void hc_intermolecular_only(unsigned int i, char c_option, char *hc,
                            unsigned int length, unsigned int min_loop_size,
                            int cut, int *index) {
  unsigned int l;
  if (cut > 1) {
    if (i < cut) {
      for (l = 1; l < i; l++)
        hc[index[i] + l] &= ~c_option;
      for (l = i + 1; l < cut; l++)
        hc[index[l] + i] &= ~c_option;
    } else {
      for (l = cut; l < i; l++)
        hc[index[i] + l] &= ~c_option;
      for (l = i + 1; l <= length; l++)
        hc[index[l] + i] &= ~c_option;
    }
  }
}


x86 assembly (clang, -O0):
<hc_intermolecular_only>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %sil,%al
mov    0x10(%rbp),%rsi
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %al,-0x5(%rbp)
mov    %rdx,-0x10(%rbp)
mov    %ecx,-0x14(%rbp)
mov    %r8d,-0x18(%rbp)
mov    %r9d,-0x1c(%rbp)
cmpl   $0x1,-0x1c(%rbp)
jle    1258 <hc_intermolecular_only+0x158>
mov    -0x4(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jae    11c5 <hc_intermolecular_only+0xc5>
movl   $0x1,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x4(%rbp),%eax
jae    117a <hc_intermolecular_only+0x7a>
movsbl -0x5(%rbp),%esi
xor    $0xffffffff,%esi
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    0x10(%rbp),%rcx
mov    -0x4(%rbp),%edx
mov    (%rcx,%rdx,4),%ecx
add    -0x20(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%ecx
movsbl (%rax,%rcx,1),%edx
and    %esi,%edx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    113d <hc_intermolecular_only+0x3d>
mov    -0x4(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jae    11c0 <hc_intermolecular_only+0xc0>
movsbl -0x5(%rbp),%esi
xor    $0xffffffff,%esi
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    0x10(%rbp),%rcx
mov    -0x20(%rbp),%edx
mov    (%rcx,%rdx,4),%ecx
add    -0x4(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%ecx
movsbl (%rax,%rcx,1),%edx
and    %esi,%edx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    1183 <hc_intermolecular_only+0x83>
jmp    1253 <hc_intermolecular_only+0x153>
mov    -0x1c(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x4(%rbp),%eax
jae    1208 <hc_intermolecular_only+0x108>
movsbl -0x5(%rbp),%esi
xor    $0xffffffff,%esi
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    0x10(%rbp),%rcx
mov    -0x4(%rbp),%edx
mov    (%rcx,%rdx,4),%ecx
add    -0x20(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%ecx
movsbl (%rax,%rcx,1),%edx
and    %esi,%edx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    11cb <hc_intermolecular_only+0xcb>
mov    -0x4(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%eax
cmp    -0x14(%rbp),%eax
ja     124e <hc_intermolecular_only+0x14e>
movsbl -0x5(%rbp),%esi
xor    $0xffffffff,%esi
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    0x10(%rbp),%rcx
mov    -0x20(%rbp),%edx
mov    (%rcx,%rdx,4),%ecx
add    -0x4(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%ecx
movsbl (%rax,%rcx,1),%edx
and    %esi,%edx
mov    %dl,(%rax,%rcx,1)
mov    -0x20(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
jmp    1211 <hc_intermolecular_only+0x111>
jmp    1253 <hc_intermolecular_only+0x153>
jmp    1258 <hc_intermolecular_only+0x158>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<hc_intermolecular_only>:
push   %rbp
push   %r14
push   %rbx
cmp    $0x2,%r9d
jl     11de <hc_intermolecular_only+0xde>
mov    0x20(%rsp),%r8
mov    %edi,%ebx
sub    %r9d,%ebx
jae    11e3 <hc_intermolecular_only+0xe3>
cmp    $0x2,%edi
jb     1185 <hc_intermolecular_only+0x85>
mov    %esi,%ecx
not    %cl
mov    %edi,%r14d
lea    -0x1(%rdi),%r10d
mov    $0x1,%ebx
cmp    $0x2,%edi
je     1178 <hc_intermolecular_only+0x78>
mov    %r10d,%r11d
and    $0xfffffffe,%r11d
neg    %r11d
mov    $0x1,%eax
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
mov    (%r8,%r14,4),%ebx
add    %eax,%ebx
and    %cl,(%rdx,%rbx,1)
mov    (%r8,%r14,4),%ebx
add    %eax,%ebx
add    $0x1,%ebx
and    %cl,(%rdx,%rbx,1)
mov    %eax,%ebx
add    $0x2,%ebx
lea    (%r11,%rax,1),%ebp
add    $0x2,%ebp
mov    %ebx,%eax
cmp    $0x1,%ebp
jne    1150 <hc_intermolecular_only+0x50>
test   $0x1,%r10b
je     1185 <hc_intermolecular_only+0x85>
add    (%r8,%r14,4),%ebx
and    %cl,(%rdx,%rbx,1)
lea    0x1(%rdi),%eax
cmp    %r9d,%eax
jae    11de <hc_intermolecular_only+0xde>
not    %sil
mov    %eax,%ecx
mov    %edi,%ebx
not    %ebx
add    %r9d,%ebx
lea    -0x2(%r9),%eax
test   $0x1,%bl
je     11b0 <hc_intermolecular_only+0xb0>
mov    (%r8,%rcx,4),%ebx
add    %edi,%ebx
and    %sil,(%rdx,%rbx,1)
add    $0x1,%rcx
cmp    %edi,%eax
je     11de <hc_intermolecular_only+0xde>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
mov    (%r8,%rcx,4),%eax
add    %edi,%eax
and    %sil,(%rdx,%rax,1)
mov    0x4(%r8,%rcx,4),%eax
add    %edi,%eax
and    %sil,(%rdx,%rax,1)
add    $0x2,%rcx
cmp    %r9d,%ecx
jb     11c0 <hc_intermolecular_only+0xc0>
pop    %rbx
pop    %r14
pop    %rbp
ret
not    %sil
jbe    1232 <hc_intermolecular_only+0x132>
mov    %edi,%eax
mov    %r9d,%r10d
not    %r10d
test   $0x1,%bl
je     1204 <hc_intermolecular_only+0x104>
mov    (%r8,%rax,4),%ebx
add    %r9d,%ebx
and    %sil,(%rdx,%rbx,1)
add    $0x1,%r9d
add    %edi,%r10d
je     1232 <hc_intermolecular_only+0x132>
nopl   0x0(%rax)
mov    (%r8,%rax,4),%ebp
add    %r9d,%ebp
and    %sil,(%rdx,%rbp,1)
mov    (%r8,%rax,4),%ebp
add    %r9d,%ebp
add    $0x1,%ebp
and    %sil,(%rdx,%rbp,1)
add    $0x2,%r9d
cmp    %r9d,%edi
jne    1210 <hc_intermolecular_only+0x110>
lea    0x1(%rdi),%eax
cmp    %ecx,%eax
ja     11de <hc_intermolecular_only+0xde>
nopl   0x0(%rax)
mov    %eax,%ebp
mov    (%r8,%rbp,4),%ebp
add    %edi,%ebp
and    %sil,(%rdx,%rbp,1)
add    $0x1,%eax
cmp    %ecx,%eax
jbe    1240 <hc_intermolecular_only+0x140>
jmp    11de <hc_intermolecular_only+0xde>

LLVM IR (-O0):
define void @hc_intermolecular_only(i32 %0, i8 signext %1, i8* %2, i32 %3, i32 %4, i32 %5, i32* %6) {
%8 = alloca i32
%9 = alloca i8
%10 = alloca i8*
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32*
%15 = alloca i32
store i32 %0, i32* %8
store i8 %1, i8* %9
store i8* %2, i8** %10
store i32 %3, i32* %11
store i32 %4, i32* %12
store i32 %5, i32* %13
store i32* %6, i32** %14
%16 = load i32, i32* %13
%17 = icmp sgt i32 %16, 1
br i1 %17, label %18, label %134
18: ; preds = %7
%19 = load i32, i32* %8
%20 = load i32, i32* %13
%21 = icmp ult i32 %19, %20
br i1 %21, label %22, label %77
22: ; preds = %18
store i32 1, i32* %15
br label %23
23: ; preds = %45, %22
%24 = load i32, i32* %15
%25 = load i32, i32* %8
%26 = icmp ult i32 %24, %25
br i1 %26, label %27, label %48
27: ; preds = %23
%28 = load i8, i8* %9
%29 = sext i8 %28 to i32
%30 = xor i32 %29, -1
%31 = load i8*, i8** %10
%32 = load i32*, i32** %14
%33 = load i32, i32* %8
%34 = zext i32 %33 to i64
%35 = getelementptr inbounds i32, i32* %32, i64 %34
%36 = load i32, i32* %35
%37 = load i32, i32* %15
%38 = add i32 %36, %37
%39 = zext i32 %38 to i64
%40 = getelementptr inbounds i8, i8* %31, i64 %39
%41 = load i8, i8* %40
%42 = sext i8 %41 to i32
%43 = and i32 %42, %30
%44 = trunc i32 %43 to i8
store i8 %44, i8* %40
br label %45
45: ; preds = %27
%46 = load i32, i32* %15
%47 = add i32 %46, 1
store i32 %47, i32* %15
br label %23
48: ; preds = %23
%49 = load i32, i32* %8
%50 = add i32 %49, 1
store i32 %50, i32* %15
br label %51
51: ; preds = %73, %48
%52 = load i32, i32* %15
%53 = load i32, i32* %13
%54 = icmp ult i32 %52, %53
br i1 %54, label %55, label %76
55: ; preds = %51
%56 = load i8, i8* %9
%57 = sext i8 %56 to i32
%58 = xor i32 %57, -1
%59 = load i8*, i8** %10
%60 = load i32*, i32** %14
%61 = load i32, i32* %15
%62 = zext i32 %61 to i64
%63 = getelementptr inbounds i32, i32* %60, i64 %62
%64 = load i32, i32* %63
%65 = load i32, i32* %8
%66 = add i32 %64, %65
%67 = zext i32 %66 to i64
%68 = getelementptr inbounds i8, i8* %59, i64 %67
%69 = load i8, i8* %68
%70 = sext i8 %69 to i32
%71 = and i32 %70, %58
%72 = trunc i32 %71 to i8
store i8 %72, i8* %68
br label %73
73: ; preds = %55
%74 = load i32, i32* %15
%75 = add i32 %74, 1
store i32 %75, i32* %15
br label %51
76: ; preds = %51
br label %133
77: ; preds = %18
%78 = load i32, i32* %13
store i32 %78, i32* %15
br label %79
79: ; preds = %101, %77
%80 = load i32, i32* %15
%81 = load i32, i32* %8
%82 = icmp ult i32 %80, %81
br i1 %82, label %83, label %104
83: ; preds = %79
%84 = load i8, i8* %9
%85 = sext i8 %84 to i32
%86 = xor i32 %85, -1
%87 = load i8*, i8** %10
%88 = load i32*, i32** %14
%89 = load i32, i32* %8
%90 = zext i32 %89 to i64
%91 = getelementptr inbounds i32, i32* %88, i64 %90
%92 = load i32, i32* %91
%93 = load i32, i32* %15
%94 = add i32 %92, %93
%95 = zext i32 %94 to i64
%96 = getelementptr inbounds i8, i8* %87, i64 %95
%97 = load i8, i8* %96
%98 = sext i8 %97 to i32
%99 = and i32 %98, %86
%100 = trunc i32 %99 to i8
store i8 %100, i8* %96
br label %101
101: ; preds = %83
%102 = load i32, i32* %15
%103 = add i32 %102, 1
store i32 %103, i32* %15
br label %79
104: ; preds = %79
%105 = load i32, i32* %8
%106 = add i32 %105, 1
store i32 %106, i32* %15
br label %107
107: ; preds = %129, %104
%108 = load i32, i32* %15
%109 = load i32, i32* %11
%110 = icmp ule i32 %108, %109
br i1 %110, label %111, label %132
111: ; preds = %107
%112 = load i8, i8* %9
%113 = sext i8 %112 to i32
%114 = xor i32 %113, -1
%115 = load i8*, i8** %10
%116 = load i32*, i32** %14
%117 = load i32, i32* %15
%118 = zext i32 %117 to i64
%119 = getelementptr inbounds i32, i32* %116, i64 %118
%120 = load i32, i32* %119
%121 = load i32, i32* %8
%122 = add i32 %120, %121
%123 = zext i32 %122 to i64
%124 = getelementptr inbounds i8, i8* %115, i64 %123
%125 = load i8, i8* %124
%126 = sext i8 %125 to i32
%127 = and i32 %126, %114
%128 = trunc i32 %127 to i8
store i8 %128, i8* %124
br label %129
129: ; preds = %111
%130 = load i32, i32* %15
%131 = add i32 %130, 1
store i32 %131, i32* %15
br label %107
132: ; preds = %107
br label %133
133: ; preds = %132, %76
br label %134
134: ; preds = %133, %7
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @hc_intermolecular_only(i32 %0, i8 signext %1, i8* nocapture %2, i32 %3, i32 %4, i32 %5, i32* nocapture %6) {
%8 = icmp sgt i32 %5, 1
br i1 %8, label %9, label %150
9: ; preds = %7
%10 = icmp ult i32 %0, %5
br i1 %10, label %33, label %11
11: ; preds = %9
%12 = icmp ugt i32 %0, %5
br i1 %12, label %13, label %116
13: ; preds = %11
%14 = xor i8 %1, -1
%15 = zext i32 %0 to i64
%16 = getelementptr inbounds i32, i32* %6, i64 %15
%17 = sub i32 %0, %5
%18 = xor i32 %5, -1
%19 = and i32 %17, 1
%20 = icmp eq i32 %19, 0
br i1 %20, label %29, label %21
21: ; preds = %13
%22 = load i32, i32* %16
%23 = add i32 %22, %5
%24 = zext i32 %23 to i64
%25 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %24
%26 = load i8, i8* %25
%27 = and i8 %26, %14
store i8 %27, i8* %25
%28 = add nuw i32 %5, 1
br label %29
29: ; preds = %21, %13
%30 = phi i32 [ %5, %13 ], [ %28, %21 ]
%31 = sub i32 0, %0
%32 = icmp eq i32 %18, %31
br i1 %32, label %116, label %121
33: ; preds = %9
%34 = icmp ugt i32 %0, 1
br i1 %34, label %35, label %54
35: ; preds = %33
%36 = xor i8 %1, -1
%37 = zext i32 %0 to i64
%38 = getelementptr inbounds i32, i32* %6, i64 %37
%39 = add i32 %0, -1
%40 = and i32 %39, 1
%41 = icmp eq i32 %0, 2
br i1 %41, label %44, label %42
42: ; preds = %35
%43 = and i32 %39, -2
br label %77
44: ; preds = %77, %35
%45 = phi i32 [ 1, %35 ], [ %93, %77 ]
%46 = icmp eq i32 %40, 0
br i1 %46, label %54, label %47
47: ; preds = %44
%48 = load i32, i32* %38
%49 = add i32 %48, %45
%50 = zext i32 %49 to i64
%51 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %50
%52 = load i8, i8* %51
%53 = and i8 %52, %36
store i8 %53, i8* %51
br label %54
54: ; preds = %47, %44, %33
%55 = add i32 %0, 1
%56 = icmp ult i32 %55, %5
br i1 %56, label %57, label %150
57: ; preds = %54
%58 = xor i8 %1, -1
%59 = zext i32 %55 to i64
%60 = xor i32 %0, -1
%61 = add i32 %60, %5
%62 = add i32 %5, -2
%63 = and i32 %61, 1
%64 = icmp eq i32 %63, 0
br i1 %64, label %74, label %65
65: ; preds = %57
%66 = getelementptr inbounds i32, i32* %6, i64 %59
%67 = load i32, i32* %66
%68 = add i32 %67, %0
%69 = zext i32 %68 to i64
%70 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %69
%71 = load i8, i8* %70
%72 = and i8 %71, %58
store i8 %72, i8* %70
%73 = add nuw nsw i64 %59, 1
br label %74
74: ; preds = %65, %57
%75 = phi i64 [ %59, %57 ], [ %73, %65 ]
%76 = icmp eq i32 %62, %0
br i1 %76, label %150, label %96
77: ; preds = %77, %42
%78 = phi i32 [ 1, %42 ], [ %93, %77 ]
%79 = phi i32 [ 0, %42 ], [ %94, %77 ]
%80 = load i32, i32* %38
%81 = add i32 %80, %78
%82 = zext i32 %81 to i64
%83 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %82
%84 = load i8, i8* %83
%85 = and i8 %84, %36
store i8 %85, i8* %83
%86 = add nuw i32 %78, 1
%87 = load i32, i32* %38
%88 = add i32 %87, %86
%89 = zext i32 %88 to i64
%90 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %89
%91 = load i8, i8* %90
%92 = and i8 %91, %36
store i8 %92, i8* %90
%93 = add nuw i32 %78, 2
%94 = add nuw i32 %79, 2
%95 = icmp eq i32 %94, %43
br i1 %95, label %44, label %77
96: ; preds = %74, %96
%97 = phi i64 [ %113, %96 ], [ %75, %74 ]
%98 = getelementptr inbounds i32, i32* %6, i64 %97
%99 = load i32, i32* %98
%100 = add i32 %99, %0
%101 = zext i32 %100 to i64
%102 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %101
%103 = load i8, i8* %102
%104 = and i8 %103, %58
store i8 %104, i8* %102
%105 = add nuw nsw i64 %97, 1
%106 = getelementptr inbounds i32, i32* %6, i64 %105
%107 = load i32, i32* %106
%108 = add i32 %107, %0
%109 = zext i32 %108 to i64
%110 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %109
%111 = load i8, i8* %110
%112 = and i8 %111, %58
store i8 %112, i8* %110
%113 = add nuw nsw i64 %97, 2
%114 = trunc i64 %113 to i32
%115 = icmp ult i32 %114, %5
br i1 %115, label %96, label %150
116: ; preds = %29, %121, %11
%117 = add i32 %0, 1
%118 = icmp ugt i32 %117, %3
br i1 %118, label %150, label %119
119: ; preds = %116
%120 = xor i8 %1, -1
br label %138
121: ; preds = %29, %121
%122 = phi i32 [ %136, %121 ], [ %30, %29 ]
%123 = load i32, i32* %16
%124 = add i32 %123, %122
%125 = zext i32 %124 to i64
%126 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %125
%127 = load i8, i8* %126
%128 = and i8 %127, %14
store i8 %128, i8* %126
%129 = add nuw i32 %122, 1
%130 = load i32, i32* %16
%131 = add i32 %130, %129
%132 = zext i32 %131 to i64
%133 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %132
%134 = load i8, i8* %133
%135 = and i8 %134, %14
store i8 %135, i8* %133
%136 = add nuw i32 %122, 2
%137 = icmp eq i32 %136, %0
br i1 %137, label %116, label %121
138: ; preds = %119, %138
%139 = phi i32 [ %117, %119 ], [ %148, %138 ]
%140 = zext i32 %139 to i64
%141 = getelementptr inbounds i32, i32* %6, i64 %140
%142 = load i32, i32* %141
%143 = add i32 %142, %0
%144 = zext i32 %143 to i64
%145 = getelementptr inbounds i8, i8* %2, i64 %144
%146 = load i8, i8* %145
%147 = and i8 %146, %120
store i8 %147, i8* %145
%148 = add i32 %139, 1
%149 = icmp ugt i32 %148, %3
br i1 %149, label %150, label %138
150: ; preds = %138, %74, %96, %116, %54, %7
ret void
}