上海市第一中级人民法院
民 事 判 决 书
（2010）沪一中民二（民）重字第1号
原告上海爱尔爱司发动机有限公司。
被告南通四建集团有限公司。
原告上海爱尔爱司发动机有限公司（以下简称爱尔爱司公司）与被告南通四建集团有限公司（以下简称南通四建公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2008年1月3日受理后，经审理于2009年9月25日作出一审判决，爱尔爱司公司不服，向上海市高级人民法院提起上诉。上海市高级人民法院于2010年3月24日作出裁定撤销原审判决、发回重审。本案重审中，本院依法重新组成合议庭于2011年5月12日进行了第一次公开开庭审理，后本院更换合议庭组成人员，分别于2013年7月18日、2013年8月23日进行了第二次、第三次公开开庭审理。原告爱尔爱司公司的原委托代理人、被告南通四建公司的原委托代理人到庭参加了第一次庭审，原告爱尔爱司公司的委托代理人、被告南通四建公司的委托代理人到庭参加了第二次、第三次庭审。
本案重审期间，根据原告的申请，本院分别于2010年10月28日、2011年10月18日、2013年7月18日委托上海市建筑科学研究院房屋质量检测站（以下简称“建科院检测站”）对“上海爱尔爱司发动机有限公司新建厂房”质量问题、“1号楼”渗漏水、裂缝及工程抗震等级问题、“2、3号楼”六个卫生间渗漏水问题进行质量检测并出具相关维修方案；又分别于2013年2月24日、7月18日委托上海华瑞建设经济咨询有限公司（以下简称“华瑞公司”）根据《上海爱尔爱司发动机有限公司厂房工程质量检测报告》、《上海爱尔爱司发动机有限公司1号楼研发中心屋面渗漏水司法鉴定意见书》、《上海爱尔爱司发动机有限公司2号、3号楼六个卫生间渗漏水司法鉴定意见书》中的维修建议进行维修费用测算。建科院检测站分别于2011年1月10日、11月15日，2013年7月25日出具了《厂房工程质量鉴定报告》、《1号楼研发中心屋面渗漏水司法鉴定意见书》、《六个卫生间渗漏水司法鉴定意见书》。华瑞公司分别于2013年7月8日出具了《房屋维修费用的测算报告》、《房屋维修费用测算报告的补充说明》。根据被告的申请，本院委托华瑞公司就上海爱尔爱司发动机有限公司新建厂房工程暗浜、河道处理工期进行鉴定，华瑞公司于2010年11月23日出具了《新建厂房工程暗浜、河道处理工期鉴定的报告》。本案现已审理终结。
原告爱尔爱司公司诉称，原、被告双方曾签订建设工程施工合同，约定由被告为原告承建其新建厂区工程，但因被告施工组织混乱、施工质量差，造成工程逾期竣工。原告认为，一、系争工程于2005年12月23日开工，被告曾出具开工报告明确于当日开工，施工许可证上也注明开工日以施工日志为准，于2007年10月23日才竣工，2007年5月17日仅是阶段性验收，其后被告仍在进行施工和验收，仅1号楼就有消防、电梯、管道、排水系统、电缆、线路等分项工程届时尚未验收。合同约定为243天工期，被告总计延期427天。二、工期延误的责任在于被告，被告在施工中存在安排劳动力不足，组织混乱，配套滞后，工程需要返工等问题。1、施工许可证的问题不影响被告施工，打桩施工系经过原上海市南汇区规划局同意，而且在收到停工指令单后，被告每月都在施工，并申报工程量。2、关于进度款问题，合同约定至竣工时，进度款付至造价的65%。虽然合同约定对于进度款申请应于10日内审核，但并未约定具体的付款时间，也没有约定须按当月审核款足额支付。另案生效判决曾经认定原告“在2007年2月之前基本按约付款”，2006年6月13日原告还曾支付过人民币1，000万元（以下币种相同），从总体而言，原告基本系按约付款。2007年1月前虽出现个别月份未付，但后来也及时补足；2007年3月后因为被告延误工期严重，存在质量问题，故原告未付，但被告也从来没有根据合同约定提出过延长工期申请。3、关于河道、暗浜的问题，被告在签订合同时即为明知，相关的前期处理不应当延长工期，仅有1号楼确实属于原本计划让园区处理，后又交由被告处理，因此延误了14天，但并不影响整个工期。4、关于指定分包问题，根据总包合同约定，除了消防、电话、电梯、配电、污水等外，其余均在总包范围内，但在实际施工中，由于被告抬高报价，加收管理费、配合费，使原告与相关公司签订专业分包合同的时间延误；被告的电梯井施工不符合新图纸，导致返工，也没有解决调试电源的问题。消防、弱电都是在2006年8月就参与了现场工作，9月就产生了工程量；被告管理配合不力，使幕墙材料失窃，而且进展延误。钢结构是2006年7月才具备安装条件。由于被告施工质量有问题，使精装修工程延误。被告配合不力，也使防火门和铝合金门窗施工延误。5、甲供料的问题也是被告没有及时提供用料计划。室外总体工程也属于被告承包范围，道路工程2007年7月30日才验收。原告在施工中也曾多次督促被告尽快完成施工，被告应承担全部延期违约责任。三、被告施工的工程存在诸多质量问题，不按设计施工，偷工减料：1、质量检测报告已经显示工程质量存在诸多问题。2、系争工程存在特殊情况，除了7号楼和10号楼是2007年10月交付使用外，被告于2010年6月29日才将工程交付原告，故除7号、10号楼外，其余工程的质保期均应自2010年6月29日起算。原告曾在2009年10月24日发出过维修要求，在2010年6月29日之前，被告曾维修过两次，但之后再未维修。3、测量报告只明确了542，668元维修费，还应当增加裂缝维修费5万元，2号至4号楼的防水维修费292，313.4元，因维修可能导致的租金损失228，600元，故被告总计应当承担维修费1，113，581.4元。故请求法院判令：一、被告支付工程逾期竣工违约金13，389，070.93元（暂以62，712，276元＊0.05%＊427计，最终工程造价基数以法院判决为准）；二、判令被告对原告新建厂房存在的质量问题进行整改，如不整改则赔偿整改的损失（具体以法院指定司法鉴定部门的鉴定结论为准）。2013年8月23日的重审庭审中，原告将其诉讼请求明确为：一、被告支付工程逾期竣工违约金13，389，070.93元（暂以62，712，276元＊0.05%＊427计，最终工程造价基数以法院判决为准）；二、判令被告赔偿维修费用1，113，581.4元。
被告南通四建公司辩称，一、关于开工、竣工时间，另案判决并没有明确开工日为2005年12月23日，被告在当日进场只是进行前期准备工作，开工日应当以原告取得施工许可证即2006年7月27日为准。竣工日是2007年5月17日，当日全部10幢单体通过验收，而且这也是另案生效判决确定的时间。二、关于工期延误责任问题，系争工程的实际工期虽然超过了约定时间，但并不是被告施工延误，而是原告的原因导致：1、原告未按约取得施工许可证，导致延误工期127天。2、原告未及时批价、批示、供应材料导致延误工期107天。3、合同履行中未按约支付进度款，延期536天。4、原告未及时选定专业分包单位，导致工程延期139天。5、施工图提供滞后延误工期297天，故工程延期的责任不在于被告。6、室外道路工程的问题原告已经另案起诉，并已经处理完毕，不是本案审理范围。三、关于质量问题，自2007年5月17日工程竣工开始计算质保期，到2009年5月16日质保期已经届满，原告2009年5月20日还在被告出具了信誉卡上盖章确认对保修服务满意。本案质量鉴定报告中所包含的质量问题均已经超过质保期，被告在2010年6月29日前曾多次维修，之后未收到过原告的维修通知，也没有再维修。在合同质保期内，被告已经履行了保修义务，如果原告在两个月内向其发出维修通知，其同意对1号楼的渗漏水问题进行维修，但不同意对其他原告主张的质量问题进行维修，也不同意支付维修费用。由此，请求法院驳回原告的全部诉请。
经审理查明，2005年9月8日，原、被告签订《上海爱尔爱司发动机有限公司新建厂区工程施工总承包合同签约书》一份（包括“施工总承包基本规则”、“施工总承包合同条件细则”）及相关附件，约定由被告承建位于南芦公路以东、南汇工业园区第12号地块的原告新建厂区工程，建筑总面积约75，000平方米；工程价款暂定为8，000万元（今后按施工图预结算调整），工程主要材料价格按《上海建设工程标准预造价信息》及其副刊的市场信息价执行，竣工结算时，按结算总价税前下浮13％。总承包人应按照合同文件所显示的总承包范围和工程规范进行工程施工和完成工程。并须在合同规定的243个日历天（2005年10月1日至2006年5月31日）工期内竣工交付。业主于2005年9月底提供基础施工图和办妥施工许可证工作，正负0.00以上图纸提供不影响乙方延续施工和备料。“施工总承包基本规则”第16项“合同总工期”：本工程合同工期为243日历天（2005年10月1日至2006年5月31日），以业主发出开工令之日期定起计，为总承包人进场日期，进场之条件，业主与总承包人必须事先作出统一之书面确认，以确保总承包人按上述日期准时地顺利施工。但本工程合同之竣工期限须受本合同文件之施工总承包合同条件细则第三十一条“延长竣工期限”规定制约。
“施工总承包合同条件细则”第三条“施工总承包范围”：合同图纸、文件显示的全部土建（含打桩）、机电设备安装、装饰工程及规划红线内总体工程的施工以及上述范围内的总质量管理、总协调和总进度控制。其中变配电、消防、电话、有线电视、煤气、污水处理等工程为业主指定分包，总承包人负责对业主指定分包工程协调和进度控制，提供现场现有施工机具和水电设施、办公设施的使用，负责工程竣工备案资料的收集归档工作。第二十五条“工程竣工及缺陷保修责任”：1、总承包人应在工程实际竣工前七天通知业主，以便业主做好工程竣工验收准备，并在工程实际竣工之日向业主提交工程竣工报告，而业主应在接获总承包人的工程竣工报告后二十八天内验收完毕。需政府有关部门验收的项目，业主将在总承包人所提供的资料齐全的情况下，在3个工作日之内上报，并由政府有关部门排期验收。业主及有关部门认为工程验收已合格，则竣工之日以总承包人发出工程竣工报告之日为准，同时业主应书面加以确认。2、业主及有关部门在工程竣工验收时发现因材料或操作工艺不符合本合同文件规定而出现的任何缺陷，应在上述工程竣工验收后七天内书面作出注明，而总承包人应在收到业主书面指示后的合理期限内，自费修理所有缺陷，缺陷修复竣工后，总承包人应另行提交工程竣工报告，业主及有关部门再行验收认为合格后，则工程竣工日以总承包人发出缺陷修复竣工报告之日为准，同时业主应书面加以确认。3、本工程缺陷保修期基础设施工程、房屋建筑的地基基础工程和主体结构工程，为设计文件规定的该工程的合理使用年限；屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房屋和外墙面防渗漏，为五年；电气管线、给排水管道、设备和装修工程，为二年；除明确外的项目保修期为一年。在工程缺陷保修期内任何时间，业主均可书面指示要求修复因材料操作工艺不符合本合同规定而出现的任何缺陷，并应将该书面指示在不迟于本合同规定的缺陷保修期届满后十天内送将总承包人，而总承包人应在收到该书面指示后三天内到场开始自费修复任何缺陷，待缺陷修复后，总承包人应就此向业主发出修复竣工报告，该报告发出之日应被作为缺陷修复竣工日期，如总承包人未按业主所指定的期限开始修复（接到通知后三天内），或总承包人多次修复仍不合格，或总承包人屡次重复出现同类严重缺陷，或业主判断总承包人明显不能胜任该项缺陷修复，则业主有权另行招请他人完成修复其所指的所有缺陷，因此而需支付的费用，业主可从届期应付予总承包人缺陷保修之保证金款项内扣除，支付予执行者。若招请他人修复所需费用大于届期应付予总承包人缺陷保修之保证金款额，则业主可将其大于部分的金额作为债务向总承包人索取。4、保修期从业主在最终验收记录上签字之日算起。6、……由于业主违反有关规定和约定，经办银行不能支付工程款，总承包人可留置部分或全部工程，并予以妥善保护，由业主承担损失费用。
第二十九条“进占工程现场、竣工和延期”：在具备开工条件的情况下，在业主发出书面通知后第十五天，为总承包人进占工程现场日期，即日业主必须将工程现场交予总承包人，总承包人应随即开工，并正常地按合同文件的工程进度计划进行施工，起计工期日历天。且必须在合同文件指定的竣工日期或之前完成本工程，但竣工日期仍须受合同条件细则第三十一条有关延期规定所限。第三十条“逾期违约、赔偿”：1、违约（1）若业主代表不能及时给出必要指令、确认、批准，不按合同履行自己的各项义务、支付款项及发生其使合同无法履行的行为，应承担违约责任（包括支付因其违约导致总承包人增加的经济支出和从应支付之日起计算的应支付款项的利息等），相应顺延工期，支付违约金和赔偿因其违约给总承包人造成的窝工等损失。（2）若总承包人未能在本合同文件指定的竣工日期（合同总工期、日历天数）或任何允许延长竣工期期限内竣工，则总承包人应向业主支付每逾期一天按工程造价的万分之五计取的罚金，业主也可以根据本合同应付或届期应付予总承包人的金额内扣除。第三十一条“延长竣工期限”：如遇下列情况，总承包人应就延误工期的内容和因此发生的经济损失在7天内向业主提出报告；业主在收到报告后7天内予以确认，答复，逾期不予答复，总承包人即可视为报告已被确认。（1）非总承包人原因造成的火灾、水淹、爆炸等原因；（2）双方无法预见的因素，对总承包人施工进度确实造成严重影响的，如地下障碍物及文物处理等；（3）业主提供物料未能按双方认定的时间进场或者应交验时发现有缺陷，需要修、配、代、换而影响施工进度的；（4）非因总承包人原因，业主代表无故拖延办理签证手续而影响下一工序施工的；（5）合同中规定或业主代表同意给予顺延工期的其它情况；（6）重大工程量变化，设计变更和修改致使总承包人无法连续施工；（7）由于业主拖欠工程款引起总承包人无法施工；（8）工程按国家政策停建缓建时造成总承包人工期损失；（9）不可抗力：指因战争，动乱，空中飞行物体坠落或自然灾害对工程的影响；（10）根据施工图提交日期之附件，施工图延缓提交而实际被证明确实影响了施工日期；（11）国家政策和当地政府及有关部门发布的规定、通知（或临时规定）影响工期正常施工的，工期应顺延。第三十三条“对延长竣工期限，损失和费用的要求”：总承包人对延长竣工期限，损失和费用的一切书面要求必须在该等事情发生后半个月内向业主提出，超出半个月期限提出的任何书面要求则被当作不合理，业主可对此不作任何考虑，或总承包人被认为是放弃此等要求。第三十七条“工程款支付”：1、本合同签订生效后打桩时作为正式开工期，向总承包人支付人民币1，000万元整，在整个工程施工期间直至工程竣工验收，按照工程形象进度业主支付至工程造价的百分之六十五（包括已付的工程预付款），其余工程余款百分之三十五（包括保修金在内）顺延至工程竣工之日（以业主在竣工验收书签字之日为准）起二年内付清。2、总承包人进入工程现场起计工期日历天后，每月25日（逢假日顺延）应按实际完成工程量金额编制“完成工程量报表”（月统计工程量报告）交业主，经业主核准认可后（核准期最迟不得超过十个日历天）予以结算支付。预付款1，000万元在每月支付工程进度款时分9个月逐月扣还。3、工程余款百分之三十五支付方式：工程验收合格后二年内分两次支付该项目余额资金（包括保修金在内）。其中：工程竣工验收后一年内付50%，余款工程竣工二年内付清。甲方支付乙方上述逾期利息50万元。总承包合同还约定了其他事项。
总承包合同附件3《工程质量保修书》约定：一、工程质量保修范围和内容：质量保修范围包括地基基础工程、主体结构工程、屋面防水工程和双方约定的其他土建工程，以及电气管线、上下水管线的安装工程，供热、供冷系统工程等项目。二、质量保修期：质量保修期从工程实际竣工之日算起。分单项竣工验收的工程，按单项工程分别计算质量保修期。质量保修期：1、装修工程为2年，屋面防水工程为5年；2、电气管线、上下水管线安装工程为2年；3、供热及供冷为2个采暖期及供冷期；4、室外的上下和小区道路等市政公用工程为2年。三、质量保修责任，属于保修范围和内容的项目，承包人应在接到修理通知之日后7天内派人修理，承包人不在约定期限内派人修理，发包人可委托其他人员修理，保修费用从质量保修金内扣除。四、质量保修金的返还，本工程约定的工程质量保修金为施工合同价款的3%，金额为240万元，保修期满两年后一周内付160万元，防水保修期满5年后一周内付清余款。
另查明，2006年9月26日，原告向被告支付预付款1，000万元。同年12月23日，被告进场施工。2006年3月15日，监理单位向被告发送工作联系函一份称，根据业主指令，并经与贵司商议关于本工程的开工日期明确如下：1、确定2005年12月24日工程打入第一根工程桩起作为本工程合同开工日。2、原合同工期同意给予延长。具体延长天数，由贵司根据工地前期实际情况，提出报告。报管理公司及业主审批，由双方公司领导作最终商定。另查明，被告曾出具一份《开工报告》注明：报告日期2005年12月23日，开工日期2005年12月23日，本案重审庭审中，双方当事人均确认该报告实际出具日期晚于2005年12月23日。
2006年3月20日，原上海市南汇区安全质量监督站向原、被告及监理单位发出《建设工程局部暂停施工整改指令单》，称系争工程在“未办理报监、领取施工许可的情况下擅自施工”，要求“在基础范围内暂停施工，全面整改”。同年7月27日，原上海市南汇区建设委员会就系争工程颁发了《建筑工程施工许可证》，注明工程名称：1#研发大楼＋展示厅、2～4#职工宿舍楼、5#餐厅、6～10#厂房，并在备注一栏中注明：具体开工日期以施工日志为准（补办）。2006年7月28日，被告向原上海市南汇区建设工程安全质量监督站回函称：……施工许可证7月27日已领，符合建筑工程施工许可管理办法的要求，我公司自即日起可恢复施工……。
再查明，被告在2005年12月至2007年4月间，共申报了14份《工程款支付申请表》，申请原告在相应期限内支付工程进度款，均由监理单位审核注明应付金额并经原告方确认。该14份申请表上标注的申请日期、申请付款日期、核准应付金额分别为：编号001、2006年3月25日申请于2006年4月4日前支付11，329，776元，经审核确认应付82.6923万元（已抵扣预付款19.6887万元）；编号002、2006年4月25日申请于2006年5月4日前支付12，776，717元，经审核确认应付219.1143万元（已抵扣预付款52.1701万元）；编号003、2006年5月申请于2006年6月4日前支付8，370，735元，经审核确认应付332.7642万元（已抵扣预付款79.2296万元）；编号004、2006年5月30日申请支付13，030，578元，经审核确认应付398.6883万元（已抵扣预付款94.9258万元）；编号006、2006年6月25日申请支付于2006年7月4日前支付8，103，220元，经审核确认应付271.8849万元（已抵扣预付款125.0916万元）；编号007、2006年7月25日申请支付于2006年8月4日前支付16，659，975元，经审核确认应付647.6316万元（已抵扣预付款154.1990万元，不含桩基检测费5.07万元）；编号008、2006年8月25日申请于2006年9月5日前支付11，097，242元，经审核确认应付334.3848万元（已抵扣预付款79.7512万元）；编号009、2006年9月21日申请于2006年9月30日前支付5，380，151元，经审核确认应付194.9194万元，该期应付款全部由预付款抵扣；编号010、2006年10月25日申请于2006年11月4日前支付11，389，386元，经审核确认应付170.4369万元（已抵扣预付款200.0246万元，1，000万元预付款已全部抵扣完毕）；编号011、2006年11月24日申请于2006年12月4日前支付6，307，095元，经审核确认应付162.8561万元；编号012、2006年12月25日申请于2007年1月4日前支付2，576，238元，经审核确认应付102.2538万元；编号013、2007年1月25日申请于2007年2月4日前支付4，212，978元，经审核确认应付62.4964万元；编号014、2007年3月25日申请于2007年4月4日前支付2，058，325元，经审核确认应付89.1482万元；编号015、2007年4月25日申请于2007年5月4日之前支付5，935，906元，经审核确认应付246.5235万元（不含127.6144万元智能化工程款）。
2005年12月23日至2007年10月23日，原告实际支付进度款的情况为：2006年6月13日1，000万元，同年8月2日271万元，同年9月14日620万元，同年11月14日250万元，同年12月12日170万元，2007年1月30日100万元，同年2月9日、14日、15日共支付140万元（共计2，551万元）。
根据双方当事人均确认的《上海爱尔爱司发动机有限公司工程款审核及支付情况汇总表》，原告在2006年4月至2007年5月间的进度款欠付情况为：一、2006年度：4月欠82.6923万元、5月欠301.8066万元、6月欠33.2590万元、7月欠305.1438万元、8月欠681.7755万元、9月欠396.7303万元、10月欠396.7303万元、11月欠317.1671万元、12月欠319.1459万元；二、2007年度：1月欠321.3997万元、2月欠243.8961万元、3月欠243.8961万元、4月欠333.0443万元、5月欠579.5678万元。
2006年5月29日、6月9日、7月16日、8月17日、10月10日、11月9日、11月30日；2007年1月20日、1月29日、2月6日、4月15日、5月13日，被告曾分别向原告发函催促其支付相应工程进度款，并多次提出因付款延误导致工期延误。
又查明，系争工程主体结构分部工程经原告确认通过验收的时间分别为：1#楼2006年9月25日、2#楼同年8月22日、3#楼同年8月22日、4#楼同年8月22日、5#楼同年9月17日、6#楼同年8月22日、7#楼同年8月22日、8#楼同年9月25日、9#楼同年8月28日、10#楼同年8月22日。原告与相应指定分包施工单位签订指定分包合同的时间分别为：1、电梯工程：2006年6月8日；2、精装修工程：2006年10月18日；3、幕墙工程：2006年11月5日；4、防火门工程：2006年11月19日；5、钢结构工程：2006年6月12日；6、弱电智能化、消防工程：2007年2月11日；7、铝合金门窗工程：2006年9月7日。
施工期间，监理单位和原告曾多次向被告发函，要求被告处理好基础垫层、暗浜挖土、桩基质量、建筑垃圾清理、现场施工安全、分包单位管理、工地材料保管防盗等问题。被告也曾多次向原告和监理单位发函或在工程例会中提出，催促原告尽快办理施工审批手续、确定相关指定分包单位、签订相关指定分包合同，安排分包单位进场施工，批示材料品牌及价格、石材供应、提供图纸等。
原告2007年4月18日、7月31日两次发函要求被告就墙面裂缝和渗漏问题出具书面报告和维修方案。被告曾在2006年7月20日、10月27日和2007年2月6日、4月15日分别致函原告称，因无施工许可手续、工程款支付迟延、甲供材料不到位、专业分包单位进场迟延等原因造成工期延误，业主应顺延工期，免除相应责任。
还查明，2007年5月17日，原、被告、监理单位、设计单位共同在1－10#楼的《单位（子单位）工程质量竣工验收记录》上签字、盖章，其中1#、3-10#楼的竣工验收记录上均注明：开工日期2005年12月23日，竣工日期2007年5月17日，2#楼的竣工验收记录上注明：开工日期2005年12月24日，竣工日期2007年5月17日，该10份竣工验收记录的“综合验收结论”均为“通过验收”。
2007年7月30日，监理单位出具了《工程质量评估报告（室外总体道路评估报告）》，确认室外总体道路工程质量等级为合格等级。
2007年8月31日，原上海市南汇区公安消防支队对原告出具《建筑工程消防验收的意见书》，确认系争工程10幢单体的消防验收基本合格。
2007年9月14日，原、被告及监理单位共同签订《爱尔爱司项目工程款支付协议书》约定工程造价结算前最后一次按65%进度款支付按：1、16期月报的审核金额。2、土方暂付款为壹佰壹拾万元整。3、工程款支付时间一个月，支付方式为银行期票。4、工程款支付证明书，施工方于2007年9月17日盖章完毕。
2007年10月23日，原、被告及监理单位、设计单位共同签署了《建设工程竣工验收报告》，注明开工日期：2005年12月24日，竣工验收日期：2007年10月23日，并记载“本工程项目名称为上海爱尔爱司发动机有限公司新建厂房，由1#研发中心、2#、3#、4#职工宿舍、5#职工餐厅、6#、7#、8#、9#、10#厂房组成，新建厂房面积为69，944平米”，其中“工程明细表”上标注的亦为1-10#十幢单体。
2007年11月11日，上海市特种设备监督检验技术研究院就系争工程的电梯工程出具《电梯验收检验报告》，确认检验合格。
2009年5月20日，原告在被告发送的“信誉卡”回执上加盖其工程部印章，并将“回访、保修是否及时主动”、“回访、保修的内容”、“服务态度”、“回访、保修质量”四项评价内容勾选为“满意”。
2010年1月22日，原、被告签订《协议书》一份，约定原告以银行支票（期票）的形式分三次支付2，800万元整，被告保证在收到上述第三次付款后当日将10栋建筑物及整体工程70，104平方米交付给原告。协议签订后，原告如期向被告支付了工程款共计2，800万元，被告于2010年6月29日向原告整体移交了系争工程。本案重审庭审中，双方当事人均确认，系争工程完工后，被告曾留置系争工程，但被告称2#-5#楼及6#、7#、10#楼均在2010年6月29日之前即已实际交付原告使用，而原告称其仅在2007年10月开始使用7#、10#厂房，其余工程均系在2010年6月26日才接收。
另查明，2007年11月，南通四建公司以爱尔爱司公司尚拖欠工程进度款为由诉至本院，要求判令爱尔爱司公司支付工程款进度款及相关利息等。本院于2008年3月10日作出（2007）沪一中民二（民）初字第156号民事判决，判令爱尔爱司公司向南通四建公司支付进度款4，949，399元及相应利息等。该案一审判决后，南通四建公司不服，上诉至上海市高级人民法院，上海市高级人民法院于2008年5月29日作出（2008）沪高民一（民）终字第32号判决：驳回上诉，维持原判。
2008年6月，南通四建公司以爱尔爱司公司未能按约在三个月内进行审核并给予确认或提出修改意见为由起诉至本院，要求判令爱尔爱司公司支付工程款15，300，734元及相应利息。2010年11月8日，本院作出（2008）沪一中民二（民）初字第41号民事判决：驳回南通四建公司的诉讼请求，并认定爱尔爱司公司可暂扣80万元保修金。该案一审判决后，南通四建公司与爱尔爱司公司均不服，分别向上海市高级人民法院提起上诉，爱尔爱司公司在该案二审庭审中提出原审法院认定系争工程于2007年5月17日竣工有误。上海市高级人民法院于2011年3月15日作出（2011）沪高民一（民）终字第1号民事判决：驳回上诉，维持原判，并在判决书中认定：“关于系争工程的竣工时间，有建设单位、监理单位、施工单位、设计单位四家共同在《单位（子单位）工程质量竣工验收记录》上盖章签字确认，明确工程竣工日期为2007年5月17日，故本院对爱尔爱司公司主张的竣工时间不予采纳。”
2008年7月，爱尔爱司公司诉至原上海市南汇区人民法院，请求判令南通四建公司对其新建厂房工程的道路工程进行返工重建，并承担道路工程逾期竣工违约金1，079，994元。原上海市南汇区人民法院于2009年4月21日作出了（2008）汇民一（民）初字第5343号民事判决，驳回了爱尔爱司公司的诉讼请求。
以上事实，有《上海爱尔爱司发动机有限公司新建厂区工程施工总承包合同签约书》、《开工报告》、《工程款支付申请表》、《上海爱尔爱司发动机有限公司工程款审核及支付情况汇总表》、《请款报告》、《工作联系单》、《会议纪要》、《分项、分部工程质量验收证明书》、《单位（子单位）工程质量竣工验收记录》《建设工程竣工验收报告》、《建筑工程消防验收的意见书》、《工程质量评估报告》、《爱尔爱司项目工程款支付协议书》、《民事判决书》、《协议书》及当事人陈述等证据在案佐证，本院予以确认。
本案重审中的司法鉴定报告结论及双方当事人质证意见如下：
一、《关于上海爱尔爱司发动机有限公司新建厂房工程暗浜、河道处理工期鉴定的报告》结论：1、根据工程例会记载，1#楼填土实际工期为14天，6#楼填土实际工期为7天，7#楼在2006年2月21日之前完成填土，9#楼填土实际日期为7天。2、如果按照2000定额套算，1#楼挖土填土工期总计17天，6#楼挖土填土工期总计24天、7#楼挖土填土工期总计4天、9#楼挖土填土工期总计16天。
原告称对该报告专业结论无异议，但认为应根据实际施工情况来确定延期天数，其仅认可1#楼延期14天，其余几栋楼的暗浜处理包含在被告的施工范围之内，被告在签约时也是明知的，不能成为延期抗辩理由。被告对此发表意见称，对该报告专业结论无异议，其确实在签约前就从岩土勘察报告中了解到系争工程所在地存在暗浜，在签约前的现场查看中也看到了河道，其施工组织计划中包括了对暗浜的处理，但1#楼的河道问题原本是由原告负责处理的，后来原告又交由被告处理，其认为因处理暗浜、河道实际延期达80天。
二、《上海爱尔爱司发动机有限公司厂房工程质量检测报告》主要结论：1、1号楼、8-10号厂房的部分混凝土垫层、碎石垫层、整浇面、钢筋网间距、不满足设计要求，暗浜回填用灰土的石灰含量未达到《关于“上海爱尔爱司发动机有限公司新建厂房工程暗浜处理及土方回填”的报告》的要求。2、2-4号楼、8-10号楼的渗水主要是防水措施不到位和材料老化等原因引起的。1号楼、8-10号楼的地坪、楼面裂缝主要是材料收缩引起。1号楼、8-10号楼的填充墙裂缝主要是材料收缩和温度变化原因引起。
就质量问题出具的维修建议为：1、对2-4号楼和8-10号楼厂房外墙的窗框密封胶做法和屋面泛水进行普查，对未进行密封处理或密封处理不到位的应重新进行密封处理。对存在倒泛水的阳台和卫生间建议采用增设放水门栏或其他可靠措施进行处理。2、鉴于目前房屋结构竣工已有三年左右，填充墙的收缩变形已基本结束，建议及时对填充墙裂缝进行修补。3、对地坪整浇层裂缝的修补建议凿除裂缝处整浇层，重新用微膨胀细石混凝土浇注。该报告对需要维修的裂缝、渗水部位均附有现场勘查照片，并标注了具体方位。该报告标明现场检测日期为：2010年12月8日至12月10日。
原告称对该报告专业结论无异议，但认为维修方案过于简单笼统。被告称对该报告专业结论无异议，但表示相关质量问题均已超过质保期。鉴定人员对原告的上述意见回复称，其从专业角度出具的维修结论已经可以满足维修需求。
三、《上海爱尔爱司发动机有限公司1号楼研发中心屋面渗漏水司法鉴定意见书》结论：1号楼的屋面存在一定渗水现象，主要原因是修补处存在裂缝，局部管道与楼板交接处存在缝隙，局部材料老化，天沟未及时清理，地漏堵塞。其在本案所做的质量检测均为房屋表面装饰层或是附属构件的质量问题，其工程质量问题与主体结构的抗震性能无关。维修建议为：1、及时清理天沟内的杂物，疏通堵塞的地漏。2、对天沟内的隔离层和屋面泛水进行普查，对存在裂缝位置进行修补，对未进行密封处理或密封处理不到位的应重新进行密封处理。该报告标明鉴定日期为：2011年11月7日。
原告称对该报告无异议。被告称对该报告专业结论无异议，但表示相关质量问题均已超过质保期。
四、《上海爱尔爱司发动机有限公司2号、3号楼六个卫生间渗漏水司法鉴定意见书》结论：2号楼四个房间（605、702、704、705）卫生间和3号楼208室卫生间的渗水主要是防水涂料变形老化引起破裂所致。3号楼103室卫生间渗漏水主要是局部电线管破损引起。维修建议：1、2号楼605室、702室、704室、705室、3号楼208室五个房间卫生间的渗水，建议凿除房间上层卫生间地坪面层，在混凝土接缝和裂缝处采取防水卷材等加强防水措施，重新涂刷防水涂料，恢复卫生间面层。2、3号楼103室卫生间顶板渗漏水，建议由专业电工沿管线进行检查，查到管线破损位置后，对管线破损位置进行修补。该报告标明鉴定日期为：2013年7月22日。
原告称对该报告专业结论无异议，但亦表示维修建议过于笼统。被告称对该报告专业结论无异议，但相关质量问题均已过质保期，也不能确定渗漏水问题属于施工方的责任。
五、《关于上海爱尔爱司发动机有限公司房屋维修费用的测算报告》结论：按照建科院检测站出具的《上海爱尔爱司发动机有限公司厂房工程质量检测报告》和《上海爱尔爱司发动机有限公司1号楼研发中心屋面渗漏水司法鉴定意见书》中出具的维修方案施工内容，测算涉案房屋维修费用为531，511元。
原告称对该报告的结论不够精确，不予认可。被告称对该报告结论数据不予认可，且相关质量问题均已过质保期，对关联性不予认可。鉴定人员回复表示，维修金额计算系采用2000定额，材料价格是根据质量鉴定报告出具时的信息价，人工、费率均是按平均水平居中计取。
六、《关于上海爱尔爱司发动机有限公司房屋维修费用测算报告的补充说明》结论：根据建科院检测站出具的《上海爱尔爱司发动机有限公司2号、3号楼六个卫生间渗漏水司法鉴定意见书》中的修理意见所测定的防水翻修的费用为11，157元。
原告称对该补充说明采用的专业标准无异议，但认为结论金额偏低。被告称对该补充说明的专业结论无异议，但认为相关质量问题已过质保期，对其关联性不予认可。
本院经审查认为，上述司法鉴定报告及补充说明均由具有法定资质的司法鉴定机构作出，鉴定程序合法，依法应予采信。
本院认为，本案双方当事人签订的施工总承包合同及相关附件，均系双方当事人真实意思表示，不违反法律的禁止性效力性规定，双方均应按约履行。本案争议焦点在于：一、系争工程的开工、竣工日期；二、被告提出的工程延期抗辩理由是否成立；三、系争工程质量问题的责任承担问题。
一、关于系争工程开工、竣工日期的问题。
（一）关于开工日期，被告自认其在2005年12月23日已经进场开始施工，且其盖章确认的开工报告所记载的开工日期亦为2005年12月23日，故本院认定系争工程开工时间应为2005年12月23日，被告称应以原告取得施工许可证之日作为开工日期，与实际施工情况和开工报告记载不符，本院不予采信。（二）关于竣工日期，根据施工许可证的记载，系争工程的主要内容为10幢单体房屋，而该10幢单体工程均于2007年5月17日通过了单位工程竣工验收，虽然双方当事人于同年10月23日又办理一次竣工验收手续，但当日出具的《建设工程竣工验收报告》中所反映的具体验收内容亦为10幢单体房屋，而且另案生效判决已经明确认定系争工程的竣工日期为2007年5月17日，故本院认定系争工程的竣工日期为2007年5月17日，原告称系争工程竣工日期为2007年10月23日，缺乏事实依据，亦与另案生效判决已认定的事实不符，本院不予采信。
二、关于被告提出的工程延期抗辩理由是否成立的问题。
系争总承包合同约定的工期为243个日历天，从2005年12月23日至2007年5月17日，而系争工程的实际工期为511天，超出合同工期共计268天。被告就工程延期提出了相关抗辩理由，并提供了相应的证据，原告亦提供了相关证据用以证明其延期责任主张，本院结合双方当事人提供的证据，针对被告的工期抗辩理由，综合审查、分析如下：
（一）关于施工许可证迟延办理的问题，建筑法第七条规定，建筑工程开工前，建设单位应当按照国家有关规定向工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门申请领取施工许可证。根据该条法律规定，申请办理施工许可证是建设方的法定义务，也是工程合法开工的前提条件。系争总承包合同明确约定，原告应于2005年9月底办妥施工许可证，而原告实际于2007年7月27日才取得系争工程的施工许可证，其行为违反了合同约定，应就整个无证施工期间的工期延误承担责任。从工程实际进展情况看，被告曾在2006年3月20日遭到行政主管部门的停工指令，至同年7月28日才正式回函表示可恢复施工。虽然被告在此期间仍然完成了一定的工程量，但一方面，施工过程中的相关会议记录中显示出被告曾多次提出因无开工手续，其人员、机械进场规模受到了严重影响，在此情况下，被告的施工系处于非正常的状态；另一方面，被告在此段期间本应依法停工，而导致停工令的责任在于原告，原告不能就停工指令期内的违法施工行为享有工期利益。故本院认定2006年3月20日至2006年7月27日共计130天的工期应予顺延。
（二）关于暗浜、河道处理导致的延期问题。鉴于被告在重审庭审中已经自认其在签约前已经知晓系争工程现场存在河道、暗浜，其制定的施工组织计划中也包含了相关处理方案，故本院认定6号、7号、9号楼的暗浜处理施工期间不能构成合理延期理由。但就1号楼河道处理的问题，双方当事人均认可曾出现因原告前期联系第三方处理所导致的等工情况，故本院仅就1号楼的河道处理认定存在14天的合理延期。
（三）关于进度工程款迟延支付的问题。合同法第二百八十三条规定，发包人未按照约定的时间和要求提供原材料、设备、场地、资金、技术资料的，承包人可以顺延工程日期，并有权要求赔偿停工、窝工等损失。系争总承包合同关于进度款支付的条款约定，被告应在施工期间的每月底申报当月完成的工程量，由原告在十日内审核确认当期应付的进度款金额并予以结算支付，1，000万元的预付款则在每月支付进度款时分9个月进行抵扣。根据该条款约定，被告应按时申报工程产值，原告则享有审核每月应付进度款并分月抵扣相应预付款的权利，并承担按月支付经审核确认的进度款的义务。在实际履行过程中，被告自2006年3月至2007年4月持续提交了14份书面进度款支付申请，并注明了应付款期限，监理单位及原告对该14份申请表均进行了审核确认，并在9个月的应付进度款中抵扣了相应预付款，应视为双方已就相应月份的应付进度款及支付期限达成了合意。
在施工期间，原告并未按照合同及申请表约定的金额、期限付款，其中2006年4月、5月、7月、10月，2007年3月、4月、5月未支付进度款，在其余有付款行为的月份内，除2006年6月外，均存在较为严重的欠付情况。根据合同法相关规定，发包人不支付工程款的，承包人可相应顺延工期。对此，本院认定，第一，就原告完全未付款的月份，即2006年10月1日至10月31日、2007年3月1日至3月31日、4月1日至4月30日、5月1日至5月17日共计109天的工期应予以顺延（2006年4月、5月、7月已计入停工令导致的顺延期间，不再重复计算）。第二，就原告支付了部分进度款的月份，2006年8月欠681.7755万元、9月欠396.7303万元、11月欠317.1671万元、12月欠319.1459万元；2007年1月欠321.3997万元、2月欠243.8961万元（2006年6月已经计入停工令导致的顺延期间，不再重复计算）。基于系争总承包合同约定的8，000万元预算价和243天计划工期计算所得的理论日平均产值约为329，218元，仅按上述6个月份累计欠付金额计算所得的理论工期天数即约为69天，该期间亦应计入可顺延工期。
由此，本院认定被告就原告迟延支付进度款可顺延的工期共计为178天。原告称系争总承包合同仅是笼统约定进度款应付至造价的65%，并未约定每笔进度款的具体支付期限，与系争总承包合同的约定及双方在施工中对进度款的申请、确认行为均不相符，本院不予采信。
至于原告所称的另案一审判决理由中关于进度款支付情况表述的问题，该表述并非是对以月份为节点的进度款审核、支付情况的确切认定，且该案认定剩余进度款利息支付期间的依据乃是双方于2007年9月14日重新达成的协议，并视之为对原总承包合同的变更，故原告据此称其在2007年2月之前不存在迟延支付进度款的情况缺乏依据，亦与本案查明的每月付款事实不符，本院不予采信。
至于被告所称的指定分包单位迟延进场等问题，因其主张的相关顺延期间与本院上述已认定的可顺延期间存在重合，故不再就此另行评述认定。
综上所述，被告关于施工许可证迟延办理和进度款迟延支付的抗辩理由均具有事实与法律依据，本院认定该两项问题导致的可顺延工期共计308天，已足以抵消系争工程的实际延期天数，且被告也曾在施工过程中多次以书面形式向原告提出工期顺延的主张，故系争工程延期竣工的责任不在于被告，被告就工程延期责任的抗辩主张依法成立；原告称被告应向其支付13，389，070.93元工程延期违约金的主张缺乏事实与法律依据，本院不予支持。
三、关于系争工程质量问题的责任承担问题。
（一）关于系争工程保修期的问题，根据系争总承包合同约定，施工方应在工程竣工后的质量保修期内承担质量保修责任，保修期应自工程竣工验收之日起算。系争工程于2007年5月17日通过竣工验收，故系争总承包合同约定的2年质保期应于2009年5月届满。但一方面，在本案中，因双方就工程款结算存在纠纷，被告长期留置系争工程，直至2010年6月29日才将系争工程整体移交给原告。在此之前，系争工程系由被告实际整体控制，且根据系争总承包合同的约定，被告在留置期间对系争工程负有妥善保管、看护的义务，故系争工程在留置期间内发生质量问题的风险亦应由被告承担；另一方面，施工方承担保修责任的范围应是在竣工验收后出现的影响实际使用的质量问题，而建设方全面发现、具体提出此类质量问题的客观前提正在于其对于工程的实际占用、使用。基于以上两点理由，本院认定除约定保修期外，系争工程还应自实际交付之日起就不同项目参照合同约定计算使用保修期，被告对使用保修期内的质量问题仍应承担相应的责任。鉴于原告自认其已从2007年10月开始使用7号和10号楼，故该两幢房屋的使用保修期应自2007年10月起算，而其余单体工程的使用保修期均应自2010年6月29日起算。本案重审中对系争工程的质量检测时间分别为2010年、2011年、2013年，其中2013年的补充鉴定系针对卫生间的防水问题，应适用5年期限，且三次质量检测均不涉及7号楼。故除涉及10号楼的部分外，三份质量鉴定报告中所认定的其余质量问题均未超出使用保修期，被告应对该部分质量问题承担责','2018-09-22
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