山东省菏泽市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）菏民三初字第80号
原告：河南新长城建设有限公司。
法定代表人：汪光银，该公司董事长。
委托代理人：汪流坤，该公司员工。
委托代理人：郭金辉，北京市高朋律师事务所律师。
被告：山东舜王城中药科技园有限公司。
法定代表人：陈卫军，该公司董事长。
委托代理人：江锋，系该公司行政部经理。
委托代理人：丁保亚，系该公司财务部经理。
原告河南新长城建设有限公司（以下简称“新长城公司”）因与被告山东舜王城中药科技园有限公司（以下简称“舜王城公司”）建设工程施工合同纠纷一案，原告于2015年8月24日向本院起诉。本院受理后依法组成合议庭，于2015年10月16日公开开庭进行了审理。原告的委托代理人郭金辉，被告的委托代理人江锋、丁保亚到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告新长城公司起诉称：被告因建设山东舜王城中药科技园，与原告协商一致，将其科技园内包括一期工程、二期工程和园区道路等多项工程承包给原告。一、原告完工后，经双方共同确认各项工程价款、已支付工程款，现被告尚欠原告工程款30309547.57元。二、因被告未按照合同约定支付工程款导致工程延期给原告造成停工损失200万元。双方于2011年3月20日签订《山东舜王城中药科技园二期中心交易商城1#、2#、3#、4#建筑工程施工合同》后，该工程于2011年4月1日开工，并于2011年6月22日完成了该工程的二层封顶，但被告未按照合同约定期限支付工程款，导致原告封顶延迟30天；之后被告支付部分工程款后，该工程于2011年8月8日完成四层结构封顶。后因被告资金问题一直未支付剩余工程款，双方对此难以达成一致意见，导致工程停工。直至2012年3月，双方就复工一事商谈，直至2012年6月26日复工。因此，自2011年8月11日至2012年6月26日停工期间，给原告造成管理费用、施工设备租赁费用等损失共计200万元。被告总经理雷琦于2012年6月29日确认上述情况属实，但至今未支付上述损失。三、被告应支付原告其他损失共计6578800元。在被告二期中心交易商城1#-4#建筑工程施工过程中，被告因资金紧张，不能按时支付工人工资。双方于2013年2月6日签订《协议》，约定原告借款190万元给被告用于解决2013年农历春节工人工资问题，并由原告直接支付给欠薪工人。《协议》第三条约定“该笔用款月利率为5分，利息由甲方承担，原则用款为8个月，若提前或者拖后还款，则以实际还款日为结息日，本息一次性结清。”至今，被告未偿还原告该笔借款及利息，自2013年2月6日暂时计算至2015年7月30日（29个月零24天），该笔借款的本金及利息共计3032400元【（190万元＋190万元×29个月×2%）＋（24天×1266.67／天）】。后双方于2014年1月24日签订《协议》，约定原告借款260万元用于给被告解决2014年农历春节工人工资问题，并由原告直接支付给欠薪工人，该协议约定情况同2013年2月6日协议约定。至今被告尚未偿本付息。截至目前，被告尚欠原告借款本金450万元及暂时计算到2015年7月30日的利息2078800元，之后的利息应计付至实际还清之日。四、被告逾期支付工程款应向原告支付违约金11022621.71元。1、双方于2011年3月22日签订的《二期工程补充协议》第九条约定“工程在施工过程中发包方对承包方不给予工程进度款和工程预付款的支付，待工程单栋建筑主体封顶后，按双方核定的工程预算付至50%……若发包方在规定时间内付款达不到约定的标准时，依据欠款的金额，从欠款之日起按月支付3%的违约金（含损失）”。2011年8月8日，该工程主体封顶，依据上述约定，被告应按照双方核定的工程预算付至工程款的50%，但被告未按照上述约定支付。依据上述约定，被告应向原告支付自2011年8月11日至2013年3月7日止期间因被告逾期支付原告工程款的违约金共计6642730元。2013年3月10日，双方签订《补充协议》，并约定“原告承包建设的二期交易中心商城1#楼现已四层封顶，尚未完全完工，基于被告要求，双方同意将1#楼提前交付使用；被告承诺按照河南立亚工程造价咨询公司最终核定的工程款减去已支付的工程款，余款于2014年12月31日向原告全部付清工程款，被告每逾期一日按未付款金额的0.1%／日标准向原告支付逾期付款的违约金，违约金计算至被告将欠付的工程款付清为止。”被告二期交易中心商城1#楼已于2011年8月8日主体封顶，并于2013年7月2日交付使用。依据双方认可的工程量价款为33990355.97元，截至2014年12月31日被告已支付17212904元，未支付工程款金额16777451.97元。被告未按照上述合同的约定在2014年12月31日前向原告付清工程余款，因此被告应向原告支付自2015年1月1日暂计算至2015年7月30日止的违约金3523264.91元。2、依据双方2013年4月18日签订的《道路管网施工合同》约定“被告于2013年12月30日一次性付清全款；被告每逾期一日按未支付金额的0.1%／日标准向原告支付逾期付款的违约金，违约金计算至被告将工程款付清为止”。该项工程于2013年7月2日经被告验收合格并交付使用，工程价款为1762853.96元，截止2013年12月31日被告已支付工程款26万元，未支付工程款金额为1502853.96元。根据上述约定，被告应向原告支付自2014年1月1日暂计算至2015年7月30日的违约金856626.8元。截至目前，被告应向原告支付工程违约金共计11022621.71元（暂时计算至2015年7月30日，实际应计算至全部款付清之日）。综上，请求：1、判令被告立即向原告支付工程款共计30309547.57元；2、判令被告立即向原告支付工程停工损失200万元；3、判令被告立即向原告支付其他损失6578800元（暂计算至2015年7月30日，实际应计至款项付清之日）；4、判令被告立即向原告支付违约金11022621.71元（暂计算至2015年7月30日，实际应计至款项付清之日）；上述四项共计49910969.28元。审理过程中，原告撤回民事诉状中第3项诉讼请求，并变更第4项请求为要求被告以欠付工程（进度）款为基数、按照月息2%支付欠付款项的违约金，计算至2015年7月30日的数额为7385156.55元，2015年7月31日起的违约金以二期中心商城1#楼尚欠工程款18280305.93元为基数按照月息2%计付违约金。
被告舜王城公司答辩称：1、原告所述各项施工工程属实，且有相关手续佐证，被告认可。2、各项支付款项暂没有逐笔逐项核对，被告认为需进行最终核对，而后据实结算。3、关于停工损失200万元，被告认为过高，请求法院依法判决。4、关于原告民事诉状中第三项的其他损失，原告是按照月息2%计算，但关于违约金的计算，被告认为标准过高，请求按照相关规定调整。
原告新长城公司为证明其主张，向本院提交如下证据：
证据1、舜王城中药科技园道路施工合同一份，拟证明原、被告双方具有合同法律关系，原告承包了被告的舜王城科技园区道路工程。
证据2、验收证明一份，拟证明舜王城科技园道路工程已于2011年10月10日完成并交付被告使用。
证据3、新长城公司詹承虎项目部施工工程决算单，拟证明该部分工程的总工程款应付4294920.22元，被告已付2213246.00元，欠2081674.22元。
证据4、山东舜王城派出所工程施工合同一份，拟证明被告将舜王城科技园区内零星工程（派出所办公楼工程）承包给原告。证据5、验收证明一份，拟证明原告已于2012年10月16日完成派出所办公楼工程的施工。
证据6、派出所办公楼造价确认单一份，拟证明原、被告双方于2013年12月8日签署的《派出所办公楼造价确认单》，经双方共同确认，派出所办公楼结算价格为500000.00元。
证据7、建筑施工承包合同一份，拟证明原、被告双方具有合同法律关系，原告承包了被告科技园一期6#、9#、12#、15#楼商铺楼工程。
证据8、验收证明一份，拟证明舜王城科技园一期新四栋6#、9#、12#、15#楼商铺工程已于2012年11月30日竣工并交付被告使用。
证据9、山东舜王城中药科技园一期工程决算及工程款支付确认单一份，拟证明双方于2015年2月1日确认工程量共计9471840.00元，被告已支付的工程款为7471840.00元，尚未支付的工程款为2000000.00元。
证据10、建筑工程施工合同一份，拟证明被告将山东舜王城中药科技园二期中心交易商城1#、2#、3#、4#楼的土建及安装工程承包给原告。
证据11、山东舜王城中药科技园二期中心交易商场1#、2#、3#、4#楼建筑施工承包合同补充协议一份，双方约定被告将舜王城中药材科技园1#、2#、3#、4#楼建筑面积为144000平方米（竣工时按实际面积核算）的土建、水电安装等施工工程承包给原告。
证据12、关于山东舜王城中药科技园二期中心交易商场1#楼工程施工补充协议的特别承诺，拟证明对二期1#、2#、3#、4#楼工程款的支付作了新的约定。
证据13、补充协议一份，拟证明原告对二期1#楼已四层封顶并交付被告使用，且原、被告之间达成了余款的付款期限。
证据14、四层顶梁板、屋面梁板报验申请表、混凝土浇灌申请书，拟证明1#楼于2011年8月7日主体封顶，计算工程款的支付节点及违约金的起算时间。
证据15、主体封顶证明，拟证明舜王城二期1#楼于2011年8月8日封顶，计算工程款的支付节点及违约金的起算时间。
证据16、施工图预算、工程预算书，拟证明二期1#楼工程预算共计42054959.96元，该预算是违约金计算的依据。
证据17、单位工程结算审核定案表，拟证明舜王城中药科技园中心商城二期1#楼最终决算金额为33990355.97元。
证据18、结算书，拟证明山东舜王城中药科技园二期1#楼工程（建筑）的施工内容，结算数额以证据17为准。
证据19、结算书，拟证明山东舜王城中药科技园二期1#楼工程（装饰）的结算书，结算数额以证据17为准。
证据20、道路管网施工合同，拟证明原、被告双方具有合同的法律关系，原告承包了二期1#楼外围道路工程。
证据21、验收证明，拟证明舜王城二期1#楼外围道路管网工程于2013年7月2日完工并交付被告使用。
证据22、工程量确认表，拟证明双方确认舜王城中药科技园中心商城二期1#楼外围道路工程款共计1762854元。
证据23、舜王城中药科技园二期附属零星工程（确认单），拟证明原、被告双方对原告施工的二期附属零星工程量进行确认。
证据24、山东舜王城中药科技园零星工程承包合同，拟证明被告委托原告进行舜王城中药科技园区内部分零星工程的施工。双方采用各单项工程采取一项一议的方式，工程款的支付方式以双方确认的工程量单据为准，且一次性付清。
证据25、验收证明，拟证明舜王城中药科技园零星工程于2013年12月31日竣工并交付被告使用。
证据26、新长城公司张道叙（张喜柱）项目部工程款支付决算单，拟证明双方签字确认了该部分工程决算款、已支付工程款金额以及未支付工程款金额及具体的零星工程的明细，上述工程量共计14585962.41元，被告已支付的工程款为9152549.00元，尚未支付的工程款为5433413.41元。
证据27、门头制作安装合同，拟证明双方签订合同，被告将一期商铺楼门头的制作及安装工程承包给原告。
证据28、验收证明，拟证明舜王城中药科技园一期部分门头工程于2013年12月31日竣工并交付被告使用。
证据29、门头制作安装造价确认单，拟证明2014年1月3日原、被告双方确认该工程总价款为703500.00元。
证据30、园区绿化施工协议，拟证明双方约定由原告承担被告舜王城中药科技园区内的绿化工程施工。
证据31、验收证明，拟证明舜王城中药科技园绿化工程于2013年12月31日竣工并交付被告使用。
证据32、绿化造价确认单，拟证明2014年1月3日原、被告双方确认该工程总价款为178360.00元。
证据33、山东舜王城中药科技园零星工程承包合同，拟证明2011年3月25日原、被告双方签订合同，被告委托原告进行舜王城中药科技园区内部分零星工程的施工，双方采用各单项工程采取一项一议的方式，工程款的支付方式以双方确认的工程量单据为准，且一次性付清，原告承包了被告其中包括停车场、晒场等零星工程。
证据34、验收证明，拟证明舜王城中药科技园零星工程工程于2013年12月31日竣工并交付被告使用。
证据35、零星工程造价确认单，拟证明2014年1月3日原、被告双方确认停车场、晒场等零星工程总价款为784415.82元。证据36、园区绿化施工协议，拟证明2011年10月4日双方约定由原告承担舜王城中药科技园区内的绿化工程施工。
证据37、验收证明，拟证明舜王城中药科技园绿化工程于2013年12月31日竣工并交付被告使用。
证据38、绿化造价确认单，拟证明2014年1月3日原、被告双方确认绿化工程总价款为746210.70元。
证据39、楼梯制作协议，拟证明原告承包了被告1#楼新增室内楼梯的制作、安装的增补工程。
证据40、舜王城中药科技园有限公司联络文，拟证明原告承包了被告1#楼一层、二层新增室内楼梯的制作、安装的增补工程。
证据41、验收证明，拟证明舜王城中药科技园二期1#楼楼梯增项工程于2013年7月2日完成施工并交付被告使用。
证据42、二期1#楼楼梯增项工程造价确认单，拟证明2013年7月5日原、被告双方确认该工程总价款为250000元。
证据43、楼地面石材工程施工合同，拟证明2013年3月20日被告将舜王城中药科技园二期中心交易商城1#楼一层地坪粘贴大理石增加项目及外围走廊贴面工程承包给原告。
证据44、验收证明，拟证明舜王城中药科技园二期1#楼地面石材工程于2013年7月2日完成施工并交付被告使用。
证据45、二期1#楼地面石材工程造价确认单，2013年7月5日原被告双方确认该工程总价款为344197.00元。
证据46、工程量汇总确认单，拟证明双方于2015年4月25日确认了原告承包的舜王城中药科技园区所有工程，工程量共计67612616.08元，被告已支付的工程款为37303068.10元；工程欠款为30309547.57元。
证据47、《关于要求补偿舜王城一号楼停工损失的报告》，拟证明自2011年8月11日至2012年6月26日停工期间，给原告造成管理费用、施工设备租赁费用等损失共计200万元，该文件由被告经理雷琦予以确认。
证据48、停工费用综合清单，拟证明原告停工损失共计2415090元，经原、被告双方商定，以200万元计算停工损失。
证据49、建筑器材租赁合同及收据，拟证明停工期间，原告租赁设备的损失。
证据50、塔吊租赁合同及收据，拟证明因建设舜王城中药科技园相关工程的需要，原告租赁塔吊设备，停工期间原告租赁设备的损失。
证据51、塔机操作承包合同，拟证明因建设舜王城中药科技园二期1#楼工程的需要，原告将投入使用的四台塔机的操作工作，承包给固始强胜起重设备安装有限公司，总月工资为16000元，每人每月4000元，证明停工期间，原告聘请塔机操作塔吊而产生的损失。
证据52、原告人员领薪结算花名册，拟证明2011年9月至2012年7月原告员工的领薪情况，也即停工期间，给原告造成的人员开支的损失。
证据53、建筑施工劳务承包合同及收据，拟证明2011年4月6日至2011年12月31日停工期间，原告因支付建筑劳务企业，给原告造成的停工损失30万元。
证据54、协议及借条，拟证明原、被告于2013年2月6日签订《协议》，被告欠原告借款190万元及利息至今未还。
证据55、协议及借条，拟证明原、被告于2014年1月24日签订《协议》，被告欠原告借款260万元及利息至今未还。
证据56、按照舜王城公司的要求为其借款给农民工发放工资的本金及利息计算单，拟证明被被告欠原告本金及利息共计6578800元。
证据57、山东舜王城中药科技园二期中心商城1#楼建设方工程违约计算书，拟证明自2011年8月11日至2013年期间被告未按照合同约定支付工程余款，应向原告支付逾期付款的违约金为6642730元。
证据58、山东舜王城中药科技园二期中心商城1#楼补充协议未按时付款违约金计算书，拟证明自2014年12月31日至2015年4月24日期间被告未按照合同约定支付工程余款，应向原告支付逾期付款的违约金为3523264.91元。
证据59、山东舜王城中药科技园二期中心商城1#楼外围管网工程未按时付款违约金计算书，拟证明自2013年12月31日至2015年4月24日期间被告未按照合同约定支付工程余款，应向原告支付逾期付款的违约金为856626.80元。
证据60、工程款支付确认函两份，拟证明工程进度款的支付节点，即原告证据57、58、59要求被告支付违约金的时间依据。
被告舜王城公司对原告提交上述证据1至证据59的真实性无异议，但认为对已支付工程款的数额和节点需要再对账，违约金约定过高，请求予以调整；对证据60无异议。
被告舜王城公司没有提交证据。
根据原告的举证、被告质证、陈述，本院经审理认定如下事实：
（一）关于原告承包被告案涉工程。
1、2010年10月18日，原、被告签订《舜王城中药科技园道路施工合同》，约定原告承包舜王城药材市场内道路工程，工期60天，合同总价款348万元，最终以双方确认数额为准。2011年10月12日，被告出具验收证明，上述工程已于2011年10月10日交付被告使用。2015年2月12日，原、被告签署施工工程决算单，双方确认2010年冬季至2011年期间，原告承建被告舜王城科技园内部分道路和零星工程及派出所施工工程，道路工程施工价款为3427607.12元、零星工程价款1068793.65元、派出所工程价款50万元，以上共计4794920.22元，被告已支付2213246元，欠付2081674.22元。
2、2010年11月10日，原、被告签订《建筑施工合同》，约定原告承包被告的舜王城中药科技园一期6#、9#、12#、15#号商铺楼的土建、水电安装施工图纸包含的全部工程以及双方协商增加的工程项目，并约定了工程造价计算及调整方法，工程进度款支付为工程竣工并验收合格后，按工程预算付至已完工程量的50%，验收交付使用后15日内双方委托竣工决算，决算在3个月内支付工程造价的20%，从竣工起一年内支付至最终工程造价的95%，否则按照月息7%支付违约金；5%的工程尾款作为质保金，保修期满后无质量问题一个月内付清质保金。2012年12月3日，被告出具验收证据，上述工程于2012年11月30日竣工并交付被告使用。2015年2月1日，双方签署舜王城中药科技园一期工程决算及工程款支付确认单，上述四栋楼工程款为9471840元，已支付7471840元，欠付200万元。
3、2011年3月22日，原、被告签订《建设工程施工合同》，约定原告承包舜王城中药科技园二期中心商城1#-4#楼土建及安装工程，工期为2011年4月6日至2012年3月6日，并约定合同计价方式，工程进度款支付方式等。同日双方签订补充协议，约定单栋工期为300天，施工日期以双方认可的正式开工时间为准；工程款支付为单栋建筑主体封顶之后，按双方核定工程预算付至50%，竣工验收后15日内双方委托对已完成工程进行竣工决算，决算之日起3个月内再支付总造价的20%，竣工起一年内付至总造价的95%，否则从欠款之日起按月支付3%的违约金（含损失）；剩余5%工程尾款作为质保金，保修期满后一个月内付清。2011年4月1日，被告出具《关于山东舜王城中药科技园中心商城1#楼工程施工补充协议的特别承诺》，承诺了工程造价的计算方式，工程款支付为二层主体完成时付总造价的20%、三层主体完成时付总造价的10%、四层封顶时付总造价的20%、工程竣工三个月内工程决算完成并支付20%、余款一年内付清；如未及时支付工程款，从完成之日起按日支付应付价款2%的经济赔偿直至付清为止。2011年8月8日，上述1#封顶。2013年3月10日，双方签订《补充协议》，截止该协议签订时1#-4#楼工程尚未完全完工，但约定将1#楼先交付被告使用；2014年8月5日，双方共同委托的河南立亚工程造价咨询有限公司确认1#造价为33990355.97元，且分别就1#楼土建、安装部分出具了结算书。
4、2011年3月25日，原、被告签订《山东舜王城中药科技园零星工程承包合同》，约定原告承包园区内部分零星工程。该合同约定的零星工程于2013年12月31日全部竣工并交付被告使用。2015年2月1日，双方确认上述零星工程总价款为14585962.41元，被告已支付9152549元，欠付5433413.41元。另，2014年1月3日，双方确认零星工程（停车场、晒场）工程价款为784415.82元。
5、2011年7月10日，原、被告签订《门头制作安装合同》，工程价格160元／平方米，总工程量及金额最终以双方验收后实测面积为准，整体安装完毕验收合格后支付总价款的50%，剩余款项在完工验收合格半年内一次性付清。该工程于2013年12月31日全部施工完毕并交付被告使用，2014年1月3日，被告确认该工程造价为703500元。
6、2011年9月26日，原、被告签订《山东舜王城派出所工程施工合同》，约定原告承包被告派出所图纸范围内的土建工程，并约定了进度款支付方式，且于2012年10月7日前完工，超期或提前一天各罚奖500元，被告每逾期一日按未付款金额的0.1%向原告支付违约金至工程款付清为止。2012年10月17日，派出所工程主体施工完毕。2013年12月8日，被告确认该工程结算价格为50万元，即第1项中双方确认的派出所工程价款50万元。
7、2011年10月4日，原、被告签订《园区绿化施工协议》，原告承包被告招商中心周边、交易大厅周边、办公楼前暨车库厕所周边、人工湖周边、物业办公室周边绿化工程，工期为2011年10月16日至2012年4月16日；付款方式为工程验收合格半年后被告支付合同价的50%，工程施工完毕一年后支付合同价的45%，工程质保期满后十五天内支付剩余工程款。2013年12月31日，该工程施工完毕并交付被告使用。2014年1月3日，双方确认该工程价款为178360元、746210.70元。
8、2013年3月15日，原、被告签订《楼梯制作协议》，约定原告承包被告山东舜王城中药科技园二期中心商城1#楼新增室内楼梯制作、安装工程，工期为2013年3月20日至2013年5月20日；协议总价款为25万元，被告先付总造价的10%，原告材料进场当天被告付总价款的20%，完工验收合格后付清所有款项。2013年3月18日，被告将1#楼一层、二层新增室内楼梯制作、安装的增补工程承包给原告，工期60天。2013年7月2日，上述工程完工并交付被告使用。2013年7月5日，双方确认工程价格为25万元。
9、2013年3月20日，原、被告签订《楼地面石材工程施工合同》，约定原告承包山东舜王城中药科技园二期中心商城1#楼一层地坪粘贴大理石项目及外围走廊贴面工程，2013年6月30日前完工，2013年12月30日前一次性付清全部款项，被告每逾期一日按未付款金额的0.1%支付违约金直至付清。2013年7月2日，上述工程施工完成并交付被告使用。2013年7月5日，双方确认该工程造价为344197元。
10、2013年4月18日，原、被告签订《道路管网施工合同》，约定原告增加二期中心商城1#楼外围道路硬化、主进（下）水管道、消防进入管道及化粪池、变电箱机房、广场硬化等零星工程，应于2013年7月10日前完工，2013年12月30日前被告一次性付清全款，否则每逾期一日按未付款金额的0.1%支付逾期违约金直至工程款付清为止。2013年7月4日，上述工程完工并交付被告使用。2014年8月26日，双方确认该项工程价款为1762854元。
2015年4月24日，原、被告双方就原告承包被告所有案涉工程价款进行确认，工程总价款为67612616.08元，已支付37303068.10元，欠付30309547.57元。原、被告认可案涉工程已过质保期。
（二）关于原告主张的舜王城中药科技园二期中心商城1#楼停工损失200万元。
2012年6月26日，原告向被告提交《关于要求补偿舜王城一号楼停工损失的报告》，该报告载明：因被告未按约定支付工程款导致工程2011年8月11日至2012年6月26日停工，期间原告产生管理费用、施工设备租赁费用、工程建设资金垫付利息损失等共计200万元，并请求被告予以确认和解决。2012年6月29日，被告总经理雷琦在上述报告签字“情况属实，待工程竣工决算时上报集团核批”。针对上述损失，原告提交了《建筑器材租赁合同》、《塔吊租赁合同》、《塔机操作承包合同》《建筑施工劳务承包合同》及押金凭证和工人领薪花名册等证实停工期间的损失200万元。
（三）关于原告主张的舜王城中药科技园二期中心商城1#楼欠付工程款的违约金。按照双方合同约定，被告应以欠付工程款数额为基数按照月息3%支付违约金；2011年4月1日，被告又出具了《关于山东舜王城中药科技园中心商城1#楼工程施工补充协议的特别承诺》，被告未按时支付工程款，自工程完成之日起按日支付应付价款2%的经济赔偿。审理过程中，原告同意所有欠付工程款的违约金均按照月息2%计算。被告对原告为计算违约金提供证据中的款项支付节点和欠付款项数额并无异议。以双方认可的款项支付节点和欠付款项数额为基数，按照月息2%计算，被告欠付原告的工程款截止2015年7月30日违约金为7385156.55元。
另，审理过程中原告要求撤回民事诉状中的第3项请求，即撤回要求被告支付其他损失6578800元的请求。
本院认为：原告申请撤回要求被告支付其他损失6578800元的请求，是对其权利的处分，不违反法律规定，依法予以准许。
原、被告就舜王城中药科技园内多项工程签订多份合同及协议，双方自愿、平等签订，故双方签订的合同、协议对双方均具有约束力。原告已分期分批完成案涉工程施工并交付被告使用。根据原、被告双方委托审核、结算及对账，被告尚欠原告工程款30309547.57元，依法应予支付。
原、被告就舜王城中药科技园二期中心商城1#楼签订的合同、协议约定被告如不能按照合同约定支付工程（进度）款，则以欠付款数额为基数按月支付3%的违约金。后，被告向原告出具特别承诺，承诺再不能按期支付工程款，从完成之日按日支付应付价款的2%的经济赔偿。审理过程中，原告自愿以被告欠付工程（进度）款为基数按照月息2%要求被告支付违约金，该主张不违反法律规定，依法应予准许。原告所主张的1#楼停工期间所造成的设备租赁、管理人员及工人工资等损失200万元，与被告逾期支付原告工程（进度）款造成的利息损失均系原告的实际损失。原、被告所约定的违约金包括对原告损失的赔偿，故原告该200万元的实际损失不应再单独计付，而是由被告直接支付原告违约金。根据双方合同约定的支付节点及实际付款情况，原、被告均无异议，按照上述标准计算至2015年7月30日的违约金为7385156.55元，被告应予支付。原告就舜王城中药科技园二期中心商城1#楼主张违约金的部分，目前尚欠工程款数额为18280305.93元，故根据双方约定，自2015年7月31日起被告应以18280305.93元为基数、按照月息2%向原告支付违约金。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第八条、第一百零七条、第一百一十四条、第二百六十九条，最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释（二）》第二十九条之规定，判决如下：
一、被告山东舜王城中药科技园有限公司于本判决生效之日起十日内支付原告河南新长城建设有限公司工程款30309547.57元；
二、被告山东舜王城中药科技园有限公司于本判决生效之日起十日内支付原告河南新长城建设有限公司2015年7月30日之前的违约金7385156.55元，自2015年7月31日起以案涉工程二期1#楼尚欠工程款18280305.93元为基数、按照月息2%计付违约金（违约金自2015年7月31日计算至本判决确定的履行期限届满之日，如果被告在履行期限届满前自动履行，计算至自动履行之日）。
如果被告未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费291355元，由原告河南新长城建设有限公司承担69925元，由被告山东舜王城中药科技园有限公司承担221430元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按照对方当事人的人数提出副本，上诉于山东省高级人民法院。
审 判 长 梁春丽
代理审判员 潘宜英
人民陪审员 卢桂云
二〇一五年十二月四日
书 记 员 刘福营