上海市松江区人民法院
民 事 判 决 书
（2013）松民三（民）初字第2942号
原告（反诉被告）上海开天建设（集团）第三建筑工程有限公司。
法定代表人陆瑞其。
委托代理人顾国富，上海宝申理律师事务所律师。
委托代理人姚林胜，上海宝申理律师事务所律师。
被告（反诉原告）上海瑞控阀门有限公司。
法定代表人戴贤波。
委托代理人伍助碧，上海敏诚善律师事务所律师。
委托代理人王怀涛，上海汉路律师事务所律师。
原告上海开天建设（集团）第三建筑工程有限公司与被告上海瑞控阀门有限公司建设工程施工合同纠纷一案，本院于2013年11月13日立案受理后，依法适用简易程序进行审理。后，被告在提交答辩状期间对管辖权提出异议，本院依法裁定驳回其对本案管辖权提出的异议。被告不服上述裁定，并上诉于上海市第一中级人民法院，该院于2014年1月16日依法裁定驳回上诉，维持原裁定。2014年2月10日，被告提起反诉，本院依法予以受理，并于2014年3月3日公开开庭进行了审理。审理中，依原告申请，本院委托有关机构对涉案工程总造价进行了审价；另依被告申请，本院委托有关机构对涉案工程施工质量问题进行鉴定，鉴定意见书出具后本院在充分听取原、被告双方意见的基础上，又对质量问题整改费用进行了审价。审理中，因案情复杂，本案转为适用普通程序审理，并于2015年4月21日公开开庭进行了审理。原告委托代理人姚林胜、被告委托代理人伍助碧、王怀涛到庭参加了两次庭审，原告委托代理人顾国富到庭参加了第一次庭审。本案现已审理终结。
原告诉称：2010年8月28日，原、被告双方订立《上海市建设工程施工合同》（以下简称“《施工合同》”），约定由原告承建被告的新建厂房一期工程，合同价616万元（人民币，以下币种同），并约定了工期、计价方式、工程款支付方式等内容。合同订立后，原告依被告要求进场施工，但被告迟迟未能办出施工许可证，致使原告于2010年11月初暂停施工并遭受停工损失，至2011年5月方得解决。此后，原告顶着材料、人工费上涨、被告迟延支付工程进度款和设计频繁变更等压力，于2012年1月完成包括增加工程项目在内的所有工程内容，并于2012年2月18日验收合格。2012年9月初，原告将结算书送交被告，但被告至今未回应，既不结算也不付款，故诉至法院，请求判令：1、被告向原告支付工程款2，997，169.55元；2、被告向原告支付利息，以29，997，169.55元为基数，按照中国人民银行同期银行贷款利率计算，自2012年2月18日起计算至判决生效之日止。审理中，原告认为涉案工程的保修金支付条件已经具备，以及其结合鉴定部门对工程造价问题所出具的鉴定意见书，将上述诉请变更为请求判令：1、被告支付原告工程款2，474，278.72元（总造价8，088，278.72元-已付款5，614，000元）；2、被告支付原告利息（分段计算：第一段以2，069，864.78元为基数，从2012年2月18日起算；第二段以404，413.94元为基数，从2014年2月18日起算，两段均按中国人民银行同期贷款利率，计算至判决生效之日止），暂算至2015年4月3日的金额为441，486.11元。审理中，根据已查明的事实，本院释明涉案施工合同无效，在此情况下，原告明确：其诉请的金额和计算方式不做变更，但相应的请求权基础系建立在合同无效情形下，关于工程款的结算，可参照合同的约定进行结算，至于利息问题，原告的诉请本身就是依据相关法律规定提出的。
被告辩称：第一，原告工程款数额计算有错误。首先，根据双方合同约定及实际履行情况，双方采用的结算方式为固定总价，合同价是616万元，后双方又约定补偿45万元，因此固定总价为661万元。其次，对原告称被告已付工程款5，614，000元不予认可，被告实际已经向原告支付工程款总计5，832，783.4元，该付款一无逾期支付、二已超付款进度。再次，原告曾在投标文件中书面承诺让利1，443，075元作为竞标或承包承诺，故即便按照可调价格方式进行结算，在最终结算工程款时也应当在结算价的基础上下浮1，443，075元作为让利。第二，因为涉案工程有严重质量问题，原告怠于修复，所以被告有先履行抗辩权，并无主观上不付款的恶意，也无须支付利息。第三，原告承建工程工期严重拖延，工程质量经原、被告和监理方见证，存在重大质量问题，而且相关问题到现在也没有修复，被告有权以相应的损失赔偿金抵扣工程款。第四，保修金支付条件并未成就，原告诉请要求被告支付该保修金尚缺乏事实和法律依据，相应的利息主张更无从谈起。
同时，被告反诉称：2010年8月28日，原、被告双方签订《施工合同》，约定由原告承包被告的厂房一期工程，约定合同总价款为616万元，工期为135天。工程开工后，被告按约履行己方义务，而原告却以各种理由怠工并不断要求增加工程价款，经被告多次催促，原告于2012年2月18日才勉强完成工程主体建设，且厂房一直存在漏水等18项质量瑕疵问题，被告多次要求原告修复整改，但原告至今尚未解决质量问题。故提起反诉，请求判令：1、原告向被告支付逾期竣工的违约金202，000元（5，000／天×404天）；2、原告对工程质量问题进行修复或承担修复费用（暂定50万元，最终以鉴定结论为准）。审理中，结合案件审理情况及相关鉴定意见书的内容，被告将上述诉请变更为请求判令：1、原告支付被告违约金202，000元；2、原告支付被告工程质量问题修复费用441，069.96元；3、原告赔偿被告工程质量问题修复期间的损失共计264，251元（含直接租金损失199，251元和停产停业利润损失65，000元）。在本院释明合同无效后，被告明确将其诉请1的违约金主张变更为逾期完工的损失赔偿主张，金额不变；至于因工程质量问题修复所产生的费用及损失主张，合同无效情况下，仍然坚持。
针对被告的反诉，原告辩称：首先，关于逾期完工的损失赔偿问题，不同意。一则合同无效，则工期的约定亦无效，故被告诉称的工期延误不存在；二则即便存在工期延误，也系施工过程中存在设计变更、工程量增加、被告施工许可证未及时办理、工程款进度支付延误所致，相关责任不在原告，而应由被告自负自责。其次，关于质量问题修复费用，2012年10月所列的质量问题，原告已经进行了维修，不再存在问题；如果被告认为还是存在质量问题，且在保修期内，原告可以进行维修。另外，具体修复的费用承担要看引发质量问题的原因。再次，关于质量问题修复期间的损失赔偿问题，不同意承担。一则修复施工是否会导致被告停产停业尚不确定，被告提出该项诉请时机不当，亦缺乏依据；二则即便停产停业必然发生，被告所提诉请也存在重复主张之嫌，以租金方式主张损失相当于被告另租厂房进行生产经营，在此情况下就不会产生利润损失；三则被告主张的租金标准也偏高；四则被告利用涉案厂房进行生产经营本身就存在一定成本，若以租金方式衡量损失的话，只有租金高出成本的部分才能列入损失范畴。
为证明其本诉部分的主张，原告向本院提供如下证据：
1、2010年8月28日《施工合同》（协议书、专用条款），证明合同约定由原告承建涉案工程，合同总价为616万元；合同第23.2条约定，合同价款采用可调价格方式确定，因此是开口价；工程竣工时，要支付到工程总额的95%。
2、2010年11月6日《关于“新建厂房工程暂停施工”的公函》，证明因为被告未能及时办理施工许可证，原告于2010年11月6开始暂停施工。
3、2012年1月18日《函》及邮寄凭证，证明原告在2012年1月初完成了所有的工程项目，并通知被告组织验收。
4、2012年9月21日《上海瑞控阀门有限公司一期工程会谈纪要》，证明涉案工程在2012年2月18通过了竣工验收。
5、2012年9月3日《结算书》及邮寄凭证，证明原告经过结算，工程总价款为906万余元，并将《结算书》在2012年9月4日寄给被告。
6、签证单7份，证明涉案工程在施工过程中有增加工程量和设计变更。
7、2011年4月25日《关于要求工程复工的函》及《停工损失费用清单》，证明2011年4月底原告向被告提出对停工损失进行补偿。
8、2010年8月28日《施工合同》（通用条款），证明第一、与协议书及专用条款部分相配套，合同更具完整性；第二、第8页23.2条对可调价合同进行了定义，第9页23.3条约定了可调价合同中合同价款调整的因素。
9、资质证书，证明原告具有相应的施工资质。
10、2012年2月18日《移交单》，证明2012年2月18日原告将涉案工程的所有资料移交给被告。
经质证，被告对证据1中所盖印章认可，但是对真实性有异议，认为第一、该合同与被告保留的、备案的合同均不一致。该合同第10条明确约定原告承担办理施工前后的手续，但是2010年11月6日原告发给被告的函中，要求被告办理新建厂房的手续，二者相矛盾；根据同一天备案的合同，结算方式是按照固定总价的方式结算，因此合同约定的是固定总价；双方签订的补充协议再次明确合同约定的是固定总价616万。第二、合同不完整，存在重大缺陷。原告提供的合同无通用条款，且合同条款序号不连续、缺条款；另，最后的封面掉了，是重新装订的。对证据2，真实性予以认可，但认为第一，公函称要求被告办理手续，但原告提交的合同第10条约定原告承担办理施工前后的手续，二者相矛盾；第二，涉案工程是青浦区政府重点项目，是绿色通道项目，不需要预先办理施工许可证，原告以此为由恶意停止施工，并要求被告增加工程费用；第三、公函中提到有关工程结算等事宜双方另行解决，而双方于2011年5月31日签订补偿协议，对工程结算做了新的确认。对证据3，被告确实收到过，但对函的内容不予认可；另外，因工程存在18处工程质量问题，经协商后由原告限期维修，但原告至今未维修，进一步说明原告拖延工期，远超合同约定时间。对证据4，真实性无异议，第一、从会谈纪要可以看出一期工程存在质量问题；第二、会谈纪要第1条约定了甲方即被告自行处理的内容，但之后双方协议约定具体费用3万元从工程款中扣除，所以该部分工程款视为被告已经支付完毕；第三、会谈纪要第3条明确被告对工程质量保留异议，等待另行复验；第四、从会谈纪要也可看出，原告工期为539天，远超合同约定的工期，原告应当承担违约金。对证据5，没有收到，真实性不认可，第一、《结算书》是原告单方制作的，并没有经过被告审核，对被告没有任何效力；第二、《结算书》并非施工合同的有效组成部分，不能作为结算依据；第三、原告的计算方式也有错误，与双方合同约定、补充协议、会谈纪要等约定的补偿方式均不符，双方约定的是固定总价方式，而原告自行制作的结算书无法看出结算方式。对证据6，真实性无异议。对证据7，没有收到，真实性不认可，第一、因原告公司之前的负责人盛国新半路跑路，导致工程拖延，因此停工是原告造成的；第二、被告多次要求原告继续将合同履行完毕，但是原告以合同价款过低为由拒绝履行，事后被告与原告又达成了补偿协议。对证据8，真实性无法确认，且并不是双方合同中约定的通用条款，因此关联性不予认可。对证据9，真实性予以认可，无异议。对证据10，真实性无异议，移交单所涉及的材料确实已移交，但并非涉案工程竣工后应当移交的全部材料。
为证明其反诉部分的主张，原告向本院提供如下证据：
1、2010年8月28日《施工合同》（协议书、专用条款），证明第一、根据专用条款第8条的约定，被告应当在开工前三天提供开工需要的证件和批文；第二、根据通用条款第13条（被告提供的合同也是第13条）的约定，发包人不能按照约定提供开工条件，不能按照约定支付进度款，或者施工过程中，有设计变更或工程量增加的，可以顺延工期。
2、2010年11月6日《关于“新建厂房工程暂停施工”的公函》，即本诉部分的证据2，证明内容亦同前。
3、2011年8月31日《协议书》，证明第一、被告总是不及时支付工程进度款；第二、双方同意工程的完工时间延期至2011年10月16日。
4、签证单7份，证明2011年8月31日《协议书》订立后，涉案工程在施工过程中有增加工程量和设计变更，而且在2011年10月20日、2011年12月6日，被告还有一些关于工程变更和工程增加的指示。故相应工期应当顺延。
5、2011年9月5日至2012年11月6日被告向原告支付的进度款的进账单，证明被告并没有按照2011年8月31日的《协议书》中约定的时间支付相应的工程进度款。如，按照《协议书》，被告应当在2011年9月5日支付30万，但是9月5日被告只支付了17万，应当在2011年10月16日前支付130万，但是在这之前仅付了100万。因被告没有及时支付进度款，相应工期也应当顺延。
6、2010年11月9日《上海市建设工程局部暂缓施工指令书》，证明因被告未办理施工许可证导致涉案工程被要求暂停施工。
经质证，被告对证据1中所盖印章认可，但是认为第一、工期顺延需要经过工程师确认，或者经过发包方签证确认，现在原告的工期顺延均不满足这些条件；第二、协议书第10条明确约定了施工条件的办理是由原告负责。对证据2，质证意见同本诉中对该证据的质证意见。对证据3，真实性无异议，但是认为第一、《协议书》系原告草拟，且只是对工程款问题作了约定，并未对工期是否顺延及如何顺延进行约定，截止2011年10月16日工程已逾期，被告并未放弃因工程逾期追究原告责任的权利；第二、关于付款，被告于2011年9月5日支付了17万，另有一张承兑汇票13万已支付，合计30万元，因此原告以被告迟延付款为由要求工期顺延是不成立的；第三、《协议书》第4条约定的工程报价范围内，也可看出是按照固定价结算，工程报价就是616万元。对证据4，真实性无异议。对证据5，认为可看出被告已经基本履行了《协议书》的内容。对证据6，认为第一、存在的问题包括未办理施工许可证及未按施工图纸施工，而暂缓施工的主要原因就是原告当时的负责人盛国兴未按图纸施工造成安全隐患，其出具的《关于瑞控新建厂房水泵、配电房施工的情况说明》可以体现，因此责任在原告；第二、施工许可证本来就是由原告代办的；第三、暂缓施工指令书所载明的时间不对，根据原告提供的公函中，发函时间是2010年11月6日，但是指令书的日期是11月9日。
为证明其本、反诉主张，被告提供了如下证据：
1、2010年7月5日《新建厂房一期工程投标文件》（包括报价单、预算单、预算书、工程概况、非招标发包登记表、中标通知书），证明在报价编制综合说明中，原告给出的工程总造价是7，603，075元，其让利1，443，075元，最终形成了616万元的固定总价。
2、2010年8月28日《上海市建设工程施工合同示范文本（2004版本）》，证明第一、该施工合同是经过备案的合同文本，与被告提供的合同一致，包括协议书、通用条款、专用条款三部分以及三个附件，协议书第1页第6条、通用条款第4条均可看出并未将结算书作为合同的组成部分；第二、该合同约定工程总价616万，工期2010年9月15日至2011年1月30日，共135天。
3、2010年8月28日《上海瑞控阀门有限公司一期工程施工（补充协议）》，证明第一、该补充协议的签订时间在原、被告分别提供的合同的签订时间以后，第七条约定若本补充协议与其他协议有冲突，则以本补充协议为准，因此本协议效力高于其他合同，且落款处除了有原告加盖的公章还有盛国兴的签名；第二、该协议第二条约定工程总造价为616万，为闭口价；第六条约定的付款方式也是按照固定总价方式付款。
4、2011年4月25日上海瑞控阀门有限公司《上海瑞控阀门有限公司工程项目价款调整汇总表》和《上海瑞控阀门有限公司工程项目价款调整清单》，证明原告在施工期间以停工为要挟，单方要求调整工程项目价款，增加工程价款1，798，154元，并要求对结算方式进行更改，被告坚决不同意；后考虑到盛国兴跑路了，若不让原告继续做，则成烂尾楼，因此同意增加45万元工程款。
5、2011年5月31日《上海瑞控阀门有限公司生产厂房工程补偿协议》，证明原、被告签订协议，针对原告4月25日提出的工程项目价款调整一事达成协议，被告同意在原工程总价616万元的基础上一次性补偿45万元，更进一步明确了施工合同采用的是闭口价，由616万变更为661万元。
6、2012年9月21日《上海瑞控阀门有限公司一期工程会谈纪要》、2012年10月31日《上海瑞控阀门有限公司一期工程竣工验收后回访会议纪要》、2012年10月31日《上海瑞控阀门有限公司新建厂房一期缺陷汇总清单》及厂房建设质量缺陷照片，证明第一、2012年10月31日，原、被告连同监理单位签订上述回访会议纪要及缺陷汇总清单，原告承认有18项缺陷并承诺在限定日期内完成维修，被告还暂借20万元给原告用于维修，但是原告多次违反承诺，迟迟不对质量缺陷进行修复；第二、若按原告所述9月份向被告寄送《结算书》，那么至2012年10月31日已经近两个月了，而会议纪要上载明的是按照合同尽快结算工程款，因此原告称按《结算书》结算不属实；第三、照片证明工程存在渗水等质量问题，具体有18项重大缺陷，上述质量问题在交付之前就存在，当时说要复验。
7、《青浦区产业项目质（安）监提前介入审核表》，证明项目是青浦区政府引进的和批准的，无须提前办理原告函中所提到的建设工程规划许可证。
8、2010年8月24日《开工通知书》、2010年5月25日《进驻园须知》、盛国兴2010年6月21日、8月24日出具的《收条》、10月30日出具的《关于瑞控新建厂房水泵、配电房施工的情况说明》及2011年2月27、12月20日被告向原告发的《函》及《律师函》，证明第一、被告向原告发出开工通知书，通知原告于8月25日开工，因此实际开工日期为2010年8月25日；第二、当时原告负责施工的管理人员是盛国兴，但半路跑路了；第三、停工是因原告未按图纸施工，因此责任在于原告。
9、付款明细及付款凭证、综合保险代缴凭证及水电费，《关于瑞控项目办公楼塑钢窗玻璃更换及整修协议书》，证明第一、被告向原告支付工程款、代缴外来人员综合保险费、代缴水电费的数额；第二、幕墙工程由被告来做，但是相应的工程款3万元由原告承担，从工程款中抵扣。
经质证，原告对证据1，真实性无异议，与合同约定一致，当时合同是根据九三定额及市场价做了预算后，进行约定的，工程款为616万元，但是不能证明合同约定的是固定总价。对证据2，真实性无异议，与原告提供的合同内容一致，该合同第23.2条约定采用可调价格方式计价，因此616万元并非固定总价。对证据3，真实性无异议，第一、该合同与双方提供的《施工合同》内容基本一致，即合同总价616万元，只是对于付款方式进行了细化及调整；第二、补充协议上并没有显示固定总价或一次性包干，616万元只是预算的工程造价，并不能证明该价款是固定的、不可调整的。对证据4、5，真实性无异议，但是认为第一、因被告没有办理施工许可证，青浦质监站发出了暂缓施工指令书，因此停工系被告所致，并不是被告所述的盛国兴跑路所致，被告所述没有事实依据；第二、2011年4月，原告向被告提交了《停工损失费用清单》，另外由于预算中存在漏项及增量工程同时提交了《工程项目价款调整汇总表》，经协商，被告同意再支付原告45万元；第三、45万元主要是针对原告的停工损失，不是被告所述的对整个工程的补偿，根据补偿协议的第三、四条可以看出，45万元是对停工的补偿；第四、该份协议的主要内容是被告同意在工程总价的基础上额外补偿原告45万元，在双方没有结算的情况下，工程总价是616万，如果结算以后，应当是在结算总价的基础上，被告再补偿原告45万元，因此不能证明合同是固定总价。对证据6，《上海瑞控阀门有限公司一期工程竣工验收后回访会议纪要》及《上海瑞控阀门有限公司新建厂房一期缺陷汇总清单》的真实性无异议，2012年2月份工程竣工验收合格后，被告在使用过程中发现有质量瑕疵，经四方核实后确定，事后原告对此进行了维修；现已维修完毕，已经不存在质量问题，如果有新的问题出现，若是在保修期内，可以通知原告修理。另外，照片的真实性不予认可，无法反映出是涉案工程现场的情况。对证据7，无原件，真实性不予认可。对证据8，认为第一、《开工通知书》只有被告盖章，且原告未收到，真实性、关联性均有异议；第二、暂缓施工指令书明确停工原因系被告未办理施工许可证，且要求整改的主要项目为车间、办公楼，水泵、配电间的建筑面积仅95平方米，只占了很小的比例。对证据9，认为关于付款明细，原告仅收到5，164，000元，且开具了发票；关于综合管理费，合同约定由被告承担，不应在工程款中抵扣；关于水电费，与原告制作的明细存在出入，且认为2012年2月18日以后的水电费及因逾期支付产生的违约金或滞纳金不应由原告支付，均应由被告承担。
经审理查明：2010年8月28日，被告（发包人）与原告（承包人）签订《施工合同》，合同约定如下：工程名称：新建厂房；工程地点：青浦练塘镇泖甸；工程内容（承包范围）：土建、水电安装、室外道路、给排水、消防；资金来源：自筹；开工日期：2010年9月15日，竣工日期：2011年1月30日，合同工期总日历天数135天；工程质量标准：合格；合同价款：616万元；承包人向发包人承诺按照合同约定施工、竣工并在质量保修期内承担工程质量保修责任；发包人向承包人承诺按照合同约定的期限和方式支付合同交款及其他应当支付的款项；此合同施工前、后应办的手续及竣工资料由乙方负责；合同价款采用可调价方式确定。合同还对工程款（进度款）的支付方式和时间作了约定：付款方式：进场一星期内付工程款总额的10%，基础完工支付工程款总额的10%，结构完成一半支付工程款总额的15%，结构完工支付工程款总额的15%，工程竣工支付工程款总额的15%，留5%为工程保修金。合同另对其他事宜进行了约定。
同日，被告（甲方）与原告（乙方）签订《上海瑞控阀门有限公司一期工程（补充协议）》（以下简称“《补充协议》”），协议约定：一、项目内容：厂房5，109㎡，办公楼1，420㎡，门卫30㎡，水泵配电房95㎡（含消防泵阀系统），所有单体的水电安装，室外道路2，650㎡，室外给排水及消防系统；二、工程总造价：616万元；三、施工工期：凭开工通知书之日起135天内竣工，每逾期十天扣款5，000元；四、施工期间发生的质量事故和安全事故所产生的所有费用和责任全部由乙方承担；五、乙方严格按照施工图纸及甲方的报价须知进行施工；六、付款方式：1、施工队进场后一星期内付总合同价的10%；2、基础圈梁完工后一星期内付总合同价的10%；3、厂房柱子现浇至牛脚，办公楼一层楼面完工后一星期内付合同总价的5%；4、厂房柱子全部浇注完毕，办公楼二楼层面现浇结束后一星期内付合同总价的10%；5、厂房钢结构进场，办公楼三楼层面现浇结束后一星期内付合同总价的5%；6、主体结构完工后一星期内付合同总价的5%；7、所有主体竣工（含室内地坪）后一星期内付合同总价的10%；8、室外工程及道路完工后一星期内付合同总价的10%；9、工程竣工验收合格后一星期内付合同总价的10%；10、增加项目：竣工验收合格后支付工程的总价的80%；11、拿到备案单后一星期内付至合同总价的80%；12、余款20%，凭备案单日期满一年后一星期内付5%，满两年付10%，满三年如无质量异议全部付清；七、本协议与施工合同如有冲突之处，以本协议为准；八、本补充协议具有法律效力。
2010年11月6日原告向被告发送《关于“新建厂房工程暂停施工”的公函》，内容为因被告迟迟未办妥施工许可证等相关手续，原告决定暂停施工、撤销项目部等。被告确认收到该公函。
2010年11月9日，因涉案工程未办理施工许可证及未按照设计施工图施工，上海市青浦区建设工程安全质量监督站向原、被告发出《上海市建设工程局部暂缓施工指令书》，要求在车间、办公楼范围内暂缓施工，立即整改。于2010年11月16日前将整改情况报告及恢复施工申请申报，经同意后方可恢复施工。
庭审中，原、被告双方均称施工过程中曾存在停工。但对于停工的原因，原、被告意见并不一致，原告认为系被告未及时办出施工许可证而被监管部门指令“暂缓施工”所致，被告则坚持认为系原告未按图施工被监管部门叫停、原告负责施工的管理人员盛国兴“跑路”等原因造成。
2011年4月25日，原告向被告提出，要求对工程项目价款进行调整。同年5月31日，原告（乙方）与被告（甲方）达成一致，签订《上海瑞控阀门有限公司生产厂房工程补偿协议》，约定：一、甲方充分考虑到本工程的实际情况同意在原工程总价的基础上补偿工程款45万元；二、工程总造价与补偿工程款，均不包括由于设计图纸变更或甲方提议的新项目而形成的增加项目工程款；三、若在施工期间由于手续未办齐全政府再一次要求停工而造成的经济损失由甲方承担；四、乙方承诺在确保工程质量的前提下，争取在75个日历天按施工图的要求完成工程内容，并达到竣工验收的要求。
2011年8月31日，被告（甲方）与原告（乙方）签订《协议书》，协议约定：1、2011年9月5日付30万元；2、本公司完成车间气楼及下水道工程，准备浇捣道路前再付50万元；3、本公司完成车间地坪及基本完成道路及铝合金窗再付50万元；4、本公司于2011年10月16日完成工程报价范围内容及贵方认可的增加工程量；5、若贵公司付款再拖移，那由此引起的一切经济损失及法律责任（包括原合同及附件）均由贵公司承担；6、如开天三建在规定时间内拖延完工，由此引起的一切经济损失及法律责任均由开天三建公司承担。
2012年9月21日，被告（甲方）与原告（乙方）签订《上海瑞控阀门有限公司一期工程会谈纪要》，该纪要约定：一、关于一期工程合同范围之外的防火涂料，幕墙及钢雨棚三项内容，甲方承诺由甲方自行处理，水电费由甲方自行承担。二、关于一期工程甲方确认2012年2月18日通过竣工验收。三、甲方约定于2012年10月30日组织有关部门进行对本工程的质量缺陷复验，乙方同意参加移交资料，负责保修期内的维修。
2012年10月31日，被告（业主方）组织上海光华勘测设计有限公司（设计方）、上海市工程设备监理有限公司（监理方）及原告（施工方）相关人员对一期工程进行检查，四方代表人对工程存在的问题提出了意见并形成了《上海瑞控阀门有限公司一期工程竣工验收后回访会议纪要》，记载如下：施工方对设计方、监理方和业主方提出的工程缺陷表示认可。施工方承诺：办公室漏水在十天内完工、一楼卫生间在十五天内完成，其他缺陷项目在四十天内完成。以配合业主方办公楼装饰、车间设备安装等工作开展。并表示积极配合业主方工程报备工作。设计方对工程安全提出意见，希望施工方和业主方引起重视。监理方也提出安全必须重视、各方自行负责施工安全。鉴于施工方资金问题，业主方同意在工程款中暂借20万元，用于工程维修，以支持施工方消缺工作的开展。业主方承诺按合同尽快支付应付款，会议希望施工方按期完成消缺工作，以免造成业主方自行处理的结果。施工方向业主方移交部分工程资料。本会议纪要视同工程验收报告。
当日，被告（建设单位）、上海光华勘测设计有限公司（设计单位）、上海市工程设备监理有限公司（监理单位）及原告（施工单位）四方对一期工程的车间、办公楼、门卫、泵房的实体施工质量、工程结构安全和使用功能、外观质量进行检验，形成《上海瑞控阀门有限公司新建厂房一期缺陷汇总清单》，检验结论为单体结构施工质量较好，能够满足结构安全和施工功能要求，整体厂外观质量一般。在查验过程中发现，工程还存在须进行修补和处理的一些问题，如屋面漏（渗）水、外墙面开裂、外墙面渗水、室内墙面开裂、车间钢结构返锈等18项质量缺陷问题。
2013年3月3日，被告（甲方）与原告（乙方）签订《关于瑞控项目办公楼塑钢窗玻璃更换及整修》，原告确认其承建的办公楼中空玻璃及塑钢窗均存在质量问题，承诺予以更换，并就塑钢窗玻璃的更换、整修相关事宜达成一致协议。协议约定，对于塑钢窗玻璃更换及整修所发生的费用按所签合同价人民币3万元整由原告承担，支付方式为被告垫付，在工程余款中予以扣除。
审理中，被告称涉案工程经审核同意按政府抄告单精神开工建设，2010年9月14日，青浦区交通和管理委员会盖章确认，该项目承发包、报监已完成，因规划为临时许可，故施工许可暂不能办理。但被告无其他证据证明涉案工程无须办理施工许可证。
关于涉案工程的发包方式，审理中，原、被告双方一致确认为直接发包。关于涉案工程的竣工验收和使用情况，原告称涉案工程于2012年2月18日已通过被告的竣工验收，被告对此无异议，但其认为涉案工程尚存在质量问题，故只是附条件的竣工验收。另审理中，被告称其于2012年2月18日就开始使用涉案厂房了。
关于工程款的支付情况。原告称其收到的被告已付款金额为5，614，000元，并开具了发票。被告对开票金额无异议，但对已付款总额有异议，其认为已付款金额为5，832，783.40元，具体构成为：开票金额5，614，000元，加上垫付的水电费115，688.40元，加上综合保险费73，095元，再加上塑钢窗玻璃更换及整修费用3万元。
审理中，因被告至庭审辩论终结前仍未取得建设用地规划许可证和建设工程规划许可证，故本院释明如下：涉案施工合同为无效合同，据此，双方均明确了合同无效情况下的相关诉请。
另，审理中，对本案所涉争议问题，本院依申请进行了如下鉴定：
一、关于工程总造价的鉴定
关于工程款的计价方式，双方存有争议，原告认为根据双方所签《施工合同》之约定，工程款结算应按可调价格方式进行。而被告则坚称涉案工程系固定总价，理由如下：将前述证据之投标文件、施工合同、补充协议和补偿协议统合来看，真实情况应为：原告在报价前预估的价款是7，603，075元，但出于让利，最终报价616万元，后双方签订施工合同确认合同工程造价616万元，并经补充协议再次确认，最后又通过补偿协议的方式，另行补充工程价款45万元，由此可见，双方约定的工程款结算方式为固定总价，并非可调价格。故被告不同意对涉案工程造价进行鉴定。
审理中，依原告申请，本院通过上海市高级人民法院委托上海东方投资监理有限公司（以下简称“东方公司”）对涉案工程的全部工程造价（包括土建、水电安装、给排水、消防等）进行了鉴定。2014年9月30日，鉴定部门出具司法鉴定意见书，鉴定意见为：系争工程总造价为8，077，715元。
对上述鉴定意见书，原告提出书面异议，认为部分项目未计算或调整，具体如下：1、水泵、配电房土建工程中地缆沟项目未计算；2、部分签证价格未作反算调整（含商品砼（道路）、树脂加厚窨井盖座600＊600、700＊700、500＊400）；3、所有土建项目中水费未调整补差；4、所有水电项目中水、电费未调整补差。
针对上述书面异议，2014年11月8日，鉴定部门出具补充意见，明确：商品砼（道路）原鉴定意见书已按反算后的价格计入；上述三种树脂窨井盖座原鉴定意见书未按反算价列入，本补充意见做相应调整；土建项目中水费、水电项目中水、电费问题，原告的送审稿中没有此项补差调整要求，且审价过程中，原告亦未提出该要求，故原鉴定意见书未列入，本补充意见对原告所提的水电补差问题做出调整，供法院参考。综上，补充意见列明签证材料反算差价及水电费补差费用的下浮后总金额为10，563.72元，故相应的，系争工程总造价调整为8，088，278.72元（原鉴定意见书所列的总造价8，077，715元＋10，563.72元）。原告对该补充意见无异议。
对上述鉴定意见书及补充意见，被告提出如下异议：1、原告所提“地坪道渣回填112，000元”不属实，不应计入总造价；2、因双方对计价方式有争议，故在鉴定过程中被告提出应区分合同内和合同外项目分开计价，对此鉴定人亦同意，但鉴定意见书却未做区分；3、根据鉴定人意见，本次鉴定系打开据实计算总造价，按此说法，则每笔费用均应与材料款、装修款等具体项目相对应，但对于其中的45万元，该款没有对应的具体内容，鉴定人却计入造价，明显与其上述意见相矛盾。而被告坚持认为，该45万元系原、被告双方协商确定的材料补差款，是在固定总价基础上所作的补偿，与按可调价格据实计算分属不同的计价方式，如按固定总价方式计价的，该费用可计入总造价；但若据实计算的，该费用不应再计入；4、关于被告所提“施工工期延误，按约应以每十日5，000元标准进行罚款”的问题，鉴定人认为施工工期延误不在本次造价鉴定范围之内，但却以上述45万元属于原告主张的“延期补偿”为由将该45万元计入总造价，明显前后矛盾；5、鉴定人将材料调整部分的总金额487，697元列为争议项目是错误的，2010年7月5日原告制作的投标文件报价编制综合说明中明确记载：工程报价按上海市建筑安装工程预算定额（九三）（以下简称“九三定额”）、材料价格参照上海市5月份市场信息价格计算，此足以说明该材料单价下浮系原告在投标时所作的单方法律行为，对原告具有拘束力，且根据施工合同中有关投标书效力优于专用条款及通用条款的约定来看，该487，697元也应当从总造价中扣除。
对被告上述异议，鉴定部门意见为：对上述异议1，因原告已将相关的签证材料遗失，被告对此亦不予认可，故鉴定意见本就未将该112，000元列入总造价。对上述异议2，鉴定意见书所列项目均为原告实际施工且经被告确认，应均为合同内项目，并非未做区分。对上述异议3，该45万元源于双方于2011年5月31日签订的补偿协议，该协议约定由被告补偿原告45万元，但协议未明确具体补偿内容，导致鉴定部门无法根据协议判断该45万元的具体所指；鉴定过程中，鉴定部门曾要求双方提交该45万元具体所指的材料，但双方均未能提供，故而作为争议项列入鉴定意见，是否计入总造价由法院裁判。对上述异议4，施工工期延误不属本次鉴定范围，鉴定部门也未对该45万元的具体所指予以定性，而是作为争议项进行了列明。对上述异议5，工程款计价方式到底是可调价格方式抑或固定总价方式，属双方争议项目，由法院裁决。本次鉴定按照可调价格方式进行，鉴于原告系按照九三定额进行报价，而该定额的可调价格既包括工程量可调，也包括单价可调，故鉴定意见书将工程总造价分为“工程量调整后造价”和“材料调整部分造价”予以了列明。鉴于被告对后者提出了异议，鉴定意见已将其列入争议项，是否计入总造价由法院裁决。
为反驳鉴定部门对上述异议4的意见，被告称其在鉴定过程中曾向鉴定部门提供过如下材料：2011年4月25日原告出具的《工程项目价款调整汇总表》和《工程项目价款调整清单》各一份，用以说明原告曾向被告提出增加工程款1，798，154元，但被告认为过高，后经双方磋商，约定工程款增加45万元，并签订了补偿协议。对此，鉴定部门称：鉴定过程中被告确实提交了上述材料，但该材料上的金额与45万元并不一致，且该材料亦未作为补偿协议的附件，无法看出与45万元有关联性。
同时，被告还提出另外三方面的问题：一是水电费问题，被告认为原告施工过程中发生的水电费系由被告垫付，但鉴定意见中并未提及，希望鉴定部门予以明确；二是3万元玻璃款问题，根据双方于2013年3月3日签订的协议书，该3万元应由原告承担，希望鉴定部门对此明确意见；三是外来人员综合保险费应由谁承担的问题，希望鉴定部门予以明确。对此，鉴定部门解释称：关于水电费，鉴定人员勘验现场时，原、被告双方商定：由被告向法院提交水电费单据，经审核后在总造价中直接扣除，鉴于此，鉴定意见已将水电费全部算给原告了。关于3万元玻璃款，鉴定过程中原告确认该款应由其负担，故鉴定意见已将该3万元从总造价中扣减了。关于外来人员综合保险费，该费用一般由建设方承担。对于上述水电费，原告认可施工期间的水电费由被告垫付，并同意由被告将缴费凭据交其审核后的确认金额直接从工程总造价中予以扣除。
审理中，被告称其共垫付水电费115，688.40元，并提供了相关缴费凭证。法庭组织双方对水电费问题进行了对账，经对账，原告对2012年2月18日之前发生的水电费本金共计87，144.29元予以认可，对其余部分不予认可，不认可的理由有二：1、涉案工程已于2012年2月18日通过竣工验收，故此后的水电费不应再由原告承担；2、被告垫付水电费时由于不及时支付所产生的滞纳金属于扩大的损失，应由被告自负。对此，被告则不认同，其称2012年10月时，原告尚对质量问题进行过修复施工，必然会产生相应的水电费用，故原告的理由不成立，被告坚持认为上述115，688.40元均应由原告负担。
二、关于质量问题的鉴定
审理中，被告称双方虽以签署会议纪要的形式对涉案工程进行了验收，但该验收是附条件的验收，所附条件为对涉案工程存在的18处质量问题进行限期修复，但原告至今未完成修复。故此，被告申请对涉案工程的施工质量缺陷问题进行鉴定并明确修复方案。对此原告认为无需鉴定，理由如下：对于18处质量问题，双方已在2012年进行过确认，无需再通过鉴定来确认；若在使用过程中发现其他质量问题或者该18处质量问题维修后又有质量缺陷或者没有完全修复的，原告愿意在保修范围内进行修复，亦无需进行鉴定。
审理中，依被告申请，本院委托上海市房屋建筑设计院有限公司（以下简称“上房院”）对涉案工程的施工质量问题进行鉴定。2014年12月26日，该鉴定部门出具司法鉴定意见书，鉴定意见为：经过现场检测，由于施工工艺不满足设计或技术规范要求，房屋存在施工质量缺陷问题，建议按照鉴定意见书列明的修复方案予以修复。
上述鉴定意见书出具后，原、被告双方均无异议。关于对质量缺陷如何修复的问题，原告虽同意修复但不主张采用由其修复的方式，而认为应考虑审执兼顾，直接对上述修复方案进行审价确定整改费用后由法院判明责任承担。被告同意原告该意见。
嗣后，依被告申请，本院通过上海市高级人民法院委托上海第一测量师事务所有限公司（以下简称“第一测量师”）对涉案工程施工质量问题的整改费用（以上述修复方案为依据）进行了审价。
2015年3月24日，该鉴定部门出具司法鉴定意见书，鉴定意见为：涉案工程施工质量问题的整改费用为400，193元，争议费用为40，876.96元，该争议费用系指成品保护的造价。
上述司法鉴定意见书出具后，原告提出如下异议：1、不同意将成品保护费列入争议项。首先，前述修复方案中并未涉及成品保护的问题，故本次鉴定意见书将其列为争议项缺乏依据；其次，2015年3月5日现场查勘时鉴定人员看到的情形并不必然是进行质量问题整改施工时的情形，以当日之情形来判断成品保护问题不科学；再次，即便需要成品保护，则如何保护尚不确定，鉴定部门按厂房建筑面积以8元／平方米计算该费用缺乏依据。综上，在是否需要保护、采取何种措施保护及具体花费如何均未可知的情况下，鉴定部门将成品保护费用列为争议项是不妥的。此外，原告还认为，既然被告在审理中提出了要求原告赔偿修复期间直接租金损失的主张，也就意味着被告会另租其他场所开展生产经营，故也无需进行成品保护。2、对鉴定意见书中审价书部分第35项','2018-09-29
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