山东省菏泽市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）菏民三初字第49号
原告（反诉被告）：山东省建设建工（集团）有限责任公司。
法定代表人：王彦宏，该公司董事长。
委托代理人：田宁，山东环周律师事务所律师。
委托代理人：李广新，山东环周律师事务所律师。
被告（反诉原告）：菏泽市牡丹区人民政府。
法定代表人：张泽忠，该政府区长。
委托代理人：段迎春，系菏泽市牡丹区审计局副局长。
委托代理人：侯圣文，山东诚维律师事务所律师。
原告（反诉被告）山东省建设建工（集团）有限责任公司（以下简称“山东建工公司”）因与被告（反诉原告）菏泽市牡丹区人民政府（以下简称“牡丹区政府”）建设工程施工合同纠纷一案，原告于2015年3月25日向本院起诉。本院受理后依法组成合议庭，于2015年8月5日公开开庭进行了审理。原告山东建工公司的委托代理人田宁、李广新，被告牡丹区政府的委托代理人段迎春、侯圣文到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告（反诉被告）山东建工公司起诉请求：1、判令被告（反诉原告）支付拖欠工程款18396030.37元及相应利息、违约金；2、被告（反诉原告）支付工程达到合同约定质量标准的奖金1093631.03元。后原告（反诉被告）变更第一项诉讼请求，不再要求撤回让利承诺，要求被告（反诉原告）支付工程款6943496.14元。事实与理由：2002年12月26日，双方签订《建设工程施工合同》一份，合同约定原告（反诉被告）承建位于菏泽市××区工业园内的菏泽市××区公务大厦工程。合同签订后，原告（反诉被告）即按约组织施工人员进场施工。在施工过程中，双方于2004年6月19日进一步达成《补充协议》。2005年10月29日，原告（反诉被告）完成案涉公务大厦工程全部施工任务，因被告（反诉原告）手续不全无法对工程进行竣工验收，被告（反诉原告）在工程未经竣工验收的情况下强行搬进使用，原告（反诉被告）已履行完毕合同义务。经核算，原告（反诉被告）让利后的工程总造价为49737182.68元。按照约定，被告（反诉原告）应在竣工验收符合合同要求一个月内付到合同价款的80%，余款结算后一年内付清（不含保修金），被告（反诉原告）应在2006年10月29日前支付除保修金外的全部工程款，可是截止2014年1月（保修期已过），被告（反诉原告）陆续支付工程款36285521.27元，尚欠6943496.14元。另，被告（反诉原告）一直拖欠工程款，应按照约定自2008年1月1日起按照中国人民银行发布的同期同类贷款基准利率的四倍、以欠付款项数额为基数支付利息和违约金。此外，合同约定工程达到合同约定质量标准，被告（反诉原告）应支付原告（反诉被告）合同价款2%的奖励。为保证工程质量，原告（反诉被告）施工过程中严格按照约定的“泰山杯”质量标准施工，只是因为被告（反诉原告）手续不全导致该工程无法竣工验收，因此被告（反诉原告）应按照合同约定支付原告（反诉被告）工程达到“泰山杯”质量标准的奖金1093631.03元。
被告（反诉原告）针对原告（反诉被告）本诉请求答辩称，被答辩人诉称的工程款及相应利息、违约金背离客观事实，依法不能成立。双方合同约定案涉工程工期为320天，而实际上，该工程直到2005年10月29日才交付使用。施工过程中，因被答辩人未经答辩人同意擅自将桩基工程中应采用的螺旋工艺变更为回旋工艺，仅此一项增加支出270万元。同时，被答辩人管理混乱，工期一拖再拖，到交付使用时因材料价格上涨等原因，导致答辩人建设成本增加，远远超过了预算投资，给答辩人造成了巨大的经济损失，对此答辩人将提起反诉。经答辩人测算，该工程实际造价为43918993.7元，答辩人已经预付工程款39033990.95元。此外，因被答辩人涉及其他案件，答辩人协助法院支付了其对外欠款342万元。被答辩人诉称的工程款及相应利息、违约金背离客观事实，依法不能成立。根据双方签订合同约定工程质量标准要确保“泰山杯”，而该工程在施工过程中，管理混乱，工程质量问题不断发生，直到2005年10月7日，尚有34项不符合合同约定，存有质量问题，该工程至今没有验收。被答辩人要求支付奖金没有依据。请求查清事实，依法驳回被答辩人的诉讼请求。
被告（反诉原告）提起反诉请求：请求判令原告（反诉被告）支付违约金4782778元。事实与理由：双方2002年12月26日签订的《建设工程施工合同》约定工期为320天，因承包人原因造成工程每延误一天承担工程总造价万元分之三的违约金。合同签订后，由于反诉被告人员素质低，监督管理不到位，致使工地管理混乱，工期一拖再拖，未能如期竣工。2004年6月19日，双方签订《补充协议》，将案涉工程竣工时间变更为2004年10月31日。之后，反诉被告仍未能按约定履行义务，直到2005年10月10日前反诉原告整改、处理完毕。但施工单位未进行整改，由于工期一再拖延，给反诉原告造成极大的经济损失，为避免损失进一步扩大，反诉原告于2005年10月29日实际使用了案涉工程。根据合同约定，反诉被告逾期363天交付工程，违约金按照工程总造价43918993.7元的日万分之三计算。
原告（反诉被告）针对被告（反诉原告）的反诉请求答辩称，一、被答辩人延期提供图纸是造成工期延误的原因之一。合同约定被答辩人应在开工前7日内提供图纸，案涉工程于2002年12月26日开工，被答辩人应在2002年12月19日前交付图纸。事实上，案涉工程图纸在2003年2月18日才进行会审，至2003年3月2日前尚未交付，仅图纸拖延交付时间长达70多天，工期应相应顺延。二、被答辩人在案涉工程建设过程中不按合同约定支付工程预付款、进度款，导致资金缺口巨大，材料无法及时进场，工人工资不能及时发放，以至于答辩人无法及时组织全面施工，是造成工期延误的重要原因。对于拖欠工程款问题，答辩人多次以报告形式向被答辩人反映，但该问题始终没有引起被答辩人重视，也从未有效解决。从被答辩人提供的“预付工程款明细”也可以看出，被答辩人从未按照合同约定支付工程款，拖欠工程款问题十分严重。截止2005年年底，被答辩人支付工程款的比例仅为69.82%，仍低于合同约定80%的比例。截止目前，被答辩人已经使用该工程长达10年之久，仍拖欠答辩人大笔工程款，给答辩人的正常经营活动造成巨大影响。三、被答辩人在案涉工程建设过程中将空调安装、玻璃幕墙等20余项分项工程外包，这些外包工程在建设过程中施工进度缓慢是造成工期延误的另一重要原因。外包工程的分包单位不服从管理、迟迟不按约定进场施工、操作不规范、施工质量差等，导致工程进展缓慢，严重影响了整个工程的施工进度及质量。甚至个别外包单位施工中将答辩人已完工项目不注意保护，造成损害，需要重新修补。被答辩人提供的“牡丹区公务大厦总体工程检查结果记录”恰恰证明，正是被答辩人外包的工程在施工过程中操作不规范，施工质量差导致工期延误。四、被答辩人建设施工手续不全，且对外进行大量外包，导致案涉工程不能组织竣工验收。被答辩人建设施工手续不全，至今未取得相关规划、建设和施工手续，故无法进行竣工验收。综上，案涉工程工期延误均是被答辩人原因，与答辩人无关，请依法驳回被答辩人的反诉请求。
本案当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。原告（反诉被告）山东建工公司为证明其主张，向本院提交如下证据：
证据1、《建设工程施工合同》一份，拟证明2002年12月26日，双方签订《建设工程施工合同》，原告（反诉被告）承建被告（反诉原告）位于菏泽市××区工业园内的菏泽市××区公务大厦工程并对工程承包范围、工期、质量标准、合同价款、工程款支付、违约责任等进行了明确约定。
证据2、《补充协议》一份，拟证明菏泽市××区公务大厦工程建设过程中，2004年6月19日，双方签订《补充协议》，其中第2条约定：工程款拨付不到位，每拖延一天被告（反诉原告）支付应付款的1%作为违约金；第12条约定所有共同实行招标分包项目，甲方（被告）不再执行原合同中乙方（原告）让利12.5%的规定。
证据3、《工作联系单》及《牡丹区公务大厦基建办公室人员及职责一览表》各一份，拟证明牡丹区公务大厦基建办公室是建设单位牡丹区政府成立的负责牡丹公务大厦工程的专门办公室，其中毛秀彦是基建办公室主任，对工程施工总负责，张松林是基建办公室内务协调组的成员，负责材料传递、保管等工作。
证据4、《有关公务大厦竣工结算问题的补充说明》、《关于桩基成孔工艺套用定额的请示报告》、菏泽市工程建设标准定额站《定额答复》、山东省工程建设标准定额站《定额答复》各一份，拟证明工程竣工后的结算过程中，因桩基工程设计上的变更，双方在桩基工程结算问题上曾产生争议，但经过协商，2006年10月27日，双方一致同意针对该争议共同请示省市定额站，根据省市定额站的答复确定结算标准。2006年10月20日，双方共同向菏泽市工程建设标准定额站请示桩基结算时的套用标准，省、市定额站给出了明确答复，该工程应套用回旋钻机钻孔灌注砼桩相应子目，因此双方应该按照此标准进行工程结算。
证据5、菏泽市富信咨询管理有限公司出具的《菏泽市××区公务大厦工程结算编制说明》、《牡丹公务大厦已审定项目》及《工程造价咨询核定表》，拟证明被告（反诉原告）委托的菏泽市富信咨询管理有限公司对牡丹公务大厦工程的造价进行审定，并出具相关结算材料，该结算材料得到双方认可，并经被告（反诉原告）方签字确认，其中让利后土建项目造价为35614537.27元，并明确了编制内容。
证据6、《关于山东建工集团承建牡丹公务大厦主楼工程款支付情况的汇报》，拟证明牡丹公务大厦主楼工程已结算完毕，且结算结果得到了被告（反诉原告）的认可，其中土建工程项目造价为35614537.27元，主楼安装工程4222212.42元，双方协议被告（反诉原告）分包项目，原告（反诉被告）收取管理费80万元，双方有争议未进入结算的项目100万元，装饰装修拖后影响的租赁费100万元，桩基工程7100432.99元，工程结算总价为49737182.68元。
证据7、2003年3月2日牡丹公务大厦发给十公司的文件、及十公司给牡丹区委、区政府办公室的工作联系单各一份，拟证明牡丹公务大厦施工图纸于2003年2月18日进行会审，至2003年3月2日尚未交付给原告，造成了工期延误，根据约定被告未能按专用条款的约定提供图纸及开工条件的工期相应顺延。
证据8、原告（反诉被告）向牡丹公务大厦基建办催要工程进度款的报告9份，拟证明在牡丹公务大厦建设过程中，被告（反诉原告）不按合同约定支付工程预付款、进度款，导致资金极度紧张，原告（反诉被告）多次以报告的形式郑重向被告（反诉原告）反映，但工程款问题一直未得到有效解决，从而造成工期延误。
证据9、在施工过程中，原告（反诉被告）向被告（反诉原告）报送的关于被告（反诉原告）外包工程存在问题的工作联系单33份（部分复印件），拟证明在牡丹公务大厦施工过程中，被告（反诉原告）执意将空调安装、玻璃幕墙、电讯、钢结构等20余项分项工程外包给其他单位进行施工，造成了工期延误，导致工程不能组织竣工验收，正是被告（反诉原告）将部分分项工程外包的行为导致原告（反诉被告）无法拿到工程质量标准达到“泰山杯”的奖金，被告（反诉原告）应该向原告（反诉被告）支付该部分奖金。
证据10、分项工程检验批质量验收记录表4份，拟证明原告（反诉被告）施工的工程项目均经过监理（建设）单位的验收，质量评定为合格，不存在质量问题。
证据11、设计变更报告及签证单各2份，拟证明牡丹公务大厦工程在施工过程中存在设计变更情况，根据合同约定工期应该相应顺延。
证据12、完税证明、记账凭证、工程款发票各一张，拟证明被告（反诉原告）代扣税款50万元。
证据13、菏泽市××区公务大厦工程施工方案，拟证明桩基工程施工过程中采取的是回旋工艺。
证据14、文件发放登记表一份，拟证明将证据13交给监理公司并签章确认。
证据15、桩基工程验收记录，拟证明桩基工程施工过程中，被告（反诉原告）及监理单位均对桩基施工工艺没有异议，并确认验收。
证据16、2003年1月14日、1月21日会议纪要各一份，拟证明双方及监理单位确认桩基工程进展顺利。
证据17、被告（反诉原告）于2003年12月30日向原告（反诉被告）出具的关于公务大厦工程施工单位提出价款差异一份，拟证明被告（反诉原告）对桩基工艺采取回旋工艺是明知的。
被告（反诉原告）牡丹区政府对原告（反诉被告）提交上述证据发表如下质证意见：对证据1的真实性无异议，但原告（反诉被告）未按约定完工，应承担违约责任，且其在投标时承诺，即便被告（反诉原告）不能按期拨款，亦确保如期完工。对证据2的真实性无异议，但双方改变了竣工时间，之前未如期交付图纸不能再作为原告（反诉被告）工期顺延的理由。对证据3无异议。对证据4的真实性无异议，但是证明原告（反诉被告）未经同意擅自改变桩基工程工艺，不能按照此标准结算。对证据5的真实性无异议，但编制说明中原告所施工的工程量及价款，安装工程仅为4211853.34元（含甲方供材），土建是35614537.27元（不含桩基）除这两项之外均非原告施工。证据6是牡丹公务大厦基建办为向区政府申请临时预算的内部传递报告，一般超出实际应支付数额，其中数据均无依据，该汇报因申请数额较大等原因被领导退回，原告（反诉被告）窃取了被告（反诉原告）内部报告。对证据7的真实性无异议，但认为与本案无关，因为补充协议改变了竣工日期的约定。对证据8的真实性有异议，系原告（反诉被告）单方制作，被告（反诉原告）未曾收到，也不能证明已向被告（反诉原告）送达。对证据9中原件的质证意见同证据8，对其中复印件不予质证。对证据10的真实性无异议，认为只能证明地基、地下防水工程经过验收，不能证明整体工程经过验收。对证据11的真实性无异议，但认为不能证明其主张。对证据12无异议。对证据13的真实性、合法性均有异议，系原告（反诉被告）单方制作，被告（反诉原告）不予认可。对证据14的真实性有异议，系原告（反诉被告）单方制作，也不能显示交付监理公司的就是证据13。对证据15、16的真实性无异议；对证据17的真实性不清楚，但均不能证明桩基工程的施工工艺。
被告（反诉原告）牡丹区政府为证明其主张，向本院提供如下证据：
证据1、建设工程施工合同及补充协议各一份，拟证明山东建工公司承建了菏泽市牡丹公务大厦工程，该工程原定于2003年11月11日竣工，后因承包方违约，经协商竣工日期变更为2004年10月31日，合同约定承包方造成工程每延误一天，承担工程总造价万分之三的违约金。
证据2、牡丹公务大厦总体工程检查结果记录，拟证明到2005年10月7日，该工程尚有34项存有质量问题，承包方违约，未能如期竣工。
证据3、牡丹区公务大厦工程结算编制说明，拟证明原告（反诉被告）承建的该工程，土建项目造价为35614537.27元（不含桩基），安装工程造价为4211853.34元（含甲方供材1982640.53元），其余项目均非山东建工公司施工。
证据4、山东建工公司第十公司预付工程款明细及付款凭证，拟证明该工程目前已支付工程款42453990.95元。
证据5、菏泽市中级人民法院、济南市市中区人民法院、济南市历下区人民法院、牡丹区人民法院的裁定书及协助执行通知书，拟证明牡丹区政府协助人民法院支付山东建工公司的对外欠款的情况。
证据6、原告（反诉被告）的商务标书，拟证明投标承诺在施工过程中如果被告（反诉原告）资金不能及时拨付到位，原告（反诉被告）垫资不影响工期。
原告（反诉被告）山东建工公司对被告（反诉原告）提交上述证据，发表如下质证意见：对证据1的真实性无异议，但对其证明内容有异议，虽然补充协议约定竣工日期为2004年10月31日，但是在补充协议签订之后，被告并未按照合同补充协议约定拨付工程款，并且在外包工程中由于外包工程存在质量和进场问题，导致时间顺延，另外结合原告（反诉被告）的证据11即工程的签证单和变更报告，能够证明在2004年9月25日、2005年9月26日，2005年4月11日、2005年10月13日被告（反诉原告）仍然在做工程上的变更，所以其要求在2004年10月31日前交付工程是不可能的，所以工期应当相应顺延。对证据2的真实性无异议，但认为不能证明涉案工程存在质量问题，明细中所列明不合格的部分均是被告（反诉原告）对外发包的外包工程，与编制说明列明部分相一致，被告（反诉原告）已经实际使用本案工程，再以所谓质量问题进行抗辩没有法律依据不应予以支持。对证据3的真实性无异议，但该说明中不包括桩基工程的计算以及部分有争议项目的计算还有装饰装修拖后影响的租赁费。对证据4中数额的真实性无异议，但应当扣除其代扣的税款632944.71元，另外还应当减去原告（反诉被告）代其支付的外包工程款99万元。对证据5的真实性无异议。对证据6的真实性无异议，但该商务标书关于资金使用方面的承诺施工方只是保证在建设资金暂不到位时在集团内部调剂资金保证工程正常施工，该承诺仅指的是暂时性拖欠工程款并不包括被告（反诉原告）从开工至今近十年的拖延时间，另外在后续所签订的施工合同中在专用条款第25、26条中对付款时间进行了明确的约定，在补充协议中第二条又对工程款的拨付进行了重新约定，因此应当按照后期合同的约定来确定双方的权利义务关系，被告（反诉原告）的要求违反公平原则。
根据当事人的举证、质证、陈述，本院经审理认定如下事实：
经招投标，双方当事人于2002年12月26日签订《建设工程施工合同》一份，约定山东建工公司承建牡丹区政府的菏泽市××区公务大厦，承包范围为总承包，承包施工图设计范围内建筑安装全部内容（空调、电梯、电讯等部分除外）。工程质量标准：合格标准，确保“泰山杯”；合同价款约计叁仟万元，实行可调价，按照实际施工图预算加设计变更加经济签证加材料差价加政策性调整，计算时执行山东省建筑安装综合预算定额，现行取费标准按乙级Ⅰ类工程及按实际工程量计算造价，根据标书约定让利12.5%。工程未经竣工验收或竣工验收未通过的，发包人不得使用，发包人强行使用时，由此发生的质量问题及其他问题，由发包人承担责任。发包人应于开工前一周内提供规划许可证、施工许可证及本工程施工所需所有证件、批件。工程款（进度款）支付方式为发包人在月度实际完成工程量确认后10天内支付应付价款的70%，竣工验收符合合同要求一个月内付到合同价款的80%，余款结算后一年付清（不含保修金），工程（进度）款每拖延支付一日，发包人按照同期银行贷款利率向承包人支付应付价款的利息，工期相应顺延；因承包人自身原因造成工程每延误一天承担工程总造价万分之三的违约金。因以下原因造成工期延误，经工程师确认，工期相应顺延：（1）发包人未能按专用条款的约定提供图纸及开工条件；（2）发包人未能按约定日期支付工程预付款、进度款致使施工不能正常进行；（3）工程师未按合同约定提供所需指令、批准等，致使施工不能正常进行；（4）设计变更和工程量增加；（5）一周内非承包人原因停水、停电、停气造成停工累计超过8小时；（6）不可抗力；（7）专用条款中约定或工程师同意工期顺延的其他情况，合同约定质量标准为“合格标准，确保泰山杯”。工程达到合同约定的质量标准，发包方支付承包方工程合同价款2%的奖励；质量保修金为合同价的3%，发包人在质量保修期期满后14天内返还。该合同签订后，原告（反诉被告）组织施工。
2003年1月17日，山东建工公司给牡丹区政府的工作联系单经牡丹区政府基建办公室主任毛秀彦签字确认，约定建设单位名称为“菏泽市牡丹区委、区政府办公室”、工程名称为“菏泽市××区公务大厦”、建设单位印章“以两办章为主，牡丹区公务大厦基建办公室章具同效”。
2004年6月19日，双方签订《补充协议》，约定案涉工程交付时间为2004年10月31日；工程款拨付仍按原合同执行，工程款拨付不到位，每拖延一天原告（反诉被告）可罚被告（反诉原告）应付款的1%作为违约金；被告（反诉原告）对原告（反诉被告）所提交的报告，无论是否符合要求，七日内必须做出批复，否则视为同意；除双方共同招标的包工包料项目外，本工程结算时仍执行原合同及配套文件；原告（反诉被告）作为总承包单位，所有工程项目均由其管理协调，并负责监督质量，分包单位工程款由被告（反诉原告）直拨，原告（反诉被告）背书管理，分包项目的工程款与支付方法、质量、进度等要求详见三方签订的合同；所有共同实行招标分包项目，被告（反诉原告）不再执行合同中原告（反诉被告）让利12.5%的规定。另，被告（反诉原告）按照分包工程税前价款的3.5%支付原告（反诉被告）配合费。双方认可菏泽富信咨询管理有限公司就案涉项目所做的工程结算编制说明，其中牡丹公务大厦已审定项目总额为53025223.44元，其中包含原告（反诉被告）施工的主楼安装工程4211853.34元、土建工程35614537.27元和外包工程工程款13198832.83元。
2004年9月30日，山东建工公司向牡丹公务大厦基建办报告，案涉工程中甩项工程因牡丹区政府分包给案外人，案外人施工缓慢影响施工进度。牡丹公务大厦基建办告知已收到报告，表示会督促案外人加快进度并请山东建工公司进行其他作业面施工。2004年10月29日至2005年10月份，山东建工公司多次向牡丹公务大厦基建办报告，因分包工程影响工程进度并要求工期顺延，部分报告或者工作联系单有牡丹公务大厦基建办工作人员签字，其中一份有基建办印章。
关于桩基工程。2003年1月14日、1月21日双方当事人及监理单位会议纪要共同确认桩基工程进展顺利并进入收尾阶段。2003年12月30日，被告（反诉原告）向原告（反诉被告）提出价款差异，认为桩基工程实施工艺应执行螺旋子目。2006年9月28日，山东省工程建设标准定额站给原告（反诉被告）的定额答复为根据该工程实际施工情况应执行定额Ⅰ-68、69回旋钻机钻孔灌砼柱。2006年10月17日，双方当事人签署《有关公务大厦竣工结算问题的补充说明》，约定桩基定额套用问题请示省市定额站，据此确定如何执行。2006年10月20日，双方当事人共同向菏泽市工程建设标准定额站提交《关于桩基成孔工艺套用定额的请示报告》，就桩基工程在竣工结算时应套用96定额哪一子项定额进行结算。2006年11月20日，菏泽市工程建设标准定额站关于定额答复为套用回旋钻机钻孔灌注砼桩相应子目。2007年8月21日，牡丹区公务大厦基建办公室给牡丹区政府的《关于山东建工集团承建牡丹公务大厦主楼工程款支付情况的汇报》中第6项为“桩基工程双方已达成一致，共同咨询省市定额站，根据主管部门确认的意见，该部分造价为7100432.99元。”综上，原告（反诉被告）主张应按照回旋工艺进行结算桩基工程价款为7100432.99元；被告（反诉原告）主张桩基工程应按照螺旋工艺进行造价结算，价格为4092603.09元，被告（反诉原告）就其主张的应按照螺旋工艺结算的依据是设计图纸，没有提交按照其主张的工艺方法结算桩基工程造价的计算方法，也没有提交结算依据。
双方当事人认可如下事实：案涉工程未经竣工验收，被告（反诉原告）于2005年10月29日实际使用，未获评“泰山杯”。原告（反诉被告）所施工工程土建项目造价为35614537.27元（不含桩基），安装工程造价4211853.34元（其中含牡丹区政府供材价款1982640.53元）。被告（反诉原告）已支付原告（反诉被告）工程款40164798.06元（含协助法院执行款），但就该40164798.06元是否包含牡丹区政府支付外包工程的99万元双方意见不一，牡丹区政府认为没有包含，山东建工公司认为因为其按照约定进行背书，牡丹区政府计算在已支付山东建工公司的工程款中，双方认可该99万元由牡丹区政府直接支付给外包工程施工人。另，双方认可税款应为案涉工程总价的3.33%，被告（反诉原告）提交了50万元代原告（反诉被告）支付税款的发票。
另，审理过程中，原告（反诉被告）明确其要求被告（反诉原告）支付的利息是以欠款数额6943496.14元为基数自2008年1月1日起按照中国人民银行同期同类贷款基准利率计算至实际支付之日；违约金约定过高，要求以欠款数额为基数自2008年1月1日起按照中国人民银行发布的同期同类贷款基准利率的三倍支付。
本院认为，根据《中华人民共和国招标投标法》第三条规定，案涉工程属必须招投标的工程。双方当事人按照法律规定进行进行招标、投标，签订案涉《建设工程施工合同》，故该合同系合法有效合同。
关于被告（反诉原告）欠付原告（反诉被告）工程价款及利息、违约金的问题。双方当事人认可案涉工程土建项目造价为35614537.27元（不含桩基），安装工程造价4211853.34元（其中含牡丹区政府供材价款1982640.53元）。现双方关于桩基工程价款不能达成一致意见，但是从现有证据看，双方所签的合同并未就桩基工程施工工艺作出约定，且双方2003年1月14日、1月21日均确认桩基工程进展顺利；被告（反诉原告）虽于2003年12月对桩基工艺提出异议，但双方签署的《有关公务大厦竣工结算问题的补充说明》约定桩基定额套用问题请示省市定额站并据此确定如何执行。双方经请示省市定额站，应按照回旋工艺进行结算，桩基工程价款为7100432.99元。故原告所完成工程的价款为44944183.07元（35614537.27元＋4211853.34元－1982640.53元＋7100432.99元）。双方认可被告（反诉原告）代扣税款为总价款的3.33%，但被告（反诉原告）仅能提供代原告（反诉被告）交纳税款50万元的发票，则该50万元应从应支付原告（反诉被告）的工程款中扣除。另，被告（反诉原告）应按照外包工程价款的3.5%支付原告（反诉被告）配合费，外包工程价款为13198832.83元，即配合费为461959.15元（13198832.83元×3.5%）。被告（反诉原告）已支付原告（反诉被告）工程款40164798.06元，原告（反诉被告）虽主张该款项中包含了被告（反诉原告）支付的外包工程价款99万元，但其并未提供证据予以证实，且根据目前证据不足以认定该数额包含了被告（反诉原告）支付外包工程的99万元工程款，原告（反诉被告）可待证据充分后另案主张权利。原告（反诉被告）主张根据牡丹区公务大厦基建办给牡丹区政府的工程款支付情况汇报，双方有未进入结算项目且有争议的100万元、装饰装修拖后影响的租赁费100万元，均应计入被告（反诉原告）应支付款项内。但是该汇报为牡丹区公务大厦基建办给牡丹区政府的内部报告，且明确记载双方对未进入结算的100万元有争议，原告（反诉被告）也没有提供证据证实有争议的100万元应由被告（反诉原告）予以支付；原告（反诉被告）也没有提供证据证实装饰装修给其造成租赁费100万元，故对该200万元，本案不予支持，原告（反诉被告）可待证据充分后另案主张权利。综上，被告（反诉原告）应支付原告（反诉原告）工程款为4741344.16元（44944183.07元－40164798.06元－500000元＋461959.15元）。案涉工程于2005年10月29日实际使用，按照合同约定，被告（反诉原告）应于2005年11月30日支付至上述款项的80%、于2006年11月30日支付完毕。对于上述款项，原告（反诉原告）自愿自2008年1月1日起计算欠付工程款的利息及违约金是对其权利的处分，不违反法律规定，依法应予准许。关于违约金，双方关于违约金为欠付款项1%/日的约定过高，依据《中华人民共和国合同法》第一百一十四条及最高人民法院关于适用《中华人民共和国合同法》若干问题的解释（二）第二十七条的规定应予调整。原告（反诉被告）针对被告（反诉原告）欠付工程款的损失未提供证据，故按照不超过中国人民银行同期贷款基准利率30%计算。则利息和违约金应以欠付款项4741344.16元为基数，自2008年1月1日起按照中国人民银行发布的同期同类贷款基准利率的1.3倍计付。
关于原告（反诉被告）主张奖金问题。双方签订合同约定表述为质量合格标准、确保“泰山杯”，并且在达到合同约定标准后给予合同价2%的奖励。但是案涉工程并未进行竣工验收，更未获评“泰山杯”，故原告（反诉被告）要求被告（反诉原告）支付该奖励没有依据，不予支持。
关于被告（反诉原告）要求原告（反诉被告）支付延期交工的违约金问题。双方在补充协议中虽约定案涉工程于2004年10月31日交付，但是从原告（反诉被告）提供的证据看，确因被告（反诉原告）外包工程影响施工工期，被告（反诉原告）亦未按照约定付款，依法亦应顺延工期；且2004年至2005年有多次涉及变更导致工程延期。虽然被告（反诉原告）辩称因原告（反诉被告）管理混乱导致工期延误，但没有提供证据证实其主张。故案涉工程未按约定交付责任在被告（反诉原告），被告（反诉原告）要求原告（反诉被告）支付未按照约定交付工程的违约金没有依据，依法不予支持。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第一百一十四条、第一百九十六条、第二百零六条，《中华人民共和国招标投标法》第三条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条、第十四条第（三）项、第十七条、第十八条第（一）项，最高人民法院关于适用《中华人民共和国合同法》若干问题的解释（二）第二十七条之规定，判决如下：
一、被告（反诉原告）菏泽市牡丹区人民政府于本判决生效之日起十日内支付原告（反诉被告）山东省建设建工（集团）有限责任公司工程款4741344.16元及利息、违约金【利息和违约金以4741344.16元为基数、自2008年1月1日起按照中国人民银行发布的同期贷款基准利率的1.3倍计算至本判决确定的履行期限届满之日，如果被告（反诉原告）在履行期限届满前自动履行，利息、违约金计算至自动履行之日】；
二、驳回原告（反诉被告）山东省建设建工（集团）有限责任公司其他诉讼请求；
三、驳回被告（反诉原告）菏泽市牡丹区人民政府的反诉请求。
如果被告（反诉原告）未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费138738元，由原告（反诉被告）山东省建设建工（集团）有限责任公司负担68738元，由被告（反诉原告）菏泽市牡丹区人民政府负担70000元；反诉费22531元，由被告（反诉原告）菏泽市牡丹区人民政府负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按照对方当事人的人数提出副本，上诉于山东省高级人民法院。
审 判 长 梁春丽
代理审判员 潘宜英
人民陪审员 李保真
二〇一六年九月十二日
书 记 员 刘福营