辽宁省大连市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2014）大民二终字第30号
上诉人（原审被告、反诉原告）大连鹏联房屋开发有限公司。
法定代表人刘晓琼，系该××董事长。
委托代理人陈兆良，系辽宁××律师事务所律师。
被上诉人（原审原告、反诉被告）大连业达建筑工程有限公司。
法定代表人刘忠民，系该××经理。
委托代理人陈长武，男，系该××项目经理。
委托代理人郑宏岩，系辽宁士××律师事务所律师。
原审第三人大连元新房地产开发有限公司。
法定代表人刁世省，系该××董事长。
上诉人大连鹏联房屋开发有限公司（以下简称“鹏联公司”）因建设工程施工合同纠纷一案，不服大连经济技术开发区人民法院作出的（2010）开民初字第422号民事判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭，公开开庭对本案进行了审理。上诉人鹏联公司的委托代理人陈兆良，被上诉人大连业达建筑工程有限公司（以下简称“业达公司”）的委托代理人陈长武、郑宏岩，原审第三人大连元新房地产开发有限公司（以下简称“元新公司”）的法定代表人刁世省出庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原审原告业达公司诉称，第三人元新公司在未取得土地使用权证的情况下，于2002年9月27日与被告鹏联公司就华夏海景住宅小区的1、3、5、7、9号住宅楼开发项目签订了联合开发合同。2003年9月25日，双方变更了前述合同内容，就该小区的7、9号住宅楼的开发权签订合同，约定以元新公司的名义开发、办理产权登记、出售房屋并开具发票，二者系内部合作开发关系。2003年6月25日，元新公司与原告签订了建筑工程承包合同并经有关部门登记备案。2003年7月5日、9月3日，原告又与被告协议确定工程款的总金额及付款方式，并约定由原告承揽华夏海景7号、9号住宅楼工程，承包款为7667708元，如变更设计不在承包款内。施工期间，被告变更设计，增加了388435.44元工程量，且没有按补充协议第二条规定，将7号楼2-2-2号房屋抵给原告，导致原告蒙受损失443790.80元。故诉至法院，请求：1、判令被告鹏联公司与第三人元新公司连带支付工程款1566191.80元，并承担自2006年1月5日起至付款之日止，按中国人民银行同期贷款利率计算的利息损失。2、判令被告鹏联公司与第三人元新公司连带赔偿因违约给原告造成的房屋差价损失443790.80元。3、案件受理费、鉴定费由被告鹏联公司与第三人元新公司共同承担。
原审被告鹏联公司辩称，原告所述与事实不符，不同意原告的诉讼请求。同时向法院提起反诉请求，请求判令原告返还已超付的工程款1961733.29元（被告提交反诉状时请求数额为941895.31元；2008年5月20日庭审中变更为703912.32元；2011年5月5日庭审中变更为1961733.29元。被告是按照反诉状中请求的数额交纳反诉费）。理由如下：1、在工程施工中，被告已经支付原告现款255万元，以房抵顶工程款4008924.40元，甲供材料、垫款及税款等1959812.69元，被告应付原告工程款6556996元，已经超付工程款1961733.29元。要求原告返还超付的上述工程款。2、虽然双方约定抵顶九套房屋，但其中八套房屋的价值与购房款之和足以支付应付的工程款。原告按照鉴定意见向被告主张房屋差价损失没有事实依据。3、关于连带责任问题，被告认为第三人已将案涉项目转让给被告，与原告之间不存在合同关系，故原告要求被告与第三人承担连带责任没有法律和事实依据。
原审第三人元新公司在一审期间未出庭，亦未提交书面意见。
原审原告业达公司不同意被告鹏联公司的反诉请求。
大连经济技术开发区人民法院一审查明，2002年9月27日，被告与第三人就位于大连经济技术开发区滨海路71号地的华夏海景海益小区7号、9号楼住宅项目转让签订合同书，第三人将该二栋住宅楼的开发建设项目转让给被告。2003年9月25日，上述双方再次签订合同书，取代2002年9月27日的合同，并就具体转让细节进行了约定：一、上述两栋楼转让费共计为5665696元；二、被告自行委托施工队伍施工，被告委托第三人按被告与施工队伍签订的施工合同条款规定，从被告售楼款中支付工程款、材料款等，同时代扣施工方税金；每次付款前须有被告签字认可；三、被告建设的两栋楼的工程监理由第三人统一聘用，监理费由被告承担，被告的施工管理，由第三人派监理并负责统一验收签证，被告向第三人交施工管理费每月500元；四、该两栋楼所在小区多层项目应在2004年7月31日交付使用。
2003年7月5日，原、被告签订建设工程施工合同，约定位于大连经济技术开发区海滨路71号地块，华夏海景海益小区的7号、9号两栋住宅楼项目的土建、水暖及电气工程，由被告发包给原告施工，约定工期为2003年6月20日开工，同年10月31日竣工；按实际施工面积每平方米760元计价，根据工程形象进度拨付工程款，承包方的项目经理为陈长武，施工所用水、电由承包人自行解决；因发包人未能按专用条款的约定提供图纸及开工条件，未能按约定日期支付工程预付款、进度款，工程师未按合同约定提供所需指令、批准、设计变更及工程量增加等原因，致使施工不能正常进行的，工期相应顺延；施工中发包人需对原工程设计进行变更，应提前14天以书面形式向承包人发出变更通知，因变更导致合同价款的增减及造成的承包人损失，由发包人承担，延误的工期相应顺延；经工程师确认增加的工程变更价款，作为追加合同价款，与工程款同期支付。2003年7月7日，原告向被告出具委托书，授权陈长武就案涉工程施工事宜与被告签署有关协议。
2003年9月3日，原告项目经理陈长武与被告签订华夏海景建设工程施工合同的补充协议，主要内容如下：双方本着平等、自愿、公平的原则，为了明确地体现双方签订的《建设工程合同》本意，经双方充分协商，达成补充协议条款如下：1、扣除甲方（被告）提供材料外，乙方（原告）包工包料承建华夏海景花园7号、9号楼，承包价为每平方米800元，其中7号楼面积4911.73平方米；9号楼面积为3797.78平方米（共计8709.50平方米），总承包金6967608元，一次包死。2、因为甲方（被告）改变使用功能，变更设计，由甲方鉴证，此费用在承包价之外；施工时如果图纸有误，由设计院出联系单甲方（被告）确认，不予鉴证，此费用在承包价内；地下基础部分，在承包价之内，甲方（被告）不予做隐蔽鉴证。桩基础的挖深以地勘报告的最深度为基础，挖深超过20%，超过部分签证确认。基础部分增加10万元。3、结算办法和支付方式采用如下方式：（一）总承包价款的50.85%付现款，应付款3542854元；总承包价款的49.15%以房顶款，应付款3424754.40元。（二）付现款部分，主体封顶，内外墙砌筑及抹灰完成付10%（包括本协议签订前原告已收到被告预付的工程款55万元）；外罩面完成付5%，工程竣工甲方（被告）认可具备验收条件，交钥匙付15%；质检部门验收合格，交齐竣工资料及变更结算完毕付15%，扣5%保证金。以房屋顶款部分，乙方（原告）出售抵顶的房屋，由甲方（被告）统一办理相关房屋手续，收取房款，售房款到达甲方（被告）账户后，甲方（被告）将乙方（原告）售房款及时拨付给乙方（原告）；抵顶的房屋号为7号楼二单元2号1层至顶层共六套房，面积926.92平方米；7号楼7-2-2-1、7-2-3-1两套，面积分别为135.54平方米；9号楼9-1-2-2，面积为134.18平方米；总面积1332.18平方米；价格按售楼处售价计算；即1层每平方米2880元；2层、5层、6越7层单价每平方米2980元；3、4层单价每平方米3080元。4、开、竣工时间更改为2003年6月30日至2003年1l月30日，承包人在正常情况下超过施工进度设计规定工期达20天即为违约，应承担违约责任，即每延期一日，承包人应承担总价0.5%的违约金，并赔偿因此给发包方造成的损失。5、甲方（被告）将按政府有关规定代扣代缴乙方（原告）所需缴纳的税费；现场施工临时用电，甲方（被告）提供电源，电费及施工用水乙方（原告）自理；桩基础检验，由甲方（被告）负责；图纸原设计顶层外墙为涂料，现改为面砖；楼梯间墙面改为瓷砖面层，承包价之内，瓷砖由施工方自供；甲方（被告）提供塑钢窗门、外墙涂料、外墙砖、屋面瓦、威卢克斯窗、防盗对讲门。6、该补充协议与《建设工程施工合同》有不一致条款以该补充协议为准；该补充协议与双方签订的《建设工程施工合同》具有同等法律效力。
原、被告之间《建设工程施工合同》及补充协议的履行过程中，由元新公司委托大连金泰工程建设监理有限公司对整个住宅建设项目进行监理，原告于2004年7月30日向元新公司提交竣工验收报告，同年9月30日大连经济技术开发区建设工程备案管理办公室验收备案。实际施工过程，由元新公司统一负责监理、签证。
2004年9月23日，被告单位会计尹丽就案涉7号、9号楼工程款支付情况向原告出具了付款单，对现金付款、以房抵顶工程款及甲供材料情况进行了核对。该付款单显示，案涉工程合同造价7067608元（7067680元系计算错误），被告已支付原告现金1819600元（其中19600元为回填土款），以房抵顶工程款额3373093.60元（其中元新公司直接向原告支付顶房款1373253元，而原告认可的以房抵款的数额为3373095.20元，差额1.60元），以车库抵顶工程款140000元，甲供材料款（含人工费）557156元。以上合计被告已付工程款5889849.60元，尚欠合同内工程款1177758.40元未付。
原告主张因工程设计变更而增加的工程价款为388435.44元。为支持其主张，原告向法庭提交了如下证据：1、由元新公司出具的技术工作联系单6份，图纸修改联络单2份。2、原案涉工程设计施工图纸。3、工程量签证单34页。4、华夏海景工程第十次会议纪要（由大连金泰工程建设监理有限公司主持）。5、SMI500水泥密封防水砂浆施工方法。6、关于内外装饰工程的几项规定。7、7号、9号楼后期维修决算书。8、7号、9号楼配合费决算书。9、增加工程决算书3份。上述资料均由监理工程师王专石及元新公司确认，但无监理公司印章及被告的确认。原审中，原告申请对案涉工程增加工程量的工程价款进行鉴定。经原审法院提请大连市中级人民法院司法技术处委托，由大连光华工程造价咨询事务所有限公司作出光华所发鉴字（2008）006号鉴定报告，该报告显示的工程价款（变更后增加的）情况如下：1、土建工程7号、9号楼计220534.94元。2、装饰工程7号、9号楼计108320.68元。3、拆除工程7号、9号楼计916.08元。4、电气工程7号楼为14952.74元。5、后期维修决算书29167元。6、配合费14544元。合计388435元。
原、被告以补充协议约定的以房抵顶工程款一节，实际抵顶房屋八套，尚有位于大连经济技术开发区华夏海景7号楼2-2-2号房屋（建筑面积135.54平方米，抵顶工程款单价为每平方米2980元，应抵顶工程款403909.20元）未按该协议抵顶工程款。原审中，原告申请对该房屋现行市场价格进行鉴定，并要求被告赔偿房屋差价款。经原审法院提请大连市中级人民法院委托，由大连万融房地产土地评估有限公司于2008年8月作出大万融房鉴报字（2008）第090号鉴定报告书，确定该房屋现市场价格为867504元。经双方当事人质证后，认为评估价格中含有装修费用，因原、被告约定的抵顶房屋不应包括装修部分，应双方当事人的请求，大连万融房地产土地评估有限公司于2008年11月11日作出补充说明，对于抵债房屋现行市场价格调整为847700元。与双方约定的房屋抵顶价高出443790.80元。被告不同意给付原告差价款，因为被告认为工程款已经超额支付，被告没有义务再以房屋抵顶工程款，更不存在违约行为。同时，被告认为未抵顶的房屋为7-2-2-1号，而不是7-2-2-2号。并举示被告代理人陈长武于2004年6月15日出具的收条（显示售价为403909元）证明该房屋原告已出售给案外人房虎。原告亦举示法院民事调解书、案外人收条及被告原法定代表人声明（显示售价为274808元），证明该房屋因被告原法定代表人另行出售，致使原告因交付不能，被案外人诉至法院。后经法院调解，原告向案外人返还房屋首付款81000元。
另查明，被告提交由陈长武签名的收条若干，证明除补充协议中提到的陈长武已收到预付款550000元外，被告另向原告支付工程款（现金）2000000元。原告认可其中的1800000元。对于预付款550000元，原告陈述称，2003年8月22日、9月1日，被告分别向原告出借工程款300000元、250000元，合计为550000元，2003年9月3日原、被告在签订补充协议时，将该二笔款项的性质确定为工程预付款。2003年10月20日、12月1日，被告在给付原告工程款中分别扣除100000元、450000元，原告认为是清偿被告前期出借的工程款，即补充协议中的工程预付款550000元，并举示工作日志佐证本方陈述。对于2003年9月8日的收条，原告陈述称，虽然由原告的项目经理陈长武签名，但该笔款项当时并未支付。2003年9月22日，被告再次付款200000元时，其财务人员尹丽要求原告再次出具收条，但未将9月8日的收条收回，尹丽事后也未将该收条销毁，现尹丽所核对的付款单已显示了支付现金1800000元，与原告主张完全一致。被告未提供550000元预付款的相应凭证和2003年9月8日向原告付款200000元的支票存根或入账户记录，但被告不认可原告的陈述。
另查明，被告对原告主张变更签证部分的工程量及价款，只认可涂料变更为面砖的部分，其余部分均不认可，同时认为签证单并不能体现工程量，没有建设方的现场确认及实际测量，依据签证单所作出的鉴定结论不应被采信。原审中，鉴定部门依据业主元新公司及监理公司审核的签证单确认了工程量，且鉴定期间已经组织双方当事人到现场，对于变更的工程量进行了实地目测，鉴定部门认为，对于变更的每一部分工程进行实际测量，客观上是不可能的。
另查明，被告在反诉中提交建设工程施工合同三份，签订日期分别为2003年6月5日、7月5日、9月5日（月份有明显改动），其中6月5日、9月5日合同内容完全一致，该二份合同第48条“补充条款”第6项载明“地下车库面积：7号楼为567.1平方米，9号楼为446.8平方米，每平方米600元一次性包死”，第7项载明“补充协议如与本合同不一致，按本合同约定执行”。7月5日的合同除未作前述第6项、第7项约定外，其他内容均一致。庭审中被告陈述，双方实际履行的是2003年9月5日的合同和2003年9月3日的补充协议。原告对被告的陈述不予认可，并提交被告在二审中提供的建设工程施工合同（2003年8月5日）复印件一份，该合同与前述6月5日、9月5日的合同内容一致，其中8月5日的月份有明显改动，以此证明被告提交的2003年9月5日的合同为虚假合同。被告陈述，合同日期改动是正常修正笔误，二审时提交的合同并未作为证据使用。另查明，尹丽系被告单位会计，担当案涉工程的工程款结算工作。
另查明，2003年6月25日，原告与第三人签订建设工程施工合同，约定华夏海景7号、9号、10号楼由原告承建，该合同在有关部门登记备案。庭审中，原、被告均认可该合同并未实际履行。
大连经济技术开发区人民法院一审认为，本案的争议焦点为：1、第三人应否向原告承担责任。2、被告应向原告支付工程款的数额认定。3、抵债房屋差价款应否支持。关于争点1：法院认为，根据合同相对性原则，合同的法律约束力只存在于特定的合同当事人之间，合同一方当事人只能基于合同向对方提出请求或提起诉讼，而不能向与其无合同关系的第三人提出合同上的请求，也不能擅自为第三人设定合同上的义务。本案基础法律关系为建设工程施工合同，原告虽就包括案涉工程在内的建设工程与第三人签订合同并备案，但该合同并未实际履行。且案涉工程项目有效转让后，原、被告之间签订了案涉工程施工合同。故第三人作为工程项目的转让方，并非合同相对人，对基于此合同产生的债务无法定义务。因此，对原告要求第三人对其损失承担连带赔偿义务之诉请不予支持。
关于争点2：法院认为，被告在历次庭审中共举示建设工程施工合同四份。其中2003年6月5日、8月5日、9月5日的合同内容一致，该三份合同均载明“补充协议如与本合同不一致，按本合同约定执行”，而补充协议签订于2003年9月3日，以在先合同否定后续行为不合逻辑，同时后二份合同日期有明显改动的痕迹，被告未予合理解释。故原、被告据以结算工程款的依据应为2003年7月5日的建设工程施工合同和2003年9月3日的补充协议。上述合同及补充协议确定的原告合同内工程款总额为7067608元。根据被告单位会计尹丽在2004年9月23日出具的7号、9号楼付款单，确定被告已付现金1800000元，回填土款19600元，以房屋抵顶工程款3373093.60元，以车库抵顶工程款140000元，甲供材料折价款557156元。虽然原告陈述的关于550000元预付款的收款时间与补充协议反映出的时间有一定出入，但据原、被告双方在支付工程款时基本上是出具收款手续这一交易习惯，结合原告的工作日记、被告的付款单，原告的陈述较符合客观实际，且被告也未提供补充协议中有关550000元预付款的相应凭证，故对原告关于550000元预付款包括在被告出具的付款单中的主张予以支持。虽然陈长武签名的收条累计款项为2000000元，但收条形成的时间在前，而尹丽核对的付款单在后，且就原告提出异议的收条（2003年9月8日的20万元收条），被告并没有提供支票存根或其他入账凭证为据，不符合企业往来账款的管理规定，不能证明被告已经实际付款（2003年9月8日的20万元）。因此认定被告已付现金总额为1800000元。被告主张甲供材料款为172949.10元，但双方并未就甲供材料折价款形成其他的书面或口头确认，被告该项主张不予认定，法院不予支持。
对于原告主张变更工程签证单所对应的工程价款，虽然案涉签证单未经被告的审核，但由于案涉工程监理由第三人统一聘请，案涉工程的现场施工也由第三人统一管理，故第三人及监理人员对于原告施工的变更工程量进行的签证应当认定有效，原告依据该签证主张变更工程价款合理有据，应予支持。大连光华工程造价咨询事务所有限公司依据签证单的记载，结合现场目测所作出的鉴定结论，应当有效。被告不论在实际施工过程中还是在后期鉴定过程中，均未对原告实际变更的工程量进行确认，系被告不履行合同结算的附随义务，相应的不利后果由被告承担。况且被告所主张的合同为一次性包死价款，与实际施工情况不符，法院不能采信。依据鉴定结论确定被告应付合同内工程款1177758.40元（7067608元-3373093.60元-1819600元-140000元-557156元），被告应付变更签证部分工程款388435元，合计被告尚欠工程款1566193.40元未付。由于原告认可的以房抵款的数额与实际数额相差1.60元，故被告应付工程欠款1566191.80元。被告的反诉请求，无事实及法律依据，也与法院上述认定不符，不予支持。
关于争点3：法院认为，以房抵款是对以现金方式支付工程款的一种变更，是现金支付的物化形式，兼受建设工程合同和商品房买卖相关规范的调整，并未被现行法律法规所禁止，应属合法有效，对合同双方均具有约束力。当以房抵款条件成就时，作为被告的开发商应按合同约定及时转移抵款房产的占有。被告未依约交付7-2-2-2号房产，系违约行为，应承担违约责任。鉴于原、被告出售抵债房屋的价格均未超出抵债价格（403909元），故原告主张房屋差价损失，不予支持。
由于经法院确认，被告尚欠原告工程款未支付，因此被告应承担继续履行并赔偿原告工程款被占用期间的利息损失的违约责任。由于原、被告双方未最终进行决算，故原告关于从起诉之日起计算拖欠工程款利息的请求合理有据，应予支持。
综上，大连经济技术开发区人民法院依照《中华人民共和国合同法》第四十四条第一款、第六十条第一款、第一百零七条、第二百七十九条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款、《最高人民法院关于适用﹤中华人民共和国民事诉讼法﹥若干问题的意见》第162条、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条之规定，作出如下判决：一、于判决生效后十日内，被告大连鹏联房屋开发有限公司向原告大连业达建筑工程有限公司支付尚欠工程款1566191.80元，并自2006年1月5日始至欠款付清之日止，按中国人民银行规定的同期企业流动资金贷款利率标准承担利息；二、驳回原告大连业达建筑工程有限公司的其他诉讼请求；三、驳回被告大连鹏联房屋开发有限公司的反诉请求。如被告未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。本诉案件受理费22880元，保全费9520元、合计32400元，由原告大连业达建筑工程有限公司承担9720元，被告大连鹏联房屋开发有限公司承担22680元；反诉案件受理费13218元、鉴定费25000元，合计70618元，由被告大连鹏联房屋开发有限公司承担。
宣判后，大连鹏联房屋开发有限公司不服，向本院提起上诉，请求二审法院依法撤销原审判决第一项、第三项，依法改判支持其在原审的反诉请求（即原审判定应付的工程款中再扣除已付的75万元工程款、抵房少计算的20万元工程款、上诉人甲供的材料和其他的垫付款109万余元及被上诉人主张的变更工程量部分）或发回重审。主要上诉理由如下：一、双方于2003年9月3日签订的《补充协议》中明确记载被上诉人已经收到工程款55万元，而原审判决仅以陈长武的个人日记就认定该55万元工程款是被上诉人业达公司的的借款，并已经偿还给上诉人，该节事实认定显然错误；二、上诉人已经于2003年9月8日向被上诉人支付了20万元的工程款，上诉人对此向原审法院提供由陈长武签收的收条，而原审法院对此笔工程款未予认定，系事实认定错误；三、原审法院未对2003年9月5日的《建设工程施工合同》的真实性予以采信，系事实认定错误；四、原审法院对被上诉人主张的工程量变更予以认定没有事实和法律依据；五、原审判决未对甲供材料款、其他垫付款、应扣款等1091934.97元全额扣除是错误的。该事实已经生效的（2006）辽民一终字第146号判决所确认；六、实际抵顶的8套房屋的总价款为3593095.20元，而一审判决却认定为3373093.60元，该事实认定错误；七、一审判决在事实认定与法律适用上存在严重的逻辑错误，如按照原审采信的证据和认定的事实，陈长武是本案的实际施工人，陈长武系借用被上诉人的施工资质在施工，建设工程施工合同是无效的；八、根据补充协议第四条1、2款规定，相应税费458990.25元应该扣除。包括向厂家支付的2%配合费14544元，及业达公司应缴的7%税款。
被上诉人大连业达建筑工程有限公司表示服从原审判决。
原审第三人认为案涉的建设工程施工合同纠纷与其没有关系，同意原审法院没有认定其承担责任的判决意见。
本院经审理查明的事实与原审一致。并另行查明，本院（2004）大民房初字第146号案件中，采信了大连盈海工程造价咨询事务所有限公司出具的鉴定结论，确认案涉7号、9号两栋住宅楼施工过程中，甲方垫付的材料款共7项，金额为212708.87元，垫付工程项目款项9项，金额为454899.10元，判决由鹏联公司向原审第三人元新公司支付，该案上诉后，辽宁省高级人民法院作出（2006）辽民一终字第197号民事判决，认为原审法院对鹏联公司承担的款项中有漏判项目，其中第18、21、22、23项为案涉工程应当由施工方承担的费用，金额为257327元。上述款项共计924934.97元。
本院所确认的上述事实，有原审采信的证据，及本院（2004）大民房初字第146号民事判决书和辽宁省高级人民法院（2006）辽民一终字第197号民事判决书，及双方当事人陈述笔录等在案为凭，上述证据材料，已经原审质证及本院的审查，可以采信。
本院认为，原审法院确认鹏联公司与业达公司于2003年7月5日签订的《建设工程施工合同》及2003年9月3日签订的《补充协议》为真实有效，系双方结算工程款的依据，认定事实清楚，依据充分，本院予以确认。鹏联公司主张应当按照2003年9月5日签订的《建设工程施工合同》结算工程款，因该合同签订时间有明显更改的痕迹，无法判断准确时间，且合同内容有“补充协议如与本合同不一致，按本合同约定执行”的不合逻辑之处，故鹏联公司该主张，本院不予支持。业达公司已经按照合同约定履行完施工义务，现案涉工程已经投入使用，鹏联公司作为发包人应当按照约定向业达公司支付工程款。
关于双方争议的已付工程款数额问题。鹏联公司向原审法院提供了多份收条，该收条均形成于2003年9月3日双方签订的《补充协议》之后，收条中记载的总收款数额为200万元，鹏联公司主张在《补充协议》签订后向业达公司支付了200万元，业达公司对收条的真实性没有异议，但认为该收条中有20万元没有实际收到，双方对《补充协议》签订后的付款争议数额为20万元，因收条形成在先，尹丽核对的付款单出具在后，因此，原审法院以鹏联公司聘用会计尹丽于2004年9月23日签字的付款单中记载的180万元数额确认付款数额并无不当，本院应予确认。说明在《补充协议》签订后，鹏联公司向业达公司支付了180万元工程款。
从上述证据分析，尹丽签字的付款单应当是对《补充协议》签订后给付款项的汇总，而双方在《补充协议》第二条第一项中明确载明“本协议签订前乙方收到甲方预付工程款55万元人民币”，业达公司对此并未持有异议，而是解释该款项当时鹏联公司是以借款的方式支付的，其虽然收到，但是鹏联公司在后期给付工程款中已经予以扣除，对此，其向原审法院提交了其自书的施工日记，该证据的证明力显然低于双方签订的《补充协议》的效力，根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第五条第二款“对合同是否履行发生争议的，由负有履行义务的当事人承担责任”之规定，上诉人鹏联公司作为履行给付工程款义务的一方已经向法院提供《补充协议》作为其向业达公司支付55万元工程款的证据，业达公司对《补充协议》的真实性及收到55万元均没有异议，但却辩称55万元在后期给付工程款中已经予以扣除，此时举证责任转移至业达公司，业达公司应当提供收条或其他原始证据，证明鹏联公司扣除55万元工程款，业达公司提供了自书的施工日记不足以证明其抗辩主张，原审法院采信了业达公司提供的施工日志，并将55万元给付款的举证责任配置给鹏联公司不妥，本院应予纠正。
以房抵顶工程款部分，鹏联公司实际向业达公司抵顶房屋八套，按照双方补充协议约定的抵顶价格，抵顶工程款应当为3593095.60元，尹丽签字的付款单中确认鹏联公司返给业达公司的房款为3483095.60元，原审法院认定数额没有依据，本院应予纠正。
综上，鹏联公司已向业达公司支付的工程款数额应为5992695.60元（1800000元（补充协议签订后给付）＋550000（补充协议签订前给付）＋19600元（回填土款项）＋3483095.60元（以房抵顶工程款）＋140000元（车库抵顶工程款）］。
关于双方争议的甲供材料款额问题。双方签订的《补充协议》第一条约定，扣除甲方提供材料以外，乙方包工包料承建华夏海景花园7号、9号楼。第四条第9项约定：“甲方提供材料部分：塑钢窗门、外墙涂料、外墙砖、屋面瓦、威卢克斯窗、防盗对讲门。”据此，除上述约定的甲供材之外，由甲方提供的材料款应当从工程款中扣除。该部分费用在本院（2004）大民房初字第146号和辽宁省高级人民法院（2006）辽民一终字第197号民事判决中已经认定元新公司垫付及提供的材料款为924934.97元，并已经判决该费用由鹏联公司承担，因上述终审判决是在尹丽签字的付款单之后，该费用按照鹏联公司与业达公司签订的补充协议约定，应当由业达公司承担，原审法院仅以尹丽签字认可的数额确认甲供材数额欠妥，本院应予纠正。
关于双方争议的变更工程签证单所对应的工程价款鹏联公司应否支付的问题，因双方在《补充协议》中约定“因为甲方改变使用功能，更改设计，由甲方签证，此费用在承包价之外”业达公司提供的签证单虽未经鹏联公司的审核，但由于案涉工程监理由元新公司统一聘请，案涉工程的现场施工也由元新公司统一管理，故原审法院认定元新公司及监理人员对于业达公司施工的变更工程量进行的签证有效，并依据鉴定结论的价款388435元，确认该部分工程款由鹏联公司支付并无不当，本院应予确认。
综上，鹏联公司应当向业达公司支付工程款为538412.43元（7067608元（合同价）＋388435元（变更签证）-5992695.60元（已付工程款）-924934.97元（甲供材）］。
关于双方争议的税款承担问题，虽然双方在《补充协议》中对税款问题进行了相应的约定，但现上诉人鹏联公司没能提供其已经根据税法的相关规定向税务机关缴纳相应税费的证据，因此，鹏联公司该主张证据不足，本院不予支持。
综上，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）、（二）项之规定，判决如下：
一、维持大连经济技术开发区人民法院（2010）开民初字第422号民事判决第二、第三项；
二、变更大连经济技术开发区人民法院（2010）开民初字第422号民事判决第一项为：上诉人大连鹏联房屋开发有限公司于本判决生效后十日内，向被上诉人大连业达建筑工程有限公司支付工程款538412.43及利息（利息自2006年1月5日起至本判决确定的给付之日止，按照中国人民银行同期同类贷款利率计算）。
如上诉人鹏联公司未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审案件受理费22880元，保全费9520元，反诉费13218元，鉴定费25000元；二审案件受理费22880元，合计93498元，由上诉人大连鹏联房屋开发有限公司负担58000元；被上诉人大连业达建筑工程有限公司负担35498元。
本判决为终审判决。
审判长 赵 虹
审判员 王丽明
审判员 刘丽媛
二〇一四年三月六日
书记员 王 亮
附：相关法律规定
《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百七十条第二审人民法院对上诉案件，经过审理，按照下列情形，分别处理：
（一）原判决、裁定认定事实清楚，适用法律正确的，以判决、裁定方式驳回上诉，维持原判决、裁定；
（二）原判决、裁定认定事实错误或者适用法律错误的，以判决、裁定方式依法改判、撤销或者变更；
（三）原判决认定基本事实不清的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审，或者查清事实后改判；
（四）原判决遗漏当事人或者违法缺席判决等严重违反法定程序的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审。
原审人民法院对发回重审的案件作出判决后，当事人提起上诉的，人民法院不得再次发回重审。