山东省高级人民法院
民 事 判 决 书
(2017)鲁民终313号
上诉人（原审原告、反诉被告）：山东港基建设集团有限公司，住所地山东省济南市长清区灵岩路3219号。
法定代表人：杨连玉，董事长。
委托诉讼代理人：赵喆，山东天宝兴律师事务所实习律师。
委托诉讼代理人：王成宝，山东天宝兴律师事务所律师。
上诉人（原审被告、反诉原告）：山东和辉置业发展有限公司，住所地山东省济南市市中区舜耕路28号舜花园D楼商务会所8楼。
法定代表人：徐长水，董事长。
委托诉讼代理人：郭成海，男，该公司副总经理。
委托诉讼代理人：杨正方，山东储誉律师事务所律师。
上诉人山东港基建设集团有限公司（以下简称港基公司）因与上诉人山东和辉置业发展有限公司（以下简称和辉公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服山东省济南市中级人民法院（2015）济民五重初字第4号民事判决，向本院提起上诉。本院于2017年２月９日立案后，依法组成合议庭，开庭进行了审理。上诉人港基公司的委托诉讼代理人赵喆、王成宝，上诉人和辉公司的委托诉讼代理人郭成海、杨正方到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
港基公司上诉请求：依法撤销济南市中级人民法院(2015)济民五重初字第4号民事判决,并依法改判；一、二审诉讼费用由和辉公司承担。事实和理由：1、一审判决中没有将3#、4#楼追加的措施费1540622.292元计入工程造价,是错误的。上诉人一审中虽未能提供双方盖章的追加措施费的证据材料,但结合本案实际施工的事实及其他证据,也应该将该费用计入工程造价。具体理由为:鉴定机构2016009号鉴定报告第14页中措施费3428239.01元是一个楼的投标费用,依据是2008年12月《中南名邸住宅组团工程商务标》标书中第20页土建措施费为3100925.93元,装饰措施费为325725.86元,合计措施费为3428239.01元,这是一个楼的措施费。按照商务标的约定计算措施费3#、4#楼总的措施费应当是6856478.02元。
但是和辉公司不同意按此方式计算，最终鉴定机构根据施工合同专用条款第23.2条约定按实计取，追加措施费1540622.292元。该部分追加措施费应当计入工程造价。2、鉴定机构作出的《中南名邸2#楼按法院庭审记录调整内容》调整汇总表(补充)第一、1中南名邸2号楼签证修缮(土建)造价因计算错误多扣减了755488.16元,一审法院没有依法查清,一审认定的2#楼修缮(土建)造价金额错误。山东舜华房地产评估造价咨询有限公司在原审法院审理过程中,前四次鉴定报告中均没有涉及中南名邸2号楼签证修缮(土建)造价的变更,双方当事人也一直没有对该项提出过书面异议,和辉公司仅是在2016年10月24日开庭时口头提出异议,但没有提交相关证据,且原审法院2016年10月24日庭审要求“在2016年8月11日开庭前未提交书面异议的部分,法院不予认可”。因此,该项金额依据事实与庭审情况均不应再进行变更。但是鉴定机构却在又进行了调减。3、一审判决将中南名邸2#楼的质保金在没有查清分项质保金额的情况下,判决全部扣除是错误的。双方在建设工程施工合同中对于工程各分项的质保期限并无特别约定,仅是约定按照法律、法规或国家关于工程质量保修的有关规定执行(施工合同34条)。涉案工程仅有防水一项还在保修期限内,其余分项工程均己过质保期,因此,一审判决未进行区分是错误的。依据上诉人提供的证据材料,可以看出2号楼防水项目金额61077.24元,应当将该部分扣除后,剩余质保金额支付给上诉人。
和辉公司辩称，上诉人港基公司上诉的内容，没有事实依据，依法不应予以支持。
和辉公司上诉请求：依法撤销一审判决,予以改判；一、二审诉讼费用由港基公司承担。事实和理由:一、涉案3#、4#楼工程价款出现新情况应采用双方当事人已经形成的结算协议确定工程价款。原一审、二审无法认定3#、4#楼结算造价的原因，系港基公司称不认识司加辉,不清楚司加辉身份情况,拒不认可司加辉是其参与结算人员。一审中,和辉公司申请鉴定确定3、4#楼工程价款,司加辉却以港基公司专家辅助人的身份参与了全程司法鉴定并在庭审中代表港基公司发表意见。司加辉身份已经明确,应以其签字确认的工程造价协议确认3#、4#楼工程价款。根据当事人双方签订的建设工程施工合同,港基公司应承担相应审计费用464969.88元。二、涉案2#楼双方已经结算完毕,并形成结算协议,不应启动鉴定程序确定工程造价。即使通过鉴定确定工程造价,也不应采用修缮定额计算工程造价。(一)2012年10月15日,双方己经形成工程造价咨询核定总表,确定2#楼造价8502834.28元,该结算协议为双方真实意思表示,应予确认。双方也实际上按照该结算协议执行。(二)在委托鉴定期间,和辉公司提交了《关于中南名邸2#楼应采用备案中标合同约定的计价方式鉴定的异议申请书》,从2011年5月3日补充协议对经过备案的中标合同实质性内容进行了变更、修缮定额的适用范围及双方当事人于2011年6月2日又重新签订补充协议删除了修缮定额的适用等三个方面陈述了理由。一审法院并未给出必须采用修缮定额的理由。三、165万元损失不应支付港基公司。一审法院并未采信《关于中南名邸2#、3#、4#楼工程结算备案协议》作为认定三栋楼工程造价的依据,其中165万元损失的条款也不应采信,不应支持。四、一审判决对于利息的起算时间认定错误,双方当事人建设工程施工合同对于付款时间有明确的约定。本案利息的起算应自工程造价数额确定之日起即司法鉴定机构作出最终版本的工造价鉴定报告书之日起计算。五、一审法院错误认定己付工程款数额,少算33900.00元。双方《建设工程施工合同》专用条款第47.12约定“发包方支付工程款必须以承包方财务出具的发票为唯一有效凭证”,在其他笔的付款中,均是凭港基公司出具的发票数额扣掉相应税款后据实支付。发生争议的33900元是因为港基公司开具100万元发票,和辉公司为了照顾港基公司而据实支付100万元,而后和辉公司补缴税款33900.00元。该笔款项应由港基公司承担。六、和辉公司反诉请求应予支持。1、港基公司应承担逾期竣工的违约责任。和辉公司提供了大量证据证实,造成工期拖延的原因是港基公司施工人员不足、组织不利,工程工序安排存在问题。不能认定工期拖延的唯一原因就是和辉公司造成。合同履行过程中,双方当事人均存在违约情形的,应当分别向对方承担违约责任。2、一审法院驳回上诉人要求交付3号楼101、106室并赔偿经济损失的请求不当。港基公司占有涉案两套房屋的事实确实存在,港基公司将其他工程交付后单独占有拒不交付3#楼101、106室并没有全部完成交付建设工程的法定义务,和辉公司完全有理由要求其继续履行交付义务。两者基于同一事实同一理由,属于同一法律关系,完全应合并审理并判令其交付。建设工程施工合同不同于一般的承揽合同,其不动产的属性也不适用留置,港基公司并无留置权。
二审庭审中和辉公司补充上诉称，一、港基公司恶意隐瞒司加辉的真实代表身份，不仅违背诚实信用原则，并且严重妨碍诉讼，致使一审重审启动司法鉴定程序，造成重大损失；港基公司应当承担由此造成的一切损失，并请法庭依法对港基公司予以惩罚。二、司法鉴定报告非常不规范，各大项均出现严重错误，不应采用。诉讼前，双方当事人已通过结算协议（笔迹鉴定结论认定的结果）或工程造价审定表的形式确认了2#楼的工程造价为8502834.28元，3#、4#楼的工程造价分别为11333409.65元、10788372.58元，合计22121782.23元，有司加辉签字的确认证据予以证明。双方仅就结算中的甲供材价款及是否扣除问题产生争议，因此本案无需另行鉴定，退一万步讲，最多对甲供材进行鉴定足以。重一审判决错误将甲供材重复减去2#楼的甲供材两次，少扣减甲供材1106678.89元。三、涉案工程造价应当按照当事人双方约定并已确认的工程价款为依据确定。在诉讼前，本案双方无争议的事实如下：1、2#楼结算造价为8502834.28元，双方均无争议。2、对3#、4#楼，按照港基公司结算人员司加辉与第三方审计机构共同审核并签字确认的结算造价，涉案工程总造价应当为：30624616.51元（含甲供材3331095.71元）；扣除甲供材后，涉案工程造价为：27293520.80元。退一万步讲，3#、4#楼的结算造价，即使以2012年8月7日的结算协议为准，3#、4#楼的工程造价分别为1460.89万元、1268.28万元，合计2729.17万元；涉案工程造价也应当为：35794534.28元（含甲供材3331095.71元）；扣除甲供材后，涉案工程造价为：32463438.57元。
港基公司辩称，1、和辉公司上诉的理由在一审时已经查的非常清楚，上诉没有新的事实，依法应予驳回。2、关于补充上诉意见，首先和辉公司的第一个观点颠倒黑白，原一审法院就是根据双方签订的结算备案协议作出判决，在一审时，在座的郭总不认可，法院司法鉴定，认定签字是真实的，所以根据结算协议作出的判决。和辉公司认为结算协议不公正，提出上诉，二审发回重审。一审在这样的情况下，才走了司法鉴定的程序。对3、4号楼的鉴定，也是和辉公司申请的，和辉公司上诉又对鉴定不认可，所以和辉公司是故意拖延时间。真正造成损失的应该是港基公司。2012年该楼已经竣工，直到现在我们都没有拿到工程款。3、司加辉不是港基公司的人员，他无权代表港基公司。在这种不存在的基础上，一些推论、推定的事实都是不成立的。因此，和辉公司刚才的补充上诉理由也是不成立的。对和辉公司的上诉请法庭予以驳回。
港基公司向一审法院起诉请求：一、判令和辉公司支付工程款30320193.5元，并自2012年6月6日起至判决生效之日止按银行同期贷款利率支付利息，并承担违约责任。二、诉讼费用、保全费用由和辉公司承担。后港基公司变更诉讼请求：1、判令和辉公司支付1551.66万元的工程款及损失165万元，并支付以1551.66万元为基数按中国人民银行同期贷款利率计算，自2012年6月6日起至本判决生效之日止的利息；2、判令和辉公司承担本案诉讼费、保全费、鉴定费。
和辉公司向一审法院反诉请求：1、依法判令港基公司支付延期竣工违约金210.2万元；2、判令港基公司交付中南名邸3号楼101、106室，赔偿经济损失20万元；3、反诉费用由港基公司承担。
对双方当事人无争议的事实,一审法院认定如下：2009年1月10日，原告港基公司与被告和辉公司签订《建设工程施工合同》，双方约定，港基公司承包和辉公司开发的位于济南市英雄山路207号的中南名邸2号、3号、4号住宅楼工程，建筑面积约2万平方米。承包范围：总承包施工范围内的全部土建、安装及装饰装修工程。合同专用条款第26.2款约定发包人或审计单位于承包人提交完整的竣工结算资料后的六个月内审核完毕，审核完毕后一个月内付至工程实际造价的95%。第26.3款约定剩余5%作为质量保证金，按各分项规定的保修期满且无质量问题后一次结清，发包方直接分包的工程项目，其质量保修不在此范围内。关于质量保修期约定，屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏，保质期为5年。
双方均认可涉案3号、4号楼工程竣工日期为2011年11月3日，2号楼竣工日期为2012年6月18日。和辉公司至今未对港基公司报送的结算审计完毕。港基公司主张已付款21927964元，和辉公司认可该数额。
对于有争议的证据和事实，一审法院认定如下：
（一）涉案工程价款及和辉公司已付款情况
庭审期间港基公司提供其（乙方）与和辉公司（甲方）工程负责人郭成海于2012年8月7日签订的结算协议一份，该协议载明：“由于乙方施工中的中南名邸2号、3号、4号楼工程在双方的共同努力下已通过验收，为使本项目尽快办理竣工备案，经双方协商达成以下协议：一、因施工期间甲方原因导致工程停工，工期拖延，甲方赔偿乙方停工损失费共计165万元（详见三方签证单），甲方必须在2012年7月24日上午支付乙方100万元，剩余65万元于2012年8月30日前付清。乙方原上报的中南名邸3号、4号楼其他费用（停工损失）6188953元甲方不再计取审计费。二、甲方委托造价咨询单位自2012年8月9日起对乙方2012年5月8日送审的结算进行审计，甲方保证三个月内审核完毕，并出具审计报告，否则按照2012年5月8日乙方送审的结算数额2号楼土建安装850.28万元，3号楼土建安装1460.89万元，4号楼土建安装1268.28万元作为双方确认的最终结算数额，审核期间审计单位与乙方应相互配合，保证审计工作正常进展。三、本协议一式肆份，甲乙双方各执贰份，自签字之日起生效。甲方：山东和辉置业发展有限公司经办人：郭成海（签字）乙方：山东港基建设集团有限公司经办人：范金成（签字）”。
鉴于被告和辉公司对该结算协议中郭成海签名有异议，认为“郭成海”三字并非本人所签，经港基公司申请，该院委托法大法庭科学技术鉴定研究所进行司法鉴定，2014年7月1日，该所出具法大[2014]物鉴字第150号司法鉴定书，鉴定意见为：检材落款“经办人”处的“郭成海”签名与样本中的“郭成海”签名是同一人书写。经质证，港基公司对该鉴定意见无异议；和辉公司认为港基公司提供的材料为复印件，郭成海确未签过该签名，鉴定结论明显依据不足，要求对该结算备案协议中“郭成海”的签名真实性进行重新鉴定。和辉公司要求重新鉴定的理由不成立，该院不予准许。
2012年8月7日签订的结算协议约定，甲方保证三个月内审核完毕，并出具审计报告，同时约定审核期间审计单位与乙方应相互配合，保证审计工作正常进展。虽然和辉公司未在三个月内审核完毕，但无法证明归责于和辉公司的原因导致未完成审核。另外，结算协议中未涉及甲供材的金额，双方对此存有争议，仅凭结算协议不能确定双方最终的工程欠款。为确定涉案工程的总价款，根据该院确定的举证责任分配原则，港基公司申请对2号楼的工程造价及甲供材进行鉴定，和辉公司申请对3号楼、4号楼的工程造价及甲供材进行鉴定。该院依法委托山东舜华房地产评估造价咨询有限公司进行司法鉴定，该公司针对2号楼作出了鲁鉴字（2016）008号《工程造价鉴定报告书》，针对3号楼、4号楼作出了鲁鉴字（2016）009号《工程造价鉴定报告书》。该院依法向双方当事人送达鉴定报告书后，双方当事人均提出书面异议，山东舜华房地产评估造价咨询有限公司作出异议回复。经鉴定人员出庭接受质询后，山东舜华房地产评估造价咨询有限公司又作出异议回复调整鉴定报告书。山东舜华房地产评估造价咨询有限公司的最终鉴定结论为：
第一、关于2号楼，山东舜华房地产评估造价咨询有限公司出具《中南名邸2#楼按法院庭审记录调整内容》鉴定结果为：工程造价10423945.52元+法院裁判确定计入部分；甲供材1106678.89元。工程造价中土建按法院裁判确定计入，其中包括甲供材600764.48元；工程造价中安装2351645.1元，其中甲供材505914.41元；2#、3#、4#号的甲供材存在混合，需要一起考虑。经质证，双方对该鉴定意见均提出异议。
经审查，本次鉴定程序、鉴定过程、鉴定事项均符合法律规定，鉴定结论与委托事项相符，且对于需法院裁决的争议项，鉴定机构已列明，故对该鉴定意见中已经确定的工程造价及甲供材数额该院予以确认。
关于需法院裁决的争议项，1.2#楼腻子签证单价问题，庭审中双方对该腻子价格提交了两份单价不同的签证单，一份落款时间为2011年3月10日，一份落款时间为2011年4月20日，两份签证单中均有和辉公司郭成海的签字及工程专用章。在和辉公司对“郭成海”签字真伪申请鉴定时，其提交2011年4月20日的签证单作为鉴定材料，应认定为和辉公司对2011年4月20日的签证单无异议。故该院对2011年4月20日的签证单予以认定，双方应按此价格结算2#楼腻子工程造价，即为593001.2元。2.关于原钢筋混凝土剪力墙对拉螺栓孔为了防止渗水，需要聚氨酯发泡封一项，鉴定机构根据双方签字认可的签订单经过鉴定，该部分工程造价为74208元，该院予以确认。3.因塔吊引发脚手架调整，塔吊由港基公司提供，在2016年10月24日的庭审中对鉴定机构质询中，鉴定机构认为港基公司对该项提出的异议合理，对此该院予以确认。4.关于签证修缮工程造价投标价差调减，根据双方在2011年5月3日签订的《补充协议》，双方对于2#楼的工程取费、人工费及修缮定额等进行了补充约定，该补充协议系双方对建设工程施工合同中关于结算标准的变更，故在对2#楼进行结算时，应当根据该补充协议进行，故该部分工程款应当计入工程总造价。综上，2#楼工程造价（含甲供材）应为11365334.6元（10423945.52元+593001.2元+74208元+51333.13元+222846.75元）。
第二、关于3、4号楼，山东舜华房地产评估造价咨询有限公司出具《中南名邸3#、4#楼按法院庭审记录调整内容》鉴定结果为：1.3#、4#楼造价为25024282.49元（含甲供材），其中关于甲供材的计算方法为甲供材总额减去2#甲供材，即为3#、4#楼甲供材金额；2.需要法院裁判部分：⑴.3#、4#楼材料价差，该部分工程造价为547200.3957元，不含社会保障费。⑵.3#楼转换板措施费，工程造价为769664.94元，其中含社会保障费18564.24元，不含社会保障费工程造价为751100.7元。⑶.3#、4#楼措施费追加，工程造价为1540622.292元，不含社会保障费。
关于需法院裁决的争议项。1.关于3#、4#楼材料价差及3#楼转换板措施费，因港基公司提供了双方在施工过程中对该项出具的工程量清单，双方对于合同中对该项清单单价进行了变更，故3#、4#楼材料价差547200.3957元，及3#楼转换板措施费在扣除社会保障费后即751100.7元应当计入工程总造价。2.3#、4#楼措施费追加，因港基公司未能提供双方盖章认定的追加措施费的相关证据，故该部分不应计入工程造价。综上，3#、4#楼工程造价（含甲供材）应为26322583.59元（25024282.49元+547200.3957元+751100.7元）。
关于社会保障费的承担问题，鉴定报告明确了社会保障费系工程总造价的组成部分，但根据行业惯例，社会保障费由发包方向有关行政机关代缴，工程结算后，施工企业可按相关程序申请退还。因此，社会保障费部分，不能包括在双方结算价款之内，该院不予涉及。鉴定报告的结论，该院按不包含社会保障费的金额予以采用。
关于付款问题，港基公司主张已付款21927964元，虽然和辉公司认可该数额，但同时主张其代港基公司缴纳水电费300874.7元，港基公司对和辉公司主张的代缴纳水电费事实不予认可。和辉公司辩称其为港基公司开具100万元发票，其实际付款100万元，没有代扣其向税务局缴纳税款33900元，该款项视为和辉公司向港基公司的付款，港基公司对此亦不予认可。
第三，关于甲供材问题。涉案工程甲供材金额为2224416.82元，其中2#甲供材金额为1106678.89元。鉴定报告已经载明因2#、3#、4#号楼甲供材应总体考虑，3#、4#号楼甲供材数额为甲供材总金额减去2#甲供材金额，即为：1117737.93元（2224416.82元-1106678.89元）。
（二）关于应否扣除质量保修金问题
和辉公司主张应按约定扣除5%的质保金，港基公司辩称涉案防水工程造价共计190216.66元，该防水工程尚在质保期内，可扣除防水工程造价的5%，作为质保金，其他工程项目均已过保修期，不能扣除保修金。
3#、4#号楼的竣工时间为2011年11月3日，在本案一审期间，质保期已经届满，故和辉公司应当足额支付3#、4#号楼的工程款，不再扣除质保金。
2#号楼的竣工时间为2012年6月18日，防水工程尚在保修期内，因鉴定报告中未明确列明防水工程部分的造价，故对于港基公司主张仅扣除防水工程部分的质保金的请求，该院不予支持。
（三）关于反诉被告港基公司是否存在逾期竣工违约问题。
反诉原告和辉公司主张反诉被告港基公司逾期竣工，构成违约，为此，提供《建设工程施工合同》、港基公司的收条、港基公司向和辉公司发的函件各1份，证明合同约定开工日期为2009年2月6日，竣工日期为2010年1月31日，港基公司实际（2号楼）竣工日期为2012年12月17日，延期竣工1051天，故应按照每天2000元支付违约金。对此，港基公司辩称，工程未按合同约定竣工，系和辉公司的原因所致：其一，2010年12月23日、12月30日和辉公司才办理了规划及施工许可证，致使无法按合同约定的时间开工。其二，和辉公司不及时提供资料和施工图纸以及未按合同约定向港基公司付款造成工期拖延。其三，和辉公司对港基公司提交的工程变更签证及材料报价不及时回复造成施工不能正常进行。其四，和辉公司直接分包外墙保温造成工期延误。其五，工程存在设计变更和工程量增加，造成了工期顺延。其六，全运会期间根据济南市建委的文件要求，政策性停工15天。港基公司提供建设工程规划许可证1份、施工许可证1份、工作联系单1份、会议纪要67份予以证实。和辉公司对港基公司提供的证据的真实性无异议，但辩称规划许可证、施工许可证属于行政管理的范畴，在办理两证之前，港基公司早已进入工地施工，实际开工日期是2009年2月22日，并非只有办理完毕施工许可证才能进入工地施工。对以上其它证据所证明的内容亦存在异议，不予认可。
（四）关于反诉原告和辉公司主张反诉被告港基公司向其交付涉案3号楼101室、106室并承担因此而造成的经济损失问题。和辉公司主张根据合同约定和法律规定，竣工验收以后港基公司应当交付所有房屋，而其未交付涉案3号楼101室、106室，给和辉公司造成了损失。港基公司辩称3号楼已经于竣工之后就进行了交付。和辉公司主张的这两套房屋不存在交付的问题，这是和辉公司同意港基公司用于维修施工的办公室，与本案不是同一法律关系，不应合并审理。
原审法院认为：双方当事人于2009年1月10日签订《建设工程施工合同》，约定港基公司承建和辉公司开发的位于济南市英雄山路207号中南名邸2号、3号、4号住宅楼工程。该合同系双方真实意思表示，未违反法律的强制性规定，系有效合同，双方应按该合同约定履行相应义务。
本案争议的焦点为：一、涉案工程价款、和辉公司欠付港基公司的工程款数额、损失赔偿数额及应否扣除质量保修金问题；二、港基公司是否应承担逾期竣工的违约责任；三、和辉公司主张的涉案3号楼101室、106室的交付及损失赔偿问题。
关于焦点一，第一、关于涉案工程价款的确定。该院依法委托山东舜华房地产评估造价咨询有限公司对涉案工程的工程造价进行鉴定。经审查，本次鉴定程序、鉴定过程、鉴定事项均符合法律规定，鉴定结论与委托事项相符，且对于需法院裁决的争议项，鉴定机构已列明，故对该司法鉴定予以采信，该院予以确认。涉案工程2#、3#、4#工程总造价（含甲供材）为37687918.19元（11365334.6元+26322583.59元）。故涉案工程造价在扣除2#号楼5%的质保金后，应为37119651.46元（37687918.19元-568266.73元）。
第二、关于付款问题，港基公司主张已付款（不含甲供材）21927964元，和辉公司予以认可，该院予以确认。在该院确定的涉案工程总造价中包括甲供材，故涉案工程甲供材金额2224416.82元，应视为和辉公司向港基公司支付的已付款额。
和辉公司辩称其为港基公司开具100万元发票，其实际付款100万元，没有代扣其向税务局缴纳税款33900元，该款项视为和辉公司向港基公司的付款，港基公司对此亦不予认可，和辉公司亦未能提供相关证据，故其该项主张，该院不予认可。
综上，该院认定涉案工程已付款数额为24152380.82元（21927964元+2224416.82元）。
第三、关于港基公司主张的损失问题，双方于2012年8月7日签订结算协议约定和辉公司应支付港基公司的损失为165万元，该约定不违反法律法规的强制性规定，合法有效，该院予以确认。
第四、关于应否扣除质量保修金问题。双方合同约定，扣留5%工程款作为质量保修金，各分项规定的保修期满且无质量问题后一次结清。因2#号楼防水工程尚在保修期内，鉴定报告中未列明防水工程的造价，且根据双方各分项规定的保修期满且无质量问题后一次结清的合同约定，2#号楼应根据总造价扣除质保金，即质保金数额为568266.73元（11365334.6×5%）。港基公司可待防水工程保修期届满后，另行主张权利。
第五、关于水电费及代扣税款问题。港基公司辩称300874.7元水电费系其自己交纳，但未提供有效证据证实，该院不予采信，故对和辉公司关于代港基公司支付水电费300874.7元，该款项应视为和辉公司支付工程款的主张，该院予以支持。关于和辉公司辩称其没有代扣港基公司应向税务局缴纳税款33900元，该款项视为和辉公司向港基公司的付款问题，港基公司对此亦不予认可，且双方亦未约定由和辉公司代扣税款，故其该项辩称缺乏有效证据支持，该院不予采信。
综上，该院认定和辉公司已付工程款为24152380.82元加港基公司缴纳的水电费300874.7元，共计24453255.52元。和辉公司尚欠港基公司12666395.94元（37119651.46元-24453255.52元）。
关于利息起算点问题，根据双方2012年8月7日签订的结算协议，和辉公司应自2012年8月9日起对港基公司2012年5月8日送审的结算资料在三个月内，即2012年11月9日前审核完毕，并参考涉案工程合同之专用条款第26.2款关于发包人于审核完毕后一个月内付至工程实际造价的95%的约定，该院酌定和辉公司应于2012年12月9日前支付工程款至工程造价的95%，故应予2012年12月10日起计算利息。截止2012年12月10日，2#、3#、4#号楼的质保期均未届满，故应在扣除2#、3#、4#号楼的质保金后计息，故11350266.76（12666395.94-26322583.59元×5%）元应于2012年12月10日起计算利息
3#、4#号楼质保期至2016年11月3日届满，故和辉公司应于2016年11月4日起支付3#、4#号楼质保金1316129.18元（26322583.59元×5%）的利息。
港基公司主张自2012年6月6日起计算利息，无事实及法律依据，该院不予支持。
关于焦点二，反诉原告和辉公司主张反诉被告港基公司逾期竣工，构成违约，港基公司辩称工期延误系和辉公司未按时办理工程规划及施工许可证，致使无法按合同约定的时间开工等原因所致，并为此提供证据证实。虽然和辉公司对港基公司提供的证据之证明内容不予认可，但对港基公司提供的证据的真实性无异议，且双方签订的结算协议亦载明系因施工期间和辉公司的原因导致工程停工、工期拖延，同时约定和辉公司应支付港基公司损失165万元，因此，和辉公司反诉主张港基公司逾期竣工构成违约，应承担违约责任，证据不足，该院不予支持。
关于焦点三，反诉原告和辉公司主张反诉被告港基公司向其交付仍占有的涉案3号楼101室、106室并承担经济损失20万元，对此港基公司不予认可，且和辉公司反诉状中亦称涉案工程已竣工验收并交付使用，故和辉公司该项主张与本案非同一法律关系，对此可另案主张权利。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第二百六十九条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十八条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条规定，判决：一、被告山东和辉置业发展有限公司于本判决生效之日起十日内支付原告山东港基建设集团有限公司工程欠款12666395.94元及利息（以11350266.76元为基数，自2012年12月10日起至本判决生效之日止，按中国人民银行同期借贷利率计算；以1316129.18元为基数，自2016年11月4日起至本判决生效之日止，按中国人民银行同期借贷利率计算）；二、被告山东和辉置业发展有限公司于本判决生效之日起10内赔偿原告山东港基建设集团有限公司损失165万元；三、驳回原告山东港基建设集团有限公司的其它诉讼请求；四、驳回反诉原告山东和辉置业发展有限公司的诉讼请求。案件受理费208401元，由原告山东港基建设集团有限公司负担104201元，被告山东和辉置业发展有限公司负担104200元；反诉案件受理费12608元，由反诉原告山东和辉置业发展有限公司负担；财产保全费5000元、鉴定费(笔迹鉴定)62000元，由被告山东和辉置业发展有限公司负担。鉴定费（2号楼工程咨询费）162600元，由原告山东港基建设集团有限公司负担58000元，被告山东和辉置业发展有限公司负担104600元；鉴定费（3号、4号楼工程咨询费）283520元，由原告山东港基建设集团有限公司负担130000元，被告山东和辉置业发展有限公司负担153520元。
二审庭审中，港基公司提交以下证据证明其观点：证据1、司加辉的专业技术管理人员岗位证书，落款日期是2012年8月31日签发。证明司加辉不是港基公司的人员。证据2、港基公司盖章的登记表。登记表可以显示我们公司盖章的使用情况。和辉公司在上诉状中提到的协议，在我公司登记表上没有记载。登记表证明2011年5月3日公司加盖了公章，2011年6月2日的协议，未加盖港基公司的公章。所以我们认为2011年6月2日协议是假的。
和辉公司质证称，证据1、对司加辉的证书真实性不能确定，即使是真实的，司加辉同样可以作为港基公司的工作人员，接受委托代表港基公司在涉案工程项目中进行相应的工作。而且，在建筑市场中，经常会有项目经理和预算人员持证与其持证工作单位不一致的现象。证据2、这是港基公司单方制作的，不能证明其真实性，不能证明其要主张的事实。
本院认为港基公司提交的上述证据不能证明其上诉主张，本院不予采信。
关于和辉公司上诉主张的原审判决中错误将甲供材重复减去2#楼的甲供材两次，少扣减甲供材1106678.89元问题，经审查，山东舜华房地产评估造价咨询有限公司2016年10月出具的《中南名邸3#、4#楼按法院庭审记录调整内容》中载明，3#、4#楼甲供材的计算方法为甲供材总额减去2#楼甲供材，其中甲供材汇总表（补充）中载明的甲供材总额调整为3048763.96元，减去2#楼甲供材1106678.89元,3#、4#楼甲供材应为:1942085.07元（3048763.96元-1106678.89元）。对3#、4#楼甲供材数额1942085.07元本院予以确认。原审法院认定涉案工程甲供材金额为2224416.82元，3#、4#号楼甲供材数额为1117737.93元（2224416.82元-1106678.89元），与调整后的鉴定结论不符，属于认定错误，本院予以纠正。据此，涉案工程已付款数额应为：24976727.96元（21927964元+3048763.96元）。加上港基公司缴纳的水电费300874.7元，共计25277602.66元。和辉公司尚欠港基公司11842048.8元（37119651.46元-25277602.66元）。其中10525919.62元（11842048.8元-26322583.59元×5%）应于2012年12月10日起计算利息。
二审审理查明的其他事实与一审查明事实一致,本院予以确认。
本院认为，二审争议的焦点问题：一、3、4号楼工程价款应如何认定；二、2号楼的工程价款应如何确定；三、和辉公司应否支付给港基公司165万元损失；港基公司应否承担逾期竣工的违约责任；四、利息起算时间应如何认定；五、33900元应否认定为已付工程款；六、和辉公司要求交付3号楼101、106室并赔偿损失应否支持；七、一审将2号楼的质保金全部扣除是否正确。
关于焦点一，和辉公司上诉主张双方已经对3、4号楼工程价款形成结算协议，并要求以此作为认定3、4号楼工程价款的依据，但由于和辉公司所称的结算协议没有港基公司加盖公章认可，事实上双方对工程量存在很大争议，并因此未能按照双方在2012年8月7日结算备案协议约定的三个月期限完成结算，和辉公司在重审一审庭审时亦认可“3、4号楼（工程价款）双方争议很大”，所以和辉公司所称的双方已经对3、4号楼工程价款形成结算协议与事实不符。虽有司加辉签字，但港基公司对司加辉的身份不予认可，亦未在和辉公司所称的结算协议中加盖公章确认，在这种情况下，仍应视为双方并未达成结算协议。原审第一次审理时以双方在2012年8月7日结算备案协议为依据作出判决，和辉公司不服判决提出上诉时称，“未能如期完成结算的原因在于港基公司拒不配合、资料不全、双方存在重大争议等原因”，和辉公司在原审第一次审理时即提出司法鉴定申请，同时，在一审重审过程中，和辉公司提出申请对3、4号楼工程造价进行鉴定，和辉公司在本次上诉中又主张不应启动司法鉴定的方式来认定涉案工程造价，其主张前后矛盾，本院不予支持。
关于港基公司上诉主张应将追加措施费1540622.292元计入3#、4#楼工程造价，由于其未能提供双方盖章的追加措施费的证据材料,且双方在建设工程施工合同中约定，“本合同采用固定综合单价合同。……措施费按实际施工发生的措施费工程量套用承包人投标时分项清单措施项目费单价进行计算”，因而港基公司主张改变措施项目清单单价，与合同约定不符，缺乏合同依据，本院不予支持。一审判决没有将3#、4#楼追加的措施费1540622.292元计入工程造价,本院认为并无不当。
关于焦点二，和辉公司上诉主张2#楼双方已经结算完毕,应认定2#楼造价8502834.28元。但和辉公司在一审法院第一次审理答辩时对2#楼造价8502834.28元不予认可，认为“2号楼双方存在较大争议未能确定工程造价……港基公司提供的2号、3号、4号楼工程结算总造价为单方核算的工程量价款，不具有客观性和公平性，未经和辉公司认可，不能作为确定工程总造价的定案依据。”根据双方2012年8月7日达成的结算协议载明内容，港基公司送审的2号楼造价正是850.28万元。和辉公司对此造价数额是不予认可的，并在一审法院第一次审理依照上述2012年8月7日结算协议认定工程造价后，和辉公司提出了上诉，称“原审法院以2012年8月7日结算协议作为定案依据与事实不符”，“此后双方在核对工程量时存在重大争议”。和辉公司现在又主张应确认2#楼造价为8502834.28元，其主张前后矛盾，本院不予支持。本院认为原审法院启动鉴定程序确定工程造价并无不妥。关于和辉公司上诉主张的2号楼不应采用修缮定额计算工程造价问题，根据双方在2011年5月3日签订的《补充协议》，双方对于2#楼的工程取费、人工费及修缮定额等进行了补充约定，其中第5条明确约定：“2#楼按最新的山东省修缮定额结算。”和辉公司主张2011年6月2日双方又重新签订补充协议删除了修缮定额的适用，但港基公司对2011年6月2日补充协议不予认可，且从2011年6月2日补充协议内容来看，并未明确约定将“2#楼按最新的山东省修缮定额结算”予以废除。2011年6月2日补充协议并未对此问题作出重新约定或对2011年5月3日签订的《补充协议》第5条予以变更，在这一问题上两份协议并不存在相互矛盾的约定。所以，本院认为鉴定机构依据2011年5月3日签订的《补充协议》采用修缮定额计算工程价款并无不当。
关于港基公司主张的2#楼修缮(土建)造价金额因计算错误多扣减755488.16元问题，系和辉公司在一审开庭时口头提出异议后,鉴定机构进行了调减，变更后的鉴定结论系最终结论。本院认为一审法院对此予以采信并无不当。
关于焦点三，双方2012年8月7日签订的结算协议明确约定，“因施工期间甲方（和辉公司）原因导致工程停工，工期拖延，甲方赔偿乙方（港基公司）停工损失费共计165万元（详见三方签证单）”，原审据此判决和辉公司支付港基公司损失165万元，本院认为并无不当。虽然原审判决没有依据此结算协议确定工程价款，但并不影响对其中关于赔偿损失的约定予以认定。和辉公司上诉主张造成工期拖延的原因是港基公司施工人员不足、组织不利,工程工序安排存在问题等,认为港基公司应承担逾期竣工的违约责任，但由于双方2012年8月7日签订结算协议时涉案楼房均已竣工，双方对施工期间和辉公司原因导致工程停工、工期拖延皆无异议，和辉公司并同意赔偿港基公司损失165万元，显然，和辉公司上诉主张系港基公司原因造成逾期竣工，并要求港基公司承担逾期竣工的违约责任，与双方2012年8月7日结算协议约定不一致，对其这一上诉主张本院不予支持。
关于焦点四，和辉公司上诉主张利息应从工程造价确定之日即司法鉴定机构作出最终结论之日起算，对此本院认为，根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十八条规定，“利息从应付工程价款之日计付。”原审法院根据双方2012年8月7日签订的结算协议，认定和辉公司应自2012年8月9日起对港基公司2012年5月8日送审的结算资料在三个月内（即2012年11月9日前）审核完毕，并参考涉案工程合同之专用条款第26.2款关于发包人于审核完毕后一个月内付至工程实际造价的95%的约定，酌定和辉公司应于2012年12月9日前支付工程款至工程造价的95%，本院认为并无不当。据此确定和辉公司应于2012年12月10日起计付利息，符合法律规定。和辉公司上诉主张利息应从鉴定机构作出最终结论之日起算，缺乏法律依据，本院不予支持。
关于焦点五，和辉公司上诉主张一审法院错误认定己付工程款数额,少算33900.00元问题，由于双方《建设工程施工合同》专用条款第47.12明确约定“发包方支付工程款必须以承包方财务出具的发票为唯一有效凭证”，可见，港基公司开具100万元发票,证明和辉公司支付100万元。和辉公司称其在此后补缴税款33900.00元应算作已付款，由于港基公司对此不予认可，和辉公司对其这一主张未提交充分证据证明，本院认为不应予以支持。
关于焦点六，和辉公司主张3号楼101、106室未交付并要求赔偿损失，港基公司称3号楼已于竣工后进行了交付。对此本院认为，3号楼已于2011年11月3日通过竣工验收合格，建设单位、监理单位、设计单位和施工单位都在竣工验收报告上盖章予以确认，所以，可以证明3号楼已经于竣工后进行了交付。和辉公司称3号楼101、106室未交付，理由不能成立。对于这两套房屋问题双方可以另行解决。
关于焦点七，按照双方合同约定，扣留5%工程款作为质量保修金，各分项规定的保修期满且无质量问题后一次结清。因而港基公司上诉主张仅有防水一项还在保修期内，应将防水工程项目金额的5%作为质保金，缺乏合同依据，本院不予支持。一审将2号楼的质保金全部扣除是正确的，港基公司可待保修期满后另行主张权利。
综上所述，上诉人和辉公司的上诉请求部分成立，本院予以支持。上诉人港基公司的上诉请求不能成立，应予驳回。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（二）项、第一百七十五条规定，判决如下：
一、维持山东省济南市中级人民法院（2015）济民五重初字第4号民事判决第二项、第三项、第四项；
二、变更山东省济南市中级人民法院（2015）济民五重初字第4号民事判决第一项为“上诉人山东和辉置业发展有限公司于本判决生效之日起十日内支付上诉人山东港基建设集团有限公司工程欠款11842048.8元及利息（以10525919.62元为基数，自2012年12月10日起至本判决生效之日止，按中国人民银行同期借贷利率计算；以1316129.18元为基数，自2016年11月4日起至本判决生效之日止，按中国人民银行同期借贷利率计算）；
三、驳回上诉人山东和辉置业发展有限公司的其他上诉请求；
四、驳回上诉人山东港基建设集团有限公司的上诉请求。
二审案件受理费249409元，由上诉人山东港基建设集团有限公司负担42766元，由上诉人山东和辉置业发展有限公司负担206643元。
本判决为终审判决。
审 判 长 李守军
审 判 员 张 豪
代理审判员 张 磊
二〇一七年四月十四日
书 记 员 黄世媛