江西省萍乡市安源区人民法院
民 事 判 决 书
（2016）赣0302民初727号
原告（反诉被告）：贵溪昌盛建筑工程有限公司，住所地：江西省鹰潭市雄石北街直属粮库旁边，组织机构代码证73392006-6。
法定代表人：汪茂水，董事长。
委托代理人：李建辉、李海燕，江西建辉律师事务所律师。
被告（反诉原告）：萍乡市工业和信息化委员会（以下简称萍乡市工信委），住所地萍乡市政府机关大院18楼，组织机构代码55354044-5。
法定代表人：钟帮元，主任。
委托代理人：李光萍、李若夫，江西鸿天律师事务所律师。
被告（反诉原告）：萍乡市江发国有工矿棚户区改造项目办公室，住所地萍乡市环城南路（东门道口）东星服务大楼2楼。
主要负责人：谭红九，全权代理。
委托代理人：彭泽民，江发集团公司资产管理处负责人。
原告贵溪昌盛建筑工程有限公司（以下简称贵溪昌盛公司）与被告萍乡市人民政府、萍乡市江发国有工矿棚户区改造项目办公室（以下简称萍乡市江发棚改办）建设工程合同纠纷一案，本院于2016年4月22日受理后，萍乡市人民政府于2016年5月8日向本院提交答辩状，辩称萍乡市人民政府不是本案的适格主体，经审查，本院2016年6月20日裁定变更萍乡市工业与信息化委员会（以下简称萍乡市工信委）为本案被告，并依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告贵溪昌盛公司的委托代理人李建辉、李海燕、被告萍乡市工信委的委托代理人李光萍、李若夫、被告萍乡市江发棚改办的负责人谭红九、委托代理人彭泽民均到庭参加诉讼。本案现已审理完毕。
原告贵溪昌盛公司诉称，2012年2月份，通过公开邀标的形式，原告与江发资产管理处签订了《江发迎新小区棚户区危旧房改造工程施工承包协议》，萍乡市××、萍乡市***均作为监督方盖章确认。该协议明确约定了双方的权利和义务，江发资产管理处以包材包料包税收的方式将江发迎新小区棚户区危旧房改造工程项目承包给原告，确保职工集资均价为1000元/平方米，并且负责收集各住户水电到户及产权办证所有费用交由原告统一办理。工程的总建筑面积为25000平方米。由于其中6000平方米属于有产权住户的面积以拆一还一的方式予以补偿，导致集资款数额偏低。江发资产管理处同意以小区全部店面和车库补贴给原告作为工程款。同时，同意3#楼2单元的住房10套和1单元2楼的2套住房（共计12套，总面积为1080平方米）由原告负责集资建设，自行销售。2013年被告为了组织实施好国有工矿棚户区改造项目，决定成立萍乡市国有工矿棚户区改造建设工作领导小组，为了进一步明确各项目责任单位和实施主体，领导小组下设5个国有工矿棚户区改造项目办公室，其中被告萍乡市江发棚改办全面接管江发国有工矿棚户区改造项目并负责实施工作。期间，原告将全部工程项目花巨资设计并送联审联批，费用高达数百万。此后，在工程建设过程中，被告违反合同约定单方面将工程项目多层房变更为高层电梯房，导致该工程建筑成本大幅增加，同时还擅自违反相关规定和约定另行指定桂冠公司承建了五号楼和七号楼，造成原告直接经济损失约43万元整（设计以及联审联批等费用）。2013年底江发棚户区改造主体工程完工并验收，2014年附属工程全部完工，《建设工程竣工验收测量技术报告》显示总建筑面积为24769.21平方米，其中高层式电梯房面积为7264.58平方米。有产权住户须“拆一还一”的面积为5619.92平方米。依据《江发迎新小区棚户区危旧房改造工程施工承包协议》以及《关于江发“迎新小区”棚户区改造有关高层电梯房结算及其他问题的补偿协议》之约定，被告方应付工程款为27902527.04元，品除已付工程款21720000元，质保金1170126.35元除外，被告方尚拖欠工程款5012400.69元。为此，原告曾多次与被告方洽谈并催讨，被告方以种种理由拒不支付，为维护原告的合法权益，特诉至法院，请求1、依法判令两被告立即依约支付拖欠的工程款计人民币5012400.69元（不含该工程质保金1170126.35元在内）2、依法判令两被告因违约而给原告所造成的直接经济损失约43万元，并立即依约将其负责收集的各住户水电以及产权办证所有费用，交付给原告统一办理。3、本案一切诉讼费用由被告承担。
被告萍乡市工信委、萍乡市江发棚改办辩称，1、多层房改为高层电梯房是原、被告之间已经达成补充协议，不属于违约的情形，故原告诉称被告违反合同约定导致其成本增加与事实不符。2、因原告项目部无法履行合同义务，未能拆除并承建5号楼、7号楼，导致附属工程无法动工，原告于2014年3月19日向棚改办发函请求终止协议并要求结算工程款，被告于2014年3月28日复函确认原告项目部的终止协议请求，自原、被告之间协议终止履行后，被告才另行指定第三方承建。3、协议约定设计费、联审联批费已计入承包总价，首先江发资产管理处与原告签订的是施工包干价，即原告以包材包料包税收的方式承包迎新小区项目施工；其次，施工设计费、审批办证费是按所建面积缴纳；最后，原告诉请额外的联审联批费应该向收取该费用的部门申请退费，与被告无关。4、被告已按照协议及补充协议的约定支付了建筑工程款，履行了合同义务，因此请求驳回原告的全部诉讼请求。
被告萍乡市工信委反诉称，2012年2月20日，在萍乡市××、萍乡市***的监督见证下，江发资产管理处与被反诉人贵溪昌盛公司签订了《江发迎新小区棚户区危旧房改造工程施工承包协议》，约定由被反诉人以包干的方式承建江发棚户区迎新小区项目。后因国家政策及萍乡市、区建筑规划调整要求，迎新小区原设计的2号、3号多层楼房调整变更为高层电梯房。2014年12月26日萍乡市江发棚改办与被反诉人就迎新小区高层电梯房的结算方式达成一致，签订了《关于江发“迎新小区”棚户区改造有关高层电梯房结算及其他问题的补偿协议》。2014年3月19日被反诉人项目部因无法协调周边关系，不能履行承建迎新小区5号、7号楼的合同义务，遂向江发棚改办请求终止协议并要求结算工程款。2014年3月28日被反诉人向江发棚改办复函确认项目部的终止协议请求。同年4月14日江发棚改办向被反诉人回函同意终止合同，另行委托第三方（桂冠公司）承建5号、7号楼。在结算过程中，根据双方协议及补偿协议约定，在扣除多层房拆一补一的6000平方米后，反诉人应向被反诉人支付工程款21270452.32元，截止2016年7月19日，反诉人共支付工程款21720000元，同时还代被反诉人垫付了住宅过度安置费、住户面积补差款、高层房二楼店面及水泵房等相关补差款、设计费、规划验收的测量费等费用合计1572139.5元，还应扣除被反诉人的质量保证金838522.62元，以上合计2446492.12元。另外，由于被反诉人尚未完成相关建设手续，导致迎新小区项目至今未能竣工验收，被反诉人亦未开具结算发票，因此反诉人应实际支付给被反诉人工程款21270452.32元，品除上述代为垫付和扣减的各项费用2410662.12元，反诉人应付工程款为18859790.2元。截止2016年7月19日，反诉人共支付工程款21720000元（其中附属工程款450万元），扣除被反诉人项目部销售给交警支队的店面款1541324.8元，被反诉人应当返还反诉人1318885元，故诉请法院：1、判令被反诉人返还工程款1318885元及设计费335000元；2、判令被反诉人支付垃圾清运费22678元；3、判令被反诉人承担协议约定的附随义务，限期完善迎新小区竣工备案登记，开具建筑业正式发票（发票金额为21270452.32元）；由被反诉人承担全部诉讼费用。
针对被告的反诉，原告贵溪昌盛公司辩称：1、反诉人的反诉与事实不符、与法律相违背，首先该公司认为这个施工由多层房变为高层电梯房就是反诉人强加给该公司的协议，这份协议不是其真实意思的表示，反诉方表明不构成违约的理由不属于不可抗力，所以违约责任应该由反诉人承担；2、反诉方指定桂冠公司承建工程也属于违约行为；3、对结算工程的面积和金额方面严重违反了双方签订的协议，甚至是对双方合同的曲解，所以请求法庭依法驳回反诉方的诉讼请求。
原告贵溪昌盛公司针对其诉讼请求向本院提交了如下证据，经被告萍乡市工信委、萍乡市江发棚改办当庭质证，本院依据证据的真实性、合法性、关联性作如下认定：
1、原告贵溪昌盛公司营业执照、组织机构代码证、法定代表人证明书各一份，欲证明原告贵溪昌盛公司的公司信息和主体资格。二被告质证后无异议。本院认为应予采信。
2、《江发迎新小区棚户区危旧房改造工程施工承包协议》、《关于江发“迎新小区”棚户区改造有关高层电梯房结算及其他问题的补充协议》各一份，欲证明原、被告双方已签订工程施工承包合同以及补充协议，确定了原、被告双方的责任和权利，相关条款明确了工程结算计算的方式。二被告质证后对原告方的该组证据三性都无异议，但提出原告关于这两份证据的证明目的与被告方不一致，这两份协议是合法有效的，正好反驳了原告诉被告因为多层房变更为电梯房导致违约的事实。本院认为，被告对该组证据的三性均无异议，依法应予采信，至于其证明目的能否实现将在说理部分予以阐述。
3、《关于对江发“迎新小区”棚户区改造附属工程建设有关问题的函告》、《关于终止江发棚户区改造工程合同并要求结算的报告》、《关于终止江发棚户区改造工程有关合同的函》、《关于江发棚户区改造整体工程结算的申请报告》各一份，欲证明原告在被告不履行合同义务的前提下，被强势胁迫终止工程施工承包协议的原由及原告在合同终止的情形下提出的两种合理的结算方法。二被告质证后对该组证据的三性均无异议，对证明目的有异议，首先，原告提出有履行合同的行为，看函件要看来龙去脉不能掐头去尾，原告无法履行合同，一个拆迁工作无法完成的承建方被告有理由认为原告无法履行合同，被告没有正式解约，正式解约提出解除合同是原告方无法协调村民关系要求和棚改办终止合同进行结算，棚改办要求贵溪总公司出具报告，结果贵溪总公司在项目部基础上提出解除合同，这只能证明原、被告方双方因为形势变迁发生了一些变化，这是基于双方平等自愿的基础上，不存在任何胁迫行为；其次，本组证据证明目的与第二组证据的证明目的互相矛盾，《合同法》规定了胁迫签订合同的情形，没有规定胁迫解除合同的情形；再次，原告在江发做工程约定是10栋，因5、7号楼拆迁工作没有完成，和周边关系没有协商好，导致无法动工，工程没有按时完成，原告3月份迟迟没有动工，在这样的情况下，被告发出函告要求原告公司在3月20号之前尽快解决尽快动工，原告公司项目部3月19号回函请求正式提出解除合同，所以原告公司说是被告主动提出解除合同这一说法与事实不符。本院认为，被告对该组证据的三性均无异议，依法应予采信，至于其证明目的能否实现将在说理部分予以阐述。
4、《建设工程竣工验收测量技术报告》，欲证明原告已依约履行合同义务，以及实际的工程量，总建筑面24769.21平方米，高层电梯房7264.58平方米，有产权住户拆一还一5619.92平方米。二被告质证后对证据的三性均无异议，对建筑面积无异议，对原告方提出的拆一还一面积均没有争议，至于怎么结算需要其他证据佐证。本院认为，被告对该组证据的三性均无异议，依法应予采信。
5、2015年8月28日《关于申请江发棚户区附属工程结算的报告》，欲证明该附属工程已被被告强行指定第三方（桂冠公司）承建，并且该附属工程迄今为止仍未完工，导致竣工验收（包括消防）无法进行。二被告质证后对证据的真实性、关联性都予以认可，但提出：棚户区的拆迁工作由被告主导，东新村的村民关系是由原告做工作被告来配合，原告同意450万元来结算附属工程，是因为2014年3月份无法和村民协调好关系，所以原告无法进行工程，这个工程本来是由原告做，原告做不下去，被告就请桂冠公司来做，被告已经付了工程款给原告，所以这个款应该由原告再付给桂冠公司，实际付款人还是被告棚改办。其次，原告所称是被告强行指定的桂冠公司承建与事实不符，是原告公司和东新村的第五组村民签了协议，协议没有正常履行，所以把工程让给了东新村第五小组，然后由东新村第五小组与桂冠公司签订了协议，而不是被告方指定的桂冠公司承建。原告公司税收没交全，节能减排手续没有交齐，消防等手续没有办理才导致工程无法竣工验收，被告的229户水电已经安装到位，不存在因为被告方的原因导致工程无法验收。本院认为，被告对该组证据的三性均无异议，依法应予采信。
6、联审联批等费用票据，欲证明由于被告单方面将多层房变更为高层电梯房，给原告造成的直接经济损失43万元。二被告质证后对联审联批等费用票据真实性没有异议，提出后面的费用票据是不属于联审联批费用的，所以对这个数据存有异议，5号楼和7号楼没有动工，所以这个费用也太高，提出来的主体资格搞错了，跟被告没有关系。这些费用已经计入了工程的包工价，涵盖了所有工程；其次联审联批应该是原告在行政主管部门申请的费用，费用的主体是安源区各部门收取的费用，不是工信委和棚改办收取的，原告向各部门交纳了多少规费，希望原告能拿出真实有力的证据来证明；原告要交清所有费用之后才能向各部门申请办理这个房屋的验收报告，而据被告所知，原告之所以没有办理验收报告正是因为相关费用没有交齐；承包协议和补充协议里对变更设计所产生的费用是平等自愿签订的，所以不存在是因为变更了设计所以造成了损失，原告实际上签订合同是25000平方米建筑面积，那么就是交纳25000平方米建筑面积的规费，对交纳规费的主体要弄清楚，不是被告，是各行政管理部门，如果原告多交了规费，应该去找行政部门进行退费，与被告无关。本院认为，被告对该组证据的三性均无异议，依法应予采信。
7、《关于江发“迎新小区”棚户区改造工程(一期)结算等有关问题的函告》等相关证据材料，欲证明原、被告双方对于合同的理解和工程结算的方式上存在着分歧。二被告质证后对该证据的三性无异议。本院认为，被告对该组证据的三性均无异议，依法应予采信。
8、律师事务所函及其相关邮寄凭证，欲证明原告收悉函告后，正式提出的异议以及诉求。二被告质证后对证据真实性无异议，但认为律师事务所的函告和本案的关联不大。本院认为，被告对该组证据的真实性均无异议，依法应予采信。
9、工程款计算表一张，欲证明原告依据协议、补充协议等相关材料得出的计算结果，即原告的诉求标的。二被告质证后认为这是原告方对诉讼请求500多万的计算依据，不符合证据形式，被告也不认可原告出具的500多万的计算依据。本院认为，因被告对该组证据提出异议，且工程款的计算应以审理查明的事实来认定，故该工程款计算表不能认定为证据。
被告萍乡市工信委、萍乡市江发棚改办为支持其抗辩和反诉理由，向法庭提供了下列证据，原告当庭进行质证，本院依据证据的真实性、合法性、关联性作如下认证：
1、萍乡市工信委组织机构代码证、法定代表人身份证明、（2016）赣0301民初727号之一民事裁定书，欲证明萍乡市工信委作为江发资产管理处、棚改办的主管单位，具有本案诉讼主体资格。原告质证后对证据的三性均无异议。本院认为，原告对该组证据的三性均无异议，依法应予采信。
2、《江发迎新小区棚户区危旧房改造工程施工承包协议》、《关于江发“迎新小区”棚户区改造有关高层电梯房结算及其他问题的补充协议》各一份，欲证明被告支付建设工程款的具体约定及多层房变更为电梯房是双方的合意行为。原告质证后对证据的真实性无异议，对证明目的有异议，提出这个结算方式违反了合同约定。本院认为，原告对该组证据的真实性无异议，依法应予采信，能否实现被告的证明目的将在说理部分阐述。
3、2014年7月3日、2015年9月10日原告出具的《关于江发棚户区工程结算的申请报告》二份、原告2014年3月19日、2014年3月28日出具的《关于终止江发棚户区改造工程合同并要求结算的报告》以及棚改办2014年4月14日出具的《终止协议决定书》《关于江发迎新小区棚户区危旧房改造工程施工承包协议及有关情况的说明》4份、《退股补充协议书》，江发留守处与原告2011年3月14日签订的《工程施工承包补充协议》，欲证明双方的结算依据和双方已终止《江发迎新小区棚户区危旧房改造工程施工承包协议》、《关于江发“迎新小区”棚户区改造有关高层电梯房结算及其他问题的补充协议》及见证人工信委刘戬、国资委黄剑以及原告的股东陆世友、宁德丰对结算依据的说明。原告质证后提出对证据的真实性无法确定，对这组证据的三性都有异议，证据内容也不能实现被告的证明目的，对这组证据的来源也有异议，对这些做出说明的人不予认可，说明材料是完全一致的，这组证据违反了民诉法中的相关规定，且复印件是不能作为证据提供的。本院认为，原告对该组证据的三性均有异议，原告自身出具的相关报告虽系复印件，但结合原告所举证据应予采信；而被告提供的相关证人证言，因不符合证据的三性要求及证人应当出庭的规定，对该组证人证言不予采信。
4、被告付款明细表一份、银行汇款凭证16份、原告申请拨付工程款报告4份、资金拨付表10份、原告借支专项资金的报告、附属工程汇款凭证，欲证明江发资产管理处、萍乡市江发棚改办已按相关协议规定，向原告支付建设工程款项共计2172万元。原告质证后对该组证据的三性均无异议。本院认为，被告对该组证据的三性均无异议，依法应予采信。
5、迎新小区住户过渡安置费发放表、原告与住户的补偿协议1份、关于申请江发棚户区附属工程结算的报告、商品房二楼店面及水泵房补差价的补充款、代付民用建筑设计院设计费、测绘合同（GF-2000-0306）及发票、垃圾清运费付款凭证，欲证明原告同意支付住户过渡安置费534150元、同意支付住户补偿面积差额款共计350765.5元,原告未支付高层电梯房二楼店面及水泵房等相关补差款35万元，原告未支付设计费335000元，被告支付了萍乡市勘察测绘院支付测绘费35224元，被告代原告支付了垃圾清运费22678元，前述共计1627838.5元。原告质证后对该组证据中迎新小区住户过渡安置费发放表和原告与住户的补偿协议没有异议，对关于申请江发棚户区附属工程结算的报告真实性没有异议，但这不是原告的真实意思表示；对商品房房二楼店面及水泵房补差价的补充款，补充协议当中有一个60万元，要补给原告35万元，实际差额25万元；对代付民用建筑设计院设计费335000元没有异议；对测绘合同（GF-2000-0306）及发票不予认可，对垃圾清运费付款凭证认为和本案没有关联性。本院认为，被告提供的该组证据中原告认可的应予采纳，对原告不认可且不能形成证据链或无其他证据佐证的不予采纳。
经审理查明：经安源区建筑工程招标投标管理办公室确认，2012年2月20日，江发资产管理处（甲方）与原告贵溪昌盛公司（乙方）签订了《江发迎新小区棚户区危旧房改造工程施工承包协议》，萍乡市国有资产监督管理委员会、萍乡市国有工业企业改革办公室均作为监督方盖章确认。该协议第一条约定了工程承包范围为江发迎新小区棚户区危旧房改造1#--11#栋，但由于11#栋原训练团改造工程存在纠纷，暂不纳入此次工程承包范围；第二条工程承包方式、价格中约定：1、甲方以包材包料包税收的方式将江发迎新小区棚户区危旧房改造工程项目承包给乙方；2、甲方确保职工集资均价为1000元/平方米；3、甲方负责收集各住户水电到户及产权办证所有费用交由乙方统一办理；4、由于工程的总建筑面积为25000平方米，其中6000平方米属于有产权住户的面积（即拆一还一的方式）补偿，导致集资款数额偏低。甲方同意以小区全部店面和车库补贴给乙方作为工程款，同时，同意3#楼2单元的住房10套和1单元2楼的2套住房（共计12套）由乙方负责集资建设，自行销售；5、乙方承包总价包括该工程发生的所有费用，包括但不限于：工程设计费、施工办证费、工程建设费、三通一平费、拆迁安置过渡费、工程监理费、水电增容费、属地关系协调及拆迁费、配套及附属工程建设、绿化、税收、小区路面硬化、小区用地红线内地面硬化或绿化。6、…7、乙方承包的总价为固定包干价，遇原材料涨价等因素，不再另行调整。工程竣工验收后，甲方按乙方实际工程量与乙方进行结算。此外约定工程竣工验收合格后，甲方足额支付工程全部集资款的95%，其余5%作为质保金。在工程竣工验收合格一年后，如无工程质量问题，甲方一次性将质保金付清给乙方。
2013年，为组织实施好国有工矿棚户区改造项目，萍乡市人民政府决定成立萍乡市国有工矿棚户区改造建设工作领导小组，为了进一步明确各项目责任单位和实施主体，领导小组下设5个国有工矿棚户区改造项目办公室，负责各改造项目的牵头实施工作，其中江发国有工矿棚改区改造项目办公室设在被告萍乡市工信委，全面接管江发国有工矿棚户区改造项目并负责实施工作。后原告进场开工建设，被告从2012年10月31日起至2014年1月27日分16次陆续支付给原告工程款1722万元，后支付附属工程款450万元，共计2172万元。此后，在工程建设过程中，因国家政策及市、区建设规划要求，原设计的2号、3号多层楼房调整为高层式电梯房。2014年3月19日，原告项目部因多次与周边村民沟通、协调，但未达成一致意见，导致该项目附属工程不能在规定期限内正式动工，故该项目部向被告申请终止合同并按国有工矿棚户区改造政策结算。被告于2014年年4月14日作出书面答复，同意终止2012年2月20日双方签订的《江发迎新小区棚户区危旧房改造工程施工承包协议》，双方同意终止合同。被告另行委托第三方（桂冠公司）进行承建五号楼和七号楼。2013年底江发棚户区改造主体工程完工并验收，2014年附属工程全部完工，经萍乡市勘察测绘院测绘后出具的《萍乡市建设工程竣工规划验收测量成果报告书》显示总建筑面积为24769.21平方米，其中1#、4#、6#、8#、9#、10#多层房建筑面积分别为2838.48平方米、2493.41平方米、3759.8平方米、3742.57平方米、1104.52平方米、2516.6平方米，共计16455.38平方米，包括四栋楼的车库面积1710.7平方米；高层式电梯房2#、3#建筑面积分别为4110.53平方米、4203.3平方米，其中2#、3#楼一、二层店面面积为1778.44平方米（420×2＋469.22×2），由原告自行集资建设并以经济适用住房价格销售的2#楼12套住房共计1089.25平方米，尚有高层建筑面积7224.58平方米；此外，有产权住户的面积（即拆一补一）为5619.92平方米。2014年12月26日，被告萍乡市江发国有工矿棚户区改造项目办公室与原告签订《关于江发“迎新小区”棚户区改造有关高层电梯房结算及其他问题的补偿协议》，因原设计的2号、3号多层楼房调整为高层式电梯房，补充约定：1、高层式电梯房结算按照2388元/㎡的价格进行实际结算；2、高层式电梯房第二层写字楼的二分之一（约为400平方米），原告以60万元补偿被告；3、高层式电梯房追加的门套、电控门，被告以10万元补偿原告，其小区主路延长部分按实际工程定额审核结算；4、考虑到水泵房费用较高及“江发”棚户区的整体小区住户的用水需求，在水泵房费用中，被告以25万元补偿原告等。后双方因工程款问题产生纠纷，原告认为依据《江发迎新小区棚户区危旧房改造工程施工承包协议》以及之约定，被告方应付工程款为27902527.04元，品除已付工程款21720000元，质保金1170126.35元除外，被告方尚拖欠工程款5012400.69元。为此，原、被告双方多次洽谈均无果，故原告为维护其合法权益，特诉至法院，请求1、依法判令两被告以及依约支付拖欠的工程款计人民币5012400.69元（不含该工程质保金1170126.35元在内）2、依法判令两被告因违约而给原告所造成的直接经济损失约43万元，并立即依约将其负责收集的各住户水电以及产权办证所有费用，交付给原告统一办理。3、本案一切诉讼费用由被告承担。
诉讼过程中，被告萍乡市工信委提起反诉，认为原告贵溪昌盛公司承建江发迎新小区1#--4#、6#、8#、9#、10#楼共计面积24769.21平方米，其中多层房157套，面积14265.07平方米，高层电梯房60套，面积为5446.14平方米（电梯房总共72套，其中1单元6
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11楼12套有原告自行销售），根据双方协议及补充协议约定，在扣除多层房拆一补一的6000平方米后，被告应当向原告支付工程款21270452.32元，但被告已经支付原告工程款共计2172万元，且为原告垫付了住户过度安置费、住户面积补差款、设计费、测量费、垃圾清运费等共计2410662.12元，超付了工程款给原告，故反诉要求：1、判令原告返还工程款1318885元，2、判令原告支付垃圾清运费22678元，3、判令原告承担协议及补偿协议约定的扶绥义务，限期完善迎新小区竣工备案登记，并开具建筑业证实发票（发票金额为21270452.32元），4、判令原告承担本案全部的诉讼费用。
另查明，被告萍乡市工信委代原告发放住户过渡安置费534150元、支付住户补偿面积差额款350765.5元、垫付萍乡市民用建筑设计院设计费335000元。
本院认为，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定全面履行自己的义务。本案原、被告之间签订的《江发迎新小区棚户区危旧房改造工程施工承包协议》及《关于江发“迎新小区”棚户区改造有关高层电梯房结算及其他问题的补偿协议》性质为建设工程施工合同，签约时，原、被告双方意思表示真实，系双方平等自愿签订的，不违反法律、行政法规强制性规定，该合同合法有效，依法应受法律保护，双方当事人均应当遵照合同约定行使各自的权利并履行各自的义务。
根据双方在庭审中的举证，本案争议的焦点在于双方对《江发迎新小区棚户区危旧房改造工程施工承包协议》中第二条第4款的理解差异，即“由于工程的总建筑面积为25000平方米，其中6000平方米属于有产权住户的面积（即拆一还一的方式）补偿，导致集资款数额偏低。甲方同意以小区全部店面和车库补贴给乙方作为工程款。同时，同意3#楼2单元的住房10套和1单元2楼的2套住房（共计12套，总面积为1080平方米）由乙方负责集资建设，自行销售”，现双方均认可萍乡市勘察测绘院对建设项目进行测绘的结果，即建筑面积总计为24769.21平方米，但争议的是被告补贴给原告的全部店面及车库是否应当由被告承担每平方米1000元或2388元的工程款，对此，可以从该条款的字面意义去分析，该款的前置条件是“由于工程的总建筑面积为25000平方米，其中6000平方米属于有产权住户的面积（即拆一还一的方式）补偿，导致集资款数额偏低。甲方同意以小区全部店面和车库补贴给乙方作为工程款。”如果被告不需承担该部分工程的工程款，那么就不需在该款的后部分又约定“同时，同意3#楼2单元的住房10套和1单元2楼的2套住房（共计12套）由乙方负责集资建设，自行销售”，完全可以直接约定“小区全部店面及车库与高层12套住房由原告负责集资建设，自行销售”，故原告要求被告承担店面及车库工程款的意见可以成立，其诉请依法应予支持。
本案中原告按照合同约定，履行了其工程建设的义务，且经双方协商终止合同并均认可由萍乡市勘察测绘院对建设工程验收进行测量，其测量结果得到原、被告双方的认可，故原、被告双方均应根据合同约定履行各自的义务，但被告方违约拖欠工程款，对本案纠纷的发生被告应当负全部责任。
本案中原告提出因被告擅自将多层房变更为高层房，因此其多支出的43万元设计及联审联批费用应由被告承担的意见，因原告提供的该部分证据不能证明这些费用系因被告将多层房变更为高层房而产生，且事后双方于2014年12月26日签订了《关于江发“迎新小区”棚户区改造有关高层电梯房结算及其他问题的补偿协议》，对该变更内容进行了协商处理，故原告提出的该项诉讼请求依法不能支持。
对于原告诉请要求被告依约将被告收集的各住户水电以及产权办证所有费用交付给原告统一办理的意见，虽然双方在合同中已明确约定“被告负责收集各住户水电到户及产权办证所有费用，交由原告统一办理”，但原告并未提供证据证实被告已经将其负责收集的各住户水电到户及产权办证所有费用收齐，且原告不能确定该部分费用的金额，即该项诉请处于不确定状态，故原告的该项诉请依法不能支持。
根据协议约定及查明的事实，1#、4#、6#、8#、9#、10#楼多层房的建筑面积为16455.38平方米（其中拆一补一面积为5619.92平方米），2#、3#楼高层房的建筑面积为7224.58平方米（即该两栋楼总建筑面积8313.83减去原告自行集资建设并销售的12套楼房1089.25平方米），根据《最高人民法院关于审理建设工程合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条规定，当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款，故被告尚应支付给原告的工程款项目为：1、多层房工程款为1000元/平方米×16455.38平方米=16455380元，2、高层房工程款为2388元/平方米×7224.58平方米=17252297元，3、原告应收高层电梯房追加的门套、电控门10万元，4、原告应收水泵房费25万元；原告尚应减去的费用为：1、拆一补一的工程款为1000元/平方米×5619.92平方米=5619920元，2、原告补偿被告高层式电梯房第二层写字楼的二分之一，即60万元。故原告承建本案工程合计工程款为：16455380元+17252297元+100000元+250000元-600000元-5619920元=27837757元，被告按合同约定应付原告的工程款为27837757元×95%=26445869元，冲减已付的21720000元，被告尚欠原告工程款为26445869元-21720000元=4725869元。但被告萍乡市工信委代原告发放住户过渡安置费534150元、支付住户补偿面积差额款350765.5元、垫付萍乡市民用建筑设计院设计费335000元亦应从所欠工程款中冲减，即4725869元-534150元-350765.5元-335000元=3505953.5元，故本案中被告尚应支付给原告拖欠的工程款为3505953.5元，不包括质保金。根据《最高人民法院关于审理建设工程合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十条规定，建设施工合同解除后，已经完成的建设工程质量合格的，发包人应当按照约定支付相应的工程价款。本案中，原、被告双方经协商自愿解除合同，且经双方认可的萍乡市勘察测绘院测量验收确定工程量，根据双方约定，工程验收合格后，被告应足额支付全部款项的95%，其余5%作为质保金，故被告依法应当将所欠工程款3505953.5元支付给原告，原告起诉超出该部分的金额不能成立，对其超出部分的诉请依法应予驳回。
此外，被告反诉要求原告支付其代原告发放住户过渡安置费534150元、支付住户补偿面积差额款350765.5元、垫付萍乡市民用建筑设计院设计费335000元的意见，因原告对前述三笔款项予以认可，故被告反诉的该部分诉请依法应予支持，本院也已在被告应支付的工程款中予以冲减；被告反诉要求原告返还工程款1318885元的意见与审理查明的事实不符，其诉请依法不予支持；被告反诉要求原告支付垃圾清运费22678元的意见，虽然被告提供了相应票据，但原告不予认可，且被告不能提供其他证据证实该费用系为本案诉争的建设工程清运垃圾而产生的，故该诉请依法也不予支持；被告诉请要求判令原告承担本案中双方签订的协议及补偿协议约定的附随义务，限期完善迎新小区竣工备案登记的意见，因被告将该小区的部分工程发包给别的承包人承建，被告现有证据不能证实其余的承包人已履行了相应的竣工验收的义务，且竣工验收备案登记不属于原告的单个主体义务，需要原、被告及其他承包人等一起完成，故完善该小区竣工备案登记的义务不能加于原告一方，被告的该项反诉请求依法不能成立，不予支持；对于被告反诉要求原告开具建筑业正式发票的意见，因税收及发票问题发生的法律关系属行政法律关系，由行政法律法规调整，不是民事法律关系，不属于本民事案件处理的范畴，故该诉请亦不予支持；
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第八条、第六十条、第六十一条、第一百零七条、第一百零九条、第二百六十九条、《最高人民法院关于审理建设工程合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十条、第十六条之规定，判决如下：
一、被告萍乡市工信委、萍乡市江发棚改办支付拖欠原告贵溪昌盛公司的工程款3505953.5元，该款项限二被告在本判决生效后十日内付清。
如果未按本判决指定的期限履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
二、驳回原告贵溪昌盛公司的其他诉讼请求。
三、驳回反诉人萍乡市工信委的其他反诉请求。
本案受理费58332元（含本诉49908元、反诉8424元），由原告承担26000元，由二被告承担32332元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提交副本，上诉于江西省萍乡市中级人民法院。本判决发生法律效力后，权利人可向一审人民法院申请执行，申请执行的期限为二年。
审 判 长 钟 强
审 判 员 罗绍辉
人民陪审员 何 涛
二〇一七年四月十八日
代理书记员 彭 双