新疆生产建设兵团乌鲁木齐垦区人民法院
民 事 判 决 书
(2016)兵1101民初373号
原告（反诉被告）：新疆天正建筑安装有限责任公司，住所地新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市新市区北京南路12号，统一社会信用代码91650100228820849k。
法定代表人：李建业，总经理。
委托诉讼代理人：迟本虎，该公司项目经理。
委托诉讼代理人：程岗，新疆力和力律师事务所律师。
被告（反诉原告）：新疆南源府城房地产开发有限公司，住所地新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市健康路47号徕远花园3号楼1905室，组织机构代码66360567-6。
法定代表人：季列刚，董事长。
委托诉讼代理人：李志坤，该公司法务人员。
原告（反诉被告）新疆天正建筑安装有限责任公司（以下简称天正公司）与被告（反诉原告）新疆南源府城房地产开发有限公司（以下简称南源府城公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2015年12月24日作出(2015)乌垦民一初字第219号民事判决。原告天正公司不服该判决，向新疆生产建设兵团第十二师中级人民法院提起上诉，新疆生产建设兵团第十二师中级人民法院于2016年7月7日作出（2016）兵11民终56号裁定，发回重审。本院依法另行组成合议庭进行审理，因原告对新疆天通信达工程造价预算公司出具的《垄上阳光B3-B16和A9住宅楼及给排水、采暖外网工程审核报告书》提出异议，要求对其施工完成的工程造价按照双方约定的材料价格进行鉴定。本院依法委托了新疆新德旺建设工程项目管理公司进行鉴定。本院于2017年2月6日依法公开开庭进行审理，原告天正公司的委托诉讼代理人迟本虎、程岗，被告南源府城公司的委托诉讼代理人李志坤到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告天正公司向本院提出如下诉讼请求：1、被告支付工程款800000元（具体以造价鉴定结论确定）及利息204800元；2、被告承担本案诉讼费用。事实与理由：2009年8月15日、10月13日，原、被告分别签订了两份《建设工程施工合同》，约定原告承建被告开发的位于西山农场“垄上阳光”住宅小区A3-A10号楼及B3-B16号楼工程。合同约定了工程采取可调价的方式结算，但在施工过程中，由于被告施工设计、施工变更等原因，造成材料及人工费上浮，被告仅支付部分工程款后，至今不与原告结算，故诉至法院。
被告南源府城公司答辩并反诉称，原告认为是因为设计变更原因造成材料和人工费上浮，但在审计、付款期间没有提出上述异议，说明双方对设计施工变更已经达成一致意见。双方均认可由新疆天通信达工程造价预算公司对工程造价予以审计。工程审计过程中，原告提出个别材料价格变更问题，其后双方达成一致意见并予以解决，原告再提出要求对工程进行鉴定没有依据。根据审计结果，被告应付工程款为26127683.13元，实际付款为27692231.23元，被告实际超付工程款为1564548.10元，原告共给被告开具发票金额为14201988.90元，尚欠被告13490242.33元发票未开具。此外，按照双方签订的补充协议中的相关约定，原告报送竣工结算价不得超过工程造价的5%，超出部分的审计费由原告承担，原告报送的送审价为37281678.14元，超报了11153995.01元，超出工程造价达42.69%，故被告垫付的原告超报工程款发生的审计费用557699.75元应由原告负担。综上，被告提出反诉，要求：1、天正公司返还南源府城公司超付的工程款1564548.10元；2、天正公司给付南源府城公司代为垫付的超报造价审计费用557699.75元；3、天正公司向南源府城公司开具13490242.33元的发票；4、天正公司承担反诉费用。
原告针对反诉答辩称，原、被告未对西山农场“垄上阳光”住宅小区A3-A10号楼及B3-B16号楼工程进行结算，南源府城公司是否超付工程款无从得知，故南源府城公司的反诉请求不应支持。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行质证。对于当事人双方没有争议的证据，本院予以确认。对有争议的证据，认定如下：
原告提供的证据：1、工作联系单、南源府城公司向天正公司发出的通知、天正公司给南源府城公司出具的报告，用于证明在施工过程中由于设计变更、钉子户、屋面保温工程统一施工、部分材料被告统一购买等问题，导致材料费、人工费上涨，工期延误。南源府城公司对以上证据的真实性予以认可，但认为设计变更均是声控灯、地漏等细小的变更不会导致工期延误，钉子户等问题不能直接导致工期延误，以上证据只能证明天正公司曾向南源府城公司要求付过款。上述证据系原、被告双方在洽谈及履行建设工程施工合同过程中形成的，能够证明双方曾因设计变更、钉子户、屋面保温工程施工、部分材料的购买等问题进行沟通、协商等事实，本院予以确认。2、2009年7月25日、8月23日南源府城公司给天正公司、监理公司等出具的通知2份，用于证明南源府城公司承诺多孔砖、水泥、钢材、商砼等材料，按照市场价结算，新疆天通信达工程造价预算公司按照周期调差文件计价并制作审核报告书不妥。南源府城公司对以上证据的真实性、合法性认可，但认为审核时原告没有向被告和审计机构提出相关市场价格证据，以上证据与本案争议没有关联。因该证据系被告出具，能够证明南源府城公司曾承诺水泥、商砼等材料按市场价进行结算的事实，本院予以确认。3、天正公司与材料供应商签订的购销合同，用于证明天正公司就混凝土、排气道、螺纹钢、多孔砖等材料与材料供应商签订了购销合同，南源府城公司应当按购销合同的约定与原告结算。南源府城公司认为以上合同均是天正公司与材料供应商签订的，本案工程由天正公司包工包料，南源府城公司从未向材料商直接支付以上材料款，故对以上证据不予认可。以上证据能够证明天正公司因承建涉案工程与材料供应商签订了部分材料的购销合同，本院予以确认。4、天正公司于2011年4月18日、2011年5月23日、2011年8月22日向南源府城公司出具的报告，用于证明施工过程中天正公司多次向南源府城公司索要工程款，南源府城公司未按照工程进度付款，导致工程迟延竣工。南源府城公司认为南源府城公司在施工过程中均足额、及时支付了工程款。以上证据可以证实天正公司在施工中曾向南源府城公司索要工程款的事实，本院予以确认。5、新疆新德旺建设工程项目管理咨询有限公司造价鉴定报告一份，用于证明：①按照原告与材料供应商签订的供货合同中约定的价格确定的垄上阳光小区B3-B16及A9住宅楼工程造价与新疆天通信达工程造价咨询服务有限公司评估价格的差价为956110.96元。②因原、被告均不能提供由原告施工的外管网竣工图纸及相关能够证明此部分内容的有效证据资料，现场亦无法核实此部分内容的准确工程量。故在本次鉴定报告中未包含对外管网工程及签证部分的造价。原告对该证据的真实性没有异议，但提出该鉴定报告中人工费的计价不符合规定，对外网的材料费也应进行调差。被告对该证据有异议，认为鉴定所依据的合同价格没有被告的签字确认，鉴定机构据此调价没有依据。因被告在施工过程中采用通知的方式承诺对多孔砖、钢材等材料按照施工方与材料商签订合同的价格计算，鉴定机构据此调价符合双方当事人的约定，对该证据本院予以确认。
被告提供的证据：1、财务情况说明、预付账款明细账，用于证明南源府城公司已支付天正公司工程款27692231.23元。天正公司对以上证据不认可，认为南源府城公司付款情况复杂，不能以上述证据推断南源府城公司付款的数额。因以上证据是南源府城公司单方作出，对该证据本院不予确认。2、B区工程已完工程量进度预算书、室外管网工程总造价表，用于证明以上证据载明内容均是审计部门审计内容，天正公司项目经理迟本虎除对少数内容提出异议外，其他均签名认可，故上述证据可作为B区工程造价的计算依据。天正公司认为以上证据不是最终的决算依据，南源府城公司承诺多孔砖、水泥、钢材等材料按照市场价进行决算，以上材料按政府调差价计算不符合约定。因该造价中未按照双方当事人之间的约定对材料价格进行核算，故对该证据，本院不予确认。3、B区工程审核报告书，用于证明B区工程的造价。天正公司认为报告书上无天正公司签名或盖章，且天正公司永辉分公司的经理迟本虎已在审核报告书中提出异议，故对以上证据不予认可。因该审核报告中未按照双方当事人之间的约定对材料价格进行核算，故对该证据，本院不予确认。4、建设工程造价咨询合同，用于证明南源府城公司与天正公司约定，委托第三方机构对工程造价予以审计，天正公司如超报工程造价5%，超报部分审计费即557699.75元由天正公司承担。天正公司认为以上证据为复印件，且是南源府城公司与案外人签订的，与本案无关，故不予认可。因以上证据为复印件，本院不予确认。5、抵房协议一份，用于证明南源府城公司已将天正公司应当支付超报审计费用557699.75元，以房屋折抵的方式代为支付。天正公司认为以上证据是南源府城公司与案外人签订的，证据的真实性无法核实，且协议中约定的费用中还包含了青峰公司的部分，故对以上证据不予认可。因该证据系被告与案外人签订，真实性及是否实际履行均无法确定，故对该证据，不予确认。6、借条、收据、银行转账支票存根、经济签证、发票等付款凭证，用于证明南源府城公司向天正公司支付工程款的情况。原告对天正公司永辉分公司收款有异议，认为以上工程款的付款据上虽加盖天正公司永辉分公司的印章，但永辉分公司没有独立的财务，工程款未进入天正公司的账户，故不予认可；对迟本虎收款有异议，提出迟本虎仅是项目经理，无权收取工程款，故对迟本虎签名的付款凭证不予认可；对南源府城公司代为支付材料款有异议，提出以上款项应按市场价格结算；对南源府城公司支付维修款的付款凭证有异议，提出被告并未通知原告进行维修，是否进行维修无法确定，故不予认可。因该组证据中加盖天正公司永辉分公司印章及迟本虎签名的付款凭证能够证明南源府城公司向永辉分公司及迟本虎付款的事实，本院予以确认；对于南源府城公司直接支付材料供应商的材料款，因新疆天通信达工程造价预算公司已将此笔款据实计入工程造价，本院予以确认；南源府城公司支付维修款的证据，因该凭据中没有原告签字确认，仅有4张维修单据（合计金额为65504元）中有监理公司的印章或者监理人员的签字，对以上4张单据予以确认，对于其他维修单据，本院不予确认。7、南源府城公司支付天正公司多孔砖等材料款的收据、支票头，用于证明南源府城公司将涉案工程的部分材料款支付天正公司，天正公司再行支付给材料供应商。天正公司对该证据有异议，提出迟本虎仅是项目负责人不能收款，以上证据与本案无关。因上述证据可以证实涉案项目经理迟本虎从南源府城公司领取上述材料款后支付给材料供应商的事实，本院予以确认。8、2013年1月14日会议纪要，用于证明天正公司项目经理迟本虎在审核报告书中注明的异议部分已通过会议纪要的方式解决。天正公司认为以上证据是复印件，故不予认可。本院认为，以上证据虽系复印件，但与审核报告书中作为计算依据所附的会议纪要一致，故本院对该证据予以确认。
根据当事人的陈述和经查认定的证据，本院认定事实如下：
2009年5月，原告天正公司与被告南源府城公司就承建南源府城公司开发的垄上阳光住宅小区工程进行协商。2009年5月16日，天正公司向南源府城公司出具授权委托书，载明:天正公司委托迟本虎为天正公司该工程的项目经理，田英兰为天正公司该工程财务代理人员，以天正公司的名义对该工程进行管理及财务结算活动。同日，双方针对A区的工程签订一份《建筑工程承包合同补充协议书》，约定天正公司现场主要管理人员及财务人员，必须由天正公司出示法人委托的委托书方可与南源府城公司进行业务往来，否则南源府城公司不予接纳、办理；施工使用的钢材必须是八钢产品，水泥必须是天山水泥，铝合金门窗、地暖、外墙保温、配电箱、铁艺栏杆由天正公司推荐厂家、品牌、价格并将实物报南源府城公司，经南源府城公司考察确定后，由天正公司直接签订外包施工合同，天正公司只计取2%的配合费，其他费用均不计取。如上报价比审计价高出5%，审计费用由天正公司承担。
2009年7月28日原告开工对其承包的西山农场垄上阳光A区工程进行建设。2009年8月原告开工对其承包的西山农场垄上阳光B区工程进行建设。
随后，南源府城公司将西山农牧场“垄上阳光”A区与B区工程交由新疆天通信达工程造价预算公司进行跟踪审计。
2009年8月15日，天正公司与南源府城公司就西山农牧场“垄上阳光”A3-A10号楼签订一份《建设工程施工合同》，约定南源府城公司将上述工程的土建、水暖、电气等施工图纸的全部内容交由天正公司施工，工期为2009年8月15日至同年11月30日，天正公司驻工地的项目经理为迟本虎；合同价款为7790000元，合同价款采用可调价格，价款的调整方法为：施工图纸预算+设计变更+经济签证+乌市造价部门发布的周期调差文件；合同生效后，南源府城公司预付总价款的20%作为工程预付款，天正公司每月25日前向南源府城公司报送已完工程量报表，南源府城公司按照实际工程量的80%每月支付一次工程进度款，竣工结算完毕后30天内付至结算总造价的95%，预留5%质保金，待质保期满后无工程质量问题，按相关规定支付保证金。
2009年8月23日，南源府城公司给天正公司及工程的监理公司发出通知，承诺多孔砖、水泥、商砼、钢材按照施工方与供应商签订的合同为依据，按市场价与天正公司进行结算。实际履行过程中，以上材料款由南源府城公司以工程款的名义支付天正公司，天正公司再行支付材料供应商。
2009年9月16日，双方针对B区的工程签订一份《建筑工程承包合同补充协议书》，约定天正公司现场主要管理人员及财务人员，必须由天正公司出示法人委托的委托书方可与南源府城公司进行业务往来，否则，南源府城公司不予接纳、办理，施工使用的钢材必须是八钢产品，水泥必须是天山水泥，铝合金门窗、地暖、外墙保温、配电箱、铁艺栏杆由天正公司推荐厂家、品牌、价格并将实物报南源府城公司，经南源府城公司考察确定后，由天正公司直接签订外包施工合同，天正公司只计取2%的配合费，其他费用均不计取。天正公司报送竣工结算时必须实事求是，工程造价决算不得超5%,超过5%的审计费用由天正公司承担。
2009年10月13日，双方又签订一份《建设工程施工合同》，约定南源府城公司将西山农牧场小城镇新农村住宅小区“垄上阳光”B3-B16号楼的土建、水暖、电气等施工图纸的全部内容交由天正公司施工，工期为2009年10月13日至2010年5月30日，天正公司驻工地的项目经理为迟本虎，合同价款为11090000元，合同价款采用可调价格，价款的调整方法为：施工图纸预算+设计变更+经济签证+乌市造价部门发布的周期调差文件；合同生效后，南源府城公司预付总价款的20%作为工程预付款，天正公司每月25日前向南源府城公司报送已完工程量报表，南源府城公司按照实际工程量的80%每月支付一次工程进度款，竣工结算完毕后30天内付至结算总造价的95%，预留5%质保金，待质保期满后无工程质量问题，按相关规定支付保证金。
经新疆天通信达工程造价咨询服务有限公司审计，原告2009年7月至8月份已完成垄上阳光A区住宅楼工程造价为2157085.77元，2009年9月完成A区及B区住宅楼工程总造价为2834818.76元，2009年10月完成A区及B区工程造价为6248765.07元，2009年11月6日至2010年6月24日完成A区及B区工程造价为2280674.89元，2010年6月24日至2010年7月27日完成A区及B区工程造价为1340795.03元，2010年7月14日完成A区工程零星变更及签证造价为324052.38元，2010年7月24日至2010年8月27日完成A区及B区工程造价为931115.13元，2010年8月24日至2010年12月23日完成A区及B区工程造价为1340655.29元。2010年12月1日A区工程通过了竣工验收。2011年7月25日，新疆天通信达工程造价预算公司对天正公司施工的A区工程作出报告书，意见为：西山农牧场垄上阳光A3-A8住宅项目工程审定工程造价为8925690.31元。天正公司在报告书上加盖印章表示认可。
经新疆天通信达工程造价咨询服务有限公司审计，2010年9月10日至2011年5月30日原告完成B区工程造价为2016414.07元,2011年5月25日至2011年6月25日完成了B区工程造价为1810837.29元,2011年6月25日至2011年7月25日完成B区工程造价为900702.19元,2011年7月25日至2011年8月25日完成B区工程造价为1617312.26元,2011年9月25日以前完成工程造价1604419.53元(包括管网)。2011年11月5日B区工程通过经竣工验收。
2013年1月10日，新疆天通信达工程造价预算公司对天正公司施工的B区工程作出报告书，意见为：西山农场垄上阳光B3-B16及A9住宅楼及给排水、采暖外网工程审核总造价为17201992.82元。天正公司对报告书中室外管网工程总造价提出以下异议：（1）室外管网及井土的运距问题；（2）井盖下的细石砼问题；（3）预制井盖场内运输问题；（4）管道的管上下回填细土问题；（5）室内铸铁管的人工挖土问题。天正公司对报告书中主体工程审核造价提出以下异议：（1）垂直运输实际为塔吊与卷扬机的费用；（2）签证过的资料中人工及单价不能按实计算；（3）室内天棚、墙面腻子的单价；（4）钢材单价、水泥单价、多孔砖的单价、商砼单价、SBS单价实际与调差不符（此材料款是建设单位直接付给材料商）；（5）所有材料的超运距；（6）在工程施工中建设单位采购的有土建材料屋面用苯板、安装用水表、室外带壳保温管、建设单位付款的材料有水泥、多孔砖、商砼、SBS、钢材。
新疆天通信达工程造价预算公司对天正公司提出的异议回复如下：天正公司对报告书中室外管网工程总造价提出的异议，已通过2013年1月14日由新疆天通信达工程造价预算公司、天正公司、南源府城公司参加的会议协商解决，并已将异议部分作增加金额79374.30元处理，计入审核报告书中；天正公司对报告书中主体部分总造价提出的异议，针对异议新疆天通信达工程造价预算公司未接到天正公司提交的调整依据，南源府城公司也未提交调整文件，后天正公司重新更换了预算员，并要求新疆天通信达工程造价预算公司核对工程量及套价，新疆天通信达工程造价预算公司与天正公司的预算员核对后，天正公司对无异议的造价进行签字确认，仅有以下六条有异议，（1）垂直运输取费问题，双方当事人签订的建筑工程承包合同补充协议中第二条第一款第二项约定，垂直运输均按卷扬机计算，故该报告书就此部分按卷扬机计算；（2）签证过的资料中人工及单价问题，此部分以经济签证形式出现，南源府城公司2011年7月16日与天正公司等施工单位会议决定计价，故该部分按照会议纪要计算；（3）2011年7月6日新疆天通信达工程造价预算公司、天正公司、南源府城公司参会的会议纪要载明按8.36元/平方米计算天棚刮石膏腻子，故审核报告书按此单价计算；（4）对于天正公司与材料供应商协商购买钢材、水泥、多孔砖、商砼、SB等材料，该笔材料款系施工方自行购买的材料，因未收到以上材料的单价确认函，故按政府发布的各期调差文件计算；（5）所有材料的超运距问题不予调整的原因是没有相关的依据；（6）在工程施工中南源府城公司直接采购的屋面用苯板、安装用水表、室外带壳保温管等材料已按南源府城公司提供的单价据实计算。
因天正公司认为双方未对工程决算达成一致意见，多孔砖、水泥、商砼等材料应按天正公司与材料供应商签订合同约定的价格进行结算，故申请对其施工的西山农场垄上阳光A区及B区工程造价进行审计。本院委托新疆新德旺建设工程项目管理公司对涉案B区工程造价按照原告与材料供应商签订的合同中载明的材料价格进行鉴定，鉴定结论为涉案工程造价为18158103.78元
被告通过支付现金、材料款、借款、垫付水电费等相关费用等方式，向原告及永辉公司、田英兰、迟本虎、材料商支付价款27509123.43元，具体付款情况如下：2009年7月付60万元，2009年8月付150万元，2009年9月付300万元，2009年10月付201万元，2009年11月付1992866.15元，2009年12月付47万元，2010年1月付2146652元，2010年4月付50万元，2010年6月付30万元，2010年7月付652427.60元，2010年8月付1435482.94元，2010年9月付684946.52元。2010年10月付129576.60元，2010年11月付1488063.81元，2010年12月付978660.03元。2011年4月支付1661375元，2011年5月支付1077000元，2011年6月支付643560.56元。2011年7月支付1180595元，2011年8月支付1422880元，2011年9月支付891806.80元，2011年10月支付1230246.33元（包含热力公司借款110万元），2011年11月付769114.61元，2011年12月付553469.48元，2012年7月支付消防井盖款400元，2012年8月垫付热力费3万元，2013年1月垫付分摊水费16万元。
结合原、被告双方在合同当中的约定、新疆天通信达工程造价预算公司对于原告所完成工程量的跟踪审计及被告实际付款的数额，截至2011年7月，被告存迟延支付原告合同预付款及工程进度款的情形，按照同期银行贷款利率计算，此期间的延期付款利息为123494.84元。
另查明，1、南源府城公司提供对涉案工程进行维修的经济签证及支付维修款的证据用于证实因工程存在质量问题，被告找他人进行维修，支出维修费用172631.70元，但相关凭据中没有原告签字确认，仅有4张维修单据（合计金额为65504元）中有监理公司的印章或者监理人员的签字。
2、原告2011年11月16日向被告报送外网工程结算书中载明完成垄上阳光B区外网工程造价为1721295.55元；2011年11月18日又向被告报送外网工程决算书，增加工程造价69975.51元。经新疆天通信达工程造价预算公司审核，确认原告完成的外网工程为1388279.94元，差额为402991.12元。
本院认为，原告在建设被告投资开发的垄上阳光A区及B区施工过程中与被告签订的《补充协议》及《建设工程施工合同》，均系双方当事人在平等、自愿基础上协议签订的,合同内容未违反法律、行政法规的强制性规定，为有效合同。双方均应按照合同约定履行各自的义务。现原、被告对于原告已将合同项下的涉案工程施工完毕，并通过竣工验收、交付给被告以及被告通过支付现金、材料款、借款、垫付水费等相关费用的方式向原告及永辉分公司、田英兰、迟本虎、材料商支付价款27509124.43元，没有异议。现双方争议的焦点为：一、工程造价的问题。虽然原、被告双方在《建设工程施工合同》中约定，合同价款采用可调价价格，调整方式为：施工图纸预算+设计变更+经济签证+乌市造价部门发布的周期调差文件，但在合同履行过程中被告通过通知等方式书面承诺水泥、多孔砖、钢材、商砼等费用以施工方与材料商签订合同的价格作为计算依据。该承诺为被告在履行合同过程中根据实际情况对工程计价方式的变更，具有约束力，被告应当按照其承诺的计价方式所计算出的工程造价向原告支付工程款。对于原告施工完成的A区工程造价，新疆天通信达工程造价预算公司按照政府指导价进行调差后作出了A3-8栋住宅楼工程造价审核报告，原告在该报告上加盖印章视为其放弃要求按照与材料供应商签订的供货合同单价计算工程造价的权利。而对于A9及B3至B16栋B区工程，原告要求被告按照其在合同履行过程中承诺的计价方式计算工程造价的要求，符合当事人的约定，本院予以支持。应当根据新疆新德旺建设工程项目管理公司出具的鉴定意见书中的工程造价认定本案B区工程造价。而对于外网工程，由于被告未能提供原告完成的外网工程的图纸，而其托跟踪审计的新疆天通信达工程造价预算公司在该审核报告中也未能确定外网工程的工作量，造成鉴定机构无法对外网工程按照合同约定的价格进行调价，应由其承担举证不能的责任。对该外网工程的造价，本院按照原告的结算价格进行确认。因此，本案中原告所完成的工程造价为27486785.21元（A区8925690.31元+B区的工程造18158103.78元+外网工程的差价402991.12元）。被告应向原告支付的工程价款为27486785.21元。
二、关于南源府城公司支付天正公司工程款的问题。
双方对南源府城公司支付天正公司12561252元工程款予以认可，本院予以确认。天正公司对南源府城公司支付工程款8265843.48元有异议，认为以上工程款的付款据上虽加盖天正公司永辉分公司的印章，但永辉分公司没有独立的财务，工程款未进入天正公司的账户上。本院认为，《中华人民共和国公司法》第十四条规定：“公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担”。本案中，天正公司永辉分公司在付款据上加盖印章的行为产生的法律后果，应由天正公司承担，加盖天正公司永辉分公司印章的付款据应当认定为南源府城公司支付了天正公司8265843.48元工程款。天正公司对有迟本虎、田英兰签名计4119011元工程款的付款凭证，对田英兰签名的无异议，对迟本虎签名的不予认可。本院认为，对有田英兰签名的付款凭证，本院予以确认。庭审中查明，迟本虎是天正公司的项目经理，2009年5月16日，天正公司向南源府城公司出具授权委托书，载明：迟本虎是天正公司的项目经理，田英兰是天正公司的财务代理人员，二人是以天正公司的名义对工程进行管理及财务结算活动。通过对以上证据进行分析，天正公司委托迟本虎、田英兰二人代表天正公司与南源府城公司进行民事活动，故二人在付款凭证上签名行为产生的法律后果也应由天正公司承担，应认定此笔款项为南源府城公司支付天正公司的工程款。天正公司对南源府城公司直接支付给材料供应商材料款2414006.55元的付款凭证有异议，因在工程造价中已将该费用计入原告施工的工程造价，此笔费用也应作为南源府城公司支付天正公司的工程款。对于被告垫付的水费160000元，因系被告代为承担的原告应支付的费用，故该费用应由原告负担。天正公司对南源府城公司代为支付的维修费用172631.70元的经济签证及付款凭证有异议，认为南源府城公司维修时未通知天正公司。本院认为，原告虽然对涉案工程在质保期内出现的质量问题负有维修的义务，但被告提供的维修凭证中仅有部分有监理公司的盖章或者监理人员的签字，而其他部分中没有监理公司的印章和监理人员的签字，对于是否实际产生如此数额的维修费用无法确定，故对被告主张垫付的维修费用，本院对有监理公司盖章或监理人员签字的维修费用65504元予以确认，对于剩余的维修费用本院不予确认。综上，南源府城公司已支付天正公司的工程款为27585617.03元。
四、南源府城公司是否欠付工程款的问题。
从以上分析可见，本案诉争工程的造价为27486785.21元，南源府城公司已支付天正公司的工程款为27585617.03元。南源府城公司已超付工程款为98831.82元（27585617.03元-27486785.21元），故天正公司认为南源府城公司欠付工程款的诉讼请求不成立，本院不予支持。南源府城公司要求返还超付工程款的反诉请求符合法律规定，原告应将超付的工程款98831.82元返还给被告。
五、是否存在迟延支付工程款的问题。
根据新疆天通信达工程造价预算公司跟踪审计和原告完成工程进度的情况及双方在合同中约定的预付款的比例，结合被告实际的付款情况，可以确定在2010年12月A区工程竣工验收之前，被告确实存在迟延支付工程进度款及预付款的情形，2010年12月A区工程竣工后，由于新疆天通信达工程造价预算公司的跟踪审计未对A区和B区工程进度分别列出，无法区分A区和B区工程进度，因此，也无法判断在2010年12月底被告是否支付完毕A区95%的工程价款，故也无法确定此后被告是否按期、足额支付了B区的工程进度款。对于现已明确的迟延付款的利息123494.84元，本院予以支持，对于此后的利息，本院不予支持。
六、关于开具发票的问题。
《中华人民共和国发票管理办法》规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。本案中，天正公司收取南源府城公司支付的工程款后，应当向南源府城公司开具已付工程款的发票。经对账，双方对天正公司已给南源府城公司开具14201979.70元的发票无异议，本院予以确认。剩余工程款部分的发票，天正公司也应予以开具，但对于维修费用和南源府城公司直接支付给材料供应商的发票，因该款是被告直接支付给维修人员或者维修公司的，该票据应当由领款人向被告出具。天正公司应再向南源府城公司开具13219301.51元（27486785.21元-14201979.70元-65504元）。
七、关于南源府城公司垫付天正公司超报造价审计费用的问题。
南源府城公司提交的建设工程造价咨询合同为复印件、抵房协议上未载明天正公司超报工程造价的数额，A区工程审核报告书中载明了A区工程的送审价，B区工程审核报告书中未载明明确的送审价，对此部分的请求，南源府城公司应承担举证不能的不利后果，该项反诉请求，本院不予支持。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第四十四条第一款、第六十条、第一百一十四条、第二百六十九条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条、《中华人民共和国发票管理办法》第十九条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款之规定，判决如下：
一、被告新疆南源府城房地产开发有限公司应于本判决生效之日起十日内向原告新疆天正建筑安装有限责任公司支付迟延付款的违约金123494.84元；
二、反诉被告新疆天正建筑安装有限责任公司于本判决生效后十日内返还反诉原告新疆南源府城房地产开发有限公司超付的工程款98831.82元；
二、反诉被告新疆天正建筑安装有限责任公司于本判决生效后十日内向反诉原告新疆南源府城房地产开发有限公司开具13219301.51元工程款发票。
三、驳回原告新疆天正建筑安装有限责任公司的其他诉讼请求；
四、驳回反诉原告新疆南源府城房地产开发有限公司的其他反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费13592元，由原告新疆天正建筑安装有限责任公司负担10822元，由被告新疆南源府城房地产开发有限公司负担2770元；反诉案件受理费23778元，由反诉原告新疆南源府城房地产开发有限公司负担21408元，由反诉被告新疆天正建筑安装有限责任公司负担2370元；鉴定费167400元，由被告新疆南源府城房地产开发有限公司负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数或者代表人的人数提出副本，上诉于新疆生产建设兵团第十二师中级人民法院。
审判长 邹永梅
审判员 阿西登
审判员 袁 浩
二〇一八年三月二日
书记员 焦 颖