辽宁省大连市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）大民二终字第00396号
上诉人（原审被告）：大连建工机电安装工程有限公司，住所地大连市中山区友好街13号。
法定代表人：李强邦，该公司董事长。
委托代理人：王帅，辽宁兴中律师事务所律师。
委托代理人：张树山，辽宁箴言律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）：大连雨林土石方工程有限公司，住所地大连市西岗区香秀街6号。
法定代表人：曲世伟，该公司经理。
委托代理人：唐万涛，该公司项目经理。
委托代理人：于建波，大连市沙河口区春柳法律服务所法律工作者。
原审被告：冷少宏。
委托代理人：冀爱菊。
原审被告：华能国际电力股份有限公司大连电厂，住所地大连市甘井子区大连湾村883-33号。
法定代表人：高德顺，该厂厂长。
委托代理人：尹弘湖，辽宁慧之博律师事务所律师。
原审原告大连雨林土石方工程有限公司（以下简称“雨林公司”）与原审被告大连建工机电安装工程有限公司（以下简称“大连建工公司”）、原审被告冷少宏、原审被告华能国际电力股份有限公司大连电厂（以下简称“华能大连电厂”）建设工程施工合同纠纷一案，大连市甘井子区人民法院于2014年12月5日作出（2012）甘审民初字第119号民事判决，大连建工公司不服该判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭，于2015年3月3日、4月14日、4月30日公开开庭审理了本案。本案现已审理终结。
原告雨林公司一审诉称：2008年10月，原告与被告大连建工公司、冷少宏签订了《工程承包协议书》，约定由原告分包被告大连建工公司、冷少宏承包的被告华能大连电厂的供热管网一期工程中甘井子区宋家、大化渣地路段的工程。合同签订后，原告依约履行了合同义务，在工程的施工过程中，按三被告的要求进行了部分工程量的增加或变更，并且签署了工程量签证单。工程施工完毕后，原告多次要求与被告大连建工公司、冷少宏进行结算，但二被告始终拖延。按照鉴定结论计算，该工程的工程总造价为1，665，247元，被告已向原告支付工程款285，000元，尚欠1，380，247元。现原告为维护其权益，请求法院判令三被告共同支付拖欠的工程款1，380，247元，并按照银行同期同类贷款最高利率支付相应的利息，并承担鉴定费23，000元。
被告大连建工公司一审辩称：不同意原告的诉讼请求。被告冷少宏系被告大连建工公司的项目负责人，其本人与本案无关，不应作为本案被告，故诉讼主体错误，此外被告大连建工公司对大连宝业工程造价咨询有限公司作出的鉴定结论提出异议，认为鉴定结论存在如下异议：第一，原告没有按照设计图纸的要求进行施工，比如没有放坡。鉴定结论中有关放坡的造价应予以扣减。第二，原告提供的工程量签证单不真实，不能以工程量签证单作为鉴定的依据。第三，原告并没有对案涉工程进行机械打眼爆破，鉴定结论中爆破方面的造价应予以扣减。第四，原告并未对案涉工程余土外排，故鉴定结论中余土外排部分的工程造价应予以扣减。第五，鉴定结论中塌方部分的造价系因原告未按图纸进行施工造成的，故对塌方部分的造价也应予以扣减。第六，实际施工中存在工程量核减的情形，但鉴定时原告没有提交相关的证据，故鉴定结果不能客观反映实际工程造价。综合以上理由，被告大连建工公司认为鉴定结论不能作为认定工程造价的依据，经被告大连建工公司核算，原告施工部分的工程款为584，276元，被告大连建工公司已经支付285，000元，仅欠付原告工程款299，276元。由于原告没有向被告大连建工公司提交竣工结算材料，导致双方没有进行竣工验收、被告大连建工公司无法给付欠付的工程款，故不同意原告的诉讼请求。
被告冷少宏一审辩称：不同意原告的诉讼请求，冷少宏的意见与被告大连建工公司相同。
被告华能大连电厂一审辩称：同意在欠付工程款范围内支付工程款，但基于合同相对性原则，华能大连电厂只能将欠付工程款支付给被告大连建工公司，在华能大连电厂付款前，要去大连建工公司开具全款发票。同时，被告华能大连电厂没有任何过错，因此不承担与本案相关的诉讼费用。
一审法院审理查明：1、2008年至2009年期间，被告华能大连电厂将其供热管网一期工程发包给被告大连建工公司承包建设施工，后被告大连建工公司将该工程中大连市甘井子区宋家、大化渣地标段的工程分包给原告雨林公司，原告（乙方）与被告大连建工公司直属第一项目部（甲方）签订了《工程承包协议书》，该协议已经加盖原告及被告大连建工公司直属第一项目部印章，并由大连建工公司授权代表冷少宏、原告雨林公司授权代表唐万涛签字。协议第二条承包形式约定按2002年度4.1专业承包市政热力工程包工包料取费。协议第五条第（2）款约定合同工程价款结算按图纸的工程量，按2001年市政定额有关工程量定额标准计算，第五条第（4）款约定若涉及工程变更、图纸之外发生的工程量变化，须经甲方（被告大连建工公司）项目负责人下达指令，变更签证由甲方项目部和有关项目负责人签字（三人以上签字），最终由甲方主管领导签字审批后方可生效，否则甲方有权不予认可。第七条约定材料、设备供应，甲方供给用于沟槽回填中的粗沙。第九条第3款约定，施工中的水、电、食宿、工具等设施，乙方（原告）自行解决。在工程竣工后，原告与被告大连建工公司没有进行最终的工程结算与竣工验收，2009年11月1日，被告大连建工公司将案涉工程向被告华能大连电厂交付使用，至本案诉讼时，被告大连建工公司与被告华能大连电厂尚未最终结算完毕，被告华能大连电厂所确认尚未支付的工程款数额约为400万元。被告大连建工公司已经向原告支付工程款285，000元。
2、在2008年11月至2009年6月的施工期间，被告大连建工公司在施工现场的工作人员梁立排、王华春与原告的施工代表唐万涛共计签署了十三张工程量签证单。由被告大连建工公司在施工现场的工作人员王华春、徐明、梁立排、王善敏、于连斌向原告出具的机械台班签证单四张及机械作业签证单十张，对在图纸之外发生的工程量变化事项进行记载确认。在本案审理过程中，经原、被告确认，原告对2009年5月23日的工程量签证单予以撤回。
3、经大连宝业工程造价咨询有限公司鉴定，图纸及签证部分的工程造价合计1，665，247元，其中钢筋、砼、水、电定额材料费57，968元。经大连宝业工程造价咨询有限公司确认，案涉工程2009年5月23日工程量签证单对应的工程造价为8，854元，大化渣段余土外排对应的工程造价为170，239元，塌方对应的工程造价为19，849元，人工打眼爆破对应的工程造价为220，299元。经原、被告确认，案涉工程产生的钢筋、砼、水、电定额材料费57，968元由被告大连建工公司实际支付。
一审法院认为：本案的争议焦点有二，一为如何认定《工程承包协议书》的效力，二为如何认定原告施工部分的工程造价。
关于本案的第一个争议焦点，一审法院认为，案涉合同系由原告雨林公司与被告大连建工公司签订，该合同合法有效。至于原告主张的案涉合同系由被告冷少宏借用被告大连建工公司的名义与原告签订，并由被告冷少宏作为实际施工人进行施工，故案涉合同应为无效的观点，因现有的证据不足以认定被告冷少宏与被告大连建工公司系挂靠关系，而被告大连建工公司确认冷少宏系代表大连建工公司签订合同，其行为属于职务行为。故一审法院对原告关于合同无效的观点不予采纳。因案涉合同系原告雨林公司与被告大连建工公司签订，故原告要求被告冷少宏承担责任的请求一审法院不予支持。
关于本案的第二个争议焦点，应结合大连宝业工程造价咨询有限公司作出的鉴定结论、该公司的回复函以及原、被告所举出的证据，对原告施工部分的工程造价予以核定。原告施工部分的工程造价双方争议焦点体现在以下几个方面：1、原告提供的13张工程量签证单能否予以认定；2、案涉工程是否进行了余土外排；3、案涉工程是否进行了打眼爆破；4、案涉工程因塌方产生的费用是否应由被告负担。5、案涉工程是否按照图纸进行放坡。
第一，关于案涉工程产生的13张工程量签证单的问题，虽然双方签订的《工程承包协议书》约定：若涉及工程变更、图纸之外发生的工程量变化，须经甲方（被告大连建工公司）项目负责人下达指令，变更签证由甲方项目部和有关项目负责人签字（三人以上签字），最终由甲方主管领导签字审批后方可生效。但双方在协议书中并未明确载明有权签署变更签证的负责人，且被告大连建工公司亦未能提交证据对其主张的项目负责人之权限及签署签证单人员配比情况予以证明，故不足以仅据此条款认定由被告大连建工公司工地工作人员梁立排、王华春、徐明、王善敏、于连斌签署的工程量签证单无效。原、被告明确认可2009年5月23日的工程量签证单非本案发生的工程量，故对该签证单对应的工程造价8，854元应从鉴定结论中予以扣除。
第二，关于案涉工程的余土外排问题，经双方确认案涉工程宋家段余土进行外排，运距为10公里。双方争议的焦点在于大化渣段的余土是否进行了外排。原告主张此部分余土由原告从大化渣段运到大连市第二十高中，运距为10公里，但原告作为案涉工程的实际施工人，关于此节并未向法庭提供证据予以证明，故对于原告的主张，一审法院不予认定。大化渣段余土外排对应的工程造价170，239元应从鉴定结论中予以扣除。
第三，关于案涉工程是否进行了打眼爆破的问题，因爆破施工需要严格遵守国家相应的安全管理制度，即各种爆破作业必须使用符合国家标准的爆破器材；从事爆破作业的人员必须经过特种作业培训，考试合格并持有特种作业资格证，方可从事爆破作业；爆破工程技术人员要根据地质结构，在确保周围环境安全的情况下设计爆破方案，确定爆破参数；爆破前必须明确规定安全警戒线、制定统一的爆破时间和信号，并在制定的地点设安全哨等。原告作为案涉工程的施工方，理应向法庭提供爆破施工方面购买爆破材料、聘用专业爆破人员、制定爆破方案的相关证据，因原告无法向法庭提供其对案涉工程进行爆破施工的相关证据，故应由原告方承担举证不能的不利后果，打眼爆破对应的工程造价220，299元应从工程造价中予以扣除。
第四，关于案涉工程塌方产生的费用问题，原、被告双方在庭审中达成一致的意见，该笔费用由原告自行承担，故塌方对应的工程造价19，849元应从工程造价中予以扣除。
第五，关于案涉工程是否按照图纸进行放坡的问题，原告主张其按照施工图纸进行放坡，被告大连建工公司对此不予认可，故应由被告大连建工公司向法庭举证证明原告未按图纸进行施工的事实。根据被告大连建工公司的申请，法院委托大连理工大学司法鉴定中心对案涉工程是否按照图纸进行放坡进行了鉴定，第二次鉴定过程中因被告大连建工公司未缴纳鉴定费用故予以退鉴，因被告大连建工公司并无证据证明案涉工程未按施工图纸进行放坡，故对于被告大连建工公司该项主张一审法院不予支持。
根据大连宝业工程造价咨询有限公司出具的鉴定报告，案涉工程图纸及签证部分的总造价为1，665，247元。此外，根据《工程承包协议书》第二条、第七条、第九条，双方约定由原告自行解决施工中的水、电、食宿、工具等设施，且被告大连建工公司不承担除粗砂之外的其他材料供应，故案涉工程中的钢筋、砼、水、电定额材料费应当由原告承担。因此，一审法院认为，根据《工程承包协议书》中的约定，鉴定结论中，被告应承担的工程价款为工程造价1，665，247元扣除钢筋、砼、水、电定额材料费57，968元、2009年5月23日工程量签证单对应的造价8，854元、大化渣段余土外排对应的造价170，239元、打眼爆破对应的造价220，299元及塌方对应的造价19，849元后的数额1，188，038元（1，665，247-57，968元-8，854元-170，239元-220，299元-19，849元），被告大连建工公司已经给付原告285，000元，同时被告支出的钢筋、砼、水、电定额材料费57，968元应为其已付工程款的一部分，上述两笔费用均应予以扣除，现被告大连建工公司欠付原告雨林公司的工程款项为845，070元（1，188，038元-285，000元-57，968元）。
关于原告主张的工程款利息损失，一审法院认为原告在向被告大连建工公司交付工程后，被告大连建工公司应当履行给付工程款的义务，被告未支付工程款，则未付工程款在原告交付工程之后产生的孳息，应属原告受到的实际损失，故一审法院对原告主张工程款利息的请求予以支持。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条规定，当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。第十八条第一款规定，利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：（一）建设工程已实际交付的，为交付之日。根据上述规定，被告大连建工公司与原告没有对欠付工程款的利息计付标准进行约定，应按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息，利息从被告大连建工公司将工程向被告华能大连电厂交付使用之日即2009年11月1日开始计算。
关于原告要求被告华能大连电厂在欠付工程款范围内承担连带责任的请求，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十六条第二款之规定，实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院可以追加转包人或者违法分包人为本案当事人。发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。被告华能大连电厂作为案涉工程的发包方，在欠付工程价款范围内对原告承担责任。因各方当事人均认可被告华能大连电厂欠付的工程款数额约为400万元，超过原告请求的数额，故对于原告的此项请求一审法院予以支持。综上所述，依据《中华人民共和国合同法》第一百零九条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条、第十八条、第十九条、第二十六条，《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条之规定，一审法院判决：一、被告大连建工机电安装工程有限公司自判决发生法律效力之日起十日内，向原告大连雨林土石方工程有限公司支付工程款人民币845，070元及利息（利息自2009年11月1日起至判决确定的给付日期届满之日止，按中国人民银行同期贷款利率计算。）二、被告华能国际电力股份有限公司大连电厂在欠付工程款范围内对被告大连建工机电安装工程有限公司上述金钱给付义务承担连带责任。如果未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。三、驳回原告大连雨林土石方工程有限公司其他诉讼请求。案件受理费18，840元，诉讼保全费5，000元，鉴定费23，000元，合计46，840元（原告已预交），由原告大连雨林土石方工程有限公司负担20，000元，被告大连建工机电安装工程有限公司负担26，840元。被告负担的部分于判决生效之日起十日内给付原告。
宣判后，大连建工公司不服，向本院提起上诉，请求撤销一审判决，改判驳回雨林公司的诉讼请求。其主要上诉理由为：一、大连宝业工程造价咨询有限公司作出的鉴定结论，是其与雨林公司恶意串通作出的虚假鉴定，不应作为定案依据。（一）鉴定人故意篡改软件默认的数据，人为更改工程造价金额。鉴定报告中的工程款取费表等表格中核定的数值是依据其采用的软件设定直接生成的数据。本案中，工程取费表第一行“定额直接费”与《工程概算书》第二页末行的金额应为技术链接生成的完全一致的数值，但在该鉴定报告中出现了“1，468，200元”和“1，273，278元”两个不同的数值。只有鉴定人员故意篡改数据，人为改写数值才会出现这种情况，该数值的改动，人为增加了大连建工公司的给付义务194，922元。（二）一审法院虽认定案涉工程没有进行打眼爆破这一事实，但鉴定报告只扣减机械打眼爆破石方沟槽（次坚石），没有扣减岩石开挖的关联分项工程项，即履带式液压挖掘机挖渣装车、自卸汽车运渣运距10km。鉴定报告仅此项的直接费用就少扣除11万元，其他合计使大连建工公司多支付工程款及利息高达50余万元。（三）鉴定结论依据的由“梁立排”签字的签证单内容虚假，鉴定结论不应采信。《工程承包协议书》明确约定：对于涉及工程变更、图纸之外发生的工程量变化，须经大连建工公司项目负责人下达指令，变更签证由大连建工公司项目部和有关项目负责人签字，最终由大连建工公司的主管领导签字审批后方可生效。而雨林公司骗取大连建工公司工地上的临时工梁立排的签字，甚至额外伪造梁立排的签字，无论梁立排的签字是否属实，都不能认定其具备签署签证单的资格。梁立排签署的以及雨林公司伪造的签证单均因不符合合同的约定而不能作为结算依据。另，一审判决对有梁立排签字的“爆破”项下的所谓的工程量变更事实已经予以排除，可见梁立排的签字并非认定工程量的有效依据。二、根据《工程承包协议书》第六条第2.2款和第八条的约定，总工程款10%的质保金在工程实际交付之日起两年后才是计付利息的起始日，故一审以2009年11月1日作为计算工程款利息的起始日是错误的。
被上诉人雨林公司二审答辩认为：不同意大连建工公司的上诉请求。第一，鉴定是经法院委托进行的鉴定，鉴定程序合法，客观公正。第二，一审扣减打眼爆破多支付的22万余元是因雨林公司没有向法庭提供施工手续而扣除的该款项。第三，鉴定过程中双方均同意将梁立排签字的签证单作为鉴定依据。在鉴定结论作出后，大连建工公司对梁立排签字的效力又不予认可，但无反证证明。第四，大连建工公司对利息的计算方式没有法律依据。利息应自大连建工公司将工程交付给华能大连电厂的时间即2009年11月1日起算。
原审被告冷少宏二审表示同意大连建工公司的上诉请求、事实和理由。
原审被告华能大连电厂二审答辩称：不同意大连建工公司的上诉请求。大连建工公司在上诉请求和理由中没有对一审判决华能大连电厂在欠付款范围内承担责任提出异议，其上诉对华能大连电厂的义务没有影响，对其与雨林公司产生的纠纷，华能大连电厂不发表意见。
本院经审理查明，二审中，大连宝业工程造价咨询有限公司针对上诉人大连建工公司提出的异议，重新作出说明：关于鉴定报告中“图纸及签证中的取费表”问题—取费表中的定额直接费（1，468，200元）＝工程概算书中的金额（1，273，278元）＋工程材料价差表（193，930元）＋主材费（没有软件版，查不到具体金额），所以取费表中的定额直接费应为1，468，200元。鉴定报告中取费表的小计取费基数不应该有材料价差（9），小计取费基数应＝1＋3＋4＋5＋6＋7＋8＋10＋11＝1，539，247元，工程总造价应调整为1，464，637元。
在大连建工公司直属第一项目部（甲方）与雨林公司（乙方）签署的《工程承包协议书》中明确约定：质量标准符合国家、行业设计说明等质量验收标准，混凝土结构保质期为两个取暖期。关于工程款支付方式，具体为：⑴本工程无预付款；⑵总工程款的10%作为质量保证金，在本协议第八条约定的质保期内无质量问题，且乙方未出现其它违约情形，一次性无息返还乙方。若质保期内出现上述情况，甲方有权据实从乙方的质保金中直接扣付，若质保金数额不足以抵偿甲方损失的，乙方还应承担补充责任。
一审查明的其他事实属实，本院予以确认。
本院确认的上述事实，有《工程承包协议书》、工程量签证单、施工图纸、鉴定报告、回复函、鉴定机构说明、双方当事人陈述笔录等在案为凭，这些证据已经当庭质证和审查，可以采信。
本院认为，当事人对其主张应提交证据予以证明，没有证据或提交的证据不足以证明其主张的，由负有举证责任的当事人承担不利后果。本案关于上诉人大连建工公司提出鉴定报告中工程取费表第一行“定额直接费”与《工程概算书》第二页末行的金额应为技术链接生成的完全一致的数值，但鉴定报告中却出现了不同的数据，怀疑鉴定人员故意篡改一节，对此，二审中，大连宝业工程造价咨询有限公司答复为取费表中的定额直接费系由工程概算书中的金额加上工程材料价差表，加上主材费得出，认为工程取费表中的定额直接费并没有错误。基于此，本院认为，鉴定机构作为专业的部门，系由本院根据一定的程序委托，针对案件中涉及到的专业问题进行鉴定并作出结论，在没有证据证明鉴定机构或鉴定人员不具备鉴定资格或鉴定程序违法的情况下，对鉴定机构作出的结论应予以采信。现鉴定机构既然已对上诉人大连建工公司的此项异议作出明确答复，且涉及专业问题，在无据否定该鉴定结论及回复的情况下，对上诉人此项主张不予支持。
关于上诉人大连建工公司提出一审没有认定案涉工程存在打眼爆破的情况下，却只扣减机械打眼爆破石方沟槽，而没有扣减岩石开挖的关联分项工程款错误一节，一审法院并没有认定案涉工程不存在打眼爆破的工程，此节事实在鉴定结论中亦可体现；只是由于雨林公司未能提交关于其实施爆破的相关证据，一审法院才扣除了打眼爆破对应的工程造价。本院认为，在案涉工程实际由雨林公司施工的情况下，既然存在打眼爆破工程，在大连建工公司未提交证据证明打眼爆破工程系由其另行委托他人施工的情况下，一审对此项予以扣除不妥，鉴于雨林公司并未提出上诉，故本院对此不予调整。基于上述分析，对大连建工公司要求扣减相关联的分项工程款的主张不予支持。
关于上诉人大连建工公司提出鉴定结论依据梁立排签字的签证单内容虚假，以致鉴定结论不应采信一节，其理由为：签证单部分系伪造，部分因梁立排无权签字，故不应采信。本院认为，关于签证单是否伪造的问题，上诉人大连建工公司曾申请鉴定，后因其未缴纳鉴定费被鉴定机构退鉴。法律明文规定，对需要鉴定的事项负有举证责任的当事人，在指定期限内无正当理由拒不预交鉴定费用，致使案件争议事实无法通过鉴定结论予以认定的，应该对该事实承担举证不能的法律后果。故大连建工公司应对其所称的伪造签证单承担举证不能的后果。关于签证单上梁立排的签字效力问题，本院认为，虽然双方当事人在《工程承包协议书》中约定，若涉及工程变更、图纸之外发生的工程量变化，须经大连建工公司项目负责人下达指令，变更签证由该公司项目部和有关项目负责人签字，最终由公司主管领导签字审批后方可生效，但案涉双方签订的合同中并未明确约定大连建工公司项目负责人，在此情况下，要求施工单位严格按照合同执行不符合现实情况；且在施工过程中甲方更换工地代表时有发生，实际施工人在与分包人的法律关系中，系处于被动地位，其不可能要求分包单位每次更换工地代表即出具书面授权，故雨林公司对此并无过错。另外，大连建工公司在本案审理过程中，对于梁立排的身份，多次表述前后矛盾，其分别称梁立排系案涉工程“安全员”、“一般工作人员”、“农民工”，可见大连建工公司对此存在不诚信之处。再者，大连建工公司在对大连宝业工程造价咨询有限公司作出的鉴定结论的第一次质证过程中，只是认为雨林公司提交的签证单存在不足，没有包含减量部分，并未提出其他问题，说明其对鉴定报告所依据的签证单已予以认可。综上，对大连建工公司此项主张亦不予支持。
关于上诉人大连建工公司提出案涉工程质保金的利息起算时间有误一节，从查明的事实可见，案涉工程双方约定的质保期为两年，质保金应于质保期满后在雨林公司未出现合同约定的违约情形时，一次性无息返还给雨林公司。现案涉工程的总造价为1，464，637元，10%的质保金应为146，463.70元。案涉工程一审已查明系2009年11月1日交付使用，故该笔质保金的期满日应为2011年11月1日，质保金应于此日期无息返还雨林公司。现大连建工公司未及时返还，应从此日期的次日起计算利息，故对大连建工公司此项上诉主张予以支持。
另，鉴于大连宝业工程造价咨询有限公司二审针对其已出具的鉴定结论相关事项重新作出说明，将工程总造价调整为1，464，637元，扣除甲供材料款57，968元、2009年5月23日工程量签证单对应的造价8，854元、大化渣段余土外排对应的造价170，239元、雨林公司认可的塌方造价19，849元、一审已扣除的打眼爆破对应造价220，299元、以及大连建工公司已给付的285，000元、该公司已支出的钢筋等材料费57，968元，大连建工公司尚欠雨林公司的工程款为644，460元（含质保金）。
综上，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）、（三）项之规定，判决如下：
一、维持大连市甘井子区人民法院（2012）甘审民初字第119号民事判决第二项。
二、撤销大连市甘井子区人民法院（2012）甘审民初字第119号民事判决第三项。
三、变更大连市甘井子区人民法院（2012）甘审民初字第119号民事判决第一项为：大连建工机电安装工程有限公司自本判决发生法律效力之日起十日内，向大连雨林土石方工程有限公司支付工程款人民币644，460元及利息（其中质保金146，463.70元自2011年11月2日起开始起算；其余工程款497，996.30元自2009年11月1日起开始起算，均计算至本判决确定的给付日期届满之日止，按中国人民银行同期贷款利率计付）。
四、驳回大连雨林土石方工程有限公司其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审案件受理费18，840元，诉讼保全费5000元，鉴定费23，000元，二审案件受理费18，840元，合计65，680元，由大连雨林土石方工程有限公司承担38，547元，由大连建工机电安装工程有限公司承担27，133元。
本判决为终审判决。
审 判 长 侯学枝
审 判 员 丁大勇
代理审判员 刘冬艳
二〇一五年五月四日
书 记 员 王 亮