江苏省宝应县人民法院
民 事 判 决 书
(2017)苏1023民初1431号
原告：无锡市神扬建筑工程有限公司，住所地在江苏省无锡市惠山区堰桥街道长安长东村。
法定代表人：黄某某。
委托诉讼代理人：刘某某、唐某某，江苏诚卓律师事务所律师。
被告：苏州市置业房地产开发有限公司，住所地在江苏省苏州市工业园区东环路1400号1幢205室。
委托诉讼代理人：李某。
委托诉讼代理人：朱某某。
被告：苏州市置业房地产开发有限公司宝应分公司，住所地江苏省宝应县白田中路白田雅苑会所二楼。
法定代表人：张某。
委托诉讼代理人：朱某某。
委托诉讼代理人：蔡某某。
原告无锡市神扬建筑工程有限公司（以下简称无锡神扬）与被告苏州市置业房地产开发有限公司（以下简称苏州置业）、苏州市置业房地产开发有限公司宝应分公司（以下简称苏州置业宝应分公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2017年3月13日立案受理后，依法适用简易程序于2017年5月31日公开开庭进行了审理，原告无锡神扬的委托诉讼代理人刘某某、唐某某、被告苏州置业的委托诉讼代理人李某、被告苏州置业宝应分公司的委托诉讼代理人蔡某某、丁某（后变更为朱某某）到庭参加诉讼，后本案依法组成合议庭于2017年10月12日公开开庭进行了审理，原告无锡神扬的委托诉讼代理人唐某某、被告苏州置业的委托诉讼代理人朱某某、被告苏州置业宝应分公司的委托诉讼代理人蔡某某、朱某某到庭参加诉讼，本案现已审理终结。
原告无锡神扬向本院提出诉讼请求：1、请求判令被告一、被告二向原告支付欠付工程款307.283025万元，并以此为基数自2011年11月30日起以中国银行同期贷款利率向原告支付利息；2、本案诉讼费由被告承担。
事实和理由：原告与被告二就宝应白田雅苑住宅小区一标段、四标段、白田雅苑小区后三通工程分别签订了建设工程施工合同，合同价款分别为1324.761473万元、1788万元、300万元，合计3412.761473万元。因上述工程在施工过程中有增项等因素，经双方确认后对应工程应付工程价款为1840.82万元、1391.4062万元、300万元，合计3532.2262万元，原告已按上述数额向被告开具了全额发票，工程早在2008年10月底及2011年11月底竣工验收备案结束，并交付使用，截止起诉之日止，两被告共计支付工程款2630.939875万元，另以房抵除工程款594.0033万元，至今被告仍欠原告工程款307.283025万元，被告并要承担延期付款的违约金。因被告二为被告一的附属机构，被告一理应对上述欠款承担还款责任。原告多次催要未果，故诉至法院。
被告苏州置业及其宝应分公司共同辩称：1、被告认为原告的诉讼已经超过诉讼时效；2、原告所说的事实与事实不符，事实上该工程一标段的总价款为13914062元，四标段为18408200元，后三通的价格2983568元，合计为35305830元，被告已经合计支付35015647.21元（包含以房冲抵工程款的部分，约740万元），还剩余290182.79元没有支付，但该金额应扣除咨询费43500元，剩余246682.79元是作为质保金，因原告施工的工程有质量问题，而导致被告垫付维修款112450元，并还有15家钉子户还没有维修，综上所述，被告并不拖欠原告的工程款；3、原告剩余未支付的款项是质保金，根据合同约定是不计息的。
当事人围绕本案的诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证，原告神扬公司提交了协议书、工程结算审定单、付款凭证、单位工程竣工验收证明书等证据，被告苏州置业宝应分公司提交了付款凭证、明细分类帐、快递邮寄凭证及维修通知函、联系函、催告函、工程咨询合同、付款凭证及发票、四标段工程结算审计费用补充协议、建设工程施工合同、房屋建筑工程质量保修书、对当事人无异议的证据，本院予以确认并在卷佐证，对于当事人有异议的证据，本院结合双方的证据、陈述，对相关事实作如下认定：
2007年，苏州置业宝应分公司（甲方）与神扬公司（乙方）签订一份“建设工程施工合同”，苏州置业宝应分公司将其位于宝应白田雅苑住宅小区四标段工程交由神扬公司施工，工程承包范围为1、2、3、4、9、10、11、12号楼的土建工程（含水电、不包含电梯、外墙涂料、门窗和现场缺土、各种栏杆），合同价款为1788万元，双方另对工期、违约责任、保修等事项进行了约定。此后，苏州置业宝应分公司与神扬公司签订一份“白田雅苑四标段工程工程结算审计费用补充协议”，内容为：工程结算书由承包人按投标文件及合同等相关条款编制，提交发包人，再由发包人负责联系有资质的审计单位进行审计。若审计增减的工程价款超出送审工程结算价的百分之五，则超出部分的审计费用由承包人承担，此费用由发包人直接从工程款中扣除，若审计增减的工程价款未超过送审工程款结算价的百分之五，则审计费用全部由发包人承担。上述工程于2008年10月份经验收合格。原、被告双方一致确认经审计，该份合同总价款按1840.82万元进行结算。
2008年7月30日，苏州置业宝应分公司（甲方）与神扬公司（乙方）签订一份协议书，苏州置业宝应分公司将其白田雅苑小区后三通工程交由神扬公司施工，开工日期为2008年8月1日，竣工日期为2008年9月15日，合同价款为300万元。
2009年12月4日，神扬公司中标苏州置业白田雅苑二期1-5号、7号楼工程，苏州置业向神扬公司发送中标通知书，该中标通知书载明项目经理为朱克新，施文艺等人为项目组成员。2009年12月20日，苏州置业宝应分公司（甲方）与神扬公司（乙方）签订一份“建设工程施工合同”，由神扬公司对宝应白田雅苑住宅小区一标段（1、2、3、4、5、7号楼）工程进行施工，双方对开工日期、工期、价款、违约责任等事项进行了约定。上述四标段工程于2011年11月份经验收合格。原、被告一致确认该份合同总价款按1391.4062元进行结算。
上述工程神扬公司与苏州置业宝应分公司约定工程质量保证金为5年，工程质量保证金为施工合同价款的5%（无息），发包人在质量保证期满后14天内将质保金返还承包人。
神扬公司与苏州置业宝应分公司签订上述合同后，苏州置业宝应分公司按工程的进度逐步付款。2011年7月30日，神扬公司向苏州置业宝应分公司发函，与本案有关内容为：1、白田雅苑一期工程（前述四标段工程+后三通工程）总工程价款为2341.605万元；2、截止2011年1月份，被告累计付款2068.8601万元，尚欠272.745万元；3、望被告立即支付剩余工程款，并承担逾期付款的责任。2013年10月10日，神扬公司再次在该催告函中盖章确认。
同年8月3日，苏州置业宝应分公司向神扬公司发送一份回复函，与本案有关的内容为：1、四标段审计价为1807.939689万元，已付款1768.8601万元，公司代为垫付维修款1.15万元；2、后三通工程，在施工过程中我司要求贵司增加1#-15#污水支管线的施作，审计初稿为27.9483万元，35#、36#门市房前道路，贵司只做了土方平整与石子垫层，其中砼垫层与道板砖铺垫由市政飞跃道路桥梁公司代为施作，其涉及金额约为20几万，该费需经审计后从贵公司室外后三通工程款中予以扣除。贵公司就室外后三通工程曾送达一份结算书，但我公司相关技术人员指出该结算书不符合要求，其中有多处重复计算、计算范围扩大及减少部分没有计入结算书…室外后三通工程我司已付贵司工程款300万元（其中有20万元的发票贵司至今没有给我司）；3、我公司不存在逾期付款，相反我公司超付了工程款。针对该函，神扬公司于2011年8月8日向苏州置业宝应分公司发送一份复函，内容为：1、贵司对我司承建的由贵司开发的百田雅苑一期商品房工程项目，该项目于2008年8月竣工并交付给贵司，合同价款为1788万元，后三通为300万元；2、贵司对一期工程增加的造价有异议，贵司认为我司上报的变更增加工程造价253.605万元已由贵司负责人签字确认；3、关于我司在2011年7月30日发函贵司，请贵司及时支付工程款是有依据的。
2013年10月16日，苏州置业宝应分公司向神扬公司发送一份回复函，主要内容为：1、对于贵司在催告函中所表述的有关事项，我公司已于2011年8月3日回复函中给付详细的解答：贵公司承建的我公司开发的百田雅苑一期四标段工程，土建合同价为1788万元，上报结算金额为2041.61万元，审计初审后金额1840.82万元，后三通合同价300万元，上报结算金额309.42万元，审计初稿后金额298.36万元，四标段审计初稿我公司多次发送贵公司，最后一次于2010年3月份发给贵公司；2、目前，四标段工程款我公司已付于贵公司土建部分1803.86万元（约结算初稿的97.99%），后三通部分公开已全部付清，截止2013年10月16日，我公司为贵公司代为垫付百田雅苑一期贵公司承包范围内的工程维修款合计5.14万元，并且一期项目还存在维修正在进行中，正在维修中的维修费用暂时还无法统计，需要等维修工程完工后统计；3、我公司根据招标文件、贵我双方合同及苏州置业宝应分公司、神扬公司、中外建天利（北京）工程监理咨询有限公司、苏州江南意造建筑设计有限公司等相关代表人共同签字、盖章确认的现场变更、签证单等，经过实际核算我司欠贵司工程款为31.8166万元（1840.8166万元-1803.86万元-5.14万元=31.8166万元）；4、我司为维护贵我双方关系，请贵司重新整理一期结算资料，对贵司提出的争议事项贵我双方约定洽谈时间到我公司进行洽谈，争取尽快解决贵公司承建的一期项目结算工作。
另查明，2009年5月13日，苏州置业宝应分公司与江苏交通工程投资咨询有限公司签订一份“工程咨询合同”，由江苏交通工程投资咨询有限公司对百田雅苑小区1-36号楼及相应室外配套工程进行结算审查，双方按以下标准计算咨询费用：按照“送审结算造价×0.1%+最终核减额×4%计取”，1、若仅依据“终核减额×4%”计算累计审查费用已超过人民币十万元，则不再计取“送审结算造价×0.1%”部分，2、根据上述条款，经双方商议，确定咨询费用于结算审查编制结束后一个月内一次付清。
本案在审理过程中，被告苏州置业宝应支公司制作了一期、二期付款明细，本院组织原、被告对双方工程款支付的账目进行对账，经核对，就一期工程（含后三通），神扬公司对大部分的账目无异议，其中对以下账目有异议：1、2014.01，代扣垫付款89805元；2、2015.02，维修款9400元；3、2015.09，9665元。就二期工程，神扬公司对以下账目有异议：1、2010.08，电费12553.29和银行支票264952元；2、2010.11，电费7233和暂借款20万；3、2010.11，80万元（承兑汇票）；4、2010.12，电费3984、现金2933、汇票30万元；5、2011.01，收回电费6350元有异议；6、2012.08，垫付款6万元；7、2013.01，汇票90000元；8、2014.01，收回垫付款251322.02元及36549.81；9、2017.01，维修款152500元。另神扬公司对一期工程（含后三通）2011年1月之前的被告已付款仍部分持有异议。
经原、被告双方一致确认，本案的争议焦点为：1、原告的起诉是否超过诉讼时效；2、后三通工程款的具体数额；3、被告已付工程款（包含以房抵扣工程、可以扣减的代垫费用）的具体金额；4、被告主张抵扣工程款的咨询费有无事实依据。
关于本案第一个争议焦点，原告的起诉有无超过诉讼时效。本院认为，神扬公司的起诉并未超过诉讼时效，理由如下：本案民事行为发生在2017年10月1日以前，诉讼时效应当适用民事行为发生时的法律，根据根据《民法通则》第一百三十五条关于“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年”的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为两年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。就案涉工程，被告苏州置业宝应分公司在工程竣工验收后陆续付款或从欠付的工程款中扣减相关费用并经神扬公司经办人确认，根据苏州置业宝应支公司提交的付款明细，就一期工程（含后三通），苏州置业从2007年8月开始付款，直至2015年9月份，仍有神扬公司何福存与其结算工程款（以代垫的税金扣减工程款）；就二期工程，苏州置业宝应分公司自2010年1月至2017年1月以付款或代扣费用方式与神扬公司进行结算。据此，可以看出苏州置业公司宝应支公司一直在履行付款义务，神扬公司也一直在与苏州置业宝应分公司进行结算，且苏州置业宝应分公司在付款时亦未明确所付款项为一期或二期，故本院认定苏州置业宝应分公司的付款首先应冲抵已到期部分，即一期工程款、工程质量保证金。本案二期工程竣工日期为2011年11月，工程质保期为5年，两被告应在2016年12月向神扬公司支付剩余工程款及工程质量保证金，两被告虽未及时全额支付，但被告的付款处于连续状态，最后一笔付款为2017年1月，此后双方因工程质量保证金无法达成一致才致本诉产生，神扬公司于2017年3月起诉，并未超过诉讼时效。
关于本案第二个争议焦点，后三通工程款的具体数额。根据原、被告双方签订的后三通的施工合同，双方约定了合同总价为300万元，被告认为应按其审定的价款作为依据，对此，本院认为，首先，两被告并未举证证明后三通实际审计的价款；其次，原、被告双方并未约定最终价款以审计为准，故关于后三通的工程款价款应按双方约定的合同价款300万元予以确认。
关于本案第三个争议焦点，被告已付工程款（包含以房抵扣工程、可以扣减的代垫费用、维修费）的具体金额。
首先，对于一期工程（含后三通），神扬公司于2011年年7月30日向苏州置业宝应分公司发送一份“催告函”，其自认截止到2011年1月份，被告已付款为2068.8601万元，2013年10月10日神扬公司在该“催告函”中再次盖章确认，从苏州置业宝应分公司提供的付款明细中亦记载了已付款金额为2068.8603万元，两者相差2元，对此，本院认为，神扬公司向苏州置业公司发送的催告函具有与被告对账以及催要工程款的效力，且原告自认的付款金额与被告账目相差无几，故神扬公司如认为之前催告函中内容不实，应提供相反证据，鉴于神扬公司催告函中的金额与被告账目记载的金额仅相差2元，两被告同意按2068.8601万元计算已付款，故本院认定就一期工程（含后三通），截止2011年1月，被告付款金额为2068.8601万元。
对于被告在之后一期、二期的付款及代扣款，神扬公司对部分有异议，对此，本院进行逐一分析：
1、2014.01，代扣垫付款89805元，经双方质证，神扬公司对何福存签名的账目予以认可，对其他人签名不予认可，经双方质证，本院确认由何福存经办的账目以及神扬公司无异议的款项合计为62910元；另有朱克新签名的账目，神扬公司虽认为其只是二期项目经理，无权处理一期事宜，但从苏州置业宝应分公司举证来看，朱克新参与处理了部分一期维修事宜，且加盖了神扬公司项目部章，故苏州置业宝应分公司有理由相信其有权利处理维修事宜，朱克新构成表见代理，故由朱克新或项目部签字、盖章的账目，本院予以认可，该部分金额为21270元；剩余的5625元，无相关人员签字亦未得到神扬公司的认可，本院不予确认。综上，代扣垫付款89805元中的84180元，本院予以认可，可作为已付款扣除。
2、2015.02维修款10万元和2015.09的9665元，其中电汇90600元，神扬公司无异议，其余9400元（10万元-90600元），实际为二期维修费，后在2015.09记账中又予以返还，在2015.09中，税金6402.25元、电汇11562.75元，有何福存签字确认以及电汇凭证为证，本院予以认定，故该两笔账目本院认定付款及代扣金额为108565元。
3、2010.08，电费12553.29元以及银行支票264952元，该两笔款项有神扬公司出具的收条（2010.8.27，连同另一笔汇票1297217.71元合计出具的1574723元）为证，本院予以认可。
4、2010.11电费7233元、暂借款20万元，合计207233元有神扬出具的收据（2010.11.11）为证，里面注明扣借款20万元，水电费7233元，故本院予以认可；
5、2010.11，汇票80万元，有9张承兑汇票复印件以及神扬公司收据为证，本院予以确认。
6、2010.12，电费3984元、现金2933元、汇票30万元，有神扬公司出具的收据为证，本院予以确认；
7、2011.01，收回电费6350元，该6350元包含在2011年1月28日神扬公司出具的80万元收条中，其中793650元为电汇，故本院对该6350元予以确认。
8、垫付款6万元（2012.08）、垫付款251322.02元（2014.01）、维修款152500元（2017.01）、合计463822.02元，在记账凭证中，苏州置业宝应分工司已扣除了1100元（一期未扣完的），因在前述第2项108565元中，本院未按苏州置业宝应分公司的调账方式计算已付款，故在本项中三项总额应为464922.02元，经质证，扣除无相关人员签名或神扬公司授权人员签名的101260.92元，本院认定360661.1元（464922.02元-101260.92元）可从总工程款中扣减。
9、2013.01汇票90000元，有神扬公司出具的收据（总额48.64万，由9万、28.64万、20万组成）、结算业务申请书及何福存签字确认，故予以确认。
10、税金36549.81元，有发票和何福存签字为证，神扬公司亦予以认可，故本院予以确认。
综上，一期工程结算价为1840.82万元、后三通300万元，二期工程结算价1391.4062万元，合计35322262元，扣除2011年1月之前的付款20688601元以及一期、二期付款表中神扬公司无异议的460195元（一期）、11479002.09元，再扣除神扬公司有异议部分中应扣除的192745元（一期）、2085216.2元（二期），两被告尚欠神扬公司工程款416502.71元（35322262元-20688601元-460195元-11479002.09元-192745元-2085216.2元）。
关于本案第四个争议焦点，被告主张抵扣工程款的咨询费43500元有无事实依据。
案涉一期工程合同价款为1788万元，送审时增加2536050元，送审价款为20416050元，经审计，案涉工程审计价款为1840.82万元，核减金额为2007849元，送审工程结算价的百分之五为920410元（1840.82万元×5%），其与核减价款相差1087439元（2007849元-920410元），按照苏州置业宝应分公司与江苏交通工程投资咨询有限公司的合同约定，苏州置业宝应分公司应支付的审计咨询费取整为80314元（2007849元×4%），根据苏州置业与神扬公司关于“工程结算审计费用补充协议”的约定，神扬公司应承担的审计费取整后为43498元[80314元×（1087439元/2007849元）]。
综上所述，本案系建筑工程施工合同纠纷，双方在本案中所订立的合同不违反法律、行政法规的强制性规定，应认定有效，《中华人民共和国公司法》第十四条第一款之规定，分公司不具有法人资格，其民事责任应由公司承担。根据合同约定，神扬公司作为施工方负有完成约定工程量以及承担工程质量保证的义务，苏州置业负有按照约定支付工程的义务，现案涉工程质量保证期已过，苏州置业应将剩余工程款（即工程质量保证金）退还神扬公司。依据前述，苏州置业尚欠神扬公司工程款416502.71元，扣除咨询费43498元后，苏州置业仍应支付神扬公司373004.71元（416502.71元-43498元）。对于神扬公司主张的利息，因本案原告主张的实际为工程质量保证金，因被告付款时未注明是一期、二期工程，故本院认定被告的还款按照债权到期的先后顺序计算，故一期工程款已经全部支付，二期工程于2011年11月验收合格，工程质量保证期为5年，质量保证期到期日为2016年12月，根据约定，两被告最迟应于2017年1月15日前将剩余质保金退还神扬公司，但两被告未能按约退还，故其应从2017年1月15日起支付逾期利息。
据此，依照《中华人民共和国合同法》第八条、第六十条、第一百零七条、第二百六十九条、《中华人民共和国公司法》第十四条第一款、《中华人民共和国民法总则》第七十四条之规定，判决如下：
一、被告苏州市置业房地产开发有限公司宝应分公司于本判决生效之日起十日内支付原告无锡市神扬建筑工程有限公司工程款人民币373004.71元（以本金373004.71元为基数，从2017年1月15日起至实际给付之日，按中国人民银行同期同档贷款基准利率计算）；
二、被告苏州市置业房地产开发有限公司对上述债务负补充清偿责任；
三、驳回原告神扬公司的其他诉讼请求。
案件受理费31383元，由神扬公司负担28000元，苏州置业负担3383元。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按照对方当事人或者代表人的人数提出副本，上诉于江苏省扬州市中级人民法院。
审 判 长 王 彪
审 判 员 樊 荣
人民陪审员 王义金
二〇一八年六月十五日
书 记 员 万晓青