int is_cpg(char *sp1, char *sp2, int pos) {
  if (pos < 1)
    return 0;
  if (sp1[pos + 1] == '\0')
    return 0;
  if (sp1[pos - 1] != 'C' && sp2[pos - 1] != 'C' && sp1[pos + 1] == 'G' &&
      sp2[pos + 1] == 'G' && (sp1[pos] == 'C' || sp2[pos] == 'C'))
    return 1;
  if (sp1[pos + 1] != 'G' && sp2[pos + 1] != 'G' && sp1[pos - 1] == 'C' &&
      sp2[pos - 1] == 'C' && (sp1[pos] == 'G' || sp2[pos] == 'G'))
    return 1;
  return 0;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<is_cpg>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x10(%rbp)
mov    %rsi,-0x18(%rbp)
mov    %edx,-0x1c(%rbp)
cmpl   $0x1,-0x1c(%rbp)
jge    1125 <is_cpg+0x25>
movl   $0x0,-0x4(%rbp)
jmp    128e <is_cpg+0x18e>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x1c(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x0,%eax
jne    114b <is_cpg+0x4b>
movl   $0x0,-0x4(%rbp)
jmp    128e <is_cpg+0x18e>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x1c(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x43,%eax
je     11e9 <is_cpg+0xe9>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x1c(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x43,%eax
je     11e9 <is_cpg+0xe9>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x1c(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x47,%eax
jne    11e9 <is_cpg+0xe9>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x1c(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x47,%eax
jne    11e9 <is_cpg+0xe9>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x43,%eax
je     11dd <is_cpg+0xdd>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x43,%eax
jne    11e9 <is_cpg+0xe9>
movl   $0x1,-0x4(%rbp)
jmp    128e <is_cpg+0x18e>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x1c(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x47,%eax
je     1287 <is_cpg+0x187>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x1c(%rbp),%ecx
add    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x47,%eax
je     1287 <is_cpg+0x187>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    -0x1c(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x43,%eax
jne    1287 <is_cpg+0x187>
mov    -0x18(%rbp),%rax
mov    -0x1c(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
movslq %ecx,%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x43,%eax
jne    1287 <is_cpg+0x187>
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x47,%eax
je     127b <is_cpg+0x17b>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%eax
cmp    $0x47,%eax
jne    1287 <is_cpg+0x187>
movl   $0x1,-0x4(%rbp)
jmp    128e <is_cpg+0x18e>
movl   $0x0,-0x4(%rbp)
mov    -0x4(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<is_cpg>:
xor    %eax,%eax
test   %edx,%edx
jle    1170 <is_cpg+0x70>
mov    %edx,%r8d
mov    0x1(%r8,%rdi,1),%cl
test   %cl,%cl
je     1170 <is_cpg+0x70>
add    $0xffffffff,%edx
mov    (%rdi,%rdx,1),%al
cmp    $0x43,%al
jne    1148 <is_cpg+0x48>
cmp    $0x47,%cl
je     116e <is_cpg+0x6e>
cmpb   $0x47,0x1(%rsi,%r8,1)
je     116e <is_cpg+0x6e>
cmp    $0x43,%al
jne    116e <is_cpg+0x6e>
cmpb   $0x43,(%rsi,%rdx,1)
jne    116e <is_cpg+0x6e>
mov    $0x1,%eax
cmpb   $0x47,(%rdi,%r8,1)
je     1170 <is_cpg+0x70>
cmpb   $0x47,(%rsi,%r8,1)
jne    116e <is_cpg+0x6e>
jmp    1170 <is_cpg+0x70>
cmpb   $0x43,(%rsi,%rdx,1)
je     111c <is_cpg+0x1c>
cmp    $0x47,%cl
jne    111c <is_cpg+0x1c>
cmpb   $0x47,0x1(%rsi,%r8,1)
jne    116e <is_cpg+0x6e>
mov    $0x1,%eax
cmpb   $0x43,(%rdi,%r8,1)
je     1170 <is_cpg+0x70>
cmpb   $0x43,(%rsi,%r8,1)
je     1170 <is_cpg+0x70>
xor    %eax,%eax
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @is_cpg(i8* %0, i8* %1, i32 %2) {
%4 = alloca i32
%5 = alloca i8*
%6 = alloca i8*
%7 = alloca i32
store i8* %0, i8** %5
store i8* %1, i8** %6
store i32 %2, i32* %7
%8 = load i32, i32* %7
%9 = icmp slt i32 %8, 1
br i1 %9, label %10, label %11
10: ; preds = %3
store i32 0, i32* %4
br label %128
11: ; preds = %3
%12 = load i8*, i8** %5
%13 = load i32, i32* %7
%14 = add nsw i32 %13, 1
%15 = sext i32 %14 to i64
%16 = getelementptr inbounds i8, i8* %12, i64 %15
%17 = load i8, i8* %16
%18 = sext i8 %17 to i32
%19 = icmp eq i32 %18, 0
br i1 %19, label %20, label %21
20: ; preds = %11
store i32 0, i32* %4
br label %128
21: ; preds = %11
%22 = load i8*, i8** %5
%23 = load i32, i32* %7
%24 = sub nsw i32 %23, 1
%25 = sext i32 %24 to i64
%26 = getelementptr inbounds i8, i8* %22, i64 %25
%27 = load i8, i8* %26
%28 = sext i8 %27 to i32
%29 = icmp ne i32 %28, 67
br i1 %29, label %30, label %74
30: ; preds = %21
%31 = load i8*, i8** %6
%32 = load i32, i32* %7
%33 = sub nsw i32 %32, 1
%34 = sext i32 %33 to i64
%35 = getelementptr inbounds i8, i8* %31, i64 %34
%36 = load i8, i8* %35
%37 = sext i8 %36 to i32
%38 = icmp ne i32 %37, 67
br i1 %38, label %39, label %74
39: ; preds = %30
%40 = load i8*, i8** %5
%41 = load i32, i32* %7
%42 = add nsw i32 %41, 1
%43 = sext i32 %42 to i64
%44 = getelementptr inbounds i8, i8* %40, i64 %43
%45 = load i8, i8* %44
%46 = sext i8 %45 to i32
%47 = icmp eq i32 %46, 71
br i1 %47, label %48, label %74
48: ; preds = %39
%49 = load i8*, i8** %6
%50 = load i32, i32* %7
%51 = add nsw i32 %50, 1
%52 = sext i32 %51 to i64
%53 = getelementptr inbounds i8, i8* %49, i64 %52
%54 = load i8, i8* %53
%55 = sext i8 %54 to i32
%56 = icmp eq i32 %55, 71
br i1 %56, label %57, label %74
57: ; preds = %48
%58 = load i8*, i8** %5
%59 = load i32, i32* %7
%60 = sext i32 %59 to i64
%61 = getelementptr inbounds i8, i8* %58, i64 %60
%62 = load i8, i8* %61
%63 = sext i8 %62 to i32
%64 = icmp eq i32 %63, 67
br i1 %64, label %73, label %65
65: ; preds = %57
%66 = load i8*, i8** %6
%67 = load i32, i32* %7
%68 = sext i32 %67 to i64
%69 = getelementptr inbounds i8, i8* %66, i64 %68
%70 = load i8, i8* %69
%71 = sext i8 %70 to i32
%72 = icmp eq i32 %71, 67
br i1 %72, label %73, label %74
73: ; preds = %65, %57
store i32 1, i32* %4
br label %128
74: ; preds = %65, %48, %39, %30, %21
%75 = load i8*, i8** %5
%76 = load i32, i32* %7
%77 = add nsw i32 %76, 1
%78 = sext i32 %77 to i64
%79 = getelementptr inbounds i8, i8* %75, i64 %78
%80 = load i8, i8* %79
%81 = sext i8 %80 to i32
%82 = icmp ne i32 %81, 71
br i1 %82, label %83, label %127
83: ; preds = %74
%84 = load i8*, i8** %6
%85 = load i32, i32* %7
%86 = add nsw i32 %85, 1
%87 = sext i32 %86 to i64
%88 = getelementptr inbounds i8, i8* %84, i64 %87
%89 = load i8, i8* %88
%90 = sext i8 %89 to i32
%91 = icmp ne i32 %90, 71
br i1 %91, label %92, label %127
92: ; preds = %83
%93 = load i8*, i8** %5
%94 = load i32, i32* %7
%95 = sub nsw i32 %94, 1
%96 = sext i32 %95 to i64
%97 = getelementptr inbounds i8, i8* %93, i64 %96
%98 = load i8, i8* %97
%99 = sext i8 %98 to i32
%100 = icmp eq i32 %99, 67
br i1 %100, label %101, label %127
101: ; preds = %92
%102 = load i8*, i8** %6
%103 = load i32, i32* %7
%104 = sub nsw i32 %103, 1
%105 = sext i32 %104 to i64
%106 = getelementptr inbounds i8, i8* %102, i64 %105
%107 = load i8, i8* %106
%108 = sext i8 %107 to i32
%109 = icmp eq i32 %108, 67
br i1 %109, label %110, label %127
110: ; preds = %101
%111 = load i8*, i8** %5
%112 = load i32, i32* %7
%113 = sext i32 %112 to i64
%114 = getelementptr inbounds i8, i8* %111, i64 %113
%115 = load i8, i8* %114
%116 = sext i8 %115 to i32
%117 = icmp eq i32 %116, 71
br i1 %117, label %126, label %118
118: ; preds = %110
%119 = load i8*, i8** %6
%120 = load i32, i32* %7
%121 = sext i32 %120 to i64
%122 = getelementptr inbounds i8, i8* %119, i64 %121
%123 = load i8, i8* %122
%124 = sext i8 %123 to i32
%125 = icmp eq i32 %124, 71
br i1 %125, label %126, label %127
126: ; preds = %118, %110
store i32 1, i32* %4
br label %128
127: ; preds = %118, %101, %92, %83, %74
store i32 0, i32* %4
br label %128
128: ; preds = %127, %126, %73, %20, %10
%129 = load i32, i32* %4
ret i32 %129
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @is_cpg(i8* nocapture %0, i8* nocapture %1, i32 %2) {
%4 = icmp slt i32 %2, 1
br i1 %4, label %58, label %5
5: ; preds = %3
%6 = add nuw nsw i32 %2, 1
%7 = zext i32 %6 to i64
%8 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %7
%9 = load i8, i8* %8
%10 = icmp eq i8 %9, 0
br i1 %10, label %58, label %11
11: ; preds = %5
%12 = add nsw i32 %2, -1
%13 = zext i32 %12 to i64
%14 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %13
%15 = load i8, i8* %14
%16 = icmp eq i8 %15, 67
br i1 %16, label %36, label %17
17: ; preds = %11
%18 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %13
%19 = load i8, i8* %18
%20 = icmp ne i8 %19, 67
%21 = icmp eq i8 %9, 71
%22 = select i1 %20, i1 %21, i1 false
br i1 %22, label %23, label %36
23: ; preds = %17
%24 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %7
%25 = load i8, i8* %24
%26 = icmp eq i8 %25, 71
br i1 %26, label %27, label %57
27: ; preds = %23
%28 = zext i32 %2 to i64
%29 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %28
%30 = load i8, i8* %29
%31 = icmp eq i8 %30, 67
br i1 %31, label %58, label %32
32: ; preds = %27
%33 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %28
%34 = load i8, i8* %33
%35 = icmp eq i8 %34, 67
br i1 %35, label %58, label %57
36: ; preds = %17, %11
%37 = icmp eq i8 %9, 71
br i1 %37, label %57, label %38
38: ; preds = %36
%39 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %7
%40 = load i8, i8* %39
%41 = icmp eq i8 %40, 71
%42 = xor i1 %16, true
%43 = select i1 %41, i1 true, i1 %42
br i1 %43, label %57, label %44
44: ; preds = %38
%45 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %13
%46 = load i8, i8* %45
%47 = icmp eq i8 %46, 67
br i1 %47, label %48, label %57
48: ; preds = %44
%49 = zext i32 %2 to i64
%50 = getelementptr inbounds i8, i8* %0, i64 %49
%51 = load i8, i8* %50
%52 = icmp eq i8 %51, 71
br i1 %52, label %58, label %53
53: ; preds = %48
%54 = getelementptr inbounds i8, i8* %1, i64 %49
%55 = load i8, i8* %54
%56 = icmp eq i8 %55, 71
br i1 %56, label %58, label %57
57: ; preds = %38, %23, %32, %53, %44, %36
br label %58
58: ; preds = %48, %53, %27, %32, %5, %3, %57
%59 = phi i32 [ 0, %57 ], [ 0, %3 ], [ 0, %5 ], [ 1, %32 ], [ 1, %27 ], [ 1, %53 ], [ 1, %48 ]
ret i32 %59
}