湖南省宁乡县人民法院
民 事 判 决 书
（2014）宁民初字第02364号
原告金洲新区工业集中区管理委员会。
代表人郑旗，该单位主任。
委托代理人戴世雄，湖南严明律师事务所律师。
委托代理人江中，湖南严明律师事务所律师。
被告神塑科技有限公司。
法定代表人肖凯初，该公司董事长，现羁押于宁乡县看守所。
诉讼代理人神塑科技有限公司管理人。
委托代理人郭祖云。
委托代理人苏磊，湖南湘军律师事务所律师。
第三人长沙玉兴实业有限公司。
法定代表人唐喜文，该公司董事长。
委托代理人高丽琼，湖南光阳律师事务所律师。
原告金洲新区工业集中区管理委员会（以下简称“金洲管委会”）与被告神塑科技有限公司（以下简称“神塑公司”）普通破产债权确认纠纷一案，本院于2014年6月5日立案受理后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。为查明案件事实，2014年11月27日，本院依职权追加长沙玉兴实业有限公司（以下简称“玉兴实业”）为本案第三人。2015年5月15日、2015年10月15日，本院依法组成合议庭，两次公开开庭进行了审理，原被告以及第三人的委托代理人均到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告诉称：2008年8月原告与被告签订《湖南神塑科技有限公司投资建设宁乡金洲新区生产基地投资合同书》（以下简称《投资合同书》），合同约定：1、乙方（即被告）拟总投资1.5亿元建设PVC塑胶管材、强、弱电管道等生产基地项目，项目设计用地189.42亩，2010年全部竣工；2、甲方（即原告）将位于原告内面积约为189.42亩的国有土地使用权出让给乙方使用；3、甲乙双方同意工业地出让价为每亩15万元，具体面积以国土部门最后核定的面积和计算金额为准，乙方在第一期用地总投资达6000万元以上，且投产后三年内累计实现园区税收达到24万元／亩，则工业用地价格按5万元／亩计算，如未达到，则按15万元／亩计价。此地价不包含土方平整费用；4、付款方式：乙方原支付给第三人玉兴实业的250万元及该公司欠乙方的约1000万元工程款由甲方负责与之协议解决，视同已支付给甲方。乙方土地摘牌后付清剩余款项。合同签订后，原告按合同约定履行了相关的义务，被告分别于2009年10月19日及2011年10月9日通过宁乡县国土资源局国有建设用地使用权挂牌出让的方式获得191.08亩的国有土地使用权。依合同约定因被告投产后三年内累计园区税收未达至24万元／亩，被告应向原告支付总地价款28662000元（191.08亩×15万元／亩）以及相关的契税款。但在合同履行过程中被告仅通过直接支付购地款、抵扣及他人支付的方式共计支付了15196657.5元的购地款。
原告认为，《投资合同书》虽约定被告将1250万元的债务转移至第三人玉兴实业，该约定系对合同当事人以外的第三人设定义务，未经第三人确认该条款不对第三人产生约束。合同履行过程中第三人仅认可被告250万元的债务转移，对1000万元的债务转移予以否认，据此该1000万元的债务转移未能成立。故被告应按合同约定支付该1000万元在内的购地款及相关的契税款。同时被告尚欠原告垫付一期土地契税605600元未还。故原告诉至法院请求判令：1、确认被告尚欠原告土地款13255342.5元；2、确认被告尚欠原告代付的土地契税款605600元；3、确认被告尚欠原告逾期付款利息3162584.59元（计算至2014年6月5日止，以后按同期人民银行贷款利率计算至付清土地款及代付的土地契税款之日止）；3、本案诉讼费用由被告承担。
被告辩称：一、原告的诉请已超诉讼时效，依法应驳回其诉讼请求；二、原告主张的土地契税605600元实为欠款，已过诉讼时效，依法应驳回其诉讼请求；三、原告主张的土地款中的1000万元已经支付，其不得对已支付的款项再主张权利；四、原告主张土地款的总额计算错误，即对作为计算依据的实际用地面积计算错误，且用地性质并不符合合同要求，应依用地性质区别计算土地款；五、被告未付款部分的利息，依据《中华人民共和国企业破产法》相关规定，应计算截止到答辩人破产重整之日即2014年1月20日止，而不是付清款项之日止，而计算的土地款本金应扣除1000万，即仅仅为3255342.5元，而非13255342.5元。综上，原告诉请主张的土地款、代缴的土地契税及相应利息违背合同约定，且已过诉讼时效，依法应予以驳回。
第三人述称：一、原、被告之间签订的《投资合同书》第三条地价及付款方式中3.3付款方式已在原、被告以及第三人间实际履行；二、第三人应支付给长沙万寿工程建设有限公司的工程款为10320560.99元；三、第三人已实际支付工程款10320560.99元，支付方式为向原告抵扣支付6245000元，向长沙万寿工程建设有限公司、肖凯初支付4075560.99元。综上，第三人的付款义务已全部履行。
在举证期限内，原告围绕自己的主张，提交了如下证据：
1、原告金洲新区工业集中区管理委员会事业单位法人证书副本及组织机构代码证，拟证明金洲新区工业集中区管理委员会具有合法的主体资格；
2、长沙市机构编制委员会长编委发（2013）45号文件及宁乡县机构编制委员会办公室证明，拟证明宁乡金洲新区管理委员会变更为金洲新区工业集中区管理委员会；
3、被告营业执照、组织机构代码证复印件，拟证明被告的诉讼主体资格；
4、湖南神塑科技有限公司投资建设宁乡金州新区生产基地投资合同书，拟证明2008年8月原告与被告签订《湖南神塑科技有限公司投资建设宁乡金州新区生产基地投资合同书》，合同对被告从原告处购买国有土地使用权的数量、土地用途、土地价格等进行了约定；
5、（2009）041号及（2011）099号宁乡县国土资源局国有建设用地使用权挂牌出让成交确认书，拟证明被告分别于2009年10月19日及2011年10月9日通过宁乡县国土资源局国有建设用地使用权挂牌出让的方式获得191.08亩的国有土地使用权；
6、原告与被告往来款明细，拟证明至被告破产债权申报时被告尚欠原告土地款及契税款共计13860942.5元；
7、2009年10月22日及2009年10月27日湖南省行政事业单位往来结算收据，拟证明2009年10月22日缴纳购地保证金310万元，并于2009年10月27日将上述310万元保证金转为购地款；
8、2009年11月11日湖南省行政事业单位往来结算收据，拟证明2009年11月11日被告缴购地款3145000元；
9、借据及2009年11月13日湖南省行政事业单位往来结算收据，拟证明2009年11月13日被告出具第一期土地款欠款金额为5579300元借据；
10、2009年11月11日银行进账单及契税完税凭证，拟证明2009年11月11日原告代被告缴纳第一期购地的契税605600元；
11、2011年10月10日中国建设银行网上银行电子回单，拟证明2011年10月10日被告缴纳290万元二期购地保证金并转为购地款；
12、工程款支付审批表及2011年11月17日领据，拟证明2011年11月17日被告出具689226.7元排水污管工程A段工程款领据并将此工程款抵扣购地款；
13、工程款支付审批表及2011年11月17日领据，拟证明2011年11月17日被告出具1662430.8元排水污管工程B段工程款领据并将此工程款抵扣购地款；
14、工程款支付审批表及2011年11月25日领据，拟证明2011年11月25日被告出具60万元金洲新区排水管网一标段工程款领据并将此工程款抵扣购地款；
15、工程款支付审批表及2011年11月25日领据，拟证明2011年11月25日被告出具60万元金洲新区排水管网二标段工程款领据并将此工程款抵扣购地款；
16、神塑科技有限公司债权表节选，拟证明证实被告破产管理人仅认定原告债权3860942.5元，未确认部分为农民工保证金20万元（债务人已支付）、安装生产标准化引导资金1万元（抵扣土地款）；另依据投资合同书第3.3款抵扣1000万元；
17、（2014）严律函字第0108号律师函，拟证明2014年6月3日原告委托湖南严明律师事务所向第三人玉兴实业发函要求其对被告1000万元的债务转移的真实性予以确认，第三人玉兴实业出具“所有与神塑科技公司往来全部结清，不存在债务转移”的确认意见的事实；
18、宁乡县投资评审中心工程造价审查定案通知书及建筑业统一发票，拟证明2009年1月16日原告依据《湖南神塑科技有限公司投资建设宁乡金洲新区生产基地投资合同书》第3.3款约定对被告与第三人玉兴实业的工程款问题进行了协调并得到了处理。
19、宁金管（2008）15号宁乡县金洲新区管理委员会关于金洲新区道路用地分摊的实施办法，拟证明金洲管委会对金洲新区道路用地分摊办法进行了明确规定；
20、宁乡县土地储备用地（2011）金州新区地块（二十四）用地控制图，拟证明经宁乡县城乡规划局核定的用地控制图中明确了分摊范围及计价面积，神塑科技一期公摊面积为1896.45平方米；
21、宁乡县土地储备中心2011金洲新区地块24用地控制图，拟证明神塑科技一期土地计价面积中包括1896.45平方米公摊面积，神塑科技二期土地计价面积中包括了12117.51平方米的公摊面积的事实；
22、关于玉潭综合工业园、明月山庄相关问题处理的协议，拟证明2008年9月19日原告与第三人玉兴实业签订了《关于玉潭综合工业园、明月山庄相关问题处理的协议》，协议约定在本协议签订之日20天内原告向第三人玉兴实业支付1500万元（含甲方欠付神塑的工程款1000万元，具体以第三人玉兴实业审计数为准）；
23、关于玉潭综合工业园、明月山庄相关财务结算，拟证明2008年12月10日经原告向第三人玉兴实业结算，原告应向第三人支付利润754.5万元；
24、第三人玉兴实业财务凭证及说明，拟证明1、2008年11月27日前原告已向第三人玉兴实业支付600万元，2009年1月21日第三人向原告出具了一张500万元的往来款收据、2009年11月10日第三人向原告出具一张124.5万元的往来收据，以上三项共计1224.5万元；
25、金洲管委会财务凭证，拟证明：1、原告收到了2009年1月21日第三人向原告出具了一张500万元的往来款收据及2009年11月10日第三人向原告出具的一张124.5万元的往来款收据；2、2009年11月11日原告向被告出具的一张金额为314.5万元，收款项目为购地款，备注为玉潭往来转的往来款收据（该凭证已作为被告向原告缴纳的土地款计算在被告总支付的土地款之内）及出具了一张金额为310万元收款项目为往来款，备注为玉潭土地往来款抵的往来款收据的事实。
26、2009年11月13日领据一张，拟证明310万元的领据已经由被告领取；
27、长沙金洲新城开发建设投资有限公司企业注册登记资料及宁乡县人民政府宁政（2014）64号《宁乡县人民政府关于宁乡县新城开发建设投资有限公司变更事项的批复》复印件，拟证明长沙金洲新城开发建设投资有限公司系由原告出资的国有独资公司；
28、宁乡县规划局说明，拟证明原告出让给被告的土地一期含公摊面积1896.45平方米、二期含公摊面积12117.51平方米；
29、宁乡县土地储备中心（金洲新区2011地块24）拟出让地块图，拟证明宁乡县国土资源局挂牌出让的面积中不包含合同约定公摊面积；
30、合作合同书、投资合同书、（2015宁民初字第00165号民事调解书），拟证明原告在招商引资过程中对土地出让均约定了公摊面积并公摊面积不包含在宁乡县国土资源局出让土地面积中。
31、宁乡县乡镇财政管理局证据及附件，拟证明原告代被告向宁乡县财政管理局缴纳契税605600元；
32、宁编办（2006）6号《关于全县农业税征收管理机构更名的通知》，拟证明宁乡县财政管理局与宁乡县契税耕地占用税收管理局系两套牌子一套班子；
33、进账单、湖南省非税收入一般缴款书，拟证明原告已按照招拍挂牌确认的价格缴纳被告两期土地的土地款；
34、说明，拟证明长沙金洲新城开发建设投资有限公司系根据金洲新区工业集中区管理委员会委托代收代扣被告神塑公司土地款，被告神塑公司两期招拍挂土地款及契税款也系根据原告委托向宁乡县乡镇财政管理局支付。
被告对原告提交的证据发表质证意见如下：对证据1、2真实性无法确定，由法院依法确认；对证据3、4、7、8、11、12、13、14、15、22、26均无异议；对证据5真实性没有异议，但该确认书有两笔划拨土地，第一笔是2009年11月19日的，划拨面积是61771.3㎡，用途为工业用地；第二笔是2011年的10月9日的，划拨面积为51623㎡，用途为工业用地；原告计款面积超过了实际土地确认书确认的面积，应该以实际面积计算；对证据6三性均有异议，该份证据系原告方单方面出具的一份文件，不是证据；对证据9真实性无异议，但说明一下，这笔款项是实际付了一部分第一期款后余欠的，并不是借款；对证据10真实性、合法性没有异议，关联性有异议，这笔款项系被告对原告的欠款；对证据16真实性没有异议，审定金额是3860942.5万元，该金额由代缴契税60.56万元和欠付土地款3255342.5元构成，已包括农民工保证金20万和安装生产标准化引导的资金1万元，被告承认这21万确实要抵扣；对证据17三性均有异议，真实性无法确定，本案不存在债务转让；对证据18真实性无异议，但对于证明目的有异议：1、其中审查定案通知书和发票均只能证明存在欠1000多万元工程款；2、不能证明该债务已经结算完毕，只能证明审查完毕，因为第三人玉兴实业实际上并未支付工程款，债务债权不存在已经解决或者消除的情况；对证据19有异议，此不属于证据的范畴，是原告自己出具的实施办法；证据20-21没有原件，无法进行核对，不予质证；总之，证据19-21的证明目的与国土资源局的文件政策不符合，被告不予质证；对证据23没有原件，不予质证；对证据24、真实性无异议，对证明的事实及真实性恳请法院查清，此是原告与第三人之间的往来，与被告没有关系；对证据25真实性无异议，但2009年11月11日被告向原告出具的314.5万元只能证明被告向原告支付了购买土地款项，但是否属于第三人与原告之间抵扣的款项被告对此有异议；对证据27真实性合法性无异议，关联性有异议，与本案无关；对证据28、29真实性无异议，证明目的无异议，但是公摊面积不能作为本案的计价面积，应按投资合同书的3.3.1条计价，面积以国土局认定为准，且宁乡县规划局说明，不符合证据的要求，被告不予质证；对证据30的关联性有异议，与本案无关；对证据31有异议：①被告没有授权原告代缴契税，不能证明原告是帮被告缴纳的契税②这也不符合政府做事的方式，如果是帮企业代缴，应该有单独的一张凭证；证据32－34真实性合法性无异议，关联性有异议，与本案无关。
第三人对原告提交的证据发表如下质证意见：证据1-3、18无异议；对证据4无异议，补充说明一点合同书中第三条的支付，第三人应该是向长沙万寿工程建设有限公司支付10320560.99元，实际履行过程中已经按照条款进行；证据5-17、19-21与第三人没有关系，不发表质证意见；证据18无异议；对证据22、真实性、关联性无异议，对合法性有异议，第三人实际应该缴纳的款项不应该是2315万元，并且结算中是有抵销的，协议中第2大条中的付款方式确实是用被告公司的工程款进行抵销；对证据23真实性无异议，关联性和合法性有异议；原告金洲管理会没有向第三人玉兴实业支付754.4元的利润，但双方结算是真实的；对证据24、2009年1月21日第三人玉兴实业出具的530万元收据是作废的，重新开出了2009年11月10日出具的124.5万元（该款已经抵扣）和2011年11月10日的407万元（第三人已经支付给被告公司，并没有在1000万元中进行抵扣）；407万元是向长沙万寿工程建设有限公司支付的并不是原告金洲管委会，证据24中2009年11月8日532万元的领据及2009年1月21日结算收据已经作废，不能认可，不能作为原告与被告以及第三人之间充减的工程款数；对证据24中说明的真实性无异议，对证明目的有异议；对证据24中说明后的证据无异议，2675561元（收款公司为长沙万寿工程建设有限公司）以及1399999.99元（收款公司为肖凯初的好百宜公司）领据总金额4075560.99，其中还有肖凯初个人打的收据。账务处理是第三人内部的记账，无异议；2009年1月21日第三人收回的500万元是成立的，第三人是收到长沙金洲新城建设开发公司工程款抵扣，金洲新城建设开发公司也就是原告前身；对证据25无异议，正好证明了原、被告以及第三人之间抵扣的金额为624.5万元；证据26与第三人没有关系，不予质证；对证据27－34第三人不清楚，不予质证。
被告未向本院提交证据。
第三人支持其主张，向本院提交如下证据：
1、第三人企业法人营业执照组织机构代码证、法定代表人身份证明，拟证明被追加的第三人的基本情况；
2、关于玉潭综合工业园、明月山庄相关问题的协议，拟证明原告金洲管委会与第三人玉兴实业存在经济往来关系，约定原告金洲管委会应付第三人玉兴实业的相关费用中以第三人玉兴实业欠付被告神塑公司的工程款1000万元抵偿；
3、宁乡县投资评审中心工程造价审查定案通知书，拟证明第三人应付长沙万寿工程建设有限公司（肖凯初挂靠）工程款10320560.99元；
4、发票，拟证明长沙万寿工程建设有限公司开出工程款10320560.99元发票；
5、付款示意图，拟证明第三人玉兴实业对长沙万寿工程建设有限公司（肖凯初）工程10320560.99元的支付情况；
6、行政事业单位往来结算收据，拟证明第三人玉兴实业向原告金洲管委会支付了10320560.99元中的500万元（原告金洲管委会应付第三人玉兴实业结算款，第三人玉兴实业应付长沙万寿工程建设有限公司（肖凯初）工程款10320560.99元，双方协商以此抵销）；
7、行政事业单位往来结算收据，拟证明第三人玉兴实业向原告金洲管委会支付了10320560.99元中的124.5万元（原告金洲管委会应支付第三人玉兴实业结算款，第三人玉兴实业支付长沙万寿工程建设有限公司（肖凯初）工程款10320560.99元，双方协商以此抵销）；
8、领据，拟证明第三人玉兴实业向肖凯初支付了10320560.99元工程款中的4075560.99元；
9、记账凭证、往来结算收据，拟证明4075560.99元的具体支付情况2675561元＋1399999.99元；
10、领据、支票存根，拟证明2675561元由第三人玉兴实业具体支付到肖凯初指定领款人唐章林的账户，肖凯初出具领据上就有说明的情况；
11、说明及其他，拟证明10320560.99元工程款中关于5320560.99元付款的调整情况；
12、建设工程施工合同及工程质量保修书，拟证明宁乡县二环南路管网工程是第三人与长沙万寿工程建设有限公司之间签订的，肖凯初是长沙万寿工程建设有限公司的受委托人，第三人玉兴实业向肖凯初付款应该视为向长沙万寿工程建设有限公司付款，合同中没有约定工程款必须支付到长沙万寿工程建设有限公司账户上。
原告对第三人提交的12份证据均无异议。被告对第三人提交的证据发表质证意见如下：对证据1-2、5-7无异议；对证据3-4、原告也提交了，质证意见同前；对证据8-10真实性无异议，对证明的事实有异议：证据中的款项对象及款项领取人并不是本案的被告；对证据9有异议，好百宜公司出具的139万元的收据没有看到对应的往来凭证，对于款项是否支付完成无法确定。总之，合同中约定应支付给原告1000万元，应该视为被告已经支付，对证据11、真实性无法确认，关联性有异议，与本案没有关联；对证据12合同本身没有异议，但是证明的事实与被告无关。
为查明案件事实，本院于2015年9月24日对被告神塑公司法定代表人肖凯初进行了调查，并制作调查笔录一份，主要内容为：1、原被告虽于合同约定未达到税收标准则土地出让金按15万元／亩计价，但全县实际均是按5万元／亩进行计算的。如果全部按15万元／亩进行计算，则被告尚欠原告900万元；如一期按5万元／亩，二期按15万元／亩，则欠300万元；如全部按5万元／亩，则不欠原告土地款；2、领取310万元属实；3、肖凯初外甥朱永波挂靠在路桥公司修澳洲路（实际施工者是神塑公司）应得700多万元，310万元即领取的该工程款；4、被告神塑公司支付的土地出让金有：从第三人处品抵624.5万元、之前付给第三人的250万元、土地保证金转土地款600万元、塑料管子抵350万元，另修澳洲路应领取剩余工程款400多万元亦应抵土地款；5、关于澳洲路的工程款，肖凯初被羁押前没有进行结算；6、对原告提交的2009年11月13日加盖了被告神塑公司财务专用章和肖凯初私章的借条，有异议，借条上面的字不是肖凯初签的，肖凯初和被告神塑公司没有从原告处借钱出来，具体情况记不清了；7、涉案税款60多万元，系被告神塑公司自己支付给国土局的，原告不可能代替企业缴税。8、二环南路综合管网建设工程是肖凯初挂靠长沙万寿工程建设有限公司拿回来的，实际上是被告神塑公司做的；9、因为是以长沙万寿工程建设有限公司名义搞的工程，所以第三人向长沙万寿工程建设有限公司支付了260多万元，长沙万寿工程建设有限公司后来将钱给了肖凯初；10、三方原来讲了抵1000万，后来实际履行过程中有些变化，肖凯初不同意抵这么多，实际只抵了600多万元。
对上述调查笔录原告有异议：1、双方签订了投资合同书明确约定了公摊面积，并且在实际结算过程中被告予以认可；2、土地的价格因被告没有达到合同约定的税收贡献的条件，应当按15元／亩进行计算；3、605600元是原告在2009年11月12日与其他三个企业的契税一起向宁乡县乡镇财政管理局支付的，并不是由被告支付的。被告以及第三人对调查笔录三性均无异议。
对原告与第三人提交的证据，本院综合认证如下：对原告提交的证据6系原告单方面制作，未经被告签字认可，本院不予采信；对原告提交的证据23、30，与本案无关，本院不予采信；对于原告提交的其他证据以及第三人提交的证据，经本院审查，其内容真实，来源合法且与本案相关联，本院予以采信。对本院制作的调查笔录，原告提出异议，本院根据原告以及第三人提交的其他证据，对肖凯初陈述的如下内容予以采信：1、三方虽约定品抵1000万，但实际仅品抵了624.5万元；2、品抵的624.5万元中，被告公司领取了310万元；3、二环南路综合管网建设工程是由肖凯初挂靠长沙万寿工程建设有限公司承包的，但实际施工者是被告公司，除品抵的624.5万元外，剩余的工程款最终已由肖凯初领取。
根据采信的证据以及到庭当事人的陈述，本院确认如下案件事实：
2007年，被告神塑公司以其法定代表人肖凯初的名义挂靠长沙万寿工程建设有限公司，承包了由第三人玉兴实业发包的宁乡县二环南路综合管线建设工程，该工程实际由被告神塑公司进行施工，原定工程总价1000万元，2009年1月16日，经长沙万寿工程建设有限公司、肖凯初以及第三人玉兴实业等在内的各方综合审定，工程款总计10320560.99元。
2008年9月19日，原宁乡县金洲新区管理委员会（乙方）与第三人玉兴实业（甲方）签订《关于玉潭综合工业园、明月山庄相关问题处理的协议》，该协议约定：乙方总计应支付甲方2315万元左右，最后结算金额以甲、乙双方财务部门共同审核确定后的数据为准；乙方按下列时间支付甲方所有款项：第一期在签订本协议后20天内向甲方支付1500万元（含甲方欠付神塑的工程款1000万元，具体以甲方审计数为准），第二期在2008年12月31日前由双方财务进行最后审核，由乙方一次性付清余款；乙方应按协议的约定做好神塑等三家企业的安置工作，履行甲方的权利和义务，如乙方违反本协议的约定，导致上述三家企业追究甲方责任的，由乙方承担由此所引起的一切责任和后果。
2008年8月28日，原宁乡县金洲新区管理委员会（甲方）与被告神塑公司（乙方）签订《湖南神塑科技有限公司投资建设宁乡金洲新区生产基地投资合同书》，该合同约定：一、1.1乙方拟总投资1.5亿元建设PVC塑胶管材、强、弱电管道等生产基地项目，项目设计用地189.42亩，2010年全部竣工；1.2按照新区总体规划，项目选址东临澳洲路，南临金洲大道，北临深湘通用宁乡项目，具体用地位置与面积以规划和国土部门审定的为准，用地面积包含乙方分摊道路用地；二、2.1甲方将位于金洲新区内面积约为189.42亩的国有土地使用权（不含地下资源、埋藏物和市政公共设施）出让给乙方使用；2.2项目用地以挂牌方式取得，该地块性质分为两部分，临金洲大道315米及预留地内145.7米为综合用地，含道路分摊南北向宽度为65米，其余土地工业用地，使用年限按国家相关法律执行，从国有土地使用证登记的日期开始计算……三、3.1甲乙双方同意工业土地出让价为每亩15万元，具体面积以国土部门最后核定的面积和计算金额为准，乙方在第一期用地总投资达到6000万元以上，且投产后三年内累计实现园区税收达到24万元／亩（此为甲方对园区企业的统一要求），则工业用地价格按5万元／亩计算，如未达到，则按15万元／亩计价。此地价不包含土方平整费用；3.2甲乙双方同意第一期的综合用地出让价为19.5万元／亩。乙方可建设产品展示大厅、办公大楼、职工宿舍等综合用房。此宗地由甲方办理工业用地手续，费用由甲方负责。乙方自行办理综合用地，费用由乙方负责。第二期综合用地手续由甲方办理，出让价格为40万元／亩，但第二期分摊面积按19.5万元／亩计算。……3.3付款方式：乙方原支付给玉兴实业的250万元及该公司欠乙方的约1000万元工程款由甲方负责与之协调解决，视同已支付给甲方，乙方土地摘牌后付清剩余款项。……七、违约责任：7.1乙方如不能按期付清购地款或两年内没有启动厂房建设并保证投入达到合同要求，甲方有权单方面解除合同，有权收回土地使用权，并按购地款的10%收取乙方违约金。
2009年10月19日，宁乡县国土资源交易中心出具2009（041）号《宁乡县国土资源局国有建设用地使用权挂牌出让成交确认书》，该确认书确认：土地面积为61771.3平方米，用途为工业用地，成交价为1514万元。被告神塑公司于确认书中竞得人栏盖章，并由法定代表人肖凯初签字确认。2009年10月22日，被告神塑公司支付摘牌保证金310万元，同年10月27日将上述款项转为土地款；同年11月11日，被告神塑公司向宁乡县新城开发建设有限公司支付往来款310万元，并备注“玉潭土地往来抵”；同日，被告神塑公司再次向宁乡县新城开发建设有限公司支付购地款314.5万元，并备注“玉潭往来转”，另原被告以及第三人均认可除上述款项外被告神塑公司原支付给第三人的250万元视为已向原告支付了土地款。2009年11月13日，被告神塑公司法定代表人肖凯初出具领条：今领到人民币310万元，领款用途说明：退往来款。同日，该款经中国建设银行转账支付给被告神塑公司。同日，被告神塑公司出具借条：今借到5579300元，借款用途说明为神塑公司第一期土地欠款，该借条加盖了被告神塑公司财务专用章以及被告神塑公司法定代表人肖凯初私章。2009年11月12日，原宁乡县金洲新区管理委员会委托宁乡县新城开发建设有限公司代被告神塑公司缴纳一期购地契税605600元。
2011年10月9日，宁乡县国土资源交易中心出具（2011）099号《宁乡县国土资源局国有建设用地使用权挂牌出让成交确认书》，该确认书确认：地块面积为51623.5平方米，用途为工业用地，容积率为≥0.7，成交价为1446万元。被告神塑公司于竞得人处加盖公章。2011年10月10日，被告神塑公司将已缴纳的二期摘牌保证金290万元转交土地出让金；2011年11月17日，被告神塑公司将应自原宁乡县金洲新区管理委员会领取的排水污管工程A段工程款689226.70品抵土地出让金；同日被告神塑公司还将应自原宁乡县金洲新区管理委员会领取的金洲新区排水污管网工程B标段工程款1662430.80元品抵土地出让金；2011年11月25日，被告神塑公司将应自原宁乡县金洲新区管理委员会领取的金洲新区排水污管网一、二标段工程款各60万元共计120万元品抵土地出让金，上述四笔工程款抵扣土地出让金共计3551657.5元。综上共计支付第二期土地出让金
6451657.5元。
2009年1月21日，第三人玉兴实业分别开出了一张500万元、一张5320560.99元的收取“宁乡县新城开发建设投资有限公司”往来款的收据，交给被告神塑公司法定代表人肖凯初用以抵销土地出让金。2009年11月7日，原宁乡县金洲新区管理委员会分两次抵扣应支付给长沙万寿工程建设有限公司以及肖凯初的宁乡县二环南路综合管线建设工程工程款500万元和1245000元，也即抵扣了被告神塑公司应支付的土地出让金624.5万元。2009年11月7日，长沙万寿工程建设有限公司出具说明一份：我公司项目部承建的长沙玉兴实业有限公司‘二环南路综管网建设工程’已竣工，并于2009年元月份进行了工程结算，工程总价10320560.99元，为支付工程款，玉兴实业应我项目部要求，于2009年1月21日开具了分别为5000000元和
5320560.99元作为收取‘宁乡县新城开发建设投资有限公司’往来款余额只有624.5万，故此特申请玉兴实业作相应的账务调整：收回03435741＃计额5320560.99的收据，（另张500万元收据已交新城公司转账）重新开具一张124.5万元收据和欠我公司项目部（肖凯初）工程款4075560.99元的条据。”2009年11月10日，第三人玉兴实业再次出具124.5万元收据一张交被告神塑公司法定代表人肖凯初用已抵销欠付原宁乡县金洲新区管理委员会的土地出让金。对于第三人玉兴实业应付给长沙万寿工程建设有限公司的剩余工程款4075560.99元，被告神塑公司法定代表人肖凯初于2010年11月8日签字领取了2675561元，该款于2010年11月11日应肖凯初要求通过长沙银行转账给湖南万寿建设有限公司，另1399999.99元品抵了好百宜房地产公司应付第三人玉兴实业的土地出让金，2011年4月13日，被告神塑公司法定代表人肖凯初出具领据称：领欠付二环南路综合管网建设工程款4075560.99元。
2011年7月，宁乡县规划局出具的《宁乡县土地储备用地（2011）金洲新区地块（二十四）用地控制图》确认：被告神塑公司一期用地计价面积：63663.82平方米（95.5亩），发证面积：61767.37（92.65亩）平方米，公摊面积1896.45平方米；二期总用地面积63719.39平方米（95.58亩），净用地面积：51601.88平方米（77.4亩），公摊面积：12117.51平方米。
2014年6月3日，湖南严明律师事务所向第三人玉兴实业出具《关于请求确认欠付宁乡金洲新区管理委员会壹仟万元债务的函》，该函称：“神塑科技将欠付金洲新区的1250万元债务转移至贵公司时已取得了债权人金洲新区的同意，该债务转移符合《中华人民共和国合同法》的要求，合同法有效。但贵公司仅向金洲新区支付了250万元后，未再向金洲新区支付剩余的1000万元。据此，请贵公司依法对剩余1000万元的债务转移的真实性予以确认。”同日，第三人玉兴实业回复称：“所有与神塑科技公司往来全部结清，不存在债务转移。”2014年1月20日，经被告公司申请，本院立案受理其申请破产重整一案，并指定湖南潇湘破产清算有限责任公司为管理人。其后原告向管理人申报债权，管理人初审对原告申请债权仅确认了
3860942.50元，并注明：未确认部分为农民工保证金20万元（债务人已支付）、安全生产标准化引民资金1万元（抵扣土地款）；另依据投资合同书第3.3款抵扣1000万元。原告对此存在异议，故诉至本院酿成本诉。
另，原、被告当庭陈述被告神塑公司原已支付的20万元农民工保证金以及安装生产标准化引导资金1万元，应计入已支付的土地出让金，予以扣减。
另，2013年9月5日长沙市机构编制委员会以长编委发（2013）45号《长沙市机构编制委员会关于印发〈中共金洲新区工业集中区工作委员会金洲新区工业集中区管理委员会主要职责内设机构长人员编制规定〉的通知》中确定：中共金洲新区工业集中区工作委员会、金洲新区工业集中区管理委员会的主要职责中包括：……（三）依据长沙市城市总体规划，负责金洲新区工业集中区规划实施和建议工程管理工作；……（七）负责金洲新区工业集中区制度、综合、信息、审计、统计、财政收支及国有资产管理。2014年4月11日，宁乡县机构编制委员会办公室出具证明，宁乡县金洲新区管理委员会更名为中共金洲新区工业集中区工作委员会、金洲新区工业集中区管理委员会。
宁乡县新城开发建设投资有限公司于2014年4月5日更名为长沙金洲新城开发建设投资有限公司，由原告出资，系国有独资公司。2015年10月14日，长沙金洲新城开发建设投资有限公司出具说明，认可：长沙金洲新城开发建设投资有限公司系根据原告委托代收代扣被告公司土地款，被告两期招拍挂土地款及契税款也系根据原告委托向宁乡县镇财政管理局支付。
本院认为，本案的争议焦点为：一、诉讼时效的问题；二、涉案土地出让金总额的问题；三、欠付土地出让金具体数额的问题；四、契税问题；五、逾期付款利息的问题
一、关于诉讼时效的问题
虽然土地出让收入可由国土资源管理部门负责具体征收，但依《中华人民共和国城市房地产管理法》第十九条之规定，土地使用权出让金应当全部上缴财政，列入预算，用于城市基础设施建设和土地开发，并未授权给公民、法人经营和管理使用该收入，而依《最高人民法院关于贯彻执行〈中华人民共和国民法通则〉若干问题的意见》第170条之规定，未授权给公民、法人经营、管理的国家财产受到侵害的，不受诉讼时效期间的限制。因此，原告诉请未超过诉讼时效。
二、关于土地出让金总额的问题
1、依宁乡县国土资源交易中心出具的成交确认书，涉案土地面积总共113394.8平方米，成交价款总计2960万元，但原告当庭陈述，上述土地出让金已由原告支付，后原被告签订《湖南神塑科技有限公司投资建设宁乡金洲新区生产基地投资合同书》自愿依合同价款将土地使用权出让给被告公司，故本案土地出让金应以双方合同约定标准进行计算；2、原被告合同约定，具体用地位置与面积以规划和国土部门审定的为准，然国土部门确认两期土地面积为113394.8平方米（约170.26亩），而规划部门确认的两期土地面积为127383.21平方米（约191.26亩），经查，两者之间存在的面积差为公摊面积。现原告主张公摊面积亦应按15万元／亩计价，即第一期土地出让金应为14325000元（63663.82平方米（95.5亩）×15万元／亩），第二期土地出让金应为14337000元（63719.4平方米（95.58亩）×15万元／亩），被告公司虽提出异议认为公摊不应计价，但2009年11月13日，被告公司以借条的形式确认尚欠第一期土地出让金5579300元，结合之前原被告双方均认可的已共计支付（包括品抵）了土地出让金8745000元，两者相加共计14324300元，此与原告主张的第一期土地款基本相符，故本院认定第一期土地款为14324300元。而对于第二期分摊面积的价款，双方已于合同中约定按19.5万元／亩计价，现原告主张仅按15万元／亩进行计算，系其对自身权利的放弃，未违反法律法规禁止性规定，本院予以准许，故第二期土地出让金为14337000元（63719.4平方米（95.58亩）×15万元／亩）。综上，被告神塑公司应付两期土地款28661300元。
三、关于欠付土地出让金具体数额的问题
1、原被告以及第三人虽均认可三方曾分别于合同中约定以宁乡县二环南路综合管线建设工程的1000万元工程款抵应付土地出让金，但三方在实际履行过程中仅抵付624.5万元，剩余款项已由被告法定代表人肖凯初领取，应视为三方对合同进行了变更；2、原告主张抵扣的624.5万元中被告公司法定代表人肖凯初已另行领取了310万元，故最终实际抵扣款仅为314.5万元，被告虽对此提出异议，但其于2009年11月13日出具的借条明确表明欠第一期土地出让金5579300元，以第一期土地出让金14325000元减去被告神塑公司已实际支付的其他款项，在仅品抵3140000元时，剩余土地出让金为5558000元，此与被告神塑公司出具的借条基本相符，故本院对原告主张仅品抵3145000元的说法，予以认可。被告公司法定代表人肖凯初主张的还存在其他案外工程可品抵土地出让金的说法，原告不予认可且被告公司并未提交证据证明，本院不予以采信。原被告如的确存在案外其他工程纠纷，可另行处理，本案不予审查；3、原被告当庭陈述，被告神塑公司原已支付的20万元农民工保证金以及安装生产标准化引导资金1万元，应计入已支付的土地出让金，予以扣减。综上，被告神塑公司尚欠土地款13254642.5元（28661300元－2500000元－3100000元－3145000元－2900000元－3551657.5元－200000元－10000元）。
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