广州海事法院
民 事 判 决 书
(2016)粤72民初172号
原告：湛江市恒海疏浚工程有限公司，住所地广东省湛江市开发区海滨大道南70号兴发园D座0305房。
法定代表人：文观明，该公司董事长。
委托诉讼代理人：陈杰华，广东承诺律师事务所律师。
委托诉讼代理人：周明明，广东承诺律师事务所律师。
被告：湛江市丰永建设工程有限公司，住所地广东省湛江市霞山区海景路165号金地豪苑ABC幢二层10号商铺。
法定代表人：陈志均，该公司总经理。
委托诉讼代理人：周再元，广东领会律师事务所律师。
第三人：中交第四航务工程局有限公司，住所地广东省广州市海珠区沥滘路368号。
法定代表人：梁卓仁，该公司董事长。
委托诉讼代理人：杨奇丰，男，由中交四航局第三工程有限公司推荐。
原告湛江市恒海疏浚工程有限公司与被告湛江市丰永建设工程有限公司、第三人中交第四航务工程局有限公司码头建造合同纠纷一案，本院于2016年2月29日立案受理后，依法适用普通程序，于7月6日和10月28日两次公开开庭进行了审理。原告委托诉讼代理人陈杰华、周明明，被告委托诉讼代理人周再元两次均到庭参加诉讼；第三人委托诉讼代理人杨奇丰参加了第一次庭审，第三人经传票传唤，没有正当理由不参加第二次庭审。本案现已审理终结。
原告向本院提出诉讼请求：1.被告向原告支付拖欠的工程款3587879.90元；2.被告向原告赔偿逾期支付利息（工程款本金3587879.90元，按银行同期同类贷款利率的1.3倍，从被告收到总承包方相应工程款之日起，计至被告还清上述施工工程款及逾期支付利息之日止）；3.本案全部诉讼费用由被告承担。事实和理由：2008年7月1日，原、被告签订湛江港宝满集装箱码头基槽及泊位挖泥施工合同（以下简称合同三），将湛江港宝满集装箱码头一期工程（以下简称一期工程）基槽及泊位工程的部分工程分包给原告。后原、被告另行约定将上述工程中的大开挖及停泊位的部分工程也分包给原告。原告依约完成了施工，且双方已对完成的工程量进行了签认，但被告在收到第三人的工程进度款和工程款后，未依约向原告支付工程款，至今仍拖欠原告的工程款共计3587879.90元。
被告辩称，1.原告依据合同三提起诉讼，根据该合同的名称及内容，本案应定性为建设工程施工合同纠纷。2.建设工程施工合同应当采用书面形式，原告诉请涉及的广航工程、临时航道挖泥工程及大开挖工程均没有书面合同，对没有书面合同的工程款，不应在本案的审理范围之内。3.根据涉案合同的约定，被告应当在2009年5月22日之前一次性支付所欠的工程款，原告的证据显示，被告于2010年2月10日支付了10万元之后再没有任何付款记录，诉讼时效的起算日期应当是2010年2月11日，该日期至原告2015年5月28日向霞山区人民法院提起诉讼，时间间隔5年多，已超过法律规定的两年诉讼时效。请求驳回原告的全部诉讼请求。
第三人述称，第三人与被告的工程施工合同已履行完毕，结算、支付均已完成，其与原告不存在任何合同权利关系，也不应承担任何责任。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。
原告在举证期限内向法庭提交了以下证据材料:1.合同三，拟证明原、被告于2008年7月1日签订合同，约定基槽和泊位工程的分包施工、工程量单价、工程款的支付等内容；2.施工船舶工程量完成签认单（以下简称2008年签认单），拟证明2008年7月2日，被告法定代表人签认原告完成的工程量；3.施工船舶2009年工程量完成签认单（以下简称2009年签认单），拟证明2009年4月21日，被告的代表林淦生等人签认原告完成的工程量；4.丰永建设公司工程结算单（以下简称工程结算单），拟证明截止2013年7月19日，涉案工程款共计7012879.90元，被告已付原告3425000元，尚欠3587879.90元；5.宝满集装箱码头工程收款明细（以下简称收款明细），拟证明自2008年7月16日至2010年2月10日，被告先后支付原告工程款3425000元，尚欠3587879.90元；6.一期工程码头、港池挖泥和护岸工程施工合同（以下简称合同一），拟证明2007年11月湛江港集团有限公司（以下简称湛江港公司）将一期工程码头、港池挖泥和护岸工程发包给第三人；7.一期工程码头、港池挖泥和护岸工程施工分包合同（以下简称合同二）及补充协议，拟证明2008年5月23日，第三人的湛江港工程项目经理部（以下简称第三人项目部）将一期工程码头、港池挖泥和护岸工程中的港池挖泥和基槽岸坡挖泥工程分包给被告；8.交工验收证书，拟证明2013年9月7日，一期工程码头、港池挖泥和护岸工程竣工验收；9.付款申请书，拟证明2015年12月1日，被告向第三人项目部申请支付一期工程码头、港池挖泥和护岸工程的未付工程款及质量保证金；10.广东承诺律师事务所调查专用证明、11.第三人出具的证明，拟证明第三人确认截止至2016年1月14日，其已向被告支付一期工程码头、港池挖泥和护岸工程的全部工程款及质保金；12.湛江市霞山区人民法院（2015）湛霞法民三初字第390号（以下简称390号案件）受理案件通知书、13.390号案件民事裁定书、14.本院（2015）广海法初字第1125号（以下简称1125号案件）受理案件通知书、15.1125号案件传票、16.390号案件民事起诉状，拟证明原告于2015年5月28日就涉案纠纷向法院提起诉讼；17.收据（存根及客户联），拟证明2008年7月2日，被告的法定代表人陈志均同意结清临时巷道、港池工程款，并要求原告于次日向被告出具金额为434412元的收据，但被告未实际支付，原告亦未将客户联交给被告；18.工程（预）结算单，拟证明2008年6月10日被告与第三人结算港池挖泥、临时航道开挖的工程款，其中的部分工程量由原告负责施工；19.2008年6月13日一期疏浚工程量签认单、20.6月30日一期疏浚工程量确认单、21.7月15日一期疏浚工程量签认单、22.7月15日一期疏浚工程量确认单、23.7月15日一期疏浚工程量确认单（2），拟证明被告向原告下达的基槽、泊位疏浚施工任务的部分任务；24.11月8日一期大开挖疏浚工程量确认单，拟证明被告向原告下达大开挖疏浚施工任务的部分任务单；25.11月10日一期调头圆疏浚工程量确认单，拟证明被告向原告下达调头圆疏浚施工任务的部分任务单；26.挖泥平面图，拟证明证据19至25中被告向原告下达疏浚施工任务的部分任务单的汇总平面图；27.宝满集装箱码头工程抓斗船完成工程量统计表，拟证明被告对原告9月22日至11月2日施工的工程量确认；28.湛江港宝满集装箱码头调头区及支航道挖泥施工合同，拟证明湛江港润宏建设工程有限公司（以下简称润宏公司）将其承包的该合同的部分工程分包给原告施工，单价为每立方米6.5元；29.一期工程船舶调头区、支航道工程施工合同，拟证明湛江港公司将该合同的工程发包给中交广州航道局有限公司施工（以下简称广航公司）；30.纵剖面示意图、31.平面示意图、32.一期工程总平面布置图、33.一期工程水域挖泥图，结合证据19至25拟证明被告向原告下达的施工任务中，包括部分在标段划分上属于广航公司，但因泊位施工的需要实际由第三人进行施工，即证据3中“广航工程量-
停泊位”所指的工程量。
经原告申请，本院向湛江港公司调取了一期工程船舶调头区、支航道工程施工合同，该合同的内容与原告的证据29一致。
被告在举证期限内向法庭提交了以下证据材料:收款清单及付款凭证。拟证明被告与第三人分包合同的工程款已在2009年3月24日支付95%，尾款在2013年4月8日付清。
第三人没有提交任何证据材料。
经质证，被告对原告证据材料1的真实性、合法性没有异议，对关联性有异议，认为从该证据可以看出，合同签订日期是2008年7月1日，约定的施工期限是12月30日前完成，即该合同所涉及的工程量应该在7月1日之后至12月30日之前，所以原告诉请的工程款与该合同没有关联；对证据材料2的真实性有异议，对其关联性的意见同证据材料1；对证据3的真实性有异议，认为该签认单没有经过被告的法定代表人或公司盖章，且代表被告签名的林淦生、翟振元均已离职，不能代表被告的确认；认为证据材料4和5系原告单方制作，且内容相互矛盾，没有证据效力，也不能作为证据使用；对证据材料6的关联性有异议，认为被告不是合同的相对方，对具体内容不发表意见；对证据材料7的真实性、合法性没有异议，对关联性有异议，认为只能证明被告与第三人之间的合同关系；对证据材料8的真实性、合法性没有异议，对关联性有异议，认为只能证明第三人与业主办理了竣工验收，不能证明原告与被告办理了竣工验收；对证据材料9的真实性、合法性认可，对关联性有异议，认为该材料只能证明被告与第三人的结算；对证据材料10至16没有异议；对证据材料17不予认可，认为系原告单方开具，不具有证据效力；认为证据材料18与原告没有任何关系；对证据材料19至27，认为被告无法确认，即使是真实的，也只能证明当时派了工，不能证明完成施工；对证据材料28至33，认为被告和广航公司没有关系，广航公司和湛江港公司的材料不能证明原、被告之间的工程量和单价。
第三人对原告的证据材料1、3至17、19至27、29的三性均予以认可；对证据2的真实性有异议，认为没有见过这份证据；对证据材料18和28、30至33的真实性和合法性没有异议，但认为与本案没有直接联系。
原告对被告的证据材料的真实性有异议，认为被告不能提供原件，原告不是收款人，不知道收款情况；付款凭证中大部分是银行承兑汇票，出票人不是第三人，收款人也不是被告，不能体现收付款与原告有关联。
第三人对被告提交的证据材料没有异议。
原、被告及第三人对本院调取的证据材料均没有异议。
经审核，本院对当事人对真实性没有异议的证据材料的真实性予以确认；原告未能提交证据材料2的原件予以核对，不能单独证明案件事实；原告提交了证据材料3至6、17至28、30至33的原件予以核对，本院确认其真实性；证据材料29与本院调取的材料内容一致，本院予以采信。被告没有提交其证据材料的原件予以核对，不能单独证明案件事实。
根据当事人陈述和经审查确认的证据，本院认定事实如下：
一、关于工程承包的事实。
2007年11月9日，湛江港公司与第三人签订合同一，约定湛江港公司为一期工程码头、港池挖泥和护岸工程的施工，接受第三人的投标，将该工程发包给第三人施工，合同总价款285930000元。该合同还约定，本合同一经签署不得转包，工程的主体工程不得分包，若部分分项确需分包时，必须征得湛江港公司同意，第三人应将分包合同副本提交湛江港公司备案。
2008年5月23日，第三人项目部与被告签订合同二，约定第三人项目部将一期工程码头、港池挖泥和护岸工程的港池挖泥和基槽岸坡挖泥工程发包给被告施工；工程承包范围：1.该工程施工图纸港池挖泥和基槽岸坡挖泥及吹填相关项目工程所有内容及其以后设计变更项目，2.负责港池和基槽岸坡挖泥区域的挖泥外抛，部分吹填至旧围堰以西750米范围外的围堰内，3.在施工过程中为了加快工程进度，保证节点工程按时完成，同意被告进入抓斗船挖泥施工，4.绞吸式挖泥船进点需开挖临时航道，工程量约为3万立方米；承包价款及计量方式：1.本合同工程量约为198万立方米，综合单价为9.30元每立方米，暂定总价为18414000元；临时航道开挖费另行计费，按30万元包干，该项目结束后款项一次支付。由于该合同施工引起的回淤增加码头前沿港池挖泥施工，引起工程量和工程费用增加，2013年3月20日双方就工程内容、工期要求、质量要求、工程款支付等签订了补充协议，其中承包价款及计量方式为，本协议采用总价包干方式，总价为14174133元；工程量具体为：工程项目名称港池挖泥，工程量746007，单价19元每立方米；本合同采用包工、包料、包工期、包质量、包文明施工等方式承包施工。
2008年7月1日，原告与被告签订合同三，约定：鉴于总承包方与被告签订的一期工程码头基槽及泊位挖泥施工合同的需要，被告将该工程的全部或部分工程量分包给原告施工。工程内容：码头基槽及泊位，挖泥尺度依据施工设计图及被告的技术交底要求；抛泥区域为宝满储泥坑，运输距离约2公里内；竣工结算依据，按总包方提供的浚前图及竣工图、与绞吸船交叉施工段的浚前浚后测图计算工程量。本工程不计超深、超宽及施工期间回淤量，边坡按设计要求开挖并记入工程量范围。承包方式：本工程为按计划进度、保质、保量前提的分包，单价包干；本码头基槽及泊位项目综合单价为每立方5.50元（不含税）；单价中包括了原告根据现场条件和按合同规定的工期和技术质量要求实施及完成本工程所需要的所有费用，包括人工费、材料费、船机使用费、港务航道费、利润、管理费、保险费等有关的费用。工期：本合同工期按总承包合同的竣工日期，2008年8月15日前完成基槽部分挖深至设计标高（详见技术交底），其余泊位工程量于2008年12月30日前完成；按被告的进度计划进行施工，若因原告原因造成进度、工期延误，原告需承担违约责任；如原告施工进度无法达到被告的要求，被告有权向原告增加船舶，因此产生的费用由原告承担。技术及质量要求：按总承包的要求及被告提供的设计图纸和要求、技术资料进行施工。原告应指定现场负责人，以便随时解决工作中出现的问题和贯彻被告意图，现场负责人是黄绍文；被告指定的代表为林淦生。工程付款方式：被告每月30号前应在原告施工区域进行测量一次核实当月的施工方量；被告在收到总承包方同期进度款后按业主实际支付的付款比例支付给原告，当工程款付至原告承包造价的90%时，暂停支付；余款在工程竣工后，经原、被告双方或第三方测量验收后，30天内一次付清。
关于涉案工程的承包过程。原告称，被告向第三人承包工程，是转包还是分包不清楚，原告是从被告处分包了一部分工程。被告称，第三人与被告，被告与原告，均为分包，不是转包。第三人称，业主的一期工程不存在总承包商，业主把整个工程分成几个标段，我们只是其中的一个标段的承包商，我们将我们承包部分的专业分包给被告，其他标段的承包商我们不清楚。
二、临时航道和港池工程量的事实。
为证明临时航道和港池工程量的情况，原告提交了2008年签认单。该签认单系原告与湛江市华翔投资有限公司（以下简称华翔公司）于2008年6月2日签订，工程项目名称为一期工程，施工船舶使用性质为分包，施工船舶船名为“新会工8097”、“新会工8107”，船舶类型为10立方米抓斗挖泥船，施工区域为一期工程临时航道挖泥，具体施工起止时间为2008年5月14日至5月27日，完成的工程量为临时航道73984立方米，港池5000立方米,合计78984立方米，林淦生、林超作为华翔公司的代表、黄绍天作为原告的代表在签认单上签名。陈志均在签认单上签署：同意计算，请财务办理（单价5.50元）。原告未能提交该签认单的原件，被告在第一次庭审中对签认单真实性表示存疑，认为该签认单上记载的施工时间在合同三签订之前，不是合同三范围内的工程，原告将该签认单作为该合同的工程量请求不成立。同时，如果被告将签认单复印件交予原告，说明被告已向原告付清该笔费用。第二次开庭中，被告称，其认可2008年签认单上记载的工程量，但华翔公司与被告不是同一公司，当时有合作关系，后来这部分工程已经转给了被告，按当时的习惯，老总签了字（工程款）就应该支付了，当时的财务人员已离职，无法核实，现在没有支付凭证，如果没有支付，该笔款项已经结算，已过诉讼时效。原告称，该部分工程系前期的准备工作，是被告口头转包部分工程给原告，没有合同约定，也没有约定款项如何支付。为证明临时航道和港池工程为涉案工程的一部分，原告提交了被告与第三人项目部的两份工程结算单。该两份结算单记载，2008年6月10日，被告与第三人项目部结算，临时航道开挖，数量1项，单价30万元，金额30万元；港池挖泥，数量107527立方米，单价9.30元，金额100万元。
三、基槽、泊位和大开挖工程量。
2009年4月21日，原、被告签署2009年签认单确认，2008年12月22日至2009年2月27日，原告在一期工程码头基槽、泊位、调头区、大开挖施工区域完成四航三工程量1079903.60立方米，其中基槽、泊位工程量861859.30立方米，大开挖工程量218044.30立方米；完成广航工程量的停泊位工程量98307.40立方米。原告的代表黄绍文、被告的代表林淦生及其财务总监翟振元在该签认单上签名确认。对于该签名，被告认为，代表其签字的林淦生、翟振元均在2009年离职，无法确认其签字的时间，对该签认单上的工程量不予确认，并申请对林淦生、翟振元的笔迹签字时间是否在2009年4月21日以后进行司法鉴定。本院准许被告的鉴定申请，并通知其在限定的期限内缴纳鉴定费用，被告至今仍未缴费。
四、广航工程量的事实。
2009年签认单记载，原告完成广航工程量98307.40立方米。被告称，其只与第三人有分包关系，与广航公司没有分包关系。原告称，广航工程也是被告在做，口头转包给原告。为证明广航工程量的承包过程，原告提交了一期工程船舶调头区、支航道工程施工合同和被告向原告派发的一期工程调头疏浚施工工程量确认单。一期工程船舶调头区、支航道工程施工合同系湛江港公司与广航公司于2008年5月28日签订，约定湛江港公司为一期工程船舶调头区、支航道工程的施工，接受广航公司的投标，将该工程发包给广航公司施工，合同总价款为128500000元；该合同还约定，本合同一经签署不得转包，工程的主体工程不得分包，若部分分项确需分包时，必须征得湛江港公司同意，广航公司应将分包合同副本提交湛江港公司备案。2008年11月12日,被告向原告派发的一期工程调头疏浚施工工程量确认单记载，根据施工合同及项目经理部对本工程的安排，现派你轮自2008年11月10日起到一期工程调头圆疏浚挖泥施工；施工范围（疏浚施工起挖位置）A（2338147.42，437370.6632）B（2338166.00，437197.00）C（2337814.95，437059.48）D（2337906.11，436959.90），长度457米至348米，宽度135米，疏浚面积56178平方米，土方821274立方米；施工要求，2008年11月10日进入施工区域后就开始疏浚施工，该节点工期为90天，2009年2月10日完工。
关于广航工程量的单价，原告称，其与润宏公司签订的施工合同在广航标段进行挖泥施工的单价是每立方米6.5元，该单价较其他工程单价高是因为该区域施工成本较高。依据该合同，原告主张广航工程的单价为每立方米6.50元，并称原、被告对该单价有口头约定。被告称，被告与润宏公司没有关系，即便有关系，被告与润宏公司为两个独立的法人，不能依据该合同确认广航工程的单价为每立方米6.50元，该部分工程的单价应该也是每立方米5.50元。
五、竣工验收的事实。
湛江港公司作为建设单位，第三人作为施工单位签署的交工验收证书记载，工程名称为一期工程码头、港池挖泥及护岸工程，合同开工日期2007年11月19日，实际开工日期2007年11月19日，实际竣工日期2013年9月7日，合同总价285930000元，工程内容：1.基槽、岸坡开挖及码头主体；2.港池挖泥；3.护岸；4.码头后方回填，质量鉴定为合格，验收鉴定意见为符合设计和《水运工程质量检验标准》（JTS257-2008）的要求，同意通过验收。
原、被告未单独就原告主张的三项工程进行竣工验收。
六、工程款支付的事实。
原告自行制作的收款明细记载，被告共八次向原告支付工程款3425000元，分别为2008年7月16日支付20万元，8月18日支付70万，8月25日支付30万元，9月9日支付52.5万元，10月20日支付80万元，11月27日支付50万元，2009年1月23日支付30万元，2010年2月10日支付10万元。原告未能说明每笔款项对应的工程名称。被告称庭后核实工程款的支付情况，并主张如最后一笔款项系2010年2月10日支付，说明被告于该时间之后再也没有向原告付款，原告于2015年向法院起诉时已超过诉讼时效。被告至今未向本院提交核实上述工程款的证据。
2015年12月1日，被告向第三人项目部提交付款申请书，称其于2008年分包了第三人的一期工程码头、港池挖泥及护岸工程，该工程已完工结算，结算价为30233029.50元，至今被告已收取工程款29489460.91元（其中扣款511944.41元），还应支付被告743568.59元（其中保质金743568.26元），现工程质量保修期已到期，也没发生质量问题，申请第三人向被告支付该工程的未付款及保质金，共计743568.59元。
2016年6月2日，第三人出具证明，第三人在一期工程码头、港池挖泥及护岸工程中与被告于2008年签订有一期工程码头挖泥施工工程，该工程现已完工结算。该合同双方最终结算价为30233029.50元，截止2016年1月14日，第三人已支付完全部工程款及质保金。
关于利息的主张。原告主张利息从被告收到总承包方相应工程款之日起，按银行同期同类贷款利率的1.3倍计算。但原、被告均不能举证证明被告收到总承包方相应工程款的具体日期。
2015年5月28日，原告就涉案纠纷向湛江市霞山区人民法院提起诉讼。因被告提出管辖权异议，案件移送本院审理。后原告撤诉，再提起本案诉讼。
原告的营业执照载明其经营范围为航道疏浚、吹填、围堰、土石方工程及技术咨询；销售；建筑材料（除危险化学品）、机械设备（依法须经批准的项目，经相关部门批准后方可开展经营活动）。被告的营业执照载明其经营范围为土石方工程，钢结构工程，机电设备安装工程，消防设施工程，园林绿化工程，航道疏浚工程，港口码头建设工程，吹填围堰工程（依法须经批准的项目，经相关部门批准后方可开展经营活动）。
根据原告的申请，本院于2016年6月2日作出（2016）粤72民初172号民事裁定，准许原告的诉中财产保全申请；冻结被告在湛江市商业银行股份有限公司金海支行开立的500013332303021账户项下存款；扣押被告所有的“丰永2号”轮，扣押期间允许其继续营运该船，但不得转让、抵押、赠与等变更或限制所有权；以上冻结银行账户的金额和扣押船舶的价值以3587879.90元为限。原告为此预付了财产保全申请费5000元。因广东伟信融资担保投资有限公司为被告出具担保，原告申请解除对“丰永2号”轮的扣押。6月8日，本院作出（2016）粤72民初172号之一民事裁定，解除本院（2016）粤72民初172号民事裁定对“丰永2号”轮的扣押。
本院认为，被告将一期工程的部分工程交由原告施工，双方因工程款的支付引发纠纷，故本案为码头建造合同纠纷。
码头建造合同属于建设工程施工合同的范畴，此类案件应适用《中华人民共和国合同法》和最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》进行审理。
原告主张的工程量包括三部分：四航三工程（基槽、泊位、大开挖工程）、广航工程（停泊位工程）和施工船舶工程（临时航道、港池工程）。合同三对其中的基槽、泊位、大开挖工程施工作了约定。双方对临时航道、港池工程虽然没有书面的约定，2008年签认单记载的是华翔公司与原告就该部分工程的结算，但被告认可其与华翔公司有合作关系，后来该工程已经转给了被告，且被告与第三人项目部的两份工程结算单可以证明临时航道、港池工程属于涉案工程的一部分，第三人也与被告对该工程进行了结算，被告在第二次开庭时亦认可了原告主张的该部分工程量，因此，双方就临时航道、港池工程的施工已形成了事实合同关系。根据湛江港公司与广航公司签订的一期工程船舶调头区、支航道工程施工合同及被告向原告派发的一期工程调头疏浚施工工程量确认单，原告所主张的广航工程属于一期工程的一部分。原、被告就广航工程量在2009年签认单上作了结算，被告对其代表的签名提出异议并申请鉴定，但经本院通知，其至今未垫付鉴定费用，视为撤回鉴定申请。故被告对广航工程量的异议没有依据，不能成立，本院对该签认单双方关于基槽、泊位、大开挖工程及广航工程量的结算予以确认。根据该签认单，虽然双方对广航工程的施工没有书面的约定，但双方对该部分工程量已经结算，即原告已实际完成施工，因此，双方就广航工程的施工亦形成了事实合同关系。
涉案工程的承包过程如下，湛江港公司与第三人签订合同，约定湛江港公司将一期工程码头、港池挖泥和护岸工程的港池挖泥和基槽岸坡挖泥工程发包给第三人施工，并约定合同不得转包，主体工程不得分包。第三人与被告签订施工分包合同，第三人将其从湛江港公司承包工程中的港池挖泥和基槽岸坡挖泥工程分包给被告，被告再将其从第三人承包工程中的基槽、泊位、大开挖、广航工程和临时航道、港池工程分包给原告。被告将分包来的工程再分包，违反了《中华人民共和国合同法》第二百七十二条第二款“总承包人或者勘察、设计、施工承包人经发包人同意，可以将自己承包的部分工作交由第三人完成。第三人就其完成的工作成果与总承包人或者勘察、设计、施工承包人向发包人承担连带责任。承包人不得将其承包的全部建设工程转包给第三人或者将其承包的全部建设工程肢解以后以分包的名义分别转包给第三人，禁止承包人将工程分包给不具备相应资质条件的单位。禁止分包单位将其承包的工程再分包。建设工程主体结构的施工必须由承包人自行完成”的法律禁止性规定，原、被告签订的合同三及双方就临时航道、港池工程和广航工程形成的事实合同应确认为无效。虽然原、被告未单独就原告主张的三项工程竣工验收，但湛江港公司和第三人已对包括该三项工程在内的一期工程竣工验收合格，视为该三项工程亦已经竣工验收合格，因此，原告仍有权根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条的规定，参照相应合同的约定主张工程价款。
本案双方当事人争议的焦点在于工程款数额，原告主张的利息是否应得到支持，原告的起诉是否超过诉讼时效。
关于工程款的数额。1.基槽、泊位、大开挖工程：合同三约定，该项目综合单价每立方米5.50元，原、被告在2009签认单中确认该部分工程量为1079903.60立方米，据此，该部分工程款为5939469.80元。2.临时航道、港池工程:被告认可原告该部分的施工工程量为78984立方米，且对原告主张的该项工程单价每立方米5.50元未提异议。被告主张其已向原告支付该项工程款，但未就此举证证明，本院对其该主张不予支持。根据上述认定的工程量及单价，该项工程款为434412元。3.广航工程：根据2009年签认单，原、被告已确认该部分工程量为98307.40立方米。至于单价，原告与润宏公司的合同关于单价的约定不能约束原告与被告，原告主张其与被告对该部分工程的单价有口头约定，但未能提交有效证据予以证明，又因被告主张的单价为每立方米5.50元，本院酌定该部分工程的单价为每立方米5.50元。由此计算，该部分的工程款为540690.70元。由于被告未就原告主张的已付工程款提交反驳证据，上述三项工程款合计6914572.50元，扣减原告主张已付的3425000元后，被告仍需向原告支付工程款3489572.50元。
关于利息。被告拖延支付原告工程款造成原告的利息损失符合客观事实，本院对原告主张的利息损失予以支持。但对于利息的起算日，原告主张利息从被告收到总承包方相应工程款之日起算，但未能证明被告收到总承包方相应工程款的具体日期。根据已查清的事实，双方对临时航道、港池工程和广航工程未订立书面合同，未约定该两项工程款的支付时间，故逾期支付该两笔款项的利息起算日应从原告主张即向法院起诉之日2015年5月28日起计算。基槽、泊位、大开挖工程款的支付，双方虽有合同约定，但由于双方均未能举证证明所付的工程款对应的工程名称，即无法查清未付的工程款中，拖欠基槽、泊位、大开挖工程的具体数额，且双方对逾期支付三部分工程款的利率标准没有约定，最高法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条规定“当事人对欠付工程价款利息支付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息”，故本院将被告拖欠原告工程款3489572.50元作为基数，利息酌定均自2015年5月28日起，按中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算。
关于诉讼时效。双方就临时航道、港池工程和广航工程未订立书面合同，未约定该两项工程款的支付时间，故该两项工程款的诉讼时效应从原告主张即向法院起诉之日2015年5月28日起计算。关于基槽、泊位、大开挖工程款的支付时间，双方约定：被告每月30号前应在原告施工区域进行测量一次核实当月的施工方量；被告在收到总承包方同期进度款后按业主实际支付的付款比例支付给原告，当工程款付至原告承包造价的90%时，暂停支付；余款在工程竣工后，经原、被告双方或第三方测量验收后，30天内一次付清。原、被告均不能证明总承包方进度款的支付情况，且均认可未就原告主张的三项工程竣工验收，而湛江港公司与第三人签署的交工验收证书，只记载实际竣工日期2013年9月7日，未记载验收时间，则验收时间应在2013年9月7日之后。由于原、被告未进行竣工验收，该时间可视为合同约定的第三方测量验收。结合该验收时间，及被告2015年12月1日申请第三人支付未付款及保质金的时间和第三人证明其2016年1月14日支付完全部工程款及质保金的时间，至原告在2015年5月28日向法院提起诉讼，未超过法律规定的两年诉讼时效期间。因此，被告关于诉讼时效的抗辩不成立，本院不予支持。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第二百七十二条第二款、最高法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条、第十七条之规定，判决如下：
一、被告湛江市丰永建设工程有限公司向原告湛江市恒海疏浚工程有限公司支付工程款3489572.50元及其利息（利息自2015年5月28日起按中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算）；
二、驳回原告湛江市恒海疏浚工程有限公司的其他诉讼请求。
以上金钱给付义务，应于本判决生效之日起10日内履行完毕。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费35503.03元，财产保全申请费5000元，合计40503.03元，由原告负担1215.09元，被告负担39287.94元。被告将其应负担的诉讼费用径付原告，本院不另清退。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数或者代表人的人数提出副本，上诉于广东省高级人民法院。
审 判 长 文 静
审 判 员 陈振檠
人民陪审员 张 云
二〇一七年五月二十六日
书 记 员 李柏漫