南京市鼓楼区人民法院
民 事 裁 定 书
(2015)鼓民初字第5334号
原告南京卓越装卸服务有限责任公司，住所地本市鼓楼区四平路46号。
法定代表人莫纪龙，该公司总经理。
委托代理人蔡惠明，江苏南斗律师事务所律师。
被告南京交运集团有限公司，住所地本市鼓楼区中山北路26号。
法定代表人汪昌辉，该公司总裁。
委托代理人孙天虹，江苏高的律师事务所律师。
原告南京卓越装卸服务有限责任公司（以下简称卓越公司）诉被告南京交运集团有限公司（以下简称交运集团）合同纠纷一案,本院受理后,依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告卓越公司的法定代表人莫纪龙及委托代理人蔡惠明，被告交运集团的委托代理人孙天虹到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告卓越公司诉称：原、被告原是同一企业，2002年底，原告从被告中分离，组建成具有独立法人性质的公司。原告依据被告出具的宁汽（2002）49号文及双方签订的《备付金监督管理协议》，合法获得了南京市四平路46号641.2平方米的房产及同一地点700平方米国有土地使用权，同时原告接纳被告200多名职工，并解决安置部分退休遗留问题。但被告至今未能全面履行义务，不及时办理700平方米土地使用权的转让过户手续，致使原告的合法权益不能实现。此外，被告继续侵占原告300多平方米土地使用权，擅自用于租赁，获得非法收益。故原告诉至法院，请求判令：1、确认宁汽（2002）49号文件《关于企业整体改制要求政策扶持的批复》、《接收起装公司职工和关联人员协议书》及《备付金监督管理协议书》合法有效，2007年2月1日签订的《协议书》无效；2、确认南京市四平路46号700平方米使用权归原告，被告协助原告办理上述土地使用权的过户登记手续；3、被告承担本案诉讼费用。
被告交运集团辩称：1、被告同意原告要求确认三份协议系合法有效，且已经履行完毕；2、原、被告于2007年2月1日签订的《协议书》系有效，该事实已经过法院生效判决予以确认；3、双方在该协议书中就南京市原下关区四平路46号土地范围作出明确约定，原告在该位置的土体使用权为351.32平方米，并非700平方米，被告已经进行了补偿；4、根据双方协议书中的约定，土地划拨手续应在拆迁或政府规划时办理，原告现在提起该项主张，与双方约定的时间节点不符。综上，请求法院驳回原告的诉讼请求。
经审理查明，1997年12月26日，南京市汽车运输总公司（以下简称汽运总公司）领取了坐落于南京市四平路46号（地号为07-004-019-060）地块的国有土地使用证。后汽运总公司变更为南京汽车运输有限公司（以下简称汽运公司），并于2003年6月26日更名为被告交运集团。
2002年11月21日，汽运公司向起重装卸公司（后改制为原告卓越公司）发文“关于企业整体改制要求政策扶持的批复”，载明：“一、将经江苏天业会计师事务所评估的公司所属南京市四平路46号，641.20平方米房产（下变自第60617号4-5）及同一地点700平方米土地使用权【宁下国用（97）字第10744号】划拨你公司，并在你公司整体改制结束后办理产权变更手续。二、奖励你公司人民币45万元。”
2003年1月20日，原告卓越公司（甲方）与汽运公司（乙方）签订了《备付金监督管理协议书》，约定甲、乙双方一致确认各项备付金数额，其中职工安置费151.04万元、乙方向甲方划拨房地产评估价144.70万元；甲方承诺按照规定使用备付金，不用于注册资本，不用于承担任何经营风险，不对备付金作出改变属性的处分等等。同日，原告卓越公司（甲方）与汽运公司（乙方）另签订了《接收起装公司职工和关联人员协议书》，约定甲、乙双方确认，原南京市汽车运输总公司驻西站装卸公司下列人员由甲方全部接收，甲方承诺对接收人员作出妥善安置，不推卸责任，不转移矛盾等等。
2007年2月1日，原告卓越公司（乙方）与被告交运集团（甲方）签订《协议书》，载明：“2002年甲方的前身原南京汽车运输有限公司下属单位起重装卸公司经南京汽车运输有限公司同意进行了分立改制，设立了乙方公司。在分立改制过程中起重装卸公司的发起人基于其净资产在按规定进行扣除后为零的现实，曾于2002年11月20日以起装公司（2002）20号文要求甲方给予划拨经营场所一处和补充适量资本金的政策扶持，甲方以宁汽（2002）49号《关于企业整体改制要求政策扶持的批复》，将南京市四平路46号正常经营的苏宁旅社的房产连同土地划拨给乙方，并奖励乙方45万元。其后乙方顺利改制成功并投入运作。2006年，乙方股东对划拨的700平方米占地提出异议，经甲方调查，该700平方米占地系由甲方改制工作人员笔误所致。甲方划拨给乙方的苏宁旅社的房屋和土地只是当时经营中的苏宁旅社的原状，甲方改制工作人员在资产评估时，仅以书面资料给评估人员进行评估，而未到现场进行勘查、测量，以致造成原拨付苏宁旅社实际占用土地面积写成了700平方米。此事实属双方的误解和疏忽。为圆满解决此事，甲、乙双方进行了充分的协商，达成如下一致意见：1、双方均认为乙方的分立改制是符合当时政策的，操作也是规范的，对改制中出现的因工作人员疏忽所造成的误解和差错应相互谅解；2、苏宁旅社700平方米占地一说不实，是甲方改制工作人员和乙方发起人工作班子疏忽造成，甲方的实际意思表示是以苏宁旅社当时的实际经营场所进行补偿。苏宁旅社当时的实际经营场所房屋面积是641.2平方米，土地面积是351.32平方米。鉴于苏宁旅社实际经营场所面积与评估书中的700平方米的矛盾所在的现实，甲方从实际出发同意对大于实际面积的348.68平方米部分给予乙方62.24万元的一次性补偿。补偿款支付后，甲、乙双方的纠葛彻底结束，以后乙方的一切事务均与甲方无关；3、乙方暂不办理土地使用权划拨手续，待苏宁旅社遇拆迁或政府规划时再办理土地使用权划拨手续，甲方应给予积极配合；4、本协议一式四份，甲、乙双方各持两份。”原告卓越公司签约时的法定代表人赵秀琴及4名股东在该协议书上签字，并加盖原告卓越公司公章，被告交运集团亦加盖公章。
2007年2月5日、2007年3月9日、2007年11月5日，被告交运集团分别向原告卓越公司支付了30万元、15万元、17.24万元，合计62.24万元。
2013年，卓越公司与交运集团因南京市鼓楼区四平路46号地块使用等相邻关系问题产生纠纷，交运集团另案诉至法院，卓越公司提起反诉。法院生效判决中对于2007年2月1日双方签订协议的真实性予以确认。
原告卓越公司因与被告交运集团就南京市鼓楼区四平路46号地块的土地使用权归属等问题协商未果，遂诉至本院，请求判如所请。
上述事实，有双方当事人陈述、《关于企业整体改制要求政策扶持的批复》、《备付金监督管理协议书》、《接收起装公司职工和关联人员协议书》、《协议书》、本院（2013）下民初字第725号民事判决书、南京市中级人民法院（2013）宁民终字第2880号民事判决书、江苏省高级人民法院（2014）苏审三民申字第479号民事裁定书等证据为证，予以证实。
本院认为，根据《中华人民共和国土地管理法》第十六条规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。本案中，原、被告双方争议系由南京市鼓楼区四平路46号700平方米土地使用权纠纷引发，因该土地使用权纠纷产生的争议应由人民政府依法处理，不属于人民法院民事案件受理范围，应当予以驳回。
综上，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百一十九条第四项、第一百二十四条第三项、第一百五十四条第一款第三项之规定，现裁定如下：
驳回原告南京卓越装卸服务有限责任公司的起诉。
原告南京卓越装卸服务有限责任公司已预交的案件受理费16046元予以退还。
如不服本裁定，可在裁定书送达之日起十日内，向本院递交上诉状，并按照对方当事人的人数提出副本，上诉于江苏省南京市中级人民法院。
审判 长长 杨向涛
代理审判员 孙 燕
人民陪审员 夏 罡
二〇一六年三月二十一日
见习书记员 庄 妮