int similarities(char S2, int **BLOSUM) {
  int similarity;
  if (S2 == 'A')
    similarity = BLOSUM[0][0];
  if (S2 == 'G')
    similarity = BLOSUM[1][1];
  if (S2 == 'C')
    similarity = BLOSUM[2][2];
  if (S2 == 'T')
    similarity = BLOSUM[3][3];
  if (S2 == '-')
    similarity = BLOSUM[4][4];
  return similarity;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<similarities>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %dil,%al
mov    %al,-0x1(%rbp)
mov    %rsi,-0x10(%rbp)
movsbl -0x1(%rbp),%eax
cmp    $0x41,%eax
jne    1127 <similarities+0x27>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    (%rax),%eax
mov    %eax,-0x14(%rbp)
movsbl -0x1(%rbp),%eax
cmp    $0x47,%eax
jne    1142 <similarities+0x42>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    0x8(%rax),%rax
mov    0x4(%rax),%eax
mov    %eax,-0x14(%rbp)
movsbl -0x1(%rbp),%eax
cmp    $0x43,%eax
jne    115d <similarities+0x5d>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    0x10(%rax),%rax
mov    0x8(%rax),%eax
mov    %eax,-0x14(%rbp)
movsbl -0x1(%rbp),%eax
cmp    $0x54,%eax
jne    1178 <similarities+0x78>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    0x18(%rax),%rax
mov    0xc(%rax),%eax
mov    %eax,-0x14(%rbp)
movsbl -0x1(%rbp),%eax
cmp    $0x2d,%eax
jne    1193 <similarities+0x93>
mov    -0x10(%rbp),%rax
mov    0x20(%rax),%rax
mov    0x10(%rax),%eax
mov    %eax,-0x14(%rbp)
mov    -0x14(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<similarities>:
add    $0xd3,%dil
cmp    $0x27,%dil
ja     114b <similarities+0x4b>
movzbl %dil,%eax
lea    0xeeb(%rip),%rcx
movslq (%rcx,%rax,4),%rdx
add    %rcx,%rdx
jmp    *%rdx
mov    0x20(%rsi),%rax
add    $0x10,%rax
jmp    1149 <similarities+0x49>
mov    (%rsi),%rax
jmp    1149 <similarities+0x49>
mov    0x10(%rsi),%rax
add    $0x8,%rax
jmp    1149 <similarities+0x49>
mov    0x8(%rsi),%rax
add    $0x4,%rax
jmp    1149 <similarities+0x49>
mov    0x18(%rsi),%rax
add    $0xc,%rax
mov    (%rax),%eax
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @similarities(i8 signext %0, i32** %1) {
%3 = alloca i8
%4 = alloca i32**
%5 = alloca i32
store i8 %0, i8* %3
store i32** %1, i32*** %4
%6 = load i8, i8* %3
%7 = sext i8 %6 to i32
%8 = icmp eq i32 %7, 65
br i1 %8, label %9, label %15
9: ; preds = %2
%10 = load i32**, i32*** %4
%11 = getelementptr inbounds i32*, i32** %10, i64 0
%12 = load i32*, i32** %11
%13 = getelementptr inbounds i32, i32* %12, i64 0
%14 = load i32, i32* %13
store i32 %14, i32* %5
br label %15
15: ; preds = %9, %2
%16 = load i8, i8* %3
%17 = sext i8 %16 to i32
%18 = icmp eq i32 %17, 71
br i1 %18, label %19, label %25
19: ; preds = %15
%20 = load i32**, i32*** %4
%21 = getelementptr inbounds i32*, i32** %20, i64 1
%22 = load i32*, i32** %21
%23 = getelementptr inbounds i32, i32* %22, i64 1
%24 = load i32, i32* %23
store i32 %24, i32* %5
br label %25
25: ; preds = %19, %15
%26 = load i8, i8* %3
%27 = sext i8 %26 to i32
%28 = icmp eq i32 %27, 67
br i1 %28, label %29, label %35
29: ; preds = %25
%30 = load i32**, i32*** %4
%31 = getelementptr inbounds i32*, i32** %30, i64 2
%32 = load i32*, i32** %31
%33 = getelementptr inbounds i32, i32* %32, i64 2
%34 = load i32, i32* %33
store i32 %34, i32* %5
br label %35
35: ; preds = %29, %25
%36 = load i8, i8* %3
%37 = sext i8 %36 to i32
%38 = icmp eq i32 %37, 84
br i1 %38, label %39, label %45
39: ; preds = %35
%40 = load i32**, i32*** %4
%41 = getelementptr inbounds i32*, i32** %40, i64 3
%42 = load i32*, i32** %41
%43 = getelementptr inbounds i32, i32* %42, i64 3
%44 = load i32, i32* %43
store i32 %44, i32* %5
br label %45
45: ; preds = %39, %35
%46 = load i8, i8* %3
%47 = sext i8 %46 to i32
%48 = icmp eq i32 %47, 45
br i1 %48, label %49, label %55
49: ; preds = %45
%50 = load i32**, i32*** %4
%51 = getelementptr inbounds i32*, i32** %50, i64 4
%52 = load i32*, i32** %51
%53 = getelementptr inbounds i32, i32* %52, i64 4
%54 = load i32, i32* %53
store i32 %54, i32* %5
br label %55
55: ; preds = %49, %45
%56 = load i32, i32* %5
ret i32 %56
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @similarities(i8 signext %0, i32** nocapture %1) {
switch i8 %0, label %24 [
i8 65, label %3
i8 71, label %5
i8 67, label %9
i8 84, label %13
i8 45, label %17
]
3: ; preds = %2
%4 = load i32*, i32** %1
br label %21
5: ; preds = %2
%6 = getelementptr inbounds i32*, i32** %1, i64 1
%7 = load i32*, i32** %6
%8 = getelementptr inbounds i32, i32* %7, i64 1
br label %21
9: ; preds = %2
%10 = getelementptr inbounds i32*, i32** %1, i64 2
%11 = load i32*, i32** %10
%12 = getelementptr inbounds i32, i32* %11, i64 2
br label %21
13: ; preds = %2
%14 = getelementptr inbounds i32*, i32** %1, i64 3
%15 = load i32*, i32** %14
%16 = getelementptr inbounds i32, i32* %15, i64 3
br label %21
17: ; preds = %2
%18 = getelementptr inbounds i32*, i32** %1, i64 4
%19 = load i32*, i32** %18
%20 = getelementptr inbounds i32, i32* %19, i64 4
br label %21
21: ; preds = %17, %13, %9, %3, %5
%22 = phi i32* [ %8, %5 ], [ %4, %3 ], [ %12, %9 ], [ %16, %13 ], [ %20, %17 ]
%23 = load i32, i32* %22
br label %24
24: ; preds = %21, %2
%25 = phi i32 [ undef, %2 ], [ %23, %21 ]
ret i32 %25
}