#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
scalar_t__ malloc(int);
int strlen(char *);
int *encodeSeq(char *seq) {
  int *encoded;
  int i;
  char c;
  encoded = (int *)malloc(sizeof(int) * (strlen(seq) + 1));
  i = 0;
  while (c = seq[i]) {
    switch (c) {
    case 'A':
    case 'a':
      encoded[i++] = 0;
      break;
    case 'C':
    case 'c':
      encoded[i++] = 1;
      break;
    case 'G':
    case 'g':
      encoded[i++] = 2;
      break;
    case 'T':
    case 't':
    case 'U':
    case 'u':
      encoded[i++] = 3;
      break;
    case '-':
    case '.':
      encoded[i++] = 4;
      break;
    default:
      encoded[i++] = 5;
    }
  }
  encoded[i] = -1;
  return encoded;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<encodeSeq>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x20,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
add    $0x1,%eax
cltq
shl    $0x2,%rax
mov    %eax,%edi
call   1040 <malloc@plt>
mov    %rax,-0x10(%rbp)
movl   $0x0,-0x14(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%al
mov    %al,-0x15(%rbp)
cmp    $0x0,%al
je     1244 <encodeSeq+0x124>
movsbl -0x15(%rbp),%eax
add    $0xffffffd3,%eax
mov    %eax,%ecx
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
sub    $0x48,%eax
ja     1226 <encodeSeq+0x106>
mov    -0x20(%rbp),%rax
lea    0xe79(%rip),%rcx
movslq (%rcx,%rax,4),%rax
add    %rcx,%rax
jmp    *%rax
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,-0x14(%rbp)
movslq %ecx,%rcx
movl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jmp    123f <encodeSeq+0x11f>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,-0x14(%rbp)
movslq %ecx,%rcx
movl   $0x1,(%rax,%rcx,4)
jmp    123f <encodeSeq+0x11f>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,-0x14(%rbp)
movslq %ecx,%rcx
movl   $0x2,(%rax,%rcx,4)
jmp    123f <encodeSeq+0x11f>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,-0x14(%rbp)
movslq %ecx,%rcx
movl   $0x3,(%rax,%rcx,4)
jmp    123f <encodeSeq+0x11f>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,-0x14(%rbp)
movslq %ecx,%rcx
movl   $0x4,(%rax,%rcx,4)
jmp    123f <encodeSeq+0x11f>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x14(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,-0x14(%rbp)
movslq %ecx,%rcx
movl   $0x5,(%rax,%rcx,4)
jmp    1150 <encodeSeq+0x30>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
movl   $0xffffffff,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x10(%rbp),%rax
add    $0x20,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<encodeSeq>:
push   %r14
push   %rbx
push   %rax
mov    %rdi,%r14
call   1030 <strlen@plt>
lea    0x4(,%rax,4),%edi
call   1040 <malloc@plt>
mov    (%r14),%bl
xor    %ecx,%ecx
test   %bl,%bl
je     1195 <encodeSeq+0x75>
lea    0xeb8(%rip),%rdx
jmp    1161 <encodeSeq+0x41>
mov    $0x4,%esi
nop
mov    %esi,(%rax,%rcx,4)
movzbl 0x1(%r14,%rcx,1),%ebx
add    $0x1,%rcx
test   %bl,%bl
je     1193 <encodeSeq+0x73>
movsbl %bl,%esi
add    $0xffffffd3,%esi
cmp    $0x48,%esi
ja     118c <encodeSeq+0x6c>
movslq (%rdx,%rsi,4),%rdi
add    %rdx,%rdi
xor    %esi,%esi
jmp    *%rdi
mov    $0x3,%esi
jmp    1150 <encodeSeq+0x30>
mov    $0x1,%esi
jmp    1150 <encodeSeq+0x30>
mov    $0x2,%esi
jmp    1150 <encodeSeq+0x30>
mov    $0x5,%esi
jmp    1150 <encodeSeq+0x30>
mov    %ecx,%ecx
movl   $0xffffffff,(%rax,%rcx,4)
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r14
ret

LLVM IR (-O0):
define i32* @encodeSeq(i8* %0) {
%2 = alloca i8*
%3 = alloca i32*
%4 = alloca i32
%5 = alloca i8
store i8* %0, i8** %2
%6 = load i8*, i8** %2
%7 = call i32 @strlen(i8* %6)
%8 = add nsw i32 %7, 1
%9 = sext i32 %8 to i64
%10 = mul i64 4, %9
%11 = trunc i64 %10 to i32
%12 = call i64 @malloc(i32 %11)
%13 = inttoptr i64 %12 to i32*
store i32* %13, i32** %3
store i32 0, i32* %4
br label %14
14: ; preds = %60, %1
%15 = load i8*, i8** %2
%16 = load i32, i32* %4
%17 = sext i32 %16 to i64
%18 = getelementptr inbounds i8, i8* %15, i64 %17
%19 = load i8, i8* %18
store i8 %19, i8* %5
%20 = icmp ne i8 %19, 0
br i1 %20, label %21, label %61
21: ; preds = %14
%22 = load i8, i8* %5
%23 = sext i8 %22 to i32
switch i32 %23, label %54 [
i32 65, label %24
i32 97, label %24
i32 67, label %30
i32 99, label %30
i32 71, label %36
i32 103, label %36
i32 84, label %42
i32 116, label %42
i32 85, label %42
i32 117, label %42
i32 45, label %48
i32 46, label %48
]
24: ; preds = %21, %21
%25 = load i32*, i32** %3
%26 = load i32, i32* %4
%27 = add nsw i32 %26, 1
store i32 %27, i32* %4
%28 = sext i32 %26 to i64
%29 = getelementptr inbounds i32, i32* %25, i64 %28
store i32 0, i32* %29
br label %60
30: ; preds = %21, %21
%31 = load i32*, i32** %3
%32 = load i32, i32* %4
%33 = add nsw i32 %32, 1
store i32 %33, i32* %4
%34 = sext i32 %32 to i64
%35 = getelementptr inbounds i32, i32* %31, i64 %34
store i32 1, i32* %35
br label %60
36: ; preds = %21, %21
%37 = load i32*, i32** %3
%38 = load i32, i32* %4
%39 = add nsw i32 %38, 1
store i32 %39, i32* %4
%40 = sext i32 %38 to i64
%41 = getelementptr inbounds i32, i32* %37, i64 %40
store i32 2, i32* %41
br label %60
42: ; preds = %21, %21, %21, %21
%43 = load i32*, i32** %3
%44 = load i32, i32* %4
%45 = add nsw i32 %44, 1
store i32 %45, i32* %4
%46 = sext i32 %44 to i64
%47 = getelementptr inbounds i32, i32* %43, i64 %46
store i32 3, i32* %47
br label %60
48: ; preds = %21, %21
%49 = load i32*, i32** %3
%50 = load i32, i32* %4
%51 = add nsw i32 %50, 1
store i32 %51, i32* %4
%52 = sext i32 %50 to i64
%53 = getelementptr inbounds i32, i32* %49, i64 %52
store i32 4, i32* %53
br label %60
54: ; preds = %21
%55 = load i32*, i32** %3
%56 = load i32, i32* %4
%57 = add nsw i32 %56, 1
store i32 %57, i32* %4
%58 = sext i32 %56 to i64
%59 = getelementptr inbounds i32, i32* %55, i64 %58
store i32 5, i32* %59
br label %60
60: ; preds = %54, %48, %42, %36, %30, %24
br label %14
61: ; preds = %14
%62 = load i32*, i32** %3
%63 = load i32, i32* %4
%64 = sext i32 %63 to i64
%65 = getelementptr inbounds i32, i32* %62, i64 %64
store i32 -1, i32* %65
%66 = load i32*, i32** %3
ret i32* %66
}

LLVM IR (-O2):
define i32* @encodeSeq(i8* %0) {
%2 = tail call i32 @strlen(i8* %0)
%3 = shl i32 %2, 2
%4 = add i32 %3, 4
%5 = tail call i64 @malloc(i32 %4)
%6 = inttoptr i64 %5 to i32*
%7 = load i8, i8* %0
%8 = icmp eq i8 %7, 0
br i1 %8, label %27, label %9
9: ; preds = %1, %18
%10 = phi i64 [ %21, %18 ], [ 0, %1 ]
%11 = phi i8 [ %23, %18 ], [ %7, %1 ]
%12 = sext i8 %11 to i32
switch i32 %12, label %17 [
i32 65, label %18
i32 97, label %18
i32 67, label %13
i32 99, label %13
i32 71, label %14
i32 103, label %14
i32 84, label %15
i32 116, label %15
i32 85, label %15
i32 117, label %15
i32 45, label %16
i32 46, label %16
]
13: ; preds = %9, %9
br label %18
14: ; preds = %9, %9
br label %18
15: ; preds = %9, %9, %9, %9
br label %18
16: ; preds = %9, %9
br label %18
17: ; preds = %9
br label %18
18: ; preds = %9, %9, %17, %16, %15, %14, %13
%19 = phi i32 [ 5, %17 ], [ 4, %16 ], [ 3, %15 ], [ 2, %14 ], [ 1, %13 ], [ 0, %9 ], [ 0, %9 ]
%20 = getelementptr inbounds i32, i32* %6, i64 %10
store i32 %19, i32* %20
%21 = add nuw i64 %10, 1
%22 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %21
%23 = load i8, i8* %22
%24 = icmp eq i8 %23, 0
br i1 %24, label %25, label %9
25: ; preds = %18
%26 = and i64 %21, 4294967295
br label %27
27: ; preds = %25, %1
%28 = phi i64 [ 0, %1 ], [ %26, %25 ]
%29 = getelementptr inbounds i32, i32* %6, i64 %28
store i32 -1, i32* %29
ret i32* %6
}