广东省广州市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2018）粤01民终14014号
上诉人（原审原告）：广州市果树科学研究所，住所地广东省广州市白云区白云大道****号。
法定代表人：陈健，所长。
委托诉讼代理人：马彪，国信信扬律师事务所律师。
委托诉讼代理人：毋继光，国信信扬律师事务所律师。
被上诉人（原审被告）：广州市凯协实业发展有限公司，住所地广东省广州市白云区同泰路颐和北街63号6002房。
法定代表人：何建梁，董事长。
委托诉讼代理人：孙高峰，广东华璟律师事务所律师。
委托诉讼代理人：伍浪岩，该公司员工。
被上诉人（原审被告）：颐和地产集团有限公司，住所地广东省广州市白云区同泰路颐和北街63号6楼。
法定代表人：何建梁，董事长。
委托诉讼代理人：孙高峰，广东华璟律师事务所律师。
委托诉讼代理人：雷连梅，该公司员工。
上诉人广州市果树科学研究所（以下简称果树研究所）与被上诉人广州市凯协实业发展有限公司（凯协公司）、颐和地产集团有限公司（以下简称颐和公司）合同纠纷一案，上诉人广州市果树科学研究所不服广东省广州市白云区人民法院（2017）粤0111民初10721号民事判决，向本院提起上诉。本院于2018年7月9日立案受理后，依法组成合议庭进行审理。本案现已审理终结。
果树研究所上诉请求：撤销原审判决，改判支持果树研究所全部诉讼请求。事实和理由：（一）《三旧改造建设项目合作协议书》属于合作开发房地产合同，实质上属于土地使用权转让合同，一审判决未对该合作协议书的性质进行认定属于基本事实认定不清。1.涉案《合作协议书》第一条、第二条、第五条从合作内容、合作方式、合作分成等方面对协议各方的权利义务进行了约定，而前述内容包含项目资金投入、项目手续办理、项目房屋分配原则及比例等明确的房地产合作开发事项。《合作协议书》实质上属于合作开发房地产合同。2.根据《合作协议书》第二条、第八条的约定，提供土地的果树研究所在合作开发过程中不承担任何风险，而在项目建成后，果树研究所即可依据《合作协议书》第五条“本项目改造建设后的房屋分配原则及比例”的约定分得固定面积的房屋、车库。《合作协议书》实质上属于土地使用权转让合同。3.《合作协议书》的签订违反《土地管理法》《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》的强制性规定，应属无效。无论是作为合作开发房地产合同还是土地使用权转让合同，《合作协议书》至今都未获得有批准权的人民政府批准，根据《最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十一条、第十六条的规定，应认定《合作协议书》无效。（二）原审判决认定《合作协议书》仍有可能在申请获批后得以履行，明显属于对白云区城市更新办的回复的片面理解、属于对广州市用地政策的断章取义。1.白云区城市更新办对原审法院的复函中提及“如地块有实施改造意愿，需办理相关审批手续”，原审判决据此认为《合作协议书》仍有可能在申请获批后得以履行，该理解明显为片面的、错误的理解：首先，第十一条土地使用权人未经有批准权的人民政府批准，与受让方订立合同转让划拨土地使用权的，应当认定合同无效。但起诉前经有批准权的人民政府批准办理土地使用权出让手续的，应当认定合同有效。原审判决认为《合作协议书》仍有可能在申请获批后得以履行的前提为涉案土地的改造方式为“自行改造”，而“土地权属人申请自行改造”也是白云区城市更新办回复的涉案土地可使用的改造方式的其中一种(另一种为将土地交由政府收储)。其次，《合作协议书》约定的改造方式并非是真正的“自行改造”。根据《合作协议书》第二条“本项目建设工作的分配”的约定，果树研究所在所谓的“自行改造”中仅负责对相关文件盖章、即以自身的名义提交改造材料，而“自行改造”所需的资金、报建手续完全由凯协公司、颐和地产解决，甚至，“自行改造”完成后的房屋也需由双方共同分配。《合作协议书》约定的“自行改造”方式与《广东省人民政府关于提升“三旧”改造水平促进节约集约用地的通知》(粤府[2016]96号)第四项规定“原土地权利人可以优先申请自行改造或者合作改造”中的“自行改造”完全不同，且《合作协议书》约定的“自行改造”方式与申请确认涉案地块规划条件时提交的《广东省企业投资项目备案证》所称的项目总投资为“自筹资金”的表述完全相悖。2.一审判决称根据白云区城市更新办函复内容显示，“只要原、被告双方按照相关程序办理”，涉案合作协议书约定的三旧改造项目客观上存在继续履行的可能，而纵观白云区城市更新办的函复，其中完全未提及凯协公司和颐和公司的义务，而仅提及“权属单位”(即果树研究所)可依“相关程序”办理的事项。白云区城市更新办的函复恰恰说明《合作协议书》约定的“自行改造”并非广州市城市更新方法中规定的“自行改造”。3.原审判决认定《合作协议书》仍有可能在申请获批后得以履行，明显属于对广州市用地政策的断章取义。（1）根据白云区城市更新办函复的“土地权属人申请自行改造”的内容，该内容体现于广州市《实施意见》第（七）项的规定，而《实施意见》第（七）项明确规定该土地权属人申请自行改造，需权属人“经市政府批准”，“需办理有偿使用手续的，经批准后可以协议出让方式供地”(凯协公司、颐和公司证据17《窗口办文退案通知书》表明涉案项目需办理土地有偿使用手续)，该第（七）项进一步明确规定“上述情形项目均须在土地出让合同中明确整体确权、不可分割转让和违反相关规定须按照商服用途补缴土地出让金等内容”。（2）涉案《合作协议书》第五条“本项目改造建设后的房屋分配原则及比例”明确约定了涉案项目建成后需按比例对房屋、车位进行分配，该分配内容的约定明显违背了上述广州市《实施意见》中明确禁止的“不可分割转让”的规定。（3）原审判决仅以白云区城市更新办回复的“如地块有实施改造意愿，需办理相关审批手续”的规定即认定《合作协议书》仍有可能在申请获批后得以履行，而忽略白云区城市更新办函复所依据的广州市《实施意见》中明确规定的需经市政府批准以及禁止分割转让的内容，明显属于对广州市用地政策的断章取义，导致其最终认定错误。（三）原审判决未认定凯协公司存在逾期完成控规调整修规报批义务、未支持果树研究所提出的没收8OO万元定金的诉讼请求，存在事实认定错误。1.涉案《合作协议书》第八条“违约责任”第（二）项第2点明确约定，如凯协公司未能按本协议第三条第（一）、（二）项约定履行的，每逾期一日，凯协公司向果树研究所支付2万元的违约金，逾期超过12个月的，果树研究所有权没收定金并解除本协议。《合作协议书》第三条第（一）项约定凯协公司需在协议生效之日起12个月内完成控规调整修规报批，第（二）项约定凯协公司需在获得修规批复后十个月内完成施工许可证报批手续。根据上述约定，凯协公司须于2014年7月8日前完成控规调整修规报批，而凯协公司取得修规批复的时间为2015年9月29日，凯协公司逾期已超过12个月；且至今为止，凯协公司未完成施工许可证报批手续。果树研究所作出的《关于办理“广州岭南果业科技中心”项目调整控规事宜的复函》不构成对《合作协议书》上述约定办理时间的变更。2.至于原审判决第13页第2段第3—7段所提及凯协公司提交的证明其并未违约的反证，该反证不能成立。涉案《合作协议书》第二条已对果树研究所、凯协公司双方的工作内容进行了详细分配，控规调整、修规报批等手续以及相关工作均由凯协公司办理。如因广州市规划局的相关函复中提及“原告申请须履行若干前置手续”、“关于调整或确认建设用地规划条件尚欠的资料是有效期的投资备案登记文件”即认定凯协公司不存在违约，那么在《合作协议书》项目所需要的一切手续的办理程序中将均不存在凯协公司违约，因为案涉项目是名义上的“自行改造”项目、所有对外的资料均是以果树研究所的名义出具的。原审判决依据前述理由认定凯协公司不存在违约明显错误。
凯协公司、颐和地产辩称：一审判决认定事实清楚、适用法律正确，应予维持。果树研究所上诉的请求缺乏事实和法律依据，依法应予驳回。（一）本案合作协议书不是合作开发房地产合同，也不是土地使用权转让合同，果树研究所主张的司法解释和其他法律不适用于本案。1.协议书的部分条款1、2、5条等是本案三旧改造建设项目合作合同的指导条款，而不是上述两个合同。2.本案协议书没有约定果树研究所向凯协实业转让划拨土地使用权，所以不属于土地使用权转让合同，合同仅就双方项目地块的三旧改造相关权益进行约定，这些权益不是划拨土地使用权，这种约定也是目前三旧改造项目常见的合作模式，这些条款也是通用条款。3.果树研究所存在以偏概全的逻辑错误，果树研究所从合同条款中片面抽取部分内容就认为果树研究所不承担任何风险只收取固定利益，进一步认定合同属于土地使用权合同。4.果树研究所的事实和理由自相矛盾，其一方面主张《合作协议书》属于合作开发房地产合同，一方面又认为属于土地使用权转让合同，这是自相矛盾的。（二）涉案合作协议书不存在违反土地管理法和国有土地出让转让条例强行规定的情形，合同是合法有效的。1.果树研究所把此合同认同为彼合同。直接套到合作开发合同或者是土地使用权转让合同，还把审批进行混淆，把合作开发合同批准的程序和划拨土地转让的政府批准程序套在本案合同上。果树研究所主张合同无效实际上没有事实和法律依据。2.三旧改造相关程序还有一个特点，作为果树研究所可以选择合作方的程序，果树研究所在本案中有经过这个程序，内部还经过职工代表大会的表决程序。（三）《合作协议书》是“三旧”改造建设项目合作合同。1.签订合同的主体适格。2.签订合作协议前，果树研究所经过与多家合作企业协商谈判，最终选择颐和地产、凯协公司为合作方，并办理了相关审批手续。3.《合作协议书》签订后，在取得项目控规调整批复前果树研究所一直履行合同，从未就合同效力提出过异议。4.在双方发生纠纷前，从合同内容到合同履行，一直按照“三旧改造”建设项目合作这一合同目的积极履行合同。（四）本案合同属于法律规定的“无名合同”。不适用合作开发房地产合同、土地使用权转让合同有关法律规定。
果树研究所向一审法院起诉请求：1.确认果树研究所、凯协公司于2013年7月11日签订的《三旧改造建设项目合作协议书》无效；2.确认果树研究所收取凯协公司的800万元定金不予返还；3.凯协公司、颐和地产承担本案诉讼费用。
一审法院认定事实：白云区白云大道南××号地块的登记土地使用权人为果树研究所，使用权类型为划拨，国有土地使用证编号为穗府国用（2013）第0612006号。
2013年7月11日，果树研究所（甲方）与凯协公司（乙方）签订《三旧改造建设项目合作协议书》，约定：第一条、合作内容，本项目位于白云大道南××号大院，此次双方合作改造用地面积21248平方米（下称项目地块），其中地上有房产证建筑面积1566.49平方米（穗房地证字第××号《房地产证》）；现有用地文件为1983年房地字4**号《同意使用土地通知书》、穗规地证（2009）339号《建设用地规划许可证》；经双方协商同意采用由甲方申请“自行改造”的模式向广州市“三旧”改造工作办公室申请改造计划；在获得广州市“三旧”改造工作办公室的正式批复后，乙方根据“三旧办”的批复全面负责项目地块的改造建设工作即全部资金投入，包括但不限于按现有土地用地性质（即按自用物业性质标准）计算应缴纳的土地出让金、项目建设资金及费用、补偿费用、其他与建设相关的税金、费用及在合作过程中以甲方名义所缴纳的相关税费，如建设投资相关的应交营业税、办理房地产权证所发生的税、费等；甲、乙双方共同向政府争取“三旧改造”的优惠政策，本项目按照“三旧自行改造方式”建成后，甲、乙双方对本项目改造建设后的物业的分配原则及比例详见本协议第五条的约定；乙方对所分配的房屋（含停车位）享有本协议第五条的约定的权益，如今后政府政策允许甲方出售本项目房屋（含停车位）时，甲方可以将分配给乙方房屋（含停车位）所有权过户给乙方或根据乙方的指示出售给乙方以外的第三人；第二条、本项目建设工作的分配，甲方依法监督与配合乙方（包括乙方以甲方名义）办理本项目所涉及的相关手续，凡涉及需由甲方签名盖章的本项目相关文件，甲方应按《广州岭南果业科技中心项目相关合同的审批流程》履行；乙方负责本项目建设的及其配套设施的全部资金；负责本项目所有报建、容积率控规调整、修规、单体设计、建筑、装修、绿化等与本项目相关的全部工作及办理本项目的所有相关手续以及费用承担，在办理过程中，乙方对提供给甲方盖章签字的各项文件的真实性、合法性、有效性负责；第三条、乙方建设管理工作进度要求，本协议生效之日起十二个月内完成控规调整修规报批（若因政府政策原因导致乙方不能在十二个月内完成控规调整的，就控规调整是否延迟及延迟期限事宜双方另行协商）；该项目获得修规报批的批复后十个月内完成施工许可证报批手续；第四条、定金，本协议签订之日起十日内，乙方支付甲方定金人民币500万元；如本协议生效之日起六个月内，取得了容积率大于2的控规调整批文，则乙方仅需向甲方再支付定金人民币300万元，即累计定金800万元；第八条、违约责任，乙方违约责任，如乙方未能按本协议第三条（一）、（二）项约定履行的，每逾期一日，乙方向甲方支付贰万元的违约金；逾期超过12个月，甲方有权没收定金并解除本协议，……；第九条其他本协议自双方代表签字盖章，且乙方向甲方交付首期定金500万元始生效；……等等。同日，双方同时签署上述《三旧改造建设项目合作协议书》附件《关于项目专账的合同审批及财务管理协议》，该协议含附件1《广州岭南果业科技中心项目相关合同的审批流程》、附件2《广州岭南果业科技中心项目建设款项审批支付流程》、附件3《广州岭南果业科技中心项目盖章联系表》。同日，颐和公司向果树研究所出具《不可撤销的连带责任保证书》，确认该司对其全资子公司凯协公司在《三旧改造建设项目合作协议书》及附件项下的全部义务、责任以及凯协公司在履行《三旧改造建设项目合作协议书》及附件中需承担的一切责任、以及涉及合作项目果树研究所与凯协公司签署的其他所有协议和附件项下的全部义务、责任，颐和公司均承担不可撤销的连带责任保证；该保证书的保证期限为凯协公司在涉及《三旧改造建设项目合作性协议书》项下项目合作期间之内以及凯协公司因合作项目需承担全部义务、责任履行期限届满后二年。上述协议签订后，凯协公司分两次先后向果树研究所共计缴纳定金800万元。现果树研究所以涉案合同无效以及凯协公司逾期未取得调规成果为由要求没收定金，双方协商无果，遂诉至一审法院。
庭审中，凯协公司、颐和公司为证实涉案协议书效力以及其已依约按计划积极履行合同义务提交了以下证据：1.果树研究所与颐和公司签订的《关于拟合作开发项目前期工作的协议书》（2010年9月28日）。
2.果树研究所第十届二次职工代表大会会议纪要（2013年6月13日），大概内容为此次会议主要讨论果树研究所与凯协公司，拟在本大院进行三旧改造建设项目合作的协议书以及与开发商的合作谈判过程等，最终全体职工代表一致认为同意果树研究所与凯协公司签订的协议。会议纪要（2016年6月14日）。
3.盖有果树研究所印章的《关于成立果树所“三旧改造建设项目”工作领导小组和协调小组的决定》。
4.由果树研究所向白云区城改办作出的《关于申请将果树所自用地纳入“三旧”改造的报告》（2011年8月30日）。
5.图一份，内标有红线及编号44011105598，凯协公司、颐和公司主张为图斑。
6.果树所项目2013年9月协调会会议纪要，内容提及“根据双方签订的项目合作协议，本项目采用“自行改造”的模式向广州市“三旧”改造工作办公室申请改造计划，前阶段已取得《国有土地使用证》，并送白云区三旧办备案，取得图斑编号等工作；经向白云区三旧办了解，目前市三旧办暂时停办三旧改造项目，为了不影响项目进行，分两条路走，先向规划部门申请办理控规调整，待批后则办理修建性详细规划、建设工程规划许可证等手续，日后三旧办可以受理时再报三旧手续。
7.凯协公司发出的《关于办理调整控规时间延期的情况说明》以及果树研究所的复函。
8.广州果树所项目建筑单体方案（深化）设计合同及承诺函，凯协公司、颐和公司拟证实果树研究所不配合盖章设计合同，导致无法推进项目建设。
9.广州市规划局于2015年4月8日作出的《关于申请地块规划条件的复函》，内容有因拟申请地块为划拨用地，且之前已取得有效的《建设用地规划许可证》及计划条件和《国有土地使用证》。根据市政府的有关工作要求，请你单位编制该地块可行性研究报告报市政府，并重新取得立项批文后再向我委申请该地块规划条件。
10.广州岭南果业科技中心项目建设工程项目可行性研究报告编制合同书。
11.广州市规划局不予受理告知书（2015年7月14日），显示尚欠缺立案资料为有效期的投资备案登记文件。
12.广东省企业投资项目备案证，备案机关为白云区发展和改革局，备案日期为2015年7月21日。
13.广州市国土资源和房屋管理局窗口办文退案通知书，退案原因显示为请补充提供单位性质证明文件和民政部门对拟建社会福利设施用地的意见后，再以办理土地有偿（划拨）使用手续和《建设用地批准书》申请办理后续的变更手续。凯协公司向果树研究所作出的《关于提供单位性质相关文件的函》（2016年2月18日）。
14.果树研究所向凯协公司作出的《关于完善手续前暂停“广州岭南果业科技中心”项目建设的函》（2016年2月24日），凯协公司向果树研究所作出的《关于敦促履行“三旧改造建设项目合作协议书”相关义务的函》（2016年5月23日）及邮件截图、《关于尽快配合办理盖章手续的函》（2016年5月24日）。
15.果树研究所作出的《关于尽快配合办理盖章手续的函》的复函（2016年5月30日），内容为其上级认为协议内容是“合作”，与国有土地建设的有关规定不符，在上级没有批复前不能办理任何手续。
16.凯协公司、颐和公司向果树研究所发出的《关于督促尽快配合办理合作性项目手续的函》（2017年3月28日）、律师函（2017年6月14日）及快递单据、妥投证明。
17.广州市白云区国土资源和规划局向果树研究所作出的《关于申请确认规划条件的复函》。
18.凯协公司制作的《广州果树所项目改造规划方案》、广州果树所项目现场照片。
经庭审质证，果树研究所对上述证据1、3、4、10、11、18三性确认，对证据2、6、7、12至17真实性予以确认，关联性不予确认。证据5由法院认定。证据8真实性不予确认。证据9真实性予以确认，该复函证实凯协公司、颐和公司取得涉案项目调规成果已经超出了合同约定时间。
一审法院于2018年1月4日向广州市白云区城市更新改造工作办公室发函就如下事项进行调查：1.广州市果树科学研究所名下的广州市白云区白云大道南××号土地【土地证号：穗府国用（2013）第06120006号】是否已纳入“三旧改造项目”？2.如该地块尚未纳入“三旧改造项目”，贵单位是否已受理广州市果树科学研究所的“三旧改造”申请？是否有纳入“三旧改造项目”的可能？3.如该项目纳入“三旧改造项目”，需要办理哪些审批手续？与合作开发房地产或土地转让的行政审批手续有哪些区别？可否提供相关的文件、资料供一审法院参考？广州市白云区城市更新改造工作办公室于2018年1月15日函复一审法院，内容如下：一、地块已完成“三旧”标图建库，但未开展后续改造工作，图斑编号为44011105598，截至目前为止，该办暂未收到果树研究所提交的关于果研所地块“三旧”改造意愿及改造申请文件。二、地块开展后续改造工作的方式，经初步核查，果研所地块面积约3.2公顷，位于白云××××区控规范围，主要规划为科研用地、社会福利设施用地和道路用地。根据相关文件规定，该地块改造方式有以下两种：一是土地权属人申请自行改造，若原科研用地改造后保留工业用地性质，在不低于国家、省规定的土地出让最低价前提下，可按照相应地段办公用途市场评估地价的20%计收土地出让金；市级以上驻穗科研机构的科研用途用地，科研按照相应地段办公用途市场评估地价的20%计收土地出让金；其余商务设施性质科研用地原有部分可按照相应地段办公用途市场评估地价的40%、增容部分按相应地段办公用途市场评估地价的70%计收土地出让金；二是将整宗用地交由政府收储，按同地段毛容积率2.0商业市场评估价的40%计算补偿款返还土地权属人。三、如地块有实施改造意愿，需办理相关审批手续。若果树研究所下一步有将果研所按照城市更新方式实施改造的意愿，权属单位可向该办提出正式书面改造申请，该办将积极配合权属单位将项目报送市城市更新局，申请纳入广州市城市更新年度计划；项目列入计划后，权属单位应编制项目实施方案；项目方案完善后，由该办报送至区城市更新工作专项会议审议，通过后，再由市城市更新局提交市城市更新领导工作小组审议，取得市城市更新局批复同意后，权属单位可按照相关要求实施改造。并附上2011年10月27日果树研究所提交的《关于申请增补“三旧”改造地块的函》。
以上事实，有《三旧改造建设项目合作协议书》、《不可撤销连带责任保证书》、国有土地使用证、《关于拟合作开发项目前期工作的协议书》、会议纪要、《关于成立果树所“三旧改造建设项目”工作领导小组和协调小组的决定》、《关于申请将果树所自用地纳入“三旧”改造的报告》、图斑图片、《关于办理调整控规时间延期的情况说明》、广州果树所项目建筑单体方案（深化）设计合同、承诺函、《关于申请地块规划条件的复函》、广州岭南果业科技中心项目建设工程项目可行性研究报告编制合同书、广州市规划局不予受理告知书、广东省企业投资项目备案证、广州市国土资源和房屋管理局窗口办文退案通知书、《关于完善手续前暂停“广州岭南果业科技中心”项目建设的函》、《关于敦促履行“三旧改造建设项目合作协议书”相关义务的函》及邮件截图、《关于尽快配合办理盖章手续的函》、《关于尽快配合办理盖章手续的函》的复函、《关于督促尽快配合办理合作性项目手续的函》、律师函及快递单据、妥投证明、《关于申请确认规划条件的复函》、《广州果树所项目改造规划方案》、广州果树所项目现场照片以及各方当事人陈述等证据证实。
一审法院认为：果树研究所主张涉案合作协议无效且凯协公司在履约过程中存在违约行为，对此，凯协公司提交了若干证据进行反证。其中，广州市规划局曾于2015年4月8日就该项目所在地块规划条件的申请进行函复，明确了果树研究所申请须履行若干前置手续。广州市规划局于2015年7月14日出具的不予受理告知书明确关于调整或确认建设用地规划条件尚欠的资料是有效期的投资备案登记文件。而国土资源和房屋管理局的退案通知书是要求补充单位性质证明文件和民政部门批示的意见。结合一审法院向广州市白云区城市更新改造工作办公室调查的结果亦从另一方面证实，涉案地块已纳入标图建库并已取得图斑编号，如地块有实施改造意愿，需办理相关审批手续，在完成审批手续后可以按照相关要求实施改造。涉案合作协议书约定“经双方协商同意采用由甲方申请“自行改造”的模式向广州市“三旧”改造工作办公室申请改造计划；在获得广州市“三旧”改造工作办公室的正式批复后，乙方根据“三旧办”的批复全面负责项目地块的改造建设工作即全部资金投入；……”综上可见，规划局、国土资源和房屋管理局的材料反映的是要求相关单位补充相关手续或材料，而并非该项目申请不符合相关法律法规；根据广州市白云区城市更新改造工作办公室函复内容显示，只要果树研究所、凯协公司、颐和公司双方按照相关程序办理，涉案合作协议书约定的三旧改造项目客观上存在继续履行的可能。所以,涉案合作协议仍有可能在申请获批后得以履行。在广州市白云区城市更新改造工作办公室等相关部门最终作出不予批准果树研究所“三旧改造”申请前，涉案合作协议的效力应尚处于待定状态。且从双方提交的证据可见，在2013年7月双方签署涉案合作协议书后，果树研究所与凯协公司双方均为实现合同目的作出了巨大的努力，而且在现阶段证据显示合作协议书具备有实际继续履行的程序及可能。因此，一审法院对果树研究所要求确认涉案合作协议书无效的诉请不予支持，依法予以驳回。至于没收定金的诉请，涉案合作协议书关于该违约责任的约定为在凯协公司、颐和公司未能依照约定时间履行控规调整修规报批的情况下，果树研究所可以要求没收定金并解除协议。故综合前述理据，一审法院对果树研究所该项诉请亦不予支持，依法予以驳回。
综上所述，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条，《中华人民共和国合同法》第五条、第六十条之规定，判决如下：驳回广州市果树科学研究所的全部诉讼请求。一审案件受理费81800元，由广州市果树科学研究所负担。
经本院查明，原审法院查明的事实属实，本院予以确认。二审中，当事人没有提交新证据。
二审期间，果树研究所主张没收800万元定金的依据是案涉《三旧改造建设项目合作协议书》第八条第（二）项第7款的约定，合同无效而无法履行与合同约定的终止或解除均属于没有办法继续履行，该条款内容如下：“如本协议生效后，因乙方原因导致本协议被终止或解除的，甲方有权没收定金（已逐期向乙方返还的定金除外），乙方已投入该项目的资金（以项目会计专账核算及双方确认的前期费用和支付的停工停产补偿费为准）归甲方所有。乙方移植的树木也应一并退还，返还费用由乙方承担。”
本院认为，根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第三百二十三条的规定，第二审人民法院应当围绕当事人的上诉请求进行审理，对果树研究所的上诉，本院评析如下：
果树研究所上诉认为案涉《三旧改造建设项目合作协议书》无效。对此本院认为，广州市规划局、广州市白云区国土资源和规划局出具的复函、不予受理通知书等均是要求补充相关手续或材料，而并非反映案涉项目不符合相关法律规定，也没有决定不予批准案涉项目。果树研究所于2011年10月27日已经向广州市白云区城市更新改造工作办公室提交《关于申请增补“三旧”改造地块的函》，且案涉地块已纳入标图建库。根据广州市白云区城市更新改造工作办公室的复函，其尚未收到果树研究所提交的关于案涉地块“三旧”改造意愿及改造申请文件。因此，案涉项目能否纳入“三旧”改造计划并顺利推进，有待于果树研究所提交案涉地块“三旧”改造意愿及改造申请文件，以及广州市白云区城市更新改造工作办公室等相关部门作出最终是否批准的决定，故《三旧改造建设项目合作协议书》尚有继续履行的可能。原审法院认定《三旧改造建设项目合作协议书》的效力处于待定状态，处理并无不当，本院予以确认。果树研究所主张无效的理由不能成立，本院不予采纳。
果树研究所上诉认为凯协公司、颐和公司存在逾期完成控规调整报批义务，要求确认800万元定金不予返还。对此本院认为，果树研究所主张没收800万元定金的依据是案涉《三旧改造建设项目合作协议书》第八条第（二）项第7款，而根据该条款的约定，没收定金的前提是“本协议被终止或解除的”，相关部门并未对案涉项目最终作出不予批准的决定，且《三旧改造建设项目合作协议书》有继续履行的可能，并不存在被终止或解除的情形，故果树研究所上诉主张欠缺依据，本院不予支持。
综上所述，果树研究所的上诉请求不能成立，应予驳回；一审判决认定事实清楚，适用法律正确，应予维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项之规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费81800元，由上诉人广州市果树科学研究所负担。
本判决为终审判决。
审判长 刘 欢
审判员 庞智雄
审判员 李 琦
二〇一八年九月二十九日
书记员 戴巧利