广东省中山市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2013）中中法民一终字第884号
上诉人（原审被告）：中山市昌生花园房地产开发有限公司，住所地中山市东区。
法定代表人：冯文晖，该公司总经理。
委托代理人：黄敬贤、左丹，均系广东卓正律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）：中山农村商业银行股份有限公司古镇支行（原称中山市农村信用合作联社古镇信用社），住所地中山市古镇镇。
负责人：霍坤华，该支行主任。
委托代理人：周永志、袁梓仁，系该支行员工。
上诉人中山市昌生花园房地产开发有限公司（以下简称昌生公司）因与被上诉人中山农村商业银行股份有限公司古镇支行（以下简称农商银行古镇支行）建设用地使用权转让合同纠纷一案，不服广东省中山市第一人民法院（2012）中一法民二初字第798号民事判决，向本院提起上诉。本院受理后，依法组成合议庭审理了本案，现已审理终结。
原审法院查明：受农商银行古镇支行（原称中山市农村信用合作联社古镇信用社）委托，中山市土地招标拍卖办公室于2007年7月18日至2007年8月3日期间在中山房地产交易大堂以挂牌方式公开转让农商银行古镇支行位于中山市五桂山镇长命水村（城桂公路东侧）折合180.986亩的两块商业住宅用地［土地证号：中府国用（2004）第290002号、中府国用（2004）第2900**号］。2007年8月3日，昌生公司作为竞得人与受托人中山市土地招标拍卖办公室签订了国有土地使用权挂牌交易成交确认书，约定竞得人在挂牌截止时以25000万元的最高报价竞得上述国有土地使用权；税费负担方式为本宗土地买卖税费参照中山市国土资源局镇区空地转让办事指引中规定的标准，买卖双方应缴纳税费全部由竞得人承担。同日，农商银行古镇支行与昌生公司就上述国有土地使用权转让事项签订中山市土地使用权公开转让合同，合同约定了转让土地使用权情况；土地使用权转让价格、付款方式；税费负担；约束条件；登记过户；土地交接及开发建设；违约责任；合同争议的解决方法；领取土地使用权证的方法；合同生效和保存等内容，其中双方就税费负担约定：上述土地使用权转让应缴纳的税费参照中山市国土资源局镇区空地转让办事指引中规定的标准，买卖双方应缴纳税费全部由昌生公司承担。中山市国土资源局镇区空地转让办事指引规定的转让方承担的税费项目包括土地增值税，按1%预征，不按预征的，请到地税部门申请核准。昌生公司在竞得上述国有土地使用权后，按约向农商银行古镇支行支付土地转让款25000万元。
2007年8月31日，农商银行古镇支行作为甲方、昌生公司作为乙方以及中山市坦洲农村信用合作社作为丙方签订补充协议，三方就为解决上述土地办证过户到乙方，乙方向甲方申请提供配套贷款等事宜达成如下补充协议：一、乙方按中山市土地使用权公开转让合同约定，付清该土地购买总价款的70.4%即17800万元后，甲、乙、丙三方约定，由乙方向丙方申请配套贷款。二、乙方要求享受甲方争取的契税优惠政策的，乙方须支付甲方279.5万元作为契税优惠的分成。同时，乙方另预支付该土地成交金额的6.6%，即1669.8万元给甲方，该款项用于支付该土地交易的发票税金。届时以税务部门实际收取的税金为准，金额多除少补。以上款项划入甲方指定的账户……三、待丙方相关部门关于乙方的配套贷款审批同意及甲方收到乙方交来第二条约定的共1949.3万元后，丙方则可对乙方发放配套贷款，甲方收齐地价款后即为乙方申请办理更名过户手续。若更名过户不成功的，甲方将如数退回1949.3万元（不计付利息），并由乙方自行办理该土地的过户手续，同时乙方须足缴纳交易的所有税费……。2007年8月30日（即签订补充协议前一天），昌生公司向农商银行古镇支行支付了1949.3万元，用来支付税票金额1669.8万元以及契税优惠分成279.5万元。税票开出日期分别为2007年12月24日和29日，税票金额1669.8万元包括上述两宗土地的土地增值税预征1%共2549312.98元、合同印花税0.05%共127465.6元、营业税5%共12746564.89元、营业税带征的城建税5%共637328.27元、城建税带征的教育费附加3%共382396.95元、堤围防护费0.1%共254931.3元。
2007年11月5日，中山市国土资源局就上述两宗国有土地换发了产权人为昌生公司的国有土地使用证［土地证号：中府国用（2007）第29082号、中府国用（2007）第2902**号］。
2009年10月30日，中山市地方税务局稽查局向农商银行古镇支行发出中山地税土清（稽字）2036号土地增值税清算通知书，通知农商银行古镇支行其转让土地项目已符合土地增值税清算条件的规定，责令农商银行古镇支行在2009年11月10日到注册地主管税务机关办理土地增值税清算申报手续。农商银行古镇支行收到该通知后，于2009年11月30日向昌生公司出具关于中山市昌生花园房地产开发有限公司申报清算长命水村土地增值税的函，称：上述两宗土地的转让已办理过户手续，并已经预缴1%的土地增值税，但在2009年10月30日，收到中山市地税出具的土地增值税清算通知书，要求在11月10日前到中山市地税办理该宗土地增值税清算申报手续，相关申报资料和清算通知书的复印件也送达贵公司。按照中山市地税局的核定，须按成交价的2%进行补缴，预计该两宗土地共需补缴土地增值税5098625.95元。根据双方于2007年8月3日签订的中山市土地使用权公开转让合同约定，该两宗土地交易的相关税费应由贵公司负责，请贵公司按合同约定履行。农商银行古镇支行以EMS邮寄方式向昌生公司发出该函，邮寄回执记载收寄日期为2009年12月。
2010年4月13日，中山市地方税务局稽查局向农商银行古镇支行发出中山市地税清税（核）2003号土地增值税核定征收通知书，决定对农商银行古镇支行的五桂山镇长命水土地项目／分期项目按确定的销售收入13500万元和按3%的核定征收率核定征收土地增值税405万元，核定征收的理由是虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额。同日，中山市地方税务局稽查局向农商银行古镇支行发出中山市地税土办（2010）2003号办理有关土地增值税清算事项通知书，经审核认定应补税270万元，责成农商银行古镇支行在2010年4月30日前到中山市地方税务局城区税务分局办理土地增值税清算税款补税手续。同日，中山市地方税务局稽查局向农商银行古镇支行发出地税征核字第2003号土地增值税核定征收税务事项告知书，经调查核定，农商银行古镇支行开发的转让五桂山镇长命水土地项目／分期项目存在以下第三种情况：……三、虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的……决定对农商银行古镇支行的五桂山镇长命水土地项目／分期项目采取核定征收方式进行土地增值税清算，如对上述决定有异议，可在接到本通知之日起60日内向上一级地税机关申请复议。
同日，中山市地方税务局稽查局向农商银行古镇支行发出中山市地税清税（核）2004号土地增值税核定征收通知书，决定对农商银行古镇支行的五桂山镇长命水土地项目／分期项目按确定的销售收入119931297.71元和按3%的核定征收率核定征收土地增值税3597938.93元，核定征收的理由是虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额。同日，中山市地方税务局稽查局向农商银行古镇支行发出中山市地税土办（2010）2004号办理有关土地增值税清算事项通知书，经审核认定应补税2398625.95元，责成农商银行古镇支行在2010年4月30日前到中山市地方税务局城区税务分局办理土地增值税清算税款补税手续。同日，中山市地方税务局稽查局向农商银行古镇支行发出地税征核字第2004号土地增值税核定征收税务事项告知书，经调查核定，农商银行古镇支行开发的转让五桂山镇长命水土地项目／分期项目存在以下第三种情况：……三、虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的……决定对农商银行古镇支行的五桂山镇长命水土地项目／分期项目采取核定征收方式进行土地增值税清算，如对上述决定有异议，可在接到本通知之日起60日内向上一级地税机关申请复议。
农商银行古镇支行收到上述税务事项告知书、通知书后，没有提出复议。2010年5月31日，农商银行古镇支行根据中山市地方税务局上述通知要求，补缴了上述两宗国有土地增值税合共5098625.95元。2011年11月14日，农商银行古镇支行向昌生公司发出关于补交土地增值税款509.86万元的催收通知书，要求昌生公司在2011年11月18日前向农商银行古镇支行补交上述款项，逾期不补交，则按逾期贷款计算利息并承担相关违约责任。
后农商银行古镇支行多次向昌生公司催收未果，遂于2012年2月22日诉至原审法院，称：2007年8月，昌生公司通过公开交易方式竞得了农商银行古镇支行位于中山市五桂山镇长命水村（城桂公路东侧）折合180.986亩的两块商业住宅用地，并与中山市土地招标拍卖办公室签订国有土地使用权挂牌交易成交确认书，与农商银行古镇支行签订中山市土地使用权公开转让合同。根据上述确认书和转让合同关于税费承担的约定，昌生公司应承担上述土地使用权交易双方应缴纳的全部税费，但其中土地增值税一项，昌生公司仅按预征率1%缴纳。根据中山市地方税务局关于办理土地增值税清算事项的通知要求，昌生公司应补缴土地增值税5098625.95元。2010年5月31日，农商银行古镇支行代昌生公司缴纳应由昌生公司承担的上述税费。后经农商银行古镇支行多次催收，昌生公司至今未向农商银行古镇支行返还该土地增值税款。为此，农商银行古镇支行请求法院判令：昌生公司向农商银行古镇支行返还代缴的土地增值税款5098625.95元，并从2010年6月1日起至清偿完毕日止按照人民银行同期同档次贷款基准利率支付滞纳金；诉讼费用及农商银行古镇支行实现债权相关费用由昌生公司承担。
原审另查：中山市人民政府于2002年1月17日发布的转发市地税局关于加强我市房地产交易税收征收管理工作意见的通知规定，土地增值税采用预征办法，按转让土地金额的1%的预征率预征土地增值税，纳税人如能正确计算转让房地产的增值额的，预征税款后，可凭预征税款凭证及相关计算资料提出清算申请，清算后税款多退少补。《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第七条规定，土地增值税实行四级超率累进税率：增值额未超过扣除项目金额百分之五十的部分，税率为百分之三十。增值额超过扣除项目金额百分之五十、未超过扣除项目金额百分之一百的部分，税率为百分之四十。增值额超过扣除项目金额百分之一百、未超过扣除项目金额百分之二百的部分，税率为百分之五十。增值额超过扣除项目金额百分之二百的部分，税率为百分之六十。国家税务总局颁布的于2007年2月1日起实施的《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》规定，纳税人直接转让土地使用权的，应进行土地增值税的清算；满足上述规定的纳税人，须在满足清算条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续；有下列情形之一的，税务机关可以参照与其开发规模和收入水平相近的当地企业的土地增值税税负情况，按不低于预征率的征收率核定征收土地增值税……（三）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的。2009年9月21日，中山市地方税务局下发《关于明确我市土地增值税若干政策问题的通知》（中山地税发（2009）211号）规定，从2009年10日1日起，取消二手房地产及土地使用权转让的土地增值税预征办法和预征率，按规定即时清算，土地使用权转让的核定征收率为3%。
广东省人民政府办公厅2005年3月28日作出的《关于加大力度支持农村信用社清收处置不良资产确保改革试点工作顺利进行的通知》规定：欠债企业通过以物抵债方式履行债务，农村信用社在接收、处置抵债资产过程中，因办理土地使用权、房屋所有权等有关产权转移而发生的登记费等行政事业收费予以减免，只收取工本费。中山市人民政府2005年4月8日作出的《中山市深化农村信用社改革试点实施方案》规定：出台支持农村信用社清收处置不良资产政策，农村信用社接收和处置抵债资产时可采取更名方式，免收各种行政性收费。
原审再查：诉讼期间，中山市国土资源局复函原审法院，称上述土地完成挂牌转让手续后，中山市农村信用合作联社、中山市古镇农村信用合作社申请按照《国务院关于印发深化农村信用社改革试点方案的通知》（国发（2003）15号）、《国务院办公厅关于进一步深化农村信用社改革的试点的意见》（国办发（2004）66号）、省人民政府办公厅下发的粤府办（2005）25号和市人民政府下发的中府（2005）48号等文件精神办理相关手续，降低不良贷款比率，积极处置抵债资产，缴纳土地证书费和土地登记费。广东省中山市地方税务局复函原审法院，称根据涉案土地转让交易时点的税收政策，按正常交易方式过户的土地应缴交以下税费：（一）营业税：转让方以其转让的全部收入减去土地使用权的购置或受让原价后的余额按5%的税率缴纳营业税；（二）城市维护建设税：转让方按营业税税额的5%缴纳城市维护建设税；（三）教育费附加：转让方按营业税税额的3%缴纳教育费附加；（四）土地增值税：转让方先按转让收入的1%预缴土地增值税；待按照规定进行土地增值税清算时，若因账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目，采用核定征收方式的，按3%的核定征收率计算缴纳土地增值税；若采用据实征收方式缴纳土地增值税，按其增值率大小确定适用30－60%不等税率确定；（五）企业所得税：古镇信用社的企业所得税由中山市国家税务局负责征收；（六）堤围防护费：转让方按营业税计税依据的0.1%缴纳堤围防护费；（七）印花税：交易双方按土地使用权转让合同确定金额的百分之五缴纳印花税；（八）契税：受让方按成交价格的3%缴纳契税。
2013年5月30日，中国银监会作出银监复（2013）264号文，批复同意中山农村商业银行股份有限公司开业，并核准《中山农村商业银行股份有限公司章程》，该行开业同时，中山市农村信用合作联社自行终止，其债权债务转为该行债权债务。中山市工商行政管理局企业机读档案登记资料显示中山农村商业银行股份有限公司古镇支行于2013年6月18日核准，其负责人为霍坤华。
原审法院认为：本案为建设用地使用权转让合同纠纷。农商银行古镇支行与昌生公司双方对涉案两宗国有土地使用权以挂牌交易方式转让并已过户，以及双方约定“买卖双方应缴纳税费全部由昌生公司承担”的事实没有争议，原审法院予以确认。综合双方的诉辩理由，本案争议的焦点有以下三个方面：一是农商银行古镇支行的起诉是否已过诉讼时效期间；二是税务部门对农商银行古镇支行最后按核定征收率比过户时补征收的2%土地增值税5098625.95元应由谁负担；三是农商银行古镇支行对税务部门按核定征收率计征涉案土地增值税是否存在过错，应否承担过错责任；四是农商银行古镇支行提出的滞纳金请求是否合理。具体分述如下：
一、关于农商银行古镇支行的起诉是否已过诉讼时效期间的问题。诉讼时效是指权利人在法定期间内不行使权利即丧失请求人民法院依法保护其民事权利的法律制度。根据《中华人民共和国民法通则》第一百三十七条的规定，诉讼时效期间是从权利人知道或者应当知道权利被侵害时起计算。农商银行古镇支行作为涉案国有土地的出让人，其依法缴纳土地增值税是其义务，但其缴纳土地增值税后依据其与昌生公司的约定即涉案国有土地转让应缴纳的税款参照国土资源局办事指引空地买卖的规定由昌生公司负担，向昌生公司主张返还代付的土地增值税时，其作为权利人是在行使其权利，因此，本案计算诉讼时效的起点应为农商银行古镇支行按税务机关的要求实际补缴土地增值税之次日，而不是昌生公司所称的换发新的国有土地使用权证之次日。本案中，涉案国有土地在办理过户时按预征的1%缴纳土地增值税，之后由于农商银行古镇支行的原因，没有向税务机关进行土地增值税清算申报，以致税务机关于2009年10月30日向农商银行古镇支行发出土地增值税清算通知书，责令农商银行古镇支行进行涉案国有土地转让土地增值税清算申报，并于2010年4月13日发出土地增值税核定征收通知书、办理有关土地增值税清算事项通知书，决定对涉案国有土地转让土地增值税按3%的核定征收率核定征收土地增值税，并补交5098625.95元，农商银行古镇支行在2009年12月书面函告昌生公司，要求昌生公司按合同约定履行并补缴土地增值税未果的情况下，并按税务机关的要求于2010年6月8日补交了土地增值税费，此时即2010年6月8日，农商银行古镇支行即知道其权利受到侵害。因此，本案诉讼时效期间应从2010年6月9日起计算两年。农商银行古镇支行于2012年2月3日提起本案诉讼，并没有超过诉讼时效期间，故原审法院对昌生公司认为本案已过诉讼时效期间的主张不予采纳。
二、关于税务部门对农商银行古镇支行最后核定比过户时多征收的2%土地增值税5098625.95元应由谁负担的问题。第一、本案中，农商银行古镇支行与昌生公司基于国有土地使用权挂牌交易成交确认书、中山市土地使用权公开转让合同而形成建设用地使用权转让合同的法律关系。根据双方的约定，涉案国有土地使用权转让应缴纳的税费参照中山市国土资源局镇区空地转让办事指引中规定的标准，买卖双方应缴纳税费全部由昌生公司承担。中山市国土资源局镇区空地转让办事指引明确规定，转让方应缴纳的土地增值税按1%预征，不按预征的，请到地税部门申请核准。因此，双方在办理国有土地使用权过户时所缴交的土地增值税2549312.98元为预征的税费，并不是最终缴纳的土地增值税税费，最终缴纳的土地增值税税费应以税务部门最终核定的征收率3%进行缴纳为准。该税费系国有土地使用权转让产生的税费，按合同约定应由昌生公司承担。
第二、根据双方签订的补充协议的约定，昌生公司须向农商银行古镇支行预付用于支付该土地交易发票的税金1669.8万元，并明确以税务部门实际收取的税金为准，金额多除少补。对比涉案土地转让应缴纳的各项税费，昌生公司预付给农商银行古镇支行开发票的税金中土地增值税仅按预征的1%计算，并不包括之后被税务机关按核定征收而补征的2%，也不包括受让方即昌生公司应负担缴纳的3%契税。事实上，农商银行古镇支行代昌生公司向税务部门缴纳的各项税金并领取的发票也不包括上述两项。至于补充协议中的契税优惠分成279.5万元的问题，现有证据表明，截止诉讼期间，属于由受让方即昌生公司负担的3%契税750万元并未实际缴纳。根据《国务院关于印发深化农村信用社改革试点方案的通知》（国发（2003）15号）等文件精神，昌生公司基于农商银行古镇支行的原因，享受了该政策优惠，采取了更名过户方式，并事实上免交了该3%契税750万元，并根据补充协议的约定，将其中的优惠分成279.5万元支付给农商银行古镇支行，双方该做法并无不妥，该优惠分成的约定金额不在已开税票种类金额之内。故此，昌生公司补缴未缴足的土地增值税时不应将该279.5万元计算在内。
第三、《中华人民共和国土地增值税暂行条例》明确规定，转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳土地增值税；纳税人转让房地产所取得的收入减除本条例第六条规定扣除项目金额后的余额，为增值额；纳税人应当自转让房地产合同签订之日起七日内向房地产所在地主管税务机关办理纳税申报，并在税务机关核定的期限内缴纳土地增值税。同时，《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》第七条关于土地增值税的核定征收规定，房地产开发企业有下列情形之一的，税务机关可以参照与其开发规模和收入水平相近的当地企业的土地增值税税负情况，按不低于预征率的征收率核定征收土地增值税：……（三）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的……。本案中，根据中山市地方税务局发出的土地增值税核定征收通知书、办理有关土地增值税清算事项通知书、土地增值税核定征收税务事项告知书中看出，农商银行古镇支行转让五桂山镇长命水土地项目／分期项目存在虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额系税务机关核定征收的方式按3%的核定征收率清算的理由，并非是对农商银行古镇支行的处罚。税务机关经审核责令农商银行古镇支行补交土地增值税5098625.95元系涉案国有土地使用权转让产生的税费，按照双方的约定应由昌生公司负担。该款农商银行古镇支行已垫付，农商银行古镇支行要求昌生公司偿还代缴的土地增值税5098625.95元的请求，理据充分，原审法院予以支持。虽然农商银行古镇支行收到税务机关发出的《土地增值税核定征收税务事项告知书》后未在规定的时间提出复议，但因按核定征收率征收农商银行古镇支行未足缴的土地增值税并非对农商银行古镇支行的处罚，其未提出复议的行为并不影响其作为土地增值税纳税义务人依法履行纳税的义务。昌生公司以此认为农商银行古镇支行负有过错，该补缴的土地增值税应由农商银行古镇支行自行负担的理据不充分，原审法院不予采信。
三、关于农商银行古镇支行对税务部门按核定征收率计征涉案土地增值税是否存在过错，应否承担过错责任的问题；农商银行古镇支行提出的滞纳金请求是否合理的问题。《中华人民共和国土地增值税暂行条例》明确规定，转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳土地增值税；纳税人转让房地产所取得的收入减除本条例第六条规定扣除项目金额后的余额，为增值额。但农商银行古镇支行转让五桂山镇长命水土地项目／分期项目存在虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额而被税务机关核定征收的方式按3%的核定征收率清算，以致未能准确计算涉案土地增值税数额，对此，农商银行古镇支行确存在一定的过错，应承担相应的过错责任，但该过错并不能导致免除昌生公司返还农商银行古镇支行依税务机关核定的征收率代为垫付补交土地增值税费本金的民事责任。农商银行古镇支行该请求的滞纳金实际为欠款期间的利息损失，理应得到支持，但考虑到农商银行古镇支行对此纠纷确存在一定过错，故原审法院对农商银行古镇支行该利息主张不予支持。
综上，农商银行古镇支行请求昌生公司返还的垫付土地增值税费5098625.95元的主张有理，原审法院予以支持，但其要求昌生公司承担欠款期间的利息，因其对本案纠纷存在过错，故原审法院对其利息损失不予支持。昌生公司辩称主张中理据不足部分，原审法院不予采信。依照《中华人民共和国民法通则》第一百三十五条、第一百三十七条，《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条之规定，判决：一、昌生公司于原审判决发生法律效力之日起十日内向农商银行古镇支行偿还代缴的土地增值税5098625.95元；二、驳回农商银行古镇支行的其他诉讼请求。如果未按原审判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。案件受理费51514元，由农商银行古镇支行负担4024元、昌生公司负担47490元（昌生公司于原审判决生效后十日内向原审法院交纳）。
昌生公司不服原审判决，向本院提起上诉称：一、本案诉争的2007年8月3日中山市土地使用权公开转让合同及2007年8月31日补充协议所约定的双方权利义务于2007年11月5日终止且履行期限届满。2007年11月5日，中山市国土资源局就农商银行古镇支行公开转让的两宗国有土地使用权换发了产权人为昌生公司的国有土地使用权证。二、本案诉讼时效期间应自2007年11月5日双方权利和义务终止且履行时效届满之日起算，至2009年11月5日止。本案农商银行古镇支行在超过两年诉讼时效期间后才向昌生公司主张权利，已经超过法律规定的诉讼时效期间，二审法院应依法予以纠正。三、2007年8月31日双方所签订的补充协议明确界定转让合同中昌生公司应支付“买卖双方应缴纳的税费”为成交金额的6.6%的土地交易发票税金，共计人民币1669.8万元，昌生公司于2007年8月30日已履行了全部义务。超出转让合同和补充协议约定之外的昌生公司另行补交的土地增值税部分509.862595万元并不属于昌生公司的合同义务。四、农商银行古镇支行在法定期限内不履行土地增值税清算义务，且怠于行使救济手段主张权利而产生的土地增值税补交部分共计509.862595元，应由农商银行古镇支行自行承担。农商银行古镇支行收到地税部门所发的土地增值税核定征收通知书和土地增值税核定征收税务事项告知书后，因其“虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或者扣除项目金额”等原因，不仅不履行增值税的清算义务，也不在60日法定的期限内请求上一级税务机关复议或提起行政诉讼进行法律上救济，是一种怠于履行义务的行为，因怠于履行义务所产生的法律后果，当然只能由纳税义务人承担。五、昌生公司与农商银行古镇支行之间的土地使用权转让在政府层面为“更名过户方式”，而不是体现在双方所签订中山市土地使用权公开转让合同所约定的“挂牌公开转让方式”。“更名过户方式”变更土地使用权，不属于土地增值税征收暂行条例所规定的征收范围，如农商银行古镇支行积极行使救济手段主张权利不可能产生土地增值税补交部分共计509.862595万元的责任。六、根据2007年4月30日中山市国土资源局向市政府发出《关于中山农村信用合作社联社申请变更土地使用权的处理意见的请示》（中土请（2007）61号）的请示函的内容，本次虽然通过公开转让的土地使用权实际上是以更名变更方式的转让，但农商银行古镇支行与昌生公司在2007年8月31日签订补充协议时，农商银行古镇支行故意隐瞒政府采用“更名方式”的过户变更登记，导致昌生公司与农商银行古镇支行签订“乙方要求享受甲方争取的契税优惠政策，乙方须支付甲方人民币279.5万元作为契税优惠的分成”的条款，是属“重大误解”且给昌生公司造成重大损失。鉴于昌生公司在2013年8月6日收到（2012）中一法民二初字第798号民事判决后才知道本案诉争交易的土地使用权是采用“更名过户方式”转让情况，为此昌生公司保留通过另案起诉并请求人民法院依法撤销因“重大误解”条款并给昌生公司造成重大损失的权利。鉴于本案中一审对该“重大误解”事项未涉及，故请求二审法院在处理本案上诉过程中保留昌生公司另案主张的权利。综上，昌生公司请求二审法院判令撤销原审判决，改判驳回农商银行古镇支行的全部诉讼请求。
被上诉人农商银行古镇支行辩称：原审认定事实清楚，适用法律正确，请求二审法院驳回上诉，维持原判。
本院经审理查明：原审法院查明的基本事实清楚，本院予以确认。
本院认为：本案为建设用地使用权转让合同纠纷。关于农商银行古镇支行的起诉是否已过诉讼时效期间的问题。涉案国有土地在办理过户时按预征的1%缴纳土地增值税，税务机关于2010年4月13日向农商银行古镇支行发出土地增值税核定征收通知书，税务机关决定对其转让上述土地按3%的核定征收率核定征收土地增值税。农商银行古镇支行在要求昌生公司按合同约定履行并补缴土地增值税未果的情况下，按税务机关的要求于2010年6月8日补交了土地增值税费5098625.95元。本院认为，根据《中华人民共和国民法通则》第一百三十七条的规定，诉讼时效期间是从权利人知道或者应当知道权利被侵害时起计算。农商银行古镇支行按税务机关的要求于2010年6月8日补交了土地增值税费，即此时，农商银行古镇支行才知道其权利受到侵害，故本案诉讼时效期间应从2010年6月9日起计算两年。农商银行古镇支行于2012年2月3日提起本案诉讼，原审认为本案的起诉并没有超过诉讼时效期间并无不当。昌生公司辩称本案计算诉讼时效的起点应从换发新的国有土地使用权证之日（即2007年11月5日）起计算于法无据，本院对其该主张不予采纳。
关于税务部门对农商银行古镇支行最后核定比过户时多征收的2%土地增值税5098625.95元应由谁负担的问题。《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》第二条规定，直接转让土地使用权的，纳税人应进行土地增值税的清算。作为涉案土地使用权转让行为纳税义务人，农商银行古镇支行应依法向税务机关缴纳相关税费，其中包括税务部门针对涉案土地使用权转让行为所进行的土地增值税的预征行为以及清算行为所产生的相关税费。由于农商银行古镇支行与昌生公司在中山市土地使用权公开转让合同中约定土地使用权转让应缴纳的税费应由昌生公司承担，上述转让合同是双方的真实意思表示，并未违反国家相关法律法规的规定，合法有效，昌生公司应履行合同约定的义务，承担涉案土地使用权转让过程中所产生的土地增值税费。故原审判决昌生公司应向农商银行古镇支行偿还代缴的土地增值税5098625.95元并无不妥，本院予以维持。至于昌生公司辩称双方之间的土地使用权转让在政府层面上为“更名过户方式”，认为“更名过户方式”变更土地使用权，不属于《土地增值税征收暂行条例》所规定的征收范围，如农商银行古镇支行积极行使救济手段主张权利不可能产生土地增值税补交5098625.95元的责任。本院认为，根据中山市地方税务局发出的土地增值税核定征收通知书、办理有关土地增值税清算事项通知书、土地增值税核定征收税务事项告知书中看出，农商银行古镇支行转让五桂山镇长命水土地项目／分期项目存在虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额系税务机关核定征收的方式按3%的核定征收率清算的理由，并非是对农商银行古镇支行的处罚。虽然农商银行古镇支行收到税务机关发出的土地增值税核定征收税务事项告知书后未在规定的时间提出复议，但因按核定征收率征收农商银行古镇支行未足缴的土地增值税并非对农商银行古镇支行的处罚，其未提出复议的行为并不影响其作为土地增值税纳税义务人依法履行纳税的义务。在双方已明确约定涉案国有土地使用权转让产生的税费均由昌生公司负担的情况下，昌生公司以农商银行古镇支行对此负有过错主张该补缴的土地增值税应由农商银行古镇支行自行负担的理据不充分，本院对其该项主张不予采纳。而对于昌生公司辩称双方之间的土地使用权转让在政府层面上为“更名过户方式”，认为“更名过户方式”变更土地使用权，不属于《土地增值税征收暂行条例》所规定的征收范围的问题，本院认为这与本案属于不同的法律关系，本院对此不作审查。至于昌生公司上诉的其他事项，原审已作充分阐述，本院不再赘述。另外，当事人未上诉的其余部分，本院不作审查。
综上，原审判决认定事实基本清楚，适用法律正确，处理并无不当，应予维持。为此，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项的规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费51514元，由上诉人中山市昌生花园房地产开发有限公司负担。
本判决为终审判决。
审 判 长 孟 晋
审 判 员 曾 玲
代理审判员 朱 滔
二〇一三年十二月二十日
书 记 员 孙翠红