江苏省高级人民法院
民 事 判 决 书
(2016)苏民终1282号
上诉人（原审被告、反诉原告）：江苏圣行航空动力机械制造有限公司，住所地江苏省盱眙县经济开发区玉环大道35号。
法定代表人：应金星，该公司董事长。
委托诉讼代理人：陈豪，该公司工程师。
委托诉讼代理人：倪永保，江苏法之衡律师事务所律师。
被上诉人（原审原告、反诉被告）：浙江港升控股集团有限公司，住所地浙江省杭州市萧山区靖江街道和顺村。
法定代表人：沈荣泉，该公司董事长。
委托诉讼代理人：盛建坤，浙江赞程律师事务所律师。
上诉人江苏圣行航空动力机械制造有限公司（以下简称圣行公司）因与被上诉人浙江港升控股集团有限公司（以下简称港升公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服江苏省淮安市中级人民法院（2014）淮中民初字第0075号民事判决，向本院提起上诉。本院于2016年10月18日立案后，依法组成合议庭，于2016年11月23日公开开庭进行了审理。上诉人圣行公司的委托诉讼代理人陈豪、倪永保、被上诉人港升公司的委托诉讼代理人盛建坤到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
圣行公司上诉请求：1.撤销一审判决第一项，依法改判驳回港升公司的全部诉讼请求或发回重审；2.一、二审诉讼费用由港升公司承担。事实和理由：1.涉案工程造价认定错误。水电、消防、地面、铝合金门窗并非港升公司施工。在2011年9月27日姚金生代表港升公司与圣行公司签订的停工协议约定“未完成的工程有：铝合金门窗，水施、电施、消防、厂房地面、内外墙粉刷等项目”。港升公司在一审法院委托造价鉴定前的证据交换及第一次庭审中，皆陈述铝合金门窗、水电、消防及厂房地面工程并非其施工完成。此后港升公司变更其主张并提交证据不应当予以采信。2.工程款支付条件未成就。根据圣行公司2012年6月发给港升公司的工程联系单回复函可以证明当时工程并未竣工验收，存在质量问题。双方合同约定竣工日期以竣工报告为准，但港升公司并未提交竣工报告。因本案未经过竣工验收，也未提交竣工决算书，结算条件未成就。3.一审法院对工程质量问题的处理不当。涉案工程在一审中经委托鉴定存在诸多质量问题。一审法院在修复方案和费用未确定前仅扣除5%质保金并要求另案处理不当，质量问题解决后才能结算工程价款。4.姚金升、姚杰向圣行公司的借款30万元应当冲抵工程款。5.因工程款结算条件未成就，故不应当由圣行公司承担逾期付款违约金。即使应承担逾期付款违约金，因双方工程款未确定，应当从鉴定报告出具之日起作为承担逾期付款违约金的起算点。一审判决认定的日万分之六的标准过分高于损失。港升公司并未就损失进行举证，请求二审法院调整为按照中国人民银行同期贷款利率标准计算。
被上诉人港升公司辩称，1.消防、水电、地面、铝合金门窗系港升公司施工。2011年9月27日停工协议中曾经陈述该部分工程不再施工，在一审审理中因负责现场的相关人员未找到，故港升公司在审理中先按照协议内容予以确认。事后港升公司找到相关人员核实，停工协议签订后圣行公司又给付了100万元工程款，停工协议约定的不施工项目中消防、水电、地面、铝合金门窗实际仍由港升公司负责施工。一审审理中港升公司补充提交了上述争议工程的分包合同及付款凭证予以证明。而圣行公司未能提交上述争议工程交给其他施工人施工的相关资料，故一审法院认定消防、水电、地面、铝合金门窗系港升公司施工并计入工程造价，并无不当。2.涉案工程圣行公司已经在2012年5、6月投入使用，工程转移占有之日为竣工日期，故结算条件已经成就。2011年年底港升公司已经将完工的工程交付圣行公司，并提交决算报告，圣行公司拒不决算，属于恶意阻止条件成就，视为条件已经成就。3.一审法院对港升公司施工的工程质量瑕疵问题的处理符合司法实践，圣行公司的主张与事实不符。4.姚金生、姚杰的借款与本案建设工程是两个法律关系。根据双方约定工程款应当汇入港升公司指定的承包人账户。港升公司未委托姚金生、姚杰收取工程款或借款，故争议的借款不应当计入已付工程款。5.双方签订的施工合同明确约定延期支付工程款的按照日万分之六来计算违约金。同时约定工程延期就按1000元每天计算逾期竣工违约金，一审法院对原工期按一天1万元每天来计算，计算了违约金80万元，因此对方的违约责任按照日万分之六并未过高。2011年12月的工程已经完工，距今五年工程款仍未支付完毕，港升公司承担的损失远高于按日万分之六的标准计算的违约金。综上，请求驳回圣行公司上诉，维持原判。
港升公司向一审法院起诉请求：1.港升公司向圣行公司支付4#、5#厂房工程欠款5640128元及违约金2335013元（以5640128元为基数，按照日万分之六的标准，从2012年5月10日计算至本金付清时止，暂计算至2014年4月9日为2335013元）；2、本案诉讼费由圣行公司承担。
圣行公司向一审法院反诉请求：港升公司支付圣行公司违约金800000元并承担厂房存在质量问题的修复责任（修复造成的损失在鉴定后增加请求），反诉案件的诉讼费由港升公司负担。
一审法院认定事实：一、合同签订及履行情况
2010年12月28日，圣行公司将其4#、5#厂房土建工程发包给港升公司并签订《建设工程施工合同》，合同约定“三、合同工期开工工期：2010年12月28日（具体以开工报告为准），竣工日期：2011年6月15日（具体以竣工报告为准），合同工期总日历天数168天（含春节假期）”。合同专用条款还约定“7.项目经理：顾根云……六、合同价款和支付23.2本合同价款采用（4）方式确定……（4）工程款结算依据：①按施工图范围内的工程，双方确认的图纸会审纪要、工程设计变更联系单及甲乙双方会议纪要；②工程总造价按800万元结算；③按照建设部等有关法律法规，承包人出具的书面签证单、联系单等，发包人必须在7天内完成审核并签发，如果发包人不能在规定的时间内完成审核和签发，视为发包人认可，该结算在工程总造价……26.工程款（进度款）支付双方约定的工程款（进度款）支付的方式和时间：基础工程完工以后支付至已完成工程量的40%，工程竣工验收合格后一周内支付至总价款的90%，余款10%在工程决算完成后一周内付清。工程款支付特别约定：发包人支付的工程款必须汇入合同指定的承包人账户，否则承包人按未收到工程款处理……九、竣工验收与结算……发包人如果违约须支付应付工程款总额日万分之六的违约金。承包人如果拖延工期，每延误一天罚款1000元，直到工程完工为止”。
合同签订后，港升公司按照合同约定进场施工。
2011年3月18日，港升公司向圣行公司出具介绍信，内容为“圣行公司：兹介绍姚金生（身份证号码××）同志前来你处联系下列事项：办理我公司工程款收款事宜。收款人：港升公司；账号：20×××98；开户银行：浙江萧山农村合作银行靖江支行。请接洽为荷。有效期10天，自3月18日起至3月28日止”。2011年6月1日，港升公司向圣行公司发函，内容为“圣行公司：由我公司承建的贵公司厂房工程因在施工过程中出现了矛盾，产生了不利影响。我公司决定:从2011年6月1日起调整有关工地管理人员，顾根云退出工程施工管理，由姚金生全权负责贵公司工程的施工和管理。此后凡涉及贵公司厂房工程的有关事宜请与姚金生接洽。特此函告”。2011年6月11日，港升公司向圣行公司出具书面文件《关于工程合同有关事宜协商》，内容为“圣行公司林总：您好！由于贵司的信任，让我司承建贵方4#、5#厂房土建工程，我方也深感荣幸。我们作为合作单位，双方已经是友好的朋友关系，关于合同上的一些事情双方和谐商谈，也是情理之中的事情。关于我方承建的工程我们会努力完成，希望我们下一步的合作顺利、愉快，以后有更多合作的机会。在5月5日由于老顾个人心态不好，发生双方争吵和打架一事，我真诚地向您表示道歉，希望您大人有大量，能够理解我的难处，对于你个人我会想办法尽力弥补。真诚的希望林总能够谅解为谢！”
2011年9月20日，姚金生向圣行公司发出《请求停建告知书》，内容为“圣行公司：首先感谢贵公司对我的支持与帮助，我是港升公司负责贵方4#、5#厂房施工建设的项目经理姚金生，由于前期施工建设中存在严重质量问题而致工程停工，经商议，港升公司特安排我接替并负责处理工程的后续施工与管理。工程建设中，未建待续工程还有500多万元工程量，前期停工，导致施工单位在多数材料供应商中的信誉度大大降低，施工中购买材料我们只好用现金采购，供应商中无法可以拖欠，这给我们施工带来资金周转巨大压力。我们忍辱负重，扛过了2个多月。可是由于自身经济实力不够，加上港升公司对我们支持力度有限。到目前，工程监事中资金链已严重断裂，我已无钱购买建筑材料及支付工程工资，为确保贵公司的工程延误少受损失，我们真诚请求停建并向对方特发停建告知书。望贵公司给予理解与包涵！”
2011年9月27日，姚金生（甲方）与圣行公司（乙方）签订《请求停工协议书》一份，内容为“我姚金生是港升公司委派江苏盱眙负责乙方4#、5#厂房施工项目后续负责人，由于前期施工中存在严重质量问题而致工程停工，自我交接上任以来，我们负重，扛过了2个多月；由于港升公司对本工程支持力度不够，管理不到位，加上自身经济实力不足，至目前工程已延误超期120多天，已给乙方造成了巨大经济损失，我们已无力购买建设中相关原材料、无力组织人员安排施工，我们已多次向港升公司反映这个情况，并向公司董事会提交了辞职报告书，公司到目前反应甚微，无动于衷，鉴于此，为确保乙方利益少受损失，我们特在此请求停工，并订立如下协议：（1）甲方到目前为止，未完成的工程有：铝合金门窗，水施、电施、消防、厂房地面、内外墙粉刷等项目，由乙方自行负责施工及支付相关工程款；（2）未完工程款由工程决算产生，以支付港升公司4#、5#厂房施工总工程款中给予扣除，并扣除相关由乙方提前支付工程（款）所发生的费用及利息”。该协议尾部甲方处有姚金生的个人签名并捺印，乙方处盖有圣行公司的公章。
2011年10月19日，港升公司向圣行公司发出《工程申报单》，内容为“圣行公司：由我公司承建的圣行公司4#、5#厂房工程目前正处于土建工程的扫尾阶段。为了该工程能尽快顺利完成，结合目前的实际情况，现我公司项目部申请在原有的预算书中已算的钢大门、外墙涂料、内墙涂料由贵司直接发包，在以后的工程款结算中，我公司统一按原预算单价减去优惠费率后扣除。特此申报！”。该协议落款处盖有港升公司工程技术部的公章。
2012年5月7日，盱眙网刊登新闻《圣行公司即将竣工投产》，内容为“目前已完成2栋2.66万㎡厂房、1栋6200㎡宿舍楼、1栋4100㎡食堂、1栋1000㎡附属用房建设，2条总装生产线、1条喷塑生产线、7台压力机等设备已进场安装，项目推进迅速，有望于6月份全面竣工投产”。
2012年6月11日，圣行公司发给港升公司的《工程联系单回复函》中载明“1.关于贵公司提出验收，由于部分工程没有完成不具备竣工验收条件而没有验收，4#厂房由于我公司要实现盱眙县委、县政府要求我工厂在2012年6月底投入生产的目标而开始安装部分设备，但贵公司一直没派人来和我们协调验收及交接手续”。
二、涉案工程造价情况
经港升公司申请，一审法院委托淮安市财建工程咨询有限公司（以下简称财建公司）对港升公司所施工的涉案工程的变更、签证所涉及的工程价款调整进行鉴定。财建公司于2015年12月1日作出《工程造价咨询报告书》（淮财鉴[2015]第12号）。港升公司对该报告书提出书面异议，财建公司于2016年1月22日对该异议作出书面回复。财建公司的最终鉴定意见为：如果铝合金门窗、水电消防及厂房地面由港升公司方施工，变更、签证及未施工部分应从合同总价中减少工程造价是295231.41元；如果铝合金门窗、水电消防及厂房地面不是由港升公司施工，变更、签证及未施工部分应从合同总价中减少工程造价是4625116.58元。港升公司认可财建公司的最终鉴定意见，圣行公司称最终鉴定意见数字部分有误，应以2015年12月1日的鉴定意见上列明的数字为准。圣行公司就其主张未向一审法院举证。
另，港升公司在一审法院委托造价鉴定前的证据交换及第一次庭审中，皆陈述铝合金门窗、水电消防及厂房地面工程并非其施工完成。在一审法院委托造价鉴定之后，港升公司称铝合金门窗、水电消防及厂房地面工程系其施工完成，要求在此基础上对涉案工程造价进行鉴定。一审法院遂于2015年11月20日发函给鉴定机构，要求其将该三部分工程的造价列明在造价鉴定报告中以便一审法院进一步审查。财建公司遂在鉴定报告中列明了该三项工程港升公司施工与否对工程造价的影响数额。
圣行公司认为港升公司已自认铝合金门窗、水电消防及厂房地面工程非其施工完成，现在变更陈述，法院不应采信。港升公司的委托诉讼代理人称因其并非专业工程技术人员，相关施工情况存在误解，在发现之前的陈述有违客观事实后已及时向法院申请更正，应当实事求是的认定该三项工程系港升公司施工完成。港升公司为证明该三项工程系其施工完成，举证了其与该三项工程的施工人所签订的承包合同（包括就铝合金门窗工程与浙江省慈溪市兴达门业有限公司的劳学峰签订的《承包合同》、就厂房地面工程与张标签订的《地坪分包合同》、就水电安装工程与巩海波签订的《承包合同》及付款凭证，圣行公司对此不予认可。一审法院在港升公司更正其上述三项工程非其施工完成的意见后已将港升公司提交的相关证据材料交给圣行公司，并在2016年6月16日的谈话中再次告知圣行公司，一审法院将对该问题重点审查并要求其提供另行交给他人施工的相关资料，但圣行公司在本案第二次开庭时未能提供其将上述三项工程交由他人施工的相关证据，其理由除前述不应采信港升公司变更其自认意见的行为之外，还包括圣行公司处于停产状态，相关工作人员不在盱眙县，因时间仓促公司的相关资料无法提交，前期提交的其他证据如《请求停工协议书》等足以证明上述三项工程并非港升公司施工。
三、涉案工程工期情况
2011年7月12日，港升公司委托的项目负责人姚金生作出工期承诺书，内容为“港升公司（以下称乙方）由于前期的项目经理无理与圣行公司（以下称甲方）发生矛盾，而致甲方4#、5#厂房工期延误。经双方协商，为确保甲方利益不受侵犯，乙方自2011年6月1日改换项目经理由我（姚金生）全权负责贵公司工程施工和管理，为确保后续工程的顺利进行，我方作如下承诺与保证：（1）乙方愿意承担因工期延误的总共时间按本次约定罚金：100元/天罚款[姚金生签名捺印注明：第一条作废]；（2）乙方补交工程延误后续开工的押金20万元给甲方，作为后期的工程质量与时间的保证；（3）保证工期自2011年7月12日起至2011年9月30日止完成原合同工程，超过此约定时间，按本次约定罚金，每延误一天罚10000元，同时没收押金20万元；（4）确保工期的最后期限在2011年9月30日前完成；（5）超过约定最后期限愿接受甲方罚没一切工程款及20万元续开工押金，并同时按本次约定另罚延误10000元/天的罚款；（6）无条件接受甲方对乙方施工造成延误的罚金共计105天×1000元/天，计10.5万元从工程款中扣除”。
四、涉案工程质量情况
经圣行公司申请，一审法院委托南京方正建设工程质量检测有限公司（以下简称方正公司）对港升公司施工的涉案工程质量进行鉴定。方正公司于2015年8月20日作出《司法鉴定意见书》(报告编号：JGJD2015-0232)，其鉴定意见为：1.通过现场勘验和检测，砂浆抗压强度、砖抗压强度符合图纸结构设计总说明中第二项第3条设计要求。柱混凝土抗压强度按GB/T50344-2004《建筑结构检测技术标准》第3.3.14条规定，不符合图纸结构设计总说明中第二项第1条设计要求。2.依据GB50203-2011《砌体结构工程施工质量验收规范》对外墙四大阳角和部分墙体进行墙面垂直度检测，部分4号厂房墙体垂直度不符合GB50203-2011《砌体结构工程施工质量验收规范》3.0.21条的规定。3.经对歪斜铝合金窗周围进行检查，未发现明显的沉降裂缝，可以排除墙体变形和沉降是形成铝合金窗变形的主因，铝合金窗的问题应是安装时已存在。4.通过现场勘验和检测，4号厂房在1/K基础柱处的地梁外侧边向东偏移了115mm，偏移后的空位采用了普通烧结砖进行填充，未按图施工。5.通过现场勘验和检测，5号厂房1/J轴柱脚与基础梁内的预留主筋轴线有偏位，采用两个直径约16mm的带肋钢筋进行了焊接搭接，搭接钢筋位于粉刷层内，钢筋保护层厚度不符合图纸结构设计总说明中第三项第1条设计要求，影响构件的耐久性。6.通过现场勘验和检测，5号厂房1/G轴柱脚主筋轴线有偏位，一根主筋弯曲，有一根柱主筋和基础梁主筋位于粉刷层内，钢筋保护层厚度不符合图纸结构设计总说明中第三项第1条设计要求，影响构件的耐久性。建议：对圣行公司4#、5#厂房所抽检的结构部位不符合图纸设计和验收规范要求的构件应请原设计单位进行验算符合，提供修复意见。
港升公司不服该鉴定意见，提出书面异议。方正公司作出书面回复。一审庭审中，港升公司对方正公司鉴定意见中提出的质量问题认为属于圣行公司在没有验收的情况下使用涉案工程才造成工程质量问题，但并未提供相关证据证明。
一审认定本案争议焦点为：一、港升公司施工的涉案工程造价应如何认定。二、圣行公司支付工程款的条件是否成就。三、港升公司是否存在工期延误行为以及违约金应如何计算。四、涉案工程是否存在质量问题及如果存在质量问题应如何处理。五、涉案工程已付款应如何认定。六、逾期付款违约金应如何认定。
一审法院认为，关于争议焦点一，港升公司施工的涉案工程造价应如何认定问题。双方签订的合同系双方真实意思表示，不违反法律禁止性规定，合法有效，应作为本案的结算依据。双方合同约定的涉案工程固定价为8000000元，应对工程变更、签证所涉及的工程价款调整在固定价中予以增减。经委托鉴定，财建公司的最终鉴定意见为：如果铝合金门窗、水电消防及厂房地面由港升公司方施工，变更、签证及未施工部分应从合同总价中减少工程造价是295231.41元；如果铝合金门窗、水电消防及厂房地面不是由港升公司方施工，变更、签证及未施工部分应从合同总价中减少工程造价是4625116.58元。一审法院认为，尽管港升公司在之前的庭审中自认铝合金门窗、水电消防及厂房地面工程并非港升公司施工完成，但已在鉴定过程中更正自己的陈述并提供了承包合同、付款凭证等证据证明该三项工程系其实际施工完成，圣行公司尽管不认可，却并未提供其将该三项工程另行交由他人施工完成的相关证据，故一审法院确认该三项工程系港升公司施工完成，依据财建公司的最终鉴定意见，变更、签证及未施工部分应从合同总价中减少工程造价是295231.41元，即港升公司施工的涉案工程的造价为7704768.59元（8000000-295231.41）。
关于争议焦点二，圣行公司支付工程款的条件是否成就的问题。双方在《建设工程施工合同》中约定的工程（进度）款付款事件为“基础工程完工以后支付至已完成工程量的40%，工程竣工验收合格以后一周内支付至总价款的90%，余款10%在工程决算完成以后一周内付清”。圣行公司主张涉案工程尚未竣工验收且存在严重质量问题，付款条件尚未成就；港升公司认为涉案工程于2011年12月底已完工，并已实际交付圣行公司使用，即使存在质量问题也不影响支付工程款。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条规定“当事人对建设工程实际竣工日期有争议的，按照以下情形分别处理……（三）建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期”。一审法院认为，新闻报道以及圣行公司在2012年6月11日的《工程联系单回复函》中的陈述皆证明2012年5、6月份圣行公司已在涉案工程中安装机器设备，即圣行公司已实际使用涉案工程。尽管涉案工程尚未竣工验收合格，因圣行公司已实际使用该工程，视为该工程已竣工验收合格，圣行公司提出的质量问题即使实际存在也可就质量问题单独索赔，不影响本案工程款的支付，故一审法院认为圣行公司支付工程款的条件已经成就。
关于争议焦点三，港升公司是否存在工期延误行为以及违约金应如何计算问题。圣行公司主张港升公司延误工期，港升公司委托的项目负责人姚金生在2011年7月12日的《工期承诺书》中已认可工程施工前期存在工期延误的事实，并承诺工期的最后期限为2011年9月30日，此前的工期延误罚金为10.5万元；姚金生在2011年9月20日的《请求停建告知书》再次明确工期延误的事实；2011年9月27日其与圣行公司签订的《请求停工协议书》中又明确前期存在工期延误120多天的事实。一审法院认为，港升公司已承认其存在工期延误，应当承担工期延误的相关责任。该工期延误分为两个部分，一个部分是2011年7月12日之前的工期延误，港升公司认可延误105天，罚金为1000元/天，合计罚金10.5万元；另一个部分是2011年7月12日之后的工期延误，工期承诺书约定工期的最后期限为2011年9月30日，而涉案工程至今未竣工验收合格，故一审法院酌定从圣行公司实际使用涉案厂房之日作为实际竣工之日，即该工程实际竣工日期为2012年6月1日，港升公司延误工期8个月（2011年10月1日至2012年6月1日）。港升公司主张圣行公司在2011年9月30日之后多次向港升公司出具联系单对施工项目及内容作变更，港升公司在接收联系单后应经过一定的施工期限，且圣行公司未按照合同约定支付工程款，由此导致的工期延期责任在圣行公司。港升公司还主张工期违约责任的计算标准应由港升公司承诺，姚金生个人作为港升公司委托的项目负责人，根据其受托权限，无权就此作出承诺，故《工期承诺书》中的工期违约责任标准不应作为本案认定工期违约金数额的依据。一审法院认为，姚金生系港升公司在更换《建设工程施工合同》约定的项目经理顾根云之后委托的项目负责人，负责涉案工程的施工和管理，工期属于工程重要事项，姚金生作为项目负责人，有权对工期进行安排并作出相关承诺，且港升公司对于工期延误的事实应属明知，其亦未对此及时提出异议，故港升公司的该项主张证据不足，一审法院不予支持，《工期承诺书》中对于工期延误罚金的规定可作为计算本案工期违约金的依据。港升公司主张圣行公司未按合同约定支付工程进度款，但合同约定在竣工验收合格之前，圣行公司仅需在“基础工程完工以后支付至已完成工程量的40%”，港升公司未举证证明基础工程完工时间及已完成工程量的价款，其主张圣行公司未按合同约定支付工程进度款证据不足，一审法院不予采信。港升公司还主张2011年9月30日工期届满之后圣行公司还出具联系单对施工项目和内容作出变更，工期因此应当顺延。一审法院认为，圣行公司主张的工期延误违约金为80万元，如按照2011年7月12日的《工期承诺书》约定的标准（前期工期延误罚金10.5万元+后期工期延误罚金10000元/天），即使考虑港升公司提出的2011年9月30日工期届满之后圣行公司变更施工项目和内容的因素，因该工期顺延的时间并不长，由此计算出来的违约金总额也远远高于圣行公司主张的80万元，故圣行公司主张工期违约金80万元并无不当，一审法院予以确认。
关于争议焦点四，涉案工程是否存在质量问题及如果存在质量问题应如何处理的问题。经一审法院委托鉴定，方正公司作出《司法鉴定意见书》，认为涉案工程所抽检的结构部位存在不符合图纸设计和验收规范要求的构件，并建议对此问题请原设计单位验算复核，提供修复意见。港升公司认为《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条规定“建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持”，而本案中圣行公司已实际使用涉案工程，故不应支持其有关质量问题的主张。一审法院认为，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条除港升公司所主张的内容外，还载明“但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任”。涉案工程经鉴定存在质量问题，港升公司对此应承担相应责任，但鉴于具体的修复方案还需要原设计单位出具意见，而工程已交付使用，即使工程存在质量问题需要修复，也存在施工单位港升公司依据修复方案自行施工和建设单位圣行公司另行委托他人修复而仅要求港升公司支付修复费用两种可能，故在港升公司并未明确表示拒绝承担修复义务的情况下，对于修复费用问题可另案诉讼解决，本案不予理涉。鉴于工程经鉴定的确存在质量问题，港升公司认为如果需要修复最多需要10万元，圣行公司认为可参照行规暂扣不低于工程总额的10%后另案处理修复问题。一审法院认为，涉案工程经鉴定存在质量问题，为避免圣行公司利益受损，酌定暂扣工程总价款5%即385238.43元（7704768.59元×5%）于圣行公司处，圣行公司应在判决生效之日起两个月内请原设计单位出具修复意见，圣行公司与港升公司在修复意见确定之后的一个月内明确由港升公司自行修复还是由圣行公司委托他人修复，如委托他人修复，由双方共同委托工程造价审计机构确定修复费用后直接从暂扣的5%工程款中扣减该费用，多退少补。如双方不能协商一致，可就修复费用及5%工程款返还问题一并另案提起诉讼。
关于争议焦点五，涉案工程已付款应如何认定问题。港升公司主张已付款为372万元（包括2011年3月22日的15万元、2011年4月14日的157万元、2012年1月16日的100万元和2013年1月28日的100万元），圣行公司主张的已付款除港升公司主张的372万元之外，还包括2011年4月14日扣3万元水电费押金、2011年12月1日的应扣水电费45195.18元、2014年1月22日的协助法院执行王忠其的款项9.7万元和借款30万元【姚杰借款10万元（2011年8月29日）+姚金生借款20万元（2011年9月7日和9月27日分别借款10万元）】。一审法院认为，港升公司、圣行公司双方一致认可的372万元已付款一审法院予以确认，对于争议款项，分述如下：（1）水电费。圣行公司主张的水电费为3万元水电费押金和应扣水电费45195.18元合计75195.18元，并主张如果港升公司不认可该数额，因水电费全系圣行公司交纳而港升公司未交纳，可在决算中扣除水电费这一项。经鉴定，港升公司施工的涉案工程的水电费为62497.32元（该款已在财建公司的最终鉴定意见中予以扣减）。本案第二次开庭时，圣行公司又主张对水电费按照鉴定造价中确定的水电费予以扣减。港升公司主张水电费应按实际发生的结算而不能从鉴定项目中扣减水电费这一项。一审法院认为，因水电费系圣行公司实际交纳，财建公司的最终鉴定意见中已将水电费62497.32元进行扣减，圣行公司要求对水电费按照鉴定造价中确定的水电费予以扣减并无不当，一审法院予以确认，该款已在造价中扣减，亦不再纳入已付款数额中计算。（2）协助法院执行款9.7万元。该款有盱眙县人民法院出具的执行款票据为证，一审法院予以确认。（3）借款30万元。双方在《建设工程施工合同中》约定“工程款支付特别约定：发包人支付的工程款必须汇入合同指定的承包人账户，否则承包人按未收到工程款处理”，该合同尾部已载明港升公司的银行账户，港升公司给圣行公司的关于姚金生办理工程款事宜的介绍信中所列明的收款账户亦为合同中列明的账户，此种情形下，圣行公司付给姚金生和姚杰的30万元借款不应纳入已付款数额中，圣行公司可就该30万元借款向姚金生和姚杰另行主张。综上，圣行公司的已付款数额为3817000元（3720000+97000）。
关于争议焦点六，逾期付款违约金应如何认定问题。双方约定“工程竣工验收合格以后一周内支付至总价款的90%，余款10%在工程决算完成以后一周内付清”，一审法院在争议焦点二中已酌定该工程竣工日期为2012年6月1日，按照合同约定，圣行公司应在2012年6月8日前支付720万元（合同价800万元×90%），因工程总价直至本案判决时方始确定，故余款504768.59元（鉴定价7704768.59元-前期合同价90%的付款7200000元）应于本判决生效之日起一周内付清，结合前述争议焦点五中对于圣行公司已付款时间和数额的认定，一审法院认定逾期付款违约金计算的基数及起止时间如下：（1）以100万元为基数，从2012年6月8日计算至2013年1月27日；（2）以9.7万元为基数，从2012年6月8日计算至2014年1月21日；（3）以338.3万元（720-372-9.7）为基数，从2012年6月8日计算至实际付清之日；（4）以119530.16元（余款504768.59元-暂扣款385238.43元）为基数，自本判决生效之日起第8天计算至实际付清之日。关于逾期付款违约金标准。《建设工程施工合同》约定“发包人如果违约须支付应付工程款总额日万分之六的违约金”。该约定不违反法律禁止性规定，一审法院予以确认。
综上，一审法院判决：一、圣行公司于判决生效之日起十日内支付港升公司工程款3502530.16元及逾期付款违约金（按照日万分之六的标准，分段计算：1.以100万元为基数，从2012年6月8日计算至2013年1月27日；2.以9.7万元为基数，从2012年6月8日计算至2014年1月21日；3.以338.3万元为基数，从2012年6月8日计算至实际付清之日；4.以119530.16元为基数，自判决生效之日起第8天计算至实际付清之日）；二、港升公司于判决生效之日起十日内支付圣行公司工期延误违约金800000元；三、驳回港升公司的其他诉讼请求；四、驳回圣行公司的其他诉讼请求。如果当事人未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。一审案件受理费67626元，工程造价鉴定费84000元，合计151626元（港升公司已预交），由港升公司负担30926元，圣行公司负担120700元；反诉案件受理费5900元（已减半收取），工程质量鉴定费60000元，合计65900元（圣行公司已预交），由港升公司负担。
本院二审对一审查明的事实予以确认。
本案二审期间，当事人围绕上诉请求依法提交了证据。本院组织当事人进行了证据交换和质证。被上诉人港升公司提交盱眙县不动产登记局的不动产登记信息查询结果复印件，证明2012年7月31日圣行公司将涉案房屋抵押给江苏银行股份有限公司淮安分行，涉案房屋已经经过竣工验收并办理了房产证。上诉人圣行公司质证认为，真实性无异议，但仅能证明不动产登记的事实，不能证明港升公司按照合同约定办理了竣工验收手续。
本案二审期间，上诉人圣行公司认为涉案工程主体结构存在问题，属于危房，并申请鉴定。被上诉人港升公司不同意鉴定，因为一审中已经对涉案工程的质量进行了鉴定，保护主体结构和基础。本院认为，一审审理中经圣行公司申请对港升公司施工的涉案工程质量进行鉴定并已出具鉴定报告，二审中上诉人圣行公司重复申请鉴定，本院不予准许。
经双方当事人确认，本案二审争议焦点为：一、涉案工程造价应如何认定。二、涉案工程结算条件是否已经成就。三、一审法院对于工程质量问题处理是否适当。四、双方争议的30万元是否应当认定为已付款。五、逾期付款违约金的标准和期限应当如何认定。
本院认为，关于争议焦点一、涉案工程造价应如何认定。圣行公司主张水电、消防、地面、铝合金门窗并非港升公司施工。一审中港升公司在造价鉴定前的证据交换及第一次庭审中虽然承认以上争议的工程项目并非其施工完成，但在委托造价鉴定之后，港升公司称之前的陈述系委托诉讼代理人的误解，要求对之前的陈述进行更正，主张争议的工程项目应计入工程造价。为此，港升公司提供了相应承包合同及付款凭证证明争议的工程项目由其完成，而圣行公司虽否认上述工程项目由港升公司完成，但并未提供证据证明上述工程项目系由第三方施工完成，一审法院认定上述工程项目由港升公司完成并将此部分工程款计入工程造价，并无不当。
关于争议焦点二、涉案工程结算条件是否已经成就。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条的规定，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期。本案工程未经竣工验收，但2012年5、6月份圣行公司已在涉案工程中安装机器设备，圣行公司已实际使用涉案工程，故应当以圣行公司实际使用日期为竣工日期。因双方均未能举证证明转移占有的具体时间，故一审法院酌定2012年6月1日为工程竣工的日期。根据《建设工程施工合同》的约定，“基础工程完工以后支付至已完成工程量的40%，工程竣工验收合格以后一周内支付至总价款的90%，余款10%在工程决算完成以后一周内付清”。2012年6月8日前圣行公司应当支付至总价款的90%。因双方发生争议未能按照合同约定进行决算，但不代表圣行公司就此免除了支付工程余款10%的合同义务。在一审审理中，通过司法鉴定程序确定了涉案工程的工程造价，合同约定的余款10%的结算条件也已经成就。圣行公司以涉案工程存在质量问题为由，认为工程价款计算条件不具备。对此，本院认为，圣行公司已经实际使用涉案工程，视为涉案工程已经竣工验收合格。根据方正公司出具的《司法鉴定意见书》，本案工程存在的质量问题可以通过修复解决，圣行公司以此拒付工程款缺乏法律依据，本院不予支持。
关于争议焦点三、一审法院对于工程质量问题处理是否适当。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条的规定，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持；但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。方正公司对涉案工程质量进行鉴定，并作出《司法鉴定意见书》，认为涉案工程所抽检的结构部位存在不符合图纸设计和验收规范要求的构件，并建议对此问题请原设计单位验算复核，提供修复意见。因需要原设计单位提供修复意见，圣行公司也承认一审中无法直接委托第三方机构提供修复方案及鉴定修复费用，故一审中圣行公司未明确主张港升公司赔偿修复费用及修复费用数额。港升公司未拒绝修复，故一审法院认为工程质量问题双方应当另案处理，同时为避免圣行公司利益受损，一审法院酌定暂扣工程总价款5%于圣行公司处，并无不当。
关于争议焦点四、双方争议的30万元是否应当认定为已付款。双方签订的《建设工程施工合同》中约定“工程款支付特别约定：发包人支付的工程款必须汇入合同指定的承包人账户，否则承包人按未收到工程款处理”，该合同尾部已载明港升公司的银行账户，港升公司给圣行公司的关于姚金生办理工程款事宜的介绍信中所列明的收款账户亦为合同中列明的账户。一审审理中，圣行公司也承认在实际履行的过程中，除争议的30万元之外，其余工程款均是汇入港升公司指定的公司账户。双方争议的30万元明确载明系姚金生和姚杰的借款，且以个人借款方式支付工程款不符合合同约定的工程款支付方式及实际履行过程中的支付工程款惯例，故一审法院未认定该30万元为已付工程款，并无不当。
关于争议焦点五、逾期付款违约金的标准和期限应当如何认定。双方《建设工程施工合同》中约定“工程竣工验收合格以后一周内支付至总价款的90%，余款10%在工程决算完成以后一周内付清”，圣行公司应在2012年6月8日前支付总价款的90%，双方合同约定了暂定价800万元，此时圣行公司应当支付至暂定价的90%，一审法院认定余款10%因工程总价直至本案判决时方始确定，故认定余款10%应于本判决生效之日起一周内付清，据此计算相应的逾期付款违约金。圣行公司上诉认为应从鉴定报告作出之日为剩余工程款的逾期付款违约金起算点不符合双方合同约定，本院不予支持。关于逾期付款违约金的标准，上诉人圣行公司主张双方合同约定的逾期付款违约金标准过高并请求予以调整。在双方《建设工程施工合同》中明确约定“发包人如果违约须支付应付工程款总额日万分之六的违约金”，该约定的标准并未违反法律规定，圣行公司2012年6月即已经实际使用涉案工程，据本案起诉近两年时间内未按照合同约定支付工程款至90%，客观上对港升公司造成损失。圣行公司虽主张该逾期付款违约金标准过分高于损失，但并未提交证据，故其要求调低违约金标准的主张，本院不予支持。
综上所述，上诉人圣行公司的上诉请求不能成立，应予驳回；一审判决认定事实清楚，适用法律正确，应予维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项之规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费34821元，由上诉人江苏圣行航空动力机械制造有限公司负担。
本判决为终审判决。
审 判 长 施建红
审 判 员 潘 宾
代理审判员 丁晓苏
二〇一六年十二月二十一日
书 记 员 万丹丹