安徽省滁州市中级人民法院
民 事 判 决 书
(2014)滁民一初字第00123号
原告：浙江省东阳第三建筑工程有限公司，住所地浙江省东阳市。
法定代表人：楼正文，该公司董事长。
委托代理人：陈忠华，浙江圣文律师事务所律师。
委托代理人：王勤康，浙江圣文律师事务所律师。
被告：安徽浩然置业有限公司，住所地安徽省滁州市。
法定代表人：洪文振，该公司董事长。
委托代理人：邱程，安徽环滁律师事务所律师。
委托代理人：刘大云，安徽承义律师事务所律师。
原告浙江省东阳第三建筑工程有限公司（以下简称东阳三建）诉被告安徽浩然置业有限公司（以下简称浩然公司）建设工程合同纠纷一案，于2014年6月9日向本院起诉。本院受理后，依法组成合议庭审理本案，在审理过程中，东阳三建对综合费率中是否包含安全防护、文明施工措施费及具体金额，商品砼材料差是否应当计取综合费率及具体金额进行鉴定，本院依法委托安徽中信工程咨询有限责任公司（以下简称中信公司）进行鉴定，中信公司于2015年1月26日作出皖中信工鉴字（2015）006号鉴定报告，本院于2015年3月30日公开开庭审理了本案。原告东阳三建的委托代理人王勤康、被告浩然公司的委托代理人邱程、刘大云到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
东阳三建诉称：浩然公司开发的浩然国际花园B标建筑安装工程东阳三建于2010年5月4日中标，双方签订《建设工程施工合同》并办理了合同备案手续。合同约定：浩然国际B标工程由4栋18层商住楼、6栋别墅及1栋幼儿园组成（12#楼-22#楼），总建筑面积约67860.37平方米，合同工期为400天，实际开工日期以工程师签发的开工通知为准，合同价款暂定7900万元。该工程于2010年5月28日开工。工程施工过程中，因浩然公司未按合同约定及时确定施工材料及工程施工技术发生变更等原因导致施工期延长，又由于受极端天气、政府规定等非双方原因导致施工期延长，后双方在2011年9月27日签订了《施工补充协议》约定在2012年4月15日前，东阳三建将所承建的单体工程通过验收并交付使用。补充协议签订后，又因浩然公司原因导致涉案工程无法在2012年4月15日之前竣工。2012年5月底东阳三建施工的各单体已具备工程竣工验收条件。2012年6月11日浩然公司成立了分户验收领导小组，但并未能及时对涉案工程进行验收，直至2012年7月15日才进行验收，并经验收通过。2013年11月29日经浩然公司委托的造价机构审定工程结算价为120664558元，双方就工程结算审定的同时也明确了安全文明施工费、商品砼材料差价在工程结算审定中未计取，该两项列入双方争议部分。截止起诉时止，浩然公司已经支付东阳三建工程款104291209.82元，按照合同约定，工程竣工计算结果确认后15天内向承包人支付至结算工程总额的95%，即114631330元（120664558元×95%），浩然公司欠付工程款为10340120.18元。并应自结算结果确认后第15天起，浩然公司每日按应付工程款的万分之三计付东阳三建违约金。故浩然公司理应承担逾期支付工程结算款的违约金435039元。就施工中的安全文明施工费、商品砼材料差价的争议，东阳三建认为浩然公司理应支付安全防护、文明施工措施费1986877.71元，商品砼差价988694.66元并应承担逾期付款利息。根据合同约定，5%余款作为工程保修金，保修金的返还自工程竣工验收合格之日起，满一年后15天内返还工程结算总价的3%，满2年后15天内再返还结算总价的1.5%，剩余价款在满5年后15天内付清。本工程自2012年7月15日通过验收，满一年后15天内即2013年7月30日前应返还的保修金金额为3619936.74元（120664558元×3%）保修金，浩然公司仅返还160万元，故浩然公司还应返还2019936.74元保修金并承担逾期付款违约金。请求：1、判令浩然公司立即支付东阳三建工程款10340120.18元及承担自2013年12月14日起到本生效判决确定的履行期满之日止的逾期付款违约金(至2014年4月20日暂计435039元)。2、判令浩然公司支付给东阳三建安全防护、文明施工措施费1986877.71元和商品砼材料差价988694.66元及承担自东阳三建公司起诉之日起至本案生效判决确定的履行期满之日的逾期付款利息。3、判令浩然公司立即返还保修金2019936.74元及承担自2013年7月31日起至本案生效判决确定的履行期满之日止的逾期付款违约金(至2014年4月20日暂计235339元)。4、本案诉讼费用由浩然公司承担。在诉讼中，东阳三建申请鉴定，鉴定后东阳三建变更诉讼请求为：1、东阳三建已经收到浩然公司工程款(包括抵扣的水电费)合计108103668.09元(不包括保修金)。双方无争议的工程造价120664558元，按合同约定95%的支付比例，浩然公司应支付东阳三建工程款6527662.01元，并承担自2013年12月14日起到本案生效判决确定的履行期满之日止的逾期付款违约金。2、浩然公司应支付东阳三建安全文明施工措施费1747543.80元，商品砼材差价988694.66元，并承担自东阳三建公司起诉之日起至本案生效判决确定的履行期满之日的逾期付款利息。3、浩然公司应支付的保修金为工程总价的4.5%，金额为5429905.11元，保修金浩然公司已经支付了235万元，现还应支付金额为3079905.11元。一期质保金违约金(基数为2019936.74元)为自2013年7月31日起至本案生效判决确定的履行期满之日止。二期质保金违约金(基数为1059968.37元)自2014年7月31日起至本案生效判决确定的履行期满之日止的逾期付款违约金。
浩然公司答辩称：1、保修金的问题。东阳三建涉案工程实际施工人赵东文代表东阳公司向浩然公司出具一份承诺书，表明对于质量保修金的返还于本案审判终结时解决，即在本案处理期间不对保修金的返还进行主张。2、工程款问题。从浩然公司的支付凭证看，浩然公司已支付的工程款比东阳三建公司认可的款项还多2426700元。东阳三建的诉讼请求应当扣除2426700元。3、安全文明施工费包含在合同约定的综合费率内，不应重复计取。商品砼材差综合费率按2000年的取费标准，不应计取。涉案工程一直支付的都是工程进度款，一直未支付决算款，因为该工程到目前还没有进行决算，仅出具了一个审定单。同时，因为东阳三建延误工期超过一年，浩然公司扣了600万元的违约金。即便如此，浩然公司付款仍然超过80%工程进度款支付比例。请求驳回东阳三建的诉讼请求。
东阳三建为支持其诉讼请求所举证据及浩然公司的质证意见如下：
证据一、中标通知书，证明：浩然公司开发的浩然国际花园工程B标段工程由东阳三建中标承建，中标工期为400天，工程中标费率为土建别墅19%、高层15%、安装80%、装饰100%。
浩然公司质证认为：对该证据的真实性无异议，有争议的费率以鉴定报告为准。
证据二、建设工程施工合同，证明：1、双方就浩然国际花园B标段工程签订了施工合同，并向滁州市建设主管部门办理备案登记。2、双方在合同专用条款第六条第23款合同价款及调整中约定，本工程采用可调价格合同，采用《全国统一建筑工程基础定额2000年安徽省综合估计表》、《99年安徽省装饰工程综合估价表》、《全国统一安装工程预算定额2000年安徽省估价表》、2000年《安徽省建筑安装工程费用定额》及安徽省、滁州市现行造价管理相关文件、解释为本依据计算定额直接费。工程综合费率标准为土建高层部分按15%、别墅部分按19%、装饰按100%、安装按80%计取，该综合费率计算基础是以直接费为基础计算，其中建筑工程综合费率的直接费具体组成为人工费+机械费+材料费+流动施工津贴+材料价差。因此，证明根据双方所约定的上述计价定额和规范，合同约定的综合费率是不包括安全防护、文明施工措施费的，其次双方在合同中明确综合费率取费基础组成中是包括材料价差的，故作为建筑主要材料的商品砼价差应当按合同约定计取综合费率。3、双方在合同专用条款第26条对工程款支付方式和时间明确为工程竣工结算结果确认后15天内浩然公司支付至结算工程造价总额的95%，5%余款作为工程保修金，自工程竣工验收合格之日起满1年后15天内返3%，满两年后15天内再返还1.5%，剩余0.5%在满5年后15天内付清。4、双方在合同专用条款第33.1条明确浩然公司逾期支付工程结算款的，从结算结果确认后第15天起，每日按应付工程款的万分之三计算违约金。
浩然公司质证认为：对该证据的真实性无异议。1、涉及到有争议的内容以鉴定结论为准。2、保修金，双方已达成一致，不在本案的争议范围。3、涉及到违约金，双方已经确认的部分已经给付。争议的是商品砼价材差和文明施工措施费和延误工期的违约金。
证据三、施工许可证，证明：滁州市建设主管部门于2010年7月30日颁发了涉案工程的施工许可证，合同开工日期为2010年5月28日，计划竣工日期为2011年7月1日。
浩然公司质证认为：对该证据的真实性无异议。
证据四、开工报告。证明：本工程于2010年5月28日开工。
浩然公司质证认为：对该证据的真实性无异议。
证据五、施工补充协议，证明：2011年9月27日双方就工程竣工时间及工期违约责任重新调整变更为2012年4月15日和工期违约金总额30万元。
浩然公司质证认为：对该证据的真实性无异议，但对证明目的有异议，该补充协议仅是双方达成的奖惩协议，并未涉及到工期。
证据六、2011年10月22日工程联系单、2011年12月15日现场协调会会议纪要、2011年11月18日专题会会议纪要、2012年1月3日现场协调会会议纪要、第52次监理例会会议纪要、2012年2月8日建设单位工程联系单，证明：双方在2011年9月27日重新调整竣工时间后，因浩然公司对变更的施工材料及施工做法迟迟无法明确以及浩然公司分包的电梯、消防、室外工程施工延误导致工程总工期延误。
浩然公司质证认为：1、双方没有对竣工的工期进行调整。2、按照合同约定，如对方认为存在顺延工期的事由，应向浩然公司提出书面申请，但本案东阳三建从未向浩然公司提出任何顺延工期的申请。3、该证据与诉讼请求无直接关联性。
证据七、电梯移交单，证明：2012年5月30日浩然公司另行分包的电梯工程才施工完毕并移交给东阳三建公司，至此工程已具备验收条件，工程已于2012年5月底完工。
浩然公司质证认为：该证据只能证明电梯移交的情况，并不能证明东阳三建的工程已经完工，竣工时间应以竣工备案登记证载明的竣工时间为准。
证据八、关于成立分户验收领导小组的通知，证明：东阳三建施工已完成，工程具备了竣工验收条件，故浩然公司于2012年6月11日成立了分户验收小组。浩然公司迟延验收造成的工期延误责任在于浩然公司。
浩然公司质证认为：按照法律规定竣工验收与分户验收是两个概念，竣工验收是指设计、监理、施工等五个部门验收合格，而不是分户验收。
证据九、工程竣工验收报告，证明：浩然国际B标段工程，即：12-21号楼及22号(幼儿园)于2012年7月15日通过了竣工验收。
浩然公司质证认为：对该证据的真实性无异议。
证据十、工程结算审定单及结算编制说明，证明：工程经审计后，双方于2013年11月29日达成了工程结算审定单，审定工程总价为120664558元，该总价中暂未包括安全文明施工费及商品砼材料价差取费。
浩然公司质证认为：对该证据的真实性无异议。除了东阳三建所说的两项费用以外，还不包括浩然公司支付的水电费。
证据十一、建设部《建筑工程安全防护、文明施工措施费用及使用管理规定》、滁州市建设局《关于发布滁州市建筑工程安全法防护、文明施工措施费率标准的通知》，证明：1、建设部于2005年6月7日颁布了安全防护、文明施工措施费计算及管理规定，明确规定了安全防护、文明施工措施费，并规定该费用属于必须计取费用，建设单位应当向施工单位支付安全防护、文明施工费。因此，浩然公司应当向东阳三建公司支付安全防护、文明施工措施费，其次，建设部设定该费用的时间为2005年6月7日，而双方约定的合同价款计价依据均为安徽省99版、2000版定额和计价规范，故双方在合同中按照安徽省99版、2000版计价规范所约定的综合费率是不包括安全防护、文明施工措施费的。2、滁州市建设局于2006年根据建设部关于安全防护、文明施工措施费的规定，指定发布了滁州市安全防护、文明施工措施费费率标准的通知，再次明确安全防护、文明施工费属于必须计取的费用，且该费用作为不竞争费用，不得下浮，并规定了滁州市安全防护、文明施工措施费的具体费率标准。因此，双方在合同中按照安徽省99版、2000版计价规范所得出的综合费率是不可能包括安全防护、文明施工措施费的，因为滁州市直到2006年才规定了该费用的具体费率标准。
浩然公司质证认为：对该证据的真实性无异议，1、本案的定额已经包含措施费，不应当另行计取。2、2000的文件是部门的规定，且双方的合同约定与上述两文件的规定并不冲突。3、本案的争议已经进行鉴定，应以鉴定结论确定。
证据十二、浩然国际B标段建筑工程安全防护、文明施工措施费计算表，证明：经东阳三建公司测算，浩然国际B标段工程安全防护、文明施工措施费金额为1986877.71元，浩然公司应当将该费用支付给浩然公司。
浩然公司质证认为：对该证据的三性均不认可，对结算标准不清楚，对安全文明施工费应以鉴定结论为准。
证据十三、浩然国际B标段商品砼差价取费汇总表，证明：按照双方已确认的工程审计结算所明确的商品砼材料价差金额，东阳三建公司按照合同约定的取费标准，本工程商品砼材料价差综合费率金额为988694.66元，浩然公司应当将该费用支付给东阳三建公司。
浩然公司质证认为：1、东阳三建所称的商品砼价差是费率差价，而并非材料差价，材料差价已经在工程造价中进行过调整，东阳三建公司所主张的商品砼差价的费率没有依据。2、商品砼价差价的费率已经委托鉴定，应当按照鉴定结论的标准由法院裁定。
证据十四、浩然国际B标段工程付款清单及支付凭证，截止至起诉时，收到的工程款是104291209.82元，退还的保修金是160万元。起诉后双方对已付工程款进行对账，确认东阳三建在浩然国际B标段工程收到的工程款金额应当为110453668.09元［该金额已包括保修金235万元和水电款864602.57元；不包括双方有争议的2012年12月24日凭证117号的80000元(水电费违约金)、2013年8月31日凭证169号的2346700元(调整二期工程的安全建设基金)］。会所工程款4231008元，是双方另签合同的，与本案无关。
浩然公司质证认为：应当在东阳三建认可的110453668.09元的基础上再加上2426700元(即80000元+2346700元)，浩然公司已付款总金额为112880368.09元。
证据十五、经东阳三建申请本院委托中信公司做出的皖中信工鉴字（2015）006号鉴定报告及补充说明。鉴定结论：安全文明施工措施费需另计，金额为1587367.24元。商品砼材料差价不应当计取综合费率。
东阳三建质证认为：对安全文明措施费另计无异议，但金额应为1747543.8元。商品砼材料差价应当计取988694.66元。
浩然公司质证认为：对鉴定结论有异议，文明施工措施费在综合费率中已经包含，是重复计算的。
浩然公司为支持其抗辩所举证据及东阳三建质证意见如下：
证据一、浩然花园一期B标段《招标文件》一份，证明：浩然公司就案涉工程进行了招标，招标文件中规定本次招标实行《安徽省2000定额》进行招标，案涉的安全文明措施费全部包含进了定额的其他费用之中，无需另行支付。
东阳三建质证认为：对该证据的真实性没有异议，但对浩然公司的证明目的有异议。招投标文件本身并没有安全防护、文明施工措施费已包含在定额其他费用之中这样的表述或内容，仅是浩然公司的一种认为和推断。事实上安全防护、文明施工措施费是建设部在2005年6月颁布和明确的，安徽省建设厅在2005年8月向安徽省各市建设局转发了建设部的该规定，滁州市建设局是在2006年才发布了滁州市安全防护、文明施工措施费的具体费率标准。因此招投文件所适用的1999版、2000版安徽省计价定额和规范本身就是没有安全防护、文明施工措施费概念的，更不可能包括了该费用。
证据二、浩然花园一期B标段《建设工程施工合同》一份，证明：1、该合同第23.2条约定，案涉工程计价方式采用《全国统一建筑工程基础定额2000年安徽省综合估价表》为计价依据，与上述招标文件相对应。案涉的安全文明措施费在该定额估价表的说明部分第（八）项其他费用中予以了体现。双方工程造价依据该定额结算，安全文明措施费应当全部包含在工程造价之内，无需另行支付。
东阳三建质证认为：对该证据的真实性没有异议，但对浩然公司的证明目的有异议。安全防护、文明施工措施费并未在《全国统一建筑定额工程基础定额2000年安徽省综合估价表》其他费用中体现。目前双方结算审定造价中同样是不包括安全防护、文明施工措施费，对此审计机构在结算编制说明第五条第3点中已经明确了，应当由浩然公司另行支付给东阳三建。
证据三、《关于发布合肥地区建设工程安全防护、文明施工措施费的通知》（合建管[2006]15号），证明：该通知第4条“工程项目实行定额（估价表）计价的，工程安全防护、文明施工措施费率已含在结算系数内，承包人不得向发包人另行计取”，依据该规定本案案涉工程招标文件和建设工程合同均约定实行定额计价，文明施工措施费率已含在结算系数内，本案东阳三建不得再向浩然公司另行计取该费用。
东阳三建质证认为：对该证据的真实性没有异议，但对证据的关联性和证明目的有异议。该通知适用的对象和范围是合肥地区的建设工程，与滁州市无关。事实上滁州市建设局在2006年对本地区建设工程安全防护、文明施工措施已经发布了通知，并明确安全防护、文明施工措施费属于必须计算的费用，不得作为竞争费用下浮，并明确了具体的费率标准。故本案安全防护、文明施工措施费应当按照滁州市建设局所发布的通知执行。
证据四、《关于建筑工程施工现场使用商品混凝土工程计价的调整意见》（滁造价督[2008]039号），证明：该文件第（二）条“商品混凝土价差调整：[商品混凝土价]一[定额混凝土价]一[搅拌运输机械及人工费]。该部分价差只计取税费，然后进入总价。”根据该条规定，案涉商品混凝土调差只能计取税费，不得再计算15%的费率，所以东阳三建主张的商品混凝土调差无依据。
东阳三建质证认为：对该证据的真实性没有异议，但对证据关联性和证明目的有异议。该意见是滁州市工程造价站所发布的一个指导意见，并非法律法规，也不属于地方法规和规章，不具有强制性。滁州市工程造价站也明确“以上调整意见，适用于安徽省2000建筑定额，施工企业在报价时可以参照执行，也可自行报价。”因此，该调整意见只有在当事人双方选择参照适用的情况下，才对双方当事人发生约束力。双方并未将商品砼材料价差排除在材料价差范围外。因此，双方协商一致将工程上所使用的材料价差都作为综合费率的取费基础，那么作为施工主要材料的商品砼价差当然计算综合费率。
证据五、财务付款凭证、供电协议、情况说明及给东阳三建公司的答复，证明：截止到2014年6月24日，浩然公司支付东阳三建的工程款总金额为112880368.09元(包括80000元和2346700元)。
东阳三建质证认为：对该证据中被告制作的付款明细、财务付款凭证、供电协议、情况说明真实性有异议，但对东阳三建的答复真实性无异议，对浩然公司的证明目的有异议：1、浩然公司在记账凭证上所记载的8万元款项东阳三建没有收到过，东阳三建不清楚浩然公司与供电局之间交易情况，东阳三建也没有同意浩然公司将8万元水电违约金作为支付给东阳三建的工程款。因此，浩然公司自行记账后将该8万元水电违约金作为已支付工程款没有依据，与东阳三建无关。2、2346700元的款项是浩然公司支付的浩然国际二期工程建设安全基金，与本案诉争的浩然国际一期工程无关，不应作为一期工程款的已付工程款处理。东阳三建收到的工程款是110453668.09元(包括质保金235万元和水电款864602.57元)。其中已收工程款是108103668.09元，退还的质保金是235万元(2014年1月3日退还160万元；2014年6月24日退还75万元)。
根据当事人的举证、质证及陈述，本院认证如下：
（一）对于东阳三建所举证据一、二、三、四、五、九、十、十一因浩然公司对上述证据的真实性无异议，且与本案具有关联性，故本院对以上证据的真实性予以确认。对证据六、七、八因与东阳三建本案诉讼请求无关，且浩然公司对东阳三建工期违约已另行提起诉讼，故本院对以上证据不予确认。对于证据十二、十三系东阳三建单方制作，浩然公司不予认可，且东阳三建已申请的鉴定，故对该证据的证明力不予确认。对证据十四，因东阳三建认可浩然公司在浩然国际B标段工程已支付工程款金额为110453668.09元［该金额已包括质保金235万元和水电款864602.57元；不包括双方有争议的2012年12月24日凭证117号的80000元(水电费违约金)、2013年8月31日凭证169号的2346700元(调整二期工程的安全建设基金)］和会所工程款4231008元（双方另签合同的，与本案无关），浩然公司对无争议部分也予以认可，故对浩然公司在浩然国际B标段工程已支付工程款金额为110453668.09元的事实予以确认。对证据十五，因该证据系东阳三建申请，法院依职权委托进行的鉴定，对该鉴定结论因双方均未举出相反的证据予以推翻，故本院对该鉴定结论予以确认。
（二）对浩然公司举证的证据一、二、四，因东阳三建对该证据的真实性无异议，且与本案具有关联性，故本院对该证据的真实性予以确认。对证据三，因与本案无关，故本院不予确认。对证据五因东阳三建对浩然公司在浩然国际B标段工程已支付工程款金额为110453668.09元予以认可，故本院对该部分已付工程款予以确认。但浩然公司主张已付工程款还应增加80000元和2346700元。因8万元水电违约金系浩然公司单方自行记账，并未经东阳三建同意确认，故对该8万元浩然公司主张作为已付工程款，本院不予确认。对2346700元问题，因该款系浩然国际二期工程建设安全基金，与本案无关，故本院不予确认。
根据双方当事人的陈述、举证、质证以及本院认证，本院查明本案事实如下：
2010年5月4日，东阳三建中标浩然公司开发的浩然国际花园B标建筑安装工程，双方签订《建设工程施工合同》一份，合同约定：浩然国际B标工程由4栋18层商住楼、6栋别墅及1栋幼儿园组成【12#楼-21#、22#楼（幼儿园）】，总建筑面积约67860.37平方米，合同工期为400天，实际开工日期以工程师签发的开工通知为准，合同价款暂定79000000元。本工程采用可调价格合同：1、采用《全国统一建筑工程基础定额2000年安徽省综合估计表》、《99年安徽省装饰工程综合估价表》、《全国统一安装工程预算定额2000年安徽省估价表》、2000年《安徽省建筑安装工程费用定额》及安徽省、滁州市现行造价管理相关文件、解释为依据计算定额直接费。2、本工程综合费率（扣除税金以外的所有费率），土建高层部分按15%、别墅部分按19%计取、装饰均按100%计取、安装均按80%计取，其中综合费率计算基础分别作如下表述：（1）建筑工程综合费率的计算基础是以直接费为（100）为基础，直接费=人工费+机械费+材料费+流动施工津贴+材料价差。工程款（进度款）支付：工程竣工结算结果确认后15天内向承包人支付至结算工程造价总额的95%。5%余款作为工程保修金，保修金的返还自工程竣工验收合格之日起，满1年后15天内返还工程结算总价的3%，满2年后15天内再返还结算总价的1.5%，剩余价款在满5年后内15天内付清。施工阶段的水电费由发包人先行垫付，在发包人向承包人支付的各期工程款中按实际金额扣除。发包人不按合同约定支付工程款结算款的，从结算结果确认后第15天起，发包人每日按应付工程款的万分之三计付承包人违约金。涉案工程于2010年5月8日进行开工，在施工过程中，双方于2011年9月27日签订《浩然国际花园第一期建筑安装工程施工补充协议》约定，东阳三建公司在2012年4月15日之前，将所有承建的单体工程通过竣工验收并交付使用，浩然公司一次性奖励东阳三建公司50万元，否则罚款30万元。涉案工程12#-22#楼于2012年7月15日通过了竣工验收。双方于2013年11月29日审定工程总价为120664558元（未扣除水电费、安全文明施工费是否计取及商品砼材差是否取费有分歧、审定金额中未包括）。经东阳三建申请，本院依法委托中信公司对安全文明施工费及商品砼材料价差取费进行了鉴定，中信公司于2015年1月26日作出皖中信工鉴字（2015）006号鉴定报告及补充说明，鉴定结论为：安全防护、文明施工费用需另计，金额为1587367.24元；商品砼材料差价不应当计取综合取费。截止2014年6月24日浩然公司共计支付东阳三建涉案工程工程款为：110453668.09元【1、工程款107239065.52元（其中浩然公司于2013年12月14日之后支付东阳三建公司工程款具体时间及金额为：2014年1月7日付705000元，2014年1月27日付3246043元、2014年5月19日付471543.21元、2014年5月30日付24952.49元，合计4447538.7元）；2、水电款864602.57元；3、保修金235万（2014年1月3日退还160万元，2014年6月24日退还75万元）】。
另查明，东阳三建在诉讼中支付鉴定费6万元。浩然公司主张东阳三建逾期竣工工期违约纠纷已另行提起诉讼。
本院认为：根据当事人诉辩意见，本案争议焦点为：1、涉案工程尚欠工程款具体数额以及东阳三建主张浩然公司应承担逾期付款违约金的请求能否成立。2、东阳三建主张安全防护、文明施工措施费及商品砼材料差的请求能否成立。3、东阳三建主张返还保修金及支付逾期付款违约金的请求能否成立。
浩然公司与东阳三建签订的《建设工程施工合同》及《补充协议》系双方当事人的真实意思表示，不违反法律、法规规定，应合法有效，双方之间形成建设工程施工合同关系，双方当事人均应按合同的约定履行各自义务。
（一）关于涉案工程尚欠工程款具体数额以及东阳三建主张浩然公司应承担逾期付款违约金的请求能否成立问题
浩然公司与东阳三建于2013年11月29日审定涉案工程总价为120664558元，对该部分审定工程价款双方无异议，本院予以确认。东阳三建按审定的工程造价120664558元为基数，主张浩然公司应按合同约定支付95%工程款应予以支持。截止2014年6月24日浩然公司已支付东阳三建公司涉案工程工程款为：110453668.09元扣除其中保修金235万元，工程竣工结算结果确定后浩然公司支付工程款数额为：108103668.09元（110453668.09元-保修金235万元），浩然公司应支付至95%工程款部分尚欠工程款为6527662.01元【120664558元×95%-108103668.09元】,对东阳三建主张浩然公司应支付6527662.01元工程款主张，本院予以支持。浩然公司抗辩认为东阳三建逾期竣工应承担违约责任，已扣了东阳三建600万元违约金，因双方对工期违约争议较大，且浩然公司已另案诉讼，故在本案中对浩然公司的抗辩不予支持。
关于东阳三建主张浩然公司逾期付款支付违约金问题。涉案工程于2012年7月15日竣工验收，但根据合同约定，工程竣工结算结果确认后15天内浩然公司支付至结算工程造价总额的95%，因浩然公司与东阳三建审定涉案工程总价为120664558元的时间为2013年11月29日。根据合同约定，浩然公司不按合同约定支付工程款结算款的，从结算结果确认后第15天起，每日按应付工程款的万分之三计付承包人违约金。因此，浩然公司应自2013年12月14日每日按应付工程款的万分之三计付承包人违约金。浩然公司所支付的工程款108103668.09元（其中浩然公司于2013年12月14日之后支付东阳三建工程款具体时间及金额为：2014年1月7日付705000元，2014年1月27日付3246043元、2014年5月19日付471543.21元、2014年5月30日付24952.49元，合计4447538.7元）计算逾期违约金应分段计算。即浩然公司应自2013年12月14日至2014年1月7日以10975200.71元为基数，自2014年1月8日至2014年1月27日以10270200.71基数，自2014年1月28日至2014年5月19日以7024157.71为基数，自2014年5月20日至2014年5月30日以6552614.5为基数，自2014年5月31日起，至本生效判决确定的履行期满之日止，以6527662.01元为基数，分别按照日万分之三计付违约金支付给东阳三建。故对东阳三建主张浩然公司逾期付款应支付违约金请求，本院予以支持。
（二）关于东阳三建主张安全防护、文明施工措施费及商品砼材料差的请求能否成立问题
对安全防护、文明施工费是否应计取及商品砼材差是否应当计取综合取费，双方分歧较大，东阳三建申请鉴定，经本院委托中信公司对安全防护、文明施工费是否计取及其数额以及商品砼材料价差是否计取综合取费进行了鉴定，中信公司于2015年1月26日作出皖中信工鉴字（2015）006号鉴定报告及补充说明，鉴定结论为：安全防护、文明施工费用需另计，金额为1587367.24元；商品砼材料差价不应当计取综合取费。对该鉴定结论，因双方并未举证相反证据足以推翻，故本院予以确认。对东阳三建主张安全防护、文明施工费超出部分因缺乏事实依据，本院不予支持。因安全防护、文明施工措施费系工程价款一部分，根据合同约定，5%余款作为工程保修金，保修金的返还自工程竣工验收合格之日起，满1年后15天内返还工程结算总价的3%，满2年后15天内再返还结算总价的1.5%，剩余价款在满5年后内15天内付清。涉案工程于2012年7月15日竣工验收，对未到期的保修金部分按比例予以扣除，即截止东阳三建2014年6月9日起诉时，浩然公司应支付安全防护、文明施工费数额为：1555619.9元【1587367.24元×（95%+3%）】，2014年7月30日，浩然公司应支付安全防护、文明施工费数额为：1579430.4元【1587367.24元×（95%+3%+1.5%）】，东阳三建主张该部分逾期付款利息，应分段计算，本院予以支持。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条规定，当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。因本案双方对逾期付款利息标准未约定，故本院按中国人民银行同期同类贷款利率标准计算利息。关于商品砼材料差价是否应当计取综合取费问题。经鉴定，鉴定机构结论明确，商品砼材料差价不应当计取综合取费。故对东阳三建主张商品砼材差价988694.66元的请求本院不予支持。对浩然公司抗辩安全防护、文明施工费已包含在合同约定的综合费率内，不应重复计取。因该抗辩与鉴定结论不符，本院不予支持。
（三）关于东阳三建主张返还保修金及支付逾期付款违约金的请求能否成立问题
根据双方合同约定，工程竣工结算结果确认后15天内浩然公司支付至结算工程造价总额的95%，5%余款作为工程保修金，自工程竣工验收合格之日起满1年后15天内返还工程结算总价的3%，满2年后15天内再返还结算总价1.5%。因涉案工程于2012年7月15日竣工验收合格，浩然公司应自验收合格之日起1年后15天内，即2013年7月30日前返还3%即3619936.74元（120664558元×3%），于2014年7月30日前返还1.5%，即1809968.37元（120664558元×1.5%）。但浩然公司仅在2014年1月3日退还160万元保修金，2014年6月24日退还75万元保修金，浩然公司尚未退还保修金数额为：3079905.11元（120664558元×3%+120664558元×1.5%-160万元-75万元）。故对东阳三建主张浩然公司应支付金额为3079905.11元保修金的请求，本院予以支持。浩然公司抗辩称涉案工程实际施工人赵东文承诺期保修金问题在本案不予处理，因本案东阳三建在此之前已提起诉讼并主张返还保修金，赵东文在诉讼中的承诺并未经东阳三建追认，东阳三建也不予认可其效力，且该承诺也并未要求东阳三建撤回该项请求，东阳三建也未向本院申请撤回该项请求，故对浩然公司的该抗辩本院不予支持。因双方合同对保修金逾期付款违约金标准未明确约定。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条规定，当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。因本案双方对保修金逾期付款利息标准未约定，故本院按中国人民银行同期同类贷款利率标准计算利息。因浩然公司已支付部分保修金，利息应分段计算，即浩然公司应自2013年7月31日起至2014年1月3日止以3619936.74为基数，自2014年1月4日起至2014年6月24日止以2019936.74元（3619936.74元-160万元）为基数，自2014年6月25日起至2014年7月30日止以1269936.74元（2019936.74元-75万元）为基数，自2014年7月31日起至本判决确定履行期届满之日止以3079905.11元【1269936.74元+120664558元×1.5%】为基数，分别按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率标准计算逾期付款利息。故对东阳三建主张的保修金逾期付款违约金合理部分予以支持，超出部分因缺乏事实依据，本院不予支持。
综上，东阳三建主张浩然公司支付尚欠工程款及违约金、返还保修金的请求，有事实依据，且符合双方合同的约定，本院予以支持。对东阳三建主张浩然公司保修金逾期付款违约金以及安全防护、文明施工措施费中的合理部分，本院予以支持，超出部分因缺乏事实依据，本院不予支持。对东阳三建公司主张商品砼材料差的请求，因无事实和法律依据，本院不予支持。根据《中华人民共和国合同法》第八条、第六十条第一款、第一百零九条、第一百一十四条第一款、第二百六十九条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同解释纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款，《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条之规定，判决如下：
一、被告安徽浩然置业有限公司于本判决生效之日起十日内向原告浙江省东阳第三建筑工程有限公司支付尚欠工程款6527662.01元及违约金（自2013年12月14日起至2014年1月7日止以10975200.71元为基数，自2014年1月8日起至2014年1月27日止以10270200.71基数，自2014年1月28日起至2014年5月19日止以7024157.71为基数，自2014年5月20日起至2014年5月30日止以6552614.5为基数，自2014年5月31日起至本判决确定的履行期满之日止，以6527662.01元为基数，分别按照此基数的日万分之三标准计算）。
二、被告安徽浩然置业有限公司于本判决生效之日起十日内向原告浙江省东阳第三建筑工程有限公司支付安全防护、文明施工措施费1579430.4元及逾期付款利息（自2014年6月9日起至2014年7月30日止，以1555619.9元【1587367.24元×（95%+3%）】为基数，自2014年7月31日起至本判决确定的履行期满之日止，以1579430.4元【1587367.24元×（95%+3%+1.5%）】为基数，分别按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率标准计算）。
三、被告安徽浩然置业有限公司于本判决生效之日起十日内向原告浙江省东阳第三建筑工程有限公司支付保修金3079905.11元及逾期付款利息【自2013年7月31日起至2014年1月3日止以3619936.74为基数，自2014年1月4日起至2014年6月24日止以2019936.74元（3619936.74元-160万元）为基数，自2014年6月25日起至2014年7月30日止以1269936.74元（2019936.74元-75万元）为基数，自2014年7月31日起至本判决确定履行期届满之日止以3079905.11元（1269936.74元+120664558元×1.5%）为基数，分别按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率标准计算】。
四、驳回原告浙江省东阳第三建筑工程有限公司其他的诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付延迟履行期间的债务利息。
案件受理费117836元，由原告浙江省东阳第三建筑工程有限公司负担12137元，被告安徽浩然置业有限公司负担105699元。鉴定费6万元，由原告浙江省东阳第三建筑工程有限公司负担3万元，被告安徽浩然置业有限公司负担3万元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于安徽省高级人民法院。
审 判 长 杨 达
代理审判员 付广永
人民陪审员 陈兆泉
二〇一五年六月二十三日
书 记 员 姚 远
附：本案适用的主要法律条文
《中华人民共和国合同法》
第八条依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。
依法成立的合同，受法律保护。
第六十条当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
第一百零九条当事人一方未支付价款或者报酬的，对方可以要求其支付价款或者报酬。
第一百一十四条当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
第二百六十九条建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同解释纠纷案件适用法律问题的解释》
第十七条当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。
《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款、当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。
《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条，当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实有责任提供证据加以证明。
没有证据或者证据不足以证明当事人的事实主张的，由负有举证责任的当事人承担不利后果。