云南省丽江市古城区人民法院
民 事 判 决 书
(2016)云0702民初315号
原告（反诉被告）：丽江锐晨滇丽置业有限公司。
法定代表人：吴华，系公司总经理。
住所：云南省丽江市古城区。
委托代理人（特别授权）：包自林，云南云勇律师事务所律师。
委托代理人（一般代理）：伍渊，男，1984年2月1日生，汉族，系丽江锐晨滇丽置业有限公司员工。
被告（反诉原告）：浙江东航建设有限公司。
法定代表人：吉忠达，系公司总经理。
住所：浙江省慈溪市坎墩街道北三环线开发区。
被告（反诉原告）：浙江东航建设集团有限公司丽江分公司。
负责人：吉正波，经理。
营业场所：云南省丽江市古城区。
二被告共同委托代理人（特别授权）：杨永东，浙江海泰（杭州湾新区）律师事务所律师。
二被告共同委托代理人（特别授权）胡敏捷，男，汉族，系浙江东航建设有限公司造价审计员。
原告丽江锐晨滇丽置业有限公司诉被告浙江东航建设有限公司（以下简称浙江东航）、浙江东航建设集团有限公司丽江分公司（以下简称丽江分公司）建筑工程施工合同纠纷一案，本院于2016年4月12日受理后，2016年5月27日至同年11月24日期间原告申请鉴定一次。本院依法适用普通程序，于2017年2月16日公开开庭进行了审理。原告委托代理人包自林、伍渊、二被告共同委托代理人杨永东、胡敏捷均到庭参加诉讼，经被告浙江东航建设有限公司申请，云南博信司法鉴定中心鉴定人李挚南出庭接受质询。庭审中二被告当庭对原告提出反诉，同时提出对鉴定意见进行补充鉴定。本院经审查后依法受理了二被告的反诉，2017年2月17日至2017年3月1日期间补充鉴定一次。2017年4月11日，本院再次公开开庭对本诉及反诉进行了合并审理。本诉原告（反诉被告）委托代理人包自林、伍渊、本诉二被告（反诉二原告）的共同委托代理人杨永东均到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告提出如下诉讼请求：1.判令被告于判决生效后15日内返还原告9,237,598.35元已支付的工程款；2.案件受理费由被告承担。
事实与理由：2013年1月4日，原告与被告浙江东航有限公司签订建设工程施工合同，约定由原告将丽江幸福里住宅小区一期工程总包给被告施工。合同签订后原告依约履行了相关义务，但被告未能按期竣工，给原告造成了重大经济损失。合同第一部分《协议书》第三条约定工期为365个日历天，竣工日期为2013年12月31日；第五条约定合同价款为96,807,031.59元。合同第二部分《通用条款》第35.2条款约定因承包人不能按照协议书约定的竣工日期竣工的属于承包人违约，合同第三部分《专用条款》第35.2条款约定：超出合同竣工日期10天，罚款20,000元；超出合同竣工日期30天（含30天）罚款100,000元；超出合同竣工日期30天以上，每拖延1天罚款20,000元；最高罚款不超过1,000,000元。2015年12月15日，被告浙江东航建设集团有限公司变更为浙江东航建设有限公司，2016年3月24日，公司法定代表人变更为孙荣听。合同履行期间，原告实际支付被告106,044,629.94元工程款，超过合同约定价款9,237,598.35元。故诉至法院，提出如上所请。
二被告答辩并提出反诉称：1、对原被告双方签订的合同及合同内容无异议，本案中被告不存在逾期的问题，原被告双方的工程中建筑工程部分从2012年9月开始实际施工，2013年10月基本完工。2、对于原告实际支付工程款的问题，被告账面上记载的是原告一期工程款支付的是102,154,629.94元，根据鉴定机构的造价是100,972,900.54元，被告针对鉴定意见书认为应当增加的金额5,730,125.37元，据此被告认为最终结算造价款应该是106,703,025.91元，根据合同约定，原告应当付总工程款的99%即105，635，996元，扣除账面上原告已支付的款项，原告还应支付给被告3,481,366.06元。故被告提出反诉，请求反诉被告支付反诉原告丽江幸福里住宅小区一期工程款3，481,366.06元，并自提出反诉之日起按银行同期银行贷款利率计算利息至生效判决或调解确定履行之日。本诉及反诉的案件受理费由反诉被告承担。
原告为证明自己的诉讼主张，向本院提交了如下证据材料：1.营业执照、组织机构代码证、身份证明，拟证明原告公司的基本信息；2.工商登记基本信息，拟证明二被告公司的基本登记信息；3.2013年1月4日签订的《建设工程施工合同》一份，拟证明原告与被告浙江东航建设有限公司签订建设施工合同，将丽江幸福里住宅小区一期工程总包给被告施工，合同约定了工期及价款；4.支付工程款凭证，拟证明原告公司先后向被告公司支付了共计115,143,479.94元工程款的事实。
二被告的委托代理人对原告的第1-3组证据无异议，对第4组证据亦无异议，但提出既然作为一期工程款结算，原告就不能在二期工程款中重复予以抵扣，或以借款等其他任何方式再行向被告主张权利。
经被告同意，原告于2017年6月2日向本院提交了收条两份、暂支款一份、资金占用协议两份、借条两份及工商银行业务回单两份，拟证明被告公司为支付工程款及劳务人员工资向原告借款及原告垫付款及应付利息。经质证，被告对上述证据的真实性无异议，并同意上述款项作为丽江幸福里住宅小区一期原告已付的工程款，原告不得再在二期工程款中进行抵扣，或再以该上述证据以借款等其他任何名义向被告主张任何权利。另外为查明事实，本院责令原告提交原告于2014年1月21日通过工行向被告支付款项的企业存款对账单，该对账单证明了当天原告通过工行分七次向被告支付工程款共计6,803,748元，对此被告并无异议，故本院对该对账单依法予以确认。
二被告针对反诉向本院提交如下证据材料：1.开工报告、施工现场质量管理检查纪录、地基验槽检查纪录，拟证明本案工程的开工时间为2012年9月份；2.结算单，拟证明2016年5月21日，丽江幸福里住宅小区一期工程水电班组已结算并交房，水电总工程造价为10,927,154.84元。原告代理人对第1组证据的真实性、合法性均无异议，关联性及证明内容不予认可，对第2组证据无异议。
原告向本院提出对案诉争的丽江幸福里住宅小区工程的总造价进行鉴定，云南博信司法鉴定中心于2016年10月15日作出鉴定，对丽江幸福里住宅小区土建部分工程造价金额为100,972,900.54元。
经质证，原告对该鉴定意见无异议，被告对该鉴定意见提出如下异议：1、63#、67#工程另增联排别墅室外楼梯、栏杆做法造价缺少，追加造价1,192,950.30元；2、地下室湿土排水造价缺少追加造价377,533.75元；3、钢材主材价格因工程开工时间为2012年9月，且钢材价格应为2012年9月至2013年10月的丽江市造价信息古城区栏加权平均价，应调整钢材主材价格追加造价2,721,026.69元；4、铝合金门窗主材价格，因丽江市造价信息铝合金门窗单价标注较笼统，无法具体指导单价，双方约定以昆明市的造价信息主材价格283.49元/㎡执行，应追加造价450,332.17元；5、外墙石材人工费调整，因本工程外墙装饰采用不规则天然石材，造价高，根据实际施工对人工费用给予调整，应追加造价790,087.40元；6、1#楼地下室SBS防水价格调整，因建设单位要求调整防水卷材，应追加造价64,327.44元；7、卫生间SBC防水价格调整，应建设单位的要求调整防水材料，应追加造价133,867.62元，以上共计5,730,125.37元，同时被告浙江东航向本院提交了一份《司法鉴定意见书反馈意见稿》，该意见稿中附有工程项目计算相关材料，原告对反馈意见稿中的相关材料无异议。
经被告申请，本院依法通知鉴定人李某出庭接受质询，并于2017年3月1日作出书面的异议回复或修正意见书：对被告提出的异议1即63#、67#确为遗漏，故修正调增金额921,812.52元，对异议5即外墙石材应套用定额“02020099墙柱面工程镶贴块料面层花岗岩拼碎花岗岩”，修正调增金额为308,746.29元；对其它异议均以无依据为由鉴定不予支持，故鉴定意见结论金额由100,972,900.54元，修正为102,203,459.4元。修正调增金额为1,230,558.81元。对此，原告无异议，被告提出钢材价格应当以丽江市建设工程造价信息中心发布的2012年9月份价格为准，钢材价格调增金额应为2,721,026.69元，而地下室湿土排水造价、铝合金门窗主材价格、地下室SBS防水价格、卫生间SBC防水价格，均应本着实事求是的原则，据实予以调增，故涉案工程最终结算造价应为106,703,025.91元。
原告针对反诉提交了一份2012年11月18日签订的《建设工程施工合同》，拟证明该合同虽然没有备案，但属于双方真实意思表示，开工、竣工时间与备案合同不一致，合同约定双方协商后，被告承诺在工程结算时在总造价下浮1.5%，认可实际开工时间是2012年9月1日；同时原告向本院提交了六张发票，拟证明原告因鉴定垫付500,000元鉴定费。被告代理人对上述建设施工合同没有意见，但认为以备案合同为准，2013年1月4日的合同已经经过原告的初次提交及在鉴定过程中双方的认可，产生了鉴定结论，因此应当以2013年1月4日的合同为准，且2013年1月4日签订的合同在后，应该以签订在后的合同为准，实际开工时间是2012年9月1日，但不能认为被告认可合同的开工时间是2012年9月1日；对五张发票的真实性被告没有异议。
经质证，本院对原被告双方的证据作如下认证：对原告提交的本诉证据，被告均未提出异议，故本院依法予以确认；对被告提交反诉证据的第1组证据，原告虽对拟证明内容提出异议，但在庭审中已当庭确认本案开工时间为2012年9月份，故本院依法予以确认；对被告的第2组证据本院依法予以确认。
对原告当庭提交的反诉证据即2012年11月28日双方签订的《建设工程施工合同》，二被告虽对拟证明内容提出异议，但经本院审查认为，本案中二被告要求按该份合同的开工时间确认本案诉争施工工程的实际开工时间，同时被告要求以此作为本案钢材造价的计算依据，经原告同意并予以确认；另外被告作为证据提交的水电班组结算单以水电工程总造价款的基础上下浮1.5%计价结算，故原被告双方之间实际履行的是该合同，故本院对该证据依法予以确认。
对本案中的司法鉴定意见书及其异议回复或修正意见书，除对钢材造价部分外，对土建工程的其它部分鉴定意见及修正部分予以综合确认，对钢材造价，被告提出调增金额应为2,721,026.69元的主张，原告对此无异议，且有相关证据佐证，故本院依法确认被告对钢材造价金额的主张。
根据当事人陈述及经审查确认的证据，本院确认如下法律事实：
2012年11月18日，原告与被告浙江东航签订了一份建设工程施工合同，合同约定：由原告将丽江幸福里住宅小区一期工程发包给被告浙江东航承建，开工日期为2012年9月1日，竣工日期为2014年5月20日，合同价款为103,394,276.40元。该合同第三部分专用条款第六条合同价款及调整中23.2.1规定本工程造价计价：（1）本工程造价按……及通常做法进行计价，按定额总造价（审核后双方确认的）下浮1.5%。
2013年1月4日，原告与被告浙江东航签订了另一份建设工程施工合同，该合同与上述2012年11月18日签订的合同同属一个工程即丽江幸福里住宅小区一期，开工日期为2013年1月1日，竣工日期为2013年12月31日，合同价款为96,807,031.59元。该合同第三部分专用条款第六条中没有按定额总造价（审核后双方确认的）下浮1.5%的规定。除上述部分不同之外，该合同与2012年11月18日签订的合同内容均一致，同时双方将该合同向相关部门备案。
庭审中查明：2012年9月份，丽江幸福里住宅小区一期工程开工，建设单位为原告，实际施工单位为被告丽江分公司。2013年年底，丽江幸福里住宅小区一期工程基本完工。原、被告双方未对工程进行结算。2016年4月12日，原告以已多支付给被告工程款要求返还为由诉至本院。
原、被告双方于2016年5月21日对丽江幸福里住宅小区一期中的水电工程进行结算，结算审核金额为11,093,558.21，下浮1.5%后，结算金额为10,927,154.84元。
在审理过程中，经原告提出申请，由云南博信司法鉴定中心作出云博【2016】鉴字第068号鉴定意见书：丽江幸福里居住小区一期工程的土建部分工程造价金额为100,972,900.54元。被告对此提出七点异议并要求补充鉴定，对此，鉴定人出庭接受质询，并在之后作出关于云博【2016】鉴字第068号司法鉴定意见书的异议回复或修正意见书，该修正意见书对异议一即63#、67#工程认定为遗漏，修正调增金额921,812.52元，对异议五即外墙石材应套用定额“02020099墙柱面工程镶贴块料面层花岗岩拼碎花岗岩”，需修正原鉴定意见书外墙石材人工费，修正调增金额为308,746.29元，故将工程造价金额由100,972,900.54元，修正为102,203,459.4元，共修正调增金额为1,230,558.81元，对被告的其它异议不予支持。对此，被告对一期工程的钢材价格鉴定仍有异议，并认为应按2012年9月份丽江市发布的信息价格来确定钢材价格，故钢材信息调增金额为2,721,026.69元。经征询原告的意见，原告认可被告对钢材造价的上述调增金额，以上土建工程总造价为104,924,486.09元。原告为此次工程造价鉴定垫付500,000元司法鉴定费。
庭审中还查明:原告先后向被告浙江东航支付如下款项：1、2012年11月份至2015年8月止，以用途为工程款及往来款的项目分三十六次支付104,307,331.87元；2、2014年4月至2015年9月份，以用途为借款的项目分五次支付3,300,000元（原被告双方均确认该借款用于本案工程，且同意在本案中处理），并由被告向原告出具了一份借款1,500,000元的《借条》、一份借款1,000,000元的《资金占用协议》、一份借款600,000元的《暂支款》、一份借款200,000元的《资金占用协议》；3、2013年1月11日，以用途为安全措施费的项目支付800,000元。另外，在2016年2月2日与同年6月1日，被告向农民工发放4，998,850元工资，其中4,000,000元由原告代为垫付，被告已于2016年5月10日向原告出具了一张借款4,000,000元的《借条》；2012年至2014年期间原告代被告垫付工地施工电费235,803元，被告丽江分公司分三次出具了收条签收了原告代付电费的收据共计25张；2016年6月2日原告代被告向水电班组负责人舒联垫付1,330,000元。以上共计113,973,134.87元。
本案中原、被告双方主要争议焦点为：双方是否按工程总造价下浮1.5%进行结算，原告主张下浮1.5%结算，二被告则主张按工程实际总造价进行结算。经本院审查，本案中二被告要求按2012年11月18日签订的建设工程施工合同的开工时间确认本案诉争施工工程的实际开工时间，同时被告要求以此作为本案钢材造价的计算依据，并经原告确认同意；另外被告作为证据提交的水电班组结算单以水电工程总造价款的基础上下浮1.5%计价结算，故原被告双方之间实际履行的是该合同，该合同中明确约定了按总造价下浮1.5%进行结算，依照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条的规定，当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。故本院对原告的上述主张予以采纳，2013年1月4日签订的建设工程施工合同虽为备案合同，但双方实际未按此履行，故本院对二被告的上述主张不予采纳。
本院认为，原告与被告浙江东航签订了建设工程施工合同，由被告丽江分公司实际施工，故原告与二被告之间形成建设工程施工合同关系，双方应当全面履行约定的合同义务。本案诉争工程的土建工程总造价为104,924,486.09元，下浮1.5%后为103,350,618.80元，水电工程总造价下浮1.5%后双方认可结算为10,927,154.84元，以上共计114,277,773.64元，故原告应当向被告支付的工程款为114,277,773.64元，原告向被告已支付、代付款项及本案中双方同意抵扣的借款计113,973,134.87元，应予以扣除，故原告还应向被告支付剩余工程款304，638.77元。
对原告提出2016年6月10日借款4,000,000元，2017年1月5日借款1,330,000元按约定的月利率2%计算的请求，因本案中产生的借款实际为原告支付的垫付款，是应当支付的款项，于法无据，故本院依法不予支持；对二被告提出由原告支付应付工程款的利息的诉讼请求，因在本案中双方在起诉前未能进行工程结算的原因不能归责于原告一方，故本院依法不予支持。
对原告先行垫付的因本案鉴定而产生的鉴定费用500,000元，结合本案实际，由原被告双方各承担一半为宜，故由被告浙江东航返还给原告250,000元。
对原告提出要求被告返还已支付的工程款9,237,598.35元的诉讼请求，本院依法不予支持。
综上所述，本院依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第二百六十九条、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第六条、第十六条、《中华人民共和国公司法》第十四条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条之规定，判决如下：
一、驳回原告丽江锐晨滇丽置业有限公司的本诉请求；
二、限原告丽江锐晨滇丽置业有限公司在本判决生效之日起十五日内向被告浙江东航建设有限公司支付丽江幸福里住宅小区一期工程的剩余未付工程款304,638.77元；
三、由原告丽江锐晨滇丽置业有限公司先行垫付的本案司法鉴定费500,000元，由原、被告各承担250,000元，限被告浙江东航建设有限公司在本判决生效之日起十五日内向原告丽江锐晨滇丽置业有限公司返还司法鉴定费250,000元。
如果未按本判决指定的期限履行金钱给付义务的，应依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条的规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费76463元，由原告丽江锐晨滇丽置业有限公司承担。
反诉案件受理费34651元，由原告丽江锐晨滇丽置业有限公司承担5198元，由被告浙江东航建设有限公司承担29453元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于云南省丽江市中级人民法院。
审 判 长 和灿英
审 判 员 赵俊梅
人民陪审员 和象新
二〇一七年七月二十五日
书 记 员 和 琼
【本判决生效后，若负有履行义务的当事人不自动履行本判决，享有权利的当事人可在判决规定的履行期限届满后两年内向本院申请强制执行】。