江苏省苏州市中级人民法院
民 事 判 决 书
(2016)苏05民终4957号
上诉人（原审原告、反诉被告）：江苏冠鑫建设工程有限公司
法定代表人：刘立长，该公司总经理。
委托诉讼代理人：罗列，江苏六度律师事务所律师。
上诉人（原审被告、反诉原告）：昆山申凌精密金属工业有限公司
法定代表人：郭子英，该公司董事长。
委托诉讼代理人：ＸＸ，江苏柏庐律师事务所律师。
委托诉讼代理人：叶挺，江苏柏庐律师事务所律师。
原审被告：江苏省天地人建设集团有限公司
法定代表人：陈军，该公司董事长。
上诉人江苏冠鑫建设工程有限公司（以下简称冠鑫公司）、昆山申凌精密金属工业有限公司（以下简称申凌公司）与原审被告江苏省天地人建设集团有限公司（以下简称天地人公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服江苏省昆山市人民法院（2013）昆民初字第3511号民事判决。本院于2016年6月12日立案受理后，依法组成合议庭进行了审理。本案现已审理终结。
冠鑫公司的上诉请求：撤销原判，发回重审或依法改判支持冠鑫公司的全部一审诉讼请求，驳回申凌公司的全部反诉请求。事实和理由：一、本诉部分，与申凌公司实际结算的2007年2月6日的补充协议，应按此协议进行工程结算。二、反诉部分，按照分部工程质量验收，全部工程已经超过保修期；即使部分未过，本案工程验收至今已有7、8年，申凌公司从未要求过保修，只是在冠鑫公司要求支付工程款才提出质量损失的反诉，说明申凌公司自己也认为过了保修期；如确实是质量问题，申凌公司未尽通知义务，应当驳回其反诉请求。
申凌公司辩称：2007年2月6日的补充协议是申凌公司应冠鑫公司要求加盖公章，冠鑫公司提交给法院的诉状和结算书均是以2007年2月2日的2100万元作为结算依据。申凌公司在本案审理中于2013年9月提起包括质量问题的反诉，应法官要求另行诉讼即（2014）昆民初字第2118号案件，在起诉前书面要求冠鑫公司进行维修，冠鑫公司拒绝维修。
申凌公司的上诉请求：一、驳回一审判决对《工程造价鉴定意见书》中设计变更、增加及签证工程的第1、3、6、15、21项工程增加量的认定。二、下浮率按26.93%计算。事实和理由：一、关于第1、3、6、15项增加工程，冠鑫公司提供的签证单自身没有签字盖章，也未要求申凌公司确认。这四项是隐蔽工程，冠鑫公司在隐蔽前应通知申凌公司验收，现申凌公司对这四项隐蔽工程并不知，无法确认是否存在及具体工程量。第21项增加工程虽然鉴定单位进行了现场勘查，但未明确增加的防水是何时在何种状态下增加的，无法确定该项费用的责任方，冠鑫公司也未就该项增加工程进行签证。二、关于下浮率，一审判决以21000000元与23590000元作对比得出下浮率没有依据，冠鑫公司根据报价书单价得出的工程总价是28738318.88元，最终签约价为21000000元，下浮26.93%。
冠鑫公司辩称，一、一审判决对第1、3、6、15、21项工程增加量的认定，不完全基于冠鑫公司的签证单，还基于现场勘查和鉴定意见书。二、下浮率的选择是根据实际履行的合同来确定的，冠鑫公司认为实际履行的是2007.2.6的补充协议，且下浮率26.93%有悖常理，显失公平。
冠鑫公司向一审法院起诉请求：申凌公司支付工程款6217801.3元，支付从2011年4月17日起的银行利息，承担本案诉讼费。
申凌公司向一审法院反诉请求：冠鑫公司赔偿逾期竣工违约金1185000元，房屋质量损失3579570元，承担反诉费用。
一审法院认定事实：
（一）合同签订情况。
天地人公司原名称为扬州市众城建设有限公司，后于2009年12月31日变更名称为江苏天地人建设工程有限公司，再于2010年1月6日变更为现名称。
2007年1月16日，天地人公司就本案工程制定预算书一份并提交申凌公司，该报价书载明“昆山申凌精密电子工业有限公司1-9号厂房、门卫室、配电房、厂区道路、排水、照明及厂区四周围墙等”共计预算价为29050582.03元，报价为23597180元，总报价为23590000元。
同日，冠鑫公司向申凌公司出具报价书一份，该报价书载明“昆山申凌精密电子工业有限公司1-9号厂房、门卫室、配电房、厂区道路、排水、照明及厂区四周围墙等”总价为28738318.88元。该两份报价书所涉项目并无明显区别，冠鑫公司出具的报价书的首页“造价汇总表”与天地人公司出具的预算书第二页“造价汇总表”载明的项目、金额完全一致，仅编制单位落款不同。
2007年2月2日，申凌公司与天地人公司签订了工程施工协议书一份，约定工程名称为昆山申凌精密电子工业有限公司1-9号厂房、门卫室、配电房、厂区道路、排水、照明及厂区四周围墙；承包方式为包工包料；承包范围包括上述厂房、门卫室、配电房、厂区道路、排水、照明及厂区四周围墙、设计施工图纸范围内的土建、水电安装、消防工程，其中1号厂房除卫生间外原设计地砖楼地面现改为金刚砂楼地面，厂区排水管道原设计图纸为UPVC排水管，现改为预制砼排水管；厂区道路做法主路、支路均为原土路用压路机压实、50cm厚道砟垫层、20cm厚C25砼随打随抹；总工期在2007年9月30日前全部完工，其中第一期工程中的1号厂房6月30日前完工，2、3号厂房在2007年5月30日前全部完工，逾期一天按3000元/天处罚；工程质量确保合格；工程总造价为21000000元，本承包价格除因设计变更或要求变更外，不得因今后材料价格的变更而调整；合同生效后，申凌公司按照每月实际工程量付被告天地人公司60%的工程进度款，工程竣工后经甲方验收合格后剩下40%在两年内分季度付清；合同签订后，施工中如有需设计院变更，还有增加项目，根据双方现场人员监理签证，作为结算的依据，对变更后的工程量进行按实际计算增减。
2007年2月6日，申凌公司与冠鑫公司签订了工程补充协议一份，约定将1-9号厂房、门卫室、配电房、厂区道路、排水、照明及厂区四周围墙发包给冠鑫公司；承包范围包括上述项目施工图纸范围内的土建、水电安装、消防工程，不包括钢结构雨棚及电动伸缩门，其中1号厂房除卫生间外原设计地砖楼地面现改为金刚砂楼地面，厂区排水管道原设计图纸为UPVC排水管，现改为预制砼排水管；厂区道路中主路为25厘米厚道砟垫层20厘米厚C25砼随打随抹，支路为25厘米厚道砟垫层，15厘米厚C25砼随打随抹；工程总价款为2680万元，除设计变更或被告申凌公司要求变更外，不得因今后材料价格的变动而调整；承包方式为包工包料；工程分为二期，一期为1-3号厂房及周边围墙、道路、门卫室，二期为除一期外的合同约定范围内的全部项目；一期工期从2007年3月10日至2007年9月30日，二期工期从2007年9月30日至2008年7月31日；工程按进度付款，每月5日支付上月已完成工程量的60%，竣工验收后半年内支付30%，余款10%一年内付清；未尽事项执行建设工程施工合同条款要求。
2007年2月21日，申凌公司与天地人公司签订建设工程施工合同一份，约定将申凌公司1-3号厂房、门卫、配电房工程发包给天地人公司；承包方式为包工包料；承包范围包括桩基、土建、水电安装；合同总价款为6398000元；工程质量标准为合格；工期从2007年3月21日至2007年7月21日。2007年7月3日，申凌公司与天地人公司签订建设工程施工合同一份，约定将申凌公司4-9号厂房、门卫室两个；承包方式为包工包料；承包范围包括施工图纸范围内的全部内容；合同总价款为10351150元；工程质量标准为合格；工期从2007年7月15日至2008年3月15日。庭审中，冠鑫公司与申凌公司均认可天地人公司与申凌公司于2007年2月21日、2007年7月3日签订的建设工程施工合同两份系备案使用，非实际履行合同。
2007年7月5日，天地人公司与冠鑫公司签订工程分包协议一份，约定将上述1-9号厂房、门卫室、配电房工程转包给冠鑫公司；工程总造价为16749115元；承包价格除因设计变更或天地人公司要求变更外，不得因今后材料价格的变动而调整；承包方式为包工包料；开竣工日期为一期2007年3月1日至2007年7月15日，二期为2007年6月30日至2008年3月15日；工程质量为合格；工程按进度付款，每月支付上月已完成工程量的70%，竣工验收后一周内支付20%，余款10%一年内付清；未尽事项执行建设工程施工合同条款要求。
（二）合同履行情况。
2007年3月21日，申凌公司取得了1-3号厂房、1号及2号门卫、配电房的建筑工程施工许可证，合同工期为2007年3月21日至2007年7月21日。
2007年9月7日，申凌公司取得了4-9号厂房的建筑工程施工许可证，合同工期为2007年9月7日至2008年5月7日。
上述合同及施工手续办毕后，冠鑫公司实际从事了涉案工程的施工。涉案1号厂房于2007年4月28日进行了开工，于2007年8月23日进行了主体分部工程质量验收；2号厂房于2007年3月25日进行了开工，于2007年6月8日进行了主体分部工程质量验收；3号厂房于2007年3月25日进行了开工，于2007年6月8日进行了主体分部工程质量验收；4号厂房于2007年9月9日进行了开工，于2008年3月3日进行了主体分部工程质量验收；5号厂房于2007年9月7日进行了开工，于2008年3月13日进行了主体分部工程质量验收；6号厂房于2007年12月21日进行了开工，于2008年5月19日进行了主体分部工程质量验收；7号厂房于2007年11月11日进行了开工，于2008年5月19日进行了主体分部工程质量验收；8号厂房于2007年9月9日进行了开工，于2008年7月28日进行了主体分部工程质量验收；9号厂房于2007年9月9日进行了开工，于2008年7月28日进行了主体分部工程质量验收。
2008年8月1日，上述工程内的配电房、门卫、1号厂房、2号厂房、3号厂房通过了竣工验收；2009年3月10日，4号房产、5号厂房、6号厂房、8号厂房、9号厂房通过了竣工验收；2009年4月17日，7号厂房通过了竣工验收。
期间，申凌公司陆续支付了工程款21428000元。另外，申凌公司支付了涉案工程的水电费32244.33元，另提供了以天地人公司名义缴纳的工程施工安全监督费等发票，总金额为51095元。
（三）工程结算情况。
2009年10月22日，冠鑫公司制作了结算书一份，结算工程总价为27645801.3元，其中包括涉案厂区工程款27404061.5元、石牌厂区部分241739.8元。该结算书无申凌公司的确认，也无相应送达回单证实其送达情况。冠鑫公司在该结算造价汇总表中载明第一项为“合同价21000000元，备注为见2007年2月6日工程补充协议”。经庭审询问，冠鑫公司于2015年11月27日庭审中对此解释为“该21000000元实际为笔误，结算书中也提到是根据2007年2月6日的工程补充协议”，于2015年12月7日庭审中解释为“当时结算时是有合同内按照21000000元结算的想法，诉讼了就按照26800000元进行主张。”
（四）鉴定情况。
审理中，冠鑫公司申请对合同外工程、材料调差部分、人工费调整部分进行鉴定。申凌公司在该过程中，申请对减少工程量部分进行鉴定。上述鉴定申请共同委托苏州新天平工程咨询有限公司进行鉴定。2015年5月25日，苏州新天平工程咨询有限公司作出工程造价鉴定意见书，认定合同外工程项目工程总造价为3390217.73元（包含石牌厂区工程240920.86、材料价调差964655.27元、人工费调整557435.36元），参照冠鑫公司的报价书与补充协议约定，下浮率为6.74%，即3161717.05元；参照天地人公司的报价书与补充协议约定，下浮率为26.93%，即2477232.1元。关于减少工程量，鉴定意见认为涉及工程总造价为812433.09元，参照上述下浮率分别为757675.94元、593645.51元。合同外一期绿化、二期绿化部分、厂区太阳能路灯，因当事人未提供相关资料证明，未能作出鉴定意见。关于厂区道路，鉴定机构给出意见为面积总计为18500平方米，如果混凝土厚度减少1厘米，则按照4.1元/平方米减少造价；如果道砟厚度减少1厘米，则按照0.72元/平方米减少造价。本次鉴定费总计为187000元，其中冠鑫公司申请鉴定所涉部分为177000元，申凌公司申请部分涉及10000元，已各自支付。冠鑫公司与申凌公司经过随机取样，共同确认混凝土平均厚度为19.5cm。
申凌公司就其反诉保修责任申请工程质量及修复方案鉴定，法院予以准许，并委托东南建设工程安全鉴定有限公司进行鉴定。2015年6月25日，东南建设工程安全鉴定有限公司作出鉴定报告，确认申凌公司4-7号房产存有质量问题，并出具修复方案。鉴定费130000元，由申凌公司支付。
申凌公司就该修复方案所涉造价申请鉴定，法院予以准许，并征求了冠鑫公司的意见，确定由苏州新天平工程咨询有限公司进行修复造价鉴定。2015年11月15日，苏州新天平工程咨询有限公司出具工程造价鉴定意见书，认定修复工程造价总计为2330856.35元。本次鉴定费30000元，由申凌公司支付。
（五）其他。
冠鑫公司在庭审中，明确表示不要求天地人公司承担责任。申凌公司庭审中就修复残值表示，可以在修复时交还给冠鑫公司。
上述事实，由工程施工协议书、工程分包协议、工程补充协议、建设工程施工合同书、报价书、预算书、结算书、鉴定报告、鉴定费发票等及当事人在庭审中的陈述予以证实。
一审法院认为，本案争议焦点（一）:冠鑫公司与天地人公司、申凌公司三者之间合同效力及实际履行合同的确定。
冠鑫公司与天地人公司、申凌公司之间就涉案工程分别签订了建设工程施工合同二份、工程施工协议书一份、工程分包协议一份、工程补充协议一份，因冠鑫公司系以天地人公司名义承包工程并进行相应报建、备案登记，上述合同、协议均因违反法律强制性规定而无效。上述合同无效，因涉案工程经竣工验收合格，冠鑫公司作为实际施工人请求参照合同约定支付工程价款的主张，应予支持。
天地人公司与申凌公司签订建设工程施工合同两份，庭审中冠鑫公司、申凌公司均陈述系备案使用，而非实际履行合同，结合二者系建设方、实际施工人的身份，法院对该陈述予以采信，该两份合同不作为本案参照依据。冠鑫公司与天地人公司之间签订的工程分包协议，其中所涉项目、金额与天地人公司与申凌公司签订的两份建设工程施工合同一致，亦基于上述事由，不应作为本案参照依据。
2007年2月2日签订的工程施工协议书与2007年2月6日的工程补充协议相比较，工程项目、内容基本一致，但工程总造价分别为21000000元、26800000元差异较大，存有冲突；天地人公司提交的报价书与申凌公司提交的预算书之间内容重复率较高，也无大项工程项目变更、增加，亦不能对上述工程总造价的差异作出合理说明；冠鑫公司于2009年10月22日制作的结算书一载明合同价为21000000元，虽然与其后记载的“见2007年2月6日工程补充协议”相矛盾，但错误计算5800000元工程款而未能及时更正，不符合常理；从冠鑫公司的起诉来看，其计算欠付工程款的各项数据均来自2009年10月22日的结算书，在诉状的事实与理由部分也未对合同价21000000元提出异议，综上可以认定冠鑫公司与申凌公司实际履行的合同为2007年2月2日天地人公司与申凌公司签订的工程施工协议书。
（二）工程总造价的结算。
申凌公司现已付工程款为21428000元，合同范围内多付工程款为428000元。
关于增加工程造价，根据苏州新天平工程咨询有限公司作出工程造价鉴定意见书，合同外工程项目工程总造价为3390217.73元，其中目录中第1、3、6、15项，因系隐蔽工程无法通过现场勘查确认，但因申凌公司在大量签证单上均未签章且其中大部分已经通过现场勘查确认属实，故冠鑫公司关于该部分的主张予以采信；目录中第21项，已经通过现场勘查确定，故申凌公司的该项抗辩意见法院不予支持；目录中35项石牌厂区工程造价240920.86元，因与涉案非属同一厂区，冠鑫公司未就申凌公司系该厂区权利人及实际施工提供证据证明，该部分主张不予支持；材料价调差964655.27元，因冠鑫公司与申凌公司在工程补充协议中明确该项目为固定总价，且强调材料价格变动不作为工程款调整依据，其再主张材料费调差无事实依据，法院不予支持；人工费调整557435.36元，因该合同系固定总价合同，且人工费在其中所涉比例较低，亦不构成情势变更，亦不予支持，冠鑫公司所举苏州市建设局文件非法律强制性规定，仍应参照约定确认工程价款。合同外工程项目工程总造价3390217.73元-石牌厂区工程造价240920.86-材料价调差964655.27元-人工费调整557435.36元=1627206.24元，该款应参照实际履行的工程施工协议书扣除下浮率。
关于下浮率，冠鑫公司以天地人公司名义提交的报价书与实际履行的工程施工协议书主体相对应，据以作为下浮率的计算依据。根据该报价书，总报价为23590000元，签约金额为21000000元，下浮率为（23590000元-21000000元）/23590000元*100%=10.98%。
合同外一期绿化、二期绿化部分、厂区太阳能路灯项目，因冠鑫公司未提供证据证明其损失，该举证不能的不利后果由其自负。关于减少工程量造价，根据鉴定意见冠鑫公司未施工部分工程造价812433.09元。
关于厂区道路，鉴定机构给出意见为面积总计为18500平方米，如果混凝土厚度减少1厘米，则按照4.1元/平方米减少造价；如果道砟厚度减少1厘米，则按照0.72元/平方米减少造价。被告申凌公司未就道砟减少提供证据证明，故该部分抗辩意见法院不予支持。关于混凝土厚度，冠鑫公司与申凌公司经过随机抽样测量的平均厚度为19.5cm，少于工程施工协议书约定的20cm，即减少工程量为18500平方米*4.1元/平方米*1/2=37925元。该款亦应扣除下浮率。
关于水电费，申凌公司提供了水电费发票，载明缴款人也为申凌公司，故该部分费用应为其垫付，总计为32244.33元。
申凌公司提供的以天地人公司名义缴纳的工程施工安全监督费等发票，总金额为51095元，因上述发票原件由申凌公司持有，故对该项抗辩予以支持。
综上，申凌公司实际欠付工程款为21428000元-21000000元-（1627206.24元-812433.09元-37925元）*（1-10.98%下浮率）+32244.33元+51095元=-180210.89元，即尚欠付180210.89元。根据工程施工协议书，余款应于工程竣工后两年内分季度付清，因最后验收期限为2009年4月17日，故冠鑫公司从2011年4月17日主张利息，法院予以支持，并参照同期同档基准贷款利率计算至实际支付之日。
（三）保修责任。
冠鑫公司起诉后，申凌公司就工程质量问题提起反诉，其主张的工程质量问题中1-9号厂房及附属工程，其中1-3号厂房及附属工程已超过保修期，不予支持；其中4-9号厂房从竣工之日开始计算，尚未超过五年保修期，冠鑫公司应当就此承担保修责任。根据东南建设工程安全鉴定有限公司的鉴定报告，申凌公司4-7号厂房存有质量问题，法院予以确认。上述质量问题属于冠鑫公司责任范围，其否认该质量问题可以认定已构成怠于履行保修义务，故应当负担相应修复费用，参照东南建设工程安全鉴定有限公司及苏州新天平工程咨询有限公司进行修复造价鉴定意见，法院确认为2330856.35元。冠鑫公司关于修复费用中应当折扣因新的修复所延长的使用期限利益，因该修复系因冠鑫公司违约造成，且申凌公司在使用、修复涉案厂房时，因质量问题、修复作业亦不可避免具有损失，故双方因质量问题所涉损益暂无法确定，当事人可另行主张。冠鑫公司关于拆卸物品残值应当返还的反诉抗辩，根据申凌公司的庭审意见，可自行交接。冠鑫公司关于应当按照保修期满之日为基准计算保修责任，因冠鑫公司违约造成申凌公司的涉案厂房未能及时修复，拖延至今，该责任应由违约方自负。冠鑫公司关于女儿墙部分已过保修期限的主张，因申凌公司就外墙渗水提起反诉时尚未过保修期，该女儿墙部分的修复与外墙渗水具有直接关联，从属于外墙渗水的反诉主张中，故该项抗辩意见不予支持。关于保修所涉利润、管理费，因该部分成本属于申凌公司委托他人进行修复工作的必要成本，冠鑫公司关于扣除该部分款项的抗辩意见不予支持。
（四）关于逾期竣工责任。
涉案一期工程于2008年8月1日通过了竣工验收；二期工程中的4号厂房、5号厂房、6号厂房、8号厂房、9号厂房于2009年3月10日通过了竣工验收，7号厂房于2009年4月17日通过了竣工验收，至申凌公司提出反诉之日已超过诉讼时效，因申凌公司并未就时效中止、中断提供证据证明，故对冠鑫公司的该项抗辩意见予以支持。
（五）天地人公司的责任。
冠鑫公司在庭审中明确不要求天地人公司承担责任，法院予以确认。冠鑫公司以天地人公司的名义订立建设工程施工合同，因履行该合同产生的民事责任，天地人公司应与冠鑫公司承担连带责任。
据此，依照《中华人民共和国民法通则》第一百三十五条、《中华人民共和国合同法》第六十条、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条、第四条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条、第一百四十四条之规定，判决：一、申凌公司于判决生效后十日内支付冠鑫建设工程有限公司工程款180210.89元及利息（以180210.89元为本金，从2011年4月17日开始按照中国人民银行同期同档基准贷款利率计算至实际支付之日）。二、驳回冠鑫公司对天地人公司的诉讼请求。三、冠鑫公司于判决生效后十日内支付申凌公司保修事项所涉工程款2330856.35元。四、天地人公司对判决第三项与冠鑫公司承担连带责任。五、驳回申凌公司关于逾期竣工违约金的诉讼请求。本诉案件受理费61824元、保全费5000元、反诉案件受理费22458元及鉴定费177000元、10000元、104000元、30000元，总计410282元，由冠鑫公司、天地人公司共同负担253824元，申凌公司负担156458元。
二审经审理查明的事实与原审一致。
二审另查明，2008年8月1日，冠鑫公司施工的配电房、门卫、1-3号厂房通过竣工验收，单位竣工验收证明书记载的竣工日期为2007年12月1日。2009年3月10日、2009年4月17日，4-9号厂房分别通过竣工验收，单位竣工验收证明书未记载竣工日期。
二审还查明，冠鑫公司于2009年10月22日制作的结算书将2007年2月6日的工程补充协议作为附件一并装订成册。
二审又查明，一审庭审中，申凌公司陈述应以鉴定报告确认的金额进行工程款的结算。冠鑫公司在一审判决后上诉期内提交了一份上诉状，对一审认定事实提出异议，其中提到其在一审期间收到两份申凌公司的上诉状，一份落款时间为2013年9月29日，申凌公司主张房屋质量问题损失3579570元以及逾期竣工违约金。后冠鑫公司撤回了该份上诉状的上诉意见，重新向本院递交了一份变更上诉意见书。
二审中，冠鑫公司向本院提交书面陈述，称冠鑫公司因为资质不够，借用天地人公司的名义承接本案工程，为节省挂靠费2009年2月2日的工程施工协议书将金额拉低至2100万元。2009年2月6日冠鑫公司与申凌公司的补充协议约定的2680万元是双方谈好的实际价格。
申凌公司向本院提交书面陈述，称2007年2月2日冠鑫公司以天地人公司签订的合同是双方真实履行的合同，2007年2月6日的补充协议是为冠鑫公司公司融资而签订的。
本院认为：冠鑫公司为承接申凌公司厂房工程，2009年2月2日以天地人公司名义与申凌公司签订了工程施工协议书，又于2009年2月6日以自己名义与申凌公司签订了补充协议，两份建设工程施工合同均违反了法律规定，系无效合同。但冠鑫公司施工的厂房已经通过竣工验收，因此冠鑫公司按照合同约定与申凌公司结算工程款。
关于双方实际履行的是哪一份合同，冠鑫公司与申凌公司说法不一，且均无法提供充分证据证明自己的主张。2009年2月2日的施工协议是冠鑫公司以天地人公司的名义所签，2009年2月6日的补充协议是冠鑫公司自己与申凌公司签订，且时间在后，因此本院认为后一份合同更能体现冠鑫公司与申凌公司的真实意思，为双方实际履行的合同。虽然冠鑫公司制作的结算书记载了造价2100万元，但同时备注了见2007年2月6日《工程补充协议》，并将该附件附在结算书之后。一审判决以此认定双方履行的是2009年2月2日的施工协议依据不足。据此该工程合同内工程款为2680万元。与冠鑫公司2009年1月16日的预算书报价28738318.88元比对，下浮率为6.74%。
关于合同外工程，根据苏州新天平工程咨询有限公司的工程造价鉴定意见书，总造价为3390217.73元，扣除石牌厂区造价240920.86元、材料价调差964655.27元、人工费调整557435.36元，实际工程款为1627206.24元。申凌公司上诉对其中第1、3、6、15、21项提出异议，但上述施工内容是鉴定机构现场勘查后确认增加的工程，且申凌公司在一审庭审中认可应当按照鉴定报告确认的金额结算工程款，其异议依据不足，不予支持。关于冠鑫公司减少工程量应扣减的范围，包括鉴定报告确定的812433.09元及厂区道路厚度不足应减少37925元。据此，涉案工程总工程款为26800000+1627206.24*（1-6.74%）-(812433.09+37925）*（1-6.74%）=27571612.19元。申凌公司已经支付了工程款21428000元，为冠鑫公司垫付水电费32244.33元，缴纳各种费用51095元，尚欠工程款6060272.86元应当支付。
关于工程是否存在质量问题，因双方在合同中未约定工程的保修期限，根据国家相关规定屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏，最低期限为5年。冠鑫公司施工的配电房、门卫、1-3号厂房竣工日为2007年12月1日，4-9号厂房因竣工验收证明书未记载竣工日期，应以竣工验收合格之日为竣工日期，分别为2009年3月10日和4月17日。申凌公司在一审审理期间提出反诉，要求冠鑫公司承担质量责任。根据冠鑫公司提交的第一份上诉状，申凌公司的反诉日期为2013年9月29日，因此，4-9号厂房仍在防水的5年保修期内。根据东南建设工程安全鉴定有限公司的鉴定报告，4-7号厂房存在防水不足和渗水等质量问题。根据苏州新天平工程咨询有限公司的鉴定结论，修复费用为2330856.35元，应由冠鑫公司承担。冠鑫公司认为涉案工程已经超过质量保修期与事实不符，本院不予支持。但天地人公司并非工程的施工单位，申凌公司一审主张天地人公司对冠鑫公司施工的厂房的质量问题承担连带责任无法律依据，不予支持。
综上，申凌公司的上诉请求不能成立，应予驳回。冠鑫公司的上诉请求部分成立，应予支持。一审判决认定事实清楚，实体处理不当，应予纠正。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第二项规定，判决如下：
一、维持江苏省昆山市人民法院（2013）昆民初字第3511号民事判决第二、三、五项。
二、撤销江苏省昆山市人民法院（2013）昆民初字第3511号民事判决第一、四项。
三、昆山申凌精密金属工业有限公司于本判决生效后十日内支付江苏冠鑫建设工程有限公司工程款6060272.86元及利息（从2011年4月17日起按中国人民银行同期同档贷款基准利率计算至本判决生效日止）。
四、驳回昆山申凌精密金属工业有限公司对江苏省天地人建设集团有限公司的反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十九条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审本诉案件受理费61824元，财产保全费5000元，工程造价鉴定费187000元，合计253824元，由江苏冠鑫建设工程有限公司负担25382元，昆山申凌精密金属工业有限公司负担228442元。一审反诉案件受理费22458元，反诉质量及修复鉴定费160000元，合计182458元，由江苏冠鑫建设工程有限公司负担171229元，昆山申凌精密金属工业有限公司负担11229元。
二审案件受理费99522元，由江苏冠鑫建设工程有限公司负担25285元，昆山申凌精密金属工业有限负担74237元。
本判决为终审判决。
审 判 长 王稚群
审 判 员 叶 刚
代理审判员 郭 锐
二〇一六年十月二十日
书 记 员 吉宇璐