江苏省张家港市人民法院
民 事 判 决 书
（2013）张民初字第0825号
原告（反诉被告）无锡中粮工程科技有限公司，住所地无锡市惠河路186号。
法定代表人姚专，该公司总经理。
委托代理人秦卫国。
委托代理人张培荣，江苏国瑞律师事务所律师。
被告（反诉原告）东马棕榈工业（张家港）有限公司，住所地张家港市扬子江国际化学工业园北京路南侧。
法定代表人关元崇，该公司董事长。
委托代理人夏卫国。
委托代理人何海东，江苏国之泰律师事务所律师。
原告无锡中粮工程科技有限公司（以下简称无锡中粮公司）诉被告东马棕榈工业（张家港）有限公司（以下简称东马张家港公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2013年4月8日立案受理后，依法组成合议庭，并于2013年9月13日公开开庭进行了审理。原告无锡中粮公司的委托代理人张培荣、被告东马张家港公司的委托代理人何海东到庭参加了诉讼。2013年11月19日被告东马张家港公司提起反诉，本院受理后与本诉合并审理并于2013年11月19日公开开庭进行了审理。之后又于2013年12月19日组织了质证。无锡中粮公司的委托代理人秦卫国、张培荣，东马张家港公司的委托代理人夏卫国、何海东到庭参加了诉讼。2014年1月4日本案中止审理。2014年月日本案恢复审理。本案现已审理终结。
原告（反诉被告）无锡中粮公司诉称：2005年至2008年间原告与被告陆续签订28份合同，约定原告承建被告的管道、污水处理、非标容器、桶槽等制作安装及土建工程，工程款总计99370646.34元。合同签订后，原告积极组织人力、物力、财力，依约合理有序施工。2008年9月26日原告、被告会同勘察单位、设计单位、监理单位对工程进行竣工验收，经验收质量合格。原告并按合同约定，在质保期内多次为被告提供维修、整改。被告支付给原告工程款为95070134.89元，尚欠工程款4300511.45元。经原告多次催讨，被告未履行付款义务。为此起诉请求判令：一、被告支付原告工程款4300511.45元及利息1106951元（从2008年9月26日起至清偿之日，按中国人民银行同期同类贷款利率计付）；二、本案诉讼费由被告承担。2013年10月30日，原告又认为工程款总计为97311002.94元，原告已经收到91632634.89元，因此被告结欠工程款为5678368.05元。原告并认为最后一笔工程质保金期满之日为2009年2月7日。为此原告变更诉讼请求为：一、被告支付原告工程款5678368.05元及利息1459705.26元（从2009年2月8日起至2013年3月12日，按中国人民银行同期同类贷款利率计算）；二、本案诉讼费由被告承担。
被告（反诉原告）东马张家港公司答辩并反诉称，无锡中粮公司诉称的各份合同均系独立签订，我方付款也是针对各份合同履行，各份合同的工程款不能混同结算。无锡中粮公司诉请的相关工程款均已超过诉讼时效，应予驳回。我方的应付款中未包括无锡中粮公司诉称的污水处理工程增加泵（增补）6000元的工程款、皂粒厂非标容器制造合同所涉的2266443.60元工程款。我方认为上述两份合同并不存在，不应计入我方应付工程款中。对于无锡中粮公司诉称的外围管线制作安装合同所涉工程款1043417.70元，我方认为应按79万元工程款结算。对于无锡中粮公司起诉的其他合同结算价款，我方没有异议。因此，我方认为我方应付工程款是94785141.64元。我方已付款项为95057634.89元、加垫付水电费109791.33元、再加上我方出售给无锡中粮公司的钢材款288860元，共计我方实际付款应为95456286.22元。因此我方多支付工程款671144.58元。本案所涉工程大多未能按时完工，并存在质量不合格等情况，对于逾期竣工的违约金及质量赔款，我方另行提起诉讼。无锡中粮公司要求的利息没有任何事实与法律依据。请求法庭驳回无锡中粮公司的诉请。为此反诉请求判令：一、无锡中粮公司返还多付的工程款671144.58元。二、本案诉讼费用由无锡中粮公司承担。
反诉被告无锡中粮公司就反诉辩称，东马张家港公司所认为的付款中，3425000元这笔付款是东马油脂（广州保税区）有限公司付给我方的款项，与东马张家港公司无关。不能计入东马张家港公司的付款。对于91632634.89元东马张家港公司的付款没有异议。对于东马张家港公司提出为我方垫付的水电费109791.33元及提供钢管计价288860元两笔款项予以认可，同意计入东马张家港公司对我方的已付款。污水处理工程增加泵（增补）6000元工程的合同我方不能提供，同意该款从我方应得工程款中扣除。关于外围管线制作安装合同所涉工程款1043417.70元有合同及补充协议、中止协议佐证，应按1043417.70元结算工程款。因此，请求驳回东马张家港公司的反诉请求。
经审理查明，国家粮食储备局无锡科学研究设计院（以下简称国粮无锡设计院）于2011年9月15日变更名称为无锡中粮工程科技有限公司。
国粮无锡设计院向东马张家港公司承接工程、提供材料，并与东马张家港公司签订了多份合同，分别为：
一、2006年10月21日签订，合同编号为第dongma／ZJG／2006-10-21；工程名称为：厂区内办公楼，食堂，包转车间1、2，皂粒车间，氢化车间，油化车间及电房、消防池等构建筑工程；该合同约定：工程固定造价3888万元；在2006年11月20日前完工；自竣工验收之日起保修期一年；工程款每月支付一次，月底由国粮无锡设计院申报进度，按每月实际完成工程量的85%支付；在本工程国粮无锡设计院责任范围工作竣工完成且通过质监站、工程监理、设计院、业主、地勘验收合格，提交齐竣工资料15天内付至总造价的95%，剩余5%留作工程质量保证金，施工单位履行质量保修工作后退还；
二、2006年10月17日签订，合同编号为DONGMA／2006-10-17，工程名称为：钢结构厂房涂刷防锈防火漆工程；施工工期为2006年4月30日，计划竣工日期为2006年10月20日；总造价为一口价289万元；合同签订后东马张家港公司支付总价的10%工程预付款，工程量完成70%时，经东马张家港公司和监理初步验收合格后，东马张家港公司一星期内付至总价的95%，余款5%为工程质保金，工程验收合格满一年后7个工作日内付清；
三、2006年4月签订，合同编号为DONMA／2006-4-10，工程名称氢气厂土建工程，总造价110万元；工期为60个工作日；自竣工验收之日起保修期为一年；合同签订后东马张家港公司即合同总价的10%，国粮无锡设计院的施工材料、施工机械、工人进场且价值达到合同价款的25%时再支付合同总价的25%，工程进度款按实际进度70%支付，余合同总价的5%待工程保修期满后7天内一次性支付完毕；
四、2006年10月17日签订，合同编号dongma／2006-10-17（2），工程名称：软水车间、冷却水塔基础土建工程，开工日期2006年9月26日、竣工日期2006年10月30日，合同价（一口价）106万元，工程进度款按月进度的85%支付，工程验收合格后支付10%，余5%待保修期满7个工作日内一次支付；
五、2006年10月17日签订，合同编号dongma／2006-10-17（3），工程名称：罐区、室外排水管网土建工程，开工日期2006年4月26日，竣工日期2006年10月30日，合同价360万元。
六、2006年10月21日签订，合同编号为第dongma／ZJG／2006-10-21，合同内容为厂区道路，合同固定造价为3982660元，在2006年12月20日内完工，自竣工验收之日起保修期为一年。工程款每月支付一次，月底由国粮无锡设计院申报进度，按每月实际完成工程量的85%支付；在本工程国粮无锡设计院责任范围工作竣工完成且通过质监站、工程监理、设计院、业主、地勘验收合格，提交齐竣工资料15天内付至总造价的95%，剩余5%留作工程质量保证金，施工单位履行质量保修工作后退还；
七、2006年6月21日签订，合同编号为2006-06-05，合同内容为国粮无锡设计院向东马张家港公司供应立式燃油有机热载体炉，由国粮无锡设计院负责安装、调试、报建等一切手续费用，承包价为90万元，合同签订后付至30%，交货时付至80%，调试结束后，取得相关使用证书后付至100%。国粮无锡设计院提供合同价5%的保函给东马张家港公司，质量保修期一年满后30天内，东马张家港公司将5%的保函返还国粮无锡设计院。
八、2007年5月18日签订，办公楼外架拆除协议，于2007年5月22日完成拆除，于2007年6月5日前清场，东马张家港公司于2007年6月10日前支付国粮无锡设计院10万元。
九、2007年5月22日签订，合同编号为DMZJG-2007-05-22，工程内容为桶装车间、地磅基础土建工程和污水处理厂末级排放管道安装工程，开工日期2007年4月5日，竣工日期为2007年6月20日，合同价款为53.6万元。
十、2006年6月18日签订，合同编号为GF-1999-0201，工程名称为外围管线制作安装工程，开工日期2006年6月25日，竣工日期2006年8月31日，合同价为79万元。采用可调价格方式结算。工程进度款按国粮无锡设计院申请、东马张家港公司审核无误后支付进度款的65%，工程竣工验收合格后30天内，东马张家港公司付清全部合同价款，国粮无锡设计院提供合同价款5%的保函给东马张家港公司。2007年8月14日国粮无锡设计院与东马张家港公司达成协议书，对上述合同编号为GF-1999-0201的合同及2007年1月8日签订的《东马棕榈工业（张家港）有限公司外围管线制作安装工程合同补充协议》中（终）止履行，经结算，该两份终止合同的总价为968417.7元，另加合同外增加工程费45000元、中止（终止）合同补偿金3万元。该两份合同的质保金为50670.89元。扣除质保金及该两份合同已付款897130元后，余款95616.81元由东马张家港公司在本协议签字生效后25天内支付给国粮无锡设计院。因此，无锡中粮公司认为该份合同的结算款应为1043417.7元。东马张家港公司提出应按原合同约定的79万元工程款结算，但东马张家港公司未能举证推翻上述补充协议的真实性。
十一、2008年1月8日签订，合同编号为DM20080124，竣工日期为2008年1月24日，合同价款为261万元，工程名称为土建、给排水、电气等零星增补工程。
十二、2006年2月22日签订，合同编号为ZJG／DONGMA／2006-01-04，工程内容污水处理厂工程，工程造价为169.5万元，至迟至2006年6月10日以前全部完工，自工程全部完工并验收完成日起，保修期为一年。因东马张家港公司未能提供测试条件，国粮无锡设计院完成上述污水处理工程后未能及时调试。2008年8月12日东马张家港公司与国粮无锡设计院又达成了补充协议，约定：对于因工程闲置导致需更换材料的费用预计154000元由乙方（国粮无锡设计院）承担，甲方（东马张家港公司）在上述材料到达工地后再支付乙方20%工程款计33.9万元；乙方派技术人员对污水处理站进行全面检查，更换其他损坏的部件和上述材料后，甲方支付乙方10%的工程款计16.95万元；在甲方具备调试条件时，乙方及时派调人员到场进行调试，调试合格后，甲方支付乙方5%的工程款计8.475万元；调试合格后满12个月，甲方支付乙方工程余款5%计8.457万元。之后国粮无锡设计院提供了更换材料并进行了更换，但国粮无锡设计院未能使涉案工程通过甲方预测及环保验收。至2010年11月19日经东马张家港公司自行对涉案工程整改、维修并申请，涉案工程经张家港市环境保护局（以下简称环保局）验收，通过了竣工环境保护验收。因皂粒项目因设备未安装到位，尚未投入运行，故环保局要求：本次验收为阶段性验收，待皂粒车间正常运行后，还需再次验收。因对于涉案工程的整改费用、维修费用及整改、维修期间产生的污水处理费等费用、损失的金额、由谁承担责任等问题东马张家港公司与无锡中粮公司无法达成一致意见，为此东马张家港公司提起了诉讼。该案本院受理后立案为（2013）张民初字第0544号案件。目前该案判决已经生效。
十三、无锡中粮公司未能举证污水处理工程增加泵（增补）合同，因此无锡中粮公司明确对该合同涉及的6000元工程款放弃。东马张家港公司不认可存在该份合同。本院认为，该份合同的真实性不予认定。现无锡中粮公司明确该合同所涉的6000元已经放弃，故在本案无锡中粮公司诉称的合同总价中应扣除该6000元。
十四、2006年8月5日签订，合同编号DM2006.08.05，合同名称：厂区管道制作安装交钥匙工程，合同价款685万元（闭口价，不因工程量增减而作任何调整）；在合同正式生效后50日内交付工程；东马张家港公司支付合同总价的30%则合同生效，80%材料进场后，东马张家港公司根据国粮无锡设计院申请支付合同总价的40%，工程量完成50%，东马张家港公司根据国粮无锡设计院申请支付合同总价的10%，安装结束后并经东马张家港公司确认一周内，东马张家港公司根据国粮无锡设计院申请支付合同总价的15%，余款即质保金5%在安装验收合同后一年内付清。质保期为验收合格签字之日起一年内。
十五、2007年5月31日签订，合同编号为DMZJG-070531，工程承包范围：管道安装交钥匙工程，所有工程结束为2007月6月30日，合同价款为387500元（固定价），管道安装施压完毕付到合同总额的80%，所有工程结束并经东马张家港公司确认一周内，付到合同总额的95%，工程余款5%为工程质保金，验收合格后一年后付清；
十六、2006年6月17日签订，合同编号ZJGDM2006-0617，工程名称：罐区桶槽制作安装工程，开工日期2006年6月25日，竣工日期2006年8月31日，合同价款1600万元（固定价格），工程进度款支付为：合同生效后10日内支付合同总价款的60%，当月的进度款在下月的15日前支付，付款延误则工期顺延，合同总价款的5%作为质量保证金，由5%的保函专程，质保期为双方签署工程质量验收合格证明书后一年，质保金在质保期满后支付。
十七、2006年9月22日签订，合同编号为ZJGDM2006-0617-补1，工程名称为罐区桶槽制作安装工程，合同价为闭口价15万元，承包项目应在合同生效后20日交付，合同生效时支付合同总价50%的预付款，安装结束经验收确认后一周内，支付合同总价的45%，合同总价款的5%作为质量保证金，质保期为验收合格签字之日起一年内。
十八、合同编号为DONGMA2006-01-16，工程项目为：油化车间、氢化车间、皂粒车间桶槽制作工程，总价为420万元，在2006年3月31日前完工，签约并收到国粮无锡设计院提供的10%银行保函后，支付总工程款的10%，材料入厂付总工程款的20%，全部制作完成、外观验收经东马张家港公司确认，试漏、试压完成，经验收合格后付总工程款的40%，运交至厂内指定地点付总工程款的30%，交货后12个月付尾款10%，保修期为12个月。
十九、2006年8月14日签订，合同编号为ZJGDM2006-0814，工程名称：水处理桶槽及其他设备安装制作工程，开工日期2006年8月15日，竣工日期2006年9月15日，合同价款50万元（固定价格），合同生效后十日内支付总价款的30%，90%的材料进厂，付总价的25%，工程结束经业主及监理公司确认后，支付合同总价的40%，余合同总价的5%为质量保证金，质保期为双方签署工程质量验收合格证明书后一年。
二十、合同名称为：皂粒厂非标容器制作，合同编号为：CSIPMS／DMPI／M／100，合同总价为2266443.60元，工程款第一期签约后付总合同款的10%，第二期，材料入厂付总合同款的10%，第三期，全部制作完成，试压完成验收后付总合同款的30%，第四期安装调试合格后付总合同款的40%，第五期完工12个月后付总合同的5%，余款5%作为质保金，等工厂试车验收后付清；本工程于2005年8月31日以前全部完工。审理中，无锡中粮公司仅提供该份合同的复印件，且认为该份合同是于2009年2月24日补签。东马张家港公司对该份合同真实性有异议。
二十一、2007年5月11日签订，合同编号为DMZJG-070508，工程名称：罐区桶槽制作安装工程，开工日期2007年3月10日，竣工日期2007年5月20日，合同价款13.5万元。
二十二、2006年9月21日签订，合同登记编号：ZK-06-15，项目名称：氢化车间、油化车间、皂粒车间控制部分电气设备，合同总额100万元，合同总额的50%为定金，货物到达国粮无锡设计院指定地点后，二周内付合同总额的30%，所有合同范围内的货物均到货并安装结束，付合同总额的10%，调试验收合格后，付合同总额的5%，剩余5%合同款为质量保证金，待调试验收合格后一年内付清；审理中，无锡中粮公司认为该合同实际合同总价为857000元；东马张家港公司对此无异议。
二十三、2006年10月20日签订，合同登记编号为ZK-06-16，项目名称为：氢化车间、油化车间、皂粒车间电气动力及控制设备（增补），合同总额为225万元，于2006年11月15日完成合同所规定的全部工作内容；合同总额的50%为定金，货物到达国粮无锡设计院指定地点后，二周内付合同总额的30%，所有合同范围内的货物均到货并安装结束，付合同总额的10%，调试验收合格后，付合同总额的5%，剩余5%合同款为质量保证金，待调试验收合格后一年内付清；审理中，无锡中粮公司认为该合同实际合同总价为2030780.16元；东马张家港公司对此无异议。
二十四、2008年1月18日签订，合同编号为ZK-08-03，工程名称：仓库1、仓库2等电气照明工程，合同总额33万元，完工日期为合同生效后20天内；付款条款为：合同的定金在所有货物达到卖方指定地点后，二周内付合同总额的30%，所有合同范围内的货物均到货并安装调试结束后，付合同总额的60%，全部验收合格后，付合同总额的5%，剩余5%合同款作质量保证金，调试验收合格一年后付清。
二十五、2006年5月11日签订，合同编号为：ZK-06-6，项目名称为：氢化车间、油化车间、早粒车间电气动力设备，合同总额为350万元，交货期为合同生效后90天内，付款条款为：合同总额的30%为定金，货到卖方指定地点后，二周内付合同总额的50%，所有合同范围内的产品和服务均到货并安装调试验收合格后支付15%合同货款，剩余5%合同款作质量保证金，调试验收合格一年后付清。审理中，无锡中粮公司认为该合同实际合同总价为331.2万元；东马张家港公司对此无异议。
二十六、2006年12月19日签订，合同编号为：ZK-06-17，项目名称为：氢化车间、油化车间、皂粒车间、总图等电气照明工程，合同总额为：184.5万元，交货期为合同生效后45天内，付款条款为：合同总额的50%为定金，主要货物到卖方指定地点后，二周内付合同总额的30%，所有合同范围内的货物均到货并安装结束，付合同总额的10%，调试验收合格后，付合同总额的5%，剩余5%合同款作质量保证金，调试验收合格后一年内付清。审理中，无锡中粮公司认为该合同实际合同总价为1373950.48元；东马张家港公司对此无异议。
二十七、2007年4月28日签订，合同编号为ZK-07-10，工程名称：配电房A、B、C低压配电柜改造和增加项目，合同总额14.5万元，合同生效后7天内交货，东马张家港公司项目管理办公室确认安装结束、验收合格通电后支付总价款的95%，剩余5%合同款作质量保证金，调试验收合格一年后30天内付清质保金。
二十八、2008年1月20日签订，合同编号：20080120，项目名称：电气增加工程，合同总额370251元，于25日完成，完成后付95%，剩余5%作质保金在一年后付清。
国粮无锡设计院按上述合同约定制作、安装桶槽、储罐、管道，进行了土建等工程的施工。2007年10月22日合同编号为ZJGDM2006-0617、ZJGDM2006-0617-补1、DMZJG-070508、ZJGDM2006-0814四份合同所涉的桶槽制作安装工程办理了交接手续。2006年12月13日、2007年1月10日东马张家港公司分批验收了国粮无锡设计院交付的储罐。2007年11月至12月期间，东马张家港公司又分批验收了国粮无锡设计院完工的一期工程中的办公楼、饭堂、发油棚、泵房、厕所、消防水池、机修车间、地磅、罐区、配电房A、配电房B、配电房C、主次门卫、厂区道理及给排水、包装车间1、包装车间2、油化车间、污水处理中的土建部分、氢化车间、皂粒车间、软水车间、冷却水、装桶车间、等工程。2008年9月25日国粮无锡设计院施工的上述东马张家港公司的工程进行了竣工备案。
之后，因东马张家港公司与无锡中粮公司在上述合同的履行中对工程质量及工程款结算发生争议，为此引起本案纠纷。
上述事实有国粮无锡设计院的工商登记变更资料、国粮无锡设计院与东马张家港公司签订的有关合同、国粮无锡设计院与东马张家港公司及监理单位签署的储罐交工验收证明书及桶槽制安工程交接清单、单位工程竣工验收证明书、竣工验收备案表、厂区室外管线工程的工程交接检验书、本院（2013）张民初第字0544号民事判决书佐证。
本案争议焦点：
一、无锡中粮公司的诉讼请求是否已经超过诉讼时效。
东马张家港公司认为根据本案所涉合同，任何一份合同的最后付款期限及实际最后一笔工程款支付期限距离无锡中粮公司提起本案诉讼均已经超过两年，无锡中粮公司的诉讼请求已经超过诉讼时效。
无锡中粮公司举证了2012年9月起有关至张家港出差的财务凭证，其中反映出差为东马张家港公司的有关事务。无锡中粮公司认为，在上述工程完工后一直在为有关工程进行维护、整改，也向东马张家港公司提出要求支付工程款的要求，因此，无锡中粮公司的诉讼请求并未超过诉讼时效。东马张家港公司认为上述财务凭证不能说明无锡中粮公司到张家港为东马张家港公司的本案所涉工程，对上述财务凭证不予认可。
民法通则第一百三十五条规定：向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外。第一百三十七条规定：诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。……。第一百四十条规定：诉讼时效因提起诉讼、当事人一方提出要求或者同意履行义务而中断。从中断时期，诉讼时效期间重新计算。
从本案二十八份所涉合同的履行来看，合同的履行期间有重叠、延续的关系，在东马张家港公司的付款中也未明确每笔已付工程款与合同的对应关系，工程款的支付中存在前后合同的混同而无法区分的情况。因此，无法确定东马张家港公司对于哪份合同的付款逾期而损害无锡中粮公司要求东马张家港公司按合同约定支付工程款的债权。因此，有关要求支付工程款的诉讼请求的诉讼时效起算时间应以结算期限在后的合同为准。
而合同编号为ZJG／DONGMA／2006-01-04，工程内容为污水处理厂工程的合同，因东马张家港公司未能提供测试条件，国粮无锡设计院完成上述污水处理工程后未能及时调试。至2008年8月12日无锡中粮公司与东马张家港公司仍在协商工程整改及工程款支付问题，因此到2008年8月12日时无锡中粮公司仍旧对东马张家港公司支付结欠工程款有合理期待。另经查，东马张家港公司在2009年8月4日向国粮无锡设计院发函件，提出污水车间整改费用由东马张家港公司先垫付，之后从国粮无锡设计院的工程款中扣除。可见，东马张家港公司至2009年8月4日仍表明要与国粮无锡设计院结算工程款，只是结算方式将以质量赔款与结欠工程款相抵的方式。
另查，本案所涉大部分合同中的付款条款均约定了预留5%的工程质量保证金要待工程验收合格后一年才支付。按本案查明无锡中粮公司应得工程款95038559.34元的5%计算，为4751927.98元。可见，约475万元的款项涉及工程质量、保修问题，这些款项要在工程在保修期间内无质量问题才到支付期限。
而从2009年9月4日开始东马张家港公司就因工程质量问题要求无锡中粮公司承担工程质量修复费用，并要求有关修理工程款项从工程款中扣除。因此，无锡中粮公司对于涉及工程质保金部分的工程款结算的债权在东马张家港公司要求无锡中粮公司承担质量赔款的纠纷中中断。因为，如果无锡中粮公司应承担质量赔款，并且东马张家港公司又确实结欠无锡中粮公司工程款的话，则在东马张家港公司应得质量赔款确定后，可从工程质保金中直接扣除。而污水处理工程整改发生纠纷后，到2010年11月19日才由东马张家港公司自行通过了有关竣工环境保护验收，之后在2013年3月4日东马张家港公司提起了关于污水处理厂工程整改费用的诉讼，本院也判决无锡中粮公司应承担工程修理及因工程质量导致的损失。可见，关于工程尾款的结算因东马张家港公司提出工程质量问题，双方一直在纠纷的协商、工程的维修、有关质量损失的诉讼过程中。因此，无锡中粮公司要求东马张家港公司结算工程尾款的诉讼请求并未超出诉讼时效。
从上述关于342.5万元工程款的结算情况来看，也是至本案诉讼中，东马油脂（广州保税区）有限公司才明确是代东马张家港公司支付该笔款项给无锡中粮公司（即国粮无锡设计院）；在本案诉讼之前，东马张家港公司也未表明不结欠无锡中粮公司工程款。结合东马张家港公司反诉要求无锡中粮公司退还多付工程款的情况来看，东马张家港公司的反诉请求也与其提出的无锡中粮公司的本诉请求超过诉讼时效的意见自相矛盾。
因此，本院认为，至本案诉讼中，东马张家港公司与无锡中粮公司仍在结算涉案二十八份合同的工程款，双方之间关于工程款结算的诉讼请求都没有超过诉讼时效。
二、本案所涉二十八份合同所涉工程中无锡中粮公司应得工程结算款的确定。
综上二十八份合同（包括补充协议等在内），结合无锡中粮公司与东马张家港公司诉辩称意见，其中无争议的结算工程款为93995141.64元（97311002.94元-第十份合同1043417.7元-第十三份合同6000元-第二十份合同2266443.6元）。
关于第十份合同本院认为应根据原合同之后订立的补充协议的结算约定结算工程款，因此该份合同所涉工程款1043417.7元应计入无锡中粮公司应得结算工程款中。东马张家港公司要按原合同约定的79万元结算工程款与补充协议冲突，本院不予采纳该意见。
关于第二十份合同，无锡中粮公司为证明该份合同的真实性，又举证了2009年2月26日、发票号码为06272513及06272514的两份江苏增值税专用发票及该两份发票对应的劳务清单等财务凭证。但是这些财务凭证均无东马张家港公司的确认。东马张家港公司认为从未与国粮无锡设计院存在该份合同关系，也未收到上述发票，更未对上述发票抵扣。经本院向税务机关核实，上述两份增值税发票确实未在东马张家港公司入账抵扣。为进一步查明东马张家港公司是否存在将上述两份江苏增值税专用发票入账但未抵扣的情况，根据无锡中粮公司的申请，本院又通知东马张家港公司对2009年度的固定资产明细账、总账及年终审计报告举证。东马张家港公司根据通知进行了举证。在东马张家港公司举证的有关财务资料中未发现上述两份发票入账。
审理中，无锡中粮公司还举证了：一、合同编号为：CSIPMS／DMO／M／100，合同双方为东马（广州保税区）油脂化工有限公司、无锡中禾实业公司，合同总额为4326087元的合同。二、2006年4月20日关于CSIPMS／DMO／M／100合同的现场验收报告，其中记载：“由国家粮食储备局无锡科学研究设计院（无锡中禾实业公司）承接的东马（广州保税区）油脂化工有限公司的非标罐体（合同号：CSIPMS／DMO／M／100）共计33台，运至张家港东马公司。经收货方在无锡工厂及工地现场验收，罐体设备数量及制作质量满足合同所规定的要求，验收合格，予以接收。”，其中收货方为东马张家港公司。三、2006年5月9日关于CSIPMS／DMO／M／100合同和DONGMA2006-01-16合同的玻璃钢罐体现场验收报告，其中记载“由国家粮食储备局无锡科学研究设计院（无锡中禾实业公司）承接的东马（广州保税区）油脂化工有限公司的非标罐体（合同号：CSIPMS／DMO／M／100）和东马（张家港）棕榈工业区的棕榈产品的下游工艺非标容器工程的承包合同（合同号：DONGMA2006-01-16）。其中玻璃钢罐体共计13台（罐体……），经收货方在无锡工程即工地现场验收，罐体设备数量级制作质量满足合同所规定的要求，验收合格，予以接收。”，其中收货方为东马张家港公司。无锡中粮公司认为该两份验收报告中关于CSIPMS／DMO／M／100合同的交付的有关项目就是履行的上述第二十份合同标的为2266443.6元的合同，因此该份合同已经订立并实际履行，要求东马张家港公司结算该合同所涉的工程款2266443.6元。
东马张家港公司认为，有关验收仅是东马张家港公司为东马（广州保税区）油脂化工有限公司代为验收，有关工程价款的结算还应由无锡中禾公司与东马（广州保税区）油脂化工有限公司结算；在本案中上述第二十份合同所涉的工程内容并未发生于本案原告与被告之间，CSIPMS／DMO／M／100合同是无锡中禾公司与东马（广州保税区）油脂化工有限公司之间的合同关系，不应在本案中一并结算，并且从合同编号来看也与东马张家港分公司无关。
本院认为，有关验收报告中反映验收的是东马（广州保税区）油脂化工有限公司与无锡中禾公司有关CSIPMS／DMO／M／100合同中的货物，而CSIPMS／DMO／M／100合同的工程款结算与本案原告与被告没有直接关系，东马张家港公司即使存在为东马（广州保税区）油脂化工有限公司代收合同标的的行为，也并不能改变CSIPMS／DMO／M／100合同结算双方分别为东马（广州保税区）油脂化工有限公司与无锡中禾公司的合同相对方关系。并且，CSIPMS／DMO／M／100合同是履行完毕了、解除了、部分履行了，或变更为本案第二十份合同了，这些情况无锡中粮公司均未能举证说明。在本案中，2266443.6元合同文本无锡中粮公司不能提供原件，仅凭复印件且东马张家港公司明确否认的情况下，合同文本的真实性也无法认定；2266443.6元所涉工程款的发票东马张家港公司也否认收到，经核实也确未抵扣、入账，因此从东马张家港公司的财务记载来看，也无法确定无锡中粮公司与东马张家港公司存在2266443.6元合同的合同关系。2266443.6元合同文本中约定在2005年8月31日前全部完工，而根据无锡中粮公司的举证有关罐体到2006年4、5月才实际交接，但到2009年2月补签合同时仍旧没有调整工程完工时间的约定，因此从2266443.6元合同的内容来看，是否对应无锡中粮公司举证的两份现场验收报告也存在明显不合理之处。因此，本院认为，对本案所涉的2266443.6元合同真实性无法认定，无锡中粮公司依据该份合同要求东马张家港公司结算工程款依据不足，不予支持。至于东马（广州保税区）油脂化工有限公司与无锡中禾公司有关CSIPMS／DMO／M／100合同的结算非本案当事人之间的纠纷，不属本案理涉范围。
因此，上述二十八份合同无锡中粮公司应得结算工程款为95038559.34元（97311002.94元-第十三份合同6000元-第二十份合同2266443.6元）。
三、东马张家港公司是否结欠工程款或多付工程款的确定。
关于东马张家港公司已付工程款91632634.89元、东马张家港公司为无锡中粮公司垫付水电费109791.33元计入东马张家港公司已付工程款、东马张家港公司供应给无锡中粮公司（即国粮无锡设计院）的钢管货款288860元计入东马张家港公司已付工程款，原告与被告均无异议，本院予以确认。因此，东马张家港公司已付工程款为92031286.22元。
关于2007年1月30日东马油脂（广州保税区）有限公司支付给国粮无锡设计院的342.5万元是否作为东马张家港公司在本案所涉合同中的已付款，原告与被告存在争议。无锡中粮公司起诉时认为该342.5万元是东马油脂（广州保税区）有限公司为东马张家港公司垫付；之后，因东马张家港公司否认合同双方为东马（广州保税区）油脂化工有限公司及无锡中禾实业公司，合同编号为CSIPMS／DMO／M／100、合同总额为4326087元的合同与本案原告与被告双方有关联性，因此无锡中粮公司又认为上述342.5万元属于东马油脂（广州保税区）有限公司支付的、与国粮设计院之间其他合同的合同款，该款不能作为东马张家港公司的付款或东马油脂（广州保税区）有限公司为东马（广州保税区）油脂化工有限公司垫付的合同款结算。
无锡中粮公司又举证了其与东马（广州保税区）油脂化工有限公司的有关工程承包合同，认为东马（广州保税区）油脂化工有限公司与东马油脂（广州保税区）有限公司存在关联性。但无锡中粮公司未能举证其与东马油脂（广州保税区）有限公司之间存在东马油脂（广州保税区）有限公司需要支付东马张家港公司款项的合同关系。
另查明，在2012年7月16日（2012）张民初字第0513号案件的答辩中，无锡中粮公司确认2007年1月收到东马张家港公司支付工程款342.5万元。
东马张家港公司认为，上述342.5万元属于东马油脂（广州保税区）有限公司为东马张家港公司垫付的款项，应计入本案所涉合同的已付款。为此，东马张家港公司举证了2013年11月23日东马油脂（广州保税区）有限公司的情况说明，该说明中东马油脂（广州保税区）有限公司明确上述342.5万元为东马张家港公司垫付款，并且东马油脂（广州保税区）有限公司与国粮无锡设计院无任何合同关系。东马张家港公司并认为，东马油脂（广州保税区）有限公司、东马（广州保税区）油脂化工有限公司虽有关联，但是两家独立的公司，且在（2012）张民初字第0513号案件（东马张家港公司起诉的、本案所涉上述第十四份合同：厂区管道制作安装交钥匙工程合同案件）中，无锡中粮公司已经确认上述342.5万元属于东马张家港公司的付款。
本院认为，东马油脂（广州保税区）有限公司在2007年1月30日支付342.5万元给无锡中粮公司时，并未明确为谁支付及为哪项合同支付款项；东马张家港公司也未表明由东马油脂（广州保税区）有限公司帮其代付工程款。
从无锡中粮公司举证的、东马（广州保税区）油脂化工有限公司与无锡中粮公司的前身国粮无锡设计院的有关工程承包合同（合同编号GZ／DONGMA／2006-01-14的合同、金额为150万元；2006年9月4日签订油化车间、皂粒车间控制部分电气设备合同、金额为55万元；2006年10月18日签订油化车间、皂粒车间电气动力及控制设备﹤增补﹥合同、金额为113万元等合同）来看，东马（广州保税区）油脂化工有限公司也应支付无锡中粮公司工程款，而东马油脂（广州保税区）有限公司在与无锡中粮公司（及其前身国粮设计院）不存在合同关系的情况下，也可能存在为其关联企业东马（广州保税区）油脂化工有限公司付款的可能。
再从无锡中粮公司举证且东马张家港公司也认可的2006年4月20日关于CSIPMS／DMO／M／100合同的现场验收报告、及2006年5月9日关于CSIPMS／DMO／M／100合同和DONGMA2006-01-16合同的玻璃钢罐体现场验收报告来看，东马张家港公司在代东马（广州保税区）油脂化工有限公司收取有关合同项下标的时，将国粮无锡设计院与无锡中禾公司混为一体，即验收报告中记载：“由国家粮食储备局无锡科学研究设计院（无锡中禾实业公司）承接的东马（广州保税区）油脂化工有限公司的非标罐体（合同号：CSIPMS／DMO／M／100）”。而在本案起诉时，无锡中粮公司也将无锡中禾公司与东马（广州保税区）油脂化工有限公司的CSIPMS／DMO／M／100合同作为其自身与东马张家港公司的合同进行结算，要求东马张家港公司支付有关货款。可见，在本案所涉的合同履行期间，无论是国粮无锡设计院（现无锡中粮公司）还是东马张家港公司，均有将国粮无锡设计院与无锡中禾公司混同、将东马张家港公司与东马（广州保税区）油脂化工有限公司混同的情况。因此，在本案诉讼前的其他诉讼中，无锡中粮公司在答辩中确认收到东马张家港公司的342.5万元款项是有其自认的前提，即将无锡中禾公司与东马（广州保税区）油脂化工有限公司的CSIPMS／DMO／M／100合同的款项也作为东马张家港公司应付的款项。现在本案中分清了无锡中禾公司与原告作为独立法人各自对外的合同结算关系，在本案中将上述CSIPMS／DMO／M／100合同的货款结算关系从无锡中粮公司的诉讼请求所依据合同中区分出来，由此无锡中粮公司也调整了其诉讼所依据合同事实，因此也应允许无锡中粮公司对其在他案中认可的有关付款是否作为东马张家港公司的付款陈述作解释与调整。
综上，无锡中粮公司未能举证说明收取东马油脂（广州保税区）有限公司342.5万元款项的依据，而目前东马油脂（广州保税区）有限公司又明确该342.5万元作为其代东马张家港公司付款，如将该342.5万元计入东马张家港公司已经支付工程款，则东马张家港公司已付款95456286.22元（92031286.22元＋342.5万元），超过了无锡中粮公司应得结算工程款95038559.34元，因此东马张家港公司已经不结欠无锡中粮公司款项。无锡中粮公司要求东马张家港公司支付结欠工程款依据不足。同样，东马张家港公司也仅能说明直到本案中东马油脂（广州保税区）有限公司所支付的342.5万元才确认为代东马张家港公司垫付，但是仅凭东马油脂（广州保税区）有限公司342.5万元说明不能表明东马张家港公司多付了工程款，因为无锡中粮公司与东马（广州保税区）油脂化工有限公司【即东马油脂（广州保税区）有限公司的另一关联企业】同样存在工程款的结算问题，东马油脂（广州保税区）有限公司从付款之日2007年1月30日至今也未提出其多付了工程款给无锡中粮公司，并且即使东马油脂（广州保税区）有限公司有多付工程款的情况，也应由东马油脂（广州保税区）有限公司主张权利，东马张家港公司非付款方，无权要求退还所谓的多付工程款。而东马油脂（广州保税区）有限公司是否多付工程款给无锡中粮公司，双方并无结算依据，也不属本案理涉范围。
因此，无锡中粮公司不能证明东马张家港公司结欠工程款及金额，东马张家港公司也不能证明多付工程款及其有权收取多付款项，无锡中粮公司要求东马张家港公司支付工程款及东马张家港公司要求无锡中粮公司退还多收工程款的诉讼请求均无法支持。
综上所述，依照《中华人民共和国民法通则》第一百三十五条、第一百三十七条、第一百四十条、《中华人民共和国合同法》第二百六十九条、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条的规定，判决如下：
一、驳回无锡中粮工程科技有限公司的诉讼请求。
二、驳回东马棕榈工业（张家港）有限公司的诉讼请求。
本诉案件受理费61767元由无锡中粮工程科技有限公司负担，反诉案件受理费5305元（已经减半收取）由东马棕榈工业（张家港）有限公司负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起15日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于江苏省苏州市中级人民法院。同时按照国务院《诉讼费用交纳办法》规定向江苏省苏州市中级人民法院预交上诉案件受理费。苏州市中级人民法院开户行：农业银行苏州工业园区支行营业部，账号：10×××99。
审 判 长 赵春华
人民陪审员 周汉忠
人民陪审员 赵琦萍
二〇一四年九月三十日
书 记 员 任 嫚