福建省漳州市中级人民法院
民 事 判 决 书
(2017)闽06民终2018号
上诉人（原审被告、反诉原告）：腾龙芳烃（漳州）有限公司（以下简称腾龙芳烃公司），住所地福建省漳州市漳浦县古雷半岛。
法定代表人：胡殿选，董事长。
委托诉讼代理人：林占锦，北京盈科（厦门）律师事务所律师。
被上诉人（原审原告、反诉被告）：四川空分设备（集团）有限责任公司（以下简称四川空分公司），住所地四川省简阳市建设中路239号。
法定代表人：单金铭，董事长。
委托诉讼代理人：雍石泉，国浩律师（成都）律师事务所律师。
委托诉讼代理人：马志新，国浩律师（成都）律师事务所律师。
上诉人腾龙芳烃公司因与被上诉人四川空分公司建设工程施工合同纠纷一案，不服福建省漳浦县人民法院作出的（2016）闽0623民初724号民事判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭，经过阅卷、调查和询问当事人，合议庭认为事实清楚，法律关系明确，不开庭进行了审理。本案现已审理终结。
腾龙芳烃公司上诉请求：（1）撤销一审判决第一、二项，改判驳回四川空分公司的诉讼请求；（2）撤销一审判决第四项判决，改判支持腾龙芳烃公司的反诉请求；（3）判令本案的诉讼费用由四川空分公司承担。事实与理由：1.四川空分公司请求支付款项的付款条件未成就：（1）未交付足额的发票；（2）未完成保固期义务，留有质量责任问题；且交付竣工资料不完整。一审法院认定“2012年3月起，双方就工程进度款及工期延误情况进行协商；截止2013年12月3日，四川空分公司向腾龙芳烃公司累计交付发票金额46065000元”并认为“四川空分公司已履行了提供竣工资料的义务”依据不足，属于认定事实错误。2.本案应结款应扣除：（1）合同履行中从腾龙芳烃公司处领用电缆的费用97153.29元；（2）采购标的阀门的变更价差6万元；（3）更换合同标的润滑油价差61020元。这些费用有四川空分公司同意、确认，应予以扣除。一审法院以合同约定价款确定应结款，而未考量、审查四川空分公司承认的扣除款项的证据，是错误的。3.腾龙芳烃公司为四川空分公司垫付的两笔费用属于《补充协议》第3条约定的争议未结算款项，该两笔款项分别为：（1）向东京空分公司支付的20万元；（2）向上海快欧机械设备有限公司支付的94万元。这两笔款项有相应的函件、支付凭证等证据证明，同时腾龙芳烃公司为了查清事实也向法院申请了追加东京空分公司及上海快欧机械设备公司作为第三人参加诉讼，然而一审法院未从查清案件事实的角度审理案件，作出的认定违反程序及事实，未支持腾龙芳烃公司的该项反诉请求，是错误的。腾龙芳烃公司在一审当中主张的是代垫款项，但是实际上是向供货方直接购买，一审中主张的代垫，如果对方不认为是代垫，则就要在总货款中进行扣除。4.《补充协议》仅仅系对工程价款的结算，且该结算过程中存在诸多的未决事宜，包括20万元、94万元代垫款以及逾期竣工事宜，该事实有《补充协议》第3条明确约定的争议事项及当时商谈记录表格证据予以证明。关于逾期竣工事宜，四川空分公司依约应于2011年10月前竣工，但实际至2013年11月才竣工，逾期761天。四川空分公司的违约行为，依据合同“第三部分专用条款”第35.2.1及35.2.3条约定，应按照合同总金额的每日0.1%，且违约金不超过合同10%的标准向腾龙芳烃公司承担支付逾期违约金：4750万*10%=475万元。一审法院未支持腾龙芳烃公司主张逾期竣工违约金的反诉请求是错误的。5.对于四川空分公司交付工程后，至今存在众多的质量问题，其中部分已由腾龙芳烃公司自行处理产生的费用损失606971.46元，依约应由四川空分公司承担。包括：腾龙芳烃公司依约自行委托修理、更换，造成费用损失596593.5元应由四川空分公司承担，该损失催告函/邮件、合同、付款凭证，能够确认与本案的关联性。四川空分公司应依约向腾龙芳烃公司承担支付水电费用8827.96元。四川空分公司撤场后并未履行清场义务，造成腾龙芳烃公司清理费用损失1550元。综上，四川空分公司请求支付款项条件不成就，腾龙芳烃公司主张逾期违约金、垫款返还、质量问题赔偿的反诉具有事实与法律依据，一审法院判决错误，应予以撤销并改判。
四川空分公司辩称：1.四川空分公司请求支付款项的条件已经成就。（1）关于5359651.08元工程款。四川空分公司已经累计向腾龙芳烃公司提供的发票金额共计人民币4606.5万元，已经达到了合同总金额（4750万元）的96.98%，符合合同约定的95%的标准，腾龙芳烃公司应当按照合同支付约定5359651.08元款项。（2）关于2375000.00元保固款。根据《补充协议》第5、6条约定，本工程的质量保固期为自性能考核验收合格之日起两年，即自2013年1月5日起算至2015年1月4日，腾龙芳烃公司应在2015年1月4起30日内支付保固款2375000.00元。关于保固义务，四川空分公司在质量保证期内积极为其完成了保修事宜，完成了保固义务且无遗留的质量责任。（3）关于交付资料。关于《补充协议》第1条约定的竣工验收所需的全部竣工资料；第3条约定的主合同项下压力容器压力管道报验资料，四川空分公司均已经向腾龙芳烃公司交付完毕。综上，腾龙芳烃公司提出的付款条件不成就，缺乏事实和法律依据，是不成立的。2.关于扣除电缆费用、阀门变更差价、更换润滑油差价。鉴于《补充协议》的签订时间为2013年11月8日，而电缆费用、阀门费用以及更换润滑油费用，均发生在签订上述《补充协议》之前，四川空分公司认为，双方签订补充协议时已经对上述费用进行充分商议并进行了处理，若腾龙芳烃公司重新要求四川空分公司扣除上述款项，就应当取得四川空分公司的书面同意，但腾龙芳烃公司至今未提供相关证据证明四川空分公司在签订《补充协议》之后书面同意扣除上述相关款项，据此，上述三项款项四川空分公司依法不予承担。3.关于开封东京空分公司20万元、上海快欧公司94万元。（1）关于开封东京公司20万元垫付款。因开封东京公司未按合同约定工程安装进度进行施工，已构成违约，空分低温公司通知终止上述合同后，后续的工作均由空分低温公司完成。腾龙芳烃公司未经合同相对人空分低温安装公司同意，擅自向开封东京公司支付20万元进度款，没有合同依据，不应当在给四川空分公司的款项中扣除，应由其自行承担。（2）关于上海快欧公司94万元设备款。腾龙芳烃公司未经四川空分公司同意，明知四川空分公司已经支付相应货款的情况后，坚持代四川空分公司先行垫付94万元货款给上海快欧公司，严重损害了四川空分公司的合法利益，此款项扣除没有合法依据，应当不予支持。4.关于逾期竣工。腾龙芳烃公司主张的逾期交工赔偿已经超过法定的诉讼时效。2012年10月16日，四川空分公司承建的制氮设备正式开车，产品产量已经达到合同约定的性能考核要求，但腾龙芳烃公司拖延考核，直到2013年1月5日才完成性能考核验收。设备性能考核通过后，实际上已经开始使用制氮站相关设备，腾龙芳烃公司相关部门及工作人员拖延接受交工申请，直到2013年11月1日才在《工程交工证书》盖章，完成交工手续，但腾龙芳烃公司一直未向四川空分公司主张，其在反诉时提出该主张已经超过了二年的诉讼时效。且双方已经对工期事宜达成谅解，腾龙芳烃公司该主张无事实和法律依据。5.关于赔偿损失596593.5元、水电费7727.96元、清理费用1550元。前述596593.5元费用，均因腾龙芳烃公司与上海快欧机械设备有限公司签订合同约定用94万元购买8台美国进口的低温泵的质量问题产生，其产生的质量问题与四川空分公司无关，维修费不应当由四川空分公司承担。另外，根据《补充协议》第3条约定，若腾龙芳烃公司未能按时支付工程款项，四川空分公司有权拒绝后续的服务并拒绝承认双方争议事项，且2015年1月4日后已过质量保固期的相关维修费用应由腾龙芳烃公司承担。水电费8827.96元、清理费用1550元，四川空分公司不认可腾龙芳烃公司提交的水电费、清理费用相关证据资料的真实性、关联性。其用电量及清理费用的真实性无法核实，无法证明是四川空分公司施工产生的，不具有关联性；即使这些费用真实并系四川空分公司使用，双方在2013年11月8日签订《补充协议》时已进行了结算。综上所述，腾龙芳烃公司提出的上诉请求及事实和理由，缺乏事实和法律依据，应予驳回。
四川空分公司向一审法院提出诉讼请求：（1）判令腾龙芳烃公司向四川空分公司支付欠款5359651.08元，并支付自2014年1月10日起至实际付清之日止按中国人民银行同期同类贷款利率四倍计算的违约金（暂计至2016年1月14日，违约金为2503492.98元）；（2）判令腾龙芳烃公司向四川空分公司支付保固款2375000元，并支付自2015年2月4日起至实际付清之日止按中国人民银行同期同类贷款利率计算的逾期付款损失（暂计至2016年1月14日，逾期付款损失为119838.55元）；3.判令腾龙芳烃公司向四川空分公司支付欠款156528.27元，并支付自2014年1月10日起至实际付清之日止按中国人民银行同期同类贷款利率计算的逾期付款损失（暂计至2016年1月14日，逾期付款损失为18278.59元）。以上几项合计10532789.47元。
腾龙芳烃公司向一审法院提出反诉请求:1.判令四川空分公司向腾龙芳烃公司支付逾期违约金4750000元；2.判令四川空分公司向腾龙芳烃公司返还垫付款200000元；3.判令四川空分公司向腾龙芳烃公司返还垫付款940000元；4.判令四川空分公司向腾龙芳烃公司赔偿损失596593.5元；5.判令四川空分公司向腾龙芳烃公司支付水电费7727.96元、清理费用1550元。
一审法院认定事实如下：
1、2010年6月16日，作为合同发包方的腾龙芳烃公司（甲方）与作为合同承包方的四川空分公司（乙方）签订《氮气站EPC工程承包合同》(合同号：A10EPC010A)，主要约定腾龙芳烃公司将“制氮站装置详细设计、设备、材料采购、安装等总包工程”发包给四川空分公司施工；开工日期自2010年6月起（以甲方开工会确定的日期为准）；合同工期自开工日期起，深冷制氮装置12.5个月，氮气液化装置14个月，液氮储存及气化系统11个月；工程总承包价款4750万元，其中设备材料费3900万元；付款条件为设备材料进度款按照设备总价25%支付设备材料进度款，工程进度款每月一次按实际完成进度55%支付，设备费在设备到达工地并经双方初步验收后支付设备费用的30%，验收款在工程竣工验收后工程及主材料费及设备费支付除10%质量保固款以外的余款，承包方提供包括保固款在内的发票，甲方30天内支付，保固款为合同总额的5%，工程竣工验收满24个月之日起30日内，且承包人完成保固义务，无遗留质量责任和延期保固问题，发包人将保固款无息支付给承包人。合同32.1条还约定，工程具备竣工验收条件，承包人按国家工程竣工验收有关规定，向发包人提供完整竣工资料及竣工验收报告。
2、2012年1月5日，四川空分公司与腾龙芳烃公司、监理单位北京兴电国际工程管理有限公司三方对讼争工程项目进行性能考核验收，各方就工程项目达到合格标准达成一致意见，同意验收。2012年3月起，双方就工程进度款及工期延误情况进行协商。2013年11月1日，由建设单位、监理单位、总承包单位、施工单位共同进行工程交工，得出“符合设计要求，合格”的工程接收意见。
3、2013年11月8日，腾龙芳烃公司（甲方）与四川空分公司（乙方）签订了《补充协议》(协议编号：A10EPC010E)，主要约定：乙方应向甲方提供竣工验收所需要的全部竣工资料；补充协议签订生效后，甲方收到乙方累计合同总金额95%的发票后十五个工作日内向乙方支付款项5359651.08元，若甲方未能在上述期限内支付上述款项，则甲方每逾期一天就支付乙方5000元的违约金，同时乙方有权拒绝提供后续服务并拒绝承认双方争议事项；变更主合同中第7.4条约定保固款为合同总额的5%，在工程性能考核验收满24个月之日起30日内，且承包方完成保固义务，无遗留质量责任和延期保固问题，发包方将保固款无息支付给承包方；变更本工程保固期为二年（自性能考核验收合格之日计）。
4.2013年11月12日，四川空分公司向腾龙芳烃公司移交了“工程交工技术文件”共7卷，正本41本、副本27册。截止2013年12月3日，四川空分公司向腾龙芳烃公司累计交付发票金额46065000元。
一审法院认为，本案双方当事人签订的《氮气站EPC工程承包合同》及《补充协议》合法有效,应当受到法律保护。工程竣工验收合格，发包人应当按照约定支付价款。本案讼争工程性能验收合格且工程交工后，腾龙芳烃公司未按照约定支付工程价款，四川空分公司请求判令腾龙芳烃公司支付结欠工程总价款5359651.08元及其逾期违约金（自2014年1月10日起至实际付清之日止按中国人民银行同期同类贷款利率四倍计算）的诉讼请求有事实根据和法律依据，依法应予支持。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条“当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。”第十八条“利息从应付工程价款之日计付”。补充协议约定，保固款为合同总价5%，在工程性能考核验收满24个月之日起30日内，且承包方完成保固义务，无遗留质量责任和延期保固问题，发包方将保固款无息支付给承包方。补充协议约定，乙方应向甲方提供竣工验收所需要的全部竣工资料。根据双方的上述约定，提供完整竣工资料也是四川空分公司应当履行的约定义务之一，且其已履行了提供竣工资料的义务。根据补充协议的约定，工程性能验收满24个月之日起30日内为腾龙芳烃公司支付“保固款”的时间即2015年2月4日。四川空分公司请求从2015年2月4日起计算逾期支付“保固款”利息的主张，有事实和法律依据，予以支持。四川空分公司主张支付欠款156528.27元逾期付款损失18278.59元，但未能提供相关证据予以证明，对该主张不予支持。本案系因建设工程施工合同引起的纠纷，当事人约定分批支付工程价款,系双方就工程价款的支付方式达成的合意，而非独立的法律关系。腾龙芳烃公司提出四川空分公司主张欠款已经超过诉讼时效和请求支付“保固款”条件不成就及逾期支付工程款利息没有事实根据和法律依据的辩解意见不能成立，不予采纳。在工程工期延误的情况下，双方进行了多次协商，在双方签订的补充协议没有对工期延误重新约定，四川空分公司在2012年1月5日将工程交付性能验收且在2013年11月1日交付工程，系在必要、合理的施工期限内完成工程施工，并无违反双方约定。腾龙芳烃公司根据原施工合同约定的竣工期限作为认定四川空分公司逾期竣工的依据，并主张四川空分公司支付逾期竣工违约金的反诉请求缺乏事实根据和法律依据，不予支持。因腾龙芳烃公司未能提交充分的证据证明代替四川空分公司向第三方支付部分工程款的事实和合同依据，故主张四川空分公司应返还垫付款20万元及94万元的请求，缺乏事实依据，不予支持。腾龙芳烃公司请求判令四川空分公司赔偿损失596593.5元，系其自行组织第三方进行维护所产生的费用，与本案不具有关联性，不予支持。腾龙芳烃公司请求判令四川空分公司支付水电费7727.96元、清理费用1550元的反诉请求，因水电费已包含在《补充协议》结算的尚欠款项中，腾龙芳烃公司不能证明清理费用系四川空分公司的侵权行为所造成，或提供应当由四川空分公司承担的依据，且本案属于合同之诉，侵权之诉不属于本案反诉内容，因此，腾龙芳烃公司提出的该项反诉请求同样缺乏事实根据和法律依据，不予支持。综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第二百七十九条第一款和《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条、第十八条规定，判决：一、腾龙芳烃（漳州）有限公司应于本判决生效之日起十日内支付四川空分设备（集团）有限责任公司工程款5359651.08元，并自2014年1月10日起至实际付清之日止按中国人民银行同期同类贷款利率四倍计付逾期付款违约金；二、腾龙芳烃（漳州）有限公司应于本判决生效之日起十日内支付四川空分设备（集团）有限责任公司工程“保固款”2375000元，并自2015年2月4日起至实际付清之日止按中国人民银行同期同类贷款利率计付逾期付款损失；三、驳回四川空分设备（集团）有限责任公司的其他诉讼请求；四、驳回腾龙芳烃（漳州）有限公司的反诉请求。本诉案件受理费94997元，由四川空分设备（集团）有限责任公司负担1049元，腾龙芳烃（漳州）有限公司负担93948元；反诉案件受理费28635.6元，由腾龙芳烃（漳州）有限公司负担。
二审期间，腾龙芳烃公司提供五组证据，其中证据1、2、3、5在一审期间已经提供过的。证据4是二审新提供的证据。证据1传真件及领用表、买卖合同，用于证明：四川空分公司签收领用的电缆97153.29元，从领用表的领用单位、领用人一栏，可以证明是四川空分公司领用的。证据2腾龙芳烃公司与四川空分公司之间的往来函件，用于证明：双方就阀门品牌的相应变更进行协商过程以及四川空分公司同意扣除有关价差48685元的事实。证据3是一审中四川空分公司提供的项目交工技术文件第10页，用于证明：为尽快完成工程中交，四川空分公司同意由腾龙芳烃公司更换润滑油，此笔款项可以从工程进度及验收款中扣除，具体金额为61020元。证据4双方的往来邮件，用于证明：在一审开完庭后双方就本案的争议款项扣除的意见，四川空分公司认可同意扣除低温阀门品牌变更6万元与四川空分借腾龙芳烃公司的高压电缆97153.29元，并同意扣除制氮站膨胀机润滑油61020元。证据5关于本案讼争94万元的合同，用于证明：这合同是腾龙芳烃公司与上海快欧公司签订的协议，协议约定由腾龙芳烃公司向上海快欧公司购买，有交付有关设备的交接单。如果四川空分公司不认可腾龙芳烃公司代垫的事实，那么应当认定为腾龙芳烃公司自行与上海快欧公司购买设备，四川空分公司至今未向腾龙芳烃公司交付货物，对于货款应该在结算货款中扣除。
四川空分公司对腾龙芳烃公司提供的证据质证如下：对证据1的真实性予以认可，签名人王德洪系四川空分公司的工作人员，对证明内容无法确认。对证据2的真实性无法确认，包括电缆、阀门费用、更换润滑油差价在内，在补充协议签订之前所有相关的款项都经过双方充分协商，对相关费用已进行了处理，对这些费用腾龙芳烃公司不应当再另行主张；对第十页电子邮件即使真实的话，费用只认可48685元。对证据3第10页的真实性予以认可，对其证明内容不予认可，这个函件发生在2013年6月26日，也是在补充协议之前发生的费用。对证据4的真实性认可，对证明内容不认可，这是双方在两次庭审中协商的内容，而且在其最后一页做了说明。对证据5的真实性不清楚，94万元的款项是腾龙芳烃公司单方制作的，四川空分公司采购的设备已经支付了全部的价款124万元，这94万元是腾龙芳烃公司重复支付的。
本院对腾龙芳烃公司提供的五份证据认证如下：对证据1、证据2的函件、电子邮件及证据3、4的真实性双方均无异议，本院予以确认。对双方均有异议的部分，本院结合焦点分析予以认定。
四川空分公司二审期间没有提供新证据。
二审查明，对一审法院判决查明认定的事实，腾龙芳烃公司对“2012年3月起，双方就工程进度款及工期延误情况进行协商”有异议，认为双方实际没有协商；对第三段“截止2013年12月3日，四川空分公司向腾龙芳烃公司累计交付发票金额46065000元。”不予认可，认为腾龙芳烃公司只收到了41434368.26元。四川空分公司对一审法院判决查明认定的事实没有异议。对一审法院判决查明认定的事实，双方均没有异议部分，本院予以确认。另查明：合同约定总价是4750万元，补充协议约定的500多万元包含在4750万元总价里面。
本案二审争议主要焦点：1、四川空分公司请求支付款项的条件是否成就问题。2、本案的应结款项中是否应当扣除四川空分公司领用电缆费用97153.29元、采购阀门变更差价60000元、更换合同标的润滑油价差61020元的问题。3、腾龙芳烃公司主张为四川空分公司垫付的两笔费用20万元、94万元，是否应当在结算款中扣除的问题。4、腾龙芳烃公司主张四川空分公司逾期竣工违约需承担违约金475万元能否成立的问题。5、腾龙芳烃公司主张应付款中应扣除工程交付后存在质量问题进行处理所产生的费用596593.5元、水电费8827.96元、清场费用1550元，能否成立的问题。本院分别分析认定如下：
1、关于四川空分公司请求支付款项的条件是否成就问题。经查，依据双方当事人签订的《氮气站EPC工程承包合同》及《补充协议》约定，工程竣工验收合格，发包人应当按照约定支付价款。现本案讼争工程已经性能验收合格且工程已交工，腾龙芳烃公司未按照约定支付工程价款，故四川空分公司请求判令腾龙芳烃公司支付结欠工程总价款的条件已成就。依据补充协议约定，在工程性能考核验收满24个月之日起30日内，且承包方完成保固义务，无遗留质量责任和延期保固问题，发包方将保固款无息支付给承包方，但乙方应向甲方提供竣工验收所需要的全部竣工资料。根据双方的上述约定，四川空分公司已履行了提供竣工资料的义务，且根据补充协议约定，工程性能验收满24个月之日起30日内为腾龙芳烃公司支付“保固款”的时间，即2015年2月4日。故四川空分公司请求腾龙芳烃公司支付保固款的条件已成就。综上，四川空分公司请求腾龙芳烃公司按合同及补充协议约定支付结欠工程总价款及保固款的条件均已成就，据此，一审法院认定并判决腾龙芳烃公司应支付结欠工程总价款、保固款及相应的违约金、利息，并无不当。腾龙芳烃公司上诉提出四川空分公司未交付足额的发票、未完成保固期义务、留有质量责任问题、交付竣工资料不完整，本案付款条件未成就等理由，经查，均缺乏依据，不予采信。
2、本案的应结款项里面是否应当扣除四川空分公司领用电缆费用97153.29元、采购阀门变更差价60000元、更换合同标的润滑油价差61020元的问题。首先，关于腾龙芳烃公司主张应结款项中应扣除领用电缆费用97153.29元的问题。经查，腾龙芳烃公司有提供传真件及领用表、买卖合同等为证，其中，领用表中领用单位注明为四川空分公司，四川空分公司对这些证据的真实性并无异议，且对领用表中的部分领用人签名“王德洪”亦认可是四川空分公司的工作人员。故应认定四川空分公司有领用电缆费用97153.29元，对腾龙芳烃公司主张四川空分公司有领用电缆费用97153.29元的事实，本院予以确认。其次，关于腾龙芳烃公司主张应结款项中应扣除采购阀门变更差价6万元、更换合同标的润滑油价差61020元的问题。经查，腾龙芳烃公司有提供双方往来函件、邮件、一审中四川空分公司提供的项目交工技术文件等为证，四川空分公司对这些证据的真实性并无异议，这些证据可证实双方对采购阀门变更差价6万元、更换合同标的润滑油价差61020元有经过协商确定，且四川空分公司同意在工程进度及验收款中扣除的事实。四川空分公司虽有提出这些费用系发生在双方签订《补充协议》的2013年11月8日之前，双方在签订补充协议时，已对这些费用予以扣除的抗辩，但经查，这些费用虽系发生《补充协议》签订之前，但《补充协议》内容并未有体现对这些费用如何处理，相反《补充协议》第4条有约定“在主合同项下压力容器管道通过漳州市质量技术监督局的验收后一个月内，双方协商解决前期有争议的事项，以便完成工程结算。”可以证实，双方前期有存在争议事项以及工程并未最终完成结算。综上，腾龙芳烃公司主张应结款项中应扣除四川空分公司领用电缆的费用97153.29元、采购阀门变更差价6万元、更换合同标的润滑油价差61020元的理由成立，本院予以支持。
3、腾龙芳烃公司主张为四川空分公司垫付的两笔费用20万元、94万元，是否应当在结算款中扣除的问题。经查，腾龙芳烃公司与四川空分公司均明确这两笔费用对应的设备及工程均是本案《氮气站EPC工程承包合同》项下的设备及工程，并未存在重复提供及重复施工问题，且这两笔费用均发生在双方签订《补充协议》之前。结合双方在《补充协议》第4条的约定“双方通过协商解决前期有争议的事项，以便完成工程结算”，可以证实，腾龙芳烃公司与四川空分公司签订《补充协议》时，对这两笔费用已存在争议，截止目前，双方均未能通过协商解决。但双方对于腾龙芳烃公司有实际支出这两笔费用20万元、94万元给第三方均无异议，因这两笔费用涉及第三方提供设备及施工工程问题，以及第三方是否存在重复收款的问题，为避免本案久拖不决，故对腾龙芳烃公司已实际支付的这两笔费用20万元、94万元，可先予在本案应付工程款中扣除。至于腾龙芳烃公司、四川空分公司与第三方之间因这两笔费用20万元、94万元产生的纠纷，三方可另行理直。
4、腾龙芳烃公司主张四川空分公司逾期竣工违约需承担违约金475万元，能否成立的问题。经查，合同虽有约定四川空分公司应于2011年10月前竣工，但据腾龙芳烃公司于一审期间提供的对制氮站工程进度协调会会议记录及2012年9月10日信件，四川空分公司对其真实性无异议，可以证明当事人双方对工期及材料款的进行协商确定的过程。另《补充协议》于2013年11月8日签订，但双方当事人在协议中对四川空分公司是否逾期竣工违约及需承担违约金未进行明确约定。综上，一审法院认定“在工程工期延误的情况下，双方进行了多次协商，在双方签订的补充协议没有对工期延误重新约定，四川空分公司在2012年1月5日将工程交付性能验收且在2013年11月1日交付工程，系在必要、合理的施工期限内完成工程施工，并无违反双方约定”并无不当。据此，腾龙芳烃公司根据原施工合同约定的竣工期限作为认定四川空分公司逾期竣工的依据，并提出四川空分公司支付逾期竣工违约金475万元的上诉请求，缺乏事实根据和法律依据，本院不予支持。
5、腾龙芳烃公司主张应付款中应扣除工程交付后存在质量问题进行处理所产生的费用596593.5元、水电费8827.96元、清场费用1550元，能否成立的问题。经查，腾龙芳烃公司请求判令四川空分公司赔偿的损失596593.5元，系工程交付后，腾龙芳烃公司自行组织第三方进行维护所产生的费用，并未与四川空分公司协商，腾龙芳烃公司未有证据证明与四川空分公司具有关联性。腾龙芳烃公司请求判令四川空分公司支付水电费8827.96元、清场费用1550元，经查，这些费用均发生在四川空分公司交付工程之后，且在《补充协议》签订之前，腾龙芳烃公司未有证据证明这些费用的发生与四川空分公司存在关联性，且双方在《补充协议》约定结算时并未明确不包括在尚欠款项中。综上，腾龙芳烃公司上诉提出的该请求，缺乏事实根据和法律依据，本院不予支持。
综上所述，本院认为，首先，如上述焦点2分析，腾龙芳烃公司主张应结工程款项中应扣除四川空分公司领用电缆费用97153.29元、采购阀门变更差价60000元、更换合同标的润滑油价差61020元的理由成立，本院予以支持；如上述焦点3分析，双方当事人对于腾龙芳烃公司有实际支出这两笔费用20万元、94万元给第三方均无异议，因这两笔费用涉及第三方提供设备及施工工程问题，以及第三方是否存在重复收款的问题，为避免本案久拖不决，故对腾龙芳烃公司已实际支付的这两笔费用20万元、94万元，可先予在本案应付工程款中扣除。至于腾龙芳烃公司、四川空分公司与第三方之间因这两笔费用产生的纠纷，三方可另行理直。综上，腾龙芳烃公司应支付给四川空分公司的工程款扣除以上款项后为（5359651.08元-97153.29元-60000元-61020元-200000元-940000元）=4001477.79元。以上两点涉及款项，一审法院判决未予扣除不当，应予更正。其次，腾龙芳烃公司上诉还提出四川空分公司未交付足额的发票、未完成保固期义务、留有质量责任问题、交付竣工资料不完整，本案付款条件未成就，四川空分公司应支付逾期竣工违约金475万元，应扣除工程交付后存在质量问题进行处理所产生的费用损失596593.5元、水电费8827.96元、清场费用损失1550元等请求，如上述焦点1、4、5分析，均缺乏事实和法律依据，本院不予支持；以上三点涉及事项，一审法院认定及判决并无不当，应予维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百六十九条第一款，第一百七十条第一款第二项、第三项规定，判决如下：
一、维持福建省漳浦县人民法院（2016）闽0623民初724号民事判决第二、三项；
二、撤销福建省漳浦县人民法院（2016）闽0623民初724号民事判决第一、四项；
三、腾龙芳烃（漳州）有限公司应于本判决生效之日起十日内支付四川空分设备（集团）有限责任公司工程款4001477.79元，并自2014年1月10日起至实际付清之日止按中国人民银行同期同类贷款利率四倍计付逾期付款违约金；
四、驳回腾龙芳烃（漳州）有限公司的其他上诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审本诉案件受理费94997元，由四川空分设备（集团）有限责任公司负担37486元，腾龙芳烃（漳州）有限公司负担57511元；反诉案件受理费28635.6元，由四川空分设备（集团）有限责任公司负担5025元，腾龙芳烃（漳州）有限公司负担23610.6元。二审案件受理费107183元，由四川空分设备（集团）有限责任公司负担42295元，腾龙芳烃（漳州）有限公司负担64888元。
本判决为终审判决。
审判长 林 立
审判员 林银木
审判员 苏雅冰
二〇一七年十一月十日
书记员 曾剑坤
附引用的主要法律条文：
《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百六十九条第二审人民法院对上诉案件，应当组成合议庭，开庭审理。经过阅卷、调查和询问当事人，对没有提出新的事实、证据或者理由，合议庭认为不需要开庭审理的，可以不开庭审理。
第一百七十条第二审人民法院对上诉案件，经过审理，按照下列情形，分别处理：
（一）原判决、裁定认定事实清楚，适用法律正确的，以判决、裁定方式驳回上诉，维持原判决、裁定；
（二）原判决、裁定认定事实错误或者适用法律错误的，以判决、裁定方式依法改判、撤销或者变更；
（三）原判决认定基本事实不清的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审，或者查清事实后改判；
（四）原判决遗漏当事人或者违法缺席判决等严重违反法定程序的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审。
第二百三十九条申请执行的期间为二年。申请执行时效的中止、中断，适用法律有关诉讼时效中止、中断的规定。
前款规定的期间，从法律文书规定履行期间的最后一日起计算；法律文书规定分期履行的，从规定的每次履行期间的最后一日起计算；法律文书未规定履行期间的，从法律文书生效之日起计算。
第二百五十三条被执行人未按判决、裁定和其他法律文书指定的期间履行给付金钱义务的，应当加倍支付迟延履行期间的债务利息。被执行人未按判决、裁定和其他法律文书指定的期间履行其他义务的，应当支付迟延履行金。