浙江省慈溪市人民法院
民 事 判 决 书
（2013）甬慈民初字第785号
原告（反诉被告）：宁波耐吉钢结构有限公司，住所地：慈溪经济开发区（杭州湾新区）马中村。
法定代表人：杨万能，该公司董事长。
委托代理人：何绍均，系原告公司员工。
委托代理人：陈利青，浙江五磊律师事务所律师。
被告（反诉原告）：慈溪森茂农业科技有限公司，住所地：慈溪市崇寿镇崇胜村。
法定代表人：陈小龙，该公司总经理。
委托代理人：竺飞雄，浙江金穗律师事务所律师。
原告宁波耐吉钢结构有限公司（以下简称耐吉公司）为与被告慈溪森茂农业科技有限公司（以下简称森茂公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2013年7月11日立案受理后，依法组成合议庭审理，被告于2013年9月16日向本院提出反诉，本院予以受理并决定合并审理。2013年8月5日原告提出财产保全申请，本院于2013年8月14日作出民事裁定，冻结了被告的银行账户，2013年10月21日原告申请撤销对被告的财产保全措施，本院于同日作出民事裁定，解除了对被告银行账户的冻结。2013年10月8日被告提出财产保全申请，本院于2013年10月9日作出民事裁定，冻结了原告的银行账户，2013年10月21日被告申请撤销对原告的财产保全措施，本院与同日作出民事裁定，解除了对原告银行账户的冻结。本院于2014年4月10日、12月12日、2015年3月10日三次公开开庭审理本案。原告耐吉公司的法定代表人到庭参加第三次庭审，原告公司委托代理人何绍均到庭参加前两次庭审，委托代理人陈利青到庭参加三次庭审，被告森茂公司法定代表人陈小龙到庭参加三次庭审，其委托代理人竺飞雄到庭参加第一次、第三次庭审。本案现已审理终结。案件审理过程中原告提出对涉案的水电安装工程造价进行鉴定、被告提出对涉案工程存在的质量问题、修复方案、修复费用进行鉴定，本院均予准许，鉴定机构出具了造价鉴定报告和质量问题检测报告，在进行修复方案鉴定过程中，被告未按规定缴纳鉴定费用致使鉴定机构退卷。
原告耐吉公司起诉称：2011年5月10日，原、被告签订一份建设工程施工合同，约定由原告承建被告位于崇寿农业园区的1-5号厂房工程。合同价款为1286万元，合同工期为210天。双方对进度款的支付方式和时间约定为：合同签订后五天内付20%即257.2万元，基础完成付20%即257.2万元，主体结构完成付20%即257.2万元，屋面工程完成付20%即257.2万元，竣工验收合格后付15%即192.9万元，留5%作为保修金，满一年付清。工程款必须汇入原告方指定的账户。被告逾期支付工程款，按银行同期贷款利率支付利息。被告在收到原告的竣工验收报告和结算文件后，应在28天内组织验收和审核结算，逾期则视为工程已验收或结算文件已被认可。合同另就其他事项作了约定。此后，原告按约施工，于2011年6月28日正式开工。2011年6月30日原、被告签订补充协议一份，确定水、电、消防工程造价1528184元，承包合同价下浮15%，为130万元，工程款按主合同比例同步支付。2011年9月20日，原告与水电、消防工程承包人许苏全签订一份简易协议，约定许苏全按被告方提供的预算、图纸、编制说明要求施工，原告方按10%收取配套、管理费及税费。原告于2012年3月21日完成施工，同月23日，原、被告双方召开竣工预验会，评定工程合格。2012年5月21日，全部工程经正式验收合格。被告方已支付土建及钢结构工程款910万元，水、电、消防工程款60万元。验收合格后，被告方即实际接收全部工程，而且有部分工程早在此前就实际投入使用。2012年7月5日双方就土建工程和钢结构工程的结算达成一致，签署一份工程决算书，双方确定的工程总造价为12904430元，未包括水、电、消防的造价。其中工程价款为1286万元、原告垫付费用44430元。被告尚欠原告工程款3804430元。按合同约定保修金为64.3万元，应在工程竣工满一年支付，另3161430元应在工程竣工之日即2012年3月21日支付。另外70万元的水、电、消防工程款亦应支付。为此，原告诉至本院，诉请：1.判令被告即时支付原告工程款（含水电消防工程款）4504430元；2.判令被告支付原告按中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算的利息，其中3161430元自2012年3月21日起算，64.3万元自2013年3月21日起算，均计算至生效判决确定的履行日止（暂计算至2013年6月30日的利息为236219元）；3.由被告承担本案诉讼费。庭审中原告诉讼请求变更为：1.判令被告即时支付包括水电消防在内的工程款4041589元；2.判令被告支付逾期支付工程进度款给原告造成的利息损失59156元（截止2012年3月27日）；3.判令被告支付原告自2012年3月28日始至判决确定的履行日止，以银行同期贷款年利率6%，以3404028.15元为基数计算的利息损失，自2013年3月28日始至判决确定的履行日止，以银行同期贷款年利率6%计算的金额为637560.85元的利息损失；4.水电工程造价鉴定费3万元由被告承担；5.本案诉讼费由被告承担。
被告森茂公司答辩期限内未作书面答辩，庭审中口头答辩称：被告已向原告支付工程款910万元，水电消防工程款67万元。工程原定于2011年6月28日开工，12月18日竣工，但实际交付在2012年5月21日，严重逾期长达155天，给被告造成租金损失及受到国土资源局的罚款。双方对土建工程未进行决算，被告对原告提交的决算确认的金额有异议，希望进行重新决算或进行鉴定。原告在交付厂房后需要进行维修，3、4、5号厂房存在渗漏现象，厂房地坪厚度不足，需要修复、重整，望进行鉴定。
被告森茂公司反诉称：2011年6月份，原告承建被告位于慈溪市崇寿镇的厂房，并签订建设工程施工合同一份，约定2011年6月28日开工，12月18日竣工，但原告于2012年5月21日完工，延期交付155天，导致被告受有租金损失。同时因原告延期交付，被告被慈溪市国土资源局罚款294446元。原告交付所承建的厂房后，墙面、地坪等出现大面积的质量问题，地坪厚度未达到设计要求，原告使用钢板不符合要求，导致被告无法正常使用。经被告多次要求原告进行整改修复，原告均不予理睬。现被告要求原告依照约定进行保修，保修完成后重新组织验收。如果修复不能，则由原告返工。据此，被告提起反诉，要求：1.判令原告支付因为工期延误而损失的房屋租金1159315元；2.判令原告支付因为工期延误而支付的违约金294446元；3.判令原告即时修复所承建的厂房墙面、地坪等部位，如果修复不能，则被告要求原告进行重新返工已达到质量要求；4.本案反诉诉讼费由原告承担。庭审中被告增加一项诉请：判令原告承担工程质量鉴定鉴定费16.7万元。
原告耐吉公司答辩称：工程竣工日期应为2012年3月27日，原告于2012年3月23日向被告提交了单位工程竣工验收报告，同日建设单位、施工单位、设计单位召开竣工预验会，会议汇总了存在问题和意见，整改合格后，该工程评定为合格工程。2012年3月27日，双方就竣工验收会议的问题整改达成一致意见，同日向建设行政主管部门备案时发现被告未按规定办理消防设计备案。2012年4月18日经网上消防设计备案后，原、被告及设计单位再次组织验收，故在竣工验收报告中体现的时间为2012年5月21日。其原因在被告方，故本案竣工日期应为2012年3月27日。被告逾期支付工程预付款和进度款，工程可顺延268天，工程未实际延期，应驳回被告反诉诉请。被告第二项诉请仅提供了违约金发票，未提供证据证明其与本案的关联性。本工程于2013年3月27日验收合格，被告未在原告起诉前提出过保修的请求即有关事实，在起诉后才提出来，而保修金按照约定应在2013年3月27日前支付，故保修内容与本案无关，应另行起诉。请求法院驳回被告反诉诉请。
原告耐吉公司为证明自己主张的事实成立，向本院提供证据如下：
A1.建设工程施工合同一份，证明原、被告间的建设工程施工承揽关系成立；
A2.开工报告一份，证明工程正式开工日期确定；
A3.补充协议及其所附的预算编制说明、安装工程预算书一份，证明水、电、消防工程也由原告挂名承包；
A4.分包协议书一份，证明水、电、消防工程由他人分包完成；
A5.2012年3月21日单位工程竣工报告一份，证明原告出具竣工验收报告；
A6.2012年3月23日会议纪要及会议签到单各一份，证明会议对提出的问题及意见进行汇总，汇总的问题整改合格后，该工程评定为合格；
A7.2012年3月27日竣工预验收整改报告一份，证明整改内容已完成；
A8.2012年4月18日建设工程消防设计备案受理凭证一份，证明因被告的原因导致向主管部门备案时不能取得验收合格报告；
A9.2012年5月21日慈溪市房屋建筑工程竣工验收报告及2012年5月24日竣工验收整改报告各一份，证明因被告未办理消防设计备案致验收迟延；
A10.2012年5月30日慈溪市房屋建筑工程质量监督报告一份，证明因被告未办理消防设计备案，致验收推迟后重新验收的期限，复自慈溪市建筑安装工程质量监督站，由监督站加盖核对无异章；
A11.工程决算书一份，证明对土建及钢结构的工程款决算已完成的事实，复自慈溪市城建档案馆，由城建档案馆加盖与原件相符章；
A12.2011年5月30日进账单一份，证明原告收到被告第一次支付的工程款200万元；
A13.承兑汇票二十份，证明2011年8月27日收到第二期工程款200万元的银行承兑汇票；
A14.基础验收会议纪要一份，证明2011年10月25日，基础完工并经验收合格；
A15.催款函一份，证明原告催告被告按约付款；
A16.2011年12月16日主体结构中间验收会议纪要及2011年12月22日主体结构中间验收整改报告一份，证明主体结构完工时间为2011年12月16日，并经验收合格；
A17.2011年12月31日屋面工程完工记录二份，证明屋面完工并经验收合格；
A18.2011年12月14日承兑汇票一份，证明原告收到第三期工程款，金额为300万元的承兑汇票；
A19.进账单一份，证明2012年2月24日原告收到被告支付的第四期工程款200万元；
A20.进账单一份，证明2013年2月8日原告收到被告支付的第五期工程款10万元；
A21.图纸六套、工程技术联系单及图纸会审记录各一份，证明原告按图施工；
A22.联系单两份、统一发票两份，证明原告为被告垫付的费用为73005元，结算时协商为44430元，结算与事实相符；
A23.根据原告申请、本院委托，慈溪市永敬工程造价咨询有限公司对涉案水、电、消防安装工程出具造价鉴定报告，工程造价经鉴定为990372元；
A24.鉴定费发票一份，证明原告为申请水电工程造价鉴定支付鉴定费3万元。
被告为证明其主张的事实成立，向本院提供如下证据：
B1.2012年11月2日会议纪要、外墙渗水维修方案各一份，证明涉案工程未实际结算，尚有外墙渗水需要维修；
B2.房屋租赁协议二份，证明被告因为原告的工期延期，导致租金受损的事实；
B3.土地出让金专用票据二份，证明被告因为原告工期延误，导致被告向慈溪市国土资源局支付违约金294446元的事实；
B4.慈溪市建筑安装工程质量监督站工程质量鉴定书和存在的质量缺陷的照片三组，证明原告承建厂房存在质量问题的事实；
B5.会议纪要、工程竣工结算文件一份，证明截止2012年11月13日，双方对工程尚未进行决算，原告要求被告支付工程款不实的事实，被告要求对工程造价进行决算的事实；
B6.当庭提交未完工作清单一份，证明由于原告的工作未完工，被告方对决算的工程量有异议；
B7.根据被告申请，本院委托鉴定机构对涉案工程中存在的需要修复的质量问题进行鉴定，浙江新世纪工程检测有限公司出具了检测报告，1号厂房、2号厂房地坪均未按设计分层施工，而是一次施工，且多处出现混凝土厚度不符合设计要求及规范要求，属工程质量不合格。3号厂房的墙体出现开裂渗水现象，属于环境温度所致，影响使用性，在保修期内施工单位应予以修复，超出保修期由建设单位自行修复。3号厂房地坪出现混凝土厚度不符合设计及规范要求现象，属工程质量不合格，1号、2号、3号厂房的混凝土强度符合设计要求；
B8.鉴定费发票一份，证明被告为鉴定支出鉴定费16.7万元。
上述证据经当事人质证，本院认证如下：
被告对证据A1、A2、A3、A8、A12、A13、A14、A16、A17、A18、A19、A20、A21没有异议，本院予以认定。被告对证据A4有异议，本院认为证据A4系原告与案外人之间签订的协议，与本案不具有关联性，本院不予认定。被告对证据A5、A6、A7的真实性没有异议，对证明对象有异议，本院认为原告对证据的真实性没有异议，且证据来源合法，与本案争议事实具有关联性，本院对证据A5、A6、A7予以认定，至于能否证明原告待证事实，本院将综合全案证据认定。被告对证据A9中的竣工验收报告的真实性没有异议，认为竣工日期为2012年5月21日，对竣工整改报告没有异议，本院认为证据A9具有真实性，来源合法，与本案具有关联性，本院予以认定。被告对证据A10的真实性没有异议，本院予以认定。被告对A11的真实性有异议，认为法定代表人陈小龙的签字非本人所签，所盖被告公章也不真实，本院认为证据A11系原告复印自城建档案馆的竣工备案资料，被告仅否认其真实性，未提供证据佐证，也未申请相应鉴定，故本院对其质证意见不予采信，本院对证据A11予以认定。证据A15系原告制作的催款函，被告质证认为其未收到过该份证据，本院认为原告未提供证据证明其已经将该证据实际送达给被告，故本院不予认定。被告对证据A22中的工程联系单的真实性没有异议，本院予以认定，其中发票两份均为复印件，且发票载明费用在两份联系单中也未体现，故对两份发票复印件不予认定。对证据A23，原告无异议，被告在异议期内未提出异议，庭审中对鉴定书中第三项第七点仅按图纸计算工程造价有异议，本院认为，室外总消防中的管道属隐蔽工程的内容，本案涉案工程已经通过竣工验收，验收时被告对此并未提出异议，现被告对此部分造价提出异议，应当承担举证责任，经本院释明后，被告并未提供相应的证据，故本院认为鉴定机构在无法确定管道具体走向情况下，依据图纸计算造价并无不当，故本院对证据A23予以认定。被告对证据A24真实性无异议，但对关联性有异议，本院认为原告申请鉴定支付鉴定费用，并由鉴定机构开具正规发票属实，本院予以认定。
原告对证据B1的三性均有异议，本院认为其中的会议纪要未经原告确认，被告提供证据不足以证明会议纪要参与人获得过原告授权，故对该份证据不予认定，其中的维修方案为打印件，无任何签字盖章，对其真实性本院无法确定，故对该份证据不予认定。原告对证据B2的三性均有异议，本院认为虽然原告出示了租赁合同原件，但承租人未出庭作证且被告未提供租金发票等材料佐证租赁合同的真实性，故本院对证据B2不予认定。原告对证据B3真实性没有异议，对关联性有异议，本院认为证据B3仅能反映被告向慈溪市国土资源局缴纳两笔出让违约金的事实，但不能证明与本案争议事实存在关联性，本院不予认定。原告对证据B4的真实性有异议，本院认为，证据B4系由被告单方委托或制作，原告持有异议，本院不予认定，对于涉案工程是否存在质量问题，因被告已经申请鉴定，本院将根据相应鉴定意见认定有关事实。原告对证据B5中的结算文件没有异议，本院予以认定，对其中的会议纪要在证据B1中已作认定，不再重复。原告对证据B6有异议，本院认为该份证据中无任何签字盖章，对其真实性本院难以认定，故对证据B6不予认定。对证据B7，原告认为地坪不属于保修范围，墙体部分属于保修范围，原告愿意承担保修责任，被告对证据B7予以认可，本院认为，原告在收到鉴定报告后在异议期内未提出异议，庭审中也只是称地坪问题不属于保修范围，但原告并未直接否认鉴定机构出具的检测报告中鉴定结论，故本院对证据B7予以认定。原告对证据B8的真实性、关联性无异议，本院予以认定。
根据已认定的有效证据，结合原、被告的庭审陈述，本院认定本案事实如下：
原、被告于2011年5月10日签订建设工程施工合同一份，约定由原告承建被告位于慈溪市崇寿农业园区的厂房工程，工程内容包括地基基础、围护结构、屋面结构及厂房一、二轻钢屋面、地面门、窗，合同价款为1286万元，合同工期为210天，开工日期为2011年5月18日（凭施工许可证为准），竣工日期为2011年12月18日。合同对工程预付款及进度款的约定为：合同订立五天内付备料款按合同总金额的20%，即257.2万元，基础完成付合同总金额的20%，即257.2万元，主体结构完成付合同总金额的20%，即257.2万元，屋面工程完成付合同总金额的20%，即257.2万元，竣工验收合格后付合同总金额的15%，即192.9万元，留5%作为保修金，满一年付清。工程款必须汇入原告方指定的账户。对于工程验收与结算，合同专用条款约定原告向被告提交工程竣工验收报告和结算文件，被告应在28天内组织验收，逾期视作工程验收和结算文件已被认可。合同另就其他事项作了约定。双方同时签订了质量保修书，载明地基基础工程和主体结构工程保修期为设计文件规定的该工程合理使用年限；屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙的防渗漏保修期为五年，同时约定属于保修范围、内容的项目，原告应当在接到保修通知之日起7天内派人保修，原告不在约定期限内派人保修的，被告可以委托他人修理。2011年6月27日组织图纸会审。2011年6月28日双方签发开工报告，开工报告载明已具备开工条件，开工日期为2011年6月28日。2011年6月30日，原、被告签订补充协议一份，约定涉案工程中的水、电、消防工程由原告承包施工，工程总造价1528184元，下浮15%为合同价130万元，工程款支付按主合同比例同步支付。
2011年10月25日涉案工程基础进行验收，验收结论为合格。2011年12月16日涉案工程主体结构进行中间验收，结论为验收中提出问题整改合格后，该工程评定为合格。2011年12月22日原告提交主体结构中间验收整改报告，被告签署“已整改”意见。2011年12月31日一、二号厂房建筑屋面工程验收合格。2012年3月21日原告就涉案的一至五号厂房工程向被告提交单位工程（工程项目）竣工报告。2012年3月23日，原、被告及设计单位组织竣工预验并形成会议纪要，会议纪要对验收中提出的问题和意见进行了汇总记录，并载明会议中提出的问题整改合格后，涉案工程评定为合格。2012年3月27日，原告向被告提交涉案工程竣工预验整改报告，被告签署“基本整改完成”的意见。2012年4月18日，被告通过网上备案，取得了涉案工程消防设计备案，涉案工程未被确定为抽查对象。2012年5月21日原、被告、设计单位三方组织正式验收，形成验收报告一份，载明涉案工程综合评定等级为合格。2012年5月24日原告向被告出具竣工验收整改报告，被告签署“情况属实，已整改完成”的意见。2012年5月30日慈溪市建筑安装工程质量监督站出具慈溪市房屋建筑质量监督报告。2012年7月5日，原、被告双方签订工程决算书一份，载明涉案工程决算总价为12904430元。2012年11月13日，原告编制工程结算文件，并送达给被告，结算文件由被告持有，并在诉讼过程中提交本院。工程结算文件载明结算总价为12751217元，代垫费用9090元，保修金为63.7万元。
诉讼过程中，应原告方申请，本院委托鉴定机构对涉案水、电、消防工程造价进行鉴定，经鉴定水、电、消防工程造价为990372元。原告为此支付鉴定费用3万元。同时被告申请对涉案工程存在的质量问题、修复方案、修复费用进行鉴定，经鉴定涉案工程存在1号厂房、2号厂房地坪均未按设计分层施工，而是一次施工，且多处出现混凝土厚度不符合设计要求及规范要求，属工程质量不合格。3号厂房的墙体出现开裂渗水现象，属于环境温度所致，影响使用性，在保修期内施工单位应予以修复，超出保修期由建设单位自行修复。3号厂房地坪出现混凝土厚度不符合设计及规范要求现象，属工程质量不合格，1号、2号、3号厂房的混凝土强度符合设计要求。被告为此支出鉴定费167016元。同时被告未按规定缴纳修复方案鉴定费用，致使鉴定机构退卷。
另查明，被告支付工程款的情况如下：2011年5月30日转账支付200万元，同年8月27日支付200万元承兑汇票，同年12月14日支付300万元承兑汇票，2012年2月8日转账支付10万元，同年2月24日转账支付200万元，共计910万元。同时庭审中原告认可收到被告水、电、消防工程款60万元，被告主张其已支付的水、电、消防工程款为67万元，但未提供证据。
本案争议焦点为：1.涉案工程的工程款如何认定；2.被告延期支付进度款、工程款的违约责任如何认定；3.涉案工程是否存在工期延误，责任如何认定；4.如何认定原告保修责任及保修范围。现分析如下：
1.对工程款的认定。本院认为，原告在2012年7月5日签订工程决算书后，仍于2012年11月13日编制涉案工程决算文件并交付被告，可见在2012年7月5日之后双方仍在对涉案工程进行结算，且原告之后编制的结算文件的金额与2012年7月5日签订的决算书的金额不一致，可见该工程决算书非双方真实意思表示，被告提出该份决算书不具有真实性，仅为备案办证所需的抗辩意见成立，该份决算书不能作为认定涉案工程款的结算依据。但是，双方在合同专用条款中约定：原告向被告提交工程竣工验收报告和结算文件，被告应在28天内组织验收，逾期视作工程验收和结算文件已被认可，现原告于2012年11月13日编制结算文件后已交付被告，被告陈述其在2012年收到结算文件，但被告未举证证明其在收到该文件28日内进行了审核或者向原告提出了异议，因此应当根据双方合同的约定认定被告已经认可结算文件，该结算文件应作为涉案工程的结算依据，涉案工程结算总价为12751217元，代垫费用9090元。原告庭审主张以12751217元作为结算金额符合双方约定及法律规定，本院予以认定。同时根据鉴定机构对水、电、消防工程的鉴定，该部分工程造价为990372元。对于被告认为应当在鉴定价格中扣减室外总消防价款的意见，经本院释明后，被告未提供相应证据，对其该项意见不予采信。关于已付工程款的认定，原告认可以实际收到主合同部分工程款910万元，补充协议部分工程款60万元，合计970万元。被告主张其针对补充协议部分已支付67万元，但经本院释明后，被告未提供证据证实，故本院不予采信，本院认定被告已付工程款总额为970万元。综上，被告尚欠原告工程款4041589元。
2.对于被告延期支付进度款、工程款的违约责任认定。根据本院认定的事实，被告应当支付进度款的时间及金额为：合同订立五天内即2011年5月15日前，被告应支付备料款257.2万元，基础完成即2011年10月25日，应支付257.2万元，主体结构完成即2011年12月16日，应支付257.2万元，屋面工程完成即2011年12月31日，应支付257.2万元。被告实际付款的情况如下，2011年5月30日支付200万元，8月27日支付200万元，12月14日付300万元，2012年2月8日支付10万元，2月24日支付200万元。综上，被告的付款行为均未依照合同约定的时间、金额支付，存在不同程度的拖延付款行为，根据双方合同约定，被告应当向原告支付根据进度款拖欠的金额、时间，按照银行同期贷款利率计算的利息。本案原、被告双方对被告已付款项用以清偿被告应付进度款项的先后顺序未能达成一致，本院认为原、被告双方对进度款的清偿顺序未达成一致的情况下，应当依照进度款到期的先后顺序清偿。据此计算被告因未按时支付工程进度款应支付的拖欠工程进度款利息金额为55918.61元，计算时间截止2012年3月27日。原告主张的进度款利息损失为59156元，本院在已认定的金额内予以支持。
对于延付工程款违约金的损失问题。原告方于2012年3月21日向被告提交了单位工程（工程项目）竣工报告，报告载明涉案工程技术资料完整，已达到竣工标准，建设单位意见认为符合要求，同意竣工。原、被告、设计单位三方于2012年3月23日组织竣工预验收，并形成纪要一份，该份会议纪要提出了六个方面的问题需要整改，整改合格后，该工程评定为合格。2012年3月27日，原告提交竣工预验整改报告，被告方签署基本完成整改的意见。故应当认定2012年3月27日涉案工程已经验收合格，据此可以认定，涉案工程的实际竣工日期为2012年3月27日。双方合同约定竣工验收合格后应支付合同价15%，留5%作为保修金。结合上述进度款支付的约定，被告在竣工验收合格后应当支付至总价款的95%，故根据本院已经认定的结算价，竣工验收合格日即2012年3月27日，被告实际拖欠原告主合同工程款3013656.15元（已扣除5%保修金），拖欠原告补充协议部分工程款340853.4元（已扣除5%保修金），欠付工程款的总额3354509.55元；预留保修金总额为687079.45元，应于2013年3月27日返还。对于欠付工程款及保修金应当从应支付和应返还之日起计算利息。
3.涉案工程是否存在工期延误，责任如何认定。首先，对于是否存在工期延期及延期的天数问题，本院认为，合同约定的工期为210天，原、被告双方签发开工报告载明的开工日期为2011年6月28日，据此推算合同约定的竣工日期应为2012年1月24日。根据前述认定，涉案工程的实际竣工日期为2012年3月27日，比合同约定的应竣工日期延期63天。
关于造成工期延误责任的认定，目前无证据证明工期延误系由原告方原因造成，理由如下：第一，原、被告之间签订建设工程施工合同之后，又于2011年6月30日签订补充协议一份，增加水、电、消防安装工程，工程量增加，但双方未对工期延长进行约定，但因工程量增加而导致的工期延长的责任不应由原告承担赔偿责任。第二，被告未按合同约定的时间足额支付进度款，存在拖延，由此造成的工期延误应为被告方责任，不应由原告方承担工期延误赔偿责任。综上，本案涉案工程实际竣工的工期与合同约定工期相比，虽稍有延误，但无证据证明工期延误原因在于原告方，相反上述因被告方增加工程量、延期支付进度款等因素都会导致工期延长，其责任应在被告方。故被告要求原告承担工期延误赔偿责任的诉请无事实依据，本院不予支持。
4.关于原告保修责任及保修范围的问题。本案诉讼过程中被告为证明其主张的事实成立，申请对涉案工程中存在的质量问题进行鉴定，本院依法委托浙江新世纪工程检测有限公司鉴定，该公司出具了检测报告，本院认为鉴定机构出具的检测结论涉及的问题可归类为两项：一是1号、2号、3号厂房的地坪质量问题，二是3号厂房墙体开裂渗水问题。首先对于地坪质量问题，本院认为地坪应属《建筑工程施工质量验收统一标准》（GB50300－2001）中建筑装饰装修中的地面工程项目，非属地基基础与主体工程，而工程完工后被告组织了对涉案工程的竣工验收，验收结论为合格，被告已经实际认可了地坪工程的质量，现被告不得再以地坪存在工程质量问题为由主张权利。故对被告要求原告修复地坪的诉请不予支持。对于3号厂房墙体开裂、渗水问题应属保修范围，保修书约定的保修期限为5年，尚未超出保修期限，应当承担保修责任。但本院认为，工程保修具有较强的专业技术性，履行保修义务应以具备符合规范要求的修复方案为前提，本案被告在原告明确表明拒绝继续履行保修义务的前提下，被告虽然提出了修复方案的鉴定申请，但是未按通知时间缴纳鉴定费用，应视为放弃鉴定申请，因修复方案未明确，故对其要求原告承担修复义务的诉请，本院不予支持。
本院认为：原、被告签订的《建设工程施工合同》及《补充协议》系双方当事人的真实意思表示，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，合法有效，双方均应按照合同约定履行各自义务。现被告未按约定支付进度款及工程价款，被告应当承担继续履行的责任，并应承担违约责任。对原告要求被告即时支付工程款及相应利息的诉请，本院在认定相关事实的基础上予以支持。原告主张被告支付水电工程造价鉴定费3万元的诉讼，符合法律规定，本院亦予以支持。对于被告要求原告赔偿工期延误损失及承担保修义务的反诉诉请，因被告所举证据不足以证明其反诉主张的事实成立，本院不予支持。对于被告要求原告承担工程质量造价鉴定费16.7万元的诉请，结合本案鉴定的具体情况，本院认为该部分鉴定费应由原、被告各半承担。据此，依照《中华人民共和国合同法》第四十四条第一款、第六十条第一款、第一百零七条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷适用法律问题的解释》第十七条、第十八条、第二十条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款，《最高人民法院关于适用﹤中华人民共和国民事诉讼法﹥的解释》第九十条之规定，判决如下：
一、被告慈溪森茂农业科技有限公司应于本判决生效之日起七日内支付原告宁波耐吉钢结构有限公司工程款4041589元（含保修金）及进度款利息55918.61元；
二、被告慈溪森茂农业科技有限公司应向原告宁波耐吉钢结构有限公司支付自2012年3月28日起至本判决确定的履行日止，以3354509.55元为基数，按照中国人民银行公布的同期同类贷款利率计算的利息，并支付自2013年3月28日起至本判决确定的履行日止，以687079.45元为基数，按照中国人民银行公布的同期同类贷款利率计算的利息，款于本判决生效后七日内支付；
三、被告慈溪森茂农业科技有限公司应于本判决生效之日起七日内支付原告宁波耐吉钢结构有限公司水、电、消防工程造价鉴定费30000元；
四、原告宁波耐吉钢结构有限公司应于本判决生效之日起七日内支付被告慈溪森茂农业科技有限公司工程质量鉴定费83500元；
五、驳回原告宁波耐吉钢结构有限公司其余诉讼请求；
六、驳回被告慈溪森茂农业科技有限公司其余反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条及相关司法解释之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息（加倍部分债务利息=债务人尚未清偿的生效法律文书确定的除一般债务利息之外的金钱债务×日万分之一点七五×迟延履行期间）。
案件本诉受理费43865元，由原告宁波耐吉钢结构有限公司负担165元，被告慈溪森茂农业科技有限公司负担43700元，反诉受理费17884元，由原告宁波耐吉钢结构有限公司负担1884元，被告慈溪森茂农业科技有限公司负担16000元，本诉财产保全费5000元由原告宁波耐吉钢结构有限公司承担，反诉财产保全费5000元由被告慈溪森茂农业科技有限公司承担，以上款项均于本判决生效后七日内交纳本院。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于浙江省宁波市中级人民法院（上诉人在收到本院送达的预交上诉案件受理费通知书之日起七日内，凭判决书到宁波市中级人民法院立案大厅收费窗口预交上诉案件受理费。如银行汇款，收款人为宁波市财政局非税资金专户，帐号：37×××92，开户银行：宁波市中国银行营业部。如邮政汇款，收款人为宁波市中级人民法院立案庭。汇款时一律注明原审案号。逾期不交，作自动放弃上诉处理）。
审 判 长 徐 斌
审 判 员 唐志伟
人民陪审员 张川川
二〇一五年三月二十七日
代书 记员 张 严
附一：本判决依据的相关法律及司法解释条文
1.《中华人民共和国合同法》
第四十四条：依法成立的合同，自成立时生效。
法律、行政法规规定应当办理批准、登记等手续生效的，依照其规定。
第六十条：当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
当事人应当遵循诚实信用原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。
第一百零七条：当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
2.《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》
第十七条：当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。
第十八条：利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：
（一）建设工程已实际交付的，为交付之日；
（二）建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日；
（三）建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。
第二十条：当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。
3.《中华人民共和国民事诉讼法》
第六十四条：当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。
当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。
人民法院应当按照法定程序，全面地、客观地审查核实证据。
4.《最高人民法院关于适用﹤中华人民共和国民事诉讼法﹥的解释》
第九十条：当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实，应当提供证据加以证明，但法律另有规定的除外。
在作出判决前，当事人未能提供证据或者证据不足以证明其事实主张的，由负有举证证明责任的当事人承担不利的后果。
附二：申请执行的规定
1.《中华人民共和国民事诉讼法》
第二百三十九条：申请执行的期间为二年。申请执行时效的中止、中断，适用法律有关诉讼时效中止、中断的规定。
前款规定的期间，从法律文书规定履行期间的最后一日起计算；法律文书规定分期履行的，从规定的每次履行期间的最后一日起计算；法律文书未规定履行期间的，从法律文书生效之日起计算。
2.最高人民法院《关于人民法院执行工作若干问题的规定（试行）》
第18条：人民法院受理执行案件应当符合下列条件：（1）申请或移送执行的法律文书已经生效；（2）申请执行人是生效法律文书确定的权利人或其继承人、权利承受人；（3）申请执行人在法定期限内提出申请；（4）申请执行的法律文书有给付内容，且执行标的和被执行人明确；（5）义务人在生效法律文书确定的期限内未履行义务；（6）属于受申请执行的人民法院管辖。人民法院对符合上述条件的申请，应当在七日内予以立案；不符合上述条件之一的，应当在七日内裁定不予受理。