江苏省苏州市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2014）苏中民终字第04508号
上诉人（原审原告、反诉被告）无锡中粮工程科技有限公司。
法定代表人姚专，该公司总经理。
委托代理人秦卫国。
委托代理人李纯，江苏久顺律师事务所律师。
上诉人（原审被告、反诉原告）东马棕榈工业（张家港）有限公司。
法定代表人关元崇，该公司董事长。
委托代理人何海东，江苏国之泰律师事务所律师。
上诉人无锡中粮工程科技有限公司（以下简称中粮公司）、上诉人东马棕榈工业（张家港）有限公司（以下简称东马公司）因建设工程施工合同纠纷一案，不服江苏省张家港市人民法院（2013）张民初字第0825号民事判决，均向本院提起上诉。本院立案受理后，依法组成合议庭进行了审理。本案现已审理终结。
原审法院经审理查明：国家粮食储备局无锡科学研究设计院（以下简称国粮无锡设计院）于2011年9月15日变更名称为无锡中粮工程科技有限公司。
国粮无锡设计院向东马公司承接工程、提供材料，并与东马公司签订了多份合同，分别为：
一、2006年10月21日签订、合同编号为第dongma／ZJG／2006-10-21的合同。该合同工程名称为：厂区内办公楼，食堂，包装车间1、2，皂粒车间，氢化车间，油化车间及电房、消防池等构筑物工程；该合同约定：工程固定造价为3888万元；在2006年11月20日前完工；自竣工验收之日起计算，保修期为一年；工程款每月支付一次，月底由国粮无锡设计院申报进度，按每月实际完成工程量的85%支付；在本工程国粮无锡设计院责任范围工作竣工完成且通过质监站、工程监理、设计院、业主、地勘验收合格，提交齐竣工资料15天内付至总造价的95%，剩余5%留作工程质量保证金，施工单位履行质量保修工作后退还。
二、2006年10月17日签订、合同编号为DONGMA／2006-10-17的合同。该合同工程名称为：钢结构厂房涂刷防锈防火漆工程；计划开工日期为2006年4月30日，竣工日期为2006年10月20日；总造价为一口价289万元；合同签订后东马公司支付总价的10%工程预付款，工程量完成70%时，经东马公司和监理初步验收合格后，东马公司一星期内付至总价的95%，余款5%为工程质保金，工程验收合格满一年后7个工作日内付清。
三、2006年4月签订、合同编号为DONMA／2006-4-10的合同。该合同工程名称为：氢气厂土建工程，总造价为110万元；工期为60个日历天；自竣工验收之日起计算，保修期为一年；合同签订后东马公司即支付合同总价的10%的工程款作为预付款，国粮无锡设计院的施工材料、施工机械、工人进场且价值达到合同价款的25%时再支付合同总价的25%；工程进度款按实际进度70%支付，余合同总价的5%的工程款待工程保修期满后7天内一次性支付完毕。
四、2006年10月17日签订、合同编号为dongma／2006-10-17（2）的合同。该合同工程名称为：软水车间、冷却水塔基础土建工程；开工日期为2006年9月26日、竣工日期为2006年10月30日；合同价（一口价）为106万元，工程进度款按月进度的85%支付，工程验收合格后支付10%，余5%待保修期满7个工作日内一次支付。
五、2006年10月17日签订、合同编号为dongma／2006-10-17（3）的合同。该合同工程名称为：罐区、室外排水管网土建工程；开工日期为2006年4月26日，竣工日期为2006年10月30日；合同价为360万元。
六、2006年10月21日签订、合同编号为第dongma／ZJG／2006-10-21的合同。该合同名称为厂区道路工程；合同固定造价为3982660元；在2006年12月20日内完工，自竣工验收之日起计算，保修期为一年。工程款每月支付一次，月底由国粮无锡设计院申报进度，按每月实际完成工程量的85%支付；在本工程国粮无锡设计院责任范围工作竣工完成且通过质监站、工程监理、设计院、业主、地勘验收合格，提交齐竣工资料15天内付至总造价的95%，剩余5%留作工程质量保证金，施工单位履行质量保修工作后退还。
七、2006年6月21日签订、合同编号为2006-06-05的合同。该合同内容为国粮无锡设计院向东马公司供应立式燃油有机热载体炉；由国粮无锡设计院负责安装、调试、报建等一切手续费用，承包价为90万元；合同签订后付至30%，交货时付至80%，调试结束后，取得相关使用证书后付至100%。国粮无锡设计院提供合同价5%的保函给东马公司，质量保修期一年满后30天内，东马公司将5%的保函（不计利息）返还国粮无锡设计院。
八、2007年5月18日签订的办公楼外架拆除协议。该协议约定国粮无锡设计院于2007年5月22日完成脚手架拆除，并于2007年6月5日前清场；东马公司于2007年6月10日前支付国粮无锡设计院10万元。
九、2007年5月22日签订、合同编号为DMZJG-2007-05-22的合同。该合同工程内容为：桶装车间、地磅基础土建工程和污水处理厂末级排放管道安装工程；开工日期为2007年4月5日，竣工日期为2007年6月20日；合同价款为53.6万元。
十、2006年6月18日签订、合同编号为zjgdm2006-06-18的合同。该工程名称为：外围管线制作安装工程；开工日期为2006年6月25日，竣工日期为2006年8月31日；合同价为79万元，采用可调价格方式结算；工程进度款按国粮无锡设计院申请、东马公司审核无误后支付进度款的65%，工程竣工验收合格后30天内，东马公司付清全部合同价款，国粮无锡设计院提供合同价款5%的保函给东马公司。2007年8月14日国粮无锡设计院与东马公司签订协议书，约定对上述合同编号为zjgdm2006-06-18的合同及2007年1月8日签订的《东马棕榈工业（张家港）有限公司外围管线制作安装工程合同补充协议》中（终）止履行；经结算，该两份合同的总价为968417.70元，合同外增加工程费为45000元、补偿金3万元，质保金为50670.89元；扣除质保金及该两份合同已付款897130元后，余款95616.81元由东马公司在本协议签字生效后25天内支付给国粮无锡设计院。据此，中粮公司认为该份合同的结算款应为1043417.7元。东马公司则认为应按原合同约定的79万元工程款结算，但东马公司未能举证推翻上述补充协议的真实性。
十一、2008年1月8日签订、合同编号为DM20080124的合同。该合同工程名称为：土建、给排水、电气等零星增补工程；竣工日期为2008年1月24日；合同价款为261万元。
十二、2006年2月22日签订、合同编号为ZJG／DONGMA／2006-01-04的合同。该合同工程内容为污水处理工程；工程造价为169.5万元；最迟至2006年6月10日以前全部完工；自工程全部完工并验收完成日起计算，保修期为一年。因东马公司未能提供测试条件，国粮无锡设计院完成上述污水处理工程后未能及时调试。2008年8月12日东马公司与国粮无锡设计院又签订补充协议，约定：对于因工程闲置导致需更换材料的费用预计154000元由乙方（国粮无锡设计院）承担，甲方（东马公司）在上述材料到达工地后再支付乙方20%工程款计33.9万元；乙方派技术人员对污水处理站进行全面检查，更换其他损坏的部件和上述材料后，甲方支付乙方10%的工程款计16.95万元；在甲方具备调试条件时，乙方及时派调试人员到场进行调试，调试合格后，甲方支付乙方5%的工程款计8.475万元；调试合格后满12个月，甲方支付乙方工程余款5%计8.475万元。之后国粮无锡设计院提供了更换材料并进行了更换，但国粮无锡设计院未能使涉案工程通过甲方预测及环保验收。至2010年11月19日经东马公司自行对涉案工程整改、维修并申请，涉案工程经张家港市环境保护局验收，通过了竣工环境保护验收。皂粒项目因设备未安装到位，尚未投入运行，故张家港市环境保护局要求：本次验收为阶段性验收，待皂粒车间正常运行后，还需再次验收。因对于涉案工程的整改费用、维修费用、整改维修期间产生的污水处理费等费用、损失的金额及由谁承担责任等问题东马公司与中粮公司无法达成一致意见，为此东马公司提起诉讼。该案原审法院受理后，立案案号为（2013）张民初字第0544号，目前该案判决已经生效。
十三、中粮公司未能举证污水处理工程增加泵（增补）合同的真实性，东马公司也否认存在该份合同，因此中粮公司明确对该合同涉及的6000元工程款予以放弃。原审法院认为，该份合同的真实性不予认定。现中粮公司对于该合同所涉的6000元工程款予以放弃，故中粮公司在本案中诉称的合同总价应扣除该6000元。
十四、2006年8月5日签订、合同编号为DM2006.08.05的合同。该合同名称为：厂区管道制作安装交钥匙工程；合同价款为685万元（闭口价，不因工程量增减而作任何调整）；在合同正式生效后50日内国粮无锡设计院交付工程，东马公司支付合同总价的30%则合同生效；80%材料进场后，东马公司根据国粮无锡设计院申请支付合同总价的40%；工程量完成50%时，东马公司根据国粮无锡设计院申请支付合同总价的10%；工程安装结束，并经东马公司验收确认后一周内，东马公司支付合同总价的15%；余款即质保金5%在安装验收合格后一年内付清。质保期为本合同所列项目自验收合格签字之日起一年内。
十五、2007年5月31日签订、合同编号为DMZJG-070531的合同。该合同工程承包范围为：管道安装交钥匙工程；所有工程结束日期为2007月6月30日；合同价款为387500元（固定价）；管道安装施压完毕付到合同总额的80%，所有工程结束并经东马公司确认一周内，付到合同总额的95%，工程余款5%为工程质保金，在验收合格满一年后付清。
十六、2006年6月17日签订、合同编号为ZJGDM2006-0617的合同。该合同工程名称为：罐区桶槽制作安装工程；开工日期为2006年6月25日，竣工日期为2006年8月31日；合同价款为1600万元（固定价格）。工程进度款支付为：合同生效后10日内东马公司支付合同总价款的60%，当月的进度款在下月的15日前支付；付款延误则工期顺延；合同总价款的5%作为质量保证金，由5%的保函转成；质保期为双方签署工程质量验收合格证明书后一年，质保金在质保期满后支付。
十七、2006年9月22日签订、合同编号为ZJGDM2006-0617-补1的合同。该合同工程名称为：罐区桶槽制作安装工程；合同价为闭口价15万元；承包项目应在合同生效后20日内交付东马公司；合同生效时东马公司支付合同总价50%的预付款；安装结束，经验收确认后一周内，东马公司支付合同总价的45%；合同总价款的5%作为质量保证金，质保期为本合同所列项目自验收合格签字之日起一年内。
十八、合同编号为DONGMA2006-01-16的合同。该合同工程项目为：油化车间、氢化车间、皂粒车间桶槽制作工程；工程总价为420万元；在2006年3月31日前完工；双方签约并收到国粮无锡设计院提供的10%银行保函后，东马公司支付总工程款的10%；材料入厂付总工程款的20%；全部制作完成，外观验收经东马公司确认，试漏、试压完成，经验收合格后付总工程款的40%；运交至厂内指定地点付总工程款的30%；交货后12个月付尾款10%；本工程保修期为12个月。
十九、2006年8月14日签订、合同编号为ZJGDM2006-0814的合同。该合同工程名称为：水处理桶槽及其他设备安装制作工程；开工日期为2006年8月15日，竣工日期为2006年9月15日；合同价款为50万元（固定价格）；合同生效后十日内东马公司支付合同总价款的30%；90%的材料进厂后，东马公司支付工程总价的25%；工程结束，经业主及监理公司确认后，支付合同总价的40%；余合同总价的5%为质量保证金；质保期为双方签署工程质量验收合格证明书后一年。
二十、合同编号为CSIPMS／DMPI／M／100的合同。该合同名称为：皂粒厂非标容器制作；合同总价为2266443.60元；第一期签约后工程款付总合同款的10%；第二期材料入厂付总合同款的10%；第三期全部制作完成、试压完成验收后付总合同款的30%；第四期安装调试合格后付总合同款的40%；第五期完工12个月后付总合同款的5%；余款5%作为质保金，等工厂试车验收后付清；本工程于2005年8月31日以前全部完工。原审审理中，中粮公司仅提供该份合同的复印件，且认为该份合同是于2009年2月24日补签。东马公司对该份合同真实性有异议。
二十一、2007年5月11日签订、合同编号为DMZJG-070508的合同。该合同工程名称为：罐区桶槽制作安装工程；开工日期为2007年3月10日，竣工日期为2007年5月20日；合同价款为13.5万元。
二十二、2006年9月21日签订、合同登记编号为ZK-06-15的合同。该合同项目名称为：氢化车间、油化车间、皂粒车间控制部分电气设备；合同总额为100万元；合同总额的50%为定金；货物到达国粮无锡设计院指定地点后，二周内付合同总额的30%；所有合同范围内的货物均到货并安装结束，付合同总额的10%；调试验收合格后，付合同总额的5%；剩余5%合同款项为质量保证金，待调试验收合格后一年内付清。原审审理中，中粮公司认为该合同实际总价为857000元，东马公司对此无异议。
二十三、2006年10月20日签订、合同登记编号为ZK-06-16的合同。该合同项目名称为：氢化车间、油化车间、皂粒车间电气动力及控制设备（增补）；合同总额为225万元；工程定于2006年11月15日完成合同所规定的全部工作内容；合同总额的50%为定金；主要货物到达国粮无锡设计院指定地点后，二周内付合同总额的30%；所有合同范围内的货物均到货并安装结束，付合同总额的10%；调试验收合格后，付合同总额的5%；剩余5%合同款项为质量保证金，待调试验收合格后一年内付清。原审审理中，中粮公司认为该合同实际总价为2030780.16元，东马公司对此无异议。
二十四、2008年1月18日签订、合同编号为ZK-08-03的合同。该合同工程名称为：仓库1、仓库2等电气照明工程；合同总额为33万元；完工日期为合同生效后20天内；合同的定金在所有货物达到国粮无锡设计院指定地点后，二周内付合同总额的30%；所有合同范围内的货物均到货并安装调试结束后，付合同总额的60%；全部验收合格后，付合同总额的5%；剩余5%合同款项为质量保证金，待调试验收合格一年后付清。
二十五、2006年5月11日签订、合同编号为ZK-06-6的合同。该合同项目名称为：氢化车间、油化车间、皂粒车间电气动力设备；合同总额为350万元；交货期为合同生效后90天内；合同总额的30%为定金；货到国粮无锡设计院指定地点后，二周内付合同总额的50%；所有合同范围内的产品和服务均到货并安装调试验收合格后支付15%的合同货款，剩余5%合同款为质量保证金，待调试验收合格一年后付清。原审审理中，中粮公司认为该合同实际总价为331.2万元，东马公司对此无异议。
二十六、2006年12月19日签订、合同编号为ZK-06-17的合同。该合同项目名称为：氢化车间、油化车间、皂粒车间、总图等电气照明工程；合同总额为184.5万元；交货期为合同生效后45天内；合同总额的50%为定金；主要货物到达国粮无锡设计院指定地点后，二周内付合同总额的30%；所有合同范围内的货物均到货并安装结束，付合同总额的10%；调试验收合格后，付合同总额的5%；剩余5%合同款为质量保证金，待调试验收合格后一年内付清。原审审理中，中粮公司认为该合同实际总价为1373950.48元，东马公司对此无异议。
二十七、2007年4月28日签订、合同编号为ZK-07-10的合同。该合同工程名称为：配电房A、B、C低压配电柜改造和增加项目；合同总额为14.5万元；合同生效后7天内交货；东马公司项目管理办公室确认安装结束、验收合格通电后支付总价款的95%，剩余5%合同款作为工程质量保证金，待调试验收合格一年后30天内付清。
二十八、2008年1月20日签订、合同编号为20080120的合同。该合同项目名称为：电气增加工程；合同总额为370251元；工程定于2008年1月25日完成；工程完成后付95%工程款，剩余5%作质保金在一年后付清。
国粮无锡设计院按上述合同约定制作、安装桶槽、储罐、管道，进行了土建等工程的施工。2007年10月22日合同编号为ZJGDM2006-0617、ZJGDM2006-0617-补1、DMZJG-070508、ZJGDM2006-0814四份合同所涉的桶槽制作安装工程办理了交接手续。2006年12月13日、2007年1月10日东马公司分批验收了国粮无锡设计院交付的储罐。2007年11月至12月期间，东马公司又分批验收了国粮无锡设计院完工的一期工程中的办公楼、饭堂、发油棚、泵房、厕所、消防水池、机修车间、地磅、罐区、配电房A、配电房B、配电房C、主次门卫、厂区道理及给排水、包装车间1、包装车间2、油化车间、污水处理中的土建部分、氢化车间、皂粒车间、软水车间、冷却水、装桶车间等工程。2008年9月25日，国粮无锡设计院施工的上述工程进行了竣工备案。
之后，因东马公司与中粮公司在上述合同的履行中对工程质量及工程款结算发生争议，为此引起本案纠纷。
以上事实，由国粮无锡设计院的工商登记变更资料、国粮无锡设计院与东马公司签订的有关合同、国粮无锡设计院与东马公司及监理单位签署的储罐交工验收证明书、桶槽制作安装工程交接清单、单位工程竣工验收证明书、竣工验收备案表、厂区室外管线工程的工程交接检验书、原审法院（2013）张民初字第0544号民事判决书等予以证实。
原审本诉原告中粮公司的诉讼请求为：一、判令东马公司支付工程款5678368.05元及利息1459705.26元（从2009年2月8日起计算至2013年3月12日止，按中国人民银行同期同类贷款利率计算）；二、本案诉讼费用由东马公司承担。
原审反诉原告东马公司的诉讼请求为：一、判令中粮公司返还多付的工程款671144.58元；二、本案诉讼费用由中粮公司承担。
原审法院认为，本案争议焦点：
一、中粮公司的诉讼请求是否已经超过诉讼时效。
东马公司认为根据本案所涉合同，任何一份合同的最后付款期限及实际最后一笔工程款支付期限距离中粮公司提起本案诉讼均已经超过两年，中粮公司的起诉已经超过诉讼时效规定的期间。
中粮公司举证了2012年9月起其至张家港出差的财务凭证，其中反映出差事由为与东马公司有关的事务。中粮公司认为，在上述工程完工后一直在为有关工程进行维护、整改，也向东马公司提出支付工程款的要求。因此，中粮公司的起诉并未超过诉讼时效。东马公司认为上述财务凭证不能说明中粮公司到张家港系为本案所涉工程，对上述财务凭证不予认可。
《中华人民共和国民法通则》第一百三十五条规定：向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外。第一百三十七条规定：诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。第一百四十条规定：诉讼时效因提起诉讼、当事人一方提出要求或者同意履行义务而中断。从中断时起，诉讼时效期间重新计算。
从本案二十八份所涉合同的履行来看，合同的履行期间有重叠、延续的情况，在东马公司的付款中也未明确每笔已付工程款与合同的对应关系，工程款的支付存在前后合同混同而无法区分的情况。因此，中粮公司要求东马公司支付工程款的诉讼请求的诉讼时效起算时间应以结算期限在后的合同为准。
而合同编号为ZJG／DONGMA／2006-01-04、工程内容为污水处理厂工程的合同，因东马公司未能提供测试条件，国粮无锡设计院完成上述污水处理工程后未能及时调试。至2008年8月12日，国粮无锡设计院与东马公司仍在协商工程整改及工程款支付问题。另东马公司在2009年8月4日，向国粮无锡设计院发函件，提出污水车间整改费用由东马公司先垫付，之后从国粮无锡设计院的工程款中扣除。可见，东马公司至2009年8月4日仍表明要与国粮无锡设计院结算工程款，只是结算方式采用质量赔款与结欠工程款相抵的方式。
本案所涉大部分合同中均约定了预留5%的工程质量保证金，至工程验收合格后一年才支付。而从2009年9月4日开始，东马公司就因工程质量问题要求国粮无锡设计院承担工程质量修复费用，并要求有关修理工程款项从结欠的工程款中扣除。因此，中粮公司对于涉及工程质保金部分的债权在东马公司要求中粮公司承担质量赔款的纠纷中中断。因为，如果中粮公司应承担质量赔款，并且东马公司又确实结欠中粮公司工程款的话，则在东马公司应得质量赔款确定后，可从工程质保金中直接扣除。而污水处理工程整改发生纠纷后，到2010年11月19日才由东马公司自行通过了有关竣工环境保护验收。之后在2013年3月4日，东马公司提起了关于污水处理厂工程整改费用的诉讼，原审法院也判决中粮公司应承担工程修理及因工程质量导致的损失。可见，关于工程尾款的结算因东马公司提出工程质量问题，双方一直在纠纷的协商、工程的维修、有关质量损失的诉讼过程中。因此，中粮公司要求东马公司结算工程尾款的诉讼请求并未超出法律规定的诉讼时效期间。
从上述关于342.5万元工程款的结算情况来看，也是至本案诉讼中，东马油脂（广州保税区）有限公司才明确是代东马公司支付该笔款项给中粮公司（即国粮无锡设计院）；在本案诉讼之前，东马公司也未表明不结欠中粮公司工程款。结合东马公司反诉要求中粮公司退还多付工程款的情况来看，东马公司的反诉请求也与其提出的中粮公司的本诉请求超过诉讼时效的意见自相矛盾。
因此，原审法院认为，至本案诉讼中，东马公司与中粮公司仍在结算涉案二十八份合同的工程款，双方关于工程款结算的诉讼请求均未超过法律规定的诉讼时效期间。
二、本案所涉二十八份合同中中粮公司应得工程结算款的确定。
综上二十八份合同（包括补充协议等在内），结合中粮公司与东马公司诉辩意见，其中无争议的工程款为93995141.64元（97311002.94元-第十份合同1043417.7元-第十三份合同6000元-第二十份合同2266443.6元）。
关于第十份合同原审法院认为应根据原合同之后订立的补充协议结算工程款，因此该份合同所涉工程款1043417.7元应计入中粮公司应得工程款中。东马公司要求按原合同约定的79万元结算工程款与补充协议冲突，原审法院不予采纳该意见。
关于第二十份合同，中粮公司为证明该份合同的真实性，提交了2009年2月26日开具的发票号码为06272513及06272514的两份江苏增值税专用发票及该两份发票对应的劳务清单等财务凭证予以佐证，但是上述财务凭证均无东马公司的确认。东马公司认为从未与国粮无锡设计院存在该份合同关系，也未收到上述发票，更未对上述发票抵扣。经原审法院向税务机关核实，上述两份增值税发票确实未在东马公司入账抵扣。为进一步查明东马公司是否存在将上述两份江苏增值税专用发票入账但未抵扣的情况，根据中粮公司的申请，原审法院又通知东马公司对2009年度的固定资产明细账、总账及年终审计报告举证。东马公司根据通知进行了举证。在东马公司举证的有关财务资料中未发现上述两份发票入账。
原审审理中，中粮公司还举证了：一、合同编号为CSIPMS／DMO／M／100、合同签订方为东马（广州保税区）油脂化工有限公司及无锡中禾实业公司、合同总额为4326087元的合同。二、2006年4月20日关于CSIPMS／DMO／M／100合同的现场验收报告，其中记载：由国家粮食储备局无锡科学研究设计院（无锡中禾实业公司）承接的东马（广州保税区）油脂化工有限公司的非标罐体（合同号：CSIPMS／DMO／M／100）共计33台，运至张家港东马公司。经收货方在无锡工厂及工地现场验收，罐体设备数量及制作质量满足合同所规定的要求，验收合格，予以接收。其中收货方为东马公司。三、2006年5月9日关于CSIPMS／DMO／M／100合同和DONGMA2006-01-16合同的玻璃钢罐体现场验收报告，其中记载：由国家粮食储备局无锡科学研究设计院（无锡中禾实业公司）承接的东马（广州保税区）油脂化工有限公司的非标罐体（合同号：CSIPMS／DMO／M／100）和东马（张家港）棕榈工业区的棕榈产品的下游工艺非标容器工程的承包合同（合同号：DONGMA2006-01-16）。其中玻璃钢罐体共计13台（罐体……），经收货方在无锡工程即工地现场验收，罐体设备数量及制作质量满足合同所规定的要求，验收合格，予以接收。其中收货方为东马公司。中粮公司认为该两份验收报告即可证明上述第二十份合同已经订立并实际履行，故要求东马公司支付该合同所涉的工程款2266443.6元。
东马公司认为，有关验收仅是东马公司替东马（广州保税区）油脂化工有限公司代为验收，有关工程价款的结算还应由无锡中禾实业公司与东马（广州保税区）油脂化工有限公司进行。在本案中上述第二十份合同所涉的工程内容并未发生于中粮公司与东马公司之间，CSIPMS／DMO／M／100合同是无锡中禾实业公司与东马（广州保税区）油脂化工有限公司之间的合同关系，不应在本案中一并结算，并且从合同编号来看也与东马公司无关。
原审法院认为，有关验收报告中反映验收的是东马（广州保税区）油脂化工有限公司与无锡中禾实业公司有关CSIPMS／DMO／M／100合同中的货物，而CSIPMS／DMO／M／100合同的工程款结算事宜与中粮公司及东马公司没有直接关系。东马公司即使存在为东马（广州保税区）油脂化工有限公司代收合同项下货物的行为，也并不能改变CSIPMS／DMO／M／100合同结算双方分别为东马（广州保税区）油脂化工有限公司与无锡中禾实业公司。并且，CSIPMS／DMO／M／100合同是履行完毕了、解除了、部分履行了，或变更为本案第二十份合同了，这些情况中粮公司均未能举证说明。在本案中，所涉第二十份合同文本中粮公司不能提供原件，仅凭复印件且东马公司明确否认的情况下，合同文本的真实性原审法院无法认定。2266443.6元所涉工程款的发票东马公司也否认收到，经核实也确未抵扣、入账，因此从东马公司的财务记载来看，也无法确定中粮公司与东马公司存在所涉的第二十份合同。
工程款约定为2266443.6元的合同文本约定在2005年8月31日前全部完工；而根据中粮公司的举证，有关罐体到2006年4、5月才实际交接，但到2009年2月补签合同时仍旧没有调整工程完工时间。因此从合同内容来看，与中粮公司举证的两份现场验收报告也存在明显不合理之处。因此原审法院认为，对本案所涉的第二十份合同真实性无法认定，中粮公司依据该份合同要求东马公司结算工程款依据不足，不予支持。东马（广州保税区）油脂化工有限公司与无锡中禾实业公司有关CSIPMS／DMO／M／100合同的结算非本案当事人之间的纠纷，不属本案理涉范围。
因此，上述二十八份合同中粮公司应得工程款为95038559.34元（97311002.94元-第十三份合同6000元-第二十份合同2266443.6元）。
三、东马公司是否结欠工程款或多付工程款的确定。
关于东马公司已付工程款91632634.89元、东马公司为中粮公司垫付的水电费109791.33元计入东马公司已付工程款、东马公司供应给中粮公司（即国粮无锡设计院）的钢管货款288860元计入东马公司已付工程款，双方均无异议。因此，原审法院确认东马公司已付工程款为92031286.22元。
关于2007年1月30日，东马油脂（广州保税区）有限公司支付给国粮无锡设计院的342.5万元是否作为东马公司在本案所涉合同中的已付款，双方存在争议。中粮公司起诉时认为该342.5万元是东马油脂（广州保税区）有限公司为东马公司垫付；之后，因东马公司否认合同编号为CSIPMS／DMO／M／100、合同总额为4326087元的合同与本案具有关联性，因此中粮公司又认为上述342.5万元属于东马油脂（广州保税区）有限公司支付的、与国粮无锡设计院之间其他合同的合同款，该款不能作为东马公司的付款。
中粮公司又举证了其与东马（广州保税区）油脂化工有限公司的有关工程承包合同，认为东马（广州保税区）油脂化工有限公司与东马油脂（广州保税区）有限公司存在关联性。但中粮公司未能举证其与东马油脂（广州保税区）有限公司之间存在东马油脂（广州保税区）有限公司需要支付东马公司款项的合同关系。
原审另查明，在2012年7月16日，原审法院（2012）张民初字第0513号案件的审理中，中粮公司确认2007年1月收到东马公司支付工程款342.5万元。
东马公司认为，上述342.5万元属于东马油脂（广州保税区）有限公司为东马公司垫付的款项，应计入本案所涉合同的已付款。为此，东马公司举证了2013年11月23日东马油脂（广州保税区）有限公司的情况说明，该说明中东马油脂（广州保税区）有限公司明确上述342.5万元系为东马公司垫付，并且东马油脂（广州保税区）有限公司与国粮无锡设计院无任何合同关系。
东马公司并认为，东马油脂（广州保税区）有限公司、东马（广州保税区）油脂化工有限公司虽有关联，但两者是独立的公司，且在（2012）张民初字第0513号案件（东马公司起诉、本案所涉上述第十四份合同：厂区管道制作安装交钥匙工程合同案件）中，中粮公司已经确认上述342.5万元属于东马公司的付款。
原审法院认为，东马油脂（广州保税区）有限公司在2007年1月30日支付342.5万元给中粮公司时，并未明确为谁支付及为哪项合同支付款项；东马公司也未表明由东马油脂（广州保税区）有限公司帮其代付工程款。
从中粮公司举证的东马（广州保税区）油脂化工有限公司与国粮无锡设计院的有关工程承包合同（合同编号为GZ／DONGMA／2006-01-14、金额为150万元；2006年9月4日签订油化车间、皂粒车间控制部分电气设备合同、金额为55万元；2006年10月18日签订油化车间、皂粒车间电气动力及控制设备﹤增补﹥合同、金额为113万元等合同）来看，东马（广州保税区）油脂化工有限公司也应支付中粮公司工程款，而东马油脂（广州保税区）有限公司在与中粮公司（及其前身国粮无锡设计院）不存在合同关系的情况下，也可能存在为其关联企业东马（广州保税区）油脂化工有限公司付款的可能。
再从中粮公司举证且东马公司也认可的2006年4月20日关于CSIPMS／DMO／M／100合同的现场验收报告、2006年5月9日关于CSIPMS／DMO／M／100合同和DONGMA2006-01-16合同的玻璃钢罐体现场验收报告来看，东马公司在代东马（广州保税区）油脂化工有限公司收取有关合同项下货物时，将国粮无锡设计院与无锡中禾实业公司混为一体。而在本案起诉时，中粮公司也将无锡中禾实业公司与东马（广州保税区）油脂化工有限公司的CSIPMS／DMO／M／100合同作为其自身与东马公司的合同进行结算，要求东马公司支付有关货款。可见，在本案所涉的合同履行期间，无论是国粮无锡设计院（现中粮公司）还是东马公司，均有将国粮无锡设计院与无锡中禾实业公司混同、将东马公司与东马（广州保税区）油脂化工有限公司混同的情况。因此，在本案诉讼前的其他诉讼中，中粮公司将无锡中禾实业公司与东马（广州保税区）油脂化工有限公司的CSIPMS／DMO／M／100合同的款项也作为东马公司应付的款项。现在本案中分清了无锡中禾实业公司与原告作为独立法人各自对外的合同结算关系，在本案中将上述CSIPMS／DMO／M／100合同的货款结算关系从中粮公司的诉讼请求所依据的合同中区分出来，由此中粮公司也调整了其诉讼所依据的合同事实，因此也应允许中粮公司对其在他案中认可的有关付款是否作为东马公司的付款陈述作解释与调整。
综上，中粮公司未能举证说明收取东马油脂（广州保税区）有限公司342.5万元款项的依据，而目前东马油脂（广州保税区）有限公司又明确该342.5万元作为其代东马公司付款，如将该342.5万元计入东马公司已经支付的工程款，则东马公司已付款为95456286.22元（92031286.22元＋342.5万元），超过了中粮公司应得的工程款项，因此东马公司已经不结欠中粮公司款项。中粮公司要求东马公司支付结欠工程款依据不足。同样，东马公司也仅能说明直到本案中，东马油脂（广州保税区）有限公司所支付的342.5万元才确认为代东马公司垫付，但是仅凭东马油脂（广州保税区）有限公司的说明不能表明东马公司多付了工程款，因为中粮公司与东马（广州保税区）油脂化工有限公司【即东马油脂（广州保税区）有限公司的另一关联企业】同样存在工程款的结算问题，东马油脂（广州保税区）有限公司从付款之日2007年1月30日至今也未提出其多付了工程款给中粮公司，并且即使东马油脂（广州保税区）有限公司有多付工程款的情况，也应由东马油脂（广州保税区）有限公司主张权利，东马公司非付款方，无权要求退还所谓的多付工程款。而东马油脂（广州保税区）有限公司是否多付工程款给中粮公司，双方并无结算依据，也不属本案理涉范围。
因此，中粮公司不能证明东马公司结欠的工程款金额，东马公司也不能证明其多付工程款并有权收取多付款项，中粮公司要求东马公司支付工程款及东马公司要求中粮公司退还多收工程款的诉讼请求均无法支持。
综上所述，原审法院依照《中华人民共和国民法通则》第一百三十五条、第一百三十七条、第一百四十条，《中华人民共和国合同法》第二百六十九条，《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条的规定，判决：一、驳回无锡中粮工程科技有限公司的诉讼请求。二、驳回东马棕榈工业（张家港）有限公司的反诉请求。本诉案件受理费61767元，由无锡中粮工程科技有限公司负担；反诉案件受理费5305元（减半收取），由东马棕榈工业（张家港）有限公司负担。
上诉人中粮公司不服原审判决，向本院提起上诉称：一、合同编号为CSIPMS／DMPI／M／100的《皂粒厂非标容器制作合同》应为有效，且中粮公司已履行了相应的交货、开票等义务，东马公司应承担相应的付款义务。1、该份合同非复印件，系传真件，根据《中华人民共和国合同法》第十一条之规定，该合同传真件无法伪造，可以作为证据使用。无锡中禾实业公司与中粮公司系两块牌子、一套班子，其与东马（广州保税区）油脂化工有限公司于2004年9月签订的合同终止履行后，东马（广州保税区）油脂化工有限公司将合同项下的标的物转由中粮公司与东马公司继续履行。故中粮公司与东马公司就涉案标的物以传真方式签订了前述《皂粒厂非标容器制作合同》，且东马公司已实际接收该合同项下的标的物，其行为即表示承认前述《皂粒厂非标容器制作合同》的存在。2、中粮公司于2006年期间将涉案《皂粒厂非标容器制作合同》项下的标的物交付给东马公司，东马公司业已进行现场验收并出具验收报告，东马公司出具的现场验收合格报告也可印证涉案的《皂粒厂非标容器制作合同》已实际履行。3、江苏增值税专用发票、销货清单及开票明细均可以证明，中粮公司已就涉案《皂粒厂非标容器制作合同》的项下标的物向东马公司开具了相应金额的增值税专用发票。且中粮公司在两份增值税专用发票的备注中，均明确注明了款项所指向的合同编号，并依法交纳开票税金30多万元。东马公司收到上述增值税专用发票后，可能存在逾期认证而未将上述增值税专用发票至税务部门进行抵扣税款。4、东马公司接收涉案《皂粒厂非标容器制作合同》的项下标的物后，已实际使用至今，且货物一直放置于东马公司，东马公司接收货物时的时任质检部经理秦国锋的证人证言可以证实上述事实。结合以上证据，足以证明合同编号为CSIPMS／DMPI／M／100的《皂粒厂非标容器制作合同》应为有效，中粮公司与东马公司双方也已实际履行该合同，故该份合同价款2266443.60元应当计入中粮公司应得的工程价款内。二、关于东马油脂（广州保税区）有限公司支付至中粮公司的款项3425000元，与本案无关。1、根据东马油脂（广州保税区）有限公司、东马（广州保税区）油脂化工有限公司的注册情况，可证实上述二公司虽名称不同，实为一家单位。因中粮公司与东马（广州保税区）油脂化工有限公司之间存在经济往来，故东马油脂（广州保税区）有限公司支付至中粮公司的3425000元，实际系东马（广州保税区）油脂化工有限公司支付给中粮公司的款项。2013年11月23日东马油脂（广州保税区）有限公司向原审法院提交的说明系在本案诉讼过程中出具，不具有真实性。2、从3425000元的支付凭证用途可以证实，该款项明确为直接支付给中粮公司的款项，并非受东马公司委托而代为支付的款项。综上所述，原审判决认定事实不清，适用法律错误。上诉人特提起上诉，请求二审法院查明事实，撤销原审判决，改判支持上诉人的诉讼请求；并判令东马公司承担本案一、二审的诉讼费用。
上诉人东马公司不服原审判决，向本院提起上诉称：一审法院在认定2007年1月30日东马油脂（广州保税区）有限公司代东马公司支付的3425000元问题上，存在定性错误。一、根据相关证据证实，2007年1月30日东马油脂（广州保税区）有限公司代东马公司支付的3425000元系本案所涉第十四份合同的工程进度款。中粮公司在原审法院审理的（2012）张民初字第0513号案件以及在本案庭审中，均确认收到上述款项。二、东马油脂（广州保税区）有限公司在本案中提交的情况说明，进一步明确了3425000元款项的性质，即为代东马公司向中粮公司支付的工程款。三、东马油脂（广州保税区）有限公司与中粮公司及其关联公司无锡中禾实业公司均未发生过业务往来，因此可以排除东马油脂（广州保税区）有限公司与中粮公司存在其他经济往来的可能。对此事实，中粮公司在一审中也予以确认。综上所述，原审判决对于上述款项定性错误，上诉人特提起上诉，请求二审法院撤销原审判决，依法改判中粮公司返还多收取的工程款417726.88元；本案一、二审诉讼费用均由中粮公司承担。
对于上诉人中粮公司的上诉，上诉人东马公司答辩称：中粮公司的上诉事实和理由没有任何事实和法律依据，应予以驳回。1、中粮公司在一审中提交的涉案第二十份合同，系复印件。且在一审过程中，中粮公司数次调换该合同内容，我方对该合同的真实性、合法性均不予认可。对于中粮公司所提交的相关增值税发票，并未向我方交付。关于我方为东马（广州保税区）油脂化工有限公司代为验收设备的行为与本案当事人无任何关联。关于中粮公司提及的秦国锋的证人证言，因该证人并未出庭接受质询，其所出具的证人证言不具备合法性、真实性，我方也不予认可。2、关于2007年由东马油脂（广州保税区）有限公司代我方向中粮公司支付的厂区管道工程所涉工程款342.5万元，在原审法院审理（2012）张民初字第0513号案件时以及本案一审期间的第一次庭审中，中粮公司均予以确认。同时，该款项也与中粮公司在本案中提交的涉案第十四份合同的应付进度款的金额、付款时间等能相互印证；且付款人也出具了相关的情况说明，确认了该款项的性质。因此，关于该笔款项系我方向中粮公司支付的工程款没有任何异议。综上，请求二审法院查明事实，依法驳回中粮公司的上诉请求。
对于上诉人东马公司的上诉，上诉人中粮公司答辩称：1、东马（广州保税区）油脂化工有限公司与我方存在合同关系，该公司向我方支付的所有工程款均通过东马油脂（广州保税区）有限公司支付。而东马公司与我方之间订有28份合同，东马公司在支付工程款时，均系直接向我方支付，从未委托其他公司代付。我方之所以认为东马油脂（广州保税区）有限公司于2007年向我方支付的342.5万元款项系为东马公司支付，是因为我方误将东马油脂（广州保税区）有限公司、东马（广州保税区）油脂化工有限公司、东马公司混为一谈。2、本案二审中我方再次明确：上述342.5万元款项并非由东马公司支付；若实际付款人东马油脂（广东保税区）有限公司认为不应当向我方支付的话，其可通过其他途径另行行使权利，本案中不应理涉。
二审中，中粮公司向本院提交案外人秦国锋于2015年1月21日出具的证人证言。该证人证言中，案外人秦国锋陈述：我自2005年3月起在东马公司担任质检部经理。在任职期间，我看见无锡粮科院向张家港东马供的55台非标罐，该设备放置在车间内。中粮公司据此证明涉案第二十份合同业已实际履行，东马公司对于案外人秦国锋的证人证言不予认可。
以上事实，由中粮公司提交的案外人秦国锋的证人证言及当事人某
二审查明的其他事实与原审查明的事实相一致，本院予以确认。
本院认为，中粮公司为证实涉案的第二十份合同即合同编号为CSIPMS／DMPI／M／100的《皂粒厂非标容器制作合同》合法有效、并已实际履行，向本院提交了合同传真件、现场验收报告、增值税专用发票等财务凭证、案外人秦国锋的证人证言等证据予以佐证。对于中粮公司提交的合同传真件，因中粮公司未能提交该合同业已实际订立的相关传真记录，且东马公司对于中粮公司提交的前述合同传真件不予认可，故本院不予采信。至于中粮公司主张的案外人秦国锋的证人证言，因该证人证言中所述的55台非标罐并未明确系属涉案第二十份合同项下的货物，东马公司对此不予认可；且案外人秦国锋也未在本院规定的期限内接受质询，故本院不予采信。对于中粮公司提交的现场验收报告，东马公司对其真实性虽无异议，但前述现场验收报告明确东马公司系代东马（广州保税区）油脂化工有限公司验收相关非标罐体及玻璃钢罐体。且上述现场验收报告涉及的合同分别为东马（广州保税区）油脂化工有限公司罐体制作项目（合同编号：CSIPMS／DMO／M／100）及东马（张家港）棕榈工业区的棕榈产品的下游工艺非标容器工程的承包合同（合同编号：DONGMA2006-01-16），与诉争的涉案第','2018-10-04
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