湖北省武汉市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2017）鄂01民终3230号
上诉人（原审被告、反诉原告）：长江工程职业技术学院，住所地湖北省武汉市江夏区文化路9号，统一社会信用代码12420000421261049E。
法定代表人：冯中朝，院长。
委托诉讼代理人：彭旺明、胡承华，湖北道博律师所律师。
被上诉人（原审原告、反诉被告）：湖北森泰鑫鑫房地产开发有限公司，住所地湖北省黄冈市八一路23号。
法定代表人：王操国，董事长。
委托诉讼代理人：郑耀华，湖北多能律师事务所律师。
上诉人长江工程职业技术学院（以下简称长江职院）与被上诉人湖北森泰鑫鑫房地产开发有限公司（以下简称森泰公司）合同纠纷一案，不服湖北省武汉市江夏区人民法院（2016）鄂0115民初2330号民事判决，向本院提起上诉。本院于2017年5月23日立案受理后，依法组成合议庭，因一审判决认定事实清楚，不开庭进行了审理。本案现已审理终结。
长江职院上诉请求：1、撤销一审判决的第一、三、四、五项；2、判令森泰公司对我方承担逾期交房验收的违约责任，支付违约金765万元。事实和理由：一审的程序、事实认定、论证及法律适用方面均存在严重错误。具体如下：1、依照合同约定，涉案商品房需要竣工验收合格后才可以交付，上诉人才履行支付购房余款的义务。在2015年1月9日竣工验收之前，上诉人早已支付全款。故无需承担所谓的购房余款逾期违约金。2、被上诉人的所谓交房验收，既不符合法定的条件，也不符合约定条件。故应依法承担逾期交房验收违约责任并支付765万元。3、判决要求上诉人承担土地摘牌违约金，办证税费及所谓的资金占用费，既没有效的合同条款依据支撑，也没有法律依据。严重违反双方的书面约定和最高人民法院的相关解释。法院的相关论证说理对上诉人采取了歧视性的双重标准，极不公平。甚至部分论证与判决结果自相矛盾。4、一审判决有多诸多事实的认定不清、计算错误。在程序上也存在严重问题。
森泰公司辩称，关于是否需要竣工验收，我方按标准交付，对方收取后也使用多年并未提出任何异议。关于交房迟延问题，我方是正当时机、正当理由交房，不存在违约。关于违约金，对方应当承担的税费、资金占用费都是有明确合同依据的。综上，请求驳回上诉、维持原判。
森泰公司向一审法院提起诉讼请求：1、判令长江职院向森泰公司支付土地逾期摘牌违约金961111.11元、购房首付款逾期支付违约金365000元、购房余款逾期支付违约金3444140.93元（计息以日万分之二为标准，仅计算至2012年12月30日），合计4770252.04元。一审庭审中增加请求，要求长江职院支付违约金6590000元，计算方式为从2013年1月1日起至2016年8月11日，共1318天乘以5000元（日）。此后撤回该增加的请求，变更为回购房余款拖欠部分违约金从2011年9月16日至2016年11月23日止按日千分之一计算。2、判令长江职院向森泰公司支付已代其缴纳的土地交易税费及契税、城市基础设施配套费合计5577901.18元。3、判令长江职院向森泰公司支付已由森泰公司垫付给红旗村的混凝土补偿费用461655元。4、判令长江职院向森泰公司支付购房款余款252932元。5、判令长江职院向森泰公司支付4号楼屋顶改造费用35600元。6、判令长江职院向森泰公司支付代建泵房、代垫拆除及恢复老师防火门费用合计32700元。7、判令长江职院向森泰公司支付学校老师房屋登记、查询等费用30400元。8、判令长江职院向森泰公司支付多返的土地出让金26800元。一审庭审中增加对请求第2、3、5、6、7、8项拖欠的资金按日千分之0.5计算资金占用费，从2011年10月31日至2016年11月23日止。9、诉讼费用由长江职院承担。
长江职院向一审法院提起反诉请求：1、判令森泰公司支付水电安装分摊费用488.4361万元。2、判令森泰公司支付天然气建设系列分摊费14.575万元。3、判令森泰公司返还多支付的50.1968元。4、判令森泰公司支付被盗电缆分摊费12.85万元。5、判令森泰公司支付逾期交房违约金765万元。6、判令森泰公司支付拖欠的电费1.1564万元。7、判令森泰公司支付停车场损坏后的修复费2.464万元。8、判令森泰公司支付场地租赁费10.8476万元。以上8项合计1345.5255万元。
一审法院认定事实：一、双方签订合作开发合同及补充协议、土地出让金往来等情况。
2008年12月22日，长江职院（甲方）与森泰公司（乙方）签订《联合开发协议书》，约定：就长江职院出让部分地块联合兴建教职工住宅楼事宜，达成如下条款。甲方提供的该宗地面积约45亩。四、住宅楼建筑面积：该宗地建造住宅楼用房约85000平方米，其中甲方回购住宅楼约40000平方米（含公共用房分摊面积），甲方回购住宅楼均价为每平方米2000元。其余房屋由乙方依市场价对外销售。五、土地摘牌的时限约定：甲方收到乙方打入的1000万元土地出让金专款后，四十五个日历天内确保摘牌成功，并办理好国有土地使用权证，乙方为该宗国有土地使用权人。六、回购住宅楼标准：全框架钢筋混凝土。七、回购住宅楼交付期限：土地摘牌后，甲乙双方成立工作专班，…，确保土地摘牌后三个月内破土动工，破土动工后一年内将住宅楼交甲方使用。十、2、甲方承诺，该宗地以每亩不超过58万元（含土地出让金、配套费及办理国有土地使用权证的一切税费）价格包干摘牌成交（其中每亩13万元由乙方直接交付甲方）；土地使用年限为70年。3、甲方确保回购住宅楼40000平方米（含公共用房分摊面积），每平方米均价为2000元，办证税费由甲方业主承担。4、甲方负责落实该住宅楼项目的水、电增容立户，负责将主水管接至住宅区、主电干线接至住宅区配电房。5、甲方负责协调周边群众的关系。6、甲方负责协助乙方争取相关优惠政策和与政府各职能部门的工作联系。7、甲方须按约定的时限促使该土地摘牌成功。否则，甲方除立即全额退还乙方打入的1000万元人民币外，还应按年利率20%支付乙方资金占用费。合同签订后，森泰公司于2009年1月7日将1000万元依约支付给长江职院（由黄石市德信投资担保有限公司代付）。双方均开始按照约定履行。江夏区有关部门确定收储长江职院位于大桥××××面积45.41亩，规划用地性质为住宅用地，委托挂牌，按50%比例分成。2009年3月18日，长江职院向森泰公司返还500万元。2009年3月27日，武汉市江夏区国土资源管理局与森泰公司签订《国有建设用地使用权成交确认书》，约定，森泰公司于2009年3月27日以挂牌出让方式受让位于武汉市江夏区大桥新区红旗村G（2009）005号地块的国有建设用地使用权，成交土地面积29861.3平方米（折合44.79亩），成交出让价款总额为4035万元（含转让土地补偿总价款，土地出让金）。森泰公司持本成交确认书及有关资料于成交确认之日起15日内到武汉市江夏区国土资源管理局按规定程序签订《国有建设用地使用权出让合同》，核缴契税，办理国有建设用地使用权变更登记手续。2009年4月1日，长江职院向江夏区政府出具《关于土地委托挂牌按50%比例分成返还的请示》，2009年4月16日，长江职院与森泰公司签订《协议书》，约定，一、长江职院同意乙方在学院运动场西部拟开发暂定为“长泰花园小区”内，以不超过人民币2000元/平方米均价销售给长江职院4万平方米住房。二、长江职院同意在主合同条件不变的前提下一次性补偿给森泰公司2017.5万元。该款已经支付。2010年10月27日，森泰公司向长江职院支付83万元（由武昌区华君建材经营部代替森泰公司支付）。经双方核对，森泰公司多支付土地出让金26800元。
2009年6月8日，森泰公司（甲方）与长江职院（乙方）签订《联合开发回购房补充协议》，约定，一、回购方式：乙方集体一次性回购40000平方米，教师住宅楼，教师住房分配由乙方负责。甲方向乙方提供分户房屋面积和商品房买卖合同范本，乙方负责组织购房合同的签订。二、回购房区分:乙方回购房在本开发项目内独立分区，其中小高层1栋（4号楼）中部分单元，高层3栋（1、2、3号楼），位于本项目北端。四、交房时间：甲方于2010年10月向乙方移交回购房，但遇下列原因（要及时告知乙方），交房日期据实延期：1、人为不可抗拒的自然灾害或其它客观存在不可抗拒事件。2、施工中遇到异常困难或重大技术问题，不能及时解决。3、乙方不按约定支付回购房价款。4、其它非甲方责任造成的工期拖延。五、回购房标准：新中式风格…。六、配套标准：…。七、回购房价款支付：甲方开工后，由乙方组织职工与指定银行办理贷款按揭手续，回购房具备开盘条件后，乙方一次性交清30%款项，竣工验收合格移交后，余款一次付清。八、违约责任：1、如甲方不能按约定时间交付回购房，每逾期一日，赔偿乙方违约金5000元；2、如乙方不能按约定的时间支付回购房价款，每逾期一日，赔偿甲方违约金5000元。
二、森泰公司办国有土地使用权证、缴纳相关税费等相关情况。
2009年7月13日，森泰公司缴纳交易费361300元、土地使用权出让契税1614000元，2009年8月26日，森泰公司缴纳城市基础设施配套费3464039.6元，2009年8月3日，森泰公司办理了《国有土地使用权证》。2010年8月20日，森泰公司办理了长泰花园的《武汉市商品房预售许可证》。2015年9月15日，森泰公司缴纳国有土地使用权出让契税138561.58元。
三、长江职院支付回购房30%首付款的事实以及70%余款的情况。
经双方核对，长江职院支付30%回购房首付价款情况如下：2010年5月27日付款800万元，2010年7月2日付款200万元，2010年7月19日付款200万元，2010年7月30日付款200万元，2010年8月24日付款600万元，2010年11月2日付款400万元。经双方财务核对，长江职院支付70%回购房余款的时间、金额如下：2011年5月13日177000元、2011年5月16日177000元、2011年5月17日1866000元（11次）、2011年5月25日4571000元（26次）、2011年6月22日672663元、2011年7月28日26328000元、2011年7月29日2019400元、2011年8月3日3116300元、2011年8月10日123159元、2011年9月9日进账单5000000元（9月14日到账）、2011年9月13日31000元（以上小计44081522元）、2011年9月19日7000000元、2011年9月21日23000元、2011年9月23日1739000元、2011年10月8日52300元、2011年10月9日28800元、2011年10月14日872000元、2011年11月50000元、2011年11月15日900000元、2012年1月6日586000元、2012年3月9日109000元、2012年4月27日150000元、2012年5月11日92523元、2012年5月24日100000元。
四、森泰公司与长江职院关于回购房移交、回购房面积、回购房应付款等相关情况。
2011年8月底，森泰公司与施工单位、监理单位办理了1#、2#、3#、4#号楼的住宅工程质量分户验收，结论为验收合格，2011年9月5日，长江职院成立的物业管理公司武汉冠居物业管理有限公司加盖了印章。
2011年9月5日，森泰公司与长江职院就教职工回购房交房及双方互垫经费结算事宜召开了协调会，制作了会议纪要，记载了达成的一致意见：一、森泰公司于2011年9月9日将334户教职工回购房钥匙一次性统一集中交给前期物业管理公司。二、长江职院于2011年9月9日向森泰公司拨付回购房相关款500万元，于2011年9月15日前付清全部回购款（其中能在2011年9月15日前办完公积金贷款的额度算在总额内）。否则，每逾期一日按应付未付金额1‰向森泰公司支付逾期违约金。三、双方都认为为对方垫付了有关经费，由双方清算专班本着友好协商、相互理解的原则进行结算，于2011年10月15日前结算完毕，双方相抵后的金额于2011年10月30日前付清。否则，每逾期一日，按应付未付金额0.5‰向对方支付逾期违约金。2011年9月9日，森泰公司按照会议纪要约定移交了所有回购房钥匙。长江职院回购房的总面积，双方合同约定为约40000平方米，移交后，预测面积为40003.23平方米，预测应付总房价款80006460元，双方按照预测面积核对，截止2013年3月4日，长江职院下欠回购房余款252932元。经有关部门实测回购房面积为39931.58平方米，则实际应付总房价款为79863160元。
经双方核对，长泰花园的建筑面积为：1﹟、2﹟、3﹟、4﹟、7﹟、8﹟、9﹟、12﹟楼小计62356.16平方米，5﹟、11﹟楼小计7743.89平方米，6﹟楼为11235.19平方米，10﹟楼为1411平方米，地下室双方明确建筑面积按照2800平方米计算。在分摊水电安装工程费用时，森泰公司认为10﹟楼面积1411平方米、地下室面积2800平方米不应计算分摊水电工程款建筑面积。一期长江职院回购房建筑面积为39931.58平方米，一期部分森泰公司对外销售7558.42平方米，一期总建筑面积为47490平方米。
2011年4月-2012年3月，森泰公司支付长江职院老师回购房的房屋他项权利登记费20400元，2011年5月24日支付长泰花园楼盘贷款客户房屋信息查询费10000元。
五、关于水电工程费用的相关情况。
2009年9月4日，长江职院向武汉市江夏区水务总公司支付长江职院宿舍楼给水管道安装工程款33.7万元。
2010年7月28日，长江职院与森泰公司签订《长泰花园回购房水电安装协议书》，约定，长江职院负责完成的工程范围：1、一、二期高低压供配电系统工程。2、一期专变室外低压工程。3、备用供电工程。4、一、二期增压供水系统工程。5、一期室外供水工程。森泰公司负责完成的工程范围：…3、二期市场房所有的水电安装工程。双方按建筑面积分摊一、二期室外高低压供配电系统工程的费用，森泰公司分摊的费用支付给长江职院，由长江职院统一支付给供电施工方。长江职院只承担一期专变室外低压工程回购房部分的工程费用。小区地下室发电机组及配电设施的费用双方按建筑面积分摊。一、二期增压供水系统工程费用双方按建筑面积分摊。长江职院只承担一期室外供水工程回购房部分的工程费用。2010年8月3日，长江职院与武汉江源电力安装有限公司签订《长泰花园供配电工程施工合同》，合同约定总包干价809万元，合同履行过程中，长江职院付款450万元。2011年1月11日，长江职院与武汉市江夏区水务总公司签订《给水管道安装工程合同书》，约定工程为给管迁移，工程造价5.8万元，2011年1月12日长江职院付清此款。
2012年7月31日，森泰公司与武汉江源电力安装有限公司签订《长泰花园二期供配电工程施工补偿协议》，约定了原合同总额809万元，长江职院已支付一期工程款450万元，二期下欠359万元，并约定了其他二期施工及新增项目，由森泰公司付款。森泰公司向武汉江源电力安装有限公司支付了相关工程款。2012年12月16日，森泰公司与武汉江源电力安装有限公司还签订了《长泰花园二期5﹟-9﹟楼专用变压器后室外低压共电及地下室、10﹟楼供电安装工程补充合同》。
六、关于天然气建设及燃气具购买的相关事实。
2011年4月7日，长江职院（甲方）与武汉华润燃气有限公司（乙方）签订《管道燃气设施配套建设合同》，约定，由乙方为甲方的住宅楼小区提供管道燃气设施配套工程，建设安装用户总数389户，建设安装费2300元/户，总额89.47万元。同日双方又签订《武汉华润百尊燃气具销售合同》及补充协议，约定，甲方购买百尊燃气具389台，单价350元/台，共计136150元。合同签订后，武汉华润燃气有限公司对住宅楼小区所有住户安装了管道燃气及用具，长江职院已经支付了相关的款项。1﹟、2﹟、3﹟、4﹟楼中，经双方核对，森泰公司对外销售55户，其中管道燃气安装费及燃气用具费小计145750元。
七、恢复被盗电缆的事实。
2011年7月27日和29日长泰花园一期连续发生电缆被盗事件，2011年9月28日，长江职院与武汉诏源电力工程有限公司签订《长泰花园一期被盗电缆恢复协议》，约定采用包干价工程总造价257000元。工程完工后，长江职院已支付了257000元。
八、关于混凝土补偿费的情况。
2009年11月23日，有关区领导主持有长江职院、森泰公司、大桥新区、红旗村、区高校办等单位负责人参加的会议，形成关于长泰花园工程有关问题的会议纪要，其记载：2007年底长院为解决教职工住宅楼问题，与红旗村达成购建400套住宅楼的意向，因2008年初中央和省市公布小产权房不许上市买卖并限制办证的政策，红旗村还建面积房屋属此性质，故双方中止了意向。随后，长院与区政府和大桥新区达成…，并拿出44.79亩挂牌拍卖以解决教职工住宅楼问题的协议。2009年3月27日，森泰公司以90万元的价格摘牌中标，于6月中旬进场兴建，红旗村委及村民认为所得利益受损，工程不能受益，要求长江职院对村前期建房规划设计地勘等费用给予一定补偿，同等条件下，要求森泰公司给村承建部分工程以及全部地材供应，…，影响工程不能如期进行。…会后，由大桥新区牵头，森泰公司与红旗村协商签订地材供应协议。…规划设计、地勘等前期准备工作费用补偿问题长江职院今后以发包地材供应、绿化等项目给红旗村的方式对红旗村进行补偿。要求村级公司与建设施工单位之间必须有经营行为而且签订经营协议，否则属于违法行为。2010年1月4日下午二时，新区驻红旗村工作组领导，又一次主持森泰公司、红旗村召开补偿问题专题协调会，于2010年1月5日形成专题会议纪要，记载：就开发方代长江职院补偿红旗村有关事项达成如下意见：…二、…，每平方米混凝土增加15元，由森泰公司承担，补偿给红旗村。森泰公司主张支付给红旗村461655元补偿费用，但是只提交了225000元的证据。
九、森泰公司完成长江职院增加工程费用的情况。
在合同履行过程中，2010年11月17日工程联系函证实森泰公司应长江职院的要求对4号楼屋顶进行改造，费用为16000元；2010年12月15日工程联系函证实森泰公司据长江职院通知，对房屋改造，费用为15000元；2011年2月28日工程联系函证实森泰公司据长江职院的通知，对房屋改造，费用为4600元。2016年1月11日复函认可，欠其他工程费用32700元。
十、双方函件往来等其他情况。
2011年7月7日，森泰公司向长江职院发送工作联系函称，长泰花园一期工程（1.2.3.4号楼）外水、外电及天然气等工程，依据协议由贵院自行安排施工，请其加快工程进度，尽快完工并将工程资料整理齐全，提供给我方竣工备案。
2011年9月5日，森泰公司向长江职院送达了《关于长泰花园项目有关事宜的说明》，说明了联合开发的背景；项目进度缓慢的几个主要因素：其一、按协议约定应由长院负责协调土地变性出让工作迟迟不能到位，通过公开挂牌竞得该地块开发建设使用权，与协议约定时间推迟了8个月。其二、准备破土动工时，长院协调周边群众关系不到位，加之长院与大桥新区红旗村因征地建校安置补偿方面遗留许多历史问题未解决，红旗村群众百般阻挠，工地临时设施被其拆除，工地停工。其三、长院协调不到位，当地砂石霸强行垄断砂石等地材供应，价格高，供货不及时，使施工经常半停工。其四、项目建设施工期间，人工费、材料费大幅涨价，公司单方难于承受。说明了大桥新区红旗村专题会议纪要的由来。2009年11月23日，区领导主持，大桥新区、红旗村、长江职院、森泰公司等单位代表参加关于长泰花园项目建设工作协调会，形成会议意见，经多方多次磋商修改，于2010年1月5日形成了专题会议纪要。并说明，按照协议，该地块以每亩58万元包干（含土地出让金、配套费及办理国有土地使用权证的一切税费），应由长江职院支付的配套费、契税、交易费等税费，长江职院未支付，致使土地证、相关的一切报建手续无法办理，为尽快推进项目建设，在长江职院无力支付的情况下，森泰公司垫付了应由长江职院支付的配套费、契税、交易费等相关税费。长江职院收到此说明后，未回复。
2013年1月8日，森泰公司向长江职院发送《律师函》，说明：长江职院未依约及时足额付款项目余款的具体数额为：1、剩余付款及代垫老师房屋登记、查询等费用625775元；2、代垫学校款项（土地出让金、配套费、协调费等）13320834元；3、违约金（土地摘牌逾期违约金、30%购房首付款违约金、70%购房款逾期违约金等）4762403.93元。…要求长江职院接函后，迅速组织相关人员与森泰公司进行结算、付款。但是未有结果。
2013年12月26日，长江职院与森泰公司达成《关于拆除森泰公司长泰花园办公场所的协议》，约定长江职院在2014年1月10日前支付85万元至森泰公司指定账户。森泰公司配合长江职院在2013年12月28日前完成拆除长泰花园办公场所的工作。双方均依此协议履行，长江职院于2014年1月10日向森泰公司支付了85万元。
为了解决双方之间的结算、付款问题，2016年1月5日，森泰公司向长江职院发去《联系函》，说明：我司与贵院联合开发建设的长泰花园项目已开发建设完毕。项目合作建设中，我司为贵院垫付了大量款项，按照《联合开发回购房协议书》、《联合开发回购房补充协议》、《长泰花园回购房水电安装协议书》等约定，贵院应支付购房款及其他代付费用共计17509678元。我司虽多次向贵院致函催要，贵院领导也认为应清算账款，但至今仍未结算支付。…请贵院收此函后，于2016年1月15日前组织人员与我司进行结算、付款，并解决缴纳房屋维修基金办理业主产权证问题。随函附《长泰花园开发项目应收长江职院购房及代垫款明细》。长江职院于2016年1月11日《复函》，称，除第1项“剩余房款”、第3项“代建泵房”、第11项“代垫拆除及恢复老师防火门”此三项共计285632元我院认可外，其它项目事实不清，均非我院承担的款项。我院于2014年1月10日预付85万元，请贵司将多收款项于2016年1月20日前返还我院。如有异议，请于2016年1月15日前来我院进行结算。双方未能自行结算，森泰公司遂起诉。
一审法院认为，森泰公司与长江职院签订的《联合开发协议书》、《联合开发协议补充协议》、《会议纪要》等均是双方真实意思表示，未违反我国法律的强制性、禁止性规定，无效力瑕疵，合法有效，双方均应依法全面履行义务。针对双方的争议与请求，逐一评判如下：
（一）、土地逾期摘牌违约金的问题
森泰公司认为，长江职院保证于收到森泰公司打入的1000万元土地出让金专款后45个日历天内确保以森泰公司名义摘牌成功并办理好相关权证，长江职院迟延了173天才将土地摘牌手续办理完毕，应承担违约责任，支付土地逾期摘牌违约金961111.11元。长江职院认为，1、从表面上看我们是把地卖给森泰公司，但实际上是政府出让土地，属于不可抗力的原因导致延迟，这个是政府控制而不是我学校控制的。2、即使我学校违约，其违约的时间应该计算至森泰公司与跟江夏区国土局签订成交确认书时止。一审法院认为，双方《联合开发协议书》第五条约定，“土地摘牌的时限约定：甲方收到乙方打入的1000万元土地出让金专款后，四十五个日历天内确保摘牌成功，并办理好国有土地使用权证”,但是并未约定不能确保摘牌成功并办好土地证的后果，该《联合开发协议书》第十条第7款约定，“甲方须按约定的时限促使该土地摘牌成功。否则，甲方除立即全额退还乙方打入的1000万元人民币外，还应按年利率20%支付乙方资金占用费。”该条款约定的是土地摘牌不成功，应按年利率20%支付乙方资金占用费，因此，土地摘牌逾期的违约金应当计算至土地摘牌成功之时，2009年3月27日，武汉市江夏区国土资源管理局与森泰公司签订《国有建设用地使用权成交确认书》，即标志着土地摘牌成功，国有土地使用权证办理完毕是土地摘牌成功后的登记行为。2009年1月7日森泰公司将1000万元依约支付给长江职院，长江职院依约应保证在45天即2009年2月21日前摘牌成功，其2009年3月18日退款500万元给森泰公司，逾期土地摘牌违约金即资金占用费为163888.89元。森泰公司该项请求中，超出该数额的部分，不予支持。
（二）、首付款违约金问题
森泰公司主张依据约定进行计算，长江职院主张违约金计算标准过高，逾期时间从2010年8月21至8月24日，欠款数额为1000万元。2010年8月25日至11月2日，欠款数额为400万元，按照每日5000元计算，对于400万元的欠款而言，年利率超过40%，对于过高的违约金要求调整，一审法院认为，首付款违约金双方已经有约定，即逾期一日，支付违约金5000元，2010年8月21至8月24日，欠款1000万元，可以按照每日5000元计算违约金，数额为20000元，但是2010年8月25日至11月2日，欠款数额为400万元，如果按每日5000元计算，超过了年利率24%的标准，属于过高，调整为按照年利率24%计算此期间的违约金，数额为186666.67元。
（三）回购房余款逾期付款违约金的问题。
第一、是否存在回购房余款逾期付款的违约行为。
森泰公司主张拖欠部分违约金从2011年9月16日至2016年11月23日止按日千分之一计付。长江职院认为，《联合开发回购房补充协议》第七条约定：“回购房具备开盘条件后，乙方一次性交清30%款项，竣工验收合格移交后，余款一次付清。”“竣工验收合格”是余款付清的条件，江夏区城乡建设局的验收时间是2015年1月9日，此日前，我方早已付清房款，故不存在余款迟延支付的违约问题。一审法院认为，对于回购房余款的支付，2009年6月8日，双方签订的《联合开发回购房补充协议》第七条约定为“回购房具备开盘条件后，乙方一次性交清30%款项，竣工验收合格移交后，余款一次付清。”2011年9月5日，森泰公司与长江职院制作了会议纪要，其一致意见是：“一、森泰公司于2011年9月9日将334户教职工回购房钥匙一次性统一集中交给前期物业管理公司。二、长江职院于2011年9月9日向森泰公司拨付回购房相关款500万元，于2011年9月15日前付清全部回购款（其中能在2011年9月15日前办完公积金贷款的额度算在总额内）。否则，每逾期一日按应付未付金额1‰向森泰公司支付逾期违约金。”一审法院认为，会议纪要系双方自愿协商达成的一致意见，属于协议的范畴，对于余款支付的时间，双方协议为“于2011年9月9日向森泰公司拨付回购房相关款500万元，于2011年9月15日前付清全部回购款”，按照意思表示最近最新的原则，属于双方变更了回购房余款支付的时间，即2011年9月15日前付清全部回购款。长江职院未在2011年9月15日前付清全部回购款，属于违约行为，应当承担违约责任，长江职院的该辩称意见，与双方的约定不符，不予采信。该会议纪要约定按照按日千分之一计付违约金，长江职院提出调整按照年利率6.5%计算，对此违约金计算标准予以调整，调整为按照年利率24%计算。
第二、关于计算期限问题
双方约定在2011年9月15日前付清全部回购款，因此，应当从2011年9月16日起计算逾期支付回购房余款的违约金。截止2013年3月4日，长江职院下欠回购房余款252932元，长江职院于2014年1月10日向森泰公司支付了85万元，在双方没有对此款的性质进行明确约定的情形下，可以认为其支付了包含该部分欠款在内的款项。因此，逾期支付回购房余款的违约金计算至该日即2014年1月10日止。计算基数为从2011年9月16日起实际拖欠的数额，以实际应付款总额为基数减去已经支付的款项作为拖欠的数额，该项违约金数额为239967.88元。
（四）回购房的交付条件、是否逾期交付及承担违约责任问题
《联合开发回购房补充协议》约定：“七、回购住宅楼交付期限：土地摘牌后，甲乙双方成立工作专班，…，确保土地摘牌后三个月内破土动工，破土动工后一年内将住宅楼交甲方使用。”该时间不能够具体确定。《联合开发回购房补充协议》约定：“交房时间：甲方于2010年10月向乙方移交回购房，但遇下列原因（要及时告知乙方），交房日期据实延期：1、人为不可抗拒的自然灾害或其它客观存在不可抗拒事件。2、施工中遇到异常困难或重大技术问题，不能及时解决。3、乙方不按约定支付回购房价款。4、其它非甲方责任造成的工期拖延。”并约定了“五、回购房标准：新中式风格…。六、配套标准：…。”双方在会议纪要中又约定“森泰公司于2011年9月9日将334户教职工回购房钥匙一次性统一集中交给前期物业管理公司。”按照意思表示最新最近的原则，会议纪要约定2011年9月9日交房，该日森泰公司按照约定已经移交钥匙给前期物业管理公司，属于已经交房。长江职院认为“竣工验收合格移交”这是双方在对于回购房70%余款支付时间约定的条件，而且对此双方已经变更。况且森泰公司在交房前已经进行了住宅工程分户验收合格，双方合作开发合同中，没有约定以竣工验收备案作为竣工验收合格的判断标准，因此，住宅工程分户验收合格也是竣工验收合格的应有之意。所以，森泰公司交房符合双方的约定，其不存在逾期交房的违约行为，无需承担相关违约责任。长江职院反诉要求森泰公司承担逾期交房违约金无事实依据，不予支持。
（五）国有土地使用权证办证的税费承担问题
森泰公司要求长江职院支付其已代为缴纳的土地交易税费及契税、城市基础设施配套费合计5577901.18元。长江职院认为，该费用应是由森泰公司承担，森泰公司是按照联合开发协议第十条规定的解释，但合同解释应该是按照签订合同的本意和履行合同的本意来解释，58万元的组成是交给政府的每亩45万元和我们学校购买土地的每亩13万元。对方在支付该3项费用时我方完全不知情，如果知道我们作为高校是可以减免部分费用的。一审法院认为，双方合作开发协议约定“甲方承诺，该宗地以每亩不超过58万元（含土地出让金、配套费及办理国有土地使用权证的一切税费）价格包干摘牌成交（其中每亩13万元由乙方直接交付甲方）”。该约定很明确，长江职院承诺，每亩不超过58万元，包含了土地出让金、配套费及办理国有土地使用权证的一切税费，森泰公司向长江职院直接支付每亩13万元，该承诺的内容不存在理解上的分歧，事后，森泰公司向长江职院直接支付了每亩13万元，并不能否认58万元中包含土地出让金、配套费及办理国有土地使用权证的一切税费的约定，在通常情况下，土地出让金、配套费及办理国有土地使用权证的一切税费是摘牌方向有关部门缴纳，但是在其缴纳后，并不禁止相关当事人对此费用的最终分担进行自愿的约定，双方的此约定是合法有效的，在双方没有进行变更约定的情况下，双方应当依约履行。森泰公司在办证时缴纳了相关费用，可以依据合同约定要求长江职院承担支付。双方合同约定“5、甲方负责协调周边群众的关系。6、甲方负责协助乙方争取相关优惠政策和与政府各职能部门的工作联系。”又约定摘牌包干价58万元中包含土地出让金、配套费及办理国有土地使用权证的一切税费，其本就负有主动联系相关优惠政策的义务，不能说森泰公司缴纳上述费用时未主动告知，其就免除了承担上述费用的约定义务。故，长江职院的该辩称意见，不予采纳。森泰公司要求从2011年10月31日起按照日0.5‰计算资金占用费符合双方的约定，予以支持，但是其在2015年9月15日支付的部分，仅支持从其付款次日起计算。
（六）水电工程费的分摊问题
一审法院认为，双方达成的水电工程费分摊协议约定，双方按照建筑面积分摊相关水电工程费用，该建筑面积应当是各自使用的建筑面积，长江职院回购房部分，属于其使用的面积，森泰公司对外销售的面积属于其使用的面积，在双方没有其他约定的情况下，应当以此原则处理水电工程费分摊问题。在双方合作开发的长泰花园小区范围内，长江职院使用建筑面积之外的即为森泰公司使用的面积，没有其他。长江职院回购房实测面积为39931.58平方米，其余的面积则属于森泰公司使用部分，包含森泰公司认为不应计入的10﹟楼面积1411平方米、地下室面积2800平方米，面积小计为45614.66平方米，计算分摊总建筑面积则为85546.24平方米。
关于何费用计入分摊的问题：1、第一二期高低压供配电工程总费用809万元，长江职院应分担3776279015元，长江职院支付450万元，多支付723720.85元，森泰公司应向长江职院支付。2、一二期增压供水工程长江职院支付69万元，森泰公司应分担367919.33元。
对于专用于一期的水电工程费用分摊，按照双方在一期范围内各自使用的建筑面积进行分摊，长江职院使用建筑面积为39931.58平方米，森泰公司对外销售7558.42平方米，双方应按此面积计算分摊。可以计入分摊的费用问题：1、2009年7月12日，长江职院支付宿舍楼给水管道安装工程款33.7万元，发生在双方签订的水电工程费分摊协议之前，该协议没有约定此前发生的费用可以计入分摊，而按照合作开发协议约定，给水系长江职院负责的范围，因此，该款项不能计入分摊范围。2、一期专变室外低压工程款1170266元，森泰公司无异议，仅认为计算面积不同，该工程款计入分摊费用，长江职院反诉请求森泰公司支付165124元，予以支持。3、室外给水安装款587143元，森泰公司无异议，仅认为计算面积不同，该工程款计入分摊，森泰公司应分担93448.59元。4、2011年1月11日，长江职院与武汉市江夏区水务总公司签订《给水管道安装工程合同书》，约定该公司为长江职院给管迁移，工程款为5.8万元，工程预（结）书为2010年12月15日编制，森泰公司不认可，该合同没有约定具体地点，是否属于双方约定分摊范围不明，在无其他依据进一步佐证的情形下，认为不计入分摊费用较妥当。4、关于工程价款的审计费11501.58元，双方合同中对此无约定，森泰公司亦不认可，认为不宜计入分摊费用。
（七）天然气建设及燃气具费用分摊
长江职院与武汉江夏华润燃气有限公司签订合同，为长泰花园一期1#、2#、3#、4#楼住户统一安装天然气及每户配备了燃气具，每户安装费2300元、燃气具费每台3**元，长江职院已经支付了相关费用，该一期范围内，森泰公司对外销售55套房，55个住户，森泰公司作为受益人，对该费用145750元应当补偿给长江职院。
（八）被盗电缆费用分摊
因电缆被盗，长江职院与有关公司签订合同，恢复被盗电缆，支付工程款25.7万元，按照水电分摊协议，供电工程由长江职院负责施工，如其已经施工完毕移交森泰公司，则应由森泰公司负责，如其没有移交，则由自己负责。现长江职院没有提供相关的证据，要求森泰公司承担50%，森泰公司不认可，又没有约定依据与事实依据，不予支持。
（九）关于拖欠的电费
长江职院主张的电费，没有森泰公司的工作人员签字，其也不认可，长江职院该项请求证据不足，不予支持。
（十）关于停车场地修复费、场地租赁费，长江职院主张该两项费用，无合同依据与事实依据，森泰公司不认可，证据不足，不予支持。
（十一）关于房屋登记、查询费问题
森泰公司支付的房屋登记、查询费，系对每住户进行的，在双方合同中约定，回购房“办证税费由甲方业主承担”，非约定由甲方承担，其要求长江职院支付缺乏证据与事实依据，不予支持。
（十二）关于混凝土补偿费用问题
森泰公司要求长江职院支付混凝土补偿费用，长江职院认为，森泰公司主张所依据的是会议纪要等，没有合同和法律依据，这个费用不符合法律规定，不应承担。一审法院认为，从2009年11月23日会议纪要内容看，森泰公司长泰花园工程受阻，是红旗村要求长江职院对村前期建房规划设计地勘等费用给予一定补偿所致，为解决补偿问题，会议纪要要求森泰公司与红旗村签订地材供应协议，长江职院以签订地材供应协议等方式进行补偿，2010年1月5日会议纪要系对该问题的进一步落实，亦是在有关领导的主持下，就开发方代长江职院补偿红旗村有关事项达成如下意见：将在森泰公司与某公司签订的混凝土供应合同的合同价基础上，单价每平方米混凝土增加15元，由森泰公司承担，补偿给红旗村。用签订地材供应协议的方式对红旗村进行补偿，由森泰公司与红旗村签订地材供应协议，系长江职院参加的会议纪要中达成的意见，即由长江职院进行一定补偿是确定的，2010年1月5日会议纪要中的补偿价格，长江职院没有参与协商，由其全部承担有失公平，其如不承担，全部由森泰公司承担也有失公平，故该补偿费用双方各承担一半即112500元。由于该补偿系在政府部门、相关领导主持下确定的方案，双方又签订了地材供应协议而且有经营行为，该补偿行为是合法的，长江职院认为其不符合法律规定与上述会议纪要内容不符，不予采信。
（十三）其它问题
森泰公司主张的4号楼屋顶改造费用35600元、代建泵房、代垫拆除及恢复老师防火门费用合计32700元、多返给的土地出让金26800元，长江职院均认可，予以确认。因森泰公司亦有水电工程费用需要分担，由于双方未进行核算，互相之间应当承担支付的数额不明，而且均说对方不配合，故，双方互相所垫付的上述费用均无须承担违约责任，长江职院于2014年1月8日支付85万元，双方未明确款项的具体用途，视为支付了上述费用，森泰公司请求支付，不予支持。长江职院请求森泰公司返还其多支付的501968元属实，予以支持。
综合上述，依照《中华人民共和国合同法》第六十条第一款、第一百零七条、第一百一十四条之规定，判决：一、由长江工程职业技术学院向湖北森泰鑫鑫房地产开发有限公司支付土地逾期摘牌违约金163888.89元；二、由长江工程职业技术学院向湖北森泰鑫鑫房地产开发有限公司支付回购房首付款逾期付款违约金206666.67元；三、由长江工程职业技术学院向湖北森泰鑫鑫房地产开发有限公司支付回购房余款逾期付款违约金239967.88元；四、由长江工程职业技术学院向湖北森泰鑫鑫房地产开发有限公司支付其垫付的土地办证税费5577901.18元，并支付资金占用费，资金占用费以5439339.6元为基数，从2011年10月31日起，以138561.58元为基数，从2015年9月16日起，至2016年11月23日止均按日0.5‰计算；五、由长江工程职业技术学院向湖北森泰鑫鑫房地产开发有限公司支付其代付的混凝土补偿费112500元；六、由湖北森泰鑫鑫房地产开发有限公司向长江工程职业技术学院支付水电工程款分摊费1350212.79元；七、由湖北森泰鑫鑫房地产开发有限公司向长江工程职业技术学院支付天然气安装及燃气具费用145750元；八、由湖北森泰鑫鑫房地产开发有限公司向长江工程职业技术学院返还其多付款项501968元；九、上述判项一至八项均限于本判决书生效之日起十日内支付。十、驳回湖北森泰鑫鑫房地产开发有限公司的其他诉讼请求；十一、驳回长江工程职业技术学院的其他反诉请求。如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。本诉受理费88098元，由长江工程职业技术学院负担57030元，由湖北森泰鑫鑫房地产开发有限公司负担31068元，反诉受理费102532元，减半收取51266元，由湖北森泰鑫鑫房地产开发有限公司负担11390元，由长江工程职业技术学院负担39876元。
二审期间，双方均无新的事实及新的证据。
二审经审理查明，本院对一审法院查明的事实予以确认。
本院认为，长江职院与森泰公司就联合兴建教职工住宅楼事宜自愿协商一致，签订了《联合开发协议书》、《联合开发协议补充协议》及《会议纪要》，相关内容合法有效，双方均应全面依约履行。长江职院不服一审判决第一、三、四、五项向本院提起上诉，结合其上诉理由，本院评判如下：
关于逾期交房验收违约责任问题，长江职院上诉以案涉房屋未经验收交房手续为由主张逾期交房违约金765万元。双方签订《联合开发协议书》及《联合开发回购房补充协议》后，又于2011年9月5日的会议纪要中又更新约定“森泰公司于2011年9月9日将334户教职工回购房钥匙一次性统一集中交给前期物业管理公司”，2011年9月9日，森泰公司按约向长江职院设立的前期物业管理公司移交了回购房钥匙。且在交房前住宅工程分户验收均已合格，森泰公司交房符合双方合同的约定，不存在逾期交房的违约行为，故无需承担相关违约责任。长江职院上诉要求森泰公司按照森泰公司与长江职院的职工签订的《武汉市商品房买卖合同》应具备的商品房取得商品房竣工验收备案证明书的时间承担逾期交房违约金765元的上诉理由，没有合同及法律依据，本院不予支持。
关于土地摘牌逾期违约金，双方《联合开放协议书》第五条有明确约定，长江职院未在合同约定的45天内确保摘牌成功，理应按照合同约定承担逾期摘牌违约金，一审法院按照合同约定标准年利率20%计算资金占用费符合合同约定，亦有事实依据。长江职院上诉认为其不应承担土地摘牌违约金的上诉理由，没有合同及事实依据，本院不予支持。
关于回购款余款逾期付款违约金，2011年9月5日长江职院与森泰公司制作的会议纪要一致意见：“一、森泰公司于2011年9月9日将334户教职工回购房钥匙一次性统一集中交给前期物业管理公司。二、长江职院于2011年9月9日向森泰公司拨付回购房相关款500万元，于2011年9月15日前付清全部回购款（其中能在2011年9月15日前办完公积金贷款的额度算在总额内）。否则，每逾期一日按应付未付金额1‰向森泰公司支付逾期违约金。”，该会议纪要系双方自愿协商达成的一致意见，对于余款支付的时间，双方协议更新了回购房余款支付时间，即2011年9月15日前付清全部回购款。长江职院未在2011年9月15日前付清全部回购款即属违约，应承担违约责任。长江职院上诉主张其不应承担回购房余款逾期付款违约金的上诉理由，没有合同及事实依据，本院不予支持。
关于案涉土地办证的税费承担问题，森泰公司与长江职院签订的联合开发协议中明确约定，长江职院承诺，案涉宗地以每亩不超过58万元（含土地出让金、配套费及办理国有土地使用权证的一切税费）价格包干摘牌成交。因此，双方约定的每亩58万元应包含了土地出让金、配套费及办理国有土地使用权证的一切税费，森泰公司在办证时缴纳了相关费用，其超出按照每亩58万元计算的部分可以依据合同约定要求长江职院承担支付。一审法院判决长江职院向森泰公司支付土地办证税费及承担该款资金占用费正确。长江职院上诉认为其不应承担土地办证税费的上诉理由，于法无据，本院不予支持。
关于混凝土补偿费用，从2009年11月23日会议纪要内容可以看出，系因案涉长泰花园工程受阻，红旗村要求长江职院对村前期建房规划设计地勘等费用给予一定补偿所致，为解决补偿问题，在有关领导主持下2010年1月5日形成会议纪要，就开发方代长江职院补偿红旗村有关事项达成意见，由森泰公司与红旗村签订地材供应协议方式进行补偿，可见该费用最终应由长江职院承担。因长江职院未参与协商补偿价格，一审法院酌定各承担一半即112500元应属合理，长江职院上诉主张其不应承担该费用的上诉理由，于法无据，本院不予支持。
因本案案情复杂，双方争议较大，一审法院为了查清案情，两次进行了开庭审理，森泰公司在第二次庭审中增加及变更诉讼请求的行为未违反法律的规定，且长江职院对森泰公司增加及变更的诉讼请求均进行了应诉答辩，长江职院认为一审法院对森泰公司在庭审中增加及变更的诉讼请求进行审理，违反了法定程序，影响本案公正审判的上诉理由也不能成立，本院不予支持。
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