void sigmaRecalc(double A[1000][1000], double sigma[1000], int index, int n,
                 int m) {
  int i, j;
  for (j = 0; j < m; j++)
    sigma[j] -= (A[index][j] * A[index][j]);
}


x86 assembly (clang, -O0):
<sigmaRecalc>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
mov    %edx,-0x14(%rbp)
mov    %ecx,-0x18(%rbp)
mov    %r8d,-0x1c(%rbp)
movl   $0x0,-0x24(%rbp)
mov    -0x24(%rbp),%eax
cmp    -0x1c(%rbp),%eax
jge    119e <sigmaRecalc+0x9e>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
imul   $0x1f40,%rcx,%rcx
add    %rcx,%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x14(%rbp),%rcx
imul   $0x1f40,%rcx,%rcx
add    %rcx,%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm2
mov    -0x10(%rbp),%rax
movslq -0x24(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm1
movq   %xmm0,%rdx
movabs $0x8000000000000000,%rsi
xor    %rsi,%rdx
movq   %rdx,%xmm0
mulsd  %xmm2,%xmm0
addsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,(%rax,%rcx,8)
mov    -0x24(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
jmp    111d <sigmaRecalc+0x1d>
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<sigmaRecalc>:
test   %r8d,%r8d
jle    1233 <sigmaRecalc+0x133>
movslq %edx,%r9
mov    %r8d,%r10d
cmp    $0x4,%r8d
jb     113a <sigmaRecalc+0x3a>
imul   $0x1f40,%r9,%rax
lea    (%rdi,%rax,1),%rcx
lea    (%rcx,%r10,8),%rdx
cmp    %rsi,%rdx
jbe    11cc <sigmaRecalc+0xcc>
lea    (%rsi,%r10,8),%rdx
cmp    %rdx,%rcx
jae    11cc <sigmaRecalc+0xcc>
xor    %ecx,%ecx
mov    %rcx,%rax
not    %rax
test   $0x1,%r10b
je     116d <sigmaRecalc+0x6d>
imul   $0x1f40,%r9,%rdx
add    %rdi,%rdx
movsd  (%rdx,%rcx,8),%xmm0
movsd  (%rsi,%rcx,8),%xmm1
mulsd  %xmm0,%xmm0
subsd  %xmm0,%xmm1
movsd  %xmm1,(%rsi,%rcx,8)
or     $0x1,%rcx
add    %r10,%rax
je     1233 <sigmaRecalc+0x133>
imul   $0x1f40,%r9,%rax
add    %rdi,%rax
add    $0x8,%rax
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
xchg   %ax,%ax
movsd  -0x8(%rax,%rcx,8),%xmm0
mulsd  %xmm0,%xmm0
movsd  (%rsi,%rcx,8),%xmm1
subsd  %xmm0,%xmm1
movsd  0x8(%rsi,%rcx,8),%xmm0
movsd  %xmm1,(%rsi,%rcx,8)
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm1
mulsd  %xmm1,%xmm1
subsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,0x8(%rsi,%rcx,8)
add    $0x2,%rcx
cmp    %rcx,%r10
jne    1190 <sigmaRecalc+0x90>
jmp    1233 <sigmaRecalc+0x133>
mov    %r10d,%ecx
and    $0xfffffffc,%ecx
lea    (%rdi,%rax,1),%rdx
add    $0x10,%rdx
lea    0x0(,%r10,8),%r8
and    $0xffffffffffffffe0,%r8
xor    %eax,%eax
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
movupd -0x10(%rdx,%rax,1),%xmm0
movupd (%rdx,%rax,1),%xmm1
movupd (%rsi,%rax,1),%xmm2
movupd 0x10(%rsi,%rax,1),%xmm3
mulpd  %xmm0,%xmm0
subpd  %xmm0,%xmm2
mulpd  %xmm1,%xmm1
subpd  %xmm1,%xmm3
movupd %xmm2,(%rsi,%rax,1)
movupd %xmm3,0x10(%rsi,%rax,1)
add    $0x20,%rax
cmp    %rax,%r8
jne    11f0 <sigmaRecalc+0xf0>
cmp    %r10,%rcx
jne    113c <sigmaRecalc+0x3c>
ret

LLVM IR (-O0):
define void @sigmaRecalc([1000 x double]* %0, double* %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4) {
%6 = alloca [1000 x double]*
%7 = alloca double*
%8 = alloca i32
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
%12 = alloca i32
store [1000 x double]* %0, [1000 x double]** %6
store double* %1, double** %7
store i32 %2, i32* %8
store i32 %3, i32* %9
store i32 %4, i32* %10
store i32 0, i32* %12
br label %13
13: ; preds = %41, %5
%14 = load i32, i32* %12
%15 = load i32, i32* %10
%16 = icmp slt i32 %14, %15
br i1 %16, label %17, label %44
17: ; preds = %13
%18 = load [1000 x double]*, [1000 x double]** %6
%19 = load i32, i32* %8
%20 = sext i32 %19 to i64
%21 = getelementptr inbounds [1000 x double], [1000 x double]* %18, i64 %20
%22 = load i32, i32* %12
%23 = sext i32 %22 to i64
%24 = getelementptr inbounds [1000 x double], [1000 x double]* %21, i64 0, i64 %23
%25 = load double, double* %24
%26 = load [1000 x double]*, [1000 x double]** %6
%27 = load i32, i32* %8
%28 = sext i32 %27 to i64
%29 = getelementptr inbounds [1000 x double], [1000 x double]* %26, i64 %28
%30 = load i32, i32* %12
%31 = sext i32 %30 to i64
%32 = getelementptr inbounds [1000 x double], [1000 x double]* %29, i64 0, i64 %31
%33 = load double, double* %32
%34 = load double*, double** %7
%35 = load i32, i32* %12
%36 = sext i32 %35 to i64
%37 = getelementptr inbounds double, double* %34, i64 %36
%38 = load double, double* %37
%39 = fneg double %25
%40 = call double @llvm.fmuladd.f64(double %39, double %33, double %38)
store double %40, double* %37
br label %41
41: ; preds = %17
%42 = load i32, i32* %12
%43 = add nsw i32 %42, 1
store i32 %43, i32* %12
br label %13
44: ; preds = %13
ret void
}

LLVM IR (-O2):
define void @sigmaRecalc([1000 x double]* nocapture %0, double* nocapture %1, i32 %2, i32 %3, i32 %4) {
%6 = icmp sgt i32 %4, 0
br i1 %6, label %7, label %78
7: ; preds = %5
%8 = sext i32 %2 to i64
%9 = zext i32 %4 to i64
%10 = icmp ult i32 %4, 4
br i1 %10, label %44, label %11
11: ; preds = %7
%12 = getelementptr double, double* %1, i64 %9
%13 = getelementptr [1000 x double], [1000 x double]* %0, i64 %8, i64 0
%14 = getelementptr [1000 x double], [1000 x double]* %0, i64 %8, i64 %9
%15 = icmp ugt double* %14, %1
%16 = icmp ult double* %13, %12
%17 = and i1 %15, %16
br i1 %17, label %44, label %18
18: ; preds = %11
%19 = and i64 %9, 4294967292
br label %20
20: ; preds = %20, %18
%21 = phi i64 [ 0, %18 ], [ %40, %20 ]
%22 = getelementptr inbounds [1000 x double], [1000 x double]* %0, i64 %8, i64 %21
%23 = bitcast double* %22 to <2 x double>*
%24 = load <2 x double>, <2 x double>* %23
%25 = getelementptr inbounds double, double* %22, i64 2
%26 = bitcast double* %25 to <2 x double>*
%27 = load <2 x double>, <2 x double>* %26
%28 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %21
%29 = bitcast double* %28 to <2 x double>*
%30 = load <2 x double>, <2 x double>* %29
%31 = getelementptr inbounds double, double* %28, i64 2
%32 = bitcast double* %31 to <2 x double>*
%33 = load <2 x double>, <2 x double>* %32
%34 = fneg <2 x double> %24
%35 = fneg <2 x double> %27
%36 = call <2 x double> @llvm.fmuladd.v2f64(<2 x double> %34, <2 x double> %24, <2 x double> %30)
%37 = call <2 x double> @llvm.fmuladd.v2f64(<2 x double> %35, <2 x double> %27, <2 x double> %33)
%38 = bitcast double* %28 to <2 x double>*
store <2 x double> %36, <2 x double>* %38
%39 = bitcast double* %31 to <2 x double>*
store <2 x double> %37, <2 x double>* %39
%40 = add nuw i64 %21, 4
%41 = icmp eq i64 %40, %19
br i1 %41, label %42, label %20
42: ; preds = %20
%43 = icmp eq i64 %19, %9
br i1 %43, label %78, label %44
44: ; preds = %11, %7, %42
%45 = phi i64 [ 0, %11 ], [ 0, %7 ], [ %19, %42 ]
%46 = xor i64 %45, -1
%47 = and i64 %9, 1
%48 = icmp eq i64 %47, 0
br i1 %48, label %57, label %49
49: ; preds = %44
%50 = getelementptr inbounds [1000 x double], [1000 x double]* %0, i64 %8, i64 %45
%51 = load double, double* %50
%52 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %45
%53 = load double, double* %52
%54 = fneg double %51
%55 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %54, double %51, double %53)
store double %55, double* %52
%56 = or i64 %45, 1
br label %57
57: ; preds = %49, %44
%58 = phi i64 [ %45, %44 ], [ %56, %49 ]
%59 = sub nsw i64 0, %9
%60 = icmp eq i64 %46, %59
br i1 %60, label %78, label %61
61: ; preds = %57, %61
%62 = phi i64 [ %76, %61 ], [ %58, %57 ]
%63 = getelementptr inbounds [1000 x double], [1000 x double]* %0, i64 %8, i64 %62
%64 = load double, double* %63
%65 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %62
%66 = load double, double* %65
%67 = fneg double %64
%68 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %67, double %64, double %66)
store double %68, double* %65
%69 = add nuw nsw i64 %62, 1
%70 = getelementptr inbounds [1000 x double], [1000 x double]* %0, i64 %8, i64 %69
%71 = load double, double* %70
%72 = getelementptr inbounds double, double* %1, i64 %69
%73 = load double, double* %72
%74 = fneg double %71
%75 = tail call double @llvm.fmuladd.f64(double %74, double %71, double %73)
store double %75, double* %72
%76 = add nuw nsw i64 %62, 2
%77 = icmp eq i64 %76, %9
br i1 %77, label %78, label %61
78: ; preds = %57, %61, %42, %5
ret void
}