重庆市第五中级人民法院
民 事 判 决 书
(2017)渝05民终892号
上诉人（一审被告）：重庆西部国际汽车城有限公司，住所地重庆市巴南区渝南大道20号，组织机构代码74287089-x.
法定代表人：唐文华，执行董事。
委托代理人：杨光，重庆华立万韬律师事务所律师。
委托代理人：张幸，重庆华立万韬律师事务所律师。
被上诉人（一审原告）：重庆市巴南区长江卷闸门厂，住所地重庆市巴南区花溪镇其龙村2组，组织机构代码X2207360-6。
负责人：陈佳，厂长。 委托代理人：冉文俊，重庆盛全律师事务所律师。
原审第三人：陈德华。
上诉人重庆西部国际汽车城有限公司（以下简称西部车城）因与被上诉人重庆市巴南区长江卷闸门厂（以下简称卷闸门厂）、原审第三人陈德华房屋拆迁安置补偿合同纠纷一案，不服重庆市巴南区人民法院（2016）渝0113民初705号民事判决，向本院提起上诉。本院受理后依法组成合议庭审理了本案。现已审理终结。
西部车城上诉请求：二审法院撤销一审判决中第一项和第二项内容，改判驳回卷闸门厂的全部诉讼请求。事实和理由:1、一审判决未对与协议效力等密切相关的重要事实进行认定，属于认定事实不清。首先，《拆迁协议》和《协议》是在重庆市政府同意巴南区政府征用卷闸门厂房屋所在农村集体土地，以及巴南区政府授权重庆市巴南区国土资源管理分局（以下简称巴南区国土局）负责办理征地范围内土地补偿、安置补助等事宜的背景情况下签订的；其次，巴南区国土局已明确授权并委托西部车城实施卷闸门厂房屋所在地块的征地拆迁安置工作、负责签订拆迁安置协议，完成拆迁等行为；第三，西部车城根据巴南区国土局的授权委托，就卷闸门厂农村集体土地和房屋的拆迁事宜与卷闸门厂签订了《拆迁协议》和《协议》，两份协议是双方的真实意思表示，约定的拆迁安置补偿价格远高于政府当时规定的补偿标准，且已经实际履行；第四，巴南区政府对西部车城根据巴南区国土局的授权委托与卷闸门厂等签订拆迁协议、协商确定拆迁补偿价格的行为是认可的；第五，一审判决未对卷闸门厂的农村集体土地和房屋被政府征用后，已通过出让方式出让给西部车城，西部车城已合法取得包括涉案土地在内的国有土地使用权的事实进行认定；第六，一审判决未对卷闸门厂原第4396号权证项下的房屋已于2002-2003年因危房改造被卷闸门厂全部拆除，物已灭失，卷闸门厂未取得新建房屋的物权凭证，不享有物权的事实进行认定。2、一审判决适用法律错误。《土地管理法实施条例》第二十五条并非“效力性强制性规定”，不应将其作为根据《合同法》第五十二条第(五)项规定认定合同效力的依据，且《拆迁协议》和《协议》本身均未违反前述规定。另，一审判决认定“按当时的法律法规，西部车城如果作为拆迁人应取得房屋拆迁许可证”，否则拆迁协议无效的法律适用亦是错误的。《拆迁协议》和《协议》签订时具有法律效力的涉及到房屋拆迁许可证的规定是《城市房屋拆迁管理条例》（国务院令第305号），该条例第二条明确规定“在城市规划区内国有土地上实施房屋拆迁，并需要对被拆迁人补偿、安置的，适用本条例”，即该条例的适用范围仅限于在国有土地上实施的城市房屋拆迁，而不包括在农村集体土地上实施的房屋拆迁。本案所涉卷闸门厂于2003年2月被政府征用的房屋性质为农村集体土地上的房屋，并非国有土地上的城市房屋，故《城市房屋拆迁管理条例》不能适用于本案中卷闸门厂房屋的拆迁，不应作为认定《拆迁协议》和《协议》的合同效力的依据，此外，当时没有法律法规规定拆迁农村集体土地上的房屋需要办理拆迁许可证。3、一审判决违背了民事诉讼“不告不理”的基本原则，存在滥用司法审判权的情况，严重损害西部车城的合法权益，应当予以纠正。一审中，卷闸门厂起诉的诉讼请求仅为要求确认其与西部车城签订的《拆迁协议》和《协议》无效，并未要求法院确定征地补偿安置的具体标准和补偿费用的承担主体，而一审判决中却认定应参照城市房屋的标准对卷闸门厂的农村房屋予以补偿安置且费用由西部车城承担，不但缺乏法律依据和事实根据，更是严重违背了民事诉讼“不告不理”的基本原则，其判决另行为西部车城设定了巨额债务，严重损害了西部车城的合法权益。
卷闸门厂辩称，一审判决认定事实清楚，适用法律正确，请求二审法院驳回上诉，维持原判。
原审第三人陈德华在二审中未到庭参加诉讼，故未发表答辩意见。
卷闸门厂向一审法院起诉请求：确认卷闸门厂、西部车城于2003年5月9日签订的《拆迁协议》，以及卷闸门厂、西部车城、第三人陈德华之间于2006年7月7日签订的《协议》无效。
一审法院认定事实：卷闸门厂系1993年4月8日成立的个人独资企业，投资人为陈德利；西部车城系2002年9月29日成立的有限责任公司，卷闸门厂的投资人陈德利与第三人陈德华系弟兄关系。1995年2月16日，卷闸门厂取得涉案土地登记审批用地1197.68平方米，用地类别为工业，土地所有权性质为集体。1998年8月28日，卷闸门厂取得涉案房屋的乡村房屋所有权证（巴字第4396号），来源系自建，房屋用途为车间、办公室，建造年代1997年，房屋状况为：车间、办公室，砖混结构，2层，建筑面积198.55平方米；车间，砖瓦结构，1层，建筑面积102.09平方米；合计建造面积992.09平方米。2002年1月22日，涉案房屋被重庆市国土资源和房屋管理局鉴定为整幢危房，建议拆除改建。2002年4月22日经规划许可批准建设办公楼（框架结构、底层面积473平方米，3层，建筑面积1545平方米，高度9米）、厂房（框架结构、底层面积473平方米，1层，建筑面积473平方米，高度4米），合计建筑面积2018平方米。
另查明，在卷闸门厂对涉案房屋拆除扩建期间，因卷闸门厂涉案房屋和使用的土地被征收，扩建工程尚未完工，卷闸门厂作为乙方，西部车城作为甲方，甲、乙双方于2003年5月9日签订《拆迁协议》约定：乙方同意将其地处在甲方规划红线内位于娄溪沟路口处的1165平方米房屋及1300平方米左右以集体土地使用证面积为准的集体土地使用权转让给甲方，并保证上述权属的合法性以及面积的准确性；甲方支付乙方转让及拆迁包干费用120万元，在本协议签订生效之日支付20万元定金，在2003年5月20日前乙方将二楼平街层580平方米房屋交给甲方后支付80万元，在甲方整体拆迁该房屋的时候，乙方无条件搬出底层房屋，搬出后，余下的20万元由甲方支付给乙方；乙方在本协议签订之日即将上述有关集体土地的所有权属证明及规划、建委批准建房的文件（合法手续）移交给甲方；本协议经双方签字，并完成房产与地产权属证明文件转移手续后生效。该协议签订后，卷闸门厂将涉及的房屋、土地移交给西部车城，但因陈德利家人阻挠，西部车城未能完成拆迁。
2006年7月7日，卷闸门厂作为甲方，西部车城作为乙方，第三人陈德华作为丙方，三方签订《协议》约定：一、甲、乙、丙三方共同确定，鉴于原拆迁补偿协议补偿金额较低和丙方（曾系乙方股东代表）在履行职务中的口头承诺无法兑现，为妥善解决原股东遗留问题，现就转让及拆迁包干费用由原协议约定的120万元变更为250万元；该250万元中由乙方承担191.5万元，由丙方承担58.5万元和暂留1万元国土手续过户费（多退少补）；上述250万元费用的支付方式及时间如下，（一）甲、乙双方共同确定，截止2006年7月1日，乙方已共计向甲方支付人民币100万元；（二）乙方在2006年10月30日向甲方支付58.5万元；（三）乙方在2006年12月30日前向甲方支付61.5万元；（四）本协议生效之日起15个月之内，乙方需要使用或拆迁现借给甲方使用的房屋，乙方应提前30日向甲方出发搬出的书面通知，甲方应在收到书面通知之日起30日内无条件搬出现其借用的房屋；自甲方搬出之日的同时乙方向甲方付清剩余的转让及包干费用30万元；（五）甲方租用乙方房屋自行安装的门窗甲方自行拆除；二、本合同生效后，90日内为解决甲方的生产经营，乙方同意在配电房后区向乙方协调转让面积约300平方米的划拨土地（土地价格按40万元/亩计算）；由甲方自行建设，并由丙方对前述事项负责协助落实；乙方协助办理相关建设手续，费用由甲方自行承担；甲、乙方共同办理土地过户手续和国土证，费用由丙方负责；乙方协助在统一规划中为甲方提供水、电气接口和排污口；三、其他约定，（一）甲、乙双方确定，原《拆迁协议》约定的底层房屋自本协议生效之日起甲方即正式移交给乙方；（二）本合同履行期间，乙方承诺，对乙方现借给甲方使用的房屋不收取房屋使用费；（三）乙方同意甲方在西部汽车城规划的还建房公路处搭接通道，其施工费用甲方自理，乙方负责拆迁；四、违约责任（一）若甲方接到乙方通知超过30日未搬出其现借用的房屋，则构成违约；违约方向守约方支付违约金30万元；本协议自甲、乙、丙三方签字盖章之日起生效；本协议未约定的，甲、乙三方的权利义务仍按原签订的《拆迁协议》执行。协议签订后，截止2007年6月1日，西部车城向卷闸门厂合计支付约定款项193.5万元。2010年1月15日，西部车城向卷闸门厂发出《领款函告》，通知卷闸门厂领取转让即拆迁包干费尾款56.5万元，但至今，卷闸门厂未领取该笔款项，西部车城也未取得涉案房屋的拆迁许可证。
一审法院认为，西部车城提交的相关证据证明，征地补偿、安置方案的实施是土地行政主管部门职权职责，农村集体土地被征收，是由土地行政主管部门按照政府批准的征地补偿、安置方案与被征收人签订征地补偿、安置协议；西部车城取得政府毛地出让及划拨的国有土地使用权，与土地行政主管部门签订委托协议，只是落实应承担的征地补偿、安置费用，并不能证明西部车城有权与被征收人签订征地补偿、安置协议。《中华人民共和国土地管理法实施条例》第二十五条规定，征收土地方案经依法批准后，由被征收土地所在地的市、县人民政府组织实施；被征收土地的所有权人、使用权人应当在公告规定的期限内，持土地权属证书到公告指定的人民政府土地行政主管部门办理征地补偿登记；市、县人民政府土地行政主管部门根据经批准的征收土地方案，会同有关部门拟定征地补偿、安置方案，在被征收土地所在地的乡（镇）、村予以公告，听取被征收土地的农村集体经济组织和农民的意见；征地补偿、安置方案报市、县人民政府批准后，由市、县人民政府土地行政主管部门组织实施；对补偿标准有争议的，由县级以上地方人民政府协调；协调不成的，由批准征收土地的人民政府裁决；征地补偿、安置争议不影响征收土地方案的实施。据此，征地补偿、安置方案的实施是土地行政主管部门职权职责，卷闸门厂正在扩建的涉案房屋和使用的土地被征收，应由土地行政主管部门与其按照政府批准的征地补偿、安置方案签订征地补偿、安置协议，西部车城是取得政府毛地出让及划拨的被征收土地的国有土地使用权人，依据与土地行政主管部门的委托协议，只是应承担征地补偿、安置方案费用，而不是由西部车城与被征收之前的农村集体土地使用权人（卷闸门厂）签订征地补偿、安置协议；因此，卷闸门厂与西部车城签订的拆迁协议无效。同时，农村集体土地被征收后，被征收土地上的原集体使用权人对其房屋仍享有所有权，房屋所在地已被纳入城市规划区的，应参照城市房屋予以补偿安置；按当时的法律法规，西部车城如果作为拆迁人，也应取得房屋拆迁许可证，因此，卷闸门厂与西部车城签订的拆迁协议也是无效的。为此，卷闸门厂、西部车城之间于2003年5月9日签订的《拆迁协议》，卷闸门厂、西部车城、第三人陈德华于2006年7月7日签订的《协议》，有关补偿安置的条款，违反法律、行政法规的强制性规定，归于无效。卷闸门厂要求确认卷闸门厂、西部车城之间于2003年5月9日签订的《拆迁协议》，以及卷闸门厂、西部车城、第三人之间于2006年7月7日签订的《协议》无效，部分符合法律规定，应予以部分支持。第三人陈德华经传票传唤，无正当理由拒不到庭，不影响依法审判。依照《中华人民共和国土地管理法实施条例》第二十五条，《中华人民共和国合同法》第五十二条第五项，《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第二百四十条之规定，判决：一、重庆市巴南区长江卷闸门厂与重庆西部国际汽车城有限公司于2003年5月9日签订的《拆迁协议》无效；二、重庆市巴南区长江卷闸门厂、重庆西部国际汽车城有限公司、第三人陈德华于2006年7月7日签订的《协议》中有关补偿安置的条款无效；三、驳回重庆市巴南区长江卷闸门厂的其他诉讼请求。
本院二审期间，西部车城围绕上诉请求提交了下列新证据：巴南区国土局于2016年11月25日向本院出具的《情况说明》及其5份附件（渝府地[2003]92号《重庆市人民政府关于同意巴南区实施城市总体规划建设征用土地的批复》、巴南府地[2003]16号《重庆市巴南区人民政府关于重庆西部国际汽车城有限公司修建重庆西部国际汽车城工程征用土地的通知》、《委托征地拆迁安置补偿协议书》、《房屋拆迁安置协议书》、巴南府函[2004]27号《重庆市巴南区人民政府关于重庆西部国际汽车城征用土地有关问题的函》）。证明在花溪镇其龙村二社、六社土地征地拆迁中，巴南区国土局已明确委托和授权西部车城负责实施征地范围内的征地拆迁安置工作，包括由西部车城与卷闸门厂签订拆迁安置协议、完成拆迁等，根据巴南区国土局的委托和授权，西部车城有权与征地范围内的企业卷闸门厂就其征地范围内农村集体土地和房屋的拆迁安置补偿事宜签订拆迁安置补偿协议，确定拆迁安置补偿价格并支付补偿款，双方签订的《拆迁协议》和《协议》，以及在协议中确定的拆迁安置补偿价格均合法有效。卷闸门厂对上述证据的真实性予以认可，但不认可其证明力。原审第三人陈德华因未到庭参加诉讼，未发表质证意见。本院认证认为，对西部车城提交的上述证据的真实性、合法性、关联性予以认可，并作为本案的证据使用。
上诉人提出卷闸门厂在一审中举示的《重庆市巴南区国土资源局要求停止施工的通知》为复印件，对该证据的真实性、合法性、关联性均不予认可。
本院在二审审理中查明，2003年1月31日，重庆市人民政府作出渝府地[2003]92号《重庆市人民政府关于同意巴南区实施城市总体规划建设征用土地的批复》，同意巴南区人民政府征用花溪镇其龙村二社、六社土地共计24.4727公顷，土地征用后，根据规划要求，对土地进行统一整治，按渝府发[2000]68号文件规定办理建设项目的用地手续，有关此项建设用地的土地补偿、安置补助等事宜，由巴南区人民政府按照国土资源部令第10号、重庆市人民政府令第53、55号的有关规定组织实施。
2003年2月18日，重庆市巴南区人民政府根据上述批复作出《重庆市巴南区人民政府关于重庆西部国际汽车城有限公司修建重庆西部国际汽车城工程征用土地的通知》（巴南府地[2003]16号），同意征用花溪镇其龙村二社集体土地4.4570公顷，其龙村六社集体土地20.0157公顷，合计征用土地24.4727公顷，土地征用后，以出让方式供地给西部车城，作为修建西部车城工程用地，有关此项建设用地的安置补偿等事宜，由花溪镇政府协助区国土资源行政主管部门按照重庆市人民政府令第53、55号令的有关规定办理。同日，重庆市巴南区人民政府作出《批转国土资源局<关于重庆西部国际汽车城有限公司修建重庆西部国际汽车城工程征用土地拆迁安置补偿的方案>的通知》（巴南府地[2003]17号）和《重庆市巴南区人民政府关于征用花溪镇其龙村二社六社土地的通告》（巴南府发[2003]9号）。
2002年11月7日，重庆八公里汽车交易市场有限公司（即西部车城）作为甲方，巴南区国土局作为乙方签订《委托征地拆迁安置补偿协议书》约定:甲方拟征用巴南区花溪镇其龙村二社、六社土地约367亩，甲方按每亩8.8万元委托给乙方包干使用的征地费总额￥32296000元，包括①、农转非人员安置费、青苗费……；②、有关规费、税费……。2、（1）委托征地拆迁安置补偿费用不包括房屋拆迁及房屋配套的构筑物补偿、统建房用地及建设费用和征地范围内的光缆、输气管、高压线铁塔、集体企业搬迁费，该拆迁工作及费用由甲方自行负责，乙方负责协调工作。
2003年3月13日，巴南区国土局作为甲方（委托方），西部车城作为乙方（受委托方）签订《房屋拆迁安置协议书》约定:经渝府地[2003]92号、巴南府地[2003]16号文批准，征用重庆市巴南区花溪镇其龙村二社、六社土地计24.4727公顷，作为西部车城建设重庆西部国际汽车城工程用地，甲方根据与乙方2002年11月7日所签订的委托征地协议书，将该宗地拆迁安置委托乙方实施。……二、乙方责任1、承担征地范围内房屋及构附属物的拆迁残值补偿和安置房建设费。积极争取甲方和镇、村、社的支持，搞好拆迁安置协议的签订工作，2003年4月完成拆迁并全面开工建设。
2004年3月16日，重庆市国土资源和房屋管理局作为出让方、西部车城作为受让方签订渝地（2004）合字（巴南）第81号《国有土地使用权出让合同》约定：第一条经过挂牌，出让方同意将位于重庆市巴南区花溪镇其龙村，面积为257495平方米的国有土地挂牌交给受让方作为汽车城市场及配套设施（商业）建设用地……第三条该宗地的土地出让价金5864.4246万元（不含征地、拆迁、整治等成本费用）……第五条受让方在交清全部土地出让价金和出让方交地后30天内，向土地行政主管部门申办领取《国有土地使用证》……。
2009年11月24日，西部车城取得了重庆市国土资源和房屋管理局颁发的202D房地证2009字第00947号房地产权证，土地坐落为巴南区花溪镇其龙村，土地使用权类型为出让、划拨，土地用途为商服用地，土地使用权面积为1047（出让193，划拨854）。卷闸门厂被征收的集体土地即包含在西部车城的上述房地产权证中。
2016年11月25日，巴南区国土局向本院出具《情况说明》，载明:“根据渝府地[2003]92号《重庆市人民政府关于同意巴南区实施城市总体规划建设征用土地的批复》（详见附件1）、巴南府地[2003]16号《重庆市巴南区人民政府关于重庆西部国际汽车城有限公司修建重庆西部国际汽车城工程征用土地的通知》（详见附件2），重庆市巴南区人民政府征用重庆市巴南区花溪镇其龙村二社、六社土地共计24.4727公顷，土地征用后以出让方式供地给西部车城作为西部车城建设重庆西部国际汽车城工程用地，重庆市巴南区人民政府授权巴南区国土局（以下简称本局）按照重庆市人民政府令第53、55号令的有关规定负责办理上述征地范围内的安置补偿等事宜。2002年11月7日，本局与西部车城签订《委托征地拆迁安置补偿协议书》（详见附件3），就共同办理花溪镇其龙村二社、六社土地的征地拆迁安置补偿工作进行了分工：本局负责使用西部车城提供的征地费用于农转非人员安置费、有关规费、税费等；房屋拆迁工作以及房屋配套的构筑物补偿、统建房用地及建设费用、征地范围内的光缆、输气管、高压线铁塔、集体企业搬迁费等拆迁工作及费用由西部车城负责和承担，本局协调。2003年3月13日，为推动征地拆迁补偿、搬迁等工作的顺利进行，本局又与西部车城签订《房屋拆迁安置协议书》（详见附件4），该协议书明确载明：本局将花溪镇其龙村二社、六社土地的征地拆迁安置委托西部车城实施；西部车城要负责搞好拆迁安置协议的签订工作，完成拆迁并全面开工建设。2004年4月9日，重庆市巴南区人民政府办公室印发巴南府函[2004]27号《重庆市巴南区人民政府关于重庆西部国际汽车城征用土地有关问题的函》（详见附件5），确认重庆西部汽车城项目用地的征地拆迁补偿工作已完成。根据上述文件内容和协议约定以及相关事实，在花溪镇其龙村二社、六社土地征地拆迁中，本局已明确委托和授权西部车城负责实施征地范围内的征地拆迁安置工作，包括由西部车城与被拆迁人签订拆迁安置协议、完成拆迁等（农转非人员的拆迁安置工作仍由本局负责）。为此，西部车城有权与征地范围内的企业（包括卷闸门厂）就征地范围内农村集体土地和房屋的拆迁安置补偿事宜签订拆迁安置补偿协议，确定拆迁安置补偿价格并支付补偿款等。特此说明”。
另查明，2017年2月7日，卷闸门厂的负责人陈德利去世，变更为陈佳。
对双方当事人无争议的事实，本院予以确认。
本院认为，本案的争议焦点为卷闸门厂与西部车城于2003年5月9日签订的《拆迁协议》的效力，以及卷闸门厂、西部车城、第三人陈德华于2006年7月7日签订的《协议》中约定的房屋拆迁补偿条款的效力。
卷闸门厂认为，巴南区国土局未授权委托西部车城与被拆迁人卷闸门厂签订拆迁补偿协议，只是拆迁费由西部车城承担，西部车城不具备拆迁主体资格，未取得拆迁许可证，故各方就卷闸门厂土地和房屋的拆迁安置签订的《拆迁协议》，以及《协议》中约定的房屋拆迁补偿条款均无效。西部车城则认为，西部车城系接受巴南区国土局的授权和委托负责实施征地范围内土地的征地拆迁安置工作，包括由西部车城与被拆迁人签订拆迁安置协议、完成拆迁、支付补偿安置费等，卷闸门厂被拆迁的房屋属于农村集体土地上的乡村房屋，无需办理拆迁许可证，各方就卷闸门厂土地和房屋的拆迁安置签订的《拆迁协议》，以及《协议》中约定的房屋拆迁补偿条款是各方的真实意思表示，合法有效，且已经实际履行。对此，本院评述如下：
关于西部车城是否系接受巴南区国土局的授权和委托与卷闸门厂就拆迁补偿事宜签署《拆迁协议》和《协议》的问题。首先，根据重庆市人民政府和重庆市巴南区人民政府作出的相关文件规定，重庆市人民政府已同意巴南区人民政府征用卷闸门厂土地和房屋所在地的花溪镇其龙村二社、六社的集体土地，该土地的补偿、安置补助等事项由巴南区国土局按照国土资源部令第10号、重庆市人民政府令第53、55号的规定办理，即巴南区人民政府为征用涉案土地的主体，巴南区国土局负责办理征地范围内土地的安置补偿等事宜。其次，根据巴南区国土局与西部车城签订的《委托征地拆迁安置补偿协议书》、《房屋拆迁安置协议书》和巴南区国土局向本院出具的《情况说明》，巴南区国土局已委托和授权西部车城负责实施征地范围内的征地拆迁安置工作，包括与被拆迁人签订拆迁安置协议、完成拆迁等，西部车城有权代表巴南区国土局与征地范围内的卷闸门厂就其征地范围内农村集体土地和房屋的拆迁安置补偿事宜协商签订《拆迁协议》和《协议》，确定拆迁安置补偿价格并支付补偿款。前述两份协议中约定的拆迁补偿费用符合当时国土资源部令第10号和重庆市人民政府令第53、55号等部门规定的本次征用土地范围内的农村集体土地和房屋的拆迁安置补偿标准。再次，涉案土地使用权已经办到西部车城的名下，说明行政机关对前述征地拆迁行为是认可的。
关于本案的法律适用问题。《拆迁协议》签订于2003年5月9日，《协议》签订于2006年7月7日，当时的《城市房屋拆迁管理条例》（国务院令第305号）第六条虽规定“拆迁房屋的单位取得房屋拆迁许可证后，方可实施拆迁”，但第二条规定“在城市规划区内国有土地上实施房屋拆迁，并需要对被拆迁人补偿、安置的，适用本条例”，即该条例关于拆迁单位在实施拆迁前需取得房屋拆迁许可证的适用范围是在城市规划区内国有土地上实施的房屋拆迁，卷闸门厂被政府征用的是农村集体土地，被拆迁的房屋是乡村房屋，并非国有土地上的城市房屋，故该条例关于拆迁许可证的相关规定不适用于本案中卷闸门厂房屋的拆迁，不应作为评价《拆迁协议》和《协议》中约定的房屋拆迁补偿条款效力的依据。同时，西部车城和卷闸门厂签订的《拆迁协议》，以及《协议》中约定的房屋拆迁补偿条款不属于《中华人民共和国合同法》第五十二条中规定的合同无效的法定情形。
综上，西部车城系接受巴南区国土局的授权和委托实施征地拆迁补偿行为，西部车城有权与被拆迁人卷闸门厂签订《拆迁协议》和《协议》，且双方已进行了实际履行。《拆迁协议》和《协议》系西部车城和卷闸门厂的真实意思表示，不违反法律法规的强制性、效力性规定，不存在无效情形，应为合法有效的合同。西部车城的上诉请求成立，根据本院二审查明的新事实，依法予以改判。据此，依照《中华人民共和国合同法》第四十四条第一款、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（三）项之规定，判决如下：
一、撤销重庆市巴南区人民法院（2016）渝0113民初705号民事判决书；
二、驳回重庆市巴南区长江卷闸门厂的诉讼请求。
一审案件受理费7800元，二审案件受理费15600元，均由重庆市巴南区长江卷闸门厂负担。
本判决为终审判决。
审 判 长 肖 琴
审 判 员 蒋 科
代理审判员 肖 飞
二〇一七年四月二十日
书 记 员 王晓静