int frequency(char allele, int site, int nsam, char **list) {
  int i, count = 0;
  for (i = 0; i < nsam; i++)
    count += (list[i][site] == allele ? 1 : 0);
  return (count);
}


x86 assembly (clang, -O0):
<frequency>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %dil,%al
mov    %al,-0x1(%rbp)
mov    %esi,-0x8(%rbp)
mov    %edx,-0xc(%rbp)
mov    %rcx,-0x18(%rbp)
movl   $0x0,-0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x1c(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    1166 <frequency+0x66>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x1c(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x8(%rbp),%rcx
movsbl (%rax,%rcx,1),%edx
movsbl -0x1(%rbp),%esi
xor    %eax,%eax
mov    $0x1,%ecx
cmp    %esi,%edx
cmove  %ecx,%eax
add    -0x20(%rbp),%eax
mov    %eax,-0x20(%rbp)
mov    -0x1c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x1c(%rbp)
jmp    1122 <frequency+0x22>
mov    -0x20(%rbp),%eax
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<frequency>:
push   %rbx
test   %edx,%edx
jle    1122 <frequency+0x22>
movslq %esi,%r10
mov    %edx,%r9d
lea    -0x1(%r9),%rax
mov    %r9d,%r8d
and    $0x3,%r8d
cmp    $0x3,%rax
jae    1126 <frequency+0x26>
xor    %edx,%edx
xor    %eax,%eax
jmp    1178 <frequency+0x78>
xor    %eax,%eax
pop    %rbx
ret
and    $0xfffffffc,%r9d
xor    %edx,%edx
xor    %eax,%eax
xchg   %ax,%ax
mov    (%rcx,%rdx,8),%rsi
mov    0x8(%rcx,%rdx,8),%r11
xor    %ebx,%ebx
cmp    %dil,(%rsi,%r10,1)
sete   %bl
add    %eax,%ebx
xor    %eax,%eax
cmp    %dil,(%r11,%r10,1)
sete   %al
add    %ebx,%eax
mov    0x10(%rcx,%rdx,8),%rsi
xor    %ebx,%ebx
cmp    %dil,(%rsi,%r10,1)
sete   %bl
add    %eax,%ebx
mov    0x18(%rcx,%rdx,8),%rsi
xor    %eax,%eax
cmp    %dil,(%rsi,%r10,1)
sete   %al
add    %ebx,%eax
add    $0x4,%rdx
cmp    %rdx,%r9
jne    1130 <frequency+0x30>
test   %r8,%r8
je     11a8 <frequency+0xa8>
lea    (%rcx,%rdx,8),%rcx
xor    %edx,%edx
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   (%rax)
mov    (%rcx,%rdx,8),%rsi
xor    %ebx,%ebx
cmp    %dil,(%rsi,%r10,1)
sete   %bl
add    %ebx,%eax
add    $0x1,%rdx
cmp    %rdx,%r8
jne    1190 <frequency+0x90>
pop    %rbx
ret

LLVM IR (-O0):
define i32 @frequency(i8 signext %0, i32 %1, i32 %2, i8** %3) {
%5 = alloca i8
%6 = alloca i32
%7 = alloca i32
%8 = alloca i8**
%9 = alloca i32
%10 = alloca i32
store i8 %0, i8* %5
store i32 %1, i32* %6
store i32 %2, i32* %7
store i8** %3, i8*** %8
store i32 0, i32* %10
store i32 0, i32* %9
br label %11
11: ; preds = %33, %4
%12 = load i32, i32* %9
%13 = load i32, i32* %7
%14 = icmp slt i32 %12, %13
br i1 %14, label %15, label %36
15: ; preds = %11
%16 = load i8**, i8*** %8
%17 = load i32, i32* %9
%18 = sext i32 %17 to i64
%19 = getelementptr inbounds i8*, i8** %16, i64 %18
%20 = load i8*, i8** %19
%21 = load i32, i32* %6
%22 = sext i32 %21 to i64
%23 = getelementptr inbounds i8, i8* %20, i64 %22
%24 = load i8, i8* %23
%25 = sext i8 %24 to i32
%26 = load i8, i8* %5
%27 = sext i8 %26 to i32
%28 = icmp eq i32 %25, %27
%29 = zext i1 %28 to i64
%30 = select i1 %28, i32 1, i32 0
%31 = load i32, i32* %10
%32 = add nsw i32 %31, %30
store i32 %32, i32* %10
br label %33
33: ; preds = %15
%34 = load i32, i32* %9
%35 = add nsw i32 %34, 1
store i32 %35, i32* %9
br label %11
36: ; preds = %11
%37 = load i32, i32* %10
ret i32 %37
}

LLVM IR (-O2):
define i32 @frequency(i8 signext %0, i32 %1, i32 %2, i8** nocapture %3) {
%5 = icmp sgt i32 %2, 0
br i1 %5, label %6, label %71
6: ; preds = %4
%7 = sext i32 %1 to i64
%8 = zext i32 %2 to i64
%9 = add nsw i64 %8, -1
%10 = and i64 %8, 3
%11 = icmp ult i64 %9, 3
br i1 %11, label %52, label %12
12: ; preds = %6
%13 = and i64 %8, 4294967292
br label %14
14: ; preds = %14, %12
%15 = phi i64 [ 0, %12 ], [ %49, %14 ]
%16 = phi i32 [ 0, %12 ], [ %48, %14 ]
%17 = phi i64 [ 0, %12 ], [ %50, %14 ]
%18 = getelementptr inbounds i8*, i8** %3, i64 %15
%19 = load i8*, i8** %18
%20 = getelementptr inbounds i8, i8* %19, i64 %7
%21 = load i8, i8* %20
%22 = icmp eq i8 %21, %0
%23 = zext i1 %22 to i32
%24 = add nuw nsw i32 %16, %23
%25 = or i64 %15, 1
%26 = getelementptr inbounds i8*, i8** %3, i64 %25
%27 = load i8*, i8** %26
%28 = getelementptr inbounds i8, i8* %27, i64 %7
%29 = load i8, i8* %28
%30 = icmp eq i8 %29, %0
%31 = zext i1 %30 to i32
%32 = add nuw nsw i32 %24, %31
%33 = or i64 %15, 2
%34 = getelementptr inbounds i8*, i8** %3, i64 %33
%35 = load i8*, i8** %34
%36 = getelementptr inbounds i8, i8* %35, i64 %7
%37 = load i8, i8* %36
%38 = icmp eq i8 %37, %0
%39 = zext i1 %38 to i32
%40 = add nuw nsw i32 %32, %39
%41 = or i64 %15, 3
%42 = getelementptr inbounds i8*, i8** %3, i64 %41
%43 = load i8*, i8** %42
%44 = getelementptr inbounds i8, i8* %43, i64 %7
%45 = load i8, i8* %44
%46 = icmp eq i8 %45, %0
%47 = zext i1 %46 to i32
%48 = add nuw nsw i32 %40, %47
%49 = add nuw nsw i64 %15, 4
%50 = add i64 %17, 4
%51 = icmp eq i64 %50, %13
br i1 %51, label %52, label %14
52: ; preds = %14, %6
%53 = phi i32 [ undef, %6 ], [ %48, %14 ]
%54 = phi i64 [ 0, %6 ], [ %49, %14 ]
%55 = phi i32 [ 0, %6 ], [ %48, %14 ]
%56 = icmp eq i64 %10, 0
br i1 %56, label %71, label %57
57: ; preds = %52, %57
%58 = phi i64 [ %68, %57 ], [ %54, %52 ]
%59 = phi i32 [ %67, %57 ], [ %55, %52 ]
%60 = phi i64 [ %69, %57 ], [ 0, %52 ]
%61 = getelementptr inbounds i8*, i8** %3, i64 %58
%62 = load i8*, i8** %61
%63 = getelementptr inbounds i8, i8* %62, i64 %7
%64 = load i8, i8* %63
%65 = icmp eq i8 %64, %0
%66 = zext i1 %65 to i32
%67 = add nuw nsw i32 %59, %66
%68 = add nuw nsw i64 %58, 1
%69 = add i64 %60, 1
%70 = icmp eq i64 %69, %10
br i1 %70, label %71, label %57
71: ; preds = %52, %57, %4
%72 = phi i32 [ 0, %4 ], [ %53, %52 ], [ %67, %57 ]
ret i32 %72
}