重庆市高级人民法院
民 事 判 决 书
（2018）渝民终245号
上诉人（原审原告、反诉被告）：重庆市渝万建设集团有限公司，住所地重庆市万州区王牌路398号，统一社会信用代码915001012876229817。
法定代表人：刘一丁，该公司董事长。
委托诉讼代理人:段兴华，重庆鼎典律师事务所律师。
委托诉讼代理人:刘小蓉，重庆鼎典律师事务所律师。
上诉人（原审被告、反诉原告）：重庆聚金实业（集团）有限公司，住所地重庆市渝中区大溪沟街73号聚金大厦六楼，统一社会信用代码91500103202845482M。
法定代表人:宋春梅，该公司董事长。
委托诉讼代理人：刘彬，男，该公司员工。
委托诉讼代理人：张耕，重庆坤源衡泰律师事务所律师。
上诉人重庆市渝万建设集团有限公司（以下简称渝万建设公司）与上诉人重庆聚金实业（集团）有限公司（以下简称聚金实业公司）因建设工程施工合同纠纷一案，均不服重庆市第五中级人民法院（2014）渝五中法民初字第1287号民事判决，向本院提起上诉。本院于2018年4月24日立案后，依法组成合议庭,于2018年5月31日公开开庭进行了审理。上诉人渝万建设公司的委托诉讼代理人段兴华、刘小蓉，上诉人聚金实业公司的委托诉讼代理人刘彬、张耕，到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
渝万建设公司上诉请求：1.撤销一审判决，并依法予以改判；2.本案一、二审诉讼费用由聚金实业公司承担。事实与理由：1.渝万建设公司举示的由监理单位签章、监理工程师签字确认的《主体分部工程质量验收记录》、《砌体工程隐蔽检查记录》载明了12#楼1－22层砌体的验收记录及砌体工程隐蔽检查记录，渝万建设公司还举示了监理单位于2011年9月25日出具的《聚金万佳苑一、三标段工程计量审查意见》，载明12#楼1－22层砌体的相关内容，渝万建设公司举示的上述证据能够证明“12#楼22层及以下二次结构”系由渝万建设公司施工，一审判决以渝万建设公司举证不能为由未将“12#楼22层及以下二次结构”所涉及的222275.24元计入工程造价，明显错误。2.竣工图由聚金实业公司、渝万建设公司以及监理单位共同签字确认，能够真实、客观地体现渝万建设公司的实际施工内容，渝万建设公司提交的《工程进度月报审核表》等相关过程资料亦可与竣工图的施工内容相印证，且经鉴定人现场勘查，竣工图显示的非隐蔽工程与项目现场一致。此外，聚金实业公司仅在施工过程中向渝万建设公司提供了电子版的施工图用于参考，而未提供纸质版的施工图，电子版的施工图具有可随意更改的特性，故不应以电子版的施工图作为认定工程量的依据。一审判决以渝万建设公司未举示证据证明为由未将“施工图和竣工图安装部分差异金额”所涉及的1592527.63元计入工程造价，明显错误。3.渝万建设公司举示的《公证书》能够证明渝万建设公司主张的垃圾清运费系前两个施工单位遗留下的建筑垃圾和未完成的平基土石方量，不属于渝万建设公司在施工期间产生的建筑垃圾，不应适用《聚金万佳苑〈建设工程施工合同〉补充协议》（以下简称《补充协议》）第9.3.7条第（8）款的约定，一审判决未将737786.59元建筑垃圾清运费计入工程造价错误。4.聚金实业公司举示的《通知》虽然显示三标段工程的开工时间为2011年6月15日，但因现场情况不满足施工条件，渝万建设公司随即书面回函给聚金实业公司，对其确定的2011年6月15日开工提出了异议，双方还于2011年6月22日召开专题会议，故一审判决认定2011年6月15日为开工时间错误。同时，《聚金万佳苑后续工程补充协议二》（以下简称《补充协议二》）第3.1条约定：“4#、6#、7#、8#、9#、10#及3#车库办完施工手续，按发包人场地移交承包人之日起四个月内完成（达到竣工条件）。”由此可见，工期截止时间应以达到竣工条件为准，渝万建设公司举示的竣工验收资料能够证明三标段达到竣工条件的时间是2011年11月25日，故应以2011年11月25日作为工期截止日。此外，由于聚金实业公司拖欠工程进度款、配套施工进度延误、原施工单位施工造成的质量问题一直未解决，导致渝万建设公司进度滞后，工期延误责任不能全部归于渝万建设公司。因此，一审判决渝万建设公司承担三标段的逾期竣工违约责任错误。5.《补充协议》第15.2条第（2）款、第15.12条均对逾期竣工违约责任作出了约定，即使渝万建设公司存在逾期竣工的违约行为，也应当根据第15.2条第（2）款承担违约责任。同时，渝万建设公司的逾期竣工行为并未对聚金实业公司造成任何实际损失，一审法院判决的违约金过高，应当予以调整。
聚金实业公司辩称，渝万建设公司的上诉理由不能成立，应当驳回其上诉请求。事实与理由：1.渝万建设公司在一审中没有举示证据证明“12#楼22层及以下二次结构”工程系由渝万建设公司施工，应当承担举证不能的责任。2.垃圾清运费属于《补充协议》第9.3.7条第（8）款约定的施工措施费和技术措施费，根据约定理应由渝万建设公司承担。渝万建设公司在签订《补充协议二》时明知现场有上家施工单位遗留的少量建筑垃圾，但在《补充协议二》中未作出相反的约定，故一审判决未将垃圾清运费计入工程造价并无不当。3.《补充协议》第9.2条明确约定合同价款的计价依据是施工图、施工图会审纪要、工程变更及现场签证、现场核定工程量依据，竣工图不属于约定的计价依据。《补充协议二》并未对前述约定作出相反的约定，故一审判决依据《补充协议》第9.2条之约定，未将竣工图与施工图差异部分造价计入工程造价并无不当。4.一审判决对三标段开、竣工时间的认定正确，渝万建设公司没有根据合同约定就工期延误问题提交书面报告，渝万建设公司主张工期应当顺延的请求不能成立。5.一审判决依据《补充协议》第15.12条适用违约金条款合理合法，理应予以维持。
聚金实业公司上诉请求：1.撤销一审判决第一项资金占用利息部分，改判聚金实业公司以欠付工程款5432891元为本金，自本判决生效之日起至付清之日止，按照中国人民银行同期同类贷款利率向渝万建设公司支付资金占用利息；2.撤销一审判决第二项，改判驳回渝万建设公司要求退还质保金并支付利息的诉讼请求；3.维持一审判决第三项，并改判渝万建设公司向聚金实业公司支付一标段工程逾期竣工违约金2720210元；4.改判渝万建设公司向聚金实业公司支付高估冒算违约金2240965元；5.本案一、二审诉讼费用均由渝万建设公司承担。事实与理由：1.双方在《补充协议》中对工程款的支付时间作了明确约定，即工程结算办理完成后聚金实业公司支付工程款的96%，因渝万建设公司未按合同约定提交完整的工程结算资料，导致案涉工程未能及时办理结算，故逾期付款利息应当从本案判决生效之日起算，一审判决认定从渝万建设公司起诉之日起算错误。2.渝万建设公司所施工的工程存在质量问题，且未在保修期内按照约定履行每月回访一次并签署保修单的义务，故质保金不符合退还条件，应当驳回渝万建设公司要求退还质保金并支付利息的请求。3.一审判决以一标段逾期竣工57天系13#楼是否加层的设计变更问题所致为由，对一标段逾期竣工违约金未予支持错误，渝万建设公司应当支付一标段逾期竣工违约金2720210元。4.结合《司法鉴定意见书》以及一审法院的认定，案涉工程造价为86190972元，而渝万建设公司申报的工程造价为108116542.65元，高估冒算率达25.4%，渝万建设公司根据《补充协议》第15.4条约定向聚金实业公司支付高估冒算违约金2240965元。
渝万建设公司辩称，聚金实业公司的上诉理由不能成立，应当驳回其上诉请求。事实与理由：1.案涉工程竣工验收后，渝万建设公司按照合同约定从2012年8月至2014年10月多次向聚金实业公司提交结算资料，但聚金实业公司拒绝办理结算，渝万建设公司只有提起本案诉讼，故一审判决从渝万建设公司提起本案诉讼时作为逾期支付工程款利息的起算点，并无不当。2.案涉工程已经竣工验收合格并交付使用，聚金实业公司没有举示证据证明工程存在质量问题，渝万建设公司亦按照约定每月进行了回访，退还质保金的条件已经成就。3.渝万建设公司在一审中已举示了充分证据证明一标段逾期竣工系因聚金实业公司原因所致，故一审判决未支持一标段的逾期竣工违约金并无不当。4.双方约定高估冒算违约金的条件是渝万建设公司报审的结算总价超过双方的结算总价，由于双方未能就工程造价达成一致意见，而是依据鉴定机构的鉴定意见认定工程造价，故不符合双方关于高估冒算违约金适用条件的约定，一审判决未予支持亦无不当。
渝万建设公司向一审法院提起诉讼请求：1.判令聚金实业公司支付工程款10684090.96元（以最终结算金额为准，并从起诉之日起按银行同期贷款利率支付利息）；2.判令聚金实业公司退还质保金3630948.44元（以最终结算金额为准，并从起诉之日起按银行同期贷款利率支付利息）；3.判令聚金实业公司支付违约金133183.80元；4.本案诉讼保全费、鉴定费、诉讼费由聚金实业公司承担。诉讼中，聚金实业公司提起反诉请求：1.判令渝万建设公司向聚金实业公司支付逾期竣工违约金（暂计949万元，最终根据法院认定的工程结算总造价金额进行调整）；2.判令渝万建设公司向聚金实业公司支付高估冒算违约金（暂计167.29万元，最终根据法院认定的工程结算总造价金额进行调整）；3.判令渝万建设公司向聚金实业公司开具应支付工程款金额相应的发票；4.本案全部诉讼费用均由渝万建设公司承担。
一审法院认定事实：渝万建设公司系具有房屋建筑工程施工总承包壹级资质的企业。
2008年4月23日，聚金实业公司与渝万建设公司签订《建设工程施工合同》，约定由渝万建设公司承建聚金实业公司开发的聚金万佳苑11号楼工程（第四标段）。其中，“通用条款”第13.1条约定：“因以下原因造成工期延误，经工程师确认，工期相应顺延：……（2）发包人未能按约定日期支付工程预付款、进度款，致使施工不能正常进行……”。“专用条款”第13.1条约定：“双方约定工期顺延的其他情况：按通用条款执行，施工中的设计变更除外，但承包人应按程序及时完善相关手续，否则视为放弃权利”。
2008年5月11日，聚金实业公司（发包人）与渝万建设公司（承包人）签订《补充协议》，就渝万建设公司承建聚金万佳苑11号楼工程的相关内容进行了明确。其中，第4.2条约定：“工期目标按下表约定执行：……此工期除不可抗力或双方书面确认工期索赔延长外，不论任何原因均不得变更或延长上述工期。因不可抗力或发包人责任需要顺延工期的，承包人应在情况发生后14天内就延长的工期以书面形式向发包人提出报告，逾期视为不涉及工期顺延。”第14.1条约定：“双方签订的《施工合同保修协议》与本补充协议具有同等效力。”第15.4条约定：“承包人应按本补充协议的约定配合发包人进行工程预（结）算，承包人报审的工程预结算总价超过双方审定预（结）算总价的6%，发包人处以承包人审定的预（结）算总价6‰的违约金；承包人报审的工程结算总价超过双方审定结算总价的10%（含），发包人再处以承包人双方审定结算总价的2%的违约金。”第15.12条约定：“施工过程中，承包人的进度不能满足经发包人认可的网络进度计划时，发包人有权不支付工程款。各单位工程正式竣工验收时间如突破合同工期时（甲方原因除外），承包人承担违约责任，超过5天以上的由承包人按每延误一天，支付结算总造价的0.2%的违约金，并赔偿发包人的一切直接、间接损失（含购房业主的索赔损失等）。”作为《补充协议》附件的《施工合同保修协议》第七条约定：“质保金按本工程竣工结算总价款的4%留存在发包人处，工程保修期到2年时无质量问题发包人支付质保金的70%，到5年时无质量问题支付质保金的30%，每次支付质保金时承包人须附保修回访单和质量维修情况说明。”
2011年3月16日，聚金实业公司（发包人）与渝万建设公司（承包人）签订《补充协议二》，约定：渝万建设公司承建聚金实业公司开发的聚金万佳苑小区4#、6#、7#、8#、9#、10#、12#、13#楼及1#、3#车库；幼儿园；12#、13#的门面工程。关于工程工期，第3.1条约定：“4#、6#、7#、8#、9#、10#及3号车库，办完施工手续，按甲方场地移交乙方之日起四个月内完成（达到竣工条件）”。第3.2条约定：“12#和13#及1号车库办完施工手续，按甲方场地移交乙方之日起十个月内完成（达到竣工条件）”。关于合同价款，第五条约定：“5.2合同价款计价依据：5.2.1依据1999年《全国统一建筑工程基础定额重庆市基价表》、《重庆市建筑工程费用定额》、2000年《重庆市安装工程单位基价表》、《重庆市安装工程费用定额》，缺项部分套用相似定额子目及本协议签订前的相关配套文件，本协议签订之后的计调价文件一律不执行。……5.2.5安全、文明施工取费标准按渝建发【2014】265号文执行，承包人必须达到合格标准，否则发包人不予支付此项费用。”第8.4条约定：“工程进度款的支付方式按原补充协议执行，但承包人要先报总进度计划及月进度计划交发包人审批。承包人必须达到发包人审批同意的月进度节点方支付进度款，否则按每延误一天罚款2万元进行惩罚。”
2012年2月9日、2012年12月20日，聚金实业公司、渝万建设公司、重庆市建设工程质量监督总站、重庆市档案馆、重庆巴蜀建筑设计有限公司、重庆市高新工程勘察设计院有限公司、重庆建渝工程建设监理有限公司（以下简称建渝监理公司）分别在聚金实业公司万佳苑项目部办公室及聚金实业公司五楼会议室召开会议并形成《聚金万佳苑4、6、7、8、9、10号楼工程质量会审会议纪要》和《聚金万佳苑12、13号楼及商铺、1号车库、幼儿园工程质量会审会议纪要》，纪要载明：由于案涉工程项目的前承包人退场后拒不提交主体工程竣工资料，工程无法进行竣工验收。经报市领导批示，同意聚金万佳苑4、6、7、8、9、10号楼工程按“两证”遗留问题办理相关手续。对工程质量进行会审结论：1.该工程勘察设计文件符合相关规定要求，勘察设计有效、安全可靠；2.工程施工严格按照设计图纸及相关变更实施，工程质量符合设计及相关规范要求；3.该工程施工过程可控，结构安全可靠，能够保证安全使用。4.工程质量控制资料在验收过程中均按规定要求进行了核查，资料齐全完整；5.工程有关功能性检测均按有关规定进行了检测，结果合格；6.该工程按验收统一标准及有关规范进行，工程质量评定合格。
2015年3月10日,渝万建设公司向一审法院提交《工程造价鉴定申请书》，申请对案涉工程造价进行鉴定。一审法院予以准许并委托重庆道尔敦建设项目管理有限责任公司（以下简称道尔敦公司）对案涉工程造价进行鉴定。2017年1月16日，道尔顿公司出具《司法鉴定意见书》，鉴定结论为：万佳苑小区4#、6#、7#、8#、9#、10#、12#、13#楼及1#、3#车库、幼儿园、12#、13#门面工程的造价确定价款为83645268元，争议部分金额为7128443元。具体争议内容如下：1.“4#楼屋面防水返修”，金额为46129.34元；2.“4#、6#、7#楼屋面保护层”，金额为38779.76元；3.“核价材料税金”，金额为1114598.49元；4.“12#楼二次结构22F以下”，金额为222275.24元；5.“甲供保温材料”，金额为1650040.49元；6.“9#楼外墙保温”，金额为1264513.55元；7.“配合费”，金额为383874.22元；8.“平基土石方”，金额为856268.82元；9.“1#车库－2F瓜米石地面”，金额为124978.67元；10.“安全文明施工费”，金额为1426983.75元。
2017年11月10日，道尔敦公司出具《司法鉴定补充意见书》，结论为：安装工程一标段（给排水工程、电气工程）按竣工图计算工程造价为2295758.11元，原鉴定意见书按施工图计算工程造价为2195826.75元，涉及金额差异99931.36元。安装工程三标段（给排水工程、电气工程）按竣工图计算工程造价为8554659.57元，原鉴定意见书按施工图计算工程造价为7062063.3元，涉及金额差异1492596.27元。2017年12月11日，道尔敦公司出具《司法鉴定有关问题的回复》，对1#车库屋面做法造价65259.6元、税金费用标准差异金额62482.03元、幼儿园楼地面和墙面抹灰工程造价150654.43元分别进行了明确。
一审法院认为，本案的争议焦点为：一、聚金实业公司欠付渝万建设公司的工程价款数额及利息如何计算；二、聚金实业公司是否应当向渝万建设公司退还质保金并支付利息；三、聚金实业公司是否应当向渝万建设公司支付违约金；四、渝万建设公司是否应当向聚金实业公司支付逾期竣工违约金；五、渝万建设公司是否应当向聚金实业公司支付高估冒算违约金；六、渝万建设公司是否应当向聚金实业公司开具工程欠款发票。
一、关于聚金实业公司欠付渝万建设公司的工程价款数额及利息如何计算的问题
案涉工程已竣工验收并交付使用，聚金实业公司应当向渝万建设公司支付工程价款。因双方没有完成案涉工程结算，审理中，经依法委托鉴定，鉴定结论为：工程造价确定金额为83645268元；争议金额为8720970.96元。对鉴定报告所列争议部分的异议，一审法院认定如下：
1.“4#楼屋面防水返修”46129.34元。《建设工程施工合同》“通用条款”第25.1条约定：“承包人应按专用条款约定的时间，向工程师提交已完工程量的报告。工程师接到报告后7天内按设计图纸核实已完工程量（以下称计量），并在计量前24小时通知承包人，承包人为计量提供便利条件并派人参加。承包人收到通知后不参加计量，计量结果有效，作为工程价款支付的依据。”现4#屋面防水返修工程量没有收方依据，46129.34元仅为鉴定机构估算金额，仅以此估算金额作为计价依据不符合上述合同约定，故46129.34元不能计入工程造价。
2.“4#、6#、7#屋面保护层”38779.76元。《补充协议》第9.2条约定：“合同价款计价依据：（2）施工图、施工图会审纪要、工程变更及现场签证、现场核定工程量依据。”由此可见，双方明确约定现场核定单为结算工程价款的依据，渝万建设公司主张以核定单作为4#、6#、7#屋面保护层的计价依据，一审法院予以支持，该38779.76元不应计入工程造价。
3.“核价材料税金”1114598.49元。针对该项争议，双方同意由鉴定机构组织双方共同咨询重庆市建设工程造价管理总站（以下简称造价管理站），并由鉴定机构书面回复咨询结果。经咨询，造价管理站解释，核价中的含税价格应是指材料流通领域的相关税，建筑企业的营业税应按规定予以计取。经庭审质证，双方对上述意见均无异议，故核价材料税金1114598.49元应当计入工程造价。
4.“12#楼22层及以下二次结构”222275.24元。当事人对自己主张的事实应当提供证据予以证明。渝万建设公司主张“12#楼22层及以下二次结构”工程系自己施工，应当举示充分证据予以证明。鉴定机构根据渝万建设公司举示的工程施工资料，无法界定渝万建设公司就该项争议的具体施工内容，应当由渝万建设公司承担举证不能的后果，故该项争议金额不应计入工程造价。
5.“甲供保温材料”1650040.49元。在对该项争议的质证过程中，渝万建设公司同意聚金实业公司的质证意见，故该项金额不应计入工程造价。
6.“9#楼外墙保温”1264513.55元。案涉工程系渝万建设公司接前手案外人继续施工，9#外墙保温工程是否由渝万建设公司施工以及具体的工程量，应当由渝万建设公司承担举证证明责任。渝万建设公司举示的由监理人员签字的《建筑节能分部（子分部）工程质量验收记录》、《墙体节能分项工程质量验收记录》、《节能工程墙体基层隐蔽检查记录》、《墙体胶粉聚苯颗粒保温层隐蔽检查记录》和《外墙胶粉聚苯颗粒保温浆料施工检查记录》可以证明其进行了9#楼第1至5层的外墙保温工程施工，因此，9#楼第1至5层的外墙保温所涉及的工程量应当计入工程造价，因9#楼共29层，按照比例计算，该项争议应当计入工程造价的金额为1264513.55元×5/29＝218019.6元。
7.“配合费”383874.22元。《补充协议》第6.8条约定：“门窗工程、外墙空调百叶工程、阳台及楼梯栏杆工程、防盗门等由发包人另行发包，专业承包人安装施工（同等条件下优先由承包人施工，并按9.3.7条款收取配合费）”，第6.9条约定：“发包人发包工程的范围……动态调整，承包人无条件配合，总分包配合费均按9.3.7条计取……”，第9.3.7条约定：“承包人完成第7条工作内容后，门窗工程、外墙空调百叶工程、阳台及楼梯栏杆工程、防盗门、消防、电梯工程等的配合费按定额规定标准的60%计取……”由上述约定可知，渝万建设公司应当收取配合费，聚金实业公司主张配合费应当按分包工程结算价为基数计算并且渝万建设公司应按完成部分工程的比例收取，但聚金实业公司没有举示证明分包工程结算价的证据，也没有举示应当计算比例的证据，因此，一审法院采信鉴定机构依据合同及定额计算的配合费，该项争议金额383874.22元应当计入工程造价。
8.“平基土石方差额价款”856269.82元。《补充协议二》第二条约定：“工程主要承包范围及内容：……具体包含第2.1-2.6条款内容：2.1基础工程：含平基土石方工程……”。第5.2条约定：“5.2.1:依据1999年《全国统一建筑工程基础定额重庆市基价表》、《重庆市建筑工程费用定额》、2000年《重庆市安装工程单位基价表》、《重庆市安装工程费用定额》缺项部分套用相似定额子目及本协议签订前的相关配套文件，本协议签订之后的计调价文件一律不执行。”由此可见，《补充协议二》中的施工内容包括平基土石方工程，且应当按照第5.2.1条的约定计价。虽然双方在《补充协议二》中约定《补充协议二》系在《建设工程施工合同》和《补充协议》均执行情况下签订，但《补充协议二》第九条亦约定《建设工程施工合同》及《补充协议》与《补充协议二》不一致时以《补充协议二》的约定为准。因此，渝万建设公司有关平基土石方按照定额计价的主张符合合同约定，按照定额和包干价45元/立方米计算的差额价款856269.82元应当计入工程造价。
9.“1#车库-2F挂米石地面”124978.67元。聚金实业公司认为其于2012年3月6日向渝万建设公司发函要求不做瓜米石地面，渝万建设公司否认收到上述函件，聚金实业公司没有举示证据证明此函件已经送达渝万建设公司。因此，聚金实业公司应当承担举证不能的后果，该项费用应当计入工程造价。
10.“安全文明施工费”1426983.75元。双方签订的《补充协议二》第5.2.5条约定：“安全、文明施工取费标准按渝建发【2004】265号文执行。并要求承包人必须达到合格标准，否则发包人不予支付此项费用。”案涉工程系渝万建设公司中途进场，因前手承包人退场后不提交施工资料，案涉工程完工后，无法按法定程序竣工验收，但双方在相关行政部门的参与下形成会议纪要，确认案涉工程合格。因此，聚金实业公司应当向渝万建设公司支付安全文明施工费。案涉工程并非渝万建设公司单独完成，渝万建设公司仅应收取自已完成的工程量占整个工程量比例部分的安全文明施工费。在本案中，双方均未举示案涉工程渝万建设公司完成的工程量与前手承包人完成工程量的比例，本院酌定713492元（1426983.75元×50%）计入工程造价。
11.“施工图和竣工图安装部分差异金额”1592527.63元。《建筑工程质量管理条例》第二十八条规定：“施工单位必须按照工程设计图纸和施工技术标准施工，不得擅自修改工程设计，不得偷工减料。施工单位在施工过程中发现设计文件和图纸有差错的，应当及时提出意见和建议”。第二十九条规定：“施工单位必须按照工程设计要求、施工技术标准和合同约定，对建筑材料、建筑构配件、设备和商品混凝土进行检验，检验应当有书面记录和专人签字；未经检验或者检验不合格的，不得使用。”《补充协议》第9.2条约定：“合同价款计价依据：……（2）施工图、施工图会审纪要、工程变更及现场签证、现场核定工程量依据。”该项争议涉及工程项目的设计变更，渝万建设公司应当按照上述规定履行工程项目设计变更手续，报经业主同意进行设计变更并现场签证审核。审理中，渝万建设公司既不能提供聚金实业公司的书面变更指令，也不能提供现场签证。因此，该项争议所涉及的差额1592527.63元不应当计入工程造价。
综上，争议部分应当计入工程造价金额为1114598.49元+218019.6元+383874.22元+856269.82元+124978.67元+713492元＝3411233元。
此外，聚金实业公司还对《司法鉴定意见书》中确定部分的部分造价提出了异议，一审法院对此认定如下：
1.平基土石方工程量。该项争议项目有现场签证，在签证上有方格网图，鉴定机构依据上述资料出具的鉴定意见符合客观实际，聚金实业公司的异议不成立。
2.外墙腻子、涂料工程量。聚金实业公司认为外墙腻子、涂料工程并非渝万建设公司全部施工，但没有提供证据予以佐证，一审法院对鉴定机构对本项争议的鉴定结论予以采信。
3.建筑面积包干费（材料上下车费）。庭审中，鉴定机构明确是按照《补充协议》第9.3.7条第（9）款第②项的约定计价。聚金实业公司认为重复计算但没有举示证据予以证明，一审法院对聚金实业公司该项异议不予支持。
4.阳台边梁抹灰是否套用零星抹灰定额。经鉴定机构组织双方走访造价管理站，认为边梁抹灰应按展开面积计算工程量，套用零星抹灰定额。由此可见，聚金实业公司主张不能套用零星抹灰定额的理由不成立。
5.3#车库负一、二层墙体材质。聚金实业公司对此异议没有举示证据予以佐证，一审法院对此异议不予支持。
6.施工电梯费用。聚金实业公司对此异议没有举示证据予以佐证，也没有对哪些楼栋不使用施工电梯施工作出合理解释，一审法院对此异议不予支持。
7.墙面抹灰增加107胶。依据鉴定方意见，施工中墙面抹灰增加107胶是工艺的要求，因此，聚金实业公司的异议不能成立。
8.部分墙面抹灰、楼面工程量。2012年3月6日，聚金实业公司发给渝万建设公司的《通知》中，明确幼儿园负一、二层地坪不作处理，内墙亦不抹灰，两项涉及金额计150654.43元，渝万建设公司否认收到上述函件，聚金实业公司没有举示证据证明此函件已经送达渝万建设公司。因此，聚金实业公司应当承担举证不能的后果，该项费用150654.43元应当计入工程造价。
9.车库屋面做法。《建筑工程质量管理条例》第二十八条规定：“施工单位必须按照工程设计图纸和施工技术标准施工，不得擅自修改工程设计，不得偷工减料。施工单位在施工过程中发现设计文件和图纸有差错的，应当及时提出意见和建议”。第二十九条规定：“施工单位必须按照工程设计要求、施工技术标准和合同约定，对建筑材料、建筑构配件、设备和商品混凝土进行检验，检验应当有书面记录和专人签字；未经检验或者检验不合格的，不得使用。”《补充协议》第9.2条约定：“合同价款计价依据：……（2）施工图、施工图会审纪要、工程变更及现场签证、现场核定工程量依据。”1#车库屋面做法在施工设计总说明中明确做法为03J201-1-10-2106B，面层为40厚细石混凝土刚性层，内置直径4㎜间距200㎜的钢筋网，渝万建设公司主张按竣工图做法说明中的80㎜厚细石混凝土内配直径8㎜间距200㎜的钢筋网进行结算。此项争议亦涉及工程项目的设计变更，渝万建设公司应当按照上述规定，履行工程项目设计变更手续，报经业主同意进行设计变更并现场签证审核。审理中，渝万建设公司既不能提供聚金实业公司的书面变更指令，也不能提供现场签证。因此，聚金实业公司抗辩认为屋面做法按“面层为40厚细石混凝土刚性层，内置直径4㎜间距200㎜的钢筋网”计价，一审法院予以支持，故该项造价65259.6元应当从工程总造价中扣除。
10.税金费用执行标准。《补充协议二》第5.2.1条约定：“协议签订（2011年3月16日）后的计、调价文件一律不执行。”据此，2011年5月1日起实施的税金税率调整文件【渝建2011-440】号文应不予执行，费率应沿用3.41%，《司法鉴定意见书》按3.48%计税不符合合同约定，故此项金额62482.03元应当从工程总造价中扣除。
11.建筑垃圾清运工程量。《补充协议》第9.3.7条第（8）款措施费，均由承包人负责并承担全部费用：（含以下各项费用）……⑦建筑垃圾的清运费（包括建筑垃圾的挖运上下车及出渣等）……”。《补充协议二》没有对建筑垃圾清运费用作出约定，应当适用《补充协议》中有关垃圾清运费用的约定。因此，一审法院认为建筑垃圾清运费用737786.59元不应当计入工程造价。
综上，根据聚金实业公司对《司法鉴定意见书》中确定部分造价提出的异议，应当扣除的造价为65259.6元+62482.03元+737786.59元＝865528元。
综上所述，案涉工程总造价为83645268元+3411233元-865528元＝86190972元。依据鉴定机构出具的《司法鉴定意见书》、《司法鉴定补充意见书》，并结合上述认定，可计算三标段工程造价为43687683元，一标段工程造价为42503289元。《补充协议》第13.3条约定：“（2）工程结算按第十条办理完毕生效后，发包人支付工程结算总价款至96%，余下的结算总价款4%为工程质保金。”因此，预留的工程质保金为86190972元×4%＝3447639元。
经双方核对，截止2017年9月10日，聚金实业公司已付渝万建设公司工程款77836790.1元。聚金实业公司认为上述款项均为案涉工程已付款，渝万建设公司认为其中526348元为园林绿化工程已付款，759825.5元为四标段工程已付款。渝万建设公司举示的《〈聚金万佳苑园林绿化工程施工合同（环境景观工程）〉转让协议书》可以证明重庆聚厚建筑装饰材料有限公司将其与聚金实业公司就案涉项目环境景观工程所签订的《聚金万佳苑园林绿化工程施工合同（环境景观工程）》所涉及的权利义务转让给渝万建设公司，故聚金实业公司负有向渝万建设公司支付环境景观工程款的义务，渝万建设公司举示的8份《聚金万佳苑工程进度月报申请表》可以证明聚金实业公司向渝万建设公司支付环境景观工程款的事实。因此，该8份申请表所载明的已付款526348元不应当计入案涉工程已付款。聚金实业公司关于环境景观工程属于《补充协议二》所约定的施工范围的抗辩意见与查明的事实不符，一审法院不予采信。对于24份《收据》涉及的759825.5元，渝万建设公司认为是四标段工程款，聚金实业公司认为是案涉工程款，由于四标段工程款已经支付完毕，故一审法院认定该24份《收据》涉及的759825.5元均为案涉工程已付款。四标段工程已经竣工并结算完成，工程款是否支付完毕不属于本案的审理范围，如有欠付，渝万建设公司可依法另行主张，该款项的认定不影响渝万建设公司另行主张权利。故聚金实业公司已向渝万建设公司支付工程款77836790.1元－526348元＝77310442.1元。
因此，聚金实业公司欠付渝万建设公司的工程价款金额为86190972元-3447639元-7310442.1元＝5432891元。
对于工程欠款利息问题。《补充协议》第13.3条约定：“工程竣工结算价款的支付：（1）工程竣工验收合格，承包人按第8.3条约定提交工程资料并移交完毕后，发包人支付工程进度总价款至90%。（2）工程结算按第十条办理完毕生效后，发包人支付工程结算总价款至96%，余下的结算总价款4%为工程质保金。”《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条规定：“当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息”。第十八条规定：“利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：（一）建设工程已实际交付的，为交付之日；（二）建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日；（三）建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。”案涉工程在起诉之前已经竣工验收并交付使用，现渝万建设公司请求从起诉之日起按银行同期同类贷款利率支付利息，不违背合同约定和法律规定，应当予以支持。
二、关于聚金实业公司是否应当向渝万建设公司退还质保金并支付利息的问题
《补充协议》第14.1条约定：“工程保修期按备案登记证颁发日期的陆拾天起计算工程保修期。保修责任承包人应从竣工交付之日起履行。质保金按本工程竣工结算总价款的4%留存在发包人处（无息），双方签订的《施工合同保修协议》与本补充协议具有同等效力。”《施工合同保修协议》第七条约定：“质保金按本工程竣工结算总价款的4%留存在发包人处，工程保修期到2年时无质量问题发包人支付质保金70%，到5年时无质量问题支付质保金的30%，每次支付质保金时承包人须附保修回访单和质量维修情况说明。”案涉工程因前手施工方原因无法正常竣工验收，没有取得备案登记证。2012年2月9日及2012年12月20日，双方会同相关部门对三标段和一标段进行会审，以会议纪要形式确定工程质量合格。因此，应当以上述会议纪要形成时间作为三标段和一标段备案登记证的取得时间。三标段会议纪要形成时间为2012年2月9日，现已经超过双方约定的最长质保期限，应当全部予以退还。一标段会议纪要形成时间为2012年12月20日，根据约定70%质保金退还时间已经届满，30%质保金退还时间为2018年2月18日。因此，聚金实业公司应当退还渝万建设公司质保金为三标段工程造价43687683元×4%+一标段工程造价42503289元×4%×70%＝2937599元。
根据上述认定，三标段质保金应当于2014年4月20日前退还70%部分，即43687683元×4%×70%＝1223255元，应当于2017年4月20日前退还30%部分，即43687683元×4%×30%＝524252元。一标段质保金应当于2015年2月18日前退还70%部分，即42503289元×4%×70%＝1190092元。渝万建设公司主张从2014年12月8日起诉之日计算质保金利息，对三标段质保金的70%部分予以支持，对三标段质保金的30%部分应当从2017年4月21日按中国人民银行同期同类贷款利息计息，对一标段质保金的70%部分1190092元应当从2015年2月19日按中国人民银行同期同类贷款利息计息。
三、关于聚金实业公司是否应当向渝万建设公司支付违约金的问题
首先，双方在签订的《建设工程施工合同》、《补充协议》及《补充协议二》中，没有关于违约责任的约定。其次，渝万建设公司依据《提前支付工程款协议书》第五条约定主张违约金，但渝万建设公司已就聚金实业公司欠付的工程款主张利息损失，一审法院已予以支持，现渝万建设公司又主张违约金，没有法律依据，一审法院对此项请求不予支持。
四、关于渝万建设公司是否应当向聚金实业公司支付逾期竣工违约金的问题
关于三标段的逾期竣工违约金。聚金实业公司为证明三标段于2011年6月15日开工，举示了开工《通知》、《聚金万佳苑工程进度月报申请表》及《工程进度确认函》。渝万建设公司虽然辩称开工时间为2011年7月，并举示证据否认上述开工时间，但不能对2011年6月份完成的1858617.77元的产值做出合理解释，一审法院对其辩解意见不予采信，故认定三标段开工时间为2011年6月15日。经双方签字确认的《重庆市建设工程竣工验收意见书》载明三标段竣工时间是2011年11月30日，庭审中双方对此均无异议。《补充协议二》约定三标段工期为4个月，实际工期为4个月零46天，渝万建设公司逾期竣工46天。审理中，渝万建设公司虽然举示了《催收工程进度款的报告》，但聚金实业公司欠付渝万建设公司多少工程进度款、是否足以影响渝万建设公司继续施工，渝万建设公司没有举示充分证据予以证明。同时，渝万建设公司亦没有举示经双方签字确认的延长工期的签证资料，依据《建设工程施工合同》“通用条款”第13.1条和“专用条款”第13.1条，以及《补充协议》第4.2条的约定，不能免除渝万建设公司的工期延误违约责任。依据《补充协议》第15.12条约定，逾期5天以上的按每延误一天支付结算总造价0.2%的违约金，故渝万建设公司应当向聚金实业公司支付三标段的逾期竣工违约金3582390元（三标段工程造价43687683元×0.2%×41天）。
关于一标段的逾期竣工违约金。虽然聚金实业公司发出的开工《通知》载明一标段开工日期为2011年6月18日，但《聚金万佳苑12、13号楼及商铺、1号车库、幼儿园工程质量会审会议纪要》、《单位工程（子单位）工程质量竣工验收记录》均载明开工日期为2011年7月，因此一审法院依据双方签字确认的《单位工程（子单位）工程质量竣工验收记录》认定一标段开工日期为2011年7月20日，竣工日期为2012年6月26日。《补充协议二》约定一标段工期为10个月，实际工期为10个月零57天，渝万建设公司逾期竣工57天。审理中，渝万建设公司举示了三份关于13#楼加层延误工期的《报告》和聚金实业公司确定不加层的《通知》，13#楼是否加层涉及设计变更问题，依据《建设工程施工合同》“专用条款”第13.1条的约定，工期延误的责任应当由聚金实业公司承担。聚金实业公司主张渝万建设公司承担一标段工程逾期竣工违约金，一审法院不予支持。
五、关于渝万建设公司是否应当向聚金实业公司支付高估冒算违约金的问题
审理中，聚金实业公司举示了《结算申请表》、《建设工程预（结）算书》、《项目工程汇总表》，拟证明渝万建设公司存在高估冒算行为，根据合同约定应当承担违约金1672905元。根据《补充协议》第15.4条之约定，承担高报工程造价违约金的条件是针对承办人的报审结算总价超过双方审定的结算价，而案涉工程并没有双方审定的结算价，因此，聚金实业公司主张该项违约金不符合合同约定条件。基于此，对聚金实业公司的该项诉讼请求，不予支持。
六、关于渝万建设公司是否应当向聚金实业公司开具工程欠款发票的问题
承包人在收取发包人给付的工程价款时向发包人开具收款发票是承包人的法定义务。因此，聚金实业公司请求渝万建设公司开具发票，一审法院予以支持。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第八条、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条、第十八条、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十二条之规定，判决如下：一、聚金实业公司在本判决生效之日起二十日内支付渝万建设公司工程欠款5432891元，并自2014年12月8日起至付清时止，以此工程欠款为本金，按中国人民银行同期同类贷款利率向渝万建设公司支付资金占用利息；二、聚金实业公司在本判决生效之日起二十日内支付渝万建设公司质保金2937599元，并向渝万建设公司支付利息：自2014年12月8日起至付清时止，以1223255元元为本金，按中国人民银行同期同类贷款利率计算；自2017年4月21日起至付清时止，以524252元为本金，按中国人民银行同期同类贷款利率计算；自2015年2月19日起至付清时止，以1190092元为本金，按中国人民银行同期同类贷款利率计算；三、渝万建设公司在本判决生效之日起二十日内向聚金实业公司支付逾期竣工违约金3582390元；四、渝万建设公司在收取上述工程欠款及质保金时，向聚金实业公司开具发票；五、驳回渝万建设公司的其他诉讼请求。六、驳回聚金实业公司的其他反诉请求。本案本诉部分案件受理费156800元、反诉部分案件受理费44388元，保全费5000元，鉴定费100万元，合计1206188元，由渝万建设公司负担486188元，由聚金实业公司负担72万元。
本院对一审查明的事实予以确认。
二审中，双方当事人均提交了证据，本院组织当事人进行证据交换和质证。对渝万建设公司提交的证据，本院认定如下：1.渝万建设公司举示了《八月工程形象进度》、《九月工程形象进度》、《10月份工程形象进度描述》、《工程计量审查意见》等证据，拟证明“12#楼22层及以下二次结构”系由渝万建设公司施工。聚金实业公司虽对证据的真实性有异议，但《工程计量审查意见》上加盖了监理单位的印章，聚金实业公司现场管理人员亦在《八月工程形象进度》、《九月工程形象进度》签字，聚金实业公司未举证否定上述盖章和签字的真实性，故本院对上述证据予以采信。2.渝万建设公司举示了《授权委托书》、《公证书》，拟证明渝万建设公司所主张的垃圾清运费系原施工单位遗留的建筑垃圾所产生的清运费用，应当计入工程造价。因聚金实业公司对本案中所争议的垃圾清运费系原施工单位遗留的建筑垃圾所产生的清运费用无异议，渝万建设公司举示的上述证据不能直接证明本案争议的垃圾清运费应计入工程造价，故上述证据不影响案件处理结果，本院不予采信。3.渝万建设公司举示的《工程联系函》、《会议纪要》虽显示“工程开工在即”、“即将复工”等字样，《授权委托书》、《公证书》虽可证明施工现场存在大量的建筑垃圾，但工程的开工日期应当以聚金实业公司发出的开工指令为准，渝万建设公司认为不符合开工条件的，应当根据约定进行顺延工期索赔，因此，上述证据与本案无关，本院不予采信。4.渝万建设公司举示的《聚金万佳苑后续工程门窗安装进度严重滞后的报告》、《造成聚金万佳苑后续工程部分已停工重要问题的报告》、《万佳苑工程工作联系函》、《聚金万佳苑后续工程三标段进度款欠付明细表》及《进度款支付凭证》、《聚金万佳苑后续工程一标段进度款欠付明细表》及《进度款支付凭证》等证据仅可证明渝万建设公司在施工过程中催促聚金实业公司完成相应的配合义务、支付工程进度款，但渝万建设公司仍应根据合同约定的程序进行工期索赔，上述证据并不能直接证明工期应当顺延以及应当顺延的天数，不能达到渝万建设公司的证明目的。5.渝万建设公司举示的《民事起诉状》、《工程质量司法鉴定申请书》、《经济损失司法鉴定申请书》与本案不具有关联性，本院不予采信。对聚金实业公司举示的证据，本院认定如下：聚金实业公司举示的19张付款凭证可以证明聚金实业公司于2017年9月12日至2018年4月28日先后向渝万建设公司支付了19笔款项，共计648229.5元，上述证据与本案具有关联性，本院予以采信。
本院二审查明：2017年9月12日至2018年4月28日，聚金实业公司向渝万建设公司支付了19笔款项，共计648229.5元，具体为：1.2017年9月12日支付16461元；2.2017年10月9日支付67124元；3.2017年10月11日支付19895元；4.2017年10月17日支付31728元、16772元，共计48500元；5.2017年10月30日支付26083元；6.2017年11月3日支付33175元；7.2017年12月1日支付52181元、48208元，共计100389元；8.2018年1月6日支付49334元；9.2018年1月15日支付22345元；10.2018年1月23日支付26178元；11.2018年2月6日支付41317元、12119元，共计53436元；12.2018年3月14日支付43437元；13.2018年3月19日支付23916元；14.2018年4月10日支付37311元；15.2018年4月25日支付42469元；16.2018年4月28日支付38176.5元。
本院认为，结合当事人在二审中的诉辩主张，本案的争议焦点是：一、聚金实业公司欠付渝万建设公司工程款金额如何认定；二、逾期支付工程款的资金占用利息如何计算；三、聚金实业公司是否应当向渝万建设公司退还质保金并支付利息；四、渝万建设公司是否应当向聚金实业公司支付逾期竣工违约金；五、渝万建设公司是否应当向聚金实业公司支付高估冒算违约金。本院对此分别评述如下：
一、关于聚金实业公司欠付渝万建设公司工程款金额如何认定的问题
案涉工程完工后，双方当事人未能就工程造价达成一致意见，渝万建设公司在一审中申请通过司法鉴定的方式确定工程造价，故案涉工程造价应当根据道尔顿公司出具的《司法鉴定意见书》、《司法鉴定补充意见书》进行确定。一审判决已对双方对《司法鉴定意见书》、《司法鉴定补充意见书》的意见作出认定，现渝万建设公司上诉认为“12#楼22层及以下二次结构”所涉及的费用222275.24元、“建筑垃圾清运费用”737786.59元以及“施工图和竣工图安装部分差异金额”1592527.63元均应计入工程造价，本院对上述三笔费用认定如下：
1.关于“12#楼22层及以下二次结构”所涉及的费用问题。一审判决未将该部分费用计入工程造价，理由在于渝万建设公司未举证证明12#楼22层及以下二次结构系渝万建设公司施工。在二审中，渝万建设公司举示了《八月工程形象进度》、《九月工程形象进度》、《10月份工程形象进度描述》、《工程计量审查意见》等证据证明上述工程系由其施工完成，聚金实业公司虽对证据的真实性有异议，但《工程计量审查意见》上加盖了监理单位的印章，聚金实业公司现场管理人员亦在《八月工程形象进度》、《九月工程形象进度》签字。此外，渝万建设公司在一审中举示的《12#楼已完工程计量》显示“22层及以下主体结构已全部完成”，渝万建设公司在一审中举示的《砌体分项工程质量验收记录》、《砌体工','2018-11-13
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