#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int strlen(char *);
float count_motif_occurrences_prob(char *motif, char *upstream_sequence,
                                   float threshold) {
  int i, j, k;
  float n;
  int upstream_sequence_length;
  int motif_length;
  float score;
  motif_length = strlen(motif);
  upstream_sequence_length = strlen(upstream_sequence);
  n = 0;
  i = 0;
  while (i <= (upstream_sequence_length - motif_length)) {
    j = 0;
    score = 0;
    while ((j < motif_length) & (score > j - 2)) {
      if (motif[j] == upstream_sequence[i + j])
        score++;
      j++;
    }
    score = (float)score / (float)motif_length;
    if (score >= threshold) {
      n += score;
      i += motif_length - 1;
    }
    i++;
  }
  return n;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<count_motif_occurrences_prob>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
movss  %xmm0,-0x14(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%rdi
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,-0x28(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movss  %xmm0,-0x24(%rbp)
movl   $0x0,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
mov    -0x28(%rbp),%ecx
sub    -0x2c(%rbp),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jg     1230 <count_motif_occurrences_prob+0x120>
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movss  %xmm0,-0x30(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0x2c(%rbp),%eax
setl   %al
and    $0x1,%al
movzbl %al,%eax
movss  -0x30(%rbp),%xmm0
mov    -0x1c(%rbp),%ecx
sub    $0x2,%ecx
cvtsi2ss %ecx,%xmm1
ucomiss %xmm1,%xmm0
seta   %cl
and    $0x1,%cl
movzbl %cl,%ecx
and    %ecx,%eax
cmp    $0x0,%eax
je     11e5 <count_motif_occurrences_prob+0xd5>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
mov    -0x10(%rbp),%rcx
mov    -0x18(%rbp),%edx
add    -0x1c(%rbp),%edx
movslq %edx,%rdx
movsbl (%rcx,%rdx,1),%ecx
cmp    %ecx,%eax
jne    11d7 <count_motif_occurrences_prob+0xc7>
movss  0xe33(%rip),%xmm0
addss  -0x30(%rbp),%xmm0
movss  %xmm0,-0x30(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    116c <count_motif_occurrences_prob+0x5c>
movss  -0x30(%rbp),%xmm0
cvtsi2ssl -0x2c(%rbp),%xmm1
divss  %xmm1,%xmm0
movss  %xmm0,-0x30(%rbp)
movss  -0x30(%rbp),%xmm0
ucomiss -0x14(%rbp),%xmm0
jb     1222 <count_motif_occurrences_prob+0x112>
movss  -0x30(%rbp),%xmm0
addss  -0x24(%rbp),%xmm0
movss  %xmm0,-0x24(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
add    -0x18(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x18(%rbp)
jmp    114c <count_motif_occurrences_prob+0x3c>
movss  -0x24(%rbp),%xmm0
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<count_motif_occurrences_prob>:
push   %r15
push   %r14
push   %r12
push   %rbx
push   %rax
movss  %xmm0,0x4(%rsp)
mov    %rsi,%r14
mov    %rdi,%r12
call   1030 <strlen@plt>
mov    %eax,%r15d
mov    %r14,%rdi
call   1030 <strlen@plt>
sub    %r15d,%eax
js     11f0 <count_motif_occurrences_prob+0xe0>
cvtsi2ss %r15d,%xmm1
lea    -0x1(%r15),%r9d
movslq %r15d,%rdx
xorps  %xmm0,%xmm0
xor    %r8d,%r8d
movss  0xea9(%rip),%xmm2
movss  0xea5(%rip),%xmm3
xor    %r10d,%r10d
movss  0x4(%rsp),%xmm7
jmp    11a2 <count_motif_occurrences_prob+0x92>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
divss  %xmm1,%xmm4
ucomiss %xmm7,%xmm4
movaps %xmm7,%xmm5
cmpnless %xmm4,%xmm5
movaps %xmm5,%xmm6
andnps %xmm4,%xmm6
andps  %xmm3,%xmm5
orps   %xmm6,%xmm5
addss  %xmm5,%xmm0
mov    %r9d,%ecx
cmovb  %r8d,%ecx
add    %ecx,%r10d
add    $0x1,%r10d
cmp    %eax,%r10d
jg     11f3 <count_motif_occurrences_prob+0xe3>
xorps  %xmm4,%xmm4
test   %r15d,%r15d
jle    1170 <count_motif_occurrences_prob+0x60>
movslq %r10d,%rsi
add    %r14,%rsi
xorps  %xmm5,%xmm5
mov    $0xffffffff,%ecx
mov    $0x1,%edi
movaps %xmm5,%xmm4
movzbl -0x1(%r12,%rdi,1),%ebx
addss  %xmm2,%xmm4
cmp    -0x1(%rsi,%rdi,1),%bl
je     11d3 <count_motif_occurrences_prob+0xc3>
movaps %xmm5,%xmm4
cmp    %rdx,%rdi
jge    1170 <count_motif_occurrences_prob+0x60>
xorps  %xmm5,%xmm5
cvtsi2ss %ecx,%xmm5
add    $0x1,%rdi
add    $0x1,%ecx
ucomiss %xmm5,%xmm4
movaps %xmm4,%xmm5
ja     11c0 <count_motif_occurrences_prob+0xb0>
jmp    1170 <count_motif_occurrences_prob+0x60>
xorps  %xmm0,%xmm0
add    $0x8,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r14
pop    %r15
ret

LLVM IR (-O0):
define float @count_motif_occurrences_prob(i8* %0, i8* %1, float %2) {
%4 = alloca i8*
%5 = alloca i8*
%6 = alloca float
%7 = alloca i32
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca float
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca float
store i8* %0, i8** %4
store i8* %1, i8** %5
store float %2, float* %6
%14 = load i8*, i8** %4
%15 = call i32 @strlen(i8* %14)
store i32 %15, i32* %12
%16 = load i8*, i8** %5
%17 = call i32 @strlen(i8* %16)
store i32 %17, i32* %11
store float 0.000000e+00, float* %10
store i32 0, i32* %7
br label %18
18: ; preds = %76, %3
%19 = load i32, i32* %7
%20 = load i32, i32* %11
%21 = load i32, i32* %12
%22 = sub nsw i32 %20, %21
%23 = icmp sle i32 %19, %22
br i1 %23, label %24, label %79
24: ; preds = %18
store i32 0, i32* %8
store float 0.000000e+00, float* %13
br label %25
25: ; preds = %57, %24
%26 = load i32, i32* %8
%27 = load i32, i32* %12
%28 = icmp slt i32 %26, %27
%29 = zext i1 %28 to i32
%30 = load float, float* %13
%31 = load i32, i32* %8
%32 = sub nsw i32 %31, 2
%33 = sitofp i32 %32 to float
%34 = fcmp ogt float %30, %33
%35 = zext i1 %34 to i32
%36 = and i32 %29, %35
%37 = icmp ne i32 %36, 0
br i1 %37, label %38, label %60
38: ; preds = %25
%39 = load i8*, i8** %4
%40 = load i32, i32* %8
%41 = sext i32 %40 to i64
%42 = getelementptr inbounds i8, i8* %39, i64 %41
%43 = load i8, i8* %42
%44 = sext i8 %43 to i32
%45 = load i8*, i8** %5
%46 = load i32, i32* %7
%47 = load i32, i32* %8
%48 = add nsw i32 %46, %47
%49 = sext i32 %48 to i64
%50 = getelementptr inbounds i8, i8* %45, i64 %49
%51 = load i8, i8* %50
%52 = sext i8 %51 to i32
%53 = icmp eq i32 %44, %52
br i1 %53, label %54, label %57
54: ; preds = %38
%55 = load float, float* %13
%56 = fadd float %55, 1.000000e+00
store float %56, float* %13
br label %57
57: ; preds = %54, %38
%58 = load i32, i32* %8
%59 = add nsw i32 %58, 1
store i32 %59, i32* %8
br label %25
60: ; preds = %25
%61 = load float, float* %13
%62 = load i32, i32* %12
%63 = sitofp i32 %62 to float
%64 = fdiv float %61, %63
store float %64, float* %13
%65 = load float, float* %13
%66 = load float, float* %6
%67 = fcmp oge float %65, %66
br i1 %67, label %68, label %76
68: ; preds = %60
%69 = load float, float* %13
%70 = load float, float* %10
%71 = fadd float %70, %69
store float %71, float* %10
%72 = load i32, i32* %12
%73 = sub nsw i32 %72, 1
%74 = load i32, i32* %7
%75 = add nsw i32 %74, %73
store i32 %75, i32* %7
br label %76
76: ; preds = %68, %60
%77 = load i32, i32* %7
%78 = add nsw i32 %77, 1
store i32 %78, i32* %7
br label %18
79: ; preds = %18
%80 = load float, float* %10
ret float %80
}

LLVM IR (-O2):
define float @count_motif_occurrences_prob(i8* %0, i8* %1, float %2) {
%4 = tail call i32 @strlen(i8* %0)
%5 = tail call i32 @strlen(i8* %1)
%6 = sub nsw i32 %5, %4
%7 = icmp slt i32 %6, 0
br i1 %7, label %46, label %8
8: ; preds = %3
%9 = icmp sgt i32 %4, 0
%10 = sitofp i32 %4 to float
%11 = add nsw i32 %4, -1
%12 = sext i32 %4 to i64
br label %13
13: ; preds = %8, %36
%14 = phi i32 [ 0, %8 ], [ %44, %36 ]
%15 = phi float [ 0.000000e+00, %8 ], [ %41, %36 ]
br i1 %9, label %16, label %36
16: ; preds = %13
%17 = sext i32 %14 to i64
br label %18
18: ; preds = %16, %18
%19 = phi i64 [ 0, %16 ], [ %29, %18 ]
%20 = phi float [ 0.000000e+00, %16 ], [ %28, %18 ]
%21 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %19
%22 = load i8, i8* %21
%23 = add nsw i64 %19, %17
%24 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %23
%25 = load i8, i8* %24
%26 = icmp eq i8 %22, %25
%27 = fadd float %20, 1.000000e+00
%28 = select i1 %26, float %27, float %20
%29 = add nuw nsw i64 %19, 1
%30 = icmp slt i64 %29, %12
%31 = trunc i64 %19 to i32
%32 = add i32 %31, -1
%33 = sitofp i32 %32 to float
%34 = fcmp ogt float %28, %33
%35 = and i1 %30, %34
br i1 %35, label %18, label %36
36: ; preds = %18, %13
%37 = phi float [ 0.000000e+00, %13 ], [ %28, %18 ]
%38 = fdiv float %37, %10
%39 = fcmp ult float %38, %2
%40 = select i1 %39, float -0.000000e+00, float %38
%41 = fadd float %15, %40
%42 = select i1 %39, i32 0, i32 %11
%43 = add i32 %14, 1
%44 = add i32 %43, %42
%45 = icmp sgt i32 %44, %6
br i1 %45, label %46, label %13
46: ; preds = %36, %3
%47 = phi float [ 0.000000e+00, %3 ], [ %41, %36 ]
ret float %47
}