#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int sre_random();
int /*<<< orphan*/ strcpy(char *, char *);
int AlignmentShuffle(char **ali1, char **ali2, int nseq, int alen) {
  int i;
  int pos;
  char c;
  if (ali1 != ali2) {
    for (i = 0; i < nseq; i++)
      strcpy(ali1[i], ali2[i]);
  }
  for (i = 0; i < nseq; i++)
    ali1[i][alen] = '\0';
  for (; alen > 1; alen--) {
    pos = ((int)(sre_random() * (alen)));
    for (i = 0; i < nseq; i++) {
      c = ali1[i][pos];
      ali1[i][pos] = ali1[i][alen - 1];
      ali1[i][alen - 1] = c;
    }
  }
  return 1;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<AlignmentShuffle>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %ecx,-0x18(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
cmp    -0x10(%rbp),%rax
je     1187 <AlignmentShuffle+0x67>
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    1182 <AlignmentShuffle+0x62>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rsi
call   1030 <strcpy@plt>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    114b <AlignmentShuffle+0x2b>
jmp    1187 <AlignmentShuffle+0x67>
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    11bc <AlignmentShuffle+0x9c>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movb   $0x0,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    118e <AlignmentShuffle+0x6e>
jmp    11c1 <AlignmentShuffle+0xa1>
cmpl   $0x1,-0x18(%rbp)
jle    1269 <AlignmentShuffle+0x149>
mov    $0x0,%al
call   1040 <sre_random@plt>
imul   -0x18(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
jge    1256 <AlignmentShuffle+0x136>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%al
mov    %al,-0x21(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x18(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    (%rax,%rcx,1),%dl
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x20(%rbp),%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x21(%rbp),%dl
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
mov    -0x18(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    11e0 <AlignmentShuffle+0xc0>
jmp    125b <AlignmentShuffle+0x13b>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0xffffffff,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    11c1 <AlignmentShuffle+0xa1>
mov    $0x1,%eax
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<AlignmentShuffle>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
push   %rax
mov    %ecx,%r14d
mov    %edx,%r15d
mov    %rdi,%r12
mov    %edx,%ebx
cmp    %rsi,%rdi
je     1167 <AlignmentShuffle+0x47>
test   %r15d,%r15d
jle    1167 <AlignmentShuffle+0x47>
mov    %rsi,%r13
xor    %ebp,%ebp
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
mov    (%r12,%rbp,8),%rdi
mov    0x0(%r13,%rbp,8),%rsi
call   1030 <strcpy@plt>
add    $0x1,%rbp
cmp    %rbp,%rbx
jne    1150 <AlignmentShuffle+0x30>
test   %r15d,%r15d
jle    11e1 <AlignmentShuffle+0xc1>
movslq %r14d,%rax
lea    -0x1(%rbx),%rdx
mov    %ebx,%ecx
and    $0x3,%ecx
cmp    $0x3,%rdx
jae    1182 <AlignmentShuffle+0x62>
xor    %edx,%edx
jmp    11bc <AlignmentShuffle+0x9c>
mov    %ebx,%esi
and    $0xfffffffc,%esi
xor    %edx,%edx
nopl   0x0(%rax)
mov    (%r12,%rdx,8),%rdi
movb   $0x0,(%rdi,%rax,1)
mov    0x8(%r12,%rdx,8),%rdi
movb   $0x0,(%rdi,%rax,1)
mov    0x10(%r12,%rdx,8),%rdi
movb   $0x0,(%rdi,%rax,1)
mov    0x18(%r12,%rdx,8),%rdi
movb   $0x0,(%rdi,%rax,1)
add    $0x4,%rdx
cmp    %rdx,%rsi
jne    1190 <AlignmentShuffle+0x70>
test   %rcx,%rcx
je     11e1 <AlignmentShuffle+0xc1>
lea    (%r12,%rdx,8),%rdx
xor    %esi,%esi
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
mov    (%rdx,%rsi,8),%rdi
movb   $0x0,(%rdi,%rax,1)
add    $0x1,%rsi
cmp    %rsi,%rcx
jne    11d0 <AlignmentShuffle+0xb0>
cmp    $0x2,%r14d
jl     1286 <AlignmentShuffle+0x166>
mov    %r14d,%r14d
mov    %ebx,%r13d
and    $0xfffffffe,%r13d
mov    %rbx,(%rsp)
jmp    120d <AlignmentShuffle+0xed>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
lea    -0x1(%r14),%rax
cmp    $0x2,%r14
mov    %rax,%r14
jle    1286 <AlignmentShuffle+0x166>
xor    %eax,%eax
call   1040 <sre_random@plt>
test   %r15d,%r15d
jle    1200 <AlignmentShuffle+0xe0>
imul   %r14d,%eax
lea    -0x1(%r14),%edi
movslq %eax,%rbp
xor    %edx,%edx
cmp    $0x1,%r15d
je     1267 <AlignmentShuffle+0x147>
nopl   0x0(%rax)
mov    (%r12,%rdx,8),%rsi
movzbl (%rsi,%rbp,1),%ebx
movzbl (%rsi,%rdi,1),%ecx
mov    %cl,(%rsi,%rbp,1)
mov    (%r12,%rdx,8),%rcx
mov    %bl,(%rcx,%rdi,1)
mov    0x8(%r12,%rdx,8),%rcx
movzbl (%rcx,%rbp,1),%ebx
movzbl (%rcx,%rdi,1),%eax
mov    %al,(%rcx,%rbp,1)
mov    0x8(%r12,%rdx,8),%rax
mov    %bl,(%rax,%rdi,1)
add    $0x2,%rdx
cmp    %rdx,%r13
jne    1230 <AlignmentShuffle+0x110>
testb  $0x1,(%rsp)
je     1200 <AlignmentShuffle+0xe0>
mov    (%r12,%rdx,8),%rax
mov    (%rax,%rbp,1),%cl
mov    (%rax,%rdi,1),%bl
mov    %bl,(%rax,%rbp,1)
mov    (%r12,%rdx,8),%rax
mov    %cl,(%rax,%rdi,1)
jmp    1200 <AlignmentShuffle+0xe0>
mov    $0x1,%eax
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @AlignmentShuffle(i8** %0, i8** %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = alloca i8**
%6 = alloca i8**
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i8
store i8** %0, i8*** %5
store i8** %1, i8*** %6
store i32 %2, i32* %7
store i32 %3, i32* %8
%12 = load i8**, i8*** %5
%13 = load i8**, i8*** %6
%14 = icmp ne i8** %12, %13
br i1 %14, label %15, label %36
15: ; preds = %4
store i32 0, i32* %9
br label %16
16: ; preds = %32, %15
%17 = load i32, i32* %9
%18 = load i32, i32* %7
%19 = icmp slt i32 %17, %18
br i1 %19, label %20, label %35
20: ; preds = %16
%21 = load i8**, i8*** %5
%22 = load i32, i32* %9
%23 = sext i32 %22 to i64
%24 = getelementptr inbounds i8*, i8** %21, i64 %23
%25 = load i8*, i8** %24
%26 = load i8**, i8*** %6
%27 = load i32, i32* %9
%28 = sext i32 %27 to i64
%29 = getelementptr inbounds i8*, i8** %26, i64 %28
%30 = load i8*, i8** %29
%31 = call i32 @strcpy(i8* %25, i8* %30)
br label %32
32: ; preds = %20
%33 = load i32, i32* %9
%34 = add nsw i32 %33, 1
store i32 %34, i32* %9
br label %16
35: ; preds = %16
br label %36
36: ; preds = %35, %4
store i32 0, i32* %9
br label %37
37: ; preds = %50, %36
%38 = load i32, i32* %9
%39 = load i32, i32* %7
%40 = icmp slt i32 %38, %39
br i1 %40, label %41, label %53
41: ; preds = %37
%42 = load i8**, i8*** %5
%43 = load i32, i32* %9
%44 = sext i32 %43 to i64
%45 = getelementptr inbounds i8*, i8** %42, i64 %44
%46 = load i8*, i8** %45
%47 = load i32, i32* %8
%48 = sext i32 %47 to i64
%49 = getelementptr inbounds i8, i8* %46, i64 %48
store i8 0, i8* %49
br label %50
50: ; preds = %41
%51 = load i32, i32* %9
%52 = add nsw i32 %51, 1
store i32 %52, i32* %9
br label %37
53: ; preds = %37
br label %54
54: ; preds = %107, %53
%55 = load i32, i32* %8
%56 = icmp sgt i32 %55, 1
br i1 %56, label %57, label %110
57: ; preds = %54
%58 = call i32 (...) @sre_random()
%59 = load i32, i32* %8
%60 = mul nsw i32 %58, %59
store i32 %60, i32* %10
store i32 0, i32* %9
br label %61
61: ; preds = %103, %57
%62 = load i32, i32* %9
%63 = load i32, i32* %7
%64 = icmp slt i32 %62, %63
br i1 %64, label %65, label %106
65: ; preds = %61
%66 = load i8**, i8*** %5
%67 = load i32, i32* %9
%68 = sext i32 %67 to i64
%69 = getelementptr inbounds i8*, i8** %66, i64 %68
%70 = load i8*, i8** %69
%71 = load i32, i32* %10
%72 = sext i32 %71 to i64
%73 = getelementptr inbounds i8, i8* %70, i64 %72
%74 = load i8, i8* %73
store i8 %74, i8* %11
%75 = load i8**, i8*** %5
%76 = load i32, i32* %9
%77 = sext i32 %76 to i64
%78 = getelementptr inbounds i8*, i8** %75, i64 %77
%79 = load i8*, i8** %78
%80 = load i32, i32* %8
%81 = sub nsw i32 %80, 1
%82 = sext i32 %81 to i64
%83 = getelementptr inbounds i8, i8* %79, i64 %82
%84 = load i8, i8* %83
%85 = load i8**, i8*** %5
%86 = load i32, i32* %9
%87 = sext i32 %86 to i64
%88 = getelementptr inbounds i8*, i8** %85, i64 %87
%89 = load i8*, i8** %88
%90 = load i32, i32* %10
%91 = sext i32 %90 to i64
%92 = getelementptr inbounds i8, i8* %89, i64 %91
store i8 %84, i8* %92
%93 = load i8, i8* %11
%94 = load i8**, i8*** %5
%95 = load i32, i32* %9
%96 = sext i32 %95 to i64
%97 = getelementptr inbounds i8*, i8** %94, i64 %96
%98 = load i8*, i8** %97
%99 = load i32, i32* %8
%100 = sub nsw i32 %99, 1
%101 = sext i32 %100 to i64
%102 = getelementptr inbounds i8, i8* %98, i64 %101
store i8 %93, i8* %102
br label %103
103: ; preds = %65
%104 = load i32, i32* %9
%105 = add nsw i32 %104, 1
store i32 %105, i32* %9
br label %61
106: ; preds = %61
br label %107
107: ; preds = %106
%108 = load i32, i32* %8
%109 = add nsw i32 %108, -1
store i32 %109, i32* %8
br label %54
110: ; preds = %54
ret i32 1
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @AlignmentShuffle(i8** %0, i8** %1, i32 %2, i32 %3) {
%5 = icmp ne i8** %0, %1
%6 = icmp sgt i32 %2, 0
%7 = and i1 %5, %6
br i1 %7, label %8, label %19
8: ; preds = %4
%9 = zext i32 %2 to i64
br label %10
10: ; preds = %8, %10
%11 = phi i64 [ 0, %8 ], [ %17, %10 ]
%12 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %11
%13 = load i8*, i8** %12
%14 = getelementptr inbounds i8*, i8** %1, i64 %11
%15 = load i8*, i8** %14
%16 = tail call i32 @strcpy(i8* %13, i8* %15)
%17 = add nuw nsw i64 %11, 1
%18 = icmp eq i64 %17, %9
br i1 %18, label %19, label %10
19: ; preds = %10, %4
br i1 %6, label %20, label %40
20: ; preds = %19
%21 = sext i32 %3 to i64
%22 = zext i32 %2 to i64
%23 = add nsw i64 %22, -1
%24 = and i64 %22, 3
%25 = icmp ult i64 %23, 3
br i1 %25, label %28, label %26
26: ; preds = %20
%27 = and i64 %22, 4294967292
br label %49
28: ; preds = %49, %20
%29 = phi i64 [ 0, %20 ], [ %67, %49 ]
%30 = icmp eq i64 %24, 0
br i1 %30, label %40, label %31
31: ; preds = %28, %31
%32 = phi i64 [ %37, %31 ], [ %29, %28 ]
%33 = phi i64 [ %38, %31 ], [ 0, %28 ]
%34 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %32
%35 = load i8*, i8** %34
%36 = getelementptr inbounds i8, i8* %35, i64 %21
store i8 0, i8* %36
%37 = add nuw nsw i64 %32, 1
%38 = add i64 %33, 1
%39 = icmp eq i64 %38, %24
br i1 %39, label %40, label %31
40: ; preds = %28, %31, %19
%41 = icmp sgt i32 %3, 1
br i1 %41, label %42, label %116
42: ; preds = %40
%43 = zext i32 %3 to i64
%44 = zext i32 %2 to i64
%45 = and i64 %44, 1
%46 = icmp eq i32 %2, 1
%47 = and i64 %44, 4294967294
%48 = icmp eq i64 %45, 0
br label %70
49: ; preds = %49, %26
%50 = phi i64 [ 0, %26 ], [ %67, %49 ]
%51 = phi i64 [ 0, %26 ], [ %68, %49 ]
%52 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %50
%53 = load i8*, i8** %52
%54 = getelementptr inbounds i8, i8* %53, i64 %21
store i8 0, i8* %54
%55 = or i64 %50, 1
%56 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %55
%57 = load i8*, i8** %56
%58 = getelementptr inbounds i8, i8* %57, i64 %21
store i8 0, i8* %58
%59 = or i64 %50, 2
%60 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %59
%61 = load i8*, i8** %60
%62 = getelementptr inbounds i8, i8* %61, i64 %21
store i8 0, i8* %62
%63 = or i64 %50, 3
%64 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %63
%65 = load i8*, i8** %64
%66 = getelementptr inbounds i8, i8* %65, i64 %21
store i8 0, i8* %66
%67 = add nuw nsw i64 %50, 4
%68 = add i64 %51, 4
%69 = icmp eq i64 %68, %27
br i1 %69, label %28, label %49
70: ; preds = %42, %113
%71 = phi i64 [ %43, %42 ], [ %114, %113 ]
%72 = tail call i32 (...) @sre_random()
br i1 %6, label %73, label %113
73: ; preds = %70
%74 = trunc i64 %71 to i32
%75 = mul nsw i32 %72, %74
%76 = sext i32 %75 to i64
%77 = add nuw i64 %71, 4294967295
%78 = and i64 %77, 4294967295
br i1 %46, label %102, label %79
79: ; preds = %73, %79
%80 = phi i64 [ %99, %79 ], [ 0, %73 ]
%81 = phi i64 [ %100, %79 ], [ 0, %73 ]
%82 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %80
%83 = load i8*, i8** %82
%84 = getelementptr inbounds i8, i8* %83, i64 %76
%85 = load i8, i8* %84
%86 = getelementptr inbounds i8, i8* %83, i64 %78
%87 = load i8, i8* %86
store i8 %87, i8* %84
%88 = load i8*, i8** %82
%89 = getelementptr inbounds i8, i8* %88, i64 %78
store i8 %85, i8* %89
%90 = or i64 %80, 1
%91 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %90
%92 = load i8*, i8** %91
%93 = getelementptr inbounds i8, i8* %92, i64 %76
%94 = load i8, i8* %93
%95 = getelementptr inbounds i8, i8* %92, i64 %78
%96 = load i8, i8* %95
store i8 %96, i8* %93
%97 = load i8*, i8** %91
%98 = getelementptr inbounds i8, i8* %97, i64 %78
store i8 %94, i8* %98
%99 = add nuw nsw i64 %80, 2
%100 = add i64 %81, 2
%101 = icmp eq i64 %100, %47
br i1 %101, label %102, label %79
102: ; preds = %79, %73
%103 = phi i64 [ 0, %73 ], [ %99, %79 ]
br i1 %48, label %113, label %104
104: ; preds = %102
%105 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %103
%106 = load i8*, i8** %105
%107 = getelementptr inbounds i8, i8* %106, i64 %76
%108 = load i8, i8* %107
%109 = getelementptr inbounds i8, i8* %106, i64 %78
%110 = load i8, i8* %109
store i8 %110, i8* %107
%111 = load i8*, i8** %105
%112 = getelementptr inbounds i8, i8* %111, i64 %78
store i8 %108, i8* %112
br label %113
113: ; preds = %104, %102, %70
%114 = add nsw i64 %71, -1
%115 = icmp sgt i64 %71, 2
br i1 %115, label %70, label %116
116: ; preds = %113, %40
ret i32 1
}