浙江省嘉兴市南湖区人民法院
民 事 判 决 书
(2015)嘉南民初字第1117号
原告（反诉被告）：朱学文。
委托代理人：凌巧荣、盛洪伟，浙江红船律师事务所律师。
被告（反诉原告）：中元建设集团股份有限公司。住所地：嘉兴市中山东路****号。
法定代表人：章锡根。
委托代理人：洪涛、高阳，浙江三利律师事务所律师，
原告朱学文因与被告中元建设集团股份有限公司（下称中元公司）建设工程分包合同纠纷一案，向本院提起诉讼，本院于2015年4月28日受理后，依法由审判员白燕独任审判，于2015年6月1日进行了第一次开庭审理，后中元公司提出反诉，本院予以受理。由于本案案情复杂，依法组成合议庭，于2015年10月13日、2016年4月5日进行了证据交换。期间由于双方需要就相关款项支付事宜进行对账及庭外和解，法庭给予双方3个月时间，双方经和解未能达成一致意见。本院于2016年6月7日公开开庭对本诉及反诉进行了合并审理。朱学文的委托代理人凌巧荣、盛洪伟、中元公司的委托代理人洪涛到庭参加诉讼。由于本案案情复杂，经本院院长批准，延长审限六个月。本案现已审理终结。
朱学文起诉称，2009年11月16日原告与被告签订工程项目内部承包责任书，约定被告将其承建的嘉兴市汽车客运中心项目交由原告施工，合同价款9180万元，双方就承包范围、管理费的收取、资金的管理等事项进行了约定。合同签订后，原告即组建人员进行施工，工程于2009年8月1日开工，于2011年9月9日竣工，工程完成竣工结算于2013年12月27日，最终结算价款为115320452元。截止2015年4月17日，被告仅支付原告工程款107248020元，尚存余款未支付，原告多次催讨，被告仍未能付清所有款项。原告为了维护自己的合法权益，提起诉讼，请求判令：1.被告立即支付原告工程款1000000元，并赔偿原告利息损失50000元；2.本案诉讼费由被告承担。后原告变更上述第1项诉讼请求为被告立即支付原告工程款5000000元，并以人民银行同期同类贷款利率为标准判决被告赔偿判决书确定的履行日届满之日的利息损失。
中元公司答辩称，原、被告签署工程内部承包协议系属实的，原告系被告的在编职工，双方之间的内部承包协议合法有效；承包的工程款已经经过结算，但是该工程款实际到位1亿元左右，被告向业主单位进行工程款催收，业主单位明确款项由原告处理，但原告到目前没有与业主单位进行接触和确认；根据原告的自认，被告已支付原告工程款107248020元，收款与支付两项抵消后，被告的项目已出现亏损，根据双方的内部承包协议，应由原告自行负担，故请求法庭驳回原告的诉讼请求。
中元公司反诉称，朱学文自1984年成为反诉原告员工，一直以内部承包方式从反诉原告处承接工程施工。2009年11月16日，反诉被告与反诉原告签订工程项目内部承包责任书，约定反诉被告内部承包“嘉兴市汽车客运中心项目工程”，反诉被告应认真执行政府相关政策及反诉原告的各项规章制度，应上交反诉原告管理费按工程总造价的3%计算（不含税金和规费），负责与甲方结算、处理各种纠纷并承担该项目一切费用，负责筹集“施工合同”要求缴纳的工程履约保证金并承担相应的资金成本，反诉原告派驻项目部管理人员薪酬由反诉被告承担，按反诉原告规定标准发放，项目保修责任由反诉被告负责等等。项目竣工结算总造价为115320452元，截止起诉时该项目实际支出120662071.77元，项目亏损5341619.77元，此外该项目尚欠应付款项1768899.3元。根据双方约定，该项目的亏损应由反诉被告承担。反诉原告为了维护自己的合法权益，提前反诉，请求判令：1.反诉被告立即偿还欠款5341619.77元，并承担利息（自起诉之日起算至还款之日止）；2.本案诉讼费由反诉被告承担。
朱学文答辩称，根据双方的实际债权债务情况，中元公司尚应支付朱学文工程款1000万元，朱学文在本诉主张了500万元，故不存在返还中元公司款项的事实。
针对自己的主张，朱学文提供了下列证据：
1.工程项目内部承包责任书1份，证明原、被告就汽车客运中心项目约定由原告承包的范围、管理费的收取、资金管理事项等进行了约定。
2.开工报告1份，证明涉案工程于2009年8月1日开工。
3.房屋建筑工程竣工验收报告1份，证明涉案工程竣工时间系2011年9月9日。
4.工程造价审定报告1份，证明涉案工程总造价系115320452元，该造价审定系被告委托作出的。
5.民事判决书2份，证明原、被告之间曾就200万元款项发生争议，现经诉讼确认该200余万元系民间借贷款项，原告则认为系工程款。
6.员工工资领款证明1份，证明原告已向被告派驻现场的管理人员发放了工资。
上述证据，中元公司经质证后对证据1无异议，对证据2、3、4认为系复印件，不符合证据形式要件，不予认可，对于证据5的真实性无异议，但认为与本案无关。对于证据6，对于其上人员签字无法确认真实性，即便原告支付了上述工资，也符合双方承包合同约定，并且从工资发放记录来看，许凌、陈书生、陈跃忠、孙志祥、曾金明、岳河永六人是中元公司派到项目部的工作人员，在中元公司所主张项目应当分摊的工资中也包含了要发放给他们的基本的工资和福利，朱根荣是朱学文项目部的材料员，在中元公司进行租赁的结算中都是他经办。
中元公司为支持其意见，提供下列证据：
1.嘉兴市参保对象社会保险证明1份，证明原告系被告单位在编职工，养老保险系被告交纳。
2.建设工程施工合同1份，证明被告承接工程，与业主签订施工合同，约定了双方权利义务等。
3.项目工程内部承包书1份，证明被告承接上述工程后将工程以内部形式由原告承包，双方约定了管理费的记取等。
4.汽车客运中心项目实收明细汇总1份，证明该项目实际收到款项114507965.4元，再加上违约扣款556500元及水电费扣款，与审价报告一致。
5.汽车客运中心盈亏汇总1份，证明截止2015年8月21日，该项目实际亏损情况。
6.嘉兴市汽车客运中心项目对外欠款汇总，证明截止2015年8月18日，该项目对外欠款情况。
7．嘉兴市汽车客运中心项目支出明细1份，证明截止2015年8月21日，该项目对外总支出系114443590.22元。
8.嘉兴市本级参保对象社会保险证明1份，证明原告到目前为止仍是被告单位员工。
9.履约保函2份，证明被告垫付了银行保函的手续费，该费用及保函利息共计1067175元按照双方约定应由原告承担。
10.现场组织机构人员表、工资分摊、福利提取明细表及考勤表各1份，证明原告应承担的项目管理人员的工资情况。
11.扣款凭证数份，证明业主扣取了违约款项。
12.原告确认的工程款支付明细表1份，证明自2009年至2014年工程实际支出84075198.46元，原告对此无异议。
13.原告未予以确认的支出汇总明细表1份共计193页及款项支付凭证数份，该部分款项系项目对外付款，原告未予以确认。
14.嘉兴市地方税务局文件2份，证明根据地方规定性文件，涉案工程已交纳税金的比例。
15.公司同期其他承包工程结算单1份，证明公司同期其他工程交纳税金情况。
16.被告单位文件2份，证明根据该文件内容，应由原告承担的各项中标费用合计12万余元。
17.朱学文与李某的工程结算单及情况说明各1份，证明李某系朱学文承接工程中负责装修的，其在2012年1月19日从中元公司领取的70万元款项经双方结算已经作为朱学文支付给李某的装修款项，现朱学文不认可上述事实无法律依据，以及中元公司分两次支付的地板款项共计17万元系用于朱学文项目部的。
18.费用汇总表1份，证明朱学文承接的该项目实际支出、税金、管理费及亏损情况；
19.付款凭证1份，证明中元公司按照李某的指示付给了上海阳贵建材公司100万元。
上述证据，朱学文经质证后认为，对于证据1、3、8、9、12、14的真实性均无异议，但其中保函利息及手续费不应由原告承担，至于税金应按照原、被告双方约定计算，且企业所得税应由被告承担；对于证据2系复印件，原告无法确认其真实性；对于证据4至7，系被告自行制作的表格，需要结合相关汇款的原始凭证才能进行质证，被告对于其中审计报告的总金额及收入部分115320452元无异议；对于证据10、11真实性有异议，被告提供的资料并未说明出处，按照规定组织人员备案表系需要经过档案馆备案的，现场具体的管理人员应由原告实际确认的为准；被告主张的业主扣款，系被告原因导致的，被告收了管理费，但未能保证人员到场，故应由被告承担违约责任；对于证据13，原告对朱学文签名的付款通知单的真实性及款项的支付均无异议，但在双方内部承包合同签订之前，原告通知被告付款系作为被告的员工履行职务行为，故相关款项的支付与本案工程分包无关；对于其上无原告本人签字的付款通知单及签证单等均不予认可；对于证据14的真实性无异议，原、被告之间应按照双方之间的合同约定承担相关税费；对于证据15，真实性无法确认，且内容与本案缺乏关联性；对于证据16，原告并未签收该文件，故对原告不具备约束力；对于证据17，真实性无法确认，且缺乏与本案关联性；对于证据18，系中元公司自行制作的表格，不予认可。对于证据19的真实性需要核实，即便系真实的，收款人与通知单上载明不一致，与本案缺乏关联性。
法庭出示依据中元公司的申请，向业主单位嘉通公司调取的施工过程中扣罚违约金情况，该单位出具证明表明，嘉兴市汽车客运中心工程2009年12月至2011年9月期间累计扣罚违约金556500元，扣罚理由系合同人员缺勤、工程质量及进度方面等问题。
上述证据，双方经质证后均对其真实性无异议，朱学文认为扣罚违约金的依据包括了合同人员缺勤等情况，应由中元公司承担责任；中元公司认为，在项目总结算时朱学文系认可违约金扣罚事宜的。
法庭审理中，依据中元公司的申请，证人李某、乐某出庭作证，证人李某陈述证言如下：证人系中元公司的职工，从中元公司处承接过多次工程。证人负责施工朱学文承包的汽车客运中心项目部的土建工程，关于装修项目双方已经进行了结算，并付清了款项。2012年1月19日，中元公司支付给证人的70万元系由于朱学文项目资金未到位，故由朱学文出面向中元公司的借款，后在双方结算时该笔借款作为证人一方的借款，利息由证人承担。2011年4月8日及5月13日，根据证人的申请中元公司支付了两笔货款共计17万元于粤海装饰材料，该笔款项系购买的地板款项，用于朱学文承包的汽车客运中心项目，属于装修款的一部分。至于2011年3月22日，中元公司支付给上海阳贵建材的100万元，需要回去核实，如果系证人签字的，则予以认可。除了朱学文承包的工程外，其他工程也有向上海阳贵建材以及粤海装饰购买过建筑材料。证人乐某陈述证言如下：朱学文承包了汽车客运中心项目，中元公司派驻该项目的管理人员有钱福良、陈书生、许凌、孙志祥、岳河永、陈跃忠、曾金明，中元公司按照朱学文项目部报告的考勤情况，基本按照全勤发放了他们的基本薪酬，数额在1100元到1300元之间，其他奖金由朱学文项目部负责发放。朱根荣不是中元公司派驻项目部的工作人员，朱根荣原系中元公司的职工，现已退休。
上述证人证言，朱学文经质证后认为，两证人均系中元公司员工，故对其陈述的真实性不予认可。李某指示支付给上海阳贵建材和粤海装饰的款项与本案缺乏关联性。乐某系中元公司管理劳动人事的，与中元公司有利害关系，他发放基本薪酬所依据的考勤并未提供制作的依据，且其陈述亦未能到工地上核实，故考勤的真实性无法确认。中元公司经质证后认为，两位证人的证言可以认定相关事实。
经审核，对原告提供的证据以及被告提供的证据1、2、3、8、9、11、12、14的真实性均予以认定，至于证据的关联性及证明力，结合裁判理由阐述；对于被告提供的证据4、5、6、7、10系被告自行制作的材料，不符合证据的形式要件，不予认定；对于被告提供的证据13，其中对于朱学文签字确认的付款通知单及相关款项支付凭证的真实性均予以确认，朱学文作为经办人在相关付款通知单上签字，其应能说明相关款项的支付缘由，现其虽抗辩在相关付款通知单上签字发生在双方签订内部承包合同之前，属于其履行职务行为，但其并未提供证据证明相关款项的支付与本案所涉工程无关，故对于其抗辩本院不予采信。对于其中“李某”购地板费用，结合证据17的情况说明及证人李某的证言，本院认定该17万元货款与本案诉争工程有关，予以认定；对于涉及“李某”的装饰装修费用70万元，根据朱学文与李某的结算单及证人李某的证言，可以认定该款项系经朱学文的申请由中元公司作为借款支付给李某用于诉争工程的，并由李某承担该笔款项的利息，且朱学文与李某就装修工程进行结算时将该笔款项作为装修工程款的部分予以扣除，现朱学文并未提供证据证明已归还上述70万元，故对于中元公司主张该笔款项系其对诉争工程款的垫付款的主张，予以采信，对该证据予以认定；对于票据号为8004831的付款通知单，被告主张该748000元系预留业主支付的工程款作为原告应向被告支付的部分履约保证金，由于保证金支付行为并未实际发生，故对该笔费用，本院不予认定；对于中标交易费、招标文件购买费等涉及投标由被告实际支出的成本费用，本院对其真实性均予以认可；对于标书编制等费用，系被告自行制作，不符合证据形式要件，本院不予认定。对于保函及其手续费付款凭证的真实性予以认定。对于业主单位违约金扣款，结合业主单位出具的证明，本院对其真实性予以认定，从扣款说明可以看出，扣罚违约金系基于工程质量、进度、人员缺勤方面，由于扣罚违约金行为发生在业主单位与中元公司之间，现中元公司主张上述扣罚违约金全由朱学文承担，但其未能进一步向法庭举证相关款项的具体扣罚事由及金额，故本院根据业主单位出具的情况说明，酌情确定对于上述扣罚的违约金由朱学文及中元公司各半负担。对于被告因处理澳太砖款案支付案件律师费10000元的票据的真实性予以认定。至于被告主张的因处理与原告之间民间借贷纠纷案件产生的诉讼费以及律师服务费，与本案缺乏关联性，不予认定。对于维修款付款通知单、建筑工程决算书及维修情况表的真实性予以认定。对于管理人员工资福利分摊费用，该表格虽系中元公司工作人员单方制作，但该表格从形式上看符合双方承包合同的约定，且从表格内容上看，其仅反映了相关人员的基本薪资，该基本薪资的发放与朱学文项目部另行发放相关人员奖金并不相矛盾，朱学文虽对其真实性不予认可，但未能提出实质性的反驳意见，故本院对该证据予以认定；至于中元公司主张的由“朱根荣”签字的扣件赔偿款项，从中元公司该组证据中有“朱根荣”签字的“材料设备租用单”来看，收料单位系中元公司内部租赁中心，发料单位系“客运中心”，发料人处签字均为“朱根荣”，结合朱学文项目部工资发放情况来看，项目部亦发放了朱根荣的工资，故该组证据中的租赁合同、租用设备清单以及朱学文发放工资的清单能形成证据链，对于中元公司主张的朱根荣系朱学文项目部的收料人的主张，本院予以采信，对于“朱根荣”签字确认的扣件罚款单，予以认定。对于被告提供的证据15，与本案缺乏关联性，不予认定。对于被告提供的证据16，该文件属于被告内部的规章制度，从形式看系依据公司内部程序制定及发布，从内容看分别形成于2008年及2009年，文件编号分别为浙中元股司（2008）23号、（2009）50号，早于双方签订内部承包合同，文件发送对象系公司各部室、各下属单位，朱学文作为公司的在册员工，自1998年开始便在中元公司交纳社会保险，并多次从中元公司处承接项目，朱学文理应知道上述规定。双方在内部承包协议里也明确约定“公司的项目管理规定”系作为双方缔约的依据之一，本案内部承包合同标的额较大，双方在缔约时更应本着谨慎注意的态度，中元公司提供的上述文件属于“公司项目管理规定”的范畴，故上述文件对朱学文有约束力，对于该组证据本院予以采信。对于证据18，属于中元公司单方制作的表格，不符合证据形式要件，不予认定。对于证据19，由于证人李某出庭作证，其并未明确对支付给上海阳贵建材的材料款与本案诉争工程有关联进行确认，故中元公司未能举证证明该份证据与本案的关联性，本院不予认定。对于本院出示证据的真实性予以认定。对于两位证人证言的合理部分予以采信。
本院经审理，认定案件事实如下：
2009年6月25日，中元公司作为承包人与业主单位嘉兴市嘉通客运场站投资开发有限公司（以下简称嘉通公司）签订建设工程施工合同，嘉通公司将客运中心项目发包给中元公司施工，工程内容包括综合楼、站房、配套用房、室外总布、广场、停车场的施工、水电安装工程的施工工作等，总面积38950平方米，具体以工程量清单中的项目为准，合同价款为91800629元，开工日期计划2009年6月1日（实际以监理单位签发的开工令为准），竣工日期2010年11月30日，合同工期548天，并约定承包人按招标文件规定提交履约保证金并签字、盖章后生效。同时双方约定，采用综合单价合同，构成合同的工程量清单报价中所填写的综合单价和措施项目、其他项目、规费、税金、专项安全生产费用等均应视为已在本合同价款中，分部分项工程量清单计价部分以综合单价承包，措施项目清单费用、其他项目清单费用等一次性包死。承包人需向发包人提供10%的预付款保函（保函形式为银行保函）等，并支付合同总价10%的履约担保，其中质量目标保证金占50%，工期目标保证金占50%，项目班子到位率保证金占10%，安全文明施工保证金占10%，廉政建设等其他项目保证金5%。承包人需承担如下违约责任：因承包人原因造成工期延误，每天处以合同价0.2‰违约金，分段施工交付按合同价同比例执行；工程质量因承包人原因最终验收达不到合格标准，罚没承包人履约担保中的质量目标保证金；未获得“南湖杯”的，发包人扣除承包人质量保证金的50%作为质量违约金；因承包人原因达不到安全目标的，业主有权不退还承包人履约保证金中的安全文明施工项保证金；承包人不及时执行工程师指令的，业主有权对承包人处以0.2-2万元/次的违约金等。本工程必须按照嘉兴市文明标化样板工地要求执行，达不到嘉兴市文明标化样板工地扣除50%安全文明施工保证金。本工程发包范围内的施工项目，除招标文件规定内容外，未经发包人同意，一律不得分包，否则发包人可以扣除质量保证金的20%。承包人在投标书中承诺的项目经理及相应资质的专业技术、管理人员未经发包人同意，承包人不得调换和撤离，若擅自调换应承担违约责任，项目经理到位和技术负责人月到岗率须在80%以上，主要项目管理人员月到岗率须在90%以上，否则按违约处理，项目经理和技术负责人每不到位1天扣除违约金2000元/人，主要项目管理人员每不到位1天扣除1000元/人等。
2009年11月16日，朱学文以汽车客运中心施工项目部代表人的名义与中元公司签订工程项目内部承包责任书，中元公司将上述工程承包给朱学文，合同造价系91800629元，施工范围同业主单位的“施工合同”确定的范围，开工日期2009年6月1日，竣工日期2010年11月30日，总工期548日历天，工程质量为确保“南湖杯”，争创“钱江杯”，本工程安全达标100%，安全考核标准为省级“标化”。并约定朱学文按照工程总造价的3%上交中元公司管理费（不包括税金及规费），质量、安全统筹金按公司规定标准计工程总造价的0.3%，公司领导、各部门一致认为该工程质量、安全、文明施工达到公司样板化工程要求的，管理费给予减免0.2%-0.3%，工程质量、安全奖罚按照与业主的施工合同、廉政合同、工程质量责任合同、安全责任合同、合同谈判承诺书及公司有关文件执行，并约定由朱学文负责筹集业主要求交纳的工程履约保证金，施工过程中若发生业主资金不到位时，朱学文负责从多渠道解决项目施工所需的资金，并承担相应的资金成本。中元公司负责对工程项目进行全程指导、监督和检查，提供工程投标文件及其相关资料，并进行“施工合同”和公司内部管理文件交底，与业主合同事项中如需企业法人出面办理的手续，应由中元公司协助办理，相关费用由项目部承担，并由中元公司负责审核各类业务合同、处理工程所需要的人力、主要材料、机械设备等的调配工作，负责质量、安全、环保管理的指导和施工组织设计及施工方案等的相关技术资料的审核工作，并协助项目部做好工程款的收取工作，及时按照约定划款至项目部账户，工程竣工后协助朱学文做好结算工作，项目部完成全部工作后，依据财务核算情况，经内部审计，及时做好兑现奖励工作等。作为客运中心项目部，应按照“施工合同”的约定组织施工，并负责处理涉及项目部的各种纠纷，由此产生的各项费用由项目部承担。若涉及诉讼或仲裁的，立即通知中元公司，并负责妥善处理。若中元公司认为有必要由公司出面解决的，朱学文应积极协同处理，由此发生的诉讼费、律师费及相关费用由项目部负责等。工程实行项目成本核算制，财务核算根据公司项目财务管理办法执行。朱学文必须加强成本管理，严格控制工程成本，成本（费用）范围包括：凡属项目支出的费用均列入项目成本考核范围（含工期、质量、安全等奖罚金）。并约定，项目管理人员的工资在本工程成本中列支，具体发放标准与办法：公司派驻人员每月按公司规定标准预发，其费用（含各种统筹金）等由项目部承担，不足部分由项目部补足。项目部劳动用工应遵守中元公司和上级规定。发包人拨付的工程款无论是银行转账、汇票还是现金方式一律先进入中元公司账户，扣除税费后，划入项目部内部账户。工程由发包人供应的材料（设备）按“施工合同”约定，其余材料由施工项目部或者委托物资供应中心招标采购，并应签订“建材供货合同”。商品砼应选择中元公司供应。周转材料和机械设备应向公司物资供应中心租赁，并签订“材料设备租赁合同”。项目部委托公司物资供应中心供应的材料，应按工程进度要求，实现提出供料计划，下月所需材料应在上月24日前提出等。关于保修条款，双方约定如下：保修条款按与建设方签订的质量保修书执行，工程保修金及归还按总合同规定。在保修期内发生的一切维修工作和费用由朱学文的项目部负责。在接到维修通知后，应于24小时内到达现场进行维修。若不及时维修，中元公司有权另行安排维修，所产生的费用在保修金中扣除等。
涉案建设工程于2009年8月1日出具开工报告，并于2011年8月28日竣工，于2011年9月9日通过了设计、勘察、施工、监理等单位的竣工验收，确认验收合格。2014年1月2日，浙江中明工程咨询有限公司对涉案工程进行造价审计，并出具审计报告，审定工程总造价为115320452元，其中税金共计3118677元，并明确了施工过程中业主扣除的违约金在本审计稿中未扣除，由业主自行扣除。本案审理过程中，经朱学文及中元公司对账，朱学文认可中元公司已支付工程进度款及垫付材料款等共计84075198.46元。除此之外，施工过程中，朱学文项目部因租赁物资中心钢管等共产生租赁费及扣件罚款共计1486060.73元。另，中元公司就涉案工程支出了材料款等共计24891459.87元，并因参与招投标、与业主单位签订“施工合同”及为保证施工合同的履行而向银行申请保函支付中标交易费及相关费用共计18613元、履约保函申请费293760元、预付款退款保函申请费97920元。上述履约保函承担的保证责任最高限额为918万元，保函有效期自2009年7月22日至2011年3月21日。工程结算时，业主单位一次性扣除施工末月的水电费共计201395.24元，并因工程施工过程中合同人员缺勤、工程质量及进度等方面的违约行为，业主扣除违约金共计556500元。工程施工过程中，被告因处理涉案工程与澳太砖款案件支付案件律师服务费10000元。工程竣工验收后，2014年11月，因工程屋面渗漏及室外道路维修等，被告另行找人维修，支付维修费用50000元。
又查明，被告单位派驻现场的管理人员有陈书生、岳河永、许凌、陈跃忠、孙志祥、曾金明。工程施工过程中，原告已自行支付上述人员工资。中元公司自1998年至今一直为朱学文缴纳养老保险。2014年9月17日，中元公司曾以民间借贷纠纷一案起诉朱学文、何文娟夫妇偿还借款2004491.75元，并支付利息，本院经审理后依法作出（2014）嘉南商初字第878号民事判决书，判决朱学文、何文娟偿还中元公司借款2004491.75元及相应利息，现该判决书已生效。经本庭依法查阅上述案件材料，上述2004491.75元的借款系在涉案建设工程施工过程中，中元公司根据朱学文的申请代为垫付的材料款及直接支付给朱学文的37000元组成，其中垫付的材料款部分共计1967491.75元中元公司在本次诉讼中又重复予以主张。
另查明，2008年6月，中元公司出台了《工程投标管理办法》，明确了公司资质范围内的全部投标工程的管理办法，分公司（项目负责人）需承担相关招投标成本等。2009年10月，中元公司出台了《工程项目资金管理办法》，明确了项目资金的管理等，在“工程内部借款管理”一栏规定，内部借款实行有偿使用，对于采用银行保函形式的，银行保证金、筹资手续费由项目自付，保函限额抵扣已付银行保证金后的金额视同项目借款，实行有偿使用办法，使用费按照3%费率计算等。
本院认为，本案中中元公司为朱学文连续缴纳养老保险数年，中元公司主张朱学文系其员工，并在承接涉案工程后与朱学文签订了内部承包责任书，上述内部承包责任书系双方真实意思表示，且从内容上看，中元公司在技术、人力等方面予以支持，在工程质量、进度等方面予以监督，符合内部承包协议的构成要件，故对于中元公司主张双方之间存在工程内部承包合同关系的事实，本院予以认定。现朱学文主张中元公司欠付其工程款项，应就其主张向法庭举证。根据查明的事实，朱学文对中元公司已支付其工程款项84075198.46元无异议，本院依法予以确认。至于中元公司垫付的其他材料款项等共计24891459.87元，朱学文对其真实性无异议，但否认该款项与工程内部承包合同的关联性，法庭注意到，朱学文作为经办人在上述款项对应的付款通知单上签字，若上述工程款真与本案缺乏关联性，其完全有能力进行充分说明或者提供证据进行抗辩，但朱学文并未就其陈述的工程款支付与本案工程不存在关联性的主张进行举证，故对于上述抗辩，本院不予采信。上述付款通知单成立时间及款项支付时间均发生在中元公司承接工程之后，且朱学文从中元公司处以内部承包形式承包了承接的全部工程，故中元公司为该工程所需对外付款，一经朱学文的确认，应能作为双方就工程款支付进行结算的依据，现朱学文以签发上述付款通知单时其系履行公司职务行为，该款项的支付发生在其与中元公司签订内部承包合同之前，故与承包合同的履行无关的主张，缺乏事实依据，本院不予采信。对于中元公司主张的垫付了24891459.87元工程款的事实，本院依法予以确认。至于朱学文抗辩其中中元公司将劳务费支付给了兰溪劳务公司，但未进一步提供兰溪劳务公司支付给提供劳务者个人的详单，故该证据与本案缺乏关联性的主张，本院认为中元公司按照朱学文的付款通知将款项支付给劳务公司并未违反双方合同约定，故对于朱学文的抗辩，缺乏事实依据，本院不予采信。由于对于其中的1967491.75元中元公司已通过民间借贷诉讼的方式先行主张朱学文偿还，故该部分应从本院确认的垫付款项中予以扣除。施工过程中，朱学文项目部从中元公司内部物资中心租赁钢管及基于扣件扣罚款共计产生费用1486060.73元，该笔费用作为成本支出应由朱学文项目部承担。合同履行过程中，中元公司支付了派驻现场管理人员基本薪酬，按照合同约定该费用应由朱学文承担，本院根据查明的事实确认该笔费用为221786.73元。施工过程中，由于发生合同人员缺勤、工程质量及进度方面的问题，发生业主单位扣罚违约金的情形，共计扣罚违约金565000元。中元公司主张上述扣罚违约金全由朱学文承担，但其未能进一步向法庭举证相关款项的具体扣罚事由及金额，故本院根据业主单位出具的情况说明，酌情确定对于上述扣罚的违约金由朱学文及中元公司各半负担，对于由朱学文承担的部分在结算工程款时应从工程款数额中予以扣除。至于中元公司主张的开具保函的费用及利息，由于双方在内部合同约定由朱学文负责筹集“施工合同”中要求交纳的履约保证金，现中元公司通过向银行申请保函的方式履行了交纳保证金的义务，故对于相关申请履约保函的费用应由朱学文承担为宜。至于中元公司主张的履约保函限额对应的利息，根据双方内部承包协议的约定，结合中元公司有关项目资金管理办法的规定，对于中元公司主张履约保函限额对应的借款利息的主张，本院予以支持，即按照918万元，按照3%的费率，从保函出具日2009年7月22日计算至保函有效期截止日即2011年3月21日，共为459000元。至于中元公司因申请预付款退款保函的费用及利息，双方在内部承包合同里并未进行明确约定，且中元公司并未提供其因向银行申请上述保函支出利息、或因朱学文占有其银行贷款额度另行贷款需支付额外费用等损失的证据，故对于中元公司要求朱学文承担该笔保函费用及利息的主张，本院不予支持。另外，至于中元公司参加工程招投标过程支付的费用，中元公司参加招标取得涉案工程的承包权后，再将工程以内部承包形式承包给朱学文，双方之间系内部承包关系，该过程有别于先挂靠、再承包的挂靠经营关系，中元公司虽出台了招投标管理办法，规定招投标成本由项目部承担，但朱学文通过向中元公司支付管理费的形式足以弥补中元公司在招投标过程中支付的成本，故中元公司在工程招投标中支出的必要的合理的费用，应由中元公司自行承担为宜，对于朱学文的抗辩本院予以采信。至于中元公司要求朱学文承担企业所得税，本院认为缴纳企业所得税应以工程存在盈利为前提，且企业所得税缴纳的主体系单位并非个人，中元公司主张工程存在亏损，故再行主张朱学文承担企业所得税，缺乏依据，本院不予支持。至于工程税金，中元公司主张了3058231.83元，未超出审价报告确定的金额，本院依法予以照准。
综上，按照工程审价扣除业主代缴水电费201395.24元、税金3058231.83元、工程管理费3459613.56元及业主扣罚违约金中由朱学文承担的部分282500元后，中元公司应支付朱学文工程款应为108318711.37元。由于施工过程中，中元公司垫付材料款106999166.58元（已扣除中元公司重复主张的1967491.75
元），垫付由项目部负责的工人薪资221786.73元、钢管租赁费1486060.73元、工程维修费50000元、履约保函申请费293760元，同时扣除应由朱学文项目承担的保函利息459000元后，上述共计109509774.04元，已超出了中元公司应付工程款数额，故对于朱学文要求中元公司支付500万元工程款及逾期付款利息损失的主张，缺乏事实依据，本院不予采信。反之，对于中元公司要求朱学文返还超过部分工程款的诉请，未超出双方约定，本院予以支持，考虑到中元公司处理涉案工程与澳太砖款案件支付案件律师服务费10000元，按照双方约定由朱学文承担，据此本院确认朱学文应返还中元公司工程款1201062.67元。双方对超出部分工程款未进行过对账确认，截止本院作出判决之前，朱学文尚不明确其需返还的具体数额，故对于中元公司要求朱学文承担逾期付款利息损失的诉请，缺乏事实依据，本院不予支持。
据此，依照《中华人民共和国合同法》第一百零九条及《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条、第一百四十二条之规定，判决如下：
一、驳回原告朱学文的诉讼请求；
二、反诉被告朱学文于本判决生效后十日内返还反诉原告中元建设集团股份有限公司工程款1201062.67元；
三、驳回反诉原告中元建设集团股份有限公司的其他诉讼请求。
如果当事人未按上述期限履行给付金钱义务，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费46800元，由原告朱学文负担；反诉案件受理费减半后收取24596元，由反诉原告中元建设集团股份有限公司负担19066元，反诉被告朱学文负担5530元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于浙江省嘉兴市中级人民法院。
审 判 长 白 燕
代理审判员 邱双双
人民陪审员 鲍 嘉
二〇一六年七月三十一日
书 记 员 费 丁