double calc_segsites(int sum, int freq[], int nsites, char **val, int nhap,
                     int *lsnp) {
  int csite, chap, ip;
  double nS;
  nS = 0;
  for (chap = 0; chap < nhap; ++chap)
    if (freq[chap] > 0)
      break;
  ip = chap;
  for (csite = 0; csite < nsites; ++csite) {
    for (chap = 1; chap < nhap; ++chap) {
      if (freq[chap] == 0)
        continue;
      if (val[chap][csite] != val[ip][csite]) {
        nS++;
        lsnp[csite] = 1;
        break;
      }
    }
  }
  return nS;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<calc_segsites>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %rcx,-0x20(%rbp)
mov    %r8d,-0x24(%rbp)
mov    %r9,-0x30(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x48(%rbp)
movl   $0x0,-0x38(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jge    115f <calc_segsites+0x5f>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jle    114c <calc_segsites+0x4c>
jmp    115f <calc_segsites+0x5f>
jmp    1151 <calc_segsites+0x51>
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
jmp    1129 <calc_segsites+0x29>
mov    -0x38(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
movl   $0x0,-0x34(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    121e <calc_segsites+0x11e>
movl   $0x1,-0x38(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%eax
cmp    -0x24(%rbp),%eax
jge    120b <calc_segsites+0x10b>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
cmpl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
jne    11a2 <calc_segsites+0xa2>
jmp    11fd <calc_segsites+0xfd>
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq -0x38(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
movslq -0x3c(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rcx
movslq -0x34(%rbp),%rdx
movsbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
cmp    %ecx,%eax
je     11f8 <calc_segsites+0xf8>
movsd  0xe26(%rip),%xmm0
addsd  -0x48(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x48(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%rax
movslq -0x34(%rbp),%rcx
movl   $0x1,(%rax,%rcx,4)
jmp    120b <calc_segsites+0x10b>
jmp    11fd <calc_segsites+0xfd>
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
jmp    117f <calc_segsites+0x7f>
jmp    1210 <calc_segsites+0x110>
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
jmp    116c <calc_segsites+0x6c>
movsd  -0x48(%rbp),%xmm0
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<calc_segsites>:
push   %r14
push   %rbx
mov    %r8d,%r14d
xor    %edi,%edi
test   %r8d,%r8d
jle    1122 <calc_segsites+0x22>
nopl   (%rax)
cmpl   $0x0,(%rsi,%rdi,4)
jg     1122 <calc_segsites+0x22>
add    $0x1,%rdi
cmp    %rdi,%r14
jne    1110 <calc_segsites+0x10>
mov    %r14d,%edi
test   %edx,%edx
jle    118e <calc_segsites+0x8e>
mov    %edi,%r11d
mov    %edx,%r10d
xorpd  %xmm0,%xmm0
xor    %edx,%edx
movsd  0xec6(%rip),%xmm1
jmp    1149 <calc_segsites+0x49>
nopl   0x0(%rax)
add    $0x1,%rdx
cmp    %r10,%rdx
je     1192 <calc_segsites+0x92>
cmp    $0x2,%r8d
jl     1140 <calc_segsites+0x40>
mov    $0x1,%edi
jmp    1169 <calc_segsites+0x69>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%rdi
cmp    %rdi,%r14
je     1140 <calc_segsites+0x40>
cmpl   $0x0,(%rsi,%rdi,4)
je     1160 <calc_segsites+0x60>
mov    (%rcx,%rdi,8),%rbx
movzbl (%rbx,%rdx,1),%ebx
mov    (%rcx,%r11,8),%rax
cmp    (%rax,%rdx,1),%bl
je     1160 <calc_segsites+0x60>
addsd  %xmm1,%xmm0
movl   $0x1,(%r9,%rdx,4)
jmp    1140 <calc_segsites+0x40>
xorpd  %xmm0,%xmm0
pop    %rbx
pop    %r14
ret

LLVM IR (-O0):
define double @calc_segsites(i32 %0, i32* %1, i32 %2, i8** %3, i32 %4, i32* %5) {
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32*
%9 = alloca i32
%10 = alloca i8**
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32*
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
%15 = alloca i32
%16 = alloca double
store i32 %0, i32* %7
store i32* %1, i32** %8
store i32 %2, i32* %9
store i8** %3, i8*** %10
store i32 %4, i32* %11
store i32* %5, i32** %12
store double 0.000000e+00, double* %16
store i32 0, i32* %14
br label %17
17: ; preds = %30, %6
%18 = load i32, i32* %14
%19 = load i32, i32* %11
%20 = icmp slt i32 %18, %19
br i1 %20, label %21, label %33
21: ; preds = %17
%22 = load i32*, i32** %8
%23 = load i32, i32* %14
%24 = sext i32 %23 to i64
%25 = getelementptr inbounds i32, i32* %22, i64 %24
%26 = load i32, i32* %25
%27 = icmp sgt i32 %26, 0
br i1 %27, label %28, label %29
28: ; preds = %21
br label %33
29: ; preds = %21
br label %30
30: ; preds = %29
%31 = load i32, i32* %14
%32 = add nsw i32 %31, 1
store i32 %32, i32* %14
br label %17
33: ; preds = %28, %17
%34 = load i32, i32* %14
store i32 %34, i32* %15
store i32 0, i32* %13
br label %35
35: ; preds = %86, %33
%36 = load i32, i32* %13
%37 = load i32, i32* %9
%38 = icmp slt i32 %36, %37
br i1 %38, label %39, label %89
39: ; preds = %35
store i32 1, i32* %14
br label %40
40: ; preds = %82, %39
%41 = load i32, i32* %14
%42 = load i32, i32* %11
%43 = icmp slt i32 %41, %42
br i1 %43, label %44, label %85
44: ; preds = %40
%45 = load i32*, i32** %8
%46 = load i32, i32* %14
%47 = sext i32 %46 to i64
%48 = getelementptr inbounds i32, i32* %45, i64 %47
%49 = load i32, i32* %48
%50 = icmp eq i32 %49, 0
br i1 %50, label %51, label %52
51: ; preds = %44
br label %82
52: ; preds = %44
%53 = load i8**, i8*** %10
%54 = load i32, i32* %14
%55 = sext i32 %54 to i64
%56 = getelementptr inbounds i8*, i8** %53, i64 %55
%57 = load i8*, i8** %56
%58 = load i32, i32* %13
%59 = sext i32 %58 to i64
%60 = getelementptr inbounds i8, i8* %57, i64 %59
%61 = load i8, i8* %60
%62 = sext i8 %61 to i32
%63 = load i8**, i8*** %10
%64 = load i32, i32* %15
%65 = sext i32 %64 to i64
%66 = getelementptr inbounds i8*, i8** %63, i64 %65
%67 = load i8*, i8** %66
%68 = load i32, i32* %13
%69 = sext i32 %68 to i64
%70 = getelementptr inbounds i8, i8* %67, i64 %69
%71 = load i8, i8* %70
%72 = sext i8 %71 to i32
%73 = icmp ne i32 %62, %72
br i1 %73, label %74, label %81
74: ; preds = %52
%75 = load double, double* %16
%76 = fadd double %75, 1.000000e+00
store double %76, double* %16
%77 = load i32*, i32** %12
%78 = load i32, i32* %13
%79 = sext i32 %78 to i64
%80 = getelementptr inbounds i32, i32* %77, i64 %79
store i32 1, i32* %80
br label %85
81: ; preds = %52
br label %82
82: ; preds = %81, %51
%83 = load i32, i32* %14
%84 = add nsw i32 %83, 1
store i32 %84, i32* %14
br label %40
85: ; preds = %74, %40
br label %86
86: ; preds = %85
%87 = load i32, i32* %13
%88 = add nsw i32 %87, 1
store i32 %88, i32* %13
br label %35
89: ; preds = %35
%90 = load double, double* %16
ret double %90
}

LLVM IR (-O2):
define double @calc_segsites(i32 %0, i32* nocapture %1, i32 %2, i8** nocapture %3, i32 %4, i32* nocapture writeonly %5) {
%7 = icmp sgt i32 %4, 0
br i1 %7, label %8, label %20
8: ; preds = %6
%9 = zext i32 %4 to i64
br label %10
10: ; preds = %8, %15
%11 = phi i64 [ 0, %8 ], [ %16, %15 ]
%12 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %11
%13 = load i32, i32* %12
%14 = icmp sgt i32 %13, 0
br i1 %14, label %18, label %15
15: ; preds = %10
%16 = add nuw nsw i64 %11, 1
%17 = icmp eq i64 %16, %9
br i1 %17, label %20, label %10
18: ; preds = %10
%19 = trunc i64 %11 to i32
br label %20
20: ; preds = %15, %18, %6
%21 = phi i32 [ 0, %6 ], [ %19, %18 ], [ %4, %15 ]
%22 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %22, label %23, label %56
23: ; preds = %20
%24 = icmp sgt i32 %4, 1
%25 = zext i32 %21 to i64
%26 = getelementptr inbounds i8*, i8** %3, i64 %25
%27 = zext i32 %2 to i64
%28 = zext i32 %4 to i64
br label %29
29: ; preds = %23, %52
%30 = phi i64 [ 0, %23 ], [ %54, %52 ]
%31 = phi double [ 0.000000e+00, %23 ], [ %53, %52 ]
br i1 %24, label %32, label %52
32: ; preds = %29, %49
%33 = phi i64 [ %50, %49 ], [ 1, %29 ]
%34 = getelementptr inbounds i32, i32* %1, i64 %33
%35 = load i32, i32* %34
%36 = icmp eq i32 %35, 0
br i1 %36, label %49, label %37
37: ; preds = %32
%38 = getelementptr inbounds i8*, i8** %3, i64 %33
%39 = load i8*, i8** %38
%40 = getelementptr inbounds i8, i8* %39, i64 %30
%41 = load i8, i8* %40
%42 = load i8*, i8** %26
%43 = getelementptr inbounds i8, i8* %42, i64 %30
%44 = load i8, i8* %43
%45 = icmp eq i8 %41, %44
br i1 %45, label %49, label %46
46: ; preds = %37
%47 = fadd double %31, 1.000000e+00
%48 = getelementptr inbounds i32, i32* %5, i64 %30
store i32 1, i32* %48
br label %52
49: ; preds = %37, %32
%50 = add nuw nsw i64 %33, 1
%51 = icmp eq i64 %50, %28
br i1 %51, label %52, label %32
52: ; preds = %49, %29, %46
%53 = phi double [ %47, %46 ], [ %31, %29 ], [ %31, %49 ]
%54 = add nuw nsw i64 %30, 1
%55 = icmp eq i64 %54, %27
br i1 %55, label %56, label %29
56: ; preds = %52, %20
%57 = phi double [ 0.000000e+00, %20 ], [ %53, %52 ]
ret double %57
}