江苏省南京市中级人民法院
民 事 判 决 书
（2014）宁民终字第2287号
上诉人（原审原告，反诉被告）南京工业大学建筑设计研究院，组织机构代码13475412-3，住所地南京市鼓楼区中山北路200号。
法定代表人赵积华，该院院长。
委托代理人林晓东，男，1963年8月5日出生，汉族。
委托代理人黄月华，江苏永衡昭辉律师事务所律师。
上诉人（原审原告，反诉原告）南京京奥港房地产开发有限责任公司，组织机构代码58507152-4，住所地南京市秦淮区公园路42号805-807室。
法定代表人王玉荣，该公司副总经理。
委托代理人张英海，北京市北斗鼎铭律师事务所律师。
委托代理人管国文。
上诉人南京工业大学建筑设计研究院（以下简称工业大学设计院）因与上诉人南京京奥港房地产开发有限责任公司（以下简称京奥港房地产公司）建设工程设计合同纠纷一案，不服南京市秦淮区人民法院作出的（2013）秦民初字第1972号民事判决，向本院提起上诉，本院受理后，依法组成合议庭公开开庭审理了本案。上诉人工业大学设计院的委托代理人林晓东、黄月华，上诉人京奥港房地产公司的委托代理人张海英、管国文到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
工业大学设计院原审诉称，双方于2012年2月15日签订建设工程设计合同，京奥港房地产公司委托其承担其建设的“南京通济门外大街7号工程”的设计。合同签订后，其如约履行合同义务，交付设计图，但京奥港房地产公司至今未履行完付费义务，拖欠工业大学设计院设计费944605元。另外，由于京奥港房地产公司原因致重复设计，大大增加了工业大学设计院的设计工作量，为此双方约定京奥港房地产公司向其追加支付“增加工作之费用”600000元，约定此费用于2012年7月和8月分别支付300000元。但京奥港房地产公司仅于2012年7月支付300000元，另300000元至今未付。故工业大学设计院诉至原审法院，请求判令：1、京奥港房地产公司支付所欠设计费1244605元，2、京奥港房地产公司支付违约金121146元（其中944605元自2012年8月7日起至判决确定的给付之日止按每日万分之三计付，300000元自2012年9月1日起至判决确定的给付之日止按每日万分之三计付）。
京奥港房地产公司原审辩称，1、双方盖章签字的合同一共有两份，即合同和补充合同，京奥港房地产公司予以认可，工业大学设计院诉称增加费用的补充协议其没有同意，不是双方真实意思表达，因此没有法律效力，不应作为双方履行的依据；2、京奥港房地产公司按约支付了项目设计费，还提前预支了设计费300000元、设计方案报批设计费96814元，但工业大学设计院没有履行合同约定的完成相应设计图的义务，并且拒不整改图审中不合格的地方，应认定工业大学设计院违约；3、京奥港房地产公司未违约，而工业大学设计院擅自设计，故其不应再支付工业大学设计院诉称的剩余设计费及违约金；4、因工业大学设计院提交的施工图无法通过相关部门的审查，京奥港房地产公司积极与工业大学设计院沟通，希望工业大学设计院尽快对施工图进行修改完善以便通过图审，但工业大学设计院不但未对施工图进行修改，单方向京奥港房地产公司发函通知单方停止设计工作不再履行合同约定的义务，京奥港房地产公司又于2012年8月30日向工业大学设计院发函要求更换设计负责人，工业大学设计院亦未作回应，实际上工业大学设计院已终止了合同履行，故工业大学设计院的上述行为已构成根本违约，并给京奥港房地产公司造成巨大的经济损失，京奥港房地产公司提起反诉，请求判令：工业大学设计院向京奥港房地产公司返还已支付的设计费567855元。
原审法院经审理查明，2012年2月15日，京奥港房地产公司与南京建筑工程学院建筑设计研究院签订《建设工程设计合同》（一）、《补充合同》，约定，京奥港房地产公司（发包人）委托南京建筑工程学院建筑设计研究院（设计人）承担南京市通济门外大街7号工程的设计；设计项目内容：1、施工图设计（20元／平方米）设计费暂估1099340元，2、设计方案报批（2元／平方米）设计费暂估109934元，3、招标用桩基图30000元，4、人防设计100000元，暂估合同总价1339274元；为了缩短设计周期，发包人要求设计人在方案正式报批之前，依据现有方案同时进行施工图设计，发包人应在施工图纸工作开始前提供准备的可以满足施工图设计的方案图纸，并要求设计人在收到方案后30天内完成施工图设计，如发包人所提供方案深度不够或有较大差错需要调整，则时间顺延15天至30天（视方案修改程度）；设计费于全部施工图完成并提交给发包人7天内发包人应支付至暂估合同总价92%，项目竣工备案后7天内付至结算价款100%；发包人变更委托设计项目、规模、条件或因提交的资料错误，或所提交资料作较大修改，以致造成设计人设计需返工时，双方除需另行协商签订补充协议（或另订补充合同）、重新明确有关条款外，发包人应按设计人所耗实际工作量依照本补充合同相关计价约定向设计人增付设计费；设计人交付设计资料及文件后，按规定参加有关的设计审查，并根据审查结论负责对不超出原定范围的内容做必要调整补充，免费修改直至达到要求为止；发包人未按合同约定向设计人支付设计费，每逾期支付一天，应承担支付金额万分之三的逾期违约金。合同签订后，京奥港房地产公司通过电子邮件等方式将需要调整、修改的方案告知工业大学设计院，工业大学设计院按照京奥港房地产公司及相关要求进行设计。
2012年7月至8月，双方就工业大学设计院返工增加工作量之费用拟定了《补充协议》，并通过电子邮件、手机短信等方式多次对合同的内容进行了协商，其中京奥港房地产公司的工作人员于7月24日在邮件中称“补充协议你看一下，如无问题，通知我，我发起合同审批”。8月2日，工业大学设计院工作人员通过手机给京奥港房地产公司工作人员发短信“按照原设计合同您应该付给我们第二阶段的施工图设计费约七十多万，请您准备一下，另外，上次的补充合同南京公司还没有收到？请过问一下”。该协议的基本内容为，工业大学设计院增加工作之费用为600000元，2012年7月支付300000元，2012年8月支付300000元；本协议经双方单位盖章并经法定代表人或其授权代表签字之日起生效。
2012年6月18日，南京市规划局对于通济门外大街7号工程设计方案调整进行批前公示，公示时间自6月19日至6月28日。7月25日，南京市规划局向京奥港房地产公司发出建设工程规划审定意见通知书，原则同意报审方案，要求对部分内容修改完善。7月31日，工业大学设计院向京奥港房地产公司提交施工图，京奥港房地产公司将施工图报送南京市建设工程施工图设计审查管理中心（以下简称市图审中心）审查。8月15日，市图审中心将审查意见书反馈京奥港房地产公司，要求其根据审查意见对施工图进行修改、调整。
2012年7、8月间，由于京奥港房地产公司要求尽快交图、工业大学设计院对于设计图具体内容有不同意见，双方出现分歧。8月10日，工业大学设计院的设计负责人（工业大学设计院的委托代理人林晓东）个人通过电子邮件发函给京奥港房地产公司的法定代表人，并请其转发给北京京奥港关联公司的总裁和董事长，函的主要内容是解释不能按京奥港房地产公司要求出图的原因，叙述京奥港房地产公司相关负责人言论不当造成了极坏影响，个人决定暂时停下设计工作，要求京奥港房地产公司给予回复。8月30日，京奥港房地产公司邮寄函给工业大学设计院，函称，设计团队存在较多问题致使项目报批工作严重滞后，要求工业大学设计院调整设计团队、更换项目负责人，对设计成果进行审查。该函件的落款时间是8月13日。10月10日，京奥港房地产公司另行与南京长江都市建筑设计股份有限公司就同一工程项目签订建设工程设计合同。
原审法院另查明，京奥港房地产公司支付了下列款项给工业大学设计院：2012年3月23日预付款267855元、4月18日桩基设计费30000元、6月6日设计方案报批费96814元、7月18日设计费300000元，合计694669元。
原审法院再查明，南京建筑工程学院建筑设计研究院于2013年5月6日变更企业法人名称为南京工业大学建筑设计研究院。
原审庭审中，双方均确认《建设工程设计合同（一）》、《补充合同》已成立生效，并一致认可对施工图设计计价基础按48481平方米计算。工业大学设计院陈述，由于京奥港房地产公司提交的设计方案的基础条件不停产生变化，且为了规避2012年8月1日起实施的建筑规范要求，设计方产生了许多重复设计的工作量，双方就此签订补充协议，京奥港房地产公司也按该补充协议支付了设计费300000元；设计方按照合同约定的时间内交付了图纸，全部履行了合同项下的义务，京奥港房地产公司应当按合同约定付款；市图审中心的审查意见作出后，设计方一直在继续做修改，之所以没有提交修改后的图纸，是因为京奥港房地产公司的该工程项目违规施工遭到居民投诉，还涉及阳光权等纠纷，京奥港公司要求设计方暂缓提交。京奥港房地产公司陈述，在合同履行过程中，设计方没有足够有经验的设计人员，不能按时提交施工图纸，且设计出来的施工图也没能通过市图审中心的审查，直接导致京奥港房地产公司无法通过相关部门的审批，工地无法正常开工，给公司造成了巨大损失；京奥港房地产公司多次催促工业大学设计院对施工图进行修改，但工业大学设计院对此没有做任何回应，其无奈只得另行聘请其他设计单位完成设计；关于增加工作量的《补充协议》京奥港房地产公司并未同意，也未盖章签字确认，故未成立生效；给付的300000元是为了鼓励和督促工业大学设计院尽快完成合格的施工图，不是所谓增加的工作费用；2012年8月10日，工业大学设计院的项目设计负责人向京奥港房地产公司发出的电子邮件，应当视为工业大学设计院单方解除合同，对方的违约行为造成合同无法履行，应当承担相应后果，不同意支付剩余的设计费，并要求工业大学设计院退还已支付的567855元；该项目工程取得施工许可证是2012年10月以后，此前进行了施工，目前该项目仍未完工。
以上事实，有《建设工程设计合同（一）》、《补充合同》、《公证书》、手机短信记录、发票、转账支票存根、《批前公示》、《南京市规划局建设工程规划审定意见通知书》、《设计文件审查意见书》、电子邮件及附件打印件、《函》、挂号信函收据、《建设工程设计合同》、企业法人变更核准通知书及当事人陈述等予以证实。
原审法院认为，本案中双方的争议焦点是：一、关于增加工作费用的《补充协议》是否已经成立生效，京奥港房地产公司是否应当按照该协议的约定给付工业大学设计院增加工作费用600000元。二、在双方确认成立生效的《建设工程设计合同（一）》、《补充合同》履行过程中，工业大学设计院有无违约情形，京奥港房地产公司主张不支付相关设计费有无合同或法律依据。关于第一个争议焦点，原审法院认为，当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。根据现有证据，双方就增加工作量费用的问题进行过磋商，也草拟了《补充协议》。对于该协议的效力，双方意见不一。原审法院认为，双方在《建设工程设计合同（一）》、《补充合同》中明确约定，发包人变更委托设计项目、规模、条件或因提交的资料错误，或所提交资料作较大修改，以致造成设计人设计需返工时，双方需另行协商签订补充协议（或另订补充合同）、重新明确有关条款。在双方拟定的《补充协议》中也约定，协议经双方单位盖章并经法定代表人或其授权代表签字之日起生效。现京奥港房地产公司并未签字盖章确认该协议，故工业大学设计院关于《补充协议》已成立生效，并已部分履行的诉称意见，原审法院不予支持，其关于京奥港房地产公司应当支付拖欠设计费300000元及相应违约金的诉讼请求，因无事实、法律依据，原审法院不予支持。
关于第二个争议焦点，原审法院认为，双方签订的《建设工程设计合同（一）》、《补充合同》系双方当事人真实意思表示，不违反法律、行政法规禁止性规定，合法、有效，双方均应遵照执行。工业大学设计院应当在京奥港房地产公司提供方案时间后30天内向其提交设计成果，京奥港房地产公司应当在全部施工图完成并提交后7天内将设计费付至暂估合同总价92%，并在项目竣工备案合格后7天内结算价款。京奥港房地产公司认为工业大学设计院存在以下违约事实：一、未按时提交设计成果，二、未提交合格的施工图，三、单方发函解除合同。工业大学设计院对上述意见均不予认可。原审法院认为，根据双方提供的电子邮件、短信记录、《批前公示》、《建设工程规划审定意见通知书》等证据，京奥港房地产公司一直在调整方案，2012年7月25日该设计项目方通过南京市规划局的审定，可以进行初步设计或施工图设计，而在7月31日工业大学设计院即已提交施工图，并未超出合同约定的提交设计成果的时间，故原审法院对于京奥港房地产公司提出的工业大学设计院未在约定时间内提交设计成果的诉辩称意见不予采信。虽然工业大学设计院设计施工图未能通过市图审中心审查，但根据审查意见，需要修改、调整的主要是施工图细节等方面内容，施工图的设计深度符合国家相关设计标准，且根据合同约定，工业大学设计院应当免费修改直至达到要求为止，京奥港房地产公司不能举证证明工业大学设计院拒绝修改致施工图不能最终通过审查，此后京奥港房地产公司于同年10月另行与其他设计单位签订设计合同，应视为京奥港房地产公司拒绝接受工业大学设计院的设计成果，单方解除合同。故原审法院对京奥港房地产公司提出的工业大学设计院未提交合格设计成果的诉辩称意见不予采信。对于工业大学设计院项目负责人个人向京奥港房地产公司通过电子邮件发函的性质，原审法院认为，该函中没有关于主张解除双方合同的内容，京奥港房地产公司认为该函应视为工业大学设计院向其单方解除合同的意见，无事实依据，原审法院亦不予采信。工业大学设计院已向京奥港房地产公司提交设计成果，京奥港房地产公司应当支付合同约定的剩余设计费，京奥港房地产公司认为工业大学设计院违约并单方解除合同、无需支付设计费并要求其承担违约责任的诉辩称意见，原审法院不予采信，对京奥港房地产公司要求工业大学设计院返还已预支的设计费567855元的反诉请求，原审法院不予支持。
综上，根据双方认可的计价基础48481平方米以及合同关于设计费的约定，合同总价应当是1196582元（施工图设计费：48481平方米×20元／平方米＋设计方案报批费：48481平方米×2元／平方米＋招标用桩基图费30000元＋人防设计费100000元），京奥港房地产公司已支付694669元，故其还应向工业大学设计院支付设计费501913元。关于工业大学设计院违约金的主张，原审法院认为，工业大学设计院要求京奥港房地产公司按每日万分之三标准计付违约金，不违反法律规定，原审法院予以支持。但根据合同约定，全部施工图完成并提交后7天内设计费付至暂估合同总价92%，故设计费406186元（1196582元×92%-694669元）的违约金应自2012年8月7日起计算至生效判决确定的给付日止。剩余设计费95727元根据合同本应于项目竣工备案合格后7天内支付，但由于10月10日京奥港房地产公司已与其他设计单位签订合同，双方的设计合同已无法继续履行，故应自2012年10月17日起计算至生效判决确定的给付日止。原审法院依照《中华人民共和国合同法》第三十二条、第六十条、第一百一十四条、《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款之规定，判决：一、南京京奥港房地产开发有限责任公司于判决生效之日起十日内支付南京工业大学建筑设计研究院设计费501913元，并支付违约金（其中406186元自2012年8月7日起至生效判决确定的给付之日止、95727元自2012年10月17日起至生效判决确定的给付之日止，均按每日万分之三计付）。二、驳回南京工业大学建筑设计研究院的其他本诉诉讼请求。三、驳回南京京奥港房地产开发有限责任公司的反诉诉讼请求。如果未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。原审案件受理费17092元、诉讼保全费5000元、反诉案件受理费4739元，共计26831元，由南京工业大学建筑设计研究院负担10000元，南京京奥港房地产开发有限责任公司负担16831元。
工业大学设计院不服原审法院判决，向本院提起上诉称，原审法院在工业大学设计院设计中的增加工作及京奥港房地产公司费用支付上，认定事实错误，适用法律不当。一、工业大学设计院设计中增加工作的事实清楚，证据充分，合同中对增加工作的原因有明确约定，且确实存在增加工作的事实。双方签订的《建设工程设计合同》（一）及《补充合同》约定京奥港房地产公司应提供成熟的通过报批的总体及单体方案，由于京奥港房地产公司提供的规划方案因阳光权及其他技术问题不符合规范需调整设计，而当时公司的设计总监已离职，双方遂商定由工业大学设计院设计，并商定增加费用。因前期存在作废的工作量，双方商定增加费用60万元并分7、8两个月分别支付，补充协议由京奥港房地产公司起草并发给工业大学设计院。另外存在单体设计报批方案及数字报建工作增加内容，事实上该部分也是由工业大学设计院设计并完成，即7月18日方案设计图，双方商定了增加费用。二、支付增加工作的费用既符合法律规定，也符合双方合同约定。原审法院仅以京奥港房地产公司未在增加费用的《补充协议上》签字盖章为由，否定支付费用的增加，属于法律适用不当。三、虽京奥港房地产公司未在《补充协议》上签字盖章，但从协议内容能很明确地证实以下事实：1、四份《补充协议》第一条都言明：“鉴于本项目设计工作在原合同基础增加了规划方案调整及配合等设计内容且施工图多次反复调整”，从该条约定都可以看出增加工作的事实，且四份公证过的《补充协议》分别是2012年7月16日、7月19日、7月24日、8月10日发出的，正是前述的重复设计施工图和增加规划方案设计基本完成的时间，印证了增加的工作。2、四份《补充协议》中有三份来自京奥港房地产公司，最早的一份就是发给工业大学设计院的。四份《补充协议》增加的工作费用数额明确一致为60万元，分两次的支付方式也一直没变，再结合双方往来短信都说明京奥港房地产公司是承认补充协议的，尤其是其法定代表人王玉荣的短信更是明确、直接地肯定了该事实，之所以没盖章是因为京奥港房地产公司故意拖延。3、京奥港房地产公司在7月份已经支付的30万元也证实了《补充协议》的客观存在。京奥港房地产公司辩称该30万元是提前支付的设计费用，但从整个合同履行情况看，除该30万元外，京奥港房地产公司前后支付的三笔费用均是按合同约定的时间和数额支付的，该30万元在双方《建设工程设计合同》和《补充合同》里并无此约定，相反30万元的数额和支付时间恰恰符合《补充协议》的约定。4、虽然《补充协议》写明盖章签字之日起生效，但工业大学设计院增加工作已做，而京奥港房地产公司事实上也接受了该工作，因此应推定《补充协议》因实际履行而成立。综上，请求二审法院撤销原审法院判决并依法改判，一、二审的诉讼费用由京奥房地产公司负担。
京奥港房地产公司答辩称，1、双方的《补充协议》因未经双方签字盖章，故没有生效。2、双方没有设计上的工作量的增加，工业大学设计院是在原设计方案上的修改和补充。根据合同补充协议约定，设计人交付设计资料及文件后按规定参加有关的设计审查，并根据审查结论负责不超出一定范围的内容做必要的调整补充，免费修改直至达到要求为止。合同的补充协议还约定了工业大学设计院提交的设计成果应按合同规定的内容、进度要求及发包人的要求提供质量符合的变更，根据以上两条的约定工业大学设计院所谓的增加工作量均是对原设计工作进行修改和补充，是其履行合同义务的行为。《补充协议》里明确协议要经过双方当事人或授权委托的代理人盖章、签字后方可生效。
京奥港房地产公司不服原审判决，向本院提起上诉称，一、原审法院关于京奥港房地产公司拒绝接受工业大学设计院的设计成果，单方面解除合同的认定没有任何证据支持且与事实不符。1、市图审中心的审图意见可以证明工业大学设计院的施工图有多达100多项的不合格，且很多错误都是基础性和常识性的。工业大学设计院也没有提交任何证据证明其施工图符合《建筑工程设计文件编制深度规定》（2008年版）的规定，且原审法院也未对施工图的深度设计进行过审理，却凭空认定施工图深度符合标准。2、双方在原审中均认可京奥港房地产公司已将审图意见交给工业大学设计院并要求按其图审意见对施工图进行修改，但工业大学设计院没有提交任何证据证明其已修改完毕，原审法院错误认定京奥港房地产公司不能举证证明工业大学设计院拒绝修改致施工图不能通过审查，并由京奥港房地产公司承担不利后果。3、原审法院认定京奥港房地产公司另行与其他设计单位签约视为拒绝工业大学设计院的设计成果，系单方解除合同，没有事实和法律依据，真正的违约者是工业大学设计院。二、双方合同约定92%设计费的付款条件应是工业大学设计院向京奥港房地产公司完成并提交质量合格、符合各种规范设计要求、可以施工的56套施工图纸后7日内付款。京奥港房地产公司委托工业大学设计院进行工程设计图的设计，其提交的设计图应是符合法律规定、能通过政府相关部门审核、可以进行工程施工的合格图纸，工业大学设计院并未提交合格设计成果，京奥港房地产公司不应当支付剩余设计费。三、双方签订的合同对设计成果的质量要求有明确约定，工业大学设计院并没有按合同要求履行合同义务，导致合同目的无法实现，应承担全部违约责任。按照合同约定工业大学设计院应向京奥港房地产公司提交全部施工图共包括7项施工项目，每一项施工图为8套，即工大设计院应提交总计56套质量合格符合要求的施工图纸，才符合“全部施工图完成并提交”这一条件。而在工大设计院提交的7套施工图纸中，存在多达100多处的错误，其中有大量违反国家强制性规定和适用失效规范的问题，工业大学设计院履行合同义务明显不符合合同约定。在京奥港房地产公司要求和催促下，工业大学设计院设计负责人林晓东反而声明停止设计工作，也不再履行合同义务。此后，京奥港房地产公司又多次与工业大学设计院联系，向其提出修改要求，但工业大学设计院没有任何回应，也不履行合同义务。在工业大学设计院项目负责人向京奥港房地产公司发送电子邮件时工业大学设计院已经事实上单方解除合同，其应该承担全部违约责任。综上，请求二审法院撤销原审判决第一项和第三项；发回重审或依法改判驳回工业大学设计院全部诉讼请求并支持京奥港房地产公司的反诉请求；本案一审和二审全部诉讼费用由工业大学设计院承担。
工业大学设计院答辩称，原审法院关于施工图设计费501913元及违约金的判决是正确的。1、工业大学设计院已经提交了合同约定的施工图，按照合同约定京奥港房地产公司应该支付该部分费用。2、图纸设计已达到了施工的深度，审查意见中提出的修改意见实际上也进行了修改，从合同约定的提交条件及质量上讲是符合条件的。3、京奥港房地产公司在没有终止双方的合同的情况之下，单方撕毁合同，与第三方南京长江都市建筑设计股份有限公司签订设计合同构成根本的违约。
二审中，工业大学设计院提交如下证据：1、第一轮施工图已经提交公共信箱的记录，公共邮箱中有重复设计的图纸。2、南京壹构建筑设计咨询有限公司出具的情况说明，证明7月18日做的单体设计方案是工业大学设计院设计的。3、双方的短信往来和QQ交谈记录，其中包括施工图和方案重复设计的情况。以上证据主要证明增加工作费用存在的事实。京奥港房地产公司认为工业大学设计院所提交的上述证据并不属于新证据，故其不予质证。
二审中查明，2012年8月21日，工业大学设计院委托代理人林晓东向京奥港房地产公司法定代表人王玉荣发送手机短信：“王总，另外还有30万的补偿款是补偿合同中说明了要这个月给我们的，董事长也批过了补充合同，上个月合约部刘总也做了计划，请您顾问一下款项是否已经到了南京公司？谢谢！”王玉荣回复：“好吧！”
二审查明的其他事实与原审查明的事实一致。
本院认为，本案中双方当事人的争议焦点为：1、《补充协议》的效力问题以及工业大学设计院是否有权依据《补充协议》向京奥港房地产公司主张支付增加的工作费用600000元；2、工业大学设计院是否有权向京奥港房地产公司主张相关设计费用及违约金。
关于第一个争议焦点。本院认为，采用合同书形式订立合同，在签字或盖章之前，当事人一方已经履行主要义务的，对方接受的，该合同成立。关于增加工作费用60万元，首先，根据双方现有的短信记录以及电子邮件往来记录，可以确认双方曾就该费用进行过协商且在协商后草拟了《补充协议》；其次，虽该《补充协议》双方当事人最终并未签字盖章，但结合双方多次往来修改的该《补充协议》的内容：“鉴于本项目设计工作在原合同基础上增加了规划方案调整及配合等设计内容且施工图反复调整并考虑其它因素，双方协商一致确定上述原因导致乙方增加工作之费用为60万元整（前期所有原合同增加工作之费用）。”从该内容可以看出双方合同履行过程中确实存在增加工作，就该部分增加工作双方就费用进行了协商且达成一致意见该费用为60万元并进而反复沟通并草拟具体协议条款；最后，关于该60万元的给付，按照双方协商约定在2012年7、8月份分别支付30万元，而2012年3月23日、4月18日、6月6日京奥港房地产公司分别向工业大学设计院的付款都是依照双方合同约定支付，但2012年7月18日京奥港房地产公司支付的30万元，在双方合同中并无此付款依据，京奥港房地产公司陈述支付该30万元是为了鼓励和督促工业大学设计院尽快完成合格施工图，但京奥港房地产公司该意见并无合同依据，且其并未提交证据证明双方曾就该款支付进行过上述协商，加之2012年8月21日，林晓东向京奥港房地产公司法定代表人王玉荣发送手机短信称另外还有30万元的补偿款是补偿合同中说明了8月份支付，要求其过问一下，王玉荣在其答复中并未提出异议，故京奥港房地产公司该意见本院不予采信，本院认定2012年7月18日京奥港房地产公司支付的30万元支付的是双方约定的增加工作费用，故尽管双方在《补充协议》中约定协议经双方单位盖章并经法定代表人或其授权代表签字之日起生效，但双方在协议书上签字或盖章之前就增加工作费用已进行了协商且已经支付30万元，故而双方的《补充协议》已经成立，对双方发生约束力，工业大学设计院有权依据该协议向京奥港房地产公司主张另外30万元增加工作费用。
关于第二个争议焦点。本院认为，双方当事人签订的《建设工程设计合同（一）》及《补充合同》系双方当事人真实意思表示，且不违反法律法规强制性规范，应属合法有效，双方当事人均应按照合同全面履行各自义务。本案中，根据现有证据，可以认定京奥港房地产公司规划方案一直进行调整，直至2012年7月25日报审方案方通过南京市规划局的审定，故而工业大学设计院在7月31日提交设计施工图符合双方约定的提交设计成果的时间，虽工业大学设计院提交的设计施工图需要进行修改、调整，但并未被市图审中心审查为不合格，加之从京奥港房地产公司与案外人南京长江都市建筑设计股份有限公司签订的建设工程设计合同可以看出，京奥港房地产公司交由案外人继续进行的项目工程设计系在工业大学设计院施工图的基础上进行调整，综合以上情况，本院认定工业大学设计院已经在合同约定时间内提交了合格的设计成果。双方在履行合同过程中出现分歧，虽2012年8月10日，工业大学设计院的设计负责人林晓东个人向京奥港房地产公司发送电子邮件函，但该函件仅是要求京奥港房地产公司对于双方之间分歧给予答复，其中并没有要求解除合同的内容，该函件不应当视为工业大学设计院向京奥港房地产公司单方要求解除合同的依据。而京奥港房地产公司在双方分歧未有明确解决方案的情况下，于2012年10月另行与案外人签订设计合同，本院认为京奥港房地产公司该行为应当视为其不再接受工业大学设计院继续修改的设计成果，京奥港房地产公司单方解除合同，其行为构成违约，京奥港房地产公司应当向工业大学设计院按照合同约定支付至暂估合同总价92%的设计费。工业大学设计院称其已经继续修改了设计施工图，但其并没有证据证明其已经将修改后的图纸交付给了京奥港房地产公司，且双方合同中设计人的工作除了交付设计成果外，还需承担与施工单位进行设计交底、处理有关设计问题和参加竣工验收工作的内容，综合以上情况，本院酌定京奥港房地产公司无须再行向工业大学设计院支付剩余8%的设计费。
综上，双方合同总价应当为1196582元，京奥港房地产公司已经支付设计费394669元，故其还应向工业大学设计院支付设计费706186.44元。工业大学设计院主张的违约金符合双方合同约定，亦不违反法律规定，本院予以支持，故京奥港房地产公司应自2012年8月7日起按每日万分之三标准向工业大学设计院支付违约金。双方约定的增加工作费用600000元，京奥港房地产公司已经支付300000元，还应当再行支付工业大学设计院增加工作费用300000元。综上，京奥港房地产公司共需支付工业大学设计院设计费用1006186.44元。
综上，依据《中华人民共和国合同法》第三十七条、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（二）项之规定，判决如下：
一、维持南京市秦淮区人民法院作出的（2013）秦民初字第1972号民事判决第二、三项；
二、变更南京市秦淮区人民法院作出的（2013）秦民初字第1972号民事判决第一项为：南京京奥港房地产开发有限责任公司于本判决生效之日起十日内支付南京工业大学建筑设计研究院设计费1006186.44元，并支付其中706186.44元设计费自2012年8月7日起至生效判决确定的给付之日止，按每日万分之三计付的违约金。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务的，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审本诉案件受理费17092元，由南京京奥港房地产开发有限责任公司负担13818元，由南京工业大学建筑设计研究院负担3274元；一审诉讼保全费5000元、反诉案件受理费4739元，均由南京京奥港房地产开发有限责任公司负担；二审案件受理费15310元，由南京京奥港房地产开发有限责任公司负担12378元，由南京工业大学建筑设计研究院负担2932元。
本判决为终审判决。
审 判 长 李飞鸽
代理审判员 涂 甫
代理审判员 逯婷婷
二〇一四年八月十三日
书 记 员 朱亚芳