Extraction de relations temporelles dans des dossiers électroniques patient (Extracting Temporal Relations from Electronic Health Records) (2016)

Abstract: L’analyse temporelle des documents cliniques permet d’obtenir des représentations riches des informations contenues dans les dossiers électroniques patient. Cette analyse repose sur l’extraction d’événements, d’expressions temporelles et des relations entre eux. Dans ce travail, nous considérons que nous disposons des événements et des expressions temporelles pertinents et nous nous intéressons aux relations temporelles entre deux événements ou entre un événement et une expression temporelle. Nous présentons des modèles de classification supervisée pour l’extraction de des relations en français et en anglais. Les performances obtenues sont comparables dans les deux langues, suggérant ainsi que différents domaines cliniques et différentes langues pourraient être abordés de manière similaire.

## introduction la détection automatique des événements et des relations temporelles entre ces événements dans les documents cliniques est une tâche récente à laquelle de nombreuses équipes s'intéressent pour la langue anglaise. les campagnes d'évaluation i2b2 @xcite et clinical tempeval @xcite ont permis de donner un cadre à ces efforts. les documents cliniques se distinguent des textes généralistes et d'autres genres de textes bio-médicaux par le fait que chaque dossier patient, contenant des comptes-rendus d'actes, des comptes-rendus de séjour et des courriers, relate l'histoire médicale et le parcours de soin d'un patient. il serait alors très intéressant pour l'équipe soignante d'avoir accès à des outils permettant de résumer cette histoire @xcite ou de la comparer à un protocole de traitement standard. dans cet article, nous nous intéressons particulièrement à la détection des relations d'inclusion temporelle (x contient y ) intra-phrastiques entre les événements et/ou expressions temporelles (cr pour container relation) et aux relations temporelles entre les événements et la date de création du document (dr pour doctime relation). la relation d'inclusion temporelle est directement liée à celle de conteneur narratif et a été introduite par @xcite . l'utilisation de conteneurs narratifs permet de réduire les inconsistances dans les annotations et offre une plus grande précision de modélisation des relations temporelles. le corpus thyme @xcite , utilisé jusqu'à présent dans les campagnes clinical tempeval est le premier corpus clinique annoté avec le concept de conteneur narratif. la détection de ces relations est une première étape vers la création d'une chronologie détaillée des événements considérés. une perspective de recherche serait d'utiliser ces relations pour la création de graphes temporels @xcite . dans cet article, nous considérons que les événements ont déjà été extraits. nous décrivons des expérimentations sur deux corpus, l'un en anglais et l'autre en français. cet article présente et compare tout d'abord les corpus utilisés dans les deux langues ainsi que la définition de la notion d'événement couramment employée dans le domaine clinique. nous décrivons ensuite une approche d'extraction des relations en précisant les différences de traitement selon la langue considérée. nous présentons et discutons enfin les résultats obtenus. ## présentation des corpus pour le français, nous avons utilisé des documents d'un corpus de textes cliniques issus d'un groupe d'institutions hospitalières françaises. pour ce travail, nous avons sélectionné des documents issus du service d'hépato-gastro-nutrition ayant déjà fait l'objet d'une désidentification @xcite ) et d'un travail d'annotation en entités et relations @xcite . pour l'anglais, nous avons utilisé le corpus mis à disposition pour la campagne clinical tempeval 2016 @xcite , comportant des documents issus du service de cancérologie de la mayo clinic aux états-unis. le tableau 1 présente les caractéristiques de ces corpus. la définition d'un événement varie selon le corpus. le corpus clinical tempeval annote comme événement tout ce qui présente un intérêt du point de vue de la chronologie de prise en charge d'un patient comme par exemple une maladie ou une procédure médicale. aucune information sémantique n'est donnée concernant ces événements. seuls les empans figurent dans les annotations. dans le corpus français, outre ces empans, une définition des événements est formalisée à l'aide des catégories sémantiques de l'umls (unified medical language system) : disorder, sign or symptom, medical procedure, chemical drugs, concept or idea, biological process or function @xcite .