江苏省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）苏民终1807号
上诉人（原审原告）：安徽省第一建筑工程公司，住所地安徽省合肥市蜀山区长江西路334号。
法定代表人：范毓庆，该公司董事长。
委托诉讼代理人：胡江宁，江苏新天伦（吴江）律师事务所律师。
委托诉讼代理人：袁红燕，江苏新天伦（吴江）律师事务所律师。
上诉人（原审被告）：苏州凯玛干细胞生物工程有限公司，住所地苏州市相城区ＸＸ路282号。
法定代表人：陆文强，该公司董事长。
委托诉讼代理人：周荣芳，苏州凯玛干细胞生物工程有限公司员工。
委托诉讼代理人：汪萌之，江苏力信律师事务所律师。
上诉人安徽省第一建筑工程公司与上诉人苏州凯玛干细胞生物工程有限公司建设工程施工合同纠纷一案，均不服江苏省苏州市中级人民法院（2014）苏中民初字第0066民事判决，向本院提起上诉。本院于2017年10月19日受理后，依法组成合议庭开庭进行了审理。上诉人安徽省第一建筑工程公司（以下简称安徽一建）的委托诉讼代理人胡江宁、袁红燕、上诉人苏州凯玛干细胞生物工程有限公司（以下简称凯玛公司）的委托诉讼代理人周荣芳、汪萌之到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
安徽一建上诉请求：撤销一审判决，改判凯玛公司给付其工程款6179345.8元，案件受理费用由凯玛公司负担。事实和理由：一、案涉工程应按实结算。根据双方签订的《工程施工补充合同》的约定，安徽一建将竣工结算报告结算资料提交给凯玛公司；凯玛公司收到后28天内进行审核，提出修改意见并由凯玛公司委托中介机构审计，审计结束后两年内支付至合同总价的95%。案涉工程约定的价款为暂定价，需要在工程结束后两年内按实结算、进行审计。故应当采信鉴定机构按实计算的价格，下浮后为11414713.32元。二、凯玛公司收到其按时提交的竣工验收报告后，拒不履行组织验收的义务，应当视为案涉工程已经通过了竣工验收。三、安徽一建于2008年1月5日即向凯玛公司提交了竣工验收报告，凯玛公司在收到竣工结算报告后没有按合同约定进行审计，应产生付款义务，故涉案工程款的利息应当自2008年5月1日起算。四、一审判决认定凯玛公司代垫水电费105912.19元、墙地砖甲供132127.29元、彩瓦等甲供为153956.9元、保温板等甲供为46431.2元、外购土方为41254.67元等应予扣除是错误的。五、关于文明工地未达标的违约金，系因凯玛公司与监理方产生纠纷，致使安徽一建未评上文明工地，责任不在安徽一建，故该笔10万元违约金不应扣除。且违约金明显过高，应予调整。六、一审判决书出现笔误，认定其可得工程款195538.58元，计算时误写作190421.73元。综上，请求依法改判。
凯玛公司辩称,一、本案双方签订的《建设工程施工合同》明确约定采用固定价格。对于设计变更部分和工程量增减部分的调整，通过工程造价审计确定。一审判决对此认定正确。二、涉案工程并未通过竣工验收。三、涉案工程经整改也未通过质监站验收，不具备工程款结算条件，安徽一建无权要求进行竣工结算。四、水电费根据合同约定应当由安徽一建承担。墙地砖、彩瓦、保温材料和土方等均为甲供，相关采购合同均由安徽一建盖章，有领料单作证。一审判决扣除相应款项正确。综上，请求驳回安徽一建的上诉。
凯玛公司上诉请求：撤销一审判决，改判驳回安徽一建的诉讼请求，案件受理费用由安徽一建负担。事实和理由：一、案涉工程因质量问题没有通过竣工验收，江苏省苏州市中级人民法院（2012）苏中民仲审字第0115民事裁定已认定未能竣工验收的责任在于安徽一建。根据合同和补充合同的约定，涉案工程先竣工验收再办理竣工结算，故在工程竣工验收合格前，其没有义务支付工程款，更不会产生逾期付款的利息。二、泛亚公司的鉴定报告明显偏袒安徽一建，不应采信。三、其委托第三方施工费用、购买材料费用等合计1606921元，应予扣除。四、一审判决在认定合同有效的前提下，并未考虑工程款支付节点是错误的，对于质保金也应予扣除。五、一审对于其反诉仅以口头方式作出不予受理的决定，属程序违法。
安徽一建辩称，一、关于竣工验收问题，有质量问题与验收合格是两个问题，不能因存在不合格的地方就不组织竣工验收，但凯玛公司始终未有组织验收。二、江苏省苏州市中级人民法院（2012）苏中民仲审字第0115民事裁定于2012年12月31日作出，但依据《中华人民共和国民事诉讼法》的有关规定，人民法院不应再对仲裁的实体判决进行审理。三、安徽一建已在《备忘录》中保留了相关意见，其陈述不应当作为对其不利的证据。对质监站下发的整改通知书其已完成，但对方还是没有组织竣工验收。四、如果拒绝组织验收，那么这个竣工验收被告应当被视为认可，因此产生结算义务。综上，请求驳回凯玛公司的上诉。
安徽一建向一审法院起诉请求：判令凯玛公司支付其工程款10949240.72元(具体以审计鉴定金额为准)、利息3600000元（暂计算至起诉日）及起诉日至凯玛公司实际支付之日按照同期银行贷款利率计算的利息；判令凯玛公司承担本案诉讼费用、鉴定费用。
一审法院认定事实：一、合同履行情况
2006年6月6日，安徽一建、凯玛公司双方签订了一份《建设工程施工合同》，约定由安徽一建为凯玛公司建设位于苏州市相城区ＸＸ路282号房屋，承包范围。土建、给排水、电气、消防工程安装等。工程承包方式：工程总价包干，包工、包料。计划开工日期2006年5月30日，实际开工时间，以发包人的开工令为准。合同工期：总日历天数200天。工程质量标准：合格，市文明工地。研究生楼4号楼争创姑苏杯。合同价款为10360000元。在履行合同过程中，双方有关工程的洽商变更等书面协议或文件视为本合同的组成部分，组成本合同的文件均为本合同不可分割的组成部分，与本合同具有同等法律效力。
当天，双方又签订了一份《工程施工补充合同》，合同价款：1036万元。其中土建为1004万元。暂定：铝合金窗每平方米190元，铝合金门帘窗每平方米230元，护窗栏杆每平方米100元，钢管栏杆每平方米80元，防滑地砖每平方米30元，墙砖每平方米60元，其中暂定价格按实际价格实行多退少补。安装费、配套费、管理费等均已包含在合同总价中，不作调整。水电、消防等安装费。32万元。水电、消防等安装费包含但不限于：人工费、配套费、安装费、辅料费、保管费、配套的机械费、综合间接费、劳动保险费、税金等。各项施工措施费如：施工技术费、现场安全文明施工措施费、赶工措施费、技术措施费、特殊条件下施工增加费等费用均包含在合同总价内。补充协议同时约定，确保获得市文明工地称号，否则应承担10万元的违约金。工程承包方法：工程总价包干、包工、包料，不予调整。承包人应在付款节点前向工程师提交本节点已完成工程量报告，工程师接到报告后15日内按设计图纸核实已完工程量，并报发包人审核，工程量核实准确，作为工程价款支付的依据。双方对合同单价调整约定：对于投标书中的材料价格（除暂定价外），不因市场价格涨跌而调价；对于投标书中的暂定价，发包人有权甲供（所涉及费用从合同总价中直接扣除）。双方对工程款支付时间约定：1、承包人施工至基础结束并验收通过后提交已完成工程质量报告，经监理、发包人确认完成工程量后支付工程款，工程款支付按照审核确认工程量的价款（价款已按照合同价款的比例下浮）的70%。2、承包人施工至三层楼面混凝土浇筑结束后提交已完成工程量报告，经监理、发包人确认完成工程量后支付工程款，工程款支付按照审核确认工程量的价款（价款已按照合同价款的比例下浮）的70%。3、承包人施工至主体封顶后提交已完成工程量报告，经监理、发包人确认完成工程量后支付工程款，工程款支付按照审核确认工程量的价款（价款已按照合同价款的比例下浮）的70%。4、主体验收通过后提交已完成工程量报告，经监理、发包人确认完成工程量后支付工程款，工程款支付按照审核确认工程量的价款（价款已按照合同价款的比例下浮）的70%。5、工程竣工验收通过后提交已完成工程量报告，经监理、发包人确认完成工程量后支付工程款，工程款支付按照审核确认工程量的价款（价款已按照合同价款的比例下浮）的70%。6、在工程竣工后，承包人整理好全部的工程竣工资料和其他工程资料，经苏州相城区档案管理部门和其他相关政府部门验收合格后，乙方（安徽一建）将竣工结算报告且结算资料提交给甲方（凯玛公司）。甲方（凯玛公司）收到后28天内进行审核，提出修改意见。并由甲方（凯玛公司）委托中介机构审计，审计确认后两年内支付至合同总价的95%，发包人保留合同总价的5%作为承包人负责工程的保修金。工程进度控制约定：1、节点工期落后：如承包人施工中某节点落后计划超过5天（不含5天），视为承包人违约，承包人应支付违约金，具体标准：5-10天。每天8000元；10-20天，每天2万元。如承包人的进度在下个节点工期赶上，发包人可返还承包人所支付的违约金，如节点工期拖延超过20天，视为承包人重大违约行为。承包人不仅需要按每天3万元支付违约金，同时发包人有权解除合约。2、有关延期交工：承包人不能按合同约定的竣工日期竣工的，竣工日期超过5个日历天内，承包人应支付违约金，具体标准：5-10天，每拖延一天，承包人向发包人支付违约金每天8000元，10-20天，每拖延一天，承包人向发包人支付违约金每天2万元。如竣工日期拖延超过20个日历天，第21天起承包人向发包人支付违约金提高到每天5万元。同时赔偿发包人未能如期投产造成的一切损失。双方还约定，土建工程质量保修期为设计使用的合理年限，屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙防渗漏以及电气管线、上下水管线、设备安装和装修工程质量保修期为5年，上下水和小区道路等市政专业工程为2年。本工程双方约定承包人向发包人支付工程质量保修金金额为工程审计后造价的5%，发包人在质量保修期满30天内，将剩余保修金（不计利息）返还承包人。
2006年8月11日，苏州相城监理有限公司在开工报告中签署审核意见，同意开工。
2006年9月26日安徽一建向苏州市相城区建设监理有限公司出具一份说明。因涉案工程严重缺土，需回填土，我公司在多次于凯玛公司交涉未果的情况下，在现场工人因没有回填土无法工作。为不影响工期，我项目部于9月17日至9月24日从外面购土方3800方进行回填。故我公司提请贵司对因土源问题耽误工期15天给予确认。苏州相城建设监理有限公司在该说明中盖章，同时注明土方量无法确认，工期延误情况属实。
2006年11月10日，双方签订了一份《工程款支付确认书》，载明：根据工程施工合同的约定，一期工程节点付款如下：1、第一节点工程款70万元。2、第二节点工程款140万元。3、第三节点工程款140万元。4、第四节点工程款120万元。5、第五节点工程款，合同工程款的70%余额结清。6、合同暂定价部分不在此付款内（不在以上1-4节点内）。
2007年1月14日，安徽一建、凯玛公司以及监理单位、设计单位分别签字盖章，分别出具了涉案工程研究生1号楼、研究生2号楼、研究生3号楼、研究生4号楼、服务楼的《主体分部工程质量验收报告》，验收意见：合格。
2007年3月1日，涉案工程获得由苏州市相城区建设局颁发的苏州市相城区区级文明工地标准证书。
2007年6月18日，凯玛公司发出一份建设单位工程联系单，在该联系单中注明，安徽一建安徽一建在各单体工程的基础回填土施工时，室外道路部位取土，现在造成室外自然地坪低于施工合同文件规定的标高。请安徽一建在一周之内将土方回填至合同文件约定的室外地坪标高，否则我方将另外安排其他人员或单位外购土方回填，费用从安徽一建的工程款中扣除。同年10月21日，凯玛公司制作一份土方统计表，合计土方为1858.97立方，要求安徽一建在收到本通知表3日内进行复测，不复测的视为认可。另注明外卖土方每立方25元。合计46474.25元。
2007年8月24日，安徽一建的涉案工程项目部向监理单位（科正监理）出具一份报告，载明有我项目部承建凯玛公司的服务楼、研究生楼1-4楼工程已基本结束，目前我项目部正在整理该工程的竣工资料。但本工程主体分部验收资料缺设计单位盖章，望业主尽快解决。
2007年10月27日，安徽一建向凯玛公司发出一份《函》，载明：1、涉案工程已经结束。临时设施应该拆除，服务楼及研究生1至4号楼所有门钥匙都有贵司保管，楼房内的失窃应由贵司自行负责，我公司不承担责任。2、根据合同约定，室外道路不在施工范围内，我公司是从未挖过室外土，所以室外道路回填土一事应由贵司自行负责。3、根据合同约定，水电是包清工，由于贵司未能及时购买水电材料，而造成的工期延误，应由贵司自行负责。4、我公司已经多次移交工程资料给贵司，但贵司至今无人接收。主体分部验收资料现缺设计院盖章，设计变更（窗）应该由设计人员确认。我公司已经多次以口头和书面形式向贵司反映。现贵司仍未处理好，因此造成的后果由贵司自行负责。
2008年1月24日，安徽一建出具一份《承诺书》，承诺由凯玛公司支付的40万元予以支付农民工工资，该笔费用从工程款予以扣除。
2008年3月10日，安徽一建出具一份涉案《工程决算书》，工程范围：服务楼、研究生楼一至4号楼、门卫室、水电安装人工费，合计决算价格：16449240.72元。该决算书以邮寄方式寄给了凯玛公司。
2008年3月25日，凯玛公司向安徽一建发出一份《回复函》，载明：根据工程施工合同约定和法律规定，工程完工通过竣工验收后，承包人才能向发包人递交竣工结算报告，就决算资料申请竣工结算，现因本工程仍未通过竣工验收，竣工结算条件不具备，你们的决算书不具有实际意义，我公司对你公司提出的决算书不予认同。
2008年4月1日，凯玛公司向苏州市相城区建设局发出一份函件，认为本工程监理于2008年1月7日自2008年1月8日对本工程按规定进行工程质量检查工作，并对工程存在的问题以书面通知安徽一建项目部，项目部也承诺在2008年1月14日前完成整改，可至今未整改完毕。而且工程竣工资料资金不向监理部门提交，导致验收工作不能开展，无法组织竣工验收工作。
2009年1月13日，安徽一建、凯玛公司及监理单位苏州市科正工程管理咨询有限公司三方签订了一份《备忘录》，载明：1、为了顺利完成竣工验收，三方对工程中存在的相关问题进行汇总，制作整改清单。双方确定整改时间自2009年3月1日至2009年3月31日结束。安徽一建（安徽一建）保留意见：该整改行为是为了顺利通过竣工验收而为，并非表示移交甲方的工程存在质量问题。2、安徽一建、凯玛公司双方对资料没有交接的责任存在争议。但是双方同意先进行竣工资料的交接，安徽一建（安徽一建）于2009年3月15日前向监理单位提供竣工验收资料一套，监理单位出具收据，10日内进行核查，待监理单位在收到完整竣工验收资料后，向安徽一建、凯玛公司双方出具竣工验收资料齐全的手续。3、整改结束后3日内，监理单位根据整改清单对整改项目进行验收，验收合格后，同时向安徽一建、凯玛公司双方出具验收合格的手续。4、安徽一建（安徽一建）在完成整改工作并提供完整竣工验收资料后5日内，向凯玛公司提供工程竣工应报告。对该份工程竣工报告安徽一建（安徽一建）保留意见：（1）2008年1月份已经向凯玛公司且监理单位提供工程竣工报告。因此现在提供的工程竣工报告均为该工程竣工验收的顺利通过而提供。（2）现在提供了工程竣工报告，并不表示原来提供的竣工报告的作废。（3）现在提供的工程竣工报告不得作为日后对安徽一建不利的证据。5、凯玛公司收到工程竣工报告后5日内向苏州市相城区建设局、苏州市相城区质监站申请工程竣工验收，并在提出申请后争取15日会同质监站组织设计单位、监理单位进行验收。如因凯玛公司自身原因未能履行该义务，由此产生的拖延验收责任由凯玛公司承担。6、本《备忘录》于2009年1月13日在苏州仲裁委员会完成签署并生效。
2009年3月3日，苏州市科正工程管理咨询有限公司出具一份《资料接收单》，收到安徽省第一建筑工程公司承建的苏州凯玛干细胞生物工程有限公司完成工程竣工验收资料一套（服务楼、研究生楼1至4号楼、土建资料15本、水电资料5本，共计20本）。
2009年9月22日，凯玛公司向安徽一建移交了一份铝合金门窗工程的竣工资料。
2009年10月2日，苏州市科正工程管理咨询有限公司出具一份《苏州凯玛干细胞生物工程有限公司配套楼工程质量验收记录》，载明：根据苏州仲裁委员会《备忘录》以及安徽省第一建筑工程公司的申请，我项目监理部于2009年4月2日组织建设单位、施工单位对《备忘录》整改清单中存在的质量问题进行复查验收，该整改清单所列问题已整改结束。
2009年10月12日苏州市科正工程管理咨询有限公司出具一份《资料接收单》，收到安徽省第一建筑工程公司承建的苏州凯玛干细胞生物工程有限公司完整工程竣工验收原件资料一套（服务楼、研究生楼1至4号楼、土建资料15本、水电资料5本，共计20本）。
2009年10月16日苏州市科正工程管理咨询有限公司出具一份《苏州凯玛干细胞生物工程公司配套楼工程竣工资料复查记录》，载明：根据苏州仲裁委员会《备忘录》的意见，我项目监理部对安徽省第一建筑工程公司施工的苏州干细胞生物工程有限公司配套楼工程竣工验收资料进行复查，资料已齐全（铝合金窗验收资料监理未签字盖章）。注：竣工资料及竣工图由施工单位移交建设单位。
2009年10月16日，安徽一建向凯玛公司发出一份《关于移交竣工资料的函》，载明：贵司于2009年9月22日向我司移交铝合金门窗工程的竣工资料。由我司进行汇总，现在我司已经汇总完毕，并交给工程监理进行复查。经监理确认，该工程竣工验收资料已齐全，并要求我司将竣工资料及竣工图移交贵司。望贵司在接到本函后，与我司马克所联系办理工程竣工资料的移交手续。
另查明：2008年9月3日，安徽一建依照双方签订的工程施工合同的约定，向苏州仲裁委员会申请仲裁，要求本案的凯玛公司支付相应的工程款。2012年5月15日，苏州仲裁委员会作出（2008）苏仲裁字第313号裁决书，裁决凯玛公司支付安徽一建工程款1752000元。因凯玛公司未依裁决书履行义务，2012年7月12日安徽一建向苏州市中级人民法院申请强制执行。2012年12月31日经一审法院审查后，作出（2012）苏中民仲审字第0115号不予执行民事裁定书。为此，安徽一建向一审法院另行起诉。
凯玛公司收到安徽一建诉状副本后，向一审法院提出了反诉，要求安徽一建承担工程质量赔偿责任。鉴于双方签订的工程施工合同约定纠纷处理解决机构为苏州仲裁委员会，故一审法院已通知凯玛公司另行申请仲裁，现苏州仲裁委员会已立案受理。
一审诉讼中，凯玛公司向一审法院提供了46张垫付水电费清单，合计金额为105912.19元。
双方一致确认凯玛公司已经支付安徽一建的工程款为550万元。
2007年3月1日，安徽一建获得苏州市相城区区级文明工地证书。
安徽一建提供了苏州市公安局相城分局元和派出所出具的一份《接处警工作登记表》，证明未能获得苏州市文明工地的责任在凯玛公司。
双方一致确认安徽一建施工合同范围内的铝合金门窗项目在合同签订后由凯玛公司直接发包他人施工。
鉴定报告中对以施工合同为依据的造价中已经扣除铝合金门窗项目的费用。
二、工程造价问题。
审理中，一审法院根据安徽一建的申请，依法委托了苏州泛亚万隆建设工程咨询有限公司（以下简称泛亚公司）对安徽一建施工的涉案工程造价进行鉴定。泛亚公司于2016年12月30日出具了工程造价意见书初稿，经质证后，双方均提出了异议，经该公司复核后，于2017年6月18日重新出具造价补充鉴定意见书，工程造价鉴定结论：
（一）以施工合同为依据对工程结算价鉴定（变更签证率部分按12%）。
1、以鉴定造价部分为8876127.72元。
2、因资料原因无法鉴定列为合同那一争议部分造价金额195538.58元；合同外变更签证部分（安徽一建外购土方）争议造价金额74210.76元；甲方代垫水电费及甲供材等费用574701.69元。
（二）按国家计价定额、计价规范、取费标准为依据计算的工程结算价。
1、以鉴定造价部分未下浮造价为12971265.14元，按12%下浮率下浮后造价为11414713.32元。
2、因资料原因无法鉴定，列为合同内争议部分未下浮造价为16388.33元，按12%下浮率下浮后造价为190421.73元。
3、合同外变更签证部分争议部分（安徽一建外购土方）未下浮造价为84330.41元，按12%下浮率下浮后造价为74210.76元。
4、甲方代垫水电费、甲供材、代购土方等费用未下浮费用为579682.25元，按12%下浮率下浮后造价为574701.69元(注：含文明工地未达标违约金10万元)。
双方主要的争议焦点：1、涉案工程造价按照固定总价还是可调价结算？2、合同内争议部分项目如何认定？3、变更签证部分（安徽一建外购土方）的费用是否认定？4、施工过程中的发包人购买材料费用（甲供材）的认定问题？5、市文明工地未达标，安徽一建是否承担违约金10万元？。
一审法院认为，双方签订的建设工程施工合同及补充合同不违反国家法律法规的规定，应认定合法有效。
关于涉案工程造价按照合同固定总价还是计价定额确定的问题。根据招投标文件以及双方签订的建设工程施工合同以及补充合同中多次出现了工程造价按包工包料固定总价结算的约定，虽然在双方签订的补充合同中又同时约定，在工程竣工后，承包人整理好全部的工程竣工资料和其他工程资料，经苏州相城区档案管理部门和其他相关政府部门验收合格后，乙方（安徽一建）将竣工结算报告且结算资料提交给甲方（凯玛公司）。甲方（凯玛公司）收到后28天内进行审核，提出修改意见并由甲方（凯玛公司）委托中介机构审计，凯玛公司对此的解释是在工程施工中如出现变更设计、工程量增加减、甲供材料，则需要进行审计确定造价。考虑到合同签订后双方对工程造价结算未再重新达成新的合意时，应按照施工合同约定固定总价结算。即一审法院采纳补充鉴定报告中以施工合同为依据的造价部分为8876127.72元认定。（扣除凯玛公司直接分包的铝合金门窗及双方核对现场未施工部分）
关于合同内争议部分项目如何认定的问题，该部分争议主要体现在凯玛公司认为在施工合同范围内安徽一建没有对研究生楼、服务楼项目中的雨水管、楼梯栏杆、外墙砖、大门斜坡、地砖、吊顶等项目进行施工，该部分工程量应当扣除。而安徽一建则认为该部分都属于其施工范围且都进行了施工，没有施工部分已在鉴定报告中扣除了。一审法院认为，根据鉴定报告的初稿，凯玛公司提出的该部分未施工工程项目经鉴定总造价为576688.51元。经质证后鉴定机构根据凯玛公司提出的异议重新勘察了现场，对该部分的造价重新进行了调整为195538.58元，扣除了现场未施工部分，由于剩余工程项目现场存在，且属于合同的施工范围，应认定为安徽一建的施工工程量，计入工程总造价范围内。故一审法院按照补充鉴定报告中造价为195538.58元认定。
关于变更签证部分（安徽一建外购土方）的费用是否认定的问题，根据招标文件《关于土建的编制说明》中表述为地坪缺土，挖运填现场取土，根据2006年9月26日监理的说明，现场无土可取。因此，施工单位外购土方具有一定的合理性，且凯玛公司也提供了外购土方的相关证据，该部分费用也应记入工程价款中，故一审法院根据补充鉴定报告中造价为74210.76元认定。
关于甲供材料的认定问题，根据补充鉴定报告，其中凯玛公司代垫水电费为105912.19元、墙地砖甲供为132127.29元、彩瓦等甲供为153956.9元、保温板等甲供为46431.2元、凯玛公司外购土方为41254.67元。上述水电费，凯玛公司方提供了相应的付款凭证，甲供材料也有施工单位现场施工人员领取签字，外购土方也提供了购买凭证，故该部分费用应在工程价款中予以扣除，即该部分费用为474701.69元。
关于安徽一建是否应承担市文明工地未达标的违约金10万元的问题，根据双方签订的施工补充合同的约定，涉案工程确保获得市文明工地称号，否则安徽一建应承担10万元的违约金。诉讼中，安徽一建提供了证据证明涉案工程其已经取得了苏州市相城区文明工地的称号。对于未能取得苏州市文明工地称号的原因，其提供一份公安机关出具的《接处警工作登记表》，证明是由于凯玛公司的相关人员与监理公司相关人员在涉案工地中因琐事发生纠纷，由当地的公安派出所出面进行了处理。未能获得苏州市文明工地称号的责任在于凯玛公司，因此，其不应当承担10万元的违约金。对此一审法院认为，现有证据无法证明是因凯玛公司相关人员与监理公司人员因琐事发生纠纷而导致安徽一建未能获得苏州市文明工地称号，故根据双方签订的合同约定，安徽一建未能获得市文明工地称号应承担10万元的违约金。
综上，涉案工程安徽一建可获得的工程款为8876127.72元+190421.73元+74210.76元-474701.69元-100000元=1104644.1元-5500000元=3066058.52元。
关于上述工程款利息支付的起算时间，安徽一建主张其于2008年1月5日向凯玛公司提交了工程竣工报告，2008年3月19日向凯玛公司提交了工程结算报告，凯玛公司认可涉案工程竣工报告于2008年3月21日收到，但认为该工程仍存在质量问题，安徽一建也没有按照质监站的要求进行整改，其于2008年3月25日回函安徽一建，认为不具备结算工程款的条件。由于工程施工结束后双方对工程质量问题发生争议导致工程未能顺利开展竣工验收工作，在安徽一建向苏州市仲裁委员会申请仲裁后，双方于2009年1月13日在仲裁委签订了《备忘录》，该《备忘录》中约定了对工程中存在的问题在2009年3月31日整改结束，凯玛公司在收到竣工报告后5日内向建设局和质监站申请竣工验收，2009年10月12日，监理公司出具一份《资料接收单》，收到安徽一建提交的工程竣工资料原件一套二十本，但之后工程仍未能顺利组织竣工验收工作，据此，一审法院认为，安徽一建已经完成了《备忘录》中约定的工作内容，未能顺利组织验收工作的责任在凯玛公司，故应支付工程款的时间点自2009年10月18日起算，工程款利息亦按该日起按照银行同期贷款利率计算。
至于凯玛公司在诉讼答辩中提出的工程中存在施工质量的问题，因苏州仲裁委员会已对凯玛公司主张的工程质量索赔问题进行了立案受理。故对于凯玛公司主张的工程质量索赔问题，可在仲裁案中予以处理，本案不再理涉。
一审法院判决：凯玛公司支付安徽一建工程款3066058.52元，并自2009年10月18日起按照中国人民银行同期贷款利率支付利息至本判决生效时止。一审案件受理费109095元，诉讼保全费5000元，由凯玛公司负担。鉴定费144000元，由安徽一建、凯玛公司各半负担。
本院二审期间，当事人围绕上诉请求依法提交了证据。本院组织当事人进行了质证。对当事人二审争议的事实，本院认定如下：
1、安徽一建举证宜兴市周铁镇金达来彩瓦厂出具的情况说明，内容为安徽一建供凯玛公司项目部瓦片款由安徽一建付清。凯玛公司质证认为，该证据不能证明安徽一建已付清了彩瓦款，而根据其一审举证，案涉砖瓦款系其支付。对于安徽一建该举证能否证明其主张，本院将在裁判理由中阐述。
2、2009年6月9日，苏州市相城区建设工程质量监督站作出《工程质量整改通知书》。该通知书载明，经监督检查，凯玛公司研究生楼、服务楼工程存在局部裂缝、多处渗水、内墙面局部零星空鼓、窗台高度不足90厘米未装栏杆等质量问题。2009年11月13日，苏州市相城区建设工程质量监督站又发出《工程质量整改通知书》。该通知书载明，经监督检查，案涉工程仍存在外墙框架裂缝、龟裂，水电部分工程量未完工、内墙面零星空鼓、局部裂缝，多处墙面渗水等5处质量问题。
经双方当事人确认,本案二审争议焦点为：一、涉案工程是否具备支付工程款的条件。二、如果工程款具备结算条件，工程款应当如何来认定。1、工程款是按照固定总价结算还是按实结算。2、安徽一建上诉主张凯玛公司代垫水电费、墙地砖、彩瓦、保温板等甲供、外购土方不应扣除能否成立。3、凯玛公司上诉主张其委托第三方施工和购买材料费用应予扣除能否成立。4、关于工程造价的利息应当如何计算。三、文明工地未达标的违约金如何认定。四、凯玛公司上诉主张扣除质保金能否成立。五、一审法院未受理凯玛公司关于质量的反诉是否程序违法。
关于争议焦点一，涉案工程是否具备支付工程款的条件。
凯玛公司上诉称，涉案工程存在质量问题，并未竣工验收，不具备支付工程款的条件。安徽一建则辩称凯玛公司拒不组织竣工验收，应视为已经具备结算工程款的条件。
本院认为，依据查明事实，涉案工程于2006年8月11日开工，2007年1月14日，凯玛公司、安徽一建与监理单位、设计单位出具了涉案工程《主体分部工程质量验收报告》，验收意见为合格。2007年8月安徽一建即向监理单位出具工程基本结束，正在整理竣工资料，要求业主尽快解决工程主体分部验收资料缺设计单位盖章问题的报告。2008年3月，安徽一建将结算书邮寄给凯玛公司，但凯玛公司对该决算书不予认可。2008年9月3日，安徽一建向苏州仲裁委员会申请仲裁，请求凯玛公司支付相应的工程款。在仲裁过程中，因安徽一建与凯玛公司就涉案工程资料交接、质量问题的整改、组织竣工验收等问题存在争议，在仲裁庭的协调下，安徽一建、凯玛公司及监理单位苏州市科正工程管理咨询有限公司于2009年1月13日共同签订了《备忘录》。该《备忘录》明确载明，各方在仲裁委员会的协调下，本着解决问题的积极态度，将各方争议的分歧意见暂且搁置，先对竣工验收前的整改问题解决，再行组织竣工验收，避免各方损失进一步扩大；因此，针对该工程的竣工验收事宜达成本《备忘录》，本《备忘录》仅为完成上述工程的竣工验收之目的，以尽快完成竣工验收工作。该《备忘录》系为了化解双方矛盾，完成竣工验收而形成，对于如何配合完成竣工验收作了明确约定，该《备忘录》对安徽一建和凯玛公司均有约束力,双方应当按约履行。根据该《备忘录》之后的相关履行情况的证据事实，即：2009年3月3日，苏州市科正工程管理咨询有限公司出具《资料接收单》，收到安徽一建工程竣工验收资料。2009年10月2日，苏州市科正工程管理咨询有限公司出具《苏州凯玛干细胞生物工程有限公司配套楼工程质量验收记录》，载明根据苏州仲裁委员会《备忘录》以及安徽一建的申请，对《备忘录》整改清单中存在的质量问题进行复查验收，整改清单所列问题已整改结束。2009年10月12日,苏州市科正工程管理咨询有限公司出具《资料接收单》，载明收到安徽一建完整工程竣工验收原件资料。2009年10月16日，苏州市科正工程管理咨询有限公司出具《苏州凯玛干细胞生物工程公司配套楼工程竣工资料复查记录》，载明根据苏州仲裁委员会《备忘录》的意见，对安徽一建工程竣工验收资料进行复查，资料已齐全。并注明竣工资料及竣工图由施工单位移交建设单位。当日，安徽一建致函凯玛公司要求办理工程竣工资料验收手续。本院认为，上述证据事实表明，安徽一建的履行符合《备忘录》的约定，包括《备忘录》整改清单所列质量问题已整改结束，通过了监理单位的复查验收，但凯玛公司又以工程仍有质量问题为由不予组织竣工验收，与《备忘录》相悖。结合凯玛公司已就工程质量问题另行申请仲裁的事实，应当认定本案工程款已经具备结算条件。凯玛公司以工程未完成竣工验收程序为由主张工程款不具备结算条件的上诉理由不能成立，本院不予支持。
关于争议焦点二、如果工程款具备结算条件，工程款应当如何来认定的问题。
1、关于工程款是按照固定总价结算还是按实结算问题。
本院认为，根据双方签订的《建设工程施工合同》的约定，涉案工程的承包方式为工程总价包干，包工、包料，合同价款为10360000元。虽然《工程施工补充合同》约定凯玛公司收到安徽一建竣工结算报告后进行审核并委托中介机构审计，但并未改变原合同约定的工程承包方式和计价原则。安徽一建上诉称涉案工程价款是暂定价，应按实结算，与双方合同约定不符，不能成立。
2、关于安徽一建上诉主张凯玛公司代垫水电费、墙地砖、彩瓦、保温板等甲供、外购土方不应扣除能否成立。
（1）关于安徽一建上诉主张凯玛公司代垫水电费不应扣除能否成立的问题。
本院认为，安徽一建与凯玛公司的《建设工程施工合同》约定,“发包人单独挂表，每月超表结算，承包人按发包人向供电、供水部门实际缴纳的单价乘以数量，支付水电费用。”凯玛公司在一审中举证总金额105912.19元的垫付水电费的相关票据，一审判决据此扣除相应数额是正确的。安徽一建上诉仅称水电费不应扣除，但未陈述具体理由，亦无案涉工程水电费情况的相关证据，故其上诉主张没有依据，不能成立。
（2）关于安徽一建上诉主张凯玛公司墙地砖款不应扣除能否成立的问题。
本院认为，双方签订的《工程施工补充合同》约定，暂定防滑地砖每平方米30元，墙砖每平方米60元，暂定价格按实际价格实行多退少补。双方并约定，对于投标书中的暂定价，发包人有权甲供（所涉及费用从合同总价中直接扣除）。凯玛公司在一审中举证相应的送货单、领料单等，领料单上均有安徽一建员工签字，凯玛公司据此可以证明该部分材料系其甲供。根据鉴定报告墙地砖甲供部分的数额为132127.29元，一审判决结合双方合同约定和凯玛公司举证，扣除这部分数额依据充分。安徽一建虽称这部分费用不应扣除，但未提供其购买相应材料或支付价款的证据，其上诉主张缺乏依据，不能成立。
（3）关于安徽一建上诉主张凯玛公司外购土方不应扣除能否成立的问题。
本院认为，凯玛公司与安徽一建签订的《建设工程施工合同》中约定，基础回填土施工属于安徽一建的施工范围，土方无需外购。然在实际施工过程中，凯玛公司于2007年6月18日通过监理机构向安徽一建发函称，安徽一建在各单位工程的基础回填土施工时，在室外道路部位取土回填，造成室外自然地坪低于施工合同文件规定的标高，故安徽一建应在一周内将土方回填至合同约定的标高，否则凯玛公司将外购土方以解决此问题，费用从安徽一建工程款中扣除。2007年10月21日，凯玛公司出具土方统计表，载明凯玛公司外购土方1858.97立方米，要求安徽一建三日内复测，否则视为认可。安徽一建员工于2007年10月24日签收。本院认为，在本案施工合同履行过程中，因施工现场具体情况出现变化，需要外购土方，凯玛公司已向安徽一建发函，且在外购土方及确认相应数量时安徽一建均未持异议，故一审判决依据鉴定结论扣除凯玛公司外购土方款41254.67元，并无不当。安徽一建上诉理由不成立，本院不予支持。
（4）关于安徽一建上诉主张凯玛公司代垫彩瓦款不应扣除能否成立的问题。
本院认为，依据双方《工程施工补充合同》约定，对于暂定价部分凯玛公司有权甲供，但案涉彩瓦并非约定为暂定价，不属于可以甲供的范围。凯玛公司也未举证双方在合同履行过程中变更了关于甲供材约定的相关证据，凯玛公司主张扣除彩瓦的甲供费用与双方合同约定不符。且凯玛公司举证的供货确认单仅表明安徽一建领取了相应数量的彩瓦，而安徽一建在二审中提供彩瓦厂出具的有关安徽一建已支付了相关款项的证明，凯玛公司未能充分举证予以反驳。因此，凯玛公司主张有关彩瓦系其甲供，相应款项153956.9元应在工程款中予以扣除的主张与合同约定不符，不能成立，一审判决认定彩瓦款应予扣除不当。安徽一建二审中提供的证据可以佐证其上诉主张，本院予以采信。综上，安徽一建主张彩瓦款不应扣除的上诉理由，本院予以支持，彩瓦款153956.9元不予扣除。
（5）关于安徽一建上诉主张凯玛公司代垫保温板款不应扣除能否成立的问题。
对于案涉保温板（即挤塑板）属于甲供范围，凯玛公司已支付了保温板款，双方无争议。安徽一建上诉称这笔款项凯玛公司已经在支付其工程款时扣除，不应再重复扣除。
本院认为，2006年12月25日，凯玛公司向安徽一建苏州凯玛项目部出具《联系函》，主要内容为，根据工程需要，凯玛公司要求安徽一建使用苏州市中江建材有限责任公司提供的挤塑板，购货合同仍由安徽一建签订，如安徽一建不及时支付货款，可由凯玛公司先行垫付并在按照双方约定支付第四节点（主体工程结束后）工程款时从工程款中扣除。依据安徽一建与苏州市中江建材有限责任公司签订的购销合同，案涉挤塑板总价为66268.80元。依据凯玛公司举证的支付工程款汇款凭证,其总共汇款为5433731.2元；在本案诉讼过程中，双方确认已付款总额为550万元，与凯玛公司汇款总额相差66268.80元，与案涉挤塑板即保温板购销合同约定的价款相符。因此，工程付款事实与挤塑板购销合同、凯玛公司向安徽一建出具的《联系函》相互印证，形成证据链，安徽一建关于其已支付了挤塑板费用，不应再重复扣除的的上诉主张有相应的事实依据，本院予以采信。一审判决在认定本案凯玛公司应支付安徽一建工程款时，依据鉴定机构认定的甲供保温板数额46431.2元，在应付工程款中予以扣除，一方面根据前述查明的事实，鉴定机构认定的保温板数额46431.2元与实际不符；另一方面，一审判决扣除46431.2元不当，本院予以纠正。
3、关于凯玛公司上诉主张其委托第三方施工和购买材料费用应予扣除能否成立的问题。
凯玛公司上诉称，工程款中还应扣除其委托第三方施工的费用及变更调减价款等费用合计1606921元，并提供其制作的《发包人购买材料费用、委托第三方施工费用、变更调减价款等费用一览表》。本院认为，该价款一览表系凯玛公司单方制作，未得到安徽一建的认可，且该表格载明的数额为3644477.15元，与其主张的数额不一致。同时，其一览表中的铝合金门窗等不属安徽一建施工范围，安徽一建也未主张这部分工程款，不应存在扣除的问题；未获文明工地称号违约金、外墙砖、外购土方等一审已经处理并支持了其主张；至于其余属于安徽一建施工范围的如化粪池、消防取水口、护窗栏杆等，凯玛公司虽称系委托第三方施工，但并未举证其与安徽一建协商，安徽一建同意其另行委托施工，以及其与第三方签订的施工合同、付款凭证等证据佐证，不足采信。综上，凯玛公司上诉主张其委托第三方施工和购买材料费用应予扣除没有依据，不能成立。
4、关于工程造价的利息应当如何计算的问题。
安徽一建上诉称，本案工程款利息应当自2008年3月15日，其向凯玛公司提交工程结算报告之日起计算。本院认为，安徽一建于2008年3月19日向凯玛公司提交了工程结算报告，凯玛公司也认可该报告于2008年3月21日收到，但凯玛公司对该报告不予认同，且因各方对于工程结算事宜等未达成一致，又于2009年1月13日签订了《备忘录》。该《备忘录》签订后，监理公司于2009年10月12日出具《资料接收单》，收到安徽一建提交的工程竣工资料，故一审判决据此认定凯玛公司应支付工程款的时间点为2009年10月18日起算，并以此为涉案工程款利息起算点，并无不当。安徽一建上诉理由不能成立，本院不予采信。
5、关于一审判决是否存在笔误的问题。
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单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。
第六十七条犯罪以后自动投案，如实供述自己的罪行的，是自首。对于自首的犯罪分子，可以从轻或者减轻处罚。其中，犯罪较轻的，可以免除处罚。
被采取强制措施的犯罪嫌疑人、被告人和正在服刑的罪犯，如实供述司法机关还未掌握的本人其他罪行的，以自首论。
犯罪嫌疑人虽不具有前两款规定的自首情节，但是如实供述自己罪行的，可以从轻处罚；因其如实供述自己罪行，避免特别严重后果发生的，可以减轻处罚。
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