西安市碑林区人民法院
民 事 判 决 书
（2017）陕0103民初1140号
原告（反诉被告）：天津邦君颐祺物流有限公司。
法定代表人：侯巧玉，总经理。
委托代理人：李莉，陕西博纳新律师事务所律师。
委托代理人：谢一帆，陕西博纳新律师事务所律师。
被告（反诉原告）：陕西中化建进出口公司。
法定代表人：贺光武，总经理。
委托代理人：王蓉，陕西德伦律师事务所律师。
委托代理人：李聪，陕西德伦律师事务所律师。
原告天津邦君颐祺物流有限公司与被告陕西中化建进出口公司运输合同纠纷一案，本院于2017年1月18日立案受理后，依法适用普通程序，公开开庭进行了审理。原告代理人李莉、谢一帆以及被告代理人王蓉、李聪均到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原告向本院提出诉讼请求：1、判令被告支付剩余运输费266954元并承担违约金至款项全部付清止；2、诉讼费由被告承担。事实和理由：2011年9月5日，原、被告签订合同编号为SXWY1185的进口设备委托清关运输协议书，约定，被告2011年9月份抵达上海港的进口设备，106944.24公斤，运单号6280042716，由原告代办上海港换单、报关、报检、清关、提货、装车、汽车运输、保险等业务，保证被告进口设备安全，按时到达被告指定卸货场地；协议约定的总金额525819.2元，付款日期为2011年11月21日。原告依据协议约定，质量完好的将提单号为NA1836988的进口压缩机及配件在上海码头报关、报检、提货并送货到被告延安项目现场。但被告未按协议承付相应费用，在原告多次催促下，被告于2015年4月21日支付258865.2元，尚欠266954元。
被告辩称，双方建立的是长期运输合作关系，不仅仅是一单。两次运输具有牵连关系，时间相近、滚动付款。2011年5月30日签订的运输委托协议，约定由原告承运的3台冷箱，因原告司机操作不当，发生交通事故，事故造成其中一台冷箱发生严重损坏，维修费用高达3068000元，保险公司仅赔付直接损失2100046元，差额967954元。该差额远远高于原告起诉的剩余运输费，原告未赔偿该损失，故无权主张剩余运输费，更谈不上违约金。原告在事故发生后隐瞒真实情况，导致被告以为是货物本身质量问题。知道真相后，双方一直在协商关于赔偿损失的事宜，用2011年9月5日合同的运输费折抵损失。被告的损失远远大于原告主张的货款。故原告的诉请应予驳回。基于此，并提出反诉，要求原告支付损失赔偿金967954元。
就被告提出的反诉，原告辩称：反诉与本诉是两个不同的合同，是完全独立的法律关系，运输的标的物不同、价款不同、合同约定的权利义务不同，更不具备实质的关联关系，不应在本案中一并审理，且反诉的损失已经全部赔偿到位；反诉请求无事实和法律依据，亦超过了诉讼时效。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。对当事人无异议的证据，本院予以确认并在卷佐证。对有争议的证据和事实，本院认定如下：1、原告提供了2011年9月5日《进口设备委托清关运输协议书》、费用报价单各一份，该份证据证明原、被告之间的运输合同、被告未按合同约定支付运杂费和违约金；2、2011年11月16日、2011年10月7日、2011年9月20日货物签收单三份、2011年9月14日海关进口货物报关单，该证据证明原告依据运输合同约定，保质保量的完成货运任务，被告及第三方对货物确认签收；3、原、被告之间往来的七份函件，该证据证明原告就被告未付的款项，多次沟通和催要，被告至今未付；被告于2015年1月15日及2016年7月12日的回函中对未付的款项266954元，予以认可；原告提交的上述证据能够相互印证，证明原告将提单号为NA1836988的进口压缩机及配件在上海码头报关、报检、提货并送货到被告延安项目现场的事实，故本院对该事实予以确认。被告在答辩期间提出反诉，一并向法院提交九组证据，因与本案不属于同一法律关系，不予认定。2011年9月5日，原、被告签订进口设备委托清关运输协议书（编号SXWY1185）,约定，对被告2011年9月抵达上海港的进口设备，106944.24公斤计费重量、运单号6280042716，由原告代办上海港换单、报关、报检、清关、提货、装车、汽车运输、保险等业务，保证设备安全、按时到达被告指定地点；清关完毕设备装车后，6天之内运达，如因原告责任导致清关耽误、运输拖延，损失由原告负责；如被告未能按时结清运杂费，没迟延一天承担800元；如原告未按时交付货物，每迟一天承担800元；费用明细详见报价单；合同履行期间，双方签订的其他文件、来往函电均为合同附件。所附报价单载明，收费标准共计563961.92元；后注，如实际货物的尺寸和重量有变动，则根据货物的实际尺寸计费。合同签订后，原告于2011年9月14日办理了上述设备报关手续。同年9月20日被告收到原告代送的配件，并注明“共收9个木箱（128井）”、“共收8个木箱八件（2井），未开箱、未验收”。同年10月7日，在原告制作的货物签收单上注明：压缩机一件；由上海洋山港运至延安市宝塔区临镇西村，延长油气勘探公司128井。被告在该签收单上注明：1、为原厂包装良好；2、外观状况，侧木板有雨水渍痕迹内部完好；3、金属外托吊有细微油漆划痕。当月16日，在原告制作的另一份货物签收单上注明：压缩机一件；由上海洋山港运至延安市黑家堡镇杨家湾村，延长油气勘探2号井。被告在该签收单上注明：外包装受潮，原厂包装无损伤。被告收货后未付款。原告于2013年12月19日致函被告，载明，“合同号SXWY1185项下业务的进口压缩机及配件，上海码头报关、报检提货并送货到延安项目现场，质量完好的完成了上海港的相关工作，于2011年9月和10月分两次将不同种类的货物安全完好送至合同指定目的地，但至今未承付相应的各项费用，请尽快履行付款责任；你公司2013年10月19日根据我公司之前的催款函回函称，不承付这笔款项的原因是另一笔2011年5月30日的合同项下业务在路途中出现货车事故造成货损，需要声明的是：第一、这是两个不同合同项下的两笔不同的业务，完全没有任何关系，不能将两笔货物的费用混淆在一起；…如继续拖延不付，将通过法律手段进行求偿”。2014年11月15日原告再次致函被告：有关合同号SXWY1185项下尚未承付的款项525819,2元,再次以本函催促承付以下合同本金525819.2元及本合同条款五项下的违约责任1、所规定的迟付每天承担800元的滞纳金。2015年1月15日，被告回函：“由于你司的责任，冷箱运输合同运输事故产生了法律纠纷，造成了与贵司的压缩机清关运输合同款项的支付迟延；并且设备的最终用户陕西延长石油勘探公司扣除了我公司代理费266954.00元，并保留未来如果查特常州工厂索要维修尾款201000元的情况下，再行向我公司追索的权利。由于事故责任是贵司单方面造成，我公司决定可以在扣除上述的266954.00元后，向贵公司支付剩余的压缩机清关运输合同款项合计258865.2元，同时保留未来向贵公司追索其余损失的权利。”随后，被告于2015年4月21日向原告付款258865.2元。2016年7月12日，被告再次致函原告称，原告2016年6月30日来函中提及的款项525819.2元，已支付258865.2元，其余部分266954元需与原告协商损失分担事宜。故迄今未付。
本院认为：原、被告签订进口设备委托清关运输协议书，所涉及的两台压缩机及配件，原告完好无损的送至指定地点，完成了合同义务。双方对运杂费525819.2元的最终确认，应予认定。被告在支付了部分款项后，以反诉合同所涉及的纠纷拒绝支付其余款项，显然没有道理。故原告要求被告支付运输费266954元的诉讼请求于法有据，本院予以支持。关于违约金一节，被告提出过高，要求降低计算标准，综合本案实际情况和原告实际损失，拟以每天50元的标准计算，并按原告起算的时间即2011年11月21日开始计算为宜；鉴于2015年已支付部分，原告收款时未主张违约金，故视为默认而不再计算。就被告反诉一节，原告的辩称，有理有据，显然不是一个法律关系，不应在一案中处理，被告应另案起诉解决。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第八条、第六十条、第一百零七条、第一百一十三条、第一百一十四条、第二百九十二条之规定，判决如下：
一、被告陕西中化建进出口公司于判决书生效之日起五日内支付原告天津邦君颐祺物流有限公司运输款266954元。
二、被告陕西中化建进出口公司于判决书生效之日起五日内支付原告天津邦君颐祺物流有限公司违约金，以266954元为基数，按照每天50元的标准自2011年11月21日起算至剩余款项结清之日止。
三、驳回原告天津邦君颐祺物流有限公司其他的诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件本诉诉讼费5304元由被告陕西中化建进出口公司负担（此款原告己预交，被告在付上款时一并直付原告）；案件反诉诉讼费6740元退回被告陕西中化建进出口公司。
如不服本判决，可在本判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状并按对方当事人的人数提出副本，上诉于陕西省西安市中级人民法院。
审 判 长 马西来
人民陪审员 付苗苗
人民陪审员 唐金琳
二〇一七年四月十三日
书 记 员 刘 美