#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
double CodonOmegaFunc(int, int, int, double);
int CodonToQcoord(int, int);
scalar_t__ HasTransition(int, int);
scalar_t__ IsNonSynonymous(int, int, int);
int /*<<< orphan*/ IsStop(int, int);
double NucleoFunc(int, int);
int NumberNucChanges(int, int);
int NumberSenseCodonsInGenCode(int);
double *malloc(int);
int /*<<< orphan*/ printf(char *);
double *GetS_Codon(double *mat, double kappa, double omega, int gencode) {
  int nbase;
  int i, j, ib, jb;
  nbase = NumberSenseCodonsInGenCode(gencode);
  if (-1 == nbase)
    return NULL;
  if (NULL == mat) {
    mat = malloc(nbase * nbase * sizeof(double));
    if (NULL == mat)
      return NULL;
  }
  for (i = 0; i < nbase; i++)
    mat[i * nbase + i] = 0.;
  for (i = 0; i < 64; i++) {
    ib = CodonToQcoord(i, gencode);
    if (!IsStop(i, gencode)) {
      for (j = 0; j < i; j++) {
        jb = CodonToQcoord(j, gencode);
        if (i != j && !IsStop(j, gencode)) {
          if (NumberNucChanges(i, j) > 1) {
            mat[ib * nbase + jb] = 0.;
          } else if (NumberNucChanges(i, j) == 0)
            printf("Error!\n");
          else {
            mat[ib * nbase + jb] = NucleoFunc(i, j);
            if (HasTransition(i, j))
              mat[ib * nbase + jb] *= kappa;
            if (IsNonSynonymous(i, j, gencode)) {
              mat[ib * nbase + jb] *= CodonOmegaFunc(i, j, gencode, omega);
            }
          }
          mat[jb * nbase + ib] = mat[ib * nbase + jb];
        }
      }
    }
  }
  return mat;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<GetS_Codon>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x40,%rsp
mov    %rdi,-0x10(%rbp)
movsd  %xmm0,-0x18(%rbp)
movsd  %xmm1,-0x20(%rbp)
mov    %esi,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%edi
call   1040 <NumberSenseCodonsInGenCode@plt>
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    $0xffffffff,%eax
cmp    -0x28(%rbp),%eax
jne    11df <GetS_Codon+0x3f>
movq   $0x0,-0x8(%rbp)
jmp    142b <GetS_Codon+0x28b>
xor    %eax,%eax
cmp    -0x10(%rbp),%rax
jne    1221 <GetS_Codon+0x81>
mov    -0x28(%rbp),%eax
imul   -0x28(%rbp),%eax
cltq
shl    $0x3,%rax
mov    %eax,%edi
call   1090 <malloc@plt>
mov    %rax,-0x10(%rbp)
xor    %eax,%eax
cmp    -0x10(%rbp),%rax
jne    121c <GetS_Codon+0x7c>
movq   $0x0,-0x8(%rbp)
jmp    142b <GetS_Codon+0x28b>
jmp    1221 <GetS_Codon+0x81>
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x28(%rbp),%eax
jge    125b <GetS_Codon+0xbb>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x2c(%rbp),%ecx
imul   -0x28(%rbp),%ecx
add    -0x2c(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    1228 <GetS_Codon+0x88>
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
cmpl   $0x40,-0x2c(%rbp)
jge    1423 <GetS_Codon+0x283>
mov    -0x2c(%rbp),%edi
mov    -0x24(%rbp),%esi
call   10a0 <CodonToQcoord@plt>
mov    %eax,-0x34(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%edi
mov    -0x24(%rbp),%esi
call   10c0 <IsStop@plt>
cmp    $0x0,%eax
jne    1410 <GetS_Codon+0x270>
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0x2c(%rbp),%eax
jge    140b <GetS_Codon+0x26b>
mov    -0x30(%rbp),%edi
mov    -0x24(%rbp),%esi
call   10a0 <CodonToQcoord@plt>
mov    %eax,-0x38(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
cmp    -0x30(%rbp),%eax
je     13f8 <GetS_Codon+0x258>
mov    -0x30(%rbp),%edi
mov    -0x24(%rbp),%esi
call   10c0 <IsStop@plt>
cmp    $0x0,%eax
jne    13f8 <GetS_Codon+0x258>
mov    -0x2c(%rbp),%edi
mov    -0x30(%rbp),%esi
call   1050 <NumberNucChanges@plt>
cmp    $0x1,%eax
jle    1301 <GetS_Codon+0x161>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
imul   -0x28(%rbp),%ecx
add    -0x38(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
jmp    13cc <GetS_Codon+0x22c>
mov    -0x2c(%rbp),%edi
mov    -0x30(%rbp),%esi
call   1050 <NumberNucChanges@plt>
cmp    $0x0,%eax
jne    1326 <GetS_Codon+0x186>
lea    0xce4(%rip),%rdi
call   1060 <printf@plt>
jmp    13c7 <GetS_Codon+0x227>
mov    -0x2c(%rbp),%edi
mov    -0x30(%rbp),%esi
call   1030 <NucleoFunc@plt>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
imul   -0x28(%rbp),%ecx
add    -0x38(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x2c(%rbp),%edi
mov    -0x30(%rbp),%esi
call   1080 <HasTransition@plt>
cmp    $0x0,%rax
je     137c <GetS_Codon+0x1dc>
movsd  -0x18(%rbp),%xmm0
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
imul   -0x28(%rbp),%ecx
add    -0x38(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
mulsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x2c(%rbp),%edi
mov    -0x30(%rbp),%esi
mov    -0x24(%rbp),%edx
call   1070 <IsNonSynonymous@plt>
cmp    $0x0,%rax
je     13c2 <GetS_Codon+0x222>
mov    -0x2c(%rbp),%edi
mov    -0x30(%rbp),%esi
mov    -0x24(%rbp),%edx
movsd  -0x20(%rbp),%xmm0
call   10b0 <CodonOmegaFunc@plt>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
imul   -0x28(%rbp),%ecx
add    -0x38(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
mulsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
jmp    13c7 <GetS_Codon+0x227>
jmp    13cc <GetS_Codon+0x22c>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x34(%rbp),%ecx
imul   -0x28(%rbp),%ecx
add    -0x38(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x38(%rbp),%ecx
imul   -0x28(%rbp),%ecx
add    -0x34(%rbp),%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
jmp    13fd <GetS_Codon+0x25d>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    1295 <GetS_Codon+0xf5>
jmp    1410 <GetS_Codon+0x270>
jmp    1415 <GetS_Codon+0x275>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    1262 <GetS_Codon+0xc2>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    %rax,-0x8(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rax
add    $0x40,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<GetS_Codon>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x28,%rsp
mov    %esi,%ebx
movsd  %xmm1,0x20(%rsp)
movsd  %xmm0,0x18(%rsp)
mov    %rdi,%r14
mov    %esi,%edi
call   1040 <NumberSenseCodonsInGenCode@plt>
cmp    $0xffffffff,%eax
je     142d <GetS_Codon+0x28d>
mov    %eax,%r13d
test   %r14,%r14
jne    11f2 <GetS_Codon+0x52>
mov    %r13d,%edi
imul   %r13d,%edi
shl    $0x3,%edi
call   1090 <malloc@plt>
mov    %rax,%r14
test   %rax,%rax
je     142d <GetS_Codon+0x28d>
test   %r13d,%r13d
mov    %r13,0x10(%rsp)
jle    12eb <GetS_Codon+0x14b>
mov    %r13d,%r8d
lea    -0x1(%r8),%rax
mov    %r8d,%r10d
and    $0x3,%r10d
xor    %ecx,%ecx
cmp    $0x3,%rax
jb     12bb <GetS_Codon+0x11b>
lea    0x0(%r13,%r13,1),%esi
lea    0x0(,%r13,4),%r9d
lea    0x0(%r13,%r13,2),%ebp
and    $0xfffffffc,%r8d
neg    %r8
mov    $0x2,%r11d
mov    $0x1,%r15d
mov    $0x3,%r12d
mov    %r13,%rax
xor    %r13d,%r13d
xor    %edx,%edx
nopl   (%rax)
movslq %esi,%rsi
cltq
movslq %ecx,%rcx
lea    (%rdx,%rcx,1),%rdi
movq   $0x0,(%r14,%rdi,8)
lea    (%r15,%rax,1),%rdi
movq   $0x0,(%r14,%rdi,8)
lea    (%r11,%rsi,1),%rdi
movslq %ebp,%rbp
movq   $0x0,(%r14,%rdi,8)
lea    (%r12,%rbp,1),%rdi
movq   $0x0,(%r14,%rdi,8)
add    $0x4,%rdx
add    %r9d,%ecx
add    $0x4,%r11
add    %r9d,%esi
add    $0x4,%r15
add    %r9d,%eax
add    $0x4,%r12
add    %r9d,%ebp
add    $0xfffffffffffffffc,%r13
cmp    %r13,%r8
jne    1250 <GetS_Codon+0xb0>
neg    %r13
mov    %r13,%rcx
mov    0x10(%rsp),%r13
test   %r10,%r10
je     12eb <GetS_Codon+0x14b>
mov    %r13d,%eax
imul   %ecx,%eax
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
cltq
lea    (%rcx,%rax,1),%rdx
movq   $0x0,(%r14,%rdx,8)
add    $0x1,%rcx
add    %r13d,%eax
add    $0xffffffffffffffff,%r10
jne    12d0 <GetS_Codon+0x130>
xor    %ebp,%ebp
jmp    12fc <GetS_Codon+0x15c>
nop
add    $0x1,%ebp
cmp    $0x40,%ebp
je     1430 <GetS_Codon+0x290>
mov    %ebp,%edi
mov    %ebx,%esi
call   10a0 <CodonToQcoord@plt>
mov    %eax,0x4(%rsp)
mov    %ebp,%edi
mov    %ebx,%esi
call   10c0 <IsStop@plt>
test   %eax,%eax
jne    12f0 <GetS_Codon+0x150>
test   %ebp,%ebp
je     12f0 <GetS_Codon+0x150>
mov    0x4(%rsp),%eax
imul   %r13d,%eax
mov    %rax,0x8(%rsp)
xor    %r12d,%r12d
jmp    1365 <GetS_Codon+0x1c5>
mov    0x8(%rsp),%rax
add    %r15d,%eax
movslq %eax,%r13
movq   $0x0,(%r14,%r13,8)
movsd  (%r14,%r13,8),%xmm0
mov    0x10(%rsp),%r13
imul   %r13d,%r15d
add    0x4(%rsp),%r15d
movslq %r15d,%rax
movsd  %xmm0,(%r14,%rax,8)
add    $0x1,%r12d
cmp    %r12d,%ebp
je     12f0 <GetS_Codon+0x150>
mov    %r12d,%edi
mov    %ebx,%esi
call   10a0 <CodonToQcoord@plt>
mov    %eax,%r15d
mov    %r12d,%edi
mov    %ebx,%esi
call   10c0 <IsStop@plt>
test   %eax,%eax
jne    135c <GetS_Codon+0x1bc>
mov    %ebp,%edi
mov    %r12d,%esi
call   1050 <NumberNucChanges@plt>
cmp    $0x2,%eax
jge    132c <GetS_Codon+0x18c>
mov    %ebp,%edi
mov    %r12d,%esi
call   1050 <NumberNucChanges@plt>
test   %eax,%eax
je     1411 <GetS_Codon+0x271>
mov    %ebp,%edi
mov    %r12d,%esi
call   1030 <NucleoFunc@plt>
mov    0x8(%rsp),%rax
add    %r15d,%eax
movslq %eax,%r13
movsd  %xmm0,(%r14,%r13,8)
mov    %ebp,%edi
mov    %r12d,%esi
call   1080 <HasTransition@plt>
test   %rax,%rax
je     13d9 <GetS_Codon+0x239>
movsd  (%r14,%r13,8),%xmm0
mulsd  0x18(%rsp),%xmm0
movsd  %xmm0,(%r14,%r13,8)
mov    %ebp,%edi
mov    %r12d,%esi
mov    %ebx,%edx
call   1070 <IsNonSynonymous@plt>
test   %rax,%rax
je     133f <GetS_Codon+0x19f>
mov    %ebp,%edi
mov    %r12d,%esi
mov    %ebx,%edx
movsd  0x20(%rsp),%xmm0
call   10b0 <CodonOmegaFunc@plt>
mulsd  (%r14,%r13,8),%xmm0
movsd  %xmm0,(%r14,%r13,8)
jmp    133f <GetS_Codon+0x19f>
lea    0xbe8(%rip),%rdi
call   1060 <puts@plt>
mov    0x8(%rsp),%rax
add    %r15d,%eax
movslq %eax,%r13
jmp    133f <GetS_Codon+0x19f>
xor    %r14d,%r14d
mov    %r14,%rax
add    $0x28,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
@.str = [8 x i8] c"Error!\0A\00"
define double* @GetS_Codon(double* %0, double %1, double %2, i32 %3) {
%5 = alloca double*
%6 = alloca double*
%7 = alloca double
%8 = alloca double
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
%13 = alloca i32
%14 = alloca i32
store double* %0, double** %6
store double %1, double* %7
store double %2, double* %8
store i32 %3, i32* %9
%15 = load i32, i32* %9
%16 = call i32 @NumberSenseCodonsInGenCode(i32 %15)
store i32 %16, i32* %10
%17 = load i32, i32* %10
%18 = icmp eq i32 -1, %17
br i1 %18, label %19, label %20
19: ; preds = %4
store double* null, double** %5
br label %183
20: ; preds = %4
%21 = load double*, double** %6
%22 = icmp eq double* null, %21
br i1 %22, label %23, label %35
23: ; preds = %20
%24 = load i32, i32* %10
%25 = load i32, i32* %10
%26 = mul nsw i32 %24, %25
%27 = sext i32 %26 to i64
%28 = mul i64 %27, 8
%29 = trunc i64 %28 to i32
%30 = call double* @malloc(i32 %29)
store double* %30, double** %6
%31 = load double*, double** %6
%32 = icmp eq double* null, %31
br i1 %32, label %33, label %34
33: ; preds = %23
store double* null, double** %5
br label %183
34: ; preds = %23
br label %35
35: ; preds = %34, %20
store i32 0, i32* %11
br label %36
36: ; preds = %49, %35
%37 = load i32, i32* %11
%38 = load i32, i32* %10
%39 = icmp slt i32 %37, %38
br i1 %39, label %40, label %52
40: ; preds = %36
%41 = load double*, double** %6
%42 = load i32, i32* %11
%43 = load i32, i32* %10
%44 = mul nsw i32 %42, %43
%45 = load i32, i32* %11
%46 = add nsw i32 %44, %45
%47 = sext i32 %46 to i64
%48 = getelementptr inbounds double, double* %41, i64 %47
store double 0.000000e+00, double* %48
br label %49
49: ; preds = %40
%50 = load i32, i32* %11
%51 = add nsw i32 %50, 1
store i32 %51, i32* %11
br label %36
52: ; preds = %36
store i32 0, i32* %11
br label %53
53: ; preds = %178, %52
%54 = load i32, i32* %11
%55 = icmp slt i32 %54, 64
br i1 %55, label %56, label %181
56: ; preds = %53
%57 = load i32, i32* %11
%58 = load i32, i32* %9
%59 = call i32 @CodonToQcoord(i32 %57, i32 %58)
store i32 %59, i32* %13
%60 = load i32, i32* %11
%61 = load i32, i32* %9
%62 = call i32 @IsStop(i32 %60, i32 %61)
%63 = icmp ne i32 %62, 0
br i1 %63, label %177, label %64
64: ; preds = %56
store i32 0, i32* %12
br label %65
65: ; preds = %173, %64
%66 = load i32, i32* %12
%67 = load i32, i32* %11
%68 = icmp slt i32 %66, %67
br i1 %68, label %69, label %176
69: ; preds = %65
%70 = load i32, i32* %12
%71 = load i32, i32* %9
%72 = call i32 @CodonToQcoord(i32 %70, i32 %71)
store i32 %72, i32* %14
%73 = load i32, i32* %11
%74 = load i32, i32* %12
%75 = icmp ne i32 %73, %74
br i1 %75, label %76, label %172
76: ; preds = %69
%77 = load i32, i32* %12
%78 = load i32, i32* %9
%79 = call i32 @IsStop(i32 %77, i32 %78)
%80 = icmp ne i32 %79, 0
br i1 %80, label %172, label %81
81: ; preds = %76
%82 = load i32, i32* %11
%83 = load i32, i32* %12
%84 = call i32 @NumberNucChanges(i32 %82, i32 %83)
%85 = icmp sgt i32 %84, 1
br i1 %85, label %86, label %95
86: ; preds = %81
%87 = load double*, double** %6
%88 = load i32, i32* %13
%89 = load i32, i32* %10
%90 = mul nsw i32 %88, %89
%91 = load i32, i32* %14
%92 = add nsw i32 %90, %91
%93 = sext i32 %92 to i64
%94 = getelementptr inbounds double, double* %87, i64 %93
store double 0.000000e+00, double* %94
br label %154
95: ; preds = %81
%96 = load i32, i32* %11
%97 = load i32, i32* %12
%98 = call i32 @NumberNucChanges(i32 %96, i32 %97)
%99 = icmp eq i32 %98, 0
br i1 %99, label %100, label %102
100: ; preds = %95
%101 = call i32 @printf(i8* getelementptr inbounds ([8 x i8], [8 x i8]* @.str, i64 0, i64 0))
br label %153
102: ; preds = %95
%103 = load i32, i32* %11
%104 = load i32, i32* %12
%105 = call double @NucleoFunc(i32 %103, i32 %104)
%106 = load double*, double** %6
%107 = load i32, i32* %13
%108 = load i32, i32* %10
%109 = mul nsw i32 %107, %108
%110 = load i32, i32* %14
%111 = add nsw i32 %109, %110
%112 = sext i32 %111 to i64
%113 = getelementptr inbounds double, double* %106, i64 %112
store double %105, double* %113
%114 = load i32, i32* %11
%115 = load i32, i32* %12
%116 = call i64 @HasTransition(i32 %114, i32 %115)
%117 = icmp ne i64 %116, 0
br i1 %117, label %118, label %130
118: ; preds = %102
%119 = load double, double* %7
%120 = load double*, double** %6
%121 = load i32, i32* %13
%122 = load i32, i32* %10
%123 = mul nsw i32 %121, %122
%124 = load i32, i32* %14
%125 = add nsw i32 %123, %124
%126 = sext i32 %125 to i64
%127 = getelementptr inbounds double, double* %120, i64 %126
%128 = load double, double* %127
%129 = fmul double %128, %119
store double %129, double* %127
br label %130
130: ; preds = %118, %102
%131 = load i32, i32* %11
%132 = load i32, i32* %12
%133 = load i32, i32* %9
%134 = call i64 @IsNonSynonymous(i32 %131, i32 %132, i32 %133)
%135 = icmp ne i64 %134, 0
br i1 %135, label %136, label %152
136: ; preds = %130
%137 = load i32, i32* %11
%138 = load i32, i32* %12
%139 = load i32, i32* %9
%140 = load double, double* %8
%141 = call double @CodonOmegaFunc(i32 %137, i32 %138, i32 %139, double %140)
%142 = load double*, double** %6
%143 = load i32, i32* %13
%144 = load i32, i32* %10
%145 = mul nsw i32 %143, %144
%146 = load i32, i32* %14
%147 = add nsw i32 %145, %146
%148 = sext i32 %147 to i64
%149 = getelementptr inbounds double, double* %142, i64 %148
%150 = load double, double* %149
%151 = fmul double %150, %141
store double %151, double* %149
br label %152
152: ; preds = %136, %130
br label %153
153: ; preds = %152, %100
br label %154
154: ; preds = %153, %86
%155 = load double*, double** %6
%156 = load i32, i32* %13
%157 = load i32, i32* %10
%158 = mul nsw i32 %156, %157
%159 = load i32, i32* %14
%160 = add nsw i32 %158, %159
%161 = sext i32 %160 to i64
%162 = getelementptr inbounds double, double* %155, i64 %161
%163 = load double, double* %162
%164 = load double*, double** %6
%165 = load i32, i32* %14
%166 = load i32, i32* %10
%167 = mul nsw i32 %165, %166
%168 = load i32, i32* %13
%169 = add nsw i32 %167, %168
%170 = sext i32 %169 to i64
%171 = getelementptr inbounds double, double* %164, i64 %170
store double %163, double* %171
br label %172
172: ; preds = %154, %76, %69
br label %173
173: ; preds = %172
%174 = load i32, i32* %12
%175 = add nsw i32 %174, 1
store i32 %175, i32* %12
br label %65
176: ; preds = %65
br label %177
177: ; preds = %176, %56
br label %178
178: ; preds = %177
%179 = load i32, i32* %11
%180 = add nsw i32 %179, 1
store i32 %180, i32* %11
br label %53
181: ; preds = %53
%182 = load double*, double** %6
store double* %182, double** %5
br label %183
183: ; preds = %181, %33, %19
%184 = load double*, double** %5
ret double* %184
}

LLVM IR (-O2):
@str = [7 x i8] c"Error!\00"
define double* @GetS_Codon(double* %0, double %1, double %2, i32 %3) {
%5 = tail call i32 @NumberSenseCodonsInGenCode(i32 %3)
%6 = icmp eq i32 %5, -1
br i1 %6, label %127, label %7
7: ; preds = %4
%8 = icmp eq double* %0, null
br i1 %8, label %9, label %14
9: ; preds = %7
%10 = shl i32 %5, 3
%11 = mul i32 %10, %5
%12 = tail call double* @malloc(i32 %11)
%13 = icmp eq double* %12, null
br i1 %13, label %127, label %14
14: ; preds = %9, %7
%15 = phi double* [ %12, %9 ], [ %0, %7 ]
%16 = icmp sgt i32 %5, 0
br i1 %16, label %17, label %67
17: ; preds = %14
%18 = zext i32 %5 to i64
%19 = add nsw i64 %18, -1
%20 = and i64 %18, 3
%21 = icmp ult i64 %19, 3
br i1 %21, label %53, label %22
22: ; preds = %17
%23 = and i64 %18, 4294967292
br label %24
24: ; preds = %24, %22
%25 = phi i64 [ 0, %22 ], [ %50, %24 ]
%26 = phi i64 [ 0, %22 ], [ %51, %24 ]
%27 = trunc i64 %25 to i32
%28 = mul nsw i32 %5, %27
%29 = sext i32 %28 to i64
%30 = add nsw i64 %25, %29
%31 = getelementptr inbounds double, double* %15, i64 %30
store double 0.000000e+00, double* %31
%32 = or i64 %25, 1
%33 = trunc i64 %32 to i32
%34 = mul nsw i32 %5, %33
%35 = sext i32 %34 to i64
%36 = add nsw i64 %32, %35
%37 = getelementptr inbounds double, double* %15, i64 %36
store double 0.000000e+00, double* %37
%38 = or i64 %25, 2
%39 = trunc i64 %38 to i32
%40 = mul nsw i32 %5, %39
%41 = sext i32 %40 to i64
%42 = add nsw i64 %38, %41
%43 = getelementptr inbounds double, double* %15, i64 %42
store double 0.000000e+00, double* %43
%44 = or i64 %25, 3
%45 = trunc i64 %44 to i32
%46 = mul nsw i32 %5, %45
%47 = sext i32 %46 to i64
%48 = add nsw i64 %44, %47
%49 = getelementptr inbounds double, double* %15, i64 %48
store double 0.000000e+00, double* %49
%50 = add nuw nsw i64 %25, 4
%51 = add i64 %26, 4
%52 = icmp eq i64 %51, %23
br i1 %52, label %53, label %24
53: ; preds = %24, %17
%54 = phi i64 [ 0, %17 ], [ %50, %24 ]
%55 = icmp eq i64 %20, 0
br i1 %55, label %67, label %56
56: ; preds = %53, %56
%57 = phi i64 [ %64, %56 ], [ %54, %53 ]
%58 = phi i64 [ %65, %56 ], [ 0, %53 ]
%59 = trunc i64 %57 to i32
%60 = mul nsw i32 %5, %59
%61 = sext i32 %60 to i64
%62 = add nsw i64 %57, %61
%63 = getelementptr inbounds double, double* %15, i64 %62
store double 0.000000e+00, double* %63
%64 = add nuw nsw i64 %57, 1
%65 = add i64 %58, 1
%66 = icmp eq i64 %65, %20
br i1 %66, label %67, label %56
67: ; preds = %53, %56, %14
br label %68
68: ; preds = %67, %124
%69 = phi i32 [ %125, %124 ], [ 0, %67 ]
%70 = tail call i32 @CodonToQcoord(i32 %69, i32 %3)
%71 = tail call i32 @IsStop(i32 %69, i32 %3)
%72 = icmp eq i32 %71, 0
%73 = icmp ne i32 %69, 0
%74 = and i1 %72, %73
br i1 %74, label %75, label %124
75: ; preds = %68
%76 = mul nsw i32 %70, %5
br label %77
77: ; preds = %75, %121
%78 = phi i32 [ 0, %75 ], [ %122, %121 ]
%79 = tail call i32 @CodonToQcoord(i32 %78, i32 %3)
%80 = tail call i32 @IsStop(i32 %78, i32 %3)
%81 = icmp eq i32 %80, 0
br i1 %81, label %82, label %121
82: ; preds = %77
%83 = tail call i32 @NumberNucChanges(i32 %69, i32 %78)
%84 = icmp sgt i32 %83, 1
br i1 %84, label %85, label %89
85: ; preds = %82
%86 = add nsw i32 %79, %76
%87 = sext i32 %86 to i64
%88 = getelementptr inbounds double, double* %15, i64 %87
store double 0.000000e+00, double* %88
br label %113
89: ; preds = %82
%90 = tail call i32 @NumberNucChanges(i32 %69, i32 %78)
%91 = icmp eq i32 %90, 0
br i1 %91, label %92, label %96
92: ; preds = %89
%93 = tail call i32 @puts(i8* dereferenceable(1) getelementptr inbounds ([7 x i8], [7 x i8]* @str, i64 0, i64 0))
%94 = add nsw i32 %79, %76
%95 = sext i32 %94 to i64
br label %113
96: ; preds = %89
%97 = tail call double @NucleoFunc(i32 %69, i32 %78)
%98 = add nsw i32 %79, %76
%99 = sext i32 %98 to i64
%100 = getelementptr inbounds double, double* %15, i64 %99
store double %97, double* %100
%101 = tail call i64 @HasTransition(i32 %69, i32 %78)
%102 = icmp eq i64 %101, 0
br i1 %102, label %106, label %103
103: ; preds = %96
%104 = load double, double* %100
%105 = fmul double %104, %1
store double %105, double* %100
br label %106
106: ; preds = %103, %96
%107 = tail call i64 @IsNonSynonymous(i32 %69, i32 %78, i32 %3)
%108 = icmp eq i64 %107, 0
br i1 %108, label %113, label %109
109: ; preds = %106
%110 = tail call double @CodonOmegaFunc(i32 %69, i32 %78, i32 %3, double %2)
%111 = load double, double* %100
%112 = fmul double %110, %111
store double %112, double* %100
br label %113
113: ; preds = %92, %109, %106, %85
%114 = phi i64 [ %95, %92 ], [ %99, %109 ], [ %99, %106 ], [ %87, %85 ]
%115 = getelementptr inbounds double, double* %15, i64 %114
%116 = load double, double* %115
%117 = mul nsw i32 %79, %5
%118 = add nsw i32 %117, %70
%119 = sext i32 %118 to i64
%120 = getelementptr inbounds double, double* %15, i64 %119
store double %116, double* %120
br label %121
121: ; preds = %77, %113
%122 = add nuw nsw i32 %78, 1
%123 = icmp eq i32 %122, %69
br i1 %123, label %124, label %77
124: ; preds = %121, %68
%125 = add nuw nsw i32 %69, 1
%126 = icmp eq i32 %125, 64
br i1 %126, label %127, label %68
127: ; preds = %124, %9, %4
%128 = phi double* [ null, %4 ], [ null, %9 ], [ %15, %124 ]
ret double* %128
}