云南省高级人民法院
民 事 判 决 书
(2017)云民终346号
上诉人（原审被告）：玉溪市道路运输管理局。住所地：云南省玉溪市红塔区龙马路**号。
法定代表人：杨云波。
委托诉讼代理人：刘玉萍，云南新海天律师事务所律师。代理权限：特别授权代理。
委托诉讼代理人：赵洋，云南新海天律师事务所律师。代理权限：特别授权代理。
被上诉人（原审原告）：云南新自然园林工程有限公司。住所地：云南省玉溪市高新区东风南路葫田二区商业用房19号门市。
法定代表人李恒。
委托诉讼代理人：者文滨，云南滇玉律师事务所律师。代理权限：特别授权代理。
委托诉讼代理人：薛如锦，云南滇玉律师事务所实习律师。代理权限：特别授权代理。
上诉人玉溪市道路运输管理局（以下简称运政局）与被上诉人云南新自然园林工程有限公司（以下简称新自然公司）建设工程合同纠纷一案，运政局不服云南省玉溪市中级人民法院（2013）玉中民一初字第35号民事判决，向本院提起上诉，本院于2017年4月26日受理后，依法组成合议庭，于2017年6月16日对本案进行公开开庭审理。上诉人运政局的委托诉讼代理人刘玉萍、赵洋，被上诉人新自然公司的法定代表人李恒及该公司委托诉讼代理人者文滨、薛如锦到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
上诉人运政局的上诉请求为：1、依法撤销原审判决；2、依法驳回新自然公司的起诉（书面《民事上诉状》中载明的第2项上诉请求，即“依法驳回被上诉人一审提出的起诉及全部诉讼请求”，上诉人运政局二审庭审中当庭修改为上述内容）；3、本案诉讼费用由新自然公司承担。理由为：1、运政局不是本案适格的被告，本案的被告应当是涉案工程的全体业主，运政局仅是作为全体业主的代理人与新自然公司签订合同（书面《民事上诉状》中载明的第1点理由，即“遗漏了与本案具有直接利害关系的尚易佳园小区（一期）业主参加诉讼”，上诉人运政局二审庭审中当庭修改为上述内容）；2、原审法院在当事人未变更诉讼请求的前提下同意新自然公司报送鉴定的金额为5710740.61元程序不当，属于诉讼请求的变更，且鉴定意见未经质证违反法定程序；3、鉴定意见不能作为本案的定案依据，鉴定意见存在工程量重复计算、地被植物（小苗）在中费用套用定额错误、护坡及东风大沟边绿化工程中将死亡后补种苗木数量重复计算等三方面的问题，分别多计工程款883391.28元、818132.8元、105126.83元，合计多计1806650.91元；4、原审法院错误认定涉案的三个《工程协议》和一个《补充协议》有效错误，按照《工程建设项目招标范围和规模标准规定》第七条的内容，涉案项目属于必须经过招投标的项目但实际未经过改程序，故合同应属无效。另，涉案合同中2010年3月5日的《补充协议》未经运政局签字，该协议不是有效合同；5、本案新自然公司的起诉超过法定诉讼时效，以运政局最后一次代付新自然公司工程款的时间2011年1月31日起算，诉讼时效的止点应为2013年1月30日，而新自然公司的起诉时间为2013年9月，已超过法定诉讼时效。
被上诉人新自然公司答辩称：1、本案上诉人是适格的被告。法律并不禁止、限制行政或者事业单位实施民事法律行为，本案公共的绿化工程双方工程合同主体就是上诉人与被上诉人签订，工程内容也是尚易佳园小区的公共绿化工程，整个合同履行也是由上诉人与被上诉人双方实际履行，包括工程的进度、质量、工程量变更、签证、工程付款一系列行为均是上诉人与被上诉人实际履行，并没有涉及到任何第三方。从合同法主体相对性的原则，本案合同的双方主体就是上诉人与被上诉人；2、上诉人作为法人单位，不能因为其名称的改变，而否认先前签订的合同，不能因此拒绝履行合同签订的义务，本案上诉人就是责任的承担人；3、关于诉讼时效问题，上诉人一审没有提出过诉讼时效的问题，被上诉人也不存在超过诉讼时效的问题；4、关于上诉人认为被上诉人报送鉴定金额是570万，认为我方变更了诉讼请求，此主张是错误的。被上诉人一审诉状的请求从来没有变更过，我方是根据专业人员核算后做的诉讼请求，一审审理中，由于双方工程结算价款存在争议，针对专业性问题，一审法院释明双方当事人通过司法鉴定，双方当事人均达成一致意见，同意委托鉴定。法院及鉴定中心要求上诉人和被上诉人把整个案件全部的所有资料提交鉴定，此背景下，被上诉人才把整个工程所有合同签证一并报送人民法院。报审的鉴定金额是指我方报送到鉴定部门的所有材料加起来的金额是570万，不是当事人对诉讼请求的变更；5、上诉人认为司法鉴定未经质证，违反程序。本案一审反复开庭，每一次有新的证据都组织双方进行质证，具体的内容有一审笔录为证。鉴定中心及原审法院、上诉人与被上诉人到现场进行了踏勘，经过双方同意委托，鉴定出来的鉴定意见应该作为判决的依据；6、关于上诉人一审判决认定三个工程协议、补充协议有效错误。本案三个工程协议及补充协议针对的是同一个工程，是同一个工程项下不同的项目，实际就是一个协议做的几个分项，此协议没有违反法律及行政法规的强制性规定。
新自然公司向原审法院提出的诉讼请求为：1、判令运政局支付其绿化工程款3303877.73元；2、由运政局承担本案案件受理费。
一审经审理确认如下法律事实：新自然公司属自然人投资或控股的有限责任公司，经营范围为园林绿化工程设计、施工，园艺技术咨询服务；造林苗木、经济林苗木、城镇绿化苗木、花卉、草毯的栽培及销售等。2007年11月15日，双方签订《玉枕山运政小区护坡绿化工程协议》，约定：玉溪市交通运政管理处（以下简称运政处，更名为现运政局）将坐落于环山路与龙马路交叉口旁的玉枕山运政小区护坡绿化工程的清挖废土、回填红土、绿化苗木栽植造型发包给新自然公司施工，绿化面积约7193㎡，以实际核实数量结算，苗木成活率为100%，施工期限为2007年11月19日至2008年1月19日，工程协议价款327994.63元。协议签订后进入施工现场十天预付工程款98398.39元，施工过程中根据进度支付163997.31元，完工后三十天内初验合格支付49199.19元，余款待养护期届满验收合格后一次性付清，养护期为一年。2009年6月16日，双方签订《工程协议条款》，约定：运政处将玉枕山运政小区尚易佳园（一期）园林绿化工程私人别墅红土回填发包给新自然公司施工，工程内容为整理绿化用地、回填红土、人工机械二次搬运红土，工程量预算为19111㎡，以实际验收丈量为准。工程款暂定优惠后为354628元，施工方进行十天内预付106388.4元，完工前拨付212776.8元，余款待竣工初验后一次性付清。2009年9月2日，双方签订《工程承包协议》，约定：运政处将玉枕山运政小区尚易佳园（一期）园林绿化公共部分植物配置及绿化供水系统安装工程发包给新自然公司施工，工程内容为局部请挖废土、回填红土、绿化苗木栽植造型、绿化供水系统安装，工程量预算10050㎡，以实际丈量验收为准，工程期限为2009年9月2日至2009年12月2日，工程优惠后造价1683999元，施工方进场十天内付款505199.7元，完工前根据工程进度累计付款至总工程款90%，初验后支付总工程款5%,余款5%待竣工养护期后一次性付清，养护期为一年，绿化林木种植成活率为100%。2010年3月5日，双方签订《补充协议》，约定：运政处将玉枕山运政小区尚易佳园给水、排水管网及零星修补（每户安装水表闸阀各一只，超出部分由新自然公司向住户收费，运政处不承担）发包给新自然公司施工，工程量以实际验收为准，施工期限为2010年3月6日至2010年4月10日。工程价款按实际工程量及当时市场价结算，经运政处验收合格后支付工程款95%，余款作为质保金，待工程总体完工及质保期满后一次性付清。上述四份协议签订后，新自然公司按照约定进行了施工，施工过程中，施工单位、监理单位及建设单位对工程量进行了签单。上述协议签订后，运政处陆续分八次向新自然公司支付了工程款合计1722364.90元。2013年9月24日，新自然公司诉至原审法院，请求判令运政处支付其尚欠的绿化工程款3303877.73元。
本案审理过程中，因双方当事人对诉争工程的价款存在争议，新自然公司于2014年3月6日向原审法院提出申请，要求对四份协议中涉及的工程总价款进行鉴定，同日，运政局亦向原审法院提出申请，要求对原审计报告中审减的工程量、工程单价是否合理及审减金额1152121.68元进行鉴定。审查后，对新自然公司提出的鉴定申请予以准许，对运政局提出的鉴定申请不予准许，并于2014年3月10日依法委托原审法院司法技术处指派鉴定部门对上述工程价款进行鉴定，2014年6月2日，原审法院司法技术处委托云南鼎丰司法鉴定中心对工程总价款进行鉴定。云南鼎丰司法鉴定中心于2014年11月9日作出（2014）云鼎鉴司字784号司法鉴定意见书，鉴定结论为：玉枕山运政小区尚易佳园园林绿化工程造价为3622795.97元。2015年1月6日，运政局对鉴定意见提出异议，并申请鉴定人员出庭接受质询。鉴定人员出庭接受质询后于2015年4月13日出具云南鼎丰司法鉴定中心司法鉴定补充说明，认为：一、公共部分绿化工程中乔木数量多计487棵问题。司法鉴定中心根据双方提供的工程签证进行了审核，在2015年3月23日质证后，对现场进行了勘察，由于绿化工程的特点，无法核实签证单中的公共绿化工程乔木数量487棵是否为重复计算，需法庭核实相关证据后，决定是否采信，若属重复计算，应在鉴定意见中扣除722024.62元。二、绿化工程中多计肥料问题。司法鉴定中心查看签订合同前施工方的预算，施工单位按整理绿化面积计算：化肥：2元/㎡、腐殖土1.8元/㎡，故原鉴定意见做如下调整：现扣除鉴定意见书中多计肥料的费用，再增加按整理绿化面积计算的化肥、腐殖土的费用。护坡、东风大沟边绿化工程肥料扣减费用148083.73元；公共部分绿化工程肥料扣减费用91189.54元；合计239273.27元。后因双方再次对《园林绿化工程造价司法鉴定意见》及《园林绿化工程造价司法鉴定补充说明》提出异议，经云南鼎丰司法鉴定中心再次核实，该中心最终于2016年8月15日作出新的《玉枕山运政小区尚易佳园（一期）园林绿化工程造价司法鉴定补充说明》，对新自然公司提出的价差问题进行了调整，并对新自然公司提出部分项目单价未按照双方签证单价计算的问题进行了答复；同时对运政局提出的异议进行了答复，明确公共部分绿化工程中，乔木总计为489棵，漏计的10个品种做了调整，原来若乔木部分重复，扣除金额为722024.62元，现调整为826021.96元，并解释了关于腐殖质肥计算的问题以及因签证资料中没有补种情况及数量，故鉴定未计算该费用等问题。该《补充说明》最终明确：经上述计算和调整，对原鉴定意见：玉枕山运政小区尚易佳园园林绿化工程造价3622795.97元，现调整为3809068.08元。为此，新自然公司支出鉴定费35000元。
原审法院认为：《中华人民共和国合同法》第四十四条第一款规定：“依法成立的合同，自成立时生效。”第六十条第一款规定：“当事人应当按照约定全面履行自己的义务。”第二百六十九条规定：“建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同。”本案中，双方分别于2007年11月15日、2009年6月16日、2009年9月2日、2010年3月5日签订了《玉枕山运政小区护坡绿化工程协议》、《工程协议条款》、《工程承包协议》、《补充协议》，约定运政处将玉枕山运政小区尚易佳园内的清挖废土、回填土方、绿化苗木种植及管道安装等工程发包给新自然公司施工，上述四份协议系双方的真实意思表示，且协议内容不违法法律、行政法规的强制性规定，系合法有效的协议，该协议对双方当事人均具有约束力，双方应按照协议的约定履行权利义务。《中华人民共和国合同法》第一百零七条规定：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”新自然公司在履行绿化施工义务后，要求运政局支付尚欠工程款符合法律规定，予以支持。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条规定：“当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。建设工程施工合同有效，但建设工程经竣工验收不合格的，工程价款结算参照本解释第三条规定处理。”第十九条规定：“当事人对工程量有争议的，按照施工过程中形成的签证等书面文件确认。承包人能够证明发包人同意其施工，但未能提供签证文件证明工程量发生的，可以按照当事人提供的其他证据确认实际发生的工程量。”《中华人民共和国民事诉讼法》第七十六条规定：“当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定。当事人申请鉴定的，由双方当事人协商确定具备资格的鉴定人；协商不成的，由人民法院指定。当事人未申请鉴定，人民法院对专门性问题认为需要鉴定的，应当委托具备资格的鉴定人进行鉴定。”《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第一百二十一条规定：“当事人申请鉴定，可以在举证期限届满前提出。申请鉴定的事项与待证事实无关联，或者对证明待证事实无意义的，人民法院不予准许。人民法院准许当事人鉴定申请的，应当组织双方当事人协商确定具备相应资格的鉴定人。当事人协商不成的，由人民法院指定。符合依职权调查收集证据条件的，人民法院应当依职权委托鉴定，在询问当事人的意见后，指定具备相应资格的鉴定人。”关于新自然公司所完成的绿化工程总价款的认定问题，因双方对工程总造价存在争议，在新自然公司申请后，委托云南鼎丰司法鉴定中心进行了鉴定，出具了鉴定意见，后因双方对鉴定意见均提出异议，鉴定部门在听取各方当事人意见后，最终明确本案所涉工程造价为3809068.08元。对于运政局提出的乔木重复计算的问题，鉴定部门认为由于绿化工程的特点，已无法核实签证当中的公共绿化工程乔木数量是否存在重复计算的情形，需法庭核实相关证据后进行认定，对此，经综合审查双方当事人提供的证据，在新自然公司的施工过程中，其中公共绿化工程乔木部分确实存在489棵重复签证，故在计算总造价过程中，应扣减上述重复部分，根据鉴定意见，若乔木部分重复，则应扣减826021.96元。据此，本案涉诉工程的实际工程价款应认定为2983046.12元（3809068.08元-826021.96元）。因本案工程施工过程中，运政局已向新自然公司支付了工程款1722364.90元，故其还需向新自然公司支付工程款1260681.22元。
综上，原审法院依照《中华人民共和国合同法》第四十四条第一款、第六十条第一款、第一百零七条、第二百六十九条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条、第十九条，《中华人民共和国民事诉讼法》第七十六条及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第一百二十一条之规定，判决：“一、由被告玉溪市道路运输管理局于判决生效三十日内支付原告云南新自然园林工程有限公司尚欠工程款1260681.22元；二、驳回原告云南新自然园林工程有限公司的其他诉讼请求。案件受理费33231元，由原告云南新自然园林工程有限公司负担20551元，由被告玉溪市道路运输管理局负担12680元。鉴定费35000元，由原告云南新自然园林工程有限公司负担21645元，由被告玉溪市道路运输管理局负担13355元。”
二审中，上诉人运政局向本院提交以下证据：1、事业单位法人证书、关于市属单位职工全额集资建房的审批办法（暂行）、玉溪市交通运政管理处关于职工集资建盖康居住房的请示、关于对市运政管理处将爱职工康居住房的批复、关于玉溪市交通运政管理处部分国有土地使用权地块置换方案的请示、玉溪市人民政府关于玉溪市交通运政管理处职工住宅使用国有土地的批复、建设工程规划许可证、证明复印件各一份（以上内容共17页），证明内容：涉案绿化工程属于玉溪市交通运政管理处职工集资建盖工程，实际收益人为尚易家园小区业主，应列其为本案被告；2、质证意见复印件一份（共62页）、玉溪汇励工程造价咨询事物所有限责任公司绿化专业造价员杨艳萍的专家辅助人陈述（当庭陈述），证明内容：原审法院遗漏了运政局对鉴定意见的质证意见，且该鉴定意见不应作为定案依据，鉴定意见存在工程量重复计算、地被植物（小苗）在中费用套用定额错误、护坡及东风大沟边绿化工程中将死亡后补种苗木数量重复计算等三方面的问题，分别多计工程款883391.28元、818132.8元、105126.83元，合计多计1806650.91元。被上诉人新自然公司无证据提交。
对上述上诉人运政局提交的证据，被上诉人新自然公司发表如下质证意见：对第1组证据除“证明”外的其他证据的真实性、合法性予以认可，但不认可其证明目的。“证明”系运政局自行出具，系当事人的陈述，不予质证；对证据2，不认可证明目的。
为了查明案件事实，本院依法通知云南鼎丰司法鉴定中心鉴定人员到庭接受质询，二审庭审结束后该中心向本院出具司法鉴定意见回复函一份，对当事人针对鉴定意见的异议逐一回复如下：1、对于鉴定意见的第二次补充说明仍存在重复计算的错误，经进一步核实，对公共绿化部分和护坡及东风大沟边绿化工程作出共计6项调整，上述内容合计核减金额为30134.05元；2、关于定额子目套用问题，上诉人的说法不成立；3、关于绿化工程中是否存在死亡苗木补中的重复计算问题，没有相关签证反映上述问题。
对上述鉴定中心的回复意见，上诉人运政局质证认为：对真实性、合法性、关联性均不予认可。理由：1、鉴定中心的复函中还有两项没有扣减，金额为18350.34元；2、定额子目套用和死亡苗木补种重复计算两方面坚持运政局二审提交的证据《质证意见》中的观点。被上诉人新自然公司二审庭审中表示认可鉴定机构的意见，对鉴定机构庭审后出具的回复函未发表质证意见。
对上述证据本院将结合争议焦点一并予以评析。
二审另查明，上诉人的名称于2016年12月6日变更为玉溪市道路运输管理局。
归纳各方当事人的诉辩主张，本案二审争议焦点为：1、新自然公司的起诉是否超过法定诉讼时效；2、原审法院审理程序是否存在违法之处；3、本案工程欠款应如何认定。
第一，关于新自然公司的起诉是否超过法定诉讼时效的问题
经核查，上诉人运政局在一审中并未提出新自然公司的起诉超过法定诉讼时效的抗辩主张，其系在二审中方才提出该问题，且在二审庭审中明确表示关于此问题其没有新证据（详见二审庭审笔录第7页）。依照《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第四条第一款“当事人在一审期间未提出诉讼时效抗辩，在二审期间提出的，人民法院不予支持，但其基于新的证据能够证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间的情形除外”之规定，本院依法对其该项上诉请求不予支持。
第二，关于原审法院审理程序是否存在违法之处的问题
有关被告主体资格的问题。上诉人运政局主张本案被告应当是尚易家园小区业主，其仅是作为上述业主的代理人与新自然公司签署合同。被上诉人新自然公司则认为与其发生合同关系的均是运政局的前身运政处，根据合同法的相关规定运政局作为被告正确。经核查，本案原运政处与新自然公司就本案的工程签订了四份合同，双方在2010年7月至12月期间还就合同所涉工程的结算进行过交涉，尽管运政局的名称发生了变更但并不影响其作为合同主体享有权利及承担义务，且运政局并未提交证据证明其系受到有关业主的委托代理其与新自然公司签署合同，故本院依照《中华人民共和国合同法》第八条第一款、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款、《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条和第九十一条之规定，对上诉人运政局的前述主张依法不予采信。
有关新自然公司是否变更诉讼请求的问题。上诉人运政局认为新自然公司起诉时主张的工程欠款是以工程款5018242.63元为基础，扣减了已付款1714364.9元后计算得出3303877.73元，但其向鉴定机构报送的工程造价为5710740.61元，此系诉讼请求的增加。被上诉人新自然公司认为前述运政局主张的5710740.61元并非新自然公司主张的造价，而是鉴定机构将新自然公司提交的鉴定材料累加后的结果，并非诉讼请求的变更。二审庭审中，鉴定人员陈述该5710740.61元系新自然公司报送的证据清单的总价。本院认为，对于本案涉案工程造价如何认定的问题原审法院已委托有资质的鉴定机构进行司法鉴定，前述5710740.61元仅是新自然公司提交的鉴定材料数额的累加，并非其变更了诉讼请求，故上诉人运政局的此项主张无事实及法律依据，对此本院依法不予采信。
有关鉴定意见是否经过运政局质证的问题。上诉人运政局主张原审法院就第二份鉴定意见剥夺了其质证的权利便迳行下判。被上诉人新自然公司认为原审卷宗中记录了双方当事人对鉴定意见的质证内容，不存在运政局所述情形。经核查，2016年10月19日原审法院组织双方当事人对鉴定机构于2016年8月15日出具的司法鉴定补充说明发表质证意见，运政局一审的特别授权委托诉讼代理人周海仁到庭发表了“我方不认可主要原因是，鉴定意见补充说明与客观事实不相符，作出的鉴定是错误的”的意见（详见原审法院2016年10月19日询问笔录第2页），故本院认为，上诉人运政局认为其未对鉴定意见的补充说明进行质证的主张无事实和法律依据，对此本院依法不予采信。
第三，关于本案工程欠款应如何认定的问题
有关合同效力的问题。上诉人运政局主张涉案的四份合同均为无效合同，理由为：1、2010年3月5日签署的《补充协议》无原运政处的签字盖章，也无合同金额；2、四份合同应进行招标而未进行。经核查，新自然公司提交的2010年3月5日《补充协议》尾部有运政处的盖章，且双方在2010年7月至12月对涉案工程的结算进行交涉时也包括了该合同的施工范围，故上诉人运政局的理由1不成立；涉案四份合同的施工内容均系绿化工程或与涉案小区施工有关的其他附属工程，上述内容不属于涉案项目的主体工程，亦不属于《工程建设项目招标范围和规模标准规定》第七条规定的必须经过招投标的建设工程项目，且单项工程均未超过200万，故上诉人运政局的理由2不成立。本院认为，本案所涉四份合同内容并为违反法律法规禁止性规定或强制性规定，原审法院认为合同有效正确，本院依法予以维持。
有关尚欠工程款的数额如何认定的问题。前已述及，本案涉案工程的造价系原审法院委托有资质的鉴定机构通过司法鉴定确定，二审中，经过本院进一步组织双方当事人、鉴定机构对当事人的异议逐项核对，鉴定机构书面函复本院，将原鉴定意见中的造价下调30134.05元，并对上诉人运政局提出的异议逐一进行了回复。
对于定额子目套取的问题。鉴定机构陈述其系按照双方合同附件约定的内容进行定额子目套取，不存在错误。经核查，鉴定机构所称的子目套取依据，虽然没有经过运政局或原运政处的盖章确认，但该部分内容与双方均认可的合同中载明的工程款相互吻合，故本院采信鉴定机构对此部分的回复意见。
对于护坡及东风大沟边绿化工程中将死亡后补种苗木数量是否存在重复计算的问题。上诉人运政局主张的重复计算的部分系2010年7月28日形成的《工程量签核单》，鉴定机构认为该单据上仅载明第二次种植苗木，并无运政局主张的补种的内容，不存在重复计算。本院认为，前述当事人主张的签证单上仅载明了第二次种植的内容，并无运政局主张的原因记载，故本院采信鉴定机构对此部分的回复意见。
对于工程量是否重复计算的问题。二审中，在运政局对其认为原鉴定意见中涉及工程量错误计算的方面逐一发表异议并申请据具有专门知识的人出庭进行说明后，鉴定机构核实后对原鉴定意见中涉及公共绿化部分和护坡及东风大沟边绿化工程两个部分作出共计6项调整（既有调增亦有调减），上述内容合计核减金额为30134.05元。对除上述内容外，上诉人运政局提出的工程量计算问题，鉴定人员亦当庭表示其系按照合同约定及双方履行合同的签证计算相应工程量，不存在错误计算的问题。本院认为，以上内容系专业技术问题，本案原审法院依法委托的鉴定机构及相关鉴定人员具有相应资质，鉴定程序亦无违法之处，依照《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七十一条“人民法院委托鉴定部门作出的鉴定结论，当事人没有足以反驳的相反证据和理由的，可以认定其证明力”之规定，本院依法采信鉴定机构的意见。至于鉴定机构在二审庭审中说明的公共绿化工程中的489株乔木是否存在重复计算需人民法院审查的问题，经核查，在鉴定意见中对上述部分已单独列明金额为826021.96元，原审法院认为此部分确实存在重复签证，故在工程造价中扣除上述费用，对此各方当事人均未提起上诉，本院依法不作变动。
另：1、二审庭审中，各方当事人均认可原审判决第11页倒数第10-11行载明的“协议签订后进入施工现场十天预付工程款983983.39元，……”存在笔误，正确的表述应为“协议签订后进入施工现场十天预付工程款98398.39元，……”，对此本院依法予以纠正；2、各方当事人对原审法院认定的运政局已支付给新自然公司的工程款数额为1722364.9元无异议，对此本院依法予以确认。
综上，经本院审查，涉案工程的造价为2952912.07元（原审法院依法认定的2983046.12元-鉴定机构二审中调减的30134.05元），扣减双方均无异议的已付款1722364.9元后，运政局尚欠新自然公司的工程款数额为1230547.17元。
综上所述，上诉人运政局的部分上诉请求无事实及法律依据，本院对此依法不予支持。原审判决认定事实清楚，适用法律正确，因鉴定机构二审中对鉴定意见作出进一步调整，故本院依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（二）、（三）项之规定，判决如下：
一、撤销云南省玉溪市中级人民法院（2013）玉中民一初字第35号民事判决；
二、由玉溪市道路运输管理局于本判决生效之日起十日内支付云南新自然园林工程有限公司尚欠工程款1230547.17元；
三、驳回云南新自然园林工程有限公司的其他诉讼请求。
若负有义务的当事人未按照本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条的规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审案件受理费33231元，由云南新自然园林工程有限公司负担20852.45元，由玉溪市道路运输管理局负担12378.55元；鉴定费35000元，由云南新自然园林工程有限公司负担21645元，由玉溪市道路运输管理局负担13355元。二审案件受理费33231元，由云南新自然园林工程有限公司负担797.54元，由玉溪市道路运输管理局负担32433.46元。
本判决为终审判决。
本判决送达后即发生法律效力。如负有义务的当事人不自动履行本判决，享有权利的当事人可在本判决规定的履行期限届满后两年内向云南省玉溪市中级人民法院申请执行。
审判长 马艳玲
审判员 刘 希
审判员 杨 聪
二〇一七年七月十八日
书记员 陶绍花