上海市浦东新区人民法院
民 事 判 决 书
（2015）浦民一(民)初字第36768号
原告(反诉被告)上海国利建设工程有限公司，住所地上海市杨浦区。
法定代表人陈国华。
委托代理人徐维连，男。
委托代理人侯海建，上海浦虹律师事务所律师。
被告上海浦东供排水建设工程有限公司，住所地上海市浦东新区。
法定代表人张劲萌。
委托代理人崔鸿祥，上海市集天成律师事务所律师。
委托代理人薛峰，上海市集天成律师事务所律师。
被告(反诉原告)天津市华水自来水建设有限公司，住所地天津市。
法定代表人郑世华。
委托代理人崔鸿祥，上海市集天成律师事务所律师。
委托代理人薛峰，上海市集天成律师事务所律师。
原告上海国利建设工程有限公司(以下简称“国利公司”)诉被告上海浦东供排水建设工程有限公司(以下简称“浦东供排水公司”)、天津市华水自来水建设有限公司(以下简称“天津华水公司”)建设工程施工合同纠纷一案，本院于2015年10月9日立案受理后，依法适用普通程序审理，审理中，天津华水公司提起反诉，本院进行了合并审理，并于2016年3月24日、12月13日两次公开开庭进行了审理。国利公司的委托代理人徐维连、侯海建，浦东供排水公司的法定代表人张劲萌及该公司与天津华水公司的共同委托代理人崔鸿祥和薛峰到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告国利公司诉称，2009年1月，其与浦东供排水公司签订《施工协议书》，由其对浦东新区青草沙水源地原水工程严桥支线工程QYZ-C1标土建工程进行施工。施工期间，浦东供排水公司增加了该标深基坑专项等系列工程。所有工程已于2010年12月竣工并通过了验收。据结算，工程款总计29,546,382元(人民币，下同)，浦东供排水公司已经支付了25,659,000元，尚欠3,887,382元未付，另外，还有400,000元的履约保证金没有退还。天津华水公司系该工程的中标单位即总承包方，浦东供排水公司称未收到总包方支付的工程款而无法付款。由于浦东供排水公司与天津华水公司拒付剩余的工程款，其多次催讨未果，无奈诉至法院，要求判令浦东供排水公司及天津华水公司支付工程款3,887,382元和履约保证金400,000元，共计4,287,382元。
被告浦东供排水公司辩称，不同意国利公司的诉讼请求。其并非本案适格的被告，国利公司实际履行的是与天津华水公司签订的施工协议书，其只是根据三方签订的委托付款协议书代天津华水公司向国利公司支付工程款，不是本案施工合同的合同主体。
被告天津华水公司辩称，不同意国利公司的诉讼请求。由于其与国利公司之间就工程款的结算存在较大分歧，至今尚未结算完毕。根据施工惯例，工程项目应以国家审计部门的审计结果为准，涉案项目已经审计，涉及本案工程的工程款为24,330,266.66元，其已经支付给国利公司25,659,000元，实际已经多支付了工程款，不存在还需支付国利公司工程款及保证金的情形。国利公司诉请主张的工程款及质量保证金没有合同和法律依据，要求予以驳回。由于其已向国利公司多付了工程款，另外，其在施工期间还为国利公司垫付了监测费、评审费等费用，故提起反诉，要求判令国利公司返还：1、超付的工程款3,050,294.40元，2、垫付的监测费540,406元。3、垫付的评审费30,000元，4、垫付的原土建单位浙江宝厦建设有限公司(以下简称“宝厦公司”)所发生的全部前期项目及费用计900,000元。5、垫付的电费275,906.71元，6、垫付的水费31,520元，总计4,828,127.11元。
针对反诉部分，国利公司答辩称，愿意承担100,000元监测费，但不同意天津华水公司提出的其余反诉请求。承包方并未向其多付工程款，除了监测费，专家评审费、水电费等费用其均已在主张的工程款作了相应扣除，故不同意返还，且其使用的电费金额应为241,000元，至于宝厦公司的前期费用因其并未参与故不予认可。
经审理查明，2009年1月，天津华水公司作为发包方，国利公司作为承包方，双方就“青草沙水源地原水工程严桥支线工程QYZ-C1标土建工程”签订了一份《施工协议书》，约定该标段工程内容为：顶管用井室6座(J1，J2，J3，J4，J5，J6)，井内的排气、排水井土建(包括本工程管道施工以外设计规定的全部施工内容)。协议第二条对J1至J6井的性质、内净尺寸、井深、基坑形式等作了约定，同时还约定承包范围包括各井室施工范围内的施工场地平整、文明施工、井位点监控及深基坑评审等。协议约定开工日期为2009年1月1日(以发包人的开工令为准)，竣工日期为2009年6月底，合同工期为181天(包括法定节假日)。第六条约定，本合同在发包方提供施工图范围内不变的情况下合同价实行包干，合同价为2,100万元，并明确本合同款已包含本工程原土建施工单位宝厦公司所发生的全部前期项目及费用。第七条中约定，本工程工作井业主提供1,500平方米施工场地，接收井提供800平方米施工场地。分包方实施的施工现场布置应满足场地要求。关于工作井1,500平方米、接收井800平方米范围的地坪、围墙、临时设施、土建相关的工作及部分施工便道分包方自行负责解决。关于施工用电、施工用水费用由分包人自行承担。第八条约定，合同生效后，发包方支付承包方20%工程预付款；工程竣工验收合格并交齐工程竣工档案资料、完成备案手续28天后支付工程结算款至95%；余下的5%工程款，依据业主规定的工程质量保证期两年后支付。第九条约定，工程中标后，分包人应向承包人提交金额为40万元的履约保证金(或履约保函)，保证金的有效期限自合同生效后至整个工程竣工验收合格并交齐工程竣工档案资料、完成备案手续后28天止。协议还约定，本合同未尽事项，经双方协商一致后，可签订补充协议作为本合同附件，与本合同具有同等的法律效力。
2009年，天津华水公司作为甲方，浦东供排水公司作为乙方，国利公司作为丙方，三方签订了一份《委托付款协议书》，内容为“青草沙水源地原水工程严桥支线工程QYZ-C1标由甲方天津华水自来水建设有限公司中标并将顶管部分分包方委托乙方上海浦东供排水建设工程有限公司……为履行财务监管协议，经青草沙水源地原水工程严桥支线工程QYZ-C1标甲、乙、丙三方协商达成以下委托付款条款，以资共同遵守：1、甲方根据工程需要与丙方签订工程施工合同。2、丙方按合同要求进行施工，并按合同约定条款开具发票给甲方。3、甲方审核同意后，将款项划入乙方的监管帐户，并通知乙方付款给丙方。4、乙方收到甲方的委托付款后，应及时付款给丙方，不得无故拖延。5、丙方收到乙方的款项后，应视同收到甲方的款项，并及时核对。本协议作为青草沙水源地原水工程严桥支线工程QYZ-C1标顶管分包合同的补充协议，与分包合同具有同等法律效力……”
上述合同签订后，国利公司已经完成了施工，并将完成的工程直接移交给了建设方上海青草沙投资建设发展有限公司(以下简称“青草沙公司”)。浦东供排水公司与天津华水公司共计已支付给国利公司工程款25,659,000元。施工期间，天津华水公司代国利公司支付了水费31,520元。经青草沙公司委托，上海东方投资监理有限公司于2013年12月20日就“上海青草沙投资建设发展有限公司青草沙严桥支线工程(QYZ-C1)工程”出具《工程结算审价报告》，其中载明施工单位为天津华水公司，工程开工竣工日期为2008年10月17日至2010年11月9日，审核结论为：本工程送审工程结算总造价为118,741,820元，经该公司审核并与建设单位、施工单位核对确认，该工程结算总造价确定为117,330,392元，比原结算核减2,119,395元，核增707,967元。审核核减(增)的主要原因是工程量调整和洽商工程费用调整。天津华水公司作为施工单位在工程审价审定单上进行了签章。根据该审价报告内容记载，该工程中井类工程结算造价审定价格为19,063,388.28元，工程签证项目中J1、J6井发电机(签证1)、J5井钢支撑移位(签证3)、J0#井洞口旋喷桩加固(签证4)、签证5、J5#加预埋铁费用(签证7)及J2.J3.J6#加集水井(签证9),前述几个项目的工程结算造价审定价格为7,685,978.32元(其中J5#加预埋铁费用的审定价为5,763.70元，J2.J3.J6#加集水井的审定价为5,417.93元)。对于前述评估报告，国利公司表示其中井类工程结算造价审定价格19,063,388.28元以及工程签证项目中J1、J6井发电机(签证1)、J5井钢支撑移位(签证3)、J0#井洞口旋喷桩加固(签证5)、J5#加预埋铁费用(签证7)及J2.J3.J6#加集水井(签证9),几个项目的工程结算造价审定价格7,685,978.32元即其实际施工完成的项目，但尚有其余施工的项目并未审价，包括1-6号井的地面硬化及围挡费用、3-6号井的钢支撑超期租赁费用、顶管机进出口洞和无电源排电缆费用(包括签证)、增加的0号井施工和辅助工作费用、压密注浆费用及井点降水费用等，这些未审价项目的工程款为6,646,408.79元，也应支付给该公司。天津华水公司则认为，其与国利公司之间约定根据审价报告进行结算，国利公司主张的前述6项未审价的费用中前5项已经包括在审价中，只是根据合同约定，工作井和接收井的场地面积为1,500平方米和800平方米，超出部分应由国利公司自行负责，国利公司与国誉公司等约定的钢支撑费用是包干价，不存在超期费用，顶管机进出口洞和无电源排电缆费用(包括签证)因国利公司没有提供相应的签证材料确实没有审价，增加的0号井施工和辅助工作费用不存在漏审情况，压密注浆费用则是审价部门认为存在高估冒算情况故核减为0,另外，国利公司施工内容为1-6号井的井内土建工程，不包括顶管工程，故对于国利公司主张漏审的井点降水费用不予认可。
另查明，2010年5月26日，上海国誉市政水务工程有限公司(以下简称“国誉公司”)与天津华水公司上海分公司签署了一份《借款协议》，内容为国誉公司于2009年元月以国利公司名义承接的青草沙水源地原水工程严桥支线QYZ-C1标工程，在实际施工中发生了工程变更，但由于变更部分的工程款天津华水公司上海分公司尚未下达，国誉公司已垫付了部分资金，现为了解决相关的工程急需资金，国誉公司向天津华水公司上海分公司借款230万元以解燃眉之急。国誉公司保证将此款项用于解决与上海宝冶建设有限公司的合同纠纷一案及后续施工。以上款项在工程变更结算款下达时，由天津华水公司上海分公司扣除，如果工程变更款项不足以支付借款，国誉公司将自筹资金补足该借款。当天，国誉公司与国利公司签署了一份《备忘录》，内容为“2009年1月，甲方(即国誉公司以乙方(即国利公司)的名义，从总包方天津市华水自来水建设有限公司处，承接了浦东新区青草沙水源地原水工程严桥支线工程QYZ-C1标土建工程。施工过程中，由甲方垫付部分资金。2010年5月26日，因天津市华水自来水建设有限公司的工程变更结算款尚未下来，甲方资金紧张，甲方向天津市华水自来水建设有限公司借款230万元。乙方同意：待该工程变更结算款下达时，该借款作为天津市华水自来水建设有限公司支付的工程款，予以抵扣。”审理中，天津华水公司表示，其委托浦东供排水公司已多付工程款，且没有工程变更结算款下达事实，因此前述230万元借款应由国利公司返还给该公司。
又查明，2008年12月2日，天津华水公司与上海市建设和交通委员会科学技术委员会办公室签订《技术咨询合同》，约定由该办公室组织专家对“青草沙水源地原水工程严桥支红C1标基坑”进行评审，评审费为3万元。该款已由浦东供排水公司支付。
2009年1月6日，天津华水公司作为委托方，与施工方上海海洋地质勘察设计有限公司(以下简称海洋公司)签订一份《技术服务合同》，约定由海洋公司对“青草沙水源地原水工程严桥支线(QYZ-C1标)”工程施工进行现场实施监测并提供监测报告，本项目工程费为489,341元，浦东供排水公司在合同上加盖了公章。后双方又签订了一份《施工监测补充协议书》，约定前述项目的施工监测费在原合同工程款的基础下让利10%。后，海洋公司收到了浦东供排水公司支付的工程款440,406元。2009年11月18日，天津华水公司作为委托方，海洋公司作为施工方，双方就“青草沙水源地原水严桥支线工程C1标施工监测(J5、J0增加工作量)”又签订了一份《技术服务合同》，约定由海洋公司对C1标J5换撑施工加密及J0接收井保护施工进行监测，工程费共计1,489,13.80元，并加盖了“天津市华水自来水建设有限公司青草沙严桥支线C1标项目经理部”的公章。2014年3月19日，海洋公司出具《工程款结清确认书》，确认该公司为青草沙严桥支线C1标施工监测提供的监测服务，在2014年3月20日收到青草沙严桥支线C1标项目部10万元后，全部工程款均已结清。
再查明，2008年9月，浦东供排水公司作为发包人，浙江宝厦建设有限公司(以下简称宝厦公司)作为承包人，双方签订《协议书》，约定由宝厦公司承接“青草沙水源地原水工程严桥支线工程QYZ-C1标土建工程”，该协议除了开工日期为2008年10月15日外，其余内容与浦东供排水公司和国利公司签订的《施工协议书》基本一致。2009年1月13日，双方又签订一份《关于终止＜青草沙水源地原水工程严桥支线工程QYZ-C1标土建工程协议书＞的协议》，表明“青草沙水源地原水工程严桥支线工程QYZ-C1标土建工程”项目由于各种原因造成未能按原协议(合同)规定的要求开工，经双方协商一致，决定终止该项目协议(合同)，并达成如下协议：1、终止2008年9月订立的“青草沙水源地原水工程严桥支线工程QYZ-C1标土建工程”协议书；2、浦东供排水公司应于本协议生效后即支付给宝厦公司工程款90万元；3、双方承诺不再追究对方的经济和其他方面的责任，并不得以任何理由干扰对方的正常工作。协议签订后宝厦公司队伍当日撤场。2009年1月15日，浦东供排水公司向宝厦公司支付了土建工程款90万元。
2012年11月7日，青草沙公司作为建设单位就涉案工程出具了《建设工程竣工验收备案表》，其上载明“青草沙水源地原水工程严桥支线工程QYZ-C1标”工程开工日期为2008年12月23日，竣工验收日期为2012年11月7日。
2014年7月14日，国利公司委托律师向浦东供排水公司发函称，该公司与浦东供排水公司于2009年1月签订《施工协议书》，施工中，浦东供排水公司增加了降水工程。所有的工程已于2010年12月竣工，于2011年9月通过验收，于2012年7月将相关的工程资料全部移交给档案室，并于2013年1月报相关部门备案。根据结算，工程款共计28,563,663元，浦东供排水公司已经支付25,659,000元，尚欠工程款2,904,663元及质量保证金40万元，要求浦东供排水公司在收函后一周内付清所有款项。对此，浦东供排水公司表示该公司没有收到前述律师函，对律师函的内容不予认可。
审理中，国利公司称因青草沙公司委托审计时漏评其所施工相关项目，有些项目则未计算费用，故要求对相关项目进行司法评估。天津华水公司则提供其与青草沙公司签订的“第二部分协议书”称，其作为承包人与青草沙公司签订合同承建“青草沙水源地原水工程严桥支线工程QYZ-C1标”工程，合同约定工程价款暂定价为121,520,759元，本工程造价待发包人在工程竣工后根据承包人编制的工程造价结算书，经发包人委托的审价单位审价并经发包人批准后确定，但若事后国家审计部门对本工程的审计价低于上述审定价的，则最终应以国家审计部门审计价为准。该公司与国利公司签订的施工协议书中明确约定“青草沙水源地工程严桥支线工程的施工总承包合同为本合同组成部分，必须参照执行”，涉案工程已经审计，无须再进行司法鉴定，根据审计结论，其已多付工程款。
经国利公司申请，本院委托上海公信中南工程造价咨询有限公司对严桥支线QYZ-C1标工程J1、J3、J4、J6工作井和J2、J5接收井工程中10项内容进行了司法鉴定，该司于2016年9月14日作出鉴定意见为：1、JI-J6#井地面硬化及围挡费用鉴定造价为139,199元，2、J3-J6井钢支撑超期费用鉴定造价为147,394元，3、J2-J6井开洞口费用鉴定造价为28,384元，4、电缆敷设费用鉴定造价为96,246元，5、15张签证费用鉴定造价为22,969元，6、行车基础费用鉴定造价为36,460元，7、封洞口费用鉴定造价为13,621元，8、J0井增加费用鉴定造价为134,744元，9、压密注浆费用鉴定造价为109,024元、10、井点降水费用鉴定造价为2,097,144元。诉讼中，鉴定人员表示JI-J6#井地面硬化及围挡费用应按照投标的计价方式计算，故变更该项鉴定造价为84,729元，关于钢支撑移位造价的费用，该司于2016年12月16日出具《关于青草沙C1标工程后增补资料的造价补充说明》，意见为：根据国利公司于2016年12月2日提供的施工业务联系单描述，J5井内水平钢支撑移位造价费用为62,144元。本次司法鉴定费用为105,000元，已由国利公司预付。
对于鉴定意见书，国利公司认为，1、其与浦东排水公司、天津华水公司签订的合同中并未约定机械下浮，故审价中不应采取下浮计价，2、鉴定部门在计算J1-J6#井的地面硬化及围挡费用时少算了钢筋、模板、围挡及第二次浇捣砼的费用，且不应扣减措施费中的便道费用，3、少算钢支撑超期费用、漏算J5#井的钢支撑移位费用，4、J2-J6井开洞口费用应根据裘黎民承诺的单价进行结算，裘黎民系代表浦东供排水公司与天津华水公司，5、压密注浆费用中未计算J1#井砌砖、反挖淤泥、填三合土及J2#井路障的费用。争对国利公司提出的异议，鉴定单位认为，国利公司施工的主体工程已由上海东方投资监理有限公司审价并出具审价报告，审价报告计价方式为总包合同约定的计价方式，国利公司已经确认主体工程造价，故主体工程以外的费用也应按总包合同约定的计价方式计价；关于J1-J6#井的地面硬化及围挡费用，审价中有投标价的按投标价计算，没有投标价的则按相关定额进行计算，根据审价中提供的材料，该项费用应为84,729元，故作相应调整。至于便道费，根据合同约定已经包括在整体措施费里；关于钢支撑租赁费用，根据相关材料，投标时计算了300天，故只应计算300天以外的费用，钢支撑移位费用已另作补充说明作了确认。对于国利公司的其他异议，鉴定单位认为，该司不清楚裘黎民与国利公司等的关系，审价中国利公司也未提供原始依据，故评估时按照总包投标书约定的开洞口的计价方式进行计算。据此，国利公司增加诉讼请求，要求浦东供排水公司和华水公司另支付钢筋差价费2,218,628元及钢支撑移位费用62,144元。
对于鉴定意见书，天津华水公司与浦东供排水公司认为，对于本次鉴定中“15张签证费用鉴定造价为22,969元”无异议，但裘黎民的证人证言需要相关原始证据予以佐证，国利公司始终未能提供地坪硬化、围挡封闭具体工作量的原始记录和相关证据，且在审理期间及鉴定单位规定的对鉴定意见书初稿提出异议的期限内均未出示相关材料，因此国利公司提供的《工作量情况说明》(涉及地面硬化和围挡内容)不能作为司法鉴定的依据，有关J1-J6#井的地面硬化及围挡费用鉴定造价不应计算给国利公司；关于J3-J6#井的钢支撑超期租赁费用，由于国利公司提供的施工记录未经承包方和业主书面确认，系国利公司单方制作，也不能作为司法鉴定的依据；关于J2-J6#井开洞口的费用，由于国利公司提供的有裘黎民签字的《工作量情况说明》不能作为司法鉴定依据，且该工程属于顶管工程承包范围，非国利公司承建的土建工程，也不应结算给国利公司；对于国利公司本次鉴定主张的其余项目费用，因无事实依据，相关草图、施工记录等也是由国利公司单方制作，均不能作为司法鉴定依据，故不予认可。
针对浦东供排水公司和天津华水公司的异议，国利公司认为，裘黎民是天津华水公司的工作人员，其施工中的相应工作量由裘黎民确认签收，其完成施工后，裘黎民代表天津华水公司与建设方一起进行了竣工验收，之后就将工程直接移交给了建设方，至于其提供的决算材料也是由浦东供排水公司的工作人员章伟国制作后提供给其的。浦东供排水公司则表示，当时该公司负责涉案工程的工作人员是陈辉，裘黎民是由天津华水公司派来做项目经理的，但在工程结束前已经离开了天津华水公司，天津华水公司否认裘黎民是该公司工作人员，并称没有指派裘黎民去负责涉案工程项目。审理中，本院经与裘黎民联系，其称自己中途进入天津华水公司承接的工程进行管理，在工程完工之前已离开了天津华水公司，当时项目部应该给国利公司做了相应的顶管机开洞口的工程，国利公司具体开了几个洞口、单价多少已记不清了，但应该有结账记录。
关于工程款的支付问题，双方一致确认，浦东供排水公司和天津华水公司共计向国利公司支付了25,659,000元。另外，建设方就涉案工程已付清了工程款，该工程并未约定质量保证金。
以上事实，有原、被告的陈述及《施工协议书》、《委托付款协议书》、《工程结算审价报告》、《技术服务合同》、《技术咨询合同》、《协议书》、《关于终止＜青草沙水源地原水工程严桥支线工程QYZ-C1标土建工程协议书＞的协议》、发票联、进账单、《司法鉴定意见书》等证据在案佐证。
本院认为，涉案施工协议书系国利公司与天津华水公司的真实意思表示，内容不违反法律禁止性规定，当属合法有效，双方均应全面切实履行。根据合同约定，工程竣工合格并交齐工程竣工档案资料、完成备案手续28天后支付工程结算款至95%，余下的5%工程款依据业主规定的工程质量保证期两年后支付。本案中，国利公司根据双方的约定已按约完成了施工，虽然其未与天津华水公司办理工程移交手续，但根据建设方青草沙公司与天津华水公司之间的竣工验收材料可知，涉案工程整体早已于2012年11月7日竣工验收后移交给青草沙公司使用，天津华水公司公司应当按照合同约定向国利公司支付工程款。根据双方约定，本合同在发包方提供施工图范围内不变的情况下合同价实行包干，国利公司在实际施工中增加了工程量并提供了由相关工程人员签署的材料，天津华水公司虽对国利公司在实际施工中增加工程量不予认可，但未能提供证据证实争议的工程量是由他人施工完成，本院根据本案实际情况并结合现有证据确认争议的工程量是由国利公司施工完成。鉴于前述情况，国利公司要求对青草沙公司已申请的工程审价中漏审的部分进行司法鉴定并无不当，根据鉴定结论，该部分的工程造价为2,832,859元，加上原来工程审价中属于国利公司施工部分的工程款26,749,366.60元，共计29,582,225.60元,天津华水公司已支付了工程款25,659,000元(包括涉案的借款在内)，尚欠工程款3,923,225.60元应予支付。关于国利公司主张的工程质量保证金40万元，因天津华水公司不予认可，国利公司又未能提供证据证实其已实际缴纳，故本院难以支持。现有证据表明，国利公司根据工程需要直接与承包方即天津华水公司建立了建设工程施工合同关系，根据三方签订的委托付款协议，浦东供排水公司系受天津华水公司委托代为支付工程款，本案中并无证据表明国利公司与浦东供排水公司之间仍然存在建设工程施工合同关系，故国利公司要求浦东供排水公司支付工程余款本院不予支持。
对于天津华水公司提出的反诉请求，其要求国利公司返还多付的工程款，但根据已查明内容可知，天津华水公司尚欠国利公司工程款，故该项诉请没有依据，本院不予支持；关于监测费和评审费，根据协议约定，国利公司承包的范围包括各井室施工范围内的施工场地平整、文明施工、井位点监控及深基坑评审等。涉案工程施工中，天津华水公司与相关部门签署了监测及评审服务合同，并代为支付了相关费用，故其要求国利公司返还，具有事实和合同依据，本院予以支持，鉴于涉案工程的井室均由国利公司施工完成，期间增加了工作量，故对于因两份监测服务合同而产生的监测费用均应由国利公司承担；关于水电费，根据双方协议约定，施工用水由总承包人负责提供，施工用电、用水费由分包人自行承担。审理中，国利公司与天津华水公司对天津华水公司垫付的水费金额无异议，但对于垫付的电费数额双方意见不一，天津华水公司提供的证据无法证实国利公司实际使用的电费金额，故本院根据国利公司自认的电费金额予以处理；关于宝厦公司的费用，根据协议约定，本合同款已包含本工程原土建施工单位宝厦公司所发生的全部前期项目及费用，浦东供排水公司已代天津华水公司向该公司支付了90万元终止与该公司之间的施工协议，后由国利公司完成了后续的施工，国利公司现以未参与宝厦公司的工程款结算为由不同意扣除该款的意见与双方约定不符，本院不予采纳。该笔款项应根据双方约定在工程款中予以扣除。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第二百六十九条、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条及《中华人民共和国建筑法》第十五条之规定，判决如下：
一、被告(反诉原告)天津市华水自来水建设有限公司支付原告(反诉被告)上海国利建设工程有限公司工程款3,923,225.60元；
二、驳回原告(反诉被告)上海国利建设工程有限公司要求被告(反诉原告)天津市华水自来水建设有限公司退还工程质量保证金400,000元的诉讼请求；
三、驳回原告(反诉被告)上海国利建设工程有限公司要求被告上海浦东供排水建设工程有限公司承担支付工程款责任的诉讼请求；
四、原告(反诉被告)上海国利建设工程有限公司返还被告(反诉原告)天津市华水自来水建设有限公司垫付的监测费540,406元、评审费30,000元、水费31,520元、电费241,000元及浙江宝厦建设有限公司的前期费用900,000元，共计1,742,926元；
五、驳回被告(反诉原告)天津市华水自来水建设有限公司要求原告(反诉被告)上海国利建设工程有限公司返还工程款的诉讼请求；
上述第一、第四项相抵，被告(反诉原告)天津市华水自来水建设有限公司于本判决生效之日起十日内支付原告(反诉被告)上海国利建设工程有限公司2,180,299.60元。
负有金钱给付义务的当事人如未按判决指定的期间履行给付义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付延迟履行期间的债务利息。
本诉案件受理费33,237元，反诉案件受理费22,879.50元，鉴定费105,000元，共计161,116.50元，由原告(反诉被告)上海国利建设工程有限公司负担55,243元，由被告(反诉原告)天津市华水自来水建设有限公司负担105,873.50元，均于本判决生效之日起七日内交至本院。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于上海市第一中级人民法院。
审 判 长 倪军燕
人民陪审员 顾玲玲
人民陪审员 梅天红
二〇一七年二月十日
书 记 员 唐 蕾
附：相关法律条文
一、《中华人民共和国合同法》
第六十条当事人应当按照约定全面履行自己的义务。当事人应当遵循诚实信用原则,根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。
第二百六十九条建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。
建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同。
二、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》
第十四条当事人对建设工程实际竣工日期有争议的，按照以下情形分别处理：
（一）建设工程经竣工验收合格的，以竣工验收合格之日为竣工日；
（二）承包人已经提交竣工验收报告，发包人拖延验收的，以承包人提交验收报告之日为竣工日期；
（三）建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期。
三、《中华人民共和国建筑法》
第十五条建筑工程的发包单位与承包单位应当依法订立书面合同，明确双方的权利和义务。
发包单位和承包单位应当全面履行合同约定的义务。不按照合同约定履行义务的，依法承担违约责任。
四、《中华人民共和国民事诉讼法》
第二百五十三条被执行人未按判决、裁定和其他法律文书指定的期间履行给付金钱义务的，应当加倍支付迟延履行期间的债务利息。被执行人未按判决、裁定和其他法律文书指定的期间履行其他义务的，应当支付迟延履行金。