福建省厦门市中级人民法院
民 事 判 决 书
(2017)闽02民终4532号
上诉人（原审被告）：厦门市公益公交有限公司，住所地福建省厦门市莲前西路859号1楼。
法定代表人：陈福良，总经理。
委托诉讼代理人：陶天猛、张英华，福建自立律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）：陈羡珍，女，1964年1月11日出生，汉族，住福建省厦门市湖里区。
被上诉人（原审原告）：陈成进，女，1959年8月22日出生，汉族，住福建省厦门市湖里区坂尚村县。
被上诉人（原审原告）：叶国进，男，1963年1月23日出生，汉族，住福建省厦门市思明区。
被上诉人（原审原告）：陈春城，男，1974年8月17日出生，汉族，住福建省厦门市思明区。
被上诉人（原审原告）：陈志钢，男，1981年10月1日出生，汉族，住福建省厦门市思明区。
被上诉人（原审原告）：吴端正，男，1971年5月24日出生，汉族，住福建省厦门市思明区。
被上诉人（原审原告）：陈月霞，女，1965年10月11日出生，汉族，住福建省厦门市思明区。
被上诉人（原审原告）：林春成，男，1968年2月17日出生，汉族，住福建省厦门市思明区。
被上诉人（原审原告）：何德育，男，1976年3月9日出生，汉族，住福建省厦门市思明区。
被上诉人（原审原告）：李水冰，男，1959年8月3日，汉族，住福建省厦门市湖里区。
被上诉人（原审原告）：何丽卿，女，1955年3月5日出生，汉族，住福建省厦门市思明区。
被上诉人（原审原告）：ＸＸ胜，男，1971年12月13日出生，汉族，住福建省厦门市思明区。
被上诉人（原审原告）：何永清，男，1963年7月12日出生，汉族，住福建省厦门市思明区。
被上诉人（原审原告）：黄春梅，女，1978年7月10日出生，汉族，住福建省厦门市思明区。
上述十四位被上诉人共同委托诉讼代理人：池加新，北京盈科（厦门）律师事务所律师。
上述十四位被上诉人共同委托诉讼代理人：李建利，北京盈科（厦门）律师事务所实习律师。
被上诉人（原审原告）：黄万坤，男，1964年9月14日出生，汉族，住福建省厦门市思明区。
被上诉人（原审原告）：黄源庆，男，1968年7月10日出生，汉族，住福建省厦门市思明区。
被上诉人（原审原告）：黄源明，男，1964年9月1日出生，汉族，住福建省厦门市思明区。
被上诉人（原审原告）：何志福，男，1974年8月6日出生，汉族，住福建省厦门市思明区。
上述四位被上诉人共同委托诉讼代理人：董荣裕，福建金方正律师事务所律师。
上述四位被上诉人共同委托诉讼代理人：郑林恒，福建金方正律师事务所实习律师。
被上诉人（原审原告）：胡根义，男，1972年9月25日出生，汉族，住福建省厦门市海沧区。
被上诉人（原审原告）：金连齐，男，1974年12月23日出生，汉族，住河南省西华县。
被上诉人（原审原告）：赵记财，男，1973年10月12日出生，汉族，住河南省西华县。
被上诉人（原审原告）：叶怡萍，女，1969年3月10日出生，汉族，住福建省厦门市思明区。
被上诉人（原审原告）：徐乃兵，男，1969年7月19日出生，汉族，住福建省厦门市思明区。
上诉人厦门市公益公交有限公司（以下简称公益公交公司）因与被上诉人陈羡珍、陈成进、叶国进、陈春城、陈志钢、吴端正、陈月霞、林春成、何德育、李水冰、何丽卿、ＸＸ胜、何永清、黄春梅、黄万坤、黄源庆、黄源明、何志福、胡根义、金连齐、赵记财、叶怡萍、徐乃兵（以下简称胡根义等人）挂靠经营合同纠纷一案，不服福建省厦门市思明区人民法院（2014）思民初字第17147号民事判决，向本院提起上诉。本院于2017年9月8日受理后，依法组成合议庭进行了审理。于2017年10月20日公开开庭进行了审理。公益公交公司的法定代表人陈福良及其委托诉讼代理人陶天猛、张英华，陈羡珍、陈成进、叶国进、陈春城、陈志钢、吴端正、陈月霞、林春成、何德育、李水冰、何丽卿、ＸＸ胜、何永清、黄春梅的委托诉讼代理人池加新、李建利，黄万坤、黄源庆、黄源明、何志福的委托诉讼代理人董荣裕、郑林恒，胡根义、金连齐、赵记财到庭参加诉讼。叶怡萍、徐乃兵经本院合法传唤无正当理由拒不到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
公益公交公司上诉请求：撤销一审判决，发回重审或改判驳回胡根义等人一审的诉讼请求。事实与理由：一、一审法院依据已经被生效行政判决所撤销的，从形式到内容均违法的行政机关文件，认定本案的核心争议焦点“公益公交公司负有将该线路的政府补贴款发放给胡根义等人的义务”，认定事实明显错误，依法应予纠正；二、胡根义等人在本案中，主张以挂靠车主身份直接取得财政补贴款，该诉求一旦得到支持，势必导致人民法院的民事判决，成为其套取国家财政补贴的违法行为进行合法化的途径和工具，司法判决如果为违法利益背书，其后果非常严重；三、如果按一审判决的认定，这些财政补贴就是套取国家财政的违法行为，违法所得行政机关应予追回并上缴国库。如此判决，将导致人民法院的司法判决和行政机关的行政措施出现矛盾，并导致无法执行的问题；四、本案中，争议的对象是中央财政补贴。首先应看是否符合中央财政规定的发放依据，是否为合法取得的财政补贴；五、一审判决认为“车辆是挂靠的，补贴是车方申请的”，将公益公交公司合法获取的燃油补贴，认定为违法套取、骗取中央财政的赃款；六、公益公交公司2005年成立，2006年国家开始发放补贴，2009年因油价暴涨补贴金额增大。如按胡根义等人的意见燃油补贴是他们申请并享有的，则2006年至2009年的历年燃油补贴他们无资格享有，都是用于冲抵公司成本。
胡根义等人辩称：一、上诉人断章取义、恣意歪曲（2016）闽02行终175号行政判决书（以下简称175号判决）。175号判决仅涉及2013、2014年度燃油补贴，根本没有涉及本案讼争的2010年度财政补贴。175号判决系撤销厦交综运[2015]71号、75号文件中对公益公交公司特别规定的发放程序要求，而不是文件的全部，更不是撤销本案讼争所涉文件（如厦交运管[2011]16号和厦交函[2010]34号、85号、101号、105号、114号文件等）。175号判决载明，补助资金在发放给公益公交公司后，公益公交公司与挂靠车主间如何分配补助资金应属民事法律关系调整范畴，即该判决并未否认挂靠车主所应享有的民事权利。二、公益公交公司歪曲事实，拿与本案无关的闽运管办发明电[2015]13号文件（由厦运管综合[2015]6号文件转发）说事，出台该文件是由于“发现部分县（市、区）存在营运车辆已报废（注销）仍申请油补、营运证号及机动车证书编号重复、非补助车辆燃油消耗计入补助范围等问题”，且该文件明确“本次检查应重点核查2012年以来成品油价格补助专项资金的申报、审核、分配和使用等情况”本案所涉的是2010年燃油补贴问题，所以该文件与本案无关。如果真存在该文件列举的问题，那就是公益公交公司2012年以来违法违规操作，与胡根义等人无关。三、生效的法律文书已认定挂靠经营合法有效。(2013)思民初字第967号、(2014)厦民终字第664号判决书、（2014）闽民申字第1749号民事裁定书认定，挂靠经营属于公交公司内部的一种经营管理形式，并未涉及行政许可的转让，更不会对乘客的人身安全造成影响，公益公交公司关于骆奋平等26人挂靠经营违反社会公共利益及法律行政法规禁止性规定而无效的主张依据不充分。公益公交公司专门针对本案胡根义等人提起的确认挂靠经营合同无效案，（2015）思民初字第12739号和（2016）闽02民终987判决书认定挂靠经营合同有效，判决驳回其的诉讼请求。四、公益公交公司关于行政判决撤销行政决定的意见，因该行政判决只是认为燃油补贴发放的程序不对，并非认为燃油补贴发放的性质违法。根据谁支出谁受益的原则，政府才发放燃油补贴。挂靠经营是客观事实，公益公交公司理应将相关补贴发放到燃油承担者手中。胡根义等人请求驳回上诉，维持原判决。
叶怡萍、徐乃兵未作答辩。
胡根义等人向一审法院起诉，请求判令公益公交公司分别向胡根义等人支付补偿款（其中金连齐、胡根义、赵记财共同主张103422.02元、陈羡珍主张413688.08元、叶怡萍、陈成进、叶国进、陈春城、陈志钢、吴端正、陈月霞、林春成、何德育、李水冰、何丽卿、ＸＸ胜、何永清、徐乃兵、黄春梅、黄万坤、黄源庆、黄源明、何志福分别主张103422.02元）；2、判令本案诉讼费用、诉前保全费4140元由公益公交公司承担。
一审法院审理认定事实：2005年3月，依据厦门市道路运输管理处下发的《关于同意鹭煌等14家中巴企业重新组合成立公益公交有限公司的批复》，公益公交公司在厦门市思明区工商行政管理局注册成立，其系由汇元公司等14家中巴企业经过重新组合而成，经营范围为公交客运，注册资本为167万元，股东为原汇元公司等14家中巴企业的14名代表，各股东出资方式均为货币出资。在公益公交公司成立之前，有167辆中巴车挂靠在汇元公司等14家中巴企业名下运营。在公益公交公司成立后，该167辆中巴车均过户至公益公交公司名下，公益公交公司也取得11条线路的经营权。此后，又另有岛外的4辆中巴车车主将车辆过户至公益公交公司名下。同时，公益公交公司独自出资购置了1辆中巴车。至此，包括公益公交公司独自出资购买的1辆中巴车，公益公交公司名下共有172辆中巴车。
公司在运营过程中，股东人数变更为13人，变更后的股东及出资额、占注册资本比例为：杨燕煌出资27万元，占注册资本的16.1676%；吴元育出资41万元，占注册资本的24.5509%；陈羡珍出资21万元，占注册资本的12.5748%；陈福良出资16万元，占注册资本的9.5808%；郑惠山出资11万元，占注册资本的6.5868%；陈聪彬出资10万元，占注册资本的5.988%；叶恢霖出资9万元，占注册资本的5.3892%；刘德民出资8万元，占注册资本的4.7904%；陈清全出资6万元，占注册资本的3.5928%；傅维强出资3万元，占注册资本的1.7964%；林国坚出资1万元，占注册资本的0.5988%；公园运输公司出资5万元，占注册资本的2.994%。同时，股东杨燕煌担任公益公交公司的法定代表人。
2007年3月2日，公益公交公司作出《股东会决议》，决议：确认公司下辖的线路经营权，并按线路成立分公司，原线路负责人担任分公司经理，实行独立核算、自负盈亏；公司必须与分公司负责人签订任职协议书，明确双方的权利义务；公司设立安全部配合分公司处理日常交通事故及事故索赔、登记、建档等，其他小事由分公司自行处理解决。
2007年8月，公益公交公司与刘惠彬、林宝治签订《协议书》、《补充协议》，约定：刘惠彬、林宝治将闽Ｄ×××××号车辆过户到公益公交公司后，公益公交公司按照“统一经营，统一管理，以线路为核算单位进行统一利润分配”的模式进行运作；公益公交公司代刘惠彬、林宝治如期缴纳各种税费，保障车辆正常营运，刘惠彬、林宝治必须按时缴费；刘惠彬、林宝治同意公益公交公司董事会关于胡根义等人承担公益公交公司管理费用的决定，并按时缴纳，逾期未交将接受公益公交公司加收5%的处罚；凡刘惠彬、林宝治所聘用的驾驶员、乘务员或车辆所发生的一切债务均由刘惠彬、林宝治负责承担，与公益公交公司无关等。2011年8月31日，案外人刘惠彬因车辆买卖纠纷将林宝治、金连齐、胡根义、赵记财诉至厦门市湖里区人民法院。厦门市湖里区人民法院追加公益公交公司作为第三人参加诉讼，并依法主持调解作出（2011）湖民初字第727号民事调解书，双方确认刘惠彬、林宝治与公益公交公司签订的《协议书》、《补充协议书》项下有关闽Ｄ×××××号车辆的所有权利义务转让给金连齐、胡根义、赵记财；刘惠彬、林宝治、公益公交公司配合将闽Ｄ×××××号车辆从原实际车主刘惠彬、林宝治变更为金连齐、胡根义、赵记财等。
2010年7月20日，公益公交公司作出《股东会决议》，决议：各挂靠中巴车辆的车主是车辆的实际所有权人；根据厦门市交通委指定的四种政策的内容和要求，公司同意选择中巴置换经营出租车的方案。
2010年9月24日晚，挂靠车主将其投资的中巴车驶离前埔停车场进行报废处理，因此与公益公交公司发生纠纷。
2010年10月21日，公益公交公司股东会决议今后由杨燕煌保管公章。之后，公司股东内部存在矛盾，因公章保管问题多次发生纠纷。2012年5月4日，陈福良将公益公交公司法定代表人由杨燕煌工商变更登记为陈福良。2013年6月20日，杨燕煌等人与陈福良股权转让纠纷一案经厦门市中级人民法院调解达成（2013）厦民终字第330号民事调解书，杨燕煌同意于调解协议生效之日将公章交由厦门市中级人民法院保管，并于三十日内协助陈福良办理股权变更登记。2013年8月8日，杨燕煌将公司公章交付陈福良。
2010年12月3日，公益公交公司召开股东会，持有公司股份90.4189%的与会股东一致决议选择政府出台的中巴车置换出租车方案，并同意向厦门市交通委员会提交《厦门市公益公交有限公司关于中巴置换出租车的具体程序及相关事宜的报告书》（以下称《报告书》）。同日，公益公交公司向厦门市交通委员会提交《报告书》：一、“单位概况”中载明其自有公交车辆1台闽Ｄ×××××，其余171台车辆均为挂靠在公益公交公司处运营，并列附件《挂靠车辆及实际车主清单》，清单载明509/517/518线路中巴车共26台；二、“政策选择”中载明公益公交公司于2010年9月25日召开股东会，并依法表决通过关于公益公交公司172台中巴车选择置换出租车的决议，其中已有128台中巴车的实际车主一致表态同意公司决议，自愿选择置换出租车。
此后，公益公交公司收到政府发放的2010年1月至9月的中巴车各项补贴共计27168154.66元。
2012年6月28日，厦门市交通运输局作出厦交函【2012】35号《厦门市交通运输局关于民盟厦门市委信访事项办理情况的答复函》，载明：1、公益公交公司经营中巴线路11条（其中526路由公益公交公司、特运顺联、白鹤友谊三家公司共同经营），中巴车辆172台，其中171台为挂靠车辆，1台为公司自有车辆。2、公益公交公司的经营方式以线路为单位独立核算，挂靠中巴车辆的营收、排班、维修、加油、驾驶员聘用等方面由挂靠车主口头委托所在线路经营者（如陈福良）统一管理。挂靠车主每月每车均须向公司缴交管理费500元、向线路经营者缴交线路管理费850元，共计1350元/月•辆。线路上各台中巴车辆运营收入扣除上述管理费、税收、工资、油费及维修费等成本后，盈余或亏损均由车主享有或承担。3、2010年9月24日晚，包括胡根义等人在内挂靠车主自带驾驶员，将其投资的中巴车辆驶离前埔停车场进行报废处理，相应的7条中巴线路实质停运。
另查明，根据厦交函【2010】34号《厦门市交通委员会关于拨付2010年1月3月份公交票制改革票价补贴结算办法》、厦交函【2010】85号《厦门市交通委员会关于拨付2010年4月-6月份公交票制改革票价补贴的函》、厦交函【2010】105号《厦门市交通委员会关于拨付2010年7月-9月份公交票制改革票价补贴的函》、厦交函【2010】101号《厦门市交通委员会关于拨付2010年中巴企业空调费补贴的函》、厦交函【2010】114号《厦门市交通委员会关于拨付2010年老人卡财政补贴的函》、厦交运管【2011】16号《厦门市交通运输局、厦门市财政局关于发放2010年度公交、农客、出租汽车燃油补贴的通知》等函件的规定，市政府对公交车进行燃油补贴、票价补贴等，公交企业按照规定补贴标准和要求向市运管处提出申请，经审核后报市交通委，市财政局根据市交通委审定的情况直接将补贴金额划拨到公交企业。
其中，厦交运管【2011】16号《厦门市交通运输局、厦门市财政局关于发放2010年度公交、农客、出租汽车燃油补贴的通知》载明：补贴对象包括岛内中巴车440台，燃油补贴款的计算标准按2010年度车辆实际在营天数计算，每标台公交车辆的燃油标准为每天148.41元。厦交函【2010】34号、85号、105号函件及结算表体现：票改补贴款的计算标准按2010年度公交车易通卡实际刷卡次数，每刷卡一次补贴0.05元。厦交函【2010】114号函件及补贴表体现：老人卡补贴款的计算标准按2010年度车辆实际在营天数计算，单车日补贴量为11.85元。厦交函【2010】101号函件载明：空调费补贴款分为两部分：现金补贴为每投币一次补贴1元；刷卡补贴为每刷卡一次补贴0.95元。
再查明，2012年12月，骆奋平等26人向一审法院提起诉讼要求公益公交公司支付524线路的各项补贴款。2013年10月16日，一审法院作出（2013）思民初字第967号民事判决书，查明骆奋平等26人及第三人林永璋作为车主将24辆车挂靠公益公交公司运营，主要经营路线为524线路，车辆所有权登记为公益公交公司，公益公交公司收取挂靠费和管理费，代办中巴车辆年检、代扣代缴税费，代收代转运营收入和政府补贴等事实，并判决支持骆奋平等26人的诉讼请求。公益公交公司不服上诉至厦门市中级人民法院。2014年6月20日，厦门市中级人民法院作出（2014）厦民终字第664号民事判决书，判决维持原判。公益公交公司不服二审判决，向福建省高级人民法院申请再审。2015年3月18日，福建省高级人民法院作出（2014）闽民申字第1749号民事裁定书，裁定驳回公益公交公司的再审申请。
2013年，公益公交公司向厦门市中级人民法院起诉杨燕煌等人要求赔偿经济损失。案经两级法院审理，福建省高级人民法院作出（2014）闽民终字第1389号民事判决，认定：2010年12月13日，公益公交公司召开股东会，13名股东除陈福良外均到会，到会的股东持有公司股份90.4189%，与会股东形成股东会一致决议，同意向厦门市交通委员会提交《报告书》，该《报告书》中确认：公益公交公司名下自有1辆公交车辆，其余171辆车为挂靠在公益公交公司名下经营；中巴车置换成出租车后，按照2005年出租车行业的要求，以共同投资、经营管理的模式为基准，将置换后的出租车投入到盈华公司、坤驰公司、联亿公司运营。该股东会决议及《报告书》属于公司的真实意思表示，并未违反法律、行政法规的禁止性规定。杨燕煌等人按照2010年12月13日公益公交公司的股东会决议执行，将中巴车置换成出租车并投入到盈华公司、坤驰公司、联亿公司运营没有过错，不构成侵权，故判决驳回上诉，维持厦门市中级人民法院作出的（2013）厦民初字第997号民事判决（驳回公益公交公司的诉讼请求）。
2015年8月17日，在本案审理过程中，公益公交公司向一审法院提起诉讼，要求法院确认公益公交公司与胡根义的挂靠经营合同无效。2015年8月25日，一审法院作出（2014）思民初字第17147号民事裁定书，中止本案审理。2015年12月30日，一审法院作出（2015）思民初字第12739号民事判决书，判决驳回公益公交公司的诉讼请求。公益公交公司不服，上诉至厦门市中级人民法院。2016年6月30日，厦门市中级人民法院作出（2016）闽02民终987号民事判决书，驳回上诉，维持原判。
2016年，公益公交公司向一审法院提起行政诉讼，要求确认厦门市交通运输局、厦门市财政局对公益公交公司发放燃油补贴的程序违法，并责令作出补救措施。2016年9月12日，本院作出（2016）闽0203行初59号行政判决书，判决驳回公益公交公司的诉讼请求。公益公交公司不服，上诉至厦门市中级人民法院。2017年4月，厦门市中级人民法院作出（2016）闽02行终175号行政判决书，认为“燃油补贴资金补助对象中城市公交企业仅限于依法取得经营资格的公交企业……实际挂靠经营车主并非燃油补贴资金的《暂行办法》规定的补助对象。即便上诉人成立后存在车辆挂靠情况，补助资金在发放给补助对象的上诉人公司后，其公司与挂靠车主之间如何分配补助资金，亦应属于民事法律关系调整范畴，不宜也不应由行政机关在燃油补贴发放的行政程序中作出规定”，撤销了一审判决，同时判决撤销厦交综运[2015]71号及厦交综运[2015]73号文件中对公益公交公司特别规定的发放程序要求，并驳回公益公交公司的其他诉讼请求。
本案在诉讼前，胡根义、金连齐、赵记财、陈羡珍、叶怡萍、陈成进向一审法院申请诉前保全，要求查封、冻结公益公交公司名下价值723954元的存款或等值财产，并支付了财产保全费4140元。2014年8月27日，一审法院作出（2014）思民保字第704号民事裁定书，查封、冻结公益公交公司名下价值723954元的存款或等值财产等。
本案在审理过程中，一审法院依陈羡珍等人的申请向厦门市道路运输管理处调取公益公交公司车主出具的《授权委托书》。该委托书的内容为授权公益公交公司代为向政府管理部门提交退市、择机置换出租车的申请；将政府管理部门发放至公司的燃油、空调、E通卡、残疾人卡、老人卡等所有补贴直接专项用于因上述退市、置换而产生的费用支出，不足部分，本人另行补足；公司有权根据实际需要，指派其具体工作人员承办上述事务或转委托第三方代为处理。
一审法院认为，本案争议焦点在于：一、陈羡珍等人与公益公交公司之间是否存在挂靠经营合同关系；二、胡根义等人主张的诉讼请求是否超过诉讼时效；三、陈羡珍等人主张的各项诉求是否有事实和法律依据。
一、胡根义等人与公益公交公司之间是否存在挂靠经营合同关系。
一审法院认为，胡根义等人与公益公交公司之间存在挂靠经营合同关系，理由如下：一、从公益公交公司提交的《协议书》、《补充协议》约定的内容可以看出，刘惠彬、林宝治将闽Ｄ×××××号车辆过户到公益公交公司后，公益公交公司按照“统一经营，统一管理，以线路为核算单位进行统一利润分配”的模式进行运作。胡根义等人提交的（2011）湖民初字第727号民事调解书亦可看出公益公交公司作为案件的第三人参与了调解，确认该车辆的新车主，并同意配合办理新车主的更名手续等，可见车辆挂靠经营事实的存在。二、公益公交公司于2010年12月召开的《股东会决议》作出决议，持有公司股份90.4189%的与会股东一致决议选择政府出台的中巴车置换出租车方案，并同意向厦门市交通委员会提交《报告书》。在提交的报告书中，公益公交公司确认该公司名下自有公交车辆仅1辆，包括本案讼争中巴车辆在内的其余171辆车系挂靠在公益公交公司名下经营，该股东会决议及报告书属于公益公交公司的真实意思表示，未违反法律行政法规的强制性规定，合法有效，予以确认。三、胡根义等人与公益公交公司间的挂靠经营合同关系合法有效。首先，现行法律法规并没有明文规定禁止运输车辆挂靠经营，且对于此类合同的效力亦没有明确的规定。其次，在挂靠经营期间，胡根义等人直接负责和管理车辆的运营，公益公交公司根据上述《协议书》及《补充协议》对挂靠车辆和驾驶员进行监督和管理，从而保障公交车辆的安全生产经营活动，故双方的挂靠经营关系并未损害国家或社会共同利益。最后，（2013）思民初字第967号民事判决书、（2014）厦民终字第664号民事判决书，（2014）闽民申字第1749号民事裁定书对骆奋平等26人主张公益公交公司支付524线路的各项补贴款的案件作出了判决，并认定：挂靠经营属于公交公司内部的一种经营管理形式，并未涉及行政许可的转让，更不会对乘客的人身安全造成影响，公益公交公司关于骆奋平等26人挂靠公益公交公司经营违反社会公共利益及法律行政法规禁止性规定而无效的主张依据不充分。综上，一审法院认定，包括本案509/517/518线路（合计26台车）在内的171台中巴车挂靠在公益公交公司名下运营，胡根义等人是509/517/518线路的实际车主，有权要求公益公交公司支付各项补偿款。
公益公交公司认为胡根义等人并非车辆所有权人而系公司股东，并提交刘惠彬、林宝治与其签订的《协议书》、《补充协议》佐证，该《补充协议》仅在尾部载明“乙方（股权人）”，但合同约定的内容为公益公交公司按照“统一经营，统一管理，以线路为核算单位进行统一利润分配”的模式进行运作，符合挂靠合同的特点，无法证明刘惠彬、林宝治系公司的股东，且公益公交公司提交的《车辆股权证登记表》系单方制作的表格，并无其他证据佐证，同样无法证明胡根义等人系公益公交公司的股东，故对该意见，不予采纳。对于公益公交公司提出的双方之间的挂靠经营合同属无效合同的意见，依上述理由，不予采纳。
根据公益公交公司出具的《报告书》及公益公交公司提交的《车辆股权证登记表》，可以确认509/517/518线路车主共25人，中巴车辆26台（具体车主及车牌号详见附件）。公益公交公司认为该线路还包括白鹤公司、特运顺联公司的31台车辆，并非胡根义等人主张的26台车辆，因其他公司名下的车辆补偿款已由其他公司领取，胡根义等人主张的系挂靠在公益公交公司名下的已由公益公交公司领取的26台车辆补偿款，与其他车辆补偿款无关，故对公益公交公司该意见，不予采纳。在案件的审理过程中，根据查明的事实依法追加了所有车主作为原告参加诉讼，因林宝治在诉讼过程中去世，目前查无继承人，故暂保留林宝治该部分补偿款不予处理，若今后林宝治有合法继承人可另行诉讼主张。
二、胡根义等人主张的诉讼请求是否超过诉讼时效。
对此，胡根义等人申请公益公交公司原法定代表人杨燕煌出庭作证。杨燕煌陈述，其于2005年至2013年间担任公益公交公司法定代表人，各项补贴发放到公益公交公司账户后，包括胡根义等人在内的挂靠车主多次向公司主张发放款项。一审法院认为，从上述查明的事实，杨燕煌曾担任公益公交公司的法定代表人，后因公司内部股东发生纠纷并诉诸法院，经法院调解杨燕煌于2013年8月将公司公章交付陈福良，故对于其陈述的包括胡根义等人在内的车主有向公司主张发放款项的事实，予以确认。且根据胡根义等人申请法院向厦门市道路运输管理处调取的《授权委托书》载明，车主声明并授权将政府各项补贴暂留公司账户，待处理完线路驾驶员等劳动争议及支付补贴款赔偿金后，余款再行发放给中巴车主。从公益公交公司提交的法院划扣款等证据可以看出处理时间大约于2012年11月至2013年1月，本案胡根义等人于2014年11月28日提起诉讼，并未超过二年的诉讼时效，故对公益公交公司该意见，不予采纳，认定胡根义等人主张的诉讼请求并未超过诉讼时效。
三、胡根义等人主张的各项诉求是否有事实和法律依据。
根据厦门市交通委员会、厦门市财政局关于发放公交车辆燃油补贴、空调费补贴、E通卡补贴等相关文件的规定，厦门市政府对公交车实行的燃油补贴、空调费补贴、E通卡补贴等，由公交企业按照规定补贴标准和要求向市运管处提出申请，经相关主管部门审核后将补贴金额划拨到公交企业。从调取的中巴车主出具的《授权委托书》及公益公交公司提交的报告，可以确认公益公交公司已根据文件的要求，以胡根义等人为讼争中巴车辆补贴对象上报申请了补贴款，厦门市财政局亦根据公益公交公司的申请将补贴款实际划付到公益公交公司账户，故公益公交公司负有将该线路的政府补贴款及时发放给胡根义等人的义务。公益公交公司认为厦门市中级人民法院作出的（2016）闽02行终175号行政判决书已明确补贴款系发放给公益公交公司而非实际挂靠车主，并撤销了相关文件，胡根义等人的主张不应得到法院支持。一审法院认为，（2016）闽02行终175号行政判决书系撤销厦交综运[2015]71号及厦交综运[2015]73号文件，而非讼争文件，且判决书中载明“补助资金在发放给补助对象的上诉人公司后，其公司与挂靠车主之间如何分配补助资金，亦应属于民事法律关系调整范畴”，即其仅对该文件的合理合法性进行审查，并未否认挂靠车主所应享有的民事权利，故对公益公交公司该意见，不予采纳。
有关分配的款项应为公益公交公司收到的所有补贴款及各项收入扣除公益公交公司支出的成本，具体款项分析如下：
（一）各项收入
1、燃油补贴款
燃油补贴款=实际运营天数267天×148.41元/台×26台=1030262.22元，予以确认。
2、票改补贴款
票改补贴款=全年刷卡次数×0.05元，根据2010年1月至7月《统一经营车辆每月营收明细表》（分别为392184次、292874次、394644次、394633次、396282次、360682次、342612次）按天数计算出2010年8月、9月的刷卡次数分别为342612次、265248次，全年共计3181771次，故票改补贴款=3181771次×0.05元=159088.55元，予以确认。
3、老人卡补贴款
老人卡补贴款=实际运营天数267天×单车日补贴量11.85元×26台=82262.7元，予以确认。
4、空调补贴款
空调补贴款=6-9月份空调刷卡补贴款+6-9月份空调现金补贴款=6-9月份刷卡次数×0.95元+6-9月份空调现金补贴=1311154次×0.95元+1264630元=2510226.3元，予以确认。
5、车辆报废款
对此，胡根义等人提交了《增值税纳税人货物进仓单》及公益公交公司出具的部分车主的《厦门市报废汽车收条》拟证明报废车每台单价3000元，该线路的车辆报废款为78000元（3000元×26台）。公益公交公司认为，胡根义等人提交的《增值税纳税人货物进仓单》并非该线路的单据，且公益公交公司并未收取过讼争车辆的报废款。
一审法院认为，胡根义等人提交了公益公交公司出具给十六位车主（十七台车）的《厦门市报废汽车收车条》，对该十七台车辆已交由公益公交公司进行报废的事实予以确认，对于其余车主的主张因未举证证明不予确认。对于报废的金额，虽然胡根义等人提交的《增值税纳税人货物进仓单》并非该线路的单据（上面载明包括本线路两台车），但车辆报废系已发生的事实，且部分车主已将车辆交由公益公交公司报废，公益公交公司对该金额不予认可却未提交相应的证据反证，应承担举证不能的法律后果，故对胡根义等人主张的报废车辆每台30**元的事实，予以确认，该十七台车主可分别取得报废款3000元（详见附表）。
6、司机押金
对此，胡根义等人提交了《收据》、《收款收据》拟证明每车2个司机，每个司机预留年终奖和押金共2400元，故司机押金共计124800元（2400元×2人×26台）。公益公交公司对胡根义等人该主张不予认可，并认为与本案无关。
一审法院认为，胡根义等人提交的《收据》、《收款收据》上签字的身份无法明确，且胡根义等人并未申请其出庭作证，对该《收据》、《收款收据》的真实性不予确认，故对胡根义等人该主张，不予支持。
7、2010年9月份总的运营收入
胡根义等人主张2010年1月至8月的运营收入已结清，2010年9月份运营收入并未结算，因为9月份没有报表，故该月份的运营收入根据7月份的数据计算：7月份票卡总收入即三条线路48台车辆票卡营收总计1153478.63元，7月份总油耗金额为798702.65元；9月份票卡总收入=7月份票卡总收入÷31天×24天=1153478.63元÷31天×24天=893015.71元；9月份油耗=7月份总油耗金额÷31天×24天=798702.65元÷31天×24天=618350.44元，故9月份的运营收入=（893015.71元-618350.44元）÷48台×26台=148777元。公益公交公司对该计算方式不予认可。
一审法院认为，根据厦交函【2012】35号《厦门市交通运输局关于民盟厦门市委信访事项办理情况的答复函》载明，线路上各台中巴车辆运营收入扣除上述管理费、税收、工资、油费及维修费等成本后，盈余或亏损均由车主享有或承担。因公益公交公司提交的有关成本支出的证据已包含管理费、工资等部分，该部分款项将在成本项目进行认定，其余部分公益公交公司并未举证，不予确认，因公益公交公司未能提交2010年9月的运营收入而胡根义等人主张的计算方法符合常理，予以确认。
（二）各项支出
1、法院执行款
公益公交公司提交了《银行业务凭证》、《发票》等证据拟证明公益公交公司经营的前埔线90台车辆因劳动争议案件支付报酬等共被法院执行4403904元，每台车应负担48932元（4403904元÷90台），该线路共计1264432元（48932元×26台）。胡根义等人对该款项的真实性予以确认，但对关联性不予认可，并认为其已自认公益公交公司共代垫90台车辆共计500万元，已包含该部分款项，不应重复计算。
一审法院认为，公益公交公司提交的《银行业务凭证》、《发票》等证据可证明公益公交公司因劳动争议案件支付报酬等共被法院执行4403904元，但该证据并未能逐一证明系何线路何台车辆发生的费用，亦未能证明系支付前埔线的90台车辆，因公益公交公司名下共有挂靠车辆171台，自有车辆1台，从公平角度处理，应认定该款项系支付公益公交公司名下所有172台车辆，故每台车应负担25604元（4403904元÷172台），该线路共计665704元（25604元×26台）。
2、经营亏损
公益公交公司提交了2010年8月《股份车辆营收利润分配表》拟证明公益公交公司截至2010年8月该线路共亏损682035.32元。
一审法院认为，公益公交公司提交的《股份车辆营收利润分配表》系其单方制作的表格，且胡根义等人不予认可，故对其真实性不予确认。
3、公摊费用
公益公交公司提交了《公益公交公司2012年度专项审计报告》拟证明杨燕煌任职法定代表人期间，由陈玉沙等人预支前埔线补贴款共计4398560元，每台车负担48873元，该线路共计1270698元（48873元×26台）。胡根义等人对该款项的真实性予以确认，但对关联性不予认可，并认为其已自认公益公交公司共代垫90台车辆共计500万元，已包含该部分款项，不应重复计算。
一审法院认为，因胡根义等人对该报告的真实性无异议，予以确认，该款项共计4398560元。因审计报告载明系对公益公交公司2010年11月至2012年7月各车队借款进行专项审计，并未明确仅系其中90台车，故认定该款项系支付公益公交公司名下所有172台车，每台车应负担25573元（4398560元÷172台），该线路共计664898元（25573元×26台）。
4、广告费
公益公交公司提交了《进账单》、《收款收据》拟证明因车辆提前报废亏损广告费37212.50元。
一审法院认为，公益公交公司提交的《进账单》、《收款收据》仅体现公益公交公司支付给广告公司款项，但并未提交合同等其他证据证明该款项的性质，无法体现该款项与本案的关联性，故对公益公交公司该主张，不予支持。
5、管理费
公益公交公司主张按同安小客车每月每辆收取1000元的管理费标准计算，应收挂靠费管理费1742000元{1000元×67个月（从2005年3月-2010年9月份）×26台}，胡根义等人称其已每月支付公益公交公司管理费1350元。
一审法院认为，根据厦门市交通运输局作出的厦交函【2012】35号《厦门市交通运输局关于民盟厦门市委信访事项办理情况的答复函》可知，挂靠车主每月每车均须向公司缴交管理费500元、向线路经营者缴交线路管理费850元，共计1350元/月•辆。本案胡根义等人并未主张2010年8月之前的营运收入，之前双方的挂靠费本案亦不予处理；因胡根义等人主张2010年9月份营业收入，故该月份的营业收入应扣除胡根义等人负担的管理费500元，该线路共计13000元（500元×26台）。
6、其他款项
公益公交公司提出按岛外挂靠车辆置换出租车后，每台车补偿给挂靠公司10万元的标准计算，公益公交公司可得补偿款260万元（10万元×26台=260万元）、律师费、协商补偿款等主张，均未提交相应的证据佐证，且胡根义等人对此不予认可，故不予采纳。
7、胡根义等人自认的理赔款
胡根义等人在计算补偿款时自认公益公交公司在车辆停运前后已支付90台车辆各项费用共计500万元，并计算出每车理赔款55555.55元，主动扣除该线路理赔款1444444.30元（55555.55元×26台），予以照准，即若公益公交公司主张的合理款项高于该部分金额，按公益公交公司的主张计算，若公益公交公司主张的合理款项低于该部分金额，按胡根义等人自认的部分认定。根据上述认定，公益公交公司支出的该线路的成本为：665704元＋664898元＋13000元=1343602元，低于胡根义等人自认的部分，故按胡根义等人自认的金额1444444.30元计算。
综上，胡根义等人可主张分配的款项为：燃油补贴款1030262.22元＋票改补贴款159088.55元＋老人卡补贴款82262.7元＋空调补贴款2510226.3元＋2010年9月份总的运营收入148777元－1444444.30元=2486171.92元（不包含车辆报废款）。因该款项系按车辆来分配，故各车主可获得的款项应按车辆数量进行计算（具体金额详见附表）。胡根义等人的诉讼请求，部分有事实和法律依据，予以部分支持。公益公交公司的答辩意见，予以部分采纳。胡根义、金连齐、赵记财、陈羡珍、叶怡萍、陈成进主张的诉前保全费4140元，有事实和法律依据，予以支持。一审法院依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款之规定，判决：一、公益公交公司应于判决生效之日起十日内分别支付陈羡珍、徐乃兵、叶国进、陈成进、陈月霞、陈志钢、何德育、何永清、胡根义（与金连齐、赵记财共有）、林春成、吴端正、叶怡萍、陈春城、何丽卿、黄春梅、李水冰、ＸＸ胜、黄万坤、黄源庆、黄源明、何志福车辆补贴款386488.32元、95122.08元、98122.08元、95122.08元、98122.08元、95122.08元、98122.08元、98122.08元、98122.08元、95122.08元、98122.08元、98122.08元、98122.08元、98122.08元、98122.08元、98122.08元、98122.08元、98122.08元、98122.08元、98122.08元、98122.08元；二、公益公交公司应于判决生效之日起十日内分别支付胡根义、金连齐、赵记财、陈羡珍、叶怡萍、陈成进诉前保全费4140元；三、驳回陈羡珍、徐乃兵、叶国进、陈成进、陈月霞、陈志钢、何德育、何永清、胡根义（与金连齐、赵记财共有）、林春成、吴端正、叶怡萍、陈春城、何丽卿、黄春梅、李水冰、ＸＸ胜、黄春梅、黄万坤、黄源庆、黄源明、何志福的其他诉讼请求。
本案二审期间，公益公交公司认为一审判决认定的“在公益公交公司成立后，该167辆中巴车均过户至公益公交公司名下”有误，只有67辆车过户至公益公交公司名下；2010年9月24日晚发生纠纷的原因是挂靠车主将正常运营中的公交车逼停、驱赶乘客，将车辆强行抢走，并非一审判决所认定的驶离停车场。胡根义不认可公益公交公司的上述异议，认为：公益公交公司并未举证证明存在上述事实。167辆车过户后，又过户了4辆岛外的车，公益公交公司购置一辆，一共172辆车在运营；2010年9月24日晚发生纠纷的原因是陈福良阻挠挂靠车主将车辆驶离现场进行报废处理。双方当事人对一审法院审理认定的其他事实均无异议，本院对无异议的事实予以确认。
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