广西壮族自治区柳州市柳南区人民法院
民 事 判 决 书
（2013）南民初（二）字第1号
原告柳州汇银物流管理有限公司.
法定代表人张志玲，该公司董事长。
委托代理人秦大鹏，男。
委托代理人陈刚云，广西华震律师事务所律师。
被告柳州市新概念物流管理有限公司。
法定代表人王宇宏，该公司总经理。
委托代理人卢贤军，广西欣源律师事务所律师。
原告柳州汇银物流管理有限公司（以下简称汇银公司）诉被告柳州市新概念物流管理有限公司（以下简称新概念公司）土地租赁合同纠纷一案，根据柳州市中级人民法院（2011）柳市民二终字第244号民事裁定书的裁定，本院于2012年12月21日重新立案后，依法另行组成合议庭，于2013年4月24日公开开庭进行了审理。原告的委托代理人陈刚云，被告的委托代理人卢贤军到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告柳州汇银物流管理有限公司诉称，2007年3月8日，原告与被告协商，就柳国用（2004）字第133865号中约75亩土地出租给被告作仓库经营使用并签订了一份土地租赁协议。协议约定：给予被告5个月的建设期，此期间内免收租金，因此从2007年11月8日起开始计算租金。租金的交纳时间和方式是按季支付，也就是每次交纳三个月的月租金，于开始交纳租金的计算日期开始，以该交纳租金的计算时间的第一个月的15日前交清三个月的租金。协议约定每亩每月租金为人民币983.33元。租赁协议同时约定了违约责任和违约金的计算方法。协议签订后，被告分文没有交纳租金，被告的这种行为已经严重违反了双方签订的租赁协议的有关条款，损害了原告的合法权益，因此，特向法院提起诉讼，请求法院依法判令：1、被告支付租金合计人民币1917493.50元并支付违约金人民币2031067.46元（从2007年11月8日计至2010年1月7日，之后违约金另行计算），合计人民币3948560.96元；2、被告承担本案诉讼费。
原告对其陈述事实在举证期限内提供的证据有：
1、法定代表人身份证明书；
2、企业法人营业执照；证据1、2共同证明原告的主体
适格。
3、2006年9月29日，原告与柳州市城市投资建设发展有限公司（以下简称城投公司）签订的《柳州市旧机场土地租赁协议》，证明原告合法取得了本案诉争土地的使用权和开发经营权。
4、2007年3月8日，原告汇银公司与被告新概念公司签订的《汇银物流中心土地租赁协议》证明双方存在租赁关系真实合法有效。
5、2007年4月29日，原告汇银公司与黄百森签订的《汇银物流中心土地租赁协议》；
6、2007年3月8日，原告汇银公司与宜州市卓洪有限责任公司（以下简称卓洪公司）签订的《汇银物流中心土地租赁协议》；证据5、6共同证明在同一个时间原告还与他人签订相似合同，合同内容和原告汇银公司与被告新概念公司签订的《汇银物流中心土地租赁协议》大致相同。
7、2007年3月8日，卓洪公司授权委托书，卓洪公司委托陈耀基与原告汇银公司签订租赁土地开发市场合同；
8、陈耀基身份证；
9、2007年3月8日，卓洪公司的《承诺书》；证据7、8、9共同证明当时原告汇银公司本欲与卓洪公司签订合同，后为了方便经营，由卓洪公司股东陈耀基在柳州重新组建公司来经营，对与韦伟签订合同的租金有参照作用。
10、被告新概念公司章程，证明证据4的法律效力，说明租金递增的幅度，违约责任等。
11、柳州市柳北区人民法院（2009）北民民一初字第192号民事判决书；
12、柳州市中级人民法院（2009）柳市民二终字第200号民事判决书；证据11、12共同证明原告汇银公司原聘用的原总经理张萍擅自滥用公司的印章对外的事实，且该事实得到生效判决书的确认。
13、2007年7月25日，原告汇银公司企业名称变更通知书，证明原告现名称是由原柳州市汇银仓储有限公司变更而来，主体适格。
14、2007年5月15日，原告汇银公司与廖铭宣签订的租赁合同，证明当时原告与廖铭宣签订租赁合同时，合同约定的年限，租赁条件和原告汇银公司与被告新概念公司签订的租赁合同都是相同的。
15、2009年6月3日，原告汇银公司起诉其原总经理张萍的庭审笔录，证明目的与证据11、12证明目的一致。
16、户籍证明、结婚登记申请书、婚姻状况证明，证明当时原告汇银公司的原总经理张萍与被告新概念公司的老总是夫妻关系，结合上面的证据，他们有恶意串通的条件。
17、2009年9月4日，城投公司发给原告汇银公司的催款通知书；2010年1月8日，原告汇银公司发给城投公司的不同意解除合同函告书；汇给城投公司的六张进账单（2009年9月9日、9月18日、9月22日，圣堂仓储中心三次代原告汇银公司转给城投公司租金、土地使用税；2009年12月29日，起重机公司代原告汇银公司转给城投公司租金；2010年3月8日、3月25日，原告汇银公司二次转给城投公司的税金。），证明原告欠缴城投公司租金的原因，原告在规定的时间内付清了土地使用费，同时证明原告不同意解除合同。
被告柳州市新概念物流管理有限公司辩称，完全不同意原告方的诉请。第一、原告诉被告支付租金1917493.5元没有事实和法律依据，主要的理由是被告已经履行了双方签订的两份合同（2007年3月8日签订的租赁合同和2007年7月8日签订的补充协议）的主要义务，并不存在违约情形。原告方承诺帮忙办理许可证及延长被告的建设期限，后因原告方的原因导致其与城投公司的租赁合同解除。被告认为本案的租金应该是从2008年12月8日起计算至2009年9月25日，实际应当支付的租金为398949元，被告也已经支付完毕。至于违约金是不应当支付的，因原告转租给被告的土地租赁合同没有得到城投公司的同意，双方签订的应属无效合同。第二、即使是本案原、被告签订的租赁合同和补充协议是有效合同，被告已交纳租金的数额超过双方约定的数额，相反因原告的原因存在违约情形还致使被告利益受损。原告的诉请与事实不符，2007年3月8日韦伟签订的协议法律效力未明待定，第四条第一项规定盖章签字后生效，当时新概念公司并不存在，所以才有之后的补充协议。有法律效力的是城投公司与原告签订的租赁合同，原、被告签订的补充协议。2007年3月8日，原告与被告及卓洪公司同时签订了合同，原告用与卓洪公司签订的合同代替与新概念公司签订的合同是不符合事实的，本案应该以2007年7月8日签订的合同为准，2007年7月8日为合同生效的时间。补充协议约定原告需为被告办理规划建设手续，规划建设期被告不需支付租金，目前原告仍没有为被告办理规划建设的手续，因此原告要求被告支付租金与合同约定及法律规定不相符。被告应原告的要求支付了70多万元，被告没有欠原告一分钱，原告还应该返还被告多支付部分，被告会另案起诉。原告将城投公司的土地转租给被告，被告当初是不知情的，而原告收到被告从2008年12月19日开始通过银行转账支付的租金，也不开具相关收据，给被告造成了损失，原告还起诉到法院。2010年1月被告与城投公司签订了土地租赁协议，并交纳租金和税款。本案原告起诉是延付租金，按法律规定，延付租金的起诉期限是一年，原告的诉请超过了诉讼时效，法院应依法驳回原告的诉请。
被告为其辩解在举证期限内提供的证据有：
1、2007年7月8日，原告汇银公司与被告新概念公司签订的《汇银物流中心土地租赁补充协议》，证明是对《汇银物流中心土地租赁协议》的补充，补充协议才约定了租赁的土地面积、租金和违约责任。
2、2007年3月8日，刘忠华的转账凭证，证明在被告新概念公司与原告汇银公司签订合同的当天，刘忠华个人为被告新概念公司转给原告汇银公司的定金25万元，证实被告新概念公司已经履行了相应义务。
3、2008年7月9日，15万元的转账凭证；
4、2008年3月31日，5万元的转账凭证；
5、2008年4月21日，5万元的转账凭证；
6、2008年4月28日，5万元的转账凭证；
7、2008年12月19日，2万元的转账凭证；
8、2009年5月5日，3万元的转账凭证；
9、2009年6月11日，5万元的转账凭证；
10、2009年7月3日，3万元的转账凭证；证据3-10的转账凭证共同证明，2008年7月9日至2009年7月3日，被告新概念公司共付给原告汇银公司的租金430000元的事。
11、2008年6月12日，被告新概念公司出具给原告汇银公司的用电计量确认单，证明原告汇银公司通过被告新概念公司的电表用电及欠费情况，这部分欠款应当从租金里面抵扣。
12、2009年9月25日，城投公司向原告汇银公司发出的解除合同通知书，证明城投公司通知原告汇银公司解除双方2006年9月29日签订的《柳州市旧机场土地租赁协议》。
13、2010年10月，被告新概念公司与城投公司签订《柳州旧机场土地租赁协议》，证明从2010年10月1日起被告新概念公司的租金直接向城投公司交纳。
14、2010年12月7日，被告新概念公司向税局交纳土地使用税票据，证明被告新概念公司从2009年9月25日以后与城投公司直接签订合同双方形成了租赁合同关系，并交纳相关的税费。
15、2010年1月6日、1月29日、3月18日、11月4日、12月13日的转账凭证，证明被告新概念公司在与城投公司签订租赁合同后交纳租金的事实。
16、2007年5月10日，柳南区城市管理行政执法局发给被告新概念公司的柳城管调字柳南（2007）J-0003693《行政执法调查通知书》；
17、2007年5月10日，柳南区城市管理行政执法局发给被告新概念公司的《行政执法处罚通知书》；证据16、17共同证明因原告汇银公司未按约定办理建设规划手续，致使被告新概念公司不能进行工程建设。
18、2007年9月23日，被告新概念公司给原告汇银公
司发的《函》，要求原告汇银公司尽快办理建设规划手续；
19、2007年9月27日，原告汇银公司给被告新概念公
司的《回函》，认可建设规划手续尚在办理之中，同意建设期顺延；
20、2008年6月8日，原告汇银公司给被告新概念公司
的《函告》，告知被告新概念公司，一是《建筑工程规划许可证》办理出现困难；二是要求被告新概念公司从2008年6月1日开始支付租金，之前不再计租；三是履约保证金的10万元转为押金，其余转为租金；
证据18、19、20共同证明原告汇银公司在与被告新概念公司签订合同的时候承诺办好土地规划手续，让被告新概念公司能正常经营，但因原告汇银公司未及时办好手续的原因，导致被告新概念公司被罚款，同时证明支付租金是从2008年6月1日开始，预付的履约保证金转为租金及押金。
21、被告新概念公司给柳州市建设委员会的《报告》及柳州市公安消防支队出具的《建筑工程消防验收意见书》，证明被告新概念公司是自己向建委申请办理建设手续，其消防工程于2008年11月17日才得以验收合格。
22、2009年9月27日原告汇银公司发给被告新概念公司的《解除合同通知书》，证明因城投公司与原告汇银公司解除租赁合同后，原告通知被告，1）无法继续履行双方签订的《汇银物流中心土地租赁协议》及与此相关的一切合同和协议；2）要求被告在2009年9月底前核对账目，结算截止至2009年9月25日的所有款项；3）可于即日起直接向城投公司支付土地租金，并与其协商由被告沿续租赁土地的相关事宜。
经开庭质证，被告新概念公司对原告汇银公司提交的证据1-4、10-13、15-16的真实性无异议；原告对被告提交的证据2-6的真实性无异议；本院对上述当事人均无异议的证据予以认定。
原告汇银公司对被告新概念公司提交的证据1、7-22的真实性有异议，认为：证据1，原告汇银公司已委托法院进行鉴定，经上海华东政法大学鉴定中心经过司法鉴定后，认可该证据存在人为老化的现象，原告汇银公司对其真实性不认可；
证据7-10、21的真实性无法确认，由法院认定；
证据11、不能证明原告汇银公司欠被告的电费；
证据12、原告汇银公司没有委托任何人签字，因为原告的公章存在滥用情况，原告与城投公司至今尚未解除合同；
证据13、无法证明原告汇银公司与城投公司解除合同，也没有与被告新概念公司解除合同，因此被告新概念公司不应当与城投公司签订合同；
证据14-15、无法证明原告汇银公司与被告新概念公司已解除合同关系；
证据16-17、被告新概念公司作为建设方应当依法进行申报建设，产生的责任不能归咎于原告汇银公司；
证据18-20、原告汇银公司没有收到过被告新概念公司的通知，也没有回函给被告新概念公司；
证据22、被告提交的这份《解除合同通知书》的真实性无法确认。因原告公司的公章原来一直由原总经理张萍所持，而被告新概念公司的老总与张萍是夫妻关系，存在利害关系，这份通知是恶意损害原告公司合法权益，是无效的。城投公司给原告公司的解除合同通知书，原告收到后立即复函，不同意解除与城投公司的合同，目前为止，原告与城投公司的租赁合同还没有解除。
本院认为，被告提交的证据1是原、被告签订的《汇银物流中心土地租赁补充协议》，原告委托法院对该证据进行司法鉴定，但上海华东政法大学鉴定中心在检验过程中认为“该案的文件物质成分的检测结果不稳定，存在人为老化现象，故不具备进一步检验的条件。”该证据在检验过程中，虽然负责检验的部门认为证据本身存在人为老化现象，不具备进一步检验的条件，但证据的本身并非伪造或是假的，其真实性是客观存在的。如果没有该补充协议，本案也就无确定租赁土地的面积、支付租金的依据，对该补充协议存在的真实性，本院予以确认。证据7-10是被告汇给原告的租金，有银行的汇款票据为凭，对其真实性，本院予以确认；
证据11是被告出具的原告通过被告的供电系统的用电量及应缴电费，该证据有原告的盖章确认及其副总甘长胜的签字确认，对其真实性，本院予以确认；
证据12是城投公司于2009年9月25日向原告发出的解除合同通知书，通知原告汇银公司解除双方在2006年9月29日签订的《柳州市旧机场土地租赁协议》的合同关系、要求原告汇银公司在接到通知10日内办妥与转租户的合同解除事宜、结清2009年9月30日前拖欠的租金，并将城投公司与原告汇银公司解除合同的事宜在报纸上登报公告。对其真实性，本院予以确认。
证据13是2010年10月，被告新概念公司与城投公司签订的《柳州旧机场土地租赁协议》，确认合同期限从2010年10月1日至2015年10月1日，对其真实性，本院予以确认；
证据14是被告新概念公司于2010年12月7日向柳州市柳南区地方税务局支付的城市土地使用税的凭证；
证据15是被告新概念公司于2010年1月6日、1月29日、3月18日、11月4日、12月13日汇给城投公司租金的进账单的银行凭证；对证据14、15的真实性，本院予以确认。
证据16是柳南区城市管理行政执法局向被告发出的《柳州市城市管理行政执法调查通知书》柳城管调字柳南（2007）J-0003693；
证据17是柳南区城市管理行政执法局向被告新概念公司发出处罚该公司的《柳州市城市管理行政执法处罚告知书》柳城管告字柳南（2007）F-0014280；对证据16、17的真实性，本院予以确认；
证据18是被告新概念公司于2007年9月23日给原告汇银公司的《函》，要求原告汇银公司及时办理工程建设规划手续；
证据19是原告汇银公司收到被告新概念公司2007年9月23日的《函》后，于2007年9月27日给被告新概念公司的《回函》，原告汇银公司在《回函》里，说明：项目的规划总平图已获批准、《建筑工程规划许可证》尚在办理之中、同意被告新概念公司所租土地项目的建设期顺延。对证据18、19的真实性，本院予以确认；
证据20是原告汇银公司2008年6月8日给被告新概念公司的《函告》，内容为：“2007年贵公司与我公司签订了柳国用（2004）字第133865号土地的租赁协议，约定我公司负责办理贵公司租赁土地建设的工程建设规划手续，我公司按约定一直在积极履行该义务，项目的规划总平图已于2007年8月16日获得策划部门的批准，由于出现与贵公司无关的原因，《建筑工程规划许可证》办理出现困难。
由于本地块的使用权所有人-----
柳州市城市投资建设发展有限公司要求我公司于2008年6月1日开始支付租金，我公司抱歉的通知贵公司原补充协议第四条约定的为贵公司办理建设规划手续的内容无法履行，请贵公司从2008年6月1日开始向我公司支付租金，以便我公司向土地使用权所有人
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柳州市城市投资建设发展有限公司交纳我公司需付的土地租金，以免影响贵公司的租赁使用，2008年6月1日前不再计租，作为我公司无法为贵公司办理建设规划许可手续的补偿，请贵公司谅解。
另外此日期前贵公司所转来的履行保证金（除转为押金的10万元外）和所有预付租金均转为租金，并望贵公司今后依照租赁协议约定按时支付租金。”对证据20的真实性，本院予以确认。
证据21是柳州市公安消防支队给被告的《建筑工程消防验收意见书》，证实被告新概念公司所报的新概念汇银物流中心13#、14#、15#物品仓库建筑工程消防验收合格的意见书。对证据21的真实性，本院予以确认。
证据22是原告汇银公司2009年9月27日给被告新概念公司的《解除合同通知书》，内容为：“我公司于2009年9月25日收到了柳州市城市投资建设发展有限公司发给我公司的《解除合同通知书》，解除了我公司与其于2006年9月29日签订的《柳州市旧机场土地租赁合同》及与此相关的一切合同和协议，并要求接到通知的10日内办妥与转租户的合同解除相关事宜。现根据有关内容，我公司通知如下：
一、我公司因承租土地协议被解除而丧失了柳州市旧机场205亩土地的租赁权。已无法继续履行与贵公司签订的《汇银物流中心土地租赁协议》及与此相关的一切合同和协议。
二、请贵公司与2009年9月底前与我公司核对账目，结算截止至2009年9月25日的所有款项。
三、贵公司可于即日起直接向柳州市城市投资建设发展有限公司支付土地租金，并与其协商由贵公司沿续租赁土地的相关事宜。”对证据22的真实性，本院予以确认。
被告对原告提交的证据5-9、14、17的真实性有异议，认为：证据5是原告与黄百森签订的《汇银物流中心土地租赁协议》；
证据6是原告与卓洪公司签订的《汇银物流中心土地租赁协议》；
证据5、6的真实性由法院来认定，与本案的合同没有必然联系；
证据7是卓洪公司给陈耀基的授权委托书；
证据8是陈耀基身份证；
证据9是卓洪公司的一份承诺书；
证据7、8、9是原告汇银公司用以证明与他人也签订了和原、被告签订的合同相类似，但这几份证据与本案没有必然联系。
证据14是原告与廖铭宣签订的《汇银物流中心土地租赁协议》，其真实性由法院来认定，该证据与本案无关。
证据17是原告与城投公司之间的关系，与被告无关，其内容被告无法判断。
本院认为，原告汇银公司提交的证据5-9、14均是原告汇银公司与他人签订的合同，是原告汇银公司用以证明与他人也签订了和原、被告签订的合同相类似，但这几份证据与本案无关联，本院对其关联性不予认可。
证据17是原告汇银公司与城投公司之间就双方是否解除合同、城投公司向原告汇银公司催交所欠租金的函件，以及圣堂仓库中心、起重机公司代原告汇银公司转给城投公司租金、税金的凭证，与本案无关联，本院对其关联性不予认可。
综合全案证据，本院确认以下法律事实：
2007年7月25日原柳州汇银仓储有限公司向工商部门申请企业名称变更为现名称柳州汇银物流管理有限公司。
被告新概念公司于2007年5月29日成立。
2006年9月29日，原告与城投公司签订《柳州市旧机场土地租赁协议》，合同约定：城投公司将属其享有合法使用权位于柳州市旧机场的约250亩土地出租给原告；租赁期限暂定为15年。
2007年3月8日，韦伟以被告（乙方）的名义与原告（甲方）签订《汇银物流中心土地租赁协议》，合同约定：甲方将与城投公司签订合同而取得合法使用权的位于柳州市旧机场土地汇银物流中心范围内约75亩土地出租给乙方，由乙方依照经政府有关部门批准的项目总体规划，在甲方划定的出租土地范围内进行建设经营；租赁期限暂定为15年；从第四年起租金每年按5%递增；支付方式，租金自双方约定的建设期限到期之日起计收，由乙方按当季第一个月15日前直接交纳或转入甲方指定的银行账号；双方的责任和义务，“甲方：确保出租土地使用权的合法性；负责办理项目的工程建设规划手续；负责规划制定整个项目的总体布局及提供乙方租赁地块上建筑物的设计标准；给乙方5个月的项目建设期，在建设期内不计算土地租金；不干涉乙方正常的经营活动。乙方：未经甲方允许，不得擅自改变租用土地的规划用途、不得在本地块上经营日夜货运停车服务、不得自行转租或抵押、租用土地上的建筑物和附属物不得自行整体转租或抵押、实际建造时不得改动设计标准、负责设计费、监理费、办理报建所需的一切费用、以及“三通一平”的费用、负责水、电费用、协议签订后7个工作日内缴纳每亩3500元的定金，待甲方发出用地通知书后7个工作日内，补齐每亩半年的土地租金作为项目建设期的履约保证金”。违约责任：乙方逾期不付租金的，按所欠款项总额每日3‰计收滞纳金，乙方逾期三个月不支付租金、或在一年后项目主体部分仍未能全部投入使用时均视为违约，甲方有权终止协议、收回土地，地块上所有建筑物和附属物均无偿归甲方所有，罚没履约保证金，并追究乙方造成甲方的经济损失；乙方按时交付租金后，甲方不按时付给城投公司，从而造成乙方的损失由甲方承担。在这份合同里，双方并没有确定租赁物的面积、租金如何计算。
2007年7月8日，原、被告再次签订《汇银物流中心土地租赁补充协议》，补充协议约定：原告确保原协议约定转租给被告的土地行为是经城投公司同意的；双方确认转租的土地面积为69.5亩；自签订协议之日起第一、二、三年为市场培育期，被告每年应支付的土地租金为每亩人民币7200元，以后每三年租金增长10%；原告给被告的项目建设期从原告为被告办理得到建设规划手续时计算，建设期为六个月，项目建设期间不计算租金；租金的支付方式由被告每个季度最后一个月20日前，转入原告指定的银行账号；被告在项目建成投入使用后，履约保证金中的10万元转为经营期押金，其余转为租金。
原告确认收到刘忠华2007年3月8日汇进其账上的250000元是被告支付的履约保证金。
被告先后付给原告租金430000元（其中：2007年7月9日付150000元；2008年3月31日付50000元；2008年4月21日付50000元；2008年4月28日付50000元；2008年12月19日付20000元；2009年5月5日付30000元；2009年6月11日付50000元；2009年7月3日付30000元）。
由于原告未能为被告及时办理项目的工程建设规划手续，2007年5月9日、10日柳南区城市管理行政执法局先后向被告发出了《柳州市城市管理行政执法调查通知书》、《柳州市城市管理行政执法处罚告知书》。
2007年9月23日，被告发函给原告，要求原告及时办理项目的工程建设规划手续。
2007年9月27日，原告回函说明《建设工程规划许可证》尚在办理之中，同意在《建设工程规划许可证》取得之前，被告所租的土地项目的建设期顺延。
2008年6月3日，被告向柳州市建设委员会申请办理开工报建及相关竣工手续。
2008年6月8日，原告发函给被告，说明：《建设工程规划许可证》办理出现困难；城投公司要求原告从2008年6月1日开始支付租金，所以也要求被告从2008年6月1日开始向原告支付租金，2008年6月1日前不再计租金，作为原告无法办理《建设工程规划许可证》的补偿；被告的履约保证金的10万元为押金，其余均转为租金。
2008年6月12日，被告出具了原告自2007年7月10日至2008年5月25日止，通过使用被告供电系统提供的用电量为54002度、需支付电费48601.8元的《用电量确认单》，原告在《用电量确认单》上盖章签字确认。
2008年11月7日，柳州市公安消防支队给被告出具了建设工程消防验收合格的意见。
2009年9月4日，城投公司向汇银公司发出《催款通知书》，要求汇银公司务必于2009年9月30日之前一次性支付所欠的租金和土地使用税金，否则将追究汇银公司的违约责任。
2009年9月25日，城投公司以汇银公司拖欠场地租金及未经同意擅自将租赁土地转租他人为由，作出解除2006年9月29日城投公司与汇银公司签订的《柳州市旧机场土地租赁合同》的《解除合同通知书》发给汇银公司，要求汇银公司在2009年9月30日前结清欠款及滞纳金，以及在接到通知10日内办妥与转租户的解除合同事宜。城投公司将与汇银公司解除合同一事登报公告，确认解除合同的时间是2009年9月25日，公告事宜有一项写明“与汇银公司签订有租赁合同的承租户请自行与汇银公司协商善后处理事宜。”
2009年9月27日，原告汇银公司向被告发出《解除合同通知书》，内容为：“我公司于2009年9月25日收到柳州市城市投资建设发展有限公司发给我公司的《解除合同通知书》，解除了我公司与其于2006年9月29日签订的《柳州市旧机场土地租赁合同》及与此相关的一切合同和协议，并要求接到通知10日内办妥与转租户的合同解除事宜，我公司通知如下：一、我公司因承租土地协议被解除而丧失了柳州市旧机场205亩土地的租赁权，已无法继续履行与贵公司签订的《汇银物流中心土地租赁协议》及与此相关的一切合同和协议。二、请贵公司于2009年9月底前与我公司核对账目，结清截止至2009年9月25日的所有款项；三、贵公司可于即日起直接向柳州市城市投资建设发展有限公司支付土地租金，并与其协商由贵公司沿续租赁土地的有关事宜。”
2010年10月，新概念公司与城投公司签订了《柳州旧机场土地租赁协议》，约定城投公司将位于柳州市旧机场航五路南侧69.50亩的土地（柳国用（2004）字第1338**号）租赁给新概念公司，租赁期限为5年，自2010年10月1日至2015年9月30日止。之后，新概念公司开始从2010年1月6日、1月29日、3月18日，11月4日、12月13日共支付给城投公司押金及土地租金573375元。2010年12月7日，新概念公司向地税部门缴纳了2010年1月1日至12月31日的土地使用税款254834.64元。
另，本案审理过程中，原告认为其原总经理张萍（2008年7月28日被免职）与被告的法定代表人王宇宏是夫妻关系，当时两人恶意串通炮制出《汇银物流中心土地租赁补充协议》，故要求对《汇银物流中心土地租赁补充协议》中的汇银公司的公章真伪进行鉴定，经华东政法大学司法鉴定中心于2010年11月24日出具公函，公函载明：在检验中发现，该案的文件物质成分的检测结果不稳定，存在人为老化现象，故不具备进一步检验的条件。汇银公司对自已的主张没有提供证据证实《汇银物流中心土地租赁补充协议》是其原总经理张萍与被告的法定代表人王宇宏恶意串通炮制而成。
本案在第一次一审判决后，原告上诉至二审法院，二审期间，原告对被告在二审提供的用以佐证2007年7月8日双方签订《汇银物流中心土地租赁补充协议》的真实性的2007年9月23日被告向原告出具的函、2007年9月27日原告出具的回函、2008年6月8日原告出具的函告上的公章的真伪及形成时间申请进行鉴定。在重审期间，经释明后，2013年2月21日，原告书面表明，因其原已申请对《汇银物流中心土地租赁补充协议》作了鉴定，已证实该证据是不真实的，依法不能采信，因此，被告依据《汇银物流中心土地租赁补充协议》而提供的这三份证据是虚假的，无需对这三份证据的公章的真伪及形成时间进行鉴定。
原告认为双方协议签订后，被告未按约定交纳租金，被告的这种行为已经严重违反了双方签订的租赁协议的有关条款，损害了原告的合法权益，因此，特向法院提起上述之诉讼。
本院认为，本案当事人的争议焦点是：一、双方签订的《汇银物流中心土地租赁补充协议》是否有效；二、双方签订的合同是否已经解除；三、被告新概念公司是否欠原告汇银公司的租金及计算租金的起止时间；四、原告的起诉是否已超过诉讼时效。
争议焦点一、双方签订的《汇银物流中心土地租赁补充协议》是否有效：2006年9月29日，城投公司与原告汇银公司签订的《柳州市旧机场土地租赁协议》中并未约定汇银公司取得承租权后可以或不可以转租他人，但汇银公司将租用的土地部分转租他人并未征得城投公司的同意，以致后来成为城投公司与原告汇银公司解除合同的原因之一。
原告汇银公司与被告新概念公司签订《汇银物流中心土地租赁协议》的时间是2007年3月8日（新概念公司的成立时间是2007年5月29日），该协议里并没有原告诉状中陈述的双方约定从2007年11月8日起开始计算租金，也没有约定每亩每月租金为人民币983.33元，只是对租赁的土地面积约定为约75亩，而双方对该协议的真实性均无异议。该协议签订时，新概念公司尚在工商部门办理登记注册成立中，该协议应属效力待定合同。2007年5月29日新概念公司在工商部门登记注册成立后，同年7月8日双方才签订了《汇银物流中心土地租赁补充协议》，在这份协议里双方才确认：租赁的土地面积为69.5亩，自签订协议这日起第一、二、三年为市场培育期，每年每亩租金为人民币7200元。这份补充协议是对前一份协议的完善和补充，如果没有补充协议，双方单就《汇银物流中心土地租赁协议》是难以履行的。原告主张双方签订《汇银物流中心土地租赁补充协议》，是其原总经理张萍与被告的法定代表人王宇宏恶意串通炮制的行为，但原告对其主张又未能提供证据予以佐证。故，原告要求对《汇银物流中心土地租赁补充协议》中的汇银公司所盖的公章真伪进行鉴定，经华东政法大学司法鉴定中心于2010年11月24日出具的公函载明：在检验中发现，该案的文件物质成分的检测结果不稳定，存在人为老化现象，故不具备进一步检验的条件。华东政法大学司法鉴定中心出具的只是一份说明，并非是鉴定结果，这份说明不能证明《汇银物流中心土地租赁补充协议》上所盖的汇银公司的公章就是假的，也不能证明是原告原总经理张萍与被告的法定代表人王宇宏恶意串通炮制的行为。因此，本院认为，原、被告签订的两份合同都是双方真实意思的表示，合同依法成立，内容合法，没有违反法律法规，属有效合同，应受法律保护。原、被告应当依照签订的两份合同履行各自的权利和义务。第一份合同签订后，被告依约于当天付给原告定金25万元，第二份合同签订后，被告依约从2007年7月9日至2009年7月3日先后付给原告租金430000元。原告否认补充协议是没有事实依据的，对原告否认这份补充协议的观点，本院不予采信。
争议焦点二、双方签订的合同是否已经解除：2009年9月25日，城投公司以汇银公司拖欠场地租金及未经同意擅自将租赁土地转租他人为由，作出解除2006年9月29日城投公司与汇银公司签订的《柳州市旧机场土地租赁合同》的《解除合同通知书》发给汇银公司，并将与汇银公司解除合同一事登报公告，确认解除合同的时间是2009年9月25日，公告事宜有一项写明“与汇银公司签订有租赁合同的承租户请自行与汇银公司协商善后处理事宜。”原告汇银公司在接到城投公司的《解除合同通知书》后，于2009年9月27日，向被告发出《解除合同通知书》，告知被告，汇银公司于2009年9月25日收到城投公司的《解除合同通知书》，解除汇银公司与城投公司于2006年9月29日签订的《柳州市旧机场土地租赁合同》及与此相关的一切合同和协议。汇银公司为此特通知被告，1、我公司因承租土地协议被解除而丧失了柳州市旧机场205亩土地的租赁权，已无法继续履行与贵公司签订的《汇银物流中心土地租赁协议》及与此相关的一切合同和协议；2、请贵公司于2009年9月底前与我公司核对账目，结清截止至2009年9月25日的所有款项；3、贵公司可于即日起直接向柳州市城市投资建设发展有限公司支付土地租金，并与其协商由贵公司沿续租赁土地的有关事宜。因此，新概念公司于2010年10月，与城投公司签订了《柳州旧机场土地租赁协议》，约定城投公司将位于柳州市旧机场航五路南侧69.50亩的土地租赁给新概念公司，租赁期限为5年。之后，新概念公司从2010年1月6日、1月29日、3月18日，11月4日、12月13日共支付给城投公司押金及土地租金573375元。还向地税部门缴纳了2010年1月1日至12月31日的土地使用税款254834.64元。这一过程完整的证据链的形成，是双方解除合同的结果，解除合同的时间就是2009年9月27日。故，原告以其没有与被告解除合同的主张，本院不予采信。
争议焦点三、被告新概念公司是否欠原告汇银公司的租金及计算租金的起止时间。由于原告未能按约为被告办理项目的工程建设规划手续，而是由被告自行申请办理了项目的工程建设规划各种手续并通过了项目的验收。为此，原告2008年6月8日发函给被告，说明：办理《建设工程规划许可证》出现困难，而且城投公司要求原告从2008年6月1日开始支付租金，所以原告也要求被告从2008年6月1日开始向原告支付租金，并且承诺2008年6月1日前不再计租是作为原告无法办理《建设工程规划许可证》的补偿；同意被告的履约保证金的10万元为押金，其余均转为租金。因此，被告新概念公司需支付租金的时间应当确定为2008年6月1日开始，截止的时间是原告向被告发出《解除合同通知书》中明确要求结清所有款项的2009年9月25日，共计15个月25天。支付金额则应以双方签订的《汇银物流中心土地租赁补充协议》为依据，每亩每年7200元。因此，被告应支付原告的租金为659775元【每亩每年7200元×69.5亩＝500400元／年；500400元÷12个月＝41700元／月；500400元÷365＝1371元／天。应付租金41700元×15个月（2008年6月至2009年8月）＝625500元；1371元×25天（2009年9月1日至25日）＝34275元。总租金为625500元＋34275元＝659775元】。被告在履约期间，至2009年7月3日，已支付租金628601.8元（其中：2007年7月9日至2009年7月3日先后分8次支付430000元；原告在2008年6月8日发给被告的函中，同意被告2007年3月8日交的250000元履约保证金的10万元为押金，150000元转为租金；原告确认尚欠被告的电费48601.80元，应作为租金冲抵）。应付租金659775元与已支付的租金628601.8元相互冲抵后，被告实际尚欠原告的租金为31173.2元。
双方签订的《汇银物流中心土地租赁协议》的违约责任明确，“乙方（即被告）逾期不向甲方（即原告）支付租金时，甲方按乙方所欠款项总额每日3‰计收滞纳金”。后签订的《汇银物流中心土地租赁补充协议》约定“除国家征用甲方转租给乙方的土地外，任何一方不得无故解除本土地租赁协议。如因甲方原因导致甲方丧失了本转租地块的租赁使用权，则原协议与补充协议从甲方丧失租赁使用权之日起自动解除，甲方除赔偿对方一切经济损失外，还应向对方支付200万元违约金。”，由此可见解除合同的原因是原告丧失了本转租地块的租赁使用权，而不是被告。双方的租赁合同在原告向被告发出《解除合同通知书》的2009年9月27日解除。即对于2009年8月至9月27日，因该期间租赁合同解除，故只存在欠缴租金而不存在逾期支付租金违约金。根据查明的事实，被告支付的租金足已支付2009年8月之前的租金，故被告不需向原告支付逾期支付租金违约金。原告要求被告支付逾期违约金的诉请，没有事实依据，本院不予支持。
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