广东省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）粤高法审监民再字第7号
抗诉机关：最高人民检察院。
申诉人（一审被告、反诉原告、二审上诉人）：深圳中铁二局工程有限公司。住所地：广东省深圳市福田区。
法定代表人：杜军林，该公司董事长。
委托代理人：戴光炜，该公司法律顾问。
委托代理人：蒲麒舟，该公司法律顾问。
被申诉人（一审原告、反诉被告、二审被上诉人）：深圳市雅佳业实业有限公司。住所地：广东省深圳市福田区。
法定代表人：黄胜祥，该公司董事长。
委托代理人：许文华，广东芳华律师事务所律师。
委托代理人：薛莹荣，广东芳华律师事务所律师。
深圳中铁二局工程有限公司（简称中铁公司）因与深圳市雅佳业实业有限公司（简称雅佳业公司）拖欠工程款纠纷一案，不服本院（2009）粤高法民一终字第116号民事判决，通过全国人大代表向检察机关申请抗诉。最高人民检察院于2014年12月4日作出高检民监（2014）81号民事抗诉书，向最高人民法院提起抗诉。最高人民法院于2015年2月11日作出（2015）民抗字第1号民事裁定，指令本院再审本案。本院依法另行组成合议庭，公开开庭审理了本案。受最高人民检察院指派，广东省人民检察院派出检察员伍伦辉、朱广山出庭履行职务。中铁公司的委托代理人戴光炜、蒲麒舟，以及雅佳业公司的法定代表人黄胜祥、委托代理人许文华到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
雅佳业公司于2008年1月22日向广东省深圳市中级人民法院起诉称：1992年11月18日，雅佳业公司（合同签订时名称为湛江市第四建筑工程公司深圳分公司）与中铁公司［合同签订时为铁道部第二工程局（深圳）第二工程总队］签订了一份《联营施工协议书》。双方约定，由中铁公司以自己的名义承接景园大厦（原名海湾大厦）施工工程项目，由雅佳业公司负责施工，中铁公司收取工程总造价4.5%的管理费并代缴税费。合同签订后，中铁公司又与建设单位深圳市南山建设开发实业公司（简称南山公司）签订了景园大厦《工程施工合同》，随后，雅佳业公司进场组织施工。施工期间，深圳招商房地产有限公司（简称招商公司）收购了景园大厦项目。1996年7月，景园大厦竣工验收，质量等级优良。工程竣工验收后，雅佳业公司与中铁公司未进行过工程结算，雅佳业公司仅收到中铁公司转付工程款3125.128万元。中铁公司于2004年起诉招商公司［（2004）深中法民五初字第104号］，请求支付工程尾款888.9万元。雅佳业公司作为有独立请求权第三人参加了诉讼，并保留了对招商公司已支付工程款的请求权。上述案件中，各方当事人就招商公司未支付的工程款达成和解，并各自撤回起诉。中铁公司在诉讼中确认海湾大厦项目总造价为7377.9万元，而招商公司已实际支付工程款6489万元。为此，雅佳业公司请求法院判令中铁公司偿还拖欠雅佳业公司的工程款2569万元。雅佳业公司原先的诉讼请求为：请求法院判令中铁公司偿还拖欠雅佳业公司的工程款2342.872万元。后雅佳业公司以诉讼请求计算方法有误为由，提出《变更诉讼请求申请》，将诉讼请求变更为2569万元。计算方法为：第一步：在计算中铁公司提取的管理费时，应当从招商公司已实际支付工程款6489万元中，先行扣除消防、铝合金门窗、木制夹板门、空调工程等独立合同工程款526.5万元，上述工程是中铁公司自行施工，不能向雅佳业公司收取管理费。即计算管理费的基数为：6489万－526.5万=5962.5万元，管理费为：5962.5万×4.5％=268.3万元。第二步：从招商公司已实际支付工程款6489万元中减去其独立施工部分的工程款526.5万元后，再扣除管理费268.3万元。第三步：再减去雅佳业公司已收取的工程款3125.128万元，即6489万－526.5万－268.3万－3125.128万=2569万元。关于扣除税款问题，根据《联营施工协议书》第二条，税款由中铁公司代缴，雅佳业公司负责，中铁公司应该在收到建设单位支付工程款后先行代缴税款，然后依据正式纳税凭证上确定的数额在转付工程款时予以扣除。
中铁公司答辩并反诉称：雅佳业公司起诉中铁公司偿还拖欠工程款2342.872万元一案（本诉）己过诉讼时效，雅佳业公司已丧失胜诉权；如其不主动撤诉，则中铁公司反诉其返还超付的工程款4302509.84元。一、雅佳业公司起诉中铁公司偿还拖欠工程款2342.872万元一案（本诉）己过诉讼时效，其“参加诉讼”和签订“和解协议”不是本案诉讼时效中断的事实。二、对于本案雅佳业公司提出的偿还工程款的请求的债权债务关系，广东省深圳市中级人民法院已作出（2004）深中法民五初字第104号民事裁定书对此进行了处理，现雅佳业公司对同一案件再次起诉，应驳回其诉讼。三、请求雅佳业公司返还中铁公司超付的工程款4302509.84元。理由：1997年前招商公司已付中铁公司工程款6489万元，按合同约定和相关规定应扣除3.12％营业税2024568元，0.03％合同印花税19467元，4.5％管理费2920050元，消防、铝合金门窗、木地板、空调等安装工程价款5265000元，保安监控系统工程款193835元，暂扣2.6％分包工程款（待分包方提供分包发票后再清算）l687140元后，中铁公司应付雅佳业公司工程款总额52779940元。在施工过程中中铁公司实际己支付雅佳业公司分包工程款57082449.84元（含中铁公司为保工期垫付工程款400万元）。因此，中铁公司实际超付雅佳业公司工程款为4302509．84元（57082449.84元－2779940元）。中铁公司庭审时补充主张因为雅佳业公司没有提供有关工程量的证据，中铁公司对雅佳业公司所补充的工程款不予确认。理由是双方签订的《联营施工协议书》没有涉及具体的工程项目。综上，中铁公司反诉请求：一、请求判令雅佳业公司返还中铁公司超付的工程款4302509.84元。二、请求判令雅佳业公司承担本案全部诉讼费用。
雅佳业公司针对中铁公司的反诉，答辩称：一、海湾大厦工程至今没有结算。在（2004）深中法民五初字第104号案件中，中铁公司与招商公司就工程没有最终结算进行了确认，雅佳业公司在该案中也明确保留对中铁公司已付工程款部分进行追索的权利，前提是要等双方确认了实际支付的工程款以及工程造价结算。因此，本案的诉讼时效并没有超过法律的规定。二、关于对方反诉请求第二项，雅佳业公司认为由于中铁公司没有实际支出工程款52779940元，因此，只是存在抵扣问题，并不实际存在反诉的标的额。
广东省深圳市中级人民法院一审查明：雅佳业公司的企业名称经过多次变更，其工商登记中的原名称曾有：湛江市第四建筑工程公司深圳公司（1997年12月15日变更为深圳市雅佳业实业有限公司）；而根据湛江市工商局和湛江市第四建筑工程公司出具的《证明》，可以认定湛江市第四建筑工程公司深圳公司名称由湛江市第四建筑工程公司深圳分公司于1993年3月11日变更而来。中铁公司名称则系由铁道部第二工程局（深圳）第二工程总队变更而来：铁道部第二工程局（深圳）第二工程总队于1993年8月21日变更名称为深圳思意达建筑实业公司，2000年5月28日变更为深圳中铁二局工程有限公司。
1992年11月18日，雅佳业公司（当时的名称为湛江市第四建筑工程公司深圳分公司）与中铁公司［当时的名称为铁道部第二工程局（深圳）第二工程总队］签订《联营施工协议书》一份，约定：甲方（中铁公司）、乙方（雅佳业公司）为了充分发挥双方优势，双方协商，一致同意签订以下联合经营条款，供共同遵守。一、合作施工工程项目是以甲方名义承接，经甲方法人代表签订承包工程合同，由乙方组织施工，甲方派人员对乙方工程、质量、安全措施，工程进度实行监督，乙方必须服从甲方的统一管理。二、乙方实行财务独立核算，自负盈亏，甲方不负责其经营效果，乙方按照承包工程的总造价向甲方缴纳4.5%作为甲方管理费。此外，营业税、环境保护税等税款由乙方负责，甲方代缴。施工预算、施工组织方案、竣工资料及竣工图等一切资料由乙方负责编制送甲方审核。如果需甲方编制施工预算，预算编制费由甲方按有关规定核收。三、凡由乙方联系承接的工程，均由乙方负责组织施工，甲方有权对其实行全面管理。重要的工程甲方给予技术支持，对参与乙方组织施工管理的技术干部，乙方均给予津贴（具体待商议）。四、工程预付款和进度款按与建设单位签订的合同条款由建设单位划入甲方开户帐号，甲方按上款中规定扣除管理费和各项税金后，将工程款拨给乙方帐户。五、乙方要加强施工组织管理，严格按照国家政策、规范要求施工，做到安全生产、文明施工、确保安全和质量，如在质量、安全发生事故以及延误工期，其责任和经济损失由乙方承担。六、施工所需的机械设备，材料由乙方自行解决。甲方也可根据工程需要给予协助解决。甲方所资助的机械设备均按租赁方式由乙方向甲方交纳费用。七、由一方提出终止协议，需在一个月内通知对方，经双方充分研究协商，达成共识，其所造成损失，由责任方承担等。该合同签订后，中铁公司与案外人建设单位南山公司签订了景园大厦（原名称为海湾大厦）的相关工程施工合同；合同签订后，雅佳业公司进场对上述工程施工，开工日期为1993年5月28日，竣工日期为1996年6月10日。雅佳业公司与中铁公司确认在工程施工期间，案外人招商公司收购了景园大厦项目。1996年7月11日，景园大厦工程取得深圳市建筑工程竣工验收证书。
涉案工程除消防、铝门窗、木地板、空调等独立合同所涉的工程之外，景园大厦主体工程系由雅佳业公司完成。雅佳业公司与中铁公司确认：工程竣工验收后，案外人招商公司与中铁公司、雅佳业公司与中铁公司均未进行过结算。
中铁二局于2004年6月因建设工程施工合同纠纷一案，向广东省深圳市中级人民法院起诉招商公司和南山公司［（2004）深中法民五初字第104号案］，请求判令：一、招商公司和南山公司立即与中铁公司办理蛇口海湾大厦项目工程结算；二、招商公司和南山公司立即支付工程款889万元（工程尾款—广东省深圳市中级人民法院注）及利息3820049元（暂计至2004年7月11日，以后继续计算至工程款付清之日止）。雅佳业公司作为该案有独立请求权第三人参加了诉讼，并请求判令中铁公司、南山公司以及招商公司向其支付工程款889万元及利息382万元。上述案件中，各方当事人就招商公司未支付的工程款达成和解，并各自撤回起诉。中铁公司作为甲方与雅佳业公司作为乙方的《和解协议书》主要内容为：1、景园大厦工程项目是由甲方和乙方联营承建。2、该工程项目自1996年竣工后，一直未进行工程结算，建设单位招商公司对剩余工程尾款未予支付。3、2004年9月22日，甲方对招商公司提出诉讼。案件受理后，招商公司对甲方以延误工期为由提出反诉；乙方又以独立请求权的第三人经法院同意参加诉讼。4、在此案诉讼过程中，甲方与招商公司对尚欠工程款达成和解，双方一致同意向法院申请撤回起诉和反诉。现甲、乙双方对招商公司所付工程欠款有关分配经协商达成如下协议：一、甲方同意在招商公司所付甲方的景园大厦工程余款中支付乙方款项95万元。二、招商公司所付款项到帐后，甲方需在三日内扣除乙方应承担的税费5.5万元后将余款89.5万元付还乙方。乙方出具书面委托书委托甲方将应付乙方的上述款项89.5万元迳付乙方指定帐号。三、甲方在支付上述款项89.5万元给乙方的同时，乙方即向广东省深圳市中级人民法院撤回独立请求权之诉。款项到帐后，乙方独立请求权之诉已履行终结。同时，乙方承诺就本诉和反诉所涉及本案的标的不再向招商公司和甲方提出诉讼。若今后有由本工程因乙方原因引起的其他一切外欠债务均由乙方负责。
另查明：为证明中铁公司已付款的总金额，雅佳业公司提交了金额为3125.128万元的银行进账单以及《海湾工程付款记录》（部分记录的名称为湛江四建工程付款记录，以下统称为付款记录）1-13页复印件，中铁公司则仅提交付款记录第14页的复印件以及部分支票存根。付款记录载明了中铁公司付款的序号、凭证号、金额、累计金额等内容，合计序号246项（第13页的235-238项应属笔误，均写成135-138，导致14页序号的第一位数字2均笔误写为1）。其中的部分付款内容（包括开始的序号1-55项等）无人签字确认相应的付款情况，但付款记录每一付款内容中均有累计付款金额；56项开始有雅佳业公司的施工人员贝某甲或李某乙的签名确认，两位施工人员的大部分签名没有注明签名的时间，在部分付款项目中有注明签名的时间［第56项，李某乙在贝某甲签名的下方签名并注明签名的时间为1994年6月6日，第14页的243项至倒数第二项（245项）有李某乙的签字，并注明签名的时间为2001年8月28日］；至最后一笔有施工人员签字的付款记录（第14页序号242），累计金额为52691616.84元；之后还有2001年8月28日的施工人员补签字的付款内容3项（序号243-245项），金额合计为270433元，累计金额为52962049.84元。最后一项（序号246项）无施工人员签字，单笔金额为120400元，累计金额为53082449.84元。《海湾工程付款记录》第205项的4028129元为“税金及管理费”，但中铁公司未能提供其已经实际代雅佳业公司缴纳税金等的证据。
在雅佳业公司提交的银行进账单中，与付款记录相对照，可以相互对应的金额是2950万元，在付款记录中没有记载的金额是1751280元。中铁公司庭后提交的部分付款支票存根，合计金额6619560元，与付款记录均能对应。
中铁公司庭审时确认涉案工程总造价为7377.9万元，并已于1997年之前实际收取招商公司支付的工程款6489万元。中铁公司收取招商公司的工程款6489万元后，该工程款中尚有部分未支付给雅佳业公司，雅佳业公司因此提起本案之诉。
广东省深圳市中级人民法院一审认为：根据雅佳业公司企业名称变更的工商登记和湛江市工商局及湛江市第四建筑工程公司出具的《证明》，可以认定湛江市第四建筑工程公司深圳公司名称由湛江市第四建筑工程公司深圳分公司变更而来。因此，雅佳业公司作为本案原告的诉讼主体适格。
雅佳业公司与中铁公司于1992年11月18日签订的《联营施工协议书》系双方的真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，应当认定为有效。根据雅佳业公司提交的部分施工拨款单和联营协议书以及中铁公司提交的《景园大厦工程追款协议书》、《和解协议》及撤诉裁定书等证据，在中铁公司未能举证存在其他施工单位对景园大厦主体工程进行施工的情况下，应当认定涉案工程除消防、铝门窗、木地板、空调等独立合同所涉的工程之外，景园大厦主体工程系由雅佳业公司完成。
中铁公司主张1996年7月涉案项目已经竣工，诉讼时效无论从合同签订日计算还是从项目竣工日计算都已过诉讼时效，由于雅佳业公司与中铁公司双方的联营合同并无约定工程款的支付时间，且景园大厦工程竣工验收后，中铁公司与案外人招商公司，以及中铁公司与雅佳业公司均未进行过工程结算，故雅佳业公司提起本案的诉讼并未超过诉讼时效。中铁公司主张雅佳业公司系一案两诉，由于本案与（2004）深中法民五初字第104号案件非同一诉讼标的，不属于一案两诉的情形。两案虽为同一工程，但诉讼标的不同，（2004）深中法民五初字第104号案件的诉讼标的是开发商未支付给中铁公司的工程款，也就是6489万元之外的应付工程款；广东省深圳市中级人民法院作出（2004）深中法民五初字第104号民事裁定书仅针对中铁公司主张的招商公司未付工程尾款889万元；而本案则针对中铁公司已收取招商公司的工程款6489万元。
对于涉案已付款问题，中铁公司作为付款义务人，其已向雅佳业公司支付多少工程款的举证责任在于中铁公司。中铁公司主张在施工过程中中铁公司实际已支付雅佳业公司分包工程款57082449.84元（含中铁公司为保工期垫付工程款400万元）并请求判令雅佳业公司返还中铁公司超付的工程款4302509.84元，中铁公司就此问题仅提交了《海湾工程付款记录》复印件1张（第14页）；雅佳业公司则提供了付款记录的前13页复印件。《海湾工程付款记录》双方提供的虽均为复印件，但该付款记录的1-13页也为雅佳业公司提供并确认，而中铁公司提供的第14页虽然雅佳业公司不予确认，但该页与付款记录的第13页相衔接，具有连续性。因此，结合本案的关联证据，对《海湾工程付款记录》1-14页复印件的真实性均予以确认。本案的已付款数额，应当以付款记录作为认定的基础。雅佳业公司确认施工人员李某乙签名的有效性；在付款记录中还有雅佳业公司的施工人员贝某甲的签名，虽然雅佳业公司未予承认，但其签名与李某乙的签名相间并具有连续性，且上述13页记录由雅佳业公司提交，故对贝某甲的签名的有效性予以确认。付款记录中虽有部分付款内容无人签字确认相应的付款情况，但《海湾工程付款记录》每一付款内容中均有累计付款金额，因此并不影响该部分的已付款认定（付款记录最后一项除外）；付款记录最后一项（序号246项）无施工人员签字，单笔金额为120400元，由于之后无其他累计金额由相关施工人员签字确认，不能确认该付款的真实性，该款项应从已付款中扣除；第243项至倒数第2项（245项）虽有李某乙的签字，但系补签，且注明签字日期为2001年8月28日，对于2001年的补签行为，由于签字行为与付款发生时间相隔近5年，且支付项目、金额琐碎繁杂，李某乙对5年前的付款细节进行追认，准确性难以确认，且有违常理，因此不予采纳，该部分款项（金额合计为270433元）应当从已付款中扣除。故确认付款记录中已付款的累计金额为52691616.84元（第14页序号242）；由于付款记录第205项的4028129元为“税金及管理费”，但中铁公司未能提供其已经实际代雅佳业公司缴纳涉案工程应付税款等的证据，应视为未发生实际支付，而该项将管理费与税金合为一项，并不能区分出各自的具体数额，因此应当从付款记录中的已付工程款扣除该项（协议书约定的工程总造价4.5%管理费另行计算后从应付工程款中扣除，见下文）；中铁公司在缴纳相应税款后，可根据相应的证据另寻法律途径解决相关问题。
雅佳业公司提供的中铁公司已付款凭证中有1751280元的金额在《海湾工程付款记录》中虽无反映，但并不应当视为中铁公司在《海湾工程付款记录》之外向雅佳业公司支付的工程款。理由是：第一，已付款的举证责任在于中铁公司；第二，法院确认付款记录中已付款的累计金额高达52691616.84元，雅佳业公司提交的银行进账单总金额为3125.128万元，仅为上述累计金额的一部分，因此付款凭证中有1751280元的金额不能对应付款记录，并不能直接认定该款为中铁公司在《海湾工程付款记录》之外向雅佳业公司支付的工程款。综上，认定中铁公司向雅佳业公司支付了工程款48663487.84元（52691616.84元-4028129元）。中铁公司提供的《景园大厦工程追款协议书》的复印件中，虽载明有“到目前（2002年2月6日）为止中铁公司为保工期而超支工程款400余万元……”的内容，但由于该证据中对于工程款的支付情况的表述并不明确，既未明确超支的含义，也未明确是否系向雅佳业公司支付的工程款已经超出全部应付雅佳业公司的工程款数额，在该证据与中铁公司提供的付款相关证据不一致的情况下，即使该证据真实，仅凭该证据并不能直接证明中铁公司在支付完应付工程款的基础上已经向雅佳业公司超付工程款400万元。因此，中铁公司主张的其他付款，既未能提供付款凭证，也不能提供相应人员对相应付款进行确认的证据，中铁公司应当承担举证不能的责任，中铁公司该主张不予采纳。中铁公司的反诉请求不予支持。
对于应付款问题，中铁公司已经收取招商公司景园大厦项目工程款6489万元，根据案涉《联营施工协议书》的约定，雅佳业公司应按照其承包工程总造价的4.5%向中铁公司缴纳管理费，而消防、铝合金、木地板、空调等独立合同部分并非由雅佳业公司完成，该部分金额为526.5万元。因此，雅佳业公司主张扣除该526.5万元后再行计算管理费是有合同依据的，予以采纳。因此，在不计入当事人曾另案诉讼的工程尾款的情况下，仅就中铁公司已经收取的工程款计算，雅佳业公司施工案涉工程的总工程款为5962.5万元（6489万元-526.5万元），扣除4.5％雅佳业公司应付中铁公司的管理费2683125元（5962.5万元×4.5％），中铁公司应付款项为56941875元（5962.5万元-2683125元）。
对于中铁公司欠付的工程款问题，因为中铁公司已付雅佳业公司48663487.84元，根据上述应付款与已付款的数额，应当认定中铁公司尚欠雅佳业公司8278387.16元（56941875元-48663487.84元）。税费问题如上所述，中铁公司可在实际缴纳后另寻法律途径解决相关问题；工程尾款中涉及的管理费相关当事人亦可另寻法律途径解决。
由于本案仅涉及中铁公司已收取招商公司的工程款6489万元，与招商公司不存在法律上的利害关系，本案不需追加招商公司为本案当事人。
综上，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十八条，《中华人民共和国合同法》第四十四条第一款、第六十条的规定，广东省深圳市中级人民法院于2009年3月23日作出（2008）深中法民五初字第71号民事判决：一、中铁公司应于本判决生效之日起15日内向雅佳业公司支付工程款8278387.16元；二、驳回雅佳业公司的其他诉讼请求；三、驳回中铁公司的反诉请求。一审案件受理费158943.6元，由雅佳业公司负担108081.6元，中铁公司负担50862元；反诉费4302509.84元，由中铁公司负担。
中铁公司不服一审判决，向本院提起上诉称：一审判决认定事实不清，证据不足，并且违反法定程序。一、一审判决认定事实不清，证据不足。（一）一审法院未组织中铁公司和雅佳业公司进行案涉工程结算，致使认定事实不清，导致判决错误。（二）一审判决在认定《海湾工程付款记录》时存在错误。（三）一审法院对证据《景圆大厦工程追款协议书》的解释错误。（四）一审法院未认定104号案与本案的关联性。（五）一审法院认定雅佳业公司的工程量错误。（六）一审法院未查清本案已过诉讼时效问题。二、一审法院在本案审理中程序违法。未追加招商公司为本案当事人，也未通知李某乙出庭作证。上诉请求：一、撤销一审判决，并驳回雅佳业公司的起诉。二、依法组织中铁公司与雅佳业公司进行案涉工程结算。三、判令雅佳业公司返还超付的工程款8666086.34元。
雅佳业公司二审答辩称：一、中铁公司是总承包人，雅佳业公司是挂靠经营，是该工程的实际施工人。中铁公司除了按比例收取挂靠管理费外，其余工程款一律转付给雅佳业公司，双方无需另行结算。中铁公司如主张其中某项工程不是雅佳业公司施工完成的，应当负有举证责任。二、工程款转付金额应当由中铁公司负举证责任，雅佳业公司已收取中铁公司转付工程款48663487.84元，事实清楚。三、中铁公司是否实际缴纳了各项税款，缴纳了多少，是否属于本项目工程，请法院查明事实，予以认定。另外，雅佳业公司承担税款的部分也应当扣除独立工程部分。四、本案与（2004）深中法民五初字第104号案虽属同一工程，但诉讼标的不同。五、本案没有超过诉讼时效。综上，一审法院认定事实清楚，证据确凿，合法、合理。请求维持原判。
本院二审查明：一审查明的基本事实属实，本院予以确认。
另查明：中铁公司在一审时提出反诉称，中铁公司请求雅佳业公司返还超付的工程款4302509.84元的理由，是双方一致认为1997年前招商公司已付中铁公司景园大厦工程款6489万元，按合同约定和相关规定应扣除3.12%营业税2024568元，0.03%合同印花税19467元，4.5%管理费2920050元，消防、铝合金门窗、木地板、空调等安装工程价款526.5万元，保安监控系统工程款193835元，暂扣2.6%分包工程款（待分包方提供分包发票后再清算）l687140元后，中铁公司应付雅佳业公司工程款总额52779940元。在施工过程中中铁公司实际己支付雅佳业公司分包工程款57082449.84元（含中铁公司为保工期垫付工程款400万元）。因此，中铁公司实际超付雅佳业公司工程款为4302509.84元（57082449.84元-52779940元）。中铁公司并提交《景园大厦工程款计算表》，列出了应扣减的工程款数额。雅佳业公司则认为，保安监控系统工程款与本案无关。
中铁公司在一审时称，如果雅佳业公司主动撤回本诉，那么反诉就不追究了。
中铁公司在上诉时提交了两份证据：1.景园大厦地下室和主体结构工程《建安工程施工图预（决）算书》，总造价为56797674.12元。2.景园大厦建筑装饰装修工程《建安工程施工图预（决）算书》，总造价为7325364.37元；其中编制说明书还注明，本结算不包括台阶花岗岩面层、楼木地板等13个项目。该《预（决）算书》时间为1996年10月28日，有雅佳业公司的盖章。中铁公司提供该证据用于证明雅佳业公司所承建的具体工程项目及雅佳业公司单方认定的结算价为52548169.46元。但雅佳业公司称，他们从未看到过这个结算书，公章是雅佳业公司的，但日期有问题，他们只是给了一份预算书给中铁公司，双方从来没有结算过；不确认编制说明书；现在无法确认是不是李某乙的签名。不能因为中铁公司只提交了两份《预（决）算书》就以此认定雅佳业公司只完成了这些工程。
中铁公司在上诉时提交了《海湾工程付款记录》第243-245项有李某乙补签字的支付工程款270433元的相关付款凭证等证据，用于证明雅佳业公司收到中铁公司支付的270433元工程款。该证据包括付给宁某、陈某等人工资，代李某乙支付生活费的中铁公司内部记帐资料和银行转帐支票存根。付款时间为1996年5月27日至1997年1月30日。但雅佳业公司认为，这些表格和单据不能证明这些钱是付给雅佳业公司的；李某乙在时隔五、六年才签字，即使签字是真实的也不能代表事情的真实性，且李某乙签字结算时其实已经不在雅佳业公司任职了；不认可这笔款。
中铁公司在上诉时还提交了《海湾工程付款记录》第246项没有李某乙签字的支付工程款120400元的相关付款凭证等证据，用于证明雅佳业公司收到中铁公司支付的120400元工程款。该证据包括付给陈某的工资，支付李某乙工程款的中铁公司内部记帐资料和银行转帐支票存根。付款时间为1997年1月23日、31日。雅佳业公司对该证据不予认可。
中铁公司在104号案的起诉状中称：1993年5月3日中铁公司与开发商签订海湾大厦基建工程项目施工合同，同时，在1995年3月至8月间招商公司就海湾大厦项目下属分项工程与中铁公司签订《消防工程合同》、《铝合金门窗工程合同书》、《木制夹板门制作安装工程施工合同》和《空调安装工程合同书》，约定由中铁公司对上述分项工程进行施工。据中铁公司根据合同和施工资料结算，海湾大厦工程总造价为7377.9万元，已付工程款为6489万元，尚欠工程款为888.9万元。
在104号案审理期间，雅佳业公司于2004年8月15日向广东省深圳市中级人民法院提出申请，认为雅佳业公司曾与中铁公司签订《联营施工协议书》并联合承建了深圳蛇口景园大厦（原海湾大厦），但双方至今仍未能达成正式结算协议。按照雅佳业公司的内部结算，中铁公司尚欠雅佳业公司工程款9881510.7元（未计利息）。另外，根据中铁公司与雅佳业公司签订的《追款协议》，中铁公司向业主方追计的工程欠款，有70%应当直接付给雅佳业公司，以补偿雅佳业公司的工程损失。按此案追讨金额888.9万元计算，应有6218590元（888.9万元×70%，未计利息）属于雅佳业公司所有。现申请作为中铁公司诉招商公司、南山公司拖欠工程款纠纷一案第三人参与该案审理。
在104号案中，中铁公司与招商公司签订《和解协议书》，约定：中铁公司以招商公司、南山公司拖欠工程款888.9万元起诉，招商公司以中铁公司拖延工期反诉；双方同意景园大厦工程结算总造价为6789万元，已付款6489万元，招商公司再支付工程款和税金308.58万元中铁公司。中铁公司又与雅佳业公司、李某乙的委托人林桂欣分别签订《和解协议书》，将招商公司所付的308.58万元，支付给雅佳业公司95万元（含中铁公司已扣除的税费5.5万元）、李某乙1385800元（含中铁公司已扣除的税费79267.76元），中铁公司收取75万元。
在104号案中，中铁公司提交了2000年5月20日招商公司与中铁公司签订的《景园大厦工程结算汇总表》，工程结算审核价为73779478.75元，其中包含了4份独立合同，即铝合金、木地板、空调工程合同及消防合同的工程配合费，工程款总额为5264567.99元（即雅佳业公司所说的526.5万元）。在质证时，招商公司对该汇总表的真实性没异议，但认为其没有确认这个结果。雅佳业公司在本案中作为证据提交。
在104号案中，雅佳业公司提交2002年1月20日中铁公司给雅佳业公司的《景园大厦结算书》，内容：双方联营施工的景园大厦工程与业主结算已基本完成，核实后总造价为73779478.75元，业主已支付工程款64895774元，尚欠工程款8883704.75元。由于雅佳业公司在施工中工期严重滞后，业主通知按合同应罚款1000余万元，用工程尾款补偿业主的损失。按业主支付的工程款为结算依据，扣减联合协议规定中铁公司代收代扣项目后，中铁公司应付雅佳业公司工程款60840432.68元，实际支付68951115.32元。以上费用均经过雅佳业公司的现场代表李某乙核对无误。到目前止中铁公司已超付给雅佳业公司405534.32元，中铁公司保持退赔的权利。雅佳业公司在收到本结算书后，如有异议，15日内派代表来中铁公司商谈。如无意见，本结算书作为最终结算。该结算书由中铁公司决算代表徐云、雅佳业公司决算代表李某乙签字，加盖了中铁公司土木分公司的印章，但未加盖雅佳业公司的印章。中铁公司则认为该结算书的真实性无法确定，且结算主体不对。
2002年2月6日，中铁公司（甲方）与李某乙（乙方）签订《景园大厦工程追款协议书》，约定：景园大厦工程由甲方和雅佳业公司联营承建。甲方与招商公司（简称业主）签订的承包合同为联营合同的附件，雅佳业公司负责施工并承担全部责任和义务。而乙方在施工过程中，作为项目经理，代表雅佳业公司具体组织施工。根据甲方同业主所签合同及工程结算书，业主应欠甲方工程款888.37万元。现业主认为在施工过程中工期拖延较长而拒付尾款。到目前为止甲方为保工期而超支工程款400余万元；乙方也因尾款未收到而损失严重。为了减少甲乙双方的损失，甲方委托乙方负责追缴业主所欠的工程款，追款费用由乙方垫付。每收回一笔工程款，30%用于填补甲方超支款，70%给乙方做为追款经费及工程损失，并直接支付给乙方。有关税费各自按比例承担。
雅佳业公司在本案和104号案均提交了中铁公司与李某乙签订的该《景园大厦工程追款协议书》，提交此证据是为了证明施工工程合同作为联营协议的附件，但又认为李某乙不代表雅佳业公司。中铁公司则认为，李某乙是独立的承建商，工程是李某乙做的，由于工程时间太长，找不到雅佳业公司的人，李某乙说他能代表雅佳业公司收取工程款，所以中铁公司才和李某乙签订协议。
2003年11月12日，中铁公司发给雅佳业公司1份函件，其中内容称：贵公司于1993年5月和我公司联营修建海湾大厦，我公司共支付给贵司工程款53082449.84元，其中扣税金1640644.37元（已付工程款53055214元×3.09%），实际应扣营业税金1604984.33元（51441805.47×3.12%）；多扣营业税35660.04元，减应扣印花税17934元，应缴个人所得税1380143.7元（53082449.84×2.6%）。以上数据请贵司核对。该函中，中铁公司称已付工程款53082449.84元该数额与《海湾工程付款记录》最后一项相同。对于此函，雅佳业公司称：核对了，但因为双方有争议，故没有结果。中铁公司称：我们发函后双方核了数，但没有确认。
在一审审理期间，中铁公司提出应由雅佳业公司证明其完成的工程量，但没有向一审法院请求对案涉的工程款进行结算。
中铁公司在本院二审时向本院提交《关于请求依法组织工程结算的申请》，提出本案工程由三方独立施工共同完成，一是雅佳业公司独立施工部分，包括地下室及主体结构工程和部分装饰工程，最终业主审核价为52548169.46元。二是由中铁公司与开发商独立签订具体工程合同，由第三方独立完成的工程项目，包括消防、铝合金门窗、木夹板门、空调工程等，合同价款为9977758元，其中雅佳业公司在一审中认可526.5万元。经中铁公司审核，消防、铝合金门窗、木夹板门、空调工程等4项独立合同价款实际为736.4万元，其他独立合同包括木地板工程、卫生间厨房大理石洗手台电梯入口处石材工程、闭路监视保安可视对讲系统安装工程、防火门的供货与安装工程等4项独立合同不是雅佳业公司施工的，所涉合同价款为2613758元。三是中铁公司自行完成的工程并为此支付的费用共1099万元，具体包括发生的材料费和工资费用，由于发生较频繁并且附件较多，且中铁公司认为与雅佳业公司主张索要工程款的诉求无关，中铁公司暂未提交。中铁公司并提交了8份独立合同。经质证，雅佳业公司只认可招商公司与中铁公司签订的《景园大厦工程结算汇总表》所审核工程结算价73779478.75元中包含的4份独立合同，即空调安装、铝合金门窗、木地板等工程及消防工程的配合费，工程款数额为526.5万元。雅佳业公司还认为消防工程只包含配合费，消防工程不包含在工程款7377万元内；在审核工程款7377万元的《景园大厦工程结算汇总表》外的所有工程合同均与其无关，结算表之外的工程，中铁公司可以另行与他人结算；中铁公司在本案二审过程中提出结算的申请，程序上不符合法律规定。
本院曾要求中铁公司提供其与招商公司签订《景园大厦结算汇总表》的结算资料，用于证明当时结算款7377万元的工程范围。但中铁公司未能提交该工程结算资料。
在广东省深圳市中级人民法院审理期间，中铁公司未申请李某乙作为证人出庭作证。在本院二审审理期间，双方均确认无法找到李某乙。
本院二审认为：本案是因雅佳业公司向中铁公司主张支付工程款而引起的纠纷。根据中铁公司的上诉理由和雅佳业公司的答辩意见，本案争议的问题包括雅佳业公司所完成的工程量、本案工程款是否应进行结算、中铁公司已支付的工程款数额、104号案与本案是否有关联、税费是否应扣除、雅佳业公司的诉请是否超过诉讼时效、一审判决是否程序违法、中铁公司是欠付还是超付工程款。
关于雅佳业公司所完成的工程量问题。虽然景园大厦工程竣工后中铁公司与招商公司对工程未进行过结算，但中铁公司在104号案中是按其与招商公司签订的《景园大厦工程结算汇总表》审核的工程造价7737.9万元向招商公司主张工程款尾数款的。而招商公司应付的工程款除中铁公司已收取的本案工程款6489万元外，应付的工程款尾数款888.9万元已在104号案中协商解决。本案只是针对中铁公司已收取的招商公司景园大厦项目工程款6489万元的归属而引起的纠纷。中铁公司与雅佳业公司现对该工程款所涉的工程是由谁施工完成的有争议。雅佳业公司主张招商公司所付的6489万元工程款所涉工程项目除了526.5万元独立工程等项目外全部都是由其施工。而中铁公司在上诉时主张雅佳业公司实际上仅承建了土建工程地下室和主体结构及部分建筑工程项目，雅佳业公司未做的建筑工程项目包括台阶花岗岩面层、楼木地板、防水材料层、阳台防盗网等13项；在向本院提交的《关于请求依法组织工程结算的申请》中则主张本案工程由三方独立施工共同完成，一是由雅佳业公司独立施工部分的工程项目（包括地下室及主体结构工程和部分装饰工程），二是中铁公司与开发商独立签订具体工程合同而由第三方独立完成的工程项目（包括消防、铝合金门窗、木夹板门、空调工程等），并提交了8份独立合同，三是由中铁公司自行完成的工程项目（包括发生的材料费和工资费用）。但根据双方签订的《联营施工协议书》约定，合作施工工程项目是以中铁公司的名义承接，由雅佳业公司组织施工。双方对案涉工程的施工范围并未作出其他约定。在中铁公司与招商公司签订的《景园大厦工程结算汇总表》中，工程结算审核价为73779478.75元（即雅佳业公司所称的7737.9万元），其中只涉及4份独立合同（即铝合金、木地板、空调工程合同及消防合同的工程配合费），工程款总额为5264567.99元（即雅佳业公司所称的526.5万元）。在104号案中，中铁公司称其与招商公司就海湾大厦项目下属分项工程签订4份合同，海湾大厦工程结算总造价为7377.9万元，已付工程款为6489万元，尚欠工程款为888.9万元，并未提及还有其他独立工程合同。在本案一审反诉时，中铁公司认为招商公司已付工程款6489万元，雅佳业公司应得的工程款应扣除消防、铝合金门窗、木地板、空调等安装工程价款526.5万元及保安监控系统工程款193835元。而保安监控系统工程款193835元在《景园大厦工程结算汇总表》中没有体现，雅佳业公司认为与本案无关。上述事实说明，中铁公司与招商公司结算的工程款7737.9万元中只涉及4份独立合同，工程款为526.5万元；雅佳业公司在一审时主张工程款中扣除不属于其施工的4部分共526.5万元，中铁公司在一审时也是认可的。中铁公司现在没有提供其与招商公司签订《景园大厦工程结算汇总表》的结算资料，无法证明结算的7737.9万元工程款中还有哪部分工程项目不属于雅佳业公司施工的。中铁公司在上诉时才提供的2份景园大厦工程《建安工程施工图预（决）算书》，也不能否定《景园大厦工程结算汇总表》所结算工程除526.5万元外是由雅佳业公司施工的。故除《景园大厦工程结算汇总表》中有体现的4份合同并经中铁公司和雅佳业公司共同认可的526.5万元外，中铁公司在本院二审时再提交8份独立合同主张由第三方独立完成工程项目9977758元（包含526.5万元）、主张由其自行完成工程项目1099万元共20967758元，该工程项目工程款也包含在已结算的工程款7737.9万元中，不属于雅佳业公司完成项目应予扣除，依据不充分，本院不予采纳。因此，一审判决认定案涉工程除消防、铝门窗、木地板、空调等独立合同所涉的工程（工程款526.5万元）之外，景园大厦主体工程系由雅佳业公司完成，并无不当。中铁公司上诉认为雅佳业公司应获得的工程款为52548169.46元（含税费），理由不充分，本院不予支持。
关于本案工程款是否应进行结算问题。在中铁公司与招商公司签订的《景园大厦工程结算汇总表》中已明确工程结算审核价为7737.9万元，其中包含了4份独立合同的工程款526.5万元。中铁公司在一审时没有主张进行工程结算，只是认为招商公司已付景园大厦工程款6489万元，雅佳业公司应得的工程款应扣除消防、铝合金门窗、木地板、空调等安装工程价款526.5万元和保安监控系统工程款193835元及税费。中铁公司在本院二审时申请进行工程结算，但提供的8份合同除在《景园大厦工程结算汇总表》中已体现的4份独立合同工程款526.5万元外，没有证据证实其他合同工程也包含在已结算工程款7737.9万元的工程内，雅佳业公司也不认可；中铁公司主张自行完成的工程项目1099万元（包括发生的材料费和工资费用），也没有提供证据证明该工程项目已包含在已结算工程款7737.9万元的工程内，雅佳业公司也不认可。中铁公司现在也没有提供其与招商公司签订《景园大厦工程结算汇总表》的结算资料，无法确定已结算工程款7737.9万元的工程中是否还有不属于雅佳业公司完成的工程项目。故本案讼争的工程款无须通过结算来确定，按现有证据也无法进行结算。因此，中铁公司上诉请求组织双方进行案涉工程结算，理由不充分，本院不予采纳。
关于中铁公司已支付的工程款数额问题。一审法院根据《海湾工程付款记录》（复印件）的记载，判决认定付款记录第1-242项累计金额52691616.84元，扣除税金和管理费4028129元，中铁公司已实际向雅佳业公司支付工程款48663487.84元。对此部分，双方没有异议。现在双方争议的是付款记录第243-245项、第246项记录的付款是否应计入已付工程款内。付款记录第243-245项的款项共计270433元，有李某乙在2001年8月28日的签字；中铁公司在2003年11月12日发给雅佳业公司的函件中，已提出中铁公司共支付给雅佳业公司海湾大厦工程款53082449.84元（该数额与《海湾工程付款记录》最后一项相同），要求雅佳业公司核对；中铁公司在本院二审时提交了该款项的相关付款凭证。由于雅佳业公司确认施工人员李某乙签名的有效性，此前的工程付款（包括第242项）也是由李某乙签字确认的，虽然该款项直至2001年8月28日李某乙才签字确认，但应认定为李某乙对该款项的追认。一审法院认为由于签字行为与付款发生时间相隔近5年，且支付项目、金额琐碎繁杂，李某乙对5年前的付款细节进行追认，准确性难以确认，且有违常理，因此不予采纳，该部分款项（金额合计为270433元）应当从已付款中扣除，依据不足，本院予以纠正，该270433元应计入中铁公司的已付款内。中铁公司对此的上诉理由充分，本院予以支持。至于付款记录第246项的款项120400元，虽然中铁公司也提交了该款项的相关付款凭证，但由于没有李某乙的签字确认，不能确认该付款是否属于付给雅佳业公司的工程款，一审判决不认定该款为已付工程款，并无不当。中铁公司上诉认为一审判决扣除该款项错误，理由不充分，本院不予支持。至于《景园大厦工程追款协议书》中所称的中铁公司为保工期而超支工程款400余万元，由于“为保工期而超支工程款400余万元”并不表明中铁公司拨付给雅佳业公司的工程款超过约定的数额，含义不明确，中铁公司也没有提供相应的证据支持，且与中铁公司所提供的付款证据不相印证，在此前中铁公司也从未主张过该款项。故一审判决对该400万元不认定为已付工程款并无不当。中铁公司上诉认为一审法院对证据《景圆大厦工程追款协议书》的解释错误，雅佳业公司承认中铁公司多支付工程款400万元是明确的，理由不充分，本院不予采纳。因此，中铁公司已实际向雅佳业公司支付工程款48933920.84元。
关于104号案与本案是否有关联问题。由于招商公司只支付景园大厦工程款6489万元给中铁公司，故在104号案中中铁公司依据其与招商公司签订的《景园大厦工程结算汇总表》审核的工程造价7737.9万元向招商公司、南山公司主张工程款尾数款888.9万元及利息，雅佳业公司作为该案有独立请求权的第三人参加了诉讼。最终中铁公司与招商公司签订了《和解协议书》。后中铁公司也与雅佳业公司签订《和解协议书》，对该工程尾数款的分配和税费的负担达成了协议。中铁公司在该工程款部分也收取了75万元。而本案争议的是中铁公司已收取招商公司景园大厦项目工程款6489万元的归属问题，并未将工程款尾数款888.9万元计入雅佳业公司已完成的工程量。虽然两案涉及的工程款是属于同一个工程项目，但工程款6489万元并不包括工程款尾数款888.9万元，两案审理的工程款范围不同，且104号涉及的工程款尾数款双方已协商解决，因此，104号案涉及的工程款与本案无关。中铁公司上诉认为一审法院未认定104号案与本案的关联性不当，与违约金相抵的工程尾数款中的5804200元应视为中铁公司已支付，雅佳业公司和其施工代表分的工程尾款2335800元应记入中铁公司已付工程款中，依据不足，本院不予采纳。
关于税费是否应扣除问题。双方签订的《联营施工协议书》对税金的负担和管理费的支付都有约定，雅佳业公司认可的《海湾工程付款记录》第205项也记录4028129元为税金及管理费，因此，雅佳业公司应按约定负担税金及支付管理费。在本院二审审理时，中铁公司认为税金是3.15%，管理费是4.5%，税金已缴纳，并提交了相关证据；雅佳业公司也表示同意把税费扣除，基数都应依据结算价，总共按照7.65%来算。因此，中铁公司应付给雅佳业公司的工程款中应扣除雅佳业公司应负担的税金和管理费，以雅佳业公司完成的工程量按7.65%计算。
关于雅佳业公司的诉请是否超过诉讼时效问题。虽然景园大厦工程项目在1996年7月已竣工验收，但中铁公司和雅佳业公司均确认工程竣工验收后中铁公司与招商公司、中铁公司与雅佳业公司均未进行过工程结算；2004年6月中铁公司在104号案起诉招商公司和南山公司支付工程款尾数款时，中铁公司的诉讼请求也包括请求判令办理景园大厦项目工程结算，而104号案准许撤诉的民事裁','2018-10-06
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