江苏省高级人民法院
民 事 判 决 书
(2016)苏民终593号
上诉人（原审原告、反诉被告）：仙妮蕾德食品（昆山）有限公司，住所地：江苏省昆山市淀山湖镇北苑路北侧。
法定代表人：陈得福，该公司董事长。
委托诉讼代理人：韩蓓蓓，上海新望闻达律师事务所律师。
委托诉讼代理人：张伟清，上海新望闻达律师事务所律师。
上诉人（原审被告、反诉原告）：宏润建设集团股份有限公司，住所地：浙江省象山县丹城镇建设东路262号。
法定代表人：郑宏舫，该公司董事长。
委托诉讼代理人：殷之杰，上海市申达律师事务所律师。
委托诉讼代理人：殷一帆，上海市申达律师事务所律师。
上诉人仙妮蕾德食品（昆山）有限公司（以下简称仙妮蕾德公司）因与上诉人宏润建设集团股份有限公司（以下简称宏润公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服江苏省苏州市中级人民法院（2012）苏中民初字第0014号民事判决，向本院提起上诉。本院于2016年4月11日受理后，依法组成合议庭，于2016年9月1日公开开庭审理了本案。上诉人仙妮蕾德公司的委托诉讼代理人韩蓓蓓，上诉人宏润公司的委托诉讼代理人殷之杰、殷一帆到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
仙妮蕾德公司上诉请求：撤销一审判决，改判支持仙妮蕾德公司一审诉讼请求。事实及理由：1、宏润公司工期延误事实存在，其若认为工期延误责任不在宏润公司，应由其承担举证责任。且双方合同对工期延误如何处理有明确约定，如果宏润公司未按约定提交《延长工期报审表》，则可认为不需要工期延长或其对自己的权利放弃。因此，一审法院未查清事实，笼统认为双方对工期延误都有责任，而未支持仙妮蕾德公司的诉讼请求错误。2、一审法院以厂房开工典礼的时间2009年11月4日作为两年诉讼时效的起算点，而双方对诉争工程的一些问题一直存在争议，双方于2010年5月18日签订《补充协议书》对竣工验收、工程结算，工程质量修复等问题达成新的约定，故一审法院以2009年11月4日计算两年诉讼时效无依据。
被上诉人宏润公司辩称，原合同的竣工日期并非是2007年10月20日，2008年5月6日双方签订补充协议，增加消防工程，工期为三个月，故合同工期变更为2008年8月6日，从单位工程质量验收记录看涉案工程已于2008年9月10日验收合格，所延迟的35天，也是仙妮蕾德公司的原因所致。此外双方在2010年5月18日签订补充协议，对工程进行结算，所结算的价格已经考虑了工期等相关因素，仙妮蕾德公司也无权再主张工期延误违约金。从诉讼时效而言，2008年9月10日工程验收合格，仙妮蕾德公司2012年提起本案诉讼主张工期延误违约金，已超过诉讼时效。综上，请求二审法院驳回仙妮蕾德公司的上诉请求。
宏润公司上诉请求：撤销一审判决对涉案工程可视为不合格工程的错误认定，确认涉案工程已经竣工验收合格并备案。事实及理由：1、涉案工程2008年9月10日竣工验收，仙妮蕾德公司2009年6月8日接收了工程并投入使用，工程亦于2010年8月通过竣工备案。2、一审法院委托鉴定违法，鉴定结论不具有真实性及关联性，不能作为认定涉案工程不合格的证据。
被上诉人仙妮蕾德公司辩称，宏润公司上诉主张涉案工程不存在质量问题不能成立。本案主要涉及的是工期延误及进度款支付是否违约的问题，工程质量问题已在另案审理。
仙妮蕾德公司向一审法院起诉请求：1、宏润公司支付工期延误违约金暂计13340465元（要求计算至涉案工程竣工验收之日）；2、宏润公司承担本案全部诉讼费用。仙妮蕾德公司根据宏润公司对相关关联案件诉请的变更,对其诉讼请求调整为:1、宏润公司支付工期延误违约金22446493.8元。2、宏润公司承担诉讼费用。由于仙妮蕾德公司增加诉请，但未交纳增加诉请的诉讼费用，故一审法院仍按照仙妮蕾德公司原诉请予以审查。宏润公司向一审法院提起反诉，请求判令：1、仙妮蕾德公司支付逾期支付进度款的违约金3333604.2元；2、仙妮蕾德公司承担诉讼费。
一审法院认定事实：2007年1月20日，仙妮蕾德公司与宏润公司签订一份《建设工程施工合同》，约定：宏润公司对仙妮蕾德公司一期厂房进行承包建设施工，工程内容：土建工程、给排水工程、电气工程、室外总体、装潢，不包括工艺管道和设备的采购及安装工程。合同工期：2007年2月5日，竣工日期：2007年10月20日，合同工期总日历天数250天。质量标准：一次性验收合格。合同价款：120340944元。合同专用条款中约定：本合同价款采用固定闭口总价。合同价款中包括的风险范围：施工期间的政策性调整及市场风险、图纸工程量的计算误差、设计变更、签证、施工现场等。工程进度款支付的方式和时间：发包人仙妮蕾德公司应于合同生效后一周内预付合同金额的25%作为备料款，同时承包人宏润公司须支付等额的履约保函；合同生效次月开始，每月5日发包人按照上月实际完成工程造价的75%支付工程款进度款；累计支付工程（包括25%预付款）已超过工程总价50%后，发包人开始逐月扣除工程预付款，即每月5日按照上月实际完成的工程造价的75%的一半支付进度款；工程竣工验收通过后并审价结算完毕后支付至结算总价的95%；留取结算总价的5%作为质量保证金，完成一年质量保修后10天内支付；因承包人的原因造成工程不能如期完成的，每延误一日，支付违约金为竣工款的万分之二。专有条款中对其他事项也一并作出了约定。
2008年5月6日，仙妮蕾德公司与宏润公司签订一份《仙妮蕾德昆山厂房一期工程补充协议》，约定：由宏润公司承担仙妮蕾德公司昆山厂房一期所增加的变更消防工程。该增加变更部分的消防工程款总额为1350万元，本合同为闭口合同。支付方式：本协议签订之日起一周内支付40%工程款，即540万元，施工开始第二个月根据提交的工程进度报告后5个工作日内，支付15%工程款，即2025000元，施工开始第三个月根据提交的工程进度报告后5个工作日内，支付10%工程款，即135万元，工程竣工通过验收后，支付30%工程款，即405万元，保证金为工程款5%，即675000元，支付时间与建设施工合同一致。工程期限：三个月，自2008年5月1日起至2008年7月31日止。违约责任：…，宏润公司未能按期完成工程，应每天按照应付工程的0.1%支付违约金。附件同本协议与主合同具有同等法律效力。…。
2008年5月10日，宏润公司与上海乔楚消防设备有限公司签订一份《消防碰头产品购销合同》，同年6月11日，上述产品运送至仙妮蕾德公司。
2008年9月5日，仙妮蕾德公司与宏润公司签订一份《采购合同》，设备名称：生产线配管系统。宏润公司工作内容：生产线配管系统的丈量计算、施工组织设计、制造、运输、吊卸、定位、安装、调试。合同总价：350万元（含税），履约保函为合同总金额的10%，即35万元。双方签订本合同后，仙妮蕾德公司自收到履约保证金35万元后，支付合同金额的30%作为工程预付款，即105万元。设备及有关物料进厂后，经检验通过后，支付合同金额的40%，即140万元。设备安装完成通过验收支付合同总金额25%的验收款项，即875000元。设别全部安装调试验收合格365天后7个日历内支付5%质保金，即175000元。合同金额应视为已经包括工人、材料及材料市场差价等风险，合同将不会因上述因素改变，除工程变更、暂定项目调整及合同另有规定外，合同金额及单价不作任何调整。宏润内公司收到签约款后30日历天内将配管所需材料运交仙妮蕾德公司指定地点,送达后45个日历天内配管完成,设备安装并调试完毕后经甲方验收合格,视为宏润公司交货完毕……。质保期为一年（365天）……。
2008年9月2日，仙妮蕾德公司出具一份《证明》，载明直接由业主发包给其他施工单位的安装工程有以下几项：1、方便面联合工房的高低压配电设备、空调系统、生产流水线设备、空气压缩机设备、软化水设备；2、动力中心的高低压配电设备、菜油发电机设备、锅炉设备、洗衣房设备；3、污水处理站的污水处理设备；4、食堂及办公楼的空调系统。
2009年9月8日，宏润公司向仙妮蕾德公司发出一份《关于要求尽快组织竣工验收备案的报告》，载明：昆山工厂项目经参与各方的努力，已通过了消防、规划、绿化等部门的验收，早已具备申报竣工备案的条件，请业主尽快申报，组织备案，以便早日投产使用。
诉讼中，宏润公司提供六份《单位工程竣工验收证明书》，该证明书有施工、监理、建设、设计单位四方盖章，但未注明盖章的时间，也没有注明工程竣工的时间以及工程验收的时间。
2009年11月4日，仙妮蕾德公司举办了涉案工程厂房的开幕典礼。
2009年11月9日，宏润公司向仙妮蕾德公司出具一份《结算资料》，载明：我公司承建的昆山厂房项目早已完工，其间双方签订了一期厂房的施工合同为120340944元，消防增加合同为1350万元，配管合同为350万元，三个合同总价为137340944元。根据合同要求三个合同均为总价包干合同。截止目前为止，仙妮蕾德公司共支付工程款为104699459.38元，扣除质保金5%为6867047.20元，仙妮蕾德公司应支付25774437.42元，以上款项请业主尽快支付。
2010年1月21日，宏润公司向仙妮蕾德公司发出一份《关于要求支付工程的报告》，认为涉案工程已经投入使用，尚欠我公司工程款22441484.70元，目前又到年关，为避免材料供应商和民工聚众讨债，请业主在2010年1月底支付剩余工程款。
2010年5月18日，仙妮蕾德公司与宏润公司签订一份《补充协议书》，约定：三个合同（以下简称原合同）经协商就工程交付及工程款支付等事项，达成补充协议如下：1.1、双方原合同工程总价为137340944元，经双方进行最后决算，双方确认此工程总价为132740944元，该总体工程款为固定价，除非另有书面约定，不因任何原因而增加。1.2、双方共同确认，质量保证金总金额为6867047元。质量保证金按照原合同规定在确认没有质量问题的情况下支付。如在质量保修期内没有发生质量问题，或者出现质量问题，乙方（宏润公司）如约如期及时予以解决并经验收合格，甲方（仙妮蕾德公司）分2次支付剩余质量保证金，或乙方未按约履行保修义务而有甲方委托第三人进行维修，甲方在扣除合理维修费后若有剩余，甲方分2次支付剩余质量保证金。1.3、乙方必须于双方签订本协议之日起2个月内完成维修所有甲方工厂中不合格之工程。若乙方在前述期限内没有进行维修工作，甲方有权暂不返还50%的保证金3433523.5元。…。1.7、双方共同确认，甲方已经支付给乙方的工程款为114699459元。1.8、甲方尚须支付乙方工程尾款11174438元（不含保证金）。2.1、乙方在双方协议签订后，即协助甲方做竣工验收的准备工作。上述协议还对保修的范围以及保修的时间进行了约定，质量保修期从2009年10月30日开始计算。
2010年9月10日，昆山市城建档案馆出具六份证明，证明涉案工程通过登记备案。
2010年9月26日，宏润公司向仙妮蕾德公司发出一份《催款函》，载明：按照补充协议书的约定，仙妮蕾德公司尚欠工程款14607916.5元，请尽快支付。
2010年11月15日、2010年12月3日及12月11日，仙妮蕾德公司向宏润公司发出三份《公函》，载明：宏润公司未完成工程方面遗留问题及维修工作，应解决漏水问题，空调验收问题以及协助办理工程验收备案手续，在尚未取得政府部门验收合格文件前，不需要支付任何款项；宏润公司虽进行了部分质量问题的维修，但过了一段时间以后原先修复的地方又重新出现了问题，我公司担心整体工程有潜在的质量问题；双方共同委托昆山市建设工程质量检测中心检测的委托书请宏润公司尽快盖章给我公司。
2010年12月21日，宏润公司委托律师向仙妮蕾德公司发出一份《律师函》，要求仙妮蕾德公司按照双方签订的《补充协议书》的约定支付涉案工程尾款及质量保证金。同年12月24日，仙妮蕾德公司出具《复函》，认为按照补充协议书的约定，宏润公司应当在我公司收到政府竣工验收合格的书面文件后，才有权要求支付工程尾款及质量保证金，但宏润公司未能将所有文件向政府管理部门办理竣工验收备案手续，所以我公司尚未收到合格文件，宏润公司无权主张我公司支付尾款及质量保证金。关于双方应共同委托昆山市建设工程质量检测中心检测，但宏润公司于事后拒绝签订委托书。鉴于工程质量维修问题尚未获得解决且备案手续尚未完成，宏润公司须承担相应的责任。同年12月29日，宏润公司委托律师对上述复函作出了答复和解释，认为宏润公司已经履行了相关登记备案手续，由于工程已经交付使用，因此，不存在委托第三方进行质量检测，并重申要求仙妮蕾德公司支付尾款及保证金，否则向法院提起诉讼。
2010年12月31日，仙妮蕾德公司向宏润公司发出一份《函件》，载明到目前为止工程上还有遗留许多质量问题没有维修完成，请尽快派人来厂维修。2011年1月31日宏润公司委托律师出具一份《律师函》答复：仙妮蕾德公司擅自使用未经竣工验收的工程，依法应由该公司承担相应责任。根据2010年5月18日的补充协议约定，现宏润公司仅有的义务为保修义务，尽管本律师多次发函要求支付工程款遭拒绝，但宏润公司仍愿意在保修期内根据要求履行相应的义务。
另查明，在一审法院受理的（2011）苏中民初字第0008号案件中，一审法院根据仙妮蕾德公司的申请，对该公司提出的关于涉案工程质量问题，委托了苏州市建设工程质量检测中心有限公司进行质量鉴定，2013年1月25日，该检测中心出具一份《检测鉴定报告》，检测鉴定结论为：1、方便面联合工厂01区、02区、食堂及办公楼的基础、主体结构，动力中心主体结构及门卫基础的施工质量不符合《混泥土结构工程施工质量验收规范》GB50204-2002（2011年版）及设计要求。动力中心的基础、门卫、污水处理的主体结构施工质量符合《混泥土结构工程施工质量验收规范》GB50204-2002（2011年版）及设计要求。2、方便面联合工厂01区、02区、动力中心、食堂及办公楼、污水处理房均存在不同程度的墙体与地坪裂缝。3、方便面联合工厂01区、02区、动力中心、食堂及办公楼、污水处理房、门卫均存在楼、屋面渗漏现象。4、雨水井走向，雨水管道长度，窨井数量等不符合设计要求。
2014年1月24日,南京东南建设工程安全鉴定有限公司针对上述质量检测报告中存在的质量问题,出具一份《修复加固方案司法鉴定报告》，对存在的质量问题以及其对房屋安全使用影响予以了分析，并出具了修复和加固方案。
2015年10月26日，江苏天衡工程咨询管理有限公司苏州分公司出具一份《工程造价咨询报告书》，对存在的工程质量问题的修复和加固方案作出造价鉴定，价格鉴定结论为：本案房屋等修复加固方案所需费用为：2940090.11元。其中房屋维修费用为2819631.41元，加固费用为120458.70元。
再查明：2007年6月26日至2007年12月31日，仙妮蕾德公司共签署七份延长工期报审表，同意延长的工期为29.5天。
根据2010年10月14日签署的宏润公司的资质证书，该公司的资质等级为：市政公用工程施工总承包一级、房屋建筑工程施工总承包一级、机电安装工程施工总承包一级、地基与基础工程专业承包一级、建筑装修装饰工程专业承包一级。
一审法院认为，仙妮蕾德公司与宏润公司签订的建设工程施工合同、一期工程补充协议（消防合同）、配管系统采购合同系双方当事人真实意思之表示，未违反中华人民共和国法律、法规之规定，应认定合法有效，双方当事人均应恪守约定履行。
关于仙妮蕾德公司主张的延期竣工违约金以及宏润公司主张的逾期支付工程进度款违约金是否成立的问题。一审法院认为，首先，在宏润公司整个施工期间，仙妮蕾德公司从未向宏润公司主张过工期延误应承担违约金以及具体数额、支付时间等问题，宏润公司也没有向仙妮蕾德公司主张应承担的逾期支付进度款违约金及其具体数额，双方也没有签订过类似的书面约定或协议。其次，事后双方在签订的最终结算的补充协议书中已经明确了仙妮蕾德公司需支付的欠付工程款以及质量保证金的具体数额和时间，纵观整个协议内容可以看出只要宏润公司对工程中的质量问题修复并验收合格后，仙妮蕾德公司即应以约支付欠付工程款和质量保证金。协议中也并没有约定或者体现出双方需要各自承担上述违约责任或者保留追责的情形，直至诉讼前双方也没有各自向对方以书面的方式明确主张过。第三，从工程施工合同约定的施工工期与实际发包人接收涉案工程的时间看，确实存在没有按照合同约定的工期内完工，但根据双方提供的证据，其中有仙妮蕾德公司直接发包第三人工程导致的延误、有设计变更导致的延误、有业主延误支付工程款致停工、窝工导致的延误，有宏润公司施工中存在质量问题需要解决导致的延误等等，双方在涉案工程施工中均存在违约的情形，工期未能在合同约定工期内完工的原因是双方的因素共同造成所致。第四，法律规定承包人的主要合同义务就是按照合同约定向发包人交付合格的建设工程，如果承包人交付的建设工程质量不合格，发包人订立合同的目的就无法实现，发包人不仅可以拒绝受领该工程，而且也可以不支付工程价款。涉案工程质量经苏州市建设工程质量检测中心有限公司检测，大部分工程项目存在地基基础和主体结构不符合《混泥土结构工程施工质量验收规范》及设计要求，可视为不合格工程。宏润公司获得工程款的前提条件是交付合格工程，在前提条件尚未具备的情形下，主张逾期支付进度款违约金亦不符合双方合同的约定。
综上，仙妮蕾德公司和宏润公司在涉案工程中均存在违约的情形，根据《中华人民共和国合同法》第一百二十条的规定，应当各自承担相应的责任。同时，从诉讼时效角度分析，双方签订的工程施工合同约定的工程竣工日期为2007年10月20日，2009年11月4日仙妮蕾德公司对涉案厂房举办开幕典礼时，以及在事后的最终结算的补充协议书及往来函件等材料中均没有向宏润公司主张过逾期竣工违约责任赔偿问题，直至2012年2月提起诉讼方才提出，故其诉请已超出法律规定的自权利受到侵害或者应当知道权利受到侵害之日起二年内提出的诉讼时效保护期间，故不予支持。同理，宏润公司主张在2009年11月4日仙妮蕾德公司举办开幕典礼以此证明涉案工程已经实际交付使用，但在此时以及事后最终结算的补充协议书及往来函件等材料中也没有向仙妮蕾德公司主张过逾期支付工程进度款的违约责任赔偿问题，直至2012年2月仙妮蕾德公司提起本诉诉请后，方才提出该反诉请求，请求该公司承担逾期支付工程进度款的违约责任。故其诉请亦超出法律规定的诉讼时效二年的期间，不受法律保护。据此，一审法院对双方的主张均不予支持。依照《中华人民共和国合同法》第四十四条、第六十条、第一百二十条，《中华人民共和国民法通则》第一百三十五条之规定，判决如下：一、驳回仙妮蕾德公司的本诉诉讼请求。二、驳回宏润公司的反诉诉讼请求。一审本诉案件受理费154033元，由仙妮蕾德公司负担；反诉案件受理费16734元，由宏润公司负担。
本院对于一审查明的事实予以确认。
经双方当事人确认，本案二审争议焦点为：一、一审判决认定涉案工程为不合格工程是否正确。二、一审判决未予支持仙妮蕾德公司关于逾期竣工违约金的诉讼请求是否正确。
关于争议焦点一，本院认为，由于就涉案工程是否存在质量问题已在本院(2016)苏民终471号案件中进行审理认定，从本案双方所提出的本诉及反诉请求来看，针对的是仙妮蕾德公司主张的逾期竣工违约金及宏润公司主张的工程进度款违约金能否获得支持问题，故对涉案工程是否存在质量问题，本案不予理涉。
关于争议焦点二，本院认为，涉案工程施工完毕后，双方于2010年5月18日签订补充协议，就涉案工程进行结算，在合同固定总价137340944元的基础上予以减价，确定涉案工程决算造价为132740944元，并明确欠付工程款金额及相关质量保修事宜。该协议已就双方的权利义务进行了重新约定，系双方对于工程结算的一揽子协议。由于该协议并未就工期延误及进度款支付违约保留相关追责的权利，故在此补充协议之外，仙妮蕾德公司再行主张工期延误违约金及宏润公司再行主张工程进度款支付违约金，本院均不予支持。此外，根据一审查明的事实，在合同履行过程中亦存在因仙妮蕾德公司直接发包第三人工程导致延误、延期支付工程款、双方就工程质量发生争议等导致未按期完工的因素。因此，一审法院判决驳回仙妮蕾德公司的本诉请求以及宏润公司的反诉请求，并无不当。
综上，一审法院认定事实基本清楚，所作判决结果并无不当，本院予以维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项之规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费154133元，由上诉人仙妮蕾德食品（昆山）有限公司负担154033元，上诉人宏润建设集团股份有限公司负担100元。
本判决为终审判决。
审 判 长 高 洪
代理审判员 秦岸东
代理审判员 陈 皓
二〇一六年十月三十一日
书 记 员 万丹丹