#define NULL ((void *)0)
typedef unsigned long size_t; // Customize by platform.
typedef long intptr_t;
typedef unsigned long uintptr_t;
typedef long scalar_t__; // Either arithmetic or pointer type.
/* By default, we understand bool (as a convenience). */
typedef int bool;
#define false 0
#define true 1

/* Forward declarations */

/* Type definitions */

/* Variables and functions */
int /*<<< orphan*/ MakeIdentityMx(char **, int, double **);
int /*<<< orphan*/ mx_free(void **, int, int);
scalar_t__ mx_new(int, int, int, int, int);
double PwIdent(char **aseq, int alnlen, int nseq) {
  double **imx;
  double sum = 0;
  double avg_pwident;
  int i, j;
  imx = (double **)mx_new(nseq + 1, nseq + 1, sizeof(double), sizeof(double *),
                          1);
  MakeIdentityMx(aseq, nseq, imx);
  for (i = 0; i < nseq - 1; i++)
    for (j = i + 1; j < nseq; j++)
      sum += imx[j][i];
  avg_pwident = sum / (double)(nseq * (nseq - 1) / 2.0);
  mx_free((void **)imx, nseq + 1, 1);
  return avg_pwident;
}


x86 assembly (clang, -O0):
<PwIdent>:
push   %rbp
mov    %rsp,%rbp
sub    $0x30,%rsp
mov    %rdi,-0x8(%rbp)
mov    %esi,-0xc(%rbp)
mov    %edx,-0x10(%rbp)
xorps  %xmm0,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x20(%rbp)
mov    -0x10(%rbp),%edi
add    $0x1,%edi
mov    -0x10(%rbp),%esi
add    $0x1,%esi
mov    $0x8,%ecx
mov    $0x1,%r8d
mov    %ecx,%edx
call   1050 <mx_new@plt>
mov    %rax,-0x18(%rbp)
mov    -0x8(%rbp),%rdi
mov    -0x10(%rbp),%esi
mov    -0x18(%rbp),%rdx
call   1030 <MakeIdentityMx@plt>
movl   $0x0,-0x2c(%rbp)
mov    -0x2c(%rbp),%eax
mov    -0x10(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
cmp    %ecx,%eax
jge    11e9 <PwIdent+0xb9>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
cmp    -0x10(%rbp),%eax
jge    11d6 <PwIdent+0xa6>
mov    -0x18(%rbp),%rax
movslq -0x30(%rbp),%rcx
mov    (%rax,%rcx,8),%rax
movslq -0x2c(%rbp),%rcx
movsd  (%rax,%rcx,8),%xmm0
addsd  -0x20(%rbp),%xmm0
movsd  %xmm0,-0x20(%rbp)
mov    -0x30(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x30(%rbp)
jmp    119d <PwIdent+0x6d>
jmp    11db <PwIdent+0xab>
mov    -0x2c(%rbp),%eax
add    $0x1,%eax
mov    %eax,-0x2c(%rbp)
jmp    1183 <PwIdent+0x53>
movsd  -0x20(%rbp),%xmm0
mov    -0x10(%rbp),%eax
mov    -0x10(%rbp),%ecx
sub    $0x1,%ecx
imul   %ecx,%eax
cvtsi2sd %eax,%xmm1
movsd  0xdfa(%rip),%xmm2
divsd  %xmm2,%xmm1
divsd  %xmm1,%xmm0
movsd  %xmm0,-0x28(%rbp)
mov    -0x18(%rbp),%rdi
mov    -0x10(%rbp),%esi
add    $0x1,%esi
mov    $0x1,%edx
call   1040 <mx_free@plt>
movsd  -0x28(%rbp),%xmm0
add    $0x30,%rsp
pop    %rbp
ret

x86 assembly (clang, -O2):
<PwIdent>:
push   %rbp
push   %r15
push   %r14
push   %r12
push   %rbx
sub    $0x10,%rsp
mov    %edx,%r15d
mov    %rdi,%rbx
lea    0x1(%r15),%r14d
mov    %r14d,%edi
mov    %r14d,%esi
mov    $0x8,%edx
mov    $0x8,%ecx
mov    $0x1,%r8d
call   1050 <mx_new@plt>
mov    %rax,%r12
mov    %rbx,%rdi
mov    %r15d,%esi
mov    %rax,%rdx
call   1030 <MakeIdentityMx@plt>
lea    -0x1(%r15),%r9d
xorpd  %xmm1,%xmm1
cmp    $0x2,%r15d
jl     11c2 <PwIdent+0x92>
mov    %r15d,%r11d
mov    %r9d,%r8d
cmp    $0x1,%r9d
jne    1200 <PwIdent+0xd0>
xorpd  %xmm1,%xmm1
mov    $0x1,%edx
xor    %eax,%eax
test   $0x1,%r8b
je     11c2 <PwIdent+0x92>
lea    0x1(%rax),%rcx
cmp    %r11,%rcx
jae    11c2 <PwIdent+0x92>
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
mov    (%r12,%rdx,8),%rcx
addsd  (%rcx,%rax,8),%xmm1
add    $0x1,%rdx
cmp    %rdx,%r11
jne    11b0 <PwIdent+0x80>
imul   %r15d,%r9d
cvtsi2sd %r9d,%xmm0
mulsd  0xe2d(%rip),%xmm0
divsd  %xmm0,%xmm1
movsd  %xmm1,0x8(%rsp)
mov    %r12,%rdi
mov    %r14d,%esi
mov    $0x1,%edx
call   1040 <mx_free@plt>
movsd  0x8(%rsp),%xmm0
add    $0x10,%rsp
pop    %rbx
pop    %r12
pop    %r14
pop    %r15
pop    %rbp
ret
mov    %r8d,%r10d
and    $0xfffffffe,%r10d
xorpd  %xmm1,%xmm1
mov    $0x1,%edx
xor    %eax,%eax
mov    %r11,%rcx
mov    %r12,%rbp
jmp    1235 <PwIdent+0x105>
nopw   0x0(%rax,%rax,1)
add    $0x2,%rdx
add    $0x10,%rbp
add    $0xfffffffffffffffe,%rcx
cmp    %r10,%rax
je     1197 <PwIdent+0x67>
mov    %rax,%rsi
or     $0x1,%rsi
cmp    %r11,%rsi
jae    1263 <PwIdent+0x133>
mov    $0x1,%edi
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
mov    0x0(%rbp,%rdi,8),%rbx
addsd  (%rbx,%rax,8),%xmm1
add    $0x1,%rdi
cmp    %rdi,%rcx
jne    1250 <PwIdent+0x120>
add    $0x2,%rax
cmp    %r11,%rax
jae    1220 <PwIdent+0xf0>
mov    $0x2,%edi
cs nopw 0x0(%rax,%rax,1)
nopl   0x0(%rax,%rax,1)
mov    0x0(%rbp,%rdi,8),%rbx
addsd  (%rbx,%rsi,8),%xmm1
add    $0x1,%rdi
cmp    %rdi,%rcx
jne    1280 <PwIdent+0x150>
jmp    1220 <PwIdent+0xf0>

LLVM IR (-O0):
define double @PwIdent(i8** %0, i32 %1, i32 %2) {
%4 = alloca i8**
%5 = alloca i32
%6 = alloca i32
%7 = alloca double**
%8 = alloca double
%9 = alloca double
%10 = alloca i32
%11 = alloca i32
store i8** %0, i8*** %4
store i32 %1, i32* %5
store i32 %2, i32* %6
store double 0.000000e+00, double* %8
%12 = load i32, i32* %6
%13 = add nsw i32 %12, 1
%14 = load i32, i32* %6
%15 = add nsw i32 %14, 1
%16 = call i64 @mx_new(i32 %13, i32 %15, i32 8, i32 8, i32 1)
%17 = inttoptr i64 %16 to double**
store double** %17, double*** %7
%18 = load i8**, i8*** %4
%19 = load i32, i32* %6
%20 = load double**, double*** %7
%21 = call i32 @MakeIdentityMx(i8** %18, i32 %19, double** %20)
store i32 0, i32* %10
br label %22
22: ; preds = %50, %3
%23 = load i32, i32* %10
%24 = load i32, i32* %6
%25 = sub nsw i32 %24, 1
%26 = icmp slt i32 %23, %25
br i1 %26, label %27, label %53
27: ; preds = %22
%28 = load i32, i32* %10
%29 = add nsw i32 %28, 1
store i32 %29, i32* %11
br label %30
30: ; preds = %46, %27
%31 = load i32, i32* %11
%32 = load i32, i32* %6
%33 = icmp slt i32 %31, %32
br i1 %33, label %34, label %49
34: ; preds = %30
%35 = load double**, double*** %7
%36 = load i32, i32* %11
%37 = sext i32 %36 to i64
%38 = getelementptr inbounds double*, double** %35, i64 %37
%39 = load double*, double** %38
%40 = load i32, i32* %10
%41 = sext i32 %40 to i64
%42 = getelementptr inbounds double, double* %39, i64 %41
%43 = load double, double* %42
%44 = load double, double* %8
%45 = fadd double %44, %43
store double %45, double* %8
br label %46
46: ; preds = %34
%47 = load i32, i32* %11
%48 = add nsw i32 %47, 1
store i32 %48, i32* %11
br label %30
49: ; preds = %30
br label %50
50: ; preds = %49
%51 = load i32, i32* %10
%52 = add nsw i32 %51, 1
store i32 %52, i32* %10
br label %22
53: ; preds = %22
%54 = load double, double* %8
%55 = load i32, i32* %6
%56 = load i32, i32* %6
%57 = sub nsw i32 %56, 1
%58 = mul nsw i32 %55, %57
%59 = sitofp i32 %58 to double
%60 = fdiv double %59, 2.000000e+00
%61 = fdiv double %54, %60
store double %61, double* %9
%62 = load double**, double*** %7
%63 = bitcast double** %62 to i8**
%64 = load i32, i32* %6
%65 = add nsw i32 %64, 1
%66 = call i32 @mx_free(i8** %63, i32 %65, i32 1)
%67 = load double, double* %9
ret double %67
}

LLVM IR (-O2):
define double @PwIdent(i8** %0, i32 %1, i32 %2) {
%4 = add nsw i32 %2, 1
%5 = tail call i64 @mx_new(i32 %4, i32 %4, i32 8, i32 8, i32 1)
%6 = inttoptr i64 %5 to double**
%7 = tail call i32 @MakeIdentityMx(i8** %0, i32 %2, double** %6)
%8 = add i32 %2, -1
%9 = icmp sgt i32 %2, 1
br i1 %9, label %10, label %75
10: ; preds = %3
%11 = zext i32 %2 to i64
%12 = zext i32 %8 to i64
%13 = zext i32 %2 to i64
%14 = and i64 %12, 1
%15 = icmp eq i32 %8, 1
br i1 %15, label %56, label %16
16: ; preds = %10
%17 = and i64 %12, 4294967294
br label %39
18: ; preds = %46, %39
%19 = phi double [ %42, %39 ], [ %53, %46 ]
%20 = add nuw nsw i64 %40, 2
%21 = icmp ult i64 %20, %11
br i1 %21, label %22, label %34
22: ; preds = %18
%23 = add nuw nsw i64 %41, 1
br label %24
24: ; preds = %24, %22
%25 = phi i64 [ %32, %24 ], [ %23, %22 ]
%26 = phi double [ %31, %24 ], [ %19, %22 ]
%27 = getelementptr inbounds double*, double** %6, i64 %25
%28 = load double*, double** %27
%29 = getelementptr inbounds double, double* %28, i64 %44
%30 = load double, double* %29
%31 = fadd double %26, %30
%32 = add nuw nsw i64 %25, 1
%33 = icmp eq i64 %32, %13
br i1 %33, label %34, label %24
34: ; preds = %24, %18
%35 = phi double [ %19, %18 ], [ %31, %24 ]
%36 = add nuw nsw i64 %41, 2
%37 = add i64 %43, 2
%38 = icmp eq i64 %37, %17
br i1 %38, label %56, label %39
39: ; preds = %34, %16
%40 = phi i64 [ 0, %16 ], [ %20, %34 ]
%41 = phi i64 [ 1, %16 ], [ %36, %34 ]
%42 = phi double [ 0.000000e+00, %16 ], [ %35, %34 ]
%43 = phi i64 [ 0, %16 ], [ %37, %34 ]
%44 = or i64 %40, 1
%45 = icmp ult i64 %44, %11
br i1 %45, label %46, label %18
46: ; preds = %39, %46
%47 = phi i64 [ %54, %46 ], [ %41, %39 ]
%48 = phi double [ %53, %46 ], [ %42, %39 ]
%49 = getelementptr inbounds double*, double** %6, i64 %47
%50 = load double*, double** %49
%51 = getelementptr inbounds double, double* %50, i64 %40
%52 = load double, double* %51
%53 = fadd double %48, %52
%54 = add nuw nsw i64 %47, 1
%55 = icmp eq i64 %54, %13
br i1 %55, label %18, label %46
56: ; preds = %34, %10
%57 = phi double [ undef, %10 ], [ %35, %34 ]
%58 = phi i64 [ 0, %10 ], [ %20, %34 ]
%59 = phi i64 [ 1, %10 ], [ %36, %34 ]
%60 = phi double [ 0.000000e+00, %10 ], [ %35, %34 ]
%61 = icmp eq i64 %14, 0
br i1 %61, label %75, label %62
62: ; preds = %56
%63 = add nuw nsw i64 %58, 1
%64 = icmp ult i64 %63, %11
br i1 %64, label %65, label %75
65: ; preds = %62, %65
%66 = phi i64 [ %73, %65 ], [ %59, %62 ]
%67 = phi double [ %72, %65 ], [ %60, %62 ]
%68 = getelementptr inbounds double*, double** %6, i64 %66
%69 = load double*, double** %68
%70 = getelementptr inbounds double, double* %69, i64 %58
%71 = load double, double* %70
%72 = fadd double %67, %71
%73 = add nuw nsw i64 %66, 1
%74 = icmp eq i64 %73, %13
br i1 %74, label %75, label %65
75: ; preds = %56, %65, %62, %3
%76 = phi double [ 0.000000e+00, %3 ], [ %57, %56 ], [ %60, %62 ], [ %72, %65 ]
%77 = mul nsw i32 %8, %2
%78 = sitofp i32 %77 to double
%79 = fmul double %78, 5.000000e-01
%80 = fdiv double %76, %79
%81 = inttoptr i64 %5 to i8**
%82 = tail call i32 @mx_free(i8** %81, i32 %4, i32 1)
ret double %80
}