上海市松江区人民法院
民 事 判 决 书
（2014）松民三(民)初字第3703号
原告(反诉被告)上海金茸建设工程有限公司，住所地上海市松江区。法定代表人杨剑平，董事长。委托代理人李宗猛，上海元始律师事务所律师。委托代理人杨生泉，上海龙元律师事务所律师。被告(反诉原告)上海东光控制系统集成有限公司，住所地上海市松江工业区。法定代表人蔡祖平，总经理。委托代理人吴冬辉，上海市诚至信律师事务所律师。委托代理人冯剑豪，上海市诚至信律师事务所律师。原告上海金茸建设工程有限公司与被告上海东光控制系统集成有限公司建设工程施工合同纠纷一案，本院受理后，依法适用简易程序。后被告提起反诉，本院受理后决定与本诉合并审理。因案件复杂，本案转为适用普通程序审理。原告上海金茸建设工程有限公司的委托代理人李宗猛、杨生泉、被告上海东光控制系统集成有限公司的委托代理人吴冬辉、冯剑豪到庭参加诉讼。本案现已审理终结。原告上海金茸建设工程有限公司诉称：2010年1月22日，原、被告签订《建设工程施工合同》(以下简称“合同1”)，由原告承建被告发包的位于本区九亭镇九泾路的被告公司的生产辅助大楼项目工程(以下简称“系争工程”)。同年12月28日，双方签订《工程施工补充合同》(以下简称“合同2”)，该合同暂定总价2,900万元，并对双方工程款支付、违约责任等作了明确约定。合同签订后，原告做了前期施工准备，但因被告原因导致工程未能按时开工。为此，2011年11月13日，双方签订《补充协议》，对合同2的部分条款作了调整。同月15日，工程正式开工。开工后原告按约履行施工义务。2013年，因被告指定分包未进场、设计变更以及被告未按约支付工程进度款等诸多原因，导致原告无法正常连续施工，发生窝工，工期一再顺延。至2014年6月，除因被告未按时提供的建筑材料等因素，导致原告无法安装部分外，原告基本完成施工。双方于2014年6月18日办理了项目移交手续。经原告测算工程造价为62,302,893元，被告仅支付工程款28,468,705.16元，故诉至法院，请求判令：1、解除原、被告双方签订的建设工程施工合同及补充协议；2、被告支付原告工程款33,834,187.84元(暂定，实际待结算审价)；3、被告支付原告停窝工损失7,471,989.50元；4、被告支付原告欠付工程款及停窝工损失利息1,061，763.03元(自2014年6月18日起暂计算至2014年11月30日，实际应计算至被告全额支付工程款及停窝工损失之日止，按照同期银行贷款利率标准)；5、原告享有上海东光控制系统集成有限公司生产辅助大楼项目工程的优先受偿权。庭审中，原告将诉请2调整为要求被告支付原告工程款21,866,931.59元(鉴定报告明确原告主张意见48,867,099元+1,405,528元+配合费63,009.75元-已收款28,468,705.16元)。被告上海东光控制系统集成有限公司辩称：对诉请1，原告至今没有完成全部施工，没有完成竣工验收，合同解除后无法办理工程竣工验收，被告无法获得产权证，将产生巨大损失，故不同意解除。对诉请2，不同意支付，理由：(1)工程进度款，被告已经按照原告施工节点及原告每月申报的工程量按照合同约定支付至75%，被告不拖欠原告进度款；(2)工程结算款，由于原告没有完成全部工程，工程没有验收合格，原告没有将验收合格的工程交付被告，本案尚未到达进行工程结算的节点，故要求支付结算款没有依据。另外，被告为原告垫付了水电费，应当从工程款中予以扣除。对诉请3，不同意支付，原告开工后，由于原告施工力量不够，导致工程一拖再拖，原告不存在停窝工损失，被告或监理单位也没有确认过停窝工，原告也从未向被告申报过停窝工，原告对于停窝工损失数额和计算方式，也不同意。对诉请4，不同意承担利息。对诉请5，涉案工程没有完工，原告没有全部履行合同义务，不应该享有有限受偿权。同时，被告认为施工合同约定的工期届满后，原告至今未能完工，构成逾期，损害了被告利益。故提出反诉，请求判令：1、原告继续履行2010年1月22日签订的,施工合同项下的义务并办理竣工验收备案手续；2、原告承担自2013年3月21日至本工程完成竣工验收备案之日止的逾期完工违约金，暂计至2015年1月16日是5,061,600元(以3,800万元为本金，按日万分之二为标准暂计666天，实际应计算至完成竣工验收备案之日止)。3、被告扣回原告履约保证金595,833.72元。庭审中，被告明确反诉诉请3的金额计算方式为合同暂定总价29,791,686元×10%×2%。针对反诉，原告上海金茸建设工程有限公司辩称：不同意被告的反诉请求。对反诉1，被告没有按照双方合同约定向原告支付工程进度款，没有继续履行的能力和诚意，原告有权解除合同。对反诉2、3，原告在履行合同时没有任何过错，而被告存在逾期付款、未及时提供开工条件、被告指定分包单位迟延进场施工、存在增加工程等因素，导致约定工期拖延，该项反诉诉请应当予以驳回。经审理查明：2008年8月4日，被告获房屋建筑工程施工总承包一级资质。2010年1月22日，原、被告签订合同1，原告承包被告发包的系争工程(总建筑面积28,601平方米)。该合同主要约定如下：一、工程承包范围：设计施工图纸及招标文件范围内的土建工程(含土方开挖和土方回填至图纸设计标高、凿桩头等，不含桩基工程)、人防预埋、水电安装工程等；发包人指定分包的单项工程有精装修工程、门窗工程、设备安装工程(除水电安装)、暖通工程、消防工程等；发包人指定分包纳入总包管理范围，其工期进度、质量、竣工技术文件资料等均由分包负责，总包负责监督，并提供分包施工所需水电接口(水电费由分包方按实自理)；发包人直接发包的工程有电梯安装工程、室外给排水工程、场地内市政道路工程、建筑智能化工程、供电及高低配电间工程、天然气工程、绿化工程等其他附属工程等。二、合同价款：本工程实行包工包料，按《浙江省建筑工程预算定额(2003)版》及发包人提供的图纸文件等，确定费率优惠计算方式，并暂定工程量清单和造价，确定费率优惠计算方式为直接费上浮5.5%：工程含税造价=03定额工程直接费×(1+5.5%)(含税)±六大材料信息价差(甲供材料除外)(含税，可开材料发票)；合同总造价暂定29,791,686元；六大材料为钢筋、商品砼、水泥、砖、砂、石子、木材；本报价中六大材料结算时按施工工期的前80%月份的上海市信息价的平均价调整，除六大材料外的所有费用一律不调整；承包人在施工中的全部综合费用、劳动保险费等已经包含在合同确定费率优惠计算方式内；承包人承包范围内施工用水用电费用已包括在定额单价及承办人的施工范围内，由发包人代付，每二个月向承办人结算一次，在每月支付的进度款中予以扣除。水电单独装表计量，纳入总包范围的分包单位尽量装分表，由承包人向分包方收取；发包人指定分包工程由发包人、指定分包方和承包人签订合同，分包人确定一个分包方自行结算，发包人向发包人的指定分包支付工程款和结算款需由承包人书面确认，发包人指定分包纳入承包人总包管理范围，总包管理费和配合费按分包工程合同结算价的0.5%和1%收取。三、结算方法及付款方式：合同生效开工后，发包人收到承包人的工程进度已完成工程量月报表后15天内完成审核，核准10天内，按核实的工程进度75%【工程款=(月审工作量-
甲供材料)×75%】支付进度款，并开始扣回水电费；工程竣工验收合格后15天内，发包人支付到应付工程总金额的85%；工程结算经审定后15天内，发包人支付到结算价的95%，余下5%作为质量保修金(无息)；承办人提交工程进度月报表的时间为每月25日；工程竣工结算由发包人在收到承包人完整的工程竣工结算资料后之日起3个月内审核完毕，否则视为发包人同意承包人提交的竣工结算价；质量保修金待保修期1年退回1.5%，保修期满2年退回1%，保修期满3年退回1%，保修期满5年退回1.5%。四、合同工期：总工期为490日历天，实际开工日期以开工报告日期为准，竣工日期以工程竣工验收通过的竣工报告日期为准；由于发包方自身及不可抗力等原因致使工程施工无法进行，承包人应就延误的工期内容，在7天内向发包人提出书面报告，发包人在收到书面报告并签字盖章签收之日起7日内予以确认或不确认，逾期不予答复即视为报告已被确认，工期可按批准顺延。五、工程担保：在合同签订后三天内承包人向发包人提供工程款10%的银行保函作为工程履约保证金，该保函有效期为总包工程完工承包人的所有人工程结束并通过发包人及监理单位的认可后7天，履行保证金所占比例中，工期占20%，未达到要求的按约定的比例再支付工程款时扣回承包人违约金。六、违约金：因承包人原因延期交付(工期顺延除外)2个月，发包人视承包人违约，除扣除履约保证金的20%外，每延期1天承包人承诺再支付发包人总工程款的万分之二作为违约金；发包人未按合同约定时间支付工程款，需承担拖欠款项及其同期银行利息，延期支付超过60天，承包人有权停工，延期支付超过90天的承包人有权单方终止合同，发包人除应按实结算支付承包人工程款外，还应对承包人造成的所有损失进行赔偿。2010年12月28日，双方签订合同2，就原告承包被告发包的系争工程约定如下：一、工程承包范围：设计施工图纸及招标文件范围内的土建工程(含土方开挖和土方回填至图纸设计标高、凿桩头等，不含桩基工程)、人防预埋(由发包人指定分包提供配合)、水电安装工程(含除配电房外的所有低配工作)等；发包人指定分包的单项工程有电梯工程、门窗工程、设备安装工程(除水电安装)、暖通工程、消防工程、建筑智能化工程等；发包人指定分包纳入总包管理范围，其工期进度、质量、竣工技术文件资料等均由分包负责，总包负责监督，并提供分包施工所需水电接口(水电费由分包方按实自理)；发包人直接发包的工程有精装修工程、室外给排水工程、场地内市政道路工程、供电及高低配电间工程、天然气工程、绿化工程等其他附属工程等，承包人只负责资料的整理和汇总，其质量安全进度由发包人自行负责。二、合同价款：本工程实行包工包料，按《浙江省建筑工程预算定额(2003)版》及发包人提供的图纸文件等，确定费率优惠计算方式，并暂定工程量清单和造价，确定费率优惠计算方式为直接费上浮7.5%：工程含税造价=03定额工程直接费×(1+7.5%)(含税)±八大材料信息价差(甲供材料除外)(含税，可开材料发票)；合同总造价暂定29,000,000元；八大材料为钢筋、商品砼、商品砂浆、水泥、砖、砂、石子、木材；本报价中八大材料结算时按施工工期的前80%月份的上海市信息价的平均价调整，除八大材料外的所有费用一律不调整(浙江省2003版人工单价计价从2009年7月1日起执行，该费用在结算中予以调整，从这个文件之后到竣工验收之日发生的政策性变化不做调整)；本合同签订之日起双方承诺3个月内必须开工，如未能在三个月内开工，则本合同作废，另行签订合同；承包人在施工中的外来从业人员综合保险费、全部综合费用、劳动保险费等已经包含在合同确定费率优惠计算方式内；承包人承包范围内施工用水用电费用已包括在定额单价及承办人的施工范围造价内，由发包人代付，每个月向承办人结算一次，在每月支付的进度款中予以扣除。水电单独装表计量，纳入总包范围的分包单位尽量装分表，由承包人向分包方收取；发包人指定分包工程由发包人、指定分包方和承包人签订合同，分包人和分包方自行结算，确认一个发包人向发包人的指定分包支付工程款和结算款需由承包人书面确认，发包人指定分包纳入承包人总包管理范围，总包管理费和配合费按分包工程合同结算价的0.5%和1%收取；施工中发包人需对原工程设计变更，应提前2天以书面形式向承包人发出变更通知及变更的相应图纸和说明，承包人收到变更通知后5天内对工程变更费用及工期编制书面报价，并报送发包人审核，发包人在5天内审核确认完毕，如7天内发包人未对承包人的变更报价作出书面确认，则承包人视为发包人已默认，本工程总价及工期作相应调整，如7天内承包人未对变更作出书面报价，则发包人视为变更不涉及费用与工期。三、结算方法及付款方式：合同生效开工后，发包人收到承包人的工程进度已完成工程量月报表后15天内完成审核，核准10天内，按核实的工程进度75%【工程款=(月审工作量-
甲供材料)×75%】支付进度款，并开始扣回水电费；工程竣工验收合格后15天内，发包人支付到应付工程总金额的85%；工程结算经审定后15天内，发包人支付到结算价的95%，余下5%作为质量保修金(无息)；承办人提交工程进度月报表的时间为每月25日；工程竣工结算由发包人在收到承包人完整的工程竣工结算资料后之日起3个月内审核完毕，否则视为发包人同意承包人提交的竣工结算价；质量保修金待保修期1年退回2%，保修期满2年退回2%，保修期满5年退回1%。四、合同工期：总工期为490日历天，实际开工日期以开工报告日期为准，竣工日期以工程竣工验收通过的竣工报告日期为准；由于发包方自身及不可抗力等原因致使工程施工无法进行，承包人应就延误的工期内容，在7天内向发包人提出书面报告，发包人在收到书面报告并签字盖章签收之日起7日内予以确认或不确认，逾期不予答复即视为报告已被确认，工期可按批准顺延。五、工程担保：在合同签订后三天内承包人向发包人提供工程款10%(290万元)的银行保函作为工程履约保证金，该保函有效期为总包工程完工承包人的所有人工程结束并通过发包人及监理单位的认可后7天，履行保证金所占比例中，工期占20%。六、合同效力：本合同签订后，双方在之前的所有文件、承诺、约定与本合同有冲突的，以本合同为准。2011年11月13日，原、被告签署联系单，书面确认系争工程于同月15日开工，并约定作为合同工期的计算依据，形成开工报告。2012年12月22日，原、被告签订《联系函(合同2补充协议)》，言明：由于市场人工、材料等费用大幅上涨，经协议同意对合同2部分条款进行修改和调整：1、本工程实行包工包料，按《浙江省建筑工程预算定额(2003)版》及发包人提供的图纸文件等，确定费率优惠计算方式，确定费率优惠计算方式为直接费上浮8.5%(原合同费率为7.5%，这次上浮的1%作为文明施工方包干使用)：工程含税造价=03定额工程直接费×(1+8.5%)(含税)±八大材料信息价差(甲供材料除外)(含税，可开材料发票)；合同总造价暂定29,000,000元。2、本报价中八大材料结算时按施工工期的前80%月份的上海市信息价的平均价调整，人工单价调整按合同工期(490日历天)内《浙江省建筑工程预算定额2003版》定额人工调整政策执行；施工工期中发生发包人原因引起的工期延误，则此段延误工期的人工单价可按本条款进行调整；本合同签订之日起双方承诺1个月内必须开工，如承包人未能在1个月内开工，则已完成工程按约定条款结算付款，非责任方有权提出修改原有合同条款，责任方承担由此产生的一切后果。3、开工报告中的开工日期不作为实际开工日期，实际以承发包人确认后作为合同工期的计算依据。同日，原、被告另签订《关于“九峰杯”奖励及门窗配合费补充协议》，约定：如整体工程质量获“九峰杯”将一次性奖励10万元；铝合金门窗的总包管理费及配合费按分包工程合同结算价的1.5%向发包人收取。2013年1月6日，系争工程取得主体结构分部工程质量验收证明书。同月8日，系争工程或2012年度松江区“茸城杯”优质结构工程奖。2013年1月31日，系争工程的民防工程经复查整改合格。2013年3月28日，系争工程的消防工程所签订的分包合同由原告与案外人上海环昱建筑消防工程有限公司签订并备案，合同金额225万元。2014年6月18日，原、被告签署书面系争项目移交情况汇总，2014年6月20日，被告予以盖章确认，但提出了竣工资料及图纸不齐等意见。另查明：系争工程施工期间，被告分批支付原告工程款，合计28,468,705.16元。由于施工过程中，原、被告均认为相对方存在诉请所称的违约事实，在沟通无果下，遂起诉至本院。审理中，原、被告围绕争议的所谓未完项目和施工整改范围于2015年7月24日确认如下：一、外总体道路、室外绿化景观工程、室内的防火封堵(强电、弱电的防火封堵)、室内卫生间隔断由被告自行解决，原告不再施工；二、仍需被告施工及整改的问题有：1、排污泵电源线未接；2、电梯间面砖脱落、墙面抹灰脱落；3、电梯门套胶未施工、局部石材破损修复云石胶缝隙过大；4、洁具、排水管道堵塞，要求通水试验；5、阳台地漏破损的要求更换；6、现场消防阻火圈有部分未安装；7、大楼外墙漏水；8、粉刷层有空鼓；9、西南角屋面漏水，檐沟防水卷材起鼓理；10、人防门密封圈未安装且未上油漆；11、外墙面表皮脱落；12、地下室、楼层上的供电线路配电箱(柜)及用电设备接线工作未完成，市政自来水室内接口连接工作未完成；上述12项问题整改施工，原告预估2个月左右完成，剩余由被告完成工作也在2个月左右完成；三、施工完成后，原告配合被告办理工程竣工验收备案手续。后，被告认为前述需施工及整改的问题原告还有问题3、4、7、8、9、10、11项未全部完成，原告认为如果上述问题属实，同意履行保修义务，但不能影响工程款支付；原告已经配合被告提交竣工验收所需材料，如相关主管单位要求其他未尽的竣工验收资料，也愿意配合被告。审理中，围绕水电费问题，被告提供了2011年11月至2014年12月期间系争工地产生发票，包括水费86,060元、电费449,038.11元；被告称整个区域一个总表，另外有被告的后勤楼项目接分表，后勤楼在原告进场施工前主体已经完成，仅有后勤楼的装修阶段与原告施工交叉，且后勤楼面积才2,000多平方米，本案项目有近3万平方米，后勤楼分表结算水电费5,953元可以扣除。原告认为，项目自2014年10月至12月的基本电费不应承担，业主指定分包的水电费其不应承担，与后勤楼部分可以按照面积比例分摊。审理中，依原告申请本院委托上海四海建设工程造价咨询监理有限公司(以下简称鉴定单位)对系争工程的工程造价进行司法鉴定。2016年4月18日，鉴定单位出具鉴定报告，并作出如下分析和结论：一、双方在系争工程结算原则上的争议原告认为结算应根据合同2及2011年11月13日签订的《补充协议》进行结算，被告认为应根据合同1进行结算。另外，原、被告还对合同1和合同2的理解上存在争议。原告认为，浙江省2003定额工程直接费应包含工料机市场价与定额基价之间的差价。被告认为，合同1及合同2约定的六大(或八大)材料外所有费用一律不调整，故2份合同约定的2003定额工程直接费应为2003定额基价，而六大(或八大)材料信息价差则是这些材料信息价(约定调整)与定额基价之间的差价，除此之外的工料机单价则应按照定额基价计算。鉴定单位认为，原、被告对结算合同的选定属法律问题，由法院裁决。对合同1和合同2专业方面的理解，如按原告意见则合同约定的六大(或八大)材料信息价差无任何意义，而按被告将定额工程直接费理解为定额基价也不妥当，定额工程直接费应为工料机定额消耗量乘以市场价计算，定额基价应为工料机定额消耗量乘以定额基价计算。根据合同1及合同2多次提到“报价”，合同1还提及最终投标预算、承诺书和投标技术标书。因此，结合约定的投标报价，六大(或八大)材料信息价差应为这些材料信息价(约定调整)与投标报价中材料报价的差价，而除六大(或)八大材料以外的工料机单价按原投标报价的工料机单价计算。但原、被告均确认系争工程无投标报价，故原、被告双方各自主张均不同合同1及合同2完全吻合，如何取舍，由法院裁决。对此，鉴定单位计算了四种造价，分别为：合同1算法原告意见45,280,952元、合同1算法被告意见39,018,510元，合同2算法原告意见48,867,099元，合同2算法被告意见42,638,977元。二、被告认为原告未施工项目被告提出基坑维护工程中的排水沟、2A-2A剖面喷射混凝土、地下室底板防水工程、生产辅助大楼的墙面钢丝网工程，原告并未施工。原告认为其已经完成施工。鉴定单位认为，上述隐蔽工程无法现场查勘确定，列为争议项目。对此，鉴定单位计算了四种造价，分别为：合同1算法原告意见1,364,739元、合同1算法被告意见1,162,784元，合同2算法原告意见1,405,528元，合同2算法被告意见1,209,162元。三、总包管理费和配合费原告主张三项由被告指定分包工程的总包管理费和配合费，包括消防工程、铝合金门窗工程、电梯安装。鉴定单位认为原、被告均未提供分包合同的合同结算价，由法院裁决。同时，原告还在庭审中提出下列异议：1、部分项目价格计取远低于市场合理价格；2、鉴定造价中没有计取保险费用。鉴定单位认为：1、其取价根据合同约定的施工期的信息价，没有信息价时取市场价；2、原告主张根据上海市的相关社保规定，配套使用的是上海市2000定额，而算法约定的是浙江省2003定额，故没有计算。被告在庭审中也提供异议如下：1、鉴定依据的图纸与施工现状存在差异，且施工未完毕；2、土方计算量与实际严重不符；3、地下室地面做法细石混凝土做法问题；4、模板量计算问题；5、电渣压力焊计算价格问题。鉴定单位认为：1、鉴定之初曾征询双方意见，表示不需要现场查看，仅对双方提供的图纸为准；2、鉴定意见根据图纸结合双方自然土确认的标高计算，被告认为土方没有完全外运，并没有提供依据；3、地下室地面做法细石混凝土问题，其根据原、被告和监理确认的核定单确定；4、模板量其计算符合定额规定；5、电渣压力焊在浙江省2003定额中没有定额子目，故其参考上海市的市场价格确定。以上事实，由资质证书、合同1、合同2、联系函、分部工程质量验收证明书、鉴定结论、建设工程规划许可证、支付明细凭证、当事人陈述等证据予以佐证，本院予以确认。本院认为：本案争议焦点主要有：一、关于本案系争工程的履行依据哪份建设工程施工合同；二、建设工程施工合同应当予以解除还是继续履行；三、系争工程造价及应付工程的认定；四、原、被告各自主张的违约责任能否支持。关于争议一，本案原、被告之间签订的2份建设工程施工合同(合同1、合同2)以及合同2补充协议是当事人真实意思的表示，并不违反法律、行政法规效力性的强制性规定，属有效合同。从三份协议的内容看，在后签订的合同2以及合同2补充协议对合同1的部分内容作出变更和补充，对双方具有约束力，应是系争工程结算的依据。关于争议二，合同签订后，双方即按约履行各自义务。现原告以被告未按约支付工程款为由主张解除合同。对此，本院认为其理由并不充分：一则，根据合同约定，系争工程竣工验收前被告支付款项性质上属工程进度款，原告并未充分证明被告支付进度款与约定的工程进度相比存在逾期付款；二则，原、被告之间的诉讼争议在于双方对工程是否完工存在异议，原告认为其已经基本完工，被告认为原告尚有部分工程未完成，后经庭审对系争工程中被告自行解决和原告负责施工收尾的范围加以确定，因此，原告认为其自身的施工义务已完成的理由也不充分；三则，在双方明确原告施工范围基础后，法院依法委托的工程审价已对原告施工范围内的全部完工部分进行计价。换言之，原告本案可得工程款针对经双方确认的原告全部施工范围，原、被告双方已经履行了绝大部分合同义务，因履行瑕疵解除合同，不利于维护合同的稳定性和交易安全。故对原告主张合同解除的主张，本院不予支持。施工方协助建设方办理竣工验收备案手续系施工方的法定义务，现原告表示如依法依规尚有未尽配合竣工验收备案义务的，愿意配合，本院予以确认。同时，若被告认为原告尚有整改之处，被告可依约要求原告承担保修义务，双方可另行处理。关于争议三，如前所述，本案认为合同2以及补充协议系双方实际履行的合同。而原、被告对合同2理解上的争议，如按原告意见，则合同中言明的对八大材料的调差将无任何意义，这与双方签约时的意思表示明显不符。当然，按被告将定额工程直接费理解为定额基价虽也有不妥，但鉴于原、被告均确认实际没有无预算报价的情况下，以定额规定的基价作为计算标准相对合理，也与合同约定的除八大材料外其余均不做调整的精神相符。据此，本院确认本案无争议已施工部分工程造价42,638,977元。至于被告认为原告未施工项目，被告并无证据证明其在隐蔽工程施工中提出异议，现在隐蔽工程无法现场查勘确定下，其主张本院不予采信。对于消防、铝合金门窗及电梯工程、均属发包人指定分包和直接分包项目，法院有理由相信被告比原告获得相关证据材料更加便宜，现被告未能提供有关证据，本院推定原告主张成立。综上，本案系争工程工程总价43,911,148.75元(42,638,977元+1,209,162元+63,009.75元)扣除5%的质量保修金后减去已付工程款28,468,705.16元，被告需支付13,246,886.15元。水电费根据被告主张金额和自愿扣除的费用，并考虑到被告自身的使用情况，酌情为500,000元。根据双方约定，应有原告承担并可在被告欠付工程款中予以扣除。据此，被告需支付12,746,886.15元。原告抗辩的扣除后勤楼部分水电的意见，未提供依据证明，不予采纳。同时，被告还应支付上述12,746,886.15元欠款的同期银行贷款利息，从被告书面确认项目移交的2014年6月20日起计算至实际付清之日止。对于原告主张的工程款优先权，于法有据，本院予以支持，但优先受偿的范围仅限于工程款，不包括工程款利息。关于争议四，原告主张的停窝工损失，其提供相关催促函件、工人工资明细等，仅系其单方制作，被告又不认可，本院难以支持；被告主张原告逾期竣工，但系争工程存在情形，工期相应可以顺延。故对原、被告各自的主张均不予支持。据此，依据《中华人民共和国合同法》第六十条第一款、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条、第十七条、第十八条的规定，判决如下：一、被告(反诉原告)上海东光控制系统集成有限公司于本判决生效之日起十日内支付原告(反诉被告)上海金茸建设工程有限公司工程款12,746,886.15元；二、被告(反诉原告)上海东光控制系统集成有限公司于本判决生效之日起十日内支付原告(反诉被告)上海金茸建设工程有限公司利息(以12,746,886.15元为本金，自2014年6月20日起至本金全额支付之日止，按中国人民银行同期同类贷款利率标准计算)；三、确认原告(反诉被告)上海金茸建设工程有限公司对位于上海市松江区九亭镇九泾路的被告(反诉原告)上海东光控制系统集成有限公司的生产辅助大楼项目工程在上列第一项款项范围内享有优先受偿权；四、原告(反诉被告)上海金茸建设工程有限公司于本判决生效之日起十日内协助被告(反诉原告)上海东光控制系统集成有限公司办理竣工验收备案手续；五、驳回原告(反诉被告)上海金茸建设工程有限公司其余诉讼请求；六、驳回被告(反诉原告)上海东光控制系统集成有限公司的其余反诉诉讼请求。如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。本诉案件受理费253,720元，反诉案件受理费25,741元，保全申请费5,000元，鉴定费500,000元，合计诉讼费784,461元，由原告(反诉被告)上海金茸建设工程有限公司负担302,038元(已付)，被告上海东光控制系统集成有限公司负担482,423元(已付25,741元，其余456,682元于本判决生效之日起七日内交付本院)。如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于上海市第一中级人民法院。
审 判 长 张 孜
审 判 员 洪 飞
人民陪审员 陆为明
二〇一六年五月三十一日
书 记 员 刘思钰
附：相关法律条文
一、《中华人民共和国合同法》
第六十条当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
……
二、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》
第十六条当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。
因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。
建设工程施工合同有效，但建设工程经竣工验收不合格的，工程价款结算参照本解释第三条规定处理。
第十七条当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。
第十八条利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：
（一）建设工程已实际交付的，为交付之日；
（二）建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日；
（三）建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。