void InitEtaN(int **etaN, const int *nicks, int seqlength) {
  int i, j, k, nick;
  int indexE;
  for (i = 0; i <= seqlength - 1; i++) {
    for (j = i - 1; j <= seqlength - 1; j++) {
      indexE = ((j) == (i)-1 ? (seqlength) * ((seqlength) + 1) / 2 + (i)
                             : ((i) * (seqlength) + (j) - (i) * (1 + (i)) / 2));
      etaN[indexE] = (int *)malloc(2 * sizeof(int));
      etaN[indexE][0] = 0;
      etaN[indexE][1] = -1;
    }
  }
  k = 0;
  nick = nicks[k];
  while (nick != -1) {
    for (i = 0; i <= nick; i++) {
      for (j = nick; j <= seqlength - 1; j++) {
        indexE =
            ((j) == (i)-1 ? (seqlength) * ((seqlength) + 1) / 2 + (i)
                          : ((i) * (seqlength) + (j) - (i) * (1 + (i)) / 2));
        etaN[indexE][0]++;
        if (etaN[indexE][1] == -1) {
          etaN[indexE][1] = k;
        }
      }
    }
    nick = nicks[++k];
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<InitEtaN>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x40,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
movl   $0x0,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jg     1215 <InitEtaN+0x105>
mov    -0x18(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jg     1202 <InitEtaN+0xf2>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
mov    -0x18(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jne    1185 <InitEtaN+0x75>
mov    -0x14(%rbp),%eax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
imul   %ecx,%eax
mov    $0x2,%ecx
cltd
idiv   %ecx
add    -0x18(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    11b0 <InitEtaN+0xa0>
mov    -0x18(%rbp),%eax
imul   -0x14(%rbp),%eax
add    -0x1c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
mov    -0x18(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
imul   %ecx,%eax
mov    $0x2,%ecx
cltd
idiv   %ecx
mov    %eax,%ecx
mov    -0x30(%rbp),%eax
sub    %ecx,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    $0x8,%edi
call   1030 <malloc@plt>
mov    %rax,%rdx
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    %rdx,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movl   $0x0,(%rax)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movl   $0xffffffff,0x4(%rax)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    1144 <InitEtaN+0x34>
jmp    1207 <InitEtaN+0xf7>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    112a <InitEtaN+0x1a>
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
cmpl   $0xffffffff,-0x24(%rbp)
je     133b <InitEtaN+0x22b>
movl   $0x0,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jg     1320 <InitEtaN+0x210>
mov    -0x24(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jg     130d <InitEtaN+0x1fd>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
mov    -0x18(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jne    128e <InitEtaN+0x17e>
mov    -0x14(%rbp),%eax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
imul   %ecx,%eax
mov    $0x2,%ecx
cltd
idiv   %ecx
add    -0x18(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    12b9 <InitEtaN+0x1a9>
mov    -0x18(%rbp),%eax
imul   -0x14(%rbp),%eax
add    -0x1c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
mov    -0x18(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
imul   %ecx,%eax
mov    $0x2,%ecx
cltd
idiv   %ecx
mov    %eax,%ecx
mov    -0x38(%rbp),%eax
sub    %ecx,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    (%rax),%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    %ecx,(%rax)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
cmpl   $0xffffffff,0x4(%rax)
jne    12fa <InitEtaN+0x1ea>
mov    -0x20(%rbp),%ecx
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rdx
mov    (%rax,%rdx,8),%rax
mov    %ecx,0x4(%rax)
jmp    12ff <InitEtaN+0x1ef>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    124d <InitEtaN+0x13d>
jmp    1312 <InitEtaN+0x202>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    123b <InitEtaN+0x12b>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x20(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
mov    %ecx,-0x20(%rbp)
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    122a <InitEtaN+0x11a>
add    $0x40,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<InitEtaN>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x38,%rsp
mov    %edx,%r15d
mov    %rsi,0x20(%rsp)
mov    %rdi,%rbx
test   %edx,%edx
jle    11f0 <InitEtaN+0xe0>
lea    0x1(%r15),%r12d
mov    %r12d,%eax
imul   %r15d,%eax
mov    %eax,%edx
shr    $0x1f,%edx
add    %eax,%edx
sar    %edx
mov    %edx,0x8(%rsp)
mov    $0xffffffff,%edx
mov    $0x2,%eax
xor    %esi,%esi
movabs $0xffffffff00000000,%r14
ff ff ff
mov    %r12d,0xc(%rsp)
xor    %ebp,%ebp
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
mov    %eax,0x18(%rsp)
mov    %esi,0x14(%rsp)
mov    %esi,%eax
shr    %eax
mov    %edx,0x1c(%rsp)
sub    %eax,%edx
mov    %rdx,0x28(%rsp)
lea    0x1(%rbp),%eax
mov    %eax,0x10(%rsp)
add    0x8(%rsp),%ebp
mov    %rbp,0x30(%rsp)
xor    %r13d,%r13d
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
mov    0x28(%rsp),%rax
lea    (%rax,%r13,1),%ebp
test   %r13d,%r13d
cmove  0x30(%rsp),%ebp
mov    $0x8,%edi
call   1030 <malloc@plt>
movslq %ebp,%rcx
mov    %rax,(%rbx,%rcx,8)
mov    %r14,(%rax)
add    $0x1,%r13d
cmp    %r13d,%r12d
jne    11a0 <InitEtaN+0x90>
add    $0xffffffff,%r12d
mov    0x1c(%rsp),%edx
add    0xc(%rsp),%edx
mov    0x18(%rsp),%eax
mov    0x14(%rsp),%esi
add    %eax,%esi
add    $0x2,%eax
mov    0x10(%rsp),%ebp
cmp    %r15d,%ebp
jne    1170 <InitEtaN+0x60>
mov    0x20(%rsp),%r14
mov    (%r14),%r10d
cmp    $0xffffffff,%r10d
je     12a6 <InitEtaN+0x196>
lea    0x1(%r15),%eax
imul   %r15d,%eax
mov    %eax,%r8d
shr    $0x1f,%r8d
add    %eax,%r8d
sar    %r8d
xor    %edx,%edx
jmp    122f <InitEtaN+0x11f>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
mov    0x4(%r14,%rdx,4),%r10d
add    $0x1,%rdx
cmp    $0xffffffff,%r10d
je     12a6 <InitEtaN+0x196>
test   %r10d,%r10d
js     1220 <InitEtaN+0x110>
lea    0x1(%r10),%r9d
xor    %edi,%edi
jmp    124e <InitEtaN+0x13e>
nopl   0x0(%rax)
add    $0x1,%edi
mov    %edi,%r11d
mov    %r11d,%edi
cmp    %r9d,%r11d
je     1220 <InitEtaN+0x110>
cmp    %r15d,%r10d
jge    1240 <InitEtaN+0x130>
lea    -0x1(%rdi),%ecx
mov    %edi,%esi
imul   %r15d,%esi
lea    0x1(%rdi),%r11d
mov    %r11d,%eax
imul   %edi,%eax
shr    %eax
sub    %eax,%esi
add    %r8d,%edi
mov    %r10d,%eax
jmp    1288 <InitEtaN+0x178>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
add    $0x1,%eax
cmp    %eax,%r15d
je     1246 <InitEtaN+0x136>
lea    (%rsi,%rax,1),%ebp
cmp    %eax,%ecx
cmove  %edi,%ebp
movslq %ebp,%rbp
mov    (%rbx,%rbp,8),%rbp
addl   $0x1,0x0(%rbp)
cmpl   $0xffffffff,0x4(%rbp)
jne    1280 <InitEtaN+0x170>
mov    %edx,0x4(%rbp)
jmp    1280 <InitEtaN+0x170>
add    $0x38,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @InitEtaN(i32** %0, i32* %1, i32 %2) {
%4 = alloca i32**
%5 = alloca i32*
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
store i32** %0, i32*** %4
store i32* %1, i32** %5
store i32 %2, i32* %6
store i32 0, i32* %7
br label %12
12: ; preds = %74, %3
%13 = load i32, i32* %7
%14 = load i32, i32* %6
%15 = sub nsw i32 %14, 1
%16 = icmp sle i32 %13, %15
br i1 %16, label %17, label %77
17: ; preds = %12
%18 = load i32, i32* %7
%19 = sub nsw i32 %18, 1
store i32 %19, i32* %8
br label %20
20: ; preds = %70, %17
%21 = load i32, i32* %8
%22 = load i32, i32* %6
%23 = sub nsw i32 %22, 1
%24 = icmp sle i32 %21, %23
br i1 %24, label %25, label %73
25: ; preds = %20
%26 = load i32, i32* %8
%27 = load i32, i32* %7
%28 = sub nsw i32 %27, 1
%29 = icmp eq i32 %26, %28
br i1 %29, label %30, label %38
30: ; preds = %25
%31 = load i32, i32* %6
%32 = load i32, i32* %6
%33 = add nsw i32 %32, 1
%34 = mul nsw i32 %31, %33
%35 = sdiv i32 %34, 2
%36 = load i32, i32* %7
%37 = add nsw i32 %35, %36
br label %50
38: ; preds = %25
%39 = load i32, i32* %7
%40 = load i32, i32* %6
%41 = mul nsw i32 %39, %40
%42 = load i32, i32* %8
%43 = add nsw i32 %41, %42
%44 = load i32, i32* %7
%45 = load i32, i32* %7
%46 = add nsw i32 1, %45
%47 = mul nsw i32 %44, %46
%48 = sdiv i32 %47, 2
%49 = sub nsw i32 %43, %48
br label %50
50: ; preds = %38, %30
%51 = phi i32 [ %37, %30 ], [ %49, %38 ]
store i32 %51, i32* %11
%52 = call i8* @malloc(i64 8)
%53 = bitcast i8* %52 to i32*
%54 = load i32**, i32*** %4
%55 = load i32, i32* %11
%56 = sext i32 %55 to i64
%57 = getelementptr inbounds i32*, i32** %54, i64 %56
store i32* %53, i32** %57
%58 = load i32**, i32*** %4
%59 = load i32, i32* %11
%60 = sext i32 %59 to i64
%61 = getelementptr inbounds i32*, i32** %58, i64 %60
%62 = load i32*, i32** %61
%63 = getelementptr inbounds i32, i32* %62, i64 0
store i32 0, i32* %63
%64 = load i32**, i32*** %4
%65 = load i32, i32* %11
%66 = sext i32 %65 to i64
%67 = getelementptr inbounds i32*, i32** %64, i64 %66
%68 = load i32*, i32** %67
%69 = getelementptr inbounds i32, i32* %68, i64 1
store i32 -1, i32* %69
br label %70
70: ; preds = %50
%71 = load i32, i32* %8
%72 = add nsw i32 %71, 1
store i32 %72, i32* %8
br label %20
73: ; preds = %20
br label %74
74: ; preds = %73
%75 = load i32, i32* %7
%76 = add nsw i32 %75, 1
store i32 %76, i32* %7
br label %12
77: ; preds = %12
store i32 0, i32* %9
%78 = load i32*, i32** %5
%79 = load i32, i32* %9
%80 = sext i32 %79 to i64
%81 = getelementptr inbounds i32, i32* %78, i64 %80
%82 = load i32, i32* %81
store i32 %82, i32* %10
br label %83
83: ; preds = %157, %77
%84 = load i32, i32* %10
%85 = icmp ne i32 %84, -1
br i1 %85, label %86, label %164
86: ; preds = %83
store i32 0, i32* %7
br label %87
87: ; preds = %154, %86
%88 = load i32, i32* %7
%89 = load i32, i32* %10
%90 = icmp sle i32 %88, %89
br i1 %90, label %91, label %157
91: ; preds = %87
%92 = load i32, i32* %10
store i32 %92, i32* %8
br label %93
93: ; preds = %150, %91
%94 = load i32, i32* %8
%95 = load i32, i32* %6
%96 = sub nsw i32 %95, 1
%97 = icmp sle i32 %94, %96
br i1 %97, label %98, label %153
98: ; preds = %93
%99 = load i32, i32* %8
%100 = load i32, i32* %7
%101 = sub nsw i32 %100, 1
%102 = icmp eq i32 %99, %101
br i1 %102, label %103, label %111
103: ; preds = %98
%104 = load i32, i32* %6
%105 = load i32, i32* %6
%106 = add nsw i32 %105, 1
%107 = mul nsw i32 %104, %106
%108 = sdiv i32 %107, 2
%109 = load i32, i32* %7
%110 = add nsw i32 %108, %109
br label %123
111: ; preds = %98
%112 = load i32, i32* %7
%113 = load i32, i32* %6
%114 = mul nsw i32 %112, %113
%115 = load i32, i32* %8
%116 = add nsw i32 %114, %115
%117 = load i32, i32* %7
%118 = load i32, i32* %7
%119 = add nsw i32 1, %118
%120 = mul nsw i32 %117, %119
%121 = sdiv i32 %120, 2
%122 = sub nsw i32 %116, %121
br label %123
123: ; preds = %111, %103
%124 = phi i32 [ %110, %103 ], [ %122, %111 ]
store i32 %124, i32* %11
%125 = load i32**, i32*** %4
%126 = load i32, i32* %11
%127 = sext i32 %126 to i64
%128 = getelementptr inbounds i32*, i32** %125, i64 %127
%129 = load i32*, i32** %128
%130 = getelementptr inbounds i32, i32* %129, i64 0
%131 = load i32, i32* %130
%132 = add nsw i32 %131, 1
store i32 %132, i32* %130
%133 = load i32**, i32*** %4
%134 = load i32, i32* %11
%135 = sext i32 %134 to i64
%136 = getelementptr inbounds i32*, i32** %133, i64 %135
%137 = load i32*, i32** %136
%138 = getelementptr inbounds i32, i32* %137, i64 1
%139 = load i32, i32* %138
%140 = icmp eq i32 %139, -1
br i1 %140, label %141, label %149
141: ; preds = %123
%142 = load i32, i32* %9
%143 = load i32**, i32*** %4
%144 = load i32, i32* %11
%145 = sext i32 %144 to i64
%146 = getelementptr inbounds i32*, i32** %143, i64 %145
%147 = load i32*, i32** %146
%148 = getelementptr inbounds i32, i32* %147, i64 1
store i32 %142, i32* %148
br label %149
149: ; preds = %141, %123
br label %150
150: ; preds = %149
%151 = load i32, i32* %8
%152 = add nsw i32 %151, 1
store i32 %152, i32* %8
br label %93
153: ; preds = %93
br label %154
154: ; preds = %153
%155 = load i32, i32* %7
%156 = add nsw i32 %155, 1
store i32 %156, i32* %7
br label %87
157: ; preds = %87
%158 = load i32*, i32** %5
%159 = load i32, i32* %9
%160 = add nsw i32 %159, 1
store i32 %160, i32* %9
%161 = sext i32 %160 to i64
%162 = getelementptr inbounds i32, i32* %158, i64 %161
%163 = load i32, i32* %162
store i32 %163, i32* %10
br label %83
164: ; preds = %83
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @InitEtaN(i32** nocapture %0, i32* nocapture %1, i32 %2) {
%4 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %4, label %5, label %9
5: ; preds = %3
%6 = add nuw nsw i32 %2, 1
%7 = mul nsw i32 %6, %2
%8 = sdiv i32 %7, 2
br label %16
9: ; preds = %38, %3
%10 = load i32, i32* %1
%11 = icmp eq i32 %10, -1
br i1 %11, label %85, label %12
12: ; preds = %9
%13 = add nsw i32 %2, 1
%14 = mul nsw i32 %13, %2
%15 = sdiv i32 %14, 2
br label %40
16: ; preds = %38, %5
%17 = phi i32 [ 0, %5 ], [ %20, %38 ]
%18 = add nsw i32 %17, -1
%19 = mul nsw i32 %17, %2
%20 = add nuw nsw i32 %17, 1
%21 = mul nsw i32 %20, %17
%22 = lshr i32 %21, 1
%23 = sub i32 %19, %22
%24 = add nsw i32 %17, %8
br label %25
25: ; preds = %16, %25
%26 = phi i32 [ %18, %16 ], [ %36, %25 ]
%27 = icmp eq i32 %26, %18
%28 = add i32 %23, %26
%29 = select i1 %27, i32 %24, i32 %28
%30 = tail call dereferenceable_or_null(8) i8* @malloc(i64 8)
%31 = bitcast i8* %30 to i32*
%32 = sext i32 %29 to i64
%33 = getelementptr inbounds i32*, i32** %0, i64 %32
%34 = bitcast i32** %33 to i8**
store i8* %30, i8** %34
store i32 0, i32* %31
%35 = getelementptr inbounds i32, i32* %31, i64 1
store i32 -1, i32* %35
%36 = add nsw i32 %26, 1
%37 = icmp eq i32 %36, %2
br i1 %37, label %38, label %25
38: ; preds = %25
%39 = icmp eq i32 %20, %2
br i1 %39, label %9, label %16
40: ; preds = %12, %80
%41 = phi i64 [ 0, %12 ], [ %81, %80 ]
%42 = phi i32 [ %10, %12 ], [ %83, %80 ]
%43 = icmp slt i32 %42, 0
br i1 %43, label %80, label %44
44: ; preds = %40
%45 = icmp slt i32 %42, %2
%46 = add nuw i32 %42, 1
%47 = trunc i64 %41 to i32
br label %48
48: ; preds = %44, %77
%49 = phi i32 [ 0, %44 ], [ %78, %77 ]
br i1 %45, label %52, label %50
50: ; preds = %48
%51 = add nuw i32 %49, 1
br label %77
52: ; preds = %48
%53 = add nsw i32 %49, -1
%54 = mul nsw i32 %49, %2
%55 = add nuw i32 %49, 1
%56 = mul nsw i32 %55, %49
%57 = lshr i32 %56, 1
%58 = sub i32 %54, %57
%59 = add nsw i32 %49, %15
br label %60
60: ; preds = %52, %74
%61 = phi i32 [ %42, %52 ], [ %75, %74 ]
%62 = icmp eq i32 %61, %53
%63 = add i32 %58, %61
%64 = select i1 %62, i32 %59, i32 %63
%65 = sext i32 %64 to i64
%66 = getelementptr inbounds i32*, i32** %0, i64 %65
%67 = load i32*, i32** %66
%68 = load i32, i32* %67
%69 = add nsw i32 %68, 1
store i32 %69, i32* %67
%70 = getelementptr inbounds i32, i32* %67, i64 1
%71 = load i32, i32* %70
%72 = icmp eq i32 %71, -1
br i1 %72, label %73, label %74
73: ; preds = %60
store i32 %47, i32* %70
br label %74
74: ; preds = %60, %73
%75 = add nsw i32 %61, 1
%76 = icmp eq i32 %75, %2
br i1 %76, label %77, label %60
77: ; preds = %74, %50
%78 = phi i32 [ %51, %50 ], [ %55, %74 ]
%79 = icmp eq i32 %78, %46
br i1 %79, label %80, label %48
80: ; preds = %77, %40
%81 = add nuw i64 %41, 1
%82 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %81
%83 = load i32, i32* %82
%84 = icmp eq i32 %83, -1
br i1 %84, label %85, label %40
85: ; preds = %80, %9
ret void
}