湖北省黄石市中级人民法院
民 事 判 决 书
(2016)鄂02民终1012号
上诉人（原审被告）：黄石市万利转向器制造有限公司，住所地黄石市武汉路43号。
法定代表人：王莲芳，董事长。
委托诉讼代理人：赵文华，湖北太圣律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）：黄石市金鑫房地产开发有限公司，住所地黄石市湖滨大道1639-8号。
法定代表人：金明坤，董事长。
委托诉讼代理人：刘会清，湖北群力律师事务所律师。
上诉人黄石市万利转向器制造有限公司（以下简称万利公司）因与被上诉人黄石市金鑫房地产开发有限公司（以下简称金鑫公司）土地使用权转让合同纠纷一案，不服黄石市西塞山区人民法院（2016）鄂0203民初78号民事判决，向本院提起上诉。本院立案后，依法组成合议庭审理了本案,现已审理终结。
万利公司上诉请求：撤销一审判决，改判驳回金鑫公司的诉讼请求或者裁定将本案发回重审。事实与理由：一、一审判决认定事实错误。（一）一审判决认定案涉725万元系税款错误。1、在其申请政府信息公开程序中，黄石市地税局作出明确答复，大冶市公安局对金鑫公司追缴的725万元不是金鑫公司补缴的税款，且未入库。其要求黄石市地税局依法公开金鑫公司缴税及补缴税款相关信息，但被告知其并非具体纳税人，纳税人的涉税信息应当保密，其无权调取涉税信息资料，只有“公、检、法”才能调取。为此，其向一审法院提交了《中止民事案件审理申请书》，请求法院裁定中止本案审理，并向以下国家机关发送司法建议，即：向黄石市地税局、国税局发函，要求依法向金鑫公司追缴偷逃税款总额11177023.83元，并向大冶市公安局发函，要求该局解释在尚有巨额税款未追缴完毕的情形下，为何撤销刑事追诉程序，同时建议该局依法恢复刑事侦查程序。但一审法院当庭驳回了该申请。故其恳请二审法院依职权到黄石市地税局核实该725万元的性质问题，并要求该局出具书面说明。2、大冶市公安局出具的《撤销案件决定书》中对725万元的定性明显违反了法律强制性规定及“追缴税款职权法定原则”，且已被税务公文书证直接否定，亦不符合法律关于公文书证证明力规则的规定。我国法律明确规定纳税人不缴、少缴税款只能由税务机关追缴并上缴国库，其他机关无权代为行使该项专属职权。同时，《刑法》亦规定涉税犯罪的当事人被判处罚金、没收财产的，在执行前，应当先由税务机关追缴税款。而根据《全国人大常委会关于惩治偷税、抗税犯罪的补充规定》、《公安部、国家税务总局关于严厉打击涉税犯罪的通知》均只规定公安机关应协助税务机关追缴税款，未赋予公安机关直接追缴税款的权利。因案涉725万元未由税务机关缴入国库，故大冶市公安局作出的《撤销案件决定书》中涉及补税内容与法律、行政法规相抵触，属于《税收征收管理法实施细则》第3条“任何部门、单位和个人作出的与税收法律、行政法规相抵触的决定一律无效，税务机关不得执行”的情形。此外，法律强制性规范明确规定，缴税、补税应出具完税凭证或代扣、代收税款凭证，而大冶市公安局为金鑫公司开具的是罚没款收据，且该725万元系汇入大冶市财政预算外专户，故应当认定该款性质为罚没收入。（二）一审判决采信金鑫公司提供的审计报告错误。1、金鑫公司已缴纳的300余万元税款中有部分系预缴且未依法进行税务清算或税务核定征收程序，而三份审计报告中相同性质数据存在不一，鉴定人在出庭接受质询时也表示审计报告中的数据存在错误。此外，根据相关规定，房地产项目涉及的税收，应当在项目完成后进行税务清算或由税务机关依法核定征收。双方在协议中也约定应先由税务机关核定再计算税款的前置性条件。故对金鑫公司已缴纳税款具体数额只能通过法定或者约定予以确定，而不能通过鉴定方式确定。且案涉725万元系被追缴的违法所得而不是补缴的税款，故该审计报告不能作为证据使用。另，截止今日，涉案税、费中仍有1100万左右（含725万元）的巨额税款尚未补缴，刑事诉讼程序不可能终结，故金鑫公司要求其承担税、费无事实和法律依据。2、对于金鑫公司经营过程中应缴纳的营业税及附加、企业所得税、土地增值税均属双方约定应由金鑫公司自行承担的前期税、费，而其按约定只需承担分得房屋后期税、费。对于后期费用的解释，应一贯结合协议的词句、条款、目的以及诚实信用原则来确定其真实意思表示，即应当解释为办理相关产权过程中应当缴纳的契税和办证费用，以及委托金鑫公司对外销售房屋应当缴纳的有关税、费。因此，其对1-3层门面房只承担取得产权后的税、费及办证费用，而对12-13层商品房，其只承担取得房屋后再次销售所产生的各项税、费。鉴定机构对双方的约定视而不见，由此出具的审计报告错误。故金鑫公司要求其承担因开发经营行为所产生的税、费于法无据。（三）一审法院认定本案未超过诉讼时效期间错误。1、本案涉及的万利综合楼B座项目2006年8月11日竣工验收。2007年11月15日办理了出卖给其的12-13层商品房产权证。2009年9月11日办理了还建其1-3层商业门面的土地使用证。此时，双方约定的权利义务本应履行完毕。2010年9月2日，金鑫公司法定代表人因涉嫌逃避税款被大冶市公安局刑事拘留并追缴非法所得725万元。2013年5月7日，金鑫公司诉至法院，要求其承担部分税、费。根据法律规定，如果金鑫公司认为其未缴清应承担的税、费，自2009年9月11日起，金鑫就应当知道自己合同权利被侵害。退而言之，即使2010年9月2日大冶市公安局追缴的725万元属补缴税款，此时金鑫公司也应当知道自己合同权利被侵害，应当在2年内向人民法院请求保护其民事权利。而金鑫公司直至2013年5月7日才提起民事诉讼，显然超过了法定诉讼时效期间。2、即便有证据证明诉讼时效中断，2013年5月7日向人民法院起诉没有超过诉讼时效，而金鑫公司变更诉讼请求中超出2506195.29元的部分也超过了诉讼时效。二、一审判决适用法律错误。1、《最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》第14条规定，合作开发房地产合同，是指当事人订立的以提供土地使用权、资金等作为共同投资，共享利润、共担风险合作开发房地产为基本内容的协议。而本案双方当事人之间的法律关系并非合作开发房地产性质。2004年，黄石市人民政府因旧城改造需要征收其土地使用权，其采取了积极配合的态度予以支持，政府部门也口头承诺会让开发商在拆迁还建时给予合理补偿。后经过与国土部门多轮谈判，其于同年3月与黄石市国土资源局（以下简称市国土局）签订土地收回补偿合同，国家提前收回了土地使用权。至此，其对涉案A、B地块已丧失土地使用权。2004年3月19日，市国土局就涉案A、B地块作出《国有土地使用权挂牌出让公告》，均为买受人设定了前置性条件，即必须为其还建办公用房，具体还建标准由双方商定。同年4月，黄石市交龙房地产开发公司（以下简称交龙公司）和金鑫公司依次取得A、B地块的土地使用权。为了履行土地出让公告要求的拆迁还建义务，交龙公司于同年11月与其签订了《房屋拆迁协议》，约定A地块地上建筑物由交龙公司拆迁，并还建其部分面积房屋。其所得房屋应缴纳的所有税、费由交龙公司自理。2007年11月13日，黄石市地税局以拆迁还建为由，对其应缴的该部分税、费予以减免。次月，黄石市房产局亦以拆迁还建为由为其办理了房屋产权转移证明。对此，交龙公司也在该证明上盖章予以认可。反观本案，金鑫公司取得涉案B地块使用权后为其办理产权转移手续时所走的程序和前述交龙公司完全相同，金鑫公司亦在前述相同性质文件中签字认可双方关系为拆迁还建关系，也对其依据约定垫付土地出让金420万元的事实未持异议，故金鑫公司主张其在涉案项目中以土地使用权出资与其联合开发明显缺乏事实依据。况且在同一相连土地上，一个为拆迁还建，一个为联合开发，这既不符合国土部门土地公告的前置性条件，也不符合日常经验法则。另，其没有参与案涉房屋的开发，不承担风险，仅获取固定收益，该情形明显不符合合作开发房地产的性质。如果双方是合作开发，根据协议约定，金鑫公司只建造15层房屋，但竣工时却建造成17层，那么多建设的2层房屋因合同没有约定，按照公平原则，其理应分得该2层房屋一半的产权。2、本案应当定性为兼具商品房买卖与城市房屋拆迁还建安置补偿两方面内容的合同。首先，对1-3层门面房部分，应为城市房屋拆迁还建安置补偿合同（其支付对价为原厂房）。由于市国土局将其土地收回时，补偿对象仅限于未到期的土地使用权，不包括地上附着物，2004年3月19日国土部门在《国有土地使用权挂牌出让公告》明确要求，1-6层为商业、办公用房，用于安置职工就业和原单位办公，具体还建标准及有关事宜由买受人与万利公司商定。而金鑫公司作为该土地使用权的买受人，无论是依据该公告的要求，还是依据当时《房屋拆迁管理条例》相关规定，均应当承担对被拆迁人的拆迁安置义务。双方于2004年1月6日签订的《黄石市万利转向器制造有限公司综合楼改建工程开发协议书》（以下简称《开发协议》），以及2004年4月18日签订的《房屋拆迁还建协议》，均是对上述拆迁安置义务的落实。2006年8月17日双方签订的《黄石市万利综合楼B座非住宅房产权分割协议书》（以下简称《分割协议》）则是对还建房产的具体落实和分割。而房产部门的《商品（拆迁）房屋产权转移证明》、税务部门的减免契税单据、具备税务鉴证资质的黄石弘宇税务师事务有限公司和黄石安信联合会计师事务所依次出具的黄弘鉴综字（2015）第004号《鉴证报告》、黄安师审字（2014）第3002号《审核报告》均可证实拆迁还建的事实。其次，对12-13层住宅房屋部分，应为商品房买卖性质。因其未参与经营，也不承担风险，其垫付的土地出让金应当认定为购房款。故其获取该部分房产的性质，应当定性为房屋买卖合同关系。三、原审法院审判程序严重违法。一审判决遗漏审查了其已提交的政府信息公开申请表、黄石市税务局书面回复、交龙公司于2004年11月与其签订的《房屋拆迁协议》、万利大厦A座税、费减免表。综上所述，一审判决认定事实不清、适用法律错误、程序违法。请求二审法院依法改判或发回重审。
金鑫公司辩称：一、一审判决认定其向公安机关交纳的725万元是补缴的税款正确。1、一审法院在收到万利公司《中止民事案件审理申请书》后，并未当庭驳回，而是休庭合议，并向业务主管领导汇报。后再次通知开庭时才告知万利公司申请中止审理的理由不符合民诉法的规定，予以驳回。但休庭后，主审法官还是尊重了万利公司的意见，并前往大冶市公安局进行必要的调查，证实《撤销案件决定书》是大冶市公安局作出的，具有法律效力，税款已追缴，并已上缴国库，刑事案件已终结。大冶市公安局收缴725万元的行为就是协助税务机关收缴税款的行为，至于公安机关与税务机关协作关系的具体内容，作为其或者其他人是无法干预的，万利公司同样也无法干预。同时，税务机关已作明确答复“金鑫公司交纳公安机关的725万元涉及司法机关侦查案件的秘密不予公开”，言外之意就是以公安机关的法律文书为准。一审中万利公司没有申请法院调取证据，上诉状中提出要求二审法院调取证据，要求税务机关出具书面说明，不符合法律规定的程序。同时，任何说明不能对抗公安机关的生效法律文书。2、大冶市公安局作出的《撤销案件决定书》是生效的法律文书，具有法律效力，应当作为定案依据。《撤销案件决定书》是大冶市公安局依法定程序作出的决定，具有法律效力，能作为本案的定案证据。该决定书的内容明确载明“侦查过程中黄石金鑫房地产开发公司已补缴税款725万元，犯罪情节轻微，我局决定撤销案件”，充分说明其缴纳的725万元是补缴税款。万利公司提出该725万元未入国库是对国库的片面理解。国库实际就是管理国家财政收入和支出的部门。国家财政机关和中国人民银行是国库的管理者。大冶市公安局在侦查过程中要求金鑫公司将补缴的税款汇入大冶市财政局财政专户，就是进入国库的流程。因此，大冶市公安局的《撤销案件决定书》中“该税款已全部上缴国库”是符合客观事实和法律规定的。万利公司认为其缴纳的725万元是公安机关罚没款是错误的，公安机关在侦查过程没有处罚权利，只有追缴税款的权利。此外，《撤销案件决定书》是生效的法律文书，非经法定程序予以撤销，具有法律效力和证据证明力。应当作为本案的定案证据。二、一审判决采信的3份审计报告正确。1、黄石市荆山联合会计事务所（以下简称荆山会计所）接受大冶市公安局的委托，对“万利综合B座”项目作出的专项审计报告是大冶市公安局在侦查本案所涉联合开发项目税款情况进行的审计，且大冶市公安局是以该专项审计报告为依据追缴联合开发“万利综合B座”项目税款的。因此，该专项审计报告是本案定案的证据。2、荆山会计所出具的专项审计报告中所涉税款包括了万利公司分得房屋及委托其代为销售房屋的税款。为此，其提出诉讼后申请人民法院向荆山会计所咨询，区分“万利综合B座”项目总税款中万利公司应承担的数额。荆山会计所作出的审计咨询报告是符合法律规定的。3、为了进一步查清其已交纳税款总额中涉及万利公司应承担的税款数额，金鑫公司申请荆山会计所进行进一步审计，该所再次作出审计报告。万利公司对前述3份报告均未提供足够推翻的证据予以否定，且在诉讼中多次提出鉴定申请，但要么放弃鉴定，要么不交纳鉴定费用，不配合人民法院依法定程序进行鉴定，导致最终未重新鉴定，故应当承担不利的法律后果，该3份审计报告应作为本案的定案依据。4、审计报告的数据不存在错误。鉴定人在出庭接受质询时，对部分数据之间存在差异的情况作了说明，不存在错误。5、关于前期税、费和后期税、费的理解很明确，不存在争议。双方签订的《分割协议》约定，无论什么时候，万利公司所得产权涉及的税、费均自行承担，其不承担任何经济和法律责任。《补充协议》约定，万利公司所得房屋的销售所产生的各项税、费（含物业维修基金、营业税、所得税、土地增埴费等，以相关部门核定的数据为准）均由万利公司承担，可见合同明确约定了万利公司应承担的后期税、费范围。由于双方虽是合资合作开发房地产关系，但双方没有共同成立新的经营组织，始终是以其名义进行经营开发，故纳税主体只能是其。但其缴纳税、费后，万利公司应当根据双方约定向其支付分得房屋产权所涉及的税、费，并对双方的往来帐进行清算。此外，万利公司既是共同开发方，又将所开发的房屋留用。从纳税的角度上讲，自己留用的房屋视同销售。即其既是出卖人，又是购买人。因此，万利公司既应缴纳作为出卖人应当缴纳的税款和房屋维修基金，还要缴纳作为购买方应缴纳的税款和房屋维修基金。故一审判决万利公司承担的税、费和房屋维修基金正确。三、一审法院认定本案没有超过诉讼时效正确。万利公司在双方签订的协议中多次向其表示愿意按协议承担税、费，并出具承诺书，表示无论什么时候所得房屋产权涉及的税、费均自行承担，无需其承担任何经济和法律责任。由此可见双方之间并未因税、费问题发生纠纷，其权利并未被侵害。直至其法定代表人涉嫌逃避税款被解除强制措施，即2011年9月后，其才向万利公司提出对双方合作建房予以清算。此时，万利公司违背多份协议和承诺拒不与其结算，其于2013年5月7日向人民法院提起诉讼没有超过2年的时效期间，况且有诸多证据证明双方一直处于协商状态，诉讼时效存在中断情形，故其并未超过诉讼时效期间。四、一审判决认定双方是合资合作开发房地产合同关系正确。1、双方签订的《开发协议》符合相关法律规定的合资合作开发房地产合同的特征。合同的内容充分证实了双方系合作开发房地产合同关系，不是拆迁安置补偿关系。2、万利公司垫资的420万余元实际是万利公司将自己所有的工业用地，通过黄石市国土资源管理部门收储后，变为商业用地和转移土地使用权所交纳的土地出让金。由于万利公司无开发房地产资格，故以其名义拍得土地使用权。万利公司这一系行为旨在完成提供土地使用权的义务。因此，双方也不存在房屋买卖合同关系。五、一审审判程序合法，不存在违反法定程序的行为。上诉人要求二审法院发回重审的请求不符合法律规定。交龙公司与万利公司签订的《房屋拆迁协议》与本案无关，故一审判决对万利公司提供该证据没有作出评判不影响本案的判决。此外，本案已被发回重审一次，根据法律规定不得再次发回重审。总之，一审判决认定事实清楚，适用法律正确，审判程序合法，上诉人万利公司上诉理由不能成立。请二审法院依法驳回上诉，维持原判。
金鑫公司向一审法院起诉请求：一、万利公司依照双方签订的《开发协议》、《分割协议》和《补充协议》及《承诺书》的约定，向其支付联合开发“万利综合楼B座”工程项目中，万利公司分得房屋及委托其销售分得房屋（住宅）各项税、费5848233.27元（其中：营业税及附加1668550.23元、土地增值税2506143.26元、企业所得税1615128.27元、房屋维修基金58411.51元）；二、请求判决万利公司返还其开发房地产预付订金50万元、其代为垫付的土地出让金100万元；三、请求确认其应付万利公司代售房屋余款2135389元，与上述第一项相抵扣后，请求判决万利公司实际支付其5212844.27元；四、本案诉讼费用及其他费用由万利公司承担。
一审法院认定事实：2004年1月6日，金鑫公司与万利公司签订《开发协议》，约定：本工程位于黄石市武汉路43号，为一幢十五层综合楼；由万利公司提供合法有效的建设用地及相关法律文件，金鑫公司提供建设资金及技术，按市规划建设局及相关部门批准的规划设计蓝图联合开发建设本工程；1-3层为商业用房，万利公司分得该综合楼以武汉路为轴线，靠东南方向18米长门面房，金鑫公司分得该综合楼以武汉路为轴线，靠西北方向18米门面房；4-15层为住宅，其中万利公司分得12-13两层，其余归金鑫公司所有；万利公司负责办妥土地出让金减免手续，如未办妥，则土地出让金由万利公司承担。除上述费用外，本工程的所有前期税、费均由金鑫公司交纳（万利公司分得房屋的后期税、费，金鑫公司不承担）；鉴于万利公司要拆除开发土地上的旧房，金鑫公司借给万利公司100万元以作搬迁费用，还款从万利公司分得房屋销售款中扣回，不够部分万利公司负责偿还，代为销售房款多余部分支付给万利公司，还款时间最迟为本工程竣工后一年内；为本工程顺利建成，金鑫公司于2004年1月8日支付万利公司50万元订金，在工程竣工后双方清算时退还等。2004年1月8日，金鑫公司通过银行转账方式向万利公司支付50万元。2004年3月1日，市国土局与万利公司签订《国有土地使用权收回补偿合同》，约定案涉土地使用权收归为国有，由黄石市地产交易中心进行公开挂牌出让，其中B地块补偿万利公司916658.12元。2004年3月19日，黄石市地产交易中心在黄石日报刊登了《国有土地使用权挂牌出让公告》，其中载明:案涉土地使用权规划用途综合楼（B座），竞买保证金100万元。2004年4月6日，金鑫公司支付土地挂拍保证金100万元。2004年4月18日，金鑫公司与万利公司签订《房屋拆迁还建协议》，约定因万利综合楼B座工程项目需要，金鑫公司将拆除案涉土地上的房屋；金鑫公司在工程竣工后，对万利公司还建1-3层房屋总面积的50%，还建面积约2500㎡作为万利公司生产、办公使用；万利公司所得还建面积的后期税、费按地税部门确认的数额为准，由万利公司自行承担。次日，金鑫公司与市国土局签订《国有土地使用权出让合同》，约定金鑫公司取得案涉土地使用权，土地出让金为420万元（含土地补偿费用），2004年9月30日前分三期支付等。万利公司按上述约定支付土地出让金3284000元，另以B地块应获的土地补偿款916658.12元抵付剩余土地出让金。2004年6月10日，万利公司与金鑫公司签订《改造工程开发补充协议》，对双方于2004年1月6日签订的《开发协议》进行了补充约定。2004年10月28日，“万利综合楼B座”项目开工建设。2006年8月11日，工程竣工验收，建筑面积为19218㎡。2006年8月17日，万利公司与金鑫公司又签订《分割协议》，细化了非住宅房产的分割方案并约定万利公司所得非住宅房产的后期税、费及办理产权产生的费用由万利公司自负。同日，双方还签订了《补充协议》，约定万利公司所得房屋销售所产生的各项税、费（含物业维修基金、营业税、所得税、土地增值费等，以相关部门核定的数据为准）均由万利公司自行承担。万利公司将其分得住宅房屋中的10套委托金鑫公司代为销售。目前，金鑫公司尚欠万利公司销售收入款2135389元未支付。2007年7月26日，万利公司出具《承诺书》，载明承担金鑫公司代为销售房屋产生的各项税、费，并表示无论什么时候，其所得产权涉及的税、费均自行承担，金鑫公司不承担任何经济和法律责任。“万利综合楼B座”项目开发期间，金鑫公司向税务机关就该项目申报缴纳了部分税款3674464.14元，并向房产管理部门缴纳了住房维修基金254644元。2010年7月，大冶市公安局以金鑫公司涉嫌逃避税款罪立案侦查。侦查过程中，大冶市公安局委托荆山会计所对“万利综合楼B座”项目少缴纳的税、费进行了专项审计，该所出具黄荆师[2010]鉴字第8号《关于黄石市金鑫房地产开发有限公司的专项审计报告》（以下简称专项审计报告），鉴定意见为金鑫公司少缴纳税款11177023.83元。根据该鉴定意见，大冶市公安局向金鑫公司收缴了税款725万元，并于2016年1月17日作出《撤销案件决定书》，内容为：“我局立案侦查的黄石市金鑫房地产开发有限公司逃避追缴欠税一案，在我局侦查过程中黄石市金鑫房地产开发有限公司已补缴税款725万元，该税款已全部上缴国库。鉴于本案是单位涉嫌犯罪，且黄石市金鑫房地产开发有限公司已补缴税款725万元，犯罪情节轻微，我局决定撤销案件。”本案审理期间，一审法院向荆山会计所递交咨询函，要求荆山会计所对专项审计报告中有关万利公司应承担的税款作出说明。该所于2013年5月18日出具报告称万利公司所得房屋计税收入涉及的税、费合计金额为5789821.76元，其中营业税及附加1668550.23元、土地增值税2506143.26元、企业所得税1615128.27元。2014年5月19日，荆山会计所作出《关于黄石市金鑫房地产开发有限公司与黄石市万利转向器制造有限公司合作开发万利综合楼B座有关税、费问题的补充咨询意见函》，内容为：万利公司分得万利综合楼B座房屋涉及的应缴税、费应分摊金鑫公司已缴纳税、费的数额为4260651.45元，其中营业税1077073.27元、城建税75395.13元、教育费附加32312.20元、地方教育发展费21541.46元、堤防费21541.46元、企业所得税1188551.03元、土地增值税1844236.90元。金鑫公司补缴税款后多次要求万利公司承担自己应缴纳的税、费，并对双方往来款进行结算，但双方未能达成一致意见。
另认定，万利公司于2007年11月向黄石市地方税务局申报减免还建房屋（建筑面积2281.80㎡）契税，经批准减免税额464495.48元。同年，万利公司办理了本案所涉项目1-3层门面房50%的房屋产权证并缴纳了住房维修基金29663元。
一审法院认为，万利公司与金鑫公司先后签订的《开发协议》、《房屋拆迁还建协议》、《改造工程开发补充协议》、《分割协议》、《补充协议》，均是当事人真实意思表示，且未违反法律、行政法规效力性禁止规定，合法有效。其中，《开发协议》及其一系列补充协议约定双方以金鑫公司提供建设资金及技术，万利公司提供土地的形式共同完成“万利综合楼B座”项目的开发。同时，上述协议对项目完成后的房屋分配比例及税、费分担亦进行了具体约定。从市国土局与万利公司签订的《国有土地使用权收回补偿合同》来看，金鑫公司摘牌成交的是一块净地，而涉及该地块建（构）筑物、地面附着物及其他拆迁范围内其他设施的拆迁清理工作应由万利公司负责且费用自担。对此，万利公司已获得相应的补偿。反观《房屋拆迁还建协议》虽是双方对该项目土地上万利公司所有房屋拆迁补偿问题所达成的协议，但内容与《开发协议》对于1-3层门面房的分配方案及税、费承担内容相一致。根据审理查明的内容，首先，本案所涉项目土地虽以金鑫公司名义受让取得（净地），但土地出让金由万利公司支付，万利公司实质上履行了提供土地的义务，金鑫公司也依约履行了提供建设资金义务完成了项目的开发。其次，关于共享利润，双方签订的相关协议对建成后的房屋分配比例作出了明确约定，而实物分配即为利润分配的方式之一。再次，协议虽未约定风险分担，但从协议的实质内容判断，万利公司承担着项目失败则丧失出资和利润的风险。最后，共同经营不是合作开发的必备条件，万利公司没有参与开发建设与法律规定并不相悖。据此，可以认定双方在房地产开发过程中存在共同出资、共享利润和共担风险的行为。另外，万利公司在涉案土地摘牌过程中为金鑫公司支付土地出让金并获得房屋的行为，亦与通常情形下的房屋买卖行为不符。综合考量上述因素，本案应认定双方为合资合作开发房地产合同关系。故万利公司认为不能根据《开发协议》合同名称认定为合资合作开发房地产合同，而应认定为拆迁还建协议和商品房买卖协议结合的观点不能成立，对该抗辩理由不予支持。
合同成立且生效后，双方都应当按照协议约定切实履行自己的义务。关于万利公司分得房屋的后期税、费，依照双方协议约定以及万利公司出具的承诺书，均应由万利公司自行负担。金鑫公司虽是缴纳义务人，但其对于万利公司应承担的税、费仅承担代扣代缴义务。万利公司认为其在办理1-3层门面房50%的房产证时已经缴纳了相关税、费。然而，依据税收相关规定，万利公司所分得门面房作为拆迁还建房屋应缴纳的税、费除办证时应缴纳的契税和印花税外，还包括营业税及其附加费、企业所得税、土地增值税等。因此，协议及其承诺书中所指的后期税、费应包括上述各项税、费，而不单是指契税。对于商业用房契税和印花税以外的税、费，万利公司一直未缴纳。此外，万利公司分得的商业住房16套也未缴纳税、费，对于未缴纳的税、费，万利公司应依法缴纳。如金鑫公司已代为缴纳，万利公司则应支付给金鑫公司。根据公安机关在侦查金鑫公司涉嫌逃避税款罪的过程中委托鉴定的审计报告，金鑫公司在“万利综合楼B座”项目开发过程中少缴纳税款（含营业税及其附加费、企业所得税、土地增值税）11177023.83元。对于该审计报告，鉴定机构已就少缴纳税、费中万利公司应负担的部分进行补充说明，核算出万利公司应负担营业税及附加费、企业所得税、土地增值税合计5789821.76元。由于房地产开发过程中所涉税种、税率等信息属于公开信息，能够为社会大众所获知，故公安机关在侦查案件的过程中依照法定程序委托鉴定机构根据金鑫公司提供的资料出具审计报告符合法律规定。在该审计报告的基础上，鉴定机构应要求作出的补充说明亦符合法律规定。此外，万利公司在法定期限内也未申请重新鉴定。故双方在“万利综合楼B座”项目开发过程各自应负担的税、费（含营业税及其附加费、企业所得税、土地增值税）可依审计报告的意见予以确认。故万利公司主张其应承担的税、费只能由税务机关的核准的辩解意见不予采纳。
审计报告作出后，公安机关依据该报告要求金鑫公司补缴税款725万元且未再追究金鑫公司的法律责任。根据《中华人民共和国刑法修正案（七）》第三条规定，纳税人补缴税款的，不予追究刑事责任。据此，金鑫公司因涉嫌逃避税款罪被公安机关侦查过程中缴纳的725万元应定性为税款。如税务机关认为该725万元应由其收取，税务机关也只能向大冶市公安局收取。鉴于金鑫公司已缴纳的税款10924464.10元包含了应由万利公司缴纳的税、费4260651.45元，故上述税、费4260651.45元，应由万利公司支付给金鑫公司。但万利公司向金鑫公司支付了上述税款项后，如税务机关再行收缴则应由金鑫公司缴纳，万利公司不再承担缴纳义务。对于万利公司应缴而金鑫公司尚未代缴的税款1529170.31元（5789821.76元－4260651.45元），应待税务机关实际收缴时，由万利公司自行向税务机关缴纳或由金鑫公司代缴后再由万利公司支付给金鑫公司。
关于住房维修基金，万利公司在办理商业用房的房产证时已经缴纳，但其缴纳的金额系其作为产权所有人应负担的部分。房产开发方对该部分及16套商品房应缴纳的住房维修基金依照协议仍属于万利公司负担的后期税、费。根据金鑫公司缴纳的住房维修基金数额和面积比例，万利公司还应负担58411.51元。此外，万利公司还应返还金鑫公司开发订金50万元、垫付的土地出让金100万元。据此，万利公司应共计支付金鑫公司5819062.96元。抵扣金鑫公司欠付其商品房销售款2135389元后，还应支付3683673.96元。
关于万利公司抗辩本案已超过诉讼时效问题，因本案涉及的双方税、费问题至2016年元月17日公安机关才作出结论，也正因为此，双方尚未实际就涉案的税、费承担及部分房屋销售款等问题进行有效的结算；金鑫公司在本案审理过程中变更诉讼请求，亦不违反诉讼时效的规定。故对万利公司认为本案已超过诉讼时效的抗辩不予支持。
综上，根据《中华人民共和国合同法》第六条、第七条、第八条、第四十四条第一款、第一百零七条、第一百二十五条、《土地使用权司法解释》第十四条、第十五条的规定，判决：一、万利公司于本判决生效之日起十日内支付金鑫公司3683673.96元；二、驳回金鑫公司的其他诉讼请求。
二审中，当事人没有提交新证据。
经二审审理查明：一审法院认定的事实属实，本院予以确认。
本院认为：一、关于金鑫公司被大冶市公安局追缴725万元的性质问题。根据《公安部国家税务总局关于严厉打击涉税犯罪的通知》以及《国家税务总局、公安部关于深入开展打击涉税违法犯罪活动进一步整顿和规范税收秩序的通知》规定，公安机关和税务机关对打击涉税违法犯罪活动要本着各司其职、通力合作的原则，互相支持，互相配合；公安机关在办理涉税刑事案件中，要协助税务机关追缴应收缴的款项；对公安机关在办案中追缴的税收款项，要及时按规定预算级次缴入国库。由此可见，公安机关在办理涉税刑事案件中，有协助税务机关追缴税款的义务，有权代税务机关向涉税刑事案件当事人依法追缴税款。本案中，金鑫公司在开发“万利综合楼B座”项目过程中涉嫌犯逃避税款罪被大冶市公安局立案侦查，大冶市公安局在侦查过程中，委托荆山会计所对金鑫公司在此项目中是否欠缴税款作出专项审计报告，发现金鑫公司存在税款未缴清的问题，故向金鑫公司收缴了725万元款项。从以上事实看，大冶市公安局所办理的案件系涉税刑事案件，侦查过程中发现了犯罪嫌疑人金鑫公司存在欠缴税款的事实，故其有权根据相关规定协助税务机关代为追缴税款。那么大冶市公安局收缴金鑫公司725万元是否系追缴税款行为呢？首先，大冶市公安局作出的《撤销案件决定书》证明金鑫公司补缴了725万元税款，犯罪情节轻微，故予以撤销案件，该决定书已发生法律效力，可见大冶市公安局是以追缴税款的名义收取金鑫公司725万元；其次，相关法律行政法规没有赋予公安机关在刑事侦查过程中有罚没权，即大冶市公安局无权对涉嫌犯罪的金鑫公司进行罚款和没收财产；再次，根据相关规定，对涉税犯罪的当事人应当先追缴税款，大冶市公安局是依据荆山会计所对“万利综合楼B座”项目是否存在少缴税款作出专项审计报告后，在少缴税款金额内向金鑫公司追缴的725万元，并无其他收取该款的法定理由。因此，大冶市公安局向金鑫公司收取725万元，应当认定为追缴税款行为。至于大冶市公安局在追缴该725万元税款后，有没有及时与税务机关对接和移交该款，属于国家机关内部之间的协调问题，并不影响该款系补缴税款的性质。故对万利公司主张案涉725万元不是补缴税款的上诉理由不予采信。
二、关于荆山会计所出具的3份审计报告是否应当采信的问题。荆山会计所接受大冶市公安局的委托，对“万利综合B座”项目作出专项审计报告，该审计报告中所涉税款包括了万利公司分得房屋及委托金鑫公司代为销售房屋的税款。一审法院为分清万利公司与金鑫公司各自应承担税款的金额，向荆山会计所咨询，荆山会计所再次作出两份审计报告，对金鑫公司已交纳税款总额中涉及万利公司应承担的税款金额进行了审计并作出结论。上述3份审计报告的鉴定人具有鉴定资格，鉴定程序没有违反法律规定，而万利公司也未提供足够推翻3份审计报告的证据，其虽在诉讼中多次提出鉴定申请，但要么放弃鉴定，要么未交纳鉴定费用，最终导致未重新鉴定，故应当承担不利的法律后果。一审庭审中，鉴定人在出庭接受质询时，对审计报告部分数据之间存在较小差异的情况作出了说明，即在计算数额时采取了“四舍五入”或者取整数等原因形成了差异，虽有较小出入，但不存在错误的情形。故一审判决以上述3份审计报告作为确定万利公司应承担税、费、房屋维修基金金额的定案依据正确。
三、关于一审判决确定本案案由为合资合作开发房地产合同纠纷是否正确的问题。根据《最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》第14条规定，合作开发房地产合同，是指当事人订立的以提供土地使用权、资金等作为共同投资，共享利润、共担风险合作开发房地产为基本内容的协议。本案中，双方当事人签订的《开发协议》虽约定联合开发建设万利综合楼工程项目，但合同的实质内容为万利公司仅提供合法有效的建设用地，获得固定面积的房屋，不承担开发风险，不符合合资合作开发房地产所应具备的“共担风险”特征。万利公司所收取的固定利益已经成为“投入”土地使用权的对价（万利公司出资的420万余元实际是其将自己的工业用地通过黄石市国土资源管理部门的收储后，转变为商业用地和转移土地使用权所交纳的土地出让金），这与土地使用权转让法律关系的权利义务内容一致。因此，当事人的真实意思并不是进行所涉房地产项目的合作开发，而是进行投入项目建设土地使用权的转让和受让。根据《最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》第24条“合作开发房地产合同约定提供土地使用权的当事人不承担经营风险，只收取固定利益的，应当认定为土地使用权转让合同”的规定，在当事人意思的外在形式与内在真意不一致的情况下，应当以真实意思确定当事人之间的法律关系性质，即本案案由应当确定为土地使用权转让合同纠纷。故一审判决确定本案案由为合资合作开发房地产合同纠纷不当，应当予以更正。
四、关于税费承担问题。根据《中华人民共和国合同法》第六十条的规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。本案中，万利公司与金鑫公司签订的《开发协议》约定本工程前期税、费均由金鑫公司交纳，万利公司自行承担分得房屋的后期税、费；双方签订的《分割协议》约定万利公司所得非住宅房产的后期税、费及办理产权产生的费用由万利公司自负；双方签订的《补充协议》约定万利公司所得房屋销售所产生的各项税、费（含物业维修基金、营业税、所得税、土地增值费等，以相关部门核定的数据为准）均由万利公司自行承担。此外，万利公司在办理分得的房屋产权证时还向金鑫公司出具《承诺书》，载明承担金鑫公司代为销售房屋产生的各项税、费，并表示无论什么时候，其所得产权涉及的税、费均自行承担，金鑫公司不承担任何经济和法律责任。由此可见，双方当事人对于各自税、费的承担有过多次同一的约定和承诺，万利公司应当按照该约定和承诺承担其所分得房屋的后期税、费。故金鑫公司代万利公司缴纳的税、费部分，万利公司应承担返还义务。
五、关于诉讼时效问题。诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。本案中，万利公司与金鑫公司在提起诉讼前并未对开发房地产事宜进行清算，有关订金、垫付土地出让金、金鑫公司代万利公司销售房屋的房款等款项也没有结算，加之万利公司多次向金鑫公司表示愿意按协议承担税、费，并出具承诺书承诺承担自己应缴纳税、费，故未发生权利被侵害的事实。直至金鑫公司向万利公司提出进行清算时，万利公司拒绝承担税、费，此时，才发生诉讼时效期间的起算，故不存在超过诉讼时效期间的问题。
六、万利公司提交的政府信息公开申请表、黄石市税务局书面回复、万利公司与交龙公司于2004年11月签订的《房屋拆迁协议》、万利大厦A座税、费减免表与本案并无关联，故一审判决对上述证据没有作出评判不影响本案的处理。至于万利公司提出双方约定只建造15层房屋，但竣工时却建造成17层，多建设的2层房屋因合同没有约定，按照公平原则，其理应分得该2层房屋产权的主张，因该主张不属于本案的审理范围，故本院对此不予评判。
综上所述，万利公司的上诉请求均不能成立，应予驳回。一审判决认定事实清楚，虽然确定案由错误，但判决结果正确，本院予以维持。依据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项之规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费48290元，由万利公司负担。
本判决为终审判决。
审 判 长 尹 策
审 判 员 胡志刚
代理审判员 周 希
二〇一七年四月二十六日
书 记 员 刘必成