重庆市第一中级人民法院
民 事 判 决 书
(2017)渝01民终5089号
上诉人（原审原告）：重庆航运建设发展有限公司，住所地重庆市北部新区高新园区星光大道76号，统一社会信用代码91500000747491485X。
法定代表人：姚小松，董事长。
委托诉讼代理人：陈伟，中豪律师事务所律师。
委托诉讼代理人：王宝奎，中豪律师事务所律师。
被上诉人（原审被告）：重庆市铜梁区人民政府，住所地重庆市铜梁区龙都路50号。
法定代表人：常斌，区长。
委托诉讼代理人：袁登胜，重庆龙都律师事务所律师。
委托诉讼代理人：吴凤霞，系该单位职工。
上诉人重庆航运建设发展有限公司（以下简称“航运公司”）与被上诉人重庆市铜梁区人民政府（以下简称“铜梁区政府”）房屋拆迁安置补偿协议纠纷一案，不服重庆市铜梁区人民法院(2017)渝0151民初214号民事判决，向本院提起上诉。本院于2017年07月12日立案后，依法组成合议庭，进行了审理。上诉人航运公司的委托诉讼代理人陈伟、王宝奎，被上诉人铜梁区政府的委托诉讼代理人吴凤霞、袁登胜到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
航运公司上诉请求：1、撤销原判，依法改判支持上诉人的诉讼请求；2、一二审诉讼费由被上诉人承担。事实和理由：一、本案《补偿协议》并非普通民商事经济合同，从主体、内容或责任义务上看，应是属于行政法规安排下的特殊主体之间签订的合同，基于特殊优于一般原则，行政法规有特别规定的应当优先适用特别规定；二、本案审计决定的效力应当及于被上诉人，相关行政法规规定的责任义务构成本案合同的附随义务，一审判决以合同未约定补偿金额以审计报告为准的评判系错误的；三、造成本案多支付给柒好农业公司补偿款的过错责任在被上诉人，依据相关行政法规应由被上诉人自行承担相关损失；四、本案涉及国家审计决定，如不被支持，可能导致行政权与司法权的冲突。
铜梁区政府辩称，上诉请求不成立，一审判决认定事实清楚，适用法律正确，请求二审法院维持原判，驳回上诉人的诉请。并且一、二审诉讼费由上诉人承担。原因如下：1、针对第一点上诉请求，立法法明确规定，特别规定优于一般规定，一审法院适用法律系合同法规定，上诉人提及的特别规定不是同一制定机关制定的规定，本案系民事法律关系，故上诉人的该主张不符合我国立法法及民事审批原则；2、上诉人提及的行政法律法规也没有明确规定必须以国家审计机关审计为准；3、双方在涉案工程而言双方均系责任主体，只是职责分工不同，按照市政府通知看，上诉人主要职责系对拆迁安置金额等负责，我方则是具体实施安排相关工作，我方只能对被拆迁对方督促，故审计过程中，审计机关审计补偿金额是否正确对象应系上诉人，不是我方，故审计机关没有对我方出具任何审计结论，审计结论只对上诉人有约束力。我方在具体支付补偿款中已严格按照相关法规执行，及时足额转付给被拆迁人；4、拆迁补偿款金额系上诉人和被拆迁人共同委托道尔顿评估公司，其评估报告中明确载明真实性、关联性、合法性均由上诉人负责，补偿协议中约定我方由上诉人出具的评估报告等材料达到的协议，必须按照该协议履行我方拆迁责任，此过程中我方无任何违规违法行为。一年后，上诉人提出我方多付了被拆迁人，要求我方赔偿给上诉人，其责任不是我方造成，是因为上诉人出具评估报告错误导致；5、上诉人提出行政决定权和民事司法权冲突不成立。审计系行政内部审计关系，如审计结论客观真实，也应由上诉人执行。审计决定依据来源系上诉人单方要求道尔顿公司对补偿金额进行调整发出通知，道尔顿根据其通知调整评估值。
航运公司向一审法院起诉请求：1、请求法院判令铜梁区政府立即向航运公司退还多收取的补偿款项742.54万元（大写：人民币柒佰肆拾贰万伍仟肆佰元整），并以该款项为基数按照中国人民银行同期贷款利率计算从2014年1月16日起至付清之日止的资金占用损失;2、请求法院判令铜梁区政府承担本案诉讼费用。事实和理由：2011年6月1日，航运公司与重庆柒好农业发展有限公司（以下简称：柒好农业公司）等铜梁段淹没影响企业作为委托方同重庆道尔敦资产评估土地房地产估价有限公司（以下简称：道尔敦评估公司）等签订了《草街航电枢纽铜梁段淹没影响企业评估业务约定书》，同时铜梁县协助建设草街航电枢纽工程指挥部、长江工程监理咨询有限公司（湖北）草街航电枢纽工程移民安置监督评估站、铜梁区旧县镇人民政府（简称：旧县镇政府）在该《评估业务约定书》上签字盖章确认。该约定书主要内容为：1、被评估资产的范围为嘉陵江草街航电枢纽工程红线范围内征地拆迁所涉及企业的资产；2、资产评估目的为草街航电枢纽铜梁段淹没影响企业资产的价值；3、道尔敦公司根据国家有关的法律、法规，遵循独立性、客观性、科学性的原则，实施资产评估的规定程序，出具资产评估报告，并对报告书的公允性、合法性负责。2012年6月5日，道尔敦评估公司出具了重道咨（2012）第14号《柒好公司拟拆除补偿评估咨询项目评估咨询报告》（以下简称：《评估报告》），该评估报告载明评估资产价值为904.97万元。2012年8月16日，旧县镇人民政府在未取得航运公司认可并同意的情况下，径直以道尔顿公司的评估报告为基础与柒好农业公司签订了《包干补偿协议》，约定旧县镇政府对柒好农业公司进行包干货币补偿，柒好农业公司自行负责淹没处理，包干补偿金额合计1033.3895万元，其中：房屋建筑物1528510元，构筑物4508700元，设备634900元，国有土地、集体土地709330元、管道74330元、动力电、集体土地上房屋按期完成奖励997312元、按时完成搬迁奖励1501343元，其他50946元，线上资产328524元。该《包干补偿协议》签订后，旧县镇政府于2012年9月28日向柒好农业公司支付了200万元补偿款，2012年10月16日向柒好农业公司支付了730万元补偿款。此后，铜梁区政府就要求航运公司按照旧县镇政府与柒好农业公司签订的包干补偿标准签订补偿协议，航运公司未予同意，只同意对沙窝水电站进行一次性包干补偿外，对柒好农业的补偿金额强调最终必须接受国家审计确定。2012年9月25日，航运公司迫于该枢纽工程按期蓄水的压力与铜梁区政府签订了《草街航电枢纽工程淹没影响铜梁县沙窝水电站和柒好农业有限公司补偿协议》（以下简称：《补偿协议》）。该协议除罗列了补偿安置应当遵循的法律法规政策外，主要约定：1、《补偿协议》是以铜梁现行已补偿的小水电站补偿标准和企业补偿评估公司重庆道尔顿资产评估土地房地产估价有限责任公司的评估报告为基础。2、柒好农业补偿金额为1033.3895万元，其中房屋建筑物1528510元，构筑物4508700元，不可搬迁设备634900元，可搬迁设备搬迁补助50946元，集体土地709330元，管道74330元，按时完成搬迁奖励1501343元，房屋按期完成奖励997312元，线上资产评估值的30%为328524元，共计10333895元。3、签订协议后7个工作日内航运发展公司支付补偿费用的90%，剩余款项在铜梁区政府回收完柒好公司可回收资产后拨付。4、铜梁区政府应当负责淹没企业的拆除，妥善安置淹没的相关人员，承担人员安置的全部工作，不得影响草街航电枢纽工程的按期蓄水。5、铜梁区政府应当收集、整理相关补偿资料，积极做好草街航电枢纽工程水库移民验收工作，并接受国家审计。此后，航运公司于2012年9月27日向铜梁区政府铜梁县协助建设草街航电枢纽工程指挥部付款200万元，于2012年10月8日再次支付了930万元。2013年5月6日至11月18日，重庆市审计局对嘉陵江航运开发草街航电枢纽工程进行了审计。2013年7月3日，航运公司提请铜梁区政府、草街移民监理、道尔敦评估公司对柒好农业的实物指标及淹没补偿范围进行了审查复核，发现部分实物指标与原评估咨询报告数据有很大差异，2013年10月28日，重庆市审计局审计中心召集市交委、市移民局、铜梁区政府、航运公司、草街移民监理、道尔敦评估公司对柒好农业的实物指标及淹没补偿范围进行了专题研究，研究结果为：1、柒好农业公司线下资产实物量应以复核后的数据为准（蓄水池面积为59.28㎡，系砖砌结构，并非钢混结构；公路面积为49.72㎡；现场不存在粪渣收集池；现场不存在地坝；过道面积为494.18㎡；猪圈面积为63.4㎡；猪舍地面面积在计算房屋价值时，房屋地面已计列，此处不应重复计算；现场不存在沼液储存堡坎；人工湿地面积为77.18㎡；绿化面积价值5.5万元；排水沟面积为43.62㎡；应急水源库和防洪渠中包含条石947.7㎡、砖混142.9㎡；防洪渠127.8㎡；猪舍面积为1171.95㎡）为准；2、因草街蓄水对柒好农业线上资产没有任何影响，所以对线上资产不予评估和补偿；3、柒好农业建设沼气池的建设有财政补助柒好农业的167万元，且柒好农业提供的其他配套设施建设的发票都是假发票，沼气工程项目建设的补偿金额不应该计算；4、线下彩钢棚猪舍不能按特殊结构进行重置全价计算，而应按照铜府发【2008】12号文计算。2013年10月30日，航运公司征迁部向道尔敦评估公司发出《对草街航电枢纽工程淹没影响柒好农业发展有限公司拆除补偿评估咨询报告进行调整的通知》，要求道尔敦评估公司对原评估报告作出修改，并对原报告中的单价进行复核，以便铜梁区政府追回多补款项，避免国有资产损失。2013年11月5日，道尔敦评估公司向航运发展公司发出《关于调整评估咨值的说明》，该说明载明，由于评估咨询范围发生变化及房屋评估咨询标准发生变化等，柒好公司拟拆除补偿资产评估咨询报告【重道咨字（2012）第14号】共计调减评估咨询值7209980元，原评估咨询报告调整后的评估咨询值为183.97万元。2014年1月15日，重庆市审计局作出《审计报告》（编号为：渝审报【2014】4号），该审计报告认为铜梁柒好农业公司多计了742.54万元补偿款。2014年1月16日，重庆市审计局就上述审计项目作出了《审计决定书》（编号为：渝审决【2014】4号），审计决定认为航运发展公司多计柒好公司企业补偿742.54万元的行为不符合《基本建设财务管理规定》（财建【2002】394号）第三十六条规定，并根据《建设项目审计处理暂行规定》（审投发【1996】105号）第十六条的规定，责令核减费用，并调整有关账目。上述审计决定作出后，航运公司遂要求铜梁区政府根据审计决定退还多支付的柒好农业安置补偿款742.54万元，铜梁区政府答复待其向柒好农业追收后退还，2014年3月19日航运公司向铜梁区政府发出渝航发（2014）46号《关于尽快追回多补铜梁县柒好农业公司补偿款的函》。此后铜梁区政府下级铜梁区旧县镇政府对柒好农业公司、道尔顿评估公司提起了诉讼，请求柒好农业公司返还735.8885万元，道尔顿评估公司承担连带返还责任。2015年5月18日重庆市第一中级法院作出（2015）渝一中法民初字第00124号《民事判决书》，该判决主要以旧县镇政府未能充分举示证据证明其与柒好农业公司签订《包干补偿协议时》时存在重大误解、显失公平，起诉请求撤销《包干补偿协议》不符合合同法54条规定予以驳回。至此，铜梁区政府便以该判决为由，拒绝航运公司的返还诉求。综上所述，航运公司认为：一、航运公司与铜梁区政府签订的《补偿协议》约定补偿柒好公司1033.3895万元并不是包干补偿款，不是最终确定航运公司应支付铜梁区政府补偿柒好农业补偿款的金额，航运公司与铜梁区政府签订的《补偿协议》第四条明确约定了该项目接受国家审计，补偿款应以审计确定的金额为准；二、铜梁区政府下级旧县镇政府在与柒好公司签订《包干补偿协议》时，并未通知航运公司参与并取得航运公司同意，铜梁区政府擅自自行包干支付的行为与航运公司无关，其效力不能及予航运公司；三、本案建设项目是国家发改委立项的国有投资项目，必须接受国家审计局的审计，具体补偿款的是否该支付、是否合规合法审计机关拥有审计监督决定权，《审计法》第47条规定“审计机关在法定职权范围内作出的审计决定，被审计单位应当执行”，铜梁区政府是涉及柒好农业搬迁补偿的具体责任主体、工作主体、实施主体，涉及柒好农业补偿的的审计主要是针对铜梁区政府的搬迁补偿工作进行并作出决定的，铜梁区政府是被审计单位，应当执行该审计决定；四、铜梁区政府搬迁补偿工作中擅自扩大补偿范围以及疏忽大意的损失后果应当自行承担，《大中型水利水电工程建设征地补偿和移民安置条例》第34条明确规定“城（集）镇迁建、工矿企业迁建、专项设施迁建或复建补偿费，由移民区县级以上地方人民政府交给当地人民政府或者有关单位，因扩大规模、提高标准增加的费用，由有关地方政府或者有关单位自行解决”。因此航运公司根据与铜梁区政府的《补偿协议》约定和重庆市审计局作出的审计决定，航运公司有权请求铜梁区政府退还不应当支付给柒好农业的补偿款，铜梁区政府下级旧县镇政府起诉柒好农业退还补偿款诉讼败诉并不构成拒绝航运公司请求退还多支付补偿款的理由。故航运公司特依据《民事诉讼法》第一百一十九条规定，提起诉讼。
一审法院认定事实：2009年12月25日，重庆市人民政府办公厅发布《重庆市人民政府办公厅关于切实做好嘉陵江航运开发草街航电枢纽工程建设征地补偿和移民安置工作的通知》（渝办﹝2009﹞91号），要求有关区县人民政府、市政府有关部门、有关单位做好移民工作，实行“市政府统一领导、区县为基础、市交委综合管理、市移民局指导协调、有关部门各负其责、项目业主参与”的管理体制，做好草街航电枢纽工程建设征地补偿和移民安置工作有关事项，该通知同时附有征地拆迁安置补偿标准。
2011年6月1日，航运公司、重庆市柒好农业发展有限公司（以下简称柒好公司）、铜梁县永清砖厂、铜梁县伟华皮革有限责任公司、重庆市南北饲料有限公司、铜梁县浩天汽车配件厂作为委托方，长江工程监理咨询有限公司（湖北）草街航电枢纽工程移民安置监督评估站、铜梁县协助建设草街航电枢纽工程指挥部、铜梁县旧县镇人民政府（以下简称旧县政府）作为监督方，与受托方重庆道尔敦资产评估土地房地产估价有限公司（以下简称评估公司）签订《草街航电枢纽铜梁段淹没影响企业评估业务约定书》，约定由评估公司对草街航电枢纽铜梁段旧县镇影响区内所涉及的5家企业和个体工商户的资产以2011年6月9日作为评估基准日期进行评估。
2012年6月5日，评估公司出具《柒好公司拟拆除补偿评估咨询项目评估咨询报告》（重道咨（2012）第14号），该评估报告载明柒好公司评估资产价值为904.97万元。
2012年9月15日，旧县政府（订立合同方、甲方）、柒好公司（产权人、乙方）、铜梁县协助建设草街航电枢纽工程指挥部（丙方）、长江工程监理咨询有限公司（湖北）草街航电枢纽工程移民安置监督评估站（丁方）签订《嘉陵江草街航电枢纽工程库区重庆柒好农业发展有限公司包干补偿协议》约定：“根据《中华人民共和国合同法》、《大中型水利水电工程建设征地补偿和移民安置条例》（国务院令第471号）、《重庆市人民政府办公厅关于切实做好嘉陵江航运开发草街航电枢纽工程建设征地补偿和移民安置工作的通知》（渝办﹝2009﹞91号）以及水电工程建设征地移民安置规划设计规范等要求，以中介评估公司评估价为基础，经甲乙双方协商一致，签订本合同。第一条由甲方对乙方进行包干货币补偿，乙方自行负责淹没处理。包干补偿资金合计10333895.00元（大写：壹仟零叁拾叁万叁仟捌佰玖拾伍元正）。……”
2012年9月25日，航运公司（甲方）与铜梁区政府（乙方）、长江工程监理咨询有限公司（湖北）草街航电枢纽工程移民安置监督评估站（以下简称移民综合监理）（丙方）签订《草街航电枢纽工程淹没影响铜梁县沙窝水电站和柒好农业有限公司补偿协议》，约定：“由于草街航电枢纽工程建成后将对铜梁县沙窝水电站及重庆柒好农业有限公司造成淹没影响。按照水利水电淹没处理规范，甲方应对沙窝电站及柒好农业有限公司实施补偿销号。为此，甲方根据铜梁县现行已补偿的小水电站补偿标准和企业补偿评估公司（重庆道尔敦资产评估土地房地产评估有限责任公司）的评估报告，多次与乙方进行了协商，并就淹没企业补偿事宜达成如下协议：……二、补偿标金额1、沙窝水电站总包干补偿费合计为270.3106万元整（人民币大写：贰佰柒拾万叁仟壹佰零陆元正），详细费用情况见附表一。2、柒好农业补偿1033.3895万元（壹仟零叁拾叁万叁仟捌佰玖拾伍元整），详细补偿情况见附表二。3、此次补偿的总金额为1303.7001万元（人民币大写：壹仟叁佰零叁万柒仟零壹元正）。三、补偿费用支付签订协议后在7个工作日内甲方支付补偿费用的90%，剩余款项在甲方回收完沙窝电站及柒好农业有限公司可回收资产后拨付。四、双方的权利和义务（一）甲方权利、义务1、甲方应按照本协议按期支付补偿费用。2、负责向淹没企业评估单位支付评估费用、督促评估单位出具评估报告。（二）乙方的权利、义务1、乙方应负责淹没企业的拆除，不得影响草街航电枢纽工程的按期蓄水。2、在淹没企业拆除后，乙方应负责将淹没企业的可回收资产交由甲方，由甲方处置。3、协议签订后乙方应督促企业处理与电站相关的债权、债务。并妥善的安置淹没的相关人员，承担人员安置的全部工作。4、乙方应当收集、整理相关补偿资料，积极做好草街航电枢纽工程水库移民验收工作，并接受国家审计。……”
《草街航电枢纽工程淹没影响铜梁县沙窝水电站和柒好农业有限公司补偿协议》签订后，航运公司向铜梁县协助建设草街航电枢纽工程指挥部转账1173万元，其中沙窝水电站243万元，柒好公司930万元。铜梁县协助建设草街航电枢纽工程指挥部将款项支付给旧县镇财政所后，旧县镇财政所如数支付给柒好公司。
2013年10月30日，航运公司向评估公司出具《对草街航电枢纽工程淹没影响柒好农业发展有限公司拆除补偿评估咨询报告进行调整的通知》，记载：“根据重庆市审计局审计中心对铜梁柒好农业发展有限公司淹没影响补偿中发现的问题，我部于2013年7月3日会同铜梁县人民政府、草街移民监理和道尔敦评估公司对柒好农业的实物指标及淹没补偿范围进行了重新复核，发现复核后的部分实物指标与原评估咨询报告数据有较大差距。……请贵公司根据上述意见对原评估报告做出修改，并对原报告中的单价进行复核，以便于铜梁政府将多补款项追回，免于造成国有资金的损失。”
2013年11月5日，评估公司向航运公司出具《关于调整评估咨值的说明》，调减评估咨询值7209980元，由原评估值904.97万元调整为183.97万元。
2014年1月15日，重庆市审计局出具《审计报告》（渝审报〔2014〕4号），明确柒好公司多补偿了742.54万元。
2014年1月16日，重庆市审计局出具《审计决定书》（渝审决〔2014〕4号），再次明确柒好公司多补偿了742.54万元。
2014年3月19日，航运公司向铜梁区政府出具《重庆航运建设发展有限公司关于尽快追回多补铜梁县柒好农业公司补偿款的函》，记载：“我公司与贵县签订的《草街航电枢纽工程淹没影响铜梁县沙窝水电站和柒好农业有限公司补偿协议》中明确约定：沙窝水电站和柒好农业有限公司的补偿应接受国家审计。重庆市审计局渝审报〔2014〕4号审计报告明确指出，草街航电枢纽工程铜梁库区淹没影响铜梁县柒好农业有限公司补偿多计742.54万元补偿款，要求必须无条件追回。为切实落实市审计局对草街工程的审计决定，恳请贵县人民政府尽快落实相关部门和人员，开展柒好农业有限公司多补款项的追讨工作，确保国家审计决定的执行。”铜梁区政府收到该函件。
2015年6月18日，重庆市第一中级人民法院作出（2015）渝一中法民初字第00124号民事判决书，驳回旧县政府要求撤销其与柒好公司签订的《包干补偿协议》并要求柒好公司与评估公司连带返还拆迁补偿款7358885元的诉讼请求。
庭审中，航运公司将要求铜梁区政府退还多收取的补偿款项742.54万元变更为639.1505万元，航运公司系基于合同有效要求铜梁区政府退还，其依据系基于合同约定的“乙方应当收集、整理相关补偿资料，积极做好草街航电枢纽工程水库移民验收工作，并接受国家审计”。
上述事实，有双方当事人的陈述以及双方共同举示的《重庆市人民政府办公厅关于切实做好嘉陵江航运开发草街航电枢纽工程建设征地补偿和移民安置工作的通知》（渝办﹝2009﹞91号）、《草街航电枢纽铜梁段淹没影响企业评估业务约定书》、《柒好公司拟拆除补偿评估咨询项目评估咨询报告》（重道咨（2012）第14号）、《嘉陵江草街航电枢纽工程库区重庆柒好农业发展有限公司包干补偿协议》、《草街航电枢纽工程淹没影响铜梁县沙窝水电站和柒好农业有限公司补偿协议》、《对草街航电枢纽工程淹没影响柒好农业发展有限公司拆除补偿评估咨询报告进行调整的通知》、《关于调整评估咨值的说明》、《审计报告》（渝审报〔2014〕4号）、《审计决定书》（渝审决〔2014〕4号）、《重庆航运建设发展有限公司关于尽快追回多补铜梁县柒好农业公司补偿款的函》、打款凭证、民事判决书，航运公司举示的照片等证据证明，这些证据的真实性、合法性、关联性已经开庭质证和本院审查，可以作为认定本案事实的依据。
一审法院认为，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。航运公司与铜梁区政府签订《草街航电枢纽工程淹没影响铜梁县沙窝水电站和柒好农业有限公司补偿协议》系当事人真实意思表示，内容不违反法律法规的强制性规定，合法有效，双方当事人应当严格按照合同的协议履行。《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条第一款规定，当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求依据的事实，应当提供证据加以证明，但法律另有规定的除外。航运公司主张铜梁区政府应当返还多收取的补偿款项639.1505万元的依据是双方合同约定乙方应当收集、整理相关补偿资料，积极做好草街航电枢纽工程水库移民验收工作，并接受国家审计”，同时根据审计报告，应当返还，但合同中并未约定补偿金额以审计报告为准，且双方在签订合同时明确依据评估公司出具的评估报告，铜梁区政府并未多收取补偿款项639.1505万元，故，航运公司要求铜梁区政府返还多收取的补偿款项639.1505万元的诉讼请求，该院不予支持。
据此，依照《中华人民共和国合同法》第八条，《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条之规定，判决：驳回原告重庆航运建设发展有限公司的诉讼请求。
本院二审期间，双方均未举示新证据。
二审查明的事实与一审法院查明的事实相同。
本院认为，本案的争议焦点是：一、本案的法律适用问题；二、铜梁区政府是否应向航运公司退还补偿款项742.54万元。现分别评述如下：
一、法律适用问题。航运公司主张补偿协议虽系民事合同，但基于行政法规安排形成的，有典型行政合同属性，应当优先适用《大中型水利水电工程建设征地补偿和移民安置条例》（国务院令第471号）、《重庆市人民政府办公厅关于切实做好嘉陵江航运开发草街航电枢纽工程建设征地补偿和移民安置工作的通知》等行政法规，铜梁区政府则认为系一般民事合同关系，根据立法法的相关规定，一审法院适用法律正确。本院认为，航运公司与铜梁区政府之间签订的《补偿协议》,系当事人真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，应属合法有效。
行政法是有关国家行政管理的法规，其与民法在法律体系中同属部门法，二者之间并非特别法和一般法的关系，因此航运公司主张补偿协议应优先适用前述行政法规，并无相应的法律和理论依据，本院不予支持。
二、铜梁区政府是否应向航运公司退还多收取的补偿款项742.54万元。航运公司主张基于《补偿协议》有效，该合同约定的“乙方应当收集、整理相关补偿资料，积极做好草街航电枢纽工程水库移民验收工作，并接受国家审计”要求铜梁区政府退还，铜梁区政府则认为对补偿金额其只有转付职责，无权利进行更改，且评估报告委托方系上诉人，因此对多补偿部分与其无关。本案中，航运公司等作为委托方，铜梁区政府等作为监督方，与受托方道尔顿评估公司签订《草街航电枢纽铜梁段淹没影响企业评估业务约定书》，该约定书中载明，委托方的责任之一是向评估公司提供有关资产评估的资料，并对提供资料的真实性、合法性、完整性负责，由此可见，应对评估报告中的评估金额承担责任的，并非铜梁区政府，而是委托方和受托方的义务。此后，航运公司与铜梁区政府签订补偿协议，约定以该评估报告为基础，并约定对柒好农业的包干补偿资金合计10333895.00元，该协议签订后，航运公司也依约支付了上述款项，说明航运公司对该补偿金额是认可的。旧县镇财政（下属铜梁区政府）依约将收取的款项如数转付给补偿对象柒好农业。也就是说，铜梁区政府履行义务并未违反合同约定或者行政法规的规定。一审判决对此评判正确。综上，航运公司要求铜梁区政府向其返还补偿款的主张无事实及法律依据，本院不予支持。
航运公司在一审举证期限未申请司法鉴定，其二审庭后提出的司法鉴定申请，不符合《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》，本院不予准许。
航运公司在二审庭后提交的补充证据，不属于二审新证据，本院不组织质证。
综上所述，航运公司的上诉理由不能成立，其上诉请求应予驳回；一审判决认定事实清楚，适用法律正确，应予维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项之规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费63777元，由上诉人重庆航运建设发展有限公司负担。
本判决为终审判决。
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审 判 长 陈 瑜
审 判 员 刘 毅
审 判 员 赖生友
法官助理 陈紫薇
二〇一七年十二月四日
（
书 记 员 董昫顗