山东省济南市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2013）济民五终字第278号
上诉人（原审被告）济南四建（集团）有限责任公司，住所地济南市天桥区济洛路163号。
法定代表人曹晓岩，该公司董事长。
委托代理人韩俊，男，1970年11月1日出生，汉族，济南四建（集团）有限责任公司职工，住济南市。
委托代理人张晓东，男，1984年9月29日出生，汉族，济南四建（集团）有限责任公司法律顾问，住济南市。
被上诉人（原审原告）山东鲁建世纪房地产开发集团有限公司，住所地济南市。
法定代表人于加弋，该公司董事长。
委托代理人李晗，北京市惠诚（济南）律师事务所律师。
上诉人济南四建（集团）有限责任公司（简称四建集团公司）因与被上诉人山东鲁建世纪房地产开发集团有限公司（简称鲁建房地产公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服济南市槐荫区人民法院（2011）槐民初字第675号民事判决，向本院提起上诉，本院依法组成合议庭公开开庭审理了本案。上诉人四建集团公司的委托代理人韩俊、张晓东，被上诉人鲁建房地产公司的委托代理人李晗到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原审法院认定，2005年5月，原告鲁建房地产公司与被告四建集团公司签订建设工程施工合同一份，约定由四建集团公司承包鲁建房地产公司位于经二纬九的鲁建温州商城工程，工程内容包括框架结构、地上六层、地下一层，建筑面积15000平方米；承包范围为设计图纸内的全部土建、安装、装饰和设备安装工程及室外工程等；开工日期为2005年5月（以实际开工为准），竣工日期为2006年4月30日；质量标准约定为合格；该合同专用条款对工程量确认约定为承包人向工程师提交已完工工程量报告的时间每月25日前提供，发包方收到后7日内确认；合同还对竣工结算及违约责任进行了约定。上述合同签订后，四建集团公司按照合同约定对工程进行了施工建设，合同约定的竣工日期到期后，工程并未按照约定竣工。2006年6月30日，四建集团公司向鲁建房地产公司出具保证书一份，载明：鲁建世纪大厦收尾工程在资金（根据双方意向：土建60万元，安装10万元）于2006年7月1日一次拨付到位的情况下，我方对工期的保证：1、我方于7月5日达到形象：北车道砼完成，地下室地面100%，卫生间清理完成；2、我方7月10日达到屋面保护层完成2／3、外涂料80%，室外工程完成30%；3、我方保证7月15日在我方承包范围内的土建、安装达到初验标准（土建室外工程垫层完成100%、花岗岩镶贴70%）。空调、消防除外，我方保证承包范围内在7月15日达到初验条件，否则，我方愿意承担每日三万元的罚款。上述保证书出具后，鲁建房地产公司分别于2006年7月3日向被告付款60万元、7月26日付款10万元并由四建集团公司开具了相应发票。对于延期付款的问题，四建集团公司认为因为鲁建房地产公司的延期付款，四建集团公司的上述保证书不再生效；鲁建房地产公司认为延期付款是因为四建集团公司未及时开具发票造成，保证书仍应有效，而且从最终结算来看，鲁建房地产公司已经超付工程款100多万元，比保证书约定的70万元的数额还要多，并不构成未按约定付款。2006年7月15日，四建集团公司并未就上述保证书的上述保证事项是否完成向鲁建房地产公司提供材料和进行说明，而是于2006年9月5日向济南市质量监督站提交了竣工资料。原告鲁建房地产公司认为，四建集团公司作出承诺后迟迟没有完成承诺的义务，直到9月5号才向质量监督站提交相应的竣工验收材料，达到初验条件，应当承担逾期的违约金。被告四建集团公司认为，承诺书的初验条件并非以提交竣工验收报告等材料为标准，实际上整个工程已经于7月21日左右基本完工，可以视为达到初验条件。为此，四建集团公司提交一份工程竣工备案工程款支付情况审核表复印件，该表对上述工程的竣工日期一栏填写的时间为“2006年7月21日”；是否按合同支付工程款一栏有鲁建房地产公司的盖章及法人签字，时间为2008年1月。鲁建房地产公司认为上述证据系复印件，且竣工日期一栏的字体有添加的嫌疑，也非鲁建房地产公司填写，鲁建房地产公司的签章只是对支付工程款的签章并非对工程竣工日期的认可，这也与事实不符。四建集团公司还提交鲁建房地产公司于2007年2月5日向济南市建筑工程质量监督站出具的《关于鲁建世纪大厦临时使用场地举办节庆活动的说明》一份，其上载明，上述工程于2005年5月份开工建设，2006年7月基本完工，因施工单位人员变动等情况，迟迟未能办完竣工备案程序。因庆祝元旦在该项目一层临时搞了几天节庆活动，请贵站考虑商业项目的实际情况，给予照顾，公司保证三日内清理完毕，迎接验收等内容。对上述证据，鲁建房地产公司认为均系复印件，无法确认。上述工程建设完工后，一直未办理竣工验收手续，鲁建房地产公司因与涉及该工程的购房人签订的购房合同约定的交房日期已经超期，自2006年9月份开始陆续向购房者交付房屋。上述工程投入使用后双方并未办理竣工结算手续，2008年，鲁建房地产公司委托山东科信工程造价咨询事务所有限公司（简称科信造价公司）对该工程进行结算审核，该公司于2008年12月5日作出结算审核报告书，报告书认定该工程申报值20478697.35元；审定值14284811.24元；净审减值6193886.11元；该工程甲方（鲁建房地产公司）未提供甲供材及水电费的相关说明，本审定值未对甲供材及施工水电费进行相应的处理，如有发生由贵单位给予扣除。上述报告书中有四建集团公司的予决算专用章，负责人由邹立瑞签字。鲁建房地产公司为证明其向四建集团公司超额供材及差价，提交其向四建集团公司提供土建供材结算表，根据结算报告书审定的单价计算，供材价值为5537408元，另外鲁建房地产公司还超付水电费193978元；鲁建房地产公司提交安装工程供材表，其认为根据结算报告审定的安装工程材料用量，鲁建房地产公司的供材超量，根据审定价格核算，差价为353489元。被告四建集团公司对鲁建房地产公司主张的安装工程差价不予认可，认为结算报告并未将相应税金审核在内。上述审核报告虽于2008年12月作出，但鲁建房地产公司认为，根据结算报告，整个工程的审减值远远超出了申报值的5%，按照相关规定和合同惯例应由四建集团公司承担审核费用。因此，双方均尚未向审核单位科信造价公司支付审核费用。鲁建房地产公司陈述其为了主张权益，及时与四建集团公司办理结算事宜，只能于2010年10月向审核单位借出审核报告书用于办理结算事宜，所以并未超出两年的诉讼时效。为此，鲁建房地产公司提交审核单位于2011年4月出具的证明一份，其上载明：我公司接受委托对鲁建世纪大厦工程的结算进行审核后，鲁建房地产公司迟迟没有支付审核费用，所以我公司一直没有交付审核报告书，2010年10月份，鲁建房地产公司出具借条从我公司借审核报告两本。截止法庭辩论终结前，审核费用仍未支付，鲁建房地产公司自己计算的审核费用为259000元。鲁建房地产公司为证明其因逾期向购房人交房而支付的违约金损失769444.9元，提交了逾期交房违约金支付情况汇总表一份，其上有近百户购房者的签字及身份信息，鲁建房地产公司还提交了部分购房合同复印件予以佐证。对上述证据，四建集团公司认为真实性无法确认，不予认可。另查明，被告四建集团公司具备房屋建筑工程施工总承包一级资质。
原审法院认为，原告鲁建房地产公司与被告四建集团公司签订的建设工程施工合同及保证书均系双方真实意思表示且不违反国家法律法规的强制性规定，其效力法院予以认定，双方均应按照合同约定全面履行各自的合同义务。四建集团公司应当按照合同约定及时完成工程建设，鲁建房地产公司也应当根据合同约定按支付对等的工程款项，如果鲁建房地产公司确实存在多付工程款的事实，四建集团公司应当向其返还。本案中，因双方未对工程进行竣工结算，鲁建房地产公司委托专业机构进行了结算审核并出具了审核报告书，四建集团公司对该审核报告书予以认可，该审核报告书的效力应予确认。虽然该审核报告书由审核单位作出的时间为2008年12月，但根据审核单位出具的证明材料及鲁建房地产公司的陈述，鲁建房地产公司因审核费的支付问题未能与四建集团公司及审核单位形成一致意见，于2010年10月借出审核报告，确认工程的最终结算情况后主张权益，其于2011年4月提起诉讼，尚未超出诉讼时效。根据该审核报告书，该工程最终审定值为14284811.24元，但尚未扣除鲁建房地产公司的供材及水电费。鲁建房地产公司提供的预付工程款凭证中，四建集团公司认可其中的861万元，对由邹立瑞签字领取的100万元以单位并未开具发票为由不予认可。对邹立瑞签订的100万元的收据，虽然没有四建单位出具的发票，但综合鲁建房地产公司提交的涉及工程建设的会签文件来看，在四建集团公司加盖公章处均有邹立瑞的签字，而且最终的审核报告书中施工单位负责人处也是由邹立瑞签字确认并加盖四建集团公司的予决算专用章。上述证据足以证实邹立瑞在工程建设中作为四建集团公司代表的事实，据此，由其收取的100万元工程款，应当认定为鲁建房地产公司向四建集团公司支付。根据鲁建房地产公司提交的土建工程供材结算表，结合结算报告书认定的供材价格，由鲁建房地产公司供材价值5537408元、超付水电费193978元，上述事实四建集团公司也未提出异议，应予确认。对于鲁建房地产公司主张的安装工程供材的差价353489元，四建集团公司异议较大，但其异议中陈述的事实鲁建房地产公司并不认可，四建集团公司也无充分证据证实其异议成立，结合鲁建房地产公司提交的安装工程供材表与审核报告，鲁建房地产公司又确实存在向四建集团公司超付安装材料的事实，对四建集团公司的异议，不予采信。鲁建房地产公司主张的审核费用259000元，因现尚未实际发生，也无法确定明确数额，该部分费用，不予支持。鲁建房地产公司主张的临设费37596元，因该部分费用并未在结算报告书中明确应予以扣除，应当视为已将其计入工程结算中，鲁建房地产公司再要求予以扣除，不再支持。据此，鲁建房地产公司向四建集团公司支付的工程款、材料款等共计15694875元，超出结算审定值1410063.76元，超出部分，四建集团公司应当向鲁建房地产公司返还。鲁建房地产公司主张的超付工程款自2008年1月1日至2011年3月20日的利息，因双方并未进行竣工结算，鲁建房地产公司也陈述其因审核费未支付而于2010年10月单方借出审核报告，在无证据证实其已向四建集团公司主张的情况下，鲁建房地产公司主张的向法院起诉（2011年4月）前的利息损失，不予支持。对于鲁建房地产公司依据四建集团公司出具的保证书主张的违约金问题，该保证书是四建集团公司对于工程工期的保证，四建集团公司作出保证的条件是鲁建房地产公司于2006年7月1日一次性支付工程款70万元，虽然鲁建房地产公司支付该工程款的时间为7月26日，晚于约定的时间，但并不能以此否认该协议书的效力。如果四建集团公司未能在保证的工期内完成保证义务，仍应当承担保证的违约责任。对于四建集团公司是否完成保证书的保证义务问题，双方争议较大。按照保证书约定，四建集团公司的承诺系“于7月5日达到形象：北车道砼完成，地下室地面100%，卫生间清理完成；7月10日达到屋面保护层完成2／3、外涂料80%，室外工程完成30%；7月15日在我方承包范围内的土建、安装达到初验标准（土建室外工程垫层完成100%、花岗岩镶贴70%）；空调、消防除外，我方保证承包范围内在7月15日达到初验条件”，对“达到初验条件”的标准现双方无法形成一致意见。法院认为，该保证书于2006年6月30日出具，出具时已经晚于双方签订的《建设工程施工合同》约定的竣工日期（2006年4月30日）。虽然对逾期原因及过错双方未形成一致意见，但四建集团公司在此前提下的保证更应该严格履行。虽然何为“达到初验条件”的标准双方无法明确，但按照《建设工程施工合同》专用条款中对承包人完成工程量的确认的规定，四建集团公司已经完工的工程量应当及时向鲁建房地产公司提交工程量报告由其确认。本案中，四建集团公司并未能提交其完成保证书工程量的证据，也没有就达到其理解的“初验条件”向鲁建房地产公司告知予以确认的任何证据。四建集团公司提交《工程竣工备案工程款支付情况审核表》复印件以证明该工程已于2006年7月21日竣工，该证据系复印件且该竣工时间并非鲁建房地产公司填写，鲁建房地产公司签章的时间为2008年且系同意按照合同支付工程款。四建集团公司提交的鲁建房地产公司的两份申请复印件也系鲁建房地产公司于2007年向质检部门的申请材料。上述三份证据不能充分证实四建集团公司完成保证义务，鲁建房地产公司认可四建集团公司2006年9月5日向济南市质量监督站提交竣工资料即为完成约定的达到初验条件并以此主张逾期违约金的诉讼请求，法院予以支持。对于鲁建房地产公司晚于保证书约定时间向四建集团公司付款70万元是否构成违约问题，综合整个建设工程来看，四建集团公司出具保证书时已经晚于《建设工程施工合同》约定的竣工日期（2006年4月30日）；且根据最终的结算报告来看，鲁建房地产公司已经向四建集团公司超付工程款100余万，已经超出约定要支付的70万元工程款；四建集团公司违反保证义务的行为也实际造成了鲁建房地产公司因逾期交房产生的相应损失。综合上述情况，四建集团公司应当按照保证书载明的违约条款向鲁建房地产公司支付违约金156万元。鲁建房地产公司主张的因四建集团公司工期拖延导致其向购房者逾期交房而产生的违约金损失769444.9元及利息。鲁建房地产公司提交的向购房人支付违约金的汇总表中向购房人的交房时间自2006年9月至11月不等，因鲁建房地产公司与四建集团公司并未办理工程竣工验收手续，鲁建房地产公司因逾期交房而向购房者支付的违约金是否全部由四建集团公司的原因造成，根据现有证据无法查证。四建集团公司向鲁建房地产公司支付违约金156万元，足以弥补鲁建房地产公司的该部分损失，鲁建房地产公司再以此损失进行主张，其该项诉讼请求，不予支持。综上，原审法院依照《中华人民共和国合同法》第四十四条、第四十五条、第六十条、第一百零七条、第一百一十四条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条之规定判决：一、被告济南四建（集团）有限责任公司自判决生效之日起10日内向原告山东鲁建世纪房地产开发集团有限公司支付超付工程款1410063.76元。二、被告济南四建（集团）有限责任公司自判决生效之日起10日内向原告山东鲁建世纪房地产开发集团有限公司支付违约金156万元。三、驳回原告山东鲁建世纪房地产开发集团有限公司的其他诉讼请求。案件受理费21010元，由原告山东鲁建世纪房地产开发集团有限公司负担5000元，由被告济南四建（集团）有限责任公司负担15010元。
上诉人四建集团公司不服原审判决上诉称，原审判决认定事实不清，证据不足，适用法律错误。一、被上诉人鲁建房地产公司在一审时主张的超付工程款以及要求四建集团公司承担违约金已超过诉讼时效，法院应依法驳回被上诉人的诉讼请求。二、原审法院认定事实错误。原审法院将邹立瑞认定为四建集团公司的代表，其收取的100万元工程款认定为四建集团公司收取是错误的。在原审开庭时，四建集团公司针对达到“初验条件”提交了三份证据，以此证明涉案工程在2006年7月21日时已经达到初验条件，其中提交的《工程竣工备案工程款支付情况审核表》系原件，并且在庭审过程中经过双方质证，原审判决却错误的认定为复印件，是认定事实错误。原审判决对于鲁建房地产公司向四建集团公司超付安装材料的认定是错误的。三、原审判决对于四建集团公司出具的保证书的认定是错误的。首先，该保证书系附生效条件的民事法律行为，保证书所附条件并未成就，所以该保证书不生效，对四建集团公司不具有约束力，因此四建集团公司不承担拖期罚款的责任。其次，原审判决对于初验条件的认定是错误的。再次，“初验条件”本身就是一个含糊的名词，既独立于“竣工验收”，更独立于“提供竣工资料及竣工验收报告”，根本没法界定，无法达成。所以，该保证书系上诉人四建集团公司作出了一个无法界定的承诺，应当认定承诺无效。最后，该保证书中的违约金约定过高。综上，请求二审法院撤销原判，依法改判或发回重审；本案诉讼费用全部由鲁建房地产公司承担。
被上诉人鲁建房地产公司答辩称，我方于2010年10月借出的审核报告，双方对于审核费用问题存在争议，因此我方认为时效的起算时间应当是2010年10月，我方于2011年4月提起诉讼，本案并未超过诉讼时效。综上，原审判决认定事实清楚，适用法律正确，请求驳回上诉，维持原判。
经审理本院认定，邹立瑞作为经办人出具的日期为2005年6月4日的收据载明：付款单位山东鲁建世纪房地产开发集团有限公司，金额七十万元，事由预付工程款（此款等工程结束结算完后扣除）；邹立瑞出具的日期为2006年1月12日的借条内容为“今借到李应善现金三十万元正，有（由）鲁建温州商城工程扣除”。鲁建房地产公司法定代表人于家义（于加弋）于2006年1月19日在该借条上批注“同意支付”。另外，上诉人四建集团公司提供的《工程竣工备案工程款支付情况审核表》为原件，并非复印件，其上四建集团公司自行注明的竣工日期为2006年7月21日，鲁建房地产公司签字盖章时间为2008年1月29日。
二审中，被上诉人鲁建房地产公司提交科信造价公司出具的证明一份，证明载明：“我公司接受委托对鲁建世纪大厦工程的结算进行审核，由于审核内容未扣除甲方供材部分，且双方对供材的价款存在争议，在2009年至2010年期间，双方多次到我单位对账，但一直未明确工程款扣除甲方供材后的最终数额。双方对账期间，鲁建房地产公司向四建集团公司提出逾期竣工的违约金要求，双方一直处于协商状态。根据省物价局关于造价咨询服务的标准，鲁建房地产公司和四建集团公司应向我单位支付审核费，由于主材对账争议，双方均未向我单位支付审核费，我方也未交付审核报告。2010年10月，鲁建房地产公司向我单位借出审核报告两本。特此证明。”欲证明两点：其一，本案工程款数额一直未明确，双方对于工程款及违约金一直处于协商对账状态，本案鲁建房地产公司的诉讼请求并未超过诉讼时效。其二，审核费用中审减超过25%以上的费用应当由四建集团公司承担。经质证，上诉人四建集团公司认为，对于证明的真实性无异议，但对内容有异议，因为审核是鲁建房地产公司委托的，故审核费用首先应当由鲁建房地产公司承担。
原审判决认定的其他事实属实，本院予以确认。
本院认为，本案系建设工程施工合同纠纷案件。本案有如下争议焦点问题：一、本案是否超过诉讼时效；二、邹立瑞收取的100万元是否应当认定为工程付款；三、原审认定的安装工程超供材价款是否正确；四、上诉人四建集团公司应否支付逾期违约金，原审确定的违约金数额是否适当。本院结合证据及庭审情况对上述争议问题认定如下：
关于焦点一，最高人民法院《关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第六条规定，“未约定履行期限的合同，依照合同法第六十一条、第六十二条的规定，可以确定履行期限的，诉讼时效期间从履行期限届满之日起计算；不能确定履行期限的，诉讼时效期间从债权人要求债务人履行义务的宽限期届满之日起计算，但债务人在债权人第一次向其主张权利之时明确表示不履行义务的，诉讼时效期间从债务人明确表示不履行义务之日起计算。”本案中，双方当事人对于涉案工程的工程款数额、已付款数额均存有争议，在2010年10月鲁建房地产公司向科信造价公司借出审核报告之前，双方并未对工程款数额协商一致，工程款是否超付尚不明确，返还超付工程款的诉讼时效应自超付数额确定之日起算，故鲁建房地产公司该诉讼请求并未超过诉讼时效。本案中，违约金与工程款争议系基于同一法律关系产生，紧密相关，且科信造价公司证明双方在2010年前对此争议一直处于协商状态，故违约金应与工程款适用同样的诉讼时效起算标准，违约金的诉讼请求亦未超过诉讼时效。
关于焦点二，其一，从工地现场管理、工程材料交接签字、收款签字及工程结算材料签字等情况看，邹立瑞确系四建集团公司该工程项目的现场施工代表或负责人，其有代为收取工程款的权利。其二，70万元的收据及30万元的借据发生时间均在涉案工程开工以后，四建集团公司已在工地进行施工，且70万元的收据明确注明“预付工程款（此款等工程结束结算完后扣除）”，30万元的借据注明“由鲁建温州商城工程扣除”，均显示与涉案工程的密切关联。故原审法院认定上述付款、借款均系邹立瑞代四建集团公司收取或借支工程款的行为，依据充分，应予维持。
关于焦点三，审核报告中载明“该工程甲方未提供甲供材及水电费的相关说明，本审定值未对甲供材及施工水电费进行相应处理。如有发生由贵单位给予扣除”，说明审核报告并未对甲（鲁建房地产公司）供材情况予以审核，结合证明记载，未审核的原因系“双方对供材的价款存在争议”，该事实与庭审中双方对供材价款未达成一致意见相印证。原审中，鲁建房地产公司依照安装工程供材表与审核报告计算的安装工程供材差价系单方行为，四建集团公司对此不予认可且提出合理异议，该异议系否认抗辩行为，成立与否不以是否提供证据为必要条件，原审以证据不足为由对该异议不予采信系适用法律错误，本院予以纠正。鲁建房地产公司主张安装工程供材差价，应负担相应举证责任，其证据证明力应当以能够达到客观、充分证实其主张为标准。鲁建房地产公司单方计算的安装工程供材差价353489元，四建集团公司不予认可。因该工程供材差价涉及工程专业性问题，法院亦不能依据相关证据计算出安装工程供材差价数额，该事项在双方不能协商一致的情况下应当通过司法鉴定予以确定。原审法院对鲁建房地产公司该请求予以支持，系举证责任分配不当，依据不足，本院予以纠正。鲁建房地产公司可另案主张权利。
关于焦点四，四建集团公司因工程工期出具保证书，该保证书载明，如鲁建房地产公司于2006年7月1日一次性支付工程款70万元，则四建集团公司保证承包范围内工程在7月15日达到初验条件。对于鲁建房地产是否完成自己的付款义务，因该保证书出具时，双方尚未明确工程款数额及是否超付，该付款义务独立于之前的工程款付款行为，原审认为鲁建房地产公司之前实际付款数额已超过应付款100余万元，并认定鲁建房地产公司已完成该70万元的付款义务不当，本院予以纠正。根据查明情况，鲁建房地产公司于2006年7月3日支付了60万元，四建集团公司收取并开具发票，说明四建集团公司认可了鲁建房地产公司的付款行为，此时，鲁建房地产公司已基本履行了自己的付款义务，但四建集团公司的履行期限亦应相应顺延2日。四建集团公司提交的《工程竣工备案工程款支付情况审核表》中鲁建房地产公司签章的时间为2008年1月，故原审法院对四建集团公司认为工程于2006年7月21日达到初验标准不予采信并无不当。2006年9月5日，四建集团公司向济南市质量监督站提交竣工资料，此时，工程验收方得以进行，原审认定工程于此时“达到初验条件”并无不当，本院予以维持。《中华人民共和国合同法》第一百一十四条规定，“当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。”本案中，四建集团公司承诺的违约金计算方法系自愿意思表示，不违反法律规定，应作为违约金计取的依据。最高人民法院《关于适用若干问题的解释（二）》第二十九条规定，“当事人约定的违约金超过造成损失的百分之三十的，一般可以认定为合同法第一百一十四条第二款规定的‘过分高于造成的损失’”。违约金是否过高应以违约造成的损失为参照，鲁建房地产公司提供的证据可以证实其损失为：因工期拖延向购房者支付逾期交房违约金769444.9元及利息。鲁建房地产公司对其主张的其他损失未提供证据支持，本院不予采信。经计算，双方约定的违约金数额超过上述标准，四建集团公司请求依法降低违约金数额的主张应予支持，参考鲁建房地产公司的损失情况并考虑其70万元付款义务的履行情况，本院酌情降低违约金数额至100万元。原审未依法对违约金数额进行调整不当，本院予以纠正。
综上，上诉人四建集团公司的部分上诉理由成立，本院予以支持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百六十九条、第一百七十条第一款第（二）项、第一百七十五条之规定，判决如下：
一、维持济南市槐荫区人民法院（2011）槐民初字第675号民事判决第三项及案件受理费负担项，即“三、驳回原告山东鲁建世纪房地产开发集团有限公司的其他诉讼请求。案件受理费21010元，由原告山东鲁建世纪房地产开发集团有限公司负担5000元，由被告济南四建（集团）有限责任公司负担15010元。”
二、撤销济南市槐荫区人民法院（2011）槐民初字第675号民事判决第一、二项，即“一、被告济南四建（集团）有限责任公司自判决生效之日起10日内向原告山东鲁建世纪房地产开发集团有限公司支付超付工程款1410063.76元。二、被告济南四建（集团）有限责任公司自判决生效之日起10日内向原告山东鲁建世纪房地产开发集团有限公司支付违约金156万元。”
三、上诉人济南四建（集团）有限责任公司于本判决生效之日起10日内支付被上诉人山东鲁建世纪房地产开发集团有限公司超付工程款1056574.76元。
四、上诉人济南四建（集团）有限责任公司于本判决生效之日起10日内赔偿被上诉人山东鲁建世纪房地产开发集团有限公司违约金100万元。
如果未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条的规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
二审案件受理费21010元，由上诉人济南四建（集团）有限责任公司负担11010元，被上诉人山东鲁建世纪房地产开发集团有限公司负担10000元。
本判决为终审判决。
审 判 长 高希亮
审 判 员 吴荣瑞
代理审判员 曹 磊
二〇一四年三月十九日
书 记 员 翟义惠