %10, %11
%13 = icmp ne i8 %10, 10
%14 = and i1 %13, %12
%15 = icmp sgt i32 %2, 0
%16 = and i1 %14, %15
%17 = add nsw i32 %3, 1
br i1 %16, label %18, label %53
18: ; preds = %8
%19 = sext i32 %1 to i64
%20 = sext i32 %3 to i64
%21 = zext i32 %2 to i64
br label %22
22: ; preds = %18, %41
%23 = phi i8 [ %11, %18 ], [ %42, %41 ]
%24 = phi i64 [ 0, %18 ], [ %43, %41 ]
%25 = phi i8 [ %10, %18 ], [ %45, %41 ]
%26 = sext i8 %25 to i32
%27 = add nsw i32 %26, -48
%28 = mul nsw i64 %24, %19
%29 = add nsw i64 %28, %20
%30 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %29
store i32 %27, i32* %30
%31 = load i32, i32* %7
%32 = freeze i32 %31
%33 = icmp eq i32 %32, 0
br i1 %33, label %34, label %41
34: ; preds = %22
switch i8 %25, label %35 [
i8 57, label %41
i8 50, label %41
i8 49, label %41
i8 48, label %41
]
35: ; preds = %34
%36 = tail call i32 @puts(i8* dereferenceable(1) getelementptr inbounds ([46 x i8], [46 x i8]* @str, i64 0, i64 0))
%37 = trunc i64 %24 to i32
%38 = add i32 %37, 1
%39 = tail call i32 (i8*, ...) @printf(i8* dereferenceable(1) getelementptr inbounds ([42 x i8], [42 x i8]* @.str.1, i64 0, i64 0), i32 %17, i32 %38)
store i32 1, i32* %7
%40 = load i8, i8* @EOF
br label %41
41: ; preds = %34, %34, %34, %34, %22, %35
%42 = phi i8 [ %23, %34 ], [ %23, %34 ], [ %23, %34 ], [ %23, %34 ], [ %23, %22 ], [ %40, %35 ]
%43 = add nuw nsw i64 %24, 1
%44 = getelementptr inbounds i8, i8* %6, i64 %43
%45 = load i8, i8* %44
%46 = icmp ne i8 %45, %42
%47 = icmp ne i8 %45, 10
%48 = and i1 %47, %46
%49 = icmp ult i64 %43, %21
%50 = select i1 %48, i1 %49, i1 false
br i1 %50, label %22, label %51
51: ; preds = %41
%52 = trunc i64 %43 to i32
br label %53
53: ; preds = %8, %51
%54 = phi i8 [ %45, %51 ], [ %10, %8 ]
%55 = phi i32 [ %52, %51 ], [ 0, %8 ]
store i8 %54, i8* %9
%56 = call i32 @test_column(i8* %4, i32* %5, i32 %55, i32 %17, i32 %2, i8* %9)
ret void
}