云南省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2018）云民终732号
上诉人（原审被告、反诉原告）：寻甸瑞麟房地产开发有限公司。住所地：云南省昆明市寻甸县仁德镇北城新区检测中心。
法定代表人：唐果，总经理。
委托诉讼代理人：蒋显均，云南方中律师事务所律师。代理权限：特别授权代理。
委托诉讼代理人：金雨，云南硕欣律师事务所律师。代理权限：特别授权代理。
被上诉人（原审原告、反诉被告）：陕西元辰建设工程有限公司。住所地：陕西省榆林市榆阳区西沙乡企城榆西花园别墅小区。
法定代表人：吕德平，该公司总经理。
委托诉讼代理人：杨崇玲，云南凌云律师事务所律师。代理权限：特别授权代理。
原审第三人：叶茂林，男，汉族，1968年1月2日出生，住云南省昆明市官渡区。
委托诉讼代理人：李永康，云南鼎兴律师事务所律师。代理权限：特别授权代理。
上诉人寻甸瑞麟房地产开发有限公司（以下简称瑞麟公司）因与被上诉人陕西元辰建设工程有限公司（以下简称元辰公司）、原审第三人叶茂林建设工程施工合同纠纷一案,不服云南省昆明市中级人民法院（2016）云01民初1698号民事判决，向本院提起上诉，本院于2018年7月23日立案后，依法组成合议庭，于2018年8月21日公开开庭审理了本案，上诉人瑞麟公司的委托诉讼代理人蒋显均、金雨，被上诉人元辰公司的委托诉讼代理人杨崇玲，原审第三人叶茂林及委托诉讼代理人李永康到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
瑞麟公司上诉请求：1、撤销原判第一项；改判瑞麟公司与元辰公司签订的合同无效；收缴元辰公司的非法所得，驳回元辰公司要求支付工程款25560999.6元的诉讼请求；2、撤销原判第四项，判令瑞麟公司支付工期延误的罚金50万元、违约金379万元、非法转包违约金100万元及因工程质量问题产生的修复费514958.76元及代付工程款漏算85万元及借款的方式支付的工程款产生的利息36.9万元；3、一、二审诉讼费由瑞麟公司承担。事实及理由：元辰公司通过挂靠的方式将工程交由叶茂林施工，实际施工人叶茂林无施工资质，其借用元辰公司的施工资质与瑞麟公司签订的合同无效。元辰公司收取8‰的挂靠费应依法收缴。瑞麟公司以借款的方式支付给叶茂林、马云宏的工程款1250万元应从工程款中扣减。合同约定的工期360天。开工日期2012年9月20日，直到2014年9月29日元辰公司才提出竣工报告，按内部竣工初步验收，元辰公司延误工期379天，应承担50万元工期罚款，和每延误一天承担1万元的违约金，应承担违约金379万元。2014年9月在元辰公司无法按期交房，监理公司才给元辰公司督促竣工期限，并无意味着瑞麟公司认可工期延误的违约行为，元辰公司并未按合同约定向其提出工期顺延的申请和要求。在工程竣工交房后保修期内工程就出现了多处质量问题，业主和物管不断反映并投诉，瑞麟公司多次向元辰公司发函对不合格的工程进行维修整改，元辰公司拒不整改，瑞麟公司自行请他人进行维修，已产生维修费514958.76元，该维修费应由元辰公司承担。因资料未移交档案馆无法办理产权证带来的损失原判未予支持不当。
元辰公司口头答辩称：瑞麟公司提到以借款的方式支付的工程款，该款项属于私人之间的借款原判不予认定正确。本案从工程移交至今已长达五年超过质保期。元辰公司承建的范围仅涉及基础、主体部分，瑞麟公司所维修的范围，并非元辰公司施工范围，维修费与元辰公司无关。请求驳回上诉，维持原判。
叶茂林口头答辩称：叶茂林与案外人之间的借款属另外的法律关系，关于工期延误与合同约定的竣工时间不一致，是因瑞麟公司未按约定时间付款，监理会议纪要，工程经验收交付瑞麟公司使用，维修费系瑞麟公司单方制作及案外人手写内容，真实性无法确认不予认可。
元辰公司向原审法院提出诉讼请求：1、判令瑞麟公司支付工程款25560999.6元，并支付自竣工移交之日至付清工程款期间的利息（按银行同期贷款利率从2014年10月14日暂计至2016年10月14日为2699419.14元，计算至工程款付清之日止）；2、判令瑞麟公司支付违约金350541元；3、本案诉讼费、保全费、律师费、担保费等费用，由瑞麟公司承担。
瑞麟公司向原审法院提出反诉请求：1、判令元辰公司返还超额支付的工程款21330300.28元；2、判令元辰公司移交“寻甸宜居瑞麟项目二标段”工程竣工验收资料及《云南省建设工程档案合格证》；3、判令元辰公司支付工期延误的罚金50万元、违约金379万元；4、判令元辰公司支付非法转包、联营的违约金100万元；5、本案的诉讼费、保全费、担保费等相关费用由元辰公司承担。
原审法院确认的案件事实：2014年4月1日，元辰公司经过招投标程序中标“寻甸宜居瑞麟”项目二标段建设工程，中标价为143092034.98元，工期为217天。2012年8月20日，瑞麟公司（甲方）与元辰公司（乙方）签订《建设工程施工合同》（合同编号2012.8.20（2）），约定由瑞麟公司将“寻甸宜居瑞麟”小区的基础工程、主体结构工程、室外散水及散水沟、装修工程，给排水、电气等工程发包给元辰公司承建，承包范围：包括但不限于：6#至13#住宅楼、地下室停车位、室外散水及散水沟及化粪池工程等，涉及图所示的建筑面积约9.67万㎡。不含弱电工程、电梯设备和安装工程、室外景观、门、窗、防水、外墙涂料以及发包人平行发包和直接分包的工程内容，合同暂定价款为10637万元（工程总价以最终审定的结算价为准），合同工期为总日历天数360天。因以下原因造成工期延误，经工程师确认，工期相应顺延;发包人未能按约定日期支付工程预付款、进度款，致使施工不能正常进行”。发包方未按照合同约定支付工程款，应承担违约责任（通用条款及专用条款中均未明确承担违约责任的方式），并自工程量确认后第15天起支付应付款的贷款利息。约定了工程款的支付方式和时间。承包人必须提供竣工资料的约定：承包人必须在竣工验收合格后30天内按规定提供4套完整的竣工资料（含竣工图）。合同价款及调整采取可调价格合同，本合同价款调整的依据如下：A、工程设计发生变更引起的工程量增减；B、发包人现场签证”及为避免高估冒算，承包方报送的预结算、变更及签证结算、工程结算等最终核减应在审核总价的6%以内（含6%）。超出6%时按超出部分总价的6%处罚承包人，同时由承包人支付第二次复审费用。
元辰公司与瑞麟公司签订《补充协议》，对《建设工程施工合同》中《专用条款》26.1条约定的工程进度款支付的方式和时间进行了相应变更。
合同签订后，元辰公司于2012年9月20日进场施工。元辰公司于2014年9月29日按合同约定完成涉案工程，经建设、勘察、设计、施工、监理五家单位确认工程竣工验收，元辰公司将涉案工程移交给瑞麟公司。2015年11月28日，元辰公司与瑞麟公司签署《建设工程结算定案表》，确认了涉案工程的审核造价为116847167.33元。元辰公司施工期间，瑞麟公司委托的监理单位昆明建设咨询监理有限公司多次召开监理会议并形成会议纪要，其中2013年5月28日的会议纪要载明元辰公司根据合同施工现场已达到第一次进度款拨付节点，但建设单位迟迟未拨付；若2013年5月30日工程款拨付仍然不到位，工地现场将面临停工。停工后所产生的一切费用监理公司将以书面形式上报建设单位，请建设单位跟总公司协调、解决，尽快给予拨付。二标段：进度款拨付问题已跟总公司沟通，但希望人员闹事不要发生。此后，元辰公司多次在监理会议纪要中提出瑞麟公司按工程进度拨付工程款。2013年11月19日的会议纪要载明：针对前期的工作及资金问题，非常感谢各施工单位的鼎力配合；同时希望在后续工作中也能做好相互间的配合工作；使宜居瑞麟项目圆满、顺利竣工验收，在原定2014年9月份交房日期顺利交房。此后，元辰公司多次在监理会议纪要中反映瑞麟公司按合同约定拨付工程进度款。2014年9月20日，瑞麟公司向元辰公司发出通知，载明“为配合我公司9月25日初验，需要贵单位积极配合于9月23日前把现场施工机械、材料、现场办公室及住宿搬离现场，如逾期未办理一切后果由贵方负责”。
另查明，根据叶茂林的陈述，其与案外人马云宏挂靠于元辰公司实际施工完成涉案工程，叶茂林、马云宏再次将工程分包给邬兆福、胡瑞国、钟云等劳务班组进行施工。
已付款核对情况确认如下：1、瑞麟公司代为支付水电费部分。元辰公司认可代付水电费为454941.84元，瑞麟公司认可代付水电费为462045.6元，根据瑞麟公司提交的代付水电费发票，确认为459705.84元，瑞麟公司提交的2014年12月20日的电费发票497.56元、2015年12月9日的水费发票1842.20元因系竣工验收后产生，不予确认。
2、瑞麟公司向元辰公司的账户转账支付的工程款。根据瑞麟公司提交的转账支付凭证，确认瑞麟公司向元辰公司转账支付的工程款为69522273.78元，其中瑞麟公司直接转账支付的工程款为59202273.78元，以借款方式转账支付的工程款为1032万元（2014年4月24日转账支付借款20万元、2014年5月8日转账支付借款300万元、2014年7月18日转账支付借款280万元、2014年7月29日转账支付借款220万元、2014年8月18日转账支付借款150万元、2014年9月15日转账支付借款15万元、2014年9月19日转账支付借款30万元、2014年9月24日转账支付借款12万元、2014年10月10日转账支付借款5万元），元辰公司对该款项的数额无异议，予以确认。瑞麟公司认为其通过转账支付的工程款为73043633.12元，其中2013年6月18日、2013年3月25日的借款应扣除利息153000元及罚款1500元，对于瑞麟公司主张的利息、罚款因无证据证实双方对此有约定，且元辰公司不予认可，故对瑞麟公司所提应扣除上述费用的主张不予采信。另外，瑞麟公司主张73043633.12元中包含了代扣税款3356859.34元，但瑞麟公司并未提交已代扣税款的证据，故对瑞麟公司所提该主张不予采信。
3、瑞麟公司委托代付劳务款部分。元辰公司向瑞麟公司出具了以下委托付款函：2014年10月29日委托瑞麟公司向胡瑞国支付工人工资7804139.43元，向邬兆福支付10106419.58元，该份委托付款函为元辰公司委托瑞麟公司应向邬兆福、胡瑞国支付的款项，但瑞麟公司未按照该委托付款函的内容支付。后元辰公司向瑞麟公司多次出具了委托函，具体委托时间及委托内容如下：（1）2014年11月11日，委托瑞麟公司向胡瑞国代为支付90万元，向邬兆福代为支付110万元；（2）2014年11月11日，委托瑞麟公司向胡瑞国代为支付200万元，向邬兆福代为支付2000万元；（3）2014年11月17日委托瑞麟公司向钟云支付水电费50万元；（4）2014年12月18日委托瑞麟公司向胡瑞国支付4804139元，向邬兆福支付7106419.58元；（5）2015年1月4日委托瑞麟公司向钟云代为支付水电费50万元。结合上述委托函的内容及瑞麟公司提交的支付凭证对委托代付劳务费确认如下：上述委托付款函（1）、（2）中的委托代付款，瑞麟公司提交了相应的支付凭证证实，予以确认。元辰公司对委托付款函（3）、（5）无异议，且认可该费用应予以扣减，予以确认。关于委托付款函（4）对应的付款凭证，元辰公司对其中云南特新正营销策划有限公司（以下简称特新正公司）代瑞麟公司向陈小舟支付的100万元，向邬兆福支付的60万元，向胡瑞国支付的75万元，向唐士兵支付的10万元不予认可，认为特新正公司并非瑞麟公司，其支付的款项并非涉案工程款。根据瑞麟公司提交的上述款项的转账凭证以及上述收款人出具的收条，均载明上述人员所收取的款项为瑞麟公司支付的工程款，故对特新正公司支付的款项予以确认，瑞麟公司实际支付的工程款为5581314元。瑞麟公司向案外人代为支付的工程款为12581314元。
4、瑞麟公司代元辰公司支付的材料款。双方均确认瑞麟公司向斯泰邦公司代付混凝土款185万元，向马兴文代付材料款445670元，共计2295670元，各方当事人均无异议，予以确认。
5、瑞麟公司以房抵款支付工程款部分。根据瑞麟公司提交的《商品房购销合同》、《商品房买卖合同登记备案表》及元辰公司出具的收款收据，瑞麟公司将十套房屋出售给邬兆福、胡瑞国指定的买受人，房款用于抵扣工程款，具体抵扣情况确认如下：“寻甸宜居瑞麟”小区10-605号房抵扣金额497044元、8-1005号房抵扣金额为495350元、8-201号房抵扣金额为495677元、9-1005号房抵扣金额为505704元、22-1508号房抵扣金额为263173元、22-808号房抵扣金额为262853元、10-705号房抵扣金额为197240元、9-301号房抵扣金额为177505元、9-405号房抵扣金额为195350元、9-505号房抵扣金额为176659元，上述以房抵款金额共计3266555元，瑞麟公司提交的《商品房购销合同》、《商品房买卖合同登记备案表》及《收款收据》能够证实以房抵款的事实，故对以房抵款金额3266555元予以确认。
元辰公司对马云宏、叶茂林向谭建斌借款300万元，向蒋红雨借款60万元，同意在本案中予以扣减，对该款项予以确认。确认瑞麟公司已支付的工程款为91725518.62元。
瑞麟公司提交《工程移交资料清单》，明确其诉讼请求第2项中元辰公司应移交的竣工资料，经元辰公司确认，除该清单中第3项技术交底、第41项建筑物沉降观测记录、第42项室内环境检测报告、第43项其他应归档的文件外，其余工程资料元辰公司同意向瑞麟公司办理配合移交手续。
原审法院认为：瑞麟公司主张元辰公司承包涉案工程后，元辰公司通过挂靠方式将工程交由叶茂林、马云宏施工，故元辰公司与瑞麟公司签订《建设工程施工合同》应为无效。元辰公司系享有建设工程施工资质的主体，虽元辰公司在承包了涉案工程后以挂靠方式将工程交由叶茂林、马云宏实际施工，但该行为并不影响《建设工程施工合同》中权利、义务的约定，并且元辰公司向瑞麟公司实际移交了涉案工程，双方也作出了相应的结算，故《建设工程施工合同》仍对元辰公司及瑞麟公司具有约束力，该合同的内容不违反法律行政法规的强制性规定，应为有效，涉案工程由他人施工完成并不影响元辰公司在本案中主张权利，故瑞麟公司所提该项主张无相应依据，不予采信。
瑞麟公司已支付的工程款为91725518.62元，因元辰公司与瑞麟公司于2015年11月28日共同确认形成了《建设工程结算定案表》，确认工程造价为116847167.33元，故瑞麟公司应向元辰公司支付的工程款为25121648.71元。针对瑞麟公司提出的以下款项应予以扣减的主张：1、2013年2月7日马云宏向唐宗林借款100万元，因该借条没有对应的付款凭证，故对该笔款项不予确认；2、2015年5月15日瑞麟公司与叶茂林、金友云达成《债务转让协议》，约定由债权人金友云对债务人叶茂林享有的债权300万元转让给瑞麟公司，并从瑞麟公司应向元辰公司应付的工程款中予以扣减。因该协议系瑞麟公司、叶茂林、金友云达成，并未经元辰公司确认或追认，故对该笔款项不予扣减；3、2013年12月20日叶茂林向蒋培君借款700万元，该笔借款系叶茂林的个人借款行为，与元辰公司无关，故对该笔借款不予扣减；4、2014年3月14日叶茂林向何世宽借款150万元，因该笔借款没有相应的转账凭证，且该笔借款系叶茂林的个人行为，未经元辰公司的确认，故对该笔借款不予扣减；5、瑞麟公司主张的2014年10月后所产生的代为支付的劳务费、材料费、维修费等费用，因涉案工程于2014年9月竣工并由元辰公司移交给瑞麟公司，故2014年10月后所产生的费用与元辰公司无关，不应在本案的工程款中予以扣减。瑞麟公司主张其向元辰公司超付工程款，应由元辰公司退还超额支付的工程款主张及反诉请求无事实依据，不予支持。
双方在合同中对发包人逾期支付工程款应承担的违约责任进行了约定，而瑞麟公司未按合同约定向元辰公司支付工程进度款，且在涉案工程竣工后也未向元辰公司支付剩余工程款，瑞麟公司已构成违约，应承担逾期支付工程款的违约责任。元辰公司同时提出瑞麟公司承担违约金、利息损失的主张，因利息及违约金同属于损失，且本案双方签订的合同中并未明确发包人应承担的违约金计算方式，故认定瑞麟公司应向元辰公司支付欠付工程款的利息。因涉案工程竣工及移交时间为2014年9月29日，元辰公司主张从工程竣工交付日期后15天，即2014年10月14日起按中国人民银行同期贷款利率计算欠付工程款利息并未违反法律规定，予以支持，因欠付工程款利息已能弥补元辰公司的损失，故对元辰公司主张的其他违约金不予支持。
元辰公司提交的多份会议纪要，能够证实瑞麟公司存在未按时支付工程款的情形，并对原《建设工程施工合同书》中约定的竣工时间进行了变更，瑞麟公司未提交证据证实本案系元辰公司的原因逾期完工，故对瑞麟公司所提该项主张及反诉请求不予支持。
高估冒算的违约金，因《建设工程施工合同》第45.8条约定了承包方报送的工程结算核减应在审核总价的6%以内，超出6%时按照超出部分总价的6%处罚承包人，本案元辰公司报送的工程造价为136829830.62元，审核造价为116847167.33元，审减率已超过了6%，故依据合同约定元辰公司应承担超出部分总价的6%即1198959.79元，该部分应从瑞麟公司向元辰公司支付的工程款中予以扣减。非法转包、联营的违约金，本案中瑞麟公司知晓元辰公司通过挂靠方式交由叶茂林等人施工，并且其曾向叶茂林等人下属的劳务班组直接支付工程款，且在施工过程中均未提出异议，其对此事实知晓并认可，故对瑞麟公司主张的非法转包、联营违约金的反诉请求无相应依据，不予支持。
瑞麟公司主张元辰公司交付竣工验收资料的诉讼请求是否成立。因涉案工程已竣工验收，元辰公司有义务向瑞麟公司移交涉案工程的资料，元辰公司对此无异议，予以确认。移交的资料清单范围，因元辰公司对技术交底、建筑物沉降观测记录、室内环境检测报告表示未持有，瑞麟公司也未提交证据证实上述材料必须由元辰公司移交，故对上述材料不予确认。对于其他应归档的文件，瑞麟公司表示因其他资料不明确故不再主张，不再支持。元辰公司主张的律师费，因其未提交委托代理合同及律师费的实际支出，对元辰公司主张的律师费不予支持。诉讼保全担保费，因合同中对此费用承担未进行约定，且该费用并非因瑞麟公司违约产生的必要损失，故对诉讼保全担保费不予支持。依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百一十四条第一款，最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条、第十八条，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百一十八条之规定，判决：“一、寻甸瑞麟房地产开发有限公司于本判决生效后十五日内向陕西元辰建设工程有限公司一次性支付欠付工程款23922688.92元（已扣减陕西元辰建设工程有限公司应承担的高估冒算违约金1198959.79元），并支付该款项自2015年10月14日起至上述款项还清之日止，按中国人民银行同期同类贷款利率计算的利息；二、陕西元辰建设工程有限公司于本判决生效后十五日内向寻甸瑞麟房地产开发有限公司移交“寻甸宜居瑞麟二标段工程”的全部竣工验收资料原件（具体移交资料详见瑞麟公司提交的2018年1月19日的《陕西元辰建设工程有限公司未移交资料清单》，除第3项中技术交底、第41项建筑物沉降观测记录、第42项室内环境检测报告、第43项其他应归档的文件不予移交外）；三、驳回陕西元辰建设工程有限公司的其他诉讼请求；四、驳回寻甸瑞麟房地产开发有限公司的其他反诉请求。本诉案件受理费184854.8元，由陕西元辰建设工程有限公司承担36970.96元，由寻甸瑞麟房地产开发有限公司承担147883.84元，本诉诉讼保全费5000元由寻甸瑞麟房地产开发有限公司承担；反诉案件受理费90451.15元，由寻甸瑞麟房地产开发有限公司承担”。
二审中，瑞麟公司提交：1、代付款项支付明细一份，证明瑞麟公司在本案中实际向案外人支付的工程款为13431314元，原判认定12581314元，漏算85万元。2、叶茂林出具的证明材料一份，证明叶茂林、马云宏为涉案工程的实际施工人，向元辰公司交纳0.8%的挂靠费，元辰公司没有参与施工管理，也未投入资金。3、对叶茂林的录音资料，证明叶茂林承认借款实际用于工程项目。4、工程拨付资金安排表二份，证明实际施工人叶茂林、马云宏向元辰公司交纳0.8%的挂靠费，元辰公司非法转包给叶茂林、马云宏施工。
元辰公司质证认为，证据1代付款项支付明细对三性不予认可，不能证明漏算85万元。证据2对三性及证明目的不予认可。证据3叶茂林的录音资料，对三性不予认可，不能看出是针对叶茂林进行的录音。证据4是否为马云宏签字不清楚，叶茂林、马云宏确实向元辰公司交纳管理费。
叶茂林质证认为，证据1代付款项支付明细对三性不予认可，不能证明漏算85万元。证据2真实性认可，其是实际施工人，同意由元辰公司主张权利。证据3录音资料真实性不予认可，是在叶茂林不知情的情况下作出。证据4是否为马云宏签字不清楚，叶茂林、马云宏确实向元辰公司交纳管理费。
元辰公司提交2014年5月20日《会议纪要》，证明双方确认2014年9月30日交房，如该时间交房建设单位将不追究总包、分包的工期问题。
瑞麟公司质证认为，对三性认可，不认可证明目的。元辰公司延误工期300多天，未按合同约定交房，工期延误的过错在元辰公司，《会议纪要》不能证明其同意顺延工期。
叶茂林质证认为，对三性及证明目的认可，工期延误300多天是事实，但原因是瑞麟公司未按合同约定支付工程进度款所导致。
对双方提交的证据，本院将结合争议焦点综合予以评判。
对原审法院认定的案件事实，本院予以确认。
结合诉辩双方的主张，本案争议的焦点问题是：1、2012年8月20日双方签订的《建设工程施工合同》的效力；2、瑞麟公司主张以借款的方式支付给叶茂林、马云宏的1250万元及代付的工程款漏算85万元及以借款的方式支付的工程款产生的利息36.9万元及维修费514958.76元是否有相应的事实及法律依据；3、元辰公司是否存在工期延误及非法转包、联营的违约情形应否承担相应的违约责任。
一、关于2012年8月20日双方签订的《建设工程施工合同》的效力问题
本院认为，元辰公司经过招投标中标“寻甸宜居瑞麟”项目二标段建设工程，于2012年8月20日与瑞麟公司签订《建设工程施工合同》，约定瑞麟公司将“寻甸宜居瑞麟”小区的基础工程、主体结构工程、室外散水及散水沟、装修工程，给排水、电气等工程发包给元辰公司承建。瑞麟公司主张元辰公司将涉案的工程通过挂靠的方式交由无施工资质的叶茂林、马云宏实际施工并收取管理费合同无效。本院认为，元辰公司承包了涉案工程后以挂靠方式将工程交由叶茂林、马云宏实际施工，是元辰公司与叶茂林、马云宏之间另外的法律关系，并不导致元辰公司与瑞麟公司签订的合同无效，涉案工程由他人施工完成并不影响元辰公司作为合同相对方在本案中主张权利，且合同已实际履行，元辰公司向瑞麟公司实际移交了涉案工程，双方也作出了相应的结算，该《建设工程施工合同》是双方真实意思表示，内容并不违反法律或行政法规的强制性规定，合法有效，瑞麟公司该上诉理由不能成立，本院不予支持。
二、关于瑞麟公司主张以借款的方式支付给叶茂林、马云宏的1250万元及代付工程款漏算85万元及以借款的方式支付的工程款产生的利息36.9万元及维修费514958.76元是否有相应的事实及法律依据的问题
本院认为，元辰公司与瑞麟公司签订《建设工程施工合同》约定由瑞麟公司将“寻甸宜居瑞麟”小区的基础工程、主体结构工程、室外散水及散水沟、装修工程，给排水、电气等工程发包给元辰公司承建。元辰公司完成了涉案的工程，并经过竣工验收交付瑞麟公司使用。元辰公司与瑞麟公司共同确认形成了《建设工程结算定案表》，确认工程造价为116847167.33元，瑞麟公司已支付的工程款为91725518.62元，双方无异议，本院予以确认。
第一、瑞麟公司主张以借款的方式支付给叶茂林、马云宏的1250万元应作为已付工程款。本院认为，1、2013年2月7日马云宏向唐宗林借款100万元（复印件），该借条没有对应的付款凭证，不能证明借款实际发生，且双方并未约定该借款在本案已付工程款中减扣，瑞麟公司该项上诉请求不能成立，本院不予支持。2、2015年5月15日瑞麟公司与叶茂林、金友云达成《债务转让协议》，约定由债权人金友云对债务人叶茂林享有的债权300万元转让给瑞麟公司，并从瑞麟公司应向元辰公司应付的工程款中予以扣减。本院认为，该债务转让协议系瑞麟公司、叶茂林、金友云之间达成，并未经元辰公司确认，且该债务转让协议经寻甸回族自治县人民法院（2015）寻民初第1117号生效的民事判决，由瑞麟公司支付案外人金友云借款本金300万元及利息，瑞麟公司应按生效判决履行义务，瑞麟公司主张该300万元作为已付工程款该项上诉请求不能成立，本院不予支持。3、2013年12月20日叶茂林向蒋培君借款700万元，二审中叶茂林到庭陈述该笔借款系其个人借款，与元辰公司无关，且该款经过昆明市中级人民法院（2016）云01民初264号生效民事判决，由叶茂林向蒋培君归还借款6755000元及利息，叶茂林应按生效判决履行还款义务，瑞麟公司主张该700万元作为已付工程款该项上诉请求不能成立，本院不予支持。4、2014年3月14日叶茂林向何世宽借款150万元，因该笔借款没有相应的转账凭证，不能证明借款实际发生，二审中叶茂林到庭陈述该笔借款系其个人借款，与元辰公司无关，且双方并未约定该借款在本案已付工程款中扣减，瑞麟公司主张该150万元作为已付工程款该项上诉请求不能成立，本院不予支持。综上，瑞麟公司主张以借款的方式支付叶茂林、马云宏的1250万元不应作为本案已付工程款。
第二、关于瑞麟公司主张代付的工程款漏算85万元。本院认为，原判认定瑞麟公司向案外人代为支付的工程款为12581314元，分别为：（1）2014年11月11日，委托瑞麟公司向胡瑞国代为支付90万元，向邬兆福代为支付110万元；（2）2014年11月11日，瑞麟公司向胡瑞国代为支付200万元，向邬兆福代为支付200万元；（3）2014年11月17日瑞麟公司向钟云支付水电费50万元；（4）瑞麟公司实际支付的工程款为5581314元；（5）2015年1月4日瑞麟公司向钟云代为支付水电费50万元，对以上（1）、（2）、（3）、（5）笔款项双方无异议，本院予以确认。对原判认定的第（4）笔款5581314元，瑞麟公司认为实际为6431314元，原判漏算85万元。二审中，本院经组织双方对账查明：瑞麟公司代付的款项6431314元由17笔款项组成，每笔款项均有相应的付款凭证及记账凭证，与二审中瑞麟公司提交的《代付款项支付明细》相互吻合，对第（5）笔瑞麟公司实际代付的款项为6431314元，本院予以确认，元辰公司虽有异议，但未提交相反的证据予以否定，瑞麟公司该项上诉请求成立，本院予以支持。
第三、关于瑞麟公司主张借款的方式支付的工程款产生的利息36.9万元由元辰公司承担。本院认为，双方签订《建设工程施工合同》，并未约定瑞麟公司以借款的方式支付的部分工程款元辰公司应承担利息，因瑞麟公司未按合同约定向元辰公司支付工程进度款，工程竣工验收后也未向元辰公司支付剩余工程款，现要求元辰公司承担以借款的方式支付的工程款利息，是其单方计算，元辰公司不予认可，该项上诉请求不能成立，本院不予支持。
第四、关于瑞麟公司主张要求元辰公司承担维修费514958.76元。本院认为，首先，涉案的工程于2014年9月29日竣工验收合格后，且无证据证明瑞麟公司已通知元辰公司进行维修，而元辰公司拒绝维修；其次，元辰公司与瑞麟公司签订《建设工程施工合同》，约定元辰公司承包范围为基础工程、主体结构工程等，而瑞麟公司提交维修外墙开裂渗水支付的维修费、材料费、劳务费等，不属于元辰公司施工的范围，故瑞麟公司主张要求元辰公司承担维修费514958.76元，无事实及法律依据，本院不予支持。
三、关于瑞麟公司主张要求元辰公司支付工期延误违约金379万元、罚款50万元及转包、联营的违约金100万元是否有事实及法律依据。
本院认为，第一、瑞麟公司主张要求元辰公司支付工期延误违约金379万元及罚款50万元。瑞麟公司与元辰公司签订《建设工程施工合同》，约定“合同总工期360天，元辰公司若发生总日历工期延误时承担50万元的工期罚款和每延误一天1万元的违约金”。合同约定总工期360天，从2012年9月20日至2013年9月20日止，实际竣工时间为2014年9月29日，逾期竣工379天。从本案查明的事实看逾期竣工的原因：第一、元辰公司提交2013年5月28日监理会议并形成《会议纪要》，载明“合同施工现场已达到第一次进度款拨付节点，但建设单位迟迟未拨付；若2013年5月30日工程款拨付仍然不到位，工地现场将面临停工。停工后所产生的一切费用，由监理公司将以书面形式上报建设单位，请建设单位跟总公司协调解决，尽快给予拨付工程款”及2014年1月15日《会议纪要》，载明“春节后工期较紧，总的工期为2014年9月30日交房日期顺利交房”。二审中，元辰公司提交的2014年5月20日《会议纪要》，载明2014年9月30日交房，如能在此时间交房建设单位将不追究总包、分包的工期问题”。第二、2014年9月29日经建设、勘察、设计、施工监理五方确认工程竣工验收，并交付瑞麟公司使用。以上证据证明因瑞麟公司未按约定支付工程进度款，双方以《会议纪要》的形式对合同约定的工期由“2013年9月20日变更为2014年9月30日”，并明确如在2014年9月30日交房不追究元辰公司工期延误的问题，元辰公司已在2014年9月29日交房，与《会议纪要》明确2014年9月30日之前交房不追究元辰公司工期延误的约定相符，故元辰公司对工期延误不构成违约，不应承担违约责任，瑞麟公司该项上诉请求不能成立，本院不予支持。
第二、瑞麟公司主张要求元辰公司承担违法转包、联营的违约金100万元。本院认为，双方签订《建设工程施工合同》，约定“本工程不得转包、不得联营。如发现转包、联营的，瑞麟公司有权终止合同，并处罚元辰公司一次性罚款100万元”。本案中，瑞麟公司与元辰公司签订合同后，元辰公司通过挂靠的方式将涉案的工程交由叶茂林等人施工，并非转包或联营，在施工过程中，瑞麟公司知晓由叶茂林等人施工的情况，并未提出异议，且向叶茂林等人的劳务班组直接支付过工程款，故瑞麟公司该项上诉请求不能成立，本院不予支持。二审中，瑞麟公司提交的《证明材料》、《录音资料》、《工程款资金安排表》，不能证明元辰公司非法转包的事实，本院不予采信。
综上，瑞麟公司应向元辰公司支付的工程款23072688.92元【双方共同确认的工程造价116847167.33元－（瑞麟公司已支付的工程款为91725518.62元＋85万元）－元辰公司应承担的高估冒算的违约金1198959.79元】，瑞麟公司应履行支付的义务，并承担相应的利息。
综上所述，瑞麟公司的上诉请求部分成立，本院部分予以支持，原判认定事实清楚，适用法律正确。但对瑞麟公司代付的工程款漏算85万元，本院予以变更。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第二项之规定，判决如下：
一、维持云南省昆明市中级人民法院（2016）云01民初1698号民事判决第二、三、四项；
二、变更云南省昆明市中级人民法院（2016）云01民初1698号民事判决第一项为“由寻甸瑞麟房地产开发有限公司于本判决生效后十五日内向陕西元辰建设工程有限公司一次性支付工程款23072688.92元及利息（自2014年10月14日起至款项还清之日止，按中国人民银行同期同类贷款利率计算的利息）。
如果未按本判决指定的期间履行给付义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审案件受理费184854.8元，由陕西元辰建设工程有限公司承担36970.96元，由寻甸瑞麟房地产开发有限公司承担147883.84元，诉讼保全费5000元由寻甸瑞麟房地产开发有限公司承担；反诉案件受理费90451.15元，由寻甸瑞麟房地产开发有限公司承担。二审案件受理费275305.95元，由寻甸瑞麟房地产开发有限公司承担263005.95元，由陕西元辰建设工程有限公司承担12300元。
本判决为终审判决。
审判长 周惠琼
审判员 王 健
审判员 刘亚东
二〇一八年九月四日
书记员 范 蕊