广州铁路运输第一法院
行 政 判 决 书
(2016)粤7101行初2138号
原告：广州古谷房地产开发有限公司，住所地广州市花都区。
法定代理人：江某，职务：总经理。
委托代理人：古伟标，该公司股东。
被告：广州市国土资源和规划委员会，住所地广州市越秀区。
法定代表人：彭高峰，职务：主任。
委托代理人：曹峰，该委工作人员。
委托代理人：龚军伟，广东法制盛邦律师事务所律师。
第三人：广州市花都区花城街三东村民委员会，住所地广州市花都区。
法定代表人：梁礼格，职务：主任。
委托代理人：潘健欢，广东古谷律师事务所律师。
原告广州古谷公司开发有限公司诉被告广州市国土资源和规划委员会行政处罚一案，第三人为广州市花都区花城街三东村民委员会，本院于2016年8月16日受理后，依法组成合议庭，于2016年11月3日公开开庭审理了本案。原告广州古谷公司开发有限公司的法定代表人江某及委托代理人古伟标，被告广州市国土资源和规划委员会的委托代理人曹峰、龚军伟，第三人广州市花都区花城街三东村民委员会的法定代表人梁礼格及委托代理人潘健欣均到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告广州古谷公司开发有限公司诉称,原告与广州市花都区花城街三东村民委员会合作建设位于广州市花都区144.26亩土地，并于2010年1月5日与三东村委签订了《凤凰路以西与平石西路以南用地合作建房合同》、2012年11月10日签订了《补充协议》、2012年11月28日签订了《补充协议》(2)、2013年2月26日签订了《凤凰北路与平石西路交汇处合作项目补充协议》(3)、2013年9月10日签订了《凤凰路以西平石路以南合作建房项目补充协议》，上述合同经村民代表大会高票通过。后该项目被认为涉及土地违法，被告立案调查处理，并于2016年6月29日向原告送达《行政处罚决定书》，认定原告违法占用广州市花都区x街××村（以下简称三东村）31.96亩土地，罚款213067.70元。原告认为该处罚违反程序，适用法律错误，应予以撤销，理由是：一、本案被告的处罚行为程序违法。1、被告作出处罚的期限违法。根据国土资源部《国土资源违法行为工作规程》l2.5关于作出行政处罚决定的期限规定：“作出行政处罚决定的期限一般为立案之日起六十日内。案情复杂不能在规定期限内作出行政处罚决定的，报本级国土资源主管部门负责人批准，可以适当延长，但延迟期限原则上不超过三十日。”本案中，被告在2015年10月29日立案调查，在2016年5月3日向原告送达行政告知及听证告知，原告在2016年5月6日及2016年5月24日向被告提出听证申请和延期听证申请，被告在2016年6月7日组织听证，2016年6月29日向原告送达《行政处罚决定书》。也就是说，被告的办案期限从2015年10月29日起至2016年6月29日止（共244天），扣除听证期间的35天，被告实际的办案时间为209天，远超过90天的办案期限。因此，被告对原告作出行政处罚的期限超过《国土资源违法行为查处工作规程》规定的期限，程序明显违法。2、本案的证据不能作为处罚的依据。被告作出处罚的证据中有一项是《土地勘测定界报告》，根据《国土资源违法行为工作规程》8.2.3.1，该证据属于现场勘测材料。8.2.4.6规定，现场勘测应当告知当事人参加。现场勘测应当制作《现场勘测笔录》。但在本案，被告在对涉案现场进行勘测时，一没有通知当事人参加，二在勘测时没有制作《现场勘测笔录》。被告取得该证据的程序显然违法，不能作为处罚的依据。二、被告认定原告未取得相关用地手续，违法占用××村土地31.86亩进行建设是事实不清，适用法律错误。理由如下：（一）原告建设施工的行为是基于与三东村委之间的合作建房关系，原告与三东村委之间的合作建房关系合法有效。表现在：1、程序合法。本合作项目经村民代表大会高票通过，并报镇街备案，原告在该项目中的物业收益、现金补偿收入均受镇街审计站监管。本合作项目不但是村集体的意思表示，更得到政府的认可支持。2、合作建房合同实体内容合法，理由有三点：(1)合作地块144亩全部规划为建设用地，并取得建设用地手续，其中已取得土地权证有68亩，其余地块已取得自留地指标。(2)《合作建房合同》第三条第1点约定：有自留地证部分土地以甲方名义报建，其余无证的土地，通过招拍挂至乙方名义开发。该条款实为附条件生效，对于无证部分的土地因未具备合法的流转手续至今仍处于空地状态，实际上仍属于三东村委。现合同只履行了有证部分的土地，对于有证部分的土地双方是采取分取物业使用权的合作方式，以达到双方共同使用的状态，土地没有发生流转。(3)本合同项目为原告与三东村委共同出资、共同管理、共担风险。回归到本案被告对原告作出处罚的31.86亩土地为原告与三东村委合作建房的地块，已取得土地使用权证，权属人为三东村委，用地手续完善，以三东村委名义进行报建，挂靠有资质的建筑公司施工，原告按合同约定提供建设资金，三东村委提供建设土地，为实物出资人，建成的物业有部分是归三东村委支配，有部分是归原告支配，土地实际上是原告与三东村委共用，原告与三东村委作为本案合作项目的共同出资人共同享有占有、使用、收益、处分的权利，据此，在该土地上建设施工也是原告与三东村委共同的行为，非原告单方的行为。因此原告认为，基于合法有效的合同关系而进行的建设行为，不是非法行为，不能认定原告非法占用土地。（二）被告依据《土地管理法》第43条、44条认定原告违法占用土地是适用法律错误。43条明确规定：任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地；但是，村民建设住宅经依法批准使用本集体经济组织农民集体所有的土地的除外。第44条规定的是，建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的相关审批手续。涉案的平石小区和古谷小镇（在建项目）均是以村委的名义建设的村民住宅楼，用地手续完善，已经是建设用地，不涉及农转用的审批手续，且经建设局批准取得《施工许可证》方动工建设，建成的住宅楼也是用于解决××村村民住房问题。原告的建设行为是基于与三东村委的合作关系，不存在非法占用土地的问题。三、被告作出的处罚过重。即使原告被认为非法占用土地进行建设，也具有法定的从轻或减轻情节：根据《国土资源违法行为查处工作规程》9.3.1的规定：有下列情形之一的，应当从轻或减轻处罚：(1)行政处罚决定下达前，主动采取措施减轻违法后果的；(2)积极主动配合调查处理且未造成严重后果的。在本案，原告在被告作出行政处罚决定前，主动与三东村委解除《合作建房合同》，而且已将土地全部交回给三东村委，理应减轻或从轻处罚。综上，被告作出的行政处罚决定程序违法，事实不清，适用法律错误，现原告诉至法院，请求判决：1、请求撤销被告于2016年6月27日作出的穗国土资罚[2016]x号《行政处罚决定书》;2、被告承担本案的诉讼费。
被告广州市国土资源和规划委员会辩称，一、我委作出的穗国土资罚[2016]x号《行政处罚决定书》认定事实清楚、适用法律正确、程序适当，依法应当予以维持。（一）我委主体资格合法、适当。《土地管理法》第六十六条规定：“县级以上人民政府土地行政主管部门对违反土地管理法律、法规的行为进行监督检查。”根据《广州市人民政府办公厅关于印发广州市国土资源和规划委员会主要职责内设机构和人员编制规定的通知》(穗府办[2015]x号），我委是广州市的土地行政主管部门，该《通知》第二部分第（十五）条明确规定依法查处违反土地、矿产、测绘管理法律、法规的案件是我委的主要职责之一。因此，我委依法具有查处本案的法定职权，主体是合格的。（二）该案认定事实清楚。我委在调查过程中，查证核实了以下事实：2010年1月5日至2015年8月5日期间，广州古谷公司开发有限公司（以下简称古谷公司）未取得相关用地手续，未经批准，违法占用××村40.81亩（苏园平石小区地块实际建设占地14.66亩、古谷小镇地块实际建设占地26.15亩）土地进行施工，违反了《中华人民共和国土地管理法》第二条、第四十三条、第四十四条的规定，构成违法占地事实，扣除花都区国土资源和规划局已立案查处的8.85亩，实际未查处的违法占地共31.96亩土地未做处理。（三）该案程序合法、适用法律正确。我委于2016年5月3日依法向古谷公司进行了处罚告知及听证告知，古谷公司未提出陈述和申辩。2016年5月6日、2016年5月24日古谷公司分别向我委提出听证申请和延期听证申请；2016年6月7日，古谷公司向我委提出放弃听证。2016年6月7日，因古谷公司向我委提交《合同解除协议书》、《土地交接证明》，证明其已与三东村委解除《合作建房合同》，并退还违法占用的××村的土地。根据《中华人民共和国土地管理法》第七十六条、《中华人民共和国土地管理法实施条例》第四十二条和《广东省国土资源行政处罚自由裁量权实施标准》的规定，决定对古谷公司作出如下处罚：对实际建设违法占用的31.96亩土地（合21306.77平方米）处每平方米10元罚款，共计人民币213067.70元（贰拾壹万叁千零陆拾柒圆柒角整）。原告于2016年7月13日已缴清了罚款。二、关于原告《行政起诉状》所述内容。（一）原告认为我委“处罚行为程序违法”是不成立的。1、原告认为我委“作出处罚的期限违法”是错误的。《国土资源违法行为查处工作规程》12.5规定：“作出行政处罚决定的期限一般为立案之日起六十日内。案情复杂不能在规定期限内作出行政处罚决定的，报本级国土资源主管部门负责人批准，可以适当延长，但延长期限原则上不超过三十日，案情特别复杂的除外。”“案件查处过程中的鉴定、听证、委托其他部门的认定、公告、邮递在途等时间不计入前款规定的期限”。本案涉及非法转让土地、违法占地、违法违规建设等情况，且时间跨度长，涉案地块多，并涉及××村大多数村民集体利益，社会维稳压力大，案情特别复杂，属于“除外”的例外情形。2、原告认为本案的证据《土地勘测定界报告》“不能作为处罚的依据”是不成立的。首先，作为原告的股东和原法定代表人，古伟标对于我委作出的《土地勘测定界报告》是认可的。在我委举办的三东村委行政处罚听证会中，古伟标发言称“我们双方三东村委和原告的合作合同还有相关的土地证，测量报告及调查笔录真实性没有意见，调查员出示法律法规没有意见”。其次，2015年7月7日勘测定界时，古伟标是在现场的。当时花都区国土和规划局工作人员王新财、林晓峰连同古伟标对现场范围进行指认，然后根据当事人指认的范围提请勘界测量工作。可见，原告称“没有通知当事人参加”并非事实。（二）原告认为我委“认定事实不清，适用法律错误”是没有依据的。1、原告所称“程序合法”是与法不符。原告声称“本项目经村民代表大会高票通过，并镇街备案”，并据此认为“程序合法”，这是错误的片面理解：首先，根据《村民委员会组织法》规定，村民代表大会多数通过只是处理集体资产的一个前提，并不意味着只要多数通过，就在其他方面也一定合法。其次，根据《土地管理法》第四十三条、第五十九条、第六十条、第六十一条、第六十二条规定，使用集体建设用地进行非农业建设，不但有特定范围限制（只能用于村民建设住宅、兴办乡镇企业等），而且也必须经县级以上人民政府土地主管部门批准。再次，原告声称“镇街备案”，却不能举出备案时的相关证据证明。2、原告认为“土地没有发生流转”是错误的。首先，原告与原告在所签合同中约定“青苗补偿款每亩6万元”、“按规划测量的亩数，每亩40万的地价由乙方向甲方支付”等条款，表明原告主观上具备将土地转让的意图，而在客观上原告也支付了相应的价款。其次，对于已经开发建房的地块，原告根据双方签署的《合作建房合同》事实上取得了住宅房屋和部分沿线商铺的所有权，相应地事实上享有了该土地的使用权，所以，作为一种客观事实，转让是显而易见的。再次，对于未开发建设的地块，原告已经建设施工围墙进行围蔽并在部分地块栽种大型乔木等植被，××村村民自然不能进行耕种和其它利用，故未开发建设地块实际上也处于原告占有、使用和控制之下，此地块使用权实质上也发生了转让。可见，涉案土地已经根据双方所签合同完全转移至原告的占有、使用和控制之下，并已部分建成房屋，土地流转的事实是清晰的、明确的。3、原告声称其“与三东村委共同出资、共同管理、共担风险”不符合实际情况。原告与三东村村委在合同约定，对于乙方即原告的产权部分“以甲、乙双方共同对外销售，房款由乙方直接收取，一切经济责任，债权债务由乙方承担”。这表明，原告与三东村村委之间并非是合作建房关系，根据《最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》(法释[2005]x号）第二十四条规定，“合作开发房地产合同约定提供土地使用权的当事人不承担经营风险，只收取固定利益的，应当认定为土地使用权转让合同。”（三）原告认为我委“依据《土地管理法》第43条、44条认定原告违法占用土地是适用法律错误”是对法条的曲解。《土地管理法》第四十三条规定：“任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地；但是，兴办乡镇企业和村民建设住宅经依法批准使用本集体经济组织农民集体所有的土地的，或者乡（镇）村公共设施和公益事业建设经依法批准使用农民集体所有的土地的除外。”该法条中的“但书”内容所说的“村民建设住宅经依法批准使用本集体经济组织农民集体所有的土地”恰恰明确了两点内容：第一，使用本集体经济组织所有的土地进行住宅建设的主体是“村民”；第二，即便是村民进行住宅建设，也需要“经依法批准”，《土地管理法）》第四十四条第三款对此作了说明：“在已批准的农用地转用范围内，具体建设项目用地可以由市、县人民政府批准”。本案中，原告既非村民，也非兴办乡镇企业，进行建设的，依法只能申请使用国有土地，而不得使用集体土地。（四）原告认为我委“作出的处罚过重”是没有依据的。1、原告声称在我委“作出行政处罚前，主动与第三人解除《合作建房合同》”，并以此作为减轻或从轻处罚的理由。首先，《解除合同通知书》最多只是意味着原告不打算继续实施违法行为了，并不能使已经实施的违法行为归于消灭或合法化。本案所处罚的行为正是原告已经实施的行为。其次，原告这种所谓“整改”并非是具有法律意义的整改，原告是在我委2016年5月3日下达了《行政处罚告知书》（穗国土资罚告[2016]x号）之后，且在2016年6月7日行政处罚听证会结束后，向我委提交一份《解除合同通知书》。三东村委和原告作为行政处罚的相对人，出于规避处罚或减轻处罚的目的，双方签署一个《合同解除通知书》是非常轻易的事。可以想象，双方在目的达到后再签一个恢复合同的协议，也并非不可能。也就是说，仅仅签署一个《解除合同通知书》并非真正的具有法律意义的整改行为。2、我委作出的罚款数额有着充分的法律依据。《中华人民共和国土地管理法实施条例》第四十二条规定：“依照《土地管理法》第七十六条的规定处以罚款的，罚款额为非法占用土地每平米30元以下。”我委按照每平米10元作出处罚符合上述规定，且与原告违法情节相适应。综上所述，我委作出行政处罚的主体适格，证据确凿，事实清楚，适用法律法规正确，程序合法；原告起诉理由缺乏依据，依法不能成立。据《行政诉讼法》第六十九条规定，请求法院依法判决驳回原告的诉讼请求。
第三人广州市花都区花城街××村民委员会述称，我方同意原告古谷公司的意见。一、被告办案时限超期。二、对于被告程序方面，被告所做行政行为是依据《土地管理法》第八十一条规定，作出行政处罚前应该有责令限期改正的程序，只有作出限期改正视改正情况才作出后续处罚，但是被告行政处罚过程没有这一步，第三人认为被告违反《土地管理法》的规定，是程序违法。三、非法占用理由不成立。涉案土地是第三人三东村委的土地，即使认为占用主体是古谷公司，占用行为也是经过第三人同意的。财产所有人同意被占用财产，因此不能说是非法占用。
经审理查明，2010年1月5日，第三人与广州苏园房地产开发有限公司（现更名为原告广州古谷房地产开发有限公司）签订《凤凰路以西与平石路以南用地合作建房合同》及四份补充协议，约定第三人将其位于广州市花都区144.26亩的土地，与原告进行合作开发建房。
2010年5月10日，原广州市规划局向第三人发出穗规批[2010]x号《关于广州市花都区新华街××村村民委员会平石路以北、凤凰路以西地段公寓住宅项目总平面规划的审批意见书》，原则同意现编制的修建性详细调整规划。
2014年3月26日，原广州市规划局向第三人颁发穗规建证[2014]x号《建设工程规划许可证》，该证注明：建设单位（个人）为第三人，建设项目名称村民住宅楼，建设位置为花都区地段，建设规模为2幢，地上26层，建筑面积24760.49平方米；地下2层，建筑面积12324.75平方米。
2014年，原广州市花都区建设局向第三人颁发编号xx《建筑工程施工许可证》，该证注明：建设单位为第三人，工程名称村民住宅楼，建设地址为广州市花都区地段，建设规模为37085.23平方米。备注：层数为二十六层（局部二层）、地下二层，幢数二幢。
2015年10月10日，广东省国土资源厅将第三人涉嫌违法转让、出租集体土地案列为省厅挂牌督办案件。2015年10月29日，被告广州市国土资源和规划委员会对该案进行立案调查。2016年2月16日，被告执法监察大队在调查过程中发现，该案涉及非法转让土地、违法占地、违法违规建设，且出现案中案，案情特别复杂，经被告执法监察大队支队长批准，对该案进行延期办理。
在调查过程中，被告对原告、第三人进行了询问，广州市花都区地籍测量队对违法占用的土地进行了勘测。2016年5月3日，被告向原告作出穗国土资罚告[2016]x号《行政处罚告知书》、穗国土资听告[2016]x号《行政处罚听证告知书》，告知其享有陈述、申辩及申请听证的权利。2016年5月5日，原告收到上述文书，并于次日向被告申请听证。2016年6月7日，原告放弃听证权利。
2016年6月7日，原告与第三人协议解除《凤凰路以西与平石路以南用地合作建房合同》及四份补充协议。同日，原告与第三人签订《土地交接证明》，称：“广州古谷房地产开发有限公司已于2016年6月7日将144.26亩土地交回给广州市花都区xx街xx村民委员会（以下简称“××村委”）。土地交接后，地上建筑物由xx村委妥善保管，待问题解决方处理。”
2016年6月27日，被告向原告作出穗国土资罚[2016]x号《行政处罚决定书》，称：“我委于2015年10月29日对你公司涉嫌违法占用土地一案立案调查。经查，2010年1月5日至2015年8月5日期间，你公司未取得相关用地手续，违法占用广州市花都区xx街xx村（以下简称××村）40.81亩（苏园平石小区地块实际建设占地14.66亩、古谷小镇地块实际建设占地26.15亩）土地进行施工，违反了《中华人民共和国土地管理法》第二条、第四十三条、第四十四条的规定，构成违法占地事实，扣除花都区国土资源和规划局已立案查处的8.85亩，实际未查处的违法占地共31.96亩土地未做处理。……根据《中华人民共和国土地管理法》第七十六条、《中华人民共和国土地管理法实施条例》、第四十二条和《广东省国土资源行政处罚自由裁量权实施标准》的规定，决定对你公司作出如下处罚：对实际建设违法占用的31.96亩土地（合21306.77平方米）处每平方米10元罚款，共计人民币213067.70元（贰拾壹万叁千零陆拾柒圆柒角整）。原告于2016年6月29日收到该《行政处罚决定书》，后不服，遂诉至法院。
案件审理过程中，被告陈述涉案31.96亩土地包含在花集用（2007）第x号、第x号集体土地使用证、穗集用（2015）第x号集体土地使用证、穗集有（2012）第x号、第x号集体土地所有权证中，以及花都区国土资源和规划局已立案查处原告实际占用土地面积40.81亩中的8.85亩，原告、第三人对上述事实予以确认。
另查，2007年8月20日，广州市人民政府向第三人颁发花集用（2007）第x号集体土地使用证，该证注明：土地使用权人为第三人，座落广州市花都区新华街××村，地号x，地类（用途）为住宅用地（x），使用权类型为拨用，使用权面积为21254.17平方米，其中独用面积为21254.17平方米。
2007年8月20日，广州市人民政府向第三人颁发花集用（2007）第x号集体土地使用证，该证注明：土地使用权人为第三人，座落广州市花都区新华街××村，地号x，地类（用途）为住宅用地（x），使用权类型为拨用，使用权面积为11624.31平方米，其中独用面积为11624.31平方米。
2012年11月5日，广州市人民政府颁发穗集有（2012）第x号集体土地所有权证，该证注明：土地使用权人为广州市花都区新华街××村三辄第二经济合作社农民集体，地址为广东省广州市花都区新华街××村，土地总面积为17.8693公顷。
2012年12月2日，广州市人民政府颁发穗集有（2012）第x号集体土地所有权证，该证注明：土地使用权人为广州市花都区新华街三东经济联合社农民集体，地址为广东省广州市花都区新华街××村，地号xx，土地总面积为2.8455公顷。
2015年3月26日，广州市人民政府向第三人颁发穗集用（2015）第x号集体土地使用证，该证注明：土地使用权人为第三人，座落广州市花都区新华街××村，地号x，地类（用途）为商务金融用地x，使用权面积为12758.05平方米，其中独用面积为12758.05平方米。
2016年7月15日，广州市花都区人民政府花城街道办事处出具《证明》，证明《凤凰路以西与平石西路以南用地合作建房合同》及四份补充协议已经广州市花都区人民政府新华街道办事处备案，后因行政区域变更，第三人划入该街道办管辖。
2016年6月27日，被告向第三人作出穗国土资罚[2016]x号《行政处罚决定书》，该决定书称：“我委于2015年10月29日对你村涉嫌违法转让农村集体土地使用权一案立案调查……你村擅自将103.44亩农民集体所有的土地使用权转让给古谷公司用于非农建设的行为，违反了《中华人民共和国土地管理法》第二条、第六十三条规定，构成了违法转让农村集体所有的土地使用的事实……依据《中华人民共和国土地管理法》第八十一条、《中华人民共和国土地管理法实施条例》第三十九条和《广东省国土资源行政处罚自由裁量权实施标准》的规定，决定对你村作出如下行政处罚：一、没收违法所得人民币2600万元（贰仟陆佰万元整）；二、处违法所得16%罚款，计人民币416万元（肆佰壹拾陆万元整）……”第三人对穗国土资罚[2016]x号《行政处罚决定书》不服，向本院提起(2016)粤7101行初2139号行政诉讼，目前该案正在审理中。
以上事实，有行政处罚决定书、行政处罚告知书、集体土地使用证、建设工程规划许可证、集体土地所有权证、建筑工程施工许可证、关于广州市花都区新华街××村村民委员会平石路以北、凤凰路以西地段公寓住宅项目总平面规划的审批意见书、凤凰路以西与平石路以南用地合作建房合同、补充协议、证明、各方当事人的陈述等证据证实。
本院认为，《中华人民共和国土地管理法》第六十六条规定：“县级以上人民政府土地行政主管部门对违反土地管理法律、法规的行为进行监督检查。土地管理监督检查人员应当熟悉土地管理法律、法规，忠于职守、秉公执法。”被告负有辖区内查处非法占用土地的职责。
《中华人民共和国土地管理法》第四十三条规定：“任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地；但是，兴办乡镇企业和村民建设住宅经依法批准使用本集体经济组织农民集体所有的土地的，或者乡（镇）村公共设施和公益事业建设经依法批准使用农民集体所有的土地的除外。前款所称依法申请使用的国有土地包括国家所有的土地和国家征收的原属于农民集体所有的土地。”第四十四条规定：“建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。省、自治区、直辖市人民政府批准的道路、管线工程和大型基础设施建设项目、国务院批准的建设项目占用土地，涉及农用地转为建设用地的，由国务院批准。在土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围内，为实施该规划而将农用地转为建设用地的，按土地利用年度计划分批次由原批准土地利用总体规划的机关批准。在已批准的农用地转用范围内，具体建设项目用地可以由市、县人民政府批准。本条第二款、第三款规定以外的建设项目占用土地，涉及农用地转为建设用地的，由省、自治区、直辖市人民政府批准。”《中华人民共和国土地管理法》第七十六条规定：“未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。超过批准的数量占用土地，多占的土地以非法占用土地论处。”《中华人民共和国土地管理法实施条例》第四十二条规定：“依照《土地管理法》第七十六条的规定处以罚款的，罚款额为非法占用土地每平方米30元以下。”本案中，涉案土地为集体土地，原告虽然与第三人签订了涉案合同，但其在建设使用土地的过程中，未取得合法的土地使用审批手续，故不能以此作为违法占用土地的理由。被告向原告、第三人进行了询问，制作了询问笔录，后经广州市花都区地籍测量队测绘显示，原告实际占用土地面积为40.81亩，在扣除花都区国土资源和规划局已立案查处的8.85亩后，确定此次处罚原告违法占地的土地面积为31.96亩。另，在作出具体行政行为的过程中，被告履行了案件的立案、调查、告知、听证等程序，其在作出上述行政处罚决定后向原告进行了送达，符合办案的法定程序。被告在查明上述事实后对原告作出诉争《行政处罚决定书》，事实清楚、证据确凿、程序合法、适用法律正确，且处罚幅度在法律规定的范围之内，行政裁量并无不当。对原告认为原告的建设行为是基于与第三人的合作关系，不存在非法占用土地，且处罚过重，要求撤销诉争《行政处罚决定书》的意见，本院不予采纳。
关于办案期限的问题。虽然广东省国土资源厅将第三人涉嫌违法转让、出让集体土地案列为省厅挂牌督办案件，并将此案的办案期限规定为立案之日起60日，且被告在期限届满后才申请延期办理，但这仅为程序上的瑕疵，不影响被告根据查明的事实，作出相应的处理，不能以此认定被告作出诉争《行政处罚决定书》程序违法。故对原告认为被告超过办案期限，程序违法的意见，不予采纳。
综上所述，依照《中华人民共和国行政诉讼法》第六十九条之规定，判决如下：
驳回原告广州古谷房地产开发有限公司的诉讼请求。
案件受理费50元，由原告广州古谷房地产开发有限公司负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于广州铁路运输中级法院。
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审 判 长 黄海丹
代理陪审员 叶 莉
人民陪审员 冯金爱
二〇一六年十一月二十九日
书 记 员 林宇琦