#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */
typedef scalar_t__ uint32_t;
typedef scalar_t__ int8_t;
typedef int int32_t;

/* Variables and functions */
scalar_t__ *add_cigar(scalar_t__ *, int *, int *, int, char);
int cigar_int_to_len(scalar_t__);
char cigar_int_to_op(scalar_t__);
int /*<<< orphan*/ free(scalar_t__ *);
scalar_t__ malloc(int);
scalar_t__ *store_previous_m(int, scalar_t__ *, scalar_t__ *, int *, int *,
                             scalar_t__ *);
scalar_t__ to_cigar_int(int, char);
int32_t mark_mismatch(int32_t ref_begin1, int32_t read_begin1,
                      int32_t read_end1, const int8_t *ref, const int8_t *read,
                      int32_t readLen, uint32_t **cigar, int32_t *cigarLen) {
  int32_t mismatch_length = 0, p = 0, i, length, j, s = *cigarLen + 2;
  uint32_t *new_cigar = (uint32_t *)malloc(s * sizeof(uint32_t)), length_m = 0,
           length_x = 0;
  char op;
  ref += ref_begin1;
  read += read_begin1;
  if (read_begin1 > 0)
    new_cigar[p++] = to_cigar_int(read_begin1, 'S');
  for (i = 0; i < (*cigarLen); ++i) {
    op = cigar_int_to_op((*cigar)[i]);
    length = cigar_int_to_len((*cigar)[i]);
    if (op == 'M') {
      for (j = 0; j < length; ++j) {
        if (*ref != *read) {
          ++mismatch_length;
          new_cigar =
              store_previous_m(2, &length_m, &length_x, &p, &s, new_cigar);
          ++length_x;
        } else {
          new_cigar =
              store_previous_m(1, &length_m, &length_x, &p, &s, new_cigar);
          ++length_m;
        }
        ++ref;
        ++read;
      }
    } else if (op == 'I') {
      read += length;
      mismatch_length += length;
      new_cigar = store_previous_m(0, &length_m, &length_x, &p, &s, new_cigar);
      new_cigar = add_cigar(new_cigar, &p, &s, length, 'I');
    } else if (op == 'D') {
      ref += length;
      mismatch_length += length;
      new_cigar = store_previous_m(0, &length_m, &length_x, &p, &s, new_cigar);
      new_cigar = add_cigar(new_cigar, &p, &s, length, 'D');
    }
  }
  new_cigar = store_previous_m(0, &length_m, &length_x, &p, &s, new_cigar);
  length = readLen - read_end1 - 1;
  if (length > 0)
    new_cigar = add_cigar(new_cigar, &p, &s, length, 'S');
  (*cigarLen) = p;
  free(*cigar);
  (*cigar) = new_cigar;
  return mismatch_length;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<mark_mismatch>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x60,%rsp
mov    0x18(%rbp),%rax
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    %edi,-0x4(%rbp)
mov    %esi,-0x8(%rbp)
mov    %edx,-0xc(%rbp)
mov    %rcx,-0x18(%rbp)
mov    %r8,-0x20(%rbp)
mov    %r9d,-0x24(%rbp)
movl   $0x0,-0x28(%rbp)
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    0x18(%rbp),%rax
mov    (%rax),%eax
add    $0x2,%eax
mov    %eax,-0x3c(%rbp)
movslq -0x3c(%rbp),%rax
shl    $0x3,%rax
mov    %eax,%edi
call   1080 <malloc@plt>
mov    %rax,-0x48(%rbp)
movq   $0x0,-0x50(%rbp)
movq   $0x0,-0x58(%rbp)
mov    -0x4(%rbp),%ecx
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq %ecx,%rcx
shl    $0x3,%rcx
add    %rcx,%rax
mov    %rax,-0x18(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%ecx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq %ecx,%rcx
shl    $0x3,%rcx
add    %rcx,%rax
mov    %rax,-0x20(%rbp)
cmpl   $0x0,-0x8(%rbp)
jle    122c <mark_mismatch+0xbc>
mov    -0x8(%rbp),%edi
mov    $0x53,%esi
call   1090 <to_cigar_int@plt>
mov    %rax,%rdx
mov    -0x48(%rbp),%rax
mov    -0x2c(%rbp),%ecx
mov    %ecx,%esi
add    $0x1,%esi
mov    %esi,-0x2c(%rbp)
movslq %ecx,%rcx
mov    %rdx,(%rax,%rcx,8)
movl   $0x0,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
mov    0x18(%rbp),%rcx
cmp    (%rcx),%eax
jge    142b <mark_mismatch+0x2bb>
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
call   1070 <cigar_int_to_op@plt>
mov    %al,-0x59(%rbp)
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rdi
call   1050 <cigar_int_to_len@plt>
mov    %eax,-0x34(%rbp)
movsbl -0x59(%rbp),%eax
cmp    $0x4d,%eax
jne    1339 <mark_mismatch+0x1c9>
movl   $0x0,-0x38(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%eax
cmp    -0x34(%rbp),%eax
jge    1334 <mark_mismatch+0x1c4>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    -0x20(%rbp),%rcx
cmp    (%rcx),%rax
je     12e0 <mark_mismatch+0x170>
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x48(%rbp),%r9
mov    $0x2,%edi
lea    -0x50(%rbp),%rsi
lea    -0x58(%rbp),%rdx
lea    -0x2c(%rbp),%rcx
lea    -0x3c(%rbp),%r8
call   1040 <store_previous_m@plt>
mov    %rax,-0x48(%rbp)
mov    -0x58(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x58(%rbp)
jmp    130e <mark_mismatch+0x19e>
mov    -0x48(%rbp),%r9
mov    $0x1,%edi
lea    -0x50(%rbp),%rsi
lea    -0x58(%rbp),%rdx
lea    -0x2c(%rbp),%rcx
lea    -0x3c(%rbp),%r8
call   1040 <store_previous_m@plt>
mov    %rax,-0x48(%rbp)
mov    -0x50(%rbp),%rax
add    $0x1,%rax
mov    %rax,-0x50(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rax
add    $0x8,%rax
mov    %rax,-0x18(%rbp)
mov    -0x20(%rbp),%rax
add    $0x8,%rax
mov    %rax,-0x20(%rbp)
mov    -0x38(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x38(%rbp)
jmp    1284 <mark_mismatch+0x114>
jmp    1418 <mark_mismatch+0x2a8>
movsbl -0x59(%rbp),%eax
cmp    $0x49,%eax
jne    13a6 <mark_mismatch+0x236>
mov    -0x34(%rbp),%ecx
mov    -0x20(%rbp),%rax
movslq %ecx,%rcx
shl    $0x3,%rcx
add    %rcx,%rax
mov    %rax,-0x20(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    -0x28(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x48(%rbp),%r9
xor    %edi,%edi
lea    -0x50(%rbp),%rsi
lea    -0x58(%rbp),%rdx
lea    -0x2c(%rbp),%rcx
lea    -0x3c(%rbp),%r8
call   1040 <store_previous_m@plt>
mov    %rax,-0x48(%rbp)
mov    -0x48(%rbp),%rdi
mov    -0x34(%rbp),%ecx
lea    -0x2c(%rbp),%rsi
lea    -0x3c(%rbp),%rdx
mov    $0x49,%r8d
call   1060 <add_cigar@plt>
mov    %rax,-0x48(%rbp)
jmp    1413 <mark_mismatch+0x2a3>
movsbl -0x59(%rbp),%eax
cmp    $0x44,%eax
jne    140e <mark_mismatch+0x29e>
mov    -0x34(%rbp),%ecx
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq %ecx,%rcx
shl    $0x3,%rcx
add    %rcx,%rax
mov    %rax,-0x18(%rbp)
mov    -0x34(%rbp),%eax
add    -0x28(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x28(%rbp)
mov    -0x48(%rbp),%r9
xor    %edi,%edi
lea    -0x50(%rbp),%rsi
lea    -0x58(%rbp),%rdx
lea    -0x2c(%rbp),%rcx
lea    -0x3c(%rbp),%r8
call   1040 <store_previous_m@plt>
mov    %rax,-0x48(%rbp)
mov    -0x48(%rbp),%rdi
mov    -0x34(%rbp),%ecx
lea    -0x2c(%rbp),%rsi
lea    -0x3c(%rbp),%rdx
mov    $0x44,%r8d
call   1060 <add_cigar@plt>
mov    %rax,-0x48(%rbp)
jmp    1413 <mark_mismatch+0x2a3>
jmp    1418 <mark_mismatch+0x2a8>
jmp    141d <mark_mismatch+0x2ad>
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    1233 <mark_mismatch+0xc3>
mov    -0x48(%rbp),%r9
xor    %edi,%edi
lea    -0x50(%rbp),%rsi
lea    -0x58(%rbp),%rdx
lea    -0x2c(%rbp),%rcx
lea    -0x3c(%rbp),%r8
call   1040 <store_previous_m@plt>
mov    %rax,-0x48(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
sub    -0xc(%rbp),%eax
sub    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x34(%rbp)
cmpl   $0x0,-0x34(%rbp)
jle    147e <mark_mismatch+0x30e>
mov    -0x48(%rbp),%rdi
mov    -0x34(%rbp),%ecx
lea    -0x2c(%rbp),%rsi
lea    -0x3c(%rbp),%rdx
mov    $0x53,%r8d
call   1060 <add_cigar@plt>
mov    %rax,-0x48(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%ecx
mov    0x18(%rbp),%rax
mov    %ecx,(%rax)
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    -0x48(%rbp),%rcx
mov    0x10(%rbp),%rax
mov    %rcx,(%rax)
mov    -0x28(%rbp),%eax
add    $0x60,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<mark_mismatch>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r13
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x38,%rsp
mov    %r9d,0x30(%rsp)
mov    %r8,%r13
mov    %rcx,%rbx
mov    %edx,0x34(%rsp)
mov    %esi,%ebp
mov    %edi,%r12d
mov    0x78(%rsp),%rax
movl   $0x0,0x4(%rsp)
mov    (%rax),%eax
lea    0x2(%rax),%ecx
mov    %ecx,0xc(%rsp)
lea    0x10(,%rax,8),%edi
call   1080 <malloc@plt>
mov    %rax,%r15
movq   $0x0,0x18(%rsp)
movq   $0x0,0x10(%rsp)
test   %ebp,%ebp
jle    11e4 <mark_mismatch+0x74>
mov    %ebp,%edi
mov    $0x53,%esi
call   1090 <to_cigar_int@plt>
movl   $0x1,0x4(%rsp)
mov    %rax,(%r15)
mov    0x78(%rsp),%rax
cmpl   $0x0,(%rax)
jle    13a2 <mark_mismatch+0x232>
movslq %r12d,%rax
movslq %ebp,%rcx
lea    (%rbx,%rax,8),%rax
mov    %rax,0x28(%rsp)
lea    0x0(,%rcx,8),%rax
add    %r13,%rax
mov    %rax,0x20(%rsp)
xor    %r14d,%r14d
xor    %r13d,%r13d
mov    0x78(%rsp),%rbp
jmp    1236 <mark_mismatch+0xc6>
xchg   %ax,%ax
mov    0x8(%rsp),%r13d
add    $0x1,%r14
movslq 0x0(%rbp),%rax
cmp    %rax,%r14
jge    13aa <mark_mismatch+0x23a>
mov    %r13d,0x8(%rsp)
mov    0x70(%rsp),%rbx
mov    (%rbx),%rax
mov    (%rax,%r14,8),%rdi
call   1070 <cigar_int_to_op@plt>
mov    %eax,%r13d
mov    (%rbx),%rax
mov    (%rax,%r14,8),%rdi
call   1050 <cigar_int_to_len@plt>
mov    %eax,%r12d
cmp    $0x44,%r13b
je     1310 <mark_mismatch+0x1a0>
cmp    $0x49,%r13b
je     1330 <mark_mismatch+0x1c0>
cmp    $0x4d,%r13b
jne    1220 <mark_mismatch+0xb0>
test   %r12d,%r12d
jle    1220 <mark_mismatch+0xb0>
mov    %r12d,%r12d
xor    %ebp,%ebp
xor    %ebx,%ebx
mov    0x8(%rsp),%r13d
jmp    12cb <mark_mismatch+0x15b>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
mov    $0x1,%edi
lea    0x18(%rsp),%rsi
lea    0x10(%rsp),%rdx
lea    0x4(%rsp),%rcx
lea    0xc(%rsp),%r8
mov    %r15,%r9
call   1040 <store_previous_m@plt>
mov    %rax,%r15
addq   $0x1,0x18(%rsp)
add    $0x1,%rbx
add    $0xfffffffffffffff8,%rbp
cmp    %ebx,%r12d
je     138e <mark_mismatch+0x21e>
mov    0x28(%rsp),%rax
mov    (%rax,%rbx,8),%rax
mov    0x20(%rsp),%rcx
cmp    (%rcx,%rbx,8),%rax
je     1290 <mark_mismatch+0x120>
add    $0x1,%r13d
mov    $0x2,%edi
lea    0x18(%rsp),%rsi
lea    0x10(%rsp),%rdx
lea    0x4(%rsp),%rcx
lea    0xc(%rsp),%r8
mov    %r15,%r9
call   1040 <store_previous_m@plt>
mov    %rax,%r15
addq   $0x1,0x10(%rsp)
jmp    12ba <mark_mismatch+0x14a>
nop
movslq %r12d,%rax
mov    0x28(%rsp),%rcx
lea    (%rcx,%rax,8),%rcx
mov    %rcx,0x28(%rsp)
movb   $0x44,0x3(%rsp)
jmp    1346 <mark_mismatch+0x1d6>
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
movslq %r12d,%rax
mov    0x20(%rsp),%rcx
lea    (%rcx,%rax,8),%rcx
mov    %rcx,0x20(%rsp)
movb   $0x49,0x3(%rsp)
mov    0x8(%rsp),%r13d
add    %r12d,%r13d
xor    %edi,%edi
lea    0x18(%rsp),%rsi
lea    0x10(%rsp),%rdx
lea    0x4(%rsp),%rbp
mov    %rbp,%rcx
lea    0xc(%rsp),%rbx
mov    %rbx,%r8
mov    %r15,%r9
call   1040 <store_previous_m@plt>
movzbl 0x3(%rsp),%r8d
mov    %rax,%rdi
mov    %rbp,%rsi
mov    %rbx,%rdx
mov    %r12d,%ecx
call   1060 <add_cigar@plt>
mov    %rax,%r15
jmp    1398 <mark_mismatch+0x228>
sub    %rbp,0x28(%rsp)
sub    %rbp,0x20(%rsp)
mov    0x78(%rsp),%rbp
jmp    1225 <mark_mismatch+0xb5>
xor    %r13d,%r13d
mov    0x78(%rsp),%rbp
lea    0x18(%rsp),%rsi
lea    0x10(%rsp),%rdx
lea    0x4(%rsp),%rcx
lea    0xc(%rsp),%r8
xor    %edi,%edi
mov    %r15,%r9
call   1040 <store_previous_m@plt>
mov    %rax,%rbx
mov    0x34(%rsp),%ecx
not    %ecx
add    0x30(%rsp),%ecx
test   %ecx,%ecx
jle    13f4 <mark_mismatch+0x284>
lea    0x4(%rsp),%rsi
lea    0xc(%rsp),%rdx
mov    %rbx,%rdi
mov    $0x53,%r8d
call   1060 <add_cigar@plt>
mov    %rax,%rbx
mov    0x4(%rsp),%eax
mov    %eax,0x0(%rbp)
mov    0x70(%rsp),%rbp
mov    0x0(%rbp),%rdi
call   1030 <free@plt>
mov    %rbx,0x0(%rbp)
mov    %r13d,%eax
add    $0x38,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r13
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @mark_mismatch(i32 %0, i32 %1, i32 %2, i64* %3, i64* %4, i32 %5, i64** %6, i32* %7) {
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i64*
%13 = alloca i64*
%14 = alloca i32
%15 = alloca i64**
%16 = alloca i32*
%17 = alloca i32
%18 = alloca i32
%19 = alloca i32
%20 = alloca i32
%21 = alloca i32
%22 = alloca i32
%23 = alloca i64*
%24 = alloca i64
%25 = alloca i64
%26 = alloca i8
store i32 %0, i32* %9
store i32 %1, i32* %10
store i32 %2, i32* %11
store i64* %3, i64** %12
store i64* %4, i64** %13
store i32 %5, i32* %14
store i64** %6, i64*** %15
store i32* %7, i32** %16
store i32 0, i32* %17
store i32 0, i32* %18
%27 = load i32*, i32** %16
%28 = load i32, i32* %27
%29 = add nsw i32 %28, 2
store i32 %29, i32* %22
%30 = load i32, i32* %22
%31 = sext i32 %30 to i64
%32 = mul i64 %31, 8
%33 = trunc i64 %32 to i32
%34 = call i64 @malloc(i32 %33)
%35 = inttoptr i64 %34 to i64*
store i64* %35, i64** %23
store i64 0, i64* %24
store i64 0, i64* %25
%36 = load i32, i32* %9
%37 = load i64*, i64** %12
%38 = sext i32 %36 to i64
%39 = getelementptr inbounds i64, i64* %37, i64 %38
store i64* %39, i64** %12
%40 = load i32, i32* %10
%41 = load i64*, i64** %13
%42 = sext i32 %40 to i64
%43 = getelementptr inbounds i64, i64* %41, i64 %42
store i64* %43, i64** %13
%44 = load i32, i32* %10
%45 = icmp sgt i32 %44, 0
br i1 %45, label %46, label %54
46: ; preds = %8
%47 = load i32, i32* %10
%48 = call i64 @to_cigar_int(i32 %47, i8 signext 83)
%49 = load i64*, i64** %23
%50 = load i32, i32* %18
%51 = add nsw i32 %50, 1
store i32 %51, i32* %18
%52 = sext i32 %50 to i64
%53 = getelementptr inbounds i64, i64* %49, i64 %52
store i64 %48, i64* %53
br label %54
54: ; preds = %46, %8
store i32 0, i32* %19
br label %55
55: ; preds = %147, %54
%56 = load i32, i32* %19
%57 = load i32*, i32** %16
%58 = load i32, i32* %57
%59 = icmp slt i32 %56, %58
br i1 %59, label %60, label %150
60: ; preds = %55
%61 = load i64**, i64*** %15
%62 = load i64*, i64** %61
%63 = load i32, i32* %19
%64 = sext i32 %63 to i64
%65 = getelementptr inbounds i64, i64* %62, i64 %64
%66 = load i64, i64* %65
%67 = call signext i8 @cigar_int_to_op(i64 %66)
store i8 %67, i8* %26
%68 = load i64**, i64*** %15
%69 = load i64*, i64** %68
%70 = load i32, i32* %19
%71 = sext i32 %70 to i64
%72 = getelementptr inbounds i64, i64* %69, i64 %71
%73 = load i64, i64* %72
%74 = call i32 @cigar_int_to_len(i64 %73)
store i32 %74, i32* %20
%75 = load i8, i8* %26
%76 = sext i8 %75 to i32
%77 = icmp eq i32 %76, 77
br i1 %77, label %78, label %110
78: ; preds = %60
store i32 0, i32* %21
br label %79
79: ; preds = %106, %78
%80 = load i32, i32* %21
%81 = load i32, i32* %20
%82 = icmp slt i32 %80, %81
br i1 %82, label %83, label %109
83: ; preds = %79
%84 = load i64*, i64** %12
%85 = load i64, i64* %84
%86 = load i64*, i64** %13
%87 = load i64, i64* %86
%88 = icmp ne i64 %85, %87
br i1 %88, label %89, label %96
89: ; preds = %83
%90 = load i32, i32* %17
%91 = add nsw i32 %90, 1
store i32 %91, i32* %17
%92 = load i64*, i64** %23
%93 = call i64* @store_previous_m(i32 2, i64* %24, i64* %25, i32* %18, i32* %22, i64* %92)
store i64* %93, i64** %23
%94 = load i64, i64* %25
%95 = add nsw i64 %94, 1
store i64 %95, i64* %25
br label %101
96: ; preds = %83
%97 = load i64*, i64** %23
%98 = call i64* @store_previous_m(i32 1, i64* %24, i64* %25, i32* %18, i32* %22, i64* %97)
store i64* %98, i64** %23
%99 = load i64, i64* %24
%100 = add nsw i64 %99, 1
store i64 %100, i64* %24
br label %101
101: ; preds = %96, %89
%102 = load i64*, i64** %12
%103 = getelementptr inbounds i64, i64* %102, i32 1
store i64* %103, i64** %12
%104 = load i64*, i64** %13
%105 = getelementptr inbounds i64, i64* %104, i32 1
store i64* %105, i64** %13
br label %106
106: ; preds = %101
%107 = load i32, i32* %21
%108 = add nsw i32 %107, 1
store i32 %108, i32* %21
br label %79
109: ; preds = %79
br label %146
110: ; preds = %60
%111 = load i8, i8* %26
%112 = sext i8 %111 to i32
%113 = icmp eq i32 %112, 73
br i1 %113, label %114, label %127
114: ; preds = %110
%115 = load i32, i32* %20
%116 = load i64*, i64** %13
%117 = sext i32 %115 to i64
%118 = getelementptr inbounds i64, i64* %116, i64 %117
store i64* %118, i64** %13
%119 = load i32, i32* %20
%120 = load i32, i32* %17
%121 = add nsw i32 %120, %119
store i32 %121, i32* %17
%122 = load i64*, i64** %23
%123 = call i64* @store_previous_m(i32 0, i64* %24, i64* %25, i32* %18, i32* %22, i64* %122)
store i64* %123, i64** %23
%124 = load i64*, i64** %23
%125 = load i32, i32* %20
%126 = call i64* @add_cigar(i64* %124, i32* %18, i32* %22, i32 %125, i8 signext 73)
store i64* %126, i64** %23
br label %145
127: ; preds = %110
%128 = load i8, i8* %26
%129 = sext i8 %128 to i32
%130 = icmp eq i32 %129, 68
br i1 %130, label %131, label %144
131: ; preds = %127
%132 = load i32, i32* %20
%133 = load i64*, i64** %12
%134 = sext i32 %132 to i64
%135 = getelementptr inbounds i64, i64* %133, i64 %134
store i64* %135, i64** %12
%136 = load i32, i32* %20
%137 = load i32, i32* %17
%138 = add nsw i32 %137, %136
store i32 %138, i32* %17
%139 = load i64*, i64** %23
%140 = call i64* @store_previous_m(i32 0, i64* %24, i64* %25, i32* %18, i32* %22, i64* %139)
store i64* %140, i64** %23
%141 = load i64*, i64** %23
%142 = load i32, i32* %20
%143 = call i64* @add_cigar(i64* %141, i32* %18, i32* %22, i32 %142, i8 signext 68)
store i64* %143, i64** %23
br label %144
144: ; preds = %131, %127
br label %145
145: ; preds = %144, %114
br label %146
146: ; preds = %145, %109
br label %147
147: ; preds = %146
%148 = load i32, i32* %19
%149 = add nsw i32 %148, 1
store i32 %149, i32* %19
br label %55
150: ; preds = %55
%151 = load i64*, i64** %23
%152 = call i64* @store_previous_m(i32 0, i64* %24, i64* %25, i32* %18, i32* %22, i64* %151)
store i64* %152, i64** %23
%153 = load i32, i32* %14
%154 = load i32, i32* %11
%155 = sub nsw i32 %153, %154
%156 = sub nsw i32 %155, 1
store i32 %156, i32* %20
%157 = load i32, i32* %20
%158 = icmp sgt i32 %157, 0
br i1 %158, label %159, label %163
159: ; preds = %150
%160 = load i64*, i64** %23
%161 = load i32, i32* %20
%162 = call i64* @add_cigar(i64* %160, i32* %18, i32* %22, i32 %161, i8 signext 83)
store i64* %162, i64** %23
br label %163
163: ; preds = %159, %150
%164 = load i32, i32* %18
%165 = load i32*, i32** %16
store i32 %164, i32* %165
%166 = load i64**, i64*** %15
%167 = load i64*, i64** %166
%168 = call i32 @free(i64* %167)
%169 = load i64*, i64** %23
%170 = load i64**, i64*** %15
store i64* %169, i64** %170
%171 = load i32, i32* %17
ret i32 %171
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @mark_mismatch(i32 %0, i32 %1, i32 %2, i64* nocapture %3, i64* nocapture %4, i32 %5, i64** nocapture %6, i32* nocapture %7) {
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i64
%12 = alloca i64
%13 = bitcast i32* %9 to i8*
store i32 0, i32* %9
%14 = bitcast i32* %10 to i8*
%15 = load i32, i32* %7
%16 = add nsw i32 %15, 2
store i32 %16, i32* %10
%17 = shl i32 %16, 3
%18 = tail call i64 @malloc(i32 %17)
%19 = inttoptr i64 %18 to i64*
%20 = bitcast i64* %11 to i8*
store i64 0, i64* %11
%21 = bitcast i64* %12 to i8*
store i64 0, i64* %12
%22 = sext i32 %0 to i64
%23 = getelementptr inbounds i64, i64* %3, i64 %22
%24 = sext i32 %1 to i64
%25 = getelementptr inbounds i64, i64* %4, i64 %24
%26 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %26, label %27, label %29
27: ; preds = %8
%28 = tail call i64 @to_cigar_int(i32 %1, i8 signext 83)
store i32 1, i32* %9
store i64 %28, i64* %19
br label %29
29: ; preds = %27, %8
%30 = load i32, i32* %7
%31 = icmp sgt i32 %30, 0
br i1 %31, label %32, label %95
32: ; preds = %29, %86
%33 = phi i64 [ %91, %86 ], [ 0, %29 ]
%34 = phi i64* [ %90, %86 ], [ %23, %29 ]
%35 = phi i64* [ %89, %86 ], [ %19, %29 ]
%36 = phi i32 [ %88, %86 ], [ 0, %29 ]
%37 = phi i64* [ %87, %86 ], [ %25, %29 ]
%38 = load i64*, i64** %6
%39 = getelementptr inbounds i64, i64* %38, i64 %33
%40 = load i64, i64* %39
%41 = call signext i8 @cigar_int_to_op(i64 %40)
%42 = load i64*, i64** %6
%43 = getelementptr inbounds i64, i64* %42, i64 %33
%44 = load i64, i64* %43
%45 = call i32 @cigar_int_to_len(i64 %44)
switch i8 %41, label %86 [
i8 77, label %46
i8 73, label %73
i8 68, label %76
]
46: ; preds = %32
%47 = icmp sgt i32 %45, 0
br i1 %47, label %48, label %86
48: ; preds = %46, %66
%49 = phi i64* [ %69, %66 ], [ %34, %46 ]
%50 = phi i64* [ %68, %66 ], [ %35, %46 ]
%51 = phi i32 [ %71, %66 ], [ 0, %46 ]
%52 = phi i32 [ %67, %66 ], [ %36, %46 ]
%53 = phi i64* [ %70, %66 ], [ %37, %46 ]
%54 = load i64, i64* %49
%55 = load i64, i64* %53
%56 = icmp eq i64 %54, %55
br i1 %56, label %62, label %57
57: ; preds = %48
%58 = add nsw i32 %52, 1
%59 = call i64* @store_previous_m(i32 2, i64* %11, i64* %12, i32* %9, i32* %10, i64* %50)
%60 = load i64, i64* %12
%61 = add nsw i64 %60, 1
store i64 %61, i64* %12
br label %66
62: ; preds = %48
%63 = call i64* @store_previous_m(i32 1, i64* %11, i64* %12, i32* %9, i32* %10, i64* %50)
%64 = load i64, i64* %11
%65 = add nsw i64 %64, 1
store i64 %65, i64* %11
br label %66
66: ; preds = %62, %57
%67 = phi i32 [ %58, %57 ], [ %52, %62 ]
%68 = phi i64* [ %59, %57 ], [ %63, %62 ]
%69 = getelementptr inbounds i64, i64* %49, i64 1
%70 = getelementptr inbounds i64, i64* %53, i64 1
%71 = add nuw nsw i32 %51, 1
%72 = icmp eq i32 %71, %45
br i1 %72, label %86, label %48
73: ; preds = %32
%74 = sext i32 %45 to i64
%75 = getelementptr inbounds i64, i64* %37, i64 %74
br label %79
76: ; preds = %32
%77 = sext i32 %45 to i64
%78 = getelementptr inbounds i64, i64* %34, i64 %77
br label %79
79: ; preds = %73, %76
%80 = phi i8 [ 68, %76 ], [ 73, %73 ]
%81 = phi i64* [ %37, %76 ], [ %75, %73 ]
%82 = phi i64* [ %78, %76 ], [ %34, %73 ]
%83 = add nsw i32 %45, %36
%84 = call i64* @store_previous_m(i32 0, i64* %11, i64* %12, i32* %9, i32* %10, i64* %35)
%85 = call i64* @add_cigar(i64* %84, i32* %9, i32* %10, i32 %45, i8 signext %80)
br label %86
86: ; preds = %66, %79, %46, %32
%87 = phi i64* [ %37, %32 ], [ %37, %46 ], [ %81, %79 ], [ %70, %66 ]
%88 = phi i32 [ %36, %32 ], [ %36, %46 ], [ %83, %79 ], [ %67, %66 ]
%89 = phi i64* [ %35, %32 ], [ %35, %46 ], [ %85, %79 ], [ %68, %66 ]
%90 = phi i64* [ %34, %32 ], [ %34, %46 ], [ %82, %79 ], [ %69, %66 ]
%91 = add nuw nsw i64 %33, 1
%92 = load i32, i32* %7
%93 = sext i32 %92 to i64
%94 = icmp slt i64 %91, %93
br i1 %94, label %32, label %95
95: ; preds = %86, %29
%96 = phi i32 [ 0, %29 ], [ %88, %86 ]
%97 = phi i64* [ %19, %29 ], [ %89, %86 ]
%98 = call i64* @store_previous_m(i32 0, i64* %11, i64* %12, i32* %9, i32* %10, i64* %97)
%99 = xor i32 %2, -1
%100 = add i32 %99, %5
%101 = icmp sgt i32 %100, 0
br i1 %101, label %102, label %104
102: ; preds = %95
%103 = call i64* @add_cigar(i64* %98, i32* %9, i32* %10, i32 %100, i8 signext 83)
br label %104
104: ; preds = %102, %95
%105 = phi i64* [ %103, %102 ], [ %98, %95 ]
%106 = load i32, i32* %9
store i32 %106, i32* %7
%107 = load i64*, i64** %6
%108 = call i32 @free(i64* %107)
store i64* %105, i64** %6
ret i32 %96
}