重庆市第四中级人民法院
民 事 判 决 书
(2016)渝04民终1162号
上诉人（原审原告）：重庆市坤扬农业发展有限责任公司，住所地重庆市武隆县。
法定代表人：张书龙，该公司总经理。
委托诉讼代理人：刘山，男，汉族，1968年5月30日出生，系重庆市坤扬农业发展有限责任公司职工，住重庆市武隆县。
委托诉讼代理人：刘远均，重庆剑直律师事务所律师。
上诉人（原审被告）：重庆市良元工程机械有限责任公司，住所地重庆市涪陵区。
法定代表人:徐廷兵，该��司董事长。
委托诉讼代理人：徐廷贵，男，汉族，1973年5月15日出生，系重庆市良元工程机械有限责任公司总经理，住重庆市渝北区。
委托诉讼代理人：冉武，重庆渝东律师事务所律师。
原告被告：重庆彭水县三江口水利综合开发有限责任公司，住所地重庆市彭水苗族土家族自治县。
法定代表人：徐中伟，该公司执行董事。
委托诉讼代理人：王道永，男，汉族，1964年6月18日出生，系重庆彭水县三江口水利综合开发有限责任公司副总，住彭水县。
上诉人重庆市坤扬农业发展有限责任公司（以下简称坤扬公司）因与上诉人重庆市良元工程机械有限责任公司（以下简称良元公司）、原审被告重庆彭水县三江口水利综合开发有限责任公司（以下简称三江口公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服彭水苗族土家族���治县人民法院（2015）彭法民初字第04054号民事判决，向本院提起上诉。本院于2016年8月4日立案后，依法组成合议庭进行审理。上诉人坤扬公司的委托诉讼代理人刘山、刘远均，上诉人良元公司的委托诉讼代理人徐廷贵、冉武，原审被告三江口公司的委托诉讼代理人王道永到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
坤扬公司上诉请求：撤销原判，改判良元公司支付坤扬公司税费773260.71元、奖金200000元、工程款264422.41元（不服一审判决金额264422.41元）。主要事实和理由：1.一审判决以坤扬公司举示的终期结算书系复印件，良元公司不予认可为由，不予采信是错误的，《付款协议》足以证明双方是结算了的，在良元公司无反证的情况下，人民法院应当予以采信。2.一审判决以坤扬公司举示的良元公司出具给中国葛洲坝集团第五工程公司的付款委托书、工作联系函、��支单不足以证明良元公司尚欠坤扬公司工程款264422.41元，适用证据规则错误；如良元公司不认可，一审法院应当责令良元公司举示证据证明委托支付的款项不是诉争款项。
良元公司辩称，坤扬公司与良元公司是以借支的形式支付工程款，之间至今没有进行结算；付款协议不能证明进行了结算，付款协议本身存在诸多问题，该付款协议无效；故，坤扬公司的上诉理由不能成立。
良元公司上诉请求：撤销原判，改判驳回坤扬公司的全部诉讼请求，并由坤扬公司承担一、二审诉讼费用。主要事实和理由：1.坤扬公司不具备水工大坝工程专业承包资质，因此良元公司和坤扬公司签订的《彭水县三江口水利枢纽工程I标段大坝工程施工劳务分包合同》无效。2.坤扬公司施工班组负责人与良元公司三江口项目部常务副经理张明强于2015年10月达成的《付款协议》无效，良元公司不应返还坤杨公司税款773260.71元。一是因《彭水县三江口水利枢纽工程I标段大坝工程施工劳务分包合同》无效，《付款协议》就没有事实基础，自然无效；二是张明强明知《彭水县三江口水利枢纽工程I标段大坝工程施工劳务分包合同》约定了税款缴纳标准以及奖励条件和期限，在坤扬公司不具备奖励条件和期限的情况下，与刘山私自达成协议返还税款协议违反约定；三是谈判付款当天，良元公司总经理徐廷贵在场，却未在协议上签字；四是良元公司得知该协议后，于2015年11月26日以《告知函》的形式致函坤扬公司不再返还税金，实际上是对《付款协议》行使解除权。3.奖金20万元不应支付。该笔奖金是三江口公司奖励给良元公司的，该笔款在无总经理徐廷贵审批，也无项目部集体讨论形成会议纪要，将该笔奖金罗列在刘山班组明显错误。
坤扬公司辩称，坤扬公司主张税金和奖金是根据合同约定，且已结算清楚，良元公司应依法支付。
三江口公司述称，1.希望维持原判，本公司没有参加付款协议的谈判，但是签署了明确的意见；2.对他们之间的债权债务不清楚，对此不发表意见。
坤扬公司向一审法院起诉请求：1.良元公司立即给付工程款464422.42元（其中包含奖金200000元）及应返税款773260.71元，共计1237683.13元；2.三江口公司对应返税款773260.71元承担连带支付责任。
一审法院认定事实：2012年，三江口公司将重庆彭水县三江口枢纽工程发包给中国葛洲坝集团第五工程有限公司，中国葛洲坝集团第五工程有限公司将该部分工程分包给良元公司。良元公司下设三江口Ⅰ标段项目部，良元公司又将其中的Ⅰ标段大坝工程施工劳务分包予坤扬公司，良元公司作为甲方与坤扬公司作为乙方签订了编号为SJK-
Ⅰ标-2012-002的《彭水县三江口水利枢纽工程Ⅰ标段大坝工程施工劳务分包合同》，并对工程概况、承包方式、工程量、价格、工程技术、质量标准、权利义务、结算与支付等方面进行了约定。其中，该合同第1.2约定“工程地点：彭水县三江口水利枢纽工程Ⅰ标段大坝”；第1.4约定“工程内容：大坝、溢流表孔、消能防冲工程、灌溉取水口工程的砼浇筑、钢筋治安、相较止水、止水铜片、冷却水管安装等工程”；第10.4.10条约定“应由乙方承担营业税3.3%以及其他一切税（个人所得税2%）。由甲方财务部在工程款中扣除，代交税务部门，此项金额作为奖励，如果乙方正常履约，友好完成工程，没有出现怠工、闹事等其他影响工地正常生产的行为，甲方在工程全部完工后返还此项金额，否则，甲方将按照合同规定从乙方工程款中扣除甲方代缴税金，���再返还。”
尔后，良元公司退出施工，坤扬公司亦撤离场地。良元公司三江口Ⅰ标段项目部与坤扬公司于2015年10月12日签订了付款协议，该协议约定“重庆市坤扬农业发展有限责任公司（刘山队）是三江口水利枢纽工程Ⅰ标段大坝浇筑施工队伍，该队伍在重庆市良元工程机械有限责任公司三江口Ⅰ标段项目部大坝浇筑合同工作已经完成，现累计应返还的暂扣款2549281.54（大写人民币贰佰伍拾肆万玖仟贰佰捌拾壹元伍角肆分）（其中质保金729491.24元，安全保证金269686.66元，民工工资保证金332613.53元，环境与职业健康风险保证金444229.40元，税费773260.71元），重庆市坤扬农业发展有限责任公司（刘山队）与重庆市良元工程机械有限责任公司三江口Ⅰ标段项目部达成如下付款协议：1.应返还的安全保证金、民工工资保证金、环境与职业健康风险保证金及税费合计1819790.30元（大写人民币壹佰捌拾壹万玖仟柒佰玖拾元零叁角整），在业主变更索赔款或分项工程验收合格业主返还了质保金后对该款进行全额支付，并于2016年1月31日前完成支付，供应水泥款176861.10元（大写人民币壹拾柒万陆仟捌佰陆拾壹元壹角整）在2016年1月31日前完成支付。2.质保金729491.24元（大写人民币柒拾贰万玖仟肆佰玖拾壹元贰角肆分）在工程完工竣工验收合格业主返还了进行全额支付。3.此协议如不能按时支付，由担保人重庆市彭水县三江口水利综合开发有限责任公司直接支付。欠款人：重庆市良元工程机械有限责任公司三江口Ⅰ标段项目部担保人：重庆市彭水县三江口水利综合开发有限责任公司”。欠款人处加盖有良元公司三江口Ⅰ标段项目部的印章，良元公司三江口Ⅰ标段项目部常务副经理张明强签署“经领导协商，同意按此协议执行”的意见。三江口���司副总经理，也即本案该公司的委托代理人王道永在付款协议尾部空白处签署“三江口公司将以9月24日协议为基础，按照此付款协议配合良元公司落实刘山班组付款事宜。如到支付日良元公司在三江口公司无可支付或不足以支付上列款时，由良元公司负责直接支付给刘山。2015.10.12”的意见，并在该备注内容上加盖三江口公司的印章。
良元公司辩称坤扬公司不具备专业承包资质，其与坤扬公司签订的劳务分包合同系属无效合同，故付款协议缺乏耐以存在的基础；张明强只是作为良元公司三江口Ⅰ标段项目部的常务副经理，权利仅限于项目部的日常工作安排，无权对外签订合同，在明知《彭水县三江口水利枢纽工程Ⅰ标段大坝工程施工劳务分包合同》对税费的约定，未经公司领导协商同意并取得授权的情况下，与坤扬公司的刘山恶意串通，擅自达成了前后��盾的付款协议，违背了主合同的约定，损害了公司利益，故该付款协议无效。良元公司在得知付款协议内容后，以函件方式明确告知坤扬公司不予返还税金，其实质是行使解除权，故不应当承担支付责任。良元公司举示了罚款通知单、工程质量缺陷图片、整改通知、监理通知、工作联系单、微信记录，拟证明坤扬公司承建的大坝浇筑工程存在严重的质量问题及安全隐患，且拒不配合整改，不符合劳务分包合同中将税金作为奖励的条件，故不应当返还税款773260.71元。三江口公司辩称其并未对良元公司欠付坤扬公司的款项承担连带担保责任，其在付款协议上盖章仅仅表明三江口公司在良元公司承建的工程竣工验收合格后，若良元公司应当退还坤扬公司付款协议中约定的款项，三江口公司将其应当返还给良元公司的质量保证金代替良元公司支付予坤扬公司，届时如该质量保证金不足以清偿对坤扬公司的债务时，剩余款项仍由良元公司继续支付，三江口公司的义务仅限于配合良元公司落实付款义务，而非承担连带清偿责任。坤扬公司主张良元公司三江口Ⅰ标段项目部在付款协议的欠款人处盖章应视为良元公司的认可，付款协议系双方的真实意思表示，符合法律规定，良元公司以明确告知坤扬公司不予退还付款协议中约定的税费773260.71元，故坤扬公司有权提前起诉。坤扬公司认可三江口公司系以退还给良元公司的质量保证金代替被告良元公司向坤扬公司支付付款协议中约定的款项，若该质量保证金不足以清偿时，则由良元公司另行支付，但主张三江口公司在付款协议上盖章的效力及于付款协议的主文，三江口公司应当对税费773260.71元承担连带清偿责任。
庭审中，坤扬公司举示了2013年2月（第2期）结算审核表一份，该审核表��良元公司项目部的廖维、李清山、高喜平、向泰山、图春祥、骆支行、杨力、张勇、薛文峰的签字认可，拟证明良元公司曾承诺嘉奖坤扬公司200000元；举示了2015年10月19日的借支单一份以及2015年10月24日的付款委托书一份，拟证明在签订付款协议后，良元公司以借支的形式确认了尚欠坤扬公司工程款464422.41元（其中包含奖金200000元和尚欠的工程款264422.41元），并欲委托中国葛洲坝集团第五工程有限公司支付该笔款项。2015年11月26日，良元公司撤销对中国葛洲坝集团第五工程有限公司的付款委托，而此笔关于464422.42元的工程款尚未实际支付，故良元公司还应当承担继续支付的责任。良元公司辩称2013年2月（第2期）结算审核表中罗列的奖金200000元系计算错误，没有实际支付，该笔款项无公司总经理签字审批，无项目部各部门集体讨论形成会议纪要，也未上报公司申请支付，不符合公司审核流程，并以告知函的形式明确告知不予认可，故不应当支付；而借支单及付款委托并不能表明良元公司还欠坤扬公司工程款，故应当驳回坤扬公司的诉讼请求。
另查明：坤扬公司的经营范围限于农副产品收购、销售；货物仓储（不含化学危险品）、货物装卸服务；工艺品销售；钢筋作业劳务分包壹级、木工作业劳务分包壹级、砌筑作业劳务分包壹级、抹灰作业劳务分包资质、混凝土作业劳务分包资质、模板作业劳务分包壹级、焊接作业劳务分包壹级（按资质证书许可事项从事经营）。三江口公司尚未退还良元公司工程质量保证金。
一审法院认为：本案是一起建设工程施工合同纠纷，本案的争议焦点在于：一、《彭水县三江口水利枢纽工程Ⅰ标段大坝工程施工劳务分包合同》及《付款协议》是否有效；二、坤扬公司是否有权对付款协议中约定的税费773260.71元提起诉讼；三、良元公司是否应支付坤扬公司税费773260.71元、奖金200000元及工程款264422.41元；四、三江口公司是否应当对税费773260.71元承担连带清偿责任。
（一）关于《彭水县三江口水利枢纽工程Ⅰ标段大坝工程施工劳务分包合同》及《付款协议》是否有效的问题。首先，坤扬公司的资质等级包括钢筋作业劳务分包壹级、木工作业劳务分包壹级、砌筑作业劳务分包壹级、抹灰作业劳务分包资质、混凝土作业劳务分包资质、模板作业劳务分包壹级、焊接作业劳务分包壹级，坤扬公司在涉案工程的具体施工内容为“大坝、溢流表孔、消能防冲工程、灌溉取水口工程的砼浇筑、钢筋治安、相较止水、止水铜片、冷却水管安装等工程劳务”，坤扬公司具有相应的施工资质，故对良元公司关于坤扬公司不具备专业承包资质的辩称不予支��。而《彭水县三江口水利枢纽工程Ⅰ标段大坝工程施工劳务分包合同》系双方的真实意思表示，符合法律规定，合法有效，予以确认。其次，良元公司下设的三江口Ⅰ标段项目部，系在建筑施工企业法定代表人授权、支持下，由项目经理组建并领导的项目管理组织，是项目经理人格在履行管理建设工程项目职责过程中的延伸，其行为应视为项目经理的行为。而项目经理是建筑施工企业法定代表人的委托代理人，故项目部在授权范围内或合同相对方有理由相信其有代理权时所从事的民事行为所产生的民事责任，应当由建筑施工企业承担。《付款协议》是良元公司三江口Ⅰ标段项目部与坤扬公司经结算而成，未违反法律规定，良元公司也未举示相关证据证明该协议系坤扬公司与与张明强恶意串通所形成，因此该协议具有法律效力。虽然良元公司辩称该协议未经公司内部领导审核审批，且违反了《彭水县三江口水利枢纽工程Ⅰ标段大坝工程施工劳务分包合同》对税费的约定，公司内部章程及规范性文件只能约束公司企业内部职员，其职员超越职权范围对外签署意见并加盖公司印章，除非相对方明知其无权处分的情况下，加盖公司项目部印章的行为对外产生信赖利益。此外，本案中，虽然主合同明确约定了税费的缴纳方式，但并不能制约合同双方当事人事后对该税费的缴纳进行变更，该付款协议即可视为系双方对税费及保证金支付方式进行变更的合意，符合法律规定，合同双方当事人的权益应当受到法律保护，故对良元公司辩称《付款协议》无效不予支持。
（二）关于坤扬公司是否有权对付款协议中约定的税费773260.71元提起诉讼的问题。《付款协议》约定税费及保证金在“业主变更索赔款或分项工程验收合格业主返还了��保金后对该款进行全额支付，并于2016年1月31日前完成支付”，良元公司于2015年11月26日明确以告知函的方告知坤扬公司不再支付税费773260.71元，根据《中华人民共和国合同法》第一百零八条的规定：“当事人一方明确表示或者以自己的行为表明不履行合同义务的，对方可以在履行期限届满之前要求其承担违约责任。”故坤扬公司于2015年12月2日起诉要求支付税费符合法律规定，依法予以支持。
（三）关于良元公司应否向坤扬公司支付税773260.71元、奖金200000元及工程款264422.41元的问题。首先，关于税费问题，前述已阐明《付款协议》合法有效，对双方均有约束力。虽然良元公司辩称其向坤扬公司送达的告知函的行为实质系履行解除权，而根据《中华人民共和国合同法》第九十三条、第九十四条规定，合同解除权是在双方协商一致或者合同守约方在不可抗力或对方违约致使合同无法根本履行的情况下，由法律赋予，且不能由单方任意行使的权利。良元公司在付款协议下系履行义务的主体，其明确告知不予支付税费的行为，只是单方面违约，不能算作是行使解除权。故良元公司应当支付税费773260.71元。其次，关于奖金问题。2013年3月5日，坤扬公司与良元公司在进行第二期工程结算时，良元公司三江口Ⅰ标段项目部承诺奖励坤扬公司200000元奖金，且该笔款项尚未实际支付，虽然良元公司辩称该笔奖金系财务计算错误，是否应予支付尚未得到公司总经理签字审批，不符合公司审批流程，并以告知函的形式明确告知不予认可，故不应当支付。双方在结算时明确罗列了奖励金额为200000元，项目部廖维、李清山、高喜平、向泰山、图春祥、骆支行、杨力、张勇及项目经理薛文峰均签字确认，该奖励对负有支付义务的一方产生法律约���力。公司的内部审批程序不能对抗其分项负责人对外产生的效力，良元公司应本着诚实信用的原则，按期履行对外的承诺，以维护建设施工行业的经济秩序。故良元公司应承担继续履行支付奖金200000元的义务。第三，关于工程款的问题。坤扬公司主张良元公司尚欠工程款264422.41元，且良元公司曾以委托书的形式委托中国葛洲坝集团第五工程有限公司支付该笔款项，后来良元公司虽然撤销该委托，但该笔工程款始终未实际支付，故良元公司还应当承担继续支付的责任。工程款系双方对工程量进行结算，并最终确认的价款，应以合同双方签字确认的工程量结算清单作为工程结算价款的依据。而坤扬公司举示的终期结算审核表系复印件，良元公司对此不予认可，对该结算表不予采信。坤扬公司举示的付款委托书、工作联系函、借支单不足以证明良元公司尚欠其工程款，��无法确认良元公司委托中国葛洲坝集团第五工程有限公司支付的款项就是其欠付坤扬公司的工程款。故对坤扬公司关于支付工程款264422.41元的诉讼请求予以驳回。
（四）关于三江口公司是否应当对税费773260.71元承担连带清偿责任的问题。庭审中，坤扬公司认可三江口公司系以退还给良元公司的质量保证金代替良元公司向坤扬公司付款，并认可若该质量保证金不足以清偿时，则由良元公司另行支付的事实，足以说明其与良元公司签订付款协议时的真实意思系三江口公司配合良元公司落实付款义务，而非三江口公司为良元公司担保。因保证合同系无偿、单务合同，担保人在为债务人提供保证担保时需有明确的意思表示，而三江口公司在本案中并无任何担保的意愿，故三江口公司在付款协议批注内容上盖章的效力也仅限于批注内容，而不涉及付款协议的主文，���三江口公司尚未退还良元公司工程质量保证金。故三江口公司不应承担连带清偿责任。
据此，依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第七十七条第一款、第九十三条、第九十四条、第一百零八条，《最高人民法院关于民事诉讼证据若干规定》第二条的规定，判决：一、重庆市良元工程机械有限责任公司于判决生效后十日内向重庆市坤扬农业发展有限责任公司支付税费773260.71元及奖金200000元；二、驳回重庆市坤扬农业发展有限责任公司的其余诉讼请求。案件受理费15939元（重庆市坤扬农业发展有限责任公司已预交15939元），由重庆市坤扬农业发展有限责任公司负担2407元，由重庆市良元工程机械有限责任公司负担13532元。诉讼保全措施2482元（重庆市坤扬农业发展有限责任公司已预交2482元），由重庆市良元工程机械有限责任公司负担。
本院二审期间，当事人没有提交新证据。本院二审查明的事实与一审法院查明的事实一致。
本院认为，各方当事人对本案争议的税金773260.71元、奖金200000元、工程款26442.41元（应为264422.42元，但双方当事人均认为不必更正）金额本身无异议，本院予以确认。本案二审争议的焦点是：良元公司应否返还坤扬公司税款773260.71元以及应否支付坤扬公司奖金200000元、工程款264422.41元。现分析评判如下：
关于坤扬公司承包资质问题。《彭水县三江口水利枢纽工程Ⅰ标段大坝工程施工劳务分包合同》第二条约定的是承包方式、工程量及合同价格。该条2.1承包方式为本工程采用固定单价方式承包（不含主材，该主材庭审查明位用于大坝建设的钢筋、水泥），2.2合同价款，合同单价包括①施工项目所需人工费，②材料费（施工所需的钢管、扣件、模板等不属于主材的施工���具类），③人员和小型机械进出费、安全文明施工防护费、综合管理费等，④施工停滞窝工费。合同后附分包工程量清单，良元公司认可清单载明单价是完成施工项目所需人工费，可见坤扬公司承包的是三江口水利工程大坝浇注劳务；从坤扬公司经营范围有钢筋作业劳务分包壹级、砌筑作业劳务分包壹级、混凝土作业劳务分包资质、模板作业分包壹级、焊接作业劳务分包壹级等，说明坤扬公司有从事与三江口水利工程大坝相关作业劳务分包资质。因此，良元公司认为坤扬公司无承包资质，进而认为双方签订的《彭水县三江口水利枢纽工程Ⅰ标段大坝工程施工劳务分包合同》属无效合同的理由不成立。
关于税款773260.71元的问题。《彭水县三江口水利枢纽工程Ⅰ标段大坝工程施工劳务分包合同》第十条约定是工程结算与支付。该条10.4.10约定应由乙方（坤扬��司）承担营业税3.3%以及其他一切税（个人所得税2%），由甲方（良元公司）财务部门在工程款中扣除代缴税务部门，此项金额作为奖励，如果乙方正常履约，友好完成工程，没有出现怠工、闹事等其他影响工地正常生产的行为，甲方在工程全部完工后返还此项金额，否则，甲方将按照合同规定从乙方工程款中扣除甲方代扣代缴税金，不再返还。可见，税金的缴纳人应为坤扬公司，不是良元公司，2015年9月底，坤扬公司与良元公司达成终期结算（总第22期），约定返还税费（5.3%）773260.71元，有良元公司经营管理办罗升、质量技术办李青山、机电物资办高喜平、财务办黎忠华、总工程师涂春祥、总经济师罗升、项目经理张明强（实为项目部常务经理，负责日常管理）联合签字认可，且良元公司也未实际代扣代缴该笔税款，大坝浇注完工并已实际交付使用，因���，良元公司应将此笔款项支付与坤扬公司。良元公司抗辩未经公司法人签字认可，在公司各相关部门负责人联名签字认可后，作为相对方坤扬公司足以认为良元公司对应付款项的结算认可，法人审签只是支付签字，不是同意和否定结算的理由，且签字支付只是良元公司付款的内部流程，不能对抗第三人，即坤扬公司的合法利益所得；良元公司还抗辩已向坤扬公司发送不再支付税金的告知函，应视为解除合同，发送解除合同告知函应当取得相对方明示同意，或者在确定或合理的时间内不予答复等才视为同意，即形成合意，但本案双方并未就解除该协议达成合意；故，良元公司此上诉理由不成立。
关于奖金200000元和工程款264422.41元的问题。2013年3月5日坤扬公司（刘山）与良元公司进行第二期结算，列表有奖励金额200000元，该次结算经良元公司合同部、安质部、物资部、财务部负责人以及总工程师、总经济师、项目部副经理和经理联名签字，且在终期结算中也有该笔奖励记载，因此良元公司应将该笔款项支付给坤扬公司。良元公司抗辩未经公司法人签字认可，在公司各相关部门负责人联名签字认可后，作为相对方坤扬公司足以认为良元公司对应付款项的结算认可，法人审签只是支付签字，不是同意和否定结算的理由，且签字支付只是良元公司付款的内部流程，不能对抗第三人，即坤扬公司的合法利益所得；良元公司还抗辩已向坤扬公司发送不再支付奖金的告知函，应视为解除合同，发送解除合同告知函应当取得相对方明示同意，或者在确定或合理的时间内不予答复等才视为同意，即形成合意，但本案双方并未就解除该协议达成合意；故，良元公司此上诉理由不成立。
终期结算中列明本期应结工程款1899351.48元���在此次结算后，良元公司项目部常务副经理张明强出具借支单（支付款项的单据），支付金额为464422.42元（一审判决记载为464422.41元，各方均认为不更正），坤扬公司认为此笔款项中包括奖金200000元和工程款264422.41元，良元公司在二审中也予以认可。良元公司出具此借支单后，委托葛洲坝集团第五工程有限公司支付，后又撤回委托，良元公司在二审中认可该笔工程款未予支付，因此，良元公司应当予以支付给坤扬公司。
综上，因良元公司在二审中自认借支单载明款项的事实以及未予支付的事实，导致原判认定事实部分错误，本院予以纠正。根据《中华人民共和国合同法》第六条、第八条、第六十条，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（二）项之规定，判决如下：
一、维持彭水苗族土家族自治县人民法院（2015）彭法民初字第04054号民事判决第一项；
二、撤销彭水苗族土家族自治县人民法院（2015）彭法民初字第04054号民事判决第二项；
三、重庆市良元工程机械有限责任公司于判决生效后十日内支付重庆市坤扬农业发展有限责任公司工程款264422.41元。
四、驳回重庆市坤扬农业发展有限责任公司的其他诉讼请求。
一审案件受理费15939元，保全费2482元，由重庆市良元工程机械有限责任公司负担；二审案件受理费15939元，由重庆市良元工程机械有限责任公司负担，重庆市坤扬农业发展有限责任公司预交的5266元予以退回。
本判决为终审判决。
审 判 长 张泽端
代理审判员 彭松涛
代理审判员 陈明生
二〇一六年九月二十八日
书 记 员 高红林