陕西省汉中市中级人民法院
民 事 判 决 书
(2016)陕07民初32号
原告：重庆庆华建设工程有限公司，住所地重庆市。
组织机构代码：75306249-2。
法定代表人：江礼华，该公司董事长。
委托诉讼代理人：薛俊，重庆华立万韬律师事务所律师。
委托诉讼代理人：汪伟，男，生于1982年7月2日，住陕西省安康市，系原告公司会计。
被告：陕西海宏房地产开发有限公司，住所地西安市。
组织机构代码：66414482-4。
法定代表人：贾更虎，该公司总经理。
委托诉讼代理人：李云、李洋，陕西云昊律师事务所律师。
第三人：王开均，男，生于1964年9月5日，住重庆市。
委托诉讼代理人：孔彦林，男，生于1955年7月15日，住西安市。
第三人：周和平，男，生于1973年3月29日，住陕西省南郑县。
原告重庆庆华建筑工程有限公司（以下简称庆华建司）与被告陕西海宏房地产开发有限公司（以下简称海宏公司）、第三人王开均、第三人周和平建设工程施工合同纠纷一案，本院受理后，依法适用普通程序，公开开庭进行了审理。原告庆华建司法定代表人江礼华、委托诉讼代理人薛俊、汪伟，被告海宏公司委托诉讼代理人李云、李洋，第三人王开均及委托诉讼代理人孔彦林到庭参加了诉讼，第三人周和平经本院传票传唤逾期未到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告庆华建司诉讼请求：1、判令被告海宏公司支付拖欠工程款7488624.2元；2、判令被告支付违约金和利息2743900元；3、诉讼费、律师费等因诉讼产生的其他合理费用由被告承担。第一次开庭审理时原告又增加诉讼请求：判令被告支付因停工造成的损失426.85万元。事实和理由：原、被告双方于2010年10月19日签订《施工协议》，被告将江南臻品2#、4#楼的工程建设发包给原告。协议第五条约定工程付款方式为：1、施工至六层（含地下室），支付合同总价的20%；2、施工至十五层，支付合同总价的20%；3、施工至主体封顶，支付合同总价的20%；4、施工至初验通过，支付合同总价的20%；5、工程款决算审计造价确定后，一周内扣除5%保修金支付其余余款。协议签订后，原告积极履约，按期施工。2011年4月施工至六层，2011年7月施工至十五层；2012年5月主体封底；2013年1月初验通过；2014年6月工程决算。但被告未按合同约定的节点付款，截止目前工程竣工验收合格，确定决算审计造价已近两年，根据双方决算，工程总造价49511179.40元，被告已付42022555.2元，拖欠工程款7488624.2元未付。其行为已构成违约，按照民法通则及合同法相关规定，请求追究其违约责任和迟延履行支付义务的利息。此外，因工程限高导致该项目自2011年5月25日至2011年11月25日停工六个月，造成原告机械租赁、人工等损失426.85万元，该费用也应由被告承担。
被告海宏公司答辩称，原告起诉主张的竣工验收时间错误，本案工程竣工验收时间为2013年10月18日，并非2013年1月。双方确认工程造价在2014年7月25日，不是2014年6月。本案中未付工程款也非原告主张的7288624.2元，而是-2025808.28元，不仅不存在欠付事实，而且已经超付。答辩人并不存在迟延支付工程款的违约行为，所以原告请求承担违约金缺乏事实依据，不应支持。无论是依据合同约定还是法律规定，答辩人均不应对其停工损失承担赔偿责任，诉讼费等费用也不应由答辩人承担。
第三人王开均答辩称，2#、4#楼我是实际施工人，以我签署的资料、文件为准，以事实为依据。
第三人周和平答辩称，原告申请追加答辩人作为第三人参加诉讼错误。答辩人在本案中属于案外人，答辩人所属劳务公司与原告庆华建司签订有施工劳务合同，并已进行决算，双方均已签字认可，与本案审理结果无任何利害关系。原告申请追加答辩人为第三人参加诉讼缺乏事实及法律依据。
原告庆华建司为支持其诉讼请求，提交证据8份：
1、《施工协议》，证实工程款支付节点，被告不按期支付应承担违约责任；
2、工程决算造价定案单及工程预（决）算，证实工程决算价格49511179.4元，除防水部分681908.68元未到期外，其余工程已过保修期；
3、重庆华立万韬律师事务所律师函，证实所有支付款项必须到原告账户；
4、损失计算表，证实停工到复工期间，损失415.99万元；
5、原告与四川省巴中市民盛建筑劳务公司签订的2#、4#楼及地下车库《劳务承包合同》；
6、与四川省巴中市民盛建筑劳务公司签订的《补充协议》；
7、原告与民盛劳务公司的结算清单；
第5、6、7份证据用于证实劳务价格原375元／㎡，后因停工上调至400元／㎡,2#、4#每栋楼各补偿第三人周和平50万元，共计100万元；
8、陕建发（2011）277号文件，证实人工和综合费用上调，因停工给第三人补偿的损失。
经质证，被告对第1、2、3份证据真实性、关联性予以认可；对第4份证据不予认可，认为系单方制作缺乏依据；对第5、6、7份证据不发表质证意见，认为系原告与第三人之间发生，与本案无关联；对第8份证据提出异议，认为只是指导性文件并非证据，也不能证实原告的证明目的。第三人王开均对原告提交证据无异议，予以认可。第三人周和平对原告提交证据无异议，认为真实，但认为与其无关，其与原告已经结算完毕。
最后一次庭审中，原告方补充提交证据3份：
1、费用损失计算表；证明原告因停工造成损失415.99万元；
2、江南臻品项目实际损失明细（含工程进度款利息），证实因停工造成的劳务损失额外补偿等，合计250万元；
3、停工期间管理人员工资发放表，证实停工期间发放管理人员工资7万元。
针对以上补充证据，被告对其真实性均提出异议，认为其不存在延期支付工程进度款事实，因此不应承担工程进度款利息；对于劳务费调整，认为系原告单方统计数字，没有依据支撑，且合同签订的是不调整费用；根据合同相对性原则，原告给劳务公司的补偿与海宏公司无关；被告方接到政府停工通知后就通知了原告退场，因此不可能有停工期间人员工资。合同约定因限高停工系政府原因，即便有损失也不应由被告承担，且即便有损失，应在结算审计时提出，但原告并未提出，因此不能达到原告证明目的。第三人王开均质证认为工资表是真实可靠的，停工损失也是真实存在的。签订合同时被告方提供的是有合法审批手续的合同，层高已经确定，被告事先知道有可能因限高的问题而未告知承包方，应当承担相应损失。第三人周和平因缺席未对以上3份补充证据发表质证意见。
被告为支持其答辩意见，向本院提交证据三组：
第一组具体含：
1、《施工协议》，证实合同约定价款4873.36万元，截止2014年8月3日应付95%，实际支付44973105元，截止2015年12月16日付款总额45438752.29元，尾欠工程款仅为858167.29元，且原告未支付400万元工程保证金，被告不存在迟延支付进度款的行为，水电费也应由原告承担，被告也承担限高停工损失；
2、《中标通知书》，证实原告中标江南臻品2#、4#楼的事实；
3、《建设工程施工合同》，证实双方签订合同事实及工期、合同价款事实；
4、《补充协议》，证实双方于2013年1月12日签订补充协议，将承包方未完成项目和质量整改项目从承包项目中切割，由发包方另行发包事实。
经质证，原告对该组证据真实性无异议，对证明目的提出异议。认为按照合同第五条第五款约定，计算标准是审计造价乘以95%，即49511179.36元×95%,而不是合同造价；对统计的付款金额不予认可，只认可42022555.20已付款；应扣水电费不成立，因为已付款中已经扣除；违约金不承担的目的不能成立，合同对违约金不承担约定有条件，被告无证据证实其发出了停工指令。第三人王开均对该组证据真实性无异议，但认可原告的计算方式。第三人周和平对该组证据无意见。
被告方提交的第二组证据包括7份，具体包括：
1、2#、4#楼建设工程竣工验收报告，证实竣工验收时间为2013年10月18日；
2、2#、4#楼决算造价定案单，证实双方签字确认工程造价49511179.36元，其中备注有：工程量切割部分未扣除；
3、2#、4#楼付款及扣款情况表，证实2014年12月21日签字确认付款金额44106805元；
4、扣除王开均土建工程切割施工费及零星用工费确认单及附件，证实切割费用1395000元；
5、应扣除王开均2#、4#楼材料费统计单及附件，证实向原告提供3093976.15元建筑材料的事实；
6、代缴税款465647.29元完税证明及工程款8512747.63元发票；
7、付款明细及代付工程款凭证，证实共支付工程款44111040元。
该组证据主要用于证实工程决算款49511179.36元-直接支付工程款42022555.50元-代付工程款1535818.29元-代付零星人工费159950元-代付抛洒费22000元-代付水电费636801.50元-代付材料费819756元-罚款55680元-切割工程施工费1395000元-被告方直供材料费3093976.15元-代缴税款465647.29元，未付款金额为449747.92元。根据约定应扣除5%工程质保金2475559元，被告方已超付工程款2025808元，不存在拖欠。
经质证，原告对被告提交第二组证据中第1、2份工程竣工验收报告、决算造价定案单证据真实性予以认可；对第3份证据提出异议，认为记载内容不真实；对第4份证据无异议，认可切割费用139.5万元；对第5份证据部分认可；对第6份证据提出异议不予认可；对第7份中付款凭证无异议，但对付款明细提出异议，对总付款金额不予认可，只认可付款金额44106805元。整体对第二组证据证明目的不予认可。第三人王开均质证意见与原告质证意见相同。第三人周和平表示不知情未发表质证意见。
被告提交第三组证据包括4份：
1、汉中市城乡建设规划局关于执行民航限高的通知，证实2#、4#楼暂停建设的事实；
2、海宏公司停工通知2份，证实被告方已经书面通知施工单位停工的事实；
3、市政府办公室复工通知，证实停工时间2011年6月27日，复工时间2011年11月30日；
4、海宏公司复工通知，证实通知施工单位于2011年11月10日前完成复工准备的事实。
经质证，原告对该组证据中第1、3份证据真实性无异议，对第2份证据真实性及证明目的均不予认可，认为系被告单方制作，并未送达通知到原告；对第4份证据也提出异议。对该组证据整体证明目的提出异议。第三人王开均对该组证据质证意见同原告，对停工通知真实性不予认可，同时认为该两份通知均为“代技术通知单”，是关于技术方面的变更的。第三人周和平未对该组证据发表质证意见。
在最后一次庭审中，被告方为补强其主张的代付款、甲供材等问题，重新整理提交证据两组，包括：1、代付材料费、试验费、机械使用费统计表及单据；2、甲供材统计表、出库单、供货合同、结算依据等。
经质证，原告及第三人王开均对代付材料费中有其工作人员签字的单据予以认可，对其余无签字的96100元单据提出异议，认为不应由其承担；对代付水电费、代原告完成切割工程材款统计费、甲方直供材料计费依据无异议。
第三人王开均无证据提交。
第三人周和平也未提交证据。
本院对原、被告提交的证据认证如下：对原告提交证据中各方当事人均无异议的第1、2、3份证据予以采信；对第5、6、7、8份证据真实性予以采信，对第4份证据因系单方计算缺乏依据，不予采信。针对原告补充提交证据，因第1、第2份证据原告仅提供计算清单，在对方提出异议且本院要求补充证据的情况下未能补充完善相关依据予以佐证，第3份证据真实性、客观性无法判定，故本院对原告补充提交的3份证据均不予采信。对被告提交的第一组证据，因各方对其真实性均无异议，本院予以采信；对被告方提交的第二组证据，原告虽对其中第3份扣款情况统计表真实性提出异议，但因该统计表系双方会计对账统计得出，并由双方会计人员签字，故本院对其真实性予以采信，但因此表中含有本案争议之外的5#楼费用，且双方就部分款项解释不一，故就其中的已付款、扣款、未付款数额以本院核实数据为准。对其中第5份应扣除王开均2#、4#楼材料费统计单，因被告在第三次庭审中补充提交甲供材出库单、供货合同、结算单等依据，原告方予以认可，故本院对其中甲供材相关证据予以采信。对其中第7份付款明细及代付工程款凭证，因系被告方单方统计且存在争议，故本院不予采信。对该组其他证据的真实性，本院予以认定。对被告提交的第三组证据，原告虽对证明目的持有异议，但该组证据均能反映本案的客观情况，且原告工作人员“邱波”确已经将代技术通知单签收，故本院对其真实性予以采信，但就停工及损失承担问题应按照双方合同约定及法律规定处理。对被告补充提交证据中，原告及第三人无异议的代付款、甲供材等本院予以采信。
根据当事人举证、质证，本院在上述认证的基础上，查明以下事实：
2010年10月19日，海宏公司（甲方）与庆华建司（乙方）签订《施工协议》一份，约定由庆华建司承建江南臻品2#、4#楼，发包方式包工包料，零星用工按每个工日42元记取执行，其后发布的工程调价文件均不予执行。总工期400天，乙方在一周内一次交足履约保证金400万元，按工程进度分别返还。付款方式为：施工至六层（含地下室），支付合同总价的20%；施工至十五层，支付合同总价的20%；施工至主体封顶，支付合同总价20%；施工至初验通过支付合同总价的20%；工程决算审计造价确定后，一周内扣除5%保修金后支付其余余款。协议第八条约定：工程项目负责人甲方代表为殷红建，乙方代表王开均。第十一条第9项约定：如因政府原因造成工程中途不能按预期发包工作内容完成，造成停工、窝工且在10日内发包方未书面通知乙方采取措施，所造成的一切损失由甲方承担。如甲方及时向乙方发出指令而乙方不采纳，所造成的一切损失由乙方自己承担。协议后有双方签字盖章。
2010年11月25日，庆华建司取得工程中标通知书。11月27日，原、被告双方签订正式施工合同，约定该工程建筑面积36581平方米，合同总工期400天，计划开工日期2010年12月6日，竣工日期2012年1月5日。合同总价4873.36万元。合同第六条合同价款与支付第30.工程（进度款）支付约定，工程进度款支付的方式、时间和比例是：通过银行转账支付到承包人财务部门指定的银行账户。进度款支付时间和比例：工程施工到正负零支付合同总价的15%工程款；施工至十层支付合同总价的15%；施工至二十层支付15%；施工至主体封顶支付15%；工程竣工验收支付15%；剩余款项待工程决算审定后留5%保修金后一个月内付清。在合同附件工程质量保修书中双方约定：工程土建及装修工程、电气管线、给排水管道、设备安装工程保修期2年，住宅小区内给排水设施、道路等配套工程保修期均为2年。工程保修金为施工合同总价的5%，合计243.67万元，发包人在质量保修期满后14天内，将剩余保修金无息返还承包人。其中，土建及装修工程保修费占房建保修费的70%，屋面防水工程保修费为房建保修费的15%，水电安装占房建保修费的15%。保修期自五大责任主体验收合格通过之日算起。
2010年10月23日，原告庆华建司又与四川省巴中市民盛建筑劳务有限公司签订《劳务承包合同》，将本案工程所涉劳务发包给民盛劳务公司，第三人周和平作为民盛劳务公司委托人在合同上签字。2010年12月，庆华建司开始进场施工，但施工协议中约定的400万元履约保证金庆华建司并未缴纳。2011年3月31日，陕西海宏房地产开发有限公司南郑分公司成立，营业场所在陕西省南郑县大河坎镇东大街，负责人为王保岐。王开均为原告庆华建司现场代表，也系本案中2#、4#楼的实际施工人。
施工过程中，2011年5月27日汉中市城乡建设规划局向海宏公司发出《关于执行民航限高的通知》，载明“……你公司在建设过程中已超过限制高度，汉中机场有限公司已向市政府报告，建筑物已影响了民航飞行安全，我局按照市政府批示要求，请你公司暂停建设，待机场搬迁后再行施工……”。2011年6月28日，汉中市人民政府办办公室向海宏公司等单位发出了《关于江南臻品和天汉名都房地产项目建设有关问题的通知》，要求“为确保飞机飞行安全，根据2011年6月27日市政府专题会议精神，责令两家公司暂停上述两个项目的施工建设”。2011年7月2日，海宏公司做出书面【代技术通知单023】号即《关于对2、4、6号楼停工及停工准备工作的几点要求》，回执显示当日王开均的资料员邱波予以签收。2011年11月3日，海宏公司做出【代技术通知单043】号关于江南臻品2、4、6号楼复工准备工作的通知，回执显示邱波于次日签收。2011年11月30日，汉中市人民政府办公室再次向海宏公司发出通知，表明汉中市政府已经与西部机场集团签署飞机停飞协议，工程可继续施工。
2012年4月23日，庆华建司代表王开均与四川巴中民盛建筑劳务公司代表周和平再次签订补充协议，其中第2条载明，由于航线限高影响，工程于2011年5月停工，11月10复工，期间各种补偿费用材料机械租赁费用合计50万元，由于人工工价上涨等原因造成劳务成本增加，经双方协商一致，2011年11月10日复工后，剩余工程内容劳务费用按建筑面积400元/㎡计算……。2013年1月30日，周和平与王开均再次签署《江南臻品工程量明细》，载明2#、4#、5#楼由于各种原因造成损失，经双方协商同意每幢楼补偿50万元。即本案所涉2#、4#楼合计为100万元。2014年4月12日，王开均与周和平就江南臻品2#、4#、5#楼劳务总包费用进行了决算，最终决算价格为27646836元，原告庆华建司法定代表人江礼华作为见证人也在决算单上签字捺印。
2013年1月12日，海宏公司代表王保岐与庆华建司代表王开均签订《补充协议》一份，约定：根据2013年1月10日会议精神，发包方将江南臻品2#、4#楼工程未完成项目及质量整改项目重新发包施工。切割施工费2#、4#楼各30万元，切割范围包括：室内土建未完项目及质量整改项目；疏散楼梯踏步质量整改等。
2013年10月18日，江南臻品2#、4#楼竣工并经五大主体验收合格。2014年7月25日，江南臻品2#、4#楼工程造价经决算定案，总造价49511179.4元，定案单说明部分载明“工程量切割部分未扣除；工程变更签证部分未包括在总造价内”。原、被告双方在定案单上签字盖章。2014年12月31日双方会计对账时，被告共计向原告支付工程款现金为42022555.20元，庭审中双方对此均无异议。之后为剩余工程款给付数额双方发生争议，原告遂诉至本院，诉讼请求如前所述。
另查明，以下七项被告代为支付或应扣减费用，经当庭举证、质证并核实，原被告双方均无异议，本院予以确认。具体包括：
（一）、被告代付抛洒费22000元；
（二）、关于应扣工程质保金。被告主张工程质保金2475559元应从总工程款中扣除，原告称除防水工程未满质保期外，其余工程质保期已过，质保金应予退还。经查，除防水工程质保期未届满外，其余工程质保期确已届满，被告同意除防水工程外其余工程质保金予以退还。经当庭核实，双方合同约定该项工程质保金为施工合同总价的5%即2436700元，而防水工程质保金占总工程质保金的15%，即应为365505元，庭审中各方当事人对此均无异议；
（三）、关于代付水电费。被告方主张其代原告付水电费636801.50元应予扣除，经查该费用中包含2#、4#及原告未承包施工的5#楼在内，原告对此提出异议。在将5#楼水电费用分离后，剩余2#、4#号楼水电费共计492990元，庭审中原告对此予以认可；
（四）、关于代付工程款。2013年1月15日庆华建司江南臻品2#、4#楼项目部向海宏公司提出书面报告，请求代为支付部分工程款、材料款、人工工资共8项，后王保岐签字同意支付1-4项，其中含：1、陕西顺鹏实业有限公司344139.3元；2、西安市未央区天歌建材经销处225000元；3、汉中市科建防水装饰有限公司127680元；4、河南省天地建筑防水工程有限公司汉中分公司169427.51元。合计866246.81元。2013年1月14日王开均请求海宏公司代为支付民盛劳务下属渣小波班组民工工资50400元，1月15日请求代付张秀金承包的地下室地面回填及浇筑砼67914.6元，2011年11月22日委托代付河南省天地建筑防水工程有限公司30万元。以上被告共计代付费用7笔，合计1284561.41元，庭审中双方均予以认可。后因被告将其中1、2、3项费用另行计算在代付材料费及机械使用费中，故双方均同意从本项中将上述3笔费用予以剔除，经当庭核实扣除后，被告代付工程款应为587742.11元，各方对此均无异议；
（五）、关于切割工程及零星工程费用。2015年5月29日，海宏公司代表王宝岐与庆华建司代表人王开均再次签订土建切割施工费用及零星用工费用确认单，确认2#、4#楼切割费用121万元，零星用工费用18.5万元，合计1395000元，庭审中原、被告双方及第三人对此费用均无异议；
（六）、关于甲供材。被告主张其代为购买并支付货款的甲供材2736707.90元应从工程款中予以扣除，具体含：1、水表74520元；2、电表33120元；3、水泵26250元；4、开关插座6767.70元；5、电线电缆1644960.38元；6、桥架、三通、弯头45171元；7、商业用桥架3510元；8、商业用电缆78729元；9、外墙砖地板砖750638.46元；10、风机箱配电箱43464.36元；11、灯具29577元。原告认可甲供材事实存在，但对其中无原告工作人员签字的单据提出异议。在被告补充提交与甲供材相对应的《出库单》、《订货合同》、《结算单》、《送货单》等予以作证后，原告经质证及核实后，对甲供材数量及数额当庭予以认可，本院对各方认可的甲供材2736707.90元予以确认；
（七）、被告代原告支付的切割工程材料费158640.55元，双方均予以认可。
综上，应扣除被告代付抛洒费22000元、防水工程质保金365505元、代付水电费492990元、代付工程款587742.11元、切割工程费用1395000元、甲供材2736707.90元、代付切割工程材料费158640.55元，合计5758585.56元，被告剩余应付工程款数额为：49511179.36（总造价）－42022555.20（已付工程款现金）－5758585.56元（应扣除费用）=1730038.6元。
本院认为，原告庆华建司与被告海宏公司签订的《施工协议》、《陕西省建设工程施工合同》，系当事人的真实意思表示，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，为有效合同。《施工协议》系正式文本《陕西省建设工程施工合同》之补充，如两份协议中内容存在冲突，则应以正式的《陕西省建设工程施工合同》约定为准。合同签订后，各方当事人均应按照合同的约定全面履行自己的义务。本案现存主要争议焦点如下：一、被告欠付工程款的数额如何确定；二、原告主张的工程进度款利息及违约金如何认定；三、停工期间损失的认定及承担问题。
一、关于欠付工程款数额的问题。本案中，现双方就剩余工程款仍存在争议的有3项，包括：1、代缴税款；2、代付材料费机械使用费；3、质量罚款。
1、关于代缴税款问题。被告主张代原告缴纳税款465647.29元应从工程款中扣除，原告及第三人提出异议，认为该部分税款对应的工程款并未支付给原告，相应税款也不应由原告承担。经核实，该部分税款对应工程款为8512747.63元，系工程总造价减去已付原告工程款之后剩余工程款应缴纳税款，由被告代为缴纳。本院认为，在双方核定的工程总造价中包含了税款，而欠付工程款中含有切割工程费用、甲供材以及被告直接支付给第三方的其他费用，该部分费用并未实际支付给原告，故其所对应的税款也不应由原告承担。依据双方当事人在庭审中的认可，本院以最终核实的被告应支付工程款数额占8512747.63元的比例，将该465647.29元税款按比例由双方分担。
2、关于被告代付材料费机械使用费。被告最初主张代原告支付材料费及其他费用819756元应予扣除，后将金额变更为792780元，其中含：⑴、代付西安市未央区天歌建材经销处给排水材料款225000元；⑵、代付汉中市科建防水装饰有限公司防水材料款127680元；⑶、代付陕西顺鹏实业有限公司配电箱款344000元；⑷、代付节能验收费4000元；⑸、代付水篦子款6600元；⑹、代付唐明机械使用费3950元；⑺、代付宏图物业公司水费105元；⑻、代付方式卷材试验费200元；⑼、代付业主周富强房屋漏水赔偿款50000元；⑽、代付收缩缝款18800元；⑾、代付贾英明涂料款12445元。其中⑴—⑶项有付款委托书，原告及第三人王开均予以认可，金额共计696680元，但对⑷—⑾项提出异议。本院认为，⑷—⑾项共计96100元的扣款项目，因被告提交的相关单据及支付凭证确无原告授权或原告方工作人员签字认可，不能证实该96100元确系代原告支付的事实，故对该96100元本院不予支持，对其余原告无异议的代支付材料及机械使用费696680元予以确认。
3、关于质量罚款55680元的问题。被告主张原告工程质量存在问题罚款55680元应从工程款中扣除，原告对此提出异议，后经询问王开均本人，王开均表示工程质量存在个别瑕疵属正常情况，55680元质量罚款其予以认可，故本院将该笔费用从剩余工程款中予以扣减。
综上，被告现应支付原告的剩余工程款为：1730038.6元-696680元（代付材料费及机械使用费）-55680元（质量罚款）=977678.6元。按该数额核定原告应承担的税款为977678.6÷8512747.63元×465647.29元=53479元。现被告应支付原告工程款数额为977678.6元（应付工程款）-53794元（应承担税款）=923884.6元。至于防水工程质保金365505元，原告可待质保期到后另行主张权利。
二、关于原告主张的工程进度款利息及违约金的问题。原告称被告未按工程节点及时支付工程进度款，应承担违约金和利息共计2743900元，庭审中原告当庭放弃其违约金请求，改为主张工程进度款利息1409100元，具体计算方式如下：1、2011年4月应付990万元，未付，记息3个月，利息19.3万元；2、2011年7月应付1980万元，实付1489.5万元，欠付490.5万元，计息10个月，利息31.88万元；3、2012年5月应付2970万元，实付2819.5万元，欠付150.5万元，计息8个月，利息7.83万元；4、2013年1月应付3960万元，实付4079万元，不计息；5、2014年6月应付4703万元，实付4202万元，欠付501万元，计息27个月，利息81.90万元。以上合计108.39万元，按照建筑行业惯例再上浮30%，即为140.91万元。
本院认为，原告主张的工程进度款利息依据不足，本院不予支持。理由在于：其一、在合同通用条款30工程进度款结算与支付中约定：在确认计量结果后14天内，发包人应向承包人支付不低于应付款75%、不高于应付款90%的工程进度款……发包人超过约定时间不支付工程进度款，承包人应及时向发包人发出要求付款通知，发包人收到承包人通知后仍不能按要求付款，可与承包人协商签订延期付款协议，经承包人同意后延期支付。……从该条可以看出，工程进度款支付的时间和条件是工程已经施工到合同约定付款条件，且双方进行确认计量。本案中原告主张在具体应付款节点时被告未如期付款或未完全付款，但未能提交相应的工程进度表或者工程量确认计量单予以作证，本院要求其补充提供相关证据仍逾期未能提供，现无法确定工程进度款应付的具体时间，由此也无法确定工程进度款是否迟延支付；其二、从原告统计的工程付款情况看，在相应的付款节点到来时，被告有未足额付款的情况，但也存在超付情况；其三、双方对剩余工程款数额存在较大争议，且经本院查实有相当一部分款项系被告代付或应扣除费用，在应付工程款数额未确定情况下，原告按照全部工程造价主张进度款利息无事实依据。综上，本院认为，原告主张的工程进度款利息计算本金及期限均缺乏计算基础，本院不予支持。但原告所请求进度款利息中的最后一笔实为剩余全部工程欠款利息，即竣工结算后剩余未付款项的利息，依据合同约定“发包人无正当理由不支付工程竣工结算价款者，发包人承担所欠款的贷款利息并执行财建（2004）369号文件第十六条相关规定”，本案中所涉2#和4#楼于2014年7月25日审核定案，扣除15天的履行期限后，被告应按照同期银行贷款利息支付拖欠工程款的利息至实际履行清结之日。
三、关于停工期间损失的认定及如何承担的问题。
原告主张因限高停工六个月损失426.85万元，但提交的单方费用损失统计表显示总损失金额为415.99万元。其中含：停工期间塔吊拆除费用及合同违约金4万元、新增塔吊发生安装及出场转运费1.9万元、另增加塔吊基础砼及钢筋0.73万元、限高期间机械设备折旧费43.5万元、现场民工生活费补贴31.94万元、钢筋及辅助材料损失费22.4万元、停工后无法召回工人单价增加15元/㎡计49.19万元、因停工半年致模板钢管架料发生租金90万元、停工耽误时间后为抢工期支付给施工队的补偿110万元（其中含补偿给周和平的100万元）、配合甲方2011.5.8开盘新增费用3.89万元、因设计变更导致材料报废49.21万元、因甲方取消筏板降温措施导致钢管等报废9.23万元，以上合计415.99万元。以上费用中，能查实的仅有补偿给民盛劳务公司周和平的100万元有相关协议佐证，第三人周和平也予以认可。对其余机械设备租赁损失、材料损失等主张原告仅提供了计算清单，未能提交任何计算依据予以作证，在本院要求其补充证据的情况下仍逾期未能提交，故其损失主张证据不足，本院不予支持，停工损失以能查实的100万元计算。
关于停工期间损失的承担问题。本院认为，在双方签订的施工协议中，约定如因政府原因造成工程中途不能按预期发包工作内容完成，造成停工、窝工且在10日内发包方未书面通知乙方采取措施，所造成的一切损失由甲方承担。如甲方及时向乙方发出指令而乙方不采纳，所造成的一切损失由乙方自己承担。但就甲方及时发出停工指令、乙方也采纳并采取措施后损失仍然存在的情况，协议中并未约定如何承担。本案中因民航限高，汉中市城乡建设规划局、市政府办公室分别于2011年5月27日、6月28日发出停工通知，在第二次发出通知后，被告方在10日内通知了原告方停工，且显示原告工作人员已经收到，之后原告方也采取了相应停工措施直至11月再次复工。也即，本案中被告方按照合同约定履行了及时通知义务，原告在收到停工通知后也予以采纳并采取了措施。但建设工程自有其特殊性，施工过程中突然停工退场加之复工时间无法确定从而造成人员费用、机械设备租赁费用、拆除费用、现场维修看护费用等损失也系客观事实，且本案中系因工程限高而导致停工，虽不可完全归责于原告或者被告一方，但被告作为建设方理应在工程前期招标中对工程限高可能会造成停工有一定合理预判，现由单方承担停工损失责任有违民事活动诚实信用、公平原则，故本院酌情判令损失由双方予以分担，各自承担50万元损失为宜。
对于原告主张的诉讼费、保全费、律师费等，因本案中并未产生保全费，原告也没有就其律师费明确提出主张数额，加之并未提供任何票据予以作证，故本院对以上请求亦不予支持。
综上，本院依据《中华人民共和国民法通则》第四条，《中华人民共和国合同法》第八条、第一百零七条、第一百零九条、第二百七十九条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条、第十八条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条、《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条、第九十二条之规定，判决如下：
一、由被告陕西海宏房地产开发有限公司支付原告重庆庆华建设工程有限公司工程款923884.6元，并自2014年8月10日按照中国人民银行同期贷款利息支付欠款利息至实际履行之日止；
二、由被告陕西海宏房地产开发有限公司赔偿原告重庆庆华建设工程有限公司因工程停工造成的损失500000元；
三、驳回原告重庆庆华建设工程有限公司其他诉讼请求。
以上给付义务，限本判决生效后30日履行清结。
如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本案受理费108807元，由原告重庆庆华建设工程有限公司承担97926元，由被告陕西海宏房地产开发有限公司负担10881元。
如不服本判决，可在本判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于陕西省高级人民法院。
审 判 长 王永吉
代理审判员 李小艳
代理审判员 张 杪
二〇一七年七月十七日
书 记 员 刘 娜