广东省肇庆市端州区人民法院
民 事 判 决 书
(2017)粤1202民初2156号
原告（反诉被告）：肇庆市建设工程有限公司，住所地肇庆市端州区,组织机构代码195XXX。
法定代表人：朱汉，该公司总经理。
委托诉讼代理人：白瑞泉、王薰南，广东智洋律师事务所律师。
被告（反诉原告）：肇庆鸿益房地产发展有限公司，住所地肇庆市,统一社会信用代码914412007XXX。
法定代表人：陈健强。
委托诉讼代理人：钟应强、冯媚婷，广东侨英律师事务所律师。
原告肇庆市建设工程有限公司(以下简称建设公司)诉被告肇庆鸿益房地产发展有限公司(以下简称鸿益公司)建设工程施工合同纠纷一案，本院于2017年7月6日受理后，依法组成合议庭。期间鸿益公司提起了反诉，本院合并于2017年9月5日公开开庭审理。原告（反诉被告）的委托诉讼代理人白瑞泉、王薰南，被告（反诉原告）的委托诉讼代理人钟应强、冯媚婷到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告向本院提出诉讼请求：1、判令被告于判决生效之日起十日内一次性向原告支付工程款本金16373369.34元及利息(利息按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算，从2013年12月24日起，暂计至2017年7月1日)，本息暂合计为人民币16726262.07元；2、被告承担本案诉讼费、保全费、担保费。
诉讼中，原告明确其诉讼请求的利息计算方式为：从竣工验收之次日即2013年12月24日起根据被告支付款项的时间分段按照中国人民银行同期同档次贷款利率计算。
事实和理由：2011年5月5日，原、被告签订三份《广东省建设工程施工合同》及《建设工程施工合同补充协议》，工程名称分别为XX住宅小区22-24单元、25-26单元、27-28单元。合同约定由原告承包施工被告的XX住宅小区22-28单元的施工义务，施工完毕后即将上述建设工程交付至被告，并于2013年12月23日由总承包施工单位即原告、建设单位即被告、监理单位深圳市中行监理有限公司、勘察单位广东省肇庆市星湖建筑设计院及设计单位广州承总设计院共同对上述工程进行竣工验收工作，经验收合格并出具《建筑工程竣工验收报告》。
依约“本工程完成竣工验收，甲方(即被告)支付总工程进度款80%；在工程验收合格后五个月内办理总工程结算，并支付余下工程款”，但时至建设工程竣工验收之日，被告仍拖欠原告大量工程款。根据被告审核出具的《幸福港湾22-28单元土建工程结算书》，核算讼争工程的工程造价为60225924.44元。此后，经原告多次追收，但截止起诉之日仍拖欠工程款本金16373369.34元及利息352892.73元。综上，被告恶意不支付工程款的行为，给原告造成严重损害。为此，请求法院支持原告的全部诉讼请求。
被告辩称：一、本案所涉工程由黄晨旭实际施工，依法应追加黄晨旭为本案被告参与诉讼。二、本案实际拖欠工程款为5046395.11元，扣除逾期完成工程违约金1813500元，实际拖欠款为3232895.11元，原告诉称拖欠16726262.07元没有事实根据和法律依据。三、根据三个工程分别签订的《广东省建设工程施工合同》(合同编号2011XX、20110XX、2011XX)及补充协议，涉案三个工程实际完成时间比合同约定时间逾期超过403天，合同约定完成时间为2012年11月15日，实际工程验收时间为2013年12月23日。根据双方签订的《广东省建设工程施工合同》及各补充协议约定，原告每个工程应每天向答辩人支付违约金1500元，三工程合计应支付违约金1813500元。另，原告以1600多万元计算利息没有依据，应当以实际拖欠的3232895.11元为基数。综上，原告的诉讼请求缺乏事实和法律依据，请求法庭依法驳回。
反诉原告提起反诉称：因涉案工程实际完成时间比合同约定时间逾期超过398天，合同约定完成时间为2012年11月15日，实际工程验收时间为2013年12月23日。根据合同及补充协议约定，反诉被告应每天向反诉原告支付违约金1500元。为此，为维护原告的合法权益，请求法院判令：1、反诉被告向反诉原告支付逾期完成工程违约金597000元；2、本案的受理费及其他诉讼费用全部由被告承担。
诉讼中，反诉原告变更其反诉理由、事实及诉讼请求为：因涉案三个工程实际完成时间比合同约定时间逾期超过403天，合同约定完成时间为2012年11月15日，实际工程验收时间为2013年12月23日。根据双方签订的《广东省建设工程施工合同》(合同编号20110XX、20110XX、20110XX)及各补充协议约定，反诉被告每个工程应每天向反诉原告支付违约金1500元。为此，为维护原告的合法权益，请求法院判令：1、反诉被告向反诉原告支付逾期完成工程违约金1813500元；2、本案的受理费及其他诉讼费用全部由被告承担。
反诉被告辩称：逾期违约已经在结算中进行约定，财政部关于会计师事务所结算办法第二条的规定，对工程结算文件的定义进行了约定，如反诉被告确因逾期完工需要承担责任，应当从结算款中抵扣。反诉原告要求支付逾期完成工程违约金的诉求已超过诉讼时效，本案竣工验收时间为2013年12月23日，但直至本案反诉原告没有提交任何我公司逾期违约的材料，也从未向反诉被告主张，我公司认为该违约金的诉求已超过诉讼时效。根据我公司提交的证据显示，因反诉原告的原因导致工程未能按期完成，反诉原告不断变更设计图纸，结合反诉被告出具的会议记录、列会纪要显示，在施工中发现原设计图纸未能适用原施工需求，具体表现在原设计图纸的工程桩达不到相应的承载能力，反诉原告只能重新调整设计图纸，导致工期顺延。反诉原告并未能按照施工合同的约定，如期支付进度工程款项，导致反诉被告施工困难，直接造成工期顺延。总之，案涉工程的工期延误是由反诉原告造成的，与反诉被告无关。
经审理查明：一、合同签订的情况。2011年5月5日，原、被告分别签订三份《广东省建设工程施工合同》(合同编号2011XX、201XX、20110XX)及《XX住宅小区22-24单元建筑工程施工合同补充协议》、《XX住宅小区25-26单元建筑工程施工合同补充协议》、《XX住宅小区27-28单元建筑工程施工合同补充协议》，工程名称分别为XX住宅小区22-24单元、25-26单元、27-28单元。
1、合同编号201XX《广东省建设工程施工合同》约定：工程名称为XX住宅小区22-24单元，工程地点为肇庆市X路；工程合同工期总天数545天(18个月)，拟从2011年5月15日开始施工，至2012年11月15日竣工完成；合同总价为2476万元。《XX住宅小区22-24单元建筑工程施工合同补充协议》则约定：合同总价为2476万元，被告支付原告完成工程量进度的70%进度款，工程进度款由原告提交该进度报表后15日内审核完成支付给原告，本工程完成竣工验收被告支付总工程进度款80%；在工程验收合格后五个月内办理总工程结算手续，并支付余下工程款，扣除总工程款5%作为工程保修金，保修期按国家有关规定，在工程竣工验收合格2年后，如无工程质量事故发生的，并在承包人提出申请的前提下，发包人根据该工程的实际情况，可考虑分期返还保修金，保修金无息退回；原告完成的工程竣工验收合格后，如被告未能如期支付工程结算款，经双方同意将被告公司属下已竣工的商品房作为工程款抵偿工程结算款给原告。此外，2011年5月5日，原、被告还就“XX住宅小区22-24单元建筑工程”签订了《工程质量保修书》，约定质量保修期从工程实际竣工之日算起，分单项竣工验收的工程按单项工程分别计算保修期，其中：1、土建工程为设计使用年限，屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏为5年；2、电气管线、上下水管线安装工程为2年；3、室外的上下水和小区道路等市政公用工程为2年；4、其他约定，工程质量保修执行国家建设部第80号令《房屋建筑工程质量保修办法》，装饰、装修、安装工程保修期为2年；本工程约定的工程质量保修金为施工合同价款的5%。
2、合同编号201XX《广东省建设工程施工合同》约定：工程名称为XX住宅小区25-26单元，工程地点为肇庆市X路；工程合同工期总天数545天(18个月)，拟从2011年5月15日开始施工，至2012年11月15日竣工完成；合同总价为1536万元。《XX住宅小区25-26单元建筑工程施工合同补充协议》则约定：合同总价为1536万元，被告支付原告完成工程量进度的70%进度款，工程进度款由原告提交该进度报表后15日内审核完成支付给原告，本工程完成竣工验收被告支付总工程进度款80%；在工程验收合格后五个月内办理总工程结算手续，并支付余下工程款，扣除总工程款5%作为工程保修金，保修期按国家有关规定，在工程竣工验收合格2年后，如无工程质量事故发生的，并在承包人提出申请的前提下，发包人根据该工程的实际情况，可考虑分期返还保修金，保修金无息退回；原告完成的工程竣工验收合格后，如被告未能如期支付工程结算款，经双方同意将被告公司属下已竣工的商品房作为工程款抵偿工程结算款给原告。此外，2011年5月5日，原、被告还就“XX住宅小区25-26单元建筑工程”签订了《工程质量保修书》，约定质量保修期从工程实际竣工之日算起，分单项竣工验收的工程按单项工程分别计算保修期，其中：1、土建工程为设计使用年限，屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏为5年；2、电气管线、上下水管线安装工程为2年；3、室外的上下水和小区道路等市政公用工程为2年；4、其他约定，工程质量保修执行国家建设部第80号令《房屋建筑工程质量保修办法》，装饰、装修、安装工程保修期为2年；本工程约定的工程质量保修金为施工合同价款的5%。
3、合同编号2011XX《广东省建设工程施工合同》约定：工程名称为XX住宅小区27-28单元，工程地点为肇庆市X路；工程合同工期总天数545天(18个月)，拟从2011年5月15日开始施工，至2012年11月15日竣工完成；合同总价为1448万元。《XX住宅小区27-28单元建筑工程施工合同补充协议》则约定：合同总价为1448万元，被告支付原告完成工程量进度的70%进度款，工程进度款由原告提交该进度报表后15日内审核完成支付给原告，本工程完成竣工验收被告支付总工程进度款80%；在工程验收合格后五个月内办理总工程结算手续，并支付余下工程款，扣除总工程款5%作为工程保修金，保修期按国家有关规定，在工程竣工验收合格2年后，如无工程质量事故发生的，并在承包人提出申请的前提下，发包人根据该工程的实际情况，可考虑分期返还保修金，保修金无息退回；原告完成的工程竣工验收合格后，如被告未能如期支付工程结算款，经双方同意将被告公司属下已竣工的商品房作为工程款抵偿工程结算款给原告。此外，2011年5月5日，原、被告还就“XX住宅小区27-28单元建筑工程”签订了《工程质量保修书》，约定质量保修期从工程实际竣工之日算起，分单项竣工验收的工程按单项工程分别计算保修期，其中：1、土建工程为设计使用年限，屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏为5年；2、电气管线、上下水管线安装工程为2年；3、室外的上下水和小区道路等市政公用工程为2年；4、其他约定，工程质量保修执行国家建设部第80号令《房屋建筑工程质量保修办法》，装饰、装修、安装工程保修期为2年；本工程约定的工程质量保修金为施工合同价款的5%。
在上述合同，黄晨旭在三份《广东省建设工程施工合同》以承包人即原告“委托代理人”的身份在合同中签名确认，在三份《建筑工程施工合同补充协议》以承包人即原告“代表”的身份在协议中签名确认。
二、工程的施工、验收的情况。上述施工合同签订后，原告依约组织施工队进场施工。2013年12月23日，经工程的总包单位(即原告)、建设单位(即被告)、监理单位、勘察单位及设计单位等共同对案涉工程进行竣工验收，验收合格后并出具了《建筑工程竣工验收报告》。据《建筑工程竣工验收报告》所载，“XX小区22-28单元”工程的开工日期为2011年5月25日，验收日期为2013年12月23日。
三、工程款的结算及支付的情况。
1、工程款的结算。2016年9月6日，原、被告经结算后确认案涉工程的工程造价为60225924.44元，并共同签署了《XX区22-28单元土建工程结算书》。
2、工程款项的支付情况。在签订《广东省建设工程施工合同》后，被告先后支付了工程款46540000元给原告，具体情况如下：
(1)XX住宅小区22-24单元，其中2012年8月29日支付180万元，2012年9月5日支付120万元，2012年9月14日支付200万元，2012年10月15日支付656000元，2012年10月10日支付182万元，2012年10月25日支付100万元，2012年10月26日支付82万元，2012年11月29日支付182万元，2013年1月25日支付1526000元，2013年5月3日支付60万元，2013年5月14日支付625000元，2013年6月11日支付112万元，2013年8月1日支付80万元，2013年8月19日支付425000元，2013年9月10日支付80万元，2013年9月13日支付32万元，2014年1月24日支付2476000元，综上，XX住宅小区22-24单元已支付的工程款为19808000元。上述款项中，其中17332000元是在工程竣工验收合格即2013年12月23日前支付。
(2)XX住宅小区25-26单元，其中2011年5月23日支付80万元，2012年1月6日支付2966000元，2012年1月16日支付1092000元，2012年3月8日支付1092000元，2012年3月26日支付1092000元，2012年4月24日支付91万元，2012年5月21日支付22万元，2012年5月28日支付735000元，2013年1月7日支付100万元，2013年1月9日支付40万元，2013年2月2日支付665000元，2014年4月3日支付1536000元，2016年7月6日支付30万元。综上，XX住宅小区25-26单元已支付的工程款为12808000元。上述款项中，其中10972000元是在工程竣工验收合格即2013年12月23日前支付。
(3)XX住宅小区27-28单元，其中2012年6月14日支付200万元，2012年6月26日支付1766000元，2012年7月16日支付50万元，2012年7月19日支付494000元，2012年8月21日支付994000元，2012年9月26日支付1659000元，2012年11月13日支付84万元，2013年4月1日支付609000元，2013年5月30日支付665000元，2013年7月8日支付609000元，2014年3月18日支付1448000元，2016年12月8日支付120万元，2016年12月19日支付30万元，2017年1月20日支付64万元(折抵认购XX畔X座X房房款)，2017年1月20日支付20万元。综上，XX住宅小区27-28单元已支付的工程款为13924000元。上述款项中，其中10136000元是在工程竣工验收合格即2013年12月23日前支付。
综上，XX住宅小区22-28单元工程被告已支付的款项金额为46540000元，其中在工程竣工验收合格即2013年12月23日前支付了38440000元[17332000元(22-24单元)+10972000元(25-26单元)+10136000元(27-28单元)]。
四、关于以房抵款的情况。
2017年3月8日，黄晨旭签订了五份《X二期X庭商品房认购协议书》，认购了“肇庆市X二期X庭”11座1528、1428、1328、1228、1128房，认购价分别为48万元、47万元、48万元、47.5万元、47.5万元，以上合共总价款为2380000元。在上述认购协议书中的“付款方式”中均约定为“一次性付款，全额抵工程款”。同年3月10日，建设公司、黄晨旭向被告提交一份《X庭抵工程款申请表》，申请以被告尚欠的“肇庆市建设工程有限公司XX22-24单元土建工程”工程款抵扣黄晨旭认购的“X庭X座X房，11座1528、1428、1328、1228、1128房”的房款3518905元。被告经审核后同意了上述申请。
诉讼中，被告主张根据黄晨旭于2017年3月10日提交的《XX庭抵工程款申请表》，双方同意以X庭二期12-802房(赖榕房款1138905元)、11-1528、1428、1328、1228、1128房(合共2380000元)抵工程款3518905元，且上述房屋中12-802房已签订合同并办理网签，另5间房已签订了《认购书》，故应扣减该部分款项。原告对以12-802房房款1138905元抵案涉的工程款项的事实予以确认，但认为对于另外5间房屋由于至今尚未签订合同亦未办理网签，故不予确认。
五、关于代付款的情况。
本案中，黄晨旭在2016年12月5日的“付款明细”中签名确认“已收款690237.14元(1、2014年1月冯信兆借支15万元；2、团体保险费53138元；3、代付水泥基金44281.74元；4、代付墙材基金442817元)。同意抵扣。”
被告主张在合同履行期间共代付了9笔合共2109328.13元的款项，包括：(1)分别于2014年1月28日代付15万元；(2)2015年2月16日代付3万元；(3)2011年5月9日代付53138元用于施工队人员团体保险费；(4)2011年5月9日代付44281.74元用于水泥专项基金；(5)2011年5月9日代付442817.4元用于墙材专项基金；(6)2016年12月7日代付水电费142320.86元；(7)2016年12月8日代付水电费546770.13元；(8)2016年2月4日向黄晨旭账户预付工程款20万元；(9)2016年9月13日向黄晨旭账户预付工程款50万元。原告对于上述代付款项中的(1)-(3)及(6)-(9)项共1622228.99元均无异议，但对(4)、(5)合共487099.14元存在异议，认为虽然黄晨旭在其2016年12月5日签署的《付款单》中确认了该款项的发生，但并不代表应由原告承担，该部分费用的承担应按合同处理。
又查明：原告的代理人在其于2017年10月17日出具的代理意见中，确认在案涉的工程中黄晨旭系由原告聘请在该工程中担任建设工程项目管理的其中一位人员，由其遵守和维护原告与建设单位的经济、业务来往的协约。
本案于2017年7月3日诉至本院后，原告因诉讼保全而与广东合润融资担保有限公司于同年7月17日签订了一份《诉讼保全委托担保合同》，委托广东合润融资担保有限公司对保全金额16726262.07元提供担保。原告为此支出了担保费83630元。
根据中国人民银行的公布，金融机构人民币贷款基准年利率为：1、2012年7月6日，六个月以内(含六个月)为5.6%，六个月至一年(含一年)为6%，一年至三年(含三年)为6.15%；2、2014年11月22日，一年以内(含一年)为5.6%，一至五年(含五年)为6%；3、2015年3月1日，一年以内(含一年)为5.35%，一至五年(含五年)为5.75%；4、2015年5月11日，一年以内(含一年)为5.1%，一至五年(含五年)为5.5%；5、2015年6月28日，一年以内(含一年)为4.85%，一至五年(含五年)为5.25%；6、2015年8月25日，一年以内(含一年)为4.6%，一至五年(含五年)为5%；7、2015年10月24日，一年以内(含一年)为4.35%，一至五年(含五年)为4.75%。
本院认为：本案系建设工程施工合同纠纷。原、被告就“XX住宅小区22-28单元建筑工程”而签订的有关合同、补充协议及工程质量保修书等，是双方当事人的真实意思表示，合同内容没有违反法律、行政法规的强制性规定，是合法有效的合同。双方当事人均应依约全面履行合同。
对于本案的本诉和反诉请求，本院分别作如下认定和处理：一、关于建设公司要求鸿益公司支付工程款16373369.34元及利息的本诉请求。
(一)关于案涉工程的总工程款。案涉的工程竣工验收合格后，原、被告经结算于2016年9月6日共同签署了《XX区22-28单元土建工程结算书》，确认案涉工程的工程造价为60225924.44元。对此原、被告均无异议，故本院予以确认。
(二)关于双方已确认支付的款项。双方在诉讼中确认已支付的金额为49301133.99元，包括工程款项46540000元、代付款1622228.99元和以房抵款的金额1138905元，本院对此予以确认。
(三)关于存在争议的已付款项的认定。对于存在争议的已付款项，主要为二方面，一为代付款中的水泥专项基金44281.74元、墙材专项基金442817.4元，二为以XX庭二期11-1528、1428、1328、1228、1128房抵款2380000元。
首先，关于代付水泥专项基金44281.74元、墙材专项基金442817.4元的问题。虽然黄晨旭在2016年12月5日的“付款明细”中签名确认“已收款690237.14元(1、2014年1月冯信兆借支15万元；2、团体保险费53138元；3、代付水泥基金44281.74元；4、代付墙材基金442817元)。同意抵扣。”，但根据有关水泥专项基金、墙材专项基金征收使用管理办法的规定，该二项基金应由建设单位缴纳，在工程竣工后可依规定申请退还，且双方所签订的有关合同、补充协议中亦未约定由施工单位即原告承担。因此，黄晨旭在2016年12月5日同意“代付水泥基金44281.74元、代付墙材基金442817元”的行为应视为垫付的意思表示，被告理应将该部分代付的费用返还给原告。被告对此所提之抗辩，理据不足，本院不予采纳。
其次，关于以X庭二期11-1528、1428、1328、1228、1128房抵款2380000元的问题。原告认为该5套房屋由于至今尚未签订合同亦未办理网签，故不予确认。对此，本院认为，由于建设公司、黄晨旭于2017年3月10日向被告书面申请以尚欠的“肇庆市建设工程有限公司X湾22-24单元土建工程”工程款抵扣黄晨旭认购的“X庭X座X房，X座1528、1428、1328、1228、1128房”的房款3518905元，并获得了被告的同意，且X座1528、1428、1328、1228、1128房已分别签订了《认购书》。因此，由于对此存在合同关系，应认定原、被告已达成了以X庭二期X房、11-1528、1428、1328、1228、1128房(合共2380000元)折抵工程款2380000元的约定，该约定对双方具有约束力，故应确认以上述5套房屋折抵工程款2380000元成立。日后双方对上述合同的履行发生争议的，可另行主张。被告对此所提之抗辩，理由成立，本院予以采纳。
(四)关于工程款的支付时间。根据《广东省建设工程施工合同》及其《补充协议》的约定，在工程完成竣工验收时被告应支付总工程进度款80%，并在工程验收合格后五个月内办理总工程结算手续，支付余下工程款，扣除总工程款5%作为工程保修金。本案中，案涉的工程于2013年12月23日竣工验收合格，原、被告经结算于2016年9月6日签署了《XX区22-28单元土建工程结算书》，确认案涉工程的工程造价为60225924.44元。根据合同的约定，在工程完成竣工验收时被告应支付总工程款的80%，即应在2013年12月23日前支付48180739.55元(60225924.44元×80%=48180739.55元)，余下的工程款12045184.89元在扣除5%即3011296.22元作为工程保修金后的工程款9033888.67元在工程验收合格后五个月内支付，即应在2014年5月23日前支付工程款9033888.67元。
(五)关于工程保修金的问题。工程保修金是主要用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。根据《广东省建设工程施工合同》及其《补充协议》的约定，总工程款5%即3011296.22元作为工程保修金。同时，根据双方所签订的《工程质量保修书》，约定质量保修期从工程实际竣工之日算起，分单项竣工验收的工程按单项工程分别计算保修期，其中：1、土建工程为设计使用年限，屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏为5年；2、电气管线、上下水管线安装工程为2年；3、室外的上下水和小区道路等市政公用工程为2年；4、其他约定，工程质量保修执行国家建设部第80号令《房屋建筑工程质量保修办法》，装饰、装修、安装工程保修期为2年。对于工程保修金的返还，虽然双方所签订的《工程质量保修书》约定，部分工程的保修期最长的为5年，但根据《补充协议》的约定，在工程竣工验收合格2年后，如无工程质量事故发生的，并在承包人提出申请的前提下，发包人根据该工程的实际情况，可考虑分期返还保修金，保修金无息退回。由于本案起诉时，工程竣工验收合格已3年多，已符合申请返还工程保修金的约定。因此，本案原告起诉主张工程款时，应视为其已提出返还工程保修金的申请，由于本案中并未有证据证明案涉工程存在质量事故，故被告理应将工程保修金返还给原告。被告对此所提之抗辩，理由不成立，本院不予采纳。
(六)关于支付工程款逾期支付的利息问题。本案中，原告主张从竣工验收之次日即2013年12月24日起根据被告支付款项的时间分段按照中国人民银行同期同档次贷款利率计算利息。
首先，关于工程保修金3011296.22元的利息问题。由于双方所签订的《补充协议》约定，工程保修金在承包人提出申请的前提下，发包人根据该工程的实际情况，可考虑分期返还保修金，保修金无息退回。因此，原告在本案主张工程保修金的利息理据不足，本院不予支持。
其次，关于工程款的利息问题。根据案涉合同的约定，在工程完成竣工验收时被告应支付总工程进度款80%，并在工程验收合格后五个月内办理总工程结算手续，支付余下工程款，扣除总工程款5%作为工程保修金。本案中，案涉的工程于2013年12月23日经竣工验收合格后，原、被告经结算于2016年9月6日签署了《XX区22-28单元土建工程结算书》确认案涉工程的工程造价为60225924.44元，其中的工程款的80%根据合同的约定应在工程完成竣工验收时支付，即应在2013年12月23日前应支付48180739.55元(60225924.44元×80%=48180739.55元)，余下的工程款12045184.89元在扣除5%即3011296.22元作为工程保修金后的工程款9033888.67元在工程验收合格后五个月内支付，即应在2014年5月23日前被告还需支付工程款9033888.67元。但根据本案原、被告在诉讼中确认及本院上述的认定，被告在2013年12月23日前支付的工程款的金额为38493138元，包括确认已支付的38440000元及代付款中于2011年5月9日代付用于施工队人员团体保险费53138元，即2013年12月23日时已支付了80%总工程款48180739.55元(60225924.44元×80%=48180739.55元)中的38493138元，尚欠该期间应支付的工程款9687601.55元。由于被告未依约付清工程款，故原告据此主张根据被告支付款项的时间分段按照中国人民银行同期同档次贷款利率计付逾期付款利息的请求合理合法。因此，原告的该项请求，其合理合法部分，本院予以支持。
最后，关于逾期付款利息的计算及处理。根据2013年12月23日后的工程款项的支付时间、中国人民银行同期金融机构人民币贷款基准年利率的标准，按照“先还息，后还款”的原则，有关逾期付款利息的具体计算及处理如下：
一、关于2013年12月23日前应付未付工程款9687601.55元的利息。
1、2014年1月24日，支付了2476000元(22-24单元工程款)。2013年12月24日至2014年1月24日期间逾期付款的利息为47562.14元[9687601.55元×5.6%(年利率)÷365天×32天=47562.14元],即至该日扣减利息47562.14元后，被告所逾期的应付工程款9687601.55元尚欠7259163.69元。
2、2014年1月28日，代付了15万元(代付款)。2014年1月25日至2014年1月28日期间逾期付款的利息为4454.94元[7259163.69元×5.6%(年利率)÷365天×4天=4454.94元],即至该日扣减利息4454.94元后，被告所逾期的应付工程款7259163.69元尚欠7113618.63元。
3、2014年3月18日，支付了1448000元(27-28单元工程款)。2014年1月29日至2014年3月18日期间逾期付款的利息为53478.82元[7113618.63元×5.6%(年利率)÷365天×49天=53478.82元],即至该日扣减利息53478.82元后，被告所逾期的应付工程款7113618.63元尚欠5719097.45元。
4、2014年4月3日，支付了1536000元(25-26单元工程款)。2014年3月19日至2014年4月3日期间逾期付款的利息为14039.21元[5719097.45元×5.6%(年利率)÷365天×16天=14039.21元],即至该日扣减利息14039.21元后，被告所逾期的应付工程款5719097.45元尚欠4197136.66元。
二、由于余下的20%的总工程款12045184.89元在扣除5%即3011296.22元作为工程保修金后，余下的15%的总工程款9033888.67元在工程验收合格后五个月内支付，即最迟在2014年5月23日被告还需支付总工程款的15%即9033888.67元，加上上述尚欠的工程款4197136.66元，即至2014年5月23日被告应支付的工程款为13231025.33元。
5、2015年2月16日，代付了3万元(代付款)。2014年4月4日至2015年2月16日期间逾期付款的利息为587733.12元，包括80%总工程款中尚欠的4197136.66元的逾期利息214893.4元[52159.48元+104180.98元+20606.22元+37946.72元]，其中2014年4月4日至2014年6月23日该部分逾期利息52159.48元[4197136.66元×5.6%(年利率)÷365天×81天=52159.48元]，2014年6月24日至2014年11月21日该部分逾期利息104180.98元[4197136.66元×6%(年利率)÷365天×151天=104180.98元]，2014年11月22日至2014年12月23日该部分逾期利息20606.22元[4197136.66元×5.6%(年利率)÷365天×32天=20606.22元]，2014年12月24日至2015年2月16日该部分逾期利息37946.72元[4197136.66元×6%(年利率)÷365天×55天=37946.72元]；以及2014年5月23日需支付的总工程款的15%即9033888.67元的逾期利息372839.72元[9033888.67元×5.6%(年利率)÷365天×269天=372839.72元]。即至该日扣减代付款3万元后，被告尚欠逾期工程款13231025.33元[4197136.66元+9033888.67元]和逾期付款的利息557733.12元。
6、2016年2月4日，代付了20万元(向黄晨旭账户预付工程款)。2015年2月17日至2016年2月4日期间逾期付款利息为658481.39元，其中80%总工程款中尚欠工程款4197136.66元的逾期利息为211897.9元[8279.28元+46944.69元+30357.37元+35014.47元+34497.01元+56805.08元]，该部分利息由以下构成：(1)其中2015年2月17日至2015年2月28日为8279.28元[4197136.66元×6%(年利率)÷365天×12天=8279.28元]；(2)2015年3月1日至2015年5月10日为46944.69元[4197136.66元×5.75%(年利率)÷365天×71天=46944.69元]；(3)2015年5月11日至2015年6月27日为30357.37元[4197136.66元×5.5%(年利率)÷365天×48天=30357.37元]；(4)2015年6月28日至2015年8月24日为35014.47元[4197136.66元×5.25%(年利率)÷365天×58天=35014.47元]；(5)2015年8月25日至2015年10月23日为34497.01元[4197136.66元×5%(年利率)÷365天×60天=34497.01元]；(6)2015年10月24日至2016年2月4日为56805.08元[4197136.66元×4.75%(年利率)÷365天×104天=56805.08元]；以及15%总工程款即9033888.67元的逾期利息446583.49元[16632.26元+94014.32元+16409.5元+47644.48元+75364.91元+74251.14元+122266.88元]，该部分利息由以下构成：(1)2015年2月17日至2015年2月28日为16632.26元[9033888.67元×5.6%(年利率)÷365天×12天=16632.26元]；(2)2015年3月1日至2015年5月10日为94014.32元[9033888.67元×5.35%(年利率)÷365天×71天=94014.32元]；(3)2015年5月11日至2015年5月23日为16409.5元[9033888.67元×5.1%(年利率)÷365天×13天=16409.5元]；(4)2015年5月24日至2015年6月27日为47644.48元[9033888.67元×5.5%(年利率)÷365天×35天=47644.48元]；(5)2015年6月28日至2015年8月24日为75364.91元[9033888.67元×5.25%(年利率)÷365天×58天=75364.91元]；(6)2015年8月25日至2015年10月23日为74251.14元[9033888.67元×5%(年利率)÷365天×60天=74251.14元]；(7)2015年10月24日至2016年2月4日为122266.88元[9033888.67元×4.75%(年利率)÷365天×104天=122266.88元],即至该日以支付的代付款20万元扣减上期积欠的利息后，被告尚欠逾期工程款13231025.33元和逾期付款的利息1016214.51元[357733.12元(积欠利息)+658481.39元(今期利息)]。
7、2016年7月6日，支付了30万元(25-26单元工程款)。2016年2月5日至2016年7月6日期间逾期付款的利息为263442.4元[13231025.33元×4.75%(年利率)÷365天×153天=263442.4元],即至该日以支付的30万元扣减上期积欠的利息后，被告尚欠逾期工程款13231025.33元和逾期付款的利息979656.91元[716214.51元(积欠利息)+263442.4元(今期利息)]。
8、2016年9月13日，代付了50万元(向黄晨旭账户预付工程款)。2016年7月7日至2016年9月13日期间逾期付款的利息为118807.36元[13231025.33元×4.75%(年利率)÷365天×69天=118807.36元],即至该日以支付的50万元扣减上期积欠的利息后，被告尚欠逾期工程款13231025.33元和逾期付款的利息598464.27元[479656.91元(积欠利息)+118807.36元(今期利息)]。
9、2016年12月7日，支付了142320.86元(代付水电费)。2016年9月14日至2016年12月7日期间逾期付款的利息为146356.89元[13231025.33元×4.75%(年利率)÷365天×85天=146356.89元],即至该日以代付的142320.86元扣减上期积欠的利息后，被告尚欠逾期工程款13231025.33元和逾期付款的利息602500.3元[456143.41元(积欠利息)+146356.89元(今期利息)]。
10、2016年12月8日，支付了1746770.13元(包括27-28单元工程款120万和代付的水电费546770.13元)。该期间逾期付款的利息为1721.85元[13231025.33元×4.75%(年利率)÷365天×1天=1721.85元],即至该日以上述支付款项扣减利息604222.15元(包括积欠利息和今期利息)及逾期工程款后，被告尚欠逾期工程款12088477.35元。
11、2016年12月19日，支付了30万元(27-28单元工程款)。2016年12月9日至2016年12月19日期间逾期付款的利息为17304.74元[12088477.35元×4.75%(年利率)÷365天×11天=17304.74元],即至该日以上述支付款项扣减当期利息后，被告尚欠逾期工程款11805782.09元。
12、2017年1月20日，支付了84万元(27-28单元工程款)，包括以认购X畔1X座X房房款折抵27-28单元工程款64万元。2016年12月20日至2017年1月20日期间逾期付款的利息为49163.8元[11805782.09元×4.75%(年利率)÷365天×32天=49163.8元],即至该日以上述支付款项扣减当期利息后，被告尚欠逾期工程款11014945.89元。
13、2017年3月10日，支付了工程款3518905元(以黄晨旭认购的“X庭X座X房，X座1528、1428、1328、1228、1128房”的房款抵扣工程款3518905元)。2017年1月21日至2017年3月10日期间逾期付款的利息为70239.14元[11014945.89元×4.75%(年利率)÷365天×49天=70239.14元],即至该日以上述支付款项扣减当期利息后，被告尚欠逾期工程款7566280.03元。
综上，截至2017年3月10日，被告尚欠逾期工程款7566280.03元(除工程保修金3011296.22元外)。截至2017年7月1日，上述尚欠逾期工程款7566280.03元的逾期利息为111265.78元[7566280.03元×4.75%(年利率)÷365天×113天=111265.78元]。
二、关于担保费83630元的承担。本案起诉后，原告因诉讼保全价值16726262.07元的财产而支出了担保费83630元。由于该费用为原告实现债权而产生,其合理合法部分理应由债务人承担。但本案经本院审理后，如上所述，对于原告主张的债权数额并未全部获得支持，故上述担保费83630元应由双方共同分担较为公平合理，本院据此确定担保费由被告承担53443元，原告承担30187元。原告对于担保费用的请求，其合理合法部分，本院予以支持。
三、关于鸿益公司要求建设公司支付逾期完成工程违约金1813500元的反诉请求。根据《广东省建设工程施工合同》的约定，案涉工程合同工期总天数545天(18个月)。在工程完工后，根据《建筑工程竣工验收报告》所载，“XX小区22-28单元”工程的开工日期为2011年5月25日，验收日期为2013年12月23日。由此可见，案涉工程确实存在延期之情形，但即使如鸿益公司所诉称延期的责任归责于建设公司，但工程竣工验收时鸿益公司理应知道工程存在延期的问题，但直至本案起诉后，鸿益公司才向建设公司主张工程延期的违约责任，且诉讼中鸿益公司亦没有提供足够证据证明存在诉讼时效中断、中止之情形。因此，鸿益公司的反诉请求已超过诉讼时效，本院依法予以驳回。建设公司对此所提之抗辩，理由成立，本院予以采纳。
综上所述,依照《中华人民共和国民法通则》第八十四条、第八十五条、第一百零六条第一款、第一百零八条、第一百一十一条、第一百三十五条,《中华人民共和国合同法》第八条、第六十条第一款、第一百零七条、第二百六十九条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条、第一百四十二条的规定，判决如下：
一、被告肇庆鸿益房地产发展有限公司应在本判决发生法律效力之日起十五日内向原告肇庆市建设工程有限公司支付工程款7566280.03元及逾期利息111265.78元(上述逾期利息已计至2017年7月1日，2017年7月2日起的逾期利息以7566280.03元为基准，按照年利率4.75%的标准计至本院指定履行义务期间届满之日止。)。
二、被告肇庆鸿益房地产发展有限公司应在本判决发生法律效力之日起十五日内返还工程保修金3011296.22元给原告肇庆市建设工程有限公司。
三、被告肇庆鸿益房地产发展有限公司应在本判决发生法律效力之日起十五日内支付诉讼保全担保费53443元给原告肇庆市建设工程有限公司。
四、驳回原告肇庆市建设工程有限公司的其他诉讼请求。
五、驳回反诉原告肇庆鸿益房地产发展有限公司的反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本案本诉受理费122158元、财产保全费5000元及反诉受理费10560.75元，三项合共人民币137718.75元（上述费用均已由本诉原告及反诉原告分别预交）,原告负担44100元，被告负担93618.75元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于广东省肇庆市中级人民法院。
当事人上诉的，应在递交上诉状次日起七日内按本案判决确定的一审案件受理费同等金额向肇庆市中级人民法院预交上诉案件受理费。逾期不交的，按自动撤回上诉处理。
审判长 梁凯文
审判员 黄卓贤
审判员 杨力田
二〇一七年十二月二十九日
书记员 林嘉慧