广东省珠海市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2014）珠中法民三终字第340号
上诉人（原审原告）：广东三穗建筑工程有限公司，住所地：广东省吴川市。
法定代表人：梁羽钧，董事长。
委托代理人：邓承龙，广东敬业律师事务所律师。
上诉人（原审被告）：珠海市水湾头工贸发展公司，住所地：广东省珠海市。
法定代表人：余伯贤，总经理。
委托代理人：刘升华，广东精诚粤衡律师事务所律师。
委托代理人：张琪，广东精诚粤衡律师事务所实习律师。
原审第三人：九江新力置业发展有限公司，住所地：江西省九江市。
法定代表人：陈远光，董事长。
委托代理人：龙彬，广东精诚粤衡律师事务所律师。
委托代理人：杨珍，广东精诚粤衡律师事务所实习律师。
上诉人广东三穗建筑工程有限公司（以下简称三穗公司）与被上诉人珠海市水湾头工贸发展公司（以下简称水湾头公司）及原审第三人九江新力置业发展有限公司（以下简称新力公司）建设工程施工合同纠纷一案，三穗公司、水湾头公司均不服珠海市香洲区人民法院作出的（2009）香民二初字第817号民事判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭审理了本案，现已审理终结。
原审法院经审理查明，三穗公司原名吴川市第一建筑工程公司，2003年3月变更为现用名称广东三穗建筑工程有限公司。
新力公司原名珠海经济特区田达企业发展有限公司，于2006年9月迁入江西省九江市而更名为现用名称九江新力置业发展有限公司。
1997年10月6日，新力公司以珠海经济特区田达企业发展有限公司的原用名称，三穗公司以吴川市第一建筑工程公司的原用名称，双方签订《景湾商住楼承建补充协议》，约定：新力公司将水湾头景湾商住楼以包工、包料的形式委托给三穗公司总承包（含所有分项）施工，三穗公司同意垫资施工到主体框架第六层，三穗公司同意垫资部分不计息，新力公司同意取费标准不下浮；三穗公司施工完成主体框架第六层楼面，新力公司必须在7天内支付给三穗公司已完成工程工程款的70～80%；主体框架第六层以后，每施工完成一层，新力公司在5天内支付本层工程款的50%，直至主体框架封顶；主体框架封顶7天内，新力公司工程款支付到主体工程总造价的70～80%给三穗公司；室内外装修工程，三穗公司完成装修施工一半工程量后，新力公司7日内支付已完成装修部分工程造价的60%；本工程施工全部完成，竣工验收合格后，双方进行工程决算，新力公司接三穗公司工程决算10天内必须予以批复，建行决算审定15天内，新力公司按决算工程总造价的95%给三穗公司支付工程款，余款5%作为工程保修金，按施工合同的有关规定执行；本协议签订7日内，三穗公司首先汇人民币100万元（以下同为人民币）入双方共管工程帐号上，作为保证工程顺利进行；工程正式开工10天内，三穗公司再汇入100万元，工程建至第二层楼面，三穗公司再汇100万元，全部垫资300万元，专款专用，保证项目正常施工；本协议经双方当事人签字后生效，任何一方不得违约，否则赔偿对方违约金50万元；等等。梁镜、杨全月作为三穗公司的项目负责人在该协议上签名。
1997年10月18日，梁镜与杨全月签订《景湾商住楼施工合作协议》，约定对该项目土建施工任务进行合作，梁镜同意按工程总造价的9%作为杨全月应得利润。
1997年12月30日，三穗公司以珠海分公司的名义向水湾头公司、新力公司出具委托书，称委托杨全月、招鸿、梁镜为施工现场代表。
1998年1月5日，以水湾头公司为建设单位、甲方，三穗公司为承建单位、乙方，双方签订合同编号为珠合（98）第7265号的《珠海市建筑安装施工合同》，该合同得到珠海市建设委员会、珠海市建设工程造价管理站的同意，并办理了备案手续。上述施工合同约定：三穗公司以包工包料的方式承建位于珠海市拱北水湾头路西侧的景湾商住楼，甲方委托乙方按照珠海市教育规划设计所设计的JS9711号图纸进行承建，包括土建土石方、铝合金门窗、消防、水电安装等工程；层数11层，地下1层，建筑面积12305.53m2，单位造价851.69元／m2，工程造价10480528.13元；材料价可调补，调整的原则为按定额站当期公布的材料均衡价调差的承包方式；甲方委托陈国林、陈远斌，乙方委托李宣奉、梁志贤为常驻工地代表；本工程订于1998年1月15日开始计算，360个日历天（即1999年1月14日）竣工；乙方如按合同提前完成所承包工程，经验收符合国家合格质量标准，在10天内，奖给乙方5000元，超过10天，奖1万元；如乙方超过本合同规定期限，在10天内，偿付甲方违约金5000元，超过15天，每拖延一天按合同总造价千分之一处以罚金；本项目为中标工程，结算以（92）广东省建筑工程预算定额，工程类别划分按三类取费标准及有关规定，珠海市工程造价管理站公布的98年分期材料价格信息为依据，下浮6.83%计价；签订合同后，甲方先按当年工程造价的15%预付给乙方作施工前的备料费用；乙方在每月末5天内向甲方提交已完工程量的报告，甲方在收到乙方报告的10天内审定核实并拨付工程款；如果乙方在向甲方提交报告后15天内未收到工程款，乙方可向甲方发出要求付款的通知，甲方在收到乙方通知后仍不能按照要求支付，乙方可在发出通知5天后停止施工，甲方承担相应的违约责任；甲方拨付工程款，最高不超过工程合同价值的95%，其余5%余款，待工程竣工后办理竣工结算30天内结清；如甲方不按期付工程款，应按拖欠的款项乘银行规定利率支付利息（以建行审定结算后30天内结清）；施工中如因甲方的责任造成的停工，甲、乙双方协商另行安排工人工作，如无法安排，在工地的工人工资按预算的规定，由甲方支付，工期顺延；图纸变更增减工程量按（92）广东省建筑工程预算定额计价表，执行1997年7月1日广东省收费标准规定类别取费（三类），材料价差按施工期间市建设工程造价站公布的材料均衡价分段调差（工程结算以建行审核为实）；等等。
同日，珠海市建设委员会颁发施工许可证，记载建设单位是水湾头公司、施工单位是吴川市第一建筑工程公司（即三穗公司），工程名称包括商场、住宅土建、水电、铝合金门窗工程，建筑面积12305m2。
1998年2月18日，新力公司法定代表人陈远光又与梁镜、杨全月签订《景湾商住楼施工合同及补充协议补充说明》，约定：双方于1997年10月签订的《景湾商住楼承建补充协议》为梁镜、杨全月承接施工任务的前提先决条件，珠合（98）第7265号的《珠海市建筑安装施工合同》为双方便于施工报建符合政府有关要求的用于报建的合同，凡补充协议有明确规定的，均以补充协议条款执行，凡施工合同条款与补充协议不符合的，均以补充协议条款执行，补充协议条款无规定的，均以施工合同条款执行。
1998年5月2日，梁镜、杨全月以三穗公司的名义出具景湾商住楼施工进度计划安排，称自1998年2月8日进场开工以来，因各种原因，施工进度缓慢，且对各项工程的完成时间作了详细计划，其中主体工程在1998年10月30日完成，砌砖、抹灰、楼地面工程在1999年1月30日完成，水电（包括预埋件）到1999年1月11日完成，消防在1999年1月1日至1月20日完成，定于1999年2月5日竣工验收并交付使用；并表示保证完成计划，如未完成造成不好影响和损失由其负责。
1998年6月10日，陈远光与梁镜签名确认楼面变形钢筋款由甲方先垫付，待乙方施工到主体框架六层时，在工程款中扣除垫付款及60000元节省款。
1999年7月23日，梁镜向新力公司出具承诺，保证在1999年8月10日前对第4～13层的水电、土建、合金所有工程全面完工。
1999年8月2日，三穗公司与水湾头公司又签订《珠海市建设工程施工合同》，该合同亦获得珠海市建设委员会、珠海市建设工程造价管理站的同意，也办理了备案手续。上述合同约定：由三穗公司以包工、包料、包工期、包质量、单位造价／总造价大包干的方式承建景湾商住楼（加层）工程，承包范围为土建、铝合金门窗、水电安装、消防等；总工期60天；本项目为议标工程，结算以广东省1998年预算定额，工程类别划分按文件规定三类取费标准及有关规定，预算中的材料价格以珠海市工程造价管理站公布的当年当期材料价格信息依据，议标总造价为1504884.38元；甲方驻工地代表为刘建迅、陈远斌，乙方驻工地代表为梁帝源、梁志贤；甲方不能按约定交出施工场地、六级以上台风、大雨、暴雨、甲方资金不足等原因造成竣工日期拖延，经甲方代表确认，工期相应顺延；乙方在每月末5天内向甲方提交已完工程量的报告，甲方在收到乙方报告的10天内审定核实并拨付工程款；如果乙方在向甲方提交报告后15天内未收到工程款，乙方可向甲方发出要求付款的通知，甲方在收到乙方通知后仍不能按照要求支付，乙方可在发出通知5天后停止施工，甲方承担相应的违约责任；甲方拨付工程款，最高不超过工程合同价款的95%，其余5%余款（除预留工程保修金外），待工程竣工后办理竣工结算30天内结清；如甲方不按期付工程款，应按拖欠的款项乘银行规定利率支付利息；无论甲方或乙方提出修改或变更原设计，均须报经原规划及设计审查部门审批后方可实施，由此发生的费用由甲方承担，工期相应调整；由乙方施工质量问题导致修改或变更而发生的费用，均由乙方负担，工期不予顺延；乙方在向甲方递交竣工验收报告的同时，向甲方递交竣工结算报告及完整的结算资料，甲方自签收之日起20天内将结算审核完毕，并报送造价管理部门审定，审定后的结算书作为双方结算工程款的有效依据；甲方未按合同约定将结算审核完毕并报送造价管理部门审定，或在签署审定书后3天内不支付工程结算款，则从甲方签定审定书后第20天起，按施工企业向银行贷款利率向乙方支付拖欠款额的利息，并承担每日按拖欠总额的万分之三的罚金；等等。
1999年8月5日，珠海市建设委员会在施工许可证上加具意见，同意加建报建，加层后地上13层、地下1层，总建筑面积13228m2，同时增加一幢1层车库，面积150.6m2，由原施工单位承建。
1999年8月23日，珠海市建设工程安全监督站向三穗公司发出停工通知，认为三穗公司施工的景湾商住楼工地，根据市整治市容环境指挥部对建筑工地的整治要求不合格，要求停工整改，五日内整改完毕。9月13日，该监督站下发复工通知，同意恢复施工。
1999年12月17日，三穗公司以珠海分公司的名义向水湾头公司提交工程竣工报告，称按设计图纸已施工完毕，请进行工程竣工验收。
在施工期间，珠海市建设工程质量监督检测站向三穗公司下发了多份建设工程质量整改通知书，分别要求对地下室底板、主体工程、水、电、砌体等加强施工管理和改正施工质量。
2000年1月26日，水湾头公司向三穗公司发出通知，称工程于1999年12月30日经珠海市质检站、设计院等单位进行工程竣工补验，经三穗公司重新局部整改后，仍存在水电、防雷接地等各种质量隐患，要求三穗公司尽快解决。梁镜签收了通知。三穗公司认为水电工程不是其施工，与其无关。
2000年3月6日，水湾头公司又向三穗公司发出通知，称首层五间商铺被三穗公司一直占用，严重阻碍首层消防、水电工程的正常施工，要求立即清运干净。梁镜、杨全月签收了通知。三穗公司认为该通知与案涉工程无关，因工程在此之前已经竣工。
2000年3月28日，陈远光作为水湾头公司代表，梁镜、杨全月作为三穗公司代表，共同签署《景湾商住楼收尾整改及竣工验收有关问题协议》，约定：三穗公司保证在2000年4月4日前将现存于景湾商住楼内的施工用木料及杂物等全部搬走清理干净整平地面，为消防正常施工、水电正常施工创造条件，交水湾头公司进行消防、水电正常施工；三穗公司保证将首层商铺清理干净搬完后进行收尾整改，按质监站和整改要求进行整改，为进行竣工验收创造条件，保证4月7日前整改完毕；在三穗公司按质监站的要求整改完毕后5日内，由水湾头公司、三穗公司共同组织，请质监站进行竣工验收（除四层以下消防以外的全部工程竣工验收）；在竣工验收合格后1周内，按合同规定，双方进入工程决算。
2000年6月28日，三穗公司又以珠海分公司的名义向珠海市质监站发函，称对1999年12月30日工程初验存在的各种质量问题已整改完成，包括屋面排气道、排气孔等零星施工及整改项目。水湾头公司于7月6日加具意见认可基本整改完成，请质监站给予验收。
2000年7月7日，梁镜出具承诺书，保证把遗留的少量未完成的地下室漏水等问题继续整改完成，并保证把整套验收资料整理完毕移交水湾头公司后，双方进行结算。
三穗公司提交了一份经珠海市建设工程质量监督检测站核定的单位工程竣工验收证明书，记载的开工日期为1998年2月18日，竣工日期为1999年12月18日，并于2000年7月20日记载经整改后土建工程评为合格（水电消防验收合格后方可使用）。参加评定的人员中，建设单位陈远斌、设计单位孙伟均在2000年7月18日签名。
2000年11月3日，陈远光作为水湾头公司的代表与三穗公司签订《景湾商住楼工程收尾协议书》，约定：三穗公司保证3天内在水湾头公司尚未竣工验收的项目办理签字盖章手续，配合水湾头公司完成验收，不得拖延；双方保证在全面竣工验收合格后7日内进行竣工结算，把结算资料递交珠海市预决算中心进行工程决算；水湾头公司保证在竣工决算批准后30天内给三穗公司结清工程余款，保修金按合同执行；等等。
2000年11月21日，珠海市人民防空办公室出具珠海市人防工程建设（合格）证明书，对景湾商住楼人防工程验收合格。
2001年2月13日，广东省珠海市公安消防局出具建筑工程消防验收意见书，对消防验收合格。
2006年1月18日，新力公司与杨全月签订《景湾商住楼工程项目决算协议书》，约定：景湾商住楼项目是新力公司与水湾头公司合作，由新力公司全额投资以水湾头公司的名义开发建设的，由杨全月与梁镜合作承包并挂靠三穗公司的珠海分公司承建的，已于2000年竣工入伙；由于梁镜一直联系不上，故意不到场，工程决算余额一直无法确认，现由杨全月代表解决自身利益，同意以珠海市建行审定的项目预算额1284.57万元为依据进行决算；新力公司累计付给杨全月工程款162.90万元，其余大部分工程款均直接付给梁镜（实际已超额支付）；新力公司为了促使工程顺利完工，把主体工程以外的二次装修工程的主要项目或主要材料如消防工程、铝合窗工程、人防工程、防火材料等直接另找有技术质量保障的单位施工或购买材料，总投资近400万元，现双方认可从工程预算中扣除200万元，现剩余的工程决算款为59.70万元；梁镜未根据内部协议将工程款兑现给杨全月9%的固定利润，新力公司同意将本决算的工程余款直接结算给杨全月，具体方案是向杨全月交付景湾商住楼翠景阁901室、地下车库内一个车位的长久使用权，至此工程决算款全部结清；梁镜名下的景湾商住楼御景阁1103室，原准备作为工程款抵给梁镜，由于现已不欠梁镜工程余款，因此予以收回处理，但由于没有及时过户，其间发生了梁镜与其他债主的纠纷，房产被法院查封，新力公司现已停止月供，并保留向梁镜追讨损失；等等。
水湾头公司提交了由其或新力公司与其他单位签订的合同等证据，用于证明以下工程由他人施工，包括：桩基础工程，外墙装饰工程，外墙玻璃工程，外墙铝合金工程，地下室人防工程，铝合金门窗工程，1-3层和地下室消防工程，电气安装工程，电梯设备安装工程，水泵、控制箱、管道安装工程，地下室墙面天花批灰刮白工程；并主张水湾头公司购买了外墙砖、水泵及控制柜、配电箱、风机、防火门、电表箱和钢筋等大量材料。三穗公司不予认可，认为所涉工程由三穗公司交由他人承建。
庭审中，水湾头公司主张其向三穗公司支付款项10348900元，以房屋抵工程款1164005.58元，合计11512905.58元，并提交了梁镜、杨全月在1998年3月至2002年12月期间出具的借据、收据、《景湾商住楼工程项目决算协议书》、《商品房购销合同》等证据对其主张予以证实。其中抵给杨全月的房屋及地下车库总价为553200元；抵给梁镜的房屋即位于珠海市水湾头景湾商住楼御景阁1103室的总价款为610805.58元，实际为梁镜承担了首付款183805.58元，税费6108.06元，偿还了银行每月供房贷款199544.03元，合计389457.67元。2002年5月8日，梁镜出具证明，称该房屋所有款项均由新力公司陈远光垫付，实际归陈远光所有，保证予以协助办理过户或转让。后来，该房屋在执行案件中被拍卖，用于清偿梁镜拖欠的货款和未偿还的房屋银行按揭贷款。
三穗公司对杨全月出具的借条、收条不认可。只认可收到预付工程款7669740.68元，认为其在诉状中认可的所收款项1040万元中269万元是房屋抵工程款，但认为房屋抵工程款没有最终确认，梁镜没有取得房屋。
原审法院又查明，三穗公司主张在1999年12月17日向水湾头公司提交了编制单位为三穗公司珠海分公司、编制人为梁镜的《建设工程（结算）书》，并附有《景湾商住楼各分项工程造价汇总表》、《景湾商住楼经甲乙双方核准混凝土工程量汇总表》。其中，《建设工程（结算）书》、《景湾商住楼各分项工程造价汇总表》未经水湾头公司确认，《建设工程（结算）书》没有记载编制时间，记载的结算工程造价为15424584.92元；《景湾商住楼各分项工程造价汇总表》记载工程包括主体及装饰工程、车库和车道工程、零星签证工程、铝合金门窗、电气、消防给排水工程，造价合计15296214.70元；《景湾商住楼经甲乙双方核准混凝土工程量汇总表》下方由陈远斌于2001年12月26日签署了工程量属实的意见，但该表为复印件。水湾头公司在庭审质证时对上述证据均不予认可，认为其在案件诉讼前从未见过《建设工程（结算）书》，《景湾商住楼经甲乙双方核准混凝土工程量汇总表》无原件核对，且有涂改、添加，其和新力公司也未委托陈远斌签署该表，《景湾商住楼各分项工程造价汇总表》无编制单位和日期，与上述结算书价款存在矛盾。
三穗公司又提交了2000年1月10日制作的珠海市土建工程（结）算表，认为工程价款为16802700元。水湾头公司在庭审质证时对该结算表不予认可，认为该结算表是三穗公司单方编制的，在案件诉讼前从未见过。
原审法院另查明，对于水湾头公司主张的工期延误问题，首先，三穗公司主张因设计变更导致工程变更、增加影响工期227天，并提交了在施工期间的多份设计变更通知书等材料。在庭审质证时，水湾头公司对于其中部分没有原件的设计变更通知书不予认可，认为设计变更发生在施工前，不会影响工期，其中有的是取消设计工程，应当减少工期，也有的只是材料变更，与工期无关，以及因三穗公司施工错误造成的变更，并认为三穗公司没有按照约定提出书面报告。其次，三穗公司提交了多份由梁镜、梁志贤签名的收据主张其在1998年9月建设到6层，而在1998年2月进场前提交新力公司的款项达到310万元，之后带资共计571.40万元，如果不超出带资，楼层无法建设。水湾头公司对三穗公司提交的收据不予认可，认为与汇款至共管帐号的约定不符。再次，三穗公司主张恶劣气候影响工期，提交了珠海市气象服务中心出具的气象资料和大雨记录、热带气旋情况，显示1998年1月1日至1999年12月31日的大雨天气为35天，大风天气14天。在庭审质证时，水湾头公司认为三穗公司没有按照约定向水湾头公司提出书面报告，以气象资料为据主张工期顺延不能成立，并且珠海市范围广，局部气候变化显著，不能准确反映工程现场的实际情况，而且天气不影响内部装修、安装等工程的施工。另外，三穗公司主张水湾头公司因资金紧缺而与新力公司合作。水湾头公司认为三穗公司就此提交的申请议标报告、工程造价定案表不能证明影响工期。
此外，水湾头公司主张其向业主赔偿延期交楼违约金，并提交了《景湾商住楼购销临时合同》、（2001）珠香民初字第679号民事判决书等证据。三穗公司认为其未造成工期的拖延，应由水湾头公司自行承担责任。
在案件审理过程中，三穗公司申请对工程造价进行司法鉴定。原审法院依法委托广东华联建设项目管理咨询有限公司进行鉴定。该鉴定机构于2013年9月9日作出文号为广东华联（2013）建鉴字第12号《景湾商住楼工程工程造价司法鉴定意见书》，并附有《工程量计算书》。鉴定意见书的“结论意见一”是：根据补充协议约定计算（不考虑下浮），景湾商住楼主体、水电安装、铝合金工程、车库车道工程等，含总包服务费工程结算总造价为11554518.65元，不含总包服务费工程结算总造价为11513264.38元；“结论意见二”是：根据施工合同约定计算（考虑下浮），景湾商住楼主体、水电安装、铝合金工程、车库车道工程等，含总包服务费工程结算总造价为10764189.57元，不含总包服务费工程结算总造价为10722935.30元。其中涉及总包服务费的项目和造价分别为：木防火门51324元，上海油膏19026.64元，玻璃幕墙679820.05元，消防自动喷淋及其他电气安装综合费90万元，合计1650170.68元，鉴定机构按照2.5%计算总包服务费为41254.27元。
三穗公司提出的主要意见如下：一、对于工程中涉及工程量的计算，需要工程师的核对，三穗公司有不同意见；二、对于总包服务费的取费，粤建定发（1993）024号《广东省建筑工程预算定额计价表问题解答》第1215条规定按8%计取总包服务费，不应按鉴定机构认定的2.5%计算；三、关于下浮问题，按照补充协议的约定，不应下浮；四、水湾头公司代付材料款，已经在财务账内增减，不应扣除。
水湾头公司、新力公司提出的主要意见如下：一、对于工程中涉及的工程量有不同意见；二、分包配合费（总包服务费）列入工程造价没有依据，1992年广东省工程预算定额没有规定分包配合费，三穗公司没有对木防火门等4项工程进行施工，是因其没有相应的资质、管理混乱而自行退出，水湾头公司委托第三方进行施工，不存在三穗公司分包配合的问题，并且按照2.5%计算过高；三、工程造价应当下浮，根据双方在1998年1月5日签订的《珠海市建筑安装施工合同》的约定，结算时应当下浮6.83%计价，双方于1997年10月6日签订的景湾工程补充协议是附生效条件的协议，前提条件就是施工方垫资施工到主体框架第6层，垫资部分不计息，三穗公司没有垫资到第6层，条件没有成就，三穗公司应当执行下浮的约定，而且，按照最高人民法院关于审理建设工程施工合同司法解释第21条，当事人就同一建设工程订立的合同与备案的中标合同不一致的，应当按照备案的中标合同进行结算；四、工程款由直接费、间接费、利润、税金四部分构成，应当扣除3.41%的税金；五、对材料款已经扣除，水湾头公司予以认可。
鉴定机构作出如下答复：一、关于三穗公司的意见，三穗公司提供的关于总包服务费的文件仅仅适用于铝合金、玻璃幕墙，对于案件工程中只有玻璃幕墙适用，对其他的工程不适用。二、关于总包服务费（分包配合费），双方签订的合同属于总包合同，合同中包括了木防火门、玻璃幕墙等4项工程，存在分包工程需要用到总包方的机械设备，就产生了配合费，也就是分包配合费，对此双方没有约定，1992年定额也没有规定，鉴定机构参考2001年的规定对数额进行了计算，至于是否需要支付，应当由法院认定，按这4项工程的总价乘以2.5%，造价中加上了41254.27元，玻璃幕墙可以乘以8%，其他3项是没有依据的。三、关于造价下浮的问题，计算了两个数额，由法院决定。四、关于税金的问题，总包合同应当是施工方购买材料，案件存在水湾头公司代购材料的问题，交税是按照工程总造价缴纳的，代购材料款是不应当交税的，不应当扣除税金。
原审法院认为，三穗公司与水湾头公司于1998年1月5日签订的《珠海市建筑安装施工合同》，以及于1999年8月2日签订的《珠海市建设工程施工合同》，是双方真实意思表示，没有违反法律和行政法规的强制性规定，均为有效合同，双方应全面履行。
首先，关于三穗公司提出的诉讼请求的认定。水湾头公司和第三人新力公司均认为三穗公司的起诉超过了诉讼时效。根据《中华人民共和国民法通则》第一百三十七条的规定，诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。三穗公司在完成施工任务之后将工程交付水湾头公司使用，工程于2000年7月20日通过验收合格，三穗公司即应知道权利受到侵害。并且，三穗公司在1999年12月17日还向水湾头公司提交了竣工验收报告并自行制作了《建设工程（结算）书》，更进一步说明了三穗公司意识到自身权利受到侵害，有向水湾头公司主张权利的意思表示。虽然三穗公司与水湾头公司没有进行工程造价结算导致工程价款没有确定，但是，2006年1月18日，三穗公司的施工代表杨全月与工程投资方新力公司签署《景湾商住楼工程项目决算协议书》，对工程款进行了明确的约定，并将工程尾款结算支付给杨全月。至此，涉案工程价款已经确定并支付完毕，诉讼时效应当开始起算。如果三穗公司认为上述决算侵害了其合法权益，应当自决算协议签署之日起两年内提起诉讼。然而，从2006年1月18日至三穗公司起诉之日也没有中断、中止的事由，为此，应当认定三穗公司起诉已经超过两年的诉讼时效，水湾头公司也就诉讼时效提出了抗辩，对于三穗公司提出的全部诉讼请求，原审法院不予支持。
其次，关于水湾头公司提出的反诉请求的认定。新力公司于2006年1月18日与三穗公司的施工代表杨全月签署《景湾商住楼工程项目决算协议书》，对工程造价进行最后决算，其主动发起结算，却没有在结算中提出三穗公司的施工延误应当承担违约责任的要求，一并处理工程尾款和工期延误违约赔偿的问题，而是同意再向杨全月支付剩余工程款，说明新力公司与水湾头公司当时放弃了向三穗公司追究工期延误的违约责任。现水湾头公司又提出反诉，要求三穗公司承担工期延误的违约责任，与其上述结算行为相悖，原审法院对其提出的反诉请求不予支持。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第六十条，《中华人民共和国民法通则》第一百三十五条、第一百三十七条的规定，经原审法院审判委员会讨论决定，判令如下：一、驳回三穗公司的全部诉讼请求；二、驳回水湾头公司的全部反诉请求。本诉案件受理费人民币102467.50元，由三穗公司承担；反诉案件受理费人民币66280.71元，由水湾头公司承担；鉴定费人民币90000元，由三穗公司承担。
上诉人三穗公司不服原审判决，依法提起上诉，请求：1.撤销珠海市香洲区人民法院（2009）香民二初字第817号民事判决书的第一项判决，并支持三穗公司的一审诉讼请求；2、上诉费用由水湾头公司承担。
上诉理由如下：原审判决认定三穗公司的诉讼请求已过诉讼时效错误。1、原审认定本案的诉讼时效起算始于2006年1月18日，即三穗公司的施工代表杨全月与新力公司签订《景湾商住楼工程项目决算协议书》的当日，理由是该决算书对工程款进行了明确约定，并将工程尾款结算支付给了杨全月。三穗公司认为，（1）该决算书涉及工程款的表述仅仅是建行审定的预算的工程款，事实上，三穗公司与水湾头公司或新力公司均没有进行决算，没有明确整个工程的工程款。杨全月与新力公司所明确的仅仅是杨全月的个人所得利益的工程款项。（2）因双方未结算，新力公司亦无法明确是否支付完毕整个工程的款项。该决算书仅是表明结清杨全月个人的工程款。（3）杨全月个人利益的决算不能代表三穗公司，因为双方未就整个工程结算。（4）决算书中还明确要与三穗公司（梁镜）进行决算，决算出来的数额多少与杨全月再无关系，这表明水湾头公司或新力公司与三穗公司的决算尚未进行。由于本案的工程款在三穗公司起诉时仍处于尚未结算状态，因此三穗公司不知其应得的工程款数额，也无法确定“知道或者应当知道权利被侵害”的具体时间，故本案诉讼时效没有起算。
2、三穗公司未授权杨全月与新力公司签订决算书，水湾头公司、新力公司及杨全月也未通知三穗公司，三穗公司并不知道有此协议的存在，只是在本案起诉后，水湾头公司和新力公司提交此份证据时，三穗公司才知道新力公司与杨全月签订了该决算书。
针对三穗公司的上诉，水湾头公司辩称，一、从程序上看，原审判决认定三穗公司的诉讼请求已经超过两年诉讼时效，认定事实清楚，适用法律正确，三穗公司的上诉请求依法应予以驳回。
二、从实体上看，三穗公司的诉讼请求没有事实和法律依据，应予驳回。
（一）水湾头公司已经向三穗公司支付了工程款11512927.58元，如按照广东华联建设项目管理咨询有限公司于2013年9月9日出具的《景湾商住楼工程造价司法鉴定意见书》（简称《鉴定意见书》）的鉴定造价人民币10722935.30元（下浮6.83%，不含分包工程管理费），水湾头公司已超付了工程款人民币789992.28元，不存在拖欠工程款的事实。
1.三穗公司在一审诉状中承认水湾头公司已支付工程款1040万元，但对该金额的支付情况不能做出正确的说明。庭审时三穗公司称该1040万元包括梁镜收到的现金771万元，其他为购房款（冲抵工程款）269万元，不包括水湾头公司支付给杨全月的工程款。庭审中在水湾头公司向法庭提供了详细的工程款支付明细后，三穗公司又改称该1040万元包括了水湾头公司支付给杨全月的现金162.9万元。三穗公司的陈述前后矛盾。事实上，三穗公司自认收到的工程款1040万元均为水湾头公司支付的现金，不包括以房冲抵工程款的金额。
2.水湾头公司的证据证明其向三穗公司支付了工程款合计11512927.58元，其中包括支付给梁镜的现金871.9922万元，支付给杨全月的现金162.9万元，合计1034.8922万元（如加上换变形钢筋节省款人民币6万元，合计1040.8922万元，因该6万元已在《鉴定意见书》中的鉴定造价中扣除，故在此不再计入）；以房冲抵工程款合计1164005.58元，。冲抵工程款的金额，其中包括梁镜于1999年1月12日向水湾头公司购买的景湾商住楼御景阁1103房（以下简称1103房），房款610805.58元，该房后因梁镜与他人存在债务纠纷而被查封、拍卖以偿还梁镜个人债务；杨全月于1999年4月15日向水湾头公司购买的景湾商住楼翠景阁901房，房款483200元，地下车库，价款7万元，合计553200.00元。
3.案涉工程通过全面竣工验收后，实际施工人梁镜自知水湾头公司实际已经超付了工程款，结算不仅拿不到工程款，反而可能面临误工索赔的巨大法律风险，故一直迟迟不提供结算资料进行结算。水湾头公司在涉案工程土建竣工之前打算将1103房抵给梁镜冲抵工程款，后因已超付工程款，故要求梁镜将1103房退还。2002年5月8日，梁镜出具证明，称1103房所有款项均由新力公司陈远光垫付，实际归陈远光所有，保证予以协助办理过户或转让。如果水湾头公司拖欠梁镜工程款，梁镜不可能承诺将1103房退还。2009年梁镜以三穗公司的名义提起本案诉讼，显然与事实不符，且违背诚实信用原则，意图获取不当利益。
4.《鉴定意见书》中的工程结算造价应按照合同约定结算价款下浮6.83%。因为三穗公司、水湾头公司双方于1998年1月5日签订的《珠海市建筑安装施工合同》（简称《施工合同》）第8条第2款的约定，结算下浮6.83%计价。1997年10月6日签订的《景湾商住楼承建补充协议》（简称《补充协议》）第4条第1款约定的水湾头公司同意取费标准不下浮是附生效或前提条件的，即施工方垫资施工到主体框架第六层，垫资部分不计息。实际上三穗公司没有垫资到第六层，因为三穗公司于1998年5月2日提供的《景湾商住楼施工进度计划安排》显示，案涉工程于1998年2月8日开工，8月20日前应垫资完成第六层主体框架，但工期延误到1998年10月初才完成第六层主体框架，水湾头公司在1998年3月至9月期间，共向三穗公司支付工程款163.1万元，因此合同约定的条件未成就，取费标准应下浮6.83%。
而且，按照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条的规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”《施工合同》是经过备案的中标合同，《补充协议》有关取费标准的约定与《施工合同》约定不一致的情况下，依法应以备案的《施工合同》作为结算工程价款的依据。
5.甲方分包项目包括木防火门、上海油膏、玻璃幕墙、消防自动喷淋及其他电气安装计取分包配合费没有事实和法律依据。一则1992年《广东省建筑工程预算定额》计价表中没有分包配合费的规定；二则三穗公司、水湾头公司双方对此也没有相关约定；三则梁镜、杨全月作为实际施工人以及三穗公司不仅没有对前述分包项目提供分包服务、配合与管理，反而妨碍了案涉工程消防、水电工程的正常施工。
（二）三穗公司罔顾事实，伪造证据，恶意诉讼。
1.案涉工程土建于2000年7月20日验收合格，2000年11月3日，陈远光作为水湾头公司的代表与三穗公司签订《景湾商住楼工程收尾协议书》约定：三穗公司保证3天内在水湾头公司尚未竣工验收的项目办理签字盖章手续，配合水湾头公司完成验收，不得拖延；双方保证在全面竣工验收合格后7日内进行竣工结算，把结算资料递交珠海市预决算中心进行工程决算。三穗公司声称在1999年12月17日、2000年1月10日向水湾头公司提供了案涉工程结算资料，此时案涉工程尚未竣工验收，谈何结算。显然，三穗公司的说法与事实不符。
2.案涉工程自2000年7月土建工程竣工验收以来，三穗公司从未向水湾头公司提供过结算资料，亦未向水湾头公司主张过任何权利，而作为实际施工人的梁镜自知水湾头公司已超付了工程款，且未向水湾头公司提供过任何案涉工程发票，在诉讼时效已过的情况下，梁镜现以三穗公司的名义提起诉讼，存在恶意诉讼之嫌。
3.三穗公司主张在1999年12月17日向水湾头公司提交了案涉工程结算资料，《建设工程（结算）书》盖有三穗公司的印章，但三穗公司是2003年3月由吴川市第一建筑工程公司变更而来，1999年12月17日提交的结算资料不可能有三穗公司的印章，显然，此证据是为诉讼需要而事后伪造。
三、对《景湾商住楼工程造价司法鉴定意见书》的异议。
（一）《鉴定意见书》本身缺乏客观性、公正性
案涉工程造价鉴定机构曾分别于2011年1月13日、2011年8月16日、2012年5月8日、2012年11月12日共出具了四份工程造价司法鉴定意见书初稿，工程鉴定造价分别为13321707.78元、13717235.09元、13204844.38元、11934823.26元。水湾头公司对于每一次的鉴定意见书均提出了异议，从水湾头公司每次的鉴定异议及前述鉴定意见书的调整来看，鉴定机构以及其作出的鉴定意见书本身的客观性、公正性让人存疑。
水湾头公司经对《鉴定意见书》进行复核，案涉工程造价应为10010824.88元（未考虑下浮），如考虑下浮6.83%，则结算造价为9327085.54元，两者仍相差人民币约140万元。
（二）《鉴定意见书》认定三穗公司施工的铝合金窗面积为1502.13平方米错误。鉴定机构根据2012年3月8日现场勘查笔录及景湾商住楼铝合金门窗工程分包合同的约定，于2012年11月12日出具的案涉工程《工程造价司法鉴定书》认定三穗公司施工的铝合金窗的面积为1200平方米是正确的。根据水湾头公司提供的证据35《景湾商住楼铝合金门窗工程分包合同》的约定，三穗公司施工的铝合金门窗的面积约为1200平方米（1-3层除外）。铝合金门全部未施工，三穗公司施工的铝合金窗仅指四层以上的住宅，1至3层为商铺，均由他人负责施工。《鉴定意见书》依据竣工图中的铝合金门窗图纸和2012年3月8日的现场勘查笔录，认定铝合金窗面积为1502.13平方米，与事实不符。水湾头公司的案涉工程竣工图实为施工图，铝合金门窗图纸所显示的是整体工程的铝合金门窗的全部面积，包括三穗公司未承包施工的1-3层商铺的铝合金门窗的面积。水湾头公司经复核，案涉工程四层以上（含四层）铝合金窗的面积应为1199.84平方米，其中推拉无亮窗910.56平方米，推拉有亮窗265.50平方米，开平窗23.78平方米（详见附件《景湾商住楼和车库项目2013-9-9鉴定造价复核书》）。
四、三穗公司应依法向水湾头公司提供案涉工程结算造价的工程发票。如三穗公司拒不提供发票，三穗公司应按案涉工程结算造价的3.41%向水湾头公司赔偿损失。
新力公司二审辩称，原审判决符合事实和法律依据。工程是在2000年7月12日验收合格，2001年2月13日完成了最后一项即消防工程验收，该工程并非是三穗公司施工完成。到2009年三穗公司起诉，已经接近十年，从生活逻辑上看，若发包人拖欠工程款，施工单位不可能在十年之后才提起诉讼。水湾头公司于2006年1月18日与三穗公司已完成整个项目的结算，在此之前，2002年6月8日，三穗公司的施工代表梁镜出具了证明，把1103房退回给陈远光所有，也就是说水湾头公司已经在2002年6月8日跟梁镜结算完毕，原审法院以2006年1月18日作为诉讼时效起算点且以三穗公司超过诉讼时效为由驳回诉讼请求符合法律规定。其他意见与水湾头公司的答辩意见一致。
上诉人水湾头公司亦不服原审判决，依法提起上诉，请求：1.撤销原审判决第二项，依法支持水湾头公司的反诉请求；2.三穗公司向水湾头公司支付迟延交楼违约金6369423.57元；3.三穗公司向水湾头公司赔偿损失223017元；4.三穗公司向水湾头公司提供案涉工程发票；5.一、二审诉讼费用均由三穗公司承担。
上诉理由如下：一、原审判决认定事实错误。原审判决以水湾头公司在工程最后决算中未向三穗公司提出施工延误违约赔偿的要求为由认定水湾头公司放弃了向三穗公司追究工期延误违约责任的权利，是错误的。因为工程竣工决算与追究违约赔偿责任是不同的权利诉求，权利人可以在工程竣工结算后另行主张违约责任。
二、水湾头公司的上诉请求依法应予支持。1.《施工合同》第4条第1款约定，案涉工程原定1998年1月15日开工，工期为360个日历天，1999年1月14日竣工。在施工过程中，案涉工程加建两层，加建工期为60日历天。实际开工时间为1998年2月8日，三穗公司承诺在1999年2月5日竣工验收交付使用，加上加层的60天工期，案涉工程理应在1999年4月5日竣工。尽管案涉工程于1999年12月18日竣工，但未通过验收需整改，土建工程经整改后在2000年7月20日验收合格，此时水、电、消防尚未验收，案涉工程不能交付使用。案涉工程的人防工程于2000年11月21日竣工验收，消防工程于2001年2月13日通过验收。从1999年4月6日起算至2000年11月21日，三穗公司延误工期达594天。2.水湾头公司提供的证据显示，工期延误的原因是由于三穗公司没有提供管理，挂靠人梁镜、杨全月管理混乱所致。三穗公司从一施工开始（时间分别为1998年4月16日、1998年4月23日、1998年12月9日、1999年6月23日）就因施工管理混乱而被珠海市建设工程质量监督检测站通知整改。1999年8月23日，珠海市建设工程安全监督站向三穗公司下发《停工通知》，要求三穗公司对建筑工地进行整改，直到1999年9月13日才被珠海市建设工程安全监督站通知复工，延误工期达20天。案涉工程虽然于1999年12月18日完工，1999年12月30日经珠海市质监站验收未获通过而需整改。2000年7月20日，案涉工程土建工程经整改后验收合格。此时，水、电、消防尚未验收，案涉工程仍不能交付使用。案涉工程人防工程于2000年11月21日竣工验收，消防工程于2001年2月13日通过验收。3.案涉工程不存在工期顺延的客观事实，三穗公司亦没有证据能够证明存在工期顺延的情况。4.因三穗公司的原因导致案涉工程工期严重延误，进而直接引致水湾头公司不能按时向业主交房。从水湾头公司提供的证据显示，水湾头公司的逾期交房损失合计人民币223017元，该损失与三穗公司的工期延误违约行为存在因果联系，且该损失是可预见的，三穗公司应予以赔偿。
针对水湾头公司的上诉，三穗公司辩称，第一，2006年1月18日，杨全月和第三人陈远光所进行的结算是为了杨全月个人利益而进行的结算，并不能代表三穗公司进行工程结算，而且决算协议中表明还要与另一施工代表梁镜择日进行结算，这一事实根本无法适用诉讼时效的规定。第二，因三穗公司与水湾头公司没有进行结算，因此工程款尚未确定，诉讼时效不能起算。第三，梁镜并未跟陈远光进行结算，1103房仅仅是因为新力公司为套取银行贷款而作的抵押。而且2006年6月18日的协议是水湾头公司在诉讼过程中提交的证据，三穗公司在诉讼时才知晓，因此诉讼时效应当从本案起诉之后计算。第四，施工过程中的结算问题。水湾头公司主张超付是建立在签订施工合同时的建行预算基础之上，因此该主张缺乏事实依据。第五，从工程建设之初，三穗公司一直是带资施工，水湾头公司支付的工程款一共是771万元（不包括杨全月个人部分），付款次数高达400多次，平均不到2万元，从此可以看出，新力公司资金严重缺乏，影响施工进度，而且还有建筑加层，从勒令停工到批准加层期间共停工8个月，到目前为止，根据三穗公司收取的相应款项以及没有进行工程结算的事实，三穗公司完全有正当理由和法律依据向水湾头公司主张权利。第六，三穗公司没有拖延工期，工期延误是水湾头公司和新力公司的资金不足导致，因此请求二审法院驳回水湾头公司的上诉请求。
各方当事人二审期间均未提交证据。
本院经审理查明，1997年10月18日，杨全月（甲方）与梁梁镜（乙方）签订《景湾商住楼施工合作协议》，除原审法院查明的协议内容外，双方在该协议中还约定：甲方承接珠海经济特区田达企业家发展有限公司水湾头景湾商住楼项目施工任务，经多次洽商，同意就该项目土建施工任务与乙方进行合作。一、本项目合作的原则是：风险共担，责任自负，利益共享，互惠互利；……三、为满足乙方的要求，甲方同意挂靠吴川市第一建筑公司珠海分公司','2018-09-24
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