上海市浦东新区人民法院
民 事 判 决 书
（2015）浦民一(民)重字第33号
原告：上海祥龙虞吉建设发展有限公司，住所地上海市徐汇区。
法定代表人：崔国裕，总经理。
委托诉讼代理人：沈卫根，男。
委托诉讼代理人：刘安峰，上海先诚律师事务所律师。
被告：三特瑞(南通)医用材料有限公司，住所地江苏省南通市。
法定代表人：卫汉良(WAIHONLEUNGFREDRIK)，总经理。
委托诉讼代理人：张思渊，上海市海华永泰律师事务所律师。
委托诉讼代理人：武悦，上海市海华永泰律师事务所律师。
原告上海祥龙虞吉建设发展有限公司(以下简称祥龙公司)诉被告南通鑫申锐纺织敷料有限公司(以下简称鑫申锐公司)建设工程施2合同纠纷一案，本院于2015年3月31日作出(2013)浦民一(民)初字第27689号民事判决。后祥龙公司不服，提起上诉；上海市第一中级人民法院于2015年6月16日以原审判决认定事实不清为由，裁定撤销原审判决，发回本院重审。本院于2015年7月9日立案后，依法适用普通程序，公开开庭进行了审理。审理中，因发现鑫申锐公司已经被三特瑞(南通)医用材料有限公司(以下简称三特瑞公司)吸收合并，故变更被告为三特瑞公司。原告祥龙公司的委托诉讼代理人沈卫根、刘安峰，被告三特瑞公司的委托诉讼代理人张思渊、武悦到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告祥龙公司向本院提出诉讼请求：要求被告支付工程款余额人民币(币种下同)3,232,900元及逾期付款违约金(竣工后至递交结算报告期间按每月应付工程款300,000元，审价后按每月应付工程款336,075元计，每逾期一天按欠付金额1.2‰计)。原审审理期间、重审期间，原告数次变更了诉讼请求，最终诉讼请求为：1、被告给付原告工程欠款4,711,217元(工程总价款8,880,500元，加保修金利息30,717元，减已收4,200,000元)；2、被告支付原告逾期支付工程预付款、进度款、竣工款的违约金1,675,042元(计算期间为2010年4月24日至2011年6月30日，包括合同签订10日内应付预付款150万元及每月应付至合同价85%的进度款、工程竣工后应付至合同价90%的竣工款的逾期付款违约金，按每日1‰计算)；3、被告支付原告逾期支付竣工款、结算款的违约金3,113,741元(计算期间为2011年7月1日至2013年9月29日，以8,880,500元调整价自一个月内审价完毕后分12个月付清计算应付各月的金额，按欠付金额每日1‰计算金额为5,932,846元，原告自愿调整为3,113,741元)；4、被告支付原告工程余款4,711,217元自2013年9月30日起至判决生效之日止每日1‰的逾期付款违约金。事实和理由：原告与鑫申锐公司于2010年4月14日签订建设工程施2合同，约定原告承建鑫申锐公司的南通鑫申锐纺织敷料有限公司配电房、泵房、食堂仓库、二期仓库及厂区附属配套设施等所有工程，工程价款暂定为500万元，安全、文明措施费为10万元。2010年5月18日，双方又签订补充合同，再次明确：本工程采用单价固定合同，全部工程竣工后开始按30万元/月支付，承包方提交竣工决算给发包方，1个月内审价完毕，总摊分12个月付清全部工程款，延期按每天5%支付违约金。本工程结算适用建设部107号令、369号令，甲方逾期未按合同条款进行结算，又未用书面答复给乙方的，原交结算文件视为已被认可。合同签订后，原告组织施2，到2010年8月28日按期保质保量顺利完成本工程，鑫申锐公司未按合同约定向原告支付30万元/月工程款。2011年5月30日，原告向鑫申锐公司递交了该工程的竣工资料和结算书，工程结算书总价款为6,732,900元。鑫申锐公司收到竣工结算文件1个月内未按合同完成审价以及书面回复，按补充合同约定原告向鑫申锐公司递交的该工程结算书已被视为认可。此后原告又多次去电去人去函催款，同时也明确告知鑫申锐公司逾期付款将承担每天5%的违约金，可鑫申锐公司却一直以无关理由搪塞和拖延，直到2012年11月鑫申锐公司才开始向原告付款。原审及重审期间，原告数次调整其主张的工程总造价，2016年9月14日最后一次庭审时，原告主张的工程总造价为9,283,189元(原告自愿让利，按8,880,500元计算)。
被告三特瑞公司辩称，一、原告实际施2的内容与竣工图有重大差异，竣工图上部分内容不是原告施2。原告变更诉请的工程款价格，是对原先自认事实的反悔。应当按照审价单位现场勘查的结果计算工程量。现被告认可原审认定的尚欠原告工程款981,338元的结果。二、本案中双方所有的合同都没有约定逾期付款的违约条款。而且双方约定工程款从审价完成后分12期支付，而审价一直没有完成是因为原告一直不认可初审稿，所以工程款还没有满足支付条件，被告不存在逾期付款的行为，不同意承担逾期付款违约金。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。对当事人无异议的证据，本院予以确认并在卷作证。对有争议的证据和事实，本院认定如下：
2009年2月24日，原告就南通鑫申锐纺织敷料有限公司车间工程的土建和安装项目编制报价书一份。同日，原告还编制一份《标书外公共配套项目报价书(直接费)》，载明铸铁围墙单价为430元/平方米，道路面层C30砼200厚、150厚垫层碎石160元/平方米，下水道Ф400加筋波纹管单价为490元/米，窨井750*750h=2.5每座2,800元。
2009年3月18日，原告作为承包人，鑫申锐公司作为发包人，双方签订一份《建设工程施2合同补充协议》(简称一期补充协议)，约定鑫申锐公司将南通鑫申锐纺织敷料有限公司拟建2层框架结构车间及钢结构车间总面积4,500平方米工程承包给原告施2，承包范围为施2图列明的土建、安装等，开工日期为2009年3月28日，竣工日期计划为2009年11月28日(一期工程)，合同工期总日历天数240天，暂定金额为500万元，安全、文明措施费10万元。本合同的文件包括本合同协议书、中标通知书、投标书及其附件、本合同专用条款、本合同通用条款、标准、规范及有关技术文件、图纸、工程量清单、工程报价或预算书、询标调整报价书。双方有关工程的洽商、变更等书面协议或文件视为本合同的组成部分。专用条款第24条约定，本工程无预付款。第26条约定：工程款(进度款)实行工程进度节点方式控制支付，结算价的5%作质量保证金，按照下列节点付款：全部工程竣工验收合格后1个月内审价，分12个月付清，另甲方补偿乙方175,000元利息，合并在总价内分期付。
2009年3月20日，原告作为承包人，鑫申锐公司作为发包人，双方就南通鑫申锐纺织敷料有限公司车间工程(一期)签订三份内容类似的《上海市建设工程施2合同》(简称示范合同)，一份在如东县公共资源交易工业项目生产性用房直接发包备案，一份在如东县城乡建设档案馆备案，一份在原告处。
其中，在城乡建设档案馆备案的示范合同载明：承包范围为施2图内的土建、安装，开工日期计划为2009年5月28日，竣工日期计划为2009年12月28日，工期总日历天数为210天。合同价款为300万元。组成本合同的文件包括本合同协议书、中标通知书、投标书及其附件、本合同专用条款、本合同通用条款、标准、规范及有关技术文件、图纸、工程量清单、工程报价单或预算书。双方有关工程的洽商、变更等书面协议或文件视为本合同的组成部分。本合同价款采用单价合同方式确定，报价书有的采用报价书，没有的按上海市建筑建材业公布的当月信息价，费率按报价书的计算方法。专用条款第24条工程款的预付，发包人向承包人预付工程款的时间、金额或占合同价款总额的比例：合同签订十天内支付合同价30%的工程预付款；扣回工程预付款的时间、比例：当支付工程款累计达到50%时，相应抵扣预付款。专用条款第25条工程量确认，承包人向工程师提交已完工程量报告的时间：按每月25日提交工程量清单，发包人五日内审核完毕。专用条款第26条工程款(进度款)支付，26.1、工程款(进度款)支付的方式和时间：按每月实际完成的工程量支付，在每月月底前支付到85%，竣工验收通过后支付到合同价的90%，审计结束，支付除保修金外余款。26.3、保留金的提留比例：“保证金按总价5%计算，竣工验收合格一年后支付保修金”(手写)。专用条款第36.1条为发包人违约责任，“本合同通用条款第24条、第26.5条、第33.4条约定发包人违约应承担的违约责任”以及“双方约定的发包人其他违约责任”之后均为手写的“按通用条款”。
在如东县公共资源交易工业项目生产性用房直接发包备案的示范合同和在城乡建设档案馆备案的示范合同内容基本一致。
原告处示范合同的专用条款第26.3条保留金的提留比例：“保证金按总价5%计算，竣工验收合格后一年支付保修金及贷款利息”。第36.1条发包人违约责任，“本合同通用条款第24条、第26.5条、第33.4条约定发包人违约应承担的违约责任”之后为手写的“按通用条款每天5%”；“双方约定的发包人其他违约责任”之后为手写的“逾期支付工程款按每日5%支付违约金”。
2009年8月，原告与鑫申锐公司签署编号为002的工程签证单，内容载明：“……四、原投标围墙上部为铸铁杆，经业主要求改用球墨铸铁，高度由原定2.5M改高为2.8M，为此每M增加球墨铸铁同铸铁差价为25元/m，砖墙0.3*0.25*260=19.5元/m……”。
2009年9月，双方签署编号为004的工程签证单，内容载明：“……一、本工程原计划在4月份开工，因建设方无法提供三通一平等工作，实际开工为7月15日，此时钢材市场价暴涨，每吨增加1,000元，同时为确保钢材质量建设方特要求从上海采购后长途托运到本工地，又增加每吨350元的运输费，为此在原合同钢材固定单价中另增加每吨1,350元的费用。二、本工地的地理位置特殊，商品混凝土搅拌站都运距在45公里外，为此需增加混凝土每立方35元的运输费。……”
2010年，原告作为承包方(乙方)，鑫申锐公司作为发包方(甲方)，签订《建设工程施2补充合同》(简称涉案工程补充合同)，约定甲方将位于江苏省南通市如东县新店镇双桥路的南通鑫申锐纺织敷料有限公司配电房、泵房、食堂仓库、二期仓库及厂区附属配套设施等所有工程承包给乙方施2，合同计划工期为：配电房、泵房、食堂仓库工程2010年4月28日开工，至2010年8月28日竣工，施2周期为120天，二期仓库2010年4月28日开工，至2010年10月28日竣工，施2周期180天。合同造价参照原甲、乙双方一期签订的施2合同预算为基础(包括签证)：人工每工日增加10元、钢材每吨增加1,200元、混凝土每立方增加50元、砖块每块增加0.10元、电线电缆按上海市信息价另加20%费用、零星敷材价增加20%，其他计取费标准按原一期合同标准计算。本合同总价暂定为500万元，安全、文明措施费10万元。工程所用的材料、设备原则上均由乙方自行采购。乙方委派沈卫根同志为驻施2现场乙方代表，行使合同约定的权利，履行合同约定职责。付款及结算方法为按一期合同条款付款，全部工程验收合格完工后1个月内审价完，分12个月付清，另甲方补偿乙方175,000元利息，合并在总价内分期付清。乙方应对本工程质量保修一年，保修期从整体工程竣工验收合格日开始算起。
2010年7月5日，原告与鑫申锐公司签署编号为008的工程签证单，其中载明“……散水坡结构：150厚C30混凝土面层，150厚碎石垫层……”。
2010年8月19日，江苏省如东县建设局出具建筑工程施2许可证，载明：建设单位为鑫申锐公司，工程名称为南通鑫申锐纺织敷料有限公司车间一、车间二，合同价格为500万元，施2单位为原告与南通龙华建筑工程有限公司，合同开工日期为2009年5月28日，合同竣工日期为2010年12月18日。其中，车间一施2单位为原告，开工日期为2009年5月28日，竣工日期为2009年12月28日。
2010年10月，原告与鑫申锐公司签署一份工程量价核定单，其中载明“挖排YJV3*70+2*35电缆长80米，辅材材料费500元，人工计12工日……”。
2010年10月28日，涉案工程竣工。
2011年3月，原告与鑫申锐公司签署一份工程量价核定单，其中载明“挖排YJV3*4双拼电缆线75米……”。
2011年5月28日，原告就涉案工程编制一份建设工程结算书并提交鑫申锐公司，该结算书载明工程总造价为6,732,900元，其中安全文明措施费10万元及利息175,000元均未计税。
2011年8月3日，原告与鑫申锐公司在上海申轩工程咨询有限公司出具的工程审价审定单上盖章，双方就一期工程(车间一)造价达成一致，确认总造价为6,779,998元。审价单位于2011年8月8日出具审价报告，该审价报告中安全文明措施费10万元及利息175,000元均未计税。
2011年12月24日，鑫申锐公司代表吴海伦在原告提供的一张支付申请表上签字确认，该表载明“……一期安装、装某期间电费8,477.53元(原为打印14,929.53元，手写划去修改为8,477.53元，并注明“此由于沈卫根把装潢之前的电费单混在里面查处后减去的”)，备注为金华、吴海伦两临表户主电费发票。一期安装、装某期间水费2,500.56元，备注为发票已由水厂统一开给贵方……宿舍楼YJV223*70+2*35电缆85米，单价428元，总价36,380元，备注为北排架内电柜至宿舍楼内电源线……”。之后，鑫申锐公司将上述款项支付原告。
2011年6月9日至2012年5月23日，原告方沈卫根多次就涉案工程价款问题与鑫申锐公司委托的审价单位工作人员通过电子邮件形式沟通。
2012年4月1日，上海申轩工程咨询有限公司出具《关于南通鑫申锐纺织敷料有限公司车间二、宿舍、水泵房及室外配套总体的结算意见》。原告方在该结算意见上手写了部分异议内容，主要分包车间二由南通龙华公司承建，配套由上海祥龙承建，两家公司、两个合同；单价应按合同约定进行；工程量钢筋(地坪)实做未计；部分单价未按合同及实际采购价进行。
2012年5月25日，上海申轩工程咨询有限公司向鑫申锐公司出具了南通鑫申锐纺织敷料有限公司配电房、泵房、食堂仓库及室外附属配套工程审价初稿，载明：……原告送审总造价为6,732,900元，审定总造价为4,585,060元，核减金额为2,147,840元，核减率为31.90%……原一期中的“标书外公共配套项目报价书”只是一个要约，建设方并没有承诺，不属于合同的一部分，不能作为结算的依据……。2012年6月4日，原告方沈卫根签收该审价初稿，并注明不认可此审价。
2012年6月28日、11月6日、2013年1月6日原告三次发函鑫申锐公司，就涉案工程(二期)及车间二工程(三期)进行催款。原告在催款函中称，原告在2011年5月30日、2011年6月30日分别向鑫申锐公司递交了6,732,900元(二期)、5,777,689元(三期)的工程结算书；合同中约定竣工后鑫申锐公司按30万元/月(二期)和20万元/月(三期)支付工程款，原告递交结算报告后一个月内审价完毕，后分12个月付清全部工程款，同时约定工程结算适用建设部107号令、369号令，甲方逾期未进行结算又未用书面加盖公章回复，故原交结算文件视为被认可；鑫申锐公司对二期已被认可的6,732,900元工程款至今未付……要求鑫申锐公司尽快履行合同约定的付款责任……避免合同已约定的5%/天违约金继续发生。2013年8月8日，原告再次就涉案工程向鑫申锐公司发送催款函，其中原告称：补充合同中又对合同价款和支付作了更加明确的约定，明确本工程未设预付款，全部工程竣工后开始按30万元/月支付，承包方提供竣工结算给发包方，1个月内审价完成，总分摊12个月付清全部工程款，其中发包方另补偿承包方17.5万元利息费，延期支付按每天5%违约金支付……
2013年4月18日，鑫申锐公司向原告寄送一份《有关付款事宜函》，称车间二(仓库)及其它附属设施2程根据原合同总价500万元，现已付款超过合同原定价款，由于原告原因审价最终没能签定，鑫申锐公司无法继续付款。
2013年4月26日，原告回复鑫申锐公司，称其与鑫申锐公司签署的是附属设施等所有工程，并非车间二工程施2合同，至2013年4月1日止，仅收到250万元工程款，未收到4,232,900元工程余款和合同条款明确约定的相应违约金，要求鑫申锐公司尽快付款。
2013年8月，原告诉至法院。
2013年9月30日，原告又编制一份补充结算书提供被告，附属工程补充结算造价633,766元，并附002、004、008号工程签证单。
经双方确认，鑫申锐公司于2012年11月6日、12月14日、2013年1月30日、2月28日、3月29日、4月24日、7月26日、8月28日、9月27日分九次每次支付原告涉案工程款50万元，共计450万元。其中，第一笔50万中有30万元支付的是涉案工程外的一期工程。
原审期间，经鑫申锐公司申请，本院通过上海市高级人民法院委托了上海华瑞建设经济咨询有限公司对涉案工程进行了造价鉴定。2014年3月11日，鉴定单位出具《关于南通鑫申锐配电房及附房等工程造价的鉴定报告》(以下简称《鉴定报告》)。《鉴定报告》载明：1、关于工程计价的问题。原告意见：应按竣工图及合同约定计价，其造价为7,850,947元。被告意见：竣工图与实际存在明显差异，不完全同意按竣工图进行结算，要求按现场实际状况结算。同时在二期施2中没有使用商品砼，该因素应在结算中考虑。我司意见：我司结合竣工图及现场实际状况，分别按现拌砼与商品砼计算工程造价，其中按现拌砼计算的工程造价为4,202,620元；按商品砼计算的工程造价为4,261,899元。2、关于门卫间、配电房、水泵房外墙涂料的问题。原告意见：门卫间、配电房、水泵房外墙涂料由原告施2。要求按合同计费，金额为13,846元(其金额已经我司审核)。被告意见：上述建筑物的外墙涂料由被告单独委托其他单位施2，不同意计取该费用。我司意见：由于该项工程事实现场无法判定，该定性问题，提请法院裁定。3、关于食堂铝合金门的问题。原告意见：食堂铝合金门均由原告施2，要求计价，金额为2,259元(其金额已经我司审核)。被告意见：食堂铝合金门有一扇门由车间一拆除过来，必须扣除门的价格，金额为740元(其金额已经我司审核)。我司意见：由于该项工程事实现场无法判定，该定性问题，提请法院裁定。4、关于下水道Ф400及铸铁围墙的计价问题。原告意见：关于下水道Ф400及铸铁围墙的单价在合同附件中已有约定，应按该约定单价计算，金额为685,384元(其金额已经我司审核)。被告意见：不认可合同附件的有效性，要求按定额计算，金额为453,120元(其金额已经我司审核)。我司意见：双方对合同附件的有效性存有争议，且各自均未能提供有效的证据来说服对方。对此定性问题，提请法院裁定。5、关于施2电费的问题。原告意见：施2中的电费已由原告支付，要求计算该部分费用。被告意见：电费已由被告支付，不同意计取该部分费用。我司意见：由于原、被告双方均未能提供有效的证据来说服对方。我司仅按定额含量测算定额用电量，提请法院裁定。
2014年11月25日，鉴定单位出具《对<南通鑫申锐配电房及附房等工程造价鉴定报告>有关内容的调整说明》(以下简称《调整说明》)。《调整说明》载明：……根据贵院2014年4月14日对涉案工程庭审的要求，我司现将《南通鑫申锐配电房及附房等工程造价鉴定报告》中的有关内容作调整如下：土建部分。一、共性差异。1、平瓦、脊瓦补差单价的争议。原告意见：要求增加34,395元。被告意见：不同意原告主张。我司意见：鉴定报告中我司瓦片计算有误，应增补费用31,790元。2、钢筋差价计算。原告意见：要求按2,550元/吨差价计算，要求费用为113,629元。被告意见：仅同意按合同约定1,200元/吨计算差价。350元/吨是考虑原告从上海购买补贴的费用。由于被告认为钢材为当地购买，应该从鉴定造价中扣除：72.13*350*1.0341=26,106元。我司意见：报告中按1,550元/吨计算。如果钢材确为当地购买，应扣除350元/吨的费用。3、混凝土差价。原告意见：要求按85元/平方米计算差价，按原告计算口径共计153,772元。被告意见：原签证单及合同约定的均为主体部分商品砼部分的补差。现场未使用商品砼，不该计取该费用。我司意见：根据相关资料证明，合同内的混凝土补差应指主体结构部分商品砼的补差，不该计取该差价。二、个性差异。1、主材补差调整。原告意见：应该增补费用117,497元。被告意见：如原鉴定报告少算，应补该部分造价。我司意见：原鉴定报告中少计算工作量部分，应补造价为14,528元。2、食堂、总体工作量调整。原告意见：应该增补费用8,101元。被告意见：如原鉴定报告少算，应补该部分造价。我司意见：原鉴定报告中少计算工作量部分，应补造价为5,366元。3、开办费。原告意见：开办费应计入费率表内,计算后的费用为284,662元。被告意见：275,000金额为双方协商一致的价格，不同意计取任何费率。我司意见：按约定价格275,000元计算。4、水泵房地面。原告意见：原告要求按20cm高计算，差价为1,863元。被告意见：不同意原告主张。我司意见：鉴定报告中已按图纸要求计算。5、配电间吊装机械进出场费。原告意见：原告认为应计算一类吊装机械，费用为10,185元。被告意见：不同意原告主张。我司意见：一、二类吊装机械进出场费仅适用于装配式结构或屋盖系统。配电房并不适用。6、竣工图与现场实际的差异。原告意见：原告要求按竣工图及有关签证计算造价，其要求费用2,257,306元。被告意见：按现场实际施2内容计算。我司意见：由于竣工图与现场实际不符，故鉴定报告中按实际施2状况计算造价为1,036,210元。7、联系单争议。原告意见：原告要求按联系单计算造价，计55,996元。被告意见：要求按现场实际施2内容计算。我司意见：由于联系单与现场实际不符，故鉴定报告按实际施2状况计算造价为26,434元。8、食堂钢丝网争议。原告意见：原告要求计算钢丝网费用，计价9,874元。被告意见：现场未施2钢丝网，墙面已开裂，不同意计取。我司意见：原告单价及面积均有差错，如实际确实施2，我司计算的费用为6,103元。三、漏项部分。原告意见：道路部分漏计签证内容，车间一后续铝窗安装未计算，要求计价318,943元。被告意见：车间一的结算应由原审价单位处理。我司意见：车间一内后续增加项目不属鉴定范围，不予计算。道路工程在我司报告内已按现场实测厚度计取，并无遗漏。四、原鉴定报告中应扣除费用。我司意见：经检查，原鉴定报告中出现部分差错：食堂三层内墙墙面未粉刷，3.55米标高处砼线条未施2，道路窨井盖实际为砼盖板等，调整后应扣除造价82,863元。安装部分。原告意见：要求按竣工图计算造价，计1,679,476元。被告意见：要求按实际施2内容计价。我司意见：按竣工图结合现场实际施2内容，我司计算的造价为673,618元。五、施2电费。由于上述争议尚未最终裁定，施2电费的计算将受上述裁定结果的影响。待上述争议裁定后我司统计后提供贵院。
之后，鉴定单位根据原审质证情况，又向法院出具了多份补充鉴定材料(以下简称补充材料)，对《鉴定报告》及《调整说明》进行了调整。1、消防泵房安装造价鉴定，造价由152,676元调整为154,701元；2、室外总体安装造价鉴定，造价由303,297元调整为313,903元；3、散水坡(车间二)造价为14,727元；4、室外总体道路调减造价为-22,072元；5、消防泵房外吸水管造价为5,821元；6、阀门井(按实测计算)造价为727元；7、消防4根支管造价为4,367元；8、安装签证001消防管道及增排消防泵房电源管线等工程造价由5,568元调整为18,579元；9、安装签证001自行车停车棚下水道、基础、地坪等工程造价由3,104元调整为5,110元；10、附房处60米环网管造价为16,108元；11、按现场实际，若水、电费由原告支付，被告需补电费差价为11,078元，若水、电费由被告支付，原告需退电费12,065元、退水费3,587元。按竣工图，若水、电费由原告支付，被告需补电费差价为13,843元，若水、电费由被告支付，原告需退电费15,077元、退水费8,644元。
另外，鉴定单位确认《调整说明》中对《鉴定报告》中应扣除费用有一项重复扣取20,802元。
重审期间，原告于2015年11月29日向本院提交了《关于对上海华瑞建设经济咨询有限公司沪建经(2014)第096号鉴定报告的质证意见》(以下简称《质证意见》)，对原鉴定意见提出：1、漏计工程量差异2,230,079元，其中土建部分1,463,713元、安装部分766,366元；2、少计工程量差异82,057元，其中土建部分62,119元、安装部分19,938元；3、定额差异818,829元，其中土建部分816,987元、安装部分1,842元；4、投标及签定价差异1,192,505元，均为土建部分；5、信息价差异335,686元，其中土建部分165,395元、安装部分170,291元；6、其他杂项差异39,204元，均为土建部分。原鉴定报告工程总价4,200,620元，应增补上述差异价4,698,360元，总造价为8,900,980元。并附相应的差异对比表。
被告于2015年11月30日提交了《竣工图与施2现场的差异情况》，提出：1、竣工图比例尺与施2现场不符，且竣工图编制非原告工作人员，未参与施2，不具备编制资格；2、被告从未收到原告所谓的合同附件(报价表)，下水道及铸铁围墙不应按报价表计价；3、混凝土为现拌混凝土，钢筋为工程当地购买，两者价格不应补差；4、附表为被告所能列举的差异内容，实际施2情况应以现场勘验结果为准。并附有相关差异对比表。
2016年2月16日，本院组织原、被告及鉴定单位至现场进行了勘验。
2016年6月13日，原告向本院提交了《关于对上海华瑞建设经济咨询有限公司沪建经(2014)第096号鉴定报告的质证意见的调整补充说明》(以下简称《调整补充说明》)，对2015年11月29日的《质证意见》提出调整：1、漏计工程量差异2,245,629元，其中土建部分1,578,770元、安装部分666,859元；2、少计工程量差异101,767元，其中土建部分81,829元、安装部分19,938元；3、定额差异833,137元，其中土建部分831,295元、安装部分1,842元；4、投标及签定价差异1,192,656元，均为土建部分；5、信息价差异335,686元，其中土建部分165,395元、安装部分170,291元；6、其他杂项差异39,204元，均为土建部分。原鉴定报告工程总价4,200,620元，应增补上述差异价4,748,079元，总造价为8,950,699元。并附相应的差异对比表。
2016年7月8日，上海华瑞建设经济咨询有限公司出具《对<南通鑫申锐配电房及附房等工程造价鉴定报告>有关内容的调整》(以下简称《有关内容的调整》)，根据2016年2月16日现场踏勘的情况，对原《鉴定报告》及《调整说明》作出相应调整。一、土建：1、土建金额调整49,000元，2、拆除窨井536元，3、宿舍铝合金门2,259元，4、消防泵房地面调整1,867元，5、加筋管225单价调整5,710元，6、扣消防泵房散水-269元；二、安装：安装金额调整35,482元；合计调整金额为94,585元。并以差异对比表的形式，对原告2016年6月13日的《调整补充说明》所附对比表内容逐项作出了说明。
原告认为：1、《鉴定报告》不符合法定形式要求，按照规定鉴定报告应由两名具有资质的鉴定人员签署，本案鉴定没有符合法定要求的鉴定人员。2、鉴定机构超越了鉴定职能范围，进行了工程质量鉴定；对不属于鉴定范围的法律适用问题擅自发表鉴定结论。3、鉴定单位违反了鉴定原则，没有以双方确认的合同约定、竣工资料作为鉴定依据，基于被告的指令对原告的结算意见作减法，结论明显偏向被告，要求另聘鉴定单位、重新鉴定。4、具体审价意见：应当按照竣工图、签证单等竣工资料进行结算，如有第三人施2的内容也应由法院作出认定；价格方面应以双方约定的合同价格(包括投标价、签证价、合同约定的信息价)为准；工程量的计算、定额的套用规则、费率的计取应按国家规范、规定进行。原告又向本院提交了《关于对“<南通鑫申锐配电房及附房等工程造价鉴定报告>有关内容的调整鉴定报告”的质证意见》，提出：1、漏计工程量差异2,398,875元，其中土建部分1,585,942元、安装部分812,933元；2、少计工程量差异123,716元，其中土建部分103,698元、安装部分20,018元；3、定额差异990,432元，其中土建部分9,903,393元、安装部分339元；4、投标及签定价差异1,192,656元，均为土建部分；5、信息价差异335,686元，其中土建部分165,395元、安装部分170,291元；6、其他杂项差异39,204元，均为土建部分。原鉴定报告工程总价4,200,620元，应增补上述差异价5,080,569元，总造价为9,283,189元。并附相应的差异对比表。
被告表示：基本认可《有关内容的调整》。
鉴定单位表示：《鉴定报告》已经由两名鉴定人员签署，之后的相关材料是对原报告的调整；原审期间，被告提出竣工资料与现场不符，鉴定单位及原、被告至现场实地查看过，本次重审期间由法院组织再行进行了现场踏勘，鉴定单位是以事实为依据，结合现场和竣工资料进行的鉴定，现场勘查过程中采取的钻孔等措施是对现场与竣工图不符部分的核实，不是质量鉴定；双方对部分项目是否案外人施某1在争议，鉴定单位根据被告提供的资料，确认后续装某是被告委托案外人施2的；关于价格，鉴定单位已经根据合同约定、投标价、签证价计取，只有缺项的部分根据市场价计算；工程量、定额、费率，均是按照国家规定计算。
本院认为，原告与鑫申锐公司2010年就涉案工程签订的《建设工程施2补充合同》系双方真实意思表示，合法有效，双方均遵照履行。现鑫申锐公司已由被告吸收合并，合同权利义务应由被告承继。
双方就涉案工程总造价产生争议，上海华瑞建设经济咨询有限公司已经出具了《鉴定报告》及相应的调整材料。本次审价系根据被告(或鑫申锐公司，下同)的申请，由本院通过上海市高级人民法院委托，鉴定单位及鉴定人员具备相应的鉴定资质，鉴定程序合法，结论客观。原告所称《鉴定报告》没有法定鉴定人员签署，与事实不符。鉴定单位在勘察现场过程中对现场已隐蔽的部分项目采取钻孔、开挖等系对现场施2状况的核实，并非质量鉴定。将通过现有证据足以说明并非原告施2的项目排除在鉴定范围之外，以及对于双方未约定的项目价格根据市场价取定，均属鉴定单位审价职责范围。对于部分存疑的项目，鉴定单位亦已通过提供补充资料的形式予以解决。因此，原告要求重新鉴定的依据不足，鉴定单位出具的《鉴定报告》和相应的调整材料可以作为本案定案证据。
关于应按照竣工资料还是现场实际状况进行审价的问题：根据勘查情况，竣工资料与现场实际存在明显差异，本院认为，本着尊重事实的原则，对于目前能够确认存在差异的部分，应按照现场实际审价，对于部分已经隐蔽且目前无法通过技术手段确认差异的，应按照竣工资料进行审价。原告主张因工程竣工多年存在被告改变现场的可能，但鉴定单位及本院在现场勘验过程中均未发现上述迹象，原告亦无相应的证据证明，其主张本院难以采信。据此，鉴定单位按照竣工资料结合现场实际状况进行审价结算的意见，本院予以采纳。
关于被告主张部分装某项目由其委托案外人施2问题：原告对被告委托案外人装某并无异议，但认为案外人系二次装某，不影响原告按照竣工图主张争议项目的工程款。本院认为，鉴定单位根据被告提供的委托案外人装某的施2合同、结算资料，并结合原告2011年5月28日编制的工程结算书并无争议项目的事实，将争议项目排除在审价范围之外，符合客观事实，本院予以采纳。
关于工程总造价的具体争议，本院归纳双方意见，具体分述如下：
1、涉案工程使用现拌砼已经双方确认，本院根据鉴定单位相应的意见计取工程款。
2、门卫间、配电房、水泵房外墙涂料，竣工资料及现场均存在该项目，被告否认原告施2无证据证明，原告要求计取该项工程款13,846元，本院予以支持。
3、被告已经认可食堂铝合金门费用，鉴定单位在《调整补充说明》也已计入调整金额，本院予以认可。
4、下水道Ф400及铸铁围墙的计价，双方争议在于《标书外公共配套项目报价书(直接费)》是否属于双方约定内容。双方约定涉案工程造价参照一期施2预算为基础，而原告提供的《标书外公共配套项目报价书(直接费)》与一期工程报价书编制日期相同，被告委托审价单位出具的初稿中也能反映原告将该份报价提供过给被告。另外，双方2009年8月002号签证对围墙等增补差价，现被告不认可该报价书，但未能提供证据证明双方在此之前还有其他报价，故本院采纳原告的意见，该份报价书应作为结算工程款的依据，该项目按原告主张的685,384元计取。
5、平瓦、脊瓦补差单价的争议，鉴定单位根据现场实际在《调整说明》中增补了工程款31,790元，本院予以采纳。原告认为信息价计取错误，并无依据，本院不予采纳。
6、钢筋差价的争议，涉案工程补充合同约定，造价参照原甲、乙双方一期签订的施2合同预算为基础(包括签证)……钢材每吨增加1,200元。而双方在一期工程中于2009年9月签署的004号工程签证单明确钢材单价在原合同钢材固定单价中另增加每吨1,350元，因此原告按照每吨2,550元主张差价113,629元，符合双方约定，本院予以支持。
7、混凝土差价，从2009年9月编号为004的工程签证单载明的内容看，运输费的增加原因在于商品混凝土搅拌站距离较远，显然该费用的增加系以使用商品混凝土为条件，现双方确认工程并未使用商品混凝土，该每吨35元的差价不应计取。但涉案补充合同并未明确混凝土每立方增加50元以商品混凝土为前提条件，原告要求计取该差价，本院予以采纳，结合鉴定意见确认该差价为90,454元。
8、食堂钢丝网争议在于被告认为原告未施2，但竣工图纸上存在该项目，且现场除屋架部分也无法核实是否施2，故鉴定单位在扣除屋架部分的情况下根据图纸计取该部分工程款6,103元，本院予以采纳。
9、车间外至道路边散水坡是否属于涉案工程造价范围的问题，原、被告于2010年7月5日就涉案工程签署的编号为008的工程签证单明确包含该项目，原告要求在本案中结算该项工程款，应予采纳。鉴定单位依据定额计取散水坡工程款14,727元，并表示原《鉴定报告》是全部按照道路进行审价的，若将散水坡与道路分开，应对原道路造价进行扣减22,072元，本院予以采纳。
10、水电费问题。被告提供的支付申请表尽管可以说明原告曾向被告报销水电费，但是该申请支付表上明确已经剔除装某之前的水电费，说明装某之前的水电费由原告支付。双方陈述2010年6月厂区配电箱建成后，开始使用被告的水电，但申请支付表附件包括了2010年6月之后的账单，也说明临表并未停止使用。而且涉案工程施2跨越2010年6月前后，被告除了申请支付表之外未提交其他水电费由其支付的证据。因此，本院采纳原告意见，认定涉案工程水电费实际由原告支付，并根据鉴定意见，增补水电费11,078元。
11、开办费(安全文明措施费10万元及补偿利息175,000元)是否计税问题，双方约定结算参照一期工程，而一期工程结算时开办费并未计税，原告2011年5月28日编制的工程结算书中也未计税，鉴定单位不予计税的意见本院予以采纳。
12、配电间吊装机械进出场费，鉴定单位已明确说明一、二类吊装机械进出场费仅适用于装配式结构或屋盖系统，并不适用涉案配电房。该意见本院予以采纳。
13、竣工图编制费及总包配合费，鉴定单位表示该两项费用未约定情况下不应计取，现原告要求计取该两项费用，本院不予采纳。
14、就挖排YJV3*4双拼电缆线费用，原、被告主要争议在于工程量是75米还是150米，鉴定机构依据图纸按照75米计算，本院予以采纳。
15、就挖排YJV3*70+2*35电缆线费用，原、被告主要争议在于电缆主材被告是否已经支付过钱款。工程量价核定单上载明电缆型号YJV3*70+2*35与支付申请表上载明的型号YJV223*70+2*35基本一致，工程量价核定单上载明的挖排长度80米与支付申请表上电缆长度85米亦相近。原告表示两者并非同一地方电缆，其主张的是宿舍楼总电箱到分电箱的电缆，但整个宿舍楼宽度仅为60米，宿舍楼总电箱位于中间位置，即使按原告说法，分电箱是靠宿舍楼东面，从总电箱至分电箱电缆长度也无法达到80米。此外，工程量价核定单注明了辅材和人工价格，没有主材价格，亦可以说明该电缆主材由被告支付的事实。本院采信鉴定单位及被告的意见，该主材价格不应再计入工程总价。
对原告主张的其他漏计工程量、少计工程量、价格差价等问题，鉴定单位已经根据竣工资料及现场勘验情况以《调整说明》、补充材料、《有关内容的调整》的形式进行了调整。《调整说明》包括：主材补差调整14,528元，食堂、总体工作量调整5,366元，原鉴定报告中出现部分差错(食堂三层内墙墙面未粉刷，3.55米标高处砼线条未施2，道路窨井盖实际为砼盖板等)调整后应扣除造价82,863元(其中重复扣除20,802元)，安装部分由627,870元调整造价为673,618元；补充材料包括：室外总体安装造价由303,297元调整为313,903元，消防泵房外吸水管造价5,821元，阀门井造价727元，消防4根支管造价为4,367元，消防泵房安装造价由152,676元调整为154,701元，安装签证001消防管道及增排消防泵房电源管线等工程造价由5,568元调整为18,579元，安装签证001自行车停车棚下水道、基础、地坪等工程造价由3,104元调整为5,110元，附房处60米环网管造价为16,108元；《有关内容的调整》调整金额94,585元。上述调整，本院予以认可。原告在鉴定单位作出调整后仍持有的异议，鉴定单位已经在《有关内容的调整》中所附的差异对比表中逐一作出了说明，鉴定单位的意见本院予以采纳，不再赘述。对于被告的其他异议，鉴于被告在重审期间表示认可原审认定的工程款金额，对鉴定单位《有关内容的调整》亦基本认可，故本院亦不再赘述。
综上，涉案工程总价为5,300,396元，被告已支付4,200,000元，还应支付1,100,396元。
原告主张的各项违约金：
1、预付款、进度款、竣工款的违约金。原告主张被告应支付预付款、进度款、竣工款的依据为2009年3月双方就一期工程签订的示范合同。而双方2009年3月18日签订一期补充协议明确约定本工程无预付款，工程款(进度款)实行工程进度节点方式控制支付，结算价的5%作质量保证金，按照下列节点付款：全部工程竣工验收合格后1个月内审价，分12个月付清，另甲方补偿乙方175,000元利息，合并在总价内分期付。涉案工程补充合同约定，付款及结算方法为按一期合同条款付款，全部工程验收合格完工后1个月内审价完，分12个月付清，另甲方补偿乙方175,000元利息，合并在总价内分期付清。涉案工程补充合同虽未对“按一期合同条款付款”是指按一期补充协议执行还是按一期示范合同执行作出明确表述，但该条款特别明确约定的“全部工程验收合格完工后1个月内审价完，分12个月付清，另甲方补偿乙方175,000元利息，合并在总价内分期付清”与一期补充协议完全一致，因此足以认定“按一期合同条款付款”系指按一期补充协议执行。事实上，原告在2012年6月28日起的催款函，以及本案提起诉讼时的起诉状中，均未以示范合同的约定进行主张。而且，原告没有证据证明其在施2期间曾按照示范合同的约定于每月25日向被告提交工程量清单供审核，也没有证据证明其在提交竣工结算资料之前曾向被告催讨预付款、进度款、竣工款。以上足以说明，双方约定的付款期限为“全部工程验收合格完工后1个月内审价完，分12个月付清，另甲方补偿乙方175,000元利息，合并在总价内分期付清”。
2、一个月内审价完成后分期付款的违约金。被告在收到原告的结算资料后及时委托了上海申轩工程咨询有限公司进行审价。现原告认为该审价单位及相关审价人员无资质，但涉案一期工程也是该审价单位进行审价，原告已认可审价结论；涉案工程委托该单位审价后，原告也与审价单位多次沟通协调，从未提出异议，可见当时原告对由该审价单位进行审价是认可的。后均因双方对工程款结算始终未能达成一致意见，审价单位出具审价初稿后，原告也不认可该初稿，导致审价报告未能完成，付款条件也因此未成就，显然该结果不可归责于被告方。
综上，被告不存在逾期付款的违约行为，原告要求被告承担逾期支付逾期付款违约金，本院不予支持。
最后，原告还主张了保修金利息，依据为其持有的示范合同。但其持有的示范合同与两份用于备案的示范合同相关条款明显不同，在此情况下本院难以仅凭原告持有的示范合同认定双方之间存在保修金利息的约定。另外，2013年9月24日原审第一次庭审中，原、被告一致确认本工程“没有质保金”。综合上述意见，原告主张保修金利息，应予驳回。
据此，依照《中华人民共和国合同法》第六十条之规定，判决如下：
一、被告三特瑞(南通)医用材料有限公司应于本判决生效之日起十日内给付原告上海祥龙虞吉建设发展有限公司工程款1,100,396元；
二、驳回原告上海祥龙虞吉建设发展有限公司其余诉讼请求。
负有金钱给付义务的当事人如未按判决指定的期间履行给付义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费78,300元，鉴定费77,600元(已由原、被告各半预缴)，合计155,900元，由原告上海祥龙虞吉建设发展有限公司负担102,396元，被告三特瑞(南通)医用材料有限公司负担53,504元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于上海市第一中级人民法院。
审 判 长 张卓郁
代理审判员 张 斌
人民陪审员 高天明
二〇一六年十月十一日
书 记 员 陈裕国
附：相关法律条文
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