void assign_Mu_by_class(int N_X_org, int K, int L, int ncode, int gap_index,
                        int *class_id, int **X_org, int **Mu) {
  int i, n_X_org, k, l;
  int count_K_N[K][ncode], count_N[ncode], tmp_count;
  for (l = 0; l < L; l++) {
    for (i = 0; i < ncode; i++) {
      count_N[i] = 0;
      for (k = 0; k < K; k++) {
        count_K_N[k][i] = 0;
      }
    }
    for (n_X_org = 0; n_X_org < N_X_org; n_X_org++) {
      if (X_org[n_X_org][l] == gap_index || X_org[n_X_org][l] == -1) {
        continue;
      }
      count_N[X_org[n_X_org][l]]++;
      count_K_N[class_id[n_X_org]][X_org[n_X_org][l]]++;
    }
    for (k = 0; k < K; k++) {
      tmp_count = -1;
      for (i = 0; i < ncode; i++) {
        if (count_K_N[k][i] > tmp_count) {
          tmp_count = count_K_N[k][i];
          Mu[k][l] = i;
        } else if (count_K_N[k][i] == tmp_count &&
                   count_N[i] > count_N[Mu[k][l]]) {
          Mu[k][l] = i;
        }
      }
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<assign_Mu_by_class>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x70,%rsp
mov    0x18(%rbp),%rax
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %esi,-0x8(%rbp)
mov    %edx,-0xc(%rbp)
mov    %ecx,-0x10(%rbp)
mov    %r8d,-0x14(%rbp)
mov    %r9,-0x20(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%eax
mov    %eax,%ecx
mov    -0x10(%rbp),%eax
mov    %rax,-0x70(%rbp)
mov    %rsp,%rdx
mov    %rdx,-0x38(%rbp)
mov    %rcx,%rdx
imul   %rax,%rdx
lea    0xf(,%rdx,4),%rsi
and    $0xfffffffffffffff0,%rsi
mov    %rsp,%rdx
sub    %rsi,%rdx
mov    %rdx,-0x68(%rbp)
mov    %rdx,%rsp
mov    %rcx,-0x40(%rbp)
mov    %rax,-0x48(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%eax
lea    0xf(,%rax,4),%rdx
and    $0xfffffffffffffff0,%rdx
mov    %rsp,%rcx
sub    %rdx,%rcx
mov    %rcx,-0x60(%rbp)
mov    %rcx,%rsp
mov    %rax,-0x50(%rbp)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    13f6 <assign_Mu_by_class+0x2f6>
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x10(%rbp),%eax
jge    120a <assign_Mu_by_class+0x10a>
mov    -0x60(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
movl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x8(%rbp),%eax
jge    11f7 <assign_Mu_by_class+0xf7>
mov    -0x68(%rbp),%rax
mov    -0x70(%rbp),%rdx
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
imul   %rdx,%rcx
shl    $0x2,%rcx
add    %rcx,%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
movl   $0x0,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    11bb <assign_Mu_by_class+0xbb>
jmp    11fc <assign_Mu_by_class+0xfc>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    1199 <assign_Mu_by_class+0x99>
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
mov    -0x28(%rbp),%eax
cmp    -0x4(%rbp),%eax
jge    12c3 <assign_Mu_by_class+0x1c3>
mov    0x10(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
je     1253 <assign_Mu_by_class+0x153>
mov    0x10(%rbp),%rax
movslq -0x28(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
cmpl   $0xffffffff,(%rax,%rcx,4)
jne    1258 <assign_Mu_by_class+0x158>
jmp    12b5 <assign_Mu_by_class+0x1b5>
mov    -0x68(%rbp),%rax
mov    -0x70(%rbp),%rdx
mov    -0x60(%rbp),%rcx
mov    0x10(%rbp),%rsi
movslq -0x28(%rbp),%rdi
mov    (%rsi,%rdi,8),%rsi
movslq -0x30(%rbp),%rdi
movslq (%rsi,%rdi,4),%rsi
mov    (%rcx,%rsi,4),%edi
add    $0x1,%edi
mov    %edi,(%rcx,%rsi,4)
mov    -0x20(%rbp),%rcx
movslq -0x28(%rbp),%rsi
movslq (%rcx,%rsi,4),%rcx
imul   %rdx,%rcx
shl    $0x2,%rcx
add    %rcx,%rax
mov    0x10(%rbp),%rcx
movslq -0x28(%rbp),%rdx
mov    (%rcx,%rdx,8),%rcx
movslq -0x30(%rbp),%rdx
movslq (%rcx,%rdx,4),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%edx
add    $0x1,%edx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
jmp    1211 <assign_Mu_by_class+0x111>
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x8(%rbp),%eax
jge    13e3 <assign_Mu_by_class+0x2e3>
movl   $0xffffffff,-0x54(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x10(%rbp),%eax
jge    13d0 <assign_Mu_by_class+0x2d0>
mov    -0x68(%rbp),%rax
mov    -0x70(%rbp),%rdx
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
imul   %rdx,%rcx
shl    $0x2,%rcx
add    %rcx,%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
cmp    -0x54(%rbp),%eax
jle    1353 <assign_Mu_by_class+0x253>
mov    -0x68(%rbp),%rax
mov    -0x70(%rbp),%rdx
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
imul   %rdx,%rcx
shl    $0x2,%rcx
add    %rcx,%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x54(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%edx
mov    0x18(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
jmp    13bd <assign_Mu_by_class+0x2bd>
mov    -0x68(%rbp),%rax
mov    -0x70(%rbp),%rdx
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
imul   %rdx,%rcx
shl    $0x2,%rcx
add    %rcx,%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
cmp    -0x54(%rbp),%eax
jne    13b8 <assign_Mu_by_class+0x2b8>
mov    -0x60(%rbp),%rcx
movslq -0x24(%rbp),%rax
mov    (%rcx,%rax,4),%eax
mov    0x18(%rbp),%rdx
movslq -0x2c(%rbp),%rsi
mov    (%rdx,%rsi,8),%rdx
movslq -0x30(%rbp),%rsi
movslq (%rdx,%rsi,4),%rdx
cmp    (%rcx,%rdx,4),%eax
jle    13b8 <assign_Mu_by_class+0x2b8>
mov    -0x24(%rbp),%edx
mov    0x18(%rbp),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    %edx,(%rax,%rcx,4)
jmp    13bd <assign_Mu_by_class+0x2bd>
jmp    13c2 <assign_Mu_by_class+0x2c2>
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    12e4 <assign_Mu_by_class+0x1e4>
jmp    13d5 <assign_Mu_by_class+0x2d5>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    12ca <assign_Mu_by_class+0x1ca>
jmp    13e8 <assign_Mu_by_class+0x2e8>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    1186 <assign_Mu_by_class+0x86>
mov    -0x38(%rbp),%rax
mov    %rax,%rsp
mov    %rbp,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<assign_Mu_by_class>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x88,%rsp
mov    %r9,-0xb0(%rbp)
mov    %edi,-0x44(%rbp)
mov    %esi,-0x30(%rbp)
mov    %esi,%esi
mov    %ecx,%r15d
mov    %r15,%rax
mov    %rsi,-0x40(%rbp)
imul   %rsi,%rax
lea    0xf(,%rax,4),%rax
and    $0xfffffffffffffff0,%rax
mov    %rsp,%rsi
sub    %rax,%rsi
mov    %rsi,-0x50(%rbp)
mov    %rsi,%rsp
mov    %rsp,%rsi
lea    0xf(,%r15,4),%rax
and    $0xfffffffffffffff0,%rax
sub    %rax,%rsi
mov    %rsi,-0x58(%rbp)
mov    %rsi,%rsp
test   %edx,%edx
jle    14f4 <assign_Mu_by_class+0x3e4>
mov    %edx,%eax
mov    %rax,-0x78(%rbp)
mov    -0x40(%rbp),%rdx
mov    %edx,%eax
and    $0xfffffff8,%eax
mov    %rax,-0xa0(%rbp)
add    $0xfffffffffffffff8,%rax
mov    %rax,-0x98(%rbp)
mov    %rax,%rsi
shr    $0x3,%rsi
add    $0x1,%rsi
cmpl   $0x8,-0x30(%rbp)
setae  %al
cmp    $0x1,%ecx
sete   %bl
and    %al,%bl
mov    %bl,-0x29(%rbp)
mov    %esi,%eax
and    $0x3,%eax
mov    %rax,-0x68(%rbp)
and    $0xfffffffffffffffc,%rsi
mov    %rsi,-0x88(%rbp)
and    $0x3,%edx
mov    %r15,%rax
shl    $0x7,%rax
mov    %rax,-0x80(%rbp)
mov    %r15,%r12
shl    $0x5,%r12
mov    %rdx,-0xa8(%rbp)
neg    %rdx
mov    %rdx,-0x90(%rbp)
mov    %r15,%r14
shl    $0x4,%r14
lea    0x0(,%r15,4),%rbx
mov    -0x44(%rbp),%eax
mov    %rax,-0x70(%rbp)
xor    %r13d,%r13d
mov    %ecx,-0x5c(%rbp)
mov    %rbx,-0x38(%rbp)
jmp    122e <assign_Mu_by_class+0x11e>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nop
add    $0x1,%r13
cmp    -0x78(%rbp),%r13
je     14f4 <assign_Mu_by_class+0x3e4>
test   %ecx,%ecx
jle    13e0 <assign_Mu_by_class+0x2d0>
mov    -0x58(%rbp),%rdi
xor    %esi,%esi
mov    -0x38(%rbp),%rdx
mov    %r8d,%ebx
call   1030 <memset@plt>
xorps  %xmm0,%xmm0
mov    %ebx,%r8d
mov    -0x50(%rbp),%r10
xor    %r11d,%r11d
jmp    1271 <assign_Mu_by_class+0x161>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%r11
add    $0x4,%r10
cmp    %r15,%r11
je     13e0 <assign_Mu_by_class+0x2d0>
cmpl   $0x0,-0x30(%rbp)
jle    1260 <assign_Mu_by_class+0x150>
cmpb   $0x0,-0x29(%rbp)
je     1290 <assign_Mu_by_class+0x180>
cmpq   $0x18,-0x98(%rbp)
18
jae    1297 <assign_Mu_by_class+0x187>
xor    %edx,%edx
jmp    12ed <assign_Mu_by_class+0x1dd>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
xor    %edx,%edx
jmp    1328 <assign_Mu_by_class+0x218>
mov    -0x88(%rbp),%rsi
mov    %r10,%rdi
xor    %edx,%edx
mov    -0x80(%rbp),%rbx
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
movups %xmm0,(%rdi)
movups %xmm0,0x10(%rdi)
lea    (%rdi,%r12,1),%rax
movups %xmm0,(%rdi,%r12,1)
movups %xmm0,0x10(%rdi,%r12,1)
lea    (%rax,%r12,1),%rcx
movups %xmm0,(%r12,%rax,1)
movups %xmm0,0x10(%r12,%rax,1)
movups %xmm0,(%r12,%rcx,1)
movups %xmm0,0x10(%r12,%rcx,1)
add    $0x20,%rdx
add    %rbx,%rdi
add    $0xfffffffffffffffc,%rsi
jne    12b0 <assign_Mu_by_class+0x1a0>
cmpq   $0x0,-0x68(%rbp)
je     1314 <assign_Mu_by_class+0x204>
imul   -0x38(%rbp),%rdx
mov    -0x68(%rbp),%rax
nopl   (%rax)
movups %xmm0,(%r10,%rdx,1)
movups %xmm0,0x10(%r10,%rdx,1)
add    %r12,%rdx
add    $0xffffffffffffffff,%rax
jne    1300 <assign_Mu_by_class+0x1f0>
mov    -0xa0(%rbp),%rax
mov    %rax,%rdx
cmp    -0x40(%rbp),%rax
je     1260 <assign_Mu_by_class+0x150>
mov    %rdx,%rsi
not    %rsi
add    -0x40(%rbp),%rsi
cmpq   $0x0,-0xa8(%rbp)
je     1375 <assign_Mu_by_class+0x265>
mov    %r15,%rax
imul   %rdx,%rax
lea    (%r10,%rax,4),%rcx
xor    %eax,%eax
mov    -0x90(%rbp),%rdi
mov    -0x38(%rbp),%rbx
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
movl   $0x0,(%rcx)
add    $0xffffffffffffffff,%rax
add    %rbx,%rcx
cmp    %rax,%rdi
jne    1360 <assign_Mu_by_class+0x250>
sub    %rax,%rdx
cmp    $0x3,%rsi
jb     1260 <assign_Mu_by_class+0x150>
mov    -0x40(%rbp),%rsi
sub    %rdx,%rsi
lea    0x3(%rdx),%rdi
mov    -0x38(%rbp),%rax
imul   %rax,%rdi
lea    0x2(%rdx),%rbx
imul   %rax,%rbx
mov    %rax,%rcx
imul   %rdx,%rcx
add    $0x1,%rdx
imul   %rax,%rdx
mov    %r10,%rax
nopl   0x0(%rax)
movl   $0x0,(%rax,%rcx,1)
movl   $0x0,(%rax,%rdx,1)
movl   $0x0,(%rax,%rbx,1)
movl   $0x0,(%rax,%rdi,1)
add    %r14,%rax
add    $0xfffffffffffffffc,%rsi
jne    13b0 <assign_Mu_by_class+0x2a0>
jmp    1260 <assign_Mu_by_class+0x150>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
cmpl   $0x0,-0x44(%rbp)
mov    -0x50(%rbp),%rsi
mov    0x10(%rbp),%r10
mov    -0x70(%rbp),%rdi
jle    1440 <assign_Mu_by_class+0x330>
xor    %eax,%eax
jmp    1409 <assign_Mu_by_class+0x2f9>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%rax
cmp    %rax,%rdi
je     1440 <assign_Mu_by_class+0x330>
mov    (%r10,%rax,8),%rcx
mov    (%rcx,%r13,4),%ecx
cmp    %r8d,%ecx
je     1400 <assign_Mu_by_class+0x2f0>
cmp    $0xffffffff,%ecx
je     1400 <assign_Mu_by_class+0x2f0>
movslq %ecx,%rcx
mov    -0x58(%rbp),%rdx
addl   $0x1,(%rdx,%rcx,4)
mov    -0xb0(%rbp),%rdx
movslq (%rdx,%rax,4),%rdx
imul   %r15,%rdx
lea    (%rsi,%rdx,4),%rdx
addl   $0x1,(%rdx,%rcx,4)
jmp    1400 <assign_Mu_by_class+0x2f0>
nop
cmpl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x5c(%rbp),%ecx
mov    0x18(%rbp),%rax
jle    1220 <assign_Mu_by_class+0x110>
mov    -0x50(%rbp),%r11
xor    %r9d,%r9d
jmp    1475 <assign_Mu_by_class+0x365>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x1,%r9
mov    -0x38(%rbp),%rbx
add    %rbx,%r11
cmp    -0x40(%rbp),%r9
je     1220 <assign_Mu_by_class+0x110>
test   %ecx,%ecx
jle    1460 <assign_Mu_by_class+0x350>
mov    $0xffffffff,%ebx
xor    %edx,%edx
jmp    14a9 <assign_Mu_by_class+0x399>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax)
lea    0x0(,%r13,4),%rdi
add    (%rax,%r9,8),%rdi
mov    %esi,%ebx
mov    %edx,(%rdi)
add    $0x1,%rdx
cmp    %rdx,%r15
je     1460 <assign_Mu_by_class+0x350>
mov    (%r11,%rdx,4),%esi
cmp    %ebx,%esi
jg     1490 <assign_Mu_by_class+0x380>
jne    14a0 <assign_Mu_by_class+0x390>
mov    %r12,%r10
mov    %r15,%r12
mov    %r14,%r15
mov    -0x58(%rbp),%r14
mov    (%r14,%rdx,4),%edi
mov    (%rax,%r9,8),%rsi
movslq (%rsi,%r13,4),%rax
cmp    (%r14,%rax,4),%edi
jle    14e5 <assign_Mu_by_class+0x3d5>
lea    (%rsi,%r13,4),%rdi
mov    0x18(%rbp),%rax
mov    %r15,%r14
mov    %r12,%r15
mov    %r10,%r12
jmp    149e <assign_Mu_by_class+0x38e>
mov    0x18(%rbp),%rax
mov    %r15,%r14
mov    %r12,%r15
mov    %r10,%r12
jmp    14a0 <assign_Mu_by_class+0x390>
lea    -0x28(%rbp),%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define void @assign_Mu_by_class(i32 %0, i32 %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4, i32* %5, i32** %6, i32** %7) {
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32*
%15 = alloca i32**
%16 = alloca i32**
%17 = alloca i32
%18 = alloca i32
%19 = alloca i32
%20 = alloca i32
%21 = alloca i8*
%22 = alloca i64
%23 = alloca i64
%24 = alloca i64
%25 = alloca i32
store i32 %0, i32* %9
store i32 %1, i32* %10
store i32 %2, i32* %11
store i32 %3, i32* %12
store i32 %4, i32* %13
store i32* %5, i32** %14
store i32** %6, i32*** %15
store i32** %7, i32*** %16
%26 = load i32, i32* %10
%27 = zext i32 %26 to i64
%28 = load i32, i32* %12
%29 = zext i32 %28 to i64
%30 = call i8* @llvm.stacksave()
store i8* %30, i8** %21
%31 = mul nuw i64 %27, %29
%32 = alloca i32, i64 %31
store i64 %27, i64* %22
store i64 %29, i64* %23
%33 = load i32, i32* %12
%34 = zext i32 %33 to i64
%35 = alloca i32, i64 %34
store i64 %34, i64* %24
store i32 0, i32* %20
br label %36
36: ; preds = %223, %8
%37 = load i32, i32* %20
%38 = load i32, i32* %11
%39 = icmp slt i32 %37, %38
br i1 %39, label %40, label %226
40: ; preds = %36
store i32 0, i32* %17
br label %41
41: ; preds = %65, %40
%42 = load i32, i32* %17
%43 = load i32, i32* %12
%44 = icmp slt i32 %42, %43
br i1 %44, label %45, label %68
45: ; preds = %41
%46 = load i32, i32* %17
%47 = sext i32 %46 to i64
%48 = getelementptr inbounds i32, i32* %35, i64 %47
store i32 0, i32* %48
store i32 0, i32* %19
br label %49
49: ; preds = %61, %45
%50 = load i32, i32* %19
%51 = load i32, i32* %10
%52 = icmp slt i32 %50, %51
br i1 %52, label %53, label %64
53: ; preds = %49
%54 = load i32, i32* %19
%55 = sext i32 %54 to i64
%56 = mul nsw i64 %55, %29
%57 = getelementptr inbounds i32, i32* %32, i64 %56
%58 = load i32, i32* %17
%59 = sext i32 %58 to i64
%60 = getelementptr inbounds i32, i32* %57, i64 %59
store i32 0, i32* %60
br label %61
61: ; preds = %53
%62 = load i32, i32* %19
%63 = add nsw i32 %62, 1
store i32 %63, i32* %19
br label %49
64: ; preds = %49
br label %65
65: ; preds = %64
%66 = load i32, i32* %17
%67 = add nsw i32 %66, 1
store i32 %67, i32* %17
br label %41
68: ; preds = %41
store i32 0, i32* %18
br label %69
69: ; preds = %132, %68
%70 = load i32, i32* %18
%71 = load i32, i32* %9
%72 = icmp slt i32 %70, %71
br i1 %72, label %73, label %135
73: ; preds = %69
%74 = load i32**, i32*** %15
%75 = load i32, i32* %18
%76 = sext i32 %75 to i64
%77 = getelementptr inbounds i32*, i32** %74, i64 %76
%78 = load i32*, i32** %77
%79 = load i32, i32* %20
%80 = sext i32 %79 to i64
%81 = getelementptr inbounds i32, i32* %78, i64 %80
%82 = load i32, i32* %81
%83 = load i32, i32* %13
%84 = icmp eq i32 %82, %83
br i1 %84, label %96, label %85
85: ; preds = %73
%86 = load i32**, i32*** %15
%87 = load i32, i32* %18
%88 = sext i32 %87 to i64
%89 = getelementptr inbounds i32*, i32** %86, i64 %88
%90 = load i32*, i32** %89
%91 = load i32, i32* %20
%92 = sext i32 %91 to i64
%93 = getelementptr inbounds i32, i32* %90, i64 %92
%94 = load i32, i32* %93
%95 = icmp eq i32 %94, -1
br i1 %95, label %96, label %97
96: ; preds = %85, %73
br label %132
97: ; preds = %85
%98 = load i32**, i32*** %15
%99 = load i32, i32* %18
%100 = sext i32 %99 to i64
%101 = getelementptr inbounds i32*, i32** %98, i64 %100
%102 = load i32*, i32** %101
%103 = load i32, i32* %20
%104 = sext i32 %103 to i64
%105 = getelementptr inbounds i32, i32* %102, i64 %104
%106 = load i32, i32* %105
%107 = sext i32 %106 to i64
%108 = getelementptr inbounds i32, i32* %35, i64 %107
%109 = load i32, i32* %108
%110 = add nsw i32 %109, 1
store i32 %110, i32* %108
%111 = load i32*, i32** %14
%112 = load i32, i32* %18
%113 = sext i32 %112 to i64
%114 = getelementptr inbounds i32, i32* %111, i64 %113
%115 = load i32, i32* %114
%116 = sext i32 %115 to i64
%117 = mul nsw i64 %116, %29
%118 = getelementptr inbounds i32, i32* %32, i64 %117
%119 = load i32**, i32*** %15
%120 = load i32, i32* %18
%121 = sext i32 %120 to i64
%122 = getelementptr inbounds i32*, i32** %119, i64 %121
%123 = load i32*, i32** %122
%124 = load i32, i32* %20
%125 = sext i32 %124 to i64
%126 = getelementptr inbounds i32, i32* %123, i64 %125
%127 = load i32, i32* %126
%128 = sext i32 %127 to i64
%129 = getelementptr inbounds i32, i32* %118, i64 %128
%130 = load i32, i32* %129
%131 = add nsw i32 %130, 1
store i32 %131, i32* %129
br label %132
132: ; preds = %97, %96
%133 = load i32, i32* %18
%134 = add nsw i32 %133, 1
store i32 %134, i32* %18
br label %69
135: ; preds = %69
store i32 0, i32* %19
br label %136
136: ; preds = %219, %135
%137 = load i32, i32* %19
%138 = load i32, i32* %10
%139 = icmp slt i32 %137, %138
br i1 %139, label %140, label %222
140: ; preds = %136
store i32 -1, i32* %25
store i32 0, i32* %17
br label %141
141: ; preds = %215, %140
%142 = load i32, i32* %17
%143 = load i32, i32* %12
%144 = icmp slt i32 %142, %143
br i1 %144, label %145, label %218
145: ; preds = %141
%146 = load i32, i32* %19
%147 = sext i32 %146 to i64
%148 = mul nsw i64 %147, %29
%149 = getelementptr inbounds i32, i32* %32, i64 %148
%150 = load i32, i32* %17
%151 = sext i32 %150 to i64
%152 = getelementptr inbounds i32, i32* %149, i64 %151
%153 = load i32, i32* %152
%154 = load i32, i32* %25
%155 = icmp sgt i32 %153, %154
br i1 %155, label %156, label %174
156: ; preds = %145
%157 = load i32, i32* %19
%158 = sext i32 %157 to i64
%159 = mul nsw i64 %158, %29
%160 = getelementptr inbounds i32, i32* %32, i64 %159
%161 = load i32, i32* %17
%162 = sext i32 %161 to i64
%163 = getelementptr inbounds i32, i32* %160, i64 %162
%164 = load i32, i32* %163
store i32 %164, i32* %25
%165 = load i32, i32* %17
%166 = load i32**, i32*** %16
%167 = load i32, i32* %19
%168 = sext i32 %167 to i64
%169 = getelementptr inbounds i32*, i32** %166, i64 %168
%170 = load i32*, i32** %169
%171 = load i32, i32* %20
%172 = sext i32 %171 to i64
%173 = getelementptr inbounds i32, i32* %170, i64 %172
store i32 %165, i32* %173
br label %214
174: ; preds = %145
%175 = load i32, i32* %19
%176 = sext i32 %175 to i64
%177 = mul nsw i64 %176, %29
%178 = getelementptr inbounds i32, i32* %32, i64 %177
%179 = load i32, i32* %17
%180 = sext i32 %179 to i64
%181 = getelementptr inbounds i32, i32* %178, i64 %180
%182 = load i32, i32* %181
%183 = load i32, i32* %25
%184 = icmp eq i32 %182, %183
br i1 %184, label %185, label %213
185: ; preds = %174
%186 = load i32, i32* %17
%187 = sext i32 %186 to i64
%188 = getelementptr inbounds i32, i32* %35, i64 %187
%189 = load i32, i32* %188
%190 = load i32**, i32*** %16
%191 = load i32, i32* %19
%192 = sext i32 %191 to i64
%193 = getelementptr inbounds i32*, i32** %190, i64 %192
%194 = load i32*, i32** %193
%195 = load i32, i32* %20
%196 = sext i32 %195 to i64
%197 = getelementptr inbounds i32, i32* %194, i64 %196
%198 = load i32, i32* %197
%199 = sext i32 %198 to i64
%200 = getelementptr inbounds i32, i32* %35, i64 %199
%201 = load i32, i32* %200
%202 = icmp sgt i32 %189, %201
br i1 %202, label %203, label %213
203: ; preds = %185
%204 = load i32, i32* %17
%205 = load i32**, i32*** %16
%206 = load i32, i32* %19
%207 = sext i32 %206 to i64
%208 = getelementptr inbounds i32*, i32** %205, i64 %207
%209 = load i32*, i32** %208
%210 = load i32, i32* %20
%211 = sext i32 %210 to i64
%212 = getelementptr inbounds i32, i32* %209, i64 %211
store i32 %204, i32* %212
br label %213
213: ; preds = %203, %185, %174
br label %214
214: ; preds = %213, %156
br label %215
215: ; preds = %214
%216 = load i32, i32* %17
%217 = add nsw i32 %216, 1
store i32 %217, i32* %17
br label %141
218: ; preds = %141
br label %219
219: ; preds = %218
%220 = load i32, i32* %19
%221 = add nsw i32 %220, 1
store i32 %221, i32* %19
br label %136
222: ; preds = %136
br label %223
223: ; preds = %222
%224 = load i32, i32* %20
%225 = add nsw i32 %224, 1
store i32 %225, i32* %20
br label %36
226: ; preds = %36
%227 = load i8*, i8** %21
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @assign_Mu_by_class(i32 %0, i32 %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4, i32* nocapture %5, i32** nocapture %6, i32** nocapture %7) {
%9 = zext i32 %1 to i64
%10 = zext i32 %3 to i64
%11 = mul nuw i64 %10, %9
%12 = alloca i32, i64 %11
%13 = alloca i32, i64 %10
%14 = bitcast i32* %13 to i8*
%15 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %15, label %16, label %190
16: ; preds = %8
%17 = icmp sgt i32 %3, 0
%18 = icmp sgt i32 %1, 0
%19 = icmp sgt i32 %0, 0
%20 = shl nuw nsw i64 %10, 2
%21 = zext i32 %2 to i64
%22 = zext i32 %0 to i64
%23 = and i64 %9, 4294967288
%24 = add nsw i64 %23, -8
%25 = lshr exact i64 %24, 3
%26 = add nuw nsw i64 %25, 1
%27 = icmp ugt i32 %1, 7
%28 = icmp eq i32 %3, 1
%29 = and i1 %27, %28
%30 = and i64 %9, 4294967288
%31 = and i64 %26, 3
%32 = icmp ult i64 %24, 24
%33 = and i64 %26, 4611686018427387900
%34 = icmp eq i64 %31, 0
%35 = icmp eq i64 %30, %9
%36 = and i64 %9, 3
%37 = icmp eq i64 %36, 0
br label %38
38: ; preds = %16, %187
%39 = phi i64 [ 0, %16 ], [ %188, %187 ]
br i1 %17, label %40, label %41
40: ; preds = %38
br label %42
41: ; preds = %120, %38
br i1 %19, label %124, label %123
42: ; preds = %40, %120
%43 = phi i64 [ 0, %40 ], [ %121, %120 ]
br i1 %18, label %44, label %120
44: ; preds = %42
%45 = getelementptr inbounds i32, i32* %12, i64 %43
br i1 %29, label %46, label %90
46: ; preds = %44
br i1 %32, label %76, label %47
47: ; preds = %46, %47
%48 = phi i64 [ %73, %47 ], [ 0, %46 ]
%49 = phi i64 [ %74, %47 ], [ 0, %46 ]
%50 = mul nuw nsw i64 %48, %10
%51 = getelementptr inbounds i32, i32* %45, i64 %50
%52 = bitcast i32* %51 to <4 x i32>*
store <4 x i32> zeroinitializer, <4 x i32>* %52
%53 = getelementptr inbounds i32, i32* %51, i64 4
%54 = bitcast i32* %53 to <4 x i32>*
store <4 x i32> zeroinitializer, <4 x i32>* %54
%55 = or i64 %48, 8
%56 = mul nuw nsw i64 %55, %10
%57 = getelementptr inbounds i32, i32* %45, i64 %56
%58 = bitcast i32* %57 to <4 x i32>*
store <4 x i32> zeroinitializer, <4 x i32>* %58
%59 = getelementptr inbounds i32, i32* %57, i64 4
%60 = bitcast i32* %59 to <4 x i32>*
store <4 x i32> zeroinitializer, <4 x i32>* %60
%61 = or i64 %48, 16
%62 = mul nuw nsw i64 %61, %10
%63 = getelementptr inbounds i32, i32* %45, i64 %62
%64 = bitcast i32* %63 to <4 x i32>*
store <4 x i32> zeroinitializer, <4 x i32>* %64
%65 = getelementptr inbounds i32, i32* %63, i64 4
%66 = bitcast i32* %65 to <4 x i32>*
store <4 x i32> zeroinitializer, <4 x i32>* %66
%67 = or i64 %48, 24
%68 = mul nuw nsw i64 %67, %10
%69 = getelementptr inbounds i32, i32* %45, i64 %68
%70 = bitcast i32* %69 to <4 x i32>*
store <4 x i32> zeroinitializer, <4 x i32>* %70
%71 = getelementptr inbounds i32, i32* %69, i64 4
%72 = bitcast i32* %71 to <4 x i32>*
store <4 x i32> zeroinitializer, <4 x i32>* %72
%73 = add nuw i64 %48, 32
%74 = add i64 %49, 4
%75 = icmp eq i64 %74, %33
br i1 %75, label %76, label %47
76: ; preds = %47, %46
%77 = phi i64 [ 0, %46 ], [ %73, %47 ]
br i1 %34, label %89, label %78
78: ; preds = %76, %78
%79 = phi i64 [ %86, %78 ], [ %77, %76 ]
%80 = phi i64 [ %87, %78 ], [ 0, %76 ]
%81 = mul nuw nsw i64 %79, %10
%82 = getelementptr inbounds i32, i32* %45, i64 %81
%83 = bitcast i32* %82 to <4 x i32>*
store <4 x i32> zeroinitializer, <4 x i32>* %83
%84 = getelementptr inbounds i32, i32* %82, i64 4
%85 = bitcast i32* %84 to <4 x i32>*
store <4 x i32> zeroinitializer, <4 x i32>* %85
%86 = add nuw i64 %79, 8
%87 = add i64 %80, 1
%88 = icmp eq i64 %87, %31
br i1 %88, label %89, label %78
89: ; preds = %78, %76
br i1 %35, label %120, label %90
90: ; preds = %44, %89
%91 = phi i64 [ 0, %44 ], [ %30, %89 ]
%92 = xor i64 %91, -1
%93 = add nsw i64 %92, %9
br i1 %37, label %102, label %94
94: ; preds = %90, %94
%95 = phi i64 [ %99, %94 ], [ %91, %90 ]
%96 = phi i64 [ %100, %94 ], [ 0, %90 ]
%97 = mul nuw nsw i64 %95, %10
%98 = getelementptr inbounds i32, i32* %45, i64 %97
store i32 0, i32* %98
%99 = add nuw nsw i64 %95, 1
%100 = add i64 %96, 1
%101 = icmp eq i64 %100, %36
br i1 %101, label %102, label %94
102: ; preds = %94, %90
%103 = phi i64 [ %91, %90 ], [ %99, %94 ]
%104 = icmp ult i64 %93, 3
br i1 %104, label %120, label %105
105: ; preds = %102, %105
%106 = phi i64 [ %118, %105 ], [ %103, %102 ]
%107 = mul nuw nsw i64 %106, %10
%108 = getelementptr inbounds i32, i32* %45, i64 %107
store i32 0, i32* %108
%109 = add nuw nsw i64 %106, 1
%110 = mul nuw nsw i64 %109, %10
%111 = getelementptr inbounds i32, i32* %45, i64 %110
store i32 0, i32* %111
%112 = add nuw nsw i64 %106, 2
%113 = mul nuw nsw i64 %112, %10
%114 = getelementptr inbounds i32, i32* %45, i64 %113
store i32 0, i32* %114
%115 = add nuw nsw i64 %106, 3
%116 = mul nuw nsw i64 %115, %10
%117 = getelementptr inbounds i32, i32* %45, i64 %116
store i32 0, i32* %117
%118 = add nuw nsw i64 %106, 4
%119 = icmp eq i64 %118, %9
br i1 %119, label %120, label %105
120: ; preds = %102, %105, %89, %42
%121 = add nuw nsw i64 %43, 1
%122 = icmp eq i64 %121, %10
br i1 %122, label %41, label %42
123: ; preds = %146, %41
br i1 %18, label %149, label %187
124: ; preds = %41, %146
%125 = phi i64 [ %147, %146 ], [ 0, %41 ]
%126 = getelementptr inbounds i32*, i32** %6, i64 %125
%127 = load i32*, i32** %126
%128 = getelementptr inbounds i32, i32* %127, i64 %39
%129 = load i32, i32* %128
%130 = icmp eq i32 %129, %4
%131 = icmp eq i32 %129, -1
%132 = or i1 %130, %131
br i1 %132, label %146, label %133
133: ; preds = %124
%134 = sext i32 %129 to i64
%135 = getelementptr inbounds i32, i32* %13, i64 %134
%136 = load i32, i32* %135
%137 = add nsw i32 %136, 1
store i32 %137, i32* %135
%138 = getelementptr inbounds i32, i32* %5, i64 %125
%139 = load i32, i32* %138
%140 = sext i32 %139 to i64
%141 = mul nsw i64 %140, %10
%142 = getelementptr inbounds i32, i32* %12, i64 %141
%143 = getelementptr inbounds i32, i32* %142, i64 %134
%144 = load i32, i32* %143
%145 = add nsw i32 %144, 1
store i32 %145, i32* %143
br label %146
146: ; preds = %124, %133
%147 = add nuw nsw i64 %125, 1
%148 = icmp eq i64 %147, %22
br i1 %148, label %123, label %124
149: ; preds = %123, %184
%150 = phi i64 [ %185, %184 ], [ 0, %123 ]
br i1 %17, label %151, label %184
151: ; preds = %149
%152 = mul nuw nsw i64 %150, %10
%153 = getelementptr inbounds i32, i32* %12, i64 %152
%154 = getelementptr inbounds i32*, i32** %7, i64 %150
br label %155
155: ; preds = %151, %180
%156 = phi i64 [ 0, %151 ], [ %182, %180 ]
%157 = phi i32 [ -1, %151 ], [ %181, %180 ]
%158 = getelementptr inbounds i32, i32* %153, i64 %156
%159 = load i32, i32* %158
%160 = icmp sgt i32 %159, %157
br i1 %160, label %161, label %164
161: ; preds = %155
%162 = load i32*, i32** %154
%163 = getelementptr inbounds i32, i32* %162, i64 %39
br label %176
164: ; preds = %155
%165 = icmp eq i32 %159, %157
br i1 %165, label %166, label %180
166: ; preds = %164
%167 = getelementptr inbounds i32, i32* %13, i64 %156
%168 = load i32, i32* %167
%169 = load i32*, i32** %154
%170 = getelementptr inbounds i32, i32* %169, i64 %39
%171 = load i32, i32* %170
%172 = sext i32 %171 to i64
%173 = getelementptr inbounds i32, i32* %13, i64 %172
%174 = load i32, i32* %173
%175 = icmp sgt i32 %168, %174
br i1 %175, label %176, label %180
176: ; preds = %166, %161
%177 = phi i32* [ %163, %161 ], [ %170, %166 ]
%178 = phi i32 [ %159, %161 ], [ %157, %166 ]
%179 = trunc i64 %156 to i32
store i32 %179, i32* %177
br label %180
180: ; preds = %176, %166, %164
%181 = phi i32 [ %157, %166 ], [ %157, %164 ], [ %178, %176 ]
%182 = add nuw nsw i64 %156, 1
%183 = icmp eq i64 %182, %10
br i1 %183, label %184, label %155
184: ; preds = %180, %149
%185 = add nuw nsw i64 %150, 1
%186 = icmp eq i64 %185, %9
br i1 %186, label %187, label %149
187: ; preds = %184, %123
%188 = add nuw nsw i64 %39, 1
%189 = icmp eq i64 %188, %21
br i1 %189, label %190, label %38
190: ; preds = %187, %8
ret void
}