江苏省扬州市中级人民法院
民 事 判 决 书
(2017)苏10民终711号
上诉人（原审被告、反诉原告）：扬州金三叶置业有限公司，住所地扬州市邗江区创业园东路9号。
法定代表人：周恩，该公司总经理。
委托诉讼代理人：沈志军，江苏君奥律师事务所律师。
被上诉人（原审原告、反诉被告）：扬州市远大建筑安装工程有限公司，住所地扬州市扬子江北路1108号江阳工业园朱塘村综合楼。
法定代表人：袁志忠，该公司总经理。
委托诉讼代理人：周福伟，江苏证融律师事务所律师。
上诉人扬州金三叶置业有限公司（以下简称金三叶公司）与被上诉人扬州远大建筑安装工程有限公司（以下简称远大公司）建设工程合同纠纷一案，不服扬州市邗江区人民法院（2016）苏1003民初1812号民事判决，向本院提起上诉。本院受理后依法组成合议庭审理了本案。本案现已审理终结。
金三叶公司上诉请求：撤销一审判决，依法改判或发回重审。事实与理由：1、双方系自愿签订一、二期《补充协议》，该协议均应合法有效。即使认定变更了实质条款，也不应影响其他约定的履行；2、远大公司在一、二期项目施工中严重逾期，二期施工中虽然递交了停工报告但金三叶公司并未同意，且远大公司并未实际停工，即使以修路为由计算停工期，也应以路段实际维修时间为准；3、关于二期工程竣工决算资料文件签收单，一审认定错误。即使金三叶收了相关决算文件，但远大公司并未按照补充协议约定履行程序，且签证中工程量多为虚报，不应认定；4、关于工程进度款，金三叶公司按约支付至80%并未逾期支付。远大公司一直没有提交农民工工资结算单，致使金三叶公司未取得竣工备案证明书，且其迟迟未交工程资料，也导致金三叶公司只好未支付相应进度款；5、16幢403室逾期交房，是因金三叶公司未能及时取得竣工备案证明书而导致，这是因为远大公司未及时提供工程资料；6、远大公司未按照补充协议第17条约定履行，故双方至今未结算，金三叶公司未停止支付工程款，因此相应利息不应计算并由金三叶公司承担。
远大公司辩称，金三叶公司的上诉请求没有事实和法律依据。1、一期工程工期因金三叶公司没有按照合同约定支付进度款，因此，我方有权依据双方所签订的备案合同的相关约定相应顺延工期，所以一期工程我方不存在违约。即使法院单纯依据实际工期对照合同约定的工期认定我方存在工期违约，那么金三叶公司向我方主张工期违约的违约金也超过了诉讼时效；2、案涉工程是经过招投标，我方中标后双方签订了施工合同并办理备案手续，应当以备案合同为认定双方权利义务的依据。双方另行签订的与备案合同不一致的阴合同没有效力；3、关于竣工结算资料提交的问题，我方在一审中已提交证据证明竣工结算资料已经按照约定提交给金三叶公司。金三叶公司认为仅有工作人员的签字而没有加盖公章，为无效移交，显然没有法律依据；4、关于工程进度款的支付，应当按照双方签订的备案合同的约定履行。关于质量保证金的返还，双方签订的备案合同没有细化的约定，补充协议有更具体的约定，应当适用双方签订的非备案合同。一审法院对质保金返还的时间节点的认定是错误的。由此导致我方应当取得的工程款金额以及相应的利息低于双方的约定；5、关于二期16幢403室房屋逾期交房的问题，一审中金三叶公司没有向法庭提交相关证据。此外如果事实的交房日期如金三叶公司所述，也不能证明我方对于二期工程存在工期违约。工程竣工时间与开发商向业主实际交房的时间并非同一概念；6、关于二期工程款的计算，双方签订的补充协议明确约定发包方取得承包方提交的工程结算资料，应及时进行审核确定工程价款。若违反双方约定的审核期则视为认可承包方所提交的结算资料所载明的工程价款。该约定合法有效。一审法院认定的二期工程的工程价款有事实和法律依据。
远大公司向一审法院起诉请求：判令金三叶公司1、支付工程价款8305017.2元及其利息；2、返还工程质量保证金100万元及其利息。事实与理由：2009年9月8日，金三叶公司与远大公司签订《建设工程施工合同》一份，约定金三叶公司将其开发建设的扬州御景园1-5号楼土建、水电工程（以下简称一期工程）发包给远大公司施工。2011年8月8日，金三叶公司再次与远大公司签订《建设工程施工合同》一份，约定金三叶公司将其开发建设的御景园6-16号楼土建、水电工程（以下简称二期工程）发包给远大公司施工，以上工程均如期竣工。截止2015年12月31日，金三叶公司应付一期工程款1572万元，已付工程款1382.5万元，尚欠189.5万元，应付二期工程款21924675.2元，已付工程款15514658元，尚欠6410017.2元。以上工程款合计8305017.2元。此外,金三叶公司应在二期工程竣工后返还远大公司工程质量保证金100万元。
金三叶公司原审辩称，远大公司施工的1-5号楼存在严重质量问题，给远大公司造成了很大的经济损失，而且远大公司拖延工期，应当承担违约责任，扣减相应的费用后，已不拖欠远大公司的工程款；对于6-16号楼，根据双方签订的补充协议，工程总价款为19733760元，工期228天，但该工程因远大公司的原因至今无法完成验收。2014年11月2日，金三叶公司催促远大公司交付工程竣工资料和竣工图纸4套后才办理结算，但远大公司拖延很久才履行了相关的手续，至今未交付农民工工资结清证明，导致工程无法取得相关政府部门的竣工验收备案证明，工程至今无法销售、完成交付；根据补充协议的约定，工程经相关主管部门验收合格、取得竣工验收合格证明书及工程资料交付完成后，工程款支付至70%，目前金三叶公司已经超额支付。请求法院驳回远大公司的诉讼请求。
金三叶公司向一审法院反诉请求：判令远大公司支付二期工程延误工期违约金744.6万元，一期工程延误工期违约金116.8万元，赔偿经济损失100万元。事实与理由：2009年8月，双方签订1-5号楼施工合同。双方还达成补充协议，约定工期300天，如不能在合同规定的时间内验收合格，每延迟一天施工方赔偿2000元，在分期付款中扣除。2011年8月，双方再次签订6-16号楼施工合同，2012年7月达成补充协议一份，约定工期228天，如不能在合同规定时间内验收合格交付，每延迟一天，施工方按6000元每天支付违约金。上述工程因远大公司原因严重超期验收，应承担相应的违约责任。
远大公司原审辩称，虽然工程实际施工时间大于约定的天数，但并非我公司原因所致。从2011年9月开始，扬州市老虎山路进行市政改造，导致施工车辆无法进出，建筑材料设备无法运至工地，后我公司向金三叶公司申请暂停施工并在2011年10月31日召开会议就停工损失达成一致意见，直至2012年6月4日才开始复工并达成会议纪要。此后，因金三叶公司严重逾期支付工程款，导致施工无法进行，在发包方逾期付款的情况下，承包人有权暂停施工，工期应当相应顺延，因此导致的工期延误不构成违约，即便工程存在逾期，金三叶公司提出违约金的主张也已经超过了诉讼时效。对于工程质量，全部工程已经验收合格，并不存在质量问题，即便个别业主因房屋质量瑕疵向金三叶公司索赔，因房屋建造是一个复杂的工程，这些瑕疵不构成工程质量不合格的证据。如果法院认定我方确实构成违约，合同约定的违约金过高，请求法院予以调整。
原审法院认定事实：一、2009年9月8日，远大公司（承包人、乙方）与金三叶公司（发包人、甲方）签订《建设工程施工合同》（GF-1999-0201）一份，约定:①远大公司承包金三叶公司建设的御景园1-5号楼土建、水电工程，开工日期2009年9月，竣工日期2010年7月,工程质量标准为合格；②合同价款16102016元，合同价款采用可调价格，调整方法为：按合同价加变更结算，变更以甲方签证的工作量为准等。工程款（进度款）付款基数为合同价，按工程形象进度付款，进场付15%，基础完成付20%，主体完成付30%，竣工验收后付20%，余款工程结算后付至95%，5%作为工程保修金，至工程保修满一年内付清。发包人在确认计量结果后14天内支付工程进度款，如发包人不按合同约定支付工程进度款，承包人可停止施工，由发包人承担违约责任；③因甲方原因停电、停水造成时间延误和手续不全造成的停工、误工、延长工期及一切费用，均由甲方负责并赔偿乙方相关损失，乙方不承担因此造成的一切损失及责任。因设计变更和工程量增加及发包人未能按约定日期支付工程预付款、进度款，致使施工不能正常进行造成的工期延误，经工程师确认，工期相应顺延。双方还签订补充协议一份，约定：①工程造价为标底价格让利8%后的固定价格14272400元，决算时按照上述价格，只对变更和签证进行结算，建筑面积14715㎡，工期300日历天（开工日期以开工报告为准），乙方自愿缴纳工程质量保证金100万元，竣工验收后退还。工程款支付采用按进度付款办法，具体付款进度如下：基础完成至±0.00，拨款工程价的10%，三层封顶，拨款工程价的15%，主体封顶，再拨付工程价的20%，装修期间再拨付工程价的15%，工程验收合格，工程资料交付完成后再拨付工程价的10%，工程完成全部施工内容并结算后10个月拨付至结算价的95%（乙方报审结算日起，甲方应在60天内审核完成，乙方积极配合结算审核，有争议情况除外）。保留工程结算总价的5%作为保修款，土建、水电保修期3年，屋面5年，到期的保修款须经甲方指定的物业公司确认后方可支付，自竣工验收合格之日起3年保修期满后支付3.5%，屋面保修期满后付清余款1.5%，但应扣除因乙方未能及时到场维修和甲方或物业公司负责修理所发生的一切费用。如在合同规定时间内不能验收合格，每延迟一日历天，乙方按单位工程2000元/天赔偿甲方，在分期付款中予以扣除。因乙方原因导致工期拖延而使工期超过合同工期所增加的所有费用由乙方承担。工程竣工验收后，乙方应在20天内装订好完整的竣工资料及竣工图四套交给甲方，否则甲方不拨分期工程款，不办理工程结算。因乙方原因造成质量缺陷者，应由乙方赔偿因此给甲方、客户所产生的一切经济损失。
合同签订后，一期工程于2009年11月21日开工，2011年3月20日竣工，工期485天。2011年4月27日，以上工程经建设单位、监理单位、施工单位、设计单位四方验收质量合格。2012年4月16日，金三叶公司与远大公司签订《工程结算审定单》一份，对工程合同价、变更签证、调整价格后，协议最终决算价格为1572万元。2012年4月24日，一期工程取得扬州市城乡建设局工程竣工验收备案证明书。截止2014年12月10日，金三叶公司已付一期工程的工程款1382.5万元。
二、2011年8月8日，金三叶公司再次与远大公司签订《建设工程施工合同》一份，约定由远大公司承包御景园二期6-16号楼土建、水电施工工程，工程价款2017万元，开工日期2011年8月，竣工日期2012年9月，其余条款与2009年9月8日双方签订的《建设工程施工合同》相同。2012年7月25日，金三叶公司（甲方）与远大公司（乙方）就二期工程签订补充协议一份，约定工程造价固定价格为土建加安装，工程价款为标底价格让利后的价格，合计总价19733760元，价格一次性包干。独立费及工程暂估价部分按实际施工时甲乙双方确认的市场价结算，不让利，工程变更和相同签证同等让利，按多层让利4%，别墅让利2%结算，签证中注明按签证内容执行，按上述范围内的工程造价，只对变更和签证进行结算。工期228日历天，乙方自愿缴纳工程质量保证金100万元，竣工验收后退还。工程款支付采用按进度付款办法，具体付款进度如下：1、基础完成至±0.00，拨款工程价的15%，三层封顶，拨款工程价的20%，主体封顶，再拨付工程价的20%，装修期间，再拨付工程价的10%，工程经相关主管部门验收合格并有经相关主管部门和单位签字盖章后的（土建、安装）竣工验收合格证明书及工程资料交付完成后，再拨付工程价的10%。以上付款时间节点为付款条件具备后7日内甲方付款到位，如未按上述付款时间节点付款，未付的工程节点款按月息0.8%计息支付给乙方，如乙方擅自停工，乙方按每天5000元支付甲方违约金（合同第九条第5点）。工程完成全部合同施工内容并完成第九条第5点约定后12个月内拨付至固定合同价的95%，变更及签证须审核结算部分在审计结算后10个月内拨付至变更及签证结算价款的95%（乙方报除固定合同价以外部分变更，签证结算日起，甲方应在60天内审核完成，乙方积极配合结算审核，如60天内甲方未能完成审核即视同认可，有争议的项目金额除外）。保留工程结算总价的5%作为保修款，土建、水电保修期3年，屋面5年，到期的保修款须经甲方指定的物业公司确认后方可支付，自竣工验收合格之日起3年内保修期满后支付3.5%，屋面保修期满后付清余款1.5%，但应扣除因乙方未能及时到场维修和甲方或物业公司负责修理所发生的一切费用。乙方如在合同规定工期内未能验收合格交付，每延迟一天，乙方按每天6000元向甲方支付违约金，在分期付款中给予扣除。因乙方原因导致工期拖延而使工期超过合同工期所增加的费用由乙方承担，因甲方原因导致工期拖延而使工期超过合同工期所增加的所有费用由甲方承担。工程竣工验收后，乙方应在30天内装订好完整的竣工资料及竣工图四套交给甲方，否则甲方不拨分期工程款，不办理工程结算。因乙方原因造成质量缺陷者，应由乙方赔偿因此给甲方、客户所产生的一切经济损失。
合同签订后，二期工程于2011年9月15日开工，2013年6月16日经建设单位、监理单位、施工单位、设计单位四方验收质量合格，工期641天。2014年1月11日，远大公司向金三叶公司提出支付10%工程进度款197万元及返还100万元工程质量保证金要求。2014年1月18日，远大公司将二期工程决算造价表及变更签证决算文件资料交金三叶公司副总经理冯亮签收，远大公司提交的二期工程决算价格为22258553.55元。此外，双方还因16号楼外墙面砖变更产生增项费用23万元。一期工程的保证金100万元转入二期工程继续作为质量保证金。截至2015年2月15日，金三叶公司已付工程款15514658元。
三、远大公司承包的一期及二期工程均通过招投标形式确定，一期工程中标范围、内容为土建、安装施工，建筑面积14600㎡，结构层次为砖混，中标价为1610.2万元，二期工程中标范围为施工图范围内的桩基、土建、安装工程，建筑面积10350㎡，结构层次为框架结构，中标价为2017.26万元。
四、2011年10月31日，因施工主通道老虎山路市政改造造成工程无法正常施工，二期工程暂停施工，直至2012年6月4日恢复施工。2012年10月21日完成全部工程主体封顶。从2012年9月开始，远大公司多次在监理例会会议纪要中提出要求金三叶公司按付款节点支付进度款。
五、案外人ＸＸ光、高芳购买的16幢204室房屋在2014年7月15日因楼上304室房屋水龙头爆裂而漏水渗透造成装修损坏，ＸＸ光、高芳向法院起诉，法院审理后判决金三叶公司赔偿损失74010.8元，诉讼费1695元。案外人谢东玥、潘伟进购买的16幢403室因金三叶公司逾期交房在2015年1月13日向法院起诉。2015年6月19日，经扬州市中级人民法院终审判决金三叶公司赔偿逾期交房违约金15040元，诉讼费150.6元。
原审法院认为，案件的争议焦点为：一、补充协议的付款条件能否作为支付工程款的依据；二、远大公司是否存在延误工期，如存在延误工期，其违约责任如何认定。
对争议焦点一，原审法院认为，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。本案中，远大公司、金三叶公司在招投标程序中签署施工合同后，又签订补充协议，对工程价款结算条件重新进行约定，工程价款结算与当事人签订施工合同的主要目的密切相关，属于施工合同的实质性内容，双方另行签订的补充协议，导致双方当事人就实质性内容享有的权利义务发生较大变化，故该补充协议中工程价款支付约定不能作为工程款结算的依据，双方仍应以主合同中专用条款26条约定的付款时间节点和金额作为结算工程款的依据。
对争议焦点二，原审法院认为，补充协议分别约定一期工程、二期工程的工期为300天、228天，与备案合同约定的334天、397天工期不一致，也改变了备案合同的实质性内容，补充协议约定的工期无效，应当按备案合同约定计算工期，而一期工程实际施工工期485天，二期工程实际施工工期为641天，确未按约定期限完成施工项目。远大公司辩称金三叶公司迟延给付工程进度款导致工程无法进行，根据金三叶公司的付款进度明细记录，虽然竣工结算时没有及时付清工程进度款，但远大公司没有提供证据证明此前工程进度款的时间节点、是否及时付款以及是否因逾期付款导致工程无法施工的情况，该辩称意见证据不足，原审法院不予采纳。考虑一期工程有总价约为111万元的增项工程，根据施工合同约定，应相应顺延工期，而双方未明确约定增项工程施工期限，远大公司也举证证明增项工程实际施工天数，原审法院参照合同约定的总工程量与工程价款的比例，酌定计算该部分工期为25天，在延误工期天数中予以扣除。同理，二期工程总价约275万元增项工程，酌定顺延工期天数55天。远大公司还辩称二期工程因市政改造导致工期延误218天并提供了工程施工暂停申请报告、工程例会会议纪要予以了证明，足以证明该节事实，该工期延误不是远大公司的责任，远大公司不承担因此拖延工期的违约责任。据此可知，一期工程延误工期126天，二期工程未延误工期。
远大公司作为施工人应当按约定期限完成施工任务，对于延误工期的违约责任，双方在合同中约定，每延迟一日历天，应按2000元/天赔偿，远大公司承建的一期工程延误工期126天，应当承担违约金252000元，此款项按合同约定应在结算工程款中予以扣除。远大公司申请调整违约金，原审法院经审查认为，延误工期将造成发包单位延期交房、增加财务成本等一系列不利后果，该违约金标准并未明显超过金三叶公司因此造成的损失，远大公司申请调整违约金，原审法院不予支持。对于二期工程违约金，没有事实依据，原审法院不予支持。远大公司辩称该违约金诉讼请求已超过诉讼时效，原审法院认为，金三叶公司已通过扣减应付工程款的方式进行了主张，对该辩称意见不予采纳。
综上，原审法院认为，依法成立的合同受法律保护。原、被告签订的两份《建设工程施工合同》系当事人的真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，应为有效。远大公司承包的一期工程、二期工程均已经验收质量合格，金三叶公司应当按约定支付工程价款。原、被告工程价款支付应当以专用条款26条作为结算依据，即工程竣工付至85%，结算后付至95%，其余5%质保金在工程保修期满1年内付清。对于一期工程进度款结算时间及金额，根据双方最终确定的结算价格，2011年4月27日工程竣工验收后14日内即2011年5月11日前应付至85%的款项即1336.2万元，2012年4月16日结算后14天内即2012年4月30日前付至95%款项即1493.4万元，保修期满1年即2017年4月17日后14日内即付清剩余5%质保金78.6万元。金三叶公司在2011年5月11日前实际付款649.5万元，欠付工程款686.7万元，扣减应承担的违约金25.2万元，金三叶公司还应支付工程款661.5万元。对于逾期付款利息，远大公司主张参照银行贷款利率按月利率0.5%计算逾期付款利息，不违反法律规定，应予以支持。经核算，截止2016年3月1日起诉时欠付的利息为579781元，欠付本金857000元。2016年3月2日后的利息损失以剩余工程款金额857000元为基数按月利率0.5%计算至款项付清之日。
对于二期工程进度款结算时间及金额，原、被告约定金三叶公司应当在收到决算报告资料后60天内完成审核，但金三叶公司没有履行该义务及时做出答复，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十条的规定，当事人约定发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。远大公司在2014年1月18日将结算文件交给金三叶公司副总经理冯亮，应视为金三叶公司在该日收到竣工结算文件，金三叶公司收到文件后没有在约定期限内作出答复而且至今未与远大公司进行结算工程价，应视为认可从2014年3月18日确定二期工程结算价为22258553.5元。根据合同约定，二期工程付款时间及金额为2013年6月16日竣工验收合格之日14天内即2013年7月1日前付至85%款项，原告主张在确认工程价款前按主合同标的2017万元作为计算进度款逾期利息的依据，符合法律规定，应予支持，故2013年7月1日前应付款为17144500元，2014年3月18日工程结算14天内即2014年4月1日付至95%款项即21145625.8元，余款在工程保修期（其中土建、水电保修期3年、屋面5年）满1年内2019年6月16日后14日内即2019年7月1日前付清。2013年7月1日前金三叶公司已付款1131.8万元，欠付工程进度款5862500元，远大公司主张按合同约定的月利率0.8%支付逾期付款利息，亦不违反法律规定，原审法院予以支持。经核算，截止2016年3月1日起诉时，欠付的逾期利息为1574472.7元，欠付工程款本金5630967.9元。2016年3月2日后的利息损失以5630967.9元为基数按月利率0.8%计算至款项付清之日。对于一期、二期工程剩余5%的工程款，未到约定的支付时间，原审法院不予支持。
对于远大公司主张的质量保证金100万元，根据合同约定，该质量保证金应在竣工验收后退还，二期工程已在2013年6月16日完成竣工验收且验收质量合格，符合约定的退还条件，该质量保证金应予以退还。金三叶公司逾期不退还该笔款项，应当赔偿远大公司因此产生的利息损失，远大公司主张参照二期工程进度款约定的逾期利率计算，没有法律依据，原审法院参照同期银行贷款年利率酌定按年利率6%计算。金三叶公司辩称已售房屋出现质量问题，不应支付质量保证金，原审法院认为，该质量保证金是双方对施工期间确保合同履行、工程质量合格的担保，担保期限仅为工程验收前。工程验收合格后的保修期内出现的房屋质量问题，双方已约定保留5%质保金的作为担保，不应当以该质量保证金作为担保，对该辩称意见原审法院不予采纳。
对于反诉原告金三叶公司主张的经济损失，金三叶公司主张远大公司赔偿因16幢204室房屋水龙头爆裂漏水造成16幢304室房屋业主的损失75805.8元。根据合同法规定，因承包人的原因致使建设工程在合理使用期限内造成人身和财产损害的，承包人应当承担损害赔偿责任。导致事故发生的水龙头由远大公司提供并负责施工，现在保修期内出现质量问题造成的损失应由远大公司负责赔偿，对该项主张原审法院予以支持。对于金三叶公司主张的16幢403室房屋因逾期交房赔偿业主的违约金15190.6元，因其未提供证据证明逾期交房的原因是远大公司所致，该项主张证据不足，原审法院不予支持。对于金三叶公司主张的因延期竣工导致其承租房屋用于销售房屋办公产生的费用，没有提供证据予以证明，原审法院不予支持。
据此，依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百一十三条等规定，判决：一、被告扬州金三叶置业有限公司于判决生效之日起十日内给付原告扬州市远大建筑安装工程有限公司一期工程款857000元、二期工程款5630967.9元并赔偿逾期利息损失（一期工程款逾期利息计算方法为：2016年3月1日前的逾期利息为579781元，2016年3月2日后的利息损失以857000元为基数，按月利率0.5%计算至款项付清之日。二期工程款逾期利息计算方法为：2016年3月1日前的逾期利息为1574472.7元，2016年3月2日后的利息损失以5630967.9元为基数，按月利率0.8%计算至款项付清之日）；二、被告扬州金三叶置业有限公司于判决生效之日起十日内退还原告扬州市远大建筑安装工程有限公司质量保证金100万元并赔偿逾期利息损失（从2013年6月17日起，按月利率0.5%计算至款项付清之日）；三、反诉被告扬州市远大建筑安装工程有限公司于判决生效之日起十日内赔偿反诉原告扬州金三叶置业有限公司损失75805.8元；四、驳回原告扬州市远大建筑安装工程有限公司的其他诉讼请求、驳回反诉原告扬州金三叶置业有限公司的其他诉讼请求。本诉案件受理费76935元，由被告扬州金三叶置业有限公司承担61911元，原告扬州市远大建筑安装工程有限公司承担15024元，反诉案件受理费79098元，依法减半收取39549元，由反诉被告扬州市远大建筑安装工程有限公司承担1348元，反诉原告扬州金三叶置业有限公司承担38201元。保全费5000元，由扬州市远大建筑安装工程有限公司承担977元，扬州金三叶置业有限公司承担4023元。
二审中金三叶公司提交远大公司2009年7月13日、2011年7月10日出具的承诺书两份，用以证明根据承诺书在备案合同签订后双方另行签订了补充协议，且在两份备案合同中均明确双方关于工程变更的协议视为备案合同的组成部分。远大公司经质证认为，对第一份承诺书真实性无法认定，且一期工程已经结算，即使真实也与案件没有关联性。对第二份承诺书的真实性没有异议。两份承诺书均非是在一审后新出现的证据，因此不应当作为二审的新证据提交，法庭不应采纳。
远大公司提交单位工程竣工验收证明书，用以证明单位工程的含义是一期工程整体。金三叶公司经质证认可该份证明书的真实性。
经审理查明，原审查明的基本事实属实，本院予以确认。
另查明，二审中金三叶公司认可，双方确实于2011年10月31日召开工程例会同意暂停施工、2012年6月4日召开工程例会同意复工，亦认可远大公司提交的工程款付款明细的真实性。
本院认为，案涉工程项目已经履行了招投标程序，签订合同并进行了备案，而双方签订的两份补充协议在工程价款、工期上均与备案合同的约定不一致，故应以备案合同作为工程价款的结算依据。
一、一期、二期工程中工期以及相应违约金计算的问题。本院认为，对于一期工程，一审判决认定远大公司延误工期126天并应承担违约金252000元并无不当：第一，金三叶公司认为其已经自行扣除远大公司延误工期的违约金，其支付的一期工程款即为应付总价款扣除违约金后的款项，但是其并未提交证据证实其曾向远大公司提出工期延误违约金的主张，也未能提供证据对扣除依据、金额等予以证明，故并不能认定金三叶公司已经自行扣除违约金。但是鉴于工程款的特殊性质以及后续仍存在二期工程等情况，远大公司对于金三叶公司主张一期工程工期逾期违约金已经超过诉讼时效的抗辩不能成立。第二，金三叶公司提出逾期违约金应按照每栋楼每天2000元计算，但是，结合单位（子单位）工程质量竣工验收记录、单位工程竣工验收证明书、二期补充协议第十三条的表述，并不能得出单位工程即单独楼栋的结论。故一审判决按照每天2000元标准计算一期工程整体的工期延误违约金并无不当。第三，虽然远大公司提交了工程款付款明细并得到金三叶公司的认可，但是远大公司并未提交其竣工验收前的工程进度、对进度款的主张、是否因进度款逾期支付导致无法施工、所致无法施工天数等相应证据，故其提出的因进度款逾期支付导致工期顺延的抗辩不能成立，一审判决依据备案合同工期和实际工期认定远大公司延误工期126天并无不当。
对于二期工程，一审判决认定远大公司未延误工期并无不当。二审中，金三叶公司认可双方确实于2011年10月31日召开工程例会同意暂停施工、2012年6月4日召开工程例会同意复工，也即无论两次会议之间，远大公司是否实际完全停工，该时间段为停工时间是得到金三叶公司认可的，故应将该时间段在延误工期天数中予以扣除。
二、一期、二期工程中工程款结算的问题。本院认为，根据两期工程备案合同中付款节点和工程款支付的约定以及补充合同对于保修期限的约定，对于一期工程，金三叶公司应在竣工验收后付至合同价的85%，扣除远大公司应支付的违约金后，在结算后付至结算价的95%，在保修期满一年后付清全部款项。一审判决在计算85%工程款时适用结算价为基础不当，若适用合同价为基础计算，金三叶公司将支付远大公司多于一审判决的相应款项，但鉴于远大公司未就此上诉，视为对自身权利的处分，本院对此不再予以调整。
对于二期工程，双方对于报审后的审核期限有相应约定。一审中，远大公司提交2014年1月18日冯亮签收的二期工程竣工决算资料文件签收单，金三叶公司认可冯亮身份及其签收行为，虽然金三叶公司辩称其签收的不是决算文件，但并未提交证据予以推翻，且亦未提交证据证明上述文件签收后其在约定期限内做出了否定的回应，故一审据此认定二期工程款数额及支付节点并无不当。
至于工程保修金，一期工程的工程保修金在一审期间尚未到期，二期工程的工程保修金现仍未到期，一审对该两笔款项未予支持并无不当。另，鉴于远大公司未就此提出上诉，对该部分二审不予理涉。
三、对于16幢403室房屋的逾期交房违约金承担问题。本院认为，生效判决认定金三叶公司未能依约交付房屋，但并未认定金三叶公司逾期交房的具体原因，本案中金三叶公司也未能提交证据证明16幢403室房屋逾期交付系远大公司所致，因此一审判决未支持其要求远大公司承担相应违约损失的主张并无不当。
综上所述，金三叶公司上诉请求无事实和法律依据，本院不予支持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费39549元，由扬州金三叶置业有限公司负担。
本判决为终审判决。
审 判 长 柏 鸣
审 判 员 韩 冰
代理审判员 陈建志
二〇一七年七月二十四日
书 记 员 徐丹凤