广东省广州市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2015）穗中法民五终字第05541号
上诉人（原审被告、原审反诉原告）：广州农密生物科技有限公司，住所地：广东省广州市增城区。
法定代表人：杨雄伟，职务：总经理。
委托代理人：李跃，广东纵横天正律师事务所律师。
委托代理人：肖威玲，广东纵横天正律师事务所律师助理。
被上诉人（原审原告、原审反诉被告）：增城区农业科学研究所，住所地：广东省广州市增城区。
法定代表人：刘成枝，职务：所长。
委托代理人：鲁阳，广东兆广律师事务所律师。
委托代理人：肖军，广东兆广律师事务所律师。
上诉人广州农密生物科技有限公司因用益物权确认纠纷一案，不服广州市增城区人民法院（2015）穗增法民三初字第21号民事判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭审理了本案，现已审理终结。
原审法院经审理查明：1995年4月27日，增城区农业科学研究所与广州农药厂签订《合资经营穗农微生物有机复合肥有限责任公司合同书》，约定由双方各认缴出资150万元，合资经营穗农微生物有机复合肥厂。
1995年10月28日，增城区农业局、增城区农业科学研究所与广州农药厂签订《补充协议》，《补充协议》约定根据合资经营穗农微生物有机复合肥制造有限公司合同书的原则，由增城区农科所提供9293平方米土地使用权，以不作价投入兴建厂房；合同期限为二十年；合同期满，上述土地使用权归增城区农业科学研究所等。
1996年12月13日，穗农微生物有机复合肥制造有限公司取得用地位置为农科所第四耕作区、编号为9612B018的《建设用地规划许可证》，用地面积为9293平方米。
1996年12月15日，穗农微生物有机复合肥制造有限公司向增城区国土资源和房屋管理局提交《要求办理土地使用证的申请》，该申请载明，增城区农业局、增城区农业科学研究所为一方与广州市农药厂联合投资创办穗农微生物有机复合肥有限责任公司；由广州农药厂提供生产技术，增城区农业科学研究所提供土地，地处农科所第四耕作区旱地内，合同租用期为二十年，二十年后土地仍归增城区农业科学研究所所有；该厂用地面积9293平方米。
1997年6月13日，增城区农业科学研究所、广州农药厂、广州市新技术推广站签订《合资经营穗农微生物有机复合肥制造有限责任公司合同书（1997年6月修改补充）》，该合同书约定，三方合资经营穗农微生物有机复合肥制造有限公司，合营各方对联营公司的责任以各自认缴的出资额为限（土地、技术不作价投入），联营公司的合营期限为二十年，联营公司合营期限以营业执照批准之日起计。
1997年7月15日，增城区国土资源和房屋管理局（甲方）与穗农微生物有机复合肥制造有限公司（乙方）签订增国合字（1997）第59号《国有土地使用权出让合同书》，该合同书约定，甲方向乙方出让位于朱村镇农科所第四耕作区（土名）面积为9293.33㎡的土地；使用期为五十年，从1996年12月30日至2046年12月29日；土地使用权出让金总额为20910元；乙方向甲方交付城镇土地前期开发费及业务费共118490元。同日，增城市穗农微生物有机复合肥制造有限公司向增城区国土资源和房屋管理局支付耕地占用税46462元及土地复垦金74383.8元。增城市穗农微生物有机复合肥制造有限公司取得涉案土地的建设用地批准书。
1997年10月28日，增城区国土资源和房屋管理局作出《关于征用并出让土地使用权给穗农微生物有机复合肥制造有限公司的批复》，该批复载明，同意将位于朱村镇农科所第四耕作区（土名）的土地折合9293.33㎡给增城市穗农微生物有机复合肥制造有限公司作为建设厂房之用地；自批准之日起，出让土地所有权属国家，使用权归增城市穗农微生物有机复合肥制造有限公司；征用土地的各项征地补偿及安置补助等费用，受让方按征地协议书直接支付给被征地单位，并进行一次性补偿结算。
1998年3月3日，增城市穗农微生物有机复合肥制造有限公司出具《申请报告》，申请更改名称为广州农药厂增城复合肥分厂，该申请于次日获得原增城市计划局审批同意。1998年4月8日，广州农药厂增城复合肥分厂获发企业法人营业执照，经济性质为国有。
1998年4月14日，增城区国土资源和房屋管理局核发涉案土地的增国用（1997）第01251000003号《国有土地使用证》，该证载明涉案土地的登记权利人为广州农药厂增城复合肥分厂。
2000年8月，广州农药厂增城复合肥分厂在涉案土地上兴建的办公室、宿舍、北库房、南库房、干燥厂房、发酵车间、锅炉房获发房屋所有权证，登记的所有权人为广州农药厂增城复合肥分厂。
2005年8月17日，广州市华穗会计师事务有限公司出具华会评报字（2005）第047号《整体资产评估说明》及《整体资产评估报告》，报告载明，“评估基准日为2005年7月31日本次评估土地使用权及无形资产不列入评估范围，本项目评估结果不含土地使用权及无形资产价值”；“列入清查范围的是广州农药厂增城复合肥分厂的全部资产及负债，具体类型包括：（1）流动资产：评估基准日账面值819519.63元；（2）固定资产：评估基准日账面净值：6844738.15元；（3）其他资产：评估基准日账面净值：64600.34元；（4）流动负债：评估基准日账面值：3913003.23元”；“评估对象的净资产评估结果为负值人民币柒万伍仟伍佰叁拾陆元伍角（￥-75，536.50元）”。
2006年6月29日，广州产权交易所出具编号分别为604A420ZC078-1、604A420ZC078-2、604A420ZC078-3的《企业产权交易证明》，其中604A420ZC078-1《企业产权交易证明》内容载明，广州农药厂（以下简称出让方）通过公开市场方式转让所持广州农药厂增城复合肥分厂（以下简称标的公司）71.16%的股权和享有人民币1809645.49元债权（以下简称交易标的）；出让方已委托广州市华穗会计师事务所有限公司出具了《广州农药厂增城复合肥分厂整体资产评估报告》（华会评报字第（2005）第047号），该报告已获广州化工集团有限公司备案通过；受让方某，交易标的广州农药厂增城复合肥分厂71.16%的股权和享有人民币1809645.49元债权；交易条件和交易价格为受让方以人民币壹元整受让标的公司71.16%的股权，以人民币壹佰捌拾万零玖仟陆佰肆拾伍元肆角玖分受让出让方享有标的公司人民币1809645.49元的债权”。
604A420ZC078-2《企业产权交易证明》内容载明，广州新技术推广站（以下简称出让方）通过公开市场方式转让所持广州农药厂增城复合肥分厂（以下简称标的公司）19.22%的股权和享有人民币18万元债权（以下简称交易标的），出让方已委托广州市华穗会计师事务所有限公司出具了《广州农药厂增城复合肥分厂整体资产评估报告》（华会评报字第（2005）第047号）；受让方杨雄伟，交易标的为广州农药厂增城复合肥分厂19.22%的股权和人民币18万元债权；交易条件和交易价格为受让方以人民币壹元整受让标的公司19.22%的股权，以人民币壹拾捌万元整受让出让方享有标的公司人民币18万元的债权。604A420ZC078-3《企业产权交易证明》内容载明，广东省增城市农业科学研究所（以下简称出让方）通过公开市场方式转让所持广州农药厂增城复合肥分厂（以下简称标的公司）9.62%的股权（以下简称交易标的），出让方已委托广州市华穗会计师事务所有限公司出具了《广州农药厂增城复合肥分厂整体资产评估报告》（华会评报字第（2005）第047号）；受让方杨雄伟，交易标的为广州农药厂增城复合肥分厂9.62%的股权；交易条件和交易价格为受让方以人民币壹元整受让标的公司9.62%的股权。
2006年7月27日，增城区农业科学研究所（甲方）与广州农药厂增城复合肥分厂（乙方）（签约代表为杨雄伟）签订《合同书》，《合同书》约定，原广州农药厂增城复合肥分厂已进行了转制及资产整体处置转让，根据原合作合同条款，该分厂的土地使用权仍属增城区农业科学研究所；双方一致确认该地块面积13.94亩（9293㎡），乙方付给甲方使用补偿金合计110万元；乙方分三期向甲方支付补偿款，第一期付款额为35万元，自合同生效之日起10日内付清；第二期付款额为37万元，于2016年10月前付清，第三期付款额为38万元，于2026年10月前付清；合同自双方签字之日起生效，2036年10月31日届满后由双方根据实际情况再行协商，在同等条件下优先给乙方使用。
2006年7月27日以及同年8月2日，广州农密生物科技有限公司向增城区农业科学研究所分别支付《合同书》约定的补偿金50000元以及300000元。
2007年3月28日，广州农药厂增城复合肥分厂经工商行政管理部门核准变更名称为广州农密生物科技有限公司。
2008年7月10日，增城区国土资源和房屋管理局就涉案土地换发增国用（2008）第B0300087号《国有土地使用证》，涉案土地的登记权利人为广州农密生物科技有限公司。
2008年7月15日，增城区国土资源和房屋管理局换发粤房地证字第C6638313、6638314、6638315、6638316、6638317、6638318、66××19号《房地产权证》，涉案土地上兴建的办公室、宿舍、北库房、南库房、干燥厂房、发酵车间、锅炉房的登记权利人由广州农药厂增城复合肥分厂变更为广州农密生物科技有限公司。
2010年9月10日，广州农密生物科技有限公司作出《关于增城复合肥分厂问题的函》，该函载明，广州农药厂增城复合肥分厂由广州农药厂、增城区农业科学研究所、广州新技术推广站共同投资组建而成，经三方股东一致同意并经有关主管部门审批同意和国家有关规定的交易程序，广州农药厂增城复合肥分厂由三股东持有的股份全部转让给何某和杨雄伟两名股东，企业现名为广州农密生物科技有限公司；广州农药厂增城复合肥分厂与增城区农业科学研究所签订《合同书》，确认广州农药厂增城复合肥分厂所使用土地的期限至2036年10月31日；广州农药厂增城复合肥分厂的股权关系是明确的，转让手续是合法清晰的，广州农密生物科技有限公司承诺按合同严格执行。
2011年7月13日，增城区农业科学研究所诉至原审法院［案号为（2011）穗增法民五初字第352号］，请求判令广州农密生物科技有限公司将位于增城区朱村街农科所第四耕作区土地证号为2008B03000**土地的权利人变更为增城区农业科学研究所。在该案的审理过程中，一、原审法院经向增城区国土资源和房屋管理局了解涉案地块的相关情况。增城区国土资源和房屋管理局作出增国房复（2011）481号《关于广州农密生物科技有限公司土地情况的复函》，函内容为“一、广州农密生物科技有限公司位于朱村街农科所第四耕作区的9293平方米土地［证号：增国用（2008）字第B0300087号］原于1997年10月28日经该局批准，作为给增城区穗农微生物有机复合肥制造有限公司厂房用地，核发《建设用地批准书》（建用字（1997）第91号）；1998年4月14日企业更改名称为广州农药厂增城复合肥厂，换发《国有土地使用证》［增国用（1997）字第01251000003号］；2008年7月10日因企业改制变更名称为广州农密生物科技有限公司，换发《国有土地使用证》［增国用（2008）字第B0300087号］。二、上述土地上建有七幢已确权建筑物，该局于2000年8月8日核发《房屋所有权证》，权属人为广州农药厂增城复合肥分厂，2008年7月10日因企业改制变更名称为广州农密生物科技有限公司”。二、增城区农业科学研究所、广州农密生物科技有限公司均确认该案涉及的多份协议是增城区农业科学研究所以“广东省增城市农业科学研究所”的名义签署的，并确认双方均未支付过土地出让金或土地出让的其他费用。
2012年7月12日，原审法院作出（2011）穗增法民五初字第352号民事判决书，判决书认定，“与国土部门签订《国有土地使用权出让合同书》的相对方为穗农微生物有机复合肥制造有限公司，国土部门核发的《建设用地规划许可证》、《关于征用并出让土地使用权给穗农微生物有机复合肥制造有限公司的批复》、《建设用地批准书》中载明的涉案土地权利人亦为增城市穗农微生物有机复合肥制造有限公司。后因增城市穗农微生物有机复合肥制造有限公司更改名称为广州农药厂增城复合肥分厂，国土部门换发《国有土地使用证》登记的权属为广州农药厂增城复合肥分厂。上述事实均未能显示原告为涉案土地的使用权人，原告对权属登记有异议的，可向有关部门要求解决。其次，涉案土地上建造了七幢建筑物，建筑物原登记的权属人均为广州农药厂增城复合肥分厂，且上述七幢建筑物在广州农药厂增城复合肥分厂将其股权转让给被告股东的时候已一并转让给了被告股东，在地上建筑物权属人已变更为被告的情况下，原告单独主张土地使用权，强行将土地与房屋分开处理，不符合房屋的所有权和该房屋占用范围内的土地使用权不可分割的原则。再次，原、被告就涉案土地的使用问题已达成一致意见并签订了《合同书》，在上述合同书的履行期限未届满，且双方约定的履行条件未作改变的情况下，原告主张被告将涉案土地的权利人变更为原告，亦不具备条件”，并据此判决驳回增城区农业科学研究所的诉讼请求。判后，增城区农业科学研究所未提起上诉，该案已发生法律效力。
2014年6月30日，增城区国土资源和房屋管理局向广州农密生物科技有限公司送达增国房字（2014）80号《拟收回国有土地使用权通知书》，该通知书内容为“1997年7月15日，穗农微生物有机复合肥制造有限公司与我局签订《国有建设用地使用权出让合同书》（增国合字（1997）第59号），取得位于朱村街农科所第四耕作区的9293平方米（折合13.94亩）国有土地使用权，后因该公司改制原因，该9293平方米国有土地使用权变更到你司名下，《国有土地使用证》号为‘增国用（2008）字第B030087号’，用途为工业。因城市规划调整，依据《中华人民共和国土地管理法》第五十八条第二款的规定，经市政府批准同意，我局委托朱村街道办整合收回市农科所及周边333.235亩国有土地使用权，收储范围包括你司上述土地，地上建筑物所有权一并收归政府所有。……土地补偿事宜由朱村街道办与你司协商处理”。
2014年7月31日，增城区人民政府朱村街道办事处（甲方）与广州农密生物科技有限公司（乙方）签订一份《收回国有土地使用权协议》，该协议内容为“根据增城市国土资源和房屋管理局的通知（增国房字（2014）**号），需收回乙方国有土地使用权纳入政府储备用地。据此，受增城市国土资源和房屋管理局的委托，由甲方负责收回登记在乙方名下位于增城区朱村街广汕路农科所路段的土地，即增国用（2008）字第B030087号项下的国有土地使用权（以下简称‘该土地’），……经甲乙双方充分协商，特订立本协议。一、土地基本情况经增城市国土资源和房屋管理局用地档案查询，并经甲乙双方确认，该土地基本情况如下：（一）土地概况土地使用权人：广州农密生物科技有限公司总面积：9293平方米坐落：增城市朱村街农科所第四耕作区；……证号：增国用（2008）字第B030087号……二、收地补偿（一）补偿内容及依据经甲乙双方确认，该土地收地补偿的内容包括土地补偿、地上建筑物及附着补偿、设备设施（含搬迁）补偿、员工遣散补偿、经营损失补偿等统称为收地补偿款。……1、土地补偿土地补偿面积9293平方米，补偿单价697元／平方米，总价为人民币6477221元……上述收地补偿款共计22000000元……（二）补偿款的支付方式1、在本协议签订后45日内，甲方应将上述第1项补偿款即土地补偿款6477221元汇入乙方在银行开立的监管账户。……六、其他事项（一）由于增城市农业科学研究所认为与乙方对该土地使用权权属存有争议，为不影响政府征地工作，乙方同意与甲方、增城市农业科学研究所另行签订三方协议解决。……”。
2014年10月10日，增城区国土资源和房屋管理局向广州农密生物科技有限公司送达增国房字（2014）166号《拟收回国有土地使用权决定书》，该决定书内容为“1997年7月15日，穗农微生物有机复合肥制造有限公司与我局签订《国有建设用地使用权出让合同书》（增国合字（1997）第59号），取得位于朱村街农科所第四耕作区的9293平方米（折合13.94亩）国有土地使用权，后因该公司改制原因，该9293平方米国有土地使用权变更到你司名下，《国有土地使用证》号为‘增国用（2008）字第B030087号’，用途为工业。因城市规划调整，依据《中华人民共和国土地管理法》第五十八条第二款的规定，经市政府批准同意，我局委托朱村街道办整合收回广州东部山水新城朱村板块3937.019亩国有土地使用权，收储范围包括你司上述土地。我局决定收回你公司《国有土地使用证》号为‘增国用（2008）字第B030087号’的9293平方米国有土地使用权，地上建筑物所有权一并收归政府所有。……土地补偿事宜由朱村街道办与你司协商处理”。
2014年10月23日，增城区农业科学研究所向广州农密生物科技有限公司送达《解除合同通知书》，通知书内容为“我所与贵公司在2006年7月27日签订了《合同书》，双方确认位于增城区朱村街广汕路农科所路段的土地（面积为13.94亩，以下简称‘该土地’）仍属于我所，并由贵公司向我所以支付经济补偿金的形式使用该土地，……现因政府需整合增城市农科所及周边的土地，该土地亦属于整合范围内，并由政府收回储备。该《合同书》将不再具备履行条件，合同目的将无法实现。为此，根据《中华人民共和国合同法》第九十四条的规定，我所现通知贵司上述《合同书》即日起解除。合同解除后，贵公司本应将该《合同书》项下的土地交回给我所，但因该土地已被征收并转化为货币资产（即土地补偿款），因此请贵公司自收到本通知之日起3天内向朱村街道办事处说明该笔由具备资质的评估公司评估的土地补偿款6477221元应当归我所，并协助我所办理领取手续。特此通知”。
2014年12月31日，增城区人民政府朱村街道办事处（甲方）与广州农密生物科技有限公司（乙方）重新签订一份《收回国有土地使用权协议》，该协议内容为“根据增城市国土资源和房屋管理局的通知（增国房字（2014）**号），需收回乙方国有土地使用权纳入政府储备用地。据此，受增城市国土资源和房屋管理局的委托，由甲方负责收回登记在乙方名下位于增城市朱村街广汕路农科所路段的土地，即增国用（2008）字第B030087号项下的国有土地使用权（以下简称‘该土地’），…经甲乙双方充分协商，特订立本协议。一、土地基本情况经增城市国土资源和房屋管理局用地档案查询，并经甲乙双方确认，该土地基本情况如下：（一）土地概况土地使用权人：广州农密生物科技有限公司总面积：9293平方米坐落：增城市朱村街农科所第四耕作区；……证号：增国用（2008）字第B030087号…二、收地补偿（一）补偿内容及依据经甲乙双方确认，该土地收地补偿的内容包括土地补偿、地上建筑物及附着补偿、设备设施（含搬迁）补偿、员工遣散补偿、经营损失补偿等统称为收地补偿款。……1、土地补偿土地补偿面积9293平方米，补偿单价697元／平方米，总价为人民币6477221元……上述收地补偿款共计21456514元…（二）补偿款的支付方式1、在本协议签订后10个工作日内，由甲方会同乙方及增城市农业科学研究所将上述第1项补偿款即土地补偿款6477221元提存至广东省增城市公证处。…六、其他事项（一）由于增城市农业科学研究所认为与乙方对该土地使用权权属存有争议，为不影响政府征地工作，乙方同意与甲方、增城市农业科学研究所另行签订三方协议解决。……”。
2014年12月31日，广州农密生物科技有限公司（甲方）、增城区农业科学研究所（乙方）与增城区人民政府朱村街道办事处（丙方）签订一份《合同终止和相关问题协议书》，协议书内容为“鉴于甲丙双方已签订了《收回国有土地使用权协议》，导致甲乙双方于2006年7月27日签订的《合同书》不能继续履行。乙方对之前该地块权属登记的官司败诉后，至今仍认为与甲方就该土地存在土地使用权的权属争议，导致甲方不能及时完税和办理迁出的相关手续。现甲乙丙三方就以上相关问题达成如下一致约定：一、如法院裁决甲方胜诉土地补偿归甲方时，三方一致同意从公证提存的土地补偿款6477221元中拿出75万元向乙方一次性支付《合同书》中余下的补偿款，该款项由丙方代收后上缴国库；二、如法院裁决乙方胜诉土地补偿款归乙方时，三方一致同意从公证提存的土地补偿款6477221元中拿出75万元一次性补偿给甲方。基于上述约定，各方对补偿75万元已无异议，因此按照无争议问题先行处理的原则，在丙方把土地补偿款转入广东省增城市公证处提存后，10个工作日内从公证处直接向甲方和乙方各转账支付75万元（支付给乙方的75万元由丙方代收后上缴国库），剩余部分的补偿款按提存协议执行。三、如法院裁决乙方胜诉土地补偿款归乙方时，三方一致同意从公证提存的土地补偿款6477221元中支付甲方从2006年至2014年向税务部门缴纳的土地税共约274607.28元（具体数额以土地注销之日前已付税款为准）。四、本协议一式四份，甲、乙、丙和广东省增城市公证处各执一份，具同等法律效力，本协议经甲乙丙三方签字盖章后生效。五、本协议履行完毕后，各方权利义务具结，互相不再以任何理由追究对方的违约责任”。
2014年12月31日，增城区人民政府朱村街道办事处（甲方）、广州农密生物科技有限公司（乙方）与增城区农业科学研究所（丙方）签订一份《关于收回国有土地使用权相关补偿款提存问题的三方协议》，该协议内容为“……二、提存内容及金额（一）三方一致确认本协议约定的提存内容为增国用（2008）字第B030087号国有土地的《收回国有土地使用权协议》中的土地补偿款。……三、提存期间及领受条件（一）从本协议签订之日起一年（365日）为提存期，提存期间，丙方向增城区人民法院提起诉讼，则按法院做出的生效的法律文书处理。（二）从提存机构收到提存款项之日起10个工作日内，由提存机构分别某、丙方各支付75万元（共150万元），支付给丙方的75万元由甲方代收后上缴国库……剩余部分继续提存。（三）从本协议签订之日起一年的提存期内，如乙丙双方就此争议未达成一致协议，法院也未做出生效的法律文书时，提存期满后乙方可领受全部提存款项……”。
2015年1月21日，广东省广州市增城区公证处出具一份《提存公证书》，公证书内容为“兹证明甲方增城区人民政府朱村街道办事处根据二0一四年十二月三十一日与乙方广州农密生物科技有限公司、丙方增城区农业科学研究所所签订的《关于收回国有土地使用权相关补偿款提存问题的三方协议》第二条的约定，于二0一五年一月十五日将人民币陆佰肆拾柒万柒仟贰佰贰拾壹元正式提交于我处”。
原审另查明，增城区国土资源和房屋管理局出具涉案土地的《地籍档案详细资料》，资料显示截至2015年3月6日，涉案土地的使用权已注销。
2014年11月20日，增城区农业科学研究所向原审法院提起本案诉讼：1、确认增城区农业科学研究所、广州农密生物科技有限公司在2006年7月27日签订的《合同书》于2014年10月23日解除；2、确认增国用（2008）字第B0300087号土地征收补偿款6477221元归增城区农业科学研究所所有；3、确认增国用（2008）字第B030087号土地的土地收益权归增城区农业科学研究所所有；4、广州农密生物科技有限公司承担本案诉讼费用。
原审审理期间，广州农密生物科技有限公司向原审法院提起反诉，请求依法判令：1、增城区农业科学研究所向广州农密生物科技有限公司返还不当收取的款项35万元；2、本案受理费由增城区农业科学研究所承担。
本案在原审审理过程中，一、增城区农业科学研究所、广州农密生物科技有限公司确认以下事实：（一）朱村街道办事处于2015年1月8日将涉案土地的除土地补偿款6477221元以外的其他补偿款14979293元均已支付给广州农密生物科技有限公司；（二）涉案土地的使用权于2015年1月16日完成注销手续；（三）广州农密生物科技有限公司于2015年1月25日搬离涉案土地；另涉案土地的7栋建筑物已拆除完毕。二、增城区农业科学研究所出具一份加盖“广东省增城市农业科学研究所”以及广州农药厂印章的1994年5月4日的《意向书》，《意向书》内容为“经广东省增城市农业科学研究所（以下简称甲方）与广州农药厂（以下简称乙方）充分协商，初步达成以下意向：1、甲乙双方同意在增城市农科所联合兴办年产16000吨微生物有机复合肥厂项目。2、初步拟定甲方提供建厂用地拾亩，乙方提供微生物复合肥生产技术，以上两项均无偿投入，不作价投资。……”，广州农密生物科技有限公司对该份证据不予确认。三、广州农密生物科技有限公司认为，增城区人民政府朱村街道办事处与广州农密生物科技有限公司于2014年7月31日签订《收回国有土地使用权协议》，故增城区农业科学研究所与广州农密生物科技有限公司于2006年7月27日签订的《合同书》于2014年7月31日已经解除。四、在法庭辩论终结后，增城区农业科学研究所撤回了要求确认增国用（2008）字第B030087号土地的土地收益权归增城区农业科学研究所所有的诉讼请求。
原审法院认为：关于增城区农业科学研究所的本次诉讼是否属于“一事不再理”的问题。一事不再理，指前后两次诉讼的诉讼当事人、事实、理由及请求均相同的情况下，受诉法院不得再次受理（审理）的原则，所维护的是生效裁判的既判力。增城区农业科学研究所在本案中，主张的事实除了在（2011）穗增法民五初字第352号案所主张的事实外，还增加了因涉案土地被增城区国土资源和房屋管理局收回，且涉案土地的征地补偿款6477221元的新事实；增城区农业科学研究所在本案中，增加了双方签订的《合同书》已经无法履行导致该《合同书》已经解除的新理由；增城区农业科学研究所在（2011）穗增法民五初字第352号案中主张的诉讼请求是请求广州农密生物科技有限公司将涉案土地的权利人变更为增城区农业科学研究所，而在本案中主张的诉讼请求是确认涉案土地的土地补偿款归其所有。从上述可知，增城区农业科学研究所前后两次提起的诉讼分别主张的涉诉事实、理由以及诉讼请求均有不同，不属于《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十四条第（五）项的规定所限定的案件范围。因此广州农密生物科技有限公司抗辩称增城区农业科学研究所的本次诉讼属于一事不再理并无事实和法律依据，原审法院不予采纳。
本案的争议焦点是涉案土地使用权被注销前的权属问题。不动产登记是登记机关对不动产当时权属关系及表现状态的认可和证明，并不创设具体的权利义务关系，当事人是否享有对登记不动产的权利，仍取决于当事人之间的民事实体法律关系，亦即不动产物权登记的效力，仅是一种推定效力，即推定登记的物权人为该不动产的权利人，在该不动产物权不涉及善意第三人的情况下，当事人有相反证据证明其为真正权利人时，可以推翻该种推定。依照《中华人民共和国物权法》第三十三条规定“因物权的归属、内容发生争议的，利害关系人可以请求确认权利”的规定，对于增城区农业科学研究所的上述主张，原审法院分析如下，首先，虽然涉案土地的使用权在注销登记前登记在广州农药厂增城复合肥分厂以及后因改制由广州农密生物科技有限公司申请变更登记其名下，但根据广州农药厂增城复合肥分厂的前身即增城市穗农微生物有机复合肥制造有限公司的设立发起人增城区农业科学研究所、广州农药厂、广州市新技术推广站之间签订的《补充协议》和《合资经营穗农微生物有机复合肥制造有限责任公司合同书（1997年6月修改补充）》，以及增城市穗农微生物有机复合肥制造有限公司在1996年12月15日出具给增城区国土资源和房屋管理局的《要求办理土地使用证的申请》的内容可知，增城区农业科学研究所是为了筹建增城市穗农微生物有机复合肥制造有限公司而将涉案土地的使用权以不作价的形式投入，且约定合同期满后的使用权归增城区农业科学研究所，即涉案土地的使用权在增城市穗农微生物有机复合肥制造有限公司成立之前就已明确为增城区农业科学研究所所有。其次，广州农药厂增城复合肥分厂的股东增城区农业科学研究所、广州农药厂和广州市新技术推广站在出让各自的股权后，应视为三方已终止履行《补充协议》和《合资经营穗农微生物有机复合肥制造有限责任公司合同书（1997年6月修改补充）》，即前述两份合同已实际解除，根据《补充协议》关于合同期满后涉案土地的使用权归增城区农业科学研究所有的约定，鉴于《补充协议》已实际解除，故涉案土地的使用权归增城区农业科学研究所有。同时，根据广州市华穗会计师事务有限公司出具《整体资产评估说明》和《整体资产评估报告》，以及广州产权交易所出具编号分别为604A420ZC078-1、604A420ZC078-2、604A420ZC078-3的《企业产权交易证明》所载明的内容可知，涉案土地的使用权未列入评估范围，评估结果不含涉案土地的使用权的价值，涉案土地的使用权亦不包括在出让的股权或资产中，由此可以说明广州农药厂增城复合肥分厂股权或资产转让的受让方某和杨雄伟不享有涉案土地的使用权。何某和杨雄伟若取得涉案土地的使用权，则只能通过增城区农业科学研究所的受让而取得，但综合本案案情，增城区农业科学研究所与何某、杨雄伟或改制后的广州农药厂增城复合肥分厂之间均未签订涉案土地的使用权的转让协议。再次，涉案土地的使用权于1998年4月14日已登记在广州农药厂增城复合肥分厂名下，若广州农药厂增城复合肥分厂是涉案土地的权属人，出让股权或资产后的广州农药厂增城复合肥分厂则完全没有必要在2006年7月27日与增城区农业科学研究所签订《合同书》，用以约定广州农药厂增城复合肥分厂自签订之日起至2036年10月31日期间使用涉案土地，以及由广州农药厂增城复合肥分厂分期向增城区农业科学研究所支付使用对价110万元，这明显与常理相悖。最后，即使改制后广州农药厂增城复合肥分厂经工商行政管理部门核准变更登记为广州农密生物科技有限公司，再由广州农密生物科技有限公司将涉案土地的使用权变更登记其名下，但纵然不能由此改变涉案土地的使用权的归属，广州农密生物科技有限公司不能以增城区国土资源和房屋管理局就涉案土地换发《国有土地使用证》而享有涉案土地的用益物权。综上分析，原审法院认定增城区农业科学研究所系涉案土地的使用权被注销前的权利人。故此，增城区农业科学研究所主张要求因涉案土地被增城区国土资源和房屋管理局收回所得的补偿款6477221元归其所有，事实清楚，于法有据，原审法院予以支持。
增城区农业科学研究所与广州农密生物科技有限公司于2006年7月27日签订的《合同书》，系双方真实意思表示，内容和形式没有违反国家法律、行政法规的效力性强制性规定，为有效合同，双方均应恪守履行。根据《中华人民共和国合同法》第九十四条规定“有下列情形之一的，当事人可以解除合同：（一）因不可抗力致使不能实现合同目的；……”以及第九十六条规定“当事人一方依照本法第九十三条第二款、第九十四条的规定主张解除合同的，应当通知对方。合同自通知到达对方时解除。……”，2014年10月10日，增城区国土资源和房屋管理局向广州农密生物科技有限公司送达涉案土地的《拟收回国有土地使用权决定书》，决定收回涉案土地。同月23日，增城区农业科学研究所向广州农密生物科技有限公司送达《解除合同通知书》，因此《合同书》因涉案土地被收回而不能继续履行，增城区农业科学研究所于2014年10月23日向广州农密生物科技有限公司送达《解除合同通知书》，双方的《合同书》即在2014年10月23日解除，故增城区农业科学研究所主张双方的《合同书》于2014年10月23日解除的诉讼请求理据充分，原审法院予以支持。广州农密生物科技有限公司抗辩《合同书》于2014年7月31日解除无事实和法律依据，原审法院不予采纳。如前所述，涉案《合同书》合法有效，增城区农业科学研究所按《合同书》约定将涉案土地交付给广州农密生物科技有限公司使用，广州农密生物科技有限公司向增城区农业科学研究所支付使用补偿金，现广州农密生物科技有限公司以增城区农业科学研究所不当收取为由，要求其返还使用补偿金35万元，无事实依据，原审法院不予支持。
增城区农业科学研究所自愿撤回要求确认增国用（2008）字第B030087号土地的土地收益权归其所有的诉讼请求，是对其权利的自行处分，不违反法律法规的规定，原审法院予以准许。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第八条、第四十四条第一款、第六十条第一款、第九十四条第（一）项、第九十六条第一款，《中华人民共和国物权法》第三十三条、第一百三十五条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款以及《最高人民法院关于适用﹤中华人民共和国民事诉讼法﹥的解释》第九十条之规定，本案经原审法院审判委员会讨论决定，于2015年9月21日作出如下判决：一、确认原告（反诉被告）增城区农业科学研究所与被告（反诉原告）广州农密生物科技有限公司于2006年7月27日签订的《合同书》于2014年10月23日解除；二、确认位于增城区朱村街农科所第四耕作区面积为9293平方米的土地［原增国用（2008）第B0300087号《国有土地使用证》］的补偿款6477221元归原告（反诉被告）增城区农业科学研究所所有；三、驳回被告（反诉原告）广州农密生物科技有限公司的诉讼请求。本案一审本诉受理费64840元和反诉受理费3275元，均由被告（反诉原告）广州农密生物科技有限公司负担。
判后，上诉人广州农密生物科技有限公司不服原审判决，向本院提起上诉称：一、本案的诉求完全是依据土地使用权提出的，与原告已被驳回的前案诉求相同，显属“后诉的诉求实质上是否定前诉裁判结果”，理应按照“一事不再理”的法定原则予以驳回。本案原告曾于2011年7月13日向增城市法院起诉，要求将登记在上诉人名下的涉案土地使用权变更到其名下，该院于2012年7月12日作出了（2011）穗增法民五初字第352号（（民事判决书》，认定“没有证据显示原告是涉案土地的使用权人”而驳回原告的诉讼请求（以下简称“前案”）。该判决后双方均没有提出上诉。民诉法最新司法解释第247条明确：“当事人就已经提起诉讼的事项在诉讼过程中或者裁判生效后再次起诉，同时符合下列条件的，构成重复起诉：（一）后诉与前诉的当事人相同；（二）后诉与前诉的诉讼标的相同；（三）后诉与前诉的诉讼请求相同，或者后诉的诉讼请求实质上否定前诉裁判结果。当事人重复起诉的，裁定不予受理；已经受理的，裁定驳回起诉，但法律、司法解释另有规定的除外。”在本案当中，双方当事人与（2011）穗增法民五初字第352号前案相同，两案的诉讼标的均针对9293平方米的同一争议地块，且两案的诉讼请求实质上都是基于该土地使用权归属为前提和基础而主张的。原告先假借其他事由办理立案，然后再通过申请变更确认其为涉案土地实际权利人而获得征地补偿款来重复前案的诉求，明显是有意规避法律且构成重复起诉。实际上，本案与前案的不同之处只在于该土地目前已被征用拆迁的状态，其他事实与材料证据均为两案完全一致。显然，一审法院对上诉人一再提出之异议于不顾，仍然继续审理并作出了不当判决，这无疑是违反“一事不再理”的审判原则，二审法院对此做法应依法公正地作出审定，驳回原告的无理起诉。此外，2014年7月31日，上诉人已与原告、朱村街道办事处针对涉案用地事宜，共同签订了《合同终止和债务问题协议书》，明确上诉人与原告于2006年7月27日所签《合同书》就此解除，而一审判决却故意作出该《合同书》在2014年10月23日解除的错误认定，以给原告重复起诉提供一个理由，其认定分明是失当的。二、一审判决仅以几份内部文件协定否定“不动产以登记生效”的法定原则，刻意回避被上诉人从未取得过涉案土地使用权合法凭证的基本法律事实，其避重就轻和断章取义的推论显然依据不足。一审判决关于认定涉案土地使用权归属的四点分析论据，均仅仅针对当事人之间的内部文件协定范围而展开的，并没有正视和提及增城市国土局在1997年己向某公司合法出让了涉案用地这一非常关键的重要事实。依照我国法律规定，土地权属必须通过登记审查取得，不存在由企业之间通过自订协议而任意创设或转移。本案中，有一个任何人都无法回避的基本法律事实（障碍），就是被上诉人由始至今都没有合法取得过涉案土地的使用权证。所以，即使有内部文件协定，但只要未经过主管机关确认登记，便不能合法取得土地使用权。更何况，那份2006年7月27日《合同书》乃是在上诉人不清楚涉案土地使用权的真正归属并为被上诉人所蒙蔽情况下所签，其并非上诉人受让复合肥分厂所有股权的本意。因此，一审法院确认“自行创设土地权属”之效力，并以此否定国土局依法转让用地的合法性和权属登记生效的法律规定，其认定显然是极不负责任和完全站不住脚的。三、即使被上诉人曾使用过该地块，但在1997年国土局向某公司合法出让用地，以及该公司于2006年整体拍卖后，就不再存在该地块的原有权益了，且现提出主张早已超过诉讼时效。就算涉案土地在增城市穗农微生物有机复合肥制造有限公司（简称“穗农公司”）受让取得之前曾经由被上诉人使用过，但只要国土局将其以合法手续出让给穗农公司以后，被上诉人即丧失了对涉案土地的既往权利。更何况，用地受让人穗农公司当年已履行了向国家缴纳土地使用权出让金及相关税费的手续，其自此取得的涉案土地使用权则合法且无瑕疵。因此，从1997年10月28日增城市国土局发文批复后，涉案用地的合法使用权就已经归穗农公司所有了，与被上诉人完全没有了任何关系。此外，复合肥分厂在2006年6月29日通过公开拍卖完成整体转让给上诉人的合法手续后，被上诉人多年来也从没有提出土地权属的异议，直至获悉该用地将被收储征用才于2011年7月13日向增城法院提起诉讼，其做法既不符合情理也缺乏法律依据，且早已超过诉讼时效。可见，被上诉人无依据对涉案土地提出权属的主张。四、即便涉案土地存在权属争议，被上诉人也并非主张该权利的适格主体，可以提出主张的只能是出让方复合肥分厂。土地使用权属于物权，能够提出权利主张的只能是该土地使用权的权利人，前述可见被上诉人并不是涉案土地的合法权属人，首先就不具有本案诉讼的主体资格。同时，由于复合肥分厂（穗农公司）是涉案土地使用权的原所有权人，上诉人是通过公开拍卖途径（并不是向被上诉人受让）整体取得复合肥分厂的，若有土地权属争议问题，那么也只应由复合肥分厂提出其主张。另外，被上诉人提出了上诉人取得涉案用地时并未支付土地使用权对价的问题，那么作为本案原告的农科所，请问该单位又在何时、以何种形式向国土部门支付过此土地使用权的对价呢一审法院认定其拥有该权属的法律依据，难道就基于几份内部文件合同吗五、2006年《合同书》是在上诉人不知权属真相情况下所签，并非真实本意，被上诉人收取的35万元应予退还。上诉人刚接手资不抵债的复合肥分厂，在不知情和被蒙蔽的情况下（当时上诉人并不知晓复合肥分厂是与国土局签订了国有土地出让合同取得的土地使用权），在2006年7月27日与被上诉人签订了《合同书》。而涉案用地权属的真实状况，上诉人是在前案判决之后才得以清晰的。可见，签订上述合同和支付35万元款项并非上诉人受让该厂的法定义务，亦并非是上诉人的真实意思表示，被上诉人不可以此来证明其拥有涉案用地的合法权属，也无法以此否定国土局依法出让用地的合法性和权属确认关系，更不能以此而否定前案判决书关于用地权属的事实认定和判决效力。因此，在被上诉人并不拥有涉案土地使用权的前提下，应当认定其无权收取土地使用补偿金，并合理地向上诉人退还该35万元所得。六、因企业被征地后需在四会另购土地重建，上诉人为此须支付640万元，若涉案土地补偿款判归被上诉人取得，则上诉人原有的用地权益就无法得以弥补且损失惨重，其结果显然有失公平。假若没有本案收储征地引起的拆迁一事，那么上诉人仍将会持续地行使着该土地使用权进行正常生产经营活动，即使按照（（合同书》约定也至少使用至2036年7月26日。然而，由于出现了征地，导致上诉人为解决企业搬迁重建而需要支出540万元在四会购买另一地块。如果依据一审判决把涉案用地的拆迁补偿款归被上诉人，则上诉人原有的正常土地用益某甲将一夜之间忽然完全灭失了。那么，这样的判决结果公平吗上诉人因搬迁重建所需支出540万元的购地费用又从何处得到补偿呢被上诉人强行从原来土地用益某乙手中夺取该拆迁补偿金难道是合理的吗综上，上诉请求：1、撤销（2015）穗增法民三初字第2l号判决，驳回被上诉人的不当诉求；2、判决被上诉人向上诉人返还不当收取的35万元款项；3、本案受理费全部由被上诉人承担。
被上诉人增城区农业科学研究所答辩同意原审判决，不同意上诉人广州农密生物科技有限公司的上诉请求。
经查，原审查明事实无误，本院予以确认。二审审理期间，上诉人向本院以下证据材料，要求作为二审新证据使用，证据1，委托进入精细化工项目协议书，拟证明为解决企业搬迁，上诉人需支出540万元在肇庆地区四会市购买另一园区地块进行重建；证据2，支付3期购地款收据和转账记录，拟证明上诉人已向四会市捷泰投资管理有限公司分期支付了购买园区的土地款项324万元及另加上2379600元；证据3，购地合同及三张购地收据，拟证明由于厂房拆迁，我司需在四会购地重建厂房支出相关费用。
本院认为，本案是因涉案用地回收补偿款的归属引起之诉，争议源于涉案用地补偿权益的归属。二审双方争议焦点主要集中在被上诉人补偿权益及原审诉权的合法性。
关于被上诉人原审补偿权益的主张，上诉人认为其本身是涉案用地的登记使用权人，享有当然的使用权及补偿权益。对此，应当指出，不动产权登记本身是有关管理部门依法对权属的确认，其实质是针对登记权人之外的排他性权属公示，但是并不影响登记权人内部股东之间的权益分配约定。现有证据反映，从上诉人前身穗农微生物有机复合肥有限公司成立之初，被上诉人作为成立该公司的合作方与广州农药厂之间，即穗农微生物有机复合肥有限公司的股东之间，已经通过《合资经营穗农微生物有机复合肥有限公司合同书》、《补充协议》、《合资经营穗农微生物有机复合肥有限公司合同书（1997年6月修改补充）》等合同，明确约定涉案用地的权益归属。此后，穗农微生物有机复合肥有限公司更名为广州农药厂增城复合肥分厂，再经改制更名为本案上诉人广州农密生物科技有限公司，期间，无论公司改制前后股东还是被上诉人均对之前约定内容予以确认。虽然，上诉人认为其改制后与被上诉人签订的《合同书》内容不真实，但并无充足证据证实，本院不予采信。故此，上诉人虽以公司改制更名为由变更了涉案用地的使用权登记，但在没有证据否定上述合同及相关确认资料真实性的情况下，并不影响被上诉人据此主张涉案用地的权益。此外，被上诉人是历经广州农密生物科技有限公司股权变更的改制而成，其在本案的诉求与股权变更并不涉及涉案用地权益的改制内容并不吻合，缺乏权益来源支撑，原审不予采纳并无不当。
关于诉权的异议，上诉人提出被上诉人已经就涉案用地登记提起诉讼并被驳回，原审法院应援引“一事不再理”原则予以驳回。但经审核，被上诉人前案诉请是明确要求将涉案用地登记至其名下，与本案诉讼进行比较，无论从涉案用地现已被收回并作货币补偿的事实，还是当事人的诉请内容，均不相同。故此上诉人该部分上诉理由并无事实及法律依据，本院不予采纳。此外，上诉人还提出，被上诉人并非涉案用地的登记使用权人，就其诉请而言主体不适格。但如前所述，虽然被上诉人并非涉案用地原登记使用权人，但依据历史事实及双方当事人约定，就涉案用地的权益提起本案诉讼，主体适格。故此，上诉人该部分上诉理据不足，本院亦不予采纳。
综上，上诉人上诉理据不足，本院依法予以驳回。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项的规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费68115元，由上诉人广州农密生物科技有限公司负担。
本判决为终审判决。
审 判 长 韩志军
审 判 员 郭东升
代理审判员 刘 卉
二〇一六年一月二十八日
书 记 员 李 杨