int getthreshJ(int datasize, float *J, short *rmap, unsigned char *rmap0,
               float *threshJ1, float *threshJ2, int TR, int status,
               int *done) {
  float *avgJ, *varJ;
  int *count, i, l, alldone;
  count = (int *)calloc(TR + 1, sizeof(int));
  avgJ = (float *)calloc(TR + 1, sizeof(float));
  for (l = 0; l < datasize; l++) {
    if (rmap[l] == 0) {
      avgJ[rmap0[l]] += J[l];
      count[rmap0[l]]++;
    }
  }
  alldone = 0;
  for (i = 1; i <= TR; i++) {
    if (count[i] > 0) {
      avgJ[i] = avgJ[i] / count[i];
      done[i] = 0;
    } else
      done[i] = 1;
    alldone += done[i];
  }
  varJ = (float *)calloc(TR + 1, sizeof(float));
  for (l = 0; l < datasize; l++) {
    if (rmap[l] == 0)
      varJ[rmap0[l]] += ((J[l] - avgJ[rmap0[l]]) * (J[l] - avgJ[rmap0[l]]));
  }
  for (i = 1; i <= TR; i++) {
    if (count[i] > 0)
      varJ[i] = sqrt(varJ[i] / count[i]);
    if (status == 0)
      threshJ1[i] = avgJ[i] + 0.1 * varJ[i];
    else if (status == 1)
      threshJ1[i] = avgJ[i] - 0.35 * varJ[i];
    threshJ2[i] = varJ[i];
  }
  free(varJ);
  free(count);
  free(avgJ);
  return alldone;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<getthreshJ>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x60,%rsp
mov    0x20(%rbp),%rax
mov    0x18(%rbp),%eax
mov    0x10(%rbp),%eax
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %rdx,-0x18(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8,-0x28(%rbp)
mov    %r9,-0x30(%rbp)
mov    0x10(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
movslq %eax,%rdi
mov    $0x4,%esi
call   1040 <calloc@plt>
mov    %rax,-0x48(%rbp)
mov    0x10(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
movslq %eax,%rdi
mov    $0x4,%esi
call   1040 <calloc@plt>
mov    %rax,-0x38(%rbp)
movl   $0x0,-0x50(%rbp)
mov    -0x50(%rbp),%eax
cmp    -0x4(%rbp),%eax
jge    1202 <getthreshJ+0xd2>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x50(%rbp),%rcx
movswl (%rax,%rcx,2),%eax
cmp    $0x0,%eax
jne    11ef <getthreshJ+0xbf>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x50(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
mov    -0x38(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
movslq -0x50(%rbp),%rdx
movzbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
addss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
movss  %xmm0,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x48(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
movslq -0x50(%rbp),%rdx
movzbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
jmp    11f4 <getthreshJ+0xc4>
mov    -0x50(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x50(%rbp)
jmp    118e <getthreshJ+0x5e>
movl   $0x0,-0x54(%rbp)
movl   $0x1,-0x4c(%rbp)
mov    -0x4c(%rbp),%eax
cmp    0x10(%rbp),%eax
jg     129b <getthreshJ+0x16b>
mov    -0x48(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jle    126d <getthreshJ+0x13d>
mov    -0x38(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
mov    -0x48(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
cvtsi2ssl (%rax,%rcx,4),%xmm1
divss  %xmm1,%xmm0
mov    -0x38(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
movss  %xmm0,(%rax,%rcx,4)
mov    0x20(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
movl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jmp    127c <getthreshJ+0x14c>
mov    0x20(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
movl   $0x1,(%rax,%rcx,4)
mov    0x20(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
add    -0x54(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x54(%rbp)
mov    -0x4c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x4c(%rbp)
jmp    1210 <getthreshJ+0xe0>
mov    0x10(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
movslq %eax,%rdi
mov    $0x4,%esi
call   1040 <calloc@plt>
mov    %rax,-0x40(%rbp)
movl   $0x0,-0x50(%rbp)
mov    -0x50(%rbp),%eax
cmp    -0x4(%rbp),%eax
jge    1353 <getthreshJ+0x223>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x50(%rbp),%rcx
movswl (%rax,%rcx,2),%eax
cmp    $0x0,%eax
jne    1340 <getthreshJ+0x210>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x50(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
mov    -0x38(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
movslq -0x50(%rbp),%rdx
movzbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
subss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x50(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm2
mov    -0x38(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
movslq -0x50(%rbp),%rdx
movzbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
subss  (%rax,%rcx,4),%xmm2
mov    -0x40(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
movslq -0x50(%rbp),%rdx
movzbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm1
mulss  %xmm2,%xmm0
addss  %xmm1,%xmm0
movss  %xmm0,(%rax,%rcx,4)
jmp    1345 <getthreshJ+0x215>
mov    -0x50(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x50(%rbp)
jmp    12b9 <getthreshJ+0x189>
movl   $0x1,-0x4c(%rbp)
mov    -0x4c(%rbp),%eax
cmp    0x10(%rbp),%eax
jg     147c <getthreshJ+0x34c>
mov    -0x48(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jle    13b0 <getthreshJ+0x280>
mov    -0x40(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
mov    -0x48(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
cvtsi2ssl (%rax,%rcx,4),%xmm1
divss  %xmm1,%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm0
call   1050 <sqrt@plt>
cvtsd2ss %xmm0,%xmm0
mov    -0x40(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
movss  %xmm0,(%rax,%rcx,4)
cmpl   $0x0,0x18(%rbp)
jne    1402 <getthreshJ+0x2d2>
mov    -0x38(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm1
mov    -0x40(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm0
movsd  0xc24(%rip),%xmm2
mulsd  %xmm2,%xmm0
addsd  %xmm1,%xmm0
cvtsd2ss %xmm0,%xmm0
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
movss  %xmm0,(%rax,%rcx,4)
jmp    1454 <getthreshJ+0x324>
cmpl   $0x1,0x18(%rbp)
jne    144f <getthreshJ+0x31f>
mov    -0x38(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm1
mov    -0x40(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
cvtss2sd %xmm0,%xmm0
movsd  0xbca(%rip),%xmm2
mulsd  %xmm2,%xmm0
addsd  %xmm1,%xmm0
cvtsd2ss %xmm0,%xmm0
mov    -0x28(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
movss  %xmm0,(%rax,%rcx,4)
jmp    1454 <getthreshJ+0x324>
mov    -0x40(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
movss  (%rax,%rcx,4),%xmm0
mov    -0x30(%rbp),%rax
movslq -0x4c(%rbp),%rcx
movss  %xmm0,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x4c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x4c(%rbp)
jmp    135a <getthreshJ+0x22a>
mov    -0x40(%rbp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    -0x48(%rbp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    -0x38(%rbp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    -0x54(%rbp),%eax
add    $0x60,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<getthreshJ>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x38,%rsp
mov    %r9,0x8(%rsp)
mov    %r8,0x10(%rsp)
mov    %rcx,0x20(%rsp)
mov    %rdx,%r14
mov    %rsi,0x18(%rsp)
mov    %edi,%r13d
mov    0x70(%rsp),%eax
lea    0x1(%rax),%ebp
movslq %ebp,%rbx
mov    $0x4,%esi
mov    %rbx,%rdi
call   1040 <calloc@plt>
mov    %rax,%r12
mov    $0x4,%esi
mov    %rbx,0x28(%rsp)
mov    %rbx,%rdi
call   1040 <calloc@plt>
mov    %rax,%rbx
mov    %r13d,%r15d
mov    %r13d,0x4(%rsp)
test   %r13d,%r13d
jle    11d5 <getthreshJ+0xa5>
xor    %eax,%eax
jmp    11a9 <getthreshJ+0x79>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%rax
cmp    %rax,%r15
je     11d5 <getthreshJ+0xa5>
cmpw   $0x0,(%r14,%rax,2)
jne    11a0 <getthreshJ+0x70>
mov    0x18(%rsp),%rcx
movss  (%rcx,%rax,4),%xmm0
mov    0x20(%rsp),%rcx
movzbl (%rcx,%rax,1),%ecx
addss  (%rbx,%rcx,4),%xmm0
movss  %xmm0,(%rbx,%rcx,4)
addl   $0x1,(%r12,%rcx,4)
jmp    11a0 <getthreshJ+0x70>
mov    0x70(%rsp),%eax
test   %eax,%eax
mov    %ebp,(%rsp)
jle    1234 <getthreshJ+0x104>
mov    0x80(%rsp),%rax
mov    %ebp,%ecx
xor    %ebp,%ebp
mov    $0x1,%edx
jmp    1225 <getthreshJ+0xf5>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
xorps  %xmm0,%xmm0
cvtsi2ss %esi,%xmm0
movss  (%rbx,%rdx,4),%xmm1
divss  %xmm0,%xmm1
movss  %xmm1,(%rbx,%rdx,4)
xor    %esi,%esi
mov    %esi,(%rax,%rdx,4)
add    %esi,%ebp
add    $0x1,%rdx
cmp    %rdx,%rcx
je     1236 <getthreshJ+0x106>
mov    (%r12,%rdx,4),%esi
test   %esi,%esi
jg     1200 <getthreshJ+0xd0>
mov    $0x1,%esi
jmp    1217 <getthreshJ+0xe7>
xor    %ebp,%ebp
mov    $0x4,%esi
mov    0x28(%rsp),%rdi
call   1040 <calloc@plt>
mov    %rax,%r13
cmpl   $0x0,0x4(%rsp)
mov    0x8(%rsp),%rdx
jle    129d <getthreshJ+0x16d>
xor    %eax,%eax
jmp    1269 <getthreshJ+0x139>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%rax
cmp    %rax,%r15
je     129d <getthreshJ+0x16d>
cmpw   $0x0,(%r14,%rax,2)
jne    1260 <getthreshJ+0x130>
mov    0x18(%rsp),%rcx
movss  (%rcx,%rax,4),%xmm0
mov    0x20(%rsp),%rcx
movzbl (%rcx,%rax,1),%ecx
subss  (%rbx,%rcx,4),%xmm0
mulss  %xmm0,%xmm0
addss  0x0(%r13,%rcx,4),%xmm0
movss  %xmm0,0x0(%r13,%rcx,4)
jmp    1260 <getthreshJ+0x130>
mov    0x70(%rsp),%eax
test   %eax,%eax
jle    13bc <getthreshJ+0x28c>
mov    0x78(%rsp),%r15d
mov    (%rsp),%esi
mov    $0x1,%r14d
xorps  %xmm3,%xmm3
mov    %rbx,0x30(%rsp)
jmp    131c <getthreshJ+0x1ec>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
movss  (%rbx,%r14,4),%xmm0
xorps  %xmm1,%xmm1
cvtss2sd %xmm0,%xmm1
movss  0x0(%r13,%r14,4),%xmm0
xorps  %xmm2,%xmm2
cvtss2sd %xmm0,%xmm2
mulsd  0xd15(%rip),%xmm2
addsd  %xmm1,%xmm2
xorps  %xmm1,%xmm1
cvtsd2ss %xmm2,%xmm1
mov    0x10(%rsp),%rax
movss  %xmm1,(%rax,%r14,4)
movss  %xmm0,(%rdx,%r14,4)
add    $0x1,%r14
cmp    %r14,%rsi
je     13bc <getthreshJ+0x28c>
mov    (%r12,%r14,4),%eax
test   %eax,%eax
jle    1375 <getthreshJ+0x245>
xorps  %xmm1,%xmm1
cvtsi2ss %eax,%xmm1
movss  0x0(%r13,%r14,4),%xmm0
divss  %xmm1,%xmm0
ucomiss %xmm3,%xmm0
jb     1350 <getthreshJ+0x220>
sqrtss %xmm0,%xmm0
jmp    136e <getthreshJ+0x23e>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
mov    %r12,%rbx
mov    %rsi,%r12
call   1050 <sqrtf@plt>
xorps  %xmm3,%xmm3
mov    %r12,%rsi
mov    %rbx,%r12
mov    0x30(%rsp),%rbx
mov    0x8(%rsp),%rdx
movss  %xmm0,0x0(%r13,%r14,4)
test   %r15d,%r15d
je     12d0 <getthreshJ+0x1a0>
cmp    $0x1,%r15d
jne    13b0 <getthreshJ+0x280>
movss  (%rbx,%r14,4),%xmm0
xorps  %xmm1,%xmm1
cvtss2sd %xmm0,%xmm1
movss  0x0(%r13,%r14,4),%xmm0
xorps  %xmm2,%xmm2
cvtss2sd %xmm0,%xmm2
mulsd  0xc59(%rip),%xmm2
jmp    12f3 <getthreshJ+0x1c3>
nopl   0x0(%rax)
movss  0x0(%r13,%r14,4),%xmm0
jmp    1309 <getthreshJ+0x1d9>
mov    %r13,%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    %r12,%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    %rbx,%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    %ebp,%eax
add    $0x38,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @getthreshJ(i32 %0, float* %1, i16* %2, i8* %3, float* %4, float* %5, i32 %6, i32 %7, i32* %8) {
%10 = alloca i32
%11 = alloca float*
%12 = alloca i16*
%13 = alloca i8*
%14 = alloca float*
%15 = alloca float*
%16 = alloca i32
%17 = alloca i32
%18 = alloca i32*
%19 = alloca float*
%20 = alloca float*
%21 = alloca i32*
%22 = alloca i32
%23 = alloca i32
%24 = alloca i32
store i32 %0, i32* %10
store float* %1, float** %11
store i16* %2, i16** %12
store i8* %3, i8** %13
store float* %4, float** %14
store float* %5, float** %15
store i32 %6, i32* %16
store i32 %7, i32* %17
store i32* %8, i32** %18
%25 = load i32, i32* %16
%26 = add nsw i32 %25, 1
%27 = sext i32 %26 to i64
%28 = call i8* @calloc(i64 %27, i64 4)
%29 = bitcast i8* %28 to i32*
store i32* %29, i32** %21
%30 = load i32, i32* %16
%31 = add nsw i32 %30, 1
%32 = sext i32 %31 to i64
%33 = call i8* @calloc(i64 %32, i64 4)
%34 = bitcast i8* %33 to float*
store float* %34, float** %19
store i32 0, i32* %23
br label %35
35: ; preds = %74, %9
%36 = load i32, i32* %23
%37 = load i32, i32* %10
%38 = icmp slt i32 %36, %37
br i1 %38, label %39, label %77
39: ; preds = %35
%40 = load i16*, i16** %12
%41 = load i32, i32* %23
%42 = sext i32 %41 to i64
%43 = getelementptr inbounds i16, i16* %40, i64 %42
%44 = load i16, i16* %43
%45 = sext i16 %44 to i32
%46 = icmp eq i32 %45, 0
br i1 %46, label %47, label %73
47: ; preds = %39
%48 = load float*, float** %11
%49 = load i32, i32* %23
%50 = sext i32 %49 to i64
%51 = getelementptr inbounds float, float* %48, i64 %50
%52 = load float, float* %51
%53 = load float*, float** %19
%54 = load i8*, i8** %13
%55 = load i32, i32* %23
%56 = sext i32 %55 to i64
%57 = getelementptr inbounds i8, i8* %54, i64 %56
%58 = load i8, i8* %57
%59 = zext i8 %58 to i64
%60 = getelementptr inbounds float, float* %53, i64 %59
%61 = load float, float* %60
%62 = fadd float %61, %52
store float %62, float* %60
%63 = load i32*, i32** %21
%64 = load i8*, i8** %13
%65 = load i32, i32* %23
%66 = sext i32 %65 to i64
%67 = getelementptr inbounds i8, i8* %64, i64 %66
%68 = load i8, i8* %67
%69 = zext i8 %68 to i64
%70 = getelementptr inbounds i32, i32* %63, i64 %69
%71 = load i32, i32* %70
%72 = add nsw i32 %71, 1
store i32 %72, i32* %70
br label %73
73: ; preds = %47, %39
br label %74
74: ; preds = %73
%75 = load i32, i32* %23
%76 = add nsw i32 %75, 1
store i32 %76, i32* %23
br label %35
77: ; preds = %35
store i32 0, i32* %24
store i32 1, i32* %22
br label %78
78: ; preds = %123, %77
%79 = load i32, i32* %22
%80 = load i32, i32* %16
%81 = icmp sle i32 %79, %80
br i1 %81, label %82, label %126
82: ; preds = %78
%83 = load i32*, i32** %21
%84 = load i32, i32* %22
%85 = sext i32 %84 to i64
%86 = getelementptr inbounds i32, i32* %83, i64 %85
%87 = load i32, i32* %86
%88 = icmp sgt i32 %87, 0
br i1 %88, label %89, label %110
89: ; preds = %82
%90 = load float*, float** %19
%91 = load i32, i32* %22
%92 = sext i32 %91 to i64
%93 = getelementptr inbounds float, float* %90, i64 %92
%94 = load float, float* %93
%95 = load i32*, i32** %21
%96 = load i32, i32* %22
%97 = sext i32 %96 to i64
%98 = getelementptr inbounds i32, i32* %95, i64 %97
%99 = load i32, i32* %98
%100 = sitofp i32 %99 to float
%101 = fdiv float %94, %100
%102 = load float*, float** %19
%103 = load i32, i32* %22
%104 = sext i32 %103 to i64
%105 = getelementptr inbounds float, float* %102, i64 %104
store float %101, float* %105
%106 = load i32*, i32** %18
%107 = load i32, i32* %22
%108 = sext i32 %107 to i64
%109 = getelementptr inbounds i32, i32* %106, i64 %108
store i32 0, i32* %109
br label %115
110: ; preds = %82
%111 = load i32*, i32** %18
%112 = load i32, i32* %22
%113 = sext i32 %112 to i64
%114 = getelementptr inbounds i32, i32* %111, i64 %113
store i32 1, i32* %114
br label %115
115: ; preds = %110, %89
%116 = load i32*, i32** %18
%117 = load i32, i32* %22
%118 = sext i32 %117 to i64
%119 = getelementptr inbounds i32, i32* %116, i64 %118
%120 = load i32, i32* %119
%121 = load i32, i32* %24
%122 = add nsw i32 %121, %120
store i32 %122, i32* %24
br label %123
123: ; preds = %115
%124 = load i32, i32* %22
%125 = add nsw i32 %124, 1
store i32 %125, i32* %22
br label %78
126: ; preds = %78
%127 = load i32, i32* %16
%128 = add nsw i32 %127, 1
%129 = sext i32 %128 to i64
%130 = call i8* @calloc(i64 %129, i64 4)
%131 = bitcast i8* %130 to float*
store float* %131, float** %20
store i32 0, i32* %23
br label %132
132: ; preds = %186, %126
%133 = load i32, i32* %23
%134 = load i32, i32* %10
%135 = icmp slt i32 %133, %134
br i1 %135, label %136, label %189
136: ; preds = %132
%137 = load i16*, i16** %12
%138 = load i32, i32* %23
%139 = sext i32 %138 to i64
%140 = getelementptr inbounds i16, i16* %137, i64 %139
%141 = load i16, i16* %140
%142 = sext i16 %141 to i32
%143 = icmp eq i32 %142, 0
br i1 %143, label %144, label %185
144: ; preds = %136
%145 = load float*, float** %11
%146 = load i32, i32* %23
%147 = sext i32 %146 to i64
%148 = getelementptr inbounds float, float* %145, i64 %147
%149 = load float, float* %148
%150 = load float*, float** %19
%151 = load i8*, i8** %13
%152 = load i32, i32* %23
%153 = sext i32 %152 to i64
%154 = getelementptr inbounds i8, i8* %151, i64 %153
%155 = load i8, i8* %154
%156 = zext i8 %155 to i64
%157 = getelementptr inbounds float, float* %150, i64 %156
%158 = load float, float* %157
%159 = fsub float %149, %158
%160 = load float*, float** %11
%161 = load i32, i32* %23
%162 = sext i32 %161 to i64
%163 = getelementptr inbounds float, float* %160, i64 %162
%164 = load float, float* %163
%165 = load float*, float** %19
%166 = load i8*, i8** %13
%167 = load i32, i32* %23
%168 = sext i32 %167 to i64
%169 = getelementptr inbounds i8, i8* %166, i64 %168
%170 = load i8, i8* %169
%171 = zext i8 %170 to i64
%172 = getelementptr inbounds float, float* %165, i64 %171
%173 = load float, float* %172
%174 = fsub float %164, %173
%175 = load float*, float** %20
%176 = load i8*, i8** %13
%177 = load i32, i32* %23
%178 = sext i32 %177 to i64
%179 = getelementptr inbounds i8, i8* %176, i64 %178
%180 = load i8, i8* %179
%181 = zext i8 %180 to i64
%182 = getelementptr inbounds float, float* %175, i64 %181
%183 = load float, float* %182
%184 = call float @llvm.fmuladd.f32(float %159, float %174, float %183)
store float %184, float* %182
br label %185
185: ; preds = %144, %136
br label %186
186: ; preds = %185
%187 = load i32, i32* %23
%188 = add nsw i32 %187, 1
store i32 %188, i32* %23
br label %132
189: ; preds = %132
store i32 1, i32* %22
br label %190
190: ; preds = %276, %189
%191 = load i32, i32* %22
%192 = load i32, i32* %16
%193 = icmp sle i32 %191, %192
br i1 %193, label %194, label %279
194: ; preds = %190
%195 = load i32*, i32** %21
%196 = load i32, i32* %22
%197 = sext i32 %196 to i64
%198 = getelementptr inbounds i32, i32* %195, i64 %197
%199 = load i32, i32* %198
%200 = icmp sgt i32 %199, 0
br i1 %200, label %201, label %221
201: ; preds = %194
%202 = load float*, float** %20
%203 = load i32, i32* %22
%204 = sext i32 %203 to i64
%205 = getelementptr inbounds float, float* %202, i64 %204
%206 = load float, float* %205
%207 = load i32*, i32** %21
%208 = load i32, i32* %22
%209 = sext i32 %208 to i64
%210 = getelementptr inbounds i32, i32* %207, i64 %209
%211 = load i32, i32* %210
%212 = sitofp i32 %211 to float
%213 = fdiv float %206, %212
%214 = fpext float %213 to double
%215 = call double @sqrt(double %214)
%216 = fptrunc double %215 to float
%217 = load float*, float** %20
%218 = load i32, i32* %22
%219 = sext i32 %218 to i64
%220 = getelementptr inbounds float, float* %217, i64 %219
store float %216, float* %220
br label %221
221: ; preds = %201, %194
%222 = load i32, i32* %17
%223 = icmp eq i32 %222, 0
br i1 %223, label %224, label %243
224: ; preds = %221
%225 = load float*, float** %19
%226 = load i32, i32* %22
%227 = sext i32 %226 to i64
%228 = getelementptr inbounds float, float* %225, i64 %227
%229 = load float, float* %228
%230 = fpext float %229 to double
%231 = load float*, float** %20
%232 = load i32, i32* %22
%233 = sext i32 %232 to i64
%234 = getelementptr inbounds float, float* %231, i64 %233
%235 = load float, float* %234
%236 = fpext float %235 to double
%237 = call double @llvm.fmuladd.f64(double 1.000000e-01, double %236, double %230)
%238 = fptrunc double %237 to float
%239 = load float*, float** %14
%240 = load i32, i32* %22
%241 = sext i32 %240 to i64
%242 = getelementptr inbounds float, float* %239, i64 %241
store float %238, float* %242
br label %266
243: ; preds = %221
%244 = load i32, i32* %17
%245 = icmp eq i32 %244, 1
br i1 %245, label %246, label %265
246: ; preds = %243
%247 = load float*, float** %19
%248 = load i32, i32* %22
%249 = sext i32 %248 to i64
%250 = getelementptr inbounds float, float* %247, i64 %249
%251 = load float, float* %250
%252 = fpext float %251 to double
%253 = load float*, float** %20
%254 = load i32, i32* %22
%255 = sext i32 %254 to i64
%256 = getelementptr inbounds float, float* %253, i64 %255
%257 = load float, float* %256
%258 = fpext float %257 to double
%259 = call double @llvm.fmuladd.f64(double -3.500000e-01, double %258, double %252)
%260 = fptrunc double %259 to float
%261 = load float*, float** %14
%262 = load i32, i32* %22
%263 = sext i32 %262 to i64
%264 = getelementptr inbounds float, float* %261, i64 %263
store float %260, float* %264
br label %265
265: ; preds = %246, %243
br label %266
266: ; preds = %265, %224
%267 = load float*, float** %20
%268 = load i32, i32* %22
%269 = sext i32 %268 to i64
%270 = getelementptr inbounds float, float* %267, i64 %269
%271 = load float, float* %270
%272 = load float*, float** %15
%273 = load i32, i32* %22
%274 = sext i32 %273 to i64
%275 = getelementptr inbounds float, float* %272, i64 %274
store float %271, float* %275
br label %276
276: ; preds = %266
%277 = load i32, i32* %22
%278 = add nsw i32 %277, 1
store i32 %278, i32* %22
br label %190
279: ; preds = %190
%280 = load float*, float** %20
%281 = bitcast float* %280 to i8*
%282 = load i32*, i32** %21
%283 = bitcast i32* %282 to i8*
%284 = load float*, float** %19
%285 = bitcast float* %284 to i8*
%286 = load i32, i32* %24
ret i32 %286
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @getthreshJ(i32 %0, float* nocapture %1, i16* nocapture %2, i8* nocapture %3, float* nocapture writeonly %4, float* nocapture writeonly %5, i32 %6, i32 %7, i32* nocapture %8) {
%10 = add i32 %6, 1
%11 = sext i32 %10 to i64
%12 = tail call i8* @calloc(i64 %11, i64 4)
%13 = bitcast i8* %12 to i32*
%14 = tail call i8* @calloc(i64 %11, i64 4)
%15 = bitcast i8* %14 to float*
%16 = icmp sgt i32 %0, 0
br i1 %16, label %17, label %19
17: ; preds = %9
%18 = zext i32 %0 to i64
br label %23
19: ; preds = %40, %9
%20 = icmp slt i32 %6, 1
br i1 %20, label %60, label %21
21: ; preds = %19
%22 = zext i32 %10 to i64
br label %43
23: ; preds = %17, %40
%24 = phi i64 [ 0, %17 ], [ %41, %40 ]
%25 = getelementptr inbounds i16, i16* %2, i64 %24
%26 = load i16, i16* %25
%27 = icmp eq i16 %26, 0
br i1 %27, label %28, label %40
28: ; preds = %23
%29 = getelementptr inbounds float, float* %1, i64 %24
%30 = load float, float* %29
%31 = getelementptr inbounds i8, i8* %3, i64 %24
%32 = load i8, i8* %31
%33 = zext i8 %32 to i64
%34 = getelementptr inbounds float, float* %15, i64 %33
%35 = load float, float* %34
%36 = fadd float %30, %35
store float %36, float* %34
%37 = getelementptr inbounds i32, i32* %13, i64 %33
%38 = load i32, i32* %37
%39 = add nsw i32 %38, 1
store i32 %39, i32* %37
br label %40
40: ; preds = %23, %28
%41 = add nuw nsw i64 %24, 1
%42 = icmp eq i64 %41, %18
br i1 %42, label %19, label %23
43: ; preds = %21, %54
%44 = phi i64 [ 1, %21 ], [ %58, %54 ]
%45 = phi i32 [ 0, %21 ], [ %57, %54 ]
%46 = getelementptr inbounds i32, i32* %13, i64 %44
%47 = load i32, i32* %46
%48 = icmp sgt i32 %47, 0
br i1 %48, label %49, label %54
49: ; preds = %43
%50 = getelementptr inbounds float, float* %15, i64 %44
%51 = load float, float* %50
%52 = sitofp i32 %47 to float
%53 = fdiv float %51, %52
store float %53, float* %50
br label %54
54: ; preds = %43, %49
%55 = phi i32 [ 0, %49 ], [ 1, %43 ]
%56 = getelementptr inbounds i32, i32* %8, i64 %44
store i32 %55, i32* %56
%57 = add nuw nsw i32 %55, %45
%58 = add nuw nsw i64 %44, 1
%59 = icmp eq i64 %58, %22
br i1 %59, label %60, label %43
60: ; preds = %54, %19
%61 = phi i32 [ 0, %19 ], [ %57, %54 ]
%62 = tail call i8* @calloc(i64 %11, i64 4)
%63 = bitcast i8* %62 to float*
br i1 %16, label %64, label %66
64: ; preds = %60
%65 = zext i32 %0 to i64
br label %69
66: ; preds = %86, %60
br i1 %20, label %129, label %67
67: ; preds = %66
%68 = zext i32 %10 to i64
br label %89
69: ; preds = %64, %86
%70 = phi i64 [ 0, %64 ], [ %87, %86 ]
%71 = getelementptr inbounds i16, i16* %2, i64 %70
%72 = load i16, i16* %71
%73 = icmp eq i16 %72, 0
br i1 %73, label %74, label %86
74: ; preds = %69
%75 = getelementptr inbounds float, float* %1, i64 %70
%76 = load float, float* %75
%77 = getelementptr inbounds i8, i8* %3, i64 %70
%78 = load i8, i8* %77
%79 = zext i8 %78 to i64
%80 = getelementptr inbounds float, float* %15, i64 %79
%81 = load float, float* %80
%82 = fsub float %76, %81
%83 = getelementptr inbounds float, float* %63, i64 %79
%84 = load float, float* %83
%85 = tail call float @llvm.fmuladd.f32(float %82, float %82, float %84)
store float %85, float* %83
br label %86
86: ; preds = %69, %74
%87 = add nuw nsw i64 %70, 1
%88 = icmp eq i64 %87, %65
br i1 %88, label %66, label %69
89: ; preds = %67, %124
%90 = phi i64 [ 1, %67 ], [ %127, %124 ]
%91 = getelementptr inbounds i32, i32* %13, i64 %90
%92 = load i32, i32* %91
%93 = icmp sgt i32 %92, 0
br i1 %93, label %94, label %100
94: ; preds = %89
%95 = getelementptr inbounds float, float* %63, i64 %90
%96 = load float, float* %95
%97 = sitofp i32 %92 to float
%98 = fdiv float %96, %97
%99 = tail call float @sqrtf(float %98)
store float %99, float* %95
br label %100
100: ; preds = %94, %89
switch i32 %7, label %101 [
i32 0, label %104
i32 1, label %114
]
101: ; preds = %100
%102 = getelementptr inbounds float, float* %63, i64 %90
%103 = load float, float* %102
br label %124
104: ; preds = %100
%105 = getelementptr inbounds float, float* %15, i64 %90
%106 = load float, float* %105
%107 = fpext float %106 to double
%108 = getelementptr inbounds float, float* %63, i64 %90
%109 = load float, float* %108
%110 = fpext float %109 to double
%111 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %110, double 1.000000e-01, double %107)
%112 = fptrunc double %111 to float
%113 = getelementptr inbounds float, float* %4, i64 %90
store float %112, float* %113
br label %124
114: ; preds = %100
%115 = getelementptr inbounds float, float* %15, i64 %90
%116 = load float, float* %115
%117 = fpext float %116 to double
%118 = getelementptr inbounds float, float* %63, i64 %90
%119 = load float, float* %118
%120 = fpext float %119 to double
%121 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %120, double -3.500000e-01, double %117)
%122 = fptrunc double %121 to float
%123 = getelementptr inbounds float, float* %4, i64 %90
store float %122, float* %123
br label %124
124: ; preds = %101, %114, %104
%125 = phi float [ %103, %101 ], [ %119, %114 ], [ %109, %104 ]
%126 = getelementptr inbounds float, float* %5, i64 %90
store float %125, float* %126
%127 = add nuw nsw i64 %90, 1
%128 = icmp eq i64 %127, %68
br i1 %128, label %129, label %89
129: ; preds = %124, %66
tail call void @free(i8* %62)
tail call void @free(i8* %12)
tail call void @free(i8* %14)
ret i32 %61
}