重庆市第五中级人民法院
民 事 判 决 书
（2014）渝五中法民初字第1287号
原告（反诉被告）:重庆市渝万建设集团有限公司，住所地重庆市万州区王牌路398号，组织机构代码28762298-1。
法定代表人:刘锦云，董事长。
委托诉讼代理人:刘小蓉，重庆鼎典律师事务所律师。
委托诉讼代理人:段兴华，重庆鼎典律师事务所律师。
被告（反诉原告）:重庆聚金实业（集团）有限公司，住所地重庆市渝中区大溪沟街73号聚金大厦六楼,组织机构代码20284548-2。
法定代表人:宋春梅，董事长。
委托诉讼代理人：张耕，重庆坤源衡泰律师事务所律师。
委托诉讼代理人：刘彬，公司员工。
原告（反诉被告）重庆市渝万建设集团有限公司（以下简称渝万公司）与被告（反诉原告）重庆聚金实业（集团）有限公司（以下简称聚金公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院受理后，依法组成合议庭，公开开庭审理了本案。渝万公司的委托诉讼代理人刘小蓉、段兴华，聚金公司的委托诉讼代理人张耕、刘彬到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
渝万公司向本院提出诉讼请求：一、判令聚金公司支付工程款10684090.96元（以最终结算金额为准，并从起诉之日起按银行同期贷款利率支付利息）；二、判令聚金公司退还质保金3630948.44元（以最终结算金额为准，并从起诉之日起按银行同期贷款利率支付利息）；三、判令聚金公司支付违约金133183.80元；四、本案诉讼保全费、鉴定费、诉讼费由聚金公司承担。事实和理由：2008年4月23日，渝万公司与聚金公司签订《建设工程施工合同》，由渝万公司承建聚金公司开发建设的“聚金万佳苑”小区11#楼工程，并于2008年5月11日，就该工程签订了《补充协议》，现11#号楼工程已办理工程结算。2011年3月16日，双方又签订了《聚金“万佳苑”后续工程补充协议二》（以下简称《补充协议二》），约定由渝万公司承建聚金公司开发建设的“万佳苑”4#、6#、7#、8#、9#、10#、12#、13#楼及1#和3#车库、幼儿园、12#和13#的门面工程。双方在协议中约定了工程承包范围及内容、工期、计价依据与标准等内容。《补充协议二》签订后，渝万公司按约完成工程，验收合格并交付使用。渝万公司按照《补充协议二》的约定计算工程总造价为1.09亿，并向聚金公司提交结算报告，聚金公司不但不进行确认还拒绝与渝万公司结算。至今，聚金公司只支付渝万公司工程款7645万元，涉案工程质保金退还期限已届满。请求法院依法判决聚金公司支付工程欠款、利息及违约金，并支付质保金。
聚金公司辩称认为：1.聚金公司已付工程款为7700余万元，渝万公司请求聚金公司支付工程款金额有误，不应得到支持。质保金退还问题属于另案法律关系，且退还期限未届满。根据《施工合同保修协议》，质保金的30%至少应到2018年2月才届满。2.渝万公司主张自起诉之日计算利息缺乏依据，不应当得到支持。
聚金公司反诉请求：1.判令渝万公司因工程逾期竣工向聚金公司支付违约金（暂计949万元，最终根据法院认定的工程结算总造价金额进行调整）；2.判令渝万公司因高估冒算的违约行为向聚金公司支付违约金（暂计167.29万元，最终根据法院认定的工程结算总造价金额进行调整）；3.判令渝万公司向聚金公司开具应支付工程款金额相应的发票；4.判令渝万公司承担本案全部诉讼费、鉴定费等。事实和理由：2008年4月23日，聚金公司和渝万公司就位于重庆市九龙坡区谢家湾文化七村50号的“万佳苑”经济适用房地4标段工程（即第11#房屋建筑工程）签订了《建设工程施工合同》。同年5月11日，双方达成了《补充协议》，明确约定了工程概况、工程承包范围和内容、双方的权利和义务、工程结算办理程序、工程竣工结算价款的支付、违约责任等内容。聚金公司开发的“万佳苑”经济适用房第1、3标段原由案外人承建，后解除合同,承建人被清退出场。2011年3月16日，聚金公司与渝万公司再次签订《补充协议二》，约定渝万工程承建“万佳苑”4#、6#、7#、8#、9#、10#、12#、13#、1#和3#车库、幼儿园、12#和13#门面未完工程（第1、3标段工程）的后续施工建设任务，并约定4#、6#、7#、8#、9#、10#、3#车库的工期为4个月，12#、13#、1#车库的工期为10个月。双方约定《补充协议二》签订的前提是双方之前签订的《建设工程施工合同》和《补充协议》仍然执行，即《补充协议二》没有约定的其他内容按照原《建设工程施工合同》和《补充协议》执行。合同签订后，聚金公司按约履行了支付工程款的义务，但渝万公司没有按期完工，4#、6#、7#、8#、9#、10#、3#车库工程的逾期46天，12#、13#、1#车库工程逾期69天，渝万公司的延期行为给聚金公司造成了损失，应当按照合同约定承担违约责任。
渝万公司对聚金公司的反诉请求答辩认为：1.对于一标段渝万公司不存在逾期竣工；三标段只逾期10天，原因在聚金公司，因聚金公司欠付工程款，塑钢门窗未按施工进度安装，导致我方无法按期施工，依据双方签订的合同13.1.2规定，因发包人欠付工程款导致工期延误的责任由发包人承担。2.补充协议就高估冒算的约定是以承包人报审的工程超过双方审定的结算总价为依据。本案是由第三方鉴定结算价格。如果违约金成立，违约金过高，请予调整。
当事人围绕诉讼请求提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。对当事人无异议的证据，本院予以确认并在卷佐证。对有争议的事实和证据，本院予以认定。查明事实：渝万公司系具有房屋建筑工程施工总承包壹级资质的企业。2008年4月23日、5月11日，渝万公司与聚金公司签订《建设工程施工合同》及《补充协议》，约定渝万公司承建聚金公司发包的“万佳苑”11号楼（四标段）工程;通用条款13.1约定：“因以下原因造成工期延误，经工程师确认，工期相应顺延：（2）发包人未能按约定日期支付工程预付款、进度款，致使施工不能正常进行”；专用条款第13.1条约定：“双方约定工期顺延的其他情况：按通用条款执行，施工中的设计变更除外，但承包人应按程序及时完善相关手续，否则视为放弃权利。”《补充协议》第4.2条约定：“此工期除不可抗力或双方书面确认工期索赔延长外，不论任何原因均不得变更或延长上述工期。因不可抗力或发包人责任需要顺延工期的，承包人应在情况发生后14天内就延长的工期以书面形式向发包人提出报告，逾期不涉及工期顺延。……”第15.12条约定：“……各单位工程正式竣工验收时间如突破合同工期时（甲方原因除外），承包人承担违约责任，超过5天以上的由承包人按每延误一天，支付结算总造价的0.2%的违约金，并赔偿发包人的一切直接、间接损失（含购房业主的索赔损失等）。”第15.4条约定：“承包人应按本补充协议的约定配合发包人进行工程预（结）算，承包人报审的工程预结算总价超过双方审定预（结）算总价的6%，发包人处以承包人审定的预（结）算总价6‰的违约金；承包人报审的工程结算总价超过双方审定结算总价的10%（含），发包人再处以承包人双方审定结算总价的2%的违约金。”同时，《补充协议》第14.1条约定：“……，双方签订的《保修协议书》与本补充协议具有同等效力。”《施工合同保修协议》第七条质保金的退还约定：“质保金按本工程竣工结算总价款的4%留存在发包人处，工程保修期到2年时无质量问题发包人支付质保金70%，到5年时无质量问题支付质保金的30%，每次支付质保金时承包人须附保修回访单和质量维修情况说明。”该11号楼（四标段）工程已竣工验收合格并完成结算。2011年3月16日，双方又签订《补充协议二》，约定：在《建设工程施工合同》及施工合同补充协议均执行的情况下，双方签订聚金万佳苑后续工程补充协议二；同时约定：渝万公司承建聚金公司开发建设的聚金“万佳苑”小区4#、6#、7#、8#、9#、10#、12#、13#楼及1#、3#车库；幼儿园；12#和13#的门面工程。工程工期：4#、6#、7#、8#、9#、10#及3号车库，办完施工手续，按甲方场地移交乙方之日起四个月内完成（达到竣工条件）；12#和13#及1号车库办完施工手续，按甲方场地移交乙方之日起十个月内完成（达到竣工条件）。安全、文明施工取费标准按渝建发【2014】265号文执行。并且要求承包方必须达到合格标准，否则发包方不予支付此项费用。工程进度款的支付方式按原补充协议执行。该《补充协议二》第5.2.1约定：“依据1999年《全国统一建筑工程基础定额重庆市基价表》、《重庆市建筑工程费用定额》、2000年《重庆市安装工程单位基价表》、《重庆市安装工程费用定额》缺项部分套用相似定额子目及本协议签订前的相关配套文件，本协议签订之后的计调价文件一律不执行。”第九条约定：“合同、补充协议与本协议不一致的，均以本协议为准。”
2012年2月9日及2012年12月20日，重庆市建设工程质量监督总站；重庆市档案馆；聚金公司；重庆巴蜀建筑设计有限公司；重庆市高新工程勘察设计院有限公司；渝万公司和重庆建渝工程建设监理有限公司分别在聚金公司万佳苑项目部办公室及聚金公司五楼会议室召开会议并形成《聚金万佳苑4、6、7、8、9、10号楼工程质量会审会议纪要》和《聚金万佳苑12、13号楼及商铺、1号车库、幼儿园工程质量会审会议纪要》，纪要载明：由于涉诉工程项目的前承包人退场后拒不提交主体工程竣工资料，工程无法进行竣工验收。经报市领导批示，同意聚金万佳苑4、6、7、8、9、10号楼工程按“两证”遗留问题办理相关手续。对工程质量进行会审结论：1、该工程勘察设计文件符合相关规定要求，勘察设计有效、安全可靠；2、工程施工严格按照设计图纸及相关变更实施，工程质量符合设计及相关规范要求；3、该工程施工过程可控，结构安全可靠，能够保证安全使用。4、工程质量控制资料在验收过程中均按规定要求进行了核查，资料齐全完整；5、工程有关功能性检测均按有关规定进行了检测，结果合格；6、该工程按验收统一标准及有关规范进行，工程质量评定合格。
为证明涉诉工程三标段于2011年6月15日开工、2011年11月30日竣工，聚金公司举示了以下证据：
1.三标段开工《通知》，载明：一、通知你司定于2011年6月15日进入聚金万佳苑4、6、7、8、9、10号楼及3号车库进行施工。二、2011年6月15日将作为你司对上述楼房及三号车库的开工时间。
2.聚金万佳苑工程进度月报申请表及工程进度确认函。其中，六月份工程进度月报申请表载明：“单位工程：聚金*万佳4、6、7、8、9、10#楼及3#车库安装工程。……聚金*万佳苑三标段安装工程2011年6月份工程进度款共计3201765.27元……，业主审查批复意见：经审核，2011年6月渝万建设共完成产值1858617.77元，应支付的工程进度款为1858617.77×80%=1486894元。”
3.《重庆市建设工程竣工验收意见书》，载明：聚金万佳苑经济适用房工程4、6-10号楼及3号车库实际竣工时间为2011年11月30日。
4.《聚金万佳苑4、6、7、8、9、10号楼工程质量会审会议纪要》，载明：2011年7月，渝万公司进场施工；2011年12月完工。
为证明涉诉工程一标段于2011年6月18日开工、2012年6月26日竣工，聚金公司举示了以下证据：
1.一标段开工《通知》，载明：一、通知你司定于2011年6月18日进入聚金万佳苑12、13号楼、幼儿园及1号车库进行施工。二、2011年6月18日将作为你司对上述楼房及1号车库的开工时间。
2.《聚金万佳苑12、13号楼及商铺、1号车库、幼儿园工程质量会审会议纪要》，载明：2011年7月，渝万公司进场施工；2012年7月完工。
3.《单位工程（子单位）工程质量竣工验收记录》（三份），载明：一标段幼儿园及车库、12号楼及13号楼开工日期均为2011年7月20日、竣工日期均为2012年5月30日，聚金公司和渝万公司签署日期均为2012年6月26日。
4.聚金万佳苑工程进度月报申请表及工程进度确认函。其中，2012年6月份工程进度月报申请表（土建）载明：“单位工程：聚金*万佳苑后续工程12、13号、1号车库幼儿园。……六月形象进度所述内容土建1342406.9元……，业主审查批复意见：2012年6月进度产值为1072701.68元，应支付的工程进度款为1072701.68×80%=858161.00元。”2012年6月份工程进度月报申请表（安装）载明：“单位工程：聚金*万佳苑后续工程12、13号、1号车库幼儿园。……六月形象进度所述内容安装计1676111.59元……，业主审查批复意见：经核定，本月完成进度产值286223.85元，……。”
渝万公司为证明2011年6月15日不能开工举示了以下证据：1.渝万公司复函《关于聚金万佳苑4-10号楼及3号车库、12、13号楼、幼儿园及1号车库2011年6月15日不能确定为开工时间函》，载明：2011年6月15日不能作为开工时间，由于该标段存在以下问题：1、13号楼外架必须拆除，目前不知道谁拆；2、两台塔吊原单位不签继续使用合约，塔吊不能使用；3、原各施工单位在现场室内还有堆放东西，怎么处理；4、原施工单位资料怎么移交？贵公司复工报建手续还未办理。故2011年6月15日不能作为开工时间，只能作为进场准备时间。
2.《九龙坡区“聚金万佳苑”项目后续施工问题会议纪要》、《工程事物联系单》（2份）、
渝万公司为证明因聚金公司原因导致工期延误举示了如下证据：
1.《报告》（3份）、《通知》。该《报告》（3份）和《通知》是双方为13#是否加层的内容。
2.《紧急催促进户门进场安装报告》。该报告为12#、13#楼及幼儿园安装进户门的内容。
渝万公司为证明因聚金公司不按时支付工程进度款导致工期延误，举示了《聚金万佳苑工程进度月报申请表》（16份）和《催收工程进度款的报告》（8份）
审理中，聚金公司还举示了结算申请表、建设工程预（结）算书、项目工程汇总表若干份证明渝万公司高估冒算，违反合同约定应当承担违约金1672905元。
2015年3月10日,渝万公司向本院提交《工程造价鉴定申请书》，申请对涉诉工程造价进行鉴定。本院予以准许并委托重庆道尔敦建设项目管理有限责任公司（以下简称道尔敦公司）对涉诉工程造价鉴定。2017年1月16日，道尔顿公司出具《司法鉴定意见书》【重道建（鉴）字2016第021号】，鉴定结论：万佳苑小区4#、6#、7#、8#、9#、10#、12#、13#楼及1#和3#车库、幼儿园、12#和13#的门面工程的造价确定价款为大写：捌仟叁佰陆拾肆万伍仟贰佰陆拾捌圆整（小写：83645268元）。其中争议部分金额为柒佰壹拾贰万捌仟肆佰肆拾叁圆整（小写：7128443元）。2017年11月10日，道尔敦公司出具《司法鉴定补充意见书》把争议金额调整为8720970.96元，并把一、三标段土建、安装及相关争议金额进行了细化明确。2017年12月11日，道尔敦公司出具《司法鉴定有关问题的回复》，对1#车库屋面做法造价65259.6元、税金费用标准差异金额62482.03元、幼儿园楼地面和墙面抹灰工程造价150654.43元分别进行了明确。
对于鉴定报告认为的争议部分，渝万公司、聚金公司及鉴定机构意见如下：
1.4#屋面防水返修46129.34元。鉴定方意见：屋面防水未收方。渝万公司主张的返修范围没有明确载明，上面写明以双方收方为准，范围没有界定，这个工程量没法计算，是我们估算的；渝万公司意见：法院认定；聚金公司意见：该返修工作无任何收方依据，无法计算工程量，应不予计算。
2.4#、6#、7#屋面保护层38779.76元。鉴定方意见：竣工图和核定单做法不一致，核定单写的很清楚，合同约定按照施工图加设计变更来计算，该金额是依据竣工图计算和依据核定单计算的差额；渝万公司意见：应当按照竣工图来计算；聚金公司意见：合同约定不以竣工图作为结算依据。竣工图和核定单有很大差距，我们坚持以核定单来认定。
3.核价材料税金1114598.49元。鉴定方意见：核定单上载明材料核价含税金，双方约定不明；渝万公司意见：该税金是指材料商收取材料款时开具发票的税，是针对材料购买而言的；聚金公司意见：此税金应当包含建筑营业税。
4.12#22层及以下二次结构222275.24元。鉴定方意见：二次结构收方不详，22楼以下二次结构工作界面描述不清楚、有争议，有部分是前手做的，有部分是渝万公司做的，双方对渝万公司做的部分约定不清楚。前手完成多少不清楚，22万有可能是前手做的，渝万公司提交的资料不能证明其施工部分和前手做的部分，渝万公司完成余下施工部分后上报资料肯定是报前手加自己的工程量以便监理签字后作为竣工验收的资料。渝万公司意见：我们提交了2次收方的所有证据，包括计量单、工程计量验收记录和档案馆的验收资料。聚金公司意见：收方签证明细不完善，不能证明是渝万公司施工的。
5.甲供保温材料1650040.49元。在对该项争议的质证中，渝万公司同意聚金公司的质证意见。
6.9#外墙保温1264513.55元。鉴定方意见：收方资料才能确认施工的范围,鉴定资料中没有这部分的工程量收方资料，暂时按照工程全部范围来计算。分项验收只是程序问题，但施工过程需要收方资料来进行确认。按照规定来说工程全部范围均需要做外墙保温。渝万公司意见：我方提供的《墙体节能分项工程质量验收记录》（1份）、《节能工程墙体基层隐蔽检查记录》（3份）、《墙体胶粉聚苯颗粒保温层隐蔽检查记录》（3份）、《外墙胶粉聚苯颗粒保温浆料施工检查记录》（3份）证明该部分是我方施工。聚金公司意见：在鉴定书中按全部范围来计算不符合实际情况，前手完成了部分工程。
7.配合费383874.22元。鉴定方意见：该项金额是整个工程项目的配合费，应当根据合同、分包结算资料进行计算，因分包结算资料不完善，我们按照定额计算的。渝万公司意见：合同约定按照定额计价。我方对聚金公司分包的门窗、栏杆进行了配合，聚金公司应当支付配合费。聚金公司意见：首先，没有分包工程结算价，鉴定机构的计算不认可；其次，整个工程并非渝万公司单独完成，还有前手完成部分，渝万应当是收取部分配合费而不是全额支付。
8.平基土石方差额价款856269.82元。鉴定方意见：该项金额是依据定额和包干价45元/立方米计算的差额。双方对合同有不同的理解。渝万公司意见：《补充协议二》第5.2.1条和第九条约定，土石方应当按照定额计价。聚金公司意见：《补充协议二》的第一段明确：在双方签订的《建设工程施工合同》和《施工合同补充协议》均执行的情况下，双方签订《补充协议二》。《施工合同补充协议》第9.3.7（2）约定：“平基土石方：不分土石成份均按综合包干价45元/立方米计算。”《补充协议》明确约定的平基土石方的计价标准，在《补充协议》予以执行的情况下，应当按此计价。
9.1#车库-2F瓜米石地面124978.67元。鉴定方意见：该项按实际发生的计价。渝万公司意见：无异议。聚金公司意见：施工中，我方于2012年3月6日向渝万公司发函不做瓜米石地面，同时抄送监理。这部分没有签证单，我方不予认可。
10.其他（即安全文明施工费）1426983.75元。鉴定方意见：该项已计入工程造价，合同约定评定合格按照文件执行，由于没有评定资料，按照实际发生的情况计算。渝万公司意见：《补充协议二》对这部分的取费标准按照渝建发（2004）265号文件执行。我方是中途进场，我方举示了工程质量会审纪要，确认了案涉工程是合格工程，对方应当支付安全文明施工费。聚金公司意见：合同约定工程达到合格，我方才支付安全文明施工费。
11.《司法鉴定补充意见书》所列施工图和竣工图安装部分差异金额1592527.63元（三标段1492596.27元；一标段99931.36元）【具体包括：4#、6-10#楼、3#车库、12#、13#楼、1#车库安装工程桥架及支架。4#、6-10#楼、3#车库安装套管，12#、13#楼、1#车库安装套管。4#、6-10#楼、3#车库安装工程电气工作范围（电梯电缆水平段，公共照明箱）。排水管支架除锈刷油工程。4#、6-10#、12-13#楼给水管道。进户线/电表箱至公共照明总箱、公共照明总箱至公共照明箱电源线（铜芯线BV-10平方毫米）。车库中预埋电线管材质（竣工图为KBG管，施工图为PVC塑料管）。电井和桥架内接地扁钢敷设。电井内竖向线槽100×60。桥架内接地扁钢。3#车库中：BV-6/BV-10/BV-16㎜2的铜线芯风机主电源。3#车库中电缆头。3#车库中：BV-2.5㎜2的铜芯线。铸铁排水管定额。】鉴定方意见：该安装部分是依据施工图和竣工图计算造价的差异金额。渝万公司意见：应当依据竣工图计算造价，此项费用是我方实际施工产生的工程款费用，应当计入造价。聚金公司意见：根据补充协议以9.2条的约定，施工图、设计变更和现场签证是计价的依据，竣工图不能作为结算依据，该项费用不能计入工程造价。
对于鉴定报告确定部分，聚金公司提出异议，质证意见如下：
1.平基土石方工程量。聚金公司意见：没有设计标高，也没有收方资料不应计价。鉴定方意见：如果没有设计标高后续无法施工。依据平基之前方格网图纸，设计标高减去原始地貌标高等于施工工程量。渝万公司意见:同意鉴定机构意见，现场签证单上附有方格网图。
2.外墙腻子、涂料工程量。聚金公司意见：有部分不是渝万公司施工，鉴定机构全部计算给了渝万公司。鉴定方意见：依据施工工艺，参考进度资料，且进度资料和工程量资料是相符的。渝万公司意见：我方提供了工程质量验收记录，证明我方实施了外墙施工。
3.材料上下车费。双方同意咨询鉴定站。经鉴定机构组织双方走访鉴定站：造价信息中的材料价格包含运费和下车费。
4.阳台边梁抹灰是否套用零星抹灰定额。双方同意咨询鉴定站。经鉴定机构组织双方走访鉴定站：边梁抹灰按展开面积计算工程量，套用零星抹灰定额。
5.3#车库负一、二层墙体材质。聚金公司意见：应该按照页岩空心砖。鉴定方意见：聚金公司没有提交相应依据。
6.施工电梯费用。聚金公司意见：所有楼栋是否都采用施工电梯施工作业，无资料证明，鉴定报告已全额计入。鉴定方意见:施工电梯不是临时设施，根据施工方提供的施工电梯安装资料，进行了该项计费。渝万公司意见：我司实施了电梯安装施工，应当计费。
7.墙面抹灰增加107胶。聚金公司意见：没有证据证明使用107胶。鉴定方意见：此为工艺要求，套用08定额。
8.部分墙面抹灰、楼面工程量。聚金公司意见：幼儿园负一、二层楼面在2012年3月6日的通知中明确不做处理，内墙不抹灰，在《鉴定书》中按瓜米石楼面、内墙抹灰计入，且楼面定额子目乘以1.333的系数，缺少依据；负三层内墙也是按墙面抹灰计入。两项涉及金额20.172万元。鉴定方意见：竣工图与实际施工一致，综合考虑作出该项鉴定结论，费用为150654.43元。渝万公司意见：我们没有收到设计变更。
9.车库屋面做法。聚金公司意见：1#车库屋面做法在施工设计总说明中明确做法为03J201-1-10-2106B，面层为40厚细石混凝土刚性层，内置直径4㎜间距200㎜的钢筋网，《鉴定书》中按竣工做法说明中的80㎜厚细石混凝土内配直径8㎜间距200㎜的钢筋网进行结算，缺少相应的设计变更资料，合同约定的计价依据适用于该项争议，应当以施工图加设计变更作为计价依据。该项争议金额38.89万元。鉴定方意见：该项为土建，土建我们参照进度、施工图为基本依据，同时结合现场实际情况出具的鉴定结论，二者差异造价为65259.6元。渝万公司意见：我方认同鉴定机构依据竣工图、进度资料结合现场实际情况出具的该项结论。
10.税金费用执行标准。聚金公司意见：依据《补充协议二》第5.2.1条约定，协议签订（2011年3月16日）后的计、调价文件一律不执行，据此，2011年5月1日起实施的税金税率调整文件【渝建2011-440】号文应不予执行，费率应沿用3.41%，《签订书》中按3.48%计税，此项异议涉及金额9.5万元。鉴定方意见：二者差异金额为62482.03元。
11.建筑垃圾清运工程量。聚金公司意见：应当按照《补充协议》约定45元/立方米包干计算。鉴定方意见：按照《补充协议二》约定定额计价为737786.59元。
审理中经双方核对，聚金公司已付渝万公司工程款77836790.10元。聚金公司认为上述款项均为涉诉工程已付款；渝万公司认为其中526348元为园林绿化工程已付款，759825.5元为四标段工程已付款。对于526348元是否为园林绿化工程款，渝万公司举示了《<聚金*万佳苑园林绿化工程施工合同（环境景观工程）>转让协议书》和8份《聚金万佳苑工程进度月报申请表》。该转让协议书载明：聚金公司与重庆聚厚建筑装饰材料有限公司（以下简称聚厚公司，原名称为重庆聚金建筑装饰材料有限公司）签订的环境景观工程施工合同（简称环境合同）因聚厚公司不具备施工资质，无法继续履行环境合同，聚厚公司的环境合同权利义务转让给渝万公司，渝万公司承诺对工程质量负责并保证通过验收。环境合同作为转让协议的附件，对渝万公司与聚金公司具有约束力。聚金公司对上述证据的真实性无异议，但认为环境工程包含在《补充协议二》中。对于759825.5元是否为四标段工程款，渝万公司举示了24份《收据》，该24份收据上均载明为“工程款”，聚金公司质证认为，四标段已经结算扣除质保金后工程款已付清，上述付款均为涉诉工程工程款。
本院认为：渝万公司与聚金公司先后签订的《建设工程施工合同》、《补充协议》及《补充协议二》系双方当事人的真实意思表示，不违反法律法规的禁止性规定，合法有效。《补充协议二》约定：《建设工程施工合同》及施工合同补充协议均执行，因此，就涉诉工程，上述《建设工程施工合同》、《补充协议》及《补充协议二》对双方均有约束力。
本案的争议焦点为：一、本诉部分：1.聚金公司欠付渝万公司工程价款数额及利息计算；2.质保金及利息问题。3.聚金公司应否向渝万公司支付违约金；二、反诉部分：1.渝万公司是否承担逾期竣工责任；2.渝万公司是否应当向聚金公司支付高估冒算违约金；3.渝万公司是否应当向聚金公司开具工程欠款发票。本院分别评述如下：
一、本诉部分
（一）聚金公司欠付渝万公司工程价款数额及利息计算。
涉诉工程已竣工验收并交付使用，聚金公司应当向渝万公司支付工程价款。因双方没有完成涉诉工程结算，审理中，经依法委托鉴定，鉴定结论为：工程造价确定金额为83645268元；争议金额为8720970.96元。对鉴定报告所列争议部分的异议，本院认定如下：
1.4#屋面防水返修46129.34元。双方所签《建设工程施工合同》第六条第25项“工程量的确认”，约定：“25.1承包人应按专用条款约定的时间，向工程师提交已完工程量的报告（以下称计量），并在计量前24小时通知承包人，承包人为计量提供便利条件并派人参加。承包人收到通知后不参加计量，计量结果有效，作为工程价款支付的依据。”现4#屋面防水返修工程量，没有收方依据，46129.34元仅为鉴定机构估算金额，仅以此估算金额作为计价依据不符合上述合同约定，故46129.34元不能计入工程造价。
2.4#、6#、7#屋面保护层38779.76元。双方所签《补充协议》第九条合同价款的确定：“9.2合同价款计价依据（2）施工图、施工图会审纪要、工程变更及现场签证、现场核定工程量依据。”由此可见，双方明确约定现场核定单为结算工程价款的依据，聚金公司抗辩主张以核定单作为4#、6#、7#屋面保护层的计价依据，本院予以支持，故38779.76元不应计入工程造价。
3.核价材料税金1114598.49元。针对该项争议，双方同意由鉴定机构组织双方共同咨询定额站，并由鉴定机构书面回复本院咨询结果。经咨询，定额站解释：核价中的含税价格应是指材料流通领域的相关税，建筑企业的营业税应按规定予以计取。经庭审质证双方对定额站的解释均无异议，故核价材料税金1114598.49元应当计入工程造价。
4.12#22层及以下二次结构222275.24元。当事人对自己主张的事实应当提供证据予以佐证。渝万公司主张12#22层及以下二次结构222275.24元工程量是自己施工的应当提供证据予以证实。鉴定机构根据渝万公司举示的工程施工资料，无法界定渝万公司就该项争议的具体施工内容。渝万公司应当就此承担举证不能的后果，故该项争议金额不计入工程造价。
5.甲供保温材料1650040.49元。在对该项争议的质证中，渝万公司同意聚金公司的质证意见，故该项金额不计入工程造价。
6.9#外墙保温1264513.55元。涉诉工程系渝万公司接前手案外人继续施工，9#外墙保温工程是否由渝万公司施工；如果是渝万公司施工，渝万公司完成了多少工程量，鉴定机构认为现有证据材料无法予以明确。渝万公司举示的由监理签字的《建筑节能分部（子分部）工程质量验收记录》、《墙体节能分项工程质量验收记录》、《节能工程墙体基层隐蔽检查记录》、《墙体胶粉聚苯颗粒保温层隐蔽检查记录》和《外墙胶粉聚苯颗粒保温浆料施工检查记录》仅仅证明其进行了9#楼第1至5层的外墙保温工程施工，因此，本院对9#楼第1至5层的外墙保温工程施工由渝万公司施工予以支持，因9#楼共29层，故该项争议应当计入工程造价的金额为218019.6元（1264513.55元×5/29）。
7.配合费383874.22元。双方签订的《补充协议》第6.8约定：“门窗工程、外墙空调百叶工程、阳台及楼梯栏杆工程、防盗门等由发包人另行发包，专业承包人安装施工（同等条件下优先由承包人施工，并按9.3.7条款收取配合费）”；6.9条约定：“发包人发包工程的范围……动态调整，承包人无条件配合，总分包配合费均按9.3.7条计取，……”；9.3.7（1）条约定：“承包人完成第7条工作内容后，门窗工程、外墙空调百叶工程、阳台及楼梯栏杆工程、防盗门、消防、电梯工程等的配合费按定额规定标准的60%计取，……。”由上述约定可知，渝万公司应当收取配合费，聚金公司主张配合费应当按分包工程结算价为基数计算并且渝万公司应按完成部分工程的比例收取，但聚金公司没有举示自己分包工程的结算价也没有举示应当计算比例的证据，因此，本院采信鉴定机构依据合同及定额计算的配合费，该项争议金额383874.22元应当计入工程造价。
8.平基土石方差额价款856269.82元。《补充协议二》第二条承包范围及内容约定：“本工程主要承包范围及内容：……，具体包含第2.1-2.6条款内容：2.1基础工程：含平基土石方工程。……”，第5.2条工程价款计价依据约定：“5.2.1:依据1999年《全国统一建筑工程基础定额重庆市基价表》、《重庆市建筑工程费用定额》、2000年《重庆市安装工程单位基价表》、《重庆市安装工程费用定额》缺项部分套用相似定额子目及本协议签订前的相关配套文件，本协议签订之后的计调价文件一律不执行。”由此可见，《补充协议二》中的施工内容包括平基土石方工程，且应当按照5.2.1的约定计价，虽然《补充协议二》的第一段明确《建设工程施工合同》和《补充协议》均执行，但在《补充协议二》第九条对《建设工程施工合同》及《补充协议》的适用进行了限制，即《建设工程施工合同》及《补充协议》与《补充协议二》不一致时以《补充协议二》的约定为准。因此，渝万公司有关平基土石方按照定额计价的主张符合合同约定，定额和包干价45元/立方米计算的差额价款856269.82元应当计入工程造价。
9.1#车库-2F挂米石地面124978.67元。聚金公司抗辩认为其于2012年3月6日向渝万公司发函不做瓜米石地面，渝万公司否认收到上述函件，聚金公司没有举示证据证明此函件已经送达渝万公司，因此，聚金公司应当承担举证不能的后果。该项费用应当计入工程造价。
10.其他（即安全文明施工费）1426983.75元。双方签订的《补充协议二》第5.2.5条约定：“安全、文明施工取费标准按渝建发【2004】265号文执行。并要求承包方必须达到合格标准，否则发包方不予支付此项费用。”涉诉工程系渝万公司中途进场，因前手承包人退场后不提交施工资料，涉诉工程完工后，无法按法定程序竣工验收，但双方在相关行政部门的参与下形成会议纪要，确认涉诉工程合格，因此，聚金公司应当向渝万公司支付安全文明施工费。涉诉工程并非渝万公司单独完成，安全文明施工费渝万公司仅应收取自已完成的工程量占整个工程量比例的部分，本案中，双方均未举示涉诉工程渝万公司完成的工程量与前手承包人完成工程量的比例，本院酌定713492元（1426983.75元×50%）计入工程造价。
11.《司法鉴定补充意见书》所列施工图和竣工图安装部分差异金额1592527.96元（三标段1492596.27元；一标段99931.36元）【具体包括：4#、6-10#楼、3#车库、12#、13#楼、1#车库安装工程桥架及支架。4#、6-10#楼、3#车库安装套管，12#、13#楼、1#车库安装套管。4#、6-10#楼、3#车库安装工程电气工作范围（电梯电缆水平段，公共照明箱）。排水管支架除锈刷油工程。4#、6-10#、12-13#楼给水管道。进户线/电表箱至公共照明总箱、公共照明总箱至公共照明箱电源线（铜芯线BV-10平方毫米）。车库中预埋电线管材质（竣工图为KBG管，施工图为PVC塑料管）。电井和桥架内接地扁钢敷设。电井内竖向线槽100×60。桥架内接地扁钢。3#车库中：BV-6/BV-10/BV-16㎜2的铜线芯风机主电源。3#车库中电缆头。3#车库中：BV-2.5㎜2的铜芯线。铸铁排水管定额。】《建筑工程质量管理条例》第二十八条规定：“施工单位必须按照工程设计图纸和施工技术标准施工，不得擅自修改工程设计，不得偷工减料。施工单位在施工过程中发现设计文件和图纸有差错的，应当及时提出意见和建议”；第二十九条规定：“施工单位必须按照工程设计要求、施工技术标准和合同约定，对建筑材料、建筑构配件、设备和商品混凝土进行检验，检验应当有书面记录和专人签字；未经检验或者检验不合格的，不得使用。”双方所签《补充协议》第九条合同价款的确定：“9.2合同价款计价依据（2）施工图、施工图会审纪要、工程变更及现场签证、现场核定工程量依据。”此项争议涉及工程项目的设计变更，渝万公司应当按照上述规定，履行工程项目设计变更手续，报经业主同意进行设计变更并现场签证审核，审理中，渝万公司既不能提供聚金公司的书面变更指令也不能提供现场签证，因此，该项争议金额1592527.63元不应当计入工程造价。
综上，该部分应当计入工程造价金额为：3411233元（1114598.49元+218019.6元+383874.22元+856269.82元+124978.67元+713492元）
对于聚金公司对鉴定报告确定部分的异议，认定如下：
1.平基土石方工程量。该项争议项目有现场签证，在签证上有方格网图，鉴定机构依据上述资料出具的该项鉴定结论符合客观实际。
2.外墙腻子、涂料工程量。聚金公司认为外墙腻子、涂料工程并非渝万公司全部施工，但没有提供证据予以佐证，本院对鉴定机构对本项争议的鉴定结论予以采信。
3.建筑面积包干费（材料上下车费）。庭审中鉴定机构明确是按照《补充协议》第9.3.7（9）②条的约定计价。聚金公司认为重复计算但没有举示证据予以证明，本院对聚金公司该项异议不予支持。
4.阳台边梁抹灰是否套用零星抹灰定额。经鉴定机构组织双方走访鉴定站：边梁抹灰按展开面积计算工程量，套用零星抹灰定额。由此可见，聚金公司主张不能套用零星抹灰定额的理由不成立。
5.3#车库负一、二层墙体材质。聚金公司对此异议没有举示证据佐证，对此异议不予支持。
6.施工电梯费用。聚金公司对此异议没有举示证据佐证，也没有对哪些楼栋不使用施工电梯施工作出合理解释，对此异议不予支持。
7.墙面抹灰增加107胶。依据鉴定方意见，施工中墙面抹灰增加107胶是工艺要求，聚金公司的异议不能成立。
8.部分墙面抹灰、楼面工程量。2012年3月6日，聚金公司发给渝万公司的《通知》中，明确幼儿园负一、二层地坪不作处理，内墙亦不抹灰，两项涉及金额计150654.43元（地面90102.27元、抹灰60552.16元），渝万公司否认收到上述函件，聚金公司没有举示证据证明此函件已经送达渝万公司，因此，聚金公司应当承担举证不能的后果。该项费用150654.43元应当计入工程造价。
9.车库屋面做法。《建筑工程质量管理条例》第二十八条规定：“施工单位必须按照工程设计图纸和施工技术标准施工，不得擅自修改工程设计，不得偷工减料。施工单位在施工过程中发现设计文件和图纸有差错的，应当及时提出意见和建议”；第二十九条规定：“施工单位必须按照工程设计要求、施工技术标准和合同约定，对建筑材料、建筑构配件、设备和商品混凝土进行检验，检验应当有书面记录和专人签字；未经检验或者检验不合格的，不得使用。”双方所签《补充协议》第九条合同价款的确定：“9.2合同价款计价依据（2）施工图、施工图会审纪要、工程变更及现场签证、现场核定工程量依据。”1#车库屋面做法在施工设计总说明中明确做法为03J201-1-10-2106B，面层为40厚细石混凝土刚性层，内置直径4㎜间距200㎜的钢筋网，渝万公司主张按竣工图做法说明中的80㎜厚细石混凝土内配直径8㎜间距200㎜的钢筋网进行结算。此项争议亦涉及工程项目的设计变更，渝万公司应当按照上述规定，履行工程项目设计变更手续，报经业主同意进行设计变更并现场签证审核，审理中，渝万公司既不能提供聚金公司的书面变更指令也不能提供现场签证，因此，聚金公司抗辩认为屋面做法按“面层为40厚细石混凝土刚性层，内置直径4㎜间距200㎜的钢筋网”计价，本院予以支持，故该项造价65259.6元应当从工程总造价中扣除。
10.税金费用执行标准。《补充协议二》第5.2.1条约定，协议签订（2011年3月16日）后的计、调价文件一律不执行。据此，2011年5月1日起实施的税金税率调整文件【渝建2011-440】号文应不予执行，费率应沿用3.41%，《鉴定书》按3.48%计税不符合合同约定，此项金额62482.03元应当从工程总造价中扣除。
11.建筑垃圾清运工程量。双方签订的《补充协议》第9.3.7（8）约定：“施工期间本工程因各种因素所发生的施工措施费和技术措施费，均由承包人负责并承担全部费用：（含以下各项费用）……⑦建筑垃圾的清运费（包括建筑垃圾的挖运上下车及出渣等）。……”双方在《补充协议》第9.3.7（8）条中对建筑垃圾清运费用进行了明确约定；在《补充协议二》承包范围中没有对建筑垃圾清运费用作出约定，在双方约定《补充协议》有效的情况下，应当适用《补充协议》中有关垃圾清运费用的约定。因此，本院认为，建筑垃圾清运费用737786.59元不应当计入工程造价。
综上，本院支持聚金公司主张扣除部分的金额为865528元。（65259.6元+62482.03元+737786.59元）。
综上所述，涉案工程总造价为86190972元（83645268元+3411233元-865528元）。依据鉴定机构出具的《司法鉴定补充意见书》，结合上述认定，可计算三标段工程造价为43687683元（说明：建筑垃圾外运和鉴证维修费，一、三标段各计二分之一）；一标段工程造价为42503289元（86190972元-43687683元）。《补充协议》第13.3条约定：“……（2）工程结算按第十条办理完毕生效后，发包人支付工程结算总价款至96%，余下的结算总价款4%为工程质保金。”涉诉工程质保金为3447639元（86190972元×4%）。
审理中经双方核对，截止2017年9月10日，聚金公司已付渝万公司工程款77836790.10元。聚金公司认为上述款项均为涉诉工程已付款；渝万公司认为其中526348元为园林绿化工程已付款，759825.5元为四标段工程已付款。渝万公司举示的《<聚金*万佳苑园林绿化工程施工合同（环境景观工程）>转让协议书》证明聚厚公司在《环境工程》的权利义务转让与渝万公司后，渝万公司与聚金公司建立《环境工程》合同的权利义务关系，聚金公司应当承担向渝万公司支付环境工程款项，渝万公司举示的8份《聚金万佳苑工程进度月报申请表》证明了聚金公司向渝万公司支付环境工程款项的事实，因此，该8份申请表所载明的已付款526348元不应当计入涉诉工程已付款。聚金公司关于环境工程属于《补充协议二》合同范围的抗辩与查明的事实不符，本院不予采信。对于24份《收据》涉及的759825.5元，渝万公司认为是四标段工程款；聚金公司认为是涉诉工程工程款，因为四标段工程款已经支付完毕。在24张《收据》均载明为“工程款”，本院认定该759825.5元均为涉诉工程已付款','2018-11-14
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