江苏省高级人民法院
民 事 判 决 书
(2016)苏民终471号
上诉人（原审原告）：宏润建设集团股份有限公司，住所地：浙江省象山县丹城镇建设东路262号。
法定代表人：郑宏舫，董事长。
委托诉讼代理人：殷之杰，上海市申达律师事务所律师。
委托诉讼代理人：殷一帆，上海市申达律师事务所律师。
上诉人（原审被告）：仙妮蕾德食品（昆山）有限公司，住所地：江苏省昆山市淀山湖镇北苑路北侧。
法定代表人：陈得福，董事长。
委托诉讼代理人：韩蓓蓓，上海新望闻达律师事务所律师。
委托诉讼代理人：张伟清，上海新望闻达律师事务所律师。
上诉人宏润建设集团股份有限公司（以下简称宏润公司）与上诉人仙妮蕾德食品（昆山）有限公司（以下简称仙妮蕾德公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服江苏省苏州市中级人民法院（2011）苏中民初字第0008号民事判决，向本院提起上诉。本院于2016年3月30日受理后，依法组成合议庭，于2016年9月1日公开开庭审理了本案。上诉人宏润公司的委托诉讼代理人殷之杰、殷一帆，上诉人仙妮蕾德公司的委托诉讼代理人韩蓓蓓到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
宏润公司上诉请求：1、撤销一审法院判决关于涉案工程为不合格工程的错误认定，确认涉案工程已经竣工验收合格并已经备案；2、依法改判一审法院判决关于工程尾款支付利息的时间为自2010年8月26日起按照中国人民银行同期贷款利率支付利息至本判决生效时止；3、撤销一审判决主文第二项，改判仙妮蕾德公司于本判决生效后十五天内支付宏润公司工程质量保证金6867047元，并自2010年8月26日起按照中国人民银行同期贷款利率支付质量保证金3433523.5元的利息至本判决生效之日止，自2011年2月26日起按照中国人民银行同期贷款利率支付工程质量保证金3433523.5元的利息至本判决生效之日止；4、一审本诉、反诉案件受理费、鉴定费由仙妮蕾德公司承担。事实和理由：1、本案所涉工程已经分别通过分部验收、单位工程质量验收、四方验收。仙妮蕾德公司已经接受本案所涉工程并且已经举行开幕典礼进行生产。双方还签订了《补充协议书》，明确质量保修期限从2009年10月30日开始起计算。此外，昆山市建设工程质量监督站书面确认“该工程已于2010年8月16日竣工验收，验收已经通过”。昆山市城建档案馆出具了审核通过的意见。综上，本案所涉工程早已经竣工验收合格并交付使用且备案。2、一审法院认定涉案工程事实上并未进行实质性的竣工验收错误，双方协议约定已经开始计算保修期限，所谓维修不合格工程是指宏润公司应履行保修义务。3、涉案建设工程已经竣工验收合格，一审鉴定报告不能作为工程可视为不合格工程的证据，鉴定结论也只能证明涉案工程在保修期限内存在质量缺陷，不能证明涉案工程为不合格工程。一审法院委托鉴定违法，且鉴定单位到现场钻孔取样时也未通知上诉人。4、一审法院按照宏润公司起诉主张权利之日开始计算利息错误，2010年5月18日的《补充协议书》对于支付工程款以及工程质量保证金进行了约定，根据昆山市建设工程质量监督站的书面确认，欠付利息的起算时间点应为2010年8月26日。5、一审法院认为上诉人应当承担工程质量问题对被上诉人造成的损失316万余元，与事实相悖且严重违法。鉴定报告应以《工业建筑可靠性鉴定标准》为鉴定依据，修复方案中对于02区地坪修复不应采用钢屑水泥砂浆而应采用特殊矿物骨料耐磨地坪。对于墙体裂缝也可以采用局部修复。对于鉴定结论一审审理中宏润公司要求鉴定人员出庭及申请专家出庭，一审法院未予采纳。6、上诉人宏润公司始终愿意履行保修义务而仙妮蕾德公司拒绝上诉人维修。7、一审法院判决认定违约金22万余元以及判决宏润公司承担鉴定费错误。
针对宏润公司的上诉，仙妮蕾德公司提起上诉请求：1、请求撤销一审判决主文第一项、第二项，依法改判驳回宏润公司的诉讼请求；2、本案上诉费用由宏润公司承担。事实和理由：1、上诉人接收该系争工程的目的仅仅是为了试车，该行为或者之后厂房开幕典礼的表面行为都不应认定为上诉人接受并擅自使用了本案所涉工程，事实上仙妮蕾德公司从未正式启用全部诉争工程。2、双方于2010年5月18日签订的《补充协议书》确定的工程总价137340944元不应作为计算工程款的依据。本案工程经鉴定为不合格工程，一审判决认定的违约金数额远远低于仙妮蕾德公司的实际损失。一审法院不应支持其工程总造价3.41%的利润部分。3、目前支付剩余工程款及质量保证金的前提条件尚未成立，本案所涉工程需要加固后重新进行验收，且宏润公司提交的竣工验收资料不完整。
宏润公司向一审法院起诉请求：1、判决仙妮蕾德公司支付工程款11174438元；2、判决仙妮蕾德公司支付质量保证金6867047元；3、判决仙妮蕾德公司支付逾期支付工程款利息5991160.88元（自2010年8月26日起，按照应支付的工程款11174438元和50%的质量保证金3433523.5元,暂计至2015年11月30日止;自2011年2月26日起，仙妮蕾德公司应支付剩余50%质量保修金3433523.5元的利息，暂计至2015年11月30日止，以上均应计算至判决生效之日止）；4、判决仙妮蕾德公司承担诉讼费。
仙妮蕾德公司向一审提起反诉请求：1、判决宏润公司支付或在剩余工程尾款中扣除因施工质量不符合合同要求的违约行为造成的经济损失8667047元（暂计至以鉴定结论出来之日起）；2、宏润公司承担本案全部诉讼费用。
一审法院认定事实：2007年1月20日，仙妮蕾德公司与宏润公司签订一份《建设工程施工合同》，约定：宏润公司对仙妮蕾德公司一期厂房进行承包建设施工，工程内容：土建工程、给排水工程、电气工程、室外总体、装潢，不包括工艺管道和设备的采购及安装工程。合同工期：2007年2月5日，竣工日期：2007年10月20日，合同工期总日历天数250天。质量标准：一次性验收合格。合同价款：120340944元。合同通用条款15.1中约定：工程质量应当达到协议书约定的质量标准，质量标准的评定以国家或行业的质量检验评定标准为依据。工程质量应承包人原因未能达到约定的标准，承包人承担违约责任。合同专用条款中约定：本合同价款采用固定闭口总价。合同价款中包括的风险范围：施工期间的政策性调整及市场风险、图纸工程量的计算误差、设计变更、签证、施工现场等。工程进度款支付的方式和时间：发包人仙妮蕾德公司应于合同生效后一周内预付合同金额的25%作为备料款，同时承包人宏润公司须支付等额的履约保函；合同生效次月开始，每月5日发包人按照上月实际完成工程造价的75%支付工程款进度款；累计支付工程（包括25%预付款）已超过工程总价50%后，发包人开始逐月扣除工程预付款，即每月5日按照上月实际完成的工程造价的75%的一半支付进度款；工程竣工验收通过后并审价结算完毕后支付至结算总价的95%；留取结算总价的5%作为质量保证金，完成一年质量保修后10天内支付；因承包人的原因造成工程不能如期完成的，每延误一日，支付违约金为竣工款的万分之二。本合同通用条款第15.1款约定承包人违约应承担的违约责任是支付每平方米5元的违约金。专有条款中对其他事项也一并作出了约定。
2008年5月6日，仙妮蕾德公司与宏润公司签订一份《仙妮蕾德昆山厂房一期工程补充协议》，约定：由宏润公司承担仙妮蕾德公司昆山厂房一期所增加的变更消防工程。该增加变更部分的消防工程款总额为13500000，本合同为闭口合同。支付方式：本协议签订之日起一周内支付40%工程款，即5400000元，施工开始第二个月根据提交的工程进度报告后5个工作日内，支付15%工程款，即2025000元，施工开始第三个月根据提交的工程进度报告后5个工作日内，支付10%工程款，即1350000元，工程竣工通过验收后，支付30%工程款，即4050000元，保证金为工程款5%，即675000元，支付时间与建设施工合同一致。工程期限：三个月，自2008年5月1日起至2008年7月31日止。违约责任：…，宏润公司未能按期完成工程，应每天按照应付工程的0.1%支付违约金。附件同本协议与主合同具有同等法律效力。…。
2008年5月10日，宏润公司与上海乔楚消防设备有限公司签订一份《消防碰头产品购销合同》，同年6月11日，上述产品运送至仙妮蕾德公司。
2008年9月5日，仙妮蕾德公司与宏润公司签订一份《采购合同》，设备名称：生产线配管系统。宏润公司工作内容：生产线配管系统的丈量计算、施工组织设计、制造、运输、吊卸、定位、安装、调试。合同总价：3500000元（含税），履约保函为合同总金额的10%，即350000元。双方签订本合同后，仙妮蕾德公司自收到履约保证金350000元后，支付合同金额的30%作为工程预付款，即1050000元。设备及有关物料进厂后，经检验通过后，支付合同金额的40%，即1400000元。设备安装完成通过验收支付合同总金额25%的验收款项，即875000元。设备全部安装调试验收合格365天后7个日历内支付5%质保金，即175000元。合同金额应视为已经包括工人、材料及材料市场差价等风险，合同将不会因上述因素改变，除工程变更、暂定项目调整及合同另有规定外，合同金额及单价不作任何调整。宏润内公司收到签约款后30日历天内将配管所需材料运交仙妮蕾德公司指定地点,送达后45个日历天内配管完成,设备安装并调试完毕后经甲方验收合格,视为宏润公司交货完毕，…。质保期为一年（365天）。…。
2008年9月2日，仙妮蕾德公司出具一份《证明》，载明直接由业主发包给其他施工单位的安装工程有以下几项：1、方便面联合工房的高低压配电设备、空调系统、生产流水线设备、空气压缩机设备、软化水设备；2、动力中心的高低压配电设备、菜油发电机设备、锅炉设备、洗衣房设备；3、污水处理站的污水处理设备；4、食堂及办公楼的空调系统。
2009年9月8日，宏润公司向仙妮蕾德公司发出一份《关于要求尽快组织竣工验收备案的报告》，载明：昆山工厂项目经参与各方的努力，已通过了消防、规划、绿化等部门的验收，早已具备申报竣工备案的条件，请业主尽快申报，组织备案，以便早日投产使用。
诉讼中，宏润公司提供六份《单位工程竣工验收证明书》，该证明书有施工、监理、建设、设计单位四方盖章，但未注明盖章的时间，也没有注明工程竣工的时间以及工程验收的时间。
2009年11月4日，仙妮蕾德公司举办了涉案工程厂房的开幕典礼。
2009年11月9日，宏润公司向仙妮蕾德公司出具一份《结算资料》，载明：我公司承建的昆山厂房项目早已完工，其间双方签订了一期厂房的施工合同为120340944元，消防增加合同为13500000元，配管合同为3500000元，三个合同总价为137340944元。根据合同要求三个合同均为总价包干合同。截止目前为止，仙妮蕾德公司共支付工程款为104699459.38元，扣除质保金5%为6867047.20元，仙妮蕾德公司应支付25774437.42元，以上款项请业主尽快支付。
2010年1月21日，宏润公司向仙妮蕾德公司发出一份《关于要求支付工程款的报告》，认为涉案工程已经投入使用，尚欠我公司工程款22441484.70元，目前又到年关，为避免材料供应商和民工聚众讨债，请业主在2010年1月底支付剩余工程款。
2010年5月18日，仙妮蕾德公司与宏润公司签订一份《补充协议书》，约定：三个合同（以下简称原合同）经协商就工程交付及工程款支付等事项，达成补充协议如下：1.1、双方原合同工程总价为137340944元，经双方进行最后决算，双方确认此工程总价为132740944元，该总体工程款为固定价，除非另有书面约定，不因任何原因而增加。1.2、双方共同确认，质量保证金总金额为6867047元。质量保证金按照原合同规定在确认没有质量问题的情况下支付。如在质量保修期内没有发生质量问题，或者出现质量问题，乙方（宏润公司）如约如期及时予以解决并经验收合格，甲方（仙妮蕾德公司）分2次支付剩余质量保证金，或乙方未按约履行保修义务而有甲方委托第三人进行维修，甲方在扣除合理维修费后若有剩余，甲方分2次支付剩余质量保证金。1.3、乙方必须于双方签订本协议之日起2个月内完成维修所有甲方工厂中不合格之工程。若乙方在前述期限内没有进行维修工作，甲方有权暂不返还50%的保证金3433523.5元。----。1.7、双方共同确认，甲方已经支付给乙方的工程款为114699459元。1.8、甲方尚须支付乙方工程尾款11174438元（不含保证金）。2.1、乙方在双方协议签订后，即协助甲方做竣工验收的准备工作。上述协议还对保修的范围以及保修的时间进行了约定，质量保修期从2009年10月30日开始计算。
2010年9月10日，昆山市城建档案馆出具六份证明，证明涉案工程通过登记备案。
2010年9月26日，宏润公司向仙妮蕾德公司发出一份《催款函》，载明：按照补充协议书的约定，仙妮蕾德公司尚欠工程款14607916.5元，请尽快支付。
2010年11月15日、2010年12月3日及12月11日，仙妮蕾德公司向宏润公司发出三份《公函》，载明：宏润公司未完成工程方面遗留问题及维修工作，应解决漏水问题，空调验收问题以及协助办理工程验收备案手续，在尚未取得政府部门验收合格文件前，不需要支付任何款项；宏润公司虽进行了部分质量问题的维修，但过了一段时间以后原先修复的地方又重新出现了问题，我公司担心整体工程有潜在的质量问题；双方共同委托昆山市建设工程质量检测中心检测的委托书请宏润公司尽快盖章给我公司。
2010年12月21日，宏润公司委托律师向仙妮蕾德公司发出一份《律师函》，要求仙妮蕾德公司按照双方签订的《补充协议书》的约定支付涉案工程尾款及质量保证金。同年12月24日，仙妮蕾德公司出具《复函》，认为按照补充协议书的约定，宏润公司应当在我公司收到政府竣工验收合格的书面文件后，才有权要求支付工程尾款及质量保证金，但宏润公司未能将所有文件向政府管理部门办理竣工验收备案手续，所以我公司尚未收到合格文件，宏润公司无权主张我公司支付尾款及质量保证金。关于双方应共同委托昆山市建设工程质量检测中心检测，但宏润公司于事后拒绝签订委托书。鉴于工程质量维修问题尚未获得解决且备案手续尚未完成，宏润公司须承担相应的责任。同年12月29日，宏润公司委托律师对上述复函作出了答复和解释，认为宏润公司已经履行了相关登记备案手续，由于工程已经交付使用，因此，不存在委托第三方进行质量检测，并重申要求仙妮蕾德公司支付尾款及保证金，否则向法院提起诉讼。
2010年12月31日，仙妮蕾德公司向宏润公司发出一份《函件》，载明到目前为止工程上还有遗留许多质量问题没有维修完成，请尽快派人来厂维修。2011年1月31日宏润公司委托律师出具一份《律师函》答复：仙妮蕾德公司擅自使用未经竣工验收的工程，依法应由该公司承担相应责任。根据2010年5月18日的补充协议约定，现宏润公司仅有的义务为保修义务，尽管本律师多次发函要求支付工程款遭拒绝，但宏润公司仍愿意在保修期内根据要求履行相应的义务。
诉讼中，一审法院根据仙妮蕾德公司的申请，对该公司提出的关于涉案工程质量问题，委托了苏州市建设工程质量检测中心有限公司进行质量鉴定，2013年1月25日，该检测中心出具一份《检测鉴定报告》，检测鉴定结论为：1、方便面联合工厂01区、02区、食堂及办公楼的基础、主体结构，动力中心主体结构及门卫基础的施工质量不符合《混泥土结构工程施工质量验收规范》GB50204-2002（2011年版）及设计要求。动力中心的基础、门卫、污水处理的主体结构施工质量符合《混泥土结构工程施工质量验收规范》GB50204-2002（2011年版）及设计要求。2、方便面联合工厂01区、02区、动力中心、食堂及办公楼、污水处理房均存在不同程度的墙体与地坪裂缝。3、方便面联合工厂01区、02区、动力中心、食堂及办公楼、污水处理房、门卫均存在楼、屋面渗漏现象。4、雨水井走向，雨水管道长度，窨井数量等不符合设计要求。
2014年1月24日,南京东南建设工程安全鉴定有限公司针对上述质量检测报告中存在的质量问题,出具一份《修复加固方案司法鉴定报告》，对存在的质量问题以及其对房屋安全使用影响予以了分析，并出具了修复和加固方案。
2015年10月26日，江苏天衡工程咨询管理有限公司苏州分公司出具一份《工程造价咨询报告书》，对存在的工程质量问题的修复和加固方案作出造价鉴定，价格鉴定结论为：本案房屋等修复加固方案所需费用为：2940090.11元。其中房屋维修费用为2819631.41元，加固费用为120458.70元。对上述报告中扣除的约78万余元（初稿中含该笔费用），该公司作出回复：根据南京东南建设工程安全鉴定有限公司于2015年10月13日出具的工作联系函，因为钢屑水泥砂浆地坪，将该地坪定额材料中钢屑水泥砂浆含量由5mm厚的含量变为20mm后的含量，比较合理，更适合本工程。
上述三份报告在送达双方当事人后，一审中双方均分别提出了异议，一审法院也重新要求鉴定单位予以答疑，鉴定机构根据异议也分别出具了出面异议答复，并送达双方。
一审法院另查明：2007年6月26日至2007年12月31日，仙妮蕾德公司共签署七份延长工期报审表，同意延长的工期为29.5天。
根据2010年10月14日签署的宏润公司的资质证书，该公司的资质等级为：市政公用工程施工总承包一级、房屋建筑工程施工总承包一级、机电安装工程施工总承包一级、地基与基础工程专业承包一级、建筑装修装饰工程专业承包一级。
一审诉讼中，仙妮蕾德公司增加反诉请求，要求判决宏润公司支付工期延误违约金。宏润公司亦变更诉讼请求，要求判决仙妮蕾德公司支付逾期支付进度款违约金。鉴于上述增加诉请和变更诉请均超出本案答辩期限和举证期限，不符合最高人民法院关于民事诉讼证据规则的规定，经一审法院释明可另行主张权利后，双方予以了撤回。2011年12月12日，仙妮蕾德公司向一审法院另行起诉要求宏润公司支付工期延误违约金暂计13340465元。而宏润公司在收到起诉状后，提出反诉，要求仙妮蕾德公司支付逾期支付进度款违约金3333604.2元。一审法院于2012年2月20日立案受理（一审法院案号：2012苏中民初字第0014号）。
一、关于仙妮蕾德公司欠付工程尾款数额的认定。
一审法院认为，仙妮蕾德公司与宏润公司签订的建设工程施工合同、一期工程补充协议（消防合同）、配管系统采购合同系双方当事人真实意思之表示，未违反中华人民共和国法律、法规之规定，应认定合法有效，双方当事人均应恪守约定履行。
上述三份合同约定的合同总价均为固定总价，根据双方于2010年5月18日签订的《补充协议书》之约定，三份合同总价为137340944元，经双方最后决算后，一致确认工程总价为132740944元，重新确认的总价系双方协商一致的结果，本院予以采纳。同时，上述补充协议中又对仙妮蕾德公司已付工程款总额予以了确认，即114699459元，以及对欠付的工程尾款总额予以了确认，即11174438元（不含保证金），故本院据此认定仙妮蕾德公司应支付宏润公司工程尾款为11174438元。
二、关于质量保证金6867047元是否应由仙妮蕾德公司全额返还以及仙妮蕾德公司反诉提出的宏润公司工程施工中存在质量问题造成其损失赔偿如何处理之问题。
一审法院认为，建设工程施工合同属于特殊形式的承揽合同，法律规定承包人的主要合同义务就是按照合同约定向发包人交付合格的建设工程，如果承包人交付的建设工程质量不合格，发包人订立合同的目的就无法实现，发包人不仅可以拒绝受领该工程，而且也可以不支付工程价款。
涉案工程质量经苏州市建设工程质量检测中心有限公司检测，大部分工程项目存在地基基础和主体结构不符合《混泥土结构工程施工质量验收规范》及设计要求。同时，部分工程存在墙体、地坪裂缝，漏水以及有关附属工程，例如雨水走向等不符合设计要求的质量问题。诉讼中，宏润公司虽提供了六份工程竣工验收证明书、涉案工程备案登记证明以及2009年11月4日仙妮蕾德公司举办厂房开幕典礼的材料的主要关键证据，以此证明涉案工程已经通过竣工验收并交付使用。但其提供的六份工程竣工验收证明书中，既没有工程验收的时间，也没有四方签字盖章的时间、更没有工程竣工的时间。诉讼中，宏润公司对此未能作出合理的解释。同时，一审法院注意到2010年5月18日仙妮蕾德公司与宏润公司签订的《补充协议书》载明，宏润公司必须于双方签订本协议之日起2个月内完成维修所有工厂中不合格之工程。根据上述文意的一般理解，可以得出一是在签订上述协议时，工厂中尚有工程需要维修；其二维修的工程系不合格之工程。另外，一审法院亦注意到2011年1月31日宏润公司委托律师向仙妮蕾德公司发出的律师函答复中，提出仙妮蕾德公司擅自使用未经竣工验收的工程，依法应由该公司承担相应责任的表述，该表述可视为宏润公司认可涉案工程尚未竣工验收，同时告知了发包人擅自使用后的法律后果。因此，涉案工程事实上并未进行实质性的竣工验收。
根据《中华人民共和国建筑法》第六十条第一款中关于建筑物在合理使用寿命内，必须确保地基基础工程和主体结构质量的规定，一审法院认为建设工程是否经过验收、发包人是否擅自使用，如果建筑工程在合理使用寿命内地基基础和主体结构质量出现问题，承包人仍要承担责任，这是法律的强制性规定。而涉案工程恰恰涉及到了地基基础和主体结构质量不符合工程质量验收规范和设计要求，应视为一项不合格工程,导致发包人仙妮蕾德公司订立合同的目的不能实现。因此，宏润公司应当对此承担相应的责任。鉴于仙妮蕾德公司在2009年11月4日进行了厂房开幕典礼，该行为一审法院可视为其事实上接收了涉案工程，因此，对于涉案工程中存在的非地基基础和主体结构质量问题，应视为一般质量瑕疵，在仙妮蕾德公司接收涉案工程后，由此产生的质量风险应由该公司承担，故一审法院对仙妮蕾德公司在涉案纠纷中要求对其他质量问题进行评估鉴定的申请不予采纳。而对于涉案地基基础和主体结构质量问题宏润公司不能因仙妮蕾德公司事实上接收涉案工程而对此免责。鉴于诉讼中仙妮蕾德公司明确表示涉案工程质量问题宏润公司已无能力修复，且双方已缺乏信任基础，不同意继续有宏润公司修复，故一审法院为避免新的矛盾和纠纷的产生，结合工程修复和加固方案造价鉴定报告，应由宏润公司赔偿涉案工程质量修复费用2940090.11元，赔偿后涉案工程中存在的质量问题则由仙妮蕾德公司自行修复处理。至于仙妮蕾德公司提出的在造价鉴定报告正式稿中应增加被扣减的77万余元的费用，因鉴定机构对此已经作出合理说明，故一审法院不予支持。
关于仙妮蕾德公司提出的其他质量损失赔偿问题，根据双方签订的工程施工合同通用条款15.1条款以及专用条款22.2条款的约定，承包人因工程质量问题应承担的违约责任是支付每平方米5元的违约金。因此，仙妮蕾德公司主张44785.51平方米（整个涉案工程的面积）x5元，这笔赔偿款223927.55元，一审法院予以支持。天花板脱落的修复费用41000元，因仙妮蕾德公司未实际支出，且涉案工程已实际使用，该质量问题系一般质量瑕疵，由此产生的质量风险应由其自负。至于仙妮蕾德公司提出的应按照132740944元乘以3.5%计算得出的约400多万左右的工程质量赔偿问题，因缺乏合同依据以及相应的法律依据，一审法院不予支持。
据此，宏润公司应当承担的工程质量问题对仙妮蕾德公司造成的经济损失为2940090.11元+223927.55元=3164017.66元。该款项应在仙妮蕾德公司返还宏润公司工程质量保证金中予以抵扣,即由仙妮蕾德公司返还宏润公司工程质量保证金6867047元-3164017.66元=3703029.34元。
三、关于欠付款项利息的计算问题，根据2010年5月18日双方签订的《补充协议书》，其中并未涉及到工程款及质保金利息需计算支付的问题，故一审法院按宏润公司起诉主张权利之日开始计算。
综上，一审法院依照《中华人民共和国合同法》第四十四条、第六十条、第一百零七条、第二百六十九条，《中华人民共和国建筑法》第六十条第一款之规定，判决：一、仙妮蕾德公司于判决生效后十五内支付宏润公司工程尾款11174438元，并自2011年2月9日起按照中国人民银行同期贷款利率支付利息至本判决生效时止。二、仙妮蕾德公司于判决生效后十五内支付宏润公司工程质量保证金3703029.34元，并自2011年2月9日起按照中国人民银行同期贷款利率支付利息至本判决生效时止。一审本诉案件受理费157644元，由仙妮蕾德公司负担；反诉案件受理费36235元，由仙妮蕾德公司负担23007元，由宏润公司负担13228元；工程质量鉴定检测费550000元、工程质量修复方案鉴定费185000元、工程质量修复方案造价鉴定费29400元，合计764400元，由宏润公司负担。双方在履行本判决时一并互相结算。
本院对于一审查明的事实予以确认。
经双方当事人确认，本案的争议焦点为：一、关于本案所涉工程是否经过竣工验收合格？是否存在仙妮蕾德公司擅自使用的情形？仙妮蕾德公司支付工程款项的条件是否成就？二、本案工程是否存在质量问题？工程质量引起的损失数额如何确定？三、欠付工程款的数额以及利息的起算点如何认定？返还质量保证金是否应予以支持？
关于争议焦点一，本院认为，仙妮蕾德公司与宏润公司签订的建设工程施工合同、一期工程补充协议（消防合同）、配管系统采购合同并不违反法律、行政法规强制性规定合法有效。本案工程竣工后，双方交接了工程，2009年11月4日，仙妮蕾德公司举办了涉案工程厂房的开幕典礼。2010年9月10日，昆山市城建档案馆出具六份证明，证明涉案工程已经通过登记备案。此外，根据宏润公司于2013年4月2日向昆山市总工会出具的退还300万元信誉保证金的说明内容分析，昆山市建设工程质量监督站批注“该工程已于2010年8月16日已经竣工验收，验收已通过”。结合宏润公司一审提供的单位工程竣工验收证明书，本院认定本案所涉工程已经建设单位、施工单位、监理单位、设计单位验收合格，本案支付工程款的条件已经成就，仙妮蕾德公司上诉主张本案工程付款条件尚未成就理由不能成立，对其主张本院不予支持。鉴于仙妮蕾德公司在工程竣工验收和合格前已经接收该工程并进行开幕典礼，因此对于其擅自使用工程的产生的与地基基础和主体无关的质量问题应由仙妮蕾德公司自行承担。
关于争议焦点二，本院认为，2010年5月18日，双方在对工程价款结算的基础上签订了《补充协议书》，该《补充协议书》是双方真实意思表示，对双方具有约束力。该《补充协议书》亦约定宏润公司必须于双方签订本协议之日起2个月内完成维修所有工厂中不合格之工程。对于该《补充协议书》载明需要维修的工程是否已经修复合格双方未能达成一致，且双方的往来函件亦可证明。在此情形下，一审法院根据仙妮蕾德公司的申请，委托苏州市建设工程质量检测中心有限公司检测，鉴定结论可以证明涉案工程存在质量问题且部分与地基基础、主体质量相关。鉴于建设工程维修中亦需要双方的配合，在双方矛盾难以协调的情形下，且作为发包方仙妮蕾德公司已经明确不同意由宏润公司进行修复，一审法院委托鉴定机构对于修复和加固方案进行造价鉴定，修复加固方案的费用为2940090.11元。因该工程可以进行修复加固，作为施工方获取工程款的条件，其当然应相应承担上述修复加固费用。对于二审中，宏润公司提出地坪修复应当采用特殊矿物骨料耐磨地坪而非钢屑水泥砂浆地坪，对此经咨询鉴定人员，修复方案系采用最接近现场原施工的方案进行，且在一审中双方对此未提出异议，只是对于砂浆的比例提出异议，因此对于宏润公司的上述主张本院不予支持。关于宏润公司提出地坪裂缝及墙体裂缝应当进行局部修复的问题，本院经咨询鉴定人员，由于所涉工程裂缝较多，进行局部修复并不可行，因此对于宏润公司的上述主张，本院亦不予支持。综上，宏润公司应当承担修复加固方案的费用为2940090.11元。对于一审法院认定其他质量违约金223927.55元符合双方合同约定，本院予以维持。
关于争议焦点三，欠付工程款的数额以及利息的起算点如何认定？返还质量保证金是否予以支持？
本院认为，根据双方于2010年5月18日签订的《补充协议书》之约定，三份合同总价为137340944元，经双方最后决算后，一致确认工程总价为132740944元。上述补充协议中又对仙妮蕾德公司已付工程款总额予以了确认，即114699459元，以及对欠付的工程尾款总额予以了确认，即11174438元（不含保证金），故本院据此认定仙妮蕾德公司应支付宏润公司欠付的工程款为11174438元。仙妮蕾德公司主张扣除宏润公司3.41%的利润没有合同依据，对其主张本院不予支持。在《补充协议书》中还约定仙妮蕾德公司在收到政府竣工验收手续合格的书面文书且宏润公司开具全额11174438元工程款的发票后，支付工程尾款，鉴于宏润公司在此后也未开具发票，且双方对本案工程质量问题一直存在争议，因此一审法院按照宏润公司起诉之日支付工程款利息并无不当。关于返还工程质量保证金的问题，鉴于双方对本案工程质量问题存在争议，且经苏州市建设工程质量检测中心有限公司检测涉案工程也确实存在地基基础、主体质量问题，因此一审法院在扣除修复加固费用的基础上从宏润公司起诉之日支付工程质量保证金的利息并无不当。
综上，一审法院认定事实基本清楚，所作判决结果并无不当，本院予以维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项之规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费139045元，由上诉人宏润建设集团股份有限公司负担33183元，上诉人仙妮蕾德食品（昆山）有限公司负担105862元。
本判决为终审判决。
审 判 长 高 洪
代理审判员 秦岸东
代理审判员 陈 皓
二〇一六年十月三十一日
书 记 员 万丹丹