long double expectedCorrectBases(int *structPairs, int seqlength) {
  int i;
  long double value = 0;
  int pair;
  extern long double *pairPr;
  value = 0;
  for (i = 0; i < seqlength; i++) {
    pair = structPairs[i];
    if (pair == -1) {
      value += pairPr[i * (seqlength + 1) + seqlength];
    } else {
      value += pairPr[i * (seqlength + 1) + pair];
    }
  }
  return value;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<expectedCorrectBases>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
fldz
fld    %st(0)
fstpt  -0x20(%rbp)
fstpt  -0x20(%rbp)
movl   $0x0,-0x10(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%eax
cmp    -0xc(%rbp),%eax
jge    11b1 <expectedCorrectBases+0xb1>
mov    -0x8(%rbp),%rax
movslq -0x10(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,4),%eax
mov    %eax,-0x24(%rbp)
cmpl   $0xffffffff,-0x24(%rbp)
jne    1171 <expectedCorrectBases+0x71>
mov    0x2e99(%rip),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    -0x10(%rbp),%ecx
mov    -0xc(%rbp),%edx
mov    %edx,%esi
add    $0x1,%esi
imul   %esi,%ecx
add    %edx,%ecx
movslq %ecx,%rcx
shl    $0x4,%rcx
fldt   (%rax,%rcx,1)
fldt   -0x20(%rbp)
faddp  %st,%st(1)
fstpt  -0x20(%rbp)
jmp    119e <expectedCorrectBases+0x9e>
mov    0x2e68(%rip),%rax
mov    (%rax),%rax
mov    -0x10(%rbp),%ecx
mov    -0xc(%rbp),%edx
add    $0x1,%edx
imul   %edx,%ecx
mov    -0x24(%rbp),%edx
add    %edx,%ecx
movslq %ecx,%rcx
shl    $0x4,%rcx
fldt   (%rax,%rcx,1)
fldt   -0x20(%rbp)
faddp  %st,%st(1)
fstpt  -0x20(%rbp)
jmp    11a3 <expectedCorrectBases+0xa3>
mov    -0x10(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x10(%rbp)
jmp    111c <expectedCorrectBases+0x1c>
fldt   -0x20(%rbp)
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<expectedCorrectBases>:
push   %rbp
push   %r14
push   %rbx
fldz
test   %esi,%esi
jle    11b2 <expectedCorrectBases+0xb2>
fstp   %st(0)
mov    0x2ec9(%rip),%rax
mov    (%rax),%r11
lea    0x1(%rsi),%r9d
mov    %esi,%r8d
fldz
xor    %ecx,%ecx
cmp    $0x1,%esi
jne    112e <expectedCorrectBases+0x2e>
xor    %edx,%edx
jmp    118f <expectedCorrectBases+0x8f>
fstp   %st(0)
mov    %r8d,%r10d
and    $0xfffffffe,%r10d
lea    (%rsi,%rsi,1),%r14d
add    $0x2,%r14d
fldz
mov    %r9d,%ebx
xor    %edx,%edx
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
mov    (%rdi,%rdx,4),%ebp
mov    0x4(%rdi,%rdx,4),%eax
cmp    $0xffffffff,%ebp
cmove  %esi,%ebp
add    %ecx,%ebp
movslq %ebp,%rbp
shl    $0x4,%rbp
fldt   (%r11,%rbp,1)
faddp  %st,%st(1)
cmp    $0xffffffff,%eax
cmove  %esi,%eax
add    %ebx,%eax
cltq
shl    $0x4,%rax
fldt   (%r11,%rax,1)
faddp  %st,%st(1)
add    $0x2,%rdx
add    %r14d,%ebx
add    %r14d,%ecx
cmp    %rdx,%r10
jne    1150 <expectedCorrectBases+0x50>
test   $0x1,%r8b
je     11b2 <expectedCorrectBases+0xb2>
mov    (%rdi,%rdx,4),%eax
imul   %edx,%r9d
cmp    $0xffffffff,%eax
cmovne %eax,%esi
add    %r9d,%esi
movslq %esi,%rax
shl    $0x4,%rax
fldt   (%r11,%rax,1)
faddp  %st,%st(1)
pop    %rbx
pop    %r14
pop    %rbp
ret

LLVM IR (-O0):
@pairPr = external global x86_fp80*
define x86_fp80 @expectedCorrectBases(i32* %0, i32 %1) {
%3 = alloca i32*
%4 = alloca i32
%5 = alloca i32
%6 = alloca x86_fp80
%7 = alloca i32
store i32* %0, i32** %3
store i32 %1, i32* %4
store x86_fp80 0xK00000000000000000000, x86_fp80* %6
store x86_fp80 0xK00000000000000000000, x86_fp80* %6
store i32 0, i32* %5
br label %8
8: ; preds = %47, %2
%9 = load i32, i32* %5
%10 = load i32, i32* %4
%11 = icmp slt i32 %9, %10
br i1 %11, label %12, label %50
12: ; preds = %8
%13 = load i32*, i32** %3
%14 = load i32, i32* %5
%15 = sext i32 %14 to i64
%16 = getelementptr inbounds i32, i32* %13, i64 %15
%17 = load i32, i32* %16
store i32 %17, i32* %7
%18 = load i32, i32* %7
%19 = icmp eq i32 %18, -1
br i1 %19, label %20, label %33
20: ; preds = %12
%21 = load x86_fp80*, x86_fp80** @pairPr
%22 = load i32, i32* %5
%23 = load i32, i32* %4
%24 = add nsw i32 %23, 1
%25 = mul nsw i32 %22, %24
%26 = load i32, i32* %4
%27 = add nsw i32 %25, %26
%28 = sext i32 %27 to i64
%29 = getelementptr inbounds x86_fp80, x86_fp80* %21, i64 %28
%30 = load x86_fp80, x86_fp80* %29
%31 = load x86_fp80, x86_fp80* %6
%32 = fadd x86_fp80 %31, %30
store x86_fp80 %32, x86_fp80* %6
br label %46
33: ; preds = %12
%34 = load x86_fp80*, x86_fp80** @pairPr
%35 = load i32, i32* %5
%36 = load i32, i32* %4
%37 = add nsw i32 %36, 1
%38 = mul nsw i32 %35, %37
%39 = load i32, i32* %7
%40 = add nsw i32 %38, %39
%41 = sext i32 %40 to i64
%42 = getelementptr inbounds x86_fp80, x86_fp80* %34, i64 %41
%43 = load x86_fp80, x86_fp80* %42
%44 = load x86_fp80, x86_fp80* %6
%45 = fadd x86_fp80 %44, %43
store x86_fp80 %45, x86_fp80* %6
br label %46
46: ; preds = %33, %20
br label %47
47: ; preds = %46
%48 = load i32, i32* %5
%49 = add nsw i32 %48, 1
store i32 %49, i32* %5
br label %8
50: ; preds = %8
%51 = load x86_fp80, x86_fp80* %6
ret x86_fp80 %51
}

LLVM IR (-O2):
@pairPr = external global x86_fp80*
define x86_fp80 @expectedCorrectBases(i32* nocapture %0, i32 %1) {
%3 = icmp sgt i32 %1, 0
br i1 %3, label %4, label %59
4: ; preds = %2
%5 = load x86_fp80*, x86_fp80** @pairPr
%6 = add nuw nsw i32 %1, 1
%7 = zext i32 %1 to i64
%8 = and i64 %7, 1
%9 = icmp eq i32 %1, 1
br i1 %9, label %42, label %10
10: ; preds = %4
%11 = and i64 %7, 4294967294
br label %12
12: ; preds = %12, %10
%13 = phi i64 [ 0, %10 ], [ %39, %12 ]
%14 = phi x86_fp80 [ 0xK00000000000000000000, %10 ], [ %38, %12 ]
%15 = phi i64 [ 0, %10 ], [ %40, %12 ]
%16 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %13
%17 = load i32, i32* %16
%18 = icmp eq i32 %17, -1
%19 = trunc i64 %13 to i32
%20 = mul nsw i32 %6, %19
%21 = select i1 %18, i32 %1, i32 %17
%22 = add nsw i32 %20, %21
%23 = sext i32 %22 to i64
%24 = getelementptr inbounds x86_fp80, x86_fp80* %5, i64 %23
%25 = load x86_fp80, x86_fp80* %24
%26 = fadd x86_fp80 %14, %25
%27 = or i64 %13, 1
%28 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %27
%29 = load i32, i32* %28
%30 = icmp eq i32 %29, -1
%31 = trunc i64 %27 to i32
%32 = mul nsw i32 %6, %31
%33 = select i1 %30, i32 %1, i32 %29
%34 = add nsw i32 %32, %33
%35 = sext i32 %34 to i64
%36 = getelementptr inbounds x86_fp80, x86_fp80* %5, i64 %35
%37 = load x86_fp80, x86_fp80* %36
%38 = fadd x86_fp80 %26, %37
%39 = add nuw nsw i64 %13, 2
%40 = add i64 %15, 2
%41 = icmp eq i64 %40, %11
br i1 %41, label %42, label %12
42: ; preds = %12, %4
%43 = phi x86_fp80 [ undef, %4 ], [ %38, %12 ]
%44 = phi i64 [ 0, %4 ], [ %39, %12 ]
%45 = phi x86_fp80 [ 0xK00000000000000000000, %4 ], [ %38, %12 ]
%46 = icmp eq i64 %8, 0
br i1 %46, label %59, label %47
47: ; preds = %42
%48 = getelementptr inbounds i32, i32* %0, i64 %44
%49 = load i32, i32* %48
%50 = icmp eq i32 %49, -1
%51 = trunc i64 %44 to i32
%52 = mul nsw i32 %6, %51
%53 = select i1 %50, i32 %1, i32 %49
%54 = add nsw i32 %52, %53
%55 = sext i32 %54 to i64
%56 = getelementptr inbounds x86_fp80, x86_fp80* %5, i64 %55
%57 = load x86_fp80, x86_fp80* %56
%58 = fadd x86_fp80 %45, %57
br label %59
59: ; preds = %47, %42, %2
%60 = phi x86_fp80 [ 0xK00000000000000000000, %2 ], [ %43, %42 ], [ %58, %47 ]
ret x86_fp80 %60
}