甘肃省高级人民法院
p t ” > 民 事 判 决 书
（2018）甘民终654号
上诉人（原审被告、反诉原告）：迭部汇能花园水电开发有限责任公司，住所地甘肃省甘南州迭部县花园五场。
法定代表人：左荣，该公司总经理。
委托诉讼代理人：李长福，男,该公司主任。
委托诉讼代理人：张雪姣，甘肃正天合律师事务所律师。
被上诉人（原审原告、反诉被告）：长江水利水电工程建设（武汉）有限责任公司，住所地武汉市东西湖区金山大道北侧碧海花园203栋2单元1902(12)室。
法定代表人：史宏霞，该公司董事长。
委托诉讼代理人：高曾，上海段和段（成都）律师事务所律师。
委托诉讼代理人：石长沙，上海段和段（成都）律师事务所律师。
原审被告：甘肃汇能新能源技术发展有限责任公司，住所地甘肃省兰州市城关区武都路329号（金惠大厦18楼）。
法定代表人：张军文，该公司执行董事。
委托诉讼代理人：李歆，男,该单位工作人员。
上诉人迭部汇能花园水电开发有限责任公司（以下简称迭部汇能花园公司）因与被上诉人长江水利水电工程建设（武汉）有限责任公司（以下简称长江公司）、原审被告甘肃汇能新能源技术发展有限责任公司（以下简称甘肃汇能公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服甘肃省甘南藏族自治州中级人民法院（2018）甘30民初2号民事判决，向本院提起上诉。本院于2018年8月27日立案后，依法组成合议庭公开开庭进行了审理，上诉人迭部汇能花园公司的委托诉讼代理人李长福、张雪姣，被上诉人长江公司的委托诉讼代理人高曾、石长沙，原审被告甘肃汇能公司的委托诉讼代理人李歆到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
迭部汇能花园公司上诉请求：1.请求依法撤销一审判决，发回重审或依法改判；2.一、二审诉讼费用由长江公司承担。事实和理由：一、一审判决对长江公司提交证据的采信和认定事实存在明显错误。（一）一审判决中认定案涉工程已完成竣工验收，依据的事实及证据明显错误，且认定事实的程序严重违法。1.《引水发电洞进口单位工程验收鉴定书》是复印件，没有其他证据相印证，按照民事诉讼法及证据规则的规定，不能单独作为认定事实的依据。2.该验收鉴定书明确是引水发电洞进口单位工程的”验收鉴定书”，而不是库区左岸护岸及古河床防渗处理工程”验收鉴定书”，更不是花园水电站整体工程的完工验收；而按照《水利水电建设工程验收规程》（SL223-1999）的规定，水利水电工程验收分为分部工程验收、阶段验收、单位工程验收和竣工验收（完工验收）。按照《招标文件》的约定，完成全部工程的完工验收，是案涉工程进行完工决算、质保期起算点和向被上诉人支付剩余工程款的前提条件，而一审法院将”引水发电洞进口单位工程”的验收鉴定书，来充作涉案工程的完工验收依据不具有法律依据。3.该验收鉴定书页码不全，材料内容完全是拼凑而成，根本不具备工程竣工验收应具备的要件：无施工单位工作报告、无施工单位检验文件、无施工图纸；且材料中质量评定时间、报告和验收时间相互矛盾，根本不是一个真实完备的工程验收鉴定书。4.甘南州水电基本建设工程质量监督站没有出庭作证对该鉴定书的真实性予以认可，法院亦未依职权调查取证，审判程序严重违法。（二）一审判决中对于长江公司提交的《结算确认函》的采信，并以此认定工程结算总金额和欠付工程款的数额是错误的。该工程至今没有竣工验收，也没有进行完工结算，迭部汇能花园公司不可能出具该《结算确认函》，该证据系复印件，无法证实其真实性，不排除长江公司为了诉讼时效的中断而故意自行制作该《结算确认函》的可能性。（三）一审法院依据《引水发电洞进口单位工程验收鉴定书》复印件，认定案涉工程的质保金起算点和保修期期限为一年是错误的。由于长江公司提前擅自撤离，导致案涉工程未签发工程移交证书，无法确定全部工程的完工日，且该工程直至2016年仍在进行质量维修工程，因此，案涉工程保修期尚未届满，迭部汇能花园公司有权扣留质保金。二、一审法院对于迭部汇能花园公司人提交的证据全部不予采信并否认证据所证明的事实，其理由不符合相关法律规定。一审法院对于迭部汇能花园公司当庭提交和补充提交的《花园水电站库区左岸护岸及古河床防渗处理工程招标文件》不予认定，不符合现行司法解释和司法实践中对当事人提交证据的认定规则。该证据是查明本案事实的核心证据，一审法院对逾期提供的核心证据认定为举证不能的做法有违查明案件事实、维护交易公平的宗旨。三、一审法院以《施工合同》的签订日期在《招标文件》约定的开工日期之后，就臆断长江公司施工未逾期并以迭部汇能花园公司的请求超过诉讼时效为由驳回迭部汇能花园公司关于违约金的请求于法无据。1.双方签订合同时已过了《招标文件》约定的开工时间，但双方对此并没有另行再约定，说明双方对《招标文件》约定的竣工日期是认可的，不能以此否定双方实际约定的内容。一审法院以此妄自否定双方在《招标文件》中约定的施工期限，从而进一步认为长江公司在施工中未逾期完工毫无事实和法律依据。2.迭部汇能花园公司从未放弃向长江公司索要违约金，本案应适用《中华人民共和国民法通则》第一百四十条关于诉讼时效中断的规定。四、应从长江公司工程款中扣除实验室建设及实验费用。五、对迭部汇能花园公司多供给长江公司的甲供材料费应在完工决算时从其工程款中予以扣除。根据案涉工程中监理人认定的砼和钢筋的工程量，本案甲供料中，水泥的使用量在约定的使用及损耗量范围内，但粗细骨料量和钢筋使用及损耗量均超出了最大范围，对于超出部分29381.26元，应在完工决算时从剩余工程款中予以扣除。六、长江公司应立即向迭部汇能花园公司移交涉案工程的全部竣工验收资料。
长江公司辩称，一、关于工程验收鉴定书的问题：1.长江公司提供的验收鉴定书虽然是复印件，但经一审法院向甘南州水利水电监督站调查，可以证实其真实性，该鉴定书的原件在迭部汇能花园公司；2.验收鉴定书名称虽是引水发电洞进口单位工程，但验收的工程内容包括案涉工程，且两个工程的验收都是合格的；3.案涉工程已于2013年底投入使用。二、关于结算确认函的问题：该结算确认函系迭部汇能花园公司出具，原件在迭部汇能花园公司，结算确认函中的数额与双方第17期支付凭证中的数额一致，可以相互印证，依据证据规则，可以认定。三、关于案涉工程的质保期，双方认可的证据中没有记载保修期，一审法院依据《水利水电工程施工合同和招标文件示范文本》和建设部《建设工程质量保证金管理办法》认定保修期为一年，是符合法律规定的。四、迭部汇能花园公司第一次提供的招标文件没有任何公章，长江公司不认可，第二次提供的招标文件虽有盖章，但不符合常规，双方都要在文件中盖章，得到双方的确认，长江公司未盖章，不认可，故对招标文件的真实性与关联性均不认可，一审法院未认定正确。五、关于逾期违约金，工程2012年10月10日竣工验收，2013年投入使用，一直到起诉，迭部汇能花园公司从未向长江公司主张过逾期违约金，只是在本案反诉中提及，对方称双方曾多次协商，但在2015年8月及2016年的会议纪要中都没有提到逾期违约金问题，所以，不存在时效中断的问题，迭部汇能花园公司逾期违约金的请求已过诉讼时效。六、关于迭部汇能花园公司要求扣除实验室建设及实验费用的请求，其在一审反诉时未主张。七、关于甲供材料多供的问题，一是对方从来没有向长江公司主张过多供材料需要扣除，已过诉讼时效；二是对方已发了确认函，明确表示已结算完毕，不存在没有扣除的问题。八、关于要求移交资料的问题，对方在一审反诉中没有提出该主张。
甘肃汇能公司无答辩意见。
长江公司向一审法院起诉请求：1.判令迭部汇能花园公司向长江公司退还质保金人民币2058412.84元，并承担逾期退还质保金导致的损失（质保期一年，从2013年10月10日起算，期满即2013年10月11日应退还。自2013年10月11日开始按照同期银行贷款利息年利率7%计算，直到全部退还质保金之日止）；2.判令迭部汇能花园公司支付长江公司工程款2215895.08元，并承担逾期支付工程款导致的损失。（自2012年10月11日起开始按照同期银行贷款利息即年利率7%计算，继续计算直到迭部汇能花园公司付清工程款之日止）；3.判令甘肃汇能公司对前述两项请求承担连带责任；4.本案诉讼费由二被告承担。
迭部汇能花园公司向一审法院提出反诉请求：1.判令长江公司按照《甘肃省迭部县花园水电站库区左岸护岸及古河床防渗处理工程施工合同》约定承担逾期完工的违约责任人民币90万元；2.判令长江公司向迭部汇能花园公司支付其欠付的材料款人民币2467665.14元；3.反诉费用由长江公司承担。
一审法院认定事实：迭部汇能花园公司拟修建甘肃省迭部县花园水电站库区左岸护岸及古河床防渗处理工程，接受了长江公司的投标，鉴于工程地质情况复杂，施工方案有待于进一步的优化，为了承包人能尽快进场，结合开挖揭示地质情况，双方于2010年9月6日在甘肃兰州签订《甘肃省迭部县花园水电站库区左岸护岸及古河床防渗处理工程协议书》(合同编号:HY-
SD-D-2007)，方案确定后，双方于2010年12月18日在兰州签订了《甘肃省迭部县花园水电站库区左岸护岸及古河床防渗处理工程施工合同》(合同号:HY-
SD-D-2007),承接了该工程的施工任务。承包方式为单价承包。由业主方供应钢筋、水泥、砂石骨料等施工材料，合同总价为14272610元。合同约定：承包人保证按照合同规定全面完成各项承包工作，并承担合同规定的承包人的全部义务和责任（包括环保、水保、消防、文明施工等）；发包人保证按照合同规定付款并承担合同规定的发包人的全部义务和责任；其他规定：（1）承包人应在发包人试验室做实验，发包人扣除承包人建立试验室的费用及试验费用共83141元；混凝土中使用的减水剂、引气剂、粉煤灰由发包人供应，超耗部分费用按供应商的合同价格从承包人工程款中扣除；承包人尚未投保的设备及人员的保险，必须在业主指定的保险机构投保。发包人应按照液压抓斗的施工方法进行施工，以保证工期的如期完成。发包人工程款支付采用电汇或银行承兑等支付方式；每年年底承包人开具本年度支付工程款总和100％的发票。本协议书有附件2个：（1）附件一：合同价格汇总表；（2）附件二：分组工程量清单。协议书经双方法定代表人或其委托代理人签名并分别盖本单位公章后生效。该工程施工过程中，工程款均由迭部汇能花园公司的原股东甘肃汇能公司代为支付。2012年10月10日该工程经花园水电站单位工程验收工作组验收合格，已于2013年底投入使用。迭部汇能花园公司于2015年4月23日给长江公司发出确认函，确认该工程最终结算金额28909897.76元，截止2015年4月15日累计支付24635589.84元，欠款（包括质保金）4274307.92元。后迭部汇能花园公司未按期支付工程款，且未退还质保金。
一审法院认为，长江公司与迭部汇能花园公司签订的《甘肃省迭部县花园水电站库区左岸护岸及古河床防渗处理工程施工合同》（合同编号：HY-
SD-D-2007）是当事人真实意思表示，不违反法律、行政法规强制性规定，合法有效，双方应依约全面适当履行各自义务。本诉一、该工程是否已经竣工验收并投入使用的问题；2012年10月10日由政府监督部门甘南州水电基本建设工程质量监督站、工程发包单位甘肃省迭部汇能水电开发有限责任公司、工程设计单位陕西省水利电力勘测设计研究院、工程监理单位陕西大安工程建设监理有限责任公司有关人员组成的花园水电站单位工程验收小组通过现场检查工程外观质量和工程资料整理汇编情况，召开验收会议，参建各方汇报整个单位工程工作情況，验收小组讨论并通过验收。另，该工程已于2013年年底投入使用。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条第一项规定：”建设工程已经竣工验收合格的，以竣工验收合格之日为竣工日期；”综上，该工程已竣工验收并投入使用。本诉二、工程款结算及工程余款的给付问题；迭部汇能花园公司发给长江公司关于迭部汇能花园水电开发有限责任公司《库区左岸护岸及古河床防渗处理工程》合同结算的确认函结合长江公司提交的17期支付证书原件，能够认定该工程合同金额14，272，610.00元，最终结算金额28，909，897.76元，截止2015年4月15日累计支付24，635，589.84元，迭部汇能公司还应向长江公司支付工程欠款（包括质保金）4，274，307.92元。本诉三、质保期的起算点及质保金是否应该退还的问题；从长江公司提交的《迭部汇能花园水电站工程引水发电洞进口单位工程验收鉴定书》中可以看出，该工程已于2012年10月10日通过鉴定验收，故完工时间、质保期的起算点应从2012年10月10日开始计算。《水利水电工程施工合同和招标文件示范文本》（GF2000-0208）第53条1款保修期：保修期自工程移交证书中写明的全部工程完工日开始算起，保修期限在专用合同条款中规定。水利水电土建工程的保修期一般为一年。故该工程的质保期自2012年10月10日开始至2013年10月10日止。现该工程竣工已超过五年，且质量并没有出现问题，故质保金应全额退还。本诉四、甘肃汇能公司承担连带责任的问题。长江公司提交的迭部汇能水电开发有限责任公司企业信用公示报告复印件（2017年11月3日）证明迭部汇能花园公司的控股股东已于2014年9月4日变更为甘肃省电力投资集团有限责任公司，故甘肃汇能公司不应承担连带责任。
反诉一、长江公司是否存在逾期完工的问题；对于逾期完工的问题，首先需要对承包人的施工时间即工期作出正确的认定，据此判断承包人是否存在逾期完工的违约事实。本案中，迭部汇能花园公司以所谓招标文件专用合同条款18条4款中约定的工程开工日期是2010年5月15日,副坝的完工日期应当于2010年7月30日，溢洪道与排水渠以及古河床防渗及左岸护岸的完工日期应当在2011年5月30日。但本案中施工合同的签订日期是2010年12月18日，在合同都没有签订的情况下，迭部汇能公司所谓的开工日期、完工日期从何而来，逾期完工又从何谈起。其次，根据《中华人民共和国民法通则》第一百三十五条之规定，迭部汇能花园公司对于违约金的主张无证据证明诉讼时效中断的情形，其对于违约金的主张已经超过诉讼时效，故对迭部汇能花园公司该项反诉请求，不予支持。反诉二、材料费的清算问题。花园水电站甲供料计算表、原材料计算表、砂石料、钢材、水泥供应明细表是迭部汇能公司单方所做，长江公司并未予认可。迭部汇能花园公司主张长江公司应当支付材料超出部分的费用2467665.14元，缺乏事实依据，不予认可。迭部汇能花园公司在庭审结束后提交了盖有迭部汇能花园水电开发有限责任公司、陕西省水利电力勘测设计研究院、中海建国际招标有限责任公司公章的《花园水电站左岸护岸及古河床防渗处理工程项目招标文件》，根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第三十四条第一款规定，当事人应当在举证期限内向人民法院提交证据材料，当事人在举证期限内不提交的，视为放弃举证权利。迭部汇能花园公司是在庭审结束后提交的，所以应承担举证不能的法律责任。综上所述，长江公司要求迭部汇能花园公司支付工程欠款、退还质保金，并承担逾期付款和退还质保金损失的诉讼请求成立，予以支持。迭部汇能花园公司要求长江公司违约责任的诉讼请求，证据不足，不予支持。根据《中华人民共和国合同法》第三十二条、第四十四条、第一百零九条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条第（三）项、第十七条、第十八条第（一）项，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款之规定，判决：一、被告（反诉原告）迭部汇能花园水电开发有限责任公司于本判决生效之日起十五日内给付原告（反诉被告）长江水利水电工程建设（武汉）有限责任公司工程欠款2215895.08元及利息（利息按照中国人民银行同期同类贷款基准利率计算自2012年10月11日起至工程款付清之日止）；二、被告（反诉原告）迭部汇能花园水电开发有限责任公司于本判决生效之日起十五日内向原告（反诉被告）长江水利水电工程建设（武汉）有限责任公司退还质保金2058412.84元及利息（利息按照中国人民银行同期同类贷款基准利率计算自2013年10月11日起至退清质保金之日止）；三、驳回原告（反诉被告）长江水利水电工程建设（武汉）有限责任公司其他诉讼请求；四、驳回被告（反诉原告）迭部汇能花园水电开发有限责任公司的反诉请求。案件受理费50728.47元，反诉费16871.00元，共计67599.47元，由被告（反诉原告）迭部汇能花园水电开发有限责任公司负担。
本院二审期间，甘肃汇能公司未提交证据，迭部汇能花园公司和长江公司围绕上诉请求依法提交了证据。本院组织当事人进行了证据交换和质证。
迭部汇能花园公司提交以下两份证据：
证据一：中海建国际招标有限责任公司2018年8月24日出具的《证明》一份，拟证明一审提交的招标文件的真实性及该招标文件应作为合同的一部分。长江公司质证认为该证据的合法性、关联性及表述内容均与本案无关，不予认可。甘肃汇能公司对该证据无意见。本院对该证据的真实性予以确认，对其证明力将综合全案证据在裁判说理部分一并论述。
证据二：甲供材料中钢筋、砂石料入库单一本及水泥入库单三本，拟证实长江公司欠甲供材料费31518.39元，其中粗细骨料超出15686.77元，钢筋超出15831.62元。长江公司质证认为该证据系迭部汇能公司自行计算的理论表，未充分考虑施工过程中上下浮动因素，不具有客观性及真实性，不予认可。甘肃汇能公司对该证据无意见。本院认为，该证据系单方制作，且长江公司不予认可，不予采信。
长江公司提供一审期间申请法院调取的证据：甘南州水利水电基本建设工程质量监督站文件，拟证明案涉工程的验收鉴定书存在原件，且在迭部汇能花园公司。迭部汇能花园公司对该证据的真实性认可，对其证明目的不认可。甘肃汇能公司对该证据无意见。经审查，该证据来源合法，内容真实，且与本案且有关联性，迭部汇能花园公司对该证据的真实性亦不持异议，本院予以采信。
本院除对一审判决认定的事实予以确认外，另查明：2010年12月6日，武汉长江水利水电工程建设有限责任公司更名为长江水利水电工程建设（武汉）有限责任公司。2014年2月19日，长江水利水电工程建设（武汉）有限责任公司法定代表人由”胡杰”变更为”史宏霞”。
本院认为，本案双方争议的焦点为：1.案涉工程是否已竣工验收及一审对案涉工程的质保金起算点和保修期限（一年）的认定是否正确；2.案涉工程是否已结算及一审对未付工程款和质保金数额的认定是否正确；3.迭部汇能花园公司要求从未付工程款中扣除实验室建设及实验费用和多供材料费的请求能否成立；4.迭部汇能花园公司要求长江公司支付违约金的请求能否成立。
关于案涉工程是否已竣工验收及一审对案涉工程的质保金起算点和保修期限（一年）的认定是否正确的问题。首先，迭部汇能花园公司认为长江公司提供的《引水发电洞进口单位工程验收鉴定书》页码不全，系复印件，且系”引水发电洞进口单位工程”的验收鉴定书，不能作为认定案涉工程竣工验收的依据。一审法院向甘南州水利水电基本建设工程质量监督站调查情况，能够证明案涉工程确实进行了验收，验收鉴定书是由项目建设单位即迭部汇能花园公司出具，原件应由迭部汇能花园公司持有。迭部汇能花园公司对该证据的真实性未提出异议，虽对载明内容提出异议，但未提供相关证据予以反驳，应由其承担举证不能的法律后果。根据《建筑工程施工质量验收统一标准》规定，单位工程竣工验收应由建设单位负责人组织施工、设计、监理等单位负责人进行单位工程验收。迭部汇能花园公司对案涉工程于2013年年底已投入使用的事实予以认可，故案涉工程从2013年投入使用到现在是否进行竣工验收，亦应由迭部汇能花园公司承担相应责任。长江公司提供的验收鉴定书虽名为《引水发电洞进口单位工程验收鉴定书》，但”库区左岸护岸及古河床防渗处理工程”与”引水发电洞进口单位工程”是一个整体工程，且该鉴定书记载有地基防渗与排水分部工程的验收等内容。综上，长江公司提供的《引水发电洞进口单位工程验收鉴定书》可以作为认定案涉工程竣工验收的依据，案涉工程已竣工验收。其次，关于工程质保期起算点和保修期限的问题，双方2010年12月18日签订的《施工合同》第2条约定：”本合同包括下列文件：（1）协议书（包括补充协议及澄清文件）；（2）中标通知书；（3）招标文件；（4）图纸；（5）已标价的工程量清单；（6）经双方确认进入合同的其它文件”，案涉工程的保修期限在双方签订的上述《施工合同》中无具体约定。迭部汇能花园公司提供的2010年3月《招标文件》第二部分专用合同条款第53.1保修期规定：”本合同工程的保修期为二年”，该招标文件有发包人、招标代理人及编制单位盖章，并有招标代理人中海建国际招标有限责任公司出具的证明相印证，可以证实该《招标文件》的真实性，长江公司虽对其真实性提出异议，但未提供相反证据予以反驳。长江公司提出案涉工程并未通过招投标程序取得，亦未提供相关证据推翻其在起诉状及陈述阶段自认的事实，故案涉工程的保修期限应按《招标文件》规定的两年计算。《引水发电洞进口单位工程验收鉴定书》显示案涉工程于2012年10月10日竣工验收，故该工程的保修期应自2012年10月10日至2014年10月10日止，质保金利息应从2014年10月11日起开始计算。一审对保修期按一年计算不当，应予以纠正。
关于案涉工程是否已结算及一审对未付工程款和质保金数额的认定是否正确的问题。迭部汇能花园公司主张案涉工程并未进行结算，其未出具过结算确认函，长江公司提供的结算确认函系复印件，不能作为双方工程已结算的依据。经查，首先，《合同结算的确认函》载明”合同金额14272610元，......最终结算金额28909897.76元。截止2015年4月15日本合同累计支付24635589.84元，欠款（包括质保金）4274307.92元”，与长江公司提供的017号《工程款支付申请表》”监理工程师批准数累计”和监理单位制作的《2012年12月工程进度款结算监理报表（明细表）》载明的”监理单位审核量：本期末累计完成”内容一致，上述申请表及明细表均于2012年12月30日由监理单位盖章并由总监理工程师”张建国”签字审核。其次，迭部汇能花园公司对该结算确认函所载明的案涉工程累计付款金额及欠款金额均无异议。第三，虽然迭部汇能花园公司认为不排除长江公司为了诉讼时效的中断而故意自行制作《合同结算的确认函》的可能性，但未提供证据证实。综上，长江公司提供的《合同结算的确认函》虽为复印件，但有其他证据相印证，可以作为案涉工程已结算的依据。迭部汇能花园公司对该确认函载明的累计付款数额和欠款数额(包括质保金)无异议，一审判决依据该确认函载明的数额认定欠付工程款的数额和应退还质保金的数额并无不当。
关于迭部汇能花园公司要求从未付工程款中扣除实验室建设及实验费用和多供材料费的请求能否成立的问题。案涉工程《施工合同》第5条约定：”承包人应在发包人试验室做实验，发包人扣除承包人建立试验室的费用及试验费用共83141元”，迭部汇能花园公司主张应依合同约定扣除上述费用83141元，长江公司称已在双方结算过程中予以扣除，但未提供相关证据证实已扣除上述费用，故应从未付工程款中扣除上述费用（2215895.08元-83141元=2132754.08元）。案涉工程《招标文件》第二部分专用合同条款第14.3条规定：发包人提供的主要材料”（2）发包人提供的主要材料为零价供应，仅限用于本合同单价承包工程。其供应量以监理人签认的工程量加上合理的损耗，砼骨料、水泥4%，钢筋5%。超过部分由承包人负担，发包人并根据材料采购价加运输费用、采购费用从进度款中扣除”，迭部汇能花园公司提交甲供材料中钢筋、砂石料及水泥入库单，要求长江公司承担多供材料费，经审查，该入库单系迭部汇能花园公司单方制作，无长江公司签字认可，亦无监理单位相关人员签字认可，依据《招标文件》规定，超过部分应从工程进度款中扣除，但从长江公司提供的第1-17期工程款支付证书及申请表中均未反映经由监理单位审核签字的超出用量的材料需付款情形，且工程需要的主要材料是由业主现场代表，监理审核，由业主向长江公司提供，均用在了工地。迭部汇能花园公司亦认可依《招标文件》规定，应从工程进度款中扣除多供材料费的约定和事实，故其要求扣除多供材料费的请求不能成立。
关于迭部汇能花园公司要求长江公司支付违约金的请求能否成立的问题。迭部汇能花园公司提供的《招标文件》专用条款18.4条约定的工程开工日期是2010年5月1日、15日，完工日期分别是副坝2010年7月30日、溢洪道与排水渠、古河床防渗及左岸护岸2011年5月30日、工程全部完工2011年6月15日，但双方于2010年9月6日签订的《协议书》载明：迭部汇能花园公司接受了长江公司的投标，”鉴于工程地质情况复杂，施工方案有待进一步优化，为了承包人能尽快进场，结合开挖提示地质情况，双方于2010年9月6日在甘肃兰州签订本协议，等方案确定后，双方再签订施工合同”，之后，双方于2010年12月18日签订正式的《施工合同》，故迭部汇能花园公司要求按《招标文件》约定的开工日期和完工日期与案涉工程的上述协议书及施工合同的约定不符，缺乏事实依据。迭部汇能花园公司认为自工程投入使用后，其一直向长江公司主张逾期违约责任，不存在超过诉讼时效的问题，但2015年6月24日的《关于汇能水电花园水电站首部枢纽及其左岸防护工程有关事宜会议纪要》和2016年1月8日的《花园水电站枢纽泄水表孔弧门质量事故处理协调会议》均未提及迭部汇能花园公司要求长江公司支付违约金的问题，迭部汇能花园公司亦未提供任何证据证明从2013年年底案涉工程投入使用至2018年1月长江公司起诉，双方曾就违约金问题进行过协商或向长江公司主张，故迭部汇能花园公司要求长江公司承担违约金的请求已过诉讼时效，不予支持。
综上所述，迭部汇能花园公司的上诉请求部分成立。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第二项、第一百七十五条规定，判决如下：
一、撤销甘肃省甘南藏族自治州中级人民法院（2018）甘30民初2号民事判决；
二、迭部汇能花园水电开发有限责任公司于本判决生效之日起十五日内向长江水利水电工程建设（武汉）有限责任公司支付工程欠款2132754.08元及利息（利息按照中国人民银行同期同类贷款基准利率计算自2012年10月11日起至工程款付清之日止）；
三、迭部汇能花园水电开发有限责任公司于本判决生效之日起十五日内向长江水利水电工程建设（武汉）有限责任公司退还质保金2058412.84元及利息（利息按照中国人民银行同期同类贷款基准利率计算自2014年10月11日起至退清质保金之日止）；
四、驳回迭部汇能花园水电开发有限责任公司的其他反诉请求；
五、驳回长江水利水电工程建设（武汉）有限责任公司其他诉讼请求。
一审案件受理费50728.47元，反诉费16871元，共计67599.47元，由迭部汇能花园水电开发有限责任公司负担66864.47元，长江水利水电工程建设（武汉）有限责任公司负担735元；二审案件受理费67599元，由迭部汇能花园水电开发有限责任公司负担66864元，长江水利水电工程建设（武汉）有限责任公司负担735元。
本判决为终审判决。
审判长史莉
审判员李元博
审判员周红霞
二Ｏ一八年十月二十二日
书记员赵宝玉