void BlockRaggedEdgedAlignment(char **aseqs, int nseq, int alen) {
  int idx, pos;
  for (idx = 0; idx < nseq; idx++) {
    for (pos = 0; pos < alen; pos++) {
      if (((aseqs[idx][pos]) == ' ' || (aseqs[idx][pos]) == '.' ||
           (aseqs[idx][pos]) == '_' || (aseqs[idx][pos]) == '-'))
        aseqs[idx][pos] = ',';
      else
        break;
    }
    for (pos = alen - 1; pos >= 0; pos--) {
      if (((aseqs[idx][pos]) == ' ' || (aseqs[idx][pos]) == '.' ||
           (aseqs[idx][pos]) == '_' || (aseqs[idx][pos]) == '-'))
        aseqs[idx][pos] = ',';
      else
        break;
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<BlockRaggedEdgedAlignment>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %edx,-0x10(%rbp)
movl   $0x0,-0x14(%rbp)
mov    -0x14(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    12a4 <BlockRaggedEdgedAlignment+0x1a4>
movl   $0x0,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
cmp    -0x10(%rbp),%eax
jge    11d9 <BlockRaggedEdgedAlignment+0xd9>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x20,%eax
je     11a8 <BlockRaggedEdgedAlignment+0xa8>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2e,%eax
je     11a8 <BlockRaggedEdgedAlignment+0xa8>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x5f,%eax
je     11a8 <BlockRaggedEdgedAlignment+0xa8>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
jne    11c1 <BlockRaggedEdgedAlignment+0xc1>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movb   $0x2c,(%rax,%rcx,1)
jmp    11c6 <BlockRaggedEdgedAlignment+0xc6>
jmp    11d9 <BlockRaggedEdgedAlignment+0xd9>
jmp    11cb <BlockRaggedEdgedAlignment+0xcb>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    1128 <BlockRaggedEdgedAlignment+0x28>
mov    -0x10(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
cmpl   $0x0,-0x18(%rbp)
jl     1291 <BlockRaggedEdgedAlignment+0x191>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x20,%eax
je     1260 <BlockRaggedEdgedAlignment+0x160>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2e,%eax
je     1260 <BlockRaggedEdgedAlignment+0x160>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x5f,%eax
je     1260 <BlockRaggedEdgedAlignment+0x160>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x2d,%eax
jne    1279 <BlockRaggedEdgedAlignment+0x179>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x18(%rbp),%rcx
movb   $0x2c,(%rax,%rcx,1)
jmp    127e <BlockRaggedEdgedAlignment+0x17e>
jmp    1291 <BlockRaggedEdgedAlignment+0x191>
jmp    1283 <BlockRaggedEdgedAlignment+0x183>
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0xffffffff,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    11e2 <BlockRaggedEdgedAlignment+0xe2>
jmp    1296 <BlockRaggedEdgedAlignment+0x196>
mov    -0x14(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x14(%rbp)
jmp    1115 <BlockRaggedEdgedAlignment+0x15>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<BlockRaggedEdgedAlignment>:
push   %r14
push   %rbx
test   %esi,%esi
jle    119a <BlockRaggedEdgedAlignment+0x9a>
mov    %edx,%r11d
mov    %esi,%r9d
lea    0x1(%r11),%r8
xor    %r14d,%r14d
movabs $0x8000000000006001,%r10
jmp    1139 <BlockRaggedEdgedAlignment+0x39>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
add    $0x1,%r14
cmp    %r9,%r14
je     119a <BlockRaggedEdgedAlignment+0x9a>
test   %edx,%edx
jle    1130 <BlockRaggedEdgedAlignment+0x30>
xor    %ecx,%ecx
nop
mov    (%rdi,%r14,8),%rax
movzbl (%rax,%rcx,1),%ebx
add    $0xe0,%bl
cmp    $0x3f,%bl
ja     1166 <BlockRaggedEdgedAlignment+0x66>
movzbl %bl,%esi
bt     %rsi,%r10
jae    1166 <BlockRaggedEdgedAlignment+0x66>
movb   $0x2c,(%rax,%rcx,1)
add    $0x1,%rcx
cmp    %rcx,%r11
jne    1140 <BlockRaggedEdgedAlignment+0x40>
test   %edx,%edx
jle    1130 <BlockRaggedEdgedAlignment+0x30>
mov    %r8,%rcx
nopl   (%rax)
lea    -0x2(%rcx),%esi
mov    (%rdi,%r14,8),%rbx
movzbl (%rbx,%rsi,1),%eax
add    $0xe0,%al
cmp    $0x3f,%al
ja     1130 <BlockRaggedEdgedAlignment+0x30>
movzbl %al,%eax
bt     %rax,%r10
jae    1130 <BlockRaggedEdgedAlignment+0x30>
movb   $0x2c,(%rbx,%rsi,1)
add    $0xffffffffffffffff,%rcx
cmp    $0x1,%rcx
jg     1170 <BlockRaggedEdgedAlignment+0x70>
jmp    1130 <BlockRaggedEdgedAlignment+0x30>
pop    %rbx
pop    %r14
ret

LLVM IR (-O0):
define void @BlockRaggedEdgedAlignment(i8** %0, i32 %1, i32 %2) {
%4 = alloca i8**
%5 = alloca i32
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
store i8** %0, i8*** %4
store i32 %1, i32* %5
store i32 %2, i32* %6
store i32 0, i32* %7
br label %9
9: ; preds = %149, %3
%10 = load i32, i32* %7
%11 = load i32, i32* %5
%12 = icmp slt i32 %10, %11
br i1 %12, label %13, label %152
13: ; preds = %9
store i32 0, i32* %8
br label %14
14: ; preds = %77, %13
%15 = load i32, i32* %8
%16 = load i32, i32* %6
%17 = icmp slt i32 %15, %16
br i1 %17, label %18, label %80
18: ; preds = %14
%19 = load i8**, i8*** %4
%20 = load i32, i32* %7
%21 = sext i32 %20 to i64
%22 = getelementptr inbounds i8*, i8** %19, i64 %21
%23 = load i8*, i8** %22
%24 = load i32, i32* %8
%25 = sext i32 %24 to i64
%26 = getelementptr inbounds i8, i8* %23, i64 %25
%27 = load i8, i8* %26
%28 = sext i8 %27 to i32
%29 = icmp eq i32 %28, 32
br i1 %29, label %66, label %30
30: ; preds = %18
%31 = load i8**, i8*** %4
%32 = load i32, i32* %7
%33 = sext i32 %32 to i64
%34 = getelementptr inbounds i8*, i8** %31, i64 %33
%35 = load i8*, i8** %34
%36 = load i32, i32* %8
%37 = sext i32 %36 to i64
%38 = getelementptr inbounds i8, i8* %35, i64 %37
%39 = load i8, i8* %38
%40 = sext i8 %39 to i32
%41 = icmp eq i32 %40, 46
br i1 %41, label %66, label %42
42: ; preds = %30
%43 = load i8**, i8*** %4
%44 = load i32, i32* %7
%45 = sext i32 %44 to i64
%46 = getelementptr inbounds i8*, i8** %43, i64 %45
%47 = load i8*, i8** %46
%48 = load i32, i32* %8
%49 = sext i32 %48 to i64
%50 = getelementptr inbounds i8, i8* %47, i64 %49
%51 = load i8, i8* %50
%52 = sext i8 %51 to i32
%53 = icmp eq i32 %52, 95
br i1 %53, label %66, label %54
54: ; preds = %42
%55 = load i8**, i8*** %4
%56 = load i32, i32* %7
%57 = sext i32 %56 to i64
%58 = getelementptr inbounds i8*, i8** %55, i64 %57
%59 = load i8*, i8** %58
%60 = load i32, i32* %8
%61 = sext i32 %60 to i64
%62 = getelementptr inbounds i8, i8* %59, i64 %61
%63 = load i8, i8* %62
%64 = sext i8 %63 to i32
%65 = icmp eq i32 %64, 45
br i1 %65, label %66, label %75
66: ; preds = %54, %42, %30, %18
%67 = load i8**, i8*** %4
%68 = load i32, i32* %7
%69 = sext i32 %68 to i64
%70 = getelementptr inbounds i8*, i8** %67, i64 %69
%71 = load i8*, i8** %70
%72 = load i32, i32* %8
%73 = sext i32 %72 to i64
%74 = getelementptr inbounds i8, i8* %71, i64 %73
store i8 44, i8* %74
br label %76
75: ; preds = %54
br label %80
76: ; preds = %66
br label %77
77: ; preds = %76
%78 = load i32, i32* %8
%79 = add nsw i32 %78, 1
store i32 %79, i32* %8
br label %14
80: ; preds = %75, %14
%81 = load i32, i32* %6
%82 = sub nsw i32 %81, 1
store i32 %82, i32* %8
br label %83
83: ; preds = %145, %80
%84 = load i32, i32* %8
%85 = icmp sge i32 %84, 0
br i1 %85, label %86, label %148
86: ; preds = %83
%87 = load i8**, i8*** %4
%88 = load i32, i32* %7
%89 = sext i32 %88 to i64
%90 = getelementptr inbounds i8*, i8** %87, i64 %89
%91 = load i8*, i8** %90
%92 = load i32, i32* %8
%93 = sext i32 %92 to i64
%94 = getelementptr inbounds i8, i8* %91, i64 %93
%95 = load i8, i8* %94
%96 = sext i8 %95 to i32
%97 = icmp eq i32 %96, 32
br i1 %97, label %134, label %98
98: ; preds = %86
%99 = load i8**, i8*** %4
%100 = load i32, i32* %7
%101 = sext i32 %100 to i64
%102 = getelementptr inbounds i8*, i8** %99, i64 %101
%103 = load i8*, i8** %102
%104 = load i32, i32* %8
%105 = sext i32 %104 to i64
%106 = getelementptr inbounds i8, i8* %103, i64 %105
%107 = load i8, i8* %106
%108 = sext i8 %107 to i32
%109 = icmp eq i32 %108, 46
br i1 %109, label %134, label %110
110: ; preds = %98
%111 = load i8**, i8*** %4
%112 = load i32, i32* %7
%113 = sext i32 %112 to i64
%114 = getelementptr inbounds i8*, i8** %111, i64 %113
%115 = load i8*, i8** %114
%116 = load i32, i32* %8
%117 = sext i32 %116 to i64
%118 = getelementptr inbounds i8, i8* %115, i64 %117
%119 = load i8, i8* %118
%120 = sext i8 %119 to i32
%121 = icmp eq i32 %120, 95
br i1 %121, label %134, label %122
122: ; preds = %110
%123 = load i8**, i8*** %4
%124 = load i32, i32* %7
%125 = sext i32 %124 to i64
%126 = getelementptr inbounds i8*, i8** %123, i64 %125
%127 = load i8*, i8** %126
%128 = load i32, i32* %8
%129 = sext i32 %128 to i64
%130 = getelementptr inbounds i8, i8* %127, i64 %129
%131 = load i8, i8* %130
%132 = sext i8 %131 to i32
%133 = icmp eq i32 %132, 45
br i1 %133, label %134, label %143
134: ; preds = %122, %110, %98, %86
%135 = load i8**, i8*** %4
%136 = load i32, i32* %7
%137 = sext i32 %136 to i64
%138 = getelementptr inbounds i8*, i8** %135, i64 %137
%139 = load i8*, i8** %138
%140 = load i32, i32* %8
%141 = sext i32 %140 to i64
%142 = getelementptr inbounds i8, i8* %139, i64 %141
store i8 44, i8* %142
br label %144
143: ; preds = %122
br label %148
144: ; preds = %134
br label %145
145: ; preds = %144
%146 = load i32, i32* %8
%147 = add nsw i32 %146, -1
store i32 %147, i32* %8
br label %83
148: ; preds = %143, %83
br label %149
149: ; preds = %148
%150 = load i32, i32* %7
%151 = add nsw i32 %150, 1
store i32 %151, i32* %7
br label %9
152: ; preds = %9
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @BlockRaggedEdgedAlignment(i8** nocapture %0, i32 %1, i32 %2) {
%4 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %4, label %5, label %36
5: ; preds = %3
%6 = icmp sgt i32 %2, 0
%7 = zext i32 %2 to i64
%8 = zext i32 %1 to i64
br label %9
9: ; preds = %5, %33
%10 = phi i64 [ 0, %5 ], [ %34, %33 ]
br i1 %6, label %11, label %33
11: ; preds = %9
%12 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %10
br label %13
13: ; preds = %11, %18
%14 = phi i64 [ 0, %11 ], [ %19, %18 ]
%15 = load i8*, i8** %12
%16 = getelementptr inbounds i8, i8* %15, i64 %14
%17 = load i8, i8* %16
switch i8 %17, label %21 [
i8 32, label %18
i8 46, label %18
i8 95, label %18
i8 45, label %18
]
18: ; preds = %13, %13, %13, %13
store i8 44, i8* %16
%19 = add nuw nsw i64 %14, 1
%20 = icmp eq i64 %19, %7
br i1 %20, label %21, label %13
21: ; preds = %18, %13
br i1 %6, label %22, label %33
22: ; preds = %21
%23 = getelementptr inbounds i8*, i8** %0, i64 %10
br label %24
24: ; preds = %22, %31
%25 = phi i64 [ %7, %22 ], [ %26, %31 ]
%26 = add nsw i64 %25, -1
%27 = load i8*, i8** %23
%28 = and i64 %26, 4294967295
%29 = getelementptr inbounds i8, i8* %27, i64 %28
%30 = load i8, i8* %29
switch i8 %30, label %33 [
i8 32, label %31
i8 46, label %31
i8 95, label %31
i8 45, label %31
]
31: ; preds = %24, %24, %24, %24
store i8 44, i8* %29
%32 = icmp sgt i64 %25, 1
br i1 %32, label %24, label %33
33: ; preds = %31, %24, %9, %21
%34 = add nuw nsw i64 %10, 1
%35 = icmp eq i64 %34, %8
br i1 %35, label %36, label %9
36: ; preds = %33, %3
ret void
}