江苏省徐州市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2013）徐商初字第0185号
原告中国科学院沈阳科学仪器股份有限公司。
法定代表人雷震霖，董事长。
委托代理人郭东民，该公司党委副书记。
委托代理人佟连发，辽宁中联律师事务所律师。
被告徐州协鑫光电科技有限公司。
法定代表人许天长，该公司董事长。
委托代理人林萍，江苏汇君律师事务所律师。
委托代理人韩波，协鑫集团有限公司工作人员。
原告中国科学院沈阳科学仪器股份有限公司（以下简称中科院沈阳公司）与被告徐州协鑫光电科技有限公司（以下简称徐州协鑫公司）买卖合同纠纷一案，本院于2013年9月23日受理后依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。原告中科院沈阳公司的委托代理人郭东民、佟连发，被告徐州协鑫公司的委托代理人林萍、韩波到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告中科院沈阳公司诉称，2011年4月22日，双方当事人签订40台T×××××-SKY型光学晶体生长炉设备采购合同（编号：XZGD-
SB-2011-0009），2011年5月7日签订40台T×××××-SKY型光学晶体生长炉设备采购合同补充合同，合同总额2860万元。2011年5月23日，双方签订120台T×××××-SKY型光学晶体生长炉设备采购合同（编号：XZGD-
SB-2011-0010），2011年11月14日签订变更协议书，采购数量由120台变更为56台，合同总额由8580万元变更为4004万元。2011年10月28日，双方签订59台T×××××k-SKY型光学晶体生长炉设备采购合同（合同编号：OEXZ-
SB-2011-0201），2012年12月11日，双方签订59台T×××××k-SKY型光学晶体生长炉设备采购合同的补充协议，采购数量由59台变更为31台，合同总额由4838万元变更为2610.88万元。2011年12月9日，双方签订5批TDR75K-SKY.04.04A.00单晶炉籽晶轴采购合同（合同编号：OEXZ-
CL-2011-0412），合同总额2万元。2012年5月2日，双方签订2套TDR75K-SKY水冷铜电极买卖合同，（合同编号：OEXZ-
CL-2011-0413），合同总额11万元。依据上述合同，中科院沈阳公司向徐州协鑫公司累计出售各类设备合计134台／套／批，总价款9487.88万元。
在上述合同履行期间，中科院沈阳公司完成了合同约定按期或提前向徐州协鑫公司交付了全部设备。徐州协鑫公司自2011年9月26日至2012年1月3日期间签署TDR75K-SKY蓝宝石单晶炉96台调试验收单，自2011年10月20日至2011年11月25日接收TDR85k-SKY蓝宝石单晶炉，并已投入生产使用。然而，被告却仅支付6520.8万元货款，剩余货款2967.08万元迟迟不付，属于违约行为，依据合同约定应支付违约金779.887万元。请求人民法院判令徐州协鑫公司支付货款2967.08万元，违约金500万元，合计3467.08万元，并由徐州协鑫公司承担本案诉讼费用。
被告徐州协鑫公司辩称：1、双方签订的TDR85k-SKY型光学晶体生长炉设备采购合同约定“经双方法定代表人或代理人签字加盖合同专用章或公章，且买方向卖方支付合同预付款后合同生效”，因徐州协鑫公司考虑原告销售的TDR85k-SKY型单晶炉在产业界没有成功推广的实例，设备是未经产业化生产的试验设备，且中科院沈阳公司提供的其他单晶炉存在质量问题，生产的晶体质量不稳定，因此，徐州协鑫公司未支付预付款，该合同未生效。后双方协商由徐州协鑫公司先使用，根据使用效果再决定是否购买，而在使用过程中故障频发，双方于2012年11月23日达成协议，徐州协鑫公司退回28台未使用的单晶炉，并承担运费68.8万元，已使用的31台，双方共同对外销售。因此，中科院沈阳公司主张该合同项下的货款没有事实依据。2、既然合同未生效，中科院沈阳公司主张违约金也不能得到支持。3、中科院沈阳公司提供的单晶炉均存在严重质量问题，给徐州协鑫公司造成巨大损失，将另案主张权利。综上，请求驳回中科院沈阳公司的诉讼请求。
原告中科院沈阳公司为了证实自己的诉讼主张，提供了下列证据：
第一组，关于双方签订合同的证据，证明双方当事人之间存在买卖合同关系，及双方的权利义务。包括：
1、2011年4月18日40台T×××××-SKY型光学晶体生长炉设备采购合同。
2、2011年5月7日40台T×××××-SKY型光学晶体生长炉设备采购合同补充合同。
3、2011年5月23日120台T×××××-SKY型光学晶体生长炉设备采购合同。
4、2011年11月14日变更协议书。
5、2011年10月28日59台T×××××k-SKY型光学晶体生长炉设备采购合同。
6、2012年12月11日59台T×××××k-SKY型光学晶体生长炉设备采购合同补充协议。
7、2011年12月9日5批TDR75K-SKY.04.04A.00单晶炉籽晶轴采购合同。
8、2012年5月2日2套TDR75K-SKY水冷铜电极买卖合同。
第二组，关于中科院沈阳公司履行交货义务及货物验收的证据，证明徐州协鑫公司已收到全部货物，其中96台T×××××-SKY型光学晶体生长炉和31台T×××××-SKY型光学晶体生长炉都通过了验收。包括：
1、徐州协鑫光电科技有限公司设备验收单会签单。
2、2012年11月22日的会议纪要，证明双方交割货物的情形。
第三组，关于徐州协鑫公司已付款及中科院沈阳公司开具增值税发票的证据，证明徐州协鑫公司已付款6520.8万元及欠款的事实。包括：
1、电子汇划收款回单共计11份。
2、增值税专用发票104张。
第四组，关于双方诉讼主体资格的证据，包括：
1、徐州协鑫公司的工商机读卡，证明徐州协鑫公司具备诉讼主体资格。
2、2011年12月22日公司变更登记核准通知书，证明中国科学院沈阳科学仪器研制中心有限公司更名为中国科学院沈阳科学仪器股份有限公司，原告具备诉讼主体资格。
第五组，2012年11月6日的催款函，证明中科院沈阳公司向徐州协鑫公司催款的事实。
被告徐州协鑫公司质证意见是：对第一组证据的真实性不持异议，但认为双方对TDR75K-SKY单晶炉未付的货款，即5%的质保金及质保期又另行达成补充协议；TDR85k-SKY型光学晶体生长炉设备采购合同未生效。对第二组证据中验收会签单因系复印件不予认可，认为即使验收会签单真实，会签单上多处标明产品在验收时就有质量问题，质保期要重新计算，所以后来双方达成一个补充协议，质保期延长一年；对会议纪要的真实性没有异议，认为该会议纪要载明对TDR85k-SKY型单晶炉只是进行了外观验收，该会议纪要形成后，双方又在2012年11月23日重新签署一份协议。对第三组证据的真实性没有异议，但增值税发票仅能证明中科院沈阳公司开具了发票，不能证明徐州协鑫公司欠付货款。对第四组、第五组证据的真实性没有异议。
被告徐州协鑫公司为了证实自己的抗辩主张，提供了下列证据：
一、双方签订59台T×××××k-SKY型光学晶体生长炉设备采购合同，证明该采购合同未生效，中科院沈阳公司根据该合同主张权利没有依据。
二、2012年9月25日双方签订的协议书、2012年11月23日双方签订的补充协议，证明中科院沈阳公司提供的晶体炉经使用后不能长出合格晶体，后双方协商，未使用的28台退回，已使用的31台双方共同对外销售，若在2013年6月30日未能销售，双方另行商议，现原告诉请被告支付该31台晶体炉货款没有依据。
三、2013年10月11日中科院沈阳公司出具的收货单一张，证明徐州协鑫公司已按协议支付了退还28台晶体炉的运费68.88万元。
四、晶体生产阶段记录，暂时提供64页，证明中科院沈阳公司销售的单晶炉存在质量问题，不能长出合格晶体。
原告中科院沈阳公司质证意见是：对采购合同及收货单的真实性不予确认，但采购合同已经生效；对2012年9月25日的协议书、2012年11月23日的补充协议及晶体生产阶段记录的真实性均不认可，两份协议均是由在徐州协鑫公司已经违约的情况下，原告提交的建议稿，先由原告盖章后发给对方，但徐州协鑫公司始终未回复，原告也未受到对方签字盖章的协议，两份协议不能视为双方达成的合意，且协议与双方在2012年12月11日签订的协议内容不同，2012年12月11日的协议是最终约定；晶体生产阶段记录，系徐州协鑫公司单方制作，同时生长记录记载内容与双方2012年12月11日签订补充协议约定的内容不一致，且徐州协鑫公司从未因为晶体炉的质量问题提出质量异议。
本院认为：对双方当事人对对方提供的证据的真实性没有异议的证据，本院均予以确认；对中科院沈阳公司提供的验收会签单，因系复印件，且对方不予认可，本院不予确认；对徐州协鑫公司提供的、2012年9月28日的协议书、2012年11月23日的补充协议，因中科院沈阳公司对该补充协议上印章的真实性没有异议，本院对协议的真实性予以确认；对徐州协鑫公司提供的晶体生产阶段记录，因系单方制作，且对方不予认可，在没有其他证据予以佐证的情况下，本院对该组证据不予确认。
经审理查明：2011年4月22日，中科院沈阳公司与徐州协鑫公司签订“蓝宝石单晶炉40台设备采购合同”，徐州协鑫公司向中科院沈阳公司购买TDR75K-SKY型光学晶体生长炉40台，每台67.5万元，计2700万元。2011年5月7日，双方针对该采购合同签订补充合同，增加改造费用160万元，合计货款2860万元。
2011年5月23日，双方签订“蓝宝石单晶炉120台设备采购合同”，徐州协鑫公司向中科院沈阳公司购买TDR75K-SKY型光学晶体生长炉120台。2011年11月14日签订变更协议书，将采购数量由120台变更为56台，合同总额由8580万元变更为4004万元，并约定徐州协鑫公司针对上述160台T×××××-SKY型光学晶体生长炉预付款多余部分转为已实际供应设备的货款或验收款。
2011年10月28日，双方签订“85㎏蓝宝石单晶炉59台设备采购合同”，徐州协鑫公司向中科院沈阳公司购买TDR85k-SKY型光学晶体生长炉59台，每台82万元，计4838万元。
上述三份设备采购合同均约定：徐州协鑫公司在合同签订后，向中科院沈阳公司提交金额为总价30%的发票及提供合同项下设备生产许可证和公司资质扫描件后，30日内支付交货总价的30%作为预付款，设备运抵现场并经徐州协鑫公司完成开箱检验，并中科院沈阳公司提供相应发票后一周内，支付交付设备价款40%的货款，徐州协鑫公司收到金额为30%交付的设备价款的增值税发票，且每批设备签发验收调试合格证书后，两周内支付交付设备价款25%的货款，按照交付每批设备价款的5%作为设备质量保证金，于该批设备验收合格后满12个月退回保证金。交货地点为徐州协鑫公司位于江苏省徐州经济技术开发区杨山路的生产现场，货物到现场后，徐州协鑫公司应在10个工作日内开箱检查，性能验收试验由徐州协鑫公司负责，如验收合格，设备被认为初步验收通过，设备进入保证期，保证期为设备自初验合格之日起12个月，对质量提出异议的质量检验期间与保证期间相同。徐州协鑫公司如无正当理由不按期付款，中科院沈阳公司发出催告通知后10日内仍未纠正的，超出时间就应付未付款每天承担0.1%的违约金，采购合同经双方法定代表人或委托代理人签字加盖合同专用章或公章，且买方向卖方支付合同预付款后生效。
2011年12月9日，双方签订“单晶炉籽晶轴采购合同”（合同编号：OEXZ-
CL-2011-0412），约定，徐州协鑫公司向中科院沈阳公司购买5批TDR75K-SKY.04.04A.00单晶炉籽晶轴，合同总额2万元。付款时间为送货同时提交合同总价100%的增值税发票，且徐州协鑫公司验收合格后，一周内支付全部货款。该合同自签订之日生效。
2012年5月2日，双方签订2套TDR75K-SKY水冷铜电极买卖合同，合同总额11万元，付款时间为货到现场后，同时提交合同总价100%的增值税发票，支付全部货款。自签名、盖章后生效。
2012年11月22日，中科院沈阳公司与徐州协鑫公司、协鑫集团公司在中科院沈阳公司501会议室商讨货款支付事宜，并形成会议纪要，由双方参与商讨人员签名确认，主要内容为：徐州协鑫公司认可自2011年以来，与中科院沈阳公司签订59台8**晶体生长炉设备、96台7**晶体生长炉设备、5个籽晶杆及2个水冷铜电极合同，中科院沈阳公司已按照合同约定全部供货，徐州协鑫公司已全部接收，并对96台7**晶体生长炉设备通过验收，59台8**晶体生长炉设备通过外观验收，徐州协鑫公司已支付6520.8万元，尚余货款5194.2万元未付的事实。徐州协鑫公司提议退回59台8**晶体生长炉设备，并将徐州协鑫公司购买的热场给予中科院沈阳公司用于补充。对合同执行及货款解决方案，双方再行商议。
另查明：2012年9月28日，双方签订协议，主要内容为：徐州协鑫公司取消“85㎏蓝宝石单晶炉59台设备采购合同”中28台未使用的全套设备，徐州协鑫公司承诺按28台总价格的3%作为补充费用，即82万元／台×28台×3%=68.88万元。徐州协鑫公司未取消的剩余31台设备，由双方共同寻找第三方，以双方商定的价格以中科院沈阳公司的名义转让，徐州协鑫公司保证实收货款每台不低于66万元。如果在2012年12月31日前未找到第三方并实现转让，徐州协鑫公司承诺按每台66万元支付剩余31台设备的全部货款，如只实现部分转让，剩余设备仍由徐州协鑫公司按每台66万元支付货款。徐州协鑫公司在2012年10月31日前，支付31台设备原告合同价款20%的一半，即82万元×31台×20%／2=254.2万元，另一半254.2万元于2012年12月31日前支付。本协议签订生效后10个工作日内，徐州协鑫公司支付28台退回设备的补偿款68.88万元，及96台设备质保金343.2万元的一半计171.6万元，中科院沈阳公司收到以上合计240.48万元后，10个工作日内组织包装，并运回28台设备。96台设备质保金343.2万元的另一半171.6万元，于2012年12月31日前付清。本协议签订后，双方对“85㎏蓝宝石单晶炉59台设备采购合同”的变更互不承担违约责任及赔偿责任。
2012年11月23日，中科院沈阳公司与徐州协鑫公司、协鑫光电科技（江苏）有限公司签订补偿协议，约定：徐州协鑫公司取消“85㎏蓝宝石单晶炉59台设备采购合同”中28台未使用的全套设备，徐州协鑫公司承诺按28台总价格的3%作为补充费用，即82万元／台×28台×3%=68.88万元。本协议签订生效后10个工作日内，徐州协鑫公司支付28台退回设备的补偿款68.88万元。鉴于徐州协鑫公司已启用31台设备，由徐州协鑫公司于2012年12月31日前支付200万元，由双方共同对外销售，按照每台66万元进行结算，已支付的200万元可抵结算款，若在2013年6月30日前未能顺利实现对外销售，再行商议。2012年12月31日前，徐州协鑫公司支付96台设备采购合同的部分质保金580925元以及配件款204375元，2012年12月31日前，由鑫光电科技（江苏）有限公司支付采购合同到期应付款2525900元。2013年3月31日前，徐州协鑫公司支付96台设备采购合同剩余质保金2851075元，鑫光电科技（江苏）有限公司于2013年3月31日前支付剩余应付款1215500元，至此，三方之间关于60㎏晶体炉的采购合同款项已全部支付完毕。本协议签订后，均认可是对“85㎏蓝宝石单晶炉59台设备采购合同”的变更，互不承担违约责任及赔偿责任。
2012年12月11日，双方针对该份采购合同签订补充协议，约定：中科院沈阳公司于2011年8月25日发出第一台试用设备，之后陆续按供货计划分批发货，截至2011年11月25日，共8批次发货59台设备，所有设备按合同约定的时间、地点交货完毕（部分设备提前交货）。现双方协议徐州协鑫公司取消该采购合同中28台未使用的全套设备，退回中科院沈阳公司，徐州协鑫公司为此承诺按28台总价格的3%，即82万元／台×28台×3%=68.88万元的等值设备、配件等物品交付给中科院沈阳公司，作为补偿。协议生效后10个工作日内，徐州协鑫公司将28台全套设备并68.88万元的等值设备、配件准备完毕，由中科院沈阳公司组织包装，发运收回；对于已经开具的增值税发票，在冲抵徐州协鑫公司付款总额后，剩余数额由徐州协鑫公司办理退票事宜。双方认可本协议是《59台85㎏长晶炉设备采购合同》的变更，本补充协议未尽事宜应按照原合同执行。
再查明：中科院沈阳公司针对TDR75K-SKY型光学晶体生长炉设备已开具金额为7631.1万元的增值税发票，针对TDR85K-SKY型光学晶体生长炉设备已开具金额为946.6万元增值税发票。上述票据均已交付给徐州协鑫公司。
徐州协鑫公司分别于2011年4月25日付款4050000元、2011年5月11日付款4050000元、2011年6月7日付款25740000元、2011年8月16日付款5720000元、2011年8月29日付款2288000元、2011年9月6日付款2288000元、被告于2011年9月30日付款7722000元、于2011年10月12日付款7722000元、于2011年11月7日付款3575000元、于2011年11月7日付款1787500元、2012年6月11日付款265500元。以上合计65208000元。
2013年10月11日，中科院沈阳公司所属LED装备事业部出具收货单，载明中科院沈阳公司于2013年9月2日收到徐州协鑫公司发来蓝宝石单晶炉1台，该台单晶炉是双方冲抵协议中，拖欠中科院沈阳公司68.88万元的补偿款。
还查明：2011年12月22日，中科院沈阳公司由“中国科学院沈阳科学仪器研制中心有限公司”更名现在的企业名称。
庭审中，双方当事人一致确认中科院沈阳公司关于货款2967.08万元诉讼请求由四部份组成：一是31台85㎏晶体炉货款2542万元；二是96台60㎏晶体炉5%的质保金343.2万元；三是配件货款13万元；四是退回的28台85㎏晶体炉补偿款68.88万元。
本案争议焦点为：一、双方当事人于2012年12月11日签订的买卖合同是否已生效。二、中科院沈阳公司交付的85㎏晶体炉是否存在质量问题。三、徐州协鑫公司欠付货款的数额；四、中科院沈阳公司主张的违约金是否有事实和法律依据。
本院认为：一、关于本案诉争2012年12月11日签订的买卖合同是否生效的问题。《中华人民共和国合同法》第八条规定“依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。依法成立的合同，受法律保护”，第四十四条第一款规定“依法成立的合同，自成立时生效”，第四十五条第一款“当事人对合同的效力可以约定附条件。附生效条件的合同，自条件成就时生效”。本案中，双方当事人均在合同上由法定代表人签名并加盖了公司印章，对合同的内容进行确认，因此，双方当事人之间签订的买卖合同依法成立。对于合同生效的问题，根据合同中关于“经双方法定代表人或委托代理人签字加盖合同专用章或公章，且买方向卖方支付合同预付款后合同生效”的约定，属于对合同附生效条件。虽然徐州协鑫公司作为买方针对2012年12月11日签订的买卖合同未支付预付款，但是中科院沈阳公司已经按照该合同约定向徐州协鑫公司交付了货物，而徐州协鑫公司也已经实际接收并部分已使用。而后双方于2012年11月22日对包括2012年12月11日签订的买卖合同在内的剩余货款进行协商时，徐州协鑫公司亦认可了包括2012年12月11日买卖合同中59台85㎏长晶炉在内尚余货款5194.2万元未付的事实。2012年12月11日，双方针对2012年12月11日的买卖合同达成了补充协议，虽然约定由徐州协鑫公司退回28台未使用的设备，但是徐州协鑫公司仍然确认了已经收到货物。因此，双方当事人以实际履行合同行为变更了原合同中所附生效条件，应认定双方于2012年12月11日签订的买卖合同依法成立并生效。
二、关于中科院沈阳公司交付的85㎏晶体炉是否存在质量问题。《中华人民共和国合同法》第一百五十八条规定“当事人约定检验期间的，买受人应当在检验期间内将标的物的数量或者质量不符合约定的情形通知出卖人。买受人怠于通知的，视为标的物的数量或者质量符合约定。”《最高人民法院﹤关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释﹥》第二十条规定“合同法第一百五十八条规定的检验期间、合理期间、两年期间经过后，买受人主张标的物的数量或质量不符合约定的，人民法院不予支持”。本案中，双方签订的合同中约定：买方对到货质量提出异议的质量检验期间自初验合格之日起12个月。初验即性能验收试验，性能验收试验由买方负责，卖方参加，性能验收合格应被认为初步验收通过，但如合同设备最后一批交货到达现场之日起六个月内，如由于买方原因未对设备进行性能验收试验，视为性能验收试验顺利完成。根据双方实际履行的行为来看，徐州协鑫公司作为买方认可截至2011年11月25日所有59台设备全部交付，因此徐州协鑫公司应在自2011年11月25日起六个月内组织进行性能验收试验，在双方均不能举证证明已经进行性能验收试验的情况下，应视为性能验收试验完成。双方当事人在2012年11月22日的会议纪要、2012年12月11日的补充协议中均未提及质量存在问题，徐州协鑫公司亦未举证证明截至2013年9月23日本案立案之日，曾就设备存在质量问题向中科院沈阳公司提出过质量异议。因此，徐州协鑫公司在本案诉讼过程中提出的关于中科院沈阳公司交付的85㎏晶体炉存在质量问题已经超过双方约定的检验期间。在徐州协鑫公司不能举证证明设备存在质量问题的情况下，本院对徐州协鑫公司关于中科院沈阳公司交付的85㎏晶体炉存在质量问题的主张，不予支持。
三、关于徐州协鑫公司欠付货款的数额问题。原告中科院沈阳公司主张货款2967.08万元的诉讼请求由四部份组成：一是31台85㎏晶体炉货款2542万元；二是96台60㎏晶体炉5%的质保金343.2万元；三是配件货款13万元；四是退回的28台85㎏晶体炉补偿款68.88万元。被告徐州协鑫公司对上述质保金、配件款及补偿款的数额均没有异议，但认为补偿款68.88万元已经进行抵扣，原告不能再主张。本院分别评判如下：
第一，关于31台85㎏晶体炉的货款数额。首先，双方约定对于该31台85㎏晶体炉采取共同对外销售的方式进行处理，徐州协鑫公司按照每台66万元的价格结算该31台晶体炉的货款。因此，不论徐州协鑫公司是否实现对外销售，均不影响徐州协鑫公司向中科院沈阳公司支付该部份货款。其次，原告中科院沈阳公司主张按照每台82万元的价格计算该31台晶体炉的货款，但是双方在2012年9月28日及2012年11月23日签订的协议中均约定按照每台66万元的价格进行结算，因此，对于该部份的货款本院确认为66万元／台×31台=2046万元。再次，上述31台晶体炉2046万元货款中，包括双方约定的5%的质保金，数额为102.3万元，但双方约定的质保金于验收合格后满12个月退回，现质保期间已经届满，该部份的质保金应作为货款，由徐州协鑫公司给付中科院沈阳公司。故本院确定徐州协鑫公司应支付31台85㎏晶体炉的货款数额为2046万元。
第二、因双方对退回28台85㎏晶体炉达成合意，并约定对退回的28台85㎏晶体炉由徐州协鑫公司补偿中科院沈阳公司68.88万元，该补偿款68.88万元非双方争议的货款，且徐州协鑫公司已经履行完毕，原告中科院沈阳公司对于该68.88万元的诉讼请求不能成立；
第三、因被告徐州协鑫公司对96台60㎏晶体炉5%的质保金343.2万元及配件货款13万元未付的事实没有异议，且质保期间已届满，徐州协鑫公司应予支付。
综上，本院确定徐州协鑫公司欠付货款数额为2046万元＋343.2万元＋13万元=2402.2万元，对于中科院沈阳公司超过该数额部分的诉讼请求，本院不予支持。
四、关于中科院沈阳公司主张的违约金是否有事实和法律依据的问题。《合同法》第一百零七条规定：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”本案中，因徐州协鑫公司迟延给付货款的行为已经构成违约，依法应承担违约责任，虽然双方在合同中约定了按照未付款数额每天0.1%计算违约金，但在原告未提供证据证明其存在其他损失的情况下，其损失为逾期付款利息损失，故本院确定以中国人民银行同期同类贷款基准利率的1.3倍作为计算违约金的依据。
根据原告主张违约金计算表的内容，原告对于配件货款13万元未主张违约金，对于其他应付未付款项的违约金，本院确定如下：
首先，关于质保金的违约金问题。根据原告中科院沈阳公司的主张，质保金包括两部分，一是96台60㎏晶体炉的质保金；二是31台85㎏晶体炉货款的质保金。96台60㎏晶体炉的质保金数额为343.2万元，对该部份的违约金，原告中科院沈阳公司主张对于其中328.9万元自2012年11月16日开始计算，14.3万元自2013年1月6日开始计算，但是双方于2012年11月23日签订的协议约定，徐州协鑫公司于2012年12月31日前，支付96台60㎏晶体炉质保金中的580925元，剩余质保金2851075元于2013年3月31日前付清，在徐州协鑫公司未按照约定期限支付的情况下，应从约定付款日的次日起开始分别计算违约金。原告中科院沈阳公司对31台85㎏晶体炉货款的质保金主张自2013年2月28日开始计算，不违反法律规定，本院予以确认。
其次，关于31台85㎏晶体炉货款1943.7万元（扣除质保金102.3万元）未付的违约金问题。徐州协鑫公司在2012年12月11日的补充协议中已经确认截至2011年11月25日，中科院沈阳公司已经将31台85㎏晶体炉全部交付，但因双方对于是否退还该部分设备的问题在协商过程中，至2012年11月23日双方达成补充协议，约定徐州协鑫公司于2012年12月31日前支付货款200万元，若在2013年6月30日前未能实现销售双方另行协商，此后双方对于货款的支付时间未再约定。因此，应从上述约定付款日的次日起分别开始计算违约金。
再次，关于退回28台85㎏晶体炉补偿款68.88万元的违约金问题。因该68.88万元款项的性质属于补偿款，在徐州协鑫公司已经履行完毕的情况下，中科院沈阳公司主张该笔款项的违约金没有法律依据，本院不予支持。
综上，因中科院沈阳公司均主张的违约金均计算至2013年8月12日，属于当事人自愿处分自己民事权利的行为，不违反法律规定。
至于徐州协鑫公司认为中科院沈阳公司交付的设备给其造成了损失，因徐州协鑫公司未在本案中提起反诉，本院不予理涉，徐州协鑫公司可另行主张权利。
综上所述，依据《中华人民共和国合同法》第八条、第四十四条、第四十五条、第六十条、第一百零七条、第一百一十四条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款的规定，判决如下：
一、徐州协鑫光电科技有限公司在本判决生效后十五日内向中国科学院沈阳科学仪器股份有限公司给付货款2402.2万元；
二、徐州协鑫光电科技有限公司在本判决生效后十五日内向中国科学院沈阳科学仪器股份有限公司支付违约金（计算方法是：以58.0925万元为本金自2013年1月1日开始计算；以285.1075万元为本金自2013年4月1日开始计算；以102.3万元为本金自2013年2月28日开始计算；以200万元为本金自2013年1月1日开始计算；以1743.7万元为本金自2013年7月1日开始计算，均按照以中国人民银行同期同类贷款基准利率的1.3倍计算至2013年8月12日）；
三、驳回中国科学院沈阳科学仪器股份有限公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍付款迟延履行期间的债务利息。
案件受理费215154元、保全费5000元，合计220154元，由中国科学院沈阳科学仪器股份有限公司负担60000元，徐州协鑫光电科技有限公司负担160154元（原告已预交，徐州协鑫光电科技有限公司随案款一并给付原告）。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状并按对方当事人的人数提出副本，上诉于江苏省高级人民法院。同时应依据《诉讼费用交纳办法》的规定，向江苏省高级人民法院预交上诉案件受理费。（江苏省高级人民法院开户行：中国农业银行南京山西路支行；帐号：）。
审 判 长 魏志名
代理审判员 赵 涛
代理审判员 单德水
二〇一四年八月十一日
书 记 员 刘可嘉
附：
本判决所依据的法律条文
《中华人民共和国合同法》
第八条依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。依法成立的合同，受法律保护。
第四十四条依法成立的合同，自成立时生效。
法律、行政法规规定应当办理批准、登记等手续生效的，依照其规定。
第四十五条当事人对合同的效力可以约定附条件。附生效条件的合同，自条件成就时生效。附解除条件的合同，自条件成就时失效。
第六十条当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
第一百零七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
第一百一十二条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，在履行义务或者采取补救措施后，对方还有其他损失的，应当赔偿损失。
第一百一十三条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，给对方造成损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违反合同一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违反合同可能造成的损失。
《中华人民共和国民事诉讼法》
第六十四条当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。