重庆市涪陵区人民法院
民 事 判 决 书
(2017)渝0102民初4703号
原告（反诉被告）：重庆市涪陵区移民建设有限责任公司,住所地重庆市涪陵区顺江大道16号2栋，统一社会信用代码91500102678695846Q。
法定代表人：徐永国，该公司董事长。
委托诉讼代理人：罗娅勇、郑文剑，重庆元同律师事务所律师。
被告（反诉原告）：重庆兴达实业（集团）有限公司,住所地重庆市涪陵区太极大道3号4-1，统一社会信用代码91500102208553261D。
法定代表人：李娟，该公司总经理。
委托诉讼代理人：余ＸＸ，重庆天森律师事务所律师。
委托诉讼代理人：张建东，男，1969年10月15日出生，汉族，重庆兴达实业（集团）有限公司职工，住重庆市涪陵区。
原告重庆市涪陵区移民建设有限责任公司（以下简称移民建司）与被告重庆兴达实业（集团）有限公司（以下简称兴达公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2017年6月16日立案受理后，依法由审判员何终裕适用简易程序公开开庭进行了审理。原告移民建司的委托诉讼代理人郑文剑，被告兴达公司的委托诉讼代理人余ＸＸ、张建东到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告移民建司向本院提出诉讼请求：1、判令兴达公司向原告返还超付的工程款494404.03元，并承担从起诉之日起至付清时止，按照中国人民银行同期同类贷款利率计算的利息；2、判令兴达公司向原告支付逾期完工的违约金346913.50元。事实和理由：2010年5月25日，移民建司与兴达公司签订《涪陵长江北岸移民安置区护岸及基础设施配套工程二标段施工合同书》，约定移民建司将涪陵长江北岸移民安置区护岸及基础设施配套工程二标段（以下简称涉案工程）以签约合同价69382700元承包给兴达公司施工，工程价款以国家审计机关的审计结果为结算依据。合同签订后，兴达公司于2010年6月2日开工，2012年6月30日完工，2012年8月28日验收合格并交付使用。2013年8月2日，移民建司与兴达公司签订结算协议书，约定工程最终价款以财务决算审核金额为准。之后，重庆华西会计师事务所、重庆金算工程造价咨询有限公司受重庆市财政局委托作出决算审核报告，核定涉案工程投资金额为69096729.06元。移民建司已支付兴达公司69591133.09元，其差额494404.03元应由兴达公司予以退还。为维护移民建司的合法权益，请求法院支持其诉讼请求。
被告兴达公司答辩并反诉称：1、移民建司主张超付工程款无事实依据，重庆华西会计师事务所及重庆金算工程造价咨询公司的结算审核报告属移民建司单方委托，兴达公司不予认可，应当确认移民建司与兴达公司的结算金额70731133.09元；2、移民建司主张的逾期完工是移民建司、设计公司以及不可抗力的自然因素造成，且移民建司现主张该违约金已超过诉讼时效，请求驳回移民建司的诉讼请求；3、反诉请求移民建司支付兴达公司质保金114万元，以及从2014年8月16日起至付清时止，按中国人民银行同期同类贷款利率计算的利息，同时赔偿兴达公司因工期延误、便道整修等损失共计8186817.83元。
原告移民建司针对被告兴达公司的反诉请求辩称：兴达公司主张的质保金已涵盖在移民建司本诉中的应付款项中，兴达公司请求的损失无事实依据，移民建司不存在违约行为，不应承担付款责任。
本院查明：移民建司因修建涪陵长江北岸移民安置区护岸及基础设施配套工程（三峡库区重庆涪陵江北库岸防护工程）二标段而发出招标公告，兴达公司投标后，以69382700元中标，移民建司于2010年5月13日向兴达公司发出了中标通知书。当月25日，移民建司与兴达公司签订涪移建司合字[2010]10号《涪陵长江北岸移民安置区护岸及基础设施配套工程二标段施工合同书》，约定由兴达公司对涉案工程进行施工，签约合同价为69382700元，合同工期为2010年6月1日开工至2011年7月1日完工，逾期完工按5000元/天计算违约金，最高扣款不超过签约合同价的0.5%。在款项的支付方面，双方约定：“（1）本工程每个月进行一次中间结算。监理人应从第一个结算月开始，再给承包人的月进度付款中扣留20%作为保留金。（2）在国家审计机关对本工程审计完结，以审计机关的审计结果为结算依据。签订结算协议后5日内，发包人将剩余保留金的15%支付给承包人，剩余5%的保留金在工程保修期（12个月）满后15天内付清”。双方另就进度计划、工程风险等相关事宜作了约定。合同签订后，兴达公司按约组织人员进行了施工。2012年6月，涉案工程完工，同年8月完成完工验收，2013年7月完成竣工验收后，涉案工程投入使用。
2013年8月2日，经移民建司委托的工程全程控制单位重庆中宏工程造价咨询有限公司对涉案工程项目进行造价评定后，移民建司（甲方）与兴达公司（乙方）签订涪移建司结协[2013]03号《涪陵长江北岸移民安置区护岸及基础设施配套工程二标段工程结算协议书》，载明：“一、甲乙双方同意重庆中宏工程造价咨询有限公司所作出的审价结论（中宏造价[2013]304号），该工程审核定案金额为70731133.09元，此金额已按合同约定下浮后计算，即为该工程的结算金额。二、结算金额70731133.09元扣除该工程原已拨付的工程款61500000元，还应支付工程款9231133.09元。由于该工程项目约定的一年质保期未满，本次拨付工程款时按合同约定暂扣工程质保金3540000元，本次实际拨付工程款5691133.09元。三、该协议为此工程的结算协议。该协议签订后，原涪移建司合字[2010]10号合同执行终结（管护条款除外）。四、由于本工程为三峡后续工作规划实施项目，按照《重庆市涪陵区三峡后续工作专项资金管理实施细则（试行）》（涪财政发[2012]368号）的规定，本项目须由财政部门委托有资质的中介机构进行财务决算审核。因此，乙方有义务配合财务决算工作，同时，本工程最终价款以财务决算审核金额为准”。协议签订后，经重庆市财政局委托重庆金算工程造价咨询有限公司、重庆华西会计师事务所有限公司进行工程结算审核，重庆金算工程造价咨询有限公司于2015年8月3日向移民建司提交了《涪陵长江北岸移民安置区护岸及基础设施配套工程项目初审报告》，经与兴达公司等施工单位核对工程量及综合单价后，重庆金算工程造价咨询有限公司于205年11月16日向移民建司发出《涪陵长江北岸移民安置区护岸及基础设施配套工程项目结算审核报告（征求意见稿）》，因兴达公司等施工单位对征求意见稿中审减金额存在疑义，加之金额较大而拒绝对定案表进行签字确认，重庆金算工程造价咨询有限公司即根据移民建司的单方回复，作出了渝金咨（2015）第601号《基本建设工程结算审核报告》，该报告载明：“涪陵长江北岸移民安置区护岸及基础设施配套工程二标段报送结算金额为70731133.09元，审定金额为69096729.06元，审减金额为1634404.03元”。移民建司遂以实际支付给兴达公司工程款69591133.09元，超出审定金额494404.03元而要求被告返还，并支付逾期完工违约金346913.50元为由诉至本院。本案诉讼中，兴达公司自愿申请撤回了请求移民建司支付质保金114万元，以及从2014年8月16日起至付清时止，按中国人民银行同期同类贷款利率计算的利息，同时赔偿因工期延误、便道整修等损失共计8186817.83元的反诉请求。
另查明，兴达公司施工期间，涉案工程的设计单位对涉案工程进行了部分设计变更，增加了部分工程量。2010年7-8月，长江涪陵段爆发了洪水，导致工期延误，移民建司因此曾向重庆市涪陵区人民政府请示，请求委托造价审核中介机构对2010年江北护岸工程洪水造成的淤泥清理、坡面修复、便道整治、机械人员窝工、人工原材料价格上涨等损失进行造价认定，并以此对施工单位进行补偿。
因兴达公司对重庆金算工程造价咨询有限公司作出的《工程结算审核报告》将施工过程中经移民建司、兴达公司及监理单位确认的部分工程量进行了审减有异议，本院通知重庆金算工程造价咨询有限公司审核人员出庭质证，其审核人员虽对审减情况作出了详细说明，但未对审减的合理性提供证据证明，且不予作出补充审核意见。
本院认为，移民建司将涉案工程通过招投标形式发包给兴达公司，双方因此签订的《涪陵长江北岸移民安置区护岸及基础设施配套工程二标段施工合同书》以及《涪陵长江北岸移民安置区护岸及基础设施配套工程二标段工程结算协议书》均是其真实意思表示，且不违反法律和行政法规的禁止性规定，应属有效，对双方均有约束力。按《结算协议书》的约定，涉案工程须由财政部门委托有资质的中介机构进行财务决算审核，且最终价款以财务决算审核金额为准，但重庆市财政局委托的重庆金算工程造价咨询有限公司在进行工程结算审核中，审减了经移民建司、兴达公司及监理单位确认的部分工程量及价款，又未对审减的合理性提供证据证明，故本院对该《工程结算审核报告》不予采纳。移民建司以该审核报告评审金额确认其超额支付了兴达公司工程款的证据不足，其要求兴达公司返还工程款的诉讼请求，本院不予支持。
对延误工期的问题。本院认为：兴达公司在实际施工过程中，由于涉案工程的设计单位变更了部分设计方案，增加了部分工程量，但移民建司在向重庆市涪陵区人民政府的请示报告中明确了工期延误的原因，且在《结算协议书》中认可了兴达公司是按要求完工，该事实足以说明兴达公司并未违约，其依法不应承担违约责任。
兴达公司在诉讼中自愿撤回反诉，是对自己诉讼权利的处分，且不违反法律的禁止性规定，本院予以准许。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第一百零七条、第二百八十六条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条，《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条的规定，判决如下：
驳回原告重庆市涪陵区移民建设有限责任公司的诉讼请求。
本诉案件受理费12220元，减半收取6110元，由原告重庆市涪陵区移民建设有限责任公司负担。反诉案件受理费77100元，减半收取38550元，由被告重庆兴达实业（集团）有限公司负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于重庆市第三中级人民法院。
审判员 何终裕
二〇一七年十二月二十八日
（院印）
书记员 黄勤勤