上海市青浦区人民法院
民 事 判 决 书
（2014）青民三（民）重字第2号
原告（反诉被告）上海韵家房地产咨询有限公司，住所地上海市某区某镇某中路某弄某号。
法定代表人徐文英，执行董事。
委托代理人杨晓，上海市锦天城律师事务所律师。
委托代理人杨巍，上海市锦天城律师事务所律师。
被告（反诉原告）上海林锦置业有限公司，住所地某市某区某镇某路某号。
法定代表人邵清远，执行董事。
委托代理人邹红黎，上海市中茂律师事务所律师。
委托代理人李静，上海市中茂律师事务所律师。
原告上海韵家房地产咨询有限公司（以下简称韵家公司）诉被告上海林锦置业有限公司（以下简称林锦公司）合资、合作开发房地产合同纠纷一案，本院于2010年12月24日以（2010）青民三（民）初字第3045号立案受理，经审理后于2012年12月25日作出一审判决。判决后，林锦公司不服判决提起上诉。上海市第二中级人民法院审理后认为原审判决认定事实不清，于2014年3月18日裁定发回重审。本院于2014年4月2日以（2014）青民三（民）重字第2号立案受理后，依法由审判员夏鑫德、审判员徐冬梅、人民陪审员沈全观组成合议庭适用普通程序进行审理。本案于2014年12月30日公开开庭审理，韵家公司委托代理人杨巍，林锦公司委托代理人邹红黎到庭参加诉讼。本案经分管院长批准延长审限六个月审理。本案现已审理终结。
原告韵家公司诉称：2005年8月8日，原、被告签署了《合作协议书》一份，协议约定双方共同合作开发建设某区2005年第某地块配套商品房项目（“某园”项目），并约定双方各自享有本项目结算分利的50%权益，商铺由原、被告双方各半分配。后经原告韵家公司努力该项目经上海市青浦区发展和改革委员会批复立项，上海市青浦区规划管理局对上述项目规划为东区和西区，2005年12月23日，经规划核准东区建设项目规模为88，462平方米，后西区建设项目经核准建设规模为55，926平方米。原告韵家公司在双方履行合作协议的过程中，已经就东区完成了全部的义务，就西区也已经完成了权证办理、部分居民动迁等工作。后东区项目的住宅部分已经销售完毕，但是东区商铺部分尚未销售。随后原告韵家公司要求被告林锦公司将住宅部分的销售核算收益的50%分配给原告，并将已经建成部分的商铺的50%登记为原告，但是被告林锦公司却以《协议书》已替代《合作协议书》为由明确表示不愿意履行《合作协议书》。因此原告韵家公司诉至法院请求判令：1、解除原、被告间的合作经营关系及涉及的相关协议，包括《合作协议书》及《协议书》；2、以下位于青浦区徐泾镇盈港东路某号、某号、某号某弄某号总建筑面积11，622平方米的50%的建筑面积5，811平方米的房产归原告所有，并由被告林锦公司协助原告韵家公司办理房地产产权变更登记手续。
被告林锦公司辩称：不同意原告韵家公司的全部诉讼请求。双方在2005年8月8日之后还签署了《协议书》一份，此前还签订了《咨询合同》一份，之后签订的《协议书》已经替代了《合作协议书》，原、被告之间并未履行《合作协议书》也不存在解除《合作协议书》的情形。原被告之间实际履行的是《咨询合同》和《协议书》，《协议书》是《咨询合同》的延续、是双方真实意思的表示，双方之间是委托咨询关系，而非合作开发房地产的关系。因此原告韵家公司不得依照合作关系主张分享本案利润或分割房产。
同时，被告林锦公司反诉称：原、被告在《协议书》中约定，韵家公司应当在两年内（自2005年6月开始）完成全部工作，包括负责协调政府交地、完成有关配套、确保外配套完成、负责办妥建设项目的“四证”及项目配套、竣工验收交房及相关权证手续办理、商业用房的市场化销售等相关手续。后林锦公司按照该协议约定支付了咨询费人民币1，560万元，并按约每年为韵家公司报销费用200余万元。但至今韵家公司却未能完成工作，项目东区并未在约定的两年时间内完成全部竣工验收交房手续，而是直到2008年2月29日才取得交付使用许可证，西区也尚未完成交地、办证工作。且根据委托合同的性质，韵家公司只有在完成委托服务事务后才能获得相应的报酬。因此林锦公司反诉请求判令韵家公司返还已付的咨询费1，560万元，反诉诉讼费由韵家公司负担。
针对林锦公司反诉，韵家公司辩称：不同意全部反诉请求。双方之间确实签订过为出具发票为目的的《协议书》，该《协议书》的内容包括在《合作协议书》之内、已经由《合作协议书》所替代和覆盖，双方实际履行的是体现双方真实意思的《合作协议书》。双方并未约定韵家公司应当在两年内完成相应的义务，事实上东区的项目已经全部完成，西区的项目也已经取得了相应的证件，只有零星土地尚未拆迁完成，并不影响西区大部分土地的开发建设。故韵家公司并不存在任何违约的情形，鉴于韵家公司已经诉请要求解除《合作协议书》，则被《合作协议书》所替代和覆盖的《协议书》亦已解除。
经开庭审理查明：2004年3月31日，原告韵家公司作为乙方、被告林锦公司作为甲方，双方签署了《咨询合同》一份。合同约定：甲方委托乙方就林锦花苑市场前期策划与概念设计整合等事宜签署协议；项目位于青浦区徐泾西路总面积约为280亩，项目地上总建筑面积为15万平方米，最终以有关部门最终批准为准。合同约定甲方委托给乙方的主要工作涵盖以下方面：本项目政府报批的相关手续；四证（建设用地规划许可证、土地证、建设工程规划许可证、建设工程许可证）的办理；协调政府部门对本项目基地红线内的居民动迁完成；协调政府部门对本项目基地界桩定位等基础工作、前期介入本项目并提供专业建议与方案定制；参与前期方案和扩初设计并提供专业建议及时予以设计优化跟踪；依照甲方需要，根据项目开发进度，分单制定与实施各类相关的企划推广等事宜；参与本项目单项建筑装修审议：如景观小品、园林绿化建议案；参与本项目中各配套单位的前期征询，并使之顺利通过方案及扩初；上述乙方工作过程中应主动与甲方沟通，在经甲方书面认可后实施。合作期限自合同签订之日至2005年12月31日。甲方应当提供项目的相关原始资料及相关证件，保证所建房屋质量符合国家规定，在合同履行过程中不以任何方式聘用乙方在职员工，按时支付企划执行费；乙方在整个策划、宣传过程中必须遵守国家及地方有关法律法规；乙方应当根据甲方需要组织、召集、参与相关专题会议、协调解决相关的问题并根据甲方工程进度提出产品建议，同时提供详细的企划执行工作进度表，并及时提供相关成果；乙方应当根据项目实施进度，依甲方要求实施相关内容。咨询费用暂时按照总投资（五亿元）的3%计算，合计1，500万元整，实际按照计委的批文为准，差额在最后一次付款中调整；合同签订后支付15%、计委立项后支付20%、扩初通过后支付20%、实际较低后支付15%、四证齐全后付清尾款。如果甲方未按照约定要求支付相应款项，则每延期一日按照应付金额的千分之一计提违约金，超过3个月的，按应付金额每日的百分之一计提违约金；如果乙方未按规定完成相关责任，除按照本合同上述约定执行外，另承担赔偿违约金及给甲方造成的其他损失费，甲方有权单方面终止本合同。合同并对其他事项进行了约定。
关于咨询合同，原被告一致陈述是为了协助被告林锦公司取得土地而签订的。
上述合同签订后，2005年5月28日被告林锦公司与上海市青浦区房屋土地管理局就2005年第某号地块（即本案所涉地块）签署了土地使用权出让合同，约定该合同约定地块总面积为125，078平方米，土地使用权出让金28，142，573元。同年5月31日，被告林锦公司与上海市青浦区住宅发展局和上海市青浦区徐泾镇人民政府签署了建设项目协议书，约定由徐泾镇政府负责拆迁、平整至自然标高，协助被告公司办理申请临水、临电；配套房销（预）售须受政府指导价限制，根据招标文件规定和被告的招标承诺，本项目工程多层住宅的平均销售价格为每平方米4，100元。同年6月23日，被告林锦公司又与上海市青浦区土地发展中心签署了国有土地开发补偿合同，合同约定了开发补偿的相应事项，发展中心承诺具体交地的时间为乙方付清本合同应缴纳的款项后根据徐泾镇人民政府的承诺于2005年12月正式交地。
又查明：落款日为2005年8月8日，原告韵家公司作为乙方、被告林锦公司作为甲方，双方又签订了《协议书》和《合作协议书》各一份。
其中《协议书》约定：甲方通过招标取得上海市青浦区某号配套商品房地块（后调整为青浦区2005年第某号地块）的开发建设权，双方就下列事项达成一致：项目位于青浦区徐泾西路，界方范围总用地196，343.10平方米，其中出让土地面积125，078.10平方米（合187.617亩），项目地上总建筑面积约150，090平方米，其中住宅面积132，634平方米、公建1，500平方米、商业用房15，956平方米，以上数据以有关部门最终批准为准。第二条约定甲方聘用乙方为项目顾问公司，乙方承担以下责任和权：负责协调政府交地和完成有关配套设施，确保外配套及时完成，外配套费政府已按可建用地每亩25万元征收；负责办妥建设项目的“四证”及项目配套，竣工验收交房及相关权证手续办理，商业用房的市场化销售的相关手续；按项目全部两年结束计算（从2005年6月开始）总经理每月综合工资5，000元，业务招待费实报实销；自备车辆使用费（一辆）、司机一人（公司配备）的费用按规定按实结算；项目前期咨询、管理等费用按1，560万元计算，凭合法票据由甲方支付。该协议书的末尾处原、被告均盖章，未有人员签字。
其中《合作协议书》约定：在甲方和乙方的共同努力下，甲方通过招标取得上海市青浦区某号配套商品房地块（后调整为青浦区2005年第某号地块）的开发建设权，为在项目的开发实施过程中发挥甲乙双方的作用，同时承担相应的责任和明确权益，经充分协商，双方就下列有关事项达成一致意见：项目位于青浦区徐泾西路，界方范围总用地196，343.10平方米，其中出让土地面积125，078.10平方米（合187.617亩），项目地上总建筑面积约150，090平方米，其中住宅面积132，634平方米、公建1，500平方米、商业用房15，956平方米，以上数据以有关部门最终批准为准。第二条约定了甲方的责任和权益：负责公司合法经营而后管理；对本项目实行总承包管理；负责项目的前期投入，总投入累计5，000万元，2005年8月资金到位后作为本项目百分之五十权益的收入，资金平衡后优先归还甲方；负责合法支付相关费用；负责公司形象和品牌的树立；在本项目合法结算分利中享受50%的权益。第三条约定了乙方的责任和权利：负责政府按时交地和完成有关配套设施，确保外配套及时完成，外配套费政府已按可建用地每亩25万元征收；负责协调政府有关部门配套商品房的收购合约签订，价格建筑面积每平方米4，100元，付款方式以签订的合同为准；负责办妥建设项目的“四证”及项目配套，竣工验收交房及相关权证手续办理，商业用房的市场化销售相关手续；按项目全部两年结束计算（从2005年6月开始），每月综合工资15，000元、业务招待费30，000元合计45，000元凭合法手续包干使用计入项目总成本，四金按实际工资比例计算；自备车辆使用费（一辆）、司机一人（公司配备）的费用按规定按实结算；项目前期咨询、管理等费用按1876万元计算，凭合法票据和手续包干结算由甲方支付，列入项目费用，在2005年7月前已经累计结算230万元，余款在2005年内分批凭合法手续结清；在本项目合法结算分利中享受50%的权益；会签本项目单笔50，000元以上的支出，但不承担有关责任、不影响甲方正常经营。第四条约定：商业用房中由市有关单位收购3，000平方米，价格不低于每平方米4，100元，其余商铺扣除必须设立的公益建筑后，甲乙双方各半分配，所有关系户自行处理。合同第五条约定甲乙双方确保合法、合理共同建设好本项目。该合同末尾处甲乙双方均盖章，甲方代表为陈品佳、乙方代表为蔡小妥，代表均签字。
上述两份《合作协议书》《协议书》签订之前的2005年7月11日，被告林锦公司即与上海市住宅建设发展中心签署了配套商品房收购协议，约定由该中心收购东区的1，040套约72，000平方米的房屋，单价为每平方米4，100元。
上述《合作协议书》和《协议书》签订后，被告的已开发票的咨询费付款情况如下：2005年10月8日支付990万元、2005年12月5日支付396万元、2006年1月24日支付174万元，合计1，560万元；上述费用原告公司均开具了用途为“咨询费”发票，该费用由被告林锦公司列入开发成本（前期工程费）。
2005年10月11日，上海市青浦区发展和改革委员会以青发改投（2005）177号文件批准了被告林锦公司关于新建“某园”配套商品房投资计划的申请，同意该项目列入2005年度商品房建设投资计划。
该项目分为东、西两区进行开发。东区项目建设规模为88，462平方米，上海市青浦区规划管理局于2005年12月23日向被告颁发了东区建设工程规划许可证，并于2006年11月23日向被告颁发了西区的建设工程规划许可证。东区项目建成后，2008年2月29日上海市青浦区土地管理局向被告颁发了新建住宅交付使用许可证。该项目的住宅部分全部销售给东方航空股份有限公司，每平方米建筑面积为4，550元，尚余所有商铺未销售。西区土地2006年6月30日已经办理了土地证、2006年11月23日办理了规划建设工程许可证。
在（2010）青民三（民）初字第3045号案件审理中，本院委托对被告林锦公司自2002年11月至2010年12月的财务状况进行司法审计，鉴定报告载明：1、2008年5月被告销售给中国东方航空股份有限公司1，030套（72，854.50平方米），单价为每平方米4，550元，总计经营收入为331，487，975元。2、“东区”的土地征用和拆迁补偿费为57，234，628.10元（西区42，717，610.78元扣减），前期工程费25，908，118.98元，基础设施费11，225，743.55元，建安工程费132，882，147.71元（原告提供的证据显示为117，743，616.71元），配套设施费14，277，512.56元，开发间接成本45，917，985.59元，应付未付开发成本40，746，927.66元（包括建设用地市政配套费、代征地补偿费、区内配套补偿费，共计71，485，838元，“东区”按照57%的比例计算为40，746，927.66元，“西区”未计入），“东区”开发成本为333，590，278.75元。上述开发成本中包含了已经出售的住宅72，854.50平方米和已完工尚未出售的商铺11，622.19平方米、不可售的公建配套面积。3、被告公司应交和已交的的经营税金及附加为16，905，886.73元。4、被告公司其他业务利润为97，747元。5、管理费用为9，008，659.10元。6、财务费用为-540，736.65元。7、所得税为5，671，817.78元。综上，扣除相应的西区因素，该项目的净利润为-17，911，652.71元。
关于原告韵家公司总经理蔡小妥会签的财务支出情况，审计报告载明：蔡小妥签字的合计支出为228，255，463.47元；单笔支出50，000元以上的共计161笔合计金额为225，168，232.94元，在2005年8月8日前其会签了5笔款项（其中四笔为蔡小妥借款2，300，000元、一笔为付他人服务费90，000元），其余156笔自2005年8月16日起至2010年2月4日，大部分为与工程建设有关的工程款和相应与房屋有关的款项；单笔支出50，000元以下的共计461笔合计金额为2，857，230.53元，自2005年8月10日起开始至2010年2月4日，大部分为餐费和交通费、出差费用。2005年6月至2009年3月蔡小妥每月领取工资5，000元合计230，000元。
就“西区”所涉土地项目，在（2010）青民三（民）初字第3045号案件审理中，本院亦委托上海城市房地产估价有限公司进行评估。因原告韵家公司认为系争土地为配套商品房用地，国家对系争土地上所建造的住宅房屋有限价要求，因此住宅所涉部门的土地使用权的升值部分可以不做考虑。唯一可能升值的是该地块上的商业用房所涉土地部分，因此仅申请对商业部分进行评估。经评估人员现场考察，对该商业用房所涉土地的评估结论为：在评估基准日2012年10月15日、“七通一平”状态下国有土地使用权的出让价格为36，600，000元。评估人员陈述，因被告公司与上海市土地发展中心签署上海市国有土地开发补偿合同表明系争地块应当由前者“拆至自然标高，并负责落实临时施工用电、用水、道路到规划红线”，因此按照评估惯例将该土地以“七通一平”作为评估标准。评估为现值，并未考虑土地和其他成本问题。
还查明：被告林锦公司原股东为自然人陈品佳、陈宙，在2005年7月曾申请工商登记变更，两股东同意公司注册资本自1，000万元人民币增至2，250万元，新增案外人上海易端投资有限公司（下称易端公司）为新股东，同意新股东注入注册资本1，250万元。后工商部门进行了变更登记，易端公司所拥有的股份占被告林锦公司注册资本的55.56%，为控股股东。2006年2月15日，原告韵家公司与被告林锦公司的该控股股东易端公司签署备忘录，备忘录表明：原告韵家公司与被告林锦公司之间发生的前期咨询费，支付至2006年3月底……；原告韵家公司业务招待费结算至2006年3月底已清，以后每月按3万元报支，直至协议结束；原告人员蔡小妥工资每月正常支付5，000元，余额1万元（从2005年6月至12月）合计19万元；春节拜年费用2万元；上述费用由原告韵家公司以相关工程费处理，费用列入公司总费用；易端公司根据与被告林锦公司签订的原管理费相关协议，按2年平均，每月使用，具体有易端公司自行负责，不超支使用；双方确认关于林锦庭院前期总体（部分）工程施工费273.56万元，由易端公司按综合税费的9.5%扣除后双方各半使用，列入公司总费用。原告韵家公司总经理蔡小妥、易端公司的法定代表人陈宇在该备忘录上签字确认，未加盖公司公章。
又查明：在本案审理过程中，上海市青浦区徐泾镇人民政府表明，2005年5月，林锦公司与其签订协议过程中，均为林锦公司的代表蔡小妥同志负责协调；青浦区住宅中心表明，在2005年5月林锦公司与徐泾镇人民政府签署建设项目协议书过程中，均为林锦公司的蔡小妥同志负责联系办理。上海市住宅建设发展中心表明，2005年7月11日，该中心收购了林锦公司开发的房屋，并与其签订了《配套商品房收购协议》，由林锦公司全权委派的代表蔡小妥进行协调、参加谈判签约等工作，其后的履行过程直到将该房屋出售给东方航空公司，也一直是由该同志负责联络、沟通、办理各种手续并处理相关具体事宜。
2005年6月20日，被告林锦公司与案外人上海欣晟房地产开发有限公司签署委托开发管理协议书，约定被告林锦公司委托该公司进行全过程的经营管理服务活动，委托期限自2005年1月至2007年12月，后双方又补充协议将管理期限延长一年。上海欣晟房地产开发有限公司表明，原告韵家公司作为合作开发方之一指派了蔡小妥担任被告林锦公司的总经理，蔡小妥负责具体经办了“四证”、配套工程、工程发包、竣工验收、权证办理及与政府部门的协调工作等，并对工程费的支出，要求林锦公司蔡小妥、该公司的三位工作人员（范本强、王金龙、凌伟新）会签。
2006年8月，经原告韵家公司保证，易端公司向案外人上海青浦房地产有限公司借款500万元，借款期限自2006年8月8日到2006年8月22日。上海青浦房地产有限公司表明，原告韵家公司蔡小妥于2006年8月向该公司求援，表示其与被告林锦公司合作开发的项目资金出现困难，需要向银行贷款，但是银行要求被告林锦公司必须有银行存款4，000万元；后蔡小妥领着被告林锦公司财务领取了500万元的支票，后该支票被划入了易端公司的账户。
2006年8月7日，易端公司向案外人上海申润投资管理有限公司借得款项800万元，并向该公司出具了借条。案外人上海申润投资管理有限公司表明，2006年8月，蔡小妥向该公司表示其韵家公司在青浦区徐泾合作开发“林锦庭院”项目，资金出现困难，需要向银行贷款，但是银行要求被告林锦公司账面上需要4000万元，但被告林锦公司存款不足希望提供周转资金；后该公司出具了800万元的支票给被告林锦公司的财务，最终该款项被解入易端公司，后易端公司将该款项返还，没有支付利息。
还查明，被告林锦公司具有房地产开发的资质。现在其名下尚有位于该项目内的商业用房4栋未出售，自东向西第一幢房号为上海市青浦区盈港东路某号（单号）、第二幢某（单号）、某号（单号）、某弄1-23号；第三幢某号（单号）、某弄9-10号；第四幢某号-
某号，其中第二、三幢房屋之间为小区大门，四幢房屋北面均临盈港东路。上述房屋因本案由原告申请被查封，无其他权利限制措施。
在（2010）青民三（民）初字第3045号案件审理中，原告韵家公司曾表示：其愿意按照《合作协议书》的约定承担亏损、享受利润；若解除协议的，除诉讼请求外，对于其他后果或损失则不要求在本案中进行处理。就此情况本院曾于2012年10月26日告知过被告林锦公司。被告林锦公司则在原（2010）青民三（民）初字第3045号反诉请求解除协议书之后又在本案审理中撤回解除协议的请求，认为目前不具备解除《协议书》的条件；即使法院判决解除相关协议的，原告除去应返还违约赔偿1，560万元外，还需对其他造成被告的损失进行赔偿，但因西区开发尚未完成，目前被告对于解除所涉的损失赔偿内容难以明确。
以上查明的事实，由原、被告陈述，原告韵家公司提供的合作协议书、批复、建设工程规划许可证、新建住宅交付使用许可证、上海市房地局批复、说明、出让合同、建设项目协议书、补偿合同、收购协议、备忘录、被告工商登记信息、委托开发管理协议、借款协议、借条，被告林锦公司提供的咨询合同、国有土地使用权出让合同、招投标文件，本院委托鉴定机构出具的鉴定报告、评估报告予以证明，上述证据已经庭审质证属实，本院予以确认。
审理中，关于商业用房如何分配，原告韵家公司认为应当按照房屋的具体位置，第一幢房号为上海市青浦区盈港东路某号（单号）、第二幢某（单号）、某号（单号）、某弄1-8、11-23号并加上第四幢编号为某号的房屋为一组，其余房屋为另一组，由被告林锦公司决定如何分配。被告林锦公司对此表示不予同意。
另，原、被告之间存在的主要争议为双方在签署的《合作协议书》和《协议书》双方是如何履行的：
原告韵家公司认为，双方是在2005年8月8日同天签署了两份协议，实际履行的是《合作协议书》。因为要为被告林锦公司开具咨询费的发票，因此双方再行签订了《协议书》，该《协议书》项下的内容已经全部包括在《合作协议书》之中。原告韵家公司在签署上述协议后，还实际参与了被告林锦公司在该项目上的实际运营，从实际履行过程来看，双方实际履行的是《合作协议书》。《合作协议书》的第三条明确约定了合作的内容，原《咨询合同》的内容也已经在《合作协议书》中进行了确认，涉及的市场化销售、借款融资解决开发中的资金困难都是《咨询合同》外的合作内容。
被告林锦公司认为，虽然落款是同一天，但是其实《协议书》签署日期在后，《合作协议书》签署日期在前。签署《合作协议书》后，发生朱文锦的刑事案件涉及蔡小妥，且有群众举报蔡小妥利用关系谋取不正当利益。后，蔡小妥找到被告林锦公司认为不适合再继续《合作协议书》，故双方实际于2005年12月签署了《协议书》，由蔡小妥主动提出不参与合作、放弃相关利益。《合作协议书》本身也不是合作的关系，未约定原告方的出资义务、承担风险的义务，而仅仅赋予了原告方享受利益。《协议书》是《咨询合同》的延续，原告韵家公司的蔡小妥涉及的汇签等行为也仅仅是作为被告林锦公司聘用的经理履行相关职责。原告韵家公司虽然做了一定的工作，但该些工作都是为《咨询合同》、《协议书》项下的义务履行，与《合作协议书》无关。
就此问题本院认为，就原、被告之间的实际履行过程而言，看双方履行了哪份合同主要看合同中差异条款是如何履行的。两份合同约定的主要差异在于《合作协议书》约定了以下内容而《协议书》未作约定：协调配套商品房收购合约的签订，价格建筑面积每平方米4，100元；原告会签单笔5万元以上的支出；商业用房的的收购分配问题，双方的合法结算分利各自享受50%。两份协议还约定了不一致的条款：关于原告日常费用，《协议书》约定每月综合工资5，000元，业务招待费按实结算，《合作协议书》约定，每月综合工资15，000元，业务招待费3万元凭合法手续包干使用计入项目总成本，四金按实际工资比例计算；关于项目前期咨询管理费，《协议书》约定按照1，560万元计算，《合作协议书》约定，按1，876万元计算，并另行约定双方在2005年7月之前已累计结算230万元，余款在2005年内分批凭合法手续结清。
根据上述查明的情况，被告林锦公司确实在2005年7月两份协议尚未签订时与住宅发展中心签署了协议，由该中心收购相应的房屋，价款与双方在《合作协议书》中约定的相符；根据鉴定报告反映，在东区项目的开发过程中，原告韵家公司的委派人员蔡小妥确实签署了161笔的5万元以上的支出和461笔5万元以下的支出；原告韵家公司委派人员的工资按照5，000元的标准计算，关于交通费和餐费也反映在其461笔支出中，其余的款项在2005年确实已经支付了；230万元在2005年8月8日双方签订两份协议之前确实在审计报告中有所反映。
另根据庭审查明的事实，原告韵家公司委派人员在被告项目东区的开发建设过程中，确实参与了融资、借款、办理相应手续，并在被告林锦公司股东、股份额发生变化的情况下，与被告林锦公司的大股东另行签署了协议，该协议内容与《合作协议书》内容能够对应，而与《协议书》内容无法对应。被告林锦公司作为具有房地产开发资质的公司，对于两份协议内容上的不同和结果上的重大差异理应有充分的理解和预见，其自述在后签订《协议书》，当时未对已经存在的《合作协议书》进行合理的说明和处理与常理明显不符。对于其他差异因素，根据其后的履行情况，也与《合作协议书》无本质上的差异。从证据形式角度来看，具备双方盖章和签字的《合作协议书》较仅有盖章而无签字的《协议书》更完整。综合上述因素，本院认为，原、被告之间也履行了《合作协议书》。
根据庭审确认的事实，本院认为：原、被告之间签署的《合作协议书》、《协议书》是双方当事人真实意思的表示，未违反法律、法规的强制性规定，应当合法有效。原、被告均应当按照合同约定履行自己的义务。原告韵家公司在合同履行过程中，已经履行了合同项下的义务，合作将东区项目开发完成，并协助将住宅房屋全部以不低于合同约定的价格出售，被告林锦公司也应当按照合同约定进行结算分利和分配商业用房。因双方的合作基于互信，且被告林锦公司认为双方并未履行《合作协议书》拒绝再行合作，双方继续履行《合作协议书》存在障碍，原告韵家公司也诉请解除双方之间的协议，因此本院综合考虑双方的履约情况、合同的性质、社会效益原则等解除原、被告之间的《合作协议书》和《协议书》。根据《合作协议书》中关于“商业用房中由市有关单位收购3，000平方米，价格不低于每平方米4，100元，其余商铺扣除必须设立的公益建筑后，甲乙双方各半分配”的约定，考虑商业用房部分为连体建筑，综合衡量房屋的商业利用便利、房屋价值大小、房屋的位置等，并考虑原、被告对此的态度，本院酌情确定原告韵家公司取得其中第一组房屋。在合同履行过程中，被告林锦公司坚持认为双方之间的《合作协议书》并未履行而不愿进行分利和分配房屋，与本院庭审查明的事实不符，原告韵家公司在被告林锦公司先期违约的情况下，拒绝再履行其《合作协议书》和《协议书》项下的义务，具有正当的理由，因此被告林锦公司以原告韵家公司根本违约为由要求退还全部费用的请求本院不予支持。双方在本案中均无其他合同解除的后果进行处理，本院尊重双方的意见，仅就双方的诉讼请求进行处理。综上，依照《中华人民共和过合同法》第八条、第六十条、六十六条、第九十四条第（三）款、第九十七条、第一百零七条之规定，判决如下：
一、原告上海韵家房地产咨询有限公司与被告上海林锦置业有限公司2005年8月8日签订的《协议书》和《合作协议书》于2012年10月26日解除；
二、被告上海林锦置业有限公司名下的位于上海市青浦区徐泾镇盈港东路某号弄1号至8号、11号至23号房屋归原告上海韵家房地产咨询有限公司所有；被告上海林锦置业有限公司应于本判决生效之日起十五日内将上述房屋产权过户登记至原告上海韵家房地产咨询有限公司名下；
三、反诉原告上海林锦置业有限公司以反诉被告上海韵家房地产咨询有限公司根本违约为由要求反诉被告上海韵家房地产咨询有限公司返还咨询费人民币15，600，000元的诉讼请求不予支持。
本案本诉受理费人民币196，800元，由被告林锦公司负担；财产保全费人民币5，000元，由被告林锦公司负担；反诉受理费人民币57，700元，由反诉原告林锦公司负担。审计费用人民币380，000元（韵家公司已预缴），由原被告各半负担。评估费用人民币46，150元（韵家公司已预缴），由原告韵家公司负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于上海市第二中级人民法院。
审 判 长 夏鑫德
审 判 员 徐冬梅
人民陪审员 沈全观
二〇一五年一月十五日
书 记 员 夏朝羡
附：相关法律条文
《中华人民共和国合同法》
第八条依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。
依法成立的合同，受法律保护。
第六十条当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
当事人应当遵循诚实信用原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。
第六十六条当事人互负债务，没有先后履行顺序的，应当同时履行。一方在对方履行之前有权拒绝其履行要求。一方在对方履行债务不符合约定时，有权拒绝其相应的履行要求。
第九十四条有下列情形之一的，当事人可以解除合同：
……
（三）当事人一方迟延履行主要债务，经催告后在合理期限内仍未履行；
……
第九十七条合同解除后，尚未履行的，终止履行；已经履行的，根据履行情况和合同性质，当事人可以要求恢复原状、采取其他补救措施、并有权要求赔偿损失。
第一百零七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。