山东省高级人民法院
民 事 判 决 书
(2017)鲁民终1549号
上诉人（原审被告）：山东新晨科技有限公司，住所地山东省德州市德州经济开发区东方红路以北沙王河以西董子文化街A座7户。
法定代表人：岳长磊，该公司董事长。
委托诉讼代理人：庞小华，山东思昂律师事务所律师。
委托诉讼代理人：郭冬善，山东思昂律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）：江苏南通二建集团有限公司，住所地江苏省启东市人民中路683号。
法定代表人：杨晓东，该公司董事长。
委托诉讼代理人：于健生，山东天衢律师事务所律师。
委托诉讼代理人：杜宇，山东天衢律师事务所律师。
上诉人山东新晨科技有限公司（以下简称新晨公司）因与被上诉人江苏南通二建集团有限公司（以下简称南通二建）建设工程施工合同纠纷一案，不服山东省德州市中级人民法院（2014）德中民初字第133号民事判决，向本院提起上诉。本院于2017年9月13日受理后，依法组成合议庭，对本案进行了审理。本案现已审理终结。
新晨公司的上诉请求：1.撤销山东省德州市中级人民法院（2014）德中民初字第133号民事判决，将本案发回重审或依法改判；2.诉讼费用由南通二建承担。事实及理由：1.德州正和工程造价咨询有限公司（以下简称正和咨询公司）出具的《工程造价鉴定意见书》不能作为认定工程造价的依据，不应予以采纳。首先，该鉴定意见书程序严重违法，作为鉴定人的正和咨询公司具有回避情形，依法应当回避。正和咨询公司曾受南通二建的委托参与过本案项目的咨询、审计工作，并为南通二建出具了《工程预（结）算书》。根据《民事诉讼法》第44条、《司法鉴定程序通则》第22条、《工程造价鉴定规则》（2012）第3.0.1条的规定，正和咨询公司因曾参与过鉴定项目咨询审计工作，已经不能独立、客观的做出鉴定结论，其依法应当回避。其次，鉴定意见书所依据的鉴定材料未经双方当事人质证，直接进入鉴定程序，违反法律规定和鉴定规则。原审中，施工资料、签证资料等鉴定资料未经当事人质证，这些鉴定材料的合法性、真实性和关联性未得到法院的确认，直接由南通二建交由鉴定机构，严重违反法律程序。而且，南通二建起诉仅仅提供了建筑施工合同和其自行计算的结算书。用于证明工程量和施工过程的证据并未提交，而是直接在鉴定程序中交鉴定机构。鉴定机构依据合法性、真实性和关联性均未得到法院确认的鉴定材料做出的鉴定结论的客观性是无法保证的。实质上，给予鉴定机构确认鉴定材料真实性和关联性的权力，是“以鉴代审”。因此，鉴定意见书不能作为认定工程量的依据，一审法院对该意见书予以采纳是错误的。再次，鉴定意见书得出的造价结论依据错误、缺乏客观性和真实性。原审庭审中，新晨公司申请了专家辅助人对鉴定意见的专业错误与鉴定人员进行了对质，双方争议巨大。鉴定机构的出庭人员对我方专家辅助人提出的问题不能提供专业的回答，其在庭后出具的《补充鉴定意见书》中的答复也及其简单并不专业。2.原审判决认定新晨公司应按月息1.8%承担工程款利息，属于认定事实错误，适用法律错误。首先，原审判决认为“工程造价为41,668,724.89元，与南通二建提交的结算价相差不大，说明造成双方不能顺利结算的原因在新晨公司”，原审判决如此认定不符合事实且不符合逻辑。双方为工程结算签订了《补充协议》，约定了完成审计的时间，也同时约定了由于承包方原因审计时间顺延。工程结算时委托的第三方进行审计，在审计过程中，因南通二建拒不配合审计，导致审计结果迟迟无法做出。双方签订的《建设工程施工合同》专用条款第32.3条约定“双方应积极配合咨询公司审计工作，以使工程审计工作尽快完成，双方均不得以任何理由故意拖延审计工作”，根据约定，双方均有义务积极配合咨询公司审计。由于工程结算初步结果不符合南通二建的预期，其一直不予配合审计，造成审计迟延的责任在南通二建。本案工程标的达几千万，工程结算本就是及其复杂的专业性工作，并且南通二建并未全部完工，这也造成了审计工作的复杂性。同时，因结算是委托专业第三方审计，新晨公司也无法控制审计时间，南通二建的不配合至少应承担大部分责任。原审判决以工程造价结论与南通二建提交的结算价相差不大得出不能顺利结算的原因在新晨公司，不符合逻辑。工程造价是委托第三方审计的，并非新晨公司进行审计。本案鉴定意见存在诸多问题，鉴定结论已倾向于南通二建。更重要的是，即使工程造价与南通二建主张的相差不大，也不能抛开审计过程，而直接以结果来推断出新晨公司存在过错。其次，原审判决认定新晨公司应以月息1.8%承担利息，属于适用法律错误。如上所述，虽然双方做出了审计不能如期完成，新晨公司将承担月息1.8%的利息的约定，但不能如期完成的原因在南通二建，该约定因新晨公司并未违约而不能适用。关于逾期付款的违约责任，双方在《建设工程施工合同》专用条款中约定“如150个工作日未完成审计，违约条款按通用条款执行”，在通用条款第33.3条约定的违约利息按照银行贷款利率计算。双方在补充协议中约定的利息过高。合同一方承担的违约责任应当以实际损失为基础。合同法第114条规定了约定的违约金过高应该予以调整，适当减少。《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释（二）》第29条规定了约定的违约利息不应超过损失的30%。本案中月息1.8%的违约金直逼民间借贷利率的法定上限，明显过高。本案审理严重超审限，时间跨度达三年，如按月息1.8%计算利息，对新晨公司有失公允。原审判决确定的工程款本金为1031万余元，利息几乎翻倍。本案自起诉至做出判决，时间达三年，严重超审限。综上，原审判决对利息的判决适用法律错误，应予以调整。3.原审法院没有对新晨公司提起的反诉做出判决，属于严重的程序违法。原审法院对反诉和本诉合并审理，并进行了庭审（见庭审笔录），但原审法院并未对反诉做出判决，在本诉判决中也未对新晨公司提出的反诉做出任何论述和决定，程序严重违法。
南通二建辩称，1.一审工程造价鉴定意见可以作为认定案涉工程造价的依据。新晨公司认为鉴定机构应当回避，但是在正和咨询公司被选为本案鉴定机构之后一年多时间里并未提出回避的意见，反而在鉴定机构作出鉴定意见后，再提出回避申请，有违诚实信用原则。而且，鉴定机构的工作人员鉴定前并未参与本案的工程造价审计工作，在新晨公司所述的文件上没有鉴定人员的签字和鉴定机构的公章，新晨公司的回避理由不足采信。一审法院和鉴定机构要求双方提供各自的工程资料以供鉴定，这是法律常识。南通二建通过法院把工程资料提交给了鉴定机构，而且这些资料都是一式多份的，新晨公司也保管有相同的工程资料，新晨公司不仅拒不提供其保管的工程资料，放弃举证权利，也没有提出鉴定资料没有经过质证的所谓反对意见，反而在鉴定意见作出后，再提出这一意见，显然是为了拖延诉讼进程。工程施工资料也仅是确定工程款的一种证据，并非是唯一证据。本案最直接的证据使用多年的案涉工程这些建筑物，鉴定机构根据庭审各方陈述、已质证的施工合同、补充协议、设计图等，结合工程施工资料及现场实物，综合认定案涉工程价格，有理有据。2.按补充协议约定的，按月利率1.8%计算付款利息完全正确。南通二建分别于2012年6月8日、2012年7月31日已向新晨公司递交结算书，送审价43,048,208.07元。按照《补充协议》第二条的约定，新晨公司应当在60日内，即2012年9月30日之前审计结束，在审计结束后30日内，即2012年10月30日之前付至总造价款的90%。即使新晨公司不按照南通二建的送审价格付款，也应参照本案鉴定意见确定的工程价格（两者相差很小仅1,379,483.18元），即使支付合理的价款，而不是拖延至开庭的今天尚不支付，况且新晨公司审定的价格为34,931,966.77元，与鉴定意见确定的价格相差达6,736,758.12元，明显不合情理。新晨公司以明显过低的不合理价格要挟南通二建结算付款，再以南通二建不接受付款价格为理由拒不承担逾期付款责任，拒不支付利息，既不符合事实，也没有法律依据。双方在《补充协议》中明确约定了逾期付款利息的计算方式，对原施工合同条款进行了变更，且该利率并不超出民间借贷合法的利率上限，即也可以理解为南通二建按1.8%的月利率民间借贷出借给新晨公司，所以按月利率1.8%计息并不违规、违约、显失公平。而且南通二建的资金也有高额利息等财务成本以及各种财务压力、机会成本，新晨公司长达五年多不支付工程款，给南通二建造成了巨大的经济损失，新晨公司主张南通二建没有实际损失显然缺少常识，也没有事实依据。一审审理期较长的原因是新晨公司在鉴定过程中不配合、不及时提交各种工程资料，反反复复提出各种不合常理的意见导致的，而且审理期长的受害人应该是南通二建，南通二建更希望案件早日结案，执行到位，拿到属于广大民工的辛苦钱。新晨公司认为其支付大额利息的责任是一审法院审理期限较长的原因，那么如果其能及时支付应付的工程款，其就根本不必支付逾期利息，更谈不上逾期利息损失的问题。3.新晨公司没有缴纳反诉费,视为放弃反诉。其次，本案已经认定新晨公司构成违约，南通二建没有违约行为。再次，新晨公司多次变更工程设计，致使施工工期延长和工程组织困难，且其主张按变更后的工程量给付进度款，不符合专用条款第八条约定，应按变更前设计工程量给付进度款，但新晨公司没按工程进度和原《建筑工程施工合同》的约定付款，南通二建不承担因此导致的损失，即使工程逾期，责任也应由新晨公司承担。
南通二建公司向一审法院提出诉讼请求：1.请求依法判令新晨公司支付工程款13,404,004.84元及逾期付款利息。事实和理由：2010年4月20日，就新晨公司发包的齐鲁职业技术学院二期建设工程项目，双方签订了《建设工程施工合同》及质量保修书。合同约定工程承包范围为齐鲁职业技术学院学生公寓1#楼、2#楼、综合楼、体育场看台；合同暂估价4500万元，以结算价为准，约定了结算标准。同时约定了工期和工程款的支付节点。专用条款第35.1条约定，工程竣工人员撤离现场后，应付款，发生延期又达不成协议的无故延期的，发包人违约，应按日万分之一支付赔偿，《质量保修书》中对质保金的设定和返还进行了约定。施工过程中，新晨公司繁变更设计且支付工程款严重滞后，严重影响工程的正常施工，2012年7月18日双方就承包工程的结算及验收事宜签订了《补充协议》，约定：1#楼、2#楼、体育看台工程，2012年5月30日前完成扫尾递交结算书，在递交结算书之日起60日内审计结束，审计结束并验收之日起30日内付至总结算款90%，150日内付至95%，质保金从发包人进驻之日起算；逾期支付工程款新晨公司应承担月息1.8%的贷款利息。综合楼工程，2012年7月31日递交结算书，在90天内审计结束，审计结束一月内付至90%，150日内付至95%，逾期支付工程款，新晨公司应承担1.8%的贷款利息。合同签订后，新晨公司因其自身的原因，将合同范围内的综合楼工程进行了设计变更（原设计为10层，后变更为6层），不仅导致工期严重拖延，还给南通二建造成近50万元的直接损失。虽如此，南通二建仍积极配合，及时完成了该承建项目。2012年6月8日和2012年7月31日，针对学生公寓1#楼、2#楼、体育场看台和综合楼，南通二建分别递交了工程结算报告。后经结算，工程总价款为43,048,208.07元，其中新晨公司已付工程款29,644,203.23元，剩余13,404,004.84元迟迟不肯支付。南通二建于2012年8月8日将工程移交新晨公司使用至今。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，一审法院组织当事人进行了证据交换和质证。对当事人无异议的证据，一审法院予以确认并在卷佐证。对有争议的证据和事实，一审法院认定如下：
一、合同签订及履行情况。2010年4月20日，双方签订《建设工程施工合同》及《质量保修书》，约定工程名称为齐鲁职业学院教学楼、学生公寓、综合楼、体育场看台；工程承包范围为图纸范围内所有土建安装以及装饰工程（除桩基工程以及发包方指定分包工程），计划开工日期2010年4月5日，完工日期2010年10月31日单体完工，2011年4月20日主教学楼完成。合同暂估价4500万，最终造价按结算审定后造价为准。合同履行过程中，双方于2012年7月18日签订《补充协议》约定，综合楼剩余工作：室内地砖、卫生间墙砖、公共部位大理石、外墙蘑菇石铺贴、屋面工程、剩余安装等工程，双方办理交接手续，由发包人组织施工队伍进行施工。承包人2012年5月30日前完成1#楼、2#楼、体育看台工程扫尾任务并递交结算书，双方应在承包人递交结算书之日起60日内审计结束（即2012年7月30日审计完毕，由于承包方原因时间顺延），同时承包方应办理完工程验收手续，在审计结束、工程验收之日起30日内付至结算总造价的90%（同时移交竣工资料），150日内付至95%，留5%做质量保证金（发包人进驻之日作为质量保修期始日），按总承包合同规定返还。若发包人不付清结算工程款，则由发包人承担贷款利息，利息按照月息1.8%计算。利息计算基数为未付结算工程款，该利息计算至发包人付清结算款为止。承包人于2012年7月31日前向发包人递交综合楼工程结算书，双方应在承包人递交之日起90日内审计结束（由于承包方原因时间顺延），并在审计结束一月内付至结算总造价的90%，150日内付至95%，留5%做质量保证金（2012年10月30日综合楼质量保修起始日）按总承包合同规定返还。若发包人不付清结算工程款，则由发包人承担贷款利息，利息按照月息1.8%计算。利息计算基数为未付结算工程款，该利息计算至发包人付清结算款为止。南通二建分别于2012年6月8日、7月31日提交结算书，造价为43,048,208.07元，新晨公司审核认为造价应为34,931,996.77元，双方因为分歧大没有完成结算。2012年8月8日，双方签署《工程移交书》，工程项目完成明细为，土建部分：基础部分全部施工完成，土方回填已完成，裙楼地面砼浇筑已完成，主体结构施工完成，电梯门洞已按变更封堵完毕，西、中部台阶、室外平台、坡道砼垫层已完成；装修部分：室内、外墙抹灰已完成；安装部分：基础预埋已完成，地下室基础板墙套管已完成，主体二次配管已完成，主体箱体安装已完成，雨水管安装已完成，主楼室内雨水管未安，主体水平桥架已完成，屋顶避雷已完成。
二、对应支付工程款数额的认定。本案审理期间，南通二建申请对工程造价进行鉴定，2015年6月9日，一审法院委托正和咨询公司对涉案工程进行了鉴定，正和咨询公司收取鉴定费258,289元，于2016年11月19日出具《工程造价鉴定意见书》，双方对《工程造价鉴定意见书》提出了不同意见，并提交相应证据，正和咨询公司于2017年1月6日出具《工程造价补充鉴定意见书》，鉴定造价修正为：学生公寓1#楼、2#楼、综合楼、体育场看台建筑安装工程鉴定造价38,921,563.27元（其中建筑工程34,802,514.88元；安装工程4,119,048.39元）；甲方供材7,243,885.92元（其中商品混凝土材料费5,514,867元，水泥材料费576,558元，安装材料费1,262,773.90元），扣除甲方供材后造价31,677,677.35元（其中建筑工程28,802,461.25元，安装工程2,875,216.10元）。对双方有争议的项目共15项，正和咨询公司的意见是，1.补充协议项目1,362,977.82元；2.基础挖土方206,693.2元；3.墙、地面、顶棚变形缝39,426.03元；4.植筋28,280.1元；5.基槽降水133,399.33元；6.室外落水管1734.27元；7.卫生间排气道60,365.65元；8.室外散水22,584.33元；9.西、中部台阶、室外平台石材面层26,189.23元；10。卫生间小便槽8540.53元；11.装饰找平层及水泥地面56,324.43元；12.天棚抹灰打磨369,465.85元；13.模板按木胶板2,172,060.66元，模板按竹胶板2,273,392.63元；14.砼地泵使用费943,337.52元；15.宏达牌0.7mm丙纶卷材防水层（单层）72,314.21元，宏达牌0.7mm丙纶卷材防水层（双层）144,628.41元。其中1至11项是否为南通二建施工双方有争议，对12项是否有此施工工序双方有争议，对13、15项使用何种材料施工有争议，对14项是否应计入造价有争议。本案审理过程中，一审法院对于双方争议项目进行了现场勘察，南通二建的委托诉讼代理人盛向波、于健生，新晨公司的工作人员杨明高、委托诉讼代理人郭冬善均到场，在杨明高的带领下，实地勘察了双方争议项目，先后勘察了第12、3、9、10、11项，结合本案审理期间双方当事人的举证、质证情况，可以认定，第1项协议补充项目南通二建放弃；第2、4、6、7项是合同约定的南通二建施工范围，其已经施工完毕，应当计入造价；关于第3项，新晨公司与山东天荣装饰工程有限公司签订了《装饰工程施工合同》，新晨公司就此项目向山东天荣装饰工程有限公司支付5000元，还向青岛博宇工程材料有限公司支付变形缝材料款6300元，由此可以认定新晨公司施工完成了该项目；关于第5项基槽降水，2010年9月18日，新晨公司向张山支付综合楼降水人工费12,300元，对第5项应计入工程造价，但对此12,300元应计入已付款数额。关于第8项室外散水，新晨公司提交了韩学峰完成此项工程的证据，结合2012年8月8日的《工程移交书》，南通二建完成的工程中没有室外散水，对新晨公司提交的证据予以采信，第8项不应计入工程造价；关于第9、11项，新晨公司与山东天荣装饰工程有限公司签订的《装饰工程施工合同》中包含此项目，此两项亦不应计入工程造价；关于第10项，经现场勘查，因现场已发生变化，对此项不计入造价。对于第12项，经现场勘察，该项工程未施工，不计入造价。对第13项，双方同意按木胶板计价；对第14项，新晨公司提交了2010年6月10日、2010年8月8日与德州东城混凝土有限公司签订《预拌混凝土供需合同》，该合同约定，由德州东城混凝土有限公司提供涉案建筑物所需的混凝土，合同价格包含了泵送费20元/方；关于第15项，原告提交了《设计变更通知单》，该通知单记载防水材料改为双层。
三、关于已付工程款情况。南通二建认可新晨公司付款数额为22,554,413.92元，新晨公司认为三笔电费没有计算在内，并提供了2011年9月1日新晨公司支付电费4933元，2011年10月26日支付电费18,144元，2011年12月14日支付电费1774元的付款凭证，对此应予以认定。
四、关于甲方供材情况。南通二建认为《工程造价鉴定意见书》中甲方供材认定为商砼、水泥、安装材料3项是错误的，水泥是原告自备的，一审法院对此进行调查时，新晨公司认可甲方供材为商砼及安装材料两项，由此可以认定甲方供材价格应扣除水泥价格576,558元，并在工程造价中调减1.5%的保管费。
4.2012年9月4日，新晨公司与山东天荣装饰工程有限公司签订《装饰工程施工承包合同》，山东天荣装饰工程有限公司报价7,716,261.68元，合同价款为7,707,000元。结算价为7,544,264元，其中地下层垫层61,488元，变形缝5000元，新晨公司还向青岛博宇工程材料有限公司支付6300元变形缝材料款，新晨公司以此证明双方争议的施工项目“装饰找平层及水泥地面”是山东天荣装饰工程有限公司施工而非原告施工。“墙、地面、顶棚变形缝”是山东天荣装饰工程有限公司与青岛博宇工程材料有限公司施工。2010年9月18日，新晨公司向张山支付综合楼降水人工费12,300元。2011年9月1日被告支付电费4933元，2011年10月26日支付电费18,144元，2011年12月14日支付电费1774元。
五、关于鉴定情况。新晨公司在收到正和咨询公司出具的《工程造价鉴定意见书》后，以正和咨询公司的人员张俊丽、刘亮曾参与过本项目的咨询工作，并为南通二建出具《工程预（结）算书》，提出正和咨询公司应当回避，并申请重新鉴定。该《工程预（结）算书》中无正和咨询公司的印章及相关人员的签字，鉴定人员出庭时称其公司人员在庭前没有参与该项目的造价咨询工作。南通二建认为在德州市场上找的造价咨询人员，在编制该《工程造价鉴定意见书》时使用了正和咨询公司的模板，如果是正和咨询公司的人员出具报告，应当有造价咨询人员的签字或者盖章。
上述事实，有双方当事人提交的证据、法庭笔录在卷证实。
一审法院认为，一、关于合同的效力问题，南通二建与新晨公司在自愿平等的基础上签订了《建设工程施工合同》及《补充协议》，合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，系合法有效的合同，双方均应按照合同约定履行。南通二建按照合同约定履行施工义务后，新晨公司应当按照合同约定支付工程款。
二、关于新晨公司应付工程价款问题，一审法院受理本案后，正和咨询公司受本院委托，出具了鉴定意见书。经鉴定，本案无争议部分的工程造价为38,921,563.27元。有争议部分计15项，根据现场勘查情况、双方当事人举证情况并结合庭审情况，可以认定第1、3、8、9、10、11、12、14项与南通二建无关，相关款项不应计入工程造价，南通二建参与了第2、4、5、6、7项的施工，此项目应计入工程造价，第13项双方当事人同意按木胶板计价，应予准许；因南通二建就第15项提交了《设计变更通知单》，故应当按照变更后的设计计价，综合以上情况，本案工程造价为38,921,563.27元+基础挖土方206,693.20元+植筋28,280.10元+基槽降水133,399.33元+室外落水管1734.27元+卫生间排气道60,365.65元+模板2,172,060.66元+防水层144,628.41元=41,668,724.89元。
三、关于新晨公司已付工程款情况，南通二建认为新晨公司已付工程款22,554,413.92元，新晨公司提交了2011年9月1日其支付电费4933元，2011年10月26日支付电费18,144元，2011年12月14日支付电费1774元的付款凭证，对此应予以认定；新晨公司还提交了向张山支付综合楼降水人工费12,300元，也应计入已付工程款，故新晨公司已付工程款22,554,413.94元+4933元+18,144元+1774元+12,300元=22,591,564.94元。
四、关于甲方供材情况，新晨公司认可其供材为商砼和安装材料，商砼造价为5,514,867元，扣除1.5%保管费后，造价为5,432,143.99元，安装材料造价为1,262,773.90元，扣除1.5%保管费后，造价为1,243,832.29元，两项合计为6,675,976.28元。
五、关于鉴定情况，新晨公司在收到《工程造价鉴定意见书》后认为，正和咨询公司曾在本案诉前接受南通二建的委托为其提供咨询服务，编制《工程预（结）算书》，违背相关法律法规规定，对此，一审法院认为，南通二建在起诉前编制的《工程预（结）算书》中无正和咨询公司的印章，也无相关人员的签字，新晨公司无充分证据证明该《工程预（结）算书》是正和咨询公司的工作人员编制，双方选定正和咨询公司为鉴定机构之后，新晨公司在长达一年多的鉴定期间没有对正和咨询公司提出回避申请，即视为同意正和咨询公司参与本案的鉴定工作，在正和咨询公司出具《工程造价鉴定意见书》后申请正和咨询公司回避的理由不成立，对新晨公司以程序有问题为由否认正和咨询公司出具的《工程造价鉴定意见书》的抗辩意见及申请重新鉴定的申请，合议庭经多次合议，认为新晨公司申请重新鉴定的证据不足，对该《工程造价鉴定意见书》一审法院予以采信。
综合对以上事实的认定，本案的工程造价为41,668,724.89元，新晨公司已付款数额为22,591,564.94元，甲方供材为6,675,976.28元，新晨公司尚欠南通二建工程款12,401,183.67元。
根据《补充协议》约定，南通二建应在2012年5月30日前完成1#、2#、体育看台工程的扫尾工作，并向新晨公司递交结算书，双方在60日内审计结束。综合楼剩余工程交接后，在2012年7月31日向新晨公司递交结算书，双方在90日内审计结束。南通二建分别于2012年6月8日、7月31日向新晨公司递交结算书，送审价为43,048,208.07元，新晨公司应当按照《补充协议》的约定，客观真实的进行工程结算，因新晨公司结算值为34,931,996.77元，与南通二建的送审价相差巨大，导致双方不能进一步结算。南通二建起诉后，经双方委托的鉴定机构正和咨询公司鉴定，工程造价为41,668,724.89元，与南通二建提交的结算价相差不大，说明造成双方不能顺利结算的原因在被告方。新晨公司应在收到南通二建的结算书后90日内审计结束，并在审计结束后一个月内付至结算总造价的90%，150日内付至95%，即在2012年10月29日审计结束，2012年11月29日付至37,501,852.4元，2013年3月28日付至39,585,288.65元。新晨公司实际付款及供材折款共计29,267,541.22元，在上述两个付款节点付款差额分别为8,234,311.18元、10,317,747.43元，新晨公司没有按照约定的时间和数额付款，应当承担月息1.8%的利息。另有占工程款5%的质量保修金，双方约定的保修期限为2-5年，南通二建可在质量保修期满后另行主张。
综上所述，南通二建施工完成了合同约定的工程，新晨公司应当按照约定支付工程款及约定的利息，依照《中华人民共和国合同法》第四条、第二百七十九条、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条、第十八条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条规定，判决：一、新晨公司支付南通二建工程款8,234,311.18元及利息（利息自2012年11月29日起按月息1.8%计算至本判决生效时止），限在本判决生效后十日内一次付清。二、新晨公司支付南通二建工程款2,077,436.25元及利息（利息自2013年3月28日起按月息1.8%计算至本判决生效时止），限在本判决生效后十日内一次付清。如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。一审案件受理费102,284元，由南通二建负担20,000元，新晨公司负担82,284元。鉴定费258,289元，由新晨公司负担。
本院二审期间，当事人没有提交新的证据。二审审理查明的事实与一审查明事实一致,本院予以确认。
本院认为，本案双方当事人争议的焦点问题为：1.司法鉴定意见是否可以作为认定工程造价的依据;2.一审法院认定新晨公司应按照月息1.8%承担利息是否正确。
第一，关于司法鉴定意见能否作为认定工程造价的依据的问题。本院认为：1.该鉴定报告系一审法院依照司法鉴定程序委托鉴定机构作出，加盖了该鉴定机构的印章，有资质的鉴定人员也进行了签字盖章，并经庭审质证，程序合法；2.鉴定机构系按照规定程序由双方选择，新晨公司当时，且在之后长达一年的时间均未对鉴定机构提出过回避，且其主张的鉴定机构和鉴定人员参加过之前的审计工作并无相关证据支持；3.新晨公司主张鉴定资料没有经过质证，但通过一审法院组织的对相关工程资料、鉴定意见的质证，并组织双方对鉴定意见中有争议的项目进行了现场勘验，鉴定机构亦到庭就新城公司的诸项异议进行解释并逐一回复了各方当事人有关本案工程造价司法鉴定意见的提问，且新晨公司不能举证证明哪些鉴定资料没有经过质证但对鉴定意见有实质性影响，故，一审法院采信鉴定机构的鉴定意见并无不当。新晨公司提出的鉴定机构应当回避、鉴定程序违法、鉴定结论不客观等主张没有事实及法律依据，本院不予支持。
第二，关于新晨公司是否应当按照月息1.8%承担利息的问题。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条规定：“当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算。”本案中，双方签订的《补充协议》第二条约定，若发包人不付清结算工程款，则由发包人承担贷款利息，利息按照月息1.8%计算；利息计算基数为未付结算工程款，该利息计算至发包人付清结算款为止，并对付款的比例和时间进行了明确约定。《补充协议》同时约定，本协议与原合同相抵触之处以本协议为准。因此，该补充协议实际上变更了原建筑工程施工合同中关于付款及利息的计算方式。本案中，虽然双方对工程造价结算未达成一致意见，但即使按照新晨公司认可的核算价34,931,996.77元，其实际支付的工程款和甲方供材共计22,591,564.94+6,675,976.28=29,267,541.22元，仍存在没有按照约定的时间和数额进行付款的情形，故应按照《补充协议》的约定承担责任，新晨公司主张一审判决对利息的判决适用法律错误，应按照通用条款按照银行贷款利率计算的主张没有事实及法律依据，本院不予支持。新晨公司主张月息1.8%直逼民间借贷利率的法定上限，违约金明显高于实际损失，应予调减，本院认为双方对利息有明确约定，且月利息1.8%不违反法律规定，新晨公司亦没有证据证明违约金远远高于南通二建的实际损失，故本院不予支持。新晨公司关于本案一审审理时间达3年之久按照月息1.8%计算利息有失公允，一审判决认定的利息计算的起算时间应是法院作出判决的日期的主张，因其主张无事实及法律依据，故本院不予支持。
另外，新晨公司关于一审法院未对其提出的反诉进行判决的主张，因其未按照法律规定缴纳反诉费，故一审法院不予审理并无不当，对新晨公司的该主张，本院不予支持。
综上所述，新晨公司的上诉请求不能成立，应予驳回；一审判决认定事实清楚，适用法律正确，应予维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费83,670元，由上诉人山东新晨科技有限公司负担。
本判决为终审判决。
审判长 陈东强
审判员 王海娜
审判员 马 丽
二〇一七年十一月三十日
书记员 马抒祺