湖南省长沙市开福区人民法院
民 事 判 决 书
(2016)湘0105民初1629号
原告（反诉被告）：湘商投资股份有限公司，住所地湖南省长沙市开福区中山路589号万达广场B区商业综合体48层48012房。
法定代表人王志祥，董事长。
委托诉讼代理人刘毅，湖南慧力律师事务所律师。
被告（反诉原告）：深圳市科源建设集团有限公司，住所地深圳市福田区上步中路工会大厦十二楼。
法定代表人庄伟匡，董事长。
委托诉讼代理人黄虹，湖南天弘远律师事务所律师。
委托诉讼代理人黄子川，湖南天弘远律师事务所律师。
原告（反诉被告）湘商投资股份有限公司（以下简称湘商公司）诉被告（反诉原告）深圳市科源建设集团有限公司（以下简称科源公司）装饰装修合同纠纷一案，本院于2015年12月22日作出（2014）开民二初字第01059号民事判决书，宣判后，湘商公司不服判决上诉至湖南省长沙市中级人民法院，该院于2016年3月29日作出（2016）湘01民终1393号民事裁定书，裁定撤销（2014）开民二初字第01059号民事判决，发回本院重审。本院重新审理后，依法另行组成合议庭，公开开庭进行了审理。湘商公司的委托诉讼代理人刘毅，科源公司的委托诉讼代理人黄虹、黄子川到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
湘商公司向本院提出诉讼请求：1.判决被告返还原告多支付的工程款1184850.96元；2.判决被告赔偿原告损失1669149.04元（包括房屋租金损失、物业费、鉴定费用等）。3.判决科源公司支付湘商公司违约金126000元。事实与理由：2013年10月18日，湘商公司与科源公司签订了《湘商投资股份有限公司办公室精装修工程施工合同》（以下简称“合同”），合同约定由科源公司根据设计包工包料为湘商公司装修位于长沙市开福区万达广场B座48楼的办公室，科源公司应在2014年1月14日前完成全部装修工程。但时至今日，科源公司仍然未能完成该装修工程，且现工程已经停工半个多月，已经装修的工程大量不合格，经湘商公司多次与科源公司协商，催促未果。为保护湘商公司的合法权益，湘商公司与2014年3月17日向科源公司发送了《解除合同函》，明确解除了双方所签合同。在合同履行期间，湘商公司根据科源公司的要求，为加快装修进度，先后预付了230万元工程款，比湘商公司已经完成的合格工程款多支付了1184850.96元。科源公司的行为给湘商公司造成了巨大的损失，导致湘商公司每月房屋租金损失就高达253170.9元，物业费为20元/月/平方米。合同约定，科源公司逾期完工，应按每日2000元支付违约金给湘商公司。尽管湘商公司及时采取了补救措施，但因科源公司的严重违约行为将导致湘商公司需另行组织施工队进场施工，拖延工期至少六个月以上。为维护湘商公司的合法权益，故诉至法院，请求判如所请。
科源公司提出反诉诉求：1.判令湘商公司向科源公司支付工程款727123.14元；2.判令湘商公司向科源公司退还保证金50万元；3.判令由湘商公司承担本案全部诉讼费用。答辩及反诉事实与理由：2013年10月18日，科源公司与湘商公司签订了《湘商投资股份有限公司精装修工程施工合同》（以下简称合同）。双方约定由科源公司采取包工包料的方式承接湘商公司位于开福区万达广场B座48楼的办公室装修工程，总包干价为三百二十万元。合同5.3款约定“乙方向甲方支付伍拾万元整，作为保证项目质量、进度、安全的保证金。项目完工，双方验收合格，该费用甲方无息退还乙方”。合同签订后，科源公司按约定支付了50万元保证金并组织施工队伍按时进场施工。根据双方合同约定完工工期为2014年1月14日，但由于湘商公司要求拆除剪力墙被物业公司强迫停工，以及湘商公司设计方案多次变更、不及时确认材料品等原因，导致施工进度缓慢。双方最终于2014年3月3日的会议上确认将工期延至从农历正月十五开始后45天工期，即完工日期为2014年3月31日。在科源公司工程已基本完工并准备报湘商公司验收时，2014年4月6日，湘商公司在尚未对科源公司已完工工程进行验收的情形下，强行将科源公司施工队驱离施工现场，接管了科源公司已完成工程进行了大量的拆除，并且拒绝支付余下工程款项。科源公司认为，湘商公司的上述行为已导致双方的合同事实上无法继续履行，双方合同于2014年4月6日予以终止。合同终止时科源公司已完成工程量总价为3027123.14元，湘商公司总计只支付了230万元工程款，尚欠科源公司727123.14元工程款未予支付。而湘商公司在未经最终竣工验收的情形下单方强行接管并拆除了工程，又以质量不合格为由违法拒付余下工程款，给科源公司造成较大的经济损失。故科源公司提出答辩及反诉诉求，请求依法判决。
湘商公司反诉辩称，1、双方曾在2014年3月6日、3月8日两次现场核对，并已签字确认科源公司已施工工程仅1869234.82元，合格工程量为1115149.06元，不合格的工程量有754085.76元。因此核减科源公司的不合格工程量后，科源公司的合格工程量仅1115149.06元（其中部分完工也按合格算）。2、工程逾期是科源公司造成的。科源公司在过程施工过程中，未按图施工，导致质量不符合约定，且施工队伍技能不够，致使工期一再拖延。湘商公司为保证工期尽快保质保量完工，曾多次发函给科源公司，要求科源公司加快施工进度，但科源公司直至2014年3月初都未有任何改进措施。3、装修工程施工合同已于2014年3月19日依法解除。因科源公司未按2014年3月3日的决议在3月10日前更换其施工队伍，且未有任何实质的具体后续解决方案。为此，湘商公司不得已于2014年3月18日向科源公司邮寄了解除函。科源公司在收到解除函后曾委派专人到湘商公司处协商解决方案，但也未有任何实质结果。4、科源公司自2014年3月6日起就已停止施工，根本不存在湘商公司强行驱离科源公司施工队的说法。因科源公司在2014年春节前施工质量及进度不符合约定，春节后经双方协商，委托第三方派人施工。因科源公司未按2014年3月3日的决议提出具体后续解决方案，第三方也于2014年3月6日退场了。第三方施工自2014年2月11日起至2014年3月5日止，共施工20天。因此自3月6日起，科源公司就未有施工人员进场施工了。因此，科源公司的反诉请求无任何事实依据，特请求法院依法驳回科源公司的反诉请求，并支持湘商公司的本诉诉讼请求。
经审理查明，2013年10月18日，科源公司与湘商公司签订了《湘商投资股份有限公司办公室精装修工程施工合同》。双方在合同中约定:甲方为湘商公司，乙方为科源公司。1.1载明工程名称：湘商投资股份有限公司办公室精装修工程，工程地点：开福区万达广场B座48楼；2.1载明以图纸及本合同附件《装饰项目报价表》所列的项目和要求均为乙方施工承包范围，对同一项目的要求不一致的以《装饰项目报价表》为准；3.1载明合同工期是2013年10月28日至2014年1月14日；3.2载明工期每延误一天，乙方应向甲方支付违约金2000元，因甲方要求变更导致的工程延期，经甲方签字确认后可顺延工期；4.1载明承包方式采用包工包料、包质量、包工期、和安全文明施工、措施费、配合费（垂直运输、施工用水用电）、包税、包竣工验收的总价承包方式；5.1载明合同价款为320万元整（含税）。本工程采用固定总价包干，各项装饰内容、计价方式、材料品牌（以《装饰项目预算（报价）表》为依据的最终价）；5.3载明乙方向甲方支付50万元保证金，作为保证项目质量、进度、安全的保证金；6.1-6.3载明工程严格按照《建筑工程施工规范》、《装饰工程施工规范》施工，主要材料进场前，乙方必须向甲方提供材料样品（包括石材、墙地砖、地毯、板材、壁纸、车边灰镜、实木线、饰面板、龙骨、石膏板、实木门、实木柜子、不锈钢、灯具、锁具等），经甲方现场代表审核同意后方可进行采购、施工；7.1载明工程具备竣工验收条件、乙方按国家工程竣工的有关规定，向甲方提供验收报告，甲方代表收到乙方验收报告后在5天内组织有关部门（采购部、工程部、成控部）验收，并在验收后3天内给予验收意见，如有不合格工程，乙方必须负责整改到位并承担其费用，7.2载明乙方承包范围内卫生清扫干净，竣工验收合格后7日内办理完毕移交手续，方可办理工程结算，结算依据为合同约定和施工图的成包范围内工程，结算价款=合同包干价款+（-）因甲方改变施工范围及材料调整时所产生的价款调整。8.1-8.5载明按施工进度支付工程款，双方确认签字后，5个工作日内付款，合同签订、乙方进场完成拆除、隔墙安装，甲方支付乙方工程款伍拾万元整，乙方完成基层工作、室内吊顶、石材钢架，消防、空调安装甲方支付工程款捌拾万元整，乙方完成石材、墙地砖、实木门、实木柜子甲方支付至乙方工程款捌拾万元整，工程完工经甲方验收合格后，甲方支付至乙方工程款陆拾万元整；9.1载明了甲方职责：组织图纸会审、工作界面的交底等技术交底，甲方委派郑建为现场负责人，负责隐蔽工程、主材进场的验收及签证工作。审核乙方提交的施工组织设计，并监督施工组织设计的实施。按合同约定及时支付工程款。甲方变更设计，应在该项目工程施工前3天通知乙方。9.2载明了乙方职责：按合同规定按期按质完成承包范围内所有工作内容和施工期中甲方可能增加的其他工作内容，按保修条款约定承担保修期维修责任；严格按照甲方批准设计进行组织施工；乙方委派李日保、戚钦有为现场负责人；对项目施工人员进行安全生产培训和教育，对该项目发生的大小事故承担一切经济责任和法律责任；认真组织项目施工人员按图施工、按规范施工，所有隐蔽过程须经甲方验收认可后，方能进行下道工序施工；协助对甲方临时办公室的布置；对自己所完成的工程，在未交甲方验收之前认真进行成品保护，并承担成品保护的一切费用；在质量保修期内，乙方对本合同范围内的所有装饰工程实行免费保修；乙方在工程竣工验收合格一个月内提供叁套竣工资料；10,1-10,4载明了违约责任：如由于乙方原因造成工期延误，工期每滞后一天向甲方支付违约金2000元。工期逾期超过10天，甲方有权解除合同，甲方有权在乙方的预付保证金中直接扣除；乙方确保工程按施工规范达到优良等级、符合工程验收规范要求。若达不到优良等级，乙方则无条件返修，返修费用由乙方自负。乙方拒不按照甲方要求对质量问题进行整改的，甲方有权解除合同，甲方有权应付乙方的工程款中直接扣除；乙方按本合同约定应承担的违约金和损害赔偿金，甲方有权在乙方的预付保证金中直接扣除。如延期或质量问题引发第三方向甲方索赔而给甲方造成损失的，该损失由乙方承担，甲方享有对乙方的追索权；11.1载明了保修期为24个月，自竣工验收之日起计算。合同签订后，戚钦有向湘商公司支付了50万元保证金，科源公司组织施工队伍按时进场施工。
2013年12月18日，湘商公司向科源公司支付工程款50万元，2013年12月23日，湘商公司向科源公司支付工程款80万元，2014年1月7日，湘商公司向科源公司支付工程款100万元。以上共计230万元。
施工过程中，施工现场的物业公司大连万达物业管理有限公司长沙分公司多次向施工单位即科源公司下达装修整改通知书，主要是涉及违规占用消防通道，违规拆除承重墙，违规占用消防管井、水管，未及时清理垃圾等原因，多次要求停工、整改。
2014年1月17日，科源公司的现场负责人戚钦有出具承诺书，承诺将于（2014年1月）23日前将办公区部分交付给湘商公司使用。2014年2月11日，因春节前内装饰的施工质量未达标，科源公司的现场负责人和湘商公司的现场负责人协商同意委托第三方进场施工，费用由湘商公司发放后从科源公司的合同款中扣除。湘商公司从2014年2月11日到2014年3月5日另行聘请了施工队伍对装修工程进行施工，并支付了人工费75825元。
湘商公司和科源公司就工期问题数次开会协商，在2014年3月3日，双方就湘商公司万达48楼装修未完工事宜达成协调意见，在协调会上确认：将工期顺延至从农历正月十五开始后45天工期（即完工日期为2014年3月31日）；湘商公司要求科源公司撤换施工队伍，科源公司同意在2014年3月5日前提交具体的后续施工方案给湘商公司；2014年3月10日前，科源公司不能达到湘商公司的要求，湘商公司将按照合同约定，清退科源公司。戚钦有、帅桂华作为科源公司代表在会议决议上签名，王帅、肖飞等作为湘商公司的代表在会议决议上签名，同时深圳市科源建设集团有限公司湖南分公司加盖了印章。2014年3月5日，深圳市科源建设集团有限公司湖南分公司向湘商公司出具了《关于湘商投资有限公司万达办公楼施工方案函》。
2014年3月6日，湘商公司和科源公司对当时已完成的装修工程进行了验收。科源公司的施工现场负责人戚钦有参与验收，并在《湘商投资股份有限公司装修工程清单表》上签名。湘商公司主张经双方核对工程量汇总的结果是：合格工程1043856.76元；部分完成工程量71292.3元；部分未施工工程量26978.7元；不合格工程量754085.76元；未施工工程量761982.57元，科源公司完成的合格工程量加上部分完成的工程量合计是1115149.06元。科源公司主张3月6日的验收是阶段性验收，且其中有部分工程不是科源公司施工，应当按照科源公司提交的《湘商投资股份有限公司办公室装修工程清单汇总表》记载的结果，装修工程造价2168660.81元；安装工程造价237880.72元；其他工程造价247311.89元；后增加造价260489.02元；变更增加签证造价112780.14元，合计是3027122.58元。
2014年3月18日，湘商公司向科源公司邮寄发送了《律师函》和《解除合同函》，要求解除《湘商投资股份有限公司办公室精装修工程施工合同》，并要求科源公司返还工程款124万元。
2014年3月27日，湘商公司委托湖南省建设工程质量检测中心对科源公司施工的万达广场南栋写字楼48楼已经施工部分装饰工程的工程质量问题进行检测鉴定，该中心于2014年4月3日出具了《湘商投资股份有限公司办公室精装修工程施工质量检测鉴定报告》，该报告的结论：对办公室精装修工程检测结果中不合格的，应予整改，无法整改的应拆除重做；对未经湘商投资股份有限公司认可就施工的门五金、手工尼龙剪花地毯双方协商解决。湘商公司支付检测鉴定费32000元。
2014年4月6日，湘商公司在未对科源公司已完成的装修工程进行质量验收和工程量结算的情况下，未经科源公司同意，占据了科源公司正在施工的装修工程场地，科源公司随即向公安机关报警，接警的公安机关对纠纷进行了调处。随后对科源公司已经完成的装修工程进行了拆除。
在案件审理过程中，湘商公司申请本院对未合格装修工程拆除和返工所需费用、长沙市万达广场B座48楼办公室现未合格工程拆除、返工和按设计未完成工程全部完工所需时间、长沙市万达广场B座48楼办公室每月的租金进行司法鉴定。湖南天兴工程造价咨询有限公司接受本院的委托对万达广场B座48楼办公室装修未合格工程返工及拆除工程的工程造价进行了鉴定并作出湘天基价字（2015）第023号工程造价鉴定报告。鉴定结论为万达广场B座48楼办公室装修未合格工程返工及拆除工程造价为783807.92元。湘商公司支付鉴定费20000元。对湘天基价字（2015）第023号工程造价鉴定报告，湘商公司没有异议，认可该造价鉴定结论；科源公司对该鉴定报告的质证意见是：鉴定报告的依据从开始就是不真实的，鉴定报告是在没有任何现场工程可看、在没有最终竣工验收确认的情况下做出的，而且从湘商公司一开始申请司法鉴定，科源公司就是反对的。湘商公司于2014年3月6日进行的验收是阶段性验收，且其中还有不是科源公司施工的部分工程，不合格工程是科源公司造成的，还是湘商公司委派的第三方施工造成的，已经无法区分，尤其是2014年4月6日以后，湘商公司强行占据施工场地，随后进行拆除和整改，鉴定的场地和现场已经不是科源公司施工时的场地和现场，科源公司认为即使存在不合格工程，也是湘商公司自己造成的，与科源公司无关，故科源公司对鉴定结论不予认可。
湖南新融达资产评估有限责任公司接受本院的委托对长沙市万达广场B座48楼办公室每月的租金价格进行了评估并作出了湘新融达评字（2014）第1110号资产评估报告书。评估结论为于评估基准日2014年7月9日，委托评估的长沙市万达广场B座48楼办公室每月的租金价格为157529.00元。湘商公司支付鉴定费3000元。对湘新融达评字（2014）第1110号资产评估报告书，湘商公司认为评估的租金价格偏低，与当地的租金价格不匹配，应当适当予以调高；科源公司的质证意见是：租金如何与本案没有关联性，不认可该鉴定结论。
在上述司法鉴定完成后，湘商公司再次就长沙市万达广场B座48楼办公室已完工装修合格工程造价申请进行司法鉴定。湖南天兴工程造价咨询有限公司再次接受本院的委托，对万达广场B座48楼办公室已完工装修合格工程造价进行了鉴定，并作出湘天基价字（2015）第444号工程造价鉴定报告，鉴定结论为，万达广场B座48楼办公室已完工装修合格工程造价为1173496.76元。湘商公司支付鉴定费26415.09元。对湘天基价字（2015）第444号工程造价鉴定报告，湘商公司没有异议，认可该造价鉴定结论；科源公司认为不能以该鉴定报告作为认定科源公司所完成的合格工程造价，对该鉴定报告的质证意见是：一、科源公司反对湘商公司为达到自身有利的鉴定结果反复申请鉴定的行为。湘商公司反复申请鉴定的行为违反了《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》的关于申请鉴定的相关规定。湘商公司在本案的审理过程中先后两次申请鉴定，后一次的鉴定提出的时间已经远远超过了举证期间，湘商公司为一己之利反复申请鉴定，是恶意拖延诉讼的行为，该行为应当不被支持；在本案的两次鉴定中，鉴定机构都采用了湘商公司单方提交的《湘商投资股份有限公司装修工程清单表》，科源公司一直明确反对以其作为依据认定科源公司最终所完成的工程量。科源公司反复重申，《湘商投资股份有限公司装修工程清单表》只是阶段性验收结果，在没有装修现场可实地勘验的情况下，不能仅凭该清单计算科源公司的工程量；二、鉴定结论内容不合理。1、两次鉴定所采用的依据不同，将导致审理混乱。第一次鉴定采用的计价标准是湖南省建设厅湘建价（2009）406号文件等，第二次鉴定计价标准是双方所签订《施工合同》和对应的标价表。科源公司认为即使要鉴定，同一案件中的多次鉴定也应当按同一标准执行，否则会导致混乱审理和结果不公。2、作为鉴定的依据《湘商投资股份有限公司装修工程清单表》与事实不符。湘商公司提交的该清单未能对最终工程量进行确认，其内容也极不合理，不可能是对客观事实的描述，这样的清单不能作为鉴定合格工程量的依据。3、科源公司已经购买但尚未安装的成品应当计入在合格工程中，合格的基层造价也应当计入工程造价中。科源公司认为其所完成的合格工程量应当以科源公司在反诉请求中计算的数据为准。
在庭审过程中，对是否应当对未合格工程返工及拆除工程的工程造价进行司法鉴定以及工期延误问题，双方持不同意见：湘商公司认为科源公司已经完成的工程量有双方当事人所签字的工程量汇总表，其中不合格工程量也有工程造价；工期延误是科源公司所进行的施工大量不合格，不符合合同的要求，是科源公司造成的。科源公司认为，湘商公司没有证据证明在2014年4月6日强行要求科源公司退场时的科源公司已经完成的工程量，2014年3月6日（或者3月11日）的阶段性验收的工程量不能说明科源公司当时的工程量，况且2014年4月6日湘商公司没有对科源公司的已经完成工程量进行双方确认或者证据保全，因此，本案中科源公司完成的施工工程量应当以科源公司提供的反诉证据3027122.58元为依据；工期延误是湘商公司自身原因造成的，主要是湘商公司方面的弱电布线方案迟迟未与确定，设计方案多次变更，木饰面、地毯等材料样板迟迟未予确认等原因。
湘商公司于2014年6月18日入住开福区万达广场B座48楼办公。
另查，湘商公司于2013年11月6日经湖南省工商行政管理局注册成立，其发起人是欧阳泽军、黄振、王志祥、郭志光、张朝晖，公司住所是长沙市中山路589号开福区万达广场B区商业综合体48层48012房；长沙市南洋物业管理有限公司于2013年7月26日经长沙市工商行政管理局芙蓉分局注册成立，其股东是黄振、王志祥、郭志光、张朝晖，公司住所是长沙市芙蓉区芙蓉中路388号鲇鱼套颐美会现代城第1、2幢2622房。
本案在重审过程中，科源公司向本院提交了送货单、记工表、施工记录等证据，拟证明2014年3月6日至2014年4月6日，科源公司根据湘商公司意见对装修进行了整改。但未举证证明该段期间的工程量。湘商公司对此不予认可。湘商公司向本院提供证据，拟证明湘商公司自2014年4月6日后另行花费装修费用2026231元。科源公司对此不予认可。
上述事实，有《湘商投资股份有限公司办公室精装修工程施工合同》、《湘商公司万达48楼装修未完工协调会会议记录》、律师函、合同解除函、付款凭证、施工清单表、大连万达物业管理有限公司长沙分公司装修整改通知书、接处警案（事）登记表承诺书等与湘天基价字（2015）第023号工程造价鉴定报告、湘新融达评字（2014）第1110号资产评估报告书，工商资料、当事人陈述以及庭审笔录等予以证实。
本院认为，一、科源公司与湘商公司签订的《湘商投资股份有限公司办公室精装修工程施工合同》，是双方当事人的真实意义表示，其内容不违反法律，是有效合同，双方当事人应当按合同的约定全面履行各自的义务。由于诸多原因，甚至是双方的互不信任致使合同不能正常履行，双方均有过错。至少在2014年4月6日以后，科源公司未在施工现场施工，故双方的合同关系已经解除。双方应当根据科源公司实际完成的工程量和湘商公司的支付工程款的情况，据实结算。
二、关于鉴定报告以及被告科源公司工程量的问题。本案在审理过程中经过三次鉴定，关于工程量有两次鉴定，湖南天兴工程造价咨询有限公司是鉴定机构，其鉴定的鉴定依据是《湘商投资股份有限公司装修工程清单表》，该清单科源公司反复重申是阶段性验收结果，但是其是真实的。湖南天兴工程造价咨询有限公司根据本院委托，其出具的湘天基价字（2015）第023号工程造价鉴定报告和湘天基价字（2015）第444号工程造价鉴定报告在程序上合法，内容具有一定的合理性，本院可以将其作为证据予以参考。对于科源公司主张的应以其提供的《湘商投资股份有限公司办公室装修工程清单汇总表》记载的3027122.58元计算工程量，本院认为，2014年3月6日双方确认的已施工工程量（含合格、不合格工程量）共计180余万元，而一个月后科源公司即已退场，其主张的300余万元工程量显然与事实不符，故对于科源公司的上述主张，本院不予采信。2014年3月6日，湘商公司和科源公司对当时已完成的装修工程进行了验收并确认了合格工程量（合格部分加部分完成）合计是1115149.06元，不合格工程量754085.76元，未施工工程量761982.57元。上述工程量经双方确认验收，在无相反证据推翻的情况下，本院对于截止至2014年3月6日的上述工程量予以确认。而根据科源公司提供的证据，可证明2014年3月6日后至2014年4月6日科源公司离场时确有施工，但双方均无证据证明该段期间的工程量。本院认为，湘商公司于2014年4月6日后在未与科源公司就全部已施工工程量结算的情况将工程拆除导致无法查清本案全部工程量，应承担较大的举证责任，而科源公司作为施工方亦负有证明工程量的举证义务。根据湖南省建设工程质量检测中心出具的《湘商投资股份有限公司办公室精装修工程施工质量检测鉴定报告》及湖南天兴工程造价咨询有限公司作出的湘天基价字（2015）第023号工程造价鉴定报告的意见，均认为不合格工程应当整改返工或拆除。根据科源公司提供的2014年3月6日至4月6日的施工记录表记载的施工内容可知，该段期间科源公司主要的施工内容是对原不合格工程进行整改返工并对未安装的设备设施、卫生间洁具、排气扇等原未施工部分施工，而装修工程经过整改返工、重新安装后有可能达到合格的标准。因此，湘商公司在未与科源公司就全部工程量验收结算的情况下拆除了工程，依照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第13条规定“建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持”之规定，对于经科源公司整改返工、安装后的原不合格工程、未施工工程，应视为部分合格及完成施工，故在无法查清2014年3月6日至2014年4月6日期间工程量的情况下，根据举证责任分配的原则，综合考虑本案的实际情况，结合鉴定报告及双方确认的工程量，本院酌定双方确认的不合格工程754085.76元的80%经科源公司整改后达到合格，即合格工程量应增加603267.45元（754085.76元×80%），原未施工工程761982.57元的30%经科源公司施工后视为完工合格，即完工工程量增加228594.77元。故科源公司全部合格工程量为1947011.28元（1115149.06元+603267.45元＋228594.77元）。湘商公司已经支付230万元，故科源公司应返还湘商公司工程款352988.72元；戚钦有向湘商公司支付的50万元保证金应视为科源公司支付给湘商公司的保证金，湘商公司应当退返给科源公司；
三、湘商公司要求赔偿损失和支付违约金的问题。根据查明的事实，导致工期延误及本案纠纷的产生，双方均负有一定的责任，根据《中华人民共和国合同法》第一百二十条之规定，相应的损失应由各自承担，故对于湘商公司的上述诉求，本院不予支持。
综上所述，本院依照《中华人民共和国合同法》第八条、第一百零七条、第一百二十条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条，《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的司法解释》第九十条，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十八条之规定，判决如下：
一、深圳市科源建设集团有限公司自本判决生效之日起十日内返还湘商投资股份有限公司工程款581583.49元；
二、湘商投资股份有限公司自本判决生效之日起十日内退还深圳市科源建设集团有限公司保证金500000元；
三、上述互负给付义务抵消后，由湘商投资股份有限公司自本判决生效之日起十日内支付深圳市科源建设集团有限公司147011.28元；
四、驳回湘商投资股份有限公司其他诉讼请求。
五、驳回深圳市科源建设集团有限公司其他反诉诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付延迟履行期间的债务利息。
本案本诉受理费30640元，由湘商投资股份有限公司承担20000元，深圳市科源建设集团有限公司承担10640元，反诉受理费7890元，由深圳市科源建设集团有限公司承担6890元，湘商投资股份有限公司承担1000元。鉴定费49415.09元，由湘商投资股份有限公司承担24707.5元，深圳市科源建设集团有限公司承担24707.5元。（鉴定费已经由湘商投资股份有限公司承担，深圳市科源建设集团有限公司承担的24707.5元，由深圳市科源建设集团有限公司在本判决生效后10日内直接支付给湘商投资股份有限公司。）
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于湖南省长沙市中级人民法院。
审 判 长 邓子平
人民陪审员 陈文艺
人民陪审员 余 鑫
二〇一六年九月三十日
代理书记员 任 友