大连海事法院
民 事 判 决 书
(2015)大海商初字第00662号
原告：大连北源船舶舾装工程有限公司。住所地：辽宁省大连市甘井子区。
法定代表人：黄宝钅监，该公司总经理。
委托代理人：陈国强，辽宁古塔律师事务所律师。
被告：辽宁东宝集团船舶制造有限公司。住所地：辽宁省葫芦岛经济开发区。
法定代表人：李宝东，该公司董事长。
委托代理人：李亮，辽宁大鸣律师事务所律师。
原告大连北源船舶舾装工程有限公司（以下简称北源公司）与被告辽宁东宝集团船舶制造有限公司（以下简称东宝公司）船舶建造合同纠纷一案，本院受理后依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告北源公司的法定代表人黄宝钅监及其委托代理人陈国强与被告东宝公司的委托代理人李亮均到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
北源公司诉称：北源公司与东宝公司分别于2010年9月16日、2011年1月19日签订《45000T-4#DWT内装工程合同》、《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》及上层建筑分段制作合拢工程合同，工程造价共计6791789.62元。另外，在施工过程中部分工程出现增项，又发生增项的工程款474001.7元,上述款项合计7265791.32元。但东宝公司仅实际支付了工程款6027119.62元，尚欠北源公司工程款1238671.7元。因388K-2#船的扫尾工程由海达公司实际施工，东宝公司可以在尚欠北源公司的工程款中直接扣除此款，但北源公司不认可东宝公司主张的海达公司施工的扫尾工程为386100.01元，仅认可100100.01元。综上，东宝公司扣除由海达公司施工的扫尾工程款100100.01元后，尚欠北源公司工程款1138571.69元。另北源公司在2011年5月25日、2011年7月28日向东宝公司交付的风险抵押金共300000元至今仍未退还。故请求法院依法判令：一、东宝公司支付拖欠的工程款1138571.69元及自2013年12月12日起至判决给付之日止按照中国人民银行同期贷款基准利率计算的相应利息；二、东宝公司支付以总工程款6791789.62元为基数，按5%计算的延期给付工程款的违约金339589.48元；三、东宝公司返还风险抵押金300000元。
东宝公司辩称：一、北源公司起诉的程序不合法。北源公司在起诉状中列举的案涉合同有三部分，分别为《45000T-4#DWT内装工程合同》、《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》及上层建筑分段制作合拢工程，其起诉的内容分别属于三个独立的合同，所约定的标的物也均不相同，因此不应在同一案件中一并审理；二、北源公司主张东宝公司拖欠工程款没有事实依据。首先，北源公司仅举证证明了两个船舶制造合同的存在，对于上层建筑分段制作合拢工程却没有出具任何证据；其次，两个船舶制造合同约定的总造价加上风险抵押金共计才5859000元，且该笔工程款东宝公司已经全部支付完毕，而北源公司在本案中对主张的拖欠工程款没有提出任何有效证据予以支持。故请求法院依法驳回北源公司的诉讼请求。
北源公司为证明己方的诉讼请求提供了以下证据：
证据一、《45000T-4#DWT内装工程合同》与《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》。拟证明：1、《45000T-4#DWT内装工程合同》合同价款含税为2808000元（不含税为2400000元），《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》合同价款为3159000元（含税），两合同含税的总价款为5967000元。2、原、被告在合同中就付款的时间节点及条件、返工损失的责任承担、延期付款的违约责任及违约金的计算方法均进行了约定；
证据二、《东宝开票明细》。拟证明分段制作工程的价款为824789.62元，该笔工程款未含在证据一中的两个合同内，结合证据一证明《45000T-4#DWT内装工程合同》、《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》及分段制作工程总价款为6791789.62元；
证据三、2011年7月28日《收款收据》一份。拟证明穆娜为东宝公司的财务人员；结合证据二证明，经穆娜确认，东宝公司在2011年5月4日仅给付《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》项下5%的预付款157950元，违反了本合同第10条第2款第一项给付10%工程预付款的约定，构成违约；
证据四、《结算清帐协议》。拟证明东宝公司在《结算清帐协议》加盖公章的行为是其真实意思表示，东宝公司自认合同总额为6791800元，北源公司已开发票金额为6437279.62元，发票差额为222779.63元，差额发票税金为32369.69元；北源公司承包的内装工程于2013年12月12日前完工，东宝公司自认此时仍拖欠北源公司工程款451171.37元，其已构成违约；但北源公司对该份《结算清帐协议》中列明的支付现金或支票、渤船扣款、财务前期扣款、2#船海达公司扫尾、修改通知单、实际支付等相关款项不予认可，所以在该协议上没有签字盖章。
证据五、《技术通知单》、《施工处理、材料代用通知单》及北源公司施工记载。拟证明《技术通知单》和《施工处理、材料代用通知单》是东宝公司发出的增项作业的指令；《45000T-4#DWT内装工程合同》与《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》共增加作业项目756项，其中506项是由北源公司完成的，且每份通知单均可计算出工程量。其中《45000T-4#DWT内装工程合同》增项作业项目199项，有145项由北源公司完成；《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》增项作业项目557项，有361项由北源公司完成；北源公司施工记载是北源公司作业时记载的部分增项作业项目，是其完成的506个增项作业项目的一部分，记载内容是真实的；根据《技术通知单》、《施工处理、材料代用通知单》的内容可以计算出增项的定额工时及增项款，共计474001.7元；
证据六、中信银行《网银转账业务回单》与中信银行《网银业务回单》。拟证明东宝公司分别于2014年1月30日（印章日期）、2015年2月15日分别给付北源公司工程款243541元、40000元，两笔汇款日期间隔相差1年，违反了合同第10条第3款第1项，从而构成违约的事实；
证据七、《房间钥匙交接单》。拟证明388K-2#矿砂船内装工程结束时间为2012年3月3日；
证据八、《收款收据》2份。拟证明东宝公司分别于2011年5月25日、2011年7月28日收取北源公司风险抵押金30000元、270000元，共计300000元。
东宝公司对北源公司证据的质证意见：对证据一的真实性、合法性无异议，但对关联性有异议，该证据不能证明北源公司的诉讼请求。上述两份合同所注明的总价款与北源公司所主张的合同总价款不符。按照合同所约定的价款，东宝公司已经履行完毕，对北源公司没有拖欠工程款，也无违约事实；对证据二不予认可，认为该证据仅有穆娜的签字而没有加盖公司公章或财务专用章，证明其出具的明细并不是履行职务行为，与东宝公司无关。该明细也并未注明其所指向的任何具体合同，无法说明其是北源公司所主张的证据一中两份书面合同以外的其他增项或口头协议；对证据三无异议，穆娜为东宝公司的财务人员，但认为通过该证据可以认定穆娜代表公司所履行职务行为时须加盖公司的财务印章，而证据二中穆娜签字确认的行为不是职务行为，因此东宝公司对于《东宝开票明细》不予认可。东宝公司严格按照合同约定的价格全额支付了北源公司的工程款，且按照合同约定，支付预付款应在工程开始之前，而北源公司接受5%预付款即默示其接受这种预付款的给付方式，是其真实的意思表示，不属于违约行为；对证据四不予认可，认为《结算清帐协议》仅有东宝公司的印章而无北源公司印章，且北源公司对该协议中的很多款项不予认可，因此该协议并未成立，没有任何法律效力和证据效力，不能以该协议的落款时间作为支付违约金的起算点，亦不能确认东宝公司拖欠工程款的违约事实；对证据五不予认可，认为该证据没有加盖东宝公司的公章及其他有效印章和凭证，无法证明该证据是东宝公司交付给北源公司的；根据证据一中两份书面合同记载，合同工程款约定是固定的，即使存在减量、增量及修改的情况，在没有补充合同的前提下，其款项应包含在固定合同价款里；北源公司亦没有证据证明证据一中两份书面合同项下存在增量及修改工程的事实；对证据六东宝公司未发表质证意见,但其也作为己方的付款证据在庭审中予以出示；对证据七不予认可，认为该证据没有加盖东宝公司的有效印章；对证据八的真实性认可，但认为在东宝公司支付给北源公司的工程总价款中去除相应的扣款及扫尾工程款后的款项已包含30万元的风险抵押金，东宝公司无需另行支付。
本院对北源公司证据的认证意见：证据一《45000T-4#DWT内装工程合同》与《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》为原件，盖有原、被告双方公司印章及双方当事人委托代理人的签字，且被告对其真实性、合法性均予以认可，本院予以采信；证据二《东宝开票明细》为原件，其上打印的表格部分虽无单位公章又无相关人员的签字确认，但其上载明的北源公司为东宝公司开具发票的金额明细与东宝公司提交的2015年12月26日形成的大连北源船舶舾装工程有限公司案涉工程款付款情况表格上载明的相关情况能够相互佐证，故本院对北源公司为东宝公司开具发票的金额为6437279.62元的事实予以认定。另，该份证据中表格下方手写注明：经核实分段制作发票已开￥824789.62元，穆娜，2013.11.19。因穆娜系东宝公司的财务人员，东宝公司认可其上的签名系穆娜本人所签，从字体笔迹亦可以判定该份证据中手写部分均系穆娜所写，故本院对该份证据予以采信。且结合证据四《结算清帐协议》中东宝公司自认的案涉施工工程的合同总额为6791800元，能够综合判定分段制作工程是由北源公司进行施工，且独立于《45000T-4#DWT内装工程合同》与《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》之外的施工工程；证据三《收款收据》为原件，能够证明穆娜系东宝公司财务人员的身份，对此东宝公司予以承认，本院予以采信；证据四《结算清帐协议》为原件，该协议有东宝公司加盖的印章和其委托代理人高扬的签字，虽然因北源公司对部分款项的不认可，未予签字盖章，使得该协议最终没有达成，但可以判断东宝公司对该协议载明的所有款项是认可的，故本院对于北源公司认可的案涉施工工程的合同总额为6791800元、发票差额为222779.63元、差额发票税金32369.69元、北源公司已开发票6437279.62元等事实记载予以认定。对北源公司不认可部分的款项，本院需结合其他证据进行综合判定；证据五《技术通知单》、《施工处理、材料代用通知单》及北源公司施工记载均为复印件，其上既无东宝公司印章及其他有效印章或凭证，又无其它有效证据予以佐证，本院不予采信；证据六中信银行《网银转账业务回单》与中信银行《网银业务回单》虽为复印件，但东宝公司也将其作为己方的付款证据在庭审中予以出示，故本院予以采信；证据七《房间钥匙交接单》为复印件，其上未加盖东宝公司有效印章，虽北源公司主张有东宝公司工作人员周建的签字确认，但东宝公司对周建系其公司的工作人员不予认可，北源公司又无证据予以证明，故对该份证据本院不予采信；证据八《收款收据》为原件，且东宝公司予以认可，本院予以采信。
东宝公司为反驳北源公司的诉讼请求提供了以下证据：
证据一，《付款凭证》29份。拟证明东宝公司已向北源公司付款6027119.62元，没有任何违约行为，双方之间不存在其他权利义务关系；
证据二，《扣款凭证》10份。拟证明东宝公司对北源公司的罚款总数共计114818元，其中凭证一记载10000元，凭证二记载9720元，凭证三记载22240元，9月渤船罚款没交明细记载500元，凭证四及2011年10月渤船重工罚款确认表记载5345元，两份2012年10月12日渤船重工罚款确认表分别记载10591元、41182元，东宝船厂宿舍房费（2011年10月份、11月份、12月份）扣款统计表记载8280元，2011年11月渤船重工罚款确认表记载1750元，388000T2#船扫尾工程发生费用报告记载5210元。
北源公司对东宝公司证据的质证意见：对证据一的真实性、合法性和关联性均无异议，对东宝公司支付北源公司工程款的总金额无异议，东宝公司已实际支付6027119.62元；对证据二中有北源公司人员签名或公司盖章确认的扣款、罚款予以认可，其分别为2011年8月29日收据的9720元、2011年10月6日记账凭证中的22240元、2011年11月30日记账凭证中的5345元，2011年11月《渤船重工罚款确认表》中的1400元，共计38705元；其他凭证所记载的数额系东宝公司单方制作，无北源公司人员签字或公司印章，不予认可。
本院对东宝公司证据的认证意见：证据一《付款凭证》均为原件，且北源公司均认可，本院予以采信；证据二《扣款凭证》均为原件，对有北源公司盖章或相关人员签字的扣款、罚款证据予以采信，对其中涉及到北源公司的扣款、罚款金额予以确认。即2011年8月29日的《专用收款收据》中的9720元、2011年10月6日记账凭证中的22240元、2011年11月30日记账凭证中的5345元，2011年11月《渤船重工罚款确认表》中的1400元，共计38705元；其他记载凭证因均为东宝公司单方制作，既无北源公司盖章或相关人员的签字确认，又无其他证据加以佐证，故本院不予采信。
结合上述证据，本院经审理查明：
2010年9月16日，东宝公司（合同甲方）与北源公司（合同乙方）签订了《45000T-4#DWT内装工程合同》，合同约定的工程价款为2400000元（不含17%增值税），如果含17%增值税工程价款应为2808000元。2011年1月19日，双方签订了《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》，合同约定的工程价款为3159000元（含17%增值税）。上述工程的含税价款为5967000元。自2010年8月31日起至2015年2月15日期间，包括2014年1月30日向北源公司汇工程款243541元和2015年2月15日向北源公司汇工程款40000元在内，东宝公司向北源公司支付工程款共计6027119.62元，北源公司已为东宝公司开具案涉工程发票共计6437279.62元。
2011年5月25日，北源公司向东宝公司交付风险抵押金30000元；2011年7月28日，北源公司向东宝公司交付风险抵押金270000元，共计300000元。
《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》内的扫尾工程由海达公司具体施工完成。在案涉工程的施工过程中，东宝公司自2011年8月29日起对北源公司进行过相应扣款及罚款。
《东宝开票明细》上载明北源公司为东宝公司开具案涉工程全部发票的情况，包括日期、金额及备注栏内的所对应工程名称。该份证据中表格下方手写内容载明：经核实分段制作发票已开￥824789.62元，穆娜，2013.11.19。穆娜系东宝公司的财务人员。
东宝公司向北源公司出具了一份加盖其公司印章和其委托代理人高扬签字的《结算清帐协议》，东宝公司落款处的时间标注为2013年12月12日。其上附表列明：
序号
项 目
|
金额（元）
|
备注
1
|
合同总额
|
6791800
|
所有合同
2
|
汇款至北源公司
|
5243578.62
|
3
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支付现金或支票
|
605298
|
4
|
渤船扣款
|
251200
|
设备扣款
5
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财务前期扣款
|
85548
|
6
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2#船海达公司扫尾
|
386100.01
|
388K-2#
7
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修改通知单
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60000
|
2条船
合计 （1-2-3-4+5-6+7）
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451171.37
|
8
|
实际支付
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5763328.62
|
9
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北源已开发票
|
6437279.62
|
17%增值税
10
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发票差额
|
222779.63
|
11
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差额发票税金
|
32369.69
|
税金返还
总计
|
483541.06
|
因北源公司仅对该协议附表中列明的合同总额、发票差额、差额发票税金、北源公司已开发票的相应金额予以认可，对其他项目对应的金额均不认可，未在该协议上签字盖章。
另查明，《45000T-4#DWT内装工程合同》与《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》均载明：第十条第(三)款约定，付款时，应同时符合下列要求：1、预付款在合同生效后，甲方（东宝公司）30天内支付给乙方（北源公司），其他付款在相应的工作节点完工验收后30天内支付给乙方；2、甲方根据乙方完成的工作节点进行检验并签字认可后，向乙方支付相应的进度款；3、每次办理结算付款时，乙方即开具相应款项的收据或增值税发票。第十一条第1款约定，在具体的工程施工过程中，由于甲方原因造成乙方返工损失，（以甲方修改通知单、定额工时为准）责任由甲方承担，产生的费用按照本合同相关条款执行；其他消耗以实际用量为准，此项费用的增加，将累计在最后一期款中结算。第十二条第3款约定，除本合同第十五条规定的不可抗力原因外，如果乙方不能按期交货，需向甲方缴纳延期交货违约金。每逾期交货1天，乙方应按照合同价格的0.5%向甲方缴纳违约金，但违约金不超过本合同价格的5%。如因甲方原因造成乙方不能按照合同约定日期交货，交货日期顺延，乙方有权要求甲方承担由此造成的经济损失。因甲方原因导致的延期付款，每逾期1天，甲方应按照合同价格的0.5%向乙方缴纳违约金，但违约金不超过本合同价格的5%。第十二条第4款约定，任何一方的违约责任必需有双方认可的书面材料为基准。
2016年4月11日，北源公司向本院提出对388K-2#矿砂船内装工程的扫尾工程项目和修改通知单项目完工工程量及造价进行评估鉴定的申请。2016年6月30日，北源公司又以争议船舶完工时间较长且已交付使用，现在国外使用，鉴定确有困难为由向本院提出撤销上述评估鉴定申请。
上述事实，有《45000T-4#DWT内装工程合同》、《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》、《东宝开票明细》、中信银行《网银转账业务回单》、中信银行《网银业务回单》、《结算清帐协议》、收款收据、汇款凭证、扣款凭证及当事人陈述等证据载卷佐证并经庭审质证，本院可以认定。
本院认为：
本案系船舶建造合同纠纷。《中华人民共和国合同法》第八条规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力，当事人应当按照约定履行自己的义务。第十条规定，当事人订立合同，有书面形式、口头形式和其他形式。本案中，原、被告双方在平等协商基础上签订的合同，均系双方当事人真实意思表示，内容不违背法律规定，合法有效。双方当事人均应全面自觉履行上述合同并承受上述合同项下的权利义务与责任。北源公司按照合同约定完成了施工项目，东宝公司即应给付相应的工程价款。
本案在审理中原被告双方的争执焦点如下：一、关于北源公司的起诉程序合法性问题；二、关于东宝公司与北源公司案涉工程款的确定与给付问题；三、关于违约责任的问题；四、关于返还风险抵押金问题。
一、关于北源公司的起诉程序合法性问题。
东宝公司认为，北源公司所列举的《45000T-4#DWT内装工程合同》、《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》及上层建筑分段制作合拢工程，其并未按照一个合同履行，北源公司也没有证据证明东宝公司是按照一个合同来履行，因此三个合同分别属于三个独立的合同，不应在同一个案件中一并审理。本院认为，一方面，北源公司与东宝公司签订的案涉合同均系相关船舶在建造时的部分工程，并不是船舶建造的整体工程。案涉施工合同均是同时施工或交叉施工，且东宝公司在实际履行工程款给付义务时亦未标注付款事由，支付工程款的金额与合同约定的时间节点所对应的支付金额不相符合。庭审中，不仅北源公司不能详尽区分东宝公司支付的每笔工程款所对应的合同，而且东宝公司也无法区分其给付北源公司的每笔工程款系在履行哪个案涉合同的给付义务。另一方面，从东宝公司向北源公司出具的加盖其公司印章和其委托代理人高扬签字的《结算清帐协议》上列明的合同总额、给付北源公司的工程款项，以及北源公司开具税务发票的金额等内容上也均可以看出，东宝公司在工程款给付方面并没有按照三份合同进行分别给付，而是将案涉合同的工程款给付义务作为一个总的义务一并履行。因此，原告一并起诉并无不当，本院为查明案件事实，在诉讼标的为同一种类，权利义务关系相同的情况下进行合并审理在程序上亦并不违法。
二、关于东宝公司与北源公司案涉工程款的确定与给
付问题。
关于《45000T-4#DWT内装工程合同》与《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》的合同价款确定问题。东宝公司认为，《45000T-4#DWT内装工程合同》的工程价款为2400000元，《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》的工程价款为3159000元。上述工程的价款应为5559000元，加上北源公司支付给东宝公司的300000风险抵押金应为5859000元。本院认为，东宝公司与北源公司签订的《45000T-4#DWT内装工程合同》已明确约定工程价款2400000元系不含17%增值税的价款，事实上在履行工程款给付的过程中，北源公司为东宝公司出具的均是含17%增值税的发票，总额已达到6437279.62元，该发票均含17%增值税的事实在《结算清帐协议》亦予以注明，所以《45000T-4#DWT内装工程合同》的实际履行价款应按照含税价款来确认，即为2808000元（2400000元再加上该价款17%的增值税）。《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》约定的工程价款3159000元为已含17%增值税的价款。故上述案涉合同的含税工程价款应为5967000元，对此本院予以确认，对东宝公司的主张不予支持。
关于上层建筑分段制作合拢工程及工程价款的问题。东宝公司认为北源公司对其所述的上层建筑分段制作合拢工程并没有出具任何证据，故不予认可。本院认为，首先，穆娜作为东宝公司的财务人员核实确认北源公司为其开具税务发票金额的行为是其履行本职工作的行为，应视为公司行为。穆娜于2013年11月19日在证据《东宝开票明细》中的表格下方用手写的方式已注明：“经核实分段制作发票已开￥824789.62元”，能够初步证明上层建筑分段制作合拢工程的客观存在及已开具发票的金额；第二，案涉的两个书面合同分别签订于2010年9月16日和2011年1月19日，但东宝公司提交的汇款凭证记载，自2010年8月31日起其已开始向北源公司支付工程款，早于原、被告双方签订的两个书面合同生效之日，能够佐证在签订《45000T-4#DWT内装工程合同》与《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》之前，北源公司就与东宝公司履行着其他施工合同；第三，虽《结算清帐协议》因北源公司对其中所列明的支付现金或支票的金额、应支付增项作业款金额、扣扫尾工程款金额、以及渤船扣款金额的不予认可而未签字盖章，进而形成约束原、被告双方的协议，但其内容均系东宝公司所拟并加盖公章予以确认，据此可以判定该协议的内容是东宝公司认可的，也是其真实意思的表示。从其上注明的合同总额为6791800元的内容亦可以进一步确认，北源公司除了与东宝公司履行着工程总价款为5967000元的《45000T-4#DWT内装工程合同》与《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》外，还在与东宝公司履行着价款为824789.62元的上层建筑分段制作合拢工程。虽然北源公司主张的工程总价款6791789.62元与《结算清账协议》中东宝公司列明的合同总额6791800元相差10.38元，对此本院认同北源公司所述：是对6791789.62元进行四舍五入的结果。故，本院对上层建筑分段制作合拢工程系北源公司所具体施工，工程价款为824789.62元的事实予以认定，对东宝公司的主张不予支持。
关于案涉合同的增项及修改问题。北源公司主张，北源公司是根据东宝公司发出的《技术通知单》和《施工处理、材料代用通知单》进行增项作业的。增项作业款共计474001.7元；东宝公司出具的加盖公司印章的《结算清帐协议》中记载的“修改通知单”项下60000元款项，能证明案涉两个书面合同的增项作业是由北源公司完成的，故东宝公司应当给付增项作业款474001.7元。《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条规定,当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方所依据的事实，应当提供证据加以证明规定，但法规另有规定的除外。在作出判决前，当事人未能提供证据或者证据不足以证明其事实主张的，由负有举证证明责任的当事人承担不利的后果。本案中，北源公司所提交的《技术通知单》和《施工处理、材料代用通知单》均是复印件，没有东宝公司的公司印章及其他有效印章或凭证，在东宝公司不予认可的情况下，北源公司又无其他证据能够佐证其主张的增项作业项目已实际发生，且是由东宝公司下达指令进行施工的，所以本院对北源公司要求东宝公司给付其增项作业款474001.7元的诉讼请求不予支持，但对《结算清帐协议》中记载的“修改通知单”项下60000元款项予以认定，应由东宝公司向北源公司进行支付。
关于扫尾工程及渤船重工扣款问题的确定。东宝公司认为，案涉扫尾工程是由海达公司进行施工的，工程款为386100.01元，应在东宝公司与北源公司的案涉合同总工程款中扣除；渤船扣款为251200元，也应在东宝公司与北源公司的案涉合同总工程款中予以扣除。庭审中，北源公司对案涉合同扫尾工程系海达公司所完成的事实予以认可，亦同意该款可由东宝公司直接扣除，但不认可东宝公司主张的海达公司的扫尾工程款为386100.01元，仅认可按照合同总价款的2%-3%计算出的扫尾工程款100100.01元。渤船扣款应有渤船实际发出的扣款函件及账目记载为准，对罚款单上有北源公司人员签名或公司盖章确认部分的38705元予以认可，其他不予认可。《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七十五条规定，有证据证明一方当事人持有证据无正当理由拒不提供，如果对方当事人主张该证据的内容不利于证据持有人，可以推定该主张成立。本案中，海达公司所做的扫尾工程虽包含在《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》内，工程款也在该合同的总价款中支付，但由其进行扫尾工程施工乃东宝公司自行安排；渤船扣款亦是渤船直接针对东宝公司下达函件和指令并进行扣款，再由东宝公司根据渤船的函件、指令及扣款原因有针对性的对各个工程的施工方进行罚、扣款，渤船不直接面对和接触具体施工方。据此，本院于2016年4月13日在组织原、被告双方进行证据交换时，责令证据持有人东宝公司于2016年4月25日前向本院提交388K-2#矿砂船扫尾工程的相关合同、具体施工项目及价款、扫尾工程款支付明细以及渤船扣款实际发生的相关凭证，但东宝公司至今未能提供，其理应承担对其不利的法律后果，故本院对北源公司所提出的案涉扫尾工程款为100100.01元、渤船重工扣款为38705元的主张予以支持。
综上所述，北源公司与东宝公司案涉三个合同总价款为6791789.62元、东宝公司已付工程款6027119.62元、案涉扫尾工程款为100100.01元、渤船重工扣款总计38705元、修改通知单项下款项60000元，故本院认定东宝公司拖欠北源公司的工程款为：6791789.62元-6027119.62元-100100.01元-38705元+60000元=685864.99元。
三、关于违约责任的问题
北源公司主张，案涉两个书面合同均在第十二条第3款约定，因甲方原因导致的延期付款，每逾期1天，甲方应按照合同价格的0.5%向甲方缴纳违约金，但违约金不超过本合同价格的5%。东宝公司有三个违约事实：（一）经穆娜确认，东宝公司在2011年5月4日仅给付《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》项下5%的预付款157950元，违反了本合同第十条第2款第一项给付10%工程预付款的约定，构成违约；（二）东宝公司出具并加盖公章的《结算清帐协议》表明北源公司承包的内装工程于2013年12月12日前已经完工，东宝公司自认拖欠工程款451171.37元，因此可以此时间节点作为东宝公司违约的起点；（三）中信银行《网银转账业务回单》与中信银行《网银业务回单》证明东宝公司分别于2014年1月30日、2015年2月15日给付北源公司工程款243541元、40000元，两笔汇款日期间隔相差1年，违反了案涉书面合同第十条第(三)款第1项，从而构成违约的事实，故东宝公司应支付违约金339589.48元（6791789.62元×5%）。本院认为，第一，虽然《45000T-4#DWT内装工程合同》与《388K-2#矿砂船内装工程承包合同》均约定了付款方式和违约责任，但两合同的第十二条第4款亦约定，任何一方的违约责任必需有双方认可的书面材料为基准。北源公司虽主张东宝公司有违约行为，但其并未提供双方对违约事实予以认可的书面材料，作为追究东宝公司违约责任的基准；第二，北源公司在庭审中承认东宝公司已付款6027119.62元的事实，该付款额度已超过北源公司所主张的案涉两个书面合同的总价款5967000元；第三，原、被告之间的分段制作工程合同是口头合同，没有约定相关违约责任。且庭审中，北源公司已确认无法区分东宝公司支付的每笔工程款所对应的合同，亦无证据证明东宝公司尚拖欠的工程款系有违约责任约定的两个书面合同项下的工程款。故，本院对北源公司主张违约金的诉讼请求不予支持。
关于利息损失。《中华人民共和国合同法》第一百零七条规定：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”因此，北源公司不仅有权要求东宝公司支付尚欠的工程款，还有权要求其赔偿以欠款金额为基数按照中国人民银行同期贷款基准利率计算的利息损失。东宝公司于2013年12月12日出具的《结算清帐协议》，虽因北源公司对部分款项的不认同而未签字确认，但该协议系东宝公司经结算清帐后确认出具的，无论北源公司对哪一款项的认可或不认可，均不影响东宝公司应支付案涉工程款项起始时间的确定，故，将该协议载明的落款时间确定为东宝公司应支付案涉工程款的时间较为客观，计算利息损失的时间应自2013年12月13日起至本判决确定履行期限届满之日止。因东宝公司于2014年1月30日、2015年2月15日分别给付北源公司工程款243541元和40000元，所以利息损失应分段计算。自2013年12月13日起至2014年1月29日止的利息计算基数为969405.99元；自2014年1月30日起至2015年2月14日止的利息计算基数为725864.99元；自2015年2月15日起至至本判决确定给付之日止的利息计算基数为685864.99元。
四、关于返还风险抵押金问题
东宝公司认为两个船舶制造合同约定的总造价加上风险抵押金共计才5859000元，其实际给付北源公司工程款已达到6027119.62元，东宝公司不应再返还北源公司缴纳的风险抵押金。本院认为，风险抵押金是用于处理北源公司拖欠工人工资或处理其在施工过程中发生生产事故的专项资金。东宝公司于2011年5月25日、2011年7月28日向北源公司收取了共计300000元的风险抵押金。在庭审中，东宝公司未出示证据证明北源公司拖欠工人工资或在施工过程中发生了生产事故，亦没有证据证明其已将风险抵押金返还给北源公司，故东宝公司在尚欠北源公司工程款的情况下还应将300000元风险抵押金返还给北源公司。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第八条、第一百零七条、《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七十五条之规定，判决如下：
一、被告辽宁东宝集团船舶制造有限公司于本判决生效之日起十日内给付原告大连北源船舶舾装工程有限公司工程款685864.99元及利息损失（利息损失以969405.99元为基数自2013年12月13日之日起至2014年1月29日止、以725864.99元为基数自2014年1月30日之日起至2015年2月14日止、以685864.99元为基数自2015年2月15日之日起至本判决确定履行期限届满之日止按照中国人民银行同期贷款基准利率计算）；
二、被告辽宁东宝集团船舶制造有限公司于本判决生效之日起十日内返还原告大连北源船舶舾装工程有限公司风险抵押金300000元；
三、驳回原告大连北源船舶舾装工程有限公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行金钱给付义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费20804元（原告已预交），由被告辽宁东宝集团船舶制造有限公司负担11535元，原告大连北源船舶舾装工程有限公司负担9269元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于辽宁省高级人民法院。
审 判 长 汤 红
代理审判员 高士强
人民陪审员 杨 帆
二〇一六年六月二十五日
书 记 员 吕晓凡