北京市怀柔区人民法院
民 事 判 决 书
（2015）怀民(商)初字第06708号
原告：北京海联制药有限公司，住所地北京市门头沟区石龙经济开发区永安路20号3幢B1-1870室。
法定代表人：曹文建，董事长。
委托诉讼代理人：林敏旭，陕西丰瑞律师事务所律师。
委托诉讼代理人：沈杨，陕西丰瑞律师事务所律师。
被告：西南合成医药集团有限公司，住所地重庆市江北区寸滩水口。
法定代表人：黄平，董事长。
委托诉讼代理人：王雷，男，该公司法务部总经理。
委托诉讼代理人：李璇，北京达晓律师事务所律师。
原告北京海联制药有限公司（以下简称海联制药）与被告西南合成医药集团有限公司（以下简称合成集团）股权转让纠纷一案，本院于2016年5月18日立案后，依法适用普通程序，公开开庭进行了审理。原告海联制药委托诉讼代理人林敏旭、沈杨到庭参加了诉讼。被告合成集团委托代理人王雷、李璇到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
海联制药向本院提出诉讼请求：1、判令被告立即付清股权转让款余款人民币1200万元并支付违约金（以1000万元为基数，自2013年10月18日始至实际付清之日止，按照每日千分之一的标准计算;以200万元为基数，自2014年1月6日始至实际付清之日止，按照每日千分之一的标准计算）；2、判令被告赔偿原告因索款支付的费用人民币为113143.43元；3、全部诉讼费用由被告承担。事实和理由：2012年8月15日、2012年11月23日记2013年1月分别签订了《并购重组框架协议》（以下简称《原协议》）、《并购重组框架协议之修订协议》（以下简称《修订协议一》）、《并购重组框架协议之修订协议二》（以下简称《修订协议二》）的同时，又相继签订了《增资扩股协议》、《股权转让协议》和《资产购买协议》。上述协议的签订及双方的依约履行，使得标的公司北京北大药业有限公司（以下简称北大药业）的增资扩股及被告受让原告在该公司的股权能够如期进行。根据上述协议的约定，本次并购重组的交易价格为7200万元，（资产购买2999.41万元，股权转让4200.59万元），共分四期支付。协议对每期的付款条件都做了明确的约定。同时，协议还明确约定了逾期付款的违约责任。协议签订后，原告忠实的履行了协议约定的义务，被告也依约支付了前两期款项总计6000万元（第一期为1000万元，第二期为5000万元），但余款1200万元至今未付。根据《修订协议二》2.2（1）、（2）之约定，余款的付款条件为：完成股权转让工商变更登记后5个工作日内支付1000万元，北大药业取得GMP证书后5个工作日内支付200万元。经查，被告于2013年10月13日已在工商部门办理完了股权转让变更登记手续，北大药业也于2013年12月31日取得了企业GMP证书，付款条件早已具备。但被告至今不想原告支付该笔余款，甚至向原告隐瞒了早在一年多前就已办理完股权转让变更登记这一重大事实。在原告得知余款付款条件已经具备的情况下，曾多次并通过发律师函的方式向被告催要，但被告均以各种理由拖延，至今催要未果。原告认为，被告拖延付款等行为已构成严重违约，被告除立即付清股权转让款余款外，还应根据《修订协议二》2.2.1“乙方将持有的全部北大药业股权转让给甲方，完成股权工商变更后五个工作日内甲方向乙方支付1000万元”；2.2.2“北大药业获得GMP证书后五个工作日内甲方向乙方支付200万元”；《原协议》7.1.3“若未按时向乙方支付，每拖延一日按未付额罚息千分之一，拖延支付超过30工作日则视为甲方违约，乙方有权单方解除合同，并保留追究相应损失的权利”之约定，承担违约责任。
合成集团辩称：一、原告违约在先，在其未履行全部协议义务的情况下无权要求被告支付剩余股权转让款及违约金。第一、原告在股权转让项目中未约定向标的公司北大药业转让资产，导致被告在收购原告所持北大药业全部股权时利益受损，严重影响了被告正常的生产经营。根据《修订协议一》第4.3.3条约定，“海联制药之本协议约定的拟出让资产（包括除GMP证书外的全部药品证照）转移到北大药业，共管账户的5000万元人民币即归海联制药所有，应在5个工作日内转入海联制药的指定账户；双方在5个工作日内开始启动办理股权转让手续”。而截止本诉开庭时，原告出现了多次违约情形：1、原告未按约定将雁栖大街一号面积为5000平方米无权属证明房产的所有权登记至北大药业名下。根据《修订协议一》第2.2.1.3条约定，“海联制药同意，自海联制药取得北大药业股份完成工商变更之日起5个工作日内启动办理5000平方米无权属证明房产的所有权登记至北大药业名下的手续。权属证明办理手续由海联制药负责，政府收取的费用由北大药业承担”。但经被告了解，原告至今一直未按约定启动该房产所有权登记的办理程序；2、原告应出让的药品证照共计27个，而原告仅做了部分交付，其中两项麻黄碱的资质证照并没有配合变更。根据《修订协议一》第2.2.2条之约定及项下条款，“北大药业取得原海联制药名下全部药品证照”。而原告的未交付行为，致使被告无法取得麻黄碱的资质证照，无法开展含麻黄碱类药品的生产经营活动。庭审中，原告认为北大药业未取得两个麻黄碱类证照均系被告自身造成的观点与事实不符，首先，在协议中明确约定北大药业取得原告名下全部药品证照。其次，根据药品补充申请批件表的内容及相关规范性文件均可知，药品批件的补充申请程序是由原药品生产企业即原告向主管部门提交申请材料，变更后的药品生产企业即被告进行配合完成，并非如原告所述应由被告提起申请。最后，关于原告所主张的北大药业未取得其原持有的全部药品证照的原因均系北大药业自身原因导致的说法，原告均未提交任何证据加以证明，因此，其观点不应被法院予以采纳。3、在履约过程中，被告得知早在双方签订并购重组一系列协议之前，政府就已对原告向北大药业增资的怀柔区土地的土地使用权进行规划调整，其中一部分土地已被规划用于道路及绿化。被告认为原告在明知情况下，未尽告知义务。第二、原告并未按照约定将其原持有的GMP证书全部制品转让北大药业，导致被告的生产经营范围受到严重影响。根据《修订协议一》第2.2.2条，“北大药业取得原海联制药名下全部药品证照”，原告原持有的GMP证书（含需特别审批制品）共5类制品，而北大药业受让的GMP证书中缺少中药提取口服液、头孢菌素类片剂、原料药（聚苯乙烯磺酸钙、氟化纳）制品。原告作为一家长期从事药品生产的企业，其理应熟知药品证照的办理流程。但在庭审中，原告主张北大药业我公司未取得原GMP证书全部制品的是因为GMP证书的申请主体为北大药业，部分制品未获申请完全是因为北大药业未主动向原告索要相关材料、未及时提起申请程序以及未按照相关规定达到申请标准才导致未获取的。而根据我国相关药品生产质量管理规范规定，GMP证书的取得是需要申请人提交关于企业人员、厂房、设施、设备达到相关标准的证明文件，而之所以原告未转让GMP证书全部制品，正是因为其未向北大药业提交符合规定的相关申请文件，未达到法定标准才导致申请未果的。并且原告的主张也并未有任何证据加以证明，理应不被采纳。第三、由于原告上述不诚信的违约行为和事实上的未履行全部协议义务的情况下，第三笔、第四笔股权转让款的支付条件没有具备。另外，根据《合同法》第六十七条规定：“当事人互负债务，有先后履行顺序的，先履行一方履行债务不符合约定的，后履行一方有权拒绝其相应的履行要求”，原告违约在先，被告拒绝向原告支付股权转让余款是合理正当的行使先履行抗辩权。第四、违约金是基于诚信原则，由违约方赔偿守约方的损失而进行的约定。本案中，被告根本不存在违反合同约定的行为，相反是原告违约在先，因此原告诉请违约金的诉讼请求应予以驳回。二、原告要求支付索款费缺乏法律和合同依据，尤其是在原告违约在先的情况下，原告无权向被告索要索款费用。三、本案系股权转让纠纷案件，法庭审查案件事实应全面审查并购重组框架协议等一系列协议项下义务。自2012年起原告与被告共同签署《原协议》及其《修订协议一》、《修订协议二》等一系列协议，本案系股权转让纠纷，该股权转让协议义务散见于上述一系列整体协议之中，本案不应因为原告的诉讼请求仅涉及协议第三期、第四期付款事实而仅审查这两期的履行行为。协议付款时间虽然分阶段，但协议义务是整体的、连续的、相关联的，不应简单割裂开来，且原告的违约行为也是一直连续且多次的。从5000平米房屋未启动登记程序，到土地规划早有变动但未进行告知，药品证照未全部移交北大医药公司到没有转让GMP证书的所有项目，这些义务均是股权转让项目的主要合同义务。不应仅凭被告在给银行出具的一份托管协议终止通知书认可原告的某项义务已履行完毕就对之前的事实不进行调查。该通知书系银行为收取相关业务费用要求在解除时必须注明双方已无其他争议而加入的，并且当时是为了尽快推进的进一步履行被告才进行的签署。参照被告证据二《药品补充申请批件》及证据三《国有土地使用证》可知，在原告未按约定及时将全部药品证照及土地使用权转移到北大药业名下时，被告本着对原告的信任和促使合作的顺利进行，才在其未完全履行协议的情况下，解除对共管账户的资金监管，而并非对原告交易过程中应承担的相应义务不存在异议。通过上述事实可见，原告的违约行为贯穿整体协议的履行过程，被告认为法庭审查的范围应包括整体协议的全部履行行为。
综上所述，原告未依约履行合同义务且违约在先，并购重组框架整体协议尚未履行完毕，其无权要求被告支付股权转让余款、违约金及索款费用。请贵院在查明事实的基础上依法公正作出判决，驳回原告的全部诉讼请求，防止国有资产流失。
本院经审理认定事实如下：2012年8月15日，合成集团作为甲方与作为乙方的海联制药签订《原协议》。
2012年11月23日，合成集团作为甲方与作为乙方的海联制药签订《修订协议一》，该协议的主要内容为：鉴于双方于2012年8月15日签订《原协议》，甲方已经向乙方支付1000万元定金，现双方经友好协商对合作方案进行修订并签署本修订协议，双方合作方案及权利义务以本协议约定内容为准，依据《原协议》已履行的权利义务除与本协议有冲突外，继续适用于本协议。第一条、并购重组目的。合成集团（或合成集团指定主体）拟受让海联制药的所有土地、房产、机器设备、生产线等资产及业务渠道，获得全部相关生产证照，包括但不限于药品生产许可证、药品批文等（以下合称“药品证照”）（以上资产为“拟出让资产”，其中拟增资资产内容参见附件一《拟增资资产明细》，药品批文内容参见附件二《北京市药品监督管理局药品补充申请批件》，以上附件海联制药均已提供）。海联制药同意取得海联制药全体股东同意之前提下，依本协议规定之对价、条件及操作步骤将海联制药土地、房产、机器设备、生产线、业务渠道等转让给合成集团（或合成集团指定主体）；并承诺合成集团控股的北大药业获得上述药品证照。第二条、并购重组方案及步骤。2.1并购重组总体方案。海联制药与合成集团分别以拟增资资产和现金对北大药业进行增资。增资完成后，合成集团持有北大药业51%的股权；北大药业取得海联制药持有的出让资产（包括但不限于药品证照）；合成集团收购海联制药所持北大药业全部股权。2.2.1.3无权属证明房屋。海联制药同意，自海联制药取得北大药业为股权完成工商变更之日（以下简称“增资完成日”）起5个工作日内启动办理位于北京市怀柔区雁栖经济开发区雁栖大街一号面积为5000平米权属证明、未拖欠工程款的房屋权属证明，且产权人为北大药业。权属证明办妥时限以政府法定审批时限为约定时限。权属证明办理手续由海联制药负责，政府收取的费用由北大药业承担。如出现海联制药垫付上述费用的情况，须事前经合成集团同意，北大药业凭有效票据支付海联制药垫付费用。2.2.2北大药业取得原海联制药名下全部药品证照。海联制药须确保北大药业取得原海联制药名下除GMP证书外的全部药品证照，北大药业取得药品证照（除GMP证书外）的时限：增资完成后90日内（因政府职能部门审批原因造成无法按期完成，办理时间顺延），海联制药办妥药品证照。海联制药须确保北大药业取得GMP证书，北大药业为取得GMP证书提供相应的资金设备人员及相关配合工作。2.2.3合成集团收购海联制药所持北大药业全部股权。《股权转让协议》与本协议同时签署，本协议签署后，双方收到该协议约定内容的约束，不得未经对方同意对标的股权进行其他可能影响本协议履行的法律行为或恶意促使类似法律行为发生。《股权转让协议》用于办理工商变更等登记使用，可根据工商要求进行非实质性或不影响本协议履行的修改，如修改版本与本协议有冲突，以本协议为准。在本协议2.2.2条履行完毕后，合成集团及海联制药共同认可的资产评估机构对海联制药持有的北大药业全部股权进行评估。海联制药将其持有的北大药业全部股权及该股权所对应的全部股东权益转让给合成集团。……第四条、交易价格及支付。4.1交易价格。各方一致同意，本次并购重组的交易价格为人民币7200万元，此价格包括合成集团购买海联制药持有北大药业全部股权的股权款。4.3支付方式。根据原协议约定，合成集团已支付海联制药1000万元人民币定金，继续适用于本协议；在本协议及《股权转让协议》签订后10个工作日内，合成集团在双方认可的银行开设与海联制药的共管账户，并将5000万元人民币存入该共管账户；海联制药之本协议约定的拟出让资产（包括除GMP证书外的全部药品证照）转移到北大药业，共管账户的5000万元人民币即归海联制药所有，应在5个工作日内转入海联制药的指定账户；北大药业获得GMP证书且海联制药所持有的北大药业股权转让完成股东工商登记变更起5个工作日内，合成集团支付海联制药1200万元人民币。……第七条、违约责任。本协议4.3中约定款项若未按时向乙方支付，每拖延一日按未付额罚息千分之一，拖延支付超过30工作日则视为甲方违约，乙方有权单方解除合同，并保留追究相关损失的权利。该协议还有其他内容。
2013年，合成集团作为甲方与作为乙方的海联制药签订《修订协议协议二》，该协议的主要内容为：鉴于双方于2012年8月15日签订了《原协议》，依据该协议乙方已经在2012年8月21日收到甲方支付的1000万元定金，乙方拟增资资产的评估结果是4200.59万元（依据北京立信润德资产评估事务所京立信〔2012〕评报字第01028号报告）。鉴于双方于2012年11月23日签订了《修订协议一》，依据该协议甲乙双方设立了共管账户，2012年11月30日甲方向该共管账户打入5000万元共管资金，2013年1月甲乙双方增资北大药业完成工商变更。本次并购重组的交易价格仍为人民币7200万元，但为项目顺利推进将7200万元细化分割至以下两个协议：（1）资产购买协议2999.41万元；合成集团购买海联制药持有的无发票无权属证明的拟出售资产（具体明细如附件2），拟出售资产的对价是人民币2999.41万元，本协议签署同时由合成集团与海联制药签署附件3的资产购买协议。（2）股权转让协议4200.59万元：合成集团收购海联制药所持北大药业全部股权，北大药业全部的股权款对价为4200.59万元，本协议签署同时由合成集团与海联制药签署附件4的股权转让协议。双方认可实现整个并购重组目的甲方仅需向乙方支付7200万元。甲乙双方同意此次细化分割签署的上述两个协议不影响修订协议一约定的权利义务。甲乙双方同意将修订协议一中的2.2.2.3约定修订为：合成集团促进北大药业GMP证书的获取，海联制药应为北大药业取得GMP证书提供充分协助，包括但不仅限于提供各类相关证明文件，相关说明等协助。双方同意将修订协议一中4.3.4的约定修订为：（1）乙方将持有的全部北大药业股权转让给甲方，完成股权工商变更后五个工作日内甲方向乙方支付1000万元。（2）北大药业获得GMP证书后五个工作日内甲方向乙方支付200万元。双方同意《修订协议一》取代《原协议》成为双方权利义务约定的主协议。《修订协议二》部分修订了《修订协议一》的约定，除以下约定外，本次并购重组相关事项，《修订协议二》有约定的优先适用《修订协议二》，《修订协议二》未约定的适用《修订协议一》的约定。甲乙双方同意此次细化分割签署的协议（增资扩股协议、资产购买协议、股权转让协议）不影响《修订协议一》、《修订协议二》约定的权利义务。该协议还有其他内容。
合成集团向海联药业出具一份《承诺函》，该承诺函称：致北京海联制药有限公司，鉴于贵司与我司于2012年11月23日签订了《修订协议一》。为推进本次并购重组项目顺利完成，贵司与我司已签署《修订协议二》，并同时签署附件《增资扩股协议》、《资产购买协议》、《股权转让协议》（以下简称“三个附件协议”）。鉴于贵司与我司之间的权利义务以修订协议一和修订协议二的约定为准，故上述三个附件协议的约定不影响贵我双方的权利义务，如贵司在并购重组过程中未履行上述三个附件协议的义务，我司承诺不追究贵司在三个附件协议项下的违约责任。合成集团在该承诺函上署名并加盖公章。
2013年5月31日，合成集团作为甲方与作为乙方的海联制药共同向中国银行股份有限公司海淀支行（以下简称中国银行海淀支行）出具《托管协议终止通知书》，该通知书称：中国银行海淀支行，兹就甲方合成集团、乙方海联制药、丙方中国银行海淀支行三方共同签署的编号为HDTG2012006的《交易资金托管协议》出具本函。我甲乙双方于2012年11月23日签署《修订协议一》，此协议项下交易将按照上述甲乙丙三方签署的编号为HDTG2012006的《交易资金托管协议》委托丙方托管相关资金。现本协议项下甲乙双方所有的相关交易已进行完毕，且双方无任何争议，因此根据托管协议第7.01条的规定，我甲乙双方现共同书面通知贵行终止编号为HDTG2012006的《交易资金托管协议》。同时我甲乙双方再次确认：贵行有权从监管账户资金中首先扣除贵行应收的托管费及银行业务费用后，将全部余额划入我甲乙双方共同指定的公司账号如下：账户名：北京海联制药有限公司，账号：×××，开户行：中国银行北京怀柔雁栖支行。合成集团在该通知书上署名并加盖公章，且由其授权签发人签字；海联制药在该通知书上署名并加盖公章，且由其授权签发人签字。
北京市工商行政管理局开发区分局准予设立（变更、注销、撤销变更）登记（备案）通知书载明：北京北大药业有限公司，你单位于2013年10月3日向本局提交的企业申请，经审查，本局作出准予设立（变更、注销、撤销变更）登记（备案）的决定。说明事项如下：请于2013年10月13日持此通知书及本人身份证件领取营业执照、登记证、备案通知书。领取人为法定代表人（负责人）或其被委托人。2013年11月6日，北大药业向北京市工商行政管理局提交提交企业变更（改制）登记（备案）申请书、企业变更（改制）登记（备案）申请表（二）、变更后单位投资者（单位股东、发起人、合伙企业合伙人）名录、投资者注册资本（注册资金、出资额）缴付情况等材料，上述材料的主要内容为：申请变更事项为投资人，申请备案事项为公司章程、董事、经理。原核准登记内容为投资人（股东、发起人、合伙人）西南联合医药集团有限公司、北京海联制药有限公司、北京北大科技实业发展中心，申请变更后登记内容为投资人（股东、发起人、合伙人）西南联合医药集团有限公司、北京北大科技实业发展中心。
另查，北大药业完成股权工商变更并取得企业法人营业执照，该营业执照上显示的日期为2013年11月6日。
海联制药提交律师函一份、特快专递及回执单各一份，以此证明海联制药委托律师向合成集团催收剩余股权转让款1200万元的事实。经质证，合成集团认可该证据的真实性、合法性和关联性，但不认可证明目的。其认为因为合成集团出现多次违约行为，海联制药才行使了拒绝支付剩余股权转让款的抗辩权。
海联制药提交违约金计算清单，以此证明合成集团因违约而应支付违约金的计算方法。经质证，合成集团不认可该证据的真实性、合法性、关联性及证明目的。其认为海联制药在履约过程中出现多次违约的情形，合成集团因此享有先履行抗辩权，在海联制药未停止违约的前提下，海联制药有权拒绝支付剩余股权转让款。
海联制药提交索款费用票据，以此证明合成集团应该支付海联制药因索款而花费的13万元。经质证，合成集团不认可该证据的真实性、合法性、关联性及证明目的。其认为海联制药要求合成集团支付索款费无法律和合同依据，特别是在海联制药违约在先的情况下，其无权要求合成集团支付索款费。
合成集团提交《药品GMP证书》二份，以此证明北大药业并未取得海联制药原持有的GMP证书中含中药提取口服液、含头孢菌素类片剂、原料药（聚苯乙烯磺酸钙、氟化钠）等药品的GMP认证。根据《修订协议二》的约定，北大药业获得GMP证书后五个工作日内合成集团向海联制药支付200万元。海联制药未完全履约，付款条件未成就，因此合成集团拒绝支付剩余股权转让款。编号为京K04**的《药品GMP证书》载明：企业名称为北京海联制药有限公司，地址为北京市怀柔区雁栖工业开发区雁栖大街一号，认证范围为口服液（含中药提取）、片剂（含头孢菌素类）、胶囊剂、散剂、原料药（聚苯乙烯磺酸钙、氟化钠）。经审查，符合中华人民共和国《药品生产质量管理规范》要求，特发此证。有效期至2015年1月18日，发证机关为北京市药品监督管理局，发证日期为2010年1月19日；编号为BJ20130054的《药品GMP证书》载明：企业名称为北京北大药业有限公司，地址为北京市怀柔区雁栖经济开发区雁栖大街1号，认证范围为片剂、硬胶囊剂、散剂、口服溶液剂。经审查，符合中华人民共和国《药品生产质量管理规范》要求，特发此证。有效期至2018年12月30日，发证机关为北京市食品药品监督管理局，发证日期为2013年12月31日。经质证，海联制药认可上述二份《药品GMP证书》的真实性、合法性及关联性，但不认可证明目的。其认为如何提起认证以及认证的范围均是由北大药业和合成集团决定，海联制药只是起辅助作用。北大药业和合成集团不提起认证才造成相关药品未取得GMP认证，因此责任不在海联制药。
合成集团提交聚苯乙烯磺酸钙散等27个药品名录、25个药品补充申请批件，以此证明北大药业并未取得原海联制药名下除GMP证书外的全部药品证照。经质证，海联制药认可上述药品名录和药品补充申请批件的真实性，但不认可证明目的。其认为药品补充申请批件是用来变更主体的材料，该批件上显示北大药业是申请主体，且海联公司已经将相关手续转交给北大药业，海联制药只有配合义务，北大药业作为申报企业有权决定申请时间和申请范围。
合成集团提交北京市怀柔区雁栖经济开发区雁栖大街1号的无证房产的评估报告，以此证明海联制药未按约定启动办理雁栖大街1号面积为5000平方米无权属证明房产的所有权登记，将会给合成集团造成相应的损失。经质证，海联制药认可上述评估报告的真实性、合法性及关联性，但不认可证明目的。其认为该房产已经转让给北大药业，办理所有权登记的义务应属于北大药业，海联制药只有辅助义务，北大药业不提起申请，海联制药无法提起。
上述事实，有《并购重组框架协议》、《并购重组框架协议之修订协议》、《并购重组框架协议之修订协议二》、《承诺函》、《托管协议终止通知书》、北大药业的营业执照、《药品GMP证书》、药品名录、药品补充申请批件、评估报告、律师函、索款费用票据及当事人当庭陈述意见等证据在案佐证。
本院认为，海联制药与合成集团签订的《并购重组框架协议》、《并购重组框架协议之修订协议》及《并购重组框架协议之修订协议二》系双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，故合法有效，双方均应遵照执行。
一、关于本案案由及审理范围
根据海联制药的诉讼请求、合成集团的答辩理由来看，本案是北大药业股东海联制药向北大药业另一股东合成集团转让其持有的北大药业全部股权的股权转让纠纷，不涉及北大药业的股权转让。根据《修订协议一》的约定，海联制药与合成集团分别以拟增资资产和现金对北大药业进行增资。增资完成后，合成集团持有北大药业51%的股权；北大药业取得海联制药持有的出让资产（包括但不限于药品证照）；合成集团收购海联制药所持北大药业全部股权。据此，海联制药与北大药业之间存在出资人与受让人的股权出资关系。依据公司法及司法解释的相关规定，合成集团作为北大药业股东有权请求人民法院认定出资人未履行出资义务，但其应以股权出资纠纷为由提起诉讼，故本院在本案中对海联制药履行办理5000平米房屋权属证明、除GMP证书外药品证照以及履行告知义务的事宜不再做进一步的审理认定和处理。
二、关于海联制药要求合成集团支付股权转让款1200万元及违约金的请求是否成立的问题
关于股权转让款1000万元及相应违约金。根据《修订协议二》的约定，海联制药将持有的全部北大药业股权转让给合成集团，完成股权工商变更后五个工作日内合成集团向海联制药支付1000万元。本案中，在海联制药将持有的全部北大药业股权转让给合成集团后，根据北大药业的企业法人营业执照显示，北大药业于2013年11月6日完成股权工商变更登记并取得企业法人营业执照，故海联制药要求合成集团支付股权转让款1000万元的诉讼请求，于法有据，本院予以支持。关于违约金，根据《修订协议二》的约定，双方同意《修订协议一》取代《原协议》成为双方权利义务约定的主协议。《修订协议二》部分修订了《修订协议一》的约定，除以下约定外，本次并购重组相关事项，《修订协议二》有约定的优先适用《修订协议二》，《修订协议二》未约定的适用《修订协议一》的约定。因此，在《修订协议二》并未约定违约金条款的情况下，应当依据《修订协议一》。根据《修订协议一》的约定，本协议4.3中约定款项若未按时向乙方支付，每拖延一日按未付额罚息千分之一，拖延支付超过30工作日则视为甲方违约，乙方有权单方解除合同，并保留追究相关损失的权利。本案中，在海联制药将持有的全部北大药业股权转让给合成集团后，合成集团在北大药业完成股权工商变更（2013年11月6日）后五个工作日内未向海联制药支付1000万元构成了违约，海联制药要求合成集团支付违约金的诉讼请求，于法有据，本院予以支持。对于合成集团的先履行抗辩权，根据《修订协议二》的约定，合成集团向海联制药支付1000万元的条件为海联制药将持有的全部北大药业股权转让给合成集团并完成股权工商变更。合成集团与海联制药在协议中并未约定将办理位于北京市怀柔区雁栖经济开发区雁栖大街一号面积为5000平米权属证明及未拖欠工程款的房屋权属证明（以下简称5000平米房屋权属证明）、北大药业取得原海联制药名下除GMP证书外的全部药品证照（以下简称除GMP证书外药品证照）、北大药业取得GMP证书、海联制药对增资土地使用权进行规划调整向合成集团履行的告知义务（以下简称告知义务）作为支付股权转让款1000万元的前提条件，缺乏先履行抗辩权的成立条件，故合成集团以先履行抗辩权为由拒绝支付剩余股权转让款1000万元，缺乏事实及法律依据，本院不予采信。
关于股权转让款200万元及相应违约金。本案中，对于北大药业未取得海联制药原持有的GMP证书中含中药提取口服液、含头孢菌素类片剂、原料药（聚苯乙烯磺酸钙、氟化钠）等药品的GMP认证这一事实，海联制药与合成集团均予以认可，但双方认为对上述药品未办理GMP认证的责任均在于对方。首先，根据《修订协议二》的约定，合成集团促进北大药业GMP证书的获取，海联制药应为北大药业取得GMP证书提供充分协助，包括但不仅限于提供各类相关证明文件，相关说明等协助。北大药业获得GMP证书后五个工作日内合成集团向海联制药支付200万元。由此可知，合成集团作为办理北大药业GMP认证的主体，应对上述药品未办理GMP认证承担一定责任。其次，根据《修订协议一》的约定，并购重组目的。合成集团（或合成集团指定主体）拟受让海联制药的所有土地、房产、机器设备、生产线等资产及业务渠道，获得全部相关生产证照，包括但不限于药品生产许可证、药品批文等。由此可知，合成集团与海联制药签订协议的目的是确保北大药业取得海联制药原持有的包括全部相关生产证照在内的相关财产和权益，双方应积极履行相应义务以促使协议目的的实现。本案中，北大药业未取得上述药品GMP认证，海联制应承担相应责任，故对海联制药要求合成集团因未支付股权转让款200万元所产生违约金的诉讼请求，本院不予支持。鉴于上述理由，合成集团与海联制药对上述药品未办理GMP认证应当各自承担相应的责任，本院对双方的责任承担比例予以酌定。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第五条、第八条、第六十七条、第一百零七条、第一百一十四条之规定，判决如下：
一、被告西南合成医药集团有限公司于本判决生效后十日内支付原告北京海联制药有限公司股权转让款10000000元及违约金（以10000000元为基数，自二〇一三年十一月十四日起至实际付清之日止，按照日千分之一的标准计算）；
二、被告西南合成医药集团有限公司于本判决生效后十日内支付原告北京海联制药有限公司股权转让款1800000元；
三、驳回原告北京海联制药有限公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费148510元，由原告北京海联制药有限公司负担2970元（已交纳），由被告西南合成医药集团有限公司负担145540元（于本判决生效后七日内交纳）。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数或者代表人的人数提出副本，上诉于北京市第三中级人民法院。
审 判 长 李 康
人民陪审员 胡俊林
人民陪审员 刘淑红
二〇一六年十月三十一日
书 记 员 姬小楠