陕西省铜川市中级人民法院
民 事 判 决 书
(2017)陕02民初26号
原告（反诉被告）：陕西省铜川市药材公司，住所地：铜川市公园路9号。
法定代表人：王宏举，公司经理。
委托诉讼代理人：魏艳燕，女，1971年4月8日生，汉族，住铜川市王益区，系药材公司党支部书记。
委托诉讼代理人：张宏昌，陕西国衡律师事务所律师。
被告（反诉原告）：张志海，男，1961年9月5日生，汉族，住铜川市王益区。
委托诉讼代理人：张斌，男，1987年1月3日，汉族，铜川第四建筑公司员工，住铜川市王益区。系张志海之子。
委托诉讼代理人：马银安，西部法制报法律服务中心法律工作者。
原告陕西省铜川市药材公司(以下简称药材公司)与被告张志海所有权确认纠纷及被告张志海诉原告药材公司房屋买卖合同纠纷一案，本院合并审理。原告陕西省铜川市药材公司于2015年6月17日向本院提起诉讼，本院2015年6月25立案后，张志海于2016年2月16日提起反诉。本院依法作出（2015）铜中民一初字第00003号民事裁定，驳回了张志海的反诉起诉。张志海不服该民事裁定，上诉于陕西省高级人民法院。陕西省高级人民法院作出（2017）陕民终55-1号民事裁定，撤销了铜川市中级人民法院（2015）铜中民一初字第00003号民事裁定，指令铜川市中级人民法院审理。
就本诉部分，本院于2016年9月18日作出（2015）铜中民一初字第00003号民事判决，驳回了原告的诉讼请求。原告药材公司不服该判决，上诉于陕西省高级人民法院。陕西省高级人民法院于2017年7月24日作出（2017）陕民终55号民事裁定书，以原判决认定事实不清，适用法律错误。依法撤销原判决，发回本院重审。本院2017年9月13日立案后，依法适用第一审普通程序，公开开庭进行了审理。原告药材公司的委托诉讼代理人张宏昌���魏艳燕，被告张志海的委托诉讼代理人张斌、马银安到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
药材公司向本院提出诉讼请求：1、依法判令确认红旗街综合楼一、二层门面房归陕西省铜川市药材公司所有，并由被告归还铜川市药材公司红旗街综合楼土地使用权证及一二层门面房的房产证和房屋；2、判令确认2002年8月26日原、被告双方签订的《房屋所有权转让协议》无效。3、判令被告退还已收取的红旗街综合楼一二层门面房租金并按同期银行利率支付利息；4、判令被告退还三层以上12户商品房出售利润；5、本案诉讼费由张志海负担。事实和理由：2002年8月26日，原告为开发铜川市药材公司红旗街药店，与被告张志海签订房屋所有权及国有土地使用权转让协议，由张志海对土地上的建筑物进行施工。2004年工程完工后，以铜川市药材公司���义办理了房产证及土地使用权证，该房屋经行政主管部门登记为“铜川市药材公司红旗街综合楼”，产权归铜川市药材公司所有，但张志海未将建筑物交付铜川市药材公司，并私自将一二层房屋出租、三层以上12户出售。依据租赁合同，张志海收取租金5739200元（截止2017年7月底），张志海将12户商品房出售获得利润960000元。由于张志海规避土地转让金损害国家利益，经法院终审判决确认土地转让协议无效。同时双方签订的房屋买卖协议也应无效。为此，张志海占有铜川市药材公司红旗街综合楼一二层房屋、出售三层以上12户房屋无法律依据，侵犯了铜川市药材公司的合法利益。
张志海辩称，一、铜川市药材公司的诉讼请求超过了法定时效，不应受到法律保护。1、本案所涉标的在2006年已竣工并已经出售，��房款由投资人张志海收取理所当然，期间铜川市药材公司并未主张张志海返还租金及银行利息，也未主张过张志海返还12户房产出售的利润。2、2009年土地证办完后，铜川市药材公司配合张志海给12户业主完善了房产过户手续，此间也未曾主张返还涉案标的物。3、《民法通则》规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，按照铜川市药材公司观点，其权利在2006年被侵害，但是铜川市药材公司在对张志海施工、售房、办证完全了解并知情的情况下，十年后才向人民法院主张权利，违反了法律规定。二、2002年8月28日和2004年2月21日，双方分别签订的《房屋所有权转让协议》和《协议书》合法有效。1、2002年8月28日，铜川市药材公司与张志海签订了《房屋所有权转让协议》，在该协议签订前的7月31日，张志海已经提前足额支付房款，协议签订后铜川市药材公司交付了出让的房产，张志海也接受了该房产。2004年2月21日，双方签订了《协议书》，协议生效后张志海开始以铜川市药材公司名义办理立项、报建等手续，并投入资金，在2006年完成了工程建设，从立项到竣工所有费用及建安费用全部由张志海承担。2、原告的诉讼请求无合同依据也无事实依据更无法律依据，应驳回铜川市药材公司全部诉讼请求。首先铜川市药材公司三项请求违反了“诚实信用”原则。张志海受让了铜川市药材公司名下旧房，药材公司同意张志海以其名义立项、报建、施工，并办理了委托手续，张志海借用药材公司名义进行投资建设、销售及使用，协议中载明了铜川市药材公司协助张志海，完全是为了报建手续方便考虑；另一原因是2002年8月28日签订协议时，张志海所占土地范围没有土地管理部门颁发的土地使用证。根据��城市房地产管理法》及《城市房地产转让管理规定》，在张志海以铜川市药材公司名义完成《国有土地使用证》前，办理过户手续是不可能的。铜川市药材公司未能履行其义务，对其无理要求法院应驳回。3、房屋是不动产，只能附着于土地之上，与土地具有不可分割性，故房屋买卖的标的物不仅仅是房屋，还应包括房屋占用范围的土地，铜川市药材公司应当依法律规定和协议约定，继续履行办理过户义务。
张志海向本院提出反诉请求：1、判令铜川市药材公司履行合同义务，为张志海办理红旗街医药综合楼一、二层门面房产权过户手续及相应的土地使用权变更登记手续。2、依法判令铜川市药材公司向张志海支付违约金50000元。3、本案诉讼费用由铜川市药材公司承担。事实和理由：一、2002年8月26日，张志海与铜川市药材公司就位��红旗街原红旗街药店全部房屋所有权转让事宜经过多次协商，在公平自愿的基础上签订了《房屋所有权转让协议》。协议签订后，张志海按照协议约定全面履行了协议义务，按时足额支付了房屋转让价款，并履行了协议中约定的其他事项。张志海缴纳了对标的物开发建设的相关费用，并办理了相关手续，同时投资进行了开发建设。在开发建设项目竣工后，铜川市药材公司仅配合反诉人办理了12套商住房房产过户手续，对剩余房产的过户手续，未按照协议约定履行“办理过户手续”的义务，致使一二层门面房产权至今未过户至张志海名下。铜川市药材公司这种严重违约行为侵害了张志海的合法权益，应当依据协议第六条的约定，向反诉人支付违约金5万元；二、反诉人与被反诉人签订的《房屋转让协议》和《补充协议》，就是《物权法》第十五条规定的设立不动产物权的合同，不动产物权变动的合同虽然只是物权变动的原因，但原因行为中实际上包含了当事人之间债权合意和物权变动的合意，当条件成就时权利人可根据物权变动原因追求最终的物权结果，即反诉人有权要求被反诉人履行协助办理房产过户的义务；三、综合楼系合法建造，依据物权法第三十条之规定，张志海对其享有实际物权，只需过户即可。药材公司综合楼的建造已经合法报建，系张志海投资建设，因而张志海对综合楼享有实际上的物权，由于报建手续是以药材公司名义办理的，依据行政法规只能办理在药材公司名下，但依据物权法《解释》第二条的规定以及房地产管理法第三十一条之规定，反诉人要求被反诉人协助办理房产及土地变更手续的请求于法有据，理应得到支持。
药材公司辩称，一、2002年8月26日，双方当事人签订了铜川市药材公司红旗街药店房屋买卖、土地转让两份协议，之后张志海作为施工方、药材公司作为建设方进行施工建设，2005年10月30日，铜川市药材公司红旗街综合楼建成竣工并经六单位盖章验收，工程决算136.52万元。该工程竣工后张志海至今未将建筑物交付给建设单位铜川市药材公司，私自将一、二层门面房对外出租，三至六层共计12户经济适用房由张志海出售，为此原告为维护国有企业合法权益，诉至法院。本案系在建筑工程施工中所发生的债权债务纠纷，故应将案由定为建筑工程合同纠纷。二、关于本案是否超过诉讼时效。本案的基本事实是，红旗街综合楼于2005年10月30日竣工，该工程即红旗街综合楼至今未交付给建设方铜川市药材公司，期间铜川市药材公司几经国企改组，原公司法定代表人张万祥病故，经铜川市国资委年度巡查���企的国有资产流失情况，在国有资产登记中发现，铜川市药材公司将国家划拨土地私自转让，职工得知此情况即召开职工代表大会，决定经合法诉讼程序将张志海诉至法院，最终判决土地转让协议无效。合同被确认无效后，由于张志海将红旗街综合楼违法占有十年有余，至今未交付给所有权人铜川市药材公司，依据法律规定，不法侵害一直继续，本案根本不存在超过诉讼时效问题。三、关于红旗街综合楼的产权归属：1、2002年8月26日，双方签订土地所有权转让协议，由于该协议侵害了国家利益，违反了国家法律的强制性规定被判决无效，无效合同自始不发生法律效力，更对当事人没有法律约束力，依据房随地走的原则，综合楼的产权所有人应为铜川市药材公司。2、依据铜川市不动产登记中心红旗街综合楼的登记档案记载，从该项目的立项审批、施工建设、经济适��房的批复，都是以铜川市药材公司为建设主体，产权登记红旗街综合楼的合法所有人更是铜川市药材公司，该楼的名称是“铜川市药材公司红旗街综合楼”，为此该楼的所有人为铜川市药材公司是有法律依据的；根据我国相关法律的规定，对于不动产的确权，应以国家登记机关的登记为准，为此原告的请求是合理，合法的，应得到确认和支持。3、关于铜川市药材公司红旗综合楼能否过户给张志海问题。铜川市药材公司是铜川的国有企业，其使用的土地为国家划拨土地，该土地的所有权归国家所有，铜川市药材公司无权转让国有土地，依据我国土地法规定，国有土地的使用权转让应经县级以上人民政府批准，为此土地的使用权转让，药材公司是不能擅自为之的，国有资产的所有权转移，必须经国资委同意，铜川市药材公司无权处置国有土地���国有资产。4、不动产登记是所有人唯一证明财产权属的法律依据和凭证，红旗综合楼在办理权属登记时，是委托张斌（张志海之子）张刚（张志海的助理）二人办理的，在办理权属登记时，登记机关依据各种审批资料，依据法律规定，将红旗综合楼登记为铜川市药材公司是合法的登记行为，且办理过程中张志海明知红旗综合楼权属归铜川市药材公司，故本案对红旗街综合楼权属在审批之初到办理产权登记双方是无争议的，否则，是不会将红旗综合楼产权登记到铜川市药材公司名下的。四、张志海应退还不当收取的租金及同期银行利息。张志海从2005年10月30日红旗街综合楼竣工后将一、二层门面房私自出租给他人收取租金5513600元，张志海不愿提供收取租金的真实数额，请求法庭依据出租的合同数额计算，并且承担同期银行利息。五、张志海的反诉请求没有事实依据���法律依据，且提供的证据与反诉请求没有关联性，该证据不具有法律规定的形式要件，请求驳回张志海的反诉请求。
药材公司针对其诉讼请求及张志海的反诉请求，提交了以下证据：证据一、1、房屋所有权转让协议；2、国有土地使用权转让协议；3、2004年2月21日协议书；4、本院（2015）铜中民一终字第00012号判决书。该组证据证明：1、国有土地使用权转让协议被确认无效；2、房屋所有权转让协议，因该房屋被张志海拆除而未办理过户手续的事实。证据二、房产登记档案，包括铜川市房产管理局铜房字［2009］4号文件、工程竣工验收备案表、建筑工程施工许可证、建设工程规划许可证、房屋面积测算报告等。证明：1、建设规划许可证、建设工程施工许可证载明的建设单位均是铜川市药材公司；2、红旗街综合楼权属登记为药材公司所有。3、三层以上商品房被张志海出售并获利的事实。证据三、1、铜川市房屋初始登记申请表、审批表、铜川市中级人民法院（2014）铜中执字00025号民事裁定书、铜川市中级人民法院（2015）铜中民一初字00003-1号民事裁定书。证明：1、产权所有人为铜川市药材公司；2、该房屋产权明晰无争议；3、在初始登记时提交的材料真实合法有效；4、（2014）铜中执字00025号民事裁定书已认定该房屋产权为铜川市药材公司所有。证据四、租赁合同及租赁协议。证明：1、被告将原告一、二层房屋出租的事实。2、被告收取租金的事实。证据五、药材公司红旗街综合楼一、二层门面房产权证复印件，证明房屋所有权人为药材公司单独所有，土地取得方式为划拨。
张志海质证称：证据一，虽是复印件，对于形式要件认可，对于证明目的不认可，土地买卖协议的效力不影响2002年房屋转让协议的效力，判决不涉及本案，本案涉及的是张志海购买的房屋；证据二，真实性认可。证据三、对房屋登记档案无异议，对裁定书形式要件无异议，对证明目的有异议，诉讼保全裁定书已被撤销无证明意义。证据四、租赁合同真实性认可，证明目的不认可，收取租金是合理的，与邮储银行的合同未履行，门面房现空着。证据五，对复印件不认可，要求提供原件。
张志海针对其反诉请求及药材公司的诉讼请求提交了以下证据：证据一、房屋所有权转让协议。证明目的：1、证明2002年8月26日，原、被告双方签订房屋转让协议内容不违反法律和当时行政法规的规定，该协议合法有效。2、从协议签订之日至药材公司起诉张志海，长达十四年之久，药材公司未提出过任何异议，故药材公司无理由否定该协议。证据二、2003年7月24日协议书，证明药材公司在2002年房屋所有权转让协议签订后，为配合张志海拆旧建新，主动提出同意张志海以药材公司名义进行综合楼开发，之后的一系列建设登记手续均以药材公司名义，药材公司明显违背了“诚实、信用”原则。证据三、2004年2月21协议书，证明药材公司无权主张经济利益和推翻证据一和本协议。证据四：被告收取原告转让费票据。证明张志海按协议约定，向药材公司交付了转让款。证据五、铜川市房产管理局铜房字（2004）32号文件、铜川市房产管理局铜房字（2009）4号文件。证明张志海按照协议履行了全部义务，项目建设及出售合法。证据六、建设工程规划许可证、建筑工程施工许可证、用气审批表。以上三份证据证明综合楼投资人为张志海。证据七、本案所涉标的物办理规划设计、规划定额���定费、自来水入网设计安装费、工程监理费、排污费、电力安装费、人行道恢复费、建设赔偿费、办理房产证测绘费票据。证明被告支付了办理手续的所有费用，药材公司未作任何出资，不该分享任何经济利益，其主张不能成立。证据八、综合楼土建和安装支付的工程款，材料费、水电费及施工管理人员工资票据，证明以上费用全部由张志海投资，根据“谁投资、谁受益”的原则，药材公司的本诉请求无法律和事实依据。证据九、测绘费、契税票据，证明张志海已缴纳了测绘费、契税，药材公司拒绝配合，使诉争房屋不能过户，药材公司已构成违约。证据十、（2013）铜王民初字第00442号判决书、（2015）铜中民一终字第00012号判决书，证明该二份判决书肯定了双方房屋转让协议，双方已履行了各自的义务，药材公司就不应就该协议再次提起���讼，违背“一事不再理”的基本原则，药材公司的诉讼请求不能成立。证据十一、证人证言，证明药材公司出具的手续中经办人是张刚，而张刚是受张志海的委托与药材公司无关。证据十二、张志海为12户购房人办理的房产证，在药材公司配合下，张志海根据协议为12户办理了房产证，药材公司履行了部分义务，其应继续履行。
药材公司质证称：证据一，房屋所有权转让协议因土地转让协议无效因而应视为无效。证据二，收款收据真实性认可。证据三的真实性认可，但铜川市房产管理局（2004）32号文件与张志海无关。证据四，铜川市房产管理局（2004）4号文件具有真实性，证明铜川市药材公司是开发建设方，与张志海无关。证据五，该证据足以证明建设工程项目建设方为铜川市药材公司。证据六，该费用���含在工程决算项目中。证据七、八、九，工程已经过验收决算，三项内容均在决算之中。证据十、十一、十二真实性认可。
本院对双方当事人提供的上述证据，综合认定如下：
药材公司提供的证据一、被告对形式要件无异议，该组证据予认定；证据二、证据三真实性被告无异议，予以认定。证据四、被告对该组证据的形式要件无异议，门面房出租的事实予以确认；证据五、房产证虽是复印件但与原告提交的其他证据能够相互印证，予以认定。铜川市药材公司对张志海提供证据的真实性无异议，对于张志海提供的证据真实性予以确认。
根据当事人陈述和经审查确认的证据，本院认定事实如下：
2002年8月26日，药材公司、药材���司零售商店与张志海签订《房屋所有权转让协议》。将铜川市药材公司经营的红旗街药店的全部房屋所有权转让于张志海。协议约定：一、协议标的现甲方（铜川市药材公司）经营的红旗街药店的全部房屋所有权。二、协议价款1、由于多家竞争，房屋所有权的转让价格为人民币14万元整。2、乙方张志海另行支付原药店职工生活安置费人民币2万元整。合计协议价款为16万元整。三、甲、乙双方的权利、义务和责任（一）、甲方的权利、义务和责任1、乙方在取得土地使用权后，原药店现临街门面房可无偿使用到二00二年十二月三十日，二00三年元月一日之后，甲方经营的药店租赁费交我方，价格优惠20%。2、甲方应积极配合乙方办理房产过户手续。3、甲方应保证协议标的的完好无损，并按时交付乙方使用。4、本协议生效的同时，甲方应将协议标的的房产所有权证交付乙方。（二）、乙方的权利、义务和责任1、按协议附图及财产清单完整接收协议标的。2、按时足额支付协议价款。3、按时足额缴纳因转让而引起的各项费用。四、付款办法1、本协议甲、乙双方签字盖章后进行公证，本协议一经公证即行生效，乙方一次性将全部价款支付甲方，协议价款支付完毕后，甲方10日内将协议标的移交乙方，同时协议标的各项收益归乙方所有，甲方应将原与租赁户签订的协议一并交由乙方执行。2、各项手续在二00二年十二月底之前办完，乙方开始建设，租房户搬迁退出，在搬离后的第一天，我方愿一次性承担人民币贰万元，对原药店职工的生活进行安置。建设完工后，租赁给甲方40-50m2价格优惠20%。五、双方约定的其它事项1、甲方负责处理本单位的全部债权、债务、房产和土地纠纷，否则，由此给乙方带来影响的，由甲方负责赔偿全部经济损失。2、房屋移交乙方后，甲方保证职工及职工家属不得无故影响乙方使用，否则，由此给乙方造成的损失由甲方赔偿。3、乙方确定如要按规划部门的要求，对租赁土地进行改造，乙方应在土地转让手续完成前，确定建设方案，并由甲方在该方案上签定住户意见，以便报规划部门。六、违约、争议及解决本协议甲、乙双方签字盖章后由公证部门进行公证后即行生效，甲、乙双方应严格遵守，任何一方违约，应向对方支付违约金人民币伍万元。
上述协议签订的当天，药材公司、药材公司零售商店（甲方）与张志海（乙方）又签订了国有土地使用权转让协议。双方约定：一、协议标的：现甲方经营的红旗街药店的全部房屋土地使用权，该标的的位置为：南邻市工商银行办公楼，北邻市中医院，西邻一马路，东邻药材公司住宅楼��二、协议价款由于多家竞争，土地使用权的转让价格为225000元整。双方约定的甲、乙双方的权利、义务和责任，付款办法，双方约定的其他事项，违约、争议及解决等均与双方签订的房屋所有权转让协议相同。
2002年7月31日，张志海向药材公司支付365000元。加盖有铜川市药材公司印章的收款收据摘要栏显示“收到房地产转让费和土地使用费”。
2004年2月11日，原、被告再签订协议书一份，约定：甲（陕西省铜川市药材公司）乙（张志海）双方就铜川市药材公司红旗街药店地址上建设铜川市医药综合楼一事，达成如下协议：1、甲方协助乙方办理医药综合楼相关手续。2、办理相关手续过程中及施工建设中的一切经济及法律责任、及相关费用由乙方张志海承担，药材公司不承担任何经济及法律责任。3、建成后的医药综合楼一层要保证有100m2的营业面积由甲方所属药店租赁使用。
本案所涉工程的建设手续，如建设工程规划许可证、建筑工程施工许可证等，均是以药材公司的名义办理的。张志海涉案工程的全部出资和施工均由张志海负担和完成，其支付费用包含设计费、定额测定费、工程安装费、监理费、污水管道工程款、铝合金及无框玻璃门工程款、木门安装工程款等费用。对于建楼总费用张志海称没有核算过，药材公司认可其没有投入资金的事实。
2004年9月13日，铜川市房产管理局以铜房字【2004】32号《关于将红旗街药店住宅楼列入经济适用住房建设项目的批复》，同意将红旗街药店住宅楼0.14万平方米列入市经济适用住房建设项目。2005年年底红旗街医药综合楼竣���并使用。红旗街医药综合楼一二层为营业用房，其中101铺建筑面积293.41平米，201铺建筑面积348.85平米。三层及以上一梯三户共12户。2009年7月9日，铜川市房产管理局铜房字【2009】4号《关于对市药材公司出售经济适用住房的批复》，同意药材公司出售经济适用住房12套。上述12套经济适用房由张志海出售，售得房款共计1602204元。2009年，该楼一、二层办理了房产证及土地使用权证，房产所有权人及土地使用权人均为药材公司。同年12户红旗街药店经济适用房购房者也办理了各自房产证。
另查明，2005年11月，张志海（甲方、出租方）与李铜川（乙方、承租方）签订《房屋租赁合同》。《房屋租赁合同》约定：第一条租赁房屋名称、地址、数量与用途：铜川市药材公司综合楼一层除南边一间人行通道外其余全部房屋，乙方用于除餐饮休��娱乐之外的商业经营活动。第二条租赁期限：租赁期共壹拾年整，甲方从2005年12月1日起将出租房屋交乙方使用，至2015年11月30日合同终止，房屋收回。若乙方继续租赁，甲方在同等条件下，乙方享有优先租赁权。第三条租金和交纳时间：⑴租金标准：303200元/年，该房屋年租金10年不变。⑵租金支付时间：合同签订乙方一次交清合同期限前三年全部租金，合计90.96万元，2008年后，每年12月1日前一次交清下一年全年租金。
2014年4月24日，张志海之子张斌（甲方、出租方）与李刚（乙方、承租方）签订《房屋租赁协议》。《房屋租赁协议》约定：第一条租赁房屋的名称、地址、数量与用途：铜川市药材公司综合楼二层全部房屋。第二条租赁期限：租赁期限：租赁期共3年整，出租方从2014年2月1日起将出租房屋交承租方使用，至2017年1月31日合同终止，房屋收回。第三条租金、保证金和交纳时间：⑴租金标准：225600元/年，该房屋年租金3年不变。⑵保证金标准：在租赁协议履行之日起，乙方向甲方一次性交纳20000元整（原合同中此处笔误）。
药材公司主张返还的租金数字是按照上述合同笼统计算的结果，对于每户80000利润为其推算。
双方协议转让的土地使用权性质为国有划拨土地。药材公司曾就双方签订的《国有土地使用权转让协议》的效力提起确认之诉，经本院终审确认，2002年签订的《国有土地使用权转让协议》无效。
本案审理期间，原告药材公司向本院申请撤回关于判令确认2002年8月26日原被告双方签订的《房屋所有权转让协议》无效、判令被告退还已收取的红旗街综合楼一二层门面房租金5739200元及承担租金同期银行利息275680元、判令被告退还三层以上12户商品房出售利润960000元的诉讼请求。
本院根据双方当事人的诉讼请求、答辩意见以及证据交换的情况，归纳本案争议焦点为：红旗街综合楼的归属。
本院认为，本案立案案由为建设用地使用权合同纠纷及房屋买卖合同纠纷。审理期间，原告变更了诉讼请求，要求判令确认红旗街综合楼一、二层门面房归药材公司所有，并由被告归还药材公司红旗街综合楼土地使用权证及一、二层门面房的房屋产权证和房屋。因此，依照《民事案件案由规定》，本案应为所有权确认纠纷。
关于红旗街综合楼一、二层门面房的归属问题。本院认为，从本案的事实看，涉诉房屋的土地使用权属于原告所有，房屋建设过程中的规划及施工许可证均在原告药材公司名下，房屋产权证登记的所有人为药材公司单独所有。该房屋的投资和施工由被告张志海完成，房屋竣工后一直由张志海占有及收益。现被告张志海主张依据物权法第三十条的规定，其作为合法建造者对该房屋享有物权。张志海虽是红旗街综合楼的开发建设主体，但物权法第三十条规定的建造必须符合“合法”要求，即建造要按照国家有关法律规定取得土地使用权、规划许可证、施工许可证等，否则不能产生物权设定的效力。我国现行立法坚持土地使用权与房屋等不动产所有权主体一致的原则，明确要求商品房建造必须取得相应的土地使用权和土地规划、建设规划、建设施工许可等证书。虽然建造不需要通过法定的登记公示方式产生物权效力，但国家对建造行为的法律要求和行政管理，尤其通过上述土地使用权登记和规划施工许可等制度，对外产生相应的权利推定和权利公示效果，第三人可通过上述证件主体推定建造事实行为成就时的物权状态和权利主体。不动产登记部门亦是依据土地使用权等相应证书登记主体。城市房地产管理法第六十一条第二款规定，在依法取得的房地产开发用地上建成房屋的，应当凭土地使用权证向县级以上地方人民政府房产管理部门申请登记，由县级以上地方人民政府房产管理部门核实并颁发所有权证书。虽然此时的登记没有创设物权的效力，但登记是后续物权处分行为产生物权效力的前提，也是带有权利宣示意义的行政确认。由此可见，相关法律和行政管理部门，均是以建造行为实施过程中所必须具有的土地使用权证书等作为明确其所有权，进行所有权登记的前提和根据。如果认可上述证件登记主体之外的合作开发主体属于依���建造事实行为原始取得所有权的主体，就会与上述规定所明确的所有权登记主体出现矛盾，会使后续的物权处分因法律物权主体和事实物权主体不一致而陷入混乱，造成更大范围的权利冲突，导致不动产管理制度不统一和执行标的权属不清等问题。因此，建造行为必须在依法办理土地使用权登记和取得相关规划、建设等证书的情况下，才能在建造事实行为完成时产生设立物权的效力。本案涉诉房屋虽是反诉人张志海投资建造，但由于原告药材公司依法取得相关的土地使用和规划、建设等证照。不动产登记部门也已依据相关证书将涉案房屋的所有权登记于药材公司名下，因而张志海并非物权法意义上的建造主体，并不能依据物权法第三十条的规定原始取得涉诉房屋的所有权。综上，药材公司要求判令确认红旗街综合楼一、二层门面房归陕西省铜川市药材公司所有，并由被告归还铜川市药材公司红旗街综合楼土地使用权证及一、二层门面房的房屋产权证和房屋的请求，依法予以支持。
关于张志海反诉要求判令药材公司履行为其办理红旗街综合楼一、二层门面房产权过户手续及相应的土地使用权变更登记手续的请求。张志海提交的证据仅能证明双方就原红旗街药店的房屋存在买卖合同，该买卖合同已履行，合同标的物（房屋）已交付由张志海拆除，就该房屋履行过户手续已不可能，也无意义。张志海要求原告履行为其办理红旗街综合楼一、二层门面房产权过户手续的请求缺乏合同依据和法律依据不能成立，应予驳回。对于其反诉要求原告履行相应的土地使用权变更登记手续的请求，因该协议已被确认无效，无效的协议自始无效对当事人不具有约束力，张志海的该项请求亦不成立，不予支持。
关于张志海反诉主张的未协助办理房屋过户手续应支付50000元违约金问题。因双方签订的《房屋所有权转让协议》中的违约金是针对原红旗街药店房屋买卖的约定，该协议履行中，由于张志海在未办理过户手续的情况下拆除了房屋，导致协助办理原房屋过户手续既无可能亦无必要，造成该结果的过错在于张志海，因而对于张志海主张违约金的请求，本院不予支持。
关于张志海的投资由于其并未在本案提出相应的诉讼主张，可依照相关程序通过另案确认其权利。
综上，依照《中华人民共和国物权法》第三十条、《中华人民共和国城市房地产管理法》第六十一条第二款的规定，判决如下：
一、铜川市药材公司红旗街综合楼一、二层门面房归陕西省铜川市药材公司所有，被告张志海于本判决生效之日起十五日内，归还原告铜川市药材公司红旗街综合楼土地使用权证及一、二层门面房的房屋产权证和房屋。
二、驳回张志海的反诉请求。
本诉案件受理费100元，反诉费1050元，减半收取525元，共计625元，均由张志海负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于陕西省高级人民法院。
审判长 任平印
审判员 董 敏
审判员 刘坤琪
二〇一八年一月三十一日
书记员 张丽艳