西安市雁塔区人民法院
民 事 判 决 书
(2013)雁民初字第05813号
原告（反诉被告）：溧阳市神马机电设备安装有限公司，住所地：江苏省常州市溧阳市前马镇建新路15号。
法定代表人：陈克勤，该公司总经理。
委托代理人：柴琰，陕西大唐律师事务所律师。
委托代理人：赵超，男，汉族，1981年1月8日出生，住西安市莲湖区，该公司员工。
被告（反诉原告）：西安向阳精炼工程有限公司，住所地：西安市高新区科技二路65号6幢1单元1层。
法定代表人：张碧云，该公司董事长。
委托代理人：王英杰，男，汉族，1957年4月30日出生，住西安市碑林区，该公司员工。
委托代理人：王奇，陕西海普睿诚律师事务所律师。
原告溧阳市神马机电设备安装有限公司（以下简称“神马公司”）与被告西安向阳精炼工程有限公司（以下简称“向阳公司”）建设工程合同纠纷一案，被告向阳公司提起反诉，本院一并受理后，依法作出（2011)雁民初字第04720号民事判决，原告神马公司不服该判决，上诉于西安市中级人民法院，西安市中级人民法院作出（2013）西民四终字第00324号民事裁定书，裁定撤销（2011)雁民初字第04720号民事判决，发回本院重审。本院另行组成合议庭，公开开庭进行了审理，原告神马公司的委托代理人柴琰，被告向阳公司的委托代理人王英杰、王奇均到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告神马公司诉称，原、被告于2008年签订了《建设工程施工合同》，约定向阳公司将新厂房建设工程发包给神马公司施工。该《建设工程施工合同》项下所涉及工程已于2009年4月18日通过竣工验收，工程交付后向阳公司使用至今，但向阳公司仍拖欠神马公司巨额工程款，致使神马公司无法及时支付农民工工资及材料商货款，严重损害了神马公司利益。故诉至本院，请求判令：1、被告支付工程欠款1094017.5元；2、被告支付逾期付款利息317850元（从应付之日起至实际给付之日止）；3、本案案件受理费由被告承担。
被告向阳公司辩称，第一，神马公司没有土建施工资质，故原、被告双方签订的厂房建设施工合同依法应认定为无效合同。第二，向阳公司就涉案合同已向神马公司支付工程款229万元，另据双方2008年11月14日确认的会谈纪要第三条确定的违约罚款40万元应当从工程款中扣除，该会议纪要第四条确定的钢材差价343897元应在总工程款中扣除。根据原一审依法委托的司法鉴定机构鉴定而产生的修复费用158906元应从总工程款中扣除。第三，神马公司承包的该厂房建筑工程存在大量未完、未做工程，不符合合同约定及图纸设计要求的工程项目，给向阳公司造成了严重的经济损失，且上述未完、未做工程的质差、价差应依法由神马公司承担，这部分也是向阳公司反诉的重要依据和事项，也是西安市中级人民法院发回重审的所在。第四，神马公司起诉要求的工程增加部分257075.50元与本案没有关联性，不应由向阳公司承担。涉案合同明确约定工程发生可调整的工程量增减等设计变更的事由，神马公司应在发生事由十四日内将调整原因、金额以书面形式通知向阳公司。本案施工过程中，向阳公司自始至终未收到神马公司关于调整工程量增减、设计变更等书面告知，神马公司要求的25万余元工程增加款，系其与案外人郭启发因土建工程的增加而产生的。原、被告双方之间签订的施工合同是按8.8米图纸签订的，而神马公司将土建工程分包给郭启发，是以地基宽2.1米的图纸与郭启发订立的土建合同，实际施工又是5.6米，与约定的8.8米存在差距，对于向阳公司而言，神马公司的施工反而减少了3.2米，这也是向阳公司的反诉理由。第五，神马公司在施工过程中，违法将工程土建分包给无资质的郭启发，存在严重延误工期的情况达124天，而合同约定的延误工期的违约金为500元/日。综上，请求驳回神马公司的诉讼请求。
反诉原告向阳公司反诉称，其与神马公司于2008年9月24日签订新厂房建设工程合同，工期为80天，2009年4月18日竣工。因神马公司未按合同约定向向阳公司提供完整竣工资料和竣工验收报告，导致该工程至今未验收。神马公司就该工程的质量问题提出在使用中修理完善，并于2010年11月15日向向阳公司提供了维修施工方案，由于该工程存在严重偷工减料和安全隐患的质量问题，向阳公司多次向神马公司发出整改修理函，但神马公司就质量问题一直不予解决。向阳公司为了消除安全隐患及工程质量问题委托第三方进行了返工和修理，需费用为1508711元。综上，向阳公司提出反诉，请求判令：1、反诉被告承担因工程质量重新返工修理费用1508711元；2、本案反诉费用由反诉被告承担。后向阳公司变更其反诉请求，将1508711元的修复费用变更为：1、反诉被告给反诉原告支付延误工期损失62000元。2、反诉被告支付反诉原告因工程质量问题而产生的修复费用158906元，以最终鉴定报告确定的数额为准。3、反诉被告支付反诉原告未完工程项目、不符合设计要求的工程价差、量差及门窗质量问题造成的损失60万元。4、反诉被告支付违法分包的违约损失45万元。5、本案案件受理费、鉴定费由反诉被告承担。
反诉被告神马公司辩称，第一，神马公司在延误工期的问题上，根据2008年11月14日的会议纪要最后一项，双方已协商同意工期顺延，且按照原一审中，向阳公司的工地负责人康某陈述，当时是因为市政道路拓宽等原因导致工期顺延，且顺延期限不少于90天。第二，针对修复费用，上次鉴定仅针对工程质量，不存在未完工程项目，从监理公司的验收单及向阳公司在2009年5月将涉案工程投入使用的情况，符合《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条的规定，且原一审也认为鉴定地基基础不影响安全质量问题，应参照合同付款。第三，原一审中所申请鉴定的主体结构，并非工程量鉴定，因向阳公司在原一审鉴定中提供虚假图纸，与实际施工不同，神马公司已在鉴定笔录中说明，但鉴定机构仅从主体鉴定，不存在未完工程鉴定。向阳公司所称的维修费用，按照合同约定已经超出质保期和质保范围，该修复费用应为有偿修复。第四，实际施工人郭启发作为神马公司的实际施工方，不存在违法分包，郭启发系神马公司的员工。另，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条的规定，建设工程施工合同无效，但经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的应予以支持。该土建工程结合鉴定报告来看，符合质量要求，对向阳公司也未产生任何实际损失。第五，原一审的鉴定系由向阳公司提出申请，涉及工程质量，故鉴定费及诉讼费应由向阳公司承担。第六，关于延误工期，在原一审庭审笔录中，向阳公司的康某对于工期顺延的原因及至少停工期限已做解释，且在二审中做了同样的陈述。
经审理查明，2008年9月24日，神马公司（乙方）与向阳公司（甲方）签订《建设工程施工合同》，工程地点为西安市长鸣路月登阁村；工程面积为3636平方米，每平方米含税造价为860元，其中土建部分为180元/㎡，总承包价为3126960元；工程承包范围为新厂房土建设计、施工、钢结构设计、施工；开竣工日期为2008年9月25日至2008年12月15日，共计80日历天，合同还对质量与验收、合同价款支付及合同价款的调整等内容进行了约定。合同第9条约定，推迟一天罚500元。合同第11-1-1、11-1-2条约定，乙方进驻工地，开始基础施工，甲方支付总额的30%预付款；基础施工15天，甲方按总额的20%支付第一次进度款，基础、地面工程完成，甲方按总额的20%支付第二次进度款。整体钢构工程完成，甲方按总额的20%支付第三次进度款。验收合格甲方按总额的5%支付验收款。一年质保期满，甲方支付全部剩余工程款。合同第11-2条约定，合同价款在合同约定后，任何一方不得擅自改变，但发生下列情况之一的可作调整：甲方代表确认的工程量增减；甲方代表确认的设计变更或工程洽商；工程造价管理部门公布的价格调整；一周内非乙方原因停水、停电、停气造成停工累计超过8小时，且造成经济损失的；合同约定的其他增减或调整。乙方应在上述情况发生14天内，将调整原因、金额以书面形式通知甲方代表，甲方代表批准后通知经办银行和乙方，甲方代表收到乙方通知后14天内不作答复，即视为已经批准。乙方未按上述要求及时办理时造成工程延误，由乙方负责。甲方未按上述要求及时办理审核签字和付款时，乙方可向甲方发出要求付款通知，甲方在收到乙方通知5日内仍不能按要求支付时，应承担违约责任。合同第28-3条约定，设计图纸定型以后，甲方依据设计图纸对钢材用量进行计算。重量计算公式为理论重量乘以105%，如果计算重量超出180吨，合同规定工程总价格不变，如果低于180吨乘以97%，按照实际减少数量乘以8200元/吨核算扣减工程款。
2008年，陕西高校建筑勘察设计研究院出具向阳公司钢结构车间2#厂房设计变更，主要内容为：该车间地基处理原设计为强夯，考虑到对旧厂房的影响，改为垫层法处理，消除湿陷性；垫层厚度为基础底下3米厚三七灰土垫层，垫层底部尺寸为原设计基础外沿外放3米不变；灰土干密度由击实试验确定，压实系数不小于0.95；基坑开挖按规范放坡。
2008年11月14日，原、被告双方达成一致并形成会议纪要，载明双方同意暂定罚款40万元，待工程结束后，对工程质量进行综合评定，如果达到优良工程可适当少罚或不罚；材料差价343897元在工程总款中予以扣除；其他按合同继续执行，工期顺延。
2009年4月18日，陕西正林工程监理咨询有限公司对该工程进行了初步验收，初步验收意见为合格，但原、被告并未进行竣工验收。2009年5月，向阳公司将该厂房投入使用。
另查明，向阳公司就涉案合同已支付神马公司229万元。还查明，神马公司的经营范围为凭资质证书从事机电设备安装专业承包三级、设备检修，无相关施工资质，故其将涉案工程的土建部分分包给郭启发，郭启发在现场以神马公司名义进行施工。
西安市中级人民法院于2012年4月9日作出（2012）西民四终字第00109号民事判决书，该判决中查明，神马公司将本案涉案厂房中的土建部分分包给郭启发施工，建筑面积3636平方米，原约定工程总价款为654480元（即每平方米180元），西安市中级人民法院审理中涉案工程向阳公司项目负责人、工地代表、监理公司代表均证实土建部分增加工程量的费用为257057.5元，故对该案土建工程中郭启发增加的工程量价款257057.5元予以认定，判决神马公司给付郭启发此笔款项。
庭审中，神马工程称工程完工后，向阳公司委派监理公司对已完工程进行验收合格，并交付使用，向阳公司应当支付工程款。针对该意见，神马公司提交了单位工程交工验收证明书复印件及现场照片予以证明。向阳公司对单位工程交工验收证明书复印件的真实性有异议，对现场照片的真实性无异议，对证明目的不认可，原、被告双方约定在工程完工后边使用边验收，向阳公司在使用过程中发现涉案工程存在严重质量问题及不符合图纸设计要求及未完成的工程，且神马公司交付的交工资料均没有加盖监理单位的公章，也没有进行相关的实验、检测报告及数据，不符合规定的形式要件和实质要件，建设方据此无法开展验收活动，故不存在神马公司所述的向阳公司对涉案工程验收合格的结论。向阳公司提交2010年9月28日会议纪要、《关于检查2号厂房存在的问题说明》、监理通知、整改函、照片、维修施工方案、整改进度表予以证明。神马公司对2010年9月28日会议纪要、《关于检查2号厂房存在的问题说明》、监理通知、整改函、照片的真实性不予认可，对维修施工方案、整改进度表的真实性认可，但称会议纪要没有其公司人员出席及签字，《关于检查2号厂房存在的问题说明》、整改函没有原件，且是向阳公司单方出具，其并未收到，涉案工程于2009年4月18日验收，并于5月投入使用，未约定边验收边整改，维修施工方案、整改进度表是有偿维修方案，与本案无关。
神马公司称施工单位、监理单位及建设单位的现场代表康某均认同在涉案工程施工中，是按照4.8米图纸进行施工的，实际施工人郭启发在土建工程量增加时监理方已向建设方工地负责人杜胜利进行汇报，杜胜利在（2012）西民四终字第00109号判决中对此进行了确认；向阳公司在发生火灾后，实际施工图纸已经烧毁，其现有8.8米图纸是在发生火灾后是向阳公司为了在其后的厂房拆迁中获得更大利益，故要求神马公司在原图纸基础上增加基础宽度重新绘制而成。针对该意见，神马公司提交了2012年4月20日情况说明、庭审笔录、工程施工图纸、2008年10月10日会议纪要、网络报道、情况说明予以证明。向阳公司对2012年4月20日情况说明及庭审笔录的真实性予以认可，对工程施工图纸、2008年10月10日会议纪要、网络报道及情况说明（复印件）的真实性不认可，认为会议纪要无向阳公司签字确认，其提交的施工图纸也不是本案图纸，对证明目的不予认可，向阳公司提交的8.8米图纸是双方签订涉案合同时，神马公司向向阳公司提供的，该图纸的出图日期为2008年10月5日，是双方签订合同时确定的施工图纸，如果施工过程中图纸发生变动，应当取得建设单位的同意，郭启发作为实际施工人与神马公司签订土建施工合同，神马公司给郭启发提供的图纸既不是4.8米的图纸，也不是8.8米的图纸，而是2.1米的草图，根据合同相对性原则，神马公司将郭启发的施工范围由2.1米提高到4.8米是增加工程量，但尚未达到原、被告之间约定的8.8米的程度，故郭启发与神马公司之间关于工程量的增加，与向阳公司无关。
神马公司称（2012）西民四终字第00109号判决中查明郭启发是本案中实际施工人并确有工程量增加的事实，康某是向阳公司驻工地代表，杜胜利是向阳公司工地负责人，李某是监理公司代表，向阳公司及监理公司对实际施工人郭启发的增加工程量均予以认可，且杜胜利表明增加工程量的证据在向阳公司均有留存，但因失火而灭失，与证据二中网络报道相互印证，故向阳公司应当支付增加工程量的价款；康某、李某均认定实际施工是按照4.8米图纸进行的，不存在未作、未完工程，也不存在不符合合同约定的情况。针对该意见，神马公司提交了（2012）西民四终字第00109号判决、询问笔录、证明、证人证言、庭审笔录予以证明。向阳公司对上述证据的真实性予以认可，但不认可证明目的，理由同上，康某、李某的证人证言不符合证据的形式要件，证人应当出庭作证。神马公司遂申请康某、李某出庭作证。证人康某当庭陈述如下：向阳公司聘请其作为月登阁村新建车间的工地主管技术，图纸设计原为强夯，但因旁边有1号车间不能采用强夯，故将该图纸予以否决，改为4.8米槽道开挖，开挖后要做普探，根据普探资料处理地下垃圾或墓道，原图纸设计开挖2.1米深度，后加深到2.4米，兜槽最底部宽度为4.8米，增加量不等；其不清楚图纸是谁委托设计的，也不清楚原、被告双方签订合同时依据的是何图纸；工程延误的原因是涉案工程的土地有施工手续不全的现象，延误期间最少有三个月左右。证人李某当庭陈述如下：其称其做了手术，想不起来自己的出生年月和住址，其不清楚向阳公司二号厂房图纸是由谁委托设计，实际施工的是4.8米图纸，不清楚施工过程中是否由强夯变更为开挖，也不清楚神马公司交工资料中有60多页需要监理方签字的位置空白。向阳公司对康某的证言不予认可，称康某与向阳公司、向阳公司负责人在施工过程中及工程结束后有私人矛盾；其对李某的证人证言不予认可，李某手术后神志不清，无法回答各方提问。向阳公司称涉案图纸系由神马公司提供的，其在施工过程中针对不同的对象提供过不同的三份设计图纸，其与向阳公司是按照地基宽度8.8m的图纸签订合同的，与郭启发是按2.1m图纸订立的合同，实际施工是按地基宽度4.8m施工的，故（2012）西民四终字第00109号判决认定的郭启发与神马公司的土建合同从2.1m增加到5.6m，对于向阳公司来说，实际是从8.8m减少到5.6m，故（2012）西民四终字第00109号判决认定的土建工程量增加与向阳公司无关。
向阳公司称该工程主体及基础部分存在质量问题，故申请对工程主体及基础部分质量及修复费用进行鉴定。经西安市中级人民法院委托鉴定，陕西信远建筑工程司法鉴定所（以下简称“信远鉴定所”）于2012年5月28日作出陕信[2012]质鉴字第23号鉴定报告，鉴定结论为：1、涉案厂房目前未发现地基下沉的质量问题，基坑开挖范围与现场勘察时双方当事人确认的设计图纸要求不符。2、厂房钢构主体未见有影响正常使用的结构安全质量问题。厂房钢构主体构件未做二级防火处理，不符合设计要求。部分钢构件局部返绣，应修复处理。厂房四周围护墙内墙面漏水影响正常使用，应修复。3、修复费用估算为158906元。原、被告双方收到鉴定报告后，均提出异议，鉴定机构对神马公司提出的一次异议及向阳公司提出的两次异议进行了答复，鉴定人员亦出庭接受了双方质询，认为原鉴定报告认定鉴定结论符合客观事实，无需进行修改。向阳公司为此交纳鉴定费65000元。
后向阳公司又申请鉴定神马公司未作项目造价、设计变更由强夯变更为垫层法处理的价差、不符合施工图纸设计要求项目的差价、土建基础开挖及夯实达不到图纸设计标准、是否影响该工程的建筑结构设计使用30年及建筑物抗震设防烈度8度的要求、使用年限缩短的损失。经西安市中级人民法院委托鉴定，信远鉴定所于2015年7月25日出具陕信[2015]质鉴字第49号鉴定意见书，鉴定意见为：（一）委托鉴定项目的量差价差、重置费用：1、实际施工基础基坑（宽度5.6m）与设计要求（宽度8.8m）的量差差价123885元；2、墙面夹芯板EPS容重（7.12kg）与图纸设计容重（12kg）不符的量差差价11150元；3、4个卷闸门与图纸设计不符的差价为43820元；4、塑钢窗重置费用为132032元。（二）关于“涉案工程土建基础开挖、夯实等达不到图纸的设计标准，是否影响该工程的建筑结构设计使用30年的年限及建筑物抗震设防烈度8度的要求”，基坑开挖自基础边沿外放3m、地基强夯加固或基础下3m厚3:7灰土垫层法处理，均为设计要求对地基进行加固、消除湿陷的保证措施，实际施工均未按设计要求进行施工，即不能保证地基在不利条件下（地基浸水、地震等）房屋的安全性。信远鉴定所于2015年8月10日出具陕信[2015]造鉴字22号鉴定意见书，鉴定意见为：1、被申请人未做的工程项目，其工程造价为191422.54元；2、工程基础部分按照设计变更由“强夯”变更为“垫层法处理”，其价格增加了，价差为313688.96元（若按现场实际施工情况，其价格增加了，价差为200393.18）。向阳公司交纳鉴定费4万元。信远鉴定所对双方当事人的异议进行了回复，鉴定人员亦出庭接受双方质询，信远鉴定所称其在[2015]造鉴字22号鉴定意见书的结论中表述有误，后信远鉴定所作出情况说明，主要内容为：一、就“被申请人未做的工程项目，其工程造价为191422.54元”的解释说明：被申请人未做的工程项目，即墙裙乳胶漆未刷、厂房南侧散水未做、东侧两个大门洞未安装大门，这三项工程造价为191422.54元。2、工程基础部分按照设计变更由“强夯”变更为“垫层法处理”，其价格增加了，价差为313688.96元（若按现场实际施工情况，其价格增加了，价差为200393.18）。说明：工程基础部分按照设计变更由“强夯”变更为“垫层法处理”，其价差应为“强夯法”土方开挖深度450㎜、3:7灰土垫层回填深度450㎜、有效加固深度8m的工程造价与“垫层法处理”中土方开挖深度3m、3:7灰土垫层回填深度3m的工程造价的差值，即“垫层法处理”价格高，“强夯”价格低，价差为313688.96元。工程基础部分按照原设计“强夯法”施工价格与“现场实际施工情况”价格比较，其价差为未进行有效加固深度8m的地基强夯价格，即“强夯法处理”价格高，“现场实际施工情况”价格低，价差为200393.18元。
上述事实，有《建设工程施工合同》、设计变更、会议纪要、转账凭证、（2012）西民四终字第00109号民事判决、陕信[2012]质鉴字第23号鉴定报告、陕信[2015]质鉴字第49号鉴定意见书、陕信[2015]造鉴字22号鉴定意见书、异议回复、情况说明、发票及庭审笔录等在卷佐证，并经当庭质证，足以认定。
本院认为，原、被告双方于2008年9月24日签订的《建设工程施工合同》，因神马公司未取得建筑施工企业资质，违反相关法律规定，本院依法认定该合同无效。关于工程总价款一节，神马公司不认可向阳公司提交的地基宽度8.8m图纸，称8.8m图纸系火灾后补的，实际施工是按照4.8m进行的，故涉案厂房土建部分增加工程量费用257057.5元，但该合同第1-4条约定神马公司的承包范围包含新厂房土建设计、施工，钢结构设计、施工，实施交钥匙工程，说明图纸是由神马公司交付给向阳公司的，神马公司未提交充足证据证明8.8m图纸系事后后补的材料，且无法证明原、被告双方是按照4.8m图纸签订的涉案《建设工程施工合同》，神马公司提交的（2012）西民四终字第00109号案件系其与郭启发之间纠纷，故神马公司要求向阳公司支付厂房土建部分增加工程量费用257057.5元，证据不足，本院依法不予支持。
涉案合同的承包总价为3126960元，原、被告双方于2008年11月14日形成的会议纪要载明神马公司同意从工程款中扣除材料差价343897元，故本院依法将该材料差价343897元从承包总价中予以扣除；另，会议纪要中暂定罚款40万元，若达到优良工程可不罚或少罚，因该项内容并未经双方正式确定，且建设部于2001年7月20日颁布的《建筑工程施工质量验收统一标准》已取消了工程质量“优良”、“合格”之等级标准，统一规定为“合格”与“不合格”质量，故原、被告双方在会议纪要中关于此项的约定不具有可操作性，且该工程经监理公司初步验收为合格，故本院对向阳公司要求从工程款中扣除罚款40万元的意见不予采纳。另，向阳公司要求扣除未做工程及量差、价差及质量问题造成的损失60万元，并申请鉴定，神马公司对鉴定意见书、异议回复及情况说明虽不予认可，但其不认可的主要理由为向阳公司提交的8.8m图纸不是双方签订合同时的图纸，而是向阳公司火灾后后补的图纸，但神马公司未提交充足证据证明上述意见，且该8.8m图纸是神马公司提供给向阳公司的，故本院依法对鉴定意见书、异议回复及情况说明等予以认定。根据鉴定意见书、情况说明，神马公司未做工程项目造价为191422.54元；工程基础部分按照设计变更由“强夯”变更为“垫层法处理”，“强夯法处理”价格高，“现场实际施工情况”价格低，价差为200393.18元；实际施工基础基坑与设计要求的量差差价为123885元；墙面夹芯板EPS容重（7.12kg）与图纸设计容重（12kg）不符的量差差价为11150元；4个卷闸门与图纸设计不符的差价为43820元；塑钢窗重置费用为132032元。因向阳公司在未经竣工验收的情况下擅自使用涉案工程，故上述费用中塑钢窗重置费用132032元不符合《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条的规定，本院依法不予支持，故应当将未完工程、不符合设计要求的量差差价570670.72元在合同总价中予以扣除，即向阳公司应付神马公司工程款2212392.28元，向阳公司已就涉案合同向神马公司已付工程款229万元，神马公司要求向阳公司支付剩余工程款，缺乏事实和法律依据，本院依法不予支持，神马公司应退还向阳公司工程款77607.72元。
关于神马公司主张的逾期付款利息一节，因原、被告双方并未最终结算，且神马公司存在未完工程的情况，故神马公司的利息请求，缺乏事实和法律依据，本院依法不予支持。
关于反诉请求，向阳公司主张延误工期的损失62000元，但反诉原、被告双方在2008年11月14日签署的会议纪要上载明工期顺延，工程存在设计变更，向阳公司认可基坑开挖后发现有垃圾坑，需将工期顺延1个月来清理垃圾坑，且根据合同约定，向阳公司应在工期延误后的28天内向神马公司提出索赔，故向阳公司要求神马公司支付62000元延误工期的损失，缺乏事实和法律依据，本院不予支持。
向阳公司反诉称该新厂房工程存在质量问题，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条之规定，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持；但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。涉案工程于2009年4月18日经监理方陕西正林工程监理咨询有限公司初步验收，且向阳公司已于2009年5月将该厂房投入使用，也无证据证明其在一年的质保期内向神马公司提出过整改通知，故神马公司仅对地基及主体质量问题承担民事责任，根据鉴定报告，涉案工程地基未发现质量问题，主体未见有影响正常使用的结构安全质量问题，但主体应修复部分的费用为158906元，故对该项反诉请求，本院予以支持。
向阳公司要求扣除未做工程及量差、价差及质量问题造成的损失60万元一节，已在本诉中处理，不再赘述。向阳公司无证据证明神马公司分包造成其45万元的损失，故对上述反诉请求，本院不予支持。综上，兹依据《中华人民共和国合同法》第五十二条第（五）款、第一百零七条、第一百零九条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第一条、第十三条之规定，判决如下：
一、反诉被告溧阳市神马机电设备安装有限公司于本判决生效之日起十日内向反诉原告西安向阳精炼工程有限公司退还工程款77607.72元，并支付主体修复款158906元。
二、驳回原告溧阳市神马机电设备安装有限公司的诉讼请求。
三、驳回反诉原告西安向阳精炼工程有限公司其余反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条的规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本案案件受理费本诉部分20714元，由原告承担；反诉部分9189元，由反诉被告承担5513元，反诉原告承担3676元；鉴定费105000元由原告承担65000元，被告承担4万元。上述款项相抵后，原告应在本判决生效后十日内向被告支付70513元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于陕西省西安市中级人民法院。
审 判 长 朱 华
人民陪审员 曹广师
人民陪审员 张停战
二〇一七年六月十六日
书 记 员 李彦霖
打印：相丽华校对：李世艳2017年月日送达